ps spornthe/vmd …pioneer.netserv.chula.ac.th/~spornthe/2302664/vmd...pg gg y number of residue 108...
TRANSCRIPT
11
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
การอบรมเชงปฏบตการเรอง
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
พรเทพ สมพรพสทธหนวยปฏบตการวจยเคมคอมพวเตอร
ภาควชาเคม คณะวทยาศาสตร จฬาลงกรณมหาวทยาลย11 มนาคม 2554
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
หวขอ- ทบทวนพนฐานเรองกรดอะมโนและโปรตน- ฐานขอมล Protein Data Bank - การใชโปรแกรม VMD เบองตน
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
หวขออบรม•ชอ รหส 1 และ 3 ตวอกษร •สตร องคประกอบและโครงสรางทางเคม
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS http://pioneer.netserv.chula.ac.th/~spornthe/vmd_traning.htm
•backbone และ sidechain•สมบตทางเคมและทางกายภาพ อนตรกรยา จออเมตร •พนธะไฮโดรเจน หม Hydrogen-bond donor และ acceptor •พนธะเพปไทด ระดบโครงสรางของโปรตน
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
Protein Structure Determination Techniques
1. X-ray diffraction2. Nuclear Magnetic Resonance (only
9% contribution of the known structure)
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
9% contribution of the known structure)
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
Alternative PSD techniques
- Cryo-electron microscopy - EPR
Low structure resolution techniques
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
- Low structure resolution techniques- Computational protein structure prediction
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
ProteinsProteins
Protein : a biopolymer containing amino acids as building block
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
N CA
H
C
O
R sidechainbackbone
H
N CA
H
C
O
R sidechainbackbone
H
N CA
H
C
O
R
H
N CA
H
C
O
R'
H
N CA
H
C
O
R
H
N CA
H
C
O
R'
H
Peptide bond
22
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS พรเทพ สมพรพสทธ “เคมชวอนนทรยเบองตน” 2552
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
Amino acids
R
Basic Protein Structure
• Backbone (Mainchain) • Sidechain (R): 20 types • Geometry and Hybridization• Properties Tetrahedral sp3
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
N
H
CA
H
C'
O
R
R is the side chain
Backbone (heavy) atoms:N, CA, C', O
Square planar sp2
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
20 20 amino acid residuesamino acid residues
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PSThe Universal Genetic Code
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
H
Gly
CH3
Ala
O
CH2
*S
CH2
* CH3 CH3
CH CH
O CH3
*
C
CH2
O O*
O NHCH3CH3
CH3CH2
CH2
NH3+
Ser Cys Val The Asp
CH2
NH
C+NH2
NH2
CO O
* CO NH2
Amino acid Amino acid ssidechainidechain
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
C
CH2
O NH2 CH
CH2
3CH3 CH2
CHCH3
CH2
CH2
Asn Leu Ile Lys
CH2
CH2
CH2
CH2
CH2
CH2
CH2
CH2
S
CH3
N CH
CH2CH2 N
N
CH2
H
CH2 CH2
O*
N
CH2
H
His Phe Tyr TrpProMet
GlnGluArg
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
การจดหมวดหมของกรดอะมโน
ก) Hydrophobic residues
คอ กรดอะมโนทไมชอบนาหรอมความเปนขวตา กรดอะมโนในกลมนมชนดทsidechain เปนแบบ aliphatic residue ไดแก Ala, Val, Leu, Ile, Pro และ Met และชนดท sidechain เปนแบบ aromatic residue ไดแก Trp และ Phe
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
ข) Polar residues
คอ กรดอะมโนทมขว เชน Ser, Thr, Cys, Tyr, Asn, Gln, His ขอสงเกต กรดอะมโนเหลานมกจะมหม –OH , -CONH, -SH, imidazole รวมอยท sidechain
ค) Charged residues
คอ กรดอะมโนทมประจ สมบตของกรดอะมโนในกลมนคอสามารถรบหรอใหโปรตอนได สาหรบกรดอะมโนท sidechain มหม –COOH เชน Asp และ Glu มสมบตคลายกรด (บางครงเรยกวา acidic residues)
33
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
สมบตของกรดอะมโนทใชในการพจารณาโครงสรางและการยดจบProperties Examples Effect
Geometry td (sp3), tp (sp2), Ar Structure, conformation
Stereochemistry -CA BB or SC i.e. Thr Specificity
Charged or ionized gr. –NH3+, -COO- Binding (strong)
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
Hydrogen bond; - OH; donor & acceptor- NH; donor- O=C, acceptor- SH (rare case)
Binding (strong)
Hydrophobic, pi-pi stacking, bulky & steric
- CH3, CH2CH3,CH2CH2CH3, Ar
Binding (weak), unstable,steric clash
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
Structure & Classification of 20 Amino AcidsStructure & Classification of 20 Amino Acids
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
A
B
C
DE
A
A = …………………..
