Recueillir un reacutefeacuterentiel de donneacutees drsquoenquecirctes geacuteographiques sur la preacutevalence

drsquoinfections paludiques en Afrique

1900-2015

Robert W Snow Punam Amratia Clara W Mundia Victor A Alegana Viola C Kirui Caroline W Kabaria

Abdisalan M Noor

Document de travail agrave lrsquoappui du Projet Information sur le paludisme Information for Malaria (INFORM) financeacute par le

Deacutepartement du deacuteveloppement international et le Wellcome Trust

Royaume Uni

Version 11 deacutecembre 2015

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Citation

Snow RW Amratia P Mundia CW Alegana VA Kirui VC Kabaria CW Noor AM (2015) Recueillir un reacutefeacuterentiel de donneacutees drsquoenquecirctes geacuteographiques sur la preacutevalence drsquoinfections paludiques en Afrique 1900-2014 Document de travail INFORM eacutelaboreacute avec le soutien du Deacutepartement du deacuteveloppement international Royaume-Uni et Wellcome Trust Royaume Uni 3 juin 2015 Financement Ce travail entrepris par INFORM est financeacute par le Deacutepartement du deacuteveloppement international Royaume-Uni (Grant ITDCZE47) et le Wellcome Trust qui a octroyeacute des bourses de recherche agrave RWS ( 079080 amp 103602) et AMN ( 095127)

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Table de matiegraveres

1 Preacuteambule helliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphellip1 2 Pourquoi mesurer la transmission du paludismehelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphellip 2 3 Mesurer le risque de paludisme helliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphellip 4

31 Mesurer la transmission endeacutemique stable du paludisme 32 Mesurer le risque lorsque la preacutevalence est faible et lutilisation de donneacutees de cas

courants 4 Lhistoire des enquecirctes parasitaires nationales en Afrique helliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphellip7 5 Recueil des donneacutees denquecirctes sur la preacutevalence parasitaire helliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphellip 11

51 Contexte de strateacutegies de recherche de donneacutees 52 Recherches dans les archives historiques 53 Recherche des donneacutees eacutelectroniques 54 Autres sources de donneacutees

6 Abstraction des donneacutees drsquoenquecircte helliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphellip 15

61 Exigences minimales en matiegravere de donneacutees 62 Meacutethodes de deacutetection parasitaires 63 Geacuteocodage des sites drsquoenquecircte 64 Deacutefinition des frontiegraveres nationales 65 Normalisation selon lacircge 66 Limitations dues agrave la taille de leacutechantillon

7 Partage et accegraves aux donneacutees helliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphellip 20 8 Reacutefeacuterences helliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphellip 21 9 Annexes Remerciements helliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphellip 32

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Preacuteambule

Ce document de travail fait office de documentation rendant compte de la maniegravere dont le projet INFORM a identifieacute recueilli et geacuteocodeacute des donneacutees sur la preacutevalence du paludisme agrave travers lAfrique et la raison pour laquelle ces donneacutees sont importantes pour surveiller limpact temporel des interventions antipaludiques[12] Nous allons nous pencher sur le Plasmodium falciparum qui est de loin le plus reacutepandu et le plus pathogegravene des paludismes humains en Afrique Nous avons toutefois inteacutegreacute dans notre recherche des donneacutees et extraits drsquoinformations le cas eacutecheacuteant sur la preacutevalence de P vivax P malariae et P ovale Les inventaires de donneacutees couvrent une longue peacuteriode de surveillance du paludisme en Afrique et nous deacutetaillons dans ce rapport la faccedilon dont nous avons essayeacute de capturer des donneacutees historiques et contemporaines En ce qui concerne les analyses entreprises au niveau des pays agrave lappui des gouvernements nationaux dans le cadre du Projet INFORM les donneacutees recueilles agrave partir de 1980 srsquoavegraverent les plus pertinentes Depuis 10 ans ce projet est geacutereacute depuis le Kenya Toutefois il avait eacuteteacute preacuteceacutedeacute par des efforts consentis plus tocirct dans le cadre de la collaboration MARA ARMA commenceacutee en 1996 [3-5] Le succegraves de ces 20 derniegraveres anneacutees de recueil de donneacutees nrsquoaurait pas eacuteteacute possible sans les importantes contributions apporteacutees par de nombreux scientifiques œuvrant dans le domaine du paludisme agrave travers lAfrique et auxquels nous avons tenu agrave adresser nos sincegraveres remerciements agrave la fin de ce rapport 1 Pourquoi est-il important de mesurer la transmission du paludisme Il existe plusieurs raisons deacutemontrant lrsquoimportance de comprendre la freacutequence de lexposition du parasite du paludisme humain pour les raisons de planification du controcircle et de la gestion de la maladie Lincidence de la maladie et les pheacutenotypes cliniques associeacutes deacutependent du niveau de limmuniteacute fonctionnelle acquise preacuteceacutedemment qui est en grande partie deacutefinie par la freacutequence des nouvelles infections qui touchent un individu depuis la naissance [6-12] Dans les zones ougrave lintensiteacute de la transmission du paludisme est eacuteleveacutee les eacutepideacutemies de maladies les plus graves preacutevalent chez de tregraves jeunes enfants et des reacutepercussions graves suivant linfection sont rares chez les enfants plus acircgeacutes et les adultes Au fur et agrave mesure que diminue lintensiteacute de lexposition au parasite la charge clinique du paludisme est porteacutee par les enfants plus acircgeacutes jusquagrave ce que la probabiliteacute de deacutevelopper un eacuteveacutenement de la maladie soit plus proportionnelle aux possibiliteacutes drsquoinfection (Scheacutema 1) Dans ces conditions la charge du paludisme est partageacutee de maniegravere eacutegale entre la plupart des tranches dacircge et labsence de toute immuniteacute fonctionnelle dans une communauteacute rend les populations vulneacuterables aux eacutepideacutemies (Scheacutema 1)

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Lrsquoeacutevolution de la pathologie en fonction de lrsquoacircge est accompagneacutee dune preacutesentation grave de la maladie Dans des conditions de transmission intense une aneacutemie seacutevegravereaigueuml est une cause majeure de maladie mortelle alors que les preacutesentations qui incluent le paludisme ceacutereacutebral deviennent de plus en plus courante chez les communauteacutes exposeacutees agrave des niveaux drsquointensiteacute de transmission allant de modeacutereacutee agrave faible [7 9 11] Figure 1 Cadre conceptuel de leacutepideacutemiologie clinique de Plasmodium falciparum en fonction drsquoune baisse de lrsquointensiteacute de transmission parasitaires en Afrique [Snow 2015] La ligne rouge repreacutesente un taux theacuteorique dincidences graves de maladie et de mortaliteacute alors que les barres noires deacutemontrent la reacutepartition proportionnelle du paludisme grave entre la naissance et le 10e anniversaire sur la base de travaux deacutejagrave publieacutes [79]

Les modegraveles biologiques meacutecanistes qui reproduisent les proprieacuteteacutes matheacutematiques de la transmission du paludisme preacutedisent que limpact probable des diffeacuterentes strateacutegies de lutte contre le paludisme agrave base dinsecticide ou de meacutedicaments aura diffeacuterentes magnitudes deffets et de dureacutee globaux dintervention neacutecessaires pour deacutemontrer limpact selon les niveaux de deacutepart des endeacutemiciteacutes [13-18] En termes geacuteneacuteraux la reacuteduction du contact homme-vecteur agrave travers par exemple la seule utilisation de moustiquaires impreacutegneacutees dinsecticide (MII) ne suffira jamais agrave interrompre la transmission dans les zones de transmission tregraves intense A linverse en cas drsquoutilisation par 90 de la population agrave 100 du temps dans les zones de transmission intermeacutediaire les MII pourraient reacuteduire lexposition au parasite agrave presque zeacutero dans les huit ans [14-15] Des mesures auxiliaires de lutte anti-vectorielle sont neacutecessaires pour compleacuteter les strateacutegies MII dans les zones de transmission intense du paludisme pour reacuteduire rapidement labondance des vecteurs de sorte agrave avoir un impact durable en termes de transmission [15] Limmeacutediateteacute preacutevue et limpact global de ladministration massive de meacutedicaments (AMD) et la pulveacuterisation intradomiciliaire sont eacutegalement subordonneacutees agrave lintensiteacute de la transmission avant le deacutebut de lintervention [15-18] Les impacts sur la transmission par le biais de lutilisation efficace de combinaisons theacuterapeutiques agrave base darteacutemisinine (CTA) disponibles actuellement sont les plus importants dans les zones ougrave la plupart des nouvelles infections cliniques sont traiteacutees et ougrave lintensiteacute de la transmission est faible alors que limpact du traitement CTA sur la transmission locale est beaucoup plus faible dans les zones ougrave lintensiteacute de la transmission du parasite est eacuteleveacutee [19] ou lorsquil est utiliseacute pour les ADM [18] Pour obtenir un impact sur la transmission seulement

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gracircce aux strateacutegies de traitement de routine il faut diffeacuterents types de combinaisons de meacutedicaments que ceux utiliseacutes actuellement en Afrique [19] Les effets de linfection du paludisme chez les femmes enceintes ont eacuteteacute bien deacutecrits et comprennent les effets insidieux dinfections reacutepeacuteteacutees sur laneacutemie laugmentation des risques de deacutecegraves in uteromorts fœtales in utero de faible poids agrave la naissance conduisant agrave des risques plus eacuteleveacutes de mortaliteacute infantile et dans des conditions de transmission instable des risques accrus de deacutecegraves maternels pendant la grossesse [2021] Le traitement preacutesomptif intermittent (TPI) avec deux doses dans les deuxiegraveme et troisiegraveme trimestres en utilisant le meacutedicament agrave longue demi-vie sulfadoxine-pyrimeacutethamine (SP) a eacuteteacute mis en œuvre dans une grande partie de lAfrique subsaharienne depuis 2001 [22] Au cours des derniegraveres anneacutees cette recommandation a dans certains pays eacuteteacute eacutetendue agrave trois doses de SP agrave partir de la peacuteriode des premiers mouvements du fœtus Au fur et agrave mesure que la transmission diminue le rapport coucirct-beacuteneacutefice du TPI change tandis que les eacuteleacutements de preuve ne sont pas concluants quant au moment drsquoarrecircter le TPI [23] actuellement il est suggeacutereacute que lorsque la preacutevalence chez les enfants diminue en dessous de 5 on pourrait envisager soit larrecirct du TPI ou lrsquointroduction du deacutepistage et le traitement pour les femmes enceintes [24] La chimio-preacutevention saisonnier du paludisme (CSP) sest aveacutereacutee utile pour preacutevenir environ 75 des eacutepisodes cliniques de paludisme chez les enfants acircgeacutes de moins de cinq ans dans les zones ougrave la transmission se limite agrave quelques mois de lrsquoanneacutee [25] Le ciblage CSP au sein des frontiegraveres nationales deacutepend non seulement de la connaissance des saisons du paludisme mais eacutegalement des risques intrinsegraveques dendeacutemiciteacute preacute-intervention Dans les zones ougrave lintensiteacute de la transmission saisonniegravere historiquement bas les coucircts-avantages de la CSP sont minimes par rapport aux zones ougrave la preacutevalence du parasite est supeacuterieure agrave 5 [26] Il est eacutegalement important de comprendre des niveaux actuels de transmission du paludisme qui permettront de deacutefinir la tranche dacircge eacuteventuellement le plus adapteacute agrave la CSP par exemple 3 mois avant le 5egraveme anniversaire (arbitrairement fixeacute agrave une preacutevalence supeacuterieure agrave 10) ou au fur et agrave mesure que la transmission diminue 3 mois avant 10egraveme anniversaire ougrave la preacutevalence est comprise entre 5 et 10 [27] Lorsque lintensiteacute de la transmission diminue agrave des niveaux faibles les modes de risques parasitaires deviennent de plus en plus heacuteteacuterogegravenes ougrave des foyers de transmission spatialement localiseacutes contribuent pour plus de 80 du risque de transmission entre quartiers [28] Bien quil ny ait pas de regravegles absolues deacuteterminant le moment du controcircle du paludisme on a laisseacute entendre que lorsque la preacutevalence communautaire du paludisme tombe en dessous de 5 [29] il faut adopter des approches plus cibleacutees pour la preacutevention des maladies [30-32] Les eacutetats de tregraves faible preacutevalence parasitaire servent eacutegalement de signaux aux agences de controcircle qui peuvent agrave ce moment-lagrave envisager la reacutevision des strateacutegies de lutte antipaludiques inteacutegrant les mesures drsquoeacuteradication [33] Comprendre lintensiteacute de la transmission du parasite du paludisme est au cœur drsquoune planification de lutte efficace et dans la deacutefinition des pheacutenotypes cliniques neacutecessitant des actions de gestion Tout au long la peacuteriode de controcircle lintensiteacute de la transmission sert drsquoindice

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mesurable du succegraves de lintervention et drsquoun point de reacutefeacuterence pour permettre aux programmes drsquoadapter des combinaisons drsquointerventions pour maximiser les gains et reacuteorienter le controcircle pour la preacute-eacutelimination 2 Mesurer le risque de paludisme 21 Mesurer la transmission endeacutemique stable du paludisme Le taux dexposition au parasite peut ecirctre mesureacute agrave lrsquoaide drsquoune varieacuteteacute de techniques eacutepideacutemiologiques allant de mesures vectorielles deacutetailleacutees de taux de piqures humaines des proportions de vecteurs avec des parasites dans leurs glandes salivaires leur pariteacute et longeacuteviteacute dans des hocirctes humains provenant deacutetudes longitudinales ou transversales drsquoacquisition du parasite de la naissance jusqursquoau premier anniversaire en utilisant des combinaisons de deacutetection des parasites et de seacuterologie [34] Les mesures vectorielles de transmission du paludisme constituent des paramegravetres importants permettant de modeler limpact des interventions Toutefois celles-ci sont difficiles et coucircteuses agrave mesurer de faccedilon empirique dans des conditions de terrain [35] La meacutethode de mesure la plus couramment utiliseacutee pour mesurer lexposition au parasite est le taux parasitaire (TP) chez les hocirctes humains (strictement en ratio tel quil mesureacute agrave une date donneacutee) Le TP est la proportion dindividus en une seule enquecircte transversale au sein drsquoune communauteacute entiegravere ou communauteacute eacutechantillonneacutee qui preacutesentent des signes dune infection paludique au stade sanguin peacuteripheacuterique Le TP nrsquoest pas une mesure directe de transmission car elle se sature agrave des niveaux eacuteleveacutes de transmission en raison de piqures heacuteteacuterogegravenes de multiples infections et dimmuniteacute acquise Des modegraveles matheacutematiques ont eacuteteacute deacuteveloppeacutes pour traduire les valeurs de TP en valeurs de taux dinoculations entomologiques (TIE) ou de taux de reproduction de base de linfection [28] Neacuteanmoins sur le plan pratique des programmes de lutte contre le paludisme utilisent le TP en tant que marqueur direct dintensiteacute de transmission Pendant legravere du Programme mondial deacuteradication du paludisme (GMEP) dans les anneacutees 1950 et 1960 la preacutevalence du parasite paludique chez les enfants eacutetait consideacutereacutee comme un indice mesurable et deacutefinitif du risque qui permettrait de deacutefinir la maniegravere dont les interventions eacutetaient spatialement cibleacutees et les progregraves mesureacutes [36-41] Suite agrave la confeacuterence sur le paludisme en Afrique tenue agrave Kampala en Ouganda en 1950 [42] les experts du paludisme ont convenu dun ensemble de classifications drsquoendeacutemiciteacute stable du paludisme sur la base de la preacutevalence drsquoinfection par le P falciparum chez les enfants acircgeacutes entre 2 et 10 ans (PfPR2-10) ou chez les nourrissons or infants transmission hypo-endeacutemique ougrave PfPR2-10 eacutetait infeacuterieur agrave 10 la transmission meacuteso-endeacutemique ougrave le PfPR2-10 se situait entre 10 et 50 la transmission hyper-endeacutemie ougrave le PfPR2-10 se situait entre 51 et le75 et la transmission holo-endeacutemique ougrave la preacutevalence de linfection chez les nourrissons eacutetait gt 75 [36] Ces terminologies eacutetaient deacutejagrave utiliseacutees avant mecircme la confeacuterence de Kampala mais se referaient geacuteneacuteralement agrave la preacutevalence moins speacutecifique de spleacutenomeacutegalie chez les enfants Aujourdrsquohui ces terminologies sont rarement utiliseacutees La transmission holo-endeacutemique est rarement deacutefinie de faccedilon empirique chez les nourrissons et fait geacuteneacuteralement lrsquoobjet drsquoestimations agrave partir de tranches dacircge utiliseacutees

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pour trier les autres classes dendeacutemiciteacute En tant que telle elle est geacuteneacuteralement consideacutereacutee comme un eacutetat ougrave PfPR2-10 est ge 75 Fait plus important encore ces classifications ont conserveacute une valeur qualitative dans les descriptions nationales de lintensiteacute de la transmission depuis plus de 60 ans 22 Mesurer le risque lorsque la preacutevalence est faible et lutilisation de donneacutees de cas courants Lrsquooptimisation et lrsquoopeacuterationnalisation des deacutefinitions de lintensiteacute de transmission du paludisme ont reacutecemment eacuteteacute revues pour fournir des paramegravetres permettant drsquoaider agrave la prise de deacutecisions sur le moment ougrave des pays ou des reacutegions au sein des pays pourraient deacutecider deacutelaborer un programme deacuteradication [33] Le paludisme controcircleacute agrave faible endeacutemie a eacuteteacute proposeacutee comme un eacutetat ougrave les interventions auraient pu reacuteduire le taux parasitaire moyen dans un eacutechantillon repreacutesentatif au niveau national en dessous de 1 au cours de la saison de transmission de pointe tandis que les niveaux de preacutevalence dans les sous-populations restent infeacuterieurs agrave un seuil plus eacuteleveacute (par exemple infeacuterieure agrave une preacutevalence de 5) pour permettre une heacuteteacuterogeacuteneacuteiteacute dans endeacutemiciteacute causeacutee par la transmission focale Etant donneacute que la composante laquocontrocircleacuteeraquo de cette deacutefinition ne concerne pas une reacutegion dans laquelle la transmission du paludisme eacutetait toujours historiquement faible cela se distingue du paludisme agrave faible endeacutemie [33] En tant que tel il y a de plus en plus drsquoadaptations de la classification hypo-endeacutemique pour inclure des zones deacutefinies par un PfPR2-10 de lt1 et de lt5 [2] Il existe eacutegalement un facteur deacutechantillonnage pratique lorsque lintensiteacute de transmission devient tregraves faible ou instable Cela exige des enquecirctes communautaires de plus en plus grandes et plus reacutepeacuteteacutees afin de fournir des estimations avec une preacutecision fiable Dans cet eacutetat de transition la deacutecision quant agrave savoir srsquoil faut abandonner les enquecirctes communautaires en faveur des enquecirctes de deacutepistage passif etou actif et de preacutevalence de drsquoinfection par la fiegravevre doivent ecirctre faites Ceci a eacuteteacute deacutefini sur le plan opeacuterationnel au cours du GMEP laquoToutefois aussi tocirct que le volume geacuteneacuteral du paludisme a eacuteteacute reacuteduit dans une mesure consideacuterable les indices fournis par les enquecirctes paludomeacutetriques ne seront plus suffisamment sensibles pour mesurer de nouveaux progregraves Lanalyse des donneacutees deacutevaluation des programmes deacuteradication ainsi que des observations plus eacutetroites dans le domaine ont montreacute qursquoon atteint le point ougrave les enquecirctes paludomeacutetriques cessent decirctre suffisamment sensibles lorsque le taux de parasites chute agrave un niveau compris entre 1 et 3 [43] raquo Les termes transmission laquo stable raquo et laquo instable raquo sont largement utiliseacutes mais rarement quantifieacutee Cette distinction est importante car la transition vers les eacutetats instables implique une transition vers leacuteradication La classification laquo stable-instable raquo a eacuteteacute introduite en paludologie par Sir Ronald Ross [Ross 1916] et adapteacutee par George Macdonald pour mesurer lendeacutemiciteacute du paludisme ougrave la stabiliteacute a eacuteteacute deacutefinie quantitativement par le nombre moyen de piqures quun moustique effectue chez un homme au cours de sa vie [3944] Lindice de stabiliteacute cependant exige des donneacutees entomologiques deacutetailleacutees qui sont rarement disponibles Qualitativement le paludisme stable se reacutefegravere agrave des situations relativement insensibles aux changements environnementaux naturels et artificiels Le paludisme instable se trouve dans des zones tregraves sensibles aux accidents climatiques exceptionnels se precircte facilement agrave leacuteradication

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et preacutevaut souvent dans des zones dariditeacute extrecircme ougrave les changements brusques des preacutecipitations habituelles peuvent conduire agrave des eacutepideacutemies Lindice de veacutegeacutetation ameacutelioreacute (EVI) deacuteriveacutee de limagerie du capteur MODerate-resolution Imaging Spectroradiometer (Radiomegravetre spectral pour imagerie de reacutesolution moyenne) (MODIS) a eacuteteacute utiliseacute pour deacutelimiter les zones soumises agrave lariditeacute extrecircme et donc potentiellement des zones de transmission instable du paludisme [245-47] Cependant limagerie par satellite EVI fournit une visualisation strieacutee de lariditeacute agrave travers le Mali le Niger et le Tchad (en fonction de la qualiteacute de limagerie) Malgreacute une illusion de preacutecision pour la transmission du paludisme instable cela na jamais eacuteteacute valideacute par des donneacutees empiriques sur lincidence clinique ou la preacutevalence Nous avons donc eacuteviteacute lutilisation de lindice de veacutegeacutetation ameacutelioreacute dans les deacutefinitions ulteacuterieures de la transmission du paludisme instable Une deacutefinition plus preacutecise du paludisme laquoinstableraquo est baseacutee sur les cas dincidence La mesure de lincidence du paludisme exige que tous les cas soupccedilonneacutes du paludisme soient diagnostiqueacutes gracircce agrave un systegraveme de surveillance complet comprenant le deacutepistage passif des cas (DPC) par lexamen parasitologique des personnes soupccedilonneacutees geacuteneacuteralement des cas feacutebriles preacutesentant les services sanitaires compleacuteteacutees par le deacutepistage actif des cas (DAC) les deacutepistages des cas de fiegravevre effectueacutes par des visites agrave domicile agrave intervalles reacuteguliers [34404341] Les reacutesultats sont geacuteneacuteralement exprimeacutes sous forme drsquoincidence parasitaire annuelle (IPA) pour tous les 1 000 habitants au sein de lensemble de la population des zones administratives pour lesquelles il est repreacutesentatif Au cours du GMEP lIPA neacutetait consideacutereacutee valable que si le taux dexamen sanguin annuel (TESA) la proportion de la population cible examineacutee deacutepassait 10 [4048] Lautre meacutetrique souvent preacutesenteacute est le taux de positiviteacute des lames (TPL) Ces indices de surveillance sont relieacutes comme suit API = (ABER SPR) 10a [49] Au cours des derniegraveres activiteacutes de cartographie aux niveaux mondial [45] et reacutegional [247] on a preacutefeacutereacute utiliser une valeur tregraves conservatrice de cas dincidence de lt1 cas pour 10 000 habitants Bien que cela reconnaisse les difficulteacutes agrave mesurer lincidence de cas il suppose que lidentification des cas gracircce agrave des systegravemes routiniers continue agrave ecirctre aussi faible comme cela a eacuteteacute le cas au cours des deux derniegraveres deacutecennies Des systegravemes dinformations sanitaires et les taux de cas de parasites confirmeacutes srsquoameacuteliorent agrave travers lAfrique Le deacutefi agrave preacutesent est de faire en sorte que soit faite la meilleure utilisation possible de ces donneacutees conformeacutement agrave la deacutefinition de lrsquoOMS de preacute-eacuteradication accepteacutee qui est de lt1 cas pour 1 000 [17 31 32] personnes ougrave cela peut ecirctre enregistreacutee en toute confiance ou des donneacutees partiellement incomplegravetes provenant des systegravemes de santeacute utiliseacutees par la majoriteacute de la population peuvent ecirctre efficacement spatialement modeacuteliseacutees Lors de nombreuses demandes de financement de leacutetranger des strateacutegies nationales de lutte contre le paludisme ou des examens de programmes de lutte contre le paludisme les incidences

a La division par dix est neacutecessaire parce que lrsquoAPI est exprimeacute par tranches de 1000 et les autres termes par tranches de 100

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ou le nombre de cas signaleacutes par les systegravemes dinformation de santeacute de routine (SIS) sont de plus en plus preacutesenteacutes dans les cartographies agrave travers lAfrique subsaharienne notamment au Beacutenin au Botswana au Burkina Faso au Congo en Cocircte dIvoire en Erythreacutee en Guineacutee Bissau au Malawi en Mauritanie au Mozambique agrave Sao Tomeacute-et-Principe au Seacuteneacutegal au Togo agrave Zanzibar et au Zimbabwe [50] Ces donneacutees sont incomplegravetes et ne reflegravetent pas toujours les cas confirmeacutes parasitologiquement Neacuteanmoins ces exemples mettent en eacutevidence lrsquointeacuterecirct croissant dans lapplication des donneacutees de cas de paludisme de routine agrave la stratification et cartographie du risque de paludisme Des donneacutees imparfaites et incomplegravetes sur le paludisme ont reacutecemment eacuteteacute modeacuteliseacutees agrave lrsquoaide des meacutethodes geacuteostatistiques avanceacutees pour en faciliter lutilisation des donneacutees mensuelles incomplegravetes et les emplacements des eacutetablissements de santeacute geacuteocodeacutees en Namibie [51] et en Zambie [52] Ces nouvelles approches pour le traitement des donneacutees incomplegravetes de routine en combinaison avec des capaciteacutes de diagnostic redimensionneacutees offre de nouvelles possibiliteacutes inteacuteressantes pour modeacuteliser le cas dincidence ougrave la plupart des fiegravevres cherchent un traitement dans les secteurs formels et la plupart des fiegravevres sont parasitologique confirmeacutees Pour les pays ou zones se trouvant agrave linteacuterieur des pays cherchant agrave parvenir agrave eacuteradiquer le paludisme en Afrique des combinaisons de PCD et ACD avec deacutepistage des cas sont deacutejagrave en cours en Afrique du Sud [53] au Swaziland [54] agrave Zanzibar [55] au Cap-Vert [56] et dans les districts limitrophes du fleuve Seacuteneacutegal au Seacuteneacutegal [57] Le passage du controcircle agrave la preacute-eacuteradication est un continuum Par conseacutequent les mesures utiliseacutees pour deacutefinir ces paramegravetres doivent ecirctre refleacuteteacutees par des combinaisons de mesures en fonction de la disponibiliteacute et de la qualiteacute des donneacutees nationales Lorsquil ny a pas de systegravemes dinformation de santeacute fiables et lagrave ougrave la preacutevalence parasitaire reste eacuteleveacute il est fondamental dutiliser la preacutevalence dinfection agrave base communautaire comme indicateur de risque Lorsque leacuteradication est un objectif preacutedeacutefini la deacutetection de toutes les infections plutocirct que de tous les eacuteveacutenements pathologiques devient une prioriteacute Toutes les meacutetriques de risque doivent permettre de stratifier les reacutegions geacuteographiques avec une preacutecision adeacutequate Ces stratifications devraient permettre drsquoeacutetablir un lien quant agrave ce qui est neacutecessaire pour deacuteplacer une reacutegion plus loin dans le continuum vers le deacutefi ultime de leacuteradication Il ny a pas de lignes directrices deacutefinitives pour ce qui peut ecirctre mesureacute et sur les critegraveres neacutecessaires pour entamer lrsquoadaptation des strateacutegies de controcircle Nous travaillons en eacutetroite collaboration avec lOMS pour veiller agrave ce que cela soit plus clair dans un proche avenir 3 Lhistoire des enquecirctes parasitaires nationales en Afrique Certaines des enquecirctes nationales plus anciennes en matiegravere de preacutevalence de linfection ont eacuteteacute entreprises au Seacuteneacutegal en 1905-1906 [58] en Algeacuterie en 1908 [59] au Ghana en 1913 [60] agrave Zanzibar en 1923-1926 [61] et agrave lrsquoicircle Maurice entre 1923 et 1925 [62] Les enquecirctes parasitaires nationales ont eacuteteacute recommandeacutees agrave travers lAfrique pendant les phases preacuteparatoires et les phases dattaque de leacuteradication du paludisme dans le cadre du Projet GMEP [40 43 48] Celles-ci eacutetaient fondeacutees sur des meacutethodes deacutechantillonnage statistique pour permettre une

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plus grande preacutecision de preacutevalence de chaque communauteacute en fonction des niveaux de preacutevalence attendus [63] Des exemples de ces enquecirctes nationales srsquoeacutetendent sur 30 ans de preacuteparation pour le controcircle du paludisme en Afrique y compris les enquecirctes meneacutees avant la Confeacuterence de Kampala en Egypte en 1936 [64] au Cap-Vert en 1946 [65] au Libeacuteria en 1948 [66] et en Namibie en 1950 [67] et apregraves la Confeacuterence de Kampala au Maroc en 1951-1953 [68] au Mozambique 1952 [6970] agrave Madagascar entre 1952 et 1953 [71] en Angola 1953 [72] au Beacutenin 1954 [73] au Cameroun en 1954 [74] au Zimbabwe en 1956 [75] au Seacuteneacutegal en 1960 [76] au Soudan en 1961-1963 [77] en Somalie entre 1960 et 1961 [7879] au Botswana en 1962 [8081] au Togo entre 1962 et 1964 [82] en Mauritanie entre 1963 et 1965 [8384] en Sierra Leone entre 1963 et 1966 [85] en Algeacuterie entre 1964 et 1965 [86] en Ethiopie entre 1964 et 1965 [8788] en Ouganda entre 1965 et 1967 [89] et en Zambie entre 1969 et 1972 [90] Des exemples de repreacutesentations dessineacutees agrave la main de ces donneacutees denquecirctes nationales sont preacutesenteacutes dans le scheacutema 2 Scheacutema 2 Exemples denquecirctes nationales sur la preacutevalence du paludisme pendant legravere du GMEP a) au Seacuteneacutegal [76] b) en Ouganda [89] c) en Angola [72] d) au Mozambique [70] e) au Soudan [77] f) au Cameroun [74]

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Au deacutebut le Centre Muraz baseacute agrave Bobo Dioullaso au Burkina Faso faisait office du siegravege sous reacutegional du Service Geacuteneacuteral dHygiegravene et de Prophylaxie (SGHMP) qui fournissait des preacuteconisations meacutedicales et sanitaires ainsi que la recherche pour les pays qui constituaient la Feacutedeacuteration des pays de lrsquoAfrique occidentale Franccedilaise (AOF) En 1955 des enquecirctes aupregraves des meacutenages de grande ampleur ont eacuteteacute entreprises depuis le Centre Muraz agrave travers la sous-reacutegion pour eacutetablir la preacutevalence du pian et de la syphilis Le chef de la section de lutte contre le paludisme le commandant docteur Choumara a suggeacutereacute qursquoon pourrait inclure des enquecirctes compleacutementaires sur le paludisme sans occasionner des coucircts suppleacutementaires et sans retarder le travail de leacutequipe de Treacuteponeacutematoses Au cours des anneacutees suivantes les premiegraveres cartographies sous-reacutegionales de la preacutevalence empirique du paludisme ont eacuteteacute eacutelaboreacutees [91] (scheacutema 3) Scheacutema 3 Reacutesultats des enquecirctes paludomeacutetriques sous-reacutegionales meneacutees dans le cadre drsquoenquecirctes de treacuteponegraveme en milieu et agrave la fin des anneacutees 1950 par le Centre Muraz agrave travers lrsquoAOF [91]

Pendant les efforts deacuteradication un certain nombre de pays ont maintenu des enquecirctes communautaires parasitologiques eacutetendues mais pour la majoriteacute des pays dAfrique sub-saharienne les enquecirctes nationales dinfections paludiques aupregraves des meacutenages ont eacuteteacute abandonneacutees En 2005 cinq ans apregraves le lancement de linitiative Roll Back Malaria il a eacuteteacute reconnu quil eacutetait important de ressusciter des enquecirctes nationales des meacutenages sur la preacutevalence de linfection en tant que moyen pour permettre de suivre les progregraves au niveau des pays [9293] Les trois principaux veacutehicules denquecircte pour recueillir les donneacutees nationales contemporaines de

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preacutevalence parasitaires eacutetaient les modules de paludisme de lrsquoEnquecircte deacutemographique et de santeacute geacutereacutes par le programme ameacutericain MESURE-ICF [94] les Enquecirctes en grappes agrave indicateurs multiples geacutereacutees par lUNICEF [95] et les EIP autonomes geacutereacutees par les programmes nationaux de lutte contre le paludisme et leurs partenaires de drsquoenquecircte Ces enquecirctes sont effectueacutees avec un accent sur le suivi des eacutevolutions dans la couverture dintervention et du taux de mortaliteacute des enfants de moins de cinq ans dans le premier niveau des zones administratives (province Eacutetat Gouvernorat etc) Lrsquoeacutechantillonnage national stratifieacute et pondeacutereacute selon la population ne se fonde pas sur la preacutecision autour de la preacutevalence du paludisme Lune des conseacutequences est que les uniteacutes primaires deacutechantillonnage qui en deacutecoulent ne repreacutesentent qursquoun tregraves petit nombre dindividus eacutechantillonneacutes pour linfection par le paludisme Ceci est une distinction importante entre les enquecirctes nationales sur le paludisme meneacutees au cours de legravere du Projet GMEP qui ont eacuteteacute conccedilues sur la base de leur capaciteacute agrave deacutefinir la preacutevalence dinfection [63] Les enquecirctes nationales actuelles comprennent des combinaisons de meacutethodes de deacutepistage des parasites dans diffeacuterents tranches dacircge en fonction de lenquecircte nationale Cependant la majoriteacute se focalise uniquement sur les enfants acircgeacutes drsquoentre 6 mois agrave cinq ans ce qui constitue une tranche dacircge moins informative en termes de preacutevalence dinfection par rapport aux enquecirctes comprenant une fourchette dacircge denfance beaucoup plus eacutetendue [96] et qui repeacutesente une autre rupture par rapport aux enquecirctes nationales meneacutees entre les anneacutees 1950 et 1960 qui eacutetaient axeacutees sur les enfants de moins de 10 ou de moins de 15 ans ou qui ont pris en consideacuteration tous les membres du meacutenage Malgreacute ces limites il y a eu une augmentation importante de donneacutees empiriques sur la preacutevalence dinfection par le paludisme en Afrique par rapport agrave ce qui eacutetait disponible dans une vaste zone geacuteographique depuis plus de 40 ans Depuis 2006 les enquecirctes nationales sur le parasites du paludisme ont eacuteteacute entreprises en Angola (2006 et 2011) au Botswana (2012) au Beacutenin (2012) au Burkina Faso (2010 et 2014) au Burundi (2012) au Cameroun (2011) au Tchad (2011) aux Comores (2010b) en Cocircte dIvoire (2012) en Reacutepublique deacutemocratique du Congo (2011b) aux Comores (2010b) en Cocircte dIvoire (2012) en Reacutepublique deacutemocratique du Congo (DRC) (2009 et 201314) au Djibouti (2009b) en Guineacutee eacutequatoriale (2007 and 201011b) en Erythreacutee (2002 et 2012b) en Ethiopie (2006 2007 et 2011b) au Gabon (2007 adultes uniquementb) en Gambie (2008b 2010b 2013b et 2015b) Ghana (2011 and 2014) Guineacutee (2012 and 201415) Guineacutee Bissau (200809b) Kenya (2007b 2010b et 2015b) au Liberia (2009 et 2011) agrave Madagascar (2011 and 2013) au Malawi (2000 2009 2012 et 2014) au Mali (2010) Mozambique (2002a 2007a et 2011) en Namibie (2009a) au Nigeria (2010) au Rwanda (2007 et 201011) au Seacuteneacutegal (20089 201011 201213 et 201314) en Sierra Leone (2013) en Somalie (2005b et 2014b) au Sud-Soudan (2009b et 2013b) au Soudan (2005b 2009b et 2012b) au Swaziland (2010b) en Tanzanie (20078 et 201112) au Togo (201314) en Ouganda (2009 et 201415) en Zambie (2006b 2008b 2010b et 2012a) agrave Zanzibar (2007 2010 et 201112) et au Zimbabwe (2009 et 2012)

b Donneacutees mises agrave la disposition de lrsquoeacutequipe drsquoINFORM par les programmes nationaux de lute contre le paludisme sans permission pour de partager avec des tiers

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Suivant une augmentation des enquecirctes communautaires sur la preacutevalence drsquoinfection il y a eu une renaissance dans les enquecirctes drsquoeacutecoliers Cette fourchette dacircge fournit une gamme plus optimale pour les recherches sur la preacutevalence dinfection Lagrave ougrave la freacutequentation scolaire est eacuteleveacutee et ougrave lintensiteacute de transmission est stable cette approche consistant agrave mesurer lexposition communautaire aux parasites est moins coucircteuse et exige moins de main-dœuvre que leacutechantillonnage communautaire [9798] Lutilisation de la preacutevalence de linfection chez les eacutecoliers pour suivre les progregraves et limpact de la lutte contre le paludisme et son eacutelimination nrsquoest pas nouvelle Les enquecirctes scolaires ont eacuteteacute entreprises dans le cadre de la surveillance en Rhodeacutesie du Sud (aujourdhui appeleacute le Zimbabwe) [75] au Bechuanaland (aujourdhui appeleacute la Reacutepublique du Botswana) [80] en Ouganda [99 100] en icircle Maurice [62] et en Sierra Leone [101] Au Kenya les enquecirctes sur le paludisme dans les eacutecoles ont eacuteteacute reacuteguliegraverement effectueacutees dans le cadre de la surveillance paludique par la Division des maladies agrave transmission vectorielle (DMTV) depuis sa creacuteation dans les anneacutees 1940 jusquau deacutebut des anneacutees 1990 anneacutee ougrave ces enquecirctes ont eacuteteacute abandonneacutees en raison du manque de fonds [DMTV donneacutees non publieacutees] Des enquecirctes nationales reacutecentes en milieu scolaire ont eacuteteacute restaureacutees au Kenya [102103] en Cocircte dIvoire [104] en Ethiopie [105] en Gambie [106] au Mali [107] en Tanzanie [F Molteni communication personnelle] au Mozambique et au Malawi [Natalie Roschnik communication personnelle] et en Ouganda [108] Le co-eacutechantillonnage a eacuteteacute proposeacute au cours des enquecirctes sanitaires plus eacutetendues dans les anneacutees 1950 pour la lutte contre les treacuteponegravemes et le paludisme [91] ainsi qursquoau cours des enquecirctes nutritionnelles meneacutees en Zambie [90] Reacutecemment les opportuniteacutes partageacutees dont les enquecirctes sur le paludisme meneacutees dans le cadre dautres enquecirctes sanitaires ont eacuteteacute revues notamment le deacutepistage des maladies tropicales neacutegligeacutees [109] ou des enquecirctes nutritionnelles offrant ainsi des possibiliteacutes drsquointeacutegrer des diagnostics du paludisme En Somalie par exemple nous avons travailleacute avec lUniteacute danalyse de la nutrition et de la seacutecuriteacute alimentaire (FSNAU) de lOrganisation pour lalimentation et lagriculture en Somalie de faccedilon agrave inclure des diagnostics rapide du paludisme au cours du deacutepistage des problegravemes nutritionnels au sein des communauteacutes entre 2007 et 2011 [110] 4 Recueil des donneacutees denquecirctes sur la preacutevalence parasitaire Comme nous lavons indiqueacute plus haut il y a eu deux grandes pousseacutees dinteacuterecirct dans les enquecirctes nationales sur la preacutevalence parasitaire toutes les deux gravitant autour des initiatives mondiales pour controcircler et eacuteliminer le paludisme meneacutees par lOMS Cependant il y a eu de nombreuses enquecirctes de terrain sous-nationales et individuelles sur la preacutevalence de lrsquoinfection paludique agrave travers le continent depuis le deacutebut des anneacutees 1900 Le processus didentification de ces donneacutees denquecirctes fut long et ardu la prise en charge vers 20 ans Cette section deacutecrit le processus lextraction de donneacutees et lexhaustiviteacute de ce processus de recherche de donneacutees

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41 Contexte de strateacutegies de recherche de donneacutees Les principes de base de la recherche dinformation sur la preacutevalence dinfection paludique en Afrique ont eacuteteacute rassembleacutes dans le projet de collaboration appeleacute Cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) [4] Cette collaboration a eacuteteacute eacutetendue en 2005 dans le cadre du Projet Malaria Atlas (MAP) (Atlas du risque de paludisme en Afrique [Guerra et al 2007] Ces deux projets provisoires de recueil de donneacutees mettent en eacutevidence un aspect important de la localisation des informations paludomeacutetriques en Afrique dont la plupart proviennent de sources ineacutedites Cela nrsquoaurait pour autant pas surpris les paludologues qui travaillaient en Afrique il y a plus de cinquante ans Bagster-Wilson deacuteclare dans le traiteacute de Boyd sur le paludisme en 1948 qursquolaquoon peut sefforcer de deacutefinir avec plus de preacutecision la reacutepartition du paludisme dans la mesure ougrave les informations disponibles le permettront une grande partie de savoir local se cache dans les rapports officiels non publieacutes qui ne peuvent ecirctre consulteacutes que par le biais des visites dans les pays concerneacutes raquo [111] Pour identifier les sources dinformations nous avons proceacutedeacute agrave des meacutethodes opportunistes aux approches en cascade et nrsquoavons pas respecteacute les meacutethodes rigoureuses proposeacutees pour les examens systeacutematiques ou des meacuteta-analyses [112] eacutetant donneacute qursquoavoir recours uniquement aux donneacutees examineacutees par des pairs se traduirait par lexclusion de preacutecieuses sources de donneacutees de valeur au niveau des pays Nous avons utiliseacute des contacts personnels fait des reacutefeacuterences occasionnelles aux enquecirctes contenues dans les rapports des ministegraveres de la santeacute effectueacute des recherches darchives et effectueacute des recherches dans des publications traditionnelles eacutevalueacutees par les pairs afin de traquer les sources possibles de donneacutees denquecirctes paludiques agrave travers le continent Dans les sections suivantes nous tenterons darticuler les approches adopteacutees pour repeacuterer des informations 42 Recherches dans les archives historiques Depuis 2005 nous avons entrepris des recherches manuelles dans les archives et les bibliothegraveques des instituts ex-coloniaux de meacutedecine tropicale pour repeacuterer des rapports ineacutedits de paludologues travaillant en Afrique avant que les pays nrsquoaccegravedent agrave lindeacutependance Il srsquoagissait notamment de drsquoarchives de lInstitut de Meacutedecine Tropicale Anvers lrsquoInstitut Pasteur Paris Deacutepartement dHistoire de la Meacutedecine Sapienza - Universitagrave di Roma Rome ArchivioItaliano Di Scienze mediche Coloniali Rome Instituto Higiene Medicina Tropical Lisbonne Wellcome Trust Library Londres The National Archives Kew Royaume-Uni et la London School of Tropical Medicine and Hygiene Londres On notera en particulier les rapports de voyage des consultants et les rapports trimestriels de paludologues travaillant pour le compte de lOrganisation mondiale de la santeacute (OMS) agrave partir des anneacutees 1950 jusquaux anneacutees 1970 Ceux-ci fournissent des reacutecits riches et des donneacutees denquecircte des campagnes de preacute-eacutelimination des rapports deacutetape deacutelimination des critiques et des analyses de situation du paludisme au niveau national Toutes ces donneacutees sont archiveacutees dans les bibliothegraveques de lOMS agrave Genegraveve au Caire et agrave Brazzaville (Figure 4) Nous tenons agrave

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remercier les bibliotheacutecaires de ces archives qui nous ont fourni une aide preacutecieuse dans le repeacuterage des documents non publieacutes dans chacun de ces siegraveges de lOMS Figure 4 Archives de lrsquoOMS agrave Genegraveve (agrave gauche) et agrave Brazzaville (agrave droite) Nous avons eacutegalement visiteacute les archives nationales du Ministegravere de la santeacute situeacutees dans les villes de Nairobi Kisumu Eldoret Mombasa et Meru (au Kenya) Entebbe et Jinja (en Ouganda) Sennar Khartoum et Kassala (au Soudan) Thies (au Seacuteneacutegal) Amani (en Tanzanie) Accra (au Ghana) Tzaneen (en Afrique du Sud) et les archives personnelles de lex-directeur de Tzaneen Malaria Research Centre ndash Centre de recherche sur le paludisme (couvrant lAfrique du Sud la Namibie et le Botswana) Les dossiers et les rapports tenus au National Institute of Medical Research (Institut national de la recherche meacutedicale) agrave Amani (Scheacutema 5) a couvert la peacuteriode ougrave le centre eacutetait le siegravege sous-reacutegional de lrsquoInstitute of Malaria and Vector Borne Diseases (Institut est-africain du paludisme et des maladies agrave transmission vectorielle) (1954-1977) Le siegravege du Projet de leacuteradication du paludisme agrave Jinja en Ouganda abritait tous les dossiers des enquecirctes nationales des meacutenages agrave partir des anneacutees 1960 jusquen 2011 quand ceux-ci ont malheureusement eacuteteacute deacutetruits et nous nrsquoavons eacuteteacute en mesure de trouver que ceux qui avaient eacuteteacute deacutemeacutenageacute agrave Entebbe Des rapports annuels des services meacutedicaux et de lrsquoassainissement datant de 1919 produits par les gouvernements coloniaux de la Gambie du Nigeria du Gold Coast (Ghana) de Sierra Leone de Somalie du Kenya de Tanganyika (Tanzanie) de Zanzibar drsquoOuganda du Congo belge (RDC) du Bechuanaland (Botswana ) du Nyassaland (Malawi) de Rhodeacutesie (Zambie et Zimbabwe) de lrsquoicircle Maurice et du Soudan eacutetaient disponibles en eacutetats variables de conservation dans la bibliothegraveque fondeacutee par le Wellcome Trust en 1963 et fait maintenant partie des laboratoires nationaux de santeacute publique appartenant au ministegravere de la santeacute agrave Nairobi Kenya (Figure 5) Au cours du Projet de cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) des scientifiques reacutegionaux ont visiteacute les archives nationales situeacutees dans les villes de Maputo (Mozambique) Bobo Dioulasso (Burkina Faso) Yaoundeacute (Cameroun) Cotonou (Beacutenin) et Lomeacute (Togo) [MARA ARMA 1998] Ces recherches ont identifieacute plusieurs rapports importants

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renfermant des donneacutees denquecirctes nationales Ils nrsquoont cependant pas pris des exemplaires numeacuteriques de rapports originaux Dans la mesure du possible nous avons tenteacute de localiser ces rapports et drsquoen preacuteparer des exemplaires numeacuteriques Cela na pas toujours eacuteteacute couronneacutee de succegraves et nous avons de ce fait inclus certaines donneacutees des issues de la base de donneacutees MARA ARMA des enquecirctes meneacutees agrave lrsquoeacutepoque preacute-indeacutependance avec des citations respectives notamment celles reacutecupeacutereacutees du Centre Muraz agrave Bobo Dioulasso Des exemplaires numeacuteriques des rapports non-publieacutes issus des archives europeacuteennes et africaines sont mis agrave la disposition des pays dans le cadre du projet INFORM en tant que bibliothegraveques numeacuteriques Scheacutema 5 A gauche Archives du laboratoire national de santeacute publique Nairobi Kenya (Old Wellcome Trust Library) A droite ndash Bibliothegraveque de lrsquoInstitut national de recherche meacutedicale Amani Tanzanie 43 Recherche des donneacutees eacutelectroniques Des bases de donneacutees eacutelectroniques en ligne ont eacuteteacute utiliseacutees comme un moyen didentifier les pairs des donneacutees publieacutees sur la preacutevalence de linfection paludique notamment celles publieacutees depuis les anneacutees 1980 y compris PubMed [113] Google Scholar [114] Armed Forces Pest Management Board (le Conseil dadministration de la lutte antiparasitaire des Forces armeacutees) - Litteacuterature Retrieval System [116] la base de donneacutees de la bibliothegraveque de lrsquoOrganisation mondiale de la santeacute [116] et le service de la bibliothegraveque numeacuterique en ligne de lInstitut de Recherche pour le Deacuteveloppement [117] Nous nrsquoavons pas trouveacute facilement des revues reacutegionales y compris un grand nombre de revues meacutedicales nationales des revues de la santeacute publique et parasitologiques agrave partir des sources ci-dessus Toutefois nous avons trouveacute des titres et des extraits en ligne de lrsquoAfrican Journals Online (AJOL) [118] Dans toutes les recherches de bases de donneacutees numeacuteriques des travaux publieacutes contenant les des mots-cleacutes laquo paludisme raquo et laquonom de paysraquo ont eacuteteacute utiliseacutes Nous avons eacuteviteacute lrsquoemploi des terminologies speacutecialiseacutees issues du systegraveme de meacutetadonneacutees meacutedicales laquoMedical Subject Headings (MeSH)raquo dans les recherches darchives numeacuteriques de faccedilon agrave eacutelargir au maximum

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notre champ de recherche Nous avons effectueacute des recherches de base de donneacutees au moins une fois par an agrave partir de lrsquoanneacutee 2005 Nous avons compleacuteteacute nos recherches par des notifications reacuteguliegraveres hebdomadaires sur le paludisme du service dalerte infos de Malaria World [119] Roll Back Malaria des bulletins dinformations du Programme de santeacute environnementale de lUSAID [120] et Santeacute Tropicale pour les revues nationales et reacutegionales des pays francophones y compris Meacutedecine dAfrique noire [121 ] Les titres et les reacutesumeacutes ont eacuteteacute utiliseacutes pour identifier drsquoeacuteventuelles donneacutees denquecirctes parasitaires transversales dans diverses formes soit en tant qursquoenquecirctes communautaires enquecirctes en milieu scolaire autres meacutethodes de deacutepistage parasitaire ou des essais sur le terrain Nous avons eacutegalement eacutetudieacute des eacutetudes sur la preacutevalence de maladies associeacutees au paludisme lorsque celles-ci sont preacutesenteacutees dans le cadre drsquoenquecirctes sur laneacutemie lrsquoheacutemoglobinopathie la transfusion sanguine ou eacutevaluations de la situation nutritionnelle afin drsquoidentifier les rapports coiumlncidence de la preacutevalence paludique En outre crsquoeacutetait une pratique courante de deacutepister les membres de la communauteacute ou des eacutecoliers au cours des protocoles de sensibiliteacute preacutecoces aux meacutedicaments antipaludeacuteens de sorte agrave enrocircler des personnes infecteacutees aux enquecirctes de suivi post-traitement Souvent des donneacutees issues des sites denquecirctes seacutelectionneacutes permettaient de fournir le nombre de personnes deacutepisteacutees et le nombre de personnes infecteacutees Les enquecirctes aupregraves des populations feacutebriles ou des personnes freacutequentant des cliniques ont eacuteteacute exclues Les publications avec des titres ou des extraits pouvant indiquer la preacutesence des donneacutees parasitaires possibles ont eacuteteacute soit teacuteleacutechargeacutees agrave partir darchives de revues offertes en ligne en libre accegraves ou provenant de HINARI (lInitiative daccegraves aux recherches pour la santeacute) [122] A chaque fois que les publications nrsquoeacutetaient pas disponibles sur HINARI en libre accegraves nous visitions les archives des bibliothegraveques du Royaume-Uni agrave la London School of Hygiene and Tropical Medicine la Liverpool School of Tropical Medicine la bibliothegraveque Bodleian agrave lUniversiteacute dOxford ou la Bibliothegraveque de lInstitut Pasteur Paris pour obtenir en obtenir des exemplaires Nous faisions des demandes de reacutefeacuterences que nous nrsquoarrivions pas agrave trouver suivant ces recherches agrave laide du catalogue mondial des recherches agrave travers les bibliothegraveques dOxford factureacutees agrave la page Toutes les publications agrave partir desquelles des donneacutees ont eacuteteacute extraites ont eacuteteacute contreveacuterifieacutees agrave lrsquoaide des bibliographies provenant dautres sources qursquoon aurait oublieacutees ou qui correspondraient agrave des documents non publieacutes ou laquodocuments parallegravelesraquo qui ne sont geacuteneacuteralement pas controcircleacutes par les eacutediteurs commerciaux Les auteurs des articles eacutevalueacutes par les pairs ont souvent eacuteteacute contacteacutes pour nous renseigner sur des informations compleacutementaires dans leur document et nous indiquer dautres travaux non publieacutes dans leur zone geacuteographique ou de leur institution

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44 Autres sources de donneacutees Les enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages ayant inteacutegreacute la preacutevalence parasitaire sont deacutecrites dans la section 3 Les donneacutees provenant de ces enquecirctes sont soit disponibles en formats teacuteleacutechargeables agrave partir du programme ICF MEASURE ou ont eacuteteacute fournis au projet INFORM par les programmes nationaux de lutte antipaludique dans le cadre daccords de collaboration Pour dautres donneacutees eacuteventuellement ineacutedites et propres aux sites sur la preacutevalence du paludisme nous avons consulteacute des sites Web et contacteacute les organisations non gouvernementales (ONG) travaillant en Afrique pouvant avoir entrepris des eacutevaluations sanitaires comprenant des enquecirctes parasitologiques au sein des communauteacutes aupregraves desquelles elles œuvraient Il srsquoagissait notamment de Meacutedecins sans Frontiegraveres [123] MERLIN [124] le Centre Carter [125] Selon lUniteacute danalyse de la seacutecuriteacute alimentaire et de la nutrition en Somalie (FSNAU) [126] Shape Consulting [127] Save the Children [128] Malaria Consortium [129] et MENTOR [130] Gracircce aux contacts fournis par ces agences nous avons pu trouver des donneacutees provenant de sites drsquoenquecirctes en Guineacutee en Sierra Leone en Cocircte dIvoire en Tanzanie au Libeacuteria en Somalie au Kenya en Ouganda au Nigeria en Ethiopie au Mali et au Soudan du Sud Les extraits des ouvrages publieacutes par Tropical Medicine ainsi que ceux issus des reacuteunions sur le paludisme ont eacuteteacute identifieacutes provenant de sources les plus diverses possibles et produits dans le cadre de confeacuterences et de congregraves nationaux et internationaux Ceux-ci ont eacuteteacute utiliseacutes pour signaler drsquoeacuteventuelles donneacutees solliciteacutees par correspondance des auteurs drsquoextraits Notre preacutesence reacutegionale et les liens que nous entretenons avec la communauteacute de recherche sur le paludisme en Afrique a permis de faire naicirctre une prise de conscience quant agrave lobjectif et agrave lambition de la recherche sur la cartographie du paludisme commenceacute en 1996 sous la collaboration MARA ARMA [35] Nous avons profiteacute de cette connectiviteacute reacutegionale des chercheurs pour contacter directement les collegravegues travaillant sur leacutepideacutemiologie du paludisme de sorte agrave rechercher des donneacutees ventileacutees et speacutecifiques au site souvent ineacutedites La volonteacute de partager des donneacutees non publieacutees sur les enquecirctes parasitaires a eacuteteacute sans preacuteceacutedent Au 1er Juillet 2015 plus de 700 scientifiques et speacutecialistes individuels de la santeacute publique ont fourni des informations ventileacutees sur les donneacutees publieacutees donneacutees non-publieacutees ou ont apporteacute leur concours agrave la localisation des communauteacutes eacutechantillonneacutees agrave travers lAfrique Nous avons tenu agrave les remercier dans lannexe accompagnant le preacutesent rapport ainsi que sur le site Web INFORM [131] Les instituts reacutegionaux menant des recherches sur le paludisme et leurs partenaires de collaboration eacutetaient toujours agrave lavant-garde dans la fourniture de donneacutees non publieacutees Il convient de mentionner particuliegraverement les Medical Research Council Laboratories (Gambie) les partenariats de collaboration entre le Kenyan Medical Research Institute et le Wellcome Trust Universiteacute dOxford US Centers for Disease Control Universiteacute de Nagasaki et Walter Reed (Kenya) le Centre de Recherche et de formation sur le paludisme (Mali) Uganda Malaria Surveillance Project (Ouganda) les partenariats de collaboration tisseacutes entre Ifakara Health Institute et le Swiss Tropical Institute la London School of Hygiene and Tropical Medicine et US

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Centers for Disease Control (Tanzanie) Dar es Salaam Urban Malaria Control Project (Tanzanie) National Medical Research Institute agrave Amani (Tanzanie) Institut Pasteur (Madagascar) lrsquoInstitut de Recherche pour le deacuteveloppement (Seacuteneacutegal) Centre de Rechercheacute en Santeacute de Nouna (Burkina Faso) Institute for Endemic Diseases University of Khartoum (Sudan) Blue Nile Health Project-Giezera State University (Sudan) Centro Investigaco Saude Angola (Angola) Liverpool School of Tropical Medicine Wellcome Trust and College of Medicine Programme collaboratif de lrsquoUniversity of Malawi (Malawi) South African Medical Research Council (Afrique du Sud Mozambique et Swaziland) le programme de collaboration du Swiss Tropical and Public Health Institute et de lInstitut de la santeacute publique (Cocircte dIvoire) le programme de collaboration du US Centers for Disease Control (Togo) partenariats de collaboration du Prince Leopold Institute (Burundi Beacutenin et Rwanda) Malaria Institute agrave Macha (Zambie) Medical Research CentreOuganda Virus Research Institute (Ouganda) lEcole de Santeacute Publique de Kinshasa (RDC) et le Southern African Malaria Consortium (Zimbabwe) 5 Abstraction des donneacutees drsquoenquecircte 51 Exigences minimales en matiegravere de donneacutees De chacun des rapports drsquoenquecircte les champs de donneacutees minimales requises pour chaque enregistrement sont les suivants description de la zone deacutetude (nom divisions administratives et coordonneacutees geacuteographiques cas eacutecheacuteant) dates de deacutebut et de fin de lenquecircte (mois et anneacutee) et renseignements sur de lexamen sanguin (nombre de personnes deacutepisteacutees nombre de personnes constateacutees positives pour infection au Plasmodium par espegravece) meacutethodes utiliseacutees pour deacutetecter linfection (microscopie tests de diagnostic rapide (TDR) reacuteaction en chaicircne par polymeacuterase (PCR) ou combinaisons) et lrsquoacircge le plus bas et la population eacutetudieacutee Pour les donneacutees provenant des essais controcircleacutes et randomiseacutes dintervention les donneacutees nrsquoont eacuteteacute seacutelectionneacutees que lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees de base de preacute-intervention et celles issues des enquecirctes de suivi transversales ulteacuterieures au sein des populations teacutemoins Lorsque des cohortes dindividus ont eacuteteacute interrogeacutees agrave plusieurs reprises dans le temps nous nous sommes efforceacutes dinclure uniquement la premiegravere enquecircte et les enquecirctes ulteacuterieures lorsque celles-ci nrsquoavaient qursquoun eacutecart drsquoau moins cinq mois par rapport agrave la date denquecircte initiale pour eacuteviter toute deacutependance entre les observations baseacutees sur le traitement des personnes infecteacutees preacuteceacutedentes Lorsqursquoil neacutetait pas possible de ventiler les enquecirctes reacutepeacuteteacutees celles-ci eacutetaient deacutefinitivement exclues de lanalyse Plusieurs pays ont maintenu des enquecirctes sanguines de masse apregraves avoir atteint les phases de consolidation de leacutelimination La dureacutee des phases de preacute-eacutelimination drsquoattaque de consolidation et dentretien deacutelimination varie entre les pays [47] Nous avons choisi dexclure les donneacutees eacutechantillonneacutees apregraves les dates ougrave les pays mettant en œuvre des programmes drsquoeacutelimination avaient commenceacute agrave utiliser des taux drsquoincidence deacuteriveacutes des indices parasitaires annuels ou lorsque des enquecirctes sanguines de masse eacutetaient utiliseacutees pour deacutemontrer labsence de transmission en Algeacuterie (1967) en Egypte (1965) en Libye (1967) en icircle Maurice (1957) au Maroc (1969) en Reacuteunion (1953) et en Tunisie (1968)

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Parfois les rapports preacutesentaient le nombre total de personnes examineacutees dans un certain nombre de villages et le pourcentage de personnes controcircleacutees positives par village ici nous avons supposeacute que le deacutenominateur par village eacutetait eacutequivalent au nombre total de personnes examineacutees diviseacute par le nombre total de villages Il eacutetait possible deacutetablir lanneacutee de chaque enquecircte cependant il eacutetait parfois impossible drsquoeacutetablir le mois de lenquecircte agrave partir des rapports denquecirctes Dans ce cas de figure nous avons utiliseacute des descriptions saison laquohumideraquo et saison laquosegravecheraquo premier ou deuxiegraveme trimestre scolaire ou dautres informations pour parvenir agrave une approximation du mois de lenquecircte et avons inclus un rapport sur cette hypothegravese Certains reacutesultats de lenquecircte ont eacuteteacute signaleacutes en tant qursquoagreacutegat dans lespace (par exemple un seul PfPR pour un groupe de villages) ou dans le temps (par exemple un PfPR moyen estimeacute agrave partir de quatre enquecirctes diffeacuterentes meneacutees au fil du temps) Dans de tels cas nous avons soit chercheacute dautres rapports des mecircmes enquecirctes avec une reacutesolution spatiale ou temporelle plus eacuteleveacutee Lagrave ougrave cela na pas eacuteteacute possible et ougrave des groupes de villages deacutepassaient 5 km2 nous avons exclu du dossier de lanalyse (voir ci-dessous) Lorsque des informations suppleacutementaires eacutetaient neacutecessaires pour fournir des donneacutees speacutecifiques par village dans un moment preacutecis nous avons demandeacute aux auteurs de nous fournir tout renseignement ou document manquant 52 Meacutethodes de deacutetection parasitaires Compte tenu de son ubiquiteacute en tant qursquooutil de diagnostic paludique la meacutethode preacutefeacutereacutee de deacutetection parasitaire eacutetait la microscopie Aucune distinction nrsquoeacutetait faite entre la microscopie optique ou par fluorescence La qualiteacute de la veacuterification de lame [132133] les variations de sensibiliteacute speacutecificiteacute entre les tests de diagnostic rapide (TDR) [134] la capaciteacute des eacutequipes de terrain agrave analyser les TDR de maniegravere fiable [135-138] ou des variations obtenues sur la base de la seacutelection des amorces pour les reacuteactions en chaicircne de la polymeacuterase (PCR) [139] influencent toutes les descriptions de la preacutevalence et auront des variances intrinsegraveques entre les enquecirctes incluses dans la base de donneacutees Il a eacuteteacute deacutemontreacute que les TDR donnent des taux de faux positifs plus eacuteleveacutes que la microscopie [134 140 141] cependant ils ont tendance agrave stratifier agrave fois le taux parasitaire le plus bas (lt1) et le plus eacuteleveacute (gt50) avec plus de preacutecision par rapport agrave la microscopie courante [133 141] Une analyse drsquoun grand recueil de donneacutees sur les taux parasitaires des communauteacutes a deacutemontreacute quil y avait une diffeacuterence minime dans les estimations du taux moyen global de preacutevalence de P falciparum dans une analyse des donneacutees correspondantes apparieacutees issues des enquecirctes communautaires ayant utiliseacute la microscopie et les TDR pour les examens parasitaires [46] Neacuteanmoins les diffeacuterences entre les TDR et la microscopie en matiegravere de leur capaciteacute agrave deacutetecter des dinfections mineures lorsquelles sont geacutereacutees dans des conditions normales restent un preacutejugeacute systeacutematique inheacuterent aux donneacutees [141] que nous sommes incapables de controcircler Nous sommes eacutegalement incapables de controcircler la qualiteacute des analyses de donneacutees des enquecirctes en utilisant uniquement la microscopie Le principal problegraveme de la microscopie lorsquelle est utiliseacutee dans le cadre les enquecirctes-eacutechantillons nationales est la qualiteacute de la preacuteparation des lames (coloration et entreposage) et

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ou les garanties de la veacuterification de la qualiteacute (VQ) des analyses des lames Dans ce cas de figure nous avons en consultation avec les responsables des enquecirctes nationales ducirc faire plusieurs jugements de valeur Par exemple pour les enquecirctes nationales aupregraves des meacutenages au Soudan en Somalie au Malawi et en Angola nous avons choisi dinteacutegrer les preacutevalences dinfection obtenues gracircce aux TDR plutocirct les estimations provenant des analyses des lames de microscopie Par contre pour drsquoautres pays tels que le Kenya et lOuganda nous avions des garanties quant agrave la qualiteacute des analyses des preacutelegravevements sanguins pendant enquecirctes sur les indicateurs du paludisme Il ny a pas de regravegles absolues pour ces deacutecisions A chaque fois que des preuves quant agrave la qualiteacute des analyses des lames nous eacutetaient fournies nous avons deacutecideacute drsquoutiliser celles-ci par rapport aux TDR 53 Geacuteocodage des sites drsquoenquecircte Le geacuteocodage de donneacutees la deacutefinition dune longitude et une latitude deacutecimale pour chaque site denquecircte consistait en une tacircche particuliegraverement exigeante En fonction de leur repreacutesentation spatiale les donneacutees eacutetaient classeacutees en tant que villages communauteacutes ou eacutecoles individuelles ou ensemble de communauteacutes dans une zone deacutefinissable correspondant agrave une zone agrave linteacuterieur dun quadrillage de 5 km ou environ 005 degreacutes deacutecimaux au niveau de leacutequateur Dans la mesure du possible nous avons chercheacute agrave conserver des donneacutees ventileacutees au niveau des villages plutocirct que des donneacutees agrave travers une laquogrande eacutetendueraquo Lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees provenant des communauteacutes deacutepassant un quadrillage de 5 km nous avons consideacutereacute ces derniers comme une reacutesolution spatiale trop faible avec une variance importante possible dans le polygone dinformations agrave exclure lors de lutilisation de la modeacutelisation geacuteostatistique avanceacutee En pratique il srsquoagissait ici drsquoun critegravere difficile agrave veacuterifier eacutetant donneacute que la plupart des rapports denquecircte ne fournissaient pas suffisamment de deacutetails sur la superficie de la zone eacutetudieacutee Une utilisation plus reacutecente des systegravemes de positionnement mondial (GPS) lors de travaux denquecircte permet une reacuteagreacutegation des donneacutees denquecircte aupregraves des meacutenages avec une plus grande preacutecision Crsquoest eacutegalement utile dans le maintien du critegravere du quadrillage de 5 km tout en combinant des grappes de petites tailles deacutechantillon dans lespace Lutilisation du GPS pour enregistrer des longitudes et latitudes a contribueacute de maniegravere appreacuteciable agrave des enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages depuis circa 2007 [142] Cependant dans les enquecirctes deacutemographiques et sanitaires aupregraves des meacutenages geacutereacutes par le programme ICF-MEASURE un processus de deacuteplacement de coordonneacutees GPS est effectueacute de telle sorte que pour les clusters urbains un deacuteplacement est introduit agrave une distance allant jusqursquoagrave tous les 2 km qui influe rarement sur la preacutecision globale de modeacutelisation eacutetant donneacute que ce processus se fait dans le cadre est dans les zones urbaines Pour les clusters ruraux on fait un deacuteplacement jusqursquoagrave 5 km avec 1 de clusters ruraux suppleacutementaires deacuteplaceacutes jusquagrave une distance de 10 km Ici nous avons passeacute en revue tous les clusters ruraux agrave lrsquoaide de Google Earth pour examiner la mesure dans laquelle les clusters ruraux pourraient avoir eacuteteacute deacuteplaceacutes vers des zones inhabiteacutees et repositionneacutes dans les zones peupleacutees les plus proches

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Pour positionner chaque site denquecircte lagrave ougrave les coordonneacutees GPS ne sont pas disponibles nous avons utiliseacute une varieacuteteacute de ressources numeacuteriques parmi lesquels les plus utiles eacutetaient Encyclopeacutedie Microsoft Encarta (Microsoft 2004) et Google Earth (Google 2009) Drsquoautres sources drsquoarchives numeacuteriques de noms de lieux couramment utiliseacutes sont entre autres le serveur de noms de lieux de la National Geospatial-Intelligence Agency GEOnet Eacutetats-Unis [143] Falling Rain Genomicsrsquo Global Gazetteer [144] Alexandria Digital Library de lUniversiteacute de Californie Eacutetats-Unis [145] African Data Sampler [146] MapCarta [147] Maplandia [148] Global geodatabase-cities [149] Open Street Map [150] VMAP0 [151] et IslamicFinder [152] A travers lAfrique il existe un certain nombre de reacutepertoire toponymique numeacuteriques nationaux pour les lieux habiteacutes les eacutetablissements sanitaires ou les eacutecoles Ce type de reacutepertoires accroicirct en nombre en preacutecision et en couverture Nous les avons obtenus sur demande aupregraves des bureaux nationaux de recensement des ministegraveres de leacuteducation et de la santeacute et des ONG partenaires Cela srsquoest aveacutereacute un outil preacutecieux dans la localisation des communauteacutes au Burkina Faso au Kenya en Gambie au Mozambique agrave Madagascar en Somalie au Malawi en Mauritanie au Ghana au Niger en Namibie au Seacuteneacutegal en Somalie en Afrique du Sud en Tanzanie en Ouganda en Zambie et agrave Zanzibar Bien que nous tentons drsquoutiliser des nomenclatures types et des strateacutegies uniques de nommage dans les reacutepertoires toponymiques numeacuteriques [153] il est difficile drsquoatteindre cela au niveau national ougrave les orthographes changement en fonction des auteurs au fil du temps et ougrave les mecircmes noms de lieux sont reacutepliqueacutees agrave travers un pays En tant que tel lors de lextraction de donneacutees chaque point de donneacutees a eacuteteacute enregistreacute avec autant drsquoinformations geacuteographiques que possible issues de la source Crsquoest bien ces informations qui ont eacuteteacute utiliseacutees au cours du geacuteo-positionnement par exemple pour veacuterifier que le geacuteocodage permettait de cadrer les sites denquecirctes dans les uniteacutes administratives deacutecrites dans le rapport ou qursquoil correspondait agrave dautres deacutetails dans le rapport sur la distance vis-agrave-vis des riviegraveres ou les villes lorsque cela eacutetait afficheacutees sur Google Earth Bien quen theacuteorie les coordonneacutees GPS doivent repreacutesenter une localisation spatiale sans ambiguiumlteacute il fallait une veacuterification rigoureuse pour veiller agrave ce que les sites denquecirctes correspondent aux coordonneacutees GPS Comme drsquohabitude nous avons donc reveacuterifieacute toutes les donneacutees GPS de toutes les sources en utilisant les noms de lieux et ou Google Earth pour assurer que les coordonneacutees se situaient dans les communauteacutes Toutes les coordonneacutees ont eacuteteacute soumises agrave un controcircle final agrave laide de la base de donneacutees spatiale des frontiegraveres administratives de second niveau deacuteveloppeacutees et reacuteviseacutee en 2008 par lOrganisation pour lalimentation et lagriculture (FAO) des Nations Unies [154] Loutil de seacutelection spatiale ArcGIS 101 (ESRI USA) a eacuteteacute utiliseacute pour veacuterifier que les points du long du littoral eacutetaient situeacutes sur des terrains tels que deacutefinis par GAUL 2008 La base de donneacutees de Global Lakes and Wetlands (GLWD) deacuteveloppeacutee par le Fonds mondial pour la nature [155] a eacuteteacute utiliseacute pour srsquoassurer que les points inteacuterieurs eacutetaient positionneacutes sur la terre ferme et non pas sur des plans deau Nous cherchions par-lagrave agrave identifier les coordonneacutees qui se trouvaient leacutegegraverement au large des cocirctes sur les affluents ou dans les uniteacutes administratives incorrectes chaque anomalie a eacuteteacute reveacuterifieacutee et repositionneacutee agrave laide de petits changements et avec Google Earth

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54 Deacutefinition des frontiegraveres nationales A la fin de la Seconde Guerre mondiale en 1945 presque tous les pays en Afrique eacutetaient soumis agrave la domination ou agrave lrsquoadministration coloniale Chaque pays sur le continent africain est aujourdhui indeacutependant mecircme si quelques icircles restent sous administration europeacuteenne (la Reacuteunion et Mayotte) Il existe actuellement 55 Etats indeacutependants dont 53 sont membres de lUnion africaine Tout au long de ce rapport nous utilisons les noms et les frontiegraveres des Eacutetats-nations en Afrique et les frontiegraveres actuelles plutocirct que la nomenclature preacute-indeacutependance Tout au long de ce rapport nous avons utiliseacute lrsquooutil numeacuterique de traitement de frontiegraveres parraineacute par lrsquoONU [156] En tant que tel nous traitons le Soudan du Sud en tant qursquoentiteacute diffeacuterente de la Reacutepublique du Soudan et lEacuterythreacutee diffeacuterente de lEthiopie Il y a beaucoup de zones litigieuses en Afrique revendiqueacutees par diffeacuterents pays voisins et qui restent en suspens [157] Pour les besoins de notre travail nous avons traiteacute le Triangle drsquoIlemi en tant que partie inteacutegrante de la reacutegion de Turkana du Kenya Nous avons consideacutereacute Walvis Bay en Namibie comme faisant toujours partie de la Namibie en deacutepit du fait que ce territoire fait partie de lrsquoAfrique du Sud depuis de nombreuses anneacutees suivant lindeacutependance de la Namibie en 1990 Deux petits territoires au sein du Royaume du Maroc continuent decirctre occupeacutes par lEspagne dans le Nord-Ouest (Ceuta) et dans le Nord-Est (Melilla) sur le littoral meacutediterraneacuteen Cependant nous avons consideacutereacutes ces territoires comme faisant partie du Royaume du Maroc se rapprochant de son eacutetendue ottomane avant 1912 Nous traitons la peacuteninsule du Sinaiuml en tant que partie permanente de la Reacutepublique arabe dEgypte Sans faire de jugements politiques nous avons consideacutereacute la reacutegion drsquoAbeyi comme faisant partie inteacutegrante de la Reacutepublique du Soudan cependant dans la cartographie des produits nationaux les deux pays prennent en compte cette reacutegion Nous avons traiteacute le Triangle Halaib sur la frontiegravere soudano-eacutegyptienne comme faisant partie du Soudan bien que depuis 2010 lrsquoEacutegypte controcircle cette zone en tant que partie inteacutegrante de son Etat de la Mer Rouge La reacutegion de Bakassi territoire frontalier contesteacute sur la cocircte atlantique entre le Nigeria et le Cameroun a eacuteteacute traiteacute comme faisant partie du Nigeria en deacutepit de la mise en œuvre finale des accords qui ont accordeacute cette reacutegion agrave ladministration camerounaise en 2014 Les groupes insulaires de Bioko Annobin et Zanzibar sont traiteacutees seacutepareacutement de la partie continentale de Guineacutee eacutequatoriale et de Tanzanie respectivement Ces groupes insulaires ont toujours eu diffeacuterents plans de lutte antipaludique et des ambitions drsquoeacutelimination diffeacuterentes de ceux de leurs homologues du continent 55 Normalisation selon lacircge Lorsque lacircge nrsquoeacutetait pas preacuteciseacute dans le rapport de chaque enquecircte mais que le rapport preacutecisait que lrsquoensemble du village ou drsquoenfants de leacutecole primaire eacutetaient examineacutes nous avons supposeacute que les tranches dacircge agrave 0-99 ans ou 5-14 ans respectivement Il y avait une grande diversiteacute dans les tranches dacircge des populations eacutechantillonneacutees entre les eacutetudes Pour faire des comparaisons significatives dans le temps et lespace une seule tranche dacircge normaliseacute est neacutecessaire Il est possible drsquoeffectuer des ajustements dun acircge normaliseacute pour le Plasmodium falciparum gracircce agrave lobservation et agrave la theacuteorie des maladies infectieuses lagrave ougrave limmuniteacute est acquise apregraves une exposition reacutepeacuteteacutee de la naissance Nous avons adapteacute des modegraveles de

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conversion catalytique de Muench (dabord utiliseacute dans le paludisme par Pull amp Grab dans les anneacutees 1970 [158]) en eacutequations statiques en R-script qui utilise les gammes infeacuterieure et supeacuterieure deacutechantillon et la preacutevalence globale pour se transformer en une estimation preacutevues chez les enfants acircgeacutes de 2-10 ans PfPR2-10 [96] 56 Limitations dues agrave la taille de leacutechantillon La taille de leacutechantillon est inversement proportionnelle agrave la preacutevalence ougrave agrave faible taille des eacutechantillons les biais dans les estimations de la preacutevalence sont introduits en fonction de la preacutevalence reacuteelle de la population se traduisant deacutecarts-types relativement eacuteleveacutes [159] Il existe un seuil critique entre 10 et 20 individus eacutechantillonneacutes en dessous duquel les eacutecarts-types augmentent de faccedilon exponentielle dans la plupart des enquecirctes sur les infections parasitaires et la courbe commence agrave aplatir agrave partir drsquoune taille denviron 50 eacutechantillons et atteint une asymptote agrave environ 100 [160] La taille des eacutechantillons denquecircte individuels est eacutegalement importante dans le calcul des correacutelations avec les variables dendeacutemiciteacute pour veacuterifier les associations plausibles entre par exemple des preacutecipitations et la preacutevalence Au cours de seacutelection des co-variables de petits eacutechantillons impreacutecis peuvent conduire agrave loverfitting Nous avons chercheacute agrave combiner les communauteacutes agrave proximiteacute ougrave tout village comptait moins de 10 personnes eacutechantillonneacutees et ougrave les communauteacutes se situaient agrave moins de 5 km lrsquoun de lautre eacutechantillonneacutes exactement au mecircme moment par les mecircmes enquecircteurs 6 Partage et accegraves aux donneacutees Les donneacutees recueillies pour cette eacutetude font partie dune initiative plus large visant agrave aider les gouvernements nationaux en mettant agrave leur disposition des plateformes de donneacutees probantes pour les aider agrave concevoir des projets de lutte antipaludique gracircce au concours du projet INFORM [131161] soutenu par le Deacutepartement pour le deacuteveloppement international Royaume-Uni et le Wellcome Trust Les donneacutees geacuteocodeacutees sur la preacutevalence parasitaire issues des donneacutees archiveacutees publieacutees et ineacutedites donneacutees et rassembleacutees en bases de donneacutees soigneusement conserveacutees doivent ecirctre prise en charge et geacutereacutees par les services de lutte contre le paludisme au sein des ministegraveres nationaux de la santeacute Les donneacutees provenant des recherches nationales et des enquecirctes meneacutees par les ministegraveres de la santeacute sont la proprieacuteteacute des gouvernements nationaux Le plus souvent la plupart des ministegraveres de la santeacute nont pas accegraves agrave la gamme complegravete des donneacutees sur le paludisme pourtant potentiellement disponibles dans leur propre pays Le but est donc de se servir du projet INFORM pour bacirctir une appropriation des donneacutees nationales sur le paludisme et mettre toutes les donneacutees recueillies agrave la disposition des ministegraveres de la santeacute agrave travers lAfrique et aux conseillers techniques reacutegionaux de lOrganisation mondiale de la santeacute A ce titre ces gouvernements nationaux deviendront les gardiens de leurs propres donneacutees nationales et pleinement responsables de leur distribution aux scientifiques nationaux reacutegionaux et internationaux ainsi qursquoaux partenaires de controcircle

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7 Reacutefeacuterences 1 Snow RW (2014) Sixty years trying to define the malaria burden in Africa have we made any progress

BMC Medicine 12 227 2 Noor AM Kinyoki DK Mundia CW Kabaria CW Wambua JM Alegana VA Fall IS Snow RW (2014) The

changing risk of Plasmodium falciparum malaria infection in Africa 2000ndash10 a spatial and temporal analysis of transmission intensity Lancet 383 1739-1747

3 Snow RW Marsh K le Sueur D (1996) The need for maps of transmission intensity to guide malaria

control in Africa Parasitology Today 12 455ndash457 4 MARAARMA (1998) Towards an atlas of malaria risk in Africa First technical report of the

MARAARMA collaboration Durban South Africa httpsidl-bncidrccadspacebitstream10625316441114833pdf

5 Le Sueur D Binka F Lengeler C de Savigny D Teuscher T Toure Y Snow RW (1997) An atlas of malaria in

Africa Africa Health 19 23-24 6 Trape JF amp Rogier C (1996) Combating Malaria morbidity and mortality by reducing transmission

Parasitology Today 12 236-240 7 Snow RW Omumbo JA Lowe B Molyneux SM Obiero JO Palmer A Weber MW Pinder M Nahlen B

Obonyo C Newbold C Gupta S Marsh K (1997) Relation between severe malaria morbidity in children and level of Plasmodium falciparum transmission in Africa Lancet 349 1650-1654

8 Ghani AC Sutherland CJ Riley EM Drakeley CJ Griffin JT Gosling RD Filipe JAN (2009) Loss of

population levels of immunity to malaria as a result of exposure reducing interventions consequences for interpretation of disease trends PLoS One 4 e4383

9 Okiro EA Al-Taiar A Reyburn H Idro R Berkley J Nokes DJ Snow RW (2009) Age patterns of severe

paediatric malaria and their relationship to Plasmodium falciparum transmission intensity Malaria Journal 8 4

10 Carneiro I Roca-Feltrer A Griffin JT Smith L Tanner M Armstrong Schellenberg J Greenwood BM

Schellenberg D (2010) Age-patterns of malaria vary with severity transmission intensity and seasonality in sub-Saharan Africa A systematic review and pooled analysis PLoS One 5 e8988

11 Griffin JT Hollingsworth TD Reyburn H Drakeley CJ Riley EM Ghani AC (2014) Gradual acquisition of

immunity to severe malaria with increasing exposure Proceedings of the Royal Society B 282 20142657

12 Snow RW (2015) Global malaria eradication and the importance of Plasmodium falciparum

epidemiology in Africa BMC Medicine 13 23

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13 Smith T Maire N Ross A Penny M Chitnis N Schapira A Studer A Genton B Lengeler C Tediosi F de Savigny D Tanner M (2008) Towards a comprehensive simulation model of malaria epidemiology and control Parasitology 135 1507ndash1516

14 Smith DL Noor AM Hay SI Snow RW (2009) Predicting changing malaria risk after expanded

insecticide treated net coverage in Africa Trends in Parasitology 25 511ndash516 15 Griffin JT Hollingsworth D Okell LC Churcher TS White M Hinsley W Bousema T Drakeley CJ

Ferguson NM Basanez MG Ghani AC (2010) Reducing Plasmodium falciparum malaria transmission in Africa a model based evaluation of intervention strategies PLoS Medicine 7 e1000324

16 Chitnis N Schapira A Smith T Steketee R (2010) Comparing the effectiveness of malaria vector-

control interventions through a mathematical model American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 83 230ndash240

17 World Health Organization (2014) From malaria control to malaria elimination a manual for

Elimination Scenario Planning Global Malaria Programme World Health Organization Geneva April 2014

18 Gerardin J Eckhoff P Wenger EA (2015) Mass campaigns with antimalarial drugs a modelling

comparison of artemether-lumefantrine and DHA-piperaquine with and without primaquine as tools for malaria control and elimination BMC Infectious Diseases 15 144

19 Okell LC Drakeley CJ Bousema T Whitty CJM Ghani AC (2008) Modelling the impact of artemisinin

combination therapy and long-acting treatments on malaria transmission intensity PLoS Medicine 5 e226

20 Guyatt HL amp Snow RW (2001) Malaria in pregnancy as an indirect cause of infant mortality in sub-Saharan

Africa Transactions of Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 95 569-576 21 Desai M ter Kuile FO Nosten F McGready R Asamoa K Brabin B Newman R (2007) Epidemiology

and burden of malaria in pregnancy Lancet Infectious Diseases 7 93ndash104 22 van Eijk A Hill J Alegana VA Kirui V Gething PW ter Kuile F Snow RW (2011) Coverage of malaria

protection in pregnant women in sub-Saharan Africa a synthesis and analysis of national survey data Lancet Infectious Diseases 11 190-207

23 MPAC (2012) wwwwhointmalariampacsep2012mpac_mip_erg_sep2012pdf 24 MPAC (2013) wwwwhointmalariampacmpac_sep13_erg_ipt_malaria_pregnancy_reportpdf 25 Meremikwu MM Donegan S Sinclair D Esu E Oringanje C (2012) Intermittent preventive

treatment for malaria in children living in areas with seasonal transmission Cochrane Database Systematic Reviews 2 CD003756

26 Cairns M Roca-Feltrer A Garske T Wilson AL Diallo D Milligan PJ Ghani AC Greenwood BM (2012)

Estimating the potential public health impact of seasonal malaria chemoprevention in African children Nature Communications 3 881

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27 Noor AM Kibuchi E Mitto B Coulibaly D Doumbo OK Snow RW (2015) A spatial decision support

framework for sub-national targeting of seasonal malaria chemoprevention in the Sahel Under review

28 Smith DL McKenzie FE Snow RW Hay SI (2007a) Revisiting the basic reproductive number for

malaria and its implications for malaria control PLoS Biology 5 e42 29 Hay SI Smith DL Snow RW (2008) Measuring malaria endemicity from intense to interrupted

transmission Lancet Infectious Diseases 8 369-378 30 Moonen B Cohen JM Snow RW Slutsker L Drakeley C Smith DL Abeyasinghe R Rodriguez Loacutepez

MH Maharaj R Tanner M Targett G (2010) Operational strategies to achieve and maintain malaria elimination Lancet 376 1592-1603

31 World Health Organization (2012a) Disease surveillance for malaria control Operational manual

WHO Geneva 32 World Health Organization (2012b) Disease surveillance for malaria elimination Operational manual

WHO Geneva 33 Cohen JM Moonen B Snow RW Smith DL (2010) How absolute is zero An evaluation of historical

and current definitions of malaria elimination Malaria Journal 9 213 34 Molineaux L Muir DA Spencer HC Wernsdorfer WH (1988) The epidemiology of malaria and its

measurement Malaria Principles and Practice of Malariology W Wernsdorfer and I McGregor London Churchill Livingstone 2 999-1089

35 Tusting LS Bousema T Smith DL Drakeley C (2014) Measuring changes in Plasmodium falciparum

transmission precision accuracy and costs of metrics Advances in Parasitology 84 151-208 36 Metselaar D amp van Thiel PH (1959) Classification of malaria Tropical Geographic Medicine 11 157ndash

161 37 Macdonald G amp Goumleckel GW (1964) The malaria parasite rate and interruption of transmission

Bulletin of World Health Organization 31 365ndash377 38 Lysenko AJ amp Semashko IN (1968) Geography of malaria A medico-geographic profile of an ancient

disease In Lebedew AW ed Itogi Nauki Medicinskaja Geografija Moscow USSR Academy of Sciences pp 25ndash146

39 Macdonald G (1957) The epidemiology and control of malaria Oxford University Press 40 Pampana E (1969) A textbook on malaria eradication Oxford Oxford University Press 41 Pull JH (1972) Malaria surveillance methods their uses and limitations American Journal of Tropical

Medicine amp Hygiene 21 651-657

26

42 World Health Organization (1950) Report on the malaria conference in equatorial Africa Held under the joint auspices of the World Health Organization and of the commission for technical co-operation in Africa south of the Sahara Kampala Uganda 27 Novemberndash9 December 1950

43 Yekutiel P (1960) Problems of epidemiology in malaria eradication Bulletin of the World Health

Organization 22 669-683 44 Macdonald G (1952) The analysis of equilibrium in malaria Tropical Diseases Bulletin 49 813-1129 45 Hay SI Guerra CA Gething PW Patil AP Tatem AJ Noor AM Kabaria CW Manh BH Elyazar IRF

Brooker S Smith DL Moyeed RA Snow RW (2009) A world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2007 PLoS Medicine 6 e1000048

46 Gething PW Patil AP Smith DL Guerra CA Elyazar IRF Johnston GL Tatem AJ Hay SI (2011) A new

world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2010 Malaria Journal 10 378 47 Snow RW Amratia P Kabaria CW Noor AM Marsh K (2012) The changing limits and incidence of

malaria in Africa 1939-2009 Advances in Parasitology 78 169-262 48 Black RH (1968) Manual of epidemiology and epidemiological services in malaria programmes World

Health Organization Geneva 49 Ray AP amp Beljaev AE (1984) Epidemiological surveillance a tool for assessment of malaria and its

control Journal of Communicable Disease 16 197ndash207 50 Omumbo JA Noor AM Fall IS Snow RW (2013) How well are malaria maps used to design and

finance malaria control in Africa PLoS One 8 e53198 51 Alegana VA Atkinson PM Wright JA Kamwi R Kakokele S Snow RW Noor AM (2013) Estimation of

malaria incidence in northern Namibia in 2009 using Bayesian Conditional-Autoregressive Spatial-Temporal Models Spatial amp Spatial Temporal Epidemiology 7 25-36

52 Bennett A Yukich J Miller JM Vounatsou P Hamainza B Ingwe MI Moonga HB Kamuliwo M Keating

J Smith TA Steketee RW Eisele TP (2014) A methodological framework for the improved use of routine health system data to evaluate national malaria control programs evidence from Zambia Population amp Health Metrics 12 30

53 Moonasar D Morris N Kleinschmidt I Maharaj R Raman J Mayet NT Benson FG Durrheim DN

Blumberg L (2013) What will move malaria control to elimination in South Africa South African Medical Journal 103 (10 Suppl 2) 801-806

54 Cohen JM Dlamini S Novotny JM Kandula D Kunene S Tatem AJ (2013) Rapid case-based mapping

of seasonal malaria transmission risk for strategic elimination planning in Swaziland Malaria Journal 12 61

55 Zanzibar Malaria Control Programme (2011) Zanzibar Malaria Performance Review September 2011

ZMCP Ministry of Health Revolutionary Government of Zanzibar

27

56 Ministry of Health [Cape Verde] World Health Organization and the University of California San Francisco (2012) Eliminating malaria Moving towards sustainable elimination in Cape Verde Geneva The World Health Organization httpappswhointirisbitstream106657584919789241504386_engpdfua=1

57 Littrell M Sow GD Ngom A Ba M Mboup BM Dieye Y Mutombo B Earle D Steketee RW (2013)

Case investigation and reactive case detection for malaria elimination in northern Senegal Malaria Journal 12 331

58 Thiroux D A amp DAnfreville D L (1908) Le paludisme au Seacuteneacutegal pendant les anneacutees 1905-1906

Gouvernement General de lAfrique Occidentale Francaise Laboratorie de bacteriologie de Saint-Louis Published Libraire JB Bailliere et Fils Paris 1908

59 Government General de LAlgeacuterie (1908) Campagne Antipaludique de 1908 unpublished document

available in Wellcome Library Euston Road London UK FX134AA9 60 Government of Gold Coast (1914) Medical amp Sanitary Report for the year 1913 Waterlow amp Sons

London 61 Mansfield-Aders W (1927) Notes on malaria and filariasis in the Zanzibar Protectorate Transactions

of the Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 30 207-214 62 Colony of Mauritius (1923-1925) Annual Reports on the Medical and Health Department 63 Swaroop S Gilroy AB Uemura K (1966) Statistical methods in malaria eradication Monograph Series

of World Health Organization 51 164 64 Barber MA amp Rice JB (1937) A survey of malaria in Egypt American Journal of Tropical Medicine amp

Hygiene 17 413-436 65 De Meira MT Simotildees TS Pinto Nogueira JF (1948) Observaccedilotildees sobre sezonismo nas ilhas do Sal Boa

Vista e S Nicolau (Cabo Verde) Anais do Instituto de Medicina Tropical 3 213-237 66 Young MD amp Johnson TH (1949) A malaria survey of Liberia Journal of National Malaria Society 8

247-266 67 De Meillon B (1951) Malaria survey of South-West Africa Bulletin of the World Health Organization

4 333ndash417 68 Houel G amp Donadille F (1953) Vingt ans de lutte antipaludique au Maroc Bulletin de lrsquoInstitut

drsquoHygiene du Maroc 13 3-51 69 Soeiro A (1952) O sezonismo em Moccedilambique contribuiccedilatildeo para o estudo epidemioloacutegico Anais do

Instituto de Medicina Tropical 9 343-389 70 Soeiro A (1959) Relactoacuterio da actividade do Instituto de Investigaccedilatildeo Meacutedica de Moccedilambique em

1958 e plano de trabalhos para o ano de 1960 Anais Intstituto de Higiene e Medicina Tropical 16 573-611

28

71 Bernard PM (1954) Trois ans de lutte antipaludique agrave Madagascar Bulletin de Madagascar

Publication Mensuelle du Service General Drsquoinformation du Haut-Commissariat no 96 72 Cambournac FJC Gandara AF Pena AJ Teixeira EWLG (1955) Subsidios para o inquerito malariologico

em Angola Anais do Instituto de Medicina Tropical 12 121-153 73 Anon (1954) Campagne antipaludique au Dahomey Map found in Benin box in WHO Archives

Geneva August 2012 74 Languillon J (1957) Carte eacutepideacutemiologique du paludisme au Cameroun Bulletin de la Socieacuteteacute de

Pathologie Exotique 50 585 - 600 75 Alves W (1958) Malaria parasite rates in Southern Rhodesia May-September 1956 Bulletin of the

World Health Organization 19 69-74 76 Lariviere M Hocquet P Abonnenc E (1961) Reacutesultats drsquoune enquecircte palustre dans la reacutepublique du

Seacuteneacutegal Indices plasmodiques chez les enfants en milieu rural Bulletin de la Socieacuteteacute Meacutedicale drsquoAfrique Noire de Langue Franccedilaise 6 386-403

77 Wernsdorfer G amp Wernsdorfer W (1967) Malaria in the middle Nile basin and its bordering regions Z

Tropenmed Parasitol 18 17-44 78 Rishikesh N amp Fahmy Y (1961) Quarterly report April-June 1961 Republic of Somalia pre-eradication

survey World Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 79 Rishikesh N Payne D Fahmy Y (1961) Quarterly report for the period January-March 1961 World

Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 80 Bechuanaland Protectorate (1958-1963) Annual Medical and Sanitary Reports for the Protectorate for

the years 1958-1963 Government Printers Gaborone 81 Craig MH Sharp BL Mabaso MLH Kleinschmidt I (2007) Developing a spatial-statistical model and

map of historical malaria prevalence in Botswana using a staged variable selection procedure International Journal of Health Geographics 6 44

82 Cano VI (1971) Deacuteveloppement des services de santeacute de base (Paludisme) World Health

Organization AFRMAL112 83 Barbie Y amp Timbila R (1964) Notes sur le paludisme en Reacutepublique Islamique de Mauritanie Medicine

Tropicale 24 427-435 84 Khromov A amp Privault R (1965) Programme du pre-eradication du paludisme Rapport trimestriel 4th

trimestre 1965 (Sep-Oct-Nov) WHO Mauritanie World Health Organization Unpublished document WHO Archives Geneva

85 Beltran O (1966) Malaria pre-eradication project Sierra Leone-19 fourth quarterly field report

October - December 1966 Government of Sierra Leone amp World Health Organization

29

86 Guy Y amp Gassabi R (1967) Les perspectives de leacuteradication du paludisme en Algeacuterie Archives de

LInstitut Pastuer DAlgerie 45 72-88 87 Chand D Garzen JB Bahar R Rishikesh N (1964) Malaria Eradication Service Ethiopia 14 (c) Quarterly

Report 1 October to 31 December 1964 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

88 Chand D Garzon JB Bahar R Rishiskesh N (1965) Quarterly report covering period 1 October to 31

December 1964 Project Ethiopia 0014 dated 9th february 1965 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

89 Onori E (1967) Distribution of Plasmodium ovale in the Eastern Western and Northern regions of

Uganda Bulletin of the World Health Organization 37 665-668 90 Wenlock (1978) The incidence of Plasmodium parasites in rural Zambia East African Medical Journal

55 268-276 91 Escudie A amp Hamon J (1961) Paludisme en Afrique Occidentale dexpression Franccedilaise Medicine

Tropicale 21 661-687 92 RBM-MERG - httpwwwrbmwhointmechanismsmerghtml 93 Corsi DJ Neuman M Finlay JE Subramanian SV (2012) Demographic and health surveys a profile

International Journal of Epidemiology 41 1602-1613 94 Measure httpwwwmeasuredhscomData 95 UNICEF httpwwwuniceforgstatisticsindex_24302html 96 Smith DL Guerra CA Snow RW Hay SI (2007b) Standardizing estimates of malaria prevalence

Malaria Journal 6 131 97 Brooker S Kolaczinski JH Gitonga CW Noor AM Snow RW (2009) The use of schools for malaria

surveillance and programme evaluation in Africa Malaria Journal 8 231 98 Stevenson JC Stresman GH Gitonga CW Gillig J Owaga C Marube E Odongo W Okoth A China P

Oriango R Brooker SJ Bousema T Drakeley C Cox J (2013) Reliability of school surveys in estimating geographic variation in malaria transmission in the western Kenyan highlands PLoS One 8 e77641

99 De Zulueta J Kafuko GW Cullen JR (1963) An investigation of the annual cycle of malaria in Masaka

district (Uganda) East African Medical Journal 40 469-488 100 Najera JA Shidrawi GR Gibson FD Stafford JS (1967) A large-scale field trial of Malathion as an

insecticide for antimalarial work in Southern Uganda Bulletin of the World Health Organization 36 913-935

30

101 Storey J (1972) A review of malaria work in Sierra Leone 1900 to 1964 West African Medical Journal 27 57-68

102 Gitonga CW Karanja PN Kihara J Mwjame M Juma E Snow RW Noor AM Brooker S (2010)

Implementing school malaria surveys in Kenya towards a nationwide surveillance system Malaria Journal 9 306

103 Gitonga CW Edwards T Karanja PN Noor AM Snow RW Brooker S (2012) Plasmodium infection

anaemia and mosquito net use among school children across different settings in Kenya Tropical Medicine amp International Health 17 858ndash870

104 Houngbedji CA N Dri PB Huumlrlimann E Yapi RB Silueacute KD Soro G Koudou BG Acka CA Assi S

Vounatsou P N Goran EK Fantodji A Utzinger J Raso G (2015) Disparities of Plasmodium falciparum infection malaria-related morbidity and access to malaria prevention and treatment among school-aged children a national cross-sectional survey in Cote dIvoire Malaria Journal 14 7

105 Ashton R Kefyalew T Tesfaye G Pullan R Yadeta D Reithinger R Kolaczinski J Brooker S (2010)

School-based surveys of malaria in Oromia Regional State Ethiopia towards a map of malaria risk Federal Ministry of Health Ethiopia

106 Takem EN Affara M Amambua-Ngwa A Okebe J Ceesay SJ Jawara M Oriero E Nwakanma D

Pinder M Clifford C Taal M Sowe M Suso P Mendy A Mbaye A Drakeley C DAlessandro U (2013) Detecting foci of malaria transmission with school surveys A pilot study in The Gambia PLoS One 8 e67108

107 Clarke SE Roschnik N Rouhani S Diarra S Bamadio M Sacko M Traore D Ly AB Gaye O Sembene

M Fall FB (2012) Malaria in school children under a new policy of universal coverage of nets Recent data from Mali and Senegal American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 Supplement 5 abstract 1466

108 Kabatereine NB Standley CJ Sousa-Fugueiredo JC Fleming RM Stothard JR Talisuna A Fenwick A

(2011) Integrated prevalence mapping of schistosomiasis soil-transmitted helminthiasis and malaria in lakeside and island communities in Lake Victoria Uganda Parasites amp Vectors 4 232

109 Emerson PM Ngondi J Biru E Graves PM Ejigsemahu Y Gebre T Endeshaw T Genet A Mosher

AW Zerihun M Messele A Richards FO (2008) Integrating an NTD with one of lsquolsquoThe Big Threersquorsquo Combined malaria and trachoma survey in Amhara Region of Ethiopia PLoS Neglected Tropical Diseases 2 e197

110 Noor AM Alegana VA Patil AP Moloney G Borle M Ahmed F Yousef F Amran J Snow RW (2012)

Mapping the receptivity of malaria risk to plan the future of control in Somalia British Medical Journal Open Access 2 e001160

111 Boyd MF (1949) Malariology A comprehensive review of all aspects of this group of diseases from a

global standpoint Volume II WB Saunders Company Philadelphia and London

31

112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

i

Citation

Snow RW Amratia P Mundia CW Alegana VA Kirui VC Kabaria CW Noor AM (2015) Recueillir un reacutefeacuterentiel de donneacutees drsquoenquecirctes geacuteographiques sur la preacutevalence drsquoinfections paludiques en Afrique 1900-2014 Document de travail INFORM eacutelaboreacute avec le soutien du Deacutepartement du deacuteveloppement international Royaume-Uni et Wellcome Trust Royaume Uni 3 juin 2015 Financement Ce travail entrepris par INFORM est financeacute par le Deacutepartement du deacuteveloppement international Royaume-Uni (Grant ITDCZE47) et le Wellcome Trust qui a octroyeacute des bourses de recherche agrave RWS ( 079080 amp 103602) et AMN ( 095127)

ii

Table de matiegraveres

1 Preacuteambule helliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphellip1 2 Pourquoi mesurer la transmission du paludismehelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphellip 2 3 Mesurer le risque de paludisme helliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphellip 4

31 Mesurer la transmission endeacutemique stable du paludisme 32 Mesurer le risque lorsque la preacutevalence est faible et lutilisation de donneacutees de cas

courants 4 Lhistoire des enquecirctes parasitaires nationales en Afrique helliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphellip7 5 Recueil des donneacutees denquecirctes sur la preacutevalence parasitaire helliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphellip 11

51 Contexte de strateacutegies de recherche de donneacutees 52 Recherches dans les archives historiques 53 Recherche des donneacutees eacutelectroniques 54 Autres sources de donneacutees

6 Abstraction des donneacutees drsquoenquecircte helliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphellip 15

61 Exigences minimales en matiegravere de donneacutees 62 Meacutethodes de deacutetection parasitaires 63 Geacuteocodage des sites drsquoenquecircte 64 Deacutefinition des frontiegraveres nationales 65 Normalisation selon lacircge 66 Limitations dues agrave la taille de leacutechantillon

7 Partage et accegraves aux donneacutees helliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphellip 20 8 Reacutefeacuterences helliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphellip 21 9 Annexes Remerciements helliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphellip 32

iii

1

Preacuteambule

Ce document de travail fait office de documentation rendant compte de la maniegravere dont le projet INFORM a identifieacute recueilli et geacuteocodeacute des donneacutees sur la preacutevalence du paludisme agrave travers lAfrique et la raison pour laquelle ces donneacutees sont importantes pour surveiller limpact temporel des interventions antipaludiques[12] Nous allons nous pencher sur le Plasmodium falciparum qui est de loin le plus reacutepandu et le plus pathogegravene des paludismes humains en Afrique Nous avons toutefois inteacutegreacute dans notre recherche des donneacutees et extraits drsquoinformations le cas eacutecheacuteant sur la preacutevalence de P vivax P malariae et P ovale Les inventaires de donneacutees couvrent une longue peacuteriode de surveillance du paludisme en Afrique et nous deacutetaillons dans ce rapport la faccedilon dont nous avons essayeacute de capturer des donneacutees historiques et contemporaines En ce qui concerne les analyses entreprises au niveau des pays agrave lappui des gouvernements nationaux dans le cadre du Projet INFORM les donneacutees recueilles agrave partir de 1980 srsquoavegraverent les plus pertinentes Depuis 10 ans ce projet est geacutereacute depuis le Kenya Toutefois il avait eacuteteacute preacuteceacutedeacute par des efforts consentis plus tocirct dans le cadre de la collaboration MARA ARMA commenceacutee en 1996 [3-5] Le succegraves de ces 20 derniegraveres anneacutees de recueil de donneacutees nrsquoaurait pas eacuteteacute possible sans les importantes contributions apporteacutees par de nombreux scientifiques œuvrant dans le domaine du paludisme agrave travers lAfrique et auxquels nous avons tenu agrave adresser nos sincegraveres remerciements agrave la fin de ce rapport 1 Pourquoi est-il important de mesurer la transmission du paludisme Il existe plusieurs raisons deacutemontrant lrsquoimportance de comprendre la freacutequence de lexposition du parasite du paludisme humain pour les raisons de planification du controcircle et de la gestion de la maladie Lincidence de la maladie et les pheacutenotypes cliniques associeacutes deacutependent du niveau de limmuniteacute fonctionnelle acquise preacuteceacutedemment qui est en grande partie deacutefinie par la freacutequence des nouvelles infections qui touchent un individu depuis la naissance [6-12] Dans les zones ougrave lintensiteacute de la transmission du paludisme est eacuteleveacutee les eacutepideacutemies de maladies les plus graves preacutevalent chez de tregraves jeunes enfants et des reacutepercussions graves suivant linfection sont rares chez les enfants plus acircgeacutes et les adultes Au fur et agrave mesure que diminue lintensiteacute de lexposition au parasite la charge clinique du paludisme est porteacutee par les enfants plus acircgeacutes jusquagrave ce que la probabiliteacute de deacutevelopper un eacuteveacutenement de la maladie soit plus proportionnelle aux possibiliteacutes drsquoinfection (Scheacutema 1) Dans ces conditions la charge du paludisme est partageacutee de maniegravere eacutegale entre la plupart des tranches dacircge et labsence de toute immuniteacute fonctionnelle dans une communauteacute rend les populations vulneacuterables aux eacutepideacutemies (Scheacutema 1)

2

Lrsquoeacutevolution de la pathologie en fonction de lrsquoacircge est accompagneacutee dune preacutesentation grave de la maladie Dans des conditions de transmission intense une aneacutemie seacutevegravereaigueuml est une cause majeure de maladie mortelle alors que les preacutesentations qui incluent le paludisme ceacutereacutebral deviennent de plus en plus courante chez les communauteacutes exposeacutees agrave des niveaux drsquointensiteacute de transmission allant de modeacutereacutee agrave faible [7 9 11] Figure 1 Cadre conceptuel de leacutepideacutemiologie clinique de Plasmodium falciparum en fonction drsquoune baisse de lrsquointensiteacute de transmission parasitaires en Afrique [Snow 2015] La ligne rouge repreacutesente un taux theacuteorique dincidences graves de maladie et de mortaliteacute alors que les barres noires deacutemontrent la reacutepartition proportionnelle du paludisme grave entre la naissance et le 10e anniversaire sur la base de travaux deacutejagrave publieacutes [79]

Les modegraveles biologiques meacutecanistes qui reproduisent les proprieacuteteacutes matheacutematiques de la transmission du paludisme preacutedisent que limpact probable des diffeacuterentes strateacutegies de lutte contre le paludisme agrave base dinsecticide ou de meacutedicaments aura diffeacuterentes magnitudes deffets et de dureacutee globaux dintervention neacutecessaires pour deacutemontrer limpact selon les niveaux de deacutepart des endeacutemiciteacutes [13-18] En termes geacuteneacuteraux la reacuteduction du contact homme-vecteur agrave travers par exemple la seule utilisation de moustiquaires impreacutegneacutees dinsecticide (MII) ne suffira jamais agrave interrompre la transmission dans les zones de transmission tregraves intense A linverse en cas drsquoutilisation par 90 de la population agrave 100 du temps dans les zones de transmission intermeacutediaire les MII pourraient reacuteduire lexposition au parasite agrave presque zeacutero dans les huit ans [14-15] Des mesures auxiliaires de lutte anti-vectorielle sont neacutecessaires pour compleacuteter les strateacutegies MII dans les zones de transmission intense du paludisme pour reacuteduire rapidement labondance des vecteurs de sorte agrave avoir un impact durable en termes de transmission [15] Limmeacutediateteacute preacutevue et limpact global de ladministration massive de meacutedicaments (AMD) et la pulveacuterisation intradomiciliaire sont eacutegalement subordonneacutees agrave lintensiteacute de la transmission avant le deacutebut de lintervention [15-18] Les impacts sur la transmission par le biais de lutilisation efficace de combinaisons theacuterapeutiques agrave base darteacutemisinine (CTA) disponibles actuellement sont les plus importants dans les zones ougrave la plupart des nouvelles infections cliniques sont traiteacutees et ougrave lintensiteacute de la transmission est faible alors que limpact du traitement CTA sur la transmission locale est beaucoup plus faible dans les zones ougrave lintensiteacute de la transmission du parasite est eacuteleveacutee [19] ou lorsquil est utiliseacute pour les ADM [18] Pour obtenir un impact sur la transmission seulement

3

gracircce aux strateacutegies de traitement de routine il faut diffeacuterents types de combinaisons de meacutedicaments que ceux utiliseacutes actuellement en Afrique [19] Les effets de linfection du paludisme chez les femmes enceintes ont eacuteteacute bien deacutecrits et comprennent les effets insidieux dinfections reacutepeacuteteacutees sur laneacutemie laugmentation des risques de deacutecegraves in uteromorts fœtales in utero de faible poids agrave la naissance conduisant agrave des risques plus eacuteleveacutes de mortaliteacute infantile et dans des conditions de transmission instable des risques accrus de deacutecegraves maternels pendant la grossesse [2021] Le traitement preacutesomptif intermittent (TPI) avec deux doses dans les deuxiegraveme et troisiegraveme trimestres en utilisant le meacutedicament agrave longue demi-vie sulfadoxine-pyrimeacutethamine (SP) a eacuteteacute mis en œuvre dans une grande partie de lAfrique subsaharienne depuis 2001 [22] Au cours des derniegraveres anneacutees cette recommandation a dans certains pays eacuteteacute eacutetendue agrave trois doses de SP agrave partir de la peacuteriode des premiers mouvements du fœtus Au fur et agrave mesure que la transmission diminue le rapport coucirct-beacuteneacutefice du TPI change tandis que les eacuteleacutements de preuve ne sont pas concluants quant au moment drsquoarrecircter le TPI [23] actuellement il est suggeacutereacute que lorsque la preacutevalence chez les enfants diminue en dessous de 5 on pourrait envisager soit larrecirct du TPI ou lrsquointroduction du deacutepistage et le traitement pour les femmes enceintes [24] La chimio-preacutevention saisonnier du paludisme (CSP) sest aveacutereacutee utile pour preacutevenir environ 75 des eacutepisodes cliniques de paludisme chez les enfants acircgeacutes de moins de cinq ans dans les zones ougrave la transmission se limite agrave quelques mois de lrsquoanneacutee [25] Le ciblage CSP au sein des frontiegraveres nationales deacutepend non seulement de la connaissance des saisons du paludisme mais eacutegalement des risques intrinsegraveques dendeacutemiciteacute preacute-intervention Dans les zones ougrave lintensiteacute de la transmission saisonniegravere historiquement bas les coucircts-avantages de la CSP sont minimes par rapport aux zones ougrave la preacutevalence du parasite est supeacuterieure agrave 5 [26] Il est eacutegalement important de comprendre des niveaux actuels de transmission du paludisme qui permettront de deacutefinir la tranche dacircge eacuteventuellement le plus adapteacute agrave la CSP par exemple 3 mois avant le 5egraveme anniversaire (arbitrairement fixeacute agrave une preacutevalence supeacuterieure agrave 10) ou au fur et agrave mesure que la transmission diminue 3 mois avant 10egraveme anniversaire ougrave la preacutevalence est comprise entre 5 et 10 [27] Lorsque lintensiteacute de la transmission diminue agrave des niveaux faibles les modes de risques parasitaires deviennent de plus en plus heacuteteacuterogegravenes ougrave des foyers de transmission spatialement localiseacutes contribuent pour plus de 80 du risque de transmission entre quartiers [28] Bien quil ny ait pas de regravegles absolues deacuteterminant le moment du controcircle du paludisme on a laisseacute entendre que lorsque la preacutevalence communautaire du paludisme tombe en dessous de 5 [29] il faut adopter des approches plus cibleacutees pour la preacutevention des maladies [30-32] Les eacutetats de tregraves faible preacutevalence parasitaire servent eacutegalement de signaux aux agences de controcircle qui peuvent agrave ce moment-lagrave envisager la reacutevision des strateacutegies de lutte antipaludiques inteacutegrant les mesures drsquoeacuteradication [33] Comprendre lintensiteacute de la transmission du parasite du paludisme est au cœur drsquoune planification de lutte efficace et dans la deacutefinition des pheacutenotypes cliniques neacutecessitant des actions de gestion Tout au long la peacuteriode de controcircle lintensiteacute de la transmission sert drsquoindice

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mesurable du succegraves de lintervention et drsquoun point de reacutefeacuterence pour permettre aux programmes drsquoadapter des combinaisons drsquointerventions pour maximiser les gains et reacuteorienter le controcircle pour la preacute-eacutelimination 2 Mesurer le risque de paludisme 21 Mesurer la transmission endeacutemique stable du paludisme Le taux dexposition au parasite peut ecirctre mesureacute agrave lrsquoaide drsquoune varieacuteteacute de techniques eacutepideacutemiologiques allant de mesures vectorielles deacutetailleacutees de taux de piqures humaines des proportions de vecteurs avec des parasites dans leurs glandes salivaires leur pariteacute et longeacuteviteacute dans des hocirctes humains provenant deacutetudes longitudinales ou transversales drsquoacquisition du parasite de la naissance jusqursquoau premier anniversaire en utilisant des combinaisons de deacutetection des parasites et de seacuterologie [34] Les mesures vectorielles de transmission du paludisme constituent des paramegravetres importants permettant de modeler limpact des interventions Toutefois celles-ci sont difficiles et coucircteuses agrave mesurer de faccedilon empirique dans des conditions de terrain [35] La meacutethode de mesure la plus couramment utiliseacutee pour mesurer lexposition au parasite est le taux parasitaire (TP) chez les hocirctes humains (strictement en ratio tel quil mesureacute agrave une date donneacutee) Le TP est la proportion dindividus en une seule enquecircte transversale au sein drsquoune communauteacute entiegravere ou communauteacute eacutechantillonneacutee qui preacutesentent des signes dune infection paludique au stade sanguin peacuteripheacuterique Le TP nrsquoest pas une mesure directe de transmission car elle se sature agrave des niveaux eacuteleveacutes de transmission en raison de piqures heacuteteacuterogegravenes de multiples infections et dimmuniteacute acquise Des modegraveles matheacutematiques ont eacuteteacute deacuteveloppeacutes pour traduire les valeurs de TP en valeurs de taux dinoculations entomologiques (TIE) ou de taux de reproduction de base de linfection [28] Neacuteanmoins sur le plan pratique des programmes de lutte contre le paludisme utilisent le TP en tant que marqueur direct dintensiteacute de transmission Pendant legravere du Programme mondial deacuteradication du paludisme (GMEP) dans les anneacutees 1950 et 1960 la preacutevalence du parasite paludique chez les enfants eacutetait consideacutereacutee comme un indice mesurable et deacutefinitif du risque qui permettrait de deacutefinir la maniegravere dont les interventions eacutetaient spatialement cibleacutees et les progregraves mesureacutes [36-41] Suite agrave la confeacuterence sur le paludisme en Afrique tenue agrave Kampala en Ouganda en 1950 [42] les experts du paludisme ont convenu dun ensemble de classifications drsquoendeacutemiciteacute stable du paludisme sur la base de la preacutevalence drsquoinfection par le P falciparum chez les enfants acircgeacutes entre 2 et 10 ans (PfPR2-10) ou chez les nourrissons or infants transmission hypo-endeacutemique ougrave PfPR2-10 eacutetait infeacuterieur agrave 10 la transmission meacuteso-endeacutemique ougrave le PfPR2-10 se situait entre 10 et 50 la transmission hyper-endeacutemie ougrave le PfPR2-10 se situait entre 51 et le75 et la transmission holo-endeacutemique ougrave la preacutevalence de linfection chez les nourrissons eacutetait gt 75 [36] Ces terminologies eacutetaient deacutejagrave utiliseacutees avant mecircme la confeacuterence de Kampala mais se referaient geacuteneacuteralement agrave la preacutevalence moins speacutecifique de spleacutenomeacutegalie chez les enfants Aujourdrsquohui ces terminologies sont rarement utiliseacutees La transmission holo-endeacutemique est rarement deacutefinie de faccedilon empirique chez les nourrissons et fait geacuteneacuteralement lrsquoobjet drsquoestimations agrave partir de tranches dacircge utiliseacutees

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pour trier les autres classes dendeacutemiciteacute En tant que telle elle est geacuteneacuteralement consideacutereacutee comme un eacutetat ougrave PfPR2-10 est ge 75 Fait plus important encore ces classifications ont conserveacute une valeur qualitative dans les descriptions nationales de lintensiteacute de la transmission depuis plus de 60 ans 22 Mesurer le risque lorsque la preacutevalence est faible et lutilisation de donneacutees de cas courants Lrsquooptimisation et lrsquoopeacuterationnalisation des deacutefinitions de lintensiteacute de transmission du paludisme ont reacutecemment eacuteteacute revues pour fournir des paramegravetres permettant drsquoaider agrave la prise de deacutecisions sur le moment ougrave des pays ou des reacutegions au sein des pays pourraient deacutecider deacutelaborer un programme deacuteradication [33] Le paludisme controcircleacute agrave faible endeacutemie a eacuteteacute proposeacutee comme un eacutetat ougrave les interventions auraient pu reacuteduire le taux parasitaire moyen dans un eacutechantillon repreacutesentatif au niveau national en dessous de 1 au cours de la saison de transmission de pointe tandis que les niveaux de preacutevalence dans les sous-populations restent infeacuterieurs agrave un seuil plus eacuteleveacute (par exemple infeacuterieure agrave une preacutevalence de 5) pour permettre une heacuteteacuterogeacuteneacuteiteacute dans endeacutemiciteacute causeacutee par la transmission focale Etant donneacute que la composante laquocontrocircleacuteeraquo de cette deacutefinition ne concerne pas une reacutegion dans laquelle la transmission du paludisme eacutetait toujours historiquement faible cela se distingue du paludisme agrave faible endeacutemie [33] En tant que tel il y a de plus en plus drsquoadaptations de la classification hypo-endeacutemique pour inclure des zones deacutefinies par un PfPR2-10 de lt1 et de lt5 [2] Il existe eacutegalement un facteur deacutechantillonnage pratique lorsque lintensiteacute de transmission devient tregraves faible ou instable Cela exige des enquecirctes communautaires de plus en plus grandes et plus reacutepeacuteteacutees afin de fournir des estimations avec une preacutecision fiable Dans cet eacutetat de transition la deacutecision quant agrave savoir srsquoil faut abandonner les enquecirctes communautaires en faveur des enquecirctes de deacutepistage passif etou actif et de preacutevalence de drsquoinfection par la fiegravevre doivent ecirctre faites Ceci a eacuteteacute deacutefini sur le plan opeacuterationnel au cours du GMEP laquoToutefois aussi tocirct que le volume geacuteneacuteral du paludisme a eacuteteacute reacuteduit dans une mesure consideacuterable les indices fournis par les enquecirctes paludomeacutetriques ne seront plus suffisamment sensibles pour mesurer de nouveaux progregraves Lanalyse des donneacutees deacutevaluation des programmes deacuteradication ainsi que des observations plus eacutetroites dans le domaine ont montreacute qursquoon atteint le point ougrave les enquecirctes paludomeacutetriques cessent decirctre suffisamment sensibles lorsque le taux de parasites chute agrave un niveau compris entre 1 et 3 [43] raquo Les termes transmission laquo stable raquo et laquo instable raquo sont largement utiliseacutes mais rarement quantifieacutee Cette distinction est importante car la transition vers les eacutetats instables implique une transition vers leacuteradication La classification laquo stable-instable raquo a eacuteteacute introduite en paludologie par Sir Ronald Ross [Ross 1916] et adapteacutee par George Macdonald pour mesurer lendeacutemiciteacute du paludisme ougrave la stabiliteacute a eacuteteacute deacutefinie quantitativement par le nombre moyen de piqures quun moustique effectue chez un homme au cours de sa vie [3944] Lindice de stabiliteacute cependant exige des donneacutees entomologiques deacutetailleacutees qui sont rarement disponibles Qualitativement le paludisme stable se reacutefegravere agrave des situations relativement insensibles aux changements environnementaux naturels et artificiels Le paludisme instable se trouve dans des zones tregraves sensibles aux accidents climatiques exceptionnels se precircte facilement agrave leacuteradication

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et preacutevaut souvent dans des zones dariditeacute extrecircme ougrave les changements brusques des preacutecipitations habituelles peuvent conduire agrave des eacutepideacutemies Lindice de veacutegeacutetation ameacutelioreacute (EVI) deacuteriveacutee de limagerie du capteur MODerate-resolution Imaging Spectroradiometer (Radiomegravetre spectral pour imagerie de reacutesolution moyenne) (MODIS) a eacuteteacute utiliseacute pour deacutelimiter les zones soumises agrave lariditeacute extrecircme et donc potentiellement des zones de transmission instable du paludisme [245-47] Cependant limagerie par satellite EVI fournit une visualisation strieacutee de lariditeacute agrave travers le Mali le Niger et le Tchad (en fonction de la qualiteacute de limagerie) Malgreacute une illusion de preacutecision pour la transmission du paludisme instable cela na jamais eacuteteacute valideacute par des donneacutees empiriques sur lincidence clinique ou la preacutevalence Nous avons donc eacuteviteacute lutilisation de lindice de veacutegeacutetation ameacutelioreacute dans les deacutefinitions ulteacuterieures de la transmission du paludisme instable Une deacutefinition plus preacutecise du paludisme laquoinstableraquo est baseacutee sur les cas dincidence La mesure de lincidence du paludisme exige que tous les cas soupccedilonneacutes du paludisme soient diagnostiqueacutes gracircce agrave un systegraveme de surveillance complet comprenant le deacutepistage passif des cas (DPC) par lexamen parasitologique des personnes soupccedilonneacutees geacuteneacuteralement des cas feacutebriles preacutesentant les services sanitaires compleacuteteacutees par le deacutepistage actif des cas (DAC) les deacutepistages des cas de fiegravevre effectueacutes par des visites agrave domicile agrave intervalles reacuteguliers [34404341] Les reacutesultats sont geacuteneacuteralement exprimeacutes sous forme drsquoincidence parasitaire annuelle (IPA) pour tous les 1 000 habitants au sein de lensemble de la population des zones administratives pour lesquelles il est repreacutesentatif Au cours du GMEP lIPA neacutetait consideacutereacutee valable que si le taux dexamen sanguin annuel (TESA) la proportion de la population cible examineacutee deacutepassait 10 [4048] Lautre meacutetrique souvent preacutesenteacute est le taux de positiviteacute des lames (TPL) Ces indices de surveillance sont relieacutes comme suit API = (ABER SPR) 10a [49] Au cours des derniegraveres activiteacutes de cartographie aux niveaux mondial [45] et reacutegional [247] on a preacutefeacutereacute utiliser une valeur tregraves conservatrice de cas dincidence de lt1 cas pour 10 000 habitants Bien que cela reconnaisse les difficulteacutes agrave mesurer lincidence de cas il suppose que lidentification des cas gracircce agrave des systegravemes routiniers continue agrave ecirctre aussi faible comme cela a eacuteteacute le cas au cours des deux derniegraveres deacutecennies Des systegravemes dinformations sanitaires et les taux de cas de parasites confirmeacutes srsquoameacuteliorent agrave travers lAfrique Le deacutefi agrave preacutesent est de faire en sorte que soit faite la meilleure utilisation possible de ces donneacutees conformeacutement agrave la deacutefinition de lrsquoOMS de preacute-eacuteradication accepteacutee qui est de lt1 cas pour 1 000 [17 31 32] personnes ougrave cela peut ecirctre enregistreacutee en toute confiance ou des donneacutees partiellement incomplegravetes provenant des systegravemes de santeacute utiliseacutees par la majoriteacute de la population peuvent ecirctre efficacement spatialement modeacuteliseacutees Lors de nombreuses demandes de financement de leacutetranger des strateacutegies nationales de lutte contre le paludisme ou des examens de programmes de lutte contre le paludisme les incidences

a La division par dix est neacutecessaire parce que lrsquoAPI est exprimeacute par tranches de 1000 et les autres termes par tranches de 100

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ou le nombre de cas signaleacutes par les systegravemes dinformation de santeacute de routine (SIS) sont de plus en plus preacutesenteacutes dans les cartographies agrave travers lAfrique subsaharienne notamment au Beacutenin au Botswana au Burkina Faso au Congo en Cocircte dIvoire en Erythreacutee en Guineacutee Bissau au Malawi en Mauritanie au Mozambique agrave Sao Tomeacute-et-Principe au Seacuteneacutegal au Togo agrave Zanzibar et au Zimbabwe [50] Ces donneacutees sont incomplegravetes et ne reflegravetent pas toujours les cas confirmeacutes parasitologiquement Neacuteanmoins ces exemples mettent en eacutevidence lrsquointeacuterecirct croissant dans lapplication des donneacutees de cas de paludisme de routine agrave la stratification et cartographie du risque de paludisme Des donneacutees imparfaites et incomplegravetes sur le paludisme ont reacutecemment eacuteteacute modeacuteliseacutees agrave lrsquoaide des meacutethodes geacuteostatistiques avanceacutees pour en faciliter lutilisation des donneacutees mensuelles incomplegravetes et les emplacements des eacutetablissements de santeacute geacuteocodeacutees en Namibie [51] et en Zambie [52] Ces nouvelles approches pour le traitement des donneacutees incomplegravetes de routine en combinaison avec des capaciteacutes de diagnostic redimensionneacutees offre de nouvelles possibiliteacutes inteacuteressantes pour modeacuteliser le cas dincidence ougrave la plupart des fiegravevres cherchent un traitement dans les secteurs formels et la plupart des fiegravevres sont parasitologique confirmeacutees Pour les pays ou zones se trouvant agrave linteacuterieur des pays cherchant agrave parvenir agrave eacuteradiquer le paludisme en Afrique des combinaisons de PCD et ACD avec deacutepistage des cas sont deacutejagrave en cours en Afrique du Sud [53] au Swaziland [54] agrave Zanzibar [55] au Cap-Vert [56] et dans les districts limitrophes du fleuve Seacuteneacutegal au Seacuteneacutegal [57] Le passage du controcircle agrave la preacute-eacuteradication est un continuum Par conseacutequent les mesures utiliseacutees pour deacutefinir ces paramegravetres doivent ecirctre refleacuteteacutees par des combinaisons de mesures en fonction de la disponibiliteacute et de la qualiteacute des donneacutees nationales Lorsquil ny a pas de systegravemes dinformation de santeacute fiables et lagrave ougrave la preacutevalence parasitaire reste eacuteleveacute il est fondamental dutiliser la preacutevalence dinfection agrave base communautaire comme indicateur de risque Lorsque leacuteradication est un objectif preacutedeacutefini la deacutetection de toutes les infections plutocirct que de tous les eacuteveacutenements pathologiques devient une prioriteacute Toutes les meacutetriques de risque doivent permettre de stratifier les reacutegions geacuteographiques avec une preacutecision adeacutequate Ces stratifications devraient permettre drsquoeacutetablir un lien quant agrave ce qui est neacutecessaire pour deacuteplacer une reacutegion plus loin dans le continuum vers le deacutefi ultime de leacuteradication Il ny a pas de lignes directrices deacutefinitives pour ce qui peut ecirctre mesureacute et sur les critegraveres neacutecessaires pour entamer lrsquoadaptation des strateacutegies de controcircle Nous travaillons en eacutetroite collaboration avec lOMS pour veiller agrave ce que cela soit plus clair dans un proche avenir 3 Lhistoire des enquecirctes parasitaires nationales en Afrique Certaines des enquecirctes nationales plus anciennes en matiegravere de preacutevalence de linfection ont eacuteteacute entreprises au Seacuteneacutegal en 1905-1906 [58] en Algeacuterie en 1908 [59] au Ghana en 1913 [60] agrave Zanzibar en 1923-1926 [61] et agrave lrsquoicircle Maurice entre 1923 et 1925 [62] Les enquecirctes parasitaires nationales ont eacuteteacute recommandeacutees agrave travers lAfrique pendant les phases preacuteparatoires et les phases dattaque de leacuteradication du paludisme dans le cadre du Projet GMEP [40 43 48] Celles-ci eacutetaient fondeacutees sur des meacutethodes deacutechantillonnage statistique pour permettre une

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plus grande preacutecision de preacutevalence de chaque communauteacute en fonction des niveaux de preacutevalence attendus [63] Des exemples de ces enquecirctes nationales srsquoeacutetendent sur 30 ans de preacuteparation pour le controcircle du paludisme en Afrique y compris les enquecirctes meneacutees avant la Confeacuterence de Kampala en Egypte en 1936 [64] au Cap-Vert en 1946 [65] au Libeacuteria en 1948 [66] et en Namibie en 1950 [67] et apregraves la Confeacuterence de Kampala au Maroc en 1951-1953 [68] au Mozambique 1952 [6970] agrave Madagascar entre 1952 et 1953 [71] en Angola 1953 [72] au Beacutenin 1954 [73] au Cameroun en 1954 [74] au Zimbabwe en 1956 [75] au Seacuteneacutegal en 1960 [76] au Soudan en 1961-1963 [77] en Somalie entre 1960 et 1961 [7879] au Botswana en 1962 [8081] au Togo entre 1962 et 1964 [82] en Mauritanie entre 1963 et 1965 [8384] en Sierra Leone entre 1963 et 1966 [85] en Algeacuterie entre 1964 et 1965 [86] en Ethiopie entre 1964 et 1965 [8788] en Ouganda entre 1965 et 1967 [89] et en Zambie entre 1969 et 1972 [90] Des exemples de repreacutesentations dessineacutees agrave la main de ces donneacutees denquecirctes nationales sont preacutesenteacutes dans le scheacutema 2 Scheacutema 2 Exemples denquecirctes nationales sur la preacutevalence du paludisme pendant legravere du GMEP a) au Seacuteneacutegal [76] b) en Ouganda [89] c) en Angola [72] d) au Mozambique [70] e) au Soudan [77] f) au Cameroun [74]

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Au deacutebut le Centre Muraz baseacute agrave Bobo Dioullaso au Burkina Faso faisait office du siegravege sous reacutegional du Service Geacuteneacuteral dHygiegravene et de Prophylaxie (SGHMP) qui fournissait des preacuteconisations meacutedicales et sanitaires ainsi que la recherche pour les pays qui constituaient la Feacutedeacuteration des pays de lrsquoAfrique occidentale Franccedilaise (AOF) En 1955 des enquecirctes aupregraves des meacutenages de grande ampleur ont eacuteteacute entreprises depuis le Centre Muraz agrave travers la sous-reacutegion pour eacutetablir la preacutevalence du pian et de la syphilis Le chef de la section de lutte contre le paludisme le commandant docteur Choumara a suggeacutereacute qursquoon pourrait inclure des enquecirctes compleacutementaires sur le paludisme sans occasionner des coucircts suppleacutementaires et sans retarder le travail de leacutequipe de Treacuteponeacutematoses Au cours des anneacutees suivantes les premiegraveres cartographies sous-reacutegionales de la preacutevalence empirique du paludisme ont eacuteteacute eacutelaboreacutees [91] (scheacutema 3) Scheacutema 3 Reacutesultats des enquecirctes paludomeacutetriques sous-reacutegionales meneacutees dans le cadre drsquoenquecirctes de treacuteponegraveme en milieu et agrave la fin des anneacutees 1950 par le Centre Muraz agrave travers lrsquoAOF [91]

