recherche documentaire en médecine

La recherche documentaire en médecine sur l’Internet

Philippe EveillardMSA - Bagnolet

19 et 20 mai 2008

Programme de la formation

Les moteurs de recherche – GoogleLangage, syntaxe, ressources.Exercices avec Google.Google Scholar : caractéristiques et exercices.

Les répertoires médicaux – CISMeFLangage, syntaxe, ressources.Exercices avec le module Terinologie.Exercices avec le module de recherche avancée.

MEDLINE/PubMedMEDLINE (banque de données) et PubMed (interface).Le langage MeSH – L’affiliation descripteur/qualificatif.Les champs – l’explosion – la pondération.La formulation des débutants (Limits)La formulation des experts (« linéaire »)Les filtres – le coffre-fort My NCBI

Les moteurs de recherche – Google – le langage

Philippe EveillardMSA19 et 20 mai 2008

Le langage des moteurs de recherche (et de Google) est le langage courant = votre langage

Dans Google, comparer les réponses obtenues dans la première page de résultat avec les requêtes :Polyarthrite chronique évolutivePolyarthrite rhumatoïde

CommentairesChacune des 2 requêtes affiche des notices différentes.Un outil de recherche comme Google ne prend pas en compte les synonymies, mais uniquement une chaîne de caractères (y compris les fautes d’orthographe et les erreurs de saisie).

Les moteurs de recherche – Google – la syntaxe


La syntaxe est élémentaire+++ et se résume à :

mettre des guillemets pour les mots composés et les expressions

remplacer l’opérateur AND par un espace

ExemplesRéanimation « arrêt cardiaque »Recommandations « traitement de l’hépatite C »« Diagnostic clinique » appendicite« Hémorragie méningée » « examen TDM »

Les moteurs de recherche – Google – la syntaxe – exemple


Rechercher des documents sur le traitement de l’insuffisance cardiaque par les bêta-bloquants

CommentaireVous obtenez un résultat différent si :-les guillemets de sont pas mis en place ;- bêta-bloquant est au singulier ou au pluriel

Bêta-bloquants « insuffisance cardiaque »

Les moteurs de recherche – Google – les ressources


Analyser la première page de résultat de la requête bêta-bloquants « insuffisance cardiaque ».Distinguer parmi les résultats les documents et les articles.

CommentaireGoogle recense principalement des documents de la Toile et plus rarement des articles de la presse médicale.Ces derniers sont plus volontiers hébergés dans les banques de données bibliographiques type Google Scholar ou MEDLINE.

Les moteurs de recherche – Google – exercices


Rechercher des documents sur le traitement chirurgical du syndrome du canal carpien.

CommentairesLes résultats diffèrent selon la formulation de la requête :« traitement chirurgical » « syndrome du canal carpien »« traitement chirurgical du syndrome du canal carpien »« traitement chirurgical » « canal carpien »Chirurgie « canal carpien »« chirurgie du canal carpien »



Rechercher des documents sur la ventilation non invasive dans les décompensations aiguës de l’insuffisance respiratoire chronique

CommentairesL’interrogation de Google sur un thème médical est d’autant plus performante et adéquate qu’elle est faite dans un langage médical.

« ventilation non invasive » décompensation « insuffisance respiratoire chronique »



Rechercher des documents sur l’estimation des dépenses de prévention en France.Commenter les résultats.

CommentairesDans Google, les requêtes médico-administratives ou médico-économiques obtiennent plus souvent des réponses satisfaisantes que les requêtes spécifiquement médicales

estimation« dépenses de prévention »

Les moteurs de recherche – Google Scholar – définition


Google Scolar est l’interface de recherche d’une banque de données bibliographiques dont le « fonds » reste indéfini.

Documents +++

Articles+

Google

Articles+++Livres +

Google Scholar

Les moteurs de recherche – Google Scholar – utile ?


Utile ?OUI, sous réserve : de l’utiliser comme un « coup de sonde » sur un thème de sélectionner les articles récents.

