DETECCION DE ESPECIES DE STREPTOMYCES EN TUBERCULOS DE PAPA Y SUELOS CULTIVADOS

EN ARGENTINA MEDIANTE PCR

Streptomyces scabies

Sarna común de la papa

Los órganos más afectados son los tubérculos. Síntomas característicos Pústulas o lesiones levantadas de forma circular y aspecto corchoso. Lesiones hundidas. Lesiones necróticas poliédricas o estrelladas.

Agente causal

Streptomyces scabies, con cadenas de esporas dispuestas en forma helicoidal, produce melaninas, pH óptimo entre 5.2 y 7. En Argentina fue reportada en Buenos Aires, Mendoza y Córdoba (Escande y Melegari) y en Chaco por Bonasic Kresic. (Atlas Fitopatológico de Argentina).

S. acidiscabies, con cadenas de esporas flexuosas y puede sobrevivir en suelos ácidos (hasta pH 4.5).

S. turgidiscabies, con cadenas de esporas flexuosas, sin producción de melaninas. Fue descripta por primera vez en Japón, actualmente se reportó su presencia al N de Europa.

Los genes responsables de la patogenicidad fueron transferidos desde S. scabies hacia las otras dos especies.

Zonas productoras de papa en Argentina (Caldiz & Struik, 1999)

Período de crecimiento: • temprano. invierno • semitemprano. primavera • semitardío. verano • tardío. otoño

Localidad Producción

Tucumán temprana

Córdoba semitemprana

Mendoza semitemprana

semitardía

Santa Fe y Bs As NW semitemprana

tardía

Bs As SE semitardía

Río Negro y Chubut semitardía

Mecanismos de control

Semillas de tubérculos sanos

Rotar el cultivo con maíz, trigo, cebada, alfalfa, evitar la rotación con plantas hospedantes como remolacha, zanahoria y trébol rojo.

Mantener pH del suelo entre 5 y 5.2

Evitar o limitar las aplicaciones de estiércol.

Mantener la humedad del suelo en capacidad de campo.

Resistencia

Fungicidas (mancozeb, pentacloronitrobenceno, urea formaldehídalíquida).

Control biológico uilizando cepas no patogénicas de Streptomyces spp. y Trichoderma spp.

Método

1) Extracción y purificación de ADN de suelo y lesiones de tubérculos. 2) PCR diagnóstica usando primers especie-específicos para: Streptomyces scabies S. acidiscabies S. turgidiscabies 3) Comparación de las secuencias obtenidas con las secuencias presentes en bases de datos.

Conocer las especies productoras de sarna común en papa en Argentina

Table 1. Soil sampling sites and main crops

Location Province Main crop

Balcarce Buenos Aires PotatoVedia Buenos Aires SoybeanChoele Choel Río Negro PotatoMarcos Juárez Córdoba SoybeanLeones Córdoba SoybeanVilla Alberdi Tucumán Tobacco

M 1 2 3 4 5 6 1 2 3 4 5 6 1 2 3 4 5 6

S. acidiscabies S. scabies S. turgidiscabies

bp

1000

500

Table 2. Primer sequences and respected sizes of PCR products in the present experiment

Species Primer Sequence (5'-3') Size (bp)

Streptomyces acidiscabies AC-03 TACCGGATATCACTCCTGCCTAC-04 GGCGACCATCTCTGGCCGTT

S. scabies SC-05 CCGGTAGCCCAACCCGTAAGSC-06 GTAGTACTCACAGCCTCCGG

S. turgidiscabies TU-01 GGAAACATCCAGAGATGGGTGTU-02 GACAGTACTGGAAGGAGAAGA

236

686

836

Table 5. Homology of the sequences of PCR bands with the reference sequence

Accession number of the

Species referece sequence Homology (%)

Streptomyces acidiscabies AB026220 99.4

S. scabies AB026199 98.7

S. turgidiscabies AB026221 97.2

Table 3. Detection of Streptomyces species in lesions using PCR

Location Cultiver Tuber

Market Unknown A 2 2 0 0 0

B 2 1 1 0 0

C 2 1 0 0 1

Balcarce Shepody A 5 5 0 0 0

B 5 5 0 0 0

C 4 4 0 0 0

D 4 4 0 0 0

E 1 1 0 0 0

F 1 1 0 0 0

Innovator A 5 3 0 2 0

1 AC,S. acidiscabies ; SC, S. scabies ; TU, S. turgidiscabies

No. of tested

lesions

No. of lesions infested with1

AC+SC+TU AC+SC SC+TU SC

Detección en lesiones

Table 4. Detection of Streptomyce s species in soil using PCR

Location Soil pH Replicate AC1

SC2

TU3

Balcarce

4 6.6 1 + + +

6.3 2 + + +6.5 3 + + +

Tucumán 6.1 1 - + -6.1 2 - + +6.1 3 - + +

Choele Choel4 6.7 1 - + -

6.6 2 - + -6.7 3 - + -

Vedia 6.5 1 + + -6.4 2 + + +6.5 3 - + +

Leones 6.3 1 - + +6.1 2 + + +6.2 3 + + +

Marcos Juarez 6.1 1 - + +6.1 2 + + +

1 S. acidiscabies2 S. scabies3 S. turgidiscabies4 Potato production areas.

Detección en suelos

Presencia de las distintas

especies en los suelos muestreados

Se cita por primera vez para Argentina la presencia de S. acidiscabies y S. turgidiscabies. Detección de la presencia de los patógenos en áreas de producción papera y no papera. Se comprobó que este método de detección es preciso y rápido Para diagnosticar la presencia de especies de Streptomyces en suelo.

Conclusiones

Muchas gracias