¿quées pubmed? - usalsabus.usal.es/bib_virtual3/doc/hspubmed2008.pdf · contenido pubmed...

http://www.ncbi.nih.gov/entrez/query.fcgi

Salamanca, 21-25 de julio de 2008

Helena Martín Rodero – Biblioteca Facultad de Medicina

[email protected]

Sonia Martín Castilla – Biblioteca E.U. Enfermería y Fisioterapia

[email protected]

http://sabus.usal.es/bib_virtual3

DefiniciónPubMed-www.pubmed.gov

¿Qué es PubMed?

Sistema de búsqueda desarrollado y mantenido por el National

Center for Biotechnology Informations (NCBI) de la National

Library of Medicine (NLM).

Contenido

PubMed proporciona acceso gratuito a:

• Medline: Base de datos referencial más importante de la NLM. Cobertura desde el año 1966 hasta el momento actual.

• OldMedline: referencias bibliográficas desde 1950 hasta 1965.

• Referencias bibliográficas de artículos publicados recientemente que están en proceso de ser indizados en Medline.

• Referencias bibliográficas proporcionadas por los editores que pueden o no ser incluidas en Medline.

• Artículos disponibles a texto completo en PubMed Central.

• Otras bases de datos del NCBI.

PubMed-www.pubmed.gov

Status de las citas en PubMed


� [PubMed – as supplied by Publisher] - Cita enviada directamente por el editor.

� [PubMed – in process] – Cita en proceso de ser indizada en Medline.

� [PubMed – indexed for Medline] – Cita indizada en Medline.

� [PubMed – OLDMELINE] - Cita procedente de OLDMEDLINE.

� [PubMed] – Cita que no es ni será indizada en Medline.

� [PubMed – author manuscript in PMC] – Cita de manuscrito ingresado directamente

por el autor en PMC.

ContenidoPubMed-www.pubmed.gov

PubMed ofrece

• Diversas modalidades de búsqueda.

• Acceso al vocabulario controlado MesH.

• Posibilidad de almacenar y actualizar búsquedas a través de la

aplicación My NCBI.

• Enlaces al texto completo de artículos.

• Acceso a otros sistemas de búsqueda de la NLM como

ClinicalTrials.gov, MedlinePlus, NIH Clinical Alerts and Advisories,

PubMed Central.

CrecimientoPubMed-www.pubmed.gov

Página inicial

Menú de ayuda de

PubMed.

Servicios PubMed

Otros recursos relacionados


Acceso a bases de datos

Formulario de

búsqueda

Funciones adicionales de

búsqueda

Página inicial

Ayuda, preguntas frecuentes, programas de instrucción,

noticias

Servicios de

búsqueda

Recursos relacionados

Búsqueda por revista

Búsqueda por terminología controlada MeSH

Búsqueda por citas

Búsqueda por citas

Búsquedas por filtros metodológicos

Búsquedas de recursos externos

Servicio de almacenamiento de búsquedas


Para buscar en PubMedPubMed-www.pubmed.gov.

1. Definir la pregunta.

2. Conocer lenguaje de interrogación.

3. Conocer reglas básicas de sintaxis.

4. Elaborar estrategia de búsqueda.

Lenguajes de interrogación

Lenguaje natural

Lenguaje documental

1

2

colon cancer

Palabras clave=

= Descriptores

Colonic neoplasms

PubMed -Búsquedas

MeSH

Operadores booleanosBúsqueda bibliográfica AND = Y

A B

OR = OAA BB

NOT = NOAA B

intersección

suma

exclusión

Operadores booleanosPubMed -Búsquedas

AND = Y

OR = O

eczema AND asthma

NOT = NO

• En PubMed los operadores booleanos deben escribirse en mayúsculas.

• Son procesados de izquierda a derecha.

• Se puede cambiar este proceso utilizando paréntesis.

• En PubMed los operadores booleanos deben escribirse en mayúsculas.

• Son procesados de izquierda a derecha.