Pendant les efforts deacuteradication un certain nombre de pays ont maintenu des enquecirctes communautaires parasitologiques eacutetendues mais pour la majoriteacute des pays dAfrique sub-saharienne les enquecirctes nationales dinfections paludiques aupregraves des meacutenages ont eacuteteacute abandonneacutees En 2005 cinq ans apregraves le lancement de linitiative Roll Back Malaria il a eacuteteacute reconnu quil eacutetait important de ressusciter des enquecirctes nationales des meacutenages sur la preacutevalence de linfection en tant que moyen pour permettre de suivre les progregraves au niveau des pays [9293] Les trois principaux veacutehicules denquecircte pour recueillir les donneacutees nationales contemporaines de

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preacutevalence parasitaires eacutetaient les modules de paludisme de lrsquoEnquecircte deacutemographique et de santeacute geacutereacutes par le programme ameacutericain MESURE-ICF [94] les Enquecirctes en grappes agrave indicateurs multiples geacutereacutees par lUNICEF [95] et les EIP autonomes geacutereacutees par les programmes nationaux de lutte contre le paludisme et leurs partenaires de drsquoenquecircte Ces enquecirctes sont effectueacutees avec un accent sur le suivi des eacutevolutions dans la couverture dintervention et du taux de mortaliteacute des enfants de moins de cinq ans dans le premier niveau des zones administratives (province Eacutetat Gouvernorat etc) Lrsquoeacutechantillonnage national stratifieacute et pondeacutereacute selon la population ne se fonde pas sur la preacutecision autour de la preacutevalence du paludisme Lune des conseacutequences est que les uniteacutes primaires deacutechantillonnage qui en deacutecoulent ne repreacutesentent qursquoun tregraves petit nombre dindividus eacutechantillonneacutes pour linfection par le paludisme Ceci est une distinction importante entre les enquecirctes nationales sur le paludisme meneacutees au cours de legravere du Projet GMEP qui ont eacuteteacute conccedilues sur la base de leur capaciteacute agrave deacutefinir la preacutevalence dinfection [63] Les enquecirctes nationales actuelles comprennent des combinaisons de meacutethodes de deacutepistage des parasites dans diffeacuterents tranches dacircge en fonction de lenquecircte nationale Cependant la majoriteacute se focalise uniquement sur les enfants acircgeacutes drsquoentre 6 mois agrave cinq ans ce qui constitue une tranche dacircge moins informative en termes de preacutevalence dinfection par rapport aux enquecirctes comprenant une fourchette dacircge denfance beaucoup plus eacutetendue [96] et qui repeacutesente une autre rupture par rapport aux enquecirctes nationales meneacutees entre les anneacutees 1950 et 1960 qui eacutetaient axeacutees sur les enfants de moins de 10 ou de moins de 15 ans ou qui ont pris en consideacuteration tous les membres du meacutenage Malgreacute ces limites il y a eu une augmentation importante de donneacutees empiriques sur la preacutevalence dinfection par le paludisme en Afrique par rapport agrave ce qui eacutetait disponible dans une vaste zone geacuteographique depuis plus de 40 ans Depuis 2006 les enquecirctes nationales sur le parasites du paludisme ont eacuteteacute entreprises en Angola (2006 et 2011) au Botswana (2012) au Beacutenin (2012) au Burkina Faso (2010 et 2014) au Burundi (2012) au Cameroun (2011) au Tchad (2011) aux Comores (2010b) en Cocircte dIvoire (2012) en Reacutepublique deacutemocratique du Congo (2011b) aux Comores (2010b) en Cocircte dIvoire (2012) en Reacutepublique deacutemocratique du Congo (DRC) (2009 et 201314) au Djibouti (2009b) en Guineacutee eacutequatoriale (2007 and 201011b) en Erythreacutee (2002 et 2012b) en Ethiopie (2006 2007 et 2011b) au Gabon (2007 adultes uniquementb) en Gambie (2008b 2010b 2013b et 2015b) Ghana (2011 and 2014) Guineacutee (2012 and 201415) Guineacutee Bissau (200809b) Kenya (2007b 2010b et 2015b) au Liberia (2009 et 2011) agrave Madagascar (2011 and 2013) au Malawi (2000 2009 2012 et 2014) au Mali (2010) Mozambique (2002a 2007a et 2011) en Namibie (2009a) au Nigeria (2010) au Rwanda (2007 et 201011) au Seacuteneacutegal (20089 201011 201213 et 201314) en Sierra Leone (2013) en Somalie (2005b et 2014b) au Sud-Soudan (2009b et 2013b) au Soudan (2005b 2009b et 2012b) au Swaziland (2010b) en Tanzanie (20078 et 201112) au Togo (201314) en Ouganda (2009 et 201415) en Zambie (2006b 2008b 2010b et 2012a) agrave Zanzibar (2007 2010 et 201112) et au Zimbabwe (2009 et 2012)

b Donneacutees mises agrave la disposition de lrsquoeacutequipe drsquoINFORM par les programmes nationaux de lute contre le paludisme sans permission pour de partager avec des tiers

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Suivant une augmentation des enquecirctes communautaires sur la preacutevalence drsquoinfection il y a eu une renaissance dans les enquecirctes drsquoeacutecoliers Cette fourchette dacircge fournit une gamme plus optimale pour les recherches sur la preacutevalence dinfection Lagrave ougrave la freacutequentation scolaire est eacuteleveacutee et ougrave lintensiteacute de transmission est stable cette approche consistant agrave mesurer lexposition communautaire aux parasites est moins coucircteuse et exige moins de main-dœuvre que leacutechantillonnage communautaire [9798] Lutilisation de la preacutevalence de linfection chez les eacutecoliers pour suivre les progregraves et limpact de la lutte contre le paludisme et son eacutelimination nrsquoest pas nouvelle Les enquecirctes scolaires ont eacuteteacute entreprises dans le cadre de la surveillance en Rhodeacutesie du Sud (aujourdhui appeleacute le Zimbabwe) [75] au Bechuanaland (aujourdhui appeleacute la Reacutepublique du Botswana) [80] en Ouganda [99 100] en icircle Maurice [62] et en Sierra Leone [101] Au Kenya les enquecirctes sur le paludisme dans les eacutecoles ont eacuteteacute reacuteguliegraverement effectueacutees dans le cadre de la surveillance paludique par la Division des maladies agrave transmission vectorielle (DMTV) depuis sa creacuteation dans les anneacutees 1940 jusquau deacutebut des anneacutees 1990 anneacutee ougrave ces enquecirctes ont eacuteteacute abandonneacutees en raison du manque de fonds [DMTV donneacutees non publieacutees] Des enquecirctes nationales reacutecentes en milieu scolaire ont eacuteteacute restaureacutees au Kenya [102103] en Cocircte dIvoire [104] en Ethiopie [105] en Gambie [106] au Mali [107] en Tanzanie [F Molteni communication personnelle] au Mozambique et au Malawi [Natalie Roschnik communication personnelle] et en Ouganda [108] Le co-eacutechantillonnage a eacuteteacute proposeacute au cours des enquecirctes sanitaires plus eacutetendues dans les anneacutees 1950 pour la lutte contre les treacuteponegravemes et le paludisme [91] ainsi qursquoau cours des enquecirctes nutritionnelles meneacutees en Zambie [90] Reacutecemment les opportuniteacutes partageacutees dont les enquecirctes sur le paludisme meneacutees dans le cadre dautres enquecirctes sanitaires ont eacuteteacute revues notamment le deacutepistage des maladies tropicales neacutegligeacutees [109] ou des enquecirctes nutritionnelles offrant ainsi des possibiliteacutes drsquointeacutegrer des diagnostics du paludisme En Somalie par exemple nous avons travailleacute avec lUniteacute danalyse de la nutrition et de la seacutecuriteacute alimentaire (FSNAU) de lOrganisation pour lalimentation et lagriculture en Somalie de faccedilon agrave inclure des diagnostics rapide du paludisme au cours du deacutepistage des problegravemes nutritionnels au sein des communauteacutes entre 2007 et 2011 [110] 4 Recueil des donneacutees denquecirctes sur la preacutevalence parasitaire Comme nous lavons indiqueacute plus haut il y a eu deux grandes pousseacutees dinteacuterecirct dans les enquecirctes nationales sur la preacutevalence parasitaire toutes les deux gravitant autour des initiatives mondiales pour controcircler et eacuteliminer le paludisme meneacutees par lOMS Cependant il y a eu de nombreuses enquecirctes de terrain sous-nationales et individuelles sur la preacutevalence de lrsquoinfection paludique agrave travers le continent depuis le deacutebut des anneacutees 1900 Le processus didentification de ces donneacutees denquecirctes fut long et ardu la prise en charge vers 20 ans Cette section deacutecrit le processus lextraction de donneacutees et lexhaustiviteacute de ce processus de recherche de donneacutees

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41 Contexte de strateacutegies de recherche de donneacutees Les principes de base de la recherche dinformation sur la preacutevalence dinfection paludique en Afrique ont eacuteteacute rassembleacutes dans le projet de collaboration appeleacute Cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) [4] Cette collaboration a eacuteteacute eacutetendue en 2005 dans le cadre du Projet Malaria Atlas (MAP) (Atlas du risque de paludisme en Afrique [Guerra et al 2007] Ces deux projets provisoires de recueil de donneacutees mettent en eacutevidence un aspect important de la localisation des informations paludomeacutetriques en Afrique dont la plupart proviennent de sources ineacutedites Cela nrsquoaurait pour autant pas surpris les paludologues qui travaillaient en Afrique il y a plus de cinquante ans Bagster-Wilson deacuteclare dans le traiteacute de Boyd sur le paludisme en 1948 qursquolaquoon peut sefforcer de deacutefinir avec plus de preacutecision la reacutepartition du paludisme dans la mesure ougrave les informations disponibles le permettront une grande partie de savoir local se cache dans les rapports officiels non publieacutes qui ne peuvent ecirctre consulteacutes que par le biais des visites dans les pays concerneacutes raquo [111] Pour identifier les sources dinformations nous avons proceacutedeacute agrave des meacutethodes opportunistes aux approches en cascade et nrsquoavons pas respecteacute les meacutethodes rigoureuses proposeacutees pour les examens systeacutematiques ou des meacuteta-analyses [112] eacutetant donneacute qursquoavoir recours uniquement aux donneacutees examineacutees par des pairs se traduirait par lexclusion de preacutecieuses sources de donneacutees de valeur au niveau des pays Nous avons utiliseacute des contacts personnels fait des reacutefeacuterences occasionnelles aux enquecirctes contenues dans les rapports des ministegraveres de la santeacute effectueacute des recherches darchives et effectueacute des recherches dans des publications traditionnelles eacutevalueacutees par les pairs afin de traquer les sources possibles de donneacutees denquecirctes paludiques agrave travers le continent Dans les sections suivantes nous tenterons darticuler les approches adopteacutees pour repeacuterer des informations 42 Recherches dans les archives historiques Depuis 2005 nous avons entrepris des recherches manuelles dans les archives et les bibliothegraveques des instituts ex-coloniaux de meacutedecine tropicale pour repeacuterer des rapports ineacutedits de paludologues travaillant en Afrique avant que les pays nrsquoaccegravedent agrave lindeacutependance Il srsquoagissait notamment de drsquoarchives de lInstitut de Meacutedecine Tropicale Anvers lrsquoInstitut Pasteur Paris Deacutepartement dHistoire de la Meacutedecine Sapienza - Universitagrave di Roma Rome ArchivioItaliano Di Scienze mediche Coloniali Rome Instituto Higiene Medicina Tropical Lisbonne Wellcome Trust Library Londres The National Archives Kew Royaume-Uni et la London School of Tropical Medicine and Hygiene Londres On notera en particulier les rapports de voyage des consultants et les rapports trimestriels de paludologues travaillant pour le compte de lOrganisation mondiale de la santeacute (OMS) agrave partir des anneacutees 1950 jusquaux anneacutees 1970 Ceux-ci fournissent des reacutecits riches et des donneacutees denquecircte des campagnes de preacute-eacutelimination des rapports deacutetape deacutelimination des critiques et des analyses de situation du paludisme au niveau national Toutes ces donneacutees sont archiveacutees dans les bibliothegraveques de lOMS agrave Genegraveve au Caire et agrave Brazzaville (Figure 4) Nous tenons agrave

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remercier les bibliotheacutecaires de ces archives qui nous ont fourni une aide preacutecieuse dans le repeacuterage des documents non publieacutes dans chacun de ces siegraveges de lOMS Figure 4 Archives de lrsquoOMS agrave Genegraveve (agrave gauche) et agrave Brazzaville (agrave droite) Nous avons eacutegalement visiteacute les archives nationales du Ministegravere de la santeacute situeacutees dans les villes de Nairobi Kisumu Eldoret Mombasa et Meru (au Kenya) Entebbe et Jinja (en Ouganda) Sennar Khartoum et Kassala (au Soudan) Thies (au Seacuteneacutegal) Amani (en Tanzanie) Accra (au Ghana) Tzaneen (en Afrique du Sud) et les archives personnelles de lex-directeur de Tzaneen Malaria Research Centre ndash Centre de recherche sur le paludisme (couvrant lAfrique du Sud la Namibie et le Botswana) Les dossiers et les rapports tenus au National Institute of Medical Research (Institut national de la recherche meacutedicale) agrave Amani (Scheacutema 5) a couvert la peacuteriode ougrave le centre eacutetait le siegravege sous-reacutegional de lrsquoInstitute of Malaria and Vector Borne Diseases (Institut est-africain du paludisme et des maladies agrave transmission vectorielle) (1954-1977) Le siegravege du Projet de leacuteradication du paludisme agrave Jinja en Ouganda abritait tous les dossiers des enquecirctes nationales des meacutenages agrave partir des anneacutees 1960 jusquen 2011 quand ceux-ci ont malheureusement eacuteteacute deacutetruits et nous nrsquoavons eacuteteacute en mesure de trouver que ceux qui avaient eacuteteacute deacutemeacutenageacute agrave Entebbe Des rapports annuels des services meacutedicaux et de lrsquoassainissement datant de 1919 produits par les gouvernements coloniaux de la Gambie du Nigeria du Gold Coast (Ghana) de Sierra Leone de Somalie du Kenya de Tanganyika (Tanzanie) de Zanzibar drsquoOuganda du Congo belge (RDC) du Bechuanaland (Botswana ) du Nyassaland (Malawi) de Rhodeacutesie (Zambie et Zimbabwe) de lrsquoicircle Maurice et du Soudan eacutetaient disponibles en eacutetats variables de conservation dans la bibliothegraveque fondeacutee par le Wellcome Trust en 1963 et fait maintenant partie des laboratoires nationaux de santeacute publique appartenant au ministegravere de la santeacute agrave Nairobi Kenya (Figure 5) Au cours du Projet de cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) des scientifiques reacutegionaux ont visiteacute les archives nationales situeacutees dans les villes de Maputo (Mozambique) Bobo Dioulasso (Burkina Faso) Yaoundeacute (Cameroun) Cotonou (Beacutenin) et Lomeacute (Togo) [MARA ARMA 1998] Ces recherches ont identifieacute plusieurs rapports importants

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renfermant des donneacutees denquecirctes nationales Ils nrsquoont cependant pas pris des exemplaires numeacuteriques de rapports originaux Dans la mesure du possible nous avons tenteacute de localiser ces rapports et drsquoen preacuteparer des exemplaires numeacuteriques Cela na pas toujours eacuteteacute couronneacutee de succegraves et nous avons de ce fait inclus certaines donneacutees des issues de la base de donneacutees MARA ARMA des enquecirctes meneacutees agrave lrsquoeacutepoque preacute-indeacutependance avec des citations respectives notamment celles reacutecupeacutereacutees du Centre Muraz agrave Bobo Dioulasso Des exemplaires numeacuteriques des rapports non-publieacutes issus des archives europeacuteennes et africaines sont mis agrave la disposition des pays dans le cadre du projet INFORM en tant que bibliothegraveques numeacuteriques Scheacutema 5 A gauche Archives du laboratoire national de santeacute publique Nairobi Kenya (Old Wellcome Trust Library) A droite ndash Bibliothegraveque de lrsquoInstitut national de recherche meacutedicale Amani Tanzanie 43 Recherche des donneacutees eacutelectroniques Des bases de donneacutees eacutelectroniques en ligne ont eacuteteacute utiliseacutees comme un moyen didentifier les pairs des donneacutees publieacutees sur la preacutevalence de linfection paludique notamment celles publieacutees depuis les anneacutees 1980 y compris PubMed [113] Google Scholar [114] Armed Forces Pest Management Board (le Conseil dadministration de la lutte antiparasitaire des Forces armeacutees) - Litteacuterature Retrieval System [116] la base de donneacutees de la bibliothegraveque de lrsquoOrganisation mondiale de la santeacute [116] et le service de la bibliothegraveque numeacuterique en ligne de lInstitut de Recherche pour le Deacuteveloppement [117] Nous nrsquoavons pas trouveacute facilement des revues reacutegionales y compris un grand nombre de revues meacutedicales nationales des revues de la santeacute publique et parasitologiques agrave partir des sources ci-dessus Toutefois nous avons trouveacute des titres et des extraits en ligne de lrsquoAfrican Journals Online (AJOL) [118] Dans toutes les recherches de bases de donneacutees numeacuteriques des travaux publieacutes contenant les des mots-cleacutes laquo paludisme raquo et laquonom de paysraquo ont eacuteteacute utiliseacutes Nous avons eacuteviteacute lrsquoemploi des terminologies speacutecialiseacutees issues du systegraveme de meacutetadonneacutees meacutedicales laquoMedical Subject Headings (MeSH)raquo dans les recherches darchives numeacuteriques de faccedilon agrave eacutelargir au maximum

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notre champ de recherche Nous avons effectueacute des recherches de base de donneacutees au moins une fois par an agrave partir de lrsquoanneacutee 2005 Nous avons compleacuteteacute nos recherches par des notifications reacuteguliegraveres hebdomadaires sur le paludisme du service dalerte infos de Malaria World [119] Roll Back Malaria des bulletins dinformations du Programme de santeacute environnementale de lUSAID [120] et Santeacute Tropicale pour les revues nationales et reacutegionales des pays francophones y compris Meacutedecine dAfrique noire [121 ] Les titres et les reacutesumeacutes ont eacuteteacute utiliseacutes pour identifier drsquoeacuteventuelles donneacutees denquecirctes parasitaires transversales dans diverses formes soit en tant qursquoenquecirctes communautaires enquecirctes en milieu scolaire autres meacutethodes de deacutepistage parasitaire ou des essais sur le terrain Nous avons eacutegalement eacutetudieacute des eacutetudes sur la preacutevalence de maladies associeacutees au paludisme lorsque celles-ci sont preacutesenteacutees dans le cadre drsquoenquecirctes sur laneacutemie lrsquoheacutemoglobinopathie la transfusion sanguine ou eacutevaluations de la situation nutritionnelle afin drsquoidentifier les rapports coiumlncidence de la preacutevalence paludique En outre crsquoeacutetait une pratique courante de deacutepister les membres de la communauteacute ou des eacutecoliers au cours des protocoles de sensibiliteacute preacutecoces aux meacutedicaments antipaludeacuteens de sorte agrave enrocircler des personnes infecteacutees aux enquecirctes de suivi post-traitement Souvent des donneacutees issues des sites denquecirctes seacutelectionneacutes permettaient de fournir le nombre de personnes deacutepisteacutees et le nombre de personnes infecteacutees Les enquecirctes aupregraves des populations feacutebriles ou des personnes freacutequentant des cliniques ont eacuteteacute exclues Les publications avec des titres ou des extraits pouvant indiquer la preacutesence des donneacutees parasitaires possibles ont eacuteteacute soit teacuteleacutechargeacutees agrave partir darchives de revues offertes en ligne en libre accegraves ou provenant de HINARI (lInitiative daccegraves aux recherches pour la santeacute) [122] A chaque fois que les publications nrsquoeacutetaient pas disponibles sur HINARI en libre accegraves nous visitions les archives des bibliothegraveques du Royaume-Uni agrave la London School of Hygiene and Tropical Medicine la Liverpool School of Tropical Medicine la bibliothegraveque Bodleian agrave lUniversiteacute dOxford ou la Bibliothegraveque de lInstitut Pasteur Paris pour obtenir en obtenir des exemplaires Nous faisions des demandes de reacutefeacuterences que nous nrsquoarrivions pas agrave trouver suivant ces recherches agrave laide du catalogue mondial des recherches agrave travers les bibliothegraveques dOxford factureacutees agrave la page Toutes les publications agrave partir desquelles des donneacutees ont eacuteteacute extraites ont eacuteteacute contreveacuterifieacutees agrave lrsquoaide des bibliographies provenant dautres sources qursquoon aurait oublieacutees ou qui correspondraient agrave des documents non publieacutes ou laquodocuments parallegravelesraquo qui ne sont geacuteneacuteralement pas controcircleacutes par les eacutediteurs commerciaux Les auteurs des articles eacutevalueacutes par les pairs ont souvent eacuteteacute contacteacutes pour nous renseigner sur des informations compleacutementaires dans leur document et nous indiquer dautres travaux non publieacutes dans leur zone geacuteographique ou de leur institution

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44 Autres sources de donneacutees Les enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages ayant inteacutegreacute la preacutevalence parasitaire sont deacutecrites dans la section 3 Les donneacutees provenant de ces enquecirctes sont soit disponibles en formats teacuteleacutechargeables agrave partir du programme ICF MEASURE ou ont eacuteteacute fournis au projet INFORM par les programmes nationaux de lutte antipaludique dans le cadre daccords de collaboration Pour dautres donneacutees eacuteventuellement ineacutedites et propres aux sites sur la preacutevalence du paludisme nous avons consulteacute des sites Web et contacteacute les organisations non gouvernementales (ONG) travaillant en Afrique pouvant avoir entrepris des eacutevaluations sanitaires comprenant des enquecirctes parasitologiques au sein des communauteacutes aupregraves desquelles elles œuvraient Il srsquoagissait notamment de Meacutedecins sans Frontiegraveres [123] MERLIN [124] le Centre Carter [125] Selon lUniteacute danalyse de la seacutecuriteacute alimentaire et de la nutrition en Somalie (FSNAU) [126] Shape Consulting [127] Save the Children [128] Malaria Consortium [129] et MENTOR [130] Gracircce aux contacts fournis par ces agences nous avons pu trouver des donneacutees provenant de sites drsquoenquecirctes en Guineacutee en Sierra Leone en Cocircte dIvoire en Tanzanie au Libeacuteria en Somalie au Kenya en Ouganda au Nigeria en Ethiopie au Mali et au Soudan du Sud Les extraits des ouvrages publieacutes par Tropical Medicine ainsi que ceux issus des reacuteunions sur le paludisme ont eacuteteacute identifieacutes provenant de sources les plus diverses possibles et produits dans le cadre de confeacuterences et de congregraves nationaux et internationaux Ceux-ci ont eacuteteacute utiliseacutes pour signaler drsquoeacuteventuelles donneacutees solliciteacutees par correspondance des auteurs drsquoextraits Notre preacutesence reacutegionale et les liens que nous entretenons avec la communauteacute de recherche sur le paludisme en Afrique a permis de faire naicirctre une prise de conscience quant agrave lobjectif et agrave lambition de la recherche sur la cartographie du paludisme commenceacute en 1996 sous la collaboration MARA ARMA [35] Nous avons profiteacute de cette connectiviteacute reacutegionale des chercheurs pour contacter directement les collegravegues travaillant sur leacutepideacutemiologie du paludisme de sorte agrave rechercher des donneacutees ventileacutees et speacutecifiques au site souvent ineacutedites La volonteacute de partager des donneacutees non publieacutees sur les enquecirctes parasitaires a eacuteteacute sans preacuteceacutedent Au 1er Juillet 2015 plus de 700 scientifiques et speacutecialistes individuels de la santeacute publique ont fourni des informations ventileacutees sur les donneacutees publieacutees donneacutees non-publieacutees ou ont apporteacute leur concours agrave la localisation des communauteacutes eacutechantillonneacutees agrave travers lAfrique Nous avons tenu agrave les remercier dans lannexe accompagnant le preacutesent rapport ainsi que sur le site Web INFORM [131] Les instituts reacutegionaux menant des recherches sur le paludisme et leurs partenaires de collaboration eacutetaient toujours agrave lavant-garde dans la fourniture de donneacutees non publieacutees Il convient de mentionner particuliegraverement les Medical Research Council Laboratories (Gambie) les partenariats de collaboration entre le Kenyan Medical Research Institute et le Wellcome Trust Universiteacute dOxford US Centers for Disease Control Universiteacute de Nagasaki et Walter Reed (Kenya) le Centre de Recherche et de formation sur le paludisme (Mali) Uganda Malaria Surveillance Project (Ouganda) les partenariats de collaboration tisseacutes entre Ifakara Health Institute et le Swiss Tropical Institute la London School of Hygiene and Tropical Medicine et US

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Centers for Disease Control (Tanzanie) Dar es Salaam Urban Malaria Control Project (Tanzanie) National Medical Research Institute agrave Amani (Tanzanie) Institut Pasteur (Madagascar) lrsquoInstitut de Recherche pour le deacuteveloppement (Seacuteneacutegal) Centre de Rechercheacute en Santeacute de Nouna (Burkina Faso) Institute for Endemic Diseases University of Khartoum (Sudan) Blue Nile Health Project-Giezera State University (Sudan) Centro Investigaco Saude Angola (Angola) Liverpool School of Tropical Medicine Wellcome Trust and College of Medicine Programme collaboratif de lrsquoUniversity of Malawi (Malawi) South African Medical Research Council (Afrique du Sud Mozambique et Swaziland) le programme de collaboration du Swiss Tropical and Public Health Institute et de lInstitut de la santeacute publique (Cocircte dIvoire) le programme de collaboration du US Centers for Disease Control (Togo) partenariats de collaboration du Prince Leopold Institute (Burundi Beacutenin et Rwanda) Malaria Institute agrave Macha (Zambie) Medical Research CentreOuganda Virus Research Institute (Ouganda) lEcole de Santeacute Publique de Kinshasa (RDC) et le Southern African Malaria Consortium (Zimbabwe) 5 Abstraction des donneacutees drsquoenquecircte 51 Exigences minimales en matiegravere de donneacutees De chacun des rapports drsquoenquecircte les champs de donneacutees minimales requises pour chaque enregistrement sont les suivants description de la zone deacutetude (nom divisions administratives et coordonneacutees geacuteographiques cas eacutecheacuteant) dates de deacutebut et de fin de lenquecircte (mois et anneacutee) et renseignements sur de lexamen sanguin (nombre de personnes deacutepisteacutees nombre de personnes constateacutees positives pour infection au Plasmodium par espegravece) meacutethodes utiliseacutees pour deacutetecter linfection (microscopie tests de diagnostic rapide (TDR) reacuteaction en chaicircne par polymeacuterase (PCR) ou combinaisons) et lrsquoacircge le plus bas et la population eacutetudieacutee Pour les donneacutees provenant des essais controcircleacutes et randomiseacutes dintervention les donneacutees nrsquoont eacuteteacute seacutelectionneacutees que lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees de base de preacute-intervention et celles issues des enquecirctes de suivi transversales ulteacuterieures au sein des populations teacutemoins Lorsque des cohortes dindividus ont eacuteteacute interrogeacutees agrave plusieurs reprises dans le temps nous nous sommes efforceacutes dinclure uniquement la premiegravere enquecircte et les enquecirctes ulteacuterieures lorsque celles-ci nrsquoavaient qursquoun eacutecart drsquoau moins cinq mois par rapport agrave la date denquecircte initiale pour eacuteviter toute deacutependance entre les observations baseacutees sur le traitement des personnes infecteacutees preacuteceacutedentes Lorsqursquoil neacutetait pas possible de ventiler les enquecirctes reacutepeacuteteacutees celles-ci eacutetaient deacutefinitivement exclues de lanalyse Plusieurs pays ont maintenu des enquecirctes sanguines de masse apregraves avoir atteint les phases de consolidation de leacutelimination La dureacutee des phases de preacute-eacutelimination drsquoattaque de consolidation et dentretien deacutelimination varie entre les pays [47] Nous avons choisi dexclure les donneacutees eacutechantillonneacutees apregraves les dates ougrave les pays mettant en œuvre des programmes drsquoeacutelimination avaient commenceacute agrave utiliser des taux drsquoincidence deacuteriveacutes des indices parasitaires annuels ou lorsque des enquecirctes sanguines de masse eacutetaient utiliseacutees pour deacutemontrer labsence de transmission en Algeacuterie (1967) en Egypte (1965) en Libye (1967) en icircle Maurice (1957) au Maroc (1969) en Reacuteunion (1953) et en Tunisie (1968)

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Parfois les rapports preacutesentaient le nombre total de personnes examineacutees dans un certain nombre de villages et le pourcentage de personnes controcircleacutees positives par village ici nous avons supposeacute que le deacutenominateur par village eacutetait eacutequivalent au nombre total de personnes examineacutees diviseacute par le nombre total de villages Il eacutetait possible deacutetablir lanneacutee de chaque enquecircte cependant il eacutetait parfois impossible drsquoeacutetablir le mois de lenquecircte agrave partir des rapports denquecirctes Dans ce cas de figure nous avons utiliseacute des descriptions saison laquohumideraquo et saison laquosegravecheraquo premier ou deuxiegraveme trimestre scolaire ou dautres informations pour parvenir agrave une approximation du mois de lenquecircte et avons inclus un rapport sur cette hypothegravese Certains reacutesultats de lenquecircte ont eacuteteacute signaleacutes en tant qursquoagreacutegat dans lespace (par exemple un seul PfPR pour un groupe de villages) ou dans le temps (par exemple un PfPR moyen estimeacute agrave partir de quatre enquecirctes diffeacuterentes meneacutees au fil du temps) Dans de tels cas nous avons soit chercheacute dautres rapports des mecircmes enquecirctes avec une reacutesolution spatiale ou temporelle plus eacuteleveacutee Lagrave ougrave cela na pas eacuteteacute possible et ougrave des groupes de villages deacutepassaient 5 km2 nous avons exclu du dossier de lanalyse (voir ci-dessous) Lorsque des informations suppleacutementaires eacutetaient neacutecessaires pour fournir des donneacutees speacutecifiques par village dans un moment preacutecis nous avons demandeacute aux auteurs de nous fournir tout renseignement ou document manquant 52 Meacutethodes de deacutetection parasitaires Compte tenu de son ubiquiteacute en tant qursquooutil de diagnostic paludique la meacutethode preacutefeacutereacutee de deacutetection parasitaire eacutetait la microscopie Aucune distinction nrsquoeacutetait faite entre la microscopie optique ou par fluorescence La qualiteacute de la veacuterification de lame [132133] les variations de sensibiliteacute speacutecificiteacute entre les tests de diagnostic rapide (TDR) [134] la capaciteacute des eacutequipes de terrain agrave analyser les TDR de maniegravere fiable [135-138] ou des variations obtenues sur la base de la seacutelection des amorces pour les reacuteactions en chaicircne de la polymeacuterase (PCR) [139] influencent toutes les descriptions de la preacutevalence et auront des variances intrinsegraveques entre les enquecirctes incluses dans la base de donneacutees Il a eacuteteacute deacutemontreacute que les TDR donnent des taux de faux positifs plus eacuteleveacutes que la microscopie [134 140 141] cependant ils ont tendance agrave stratifier agrave fois le taux parasitaire le plus bas (lt1) et le plus eacuteleveacute (gt50) avec plus de preacutecision par rapport agrave la microscopie courante [133 141] Une analyse drsquoun grand recueil de donneacutees sur les taux parasitaires des communauteacutes a deacutemontreacute quil y avait une diffeacuterence minime dans les estimations du taux moyen global de preacutevalence de P falciparum dans une analyse des donneacutees correspondantes apparieacutees issues des enquecirctes communautaires ayant utiliseacute la microscopie et les TDR pour les examens parasitaires [46] Neacuteanmoins les diffeacuterences entre les TDR et la microscopie en matiegravere de leur capaciteacute agrave deacutetecter des dinfections mineures lorsquelles sont geacutereacutees dans des conditions normales restent un preacutejugeacute systeacutematique inheacuterent aux donneacutees [141] que nous sommes incapables de controcircler Nous sommes eacutegalement incapables de controcircler la qualiteacute des analyses de donneacutees des enquecirctes en utilisant uniquement la microscopie Le principal problegraveme de la microscopie lorsquelle est utiliseacutee dans le cadre les enquecirctes-eacutechantillons nationales est la qualiteacute de la preacuteparation des lames (coloration et entreposage) et

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ou les garanties de la veacuterification de la qualiteacute (VQ) des analyses des lames Dans ce cas de figure nous avons en consultation avec les responsables des enquecirctes nationales ducirc faire plusieurs jugements de valeur Par exemple pour les enquecirctes nationales aupregraves des meacutenages au Soudan en Somalie au Malawi et en Angola nous avons choisi dinteacutegrer les preacutevalences dinfection obtenues gracircce aux TDR plutocirct les estimations provenant des analyses des lames de microscopie Par contre pour drsquoautres pays tels que le Kenya et lOuganda nous avions des garanties quant agrave la qualiteacute des analyses des preacutelegravevements sanguins pendant enquecirctes sur les indicateurs du paludisme Il ny a pas de regravegles absolues pour ces deacutecisions A chaque fois que des preuves quant agrave la qualiteacute des analyses des lames nous eacutetaient fournies nous avons deacutecideacute drsquoutiliser celles-ci par rapport aux TDR 53 Geacuteocodage des sites drsquoenquecircte Le geacuteocodage de donneacutees la deacutefinition dune longitude et une latitude deacutecimale pour chaque site denquecircte consistait en une tacircche particuliegraverement exigeante En fonction de leur repreacutesentation spatiale les donneacutees eacutetaient classeacutees en tant que villages communauteacutes ou eacutecoles individuelles ou ensemble de communauteacutes dans une zone deacutefinissable correspondant agrave une zone agrave linteacuterieur dun quadrillage de 5 km ou environ 005 degreacutes deacutecimaux au niveau de leacutequateur Dans la mesure du possible nous avons chercheacute agrave conserver des donneacutees ventileacutees au niveau des villages plutocirct que des donneacutees agrave travers une laquogrande eacutetendueraquo Lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees provenant des communauteacutes deacutepassant un quadrillage de 5 km nous avons consideacutereacute ces derniers comme une reacutesolution spatiale trop faible avec une variance importante possible dans le polygone dinformations agrave exclure lors de lutilisation de la modeacutelisation geacuteostatistique avanceacutee En pratique il srsquoagissait ici drsquoun critegravere difficile agrave veacuterifier eacutetant donneacute que la plupart des rapports denquecircte ne fournissaient pas suffisamment de deacutetails sur la superficie de la zone eacutetudieacutee Une utilisation plus reacutecente des systegravemes de positionnement mondial (GPS) lors de travaux denquecircte permet une reacuteagreacutegation des donneacutees denquecircte aupregraves des meacutenages avec une plus grande preacutecision Crsquoest eacutegalement utile dans le maintien du critegravere du quadrillage de 5 km tout en combinant des grappes de petites tailles deacutechantillon dans lespace Lutilisation du GPS pour enregistrer des longitudes et latitudes a contribueacute de maniegravere appreacuteciable agrave des enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages depuis circa 2007 [142] Cependant dans les enquecirctes deacutemographiques et sanitaires aupregraves des meacutenages geacutereacutes par le programme ICF-MEASURE un processus de deacuteplacement de coordonneacutees GPS est effectueacute de telle sorte que pour les clusters urbains un deacuteplacement est introduit agrave une distance allant jusqursquoagrave tous les 2 km qui influe rarement sur la preacutecision globale de modeacutelisation eacutetant donneacute que ce processus se fait dans le cadre est dans les zones urbaines Pour les clusters ruraux on fait un deacuteplacement jusqursquoagrave 5 km avec 1 de clusters ruraux suppleacutementaires deacuteplaceacutes jusquagrave une distance de 10 km Ici nous avons passeacute en revue tous les clusters ruraux agrave lrsquoaide de Google Earth pour examiner la mesure dans laquelle les clusters ruraux pourraient avoir eacuteteacute deacuteplaceacutes vers des zones inhabiteacutees et repositionneacutes dans les zones peupleacutees les plus proches

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Pour positionner chaque site denquecircte lagrave ougrave les coordonneacutees GPS ne sont pas disponibles nous avons utiliseacute une varieacuteteacute de ressources numeacuteriques parmi lesquels les plus utiles eacutetaient Encyclopeacutedie Microsoft Encarta (Microsoft 2004) et Google Earth (Google 2009) Drsquoautres sources drsquoarchives numeacuteriques de noms de lieux couramment utiliseacutes sont entre autres le serveur de noms de lieux de la National Geospatial-Intelligence Agency GEOnet Eacutetats-Unis [143] Falling Rain Genomicsrsquo Global Gazetteer [144] Alexandria Digital Library de lUniversiteacute de Californie Eacutetats-Unis [145] African Data Sampler [146] MapCarta [147] Maplandia [148] Global geodatabase-cities [149] Open Street Map [150] VMAP0 [151] et IslamicFinder [152] A travers lAfrique il existe un certain nombre de reacutepertoire toponymique numeacuteriques nationaux pour les lieux habiteacutes les eacutetablissements sanitaires ou les eacutecoles Ce type de reacutepertoires accroicirct en nombre en preacutecision et en couverture Nous les avons obtenus sur demande aupregraves des bureaux nationaux de recensement des ministegraveres de leacuteducation et de la santeacute et des ONG partenaires Cela srsquoest aveacutereacute un outil preacutecieux dans la localisation des communauteacutes au Burkina Faso au Kenya en Gambie au Mozambique agrave Madagascar en Somalie au Malawi en Mauritanie au Ghana au Niger en Namibie au Seacuteneacutegal en Somalie en Afrique du Sud en Tanzanie en Ouganda en Zambie et agrave Zanzibar Bien que nous tentons drsquoutiliser des nomenclatures types et des strateacutegies uniques de nommage dans les reacutepertoires toponymiques numeacuteriques [153] il est difficile drsquoatteindre cela au niveau national ougrave les orthographes changement en fonction des auteurs au fil du temps et ougrave les mecircmes noms de lieux sont reacutepliqueacutees agrave travers un pays En tant que tel lors de lextraction de donneacutees chaque point de donneacutees a eacuteteacute enregistreacute avec autant drsquoinformations geacuteographiques que possible issues de la source Crsquoest bien ces informations qui ont eacuteteacute utiliseacutees au cours du geacuteo-positionnement par exemple pour veacuterifier que le geacuteocodage permettait de cadrer les sites denquecirctes dans les uniteacutes administratives deacutecrites dans le rapport ou qursquoil correspondait agrave dautres deacutetails dans le rapport sur la distance vis-agrave-vis des riviegraveres ou les villes lorsque cela eacutetait afficheacutees sur Google Earth Bien quen theacuteorie les coordonneacutees GPS doivent repreacutesenter une localisation spatiale sans ambiguiumlteacute il fallait une veacuterification rigoureuse pour veiller agrave ce que les sites denquecirctes correspondent aux coordonneacutees GPS Comme drsquohabitude nous avons donc reveacuterifieacute toutes les donneacutees GPS de toutes les sources en utilisant les noms de lieux et ou Google Earth pour assurer que les coordonneacutees se situaient dans les communauteacutes Toutes les coordonneacutees ont eacuteteacute soumises agrave un controcircle final agrave laide de la base de donneacutees spatiale des frontiegraveres administratives de second niveau deacuteveloppeacutees et reacuteviseacutee en 2008 par lOrganisation pour lalimentation et lagriculture (FAO) des Nations Unies [154] Loutil de seacutelection spatiale ArcGIS 101 (ESRI USA) a eacuteteacute utiliseacute pour veacuterifier que les points du long du littoral eacutetaient situeacutes sur des terrains tels que deacutefinis par GAUL 2008 La base de donneacutees de Global Lakes and Wetlands (GLWD) deacuteveloppeacutee par le Fonds mondial pour la nature [155] a eacuteteacute utiliseacute pour srsquoassurer que les points inteacuterieurs eacutetaient positionneacutes sur la terre ferme et non pas sur des plans deau Nous cherchions par-lagrave agrave identifier les coordonneacutees qui se trouvaient leacutegegraverement au large des cocirctes sur les affluents ou dans les uniteacutes administratives incorrectes chaque anomalie a eacuteteacute reveacuterifieacutee et repositionneacutee agrave laide de petits changements et avec Google Earth

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54 Deacutefinition des frontiegraveres nationales A la fin de la Seconde Guerre mondiale en 1945 presque tous les pays en Afrique eacutetaient soumis agrave la domination ou agrave lrsquoadministration coloniale Chaque pays sur le continent africain est aujourdhui indeacutependant mecircme si quelques icircles restent sous administration europeacuteenne (la Reacuteunion et Mayotte) Il existe actuellement 55 Etats indeacutependants dont 53 sont membres de lUnion africaine Tout au long de ce rapport nous utilisons les noms et les frontiegraveres des Eacutetats-nations en Afrique et les frontiegraveres actuelles plutocirct que la nomenclature preacute-indeacutependance Tout au long de ce rapport nous avons utiliseacute lrsquooutil numeacuterique de traitement de frontiegraveres parraineacute par lrsquoONU [156] En tant que tel nous traitons le Soudan du Sud en tant qursquoentiteacute diffeacuterente de la Reacutepublique du Soudan et lEacuterythreacutee diffeacuterente de lEthiopie Il y a beaucoup de zones litigieuses en Afrique revendiqueacutees par diffeacuterents pays voisins et qui restent en suspens [157] Pour les besoins de notre travail nous avons traiteacute le Triangle drsquoIlemi en tant que partie inteacutegrante de la reacutegion de Turkana du Kenya Nous avons consideacutereacute Walvis Bay en Namibie comme faisant toujours partie de la Namibie en deacutepit du fait que ce territoire fait partie de lrsquoAfrique du Sud depuis de nombreuses anneacutees suivant lindeacutependance de la Namibie en 1990 Deux petits territoires au sein du Royaume du Maroc continuent decirctre occupeacutes par lEspagne dans le Nord-Ouest (Ceuta) et dans le Nord-Est (Melilla) sur le littoral meacutediterraneacuteen Cependant nous avons consideacutereacutes ces territoires comme faisant partie du Royaume du Maroc se rapprochant de son eacutetendue ottomane avant 1912 Nous traitons la peacuteninsule du Sinaiuml en tant que partie permanente de la Reacutepublique arabe dEgypte Sans faire de jugements politiques nous avons consideacutereacute la reacutegion drsquoAbeyi comme faisant partie inteacutegrante de la Reacutepublique du Soudan cependant dans la cartographie des produits nationaux les deux pays prennent en compte cette reacutegion Nous avons traiteacute le Triangle Halaib sur la frontiegravere soudano-eacutegyptienne comme faisant partie du Soudan bien que depuis 2010 lrsquoEacutegypte controcircle cette zone en tant que partie inteacutegrante de son Etat de la Mer Rouge La reacutegion de Bakassi territoire frontalier contesteacute sur la cocircte atlantique entre le Nigeria et le Cameroun a eacuteteacute traiteacute comme faisant partie du Nigeria en deacutepit de la mise en œuvre finale des accords qui ont accordeacute cette reacutegion agrave ladministration camerounaise en 2014 Les groupes insulaires de Bioko Annobin et Zanzibar sont traiteacutees seacutepareacutement de la partie continentale de Guineacutee eacutequatoriale et de Tanzanie respectivement Ces groupes insulaires ont toujours eu diffeacuterents plans de lutte antipaludique et des ambitions drsquoeacutelimination diffeacuterentes de ceux de leurs homologues du continent 55 Normalisation selon lacircge Lorsque lacircge nrsquoeacutetait pas preacuteciseacute dans le rapport de chaque enquecircte mais que le rapport preacutecisait que lrsquoensemble du village ou drsquoenfants de leacutecole primaire eacutetaient examineacutes nous avons supposeacute que les tranches dacircge agrave 0-99 ans ou 5-14 ans respectivement Il y avait une grande diversiteacute dans les tranches dacircge des populations eacutechantillonneacutees entre les eacutetudes Pour faire des comparaisons significatives dans le temps et lespace une seule tranche dacircge normaliseacute est neacutecessaire Il est possible drsquoeffectuer des ajustements dun acircge normaliseacute pour le Plasmodium falciparum gracircce agrave lobservation et agrave la theacuteorie des maladies infectieuses lagrave ougrave limmuniteacute est acquise apregraves une exposition reacutepeacuteteacutee de la naissance Nous avons adapteacute des modegraveles de

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conversion catalytique de Muench (dabord utiliseacute dans le paludisme par Pull amp Grab dans les anneacutees 1970 [158]) en eacutequations statiques en R-script qui utilise les gammes infeacuterieure et supeacuterieure deacutechantillon et la preacutevalence globale pour se transformer en une estimation preacutevues chez les enfants acircgeacutes de 2-10 ans PfPR2-10 [96] 56 Limitations dues agrave la taille de leacutechantillon La taille de leacutechantillon est inversement proportionnelle agrave la preacutevalence ougrave agrave faible taille des eacutechantillons les biais dans les estimations de la preacutevalence sont introduits en fonction de la preacutevalence reacuteelle de la population se traduisant deacutecarts-types relativement eacuteleveacutes [159] Il existe un seuil critique entre 10 et 20 individus eacutechantillonneacutes en dessous duquel les eacutecarts-types augmentent de faccedilon exponentielle dans la plupart des enquecirctes sur les infections parasitaires et la courbe commence agrave aplatir agrave partir drsquoune taille denviron 50 eacutechantillons et atteint une asymptote agrave environ 100 [160] La taille des eacutechantillons denquecircte individuels est eacutegalement importante dans le calcul des correacutelations avec les variables dendeacutemiciteacute pour veacuterifier les associations plausibles entre par exemple des preacutecipitations et la preacutevalence Au cours de seacutelection des co-variables de petits eacutechantillons impreacutecis peuvent conduire agrave loverfitting Nous avons chercheacute agrave combiner les communauteacutes agrave proximiteacute ougrave tout village comptait moins de 10 personnes eacutechantillonneacutees et ougrave les communauteacutes se situaient agrave moins de 5 km lrsquoun de lautre eacutechantillonneacutes exactement au mecircme moment par les mecircmes enquecircteurs 6 Partage et accegraves aux donneacutees Les donneacutees recueillies pour cette eacutetude font partie dune initiative plus large visant agrave aider les gouvernements nationaux en mettant agrave leur disposition des plateformes de donneacutees probantes pour les aider agrave concevoir des projets de lutte antipaludique gracircce au concours du projet INFORM [131161] soutenu par le Deacutepartement pour le deacuteveloppement international Royaume-Uni et le Wellcome Trust Les donneacutees geacuteocodeacutees sur la preacutevalence parasitaire issues des donneacutees archiveacutees publieacutees et ineacutedites donneacutees et rassembleacutees en bases de donneacutees soigneusement conserveacutees doivent ecirctre prise en charge et geacutereacutees par les services de lutte contre le paludisme au sein des ministegraveres nationaux de la santeacute Les donneacutees provenant des recherches nationales et des enquecirctes meneacutees par les ministegraveres de la santeacute sont la proprieacuteteacute des gouvernements nationaux Le plus souvent la plupart des ministegraveres de la santeacute nont pas accegraves agrave la gamme complegravete des donneacutees sur le paludisme pourtant potentiellement disponibles dans leur propre pays Le but est donc de se servir du projet INFORM pour bacirctir une appropriation des donneacutees nationales sur le paludisme et mettre toutes les donneacutees recueillies agrave la disposition des ministegraveres de la santeacute agrave travers lAfrique et aux conseillers techniques reacutegionaux de lOrganisation mondiale de la santeacute A ce titre ces gouvernements nationaux deviendront les gardiens de leurs propres donneacutees nationales et pleinement responsables de leur distribution aux scientifiques nationaux reacutegionaux et internationaux ainsi qursquoaux partenaires de controcircle

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7 Reacutefeacuterences 1 Snow RW (2014) Sixty years trying to define the malaria burden in Africa have we made any progress

BMC Medicine 12 227 2 Noor AM Kinyoki DK Mundia CW Kabaria CW Wambua JM Alegana VA Fall IS Snow RW (2014) The

changing risk of Plasmodium falciparum malaria infection in Africa 2000ndash10 a spatial and temporal analysis of transmission intensity Lancet 383 1739-1747

3 Snow RW Marsh K le Sueur D (1996) The need for maps of transmission intensity to guide malaria

control in Africa Parasitology Today 12 455ndash457 4 MARAARMA (1998) Towards an atlas of malaria risk in Africa First technical report of the

MARAARMA collaboration Durban South Africa httpsidl-bncidrccadspacebitstream10625316441114833pdf

5 Le Sueur D Binka F Lengeler C de Savigny D Teuscher T Toure Y Snow RW (1997) An atlas of malaria in

Africa Africa Health 19 23-24 6 Trape JF amp Rogier C (1996) Combating Malaria morbidity and mortality by reducing transmission

Parasitology Today 12 236-240 7 Snow RW Omumbo JA Lowe B Molyneux SM Obiero JO Palmer A Weber MW Pinder M Nahlen B

Obonyo C Newbold C Gupta S Marsh K (1997) Relation between severe malaria morbidity in children and level of Plasmodium falciparum transmission in Africa Lancet 349 1650-1654

8 Ghani AC Sutherland CJ Riley EM Drakeley CJ Griffin JT Gosling RD Filipe JAN (2009) Loss of

population levels of immunity to malaria as a result of exposure reducing interventions consequences for interpretation of disease trends PLoS One 4 e4383

9 Okiro EA Al-Taiar A Reyburn H Idro R Berkley J Nokes DJ Snow RW (2009) Age patterns of severe

paediatric malaria and their relationship to Plasmodium falciparum transmission intensity Malaria Journal 8 4

10 Carneiro I Roca-Feltrer A Griffin JT Smith L Tanner M Armstrong Schellenberg J Greenwood BM

Schellenberg D (2010) Age-patterns of malaria vary with severity transmission intensity and seasonality in sub-Saharan Africa A systematic review and pooled analysis PLoS One 5 e8988

11 Griffin JT Hollingsworth TD Reyburn H Drakeley CJ Riley EM Ghani AC (2014) Gradual acquisition of

immunity to severe malaria with increasing exposure Proceedings of the Royal Society B 282 20142657

12 Snow RW (2015) Global malaria eradication and the importance of Plasmodium falciparum

epidemiology in Africa BMC Medicine 13 23

24

13 Smith T Maire N Ross A Penny M Chitnis N Schapira A Studer A Genton B Lengeler C Tediosi F de Savigny D Tanner M (2008) Towards a comprehensive simulation model of malaria epidemiology and control Parasitology 135 1507ndash1516

14 Smith DL Noor AM Hay SI Snow RW (2009) Predicting changing malaria risk after expanded

insecticide treated net coverage in Africa Trends in Parasitology 25 511ndash516 15 Griffin JT Hollingsworth D Okell LC Churcher TS White M Hinsley W Bousema T Drakeley CJ

Ferguson NM Basanez MG Ghani AC (2010) Reducing Plasmodium falciparum malaria transmission in Africa a model based evaluation of intervention strategies PLoS Medicine 7 e1000324

16 Chitnis N Schapira A Smith T Steketee R (2010) Comparing the effectiveness of malaria vector-

control interventions through a mathematical model American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 83 230ndash240

17 World Health Organization (2014) From malaria control to malaria elimination a manual for

Elimination Scenario Planning Global Malaria Programme World Health Organization Geneva April 2014

18 Gerardin J Eckhoff P Wenger EA (2015) Mass campaigns with antimalarial drugs a modelling

comparison of artemether-lumefantrine and DHA-piperaquine with and without primaquine as tools for malaria control and elimination BMC Infectious Diseases 15 144

19 Okell LC Drakeley CJ Bousema T Whitty CJM Ghani AC (2008) Modelling the impact of artemisinin

combination therapy and long-acting treatments on malaria transmission intensity PLoS Medicine 5 e226

20 Guyatt HL amp Snow RW (2001) Malaria in pregnancy as an indirect cause of infant mortality in sub-Saharan

Africa Transactions of Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 95 569-576 21 Desai M ter Kuile FO Nosten F McGready R Asamoa K Brabin B Newman R (2007) Epidemiology

and burden of malaria in pregnancy Lancet Infectious Diseases 7 93ndash104 22 van Eijk A Hill J Alegana VA Kirui V Gething PW ter Kuile F Snow RW (2011) Coverage of malaria

protection in pregnant women in sub-Saharan Africa a synthesis and analysis of national survey data Lancet Infectious Diseases 11 190-207

23 MPAC (2012) wwwwhointmalariampacsep2012mpac_mip_erg_sep2012pdf 24 MPAC (2013) wwwwhointmalariampacmpac_sep13_erg_ipt_malaria_pregnancy_reportpdf 25 Meremikwu MM Donegan S Sinclair D Esu E Oringanje C (2012) Intermittent preventive

treatment for malaria in children living in areas with seasonal transmission Cochrane Database Systematic Reviews 2 CD003756

26 Cairns M Roca-Feltrer A Garske T Wilson AL Diallo D Milligan PJ Ghani AC Greenwood BM (2012)

Estimating the potential public health impact of seasonal malaria chemoprevention in African children Nature Communications 3 881

25

27 Noor AM Kibuchi E Mitto B Coulibaly D Doumbo OK Snow RW (2015) A spatial decision support

framework for sub-national targeting of seasonal malaria chemoprevention in the Sahel Under review

28 Smith DL McKenzie FE Snow RW Hay SI (2007a) Revisiting the basic reproductive number for

malaria and its implications for malaria control PLoS Biology 5 e42 29 Hay SI Smith DL Snow RW (2008) Measuring malaria endemicity from intense to interrupted

transmission Lancet Infectious Diseases 8 369-378 30 Moonen B Cohen JM Snow RW Slutsker L Drakeley C Smith DL Abeyasinghe R Rodriguez Loacutepez

MH Maharaj R Tanner M Targett G (2010) Operational strategies to achieve and maintain malaria elimination Lancet 376 1592-1603

31 World Health Organization (2012a) Disease surveillance for malaria control Operational manual

WHO Geneva 32 World Health Organization (2012b) Disease surveillance for malaria elimination Operational manual

WHO Geneva 33 Cohen JM Moonen B Snow RW Smith DL (2010) How absolute is zero An evaluation of historical

and current definitions of malaria elimination Malaria Journal 9 213 34 Molineaux L Muir DA Spencer HC Wernsdorfer WH (1988) The epidemiology of malaria and its

measurement Malaria Principles and Practice of Malariology W Wernsdorfer and I McGregor London Churchill Livingstone 2 999-1089

35 Tusting LS Bousema T Smith DL Drakeley C (2014) Measuring changes in Plasmodium falciparum

transmission precision accuracy and costs of metrics Advances in Parasitology 84 151-208 36 Metselaar D amp van Thiel PH (1959) Classification of malaria Tropical Geographic Medicine 11 157ndash

161 37 Macdonald G amp Goumleckel GW (1964) The malaria parasite rate and interruption of transmission

Bulletin of World Health Organization 31 365ndash377 38 Lysenko AJ amp Semashko IN (1968) Geography of malaria A medico-geographic profile of an ancient

disease In Lebedew AW ed Itogi Nauki Medicinskaja Geografija Moscow USSR Academy of Sciences pp 25ndash146

39 Macdonald G (1957) The epidemiology and control of malaria Oxford University Press 40 Pampana E (1969) A textbook on malaria eradication Oxford Oxford University Press 41 Pull JH (1972) Malaria surveillance methods their uses and limitations American Journal of Tropical

Medicine amp Hygiene 21 651-657

26

42 World Health Organization (1950) Report on the malaria conference in equatorial Africa Held under the joint auspices of the World Health Organization and of the commission for technical co-operation in Africa south of the Sahara Kampala Uganda 27 Novemberndash9 December 1950

43 Yekutiel P (1960) Problems of epidemiology in malaria eradication Bulletin of the World Health

Organization 22 669-683 44 Macdonald G (1952) The analysis of equilibrium in malaria Tropical Diseases Bulletin 49 813-1129 45 Hay SI Guerra CA Gething PW Patil AP Tatem AJ Noor AM Kabaria CW Manh BH Elyazar IRF

Brooker S Smith DL Moyeed RA Snow RW (2009) A world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2007 PLoS Medicine 6 e1000048

46 Gething PW Patil AP Smith DL Guerra CA Elyazar IRF Johnston GL Tatem AJ Hay SI (2011) A new

world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2010 Malaria Journal 10 378 47 Snow RW Amratia P Kabaria CW Noor AM Marsh K (2012) The changing limits and incidence of

malaria in Africa 1939-2009 Advances in Parasitology 78 169-262 48 Black RH (1968) Manual of epidemiology and epidemiological services in malaria programmes World

Health Organization Geneva 49 Ray AP amp Beljaev AE (1984) Epidemiological surveillance a tool for assessment of malaria and its

control Journal of Communicable Disease 16 197ndash207 50 Omumbo JA Noor AM Fall IS Snow RW (2013) How well are malaria maps used to design and

finance malaria control in Africa PLoS One 8 e53198 51 Alegana VA Atkinson PM Wright JA Kamwi R Kakokele S Snow RW Noor AM (2013) Estimation of

malaria incidence in northern Namibia in 2009 using Bayesian Conditional-Autoregressive Spatial-Temporal Models Spatial amp Spatial Temporal Epidemiology 7 25-36

52 Bennett A Yukich J Miller JM Vounatsou P Hamainza B Ingwe MI Moonga HB Kamuliwo M Keating

J Smith TA Steketee RW Eisele TP (2014) A methodological framework for the improved use of routine health system data to evaluate national malaria control programs evidence from Zambia Population amp Health Metrics 12 30

53 Moonasar D Morris N Kleinschmidt I Maharaj R Raman J Mayet NT Benson FG Durrheim DN

Blumberg L (2013) What will move malaria control to elimination in South Africa South African Medical Journal 103 (10 Suppl 2) 801-806

54 Cohen JM Dlamini S Novotny JM Kandula D Kunene S Tatem AJ (2013) Rapid case-based mapping

of seasonal malaria transmission risk for strategic elimination planning in Swaziland Malaria Journal 12 61

55 Zanzibar Malaria Control Programme (2011) Zanzibar Malaria Performance Review September 2011

ZMCP Ministry of Health Revolutionary Government of Zanzibar

27

56 Ministry of Health [Cape Verde] World Health Organization and the University of California San Francisco (2012) Eliminating malaria Moving towards sustainable elimination in Cape Verde Geneva The World Health Organization httpappswhointirisbitstream106657584919789241504386_engpdfua=1

57 Littrell M Sow GD Ngom A Ba M Mboup BM Dieye Y Mutombo B Earle D Steketee RW (2013)

Case investigation and reactive case detection for malaria elimination in northern Senegal Malaria Journal 12 331

58 Thiroux D A amp DAnfreville D L (1908) Le paludisme au Seacuteneacutegal pendant les anneacutees 1905-1906

Gouvernement General de lAfrique Occidentale Francaise Laboratorie de bacteriologie de Saint-Louis Published Libraire JB Bailliere et Fils Paris 1908

59 Government General de LAlgeacuterie (1908) Campagne Antipaludique de 1908 unpublished document

available in Wellcome Library Euston Road London UK FX134AA9 60 Government of Gold Coast (1914) Medical amp Sanitary Report for the year 1913 Waterlow amp Sons

London 61 Mansfield-Aders W (1927) Notes on malaria and filariasis in the Zanzibar Protectorate Transactions

of the Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 30 207-214 62 Colony of Mauritius (1923-1925) Annual Reports on the Medical and Health Department 63 Swaroop S Gilroy AB Uemura K (1966) Statistical methods in malaria eradication Monograph Series

of World Health Organization 51 164 64 Barber MA amp Rice JB (1937) A survey of malaria in Egypt American Journal of Tropical Medicine amp

Hygiene 17 413-436 65 De Meira MT Simotildees TS Pinto Nogueira JF (1948) Observaccedilotildees sobre sezonismo nas ilhas do Sal Boa

Vista e S Nicolau (Cabo Verde) Anais do Instituto de Medicina Tropical 3 213-237 66 Young MD amp Johnson TH (1949) A malaria survey of Liberia Journal of National Malaria Society 8

247-266 67 De Meillon B (1951) Malaria survey of South-West Africa Bulletin of the World Health Organization

4 333ndash417 68 Houel G amp Donadille F (1953) Vingt ans de lutte antipaludique au Maroc Bulletin de lrsquoInstitut

drsquoHygiene du Maroc 13 3-51 69 Soeiro A (1952) O sezonismo em Moccedilambique contribuiccedilatildeo para o estudo epidemioloacutegico Anais do

Instituto de Medicina Tropical 9 343-389 70 Soeiro A (1959) Relactoacuterio da actividade do Instituto de Investigaccedilatildeo Meacutedica de Moccedilambique em

1958 e plano de trabalhos para o ano de 1960 Anais Intstituto de Higiene e Medicina Tropical 16 573-611

28

71 Bernard PM (1954) Trois ans de lutte antipaludique agrave Madagascar Bulletin de Madagascar

Publication Mensuelle du Service General Drsquoinformation du Haut-Commissariat no 96 72 Cambournac FJC Gandara AF Pena AJ Teixeira EWLG (1955) Subsidios para o inquerito malariologico

em Angola Anais do Instituto de Medicina Tropical 12 121-153 73 Anon (1954) Campagne antipaludique au Dahomey Map found in Benin box in WHO Archives

Geneva August 2012 74 Languillon J (1957) Carte eacutepideacutemiologique du paludisme au Cameroun Bulletin de la Socieacuteteacute de

Pathologie Exotique 50 585 - 600 75 Alves W (1958) Malaria parasite rates in Southern Rhodesia May-September 1956 Bulletin of the

World Health Organization 19 69-74 76 Lariviere M Hocquet P Abonnenc E (1961) Reacutesultats drsquoune enquecircte palustre dans la reacutepublique du

Seacuteneacutegal Indices plasmodiques chez les enfants en milieu rural Bulletin de la Socieacuteteacute Meacutedicale drsquoAfrique Noire de Langue Franccedilaise 6 386-403

77 Wernsdorfer G amp Wernsdorfer W (1967) Malaria in the middle Nile basin and its bordering regions Z

Tropenmed Parasitol 18 17-44 78 Rishikesh N amp Fahmy Y (1961) Quarterly report April-June 1961 Republic of Somalia pre-eradication

survey World Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 79 Rishikesh N Payne D Fahmy Y (1961) Quarterly report for the period January-March 1961 World

Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 80 Bechuanaland Protectorate (1958-1963) Annual Medical and Sanitary Reports for the Protectorate for

the years 1958-1963 Government Printers Gaborone 81 Craig MH Sharp BL Mabaso MLH Kleinschmidt I (2007) Developing a spatial-statistical model and

map of historical malaria prevalence in Botswana using a staged variable selection procedure International Journal of Health Geographics 6 44

82 Cano VI (1971) Deacuteveloppement des services de santeacute de base (Paludisme) World Health

Organization AFRMAL112 83 Barbie Y amp Timbila R (1964) Notes sur le paludisme en Reacutepublique Islamique de Mauritanie Medicine

Tropicale 24 427-435 84 Khromov A amp Privault R (1965) Programme du pre-eradication du paludisme Rapport trimestriel 4th

trimestre 1965 (Sep-Oct-Nov) WHO Mauritanie World Health Organization Unpublished document WHO Archives Geneva

85 Beltran O (1966) Malaria pre-eradication project Sierra Leone-19 fourth quarterly field report

October - December 1966 Government of Sierra Leone amp World Health Organization

29

86 Guy Y amp Gassabi R (1967) Les perspectives de leacuteradication du paludisme en Algeacuterie Archives de

LInstitut Pastuer DAlgerie 45 72-88 87 Chand D Garzen JB Bahar R Rishikesh N (1964) Malaria Eradication Service Ethiopia 14 (c) Quarterly

Report 1 October to 31 December 1964 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

88 Chand D Garzon JB Bahar R Rishiskesh N (1965) Quarterly report covering period 1 October to 31

December 1964 Project Ethiopia 0014 dated 9th february 1965 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

89 Onori E (1967) Distribution of Plasmodium ovale in the Eastern Western and Northern regions of

Uganda Bulletin of the World Health Organization 37 665-668 90 Wenlock (1978) The incidence of Plasmodium parasites in rural Zambia East African Medical Journal

55 268-276 91 Escudie A amp Hamon J (1961) Paludisme en Afrique Occidentale dexpression Franccedilaise Medicine

Tropicale 21 661-687 92 RBM-MERG - httpwwwrbmwhointmechanismsmerghtml 93 Corsi DJ Neuman M Finlay JE Subramanian SV (2012) Demographic and health surveys a profile

International Journal of Epidemiology 41 1602-1613 94 Measure httpwwwmeasuredhscomData 95 UNICEF httpwwwuniceforgstatisticsindex_24302html 96 Smith DL Guerra CA Snow RW Hay SI (2007b) Standardizing estimates of malaria prevalence

Malaria Journal 6 131 97 Brooker S Kolaczinski JH Gitonga CW Noor AM Snow RW (2009) The use of schools for malaria

surveillance and programme evaluation in Africa Malaria Journal 8 231 98 Stevenson JC Stresman GH Gitonga CW Gillig J Owaga C Marube E Odongo W Okoth A China P

Oriango R Brooker SJ Bousema T Drakeley C Cox J (2013) Reliability of school surveys in estimating geographic variation in malaria transmission in the western Kenyan highlands PLoS One 8 e77641

99 De Zulueta J Kafuko GW Cullen JR (1963) An investigation of the annual cycle of malaria in Masaka

district (Uganda) East African Medical Journal 40 469-488 100 Najera JA Shidrawi GR Gibson FD Stafford JS (1967) A large-scale field trial of Malathion as an

insecticide for antimalarial work in Southern Uganda Bulletin of the World Health Organization 36 913-935

30

101 Storey J (1972) A review of malaria work in Sierra Leone 1900 to 1964 West African Medical Journal 27 57-68

102 Gitonga CW Karanja PN Kihara J Mwjame M Juma E Snow RW Noor AM Brooker S (2010)

Implementing school malaria surveys in Kenya towards a nationwide surveillance system Malaria Journal 9 306

103 Gitonga CW Edwards T Karanja PN Noor AM Snow RW Brooker S (2012) Plasmodium infection

anaemia and mosquito net use among school children across different settings in Kenya Tropical Medicine amp International Health 17 858ndash870

104 Houngbedji CA N Dri PB Huumlrlimann E Yapi RB Silueacute KD Soro G Koudou BG Acka CA Assi S

Vounatsou P N Goran EK Fantodji A Utzinger J Raso G (2015) Disparities of Plasmodium falciparum infection malaria-related morbidity and access to malaria prevention and treatment among school-aged children a national cross-sectional survey in Cote dIvoire Malaria Journal 14 7

105 Ashton R Kefyalew T Tesfaye G Pullan R Yadeta D Reithinger R Kolaczinski J Brooker S (2010)

School-based surveys of malaria in Oromia Regional State Ethiopia towards a map of malaria risk Federal Ministry of Health Ethiopia

106 Takem EN Affara M Amambua-Ngwa A Okebe J Ceesay SJ Jawara M Oriero E Nwakanma D

Pinder M Clifford C Taal M Sowe M Suso P Mendy A Mbaye A Drakeley C DAlessandro U (2013) Detecting foci of malaria transmission with school surveys A pilot study in The Gambia PLoS One 8 e67108

107 Clarke SE Roschnik N Rouhani S Diarra S Bamadio M Sacko M Traore D Ly AB Gaye O Sembene

M Fall FB (2012) Malaria in school children under a new policy of universal coverage of nets Recent data from Mali and Senegal American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 Supplement 5 abstract 1466

108 Kabatereine NB Standley CJ Sousa-Fugueiredo JC Fleming RM Stothard JR Talisuna A Fenwick A

(2011) Integrated prevalence mapping of schistosomiasis soil-transmitted helminthiasis and malaria in lakeside and island communities in Lake Victoria Uganda Parasites amp Vectors 4 232

109 Emerson PM Ngondi J Biru E Graves PM Ejigsemahu Y Gebre T Endeshaw T Genet A Mosher

AW Zerihun M Messele A Richards FO (2008) Integrating an NTD with one of lsquolsquoThe Big Threersquorsquo Combined malaria and trachoma survey in Amhara Region of Ethiopia PLoS Neglected Tropical Diseases 2 e197

110 Noor AM Alegana VA Patil AP Moloney G Borle M Ahmed F Yousef F Amran J Snow RW (2012)

Mapping the receptivity of malaria risk to plan the future of control in Somalia British Medical Journal Open Access 2 e001160

111 Boyd MF (1949) Malariology A comprehensive review of all aspects of this group of diseases from a

global standpoint Volume II WB Saunders Company Philadelphia and London

31

112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

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Table de matiegraveres

1 Preacuteambule helliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphellip1 2 Pourquoi mesurer la transmission du paludismehelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphellip 2 3 Mesurer le risque de paludisme helliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphellip 4

31 Mesurer la transmission endeacutemique stable du paludisme 32 Mesurer le risque lorsque la preacutevalence est faible et lutilisation de donneacutees de cas

courants 4 Lhistoire des enquecirctes parasitaires nationales en Afrique helliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphellip7 5 Recueil des donneacutees denquecirctes sur la preacutevalence parasitaire helliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphellip 11

51 Contexte de strateacutegies de recherche de donneacutees 52 Recherches dans les archives historiques 53 Recherche des donneacutees eacutelectroniques 54 Autres sources de donneacutees

6 Abstraction des donneacutees drsquoenquecircte helliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphellip 15

61 Exigences minimales en matiegravere de donneacutees 62 Meacutethodes de deacutetection parasitaires 63 Geacuteocodage des sites drsquoenquecircte 64 Deacutefinition des frontiegraveres nationales 65 Normalisation selon lacircge 66 Limitations dues agrave la taille de leacutechantillon

7 Partage et accegraves aux donneacutees helliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphellip 20 8 Reacutefeacuterences helliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphellip 21 9 Annexes Remerciements helliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphellip 32

iii

1

Preacuteambule

Ce document de travail fait office de documentation rendant compte de la maniegravere dont le projet INFORM a identifieacute recueilli et geacuteocodeacute des donneacutees sur la preacutevalence du paludisme agrave travers lAfrique et la raison pour laquelle ces donneacutees sont importantes pour surveiller limpact temporel des interventions antipaludiques[12] Nous allons nous pencher sur le Plasmodium falciparum qui est de loin le plus reacutepandu et le plus pathogegravene des paludismes humains en Afrique Nous avons toutefois inteacutegreacute dans notre recherche des donneacutees et extraits drsquoinformations le cas eacutecheacuteant sur la preacutevalence de P vivax P malariae et P ovale Les inventaires de donneacutees couvrent une longue peacuteriode de surveillance du paludisme en Afrique et nous deacutetaillons dans ce rapport la faccedilon dont nous avons essayeacute de capturer des donneacutees historiques et contemporaines En ce qui concerne les analyses entreprises au niveau des pays agrave lappui des gouvernements nationaux dans le cadre du Projet INFORM les donneacutees recueilles agrave partir de 1980 srsquoavegraverent les plus pertinentes Depuis 10 ans ce projet est geacutereacute depuis le Kenya Toutefois il avait eacuteteacute preacuteceacutedeacute par des efforts consentis plus tocirct dans le cadre de la collaboration MARA ARMA commenceacutee en 1996 [3-5] Le succegraves de ces 20 derniegraveres anneacutees de recueil de donneacutees nrsquoaurait pas eacuteteacute possible sans les importantes contributions apporteacutees par de nombreux scientifiques œuvrant dans le domaine du paludisme agrave travers lAfrique et auxquels nous avons tenu agrave adresser nos sincegraveres remerciements agrave la fin de ce rapport 1 Pourquoi est-il important de mesurer la transmission du paludisme Il existe plusieurs raisons deacutemontrant lrsquoimportance de comprendre la freacutequence de lexposition du parasite du paludisme humain pour les raisons de planification du controcircle et de la gestion de la maladie Lincidence de la maladie et les pheacutenotypes cliniques associeacutes deacutependent du niveau de limmuniteacute fonctionnelle acquise preacuteceacutedemment qui est en grande partie deacutefinie par la freacutequence des nouvelles infections qui touchent un individu depuis la naissance [6-12] Dans les zones ougrave lintensiteacute de la transmission du paludisme est eacuteleveacutee les eacutepideacutemies de maladies les plus graves preacutevalent chez de tregraves jeunes enfants et des reacutepercussions graves suivant linfection sont rares chez les enfants plus acircgeacutes et les adultes Au fur et agrave mesure que diminue lintensiteacute de lexposition au parasite la charge clinique du paludisme est porteacutee par les enfants plus acircgeacutes jusquagrave ce que la probabiliteacute de deacutevelopper un eacuteveacutenement de la maladie soit plus proportionnelle aux possibiliteacutes drsquoinfection (Scheacutema 1) Dans ces conditions la charge du paludisme est partageacutee de maniegravere eacutegale entre la plupart des tranches dacircge et labsence de toute immuniteacute fonctionnelle dans une communauteacute rend les populations vulneacuterables aux eacutepideacutemies (Scheacutema 1)

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Lrsquoeacutevolution de la pathologie en fonction de lrsquoacircge est accompagneacutee dune preacutesentation grave de la maladie Dans des conditions de transmission intense une aneacutemie seacutevegravereaigueuml est une cause majeure de maladie mortelle alors que les preacutesentations qui incluent le paludisme ceacutereacutebral deviennent de plus en plus courante chez les communauteacutes exposeacutees agrave des niveaux drsquointensiteacute de transmission allant de modeacutereacutee agrave faible [7 9 11] Figure 1 Cadre conceptuel de leacutepideacutemiologie clinique de Plasmodium falciparum en fonction drsquoune baisse de lrsquointensiteacute de transmission parasitaires en Afrique [Snow 2015] La ligne rouge repreacutesente un taux theacuteorique dincidences graves de maladie et de mortaliteacute alors que les barres noires deacutemontrent la reacutepartition proportionnelle du paludisme grave entre la naissance et le 10e anniversaire sur la base de travaux deacutejagrave publieacutes [79]

Les modegraveles biologiques meacutecanistes qui reproduisent les proprieacuteteacutes matheacutematiques de la transmission du paludisme preacutedisent que limpact probable des diffeacuterentes strateacutegies de lutte contre le paludisme agrave base dinsecticide ou de meacutedicaments aura diffeacuterentes magnitudes deffets et de dureacutee globaux dintervention neacutecessaires pour deacutemontrer limpact selon les niveaux de deacutepart des endeacutemiciteacutes [13-18] En termes geacuteneacuteraux la reacuteduction du contact homme-vecteur agrave travers par exemple la seule utilisation de moustiquaires impreacutegneacutees dinsecticide (MII) ne suffira jamais agrave interrompre la transmission dans les zones de transmission tregraves intense A linverse en cas drsquoutilisation par 90 de la population agrave 100 du temps dans les zones de transmission intermeacutediaire les MII pourraient reacuteduire lexposition au parasite agrave presque zeacutero dans les huit ans [14-15] Des mesures auxiliaires de lutte anti-vectorielle sont neacutecessaires pour compleacuteter les strateacutegies MII dans les zones de transmission intense du paludisme pour reacuteduire rapidement labondance des vecteurs de sorte agrave avoir un impact durable en termes de transmission [15] Limmeacutediateteacute preacutevue et limpact global de ladministration massive de meacutedicaments (AMD) et la pulveacuterisation intradomiciliaire sont eacutegalement subordonneacutees agrave lintensiteacute de la transmission avant le deacutebut de lintervention [15-18] Les impacts sur la transmission par le biais de lutilisation efficace de combinaisons theacuterapeutiques agrave base darteacutemisinine (CTA) disponibles actuellement sont les plus importants dans les zones ougrave la plupart des nouvelles infections cliniques sont traiteacutees et ougrave lintensiteacute de la transmission est faible alors que limpact du traitement CTA sur la transmission locale est beaucoup plus faible dans les zones ougrave lintensiteacute de la transmission du parasite est eacuteleveacutee [19] ou lorsquil est utiliseacute pour les ADM [18] Pour obtenir un impact sur la transmission seulement

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gracircce aux strateacutegies de traitement de routine il faut diffeacuterents types de combinaisons de meacutedicaments que ceux utiliseacutes actuellement en Afrique [19] Les effets de linfection du paludisme chez les femmes enceintes ont eacuteteacute bien deacutecrits et comprennent les effets insidieux dinfections reacutepeacuteteacutees sur laneacutemie laugmentation des risques de deacutecegraves in uteromorts fœtales in utero de faible poids agrave la naissance conduisant agrave des risques plus eacuteleveacutes de mortaliteacute infantile et dans des conditions de transmission instable des risques accrus de deacutecegraves maternels pendant la grossesse [2021] Le traitement preacutesomptif intermittent (TPI) avec deux doses dans les deuxiegraveme et troisiegraveme trimestres en utilisant le meacutedicament agrave longue demi-vie sulfadoxine-pyrimeacutethamine (SP) a eacuteteacute mis en œuvre dans une grande partie de lAfrique subsaharienne depuis 2001 [22] Au cours des derniegraveres anneacutees cette recommandation a dans certains pays eacuteteacute eacutetendue agrave trois doses de SP agrave partir de la peacuteriode des premiers mouvements du fœtus Au fur et agrave mesure que la transmission diminue le rapport coucirct-beacuteneacutefice du TPI change tandis que les eacuteleacutements de preuve ne sont pas concluants quant au moment drsquoarrecircter le TPI [23] actuellement il est suggeacutereacute que lorsque la preacutevalence chez les enfants diminue en dessous de 5 on pourrait envisager soit larrecirct du TPI ou lrsquointroduction du deacutepistage et le traitement pour les femmes enceintes [24] La chimio-preacutevention saisonnier du paludisme (CSP) sest aveacutereacutee utile pour preacutevenir environ 75 des eacutepisodes cliniques de paludisme chez les enfants acircgeacutes de moins de cinq ans dans les zones ougrave la transmission se limite agrave quelques mois de lrsquoanneacutee [25] Le ciblage CSP au sein des frontiegraveres nationales deacutepend non seulement de la connaissance des saisons du paludisme mais eacutegalement des risques intrinsegraveques dendeacutemiciteacute preacute-intervention Dans les zones ougrave lintensiteacute de la transmission saisonniegravere historiquement bas les coucircts-avantages de la CSP sont minimes par rapport aux zones ougrave la preacutevalence du parasite est supeacuterieure agrave 5 [26] Il est eacutegalement important de comprendre des niveaux actuels de transmission du paludisme qui permettront de deacutefinir la tranche dacircge eacuteventuellement le plus adapteacute agrave la CSP par exemple 3 mois avant le 5egraveme anniversaire (arbitrairement fixeacute agrave une preacutevalence supeacuterieure agrave 10) ou au fur et agrave mesure que la transmission diminue 3 mois avant 10egraveme anniversaire ougrave la preacutevalence est comprise entre 5 et 10 [27] Lorsque lintensiteacute de la transmission diminue agrave des niveaux faibles les modes de risques parasitaires deviennent de plus en plus heacuteteacuterogegravenes ougrave des foyers de transmission spatialement localiseacutes contribuent pour plus de 80 du risque de transmission entre quartiers [28] Bien quil ny ait pas de regravegles absolues deacuteterminant le moment du controcircle du paludisme on a laisseacute entendre que lorsque la preacutevalence communautaire du paludisme tombe en dessous de 5 [29] il faut adopter des approches plus cibleacutees pour la preacutevention des maladies [30-32] Les eacutetats de tregraves faible preacutevalence parasitaire servent eacutegalement de signaux aux agences de controcircle qui peuvent agrave ce moment-lagrave envisager la reacutevision des strateacutegies de lutte antipaludiques inteacutegrant les mesures drsquoeacuteradication [33] Comprendre lintensiteacute de la transmission du parasite du paludisme est au cœur drsquoune planification de lutte efficace et dans la deacutefinition des pheacutenotypes cliniques neacutecessitant des actions de gestion Tout au long la peacuteriode de controcircle lintensiteacute de la transmission sert drsquoindice

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mesurable du succegraves de lintervention et drsquoun point de reacutefeacuterence pour permettre aux programmes drsquoadapter des combinaisons drsquointerventions pour maximiser les gains et reacuteorienter le controcircle pour la preacute-eacutelimination 2 Mesurer le risque de paludisme 21 Mesurer la transmission endeacutemique stable du paludisme Le taux dexposition au parasite peut ecirctre mesureacute agrave lrsquoaide drsquoune varieacuteteacute de techniques eacutepideacutemiologiques allant de mesures vectorielles deacutetailleacutees de taux de piqures humaines des proportions de vecteurs avec des parasites dans leurs glandes salivaires leur pariteacute et longeacuteviteacute dans des hocirctes humains provenant deacutetudes longitudinales ou transversales drsquoacquisition du parasite de la naissance jusqursquoau premier anniversaire en utilisant des combinaisons de deacutetection des parasites et de seacuterologie [34] Les mesures vectorielles de transmission du paludisme constituent des paramegravetres importants permettant de modeler limpact des interventions Toutefois celles-ci sont difficiles et coucircteuses agrave mesurer de faccedilon empirique dans des conditions de terrain [35] La meacutethode de mesure la plus couramment utiliseacutee pour mesurer lexposition au parasite est le taux parasitaire (TP) chez les hocirctes humains (strictement en ratio tel quil mesureacute agrave une date donneacutee) Le TP est la proportion dindividus en une seule enquecircte transversale au sein drsquoune communauteacute entiegravere ou communauteacute eacutechantillonneacutee qui preacutesentent des signes dune infection paludique au stade sanguin peacuteripheacuterique Le TP nrsquoest pas une mesure directe de transmission car elle se sature agrave des niveaux eacuteleveacutes de transmission en raison de piqures heacuteteacuterogegravenes de multiples infections et dimmuniteacute acquise Des modegraveles matheacutematiques ont eacuteteacute deacuteveloppeacutes pour traduire les valeurs de TP en valeurs de taux dinoculations entomologiques (TIE) ou de taux de reproduction de base de linfection [28] Neacuteanmoins sur le plan pratique des programmes de lutte contre le paludisme utilisent le TP en tant que marqueur direct dintensiteacute de transmission Pendant legravere du Programme mondial deacuteradication du paludisme (GMEP) dans les anneacutees 1950 et 1960 la preacutevalence du parasite paludique chez les enfants eacutetait consideacutereacutee comme un indice mesurable et deacutefinitif du risque qui permettrait de deacutefinir la maniegravere dont les interventions eacutetaient spatialement cibleacutees et les progregraves mesureacutes [36-41] Suite agrave la confeacuterence sur le paludisme en Afrique tenue agrave Kampala en Ouganda en 1950 [42] les experts du paludisme ont convenu dun ensemble de classifications drsquoendeacutemiciteacute stable du paludisme sur la base de la preacutevalence drsquoinfection par le P falciparum chez les enfants acircgeacutes entre 2 et 10 ans (PfPR2-10) ou chez les nourrissons or infants transmission hypo-endeacutemique ougrave PfPR2-10 eacutetait infeacuterieur agrave 10 la transmission meacuteso-endeacutemique ougrave le PfPR2-10 se situait entre 10 et 50 la transmission hyper-endeacutemie ougrave le PfPR2-10 se situait entre 51 et le75 et la transmission holo-endeacutemique ougrave la preacutevalence de linfection chez les nourrissons eacutetait gt 75 [36] Ces terminologies eacutetaient deacutejagrave utiliseacutees avant mecircme la confeacuterence de Kampala mais se referaient geacuteneacuteralement agrave la preacutevalence moins speacutecifique de spleacutenomeacutegalie chez les enfants Aujourdrsquohui ces terminologies sont rarement utiliseacutees La transmission holo-endeacutemique est rarement deacutefinie de faccedilon empirique chez les nourrissons et fait geacuteneacuteralement lrsquoobjet drsquoestimations agrave partir de tranches dacircge utiliseacutees

5

pour trier les autres classes dendeacutemiciteacute En tant que telle elle est geacuteneacuteralement consideacutereacutee comme un eacutetat ougrave PfPR2-10 est ge 75 Fait plus important encore ces classifications ont conserveacute une valeur qualitative dans les descriptions nationales de lintensiteacute de la transmission depuis plus de 60 ans 22 Mesurer le risque lorsque la preacutevalence est faible et lutilisation de donneacutees de cas courants Lrsquooptimisation et lrsquoopeacuterationnalisation des deacutefinitions de lintensiteacute de transmission du paludisme ont reacutecemment eacuteteacute revues pour fournir des paramegravetres permettant drsquoaider agrave la prise de deacutecisions sur le moment ougrave des pays ou des reacutegions au sein des pays pourraient deacutecider deacutelaborer un programme deacuteradication [33] Le paludisme controcircleacute agrave faible endeacutemie a eacuteteacute proposeacutee comme un eacutetat ougrave les interventions auraient pu reacuteduire le taux parasitaire moyen dans un eacutechantillon repreacutesentatif au niveau national en dessous de 1 au cours de la saison de transmission de pointe tandis que les niveaux de preacutevalence dans les sous-populations restent infeacuterieurs agrave un seuil plus eacuteleveacute (par exemple infeacuterieure agrave une preacutevalence de 5) pour permettre une heacuteteacuterogeacuteneacuteiteacute dans endeacutemiciteacute causeacutee par la transmission focale Etant donneacute que la composante laquocontrocircleacuteeraquo de cette deacutefinition ne concerne pas une reacutegion dans laquelle la transmission du paludisme eacutetait toujours historiquement faible cela se distingue du paludisme agrave faible endeacutemie [33] En tant que tel il y a de plus en plus drsquoadaptations de la classification hypo-endeacutemique pour inclure des zones deacutefinies par un PfPR2-10 de lt1 et de lt5 [2] Il existe eacutegalement un facteur deacutechantillonnage pratique lorsque lintensiteacute de transmission devient tregraves faible ou instable Cela exige des enquecirctes communautaires de plus en plus grandes et plus reacutepeacuteteacutees afin de fournir des estimations avec une preacutecision fiable Dans cet eacutetat de transition la deacutecision quant agrave savoir srsquoil faut abandonner les enquecirctes communautaires en faveur des enquecirctes de deacutepistage passif etou actif et de preacutevalence de drsquoinfection par la fiegravevre doivent ecirctre faites Ceci a eacuteteacute deacutefini sur le plan opeacuterationnel au cours du GMEP laquoToutefois aussi tocirct que le volume geacuteneacuteral du paludisme a eacuteteacute reacuteduit dans une mesure consideacuterable les indices fournis par les enquecirctes paludomeacutetriques ne seront plus suffisamment sensibles pour mesurer de nouveaux progregraves Lanalyse des donneacutees deacutevaluation des programmes deacuteradication ainsi que des observations plus eacutetroites dans le domaine ont montreacute qursquoon atteint le point ougrave les enquecirctes paludomeacutetriques cessent decirctre suffisamment sensibles lorsque le taux de parasites chute agrave un niveau compris entre 1 et 3 [43] raquo Les termes transmission laquo stable raquo et laquo instable raquo sont largement utiliseacutes mais rarement quantifieacutee Cette distinction est importante car la transition vers les eacutetats instables implique une transition vers leacuteradication La classification laquo stable-instable raquo a eacuteteacute introduite en paludologie par Sir Ronald Ross [Ross 1916] et adapteacutee par George Macdonald pour mesurer lendeacutemiciteacute du paludisme ougrave la stabiliteacute a eacuteteacute deacutefinie quantitativement par le nombre moyen de piqures quun moustique effectue chez un homme au cours de sa vie [3944] Lindice de stabiliteacute cependant exige des donneacutees entomologiques deacutetailleacutees qui sont rarement disponibles Qualitativement le paludisme stable se reacutefegravere agrave des situations relativement insensibles aux changements environnementaux naturels et artificiels Le paludisme instable se trouve dans des zones tregraves sensibles aux accidents climatiques exceptionnels se precircte facilement agrave leacuteradication

6

et preacutevaut souvent dans des zones dariditeacute extrecircme ougrave les changements brusques des preacutecipitations habituelles peuvent conduire agrave des eacutepideacutemies Lindice de veacutegeacutetation ameacutelioreacute (EVI) deacuteriveacutee de limagerie du capteur MODerate-resolution Imaging Spectroradiometer (Radiomegravetre spectral pour imagerie de reacutesolution moyenne) (MODIS) a eacuteteacute utiliseacute pour deacutelimiter les zones soumises agrave lariditeacute extrecircme et donc potentiellement des zones de transmission instable du paludisme [245-47] Cependant limagerie par satellite EVI fournit une visualisation strieacutee de lariditeacute agrave travers le Mali le Niger et le Tchad (en fonction de la qualiteacute de limagerie) Malgreacute une illusion de preacutecision pour la transmission du paludisme instable cela na jamais eacuteteacute valideacute par des donneacutees empiriques sur lincidence clinique ou la preacutevalence Nous avons donc eacuteviteacute lutilisation de lindice de veacutegeacutetation ameacutelioreacute dans les deacutefinitions ulteacuterieures de la transmission du paludisme instable Une deacutefinition plus preacutecise du paludisme laquoinstableraquo est baseacutee sur les cas dincidence La mesure de lincidence du paludisme exige que tous les cas soupccedilonneacutes du paludisme soient diagnostiqueacutes gracircce agrave un systegraveme de surveillance complet comprenant le deacutepistage passif des cas (DPC) par lexamen parasitologique des personnes soupccedilonneacutees geacuteneacuteralement des cas feacutebriles preacutesentant les services sanitaires compleacuteteacutees par le deacutepistage actif des cas (DAC) les deacutepistages des cas de fiegravevre effectueacutes par des visites agrave domicile agrave intervalles reacuteguliers [34404341] Les reacutesultats sont geacuteneacuteralement exprimeacutes sous forme drsquoincidence parasitaire annuelle (IPA) pour tous les 1 000 habitants au sein de lensemble de la population des zones administratives pour lesquelles il est repreacutesentatif Au cours du GMEP lIPA neacutetait consideacutereacutee valable que si le taux dexamen sanguin annuel (TESA) la proportion de la population cible examineacutee deacutepassait 10 [4048] Lautre meacutetrique souvent preacutesenteacute est le taux de positiviteacute des lames (TPL) Ces indices de surveillance sont relieacutes comme suit API = (ABER SPR) 10a [49] Au cours des derniegraveres activiteacutes de cartographie aux niveaux mondial [45] et reacutegional [247] on a preacutefeacutereacute utiliser une valeur tregraves conservatrice de cas dincidence de lt1 cas pour 10 000 habitants Bien que cela reconnaisse les difficulteacutes agrave mesurer lincidence de cas il suppose que lidentification des cas gracircce agrave des systegravemes routiniers continue agrave ecirctre aussi faible comme cela a eacuteteacute le cas au cours des deux derniegraveres deacutecennies Des systegravemes dinformations sanitaires et les taux de cas de parasites confirmeacutes srsquoameacuteliorent agrave travers lAfrique Le deacutefi agrave preacutesent est de faire en sorte que soit faite la meilleure utilisation possible de ces donneacutees conformeacutement agrave la deacutefinition de lrsquoOMS de preacute-eacuteradication accepteacutee qui est de lt1 cas pour 1 000 [17 31 32] personnes ougrave cela peut ecirctre enregistreacutee en toute confiance ou des donneacutees partiellement incomplegravetes provenant des systegravemes de santeacute utiliseacutees par la majoriteacute de la population peuvent ecirctre efficacement spatialement modeacuteliseacutees Lors de nombreuses demandes de financement de leacutetranger des strateacutegies nationales de lutte contre le paludisme ou des examens de programmes de lutte contre le paludisme les incidences

a La division par dix est neacutecessaire parce que lrsquoAPI est exprimeacute par tranches de 1000 et les autres termes par tranches de 100

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ou le nombre de cas signaleacutes par les systegravemes dinformation de santeacute de routine (SIS) sont de plus en plus preacutesenteacutes dans les cartographies agrave travers lAfrique subsaharienne notamment au Beacutenin au Botswana au Burkina Faso au Congo en Cocircte dIvoire en Erythreacutee en Guineacutee Bissau au Malawi en Mauritanie au Mozambique agrave Sao Tomeacute-et-Principe au Seacuteneacutegal au Togo agrave Zanzibar et au Zimbabwe [50] Ces donneacutees sont incomplegravetes et ne reflegravetent pas toujours les cas confirmeacutes parasitologiquement Neacuteanmoins ces exemples mettent en eacutevidence lrsquointeacuterecirct croissant dans lapplication des donneacutees de cas de paludisme de routine agrave la stratification et cartographie du risque de paludisme Des donneacutees imparfaites et incomplegravetes sur le paludisme ont reacutecemment eacuteteacute modeacuteliseacutees agrave lrsquoaide des meacutethodes geacuteostatistiques avanceacutees pour en faciliter lutilisation des donneacutees mensuelles incomplegravetes et les emplacements des eacutetablissements de santeacute geacuteocodeacutees en Namibie [51] et en Zambie [52] Ces nouvelles approches pour le traitement des donneacutees incomplegravetes de routine en combinaison avec des capaciteacutes de diagnostic redimensionneacutees offre de nouvelles possibiliteacutes inteacuteressantes pour modeacuteliser le cas dincidence ougrave la plupart des fiegravevres cherchent un traitement dans les secteurs formels et la plupart des fiegravevres sont parasitologique confirmeacutees Pour les pays ou zones se trouvant agrave linteacuterieur des pays cherchant agrave parvenir agrave eacuteradiquer le paludisme en Afrique des combinaisons de PCD et ACD avec deacutepistage des cas sont deacutejagrave en cours en Afrique du Sud [53] au Swaziland [54] agrave Zanzibar [55] au Cap-Vert [56] et dans les districts limitrophes du fleuve Seacuteneacutegal au Seacuteneacutegal [57] Le passage du controcircle agrave la preacute-eacuteradication est un continuum Par conseacutequent les mesures utiliseacutees pour deacutefinir ces paramegravetres doivent ecirctre refleacuteteacutees par des combinaisons de mesures en fonction de la disponibiliteacute et de la qualiteacute des donneacutees nationales Lorsquil ny a pas de systegravemes dinformation de santeacute fiables et lagrave ougrave la preacutevalence parasitaire reste eacuteleveacute il est fondamental dutiliser la preacutevalence dinfection agrave base communautaire comme indicateur de risque Lorsque leacuteradication est un objectif preacutedeacutefini la deacutetection de toutes les infections plutocirct que de tous les eacuteveacutenements pathologiques devient une prioriteacute Toutes les meacutetriques de risque doivent permettre de stratifier les reacutegions geacuteographiques avec une preacutecision adeacutequate Ces stratifications devraient permettre drsquoeacutetablir un lien quant agrave ce qui est neacutecessaire pour deacuteplacer une reacutegion plus loin dans le continuum vers le deacutefi ultime de leacuteradication Il ny a pas de lignes directrices deacutefinitives pour ce qui peut ecirctre mesureacute et sur les critegraveres neacutecessaires pour entamer lrsquoadaptation des strateacutegies de controcircle Nous travaillons en eacutetroite collaboration avec lOMS pour veiller agrave ce que cela soit plus clair dans un proche avenir 3 Lhistoire des enquecirctes parasitaires nationales en Afrique Certaines des enquecirctes nationales plus anciennes en matiegravere de preacutevalence de linfection ont eacuteteacute entreprises au Seacuteneacutegal en 1905-1906 [58] en Algeacuterie en 1908 [59] au Ghana en 1913 [60] agrave Zanzibar en 1923-1926 [61] et agrave lrsquoicircle Maurice entre 1923 et 1925 [62] Les enquecirctes parasitaires nationales ont eacuteteacute recommandeacutees agrave travers lAfrique pendant les phases preacuteparatoires et les phases dattaque de leacuteradication du paludisme dans le cadre du Projet GMEP [40 43 48] Celles-ci eacutetaient fondeacutees sur des meacutethodes deacutechantillonnage statistique pour permettre une

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plus grande preacutecision de preacutevalence de chaque communauteacute en fonction des niveaux de preacutevalence attendus [63] Des exemples de ces enquecirctes nationales srsquoeacutetendent sur 30 ans de preacuteparation pour le controcircle du paludisme en Afrique y compris les enquecirctes meneacutees avant la Confeacuterence de Kampala en Egypte en 1936 [64] au Cap-Vert en 1946 [65] au Libeacuteria en 1948 [66] et en Namibie en 1950 [67] et apregraves la Confeacuterence de Kampala au Maroc en 1951-1953 [68] au Mozambique 1952 [6970] agrave Madagascar entre 1952 et 1953 [71] en Angola 1953 [72] au Beacutenin 1954 [73] au Cameroun en 1954 [74] au Zimbabwe en 1956 [75] au Seacuteneacutegal en 1960 [76] au Soudan en 1961-1963 [77] en Somalie entre 1960 et 1961 [7879] au Botswana en 1962 [8081] au Togo entre 1962 et 1964 [82] en Mauritanie entre 1963 et 1965 [8384] en Sierra Leone entre 1963 et 1966 [85] en Algeacuterie entre 1964 et 1965 [86] en Ethiopie entre 1964 et 1965 [8788] en Ouganda entre 1965 et 1967 [89] et en Zambie entre 1969 et 1972 [90] Des exemples de repreacutesentations dessineacutees agrave la main de ces donneacutees denquecirctes nationales sont preacutesenteacutes dans le scheacutema 2 Scheacutema 2 Exemples denquecirctes nationales sur la preacutevalence du paludisme pendant legravere du GMEP a) au Seacuteneacutegal [76] b) en Ouganda [89] c) en Angola [72] d) au Mozambique [70] e) au Soudan [77] f) au Cameroun [74]

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Au deacutebut le Centre Muraz baseacute agrave Bobo Dioullaso au Burkina Faso faisait office du siegravege sous reacutegional du Service Geacuteneacuteral dHygiegravene et de Prophylaxie (SGHMP) qui fournissait des preacuteconisations meacutedicales et sanitaires ainsi que la recherche pour les pays qui constituaient la Feacutedeacuteration des pays de lrsquoAfrique occidentale Franccedilaise (AOF) En 1955 des enquecirctes aupregraves des meacutenages de grande ampleur ont eacuteteacute entreprises depuis le Centre Muraz agrave travers la sous-reacutegion pour eacutetablir la preacutevalence du pian et de la syphilis Le chef de la section de lutte contre le paludisme le commandant docteur Choumara a suggeacutereacute qursquoon pourrait inclure des enquecirctes compleacutementaires sur le paludisme sans occasionner des coucircts suppleacutementaires et sans retarder le travail de leacutequipe de Treacuteponeacutematoses Au cours des anneacutees suivantes les premiegraveres cartographies sous-reacutegionales de la preacutevalence empirique du paludisme ont eacuteteacute eacutelaboreacutees [91] (scheacutema 3) Scheacutema 3 Reacutesultats des enquecirctes paludomeacutetriques sous-reacutegionales meneacutees dans le cadre drsquoenquecirctes de treacuteponegraveme en milieu et agrave la fin des anneacutees 1950 par le Centre Muraz agrave travers lrsquoAOF [91]

Pendant les efforts deacuteradication un certain nombre de pays ont maintenu des enquecirctes communautaires parasitologiques eacutetendues mais pour la majoriteacute des pays dAfrique sub-saharienne les enquecirctes nationales dinfections paludiques aupregraves des meacutenages ont eacuteteacute abandonneacutees En 2005 cinq ans apregraves le lancement de linitiative Roll Back Malaria il a eacuteteacute reconnu quil eacutetait important de ressusciter des enquecirctes nationales des meacutenages sur la preacutevalence de linfection en tant que moyen pour permettre de suivre les progregraves au niveau des pays [9293] Les trois principaux veacutehicules denquecircte pour recueillir les donneacutees nationales contemporaines de

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preacutevalence parasitaires eacutetaient les modules de paludisme de lrsquoEnquecircte deacutemographique et de santeacute geacutereacutes par le programme ameacutericain MESURE-ICF [94] les Enquecirctes en grappes agrave indicateurs multiples geacutereacutees par lUNICEF [95] et les EIP autonomes geacutereacutees par les programmes nationaux de lutte contre le paludisme et leurs partenaires de drsquoenquecircte Ces enquecirctes sont effectueacutees avec un accent sur le suivi des eacutevolutions dans la couverture dintervention et du taux de mortaliteacute des enfants de moins de cinq ans dans le premier niveau des zones administratives (province Eacutetat Gouvernorat etc) Lrsquoeacutechantillonnage national stratifieacute et pondeacutereacute selon la population ne se fonde pas sur la preacutecision autour de la preacutevalence du paludisme Lune des conseacutequences est que les uniteacutes primaires deacutechantillonnage qui en deacutecoulent ne repreacutesentent qursquoun tregraves petit nombre dindividus eacutechantillonneacutes pour linfection par le paludisme Ceci est une distinction importante entre les enquecirctes nationales sur le paludisme meneacutees au cours de legravere du Projet GMEP qui ont eacuteteacute conccedilues sur la base de leur capaciteacute agrave deacutefinir la preacutevalence dinfection [63] Les enquecirctes nationales actuelles comprennent des combinaisons de meacutethodes de deacutepistage des parasites dans diffeacuterents tranches dacircge en fonction de lenquecircte nationale Cependant la majoriteacute se focalise uniquement sur les enfants acircgeacutes drsquoentre 6 mois agrave cinq ans ce qui constitue une tranche dacircge moins informative en termes de preacutevalence dinfection par rapport aux enquecirctes comprenant une fourchette dacircge denfance beaucoup plus eacutetendue [96] et qui repeacutesente une autre rupture par rapport aux enquecirctes nationales meneacutees entre les anneacutees 1950 et 1960 qui eacutetaient axeacutees sur les enfants de moins de 10 ou de moins de 15 ans ou qui ont pris en consideacuteration tous les membres du meacutenage Malgreacute ces limites il y a eu une augmentation importante de donneacutees empiriques sur la preacutevalence dinfection par le paludisme en Afrique par rapport agrave ce qui eacutetait disponible dans une vaste zone geacuteographique depuis plus de 40 ans Depuis 2006 les enquecirctes nationales sur le parasites du paludisme ont eacuteteacute entreprises en Angola (2006 et 2011) au Botswana (2012) au Beacutenin (2012) au Burkina Faso (2010 et 2014) au Burundi (2012) au Cameroun (2011) au Tchad (2011) aux Comores (2010b) en Cocircte dIvoire (2012) en Reacutepublique deacutemocratique du Congo (2011b) aux Comores (2010b) en Cocircte dIvoire (2012) en Reacutepublique deacutemocratique du Congo (DRC) (2009 et 201314) au Djibouti (2009b) en Guineacutee eacutequatoriale (2007 and 201011b) en Erythreacutee (2002 et 2012b) en Ethiopie (2006 2007 et 2011b) au Gabon (2007 adultes uniquementb) en Gambie (2008b 2010b 2013b et 2015b) Ghana (2011 and 2014) Guineacutee (2012 and 201415) Guineacutee Bissau (200809b) Kenya (2007b 2010b et 2015b) au Liberia (2009 et 2011) agrave Madagascar (2011 and 2013) au Malawi (2000 2009 2012 et 2014) au Mali (2010) Mozambique (2002a 2007a et 2011) en Namibie (2009a) au Nigeria (2010) au Rwanda (2007 et 201011) au Seacuteneacutegal (20089 201011 201213 et 201314) en Sierra Leone (2013) en Somalie (2005b et 2014b) au Sud-Soudan (2009b et 2013b) au Soudan (2005b 2009b et 2012b) au Swaziland (2010b) en Tanzanie (20078 et 201112) au Togo (201314) en Ouganda (2009 et 201415) en Zambie (2006b 2008b 2010b et 2012a) agrave Zanzibar (2007 2010 et 201112) et au Zimbabwe (2009 et 2012)

b Donneacutees mises agrave la disposition de lrsquoeacutequipe drsquoINFORM par les programmes nationaux de lute contre le paludisme sans permission pour de partager avec des tiers

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Suivant une augmentation des enquecirctes communautaires sur la preacutevalence drsquoinfection il y a eu une renaissance dans les enquecirctes drsquoeacutecoliers Cette fourchette dacircge fournit une gamme plus optimale pour les recherches sur la preacutevalence dinfection Lagrave ougrave la freacutequentation scolaire est eacuteleveacutee et ougrave lintensiteacute de transmission est stable cette approche consistant agrave mesurer lexposition communautaire aux parasites est moins coucircteuse et exige moins de main-dœuvre que leacutechantillonnage communautaire [9798] Lutilisation de la preacutevalence de linfection chez les eacutecoliers pour suivre les progregraves et limpact de la lutte contre le paludisme et son eacutelimination nrsquoest pas nouvelle Les enquecirctes scolaires ont eacuteteacute entreprises dans le cadre de la surveillance en Rhodeacutesie du Sud (aujourdhui appeleacute le Zimbabwe) [75] au Bechuanaland (aujourdhui appeleacute la Reacutepublique du Botswana) [80] en Ouganda [99 100] en icircle Maurice [62] et en Sierra Leone [101] Au Kenya les enquecirctes sur le paludisme dans les eacutecoles ont eacuteteacute reacuteguliegraverement effectueacutees dans le cadre de la surveillance paludique par la Division des maladies agrave transmission vectorielle (DMTV) depuis sa creacuteation dans les anneacutees 1940 jusquau deacutebut des anneacutees 1990 anneacutee ougrave ces enquecirctes ont eacuteteacute abandonneacutees en raison du manque de fonds [DMTV donneacutees non publieacutees] Des enquecirctes nationales reacutecentes en milieu scolaire ont eacuteteacute restaureacutees au Kenya [102103] en Cocircte dIvoire [104] en Ethiopie [105] en Gambie [106] au Mali [107] en Tanzanie [F Molteni communication personnelle] au Mozambique et au Malawi [Natalie Roschnik communication personnelle] et en Ouganda [108] Le co-eacutechantillonnage a eacuteteacute proposeacute au cours des enquecirctes sanitaires plus eacutetendues dans les anneacutees 1950 pour la lutte contre les treacuteponegravemes et le paludisme [91] ainsi qursquoau cours des enquecirctes nutritionnelles meneacutees en Zambie [90] Reacutecemment les opportuniteacutes partageacutees dont les enquecirctes sur le paludisme meneacutees dans le cadre dautres enquecirctes sanitaires ont eacuteteacute revues notamment le deacutepistage des maladies tropicales neacutegligeacutees [109] ou des enquecirctes nutritionnelles offrant ainsi des possibiliteacutes drsquointeacutegrer des diagnostics du paludisme En Somalie par exemple nous avons travailleacute avec lUniteacute danalyse de la nutrition et de la seacutecuriteacute alimentaire (FSNAU) de lOrganisation pour lalimentation et lagriculture en Somalie de faccedilon agrave inclure des diagnostics rapide du paludisme au cours du deacutepistage des problegravemes nutritionnels au sein des communauteacutes entre 2007 et 2011 [110] 4 Recueil des donneacutees denquecirctes sur la preacutevalence parasitaire Comme nous lavons indiqueacute plus haut il y a eu deux grandes pousseacutees dinteacuterecirct dans les enquecirctes nationales sur la preacutevalence parasitaire toutes les deux gravitant autour des initiatives mondiales pour controcircler et eacuteliminer le paludisme meneacutees par lOMS Cependant il y a eu de nombreuses enquecirctes de terrain sous-nationales et individuelles sur la preacutevalence de lrsquoinfection paludique agrave travers le continent depuis le deacutebut des anneacutees 1900 Le processus didentification de ces donneacutees denquecirctes fut long et ardu la prise en charge vers 20 ans Cette section deacutecrit le processus lextraction de donneacutees et lexhaustiviteacute de ce processus de recherche de donneacutees

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41 Contexte de strateacutegies de recherche de donneacutees Les principes de base de la recherche dinformation sur la preacutevalence dinfection paludique en Afrique ont eacuteteacute rassembleacutes dans le projet de collaboration appeleacute Cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) [4] Cette collaboration a eacuteteacute eacutetendue en 2005 dans le cadre du Projet Malaria Atlas (MAP) (Atlas du risque de paludisme en Afrique [Guerra et al 2007] Ces deux projets provisoires de recueil de donneacutees mettent en eacutevidence un aspect important de la localisation des informations paludomeacutetriques en Afrique dont la plupart proviennent de sources ineacutedites Cela nrsquoaurait pour autant pas surpris les paludologues qui travaillaient en Afrique il y a plus de cinquante ans Bagster-Wilson deacuteclare dans le traiteacute de Boyd sur le paludisme en 1948 qursquolaquoon peut sefforcer de deacutefinir avec plus de preacutecision la reacutepartition du paludisme dans la mesure ougrave les informations disponibles le permettront une grande partie de savoir local se cache dans les rapports officiels non publieacutes qui ne peuvent ecirctre consulteacutes que par le biais des visites dans les pays concerneacutes raquo [111] Pour identifier les sources dinformations nous avons proceacutedeacute agrave des meacutethodes opportunistes aux approches en cascade et nrsquoavons pas respecteacute les meacutethodes rigoureuses proposeacutees pour les examens systeacutematiques ou des meacuteta-analyses [112] eacutetant donneacute qursquoavoir recours uniquement aux donneacutees examineacutees par des pairs se traduirait par lexclusion de preacutecieuses sources de donneacutees de valeur au niveau des pays Nous avons utiliseacute des contacts personnels fait des reacutefeacuterences occasionnelles aux enquecirctes contenues dans les rapports des ministegraveres de la santeacute effectueacute des recherches darchives et effectueacute des recherches dans des publications traditionnelles eacutevalueacutees par les pairs afin de traquer les sources possibles de donneacutees denquecirctes paludiques agrave travers le continent Dans les sections suivantes nous tenterons darticuler les approches adopteacutees pour repeacuterer des informations 42 Recherches dans les archives historiques Depuis 2005 nous avons entrepris des recherches manuelles dans les archives et les bibliothegraveques des instituts ex-coloniaux de meacutedecine tropicale pour repeacuterer des rapports ineacutedits de paludologues travaillant en Afrique avant que les pays nrsquoaccegravedent agrave lindeacutependance Il srsquoagissait notamment de drsquoarchives de lInstitut de Meacutedecine Tropicale Anvers lrsquoInstitut Pasteur Paris Deacutepartement dHistoire de la Meacutedecine Sapienza - Universitagrave di Roma Rome ArchivioItaliano Di Scienze mediche Coloniali Rome Instituto Higiene Medicina Tropical Lisbonne Wellcome Trust Library Londres The National Archives Kew Royaume-Uni et la London School of Tropical Medicine and Hygiene Londres On notera en particulier les rapports de voyage des consultants et les rapports trimestriels de paludologues travaillant pour le compte de lOrganisation mondiale de la santeacute (OMS) agrave partir des anneacutees 1950 jusquaux anneacutees 1970 Ceux-ci fournissent des reacutecits riches et des donneacutees denquecircte des campagnes de preacute-eacutelimination des rapports deacutetape deacutelimination des critiques et des analyses de situation du paludisme au niveau national Toutes ces donneacutees sont archiveacutees dans les bibliothegraveques de lOMS agrave Genegraveve au Caire et agrave Brazzaville (Figure 4) Nous tenons agrave

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remercier les bibliotheacutecaires de ces archives qui nous ont fourni une aide preacutecieuse dans le repeacuterage des documents non publieacutes dans chacun de ces siegraveges de lOMS Figure 4 Archives de lrsquoOMS agrave Genegraveve (agrave gauche) et agrave Brazzaville (agrave droite) Nous avons eacutegalement visiteacute les archives nationales du Ministegravere de la santeacute situeacutees dans les villes de Nairobi Kisumu Eldoret Mombasa et Meru (au Kenya) Entebbe et Jinja (en Ouganda) Sennar Khartoum et Kassala (au Soudan) Thies (au Seacuteneacutegal) Amani (en Tanzanie) Accra (au Ghana) Tzaneen (en Afrique du Sud) et les archives personnelles de lex-directeur de Tzaneen Malaria Research Centre ndash Centre de recherche sur le paludisme (couvrant lAfrique du Sud la Namibie et le Botswana) Les dossiers et les rapports tenus au National Institute of Medical Research (Institut national de la recherche meacutedicale) agrave Amani (Scheacutema 5) a couvert la peacuteriode ougrave le centre eacutetait le siegravege sous-reacutegional de lrsquoInstitute of Malaria and Vector Borne Diseases (Institut est-africain du paludisme et des maladies agrave transmission vectorielle) (1954-1977) Le siegravege du Projet de leacuteradication du paludisme agrave Jinja en Ouganda abritait tous les dossiers des enquecirctes nationales des meacutenages agrave partir des anneacutees 1960 jusquen 2011 quand ceux-ci ont malheureusement eacuteteacute deacutetruits et nous nrsquoavons eacuteteacute en mesure de trouver que ceux qui avaient eacuteteacute deacutemeacutenageacute agrave Entebbe Des rapports annuels des services meacutedicaux et de lrsquoassainissement datant de 1919 produits par les gouvernements coloniaux de la Gambie du Nigeria du Gold Coast (Ghana) de Sierra Leone de Somalie du Kenya de Tanganyika (Tanzanie) de Zanzibar drsquoOuganda du Congo belge (RDC) du Bechuanaland (Botswana ) du Nyassaland (Malawi) de Rhodeacutesie (Zambie et Zimbabwe) de lrsquoicircle Maurice et du Soudan eacutetaient disponibles en eacutetats variables de conservation dans la bibliothegraveque fondeacutee par le Wellcome Trust en 1963 et fait maintenant partie des laboratoires nationaux de santeacute publique appartenant au ministegravere de la santeacute agrave Nairobi Kenya (Figure 5) Au cours du Projet de cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) des scientifiques reacutegionaux ont visiteacute les archives nationales situeacutees dans les villes de Maputo (Mozambique) Bobo Dioulasso (Burkina Faso) Yaoundeacute (Cameroun) Cotonou (Beacutenin) et Lomeacute (Togo) [MARA ARMA 1998] Ces recherches ont identifieacute plusieurs rapports importants

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renfermant des donneacutees denquecirctes nationales Ils nrsquoont cependant pas pris des exemplaires numeacuteriques de rapports originaux Dans la mesure du possible nous avons tenteacute de localiser ces rapports et drsquoen preacuteparer des exemplaires numeacuteriques Cela na pas toujours eacuteteacute couronneacutee de succegraves et nous avons de ce fait inclus certaines donneacutees des issues de la base de donneacutees MARA ARMA des enquecirctes meneacutees agrave lrsquoeacutepoque preacute-indeacutependance avec des citations respectives notamment celles reacutecupeacutereacutees du Centre Muraz agrave Bobo Dioulasso Des exemplaires numeacuteriques des rapports non-publieacutes issus des archives europeacuteennes et africaines sont mis agrave la disposition des pays dans le cadre du projet INFORM en tant que bibliothegraveques numeacuteriques Scheacutema 5 A gauche Archives du laboratoire national de santeacute publique Nairobi Kenya (Old Wellcome Trust Library) A droite ndash Bibliothegraveque de lrsquoInstitut national de recherche meacutedicale Amani Tanzanie 43 Recherche des donneacutees eacutelectroniques Des bases de donneacutees eacutelectroniques en ligne ont eacuteteacute utiliseacutees comme un moyen didentifier les pairs des donneacutees publieacutees sur la preacutevalence de linfection paludique notamment celles publieacutees depuis les anneacutees 1980 y compris PubMed [113] Google Scholar [114] Armed Forces Pest Management Board (le Conseil dadministration de la lutte antiparasitaire des Forces armeacutees) - Litteacuterature Retrieval System [116] la base de donneacutees de la bibliothegraveque de lrsquoOrganisation mondiale de la santeacute [116] et le service de la bibliothegraveque numeacuterique en ligne de lInstitut de Recherche pour le Deacuteveloppement [117] Nous nrsquoavons pas trouveacute facilement des revues reacutegionales y compris un grand nombre de revues meacutedicales nationales des revues de la santeacute publique et parasitologiques agrave partir des sources ci-dessus Toutefois nous avons trouveacute des titres et des extraits en ligne de lrsquoAfrican Journals Online (AJOL) [118] Dans toutes les recherches de bases de donneacutees numeacuteriques des travaux publieacutes contenant les des mots-cleacutes laquo paludisme raquo et laquonom de paysraquo ont eacuteteacute utiliseacutes Nous avons eacuteviteacute lrsquoemploi des terminologies speacutecialiseacutees issues du systegraveme de meacutetadonneacutees meacutedicales laquoMedical Subject Headings (MeSH)raquo dans les recherches darchives numeacuteriques de faccedilon agrave eacutelargir au maximum

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notre champ de recherche Nous avons effectueacute des recherches de base de donneacutees au moins une fois par an agrave partir de lrsquoanneacutee 2005 Nous avons compleacuteteacute nos recherches par des notifications reacuteguliegraveres hebdomadaires sur le paludisme du service dalerte infos de Malaria World [119] Roll Back Malaria des bulletins dinformations du Programme de santeacute environnementale de lUSAID [120] et Santeacute Tropicale pour les revues nationales et reacutegionales des pays francophones y compris Meacutedecine dAfrique noire [121 ] Les titres et les reacutesumeacutes ont eacuteteacute utiliseacutes pour identifier drsquoeacuteventuelles donneacutees denquecirctes parasitaires transversales dans diverses formes soit en tant qursquoenquecirctes communautaires enquecirctes en milieu scolaire autres meacutethodes de deacutepistage parasitaire ou des essais sur le terrain Nous avons eacutegalement eacutetudieacute des eacutetudes sur la preacutevalence de maladies associeacutees au paludisme lorsque celles-ci sont preacutesenteacutees dans le cadre drsquoenquecirctes sur laneacutemie lrsquoheacutemoglobinopathie la transfusion sanguine ou eacutevaluations de la situation nutritionnelle afin drsquoidentifier les rapports coiumlncidence de la preacutevalence paludique En outre crsquoeacutetait une pratique courante de deacutepister les membres de la communauteacute ou des eacutecoliers au cours des protocoles de sensibiliteacute preacutecoces aux meacutedicaments antipaludeacuteens de sorte agrave enrocircler des personnes infecteacutees aux enquecirctes de suivi post-traitement Souvent des donneacutees issues des sites denquecirctes seacutelectionneacutes permettaient de fournir le nombre de personnes deacutepisteacutees et le nombre de personnes infecteacutees Les enquecirctes aupregraves des populations feacutebriles ou des personnes freacutequentant des cliniques ont eacuteteacute exclues Les publications avec des titres ou des extraits pouvant indiquer la preacutesence des donneacutees parasitaires possibles ont eacuteteacute soit teacuteleacutechargeacutees agrave partir darchives de revues offertes en ligne en libre accegraves ou provenant de HINARI (lInitiative daccegraves aux recherches pour la santeacute) [122] A chaque fois que les publications nrsquoeacutetaient pas disponibles sur HINARI en libre accegraves nous visitions les archives des bibliothegraveques du Royaume-Uni agrave la London School of Hygiene and Tropical Medicine la Liverpool School of Tropical Medicine la bibliothegraveque Bodleian agrave lUniversiteacute dOxford ou la Bibliothegraveque de lInstitut Pasteur Paris pour obtenir en obtenir des exemplaires Nous faisions des demandes de reacutefeacuterences que nous nrsquoarrivions pas agrave trouver suivant ces recherches agrave laide du catalogue mondial des recherches agrave travers les bibliothegraveques dOxford factureacutees agrave la page Toutes les publications agrave partir desquelles des donneacutees ont eacuteteacute extraites ont eacuteteacute contreveacuterifieacutees agrave lrsquoaide des bibliographies provenant dautres sources qursquoon aurait oublieacutees ou qui correspondraient agrave des documents non publieacutes ou laquodocuments parallegravelesraquo qui ne sont geacuteneacuteralement pas controcircleacutes par les eacutediteurs commerciaux Les auteurs des articles eacutevalueacutes par les pairs ont souvent eacuteteacute contacteacutes pour nous renseigner sur des informations compleacutementaires dans leur document et nous indiquer dautres travaux non publieacutes dans leur zone geacuteographique ou de leur institution

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44 Autres sources de donneacutees Les enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages ayant inteacutegreacute la preacutevalence parasitaire sont deacutecrites dans la section 3 Les donneacutees provenant de ces enquecirctes sont soit disponibles en formats teacuteleacutechargeables agrave partir du programme ICF MEASURE ou ont eacuteteacute fournis au projet INFORM par les programmes nationaux de lutte antipaludique dans le cadre daccords de collaboration Pour dautres donneacutees eacuteventuellement ineacutedites et propres aux sites sur la preacutevalence du paludisme nous avons consulteacute des sites Web et contacteacute les organisations non gouvernementales (ONG) travaillant en Afrique pouvant avoir entrepris des eacutevaluations sanitaires comprenant des enquecirctes parasitologiques au sein des communauteacutes aupregraves desquelles elles œuvraient Il srsquoagissait notamment de Meacutedecins sans Frontiegraveres [123] MERLIN [124] le Centre Carter [125] Selon lUniteacute danalyse de la seacutecuriteacute alimentaire et de la nutrition en Somalie (FSNAU) [126] Shape Consulting [127] Save the Children [128] Malaria Consortium [129] et MENTOR [130] Gracircce aux contacts fournis par ces agences nous avons pu trouver des donneacutees provenant de sites drsquoenquecirctes en Guineacutee en Sierra Leone en Cocircte dIvoire en Tanzanie au Libeacuteria en Somalie au Kenya en Ouganda au Nigeria en Ethiopie au Mali et au Soudan du Sud Les extraits des ouvrages publieacutes par Tropical Medicine ainsi que ceux issus des reacuteunions sur le paludisme ont eacuteteacute identifieacutes provenant de sources les plus diverses possibles et produits dans le cadre de confeacuterences et de congregraves nationaux et internationaux Ceux-ci ont eacuteteacute utiliseacutes pour signaler drsquoeacuteventuelles donneacutees solliciteacutees par correspondance des auteurs drsquoextraits Notre preacutesence reacutegionale et les liens que nous entretenons avec la communauteacute de recherche sur le paludisme en Afrique a permis de faire naicirctre une prise de conscience quant agrave lobjectif et agrave lambition de la recherche sur la cartographie du paludisme commenceacute en 1996 sous la collaboration MARA ARMA [35] Nous avons profiteacute de cette connectiviteacute reacutegionale des chercheurs pour contacter directement les collegravegues travaillant sur leacutepideacutemiologie du paludisme de sorte agrave rechercher des donneacutees ventileacutees et speacutecifiques au site souvent ineacutedites La volonteacute de partager des donneacutees non publieacutees sur les enquecirctes parasitaires a eacuteteacute sans preacuteceacutedent Au 1er Juillet 2015 plus de 700 scientifiques et speacutecialistes individuels de la santeacute publique ont fourni des informations ventileacutees sur les donneacutees publieacutees donneacutees non-publieacutees ou ont apporteacute leur concours agrave la localisation des communauteacutes eacutechantillonneacutees agrave travers lAfrique Nous avons tenu agrave les remercier dans lannexe accompagnant le preacutesent rapport ainsi que sur le site Web INFORM [131] Les instituts reacutegionaux menant des recherches sur le paludisme et leurs partenaires de collaboration eacutetaient toujours agrave lavant-garde dans la fourniture de donneacutees non publieacutees Il convient de mentionner particuliegraverement les Medical Research Council Laboratories (Gambie) les partenariats de collaboration entre le Kenyan Medical Research Institute et le Wellcome Trust Universiteacute dOxford US Centers for Disease Control Universiteacute de Nagasaki et Walter Reed (Kenya) le Centre de Recherche et de formation sur le paludisme (Mali) Uganda Malaria Surveillance Project (Ouganda) les partenariats de collaboration tisseacutes entre Ifakara Health Institute et le Swiss Tropical Institute la London School of Hygiene and Tropical Medicine et US

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Centers for Disease Control (Tanzanie) Dar es Salaam Urban Malaria Control Project (Tanzanie) National Medical Research Institute agrave Amani (Tanzanie) Institut Pasteur (Madagascar) lrsquoInstitut de Recherche pour le deacuteveloppement (Seacuteneacutegal) Centre de Rechercheacute en Santeacute de Nouna (Burkina Faso) Institute for Endemic Diseases University of Khartoum (Sudan) Blue Nile Health Project-Giezera State University (Sudan) Centro Investigaco Saude Angola (Angola) Liverpool School of Tropical Medicine Wellcome Trust and College of Medicine Programme collaboratif de lrsquoUniversity of Malawi (Malawi) South African Medical Research Council (Afrique du Sud Mozambique et Swaziland) le programme de collaboration du Swiss Tropical and Public Health Institute et de lInstitut de la santeacute publique (Cocircte dIvoire) le programme de collaboration du US Centers for Disease Control (Togo) partenariats de collaboration du Prince Leopold Institute (Burundi Beacutenin et Rwanda) Malaria Institute agrave Macha (Zambie) Medical Research CentreOuganda Virus Research Institute (Ouganda) lEcole de Santeacute Publique de Kinshasa (RDC) et le Southern African Malaria Consortium (Zimbabwe) 5 Abstraction des donneacutees drsquoenquecircte 51 Exigences minimales en matiegravere de donneacutees De chacun des rapports drsquoenquecircte les champs de donneacutees minimales requises pour chaque enregistrement sont les suivants description de la zone deacutetude (nom divisions administratives et coordonneacutees geacuteographiques cas eacutecheacuteant) dates de deacutebut et de fin de lenquecircte (mois et anneacutee) et renseignements sur de lexamen sanguin (nombre de personnes deacutepisteacutees nombre de personnes constateacutees positives pour infection au Plasmodium par espegravece) meacutethodes utiliseacutees pour deacutetecter linfection (microscopie tests de diagnostic rapide (TDR) reacuteaction en chaicircne par polymeacuterase (PCR) ou combinaisons) et lrsquoacircge le plus bas et la population eacutetudieacutee Pour les donneacutees provenant des essais controcircleacutes et randomiseacutes dintervention les donneacutees nrsquoont eacuteteacute seacutelectionneacutees que lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees de base de preacute-intervention et celles issues des enquecirctes de suivi transversales ulteacuterieures au sein des populations teacutemoins Lorsque des cohortes dindividus ont eacuteteacute interrogeacutees agrave plusieurs reprises dans le temps nous nous sommes efforceacutes dinclure uniquement la premiegravere enquecircte et les enquecirctes ulteacuterieures lorsque celles-ci nrsquoavaient qursquoun eacutecart drsquoau moins cinq mois par rapport agrave la date denquecircte initiale pour eacuteviter toute deacutependance entre les observations baseacutees sur le traitement des personnes infecteacutees preacuteceacutedentes Lorsqursquoil neacutetait pas possible de ventiler les enquecirctes reacutepeacuteteacutees celles-ci eacutetaient deacutefinitivement exclues de lanalyse Plusieurs pays ont maintenu des enquecirctes sanguines de masse apregraves avoir atteint les phases de consolidation de leacutelimination La dureacutee des phases de preacute-eacutelimination drsquoattaque de consolidation et dentretien deacutelimination varie entre les pays [47] Nous avons choisi dexclure les donneacutees eacutechantillonneacutees apregraves les dates ougrave les pays mettant en œuvre des programmes drsquoeacutelimination avaient commenceacute agrave utiliser des taux drsquoincidence deacuteriveacutes des indices parasitaires annuels ou lorsque des enquecirctes sanguines de masse eacutetaient utiliseacutees pour deacutemontrer labsence de transmission en Algeacuterie (1967) en Egypte (1965) en Libye (1967) en icircle Maurice (1957) au Maroc (1969) en Reacuteunion (1953) et en Tunisie (1968)

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Parfois les rapports preacutesentaient le nombre total de personnes examineacutees dans un certain nombre de villages et le pourcentage de personnes controcircleacutees positives par village ici nous avons supposeacute que le deacutenominateur par village eacutetait eacutequivalent au nombre total de personnes examineacutees diviseacute par le nombre total de villages Il eacutetait possible deacutetablir lanneacutee de chaque enquecircte cependant il eacutetait parfois impossible drsquoeacutetablir le mois de lenquecircte agrave partir des rapports denquecirctes Dans ce cas de figure nous avons utiliseacute des descriptions saison laquohumideraquo et saison laquosegravecheraquo premier ou deuxiegraveme trimestre scolaire ou dautres informations pour parvenir agrave une approximation du mois de lenquecircte et avons inclus un rapport sur cette hypothegravese Certains reacutesultats de lenquecircte ont eacuteteacute signaleacutes en tant qursquoagreacutegat dans lespace (par exemple un seul PfPR pour un groupe de villages) ou dans le temps (par exemple un PfPR moyen estimeacute agrave partir de quatre enquecirctes diffeacuterentes meneacutees au fil du temps) Dans de tels cas nous avons soit chercheacute dautres rapports des mecircmes enquecirctes avec une reacutesolution spatiale ou temporelle plus eacuteleveacutee Lagrave ougrave cela na pas eacuteteacute possible et ougrave des groupes de villages deacutepassaient 5 km2 nous avons exclu du dossier de lanalyse (voir ci-dessous) Lorsque des informations suppleacutementaires eacutetaient neacutecessaires pour fournir des donneacutees speacutecifiques par village dans un moment preacutecis nous avons demandeacute aux auteurs de nous fournir tout renseignement ou document manquant 52 Meacutethodes de deacutetection parasitaires Compte tenu de son ubiquiteacute en tant qursquooutil de diagnostic paludique la meacutethode preacutefeacutereacutee de deacutetection parasitaire eacutetait la microscopie Aucune distinction nrsquoeacutetait faite entre la microscopie optique ou par fluorescence La qualiteacute de la veacuterification de lame [132133] les variations de sensibiliteacute speacutecificiteacute entre les tests de diagnostic rapide (TDR) [134] la capaciteacute des eacutequipes de terrain agrave analyser les TDR de maniegravere fiable [135-138] ou des variations obtenues sur la base de la seacutelection des amorces pour les reacuteactions en chaicircne de la polymeacuterase (PCR) [139] influencent toutes les descriptions de la preacutevalence et auront des variances intrinsegraveques entre les enquecirctes incluses dans la base de donneacutees Il a eacuteteacute deacutemontreacute que les TDR donnent des taux de faux positifs plus eacuteleveacutes que la microscopie [134 140 141] cependant ils ont tendance agrave stratifier agrave fois le taux parasitaire le plus bas (lt1) et le plus eacuteleveacute (gt50) avec plus de preacutecision par rapport agrave la microscopie courante [133 141] Une analyse drsquoun grand recueil de donneacutees sur les taux parasitaires des communauteacutes a deacutemontreacute quil y avait une diffeacuterence minime dans les estimations du taux moyen global de preacutevalence de P falciparum dans une analyse des donneacutees correspondantes apparieacutees issues des enquecirctes communautaires ayant utiliseacute la microscopie et les TDR pour les examens parasitaires [46] Neacuteanmoins les diffeacuterences entre les TDR et la microscopie en matiegravere de leur capaciteacute agrave deacutetecter des dinfections mineures lorsquelles sont geacutereacutees dans des conditions normales restent un preacutejugeacute systeacutematique inheacuterent aux donneacutees [141] que nous sommes incapables de controcircler Nous sommes eacutegalement incapables de controcircler la qualiteacute des analyses de donneacutees des enquecirctes en utilisant uniquement la microscopie Le principal problegraveme de la microscopie lorsquelle est utiliseacutee dans le cadre les enquecirctes-eacutechantillons nationales est la qualiteacute de la preacuteparation des lames (coloration et entreposage) et