En termes de « précision de la requête », Google Scholar est nettement moins performant que MEDLINE (PubMed) (voir les 2 diapositives suivantes)

Les moteurs de recherche – Google Scholar – utile ? – exemple


Dans MEDLINE/PubMed, l’équation :Evidence-Based Medicine [mh] AND Internet [mh]affiche 610 notices (le 17 mai 2008).

Le bordereau d’indexation de la première notice comprend 18 descripteurs MeSH.C’est dans ce bordereau d’indexation qu’ont été recherchés les descripteurs Evidence-Based Medicine et Internet.

Les moteurs de recherche – Google Scholar – utile ? – exemple


Dans Google Scholar, l’équation :« Evidence-Based Medicine » Internetaffiche 16 700 notices (le 17 mai 2008).

Le premier des documents récents récents est un article de Trisha Greenhalgh.Les mots evidence-based medicine et Internet sont recherchés dans l’ensemble de l’article comme le montre l’extrait ci-contre

Les répertoires médicaux – CISMeF – Le langage


Langage de CISMeF = langage MeSH

Comparer les résultats obtenus en interrogeant CISMeF avec : PR Polyarthrite rhumatoïde Polyarthrite chronique évolutive

Polyarthrite rhumatoïde est un mot clé (descripteur) du langage MeSH (en version française).Il a pour synonyme PR et polyarthrite rhumatoïde.Une requête dans CISMeF donne sensiblement les mêmes résultats quand un descripteur ou ses synonymes sont utilisés.



Les termes (descripteurs) du langage MeSH appartiennent à un thésaurus dont les particularités sont : d’avoir une structure arborescente (les termes ont entre eux des relations hiérarchiques) de rassembler des termes non ambigus (un descripteur = un concept et un seul)

MeSH 2008 24 767 descripteurs16 branches maîtresses (dans l’arborescence)



La structure arborescente du MeSH

Dans le module terminologie de CISMeF :- entrer « asthme » dans la fenêtre recherche- cliquer sur OK- sélectionner l’onglet « navigation », ce qui affiche le descripteur asthme dans son arborescence.

« asthme » dans la fenêtre « recherche »

L’arborescence du descripteur avec ses

relations hiérarchiques (de niveau supérieur et

de niveau inférieur)



La traduction du langage courant en langage MeSH (VF)

1. Entrer le mot clé « décomposé »

(bloquant pour bêta bloquant) dans la

fenêtre2. Ne pas cocher la

case « sans troncature

3. Sélectionner le « bon » descripteur

dans le cadre « réponse »

Confirmation de la sélection

Les répertoires médicaux – CISMeF – Le langage - exercices


Exercices de traduction langage courant – langage MeSH (VF)

Traduire :

• embolie pulmonaire

• maladie de Kahler

• ostéochondrite de hanche

• anti-TNF alpha

Les répertoires médicaux – CISMeF – Le langage - exercices


Corrigé des exercices de traduction langage courant – langage MeSH (VF)

• embolie pulmonaire embolie embolie pulmonaire

• maladie de Kahler Kahler myélome multiple

• ostéochondrite de hanche ostéochondrite maladie de Legg-Calvé-Perthes

• anti-TNF alpha TNF-alpha Facteur de nécrose tumorale-alpha (pour « anti », ajouter un qualificatif… voir plus loin)

Les répertoires médicaux – CISMeF – Le langage – l’affiliation


L’affiliation descripteur/qualificatif +++

Des qualificatifs peuvent s’affilier (se marier) aux descripteurs si (et seulement si) ils ont entre eux des « affinités* ».

Qualificatif = terme qui précise le sens d’un descripteur.