• Se puede cambiar este proceso utilizando paréntesis.

eczema OR asthma

eczema NOT asthma

Caracteres de truncamientoPubMed -Búsquedas

El truncado permite recuperar todos los términos que poseen la misma raíz.

Caracteres de truncamiento *, ?, $

Neurol* recuperaNeurology

Neurología

Neurolepsia

Neuroléptico, etc..

En PubMed el caracter de truncamiento es el *En PubMed el caracter de truncamiento es el *

Estrategia de búsquedaPubMed -Búsquedas

1. Definir la consulta.

2. Identificar conceptos.

3. Traducir del lenguaje natural al

lenguaje controlado (tesauro).

4. Interrogar la base de datos.

5. Analizar la pertinencia de los resultados.

Botox, hyperhidrosis

Botulinum toxin type A, hyperhidrosis

Botulinum toxin type A AND hyperhidrosis

Uso de botox en el tratamiento de la hiperhidrosis

Redefinir una búsquedaPubMed -Búsquedas

Defecto de registrosDefecto de registros

Expandir la búsquedaExpandir la búsqueda

Redefinir una búsquedaPubMed -Búsquedas

Exceso de registrosExceso de registros

Limitar la búsquedaLimitar la búsqueda

Cómo buscar en PubMed

Introducir los términos de búsqueda2º

3º Pulsar go o enter

Comprobar que PubMedesté seleccionado

1º

colon cancer

PubMed -Búsquedas

Búsqueda básicaPubMed -Búsquedas

Búsqueda de términos

Introducir la palabra o palabras dentro de la caja de búsqueda y pulsar el botón Go o la tecla Enter.

Colon cancer

El sistema recuperará los registros en los que encuentre correspondencia con el término

El sistema recuperará los registros en los que encuentre correspondencia con el término

Mapeo automático de términosMapeo automático de términos

Búsqueda por términosPubMed -Búsqueda básica

Antiguo mapeo automático

Antiguo ATM

Búsqueda por términosPubMed -Búsqueda básica

Nuevo mapeo automático de términos

Nuevo ATM


Búsqueda de frases

Introducir la frase entre comillas y pulsar el botón Go o la tecla Enter.

“colon cancer”

PubMed buscará la frase en sus índices de frases.PubMed buscará la frase en sus índices de frases.

Cancela el mapeo automático de términos


Búsqueda por frasesPubMed -Búsqueda básica

Cancelado mapeo automático de términos


Búsqueda de un autor

Introducir el apellido del autor seguido de las iniciales del nombre. NO se utilizan signos de puntuación.

Cabrera ME

Tashiro Y

Búsqueda por autorPubMed -Búsqueda básica

Un autor

Varios autores

Búsqueda básica

Búsqueda de un título de revista

Introducir el título de la revista o el título abreviado en la caja de búsqueda.

Pathology International

Pathol Int

PubMed -Búsquedas

Búsqueda por revistaPubMed -Búsqueda básica Título completo

Título abreviado

Búsqueda avanzadaPubMed -Búsquedas • Buscar por campos específicos.

• Limitar búsquedas.

• Buscar término MeSH.

• Combinar términos MeSH.

• Combinar estrategias de búsqueda.

Búsqueda por campos

Blood [jour]

PubMed -Búsqueda avanzada

Introducir los términos directamente en la caja de búsqueda especificando entre [ ] la etiqueta de campo.



PubMed buscará por campos específicos (autor, título, revista, etc.)PubMed buscará por campos específicos (autor, título, revista, etc.)

Búsqueda por campos

Etiquetas de campoPubMed -Búsqueda básica

Utilizando etiqueta de

campo

Utilizando etiqueta de

campo

Búsqueda por términos MeSHPubMed -Búsqueda avanzada

Búsqueda por términos MeSHPubMed -Búsqueda avanzada

Seleccionar MeSH Database1º

Para buscar por un tema o materia determinada en PubMed

2º Introducir el término en la caja de búsqueda y pulsar go

MeSH Database

MeSH = Medical Subjects Headings

PubMed -Búsqueda avanzada

MeSH

Vocabulario controlado de términos biomédicos que representan el contenido de cada artículo que se ingresa en la base de datos Medline.