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ou les garanties de la veacuterification de la qualiteacute (VQ) des analyses des lames Dans ce cas de figure nous avons en consultation avec les responsables des enquecirctes nationales ducirc faire plusieurs jugements de valeur Par exemple pour les enquecirctes nationales aupregraves des meacutenages au Soudan en Somalie au Malawi et en Angola nous avons choisi dinteacutegrer les preacutevalences dinfection obtenues gracircce aux TDR plutocirct les estimations provenant des analyses des lames de microscopie Par contre pour drsquoautres pays tels que le Kenya et lOuganda nous avions des garanties quant agrave la qualiteacute des analyses des preacutelegravevements sanguins pendant enquecirctes sur les indicateurs du paludisme Il ny a pas de regravegles absolues pour ces deacutecisions A chaque fois que des preuves quant agrave la qualiteacute des analyses des lames nous eacutetaient fournies nous avons deacutecideacute drsquoutiliser celles-ci par rapport aux TDR 53 Geacuteocodage des sites drsquoenquecircte Le geacuteocodage de donneacutees la deacutefinition dune longitude et une latitude deacutecimale pour chaque site denquecircte consistait en une tacircche particuliegraverement exigeante En fonction de leur repreacutesentation spatiale les donneacutees eacutetaient classeacutees en tant que villages communauteacutes ou eacutecoles individuelles ou ensemble de communauteacutes dans une zone deacutefinissable correspondant agrave une zone agrave linteacuterieur dun quadrillage de 5 km ou environ 005 degreacutes deacutecimaux au niveau de leacutequateur Dans la mesure du possible nous avons chercheacute agrave conserver des donneacutees ventileacutees au niveau des villages plutocirct que des donneacutees agrave travers une laquogrande eacutetendueraquo Lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees provenant des communauteacutes deacutepassant un quadrillage de 5 km nous avons consideacutereacute ces derniers comme une reacutesolution spatiale trop faible avec une variance importante possible dans le polygone dinformations agrave exclure lors de lutilisation de la modeacutelisation geacuteostatistique avanceacutee En pratique il srsquoagissait ici drsquoun critegravere difficile agrave veacuterifier eacutetant donneacute que la plupart des rapports denquecircte ne fournissaient pas suffisamment de deacutetails sur la superficie de la zone eacutetudieacutee Une utilisation plus reacutecente des systegravemes de positionnement mondial (GPS) lors de travaux denquecircte permet une reacuteagreacutegation des donneacutees denquecircte aupregraves des meacutenages avec une plus grande preacutecision Crsquoest eacutegalement utile dans le maintien du critegravere du quadrillage de 5 km tout en combinant des grappes de petites tailles deacutechantillon dans lespace Lutilisation du GPS pour enregistrer des longitudes et latitudes a contribueacute de maniegravere appreacuteciable agrave des enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages depuis circa 2007 [142] Cependant dans les enquecirctes deacutemographiques et sanitaires aupregraves des meacutenages geacutereacutes par le programme ICF-MEASURE un processus de deacuteplacement de coordonneacutees GPS est effectueacute de telle sorte que pour les clusters urbains un deacuteplacement est introduit agrave une distance allant jusqursquoagrave tous les 2 km qui influe rarement sur la preacutecision globale de modeacutelisation eacutetant donneacute que ce processus se fait dans le cadre est dans les zones urbaines Pour les clusters ruraux on fait un deacuteplacement jusqursquoagrave 5 km avec 1 de clusters ruraux suppleacutementaires deacuteplaceacutes jusquagrave une distance de 10 km Ici nous avons passeacute en revue tous les clusters ruraux agrave lrsquoaide de Google Earth pour examiner la mesure dans laquelle les clusters ruraux pourraient avoir eacuteteacute deacuteplaceacutes vers des zones inhabiteacutees et repositionneacutes dans les zones peupleacutees les plus proches

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Pour positionner chaque site denquecircte lagrave ougrave les coordonneacutees GPS ne sont pas disponibles nous avons utiliseacute une varieacuteteacute de ressources numeacuteriques parmi lesquels les plus utiles eacutetaient Encyclopeacutedie Microsoft Encarta (Microsoft 2004) et Google Earth (Google 2009) Drsquoautres sources drsquoarchives numeacuteriques de noms de lieux couramment utiliseacutes sont entre autres le serveur de noms de lieux de la National Geospatial-Intelligence Agency GEOnet Eacutetats-Unis [143] Falling Rain Genomicsrsquo Global Gazetteer [144] Alexandria Digital Library de lUniversiteacute de Californie Eacutetats-Unis [145] African Data Sampler [146] MapCarta [147] Maplandia [148] Global geodatabase-cities [149] Open Street Map [150] VMAP0 [151] et IslamicFinder [152] A travers lAfrique il existe un certain nombre de reacutepertoire toponymique numeacuteriques nationaux pour les lieux habiteacutes les eacutetablissements sanitaires ou les eacutecoles Ce type de reacutepertoires accroicirct en nombre en preacutecision et en couverture Nous les avons obtenus sur demande aupregraves des bureaux nationaux de recensement des ministegraveres de leacuteducation et de la santeacute et des ONG partenaires Cela srsquoest aveacutereacute un outil preacutecieux dans la localisation des communauteacutes au Burkina Faso au Kenya en Gambie au Mozambique agrave Madagascar en Somalie au Malawi en Mauritanie au Ghana au Niger en Namibie au Seacuteneacutegal en Somalie en Afrique du Sud en Tanzanie en Ouganda en Zambie et agrave Zanzibar Bien que nous tentons drsquoutiliser des nomenclatures types et des strateacutegies uniques de nommage dans les reacutepertoires toponymiques numeacuteriques [153] il est difficile drsquoatteindre cela au niveau national ougrave les orthographes changement en fonction des auteurs au fil du temps et ougrave les mecircmes noms de lieux sont reacutepliqueacutees agrave travers un pays En tant que tel lors de lextraction de donneacutees chaque point de donneacutees a eacuteteacute enregistreacute avec autant drsquoinformations geacuteographiques que possible issues de la source Crsquoest bien ces informations qui ont eacuteteacute utiliseacutees au cours du geacuteo-positionnement par exemple pour veacuterifier que le geacuteocodage permettait de cadrer les sites denquecirctes dans les uniteacutes administratives deacutecrites dans le rapport ou qursquoil correspondait agrave dautres deacutetails dans le rapport sur la distance vis-agrave-vis des riviegraveres ou les villes lorsque cela eacutetait afficheacutees sur Google Earth Bien quen theacuteorie les coordonneacutees GPS doivent repreacutesenter une localisation spatiale sans ambiguiumlteacute il fallait une veacuterification rigoureuse pour veiller agrave ce que les sites denquecirctes correspondent aux coordonneacutees GPS Comme drsquohabitude nous avons donc reveacuterifieacute toutes les donneacutees GPS de toutes les sources en utilisant les noms de lieux et ou Google Earth pour assurer que les coordonneacutees se situaient dans les communauteacutes Toutes les coordonneacutees ont eacuteteacute soumises agrave un controcircle final agrave laide de la base de donneacutees spatiale des frontiegraveres administratives de second niveau deacuteveloppeacutees et reacuteviseacutee en 2008 par lOrganisation pour lalimentation et lagriculture (FAO) des Nations Unies [154] Loutil de seacutelection spatiale ArcGIS 101 (ESRI USA) a eacuteteacute utiliseacute pour veacuterifier que les points du long du littoral eacutetaient situeacutes sur des terrains tels que deacutefinis par GAUL 2008 La base de donneacutees de Global Lakes and Wetlands (GLWD) deacuteveloppeacutee par le Fonds mondial pour la nature [155] a eacuteteacute utiliseacute pour srsquoassurer que les points inteacuterieurs eacutetaient positionneacutes sur la terre ferme et non pas sur des plans deau Nous cherchions par-lagrave agrave identifier les coordonneacutees qui se trouvaient leacutegegraverement au large des cocirctes sur les affluents ou dans les uniteacutes administratives incorrectes chaque anomalie a eacuteteacute reveacuterifieacutee et repositionneacutee agrave laide de petits changements et avec Google Earth

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54 Deacutefinition des frontiegraveres nationales A la fin de la Seconde Guerre mondiale en 1945 presque tous les pays en Afrique eacutetaient soumis agrave la domination ou agrave lrsquoadministration coloniale Chaque pays sur le continent africain est aujourdhui indeacutependant mecircme si quelques icircles restent sous administration europeacuteenne (la Reacuteunion et Mayotte) Il existe actuellement 55 Etats indeacutependants dont 53 sont membres de lUnion africaine Tout au long de ce rapport nous utilisons les noms et les frontiegraveres des Eacutetats-nations en Afrique et les frontiegraveres actuelles plutocirct que la nomenclature preacute-indeacutependance Tout au long de ce rapport nous avons utiliseacute lrsquooutil numeacuterique de traitement de frontiegraveres parraineacute par lrsquoONU [156] En tant que tel nous traitons le Soudan du Sud en tant qursquoentiteacute diffeacuterente de la Reacutepublique du Soudan et lEacuterythreacutee diffeacuterente de lEthiopie Il y a beaucoup de zones litigieuses en Afrique revendiqueacutees par diffeacuterents pays voisins et qui restent en suspens [157] Pour les besoins de notre travail nous avons traiteacute le Triangle drsquoIlemi en tant que partie inteacutegrante de la reacutegion de Turkana du Kenya Nous avons consideacutereacute Walvis Bay en Namibie comme faisant toujours partie de la Namibie en deacutepit du fait que ce territoire fait partie de lrsquoAfrique du Sud depuis de nombreuses anneacutees suivant lindeacutependance de la Namibie en 1990 Deux petits territoires au sein du Royaume du Maroc continuent decirctre occupeacutes par lEspagne dans le Nord-Ouest (Ceuta) et dans le Nord-Est (Melilla) sur le littoral meacutediterraneacuteen Cependant nous avons consideacutereacutes ces territoires comme faisant partie du Royaume du Maroc se rapprochant de son eacutetendue ottomane avant 1912 Nous traitons la peacuteninsule du Sinaiuml en tant que partie permanente de la Reacutepublique arabe dEgypte Sans faire de jugements politiques nous avons consideacutereacute la reacutegion drsquoAbeyi comme faisant partie inteacutegrante de la Reacutepublique du Soudan cependant dans la cartographie des produits nationaux les deux pays prennent en compte cette reacutegion Nous avons traiteacute le Triangle Halaib sur la frontiegravere soudano-eacutegyptienne comme faisant partie du Soudan bien que depuis 2010 lrsquoEacutegypte controcircle cette zone en tant que partie inteacutegrante de son Etat de la Mer Rouge La reacutegion de Bakassi territoire frontalier contesteacute sur la cocircte atlantique entre le Nigeria et le Cameroun a eacuteteacute traiteacute comme faisant partie du Nigeria en deacutepit de la mise en œuvre finale des accords qui ont accordeacute cette reacutegion agrave ladministration camerounaise en 2014 Les groupes insulaires de Bioko Annobin et Zanzibar sont traiteacutees seacutepareacutement de la partie continentale de Guineacutee eacutequatoriale et de Tanzanie respectivement Ces groupes insulaires ont toujours eu diffeacuterents plans de lutte antipaludique et des ambitions drsquoeacutelimination diffeacuterentes de ceux de leurs homologues du continent 55 Normalisation selon lacircge Lorsque lacircge nrsquoeacutetait pas preacuteciseacute dans le rapport de chaque enquecircte mais que le rapport preacutecisait que lrsquoensemble du village ou drsquoenfants de leacutecole primaire eacutetaient examineacutes nous avons supposeacute que les tranches dacircge agrave 0-99 ans ou 5-14 ans respectivement Il y avait une grande diversiteacute dans les tranches dacircge des populations eacutechantillonneacutees entre les eacutetudes Pour faire des comparaisons significatives dans le temps et lespace une seule tranche dacircge normaliseacute est neacutecessaire Il est possible drsquoeffectuer des ajustements dun acircge normaliseacute pour le Plasmodium falciparum gracircce agrave lobservation et agrave la theacuteorie des maladies infectieuses lagrave ougrave limmuniteacute est acquise apregraves une exposition reacutepeacuteteacutee de la naissance Nous avons adapteacute des modegraveles de

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conversion catalytique de Muench (dabord utiliseacute dans le paludisme par Pull amp Grab dans les anneacutees 1970 [158]) en eacutequations statiques en R-script qui utilise les gammes infeacuterieure et supeacuterieure deacutechantillon et la preacutevalence globale pour se transformer en une estimation preacutevues chez les enfants acircgeacutes de 2-10 ans PfPR2-10 [96] 56 Limitations dues agrave la taille de leacutechantillon La taille de leacutechantillon est inversement proportionnelle agrave la preacutevalence ougrave agrave faible taille des eacutechantillons les biais dans les estimations de la preacutevalence sont introduits en fonction de la preacutevalence reacuteelle de la population se traduisant deacutecarts-types relativement eacuteleveacutes [159] Il existe un seuil critique entre 10 et 20 individus eacutechantillonneacutes en dessous duquel les eacutecarts-types augmentent de faccedilon exponentielle dans la plupart des enquecirctes sur les infections parasitaires et la courbe commence agrave aplatir agrave partir drsquoune taille denviron 50 eacutechantillons et atteint une asymptote agrave environ 100 [160] La taille des eacutechantillons denquecircte individuels est eacutegalement importante dans le calcul des correacutelations avec les variables dendeacutemiciteacute pour veacuterifier les associations plausibles entre par exemple des preacutecipitations et la preacutevalence Au cours de seacutelection des co-variables de petits eacutechantillons impreacutecis peuvent conduire agrave loverfitting Nous avons chercheacute agrave combiner les communauteacutes agrave proximiteacute ougrave tout village comptait moins de 10 personnes eacutechantillonneacutees et ougrave les communauteacutes se situaient agrave moins de 5 km lrsquoun de lautre eacutechantillonneacutes exactement au mecircme moment par les mecircmes enquecircteurs 6 Partage et accegraves aux donneacutees Les donneacutees recueillies pour cette eacutetude font partie dune initiative plus large visant agrave aider les gouvernements nationaux en mettant agrave leur disposition des plateformes de donneacutees probantes pour les aider agrave concevoir des projets de lutte antipaludique gracircce au concours du projet INFORM [131161] soutenu par le Deacutepartement pour le deacuteveloppement international Royaume-Uni et le Wellcome Trust Les donneacutees geacuteocodeacutees sur la preacutevalence parasitaire issues des donneacutees archiveacutees publieacutees et ineacutedites donneacutees et rassembleacutees en bases de donneacutees soigneusement conserveacutees doivent ecirctre prise en charge et geacutereacutees par les services de lutte contre le paludisme au sein des ministegraveres nationaux de la santeacute Les donneacutees provenant des recherches nationales et des enquecirctes meneacutees par les ministegraveres de la santeacute sont la proprieacuteteacute des gouvernements nationaux Le plus souvent la plupart des ministegraveres de la santeacute nont pas accegraves agrave la gamme complegravete des donneacutees sur le paludisme pourtant potentiellement disponibles dans leur propre pays Le but est donc de se servir du projet INFORM pour bacirctir une appropriation des donneacutees nationales sur le paludisme et mettre toutes les donneacutees recueillies agrave la disposition des ministegraveres de la santeacute agrave travers lAfrique et aux conseillers techniques reacutegionaux de lOrganisation mondiale de la santeacute A ce titre ces gouvernements nationaux deviendront les gardiens de leurs propres donneacutees nationales et pleinement responsables de leur distribution aux scientifiques nationaux reacutegionaux et internationaux ainsi qursquoaux partenaires de controcircle

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7 Reacutefeacuterences 1 Snow RW (2014) Sixty years trying to define the malaria burden in Africa have we made any progress

BMC Medicine 12 227 2 Noor AM Kinyoki DK Mundia CW Kabaria CW Wambua JM Alegana VA Fall IS Snow RW (2014) The

changing risk of Plasmodium falciparum malaria infection in Africa 2000ndash10 a spatial and temporal analysis of transmission intensity Lancet 383 1739-1747

3 Snow RW Marsh K le Sueur D (1996) The need for maps of transmission intensity to guide malaria

control in Africa Parasitology Today 12 455ndash457 4 MARAARMA (1998) Towards an atlas of malaria risk in Africa First technical report of the

MARAARMA collaboration Durban South Africa httpsidl-bncidrccadspacebitstream10625316441114833pdf

5 Le Sueur D Binka F Lengeler C de Savigny D Teuscher T Toure Y Snow RW (1997) An atlas of malaria in

Africa Africa Health 19 23-24 6 Trape JF amp Rogier C (1996) Combating Malaria morbidity and mortality by reducing transmission

Parasitology Today 12 236-240 7 Snow RW Omumbo JA Lowe B Molyneux SM Obiero JO Palmer A Weber MW Pinder M Nahlen B

Obonyo C Newbold C Gupta S Marsh K (1997) Relation between severe malaria morbidity in children and level of Plasmodium falciparum transmission in Africa Lancet 349 1650-1654

8 Ghani AC Sutherland CJ Riley EM Drakeley CJ Griffin JT Gosling RD Filipe JAN (2009) Loss of

population levels of immunity to malaria as a result of exposure reducing interventions consequences for interpretation of disease trends PLoS One 4 e4383

9 Okiro EA Al-Taiar A Reyburn H Idro R Berkley J Nokes DJ Snow RW (2009) Age patterns of severe

paediatric malaria and their relationship to Plasmodium falciparum transmission intensity Malaria Journal 8 4

10 Carneiro I Roca-Feltrer A Griffin JT Smith L Tanner M Armstrong Schellenberg J Greenwood BM

Schellenberg D (2010) Age-patterns of malaria vary with severity transmission intensity and seasonality in sub-Saharan Africa A systematic review and pooled analysis PLoS One 5 e8988

11 Griffin JT Hollingsworth TD Reyburn H Drakeley CJ Riley EM Ghani AC (2014) Gradual acquisition of

immunity to severe malaria with increasing exposure Proceedings of the Royal Society B 282 20142657

12 Snow RW (2015) Global malaria eradication and the importance of Plasmodium falciparum

epidemiology in Africa BMC Medicine 13 23

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13 Smith T Maire N Ross A Penny M Chitnis N Schapira A Studer A Genton B Lengeler C Tediosi F de Savigny D Tanner M (2008) Towards a comprehensive simulation model of malaria epidemiology and control Parasitology 135 1507ndash1516

14 Smith DL Noor AM Hay SI Snow RW (2009) Predicting changing malaria risk after expanded

insecticide treated net coverage in Africa Trends in Parasitology 25 511ndash516 15 Griffin JT Hollingsworth D Okell LC Churcher TS White M Hinsley W Bousema T Drakeley CJ

Ferguson NM Basanez MG Ghani AC (2010) Reducing Plasmodium falciparum malaria transmission in Africa a model based evaluation of intervention strategies PLoS Medicine 7 e1000324

16 Chitnis N Schapira A Smith T Steketee R (2010) Comparing the effectiveness of malaria vector-

control interventions through a mathematical model American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 83 230ndash240

17 World Health Organization (2014) From malaria control to malaria elimination a manual for

Elimination Scenario Planning Global Malaria Programme World Health Organization Geneva April 2014

18 Gerardin J Eckhoff P Wenger EA (2015) Mass campaigns with antimalarial drugs a modelling

comparison of artemether-lumefantrine and DHA-piperaquine with and without primaquine as tools for malaria control and elimination BMC Infectious Diseases 15 144

19 Okell LC Drakeley CJ Bousema T Whitty CJM Ghani AC (2008) Modelling the impact of artemisinin

combination therapy and long-acting treatments on malaria transmission intensity PLoS Medicine 5 e226

20 Guyatt HL amp Snow RW (2001) Malaria in pregnancy as an indirect cause of infant mortality in sub-Saharan

Africa Transactions of Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 95 569-576 21 Desai M ter Kuile FO Nosten F McGready R Asamoa K Brabin B Newman R (2007) Epidemiology

and burden of malaria in pregnancy Lancet Infectious Diseases 7 93ndash104 22 van Eijk A Hill J Alegana VA Kirui V Gething PW ter Kuile F Snow RW (2011) Coverage of malaria

protection in pregnant women in sub-Saharan Africa a synthesis and analysis of national survey data Lancet Infectious Diseases 11 190-207

23 MPAC (2012) wwwwhointmalariampacsep2012mpac_mip_erg_sep2012pdf 24 MPAC (2013) wwwwhointmalariampacmpac_sep13_erg_ipt_malaria_pregnancy_reportpdf 25 Meremikwu MM Donegan S Sinclair D Esu E Oringanje C (2012) Intermittent preventive

treatment for malaria in children living in areas with seasonal transmission Cochrane Database Systematic Reviews 2 CD003756

26 Cairns M Roca-Feltrer A Garske T Wilson AL Diallo D Milligan PJ Ghani AC Greenwood BM (2012)

Estimating the potential public health impact of seasonal malaria chemoprevention in African children Nature Communications 3 881

25

27 Noor AM Kibuchi E Mitto B Coulibaly D Doumbo OK Snow RW (2015) A spatial decision support

framework for sub-national targeting of seasonal malaria chemoprevention in the Sahel Under review

28 Smith DL McKenzie FE Snow RW Hay SI (2007a) Revisiting the basic reproductive number for

malaria and its implications for malaria control PLoS Biology 5 e42 29 Hay SI Smith DL Snow RW (2008) Measuring malaria endemicity from intense to interrupted

transmission Lancet Infectious Diseases 8 369-378 30 Moonen B Cohen JM Snow RW Slutsker L Drakeley C Smith DL Abeyasinghe R Rodriguez Loacutepez

MH Maharaj R Tanner M Targett G (2010) Operational strategies to achieve and maintain malaria elimination Lancet 376 1592-1603

31 World Health Organization (2012a) Disease surveillance for malaria control Operational manual

WHO Geneva 32 World Health Organization (2012b) Disease surveillance for malaria elimination Operational manual

WHO Geneva 33 Cohen JM Moonen B Snow RW Smith DL (2010) How absolute is zero An evaluation of historical

and current definitions of malaria elimination Malaria Journal 9 213 34 Molineaux L Muir DA Spencer HC Wernsdorfer WH (1988) The epidemiology of malaria and its

measurement Malaria Principles and Practice of Malariology W Wernsdorfer and I McGregor London Churchill Livingstone 2 999-1089

35 Tusting LS Bousema T Smith DL Drakeley C (2014) Measuring changes in Plasmodium falciparum

transmission precision accuracy and costs of metrics Advances in Parasitology 84 151-208 36 Metselaar D amp van Thiel PH (1959) Classification of malaria Tropical Geographic Medicine 11 157ndash

161 37 Macdonald G amp Goumleckel GW (1964) The malaria parasite rate and interruption of transmission

Bulletin of World Health Organization 31 365ndash377 38 Lysenko AJ amp Semashko IN (1968) Geography of malaria A medico-geographic profile of an ancient

disease In Lebedew AW ed Itogi Nauki Medicinskaja Geografija Moscow USSR Academy of Sciences pp 25ndash146

39 Macdonald G (1957) The epidemiology and control of malaria Oxford University Press 40 Pampana E (1969) A textbook on malaria eradication Oxford Oxford University Press 41 Pull JH (1972) Malaria surveillance methods their uses and limitations American Journal of Tropical

Medicine amp Hygiene 21 651-657

26

42 World Health Organization (1950) Report on the malaria conference in equatorial Africa Held under the joint auspices of the World Health Organization and of the commission for technical co-operation in Africa south of the Sahara Kampala Uganda 27 Novemberndash9 December 1950

43 Yekutiel P (1960) Problems of epidemiology in malaria eradication Bulletin of the World Health

Organization 22 669-683 44 Macdonald G (1952) The analysis of equilibrium in malaria Tropical Diseases Bulletin 49 813-1129 45 Hay SI Guerra CA Gething PW Patil AP Tatem AJ Noor AM Kabaria CW Manh BH Elyazar IRF

Brooker S Smith DL Moyeed RA Snow RW (2009) A world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2007 PLoS Medicine 6 e1000048

46 Gething PW Patil AP Smith DL Guerra CA Elyazar IRF Johnston GL Tatem AJ Hay SI (2011) A new

world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2010 Malaria Journal 10 378 47 Snow RW Amratia P Kabaria CW Noor AM Marsh K (2012) The changing limits and incidence of

malaria in Africa 1939-2009 Advances in Parasitology 78 169-262 48 Black RH (1968) Manual of epidemiology and epidemiological services in malaria programmes World

Health Organization Geneva 49 Ray AP amp Beljaev AE (1984) Epidemiological surveillance a tool for assessment of malaria and its

control Journal of Communicable Disease 16 197ndash207 50 Omumbo JA Noor AM Fall IS Snow RW (2013) How well are malaria maps used to design and

finance malaria control in Africa PLoS One 8 e53198 51 Alegana VA Atkinson PM Wright JA Kamwi R Kakokele S Snow RW Noor AM (2013) Estimation of

malaria incidence in northern Namibia in 2009 using Bayesian Conditional-Autoregressive Spatial-Temporal Models Spatial amp Spatial Temporal Epidemiology 7 25-36

52 Bennett A Yukich J Miller JM Vounatsou P Hamainza B Ingwe MI Moonga HB Kamuliwo M Keating

J Smith TA Steketee RW Eisele TP (2014) A methodological framework for the improved use of routine health system data to evaluate national malaria control programs evidence from Zambia Population amp Health Metrics 12 30

53 Moonasar D Morris N Kleinschmidt I Maharaj R Raman J Mayet NT Benson FG Durrheim DN

Blumberg L (2013) What will move malaria control to elimination in South Africa South African Medical Journal 103 (10 Suppl 2) 801-806

54 Cohen JM Dlamini S Novotny JM Kandula D Kunene S Tatem AJ (2013) Rapid case-based mapping

of seasonal malaria transmission risk for strategic elimination planning in Swaziland Malaria Journal 12 61

55 Zanzibar Malaria Control Programme (2011) Zanzibar Malaria Performance Review September 2011

ZMCP Ministry of Health Revolutionary Government of Zanzibar

27

56 Ministry of Health [Cape Verde] World Health Organization and the University of California San Francisco (2012) Eliminating malaria Moving towards sustainable elimination in Cape Verde Geneva The World Health Organization httpappswhointirisbitstream106657584919789241504386_engpdfua=1

57 Littrell M Sow GD Ngom A Ba M Mboup BM Dieye Y Mutombo B Earle D Steketee RW (2013)

Case investigation and reactive case detection for malaria elimination in northern Senegal Malaria Journal 12 331

58 Thiroux D A amp DAnfreville D L (1908) Le paludisme au Seacuteneacutegal pendant les anneacutees 1905-1906

Gouvernement General de lAfrique Occidentale Francaise Laboratorie de bacteriologie de Saint-Louis Published Libraire JB Bailliere et Fils Paris 1908

59 Government General de LAlgeacuterie (1908) Campagne Antipaludique de 1908 unpublished document

available in Wellcome Library Euston Road London UK FX134AA9 60 Government of Gold Coast (1914) Medical amp Sanitary Report for the year 1913 Waterlow amp Sons

London 61 Mansfield-Aders W (1927) Notes on malaria and filariasis in the Zanzibar Protectorate Transactions

of the Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 30 207-214 62 Colony of Mauritius (1923-1925) Annual Reports on the Medical and Health Department 63 Swaroop S Gilroy AB Uemura K (1966) Statistical methods in malaria eradication Monograph Series

of World Health Organization 51 164 64 Barber MA amp Rice JB (1937) A survey of malaria in Egypt American Journal of Tropical Medicine amp

Hygiene 17 413-436 65 De Meira MT Simotildees TS Pinto Nogueira JF (1948) Observaccedilotildees sobre sezonismo nas ilhas do Sal Boa

Vista e S Nicolau (Cabo Verde) Anais do Instituto de Medicina Tropical 3 213-237 66 Young MD amp Johnson TH (1949) A malaria survey of Liberia Journal of National Malaria Society 8

247-266 67 De Meillon B (1951) Malaria survey of South-West Africa Bulletin of the World Health Organization

4 333ndash417 68 Houel G amp Donadille F (1953) Vingt ans de lutte antipaludique au Maroc Bulletin de lrsquoInstitut

drsquoHygiene du Maroc 13 3-51 69 Soeiro A (1952) O sezonismo em Moccedilambique contribuiccedilatildeo para o estudo epidemioloacutegico Anais do

Instituto de Medicina Tropical 9 343-389 70 Soeiro A (1959) Relactoacuterio da actividade do Instituto de Investigaccedilatildeo Meacutedica de Moccedilambique em

1958 e plano de trabalhos para o ano de 1960 Anais Intstituto de Higiene e Medicina Tropical 16 573-611

28

71 Bernard PM (1954) Trois ans de lutte antipaludique agrave Madagascar Bulletin de Madagascar

Publication Mensuelle du Service General Drsquoinformation du Haut-Commissariat no 96 72 Cambournac FJC Gandara AF Pena AJ Teixeira EWLG (1955) Subsidios para o inquerito malariologico

em Angola Anais do Instituto de Medicina Tropical 12 121-153 73 Anon (1954) Campagne antipaludique au Dahomey Map found in Benin box in WHO Archives

Geneva August 2012 74 Languillon J (1957) Carte eacutepideacutemiologique du paludisme au Cameroun Bulletin de la Socieacuteteacute de

Pathologie Exotique 50 585 - 600 75 Alves W (1958) Malaria parasite rates in Southern Rhodesia May-September 1956 Bulletin of the

World Health Organization 19 69-74 76 Lariviere M Hocquet P Abonnenc E (1961) Reacutesultats drsquoune enquecircte palustre dans la reacutepublique du

Seacuteneacutegal Indices plasmodiques chez les enfants en milieu rural Bulletin de la Socieacuteteacute Meacutedicale drsquoAfrique Noire de Langue Franccedilaise 6 386-403

77 Wernsdorfer G amp Wernsdorfer W (1967) Malaria in the middle Nile basin and its bordering regions Z

Tropenmed Parasitol 18 17-44 78 Rishikesh N amp Fahmy Y (1961) Quarterly report April-June 1961 Republic of Somalia pre-eradication

survey World Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 79 Rishikesh N Payne D Fahmy Y (1961) Quarterly report for the period January-March 1961 World

Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 80 Bechuanaland Protectorate (1958-1963) Annual Medical and Sanitary Reports for the Protectorate for

the years 1958-1963 Government Printers Gaborone 81 Craig MH Sharp BL Mabaso MLH Kleinschmidt I (2007) Developing a spatial-statistical model and

map of historical malaria prevalence in Botswana using a staged variable selection procedure International Journal of Health Geographics 6 44

82 Cano VI (1971) Deacuteveloppement des services de santeacute de base (Paludisme) World Health

Organization AFRMAL112 83 Barbie Y amp Timbila R (1964) Notes sur le paludisme en Reacutepublique Islamique de Mauritanie Medicine

Tropicale 24 427-435 84 Khromov A amp Privault R (1965) Programme du pre-eradication du paludisme Rapport trimestriel 4th

trimestre 1965 (Sep-Oct-Nov) WHO Mauritanie World Health Organization Unpublished document WHO Archives Geneva

85 Beltran O (1966) Malaria pre-eradication project Sierra Leone-19 fourth quarterly field report

October - December 1966 Government of Sierra Leone amp World Health Organization

29

86 Guy Y amp Gassabi R (1967) Les perspectives de leacuteradication du paludisme en Algeacuterie Archives de

LInstitut Pastuer DAlgerie 45 72-88 87 Chand D Garzen JB Bahar R Rishikesh N (1964) Malaria Eradication Service Ethiopia 14 (c) Quarterly

Report 1 October to 31 December 1964 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

88 Chand D Garzon JB Bahar R Rishiskesh N (1965) Quarterly report covering period 1 October to 31

December 1964 Project Ethiopia 0014 dated 9th february 1965 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

89 Onori E (1967) Distribution of Plasmodium ovale in the Eastern Western and Northern regions of

Uganda Bulletin of the World Health Organization 37 665-668 90 Wenlock (1978) The incidence of Plasmodium parasites in rural Zambia East African Medical Journal

55 268-276 91 Escudie A amp Hamon J (1961) Paludisme en Afrique Occidentale dexpression Franccedilaise Medicine

Tropicale 21 661-687 92 RBM-MERG - httpwwwrbmwhointmechanismsmerghtml 93 Corsi DJ Neuman M Finlay JE Subramanian SV (2012) Demographic and health surveys a profile

International Journal of Epidemiology 41 1602-1613 94 Measure httpwwwmeasuredhscomData 95 UNICEF httpwwwuniceforgstatisticsindex_24302html 96 Smith DL Guerra CA Snow RW Hay SI (2007b) Standardizing estimates of malaria prevalence

Malaria Journal 6 131 97 Brooker S Kolaczinski JH Gitonga CW Noor AM Snow RW (2009) The use of schools for malaria

surveillance and programme evaluation in Africa Malaria Journal 8 231 98 Stevenson JC Stresman GH Gitonga CW Gillig J Owaga C Marube E Odongo W Okoth A China P

Oriango R Brooker SJ Bousema T Drakeley C Cox J (2013) Reliability of school surveys in estimating geographic variation in malaria transmission in the western Kenyan highlands PLoS One 8 e77641

99 De Zulueta J Kafuko GW Cullen JR (1963) An investigation of the annual cycle of malaria in Masaka

district (Uganda) East African Medical Journal 40 469-488 100 Najera JA Shidrawi GR Gibson FD Stafford JS (1967) A large-scale field trial of Malathion as an

insecticide for antimalarial work in Southern Uganda Bulletin of the World Health Organization 36 913-935

30

101 Storey J (1972) A review of malaria work in Sierra Leone 1900 to 1964 West African Medical Journal 27 57-68

102 Gitonga CW Karanja PN Kihara J Mwjame M Juma E Snow RW Noor AM Brooker S (2010)

Implementing school malaria surveys in Kenya towards a nationwide surveillance system Malaria Journal 9 306

103 Gitonga CW Edwards T Karanja PN Noor AM Snow RW Brooker S (2012) Plasmodium infection

anaemia and mosquito net use among school children across different settings in Kenya Tropical Medicine amp International Health 17 858ndash870

104 Houngbedji CA N Dri PB Huumlrlimann E Yapi RB Silueacute KD Soro G Koudou BG Acka CA Assi S

Vounatsou P N Goran EK Fantodji A Utzinger J Raso G (2015) Disparities of Plasmodium falciparum infection malaria-related morbidity and access to malaria prevention and treatment among school-aged children a national cross-sectional survey in Cote dIvoire Malaria Journal 14 7

105 Ashton R Kefyalew T Tesfaye G Pullan R Yadeta D Reithinger R Kolaczinski J Brooker S (2010)

School-based surveys of malaria in Oromia Regional State Ethiopia towards a map of malaria risk Federal Ministry of Health Ethiopia

106 Takem EN Affara M Amambua-Ngwa A Okebe J Ceesay SJ Jawara M Oriero E Nwakanma D

Pinder M Clifford C Taal M Sowe M Suso P Mendy A Mbaye A Drakeley C DAlessandro U (2013) Detecting foci of malaria transmission with school surveys A pilot study in The Gambia PLoS One 8 e67108

107 Clarke SE Roschnik N Rouhani S Diarra S Bamadio M Sacko M Traore D Ly AB Gaye O Sembene

M Fall FB (2012) Malaria in school children under a new policy of universal coverage of nets Recent data from Mali and Senegal American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 Supplement 5 abstract 1466

108 Kabatereine NB Standley CJ Sousa-Fugueiredo JC Fleming RM Stothard JR Talisuna A Fenwick A

(2011) Integrated prevalence mapping of schistosomiasis soil-transmitted helminthiasis and malaria in lakeside and island communities in Lake Victoria Uganda Parasites amp Vectors 4 232

109 Emerson PM Ngondi J Biru E Graves PM Ejigsemahu Y Gebre T Endeshaw T Genet A Mosher

AW Zerihun M Messele A Richards FO (2008) Integrating an NTD with one of lsquolsquoThe Big Threersquorsquo Combined malaria and trachoma survey in Amhara Region of Ethiopia PLoS Neglected Tropical Diseases 2 e197

110 Noor AM Alegana VA Patil AP Moloney G Borle M Ahmed F Yousef F Amran J Snow RW (2012)

Mapping the receptivity of malaria risk to plan the future of control in Somalia British Medical Journal Open Access 2 e001160

111 Boyd MF (1949) Malariology A comprehensive review of all aspects of this group of diseases from a

global standpoint Volume II WB Saunders Company Philadelphia and London

31

112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

iii

1

Preacuteambule

Ce document de travail fait office de documentation rendant compte de la maniegravere dont le projet INFORM a identifieacute recueilli et geacuteocodeacute des donneacutees sur la preacutevalence du paludisme agrave travers lAfrique et la raison pour laquelle ces donneacutees sont importantes pour surveiller limpact temporel des interventions antipaludiques[12] Nous allons nous pencher sur le Plasmodium falciparum qui est de loin le plus reacutepandu et le plus pathogegravene des paludismes humains en Afrique Nous avons toutefois inteacutegreacute dans notre recherche des donneacutees et extraits drsquoinformations le cas eacutecheacuteant sur la preacutevalence de P vivax P malariae et P ovale Les inventaires de donneacutees couvrent une longue peacuteriode de surveillance du paludisme en Afrique et nous deacutetaillons dans ce rapport la faccedilon dont nous avons essayeacute de capturer des donneacutees historiques et contemporaines En ce qui concerne les analyses entreprises au niveau des pays agrave lappui des gouvernements nationaux dans le cadre du Projet INFORM les donneacutees recueilles agrave partir de 1980 srsquoavegraverent les plus pertinentes Depuis 10 ans ce projet est geacutereacute depuis le Kenya Toutefois il avait eacuteteacute preacuteceacutedeacute par des efforts consentis plus tocirct dans le cadre de la collaboration MARA ARMA commenceacutee en 1996 [3-5] Le succegraves de ces 20 derniegraveres anneacutees de recueil de donneacutees nrsquoaurait pas eacuteteacute possible sans les importantes contributions apporteacutees par de nombreux scientifiques œuvrant dans le domaine du paludisme agrave travers lAfrique et auxquels nous avons tenu agrave adresser nos sincegraveres remerciements agrave la fin de ce rapport 1 Pourquoi est-il important de mesurer la transmission du paludisme Il existe plusieurs raisons deacutemontrant lrsquoimportance de comprendre la freacutequence de lexposition du parasite du paludisme humain pour les raisons de planification du controcircle et de la gestion de la maladie Lincidence de la maladie et les pheacutenotypes cliniques associeacutes deacutependent du niveau de limmuniteacute fonctionnelle acquise preacuteceacutedemment qui est en grande partie deacutefinie par la freacutequence des nouvelles infections qui touchent un individu depuis la naissance [6-12] Dans les zones ougrave lintensiteacute de la transmission du paludisme est eacuteleveacutee les eacutepideacutemies de maladies les plus graves preacutevalent chez de tregraves jeunes enfants et des reacutepercussions graves suivant linfection sont rares chez les enfants plus acircgeacutes et les adultes Au fur et agrave mesure que diminue lintensiteacute de lexposition au parasite la charge clinique du paludisme est porteacutee par les enfants plus acircgeacutes jusquagrave ce que la probabiliteacute de deacutevelopper un eacuteveacutenement de la maladie soit plus proportionnelle aux possibiliteacutes drsquoinfection (Scheacutema 1) Dans ces conditions la charge du paludisme est partageacutee de maniegravere eacutegale entre la plupart des tranches dacircge et labsence de toute immuniteacute fonctionnelle dans une communauteacute rend les populations vulneacuterables aux eacutepideacutemies (Scheacutema 1)

2

Lrsquoeacutevolution de la pathologie en fonction de lrsquoacircge est accompagneacutee dune preacutesentation grave de la maladie Dans des conditions de transmission intense une aneacutemie seacutevegravereaigueuml est une cause majeure de maladie mortelle alors que les preacutesentations qui incluent le paludisme ceacutereacutebral deviennent de plus en plus courante chez les communauteacutes exposeacutees agrave des niveaux drsquointensiteacute de transmission allant de modeacutereacutee agrave faible [7 9 11] Figure 1 Cadre conceptuel de leacutepideacutemiologie clinique de Plasmodium falciparum en fonction drsquoune baisse de lrsquointensiteacute de transmission parasitaires en Afrique [Snow 2015] La ligne rouge repreacutesente un taux theacuteorique dincidences graves de maladie et de mortaliteacute alors que les barres noires deacutemontrent la reacutepartition proportionnelle du paludisme grave entre la naissance et le 10e anniversaire sur la base de travaux deacutejagrave publieacutes [79]

Les modegraveles biologiques meacutecanistes qui reproduisent les proprieacuteteacutes matheacutematiques de la transmission du paludisme preacutedisent que limpact probable des diffeacuterentes strateacutegies de lutte contre le paludisme agrave base dinsecticide ou de meacutedicaments aura diffeacuterentes magnitudes deffets et de dureacutee globaux dintervention neacutecessaires pour deacutemontrer limpact selon les niveaux de deacutepart des endeacutemiciteacutes [13-18] En termes geacuteneacuteraux la reacuteduction du contact homme-vecteur agrave travers par exemple la seule utilisation de moustiquaires impreacutegneacutees dinsecticide (MII) ne suffira jamais agrave interrompre la transmission dans les zones de transmission tregraves intense A linverse en cas drsquoutilisation par 90 de la population agrave 100 du temps dans les zones de transmission intermeacutediaire les MII pourraient reacuteduire lexposition au parasite agrave presque zeacutero dans les huit ans [14-15] Des mesures auxiliaires de lutte anti-vectorielle sont neacutecessaires pour compleacuteter les strateacutegies MII dans les zones de transmission intense du paludisme pour reacuteduire rapidement labondance des vecteurs de sorte agrave avoir un impact durable en termes de transmission [15] Limmeacutediateteacute preacutevue et limpact global de ladministration massive de meacutedicaments (AMD) et la pulveacuterisation intradomiciliaire sont eacutegalement subordonneacutees agrave lintensiteacute de la transmission avant le deacutebut de lintervention [15-18] Les impacts sur la transmission par le biais de lutilisation efficace de combinaisons theacuterapeutiques agrave base darteacutemisinine (CTA) disponibles actuellement sont les plus importants dans les zones ougrave la plupart des nouvelles infections cliniques sont traiteacutees et ougrave lintensiteacute de la transmission est faible alors que limpact du traitement CTA sur la transmission locale est beaucoup plus faible dans les zones ougrave lintensiteacute de la transmission du parasite est eacuteleveacutee [19] ou lorsquil est utiliseacute pour les ADM [18] Pour obtenir un impact sur la transmission seulement

3

gracircce aux strateacutegies de traitement de routine il faut diffeacuterents types de combinaisons de meacutedicaments que ceux utiliseacutes actuellement en Afrique [19] Les effets de linfection du paludisme chez les femmes enceintes ont eacuteteacute bien deacutecrits et comprennent les effets insidieux dinfections reacutepeacuteteacutees sur laneacutemie laugmentation des risques de deacutecegraves in uteromorts fœtales in utero de faible poids agrave la naissance conduisant agrave des risques plus eacuteleveacutes de mortaliteacute infantile et dans des conditions de transmission instable des risques accrus de deacutecegraves maternels pendant la grossesse [2021] Le traitement preacutesomptif intermittent (TPI) avec deux doses dans les deuxiegraveme et troisiegraveme trimestres en utilisant le meacutedicament agrave longue demi-vie sulfadoxine-pyrimeacutethamine (SP) a eacuteteacute mis en œuvre dans une grande partie de lAfrique subsaharienne depuis 2001 [22] Au cours des derniegraveres anneacutees cette recommandation a dans certains pays eacuteteacute eacutetendue agrave trois doses de SP agrave partir de la peacuteriode des premiers mouvements du fœtus Au fur et agrave mesure que la transmission diminue le rapport coucirct-beacuteneacutefice du TPI change tandis que les eacuteleacutements de preuve ne sont pas concluants quant au moment drsquoarrecircter le TPI [23] actuellement il est suggeacutereacute que lorsque la preacutevalence chez les enfants diminue en dessous de 5 on pourrait envisager soit larrecirct du TPI ou lrsquointroduction du deacutepistage et le traitement pour les femmes enceintes [24] La chimio-preacutevention saisonnier du paludisme (CSP) sest aveacutereacutee utile pour preacutevenir environ 75 des eacutepisodes cliniques de paludisme chez les enfants acircgeacutes de moins de cinq ans dans les zones ougrave la transmission se limite agrave quelques mois de lrsquoanneacutee [25] Le ciblage CSP au sein des frontiegraveres nationales deacutepend non seulement de la connaissance des saisons du paludisme mais eacutegalement des risques intrinsegraveques dendeacutemiciteacute preacute-intervention Dans les zones ougrave lintensiteacute de la transmission saisonniegravere historiquement bas les coucircts-avantages de la CSP sont minimes par rapport aux zones ougrave la preacutevalence du parasite est supeacuterieure agrave 5 [26] Il est eacutegalement important de comprendre des niveaux actuels de transmission du paludisme qui permettront de deacutefinir la tranche dacircge eacuteventuellement le plus adapteacute agrave la CSP par exemple 3 mois avant le 5egraveme anniversaire (arbitrairement fixeacute agrave une preacutevalence supeacuterieure agrave 10) ou au fur et agrave mesure que la transmission diminue 3 mois avant 10egraveme anniversaire ougrave la preacutevalence est comprise entre 5 et 10 [27] Lorsque lintensiteacute de la transmission diminue agrave des niveaux faibles les modes de risques parasitaires deviennent de plus en plus heacuteteacuterogegravenes ougrave des foyers de transmission spatialement localiseacutes contribuent pour plus de 80 du risque de transmission entre quartiers [28] Bien quil ny ait pas de regravegles absolues deacuteterminant le moment du controcircle du paludisme on a laisseacute entendre que lorsque la preacutevalence communautaire du paludisme tombe en dessous de 5 [29] il faut adopter des approches plus cibleacutees pour la preacutevention des maladies [30-32] Les eacutetats de tregraves faible preacutevalence parasitaire servent eacutegalement de signaux aux agences de controcircle qui peuvent agrave ce moment-lagrave envisager la reacutevision des strateacutegies de lutte antipaludiques inteacutegrant les mesures drsquoeacuteradication [33] Comprendre lintensiteacute de la transmission du parasite du paludisme est au cœur drsquoune planification de lutte efficace et dans la deacutefinition des pheacutenotypes cliniques neacutecessitant des actions de gestion Tout au long la peacuteriode de controcircle lintensiteacute de la transmission sert drsquoindice

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mesurable du succegraves de lintervention et drsquoun point de reacutefeacuterence pour permettre aux programmes drsquoadapter des combinaisons drsquointerventions pour maximiser les gains et reacuteorienter le controcircle pour la preacute-eacutelimination 2 Mesurer le risque de paludisme 21 Mesurer la transmission endeacutemique stable du paludisme Le taux dexposition au parasite peut ecirctre mesureacute agrave lrsquoaide drsquoune varieacuteteacute de techniques eacutepideacutemiologiques allant de mesures vectorielles deacutetailleacutees de taux de piqures humaines des proportions de vecteurs avec des parasites dans leurs glandes salivaires leur pariteacute et longeacuteviteacute dans des hocirctes humains provenant deacutetudes longitudinales ou transversales drsquoacquisition du parasite de la naissance jusqursquoau premier anniversaire en utilisant des combinaisons de deacutetection des parasites et de seacuterologie [34] Les mesures vectorielles de transmission du paludisme constituent des paramegravetres importants permettant de modeler limpact des interventions Toutefois celles-ci sont difficiles et coucircteuses agrave mesurer de faccedilon empirique dans des conditions de terrain [35] La meacutethode de mesure la plus couramment utiliseacutee pour mesurer lexposition au parasite est le taux parasitaire (TP) chez les hocirctes humains (strictement en ratio tel quil mesureacute agrave une date donneacutee) Le TP est la proportion dindividus en une seule enquecircte transversale au sein drsquoune communauteacute entiegravere ou communauteacute eacutechantillonneacutee qui preacutesentent des signes dune infection paludique au stade sanguin peacuteripheacuterique Le TP nrsquoest pas une mesure directe de transmission car elle se sature agrave des niveaux eacuteleveacutes de transmission en raison de piqures heacuteteacuterogegravenes de multiples infections et dimmuniteacute acquise Des modegraveles matheacutematiques ont eacuteteacute deacuteveloppeacutes pour traduire les valeurs de TP en valeurs de taux dinoculations entomologiques (TIE) ou de taux de reproduction de base de linfection [28] Neacuteanmoins sur le plan pratique des programmes de lutte contre le paludisme utilisent le TP en tant que marqueur direct dintensiteacute de transmission Pendant legravere du Programme mondial deacuteradication du paludisme (GMEP) dans les anneacutees 1950 et 1960 la preacutevalence du parasite paludique chez les enfants eacutetait consideacutereacutee comme un indice mesurable et deacutefinitif du risque qui permettrait de deacutefinir la maniegravere dont les interventions eacutetaient spatialement cibleacutees et les progregraves mesureacutes [36-41] Suite agrave la confeacuterence sur le paludisme en Afrique tenue agrave Kampala en Ouganda en 1950 [42] les experts du paludisme ont convenu dun ensemble de classifications drsquoendeacutemiciteacute stable du paludisme sur la base de la preacutevalence drsquoinfection par le P falciparum chez les enfants acircgeacutes entre 2 et 10 ans (PfPR2-10) ou chez les nourrissons or infants transmission hypo-endeacutemique ougrave PfPR2-10 eacutetait infeacuterieur agrave 10 la transmission meacuteso-endeacutemique ougrave le PfPR2-10 se situait entre 10 et 50 la transmission hyper-endeacutemie ougrave le PfPR2-10 se situait entre 51 et le75 et la transmission holo-endeacutemique ougrave la preacutevalence de linfection chez les nourrissons eacutetait gt 75 [36] Ces terminologies eacutetaient deacutejagrave utiliseacutees avant mecircme la confeacuterence de Kampala mais se referaient geacuteneacuteralement agrave la preacutevalence moins speacutecifique de spleacutenomeacutegalie chez les enfants Aujourdrsquohui ces terminologies sont rarement utiliseacutees La transmission holo-endeacutemique est rarement deacutefinie de faccedilon empirique chez les nourrissons et fait geacuteneacuteralement lrsquoobjet drsquoestimations agrave partir de tranches dacircge utiliseacutees

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pour trier les autres classes dendeacutemiciteacute En tant que telle elle est geacuteneacuteralement consideacutereacutee comme un eacutetat ougrave PfPR2-10 est ge 75 Fait plus important encore ces classifications ont conserveacute une valeur qualitative dans les descriptions nationales de lintensiteacute de la transmission depuis plus de 60 ans 22 Mesurer le risque lorsque la preacutevalence est faible et lutilisation de donneacutees de cas courants Lrsquooptimisation et lrsquoopeacuterationnalisation des deacutefinitions de lintensiteacute de transmission du paludisme ont reacutecemment eacuteteacute revues pour fournir des paramegravetres permettant drsquoaider agrave la prise de deacutecisions sur le moment ougrave des pays ou des reacutegions au sein des pays pourraient deacutecider deacutelaborer un programme deacuteradication [33] Le paludisme controcircleacute agrave faible endeacutemie a eacuteteacute proposeacutee comme un eacutetat ougrave les interventions auraient pu reacuteduire le taux parasitaire moyen dans un eacutechantillon repreacutesentatif au niveau national en dessous de 1 au cours de la saison de transmission de pointe tandis que les niveaux de preacutevalence dans les sous-populations restent infeacuterieurs agrave un seuil plus eacuteleveacute (par exemple infeacuterieure agrave une preacutevalence de 5) pour permettre une heacuteteacuterogeacuteneacuteiteacute dans endeacutemiciteacute causeacutee par la transmission focale Etant donneacute que la composante laquocontrocircleacuteeraquo de cette deacutefinition ne concerne pas une reacutegion dans laquelle la transmission du paludisme eacutetait toujours historiquement faible cela se distingue du paludisme agrave faible endeacutemie [33] En tant que tel il y a de plus en plus drsquoadaptations de la classification hypo-endeacutemique pour inclure des zones deacutefinies par un PfPR2-10 de lt1 et de lt5 [2] Il existe eacutegalement un facteur deacutechantillonnage pratique lorsque lintensiteacute de transmission devient tregraves faible ou instable Cela exige des enquecirctes communautaires de plus en plus grandes et plus reacutepeacuteteacutees afin de fournir des estimations avec une preacutecision fiable Dans cet eacutetat de transition la deacutecision quant agrave savoir srsquoil faut abandonner les enquecirctes communautaires en faveur des enquecirctes de deacutepistage passif etou actif et de preacutevalence de drsquoinfection par la fiegravevre doivent ecirctre faites Ceci a eacuteteacute deacutefini sur le plan opeacuterationnel au cours du GMEP laquoToutefois aussi tocirct que le volume geacuteneacuteral du paludisme a eacuteteacute reacuteduit dans une mesure consideacuterable les indices fournis par les enquecirctes paludomeacutetriques ne seront plus suffisamment sensibles pour mesurer de nouveaux progregraves Lanalyse des donneacutees deacutevaluation des programmes deacuteradication ainsi que des observations plus eacutetroites dans le domaine ont montreacute qursquoon atteint le point ougrave les enquecirctes paludomeacutetriques cessent decirctre suffisamment sensibles lorsque le taux de parasites chute agrave un niveau compris entre 1 et 3 [43] raquo Les termes transmission laquo stable raquo et laquo instable raquo sont largement utiliseacutes mais rarement quantifieacutee Cette distinction est importante car la transition vers les eacutetats instables implique une transition vers leacuteradication La classification laquo stable-instable raquo a eacuteteacute introduite en paludologie par Sir Ronald Ross [Ross 1916] et adapteacutee par George Macdonald pour mesurer lendeacutemiciteacute du paludisme ougrave la stabiliteacute a eacuteteacute deacutefinie quantitativement par le nombre moyen de piqures quun moustique effectue chez un homme au cours de sa vie [3944] Lindice de stabiliteacute cependant exige des donneacutees entomologiques deacutetailleacutees qui sont rarement disponibles Qualitativement le paludisme stable se reacutefegravere agrave des situations relativement insensibles aux changements environnementaux naturels et artificiels Le paludisme instable se trouve dans des zones tregraves sensibles aux accidents climatiques exceptionnels se precircte facilement agrave leacuteradication

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et preacutevaut souvent dans des zones dariditeacute extrecircme ougrave les changements brusques des preacutecipitations habituelles peuvent conduire agrave des eacutepideacutemies Lindice de veacutegeacutetation ameacutelioreacute (EVI) deacuteriveacutee de limagerie du capteur MODerate-resolution Imaging Spectroradiometer (Radiomegravetre spectral pour imagerie de reacutesolution moyenne) (MODIS) a eacuteteacute utiliseacute pour deacutelimiter les zones soumises agrave lariditeacute extrecircme et donc potentiellement des zones de transmission instable du paludisme [245-47] Cependant limagerie par satellite EVI fournit une visualisation strieacutee de lariditeacute agrave travers le Mali le Niger et le Tchad (en fonction de la qualiteacute de limagerie) Malgreacute une illusion de preacutecision pour la transmission du paludisme instable cela na jamais eacuteteacute valideacute par des donneacutees empiriques sur lincidence clinique ou la preacutevalence Nous avons donc eacuteviteacute lutilisation de lindice de veacutegeacutetation ameacutelioreacute dans les deacutefinitions ulteacuterieures de la transmission du paludisme instable Une deacutefinition plus preacutecise du paludisme laquoinstableraquo est baseacutee sur les cas dincidence La mesure de lincidence du paludisme exige que tous les cas soupccedilonneacutes du paludisme soient diagnostiqueacutes gracircce agrave un systegraveme de surveillance complet comprenant le deacutepistage passif des cas (DPC) par lexamen parasitologique des personnes soupccedilonneacutees geacuteneacuteralement des cas feacutebriles preacutesentant les services sanitaires compleacuteteacutees par le deacutepistage actif des cas (DAC) les deacutepistages des cas de fiegravevre effectueacutes par des visites agrave domicile agrave intervalles reacuteguliers [34404341] Les reacutesultats sont geacuteneacuteralement exprimeacutes sous forme drsquoincidence parasitaire annuelle (IPA) pour tous les 1 000 habitants au sein de lensemble de la population des zones administratives pour lesquelles il est repreacutesentatif Au cours du GMEP lIPA neacutetait consideacutereacutee valable que si le taux dexamen sanguin annuel (TESA) la proportion de la population cible examineacutee deacutepassait 10 [4048] Lautre meacutetrique souvent preacutesenteacute est le taux de positiviteacute des lames (TPL) Ces indices de surveillance sont relieacutes comme suit API = (ABER SPR) 10a [49] Au cours des derniegraveres activiteacutes de cartographie aux niveaux mondial [45] et reacutegional [247] on a preacutefeacutereacute utiliser une valeur tregraves conservatrice de cas dincidence de lt1 cas pour 10 000 habitants Bien que cela reconnaisse les difficulteacutes agrave mesurer lincidence de cas il suppose que lidentification des cas gracircce agrave des systegravemes routiniers continue agrave ecirctre aussi faible comme cela a eacuteteacute le cas au cours des deux derniegraveres deacutecennies Des systegravemes dinformations sanitaires et les taux de cas de parasites confirmeacutes srsquoameacuteliorent agrave travers lAfrique Le deacutefi agrave preacutesent est de faire en sorte que soit faite la meilleure utilisation possible de ces donneacutees conformeacutement agrave la deacutefinition de lrsquoOMS de preacute-eacuteradication accepteacutee qui est de lt1 cas pour 1 000 [17 31 32] personnes ougrave cela peut ecirctre enregistreacutee en toute confiance ou des donneacutees partiellement incomplegravetes provenant des systegravemes de santeacute utiliseacutees par la majoriteacute de la population peuvent ecirctre efficacement spatialement modeacuteliseacutees Lors de nombreuses demandes de financement de leacutetranger des strateacutegies nationales de lutte contre le paludisme ou des examens de programmes de lutte contre le paludisme les incidences

a La division par dix est neacutecessaire parce que lrsquoAPI est exprimeacute par tranches de 1000 et les autres termes par tranches de 100

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ou le nombre de cas signaleacutes par les systegravemes dinformation de santeacute de routine (SIS) sont de plus en plus preacutesenteacutes dans les cartographies agrave travers lAfrique subsaharienne notamment au Beacutenin au Botswana au Burkina Faso au Congo en Cocircte dIvoire en Erythreacutee en Guineacutee Bissau au Malawi en Mauritanie au Mozambique agrave Sao Tomeacute-et-Principe au Seacuteneacutegal au Togo agrave Zanzibar et au Zimbabwe [50] Ces donneacutees sont incomplegravetes et ne reflegravetent pas toujours les cas confirmeacutes parasitologiquement Neacuteanmoins ces exemples mettent en eacutevidence lrsquointeacuterecirct croissant dans lapplication des donneacutees de cas de paludisme de routine agrave la stratification et cartographie du risque de paludisme Des donneacutees imparfaites et incomplegravetes sur le paludisme ont reacutecemment eacuteteacute modeacuteliseacutees agrave lrsquoaide des meacutethodes geacuteostatistiques avanceacutees pour en faciliter lutilisation des donneacutees mensuelles incomplegravetes et les emplacements des eacutetablissements de santeacute geacuteocodeacutees en Namibie [51] et en Zambie [52] Ces nouvelles approches pour le traitement des donneacutees incomplegravetes de routine en combinaison avec des capaciteacutes de diagnostic redimensionneacutees offre de nouvelles possibiliteacutes inteacuteressantes pour modeacuteliser le cas dincidence ougrave la plupart des fiegravevres cherchent un traitement dans les secteurs formels et la plupart des fiegravevres sont parasitologique confirmeacutees Pour les pays ou zones se trouvant agrave linteacuterieur des pays cherchant agrave parvenir agrave eacuteradiquer le paludisme en Afrique des combinaisons de PCD et ACD avec deacutepistage des cas sont deacutejagrave en cours en Afrique du Sud [53] au Swaziland [54] agrave Zanzibar [55] au Cap-Vert [56] et dans les districts limitrophes du fleuve Seacuteneacutegal au Seacuteneacutegal [57] Le passage du controcircle agrave la preacute-eacuteradication est un continuum Par conseacutequent les mesures utiliseacutees pour deacutefinir ces paramegravetres doivent ecirctre refleacuteteacutees par des combinaisons de mesures en fonction de la disponibiliteacute et de la qualiteacute des donneacutees nationales Lorsquil ny a pas de systegravemes dinformation de santeacute fiables et lagrave ougrave la preacutevalence parasitaire reste eacuteleveacute il est fondamental dutiliser la preacutevalence dinfection agrave base communautaire comme indicateur de risque Lorsque leacuteradication est un objectif preacutedeacutefini la deacutetection de toutes les infections plutocirct que de tous les eacuteveacutenements pathologiques devient une prioriteacute Toutes les meacutetriques de risque doivent permettre de stratifier les reacutegions geacuteographiques avec une preacutecision adeacutequate Ces stratifications devraient permettre drsquoeacutetablir un lien quant agrave ce qui est neacutecessaire pour deacuteplacer une reacutegion plus loin dans le continuum vers le deacutefi ultime de leacuteradication Il ny a pas de lignes directrices deacutefinitives pour ce qui peut ecirctre mesureacute et sur les critegraveres neacutecessaires pour entamer lrsquoadaptation des strateacutegies de controcircle Nous travaillons en eacutetroite collaboration avec lOMS pour veiller agrave ce que cela soit plus clair dans un proche avenir 3 Lhistoire des enquecirctes parasitaires nationales en Afrique Certaines des enquecirctes nationales plus anciennes en matiegravere de preacutevalence de linfection ont eacuteteacute entreprises au Seacuteneacutegal en 1905-1906 [58] en Algeacuterie en 1908 [59] au Ghana en 1913 [60] agrave Zanzibar en 1923-1926 [61] et agrave lrsquoicircle Maurice entre 1923 et 1925 [62] Les enquecirctes parasitaires nationales ont eacuteteacute recommandeacutees agrave travers lAfrique pendant les phases preacuteparatoires et les phases dattaque de leacuteradication du paludisme dans le cadre du Projet GMEP [40 43 48] Celles-ci eacutetaient fondeacutees sur des meacutethodes deacutechantillonnage statistique pour permettre une

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plus grande preacutecision de preacutevalence de chaque communauteacute en fonction des niveaux de preacutevalence attendus [63] Des exemples de ces enquecirctes nationales srsquoeacutetendent sur 30 ans de preacuteparation pour le controcircle du paludisme en Afrique y compris les enquecirctes meneacutees avant la Confeacuterence de Kampala en Egypte en 1936 [64] au Cap-Vert en 1946 [65] au Libeacuteria en 1948 [66] et en Namibie en 1950 [67] et apregraves la Confeacuterence de Kampala au Maroc en 1951-1953 [68] au Mozambique 1952 [6970] agrave Madagascar entre 1952 et 1953 [71] en Angola 1953 [72] au Beacutenin 1954 [73] au Cameroun en 1954 [74] au Zimbabwe en 1956 [75] au Seacuteneacutegal en 1960 [76] au Soudan en 1961-1963 [77] en Somalie entre 1960 et 1961 [7879] au Botswana en 1962 [8081] au Togo entre 1962 et 1964 [82] en Mauritanie entre 1963 et 1965 [8384] en Sierra Leone entre 1963 et 1966 [85] en Algeacuterie entre 1964 et 1965 [86] en Ethiopie entre 1964 et 1965 [8788] en Ouganda entre 1965 et 1967 [89] et en Zambie entre 1969 et 1972 [90] Des exemples de repreacutesentations dessineacutees agrave la main de ces donneacutees denquecirctes nationales sont preacutesenteacutes dans le scheacutema 2 Scheacutema 2 Exemples denquecirctes nationales sur la preacutevalence du paludisme pendant legravere du GMEP a) au Seacuteneacutegal [76] b) en Ouganda [89] c) en Angola [72] d) au Mozambique [70] e) au Soudan [77] f) au Cameroun [74]

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Au deacutebut le Centre Muraz baseacute agrave Bobo Dioullaso au Burkina Faso faisait office du siegravege sous reacutegional du Service Geacuteneacuteral dHygiegravene et de Prophylaxie (SGHMP) qui fournissait des preacuteconisations meacutedicales et sanitaires ainsi que la recherche pour les pays qui constituaient la Feacutedeacuteration des pays de lrsquoAfrique occidentale Franccedilaise (AOF) En 1955 des enquecirctes aupregraves des meacutenages de grande ampleur ont eacuteteacute entreprises depuis le Centre Muraz agrave travers la sous-reacutegion pour eacutetablir la preacutevalence du pian et de la syphilis Le chef de la section de lutte contre le paludisme le commandant docteur Choumara a suggeacutereacute qursquoon pourrait inclure des enquecirctes compleacutementaires sur le paludisme sans occasionner des coucircts suppleacutementaires et sans retarder le travail de leacutequipe de Treacuteponeacutematoses Au cours des anneacutees suivantes les premiegraveres cartographies sous-reacutegionales de la preacutevalence empirique du paludisme ont eacuteteacute eacutelaboreacutees [91] (scheacutema 3) Scheacutema 3 Reacutesultats des enquecirctes paludomeacutetriques sous-reacutegionales meneacutees dans le cadre drsquoenquecirctes de treacuteponegraveme en milieu et agrave la fin des anneacutees 1950 par le Centre Muraz agrave travers lrsquoAOF [91]

Pendant les efforts deacuteradication un certain nombre de pays ont maintenu des enquecirctes communautaires parasitologiques eacutetendues mais pour la majoriteacute des pays dAfrique sub-saharienne les enquecirctes nationales dinfections paludiques aupregraves des meacutenages ont eacuteteacute abandonneacutees En 2005 cinq ans apregraves le lancement de linitiative Roll Back Malaria il a eacuteteacute reconnu quil eacutetait important de ressusciter des enquecirctes nationales des meacutenages sur la preacutevalence de linfection en tant que moyen pour permettre de suivre les progregraves au niveau des pays [9293] Les trois principaux veacutehicules denquecircte pour recueillir les donneacutees nationales contemporaines de

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preacutevalence parasitaires eacutetaient les modules de paludisme de lrsquoEnquecircte deacutemographique et de santeacute geacutereacutes par le programme ameacutericain MESURE-ICF [94] les Enquecirctes en grappes agrave indicateurs multiples geacutereacutees par lUNICEF [95] et les EIP autonomes geacutereacutees par les programmes nationaux de lutte contre le paludisme et leurs partenaires de drsquoenquecircte Ces enquecirctes sont effectueacutees avec un accent sur le suivi des eacutevolutions dans la couverture dintervention et du taux de mortaliteacute des enfants de moins de cinq ans dans le premier niveau des zones administratives (province Eacutetat Gouvernorat etc) Lrsquoeacutechantillonnage national stratifieacute et pondeacutereacute selon la population ne se fonde pas sur la preacutecision autour de la preacutevalence du paludisme Lune des conseacutequences est que les uniteacutes primaires deacutechantillonnage qui en deacutecoulent ne repreacutesentent qursquoun tregraves petit nombre dindividus eacutechantillonneacutes pour linfection par le paludisme Ceci est une distinction importante entre les enquecirctes nationales sur le paludisme meneacutees au cours de legravere du Projet GMEP qui ont eacuteteacute conccedilues sur la base de leur capaciteacute agrave deacutefinir la preacutevalence dinfection [63] Les enquecirctes nationales actuelles comprennent des combinaisons de meacutethodes de deacutepistage des parasites dans diffeacuterents tranches dacircge en fonction de lenquecircte nationale Cependant la majoriteacute se focalise uniquement sur les enfants acircgeacutes drsquoentre 6 mois agrave cinq ans ce qui constitue une tranche dacircge moins informative en termes de preacutevalence dinfection par rapport aux enquecirctes comprenant une fourchette dacircge denfance beaucoup plus eacutetendue [96] et qui repeacutesente une autre rupture par rapport aux enquecirctes nationales meneacutees entre les anneacutees 1950 et 1960 qui eacutetaient axeacutees sur les enfants de moins de 10 ou de moins de 15 ans ou qui ont pris en consideacuteration tous les membres du meacutenage Malgreacute ces limites il y a eu une augmentation importante de donneacutees empiriques sur la preacutevalence dinfection par le paludisme en Afrique par rapport agrave ce qui eacutetait disponible dans une vaste zone geacuteographique depuis plus de 40 ans Depuis 2006 les enquecirctes nationales sur le parasites du paludisme ont eacuteteacute entreprises en Angola (2006 et 2011) au Botswana (2012) au Beacutenin (2012) au Burkina Faso (2010 et 2014) au Burundi (2012) au Cameroun (2011) au Tchad (2011) aux Comores (2010b) en Cocircte dIvoire (2012) en Reacutepublique deacutemocratique du Congo (2011b) aux Comores (2010b) en Cocircte dIvoire (2012) en Reacutepublique deacutemocratique du Congo (DRC) (2009 et 201314) au Djibouti (2009b) en Guineacutee eacutequatoriale (2007 and 201011b) en Erythreacutee (2002 et 2012b) en Ethiopie (2006 2007 et 2011b) au Gabon (2007 adultes uniquementb) en Gambie (2008b 2010b 2013b et 2015b) Ghana (2011 and 2014) Guineacutee (2012 and 201415) Guineacutee Bissau (200809b) Kenya (2007b 2010b et 2015b) au Liberia (2009 et 2011) agrave Madagascar (2011 and 2013) au Malawi (2000 2009 2012 et 2014) au Mali (2010) Mozambique (2002a 2007a et 2011) en Namibie (2009a) au Nigeria (2010) au Rwanda (2007 et 201011) au Seacuteneacutegal (20089 201011 201213 et 201314) en Sierra Leone (2013) en Somalie (2005b et 2014b) au Sud-Soudan (2009b et 2013b) au Soudan (2005b 2009b et 2012b) au Swaziland (2010b) en Tanzanie (20078 et 201112) au Togo (201314) en Ouganda (2009 et 201415) en Zambie (2006b 2008b 2010b et 2012a) agrave Zanzibar (2007 2010 et 201112) et au Zimbabwe (2009 et 2012)

b Donneacutees mises agrave la disposition de lrsquoeacutequipe drsquoINFORM par les programmes nationaux de lute contre le paludisme sans permission pour de partager avec des tiers

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Suivant une augmentation des enquecirctes communautaires sur la preacutevalence drsquoinfection il y a eu une renaissance dans les enquecirctes drsquoeacutecoliers Cette fourchette dacircge fournit une gamme plus optimale pour les recherches sur la preacutevalence dinfection Lagrave ougrave la freacutequentation scolaire est eacuteleveacutee et ougrave lintensiteacute de transmission est stable cette approche consistant agrave mesurer lexposition communautaire aux parasites est moins coucircteuse et exige moins de main-dœuvre que leacutechantillonnage communautaire [9798] Lutilisation de la preacutevalence de linfection chez les eacutecoliers pour suivre les progregraves et limpact de la lutte contre le paludisme et son eacutelimination nrsquoest pas nouvelle Les enquecirctes scolaires ont eacuteteacute entreprises dans le cadre de la surveillance en Rhodeacutesie du Sud (aujourdhui appeleacute le Zimbabwe) [75] au Bechuanaland (aujourdhui appeleacute la Reacutepublique du Botswana) [80] en Ouganda [99 100] en icircle Maurice [62] et en Sierra Leone [101] Au Kenya les enquecirctes sur le paludisme dans les eacutecoles ont eacuteteacute reacuteguliegraverement effectueacutees dans le cadre de la surveillance paludique par la Division des maladies agrave transmission vectorielle (DMTV) depuis sa creacuteation dans les anneacutees 1940 jusquau deacutebut des anneacutees 1990 anneacutee ougrave ces enquecirctes ont eacuteteacute abandonneacutees en raison du manque de fonds [DMTV donneacutees non publieacutees] Des enquecirctes nationales reacutecentes en milieu scolaire ont eacuteteacute restaureacutees au Kenya [102103] en Cocircte dIvoire [104] en Ethiopie [105] en Gambie [106] au Mali [107] en Tanzanie [F Molteni communication personnelle] au Mozambique et au Malawi [Natalie Roschnik communication personnelle] et en Ouganda [108] Le co-eacutechantillonnage a eacuteteacute proposeacute au cours des enquecirctes sanitaires plus eacutetendues dans les anneacutees 1950 pour la lutte contre les treacuteponegravemes et le paludisme [91] ainsi qursquoau cours des enquecirctes nutritionnelles meneacutees en Zambie [90] Reacutecemment les opportuniteacutes partageacutees dont les enquecirctes sur le paludisme meneacutees dans le cadre dautres enquecirctes sanitaires ont eacuteteacute revues notamment le deacutepistage des maladies tropicales neacutegligeacutees [109] ou des enquecirctes nutritionnelles offrant ainsi des possibiliteacutes drsquointeacutegrer des diagnostics du paludisme En Somalie par exemple nous avons travailleacute avec lUniteacute danalyse de la nutrition et de la seacutecuriteacute alimentaire (FSNAU) de lOrganisation pour lalimentation et lagriculture en Somalie de faccedilon agrave inclure des diagnostics rapide du paludisme au cours du deacutepistage des problegravemes nutritionnels au sein des communauteacutes entre 2007 et 2011 [110] 4 Recueil des donneacutees denquecirctes sur la preacutevalence parasitaire Comme nous lavons indiqueacute plus haut il y a eu deux grandes pousseacutees dinteacuterecirct dans les enquecirctes nationales sur la preacutevalence parasitaire toutes les deux gravitant autour des initiatives mondiales pour controcircler et eacuteliminer le paludisme meneacutees par lOMS Cependant il y a eu de nombreuses enquecirctes de terrain sous-nationales et individuelles sur la preacutevalence de lrsquoinfection paludique agrave travers le continent depuis le deacutebut des anneacutees 1900 Le processus didentification de ces donneacutees denquecirctes fut long et ardu la prise en charge vers 20 ans Cette section deacutecrit le processus lextraction de donneacutees et lexhaustiviteacute de ce processus de recherche de donneacutees

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41 Contexte de strateacutegies de recherche de donneacutees Les principes de base de la recherche dinformation sur la preacutevalence dinfection paludique en Afrique ont eacuteteacute rassembleacutes dans le projet de collaboration appeleacute Cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) [4] Cette collaboration a eacuteteacute eacutetendue en 2005 dans le cadre du Projet Malaria Atlas (MAP) (Atlas du risque de paludisme en Afrique [Guerra et al 2007] Ces deux projets provisoires de recueil de donneacutees mettent en eacutevidence un aspect important de la localisation des informations paludomeacutetriques en Afrique dont la plupart proviennent de sources ineacutedites Cela nrsquoaurait pour autant pas surpris les paludologues qui travaillaient en Afrique il y a plus de cinquante ans Bagster-Wilson deacuteclare dans le traiteacute de Boyd sur le paludisme en 1948 qursquolaquoon peut sefforcer de deacutefinir avec plus de preacutecision la reacutepartition du paludisme dans la mesure ougrave les informations disponibles le permettront une grande partie de savoir local se cache dans les rapports officiels non publieacutes qui ne peuvent ecirctre consulteacutes que par le biais des visites dans les pays concerneacutes raquo [111] Pour identifier les sources dinformations nous avons proceacutedeacute agrave des meacutethodes opportunistes aux approches en cascade et nrsquoavons pas respecteacute les meacutethodes rigoureuses proposeacutees pour les examens systeacutematiques ou des meacuteta-analyses [112] eacutetant donneacute qursquoavoir recours uniquement aux donneacutees examineacutees par des pairs se traduirait par lexclusion de preacutecieuses sources de donneacutees de valeur au niveau des pays Nous avons utiliseacute des contacts personnels fait des reacutefeacuterences occasionnelles aux enquecirctes contenues dans les rapports des ministegraveres de la santeacute effectueacute des recherches darchives et effectueacute des recherches dans des publications traditionnelles eacutevalueacutees par les pairs afin de traquer les sources possibles de donneacutees denquecirctes paludiques agrave travers le continent Dans les sections suivantes nous tenterons darticuler les approches adopteacutees pour repeacuterer des informations 42 Recherches dans les archives historiques Depuis 2005 nous avons entrepris des recherches manuelles dans les archives et les bibliothegraveques des instituts ex-coloniaux de meacutedecine tropicale pour repeacuterer des rapports ineacutedits de paludologues travaillant en Afrique avant que les pays nrsquoaccegravedent agrave lindeacutependance Il srsquoagissait notamment de drsquoarchives de lInstitut de Meacutedecine Tropicale Anvers lrsquoInstitut Pasteur Paris Deacutepartement dHistoire de la Meacutedecine Sapienza - Universitagrave di Roma Rome ArchivioItaliano Di Scienze mediche Coloniali Rome Instituto Higiene Medicina Tropical Lisbonne Wellcome Trust Library Londres The National Archives Kew Royaume-Uni et la London School of Tropical Medicine and Hygiene Londres On notera en particulier les rapports de voyage des consultants et les rapports trimestriels de paludologues travaillant pour le compte de lOrganisation mondiale de la santeacute (OMS) agrave partir des anneacutees 1950 jusquaux anneacutees 1970 Ceux-ci fournissent des reacutecits riches et des donneacutees denquecircte des campagnes de preacute-eacutelimination des rapports deacutetape deacutelimination des critiques et des analyses de situation du paludisme au niveau national Toutes ces donneacutees sont archiveacutees dans les bibliothegraveques de lOMS agrave Genegraveve au Caire et agrave Brazzaville (Figure 4) Nous tenons agrave

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remercier les bibliotheacutecaires de ces archives qui nous ont fourni une aide preacutecieuse dans le repeacuterage des documents non publieacutes dans chacun de ces siegraveges de lOMS Figure 4 Archives de lrsquoOMS agrave Genegraveve (agrave gauche) et agrave Brazzaville (agrave droite) Nous avons eacutegalement visiteacute les archives nationales du Ministegravere de la santeacute situeacutees dans les villes de Nairobi Kisumu Eldoret Mombasa et Meru (au Kenya) Entebbe et Jinja (en Ouganda) Sennar Khartoum et Kassala (au Soudan) Thies (au Seacuteneacutegal) Amani (en Tanzanie) Accra (au Ghana) Tzaneen (en Afrique du Sud) et les archives personnelles de lex-directeur de Tzaneen Malaria Research Centre ndash Centre de recherche sur le paludisme (couvrant lAfrique du Sud la Namibie et le Botswana) Les dossiers et les rapports tenus au National Institute of Medical Research (Institut national de la recherche meacutedicale) agrave Amani (Scheacutema 5) a couvert la peacuteriode ougrave le centre eacutetait le siegravege sous-reacutegional de lrsquoInstitute of Malaria and Vector Borne Diseases (Institut est-africain du paludisme et des maladies agrave transmission vectorielle) (1954-1977) Le siegravege du Projet de leacuteradication du paludisme agrave Jinja en Ouganda abritait tous les dossiers des enquecirctes nationales des meacutenages agrave partir des anneacutees 1960 jusquen 2011 quand ceux-ci ont malheureusement eacuteteacute deacutetruits et nous nrsquoavons eacuteteacute en mesure de trouver que ceux qui avaient eacuteteacute deacutemeacutenageacute agrave Entebbe Des rapports annuels des services meacutedicaux et de lrsquoassainissement datant de 1919 produits par les gouvernements coloniaux de la Gambie du Nigeria du Gold Coast (Ghana) de Sierra Leone de Somalie du Kenya de Tanganyika (Tanzanie) de Zanzibar drsquoOuganda du Congo belge (RDC) du Bechuanaland (Botswana ) du Nyassaland (Malawi) de Rhodeacutesie (Zambie et Zimbabwe) de lrsquoicircle Maurice et du Soudan eacutetaient disponibles en eacutetats variables de conservation dans la bibliothegraveque fondeacutee par le Wellcome Trust en 1963 et fait maintenant partie des laboratoires nationaux de santeacute publique appartenant au ministegravere de la santeacute agrave Nairobi Kenya (Figure 5) Au cours du Projet de cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) des scientifiques reacutegionaux ont visiteacute les archives nationales situeacutees dans les villes de Maputo (Mozambique) Bobo Dioulasso (Burkina Faso) Yaoundeacute (Cameroun) Cotonou (Beacutenin) et Lomeacute (Togo) [MARA ARMA 1998] Ces recherches ont identifieacute plusieurs rapports importants

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renfermant des donneacutees denquecirctes nationales Ils nrsquoont cependant pas pris des exemplaires numeacuteriques de rapports originaux Dans la mesure du possible nous avons tenteacute de localiser ces rapports et drsquoen preacuteparer des exemplaires numeacuteriques Cela na pas toujours eacuteteacute couronneacutee de succegraves et nous avons de ce fait inclus certaines donneacutees des issues de la base de donneacutees MARA ARMA des enquecirctes meneacutees agrave lrsquoeacutepoque preacute-indeacutependance avec des citations respectives notamment celles reacutecupeacutereacutees du Centre Muraz agrave Bobo Dioulasso Des exemplaires numeacuteriques des rapports non-publieacutes issus des archives europeacuteennes et africaines sont mis agrave la disposition des pays dans le cadre du projet INFORM en tant que bibliothegraveques numeacuteriques Scheacutema 5 A gauche Archives du laboratoire national de santeacute publique Nairobi Kenya (Old Wellcome Trust Library) A droite ndash Bibliothegraveque de lrsquoInstitut national de recherche meacutedicale Amani Tanzanie 43 Recherche des donneacutees eacutelectroniques Des bases de donneacutees eacutelectroniques en ligne ont eacuteteacute utiliseacutees comme un moyen didentifier les pairs des donneacutees publieacutees sur la preacutevalence de linfection paludique notamment celles publieacutees depuis les anneacutees 1980 y compris PubMed [113] Google Scholar [114] Armed Forces Pest Management Board (le Conseil dadministration de la lutte antiparasitaire des Forces armeacutees) - Litteacuterature Retrieval System [116] la base de donneacutees de la bibliothegraveque de lrsquoOrganisation mondiale de la santeacute [116] et le service de la bibliothegraveque numeacuterique en ligne de lInstitut de Recherche pour le Deacuteveloppement [117] Nous nrsquoavons pas trouveacute facilement des revues reacutegionales y compris un grand nombre de revues meacutedicales nationales des revues de la santeacute publique et parasitologiques agrave partir des sources ci-dessus Toutefois nous avons trouveacute des titres et des extraits en ligne de lrsquoAfrican Journals Online (AJOL) [118] Dans toutes les recherches de bases de donneacutees numeacuteriques des travaux publieacutes contenant les des mots-cleacutes laquo paludisme raquo et laquonom de paysraquo ont eacuteteacute utiliseacutes Nous avons eacuteviteacute lrsquoemploi des terminologies speacutecialiseacutees issues du systegraveme de meacutetadonneacutees meacutedicales laquoMedical Subject Headings (MeSH)raquo dans les recherches darchives numeacuteriques de faccedilon agrave eacutelargir au maximum

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notre champ de recherche Nous avons effectueacute des recherches de base de donneacutees au moins une fois par an agrave partir de lrsquoanneacutee 2005 Nous avons compleacuteteacute nos recherches par des notifications reacuteguliegraveres hebdomadaires sur le paludisme du service dalerte infos de Malaria World [119] Roll Back Malaria des bulletins dinformations du Programme de santeacute environnementale de lUSAID [120] et Santeacute Tropicale pour les revues nationales et reacutegionales des pays francophones y compris Meacutedecine dAfrique noire [121 ] Les titres et les reacutesumeacutes ont eacuteteacute utiliseacutes pour identifier drsquoeacuteventuelles donneacutees denquecirctes parasitaires transversales dans diverses formes soit en tant qursquoenquecirctes communautaires enquecirctes en milieu scolaire autres meacutethodes de deacutepistage parasitaire ou des essais sur le terrain Nous avons eacutegalement eacutetudieacute des eacutetudes sur la preacutevalence de maladies associeacutees au paludisme lorsque celles-ci sont preacutesenteacutees dans le cadre drsquoenquecirctes sur laneacutemie lrsquoheacutemoglobinopathie la transfusion sanguine ou eacutevaluations de la situation nutritionnelle afin drsquoidentifier les rapports coiumlncidence de la preacutevalence paludique En outre crsquoeacutetait une pratique courante de deacutepister les membres de la communauteacute ou des eacutecoliers au cours des protocoles de sensibiliteacute preacutecoces aux meacutedicaments antipaludeacuteens de sorte agrave enrocircler des personnes infecteacutees aux enquecirctes de suivi post-traitement Souvent des donneacutees issues des sites denquecirctes seacutelectionneacutes permettaient de fournir le nombre de personnes deacutepisteacutees et le nombre de personnes infecteacutees Les enquecirctes aupregraves des populations feacutebriles ou des personnes freacutequentant des cliniques ont eacuteteacute exclues Les publications avec des titres ou des extraits pouvant indiquer la preacutesence des donneacutees parasitaires possibles ont eacuteteacute soit teacuteleacutechargeacutees agrave partir darchives de revues offertes en ligne en libre accegraves ou provenant de HINARI (lInitiative daccegraves aux recherches pour la santeacute) [122] A chaque fois que les publications nrsquoeacutetaient pas disponibles sur HINARI en libre accegraves nous visitions les archives des bibliothegraveques du Royaume-Uni agrave la London School of Hygiene and Tropical Medicine la Liverpool School of Tropical Medicine la bibliothegraveque Bodleian agrave lUniversiteacute dOxford ou la Bibliothegraveque de lInstitut Pasteur Paris pour obtenir en obtenir des exemplaires Nous faisions des demandes de reacutefeacuterences que nous nrsquoarrivions pas agrave trouver suivant ces recherches agrave laide du catalogue mondial des recherches agrave travers les bibliothegraveques dOxford factureacutees agrave la page Toutes les publications agrave partir desquelles des donneacutees ont eacuteteacute extraites ont eacuteteacute contreveacuterifieacutees agrave lrsquoaide des bibliographies provenant dautres sources qursquoon aurait oublieacutees ou qui correspondraient agrave des documents non publieacutes ou laquodocuments parallegravelesraquo qui ne sont geacuteneacuteralement pas controcircleacutes par les eacutediteurs commerciaux Les auteurs des articles eacutevalueacutes par les pairs ont souvent eacuteteacute contacteacutes pour nous renseigner sur des informations compleacutementaires dans leur document et nous indiquer dautres travaux non publieacutes dans leur zone geacuteographique ou de leur institution

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44 Autres sources de donneacutees Les enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages ayant inteacutegreacute la preacutevalence parasitaire sont deacutecrites dans la section 3 Les donneacutees provenant de ces enquecirctes sont soit disponibles en formats teacuteleacutechargeables agrave partir du programme ICF MEASURE ou ont eacuteteacute fournis au projet INFORM par les programmes nationaux de lutte antipaludique dans le cadre daccords de collaboration Pour dautres donneacutees eacuteventuellement ineacutedites et propres aux sites sur la preacutevalence du paludisme nous avons consulteacute des sites Web et contacteacute les organisations non gouvernementales (ONG) travaillant en Afrique pouvant avoir entrepris des eacutevaluations sanitaires comprenant des enquecirctes parasitologiques au sein des communauteacutes aupregraves desquelles elles œuvraient Il srsquoagissait notamment de Meacutedecins sans Frontiegraveres [123] MERLIN [124] le Centre Carter [125] Selon lUniteacute danalyse de la seacutecuriteacute alimentaire et de la nutrition en Somalie (FSNAU) [126] Shape Consulting [127] Save the Children [128] Malaria Consortium [129] et MENTOR [130] Gracircce aux contacts fournis par ces agences nous avons pu trouver des donneacutees provenant de sites drsquoenquecirctes en Guineacutee en Sierra Leone en Cocircte dIvoire en Tanzanie au Libeacuteria en Somalie au Kenya en Ouganda au Nigeria en Ethiopie au Mali et au Soudan du Sud Les extraits des ouvrages publieacutes par Tropical Medicine ainsi que ceux issus des reacuteunions sur le paludisme ont eacuteteacute identifieacutes provenant de sources les plus diverses possibles et produits dans le cadre de confeacuterences et de congregraves nationaux et internationaux Ceux-ci ont eacuteteacute utiliseacutes pour signaler drsquoeacuteventuelles donneacutees solliciteacutees par correspondance des auteurs drsquoextraits Notre preacutesence reacutegionale et les liens que nous entretenons avec la communauteacute de recherche sur le paludisme en Afrique a permis de faire naicirctre une prise de conscience quant agrave lobjectif et agrave lambition de la recherche sur la cartographie du paludisme commenceacute en 1996 sous la collaboration MARA ARMA [35] Nous avons profiteacute de cette connectiviteacute reacutegionale des chercheurs pour contacter directement les collegravegues travaillant sur leacutepideacutemiologie du paludisme de sorte agrave rechercher des donneacutees ventileacutees et speacutecifiques au site souvent ineacutedites La volonteacute de partager des donneacutees non publieacutees sur les enquecirctes parasitaires a eacuteteacute sans preacuteceacutedent Au 1er Juillet 2015 plus de 700 scientifiques et speacutecialistes individuels de la santeacute publique ont fourni des informations ventileacutees sur les donneacutees publieacutees donneacutees non-publieacutees ou ont apporteacute leur concours agrave la localisation des communauteacutes eacutechantillonneacutees agrave travers lAfrique Nous avons tenu agrave les remercier dans lannexe accompagnant le preacutesent rapport ainsi que sur le site Web INFORM [131] Les instituts reacutegionaux menant des recherches sur le paludisme et leurs partenaires de collaboration eacutetaient toujours agrave lavant-garde dans la fourniture de donneacutees non publieacutees Il convient de mentionner particuliegraverement les Medical Research Council Laboratories (Gambie) les partenariats de collaboration entre le Kenyan Medical Research Institute et le Wellcome Trust Universiteacute dOxford US Centers for Disease Control Universiteacute de Nagasaki et Walter Reed (Kenya) le Centre de Recherche et de formation sur le paludisme (Mali) Uganda Malaria Surveillance Project (Ouganda) les partenariats de collaboration tisseacutes entre Ifakara Health Institute et le Swiss Tropical Institute la London School of Hygiene and Tropical Medicine et US

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Centers for Disease Control (Tanzanie) Dar es Salaam Urban Malaria Control Project (Tanzanie) National Medical Research Institute agrave Amani (Tanzanie) Institut Pasteur (Madagascar) lrsquoInstitut de Recherche pour le deacuteveloppement (Seacuteneacutegal) Centre de Rechercheacute en Santeacute de Nouna (Burkina Faso) Institute for Endemic Diseases University of Khartoum (Sudan) Blue Nile Health Project-Giezera State University (Sudan) Centro Investigaco Saude Angola (Angola) Liverpool School of Tropical Medicine Wellcome Trust and College of Medicine Programme collaboratif de lrsquoUniversity of Malawi (Malawi) South African Medical Research Council (Afrique du Sud Mozambique et Swaziland) le programme de collaboration du Swiss Tropical and Public Health Institute et de lInstitut de la santeacute publique (Cocircte dIvoire) le programme de collaboration du US Centers for Disease Control (Togo) partenariats de collaboration du Prince Leopold Institute (Burundi Beacutenin et Rwanda) Malaria Institute agrave Macha (Zambie) Medical Research CentreOuganda Virus Research Institute (Ouganda) lEcole de Santeacute Publique de Kinshasa (RDC) et le Southern African Malaria Consortium (Zimbabwe) 5 Abstraction des donneacutees drsquoenquecircte 51 Exigences minimales en matiegravere de donneacutees De chacun des rapports drsquoenquecircte les champs de donneacutees minimales requises pour chaque enregistrement sont les suivants description de la zone deacutetude (nom divisions administratives et coordonneacutees geacuteographiques cas eacutecheacuteant) dates de deacutebut et de fin de lenquecircte (mois et anneacutee) et renseignements sur de lexamen sanguin (nombre de personnes deacutepisteacutees nombre de personnes constateacutees positives pour infection au Plasmodium par espegravece) meacutethodes utiliseacutees pour deacutetecter linfection (microscopie tests de diagnostic rapide (TDR) reacuteaction en chaicircne par polymeacuterase (PCR) ou combinaisons) et lrsquoacircge le plus bas et la population eacutetudieacutee Pour les donneacutees provenant des essais controcircleacutes et randomiseacutes dintervention les donneacutees nrsquoont eacuteteacute seacutelectionneacutees que lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees de base de preacute-intervention et celles issues des enquecirctes de suivi transversales ulteacuterieures au sein des populations teacutemoins Lorsque des cohortes dindividus ont eacuteteacute interrogeacutees agrave plusieurs reprises dans le temps nous nous sommes efforceacutes dinclure uniquement la premiegravere enquecircte et les enquecirctes ulteacuterieures lorsque celles-ci nrsquoavaient qursquoun eacutecart drsquoau moins cinq mois par rapport agrave la date denquecircte initiale pour eacuteviter toute deacutependance entre les observations baseacutees sur le traitement des personnes infecteacutees preacuteceacutedentes Lorsqursquoil neacutetait pas possible de ventiler les enquecirctes reacutepeacuteteacutees celles-ci eacutetaient deacutefinitivement exclues de lanalyse Plusieurs pays ont maintenu des enquecirctes sanguines de masse apregraves avoir atteint les phases de consolidation de leacutelimination La dureacutee des phases de preacute-eacutelimination drsquoattaque de consolidation et dentretien deacutelimination varie entre les pays [47] Nous avons choisi dexclure les donneacutees eacutechantillonneacutees apregraves les dates ougrave les pays mettant en œuvre des programmes drsquoeacutelimination avaient commenceacute agrave utiliser des taux drsquoincidence deacuteriveacutes des indices parasitaires annuels ou lorsque des enquecirctes sanguines de masse eacutetaient utiliseacutees pour deacutemontrer labsence de transmission en Algeacuterie (1967) en Egypte (1965) en Libye (1967) en icircle Maurice (1957) au Maroc (1969) en Reacuteunion (1953) et en Tunisie (1968)

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Parfois les rapports preacutesentaient le nombre total de personnes examineacutees dans un certain nombre de villages et le pourcentage de personnes controcircleacutees positives par village ici nous avons supposeacute que le deacutenominateur par village eacutetait eacutequivalent au nombre total de personnes examineacutees diviseacute par le nombre total de villages Il eacutetait possible deacutetablir lanneacutee de chaque enquecircte cependant il eacutetait parfois impossible drsquoeacutetablir le mois de lenquecircte agrave partir des rapports denquecirctes Dans ce cas de figure nous avons utiliseacute des descriptions saison laquohumideraquo et saison laquosegravecheraquo premier ou deuxiegraveme trimestre scolaire ou dautres informations pour parvenir agrave une approximation du mois de lenquecircte et avons inclus un rapport sur cette hypothegravese Certains reacutesultats de lenquecircte ont eacuteteacute signaleacutes en tant qursquoagreacutegat dans lespace (par exemple un seul PfPR pour un groupe de villages) ou dans le temps (par exemple un PfPR moyen estimeacute agrave partir de quatre enquecirctes diffeacuterentes meneacutees au fil du temps) Dans de tels cas nous avons soit chercheacute dautres rapports des mecircmes enquecirctes avec une reacutesolution spatiale ou temporelle plus eacuteleveacutee Lagrave ougrave cela na pas eacuteteacute possible et ougrave des groupes de villages deacutepassaient 5 km2 nous avons exclu du dossier de lanalyse (voir ci-dessous) Lorsque des informations suppleacutementaires eacutetaient neacutecessaires pour fournir des donneacutees speacutecifiques par village dans un moment preacutecis nous avons demandeacute aux auteurs de nous fournir tout renseignement ou document manquant 52 Meacutethodes de deacutetection parasitaires Compte tenu de son ubiquiteacute en tant qursquooutil de diagnostic paludique la meacutethode preacutefeacutereacutee de deacutetection parasitaire eacutetait la microscopie Aucune distinction nrsquoeacutetait faite entre la microscopie optique ou par fluorescence La qualiteacute de la veacuterification de lame [132133] les variations de sensibiliteacute speacutecificiteacute entre les tests de diagnostic rapide (TDR) [134] la capaciteacute des eacutequipes de terrain agrave analyser les TDR de maniegravere fiable [135-138] ou des variations obtenues sur la base de la seacutelection des amorces pour les reacuteactions en chaicircne de la polymeacuterase (PCR) [139] influencent toutes les descriptions de la preacutevalence et auront des variances intrinsegraveques entre les enquecirctes incluses dans la base de donneacutees Il a eacuteteacute deacutemontreacute que les TDR donnent des taux de faux positifs plus eacuteleveacutes que la microscopie [134 140 141] cependant ils ont tendance agrave stratifier agrave fois le taux parasitaire le plus bas (lt1) et le plus eacuteleveacute (gt50) avec plus de preacutecision par rapport agrave la microscopie courante [133 141] Une analyse drsquoun grand recueil de donneacutees sur les taux parasitaires des communauteacutes a deacutemontreacute quil y avait une diffeacuterence minime dans les estimations du taux moyen global de preacutevalence de P falciparum dans une analyse des donneacutees correspondantes apparieacutees issues des enquecirctes communautaires ayant utiliseacute la microscopie et les TDR pour les examens parasitaires [46] Neacuteanmoins les diffeacuterences entre les TDR et la microscopie en matiegravere de leur capaciteacute agrave deacutetecter des dinfections mineures lorsquelles sont geacutereacutees dans des conditions normales restent un preacutejugeacute systeacutematique inheacuterent aux donneacutees [141] que nous sommes incapables de controcircler Nous sommes eacutegalement incapables de controcircler la qualiteacute des analyses de donneacutees des enquecirctes en utilisant uniquement la microscopie Le principal problegraveme de la microscopie lorsquelle est utiliseacutee dans le cadre les enquecirctes-eacutechantillons nationales est la qualiteacute de la preacuteparation des lames (coloration et entreposage) et

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ou les garanties de la veacuterification de la qualiteacute (VQ) des analyses des lames Dans ce cas de figure nous avons en consultation avec les responsables des enquecirctes nationales ducirc faire plusieurs jugements de valeur Par exemple pour les enquecirctes nationales aupregraves des meacutenages au Soudan en Somalie au Malawi et en Angola nous avons choisi dinteacutegrer les preacutevalences dinfection obtenues gracircce aux TDR plutocirct les estimations provenant des analyses des lames de microscopie Par contre pour drsquoautres pays tels que le Kenya et lOuganda nous avions des garanties quant agrave la qualiteacute des analyses des preacutelegravevements sanguins pendant enquecirctes sur les indicateurs du paludisme Il ny a pas de regravegles absolues pour ces deacutecisions A chaque fois que des preuves quant agrave la qualiteacute des analyses des lames nous eacutetaient fournies nous avons deacutecideacute drsquoutiliser celles-ci par rapport aux TDR 53 Geacuteocodage des sites drsquoenquecircte Le geacuteocodage de donneacutees la deacutefinition dune longitude et une latitude deacutecimale pour chaque site denquecircte consistait en une tacircche particuliegraverement exigeante En fonction de leur repreacutesentation spatiale les donneacutees eacutetaient classeacutees en tant que villages communauteacutes ou eacutecoles individuelles ou ensemble de communauteacutes dans une zone deacutefinissable correspondant agrave une zone agrave linteacuterieur dun quadrillage de 5 km ou environ 005 degreacutes deacutecimaux au niveau de leacutequateur Dans la mesure du possible nous avons chercheacute agrave conserver des donneacutees ventileacutees au niveau des villages plutocirct que des donneacutees agrave travers une laquogrande eacutetendueraquo Lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees provenant des communauteacutes deacutepassant un quadrillage de 5 km nous avons consideacutereacute ces derniers comme une reacutesolution spatiale trop faible avec une variance importante possible dans le polygone dinformations agrave exclure lors de lutilisation de la modeacutelisation geacuteostatistique avanceacutee En pratique il srsquoagissait ici drsquoun critegravere difficile agrave veacuterifier eacutetant donneacute que la plupart des rapports denquecircte ne fournissaient pas suffisamment de deacutetails sur la superficie de la zone eacutetudieacutee Une utilisation plus reacutecente des systegravemes de positionnement mondial (GPS) lors de travaux denquecircte permet une reacuteagreacutegation des donneacutees denquecircte aupregraves des meacutenages avec une plus grande preacutecision Crsquoest eacutegalement utile dans le maintien du critegravere du quadrillage de 5 km tout en combinant des grappes de petites tailles deacutechantillon dans lespace Lutilisation du GPS pour enregistrer des longitudes et latitudes a contribueacute de maniegravere appreacuteciable agrave des enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages depuis circa 2007 [142] Cependant dans les enquecirctes deacutemographiques et sanitaires aupregraves des meacutenages geacutereacutes par le programme ICF-MEASURE un processus de deacuteplacement de coordonneacutees GPS est effectueacute de telle sorte que pour les clusters urbains un deacuteplacement est introduit agrave une distance allant jusqursquoagrave tous les 2 km qui influe rarement sur la preacutecision globale de modeacutelisation eacutetant donneacute que ce processus se fait dans le cadre est dans les zones urbaines Pour les clusters ruraux on fait un deacuteplacement jusqursquoagrave 5 km avec 1 de clusters ruraux suppleacutementaires deacuteplaceacutes jusquagrave une distance de 10 km Ici nous avons passeacute en revue tous les clusters ruraux agrave lrsquoaide de Google Earth pour examiner la mesure dans laquelle les clusters ruraux pourraient avoir eacuteteacute deacuteplaceacutes vers des zones inhabiteacutees et repositionneacutes dans les zones peupleacutees les plus proches

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Pour positionner chaque site denquecircte lagrave ougrave les coordonneacutees GPS ne sont pas disponibles nous avons utiliseacute une varieacuteteacute de ressources numeacuteriques parmi lesquels les plus utiles eacutetaient Encyclopeacutedie Microsoft Encarta (Microsoft 2004) et Google Earth (Google 2009) Drsquoautres sources drsquoarchives numeacuteriques de noms de lieux couramment utiliseacutes sont entre autres le serveur de noms de lieux de la National Geospatial-Intelligence Agency GEOnet Eacutetats-Unis [143] Falling Rain Genomicsrsquo Global Gazetteer [144] Alexandria Digital Library de lUniversiteacute de Californie Eacutetats-Unis [145] African Data Sampler [146] MapCarta [147] Maplandia [148] Global geodatabase-cities [149] Open Street Map [150] VMAP0 [151] et IslamicFinder [152] A travers lAfrique il existe un certain nombre de reacutepertoire toponymique numeacuteriques nationaux pour les lieux habiteacutes les eacutetablissements sanitaires ou les eacutecoles Ce type de reacutepertoires accroicirct en nombre en preacutecision et en couverture Nous les avons obtenus sur demande aupregraves des bureaux nationaux de recensement des ministegraveres de leacuteducation et de la santeacute et des ONG partenaires Cela srsquoest aveacutereacute un outil preacutecieux dans la localisation des communauteacutes au Burkina Faso au Kenya en Gambie au Mozambique agrave Madagascar en Somalie au Malawi en Mauritanie au Ghana au Niger en Namibie au Seacuteneacutegal en Somalie en Afrique du Sud en Tanzanie en Ouganda en Zambie et agrave Zanzibar Bien que nous tentons drsquoutiliser des nomenclatures types et des strateacutegies uniques de nommage dans les reacutepertoires toponymiques numeacuteriques [153] il est difficile drsquoatteindre cela au niveau national ougrave les orthographes changement en fonction des auteurs au fil du temps et ougrave les mecircmes noms de lieux sont reacutepliqueacutees agrave travers un pays En tant que tel lors de lextraction de donneacutees chaque point de donneacutees a eacuteteacute enregistreacute avec autant drsquoinformations geacuteographiques que possible issues de la source Crsquoest bien ces informations qui ont eacuteteacute utiliseacutees au cours du geacuteo-positionnement par exemple pour veacuterifier que le geacuteocodage permettait de cadrer les sites denquecirctes dans les uniteacutes administratives deacutecrites dans le rapport ou qursquoil correspondait agrave dautres deacutetails dans le rapport sur la distance vis-agrave-vis des riviegraveres ou les villes lorsque cela eacutetait afficheacutees sur Google Earth Bien quen theacuteorie les coordonneacutees GPS doivent repreacutesenter une localisation spatiale sans ambiguiumlteacute il fallait une veacuterification rigoureuse pour veiller agrave ce que les sites denquecirctes correspondent aux coordonneacutees GPS Comme drsquohabitude nous avons donc reveacuterifieacute toutes les donneacutees GPS de toutes les sources en utilisant les noms de lieux et ou Google Earth pour assurer que les coordonneacutees se situaient dans les communauteacutes Toutes les coordonneacutees ont eacuteteacute soumises agrave un controcircle final agrave laide de la base de donneacutees spatiale des frontiegraveres administratives de second niveau deacuteveloppeacutees et reacuteviseacutee en 2008 par lOrganisation pour lalimentation et lagriculture (FAO) des Nations Unies [154] Loutil de seacutelection spatiale ArcGIS 101 (ESRI USA) a eacuteteacute utiliseacute pour veacuterifier que les points du long du littoral eacutetaient situeacutes sur des terrains tels que deacutefinis par GAUL 2008 La base de donneacutees de Global Lakes and Wetlands (GLWD) deacuteveloppeacutee par le Fonds mondial pour la nature [155] a eacuteteacute utiliseacute pour srsquoassurer que les points inteacuterieurs eacutetaient positionneacutes sur la terre ferme et non pas sur des plans deau Nous cherchions par-lagrave agrave identifier les coordonneacutees qui se trouvaient leacutegegraverement au large des cocirctes sur les affluents ou dans les uniteacutes administratives incorrectes chaque anomalie a eacuteteacute reveacuterifieacutee et repositionneacutee agrave laide de petits changements et avec Google Earth

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54 Deacutefinition des frontiegraveres nationales A la fin de la Seconde Guerre mondiale en 1945 presque tous les pays en Afrique eacutetaient soumis agrave la domination ou agrave lrsquoadministration coloniale Chaque pays sur le continent africain est aujourdhui indeacutependant mecircme si quelques icircles restent sous administration europeacuteenne (la Reacuteunion et Mayotte) Il existe actuellement 55 Etats indeacutependants dont 53 sont membres de lUnion africaine Tout au long de ce rapport nous utilisons les noms et les frontiegraveres des Eacutetats-nations en Afrique et les frontiegraveres actuelles plutocirct que la nomenclature preacute-indeacutependance Tout au long de ce rapport nous avons utiliseacute lrsquooutil numeacuterique de traitement de frontiegraveres parraineacute par lrsquoONU [156] En tant que tel nous traitons le Soudan du Sud en tant qursquoentiteacute diffeacuterente de la Reacutepublique du Soudan et lEacuterythreacutee diffeacuterente de lEthiopie Il y a beaucoup de zones litigieuses en Afrique revendiqueacutees par diffeacuterents pays voisins et qui restent en suspens [157] Pour les besoins de notre travail nous avons traiteacute le Triangle drsquoIlemi en tant que partie inteacutegrante de la reacutegion de Turkana du Kenya Nous avons consideacutereacute Walvis Bay en Namibie comme faisant toujours partie de la Namibie en deacutepit du fait que ce territoire fait partie de lrsquoAfrique du Sud depuis de nombreuses anneacutees suivant lindeacutependance de la Namibie en 1990 Deux petits territoires au sein du Royaume du Maroc continuent decirctre occupeacutes par lEspagne dans le Nord-Ouest (Ceuta) et dans le Nord-Est (Melilla) sur le littoral meacutediterraneacuteen Cependant nous avons consideacutereacutes ces territoires comme faisant partie du Royaume du Maroc se rapprochant de son eacutetendue ottomane avant 1912 Nous traitons la peacuteninsule du Sinaiuml en tant que partie permanente de la Reacutepublique arabe dEgypte Sans faire de jugements politiques nous avons consideacutereacute la reacutegion drsquoAbeyi comme faisant partie inteacutegrante de la Reacutepublique du Soudan cependant dans la cartographie des produits nationaux les deux pays prennent en compte cette reacutegion Nous avons traiteacute le Triangle Halaib sur la frontiegravere soudano-eacutegyptienne comme faisant partie du Soudan bien que depuis 2010 lrsquoEacutegypte controcircle cette zone en tant que partie inteacutegrante de son Etat de la Mer Rouge La reacutegion de Bakassi territoire frontalier contesteacute sur la cocircte atlantique entre le Nigeria et le Cameroun a eacuteteacute traiteacute comme faisant partie du Nigeria en deacutepit de la mise en œuvre finale des accords qui ont accordeacute cette reacutegion agrave ladministration camerounaise en 2014 Les groupes insulaires de Bioko Annobin et Zanzibar sont traiteacutees seacutepareacutement de la partie continentale de Guineacutee eacutequatoriale et de Tanzanie respectivement Ces groupes insulaires ont toujours eu diffeacuterents plans de lutte antipaludique et des ambitions drsquoeacutelimination diffeacuterentes de ceux de leurs homologues du continent 55 Normalisation selon lacircge Lorsque lacircge nrsquoeacutetait pas preacuteciseacute dans le rapport de chaque enquecircte mais que le rapport preacutecisait que lrsquoensemble du village ou drsquoenfants de leacutecole primaire eacutetaient examineacutes nous avons supposeacute que les tranches dacircge agrave 0-99 ans ou 5-14 ans respectivement Il y avait une grande diversiteacute dans les tranches dacircge des populations eacutechantillonneacutees entre les eacutetudes Pour faire des comparaisons significatives dans le temps et lespace une seule tranche dacircge normaliseacute est neacutecessaire Il est possible drsquoeffectuer des ajustements dun acircge normaliseacute pour le Plasmodium falciparum gracircce agrave lobservation et agrave la theacuteorie des maladies infectieuses lagrave ougrave limmuniteacute est acquise apregraves une exposition reacutepeacuteteacutee de la naissance Nous avons adapteacute des modegraveles de

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conversion catalytique de Muench (dabord utiliseacute dans le paludisme par Pull amp Grab dans les anneacutees 1970 [158]) en eacutequations statiques en R-script qui utilise les gammes infeacuterieure et supeacuterieure deacutechantillon et la preacutevalence globale pour se transformer en une estimation preacutevues chez les enfants acircgeacutes de 2-10 ans PfPR2-10 [96] 56 Limitations dues agrave la taille de leacutechantillon La taille de leacutechantillon est inversement proportionnelle agrave la preacutevalence ougrave agrave faible taille des eacutechantillons les biais dans les estimations de la preacutevalence sont introduits en fonction de la preacutevalence reacuteelle de la population se traduisant deacutecarts-types relativement eacuteleveacutes [159] Il existe un seuil critique entre 10 et 20 individus eacutechantillonneacutes en dessous duquel les eacutecarts-types augmentent de faccedilon exponentielle dans la plupart des enquecirctes sur les infections parasitaires et la courbe commence agrave aplatir agrave partir drsquoune taille denviron 50 eacutechantillons et atteint une asymptote agrave environ 100 [160] La taille des eacutechantillons denquecircte individuels est eacutegalement importante dans le calcul des correacutelations avec les variables dendeacutemiciteacute pour veacuterifier les associations plausibles entre par exemple des preacutecipitations et la preacutevalence Au cours de seacutelection des co-variables de petits eacutechantillons impreacutecis peuvent conduire agrave loverfitting Nous avons chercheacute agrave combiner les communauteacutes agrave proximiteacute ougrave tout village comptait moins de 10 personnes eacutechantillonneacutees et ougrave les communauteacutes se situaient agrave moins de 5 km lrsquoun de lautre eacutechantillonneacutes exactement au mecircme moment par les mecircmes enquecircteurs 6 Partage et accegraves aux donneacutees Les donneacutees recueillies pour cette eacutetude font partie dune initiative plus large visant agrave aider les gouvernements nationaux en mettant agrave leur disposition des plateformes de donneacutees probantes pour les aider agrave concevoir des projets de lutte antipaludique gracircce au concours du projet INFORM [131161] soutenu par le Deacutepartement pour le deacuteveloppement international Royaume-Uni et le Wellcome Trust Les donneacutees geacuteocodeacutees sur la preacutevalence parasitaire issues des donneacutees archiveacutees publieacutees et ineacutedites donneacutees et rassembleacutees en bases de donneacutees soigneusement conserveacutees doivent ecirctre prise en charge et geacutereacutees par les services de lutte contre le paludisme au sein des ministegraveres nationaux de la santeacute Les donneacutees provenant des recherches nationales et des enquecirctes meneacutees par les ministegraveres de la santeacute sont la proprieacuteteacute des gouvernements nationaux Le plus souvent la plupart des ministegraveres de la santeacute nont pas accegraves agrave la gamme complegravete des donneacutees sur le paludisme pourtant potentiellement disponibles dans leur propre pays Le but est donc de se servir du projet INFORM pour bacirctir une appropriation des donneacutees nationales sur le paludisme et mettre toutes les donneacutees recueillies agrave la disposition des ministegraveres de la santeacute agrave travers lAfrique et aux conseillers techniques reacutegionaux de lOrganisation mondiale de la santeacute A ce titre ces gouvernements nationaux deviendront les gardiens de leurs propres donneacutees nationales et pleinement responsables de leur distribution aux scientifiques nationaux reacutegionaux et internationaux ainsi qursquoaux partenaires de controcircle

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7 Reacutefeacuterences 1 Snow RW (2014) Sixty years trying to define the malaria burden in Africa have we made any progress

BMC Medicine 12 227 2 Noor AM Kinyoki DK Mundia CW Kabaria CW Wambua JM Alegana VA Fall IS Snow RW (2014) The

changing risk of Plasmodium falciparum malaria infection in Africa 2000ndash10 a spatial and temporal analysis of transmission intensity Lancet 383 1739-1747

3 Snow RW Marsh K le Sueur D (1996) The need for maps of transmission intensity to guide malaria

control in Africa Parasitology Today 12 455ndash457 4 MARAARMA (1998) Towards an atlas of malaria risk in Africa First technical report of the

MARAARMA collaboration Durban South Africa httpsidl-bncidrccadspacebitstream10625316441114833pdf

5 Le Sueur D Binka F Lengeler C de Savigny D Teuscher T Toure Y Snow RW (1997) An atlas of malaria in

Africa Africa Health 19 23-24 6 Trape JF amp Rogier C (1996) Combating Malaria morbidity and mortality by reducing transmission

Parasitology Today 12 236-240 7 Snow RW Omumbo JA Lowe B Molyneux SM Obiero JO Palmer A Weber MW Pinder M Nahlen B

Obonyo C Newbold C Gupta S Marsh K (1997) Relation between severe malaria morbidity in children and level of Plasmodium falciparum transmission in Africa Lancet 349 1650-1654

8 Ghani AC Sutherland CJ Riley EM Drakeley CJ Griffin JT Gosling RD Filipe JAN (2009) Loss of

population levels of immunity to malaria as a result of exposure reducing interventions consequences for interpretation of disease trends PLoS One 4 e4383

9 Okiro EA Al-Taiar A Reyburn H Idro R Berkley J Nokes DJ Snow RW (2009) Age patterns of severe

paediatric malaria and their relationship to Plasmodium falciparum transmission intensity Malaria Journal 8 4

10 Carneiro I Roca-Feltrer A Griffin JT Smith L Tanner M Armstrong Schellenberg J Greenwood BM

Schellenberg D (2010) Age-patterns of malaria vary with severity transmission intensity and seasonality in sub-Saharan Africa A systematic review and pooled analysis PLoS One 5 e8988

11 Griffin JT Hollingsworth TD Reyburn H Drakeley CJ Riley EM Ghani AC (2014) Gradual acquisition of

immunity to severe malaria with increasing exposure Proceedings of the Royal Society B 282 20142657

12 Snow RW (2015) Global malaria eradication and the importance of Plasmodium falciparum

epidemiology in Africa BMC Medicine 13 23

24

13 Smith T Maire N Ross A Penny M Chitnis N Schapira A Studer A Genton B Lengeler C Tediosi F de Savigny D Tanner M (2008) Towards a comprehensive simulation model of malaria epidemiology and control Parasitology 135 1507ndash1516

14 Smith DL Noor AM Hay SI Snow RW (2009) Predicting changing malaria risk after expanded

insecticide treated net coverage in Africa Trends in Parasitology 25 511ndash516 15 Griffin JT Hollingsworth D Okell LC Churcher TS White M Hinsley W Bousema T Drakeley CJ

Ferguson NM Basanez MG Ghani AC (2010) Reducing Plasmodium falciparum malaria transmission in Africa a model based evaluation of intervention strategies PLoS Medicine 7 e1000324

16 Chitnis N Schapira A Smith T Steketee R (2010) Comparing the effectiveness of malaria vector-

control interventions through a mathematical model American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 83 230ndash240

17 World Health Organization (2014) From malaria control to malaria elimination a manual for

Elimination Scenario Planning Global Malaria Programme World Health Organization Geneva April 2014

18 Gerardin J Eckhoff P Wenger EA (2015) Mass campaigns with antimalarial drugs a modelling

comparison of artemether-lumefantrine and DHA-piperaquine with and without primaquine as tools for malaria control and elimination BMC Infectious Diseases 15 144

19 Okell LC Drakeley CJ Bousema T Whitty CJM Ghani AC (2008) Modelling the impact of artemisinin

combination therapy and long-acting treatments on malaria transmission intensity PLoS Medicine 5 e226

20 Guyatt HL amp Snow RW (2001) Malaria in pregnancy as an indirect cause of infant mortality in sub-Saharan

Africa Transactions of Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 95 569-576 21 Desai M ter Kuile FO Nosten F McGready R Asamoa K Brabin B Newman R (2007) Epidemiology

and burden of malaria in pregnancy Lancet Infectious Diseases 7 93ndash104 22 van Eijk A Hill J Alegana VA Kirui V Gething PW ter Kuile F Snow RW (2011) Coverage of malaria

protection in pregnant women in sub-Saharan Africa a synthesis and analysis of national survey data Lancet Infectious Diseases 11 190-207

23 MPAC (2012) wwwwhointmalariampacsep2012mpac_mip_erg_sep2012pdf 24 MPAC (2013) wwwwhointmalariampacmpac_sep13_erg_ipt_malaria_pregnancy_reportpdf 25 Meremikwu MM Donegan S Sinclair D Esu E Oringanje C (2012) Intermittent preventive

treatment for malaria in children living in areas with seasonal transmission Cochrane Database Systematic Reviews 2 CD003756

26 Cairns M Roca-Feltrer A Garske T Wilson AL Diallo D Milligan PJ Ghani AC Greenwood BM (2012)

Estimating the potential public health impact of seasonal malaria chemoprevention in African children Nature Communications 3 881

25

27 Noor AM Kibuchi E Mitto B Coulibaly D Doumbo OK Snow RW (2015) A spatial decision support

framework for sub-national targeting of seasonal malaria chemoprevention in the Sahel Under review

28 Smith DL McKenzie FE Snow RW Hay SI (2007a) Revisiting the basic reproductive number for

malaria and its implications for malaria control PLoS Biology 5 e42 29 Hay SI Smith DL Snow RW (2008) Measuring malaria endemicity from intense to interrupted

transmission Lancet Infectious Diseases 8 369-378 30 Moonen B Cohen JM Snow RW Slutsker L Drakeley C Smith DL Abeyasinghe R Rodriguez Loacutepez

MH Maharaj R Tanner M Targett G (2010) Operational strategies to achieve and maintain malaria elimination Lancet 376 1592-1603

31 World Health Organization (2012a) Disease surveillance for malaria control Operational manual

WHO Geneva 32 World Health Organization (2012b) Disease surveillance for malaria elimination Operational manual

WHO Geneva 33 Cohen JM Moonen B Snow RW Smith DL (2010) How absolute is zero An evaluation of historical

and current definitions of malaria elimination Malaria Journal 9 213 34 Molineaux L Muir DA Spencer HC Wernsdorfer WH (1988) The epidemiology of malaria and its

measurement Malaria Principles and Practice of Malariology W Wernsdorfer and I McGregor London Churchill Livingstone 2 999-1089

35 Tusting LS Bousema T Smith DL Drakeley C (2014) Measuring changes in Plasmodium falciparum

transmission precision accuracy and costs of metrics Advances in Parasitology 84 151-208 36 Metselaar D amp van Thiel PH (1959) Classification of malaria Tropical Geographic Medicine 11 157ndash

161 37 Macdonald G amp Goumleckel GW (1964) The malaria parasite rate and interruption of transmission

Bulletin of World Health Organization 31 365ndash377 38 Lysenko AJ amp Semashko IN (1968) Geography of malaria A medico-geographic profile of an ancient

disease In Lebedew AW ed Itogi Nauki Medicinskaja Geografija Moscow USSR Academy of Sciences pp 25ndash146

39 Macdonald G (1957) The epidemiology and control of malaria Oxford University Press 40 Pampana E (1969) A textbook on malaria eradication Oxford Oxford University Press 41 Pull JH (1972) Malaria surveillance methods their uses and limitations American Journal of Tropical

Medicine amp Hygiene 21 651-657

26

42 World Health Organization (1950) Report on the malaria conference in equatorial Africa Held under the joint auspices of the World Health Organization and of the commission for technical co-operation in Africa south of the Sahara Kampala Uganda 27 Novemberndash9 December 1950

43 Yekutiel P (1960) Problems of epidemiology in malaria eradication Bulletin of the World Health

Organization 22 669-683 44 Macdonald G (1952) The analysis of equilibrium in malaria Tropical Diseases Bulletin 49 813-1129 45 Hay SI Guerra CA Gething PW Patil AP Tatem AJ Noor AM Kabaria CW Manh BH Elyazar IRF

Brooker S Smith DL Moyeed RA Snow RW (2009) A world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2007 PLoS Medicine 6 e1000048

46 Gething PW Patil AP Smith DL Guerra CA Elyazar IRF Johnston GL Tatem AJ Hay SI (2011) A new

world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2010 Malaria Journal 10 378 47 Snow RW Amratia P Kabaria CW Noor AM Marsh K (2012) The changing limits and incidence of

malaria in Africa 1939-2009 Advances in Parasitology 78 169-262 48 Black RH (1968) Manual of epidemiology and epidemiological services in malaria programmes World

Health Organization Geneva 49 Ray AP amp Beljaev AE (1984) Epidemiological surveillance a tool for assessment of malaria and its

control Journal of Communicable Disease 16 197ndash207 50 Omumbo JA Noor AM Fall IS Snow RW (2013) How well are malaria maps used to design and

finance malaria control in Africa PLoS One 8 e53198 51 Alegana VA Atkinson PM Wright JA Kamwi R Kakokele S Snow RW Noor AM (2013) Estimation of

malaria incidence in northern Namibia in 2009 using Bayesian Conditional-Autoregressive Spatial-Temporal Models Spatial amp Spatial Temporal Epidemiology 7 25-36

52 Bennett A Yukich J Miller JM Vounatsou P Hamainza B Ingwe MI Moonga HB Kamuliwo M Keating

J Smith TA Steketee RW Eisele TP (2014) A methodological framework for the improved use of routine health system data to evaluate national malaria control programs evidence from Zambia Population amp Health Metrics 12 30

53 Moonasar D Morris N Kleinschmidt I Maharaj R Raman J Mayet NT Benson FG Durrheim DN

Blumberg L (2013) What will move malaria control to elimination in South Africa South African Medical Journal 103 (10 Suppl 2) 801-806

54 Cohen JM Dlamini S Novotny JM Kandula D Kunene S Tatem AJ (2013) Rapid case-based mapping

of seasonal malaria transmission risk for strategic elimination planning in Swaziland Malaria Journal 12 61

55 Zanzibar Malaria Control Programme (2011) Zanzibar Malaria Performance Review September 2011

ZMCP Ministry of Health Revolutionary Government of Zanzibar

27

56 Ministry of Health [Cape Verde] World Health Organization and the University of California San Francisco (2012) Eliminating malaria Moving towards sustainable elimination in Cape Verde Geneva The World Health Organization httpappswhointirisbitstream106657584919789241504386_engpdfua=1

57 Littrell M Sow GD Ngom A Ba M Mboup BM Dieye Y Mutombo B Earle D Steketee RW (2013)

Case investigation and reactive case detection for malaria elimination in northern Senegal Malaria Journal 12 331

58 Thiroux D A amp DAnfreville D L (1908) Le paludisme au Seacuteneacutegal pendant les anneacutees 1905-1906

Gouvernement General de lAfrique Occidentale Francaise Laboratorie de bacteriologie de Saint-Louis Published Libraire JB Bailliere et Fils Paris 1908

59 Government General de LAlgeacuterie (1908) Campagne Antipaludique de 1908 unpublished document

available in Wellcome Library Euston Road London UK FX134AA9 60 Government of Gold Coast (1914) Medical amp Sanitary Report for the year 1913 Waterlow amp Sons

London 61 Mansfield-Aders W (1927) Notes on malaria and filariasis in the Zanzibar Protectorate Transactions

of the Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 30 207-214 62 Colony of Mauritius (1923-1925) Annual Reports on the Medical and Health Department 63 Swaroop S Gilroy AB Uemura K (1966) Statistical methods in malaria eradication Monograph Series

of World Health Organization 51 164 64 Barber MA amp Rice JB (1937) A survey of malaria in Egypt American Journal of Tropical Medicine amp

Hygiene 17 413-436 65 De Meira MT Simotildees TS Pinto Nogueira JF (1948) Observaccedilotildees sobre sezonismo nas ilhas do Sal Boa

Vista e S Nicolau (Cabo Verde) Anais do Instituto de Medicina Tropical 3 213-237 66 Young MD amp Johnson TH (1949) A malaria survey of Liberia Journal of National Malaria Society 8

247-266 67 De Meillon B (1951) Malaria survey of South-West Africa Bulletin of the World Health Organization

4 333ndash417 68 Houel G amp Donadille F (1953) Vingt ans de lutte antipaludique au Maroc Bulletin de lrsquoInstitut

drsquoHygiene du Maroc 13 3-51 69 Soeiro A (1952) O sezonismo em Moccedilambique contribuiccedilatildeo para o estudo epidemioloacutegico Anais do

Instituto de Medicina Tropical 9 343-389 70 Soeiro A (1959) Relactoacuterio da actividade do Instituto de Investigaccedilatildeo Meacutedica de Moccedilambique em

1958 e plano de trabalhos para o ano de 1960 Anais Intstituto de Higiene e Medicina Tropical 16 573-611

28

71 Bernard PM (1954) Trois ans de lutte antipaludique agrave Madagascar Bulletin de Madagascar

Publication Mensuelle du Service General Drsquoinformation du Haut-Commissariat no 96 72 Cambournac FJC Gandara AF Pena AJ Teixeira EWLG (1955) Subsidios para o inquerito malariologico

em Angola Anais do Instituto de Medicina Tropical 12 121-153 73 Anon (1954) Campagne antipaludique au Dahomey Map found in Benin box in WHO Archives

Geneva August 2012 74 Languillon J (1957) Carte eacutepideacutemiologique du paludisme au Cameroun Bulletin de la Socieacuteteacute de

Pathologie Exotique 50 585 - 600 75 Alves W (1958) Malaria parasite rates in Southern Rhodesia May-September 1956 Bulletin of the

World Health Organization 19 69-74 76 Lariviere M Hocquet P Abonnenc E (1961) Reacutesultats drsquoune enquecircte palustre dans la reacutepublique du

Seacuteneacutegal Indices plasmodiques chez les enfants en milieu rural Bulletin de la Socieacuteteacute Meacutedicale drsquoAfrique Noire de Langue Franccedilaise 6 386-403

77 Wernsdorfer G amp Wernsdorfer W (1967) Malaria in the middle Nile basin and its bordering regions Z

Tropenmed Parasitol 18 17-44 78 Rishikesh N amp Fahmy Y (1961) Quarterly report April-June 1961 Republic of Somalia pre-eradication

survey World Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 79 Rishikesh N Payne D Fahmy Y (1961) Quarterly report for the period January-March 1961 World

Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 80 Bechuanaland Protectorate (1958-1963) Annual Medical and Sanitary Reports for the Protectorate for

the years 1958-1963 Government Printers Gaborone 81 Craig MH Sharp BL Mabaso MLH Kleinschmidt I (2007) Developing a spatial-statistical model and

map of historical malaria prevalence in Botswana using a staged variable selection procedure International Journal of Health Geographics 6 44

82 Cano VI (1971) Deacuteveloppement des services de santeacute de base (Paludisme) World Health

Organization AFRMAL112 83 Barbie Y amp Timbila R (1964) Notes sur le paludisme en Reacutepublique Islamique de Mauritanie Medicine

Tropicale 24 427-435 84 Khromov A amp Privault R (1965) Programme du pre-eradication du paludisme Rapport trimestriel 4th

trimestre 1965 (Sep-Oct-Nov) WHO Mauritanie World Health Organization Unpublished document WHO Archives Geneva

85 Beltran O (1966) Malaria pre-eradication project Sierra Leone-19 fourth quarterly field report

October - December 1966 Government of Sierra Leone amp World Health Organization

29

86 Guy Y amp Gassabi R (1967) Les perspectives de leacuteradication du paludisme en Algeacuterie Archives de

LInstitut Pastuer DAlgerie 45 72-88 87 Chand D Garzen JB Bahar R Rishikesh N (1964) Malaria Eradication Service Ethiopia 14 (c) Quarterly

Report 1 October to 31 December 1964 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

88 Chand D Garzon JB Bahar R Rishiskesh N (1965) Quarterly report covering period 1 October to 31

December 1964 Project Ethiopia 0014 dated 9th february 1965 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

89 Onori E (1967) Distribution of Plasmodium ovale in the Eastern Western and Northern regions of

Uganda Bulletin of the World Health Organization 37 665-668 90 Wenlock (1978) The incidence of Plasmodium parasites in rural Zambia East African Medical Journal

55 268-276 91 Escudie A amp Hamon J (1961) Paludisme en Afrique Occidentale dexpression Franccedilaise Medicine

Tropicale 21 661-687 92 RBM-MERG - httpwwwrbmwhointmechanismsmerghtml 93 Corsi DJ Neuman M Finlay JE Subramanian SV (2012) Demographic and health surveys a profile

International Journal of Epidemiology 41 1602-1613 94 Measure httpwwwmeasuredhscomData 95 UNICEF httpwwwuniceforgstatisticsindex_24302html 96 Smith DL Guerra CA Snow RW Hay SI (2007b) Standardizing estimates of malaria prevalence

Malaria Journal 6 131 97 Brooker S Kolaczinski JH Gitonga CW Noor AM Snow RW (2009) The use of schools for malaria

surveillance and programme evaluation in Africa Malaria Journal 8 231 98 Stevenson JC Stresman GH Gitonga CW Gillig J Owaga C Marube E Odongo W Okoth A China P

Oriango R Brooker SJ Bousema T Drakeley C Cox J (2013) Reliability of school surveys in estimating geographic variation in malaria transmission in the western Kenyan highlands PLoS One 8 e77641

99 De Zulueta J Kafuko GW Cullen JR (1963) An investigation of the annual cycle of malaria in Masaka

district (Uganda) East African Medical Journal 40 469-488 100 Najera JA Shidrawi GR Gibson FD Stafford JS (1967) A large-scale field trial of Malathion as an

insecticide for antimalarial work in Southern Uganda Bulletin of the World Health Organization 36 913-935

30

101 Storey J (1972) A review of malaria work in Sierra Leone 1900 to 1964 West African Medical Journal 27 57-68

102 Gitonga CW Karanja PN Kihara J Mwjame M Juma E Snow RW Noor AM Brooker S (2010)

Implementing school malaria surveys in Kenya towards a nationwide surveillance system Malaria Journal 9 306

103 Gitonga CW Edwards T Karanja PN Noor AM Snow RW Brooker S (2012) Plasmodium infection

anaemia and mosquito net use among school children across different settings in Kenya Tropical Medicine amp International Health 17 858ndash870

104 Houngbedji CA N Dri PB Huumlrlimann E Yapi RB Silueacute KD Soro G Koudou BG Acka CA Assi S

Vounatsou P N Goran EK Fantodji A Utzinger J Raso G (2015) Disparities of Plasmodium falciparum infection malaria-related morbidity and access to malaria prevention and treatment among school-aged children a national cross-sectional survey in Cote dIvoire Malaria Journal 14 7

105 Ashton R Kefyalew T Tesfaye G Pullan R Yadeta D Reithinger R Kolaczinski J Brooker S (2010)

School-based surveys of malaria in Oromia Regional State Ethiopia towards a map of malaria risk Federal Ministry of Health Ethiopia