MeSH 2008 :83 qualificatifs

Exemples :Asthme/diagnosticArthrose/complicationsAnalgésiques/effets indésirables

* Affinités

Certains qualificatifs s’affilient : - aux maladies, - d’autres aux médicaments, - d’autres encore aux investigations diagnostiques ou aux protocoles thérapeutiques…

Les répertoires médicaux – CISMeF – Le langage – l’affiliation


L’affiliation descripteur/qualificatif +++Exemple : épidémiologie de la polyarthrite rhumatoïde

1. Entrée de polyarthrite

dans la fenêtre

2. Sélection de polyarthrite

rhumatoïde dans le cadre de

réponse

3. Sélection de épidémiologie dans la page « accès aux ressources »

Les répertoires médicaux – CISMeF – Le langage – l’affiliation - exercices


Exercices sur l’affiliation descripteur/qualificatif

Traduire en affiliation descripteur/qualificatif :

• les complications de la sarcoïdose

• la chirurgie du cancer du pancréas

• le régime de la maladie de Crohn

• les indications des bêta-bloquants

Les répertoires médicaux – CISMeF – Le langage – l’affiliation - exercices


Corrigé des exercices sur l’affiliation descripteur/qualificatif

• les complications de la sarcoïdose sarcoïdose sarcoïdose sarcoïdose/complications

• la chirurgie du cancer du pancréas pancréas tumeurs du pancréas tumeurs du pancréas/chirurgie

• le régime de la maladie de Crohn Crohn maladie de Crohn maladie de Crohn/diétothérapie

• les indications des bêta-bloquants bloquant antagonistes beta-adrénergiques antagonistes beta-adrénergiques/usage thérapeutique

Les répertoires médicaux – CISMeF – la recherche documentaire


La requête dans CISMeF

Simple si réduite à une affiliation descripteur/qualificatif : recours au module Terminologieexemples : complications de l’hépatite C ; contre-indications des anti-émétiques…

Plus complexe si l’équation comporte plusieurs membres : recours au module de recherche avancéeexemples : traitement antibiotique de l’otite moyenne aiguë ; indications des IEC dans l’hypertension…



Le débit expiratoire de pointe dans le diagnostic de l’asthme de l’enfant

La recherche se fait dans le module de recherche avancée



Exercices sur les requêtes dans CISMeF

Rechercher :

• les recommandations sur le traitement de la maladie de Parkinson

• les causes rénales de l’hypertension artérielle

• le traitement antibiotique de l’otite moyenne aiguë

• les effets secondaires des antiviraux dans le traitement de l’hépatite C



Corrigé des exercices sur les requêtes dans CISMeF

• les recommandations sur le traitement de la maladie de Parkinsonmaladie de Parkinson – thérapie – recommandation pour la pratique clinique

• les causes rénales de l’hypertension artériellemaladies du rein – étiologie - hypertension

• le traitement antibiotique de l’otite moyenne aiguëotite moyenne suppurée – traitement médicamenteux - antibactériens

• les effets secondaires des antiviraux dans le traitement de l’hépatite Bantiviraux – effets indésirables – hépatite B

MEDLINE/PubMed


MEDLINE = banque de données bibliographiques• 1966• National Library of Medicine• > 17 millions de notices

PubMed = interface d’interrogation• en accès libre• évolutive

MEDLINE/PubMed – le langage


Thésaurus MeSH

Descripteurs Qualificatifs Affiliation descripteur/qualificatif

Identique aux descripteurs et qualificatifs de CISMeF, mais en version « originale » (anglaise)

MEDLINE/PubMed – le langage – les descripteurs


La traduction des mots clés du langage courant en descripteurs MeSH en version originale fait appel au module Terminologie de CISMeF

1. Le mot clé dans la fenêtre recherche

2. La traduction du mot clé en

descripteur MeSH (version française)

3. Le descripteur en version originale

MEDLINE/PubMed – le langage – les descripteurs - exercices


Rechercher les descripteurs (version originale) correspondant à :

