Predicción de la estructura secundaria de ARNmFold

IntegrantesJimena CollantesLisette Delgado

Nelly MostajoCarla Ramirez

Brian Lucero

Introducción•Estructura secundaria

Estructura secundaria• plegamiento

• Interacciones débiles=enlaces de hidrógeno, van de waals, interacciones iónicas

• Tipos de estructuras secundariasloopsHélice alfa Hoja betaGiros betaHélice de colágenobeta plegadas

Cambios que no afectan la estructura

Introducción

•mFold (multiple-fold)algoritmo: mínima energía de GibbsPredice: plegamiento, hibridación y temperatura melting

Introducción

•Programación dinámica•Dot Plot

•Energía libre de Gibbs – Scores

Alineamiento de secuencias

Segmentos complementariosSegmentos repetidosTransposicionesSegmentos palindrómicos

Eventos evolutivos

Introducción

•Energía libre de Gibbs

• Potencial dinámico= función de estado extensiva con unidades de energía, da la condición de equilibrio y de espontaneidad para una reacción química.

• para calcular si una reacción ocurre de forma espontánea tomando en cuenta solo las variables del sistema.

•Ley de la mínima energía potencial•2da ley termodinámica

Parametros de MFOLD

• Dar nombre… y copiar la secuencia en formato FASTA

•Restringir la información

•Tipo de secuencia

•Constantes

•Porcentaje suboptimo

•Límite del número de Foldings

•Ventana y tamaño de loop

•Asimetría y distancia máxima para el apareamiento de bases

•Opciones de imagen

•Formato de imagen

•Base numerada

•Diseño del loop exterior

•Diseño de la estructura

FOLD IT!

rRNAT. thermophilus

•Subunidad 5S – 120bp

>embl|V01415|V01415 Thermus thermophilus 5S ribosomal RNA, complete sequence

aatcccccgtgcccatagcggcgtggaaccacccgttcccattccgaacacggaagtgaa

acgcgccagcgccgatggtactggcggacgaccgctgggagagtaggtcggtgcggggga

http://mfold.bioinfo.rpi.edu/results/23/09May05-23-29-16/

Dot plot

Estructura 1

Estructura 6

Sin embargo…•Yusupov et al, 2001

Crystal Structure of the Ribosome at 5.5 Å Resolution

Estructura 1

Estructura 6

Estructura 1 Estructura 5

>120bp natural angles

http://mfold.bioinfo.rpi.edu/results/20/09May10-20-33-28/

Estructura 1: default Estructura 1: natural angles

Los ∆G permanecen iguales

rRNA

•Plasmodium falciparum •Subunidad 5S – 349bp

>embl|M19135|M19135 P.falciparum 5S rRNA gene, clone S8. aaaatgtatatgtattaagaatacaaaataattatgctaatataaaagaagaaaactcattaaatattttaatatagaatgttttatatatgattattcttaaataaatatgaatattaaattttagtgaagtaaatcttttgactcgttcatactacagtggccacaccagatcccatcagaactctgaagttaagcactgtaaggcttggctagtactgaggtgggagaccgctcg

ggaacaccaggtgatgagtcattttttttatataaaaaaaaatttttattattttatataataaaaaaaataatatatgttattatagataattagtattttcattaattt

http://mfold.bioinfo.rpi.edu/results/23/09May05-23-42-09/

Estructura 1 Estructura 8