106 Takem EN Affara M Amambua-Ngwa A Okebe J Ceesay SJ Jawara M Oriero E Nwakanma D

Pinder M Clifford C Taal M Sowe M Suso P Mendy A Mbaye A Drakeley C DAlessandro U (2013) Detecting foci of malaria transmission with school surveys A pilot study in The Gambia PLoS One 8 e67108

107 Clarke SE Roschnik N Rouhani S Diarra S Bamadio M Sacko M Traore D Ly AB Gaye O Sembene

M Fall FB (2012) Malaria in school children under a new policy of universal coverage of nets Recent data from Mali and Senegal American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 Supplement 5 abstract 1466

108 Kabatereine NB Standley CJ Sousa-Fugueiredo JC Fleming RM Stothard JR Talisuna A Fenwick A

(2011) Integrated prevalence mapping of schistosomiasis soil-transmitted helminthiasis and malaria in lakeside and island communities in Lake Victoria Uganda Parasites amp Vectors 4 232

109 Emerson PM Ngondi J Biru E Graves PM Ejigsemahu Y Gebre T Endeshaw T Genet A Mosher

AW Zerihun M Messele A Richards FO (2008) Integrating an NTD with one of lsquolsquoThe Big Threersquorsquo Combined malaria and trachoma survey in Amhara Region of Ethiopia PLoS Neglected Tropical Diseases 2 e197

110 Noor AM Alegana VA Patil AP Moloney G Borle M Ahmed F Yousef F Amran J Snow RW (2012)

Mapping the receptivity of malaria risk to plan the future of control in Somalia British Medical Journal Open Access 2 e001160

111 Boyd MF (1949) Malariology A comprehensive review of all aspects of this group of diseases from a

global standpoint Volume II WB Saunders Company Philadelphia and London

31

112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

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Preacuteambule

Ce document de travail fait office de documentation rendant compte de la maniegravere dont le projet INFORM a identifieacute recueilli et geacuteocodeacute des donneacutees sur la preacutevalence du paludisme agrave travers lAfrique et la raison pour laquelle ces donneacutees sont importantes pour surveiller limpact temporel des interventions antipaludiques[12] Nous allons nous pencher sur le Plasmodium falciparum qui est de loin le plus reacutepandu et le plus pathogegravene des paludismes humains en Afrique Nous avons toutefois inteacutegreacute dans notre recherche des donneacutees et extraits drsquoinformations le cas eacutecheacuteant sur la preacutevalence de P vivax P malariae et P ovale Les inventaires de donneacutees couvrent une longue peacuteriode de surveillance du paludisme en Afrique et nous deacutetaillons dans ce rapport la faccedilon dont nous avons essayeacute de capturer des donneacutees historiques et contemporaines En ce qui concerne les analyses entreprises au niveau des pays agrave lappui des gouvernements nationaux dans le cadre du Projet INFORM les donneacutees recueilles agrave partir de 1980 srsquoavegraverent les plus pertinentes Depuis 10 ans ce projet est geacutereacute depuis le Kenya Toutefois il avait eacuteteacute preacuteceacutedeacute par des efforts consentis plus tocirct dans le cadre de la collaboration MARA ARMA commenceacutee en 1996 [3-5] Le succegraves de ces 20 derniegraveres anneacutees de recueil de donneacutees nrsquoaurait pas eacuteteacute possible sans les importantes contributions apporteacutees par de nombreux scientifiques œuvrant dans le domaine du paludisme agrave travers lAfrique et auxquels nous avons tenu agrave adresser nos sincegraveres remerciements agrave la fin de ce rapport 1 Pourquoi est-il important de mesurer la transmission du paludisme Il existe plusieurs raisons deacutemontrant lrsquoimportance de comprendre la freacutequence de lexposition du parasite du paludisme humain pour les raisons de planification du controcircle et de la gestion de la maladie Lincidence de la maladie et les pheacutenotypes cliniques associeacutes deacutependent du niveau de limmuniteacute fonctionnelle acquise preacuteceacutedemment qui est en grande partie deacutefinie par la freacutequence des nouvelles infections qui touchent un individu depuis la naissance [6-12] Dans les zones ougrave lintensiteacute de la transmission du paludisme est eacuteleveacutee les eacutepideacutemies de maladies les plus graves preacutevalent chez de tregraves jeunes enfants et des reacutepercussions graves suivant linfection sont rares chez les enfants plus acircgeacutes et les adultes Au fur et agrave mesure que diminue lintensiteacute de lexposition au parasite la charge clinique du paludisme est porteacutee par les enfants plus acircgeacutes jusquagrave ce que la probabiliteacute de deacutevelopper un eacuteveacutenement de la maladie soit plus proportionnelle aux possibiliteacutes drsquoinfection (Scheacutema 1) Dans ces conditions la charge du paludisme est partageacutee de maniegravere eacutegale entre la plupart des tranches dacircge et labsence de toute immuniteacute fonctionnelle dans une communauteacute rend les populations vulneacuterables aux eacutepideacutemies (Scheacutema 1)

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Lrsquoeacutevolution de la pathologie en fonction de lrsquoacircge est accompagneacutee dune preacutesentation grave de la maladie Dans des conditions de transmission intense une aneacutemie seacutevegravereaigueuml est une cause majeure de maladie mortelle alors que les preacutesentations qui incluent le paludisme ceacutereacutebral deviennent de plus en plus courante chez les communauteacutes exposeacutees agrave des niveaux drsquointensiteacute de transmission allant de modeacutereacutee agrave faible [7 9 11] Figure 1 Cadre conceptuel de leacutepideacutemiologie clinique de Plasmodium falciparum en fonction drsquoune baisse de lrsquointensiteacute de transmission parasitaires en Afrique [Snow 2015] La ligne rouge repreacutesente un taux theacuteorique dincidences graves de maladie et de mortaliteacute alors que les barres noires deacutemontrent la reacutepartition proportionnelle du paludisme grave entre la naissance et le 10e anniversaire sur la base de travaux deacutejagrave publieacutes [79]

Les modegraveles biologiques meacutecanistes qui reproduisent les proprieacuteteacutes matheacutematiques de la transmission du paludisme preacutedisent que limpact probable des diffeacuterentes strateacutegies de lutte contre le paludisme agrave base dinsecticide ou de meacutedicaments aura diffeacuterentes magnitudes deffets et de dureacutee globaux dintervention neacutecessaires pour deacutemontrer limpact selon les niveaux de deacutepart des endeacutemiciteacutes [13-18] En termes geacuteneacuteraux la reacuteduction du contact homme-vecteur agrave travers par exemple la seule utilisation de moustiquaires impreacutegneacutees dinsecticide (MII) ne suffira jamais agrave interrompre la transmission dans les zones de transmission tregraves intense A linverse en cas drsquoutilisation par 90 de la population agrave 100 du temps dans les zones de transmission intermeacutediaire les MII pourraient reacuteduire lexposition au parasite agrave presque zeacutero dans les huit ans [14-15] Des mesures auxiliaires de lutte anti-vectorielle sont neacutecessaires pour compleacuteter les strateacutegies MII dans les zones de transmission intense du paludisme pour reacuteduire rapidement labondance des vecteurs de sorte agrave avoir un impact durable en termes de transmission [15] Limmeacutediateteacute preacutevue et limpact global de ladministration massive de meacutedicaments (AMD) et la pulveacuterisation intradomiciliaire sont eacutegalement subordonneacutees agrave lintensiteacute de la transmission avant le deacutebut de lintervention [15-18] Les impacts sur la transmission par le biais de lutilisation efficace de combinaisons theacuterapeutiques agrave base darteacutemisinine (CTA) disponibles actuellement sont les plus importants dans les zones ougrave la plupart des nouvelles infections cliniques sont traiteacutees et ougrave lintensiteacute de la transmission est faible alors que limpact du traitement CTA sur la transmission locale est beaucoup plus faible dans les zones ougrave lintensiteacute de la transmission du parasite est eacuteleveacutee [19] ou lorsquil est utiliseacute pour les ADM [18] Pour obtenir un impact sur la transmission seulement

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gracircce aux strateacutegies de traitement de routine il faut diffeacuterents types de combinaisons de meacutedicaments que ceux utiliseacutes actuellement en Afrique [19] Les effets de linfection du paludisme chez les femmes enceintes ont eacuteteacute bien deacutecrits et comprennent les effets insidieux dinfections reacutepeacuteteacutees sur laneacutemie laugmentation des risques de deacutecegraves in uteromorts fœtales in utero de faible poids agrave la naissance conduisant agrave des risques plus eacuteleveacutes de mortaliteacute infantile et dans des conditions de transmission instable des risques accrus de deacutecegraves maternels pendant la grossesse [2021] Le traitement preacutesomptif intermittent (TPI) avec deux doses dans les deuxiegraveme et troisiegraveme trimestres en utilisant le meacutedicament agrave longue demi-vie sulfadoxine-pyrimeacutethamine (SP) a eacuteteacute mis en œuvre dans une grande partie de lAfrique subsaharienne depuis 2001 [22] Au cours des derniegraveres anneacutees cette recommandation a dans certains pays eacuteteacute eacutetendue agrave trois doses de SP agrave partir de la peacuteriode des premiers mouvements du fœtus Au fur et agrave mesure que la transmission diminue le rapport coucirct-beacuteneacutefice du TPI change tandis que les eacuteleacutements de preuve ne sont pas concluants quant au moment drsquoarrecircter le TPI [23] actuellement il est suggeacutereacute que lorsque la preacutevalence chez les enfants diminue en dessous de 5 on pourrait envisager soit larrecirct du TPI ou lrsquointroduction du deacutepistage et le traitement pour les femmes enceintes [24] La chimio-preacutevention saisonnier du paludisme (CSP) sest aveacutereacutee utile pour preacutevenir environ 75 des eacutepisodes cliniques de paludisme chez les enfants acircgeacutes de moins de cinq ans dans les zones ougrave la transmission se limite agrave quelques mois de lrsquoanneacutee [25] Le ciblage CSP au sein des frontiegraveres nationales deacutepend non seulement de la connaissance des saisons du paludisme mais eacutegalement des risques intrinsegraveques dendeacutemiciteacute preacute-intervention Dans les zones ougrave lintensiteacute de la transmission saisonniegravere historiquement bas les coucircts-avantages de la CSP sont minimes par rapport aux zones ougrave la preacutevalence du parasite est supeacuterieure agrave 5 [26] Il est eacutegalement important de comprendre des niveaux actuels de transmission du paludisme qui permettront de deacutefinir la tranche dacircge eacuteventuellement le plus adapteacute agrave la CSP par exemple 3 mois avant le 5egraveme anniversaire (arbitrairement fixeacute agrave une preacutevalence supeacuterieure agrave 10) ou au fur et agrave mesure que la transmission diminue 3 mois avant 10egraveme anniversaire ougrave la preacutevalence est comprise entre 5 et 10 [27] Lorsque lintensiteacute de la transmission diminue agrave des niveaux faibles les modes de risques parasitaires deviennent de plus en plus heacuteteacuterogegravenes ougrave des foyers de transmission spatialement localiseacutes contribuent pour plus de 80 du risque de transmission entre quartiers [28] Bien quil ny ait pas de regravegles absolues deacuteterminant le moment du controcircle du paludisme on a laisseacute entendre que lorsque la preacutevalence communautaire du paludisme tombe en dessous de 5 [29] il faut adopter des approches plus cibleacutees pour la preacutevention des maladies [30-32] Les eacutetats de tregraves faible preacutevalence parasitaire servent eacutegalement de signaux aux agences de controcircle qui peuvent agrave ce moment-lagrave envisager la reacutevision des strateacutegies de lutte antipaludiques inteacutegrant les mesures drsquoeacuteradication [33] Comprendre lintensiteacute de la transmission du parasite du paludisme est au cœur drsquoune planification de lutte efficace et dans la deacutefinition des pheacutenotypes cliniques neacutecessitant des actions de gestion Tout au long la peacuteriode de controcircle lintensiteacute de la transmission sert drsquoindice

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mesurable du succegraves de lintervention et drsquoun point de reacutefeacuterence pour permettre aux programmes drsquoadapter des combinaisons drsquointerventions pour maximiser les gains et reacuteorienter le controcircle pour la preacute-eacutelimination 2 Mesurer le risque de paludisme 21 Mesurer la transmission endeacutemique stable du paludisme Le taux dexposition au parasite peut ecirctre mesureacute agrave lrsquoaide drsquoune varieacuteteacute de techniques eacutepideacutemiologiques allant de mesures vectorielles deacutetailleacutees de taux de piqures humaines des proportions de vecteurs avec des parasites dans leurs glandes salivaires leur pariteacute et longeacuteviteacute dans des hocirctes humains provenant deacutetudes longitudinales ou transversales drsquoacquisition du parasite de la naissance jusqursquoau premier anniversaire en utilisant des combinaisons de deacutetection des parasites et de seacuterologie [34] Les mesures vectorielles de transmission du paludisme constituent des paramegravetres importants permettant de modeler limpact des interventions Toutefois celles-ci sont difficiles et coucircteuses agrave mesurer de faccedilon empirique dans des conditions de terrain [35] La meacutethode de mesure la plus couramment utiliseacutee pour mesurer lexposition au parasite est le taux parasitaire (TP) chez les hocirctes humains (strictement en ratio tel quil mesureacute agrave une date donneacutee) Le TP est la proportion dindividus en une seule enquecircte transversale au sein drsquoune communauteacute entiegravere ou communauteacute eacutechantillonneacutee qui preacutesentent des signes dune infection paludique au stade sanguin peacuteripheacuterique Le TP nrsquoest pas une mesure directe de transmission car elle se sature agrave des niveaux eacuteleveacutes de transmission en raison de piqures heacuteteacuterogegravenes de multiples infections et dimmuniteacute acquise Des modegraveles matheacutematiques ont eacuteteacute deacuteveloppeacutes pour traduire les valeurs de TP en valeurs de taux dinoculations entomologiques (TIE) ou de taux de reproduction de base de linfection [28] Neacuteanmoins sur le plan pratique des programmes de lutte contre le paludisme utilisent le TP en tant que marqueur direct dintensiteacute de transmission Pendant legravere du Programme mondial deacuteradication du paludisme (GMEP) dans les anneacutees 1950 et 1960 la preacutevalence du parasite paludique chez les enfants eacutetait consideacutereacutee comme un indice mesurable et deacutefinitif du risque qui permettrait de deacutefinir la maniegravere dont les interventions eacutetaient spatialement cibleacutees et les progregraves mesureacutes [36-41] Suite agrave la confeacuterence sur le paludisme en Afrique tenue agrave Kampala en Ouganda en 1950 [42] les experts du paludisme ont convenu dun ensemble de classifications drsquoendeacutemiciteacute stable du paludisme sur la base de la preacutevalence drsquoinfection par le P falciparum chez les enfants acircgeacutes entre 2 et 10 ans (PfPR2-10) ou chez les nourrissons or infants transmission hypo-endeacutemique ougrave PfPR2-10 eacutetait infeacuterieur agrave 10 la transmission meacuteso-endeacutemique ougrave le PfPR2-10 se situait entre 10 et 50 la transmission hyper-endeacutemie ougrave le PfPR2-10 se situait entre 51 et le75 et la transmission holo-endeacutemique ougrave la preacutevalence de linfection chez les nourrissons eacutetait gt 75 [36] Ces terminologies eacutetaient deacutejagrave utiliseacutees avant mecircme la confeacuterence de Kampala mais se referaient geacuteneacuteralement agrave la preacutevalence moins speacutecifique de spleacutenomeacutegalie chez les enfants Aujourdrsquohui ces terminologies sont rarement utiliseacutees La transmission holo-endeacutemique est rarement deacutefinie de faccedilon empirique chez les nourrissons et fait geacuteneacuteralement lrsquoobjet drsquoestimations agrave partir de tranches dacircge utiliseacutees

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pour trier les autres classes dendeacutemiciteacute En tant que telle elle est geacuteneacuteralement consideacutereacutee comme un eacutetat ougrave PfPR2-10 est ge 75 Fait plus important encore ces classifications ont conserveacute une valeur qualitative dans les descriptions nationales de lintensiteacute de la transmission depuis plus de 60 ans 22 Mesurer le risque lorsque la preacutevalence est faible et lutilisation de donneacutees de cas courants Lrsquooptimisation et lrsquoopeacuterationnalisation des deacutefinitions de lintensiteacute de transmission du paludisme ont reacutecemment eacuteteacute revues pour fournir des paramegravetres permettant drsquoaider agrave la prise de deacutecisions sur le moment ougrave des pays ou des reacutegions au sein des pays pourraient deacutecider deacutelaborer un programme deacuteradication [33] Le paludisme controcircleacute agrave faible endeacutemie a eacuteteacute proposeacutee comme un eacutetat ougrave les interventions auraient pu reacuteduire le taux parasitaire moyen dans un eacutechantillon repreacutesentatif au niveau national en dessous de 1 au cours de la saison de transmission de pointe tandis que les niveaux de preacutevalence dans les sous-populations restent infeacuterieurs agrave un seuil plus eacuteleveacute (par exemple infeacuterieure agrave une preacutevalence de 5) pour permettre une heacuteteacuterogeacuteneacuteiteacute dans endeacutemiciteacute causeacutee par la transmission focale Etant donneacute que la composante laquocontrocircleacuteeraquo de cette deacutefinition ne concerne pas une reacutegion dans laquelle la transmission du paludisme eacutetait toujours historiquement faible cela se distingue du paludisme agrave faible endeacutemie [33] En tant que tel il y a de plus en plus drsquoadaptations de la classification hypo-endeacutemique pour inclure des zones deacutefinies par un PfPR2-10 de lt1 et de lt5 [2] Il existe eacutegalement un facteur deacutechantillonnage pratique lorsque lintensiteacute de transmission devient tregraves faible ou instable Cela exige des enquecirctes communautaires de plus en plus grandes et plus reacutepeacuteteacutees afin de fournir des estimations avec une preacutecision fiable Dans cet eacutetat de transition la deacutecision quant agrave savoir srsquoil faut abandonner les enquecirctes communautaires en faveur des enquecirctes de deacutepistage passif etou actif et de preacutevalence de drsquoinfection par la fiegravevre doivent ecirctre faites Ceci a eacuteteacute deacutefini sur le plan opeacuterationnel au cours du GMEP laquoToutefois aussi tocirct que le volume geacuteneacuteral du paludisme a eacuteteacute reacuteduit dans une mesure consideacuterable les indices fournis par les enquecirctes paludomeacutetriques ne seront plus suffisamment sensibles pour mesurer de nouveaux progregraves Lanalyse des donneacutees deacutevaluation des programmes deacuteradication ainsi que des observations plus eacutetroites dans le domaine ont montreacute qursquoon atteint le point ougrave les enquecirctes paludomeacutetriques cessent decirctre suffisamment sensibles lorsque le taux de parasites chute agrave un niveau compris entre 1 et 3 [43] raquo Les termes transmission laquo stable raquo et laquo instable raquo sont largement utiliseacutes mais rarement quantifieacutee Cette distinction est importante car la transition vers les eacutetats instables implique une transition vers leacuteradication La classification laquo stable-instable raquo a eacuteteacute introduite en paludologie par Sir Ronald Ross [Ross 1916] et adapteacutee par George Macdonald pour mesurer lendeacutemiciteacute du paludisme ougrave la stabiliteacute a eacuteteacute deacutefinie quantitativement par le nombre moyen de piqures quun moustique effectue chez un homme au cours de sa vie [3944] Lindice de stabiliteacute cependant exige des donneacutees entomologiques deacutetailleacutees qui sont rarement disponibles Qualitativement le paludisme stable se reacutefegravere agrave des situations relativement insensibles aux changements environnementaux naturels et artificiels Le paludisme instable se trouve dans des zones tregraves sensibles aux accidents climatiques exceptionnels se precircte facilement agrave leacuteradication

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et preacutevaut souvent dans des zones dariditeacute extrecircme ougrave les changements brusques des preacutecipitations habituelles peuvent conduire agrave des eacutepideacutemies Lindice de veacutegeacutetation ameacutelioreacute (EVI) deacuteriveacutee de limagerie du capteur MODerate-resolution Imaging Spectroradiometer (Radiomegravetre spectral pour imagerie de reacutesolution moyenne) (MODIS) a eacuteteacute utiliseacute pour deacutelimiter les zones soumises agrave lariditeacute extrecircme et donc potentiellement des zones de transmission instable du paludisme [245-47] Cependant limagerie par satellite EVI fournit une visualisation strieacutee de lariditeacute agrave travers le Mali le Niger et le Tchad (en fonction de la qualiteacute de limagerie) Malgreacute une illusion de preacutecision pour la transmission du paludisme instable cela na jamais eacuteteacute valideacute par des donneacutees empiriques sur lincidence clinique ou la preacutevalence Nous avons donc eacuteviteacute lutilisation de lindice de veacutegeacutetation ameacutelioreacute dans les deacutefinitions ulteacuterieures de la transmission du paludisme instable Une deacutefinition plus preacutecise du paludisme laquoinstableraquo est baseacutee sur les cas dincidence La mesure de lincidence du paludisme exige que tous les cas soupccedilonneacutes du paludisme soient diagnostiqueacutes gracircce agrave un systegraveme de surveillance complet comprenant le deacutepistage passif des cas (DPC) par lexamen parasitologique des personnes soupccedilonneacutees geacuteneacuteralement des cas feacutebriles preacutesentant les services sanitaires compleacuteteacutees par le deacutepistage actif des cas (DAC) les deacutepistages des cas de fiegravevre effectueacutes par des visites agrave domicile agrave intervalles reacuteguliers [34404341] Les reacutesultats sont geacuteneacuteralement exprimeacutes sous forme drsquoincidence parasitaire annuelle (IPA) pour tous les 1 000 habitants au sein de lensemble de la population des zones administratives pour lesquelles il est repreacutesentatif Au cours du GMEP lIPA neacutetait consideacutereacutee valable que si le taux dexamen sanguin annuel (TESA) la proportion de la population cible examineacutee deacutepassait 10 [4048] Lautre meacutetrique souvent preacutesenteacute est le taux de positiviteacute des lames (TPL) Ces indices de surveillance sont relieacutes comme suit API = (ABER SPR) 10a [49] Au cours des derniegraveres activiteacutes de cartographie aux niveaux mondial [45] et reacutegional [247] on a preacutefeacutereacute utiliser une valeur tregraves conservatrice de cas dincidence de lt1 cas pour 10 000 habitants Bien que cela reconnaisse les difficulteacutes agrave mesurer lincidence de cas il suppose que lidentification des cas gracircce agrave des systegravemes routiniers continue agrave ecirctre aussi faible comme cela a eacuteteacute le cas au cours des deux derniegraveres deacutecennies Des systegravemes dinformations sanitaires et les taux de cas de parasites confirmeacutes srsquoameacuteliorent agrave travers lAfrique Le deacutefi agrave preacutesent est de faire en sorte que soit faite la meilleure utilisation possible de ces donneacutees conformeacutement agrave la deacutefinition de lrsquoOMS de preacute-eacuteradication accepteacutee qui est de lt1 cas pour 1 000 [17 31 32] personnes ougrave cela peut ecirctre enregistreacutee en toute confiance ou des donneacutees partiellement incomplegravetes provenant des systegravemes de santeacute utiliseacutees par la majoriteacute de la population peuvent ecirctre efficacement spatialement modeacuteliseacutees Lors de nombreuses demandes de financement de leacutetranger des strateacutegies nationales de lutte contre le paludisme ou des examens de programmes de lutte contre le paludisme les incidences

a La division par dix est neacutecessaire parce que lrsquoAPI est exprimeacute par tranches de 1000 et les autres termes par tranches de 100

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ou le nombre de cas signaleacutes par les systegravemes dinformation de santeacute de routine (SIS) sont de plus en plus preacutesenteacutes dans les cartographies agrave travers lAfrique subsaharienne notamment au Beacutenin au Botswana au Burkina Faso au Congo en Cocircte dIvoire en Erythreacutee en Guineacutee Bissau au Malawi en Mauritanie au Mozambique agrave Sao Tomeacute-et-Principe au Seacuteneacutegal au Togo agrave Zanzibar et au Zimbabwe [50] Ces donneacutees sont incomplegravetes et ne reflegravetent pas toujours les cas confirmeacutes parasitologiquement Neacuteanmoins ces exemples mettent en eacutevidence lrsquointeacuterecirct croissant dans lapplication des donneacutees de cas de paludisme de routine agrave la stratification et cartographie du risque de paludisme Des donneacutees imparfaites et incomplegravetes sur le paludisme ont reacutecemment eacuteteacute modeacuteliseacutees agrave lrsquoaide des meacutethodes geacuteostatistiques avanceacutees pour en faciliter lutilisation des donneacutees mensuelles incomplegravetes et les emplacements des eacutetablissements de santeacute geacuteocodeacutees en Namibie [51] et en Zambie [52] Ces nouvelles approches pour le traitement des donneacutees incomplegravetes de routine en combinaison avec des capaciteacutes de diagnostic redimensionneacutees offre de nouvelles possibiliteacutes inteacuteressantes pour modeacuteliser le cas dincidence ougrave la plupart des fiegravevres cherchent un traitement dans les secteurs formels et la plupart des fiegravevres sont parasitologique confirmeacutees Pour les pays ou zones se trouvant agrave linteacuterieur des pays cherchant agrave parvenir agrave eacuteradiquer le paludisme en Afrique des combinaisons de PCD et ACD avec deacutepistage des cas sont deacutejagrave en cours en Afrique du Sud [53] au Swaziland [54] agrave Zanzibar [55] au Cap-Vert [56] et dans les districts limitrophes du fleuve Seacuteneacutegal au Seacuteneacutegal [57] Le passage du controcircle agrave la preacute-eacuteradication est un continuum Par conseacutequent les mesures utiliseacutees pour deacutefinir ces paramegravetres doivent ecirctre refleacuteteacutees par des combinaisons de mesures en fonction de la disponibiliteacute et de la qualiteacute des donneacutees nationales Lorsquil ny a pas de systegravemes dinformation de santeacute fiables et lagrave ougrave la preacutevalence parasitaire reste eacuteleveacute il est fondamental dutiliser la preacutevalence dinfection agrave base communautaire comme indicateur de risque Lorsque leacuteradication est un objectif preacutedeacutefini la deacutetection de toutes les infections plutocirct que de tous les eacuteveacutenements pathologiques devient une prioriteacute Toutes les meacutetriques de risque doivent permettre de stratifier les reacutegions geacuteographiques avec une preacutecision adeacutequate Ces stratifications devraient permettre drsquoeacutetablir un lien quant agrave ce qui est neacutecessaire pour deacuteplacer une reacutegion plus loin dans le continuum vers le deacutefi ultime de leacuteradication Il ny a pas de lignes directrices deacutefinitives pour ce qui peut ecirctre mesureacute et sur les critegraveres neacutecessaires pour entamer lrsquoadaptation des strateacutegies de controcircle Nous travaillons en eacutetroite collaboration avec lOMS pour veiller agrave ce que cela soit plus clair dans un proche avenir 3 Lhistoire des enquecirctes parasitaires nationales en Afrique Certaines des enquecirctes nationales plus anciennes en matiegravere de preacutevalence de linfection ont eacuteteacute entreprises au Seacuteneacutegal en 1905-1906 [58] en Algeacuterie en 1908 [59] au Ghana en 1913 [60] agrave Zanzibar en 1923-1926 [61] et agrave lrsquoicircle Maurice entre 1923 et 1925 [62] Les enquecirctes parasitaires nationales ont eacuteteacute recommandeacutees agrave travers lAfrique pendant les phases preacuteparatoires et les phases dattaque de leacuteradication du paludisme dans le cadre du Projet GMEP [40 43 48] Celles-ci eacutetaient fondeacutees sur des meacutethodes deacutechantillonnage statistique pour permettre une

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plus grande preacutecision de preacutevalence de chaque communauteacute en fonction des niveaux de preacutevalence attendus [63] Des exemples de ces enquecirctes nationales srsquoeacutetendent sur 30 ans de preacuteparation pour le controcircle du paludisme en Afrique y compris les enquecirctes meneacutees avant la Confeacuterence de Kampala en Egypte en 1936 [64] au Cap-Vert en 1946 [65] au Libeacuteria en 1948 [66] et en Namibie en 1950 [67] et apregraves la Confeacuterence de Kampala au Maroc en 1951-1953 [68] au Mozambique 1952 [6970] agrave Madagascar entre 1952 et 1953 [71] en Angola 1953 [72] au Beacutenin 1954 [73] au Cameroun en 1954 [74] au Zimbabwe en 1956 [75] au Seacuteneacutegal en 1960 [76] au Soudan en 1961-1963 [77] en Somalie entre 1960 et 1961 [7879] au Botswana en 1962 [8081] au Togo entre 1962 et 1964 [82] en Mauritanie entre 1963 et 1965 [8384] en Sierra Leone entre 1963 et 1966 [85] en Algeacuterie entre 1964 et 1965 [86] en Ethiopie entre 1964 et 1965 [8788] en Ouganda entre 1965 et 1967 [89] et en Zambie entre 1969 et 1972 [90] Des exemples de repreacutesentations dessineacutees agrave la main de ces donneacutees denquecirctes nationales sont preacutesenteacutes dans le scheacutema 2 Scheacutema 2 Exemples denquecirctes nationales sur la preacutevalence du paludisme pendant legravere du GMEP a) au Seacuteneacutegal [76] b) en Ouganda [89] c) en Angola [72] d) au Mozambique [70] e) au Soudan [77] f) au Cameroun [74]

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Au deacutebut le Centre Muraz baseacute agrave Bobo Dioullaso au Burkina Faso faisait office du siegravege sous reacutegional du Service Geacuteneacuteral dHygiegravene et de Prophylaxie (SGHMP) qui fournissait des preacuteconisations meacutedicales et sanitaires ainsi que la recherche pour les pays qui constituaient la Feacutedeacuteration des pays de lrsquoAfrique occidentale Franccedilaise (AOF) En 1955 des enquecirctes aupregraves des meacutenages de grande ampleur ont eacuteteacute entreprises depuis le Centre Muraz agrave travers la sous-reacutegion pour eacutetablir la preacutevalence du pian et de la syphilis Le chef de la section de lutte contre le paludisme le commandant docteur Choumara a suggeacutereacute qursquoon pourrait inclure des enquecirctes compleacutementaires sur le paludisme sans occasionner des coucircts suppleacutementaires et sans retarder le travail de leacutequipe de Treacuteponeacutematoses Au cours des anneacutees suivantes les premiegraveres cartographies sous-reacutegionales de la preacutevalence empirique du paludisme ont eacuteteacute eacutelaboreacutees [91] (scheacutema 3) Scheacutema 3 Reacutesultats des enquecirctes paludomeacutetriques sous-reacutegionales meneacutees dans le cadre drsquoenquecirctes de treacuteponegraveme en milieu et agrave la fin des anneacutees 1950 par le Centre Muraz agrave travers lrsquoAOF [91]

Pendant les efforts deacuteradication un certain nombre de pays ont maintenu des enquecirctes communautaires parasitologiques eacutetendues mais pour la majoriteacute des pays dAfrique sub-saharienne les enquecirctes nationales dinfections paludiques aupregraves des meacutenages ont eacuteteacute abandonneacutees En 2005 cinq ans apregraves le lancement de linitiative Roll Back Malaria il a eacuteteacute reconnu quil eacutetait important de ressusciter des enquecirctes nationales des meacutenages sur la preacutevalence de linfection en tant que moyen pour permettre de suivre les progregraves au niveau des pays [9293] Les trois principaux veacutehicules denquecircte pour recueillir les donneacutees nationales contemporaines de

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preacutevalence parasitaires eacutetaient les modules de paludisme de lrsquoEnquecircte deacutemographique et de santeacute geacutereacutes par le programme ameacutericain MESURE-ICF [94] les Enquecirctes en grappes agrave indicateurs multiples geacutereacutees par lUNICEF [95] et les EIP autonomes geacutereacutees par les programmes nationaux de lutte contre le paludisme et leurs partenaires de drsquoenquecircte Ces enquecirctes sont effectueacutees avec un accent sur le suivi des eacutevolutions dans la couverture dintervention et du taux de mortaliteacute des enfants de moins de cinq ans dans le premier niveau des zones administratives (province Eacutetat Gouvernorat etc) Lrsquoeacutechantillonnage national stratifieacute et pondeacutereacute selon la population ne se fonde pas sur la preacutecision autour de la preacutevalence du paludisme Lune des conseacutequences est que les uniteacutes primaires deacutechantillonnage qui en deacutecoulent ne repreacutesentent qursquoun tregraves petit nombre dindividus eacutechantillonneacutes pour linfection par le paludisme Ceci est une distinction importante entre les enquecirctes nationales sur le paludisme meneacutees au cours de legravere du Projet GMEP qui ont eacuteteacute conccedilues sur la base de leur capaciteacute agrave deacutefinir la preacutevalence dinfection [63] Les enquecirctes nationales actuelles comprennent des combinaisons de meacutethodes de deacutepistage des parasites dans diffeacuterents tranches dacircge en fonction de lenquecircte nationale Cependant la majoriteacute se focalise uniquement sur les enfants acircgeacutes drsquoentre 6 mois agrave cinq ans ce qui constitue une tranche dacircge moins informative en termes de preacutevalence dinfection par rapport aux enquecirctes comprenant une fourchette dacircge denfance beaucoup plus eacutetendue [96] et qui repeacutesente une autre rupture par rapport aux enquecirctes nationales meneacutees entre les anneacutees 1950 et 1960 qui eacutetaient axeacutees sur les enfants de moins de 10 ou de moins de 15 ans ou qui ont pris en consideacuteration tous les membres du meacutenage Malgreacute ces limites il y a eu une augmentation importante de donneacutees empiriques sur la preacutevalence dinfection par le paludisme en Afrique par rapport agrave ce qui eacutetait disponible dans une vaste zone geacuteographique depuis plus de 40 ans Depuis 2006 les enquecirctes nationales sur le parasites du paludisme ont eacuteteacute entreprises en Angola (2006 et 2011) au Botswana (2012) au Beacutenin (2012) au Burkina Faso (2010 et 2014) au Burundi (2012) au Cameroun (2011) au Tchad (2011) aux Comores (2010b) en Cocircte dIvoire (2012) en Reacutepublique deacutemocratique du Congo (2011b) aux Comores (2010b) en Cocircte dIvoire (2012) en Reacutepublique deacutemocratique du Congo (DRC) (2009 et 201314) au Djibouti (2009b) en Guineacutee eacutequatoriale (2007 and 201011b) en Erythreacutee (2002 et 2012b) en Ethiopie (2006 2007 et 2011b) au Gabon (2007 adultes uniquementb) en Gambie (2008b 2010b 2013b et 2015b) Ghana (2011 and 2014) Guineacutee (2012 and 201415) Guineacutee Bissau (200809b) Kenya (2007b 2010b et 2015b) au Liberia (2009 et 2011) agrave Madagascar (2011 and 2013) au Malawi (2000 2009 2012 et 2014) au Mali (2010) Mozambique (2002a 2007a et 2011) en Namibie (2009a) au Nigeria (2010) au Rwanda (2007 et 201011) au Seacuteneacutegal (20089 201011 201213 et 201314) en Sierra Leone (2013) en Somalie (2005b et 2014b) au Sud-Soudan (2009b et 2013b) au Soudan (2005b 2009b et 2012b) au Swaziland (2010b) en Tanzanie (20078 et 201112) au Togo (201314) en Ouganda (2009 et 201415) en Zambie (2006b 2008b 2010b et 2012a) agrave Zanzibar (2007 2010 et 201112) et au Zimbabwe (2009 et 2012)

b Donneacutees mises agrave la disposition de lrsquoeacutequipe drsquoINFORM par les programmes nationaux de lute contre le paludisme sans permission pour de partager avec des tiers

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Suivant une augmentation des enquecirctes communautaires sur la preacutevalence drsquoinfection il y a eu une renaissance dans les enquecirctes drsquoeacutecoliers Cette fourchette dacircge fournit une gamme plus optimale pour les recherches sur la preacutevalence dinfection Lagrave ougrave la freacutequentation scolaire est eacuteleveacutee et ougrave lintensiteacute de transmission est stable cette approche consistant agrave mesurer lexposition communautaire aux parasites est moins coucircteuse et exige moins de main-dœuvre que leacutechantillonnage communautaire [9798] Lutilisation de la preacutevalence de linfection chez les eacutecoliers pour suivre les progregraves et limpact de la lutte contre le paludisme et son eacutelimination nrsquoest pas nouvelle Les enquecirctes scolaires ont eacuteteacute entreprises dans le cadre de la surveillance en Rhodeacutesie du Sud (aujourdhui appeleacute le Zimbabwe) [75] au Bechuanaland (aujourdhui appeleacute la Reacutepublique du Botswana) [80] en Ouganda [99 100] en icircle Maurice [62] et en Sierra Leone [101] Au Kenya les enquecirctes sur le paludisme dans les eacutecoles ont eacuteteacute reacuteguliegraverement effectueacutees dans le cadre de la surveillance paludique par la Division des maladies agrave transmission vectorielle (DMTV) depuis sa creacuteation dans les anneacutees 1940 jusquau deacutebut des anneacutees 1990 anneacutee ougrave ces enquecirctes ont eacuteteacute abandonneacutees en raison du manque de fonds [DMTV donneacutees non publieacutees] Des enquecirctes nationales reacutecentes en milieu scolaire ont eacuteteacute restaureacutees au Kenya [102103] en Cocircte dIvoire [104] en Ethiopie [105] en Gambie [106] au Mali [107] en Tanzanie [F Molteni communication personnelle] au Mozambique et au Malawi [Natalie Roschnik communication personnelle] et en Ouganda [108] Le co-eacutechantillonnage a eacuteteacute proposeacute au cours des enquecirctes sanitaires plus eacutetendues dans les anneacutees 1950 pour la lutte contre les treacuteponegravemes et le paludisme [91] ainsi qursquoau cours des enquecirctes nutritionnelles meneacutees en Zambie [90] Reacutecemment les opportuniteacutes partageacutees dont les enquecirctes sur le paludisme meneacutees dans le cadre dautres enquecirctes sanitaires ont eacuteteacute revues notamment le deacutepistage des maladies tropicales neacutegligeacutees [109] ou des enquecirctes nutritionnelles offrant ainsi des possibiliteacutes drsquointeacutegrer des diagnostics du paludisme En Somalie par exemple nous avons travailleacute avec lUniteacute danalyse de la nutrition et de la seacutecuriteacute alimentaire (FSNAU) de lOrganisation pour lalimentation et lagriculture en Somalie de faccedilon agrave inclure des diagnostics rapide du paludisme au cours du deacutepistage des problegravemes nutritionnels au sein des communauteacutes entre 2007 et 2011 [110] 4 Recueil des donneacutees denquecirctes sur la preacutevalence parasitaire Comme nous lavons indiqueacute plus haut il y a eu deux grandes pousseacutees dinteacuterecirct dans les enquecirctes nationales sur la preacutevalence parasitaire toutes les deux gravitant autour des initiatives mondiales pour controcircler et eacuteliminer le paludisme meneacutees par lOMS Cependant il y a eu de nombreuses enquecirctes de terrain sous-nationales et individuelles sur la preacutevalence de lrsquoinfection paludique agrave travers le continent depuis le deacutebut des anneacutees 1900 Le processus didentification de ces donneacutees denquecirctes fut long et ardu la prise en charge vers 20 ans Cette section deacutecrit le processus lextraction de donneacutees et lexhaustiviteacute de ce processus de recherche de donneacutees

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41 Contexte de strateacutegies de recherche de donneacutees Les principes de base de la recherche dinformation sur la preacutevalence dinfection paludique en Afrique ont eacuteteacute rassembleacutes dans le projet de collaboration appeleacute Cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) [4] Cette collaboration a eacuteteacute eacutetendue en 2005 dans le cadre du Projet Malaria Atlas (MAP) (Atlas du risque de paludisme en Afrique [Guerra et al 2007] Ces deux projets provisoires de recueil de donneacutees mettent en eacutevidence un aspect important de la localisation des informations paludomeacutetriques en Afrique dont la plupart proviennent de sources ineacutedites Cela nrsquoaurait pour autant pas surpris les paludologues qui travaillaient en Afrique il y a plus de cinquante ans Bagster-Wilson deacuteclare dans le traiteacute de Boyd sur le paludisme en 1948 qursquolaquoon peut sefforcer de deacutefinir avec plus de preacutecision la reacutepartition du paludisme dans la mesure ougrave les informations disponibles le permettront une grande partie de savoir local se cache dans les rapports officiels non publieacutes qui ne peuvent ecirctre consulteacutes que par le biais des visites dans les pays concerneacutes raquo [111] Pour identifier les sources dinformations nous avons proceacutedeacute agrave des meacutethodes opportunistes aux approches en cascade et nrsquoavons pas respecteacute les meacutethodes rigoureuses proposeacutees pour les examens systeacutematiques ou des meacuteta-analyses [112] eacutetant donneacute qursquoavoir recours uniquement aux donneacutees examineacutees par des pairs se traduirait par lexclusion de preacutecieuses sources de donneacutees de valeur au niveau des pays Nous avons utiliseacute des contacts personnels fait des reacutefeacuterences occasionnelles aux enquecirctes contenues dans les rapports des ministegraveres de la santeacute effectueacute des recherches darchives et effectueacute des recherches dans des publications traditionnelles eacutevalueacutees par les pairs afin de traquer les sources possibles de donneacutees denquecirctes paludiques agrave travers le continent Dans les sections suivantes nous tenterons darticuler les approches adopteacutees pour repeacuterer des informations 42 Recherches dans les archives historiques Depuis 2005 nous avons entrepris des recherches manuelles dans les archives et les bibliothegraveques des instituts ex-coloniaux de meacutedecine tropicale pour repeacuterer des rapports ineacutedits de paludologues travaillant en Afrique avant que les pays nrsquoaccegravedent agrave lindeacutependance Il srsquoagissait notamment de drsquoarchives de lInstitut de Meacutedecine Tropicale Anvers lrsquoInstitut Pasteur Paris Deacutepartement dHistoire de la Meacutedecine Sapienza - Universitagrave di Roma Rome ArchivioItaliano Di Scienze mediche Coloniali Rome Instituto Higiene Medicina Tropical Lisbonne Wellcome Trust Library Londres The National Archives Kew Royaume-Uni et la London School of Tropical Medicine and Hygiene Londres On notera en particulier les rapports de voyage des consultants et les rapports trimestriels de paludologues travaillant pour le compte de lOrganisation mondiale de la santeacute (OMS) agrave partir des anneacutees 1950 jusquaux anneacutees 1970 Ceux-ci fournissent des reacutecits riches et des donneacutees denquecircte des campagnes de preacute-eacutelimination des rapports deacutetape deacutelimination des critiques et des analyses de situation du paludisme au niveau national Toutes ces donneacutees sont archiveacutees dans les bibliothegraveques de lOMS agrave Genegraveve au Caire et agrave Brazzaville (Figure 4) Nous tenons agrave

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remercier les bibliotheacutecaires de ces archives qui nous ont fourni une aide preacutecieuse dans le repeacuterage des documents non publieacutes dans chacun de ces siegraveges de lOMS Figure 4 Archives de lrsquoOMS agrave Genegraveve (agrave gauche) et agrave Brazzaville (agrave droite) Nous avons eacutegalement visiteacute les archives nationales du Ministegravere de la santeacute situeacutees dans les villes de Nairobi Kisumu Eldoret Mombasa et Meru (au Kenya) Entebbe et Jinja (en Ouganda) Sennar Khartoum et Kassala (au Soudan) Thies (au Seacuteneacutegal) Amani (en Tanzanie) Accra (au Ghana) Tzaneen (en Afrique du Sud) et les archives personnelles de lex-directeur de Tzaneen Malaria Research Centre ndash Centre de recherche sur le paludisme (couvrant lAfrique du Sud la Namibie et le Botswana) Les dossiers et les rapports tenus au National Institute of Medical Research (Institut national de la recherche meacutedicale) agrave Amani (Scheacutema 5) a couvert la peacuteriode ougrave le centre eacutetait le siegravege sous-reacutegional de lrsquoInstitute of Malaria and Vector Borne Diseases (Institut est-africain du paludisme et des maladies agrave transmission vectorielle) (1954-1977) Le siegravege du Projet de leacuteradication du paludisme agrave Jinja en Ouganda abritait tous les dossiers des enquecirctes nationales des meacutenages agrave partir des anneacutees 1960 jusquen 2011 quand ceux-ci ont malheureusement eacuteteacute deacutetruits et nous nrsquoavons eacuteteacute en mesure de trouver que ceux qui avaient eacuteteacute deacutemeacutenageacute agrave Entebbe Des rapports annuels des services meacutedicaux et de lrsquoassainissement datant de 1919 produits par les gouvernements coloniaux de la Gambie du Nigeria du Gold Coast (Ghana) de Sierra Leone de Somalie du Kenya de Tanganyika (Tanzanie) de Zanzibar drsquoOuganda du Congo belge (RDC) du Bechuanaland (Botswana ) du Nyassaland (Malawi) de Rhodeacutesie (Zambie et Zimbabwe) de lrsquoicircle Maurice et du Soudan eacutetaient disponibles en eacutetats variables de conservation dans la bibliothegraveque fondeacutee par le Wellcome Trust en 1963 et fait maintenant partie des laboratoires nationaux de santeacute publique appartenant au ministegravere de la santeacute agrave Nairobi Kenya (Figure 5) Au cours du Projet de cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) des scientifiques reacutegionaux ont visiteacute les archives nationales situeacutees dans les villes de Maputo (Mozambique) Bobo Dioulasso (Burkina Faso) Yaoundeacute (Cameroun) Cotonou (Beacutenin) et Lomeacute (Togo) [MARA ARMA 1998] Ces recherches ont identifieacute plusieurs rapports importants

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renfermant des donneacutees denquecirctes nationales Ils nrsquoont cependant pas pris des exemplaires numeacuteriques de rapports originaux Dans la mesure du possible nous avons tenteacute de localiser ces rapports et drsquoen preacuteparer des exemplaires numeacuteriques Cela na pas toujours eacuteteacute couronneacutee de succegraves et nous avons de ce fait inclus certaines donneacutees des issues de la base de donneacutees MARA ARMA des enquecirctes meneacutees agrave lrsquoeacutepoque preacute-indeacutependance avec des citations respectives notamment celles reacutecupeacutereacutees du Centre Muraz agrave Bobo Dioulasso Des exemplaires numeacuteriques des rapports non-publieacutes issus des archives europeacuteennes et africaines sont mis agrave la disposition des pays dans le cadre du projet INFORM en tant que bibliothegraveques numeacuteriques Scheacutema 5 A gauche Archives du laboratoire national de santeacute publique Nairobi Kenya (Old Wellcome Trust Library) A droite ndash Bibliothegraveque de lrsquoInstitut national de recherche meacutedicale Amani Tanzanie 43 Recherche des donneacutees eacutelectroniques Des bases de donneacutees eacutelectroniques en ligne ont eacuteteacute utiliseacutees comme un moyen didentifier les pairs des donneacutees publieacutees sur la preacutevalence de linfection paludique notamment celles publieacutees depuis les anneacutees 1980 y compris PubMed [113] Google Scholar [114] Armed Forces Pest Management Board (le Conseil dadministration de la lutte antiparasitaire des Forces armeacutees) - Litteacuterature Retrieval System [116] la base de donneacutees de la bibliothegraveque de lrsquoOrganisation mondiale de la santeacute [116] et le service de la bibliothegraveque numeacuterique en ligne de lInstitut de Recherche pour le Deacuteveloppement [117] Nous nrsquoavons pas trouveacute facilement des revues reacutegionales y compris un grand nombre de revues meacutedicales nationales des revues de la santeacute publique et parasitologiques agrave partir des sources ci-dessus Toutefois nous avons trouveacute des titres et des extraits en ligne de lrsquoAfrican Journals Online (AJOL) [118] Dans toutes les recherches de bases de donneacutees numeacuteriques des travaux publieacutes contenant les des mots-cleacutes laquo paludisme raquo et laquonom de paysraquo ont eacuteteacute utiliseacutes Nous avons eacuteviteacute lrsquoemploi des terminologies speacutecialiseacutees issues du systegraveme de meacutetadonneacutees meacutedicales laquoMedical Subject Headings (MeSH)raquo dans les recherches darchives numeacuteriques de faccedilon agrave eacutelargir au maximum

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notre champ de recherche Nous avons effectueacute des recherches de base de donneacutees au moins une fois par an agrave partir de lrsquoanneacutee 2005 Nous avons compleacuteteacute nos recherches par des notifications reacuteguliegraveres hebdomadaires sur le paludisme du service dalerte infos de Malaria World [119] Roll Back Malaria des bulletins dinformations du Programme de santeacute environnementale de lUSAID [120] et Santeacute Tropicale pour les revues nationales et reacutegionales des pays francophones y compris Meacutedecine dAfrique noire [121 ] Les titres et les reacutesumeacutes ont eacuteteacute utiliseacutes pour identifier drsquoeacuteventuelles donneacutees denquecirctes parasitaires transversales dans diverses formes soit en tant qursquoenquecirctes communautaires enquecirctes en milieu scolaire autres meacutethodes de deacutepistage parasitaire ou des essais sur le terrain Nous avons eacutegalement eacutetudieacute des eacutetudes sur la preacutevalence de maladies associeacutees au paludisme lorsque celles-ci sont preacutesenteacutees dans le cadre drsquoenquecirctes sur laneacutemie lrsquoheacutemoglobinopathie la transfusion sanguine ou eacutevaluations de la situation nutritionnelle afin drsquoidentifier les rapports coiumlncidence de la preacutevalence paludique En outre crsquoeacutetait une pratique courante de deacutepister les membres de la communauteacute ou des eacutecoliers au cours des protocoles de sensibiliteacute preacutecoces aux meacutedicaments antipaludeacuteens de sorte agrave enrocircler des personnes infecteacutees aux enquecirctes de suivi post-traitement Souvent des donneacutees issues des sites denquecirctes seacutelectionneacutes permettaient de fournir le nombre de personnes deacutepisteacutees et le nombre de personnes infecteacutees Les enquecirctes aupregraves des populations feacutebriles ou des personnes freacutequentant des cliniques ont eacuteteacute exclues Les publications avec des titres ou des extraits pouvant indiquer la preacutesence des donneacutees parasitaires possibles ont eacuteteacute soit teacuteleacutechargeacutees agrave partir darchives de revues offertes en ligne en libre accegraves ou provenant de HINARI (lInitiative daccegraves aux recherches pour la santeacute) [122] A chaque fois que les publications nrsquoeacutetaient pas disponibles sur HINARI en libre accegraves nous visitions les archives des bibliothegraveques du Royaume-Uni agrave la London School of Hygiene and Tropical Medicine la Liverpool School of Tropical Medicine la bibliothegraveque Bodleian agrave lUniversiteacute dOxford ou la Bibliothegraveque de lInstitut Pasteur Paris pour obtenir en obtenir des exemplaires Nous faisions des demandes de reacutefeacuterences que nous nrsquoarrivions pas agrave trouver suivant ces recherches agrave laide du catalogue mondial des recherches agrave travers les bibliothegraveques dOxford factureacutees agrave la page Toutes les publications agrave partir desquelles des donneacutees ont eacuteteacute extraites ont eacuteteacute contreveacuterifieacutees agrave lrsquoaide des bibliographies provenant dautres sources qursquoon aurait oublieacutees ou qui correspondraient agrave des documents non publieacutes ou laquodocuments parallegravelesraquo qui ne sont geacuteneacuteralement pas controcircleacutes par les eacutediteurs commerciaux Les auteurs des articles eacutevalueacutes par les pairs ont souvent eacuteteacute contacteacutes pour nous renseigner sur des informations compleacutementaires dans leur document et nous indiquer dautres travaux non publieacutes dans leur zone geacuteographique ou de leur institution

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44 Autres sources de donneacutees Les enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages ayant inteacutegreacute la preacutevalence parasitaire sont deacutecrites dans la section 3 Les donneacutees provenant de ces enquecirctes sont soit disponibles en formats teacuteleacutechargeables agrave partir du programme ICF MEASURE ou ont eacuteteacute fournis au projet INFORM par les programmes nationaux de lutte antipaludique dans le cadre daccords de collaboration Pour dautres donneacutees eacuteventuellement ineacutedites et propres aux sites sur la preacutevalence du paludisme nous avons consulteacute des sites Web et contacteacute les organisations non gouvernementales (ONG) travaillant en Afrique pouvant avoir entrepris des eacutevaluations sanitaires comprenant des enquecirctes parasitologiques au sein des communauteacutes aupregraves desquelles elles œuvraient Il srsquoagissait notamment de Meacutedecins sans Frontiegraveres [123] MERLIN [124] le Centre Carter [125] Selon lUniteacute danalyse de la seacutecuriteacute alimentaire et de la nutrition en Somalie (FSNAU) [126] Shape Consulting [127] Save the Children [128] Malaria Consortium [129] et MENTOR [130] Gracircce aux contacts fournis par ces agences nous avons pu trouver des donneacutees provenant de sites drsquoenquecirctes en Guineacutee en Sierra Leone en Cocircte dIvoire en Tanzanie au Libeacuteria en Somalie au Kenya en Ouganda au Nigeria en Ethiopie au Mali et au Soudan du Sud Les extraits des ouvrages publieacutes par Tropical Medicine ainsi que ceux issus des reacuteunions sur le paludisme ont eacuteteacute identifieacutes provenant de sources les plus diverses possibles et produits dans le cadre de confeacuterences et de congregraves nationaux et internationaux Ceux-ci ont eacuteteacute utiliseacutes pour signaler drsquoeacuteventuelles donneacutees solliciteacutees par correspondance des auteurs drsquoextraits Notre preacutesence reacutegionale et les liens que nous entretenons avec la communauteacute de recherche sur le paludisme en Afrique a permis de faire naicirctre une prise de conscience quant agrave lobjectif et agrave lambition de la recherche sur la cartographie du paludisme commenceacute en 1996 sous la collaboration MARA ARMA [35] Nous avons profiteacute de cette connectiviteacute reacutegionale des chercheurs pour contacter directement les collegravegues travaillant sur leacutepideacutemiologie du paludisme de sorte agrave rechercher des donneacutees ventileacutees et speacutecifiques au site souvent ineacutedites La volonteacute de partager des donneacutees non publieacutees sur les enquecirctes parasitaires a eacuteteacute sans preacuteceacutedent Au 1er Juillet 2015 plus de 700 scientifiques et speacutecialistes individuels de la santeacute publique ont fourni des informations ventileacutees sur les donneacutees publieacutees donneacutees non-publieacutees ou ont apporteacute leur concours agrave la localisation des communauteacutes eacutechantillonneacutees agrave travers lAfrique Nous avons tenu agrave les remercier dans lannexe accompagnant le preacutesent rapport ainsi que sur le site Web INFORM [131] Les instituts reacutegionaux menant des recherches sur le paludisme et leurs partenaires de collaboration eacutetaient toujours agrave lavant-garde dans la fourniture de donneacutees non publieacutees Il convient de mentionner particuliegraverement les Medical Research Council Laboratories (Gambie) les partenariats de collaboration entre le Kenyan Medical Research Institute et le Wellcome Trust Universiteacute dOxford US Centers for Disease Control Universiteacute de Nagasaki et Walter Reed (Kenya) le Centre de Recherche et de formation sur le paludisme (Mali) Uganda Malaria Surveillance Project (Ouganda) les partenariats de collaboration tisseacutes entre Ifakara Health Institute et le Swiss Tropical Institute la London School of Hygiene and Tropical Medicine et US

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Centers for Disease Control (Tanzanie) Dar es Salaam Urban Malaria Control Project (Tanzanie) National Medical Research Institute agrave Amani (Tanzanie) Institut Pasteur (Madagascar) lrsquoInstitut de Recherche pour le deacuteveloppement (Seacuteneacutegal) Centre de Rechercheacute en Santeacute de Nouna (Burkina Faso) Institute for Endemic Diseases University of Khartoum (Sudan) Blue Nile Health Project-Giezera State University (Sudan) Centro Investigaco Saude Angola (Angola) Liverpool School of Tropical Medicine Wellcome Trust and College of Medicine Programme collaboratif de lrsquoUniversity of Malawi (Malawi) South African Medical Research Council (Afrique du Sud Mozambique et Swaziland) le programme de collaboration du Swiss Tropical and Public Health Institute et de lInstitut de la santeacute publique (Cocircte dIvoire) le programme de collaboration du US Centers for Disease Control (Togo) partenariats de collaboration du Prince Leopold Institute (Burundi Beacutenin et Rwanda) Malaria Institute agrave Macha (Zambie) Medical Research CentreOuganda Virus Research Institute (Ouganda) lEcole de Santeacute Publique de Kinshasa (RDC) et le Southern African Malaria Consortium (Zimbabwe) 5 Abstraction des donneacutees drsquoenquecircte 51 Exigences minimales en matiegravere de donneacutees De chacun des rapports drsquoenquecircte les champs de donneacutees minimales requises pour chaque enregistrement sont les suivants description de la zone deacutetude (nom divisions administratives et coordonneacutees geacuteographiques cas eacutecheacuteant) dates de deacutebut et de fin de lenquecircte (mois et anneacutee) et renseignements sur de lexamen sanguin (nombre de personnes deacutepisteacutees nombre de personnes constateacutees positives pour infection au Plasmodium par espegravece) meacutethodes utiliseacutees pour deacutetecter linfection (microscopie tests de diagnostic rapide (TDR) reacuteaction en chaicircne par polymeacuterase (PCR) ou combinaisons) et lrsquoacircge le plus bas et la population eacutetudieacutee Pour les donneacutees provenant des essais controcircleacutes et randomiseacutes dintervention les donneacutees nrsquoont eacuteteacute seacutelectionneacutees que lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees de base de preacute-intervention et celles issues des enquecirctes de suivi transversales ulteacuterieures au sein des populations teacutemoins Lorsque des cohortes dindividus ont eacuteteacute interrogeacutees agrave plusieurs reprises dans le temps nous nous sommes efforceacutes dinclure uniquement la premiegravere enquecircte et les enquecirctes ulteacuterieures lorsque celles-ci nrsquoavaient qursquoun eacutecart drsquoau moins cinq mois par rapport agrave la date denquecircte initiale pour eacuteviter toute deacutependance entre les observations baseacutees sur le traitement des personnes infecteacutees preacuteceacutedentes Lorsqursquoil neacutetait pas possible de ventiler les enquecirctes reacutepeacuteteacutees celles-ci eacutetaient deacutefinitivement exclues de lanalyse Plusieurs pays ont maintenu des enquecirctes sanguines de masse apregraves avoir atteint les phases de consolidation de leacutelimination La dureacutee des phases de preacute-eacutelimination drsquoattaque de consolidation et dentretien deacutelimination varie entre les pays [47] Nous avons choisi dexclure les donneacutees eacutechantillonneacutees apregraves les dates ougrave les pays mettant en œuvre des programmes drsquoeacutelimination avaient commenceacute agrave utiliser des taux drsquoincidence deacuteriveacutes des indices parasitaires annuels ou lorsque des enquecirctes sanguines de masse eacutetaient utiliseacutees pour deacutemontrer labsence de transmission en Algeacuterie (1967) en Egypte (1965) en Libye (1967) en icircle Maurice (1957) au Maroc (1969) en Reacuteunion (1953) et en Tunisie (1968)

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Parfois les rapports preacutesentaient le nombre total de personnes examineacutees dans un certain nombre de villages et le pourcentage de personnes controcircleacutees positives par village ici nous avons supposeacute que le deacutenominateur par village eacutetait eacutequivalent au nombre total de personnes examineacutees diviseacute par le nombre total de villages Il eacutetait possible deacutetablir lanneacutee de chaque enquecircte cependant il eacutetait parfois impossible drsquoeacutetablir le mois de lenquecircte agrave partir des rapports denquecirctes Dans ce cas de figure nous avons utiliseacute des descriptions saison laquohumideraquo et saison laquosegravecheraquo premier ou deuxiegraveme trimestre scolaire ou dautres informations pour parvenir agrave une approximation du mois de lenquecircte et avons inclus un rapport sur cette hypothegravese Certains reacutesultats de lenquecircte ont eacuteteacute signaleacutes en tant qursquoagreacutegat dans lespace (par exemple un seul PfPR pour un groupe de villages) ou dans le temps (par exemple un PfPR moyen estimeacute agrave partir de quatre enquecirctes diffeacuterentes meneacutees au fil du temps) Dans de tels cas nous avons soit chercheacute dautres rapports des mecircmes enquecirctes avec une reacutesolution spatiale ou temporelle plus eacuteleveacutee Lagrave ougrave cela na pas eacuteteacute possible et ougrave des groupes de villages deacutepassaient 5 km2 nous avons exclu du dossier de lanalyse (voir ci-dessous) Lorsque des informations suppleacutementaires eacutetaient neacutecessaires pour fournir des donneacutees speacutecifiques par village dans un moment preacutecis nous avons demandeacute aux auteurs de nous fournir tout renseignement ou document manquant 52 Meacutethodes de deacutetection parasitaires Compte tenu de son ubiquiteacute en tant qursquooutil de diagnostic paludique la meacutethode preacutefeacutereacutee de deacutetection parasitaire eacutetait la microscopie Aucune distinction nrsquoeacutetait faite entre la microscopie optique ou par fluorescence La qualiteacute de la veacuterification de lame [132133] les variations de sensibiliteacute speacutecificiteacute entre les tests de diagnostic rapide (TDR) [134] la capaciteacute des eacutequipes de terrain agrave analyser les TDR de maniegravere fiable [135-138] ou des variations obtenues sur la base de la seacutelection des amorces pour les reacuteactions en chaicircne de la polymeacuterase (PCR) [139] influencent toutes les descriptions de la preacutevalence et auront des variances intrinsegraveques entre les enquecirctes incluses dans la base de donneacutees Il a eacuteteacute deacutemontreacute que les TDR donnent des taux de faux positifs plus eacuteleveacutes que la microscopie [134 140 141] cependant ils ont tendance agrave stratifier agrave fois le taux parasitaire le plus bas (lt1) et le plus eacuteleveacute (gt50) avec plus de preacutecision par rapport agrave la microscopie courante [133 141] Une analyse drsquoun grand recueil de donneacutees sur les taux parasitaires des communauteacutes a deacutemontreacute quil y avait une diffeacuterence minime dans les estimations du taux moyen global de preacutevalence de P falciparum dans une analyse des donneacutees correspondantes apparieacutees issues des enquecirctes communautaires ayant utiliseacute la microscopie et les TDR pour les examens parasitaires [46] Neacuteanmoins les diffeacuterences entre les TDR et la microscopie en matiegravere de leur capaciteacute agrave deacutetecter des dinfections mineures lorsquelles sont geacutereacutees dans des conditions normales restent un preacutejugeacute systeacutematique inheacuterent aux donneacutees [141] que nous sommes incapables de controcircler Nous sommes eacutegalement incapables de controcircler la qualiteacute des analyses de donneacutees des enquecirctes en utilisant uniquement la microscopie Le principal problegraveme de la microscopie lorsquelle est utiliseacutee dans le cadre les enquecirctes-eacutechantillons nationales est la qualiteacute de la preacuteparation des lames (coloration et entreposage) et

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ou les garanties de la veacuterification de la qualiteacute (VQ) des analyses des lames Dans ce cas de figure nous avons en consultation avec les responsables des enquecirctes nationales ducirc faire plusieurs jugements de valeur Par exemple pour les enquecirctes nationales aupregraves des meacutenages au Soudan en Somalie au Malawi et en Angola nous avons choisi dinteacutegrer les preacutevalences dinfection obtenues gracircce aux TDR plutocirct les estimations provenant des analyses des lames de microscopie Par contre pour drsquoautres pays tels que le Kenya et lOuganda nous avions des garanties quant agrave la qualiteacute des analyses des preacutelegravevements sanguins pendant enquecirctes sur les indicateurs du paludisme Il ny a pas de regravegles absolues pour ces deacutecisions A chaque fois que des preuves quant agrave la qualiteacute des analyses des lames nous eacutetaient fournies nous avons deacutecideacute drsquoutiliser celles-ci par rapport aux TDR 53 Geacuteocodage des sites drsquoenquecircte Le geacuteocodage de donneacutees la deacutefinition dune longitude et une latitude deacutecimale pour chaque site denquecircte consistait en une tacircche particuliegraverement exigeante En fonction de leur repreacutesentation spatiale les donneacutees eacutetaient classeacutees en tant que villages communauteacutes ou eacutecoles individuelles ou ensemble de communauteacutes dans une zone deacutefinissable correspondant agrave une zone agrave linteacuterieur dun quadrillage de 5 km ou environ 005 degreacutes deacutecimaux au niveau de leacutequateur Dans la mesure du possible nous avons chercheacute agrave conserver des donneacutees ventileacutees au niveau des villages plutocirct que des donneacutees agrave travers une laquogrande eacutetendueraquo Lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees provenant des communauteacutes deacutepassant un quadrillage de 5 km nous avons consideacutereacute ces derniers comme une reacutesolution spatiale trop faible avec une variance importante possible dans le polygone dinformations agrave exclure lors de lutilisation de la modeacutelisation geacuteostatistique avanceacutee En pratique il srsquoagissait ici drsquoun critegravere difficile agrave veacuterifier eacutetant donneacute que la plupart des rapports denquecircte ne fournissaient pas suffisamment de deacutetails sur la superficie de la zone eacutetudieacutee Une utilisation plus reacutecente des systegravemes de positionnement mondial (GPS) lors de travaux denquecircte permet une reacuteagreacutegation des donneacutees denquecircte aupregraves des meacutenages avec une plus grande preacutecision Crsquoest eacutegalement utile dans le maintien du critegravere du quadrillage de 5 km tout en combinant des grappes de petites tailles deacutechantillon dans lespace Lutilisation du GPS pour enregistrer des longitudes et latitudes a contribueacute de maniegravere appreacuteciable agrave des enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages depuis circa 2007 [142] Cependant dans les enquecirctes deacutemographiques et sanitaires aupregraves des meacutenages geacutereacutes par le programme ICF-MEASURE un processus de deacuteplacement de coordonneacutees GPS est effectueacute de telle sorte que pour les clusters urbains un deacuteplacement est introduit agrave une distance allant jusqursquoagrave tous les 2 km qui influe rarement sur la preacutecision globale de modeacutelisation eacutetant donneacute que ce processus se fait dans le cadre est dans les zones urbaines Pour les clusters ruraux on fait un deacuteplacement jusqursquoagrave 5 km avec 1 de clusters ruraux suppleacutementaires deacuteplaceacutes jusquagrave une distance de 10 km Ici nous avons passeacute en revue tous les clusters ruraux agrave lrsquoaide de Google Earth pour examiner la mesure dans laquelle les clusters ruraux pourraient avoir eacuteteacute deacuteplaceacutes vers des zones inhabiteacutees et repositionneacutes dans les zones peupleacutees les plus proches

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Pour positionner chaque site denquecircte lagrave ougrave les coordonneacutees GPS ne sont pas disponibles nous avons utiliseacute une varieacuteteacute de ressources numeacuteriques parmi lesquels les plus utiles eacutetaient Encyclopeacutedie Microsoft Encarta (Microsoft 2004) et Google Earth (Google 2009) Drsquoautres sources drsquoarchives numeacuteriques de noms de lieux couramment utiliseacutes sont entre autres le serveur de noms de lieux de la National Geospatial-Intelligence Agency GEOnet Eacutetats-Unis [143] Falling Rain Genomicsrsquo Global Gazetteer [144] Alexandria Digital Library de lUniversiteacute de Californie Eacutetats-Unis [145] African Data Sampler [146] MapCarta [147] Maplandia [148] Global geodatabase-cities [149] Open Street Map [150] VMAP0 [151] et IslamicFinder [152] A travers lAfrique il existe un certain nombre de reacutepertoire toponymique numeacuteriques nationaux pour les lieux habiteacutes les eacutetablissements sanitaires ou les eacutecoles Ce type de reacutepertoires accroicirct en nombre en preacutecision et en couverture Nous les avons obtenus sur demande aupregraves des bureaux nationaux de recensement des ministegraveres de leacuteducation et de la santeacute et des ONG partenaires Cela srsquoest aveacutereacute un outil preacutecieux dans la localisation des communauteacutes au Burkina Faso au Kenya en Gambie au Mozambique agrave Madagascar en Somalie au Malawi en Mauritanie au Ghana au Niger en Namibie au Seacuteneacutegal en Somalie en Afrique du Sud en Tanzanie en Ouganda en Zambie et agrave Zanzibar Bien que nous tentons drsquoutiliser des nomenclatures types et des strateacutegies uniques de nommage dans les reacutepertoires toponymiques numeacuteriques [153] il est difficile drsquoatteindre cela au niveau national ougrave les orthographes changement en fonction des auteurs au fil du temps et ougrave les mecircmes noms de lieux sont reacutepliqueacutees agrave travers un pays En tant que tel lors de lextraction de donneacutees chaque point de donneacutees a eacuteteacute enregistreacute avec autant drsquoinformations geacuteographiques que possible issues de la source Crsquoest bien ces informations qui ont eacuteteacute utiliseacutees au cours du geacuteo-positionnement par exemple pour veacuterifier que le geacuteocodage permettait de cadrer les sites denquecirctes dans les uniteacutes administratives deacutecrites dans le rapport ou qursquoil correspondait agrave dautres deacutetails dans le rapport sur la distance vis-agrave-vis des riviegraveres ou les villes lorsque cela eacutetait afficheacutees sur Google Earth Bien quen theacuteorie les coordonneacutees GPS doivent repreacutesenter une localisation spatiale sans ambiguiumlteacute il fallait une veacuterification rigoureuse pour veiller agrave ce que les sites denquecirctes correspondent aux coordonneacutees GPS Comme drsquohabitude nous avons donc reveacuterifieacute toutes les donneacutees GPS de toutes les sources en utilisant les noms de lieux et ou Google Earth pour assurer que les coordonneacutees se situaient dans les communauteacutes Toutes les coordonneacutees ont eacuteteacute soumises agrave un controcircle final agrave laide de la base de donneacutees spatiale des frontiegraveres administratives de second niveau deacuteveloppeacutees et reacuteviseacutee en 2008 par lOrganisation pour lalimentation et lagriculture (FAO) des Nations Unies [154] Loutil de seacutelection spatiale ArcGIS 101 (ESRI USA) a eacuteteacute utiliseacute pour veacuterifier que les points du long du littoral eacutetaient situeacutes sur des terrains tels que deacutefinis par GAUL 2008 La base de donneacutees de Global Lakes and Wetlands (GLWD) deacuteveloppeacutee par le Fonds mondial pour la nature [155] a eacuteteacute utiliseacute pour srsquoassurer que les points inteacuterieurs eacutetaient positionneacutes sur la terre ferme et non pas sur des plans deau Nous cherchions par-lagrave agrave identifier les coordonneacutees qui se trouvaient leacutegegraverement au large des cocirctes sur les affluents ou dans les uniteacutes administratives incorrectes chaque anomalie a eacuteteacute reveacuterifieacutee et repositionneacutee agrave laide de petits changements et avec Google Earth

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54 Deacutefinition des frontiegraveres nationales A la fin de la Seconde Guerre mondiale en 1945 presque tous les pays en Afrique eacutetaient soumis agrave la domination ou agrave lrsquoadministration coloniale Chaque pays sur le continent africain est aujourdhui indeacutependant mecircme si quelques icircles restent sous administration europeacuteenne (la Reacuteunion et Mayotte) Il existe actuellement 55 Etats indeacutependants dont 53 sont membres de lUnion africaine Tout au long de ce rapport nous utilisons les noms et les frontiegraveres des Eacutetats-nations en Afrique et les frontiegraveres actuelles plutocirct que la nomenclature preacute-indeacutependance Tout au long de ce rapport nous avons utiliseacute lrsquooutil numeacuterique de traitement de frontiegraveres parraineacute par lrsquoONU [156] En tant que tel nous traitons le Soudan du Sud en tant qursquoentiteacute diffeacuterente de la Reacutepublique du Soudan et lEacuterythreacutee diffeacuterente de lEthiopie Il y a beaucoup de zones litigieuses en Afrique revendiqueacutees par diffeacuterents pays voisins et qui restent en suspens [157] Pour les besoins de notre travail nous avons traiteacute le Triangle drsquoIlemi en tant que partie inteacutegrante de la reacutegion de Turkana du Kenya Nous avons consideacutereacute Walvis Bay en Namibie comme faisant toujours partie de la Namibie en deacutepit du fait que ce territoire fait partie de lrsquoAfrique du Sud depuis de nombreuses anneacutees suivant lindeacutependance de la Namibie en 1990 Deux petits territoires au sein du Royaume du Maroc continuent decirctre occupeacutes par lEspagne dans le Nord-Ouest (Ceuta) et dans le Nord-Est (Melilla) sur le littoral meacutediterraneacuteen Cependant nous avons consideacutereacutes ces territoires comme faisant partie du Royaume du Maroc se rapprochant de son eacutetendue ottomane avant 1912 Nous traitons la peacuteninsule du Sinaiuml en tant que partie permanente de la Reacutepublique arabe dEgypte Sans faire de jugements politiques nous avons consideacutereacute la reacutegion drsquoAbeyi comme faisant partie inteacutegrante de la Reacutepublique du Soudan cependant dans la cartographie des produits nationaux les deux pays prennent en compte cette reacutegion Nous avons traiteacute le Triangle Halaib sur la frontiegravere soudano-eacutegyptienne comme faisant partie du Soudan bien que depuis 2010 lrsquoEacutegypte controcircle cette zone en tant que partie inteacutegrante de son Etat de la Mer Rouge La reacutegion de Bakassi territoire frontalier contesteacute sur la cocircte atlantique entre le Nigeria et le Cameroun a eacuteteacute traiteacute comme faisant partie du Nigeria en deacutepit de la mise en œuvre finale des accords qui ont accordeacute cette reacutegion agrave ladministration camerounaise en 2014 Les groupes insulaires de Bioko Annobin et Zanzibar sont traiteacutees seacutepareacutement de la partie continentale de Guineacutee eacutequatoriale et de Tanzanie respectivement Ces groupes insulaires ont toujours eu diffeacuterents plans de lutte antipaludique et des ambitions drsquoeacutelimination diffeacuterentes de ceux de leurs homologues du continent 55 Normalisation selon lacircge Lorsque lacircge nrsquoeacutetait pas preacuteciseacute dans le rapport de chaque enquecircte mais que le rapport preacutecisait que lrsquoensemble du village ou drsquoenfants de leacutecole primaire eacutetaient examineacutes nous avons supposeacute que les tranches dacircge agrave 0-99 ans ou 5-14 ans respectivement Il y avait une grande diversiteacute dans les tranches dacircge des populations eacutechantillonneacutees entre les eacutetudes Pour faire des comparaisons significatives dans le temps et lespace une seule tranche dacircge normaliseacute est neacutecessaire Il est possible drsquoeffectuer des ajustements dun acircge normaliseacute pour le Plasmodium falciparum gracircce agrave lobservation et agrave la theacuteorie des maladies infectieuses lagrave ougrave limmuniteacute est acquise apregraves une exposition reacutepeacuteteacutee de la naissance Nous avons adapteacute des modegraveles de

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conversion catalytique de Muench (dabord utiliseacute dans le paludisme par Pull amp Grab dans les anneacutees 1970 [158]) en eacutequations statiques en R-script qui utilise les gammes infeacuterieure et supeacuterieure deacutechantillon et la preacutevalence globale pour se transformer en une estimation preacutevues chez les enfants acircgeacutes de 2-10 ans PfPR2-10 [96] 56 Limitations dues agrave la taille de leacutechantillon La taille de leacutechantillon est inversement proportionnelle agrave la preacutevalence ougrave agrave faible taille des eacutechantillons les biais dans les estimations de la preacutevalence sont introduits en fonction de la preacutevalence reacuteelle de la population se traduisant deacutecarts-types relativement eacuteleveacutes [159] Il existe un seuil critique entre 10 et 20 individus eacutechantillonneacutes en dessous duquel les eacutecarts-types augmentent de faccedilon exponentielle dans la plupart des enquecirctes sur les infections parasitaires et la courbe commence agrave aplatir agrave partir drsquoune taille denviron 50 eacutechantillons et atteint une asymptote agrave environ 100 [160] La taille des eacutechantillons denquecircte individuels est eacutegalement importante dans le calcul des correacutelations avec les variables dendeacutemiciteacute pour veacuterifier les associations plausibles entre par exemple des preacutecipitations et la preacutevalence Au cours de seacutelection des co-variables de petits eacutechantillons impreacutecis peuvent conduire agrave loverfitting Nous avons chercheacute agrave combiner les communauteacutes agrave proximiteacute ougrave tout village comptait moins de 10 personnes eacutechantillonneacutees et ougrave les communauteacutes se situaient agrave moins de 5 km lrsquoun de lautre eacutechantillonneacutes exactement au mecircme moment par les mecircmes enquecircteurs 6 Partage et accegraves aux donneacutees Les donneacutees recueillies pour cette eacutetude font partie dune initiative plus large visant agrave aider les gouvernements nationaux en mettant agrave leur disposition des plateformes de donneacutees probantes pour les aider agrave concevoir des projets de lutte antipaludique gracircce au concours du projet INFORM [131161] soutenu par le Deacutepartement pour le deacuteveloppement international Royaume-Uni et le Wellcome Trust Les donneacutees geacuteocodeacutees sur la preacutevalence parasitaire issues des donneacutees archiveacutees publieacutees et ineacutedites donneacutees et rassembleacutees en bases de donneacutees soigneusement conserveacutees doivent ecirctre prise en charge et geacutereacutees par les services de lutte contre le paludisme au sein des ministegraveres nationaux de la santeacute Les donneacutees provenant des recherches nationales et des enquecirctes meneacutees par les ministegraveres de la santeacute sont la proprieacuteteacute des gouvernements nationaux Le plus souvent la plupart des ministegraveres de la santeacute nont pas accegraves agrave la gamme complegravete des donneacutees sur le paludisme pourtant potentiellement disponibles dans leur propre pays Le but est donc de se servir du projet INFORM pour bacirctir une appropriation des donneacutees nationales sur le paludisme et mettre toutes les donneacutees recueillies agrave la disposition des ministegraveres de la santeacute agrave travers lAfrique et aux conseillers techniques reacutegionaux de lOrganisation mondiale de la santeacute A ce titre ces gouvernements nationaux deviendront les gardiens de leurs propres donneacutees nationales et pleinement responsables de leur distribution aux scientifiques nationaux reacutegionaux et internationaux ainsi qursquoaux partenaires de controcircle

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7 Reacutefeacuterences 1 Snow RW (2014) Sixty years trying to define the malaria burden in Africa have we made any progress

BMC Medicine 12 227 2 Noor AM Kinyoki DK Mundia CW Kabaria CW Wambua JM Alegana VA Fall IS Snow RW (2014) The

changing risk of Plasmodium falciparum malaria infection in Africa 2000ndash10 a spatial and temporal analysis of transmission intensity Lancet 383 1739-1747

3 Snow RW Marsh K le Sueur D (1996) The need for maps of transmission intensity to guide malaria

control in Africa Parasitology Today 12 455ndash457 4 MARAARMA (1998) Towards an atlas of malaria risk in Africa First technical report of the

MARAARMA collaboration Durban South Africa httpsidl-bncidrccadspacebitstream10625316441114833pdf

5 Le Sueur D Binka F Lengeler C de Savigny D Teuscher T Toure Y Snow RW (1997) An atlas of malaria in

Africa Africa Health 19 23-24 6 Trape JF amp Rogier C (1996) Combating Malaria morbidity and mortality by reducing transmission

Parasitology Today 12 236-240 7 Snow RW Omumbo JA Lowe B Molyneux SM Obiero JO Palmer A Weber MW Pinder M Nahlen B

Obonyo C Newbold C Gupta S Marsh K (1997) Relation between severe malaria morbidity in children and level of Plasmodium falciparum transmission in Africa Lancet 349 1650-1654

8 Ghani AC Sutherland CJ Riley EM Drakeley CJ Griffin JT Gosling RD Filipe JAN (2009) Loss of

population levels of immunity to malaria as a result of exposure reducing interventions consequences for interpretation of disease trends PLoS One 4 e4383

9 Okiro EA Al-Taiar A Reyburn H Idro R Berkley J Nokes DJ Snow RW (2009) Age patterns of severe

paediatric malaria and their relationship to Plasmodium falciparum transmission intensity Malaria Journal 8 4

10 Carneiro I Roca-Feltrer A Griffin JT Smith L Tanner M Armstrong Schellenberg J Greenwood BM

Schellenberg D (2010) Age-patterns of malaria vary with severity transmission intensity and seasonality in sub-Saharan Africa A systematic review and pooled analysis PLoS One 5 e8988

11 Griffin JT Hollingsworth TD Reyburn H Drakeley CJ Riley EM Ghani AC (2014) Gradual acquisition of

immunity to severe malaria with increasing exposure Proceedings of the Royal Society B 282 20142657

12 Snow RW (2015) Global malaria eradication and the importance of Plasmodium falciparum

epidemiology in Africa BMC Medicine 13 23

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13 Smith T Maire N Ross A Penny M Chitnis N Schapira A Studer A Genton B Lengeler C Tediosi F de Savigny D Tanner M (2008) Towards a comprehensive simulation model of malaria epidemiology and control Parasitology 135 1507ndash1516

14 Smith DL Noor AM Hay SI Snow RW (2009) Predicting changing malaria risk after expanded

insecticide treated net coverage in Africa Trends in Parasitology 25 511ndash516 15 Griffin JT Hollingsworth D Okell LC Churcher TS White M Hinsley W Bousema T Drakeley CJ

Ferguson NM Basanez MG Ghani AC (2010) Reducing Plasmodium falciparum malaria transmission in Africa a model based evaluation of intervention strategies PLoS Medicine 7 e1000324

16 Chitnis N Schapira A Smith T Steketee R (2010) Comparing the effectiveness of malaria vector-

control interventions through a mathematical model American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 83 230ndash240

17 World Health Organization (2014) From malaria control to malaria elimination a manual for

Elimination Scenario Planning Global Malaria Programme World Health Organization Geneva April 2014

18 Gerardin J Eckhoff P Wenger EA (2015) Mass campaigns with antimalarial drugs a modelling

comparison of artemether-lumefantrine and DHA-piperaquine with and without primaquine as tools for malaria control and elimination BMC Infectious Diseases 15 144

19 Okell LC Drakeley CJ Bousema T Whitty CJM Ghani AC (2008) Modelling the impact of artemisinin

combination therapy and long-acting treatments on malaria transmission intensity PLoS Medicine 5 e226

20 Guyatt HL amp Snow RW (2001) Malaria in pregnancy as an indirect cause of infant mortality in sub-Saharan

Africa Transactions of Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 95 569-576 21 Desai M ter Kuile FO Nosten F McGready R Asamoa K Brabin B Newman R (2007) Epidemiology

and burden of malaria in pregnancy Lancet Infectious Diseases 7 93ndash104 22 van Eijk A Hill J Alegana VA Kirui V Gething PW ter Kuile F Snow RW (2011) Coverage of malaria

protection in pregnant women in sub-Saharan Africa a synthesis and analysis of national survey data Lancet Infectious Diseases 11 190-207

23 MPAC (2012) wwwwhointmalariampacsep2012mpac_mip_erg_sep2012pdf 24 MPAC (2013) wwwwhointmalariampacmpac_sep13_erg_ipt_malaria_pregnancy_reportpdf 25 Meremikwu MM Donegan S Sinclair D Esu E Oringanje C (2012) Intermittent preventive

treatment for malaria in children living in areas with seasonal transmission Cochrane Database Systematic Reviews 2 CD003756

26 Cairns M Roca-Feltrer A Garske T Wilson AL Diallo D Milligan PJ Ghani AC Greenwood BM (2012)

Estimating the potential public health impact of seasonal malaria chemoprevention in African children Nature Communications 3 881

25

27 Noor AM Kibuchi E Mitto B Coulibaly D Doumbo OK Snow RW (2015) A spatial decision support

framework for sub-national targeting of seasonal malaria chemoprevention in the Sahel Under review

28 Smith DL McKenzie FE Snow RW Hay SI (2007a) Revisiting the basic reproductive number for

malaria and its implications for malaria control PLoS Biology 5 e42 29 Hay SI Smith DL Snow RW (2008) Measuring malaria endemicity from intense to interrupted

transmission Lancet Infectious Diseases 8 369-378 30 Moonen B Cohen JM Snow RW Slutsker L Drakeley C Smith DL Abeyasinghe R Rodriguez Loacutepez

MH Maharaj R Tanner M Targett G (2010) Operational strategies to achieve and maintain malaria elimination Lancet 376 1592-1603

31 World Health Organization (2012a) Disease surveillance for malaria control Operational manual

WHO Geneva 32 World Health Organization (2012b) Disease surveillance for malaria elimination Operational manual

WHO Geneva 33 Cohen JM Moonen B Snow RW Smith DL (2010) How absolute is zero An evaluation of historical

and current definitions of malaria elimination Malaria Journal 9 213 34 Molineaux L Muir DA Spencer HC Wernsdorfer WH (1988) The epidemiology of malaria and its

measurement Malaria Principles and Practice of Malariology W Wernsdorfer and I McGregor London Churchill Livingstone 2 999-1089

35 Tusting LS Bousema T Smith DL Drakeley C (2014) Measuring changes in Plasmodium falciparum

transmission precision accuracy and costs of metrics Advances in Parasitology 84 151-208 36 Metselaar D amp van Thiel PH (1959) Classification of malaria Tropical Geographic Medicine 11 157ndash

161 37 Macdonald G amp Goumleckel GW (1964) The malaria parasite rate and interruption of transmission

Bulletin of World Health Organization 31 365ndash377 38 Lysenko AJ amp Semashko IN (1968) Geography of malaria A medico-geographic profile of an ancient

disease In Lebedew AW ed Itogi Nauki Medicinskaja Geografija Moscow USSR Academy of Sciences pp 25ndash146

39 Macdonald G (1957) The epidemiology and control of malaria Oxford University Press 40 Pampana E (1969) A textbook on malaria eradication Oxford Oxford University Press 41 Pull JH (1972) Malaria surveillance methods their uses and limitations American Journal of Tropical

Medicine amp Hygiene 21 651-657

26

42 World Health Organization (1950) Report on the malaria conference in equatorial Africa Held under the joint auspices of the World Health Organization and of the commission for technical co-operation in Africa south of the Sahara Kampala Uganda 27 Novemberndash9 December 1950

43 Yekutiel P (1960) Problems of epidemiology in malaria eradication Bulletin of the World Health

Organization 22 669-683 44 Macdonald G (1952) The analysis of equilibrium in malaria Tropical Diseases Bulletin 49 813-1129 45 Hay SI Guerra CA Gething PW Patil AP Tatem AJ Noor AM Kabaria CW Manh BH Elyazar IRF

Brooker S Smith DL Moyeed RA Snow RW (2009) A world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2007 PLoS Medicine 6 e1000048

46 Gething PW Patil AP Smith DL Guerra CA Elyazar IRF Johnston GL Tatem AJ Hay SI (2011) A new

world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2010 Malaria Journal 10 378 47 Snow RW Amratia P Kabaria CW Noor AM Marsh K (2012) The changing limits and incidence of

malaria in Africa 1939-2009 Advances in Parasitology 78 169-262 48 Black RH (1968) Manual of epidemiology and epidemiological services in malaria programmes World

Health Organization Geneva 49 Ray AP amp Beljaev AE (1984) Epidemiological surveillance a tool for assessment of malaria and its

control Journal of Communicable Disease 16 197ndash207 50 Omumbo JA Noor AM Fall IS Snow RW (2013) How well are malaria maps used to design and

finance malaria control in Africa PLoS One 8 e53198 51 Alegana VA Atkinson PM Wright JA Kamwi R Kakokele S Snow RW Noor AM (2013) Estimation of

malaria incidence in northern Namibia in 2009 using Bayesian Conditional-Autoregressive Spatial-Temporal Models Spatial amp Spatial Temporal Epidemiology 7 25-36

52 Bennett A Yukich J Miller JM Vounatsou P Hamainza B Ingwe MI Moonga HB Kamuliwo M Keating

J Smith TA Steketee RW Eisele TP (2014) A methodological framework for the improved use of routine health system data to evaluate national malaria control programs evidence from Zambia Population amp Health Metrics 12 30

53 Moonasar D Morris N Kleinschmidt I Maharaj R Raman J Mayet NT Benson FG Durrheim DN

Blumberg L (2013) What will move malaria control to elimination in South Africa South African Medical Journal 103 (10 Suppl 2) 801-806

54 Cohen JM Dlamini S Novotny JM Kandula D Kunene S Tatem AJ (2013) Rapid case-based mapping

of seasonal malaria transmission risk for strategic elimination planning in Swaziland Malaria Journal 12 61

55 Zanzibar Malaria Control Programme (2011) Zanzibar Malaria Performance Review September 2011

ZMCP Ministry of Health Revolutionary Government of Zanzibar

27

56 Ministry of Health [Cape Verde] World Health Organization and the University of California San Francisco (2012) Eliminating malaria Moving towards sustainable elimination in Cape Verde Geneva The World Health Organization httpappswhointirisbitstream106657584919789241504386_engpdfua=1

57 Littrell M Sow GD Ngom A Ba M Mboup BM Dieye Y Mutombo B Earle D Steketee RW (2013)

Case investigation and reactive case detection for malaria elimination in northern Senegal Malaria Journal 12 331

58 Thiroux D A amp DAnfreville D L (1908) Le paludisme au Seacuteneacutegal pendant les anneacutees 1905-1906

Gouvernement General de lAfrique Occidentale Francaise Laboratorie de bacteriologie de Saint-Louis Published Libraire JB Bailliere et Fils Paris 1908

59 Government General de LAlgeacuterie (1908) Campagne Antipaludique de 1908 unpublished document

available in Wellcome Library Euston Road London UK FX134AA9 60 Government of Gold Coast (1914) Medical amp Sanitary Report for the year 1913 Waterlow amp Sons

London 61 Mansfield-Aders W (1927) Notes on malaria and filariasis in the Zanzibar Protectorate Transactions

of the Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 30 207-214 62 Colony of Mauritius (1923-1925) Annual Reports on the Medical and Health Department 63 Swaroop S Gilroy AB Uemura K (1966) Statistical methods in malaria eradication Monograph Series

of World Health Organization 51 164 64 Barber MA amp Rice JB (1937) A survey of malaria in Egypt American Journal of Tropical Medicine amp

Hygiene 17 413-436 65 De Meira MT Simotildees TS Pinto Nogueira JF (1948) Observaccedilotildees sobre sezonismo nas ilhas do Sal Boa

Vista e S Nicolau (Cabo Verde) Anais do Instituto de Medicina Tropical 3 213-237 66 Young MD amp Johnson TH (1949) A malaria survey of Liberia Journal of National Malaria Society 8

247-266 67 De Meillon B (1951) Malaria survey of South-West Africa Bulletin of the World Health Organization

4 333ndash417 68 Houel G amp Donadille F (1953) Vingt ans de lutte antipaludique au Maroc Bulletin de lrsquoInstitut

drsquoHygiene du Maroc 13 3-51 69 Soeiro A (1952) O sezonismo em Moccedilambique contribuiccedilatildeo para o estudo epidemioloacutegico Anais do

Instituto de Medicina Tropical 9 343-389 70 Soeiro A (1959) Relactoacuterio da actividade do Instituto de Investigaccedilatildeo Meacutedica de Moccedilambique em

1958 e plano de trabalhos para o ano de 1960 Anais Intstituto de Higiene e Medicina Tropical 16 573-611

28

71 Bernard PM (1954) Trois ans de lutte antipaludique agrave Madagascar Bulletin de Madagascar

Publication Mensuelle du Service General Drsquoinformation du Haut-Commissariat no 96 72 Cambournac FJC Gandara AF Pena AJ Teixeira EWLG (1955) Subsidios para o inquerito malariologico

em Angola Anais do Instituto de Medicina Tropical 12 121-153 73 Anon (1954) Campagne antipaludique au Dahomey Map found in Benin box in WHO Archives

Geneva August 2012 74 Languillon J (1957) Carte eacutepideacutemiologique du paludisme au Cameroun Bulletin de la Socieacuteteacute de

Pathologie Exotique 50 585 - 600 75 Alves W (1958) Malaria parasite rates in Southern Rhodesia May-September 1956 Bulletin of the

World Health Organization 19 69-74 76 Lariviere M Hocquet P Abonnenc E (1961) Reacutesultats drsquoune enquecircte palustre dans la reacutepublique du

Seacuteneacutegal Indices plasmodiques chez les enfants en milieu rural Bulletin de la Socieacuteteacute Meacutedicale drsquoAfrique Noire de Langue Franccedilaise 6 386-403

77 Wernsdorfer G amp Wernsdorfer W (1967) Malaria in the middle Nile basin and its bordering regions Z

Tropenmed Parasitol 18 17-44 78 Rishikesh N amp Fahmy Y (1961) Quarterly report April-June 1961 Republic of Somalia pre-eradication

survey World Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 79 Rishikesh N Payne D Fahmy Y (1961) Quarterly report for the period January-March 1961 World

Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 80 Bechuanaland Protectorate (1958-1963) Annual Medical and Sanitary Reports for the Protectorate for

the years 1958-1963 Government Printers Gaborone 81 Craig MH Sharp BL Mabaso MLH Kleinschmidt I (2007) Developing a spatial-statistical model and

map of historical malaria prevalence in Botswana using a staged variable selection procedure International Journal of Health Geographics 6 44

82 Cano VI (1971) Deacuteveloppement des services de santeacute de base (Paludisme) World Health

Organization AFRMAL112 83 Barbie Y amp Timbila R (1964) Notes sur le paludisme en Reacutepublique Islamique de Mauritanie Medicine

Tropicale 24 427-435 84 Khromov A amp Privault R (1965) Programme du pre-eradication du paludisme Rapport trimestriel 4th

trimestre 1965 (Sep-Oct-Nov) WHO Mauritanie World Health Organization Unpublished document WHO Archives Geneva

85 Beltran O (1966) Malaria pre-eradication project Sierra Leone-19 fourth quarterly field report

October - December 1966 Government of Sierra Leone amp World Health Organization

29

86 Guy Y amp Gassabi R (1967) Les perspectives de leacuteradication du paludisme en Algeacuterie Archives de

LInstitut Pastuer DAlgerie 45 72-88 87 Chand D Garzen JB Bahar R Rishikesh N (1964) Malaria Eradication Service Ethiopia 14 (c) Quarterly

Report 1 October to 31 December 1964 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

88 Chand D Garzon JB Bahar R Rishiskesh N (1965) Quarterly report covering period 1 October to 31

December 1964 Project Ethiopia 0014 dated 9th february 1965 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

89 Onori E (1967) Distribution of Plasmodium ovale in the Eastern Western and Northern regions of

Uganda Bulletin of the World Health Organization 37 665-668 90 Wenlock (1978) The incidence of Plasmodium parasites in rural Zambia East African Medical Journal

55 268-276 91 Escudie A amp Hamon J (1961) Paludisme en Afrique Occidentale dexpression Franccedilaise Medicine

Tropicale 21 661-687 92 RBM-MERG - httpwwwrbmwhointmechanismsmerghtml 93 Corsi DJ Neuman M Finlay JE Subramanian SV (2012) Demographic and health surveys a profile

International Journal of Epidemiology 41 1602-1613 94 Measure httpwwwmeasuredhscomData 95 UNICEF httpwwwuniceforgstatisticsindex_24302html 96 Smith DL Guerra CA Snow RW Hay SI (2007b) Standardizing estimates of malaria prevalence

Malaria Journal 6 131 97 Brooker S Kolaczinski JH Gitonga CW Noor AM Snow RW (2009) The use of schools for malaria

surveillance and programme evaluation in Africa Malaria Journal 8 231 98 Stevenson JC Stresman GH Gitonga CW Gillig J Owaga C Marube E Odongo W Okoth A China P

Oriango R Brooker SJ Bousema T Drakeley C Cox J (2013) Reliability of school surveys in estimating geographic variation in malaria transmission in the western Kenyan highlands PLoS One 8 e77641

99 De Zulueta J Kafuko GW Cullen JR (1963) An investigation of the annual cycle of malaria in Masaka

district (Uganda) East African Medical Journal 40 469-488 100 Najera JA Shidrawi GR Gibson FD Stafford JS (1967) A large-scale field trial of Malathion as an

insecticide for antimalarial work in Southern Uganda Bulletin of the World Health Organization 36 913-935

30

101 Storey J (1972) A review of malaria work in Sierra Leone 1900 to 1964 West African Medical Journal 27 57-68

102 Gitonga CW Karanja PN Kihara J Mwjame M Juma E Snow RW Noor AM Brooker S (2010)

Implementing school malaria surveys in Kenya towards a nationwide surveillance system Malaria Journal 9 306

103 Gitonga CW Edwards T Karanja PN Noor AM Snow RW Brooker S (2012) Plasmodium infection

anaemia and mosquito net use among school children across different settings in Kenya Tropical Medicine amp International Health 17 858ndash870

104 Houngbedji CA N Dri PB Huumlrlimann E Yapi RB Silueacute KD Soro G Koudou BG Acka CA Assi S

Vounatsou P N Goran EK Fantodji A Utzinger J Raso G (2015) Disparities of Plasmodium falciparum infection malaria-related morbidity and access to malaria prevention and treatment among school-aged children a national cross-sectional survey in Cote dIvoire Malaria Journal 14 7

105 Ashton R Kefyalew T Tesfaye G Pullan R Yadeta D Reithinger R Kolaczinski J Brooker S (2010)

School-based surveys of malaria in Oromia Regional State Ethiopia towards a map of malaria risk Federal Ministry of Health Ethiopia

106 Takem EN Affara M Amambua-Ngwa A Okebe J Ceesay SJ Jawara M Oriero E Nwakanma D

Pinder M Clifford C Taal M Sowe M Suso P Mendy A Mbaye A Drakeley C DAlessandro U (2013) Detecting foci of malaria transmission with school surveys A pilot study in The Gambia PLoS One 8 e67108

107 Clarke SE Roschnik N Rouhani S Diarra S Bamadio M Sacko M Traore D Ly AB Gaye O Sembene

M Fall FB (2012) Malaria in school children under a new policy of universal coverage of nets Recent data from Mali and Senegal American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 Supplement 5 abstract 1466

108 Kabatereine NB Standley CJ Sousa-Fugueiredo JC Fleming RM Stothard JR Talisuna A Fenwick A

(2011) Integrated prevalence mapping of schistosomiasis soil-transmitted helminthiasis and malaria in lakeside and island communities in Lake Victoria Uganda Parasites amp Vectors 4 232

109 Emerson PM Ngondi J Biru E Graves PM Ejigsemahu Y Gebre T Endeshaw T Genet A Mosher

AW Zerihun M Messele A Richards FO (2008) Integrating an NTD with one of lsquolsquoThe Big Threersquorsquo Combined malaria and trachoma survey in Amhara Region of Ethiopia PLoS Neglected Tropical Diseases 2 e197

110 Noor AM Alegana VA Patil AP Moloney G Borle M Ahmed F Yousef F Amran J Snow RW (2012)

Mapping the receptivity of malaria risk to plan the future of control in Somalia British Medical Journal Open Access 2 e001160

111 Boyd MF (1949) Malariology A comprehensive review of all aspects of this group of diseases from a

global standpoint Volume II WB Saunders Company Philadelphia and London

31

112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

2

Lrsquoeacutevolution de la pathologie en fonction de lrsquoacircge est accompagneacutee dune preacutesentation grave de la maladie Dans des conditions de transmission intense une aneacutemie seacutevegravereaigueuml est une cause majeure de maladie mortelle alors que les preacutesentations qui incluent le paludisme ceacutereacutebral deviennent de plus en plus courante chez les communauteacutes exposeacutees agrave des niveaux drsquointensiteacute de transmission allant de modeacutereacutee agrave faible [7 9 11] Figure 1 Cadre conceptuel de leacutepideacutemiologie clinique de Plasmodium falciparum en fonction drsquoune baisse de lrsquointensiteacute de transmission parasitaires en Afrique [Snow 2015] La ligne rouge repreacutesente un taux theacuteorique dincidences graves de maladie et de mortaliteacute alors que les barres noires deacutemontrent la reacutepartition proportionnelle du paludisme grave entre la naissance et le 10e anniversaire sur la base de travaux deacutejagrave publieacutes [79]

Les modegraveles biologiques meacutecanistes qui reproduisent les proprieacuteteacutes matheacutematiques de la transmission du paludisme preacutedisent que limpact probable des diffeacuterentes strateacutegies de lutte contre le paludisme agrave base dinsecticide ou de meacutedicaments aura diffeacuterentes magnitudes deffets et de dureacutee globaux dintervention neacutecessaires pour deacutemontrer limpact selon les niveaux de deacutepart des endeacutemiciteacutes [13-18] En termes geacuteneacuteraux la reacuteduction du contact homme-vecteur agrave travers par exemple la seule utilisation de moustiquaires impreacutegneacutees dinsecticide (MII) ne suffira jamais agrave interrompre la transmission dans les zones de transmission tregraves intense A linverse en cas drsquoutilisation par 90 de la population agrave 100 du temps dans les zones de transmission intermeacutediaire les MII pourraient reacuteduire lexposition au parasite agrave presque zeacutero dans les huit ans [14-15] Des mesures auxiliaires de lutte anti-vectorielle sont neacutecessaires pour compleacuteter les strateacutegies MII dans les zones de transmission intense du paludisme pour reacuteduire rapidement labondance des vecteurs de sorte agrave avoir un impact durable en termes de transmission [15] Limmeacutediateteacute preacutevue et limpact global de ladministration massive de meacutedicaments (AMD) et la pulveacuterisation intradomiciliaire sont eacutegalement subordonneacutees agrave lintensiteacute de la transmission avant le deacutebut de lintervention [15-18] Les impacts sur la transmission par le biais de lutilisation efficace de combinaisons theacuterapeutiques agrave base darteacutemisinine (CTA) disponibles actuellement sont les plus importants dans les zones ougrave la plupart des nouvelles infections cliniques sont traiteacutees et ougrave lintensiteacute de la transmission est faible alors que limpact du traitement CTA sur la transmission locale est beaucoup plus faible dans les zones ougrave lintensiteacute de la transmission du parasite est eacuteleveacutee [19] ou lorsquil est utiliseacute pour les ADM [18] Pour obtenir un impact sur la transmission seulement

3

gracircce aux strateacutegies de traitement de routine il faut diffeacuterents types de combinaisons de meacutedicaments que ceux utiliseacutes actuellement en Afrique [19] Les effets de linfection du paludisme chez les femmes enceintes ont eacuteteacute bien deacutecrits et comprennent les effets insidieux dinfections reacutepeacuteteacutees sur laneacutemie laugmentation des risques de deacutecegraves in uteromorts fœtales in utero de faible poids agrave la naissance conduisant agrave des risques plus eacuteleveacutes de mortaliteacute infantile et dans des conditions de transmission instable des risques accrus de deacutecegraves maternels pendant la grossesse [2021] Le traitement preacutesomptif intermittent (TPI) avec deux doses dans les deuxiegraveme et troisiegraveme trimestres en utilisant le meacutedicament agrave longue demi-vie sulfadoxine-pyrimeacutethamine (SP) a eacuteteacute mis en œuvre dans une grande partie de lAfrique subsaharienne depuis 2001 [22] Au cours des derniegraveres anneacutees cette recommandation a dans certains pays eacuteteacute eacutetendue agrave trois doses de SP agrave partir de la peacuteriode des premiers mouvements du fœtus Au fur et agrave mesure que la transmission diminue le rapport coucirct-beacuteneacutefice du TPI change tandis que les eacuteleacutements de preuve ne sont pas concluants quant au moment drsquoarrecircter le TPI [23] actuellement il est suggeacutereacute que lorsque la preacutevalence chez les enfants diminue en dessous de 5 on pourrait envisager soit larrecirct du TPI ou lrsquointroduction du deacutepistage et le traitement pour les femmes enceintes [24] La chimio-preacutevention saisonnier du paludisme (CSP) sest aveacutereacutee utile pour preacutevenir environ 75 des eacutepisodes cliniques de paludisme chez les enfants acircgeacutes de moins de cinq ans dans les zones ougrave la transmission se limite agrave quelques mois de lrsquoanneacutee [25] Le ciblage CSP au sein des frontiegraveres nationales deacutepend non seulement de la connaissance des saisons du paludisme mais eacutegalement des risques intrinsegraveques dendeacutemiciteacute preacute-intervention Dans les zones ougrave lintensiteacute de la transmission saisonniegravere historiquement bas les coucircts-avantages de la CSP sont minimes par rapport aux zones ougrave la preacutevalence du parasite est supeacuterieure agrave 5 [26] Il est eacutegalement important de comprendre des niveaux actuels de transmission du paludisme qui permettront de deacutefinir la tranche dacircge eacuteventuellement le plus adapteacute agrave la CSP par exemple 3 mois avant le 5egraveme anniversaire (arbitrairement fixeacute agrave une preacutevalence supeacuterieure agrave 10) ou au fur et agrave mesure que la transmission diminue 3 mois avant 10egraveme anniversaire ougrave la preacutevalence est comprise entre 5 et 10 [27] Lorsque lintensiteacute de la transmission diminue agrave des niveaux faibles les modes de risques parasitaires deviennent de plus en plus heacuteteacuterogegravenes ougrave des foyers de transmission spatialement localiseacutes contribuent pour plus de 80 du risque de transmission entre quartiers [28] Bien quil ny ait pas de regravegles absolues deacuteterminant le moment du controcircle du paludisme on a laisseacute entendre que lorsque la preacutevalence communautaire du paludisme tombe en dessous de 5 [29] il faut adopter des approches plus cibleacutees pour la preacutevention des maladies [30-32] Les eacutetats de tregraves faible preacutevalence parasitaire servent eacutegalement de signaux aux agences de controcircle qui peuvent agrave ce moment-lagrave envisager la reacutevision des strateacutegies de lutte antipaludiques inteacutegrant les mesures drsquoeacuteradication [33] Comprendre lintensiteacute de la transmission du parasite du paludisme est au cœur drsquoune planification de lutte efficace et dans la deacutefinition des pheacutenotypes cliniques neacutecessitant des actions de gestion Tout au long la peacuteriode de controcircle lintensiteacute de la transmission sert drsquoindice

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mesurable du succegraves de lintervention et drsquoun point de reacutefeacuterence pour permettre aux programmes drsquoadapter des combinaisons drsquointerventions pour maximiser les gains et reacuteorienter le controcircle pour la preacute-eacutelimination 2 Mesurer le risque de paludisme 21 Mesurer la transmission endeacutemique stable du paludisme Le taux dexposition au parasite peut ecirctre mesureacute agrave lrsquoaide drsquoune varieacuteteacute de techniques eacutepideacutemiologiques allant de mesures vectorielles deacutetailleacutees de taux de piqures humaines des proportions de vecteurs avec des parasites dans leurs glandes salivaires leur pariteacute et longeacuteviteacute dans des hocirctes humains provenant deacutetudes longitudinales ou transversales drsquoacquisition du parasite de la naissance jusqursquoau premier anniversaire en utilisant des combinaisons de deacutetection des parasites et de seacuterologie [34] Les mesures vectorielles de transmission du paludisme constituent des paramegravetres importants permettant de modeler limpact des interventions Toutefois celles-ci sont difficiles et coucircteuses agrave mesurer de faccedilon empirique dans des conditions de terrain [35] La meacutethode de mesure la plus couramment utiliseacutee pour mesurer lexposition au parasite est le taux parasitaire (TP) chez les hocirctes humains (strictement en ratio tel quil mesureacute agrave une date donneacutee) Le TP est la proportion dindividus en une seule enquecircte transversale au sein drsquoune communauteacute entiegravere ou communauteacute eacutechantillonneacutee qui preacutesentent des signes dune infection paludique au stade sanguin peacuteripheacuterique Le TP nrsquoest pas une mesure directe de transmission car elle se sature agrave des niveaux eacuteleveacutes de transmission en raison de piqures heacuteteacuterogegravenes de multiples infections et dimmuniteacute acquise Des modegraveles matheacutematiques ont eacuteteacute deacuteveloppeacutes pour traduire les valeurs de TP en valeurs de taux dinoculations entomologiques (TIE) ou de taux de reproduction de base de linfection [28] Neacuteanmoins sur le plan pratique des programmes de lutte contre le paludisme utilisent le TP en tant que marqueur direct dintensiteacute de transmission Pendant legravere du Programme mondial deacuteradication du paludisme (GMEP) dans les anneacutees 1950 et 1960 la preacutevalence du parasite paludique chez les enfants eacutetait consideacutereacutee comme un indice mesurable et deacutefinitif du risque qui permettrait de deacutefinir la maniegravere dont les interventions eacutetaient spatialement cibleacutees et les progregraves mesureacutes [36-41] Suite agrave la confeacuterence sur le paludisme en Afrique tenue agrave Kampala en Ouganda en 1950 [42] les experts du paludisme ont convenu dun ensemble de classifications drsquoendeacutemiciteacute stable du paludisme sur la base de la preacutevalence drsquoinfection par le P falciparum chez les enfants acircgeacutes entre 2 et 10 ans (PfPR2-10) ou chez les nourrissons or infants transmission hypo-endeacutemique ougrave PfPR2-10 eacutetait infeacuterieur agrave 10 la transmission meacuteso-endeacutemique ougrave le PfPR2-10 se situait entre 10 et 50 la transmission hyper-endeacutemie ougrave le PfPR2-10 se situait entre 51 et le75 et la transmission holo-endeacutemique ougrave la preacutevalence de linfection chez les nourrissons eacutetait gt 75 [36] Ces terminologies eacutetaient deacutejagrave utiliseacutees avant mecircme la confeacuterence de Kampala mais se referaient geacuteneacuteralement agrave la preacutevalence moins speacutecifique de spleacutenomeacutegalie chez les enfants Aujourdrsquohui ces terminologies sont rarement utiliseacutees La transmission holo-endeacutemique est rarement deacutefinie de faccedilon empirique chez les nourrissons et fait geacuteneacuteralement lrsquoobjet drsquoestimations agrave partir de tranches dacircge utiliseacutees

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pour trier les autres classes dendeacutemiciteacute En tant que telle elle est geacuteneacuteralement consideacutereacutee comme un eacutetat ougrave PfPR2-10 est ge 75 Fait plus important encore ces classifications ont conserveacute une valeur qualitative dans les descriptions nationales de lintensiteacute de la transmission depuis plus de 60 ans 22 Mesurer le risque lorsque la preacutevalence est faible et lutilisation de donneacutees de cas courants Lrsquooptimisation et lrsquoopeacuterationnalisation des deacutefinitions de lintensiteacute de transmission du paludisme ont reacutecemment eacuteteacute revues pour fournir des paramegravetres permettant drsquoaider agrave la prise de deacutecisions sur le moment ougrave des pays ou des reacutegions au sein des pays pourraient deacutecider deacutelaborer un programme deacuteradication [33] Le paludisme controcircleacute agrave faible endeacutemie a eacuteteacute proposeacutee comme un eacutetat ougrave les interventions auraient pu reacuteduire le taux parasitaire moyen dans un eacutechantillon repreacutesentatif au niveau national en dessous de 1 au cours de la saison de transmission de pointe tandis que les niveaux de preacutevalence dans les sous-populations restent infeacuterieurs agrave un seuil plus eacuteleveacute (par exemple infeacuterieure agrave une preacutevalence de 5) pour permettre une heacuteteacuterogeacuteneacuteiteacute dans endeacutemiciteacute causeacutee par la transmission focale Etant donneacute que la composante laquocontrocircleacuteeraquo de cette deacutefinition ne concerne pas une reacutegion dans laquelle la transmission du paludisme eacutetait toujours historiquement faible cela se distingue du paludisme agrave faible endeacutemie [33] En tant que tel il y a de plus en plus drsquoadaptations de la classification hypo-endeacutemique pour inclure des zones deacutefinies par un PfPR2-10 de lt1 et de lt5 [2] Il existe eacutegalement un facteur deacutechantillonnage pratique lorsque lintensiteacute de transmission devient tregraves faible ou instable Cela exige des enquecirctes communautaires de plus en plus grandes et plus reacutepeacuteteacutees afin de fournir des estimations avec une preacutecision fiable Dans cet eacutetat de transition la deacutecision quant agrave savoir srsquoil faut abandonner les enquecirctes communautaires en faveur des enquecirctes de deacutepistage passif etou actif et de preacutevalence de drsquoinfection par la fiegravevre doivent ecirctre faites Ceci a eacuteteacute deacutefini sur le plan opeacuterationnel au cours du GMEP laquoToutefois aussi tocirct que le volume geacuteneacuteral du paludisme a eacuteteacute reacuteduit dans une mesure consideacuterable les indices fournis par les enquecirctes paludomeacutetriques ne seront plus suffisamment sensibles pour mesurer de nouveaux progregraves Lanalyse des donneacutees deacutevaluation des programmes deacuteradication ainsi que des observations plus eacutetroites dans le domaine ont montreacute qursquoon atteint le point ougrave les enquecirctes paludomeacutetriques cessent decirctre suffisamment sensibles lorsque le taux de parasites chute agrave un niveau compris entre 1 et 3 [43] raquo Les termes transmission laquo stable raquo et laquo instable raquo sont largement utiliseacutes mais rarement quantifieacutee Cette distinction est importante car la transition vers les eacutetats instables implique une transition vers leacuteradication La classification laquo stable-instable raquo a eacuteteacute introduite en paludologie par Sir Ronald Ross [Ross 1916] et adapteacutee par George Macdonald pour mesurer lendeacutemiciteacute du paludisme ougrave la stabiliteacute a eacuteteacute deacutefinie quantitativement par le nombre moyen de piqures quun moustique effectue chez un homme au cours de sa vie [3944] Lindice de stabiliteacute cependant exige des donneacutees entomologiques deacutetailleacutees qui sont rarement disponibles Qualitativement le paludisme stable se reacutefegravere agrave des situations relativement insensibles aux changements environnementaux naturels et artificiels Le paludisme instable se trouve dans des zones tregraves sensibles aux accidents climatiques exceptionnels se precircte facilement agrave leacuteradication

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et preacutevaut souvent dans des zones dariditeacute extrecircme ougrave les changements brusques des preacutecipitations habituelles peuvent conduire agrave des eacutepideacutemies Lindice de veacutegeacutetation ameacutelioreacute (EVI) deacuteriveacutee de limagerie du capteur MODerate-resolution Imaging Spectroradiometer (Radiomegravetre spectral pour imagerie de reacutesolution moyenne) (MODIS) a eacuteteacute utiliseacute pour deacutelimiter les zones soumises agrave lariditeacute extrecircme et donc potentiellement des zones de transmission instable du paludisme [245-47] Cependant limagerie par satellite EVI fournit une visualisation strieacutee de lariditeacute agrave travers le Mali le Niger et le Tchad (en fonction de la qualiteacute de limagerie) Malgreacute une illusion de preacutecision pour la transmission du paludisme instable cela na jamais eacuteteacute valideacute par des donneacutees empiriques sur lincidence clinique ou la preacutevalence Nous avons donc eacuteviteacute lutilisation de lindice de veacutegeacutetation ameacutelioreacute dans les deacutefinitions ulteacuterieures de la transmission du paludisme instable Une deacutefinition plus preacutecise du paludisme laquoinstableraquo est baseacutee sur les cas dincidence La mesure de lincidence du paludisme exige que tous les cas soupccedilonneacutes du paludisme soient diagnostiqueacutes gracircce agrave un systegraveme de surveillance complet comprenant le deacutepistage passif des cas (DPC) par lexamen parasitologique des personnes soupccedilonneacutees geacuteneacuteralement des cas feacutebriles preacutesentant les services sanitaires compleacuteteacutees par le deacutepistage actif des cas (DAC) les deacutepistages des cas de fiegravevre effectueacutes par des visites agrave domicile agrave intervalles reacuteguliers [34404341] Les reacutesultats sont geacuteneacuteralement exprimeacutes sous forme drsquoincidence parasitaire annuelle (IPA) pour tous les 1 000 habitants au sein de lensemble de la population des zones administratives pour lesquelles il est repreacutesentatif Au cours du GMEP lIPA neacutetait consideacutereacutee valable que si le taux dexamen sanguin annuel (TESA) la proportion de la population cible examineacutee deacutepassait 10 [4048] Lautre meacutetrique souvent preacutesenteacute est le taux de positiviteacute des lames (TPL) Ces indices de surveillance sont relieacutes comme suit API = (ABER SPR) 10a [49] Au cours des derniegraveres activiteacutes de cartographie aux niveaux mondial [45] et reacutegional [247] on a preacutefeacutereacute utiliser une valeur tregraves conservatrice de cas dincidence de lt1 cas pour 10 000 habitants Bien que cela reconnaisse les difficulteacutes agrave mesurer lincidence de cas il suppose que lidentification des cas gracircce agrave des systegravemes routiniers continue agrave ecirctre aussi faible comme cela a eacuteteacute le cas au cours des deux derniegraveres deacutecennies Des systegravemes dinformations sanitaires et les taux de cas de parasites confirmeacutes srsquoameacuteliorent agrave travers lAfrique Le deacutefi agrave preacutesent est de faire en sorte que soit faite la meilleure utilisation possible de ces donneacutees conformeacutement agrave la deacutefinition de lrsquoOMS de preacute-eacuteradication accepteacutee qui est de lt1 cas pour 1 000 [17 31 32] personnes ougrave cela peut ecirctre enregistreacutee en toute confiance ou des donneacutees partiellement incomplegravetes provenant des systegravemes de santeacute utiliseacutees par la majoriteacute de la population peuvent ecirctre efficacement spatialement modeacuteliseacutees Lors de nombreuses demandes de financement de leacutetranger des strateacutegies nationales de lutte contre le paludisme ou des examens de programmes de lutte contre le paludisme les incidences

a La division par dix est neacutecessaire parce que lrsquoAPI est exprimeacute par tranches de 1000 et les autres termes par tranches de 100

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ou le nombre de cas signaleacutes par les systegravemes dinformation de santeacute de routine (SIS) sont de plus en plus preacutesenteacutes dans les cartographies agrave travers lAfrique subsaharienne notamment au Beacutenin au Botswana au Burkina Faso au Congo en Cocircte dIvoire en Erythreacutee en Guineacutee Bissau au Malawi en Mauritanie au Mozambique agrave Sao Tomeacute-et-Principe au Seacuteneacutegal au Togo agrave Zanzibar et au Zimbabwe [50] Ces donneacutees sont incomplegravetes et ne reflegravetent pas toujours les cas confirmeacutes parasitologiquement Neacuteanmoins ces exemples mettent en eacutevidence lrsquointeacuterecirct croissant dans lapplication des donneacutees de cas de paludisme de routine agrave la stratification et cartographie du risque de paludisme Des donneacutees imparfaites et incomplegravetes sur le paludisme ont reacutecemment eacuteteacute modeacuteliseacutees agrave lrsquoaide des meacutethodes geacuteostatistiques avanceacutees pour en faciliter lutilisation des donneacutees mensuelles incomplegravetes et les emplacements des eacutetablissements de santeacute geacuteocodeacutees en Namibie [51] et en Zambie [52] Ces nouvelles approches pour le traitement des donneacutees incomplegravetes de routine en combinaison avec des capaciteacutes de diagnostic redimensionneacutees offre de nouvelles possibiliteacutes inteacuteressantes pour modeacuteliser le cas dincidence ougrave la plupart des fiegravevres cherchent un traitement dans les secteurs formels et la plupart des fiegravevres sont parasitologique confirmeacutees Pour les pays ou zones se trouvant agrave linteacuterieur des pays cherchant agrave parvenir agrave eacuteradiquer le paludisme en Afrique des combinaisons de PCD et ACD avec deacutepistage des cas sont deacutejagrave en cours en Afrique du Sud [53] au Swaziland [54] agrave Zanzibar [55] au Cap-Vert [56] et dans les districts limitrophes du fleuve Seacuteneacutegal au Seacuteneacutegal [57] Le passage du controcircle agrave la preacute-eacuteradication est un continuum Par conseacutequent les mesures utiliseacutees pour deacutefinir ces paramegravetres doivent ecirctre refleacuteteacutees par des combinaisons de mesures en fonction de la disponibiliteacute et de la qualiteacute des donneacutees nationales Lorsquil ny a pas de systegravemes dinformation de santeacute fiables et lagrave ougrave la preacutevalence parasitaire reste eacuteleveacute il est fondamental dutiliser la preacutevalence dinfection agrave base communautaire comme indicateur de risque Lorsque leacuteradication est un objectif preacutedeacutefini la deacutetection de toutes les infections plutocirct que de tous les eacuteveacutenements pathologiques devient une prioriteacute Toutes les meacutetriques de risque doivent permettre de stratifier les reacutegions geacuteographiques avec une preacutecision adeacutequate Ces stratifications devraient permettre drsquoeacutetablir un lien quant agrave ce qui est neacutecessaire pour deacuteplacer une reacutegion plus loin dans le continuum vers le deacutefi ultime de leacuteradication Il ny a pas de lignes directrices deacutefinitives pour ce qui peut ecirctre mesureacute et sur les critegraveres neacutecessaires pour entamer lrsquoadaptation des strateacutegies de controcircle Nous travaillons en eacutetroite collaboration avec lOMS pour veiller agrave ce que cela soit plus clair dans un proche avenir 3 Lhistoire des enquecirctes parasitaires nationales en Afrique Certaines des enquecirctes nationales plus anciennes en matiegravere de preacutevalence de linfection ont eacuteteacute entreprises au Seacuteneacutegal en 1905-1906 [58] en Algeacuterie en 1908 [59] au Ghana en 1913 [60] agrave Zanzibar en 1923-1926 [61] et agrave lrsquoicircle Maurice entre 1923 et 1925 [62] Les enquecirctes parasitaires nationales ont eacuteteacute recommandeacutees agrave travers lAfrique pendant les phases preacuteparatoires et les phases dattaque de leacuteradication du paludisme dans le cadre du Projet GMEP [40 43 48] Celles-ci eacutetaient fondeacutees sur des meacutethodes deacutechantillonnage statistique pour permettre une

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plus grande preacutecision de preacutevalence de chaque communauteacute en fonction des niveaux de preacutevalence attendus [63] Des exemples de ces enquecirctes nationales srsquoeacutetendent sur 30 ans de preacuteparation pour le controcircle du paludisme en Afrique y compris les enquecirctes meneacutees avant la Confeacuterence de Kampala en Egypte en 1936 [64] au Cap-Vert en 1946 [65] au Libeacuteria en 1948 [66] et en Namibie en 1950 [67] et apregraves la Confeacuterence de Kampala au Maroc en 1951-1953 [68] au Mozambique 1952 [6970] agrave Madagascar entre 1952 et 1953 [71] en Angola 1953 [72] au Beacutenin 1954 [73] au Cameroun en 1954 [74] au Zimbabwe en 1956 [75] au Seacuteneacutegal en 1960 [76] au Soudan en 1961-1963 [77] en Somalie entre 1960 et 1961 [7879] au Botswana en 1962 [8081] au Togo entre 1962 et 1964 [82] en Mauritanie entre 1963 et 1965 [8384] en Sierra Leone entre 1963 et 1966 [85] en Algeacuterie entre 1964 et 1965 [86] en Ethiopie entre 1964 et 1965 [8788] en Ouganda entre 1965 et 1967 [89] et en Zambie entre 1969 et 1972 [90] Des exemples de repreacutesentations dessineacutees agrave la main de ces donneacutees denquecirctes nationales sont preacutesenteacutes dans le scheacutema 2 Scheacutema 2 Exemples denquecirctes nationales sur la preacutevalence du paludisme pendant legravere du GMEP a) au Seacuteneacutegal [76] b) en Ouganda [89] c) en Angola [72] d) au Mozambique [70] e) au Soudan [77] f) au Cameroun [74]

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Au deacutebut le Centre Muraz baseacute agrave Bobo Dioullaso au Burkina Faso faisait office du siegravege sous reacutegional du Service Geacuteneacuteral dHygiegravene et de Prophylaxie (SGHMP) qui fournissait des preacuteconisations meacutedicales et sanitaires ainsi que la recherche pour les pays qui constituaient la Feacutedeacuteration des pays de lrsquoAfrique occidentale Franccedilaise (AOF) En 1955 des enquecirctes aupregraves des meacutenages de grande ampleur ont eacuteteacute entreprises depuis le Centre Muraz agrave travers la sous-reacutegion pour eacutetablir la preacutevalence du pian et de la syphilis Le chef de la section de lutte contre le paludisme le commandant docteur Choumara a suggeacutereacute qursquoon pourrait inclure des enquecirctes compleacutementaires sur le paludisme sans occasionner des coucircts suppleacutementaires et sans retarder le travail de leacutequipe de Treacuteponeacutematoses Au cours des anneacutees suivantes les premiegraveres cartographies sous-reacutegionales de la preacutevalence empirique du paludisme ont eacuteteacute eacutelaboreacutees [91] (scheacutema 3) Scheacutema 3 Reacutesultats des enquecirctes paludomeacutetriques sous-reacutegionales meneacutees dans le cadre drsquoenquecirctes de treacuteponegraveme en milieu et agrave la fin des anneacutees 1950 par le Centre Muraz agrave travers lrsquoAOF [91]

Pendant les efforts deacuteradication un certain nombre de pays ont maintenu des enquecirctes communautaires parasitologiques eacutetendues mais pour la majoriteacute des pays dAfrique sub-saharienne les enquecirctes nationales dinfections paludiques aupregraves des meacutenages ont eacuteteacute abandonneacutees En 2005 cinq ans apregraves le lancement de linitiative Roll Back Malaria il a eacuteteacute reconnu quil eacutetait important de ressusciter des enquecirctes nationales des meacutenages sur la preacutevalence de linfection en tant que moyen pour permettre de suivre les progregraves au niveau des pays [9293] Les trois principaux veacutehicules denquecircte pour recueillir les donneacutees nationales contemporaines de

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preacutevalence parasitaires eacutetaient les modules de paludisme de lrsquoEnquecircte deacutemographique et de santeacute geacutereacutes par le programme ameacutericain MESURE-ICF [94] les Enquecirctes en grappes agrave indicateurs multiples geacutereacutees par lUNICEF [95] et les EIP autonomes geacutereacutees par les programmes nationaux de lutte contre le paludisme et leurs partenaires de drsquoenquecircte Ces enquecirctes sont effectueacutees avec un accent sur le suivi des eacutevolutions dans la couverture dintervention et du taux de mortaliteacute des enfants de moins de cinq ans dans le premier niveau des zones administratives (province Eacutetat Gouvernorat etc) Lrsquoeacutechantillonnage national stratifieacute et pondeacutereacute selon la population ne se fonde pas sur la preacutecision autour de la preacutevalence du paludisme Lune des conseacutequences est que les uniteacutes primaires deacutechantillonnage qui en deacutecoulent ne repreacutesentent qursquoun tregraves petit nombre dindividus eacutechantillonneacutes pour linfection par le paludisme Ceci est une distinction importante entre les enquecirctes nationales sur le paludisme meneacutees au cours de legravere du Projet GMEP qui ont eacuteteacute conccedilues sur la base de leur capaciteacute agrave deacutefinir la preacutevalence dinfection [63] Les enquecirctes nationales actuelles comprennent des combinaisons de meacutethodes de deacutepistage des parasites dans diffeacuterents tranches dacircge en fonction de lenquecircte nationale Cependant la majoriteacute se focalise uniquement sur les enfants acircgeacutes drsquoentre 6 mois agrave cinq ans ce qui constitue une tranche dacircge moins informative en termes de preacutevalence dinfection par rapport aux enquecirctes comprenant une fourchette dacircge denfance beaucoup plus eacutetendue [96] et qui repeacutesente une autre rupture par rapport aux enquecirctes nationales meneacutees entre les anneacutees 1950 et 1960 qui eacutetaient axeacutees sur les enfants de moins de 10 ou de moins de 15 ans ou qui ont pris en consideacuteration tous les membres du meacutenage Malgreacute ces limites il y a eu une augmentation importante de donneacutees empiriques sur la preacutevalence dinfection par le paludisme en Afrique par rapport agrave ce qui eacutetait disponible dans une vaste zone geacuteographique depuis plus de 40 ans Depuis 2006 les enquecirctes nationales sur le parasites du paludisme ont eacuteteacute entreprises en Angola (2006 et 2011) au Botswana (2012) au Beacutenin (2012) au Burkina Faso (2010 et 2014) au Burundi (2012) au Cameroun (2011) au Tchad (2011) aux Comores (2010b) en Cocircte dIvoire (2012) en Reacutepublique deacutemocratique du Congo (2011b) aux Comores (2010b) en Cocircte dIvoire (2012) en Reacutepublique deacutemocratique du Congo (DRC) (2009 et 201314) au Djibouti (2009b) en Guineacutee eacutequatoriale (2007 and 201011b) en Erythreacutee (2002 et 2012b) en Ethiopie (2006 2007 et 2011b) au Gabon (2007 adultes uniquementb) en Gambie (2008b 2010b 2013b et 2015b) Ghana (2011 and 2014) Guineacutee (2012 and 201415) Guineacutee Bissau (200809b) Kenya (2007b 2010b et 2015b) au Liberia (2009 et 2011) agrave Madagascar (2011 and 2013) au Malawi (2000 2009 2012 et 2014) au Mali (2010) Mozambique (2002a 2007a et 2011) en Namibie (2009a) au Nigeria (2010) au Rwanda (2007 et 201011) au Seacuteneacutegal (20089 201011 201213 et 201314) en Sierra Leone (2013) en Somalie (2005b et 2014b) au Sud-Soudan (2009b et 2013b) au Soudan (2005b 2009b et 2012b) au Swaziland (2010b) en Tanzanie (20078 et 201112) au Togo (201314) en Ouganda (2009 et 201415) en Zambie (2006b 2008b 2010b et 2012a) agrave Zanzibar (2007 2010 et 201112) et au Zimbabwe (2009 et 2012)

b Donneacutees mises agrave la disposition de lrsquoeacutequipe drsquoINFORM par les programmes nationaux de lute contre le paludisme sans permission pour de partager avec des tiers