B = …………………..
C = …………………..
D = …………………..
E = …………………..
A = …………………..
B = …………………..
C = …………………..
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
B C
D
D = …………………..
F e
N
N
S
A = …………………..
B = …………………..
A
B
A = …………………..
B = …………………..
C = …………………..A
B
C
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
A
B
C
A = …………………..
B = …………………..
C = …………………..
D = …………………..
E
D
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
E = …………………..
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
A = …………………..
B = …………………..
C = …………………..
D = …………………..A
D
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
A
BC
A
B
C
A = …………………..
B = …………………..
C = …………………..
D = …………………..
D
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
3.4.5 ความเปนกรด-เบสของกรดอะมโน
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
44
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
Stereoisomers
StereochemistryStereochemistry
Two stereisomers : L- (R configuration) and D- (S configuration) forms. In nature, proteins are formed by L-amino acid.
CA is a chiral center
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
Stereoisomers
HNH2
R
COOH
NH2H
R
COOH
L-form(Naturally occurring)
D-form
CA is a chiral center
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
Zwitter ions
•The ends of amino acid, the amino (NH2) and the carboxylic (COOH) groups, are ionizable.
•Amino acid with the ionized form of both ends is called
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
HH3N
COO
R
-
+
o ac d w e o ed o o bo e ds s ca edzwitter ions.
protonation : -NH2 + H + --> -NH3+
deprotonation : -COOH --> -COO- + H +
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
+ H N CA
R
C N CACOO
R'+H N CACOO
R- + +H N CACOO
R'- -
+ H O
Peptide bond
3.5.1 พนธะเพปไทดกรดอะมโนในโปรตนเชอมตอกนดวยพนธะโควาเลนทระหวาง ระหวาง -CO(i)-NH(i+1) เรยกพนธะนวา พนธะเพปไทด
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
+ H3N CA C
O
N
H
CACOO+H3N CACOO +H3N CACOO + H2O
Condensation reaction between two amino acids
ทปลายของโปรตนและเพปไทด ปลายดาน -NH3
+ เรยกวา N-terminus และปลายดาน –COO- เรยกวา C-terminus
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
การนบลาดบกรดอะมโนในโปรตนจะเรมนบจาก N-terminus ไปหา C-terminus ดงนนกรดอะมโนลาดบแรกสดอยท N-terimnus และกรดอะมโนลาดบสดทายจะอยท C-terminus
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
3.5.2 คอนฟอรเมชนของเพปไทด
พนธะเพปไทด ใช sp2 ไฮบรดออรบทลของ C-N ซงความยาวพนธะเฉลย = 1.32Å ซงเปนสมบตของพนธะค
O O
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
C NC
H
C N+ C
H
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
C
O R C
O
NC
O R C
O
N
โครงสรางของเพปไทดชอบทจะเปนแทรน-คอนฟอรเมอร (trans-conformer) ยกเวน Proline และ Glycine ดวยอทธพลทางสเตอรก
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
C NC
HR
C N
CR
trans-peptide cis-peptide
C NC
HR
C N
CR
trans-peptide cis-peptide
55
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
sp3-C
ความเปนระนาบของเพปไทด
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
Peptide planesp2 -sp2
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
3.6 โครงสรางของโปรตน
โครงสรางของโปรตนแบงออกเปน 4 ระดบ คอโครงสรางไพรมาร (Primary structure)โ ส (S d )
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
โครงสรางเซคคนดาร (Secondary structure) โครงสรางเทอรเชยร (Tertiary structure) โครงสรางควอเทอรนาร (Quaternary structure)