MeSH DatabasePubMed -Búsqueda avanzada

• Seleccionar los términos MeSH para iniciar una búsqueda.

• Ver definiciones de los términos MeSH.

• Ver la jerarquía de los términos MeSH.

• Realizar estrategias de búsqueda en PubMed.

• Limitar la búsqueda por “Major Topic” o tema principal.

• Precisar la búsqueda mediante subencabezamientos MeSH.

Búsqueda estándar por términos MeSHPubMed -Búsqueda avanzada

Búsqueda combinada de términos MeSHPubMed -Búsqueda avanzada

Búsqueda combinada de términos MeSHBúsqueda combinada de términos MeSH

Introducir los términos que queremos combinar por separado.


1. Buscar primertérmino

2. Marcar término

3. Desplegar “Send to”

4. Seleccionar “Search Box with AND”

1

2

3

4


1. Buscar segundotérmino

2. Marcar término

3. Desplegar “Send to”

4. Seleccionar “Search Box with AND”

5. Pulsar PubMed Search

1

2

3

4

5

Utilización de subencabezamientos MeSHPubMed -

Búsqueda avanzada

1. Buscar término

2. Expandir término

3. Marcar término

4. Marcarsubencabezamiento

5. Seleccionar “Send to…”

“search Box with AND…”

6. Pulsar PubMed Search

1

23

4

5

6

Utilización de subencabezamientos MeSHPubMed -Búsqueda avanzada

Funciones adicionales - LimitsPubMed -Funciones adicionales

Permite limitar las búsquedas bibliográficas atendiendo a los siguientes criterios :

� Búsqueda por autor (Search by author)� Búsqueda por revista (Search Journal)� Texto completo… (Full text…)� Fechas ( Entrez Date, Publication date)� Humano o animal (Humans or animals)� Género (Gender)� Idiomas (Languages)� Subtemas o Subgrupos (Subsets)� Tipos de artículo (Article Types)� Edades (Ages)� Campo específico (All fields)

LimitsPubMed -Funciones adicionales

[2] Las fecha deben introducirse usando el formato yyyy/mm/dd [dp], por ej. 2000/06/03 [dp].

Para buscar entre dos fecha se insertan dos puntos, por ej. 1995:2000 [dp]

Funciones adicionales - Preview / Index

• Conocer previamente el número de resultados de la

búsqueda antes de visualizar las citas.

• Refinar la estrategia de búsqueda agregando uno o más

términos de una sola vez.

• Agregar términos a la estrategia de búsqueda procedentes

de un campo específico.

• Ver y seleccionar términos del Index para desarrollar

estrategias de búsqueda.

PubMed -Funciones adicionales

Preview

• Presenta con anticipación el número de resultados de las

búsqueda antes de mostrar las citas.

• Sólo muestra las tres últimas búsquedas.

• Es posible combinar las búsquedas en “Preview” usando los

operadores booleanos.


PreviewPubMed -Funciones adicionales

IndexPubMed -Funciones adicionales

• Permite ver listas de términos dentro de un campo determinado.

• Permite ver y seleccionar los términos del índice y agregarlos a

la estrategia de búsqueda.

• Permite usar operadores booleanos.

IndexPubMed-Funciones adicionales

Funciones adicionales - History

• Permite guardar las estrategias de búsqueda.

• Combinar búsquedas.

• Mostrar la hora de la búsqueda.

• Mostrar el número de citas recuperadas.

• Permite guardar hasta 100 búsquedas.

PubMed –

Funciones adicionales

HistoryPubMed -Funciones adicionales

Funciones adicionales - Details

• Permite ver la estrategia de búsqueda tal como ha sido traducida por el

mapeo automático de términos.

• Muestra los mensajes de error como faltas de ortografía o stopwords.

• Permite copiar la dirección URL de la estrategia de búsqueda y almacenarla

en nuestro “bookmark”.