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Suivant une augmentation des enquecirctes communautaires sur la preacutevalence drsquoinfection il y a eu une renaissance dans les enquecirctes drsquoeacutecoliers Cette fourchette dacircge fournit une gamme plus optimale pour les recherches sur la preacutevalence dinfection Lagrave ougrave la freacutequentation scolaire est eacuteleveacutee et ougrave lintensiteacute de transmission est stable cette approche consistant agrave mesurer lexposition communautaire aux parasites est moins coucircteuse et exige moins de main-dœuvre que leacutechantillonnage communautaire [9798] Lutilisation de la preacutevalence de linfection chez les eacutecoliers pour suivre les progregraves et limpact de la lutte contre le paludisme et son eacutelimination nrsquoest pas nouvelle Les enquecirctes scolaires ont eacuteteacute entreprises dans le cadre de la surveillance en Rhodeacutesie du Sud (aujourdhui appeleacute le Zimbabwe) [75] au Bechuanaland (aujourdhui appeleacute la Reacutepublique du Botswana) [80] en Ouganda [99 100] en icircle Maurice [62] et en Sierra Leone [101] Au Kenya les enquecirctes sur le paludisme dans les eacutecoles ont eacuteteacute reacuteguliegraverement effectueacutees dans le cadre de la surveillance paludique par la Division des maladies agrave transmission vectorielle (DMTV) depuis sa creacuteation dans les anneacutees 1940 jusquau deacutebut des anneacutees 1990 anneacutee ougrave ces enquecirctes ont eacuteteacute abandonneacutees en raison du manque de fonds [DMTV donneacutees non publieacutees] Des enquecirctes nationales reacutecentes en milieu scolaire ont eacuteteacute restaureacutees au Kenya [102103] en Cocircte dIvoire [104] en Ethiopie [105] en Gambie [106] au Mali [107] en Tanzanie [F Molteni communication personnelle] au Mozambique et au Malawi [Natalie Roschnik communication personnelle] et en Ouganda [108] Le co-eacutechantillonnage a eacuteteacute proposeacute au cours des enquecirctes sanitaires plus eacutetendues dans les anneacutees 1950 pour la lutte contre les treacuteponegravemes et le paludisme [91] ainsi qursquoau cours des enquecirctes nutritionnelles meneacutees en Zambie [90] Reacutecemment les opportuniteacutes partageacutees dont les enquecirctes sur le paludisme meneacutees dans le cadre dautres enquecirctes sanitaires ont eacuteteacute revues notamment le deacutepistage des maladies tropicales neacutegligeacutees [109] ou des enquecirctes nutritionnelles offrant ainsi des possibiliteacutes drsquointeacutegrer des diagnostics du paludisme En Somalie par exemple nous avons travailleacute avec lUniteacute danalyse de la nutrition et de la seacutecuriteacute alimentaire (FSNAU) de lOrganisation pour lalimentation et lagriculture en Somalie de faccedilon agrave inclure des diagnostics rapide du paludisme au cours du deacutepistage des problegravemes nutritionnels au sein des communauteacutes entre 2007 et 2011 [110] 4 Recueil des donneacutees denquecirctes sur la preacutevalence parasitaire Comme nous lavons indiqueacute plus haut il y a eu deux grandes pousseacutees dinteacuterecirct dans les enquecirctes nationales sur la preacutevalence parasitaire toutes les deux gravitant autour des initiatives mondiales pour controcircler et eacuteliminer le paludisme meneacutees par lOMS Cependant il y a eu de nombreuses enquecirctes de terrain sous-nationales et individuelles sur la preacutevalence de lrsquoinfection paludique agrave travers le continent depuis le deacutebut des anneacutees 1900 Le processus didentification de ces donneacutees denquecirctes fut long et ardu la prise en charge vers 20 ans Cette section deacutecrit le processus lextraction de donneacutees et lexhaustiviteacute de ce processus de recherche de donneacutees

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41 Contexte de strateacutegies de recherche de donneacutees Les principes de base de la recherche dinformation sur la preacutevalence dinfection paludique en Afrique ont eacuteteacute rassembleacutes dans le projet de collaboration appeleacute Cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) [4] Cette collaboration a eacuteteacute eacutetendue en 2005 dans le cadre du Projet Malaria Atlas (MAP) (Atlas du risque de paludisme en Afrique [Guerra et al 2007] Ces deux projets provisoires de recueil de donneacutees mettent en eacutevidence un aspect important de la localisation des informations paludomeacutetriques en Afrique dont la plupart proviennent de sources ineacutedites Cela nrsquoaurait pour autant pas surpris les paludologues qui travaillaient en Afrique il y a plus de cinquante ans Bagster-Wilson deacuteclare dans le traiteacute de Boyd sur le paludisme en 1948 qursquolaquoon peut sefforcer de deacutefinir avec plus de preacutecision la reacutepartition du paludisme dans la mesure ougrave les informations disponibles le permettront une grande partie de savoir local se cache dans les rapports officiels non publieacutes qui ne peuvent ecirctre consulteacutes que par le biais des visites dans les pays concerneacutes raquo [111] Pour identifier les sources dinformations nous avons proceacutedeacute agrave des meacutethodes opportunistes aux approches en cascade et nrsquoavons pas respecteacute les meacutethodes rigoureuses proposeacutees pour les examens systeacutematiques ou des meacuteta-analyses [112] eacutetant donneacute qursquoavoir recours uniquement aux donneacutees examineacutees par des pairs se traduirait par lexclusion de preacutecieuses sources de donneacutees de valeur au niveau des pays Nous avons utiliseacute des contacts personnels fait des reacutefeacuterences occasionnelles aux enquecirctes contenues dans les rapports des ministegraveres de la santeacute effectueacute des recherches darchives et effectueacute des recherches dans des publications traditionnelles eacutevalueacutees par les pairs afin de traquer les sources possibles de donneacutees denquecirctes paludiques agrave travers le continent Dans les sections suivantes nous tenterons darticuler les approches adopteacutees pour repeacuterer des informations 42 Recherches dans les archives historiques Depuis 2005 nous avons entrepris des recherches manuelles dans les archives et les bibliothegraveques des instituts ex-coloniaux de meacutedecine tropicale pour repeacuterer des rapports ineacutedits de paludologues travaillant en Afrique avant que les pays nrsquoaccegravedent agrave lindeacutependance Il srsquoagissait notamment de drsquoarchives de lInstitut de Meacutedecine Tropicale Anvers lrsquoInstitut Pasteur Paris Deacutepartement dHistoire de la Meacutedecine Sapienza - Universitagrave di Roma Rome ArchivioItaliano Di Scienze mediche Coloniali Rome Instituto Higiene Medicina Tropical Lisbonne Wellcome Trust Library Londres The National Archives Kew Royaume-Uni et la London School of Tropical Medicine and Hygiene Londres On notera en particulier les rapports de voyage des consultants et les rapports trimestriels de paludologues travaillant pour le compte de lOrganisation mondiale de la santeacute (OMS) agrave partir des anneacutees 1950 jusquaux anneacutees 1970 Ceux-ci fournissent des reacutecits riches et des donneacutees denquecircte des campagnes de preacute-eacutelimination des rapports deacutetape deacutelimination des critiques et des analyses de situation du paludisme au niveau national Toutes ces donneacutees sont archiveacutees dans les bibliothegraveques de lOMS agrave Genegraveve au Caire et agrave Brazzaville (Figure 4) Nous tenons agrave

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remercier les bibliotheacutecaires de ces archives qui nous ont fourni une aide preacutecieuse dans le repeacuterage des documents non publieacutes dans chacun de ces siegraveges de lOMS Figure 4 Archives de lrsquoOMS agrave Genegraveve (agrave gauche) et agrave Brazzaville (agrave droite) Nous avons eacutegalement visiteacute les archives nationales du Ministegravere de la santeacute situeacutees dans les villes de Nairobi Kisumu Eldoret Mombasa et Meru (au Kenya) Entebbe et Jinja (en Ouganda) Sennar Khartoum et Kassala (au Soudan) Thies (au Seacuteneacutegal) Amani (en Tanzanie) Accra (au Ghana) Tzaneen (en Afrique du Sud) et les archives personnelles de lex-directeur de Tzaneen Malaria Research Centre ndash Centre de recherche sur le paludisme (couvrant lAfrique du Sud la Namibie et le Botswana) Les dossiers et les rapports tenus au National Institute of Medical Research (Institut national de la recherche meacutedicale) agrave Amani (Scheacutema 5) a couvert la peacuteriode ougrave le centre eacutetait le siegravege sous-reacutegional de lrsquoInstitute of Malaria and Vector Borne Diseases (Institut est-africain du paludisme et des maladies agrave transmission vectorielle) (1954-1977) Le siegravege du Projet de leacuteradication du paludisme agrave Jinja en Ouganda abritait tous les dossiers des enquecirctes nationales des meacutenages agrave partir des anneacutees 1960 jusquen 2011 quand ceux-ci ont malheureusement eacuteteacute deacutetruits et nous nrsquoavons eacuteteacute en mesure de trouver que ceux qui avaient eacuteteacute deacutemeacutenageacute agrave Entebbe Des rapports annuels des services meacutedicaux et de lrsquoassainissement datant de 1919 produits par les gouvernements coloniaux de la Gambie du Nigeria du Gold Coast (Ghana) de Sierra Leone de Somalie du Kenya de Tanganyika (Tanzanie) de Zanzibar drsquoOuganda du Congo belge (RDC) du Bechuanaland (Botswana ) du Nyassaland (Malawi) de Rhodeacutesie (Zambie et Zimbabwe) de lrsquoicircle Maurice et du Soudan eacutetaient disponibles en eacutetats variables de conservation dans la bibliothegraveque fondeacutee par le Wellcome Trust en 1963 et fait maintenant partie des laboratoires nationaux de santeacute publique appartenant au ministegravere de la santeacute agrave Nairobi Kenya (Figure 5) Au cours du Projet de cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) des scientifiques reacutegionaux ont visiteacute les archives nationales situeacutees dans les villes de Maputo (Mozambique) Bobo Dioulasso (Burkina Faso) Yaoundeacute (Cameroun) Cotonou (Beacutenin) et Lomeacute (Togo) [MARA ARMA 1998] Ces recherches ont identifieacute plusieurs rapports importants

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renfermant des donneacutees denquecirctes nationales Ils nrsquoont cependant pas pris des exemplaires numeacuteriques de rapports originaux Dans la mesure du possible nous avons tenteacute de localiser ces rapports et drsquoen preacuteparer des exemplaires numeacuteriques Cela na pas toujours eacuteteacute couronneacutee de succegraves et nous avons de ce fait inclus certaines donneacutees des issues de la base de donneacutees MARA ARMA des enquecirctes meneacutees agrave lrsquoeacutepoque preacute-indeacutependance avec des citations respectives notamment celles reacutecupeacutereacutees du Centre Muraz agrave Bobo Dioulasso Des exemplaires numeacuteriques des rapports non-publieacutes issus des archives europeacuteennes et africaines sont mis agrave la disposition des pays dans le cadre du projet INFORM en tant que bibliothegraveques numeacuteriques Scheacutema 5 A gauche Archives du laboratoire national de santeacute publique Nairobi Kenya (Old Wellcome Trust Library) A droite ndash Bibliothegraveque de lrsquoInstitut national de recherche meacutedicale Amani Tanzanie 43 Recherche des donneacutees eacutelectroniques Des bases de donneacutees eacutelectroniques en ligne ont eacuteteacute utiliseacutees comme un moyen didentifier les pairs des donneacutees publieacutees sur la preacutevalence de linfection paludique notamment celles publieacutees depuis les anneacutees 1980 y compris PubMed [113] Google Scholar [114] Armed Forces Pest Management Board (le Conseil dadministration de la lutte antiparasitaire des Forces armeacutees) - Litteacuterature Retrieval System [116] la base de donneacutees de la bibliothegraveque de lrsquoOrganisation mondiale de la santeacute [116] et le service de la bibliothegraveque numeacuterique en ligne de lInstitut de Recherche pour le Deacuteveloppement [117] Nous nrsquoavons pas trouveacute facilement des revues reacutegionales y compris un grand nombre de revues meacutedicales nationales des revues de la santeacute publique et parasitologiques agrave partir des sources ci-dessus Toutefois nous avons trouveacute des titres et des extraits en ligne de lrsquoAfrican Journals Online (AJOL) [118] Dans toutes les recherches de bases de donneacutees numeacuteriques des travaux publieacutes contenant les des mots-cleacutes laquo paludisme raquo et laquonom de paysraquo ont eacuteteacute utiliseacutes Nous avons eacuteviteacute lrsquoemploi des terminologies speacutecialiseacutees issues du systegraveme de meacutetadonneacutees meacutedicales laquoMedical Subject Headings (MeSH)raquo dans les recherches darchives numeacuteriques de faccedilon agrave eacutelargir au maximum

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notre champ de recherche Nous avons effectueacute des recherches de base de donneacutees au moins une fois par an agrave partir de lrsquoanneacutee 2005 Nous avons compleacuteteacute nos recherches par des notifications reacuteguliegraveres hebdomadaires sur le paludisme du service dalerte infos de Malaria World [119] Roll Back Malaria des bulletins dinformations du Programme de santeacute environnementale de lUSAID [120] et Santeacute Tropicale pour les revues nationales et reacutegionales des pays francophones y compris Meacutedecine dAfrique noire [121 ] Les titres et les reacutesumeacutes ont eacuteteacute utiliseacutes pour identifier drsquoeacuteventuelles donneacutees denquecirctes parasitaires transversales dans diverses formes soit en tant qursquoenquecirctes communautaires enquecirctes en milieu scolaire autres meacutethodes de deacutepistage parasitaire ou des essais sur le terrain Nous avons eacutegalement eacutetudieacute des eacutetudes sur la preacutevalence de maladies associeacutees au paludisme lorsque celles-ci sont preacutesenteacutees dans le cadre drsquoenquecirctes sur laneacutemie lrsquoheacutemoglobinopathie la transfusion sanguine ou eacutevaluations de la situation nutritionnelle afin drsquoidentifier les rapports coiumlncidence de la preacutevalence paludique En outre crsquoeacutetait une pratique courante de deacutepister les membres de la communauteacute ou des eacutecoliers au cours des protocoles de sensibiliteacute preacutecoces aux meacutedicaments antipaludeacuteens de sorte agrave enrocircler des personnes infecteacutees aux enquecirctes de suivi post-traitement Souvent des donneacutees issues des sites denquecirctes seacutelectionneacutes permettaient de fournir le nombre de personnes deacutepisteacutees et le nombre de personnes infecteacutees Les enquecirctes aupregraves des populations feacutebriles ou des personnes freacutequentant des cliniques ont eacuteteacute exclues Les publications avec des titres ou des extraits pouvant indiquer la preacutesence des donneacutees parasitaires possibles ont eacuteteacute soit teacuteleacutechargeacutees agrave partir darchives de revues offertes en ligne en libre accegraves ou provenant de HINARI (lInitiative daccegraves aux recherches pour la santeacute) [122] A chaque fois que les publications nrsquoeacutetaient pas disponibles sur HINARI en libre accegraves nous visitions les archives des bibliothegraveques du Royaume-Uni agrave la London School of Hygiene and Tropical Medicine la Liverpool School of Tropical Medicine la bibliothegraveque Bodleian agrave lUniversiteacute dOxford ou la Bibliothegraveque de lInstitut Pasteur Paris pour obtenir en obtenir des exemplaires Nous faisions des demandes de reacutefeacuterences que nous nrsquoarrivions pas agrave trouver suivant ces recherches agrave laide du catalogue mondial des recherches agrave travers les bibliothegraveques dOxford factureacutees agrave la page Toutes les publications agrave partir desquelles des donneacutees ont eacuteteacute extraites ont eacuteteacute contreveacuterifieacutees agrave lrsquoaide des bibliographies provenant dautres sources qursquoon aurait oublieacutees ou qui correspondraient agrave des documents non publieacutes ou laquodocuments parallegravelesraquo qui ne sont geacuteneacuteralement pas controcircleacutes par les eacutediteurs commerciaux Les auteurs des articles eacutevalueacutes par les pairs ont souvent eacuteteacute contacteacutes pour nous renseigner sur des informations compleacutementaires dans leur document et nous indiquer dautres travaux non publieacutes dans leur zone geacuteographique ou de leur institution

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44 Autres sources de donneacutees Les enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages ayant inteacutegreacute la preacutevalence parasitaire sont deacutecrites dans la section 3 Les donneacutees provenant de ces enquecirctes sont soit disponibles en formats teacuteleacutechargeables agrave partir du programme ICF MEASURE ou ont eacuteteacute fournis au projet INFORM par les programmes nationaux de lutte antipaludique dans le cadre daccords de collaboration Pour dautres donneacutees eacuteventuellement ineacutedites et propres aux sites sur la preacutevalence du paludisme nous avons consulteacute des sites Web et contacteacute les organisations non gouvernementales (ONG) travaillant en Afrique pouvant avoir entrepris des eacutevaluations sanitaires comprenant des enquecirctes parasitologiques au sein des communauteacutes aupregraves desquelles elles œuvraient Il srsquoagissait notamment de Meacutedecins sans Frontiegraveres [123] MERLIN [124] le Centre Carter [125] Selon lUniteacute danalyse de la seacutecuriteacute alimentaire et de la nutrition en Somalie (FSNAU) [126] Shape Consulting [127] Save the Children [128] Malaria Consortium [129] et MENTOR [130] Gracircce aux contacts fournis par ces agences nous avons pu trouver des donneacutees provenant de sites drsquoenquecirctes en Guineacutee en Sierra Leone en Cocircte dIvoire en Tanzanie au Libeacuteria en Somalie au Kenya en Ouganda au Nigeria en Ethiopie au Mali et au Soudan du Sud Les extraits des ouvrages publieacutes par Tropical Medicine ainsi que ceux issus des reacuteunions sur le paludisme ont eacuteteacute identifieacutes provenant de sources les plus diverses possibles et produits dans le cadre de confeacuterences et de congregraves nationaux et internationaux Ceux-ci ont eacuteteacute utiliseacutes pour signaler drsquoeacuteventuelles donneacutees solliciteacutees par correspondance des auteurs drsquoextraits Notre preacutesence reacutegionale et les liens que nous entretenons avec la communauteacute de recherche sur le paludisme en Afrique a permis de faire naicirctre une prise de conscience quant agrave lobjectif et agrave lambition de la recherche sur la cartographie du paludisme commenceacute en 1996 sous la collaboration MARA ARMA [35] Nous avons profiteacute de cette connectiviteacute reacutegionale des chercheurs pour contacter directement les collegravegues travaillant sur leacutepideacutemiologie du paludisme de sorte agrave rechercher des donneacutees ventileacutees et speacutecifiques au site souvent ineacutedites La volonteacute de partager des donneacutees non publieacutees sur les enquecirctes parasitaires a eacuteteacute sans preacuteceacutedent Au 1er Juillet 2015 plus de 700 scientifiques et speacutecialistes individuels de la santeacute publique ont fourni des informations ventileacutees sur les donneacutees publieacutees donneacutees non-publieacutees ou ont apporteacute leur concours agrave la localisation des communauteacutes eacutechantillonneacutees agrave travers lAfrique Nous avons tenu agrave les remercier dans lannexe accompagnant le preacutesent rapport ainsi que sur le site Web INFORM [131] Les instituts reacutegionaux menant des recherches sur le paludisme et leurs partenaires de collaboration eacutetaient toujours agrave lavant-garde dans la fourniture de donneacutees non publieacutees Il convient de mentionner particuliegraverement les Medical Research Council Laboratories (Gambie) les partenariats de collaboration entre le Kenyan Medical Research Institute et le Wellcome Trust Universiteacute dOxford US Centers for Disease Control Universiteacute de Nagasaki et Walter Reed (Kenya) le Centre de Recherche et de formation sur le paludisme (Mali) Uganda Malaria Surveillance Project (Ouganda) les partenariats de collaboration tisseacutes entre Ifakara Health Institute et le Swiss Tropical Institute la London School of Hygiene and Tropical Medicine et US

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Centers for Disease Control (Tanzanie) Dar es Salaam Urban Malaria Control Project (Tanzanie) National Medical Research Institute agrave Amani (Tanzanie) Institut Pasteur (Madagascar) lrsquoInstitut de Recherche pour le deacuteveloppement (Seacuteneacutegal) Centre de Rechercheacute en Santeacute de Nouna (Burkina Faso) Institute for Endemic Diseases University of Khartoum (Sudan) Blue Nile Health Project-Giezera State University (Sudan) Centro Investigaco Saude Angola (Angola) Liverpool School of Tropical Medicine Wellcome Trust and College of Medicine Programme collaboratif de lrsquoUniversity of Malawi (Malawi) South African Medical Research Council (Afrique du Sud Mozambique et Swaziland) le programme de collaboration du Swiss Tropical and Public Health Institute et de lInstitut de la santeacute publique (Cocircte dIvoire) le programme de collaboration du US Centers for Disease Control (Togo) partenariats de collaboration du Prince Leopold Institute (Burundi Beacutenin et Rwanda) Malaria Institute agrave Macha (Zambie) Medical Research CentreOuganda Virus Research Institute (Ouganda) lEcole de Santeacute Publique de Kinshasa (RDC) et le Southern African Malaria Consortium (Zimbabwe) 5 Abstraction des donneacutees drsquoenquecircte 51 Exigences minimales en matiegravere de donneacutees De chacun des rapports drsquoenquecircte les champs de donneacutees minimales requises pour chaque enregistrement sont les suivants description de la zone deacutetude (nom divisions administratives et coordonneacutees geacuteographiques cas eacutecheacuteant) dates de deacutebut et de fin de lenquecircte (mois et anneacutee) et renseignements sur de lexamen sanguin (nombre de personnes deacutepisteacutees nombre de personnes constateacutees positives pour infection au Plasmodium par espegravece) meacutethodes utiliseacutees pour deacutetecter linfection (microscopie tests de diagnostic rapide (TDR) reacuteaction en chaicircne par polymeacuterase (PCR) ou combinaisons) et lrsquoacircge le plus bas et la population eacutetudieacutee Pour les donneacutees provenant des essais controcircleacutes et randomiseacutes dintervention les donneacutees nrsquoont eacuteteacute seacutelectionneacutees que lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees de base de preacute-intervention et celles issues des enquecirctes de suivi transversales ulteacuterieures au sein des populations teacutemoins Lorsque des cohortes dindividus ont eacuteteacute interrogeacutees agrave plusieurs reprises dans le temps nous nous sommes efforceacutes dinclure uniquement la premiegravere enquecircte et les enquecirctes ulteacuterieures lorsque celles-ci nrsquoavaient qursquoun eacutecart drsquoau moins cinq mois par rapport agrave la date denquecircte initiale pour eacuteviter toute deacutependance entre les observations baseacutees sur le traitement des personnes infecteacutees preacuteceacutedentes Lorsqursquoil neacutetait pas possible de ventiler les enquecirctes reacutepeacuteteacutees celles-ci eacutetaient deacutefinitivement exclues de lanalyse Plusieurs pays ont maintenu des enquecirctes sanguines de masse apregraves avoir atteint les phases de consolidation de leacutelimination La dureacutee des phases de preacute-eacutelimination drsquoattaque de consolidation et dentretien deacutelimination varie entre les pays [47] Nous avons choisi dexclure les donneacutees eacutechantillonneacutees apregraves les dates ougrave les pays mettant en œuvre des programmes drsquoeacutelimination avaient commenceacute agrave utiliser des taux drsquoincidence deacuteriveacutes des indices parasitaires annuels ou lorsque des enquecirctes sanguines de masse eacutetaient utiliseacutees pour deacutemontrer labsence de transmission en Algeacuterie (1967) en Egypte (1965) en Libye (1967) en icircle Maurice (1957) au Maroc (1969) en Reacuteunion (1953) et en Tunisie (1968)

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Parfois les rapports preacutesentaient le nombre total de personnes examineacutees dans un certain nombre de villages et le pourcentage de personnes controcircleacutees positives par village ici nous avons supposeacute que le deacutenominateur par village eacutetait eacutequivalent au nombre total de personnes examineacutees diviseacute par le nombre total de villages Il eacutetait possible deacutetablir lanneacutee de chaque enquecircte cependant il eacutetait parfois impossible drsquoeacutetablir le mois de lenquecircte agrave partir des rapports denquecirctes Dans ce cas de figure nous avons utiliseacute des descriptions saison laquohumideraquo et saison laquosegravecheraquo premier ou deuxiegraveme trimestre scolaire ou dautres informations pour parvenir agrave une approximation du mois de lenquecircte et avons inclus un rapport sur cette hypothegravese Certains reacutesultats de lenquecircte ont eacuteteacute signaleacutes en tant qursquoagreacutegat dans lespace (par exemple un seul PfPR pour un groupe de villages) ou dans le temps (par exemple un PfPR moyen estimeacute agrave partir de quatre enquecirctes diffeacuterentes meneacutees au fil du temps) Dans de tels cas nous avons soit chercheacute dautres rapports des mecircmes enquecirctes avec une reacutesolution spatiale ou temporelle plus eacuteleveacutee Lagrave ougrave cela na pas eacuteteacute possible et ougrave des groupes de villages deacutepassaient 5 km2 nous avons exclu du dossier de lanalyse (voir ci-dessous) Lorsque des informations suppleacutementaires eacutetaient neacutecessaires pour fournir des donneacutees speacutecifiques par village dans un moment preacutecis nous avons demandeacute aux auteurs de nous fournir tout renseignement ou document manquant 52 Meacutethodes de deacutetection parasitaires Compte tenu de son ubiquiteacute en tant qursquooutil de diagnostic paludique la meacutethode preacutefeacutereacutee de deacutetection parasitaire eacutetait la microscopie Aucune distinction nrsquoeacutetait faite entre la microscopie optique ou par fluorescence La qualiteacute de la veacuterification de lame [132133] les variations de sensibiliteacute speacutecificiteacute entre les tests de diagnostic rapide (TDR) [134] la capaciteacute des eacutequipes de terrain agrave analyser les TDR de maniegravere fiable [135-138] ou des variations obtenues sur la base de la seacutelection des amorces pour les reacuteactions en chaicircne de la polymeacuterase (PCR) [139] influencent toutes les descriptions de la preacutevalence et auront des variances intrinsegraveques entre les enquecirctes incluses dans la base de donneacutees Il a eacuteteacute deacutemontreacute que les TDR donnent des taux de faux positifs plus eacuteleveacutes que la microscopie [134 140 141] cependant ils ont tendance agrave stratifier agrave fois le taux parasitaire le plus bas (lt1) et le plus eacuteleveacute (gt50) avec plus de preacutecision par rapport agrave la microscopie courante [133 141] Une analyse drsquoun grand recueil de donneacutees sur les taux parasitaires des communauteacutes a deacutemontreacute quil y avait une diffeacuterence minime dans les estimations du taux moyen global de preacutevalence de P falciparum dans une analyse des donneacutees correspondantes apparieacutees issues des enquecirctes communautaires ayant utiliseacute la microscopie et les TDR pour les examens parasitaires [46] Neacuteanmoins les diffeacuterences entre les TDR et la microscopie en matiegravere de leur capaciteacute agrave deacutetecter des dinfections mineures lorsquelles sont geacutereacutees dans des conditions normales restent un preacutejugeacute systeacutematique inheacuterent aux donneacutees [141] que nous sommes incapables de controcircler Nous sommes eacutegalement incapables de controcircler la qualiteacute des analyses de donneacutees des enquecirctes en utilisant uniquement la microscopie Le principal problegraveme de la microscopie lorsquelle est utiliseacutee dans le cadre les enquecirctes-eacutechantillons nationales est la qualiteacute de la preacuteparation des lames (coloration et entreposage) et

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ou les garanties de la veacuterification de la qualiteacute (VQ) des analyses des lames Dans ce cas de figure nous avons en consultation avec les responsables des enquecirctes nationales ducirc faire plusieurs jugements de valeur Par exemple pour les enquecirctes nationales aupregraves des meacutenages au Soudan en Somalie au Malawi et en Angola nous avons choisi dinteacutegrer les preacutevalences dinfection obtenues gracircce aux TDR plutocirct les estimations provenant des analyses des lames de microscopie Par contre pour drsquoautres pays tels que le Kenya et lOuganda nous avions des garanties quant agrave la qualiteacute des analyses des preacutelegravevements sanguins pendant enquecirctes sur les indicateurs du paludisme Il ny a pas de regravegles absolues pour ces deacutecisions A chaque fois que des preuves quant agrave la qualiteacute des analyses des lames nous eacutetaient fournies nous avons deacutecideacute drsquoutiliser celles-ci par rapport aux TDR 53 Geacuteocodage des sites drsquoenquecircte Le geacuteocodage de donneacutees la deacutefinition dune longitude et une latitude deacutecimale pour chaque site denquecircte consistait en une tacircche particuliegraverement exigeante En fonction de leur repreacutesentation spatiale les donneacutees eacutetaient classeacutees en tant que villages communauteacutes ou eacutecoles individuelles ou ensemble de communauteacutes dans une zone deacutefinissable correspondant agrave une zone agrave linteacuterieur dun quadrillage de 5 km ou environ 005 degreacutes deacutecimaux au niveau de leacutequateur Dans la mesure du possible nous avons chercheacute agrave conserver des donneacutees ventileacutees au niveau des villages plutocirct que des donneacutees agrave travers une laquogrande eacutetendueraquo Lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees provenant des communauteacutes deacutepassant un quadrillage de 5 km nous avons consideacutereacute ces derniers comme une reacutesolution spatiale trop faible avec une variance importante possible dans le polygone dinformations agrave exclure lors de lutilisation de la modeacutelisation geacuteostatistique avanceacutee En pratique il srsquoagissait ici drsquoun critegravere difficile agrave veacuterifier eacutetant donneacute que la plupart des rapports denquecircte ne fournissaient pas suffisamment de deacutetails sur la superficie de la zone eacutetudieacutee Une utilisation plus reacutecente des systegravemes de positionnement mondial (GPS) lors de travaux denquecircte permet une reacuteagreacutegation des donneacutees denquecircte aupregraves des meacutenages avec une plus grande preacutecision Crsquoest eacutegalement utile dans le maintien du critegravere du quadrillage de 5 km tout en combinant des grappes de petites tailles deacutechantillon dans lespace Lutilisation du GPS pour enregistrer des longitudes et latitudes a contribueacute de maniegravere appreacuteciable agrave des enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages depuis circa 2007 [142] Cependant dans les enquecirctes deacutemographiques et sanitaires aupregraves des meacutenages geacutereacutes par le programme ICF-MEASURE un processus de deacuteplacement de coordonneacutees GPS est effectueacute de telle sorte que pour les clusters urbains un deacuteplacement est introduit agrave une distance allant jusqursquoagrave tous les 2 km qui influe rarement sur la preacutecision globale de modeacutelisation eacutetant donneacute que ce processus se fait dans le cadre est dans les zones urbaines Pour les clusters ruraux on fait un deacuteplacement jusqursquoagrave 5 km avec 1 de clusters ruraux suppleacutementaires deacuteplaceacutes jusquagrave une distance de 10 km Ici nous avons passeacute en revue tous les clusters ruraux agrave lrsquoaide de Google Earth pour examiner la mesure dans laquelle les clusters ruraux pourraient avoir eacuteteacute deacuteplaceacutes vers des zones inhabiteacutees et repositionneacutes dans les zones peupleacutees les plus proches

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Pour positionner chaque site denquecircte lagrave ougrave les coordonneacutees GPS ne sont pas disponibles nous avons utiliseacute une varieacuteteacute de ressources numeacuteriques parmi lesquels les plus utiles eacutetaient Encyclopeacutedie Microsoft Encarta (Microsoft 2004) et Google Earth (Google 2009) Drsquoautres sources drsquoarchives numeacuteriques de noms de lieux couramment utiliseacutes sont entre autres le serveur de noms de lieux de la National Geospatial-Intelligence Agency GEOnet Eacutetats-Unis [143] Falling Rain Genomicsrsquo Global Gazetteer [144] Alexandria Digital Library de lUniversiteacute de Californie Eacutetats-Unis [145] African Data Sampler [146] MapCarta [147] Maplandia [148] Global geodatabase-cities [149] Open Street Map [150] VMAP0 [151] et IslamicFinder [152] A travers lAfrique il existe un certain nombre de reacutepertoire toponymique numeacuteriques nationaux pour les lieux habiteacutes les eacutetablissements sanitaires ou les eacutecoles Ce type de reacutepertoires accroicirct en nombre en preacutecision et en couverture Nous les avons obtenus sur demande aupregraves des bureaux nationaux de recensement des ministegraveres de leacuteducation et de la santeacute et des ONG partenaires Cela srsquoest aveacutereacute un outil preacutecieux dans la localisation des communauteacutes au Burkina Faso au Kenya en Gambie au Mozambique agrave Madagascar en Somalie au Malawi en Mauritanie au Ghana au Niger en Namibie au Seacuteneacutegal en Somalie en Afrique du Sud en Tanzanie en Ouganda en Zambie et agrave Zanzibar Bien que nous tentons drsquoutiliser des nomenclatures types et des strateacutegies uniques de nommage dans les reacutepertoires toponymiques numeacuteriques [153] il est difficile drsquoatteindre cela au niveau national ougrave les orthographes changement en fonction des auteurs au fil du temps et ougrave les mecircmes noms de lieux sont reacutepliqueacutees agrave travers un pays En tant que tel lors de lextraction de donneacutees chaque point de donneacutees a eacuteteacute enregistreacute avec autant drsquoinformations geacuteographiques que possible issues de la source Crsquoest bien ces informations qui ont eacuteteacute utiliseacutees au cours du geacuteo-positionnement par exemple pour veacuterifier que le geacuteocodage permettait de cadrer les sites denquecirctes dans les uniteacutes administratives deacutecrites dans le rapport ou qursquoil correspondait agrave dautres deacutetails dans le rapport sur la distance vis-agrave-vis des riviegraveres ou les villes lorsque cela eacutetait afficheacutees sur Google Earth Bien quen theacuteorie les coordonneacutees GPS doivent repreacutesenter une localisation spatiale sans ambiguiumlteacute il fallait une veacuterification rigoureuse pour veiller agrave ce que les sites denquecirctes correspondent aux coordonneacutees GPS Comme drsquohabitude nous avons donc reveacuterifieacute toutes les donneacutees GPS de toutes les sources en utilisant les noms de lieux et ou Google Earth pour assurer que les coordonneacutees se situaient dans les communauteacutes Toutes les coordonneacutees ont eacuteteacute soumises agrave un controcircle final agrave laide de la base de donneacutees spatiale des frontiegraveres administratives de second niveau deacuteveloppeacutees et reacuteviseacutee en 2008 par lOrganisation pour lalimentation et lagriculture (FAO) des Nations Unies [154] Loutil de seacutelection spatiale ArcGIS 101 (ESRI USA) a eacuteteacute utiliseacute pour veacuterifier que les points du long du littoral eacutetaient situeacutes sur des terrains tels que deacutefinis par GAUL 2008 La base de donneacutees de Global Lakes and Wetlands (GLWD) deacuteveloppeacutee par le Fonds mondial pour la nature [155] a eacuteteacute utiliseacute pour srsquoassurer que les points inteacuterieurs eacutetaient positionneacutes sur la terre ferme et non pas sur des plans deau Nous cherchions par-lagrave agrave identifier les coordonneacutees qui se trouvaient leacutegegraverement au large des cocirctes sur les affluents ou dans les uniteacutes administratives incorrectes chaque anomalie a eacuteteacute reveacuterifieacutee et repositionneacutee agrave laide de petits changements et avec Google Earth

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54 Deacutefinition des frontiegraveres nationales A la fin de la Seconde Guerre mondiale en 1945 presque tous les pays en Afrique eacutetaient soumis agrave la domination ou agrave lrsquoadministration coloniale Chaque pays sur le continent africain est aujourdhui indeacutependant mecircme si quelques icircles restent sous administration europeacuteenne (la Reacuteunion et Mayotte) Il existe actuellement 55 Etats indeacutependants dont 53 sont membres de lUnion africaine Tout au long de ce rapport nous utilisons les noms et les frontiegraveres des Eacutetats-nations en Afrique et les frontiegraveres actuelles plutocirct que la nomenclature preacute-indeacutependance Tout au long de ce rapport nous avons utiliseacute lrsquooutil numeacuterique de traitement de frontiegraveres parraineacute par lrsquoONU [156] En tant que tel nous traitons le Soudan du Sud en tant qursquoentiteacute diffeacuterente de la Reacutepublique du Soudan et lEacuterythreacutee diffeacuterente de lEthiopie Il y a beaucoup de zones litigieuses en Afrique revendiqueacutees par diffeacuterents pays voisins et qui restent en suspens [157] Pour les besoins de notre travail nous avons traiteacute le Triangle drsquoIlemi en tant que partie inteacutegrante de la reacutegion de Turkana du Kenya Nous avons consideacutereacute Walvis Bay en Namibie comme faisant toujours partie de la Namibie en deacutepit du fait que ce territoire fait partie de lrsquoAfrique du Sud depuis de nombreuses anneacutees suivant lindeacutependance de la Namibie en 1990 Deux petits territoires au sein du Royaume du Maroc continuent decirctre occupeacutes par lEspagne dans le Nord-Ouest (Ceuta) et dans le Nord-Est (Melilla) sur le littoral meacutediterraneacuteen Cependant nous avons consideacutereacutes ces territoires comme faisant partie du Royaume du Maroc se rapprochant de son eacutetendue ottomane avant 1912 Nous traitons la peacuteninsule du Sinaiuml en tant que partie permanente de la Reacutepublique arabe dEgypte Sans faire de jugements politiques nous avons consideacutereacute la reacutegion drsquoAbeyi comme faisant partie inteacutegrante de la Reacutepublique du Soudan cependant dans la cartographie des produits nationaux les deux pays prennent en compte cette reacutegion Nous avons traiteacute le Triangle Halaib sur la frontiegravere soudano-eacutegyptienne comme faisant partie du Soudan bien que depuis 2010 lrsquoEacutegypte controcircle cette zone en tant que partie inteacutegrante de son Etat de la Mer Rouge La reacutegion de Bakassi territoire frontalier contesteacute sur la cocircte atlantique entre le Nigeria et le Cameroun a eacuteteacute traiteacute comme faisant partie du Nigeria en deacutepit de la mise en œuvre finale des accords qui ont accordeacute cette reacutegion agrave ladministration camerounaise en 2014 Les groupes insulaires de Bioko Annobin et Zanzibar sont traiteacutees seacutepareacutement de la partie continentale de Guineacutee eacutequatoriale et de Tanzanie respectivement Ces groupes insulaires ont toujours eu diffeacuterents plans de lutte antipaludique et des ambitions drsquoeacutelimination diffeacuterentes de ceux de leurs homologues du continent 55 Normalisation selon lacircge Lorsque lacircge nrsquoeacutetait pas preacuteciseacute dans le rapport de chaque enquecircte mais que le rapport preacutecisait que lrsquoensemble du village ou drsquoenfants de leacutecole primaire eacutetaient examineacutes nous avons supposeacute que les tranches dacircge agrave 0-99 ans ou 5-14 ans respectivement Il y avait une grande diversiteacute dans les tranches dacircge des populations eacutechantillonneacutees entre les eacutetudes Pour faire des comparaisons significatives dans le temps et lespace une seule tranche dacircge normaliseacute est neacutecessaire Il est possible drsquoeffectuer des ajustements dun acircge normaliseacute pour le Plasmodium falciparum gracircce agrave lobservation et agrave la theacuteorie des maladies infectieuses lagrave ougrave limmuniteacute est acquise apregraves une exposition reacutepeacuteteacutee de la naissance Nous avons adapteacute des modegraveles de

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conversion catalytique de Muench (dabord utiliseacute dans le paludisme par Pull amp Grab dans les anneacutees 1970 [158]) en eacutequations statiques en R-script qui utilise les gammes infeacuterieure et supeacuterieure deacutechantillon et la preacutevalence globale pour se transformer en une estimation preacutevues chez les enfants acircgeacutes de 2-10 ans PfPR2-10 [96] 56 Limitations dues agrave la taille de leacutechantillon La taille de leacutechantillon est inversement proportionnelle agrave la preacutevalence ougrave agrave faible taille des eacutechantillons les biais dans les estimations de la preacutevalence sont introduits en fonction de la preacutevalence reacuteelle de la population se traduisant deacutecarts-types relativement eacuteleveacutes [159] Il existe un seuil critique entre 10 et 20 individus eacutechantillonneacutes en dessous duquel les eacutecarts-types augmentent de faccedilon exponentielle dans la plupart des enquecirctes sur les infections parasitaires et la courbe commence agrave aplatir agrave partir drsquoune taille denviron 50 eacutechantillons et atteint une asymptote agrave environ 100 [160] La taille des eacutechantillons denquecircte individuels est eacutegalement importante dans le calcul des correacutelations avec les variables dendeacutemiciteacute pour veacuterifier les associations plausibles entre par exemple des preacutecipitations et la preacutevalence Au cours de seacutelection des co-variables de petits eacutechantillons impreacutecis peuvent conduire agrave loverfitting Nous avons chercheacute agrave combiner les communauteacutes agrave proximiteacute ougrave tout village comptait moins de 10 personnes eacutechantillonneacutees et ougrave les communauteacutes se situaient agrave moins de 5 km lrsquoun de lautre eacutechantillonneacutes exactement au mecircme moment par les mecircmes enquecircteurs 6 Partage et accegraves aux donneacutees Les donneacutees recueillies pour cette eacutetude font partie dune initiative plus large visant agrave aider les gouvernements nationaux en mettant agrave leur disposition des plateformes de donneacutees probantes pour les aider agrave concevoir des projets de lutte antipaludique gracircce au concours du projet INFORM [131161] soutenu par le Deacutepartement pour le deacuteveloppement international Royaume-Uni et le Wellcome Trust Les donneacutees geacuteocodeacutees sur la preacutevalence parasitaire issues des donneacutees archiveacutees publieacutees et ineacutedites donneacutees et rassembleacutees en bases de donneacutees soigneusement conserveacutees doivent ecirctre prise en charge et geacutereacutees par les services de lutte contre le paludisme au sein des ministegraveres nationaux de la santeacute Les donneacutees provenant des recherches nationales et des enquecirctes meneacutees par les ministegraveres de la santeacute sont la proprieacuteteacute des gouvernements nationaux Le plus souvent la plupart des ministegraveres de la santeacute nont pas accegraves agrave la gamme complegravete des donneacutees sur le paludisme pourtant potentiellement disponibles dans leur propre pays Le but est donc de se servir du projet INFORM pour bacirctir une appropriation des donneacutees nationales sur le paludisme et mettre toutes les donneacutees recueillies agrave la disposition des ministegraveres de la santeacute agrave travers lAfrique et aux conseillers techniques reacutegionaux de lOrganisation mondiale de la santeacute A ce titre ces gouvernements nationaux deviendront les gardiens de leurs propres donneacutees nationales et pleinement responsables de leur distribution aux scientifiques nationaux reacutegionaux et internationaux ainsi qursquoaux partenaires de controcircle

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7 Reacutefeacuterences 1 Snow RW (2014) Sixty years trying to define the malaria burden in Africa have we made any progress

BMC Medicine 12 227 2 Noor AM Kinyoki DK Mundia CW Kabaria CW Wambua JM Alegana VA Fall IS Snow RW (2014) The

changing risk of Plasmodium falciparum malaria infection in Africa 2000ndash10 a spatial and temporal analysis of transmission intensity Lancet 383 1739-1747

3 Snow RW Marsh K le Sueur D (1996) The need for maps of transmission intensity to guide malaria

control in Africa Parasitology Today 12 455ndash457 4 MARAARMA (1998) Towards an atlas of malaria risk in Africa First technical report of the

MARAARMA collaboration Durban South Africa httpsidl-bncidrccadspacebitstream10625316441114833pdf

5 Le Sueur D Binka F Lengeler C de Savigny D Teuscher T Toure Y Snow RW (1997) An atlas of malaria in

Africa Africa Health 19 23-24 6 Trape JF amp Rogier C (1996) Combating Malaria morbidity and mortality by reducing transmission

Parasitology Today 12 236-240 7 Snow RW Omumbo JA Lowe B Molyneux SM Obiero JO Palmer A Weber MW Pinder M Nahlen B

Obonyo C Newbold C Gupta S Marsh K (1997) Relation between severe malaria morbidity in children and level of Plasmodium falciparum transmission in Africa Lancet 349 1650-1654

8 Ghani AC Sutherland CJ Riley EM Drakeley CJ Griffin JT Gosling RD Filipe JAN (2009) Loss of

population levels of immunity to malaria as a result of exposure reducing interventions consequences for interpretation of disease trends PLoS One 4 e4383

9 Okiro EA Al-Taiar A Reyburn H Idro R Berkley J Nokes DJ Snow RW (2009) Age patterns of severe

paediatric malaria and their relationship to Plasmodium falciparum transmission intensity Malaria Journal 8 4

10 Carneiro I Roca-Feltrer A Griffin JT Smith L Tanner M Armstrong Schellenberg J Greenwood BM

Schellenberg D (2010) Age-patterns of malaria vary with severity transmission intensity and seasonality in sub-Saharan Africa A systematic review and pooled analysis PLoS One 5 e8988

11 Griffin JT Hollingsworth TD Reyburn H Drakeley CJ Riley EM Ghani AC (2014) Gradual acquisition of

immunity to severe malaria with increasing exposure Proceedings of the Royal Society B 282 20142657

12 Snow RW (2015) Global malaria eradication and the importance of Plasmodium falciparum

epidemiology in Africa BMC Medicine 13 23

24

13 Smith T Maire N Ross A Penny M Chitnis N Schapira A Studer A Genton B Lengeler C Tediosi F de Savigny D Tanner M (2008) Towards a comprehensive simulation model of malaria epidemiology and control Parasitology 135 1507ndash1516

14 Smith DL Noor AM Hay SI Snow RW (2009) Predicting changing malaria risk after expanded

insecticide treated net coverage in Africa Trends in Parasitology 25 511ndash516 15 Griffin JT Hollingsworth D Okell LC Churcher TS White M Hinsley W Bousema T Drakeley CJ

Ferguson NM Basanez MG Ghani AC (2010) Reducing Plasmodium falciparum malaria transmission in Africa a model based evaluation of intervention strategies PLoS Medicine 7 e1000324

16 Chitnis N Schapira A Smith T Steketee R (2010) Comparing the effectiveness of malaria vector-

control interventions through a mathematical model American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 83 230ndash240

17 World Health Organization (2014) From malaria control to malaria elimination a manual for

Elimination Scenario Planning Global Malaria Programme World Health Organization Geneva April 2014

18 Gerardin J Eckhoff P Wenger EA (2015) Mass campaigns with antimalarial drugs a modelling

comparison of artemether-lumefantrine and DHA-piperaquine with and without primaquine as tools for malaria control and elimination BMC Infectious Diseases 15 144

19 Okell LC Drakeley CJ Bousema T Whitty CJM Ghani AC (2008) Modelling the impact of artemisinin

combination therapy and long-acting treatments on malaria transmission intensity PLoS Medicine 5 e226

20 Guyatt HL amp Snow RW (2001) Malaria in pregnancy as an indirect cause of infant mortality in sub-Saharan

Africa Transactions of Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 95 569-576 21 Desai M ter Kuile FO Nosten F McGready R Asamoa K Brabin B Newman R (2007) Epidemiology

and burden of malaria in pregnancy Lancet Infectious Diseases 7 93ndash104 22 van Eijk A Hill J Alegana VA Kirui V Gething PW ter Kuile F Snow RW (2011) Coverage of malaria

protection in pregnant women in sub-Saharan Africa a synthesis and analysis of national survey data Lancet Infectious Diseases 11 190-207

23 MPAC (2012) wwwwhointmalariampacsep2012mpac_mip_erg_sep2012pdf 24 MPAC (2013) wwwwhointmalariampacmpac_sep13_erg_ipt_malaria_pregnancy_reportpdf 25 Meremikwu MM Donegan S Sinclair D Esu E Oringanje C (2012) Intermittent preventive

treatment for malaria in children living in areas with seasonal transmission Cochrane Database Systematic Reviews 2 CD003756

26 Cairns M Roca-Feltrer A Garske T Wilson AL Diallo D Milligan PJ Ghani AC Greenwood BM (2012)

Estimating the potential public health impact of seasonal malaria chemoprevention in African children Nature Communications 3 881

25

27 Noor AM Kibuchi E Mitto B Coulibaly D Doumbo OK Snow RW (2015) A spatial decision support

framework for sub-national targeting of seasonal malaria chemoprevention in the Sahel Under review

28 Smith DL McKenzie FE Snow RW Hay SI (2007a) Revisiting the basic reproductive number for

malaria and its implications for malaria control PLoS Biology 5 e42 29 Hay SI Smith DL Snow RW (2008) Measuring malaria endemicity from intense to interrupted

transmission Lancet Infectious Diseases 8 369-378 30 Moonen B Cohen JM Snow RW Slutsker L Drakeley C Smith DL Abeyasinghe R Rodriguez Loacutepez

MH Maharaj R Tanner M Targett G (2010) Operational strategies to achieve and maintain malaria elimination Lancet 376 1592-1603

31 World Health Organization (2012a) Disease surveillance for malaria control Operational manual

WHO Geneva 32 World Health Organization (2012b) Disease surveillance for malaria elimination Operational manual

WHO Geneva 33 Cohen JM Moonen B Snow RW Smith DL (2010) How absolute is zero An evaluation of historical

and current definitions of malaria elimination Malaria Journal 9 213 34 Molineaux L Muir DA Spencer HC Wernsdorfer WH (1988) The epidemiology of malaria and its

measurement Malaria Principles and Practice of Malariology W Wernsdorfer and I McGregor London Churchill Livingstone 2 999-1089

35 Tusting LS Bousema T Smith DL Drakeley C (2014) Measuring changes in Plasmodium falciparum

transmission precision accuracy and costs of metrics Advances in Parasitology 84 151-208 36 Metselaar D amp van Thiel PH (1959) Classification of malaria Tropical Geographic Medicine 11 157ndash

161 37 Macdonald G amp Goumleckel GW (1964) The malaria parasite rate and interruption of transmission

Bulletin of World Health Organization 31 365ndash377 38 Lysenko AJ amp Semashko IN (1968) Geography of malaria A medico-geographic profile of an ancient

disease In Lebedew AW ed Itogi Nauki Medicinskaja Geografija Moscow USSR Academy of Sciences pp 25ndash146

39 Macdonald G (1957) The epidemiology and control of malaria Oxford University Press 40 Pampana E (1969) A textbook on malaria eradication Oxford Oxford University Press 41 Pull JH (1972) Malaria surveillance methods their uses and limitations American Journal of Tropical

Medicine amp Hygiene 21 651-657

26

42 World Health Organization (1950) Report on the malaria conference in equatorial Africa Held under the joint auspices of the World Health Organization and of the commission for technical co-operation in Africa south of the Sahara Kampala Uganda 27 Novemberndash9 December 1950

43 Yekutiel P (1960) Problems of epidemiology in malaria eradication Bulletin of the World Health

Organization 22 669-683 44 Macdonald G (1952) The analysis of equilibrium in malaria Tropical Diseases Bulletin 49 813-1129 45 Hay SI Guerra CA Gething PW Patil AP Tatem AJ Noor AM Kabaria CW Manh BH Elyazar IRF

Brooker S Smith DL Moyeed RA Snow RW (2009) A world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2007 PLoS Medicine 6 e1000048

46 Gething PW Patil AP Smith DL Guerra CA Elyazar IRF Johnston GL Tatem AJ Hay SI (2011) A new

world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2010 Malaria Journal 10 378 47 Snow RW Amratia P Kabaria CW Noor AM Marsh K (2012) The changing limits and incidence of

malaria in Africa 1939-2009 Advances in Parasitology 78 169-262 48 Black RH (1968) Manual of epidemiology and epidemiological services in malaria programmes World

Health Organization Geneva 49 Ray AP amp Beljaev AE (1984) Epidemiological surveillance a tool for assessment of malaria and its

control Journal of Communicable Disease 16 197ndash207 50 Omumbo JA Noor AM Fall IS Snow RW (2013) How well are malaria maps used to design and

finance malaria control in Africa PLoS One 8 e53198 51 Alegana VA Atkinson PM Wright JA Kamwi R Kakokele S Snow RW Noor AM (2013) Estimation of

malaria incidence in northern Namibia in 2009 using Bayesian Conditional-Autoregressive Spatial-Temporal Models Spatial amp Spatial Temporal Epidemiology 7 25-36

52 Bennett A Yukich J Miller JM Vounatsou P Hamainza B Ingwe MI Moonga HB Kamuliwo M Keating

J Smith TA Steketee RW Eisele TP (2014) A methodological framework for the improved use of routine health system data to evaluate national malaria control programs evidence from Zambia Population amp Health Metrics 12 30

53 Moonasar D Morris N Kleinschmidt I Maharaj R Raman J Mayet NT Benson FG Durrheim DN

Blumberg L (2013) What will move malaria control to elimination in South Africa South African Medical Journal 103 (10 Suppl 2) 801-806

54 Cohen JM Dlamini S Novotny JM Kandula D Kunene S Tatem AJ (2013) Rapid case-based mapping

of seasonal malaria transmission risk for strategic elimination planning in Swaziland Malaria Journal 12 61

55 Zanzibar Malaria Control Programme (2011) Zanzibar Malaria Performance Review September 2011

ZMCP Ministry of Health Revolutionary Government of Zanzibar

27

56 Ministry of Health [Cape Verde] World Health Organization and the University of California San Francisco (2012) Eliminating malaria Moving towards sustainable elimination in Cape Verde Geneva The World Health Organization httpappswhointirisbitstream106657584919789241504386_engpdfua=1

57 Littrell M Sow GD Ngom A Ba M Mboup BM Dieye Y Mutombo B Earle D Steketee RW (2013)

Case investigation and reactive case detection for malaria elimination in northern Senegal Malaria Journal 12 331

58 Thiroux D A amp DAnfreville D L (1908) Le paludisme au Seacuteneacutegal pendant les anneacutees 1905-1906

Gouvernement General de lAfrique Occidentale Francaise Laboratorie de bacteriologie de Saint-Louis Published Libraire JB Bailliere et Fils Paris 1908

59 Government General de LAlgeacuterie (1908) Campagne Antipaludique de 1908 unpublished document

available in Wellcome Library Euston Road London UK FX134AA9 60 Government of Gold Coast (1914) Medical amp Sanitary Report for the year 1913 Waterlow amp Sons

London 61 Mansfield-Aders W (1927) Notes on malaria and filariasis in the Zanzibar Protectorate Transactions

of the Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 30 207-214 62 Colony of Mauritius (1923-1925) Annual Reports on the Medical and Health Department 63 Swaroop S Gilroy AB Uemura K (1966) Statistical methods in malaria eradication Monograph Series

of World Health Organization 51 164 64 Barber MA amp Rice JB (1937) A survey of malaria in Egypt American Journal of Tropical Medicine amp

Hygiene 17 413-436 65 De Meira MT Simotildees TS Pinto Nogueira JF (1948) Observaccedilotildees sobre sezonismo nas ilhas do Sal Boa

Vista e S Nicolau (Cabo Verde) Anais do Instituto de Medicina Tropical 3 213-237 66 Young MD amp Johnson TH (1949) A malaria survey of Liberia Journal of National Malaria Society 8

247-266 67 De Meillon B (1951) Malaria survey of South-West Africa Bulletin of the World Health Organization

4 333ndash417 68 Houel G amp Donadille F (1953) Vingt ans de lutte antipaludique au Maroc Bulletin de lrsquoInstitut

drsquoHygiene du Maroc 13 3-51 69 Soeiro A (1952) O sezonismo em Moccedilambique contribuiccedilatildeo para o estudo epidemioloacutegico Anais do

Instituto de Medicina Tropical 9 343-389 70 Soeiro A (1959) Relactoacuterio da actividade do Instituto de Investigaccedilatildeo Meacutedica de Moccedilambique em

1958 e plano de trabalhos para o ano de 1960 Anais Intstituto de Higiene e Medicina Tropical 16 573-611

28

71 Bernard PM (1954) Trois ans de lutte antipaludique agrave Madagascar Bulletin de Madagascar

Publication Mensuelle du Service General Drsquoinformation du Haut-Commissariat no 96 72 Cambournac FJC Gandara AF Pena AJ Teixeira EWLG (1955) Subsidios para o inquerito malariologico

em Angola Anais do Instituto de Medicina Tropical 12 121-153 73 Anon (1954) Campagne antipaludique au Dahomey Map found in Benin box in WHO Archives

Geneva August 2012 74 Languillon J (1957) Carte eacutepideacutemiologique du paludisme au Cameroun Bulletin de la Socieacuteteacute de

Pathologie Exotique 50 585 - 600 75 Alves W (1958) Malaria parasite rates in Southern Rhodesia May-September 1956 Bulletin of the

World Health Organization 19 69-74 76 Lariviere M Hocquet P Abonnenc E (1961) Reacutesultats drsquoune enquecircte palustre dans la reacutepublique du

Seacuteneacutegal Indices plasmodiques chez les enfants en milieu rural Bulletin de la Socieacuteteacute Meacutedicale drsquoAfrique Noire de Langue Franccedilaise 6 386-403

77 Wernsdorfer G amp Wernsdorfer W (1967) Malaria in the middle Nile basin and its bordering regions Z

Tropenmed Parasitol 18 17-44 78 Rishikesh N amp Fahmy Y (1961) Quarterly report April-June 1961 Republic of Somalia pre-eradication

survey World Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 79 Rishikesh N Payne D Fahmy Y (1961) Quarterly report for the period January-March 1961 World

Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 80 Bechuanaland Protectorate (1958-1963) Annual Medical and Sanitary Reports for the Protectorate for

the years 1958-1963 Government Printers Gaborone 81 Craig MH Sharp BL Mabaso MLH Kleinschmidt I (2007) Developing a spatial-statistical model and

map of historical malaria prevalence in Botswana using a staged variable selection procedure International Journal of Health Geographics 6 44

82 Cano VI (1971) Deacuteveloppement des services de santeacute de base (Paludisme) World Health

Organization AFRMAL112 83 Barbie Y amp Timbila R (1964) Notes sur le paludisme en Reacutepublique Islamique de Mauritanie Medicine

Tropicale 24 427-435 84 Khromov A amp Privault R (1965) Programme du pre-eradication du paludisme Rapport trimestriel 4th

trimestre 1965 (Sep-Oct-Nov) WHO Mauritanie World Health Organization Unpublished document WHO Archives Geneva

85 Beltran O (1966) Malaria pre-eradication project Sierra Leone-19 fourth quarterly field report

October - December 1966 Government of Sierra Leone amp World Health Organization

29

86 Guy Y amp Gassabi R (1967) Les perspectives de leacuteradication du paludisme en Algeacuterie Archives de

LInstitut Pastuer DAlgerie 45 72-88 87 Chand D Garzen JB Bahar R Rishikesh N (1964) Malaria Eradication Service Ethiopia 14 (c) Quarterly

Report 1 October to 31 December 1964 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

88 Chand D Garzon JB Bahar R Rishiskesh N (1965) Quarterly report covering period 1 October to 31

December 1964 Project Ethiopia 0014 dated 9th february 1965 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

89 Onori E (1967) Distribution of Plasmodium ovale in the Eastern Western and Northern regions of

Uganda Bulletin of the World Health Organization 37 665-668 90 Wenlock (1978) The incidence of Plasmodium parasites in rural Zambia East African Medical Journal

55 268-276 91 Escudie A amp Hamon J (1961) Paludisme en Afrique Occidentale dexpression Franccedilaise Medicine

Tropicale 21 661-687 92 RBM-MERG - httpwwwrbmwhointmechanismsmerghtml 93 Corsi DJ Neuman M Finlay JE Subramanian SV (2012) Demographic and health surveys a profile

International Journal of Epidemiology 41 1602-1613 94 Measure httpwwwmeasuredhscomData 95 UNICEF httpwwwuniceforgstatisticsindex_24302html 96 Smith DL Guerra CA Snow RW Hay SI (2007b) Standardizing estimates of malaria prevalence

Malaria Journal 6 131 97 Brooker S Kolaczinski JH Gitonga CW Noor AM Snow RW (2009) The use of schools for malaria

surveillance and programme evaluation in Africa Malaria Journal 8 231 98 Stevenson JC Stresman GH Gitonga CW Gillig J Owaga C Marube E Odongo W Okoth A China P

Oriango R Brooker SJ Bousema T Drakeley C Cox J (2013) Reliability of school surveys in estimating geographic variation in malaria transmission in the western Kenyan highlands PLoS One 8 e77641

99 De Zulueta J Kafuko GW Cullen JR (1963) An investigation of the annual cycle of malaria in Masaka

district (Uganda) East African Medical Journal 40 469-488 100 Najera JA Shidrawi GR Gibson FD Stafford JS (1967) A large-scale field trial of Malathion as an

insecticide for antimalarial work in Southern Uganda Bulletin of the World Health Organization 36 913-935

30

101 Storey J (1972) A review of malaria work in Sierra Leone 1900 to 1964 West African Medical Journal 27 57-68

102 Gitonga CW Karanja PN Kihara J Mwjame M Juma E Snow RW Noor AM Brooker S (2010)

Implementing school malaria surveys in Kenya towards a nationwide surveillance system Malaria Journal 9 306

103 Gitonga CW Edwards T Karanja PN Noor AM Snow RW Brooker S (2012) Plasmodium infection

anaemia and mosquito net use among school children across different settings in Kenya Tropical Medicine amp International Health 17 858ndash870

104 Houngbedji CA N Dri PB Huumlrlimann E Yapi RB Silueacute KD Soro G Koudou BG Acka CA Assi S

Vounatsou P N Goran EK Fantodji A Utzinger J Raso G (2015) Disparities of Plasmodium falciparum infection malaria-related morbidity and access to malaria prevention and treatment among school-aged children a national cross-sectional survey in Cote dIvoire Malaria Journal 14 7

105 Ashton R Kefyalew T Tesfaye G Pullan R Yadeta D Reithinger R Kolaczinski J Brooker S (2010)

School-based surveys of malaria in Oromia Regional State Ethiopia towards a map of malaria risk Federal Ministry of Health Ethiopia

106 Takem EN Affara M Amambua-Ngwa A Okebe J Ceesay SJ Jawara M Oriero E Nwakanma D

Pinder M Clifford C Taal M Sowe M Suso P Mendy A Mbaye A Drakeley C DAlessandro U (2013) Detecting foci of malaria transmission with school surveys A pilot study in The Gambia PLoS One 8 e67108

107 Clarke SE Roschnik N Rouhani S Diarra S Bamadio M Sacko M Traore D Ly AB Gaye O Sembene

M Fall FB (2012) Malaria in school children under a new policy of universal coverage of nets Recent data from Mali and Senegal American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 Supplement 5 abstract 1466

108 Kabatereine NB Standley CJ Sousa-Fugueiredo JC Fleming RM Stothard JR Talisuna A Fenwick A

(2011) Integrated prevalence mapping of schistosomiasis soil-transmitted helminthiasis and malaria in lakeside and island communities in Lake Victoria Uganda Parasites amp Vectors 4 232

109 Emerson PM Ngondi J Biru E Graves PM Ejigsemahu Y Gebre T Endeshaw T Genet A Mosher

AW Zerihun M Messele A Richards FO (2008) Integrating an NTD with one of lsquolsquoThe Big Threersquorsquo Combined malaria and trachoma survey in Amhara Region of Ethiopia PLoS Neglected Tropical Diseases 2 e197

110 Noor AM Alegana VA Patil AP Moloney G Borle M Ahmed F Yousef F Amran J Snow RW (2012)

Mapping the receptivity of malaria risk to plan the future of control in Somalia British Medical Journal Open Access 2 e001160

111 Boyd MF (1949) Malariology A comprehensive review of all aspects of this group of diseases from a

global standpoint Volume II WB Saunders Company Philadelphia and London

31

112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

3

gracircce aux strateacutegies de traitement de routine il faut diffeacuterents types de combinaisons de meacutedicaments que ceux utiliseacutes actuellement en Afrique [19] Les effets de linfection du paludisme chez les femmes enceintes ont eacuteteacute bien deacutecrits et comprennent les effets insidieux dinfections reacutepeacuteteacutees sur laneacutemie laugmentation des risques de deacutecegraves in uteromorts fœtales in utero de faible poids agrave la naissance conduisant agrave des risques plus eacuteleveacutes de mortaliteacute infantile et dans des conditions de transmission instable des risques accrus de deacutecegraves maternels pendant la grossesse [2021] Le traitement preacutesomptif intermittent (TPI) avec deux doses dans les deuxiegraveme et troisiegraveme trimestres en utilisant le meacutedicament agrave longue demi-vie sulfadoxine-pyrimeacutethamine (SP) a eacuteteacute mis en œuvre dans une grande partie de lAfrique subsaharienne depuis 2001 [22] Au cours des derniegraveres anneacutees cette recommandation a dans certains pays eacuteteacute eacutetendue agrave trois doses de SP agrave partir de la peacuteriode des premiers mouvements du fœtus Au fur et agrave mesure que la transmission diminue le rapport coucirct-beacuteneacutefice du TPI change tandis que les eacuteleacutements de preuve ne sont pas concluants quant au moment drsquoarrecircter le TPI [23] actuellement il est suggeacutereacute que lorsque la preacutevalence chez les enfants diminue en dessous de 5 on pourrait envisager soit larrecirct du TPI ou lrsquointroduction du deacutepistage et le traitement pour les femmes enceintes [24] La chimio-preacutevention saisonnier du paludisme (CSP) sest aveacutereacutee utile pour preacutevenir environ 75 des eacutepisodes cliniques de paludisme chez les enfants acircgeacutes de moins de cinq ans dans les zones ougrave la transmission se limite agrave quelques mois de lrsquoanneacutee [25] Le ciblage CSP au sein des frontiegraveres nationales deacutepend non seulement de la connaissance des saisons du paludisme mais eacutegalement des risques intrinsegraveques dendeacutemiciteacute preacute-intervention Dans les zones ougrave lintensiteacute de la transmission saisonniegravere historiquement bas les coucircts-avantages de la CSP sont minimes par rapport aux zones ougrave la preacutevalence du parasite est supeacuterieure agrave 5 [26] Il est eacutegalement important de comprendre des niveaux actuels de transmission du paludisme qui permettront de deacutefinir la tranche dacircge eacuteventuellement le plus adapteacute agrave la CSP par exemple 3 mois avant le 5egraveme anniversaire (arbitrairement fixeacute agrave une preacutevalence supeacuterieure agrave 10) ou au fur et agrave mesure que la transmission diminue 3 mois avant 10egraveme anniversaire ougrave la preacutevalence est comprise entre 5 et 10 [27] Lorsque lintensiteacute de la transmission diminue agrave des niveaux faibles les modes de risques parasitaires deviennent de plus en plus heacuteteacuterogegravenes ougrave des foyers de transmission spatialement localiseacutes contribuent pour plus de 80 du risque de transmission entre quartiers [28] Bien quil ny ait pas de regravegles absolues deacuteterminant le moment du controcircle du paludisme on a laisseacute entendre que lorsque la preacutevalence communautaire du paludisme tombe en dessous de 5 [29] il faut adopter des approches plus cibleacutees pour la preacutevention des maladies [30-32] Les eacutetats de tregraves faible preacutevalence parasitaire servent eacutegalement de signaux aux agences de controcircle qui peuvent agrave ce moment-lagrave envisager la reacutevision des strateacutegies de lutte antipaludiques inteacutegrant les mesures drsquoeacuteradication [33] Comprendre lintensiteacute de la transmission du parasite du paludisme est au cœur drsquoune planification de lutte efficace et dans la deacutefinition des pheacutenotypes cliniques neacutecessitant des actions de gestion Tout au long la peacuteriode de controcircle lintensiteacute de la transmission sert drsquoindice

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mesurable du succegraves de lintervention et drsquoun point de reacutefeacuterence pour permettre aux programmes drsquoadapter des combinaisons drsquointerventions pour maximiser les gains et reacuteorienter le controcircle pour la preacute-eacutelimination 2 Mesurer le risque de paludisme 21 Mesurer la transmission endeacutemique stable du paludisme Le taux dexposition au parasite peut ecirctre mesureacute agrave lrsquoaide drsquoune varieacuteteacute de techniques eacutepideacutemiologiques allant de mesures vectorielles deacutetailleacutees de taux de piqures humaines des proportions de vecteurs avec des parasites dans leurs glandes salivaires leur pariteacute et longeacuteviteacute dans des hocirctes humains provenant deacutetudes longitudinales ou transversales drsquoacquisition du parasite de la naissance jusqursquoau premier anniversaire en utilisant des combinaisons de deacutetection des parasites et de seacuterologie [34] Les mesures vectorielles de transmission du paludisme constituent des paramegravetres importants permettant de modeler limpact des interventions Toutefois celles-ci sont difficiles et coucircteuses agrave mesurer de faccedilon empirique dans des conditions de terrain [35] La meacutethode de mesure la plus couramment utiliseacutee pour mesurer lexposition au parasite est le taux parasitaire (TP) chez les hocirctes humains (strictement en ratio tel quil mesureacute agrave une date donneacutee) Le TP est la proportion dindividus en une seule enquecircte transversale au sein drsquoune communauteacute entiegravere ou communauteacute eacutechantillonneacutee qui preacutesentent des signes dune infection paludique au stade sanguin peacuteripheacuterique Le TP nrsquoest pas une mesure directe de transmission car elle se sature agrave des niveaux eacuteleveacutes de transmission en raison de piqures heacuteteacuterogegravenes de multiples infections et dimmuniteacute acquise Des modegraveles matheacutematiques ont eacuteteacute deacuteveloppeacutes pour traduire les valeurs de TP en valeurs de taux dinoculations entomologiques (TIE) ou de taux de reproduction de base de linfection [28] Neacuteanmoins sur le plan pratique des programmes de lutte contre le paludisme utilisent le TP en tant que marqueur direct dintensiteacute de transmission Pendant legravere du Programme mondial deacuteradication du paludisme (GMEP) dans les anneacutees 1950 et 1960 la preacutevalence du parasite paludique chez les enfants eacutetait consideacutereacutee comme un indice mesurable et deacutefinitif du risque qui permettrait de deacutefinir la maniegravere dont les interventions eacutetaient spatialement cibleacutees et les progregraves mesureacutes [36-41] Suite agrave la confeacuterence sur le paludisme en Afrique tenue agrave Kampala en Ouganda en 1950 [42] les experts du paludisme ont convenu dun ensemble de classifications drsquoendeacutemiciteacute stable du paludisme sur la base de la preacutevalence drsquoinfection par le P falciparum chez les enfants acircgeacutes entre 2 et 10 ans (PfPR2-10) ou chez les nourrissons or infants transmission hypo-endeacutemique ougrave PfPR2-10 eacutetait infeacuterieur agrave 10 la transmission meacuteso-endeacutemique ougrave le PfPR2-10 se situait entre 10 et 50 la transmission hyper-endeacutemie ougrave le PfPR2-10 se situait entre 51 et le75 et la transmission holo-endeacutemique ougrave la preacutevalence de linfection chez les nourrissons eacutetait gt 75 [36] Ces terminologies eacutetaient deacutejagrave utiliseacutees avant mecircme la confeacuterence de Kampala mais se referaient geacuteneacuteralement agrave la preacutevalence moins speacutecifique de spleacutenomeacutegalie chez les enfants Aujourdrsquohui ces terminologies sont rarement utiliseacutees La transmission holo-endeacutemique est rarement deacutefinie de faccedilon empirique chez les nourrissons et fait geacuteneacuteralement lrsquoobjet drsquoestimations agrave partir de tranches dacircge utiliseacutees

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pour trier les autres classes dendeacutemiciteacute En tant que telle elle est geacuteneacuteralement consideacutereacutee comme un eacutetat ougrave PfPR2-10 est ge 75 Fait plus important encore ces classifications ont conserveacute une valeur qualitative dans les descriptions nationales de lintensiteacute de la transmission depuis plus de 60 ans 22 Mesurer le risque lorsque la preacutevalence est faible et lutilisation de donneacutees de cas courants Lrsquooptimisation et lrsquoopeacuterationnalisation des deacutefinitions de lintensiteacute de transmission du paludisme ont reacutecemment eacuteteacute revues pour fournir des paramegravetres permettant drsquoaider agrave la prise de deacutecisions sur le moment ougrave des pays ou des reacutegions au sein des pays pourraient deacutecider deacutelaborer un programme deacuteradication [33] Le paludisme controcircleacute agrave faible endeacutemie a eacuteteacute proposeacutee comme un eacutetat ougrave les interventions auraient pu reacuteduire le taux parasitaire moyen dans un eacutechantillon repreacutesentatif au niveau national en dessous de 1 au cours de la saison de transmission de pointe tandis que les niveaux de preacutevalence dans les sous-populations restent infeacuterieurs agrave un seuil plus eacuteleveacute (par exemple infeacuterieure agrave une preacutevalence de 5) pour permettre une heacuteteacuterogeacuteneacuteiteacute dans endeacutemiciteacute causeacutee par la transmission focale Etant donneacute que la composante laquocontrocircleacuteeraquo de cette deacutefinition ne concerne pas une reacutegion dans laquelle la transmission du paludisme eacutetait toujours historiquement faible cela se distingue du paludisme agrave faible endeacutemie [33] En tant que tel il y a de plus en plus drsquoadaptations de la classification hypo-endeacutemique pour inclure des zones deacutefinies par un PfPR2-10 de lt1 et de lt5 [2] Il existe eacutegalement un facteur deacutechantillonnage pratique lorsque lintensiteacute de transmission devient tregraves faible ou instable Cela exige des enquecirctes communautaires de plus en plus grandes et plus reacutepeacuteteacutees afin de fournir des estimations avec une preacutecision fiable Dans cet eacutetat de transition la deacutecision quant agrave savoir srsquoil faut abandonner les enquecirctes communautaires en faveur des enquecirctes de deacutepistage passif etou actif et de preacutevalence de drsquoinfection par la fiegravevre doivent ecirctre faites Ceci a eacuteteacute deacutefini sur le plan opeacuterationnel au cours du GMEP laquoToutefois aussi tocirct que le volume geacuteneacuteral du paludisme a eacuteteacute reacuteduit dans une mesure consideacuterable les indices fournis par les enquecirctes paludomeacutetriques ne seront plus suffisamment sensibles pour mesurer de nouveaux progregraves Lanalyse des donneacutees deacutevaluation des programmes deacuteradication ainsi que des observations plus eacutetroites dans le domaine ont montreacute qursquoon atteint le point ougrave les enquecirctes paludomeacutetriques cessent decirctre suffisamment sensibles lorsque le taux de parasites chute agrave un niveau compris entre 1 et 3 [43] raquo Les termes transmission laquo stable raquo et laquo instable raquo sont largement utiliseacutes mais rarement quantifieacutee Cette distinction est importante car la transition vers les eacutetats instables implique une transition vers leacuteradication La classification laquo stable-instable raquo a eacuteteacute introduite en paludologie par Sir Ronald Ross [Ross 1916] et adapteacutee par George Macdonald pour mesurer lendeacutemiciteacute du paludisme ougrave la stabiliteacute a eacuteteacute deacutefinie quantitativement par le nombre moyen de piqures quun moustique effectue chez un homme au cours de sa vie [3944] Lindice de stabiliteacute cependant exige des donneacutees entomologiques deacutetailleacutees qui sont rarement disponibles Qualitativement le paludisme stable se reacutefegravere agrave des situations relativement insensibles aux changements environnementaux naturels et artificiels Le paludisme instable se trouve dans des zones tregraves sensibles aux accidents climatiques exceptionnels se precircte facilement agrave leacuteradication

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et preacutevaut souvent dans des zones dariditeacute extrecircme ougrave les changements brusques des preacutecipitations habituelles peuvent conduire agrave des eacutepideacutemies Lindice de veacutegeacutetation ameacutelioreacute (EVI) deacuteriveacutee de limagerie du capteur MODerate-resolution Imaging Spectroradiometer (Radiomegravetre spectral pour imagerie de reacutesolution moyenne) (MODIS) a eacuteteacute utiliseacute pour deacutelimiter les zones soumises agrave lariditeacute extrecircme et donc potentiellement des zones de transmission instable du paludisme [245-47] Cependant limagerie par satellite EVI fournit une visualisation strieacutee de lariditeacute agrave travers le Mali le Niger et le Tchad (en fonction de la qualiteacute de limagerie) Malgreacute une illusion de preacutecision pour la transmission du paludisme instable cela na jamais eacuteteacute valideacute par des donneacutees empiriques sur lincidence clinique ou la preacutevalence Nous avons donc eacuteviteacute lutilisation de lindice de veacutegeacutetation ameacutelioreacute dans les deacutefinitions ulteacuterieures de la transmission du paludisme instable Une deacutefinition plus preacutecise du paludisme laquoinstableraquo est baseacutee sur les cas dincidence La mesure de lincidence du paludisme exige que tous les cas soupccedilonneacutes du paludisme soient diagnostiqueacutes gracircce agrave un systegraveme de surveillance complet comprenant le deacutepistage passif des cas (DPC) par lexamen parasitologique des personnes soupccedilonneacutees geacuteneacuteralement des cas feacutebriles preacutesentant les services sanitaires compleacuteteacutees par le deacutepistage actif des cas (DAC) les deacutepistages des cas de fiegravevre effectueacutes par des visites agrave domicile agrave intervalles reacuteguliers [34404341] Les reacutesultats sont geacuteneacuteralement exprimeacutes sous forme drsquoincidence parasitaire annuelle (IPA) pour tous les 1 000 habitants au sein de lensemble de la population des zones administratives pour lesquelles il est repreacutesentatif Au cours du GMEP lIPA neacutetait consideacutereacutee valable que si le taux dexamen sanguin annuel (TESA) la proportion de la population cible examineacutee deacutepassait 10 [4048] Lautre meacutetrique souvent preacutesenteacute est le taux de positiviteacute des lames (TPL) Ces indices de surveillance sont relieacutes comme suit API = (ABER SPR) 10a [49] Au cours des derniegraveres activiteacutes de cartographie aux niveaux mondial [45] et reacutegional [247] on a preacutefeacutereacute utiliser une valeur tregraves conservatrice de cas dincidence de lt1 cas pour 10 000 habitants Bien que cela reconnaisse les difficulteacutes agrave mesurer lincidence de cas il suppose que lidentification des cas gracircce agrave des systegravemes routiniers continue agrave ecirctre aussi faible comme cela a eacuteteacute le cas au cours des deux derniegraveres deacutecennies Des systegravemes dinformations sanitaires et les taux de cas de parasites confirmeacutes srsquoameacuteliorent agrave travers lAfrique Le deacutefi agrave preacutesent est de faire en sorte que soit faite la meilleure utilisation possible de ces donneacutees conformeacutement agrave la deacutefinition de lrsquoOMS de preacute-eacuteradication accepteacutee qui est de lt1 cas pour 1 000 [17 31 32] personnes ougrave cela peut ecirctre enregistreacutee en toute confiance ou des donneacutees partiellement incomplegravetes provenant des systegravemes de santeacute utiliseacutees par la majoriteacute de la population peuvent ecirctre efficacement spatialement modeacuteliseacutees Lors de nombreuses demandes de financement de leacutetranger des strateacutegies nationales de lutte contre le paludisme ou des examens de programmes de lutte contre le paludisme les incidences

a La division par dix est neacutecessaire parce que lrsquoAPI est exprimeacute par tranches de 1000 et les autres termes par tranches de 100

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ou le nombre de cas signaleacutes par les systegravemes dinformation de santeacute de routine (SIS) sont de plus en plus preacutesenteacutes dans les cartographies agrave travers lAfrique subsaharienne notamment au Beacutenin au Botswana au Burkina Faso au Congo en Cocircte dIvoire en Erythreacutee en Guineacutee Bissau au Malawi en Mauritanie au Mozambique agrave Sao Tomeacute-et-Principe au Seacuteneacutegal au Togo agrave Zanzibar et au Zimbabwe [50] Ces donneacutees sont incomplegravetes et ne reflegravetent pas toujours les cas confirmeacutes parasitologiquement Neacuteanmoins ces exemples mettent en eacutevidence lrsquointeacuterecirct croissant dans lapplication des donneacutees de cas de paludisme de routine agrave la stratification et cartographie du risque de paludisme Des donneacutees imparfaites et incomplegravetes sur le paludisme ont reacutecemment eacuteteacute modeacuteliseacutees agrave lrsquoaide des meacutethodes geacuteostatistiques avanceacutees pour en faciliter lutilisation des donneacutees mensuelles incomplegravetes et les emplacements des eacutetablissements de santeacute geacuteocodeacutees en Namibie [51] et en Zambie [52] Ces nouvelles approches pour le traitement des donneacutees incomplegravetes de routine en combinaison avec des capaciteacutes de diagnostic redimensionneacutees offre de nouvelles possibiliteacutes inteacuteressantes pour modeacuteliser le cas dincidence ougrave la plupart des fiegravevres cherchent un traitement dans les secteurs formels et la plupart des fiegravevres sont parasitologique confirmeacutees Pour les pays ou zones se trouvant agrave linteacuterieur des pays cherchant agrave parvenir agrave eacuteradiquer le paludisme en Afrique des combinaisons de PCD et ACD avec deacutepistage des cas sont deacutejagrave en cours en Afrique du Sud [53] au Swaziland [54] agrave Zanzibar [55] au Cap-Vert [56] et dans les districts limitrophes du fleuve Seacuteneacutegal au Seacuteneacutegal [57] Le passage du controcircle agrave la preacute-eacuteradication est un continuum Par conseacutequent les mesures utiliseacutees pour deacutefinir ces paramegravetres doivent ecirctre refleacuteteacutees par des combinaisons de mesures en fonction de la disponibiliteacute et de la qualiteacute des donneacutees nationales Lorsquil ny a pas de systegravemes dinformation de santeacute fiables et lagrave ougrave la preacutevalence parasitaire reste eacuteleveacute il est fondamental dutiliser la preacutevalence dinfection agrave base communautaire comme indicateur de risque Lorsque leacuteradication est un objectif preacutedeacutefini la deacutetection de toutes les infections plutocirct que de tous les eacuteveacutenements pathologiques devient une prioriteacute Toutes les meacutetriques de risque doivent permettre de stratifier les reacutegions geacuteographiques avec une preacutecision adeacutequate Ces stratifications devraient permettre drsquoeacutetablir un lien quant agrave ce qui est neacutecessaire pour deacuteplacer une reacutegion plus loin dans le continuum vers le deacutefi ultime de leacuteradication Il ny a pas de lignes directrices deacutefinitives pour ce qui peut ecirctre mesureacute et sur les critegraveres neacutecessaires pour entamer lrsquoadaptation des strateacutegies de controcircle Nous travaillons en eacutetroite collaboration avec lOMS pour veiller agrave ce que cela soit plus clair dans un proche avenir 3 Lhistoire des enquecirctes parasitaires nationales en Afrique Certaines des enquecirctes nationales plus anciennes en matiegravere de preacutevalence de linfection ont eacuteteacute entreprises au Seacuteneacutegal en 1905-1906 [58] en Algeacuterie en 1908 [59] au Ghana en 1913 [60] agrave Zanzibar en 1923-1926 [61] et agrave lrsquoicircle Maurice entre 1923 et 1925 [62] Les enquecirctes parasitaires nationales ont eacuteteacute recommandeacutees agrave travers lAfrique pendant les phases preacuteparatoires et les phases dattaque de leacuteradication du paludisme dans le cadre du Projet GMEP [40 43 48] Celles-ci eacutetaient fondeacutees sur des meacutethodes deacutechantillonnage statistique pour permettre une

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plus grande preacutecision de preacutevalence de chaque communauteacute en fonction des niveaux de preacutevalence attendus [63] Des exemples de ces enquecirctes nationales srsquoeacutetendent sur 30 ans de preacuteparation pour le controcircle du paludisme en Afrique y compris les enquecirctes meneacutees avant la Confeacuterence de Kampala en Egypte en 1936 [64] au Cap-Vert en 1946 [65] au Libeacuteria en 1948 [66] et en Namibie en 1950 [67] et apregraves la Confeacuterence de Kampala au Maroc en 1951-1953 [68] au Mozambique 1952 [6970] agrave Madagascar entre 1952 et 1953 [71] en Angola 1953 [72] au Beacutenin 1954 [73] au Cameroun en 1954 [74] au Zimbabwe en 1956 [75] au Seacuteneacutegal en 1960 [76] au Soudan en 1961-1963 [77] en Somalie entre 1960 et 1961 [7879] au Botswana en 1962 [8081] au Togo entre 1962 et 1964 [82] en Mauritanie entre 1963 et 1965 [8384] en Sierra Leone entre 1963 et 1966 [85] en Algeacuterie entre 1964 et 1965 [86] en Ethiopie entre 1964 et 1965 [8788] en Ouganda entre 1965 et 1967 [89] et en Zambie entre 1969 et 1972 [90] Des exemples de repreacutesentations dessineacutees agrave la main de ces donneacutees denquecirctes nationales sont preacutesenteacutes dans le scheacutema 2 Scheacutema 2 Exemples denquecirctes nationales sur la preacutevalence du paludisme pendant legravere du GMEP a) au Seacuteneacutegal [76] b) en Ouganda [89] c) en Angola [72] d) au Mozambique [70] e) au Soudan [77] f) au Cameroun [74]

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Au deacutebut le Centre Muraz baseacute agrave Bobo Dioullaso au Burkina Faso faisait office du siegravege sous reacutegional du Service Geacuteneacuteral dHygiegravene et de Prophylaxie (SGHMP) qui fournissait des preacuteconisations meacutedicales et sanitaires ainsi que la recherche pour les pays qui constituaient la Feacutedeacuteration des pays de lrsquoAfrique occidentale Franccedilaise (AOF) En 1955 des enquecirctes aupregraves des meacutenages de grande ampleur ont eacuteteacute entreprises depuis le Centre Muraz agrave travers la sous-reacutegion pour eacutetablir la preacutevalence du pian et de la syphilis Le chef de la section de lutte contre le paludisme le commandant docteur Choumara a suggeacutereacute qursquoon pourrait inclure des enquecirctes compleacutementaires sur le paludisme sans occasionner des coucircts suppleacutementaires et sans retarder le travail de leacutequipe de Treacuteponeacutematoses Au cours des anneacutees suivantes les premiegraveres cartographies sous-reacutegionales de la preacutevalence empirique du paludisme ont eacuteteacute eacutelaboreacutees [91] (scheacutema 3) Scheacutema 3 Reacutesultats des enquecirctes paludomeacutetriques sous-reacutegionales meneacutees dans le cadre drsquoenquecirctes de treacuteponegraveme en milieu et agrave la fin des anneacutees 1950 par le Centre Muraz agrave travers lrsquoAOF [91]

Pendant les efforts deacuteradication un certain nombre de pays ont maintenu des enquecirctes communautaires parasitologiques eacutetendues mais pour la majoriteacute des pays dAfrique sub-saharienne les enquecirctes nationales dinfections paludiques aupregraves des meacutenages ont eacuteteacute abandonneacutees En 2005 cinq ans apregraves le lancement de linitiative Roll Back Malaria il a eacuteteacute reconnu quil eacutetait important de ressusciter des enquecirctes nationales des meacutenages sur la preacutevalence de linfection en tant que moyen pour permettre de suivre les progregraves au niveau des pays [9293] Les trois principaux veacutehicules denquecircte pour recueillir les donneacutees nationales contemporaines de

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preacutevalence parasitaires eacutetaient les modules de paludisme de lrsquoEnquecircte deacutemographique et de santeacute geacutereacutes par le programme ameacutericain MESURE-ICF [94] les Enquecirctes en grappes agrave indicateurs multiples geacutereacutees par lUNICEF [95] et les EIP autonomes geacutereacutees par les programmes nationaux de lutte contre le paludisme et leurs partenaires de drsquoenquecircte Ces enquecirctes sont effectueacutees avec un accent sur le suivi des eacutevolutions dans la couverture dintervention et du taux de mortaliteacute des enfants de moins de cinq ans dans le premier niveau des zones administratives (province Eacutetat Gouvernorat etc) Lrsquoeacutechantillonnage national stratifieacute et pondeacutereacute selon la population ne se fonde pas sur la preacutecision autour de la preacutevalence du paludisme Lune des conseacutequences est que les uniteacutes primaires deacutechantillonnage qui en deacutecoulent ne repreacutesentent qursquoun tregraves petit nombre dindividus eacutechantillonneacutes pour linfection par le paludisme Ceci est une distinction importante entre les enquecirctes nationales sur le paludisme meneacutees au cours de legravere du Projet GMEP qui ont eacuteteacute conccedilues sur la base de leur capaciteacute agrave deacutefinir la preacutevalence dinfection [63] Les enquecirctes nationales actuelles comprennent des combinaisons de meacutethodes de deacutepistage des parasites dans diffeacuterents tranches dacircge en fonction de lenquecircte nationale Cependant la majoriteacute se focalise uniquement sur les enfants acircgeacutes drsquoentre 6 mois agrave cinq ans ce qui constitue une tranche dacircge moins informative en termes de preacutevalence dinfection par rapport aux enquecirctes comprenant une fourchette dacircge denfance beaucoup plus eacutetendue [96] et qui repeacutesente une autre rupture par rapport aux enquecirctes nationales meneacutees entre les anneacutees 1950 et 1960 qui eacutetaient axeacutees sur les enfants de moins de 10 ou de moins de 15 ans ou qui ont pris en consideacuteration tous les membres du meacutenage Malgreacute ces limites il y a eu une augmentation importante de donneacutees empiriques sur la preacutevalence dinfection par le paludisme en Afrique par rapport agrave ce qui eacutetait disponible dans une vaste zone geacuteographique depuis plus de 40 ans Depuis 2006 les enquecirctes nationales sur le parasites du paludisme ont eacuteteacute entreprises en Angola (2006 et 2011) au Botswana (2012) au Beacutenin (2012) au Burkina Faso (2010 et 2014) au Burundi (2012) au Cameroun (2011) au Tchad (2011) aux Comores (2010b) en Cocircte dIvoire (2012) en Reacutepublique deacutemocratique du Congo (2011b) aux Comores (2010b) en Cocircte dIvoire (2012) en Reacutepublique deacutemocratique du Congo (DRC) (2009 et 201314) au Djibouti (2009b) en Guineacutee eacutequatoriale (2007 and 201011b) en Erythreacutee (2002 et 2012b) en Ethiopie (2006 2007 et 2011b) au Gabon (2007 adultes uniquementb) en Gambie (2008b 2010b 2013b et 2015b) Ghana (2011 and 2014) Guineacutee (2012 and 201415) Guineacutee Bissau (200809b) Kenya (2007b 2010b et 2015b) au Liberia (2009 et 2011) agrave Madagascar (2011 and 2013) au Malawi (2000 2009 2012 et 2014) au Mali (2010) Mozambique (2002a 2007a et 2011) en Namibie (2009a) au Nigeria (2010) au Rwanda (2007 et 201011) au Seacuteneacutegal (20089 201011 201213 et 201314) en Sierra Leone (2013) en Somalie (2005b et 2014b) au Sud-Soudan (2009b et 2013b) au Soudan (2005b 2009b et 2012b) au Swaziland (2010b) en Tanzanie (20078 et 201112) au Togo (201314) en Ouganda (2009 et 201415) en Zambie (2006b 2008b 2010b et 2012a) agrave Zanzibar (2007 2010 et 201112) et au Zimbabwe (2009 et 2012)

b Donneacutees mises agrave la disposition de lrsquoeacutequipe drsquoINFORM par les programmes nationaux de lute contre le paludisme sans permission pour de partager avec des tiers

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Suivant une augmentation des enquecirctes communautaires sur la preacutevalence drsquoinfection il y a eu une renaissance dans les enquecirctes drsquoeacutecoliers Cette fourchette dacircge fournit une gamme plus optimale pour les recherches sur la preacutevalence dinfection Lagrave ougrave la freacutequentation scolaire est eacuteleveacutee et ougrave lintensiteacute de transmission est stable cette approche consistant agrave mesurer lexposition communautaire aux parasites est moins coucircteuse et exige moins de main-dœuvre que leacutechantillonnage communautaire [9798] Lutilisation de la preacutevalence de linfection chez les eacutecoliers pour suivre les progregraves et limpact de la lutte contre le paludisme et son eacutelimination nrsquoest pas nouvelle Les enquecirctes scolaires ont eacuteteacute entreprises dans le cadre de la surveillance en Rhodeacutesie du Sud (aujourdhui appeleacute le Zimbabwe) [75] au Bechuanaland (aujourdhui appeleacute la Reacutepublique du Botswana) [80] en Ouganda [99 100] en icircle Maurice [62] et en Sierra Leone [101] Au Kenya les enquecirctes sur le paludisme dans les eacutecoles ont eacuteteacute reacuteguliegraverement effectueacutees dans le cadre de la surveillance paludique par la Division des maladies agrave transmission vectorielle (DMTV) depuis sa creacuteation dans les anneacutees 1940 jusquau deacutebut des anneacutees 1990 anneacutee ougrave ces enquecirctes ont eacuteteacute abandonneacutees en raison du manque de fonds [DMTV donneacutees non publieacutees] Des enquecirctes nationales reacutecentes en milieu scolaire ont eacuteteacute restaureacutees au Kenya [102103] en Cocircte dIvoire [104] en Ethiopie [105] en Gambie [106] au Mali [107] en Tanzanie [F Molteni communication personnelle] au Mozambique et au Malawi [Natalie Roschnik communication personnelle] et en Ouganda [108] Le co-eacutechantillonnage a eacuteteacute proposeacute au cours des enquecirctes sanitaires plus eacutetendues dans les anneacutees 1950 pour la lutte contre les treacuteponegravemes et le paludisme [91] ainsi qursquoau cours des enquecirctes nutritionnelles meneacutees en Zambie [90] Reacutecemment les opportuniteacutes partageacutees dont les enquecirctes sur le paludisme meneacutees dans le cadre dautres enquecirctes sanitaires ont eacuteteacute revues notamment le deacutepistage des maladies tropicales neacutegligeacutees [109] ou des enquecirctes nutritionnelles offrant ainsi des possibiliteacutes drsquointeacutegrer des diagnostics du paludisme En Somalie par exemple nous avons travailleacute avec lUniteacute danalyse de la nutrition et de la seacutecuriteacute alimentaire (FSNAU) de lOrganisation pour lalimentation et lagriculture en Somalie de faccedilon agrave inclure des diagnostics rapide du paludisme au cours du deacutepistage des problegravemes nutritionnels au sein des communauteacutes entre 2007 et 2011 [110] 4 Recueil des donneacutees denquecirctes sur la preacutevalence parasitaire Comme nous lavons indiqueacute plus haut il y a eu deux grandes pousseacutees dinteacuterecirct dans les enquecirctes nationales sur la preacutevalence parasitaire toutes les deux gravitant autour des initiatives mondiales pour controcircler et eacuteliminer le paludisme meneacutees par lOMS Cependant il y a eu de nombreuses enquecirctes de terrain sous-nationales et individuelles sur la preacutevalence de lrsquoinfection paludique agrave travers le continent depuis le deacutebut des anneacutees 1900 Le processus didentification de ces donneacutees denquecirctes fut long et ardu la prise en charge vers 20 ans Cette section deacutecrit le processus lextraction de donneacutees et lexhaustiviteacute de ce processus de recherche de donneacutees

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41 Contexte de strateacutegies de recherche de donneacutees Les principes de base de la recherche dinformation sur la preacutevalence dinfection paludique en Afrique ont eacuteteacute rassembleacutes dans le projet de collaboration appeleacute Cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) [4] Cette collaboration a eacuteteacute eacutetendue en 2005 dans le cadre du Projet Malaria Atlas (MAP) (Atlas du risque de paludisme en Afrique [Guerra et al 2007] Ces deux projets provisoires de recueil de donneacutees mettent en eacutevidence un aspect important de la localisation des informations paludomeacutetriques en Afrique dont la plupart proviennent de sources ineacutedites Cela nrsquoaurait pour autant pas surpris les paludologues qui travaillaient en Afrique il y a plus de cinquante ans Bagster-Wilson deacuteclare dans le traiteacute de Boyd sur le paludisme en 1948 qursquolaquoon peut sefforcer de deacutefinir avec plus de preacutecision la reacutepartition du paludisme dans la mesure ougrave les informations disponibles le permettront une grande partie de savoir local se cache dans les rapports officiels non publieacutes qui ne peuvent ecirctre consulteacutes que par le biais des visites dans les pays concerneacutes raquo [111] Pour identifier les sources dinformations nous avons proceacutedeacute agrave des meacutethodes opportunistes aux approches en cascade et nrsquoavons pas respecteacute les meacutethodes rigoureuses proposeacutees pour les examens systeacutematiques ou des meacuteta-analyses [112] eacutetant donneacute qursquoavoir recours uniquement aux donneacutees examineacutees par des pairs se traduirait par lexclusion de preacutecieuses sources de donneacutees de valeur au niveau des pays Nous avons utiliseacute des contacts personnels fait des reacutefeacuterences occasionnelles aux enquecirctes contenues dans les rapports des ministegraveres de la santeacute effectueacute des recherches darchives et effectueacute des recherches dans des publications traditionnelles eacutevalueacutees par les pairs afin de traquer les sources possibles de donneacutees denquecirctes paludiques agrave travers le continent Dans les sections suivantes nous tenterons darticuler les approches adopteacutees pour repeacuterer des informations 42 Recherches dans les archives historiques Depuis 2005 nous avons entrepris des recherches manuelles dans les archives et les bibliothegraveques des instituts ex-coloniaux de meacutedecine tropicale pour repeacuterer des rapports ineacutedits de paludologues travaillant en Afrique avant que les pays nrsquoaccegravedent agrave lindeacutependance Il srsquoagissait notamment de drsquoarchives de lInstitut de Meacutedecine Tropicale Anvers lrsquoInstitut Pasteur Paris Deacutepartement dHistoire de la Meacutedecine Sapienza - Universitagrave di Roma Rome ArchivioItaliano Di Scienze mediche Coloniali Rome Instituto Higiene Medicina Tropical Lisbonne Wellcome Trust Library Londres The National Archives Kew Royaume-Uni et la London School of Tropical Medicine and Hygiene Londres On notera en particulier les rapports de voyage des consultants et les rapports trimestriels de paludologues travaillant pour le compte de lOrganisation mondiale de la santeacute (OMS) agrave partir des anneacutees 1950 jusquaux anneacutees 1970 Ceux-ci fournissent des reacutecits riches et des donneacutees denquecircte des campagnes de preacute-eacutelimination des rapports deacutetape deacutelimination des critiques et des analyses de situation du paludisme au niveau national Toutes ces donneacutees sont archiveacutees dans les bibliothegraveques de lOMS agrave Genegraveve au Caire et agrave Brazzaville (Figure 4) Nous tenons agrave

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remercier les bibliotheacutecaires de ces archives qui nous ont fourni une aide preacutecieuse dans le repeacuterage des documents non publieacutes dans chacun de ces siegraveges de lOMS Figure 4 Archives de lrsquoOMS agrave Genegraveve (agrave gauche) et agrave Brazzaville (agrave droite) Nous avons eacutegalement visiteacute les archives nationales du Ministegravere de la santeacute situeacutees dans les villes de Nairobi Kisumu Eldoret Mombasa et Meru (au Kenya) Entebbe et Jinja (en Ouganda) Sennar Khartoum et Kassala (au Soudan) Thies (au Seacuteneacutegal) Amani (en Tanzanie) Accra (au Ghana) Tzaneen (en Afrique du Sud) et les archives personnelles de lex-directeur de Tzaneen Malaria Research Centre ndash Centre de recherche sur le paludisme (couvrant lAfrique du Sud la Namibie et le Botswana) Les dossiers et les rapports tenus au National Institute of Medical Research (Institut national de la recherche meacutedicale) agrave Amani (Scheacutema 5) a couvert la peacuteriode ougrave le centre eacutetait le siegravege sous-reacutegional de lrsquoInstitute of Malaria and Vector Borne Diseases (Institut est-africain du paludisme et des maladies agrave transmission vectorielle) (1954-1977) Le siegravege du Projet de leacuteradication du paludisme agrave Jinja en Ouganda abritait tous les dossiers des enquecirctes nationales des meacutenages agrave partir des anneacutees 1960 jusquen 2011 quand ceux-ci ont malheureusement eacuteteacute deacutetruits et nous nrsquoavons eacuteteacute en mesure de trouver que ceux qui avaient eacuteteacute deacutemeacutenageacute agrave Entebbe Des rapports annuels des services meacutedicaux et de lrsquoassainissement datant de 1919 produits par les gouvernements coloniaux de la Gambie du Nigeria du Gold Coast (Ghana) de Sierra Leone de Somalie du Kenya de Tanganyika (Tanzanie) de Zanzibar drsquoOuganda du Congo belge (RDC) du Bechuanaland (Botswana ) du Nyassaland (Malawi) de Rhodeacutesie (Zambie et Zimbabwe) de lrsquoicircle Maurice et du Soudan eacutetaient disponibles en eacutetats variables de conservation dans la bibliothegraveque fondeacutee par le Wellcome Trust en 1963 et fait maintenant partie des laboratoires nationaux de santeacute publique appartenant au ministegravere de la santeacute agrave Nairobi Kenya (Figure 5) Au cours du Projet de cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) des scientifiques reacutegionaux ont visiteacute les archives nationales situeacutees dans les villes de Maputo (Mozambique) Bobo Dioulasso (Burkina Faso) Yaoundeacute (Cameroun) Cotonou (Beacutenin) et Lomeacute (Togo) [MARA ARMA 1998] Ces recherches ont identifieacute plusieurs rapports importants

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renfermant des donneacutees denquecirctes nationales Ils nrsquoont cependant pas pris des exemplaires numeacuteriques de rapports originaux Dans la mesure du possible nous avons tenteacute de localiser ces rapports et drsquoen preacuteparer des exemplaires numeacuteriques Cela na pas toujours eacuteteacute couronneacutee de succegraves et nous avons de ce fait inclus certaines donneacutees des issues de la base de donneacutees MARA ARMA des enquecirctes meneacutees agrave lrsquoeacutepoque preacute-indeacutependance avec des citations respectives notamment celles reacutecupeacutereacutees du Centre Muraz agrave Bobo Dioulasso Des exemplaires numeacuteriques des rapports non-publieacutes issus des archives europeacuteennes et africaines sont mis agrave la disposition des pays dans le cadre du projet INFORM en tant que bibliothegraveques numeacuteriques Scheacutema 5 A gauche Archives du laboratoire national de santeacute publique Nairobi Kenya (Old Wellcome Trust Library) A droite ndash Bibliothegraveque de lrsquoInstitut national de recherche meacutedicale Amani Tanzanie 43 Recherche des donneacutees eacutelectroniques Des bases de donneacutees eacutelectroniques en ligne ont eacuteteacute utiliseacutees comme un moyen didentifier les pairs des donneacutees publieacutees sur la preacutevalence de linfection paludique notamment celles publieacutees depuis les anneacutees 1980 y compris PubMed [113] Google Scholar [114] Armed Forces Pest Management Board (le Conseil dadministration de la lutte antiparasitaire des Forces armeacutees) - Litteacuterature Retrieval System [116] la base de donneacutees de la bibliothegraveque de lrsquoOrganisation mondiale de la santeacute [116] et le service de la bibliothegraveque numeacuterique en ligne de lInstitut de Recherche pour le Deacuteveloppement [117] Nous nrsquoavons pas trouveacute facilement des revues reacutegionales y compris un grand nombre de revues meacutedicales nationales des revues de la santeacute publique et parasitologiques agrave partir des sources ci-dessus Toutefois nous avons trouveacute des titres et des extraits en ligne de lrsquoAfrican Journals Online (AJOL) [118] Dans toutes les recherches de bases de donneacutees numeacuteriques des travaux publieacutes contenant les des mots-cleacutes laquo paludisme raquo et laquonom de paysraquo ont eacuteteacute utiliseacutes Nous avons eacuteviteacute lrsquoemploi des terminologies speacutecialiseacutees issues du systegraveme de meacutetadonneacutees meacutedicales laquoMedical Subject Headings (MeSH)raquo dans les recherches darchives numeacuteriques de faccedilon agrave eacutelargir au maximum

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notre champ de recherche Nous avons effectueacute des recherches de base de donneacutees au moins une fois par an agrave partir de lrsquoanneacutee 2005 Nous avons compleacuteteacute nos recherches par des notifications reacuteguliegraveres hebdomadaires sur le paludisme du service dalerte infos de Malaria World [119] Roll Back Malaria des bulletins dinformations du Programme de santeacute environnementale de lUSAID [120] et Santeacute Tropicale pour les revues nationales et reacutegionales des pays francophones y compris Meacutedecine dAfrique noire [121 ] Les titres et les reacutesumeacutes ont eacuteteacute utiliseacutes pour identifier drsquoeacuteventuelles donneacutees denquecirctes parasitaires transversales dans diverses formes soit en tant qursquoenquecirctes communautaires enquecirctes en milieu scolaire autres meacutethodes de deacutepistage parasitaire ou des essais sur le terrain Nous avons eacutegalement eacutetudieacute des eacutetudes sur la preacutevalence de maladies associeacutees au paludisme lorsque celles-ci sont preacutesenteacutees dans le cadre drsquoenquecirctes sur laneacutemie lrsquoheacutemoglobinopathie la transfusion sanguine ou eacutevaluations de la situation nutritionnelle afin drsquoidentifier les rapports coiumlncidence de la preacutevalence paludique En outre crsquoeacutetait une pratique courante de deacutepister les membres de la communauteacute ou des eacutecoliers au cours des protocoles de sensibiliteacute preacutecoces aux meacutedicaments antipaludeacuteens de sorte agrave enrocircler des personnes infecteacutees aux enquecirctes de suivi post-traitement Souvent des donneacutees issues des sites denquecirctes seacutelectionneacutes permettaient de fournir le nombre de personnes deacutepisteacutees et le nombre de personnes infecteacutees Les enquecirctes aupregraves des populations feacutebriles ou des personnes freacutequentant des cliniques ont eacuteteacute exclues Les publications avec des titres ou des extraits pouvant indiquer la preacutesence des donneacutees parasitaires possibles ont eacuteteacute soit teacuteleacutechargeacutees agrave partir darchives de revues offertes en ligne en libre accegraves ou provenant de HINARI (lInitiative daccegraves aux recherches pour la santeacute) [122] A chaque fois que les publications nrsquoeacutetaient pas disponibles sur HINARI en libre accegraves nous visitions les archives des bibliothegraveques du Royaume-Uni agrave la London School of Hygiene and Tropical Medicine la Liverpool School of Tropical Medicine la bibliothegraveque Bodleian agrave lUniversiteacute dOxford ou la Bibliothegraveque de lInstitut Pasteur Paris pour obtenir en obtenir des exemplaires Nous faisions des demandes de reacutefeacuterences que nous nrsquoarrivions pas agrave trouver suivant ces recherches agrave laide du catalogue mondial des recherches agrave travers les bibliothegraveques dOxford factureacutees agrave la page Toutes les publications agrave partir desquelles des donneacutees ont eacuteteacute extraites ont eacuteteacute contreveacuterifieacutees agrave lrsquoaide des bibliographies provenant dautres sources qursquoon aurait oublieacutees ou qui correspondraient agrave des documents non publieacutes ou laquodocuments parallegravelesraquo qui ne sont geacuteneacuteralement pas controcircleacutes par les eacutediteurs commerciaux Les auteurs des articles eacutevalueacutes par les pairs ont souvent eacuteteacute contacteacutes pour nous renseigner sur des informations compleacutementaires dans leur document et nous indiquer dautres travaux non publieacutes dans leur zone geacuteographique ou de leur institution

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44 Autres sources de donneacutees Les enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages ayant inteacutegreacute la preacutevalence parasitaire sont deacutecrites dans la section 3 Les donneacutees provenant de ces enquecirctes sont soit disponibles en formats teacuteleacutechargeables agrave partir du programme ICF MEASURE ou ont eacuteteacute fournis au projet INFORM par les programmes nationaux de lutte antipaludique dans le cadre daccords de collaboration Pour dautres donneacutees eacuteventuellement ineacutedites et propres aux sites sur la preacutevalence du paludisme nous avons consulteacute des sites Web et contacteacute les organisations non gouvernementales (ONG) travaillant en Afrique pouvant avoir entrepris des eacutevaluations sanitaires comprenant des enquecirctes parasitologiques au sein des communauteacutes aupregraves desquelles elles œuvraient Il srsquoagissait notamment de Meacutedecins sans Frontiegraveres [123] MERLIN [124] le Centre Carter [125] Selon lUniteacute danalyse de la seacutecuriteacute alimentaire et de la nutrition en Somalie (FSNAU) [126] Shape Consulting [127] Save the Children [128] Malaria Consortium [129] et MENTOR [130] Gracircce aux contacts fournis par ces agences nous avons pu trouver des donneacutees provenant de sites drsquoenquecirctes en Guineacutee en Sierra Leone en Cocircte dIvoire en Tanzanie au Libeacuteria en Somalie au Kenya en Ouganda au Nigeria en Ethiopie au Mali et au Soudan du Sud Les extraits des ouvrages publieacutes par Tropical Medicine ainsi que ceux issus des reacuteunions sur le paludisme ont eacuteteacute identifieacutes provenant de sources les plus diverses possibles et produits dans le cadre de confeacuterences et de congregraves nationaux et internationaux Ceux-ci ont eacuteteacute utiliseacutes pour signaler drsquoeacuteventuelles donneacutees solliciteacutees par correspondance des auteurs drsquoextraits Notre preacutesence reacutegionale et les liens que nous entretenons avec la communauteacute de recherche sur le paludisme en Afrique a permis de faire naicirctre une prise de conscience quant agrave lobjectif et agrave lambition de la recherche sur la cartographie du paludisme commenceacute en 1996 sous la collaboration MARA ARMA [35] Nous avons profiteacute de cette connectiviteacute reacutegionale des chercheurs pour contacter directement les collegravegues travaillant sur leacutepideacutemiologie du paludisme de sorte agrave rechercher des donneacutees ventileacutees et speacutecifiques au site souvent ineacutedites La volonteacute de partager des donneacutees non publieacutees sur les enquecirctes parasitaires a eacuteteacute sans preacuteceacutedent Au 1er Juillet 2015 plus de 700 scientifiques et speacutecialistes individuels de la santeacute publique ont fourni des informations ventileacutees sur les donneacutees publieacutees donneacutees non-publieacutees ou ont apporteacute leur concours agrave la localisation des communauteacutes eacutechantillonneacutees agrave travers lAfrique Nous avons tenu agrave les remercier dans lannexe accompagnant le preacutesent rapport ainsi que sur le site Web INFORM [131] Les instituts reacutegionaux menant des recherches sur le paludisme et leurs partenaires de collaboration eacutetaient toujours agrave lavant-garde dans la fourniture de donneacutees non publieacutees Il convient de mentionner particuliegraverement les Medical Research Council Laboratories (Gambie) les partenariats de collaboration entre le Kenyan Medical Research Institute et le Wellcome Trust Universiteacute dOxford US Centers for Disease Control Universiteacute de Nagasaki et Walter Reed (Kenya) le Centre de Recherche et de formation sur le paludisme (Mali) Uganda Malaria Surveillance Project (Ouganda) les partenariats de collaboration tisseacutes entre Ifakara Health Institute et le Swiss Tropical Institute la London School of Hygiene and Tropical Medicine et US

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Centers for Disease Control (Tanzanie) Dar es Salaam Urban Malaria Control Project (Tanzanie) National Medical Research Institute agrave Amani (Tanzanie) Institut Pasteur (Madagascar) lrsquoInstitut de Recherche pour le deacuteveloppement (Seacuteneacutegal) Centre de Rechercheacute en Santeacute de Nouna (Burkina Faso) Institute for Endemic Diseases University of Khartoum (Sudan) Blue Nile Health Project-Giezera State University (Sudan) Centro Investigaco Saude Angola (Angola) Liverpool School of Tropical Medicine Wellcome Trust and College of Medicine Programme collaboratif de lrsquoUniversity of Malawi (Malawi) South African Medical Research Council (Afrique du Sud Mozambique et Swaziland) le programme de collaboration du Swiss Tropical and Public Health Institute et de lInstitut de la santeacute publique (Cocircte dIvoire) le programme de collaboration du US Centers for Disease Control (Togo) partenariats de collaboration du Prince Leopold Institute (Burundi Beacutenin et Rwanda) Malaria Institute agrave Macha (Zambie) Medical Research CentreOuganda Virus Research Institute (Ouganda) lEcole de Santeacute Publique de Kinshasa (RDC) et le Southern African Malaria Consortium (Zimbabwe) 5 Abstraction des donneacutees drsquoenquecircte 51 Exigences minimales en matiegravere de donneacutees De chacun des rapports drsquoenquecircte les champs de donneacutees minimales requises pour chaque enregistrement sont les suivants description de la zone deacutetude (nom divisions administratives et coordonneacutees geacuteographiques cas eacutecheacuteant) dates de deacutebut et de fin de lenquecircte (mois et anneacutee) et renseignements sur de lexamen sanguin (nombre de personnes deacutepisteacutees nombre de personnes constateacutees positives pour infection au Plasmodium par espegravece) meacutethodes utiliseacutees pour deacutetecter linfection (microscopie tests de diagnostic rapide (TDR) reacuteaction en chaicircne par polymeacuterase (PCR) ou combinaisons) et lrsquoacircge le plus bas et la population eacutetudieacutee Pour les donneacutees provenant des essais controcircleacutes et randomiseacutes dintervention les donneacutees nrsquoont eacuteteacute seacutelectionneacutees que lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees de base de preacute-intervention et celles issues des enquecirctes de suivi transversales ulteacuterieures au sein des populations teacutemoins Lorsque des cohortes dindividus ont eacuteteacute interrogeacutees agrave plusieurs reprises dans le temps nous nous sommes efforceacutes dinclure uniquement la premiegravere enquecircte et les enquecirctes ulteacuterieures lorsque celles-ci nrsquoavaient qursquoun eacutecart drsquoau moins cinq mois par rapport agrave la date denquecircte initiale pour eacuteviter toute deacutependance entre les observations baseacutees sur le traitement des personnes infecteacutees preacuteceacutedentes Lorsqursquoil neacutetait pas possible de ventiler les enquecirctes reacutepeacuteteacutees celles-ci eacutetaient deacutefinitivement exclues de lanalyse Plusieurs pays ont maintenu des enquecirctes sanguines de masse apregraves avoir atteint les phases de consolidation de leacutelimination La dureacutee des phases de preacute-eacutelimination drsquoattaque de consolidation et dentretien deacutelimination varie entre les pays [47] Nous avons choisi dexclure les donneacutees eacutechantillonneacutees apregraves les dates ougrave les pays mettant en œuvre des programmes drsquoeacutelimination avaient commenceacute agrave utiliser des taux drsquoincidence deacuteriveacutes des indices parasitaires annuels ou lorsque des enquecirctes sanguines de masse eacutetaient utiliseacutees pour deacutemontrer labsence de transmission en Algeacuterie (1967) en Egypte (1965) en Libye (1967) en icircle Maurice (1957) au Maroc (1969) en Reacuteunion (1953) et en Tunisie (1968)

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Parfois les rapports preacutesentaient le nombre total de personnes examineacutees dans un certain nombre de villages et le pourcentage de personnes controcircleacutees positives par village ici nous avons supposeacute que le deacutenominateur par village eacutetait eacutequivalent au nombre total de personnes examineacutees diviseacute par le nombre total de villages Il eacutetait possible deacutetablir lanneacutee de chaque enquecircte cependant il eacutetait parfois impossible drsquoeacutetablir le mois de lenquecircte agrave partir des rapports denquecirctes Dans ce cas de figure nous avons utiliseacute des descriptions saison laquohumideraquo et saison laquosegravecheraquo premier ou deuxiegraveme trimestre scolaire ou dautres informations pour parvenir agrave une approximation du mois de lenquecircte et avons inclus un rapport sur cette hypothegravese Certains reacutesultats de lenquecircte ont eacuteteacute signaleacutes en tant qursquoagreacutegat dans lespace (par exemple un seul PfPR pour un groupe de villages) ou dans le temps (par exemple un PfPR moyen estimeacute agrave partir de quatre enquecirctes diffeacuterentes meneacutees au fil du temps) Dans de tels cas nous avons soit chercheacute dautres rapports des mecircmes enquecirctes avec une reacutesolution spatiale ou temporelle plus eacuteleveacutee Lagrave ougrave cela na pas eacuteteacute possible et ougrave des groupes de villages deacutepassaient 5 km2 nous avons exclu du dossier de lanalyse (voir ci-dessous) Lorsque des informations suppleacutementaires eacutetaient neacutecessaires pour fournir des donneacutees speacutecifiques par village dans un moment preacutecis nous avons demandeacute aux auteurs de nous fournir tout renseignement ou document manquant 52 Meacutethodes de deacutetection parasitaires Compte tenu de son ubiquiteacute en tant qursquooutil de diagnostic paludique la meacutethode preacutefeacutereacutee de deacutetection parasitaire eacutetait la microscopie Aucune distinction nrsquoeacutetait faite entre la microscopie optique ou par fluorescence La qualiteacute de la veacuterification de lame [132133] les variations de sensibiliteacute speacutecificiteacute entre les tests de diagnostic rapide (TDR) [134] la capaciteacute des eacutequipes de terrain agrave analyser les TDR de maniegravere fiable [135-138] ou des variations obtenues sur la base de la seacutelection des amorces pour les reacuteactions en chaicircne de la polymeacuterase (PCR) [139] influencent toutes les descriptions de la preacutevalence et auront des variances intrinsegraveques entre les enquecirctes incluses dans la base de donneacutees Il a eacuteteacute deacutemontreacute que les TDR donnent des taux de faux positifs plus eacuteleveacutes que la microscopie [134 140 141] cependant ils ont tendance agrave stratifier agrave fois le taux parasitaire le plus bas (lt1) et le plus eacuteleveacute (gt50) avec plus de preacutecision par rapport agrave la microscopie courante [133 141] Une analyse drsquoun grand recueil de donneacutees sur les taux parasitaires des communauteacutes a deacutemontreacute quil y avait une diffeacuterence minime dans les estimations du taux moyen global de preacutevalence de P falciparum dans une analyse des donneacutees correspondantes apparieacutees issues des enquecirctes communautaires ayant utiliseacute la microscopie et les TDR pour les examens parasitaires [46] Neacuteanmoins les diffeacuterences entre les TDR et la microscopie en matiegravere de leur capaciteacute agrave deacutetecter des dinfections mineures lorsquelles sont geacutereacutees dans des conditions normales restent un preacutejugeacute systeacutematique inheacuterent aux donneacutees [141] que nous sommes incapables de controcircler Nous sommes eacutegalement incapables de controcircler la qualiteacute des analyses de donneacutees des enquecirctes en utilisant uniquement la microscopie Le principal problegraveme de la microscopie lorsquelle est utiliseacutee dans le cadre les enquecirctes-eacutechantillons nationales est la qualiteacute de la preacuteparation des lames (coloration et entreposage) et

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ou les garanties de la veacuterification de la qualiteacute (VQ) des analyses des lames Dans ce cas de figure nous avons en consultation avec les responsables des enquecirctes nationales ducirc faire plusieurs jugements de valeur Par exemple pour les enquecirctes nationales aupregraves des meacutenages au Soudan en Somalie au Malawi et en Angola nous avons choisi dinteacutegrer les preacutevalences dinfection obtenues gracircce aux TDR plutocirct les estimations provenant des analyses des lames de microscopie Par contre pour drsquoautres pays tels que le Kenya et lOuganda nous avions des garanties quant agrave la qualiteacute des analyses des preacutelegravevements sanguins pendant enquecirctes sur les indicateurs du paludisme Il ny a pas de regravegles absolues pour ces deacutecisions A chaque fois que des preuves quant agrave la qualiteacute des analyses des lames nous eacutetaient fournies nous avons deacutecideacute drsquoutiliser celles-ci par rapport aux TDR 53 Geacuteocodage des sites drsquoenquecircte Le geacuteocodage de donneacutees la deacutefinition dune longitude et une latitude deacutecimale pour chaque site denquecircte consistait en une tacircche particuliegraverement exigeante En fonction de leur repreacutesentation spatiale les donneacutees eacutetaient classeacutees en tant que villages communauteacutes ou eacutecoles individuelles ou ensemble de communauteacutes dans une zone deacutefinissable correspondant agrave une zone agrave linteacuterieur dun quadrillage de 5 km ou environ 005 degreacutes deacutecimaux au niveau de leacutequateur Dans la mesure du possible nous avons chercheacute agrave conserver des donneacutees ventileacutees au niveau des villages plutocirct que des donneacutees agrave travers une laquogrande eacutetendueraquo Lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees provenant des communauteacutes deacutepassant un quadrillage de 5 km nous avons consideacutereacute ces derniers comme une reacutesolution spatiale trop faible avec une variance importante possible dans le polygone dinformations agrave exclure lors de lutilisation de la modeacutelisation geacuteostatistique avanceacutee En pratique il srsquoagissait ici drsquoun critegravere difficile agrave veacuterifier eacutetant donneacute que la plupart des rapports denquecircte ne fournissaient pas suffisamment de deacutetails sur la superficie de la zone eacutetudieacutee Une utilisation plus reacutecente des systegravemes de positionnement mondial (GPS) lors de travaux denquecircte permet une reacuteagreacutegation des donneacutees denquecircte aupregraves des meacutenages avec une plus grande preacutecision Crsquoest eacutegalement utile dans le maintien du critegravere du quadrillage de 5 km tout en combinant des grappes de petites tailles deacutechantillon dans lespace Lutilisation du GPS pour enregistrer des longitudes et latitudes a contribueacute de maniegravere appreacuteciable agrave des enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages depuis circa 2007 [142] Cependant dans les enquecirctes deacutemographiques et sanitaires aupregraves des meacutenages geacutereacutes par le programme ICF-MEASURE un processus de deacuteplacement de coordonneacutees GPS est effectueacute de telle sorte que pour les clusters urbains un deacuteplacement est introduit agrave une distance allant jusqursquoagrave tous les 2 km qui influe rarement sur la preacutecision globale de modeacutelisation eacutetant donneacute que ce processus se fait dans le cadre est dans les zones urbaines Pour les clusters ruraux on fait un deacuteplacement jusqursquoagrave 5 km avec 1 de clusters ruraux suppleacutementaires deacuteplaceacutes jusquagrave une distance de 10 km Ici nous avons passeacute en revue tous les clusters ruraux agrave lrsquoaide de Google Earth pour examiner la mesure dans laquelle les clusters ruraux pourraient avoir eacuteteacute deacuteplaceacutes vers des zones inhabiteacutees et repositionneacutes dans les zones peupleacutees les plus proches

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Pour positionner chaque site denquecircte lagrave ougrave les coordonneacutees GPS ne sont pas disponibles nous avons utiliseacute une varieacuteteacute de ressources numeacuteriques parmi lesquels les plus utiles eacutetaient Encyclopeacutedie Microsoft Encarta (Microsoft 2004) et Google Earth (Google 2009) Drsquoautres sources drsquoarchives numeacuteriques de noms de lieux couramment utiliseacutes sont entre autres le serveur de noms de lieux de la National Geospatial-Intelligence Agency GEOnet Eacutetats-Unis [143] Falling Rain Genomicsrsquo Global Gazetteer [144] Alexandria Digital Library de lUniversiteacute de Californie Eacutetats-Unis [145] African Data Sampler [146] MapCarta [147] Maplandia [148] Global geodatabase-cities [149] Open Street Map [150] VMAP0 [151] et IslamicFinder [152] A travers lAfrique il existe un certain nombre de reacutepertoire toponymique numeacuteriques nationaux pour les lieux habiteacutes les eacutetablissements sanitaires ou les eacutecoles Ce type de reacutepertoires accroicirct en nombre en preacutecision et en couverture Nous les avons obtenus sur demande aupregraves des bureaux nationaux de recensement des ministegraveres de leacuteducation et de la santeacute et des ONG partenaires Cela srsquoest aveacutereacute un outil preacutecieux dans la localisation des communauteacutes au Burkina Faso au Kenya en Gambie au Mozambique agrave Madagascar en Somalie au Malawi en Mauritanie au Ghana au Niger en Namibie au Seacuteneacutegal en Somalie en Afrique du Sud en Tanzanie en Ouganda en Zambie et agrave Zanzibar Bien que nous tentons drsquoutiliser des nomenclatures types et des strateacutegies uniques de nommage dans les reacutepertoires toponymiques numeacuteriques [153] il est difficile drsquoatteindre cela au niveau national ougrave les orthographes changement en fonction des auteurs au fil du temps et ougrave les mecircmes noms de lieux sont reacutepliqueacutees agrave travers un pays En tant que tel lors de lextraction de donneacutees chaque point de donneacutees a eacuteteacute enregistreacute avec autant drsquoinformations geacuteographiques que possible issues de la source Crsquoest bien ces informations qui ont eacuteteacute utiliseacutees au cours du geacuteo-positionnement par exemple pour veacuterifier que le geacuteocodage permettait de cadrer les sites denquecirctes dans les uniteacutes administratives deacutecrites dans le rapport ou qursquoil correspondait agrave dautres deacutetails dans le rapport sur la distance vis-agrave-vis des riviegraveres ou les villes lorsque cela eacutetait afficheacutees sur Google Earth Bien quen theacuteorie les coordonneacutees GPS doivent repreacutesenter une localisation spatiale sans ambiguiumlteacute il fallait une veacuterification rigoureuse pour veiller agrave ce que les sites denquecirctes correspondent aux coordonneacutees GPS Comme drsquohabitude nous avons donc reveacuterifieacute toutes les donneacutees GPS de toutes les sources en utilisant les noms de lieux et ou Google Earth pour assurer que les coordonneacutees se situaient dans les communauteacutes Toutes les coordonneacutees ont eacuteteacute soumises agrave un controcircle final agrave laide de la base de donneacutees spatiale des frontiegraveres administratives de second niveau deacuteveloppeacutees et reacuteviseacutee en 2008 par lOrganisation pour lalimentation et lagriculture (FAO) des Nations Unies [154] Loutil de seacutelection spatiale ArcGIS 101 (ESRI USA) a eacuteteacute utiliseacute pour veacuterifier que les points du long du littoral eacutetaient situeacutes sur des terrains tels que deacutefinis par GAUL 2008 La base de donneacutees de Global Lakes and Wetlands (GLWD) deacuteveloppeacutee par le Fonds mondial pour la nature [155] a eacuteteacute utiliseacute pour srsquoassurer que les points inteacuterieurs eacutetaient positionneacutes sur la terre ferme et non pas sur des plans deau Nous cherchions par-lagrave agrave identifier les coordonneacutees qui se trouvaient leacutegegraverement au large des cocirctes sur les affluents ou dans les uniteacutes administratives incorrectes chaque anomalie a eacuteteacute reveacuterifieacutee et repositionneacutee agrave laide de petits changements et avec Google Earth

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54 Deacutefinition des frontiegraveres nationales A la fin de la Seconde Guerre mondiale en 1945 presque tous les pays en Afrique eacutetaient soumis agrave la domination ou agrave lrsquoadministration coloniale Chaque pays sur le continent africain est aujourdhui indeacutependant mecircme si quelques icircles restent sous administration europeacuteenne (la Reacuteunion et Mayotte) Il existe actuellement 55 Etats indeacutependants dont 53 sont membres de lUnion africaine Tout au long de ce rapport nous utilisons les noms et les frontiegraveres des Eacutetats-nations en Afrique et les frontiegraveres actuelles plutocirct que la nomenclature preacute-indeacutependance Tout au long de ce rapport nous avons utiliseacute lrsquooutil numeacuterique de traitement de frontiegraveres parraineacute par lrsquoONU [156] En tant que tel nous traitons le Soudan du Sud en tant qursquoentiteacute diffeacuterente de la Reacutepublique du Soudan et lEacuterythreacutee diffeacuterente de lEthiopie Il y a beaucoup de zones litigieuses en Afrique revendiqueacutees par diffeacuterents pays voisins et qui restent en suspens [157] Pour les besoins de notre travail nous avons traiteacute le Triangle drsquoIlemi en tant que partie inteacutegrante de la reacutegion de Turkana du Kenya Nous avons consideacutereacute Walvis Bay en Namibie comme faisant toujours partie de la Namibie en deacutepit du fait que ce territoire fait partie de lrsquoAfrique du Sud depuis de nombreuses anneacutees suivant lindeacutependance de la Namibie en 1990 Deux petits territoires au sein du Royaume du Maroc continuent decirctre occupeacutes par lEspagne dans le Nord-Ouest (Ceuta) et dans le Nord-Est (Melilla) sur le littoral meacutediterraneacuteen Cependant nous avons consideacutereacutes ces territoires comme faisant partie du Royaume du Maroc se rapprochant de son eacutetendue ottomane avant 1912 Nous traitons la peacuteninsule du Sinaiuml en tant que partie permanente de la Reacutepublique arabe dEgypte Sans faire de jugements politiques nous avons consideacutereacute la reacutegion drsquoAbeyi comme faisant partie inteacutegrante de la Reacutepublique du Soudan cependant dans la cartographie des produits nationaux les deux pays prennent en compte cette reacutegion Nous avons traiteacute le Triangle Halaib sur la frontiegravere soudano-eacutegyptienne comme faisant partie du Soudan bien que depuis 2010 lrsquoEacutegypte controcircle cette zone en tant que partie inteacutegrante de son Etat de la Mer Rouge La reacutegion de Bakassi territoire frontalier contesteacute sur la cocircte atlantique entre le Nigeria et le Cameroun a eacuteteacute traiteacute comme faisant partie du Nigeria en deacutepit de la mise en œuvre finale des accords qui ont accordeacute cette reacutegion agrave ladministration camerounaise en 2014 Les groupes insulaires de Bioko Annobin et Zanzibar sont traiteacutees seacutepareacutement de la partie continentale de Guineacutee eacutequatoriale et de Tanzanie respectivement Ces groupes insulaires ont toujours eu diffeacuterents plans de lutte antipaludique et des ambitions drsquoeacutelimination diffeacuterentes de ceux de leurs homologues du continent 55 Normalisation selon lacircge Lorsque lacircge nrsquoeacutetait pas preacuteciseacute dans le rapport de chaque enquecircte mais que le rapport preacutecisait que lrsquoensemble du village ou drsquoenfants de leacutecole primaire eacutetaient examineacutes nous avons supposeacute que les tranches dacircge agrave 0-99 ans ou 5-14 ans respectivement Il y avait une grande diversiteacute dans les tranches dacircge des populations eacutechantillonneacutees entre les eacutetudes Pour faire des comparaisons significatives dans le temps et lespace une seule tranche dacircge normaliseacute est neacutecessaire Il est possible drsquoeffectuer des ajustements dun acircge normaliseacute pour le Plasmodium falciparum gracircce agrave lobservation et agrave la theacuteorie des maladies infectieuses lagrave ougrave limmuniteacute est acquise apregraves une exposition reacutepeacuteteacutee de la naissance Nous avons adapteacute des modegraveles de

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conversion catalytique de Muench (dabord utiliseacute dans le paludisme par Pull amp Grab dans les anneacutees 1970 [158]) en eacutequations statiques en R-script qui utilise les gammes infeacuterieure et supeacuterieure deacutechantillon et la preacutevalence globale pour se transformer en une estimation preacutevues chez les enfants acircgeacutes de 2-10 ans PfPR2-10 [96] 56 Limitations dues agrave la taille de leacutechantillon La taille de leacutechantillon est inversement proportionnelle agrave la preacutevalence ougrave agrave faible taille des eacutechantillons les biais dans les estimations de la preacutevalence sont introduits en fonction de la preacutevalence reacuteelle de la population se traduisant deacutecarts-types relativement eacuteleveacutes [159] Il existe un seuil critique entre 10 et 20 individus eacutechantillonneacutes en dessous duquel les eacutecarts-types augmentent de faccedilon exponentielle dans la plupart des enquecirctes sur les infections parasitaires et la courbe commence agrave aplatir agrave partir drsquoune taille denviron 50 eacutechantillons et atteint une asymptote agrave environ 100 [160] La taille des eacutechantillons denquecircte individuels est eacutegalement importante dans le calcul des correacutelations avec les variables dendeacutemiciteacute pour veacuterifier les associations plausibles entre par exemple des preacutecipitations et la preacutevalence Au cours de seacutelection des co-variables de petits eacutechantillons impreacutecis peuvent conduire agrave loverfitting Nous avons chercheacute agrave combiner les communauteacutes agrave proximiteacute ougrave tout village comptait moins de 10 personnes eacutechantillonneacutees et ougrave les communauteacutes se situaient agrave moins de 5 km lrsquoun de lautre eacutechantillonneacutes exactement au mecircme moment par les mecircmes enquecircteurs 6 Partage et accegraves aux donneacutees Les donneacutees recueillies pour cette eacutetude font partie dune initiative plus large visant agrave aider les gouvernements nationaux en mettant agrave leur disposition des plateformes de donneacutees probantes pour les aider agrave concevoir des projets de lutte antipaludique gracircce au concours du projet INFORM [131161] soutenu par le Deacutepartement pour le deacuteveloppement international Royaume-Uni et le Wellcome Trust Les donneacutees geacuteocodeacutees sur la preacutevalence parasitaire issues des donneacutees archiveacutees publieacutees et ineacutedites donneacutees et rassembleacutees en bases de donneacutees soigneusement conserveacutees doivent ecirctre prise en charge et geacutereacutees par les services de lutte contre le paludisme au sein des ministegraveres nationaux de la santeacute Les donneacutees provenant des recherches nationales et des enquecirctes meneacutees par les ministegraveres de la santeacute sont la proprieacuteteacute des gouvernements nationaux Le plus souvent la plupart des ministegraveres de la santeacute nont pas accegraves agrave la gamme complegravete des donneacutees sur le paludisme pourtant potentiellement disponibles dans leur propre pays Le but est donc de se servir du projet INFORM pour bacirctir une appropriation des donneacutees nationales sur le paludisme et mettre toutes les donneacutees recueillies agrave la disposition des ministegraveres de la santeacute agrave travers lAfrique et aux conseillers techniques reacutegionaux de lOrganisation mondiale de la santeacute A ce titre ces gouvernements nationaux deviendront les gardiens de leurs propres donneacutees nationales et pleinement responsables de leur distribution aux scientifiques nationaux reacutegionaux et internationaux ainsi qursquoaux partenaires de controcircle

