İstanbul Üniversitesi, İstanbul Tıp Fakültesi,

Tıbbi Genetik ABD ve Perinatoloji BD

Sunan: Prof. Dr. Atıl YÜKSEL

450 500 600 700 bant/haploid set

~ 500 bant çözünürlükte ~ 1 bant 6 milyon nükleotid (~6 Mb ve 10’larca gen)

Metafaz Prometafaz(HRBT)

~500 bant düzeyinde “Karyotipleme”

•Tek test tüm genom/kromozomlar •Tüm sayısal anomaliler •> 6 Mb lık yapısal anomaliler (dengeli ve dengesiz) • Klinik yönlendirme varsa bilinen mikrodelesyon sendromları (~ 3-5Mb) •Mozaisizm tanınabilir

Dezavantajları; • Hücre kültürü gerektirir • Otomatizasyonu zordur • Tanı subjektiftir ve bu nedenle deneyim önemlidir • Prenatal tanıda klinik yönlendirme olmadığından ilave test olanağı sınırlıdır.

ı

Yenidoğanda KROMOZOM ANOMALİ oranı 1:156 Dengeli yapısal anomali oranı %0.4

Williams s. del(7)(q11.23)

İnsan Genetik Varyasyonlarının Sınıflandırılması

Tüm varyasyonların % 90’ı

Tüm varyasyonların % 10’u (yapısal varyantlar)

Nükleotid Substitüsyonları (SNPs) Tekrar dizileri İnsersiyon/delesyon varyantları Blok substitüsyonlar İnversiyon varyantları Kopya sayısı varyantları (CNVs)

Genomda 300 bp de bir nükleotid polimorfiktir. Halen 12 milyon SNP tanımlanmıştır. Genelde iki formda olur (A ya da G; C yada T gibi).

Single nucleotide polimorfizm (SNPs) ;

Kopya sayısı varyantları (CNVs); Referans genomla kıyaslandığında, farklı sayıda bulunan, boyutu 1 kb veya daha fazla olan DNA segmentlerine Kopya Sayısı Varyasyonu (CNV) denir. Genomda, delesyon ve duplikasyon biçiminde gözlenen polimorfik yapılardır.

Patojenik olarak tanımlanmış değişimler

Zararsız (benign) olarak tanımlanmış değişimler

Klinik anlamı henüz kesin olarak bilinmeyen (Variants of uncertain significance -VOUS) değişimler

Olgu Kontrol

Cy5 Cy3

Targeted: Subtelomerik ve perisentromerik bölgelerle, bilinen delesyon ve duplikasyonlar

Subtelomerik ve perisentromerik bölgeler güçlendirildi, “targeted” bölgelerin dışına ek proplar ilave edildi.

Tüm genomu kapsar.

Array çözünülürlüğü 15.000-4.200.000 prop arasında değişmektedir.

Tanısal gücü maksimize eden ve VOUS olasılığını minimize eden optimum filtre kullanılmalıdır (400 kb)

2.1 kb da bir prob 5.3 kb da bir prob 13 kb da bir prob 41 kb da bir prob) 1100 USD 910 USD 500 USD 350 USD

Normal karyotipli MKA/MR olgularında a-CGH katkısı: ~%10-17

Postnatal etkilenmiş bireylerde;

de novo dengeli yeniden düzenlenmelerdeki katkısı: ~%40

Kırık noktalarından bağımsız bölgelerde genomik dengesizlik: ~%20

Ultrasonografi ile saptanan fetal anomalilerde geleneksel karyotipleme ile anormal sonuç elde etme sıklığı %8-%35 arasında değişir (Faas et al., 2010;

Kleeman et al., 2009; Valduga et al., 2010).

PRENATAL ARRAY UYGULAMALARI

VOUS: Unclear

2013

135 yayından sekizi metaanalize alındı.

a-CGH ile ek kromozom anomalisi (patojenik ve yüksek olasılıkla patojenikler ) Tüm endikasyon gruplarında: %3.6

Konjenital anomalilerde: %5.2

Henüz yapısal anomalilerin alt gruplarında sonuç vermek mümkün değil (Altı çalışmada kardiyak anomaliler (n=88), artmış NT-NIHF olguları (n=82) ve MSS anomalileri (n=60) ön planda)

Soft “marker” ları özellikle değerlendiren çalışma yok. Sadece Tyreman ve ark. ları “multiple soft markers” lı olguların kapsandığını belirtiyorlar.