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
3.6.1 โครงสรางไพรมาร
โครงสรางไพรมารหรอโครงสรางระดบทหนงเปนโครงสรางแสดงลาดบกรดอะมโนของโปรตน (amino acid sequence)
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
1) Primary structure : Amino Acid Sequence
1 tefkagsakk gatlfktrcl qchtvekggp hkvgpnlhgi
41 fgrhsgqaeg ysytdanikk nvlwdennms eyltnpkkyi
81 pgtkmafggl kkekdrndli tylkkate
Amino acid sequence of cytochrome c from Saccharomyces cerevisiae
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
tefkagsakk …. kate
N-Terminus C-Terminus
pg gg y
Number of residue 108
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
3.6.2 โครงสรางเซคคนดาร•เปนโครงสรางยอย (sub-structures) ของโครงสรางโปรตนสามมต •โครงสรางเซคคนดารทมการจดเรยงอะตอมทมรปแบบคอนขางแนนอน โ โ
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
•มกรดอะมโนทตอเชอมกนอยางนอย 3-4 กรดอะมโนและเกดพนธะไฮโดรเจนระหวางกน •เชน โครงสรางเกลยวอลฟา (α-helix) และโครงสรางแผนบตา (β-sheet)
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
โครงสรางเกลยวอลฟา (α-helix)
• เปนเกลยวเวยนขวามอหรอตามเขมนาฬกา• เกลยววนครบหนงรอบใช
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
Right-handed helix
กรดอะมโนจานวน 3.6 •มระยะระหวางเกลยว 5.4 Å • H-bonding patterns :
CO(i)----HN(i+3) และ CO(i)----HN(i+4)
-60o 10o ; -50o 10o
66
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
-bon
d CO(i)----HN(i+4) H-bonding
โครงสรางเกลยวอลฟา (α-helix)
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
N
CR
H
C=O
H- H bonding
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
- การจดเรยงของอะตอมแบคโบนบนสายเพปไทดใหแบนราบ และจะตองมการจดเรยงอะตอมแบคโบนทคลายกนอยางนอยอกหนงดานวางประกบหรอขนานกน
- แนวขนานของระนาบเพฟไทดมสองแบบ แบบขนานทศเดยวกน
โครงสรางแผนบตา
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
แนวขนานของระนาบเพฟไทดมสองแบบ แบบขนานทศเดยวกน (Parallel β-sheet) กบ แบบขนานทศตรงขามกน (Anti-parallel -sheet)
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
1) Antiparallel -sheet - H-bonding pattern:N-H(i)----O=C(j)C=O(i)---H-N(j)N-H(i+2)---O=C(j-2)
โครงสรางแผนบตา
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
N H(i+2) O C(j 2)C=O(i+2)---H-N(j-2) …
Antiparallel -sheet
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
2) Parallel -sheet- H-bonding pattern:
N-H(i)----O=C(j)C=O(i)---H-N(j+2)N H(i+2) O C(j+2)
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
Parallel -sheet
N-H(i+2)---O=C(j+2)C=O(i+2)---H-N(j+4) …
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
3.6.3 โครงสรางเทอรเชยร•แสดงการจดเรยงของโครงสรางเซคคนดารของโมเลกล • แสดงการจดเรยงอะตอมในปรภมสามมต เรยกวา โครงสรางสามมต โครงสรางระดบนเกดขนหลงจากโปรตนผานกระบวนการมวนพบ turn
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
-sheet
-helix
coil
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
3.6.4 โครงสรางควอเทอรนาร
โครงสรางควอเทอรนารหรอโครงสรางระดบทสเปนโครงสรางทแสดงการจดเรยงโครงสรางสามมตของโปรตนทมมากกวาหนงโมโนเมอรหรอมมากกวาหนงสายพอลเพปไทด (polypeptide chain) บางครงเรยกแตละโมโนเมอรของโปรตนวา หนวยยอยหรอซบย
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
บางครงเรยกแตละโมโนเมอรของโปรตนวา หนวยยอยหรอซบยนท (subunit)
77
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
• Refer to the assembly of different polypeptide chains (multimeric proteins)• Some proteins need more than one chain for function.