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7 Reacutefeacuterences 1 Snow RW (2014) Sixty years trying to define the malaria burden in Africa have we made any progress

BMC Medicine 12 227 2 Noor AM Kinyoki DK Mundia CW Kabaria CW Wambua JM Alegana VA Fall IS Snow RW (2014) The

changing risk of Plasmodium falciparum malaria infection in Africa 2000ndash10 a spatial and temporal analysis of transmission intensity Lancet 383 1739-1747

3 Snow RW Marsh K le Sueur D (1996) The need for maps of transmission intensity to guide malaria

control in Africa Parasitology Today 12 455ndash457 4 MARAARMA (1998) Towards an atlas of malaria risk in Africa First technical report of the

MARAARMA collaboration Durban South Africa httpsidl-bncidrccadspacebitstream10625316441114833pdf

5 Le Sueur D Binka F Lengeler C de Savigny D Teuscher T Toure Y Snow RW (1997) An atlas of malaria in

Africa Africa Health 19 23-24 6 Trape JF amp Rogier C (1996) Combating Malaria morbidity and mortality by reducing transmission

Parasitology Today 12 236-240 7 Snow RW Omumbo JA Lowe B Molyneux SM Obiero JO Palmer A Weber MW Pinder M Nahlen B

Obonyo C Newbold C Gupta S Marsh K (1997) Relation between severe malaria morbidity in children and level of Plasmodium falciparum transmission in Africa Lancet 349 1650-1654

8 Ghani AC Sutherland CJ Riley EM Drakeley CJ Griffin JT Gosling RD Filipe JAN (2009) Loss of

population levels of immunity to malaria as a result of exposure reducing interventions consequences for interpretation of disease trends PLoS One 4 e4383

9 Okiro EA Al-Taiar A Reyburn H Idro R Berkley J Nokes DJ Snow RW (2009) Age patterns of severe

paediatric malaria and their relationship to Plasmodium falciparum transmission intensity Malaria Journal 8 4

10 Carneiro I Roca-Feltrer A Griffin JT Smith L Tanner M Armstrong Schellenberg J Greenwood BM

Schellenberg D (2010) Age-patterns of malaria vary with severity transmission intensity and seasonality in sub-Saharan Africa A systematic review and pooled analysis PLoS One 5 e8988

11 Griffin JT Hollingsworth TD Reyburn H Drakeley CJ Riley EM Ghani AC (2014) Gradual acquisition of

immunity to severe malaria with increasing exposure Proceedings of the Royal Society B 282 20142657

12 Snow RW (2015) Global malaria eradication and the importance of Plasmodium falciparum

epidemiology in Africa BMC Medicine 13 23

24

13 Smith T Maire N Ross A Penny M Chitnis N Schapira A Studer A Genton B Lengeler C Tediosi F de Savigny D Tanner M (2008) Towards a comprehensive simulation model of malaria epidemiology and control Parasitology 135 1507ndash1516

14 Smith DL Noor AM Hay SI Snow RW (2009) Predicting changing malaria risk after expanded

insecticide treated net coverage in Africa Trends in Parasitology 25 511ndash516 15 Griffin JT Hollingsworth D Okell LC Churcher TS White M Hinsley W Bousema T Drakeley CJ

Ferguson NM Basanez MG Ghani AC (2010) Reducing Plasmodium falciparum malaria transmission in Africa a model based evaluation of intervention strategies PLoS Medicine 7 e1000324

16 Chitnis N Schapira A Smith T Steketee R (2010) Comparing the effectiveness of malaria vector-

control interventions through a mathematical model American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 83 230ndash240

17 World Health Organization (2014) From malaria control to malaria elimination a manual for

Elimination Scenario Planning Global Malaria Programme World Health Organization Geneva April 2014

18 Gerardin J Eckhoff P Wenger EA (2015) Mass campaigns with antimalarial drugs a modelling

comparison of artemether-lumefantrine and DHA-piperaquine with and without primaquine as tools for malaria control and elimination BMC Infectious Diseases 15 144

19 Okell LC Drakeley CJ Bousema T Whitty CJM Ghani AC (2008) Modelling the impact of artemisinin

combination therapy and long-acting treatments on malaria transmission intensity PLoS Medicine 5 e226

20 Guyatt HL amp Snow RW (2001) Malaria in pregnancy as an indirect cause of infant mortality in sub-Saharan

Africa Transactions of Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 95 569-576 21 Desai M ter Kuile FO Nosten F McGready R Asamoa K Brabin B Newman R (2007) Epidemiology

and burden of malaria in pregnancy Lancet Infectious Diseases 7 93ndash104 22 van Eijk A Hill J Alegana VA Kirui V Gething PW ter Kuile F Snow RW (2011) Coverage of malaria

protection in pregnant women in sub-Saharan Africa a synthesis and analysis of national survey data Lancet Infectious Diseases 11 190-207

23 MPAC (2012) wwwwhointmalariampacsep2012mpac_mip_erg_sep2012pdf 24 MPAC (2013) wwwwhointmalariampacmpac_sep13_erg_ipt_malaria_pregnancy_reportpdf 25 Meremikwu MM Donegan S Sinclair D Esu E Oringanje C (2012) Intermittent preventive

treatment for malaria in children living in areas with seasonal transmission Cochrane Database Systematic Reviews 2 CD003756

26 Cairns M Roca-Feltrer A Garske T Wilson AL Diallo D Milligan PJ Ghani AC Greenwood BM (2012)

Estimating the potential public health impact of seasonal malaria chemoprevention in African children Nature Communications 3 881

25

27 Noor AM Kibuchi E Mitto B Coulibaly D Doumbo OK Snow RW (2015) A spatial decision support

framework for sub-national targeting of seasonal malaria chemoprevention in the Sahel Under review

28 Smith DL McKenzie FE Snow RW Hay SI (2007a) Revisiting the basic reproductive number for

malaria and its implications for malaria control PLoS Biology 5 e42 29 Hay SI Smith DL Snow RW (2008) Measuring malaria endemicity from intense to interrupted

transmission Lancet Infectious Diseases 8 369-378 30 Moonen B Cohen JM Snow RW Slutsker L Drakeley C Smith DL Abeyasinghe R Rodriguez Loacutepez

MH Maharaj R Tanner M Targett G (2010) Operational strategies to achieve and maintain malaria elimination Lancet 376 1592-1603

31 World Health Organization (2012a) Disease surveillance for malaria control Operational manual

WHO Geneva 32 World Health Organization (2012b) Disease surveillance for malaria elimination Operational manual

WHO Geneva 33 Cohen JM Moonen B Snow RW Smith DL (2010) How absolute is zero An evaluation of historical

and current definitions of malaria elimination Malaria Journal 9 213 34 Molineaux L Muir DA Spencer HC Wernsdorfer WH (1988) The epidemiology of malaria and its

measurement Malaria Principles and Practice of Malariology W Wernsdorfer and I McGregor London Churchill Livingstone 2 999-1089

35 Tusting LS Bousema T Smith DL Drakeley C (2014) Measuring changes in Plasmodium falciparum

transmission precision accuracy and costs of metrics Advances in Parasitology 84 151-208 36 Metselaar D amp van Thiel PH (1959) Classification of malaria Tropical Geographic Medicine 11 157ndash

161 37 Macdonald G amp Goumleckel GW (1964) The malaria parasite rate and interruption of transmission

Bulletin of World Health Organization 31 365ndash377 38 Lysenko AJ amp Semashko IN (1968) Geography of malaria A medico-geographic profile of an ancient

disease In Lebedew AW ed Itogi Nauki Medicinskaja Geografija Moscow USSR Academy of Sciences pp 25ndash146

39 Macdonald G (1957) The epidemiology and control of malaria Oxford University Press 40 Pampana E (1969) A textbook on malaria eradication Oxford Oxford University Press 41 Pull JH (1972) Malaria surveillance methods their uses and limitations American Journal of Tropical

Medicine amp Hygiene 21 651-657

26

42 World Health Organization (1950) Report on the malaria conference in equatorial Africa Held under the joint auspices of the World Health Organization and of the commission for technical co-operation in Africa south of the Sahara Kampala Uganda 27 Novemberndash9 December 1950

43 Yekutiel P (1960) Problems of epidemiology in malaria eradication Bulletin of the World Health

Organization 22 669-683 44 Macdonald G (1952) The analysis of equilibrium in malaria Tropical Diseases Bulletin 49 813-1129 45 Hay SI Guerra CA Gething PW Patil AP Tatem AJ Noor AM Kabaria CW Manh BH Elyazar IRF

Brooker S Smith DL Moyeed RA Snow RW (2009) A world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2007 PLoS Medicine 6 e1000048

46 Gething PW Patil AP Smith DL Guerra CA Elyazar IRF Johnston GL Tatem AJ Hay SI (2011) A new

world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2010 Malaria Journal 10 378 47 Snow RW Amratia P Kabaria CW Noor AM Marsh K (2012) The changing limits and incidence of

malaria in Africa 1939-2009 Advances in Parasitology 78 169-262 48 Black RH (1968) Manual of epidemiology and epidemiological services in malaria programmes World

Health Organization Geneva 49 Ray AP amp Beljaev AE (1984) Epidemiological surveillance a tool for assessment of malaria and its

control Journal of Communicable Disease 16 197ndash207 50 Omumbo JA Noor AM Fall IS Snow RW (2013) How well are malaria maps used to design and

finance malaria control in Africa PLoS One 8 e53198 51 Alegana VA Atkinson PM Wright JA Kamwi R Kakokele S Snow RW Noor AM (2013) Estimation of

malaria incidence in northern Namibia in 2009 using Bayesian Conditional-Autoregressive Spatial-Temporal Models Spatial amp Spatial Temporal Epidemiology 7 25-36

52 Bennett A Yukich J Miller JM Vounatsou P Hamainza B Ingwe MI Moonga HB Kamuliwo M Keating

J Smith TA Steketee RW Eisele TP (2014) A methodological framework for the improved use of routine health system data to evaluate national malaria control programs evidence from Zambia Population amp Health Metrics 12 30

53 Moonasar D Morris N Kleinschmidt I Maharaj R Raman J Mayet NT Benson FG Durrheim DN

Blumberg L (2013) What will move malaria control to elimination in South Africa South African Medical Journal 103 (10 Suppl 2) 801-806

54 Cohen JM Dlamini S Novotny JM Kandula D Kunene S Tatem AJ (2013) Rapid case-based mapping

of seasonal malaria transmission risk for strategic elimination planning in Swaziland Malaria Journal 12 61

55 Zanzibar Malaria Control Programme (2011) Zanzibar Malaria Performance Review September 2011

ZMCP Ministry of Health Revolutionary Government of Zanzibar

27

56 Ministry of Health [Cape Verde] World Health Organization and the University of California San Francisco (2012) Eliminating malaria Moving towards sustainable elimination in Cape Verde Geneva The World Health Organization httpappswhointirisbitstream106657584919789241504386_engpdfua=1

57 Littrell M Sow GD Ngom A Ba M Mboup BM Dieye Y Mutombo B Earle D Steketee RW (2013)

Case investigation and reactive case detection for malaria elimination in northern Senegal Malaria Journal 12 331

58 Thiroux D A amp DAnfreville D L (1908) Le paludisme au Seacuteneacutegal pendant les anneacutees 1905-1906

Gouvernement General de lAfrique Occidentale Francaise Laboratorie de bacteriologie de Saint-Louis Published Libraire JB Bailliere et Fils Paris 1908

59 Government General de LAlgeacuterie (1908) Campagne Antipaludique de 1908 unpublished document

available in Wellcome Library Euston Road London UK FX134AA9 60 Government of Gold Coast (1914) Medical amp Sanitary Report for the year 1913 Waterlow amp Sons

London 61 Mansfield-Aders W (1927) Notes on malaria and filariasis in the Zanzibar Protectorate Transactions

of the Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 30 207-214 62 Colony of Mauritius (1923-1925) Annual Reports on the Medical and Health Department 63 Swaroop S Gilroy AB Uemura K (1966) Statistical methods in malaria eradication Monograph Series

of World Health Organization 51 164 64 Barber MA amp Rice JB (1937) A survey of malaria in Egypt American Journal of Tropical Medicine amp

Hygiene 17 413-436 65 De Meira MT Simotildees TS Pinto Nogueira JF (1948) Observaccedilotildees sobre sezonismo nas ilhas do Sal Boa

Vista e S Nicolau (Cabo Verde) Anais do Instituto de Medicina Tropical 3 213-237 66 Young MD amp Johnson TH (1949) A malaria survey of Liberia Journal of National Malaria Society 8

247-266 67 De Meillon B (1951) Malaria survey of South-West Africa Bulletin of the World Health Organization

4 333ndash417 68 Houel G amp Donadille F (1953) Vingt ans de lutte antipaludique au Maroc Bulletin de lrsquoInstitut

drsquoHygiene du Maroc 13 3-51 69 Soeiro A (1952) O sezonismo em Moccedilambique contribuiccedilatildeo para o estudo epidemioloacutegico Anais do

Instituto de Medicina Tropical 9 343-389 70 Soeiro A (1959) Relactoacuterio da actividade do Instituto de Investigaccedilatildeo Meacutedica de Moccedilambique em

1958 e plano de trabalhos para o ano de 1960 Anais Intstituto de Higiene e Medicina Tropical 16 573-611

28

71 Bernard PM (1954) Trois ans de lutte antipaludique agrave Madagascar Bulletin de Madagascar

Publication Mensuelle du Service General Drsquoinformation du Haut-Commissariat no 96 72 Cambournac FJC Gandara AF Pena AJ Teixeira EWLG (1955) Subsidios para o inquerito malariologico

em Angola Anais do Instituto de Medicina Tropical 12 121-153 73 Anon (1954) Campagne antipaludique au Dahomey Map found in Benin box in WHO Archives

Geneva August 2012 74 Languillon J (1957) Carte eacutepideacutemiologique du paludisme au Cameroun Bulletin de la Socieacuteteacute de

Pathologie Exotique 50 585 - 600 75 Alves W (1958) Malaria parasite rates in Southern Rhodesia May-September 1956 Bulletin of the

World Health Organization 19 69-74 76 Lariviere M Hocquet P Abonnenc E (1961) Reacutesultats drsquoune enquecircte palustre dans la reacutepublique du

Seacuteneacutegal Indices plasmodiques chez les enfants en milieu rural Bulletin de la Socieacuteteacute Meacutedicale drsquoAfrique Noire de Langue Franccedilaise 6 386-403

77 Wernsdorfer G amp Wernsdorfer W (1967) Malaria in the middle Nile basin and its bordering regions Z

Tropenmed Parasitol 18 17-44 78 Rishikesh N amp Fahmy Y (1961) Quarterly report April-June 1961 Republic of Somalia pre-eradication

survey World Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 79 Rishikesh N Payne D Fahmy Y (1961) Quarterly report for the period January-March 1961 World

Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 80 Bechuanaland Protectorate (1958-1963) Annual Medical and Sanitary Reports for the Protectorate for

the years 1958-1963 Government Printers Gaborone 81 Craig MH Sharp BL Mabaso MLH Kleinschmidt I (2007) Developing a spatial-statistical model and

map of historical malaria prevalence in Botswana using a staged variable selection procedure International Journal of Health Geographics 6 44

82 Cano VI (1971) Deacuteveloppement des services de santeacute de base (Paludisme) World Health

Organization AFRMAL112 83 Barbie Y amp Timbila R (1964) Notes sur le paludisme en Reacutepublique Islamique de Mauritanie Medicine

Tropicale 24 427-435 84 Khromov A amp Privault R (1965) Programme du pre-eradication du paludisme Rapport trimestriel 4th

trimestre 1965 (Sep-Oct-Nov) WHO Mauritanie World Health Organization Unpublished document WHO Archives Geneva

85 Beltran O (1966) Malaria pre-eradication project Sierra Leone-19 fourth quarterly field report

October - December 1966 Government of Sierra Leone amp World Health Organization

29

86 Guy Y amp Gassabi R (1967) Les perspectives de leacuteradication du paludisme en Algeacuterie Archives de

LInstitut Pastuer DAlgerie 45 72-88 87 Chand D Garzen JB Bahar R Rishikesh N (1964) Malaria Eradication Service Ethiopia 14 (c) Quarterly

Report 1 October to 31 December 1964 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

88 Chand D Garzon JB Bahar R Rishiskesh N (1965) Quarterly report covering period 1 October to 31

December 1964 Project Ethiopia 0014 dated 9th february 1965 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

89 Onori E (1967) Distribution of Plasmodium ovale in the Eastern Western and Northern regions of

Uganda Bulletin of the World Health Organization 37 665-668 90 Wenlock (1978) The incidence of Plasmodium parasites in rural Zambia East African Medical Journal

55 268-276 91 Escudie A amp Hamon J (1961) Paludisme en Afrique Occidentale dexpression Franccedilaise Medicine

Tropicale 21 661-687 92 RBM-MERG - httpwwwrbmwhointmechanismsmerghtml 93 Corsi DJ Neuman M Finlay JE Subramanian SV (2012) Demographic and health surveys a profile

International Journal of Epidemiology 41 1602-1613 94 Measure httpwwwmeasuredhscomData 95 UNICEF httpwwwuniceforgstatisticsindex_24302html 96 Smith DL Guerra CA Snow RW Hay SI (2007b) Standardizing estimates of malaria prevalence

Malaria Journal 6 131 97 Brooker S Kolaczinski JH Gitonga CW Noor AM Snow RW (2009) The use of schools for malaria

surveillance and programme evaluation in Africa Malaria Journal 8 231 98 Stevenson JC Stresman GH Gitonga CW Gillig J Owaga C Marube E Odongo W Okoth A China P

Oriango R Brooker SJ Bousema T Drakeley C Cox J (2013) Reliability of school surveys in estimating geographic variation in malaria transmission in the western Kenyan highlands PLoS One 8 e77641

99 De Zulueta J Kafuko GW Cullen JR (1963) An investigation of the annual cycle of malaria in Masaka

district (Uganda) East African Medical Journal 40 469-488 100 Najera JA Shidrawi GR Gibson FD Stafford JS (1967) A large-scale field trial of Malathion as an

insecticide for antimalarial work in Southern Uganda Bulletin of the World Health Organization 36 913-935

30

101 Storey J (1972) A review of malaria work in Sierra Leone 1900 to 1964 West African Medical Journal 27 57-68

102 Gitonga CW Karanja PN Kihara J Mwjame M Juma E Snow RW Noor AM Brooker S (2010)

Implementing school malaria surveys in Kenya towards a nationwide surveillance system Malaria Journal 9 306

103 Gitonga CW Edwards T Karanja PN Noor AM Snow RW Brooker S (2012) Plasmodium infection

anaemia and mosquito net use among school children across different settings in Kenya Tropical Medicine amp International Health 17 858ndash870

104 Houngbedji CA N Dri PB Huumlrlimann E Yapi RB Silueacute KD Soro G Koudou BG Acka CA Assi S

Vounatsou P N Goran EK Fantodji A Utzinger J Raso G (2015) Disparities of Plasmodium falciparum infection malaria-related morbidity and access to malaria prevention and treatment among school-aged children a national cross-sectional survey in Cote dIvoire Malaria Journal 14 7

105 Ashton R Kefyalew T Tesfaye G Pullan R Yadeta D Reithinger R Kolaczinski J Brooker S (2010)

School-based surveys of malaria in Oromia Regional State Ethiopia towards a map of malaria risk Federal Ministry of Health Ethiopia

106 Takem EN Affara M Amambua-Ngwa A Okebe J Ceesay SJ Jawara M Oriero E Nwakanma D

Pinder M Clifford C Taal M Sowe M Suso P Mendy A Mbaye A Drakeley C DAlessandro U (2013) Detecting foci of malaria transmission with school surveys A pilot study in The Gambia PLoS One 8 e67108

107 Clarke SE Roschnik N Rouhani S Diarra S Bamadio M Sacko M Traore D Ly AB Gaye O Sembene

M Fall FB (2012) Malaria in school children under a new policy of universal coverage of nets Recent data from Mali and Senegal American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 Supplement 5 abstract 1466

108 Kabatereine NB Standley CJ Sousa-Fugueiredo JC Fleming RM Stothard JR Talisuna A Fenwick A

(2011) Integrated prevalence mapping of schistosomiasis soil-transmitted helminthiasis and malaria in lakeside and island communities in Lake Victoria Uganda Parasites amp Vectors 4 232

109 Emerson PM Ngondi J Biru E Graves PM Ejigsemahu Y Gebre T Endeshaw T Genet A Mosher

AW Zerihun M Messele A Richards FO (2008) Integrating an NTD with one of lsquolsquoThe Big Threersquorsquo Combined malaria and trachoma survey in Amhara Region of Ethiopia PLoS Neglected Tropical Diseases 2 e197

110 Noor AM Alegana VA Patil AP Moloney G Borle M Ahmed F Yousef F Amran J Snow RW (2012)

Mapping the receptivity of malaria risk to plan the future of control in Somalia British Medical Journal Open Access 2 e001160

111 Boyd MF (1949) Malariology A comprehensive review of all aspects of this group of diseases from a

global standpoint Volume II WB Saunders Company Philadelphia and London

31

112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

4

mesurable du succegraves de lintervention et drsquoun point de reacutefeacuterence pour permettre aux programmes drsquoadapter des combinaisons drsquointerventions pour maximiser les gains et reacuteorienter le controcircle pour la preacute-eacutelimination 2 Mesurer le risque de paludisme 21 Mesurer la transmission endeacutemique stable du paludisme Le taux dexposition au parasite peut ecirctre mesureacute agrave lrsquoaide drsquoune varieacuteteacute de techniques eacutepideacutemiologiques allant de mesures vectorielles deacutetailleacutees de taux de piqures humaines des proportions de vecteurs avec des parasites dans leurs glandes salivaires leur pariteacute et longeacuteviteacute dans des hocirctes humains provenant deacutetudes longitudinales ou transversales drsquoacquisition du parasite de la naissance jusqursquoau premier anniversaire en utilisant des combinaisons de deacutetection des parasites et de seacuterologie [34] Les mesures vectorielles de transmission du paludisme constituent des paramegravetres importants permettant de modeler limpact des interventions Toutefois celles-ci sont difficiles et coucircteuses agrave mesurer de faccedilon empirique dans des conditions de terrain [35] La meacutethode de mesure la plus couramment utiliseacutee pour mesurer lexposition au parasite est le taux parasitaire (TP) chez les hocirctes humains (strictement en ratio tel quil mesureacute agrave une date donneacutee) Le TP est la proportion dindividus en une seule enquecircte transversale au sein drsquoune communauteacute entiegravere ou communauteacute eacutechantillonneacutee qui preacutesentent des signes dune infection paludique au stade sanguin peacuteripheacuterique Le TP nrsquoest pas une mesure directe de transmission car elle se sature agrave des niveaux eacuteleveacutes de transmission en raison de piqures heacuteteacuterogegravenes de multiples infections et dimmuniteacute acquise Des modegraveles matheacutematiques ont eacuteteacute deacuteveloppeacutes pour traduire les valeurs de TP en valeurs de taux dinoculations entomologiques (TIE) ou de taux de reproduction de base de linfection [28] Neacuteanmoins sur le plan pratique des programmes de lutte contre le paludisme utilisent le TP en tant que marqueur direct dintensiteacute de transmission Pendant legravere du Programme mondial deacuteradication du paludisme (GMEP) dans les anneacutees 1950 et 1960 la preacutevalence du parasite paludique chez les enfants eacutetait consideacutereacutee comme un indice mesurable et deacutefinitif du risque qui permettrait de deacutefinir la maniegravere dont les interventions eacutetaient spatialement cibleacutees et les progregraves mesureacutes [36-41] Suite agrave la confeacuterence sur le paludisme en Afrique tenue agrave Kampala en Ouganda en 1950 [42] les experts du paludisme ont convenu dun ensemble de classifications drsquoendeacutemiciteacute stable du paludisme sur la base de la preacutevalence drsquoinfection par le P falciparum chez les enfants acircgeacutes entre 2 et 10 ans (PfPR2-10) ou chez les nourrissons or infants transmission hypo-endeacutemique ougrave PfPR2-10 eacutetait infeacuterieur agrave 10 la transmission meacuteso-endeacutemique ougrave le PfPR2-10 se situait entre 10 et 50 la transmission hyper-endeacutemie ougrave le PfPR2-10 se situait entre 51 et le75 et la transmission holo-endeacutemique ougrave la preacutevalence de linfection chez les nourrissons eacutetait gt 75 [36] Ces terminologies eacutetaient deacutejagrave utiliseacutees avant mecircme la confeacuterence de Kampala mais se referaient geacuteneacuteralement agrave la preacutevalence moins speacutecifique de spleacutenomeacutegalie chez les enfants Aujourdrsquohui ces terminologies sont rarement utiliseacutees La transmission holo-endeacutemique est rarement deacutefinie de faccedilon empirique chez les nourrissons et fait geacuteneacuteralement lrsquoobjet drsquoestimations agrave partir de tranches dacircge utiliseacutees

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pour trier les autres classes dendeacutemiciteacute En tant que telle elle est geacuteneacuteralement consideacutereacutee comme un eacutetat ougrave PfPR2-10 est ge 75 Fait plus important encore ces classifications ont conserveacute une valeur qualitative dans les descriptions nationales de lintensiteacute de la transmission depuis plus de 60 ans 22 Mesurer le risque lorsque la preacutevalence est faible et lutilisation de donneacutees de cas courants Lrsquooptimisation et lrsquoopeacuterationnalisation des deacutefinitions de lintensiteacute de transmission du paludisme ont reacutecemment eacuteteacute revues pour fournir des paramegravetres permettant drsquoaider agrave la prise de deacutecisions sur le moment ougrave des pays ou des reacutegions au sein des pays pourraient deacutecider deacutelaborer un programme deacuteradication [33] Le paludisme controcircleacute agrave faible endeacutemie a eacuteteacute proposeacutee comme un eacutetat ougrave les interventions auraient pu reacuteduire le taux parasitaire moyen dans un eacutechantillon repreacutesentatif au niveau national en dessous de 1 au cours de la saison de transmission de pointe tandis que les niveaux de preacutevalence dans les sous-populations restent infeacuterieurs agrave un seuil plus eacuteleveacute (par exemple infeacuterieure agrave une preacutevalence de 5) pour permettre une heacuteteacuterogeacuteneacuteiteacute dans endeacutemiciteacute causeacutee par la transmission focale Etant donneacute que la composante laquocontrocircleacuteeraquo de cette deacutefinition ne concerne pas une reacutegion dans laquelle la transmission du paludisme eacutetait toujours historiquement faible cela se distingue du paludisme agrave faible endeacutemie [33] En tant que tel il y a de plus en plus drsquoadaptations de la classification hypo-endeacutemique pour inclure des zones deacutefinies par un PfPR2-10 de lt1 et de lt5 [2] Il existe eacutegalement un facteur deacutechantillonnage pratique lorsque lintensiteacute de transmission devient tregraves faible ou instable Cela exige des enquecirctes communautaires de plus en plus grandes et plus reacutepeacuteteacutees afin de fournir des estimations avec une preacutecision fiable Dans cet eacutetat de transition la deacutecision quant agrave savoir srsquoil faut abandonner les enquecirctes communautaires en faveur des enquecirctes de deacutepistage passif etou actif et de preacutevalence de drsquoinfection par la fiegravevre doivent ecirctre faites Ceci a eacuteteacute deacutefini sur le plan opeacuterationnel au cours du GMEP laquoToutefois aussi tocirct que le volume geacuteneacuteral du paludisme a eacuteteacute reacuteduit dans une mesure consideacuterable les indices fournis par les enquecirctes paludomeacutetriques ne seront plus suffisamment sensibles pour mesurer de nouveaux progregraves Lanalyse des donneacutees deacutevaluation des programmes deacuteradication ainsi que des observations plus eacutetroites dans le domaine ont montreacute qursquoon atteint le point ougrave les enquecirctes paludomeacutetriques cessent decirctre suffisamment sensibles lorsque le taux de parasites chute agrave un niveau compris entre 1 et 3 [43] raquo Les termes transmission laquo stable raquo et laquo instable raquo sont largement utiliseacutes mais rarement quantifieacutee Cette distinction est importante car la transition vers les eacutetats instables implique une transition vers leacuteradication La classification laquo stable-instable raquo a eacuteteacute introduite en paludologie par Sir Ronald Ross [Ross 1916] et adapteacutee par George Macdonald pour mesurer lendeacutemiciteacute du paludisme ougrave la stabiliteacute a eacuteteacute deacutefinie quantitativement par le nombre moyen de piqures quun moustique effectue chez un homme au cours de sa vie [3944] Lindice de stabiliteacute cependant exige des donneacutees entomologiques deacutetailleacutees qui sont rarement disponibles Qualitativement le paludisme stable se reacutefegravere agrave des situations relativement insensibles aux changements environnementaux naturels et artificiels Le paludisme instable se trouve dans des zones tregraves sensibles aux accidents climatiques exceptionnels se precircte facilement agrave leacuteradication

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et preacutevaut souvent dans des zones dariditeacute extrecircme ougrave les changements brusques des preacutecipitations habituelles peuvent conduire agrave des eacutepideacutemies Lindice de veacutegeacutetation ameacutelioreacute (EVI) deacuteriveacutee de limagerie du capteur MODerate-resolution Imaging Spectroradiometer (Radiomegravetre spectral pour imagerie de reacutesolution moyenne) (MODIS) a eacuteteacute utiliseacute pour deacutelimiter les zones soumises agrave lariditeacute extrecircme et donc potentiellement des zones de transmission instable du paludisme [245-47] Cependant limagerie par satellite EVI fournit une visualisation strieacutee de lariditeacute agrave travers le Mali le Niger et le Tchad (en fonction de la qualiteacute de limagerie) Malgreacute une illusion de preacutecision pour la transmission du paludisme instable cela na jamais eacuteteacute valideacute par des donneacutees empiriques sur lincidence clinique ou la preacutevalence Nous avons donc eacuteviteacute lutilisation de lindice de veacutegeacutetation ameacutelioreacute dans les deacutefinitions ulteacuterieures de la transmission du paludisme instable Une deacutefinition plus preacutecise du paludisme laquoinstableraquo est baseacutee sur les cas dincidence La mesure de lincidence du paludisme exige que tous les cas soupccedilonneacutes du paludisme soient diagnostiqueacutes gracircce agrave un systegraveme de surveillance complet comprenant le deacutepistage passif des cas (DPC) par lexamen parasitologique des personnes soupccedilonneacutees geacuteneacuteralement des cas feacutebriles preacutesentant les services sanitaires compleacuteteacutees par le deacutepistage actif des cas (DAC) les deacutepistages des cas de fiegravevre effectueacutes par des visites agrave domicile agrave intervalles reacuteguliers [34404341] Les reacutesultats sont geacuteneacuteralement exprimeacutes sous forme drsquoincidence parasitaire annuelle (IPA) pour tous les 1 000 habitants au sein de lensemble de la population des zones administratives pour lesquelles il est repreacutesentatif Au cours du GMEP lIPA neacutetait consideacutereacutee valable que si le taux dexamen sanguin annuel (TESA) la proportion de la population cible examineacutee deacutepassait 10 [4048] Lautre meacutetrique souvent preacutesenteacute est le taux de positiviteacute des lames (TPL) Ces indices de surveillance sont relieacutes comme suit API = (ABER SPR) 10a [49] Au cours des derniegraveres activiteacutes de cartographie aux niveaux mondial [45] et reacutegional [247] on a preacutefeacutereacute utiliser une valeur tregraves conservatrice de cas dincidence de lt1 cas pour 10 000 habitants Bien que cela reconnaisse les difficulteacutes agrave mesurer lincidence de cas il suppose que lidentification des cas gracircce agrave des systegravemes routiniers continue agrave ecirctre aussi faible comme cela a eacuteteacute le cas au cours des deux derniegraveres deacutecennies Des systegravemes dinformations sanitaires et les taux de cas de parasites confirmeacutes srsquoameacuteliorent agrave travers lAfrique Le deacutefi agrave preacutesent est de faire en sorte que soit faite la meilleure utilisation possible de ces donneacutees conformeacutement agrave la deacutefinition de lrsquoOMS de preacute-eacuteradication accepteacutee qui est de lt1 cas pour 1 000 [17 31 32] personnes ougrave cela peut ecirctre enregistreacutee en toute confiance ou des donneacutees partiellement incomplegravetes provenant des systegravemes de santeacute utiliseacutees par la majoriteacute de la population peuvent ecirctre efficacement spatialement modeacuteliseacutees Lors de nombreuses demandes de financement de leacutetranger des strateacutegies nationales de lutte contre le paludisme ou des examens de programmes de lutte contre le paludisme les incidences

a La division par dix est neacutecessaire parce que lrsquoAPI est exprimeacute par tranches de 1000 et les autres termes par tranches de 100

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ou le nombre de cas signaleacutes par les systegravemes dinformation de santeacute de routine (SIS) sont de plus en plus preacutesenteacutes dans les cartographies agrave travers lAfrique subsaharienne notamment au Beacutenin au Botswana au Burkina Faso au Congo en Cocircte dIvoire en Erythreacutee en Guineacutee Bissau au Malawi en Mauritanie au Mozambique agrave Sao Tomeacute-et-Principe au Seacuteneacutegal au Togo agrave Zanzibar et au Zimbabwe [50] Ces donneacutees sont incomplegravetes et ne reflegravetent pas toujours les cas confirmeacutes parasitologiquement Neacuteanmoins ces exemples mettent en eacutevidence lrsquointeacuterecirct croissant dans lapplication des donneacutees de cas de paludisme de routine agrave la stratification et cartographie du risque de paludisme Des donneacutees imparfaites et incomplegravetes sur le paludisme ont reacutecemment eacuteteacute modeacuteliseacutees agrave lrsquoaide des meacutethodes geacuteostatistiques avanceacutees pour en faciliter lutilisation des donneacutees mensuelles incomplegravetes et les emplacements des eacutetablissements de santeacute geacuteocodeacutees en Namibie [51] et en Zambie [52] Ces nouvelles approches pour le traitement des donneacutees incomplegravetes de routine en combinaison avec des capaciteacutes de diagnostic redimensionneacutees offre de nouvelles possibiliteacutes inteacuteressantes pour modeacuteliser le cas dincidence ougrave la plupart des fiegravevres cherchent un traitement dans les secteurs formels et la plupart des fiegravevres sont parasitologique confirmeacutees Pour les pays ou zones se trouvant agrave linteacuterieur des pays cherchant agrave parvenir agrave eacuteradiquer le paludisme en Afrique des combinaisons de PCD et ACD avec deacutepistage des cas sont deacutejagrave en cours en Afrique du Sud [53] au Swaziland [54] agrave Zanzibar [55] au Cap-Vert [56] et dans les districts limitrophes du fleuve Seacuteneacutegal au Seacuteneacutegal [57] Le passage du controcircle agrave la preacute-eacuteradication est un continuum Par conseacutequent les mesures utiliseacutees pour deacutefinir ces paramegravetres doivent ecirctre refleacuteteacutees par des combinaisons de mesures en fonction de la disponibiliteacute et de la qualiteacute des donneacutees nationales Lorsquil ny a pas de systegravemes dinformation de santeacute fiables et lagrave ougrave la preacutevalence parasitaire reste eacuteleveacute il est fondamental dutiliser la preacutevalence dinfection agrave base communautaire comme indicateur de risque Lorsque leacuteradication est un objectif preacutedeacutefini la deacutetection de toutes les infections plutocirct que de tous les eacuteveacutenements pathologiques devient une prioriteacute Toutes les meacutetriques de risque doivent permettre de stratifier les reacutegions geacuteographiques avec une preacutecision adeacutequate Ces stratifications devraient permettre drsquoeacutetablir un lien quant agrave ce qui est neacutecessaire pour deacuteplacer une reacutegion plus loin dans le continuum vers le deacutefi ultime de leacuteradication Il ny a pas de lignes directrices deacutefinitives pour ce qui peut ecirctre mesureacute et sur les critegraveres neacutecessaires pour entamer lrsquoadaptation des strateacutegies de controcircle Nous travaillons en eacutetroite collaboration avec lOMS pour veiller agrave ce que cela soit plus clair dans un proche avenir 3 Lhistoire des enquecirctes parasitaires nationales en Afrique Certaines des enquecirctes nationales plus anciennes en matiegravere de preacutevalence de linfection ont eacuteteacute entreprises au Seacuteneacutegal en 1905-1906 [58] en Algeacuterie en 1908 [59] au Ghana en 1913 [60] agrave Zanzibar en 1923-1926 [61] et agrave lrsquoicircle Maurice entre 1923 et 1925 [62] Les enquecirctes parasitaires nationales ont eacuteteacute recommandeacutees agrave travers lAfrique pendant les phases preacuteparatoires et les phases dattaque de leacuteradication du paludisme dans le cadre du Projet GMEP [40 43 48] Celles-ci eacutetaient fondeacutees sur des meacutethodes deacutechantillonnage statistique pour permettre une

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plus grande preacutecision de preacutevalence de chaque communauteacute en fonction des niveaux de preacutevalence attendus [63] Des exemples de ces enquecirctes nationales srsquoeacutetendent sur 30 ans de preacuteparation pour le controcircle du paludisme en Afrique y compris les enquecirctes meneacutees avant la Confeacuterence de Kampala en Egypte en 1936 [64] au Cap-Vert en 1946 [65] au Libeacuteria en 1948 [66] et en Namibie en 1950 [67] et apregraves la Confeacuterence de Kampala au Maroc en 1951-1953 [68] au Mozambique 1952 [6970] agrave Madagascar entre 1952 et 1953 [71] en Angola 1953 [72] au Beacutenin 1954 [73] au Cameroun en 1954 [74] au Zimbabwe en 1956 [75] au Seacuteneacutegal en 1960 [76] au Soudan en 1961-1963 [77] en Somalie entre 1960 et 1961 [7879] au Botswana en 1962 [8081] au Togo entre 1962 et 1964 [82] en Mauritanie entre 1963 et 1965 [8384] en Sierra Leone entre 1963 et 1966 [85] en Algeacuterie entre 1964 et 1965 [86] en Ethiopie entre 1964 et 1965 [8788] en Ouganda entre 1965 et 1967 [89] et en Zambie entre 1969 et 1972 [90] Des exemples de repreacutesentations dessineacutees agrave la main de ces donneacutees denquecirctes nationales sont preacutesenteacutes dans le scheacutema 2 Scheacutema 2 Exemples denquecirctes nationales sur la preacutevalence du paludisme pendant legravere du GMEP a) au Seacuteneacutegal [76] b) en Ouganda [89] c) en Angola [72] d) au Mozambique [70] e) au Soudan [77] f) au Cameroun [74]

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Au deacutebut le Centre Muraz baseacute agrave Bobo Dioullaso au Burkina Faso faisait office du siegravege sous reacutegional du Service Geacuteneacuteral dHygiegravene et de Prophylaxie (SGHMP) qui fournissait des preacuteconisations meacutedicales et sanitaires ainsi que la recherche pour les pays qui constituaient la Feacutedeacuteration des pays de lrsquoAfrique occidentale Franccedilaise (AOF) En 1955 des enquecirctes aupregraves des meacutenages de grande ampleur ont eacuteteacute entreprises depuis le Centre Muraz agrave travers la sous-reacutegion pour eacutetablir la preacutevalence du pian et de la syphilis Le chef de la section de lutte contre le paludisme le commandant docteur Choumara a suggeacutereacute qursquoon pourrait inclure des enquecirctes compleacutementaires sur le paludisme sans occasionner des coucircts suppleacutementaires et sans retarder le travail de leacutequipe de Treacuteponeacutematoses Au cours des anneacutees suivantes les premiegraveres cartographies sous-reacutegionales de la preacutevalence empirique du paludisme ont eacuteteacute eacutelaboreacutees [91] (scheacutema 3) Scheacutema 3 Reacutesultats des enquecirctes paludomeacutetriques sous-reacutegionales meneacutees dans le cadre drsquoenquecirctes de treacuteponegraveme en milieu et agrave la fin des anneacutees 1950 par le Centre Muraz agrave travers lrsquoAOF [91]

Pendant les efforts deacuteradication un certain nombre de pays ont maintenu des enquecirctes communautaires parasitologiques eacutetendues mais pour la majoriteacute des pays dAfrique sub-saharienne les enquecirctes nationales dinfections paludiques aupregraves des meacutenages ont eacuteteacute abandonneacutees En 2005 cinq ans apregraves le lancement de linitiative Roll Back Malaria il a eacuteteacute reconnu quil eacutetait important de ressusciter des enquecirctes nationales des meacutenages sur la preacutevalence de linfection en tant que moyen pour permettre de suivre les progregraves au niveau des pays [9293] Les trois principaux veacutehicules denquecircte pour recueillir les donneacutees nationales contemporaines de

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preacutevalence parasitaires eacutetaient les modules de paludisme de lrsquoEnquecircte deacutemographique et de santeacute geacutereacutes par le programme ameacutericain MESURE-ICF [94] les Enquecirctes en grappes agrave indicateurs multiples geacutereacutees par lUNICEF [95] et les EIP autonomes geacutereacutees par les programmes nationaux de lutte contre le paludisme et leurs partenaires de drsquoenquecircte Ces enquecirctes sont effectueacutees avec un accent sur le suivi des eacutevolutions dans la couverture dintervention et du taux de mortaliteacute des enfants de moins de cinq ans dans le premier niveau des zones administratives (province Eacutetat Gouvernorat etc) Lrsquoeacutechantillonnage national stratifieacute et pondeacutereacute selon la population ne se fonde pas sur la preacutecision autour de la preacutevalence du paludisme Lune des conseacutequences est que les uniteacutes primaires deacutechantillonnage qui en deacutecoulent ne repreacutesentent qursquoun tregraves petit nombre dindividus eacutechantillonneacutes pour linfection par le paludisme Ceci est une distinction importante entre les enquecirctes nationales sur le paludisme meneacutees au cours de legravere du Projet GMEP qui ont eacuteteacute conccedilues sur la base de leur capaciteacute agrave deacutefinir la preacutevalence dinfection [63] Les enquecirctes nationales actuelles comprennent des combinaisons de meacutethodes de deacutepistage des parasites dans diffeacuterents tranches dacircge en fonction de lenquecircte nationale Cependant la majoriteacute se focalise uniquement sur les enfants acircgeacutes drsquoentre 6 mois agrave cinq ans ce qui constitue une tranche dacircge moins informative en termes de preacutevalence dinfection par rapport aux enquecirctes comprenant une fourchette dacircge denfance beaucoup plus eacutetendue [96] et qui repeacutesente une autre rupture par rapport aux enquecirctes nationales meneacutees entre les anneacutees 1950 et 1960 qui eacutetaient axeacutees sur les enfants de moins de 10 ou de moins de 15 ans ou qui ont pris en consideacuteration tous les membres du meacutenage Malgreacute ces limites il y a eu une augmentation importante de donneacutees empiriques sur la preacutevalence dinfection par le paludisme en Afrique par rapport agrave ce qui eacutetait disponible dans une vaste zone geacuteographique depuis plus de 40 ans Depuis 2006 les enquecirctes nationales sur le parasites du paludisme ont eacuteteacute entreprises en Angola (2006 et 2011) au Botswana (2012) au Beacutenin (2012) au Burkina Faso (2010 et 2014) au Burundi (2012) au Cameroun (2011) au Tchad (2011) aux Comores (2010b) en Cocircte dIvoire (2012) en Reacutepublique deacutemocratique du Congo (2011b) aux Comores (2010b) en Cocircte dIvoire (2012) en Reacutepublique deacutemocratique du Congo (DRC) (2009 et 201314) au Djibouti (2009b) en Guineacutee eacutequatoriale (2007 and 201011b) en Erythreacutee (2002 et 2012b) en Ethiopie (2006 2007 et 2011b) au Gabon (2007 adultes uniquementb) en Gambie (2008b 2010b 2013b et 2015b) Ghana (2011 and 2014) Guineacutee (2012 and 201415) Guineacutee Bissau (200809b) Kenya (2007b 2010b et 2015b) au Liberia (2009 et 2011) agrave Madagascar (2011 and 2013) au Malawi (2000 2009 2012 et 2014) au Mali (2010) Mozambique (2002a 2007a et 2011) en Namibie (2009a) au Nigeria (2010) au Rwanda (2007 et 201011) au Seacuteneacutegal (20089 201011 201213 et 201314) en Sierra Leone (2013) en Somalie (2005b et 2014b) au Sud-Soudan (2009b et 2013b) au Soudan (2005b 2009b et 2012b) au Swaziland (2010b) en Tanzanie (20078 et 201112) au Togo (201314) en Ouganda (2009 et 201415) en Zambie (2006b 2008b 2010b et 2012a) agrave Zanzibar (2007 2010 et 201112) et au Zimbabwe (2009 et 2012)

b Donneacutees mises agrave la disposition de lrsquoeacutequipe drsquoINFORM par les programmes nationaux de lute contre le paludisme sans permission pour de partager avec des tiers

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Suivant une augmentation des enquecirctes communautaires sur la preacutevalence drsquoinfection il y a eu une renaissance dans les enquecirctes drsquoeacutecoliers Cette fourchette dacircge fournit une gamme plus optimale pour les recherches sur la preacutevalence dinfection Lagrave ougrave la freacutequentation scolaire est eacuteleveacutee et ougrave lintensiteacute de transmission est stable cette approche consistant agrave mesurer lexposition communautaire aux parasites est moins coucircteuse et exige moins de main-dœuvre que leacutechantillonnage communautaire [9798] Lutilisation de la preacutevalence de linfection chez les eacutecoliers pour suivre les progregraves et limpact de la lutte contre le paludisme et son eacutelimination nrsquoest pas nouvelle Les enquecirctes scolaires ont eacuteteacute entreprises dans le cadre de la surveillance en Rhodeacutesie du Sud (aujourdhui appeleacute le Zimbabwe) [75] au Bechuanaland (aujourdhui appeleacute la Reacutepublique du Botswana) [80] en Ouganda [99 100] en icircle Maurice [62] et en Sierra Leone [101] Au Kenya les enquecirctes sur le paludisme dans les eacutecoles ont eacuteteacute reacuteguliegraverement effectueacutees dans le cadre de la surveillance paludique par la Division des maladies agrave transmission vectorielle (DMTV) depuis sa creacuteation dans les anneacutees 1940 jusquau deacutebut des anneacutees 1990 anneacutee ougrave ces enquecirctes ont eacuteteacute abandonneacutees en raison du manque de fonds [DMTV donneacutees non publieacutees] Des enquecirctes nationales reacutecentes en milieu scolaire ont eacuteteacute restaureacutees au Kenya [102103] en Cocircte dIvoire [104] en Ethiopie [105] en Gambie [106] au Mali [107] en Tanzanie [F Molteni communication personnelle] au Mozambique et au Malawi [Natalie Roschnik communication personnelle] et en Ouganda [108] Le co-eacutechantillonnage a eacuteteacute proposeacute au cours des enquecirctes sanitaires plus eacutetendues dans les anneacutees 1950 pour la lutte contre les treacuteponegravemes et le paludisme [91] ainsi qursquoau cours des enquecirctes nutritionnelles meneacutees en Zambie [90] Reacutecemment les opportuniteacutes partageacutees dont les enquecirctes sur le paludisme meneacutees dans le cadre dautres enquecirctes sanitaires ont eacuteteacute revues notamment le deacutepistage des maladies tropicales neacutegligeacutees [109] ou des enquecirctes nutritionnelles offrant ainsi des possibiliteacutes drsquointeacutegrer des diagnostics du paludisme En Somalie par exemple nous avons travailleacute avec lUniteacute danalyse de la nutrition et de la seacutecuriteacute alimentaire (FSNAU) de lOrganisation pour lalimentation et lagriculture en Somalie de faccedilon agrave inclure des diagnostics rapide du paludisme au cours du deacutepistage des problegravemes nutritionnels au sein des communauteacutes entre 2007 et 2011 [110] 4 Recueil des donneacutees denquecirctes sur la preacutevalence parasitaire Comme nous lavons indiqueacute plus haut il y a eu deux grandes pousseacutees dinteacuterecirct dans les enquecirctes nationales sur la preacutevalence parasitaire toutes les deux gravitant autour des initiatives mondiales pour controcircler et eacuteliminer le paludisme meneacutees par lOMS Cependant il y a eu de nombreuses enquecirctes de terrain sous-nationales et individuelles sur la preacutevalence de lrsquoinfection paludique agrave travers le continent depuis le deacutebut des anneacutees 1900 Le processus didentification de ces donneacutees denquecirctes fut long et ardu la prise en charge vers 20 ans Cette section deacutecrit le processus lextraction de donneacutees et lexhaustiviteacute de ce processus de recherche de donneacutees

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41 Contexte de strateacutegies de recherche de donneacutees Les principes de base de la recherche dinformation sur la preacutevalence dinfection paludique en Afrique ont eacuteteacute rassembleacutes dans le projet de collaboration appeleacute Cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) [4] Cette collaboration a eacuteteacute eacutetendue en 2005 dans le cadre du Projet Malaria Atlas (MAP) (Atlas du risque de paludisme en Afrique [Guerra et al 2007] Ces deux projets provisoires de recueil de donneacutees mettent en eacutevidence un aspect important de la localisation des informations paludomeacutetriques en Afrique dont la plupart proviennent de sources ineacutedites Cela nrsquoaurait pour autant pas surpris les paludologues qui travaillaient en Afrique il y a plus de cinquante ans Bagster-Wilson deacuteclare dans le traiteacute de Boyd sur le paludisme en 1948 qursquolaquoon peut sefforcer de deacutefinir avec plus de preacutecision la reacutepartition du paludisme dans la mesure ougrave les informations disponibles le permettront une grande partie de savoir local se cache dans les rapports officiels non publieacutes qui ne peuvent ecirctre consulteacutes que par le biais des visites dans les pays concerneacutes raquo [111] Pour identifier les sources dinformations nous avons proceacutedeacute agrave des meacutethodes opportunistes aux approches en cascade et nrsquoavons pas respecteacute les meacutethodes rigoureuses proposeacutees pour les examens systeacutematiques ou des meacuteta-analyses [112] eacutetant donneacute qursquoavoir recours uniquement aux donneacutees examineacutees par des pairs se traduirait par lexclusion de preacutecieuses sources de donneacutees de valeur au niveau des pays Nous avons utiliseacute des contacts personnels fait des reacutefeacuterences occasionnelles aux enquecirctes contenues dans les rapports des ministegraveres de la santeacute effectueacute des recherches darchives et effectueacute des recherches dans des publications traditionnelles eacutevalueacutees par les pairs afin de traquer les sources possibles de donneacutees denquecirctes paludiques agrave travers le continent Dans les sections suivantes nous tenterons darticuler les approches adopteacutees pour repeacuterer des informations 42 Recherches dans les archives historiques Depuis 2005 nous avons entrepris des recherches manuelles dans les archives et les bibliothegraveques des instituts ex-coloniaux de meacutedecine tropicale pour repeacuterer des rapports ineacutedits de paludologues travaillant en Afrique avant que les pays nrsquoaccegravedent agrave lindeacutependance Il srsquoagissait notamment de drsquoarchives de lInstitut de Meacutedecine Tropicale Anvers lrsquoInstitut Pasteur Paris Deacutepartement dHistoire de la Meacutedecine Sapienza - Universitagrave di Roma Rome ArchivioItaliano Di Scienze mediche Coloniali Rome Instituto Higiene Medicina Tropical Lisbonne Wellcome Trust Library Londres The National Archives Kew Royaume-Uni et la London School of Tropical Medicine and Hygiene Londres On notera en particulier les rapports de voyage des consultants et les rapports trimestriels de paludologues travaillant pour le compte de lOrganisation mondiale de la santeacute (OMS) agrave partir des anneacutees 1950 jusquaux anneacutees 1970 Ceux-ci fournissent des reacutecits riches et des donneacutees denquecircte des campagnes de preacute-eacutelimination des rapports deacutetape deacutelimination des critiques et des analyses de situation du paludisme au niveau national Toutes ces donneacutees sont archiveacutees dans les bibliothegraveques de lOMS agrave Genegraveve au Caire et agrave Brazzaville (Figure 4) Nous tenons agrave

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remercier les bibliotheacutecaires de ces archives qui nous ont fourni une aide preacutecieuse dans le repeacuterage des documents non publieacutes dans chacun de ces siegraveges de lOMS Figure 4 Archives de lrsquoOMS agrave Genegraveve (agrave gauche) et agrave Brazzaville (agrave droite) Nous avons eacutegalement visiteacute les archives nationales du Ministegravere de la santeacute situeacutees dans les villes de Nairobi Kisumu Eldoret Mombasa et Meru (au Kenya) Entebbe et Jinja (en Ouganda) Sennar Khartoum et Kassala (au Soudan) Thies (au Seacuteneacutegal) Amani (en Tanzanie) Accra (au Ghana) Tzaneen (en Afrique du Sud) et les archives personnelles de lex-directeur de Tzaneen Malaria Research Centre ndash Centre de recherche sur le paludisme (couvrant lAfrique du Sud la Namibie et le Botswana) Les dossiers et les rapports tenus au National Institute of Medical Research (Institut national de la recherche meacutedicale) agrave Amani (Scheacutema 5) a couvert la peacuteriode ougrave le centre eacutetait le siegravege sous-reacutegional de lrsquoInstitute of Malaria and Vector Borne Diseases (Institut est-africain du paludisme et des maladies agrave transmission vectorielle) (1954-1977) Le siegravege du Projet de leacuteradication du paludisme agrave Jinja en Ouganda abritait tous les dossiers des enquecirctes nationales des meacutenages agrave partir des anneacutees 1960 jusquen 2011 quand ceux-ci ont malheureusement eacuteteacute deacutetruits et nous nrsquoavons eacuteteacute en mesure de trouver que ceux qui avaient eacuteteacute deacutemeacutenageacute agrave Entebbe Des rapports annuels des services meacutedicaux et de lrsquoassainissement datant de 1919 produits par les gouvernements coloniaux de la Gambie du Nigeria du Gold Coast (Ghana) de Sierra Leone de Somalie du Kenya de Tanganyika (Tanzanie) de Zanzibar drsquoOuganda du Congo belge (RDC) du Bechuanaland (Botswana ) du Nyassaland (Malawi) de Rhodeacutesie (Zambie et Zimbabwe) de lrsquoicircle Maurice et du Soudan eacutetaient disponibles en eacutetats variables de conservation dans la bibliothegraveque fondeacutee par le Wellcome Trust en 1963 et fait maintenant partie des laboratoires nationaux de santeacute publique appartenant au ministegravere de la santeacute agrave Nairobi Kenya (Figure 5) Au cours du Projet de cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) des scientifiques reacutegionaux ont visiteacute les archives nationales situeacutees dans les villes de Maputo (Mozambique) Bobo Dioulasso (Burkina Faso) Yaoundeacute (Cameroun) Cotonou (Beacutenin) et Lomeacute (Togo) [MARA ARMA 1998] Ces recherches ont identifieacute plusieurs rapports importants

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renfermant des donneacutees denquecirctes nationales Ils nrsquoont cependant pas pris des exemplaires numeacuteriques de rapports originaux Dans la mesure du possible nous avons tenteacute de localiser ces rapports et drsquoen preacuteparer des exemplaires numeacuteriques Cela na pas toujours eacuteteacute couronneacutee de succegraves et nous avons de ce fait inclus certaines donneacutees des issues de la base de donneacutees MARA ARMA des enquecirctes meneacutees agrave lrsquoeacutepoque preacute-indeacutependance avec des citations respectives notamment celles reacutecupeacutereacutees du Centre Muraz agrave Bobo Dioulasso Des exemplaires numeacuteriques des rapports non-publieacutes issus des archives europeacuteennes et africaines sont mis agrave la disposition des pays dans le cadre du projet INFORM en tant que bibliothegraveques numeacuteriques Scheacutema 5 A gauche Archives du laboratoire national de santeacute publique Nairobi Kenya (Old Wellcome Trust Library) A droite ndash Bibliothegraveque de lrsquoInstitut national de recherche meacutedicale Amani Tanzanie 43 Recherche des donneacutees eacutelectroniques Des bases de donneacutees eacutelectroniques en ligne ont eacuteteacute utiliseacutees comme un moyen didentifier les pairs des donneacutees publieacutees sur la preacutevalence de linfection paludique notamment celles publieacutees depuis les anneacutees 1980 y compris PubMed [113] Google Scholar [114] Armed Forces Pest Management Board (le Conseil dadministration de la lutte antiparasitaire des Forces armeacutees) - Litteacuterature Retrieval System [116] la base de donneacutees de la bibliothegraveque de lrsquoOrganisation mondiale de la santeacute [116] et le service de la bibliothegraveque numeacuterique en ligne de lInstitut de Recherche pour le Deacuteveloppement [117] Nous nrsquoavons pas trouveacute facilement des revues reacutegionales y compris un grand nombre de revues meacutedicales nationales des revues de la santeacute publique et parasitologiques agrave partir des sources ci-dessus Toutefois nous avons trouveacute des titres et des extraits en ligne de lrsquoAfrican Journals Online (AJOL) [118] Dans toutes les recherches de bases de donneacutees numeacuteriques des travaux publieacutes contenant les des mots-cleacutes laquo paludisme raquo et laquonom de paysraquo ont eacuteteacute utiliseacutes Nous avons eacuteviteacute lrsquoemploi des terminologies speacutecialiseacutees issues du systegraveme de meacutetadonneacutees meacutedicales laquoMedical Subject Headings (MeSH)raquo dans les recherches darchives numeacuteriques de faccedilon agrave eacutelargir au maximum

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notre champ de recherche Nous avons effectueacute des recherches de base de donneacutees au moins une fois par an agrave partir de lrsquoanneacutee 2005 Nous avons compleacuteteacute nos recherches par des notifications reacuteguliegraveres hebdomadaires sur le paludisme du service dalerte infos de Malaria World [119] Roll Back Malaria des bulletins dinformations du Programme de santeacute environnementale de lUSAID [120] et Santeacute Tropicale pour les revues nationales et reacutegionales des pays francophones y compris Meacutedecine dAfrique noire [121 ] Les titres et les reacutesumeacutes ont eacuteteacute utiliseacutes pour identifier drsquoeacuteventuelles donneacutees denquecirctes parasitaires transversales dans diverses formes soit en tant qursquoenquecirctes communautaires enquecirctes en milieu scolaire autres meacutethodes de deacutepistage parasitaire ou des essais sur le terrain Nous avons eacutegalement eacutetudieacute des eacutetudes sur la preacutevalence de maladies associeacutees au paludisme lorsque celles-ci sont preacutesenteacutees dans le cadre drsquoenquecirctes sur laneacutemie lrsquoheacutemoglobinopathie la transfusion sanguine ou eacutevaluations de la situation nutritionnelle afin drsquoidentifier les rapports coiumlncidence de la preacutevalence paludique En outre crsquoeacutetait une pratique courante de deacutepister les membres de la communauteacute ou des eacutecoliers au cours des protocoles de sensibiliteacute preacutecoces aux meacutedicaments antipaludeacuteens de sorte agrave enrocircler des personnes infecteacutees aux enquecirctes de suivi post-traitement Souvent des donneacutees issues des sites denquecirctes seacutelectionneacutes permettaient de fournir le nombre de personnes deacutepisteacutees et le nombre de personnes infecteacutees Les enquecirctes aupregraves des populations feacutebriles ou des personnes freacutequentant des cliniques ont eacuteteacute exclues Les publications avec des titres ou des extraits pouvant indiquer la preacutesence des donneacutees parasitaires possibles ont eacuteteacute soit teacuteleacutechargeacutees agrave partir darchives de revues offertes en ligne en libre accegraves ou provenant de HINARI (lInitiative daccegraves aux recherches pour la santeacute) [122] A chaque fois que les publications nrsquoeacutetaient pas disponibles sur HINARI en libre accegraves nous visitions les archives des bibliothegraveques du Royaume-Uni agrave la London School of Hygiene and Tropical Medicine la Liverpool School of Tropical Medicine la bibliothegraveque Bodleian agrave lUniversiteacute dOxford ou la Bibliothegraveque de lInstitut Pasteur Paris pour obtenir en obtenir des exemplaires Nous faisions des demandes de reacutefeacuterences que nous nrsquoarrivions pas agrave trouver suivant ces recherches agrave laide du catalogue mondial des recherches agrave travers les bibliothegraveques dOxford factureacutees agrave la page Toutes les publications agrave partir desquelles des donneacutees ont eacuteteacute extraites ont eacuteteacute contreveacuterifieacutees agrave lrsquoaide des bibliographies provenant dautres sources qursquoon aurait oublieacutees ou qui correspondraient agrave des documents non publieacutes ou laquodocuments parallegravelesraquo qui ne sont geacuteneacuteralement pas controcircleacutes par les eacutediteurs commerciaux Les auteurs des articles eacutevalueacutes par les pairs ont souvent eacuteteacute contacteacutes pour nous renseigner sur des informations compleacutementaires dans leur document et nous indiquer dautres travaux non publieacutes dans leur zone geacuteographique ou de leur institution

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44 Autres sources de donneacutees Les enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages ayant inteacutegreacute la preacutevalence parasitaire sont deacutecrites dans la section 3 Les donneacutees provenant de ces enquecirctes sont soit disponibles en formats teacuteleacutechargeables agrave partir du programme ICF MEASURE ou ont eacuteteacute fournis au projet INFORM par les programmes nationaux de lutte antipaludique dans le cadre daccords de collaboration Pour dautres donneacutees eacuteventuellement ineacutedites et propres aux sites sur la preacutevalence du paludisme nous avons consulteacute des sites Web et contacteacute les organisations non gouvernementales (ONG) travaillant en Afrique pouvant avoir entrepris des eacutevaluations sanitaires comprenant des enquecirctes parasitologiques au sein des communauteacutes aupregraves desquelles elles œuvraient Il srsquoagissait notamment de Meacutedecins sans Frontiegraveres [123] MERLIN [124] le Centre Carter [125] Selon lUniteacute danalyse de la seacutecuriteacute alimentaire et de la nutrition en Somalie (FSNAU) [126] Shape Consulting [127] Save the Children [128] Malaria Consortium [129] et MENTOR [130] Gracircce aux contacts fournis par ces agences nous avons pu trouver des donneacutees provenant de sites drsquoenquecirctes en Guineacutee en Sierra Leone en Cocircte dIvoire en Tanzanie au Libeacuteria en Somalie au Kenya en Ouganda au Nigeria en Ethiopie au Mali et au Soudan du Sud Les extraits des ouvrages publieacutes par Tropical Medicine ainsi que ceux issus des reacuteunions sur le paludisme ont eacuteteacute identifieacutes provenant de sources les plus diverses possibles et produits dans le cadre de confeacuterences et de congregraves nationaux et internationaux Ceux-ci ont eacuteteacute utiliseacutes pour signaler drsquoeacuteventuelles donneacutees solliciteacutees par correspondance des auteurs drsquoextraits Notre preacutesence reacutegionale et les liens que nous entretenons avec la communauteacute de recherche sur le paludisme en Afrique a permis de faire naicirctre une prise de conscience quant agrave lobjectif et agrave lambition de la recherche sur la cartographie du paludisme commenceacute en 1996 sous la collaboration MARA ARMA [35] Nous avons profiteacute de cette connectiviteacute reacutegionale des chercheurs pour contacter directement les collegravegues travaillant sur leacutepideacutemiologie du paludisme de sorte agrave rechercher des donneacutees ventileacutees et speacutecifiques au site souvent ineacutedites La volonteacute de partager des donneacutees non publieacutees sur les enquecirctes parasitaires a eacuteteacute sans preacuteceacutedent Au 1er Juillet 2015 plus de 700 scientifiques et speacutecialistes individuels de la santeacute publique ont fourni des informations ventileacutees sur les donneacutees publieacutees donneacutees non-publieacutees ou ont apporteacute leur concours agrave la localisation des communauteacutes eacutechantillonneacutees agrave travers lAfrique Nous avons tenu agrave les remercier dans lannexe accompagnant le preacutesent rapport ainsi que sur le site Web INFORM [131] Les instituts reacutegionaux menant des recherches sur le paludisme et leurs partenaires de collaboration eacutetaient toujours agrave lavant-garde dans la fourniture de donneacutees non publieacutees Il convient de mentionner particuliegraverement les Medical Research Council Laboratories (Gambie) les partenariats de collaboration entre le Kenyan Medical Research Institute et le Wellcome Trust Universiteacute dOxford US Centers for Disease Control Universiteacute de Nagasaki et Walter Reed (Kenya) le Centre de Recherche et de formation sur le paludisme (Mali) Uganda Malaria Surveillance Project (Ouganda) les partenariats de collaboration tisseacutes entre Ifakara Health Institute et le Swiss Tropical Institute la London School of Hygiene and Tropical Medicine et US

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Centers for Disease Control (Tanzanie) Dar es Salaam Urban Malaria Control Project (Tanzanie) National Medical Research Institute agrave Amani (Tanzanie) Institut Pasteur (Madagascar) lrsquoInstitut de Recherche pour le deacuteveloppement (Seacuteneacutegal) Centre de Rechercheacute en Santeacute de Nouna (Burkina Faso) Institute for Endemic Diseases University of Khartoum (Sudan) Blue Nile Health Project-Giezera State University (Sudan) Centro Investigaco Saude Angola (Angola) Liverpool School of Tropical Medicine Wellcome Trust and College of Medicine Programme collaboratif de lrsquoUniversity of Malawi (Malawi) South African Medical Research Council (Afrique du Sud Mozambique et Swaziland) le programme de collaboration du Swiss Tropical and Public Health Institute et de lInstitut de la santeacute publique (Cocircte dIvoire) le programme de collaboration du US Centers for Disease Control (Togo) partenariats de collaboration du Prince Leopold Institute (Burundi Beacutenin et Rwanda) Malaria Institute agrave Macha (Zambie) Medical Research CentreOuganda Virus Research Institute (Ouganda) lEcole de Santeacute Publique de Kinshasa (RDC) et le Southern African Malaria Consortium (Zimbabwe) 5 Abstraction des donneacutees drsquoenquecircte 51 Exigences minimales en matiegravere de donneacutees De chacun des rapports drsquoenquecircte les champs de donneacutees minimales requises pour chaque enregistrement sont les suivants description de la zone deacutetude (nom divisions administratives et coordonneacutees geacuteographiques cas eacutecheacuteant) dates de deacutebut et de fin de lenquecircte (mois et anneacutee) et renseignements sur de lexamen sanguin (nombre de personnes deacutepisteacutees nombre de personnes constateacutees positives pour infection au Plasmodium par espegravece) meacutethodes utiliseacutees pour deacutetecter linfection (microscopie tests de diagnostic rapide (TDR) reacuteaction en chaicircne par polymeacuterase (PCR) ou combinaisons) et lrsquoacircge le plus bas et la population eacutetudieacutee Pour les donneacutees provenant des essais controcircleacutes et randomiseacutes dintervention les donneacutees nrsquoont eacuteteacute seacutelectionneacutees que lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees de base de preacute-intervention et celles issues des enquecirctes de suivi transversales ulteacuterieures au sein des populations teacutemoins Lorsque des cohortes dindividus ont eacuteteacute interrogeacutees agrave plusieurs reprises dans le temps nous nous sommes efforceacutes dinclure uniquement la premiegravere enquecircte et les enquecirctes ulteacuterieures lorsque celles-ci nrsquoavaient qursquoun eacutecart drsquoau moins cinq mois par rapport agrave la date denquecircte initiale pour eacuteviter toute deacutependance entre les observations baseacutees sur le traitement des personnes infecteacutees preacuteceacutedentes Lorsqursquoil neacutetait pas possible de ventiler les enquecirctes reacutepeacuteteacutees celles-ci eacutetaient deacutefinitivement exclues de lanalyse Plusieurs pays ont maintenu des enquecirctes sanguines de masse apregraves avoir atteint les phases de consolidation de leacutelimination La dureacutee des phases de preacute-eacutelimination drsquoattaque de consolidation et dentretien deacutelimination varie entre les pays [47] Nous avons choisi dexclure les donneacutees eacutechantillonneacutees apregraves les dates ougrave les pays mettant en œuvre des programmes drsquoeacutelimination avaient commenceacute agrave utiliser des taux drsquoincidence deacuteriveacutes des indices parasitaires annuels ou lorsque des enquecirctes sanguines de masse eacutetaient utiliseacutees pour deacutemontrer labsence de transmission en Algeacuterie (1967) en Egypte (1965) en Libye (1967) en icircle Maurice (1957) au Maroc (1969) en Reacuteunion (1953) et en Tunisie (1968)

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Parfois les rapports preacutesentaient le nombre total de personnes examineacutees dans un certain nombre de villages et le pourcentage de personnes controcircleacutees positives par village ici nous avons supposeacute que le deacutenominateur par village eacutetait eacutequivalent au nombre total de personnes examineacutees diviseacute par le nombre total de villages Il eacutetait possible deacutetablir lanneacutee de chaque enquecircte cependant il eacutetait parfois impossible drsquoeacutetablir le mois de lenquecircte agrave partir des rapports denquecirctes Dans ce cas de figure nous avons utiliseacute des descriptions saison laquohumideraquo et saison laquosegravecheraquo premier ou deuxiegraveme trimestre scolaire ou dautres informations pour parvenir agrave une approximation du mois de lenquecircte et avons inclus un rapport sur cette hypothegravese Certains reacutesultats de lenquecircte ont eacuteteacute signaleacutes en tant qursquoagreacutegat dans lespace (par exemple un seul PfPR pour un groupe de villages) ou dans le temps (par exemple un PfPR moyen estimeacute agrave partir de quatre enquecirctes diffeacuterentes meneacutees au fil du temps) Dans de tels cas nous avons soit chercheacute dautres rapports des mecircmes enquecirctes avec une reacutesolution spatiale ou temporelle plus eacuteleveacutee Lagrave ougrave cela na pas eacuteteacute possible et ougrave des groupes de villages deacutepassaient 5 km2 nous avons exclu du dossier de lanalyse (voir ci-dessous) Lorsque des informations suppleacutementaires eacutetaient neacutecessaires pour fournir des donneacutees speacutecifiques par village dans un moment preacutecis nous avons demandeacute aux auteurs de nous fournir tout renseignement ou document manquant 52 Meacutethodes de deacutetection parasitaires Compte tenu de son ubiquiteacute en tant qursquooutil de diagnostic paludique la meacutethode preacutefeacutereacutee de deacutetection parasitaire eacutetait la microscopie Aucune distinction nrsquoeacutetait faite entre la microscopie optique ou par fluorescence La qualiteacute de la veacuterification de lame [132133] les variations de sensibiliteacute speacutecificiteacute entre les tests de diagnostic rapide (TDR) [134] la capaciteacute des eacutequipes de terrain agrave analyser les TDR de maniegravere fiable [135-138] ou des variations obtenues sur la base de la seacutelection des amorces pour les reacuteactions en chaicircne de la polymeacuterase (PCR) [139] influencent toutes les descriptions de la preacutevalence et auront des variances intrinsegraveques entre les enquecirctes incluses dans la base de donneacutees Il a eacuteteacute deacutemontreacute que les TDR donnent des taux de faux positifs plus eacuteleveacutes que la microscopie [134 140 141] cependant ils ont tendance agrave stratifier agrave fois le taux parasitaire le plus bas (lt1) et le plus eacuteleveacute (gt50) avec plus de preacutecision par rapport agrave la microscopie courante [133 141] Une analyse drsquoun grand recueil de donneacutees sur les taux parasitaires des communauteacutes a deacutemontreacute quil y avait une diffeacuterence minime dans les estimations du taux moyen global de preacutevalence de P falciparum dans une analyse des donneacutees correspondantes apparieacutees issues des enquecirctes communautaires ayant utiliseacute la microscopie et les TDR pour les examens parasitaires [46] Neacuteanmoins les diffeacuterences entre les TDR et la microscopie en matiegravere de leur capaciteacute agrave deacutetecter des dinfections mineures lorsquelles sont geacutereacutees dans des conditions normales restent un preacutejugeacute systeacutematique inheacuterent aux donneacutees [141] que nous sommes incapables de controcircler Nous sommes eacutegalement incapables de controcircler la qualiteacute des analyses de donneacutees des enquecirctes en utilisant uniquement la microscopie Le principal problegraveme de la microscopie lorsquelle est utiliseacutee dans le cadre les enquecirctes-eacutechantillons nationales est la qualiteacute de la preacuteparation des lames (coloration et entreposage) et

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ou les garanties de la veacuterification de la qualiteacute (VQ) des analyses des lames Dans ce cas de figure nous avons en consultation avec les responsables des enquecirctes nationales ducirc faire plusieurs jugements de valeur Par exemple pour les enquecirctes nationales aupregraves des meacutenages au Soudan en Somalie au Malawi et en Angola nous avons choisi dinteacutegrer les preacutevalences dinfection obtenues gracircce aux TDR plutocirct les estimations provenant des analyses des lames de microscopie Par contre pour drsquoautres pays tels que le Kenya et lOuganda nous avions des garanties quant agrave la qualiteacute des analyses des preacutelegravevements sanguins pendant enquecirctes sur les indicateurs du paludisme Il ny a pas de regravegles absolues pour ces deacutecisions A chaque fois que des preuves quant agrave la qualiteacute des analyses des lames nous eacutetaient fournies nous avons deacutecideacute drsquoutiliser celles-ci par rapport aux TDR 53 Geacuteocodage des sites drsquoenquecircte Le geacuteocodage de donneacutees la deacutefinition dune longitude et une latitude deacutecimale pour chaque site denquecircte consistait en une tacircche particuliegraverement exigeante En fonction de leur repreacutesentation spatiale les donneacutees eacutetaient classeacutees en tant que villages communauteacutes ou eacutecoles individuelles ou ensemble de communauteacutes dans une zone deacutefinissable correspondant agrave une zone agrave linteacuterieur dun quadrillage de 5 km ou environ 005 degreacutes deacutecimaux au niveau de leacutequateur Dans la mesure du possible nous avons chercheacute agrave conserver des donneacutees ventileacutees au niveau des villages plutocirct que des donneacutees agrave travers une laquogrande eacutetendueraquo Lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees provenant des communauteacutes deacutepassant un quadrillage de 5 km nous avons consideacutereacute ces derniers comme une reacutesolution spatiale trop faible avec une variance importante possible dans le polygone dinformations agrave exclure lors de lutilisation de la modeacutelisation geacuteostatistique avanceacutee En pratique il srsquoagissait ici drsquoun critegravere difficile agrave veacuterifier eacutetant donneacute que la plupart des rapports denquecircte ne fournissaient pas suffisamment de deacutetails sur la superficie de la zone eacutetudieacutee Une utilisation plus reacutecente des systegravemes de positionnement mondial (GPS) lors de travaux denquecircte permet une reacuteagreacutegation des donneacutees denquecircte aupregraves des meacutenages avec une plus grande preacutecision Crsquoest eacutegalement utile dans le maintien du critegravere du quadrillage de 5 km tout en combinant des grappes de petites tailles deacutechantillon dans lespace Lutilisation du GPS pour enregistrer des longitudes et latitudes a contribueacute de maniegravere appreacuteciable agrave des enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages depuis circa 2007 [142] Cependant dans les enquecirctes deacutemographiques et sanitaires aupregraves des meacutenages geacutereacutes par le programme ICF-MEASURE un processus de deacuteplacement de coordonneacutees GPS est effectueacute de telle sorte que pour les clusters urbains un deacuteplacement est introduit agrave une distance allant jusqursquoagrave tous les 2 km qui influe rarement sur la preacutecision globale de modeacutelisation eacutetant donneacute que ce processus se fait dans le cadre est dans les zones urbaines Pour les clusters ruraux on fait un deacuteplacement jusqursquoagrave 5 km avec 1 de clusters ruraux suppleacutementaires deacuteplaceacutes jusquagrave une distance de 10 km Ici nous avons passeacute en revue tous les clusters ruraux agrave lrsquoaide de Google Earth pour examiner la mesure dans laquelle les clusters ruraux pourraient avoir eacuteteacute deacuteplaceacutes vers des zones inhabiteacutees et repositionneacutes dans les zones peupleacutees les plus proches

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Pour positionner chaque site denquecircte lagrave ougrave les coordonneacutees GPS ne sont pas disponibles nous avons utiliseacute une varieacuteteacute de ressources numeacuteriques parmi lesquels les plus utiles eacutetaient Encyclopeacutedie Microsoft Encarta (Microsoft 2004) et Google Earth (Google 2009) Drsquoautres sources drsquoarchives numeacuteriques de noms de lieux couramment utiliseacutes sont entre autres le serveur de noms de lieux de la National Geospatial-Intelligence Agency GEOnet Eacutetats-Unis [143] Falling Rain Genomicsrsquo Global Gazetteer [144] Alexandria Digital Library de lUniversiteacute de Californie Eacutetats-Unis [145] African Data Sampler [146] MapCarta [147] Maplandia [148] Global geodatabase-cities [149] Open Street Map [150] VMAP0 [151] et IslamicFinder [152] A travers lAfrique il existe un certain nombre de reacutepertoire toponymique numeacuteriques nationaux pour les lieux habiteacutes les eacutetablissements sanitaires ou les eacutecoles Ce type de reacutepertoires accroicirct en nombre en preacutecision et en couverture Nous les avons obtenus sur demande aupregraves des bureaux nationaux de recensement des ministegraveres de leacuteducation et de la santeacute et des ONG partenaires Cela srsquoest aveacutereacute un outil preacutecieux dans la localisation des communauteacutes au Burkina Faso au Kenya en Gambie au Mozambique agrave Madagascar en Somalie au Malawi en Mauritanie au Ghana au Niger en Namibie au Seacuteneacutegal en Somalie en Afrique du Sud en Tanzanie en Ouganda en Zambie et agrave Zanzibar Bien que nous tentons drsquoutiliser des nomenclatures types et des strateacutegies uniques de nommage dans les reacutepertoires toponymiques numeacuteriques [153] il est difficile drsquoatteindre cela au niveau national ougrave les orthographes changement en fonction des auteurs au fil du temps et ougrave les mecircmes noms de lieux sont reacutepliqueacutees agrave travers un pays En tant que tel lors de lextraction de donneacutees chaque point de donneacutees a eacuteteacute enregistreacute avec autant drsquoinformations geacuteographiques que possible issues de la source Crsquoest bien ces informations qui ont eacuteteacute utiliseacutees au cours du geacuteo-positionnement par exemple pour veacuterifier que le geacuteocodage permettait de cadrer les sites denquecirctes dans les uniteacutes administratives deacutecrites dans le rapport ou qursquoil correspondait agrave dautres deacutetails dans le rapport sur la distance vis-agrave-vis des riviegraveres ou les villes lorsque cela eacutetait afficheacutees sur Google Earth Bien quen theacuteorie les coordonneacutees GPS doivent repreacutesenter une localisation spatiale sans ambiguiumlteacute il fallait une veacuterification rigoureuse pour veiller agrave ce que les sites denquecirctes correspondent aux coordonneacutees GPS Comme drsquohabitude nous avons donc reveacuterifieacute toutes les donneacutees GPS de toutes les sources en utilisant les noms de lieux et ou Google Earth pour assurer que les coordonneacutees se situaient dans les communauteacutes Toutes les coordonneacutees ont eacuteteacute soumises agrave un controcircle final agrave laide de la base de donneacutees spatiale des frontiegraveres administratives de second niveau deacuteveloppeacutees et reacuteviseacutee en 2008 par lOrganisation pour lalimentation et lagriculture (FAO) des Nations Unies [154] Loutil de seacutelection spatiale ArcGIS 101 (ESRI USA) a eacuteteacute utiliseacute pour veacuterifier que les points du long du littoral eacutetaient situeacutes sur des terrains tels que deacutefinis par GAUL 2008 La base de donneacutees de Global Lakes and Wetlands (GLWD) deacuteveloppeacutee par le Fonds mondial pour la nature [155] a eacuteteacute utiliseacute pour srsquoassurer que les points inteacuterieurs eacutetaient positionneacutes sur la terre ferme et non pas sur des plans deau Nous cherchions par-lagrave agrave identifier les coordonneacutees qui se trouvaient leacutegegraverement au large des cocirctes sur les affluents ou dans les uniteacutes administratives incorrectes chaque anomalie a eacuteteacute reveacuterifieacutee et repositionneacutee agrave laide de petits changements et avec Google Earth

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54 Deacutefinition des frontiegraveres nationales A la fin de la Seconde Guerre mondiale en 1945 presque tous les pays en Afrique eacutetaient soumis agrave la domination ou agrave lrsquoadministration coloniale Chaque pays sur le continent africain est aujourdhui indeacutependant mecircme si quelques icircles restent sous administration europeacuteenne (la Reacuteunion et Mayotte) Il existe actuellement 55 Etats indeacutependants dont 53 sont membres de lUnion africaine Tout au long de ce rapport nous utilisons les noms et les frontiegraveres des Eacutetats-nations en Afrique et les frontiegraveres actuelles plutocirct que la nomenclature preacute-indeacutependance Tout au long de ce rapport nous avons utiliseacute lrsquooutil numeacuterique de traitement de frontiegraveres parraineacute par lrsquoONU [156] En tant que tel nous traitons le Soudan du Sud en tant qursquoentiteacute diffeacuterente de la Reacutepublique du Soudan et lEacuterythreacutee diffeacuterente de lEthiopie Il y a beaucoup de zones litigieuses en Afrique revendiqueacutees par diffeacuterents pays voisins et qui restent en suspens [157] Pour les besoins de notre travail nous avons traiteacute le Triangle drsquoIlemi en tant que partie inteacutegrante de la reacutegion de Turkana du Kenya Nous avons consideacutereacute Walvis Bay en Namibie comme faisant toujours partie de la Namibie en deacutepit du fait que ce territoire fait partie de lrsquoAfrique du Sud depuis de nombreuses anneacutees suivant lindeacutependance de la Namibie en 1990 Deux petits territoires au sein du Royaume du Maroc continuent decirctre occupeacutes par lEspagne dans le Nord-Ouest (Ceuta) et dans le Nord-Est (Melilla) sur le littoral meacutediterraneacuteen Cependant nous avons consideacutereacutes ces territoires comme faisant partie du Royaume du Maroc se rapprochant de son eacutetendue ottomane avant 1912 Nous traitons la peacuteninsule du Sinaiuml en tant que partie permanente de la Reacutepublique arabe dEgypte Sans faire de jugements politiques nous avons consideacutereacute la reacutegion drsquoAbeyi comme faisant partie inteacutegrante de la Reacutepublique du Soudan cependant dans la cartographie des produits nationaux les deux pays prennent en compte cette reacutegion Nous avons traiteacute le Triangle Halaib sur la frontiegravere soudano-eacutegyptienne comme faisant partie du Soudan bien que depuis 2010 lrsquoEacutegypte controcircle cette zone en tant que partie inteacutegrante de son Etat de la Mer Rouge La reacutegion de Bakassi territoire frontalier contesteacute sur la cocircte atlantique entre le Nigeria et le Cameroun a eacuteteacute traiteacute comme faisant partie du Nigeria en deacutepit de la mise en œuvre finale des accords qui ont accordeacute cette reacutegion agrave ladministration camerounaise en 2014 Les groupes insulaires de Bioko Annobin et Zanzibar sont traiteacutees seacutepareacutement de la partie continentale de Guineacutee eacutequatoriale et de Tanzanie respectivement Ces groupes insulaires ont toujours eu diffeacuterents plans de lutte antipaludique et des ambitions drsquoeacutelimination diffeacuterentes de ceux de leurs homologues du continent 55 Normalisation selon lacircge Lorsque lacircge nrsquoeacutetait pas preacuteciseacute dans le rapport de chaque enquecircte mais que le rapport preacutecisait que lrsquoensemble du village ou drsquoenfants de leacutecole primaire eacutetaient examineacutes nous avons supposeacute que les tranches dacircge agrave 0-99 ans ou 5-14 ans respectivement Il y avait une grande diversiteacute dans les tranches dacircge des populations eacutechantillonneacutees entre les eacutetudes Pour faire des comparaisons significatives dans le temps et lespace une seule tranche dacircge normaliseacute est neacutecessaire Il est possible drsquoeffectuer des ajustements dun acircge normaliseacute pour le Plasmodium falciparum gracircce agrave lobservation et agrave la theacuteorie des maladies infectieuses lagrave ougrave limmuniteacute est acquise apregraves une exposition reacutepeacuteteacutee de la naissance Nous avons adapteacute des modegraveles de

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conversion catalytique de Muench (dabord utiliseacute dans le paludisme par Pull amp Grab dans les anneacutees 1970 [158]) en eacutequations statiques en R-script qui utilise les gammes infeacuterieure et supeacuterieure deacutechantillon et la preacutevalence globale pour se transformer en une estimation preacutevues chez les enfants acircgeacutes de 2-10 ans PfPR2-10 [96] 56 Limitations dues agrave la taille de leacutechantillon La taille de leacutechantillon est inversement proportionnelle agrave la preacutevalence ougrave agrave faible taille des eacutechantillons les biais dans les estimations de la preacutevalence sont introduits en fonction de la preacutevalence reacuteelle de la population se traduisant deacutecarts-types relativement eacuteleveacutes [159] Il existe un seuil critique entre 10 et 20 individus eacutechantillonneacutes en dessous duquel les eacutecarts-types augmentent de faccedilon exponentielle dans la plupart des enquecirctes sur les infections parasitaires et la courbe commence agrave aplatir agrave partir drsquoune taille denviron 50 eacutechantillons et atteint une asymptote agrave environ 100 [160] La taille des eacutechantillons denquecircte individuels est eacutegalement importante dans le calcul des correacutelations avec les variables dendeacutemiciteacute pour veacuterifier les associations plausibles entre par exemple des preacutecipitations et la preacutevalence Au cours de seacutelection des co-variables de petits eacutechantillons impreacutecis peuvent conduire agrave loverfitting Nous avons chercheacute agrave combiner les communauteacutes agrave proximiteacute ougrave tout village comptait moins de 10 personnes eacutechantillonneacutees et ougrave les communauteacutes se situaient agrave moins de 5 km lrsquoun de lautre eacutechantillonneacutes exactement au mecircme moment par les mecircmes enquecircteurs 6 Partage et accegraves aux donneacutees Les donneacutees recueillies pour cette eacutetude font partie dune initiative plus large visant agrave aider les gouvernements nationaux en mettant agrave leur disposition des plateformes de donneacutees probantes pour les aider agrave concevoir des projets de lutte antipaludique gracircce au concours du projet INFORM [131161] soutenu par le Deacutepartement pour le deacuteveloppement international Royaume-Uni et le Wellcome Trust Les donneacutees geacuteocodeacutees sur la preacutevalence parasitaire issues des donneacutees archiveacutees publieacutees et ineacutedites donneacutees et rassembleacutees en bases de donneacutees soigneusement conserveacutees doivent ecirctre prise en charge et geacutereacutees par les services de lutte contre le paludisme au sein des ministegraveres nationaux de la santeacute Les donneacutees provenant des recherches nationales et des enquecirctes meneacutees par les ministegraveres de la santeacute sont la proprieacuteteacute des gouvernements nationaux Le plus souvent la plupart des ministegraveres de la santeacute nont pas accegraves agrave la gamme complegravete des donneacutees sur le paludisme pourtant potentiellement disponibles dans leur propre pays Le but est donc de se servir du projet INFORM pour bacirctir une appropriation des donneacutees nationales sur le paludisme et mettre toutes les donneacutees recueillies agrave la disposition des ministegraveres de la santeacute agrave travers lAfrique et aux conseillers techniques reacutegionaux de lOrganisation mondiale de la santeacute A ce titre ces gouvernements nationaux deviendront les gardiens de leurs propres donneacutees nationales et pleinement responsables de leur distribution aux scientifiques nationaux reacutegionaux et internationaux ainsi qursquoaux partenaires de controcircle

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7 Reacutefeacuterences 1 Snow RW (2014) Sixty years trying to define the malaria burden in Africa have we made any progress

BMC Medicine 12 227 2 Noor AM Kinyoki DK Mundia CW Kabaria CW Wambua JM Alegana VA Fall IS Snow RW (2014) The

changing risk of Plasmodium falciparum malaria infection in Africa 2000ndash10 a spatial and temporal analysis of transmission intensity Lancet 383 1739-1747

3 Snow RW Marsh K le Sueur D (1996) The need for maps of transmission intensity to guide malaria

control in Africa Parasitology Today 12 455ndash457 4 MARAARMA (1998) Towards an atlas of malaria risk in Africa First technical report of the

MARAARMA collaboration Durban South Africa httpsidl-bncidrccadspacebitstream10625316441114833pdf

5 Le Sueur D Binka F Lengeler C de Savigny D Teuscher T Toure Y Snow RW (1997) An atlas of malaria in

Africa Africa Health 19 23-24 6 Trape JF amp Rogier C (1996) Combating Malaria morbidity and mortality by reducing transmission

Parasitology Today 12 236-240 7 Snow RW Omumbo JA Lowe B Molyneux SM Obiero JO Palmer A Weber MW Pinder M Nahlen B

Obonyo C Newbold C Gupta S Marsh K (1997) Relation between severe malaria morbidity in children and level of Plasmodium falciparum transmission in Africa Lancet 349 1650-1654

8 Ghani AC Sutherland CJ Riley EM Drakeley CJ Griffin JT Gosling RD Filipe JAN (2009) Loss of

population levels of immunity to malaria as a result of exposure reducing interventions consequences for interpretation of disease trends PLoS One 4 e4383

9 Okiro EA Al-Taiar A Reyburn H Idro R Berkley J Nokes DJ Snow RW (2009) Age patterns of severe

paediatric malaria and their relationship to Plasmodium falciparum transmission intensity Malaria Journal 8 4

10 Carneiro I Roca-Feltrer A Griffin JT Smith L Tanner M Armstrong Schellenberg J Greenwood BM

Schellenberg D (2010) Age-patterns of malaria vary with severity transmission intensity and seasonality in sub-Saharan Africa A systematic review and pooled analysis PLoS One 5 e8988

11 Griffin JT Hollingsworth TD Reyburn H Drakeley CJ Riley EM Ghani AC (2014) Gradual acquisition of

immunity to severe malaria with increasing exposure Proceedings of the Royal Society B 282 20142657

12 Snow RW (2015) Global malaria eradication and the importance of Plasmodium falciparum

epidemiology in Africa BMC Medicine 13 23

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13 Smith T Maire N Ross A Penny M Chitnis N Schapira A Studer A Genton B Lengeler C Tediosi F de Savigny D Tanner M (2008) Towards a comprehensive simulation model of malaria epidemiology and control Parasitology 135 1507ndash1516

14 Smith DL Noor AM Hay SI Snow RW (2009) Predicting changing malaria risk after expanded

insecticide treated net coverage in Africa Trends in Parasitology 25 511ndash516 15 Griffin JT Hollingsworth D Okell LC Churcher TS White M Hinsley W Bousema T Drakeley CJ

Ferguson NM Basanez MG Ghani AC (2010) Reducing Plasmodium falciparum malaria transmission in Africa a model based evaluation of intervention strategies PLoS Medicine 7 e1000324

16 Chitnis N Schapira A Smith T Steketee R (2010) Comparing the effectiveness of malaria vector-

control interventions through a mathematical model American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 83 230ndash240

17 World Health Organization (2014) From malaria control to malaria elimination a manual for

Elimination Scenario Planning Global Malaria Programme World Health Organization Geneva April 2014

18 Gerardin J Eckhoff P Wenger EA (2015) Mass campaigns with antimalarial drugs a modelling

comparison of artemether-lumefantrine and DHA-piperaquine with and without primaquine as tools for malaria control and elimination BMC Infectious Diseases 15 144

19 Okell LC Drakeley CJ Bousema T Whitty CJM Ghani AC (2008) Modelling the impact of artemisinin

combination therapy and long-acting treatments on malaria transmission intensity PLoS Medicine 5 e226

20 Guyatt HL amp Snow RW (2001) Malaria in pregnancy as an indirect cause of infant mortality in sub-Saharan

Africa Transactions of Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 95 569-576 21 Desai M ter Kuile FO Nosten F McGready R Asamoa K Brabin B Newman R (2007) Epidemiology

and burden of malaria in pregnancy Lancet Infectious Diseases 7 93ndash104 22 van Eijk A Hill J Alegana VA Kirui V Gething PW ter Kuile F Snow RW (2011) Coverage of malaria

protection in pregnant women in sub-Saharan Africa a synthesis and analysis of national survey data Lancet Infectious Diseases 11 190-207

23 MPAC (2012) wwwwhointmalariampacsep2012mpac_mip_erg_sep2012pdf 24 MPAC (2013) wwwwhointmalariampacmpac_sep13_erg_ipt_malaria_pregnancy_reportpdf 25 Meremikwu MM Donegan S Sinclair D Esu E Oringanje C (2012) Intermittent preventive

treatment for malaria in children living in areas with seasonal transmission Cochrane Database Systematic Reviews 2 CD003756

26 Cairns M Roca-Feltrer A Garske T Wilson AL Diallo D Milligan PJ Ghani AC Greenwood BM (2012)

Estimating the potential public health impact of seasonal malaria chemoprevention in African children Nature Communications 3 881

25

27 Noor AM Kibuchi E Mitto B Coulibaly D Doumbo OK Snow RW (2015) A spatial decision support

framework for sub-national targeting of seasonal malaria chemoprevention in the Sahel Under review

28 Smith DL McKenzie FE Snow RW Hay SI (2007a) Revisiting the basic reproductive number for

malaria and its implications for malaria control PLoS Biology 5 e42 29 Hay SI Smith DL Snow RW (2008) Measuring malaria endemicity from intense to interrupted

transmission Lancet Infectious Diseases 8 369-378 30 Moonen B Cohen JM Snow RW Slutsker L Drakeley C Smith DL Abeyasinghe R Rodriguez Loacutepez

MH Maharaj R Tanner M Targett G (2010) Operational strategies to achieve and maintain malaria elimination Lancet 376 1592-1603

31 World Health Organization (2012a) Disease surveillance for malaria control Operational manual

WHO Geneva 32 World Health Organization (2012b) Disease surveillance for malaria elimination Operational manual

WHO Geneva 33 Cohen JM Moonen B Snow RW Smith DL (2010) How absolute is zero An evaluation of historical

and current definitions of malaria elimination Malaria Journal 9 213 34 Molineaux L Muir DA Spencer HC Wernsdorfer WH (1988) The epidemiology of malaria and its

measurement Malaria Principles and Practice of Malariology W Wernsdorfer and I McGregor London Churchill Livingstone 2 999-1089

35 Tusting LS Bousema T Smith DL Drakeley C (2014) Measuring changes in Plasmodium falciparum

transmission precision accuracy and costs of metrics Advances in Parasitology 84 151-208 36 Metselaar D amp van Thiel PH (1959) Classification of malaria Tropical Geographic Medicine 11 157ndash

161 37 Macdonald G amp Goumleckel GW (1964) The malaria parasite rate and interruption of transmission

Bulletin of World Health Organization 31 365ndash377 38 Lysenko AJ amp Semashko IN (1968) Geography of malaria A medico-geographic profile of an ancient

disease In Lebedew AW ed Itogi Nauki Medicinskaja Geografija Moscow USSR Academy of Sciences pp 25ndash146

39 Macdonald G (1957) The epidemiology and control of malaria Oxford University Press 40 Pampana E (1969) A textbook on malaria eradication Oxford Oxford University Press 41 Pull JH (1972) Malaria surveillance methods their uses and limitations American Journal of Tropical

Medicine amp Hygiene 21 651-657

26

42 World Health Organization (1950) Report on the malaria conference in equatorial Africa Held under the joint auspices of the World Health Organization and of the commission for technical co-operation in Africa south of the Sahara Kampala Uganda 27 Novemberndash9 December 1950

43 Yekutiel P (1960) Problems of epidemiology in malaria eradication Bulletin of the World Health

Organization 22 669-683 44 Macdonald G (1952) The analysis of equilibrium in malaria Tropical Diseases Bulletin 49 813-1129 45 Hay SI Guerra CA Gething PW Patil AP Tatem AJ Noor AM Kabaria CW Manh BH Elyazar IRF

Brooker S Smith DL Moyeed RA Snow RW (2009) A world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2007 PLoS Medicine 6 e1000048

46 Gething PW Patil AP Smith DL Guerra CA Elyazar IRF Johnston GL Tatem AJ Hay SI (2011) A new

world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2010 Malaria Journal 10 378 47 Snow RW Amratia P Kabaria CW Noor AM Marsh K (2012) The changing limits and incidence of

malaria in Africa 1939-2009 Advances in Parasitology 78 169-262 48 Black RH (1968) Manual of epidemiology and epidemiological services in malaria programmes World

Health Organization Geneva 49 Ray AP amp Beljaev AE (1984) Epidemiological surveillance a tool for assessment of malaria and its

control Journal of Communicable Disease 16 197ndash207 50 Omumbo JA Noor AM Fall IS Snow RW (2013) How well are malaria maps used to design and

finance malaria control in Africa PLoS One 8 e53198 51 Alegana VA Atkinson PM Wright JA Kamwi R Kakokele S Snow RW Noor AM (2013) Estimation of

malaria incidence in northern Namibia in 2009 using Bayesian Conditional-Autoregressive Spatial-Temporal Models Spatial amp Spatial Temporal Epidemiology 7 25-36

52 Bennett A Yukich J Miller JM Vounatsou P Hamainza B Ingwe MI Moonga HB Kamuliwo M Keating

J Smith TA Steketee RW Eisele TP (2014) A methodological framework for the improved use of routine health system data to evaluate national malaria control programs evidence from Zambia Population amp Health Metrics 12 30

53 Moonasar D Morris N Kleinschmidt I Maharaj R Raman J Mayet NT Benson FG Durrheim DN

Blumberg L (2013) What will move malaria control to elimination in South Africa South African Medical Journal 103 (10 Suppl 2) 801-806

54 Cohen JM Dlamini S Novotny JM Kandula D Kunene S Tatem AJ (2013) Rapid case-based mapping

of seasonal malaria transmission risk for strategic elimination planning in Swaziland Malaria Journal 12 61

55 Zanzibar Malaria Control Programme (2011) Zanzibar Malaria Performance Review September 2011

ZMCP Ministry of Health Revolutionary Government of Zanzibar

27

56 Ministry of Health [Cape Verde] World Health Organization and the University of California San Francisco (2012) Eliminating malaria Moving towards sustainable elimination in Cape Verde Geneva The World Health Organization httpappswhointirisbitstream106657584919789241504386_engpdfua=1

57 Littrell M Sow GD Ngom A Ba M Mboup BM Dieye Y Mutombo B Earle D Steketee RW (2013)

Case investigation and reactive case detection for malaria elimination in northern Senegal Malaria Journal 12 331

58 Thiroux D A amp DAnfreville D L (1908) Le paludisme au Seacuteneacutegal pendant les anneacutees 1905-1906

Gouvernement General de lAfrique Occidentale Francaise Laboratorie de bacteriologie de Saint-Louis Published Libraire JB Bailliere et Fils Paris 1908

59 Government General de LAlgeacuterie (1908) Campagne Antipaludique de 1908 unpublished document

available in Wellcome Library Euston Road London UK FX134AA9 60 Government of Gold Coast (1914) Medical amp Sanitary Report for the year 1913 Waterlow amp Sons

London 61 Mansfield-Aders W (1927) Notes on malaria and filariasis in the Zanzibar Protectorate Transactions

of the Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 30 207-214 62 Colony of Mauritius (1923-1925) Annual Reports on the Medical and Health Department 63 Swaroop S Gilroy AB Uemura K (1966) Statistical methods in malaria eradication Monograph Series

of World Health Organization 51 164 64 Barber MA amp Rice JB (1937) A survey of malaria in Egypt American Journal of Tropical Medicine amp

Hygiene 17 413-436 65 De Meira MT Simotildees TS Pinto Nogueira JF (1948) Observaccedilotildees sobre sezonismo nas ilhas do Sal Boa

Vista e S Nicolau (Cabo Verde) Anais do Instituto de Medicina Tropical 3 213-237 66 Young MD amp Johnson TH (1949) A malaria survey of Liberia Journal of National Malaria Society 8

247-266 67 De Meillon B (1951) Malaria survey of South-West Africa Bulletin of the World Health Organization

4 333ndash417 68 Houel G amp Donadille F (1953) Vingt ans de lutte antipaludique au Maroc Bulletin de lrsquoInstitut

drsquoHygiene du Maroc 13 3-51 69 Soeiro A (1952) O sezonismo em Moccedilambique contribuiccedilatildeo para o estudo epidemioloacutegico Anais do

Instituto de Medicina Tropical 9 343-389 70 Soeiro A (1959) Relactoacuterio da actividade do Instituto de Investigaccedilatildeo Meacutedica de Moccedilambique em

1958 e plano de trabalhos para o ano de 1960 Anais Intstituto de Higiene e Medicina Tropical 16 573-611

28

71 Bernard PM (1954) Trois ans de lutte antipaludique agrave Madagascar Bulletin de Madagascar

Publication Mensuelle du Service General Drsquoinformation du Haut-Commissariat no 96 72 Cambournac FJC Gandara AF Pena AJ Teixeira EWLG (1955) Subsidios para o inquerito malariologico

em Angola Anais do Instituto de Medicina Tropical 12 121-153 73 Anon (1954) Campagne antipaludique au Dahomey Map found in Benin box in WHO Archives

Geneva August 2012 74 Languillon J (1957) Carte eacutepideacutemiologique du paludisme au Cameroun Bulletin de la Socieacuteteacute de

Pathologie Exotique 50 585 - 600 75 Alves W (1958) Malaria parasite rates in Southern Rhodesia May-September 1956 Bulletin of the

World Health Organization 19 69-74 76 Lariviere M Hocquet P Abonnenc E (1961) Reacutesultats drsquoune enquecircte palustre dans la reacutepublique du

Seacuteneacutegal Indices plasmodiques chez les enfants en milieu rural Bulletin de la Socieacuteteacute Meacutedicale drsquoAfrique Noire de Langue Franccedilaise 6 386-403

77 Wernsdorfer G amp Wernsdorfer W (1967) Malaria in the middle Nile basin and its bordering regions Z

Tropenmed Parasitol 18 17-44 78 Rishikesh N amp Fahmy Y (1961) Quarterly report April-June 1961 Republic of Somalia pre-eradication

survey World Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 79 Rishikesh N Payne D Fahmy Y (1961) Quarterly report for the period January-March 1961 World

Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 80 Bechuanaland Protectorate (1958-1963) Annual Medical and Sanitary Reports for the Protectorate for

the years 1958-1963 Government Printers Gaborone 81 Craig MH Sharp BL Mabaso MLH Kleinschmidt I (2007) Developing a spatial-statistical model and

map of historical malaria prevalence in Botswana using a staged variable selection procedure International Journal of Health Geographics 6 44

82 Cano VI (1971) Deacuteveloppement des services de santeacute de base (Paludisme) World Health

Organization AFRMAL112 83 Barbie Y amp Timbila R (1964) Notes sur le paludisme en Reacutepublique Islamique de Mauritanie Medicine

Tropicale 24 427-435 84 Khromov A amp Privault R (1965) Programme du pre-eradication du paludisme Rapport trimestriel 4th

trimestre 1965 (Sep-Oct-Nov) WHO Mauritanie World Health Organization Unpublished document WHO Archives Geneva

85 Beltran O (1966) Malaria pre-eradication project Sierra Leone-19 fourth quarterly field report

October - December 1966 Government of Sierra Leone amp World Health Organization

29

86 Guy Y amp Gassabi R (1967) Les perspectives de leacuteradication du paludisme en Algeacuterie Archives de

LInstitut Pastuer DAlgerie 45 72-88 87 Chand D Garzen JB Bahar R Rishikesh N (1964) Malaria Eradication Service Ethiopia 14 (c) Quarterly

Report 1 October to 31 December 1964 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

88 Chand D Garzon JB Bahar R Rishiskesh N (1965) Quarterly report covering period 1 October to 31

December 1964 Project Ethiopia 0014 dated 9th february 1965 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

89 Onori E (1967) Distribution of Plasmodium ovale in the Eastern Western and Northern regions of

Uganda Bulletin of the World Health Organization 37 665-668 90 Wenlock (1978) The incidence of Plasmodium parasites in rural Zambia East African Medical Journal

55 268-276 91 Escudie A amp Hamon J (1961) Paludisme en Afrique Occidentale dexpression Franccedilaise Medicine

Tropicale 21 661-687 92 RBM-MERG - httpwwwrbmwhointmechanismsmerghtml 93 Corsi DJ Neuman M Finlay JE Subramanian SV (2012) Demographic and health surveys a profile

International Journal of Epidemiology 41 1602-1613 94 Measure httpwwwmeasuredhscomData 95 UNICEF httpwwwuniceforgstatisticsindex_24302html 96 Smith DL Guerra CA Snow RW Hay SI (2007b) Standardizing estimates of malaria prevalence

Malaria Journal 6 131 97 Brooker S Kolaczinski JH Gitonga CW Noor AM Snow RW (2009) The use of schools for malaria

surveillance and programme evaluation in Africa Malaria Journal 8 231 98 Stevenson JC Stresman GH Gitonga CW Gillig J Owaga C Marube E Odongo W Okoth A China P

Oriango R Brooker SJ Bousema T Drakeley C Cox J (2013) Reliability of school surveys in estimating geographic variation in malaria transmission in the western Kenyan highlands PLoS One 8 e77641

99 De Zulueta J Kafuko GW Cullen JR (1963) An investigation of the annual cycle of malaria in Masaka

district (Uganda) East African Medical Journal 40 469-488 100 Najera JA Shidrawi GR Gibson FD Stafford JS (1967) A large-scale field trial of Malathion as an

insecticide for antimalarial work in Southern Uganda Bulletin of the World Health Organization 36 913-935

30

101 Storey J (1972) A review of malaria work in Sierra Leone 1900 to 1964 West African Medical Journal 27 57-68

102 Gitonga CW Karanja PN Kihara J Mwjame M Juma E Snow RW Noor AM Brooker S (2010)

Implementing school malaria surveys in Kenya towards a nationwide surveillance system Malaria Journal 9 306

103 Gitonga CW Edwards T Karanja PN Noor AM Snow RW Brooker S (2012) Plasmodium infection

anaemia and mosquito net use among school children across different settings in Kenya Tropical Medicine amp International Health 17 858ndash870

104 Houngbedji CA N Dri PB Huumlrlimann E Yapi RB Silueacute KD Soro G Koudou BG Acka CA Assi S

Vounatsou P N Goran EK Fantodji A Utzinger J Raso G (2015) Disparities of Plasmodium falciparum infection malaria-related morbidity and access to malaria prevention and treatment among school-aged children a national cross-sectional survey in Cote dIvoire Malaria Journal 14 7

105 Ashton R Kefyalew T Tesfaye G Pullan R Yadeta D Reithinger R Kolaczinski J Brooker S (2010)

School-based surveys of malaria in Oromia Regional State Ethiopia towards a map of malaria risk Federal Ministry of Health Ethiopia

106 Takem EN Affara M Amambua-Ngwa A Okebe J Ceesay SJ Jawara M Oriero E Nwakanma D

Pinder M Clifford C Taal M Sowe M Suso P Mendy A Mbaye A Drakeley C DAlessandro U (2013) Detecting foci of malaria transmission with school surveys A pilot study in The Gambia PLoS One 8 e67108

107 Clarke SE Roschnik N Rouhani S Diarra S Bamadio M Sacko M Traore D Ly AB Gaye O Sembene

M Fall FB (2012) Malaria in school children under a new policy of universal coverage of nets Recent data from Mali and Senegal American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 Supplement 5 abstract 1466

108 Kabatereine NB Standley CJ Sousa-Fugueiredo JC Fleming RM Stothard JR Talisuna A Fenwick A

(2011) Integrated prevalence mapping of schistosomiasis soil-transmitted helminthiasis and malaria in lakeside and island communities in Lake Victoria Uganda Parasites amp Vectors 4 232

109 Emerson PM Ngondi J Biru E Graves PM Ejigsemahu Y Gebre T Endeshaw T Genet A Mosher

AW Zerihun M Messele A Richards FO (2008) Integrating an NTD with one of lsquolsquoThe Big Threersquorsquo Combined malaria and trachoma survey in Amhara Region of Ethiopia PLoS Neglected Tropical Diseases 2 e197

110 Noor AM Alegana VA Patil AP Moloney G Borle M Ahmed F Yousef F Amran J Snow RW (2012)

Mapping the receptivity of malaria risk to plan the future of control in Somalia British Medical Journal Open Access 2 e001160

111 Boyd MF (1949) Malariology A comprehensive review of all aspects of this group of diseases from a

global standpoint Volume II WB Saunders Company Philadelphia and London

31

112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

5

pour trier les autres classes dendeacutemiciteacute En tant que telle elle est geacuteneacuteralement consideacutereacutee comme un eacutetat ougrave PfPR2-10 est ge 75 Fait plus important encore ces classifications ont conserveacute une valeur qualitative dans les descriptions nationales de lintensiteacute de la transmission depuis plus de 60 ans 22 Mesurer le risque lorsque la preacutevalence est faible et lutilisation de donneacutees de cas courants Lrsquooptimisation et lrsquoopeacuterationnalisation des deacutefinitions de lintensiteacute de transmission du paludisme ont reacutecemment eacuteteacute revues pour fournir des paramegravetres permettant drsquoaider agrave la prise de deacutecisions sur le moment ougrave des pays ou des reacutegions au sein des pays pourraient deacutecider deacutelaborer un programme deacuteradication [33] Le paludisme controcircleacute agrave faible endeacutemie a eacuteteacute proposeacutee comme un eacutetat ougrave les interventions auraient pu reacuteduire le taux parasitaire moyen dans un eacutechantillon repreacutesentatif au niveau national en dessous de 1 au cours de la saison de transmission de pointe tandis que les niveaux de preacutevalence dans les sous-populations restent infeacuterieurs agrave un seuil plus eacuteleveacute (par exemple infeacuterieure agrave une preacutevalence de 5) pour permettre une heacuteteacuterogeacuteneacuteiteacute dans endeacutemiciteacute causeacutee par la transmission focale Etant donneacute que la composante laquocontrocircleacuteeraquo de cette deacutefinition ne concerne pas une reacutegion dans laquelle la transmission du paludisme eacutetait toujours historiquement faible cela se distingue du paludisme agrave faible endeacutemie [33] En tant que tel il y a de plus en plus drsquoadaptations de la classification hypo-endeacutemique pour inclure des zones deacutefinies par un PfPR2-10 de lt1 et de lt5 [2] Il existe eacutegalement un facteur deacutechantillonnage pratique lorsque lintensiteacute de transmission devient tregraves faible ou instable Cela exige des enquecirctes communautaires de plus en plus grandes et plus reacutepeacuteteacutees afin de fournir des estimations avec une preacutecision fiable Dans cet eacutetat de transition la deacutecision quant agrave savoir srsquoil faut abandonner les enquecirctes communautaires en faveur des enquecirctes de deacutepistage passif etou actif et de preacutevalence de drsquoinfection par la fiegravevre doivent ecirctre faites Ceci a eacuteteacute deacutefini sur le plan opeacuterationnel au cours du GMEP laquoToutefois aussi tocirct que le volume geacuteneacuteral du paludisme a eacuteteacute reacuteduit dans une mesure consideacuterable les indices fournis par les enquecirctes paludomeacutetriques ne seront plus suffisamment sensibles pour mesurer de nouveaux progregraves Lanalyse des donneacutees deacutevaluation des programmes deacuteradication ainsi que des observations plus eacutetroites dans le domaine ont montreacute qursquoon atteint le point ougrave les enquecirctes paludomeacutetriques cessent decirctre suffisamment sensibles lorsque le taux de parasites chute agrave un niveau compris entre 1 et 3 [43] raquo Les termes transmission laquo stable raquo et laquo instable raquo sont largement utiliseacutes mais rarement quantifieacutee Cette distinction est importante car la transition vers les eacutetats instables implique une transition vers leacuteradication La classification laquo stable-instable raquo a eacuteteacute introduite en paludologie par Sir Ronald Ross [Ross 1916] et adapteacutee par George Macdonald pour mesurer lendeacutemiciteacute du paludisme ougrave la stabiliteacute a eacuteteacute deacutefinie quantitativement par le nombre moyen de piqures quun moustique effectue chez un homme au cours de sa vie [3944] Lindice de stabiliteacute cependant exige des donneacutees entomologiques deacutetailleacutees qui sont rarement disponibles Qualitativement le paludisme stable se reacutefegravere agrave des situations relativement insensibles aux changements environnementaux naturels et artificiels Le paludisme instable se trouve dans des zones tregraves sensibles aux accidents climatiques exceptionnels se precircte facilement agrave leacuteradication

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et preacutevaut souvent dans des zones dariditeacute extrecircme ougrave les changements brusques des preacutecipitations habituelles peuvent conduire agrave des eacutepideacutemies Lindice de veacutegeacutetation ameacutelioreacute (EVI) deacuteriveacutee de limagerie du capteur MODerate-resolution Imaging Spectroradiometer (Radiomegravetre spectral pour imagerie de reacutesolution moyenne) (MODIS) a eacuteteacute utiliseacute pour deacutelimiter les zones soumises agrave lariditeacute extrecircme et donc potentiellement des zones de transmission instable du paludisme [245-47] Cependant limagerie par satellite EVI fournit une visualisation strieacutee de lariditeacute agrave travers le Mali le Niger et le Tchad (en fonction de la qualiteacute de limagerie) Malgreacute une illusion de preacutecision pour la transmission du paludisme instable cela na jamais eacuteteacute valideacute par des donneacutees empiriques sur lincidence clinique ou la preacutevalence Nous avons donc eacuteviteacute lutilisation de lindice de veacutegeacutetation ameacutelioreacute dans les deacutefinitions ulteacuterieures de la transmission du paludisme instable Une deacutefinition plus preacutecise du paludisme laquoinstableraquo est baseacutee sur les cas dincidence La mesure de lincidence du paludisme exige que tous les cas soupccedilonneacutes du paludisme soient diagnostiqueacutes gracircce agrave un systegraveme de surveillance complet comprenant le deacutepistage passif des cas (DPC) par lexamen parasitologique des personnes soupccedilonneacutees geacuteneacuteralement des cas feacutebriles preacutesentant les services sanitaires compleacuteteacutees par le deacutepistage actif des cas (DAC) les deacutepistages des cas de fiegravevre effectueacutes par des visites agrave domicile agrave intervalles reacuteguliers [34404341] Les reacutesultats sont geacuteneacuteralement exprimeacutes sous forme drsquoincidence parasitaire annuelle (IPA) pour tous les 1 000 habitants au sein de lensemble de la population des zones administratives pour lesquelles il est repreacutesentatif Au cours du GMEP lIPA neacutetait consideacutereacutee valable que si le taux dexamen sanguin annuel (TESA) la proportion de la population cible examineacutee deacutepassait 10 [4048] Lautre meacutetrique souvent preacutesenteacute est le taux de positiviteacute des lames (TPL) Ces indices de surveillance sont relieacutes comme suit API = (ABER SPR) 10a [49] Au cours des derniegraveres activiteacutes de cartographie aux niveaux mondial [45] et reacutegional [247] on a preacutefeacutereacute utiliser une valeur tregraves conservatrice de cas dincidence de lt1 cas pour 10 000 habitants Bien que cela reconnaisse les difficulteacutes agrave mesurer lincidence de cas il suppose que lidentification des cas gracircce agrave des systegravemes routiniers continue agrave ecirctre aussi faible comme cela a eacuteteacute le cas au cours des deux derniegraveres deacutecennies Des systegravemes dinformations sanitaires et les taux de cas de parasites confirmeacutes srsquoameacuteliorent agrave travers lAfrique Le deacutefi agrave preacutesent est de faire en sorte que soit faite la meilleure utilisation possible de ces donneacutees conformeacutement agrave la deacutefinition de lrsquoOMS de preacute-eacuteradication accepteacutee qui est de lt1 cas pour 1 000 [17 31 32] personnes ougrave cela peut ecirctre enregistreacutee en toute confiance ou des donneacutees partiellement incomplegravetes provenant des systegravemes de santeacute utiliseacutees par la majoriteacute de la population peuvent ecirctre efficacement spatialement modeacuteliseacutees Lors de nombreuses demandes de financement de leacutetranger des strateacutegies nationales de lutte contre le paludisme ou des examens de programmes de lutte contre le paludisme les incidences

a La division par dix est neacutecessaire parce que lrsquoAPI est exprimeacute par tranches de 1000 et les autres termes par tranches de 100

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ou le nombre de cas signaleacutes par les systegravemes dinformation de santeacute de routine (SIS) sont de plus en plus preacutesenteacutes dans les cartographies agrave travers lAfrique subsaharienne notamment au Beacutenin au Botswana au Burkina Faso au Congo en Cocircte dIvoire en Erythreacutee en Guineacutee Bissau au Malawi en Mauritanie au Mozambique agrave Sao Tomeacute-et-Principe au Seacuteneacutegal au Togo agrave Zanzibar et au Zimbabwe [50] Ces donneacutees sont incomplegravetes et ne reflegravetent pas toujours les cas confirmeacutes parasitologiquement Neacuteanmoins ces exemples mettent en eacutevidence lrsquointeacuterecirct croissant dans lapplication des donneacutees de cas de paludisme de routine agrave la stratification et cartographie du risque de paludisme Des donneacutees imparfaites et incomplegravetes sur le paludisme ont reacutecemment eacuteteacute modeacuteliseacutees agrave lrsquoaide des meacutethodes geacuteostatistiques avanceacutees pour en faciliter lutilisation des donneacutees mensuelles incomplegravetes et les emplacements des eacutetablissements de santeacute geacuteocodeacutees en Namibie [51] et en Zambie [52] Ces nouvelles approches pour le traitement des donneacutees incomplegravetes de routine en combinaison avec des capaciteacutes de diagnostic redimensionneacutees offre de nouvelles possibiliteacutes inteacuteressantes pour modeacuteliser le cas dincidence ougrave la plupart des fiegravevres cherchent un traitement dans les secteurs formels et la plupart des fiegravevres sont parasitologique confirmeacutees Pour les pays ou zones se trouvant agrave linteacuterieur des pays cherchant agrave parvenir agrave eacuteradiquer le paludisme en Afrique des combinaisons de PCD et ACD avec deacutepistage des cas sont deacutejagrave en cours en Afrique du Sud [53] au Swaziland [54] agrave Zanzibar [55] au Cap-Vert [56] et dans les districts limitrophes du fleuve Seacuteneacutegal au Seacuteneacutegal [57] Le passage du controcircle agrave la preacute-eacuteradication est un continuum Par conseacutequent les mesures utiliseacutees pour deacutefinir ces paramegravetres doivent ecirctre refleacuteteacutees par des combinaisons de mesures en fonction de la disponibiliteacute et de la qualiteacute des donneacutees nationales Lorsquil ny a pas de systegravemes dinformation de santeacute fiables et lagrave ougrave la preacutevalence parasitaire reste eacuteleveacute il est fondamental dutiliser la preacutevalence dinfection agrave base communautaire comme indicateur de risque Lorsque leacuteradication est un objectif preacutedeacutefini la deacutetection de toutes les infections plutocirct que de tous les eacuteveacutenements pathologiques devient une prioriteacute Toutes les meacutetriques de risque doivent permettre de stratifier les reacutegions geacuteographiques avec une preacutecision adeacutequate Ces stratifications devraient permettre drsquoeacutetablir un lien quant agrave ce qui est neacutecessaire pour deacuteplacer une reacutegion plus loin dans le continuum vers le deacutefi ultime de leacuteradication Il ny a pas de lignes directrices deacutefinitives pour ce qui peut ecirctre mesureacute et sur les critegraveres neacutecessaires pour entamer lrsquoadaptation des strateacutegies de controcircle Nous travaillons en eacutetroite collaboration avec lOMS pour veiller agrave ce que cela soit plus clair dans un proche avenir 3 Lhistoire des enquecirctes parasitaires nationales en Afrique Certaines des enquecirctes nationales plus anciennes en matiegravere de preacutevalence de linfection ont eacuteteacute entreprises au Seacuteneacutegal en 1905-1906 [58] en Algeacuterie en 1908 [59] au Ghana en 1913 [60] agrave Zanzibar en 1923-1926 [61] et agrave lrsquoicircle Maurice entre 1923 et 1925 [62] Les enquecirctes parasitaires nationales ont eacuteteacute recommandeacutees agrave travers lAfrique pendant les phases preacuteparatoires et les phases dattaque de leacuteradication du paludisme dans le cadre du Projet GMEP [40 43 48] Celles-ci eacutetaient fondeacutees sur des meacutethodes deacutechantillonnage statistique pour permettre une

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plus grande preacutecision de preacutevalence de chaque communauteacute en fonction des niveaux de preacutevalence attendus [63] Des exemples de ces enquecirctes nationales srsquoeacutetendent sur 30 ans de preacuteparation pour le controcircle du paludisme en Afrique y compris les enquecirctes meneacutees avant la Confeacuterence de Kampala en Egypte en 1936 [64] au Cap-Vert en 1946 [65] au Libeacuteria en 1948 [66] et en Namibie en 1950 [67] et apregraves la Confeacuterence de Kampala au Maroc en 1951-1953 [68] au Mozambique 1952 [6970] agrave Madagascar entre 1952 et 1953 [71] en Angola 1953 [72] au Beacutenin 1954 [73] au Cameroun en 1954 [74] au Zimbabwe en 1956 [75] au Seacuteneacutegal en 1960 [76] au Soudan en 1961-1963 [77] en Somalie entre 1960 et 1961 [7879] au Botswana en 1962 [8081] au Togo entre 1962 et 1964 [82] en Mauritanie entre 1963 et 1965 [8384] en Sierra Leone entre 1963 et 1966 [85] en Algeacuterie entre 1964 et 1965 [86] en Ethiopie entre 1964 et 1965 [8788] en Ouganda entre 1965 et 1967 [89] et en Zambie entre 1969 et 1972 [90] Des exemples de repreacutesentations dessineacutees agrave la main de ces donneacutees denquecirctes nationales sont preacutesenteacutes dans le scheacutema 2 Scheacutema 2 Exemples denquecirctes nationales sur la preacutevalence du paludisme pendant legravere du GMEP a) au Seacuteneacutegal [76] b) en Ouganda [89] c) en Angola [72] d) au Mozambique [70] e) au Soudan [77] f) au Cameroun [74]

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Au deacutebut le Centre Muraz baseacute agrave Bobo Dioullaso au Burkina Faso faisait office du siegravege sous reacutegional du Service Geacuteneacuteral dHygiegravene et de Prophylaxie (SGHMP) qui fournissait des preacuteconisations meacutedicales et sanitaires ainsi que la recherche pour les pays qui constituaient la Feacutedeacuteration des pays de lrsquoAfrique occidentale Franccedilaise (AOF) En 1955 des enquecirctes aupregraves des meacutenages de grande ampleur ont eacuteteacute entreprises depuis le Centre Muraz agrave travers la sous-reacutegion pour eacutetablir la preacutevalence du pian et de la syphilis Le chef de la section de lutte contre le paludisme le commandant docteur Choumara a suggeacutereacute qursquoon pourrait inclure des enquecirctes compleacutementaires sur le paludisme sans occasionner des coucircts suppleacutementaires et sans retarder le travail de leacutequipe de Treacuteponeacutematoses Au cours des anneacutees suivantes les premiegraveres cartographies sous-reacutegionales de la preacutevalence empirique du paludisme ont eacuteteacute eacutelaboreacutees [91] (scheacutema 3) Scheacutema 3 Reacutesultats des enquecirctes paludomeacutetriques sous-reacutegionales meneacutees dans le cadre drsquoenquecirctes de treacuteponegraveme en milieu et agrave la fin des anneacutees 1950 par le Centre Muraz agrave travers lrsquoAOF [91]

Pendant les efforts deacuteradication un certain nombre de pays ont maintenu des enquecirctes communautaires parasitologiques eacutetendues mais pour la majoriteacute des pays dAfrique sub-saharienne les enquecirctes nationales dinfections paludiques aupregraves des meacutenages ont eacuteteacute abandonneacutees En 2005 cinq ans apregraves le lancement de linitiative Roll Back Malaria il a eacuteteacute reconnu quil eacutetait important de ressusciter des enquecirctes nationales des meacutenages sur la preacutevalence de linfection en tant que moyen pour permettre de suivre les progregraves au niveau des pays [9293] Les trois principaux veacutehicules denquecircte pour recueillir les donneacutees nationales contemporaines de

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preacutevalence parasitaires eacutetaient les modules de paludisme de lrsquoEnquecircte deacutemographique et de santeacute geacutereacutes par le programme ameacutericain MESURE-ICF [94] les Enquecirctes en grappes agrave indicateurs multiples geacutereacutees par lUNICEF [95] et les EIP autonomes geacutereacutees par les programmes nationaux de lutte contre le paludisme et leurs partenaires de drsquoenquecircte Ces enquecirctes sont effectueacutees avec un accent sur le suivi des eacutevolutions dans la couverture dintervention et du taux de mortaliteacute des enfants de moins de cinq ans dans le premier niveau des zones administratives (province Eacutetat Gouvernorat etc) Lrsquoeacutechantillonnage national stratifieacute et pondeacutereacute selon la population ne se fonde pas sur la preacutecision autour de la preacutevalence du paludisme Lune des conseacutequences est que les uniteacutes primaires deacutechantillonnage qui en deacutecoulent ne repreacutesentent qursquoun tregraves petit nombre dindividus eacutechantillonneacutes pour linfection par le paludisme Ceci est une distinction importante entre les enquecirctes nationales sur le paludisme meneacutees au cours de legravere du Projet GMEP qui ont eacuteteacute conccedilues sur la base de leur capaciteacute agrave deacutefinir la preacutevalence dinfection [63] Les enquecirctes nationales actuelles comprennent des combinaisons de meacutethodes de deacutepistage des parasites dans diffeacuterents tranches dacircge en fonction de lenquecircte nationale Cependant la majoriteacute se focalise uniquement sur les enfants acircgeacutes drsquoentre 6 mois agrave cinq ans ce qui constitue une tranche dacircge moins informative en termes de preacutevalence dinfection par rapport aux enquecirctes comprenant une fourchette dacircge denfance beaucoup plus eacutetendue [96] et qui repeacutesente une autre rupture par rapport aux enquecirctes nationales meneacutees entre les anneacutees 1950 et 1960 qui eacutetaient axeacutees sur les enfants de moins de 10 ou de moins de 15 ans ou qui ont pris en consideacuteration tous les membres du meacutenage Malgreacute ces limites il y a eu une augmentation importante de donneacutees empiriques sur la preacutevalence dinfection par le paludisme en Afrique par rapport agrave ce qui eacutetait disponible dans une vaste zone geacuteographique depuis plus de 40 ans Depuis 2006 les enquecirctes nationales sur le parasites du paludisme ont eacuteteacute entreprises en Angola (2006 et 2011) au Botswana (2012) au Beacutenin (2012) au Burkina Faso (2010 et 2014) au Burundi (2012) au Cameroun (2011) au Tchad (2011) aux Comores (2010b) en Cocircte dIvoire (2012) en Reacutepublique deacutemocratique du Congo (2011b) aux Comores (2010b) en Cocircte dIvoire (2012) en Reacutepublique deacutemocratique du Congo (DRC) (2009 et 201314) au Djibouti (2009b) en Guineacutee eacutequatoriale (2007 and 201011b) en Erythreacutee (2002 et 2012b) en Ethiopie (2006 2007 et 2011b) au Gabon (2007 adultes uniquementb) en Gambie (2008b 2010b 2013b et 2015b) Ghana (2011 and 2014) Guineacutee (2012 and 201415) Guineacutee Bissau (200809b) Kenya (2007b 2010b et 2015b) au Liberia (2009 et 2011) agrave Madagascar (2011 and 2013) au Malawi (2000 2009 2012 et 2014) au Mali (2010) Mozambique (2002a 2007a et 2011) en Namibie (2009a) au Nigeria (2010) au Rwanda (2007 et 201011) au Seacuteneacutegal (20089 201011 201213 et 201314) en Sierra Leone (2013) en Somalie (2005b et 2014b) au Sud-Soudan (2009b et 2013b) au Soudan (2005b 2009b et 2012b) au Swaziland (2010b) en Tanzanie (20078 et 201112) au Togo (201314) en Ouganda (2009 et 201415) en Zambie (2006b 2008b 2010b et 2012a) agrave Zanzibar (2007 2010 et 201112) et au Zimbabwe (2009 et 2012)

b Donneacutees mises agrave la disposition de lrsquoeacutequipe drsquoINFORM par les programmes nationaux de lute contre le paludisme sans permission pour de partager avec des tiers