Endikasyon Toplam olgu Array-normal Array-patolojik Array-şüpheli

USG’de anomali 2781 2462 (%88.5) 184 (%6.6) 135 (%4.9)

USG’de marker 77 72 (93.5) 2 (%2.6) 3 (%3.9)

Pozitif I-II trim. TT 77 68 (%88.3) 4 (%5.2) 5 (%6.5)

Aile öyküsü 487 461 (%94.7) 15 (%3.1) 11 (%2.3)

İleri Anne Yaşı 346 337 (%97.4) 1 (%0.3) 8 (%2.3)

Psikolojik 95 94 (%98.9) 0 1 (%1.1)

Diğer/? 13 12 (%92.3) 1 (%7.7) 0

Toplam (canlı

fetuslar) 3876 3506 (%90.5) 207 (%5.3) 163 (%4.2)

Karyotipi “Normal” prenatal olgularda array sonuçları; Schaffer LG, et al, 2012;Prenat Diagn, 32, 979-985

USG bulgusu toplam Array-normal Array-patolojik Array-şüpheli

Çoklu sistem

anomalileri 579 492 (%85) 58 (%10) 29 (%5)

Çoklu sistem +

yapısal olmayan

anomaliler

229 196 (85.6) 19 (%8.3) 14 (%6.1)

Tek sistem

anomalileri 1519 1370 (%90.2) 81 (%5.3) 68 (%4.5)

Tek sistem + yapısal

olmayan anomaliler 254 220 (%86.6) 18(%7.1) 16 (%6.3)

İzole

poli/oligohidramnios 9 6 (%66.7) 1 (%11.1) 2 (%22.2)

İzole IUGG 76 74 (%97.4) 2(%2.6) 0

Tek marker 59 55 (%93.2) 2(%3.4) 2(%3.4)

Çoklu marker 18 17 (%94.4) 0 1(%5.6)

Toplam 2858 2534 (%88.7) 186 (%6.5) 138 (%4.8)

Schaffer LG, et al, 2012;Prenat Diagn, 32, 1-10

İzole ya da MKA bulgusu olarak en çok array-patolojik anomaliler: HPE (%10.6), posterior fossa an. (%14.6), iskelet (%10.7), VSD (%10.6), HLHS (%16.2), yarık dudak/damak (%10.3)

Wapner R, ISCA (International Standarts for Cytogenomic Arrays)

2012 Mikroarray Çalışma Sonuçları;

Anomaliler Kromozom n Array tanıyabilir

Array tanıyamaz

Anöploidiler

(tri 21,18,13,X,Y ve 45,X) 374 374 0

Diğer anomaliler 82 24 58 (%1.4)

Dengeli yapısal 40 0 40

Dengesiz yapısal 22 22 0

Marker kromozom 3 2

1

heterokromatin

Triploidi 17 0

17 (7 si SNP array ile

tanınabilirdi

4391 olgudan 51 olguda array sonuçsuz, başarı %98,8 4282 nonmozaik karyotip ve 58 mozaik karyotip

ULTRASON AÇIKLAMA KAPSADIĞI GENLER

CCA, serebellar hipoplazi 16p13p12.3 de 2 MB duplikasyon

NOMO1,MPV17L, NDE1, MYH11,ABCC6, XYLT1

Holoprozensefali, mikrosefali

7q 36 (ter) 11 MB delesyon, 9p24.3p21.3 de 19 MB duplikasyon

SHH , VLDLR, GLIS3

Subaraknoid mesafede genişleme, polihidramniyos

9q34.3 de 2 MB delesyon EHMT1 Kleefstra Sendromu

Serebellar hipoplazi , rocker bottom ayak, TR, TUA, NT:6,8

5p15.33p15.2 de 12 Mb delesyon 12p13.3p12.3 de 17 Mb duplikasyon

TOPLAM 293 GEN. (CTNND2, PTPRO, LTBR, ETV6, PEX5)

Fetal ultrasonografide bir ya da birden fazla majör anomali, kromozom analizi normal olgularda microarray ile saptanan

ilave anomali oranı %3.11 (10/322)

ULTRASON AÇIKLAMA KAPSADIĞI GENLER

Bilateral ventrikülomegali, Polihidroamniyos, NT:5,6

9q33.2q33.3 de 1,6 MB delesyon

LHX2,RAPGAP1, GPR21, PDCL, ZBTB6

İUGR, Hİ, hiperekojen böbrek, duplikasyon kisti ?