3.6.4 โครงสรางควอเทอรนาร
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
Monomer (single chain)
no quaternary str.
Dimer (two chains)
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
r1
1
2
การคานวณความยาวพนธะหรอระยะทางระหวางอะตอม
(x1,y1,z1)
(x2,y2,z2)
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
r1=sqrt((x1-x2)2+(y1-y2)2+(z1-z2)2)
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
r1 v2v1
1
2 3
การคานวณมมθ
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
r2
v1. v2 = |v1| |v2| cos θ
มม (θ)
*ใชสมการนดวยความระมดระวง
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
r1 r3
v1
1
2 3
4
การคานวณมมทอรชน
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
r2 v2
v1. v2 = |v1| |v2| cos θ
มมทอรชน (θ)
v1 = r1 x r2
v2 = -r2 x r3
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
โครงสรางของ backbone
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
88
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
Ramachandran plot : backbone torsion: Ci-1-Ni-CAi-Ci: Ni-CAi-Ci-Ni+1
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
Levels of protein structureLevels of protein structure
Primary Str. Secondary Str.
MMAGHT…CMT
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
Tertiary Str. Quaternary Str.
C-terminalN-terminal
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
- ฐานขอมลทเกบรวบรวมโครงสรางสามมต (3D) ของชวโมเลกล- www.rcsb.org
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
หวขอ•วธคนหาและโหลดโครงสรางของโปรตนทสนใจ •รายละเอยดของขอมล PDB format•วธวเคราะหขอมลเบองตน
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
99
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
Understanding PDB structural data
ID code, Header, Title R f
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
ReferencesExpt. Data, Resolution Sequence residues, Helix, SheetAtomic coordinates in PDB ***Naming convention of atoms ***HETATM
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
Atomic coordinates in PDB
col11
col211
col313-14
col4 18
col5 22
col6 26
col7 38
col8 46
col9 54
Initial
at id At name
res name
chain segid
resid x crd ycrd z crd
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
ATOM 1 N PRO A 1 39.948 8.524 7.859 ATOM 2 CA PRO A 1 40.303 8.742 9.262 ATOM 3 C PRO A 1 39.969 7.576 10.198 ATOM 4 O PRO A 1 39.210 6.721 9.764 ATOM 5 CB PRO A 1 39.566 10.000 9.686 ATOM 6 CG PRO A 1 38.424 10.110 8.676 ATOM 7 CD PRO A 1 39.168 9.672 7.422 ATOM 8 N GLN A 2 40.448 7.444 11.438
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
Naming convention of atoms
CBCG
CDCE
CZCHCA
O
O
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
N
O
N
N C
C
C
OHH
C
CO NH2
H
H
H
H
N C
C
C
OHH
C
CO NH2
H
H
H
H
N
O
N
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
Greek-Eng Examples=Alpha=A CA, HA=Beta=B CB, HB
G G CG HG OG SG
Atom notation
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
=Gamma=G CG, HG, OG, SG=Delta=D CD, HD, OD, ND, SD=Epsilon=E CE, HE, OE, NE, SE=Zeta=Z CZ, HZ, OZ, NZ=Eta=H CH, HH, OH, NH
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
N C
C
C
C
CO NH2
H
H
H
H
N C
C
C
C
CO NH2
H
H
H
H
Mapping exercise
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
OHH OHHATOM 8 N GLN A 2 40.448 7.444 11.438 ATOM 9 CA GLN A 2 39.939 6.415 12.343 ATOM 10 C GLN A 2 38.829 6.989 13.237 ATOM 11 O GLN A 2 38.947 8.080 13.803 ATOM 12 CB GLN A 2 41.045 5.894 13.208 ATOM 13 CG GLN A 2 40.630 4.836 14.200 ATOM 14 CD GLN A 2 41.824 4.393 15.014 ATOM 15 OE1 GLN A 2 42.177 5.018 15.998 ATOM 16 NE2 GLN A 2 42.569 3.353 14.712
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
ATOM 39 N TRP A 6 32.115 6.209 20.712ATOM 40 CA TRP A 6 31.509 6.765 21.920ATOM 41 C TRP A 6 30.374 7.747 21.627