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Suivant une augmentation des enquecirctes communautaires sur la preacutevalence drsquoinfection il y a eu une renaissance dans les enquecirctes drsquoeacutecoliers Cette fourchette dacircge fournit une gamme plus optimale pour les recherches sur la preacutevalence dinfection Lagrave ougrave la freacutequentation scolaire est eacuteleveacutee et ougrave lintensiteacute de transmission est stable cette approche consistant agrave mesurer lexposition communautaire aux parasites est moins coucircteuse et exige moins de main-dœuvre que leacutechantillonnage communautaire [9798] Lutilisation de la preacutevalence de linfection chez les eacutecoliers pour suivre les progregraves et limpact de la lutte contre le paludisme et son eacutelimination nrsquoest pas nouvelle Les enquecirctes scolaires ont eacuteteacute entreprises dans le cadre de la surveillance en Rhodeacutesie du Sud (aujourdhui appeleacute le Zimbabwe) [75] au Bechuanaland (aujourdhui appeleacute la Reacutepublique du Botswana) [80] en Ouganda [99 100] en icircle Maurice [62] et en Sierra Leone [101] Au Kenya les enquecirctes sur le paludisme dans les eacutecoles ont eacuteteacute reacuteguliegraverement effectueacutees dans le cadre de la surveillance paludique par la Division des maladies agrave transmission vectorielle (DMTV) depuis sa creacuteation dans les anneacutees 1940 jusquau deacutebut des anneacutees 1990 anneacutee ougrave ces enquecirctes ont eacuteteacute abandonneacutees en raison du manque de fonds [DMTV donneacutees non publieacutees] Des enquecirctes nationales reacutecentes en milieu scolaire ont eacuteteacute restaureacutees au Kenya [102103] en Cocircte dIvoire [104] en Ethiopie [105] en Gambie [106] au Mali [107] en Tanzanie [F Molteni communication personnelle] au Mozambique et au Malawi [Natalie Roschnik communication personnelle] et en Ouganda [108] Le co-eacutechantillonnage a eacuteteacute proposeacute au cours des enquecirctes sanitaires plus eacutetendues dans les anneacutees 1950 pour la lutte contre les treacuteponegravemes et le paludisme [91] ainsi qursquoau cours des enquecirctes nutritionnelles meneacutees en Zambie [90] Reacutecemment les opportuniteacutes partageacutees dont les enquecirctes sur le paludisme meneacutees dans le cadre dautres enquecirctes sanitaires ont eacuteteacute revues notamment le deacutepistage des maladies tropicales neacutegligeacutees [109] ou des enquecirctes nutritionnelles offrant ainsi des possibiliteacutes drsquointeacutegrer des diagnostics du paludisme En Somalie par exemple nous avons travailleacute avec lUniteacute danalyse de la nutrition et de la seacutecuriteacute alimentaire (FSNAU) de lOrganisation pour lalimentation et lagriculture en Somalie de faccedilon agrave inclure des diagnostics rapide du paludisme au cours du deacutepistage des problegravemes nutritionnels au sein des communauteacutes entre 2007 et 2011 [110] 4 Recueil des donneacutees denquecirctes sur la preacutevalence parasitaire Comme nous lavons indiqueacute plus haut il y a eu deux grandes pousseacutees dinteacuterecirct dans les enquecirctes nationales sur la preacutevalence parasitaire toutes les deux gravitant autour des initiatives mondiales pour controcircler et eacuteliminer le paludisme meneacutees par lOMS Cependant il y a eu de nombreuses enquecirctes de terrain sous-nationales et individuelles sur la preacutevalence de lrsquoinfection paludique agrave travers le continent depuis le deacutebut des anneacutees 1900 Le processus didentification de ces donneacutees denquecirctes fut long et ardu la prise en charge vers 20 ans Cette section deacutecrit le processus lextraction de donneacutees et lexhaustiviteacute de ce processus de recherche de donneacutees

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41 Contexte de strateacutegies de recherche de donneacutees Les principes de base de la recherche dinformation sur la preacutevalence dinfection paludique en Afrique ont eacuteteacute rassembleacutes dans le projet de collaboration appeleacute Cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) [4] Cette collaboration a eacuteteacute eacutetendue en 2005 dans le cadre du Projet Malaria Atlas (MAP) (Atlas du risque de paludisme en Afrique [Guerra et al 2007] Ces deux projets provisoires de recueil de donneacutees mettent en eacutevidence un aspect important de la localisation des informations paludomeacutetriques en Afrique dont la plupart proviennent de sources ineacutedites Cela nrsquoaurait pour autant pas surpris les paludologues qui travaillaient en Afrique il y a plus de cinquante ans Bagster-Wilson deacuteclare dans le traiteacute de Boyd sur le paludisme en 1948 qursquolaquoon peut sefforcer de deacutefinir avec plus de preacutecision la reacutepartition du paludisme dans la mesure ougrave les informations disponibles le permettront une grande partie de savoir local se cache dans les rapports officiels non publieacutes qui ne peuvent ecirctre consulteacutes que par le biais des visites dans les pays concerneacutes raquo [111] Pour identifier les sources dinformations nous avons proceacutedeacute agrave des meacutethodes opportunistes aux approches en cascade et nrsquoavons pas respecteacute les meacutethodes rigoureuses proposeacutees pour les examens systeacutematiques ou des meacuteta-analyses [112] eacutetant donneacute qursquoavoir recours uniquement aux donneacutees examineacutees par des pairs se traduirait par lexclusion de preacutecieuses sources de donneacutees de valeur au niveau des pays Nous avons utiliseacute des contacts personnels fait des reacutefeacuterences occasionnelles aux enquecirctes contenues dans les rapports des ministegraveres de la santeacute effectueacute des recherches darchives et effectueacute des recherches dans des publications traditionnelles eacutevalueacutees par les pairs afin de traquer les sources possibles de donneacutees denquecirctes paludiques agrave travers le continent Dans les sections suivantes nous tenterons darticuler les approches adopteacutees pour repeacuterer des informations 42 Recherches dans les archives historiques Depuis 2005 nous avons entrepris des recherches manuelles dans les archives et les bibliothegraveques des instituts ex-coloniaux de meacutedecine tropicale pour repeacuterer des rapports ineacutedits de paludologues travaillant en Afrique avant que les pays nrsquoaccegravedent agrave lindeacutependance Il srsquoagissait notamment de drsquoarchives de lInstitut de Meacutedecine Tropicale Anvers lrsquoInstitut Pasteur Paris Deacutepartement dHistoire de la Meacutedecine Sapienza - Universitagrave di Roma Rome ArchivioItaliano Di Scienze mediche Coloniali Rome Instituto Higiene Medicina Tropical Lisbonne Wellcome Trust Library Londres The National Archives Kew Royaume-Uni et la London School of Tropical Medicine and Hygiene Londres On notera en particulier les rapports de voyage des consultants et les rapports trimestriels de paludologues travaillant pour le compte de lOrganisation mondiale de la santeacute (OMS) agrave partir des anneacutees 1950 jusquaux anneacutees 1970 Ceux-ci fournissent des reacutecits riches et des donneacutees denquecircte des campagnes de preacute-eacutelimination des rapports deacutetape deacutelimination des critiques et des analyses de situation du paludisme au niveau national Toutes ces donneacutees sont archiveacutees dans les bibliothegraveques de lOMS agrave Genegraveve au Caire et agrave Brazzaville (Figure 4) Nous tenons agrave

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remercier les bibliotheacutecaires de ces archives qui nous ont fourni une aide preacutecieuse dans le repeacuterage des documents non publieacutes dans chacun de ces siegraveges de lOMS Figure 4 Archives de lrsquoOMS agrave Genegraveve (agrave gauche) et agrave Brazzaville (agrave droite) Nous avons eacutegalement visiteacute les archives nationales du Ministegravere de la santeacute situeacutees dans les villes de Nairobi Kisumu Eldoret Mombasa et Meru (au Kenya) Entebbe et Jinja (en Ouganda) Sennar Khartoum et Kassala (au Soudan) Thies (au Seacuteneacutegal) Amani (en Tanzanie) Accra (au Ghana) Tzaneen (en Afrique du Sud) et les archives personnelles de lex-directeur de Tzaneen Malaria Research Centre ndash Centre de recherche sur le paludisme (couvrant lAfrique du Sud la Namibie et le Botswana) Les dossiers et les rapports tenus au National Institute of Medical Research (Institut national de la recherche meacutedicale) agrave Amani (Scheacutema 5) a couvert la peacuteriode ougrave le centre eacutetait le siegravege sous-reacutegional de lrsquoInstitute of Malaria and Vector Borne Diseases (Institut est-africain du paludisme et des maladies agrave transmission vectorielle) (1954-1977) Le siegravege du Projet de leacuteradication du paludisme agrave Jinja en Ouganda abritait tous les dossiers des enquecirctes nationales des meacutenages agrave partir des anneacutees 1960 jusquen 2011 quand ceux-ci ont malheureusement eacuteteacute deacutetruits et nous nrsquoavons eacuteteacute en mesure de trouver que ceux qui avaient eacuteteacute deacutemeacutenageacute agrave Entebbe Des rapports annuels des services meacutedicaux et de lrsquoassainissement datant de 1919 produits par les gouvernements coloniaux de la Gambie du Nigeria du Gold Coast (Ghana) de Sierra Leone de Somalie du Kenya de Tanganyika (Tanzanie) de Zanzibar drsquoOuganda du Congo belge (RDC) du Bechuanaland (Botswana ) du Nyassaland (Malawi) de Rhodeacutesie (Zambie et Zimbabwe) de lrsquoicircle Maurice et du Soudan eacutetaient disponibles en eacutetats variables de conservation dans la bibliothegraveque fondeacutee par le Wellcome Trust en 1963 et fait maintenant partie des laboratoires nationaux de santeacute publique appartenant au ministegravere de la santeacute agrave Nairobi Kenya (Figure 5) Au cours du Projet de cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) des scientifiques reacutegionaux ont visiteacute les archives nationales situeacutees dans les villes de Maputo (Mozambique) Bobo Dioulasso (Burkina Faso) Yaoundeacute (Cameroun) Cotonou (Beacutenin) et Lomeacute (Togo) [MARA ARMA 1998] Ces recherches ont identifieacute plusieurs rapports importants

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renfermant des donneacutees denquecirctes nationales Ils nrsquoont cependant pas pris des exemplaires numeacuteriques de rapports originaux Dans la mesure du possible nous avons tenteacute de localiser ces rapports et drsquoen preacuteparer des exemplaires numeacuteriques Cela na pas toujours eacuteteacute couronneacutee de succegraves et nous avons de ce fait inclus certaines donneacutees des issues de la base de donneacutees MARA ARMA des enquecirctes meneacutees agrave lrsquoeacutepoque preacute-indeacutependance avec des citations respectives notamment celles reacutecupeacutereacutees du Centre Muraz agrave Bobo Dioulasso Des exemplaires numeacuteriques des rapports non-publieacutes issus des archives europeacuteennes et africaines sont mis agrave la disposition des pays dans le cadre du projet INFORM en tant que bibliothegraveques numeacuteriques Scheacutema 5 A gauche Archives du laboratoire national de santeacute publique Nairobi Kenya (Old Wellcome Trust Library) A droite ndash Bibliothegraveque de lrsquoInstitut national de recherche meacutedicale Amani Tanzanie 43 Recherche des donneacutees eacutelectroniques Des bases de donneacutees eacutelectroniques en ligne ont eacuteteacute utiliseacutees comme un moyen didentifier les pairs des donneacutees publieacutees sur la preacutevalence de linfection paludique notamment celles publieacutees depuis les anneacutees 1980 y compris PubMed [113] Google Scholar [114] Armed Forces Pest Management Board (le Conseil dadministration de la lutte antiparasitaire des Forces armeacutees) - Litteacuterature Retrieval System [116] la base de donneacutees de la bibliothegraveque de lrsquoOrganisation mondiale de la santeacute [116] et le service de la bibliothegraveque numeacuterique en ligne de lInstitut de Recherche pour le Deacuteveloppement [117] Nous nrsquoavons pas trouveacute facilement des revues reacutegionales y compris un grand nombre de revues meacutedicales nationales des revues de la santeacute publique et parasitologiques agrave partir des sources ci-dessus Toutefois nous avons trouveacute des titres et des extraits en ligne de lrsquoAfrican Journals Online (AJOL) [118] Dans toutes les recherches de bases de donneacutees numeacuteriques des travaux publieacutes contenant les des mots-cleacutes laquo paludisme raquo et laquonom de paysraquo ont eacuteteacute utiliseacutes Nous avons eacuteviteacute lrsquoemploi des terminologies speacutecialiseacutees issues du systegraveme de meacutetadonneacutees meacutedicales laquoMedical Subject Headings (MeSH)raquo dans les recherches darchives numeacuteriques de faccedilon agrave eacutelargir au maximum

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notre champ de recherche Nous avons effectueacute des recherches de base de donneacutees au moins une fois par an agrave partir de lrsquoanneacutee 2005 Nous avons compleacuteteacute nos recherches par des notifications reacuteguliegraveres hebdomadaires sur le paludisme du service dalerte infos de Malaria World [119] Roll Back Malaria des bulletins dinformations du Programme de santeacute environnementale de lUSAID [120] et Santeacute Tropicale pour les revues nationales et reacutegionales des pays francophones y compris Meacutedecine dAfrique noire [121 ] Les titres et les reacutesumeacutes ont eacuteteacute utiliseacutes pour identifier drsquoeacuteventuelles donneacutees denquecirctes parasitaires transversales dans diverses formes soit en tant qursquoenquecirctes communautaires enquecirctes en milieu scolaire autres meacutethodes de deacutepistage parasitaire ou des essais sur le terrain Nous avons eacutegalement eacutetudieacute des eacutetudes sur la preacutevalence de maladies associeacutees au paludisme lorsque celles-ci sont preacutesenteacutees dans le cadre drsquoenquecirctes sur laneacutemie lrsquoheacutemoglobinopathie la transfusion sanguine ou eacutevaluations de la situation nutritionnelle afin drsquoidentifier les rapports coiumlncidence de la preacutevalence paludique En outre crsquoeacutetait une pratique courante de deacutepister les membres de la communauteacute ou des eacutecoliers au cours des protocoles de sensibiliteacute preacutecoces aux meacutedicaments antipaludeacuteens de sorte agrave enrocircler des personnes infecteacutees aux enquecirctes de suivi post-traitement Souvent des donneacutees issues des sites denquecirctes seacutelectionneacutes permettaient de fournir le nombre de personnes deacutepisteacutees et le nombre de personnes infecteacutees Les enquecirctes aupregraves des populations feacutebriles ou des personnes freacutequentant des cliniques ont eacuteteacute exclues Les publications avec des titres ou des extraits pouvant indiquer la preacutesence des donneacutees parasitaires possibles ont eacuteteacute soit teacuteleacutechargeacutees agrave partir darchives de revues offertes en ligne en libre accegraves ou provenant de HINARI (lInitiative daccegraves aux recherches pour la santeacute) [122] A chaque fois que les publications nrsquoeacutetaient pas disponibles sur HINARI en libre accegraves nous visitions les archives des bibliothegraveques du Royaume-Uni agrave la London School of Hygiene and Tropical Medicine la Liverpool School of Tropical Medicine la bibliothegraveque Bodleian agrave lUniversiteacute dOxford ou la Bibliothegraveque de lInstitut Pasteur Paris pour obtenir en obtenir des exemplaires Nous faisions des demandes de reacutefeacuterences que nous nrsquoarrivions pas agrave trouver suivant ces recherches agrave laide du catalogue mondial des recherches agrave travers les bibliothegraveques dOxford factureacutees agrave la page Toutes les publications agrave partir desquelles des donneacutees ont eacuteteacute extraites ont eacuteteacute contreveacuterifieacutees agrave lrsquoaide des bibliographies provenant dautres sources qursquoon aurait oublieacutees ou qui correspondraient agrave des documents non publieacutes ou laquodocuments parallegravelesraquo qui ne sont geacuteneacuteralement pas controcircleacutes par les eacutediteurs commerciaux Les auteurs des articles eacutevalueacutes par les pairs ont souvent eacuteteacute contacteacutes pour nous renseigner sur des informations compleacutementaires dans leur document et nous indiquer dautres travaux non publieacutes dans leur zone geacuteographique ou de leur institution

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44 Autres sources de donneacutees Les enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages ayant inteacutegreacute la preacutevalence parasitaire sont deacutecrites dans la section 3 Les donneacutees provenant de ces enquecirctes sont soit disponibles en formats teacuteleacutechargeables agrave partir du programme ICF MEASURE ou ont eacuteteacute fournis au projet INFORM par les programmes nationaux de lutte antipaludique dans le cadre daccords de collaboration Pour dautres donneacutees eacuteventuellement ineacutedites et propres aux sites sur la preacutevalence du paludisme nous avons consulteacute des sites Web et contacteacute les organisations non gouvernementales (ONG) travaillant en Afrique pouvant avoir entrepris des eacutevaluations sanitaires comprenant des enquecirctes parasitologiques au sein des communauteacutes aupregraves desquelles elles œuvraient Il srsquoagissait notamment de Meacutedecins sans Frontiegraveres [123] MERLIN [124] le Centre Carter [125] Selon lUniteacute danalyse de la seacutecuriteacute alimentaire et de la nutrition en Somalie (FSNAU) [126] Shape Consulting [127] Save the Children [128] Malaria Consortium [129] et MENTOR [130] Gracircce aux contacts fournis par ces agences nous avons pu trouver des donneacutees provenant de sites drsquoenquecirctes en Guineacutee en Sierra Leone en Cocircte dIvoire en Tanzanie au Libeacuteria en Somalie au Kenya en Ouganda au Nigeria en Ethiopie au Mali et au Soudan du Sud Les extraits des ouvrages publieacutes par Tropical Medicine ainsi que ceux issus des reacuteunions sur le paludisme ont eacuteteacute identifieacutes provenant de sources les plus diverses possibles et produits dans le cadre de confeacuterences et de congregraves nationaux et internationaux Ceux-ci ont eacuteteacute utiliseacutes pour signaler drsquoeacuteventuelles donneacutees solliciteacutees par correspondance des auteurs drsquoextraits Notre preacutesence reacutegionale et les liens que nous entretenons avec la communauteacute de recherche sur le paludisme en Afrique a permis de faire naicirctre une prise de conscience quant agrave lobjectif et agrave lambition de la recherche sur la cartographie du paludisme commenceacute en 1996 sous la collaboration MARA ARMA [35] Nous avons profiteacute de cette connectiviteacute reacutegionale des chercheurs pour contacter directement les collegravegues travaillant sur leacutepideacutemiologie du paludisme de sorte agrave rechercher des donneacutees ventileacutees et speacutecifiques au site souvent ineacutedites La volonteacute de partager des donneacutees non publieacutees sur les enquecirctes parasitaires a eacuteteacute sans preacuteceacutedent Au 1er Juillet 2015 plus de 700 scientifiques et speacutecialistes individuels de la santeacute publique ont fourni des informations ventileacutees sur les donneacutees publieacutees donneacutees non-publieacutees ou ont apporteacute leur concours agrave la localisation des communauteacutes eacutechantillonneacutees agrave travers lAfrique Nous avons tenu agrave les remercier dans lannexe accompagnant le preacutesent rapport ainsi que sur le site Web INFORM [131] Les instituts reacutegionaux menant des recherches sur le paludisme et leurs partenaires de collaboration eacutetaient toujours agrave lavant-garde dans la fourniture de donneacutees non publieacutees Il convient de mentionner particuliegraverement les Medical Research Council Laboratories (Gambie) les partenariats de collaboration entre le Kenyan Medical Research Institute et le Wellcome Trust Universiteacute dOxford US Centers for Disease Control Universiteacute de Nagasaki et Walter Reed (Kenya) le Centre de Recherche et de formation sur le paludisme (Mali) Uganda Malaria Surveillance Project (Ouganda) les partenariats de collaboration tisseacutes entre Ifakara Health Institute et le Swiss Tropical Institute la London School of Hygiene and Tropical Medicine et US

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Centers for Disease Control (Tanzanie) Dar es Salaam Urban Malaria Control Project (Tanzanie) National Medical Research Institute agrave Amani (Tanzanie) Institut Pasteur (Madagascar) lrsquoInstitut de Recherche pour le deacuteveloppement (Seacuteneacutegal) Centre de Rechercheacute en Santeacute de Nouna (Burkina Faso) Institute for Endemic Diseases University of Khartoum (Sudan) Blue Nile Health Project-Giezera State University (Sudan) Centro Investigaco Saude Angola (Angola) Liverpool School of Tropical Medicine Wellcome Trust and College of Medicine Programme collaboratif de lrsquoUniversity of Malawi (Malawi) South African Medical Research Council (Afrique du Sud Mozambique et Swaziland) le programme de collaboration du Swiss Tropical and Public Health Institute et de lInstitut de la santeacute publique (Cocircte dIvoire) le programme de collaboration du US Centers for Disease Control (Togo) partenariats de collaboration du Prince Leopold Institute (Burundi Beacutenin et Rwanda) Malaria Institute agrave Macha (Zambie) Medical Research CentreOuganda Virus Research Institute (Ouganda) lEcole de Santeacute Publique de Kinshasa (RDC) et le Southern African Malaria Consortium (Zimbabwe) 5 Abstraction des donneacutees drsquoenquecircte 51 Exigences minimales en matiegravere de donneacutees De chacun des rapports drsquoenquecircte les champs de donneacutees minimales requises pour chaque enregistrement sont les suivants description de la zone deacutetude (nom divisions administratives et coordonneacutees geacuteographiques cas eacutecheacuteant) dates de deacutebut et de fin de lenquecircte (mois et anneacutee) et renseignements sur de lexamen sanguin (nombre de personnes deacutepisteacutees nombre de personnes constateacutees positives pour infection au Plasmodium par espegravece) meacutethodes utiliseacutees pour deacutetecter linfection (microscopie tests de diagnostic rapide (TDR) reacuteaction en chaicircne par polymeacuterase (PCR) ou combinaisons) et lrsquoacircge le plus bas et la population eacutetudieacutee Pour les donneacutees provenant des essais controcircleacutes et randomiseacutes dintervention les donneacutees nrsquoont eacuteteacute seacutelectionneacutees que lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees de base de preacute-intervention et celles issues des enquecirctes de suivi transversales ulteacuterieures au sein des populations teacutemoins Lorsque des cohortes dindividus ont eacuteteacute interrogeacutees agrave plusieurs reprises dans le temps nous nous sommes efforceacutes dinclure uniquement la premiegravere enquecircte et les enquecirctes ulteacuterieures lorsque celles-ci nrsquoavaient qursquoun eacutecart drsquoau moins cinq mois par rapport agrave la date denquecircte initiale pour eacuteviter toute deacutependance entre les observations baseacutees sur le traitement des personnes infecteacutees preacuteceacutedentes Lorsqursquoil neacutetait pas possible de ventiler les enquecirctes reacutepeacuteteacutees celles-ci eacutetaient deacutefinitivement exclues de lanalyse Plusieurs pays ont maintenu des enquecirctes sanguines de masse apregraves avoir atteint les phases de consolidation de leacutelimination La dureacutee des phases de preacute-eacutelimination drsquoattaque de consolidation et dentretien deacutelimination varie entre les pays [47] Nous avons choisi dexclure les donneacutees eacutechantillonneacutees apregraves les dates ougrave les pays mettant en œuvre des programmes drsquoeacutelimination avaient commenceacute agrave utiliser des taux drsquoincidence deacuteriveacutes des indices parasitaires annuels ou lorsque des enquecirctes sanguines de masse eacutetaient utiliseacutees pour deacutemontrer labsence de transmission en Algeacuterie (1967) en Egypte (1965) en Libye (1967) en icircle Maurice (1957) au Maroc (1969) en Reacuteunion (1953) et en Tunisie (1968)

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Parfois les rapports preacutesentaient le nombre total de personnes examineacutees dans un certain nombre de villages et le pourcentage de personnes controcircleacutees positives par village ici nous avons supposeacute que le deacutenominateur par village eacutetait eacutequivalent au nombre total de personnes examineacutees diviseacute par le nombre total de villages Il eacutetait possible deacutetablir lanneacutee de chaque enquecircte cependant il eacutetait parfois impossible drsquoeacutetablir le mois de lenquecircte agrave partir des rapports denquecirctes Dans ce cas de figure nous avons utiliseacute des descriptions saison laquohumideraquo et saison laquosegravecheraquo premier ou deuxiegraveme trimestre scolaire ou dautres informations pour parvenir agrave une approximation du mois de lenquecircte et avons inclus un rapport sur cette hypothegravese Certains reacutesultats de lenquecircte ont eacuteteacute signaleacutes en tant qursquoagreacutegat dans lespace (par exemple un seul PfPR pour un groupe de villages) ou dans le temps (par exemple un PfPR moyen estimeacute agrave partir de quatre enquecirctes diffeacuterentes meneacutees au fil du temps) Dans de tels cas nous avons soit chercheacute dautres rapports des mecircmes enquecirctes avec une reacutesolution spatiale ou temporelle plus eacuteleveacutee Lagrave ougrave cela na pas eacuteteacute possible et ougrave des groupes de villages deacutepassaient 5 km2 nous avons exclu du dossier de lanalyse (voir ci-dessous) Lorsque des informations suppleacutementaires eacutetaient neacutecessaires pour fournir des donneacutees speacutecifiques par village dans un moment preacutecis nous avons demandeacute aux auteurs de nous fournir tout renseignement ou document manquant 52 Meacutethodes de deacutetection parasitaires Compte tenu de son ubiquiteacute en tant qursquooutil de diagnostic paludique la meacutethode preacutefeacutereacutee de deacutetection parasitaire eacutetait la microscopie Aucune distinction nrsquoeacutetait faite entre la microscopie optique ou par fluorescence La qualiteacute de la veacuterification de lame [132133] les variations de sensibiliteacute speacutecificiteacute entre les tests de diagnostic rapide (TDR) [134] la capaciteacute des eacutequipes de terrain agrave analyser les TDR de maniegravere fiable [135-138] ou des variations obtenues sur la base de la seacutelection des amorces pour les reacuteactions en chaicircne de la polymeacuterase (PCR) [139] influencent toutes les descriptions de la preacutevalence et auront des variances intrinsegraveques entre les enquecirctes incluses dans la base de donneacutees Il a eacuteteacute deacutemontreacute que les TDR donnent des taux de faux positifs plus eacuteleveacutes que la microscopie [134 140 141] cependant ils ont tendance agrave stratifier agrave fois le taux parasitaire le plus bas (lt1) et le plus eacuteleveacute (gt50) avec plus de preacutecision par rapport agrave la microscopie courante [133 141] Une analyse drsquoun grand recueil de donneacutees sur les taux parasitaires des communauteacutes a deacutemontreacute quil y avait une diffeacuterence minime dans les estimations du taux moyen global de preacutevalence de P falciparum dans une analyse des donneacutees correspondantes apparieacutees issues des enquecirctes communautaires ayant utiliseacute la microscopie et les TDR pour les examens parasitaires [46] Neacuteanmoins les diffeacuterences entre les TDR et la microscopie en matiegravere de leur capaciteacute agrave deacutetecter des dinfections mineures lorsquelles sont geacutereacutees dans des conditions normales restent un preacutejugeacute systeacutematique inheacuterent aux donneacutees [141] que nous sommes incapables de controcircler Nous sommes eacutegalement incapables de controcircler la qualiteacute des analyses de donneacutees des enquecirctes en utilisant uniquement la microscopie Le principal problegraveme de la microscopie lorsquelle est utiliseacutee dans le cadre les enquecirctes-eacutechantillons nationales est la qualiteacute de la preacuteparation des lames (coloration et entreposage) et

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ou les garanties de la veacuterification de la qualiteacute (VQ) des analyses des lames Dans ce cas de figure nous avons en consultation avec les responsables des enquecirctes nationales ducirc faire plusieurs jugements de valeur Par exemple pour les enquecirctes nationales aupregraves des meacutenages au Soudan en Somalie au Malawi et en Angola nous avons choisi dinteacutegrer les preacutevalences dinfection obtenues gracircce aux TDR plutocirct les estimations provenant des analyses des lames de microscopie Par contre pour drsquoautres pays tels que le Kenya et lOuganda nous avions des garanties quant agrave la qualiteacute des analyses des preacutelegravevements sanguins pendant enquecirctes sur les indicateurs du paludisme Il ny a pas de regravegles absolues pour ces deacutecisions A chaque fois que des preuves quant agrave la qualiteacute des analyses des lames nous eacutetaient fournies nous avons deacutecideacute drsquoutiliser celles-ci par rapport aux TDR 53 Geacuteocodage des sites drsquoenquecircte Le geacuteocodage de donneacutees la deacutefinition dune longitude et une latitude deacutecimale pour chaque site denquecircte consistait en une tacircche particuliegraverement exigeante En fonction de leur repreacutesentation spatiale les donneacutees eacutetaient classeacutees en tant que villages communauteacutes ou eacutecoles individuelles ou ensemble de communauteacutes dans une zone deacutefinissable correspondant agrave une zone agrave linteacuterieur dun quadrillage de 5 km ou environ 005 degreacutes deacutecimaux au niveau de leacutequateur Dans la mesure du possible nous avons chercheacute agrave conserver des donneacutees ventileacutees au niveau des villages plutocirct que des donneacutees agrave travers une laquogrande eacutetendueraquo Lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees provenant des communauteacutes deacutepassant un quadrillage de 5 km nous avons consideacutereacute ces derniers comme une reacutesolution spatiale trop faible avec une variance importante possible dans le polygone dinformations agrave exclure lors de lutilisation de la modeacutelisation geacuteostatistique avanceacutee En pratique il srsquoagissait ici drsquoun critegravere difficile agrave veacuterifier eacutetant donneacute que la plupart des rapports denquecircte ne fournissaient pas suffisamment de deacutetails sur la superficie de la zone eacutetudieacutee Une utilisation plus reacutecente des systegravemes de positionnement mondial (GPS) lors de travaux denquecircte permet une reacuteagreacutegation des donneacutees denquecircte aupregraves des meacutenages avec une plus grande preacutecision Crsquoest eacutegalement utile dans le maintien du critegravere du quadrillage de 5 km tout en combinant des grappes de petites tailles deacutechantillon dans lespace Lutilisation du GPS pour enregistrer des longitudes et latitudes a contribueacute de maniegravere appreacuteciable agrave des enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages depuis circa 2007 [142] Cependant dans les enquecirctes deacutemographiques et sanitaires aupregraves des meacutenages geacutereacutes par le programme ICF-MEASURE un processus de deacuteplacement de coordonneacutees GPS est effectueacute de telle sorte que pour les clusters urbains un deacuteplacement est introduit agrave une distance allant jusqursquoagrave tous les 2 km qui influe rarement sur la preacutecision globale de modeacutelisation eacutetant donneacute que ce processus se fait dans le cadre est dans les zones urbaines Pour les clusters ruraux on fait un deacuteplacement jusqursquoagrave 5 km avec 1 de clusters ruraux suppleacutementaires deacuteplaceacutes jusquagrave une distance de 10 km Ici nous avons passeacute en revue tous les clusters ruraux agrave lrsquoaide de Google Earth pour examiner la mesure dans laquelle les clusters ruraux pourraient avoir eacuteteacute deacuteplaceacutes vers des zones inhabiteacutees et repositionneacutes dans les zones peupleacutees les plus proches

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Pour positionner chaque site denquecircte lagrave ougrave les coordonneacutees GPS ne sont pas disponibles nous avons utiliseacute une varieacuteteacute de ressources numeacuteriques parmi lesquels les plus utiles eacutetaient Encyclopeacutedie Microsoft Encarta (Microsoft 2004) et Google Earth (Google 2009) Drsquoautres sources drsquoarchives numeacuteriques de noms de lieux couramment utiliseacutes sont entre autres le serveur de noms de lieux de la National Geospatial-Intelligence Agency GEOnet Eacutetats-Unis [143] Falling Rain Genomicsrsquo Global Gazetteer [144] Alexandria Digital Library de lUniversiteacute de Californie Eacutetats-Unis [145] African Data Sampler [146] MapCarta [147] Maplandia [148] Global geodatabase-cities [149] Open Street Map [150] VMAP0 [151] et IslamicFinder [152] A travers lAfrique il existe un certain nombre de reacutepertoire toponymique numeacuteriques nationaux pour les lieux habiteacutes les eacutetablissements sanitaires ou les eacutecoles Ce type de reacutepertoires accroicirct en nombre en preacutecision et en couverture Nous les avons obtenus sur demande aupregraves des bureaux nationaux de recensement des ministegraveres de leacuteducation et de la santeacute et des ONG partenaires Cela srsquoest aveacutereacute un outil preacutecieux dans la localisation des communauteacutes au Burkina Faso au Kenya en Gambie au Mozambique agrave Madagascar en Somalie au Malawi en Mauritanie au Ghana au Niger en Namibie au Seacuteneacutegal en Somalie en Afrique du Sud en Tanzanie en Ouganda en Zambie et agrave Zanzibar Bien que nous tentons drsquoutiliser des nomenclatures types et des strateacutegies uniques de nommage dans les reacutepertoires toponymiques numeacuteriques [153] il est difficile drsquoatteindre cela au niveau national ougrave les orthographes changement en fonction des auteurs au fil du temps et ougrave les mecircmes noms de lieux sont reacutepliqueacutees agrave travers un pays En tant que tel lors de lextraction de donneacutees chaque point de donneacutees a eacuteteacute enregistreacute avec autant drsquoinformations geacuteographiques que possible issues de la source Crsquoest bien ces informations qui ont eacuteteacute utiliseacutees au cours du geacuteo-positionnement par exemple pour veacuterifier que le geacuteocodage permettait de cadrer les sites denquecirctes dans les uniteacutes administratives deacutecrites dans le rapport ou qursquoil correspondait agrave dautres deacutetails dans le rapport sur la distance vis-agrave-vis des riviegraveres ou les villes lorsque cela eacutetait afficheacutees sur Google Earth Bien quen theacuteorie les coordonneacutees GPS doivent repreacutesenter une localisation spatiale sans ambiguiumlteacute il fallait une veacuterification rigoureuse pour veiller agrave ce que les sites denquecirctes correspondent aux coordonneacutees GPS Comme drsquohabitude nous avons donc reveacuterifieacute toutes les donneacutees GPS de toutes les sources en utilisant les noms de lieux et ou Google Earth pour assurer que les coordonneacutees se situaient dans les communauteacutes Toutes les coordonneacutees ont eacuteteacute soumises agrave un controcircle final agrave laide de la base de donneacutees spatiale des frontiegraveres administratives de second niveau deacuteveloppeacutees et reacuteviseacutee en 2008 par lOrganisation pour lalimentation et lagriculture (FAO) des Nations Unies [154] Loutil de seacutelection spatiale ArcGIS 101 (ESRI USA) a eacuteteacute utiliseacute pour veacuterifier que les points du long du littoral eacutetaient situeacutes sur des terrains tels que deacutefinis par GAUL 2008 La base de donneacutees de Global Lakes and Wetlands (GLWD) deacuteveloppeacutee par le Fonds mondial pour la nature [155] a eacuteteacute utiliseacute pour srsquoassurer que les points inteacuterieurs eacutetaient positionneacutes sur la terre ferme et non pas sur des plans deau Nous cherchions par-lagrave agrave identifier les coordonneacutees qui se trouvaient leacutegegraverement au large des cocirctes sur les affluents ou dans les uniteacutes administratives incorrectes chaque anomalie a eacuteteacute reveacuterifieacutee et repositionneacutee agrave laide de petits changements et avec Google Earth

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54 Deacutefinition des frontiegraveres nationales A la fin de la Seconde Guerre mondiale en 1945 presque tous les pays en Afrique eacutetaient soumis agrave la domination ou agrave lrsquoadministration coloniale Chaque pays sur le continent africain est aujourdhui indeacutependant mecircme si quelques icircles restent sous administration europeacuteenne (la Reacuteunion et Mayotte) Il existe actuellement 55 Etats indeacutependants dont 53 sont membres de lUnion africaine Tout au long de ce rapport nous utilisons les noms et les frontiegraveres des Eacutetats-nations en Afrique et les frontiegraveres actuelles plutocirct que la nomenclature preacute-indeacutependance Tout au long de ce rapport nous avons utiliseacute lrsquooutil numeacuterique de traitement de frontiegraveres parraineacute par lrsquoONU [156] En tant que tel nous traitons le Soudan du Sud en tant qursquoentiteacute diffeacuterente de la Reacutepublique du Soudan et lEacuterythreacutee diffeacuterente de lEthiopie Il y a beaucoup de zones litigieuses en Afrique revendiqueacutees par diffeacuterents pays voisins et qui restent en suspens [157] Pour les besoins de notre travail nous avons traiteacute le Triangle drsquoIlemi en tant que partie inteacutegrante de la reacutegion de Turkana du Kenya Nous avons consideacutereacute Walvis Bay en Namibie comme faisant toujours partie de la Namibie en deacutepit du fait que ce territoire fait partie de lrsquoAfrique du Sud depuis de nombreuses anneacutees suivant lindeacutependance de la Namibie en 1990 Deux petits territoires au sein du Royaume du Maroc continuent decirctre occupeacutes par lEspagne dans le Nord-Ouest (Ceuta) et dans le Nord-Est (Melilla) sur le littoral meacutediterraneacuteen Cependant nous avons consideacutereacutes ces territoires comme faisant partie du Royaume du Maroc se rapprochant de son eacutetendue ottomane avant 1912 Nous traitons la peacuteninsule du Sinaiuml en tant que partie permanente de la Reacutepublique arabe dEgypte Sans faire de jugements politiques nous avons consideacutereacute la reacutegion drsquoAbeyi comme faisant partie inteacutegrante de la Reacutepublique du Soudan cependant dans la cartographie des produits nationaux les deux pays prennent en compte cette reacutegion Nous avons traiteacute le Triangle Halaib sur la frontiegravere soudano-eacutegyptienne comme faisant partie du Soudan bien que depuis 2010 lrsquoEacutegypte controcircle cette zone en tant que partie inteacutegrante de son Etat de la Mer Rouge La reacutegion de Bakassi territoire frontalier contesteacute sur la cocircte atlantique entre le Nigeria et le Cameroun a eacuteteacute traiteacute comme faisant partie du Nigeria en deacutepit de la mise en œuvre finale des accords qui ont accordeacute cette reacutegion agrave ladministration camerounaise en 2014 Les groupes insulaires de Bioko Annobin et Zanzibar sont traiteacutees seacutepareacutement de la partie continentale de Guineacutee eacutequatoriale et de Tanzanie respectivement Ces groupes insulaires ont toujours eu diffeacuterents plans de lutte antipaludique et des ambitions drsquoeacutelimination diffeacuterentes de ceux de leurs homologues du continent 55 Normalisation selon lacircge Lorsque lacircge nrsquoeacutetait pas preacuteciseacute dans le rapport de chaque enquecircte mais que le rapport preacutecisait que lrsquoensemble du village ou drsquoenfants de leacutecole primaire eacutetaient examineacutes nous avons supposeacute que les tranches dacircge agrave 0-99 ans ou 5-14 ans respectivement Il y avait une grande diversiteacute dans les tranches dacircge des populations eacutechantillonneacutees entre les eacutetudes Pour faire des comparaisons significatives dans le temps et lespace une seule tranche dacircge normaliseacute est neacutecessaire Il est possible drsquoeffectuer des ajustements dun acircge normaliseacute pour le Plasmodium falciparum gracircce agrave lobservation et agrave la theacuteorie des maladies infectieuses lagrave ougrave limmuniteacute est acquise apregraves une exposition reacutepeacuteteacutee de la naissance Nous avons adapteacute des modegraveles de

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conversion catalytique de Muench (dabord utiliseacute dans le paludisme par Pull amp Grab dans les anneacutees 1970 [158]) en eacutequations statiques en R-script qui utilise les gammes infeacuterieure et supeacuterieure deacutechantillon et la preacutevalence globale pour se transformer en une estimation preacutevues chez les enfants acircgeacutes de 2-10 ans PfPR2-10 [96] 56 Limitations dues agrave la taille de leacutechantillon La taille de leacutechantillon est inversement proportionnelle agrave la preacutevalence ougrave agrave faible taille des eacutechantillons les biais dans les estimations de la preacutevalence sont introduits en fonction de la preacutevalence reacuteelle de la population se traduisant deacutecarts-types relativement eacuteleveacutes [159] Il existe un seuil critique entre 10 et 20 individus eacutechantillonneacutes en dessous duquel les eacutecarts-types augmentent de faccedilon exponentielle dans la plupart des enquecirctes sur les infections parasitaires et la courbe commence agrave aplatir agrave partir drsquoune taille denviron 50 eacutechantillons et atteint une asymptote agrave environ 100 [160] La taille des eacutechantillons denquecircte individuels est eacutegalement importante dans le calcul des correacutelations avec les variables dendeacutemiciteacute pour veacuterifier les associations plausibles entre par exemple des preacutecipitations et la preacutevalence Au cours de seacutelection des co-variables de petits eacutechantillons impreacutecis peuvent conduire agrave loverfitting Nous avons chercheacute agrave combiner les communauteacutes agrave proximiteacute ougrave tout village comptait moins de 10 personnes eacutechantillonneacutees et ougrave les communauteacutes se situaient agrave moins de 5 km lrsquoun de lautre eacutechantillonneacutes exactement au mecircme moment par les mecircmes enquecircteurs 6 Partage et accegraves aux donneacutees Les donneacutees recueillies pour cette eacutetude font partie dune initiative plus large visant agrave aider les gouvernements nationaux en mettant agrave leur disposition des plateformes de donneacutees probantes pour les aider agrave concevoir des projets de lutte antipaludique gracircce au concours du projet INFORM [131161] soutenu par le Deacutepartement pour le deacuteveloppement international Royaume-Uni et le Wellcome Trust Les donneacutees geacuteocodeacutees sur la preacutevalence parasitaire issues des donneacutees archiveacutees publieacutees et ineacutedites donneacutees et rassembleacutees en bases de donneacutees soigneusement conserveacutees doivent ecirctre prise en charge et geacutereacutees par les services de lutte contre le paludisme au sein des ministegraveres nationaux de la santeacute Les donneacutees provenant des recherches nationales et des enquecirctes meneacutees par les ministegraveres de la santeacute sont la proprieacuteteacute des gouvernements nationaux Le plus souvent la plupart des ministegraveres de la santeacute nont pas accegraves agrave la gamme complegravete des donneacutees sur le paludisme pourtant potentiellement disponibles dans leur propre pays Le but est donc de se servir du projet INFORM pour bacirctir une appropriation des donneacutees nationales sur le paludisme et mettre toutes les donneacutees recueillies agrave la disposition des ministegraveres de la santeacute agrave travers lAfrique et aux conseillers techniques reacutegionaux de lOrganisation mondiale de la santeacute A ce titre ces gouvernements nationaux deviendront les gardiens de leurs propres donneacutees nationales et pleinement responsables de leur distribution aux scientifiques nationaux reacutegionaux et internationaux ainsi qursquoaux partenaires de controcircle

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7 Reacutefeacuterences 1 Snow RW (2014) Sixty years trying to define the malaria burden in Africa have we made any progress

BMC Medicine 12 227 2 Noor AM Kinyoki DK Mundia CW Kabaria CW Wambua JM Alegana VA Fall IS Snow RW (2014) The

changing risk of Plasmodium falciparum malaria infection in Africa 2000ndash10 a spatial and temporal analysis of transmission intensity Lancet 383 1739-1747

3 Snow RW Marsh K le Sueur D (1996) The need for maps of transmission intensity to guide malaria

control in Africa Parasitology Today 12 455ndash457 4 MARAARMA (1998) Towards an atlas of malaria risk in Africa First technical report of the

MARAARMA collaboration Durban South Africa httpsidl-bncidrccadspacebitstream10625316441114833pdf

5 Le Sueur D Binka F Lengeler C de Savigny D Teuscher T Toure Y Snow RW (1997) An atlas of malaria in

Africa Africa Health 19 23-24 6 Trape JF amp Rogier C (1996) Combating Malaria morbidity and mortality by reducing transmission

Parasitology Today 12 236-240 7 Snow RW Omumbo JA Lowe B Molyneux SM Obiero JO Palmer A Weber MW Pinder M Nahlen B

Obonyo C Newbold C Gupta S Marsh K (1997) Relation between severe malaria morbidity in children and level of Plasmodium falciparum transmission in Africa Lancet 349 1650-1654

8 Ghani AC Sutherland CJ Riley EM Drakeley CJ Griffin JT Gosling RD Filipe JAN (2009) Loss of

population levels of immunity to malaria as a result of exposure reducing interventions consequences for interpretation of disease trends PLoS One 4 e4383

9 Okiro EA Al-Taiar A Reyburn H Idro R Berkley J Nokes DJ Snow RW (2009) Age patterns of severe

paediatric malaria and their relationship to Plasmodium falciparum transmission intensity Malaria Journal 8 4

10 Carneiro I Roca-Feltrer A Griffin JT Smith L Tanner M Armstrong Schellenberg J Greenwood BM

Schellenberg D (2010) Age-patterns of malaria vary with severity transmission intensity and seasonality in sub-Saharan Africa A systematic review and pooled analysis PLoS One 5 e8988

11 Griffin JT Hollingsworth TD Reyburn H Drakeley CJ Riley EM Ghani AC (2014) Gradual acquisition of

immunity to severe malaria with increasing exposure Proceedings of the Royal Society B 282 20142657

12 Snow RW (2015) Global malaria eradication and the importance of Plasmodium falciparum

epidemiology in Africa BMC Medicine 13 23

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13 Smith T Maire N Ross A Penny M Chitnis N Schapira A Studer A Genton B Lengeler C Tediosi F de Savigny D Tanner M (2008) Towards a comprehensive simulation model of malaria epidemiology and control Parasitology 135 1507ndash1516

14 Smith DL Noor AM Hay SI Snow RW (2009) Predicting changing malaria risk after expanded

insecticide treated net coverage in Africa Trends in Parasitology 25 511ndash516 15 Griffin JT Hollingsworth D Okell LC Churcher TS White M Hinsley W Bousema T Drakeley CJ

Ferguson NM Basanez MG Ghani AC (2010) Reducing Plasmodium falciparum malaria transmission in Africa a model based evaluation of intervention strategies PLoS Medicine 7 e1000324

16 Chitnis N Schapira A Smith T Steketee R (2010) Comparing the effectiveness of malaria vector-

control interventions through a mathematical model American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 83 230ndash240

17 World Health Organization (2014) From malaria control to malaria elimination a manual for

Elimination Scenario Planning Global Malaria Programme World Health Organization Geneva April 2014

18 Gerardin J Eckhoff P Wenger EA (2015) Mass campaigns with antimalarial drugs a modelling

comparison of artemether-lumefantrine and DHA-piperaquine with and without primaquine as tools for malaria control and elimination BMC Infectious Diseases 15 144

19 Okell LC Drakeley CJ Bousema T Whitty CJM Ghani AC (2008) Modelling the impact of artemisinin

combination therapy and long-acting treatments on malaria transmission intensity PLoS Medicine 5 e226

20 Guyatt HL amp Snow RW (2001) Malaria in pregnancy as an indirect cause of infant mortality in sub-Saharan

Africa Transactions of Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 95 569-576 21 Desai M ter Kuile FO Nosten F McGready R Asamoa K Brabin B Newman R (2007) Epidemiology

and burden of malaria in pregnancy Lancet Infectious Diseases 7 93ndash104 22 van Eijk A Hill J Alegana VA Kirui V Gething PW ter Kuile F Snow RW (2011) Coverage of malaria

protection in pregnant women in sub-Saharan Africa a synthesis and analysis of national survey data Lancet Infectious Diseases 11 190-207

23 MPAC (2012) wwwwhointmalariampacsep2012mpac_mip_erg_sep2012pdf 24 MPAC (2013) wwwwhointmalariampacmpac_sep13_erg_ipt_malaria_pregnancy_reportpdf 25 Meremikwu MM Donegan S Sinclair D Esu E Oringanje C (2012) Intermittent preventive

treatment for malaria in children living in areas with seasonal transmission Cochrane Database Systematic Reviews 2 CD003756

26 Cairns M Roca-Feltrer A Garske T Wilson AL Diallo D Milligan PJ Ghani AC Greenwood BM (2012)

Estimating the potential public health impact of seasonal malaria chemoprevention in African children Nature Communications 3 881

25

27 Noor AM Kibuchi E Mitto B Coulibaly D Doumbo OK Snow RW (2015) A spatial decision support

framework for sub-national targeting of seasonal malaria chemoprevention in the Sahel Under review

28 Smith DL McKenzie FE Snow RW Hay SI (2007a) Revisiting the basic reproductive number for

malaria and its implications for malaria control PLoS Biology 5 e42 29 Hay SI Smith DL Snow RW (2008) Measuring malaria endemicity from intense to interrupted

transmission Lancet Infectious Diseases 8 369-378 30 Moonen B Cohen JM Snow RW Slutsker L Drakeley C Smith DL Abeyasinghe R Rodriguez Loacutepez

MH Maharaj R Tanner M Targett G (2010) Operational strategies to achieve and maintain malaria elimination Lancet 376 1592-1603

31 World Health Organization (2012a) Disease surveillance for malaria control Operational manual

WHO Geneva 32 World Health Organization (2012b) Disease surveillance for malaria elimination Operational manual

WHO Geneva 33 Cohen JM Moonen B Snow RW Smith DL (2010) How absolute is zero An evaluation of historical

and current definitions of malaria elimination Malaria Journal 9 213 34 Molineaux L Muir DA Spencer HC Wernsdorfer WH (1988) The epidemiology of malaria and its

measurement Malaria Principles and Practice of Malariology W Wernsdorfer and I McGregor London Churchill Livingstone 2 999-1089

35 Tusting LS Bousema T Smith DL Drakeley C (2014) Measuring changes in Plasmodium falciparum

transmission precision accuracy and costs of metrics Advances in Parasitology 84 151-208 36 Metselaar D amp van Thiel PH (1959) Classification of malaria Tropical Geographic Medicine 11 157ndash

161 37 Macdonald G amp Goumleckel GW (1964) The malaria parasite rate and interruption of transmission

Bulletin of World Health Organization 31 365ndash377 38 Lysenko AJ amp Semashko IN (1968) Geography of malaria A medico-geographic profile of an ancient

disease In Lebedew AW ed Itogi Nauki Medicinskaja Geografija Moscow USSR Academy of Sciences pp 25ndash146

39 Macdonald G (1957) The epidemiology and control of malaria Oxford University Press 40 Pampana E (1969) A textbook on malaria eradication Oxford Oxford University Press 41 Pull JH (1972) Malaria surveillance methods their uses and limitations American Journal of Tropical

Medicine amp Hygiene 21 651-657

26

42 World Health Organization (1950) Report on the malaria conference in equatorial Africa Held under the joint auspices of the World Health Organization and of the commission for technical co-operation in Africa south of the Sahara Kampala Uganda 27 Novemberndash9 December 1950

43 Yekutiel P (1960) Problems of epidemiology in malaria eradication Bulletin of the World Health

Organization 22 669-683 44 Macdonald G (1952) The analysis of equilibrium in malaria Tropical Diseases Bulletin 49 813-1129 45 Hay SI Guerra CA Gething PW Patil AP Tatem AJ Noor AM Kabaria CW Manh BH Elyazar IRF

Brooker S Smith DL Moyeed RA Snow RW (2009) A world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2007 PLoS Medicine 6 e1000048

46 Gething PW Patil AP Smith DL Guerra CA Elyazar IRF Johnston GL Tatem AJ Hay SI (2011) A new

world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2010 Malaria Journal 10 378 47 Snow RW Amratia P Kabaria CW Noor AM Marsh K (2012) The changing limits and incidence of

malaria in Africa 1939-2009 Advances in Parasitology 78 169-262 48 Black RH (1968) Manual of epidemiology and epidemiological services in malaria programmes World

Health Organization Geneva 49 Ray AP amp Beljaev AE (1984) Epidemiological surveillance a tool for assessment of malaria and its

control Journal of Communicable Disease 16 197ndash207 50 Omumbo JA Noor AM Fall IS Snow RW (2013) How well are malaria maps used to design and

finance malaria control in Africa PLoS One 8 e53198 51 Alegana VA Atkinson PM Wright JA Kamwi R Kakokele S Snow RW Noor AM (2013) Estimation of

malaria incidence in northern Namibia in 2009 using Bayesian Conditional-Autoregressive Spatial-Temporal Models Spatial amp Spatial Temporal Epidemiology 7 25-36

52 Bennett A Yukich J Miller JM Vounatsou P Hamainza B Ingwe MI Moonga HB Kamuliwo M Keating

J Smith TA Steketee RW Eisele TP (2014) A methodological framework for the improved use of routine health system data to evaluate national malaria control programs evidence from Zambia Population amp Health Metrics 12 30

53 Moonasar D Morris N Kleinschmidt I Maharaj R Raman J Mayet NT Benson FG Durrheim DN

Blumberg L (2013) What will move malaria control to elimination in South Africa South African Medical Journal 103 (10 Suppl 2) 801-806

54 Cohen JM Dlamini S Novotny JM Kandula D Kunene S Tatem AJ (2013) Rapid case-based mapping

of seasonal malaria transmission risk for strategic elimination planning in Swaziland Malaria Journal 12 61

55 Zanzibar Malaria Control Programme (2011) Zanzibar Malaria Performance Review September 2011

ZMCP Ministry of Health Revolutionary Government of Zanzibar

27

56 Ministry of Health [Cape Verde] World Health Organization and the University of California San Francisco (2012) Eliminating malaria Moving towards sustainable elimination in Cape Verde Geneva The World Health Organization httpappswhointirisbitstream106657584919789241504386_engpdfua=1

57 Littrell M Sow GD Ngom A Ba M Mboup BM Dieye Y Mutombo B Earle D Steketee RW (2013)

Case investigation and reactive case detection for malaria elimination in northern Senegal Malaria Journal 12 331

58 Thiroux D A amp DAnfreville D L (1908) Le paludisme au Seacuteneacutegal pendant les anneacutees 1905-1906

Gouvernement General de lAfrique Occidentale Francaise Laboratorie de bacteriologie de Saint-Louis Published Libraire JB Bailliere et Fils Paris 1908

59 Government General de LAlgeacuterie (1908) Campagne Antipaludique de 1908 unpublished document

available in Wellcome Library Euston Road London UK FX134AA9 60 Government of Gold Coast (1914) Medical amp Sanitary Report for the year 1913 Waterlow amp Sons

London 61 Mansfield-Aders W (1927) Notes on malaria and filariasis in the Zanzibar Protectorate Transactions

of the Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 30 207-214 62 Colony of Mauritius (1923-1925) Annual Reports on the Medical and Health Department 63 Swaroop S Gilroy AB Uemura K (1966) Statistical methods in malaria eradication Monograph Series

of World Health Organization 51 164 64 Barber MA amp Rice JB (1937) A survey of malaria in Egypt American Journal of Tropical Medicine amp

Hygiene 17 413-436 65 De Meira MT Simotildees TS Pinto Nogueira JF (1948) Observaccedilotildees sobre sezonismo nas ilhas do Sal Boa

Vista e S Nicolau (Cabo Verde) Anais do Instituto de Medicina Tropical 3 213-237 66 Young MD amp Johnson TH (1949) A malaria survey of Liberia Journal of National Malaria Society 8

247-266 67 De Meillon B (1951) Malaria survey of South-West Africa Bulletin of the World Health Organization

4 333ndash417 68 Houel G amp Donadille F (1953) Vingt ans de lutte antipaludique au Maroc Bulletin de lrsquoInstitut

drsquoHygiene du Maroc 13 3-51 69 Soeiro A (1952) O sezonismo em Moccedilambique contribuiccedilatildeo para o estudo epidemioloacutegico Anais do

Instituto de Medicina Tropical 9 343-389 70 Soeiro A (1959) Relactoacuterio da actividade do Instituto de Investigaccedilatildeo Meacutedica de Moccedilambique em

1958 e plano de trabalhos para o ano de 1960 Anais Intstituto de Higiene e Medicina Tropical 16 573-611

28

71 Bernard PM (1954) Trois ans de lutte antipaludique agrave Madagascar Bulletin de Madagascar

Publication Mensuelle du Service General Drsquoinformation du Haut-Commissariat no 96 72 Cambournac FJC Gandara AF Pena AJ Teixeira EWLG (1955) Subsidios para o inquerito malariologico

em Angola Anais do Instituto de Medicina Tropical 12 121-153 73 Anon (1954) Campagne antipaludique au Dahomey Map found in Benin box in WHO Archives

Geneva August 2012 74 Languillon J (1957) Carte eacutepideacutemiologique du paludisme au Cameroun Bulletin de la Socieacuteteacute de

Pathologie Exotique 50 585 - 600 75 Alves W (1958) Malaria parasite rates in Southern Rhodesia May-September 1956 Bulletin of the

World Health Organization 19 69-74 76 Lariviere M Hocquet P Abonnenc E (1961) Reacutesultats drsquoune enquecircte palustre dans la reacutepublique du

Seacuteneacutegal Indices plasmodiques chez les enfants en milieu rural Bulletin de la Socieacuteteacute Meacutedicale drsquoAfrique Noire de Langue Franccedilaise 6 386-403

77 Wernsdorfer G amp Wernsdorfer W (1967) Malaria in the middle Nile basin and its bordering regions Z

Tropenmed Parasitol 18 17-44 78 Rishikesh N amp Fahmy Y (1961) Quarterly report April-June 1961 Republic of Somalia pre-eradication

survey World Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 79 Rishikesh N Payne D Fahmy Y (1961) Quarterly report for the period January-March 1961 World

Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 80 Bechuanaland Protectorate (1958-1963) Annual Medical and Sanitary Reports for the Protectorate for

the years 1958-1963 Government Printers Gaborone 81 Craig MH Sharp BL Mabaso MLH Kleinschmidt I (2007) Developing a spatial-statistical model and

map of historical malaria prevalence in Botswana using a staged variable selection procedure International Journal of Health Geographics 6 44

82 Cano VI (1971) Deacuteveloppement des services de santeacute de base (Paludisme) World Health

Organization AFRMAL112 83 Barbie Y amp Timbila R (1964) Notes sur le paludisme en Reacutepublique Islamique de Mauritanie Medicine

Tropicale 24 427-435 84 Khromov A amp Privault R (1965) Programme du pre-eradication du paludisme Rapport trimestriel 4th

trimestre 1965 (Sep-Oct-Nov) WHO Mauritanie World Health Organization Unpublished document WHO Archives Geneva

85 Beltran O (1966) Malaria pre-eradication project Sierra Leone-19 fourth quarterly field report

October - December 1966 Government of Sierra Leone amp World Health Organization

29

86 Guy Y amp Gassabi R (1967) Les perspectives de leacuteradication du paludisme en Algeacuterie Archives de

LInstitut Pastuer DAlgerie 45 72-88 87 Chand D Garzen JB Bahar R Rishikesh N (1964) Malaria Eradication Service Ethiopia 14 (c) Quarterly

Report 1 October to 31 December 1964 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

88 Chand D Garzon JB Bahar R Rishiskesh N (1965) Quarterly report covering period 1 October to 31

December 1964 Project Ethiopia 0014 dated 9th february 1965 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

89 Onori E (1967) Distribution of Plasmodium ovale in the Eastern Western and Northern regions of

Uganda Bulletin of the World Health Organization 37 665-668 90 Wenlock (1978) The incidence of Plasmodium parasites in rural Zambia East African Medical Journal

55 268-276 91 Escudie A amp Hamon J (1961) Paludisme en Afrique Occidentale dexpression Franccedilaise Medicine

Tropicale 21 661-687 92 RBM-MERG - httpwwwrbmwhointmechanismsmerghtml 93 Corsi DJ Neuman M Finlay JE Subramanian SV (2012) Demographic and health surveys a profile

International Journal of Epidemiology 41 1602-1613 94 Measure httpwwwmeasuredhscomData 95 UNICEF httpwwwuniceforgstatisticsindex_24302html 96 Smith DL Guerra CA Snow RW Hay SI (2007b) Standardizing estimates of malaria prevalence

Malaria Journal 6 131 97 Brooker S Kolaczinski JH Gitonga CW Noor AM Snow RW (2009) The use of schools for malaria

surveillance and programme evaluation in Africa Malaria Journal 8 231 98 Stevenson JC Stresman GH Gitonga CW Gillig J Owaga C Marube E Odongo W Okoth A China P

Oriango R Brooker SJ Bousema T Drakeley C Cox J (2013) Reliability of school surveys in estimating geographic variation in malaria transmission in the western Kenyan highlands PLoS One 8 e77641

99 De Zulueta J Kafuko GW Cullen JR (1963) An investigation of the annual cycle of malaria in Masaka

district (Uganda) East African Medical Journal 40 469-488 100 Najera JA Shidrawi GR Gibson FD Stafford JS (1967) A large-scale field trial of Malathion as an

insecticide for antimalarial work in Southern Uganda Bulletin of the World Health Organization 36 913-935

30

101 Storey J (1972) A review of malaria work in Sierra Leone 1900 to 1964 West African Medical Journal 27 57-68

102 Gitonga CW Karanja PN Kihara J Mwjame M Juma E Snow RW Noor AM Brooker S (2010)

Implementing school malaria surveys in Kenya towards a nationwide surveillance system Malaria Journal 9 306

103 Gitonga CW Edwards T Karanja PN Noor AM Snow RW Brooker S (2012) Plasmodium infection

anaemia and mosquito net use among school children across different settings in Kenya Tropical Medicine amp International Health 17 858ndash870

104 Houngbedji CA N Dri PB Huumlrlimann E Yapi RB Silueacute KD Soro G Koudou BG Acka CA Assi S

Vounatsou P N Goran EK Fantodji A Utzinger J Raso G (2015) Disparities of Plasmodium falciparum infection malaria-related morbidity and access to malaria prevention and treatment among school-aged children a national cross-sectional survey in Cote dIvoire Malaria Journal 14 7

105 Ashton R Kefyalew T Tesfaye G Pullan R Yadeta D Reithinger R Kolaczinski J Brooker S (2010)

School-based surveys of malaria in Oromia Regional State Ethiopia towards a map of malaria risk Federal Ministry of Health Ethiopia

106 Takem EN Affara M Amambua-Ngwa A Okebe J Ceesay SJ Jawara M Oriero E Nwakanma D

Pinder M Clifford C Taal M Sowe M Suso P Mendy A Mbaye A Drakeley C DAlessandro U (2013) Detecting foci of malaria transmission with school surveys A pilot study in The Gambia PLoS One 8 e67108

107 Clarke SE Roschnik N Rouhani S Diarra S Bamadio M Sacko M Traore D Ly AB Gaye O Sembene

M Fall FB (2012) Malaria in school children under a new policy of universal coverage of nets Recent data from Mali and Senegal American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 Supplement 5 abstract 1466

108 Kabatereine NB Standley CJ Sousa-Fugueiredo JC Fleming RM Stothard JR Talisuna A Fenwick A

(2011) Integrated prevalence mapping of schistosomiasis soil-transmitted helminthiasis and malaria in lakeside and island communities in Lake Victoria Uganda Parasites amp Vectors 4 232

109 Emerson PM Ngondi J Biru E Graves PM Ejigsemahu Y Gebre T Endeshaw T Genet A Mosher

AW Zerihun M Messele A Richards FO (2008) Integrating an NTD with one of lsquolsquoThe Big Threersquorsquo Combined malaria and trachoma survey in Amhara Region of Ethiopia PLoS Neglected Tropical Diseases 2 e197

110 Noor AM Alegana VA Patil AP Moloney G Borle M Ahmed F Yousef F Amran J Snow RW (2012)

Mapping the receptivity of malaria risk to plan the future of control in Somalia British Medical Journal Open Access 2 e001160

111 Boyd MF (1949) Malariology A comprehensive review of all aspects of this group of diseases from a

global standpoint Volume II WB Saunders Company Philadelphia and London

31

112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

6

et preacutevaut souvent dans des zones dariditeacute extrecircme ougrave les changements brusques des preacutecipitations habituelles peuvent conduire agrave des eacutepideacutemies Lindice de veacutegeacutetation ameacutelioreacute (EVI) deacuteriveacutee de limagerie du capteur MODerate-resolution Imaging Spectroradiometer (Radiomegravetre spectral pour imagerie de reacutesolution moyenne) (MODIS) a eacuteteacute utiliseacute pour deacutelimiter les zones soumises agrave lariditeacute extrecircme et donc potentiellement des zones de transmission instable du paludisme [245-47] Cependant limagerie par satellite EVI fournit une visualisation strieacutee de lariditeacute agrave travers le Mali le Niger et le Tchad (en fonction de la qualiteacute de limagerie) Malgreacute une illusion de preacutecision pour la transmission du paludisme instable cela na jamais eacuteteacute valideacute par des donneacutees empiriques sur lincidence clinique ou la preacutevalence Nous avons donc eacuteviteacute lutilisation de lindice de veacutegeacutetation ameacutelioreacute dans les deacutefinitions ulteacuterieures de la transmission du paludisme instable Une deacutefinition plus preacutecise du paludisme laquoinstableraquo est baseacutee sur les cas dincidence La mesure de lincidence du paludisme exige que tous les cas soupccedilonneacutes du paludisme soient diagnostiqueacutes gracircce agrave un systegraveme de surveillance complet comprenant le deacutepistage passif des cas (DPC) par lexamen parasitologique des personnes soupccedilonneacutees geacuteneacuteralement des cas feacutebriles preacutesentant les services sanitaires compleacuteteacutees par le deacutepistage actif des cas (DAC) les deacutepistages des cas de fiegravevre effectueacutes par des visites agrave domicile agrave intervalles reacuteguliers [34404341] Les reacutesultats sont geacuteneacuteralement exprimeacutes sous forme drsquoincidence parasitaire annuelle (IPA) pour tous les 1 000 habitants au sein de lensemble de la population des zones administratives pour lesquelles il est repreacutesentatif Au cours du GMEP lIPA neacutetait consideacutereacutee valable que si le taux dexamen sanguin annuel (TESA) la proportion de la population cible examineacutee deacutepassait 10 [4048] Lautre meacutetrique souvent preacutesenteacute est le taux de positiviteacute des lames (TPL) Ces indices de surveillance sont relieacutes comme suit API = (ABER SPR) 10a [49] Au cours des derniegraveres activiteacutes de cartographie aux niveaux mondial [45] et reacutegional [247] on a preacutefeacutereacute utiliser une valeur tregraves conservatrice de cas dincidence de lt1 cas pour 10 000 habitants Bien que cela reconnaisse les difficulteacutes agrave mesurer lincidence de cas il suppose que lidentification des cas gracircce agrave des systegravemes routiniers continue agrave ecirctre aussi faible comme cela a eacuteteacute le cas au cours des deux derniegraveres deacutecennies Des systegravemes dinformations sanitaires et les taux de cas de parasites confirmeacutes srsquoameacuteliorent agrave travers lAfrique Le deacutefi agrave preacutesent est de faire en sorte que soit faite la meilleure utilisation possible de ces donneacutees conformeacutement agrave la deacutefinition de lrsquoOMS de preacute-eacuteradication accepteacutee qui est de lt1 cas pour 1 000 [17 31 32] personnes ougrave cela peut ecirctre enregistreacutee en toute confiance ou des donneacutees partiellement incomplegravetes provenant des systegravemes de santeacute utiliseacutees par la majoriteacute de la population peuvent ecirctre efficacement spatialement modeacuteliseacutees Lors de nombreuses demandes de financement de leacutetranger des strateacutegies nationales de lutte contre le paludisme ou des examens de programmes de lutte contre le paludisme les incidences

a La division par dix est neacutecessaire parce que lrsquoAPI est exprimeacute par tranches de 1000 et les autres termes par tranches de 100

7

ou le nombre de cas signaleacutes par les systegravemes dinformation de santeacute de routine (SIS) sont de plus en plus preacutesenteacutes dans les cartographies agrave travers lAfrique subsaharienne notamment au Beacutenin au Botswana au Burkina Faso au Congo en Cocircte dIvoire en Erythreacutee en Guineacutee Bissau au Malawi en Mauritanie au Mozambique agrave Sao Tomeacute-et-Principe au Seacuteneacutegal au Togo agrave Zanzibar et au Zimbabwe [50] Ces donneacutees sont incomplegravetes et ne reflegravetent pas toujours les cas confirmeacutes parasitologiquement Neacuteanmoins ces exemples mettent en eacutevidence lrsquointeacuterecirct croissant dans lapplication des donneacutees de cas de paludisme de routine agrave la stratification et cartographie du risque de paludisme Des donneacutees imparfaites et incomplegravetes sur le paludisme ont reacutecemment eacuteteacute modeacuteliseacutees agrave lrsquoaide des meacutethodes geacuteostatistiques avanceacutees pour en faciliter lutilisation des donneacutees mensuelles incomplegravetes et les emplacements des eacutetablissements de santeacute geacuteocodeacutees en Namibie [51] et en Zambie [52] Ces nouvelles approches pour le traitement des donneacutees incomplegravetes de routine en combinaison avec des capaciteacutes de diagnostic redimensionneacutees offre de nouvelles possibiliteacutes inteacuteressantes pour modeacuteliser le cas dincidence ougrave la plupart des fiegravevres cherchent un traitement dans les secteurs formels et la plupart des fiegravevres sont parasitologique confirmeacutees Pour les pays ou zones se trouvant agrave linteacuterieur des pays cherchant agrave parvenir agrave eacuteradiquer le paludisme en Afrique des combinaisons de PCD et ACD avec deacutepistage des cas sont deacutejagrave en cours en Afrique du Sud [53] au Swaziland [54] agrave Zanzibar [55] au Cap-Vert [56] et dans les districts limitrophes du fleuve Seacuteneacutegal au Seacuteneacutegal [57] Le passage du controcircle agrave la preacute-eacuteradication est un continuum Par conseacutequent les mesures utiliseacutees pour deacutefinir ces paramegravetres doivent ecirctre refleacuteteacutees par des combinaisons de mesures en fonction de la disponibiliteacute et de la qualiteacute des donneacutees nationales Lorsquil ny a pas de systegravemes dinformation de santeacute fiables et lagrave ougrave la preacutevalence parasitaire reste eacuteleveacute il est fondamental dutiliser la preacutevalence dinfection agrave base communautaire comme indicateur de risque Lorsque leacuteradication est un objectif preacutedeacutefini la deacutetection de toutes les infections plutocirct que de tous les eacuteveacutenements pathologiques devient une prioriteacute Toutes les meacutetriques de risque doivent permettre de stratifier les reacutegions geacuteographiques avec une preacutecision adeacutequate Ces stratifications devraient permettre drsquoeacutetablir un lien quant agrave ce qui est neacutecessaire pour deacuteplacer une reacutegion plus loin dans le continuum vers le deacutefi ultime de leacuteradication Il ny a pas de lignes directrices deacutefinitives pour ce qui peut ecirctre mesureacute et sur les critegraveres neacutecessaires pour entamer lrsquoadaptation des strateacutegies de controcircle Nous travaillons en eacutetroite collaboration avec lOMS pour veiller agrave ce que cela soit plus clair dans un proche avenir 3 Lhistoire des enquecirctes parasitaires nationales en Afrique Certaines des enquecirctes nationales plus anciennes en matiegravere de preacutevalence de linfection ont eacuteteacute entreprises au Seacuteneacutegal en 1905-1906 [58] en Algeacuterie en 1908 [59] au Ghana en 1913 [60] agrave Zanzibar en 1923-1926 [61] et agrave lrsquoicircle Maurice entre 1923 et 1925 [62] Les enquecirctes parasitaires nationales ont eacuteteacute recommandeacutees agrave travers lAfrique pendant les phases preacuteparatoires et les phases dattaque de leacuteradication du paludisme dans le cadre du Projet GMEP [40 43 48] Celles-ci eacutetaient fondeacutees sur des meacutethodes deacutechantillonnage statistique pour permettre une

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plus grande preacutecision de preacutevalence de chaque communauteacute en fonction des niveaux de preacutevalence attendus [63] Des exemples de ces enquecirctes nationales srsquoeacutetendent sur 30 ans de preacuteparation pour le controcircle du paludisme en Afrique y compris les enquecirctes meneacutees avant la Confeacuterence de Kampala en Egypte en 1936 [64] au Cap-Vert en 1946 [65] au Libeacuteria en 1948 [66] et en Namibie en 1950 [67] et apregraves la Confeacuterence de Kampala au Maroc en 1951-1953 [68] au Mozambique 1952 [6970] agrave Madagascar entre 1952 et 1953 [71] en Angola 1953 [72] au Beacutenin 1954 [73] au Cameroun en 1954 [74] au Zimbabwe en 1956 [75] au Seacuteneacutegal en 1960 [76] au Soudan en 1961-1963 [77] en Somalie entre 1960 et 1961 [7879] au Botswana en 1962 [8081] au Togo entre 1962 et 1964 [82] en Mauritanie entre 1963 et 1965 [8384] en Sierra Leone entre 1963 et 1966 [85] en Algeacuterie entre 1964 et 1965 [86] en Ethiopie entre 1964 et 1965 [8788] en Ouganda entre 1965 et 1967 [89] et en Zambie entre 1969 et 1972 [90] Des exemples de repreacutesentations dessineacutees agrave la main de ces donneacutees denquecirctes nationales sont preacutesenteacutes dans le scheacutema 2 Scheacutema 2 Exemples denquecirctes nationales sur la preacutevalence du paludisme pendant legravere du GMEP a) au Seacuteneacutegal [76] b) en Ouganda [89] c) en Angola [72] d) au Mozambique [70] e) au Soudan [77] f) au Cameroun [74]

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Au deacutebut le Centre Muraz baseacute agrave Bobo Dioullaso au Burkina Faso faisait office du siegravege sous reacutegional du Service Geacuteneacuteral dHygiegravene et de Prophylaxie (SGHMP) qui fournissait des preacuteconisations meacutedicales et sanitaires ainsi que la recherche pour les pays qui constituaient la Feacutedeacuteration des pays de lrsquoAfrique occidentale Franccedilaise (AOF) En 1955 des enquecirctes aupregraves des meacutenages de grande ampleur ont eacuteteacute entreprises depuis le Centre Muraz agrave travers la sous-reacutegion pour eacutetablir la preacutevalence du pian et de la syphilis Le chef de la section de lutte contre le paludisme le commandant docteur Choumara a suggeacutereacute qursquoon pourrait inclure des enquecirctes compleacutementaires sur le paludisme sans occasionner des coucircts suppleacutementaires et sans retarder le travail de leacutequipe de Treacuteponeacutematoses Au cours des anneacutees suivantes les premiegraveres cartographies sous-reacutegionales de la preacutevalence empirique du paludisme ont eacuteteacute eacutelaboreacutees [91] (scheacutema 3) Scheacutema 3 Reacutesultats des enquecirctes paludomeacutetriques sous-reacutegionales meneacutees dans le cadre drsquoenquecirctes de treacuteponegraveme en milieu et agrave la fin des anneacutees 1950 par le Centre Muraz agrave travers lrsquoAOF [91]

Pendant les efforts deacuteradication un certain nombre de pays ont maintenu des enquecirctes communautaires parasitologiques eacutetendues mais pour la majoriteacute des pays dAfrique sub-saharienne les enquecirctes nationales dinfections paludiques aupregraves des meacutenages ont eacuteteacute abandonneacutees En 2005 cinq ans apregraves le lancement de linitiative Roll Back Malaria il a eacuteteacute reconnu quil eacutetait important de ressusciter des enquecirctes nationales des meacutenages sur la preacutevalence de linfection en tant que moyen pour permettre de suivre les progregraves au niveau des pays [9293] Les trois principaux veacutehicules denquecircte pour recueillir les donneacutees nationales contemporaines de

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preacutevalence parasitaires eacutetaient les modules de paludisme de lrsquoEnquecircte deacutemographique et de santeacute geacutereacutes par le programme ameacutericain MESURE-ICF [94] les Enquecirctes en grappes agrave indicateurs multiples geacutereacutees par lUNICEF [95] et les EIP autonomes geacutereacutees par les programmes nationaux de lutte contre le paludisme et leurs partenaires de drsquoenquecircte Ces enquecirctes sont effectueacutees avec un accent sur le suivi des eacutevolutions dans la couverture dintervention et du taux de mortaliteacute des enfants de moins de cinq ans dans le premier niveau des zones administratives (province Eacutetat Gouvernorat etc) Lrsquoeacutechantillonnage national stratifieacute et pondeacutereacute selon la population ne se fonde pas sur la preacutecision autour de la preacutevalence du paludisme Lune des conseacutequences est que les uniteacutes primaires deacutechantillonnage qui en deacutecoulent ne repreacutesentent qursquoun tregraves petit nombre dindividus eacutechantillonneacutes pour linfection par le paludisme Ceci est une distinction importante entre les enquecirctes nationales sur le paludisme meneacutees au cours de legravere du Projet GMEP qui ont eacuteteacute conccedilues sur la base de leur capaciteacute agrave deacutefinir la preacutevalence dinfection [63] Les enquecirctes nationales actuelles comprennent des combinaisons de meacutethodes de deacutepistage des parasites dans diffeacuterents tranches dacircge en fonction de lenquecircte nationale Cependant la majoriteacute se focalise uniquement sur les enfants acircgeacutes drsquoentre 6 mois agrave cinq ans ce qui constitue une tranche dacircge moins informative en termes de preacutevalence dinfection par rapport aux enquecirctes comprenant une fourchette dacircge denfance beaucoup plus eacutetendue [96] et qui repeacutesente une autre rupture par rapport aux enquecirctes nationales meneacutees entre les anneacutees 1950 et 1960 qui eacutetaient axeacutees sur les enfants de moins de 10 ou de moins de 15 ans ou qui ont pris en consideacuteration tous les membres du meacutenage Malgreacute ces limites il y a eu une augmentation importante de donneacutees empiriques sur la preacutevalence dinfection par le paludisme en Afrique par rapport agrave ce qui eacutetait disponible dans une vaste zone geacuteographique depuis plus de 40 ans Depuis 2006 les enquecirctes nationales sur le parasites du paludisme ont eacuteteacute entreprises en Angola (2006 et 2011) au Botswana (2012) au Beacutenin (2012) au Burkina Faso (2010 et 2014) au Burundi (2012) au Cameroun (2011) au Tchad (2011) aux Comores (2010b) en Cocircte dIvoire (2012) en Reacutepublique deacutemocratique du Congo (2011b) aux Comores (2010b) en Cocircte dIvoire (2012) en Reacutepublique deacutemocratique du Congo (DRC) (2009 et 201314) au Djibouti (2009b) en Guineacutee eacutequatoriale (2007 and 201011b) en Erythreacutee (2002 et 2012b) en Ethiopie (2006 2007 et 2011b) au Gabon (2007 adultes uniquementb) en Gambie (2008b 2010b 2013b et 2015b) Ghana (2011 and 2014) Guineacutee (2012 and 201415) Guineacutee Bissau (200809b) Kenya (2007b 2010b et 2015b) au Liberia (2009 et 2011) agrave Madagascar (2011 and 2013) au Malawi (2000 2009 2012 et 2014) au Mali (2010) Mozambique (2002a 2007a et 2011) en Namibie (2009a) au Nigeria (2010) au Rwanda (2007 et 201011) au Seacuteneacutegal (20089 201011 201213 et 201314) en Sierra Leone (2013) en Somalie (2005b et 2014b) au Sud-Soudan (2009b et 2013b) au Soudan (2005b 2009b et 2012b) au Swaziland (2010b) en Tanzanie (20078 et 201112) au Togo (201314) en Ouganda (2009 et 201415) en Zambie (2006b 2008b 2010b et 2012a) agrave Zanzibar (2007 2010 et 201112) et au Zimbabwe (2009 et 2012)

b Donneacutees mises agrave la disposition de lrsquoeacutequipe drsquoINFORM par les programmes nationaux de lute contre le paludisme sans permission pour de partager avec des tiers

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Suivant une augmentation des enquecirctes communautaires sur la preacutevalence drsquoinfection il y a eu une renaissance dans les enquecirctes drsquoeacutecoliers Cette fourchette dacircge fournit une gamme plus optimale pour les recherches sur la preacutevalence dinfection Lagrave ougrave la freacutequentation scolaire est eacuteleveacutee et ougrave lintensiteacute de transmission est stable cette approche consistant agrave mesurer lexposition communautaire aux parasites est moins coucircteuse et exige moins de main-dœuvre que leacutechantillonnage communautaire [9798] Lutilisation de la preacutevalence de linfection chez les eacutecoliers pour suivre les progregraves et limpact de la lutte contre le paludisme et son eacutelimination nrsquoest pas nouvelle Les enquecirctes scolaires ont eacuteteacute entreprises dans le cadre de la surveillance en Rhodeacutesie du Sud (aujourdhui appeleacute le Zimbabwe) [75] au Bechuanaland (aujourdhui appeleacute la Reacutepublique du Botswana) [80] en Ouganda [99 100] en icircle Maurice [62] et en Sierra Leone [101] Au Kenya les enquecirctes sur le paludisme dans les eacutecoles ont eacuteteacute reacuteguliegraverement effectueacutees dans le cadre de la surveillance paludique par la Division des maladies agrave transmission vectorielle (DMTV) depuis sa creacuteation dans les anneacutees 1940 jusquau deacutebut des anneacutees 1990 anneacutee ougrave ces enquecirctes ont eacuteteacute abandonneacutees en raison du manque de fonds [DMTV donneacutees non publieacutees] Des enquecirctes nationales reacutecentes en milieu scolaire ont eacuteteacute restaureacutees au Kenya [102103] en Cocircte dIvoire [104] en Ethiopie [105] en Gambie [106] au Mali [107] en Tanzanie [F Molteni communication personnelle] au Mozambique et au Malawi [Natalie Roschnik communication personnelle] et en Ouganda [108] Le co-eacutechantillonnage a eacuteteacute proposeacute au cours des enquecirctes sanitaires plus eacutetendues dans les anneacutees 1950 pour la lutte contre les treacuteponegravemes et le paludisme [91] ainsi qursquoau cours des enquecirctes nutritionnelles meneacutees en Zambie [90] Reacutecemment les opportuniteacutes partageacutees dont les enquecirctes sur le paludisme meneacutees dans le cadre dautres enquecirctes sanitaires ont eacuteteacute revues notamment le deacutepistage des maladies tropicales neacutegligeacutees [109] ou des enquecirctes nutritionnelles offrant ainsi des possibiliteacutes drsquointeacutegrer des diagnostics du paludisme En Somalie par exemple nous avons travailleacute avec lUniteacute danalyse de la nutrition et de la seacutecuriteacute alimentaire (FSNAU) de lOrganisation pour lalimentation et lagriculture en Somalie de faccedilon agrave inclure des diagnostics rapide du paludisme au cours du deacutepistage des problegravemes nutritionnels au sein des communauteacutes entre 2007 et 2011 [110] 4 Recueil des donneacutees denquecirctes sur la preacutevalence parasitaire Comme nous lavons indiqueacute plus haut il y a eu deux grandes pousseacutees dinteacuterecirct dans les enquecirctes nationales sur la preacutevalence parasitaire toutes les deux gravitant autour des initiatives mondiales pour controcircler et eacuteliminer le paludisme meneacutees par lOMS Cependant il y a eu de nombreuses enquecirctes de terrain sous-nationales et individuelles sur la preacutevalence de lrsquoinfection paludique agrave travers le continent depuis le deacutebut des anneacutees 1900 Le processus didentification de ces donneacutees denquecirctes fut long et ardu la prise en charge vers 20 ans Cette section deacutecrit le processus lextraction de donneacutees et lexhaustiviteacute de ce processus de recherche de donneacutees

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41 Contexte de strateacutegies de recherche de donneacutees Les principes de base de la recherche dinformation sur la preacutevalence dinfection paludique en Afrique ont eacuteteacute rassembleacutes dans le projet de collaboration appeleacute Cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) [4] Cette collaboration a eacuteteacute eacutetendue en 2005 dans le cadre du Projet Malaria Atlas (MAP) (Atlas du risque de paludisme en Afrique [Guerra et al 2007] Ces deux projets provisoires de recueil de donneacutees mettent en eacutevidence un aspect important de la localisation des informations paludomeacutetriques en Afrique dont la plupart proviennent de sources ineacutedites Cela nrsquoaurait pour autant pas surpris les paludologues qui travaillaient en Afrique il y a plus de cinquante ans Bagster-Wilson deacuteclare dans le traiteacute de Boyd sur le paludisme en 1948 qursquolaquoon peut sefforcer de deacutefinir avec plus de preacutecision la reacutepartition du paludisme dans la mesure ougrave les informations disponibles le permettront une grande partie de savoir local se cache dans les rapports officiels non publieacutes qui ne peuvent ecirctre consulteacutes que par le biais des visites dans les pays concerneacutes raquo [111] Pour identifier les sources dinformations nous avons proceacutedeacute agrave des meacutethodes opportunistes aux approches en cascade et nrsquoavons pas respecteacute les meacutethodes rigoureuses proposeacutees pour les examens systeacutematiques ou des meacuteta-analyses [112] eacutetant donneacute qursquoavoir recours uniquement aux donneacutees examineacutees par des pairs se traduirait par lexclusion de preacutecieuses sources de donneacutees de valeur au niveau des pays Nous avons utiliseacute des contacts personnels fait des reacutefeacuterences occasionnelles aux enquecirctes contenues dans les rapports des ministegraveres de la santeacute effectueacute des recherches darchives et effectueacute des recherches dans des publications traditionnelles eacutevalueacutees par les pairs afin de traquer les sources possibles de donneacutees denquecirctes paludiques agrave travers le continent Dans les sections suivantes nous tenterons darticuler les approches adopteacutees pour repeacuterer des informations 42 Recherches dans les archives historiques Depuis 2005 nous avons entrepris des recherches manuelles dans les archives et les bibliothegraveques des instituts ex-coloniaux de meacutedecine tropicale pour repeacuterer des rapports ineacutedits de paludologues travaillant en Afrique avant que les pays nrsquoaccegravedent agrave lindeacutependance Il srsquoagissait notamment de drsquoarchives de lInstitut de Meacutedecine Tropicale Anvers lrsquoInstitut Pasteur Paris Deacutepartement dHistoire de la Meacutedecine Sapienza - Universitagrave di Roma Rome ArchivioItaliano Di Scienze mediche Coloniali Rome Instituto Higiene Medicina Tropical Lisbonne Wellcome Trust Library Londres The National Archives Kew Royaume-Uni et la London School of Tropical Medicine and Hygiene Londres On notera en particulier les rapports de voyage des consultants et les rapports trimestriels de paludologues travaillant pour le compte de lOrganisation mondiale de la santeacute (OMS) agrave partir des anneacutees 1950 jusquaux anneacutees 1970 Ceux-ci fournissent des reacutecits riches et des donneacutees denquecircte des campagnes de preacute-eacutelimination des rapports deacutetape deacutelimination des critiques et des analyses de situation du paludisme au niveau national Toutes ces donneacutees sont archiveacutees dans les bibliothegraveques de lOMS agrave Genegraveve au Caire et agrave Brazzaville (Figure 4) Nous tenons agrave

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remercier les bibliotheacutecaires de ces archives qui nous ont fourni une aide preacutecieuse dans le repeacuterage des documents non publieacutes dans chacun de ces siegraveges de lOMS Figure 4 Archives de lrsquoOMS agrave Genegraveve (agrave gauche) et agrave Brazzaville (agrave droite) Nous avons eacutegalement visiteacute les archives nationales du Ministegravere de la santeacute situeacutees dans les villes de Nairobi Kisumu Eldoret Mombasa et Meru (au Kenya) Entebbe et Jinja (en Ouganda) Sennar Khartoum et Kassala (au Soudan) Thies (au Seacuteneacutegal) Amani (en Tanzanie) Accra (au Ghana) Tzaneen (en Afrique du Sud) et les archives personnelles de lex-directeur de Tzaneen Malaria Research Centre ndash Centre de recherche sur le paludisme (couvrant lAfrique du Sud la Namibie et le Botswana) Les dossiers et les rapports tenus au National Institute of Medical Research (Institut national de la recherche meacutedicale) agrave Amani (Scheacutema 5) a couvert la peacuteriode ougrave le centre eacutetait le siegravege sous-reacutegional de lrsquoInstitute of Malaria and Vector Borne Diseases (Institut est-africain du paludisme et des maladies agrave transmission vectorielle) (1954-1977) Le siegravege du Projet de leacuteradication du paludisme agrave Jinja en Ouganda abritait tous les dossiers des enquecirctes nationales des meacutenages agrave partir des anneacutees 1960 jusquen 2011 quand ceux-ci ont malheureusement eacuteteacute deacutetruits et nous nrsquoavons eacuteteacute en mesure de trouver que ceux qui avaient eacuteteacute deacutemeacutenageacute agrave Entebbe Des rapports annuels des services meacutedicaux et de lrsquoassainissement datant de 1919 produits par les gouvernements coloniaux de la Gambie du Nigeria du Gold Coast (Ghana) de Sierra Leone de Somalie du Kenya de Tanganyika (Tanzanie) de Zanzibar drsquoOuganda du Congo belge (RDC) du Bechuanaland (Botswana ) du Nyassaland (Malawi) de Rhodeacutesie (Zambie et Zimbabwe) de lrsquoicircle Maurice et du Soudan eacutetaient disponibles en eacutetats variables de conservation dans la bibliothegraveque fondeacutee par le Wellcome Trust en 1963 et fait maintenant partie des laboratoires nationaux de santeacute publique appartenant au ministegravere de la santeacute agrave Nairobi Kenya (Figure 5) Au cours du Projet de cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) des scientifiques reacutegionaux ont visiteacute les archives nationales situeacutees dans les villes de Maputo (Mozambique) Bobo Dioulasso (Burkina Faso) Yaoundeacute (Cameroun) Cotonou (Beacutenin) et Lomeacute (Togo) [MARA ARMA 1998] Ces recherches ont identifieacute plusieurs rapports importants

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renfermant des donneacutees denquecirctes nationales Ils nrsquoont cependant pas pris des exemplaires numeacuteriques de rapports originaux Dans la mesure du possible nous avons tenteacute de localiser ces rapports et drsquoen preacuteparer des exemplaires numeacuteriques Cela na pas toujours eacuteteacute couronneacutee de succegraves et nous avons de ce fait inclus certaines donneacutees des issues de la base de donneacutees MARA ARMA des enquecirctes meneacutees agrave lrsquoeacutepoque preacute-indeacutependance avec des citations respectives notamment celles reacutecupeacutereacutees du Centre Muraz agrave Bobo Dioulasso Des exemplaires numeacuteriques des rapports non-publieacutes issus des archives europeacuteennes et africaines sont mis agrave la disposition des pays dans le cadre du projet INFORM en tant que bibliothegraveques numeacuteriques Scheacutema 5 A gauche Archives du laboratoire national de santeacute publique Nairobi Kenya (Old Wellcome Trust Library) A droite ndash Bibliothegraveque de lrsquoInstitut national de recherche meacutedicale Amani Tanzanie 43 Recherche des donneacutees eacutelectroniques Des bases de donneacutees eacutelectroniques en ligne ont eacuteteacute utiliseacutees comme un moyen didentifier les pairs des donneacutees publieacutees sur la preacutevalence de linfection paludique notamment celles publieacutees depuis les anneacutees 1980 y compris PubMed [113] Google Scholar [114] Armed Forces Pest Management Board (le Conseil dadministration de la lutte antiparasitaire des Forces armeacutees) - Litteacuterature Retrieval System [116] la base de donneacutees de la bibliothegraveque de lrsquoOrganisation mondiale de la santeacute [116] et le service de la bibliothegraveque numeacuterique en ligne de lInstitut de Recherche pour le Deacuteveloppement [117] Nous nrsquoavons pas trouveacute facilement des revues reacutegionales y compris un grand nombre de revues meacutedicales nationales des revues de la santeacute publique et parasitologiques agrave partir des sources ci-dessus Toutefois nous avons trouveacute des titres et des extraits en ligne de lrsquoAfrican Journals Online (AJOL) [118] Dans toutes les recherches de bases de donneacutees numeacuteriques des travaux publieacutes contenant les des mots-cleacutes laquo paludisme raquo et laquonom de paysraquo ont eacuteteacute utiliseacutes Nous avons eacuteviteacute lrsquoemploi des terminologies speacutecialiseacutees issues du systegraveme de meacutetadonneacutees meacutedicales laquoMedical Subject Headings (MeSH)raquo dans les recherches darchives numeacuteriques de faccedilon agrave eacutelargir au maximum

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notre champ de recherche Nous avons effectueacute des recherches de base de donneacutees au moins une fois par an agrave partir de lrsquoanneacutee 2005 Nous avons compleacuteteacute nos recherches par des notifications reacuteguliegraveres hebdomadaires sur le paludisme du service dalerte infos de Malaria World [119] Roll Back Malaria des bulletins dinformations du Programme de santeacute environnementale de lUSAID [120] et Santeacute Tropicale pour les revues nationales et reacutegionales des pays francophones y compris Meacutedecine dAfrique noire [121 ] Les titres et les reacutesumeacutes ont eacuteteacute utiliseacutes pour identifier drsquoeacuteventuelles donneacutees denquecirctes parasitaires transversales dans diverses formes soit en tant qursquoenquecirctes communautaires enquecirctes en milieu scolaire autres meacutethodes de deacutepistage parasitaire ou des essais sur le terrain Nous avons eacutegalement eacutetudieacute des eacutetudes sur la preacutevalence de maladies associeacutees au paludisme lorsque celles-ci sont preacutesenteacutees dans le cadre drsquoenquecirctes sur laneacutemie lrsquoheacutemoglobinopathie la transfusion sanguine ou eacutevaluations de la situation nutritionnelle afin drsquoidentifier les rapports coiumlncidence de la preacutevalence paludique En outre crsquoeacutetait une pratique courante de deacutepister les membres de la communauteacute ou des eacutecoliers au cours des protocoles de sensibiliteacute preacutecoces aux meacutedicaments antipaludeacuteens de sorte agrave enrocircler des personnes infecteacutees aux enquecirctes de suivi post-traitement Souvent des donneacutees issues des sites denquecirctes seacutelectionneacutes permettaient de fournir le nombre de personnes deacutepisteacutees et le nombre de personnes infecteacutees Les enquecirctes aupregraves des populations feacutebriles ou des personnes freacutequentant des cliniques ont eacuteteacute exclues Les publications avec des titres ou des extraits pouvant indiquer la preacutesence des donneacutees parasitaires possibles ont eacuteteacute soit teacuteleacutechargeacutees agrave partir darchives de revues offertes en ligne en libre accegraves ou provenant de HINARI (lInitiative daccegraves aux recherches pour la santeacute) [122] A chaque fois que les publications nrsquoeacutetaient pas disponibles sur HINARI en libre accegraves nous visitions les archives des bibliothegraveques du Royaume-Uni agrave la London School of Hygiene and Tropical Medicine la Liverpool School of Tropical Medicine la bibliothegraveque Bodleian agrave lUniversiteacute dOxford ou la Bibliothegraveque de lInstitut Pasteur Paris pour obtenir en obtenir des exemplaires Nous faisions des demandes de reacutefeacuterences que nous nrsquoarrivions pas agrave trouver suivant ces recherches agrave laide du catalogue mondial des recherches agrave travers les bibliothegraveques dOxford factureacutees agrave la page Toutes les publications agrave partir desquelles des donneacutees ont eacuteteacute extraites ont eacuteteacute contreveacuterifieacutees agrave lrsquoaide des bibliographies provenant dautres sources qursquoon aurait oublieacutees ou qui correspondraient agrave des documents non publieacutes ou laquodocuments parallegravelesraquo qui ne sont geacuteneacuteralement pas controcircleacutes par les eacutediteurs commerciaux Les auteurs des articles eacutevalueacutes par les pairs ont souvent eacuteteacute contacteacutes pour nous renseigner sur des informations compleacutementaires dans leur document et nous indiquer dautres travaux non publieacutes dans leur zone geacuteographique ou de leur institution

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44 Autres sources de donneacutees Les enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages ayant inteacutegreacute la preacutevalence parasitaire sont deacutecrites dans la section 3 Les donneacutees provenant de ces enquecirctes sont soit disponibles en formats teacuteleacutechargeables agrave partir du programme ICF MEASURE ou ont eacuteteacute fournis au projet INFORM par les programmes nationaux de lutte antipaludique dans le cadre daccords de collaboration Pour dautres donneacutees eacuteventuellement ineacutedites et propres aux sites sur la preacutevalence du paludisme nous avons consulteacute des sites Web et contacteacute les organisations non gouvernementales (ONG) travaillant en Afrique pouvant avoir entrepris des eacutevaluations sanitaires comprenant des enquecirctes parasitologiques au sein des communauteacutes aupregraves desquelles elles œuvraient Il srsquoagissait notamment de Meacutedecins sans Frontiegraveres [123] MERLIN [124] le Centre Carter [125] Selon lUniteacute danalyse de la seacutecuriteacute alimentaire et de la nutrition en Somalie (FSNAU) [126] Shape Consulting [127] Save the Children [128] Malaria Consortium [129] et MENTOR [130] Gracircce aux contacts fournis par ces agences nous avons pu trouver des donneacutees provenant de sites drsquoenquecirctes en Guineacutee en Sierra Leone en Cocircte dIvoire en Tanzanie au Libeacuteria en Somalie au Kenya en Ouganda au Nigeria en Ethiopie au Mali et au Soudan du Sud Les extraits des ouvrages publieacutes par Tropical Medicine ainsi que ceux issus des reacuteunions sur le paludisme ont eacuteteacute identifieacutes provenant de sources les plus diverses possibles et produits dans le cadre de confeacuterences et de congregraves nationaux et internationaux Ceux-ci ont eacuteteacute utiliseacutes pour signaler drsquoeacuteventuelles donneacutees solliciteacutees par correspondance des auteurs drsquoextraits Notre preacutesence reacutegionale et les liens que nous entretenons avec la communauteacute de recherche sur le paludisme en Afrique a permis de faire naicirctre une prise de conscience quant agrave lobjectif et agrave lambition de la recherche sur la cartographie du paludisme commenceacute en 1996 sous la collaboration MARA ARMA [35] Nous avons profiteacute de cette connectiviteacute reacutegionale des chercheurs pour contacter directement les collegravegues travaillant sur leacutepideacutemiologie du paludisme de sorte agrave rechercher des donneacutees ventileacutees et speacutecifiques au site souvent ineacutedites La volonteacute de partager des donneacutees non publieacutees sur les enquecirctes parasitaires a eacuteteacute sans preacuteceacutedent Au 1er Juillet 2015 plus de 700 scientifiques et speacutecialistes individuels de la santeacute publique ont fourni des informations ventileacutees sur les donneacutees publieacutees donneacutees non-publieacutees ou ont apporteacute leur concours agrave la localisation des communauteacutes eacutechantillonneacutees agrave travers lAfrique Nous avons tenu agrave les remercier dans lannexe accompagnant le preacutesent rapport ainsi que sur le site Web INFORM [131] Les instituts reacutegionaux menant des recherches sur le paludisme et leurs partenaires de collaboration eacutetaient toujours agrave lavant-garde dans la fourniture de donneacutees non publieacutees Il convient de mentionner particuliegraverement les Medical Research Council Laboratories (Gambie) les partenariats de collaboration entre le Kenyan Medical Research Institute et le Wellcome Trust Universiteacute dOxford US Centers for Disease Control Universiteacute de Nagasaki et Walter Reed (Kenya) le Centre de Recherche et de formation sur le paludisme (Mali) Uganda Malaria Surveillance Project (Ouganda) les partenariats de collaboration tisseacutes entre Ifakara Health Institute et le Swiss Tropical Institute la London School of Hygiene and Tropical Medicine et US

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Centers for Disease Control (Tanzanie) Dar es Salaam Urban Malaria Control Project (Tanzanie) National Medical Research Institute agrave Amani (Tanzanie) Institut Pasteur (Madagascar) lrsquoInstitut de Recherche pour le deacuteveloppement (Seacuteneacutegal) Centre de Rechercheacute en Santeacute de Nouna (Burkina Faso) Institute for Endemic Diseases University of Khartoum (Sudan) Blue Nile Health Project-Giezera State University (Sudan) Centro Investigaco Saude Angola (Angola) Liverpool School of Tropical Medicine Wellcome Trust and College of Medicine Programme collaboratif de lrsquoUniversity of Malawi (Malawi) South African Medical Research Council (Afrique du Sud Mozambique et Swaziland) le programme de collaboration du Swiss Tropical and Public Health Institute et de lInstitut de la santeacute publique (Cocircte dIvoire) le programme de collaboration du US Centers for Disease Control (Togo) partenariats de collaboration du Prince Leopold Institute (Burundi Beacutenin et Rwanda) Malaria Institute agrave Macha (Zambie) Medical Research CentreOuganda Virus Research Institute (Ouganda) lEcole de Santeacute Publique de Kinshasa (RDC) et le Southern African Malaria Consortium (Zimbabwe) 5 Abstraction des donneacutees drsquoenquecircte 51 Exigences minimales en matiegravere de donneacutees De chacun des rapports drsquoenquecircte les champs de donneacutees minimales requises pour chaque enregistrement sont les suivants description de la zone deacutetude (nom divisions administratives et coordonneacutees geacuteographiques cas eacutecheacuteant) dates de deacutebut et de fin de lenquecircte (mois et anneacutee) et renseignements sur de lexamen sanguin (nombre de personnes deacutepisteacutees nombre de personnes constateacutees positives pour infection au Plasmodium par espegravece) meacutethodes utiliseacutees pour deacutetecter linfection (microscopie tests de diagnostic rapide (TDR) reacuteaction en chaicircne par polymeacuterase (PCR) ou combinaisons) et lrsquoacircge le plus bas et la population eacutetudieacutee Pour les donneacutees provenant des essais controcircleacutes et randomiseacutes dintervention les donneacutees nrsquoont eacuteteacute seacutelectionneacutees que lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees de base de preacute-intervention et celles issues des enquecirctes de suivi transversales ulteacuterieures au sein des populations teacutemoins Lorsque des cohortes dindividus ont eacuteteacute interrogeacutees agrave plusieurs reprises dans le temps nous nous sommes efforceacutes dinclure uniquement la premiegravere enquecircte et les enquecirctes ulteacuterieures lorsque celles-ci nrsquoavaient qursquoun eacutecart drsquoau moins cinq mois par rapport agrave la date denquecircte initiale pour eacuteviter toute deacutependance entre les observations baseacutees sur le traitement des personnes infecteacutees preacuteceacutedentes Lorsqursquoil neacutetait pas possible de ventiler les enquecirctes reacutepeacuteteacutees celles-ci eacutetaient deacutefinitivement exclues de lanalyse Plusieurs pays ont maintenu des enquecirctes sanguines de masse apregraves avoir atteint les phases de consolidation de leacutelimination La dureacutee des phases de preacute-eacutelimination drsquoattaque de consolidation et dentretien deacutelimination varie entre les pays [47] Nous avons choisi dexclure les donneacutees eacutechantillonneacutees apregraves les dates ougrave les pays mettant en œuvre des programmes drsquoeacutelimination avaient commenceacute agrave utiliser des taux drsquoincidence deacuteriveacutes des indices parasitaires annuels ou lorsque des enquecirctes sanguines de masse eacutetaient utiliseacutees pour deacutemontrer labsence de transmission en Algeacuterie (1967) en Egypte (1965) en Libye (1967) en icircle Maurice (1957) au Maroc (1969) en Reacuteunion (1953) et en Tunisie (1968)

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Parfois les rapports preacutesentaient le nombre total de personnes examineacutees dans un certain nombre de villages et le pourcentage de personnes controcircleacutees positives par village ici nous avons supposeacute que le deacutenominateur par village eacutetait eacutequivalent au nombre total de personnes examineacutees diviseacute par le nombre total de villages Il eacutetait possible deacutetablir lanneacutee de chaque enquecircte cependant il eacutetait parfois impossible drsquoeacutetablir le mois de lenquecircte agrave partir des rapports denquecirctes Dans ce cas de figure nous avons utiliseacute des descriptions saison laquohumideraquo et saison laquosegravecheraquo premier ou deuxiegraveme trimestre scolaire ou dautres informations pour parvenir agrave une approximation du mois de lenquecircte et avons inclus un rapport sur cette hypothegravese Certains reacutesultats de lenquecircte ont eacuteteacute signaleacutes en tant qursquoagreacutegat dans lespace (par exemple un seul PfPR pour un groupe de villages) ou dans le temps (par exemple un PfPR moyen estimeacute agrave partir de quatre enquecirctes diffeacuterentes meneacutees au fil du temps) Dans de tels cas nous avons soit chercheacute dautres rapports des mecircmes enquecirctes avec une reacutesolution spatiale ou temporelle plus eacuteleveacutee Lagrave ougrave cela na pas eacuteteacute possible et ougrave des groupes de villages deacutepassaient 5 km2 nous avons exclu du dossier de lanalyse (voir ci-dessous) Lorsque des informations suppleacutementaires eacutetaient neacutecessaires pour fournir des donneacutees speacutecifiques par village dans un moment preacutecis nous avons demandeacute aux auteurs de nous fournir tout renseignement ou document manquant 52 Meacutethodes de deacutetection parasitaires Compte tenu de son ubiquiteacute en tant qursquooutil de diagnostic paludique la meacutethode preacutefeacutereacutee de deacutetection parasitaire eacutetait la microscopie Aucune distinction nrsquoeacutetait faite entre la microscopie optique ou par fluorescence La qualiteacute de la veacuterification de lame [132133] les variations de sensibiliteacute speacutecificiteacute entre les tests de diagnostic rapide (TDR) [134] la capaciteacute des eacutequipes de terrain agrave analyser les TDR de maniegravere fiable [135-138] ou des variations obtenues sur la base de la seacutelection des amorces pour les reacuteactions en chaicircne de la polymeacuterase (PCR) [139] influencent toutes les descriptions de la preacutevalence et auront des variances intrinsegraveques entre les enquecirctes incluses dans la base de donneacutees Il a eacuteteacute deacutemontreacute que les TDR donnent des taux de faux positifs plus eacuteleveacutes que la microscopie [134 140 141] cependant ils ont tendance agrave stratifier agrave fois le taux parasitaire le plus bas (lt1) et le plus eacuteleveacute (gt50) avec plus de preacutecision par rapport agrave la microscopie courante [133 141] Une analyse drsquoun grand recueil de donneacutees sur les taux parasitaires des communauteacutes a deacutemontreacute quil y avait une diffeacuterence minime dans les estimations du taux moyen global de preacutevalence de P falciparum dans une analyse des donneacutees correspondantes apparieacutees issues des enquecirctes communautaires ayant utiliseacute la microscopie et les TDR pour les examens parasitaires [46] Neacuteanmoins les diffeacuterences entre les TDR et la microscopie en matiegravere de leur capaciteacute agrave deacutetecter des dinfections mineures lorsquelles sont geacutereacutees dans des conditions normales restent un preacutejugeacute systeacutematique inheacuterent aux donneacutees [141] que nous sommes incapables de controcircler Nous sommes eacutegalement incapables de controcircler la qualiteacute des analyses de donneacutees des enquecirctes en utilisant uniquement la microscopie Le principal problegraveme de la microscopie lorsquelle est utiliseacutee dans le cadre les enquecirctes-eacutechantillons nationales est la qualiteacute de la preacuteparation des lames (coloration et entreposage) et

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ou les garanties de la veacuterification de la qualiteacute (VQ) des analyses des lames Dans ce cas de figure nous avons en consultation avec les responsables des enquecirctes nationales ducirc faire plusieurs jugements de valeur Par exemple pour les enquecirctes nationales aupregraves des meacutenages au Soudan en Somalie au Malawi et en Angola nous avons choisi dinteacutegrer les preacutevalences dinfection obtenues gracircce aux TDR plutocirct les estimations provenant des analyses des lames de microscopie Par contre pour drsquoautres pays tels que le Kenya et lOuganda nous avions des garanties quant agrave la qualiteacute des analyses des preacutelegravevements sanguins pendant enquecirctes sur les indicateurs du paludisme Il ny a pas de regravegles absolues pour ces deacutecisions A chaque fois que des preuves quant agrave la qualiteacute des analyses des lames nous eacutetaient fournies nous avons deacutecideacute drsquoutiliser celles-ci par rapport aux TDR 53 Geacuteocodage des sites drsquoenquecircte Le geacuteocodage de donneacutees la deacutefinition dune longitude et une latitude deacutecimale pour chaque site denquecircte consistait en une tacircche particuliegraverement exigeante En fonction de leur repreacutesentation spatiale les donneacutees eacutetaient classeacutees en tant que villages communauteacutes ou eacutecoles individuelles ou ensemble de communauteacutes dans une zone deacutefinissable correspondant agrave une zone agrave linteacuterieur dun quadrillage de 5 km ou environ 005 degreacutes deacutecimaux au niveau de leacutequateur Dans la mesure du possible nous avons chercheacute agrave conserver des donneacutees ventileacutees au niveau des villages plutocirct que des donneacutees agrave travers une laquogrande eacutetendueraquo Lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees provenant des communauteacutes deacutepassant un quadrillage de 5 km nous avons consideacutereacute ces derniers comme une reacutesolution spatiale trop faible avec une variance importante possible dans le polygone dinformations agrave exclure lors de lutilisation de la modeacutelisation geacuteostatistique avanceacutee En pratique il srsquoagissait ici drsquoun critegravere difficile agrave veacuterifier eacutetant donneacute que la plupart des rapports denquecircte ne fournissaient pas suffisamment de deacutetails sur la superficie de la zone eacutetudieacutee Une utilisation plus reacutecente des systegravemes de positionnement mondial (GPS) lors de travaux denquecircte permet une reacuteagreacutegation des donneacutees denquecircte aupregraves des meacutenages avec une plus grande preacutecision Crsquoest eacutegalement utile dans le maintien du critegravere du quadrillage de 5 km tout en combinant des grappes de petites tailles deacutechantillon dans lespace Lutilisation du GPS pour enregistrer des longitudes et latitudes a contribueacute de maniegravere appreacuteciable agrave des enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages depuis circa 2007 [142] Cependant dans les enquecirctes deacutemographiques et sanitaires aupregraves des meacutenages geacutereacutes par le programme ICF-MEASURE un processus de deacuteplacement de coordonneacutees GPS est effectueacute de telle sorte que pour les clusters urbains un deacuteplacement est introduit agrave une distance allant jusqursquoagrave tous les 2 km qui influe rarement sur la preacutecision globale de modeacutelisation eacutetant donneacute que ce processus se fait dans le cadre est dans les zones urbaines Pour les clusters ruraux on fait un deacuteplacement jusqursquoagrave 5 km avec 1 de clusters ruraux suppleacutementaires deacuteplaceacutes jusquagrave une distance de 10 km Ici nous avons passeacute en revue tous les clusters ruraux agrave lrsquoaide de Google Earth pour examiner la mesure dans laquelle les clusters ruraux pourraient avoir eacuteteacute deacuteplaceacutes vers des zones inhabiteacutees et repositionneacutes dans les zones peupleacutees les plus proches

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Pour positionner chaque site denquecircte lagrave ougrave les coordonneacutees GPS ne sont pas disponibles nous avons utiliseacute une varieacuteteacute de ressources numeacuteriques parmi lesquels les plus utiles eacutetaient Encyclopeacutedie Microsoft Encarta (Microsoft 2004) et Google Earth (Google 2009) Drsquoautres sources drsquoarchives numeacuteriques de noms de lieux couramment utiliseacutes sont entre autres le serveur de noms de lieux de la National Geospatial-Intelligence Agency GEOnet Eacutetats-Unis [143] Falling Rain Genomicsrsquo Global Gazetteer [144] Alexandria Digital Library de lUniversiteacute de Californie Eacutetats-Unis [145] African Data Sampler [146] MapCarta [147] Maplandia [148] Global geodatabase-cities [149] Open Street Map [150] VMAP0 [151] et IslamicFinder [152] A travers lAfrique il existe un certain nombre de reacutepertoire toponymique numeacuteriques nationaux pour les lieux habiteacutes les eacutetablissements sanitaires ou les eacutecoles Ce type de reacutepertoires accroicirct en nombre en preacutecision et en couverture Nous les avons obtenus sur demande aupregraves des bureaux nationaux de recensement des ministegraveres de leacuteducation et de la santeacute et des ONG partenaires Cela srsquoest aveacutereacute un outil preacutecieux dans la localisation des communauteacutes au Burkina Faso au Kenya en Gambie au Mozambique agrave Madagascar en Somalie au Malawi en Mauritanie au Ghana au Niger en Namibie au Seacuteneacutegal en Somalie en Afrique du Sud en Tanzanie en Ouganda en Zambie et agrave Zanzibar Bien que nous tentons drsquoutiliser des nomenclatures types et des strateacutegies uniques de nommage dans les reacutepertoires toponymiques numeacuteriques [153] il est difficile drsquoatteindre cela au niveau national ougrave les orthographes changement en fonction des auteurs au fil du temps et ougrave les mecircmes noms de lieux sont reacutepliqueacutees agrave travers un pays En tant que tel lors de lextraction de donneacutees chaque point de donneacutees a eacuteteacute enregistreacute avec autant drsquoinformations geacuteographiques que possible issues de la source Crsquoest bien ces informations qui ont eacuteteacute utiliseacutees au cours du geacuteo-positionnement par exemple pour veacuterifier que le geacuteocodage permettait de cadrer les sites denquecirctes dans les uniteacutes administratives deacutecrites dans le rapport ou qursquoil correspondait agrave dautres deacutetails dans le rapport sur la distance vis-agrave-vis des riviegraveres ou les villes lorsque cela eacutetait afficheacutees sur Google Earth Bien quen theacuteorie les coordonneacutees GPS doivent repreacutesenter une localisation spatiale sans ambiguiumlteacute il fallait une veacuterification rigoureuse pour veiller agrave ce que les sites denquecirctes correspondent aux coordonneacutees GPS Comme drsquohabitude nous avons donc reveacuterifieacute toutes les donneacutees GPS de toutes les sources en utilisant les noms de lieux et ou Google Earth pour assurer que les coordonneacutees se situaient dans les communauteacutes Toutes les coordonneacutees ont eacuteteacute soumises agrave un controcircle final agrave laide de la base de donneacutees spatiale des frontiegraveres administratives de second niveau deacuteveloppeacutees et reacuteviseacutee en 2008 par lOrganisation pour lalimentation et lagriculture (FAO) des Nations Unies [154] Loutil de seacutelection spatiale ArcGIS 101 (ESRI USA) a eacuteteacute utiliseacute pour veacuterifier que les points du long du littoral eacutetaient situeacutes sur des terrains tels que deacutefinis par GAUL 2008 La base de donneacutees de Global Lakes and Wetlands (GLWD) deacuteveloppeacutee par le Fonds mondial pour la nature [155] a eacuteteacute utiliseacute pour srsquoassurer que les points inteacuterieurs eacutetaient positionneacutes sur la terre ferme et non pas sur des plans deau Nous cherchions par-lagrave agrave identifier les coordonneacutees qui se trouvaient leacutegegraverement au large des cocirctes sur les affluents ou dans les uniteacutes administratives incorrectes chaque anomalie a eacuteteacute reveacuterifieacutee et repositionneacutee agrave laide de petits changements et avec Google Earth

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54 Deacutefinition des frontiegraveres nationales A la fin de la Seconde Guerre mondiale en 1945 presque tous les pays en Afrique eacutetaient soumis agrave la domination ou agrave lrsquoadministration coloniale Chaque pays sur le continent africain est aujourdhui indeacutependant mecircme si quelques icircles restent sous administration europeacuteenne (la Reacuteunion et Mayotte) Il existe actuellement 55 Etats indeacutependants dont 53 sont membres de lUnion africaine Tout au long de ce rapport nous utilisons les noms et les frontiegraveres des Eacutetats-nations en Afrique et les frontiegraveres actuelles plutocirct que la nomenclature preacute-indeacutependance Tout au long de ce rapport nous avons utiliseacute lrsquooutil numeacuterique de traitement de frontiegraveres parraineacute par lrsquoONU [156] En tant que tel nous traitons le Soudan du Sud en tant qursquoentiteacute diffeacuterente de la Reacutepublique du Soudan et lEacuterythreacutee diffeacuterente de lEthiopie Il y a beaucoup de zones litigieuses en Afrique revendiqueacutees par diffeacuterents pays voisins et qui restent en suspens [157] Pour les besoins de notre travail nous avons traiteacute le Triangle drsquoIlemi en tant que partie inteacutegrante de la reacutegion de Turkana du Kenya Nous avons consideacutereacute Walvis Bay en Namibie comme faisant toujours partie de la Namibie en deacutepit du fait que ce territoire fait partie de lrsquoAfrique du Sud depuis de nombreuses anneacutees suivant lindeacutependance de la Namibie en 1990 Deux petits territoires au sein du Royaume du Maroc continuent decirctre occupeacutes par lEspagne dans le Nord-Ouest (Ceuta) et dans le Nord-Est (Melilla) sur le littoral meacutediterraneacuteen Cependant nous avons consideacutereacutes ces territoires comme faisant partie du Royaume du Maroc se rapprochant de son eacutetendue ottomane avant 1912 Nous traitons la peacuteninsule du Sinaiuml en tant que partie permanente de la Reacutepublique arabe dEgypte Sans faire de jugements politiques nous avons consideacutereacute la reacutegion drsquoAbeyi comme faisant partie inteacutegrante de la Reacutepublique du Soudan cependant dans la cartographie des produits nationaux les deux pays prennent en compte cette reacutegion Nous avons traiteacute le Triangle Halaib sur la frontiegravere soudano-eacutegyptienne comme faisant partie du Soudan bien que depuis 2010 lrsquoEacutegypte controcircle cette zone en tant que partie inteacutegrante de son Etat de la Mer Rouge La reacutegion de Bakassi territoire frontalier contesteacute sur la cocircte atlantique entre le Nigeria et le Cameroun a eacuteteacute traiteacute comme faisant partie du Nigeria en deacutepit de la mise en œuvre finale des accords qui ont accordeacute cette reacutegion agrave ladministration camerounaise en 2014 Les groupes insulaires de Bioko Annobin et Zanzibar sont traiteacutees seacutepareacutement de la partie continentale de Guineacutee eacutequatoriale et de Tanzanie respectivement Ces groupes insulaires ont toujours eu diffeacuterents plans de lutte antipaludique et des ambitions drsquoeacutelimination diffeacuterentes de ceux de leurs homologues du continent 55 Normalisation selon lacircge Lorsque lacircge nrsquoeacutetait pas preacuteciseacute dans le rapport de chaque enquecircte mais que le rapport preacutecisait que lrsquoensemble du village ou drsquoenfants de leacutecole primaire eacutetaient examineacutes nous avons supposeacute que les tranches dacircge agrave 0-99 ans ou 5-14 ans respectivement Il y avait une grande diversiteacute dans les tranches dacircge des populations eacutechantillonneacutees entre les eacutetudes Pour faire des comparaisons significatives dans le temps et lespace une seule tranche dacircge normaliseacute est neacutecessaire Il est possible drsquoeffectuer des ajustements dun acircge normaliseacute pour le Plasmodium falciparum gracircce agrave lobservation et agrave la theacuteorie des maladies infectieuses lagrave ougrave limmuniteacute est acquise apregraves une exposition reacutepeacuteteacutee de la naissance Nous avons adapteacute des modegraveles de

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conversion catalytique de Muench (dabord utiliseacute dans le paludisme par Pull amp Grab dans les anneacutees 1970 [158]) en eacutequations statiques en R-script qui utilise les gammes infeacuterieure et supeacuterieure deacutechantillon et la preacutevalence globale pour se transformer en une estimation preacutevues chez les enfants acircgeacutes de 2-10 ans PfPR2-10 [96] 56 Limitations dues agrave la taille de leacutechantillon La taille de leacutechantillon est inversement proportionnelle agrave la preacutevalence ougrave agrave faible taille des eacutechantillons les biais dans les estimations de la preacutevalence sont introduits en fonction de la preacutevalence reacuteelle de la population se traduisant deacutecarts-types relativement eacuteleveacutes [159] Il existe un seuil critique entre 10 et 20 individus eacutechantillonneacutes en dessous duquel les eacutecarts-types augmentent de faccedilon exponentielle dans la plupart des enquecirctes sur les infections parasitaires et la courbe commence agrave aplatir agrave partir drsquoune taille denviron 50 eacutechantillons et atteint une asymptote agrave environ 100 [160] La taille des eacutechantillons denquecircte individuels est eacutegalement importante dans le calcul des correacutelations avec les variables dendeacutemiciteacute pour veacuterifier les associations plausibles entre par exemple des preacutecipitations et la preacutevalence Au cours de seacutelection des co-variables de petits eacutechantillons impreacutecis peuvent conduire agrave loverfitting Nous avons chercheacute agrave combiner les communauteacutes agrave proximiteacute ougrave tout village comptait moins de 10 personnes eacutechantillonneacutees et ougrave les communauteacutes se situaient agrave moins de 5 km lrsquoun de lautre eacutechantillonneacutes exactement au mecircme moment par les mecircmes enquecircteurs 6 Partage et accegraves aux donneacutees Les donneacutees recueillies pour cette eacutetude font partie dune initiative plus large visant agrave aider les gouvernements nationaux en mettant agrave leur disposition des plateformes de donneacutees probantes pour les aider agrave concevoir des projets de lutte antipaludique gracircce au concours du projet INFORM [131161] soutenu par le Deacutepartement pour le deacuteveloppement international Royaume-Uni et le Wellcome Trust Les donneacutees geacuteocodeacutees sur la preacutevalence parasitaire issues des donneacutees archiveacutees publieacutees et ineacutedites donneacutees et rassembleacutees en bases de donneacutees soigneusement conserveacutees doivent ecirctre prise en charge et geacutereacutees par les services de lutte contre le paludisme au sein des ministegraveres nationaux de la santeacute Les donneacutees provenant des recherches nationales et des enquecirctes meneacutees par les ministegraveres de la santeacute sont la proprieacuteteacute des gouvernements nationaux Le plus souvent la plupart des ministegraveres de la santeacute nont pas accegraves agrave la gamme complegravete des donneacutees sur le paludisme pourtant potentiellement disponibles dans leur propre pays Le but est donc de se servir du projet INFORM pour bacirctir une appropriation des donneacutees nationales sur le paludisme et mettre toutes les donneacutees recueillies agrave la disposition des ministegraveres de la santeacute agrave travers lAfrique et aux conseillers techniques reacutegionaux de lOrganisation mondiale de la santeacute A ce titre ces gouvernements nationaux deviendront les gardiens de leurs propres donneacutees nationales et pleinement responsables de leur distribution aux scientifiques nationaux reacutegionaux et internationaux ainsi qursquoaux partenaires de controcircle

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7 Reacutefeacuterences 1 Snow RW (2014) Sixty years trying to define the malaria burden in Africa have we made any progress

BMC Medicine 12 227 2 Noor AM Kinyoki DK Mundia CW Kabaria CW Wambua JM Alegana VA Fall IS Snow RW (2014) The

changing risk of Plasmodium falciparum malaria infection in Africa 2000ndash10 a spatial and temporal analysis of transmission intensity Lancet 383 1739-1747

3 Snow RW Marsh K le Sueur D (1996) The need for maps of transmission intensity to guide malaria

control in Africa Parasitology Today 12 455ndash457 4 MARAARMA (1998) Towards an atlas of malaria risk in Africa First technical report of the

MARAARMA collaboration Durban South Africa httpsidl-bncidrccadspacebitstream10625316441114833pdf

5 Le Sueur D Binka F Lengeler C de Savigny D Teuscher T Toure Y Snow RW (1997) An atlas of malaria in

Africa Africa Health 19 23-24 6 Trape JF amp Rogier C (1996) Combating Malaria morbidity and mortality by reducing transmission

Parasitology Today 12 236-240 7 Snow RW Omumbo JA Lowe B Molyneux SM Obiero JO Palmer A Weber MW Pinder M Nahlen B

Obonyo C Newbold C Gupta S Marsh K (1997) Relation between severe malaria morbidity in children and level of Plasmodium falciparum transmission in Africa Lancet 349 1650-1654

8 Ghani AC Sutherland CJ Riley EM Drakeley CJ Griffin JT Gosling RD Filipe JAN (2009) Loss of

population levels of immunity to malaria as a result of exposure reducing interventions consequences for interpretation of disease trends PLoS One 4 e4383

9 Okiro EA Al-Taiar A Reyburn H Idro R Berkley J Nokes DJ Snow RW (2009) Age patterns of severe

paediatric malaria and their relationship to Plasmodium falciparum transmission intensity Malaria Journal 8 4

10 Carneiro I Roca-Feltrer A Griffin JT Smith L Tanner M Armstrong Schellenberg J Greenwood BM

Schellenberg D (2010) Age-patterns of malaria vary with severity transmission intensity and seasonality in sub-Saharan Africa A systematic review and pooled analysis PLoS One 5 e8988

11 Griffin JT Hollingsworth TD Reyburn H Drakeley CJ Riley EM Ghani AC (2014) Gradual acquisition of

immunity to severe malaria with increasing exposure Proceedings of the Royal Society B 282 20142657

12 Snow RW (2015) Global malaria eradication and the importance of Plasmodium falciparum

epidemiology in Africa BMC Medicine 13 23

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13 Smith T Maire N Ross A Penny M Chitnis N Schapira A Studer A Genton B Lengeler C Tediosi F de Savigny D Tanner M (2008) Towards a comprehensive simulation model of malaria epidemiology and control Parasitology 135 1507ndash1516

14 Smith DL Noor AM Hay SI Snow RW (2009) Predicting changing malaria risk after expanded

insecticide treated net coverage in Africa Trends in Parasitology 25 511ndash516 15 Griffin JT Hollingsworth D Okell LC Churcher TS White M Hinsley W Bousema T Drakeley CJ

Ferguson NM Basanez MG Ghani AC (2010) Reducing Plasmodium falciparum malaria transmission in Africa a model based evaluation of intervention strategies PLoS Medicine 7 e1000324

16 Chitnis N Schapira A Smith T Steketee R (2010) Comparing the effectiveness of malaria vector-

control interventions through a mathematical model American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 83 230ndash240

17 World Health Organization (2014) From malaria control to malaria elimination a manual for

Elimination Scenario Planning Global Malaria Programme World Health Organization Geneva April 2014

18 Gerardin J Eckhoff P Wenger EA (2015) Mass campaigns with antimalarial drugs a modelling

comparison of artemether-lumefantrine and DHA-piperaquine with and without primaquine as tools for malaria control and elimination BMC Infectious Diseases 15 144

19 Okell LC Drakeley CJ Bousema T Whitty CJM Ghani AC (2008) Modelling the impact of artemisinin

combination therapy and long-acting treatments on malaria transmission intensity PLoS Medicine 5 e226

20 Guyatt HL amp Snow RW (2001) Malaria in pregnancy as an indirect cause of infant mortality in sub-Saharan

Africa Transactions of Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 95 569-576 21 Desai M ter Kuile FO Nosten F McGready R Asamoa K Brabin B Newman R (2007) Epidemiology

and burden of malaria in pregnancy Lancet Infectious Diseases 7 93ndash104 22 van Eijk A Hill J Alegana VA Kirui V Gething PW ter Kuile F Snow RW (2011) Coverage of malaria

protection in pregnant women in sub-Saharan Africa a synthesis and analysis of national survey data Lancet Infectious Diseases 11 190-207

23 MPAC (2012) wwwwhointmalariampacsep2012mpac_mip_erg_sep2012pdf 24 MPAC (2013) wwwwhointmalariampacmpac_sep13_erg_ipt_malaria_pregnancy_reportpdf 25 Meremikwu MM Donegan S Sinclair D Esu E Oringanje C (2012) Intermittent preventive

treatment for malaria in children living in areas with seasonal transmission Cochrane Database Systematic Reviews 2 CD003756

26 Cairns M Roca-Feltrer A Garske T Wilson AL Diallo D Milligan PJ Ghani AC Greenwood BM (2012)

Estimating the potential public health impact of seasonal malaria chemoprevention in African children Nature Communications 3 881

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27 Noor AM Kibuchi E Mitto B Coulibaly D Doumbo OK Snow RW (2015) A spatial decision support

framework for sub-national targeting of seasonal malaria chemoprevention in the Sahel Under review

28 Smith DL McKenzie FE Snow RW Hay SI (2007a) Revisiting the basic reproductive number for

malaria and its implications for malaria control PLoS Biology 5 e42 29 Hay SI Smith DL Snow RW (2008) Measuring malaria endemicity from intense to interrupted

transmission Lancet Infectious Diseases 8 369-378 30 Moonen B Cohen JM Snow RW Slutsker L Drakeley C Smith DL Abeyasinghe R Rodriguez Loacutepez

MH Maharaj R Tanner M Targett G (2010) Operational strategies to achieve and maintain malaria elimination Lancet 376 1592-1603

31 World Health Organization (2012a) Disease surveillance for malaria control Operational manual

WHO Geneva 32 World Health Organization (2012b) Disease surveillance for malaria elimination Operational manual

WHO Geneva 33 Cohen JM Moonen B Snow RW Smith DL (2010) How absolute is zero An evaluation of historical

and current definitions of malaria elimination Malaria Journal 9 213 34 Molineaux L Muir DA Spencer HC Wernsdorfer WH (1988) The epidemiology of malaria and its

measurement Malaria Principles and Practice of Malariology W Wernsdorfer and I McGregor London Churchill Livingstone 2 999-1089

35 Tusting LS Bousema T Smith DL Drakeley C (2014) Measuring changes in Plasmodium falciparum

transmission precision accuracy and costs of metrics Advances in Parasitology 84 151-208 36 Metselaar D amp van Thiel PH (1959) Classification of malaria Tropical Geographic Medicine 11 157ndash

161 37 Macdonald G amp Goumleckel GW (1964) The malaria parasite rate and interruption of transmission

Bulletin of World Health Organization 31 365ndash377 38 Lysenko AJ amp Semashko IN (1968) Geography of malaria A medico-geographic profile of an ancient

disease In Lebedew AW ed Itogi Nauki Medicinskaja Geografija Moscow USSR Academy of Sciences pp 25ndash146

39 Macdonald G (1957) The epidemiology and control of malaria Oxford University Press 40 Pampana E (1969) A textbook on malaria eradication Oxford Oxford University Press 41 Pull JH (1972) Malaria surveillance methods their uses and limitations American Journal of Tropical

Medicine amp Hygiene 21 651-657

26

42 World Health Organization (1950) Report on the malaria conference in equatorial Africa Held under the joint auspices of the World Health Organization and of the commission for technical co-operation in Africa south of the Sahara Kampala Uganda 27 Novemberndash9 December 1950

43 Yekutiel P (1960) Problems of epidemiology in malaria eradication Bulletin of the World Health

Organization 22 669-683 44 Macdonald G (1952) The analysis of equilibrium in malaria Tropical Diseases Bulletin 49 813-1129 45 Hay SI Guerra CA Gething PW Patil AP Tatem AJ Noor AM Kabaria CW Manh BH Elyazar IRF

Brooker S Smith DL Moyeed RA Snow RW (2009) A world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2007 PLoS Medicine 6 e1000048

46 Gething PW Patil AP Smith DL Guerra CA Elyazar IRF Johnston GL Tatem AJ Hay SI (2011) A new

world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2010 Malaria Journal 10 378 47 Snow RW Amratia P Kabaria CW Noor AM Marsh K (2012) The changing limits and incidence of

malaria in Africa 1939-2009 Advances in Parasitology 78 169-262 48 Black RH (1968) Manual of epidemiology and epidemiological services in malaria programmes World

Health Organization Geneva 49 Ray AP amp Beljaev AE (1984) Epidemiological surveillance a tool for assessment of malaria and its

control Journal of Communicable Disease 16 197ndash207 50 Omumbo JA Noor AM Fall IS Snow RW (2013) How well are malaria maps used to design and

finance malaria control in Africa PLoS One 8 e53198 51 Alegana VA Atkinson PM Wright JA Kamwi R Kakokele S Snow RW Noor AM (2013) Estimation of

malaria incidence in northern Namibia in 2009 using Bayesian Conditional-Autoregressive Spatial-Temporal Models Spatial amp Spatial Temporal Epidemiology 7 25-36

52 Bennett A Yukich J Miller JM Vounatsou P Hamainza B Ingwe MI Moonga HB Kamuliwo M Keating

J Smith TA Steketee RW Eisele TP (2014) A methodological framework for the improved use of routine health system data to evaluate national malaria control programs evidence from Zambia Population amp Health Metrics 12 30

53 Moonasar D Morris N Kleinschmidt I Maharaj R Raman J Mayet NT Benson FG Durrheim DN

Blumberg L (2013) What will move malaria control to elimination in South Africa South African Medical Journal 103 (10 Suppl 2) 801-806

54 Cohen JM Dlamini S Novotny JM Kandula D Kunene S Tatem AJ (2013) Rapid case-based mapping

of seasonal malaria transmission risk for strategic elimination planning in Swaziland Malaria Journal 12 61

55 Zanzibar Malaria Control Programme (2011) Zanzibar Malaria Performance Review September 2011

ZMCP Ministry of Health Revolutionary Government of Zanzibar

27

56 Ministry of Health [Cape Verde] World Health Organization and the University of California San Francisco (2012) Eliminating malaria Moving towards sustainable elimination in Cape Verde Geneva The World Health Organization httpappswhointirisbitstream106657584919789241504386_engpdfua=1