Clipboard

• Permite guardar y ver más adelante las citas seleccionadas de una

o más búsquedas.

• Permite clasificar, imprimir, guardar o enviar por correo

electrónico las citas guardadas en el portapapeles.

• El número máximo de citas que se pueden guardar es de 500.


ClipboardPubMed -Funciones adicionales

� Si no se seleccionan las citas usando las casilla de la izquierda, PubMed guardará las primeras 500 citas.

� La información guardada se conserva 8 horas.

ClipboardPubMed -Funciones adicionales

� Para acceder a la información contenida en el portapapeles pulsar en la etiqueta “Clipboard”.

� Para suprimir las citas, marcar las casilla y seleccionar “Clip remove” del menúdesplegable “Send to”.

Visualizar resultados - Display

• Permite visualizar los resultados de la búsqueda

• Las citas en PubMed se muestran por defecto en formato

abreviado Summary.

• El menú desplegable “Display” permite seleccionar otros

formatos.

PubMed -Visualizar resultados

SummaryPubMed -Form

ato de visualización

El formato abreviadoincluye:

� Nombre de autor/es.

� Título del artículo.

� Fuente.

� Identificador PMID.

� Marcador de status

SummaryPubMed -Form


Artículo que no dispone de abstract o resumen.

Artículo que dispone de abstract o resumen.

Artículo a texto completo en la sede del editor.

Artículo a texto completo gratuito disponible en PubMed Central.

Otros formatosPubMed -Visualizar reultados

Brief

El formato breve incluye:

� Autor.

� Primeras palabras del título.

� nº de identificación PMID.

PubMed –

Form


AbstractPubMed -Form


El formato resumen incluye:

� Cita bibliográfica.

� Título.

� Lengua (no inglesa).

� Autor/es.

� Afiliación del autor/es.

� Resumen.

�Tipo publicación.

� nº de identificación PMID y Status Medline.

CitationPubMed -Form


El formato cita incluye:

� Cita bibliográfica.

� Título.

� Lengua (no inglesa).

� Autor/es.

� Afiliación del autor/es.

� Resumen.

� Tipos publicación.

� Términos MeSH.

� nº de identificación PMID y Status Medline.

MedlinePubMed -Form


El formato Medline contiene:

� Cita bibliográfica completa.

� Etiquetas de campo.

ShowPubMed -Visualizar resultados

• Por defecto PubMed muestra las 20 primeras citas por

página.

• El menú desplegable “Show” permite modificar el número

de resultados visualizados.

• Se pueden visualizar hasta 500 citas por página.

Sort by

PubMed -Ordenar resultados

• Por defecto las citas se muestran de acuerdo a la fecha

en que fueron ingresadas en la base de datos. Lo más

reciente aparece primero.

• El menú desplegable “sort” organiza las citas por

orden alfabético de autor, alfabético de revista o por

fecha de publicación.

Send toPubMed -Enviar resultados

El menú desplegable “send to” se utiliza para

• Imprimir citas (text).

• Enviar las citas a un fichero (file).

• Colocarlas en el portapapeles (clipboard).

• Enviarlas por correo electrónico (e-mail).

Send toPubMed -Enviar resultados

Marcar las citas a imprimir y seleccionar “text”. Todas las citas serán imprimidas en una sola página.

Marcar las citas que desea descargar en un archivo. Seleccionar “file”- El nº máximo de citas es de 10.000.

Marcar las citas y seleccionar “clipboard”. Todas las citas serán guardadas en el portapapeles y dispuestas a imprimir, guardar en un disco, enviar por e-mail. Sólo se pueden guardar hasta un máximo de 500.

Marcar las citas y seleccionar “e-mail”. Se pueden enviar hasta un máximo de 500 citas en texto simple.

LinksPubMed-Otros recursos

• Las citas en PubMed tienen vínculos con:

• Artículos relacionados.

• El texto completo del artículo.

LinksPubMed-Otros recursos

Journal DatabasePubMed-Servicios

Permite buscar revistas indizadas en Medline

• Título completo.

