projet grille géno-médicale (ggm) maxime castelein julien vieira responsables : n. melab, s. cahon

Projet Grille Géno-Médicale (GGM)

Maxime CASTELEIN Julien VIEIRA

Responsables : N. Melab, S. Cahon

Contexte et définition

Contexte Projet Grille Géno-Médicale (GGM) de l’ACI Masse

de données (Lille, Lyon, Toulouse) Equipe OPAC – LIFL

Proposition d’une architecture logicielle … s’appuyant sur les grilles de calcul … capable de gérer des données hétérogènes et

dynamiques … … au sein d’entrepôts de données distribuées … … à des fins d’analyse et de traitement intensifs.

Objectifs

Mise en place de la grille (réseau VPN) VTun

Installation de Globus Toolkit 4 Méthodologie de déploiement d’une

application Déploiement d’une application simple

Mise en place et exploitation d’une grille

C’est un réseau privé sur un réseau public (VPN)

Les utilisateurs de GGM peuvent « se balader » sur toute la grille … … machines de Lille, Lyon et Toulouse

Connections sécurisées (authentification) Communications cryptées et compressées

Le VPN

59-31

59-69

31-69

Réseau privé

Réseau privé

Réseau privé

Plan d’adressage sur site

192.168.xx.0/255.255.255.

0 Numéro de département

Mise en place du VPN (1)

Installation de VTun Création des tunnels

Ouverture du port 7713 Configuration de vtund.conf Création des tunnels avec la commande vtund

(exemple : vtund 59-31 141.115.28.132 –p) Masquerading et IP forwarding

Accès à l’extérieur (ex. Internet) à partir du réseau privé

Rebond direct sur le réseau privé à la connexion

Mise en place du VPN (2)# Tunnel i : xx-yy (serveur côté xx) xx-yy { pass <taper le mot de passe>; # un moyen d'obtenir un mot de passe : 'ps ax | md5sum' type ether ; # tunnel Ethernet proto tcp; # Protocole de transport TCP keepalive yes;

# Liste des programmes à lancer une fois la connexion établie (initialisation des protocoles, du routage, etc.) up { ifconfig "%% 10.1.i.xx netmask 255.255.255.0"; route "add -net 192.168.yy.0 gw 10.1.i.yy netmask 255.255.255.0"; };

# Liste des programmes à lancer à la déconnexion down { ifconfig "%% down"; }; }

Mise en place du VPN (2) - Exemple

59-31 { pass ad415132e5664968f46ea62ebd3908bb ; type ether; proto tcp; keepalive yes; up { ifconfig "%% 10.1.35.59 netmask 255.255.255.0"; route "add -net 192.168.31.0 gw 10.1.35.31 netmask 255.255.255.0"; };

down { ifconfig "%% down"; };}

Activation des tunnels

Côté serveur (xx) : 'vtund -s' Côté client (yy) : 'vtund xx-yy <Real-Ip-Passerelle-xx> -p'

Exemple : Activation du tunnel Lille (c)-Toulouse (s) (59-31)

• Passerelle de Toulouse : 141.115.28.132

Sur Toulouse : vtund –sSur Lille : /usr/sbin/vtund 59-31 141.115.28.132 –P <Num_port_Toulouse> –p

Objectifs



application Déploiement d’une application simple

Globus Toolkit

Installation de Globus Toolkit 4 (1)

Quelle version pour Globus toolkit ? GT3 (Lyon) : Grid services (OGSA) GT4 : Stateful Web services (WSRF)

Plus d’interopérabilité

Quel OS ? Red Hat 7.3 (Aucun problème connu)

Installation de Globus Toolkit 4 (2)

Quels logiciels requis ? JDK 1.4.2 contient JNDI (Java)

Stocker et obtenir un objet Java Ant 1.5.1 (GAR)

Générer une archive GAR pour faciliter les interdépendances

C compiler : gcc GNU tar GNU Make Base de données conforme JDBC : Postgres

7.1

Configuration de Globus Toolkit 4

Authentification Certificat hôte Certificats utilisateurs Certificat signé en local

Pour plus de sécurité : Envoyer le certificat aux autorités Globus qui le retournent signé.

Objectifs


Installation de Globus Toolkit 4 Méthodologie de déploiement

d’une application Déploiement d’une application simple

Déployer un service WSRF (1)

Définir l’interface du service (WSDL) « Web Services Description Language »

Implémenter le service (Java) Exécution de service dans Java

Définir les paramètres de déploiement (WSDD et JNDI)

descripteur de déploiement indiquant comment présenter au monde externe

Générer une archive GAR (Ant) Un seul fichier qui contient toutes les informations

nécessaires pour déployer le service Déployer le service (Globus Toolkit)

Déployer un service WSRF (2)

Objectifs



application Déploiement d’une application

simple

Test sur un exemple simple (1)

Définition d’un service Web mathématique Une variable courante initialisée à 0 Deux opérations :

Addition d’un nombre à la variable courante Soustraction d’un nombre à la variable courante

Connaître l’état de la variable : Valeur de la variable courante Dernière opération effectuée sur cette variable


Coté Client public class Client { public static void main(String[] args) { MathServiceAddressingLocator locator = new MathServiceAddressingLocator(); try {

String serviceURI=args[0]; EndpointReferenceType endpoint = new EndpointReferenceType();endpoint.setAddress(new Address(serviceURI));MathPortType math = locator.getMathPortTypePort(endpoint);math.add(10); math.add(5); System.out.println(« Valeur: » + math.getValue(new

GetValueRP()));math.subtract(5); System.out.println(« Valeur: » + math.getValue(new

GetValueRP())); }

catch (Exception e) { e.printStackTrace(); } } }


Exécution par un utilisateur Affichage :

Valeur:15 Valeur:10

Exécution par deux autres utilisateurs quasi simultanément Utilisateur 2, affichage :

Valeur:25, Valeur: 20 Utilisateur 3, affichage :

Valeur: 35, Valeur:30

Bilan

Travail effectué Mise en place de passerelle et nœud de calcul

(Installation des OS et configuration réseau) Mise en place du VPN (Lille, Toulouse) Installation des logiciels requis pour Globus Installation et configuration de Globus Toolkit 4 Déploiement d’une application simple avec GT4

Conclusion

Perspective Mise en place des tunnels avec Lyon Déploiement d’un service sur les trois sites Mise en place d’entrepôts de données

distribuées Bilan personnel

Mise en pratique des cours de réseau Découverte des réseaux virtuels et principe

de fonctionnement Définition et utilisation d’une grille de calcul

projet grille géno-médicale (ggm) maxime castelein julien vieira responsables : n. melab, s. cahon

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