N
O
N
Mapping exercise
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
ATOM 42 O TRP A 6 29.416 7.951 22.380ATOM 43 CB TRP A 6 32.599 7.452 22.709ATOM 44 CG TRP A 6 33.732 6.509 23.070ATOM 45 CD1 TRP A 6 34.880 6.448 22.338ATOM 46 CD2 TRP A 6 33.723 5.616 24.084ATOM 47 NE1 TRP A 6 35.619 5.497 22.875ATOM 48 CE2 TRP A 6 34.957 4.978 23.914ATOM 49 CE3 TRP A 6 32.851 5.268 25.104ATOM 50 CZ2 TRP A 6 35.352 3.959 24.768ATOM 51 CZ3 TRP A 6 33.250 4.250 25.964ATOM 52 CH2 TRP A 6 34.479 3.601 25.803
1010
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
N C
C
C
OHH
C
H H
O O-Mapping exercise
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
ATOM 191 N ASP A 25 26.997 3.522 8.604ATOM 192 CA ASP A 25 26.320 2.350 9.110ATOM 193 C ASP A 25 26.682 0.960 8.579ATOM 194 O ASP A 25 26.035 0.418 7.696ATOM 195 CB ASP A 25 24.834 2.615 8.929ATOM 196 CG ASP A 25 23.891 1.734 9.727ATOM 197 OD1 ASP A 25 24.287 0.792 10.396ATOM 198 OD2 ASP A 25 22.708 1.992 9.697
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
Structural coordinates
ATOM 191 N ASP A 25 26.997 3.522 8.604ATOM 192 CA ASP A 25 26.320 2.350 9.110ATOM 193 C ASP A 25 26.682 0.960 8.579ATOM 194 O ASP A 25 26.035 0.418 7.696ATOM 195 CB ASP A 25 24.834 2.615 8.929ATOM 196 CG ASP A 25 23.891 1.734 9.727ATOM 197 OD1 ASP A 25 24 287 0 792 10 396
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
ATOM 197 OD1 ASP A 25 24.287 0.792 10.396ATOM 198 OD2 ASP A 25 22.708 1.992 9.697
1. Cartesian coordinate system (x, y, z)2. Internal coordinate system: bond length, bond
angle, dihedral angle
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
Reference coordinates
x
y
-x x
z
-x y
z
-y
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
-y -z -z
(1,1,0), (1,0,-1), (-1,-1,1), (-1,0,0)
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
z-x
3D (cartesian) coordinate system
-y y
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
x
-z
(1,1,0), (1,0,-1), (-1,-1,1), (-1,0,0)
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
y
3D reference coordinates in molecular graphic software
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
x-x
-y
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
-Chemical structure search & BioActivity analysis- 50 million compounds ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/Compound/CURRENT-Full/SDF/
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
1111
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
'pdb' : PDB, 'mmod' : Macromodel, 'xyz' : Tinker, 'cc1' : ChemDraw3D 'mol' : MDL MOL-file, 'sdf' : MDL SD-file 'xplor' : X-PLOR/CNS map, 'ccp4' : CCP4 map, 'callback' : PyMOL Callback object (PyOpenGL) 'cgo' : compressed
ขอมลทางโครงสรางในรปแบบหรอ format ตางๆ
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
PyMOL Callback object (PyOpenGL) cgo : compressed graphics object (list of floats) 'trj' : AMBER trajectory (use load_traj command for more control) 'top' : AMBER topology file 'rst' : AMBER restart file 'cex' : Metaphorics CEX format 'pse' : PyMOL Session file 'pqr' : PQR (a modified PDB file with charges and radii) 'mol2' : MOL2
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
โปรแกรม VMD (Visual Molecular Dynamic)
- Molecular graphic program ทใช visualize และ analyze ชวโมเลกล ไดแก โปรตน ดเอนเอ ลพด เมมเบรน- ทางานแบบ interactive modeใช โ ไ f t ช PDB Ch
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
- ใชขอมลทางโครงสรางไดหลาย format เชน PDB, Charmm, Amber, NAMD-เตรยม input parameters สาหรบ run MD ดวยโปรแกรม NAMD- ใชไดทงระบบ Unix, Mac, Windows
Reference: Humphrey, W., Dalke, A. and Schulten, K., VMD – Visual Molecular Dynamics" J. Molec. Graphics 1996, 14.1, 33-38.