- thrombose veineuse

- sarcoïdose pulmonaire

- hémorragie méningée

- antiviraux

- laxatifs

MEDLINE/PubMed – le langage – les descripteurs – exercices - corrigés


Corrigé des exercices sur les descripteurs

- thrombose veineuse thrombose thrombose veineuse venous thrombosis

- sarcoïdose pulmonaire sarcoïdose sarcoïdose pulmonaire Sarcoidosis, pulmonary

- hémorragie méningée méningée hémorragie méningée subarachnoid hemorrhage

- antiviraux antiviraux antiviral agents

- laxatifs laxatifs laxatives

MEDLINE/PubMed – le langage – l’affiliation


Le mot clé du langage

courant

Le descripteur (version originale)

Les qualificatifs du descripteur « bronchitis »

MEDLINE/PubMed – le langage – l’affiliation – exercices


Formuler les affiliations descripteur/qualificatif suivantes :

• diagnostic de la bronchite chronique

• complications du syndrome de Brugada

• effets indésirables des bêta-2-mimétiques

• méthode de prévision de la date d’ovulation

• physiologie de la préménopause

MEDLINE/PubMed – le langage – l’affiliation – exercices - corrigés


Corrigé des exercices sur les affiliations descripteur/qualificatif

• diagnostic de la bronchite chronique bronchite bronchite chronique bronchitis, chronic bronchitis, chronic/DI

• complications du syndrome de Brugada Brugada syndrome de Brugada Brugada Syndrome Brugada Syndrome/CO

• effets indésirables des bêta-2-mimétiques mimétique agonistes bêta-adrénergiques adrenergic beta-agonists adrenergic beta-agonists/AE

• méthode de prévision de la date d’ovulation prévision prévision de la date d’ovulation ovulation prediction ovulation prediction/MT

• physiologie de la préménopause préménopause premenopause premenopause/PH

MEDLINE/PubMed – la syntaxe


Les champs

Entrer dans la fenêtre d’interrogation de PubMed le mot clé french.Successivement, faire suivre ce mot clé des indications : [la] ; [au] ; [ti] ; [tw] et noter à chaque fois le nombre de notices affichées

Les champs indiquent :- la nature d’un mot clé (descripteur, auteur, type de publication, date de publication…)- ou la localisation d’un mot clé (mot du titre, mot du titre ou du résumé, mot du bordereau d’indexation)



Les champs

Les 10 champs (sur 40) les plus fréquemment utilisés par les cliniciens :

Nature[mh] (descripteur) ; [majr] (descripteur majeur) ; [au] (auteur) ; [pt] (type de publication) ; [ta] (titre de périodique) ; [dp] (date de publication) ; [la] (langue)

Localisation[ti] (mot du titre) ; [tiab] (mot du titre ou du résumé) ; [tw] (mot du bordereau d’indexation)



Les opérateurs booléens sont : AND, OR, NOT relient entre eux les membres de l’équation sont saisis en lettres capitales

AND « croise » OR « unit » NOT « exclut »

Règle : les mots clés qui encadrent l’opérateur OR sont mis entre parenthèses



Les types de publication sont une cinquantaine ont comme champ [pt]

Les plus fréquemment utilisés par les cliniciens sont :

• Review +++• Clinical Trial• Randomized Controlled Trial• Meta-Analysis• Practice Guideline• Editorial• Letter



La pondération

Entrer dans la fenêtre d’interrogation Arthritis, Rheumatoid/EP [majr].Cocher la case de la 1ère notice.Dérouler le menu « summary » jusqu’à « citation ».Vous affichez ainsi le bordereau d’indexation de cette notice.Vous constatez que l’affiliation descripteur/qualificatif a un astérisque



L’explosion – la non explosion

• Entrer dans la fenêtre d’interrogation Arthritis, Rheumatoid/EP.Cliquer sur OK.Noter le nombre de notices affichées.

• Entrer Arthritis, Rheumatoid/EP [mh:noexp]. Cliquer sur OK.Noter le nombre de notices affichées.