• Título abreviado normalizado.

• ISSN (International Standard Serial Number.

• ID (nº de identificación NLM).

Journal DatabasePubMed-Servicios

Journal DatabasePubMed -Servicios

Citation MatcherPubMed -Servicios Permite encontrar la cita de cualquier artículo en la base de datos

PubMed.

Single citation MatcherLocaliza una cita individual a partir de los datos de la revista.

Bath citation Matcher Recupera los ID numbers de varios artículos simultáneamente.

Single Citation MatcherPubMed -Servicios

Clinical QueriesPubMed -Servicios

Buscador especializado que tiene incorporados filtros metodológicos

para búsquedas clínicas.

• Search by Clinical Study Category.

• Finding Systematic Reviews.

• Medical Genetics Search.

Clinical StudyPubMed -Clinical Queries

Permite buscar citas correspondientes a 5 categorías específicas

de estudios clínicos:

• Terapéutica

• Diagnóstico

• Etiología

• Pronóstico

• Guías de predicciones clínicas


Establece el campo de aplicación “Scope”

• Búsqueda específica, restringida Se recuperan menos artículos pero

más relevantes.

• Búsqueda sensible, amplia Se recuperan más artículos relevantes

pero también algunos menos relevantes.

Clinical StudyPubMed -ClinicalQueries


Haynes RB et al.

Systematic ReviewsPubMed -Clinical Queries

Esta búsqueda permite recuperar

• Revisiones sistemáticas.

• Meta-análisis.

• Revisiones de ensayos clínicos.

• Conferencias de consenso.

• Guías de práctica clínica.

Systematic ReviewsPubMed -Clinical Queries

Medical geneticsPubMed -Clinical Queries

Recupera referencias relacionadas con la medicina genética

Criterios de búsqueda

My NCBIPubMed -Servicios

• Permite guardar las estrategias de búsqueda para una

actualización manual de los resultados.

• Permite la notificación de nuevos resultados mediante correo

electrónico.

• Permite agrupar la recuperación de temas de su interés mediante

el uso de filtros.

My NCBIPubMed -Servicios

Sign In – permite acceder a su archivo personal de My NCBI.

Register – Permite crear un archivo personal. Es un servicio

gratuito y se puede acceder a través de internet.

Cómo acceder a My NCBIPubMed -Servicios En “Register” introducir los

siguientes datos:

• Nombre de usuario.

• Contraseña (2 veces).

• Escoger una pregunta de

seguridad y dar la respuesta.

• Dirección de e-mail (Opcional).

MY NCBIPubMed -Servicios

Archivar la estrategia de búsqueda

• Una vez realizada la búsqueda

pulsar “Save Search”.

• En “Save Search” se puede

cambiar el título de la búsqueda.

• Se pueden recibir actualizaciones.


Archivar la estrategia de búsqueda


Filtros

• Se pueden usar hasta cinco filtros activos .

• Para visualizar los filtros de PubMed, pulsar el icono


“Browse” nos permite

ver opciones adicionales.


1

2 3

4

5

Nuevas funcionalidades PubMedPubMed -Servicios

• Advanced search (Beta)

Formulario de búsqueda avanzada todavía en fase beta.Reúne en una sola página dos funcionalidades que ya existían por separado a través de las pestañas “Limits” e “History”.

Otras funcionalidades PubMedPubMed -Servicios

• Citation sensor

Reconoce la combinación de términos de búsqueda característicos de las citas (nombres de autor, investigador, título de revista, volumen, número, fecha de publicación) y va a identificar esta combinación de términos con una o varias citas. Así, cuando introducimos los términos en la caja de búsqueda nos aparecerá sobre las referencias recuperadas un cuadro amarillo con uno o varios enlaces a las citas sugeridas.

Apéndice I

Nombre del campo Abreviatura Descripción

Affiliation [AD] Dirección y afiliación institucional del primer autor

All Fields [All] Todos los campos

Author [AU] Nombre del autor

Issue [IP] Número de la revista en la que el artículo ha sido publicado

Journal Title [TA] Título de la revista, título abreviado o ISSN

Language [LA] Idioma del artículo

MeSH Major Topic [MAJR] Término MeSH que constituye el tema principal del art.