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
•แนะนาโปรแกรมและเมนตางๆ ทสาคญ •วธโหลดโมเลกล •วธนาเสนอแสดงโครงสรางของโปรตนในรปแบบตางๆ •วธวเคราะหการยดจบระหวางกรดอะมโนใน binding
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
ว วเ ร ร จ ร ว ง ร มโนใน b d gsite กบลแกนด พนธะไฮโดรเจน •วธวดระยะหางระหวางอะตอม •วธ Renderใหไดภาพทมความละเอยดสงเพอใชในรายงาน
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
Start โปรแกรม vmd
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
จะปรากฏ 3 windows คอ VMD Main, OpenGL Display และ Command prompt windows
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
1. ตง default folder ใหมใน VMD เสยกอน เพอใหงายตอการ read และ save file
- เลอก ExtensionsTk Console จะได windows ใหม ซงเปน VMD TkConsole windows
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
-ท TkConsole windows ใหพมพ ชอไดรฟและชอโฟลเดอรทตองการ เชนcd d:cd thep/lecture_note/training
1212
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
2. เลอก File New Molecule … ใน VMD Main window(จะปรากฏ Molecule File Browser)
3. คลกปม Browse เลอกไฟลทตองการเชน 1LOX.pdb
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
แลวคลกปม Load
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
4. ท OpenGL windows ใหใชเมาสควบคมโดยทดลองเคลอนโมเลกลในแบบ translation, rotation ตามแกน X, Y, Z รวมทง ยอหรอขยายขนาดโมเลกล
Hot key: r (rotation) t (translation) s (zoom)
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
Hot key: r (rotation), t (translation), s (zoom)
5. เลอก Display Orthographic6. ทดลองเปลยน center โดยใช Mouse Center
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
1. เลอก Graphics Representations2. ในเมนยอย Drawing style-เลอก Drawing Method ทดลองเปลยนภาพโครงสราง จาก Lines เปนแบบอนๆ
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
ภาพโครงสราง จาก Lines เปนแบบอนๆ เชน VDW, New Cartoons เปนตน-เลอก Coloring Method สาหรบกาหนดส(Default color ตาม Name เชน สแดงแทน O ; สนาเงนแทน N;สฟาแทน C)
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
ใชวธ Multiple representation1. คลก Create Repพมพ resid 168 155 123 156 157 1592 คลก Create Rep อกครง
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
2. คลก Create Rep อกครง พมพ resname MCX3. คลก Create Rep อกครง พมพprotein and same residue as (within 4.0 of resname MCX)4. กาหนดส โดยไปท Graphics Colors
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
เปรยบเทยบกบ paper
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
1. ท Graphical Representations ใหปรบคา Resolution ของ objects ตางๆใหมคามากๆ
2. ท VMD Main เลอก File Render … (จะได File R d C t l Wi d )
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
Render Controls Windows)3. ท Render using เลอก Tachyon และตงชอไฟล4. คลกท Starting Rendering
1313
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
ภาพ Render ทมความละเอยดสงขน
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
istr
y U
nit
Ce
llis
try
Un
it C
ell
Chulalongkorn UniversityChulalongkorn University
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
iC
om
pu
tatio
nal C
he
mi
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
Co
mp
uta
tiona
l Ch
em
PS