17q12 de 1.5 Mb delesyon HNF1beta, LHX1,ACACA

Septalı kistik higroma 9q31.3q33.1 de 7 Mb delesyon

68 GEN (MUSK)

Mikropenis?, ventrikülomegali, pelvikaliektazi + (KAH’lı çocuk öyküsü

1p36.33p36.22 de 9 Mb delesyon ve 16p11.3 de 1,5 Mb duplikasyon

1p36 mikrodelesyon sendromu (DVL1)

Skafosefali + fasiyal dismorfizm

16p13p12.3 de 1,5 Mb delesyon mat

MPV17L, NDE1, MYH11, ABCC6, XYLT1

Bilateral mikroftalmi, hipotelorizm

3q26.33 bandında 346 Kb lık delesyon

Mikroftalmi ile ilişkili SOX2 genini kapsayan delesyon

Dengeli yeniden düzenlenmeleri (translokasyon, inversiyon, insersiyon) gösteremez.

Düşük oranlı mozaisizmleri gösteremez.

Marker kromozomlar her zaman açıklanamaz. (Sentromerik bölgelerde prob yoktur.)

Triploidilerin tanısı koyulamaz.

Delesyon ya da duplikasyonun parental bir taşıyıcılık ürünü olup olmadığı ancak parental karyotipleme ile mümkündür.

Tıbbi özgeçmiş ve aile ağacı alınmalıdır.

Testin amacı, avantajları ve sınırlılıkları anlatılmalıdır.

Testin olası sonuçları ve bu sonuçların bir bölümünün (VOUS grubu) net olmayabileceği açıklanmalıdır. de novo ya da kalıtılan VOUS grubu sonuçların yanısıra,

İleri yıllarda bulgu verebilecek bazı sağlık sorunları ile ilgili talep edilmeyen sonuçların karşımızı çıkabileceği açıklanmalıdır.

Parental kan örnekleri prenatal örnekle birlikte alınması önerilmektedir.

ACOG (2009; Obstet and Gynecol, 114:5,1161-1163)

SIGU çalışma grubu (2012;Ultrasound Obstet Gynecol, 39:384-388)

1) Konvensiyonel karyotipin yerini almaması gerektiği,

2) Tüm gebeliklerde genel tarama için değil seçilmiş gebeliklerde özel tanı amacıyla

kullanılması gerektiğini,

3) Prenatal tanıda özel endikasyonlarda;

i) izole veya multiple USG anomalisi saptanan gebelikler

ii) karyotip analizinde dengeli bile görünse de novo yapısal kromozom anomalilerinde

iii) marker kromozomların karakterizasyonunda tamamlayıcı ikinci bir test olarak

kullanılmasını önermektedir

4) “Hedefe yönelik array” testi öncesinde ve sonrasında verilecek danışmalarla, anne

babalar a-CGH in tüm patolojileri yakalayamayabileceği ve a-CGH sonuçlarının

yorumunun zor olabileceği konusunda bilgilendirilmeli

5) Array faydalı bir test olmakla birlikte, ilave çalışmalar (parental testler,

konfirmasyonlar) gerekebilir ve maliyet artar

Tek ya da multipl konjenital anomalili fetuslarda geleneksel kromozom analizinin normal sonuçlanması durumunda a-CGH analizi önerilmelidir.

Artmış NT grubunda (>3.5mm) geleneksel kromozom analizinin normal sonuçlanması durumunda a-CGH analizi önerilmelidir.

Fetusta geleneksel kromozom analizi ile dengeli yapısal yeniden düzenlemeler elde edildiğinde, a-CGH analizi önerilmelidir.

Ailelere a-CGH analizi ilgili ön danışma verilmelidir.

Array selfie

Seher Bilge

Birsen

Ebru