Dans PubMed, l’explosion (l’extension de la requête aux descripteurs de niveau hiérarchique inférieur) se produit par défaut. Pour qu’elle ne se produise pas, vous devez l’indiquer sous la forme [mh:noexp] ou [majr:noexp]



Les dates – les classes d’âge

Les dates

2006-20082006/05:2008/052006/05/18:2008/05/18

Les classes d’âge

Adult [mh] NOT (Adolescent [mh] OR Child [mh])



La formulation linéaire

Il y a 6 façons de faire une requête dans PubMed : Directement dans la fenêtre d’interrogation (formulation linéaire)+++ En sollicitant la fonction Limits En sollicitant la fonction Preview/Index En sollicitant la fonction History En passant par la MeSH Database En passant par les Clinical Queries

Conseil : oubliez 5 des 6 façons et conservez celle qui est la plus performante car c’est celle qui vous permet d’exercer le meilleur contrôle sur votre requête (la formulation linéaire)

MEDLINE/PubMed – la syntaxe – exercices


Exercices sur la syntaxe

Rechercher :• les mises au point (review) sur les complication des varices oesophagiennes• des publications sur le retentissement sur la croissance des corticoïdes inhalés• des publications à l’exception des lettres à l’éditeur et des éditoriaux sur les indications des progestatifs dans la préménopause• les essais cliniques randomisés publiés au cours des 3 dernières années sur le traitement de la douleur par des méthodes alternatives • les publications en libre accès publiées en 2006 et 2007 sur la chirurgie de l’ostéochondrite de hanche• les mises au point publiées en langue française depuis le 1er janvier 2005 sur le traitement hormonal substitutif de la ménopause• des publications sur les indications des progestatifs dans la contraception de l’adolescente• des publications sur l’épidémiologie des gastroentérites

MEDLINE/PubMed – la syntaxe – exercices – corrigé


Corrigé des exercices sur la syntaxe

Oesophageal and Gastric Varices/CO AND review [pt]•Growth/DE AND Adrenal Cortex Hormones/TU AND Administration, Inhalation [mh]• Premenopause [mh] AND Progestins/TU NOT (letter [pt] OR editorial [pt])• Pain/TH AND Complementary Therapies [mh] AND randomized controlled trial [pt] AND 2005/05/20:2008/05/20 [dp]• Legg-Perthes Disease/SU AND Free full text [filter] AND 2006:2007 [dp]• Hormone Replacement Therapy/TU AND Menopause [mh] AND review [pt] AND french [la] AND 2005:2008 [dp]• Progestins/TU AND Contraceptive Agents, Female/AD AND Adolescent [mh] NOT Adult [mh]• Gastroenteritis/EP [mh:noexp]

MEDLINE/PubMed – les filtres


Les filtres « evidence-based »

Entrer Venous Thrombosis/US dans la fenêtre d’interrogation des Clinical QueriesSélectionner Diagnosis et narrow, specific search(recherche des documents sur la valeur diagnostique de l’échographie dans la thrombose veineuse)

MEDLINE/PubMed – les filtres


Les filtres « données validées »

Associer à l’affiliation descripteur/qualificatif Chlamydia Infection/PC les 3 « filtres » Free Full Text, Core Clinical Journals, Systematic.

L’association des 3 filtres (Core Clinical Journals, Free Full Text, Systematic) affiche des documents dont le contenu a de grandes chances d’être « validé » (et en cas de doute, la possibilité de contrôler cette validité est donnée par le free full text).

MEDLINE/PubMed – My NCBI


Le coffre-fort de notices

Dans la page de résultat de la précédente équation :- cocher la première notice- sélectionner collections dans le menu déroulant send to- renseigner le cadre qui s’affiche

My NCBI « collections » est la bibliothèque de notices du clinicien

MEDLINE/PubMed – My NCBI


Le coffre-fort d’équations

A partir de la précédente équation :- cliquer sur « save search » (dans le prolongement de la fenêtre d’interrogation)- renseigner le cadre qui s’affiche (soit dans le sens « pull » je fais la veille », soit dans le sens « push » je reçois la veille)

Le coffre fort d’équations est une des 2 façons de faire de la veille bibliographique dans MEDLINE, l’autre étant « d’accrocher » un flux RSS à une équation.

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