MeSH Subheadings [SH] Describen un aspecto particular de un determinado tema o materia

MeSH Terms [MH] Términos MeSH

Pagination [PG] Número de la primera página del artículo

Publication Date [DP] La fecha en la que se publicó el artículo

Publication Type [PT] Tipo de publicación (Revisiones, ensayos clínicos, etc…)

Subset [SB] Código para un conjunto determinado de revistas

Text Words [TW] Palabras de texto contenidas en casi todos los campos

Title Words [TI] Palabras contenidas en el título

Title/Abstract [TIAB] Palabras y números incluidos en el título, resumen

Volume [VI] Número del volumen de la revista en la que el art., ha sido publicado

Etiquetas de campo

BibliografíaBibliografía

• Bravo Toledo, R, Campos Asensio C. Cómo hacer una búsqueda bibliográfica en internet.

FMC2000; 7(5):307-9.

• Bravo Toledo, R. Todo lo que usted quería saber sobre MEDLINE y nunca se atrevió a

preguntar. Disponible en: http://www.infodoctor.org/rafabravo/medline.htm

• González Guitián C, Sobrido Prieto, M. Buscar en Medline con Pubmed: Guía breve de uso.

Disponible en: http://www.fisterra.com/recursos_web/no_explor/pubmed/060828_pubmed.pdf

• PubMed Basics. National Library of Medicine. Disponible en:

http://nnlm.gov/training/resources/pmtri.pdf

• PubMed. Guía de consulta. Biblioteca de la Universidad Complutense de Madrid. Disponible

en: http://www.ucm.es/BUCM/servicios/doc5461.pdf

• PubMed Tutorial. Desarrollado por la National Library of Medicine. Disponible en:

http://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmedtutorial/

PubMed – Interfaces alternativasInterfaces alternativas

AskMEDLINE - http://askmedline.nlm.nih.gov

Apéndice IIInterfaces alternativas

RELEMED - http://www.relemed.com


PubMed Interact (SLIM V.2) - http://pmi.nlm.nih.gov/interact


GoPubMed- http://www.gopubmed.org


Hakia- http://pubmed.hakia.com


Otras interfaces

Ali Baba- PubMed as a graph – http://alibaba.informatik.hu-berlin.de/

PubFocus – http://www.pubfocus.com

HubMed – PubMed rewired – http://www.hubmed.org

XplorMed – http://www.ogic.ca/projects/xplormed

BibliografíaBibliografía

• Muin M, Fontelo P, Liu F, Ackerman M. SLIM: an alternative web interface for

MDLINE/PubMed searches – a preliminry Study. BMC Med Inform Decis Mak. 2005; 5:37.

Disponible en: http://biomedcentral.com/1472-6947/5/37

• Muin M, Fontelo P. Technical development of PubMed Interact: an improved interface for

MEDLINE/PubMed Search. BMC Med Inform Decis Mak. 2006;6: 36. Disponible en:

http://www.biomedcentral.com/1472-6947/6/36

• PubMed Interact Tutorial. http://pmi.nlm.nih.gov/interact/tutorial.html

• Doms, S, Schroeder M. GoPubMed: exploring PubMed with the Gene Ontology. Nucleic Acids

Res. 2005;33 suppl.2: W783-W786. Disponible en:

http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/full/33/suppl_2/W783

http://www.ncbi.nih.gov/entrez/query.fcgi

Salamanca, 21-25 de julio de 2008

Helena Martín Rodero – Biblioteca Facultad de Medicina

[email protected]

Sonia Martín Castilla – Biblioteca E.U. Enfermería y Fisioterapia

[email protected]

http://sabus.usal.es/bib_virtual3

¿quées pubmed? - usalsabus.usal.es/bib_virtual3/doc/hspubmed2008.pdf · contenido pubmed...

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