57 Littrell M Sow GD Ngom A Ba M Mboup BM Dieye Y Mutombo B Earle D Steketee RW (2013)

Case investigation and reactive case detection for malaria elimination in northern Senegal Malaria Journal 12 331

58 Thiroux D A amp DAnfreville D L (1908) Le paludisme au Seacuteneacutegal pendant les anneacutees 1905-1906

Gouvernement General de lAfrique Occidentale Francaise Laboratorie de bacteriologie de Saint-Louis Published Libraire JB Bailliere et Fils Paris 1908

59 Government General de LAlgeacuterie (1908) Campagne Antipaludique de 1908 unpublished document

available in Wellcome Library Euston Road London UK FX134AA9 60 Government of Gold Coast (1914) Medical amp Sanitary Report for the year 1913 Waterlow amp Sons

London 61 Mansfield-Aders W (1927) Notes on malaria and filariasis in the Zanzibar Protectorate Transactions

of the Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 30 207-214 62 Colony of Mauritius (1923-1925) Annual Reports on the Medical and Health Department 63 Swaroop S Gilroy AB Uemura K (1966) Statistical methods in malaria eradication Monograph Series

of World Health Organization 51 164 64 Barber MA amp Rice JB (1937) A survey of malaria in Egypt American Journal of Tropical Medicine amp

Hygiene 17 413-436 65 De Meira MT Simotildees TS Pinto Nogueira JF (1948) Observaccedilotildees sobre sezonismo nas ilhas do Sal Boa

Vista e S Nicolau (Cabo Verde) Anais do Instituto de Medicina Tropical 3 213-237 66 Young MD amp Johnson TH (1949) A malaria survey of Liberia Journal of National Malaria Society 8

247-266 67 De Meillon B (1951) Malaria survey of South-West Africa Bulletin of the World Health Organization

4 333ndash417 68 Houel G amp Donadille F (1953) Vingt ans de lutte antipaludique au Maroc Bulletin de lrsquoInstitut

drsquoHygiene du Maroc 13 3-51 69 Soeiro A (1952) O sezonismo em Moccedilambique contribuiccedilatildeo para o estudo epidemioloacutegico Anais do

Instituto de Medicina Tropical 9 343-389 70 Soeiro A (1959) Relactoacuterio da actividade do Instituto de Investigaccedilatildeo Meacutedica de Moccedilambique em

1958 e plano de trabalhos para o ano de 1960 Anais Intstituto de Higiene e Medicina Tropical 16 573-611

28

71 Bernard PM (1954) Trois ans de lutte antipaludique agrave Madagascar Bulletin de Madagascar

Publication Mensuelle du Service General Drsquoinformation du Haut-Commissariat no 96 72 Cambournac FJC Gandara AF Pena AJ Teixeira EWLG (1955) Subsidios para o inquerito malariologico

em Angola Anais do Instituto de Medicina Tropical 12 121-153 73 Anon (1954) Campagne antipaludique au Dahomey Map found in Benin box in WHO Archives

Geneva August 2012 74 Languillon J (1957) Carte eacutepideacutemiologique du paludisme au Cameroun Bulletin de la Socieacuteteacute de

Pathologie Exotique 50 585 - 600 75 Alves W (1958) Malaria parasite rates in Southern Rhodesia May-September 1956 Bulletin of the

World Health Organization 19 69-74 76 Lariviere M Hocquet P Abonnenc E (1961) Reacutesultats drsquoune enquecircte palustre dans la reacutepublique du

Seacuteneacutegal Indices plasmodiques chez les enfants en milieu rural Bulletin de la Socieacuteteacute Meacutedicale drsquoAfrique Noire de Langue Franccedilaise 6 386-403

77 Wernsdorfer G amp Wernsdorfer W (1967) Malaria in the middle Nile basin and its bordering regions Z

Tropenmed Parasitol 18 17-44 78 Rishikesh N amp Fahmy Y (1961) Quarterly report April-June 1961 Republic of Somalia pre-eradication

survey World Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 79 Rishikesh N Payne D Fahmy Y (1961) Quarterly report for the period January-March 1961 World

Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 80 Bechuanaland Protectorate (1958-1963) Annual Medical and Sanitary Reports for the Protectorate for

the years 1958-1963 Government Printers Gaborone 81 Craig MH Sharp BL Mabaso MLH Kleinschmidt I (2007) Developing a spatial-statistical model and

map of historical malaria prevalence in Botswana using a staged variable selection procedure International Journal of Health Geographics 6 44

82 Cano VI (1971) Deacuteveloppement des services de santeacute de base (Paludisme) World Health

Organization AFRMAL112 83 Barbie Y amp Timbila R (1964) Notes sur le paludisme en Reacutepublique Islamique de Mauritanie Medicine

Tropicale 24 427-435 84 Khromov A amp Privault R (1965) Programme du pre-eradication du paludisme Rapport trimestriel 4th

trimestre 1965 (Sep-Oct-Nov) WHO Mauritanie World Health Organization Unpublished document WHO Archives Geneva

85 Beltran O (1966) Malaria pre-eradication project Sierra Leone-19 fourth quarterly field report

October - December 1966 Government of Sierra Leone amp World Health Organization

29

86 Guy Y amp Gassabi R (1967) Les perspectives de leacuteradication du paludisme en Algeacuterie Archives de

LInstitut Pastuer DAlgerie 45 72-88 87 Chand D Garzen JB Bahar R Rishikesh N (1964) Malaria Eradication Service Ethiopia 14 (c) Quarterly

Report 1 October to 31 December 1964 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

88 Chand D Garzon JB Bahar R Rishiskesh N (1965) Quarterly report covering period 1 October to 31

December 1964 Project Ethiopia 0014 dated 9th february 1965 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

89 Onori E (1967) Distribution of Plasmodium ovale in the Eastern Western and Northern regions of

Uganda Bulletin of the World Health Organization 37 665-668 90 Wenlock (1978) The incidence of Plasmodium parasites in rural Zambia East African Medical Journal

55 268-276 91 Escudie A amp Hamon J (1961) Paludisme en Afrique Occidentale dexpression Franccedilaise Medicine

Tropicale 21 661-687 92 RBM-MERG - httpwwwrbmwhointmechanismsmerghtml 93 Corsi DJ Neuman M Finlay JE Subramanian SV (2012) Demographic and health surveys a profile

International Journal of Epidemiology 41 1602-1613 94 Measure httpwwwmeasuredhscomData 95 UNICEF httpwwwuniceforgstatisticsindex_24302html 96 Smith DL Guerra CA Snow RW Hay SI (2007b) Standardizing estimates of malaria prevalence

Malaria Journal 6 131 97 Brooker S Kolaczinski JH Gitonga CW Noor AM Snow RW (2009) The use of schools for malaria

surveillance and programme evaluation in Africa Malaria Journal 8 231 98 Stevenson JC Stresman GH Gitonga CW Gillig J Owaga C Marube E Odongo W Okoth A China P

Oriango R Brooker SJ Bousema T Drakeley C Cox J (2013) Reliability of school surveys in estimating geographic variation in malaria transmission in the western Kenyan highlands PLoS One 8 e77641

99 De Zulueta J Kafuko GW Cullen JR (1963) An investigation of the annual cycle of malaria in Masaka

district (Uganda) East African Medical Journal 40 469-488 100 Najera JA Shidrawi GR Gibson FD Stafford JS (1967) A large-scale field trial of Malathion as an

insecticide for antimalarial work in Southern Uganda Bulletin of the World Health Organization 36 913-935

30

101 Storey J (1972) A review of malaria work in Sierra Leone 1900 to 1964 West African Medical Journal 27 57-68

102 Gitonga CW Karanja PN Kihara J Mwjame M Juma E Snow RW Noor AM Brooker S (2010)

Implementing school malaria surveys in Kenya towards a nationwide surveillance system Malaria Journal 9 306

103 Gitonga CW Edwards T Karanja PN Noor AM Snow RW Brooker S (2012) Plasmodium infection

anaemia and mosquito net use among school children across different settings in Kenya Tropical Medicine amp International Health 17 858ndash870

104 Houngbedji CA N Dri PB Huumlrlimann E Yapi RB Silueacute KD Soro G Koudou BG Acka CA Assi S

Vounatsou P N Goran EK Fantodji A Utzinger J Raso G (2015) Disparities of Plasmodium falciparum infection malaria-related morbidity and access to malaria prevention and treatment among school-aged children a national cross-sectional survey in Cote dIvoire Malaria Journal 14 7

105 Ashton R Kefyalew T Tesfaye G Pullan R Yadeta D Reithinger R Kolaczinski J Brooker S (2010)

School-based surveys of malaria in Oromia Regional State Ethiopia towards a map of malaria risk Federal Ministry of Health Ethiopia

106 Takem EN Affara M Amambua-Ngwa A Okebe J Ceesay SJ Jawara M Oriero E Nwakanma D

Pinder M Clifford C Taal M Sowe M Suso P Mendy A Mbaye A Drakeley C DAlessandro U (2013) Detecting foci of malaria transmission with school surveys A pilot study in The Gambia PLoS One 8 e67108

107 Clarke SE Roschnik N Rouhani S Diarra S Bamadio M Sacko M Traore D Ly AB Gaye O Sembene

M Fall FB (2012) Malaria in school children under a new policy of universal coverage of nets Recent data from Mali and Senegal American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 Supplement 5 abstract 1466

108 Kabatereine NB Standley CJ Sousa-Fugueiredo JC Fleming RM Stothard JR Talisuna A Fenwick A

(2011) Integrated prevalence mapping of schistosomiasis soil-transmitted helminthiasis and malaria in lakeside and island communities in Lake Victoria Uganda Parasites amp Vectors 4 232

109 Emerson PM Ngondi J Biru E Graves PM Ejigsemahu Y Gebre T Endeshaw T Genet A Mosher

AW Zerihun M Messele A Richards FO (2008) Integrating an NTD with one of lsquolsquoThe Big Threersquorsquo Combined malaria and trachoma survey in Amhara Region of Ethiopia PLoS Neglected Tropical Diseases 2 e197

110 Noor AM Alegana VA Patil AP Moloney G Borle M Ahmed F Yousef F Amran J Snow RW (2012)

Mapping the receptivity of malaria risk to plan the future of control in Somalia British Medical Journal Open Access 2 e001160

111 Boyd MF (1949) Malariology A comprehensive review of all aspects of this group of diseases from a

global standpoint Volume II WB Saunders Company Philadelphia and London

31

112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

7

ou le nombre de cas signaleacutes par les systegravemes dinformation de santeacute de routine (SIS) sont de plus en plus preacutesenteacutes dans les cartographies agrave travers lAfrique subsaharienne notamment au Beacutenin au Botswana au Burkina Faso au Congo en Cocircte dIvoire en Erythreacutee en Guineacutee Bissau au Malawi en Mauritanie au Mozambique agrave Sao Tomeacute-et-Principe au Seacuteneacutegal au Togo agrave Zanzibar et au Zimbabwe [50] Ces donneacutees sont incomplegravetes et ne reflegravetent pas toujours les cas confirmeacutes parasitologiquement Neacuteanmoins ces exemples mettent en eacutevidence lrsquointeacuterecirct croissant dans lapplication des donneacutees de cas de paludisme de routine agrave la stratification et cartographie du risque de paludisme Des donneacutees imparfaites et incomplegravetes sur le paludisme ont reacutecemment eacuteteacute modeacuteliseacutees agrave lrsquoaide des meacutethodes geacuteostatistiques avanceacutees pour en faciliter lutilisation des donneacutees mensuelles incomplegravetes et les emplacements des eacutetablissements de santeacute geacuteocodeacutees en Namibie [51] et en Zambie [52] Ces nouvelles approches pour le traitement des donneacutees incomplegravetes de routine en combinaison avec des capaciteacutes de diagnostic redimensionneacutees offre de nouvelles possibiliteacutes inteacuteressantes pour modeacuteliser le cas dincidence ougrave la plupart des fiegravevres cherchent un traitement dans les secteurs formels et la plupart des fiegravevres sont parasitologique confirmeacutees Pour les pays ou zones se trouvant agrave linteacuterieur des pays cherchant agrave parvenir agrave eacuteradiquer le paludisme en Afrique des combinaisons de PCD et ACD avec deacutepistage des cas sont deacutejagrave en cours en Afrique du Sud [53] au Swaziland [54] agrave Zanzibar [55] au Cap-Vert [56] et dans les districts limitrophes du fleuve Seacuteneacutegal au Seacuteneacutegal [57] Le passage du controcircle agrave la preacute-eacuteradication est un continuum Par conseacutequent les mesures utiliseacutees pour deacutefinir ces paramegravetres doivent ecirctre refleacuteteacutees par des combinaisons de mesures en fonction de la disponibiliteacute et de la qualiteacute des donneacutees nationales Lorsquil ny a pas de systegravemes dinformation de santeacute fiables et lagrave ougrave la preacutevalence parasitaire reste eacuteleveacute il est fondamental dutiliser la preacutevalence dinfection agrave base communautaire comme indicateur de risque Lorsque leacuteradication est un objectif preacutedeacutefini la deacutetection de toutes les infections plutocirct que de tous les eacuteveacutenements pathologiques devient une prioriteacute Toutes les meacutetriques de risque doivent permettre de stratifier les reacutegions geacuteographiques avec une preacutecision adeacutequate Ces stratifications devraient permettre drsquoeacutetablir un lien quant agrave ce qui est neacutecessaire pour deacuteplacer une reacutegion plus loin dans le continuum vers le deacutefi ultime de leacuteradication Il ny a pas de lignes directrices deacutefinitives pour ce qui peut ecirctre mesureacute et sur les critegraveres neacutecessaires pour entamer lrsquoadaptation des strateacutegies de controcircle Nous travaillons en eacutetroite collaboration avec lOMS pour veiller agrave ce que cela soit plus clair dans un proche avenir 3 Lhistoire des enquecirctes parasitaires nationales en Afrique Certaines des enquecirctes nationales plus anciennes en matiegravere de preacutevalence de linfection ont eacuteteacute entreprises au Seacuteneacutegal en 1905-1906 [58] en Algeacuterie en 1908 [59] au Ghana en 1913 [60] agrave Zanzibar en 1923-1926 [61] et agrave lrsquoicircle Maurice entre 1923 et 1925 [62] Les enquecirctes parasitaires nationales ont eacuteteacute recommandeacutees agrave travers lAfrique pendant les phases preacuteparatoires et les phases dattaque de leacuteradication du paludisme dans le cadre du Projet GMEP [40 43 48] Celles-ci eacutetaient fondeacutees sur des meacutethodes deacutechantillonnage statistique pour permettre une

8

plus grande preacutecision de preacutevalence de chaque communauteacute en fonction des niveaux de preacutevalence attendus [63] Des exemples de ces enquecirctes nationales srsquoeacutetendent sur 30 ans de preacuteparation pour le controcircle du paludisme en Afrique y compris les enquecirctes meneacutees avant la Confeacuterence de Kampala en Egypte en 1936 [64] au Cap-Vert en 1946 [65] au Libeacuteria en 1948 [66] et en Namibie en 1950 [67] et apregraves la Confeacuterence de Kampala au Maroc en 1951-1953 [68] au Mozambique 1952 [6970] agrave Madagascar entre 1952 et 1953 [71] en Angola 1953 [72] au Beacutenin 1954 [73] au Cameroun en 1954 [74] au Zimbabwe en 1956 [75] au Seacuteneacutegal en 1960 [76] au Soudan en 1961-1963 [77] en Somalie entre 1960 et 1961 [7879] au Botswana en 1962 [8081] au Togo entre 1962 et 1964 [82] en Mauritanie entre 1963 et 1965 [8384] en Sierra Leone entre 1963 et 1966 [85] en Algeacuterie entre 1964 et 1965 [86] en Ethiopie entre 1964 et 1965 [8788] en Ouganda entre 1965 et 1967 [89] et en Zambie entre 1969 et 1972 [90] Des exemples de repreacutesentations dessineacutees agrave la main de ces donneacutees denquecirctes nationales sont preacutesenteacutes dans le scheacutema 2 Scheacutema 2 Exemples denquecirctes nationales sur la preacutevalence du paludisme pendant legravere du GMEP a) au Seacuteneacutegal [76] b) en Ouganda [89] c) en Angola [72] d) au Mozambique [70] e) au Soudan [77] f) au Cameroun [74]

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Au deacutebut le Centre Muraz baseacute agrave Bobo Dioullaso au Burkina Faso faisait office du siegravege sous reacutegional du Service Geacuteneacuteral dHygiegravene et de Prophylaxie (SGHMP) qui fournissait des preacuteconisations meacutedicales et sanitaires ainsi que la recherche pour les pays qui constituaient la Feacutedeacuteration des pays de lrsquoAfrique occidentale Franccedilaise (AOF) En 1955 des enquecirctes aupregraves des meacutenages de grande ampleur ont eacuteteacute entreprises depuis le Centre Muraz agrave travers la sous-reacutegion pour eacutetablir la preacutevalence du pian et de la syphilis Le chef de la section de lutte contre le paludisme le commandant docteur Choumara a suggeacutereacute qursquoon pourrait inclure des enquecirctes compleacutementaires sur le paludisme sans occasionner des coucircts suppleacutementaires et sans retarder le travail de leacutequipe de Treacuteponeacutematoses Au cours des anneacutees suivantes les premiegraveres cartographies sous-reacutegionales de la preacutevalence empirique du paludisme ont eacuteteacute eacutelaboreacutees [91] (scheacutema 3) Scheacutema 3 Reacutesultats des enquecirctes paludomeacutetriques sous-reacutegionales meneacutees dans le cadre drsquoenquecirctes de treacuteponegraveme en milieu et agrave la fin des anneacutees 1950 par le Centre Muraz agrave travers lrsquoAOF [91]

Pendant les efforts deacuteradication un certain nombre de pays ont maintenu des enquecirctes communautaires parasitologiques eacutetendues mais pour la majoriteacute des pays dAfrique sub-saharienne les enquecirctes nationales dinfections paludiques aupregraves des meacutenages ont eacuteteacute abandonneacutees En 2005 cinq ans apregraves le lancement de linitiative Roll Back Malaria il a eacuteteacute reconnu quil eacutetait important de ressusciter des enquecirctes nationales des meacutenages sur la preacutevalence de linfection en tant que moyen pour permettre de suivre les progregraves au niveau des pays [9293] Les trois principaux veacutehicules denquecircte pour recueillir les donneacutees nationales contemporaines de

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preacutevalence parasitaires eacutetaient les modules de paludisme de lrsquoEnquecircte deacutemographique et de santeacute geacutereacutes par le programme ameacutericain MESURE-ICF [94] les Enquecirctes en grappes agrave indicateurs multiples geacutereacutees par lUNICEF [95] et les EIP autonomes geacutereacutees par les programmes nationaux de lutte contre le paludisme et leurs partenaires de drsquoenquecircte Ces enquecirctes sont effectueacutees avec un accent sur le suivi des eacutevolutions dans la couverture dintervention et du taux de mortaliteacute des enfants de moins de cinq ans dans le premier niveau des zones administratives (province Eacutetat Gouvernorat etc) Lrsquoeacutechantillonnage national stratifieacute et pondeacutereacute selon la population ne se fonde pas sur la preacutecision autour de la preacutevalence du paludisme Lune des conseacutequences est que les uniteacutes primaires deacutechantillonnage qui en deacutecoulent ne repreacutesentent qursquoun tregraves petit nombre dindividus eacutechantillonneacutes pour linfection par le paludisme Ceci est une distinction importante entre les enquecirctes nationales sur le paludisme meneacutees au cours de legravere du Projet GMEP qui ont eacuteteacute conccedilues sur la base de leur capaciteacute agrave deacutefinir la preacutevalence dinfection [63] Les enquecirctes nationales actuelles comprennent des combinaisons de meacutethodes de deacutepistage des parasites dans diffeacuterents tranches dacircge en fonction de lenquecircte nationale Cependant la majoriteacute se focalise uniquement sur les enfants acircgeacutes drsquoentre 6 mois agrave cinq ans ce qui constitue une tranche dacircge moins informative en termes de preacutevalence dinfection par rapport aux enquecirctes comprenant une fourchette dacircge denfance beaucoup plus eacutetendue [96] et qui repeacutesente une autre rupture par rapport aux enquecirctes nationales meneacutees entre les anneacutees 1950 et 1960 qui eacutetaient axeacutees sur les enfants de moins de 10 ou de moins de 15 ans ou qui ont pris en consideacuteration tous les membres du meacutenage Malgreacute ces limites il y a eu une augmentation importante de donneacutees empiriques sur la preacutevalence dinfection par le paludisme en Afrique par rapport agrave ce qui eacutetait disponible dans une vaste zone geacuteographique depuis plus de 40 ans Depuis 2006 les enquecirctes nationales sur le parasites du paludisme ont eacuteteacute entreprises en Angola (2006 et 2011) au Botswana (2012) au Beacutenin (2012) au Burkina Faso (2010 et 2014) au Burundi (2012) au Cameroun (2011) au Tchad (2011) aux Comores (2010b) en Cocircte dIvoire (2012) en Reacutepublique deacutemocratique du Congo (2011b) aux Comores (2010b) en Cocircte dIvoire (2012) en Reacutepublique deacutemocratique du Congo (DRC) (2009 et 201314) au Djibouti (2009b) en Guineacutee eacutequatoriale (2007 and 201011b) en Erythreacutee (2002 et 2012b) en Ethiopie (2006 2007 et 2011b) au Gabon (2007 adultes uniquementb) en Gambie (2008b 2010b 2013b et 2015b) Ghana (2011 and 2014) Guineacutee (2012 and 201415) Guineacutee Bissau (200809b) Kenya (2007b 2010b et 2015b) au Liberia (2009 et 2011) agrave Madagascar (2011 and 2013) au Malawi (2000 2009 2012 et 2014) au Mali (2010) Mozambique (2002a 2007a et 2011) en Namibie (2009a) au Nigeria (2010) au Rwanda (2007 et 201011) au Seacuteneacutegal (20089 201011 201213 et 201314) en Sierra Leone (2013) en Somalie (2005b et 2014b) au Sud-Soudan (2009b et 2013b) au Soudan (2005b 2009b et 2012b) au Swaziland (2010b) en Tanzanie (20078 et 201112) au Togo (201314) en Ouganda (2009 et 201415) en Zambie (2006b 2008b 2010b et 2012a) agrave Zanzibar (2007 2010 et 201112) et au Zimbabwe (2009 et 2012)

b Donneacutees mises agrave la disposition de lrsquoeacutequipe drsquoINFORM par les programmes nationaux de lute contre le paludisme sans permission pour de partager avec des tiers

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Suivant une augmentation des enquecirctes communautaires sur la preacutevalence drsquoinfection il y a eu une renaissance dans les enquecirctes drsquoeacutecoliers Cette fourchette dacircge fournit une gamme plus optimale pour les recherches sur la preacutevalence dinfection Lagrave ougrave la freacutequentation scolaire est eacuteleveacutee et ougrave lintensiteacute de transmission est stable cette approche consistant agrave mesurer lexposition communautaire aux parasites est moins coucircteuse et exige moins de main-dœuvre que leacutechantillonnage communautaire [9798] Lutilisation de la preacutevalence de linfection chez les eacutecoliers pour suivre les progregraves et limpact de la lutte contre le paludisme et son eacutelimination nrsquoest pas nouvelle Les enquecirctes scolaires ont eacuteteacute entreprises dans le cadre de la surveillance en Rhodeacutesie du Sud (aujourdhui appeleacute le Zimbabwe) [75] au Bechuanaland (aujourdhui appeleacute la Reacutepublique du Botswana) [80] en Ouganda [99 100] en icircle Maurice [62] et en Sierra Leone [101] Au Kenya les enquecirctes sur le paludisme dans les eacutecoles ont eacuteteacute reacuteguliegraverement effectueacutees dans le cadre de la surveillance paludique par la Division des maladies agrave transmission vectorielle (DMTV) depuis sa creacuteation dans les anneacutees 1940 jusquau deacutebut des anneacutees 1990 anneacutee ougrave ces enquecirctes ont eacuteteacute abandonneacutees en raison du manque de fonds [DMTV donneacutees non publieacutees] Des enquecirctes nationales reacutecentes en milieu scolaire ont eacuteteacute restaureacutees au Kenya [102103] en Cocircte dIvoire [104] en Ethiopie [105] en Gambie [106] au Mali [107] en Tanzanie [F Molteni communication personnelle] au Mozambique et au Malawi [Natalie Roschnik communication personnelle] et en Ouganda [108] Le co-eacutechantillonnage a eacuteteacute proposeacute au cours des enquecirctes sanitaires plus eacutetendues dans les anneacutees 1950 pour la lutte contre les treacuteponegravemes et le paludisme [91] ainsi qursquoau cours des enquecirctes nutritionnelles meneacutees en Zambie [90] Reacutecemment les opportuniteacutes partageacutees dont les enquecirctes sur le paludisme meneacutees dans le cadre dautres enquecirctes sanitaires ont eacuteteacute revues notamment le deacutepistage des maladies tropicales neacutegligeacutees [109] ou des enquecirctes nutritionnelles offrant ainsi des possibiliteacutes drsquointeacutegrer des diagnostics du paludisme En Somalie par exemple nous avons travailleacute avec lUniteacute danalyse de la nutrition et de la seacutecuriteacute alimentaire (FSNAU) de lOrganisation pour lalimentation et lagriculture en Somalie de faccedilon agrave inclure des diagnostics rapide du paludisme au cours du deacutepistage des problegravemes nutritionnels au sein des communauteacutes entre 2007 et 2011 [110] 4 Recueil des donneacutees denquecirctes sur la preacutevalence parasitaire Comme nous lavons indiqueacute plus haut il y a eu deux grandes pousseacutees dinteacuterecirct dans les enquecirctes nationales sur la preacutevalence parasitaire toutes les deux gravitant autour des initiatives mondiales pour controcircler et eacuteliminer le paludisme meneacutees par lOMS Cependant il y a eu de nombreuses enquecirctes de terrain sous-nationales et individuelles sur la preacutevalence de lrsquoinfection paludique agrave travers le continent depuis le deacutebut des anneacutees 1900 Le processus didentification de ces donneacutees denquecirctes fut long et ardu la prise en charge vers 20 ans Cette section deacutecrit le processus lextraction de donneacutees et lexhaustiviteacute de ce processus de recherche de donneacutees

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41 Contexte de strateacutegies de recherche de donneacutees Les principes de base de la recherche dinformation sur la preacutevalence dinfection paludique en Afrique ont eacuteteacute rassembleacutes dans le projet de collaboration appeleacute Cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) [4] Cette collaboration a eacuteteacute eacutetendue en 2005 dans le cadre du Projet Malaria Atlas (MAP) (Atlas du risque de paludisme en Afrique [Guerra et al 2007] Ces deux projets provisoires de recueil de donneacutees mettent en eacutevidence un aspect important de la localisation des informations paludomeacutetriques en Afrique dont la plupart proviennent de sources ineacutedites Cela nrsquoaurait pour autant pas surpris les paludologues qui travaillaient en Afrique il y a plus de cinquante ans Bagster-Wilson deacuteclare dans le traiteacute de Boyd sur le paludisme en 1948 qursquolaquoon peut sefforcer de deacutefinir avec plus de preacutecision la reacutepartition du paludisme dans la mesure ougrave les informations disponibles le permettront une grande partie de savoir local se cache dans les rapports officiels non publieacutes qui ne peuvent ecirctre consulteacutes que par le biais des visites dans les pays concerneacutes raquo [111] Pour identifier les sources dinformations nous avons proceacutedeacute agrave des meacutethodes opportunistes aux approches en cascade et nrsquoavons pas respecteacute les meacutethodes rigoureuses proposeacutees pour les examens systeacutematiques ou des meacuteta-analyses [112] eacutetant donneacute qursquoavoir recours uniquement aux donneacutees examineacutees par des pairs se traduirait par lexclusion de preacutecieuses sources de donneacutees de valeur au niveau des pays Nous avons utiliseacute des contacts personnels fait des reacutefeacuterences occasionnelles aux enquecirctes contenues dans les rapports des ministegraveres de la santeacute effectueacute des recherches darchives et effectueacute des recherches dans des publications traditionnelles eacutevalueacutees par les pairs afin de traquer les sources possibles de donneacutees denquecirctes paludiques agrave travers le continent Dans les sections suivantes nous tenterons darticuler les approches adopteacutees pour repeacuterer des informations 42 Recherches dans les archives historiques Depuis 2005 nous avons entrepris des recherches manuelles dans les archives et les bibliothegraveques des instituts ex-coloniaux de meacutedecine tropicale pour repeacuterer des rapports ineacutedits de paludologues travaillant en Afrique avant que les pays nrsquoaccegravedent agrave lindeacutependance Il srsquoagissait notamment de drsquoarchives de lInstitut de Meacutedecine Tropicale Anvers lrsquoInstitut Pasteur Paris Deacutepartement dHistoire de la Meacutedecine Sapienza - Universitagrave di Roma Rome ArchivioItaliano Di Scienze mediche Coloniali Rome Instituto Higiene Medicina Tropical Lisbonne Wellcome Trust Library Londres The National Archives Kew Royaume-Uni et la London School of Tropical Medicine and Hygiene Londres On notera en particulier les rapports de voyage des consultants et les rapports trimestriels de paludologues travaillant pour le compte de lOrganisation mondiale de la santeacute (OMS) agrave partir des anneacutees 1950 jusquaux anneacutees 1970 Ceux-ci fournissent des reacutecits riches et des donneacutees denquecircte des campagnes de preacute-eacutelimination des rapports deacutetape deacutelimination des critiques et des analyses de situation du paludisme au niveau national Toutes ces donneacutees sont archiveacutees dans les bibliothegraveques de lOMS agrave Genegraveve au Caire et agrave Brazzaville (Figure 4) Nous tenons agrave

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remercier les bibliotheacutecaires de ces archives qui nous ont fourni une aide preacutecieuse dans le repeacuterage des documents non publieacutes dans chacun de ces siegraveges de lOMS Figure 4 Archives de lrsquoOMS agrave Genegraveve (agrave gauche) et agrave Brazzaville (agrave droite) Nous avons eacutegalement visiteacute les archives nationales du Ministegravere de la santeacute situeacutees dans les villes de Nairobi Kisumu Eldoret Mombasa et Meru (au Kenya) Entebbe et Jinja (en Ouganda) Sennar Khartoum et Kassala (au Soudan) Thies (au Seacuteneacutegal) Amani (en Tanzanie) Accra (au Ghana) Tzaneen (en Afrique du Sud) et les archives personnelles de lex-directeur de Tzaneen Malaria Research Centre ndash Centre de recherche sur le paludisme (couvrant lAfrique du Sud la Namibie et le Botswana) Les dossiers et les rapports tenus au National Institute of Medical Research (Institut national de la recherche meacutedicale) agrave Amani (Scheacutema 5) a couvert la peacuteriode ougrave le centre eacutetait le siegravege sous-reacutegional de lrsquoInstitute of Malaria and Vector Borne Diseases (Institut est-africain du paludisme et des maladies agrave transmission vectorielle) (1954-1977) Le siegravege du Projet de leacuteradication du paludisme agrave Jinja en Ouganda abritait tous les dossiers des enquecirctes nationales des meacutenages agrave partir des anneacutees 1960 jusquen 2011 quand ceux-ci ont malheureusement eacuteteacute deacutetruits et nous nrsquoavons eacuteteacute en mesure de trouver que ceux qui avaient eacuteteacute deacutemeacutenageacute agrave Entebbe Des rapports annuels des services meacutedicaux et de lrsquoassainissement datant de 1919 produits par les gouvernements coloniaux de la Gambie du Nigeria du Gold Coast (Ghana) de Sierra Leone de Somalie du Kenya de Tanganyika (Tanzanie) de Zanzibar drsquoOuganda du Congo belge (RDC) du Bechuanaland (Botswana ) du Nyassaland (Malawi) de Rhodeacutesie (Zambie et Zimbabwe) de lrsquoicircle Maurice et du Soudan eacutetaient disponibles en eacutetats variables de conservation dans la bibliothegraveque fondeacutee par le Wellcome Trust en 1963 et fait maintenant partie des laboratoires nationaux de santeacute publique appartenant au ministegravere de la santeacute agrave Nairobi Kenya (Figure 5) Au cours du Projet de cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) des scientifiques reacutegionaux ont visiteacute les archives nationales situeacutees dans les villes de Maputo (Mozambique) Bobo Dioulasso (Burkina Faso) Yaoundeacute (Cameroun) Cotonou (Beacutenin) et Lomeacute (Togo) [MARA ARMA 1998] Ces recherches ont identifieacute plusieurs rapports importants

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renfermant des donneacutees denquecirctes nationales Ils nrsquoont cependant pas pris des exemplaires numeacuteriques de rapports originaux Dans la mesure du possible nous avons tenteacute de localiser ces rapports et drsquoen preacuteparer des exemplaires numeacuteriques Cela na pas toujours eacuteteacute couronneacutee de succegraves et nous avons de ce fait inclus certaines donneacutees des issues de la base de donneacutees MARA ARMA des enquecirctes meneacutees agrave lrsquoeacutepoque preacute-indeacutependance avec des citations respectives notamment celles reacutecupeacutereacutees du Centre Muraz agrave Bobo Dioulasso Des exemplaires numeacuteriques des rapports non-publieacutes issus des archives europeacuteennes et africaines sont mis agrave la disposition des pays dans le cadre du projet INFORM en tant que bibliothegraveques numeacuteriques Scheacutema 5 A gauche Archives du laboratoire national de santeacute publique Nairobi Kenya (Old Wellcome Trust Library) A droite ndash Bibliothegraveque de lrsquoInstitut national de recherche meacutedicale Amani Tanzanie 43 Recherche des donneacutees eacutelectroniques Des bases de donneacutees eacutelectroniques en ligne ont eacuteteacute utiliseacutees comme un moyen didentifier les pairs des donneacutees publieacutees sur la preacutevalence de linfection paludique notamment celles publieacutees depuis les anneacutees 1980 y compris PubMed [113] Google Scholar [114] Armed Forces Pest Management Board (le Conseil dadministration de la lutte antiparasitaire des Forces armeacutees) - Litteacuterature Retrieval System [116] la base de donneacutees de la bibliothegraveque de lrsquoOrganisation mondiale de la santeacute [116] et le service de la bibliothegraveque numeacuterique en ligne de lInstitut de Recherche pour le Deacuteveloppement [117] Nous nrsquoavons pas trouveacute facilement des revues reacutegionales y compris un grand nombre de revues meacutedicales nationales des revues de la santeacute publique et parasitologiques agrave partir des sources ci-dessus Toutefois nous avons trouveacute des titres et des extraits en ligne de lrsquoAfrican Journals Online (AJOL) [118] Dans toutes les recherches de bases de donneacutees numeacuteriques des travaux publieacutes contenant les des mots-cleacutes laquo paludisme raquo et laquonom de paysraquo ont eacuteteacute utiliseacutes Nous avons eacuteviteacute lrsquoemploi des terminologies speacutecialiseacutees issues du systegraveme de meacutetadonneacutees meacutedicales laquoMedical Subject Headings (MeSH)raquo dans les recherches darchives numeacuteriques de faccedilon agrave eacutelargir au maximum

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notre champ de recherche Nous avons effectueacute des recherches de base de donneacutees au moins une fois par an agrave partir de lrsquoanneacutee 2005 Nous avons compleacuteteacute nos recherches par des notifications reacuteguliegraveres hebdomadaires sur le paludisme du service dalerte infos de Malaria World [119] Roll Back Malaria des bulletins dinformations du Programme de santeacute environnementale de lUSAID [120] et Santeacute Tropicale pour les revues nationales et reacutegionales des pays francophones y compris Meacutedecine dAfrique noire [121 ] Les titres et les reacutesumeacutes ont eacuteteacute utiliseacutes pour identifier drsquoeacuteventuelles donneacutees denquecirctes parasitaires transversales dans diverses formes soit en tant qursquoenquecirctes communautaires enquecirctes en milieu scolaire autres meacutethodes de deacutepistage parasitaire ou des essais sur le terrain Nous avons eacutegalement eacutetudieacute des eacutetudes sur la preacutevalence de maladies associeacutees au paludisme lorsque celles-ci sont preacutesenteacutees dans le cadre drsquoenquecirctes sur laneacutemie lrsquoheacutemoglobinopathie la transfusion sanguine ou eacutevaluations de la situation nutritionnelle afin drsquoidentifier les rapports coiumlncidence de la preacutevalence paludique En outre crsquoeacutetait une pratique courante de deacutepister les membres de la communauteacute ou des eacutecoliers au cours des protocoles de sensibiliteacute preacutecoces aux meacutedicaments antipaludeacuteens de sorte agrave enrocircler des personnes infecteacutees aux enquecirctes de suivi post-traitement Souvent des donneacutees issues des sites denquecirctes seacutelectionneacutes permettaient de fournir le nombre de personnes deacutepisteacutees et le nombre de personnes infecteacutees Les enquecirctes aupregraves des populations feacutebriles ou des personnes freacutequentant des cliniques ont eacuteteacute exclues Les publications avec des titres ou des extraits pouvant indiquer la preacutesence des donneacutees parasitaires possibles ont eacuteteacute soit teacuteleacutechargeacutees agrave partir darchives de revues offertes en ligne en libre accegraves ou provenant de HINARI (lInitiative daccegraves aux recherches pour la santeacute) [122] A chaque fois que les publications nrsquoeacutetaient pas disponibles sur HINARI en libre accegraves nous visitions les archives des bibliothegraveques du Royaume-Uni agrave la London School of Hygiene and Tropical Medicine la Liverpool School of Tropical Medicine la bibliothegraveque Bodleian agrave lUniversiteacute dOxford ou la Bibliothegraveque de lInstitut Pasteur Paris pour obtenir en obtenir des exemplaires Nous faisions des demandes de reacutefeacuterences que nous nrsquoarrivions pas agrave trouver suivant ces recherches agrave laide du catalogue mondial des recherches agrave travers les bibliothegraveques dOxford factureacutees agrave la page Toutes les publications agrave partir desquelles des donneacutees ont eacuteteacute extraites ont eacuteteacute contreveacuterifieacutees agrave lrsquoaide des bibliographies provenant dautres sources qursquoon aurait oublieacutees ou qui correspondraient agrave des documents non publieacutes ou laquodocuments parallegravelesraquo qui ne sont geacuteneacuteralement pas controcircleacutes par les eacutediteurs commerciaux Les auteurs des articles eacutevalueacutes par les pairs ont souvent eacuteteacute contacteacutes pour nous renseigner sur des informations compleacutementaires dans leur document et nous indiquer dautres travaux non publieacutes dans leur zone geacuteographique ou de leur institution

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44 Autres sources de donneacutees Les enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages ayant inteacutegreacute la preacutevalence parasitaire sont deacutecrites dans la section 3 Les donneacutees provenant de ces enquecirctes sont soit disponibles en formats teacuteleacutechargeables agrave partir du programme ICF MEASURE ou ont eacuteteacute fournis au projet INFORM par les programmes nationaux de lutte antipaludique dans le cadre daccords de collaboration Pour dautres donneacutees eacuteventuellement ineacutedites et propres aux sites sur la preacutevalence du paludisme nous avons consulteacute des sites Web et contacteacute les organisations non gouvernementales (ONG) travaillant en Afrique pouvant avoir entrepris des eacutevaluations sanitaires comprenant des enquecirctes parasitologiques au sein des communauteacutes aupregraves desquelles elles œuvraient Il srsquoagissait notamment de Meacutedecins sans Frontiegraveres [123] MERLIN [124] le Centre Carter [125] Selon lUniteacute danalyse de la seacutecuriteacute alimentaire et de la nutrition en Somalie (FSNAU) [126] Shape Consulting [127] Save the Children [128] Malaria Consortium [129] et MENTOR [130] Gracircce aux contacts fournis par ces agences nous avons pu trouver des donneacutees provenant de sites drsquoenquecirctes en Guineacutee en Sierra Leone en Cocircte dIvoire en Tanzanie au Libeacuteria en Somalie au Kenya en Ouganda au Nigeria en Ethiopie au Mali et au Soudan du Sud Les extraits des ouvrages publieacutes par Tropical Medicine ainsi que ceux issus des reacuteunions sur le paludisme ont eacuteteacute identifieacutes provenant de sources les plus diverses possibles et produits dans le cadre de confeacuterences et de congregraves nationaux et internationaux Ceux-ci ont eacuteteacute utiliseacutes pour signaler drsquoeacuteventuelles donneacutees solliciteacutees par correspondance des auteurs drsquoextraits Notre preacutesence reacutegionale et les liens que nous entretenons avec la communauteacute de recherche sur le paludisme en Afrique a permis de faire naicirctre une prise de conscience quant agrave lobjectif et agrave lambition de la recherche sur la cartographie du paludisme commenceacute en 1996 sous la collaboration MARA ARMA [35] Nous avons profiteacute de cette connectiviteacute reacutegionale des chercheurs pour contacter directement les collegravegues travaillant sur leacutepideacutemiologie du paludisme de sorte agrave rechercher des donneacutees ventileacutees et speacutecifiques au site souvent ineacutedites La volonteacute de partager des donneacutees non publieacutees sur les enquecirctes parasitaires a eacuteteacute sans preacuteceacutedent Au 1er Juillet 2015 plus de 700 scientifiques et speacutecialistes individuels de la santeacute publique ont fourni des informations ventileacutees sur les donneacutees publieacutees donneacutees non-publieacutees ou ont apporteacute leur concours agrave la localisation des communauteacutes eacutechantillonneacutees agrave travers lAfrique Nous avons tenu agrave les remercier dans lannexe accompagnant le preacutesent rapport ainsi que sur le site Web INFORM [131] Les instituts reacutegionaux menant des recherches sur le paludisme et leurs partenaires de collaboration eacutetaient toujours agrave lavant-garde dans la fourniture de donneacutees non publieacutees Il convient de mentionner particuliegraverement les Medical Research Council Laboratories (Gambie) les partenariats de collaboration entre le Kenyan Medical Research Institute et le Wellcome Trust Universiteacute dOxford US Centers for Disease Control Universiteacute de Nagasaki et Walter Reed (Kenya) le Centre de Recherche et de formation sur le paludisme (Mali) Uganda Malaria Surveillance Project (Ouganda) les partenariats de collaboration tisseacutes entre Ifakara Health Institute et le Swiss Tropical Institute la London School of Hygiene and Tropical Medicine et US

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Centers for Disease Control (Tanzanie) Dar es Salaam Urban Malaria Control Project (Tanzanie) National Medical Research Institute agrave Amani (Tanzanie) Institut Pasteur (Madagascar) lrsquoInstitut de Recherche pour le deacuteveloppement (Seacuteneacutegal) Centre de Rechercheacute en Santeacute de Nouna (Burkina Faso) Institute for Endemic Diseases University of Khartoum (Sudan) Blue Nile Health Project-Giezera State University (Sudan) Centro Investigaco Saude Angola (Angola) Liverpool School of Tropical Medicine Wellcome Trust and College of Medicine Programme collaboratif de lrsquoUniversity of Malawi (Malawi) South African Medical Research Council (Afrique du Sud Mozambique et Swaziland) le programme de collaboration du Swiss Tropical and Public Health Institute et de lInstitut de la santeacute publique (Cocircte dIvoire) le programme de collaboration du US Centers for Disease Control (Togo) partenariats de collaboration du Prince Leopold Institute (Burundi Beacutenin et Rwanda) Malaria Institute agrave Macha (Zambie) Medical Research CentreOuganda Virus Research Institute (Ouganda) lEcole de Santeacute Publique de Kinshasa (RDC) et le Southern African Malaria Consortium (Zimbabwe) 5 Abstraction des donneacutees drsquoenquecircte 51 Exigences minimales en matiegravere de donneacutees De chacun des rapports drsquoenquecircte les champs de donneacutees minimales requises pour chaque enregistrement sont les suivants description de la zone deacutetude (nom divisions administratives et coordonneacutees geacuteographiques cas eacutecheacuteant) dates de deacutebut et de fin de lenquecircte (mois et anneacutee) et renseignements sur de lexamen sanguin (nombre de personnes deacutepisteacutees nombre de personnes constateacutees positives pour infection au Plasmodium par espegravece) meacutethodes utiliseacutees pour deacutetecter linfection (microscopie tests de diagnostic rapide (TDR) reacuteaction en chaicircne par polymeacuterase (PCR) ou combinaisons) et lrsquoacircge le plus bas et la population eacutetudieacutee Pour les donneacutees provenant des essais controcircleacutes et randomiseacutes dintervention les donneacutees nrsquoont eacuteteacute seacutelectionneacutees que lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees de base de preacute-intervention et celles issues des enquecirctes de suivi transversales ulteacuterieures au sein des populations teacutemoins Lorsque des cohortes dindividus ont eacuteteacute interrogeacutees agrave plusieurs reprises dans le temps nous nous sommes efforceacutes dinclure uniquement la premiegravere enquecircte et les enquecirctes ulteacuterieures lorsque celles-ci nrsquoavaient qursquoun eacutecart drsquoau moins cinq mois par rapport agrave la date denquecircte initiale pour eacuteviter toute deacutependance entre les observations baseacutees sur le traitement des personnes infecteacutees preacuteceacutedentes Lorsqursquoil neacutetait pas possible de ventiler les enquecirctes reacutepeacuteteacutees celles-ci eacutetaient deacutefinitivement exclues de lanalyse Plusieurs pays ont maintenu des enquecirctes sanguines de masse apregraves avoir atteint les phases de consolidation de leacutelimination La dureacutee des phases de preacute-eacutelimination drsquoattaque de consolidation et dentretien deacutelimination varie entre les pays [47] Nous avons choisi dexclure les donneacutees eacutechantillonneacutees apregraves les dates ougrave les pays mettant en œuvre des programmes drsquoeacutelimination avaient commenceacute agrave utiliser des taux drsquoincidence deacuteriveacutes des indices parasitaires annuels ou lorsque des enquecirctes sanguines de masse eacutetaient utiliseacutees pour deacutemontrer labsence de transmission en Algeacuterie (1967) en Egypte (1965) en Libye (1967) en icircle Maurice (1957) au Maroc (1969) en Reacuteunion (1953) et en Tunisie (1968)

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Parfois les rapports preacutesentaient le nombre total de personnes examineacutees dans un certain nombre de villages et le pourcentage de personnes controcircleacutees positives par village ici nous avons supposeacute que le deacutenominateur par village eacutetait eacutequivalent au nombre total de personnes examineacutees diviseacute par le nombre total de villages Il eacutetait possible deacutetablir lanneacutee de chaque enquecircte cependant il eacutetait parfois impossible drsquoeacutetablir le mois de lenquecircte agrave partir des rapports denquecirctes Dans ce cas de figure nous avons utiliseacute des descriptions saison laquohumideraquo et saison laquosegravecheraquo premier ou deuxiegraveme trimestre scolaire ou dautres informations pour parvenir agrave une approximation du mois de lenquecircte et avons inclus un rapport sur cette hypothegravese Certains reacutesultats de lenquecircte ont eacuteteacute signaleacutes en tant qursquoagreacutegat dans lespace (par exemple un seul PfPR pour un groupe de villages) ou dans le temps (par exemple un PfPR moyen estimeacute agrave partir de quatre enquecirctes diffeacuterentes meneacutees au fil du temps) Dans de tels cas nous avons soit chercheacute dautres rapports des mecircmes enquecirctes avec une reacutesolution spatiale ou temporelle plus eacuteleveacutee Lagrave ougrave cela na pas eacuteteacute possible et ougrave des groupes de villages deacutepassaient 5 km2 nous avons exclu du dossier de lanalyse (voir ci-dessous) Lorsque des informations suppleacutementaires eacutetaient neacutecessaires pour fournir des donneacutees speacutecifiques par village dans un moment preacutecis nous avons demandeacute aux auteurs de nous fournir tout renseignement ou document manquant 52 Meacutethodes de deacutetection parasitaires Compte tenu de son ubiquiteacute en tant qursquooutil de diagnostic paludique la meacutethode preacutefeacutereacutee de deacutetection parasitaire eacutetait la microscopie Aucune distinction nrsquoeacutetait faite entre la microscopie optique ou par fluorescence La qualiteacute de la veacuterification de lame [132133] les variations de sensibiliteacute speacutecificiteacute entre les tests de diagnostic rapide (TDR) [134] la capaciteacute des eacutequipes de terrain agrave analyser les TDR de maniegravere fiable [135-138] ou des variations obtenues sur la base de la seacutelection des amorces pour les reacuteactions en chaicircne de la polymeacuterase (PCR) [139] influencent toutes les descriptions de la preacutevalence et auront des variances intrinsegraveques entre les enquecirctes incluses dans la base de donneacutees Il a eacuteteacute deacutemontreacute que les TDR donnent des taux de faux positifs plus eacuteleveacutes que la microscopie [134 140 141] cependant ils ont tendance agrave stratifier agrave fois le taux parasitaire le plus bas (lt1) et le plus eacuteleveacute (gt50) avec plus de preacutecision par rapport agrave la microscopie courante [133 141] Une analyse drsquoun grand recueil de donneacutees sur les taux parasitaires des communauteacutes a deacutemontreacute quil y avait une diffeacuterence minime dans les estimations du taux moyen global de preacutevalence de P falciparum dans une analyse des donneacutees correspondantes apparieacutees issues des enquecirctes communautaires ayant utiliseacute la microscopie et les TDR pour les examens parasitaires [46] Neacuteanmoins les diffeacuterences entre les TDR et la microscopie en matiegravere de leur capaciteacute agrave deacutetecter des dinfections mineures lorsquelles sont geacutereacutees dans des conditions normales restent un preacutejugeacute systeacutematique inheacuterent aux donneacutees [141] que nous sommes incapables de controcircler Nous sommes eacutegalement incapables de controcircler la qualiteacute des analyses de donneacutees des enquecirctes en utilisant uniquement la microscopie Le principal problegraveme de la microscopie lorsquelle est utiliseacutee dans le cadre les enquecirctes-eacutechantillons nationales est la qualiteacute de la preacuteparation des lames (coloration et entreposage) et

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ou les garanties de la veacuterification de la qualiteacute (VQ) des analyses des lames Dans ce cas de figure nous avons en consultation avec les responsables des enquecirctes nationales ducirc faire plusieurs jugements de valeur Par exemple pour les enquecirctes nationales aupregraves des meacutenages au Soudan en Somalie au Malawi et en Angola nous avons choisi dinteacutegrer les preacutevalences dinfection obtenues gracircce aux TDR plutocirct les estimations provenant des analyses des lames de microscopie Par contre pour drsquoautres pays tels que le Kenya et lOuganda nous avions des garanties quant agrave la qualiteacute des analyses des preacutelegravevements sanguins pendant enquecirctes sur les indicateurs du paludisme Il ny a pas de regravegles absolues pour ces deacutecisions A chaque fois que des preuves quant agrave la qualiteacute des analyses des lames nous eacutetaient fournies nous avons deacutecideacute drsquoutiliser celles-ci par rapport aux TDR 53 Geacuteocodage des sites drsquoenquecircte Le geacuteocodage de donneacutees la deacutefinition dune longitude et une latitude deacutecimale pour chaque site denquecircte consistait en une tacircche particuliegraverement exigeante En fonction de leur repreacutesentation spatiale les donneacutees eacutetaient classeacutees en tant que villages communauteacutes ou eacutecoles individuelles ou ensemble de communauteacutes dans une zone deacutefinissable correspondant agrave une zone agrave linteacuterieur dun quadrillage de 5 km ou environ 005 degreacutes deacutecimaux au niveau de leacutequateur Dans la mesure du possible nous avons chercheacute agrave conserver des donneacutees ventileacutees au niveau des villages plutocirct que des donneacutees agrave travers une laquogrande eacutetendueraquo Lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees provenant des communauteacutes deacutepassant un quadrillage de 5 km nous avons consideacutereacute ces derniers comme une reacutesolution spatiale trop faible avec une variance importante possible dans le polygone dinformations agrave exclure lors de lutilisation de la modeacutelisation geacuteostatistique avanceacutee En pratique il srsquoagissait ici drsquoun critegravere difficile agrave veacuterifier eacutetant donneacute que la plupart des rapports denquecircte ne fournissaient pas suffisamment de deacutetails sur la superficie de la zone eacutetudieacutee Une utilisation plus reacutecente des systegravemes de positionnement mondial (GPS) lors de travaux denquecircte permet une reacuteagreacutegation des donneacutees denquecircte aupregraves des meacutenages avec une plus grande preacutecision Crsquoest eacutegalement utile dans le maintien du critegravere du quadrillage de 5 km tout en combinant des grappes de petites tailles deacutechantillon dans lespace Lutilisation du GPS pour enregistrer des longitudes et latitudes a contribueacute de maniegravere appreacuteciable agrave des enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages depuis circa 2007 [142] Cependant dans les enquecirctes deacutemographiques et sanitaires aupregraves des meacutenages geacutereacutes par le programme ICF-MEASURE un processus de deacuteplacement de coordonneacutees GPS est effectueacute de telle sorte que pour les clusters urbains un deacuteplacement est introduit agrave une distance allant jusqursquoagrave tous les 2 km qui influe rarement sur la preacutecision globale de modeacutelisation eacutetant donneacute que ce processus se fait dans le cadre est dans les zones urbaines Pour les clusters ruraux on fait un deacuteplacement jusqursquoagrave 5 km avec 1 de clusters ruraux suppleacutementaires deacuteplaceacutes jusquagrave une distance de 10 km Ici nous avons passeacute en revue tous les clusters ruraux agrave lrsquoaide de Google Earth pour examiner la mesure dans laquelle les clusters ruraux pourraient avoir eacuteteacute deacuteplaceacutes vers des zones inhabiteacutees et repositionneacutes dans les zones peupleacutees les plus proches

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Pour positionner chaque site denquecircte lagrave ougrave les coordonneacutees GPS ne sont pas disponibles nous avons utiliseacute une varieacuteteacute de ressources numeacuteriques parmi lesquels les plus utiles eacutetaient Encyclopeacutedie Microsoft Encarta (Microsoft 2004) et Google Earth (Google 2009) Drsquoautres sources drsquoarchives numeacuteriques de noms de lieux couramment utiliseacutes sont entre autres le serveur de noms de lieux de la National Geospatial-Intelligence Agency GEOnet Eacutetats-Unis [143] Falling Rain Genomicsrsquo Global Gazetteer [144] Alexandria Digital Library de lUniversiteacute de Californie Eacutetats-Unis [145] African Data Sampler [146] MapCarta [147] Maplandia [148] Global geodatabase-cities [149] Open Street Map [150] VMAP0 [151] et IslamicFinder [152] A travers lAfrique il existe un certain nombre de reacutepertoire toponymique numeacuteriques nationaux pour les lieux habiteacutes les eacutetablissements sanitaires ou les eacutecoles Ce type de reacutepertoires accroicirct en nombre en preacutecision et en couverture Nous les avons obtenus sur demande aupregraves des bureaux nationaux de recensement des ministegraveres de leacuteducation et de la santeacute et des ONG partenaires Cela srsquoest aveacutereacute un outil preacutecieux dans la localisation des communauteacutes au Burkina Faso au Kenya en Gambie au Mozambique agrave Madagascar en Somalie au Malawi en Mauritanie au Ghana au Niger en Namibie au Seacuteneacutegal en Somalie en Afrique du Sud en Tanzanie en Ouganda en Zambie et agrave Zanzibar Bien que nous tentons drsquoutiliser des nomenclatures types et des strateacutegies uniques de nommage dans les reacutepertoires toponymiques numeacuteriques [153] il est difficile drsquoatteindre cela au niveau national ougrave les orthographes changement en fonction des auteurs au fil du temps et ougrave les mecircmes noms de lieux sont reacutepliqueacutees agrave travers un pays En tant que tel lors de lextraction de donneacutees chaque point de donneacutees a eacuteteacute enregistreacute avec autant drsquoinformations geacuteographiques que possible issues de la source Crsquoest bien ces informations qui ont eacuteteacute utiliseacutees au cours du geacuteo-positionnement par exemple pour veacuterifier que le geacuteocodage permettait de cadrer les sites denquecirctes dans les uniteacutes administratives deacutecrites dans le rapport ou qursquoil correspondait agrave dautres deacutetails dans le rapport sur la distance vis-agrave-vis des riviegraveres ou les villes lorsque cela eacutetait afficheacutees sur Google Earth Bien quen theacuteorie les coordonneacutees GPS doivent repreacutesenter une localisation spatiale sans ambiguiumlteacute il fallait une veacuterification rigoureuse pour veiller agrave ce que les sites denquecirctes correspondent aux coordonneacutees GPS Comme drsquohabitude nous avons donc reveacuterifieacute toutes les donneacutees GPS de toutes les sources en utilisant les noms de lieux et ou Google Earth pour assurer que les coordonneacutees se situaient dans les communauteacutes Toutes les coordonneacutees ont eacuteteacute soumises agrave un controcircle final agrave laide de la base de donneacutees spatiale des frontiegraveres administratives de second niveau deacuteveloppeacutees et reacuteviseacutee en 2008 par lOrganisation pour lalimentation et lagriculture (FAO) des Nations Unies [154] Loutil de seacutelection spatiale ArcGIS 101 (ESRI USA) a eacuteteacute utiliseacute pour veacuterifier que les points du long du littoral eacutetaient situeacutes sur des terrains tels que deacutefinis par GAUL 2008 La base de donneacutees de Global Lakes and Wetlands (GLWD) deacuteveloppeacutee par le Fonds mondial pour la nature [155] a eacuteteacute utiliseacute pour srsquoassurer que les points inteacuterieurs eacutetaient positionneacutes sur la terre ferme et non pas sur des plans deau Nous cherchions par-lagrave agrave identifier les coordonneacutees qui se trouvaient leacutegegraverement au large des cocirctes sur les affluents ou dans les uniteacutes administratives incorrectes chaque anomalie a eacuteteacute reveacuterifieacutee et repositionneacutee agrave laide de petits changements et avec Google Earth

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54 Deacutefinition des frontiegraveres nationales A la fin de la Seconde Guerre mondiale en 1945 presque tous les pays en Afrique eacutetaient soumis agrave la domination ou agrave lrsquoadministration coloniale Chaque pays sur le continent africain est aujourdhui indeacutependant mecircme si quelques icircles restent sous administration europeacuteenne (la Reacuteunion et Mayotte) Il existe actuellement 55 Etats indeacutependants dont 53 sont membres de lUnion africaine Tout au long de ce rapport nous utilisons les noms et les frontiegraveres des Eacutetats-nations en Afrique et les frontiegraveres actuelles plutocirct que la nomenclature preacute-indeacutependance Tout au long de ce rapport nous avons utiliseacute lrsquooutil numeacuterique de traitement de frontiegraveres parraineacute par lrsquoONU [156] En tant que tel nous traitons le Soudan du Sud en tant qursquoentiteacute diffeacuterente de la Reacutepublique du Soudan et lEacuterythreacutee diffeacuterente de lEthiopie Il y a beaucoup de zones litigieuses en Afrique revendiqueacutees par diffeacuterents pays voisins et qui restent en suspens [157] Pour les besoins de notre travail nous avons traiteacute le Triangle drsquoIlemi en tant que partie inteacutegrante de la reacutegion de Turkana du Kenya Nous avons consideacutereacute Walvis Bay en Namibie comme faisant toujours partie de la Namibie en deacutepit du fait que ce territoire fait partie de lrsquoAfrique du Sud depuis de nombreuses anneacutees suivant lindeacutependance de la Namibie en 1990 Deux petits territoires au sein du Royaume du Maroc continuent decirctre occupeacutes par lEspagne dans le Nord-Ouest (Ceuta) et dans le Nord-Est (Melilla) sur le littoral meacutediterraneacuteen Cependant nous avons consideacutereacutes ces territoires comme faisant partie du Royaume du Maroc se rapprochant de son eacutetendue ottomane avant 1912 Nous traitons la peacuteninsule du Sinaiuml en tant que partie permanente de la Reacutepublique arabe dEgypte Sans faire de jugements politiques nous avons consideacutereacute la reacutegion drsquoAbeyi comme faisant partie inteacutegrante de la Reacutepublique du Soudan cependant dans la cartographie des produits nationaux les deux pays prennent en compte cette reacutegion Nous avons traiteacute le Triangle Halaib sur la frontiegravere soudano-eacutegyptienne comme faisant partie du Soudan bien que depuis 2010 lrsquoEacutegypte controcircle cette zone en tant que partie inteacutegrante de son Etat de la Mer Rouge La reacutegion de Bakassi territoire frontalier contesteacute sur la cocircte atlantique entre le Nigeria et le Cameroun a eacuteteacute traiteacute comme faisant partie du Nigeria en deacutepit de la mise en œuvre finale des accords qui ont accordeacute cette reacutegion agrave ladministration camerounaise en 2014 Les groupes insulaires de Bioko Annobin et Zanzibar sont traiteacutees seacutepareacutement de la partie continentale de Guineacutee eacutequatoriale et de Tanzanie respectivement Ces groupes insulaires ont toujours eu diffeacuterents plans de lutte antipaludique et des ambitions drsquoeacutelimination diffeacuterentes de ceux de leurs homologues du continent 55 Normalisation selon lacircge Lorsque lacircge nrsquoeacutetait pas preacuteciseacute dans le rapport de chaque enquecircte mais que le rapport preacutecisait que lrsquoensemble du village ou drsquoenfants de leacutecole primaire eacutetaient examineacutes nous avons supposeacute que les tranches dacircge agrave 0-99 ans ou 5-14 ans respectivement Il y avait une grande diversiteacute dans les tranches dacircge des populations eacutechantillonneacutees entre les eacutetudes Pour faire des comparaisons significatives dans le temps et lespace une seule tranche dacircge normaliseacute est neacutecessaire Il est possible drsquoeffectuer des ajustements dun acircge normaliseacute pour le Plasmodium falciparum gracircce agrave lobservation et agrave la theacuteorie des maladies infectieuses lagrave ougrave limmuniteacute est acquise apregraves une exposition reacutepeacuteteacutee de la naissance Nous avons adapteacute des modegraveles de

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conversion catalytique de Muench (dabord utiliseacute dans le paludisme par Pull amp Grab dans les anneacutees 1970 [158]) en eacutequations statiques en R-script qui utilise les gammes infeacuterieure et supeacuterieure deacutechantillon et la preacutevalence globale pour se transformer en une estimation preacutevues chez les enfants acircgeacutes de 2-10 ans PfPR2-10 [96] 56 Limitations dues agrave la taille de leacutechantillon La taille de leacutechantillon est inversement proportionnelle agrave la preacutevalence ougrave agrave faible taille des eacutechantillons les biais dans les estimations de la preacutevalence sont introduits en fonction de la preacutevalence reacuteelle de la population se traduisant deacutecarts-types relativement eacuteleveacutes [159] Il existe un seuil critique entre 10 et 20 individus eacutechantillonneacutes en dessous duquel les eacutecarts-types augmentent de faccedilon exponentielle dans la plupart des enquecirctes sur les infections parasitaires et la courbe commence agrave aplatir agrave partir drsquoune taille denviron 50 eacutechantillons et atteint une asymptote agrave environ 100 [160] La taille des eacutechantillons denquecircte individuels est eacutegalement importante dans le calcul des correacutelations avec les variables dendeacutemiciteacute pour veacuterifier les associations plausibles entre par exemple des preacutecipitations et la preacutevalence Au cours de seacutelection des co-variables de petits eacutechantillons impreacutecis peuvent conduire agrave loverfitting Nous avons chercheacute agrave combiner les communauteacutes agrave proximiteacute ougrave tout village comptait moins de 10 personnes eacutechantillonneacutees et ougrave les communauteacutes se situaient agrave moins de 5 km lrsquoun de lautre eacutechantillonneacutes exactement au mecircme moment par les mecircmes enquecircteurs 6 Partage et accegraves aux donneacutees Les donneacutees recueillies pour cette eacutetude font partie dune initiative plus large visant agrave aider les gouvernements nationaux en mettant agrave leur disposition des plateformes de donneacutees probantes pour les aider agrave concevoir des projets de lutte antipaludique gracircce au concours du projet INFORM [131161] soutenu par le Deacutepartement pour le deacuteveloppement international Royaume-Uni et le Wellcome Trust Les donneacutees geacuteocodeacutees sur la preacutevalence parasitaire issues des donneacutees archiveacutees publieacutees et ineacutedites donneacutees et rassembleacutees en bases de donneacutees soigneusement conserveacutees doivent ecirctre prise en charge et geacutereacutees par les services de lutte contre le paludisme au sein des ministegraveres nationaux de la santeacute Les donneacutees provenant des recherches nationales et des enquecirctes meneacutees par les ministegraveres de la santeacute sont la proprieacuteteacute des gouvernements nationaux Le plus souvent la plupart des ministegraveres de la santeacute nont pas accegraves agrave la gamme complegravete des donneacutees sur le paludisme pourtant potentiellement disponibles dans leur propre pays Le but est donc de se servir du projet INFORM pour bacirctir une appropriation des donneacutees nationales sur le paludisme et mettre toutes les donneacutees recueillies agrave la disposition des ministegraveres de la santeacute agrave travers lAfrique et aux conseillers techniques reacutegionaux de lOrganisation mondiale de la santeacute A ce titre ces gouvernements nationaux deviendront les gardiens de leurs propres donneacutees nationales et pleinement responsables de leur distribution aux scientifiques nationaux reacutegionaux et internationaux ainsi qursquoaux partenaires de controcircle

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7 Reacutefeacuterences 1 Snow RW (2014) Sixty years trying to define the malaria burden in Africa have we made any progress

BMC Medicine 12 227 2 Noor AM Kinyoki DK Mundia CW Kabaria CW Wambua JM Alegana VA Fall IS Snow RW (2014) The

changing risk of Plasmodium falciparum malaria infection in Africa 2000ndash10 a spatial and temporal analysis of transmission intensity Lancet 383 1739-1747

3 Snow RW Marsh K le Sueur D (1996) The need for maps of transmission intensity to guide malaria

control in Africa Parasitology Today 12 455ndash457 4 MARAARMA (1998) Towards an atlas of malaria risk in Africa First technical report of the

MARAARMA collaboration Durban South Africa httpsidl-bncidrccadspacebitstream10625316441114833pdf

5 Le Sueur D Binka F Lengeler C de Savigny D Teuscher T Toure Y Snow RW (1997) An atlas of malaria in

Africa Africa Health 19 23-24 6 Trape JF amp Rogier C (1996) Combating Malaria morbidity and mortality by reducing transmission

Parasitology Today 12 236-240 7 Snow RW Omumbo JA Lowe B Molyneux SM Obiero JO Palmer A Weber MW Pinder M Nahlen B

Obonyo C Newbold C Gupta S Marsh K (1997) Relation between severe malaria morbidity in children and level of Plasmodium falciparum transmission in Africa Lancet 349 1650-1654

8 Ghani AC Sutherland CJ Riley EM Drakeley CJ Griffin JT Gosling RD Filipe JAN (2009) Loss of

population levels of immunity to malaria as a result of exposure reducing interventions consequences for interpretation of disease trends PLoS One 4 e4383

9 Okiro EA Al-Taiar A Reyburn H Idro R Berkley J Nokes DJ Snow RW (2009) Age patterns of severe

paediatric malaria and their relationship to Plasmodium falciparum transmission intensity Malaria Journal 8 4

10 Carneiro I Roca-Feltrer A Griffin JT Smith L Tanner M Armstrong Schellenberg J Greenwood BM

Schellenberg D (2010) Age-patterns of malaria vary with severity transmission intensity and seasonality in sub-Saharan Africa A systematic review and pooled analysis PLoS One 5 e8988

11 Griffin JT Hollingsworth TD Reyburn H Drakeley CJ Riley EM Ghani AC (2014) Gradual acquisition of

immunity to severe malaria with increasing exposure Proceedings of the Royal Society B 282 20142657

12 Snow RW (2015) Global malaria eradication and the importance of Plasmodium falciparum

epidemiology in Africa BMC Medicine 13 23

24

13 Smith T Maire N Ross A Penny M Chitnis N Schapira A Studer A Genton B Lengeler C Tediosi F de Savigny D Tanner M (2008) Towards a comprehensive simulation model of malaria epidemiology and control Parasitology 135 1507ndash1516

14 Smith DL Noor AM Hay SI Snow RW (2009) Predicting changing malaria risk after expanded

insecticide treated net coverage in Africa Trends in Parasitology 25 511ndash516 15 Griffin JT Hollingsworth D Okell LC Churcher TS White M Hinsley W Bousema T Drakeley CJ

Ferguson NM Basanez MG Ghani AC (2010) Reducing Plasmodium falciparum malaria transmission in Africa a model based evaluation of intervention strategies PLoS Medicine 7 e1000324

16 Chitnis N Schapira A Smith T Steketee R (2010) Comparing the effectiveness of malaria vector-

control interventions through a mathematical model American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 83 230ndash240

17 World Health Organization (2014) From malaria control to malaria elimination a manual for

Elimination Scenario Planning Global Malaria Programme World Health Organization Geneva April 2014

18 Gerardin J Eckhoff P Wenger EA (2015) Mass campaigns with antimalarial drugs a modelling

comparison of artemether-lumefantrine and DHA-piperaquine with and without primaquine as tools for malaria control and elimination BMC Infectious Diseases 15 144

19 Okell LC Drakeley CJ Bousema T Whitty CJM Ghani AC (2008) Modelling the impact of artemisinin

combination therapy and long-acting treatments on malaria transmission intensity PLoS Medicine 5 e226

20 Guyatt HL amp Snow RW (2001) Malaria in pregnancy as an indirect cause of infant mortality in sub-Saharan

Africa Transactions of Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 95 569-576 21 Desai M ter Kuile FO Nosten F McGready R Asamoa K Brabin B Newman R (2007) Epidemiology

and burden of malaria in pregnancy Lancet Infectious Diseases 7 93ndash104 22 van Eijk A Hill J Alegana VA Kirui V Gething PW ter Kuile F Snow RW (2011) Coverage of malaria

protection in pregnant women in sub-Saharan Africa a synthesis and analysis of national survey data Lancet Infectious Diseases 11 190-207

23 MPAC (2012) wwwwhointmalariampacsep2012mpac_mip_erg_sep2012pdf 24 MPAC (2013) wwwwhointmalariampacmpac_sep13_erg_ipt_malaria_pregnancy_reportpdf 25 Meremikwu MM Donegan S Sinclair D Esu E Oringanje C (2012) Intermittent preventive

treatment for malaria in children living in areas with seasonal transmission Cochrane Database Systematic Reviews 2 CD003756

26 Cairns M Roca-Feltrer A Garske T Wilson AL Diallo D Milligan PJ Ghani AC Greenwood BM (2012)

Estimating the potential public health impact of seasonal malaria chemoprevention in African children Nature Communications 3 881

25

27 Noor AM Kibuchi E Mitto B Coulibaly D Doumbo OK Snow RW (2015) A spatial decision support

framework for sub-national targeting of seasonal malaria chemoprevention in the Sahel Under review

28 Smith DL McKenzie FE Snow RW Hay SI (2007a) Revisiting the basic reproductive number for

malaria and its implications for malaria control PLoS Biology 5 e42 29 Hay SI Smith DL Snow RW (2008) Measuring malaria endemicity from intense to interrupted

transmission Lancet Infectious Diseases 8 369-378 30 Moonen B Cohen JM Snow RW Slutsker L Drakeley C Smith DL Abeyasinghe R Rodriguez Loacutepez

MH Maharaj R Tanner M Targett G (2010) Operational strategies to achieve and maintain malaria elimination Lancet 376 1592-1603

31 World Health Organization (2012a) Disease surveillance for malaria control Operational manual

WHO Geneva 32 World Health Organization (2012b) Disease surveillance for malaria elimination Operational manual

WHO Geneva 33 Cohen JM Moonen B Snow RW Smith DL (2010) How absolute is zero An evaluation of historical

and current definitions of malaria elimination Malaria Journal 9 213 34 Molineaux L Muir DA Spencer HC Wernsdorfer WH (1988) The epidemiology of malaria and its

measurement Malaria Principles and Practice of Malariology W Wernsdorfer and I McGregor London Churchill Livingstone 2 999-1089

35 Tusting LS Bousema T Smith DL Drakeley C (2014) Measuring changes in Plasmodium falciparum

transmission precision accuracy and costs of metrics Advances in Parasitology 84 151-208 36 Metselaar D amp van Thiel PH (1959) Classification of malaria Tropical Geographic Medicine 11 157ndash

161 37 Macdonald G amp Goumleckel GW (1964) The malaria parasite rate and interruption of transmission

Bulletin of World Health Organization 31 365ndash377 38 Lysenko AJ amp Semashko IN (1968) Geography of malaria A medico-geographic profile of an ancient

disease In Lebedew AW ed Itogi Nauki Medicinskaja Geografija Moscow USSR Academy of Sciences pp 25ndash146

39 Macdonald G (1957) The epidemiology and control of malaria Oxford University Press 40 Pampana E (1969) A textbook on malaria eradication Oxford Oxford University Press 41 Pull JH (1972) Malaria surveillance methods their uses and limitations American Journal of Tropical

Medicine amp Hygiene 21 651-657

26

42 World Health Organization (1950) Report on the malaria conference in equatorial Africa Held under the joint auspices of the World Health Organization and of the commission for technical co-operation in Africa south of the Sahara Kampala Uganda 27 Novemberndash9 December 1950

43 Yekutiel P (1960) Problems of epidemiology in malaria eradication Bulletin of the World Health

Organization 22 669-683 44 Macdonald G (1952) The analysis of equilibrium in malaria Tropical Diseases Bulletin 49 813-1129 45 Hay SI Guerra CA Gething PW Patil AP Tatem AJ Noor AM Kabaria CW Manh BH Elyazar IRF

Brooker S Smith DL Moyeed RA Snow RW (2009) A world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2007 PLoS Medicine 6 e1000048

46 Gething PW Patil AP Smith DL Guerra CA Elyazar IRF Johnston GL Tatem AJ Hay SI (2011) A new

world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2010 Malaria Journal 10 378 47 Snow RW Amratia P Kabaria CW Noor AM Marsh K (2012) The changing limits and incidence of

malaria in Africa 1939-2009 Advances in Parasitology 78 169-262 48 Black RH (1968) Manual of epidemiology and epidemiological services in malaria programmes World

Health Organization Geneva 49 Ray AP amp Beljaev AE (1984) Epidemiological surveillance a tool for assessment of malaria and its

control Journal of Communicable Disease 16 197ndash207 50 Omumbo JA Noor AM Fall IS Snow RW (2013) How well are malaria maps used to design and

finance malaria control in Africa PLoS One 8 e53198 51 Alegana VA Atkinson PM Wright JA Kamwi R Kakokele S Snow RW Noor AM (2013) Estimation of

malaria incidence in northern Namibia in 2009 using Bayesian Conditional-Autoregressive Spatial-Temporal Models Spatial amp Spatial Temporal Epidemiology 7 25-36

52 Bennett A Yukich J Miller JM Vounatsou P Hamainza B Ingwe MI Moonga HB Kamuliwo M Keating

J Smith TA Steketee RW Eisele TP (2014) A methodological framework for the improved use of routine health system data to evaluate national malaria control programs evidence from Zambia Population amp Health Metrics 12 30

53 Moonasar D Morris N Kleinschmidt I Maharaj R Raman J Mayet NT Benson FG Durrheim DN

Blumberg L (2013) What will move malaria control to elimination in South Africa South African Medical Journal 103 (10 Suppl 2) 801-806

54 Cohen JM Dlamini S Novotny JM Kandula D Kunene S Tatem AJ (2013) Rapid case-based mapping

of seasonal malaria transmission risk for strategic elimination planning in Swaziland Malaria Journal 12 61

55 Zanzibar Malaria Control Programme (2011) Zanzibar Malaria Performance Review September 2011

ZMCP Ministry of Health Revolutionary Government of Zanzibar

27

56 Ministry of Health [Cape Verde] World Health Organization and the University of California San Francisco (2012) Eliminating malaria Moving towards sustainable elimination in Cape Verde Geneva The World Health Organization httpappswhointirisbitstream106657584919789241504386_engpdfua=1

57 Littrell M Sow GD Ngom A Ba M Mboup BM Dieye Y Mutombo B Earle D Steketee RW (2013)

Case investigation and reactive case detection for malaria elimination in northern Senegal Malaria Journal 12 331

58 Thiroux D A amp DAnfreville D L (1908) Le paludisme au Seacuteneacutegal pendant les anneacutees 1905-1906

Gouvernement General de lAfrique Occidentale Francaise Laboratorie de bacteriologie de Saint-Louis Published Libraire JB Bailliere et Fils Paris 1908

59 Government General de LAlgeacuterie (1908) Campagne Antipaludique de 1908 unpublished document

available in Wellcome Library Euston Road London UK FX134AA9 60 Government of Gold Coast (1914) Medical amp Sanitary Report for the year 1913 Waterlow amp Sons

London 61 Mansfield-Aders W (1927) Notes on malaria and filariasis in the Zanzibar Protectorate Transactions

of the Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 30 207-214 62 Colony of Mauritius (1923-1925) Annual Reports on the Medical and Health Department 63 Swaroop S Gilroy AB Uemura K (1966) Statistical methods in malaria eradication Monograph Series

of World Health Organization 51 164 64 Barber MA amp Rice JB (1937) A survey of malaria in Egypt American Journal of Tropical Medicine amp

Hygiene 17 413-436 65 De Meira MT Simotildees TS Pinto Nogueira JF (1948) Observaccedilotildees sobre sezonismo nas ilhas do Sal Boa

Vista e S Nicolau (Cabo Verde) Anais do Instituto de Medicina Tropical 3 213-237 66 Young MD amp Johnson TH (1949) A malaria survey of Liberia Journal of National Malaria Society 8

247-266 67 De Meillon B (1951) Malaria survey of South-West Africa Bulletin of the World Health Organization

4 333ndash417 68 Houel G amp Donadille F (1953) Vingt ans de lutte antipaludique au Maroc Bulletin de lrsquoInstitut

drsquoHygiene du Maroc 13 3-51 69 Soeiro A (1952) O sezonismo em Moccedilambique contribuiccedilatildeo para o estudo epidemioloacutegico Anais do

Instituto de Medicina Tropical 9 343-389 70 Soeiro A (1959) Relactoacuterio da actividade do Instituto de Investigaccedilatildeo Meacutedica de Moccedilambique em

1958 e plano de trabalhos para o ano de 1960 Anais Intstituto de Higiene e Medicina Tropical 16 573-611

28

71 Bernard PM (1954) Trois ans de lutte antipaludique agrave Madagascar Bulletin de Madagascar

Publication Mensuelle du Service General Drsquoinformation du Haut-Commissariat no 96 72 Cambournac FJC Gandara AF Pena AJ Teixeira EWLG (1955) Subsidios para o inquerito malariologico

em Angola Anais do Instituto de Medicina Tropical 12 121-153 73 Anon (1954) Campagne antipaludique au Dahomey Map found in Benin box in WHO Archives

Geneva August 2012 74 Languillon J (1957) Carte eacutepideacutemiologique du paludisme au Cameroun Bulletin de la Socieacuteteacute de

Pathologie Exotique 50 585 - 600 75 Alves W (1958) Malaria parasite rates in Southern Rhodesia May-September 1956 Bulletin of the

World Health Organization 19 69-74 76 Lariviere M Hocquet P Abonnenc E (1961) Reacutesultats drsquoune enquecircte palustre dans la reacutepublique du

Seacuteneacutegal Indices plasmodiques chez les enfants en milieu rural Bulletin de la Socieacuteteacute Meacutedicale drsquoAfrique Noire de Langue Franccedilaise 6 386-403

77 Wernsdorfer G amp Wernsdorfer W (1967) Malaria in the middle Nile basin and its bordering regions Z

Tropenmed Parasitol 18 17-44 78 Rishikesh N amp Fahmy Y (1961) Quarterly report April-June 1961 Republic of Somalia pre-eradication

survey World Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 79 Rishikesh N Payne D Fahmy Y (1961) Quarterly report for the period January-March 1961 World

Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 80 Bechuanaland Protectorate (1958-1963) Annual Medical and Sanitary Reports for the Protectorate for

the years 1958-1963 Government Printers Gaborone 81 Craig MH Sharp BL Mabaso MLH Kleinschmidt I (2007) Developing a spatial-statistical model and

map of historical malaria prevalence in Botswana using a staged variable selection procedure International Journal of Health Geographics 6 44

82 Cano VI (1971) Deacuteveloppement des services de santeacute de base (Paludisme) World Health

Organization AFRMAL112 83 Barbie Y amp Timbila R (1964) Notes sur le paludisme en Reacutepublique Islamique de Mauritanie Medicine

Tropicale 24 427-435 84 Khromov A amp Privault R (1965) Programme du pre-eradication du paludisme Rapport trimestriel 4th

trimestre 1965 (Sep-Oct-Nov) WHO Mauritanie World Health Organization Unpublished document WHO Archives Geneva

85 Beltran O (1966) Malaria pre-eradication project Sierra Leone-19 fourth quarterly field report

October - December 1966 Government of Sierra Leone amp World Health Organization

29

86 Guy Y amp Gassabi R (1967) Les perspectives de leacuteradication du paludisme en Algeacuterie Archives de

LInstitut Pastuer DAlgerie 45 72-88 87 Chand D Garzen JB Bahar R Rishikesh N (1964) Malaria Eradication Service Ethiopia 14 (c) Quarterly

Report 1 October to 31 December 1964 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

88 Chand D Garzon JB Bahar R Rishiskesh N (1965) Quarterly report covering period 1 October to 31

December 1964 Project Ethiopia 0014 dated 9th february 1965 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

89 Onori E (1967) Distribution of Plasmodium ovale in the Eastern Western and Northern regions of

Uganda Bulletin of the World Health Organization 37 665-668 90 Wenlock (1978) The incidence of Plasmodium parasites in rural Zambia East African Medical Journal

55 268-276 91 Escudie A amp Hamon J (1961) Paludisme en Afrique Occidentale dexpression Franccedilaise Medicine

Tropicale 21 661-687 92 RBM-MERG - httpwwwrbmwhointmechanismsmerghtml 93 Corsi DJ Neuman M Finlay JE Subramanian SV (2012) Demographic and health surveys a profile

International Journal of Epidemiology 41 1602-1613 94 Measure httpwwwmeasuredhscomData 95 UNICEF httpwwwuniceforgstatisticsindex_24302html 96 Smith DL Guerra CA Snow RW Hay SI (2007b) Standardizing estimates of malaria prevalence

Malaria Journal 6 131 97 Brooker S Kolaczinski JH Gitonga CW Noor AM Snow RW (2009) The use of schools for malaria

surveillance and programme evaluation in Africa Malaria Journal 8 231 98 Stevenson JC Stresman GH Gitonga CW Gillig J Owaga C Marube E Odongo W Okoth A China P

Oriango R Brooker SJ Bousema T Drakeley C Cox J (2013) Reliability of school surveys in estimating geographic variation in malaria transmission in the western Kenyan highlands PLoS One 8 e77641

99 De Zulueta J Kafuko GW Cullen JR (1963) An investigation of the annual cycle of malaria in Masaka

district (Uganda) East African Medical Journal 40 469-488 100 Najera JA Shidrawi GR Gibson FD Stafford JS (1967) A large-scale field trial of Malathion as an

insecticide for antimalarial work in Southern Uganda Bulletin of the World Health Organization 36 913-935

30

101 Storey J (1972) A review of malaria work in Sierra Leone 1900 to 1964 West African Medical Journal 27 57-68

102 Gitonga CW Karanja PN Kihara J Mwjame M Juma E Snow RW Noor AM Brooker S (2010)

Implementing school malaria surveys in Kenya towards a nationwide surveillance system Malaria Journal 9 306

103 Gitonga CW Edwards T Karanja PN Noor AM Snow RW Brooker S (2012) Plasmodium infection

anaemia and mosquito net use among school children across different settings in Kenya Tropical Medicine amp International Health 17 858ndash870

104 Houngbedji CA N Dri PB Huumlrlimann E Yapi RB Silueacute KD Soro G Koudou BG Acka CA Assi S

Vounatsou P N Goran EK Fantodji A Utzinger J Raso G (2015) Disparities of Plasmodium falciparum infection malaria-related morbidity and access to malaria prevention and treatment among school-aged children a national cross-sectional survey in Cote dIvoire Malaria Journal 14 7

105 Ashton R Kefyalew T Tesfaye G Pullan R Yadeta D Reithinger R Kolaczinski J Brooker S (2010)

School-based surveys of malaria in Oromia Regional State Ethiopia towards a map of malaria risk Federal Ministry of Health Ethiopia

106 Takem EN Affara M Amambua-Ngwa A Okebe J Ceesay SJ Jawara M Oriero E Nwakanma D

Pinder M Clifford C Taal M Sowe M Suso P Mendy A Mbaye A Drakeley C DAlessandro U (2013) Detecting foci of malaria transmission with school surveys A pilot study in The Gambia PLoS One 8 e67108

107 Clarke SE Roschnik N Rouhani S Diarra S Bamadio M Sacko M Traore D Ly AB Gaye O Sembene

M Fall FB (2012) Malaria in school children under a new policy of universal coverage of nets Recent data from Mali and Senegal American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 Supplement 5 abstract 1466

108 Kabatereine NB Standley CJ Sousa-Fugueiredo JC Fleming RM Stothard JR Talisuna A Fenwick A

(2011) Integrated prevalence mapping of schistosomiasis soil-transmitted helminthiasis and malaria in lakeside and island communities in Lake Victoria Uganda Parasites amp Vectors 4 232

109 Emerson PM Ngondi J Biru E Graves PM Ejigsemahu Y Gebre T Endeshaw T Genet A Mosher

AW Zerihun M Messele A Richards FO (2008) Integrating an NTD with one of lsquolsquoThe Big Threersquorsquo Combined malaria and trachoma survey in Amhara Region of Ethiopia PLoS Neglected Tropical Diseases 2 e197

110 Noor AM Alegana VA Patil AP Moloney G Borle M Ahmed F Yousef F Amran J Snow RW (2012)

Mapping the receptivity of malaria risk to plan the future of control in Somalia British Medical Journal Open Access 2 e001160

111 Boyd MF (1949) Malariology A comprehensive review of all aspects of this group of diseases from a

global standpoint Volume II WB Saunders Company Philadelphia and London

31

112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

8

plus grande preacutecision de preacutevalence de chaque communauteacute en fonction des niveaux de preacutevalence attendus [63] Des exemples de ces enquecirctes nationales srsquoeacutetendent sur 30 ans de preacuteparation pour le controcircle du paludisme en Afrique y compris les enquecirctes meneacutees avant la Confeacuterence de Kampala en Egypte en 1936 [64] au Cap-Vert en 1946 [65] au Libeacuteria en 1948 [66] et en Namibie en 1950 [67] et apregraves la Confeacuterence de Kampala au Maroc en 1951-1953 [68] au Mozambique 1952 [6970] agrave Madagascar entre 1952 et 1953 [71] en Angola 1953 [72] au Beacutenin 1954 [73] au Cameroun en 1954 [74] au Zimbabwe en 1956 [75] au Seacuteneacutegal en 1960 [76] au Soudan en 1961-1963 [77] en Somalie entre 1960 et 1961 [7879] au Botswana en 1962 [8081] au Togo entre 1962 et 1964 [82] en Mauritanie entre 1963 et 1965 [8384] en Sierra Leone entre 1963 et 1966 [85] en Algeacuterie entre 1964 et 1965 [86] en Ethiopie entre 1964 et 1965 [8788] en Ouganda entre 1965 et 1967 [89] et en Zambie entre 1969 et 1972 [90] Des exemples de repreacutesentations dessineacutees agrave la main de ces donneacutees denquecirctes nationales sont preacutesenteacutes dans le scheacutema 2 Scheacutema 2 Exemples denquecirctes nationales sur la preacutevalence du paludisme pendant legravere du GMEP a) au Seacuteneacutegal [76] b) en Ouganda [89] c) en Angola [72] d) au Mozambique [70] e) au Soudan [77] f) au Cameroun [74]

9

Au deacutebut le Centre Muraz baseacute agrave Bobo Dioullaso au Burkina Faso faisait office du siegravege sous reacutegional du Service Geacuteneacuteral dHygiegravene et de Prophylaxie (SGHMP) qui fournissait des preacuteconisations meacutedicales et sanitaires ainsi que la recherche pour les pays qui constituaient la Feacutedeacuteration des pays de lrsquoAfrique occidentale Franccedilaise (AOF) En 1955 des enquecirctes aupregraves des meacutenages de grande ampleur ont eacuteteacute entreprises depuis le Centre Muraz agrave travers la sous-reacutegion pour eacutetablir la preacutevalence du pian et de la syphilis Le chef de la section de lutte contre le paludisme le commandant docteur Choumara a suggeacutereacute qursquoon pourrait inclure des enquecirctes compleacutementaires sur le paludisme sans occasionner des coucircts suppleacutementaires et sans retarder le travail de leacutequipe de Treacuteponeacutematoses Au cours des anneacutees suivantes les premiegraveres cartographies sous-reacutegionales de la preacutevalence empirique du paludisme ont eacuteteacute eacutelaboreacutees [91] (scheacutema 3) Scheacutema 3 Reacutesultats des enquecirctes paludomeacutetriques sous-reacutegionales meneacutees dans le cadre drsquoenquecirctes de treacuteponegraveme en milieu et agrave la fin des anneacutees 1950 par le Centre Muraz agrave travers lrsquoAOF [91]

Pendant les efforts deacuteradication un certain nombre de pays ont maintenu des enquecirctes communautaires parasitologiques eacutetendues mais pour la majoriteacute des pays dAfrique sub-saharienne les enquecirctes nationales dinfections paludiques aupregraves des meacutenages ont eacuteteacute abandonneacutees En 2005 cinq ans apregraves le lancement de linitiative Roll Back Malaria il a eacuteteacute reconnu quil eacutetait important de ressusciter des enquecirctes nationales des meacutenages sur la preacutevalence de linfection en tant que moyen pour permettre de suivre les progregraves au niveau des pays [9293] Les trois principaux veacutehicules denquecircte pour recueillir les donneacutees nationales contemporaines de

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preacutevalence parasitaires eacutetaient les modules de paludisme de lrsquoEnquecircte deacutemographique et de santeacute geacutereacutes par le programme ameacutericain MESURE-ICF [94] les Enquecirctes en grappes agrave indicateurs multiples geacutereacutees par lUNICEF [95] et les EIP autonomes geacutereacutees par les programmes nationaux de lutte contre le paludisme et leurs partenaires de drsquoenquecircte Ces enquecirctes sont effectueacutees avec un accent sur le suivi des eacutevolutions dans la couverture dintervention et du taux de mortaliteacute des enfants de moins de cinq ans dans le premier niveau des zones administratives (province Eacutetat Gouvernorat etc) Lrsquoeacutechantillonnage national stratifieacute et pondeacutereacute selon la population ne se fonde pas sur la preacutecision autour de la preacutevalence du paludisme Lune des conseacutequences est que les uniteacutes primaires deacutechantillonnage qui en deacutecoulent ne repreacutesentent qursquoun tregraves petit nombre dindividus eacutechantillonneacutes pour linfection par le paludisme Ceci est une distinction importante entre les enquecirctes nationales sur le paludisme meneacutees au cours de legravere du Projet GMEP qui ont eacuteteacute conccedilues sur la base de leur capaciteacute agrave deacutefinir la preacutevalence dinfection [63] Les enquecirctes nationales actuelles comprennent des combinaisons de meacutethodes de deacutepistage des parasites dans diffeacuterents tranches dacircge en fonction de lenquecircte nationale Cependant la majoriteacute se focalise uniquement sur les enfants acircgeacutes drsquoentre 6 mois agrave cinq ans ce qui constitue une tranche dacircge moins informative en termes de preacutevalence dinfection par rapport aux enquecirctes comprenant une fourchette dacircge denfance beaucoup plus eacutetendue [96] et qui repeacutesente une autre rupture par rapport aux enquecirctes nationales meneacutees entre les anneacutees 1950 et 1960 qui eacutetaient axeacutees sur les enfants de moins de 10 ou de moins de 15 ans ou qui ont pris en consideacuteration tous les membres du meacutenage Malgreacute ces limites il y a eu une augmentation importante de donneacutees empiriques sur la preacutevalence dinfection par le paludisme en Afrique par rapport agrave ce qui eacutetait disponible dans une vaste zone geacuteographique depuis plus de 40 ans Depuis 2006 les enquecirctes nationales sur le parasites du paludisme ont eacuteteacute entreprises en Angola (2006 et 2011) au Botswana (2012) au Beacutenin (2012) au Burkina Faso (2010 et 2014) au Burundi (2012) au Cameroun (2011) au Tchad (2011) aux Comores (2010b) en Cocircte dIvoire (2012) en Reacutepublique deacutemocratique du Congo (2011b) aux Comores (2010b) en Cocircte dIvoire (2012) en Reacutepublique deacutemocratique du Congo (DRC) (2009 et 201314) au Djibouti (2009b) en Guineacutee eacutequatoriale (2007 and 201011b) en Erythreacutee (2002 et 2012b) en Ethiopie (2006 2007 et 2011b) au Gabon (2007 adultes uniquementb) en Gambie (2008b 2010b 2013b et 2015b) Ghana (2011 and 2014) Guineacutee (2012 and 201415) Guineacutee Bissau (200809b) Kenya (2007b 2010b et 2015b) au Liberia (2009 et 2011) agrave Madagascar (2011 and 2013) au Malawi (2000 2009 2012 et 2014) au Mali (2010) Mozambique (2002a 2007a et 2011) en Namibie (2009a) au Nigeria (2010) au Rwanda (2007 et 201011) au Seacuteneacutegal (20089 201011 201213 et 201314) en Sierra Leone (2013) en Somalie (2005b et 2014b) au Sud-Soudan (2009b et 2013b) au Soudan (2005b 2009b et 2012b) au Swaziland (2010b) en Tanzanie (20078 et 201112) au Togo (201314) en Ouganda (2009 et 201415) en Zambie (2006b 2008b 2010b et 2012a) agrave Zanzibar (2007 2010 et 201112) et au Zimbabwe (2009 et 2012)

b Donneacutees mises agrave la disposition de lrsquoeacutequipe drsquoINFORM par les programmes nationaux de lute contre le paludisme sans permission pour de partager avec des tiers

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Suivant une augmentation des enquecirctes communautaires sur la preacutevalence drsquoinfection il y a eu une renaissance dans les enquecirctes drsquoeacutecoliers Cette fourchette dacircge fournit une gamme plus optimale pour les recherches sur la preacutevalence dinfection Lagrave ougrave la freacutequentation scolaire est eacuteleveacutee et ougrave lintensiteacute de transmission est stable cette approche consistant agrave mesurer lexposition communautaire aux parasites est moins coucircteuse et exige moins de main-dœuvre que leacutechantillonnage communautaire [9798] Lutilisation de la preacutevalence de linfection chez les eacutecoliers pour suivre les progregraves et limpact de la lutte contre le paludisme et son eacutelimination nrsquoest pas nouvelle Les enquecirctes scolaires ont eacuteteacute entreprises dans le cadre de la surveillance en Rhodeacutesie du Sud (aujourdhui appeleacute le Zimbabwe) [75] au Bechuanaland (aujourdhui appeleacute la Reacutepublique du Botswana) [80] en Ouganda [99 100] en icircle Maurice [62] et en Sierra Leone [101] Au Kenya les enquecirctes sur le paludisme dans les eacutecoles ont eacuteteacute reacuteguliegraverement effectueacutees dans le cadre de la surveillance paludique par la Division des maladies agrave transmission vectorielle (DMTV) depuis sa creacuteation dans les anneacutees 1940 jusquau deacutebut des anneacutees 1990 anneacutee ougrave ces enquecirctes ont eacuteteacute abandonneacutees en raison du manque de fonds [DMTV donneacutees non publieacutees] Des enquecirctes nationales reacutecentes en milieu scolaire ont eacuteteacute restaureacutees au Kenya [102103] en Cocircte dIvoire [104] en Ethiopie [105] en Gambie [106] au Mali [107] en Tanzanie [F Molteni communication personnelle] au Mozambique et au Malawi [Natalie Roschnik communication personnelle] et en Ouganda [108] Le co-eacutechantillonnage a eacuteteacute proposeacute au cours des enquecirctes sanitaires plus eacutetendues dans les anneacutees 1950 pour la lutte contre les treacuteponegravemes et le paludisme [91] ainsi qursquoau cours des enquecirctes nutritionnelles meneacutees en Zambie [90] Reacutecemment les opportuniteacutes partageacutees dont les enquecirctes sur le paludisme meneacutees dans le cadre dautres enquecirctes sanitaires ont eacuteteacute revues notamment le deacutepistage des maladies tropicales neacutegligeacutees [109] ou des enquecirctes nutritionnelles offrant ainsi des possibiliteacutes drsquointeacutegrer des diagnostics du paludisme En Somalie par exemple nous avons travailleacute avec lUniteacute danalyse de la nutrition et de la seacutecuriteacute alimentaire (FSNAU) de lOrganisation pour lalimentation et lagriculture en Somalie de faccedilon agrave inclure des diagnostics rapide du paludisme au cours du deacutepistage des problegravemes nutritionnels au sein des communauteacutes entre 2007 et 2011 [110] 4 Recueil des donneacutees denquecirctes sur la preacutevalence parasitaire Comme nous lavons indiqueacute plus haut il y a eu deux grandes pousseacutees dinteacuterecirct dans les enquecirctes nationales sur la preacutevalence parasitaire toutes les deux gravitant autour des initiatives mondiales pour controcircler et eacuteliminer le paludisme meneacutees par lOMS Cependant il y a eu de nombreuses enquecirctes de terrain sous-nationales et individuelles sur la preacutevalence de lrsquoinfection paludique agrave travers le continent depuis le deacutebut des anneacutees 1900 Le processus didentification de ces donneacutees denquecirctes fut long et ardu la prise en charge vers 20 ans Cette section deacutecrit le processus lextraction de donneacutees et lexhaustiviteacute de ce processus de recherche de donneacutees

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41 Contexte de strateacutegies de recherche de donneacutees Les principes de base de la recherche dinformation sur la preacutevalence dinfection paludique en Afrique ont eacuteteacute rassembleacutes dans le projet de collaboration appeleacute Cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) [4] Cette collaboration a eacuteteacute eacutetendue en 2005 dans le cadre du Projet Malaria Atlas (MAP) (Atlas du risque de paludisme en Afrique [Guerra et al 2007] Ces deux projets provisoires de recueil de donneacutees mettent en eacutevidence un aspect important de la localisation des informations paludomeacutetriques en Afrique dont la plupart proviennent de sources ineacutedites Cela nrsquoaurait pour autant pas surpris les paludologues qui travaillaient en Afrique il y a plus de cinquante ans Bagster-Wilson deacuteclare dans le traiteacute de Boyd sur le paludisme en 1948 qursquolaquoon peut sefforcer de deacutefinir avec plus de preacutecision la reacutepartition du paludisme dans la mesure ougrave les informations disponibles le permettront une grande partie de savoir local se cache dans les rapports officiels non publieacutes qui ne peuvent ecirctre consulteacutes que par le biais des visites dans les pays concerneacutes raquo [111] Pour identifier les sources dinformations nous avons proceacutedeacute agrave des meacutethodes opportunistes aux approches en cascade et nrsquoavons pas respecteacute les meacutethodes rigoureuses proposeacutees pour les examens systeacutematiques ou des meacuteta-analyses [112] eacutetant donneacute qursquoavoir recours uniquement aux donneacutees examineacutees par des pairs se traduirait par lexclusion de preacutecieuses sources de donneacutees de valeur au niveau des pays Nous avons utiliseacute des contacts personnels fait des reacutefeacuterences occasionnelles aux enquecirctes contenues dans les rapports des ministegraveres de la santeacute effectueacute des recherches darchives et effectueacute des recherches dans des publications traditionnelles eacutevalueacutees par les pairs afin de traquer les sources possibles de donneacutees denquecirctes paludiques agrave travers le continent Dans les sections suivantes nous tenterons darticuler les approches adopteacutees pour repeacuterer des informations 42 Recherches dans les archives historiques Depuis 2005 nous avons entrepris des recherches manuelles dans les archives et les bibliothegraveques des instituts ex-coloniaux de meacutedecine tropicale pour repeacuterer des rapports ineacutedits de paludologues travaillant en Afrique avant que les pays nrsquoaccegravedent agrave lindeacutependance Il srsquoagissait notamment de drsquoarchives de lInstitut de Meacutedecine Tropicale Anvers lrsquoInstitut Pasteur Paris Deacutepartement dHistoire de la Meacutedecine Sapienza - Universitagrave di Roma Rome ArchivioItaliano Di Scienze mediche Coloniali Rome Instituto Higiene Medicina Tropical Lisbonne Wellcome Trust Library Londres The National Archives Kew Royaume-Uni et la London School of Tropical Medicine and Hygiene Londres On notera en particulier les rapports de voyage des consultants et les rapports trimestriels de paludologues travaillant pour le compte de lOrganisation mondiale de la santeacute (OMS) agrave partir des anneacutees 1950 jusquaux anneacutees 1970 Ceux-ci fournissent des reacutecits riches et des donneacutees denquecircte des campagnes de preacute-eacutelimination des rapports deacutetape deacutelimination des critiques et des analyses de situation du paludisme au niveau national Toutes ces donneacutees sont archiveacutees dans les bibliothegraveques de lOMS agrave Genegraveve au Caire et agrave Brazzaville (Figure 4) Nous tenons agrave

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remercier les bibliotheacutecaires de ces archives qui nous ont fourni une aide preacutecieuse dans le repeacuterage des documents non publieacutes dans chacun de ces siegraveges de lOMS Figure 4 Archives de lrsquoOMS agrave Genegraveve (agrave gauche) et agrave Brazzaville (agrave droite) Nous avons eacutegalement visiteacute les archives nationales du Ministegravere de la santeacute situeacutees dans les villes de Nairobi Kisumu Eldoret Mombasa et Meru (au Kenya) Entebbe et Jinja (en Ouganda) Sennar Khartoum et Kassala (au Soudan) Thies (au Seacuteneacutegal) Amani (en Tanzanie) Accra (au Ghana) Tzaneen (en Afrique du Sud) et les archives personnelles de lex-directeur de Tzaneen Malaria Research Centre ndash Centre de recherche sur le paludisme (couvrant lAfrique du Sud la Namibie et le Botswana) Les dossiers et les rapports tenus au National Institute of Medical Research (Institut national de la recherche meacutedicale) agrave Amani (Scheacutema 5) a couvert la peacuteriode ougrave le centre eacutetait le siegravege sous-reacutegional de lrsquoInstitute of Malaria and Vector Borne Diseases (Institut est-africain du paludisme et des maladies agrave transmission vectorielle) (1954-1977) Le siegravege du Projet de leacuteradication du paludisme agrave Jinja en Ouganda abritait tous les dossiers des enquecirctes nationales des meacutenages agrave partir des anneacutees 1960 jusquen 2011 quand ceux-ci ont malheureusement eacuteteacute deacutetruits et nous nrsquoavons eacuteteacute en mesure de trouver que ceux qui avaient eacuteteacute deacutemeacutenageacute agrave Entebbe Des rapports annuels des services meacutedicaux et de lrsquoassainissement datant de 1919 produits par les gouvernements coloniaux de la Gambie du Nigeria du Gold Coast (Ghana) de Sierra Leone de Somalie du Kenya de Tanganyika (Tanzanie) de Zanzibar drsquoOuganda du Congo belge (RDC) du Bechuanaland (Botswana ) du Nyassaland (Malawi) de Rhodeacutesie (Zambie et Zimbabwe) de lrsquoicircle Maurice et du Soudan eacutetaient disponibles en eacutetats variables de conservation dans la bibliothegraveque fondeacutee par le Wellcome Trust en 1963 et fait maintenant partie des laboratoires nationaux de santeacute publique appartenant au ministegravere de la santeacute agrave Nairobi Kenya (Figure 5) Au cours du Projet de cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) des scientifiques reacutegionaux ont visiteacute les archives nationales situeacutees dans les villes de Maputo (Mozambique) Bobo Dioulasso (Burkina Faso) Yaoundeacute (Cameroun) Cotonou (Beacutenin) et Lomeacute (Togo) [MARA ARMA 1998] Ces recherches ont identifieacute plusieurs rapports importants

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renfermant des donneacutees denquecirctes nationales Ils nrsquoont cependant pas pris des exemplaires numeacuteriques de rapports originaux Dans la mesure du possible nous avons tenteacute de localiser ces rapports et drsquoen preacuteparer des exemplaires numeacuteriques Cela na pas toujours eacuteteacute couronneacutee de succegraves et nous avons de ce fait inclus certaines donneacutees des issues de la base de donneacutees MARA ARMA des enquecirctes meneacutees agrave lrsquoeacutepoque preacute-indeacutependance avec des citations respectives notamment celles reacutecupeacutereacutees du Centre Muraz agrave Bobo Dioulasso Des exemplaires numeacuteriques des rapports non-publieacutes issus des archives europeacuteennes et africaines sont mis agrave la disposition des pays dans le cadre du projet INFORM en tant que bibliothegraveques numeacuteriques Scheacutema 5 A gauche Archives du laboratoire national de santeacute publique Nairobi Kenya (Old Wellcome Trust Library) A droite ndash Bibliothegraveque de lrsquoInstitut national de recherche meacutedicale Amani Tanzanie 43 Recherche des donneacutees eacutelectroniques Des bases de donneacutees eacutelectroniques en ligne ont eacuteteacute utiliseacutees comme un moyen didentifier les pairs des donneacutees publieacutees sur la preacutevalence de linfection paludique notamment celles publieacutees depuis les anneacutees 1980 y compris PubMed [113] Google Scholar [114] Armed Forces Pest Management Board (le Conseil dadministration de la lutte antiparasitaire des Forces armeacutees) - Litteacuterature Retrieval System [116] la base de donneacutees de la bibliothegraveque de lrsquoOrganisation mondiale de la santeacute [116] et le service de la bibliothegraveque numeacuterique en ligne de lInstitut de Recherche pour le Deacuteveloppement [117] Nous nrsquoavons pas trouveacute facilement des revues reacutegionales y compris un grand nombre de revues meacutedicales nationales des revues de la santeacute publique et parasitologiques agrave partir des sources ci-dessus Toutefois nous avons trouveacute des titres et des extraits en ligne de lrsquoAfrican Journals Online (AJOL) [118] Dans toutes les recherches de bases de donneacutees numeacuteriques des travaux publieacutes contenant les des mots-cleacutes laquo paludisme raquo et laquonom de paysraquo ont eacuteteacute utiliseacutes Nous avons eacuteviteacute lrsquoemploi des terminologies speacutecialiseacutees issues du systegraveme de meacutetadonneacutees meacutedicales laquoMedical Subject Headings (MeSH)raquo dans les recherches darchives numeacuteriques de faccedilon agrave eacutelargir au maximum

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notre champ de recherche Nous avons effectueacute des recherches de base de donneacutees au moins une fois par an agrave partir de lrsquoanneacutee 2005 Nous avons compleacuteteacute nos recherches par des notifications reacuteguliegraveres hebdomadaires sur le paludisme du service dalerte infos de Malaria World [119] Roll Back Malaria des bulletins dinformations du Programme de santeacute environnementale de lUSAID [120] et Santeacute Tropicale pour les revues nationales et reacutegionales des pays francophones y compris Meacutedecine dAfrique noire [121 ] Les titres et les reacutesumeacutes ont eacuteteacute utiliseacutes pour identifier drsquoeacuteventuelles donneacutees denquecirctes parasitaires transversales dans diverses formes soit en tant qursquoenquecirctes communautaires enquecirctes en milieu scolaire autres meacutethodes de deacutepistage parasitaire ou des essais sur le terrain Nous avons eacutegalement eacutetudieacute des eacutetudes sur la preacutevalence de maladies associeacutees au paludisme lorsque celles-ci sont preacutesenteacutees dans le cadre drsquoenquecirctes sur laneacutemie lrsquoheacutemoglobinopathie la transfusion sanguine ou eacutevaluations de la situation nutritionnelle afin drsquoidentifier les rapports coiumlncidence de la preacutevalence paludique En outre crsquoeacutetait une pratique courante de deacutepister les membres de la communauteacute ou des eacutecoliers au cours des protocoles de sensibiliteacute preacutecoces aux meacutedicaments antipaludeacuteens de sorte agrave enrocircler des personnes infecteacutees aux enquecirctes de suivi post-traitement Souvent des donneacutees issues des sites denquecirctes seacutelectionneacutes permettaient de fournir le nombre de personnes deacutepisteacutees et le nombre de personnes infecteacutees Les enquecirctes aupregraves des populations feacutebriles ou des personnes freacutequentant des cliniques ont eacuteteacute exclues Les publications avec des titres ou des extraits pouvant indiquer la preacutesence des donneacutees parasitaires possibles ont eacuteteacute soit teacuteleacutechargeacutees agrave partir darchives de revues offertes en ligne en libre accegraves ou provenant de HINARI (lInitiative daccegraves aux recherches pour la santeacute) [122] A chaque fois que les publications nrsquoeacutetaient pas disponibles sur HINARI en libre accegraves nous visitions les archives des bibliothegraveques du Royaume-Uni agrave la London School of Hygiene and Tropical Medicine la Liverpool School of Tropical Medicine la bibliothegraveque Bodleian agrave lUniversiteacute dOxford ou la Bibliothegraveque de lInstitut Pasteur Paris pour obtenir en obtenir des exemplaires Nous faisions des demandes de reacutefeacuterences que nous nrsquoarrivions pas agrave trouver suivant ces recherches agrave laide du catalogue mondial des recherches agrave travers les bibliothegraveques dOxford factureacutees agrave la page Toutes les publications agrave partir desquelles des donneacutees ont eacuteteacute extraites ont eacuteteacute contreveacuterifieacutees agrave lrsquoaide des bibliographies provenant dautres sources qursquoon aurait oublieacutees ou qui correspondraient agrave des documents non publieacutes ou laquodocuments parallegravelesraquo qui ne sont geacuteneacuteralement pas controcircleacutes par les eacutediteurs commerciaux Les auteurs des articles eacutevalueacutes par les pairs ont souvent eacuteteacute contacteacutes pour nous renseigner sur des informations compleacutementaires dans leur document et nous indiquer dautres travaux non publieacutes dans leur zone geacuteographique ou de leur institution

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44 Autres sources de donneacutees Les enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages ayant inteacutegreacute la preacutevalence parasitaire sont deacutecrites dans la section 3 Les donneacutees provenant de ces enquecirctes sont soit disponibles en formats teacuteleacutechargeables agrave partir du programme ICF MEASURE ou ont eacuteteacute fournis au projet INFORM par les programmes nationaux de lutte antipaludique dans le cadre daccords de collaboration Pour dautres donneacutees eacuteventuellement ineacutedites et propres aux sites sur la preacutevalence du paludisme nous avons consulteacute des sites Web et contacteacute les organisations non gouvernementales (ONG) travaillant en Afrique pouvant avoir entrepris des eacutevaluations sanitaires comprenant des enquecirctes parasitologiques au sein des communauteacutes aupregraves desquelles elles œuvraient Il srsquoagissait notamment de Meacutedecins sans Frontiegraveres [123] MERLIN [124] le Centre Carter [125] Selon lUniteacute danalyse de la seacutecuriteacute alimentaire et de la nutrition en Somalie (FSNAU) [126] Shape Consulting [127] Save the Children [128] Malaria Consortium [129] et MENTOR [130] Gracircce aux contacts fournis par ces agences nous avons pu trouver des donneacutees provenant de sites drsquoenquecirctes en Guineacutee en Sierra Leone en Cocircte dIvoire en Tanzanie au Libeacuteria en Somalie au Kenya en Ouganda au Nigeria en Ethiopie au Mali et au Soudan du Sud Les extraits des ouvrages publieacutes par Tropical Medicine ainsi que ceux issus des reacuteunions sur le paludisme ont eacuteteacute identifieacutes provenant de sources les plus diverses possibles et produits dans le cadre de confeacuterences et de congregraves nationaux et internationaux Ceux-ci ont eacuteteacute utiliseacutes pour signaler drsquoeacuteventuelles donneacutees solliciteacutees par correspondance des auteurs drsquoextraits Notre preacutesence reacutegionale et les liens que nous entretenons avec la communauteacute de recherche sur le paludisme en Afrique a permis de faire naicirctre une prise de conscience quant agrave lobjectif et agrave lambition de la recherche sur la cartographie du paludisme commenceacute en 1996 sous la collaboration MARA ARMA [35] Nous avons profiteacute de cette connectiviteacute reacutegionale des chercheurs pour contacter directement les collegravegues travaillant sur leacutepideacutemiologie du paludisme de sorte agrave rechercher des donneacutees ventileacutees et speacutecifiques au site souvent ineacutedites La volonteacute de partager des donneacutees non publieacutees sur les enquecirctes parasitaires a eacuteteacute sans preacuteceacutedent Au 1er Juillet 2015 plus de 700 scientifiques et speacutecialistes individuels de la santeacute publique ont fourni des informations ventileacutees sur les donneacutees publieacutees donneacutees non-publieacutees ou ont apporteacute leur concours agrave la localisation des communauteacutes eacutechantillonneacutees agrave travers lAfrique Nous avons tenu agrave les remercier dans lannexe accompagnant le preacutesent rapport ainsi que sur le site Web INFORM [131] Les instituts reacutegionaux menant des recherches sur le paludisme et leurs partenaires de collaboration eacutetaient toujours agrave lavant-garde dans la fourniture de donneacutees non publieacutees Il convient de mentionner particuliegraverement les Medical Research Council Laboratories (Gambie) les partenariats de collaboration entre le Kenyan Medical Research Institute et le Wellcome Trust Universiteacute dOxford US Centers for Disease Control Universiteacute de Nagasaki et Walter Reed (Kenya) le Centre de Recherche et de formation sur le paludisme (Mali) Uganda Malaria Surveillance Project (Ouganda) les partenariats de collaboration tisseacutes entre Ifakara Health Institute et le Swiss Tropical Institute la London School of Hygiene and Tropical Medicine et US

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Centers for Disease Control (Tanzanie) Dar es Salaam Urban Malaria Control Project (Tanzanie) National Medical Research Institute agrave Amani (Tanzanie) Institut Pasteur (Madagascar) lrsquoInstitut de Recherche pour le deacuteveloppement (Seacuteneacutegal) Centre de Rechercheacute en Santeacute de Nouna (Burkina Faso) Institute for Endemic Diseases University of Khartoum (Sudan) Blue Nile Health Project-Giezera State University (Sudan) Centro Investigaco Saude Angola (Angola) Liverpool School of Tropical Medicine Wellcome Trust and College of Medicine Programme collaboratif de lrsquoUniversity of Malawi (Malawi) South African Medical Research Council (Afrique du Sud Mozambique et Swaziland) le programme de collaboration du Swiss Tropical and Public Health Institute et de lInstitut de la santeacute publique (Cocircte dIvoire) le programme de collaboration du US Centers for Disease Control (Togo) partenariats de collaboration du Prince Leopold Institute (Burundi Beacutenin et Rwanda) Malaria Institute agrave Macha (Zambie) Medical Research CentreOuganda Virus Research Institute (Ouganda) lEcole de Santeacute Publique de Kinshasa (RDC) et le Southern African Malaria Consortium (Zimbabwe) 5 Abstraction des donneacutees drsquoenquecircte 51 Exigences minimales en matiegravere de donneacutees De chacun des rapports drsquoenquecircte les champs de donneacutees minimales requises pour chaque enregistrement sont les suivants description de la zone deacutetude (nom divisions administratives et coordonneacutees geacuteographiques cas eacutecheacuteant) dates de deacutebut et de fin de lenquecircte (mois et anneacutee) et renseignements sur de lexamen sanguin (nombre de personnes deacutepisteacutees nombre de personnes constateacutees positives pour infection au Plasmodium par espegravece) meacutethodes utiliseacutees pour deacutetecter linfection (microscopie tests de diagnostic rapide (TDR) reacuteaction en chaicircne par polymeacuterase (PCR) ou combinaisons) et lrsquoacircge le plus bas et la population eacutetudieacutee Pour les donneacutees provenant des essais controcircleacutes et randomiseacutes dintervention les donneacutees nrsquoont eacuteteacute seacutelectionneacutees que lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees de base de preacute-intervention et celles issues des enquecirctes de suivi transversales ulteacuterieures au sein des populations teacutemoins Lorsque des cohortes dindividus ont eacuteteacute interrogeacutees agrave plusieurs reprises dans le temps nous nous sommes efforceacutes dinclure uniquement la premiegravere enquecircte et les enquecirctes ulteacuterieures lorsque celles-ci nrsquoavaient qursquoun eacutecart drsquoau moins cinq mois par rapport agrave la date denquecircte initiale pour eacuteviter toute deacutependance entre les observations baseacutees sur le traitement des personnes infecteacutees preacuteceacutedentes Lorsqursquoil neacutetait pas possible de ventiler les enquecirctes reacutepeacuteteacutees celles-ci eacutetaient deacutefinitivement exclues de lanalyse Plusieurs pays ont maintenu des enquecirctes sanguines de masse apregraves avoir atteint les phases de consolidation de leacutelimination La dureacutee des phases de preacute-eacutelimination drsquoattaque de consolidation et dentretien deacutelimination varie entre les pays [47] Nous avons choisi dexclure les donneacutees eacutechantillonneacutees apregraves les dates ougrave les pays mettant en œuvre des programmes drsquoeacutelimination avaient commenceacute agrave utiliser des taux drsquoincidence deacuteriveacutes des indices parasitaires annuels ou lorsque des enquecirctes sanguines de masse eacutetaient utiliseacutees pour deacutemontrer labsence de transmission en Algeacuterie (1967) en Egypte (1965) en Libye (1967) en icircle Maurice (1957) au Maroc (1969) en Reacuteunion (1953) et en Tunisie (1968)

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Parfois les rapports preacutesentaient le nombre total de personnes examineacutees dans un certain nombre de villages et le pourcentage de personnes controcircleacutees positives par village ici nous avons supposeacute que le deacutenominateur par village eacutetait eacutequivalent au nombre total de personnes examineacutees diviseacute par le nombre total de villages Il eacutetait possible deacutetablir lanneacutee de chaque enquecircte cependant il eacutetait parfois impossible drsquoeacutetablir le mois de lenquecircte agrave partir des rapports denquecirctes Dans ce cas de figure nous avons utiliseacute des descriptions saison laquohumideraquo et saison laquosegravecheraquo premier ou deuxiegraveme trimestre scolaire ou dautres informations pour parvenir agrave une approximation du mois de lenquecircte et avons inclus un rapport sur cette hypothegravese Certains reacutesultats de lenquecircte ont eacuteteacute signaleacutes en tant qursquoagreacutegat dans lespace (par exemple un seul PfPR pour un groupe de villages) ou dans le temps (par exemple un PfPR moyen estimeacute agrave partir de quatre enquecirctes diffeacuterentes meneacutees au fil du temps) Dans de tels cas nous avons soit chercheacute dautres rapports des mecircmes enquecirctes avec une reacutesolution spatiale ou temporelle plus eacuteleveacutee Lagrave ougrave cela na pas eacuteteacute possible et ougrave des groupes de villages deacutepassaient 5 km2 nous avons exclu du dossier de lanalyse (voir ci-dessous) Lorsque des informations suppleacutementaires eacutetaient neacutecessaires pour fournir des donneacutees speacutecifiques par village dans un moment preacutecis nous avons demandeacute aux auteurs de nous fournir tout renseignement ou document manquant 52 Meacutethodes de deacutetection parasitaires Compte tenu de son ubiquiteacute en tant qursquooutil de diagnostic paludique la meacutethode preacutefeacutereacutee de deacutetection parasitaire eacutetait la microscopie Aucune distinction nrsquoeacutetait faite entre la microscopie optique ou par fluorescence La qualiteacute de la veacuterification de lame [132133] les variations de sensibiliteacute speacutecificiteacute entre les tests de diagnostic rapide (TDR) [134] la capaciteacute des eacutequipes de terrain agrave analyser les TDR de maniegravere fiable [135-138] ou des variations obtenues sur la base de la seacutelection des amorces pour les reacuteactions en chaicircne de la polymeacuterase (PCR) [139] influencent toutes les descriptions de la preacutevalence et auront des variances intrinsegraveques entre les enquecirctes incluses dans la base de donneacutees Il a eacuteteacute deacutemontreacute que les TDR donnent des taux de faux positifs plus eacuteleveacutes que la microscopie [134 140 141] cependant ils ont tendance agrave stratifier agrave fois le taux parasitaire le plus bas (lt1) et le plus eacuteleveacute (gt50) avec plus de preacutecision par rapport agrave la microscopie courante [133 141] Une analyse drsquoun grand recueil de donneacutees sur les taux parasitaires des communauteacutes a deacutemontreacute quil y avait une diffeacuterence minime dans les estimations du taux moyen global de preacutevalence de P falciparum dans une analyse des donneacutees correspondantes apparieacutees issues des enquecirctes communautaires ayant utiliseacute la microscopie et les TDR pour les examens parasitaires [46] Neacuteanmoins les diffeacuterences entre les TDR et la microscopie en matiegravere de leur capaciteacute agrave deacutetecter des dinfections mineures lorsquelles sont geacutereacutees dans des conditions normales restent un preacutejugeacute systeacutematique inheacuterent aux donneacutees [141] que nous sommes incapables de controcircler Nous sommes eacutegalement incapables de controcircler la qualiteacute des analyses de donneacutees des enquecirctes en utilisant uniquement la microscopie Le principal problegraveme de la microscopie lorsquelle est utiliseacutee dans le cadre les enquecirctes-eacutechantillons nationales est la qualiteacute de la preacuteparation des lames (coloration et entreposage) et

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ou les garanties de la veacuterification de la qualiteacute (VQ) des analyses des lames Dans ce cas de figure nous avons en consultation avec les responsables des enquecirctes nationales ducirc faire plusieurs jugements de valeur Par exemple pour les enquecirctes nationales aupregraves des meacutenages au Soudan en Somalie au Malawi et en Angola nous avons choisi dinteacutegrer les preacutevalences dinfection obtenues gracircce aux TDR plutocirct les estimations provenant des analyses des lames de microscopie Par contre pour drsquoautres pays tels que le Kenya et lOuganda nous avions des garanties quant agrave la qualiteacute des analyses des preacutelegravevements sanguins pendant enquecirctes sur les indicateurs du paludisme Il ny a pas de regravegles absolues pour ces deacutecisions A chaque fois que des preuves quant agrave la qualiteacute des analyses des lames nous eacutetaient fournies nous avons deacutecideacute drsquoutiliser celles-ci par rapport aux TDR 53 Geacuteocodage des sites drsquoenquecircte Le geacuteocodage de donneacutees la deacutefinition dune longitude et une latitude deacutecimale pour chaque site denquecircte consistait en une tacircche particuliegraverement exigeante En fonction de leur repreacutesentation spatiale les donneacutees eacutetaient classeacutees en tant que villages communauteacutes ou eacutecoles individuelles ou ensemble de communauteacutes dans une zone deacutefinissable correspondant agrave une zone agrave linteacuterieur dun quadrillage de 5 km ou environ 005 degreacutes deacutecimaux au niveau de leacutequateur Dans la mesure du possible nous avons chercheacute agrave conserver des donneacutees ventileacutees au niveau des villages plutocirct que des donneacutees agrave travers une laquogrande eacutetendueraquo Lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees provenant des communauteacutes deacutepassant un quadrillage de 5 km nous avons consideacutereacute ces derniers comme une reacutesolution spatiale trop faible avec une variance importante possible dans le polygone dinformations agrave exclure lors de lutilisation de la modeacutelisation geacuteostatistique avanceacutee En pratique il srsquoagissait ici drsquoun critegravere difficile agrave veacuterifier eacutetant donneacute que la plupart des rapports denquecircte ne fournissaient pas suffisamment de deacutetails sur la superficie de la zone eacutetudieacutee Une utilisation plus reacutecente des systegravemes de positionnement mondial (GPS) lors de travaux denquecircte permet une reacuteagreacutegation des donneacutees denquecircte aupregraves des meacutenages avec une plus grande preacutecision Crsquoest eacutegalement utile dans le maintien du critegravere du quadrillage de 5 km tout en combinant des grappes de petites tailles deacutechantillon dans lespace Lutilisation du GPS pour enregistrer des longitudes et latitudes a contribueacute de maniegravere appreacuteciable agrave des enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages depuis circa 2007 [142] Cependant dans les enquecirctes deacutemographiques et sanitaires aupregraves des meacutenages geacutereacutes par le programme ICF-MEASURE un processus de deacuteplacement de coordonneacutees GPS est effectueacute de telle sorte que pour les clusters urbains un deacuteplacement est introduit agrave une distance allant jusqursquoagrave tous les 2 km qui influe rarement sur la preacutecision globale de modeacutelisation eacutetant donneacute que ce processus se fait dans le cadre est dans les zones urbaines Pour les clusters ruraux on fait un deacuteplacement jusqursquoagrave 5 km avec 1 de clusters ruraux suppleacutementaires deacuteplaceacutes jusquagrave une distance de 10 km Ici nous avons passeacute en revue tous les clusters ruraux agrave lrsquoaide de Google Earth pour examiner la mesure dans laquelle les clusters ruraux pourraient avoir eacuteteacute deacuteplaceacutes vers des zones inhabiteacutees et repositionneacutes dans les zones peupleacutees les plus proches

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Pour positionner chaque site denquecircte lagrave ougrave les coordonneacutees GPS ne sont pas disponibles nous avons utiliseacute une varieacuteteacute de ressources numeacuteriques parmi lesquels les plus utiles eacutetaient Encyclopeacutedie Microsoft Encarta (Microsoft 2004) et Google Earth (Google 2009) Drsquoautres sources drsquoarchives numeacuteriques de noms de lieux couramment utiliseacutes sont entre autres le serveur de noms de lieux de la National Geospatial-Intelligence Agency GEOnet Eacutetats-Unis [143] Falling Rain Genomicsrsquo Global Gazetteer [144] Alexandria Digital Library de lUniversiteacute de Californie Eacutetats-Unis [145] African Data Sampler [146] MapCarta [147] Maplandia [148] Global geodatabase-cities [149] Open Street Map [150] VMAP0 [151] et IslamicFinder [152] A travers lAfrique il existe un certain nombre de reacutepertoire toponymique numeacuteriques nationaux pour les lieux habiteacutes les eacutetablissements sanitaires ou les eacutecoles Ce type de reacutepertoires accroicirct en nombre en preacutecision et en couverture Nous les avons obtenus sur demande aupregraves des bureaux nationaux de recensement des ministegraveres de leacuteducation et de la santeacute et des ONG partenaires Cela srsquoest aveacutereacute un outil preacutecieux dans la localisation des communauteacutes au Burkina Faso au Kenya en Gambie au Mozambique agrave Madagascar en Somalie au Malawi en Mauritanie au Ghana au Niger en Namibie au Seacuteneacutegal en Somalie en Afrique du Sud en Tanzanie en Ouganda en Zambie et agrave Zanzibar Bien que nous tentons drsquoutiliser des nomenclatures types et des strateacutegies uniques de nommage dans les reacutepertoires toponymiques numeacuteriques [153] il est difficile drsquoatteindre cela au niveau national ougrave les orthographes changement en fonction des auteurs au fil du temps et ougrave les mecircmes noms de lieux sont reacutepliqueacutees agrave travers un pays En tant que tel lors de lextraction de donneacutees chaque point de donneacutees a eacuteteacute enregistreacute avec autant drsquoinformations geacuteographiques que possible issues de la source Crsquoest bien ces informations qui ont eacuteteacute utiliseacutees au cours du geacuteo-positionnement par exemple pour veacuterifier que le geacuteocodage permettait de cadrer les sites denquecirctes dans les uniteacutes administratives deacutecrites dans le rapport ou qursquoil correspondait agrave dautres deacutetails dans le rapport sur la distance vis-agrave-vis des riviegraveres ou les villes lorsque cela eacutetait afficheacutees sur Google Earth Bien quen theacuteorie les coordonneacutees GPS doivent repreacutesenter une localisation spatiale sans ambiguiumlteacute il fallait une veacuterification rigoureuse pour veiller agrave ce que les sites denquecirctes correspondent aux coordonneacutees GPS Comme drsquohabitude nous avons donc reveacuterifieacute toutes les donneacutees GPS de toutes les sources en utilisant les noms de lieux et ou Google Earth pour assurer que les coordonneacutees se situaient dans les communauteacutes Toutes les coordonneacutees ont eacuteteacute soumises agrave un controcircle final agrave laide de la base de donneacutees spatiale des frontiegraveres administratives de second niveau deacuteveloppeacutees et reacuteviseacutee en 2008 par lOrganisation pour lalimentation et lagriculture (FAO) des Nations Unies [154] Loutil de seacutelection spatiale ArcGIS 101 (ESRI USA) a eacuteteacute utiliseacute pour veacuterifier que les points du long du littoral eacutetaient situeacutes sur des terrains tels que deacutefinis par GAUL 2008 La base de donneacutees de Global Lakes and Wetlands (GLWD) deacuteveloppeacutee par le Fonds mondial pour la nature [155] a eacuteteacute utiliseacute pour srsquoassurer que les points inteacuterieurs eacutetaient positionneacutes sur la terre ferme et non pas sur des plans deau Nous cherchions par-lagrave agrave identifier les coordonneacutees qui se trouvaient leacutegegraverement au large des cocirctes sur les affluents ou dans les uniteacutes administratives incorrectes chaque anomalie a eacuteteacute reveacuterifieacutee et repositionneacutee agrave laide de petits changements et avec Google Earth

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54 Deacutefinition des frontiegraveres nationales A la fin de la Seconde Guerre mondiale en 1945 presque tous les pays en Afrique eacutetaient soumis agrave la domination ou agrave lrsquoadministration coloniale Chaque pays sur le continent africain est aujourdhui indeacutependant mecircme si quelques icircles restent sous administration europeacuteenne (la Reacuteunion et Mayotte) Il existe actuellement 55 Etats indeacutependants dont 53 sont membres de lUnion africaine Tout au long de ce rapport nous utilisons les noms et les frontiegraveres des Eacutetats-nations en Afrique et les frontiegraveres actuelles plutocirct que la nomenclature preacute-indeacutependance Tout au long de ce rapport nous avons utiliseacute lrsquooutil numeacuterique de traitement de frontiegraveres parraineacute par lrsquoONU [156] En tant que tel nous traitons le Soudan du Sud en tant qursquoentiteacute diffeacuterente de la Reacutepublique du Soudan et lEacuterythreacutee diffeacuterente de lEthiopie Il y a beaucoup de zones litigieuses en Afrique revendiqueacutees par diffeacuterents pays voisins et qui restent en suspens [157] Pour les besoins de notre travail nous avons traiteacute le Triangle drsquoIlemi en tant que partie inteacutegrante de la reacutegion de Turkana du Kenya Nous avons consideacutereacute Walvis Bay en Namibie comme faisant toujours partie de la Namibie en deacutepit du fait que ce territoire fait partie de lrsquoAfrique du Sud depuis de nombreuses anneacutees suivant lindeacutependance de la Namibie en 1990 Deux petits territoires au sein du Royaume du Maroc continuent decirctre occupeacutes par lEspagne dans le Nord-Ouest (Ceuta) et dans le Nord-Est (Melilla) sur le littoral meacutediterraneacuteen Cependant nous avons consideacutereacutes ces territoires comme faisant partie du Royaume du Maroc se rapprochant de son eacutetendue ottomane avant 1912 Nous traitons la peacuteninsule du Sinaiuml en tant que partie permanente de la Reacutepublique arabe dEgypte Sans faire de jugements politiques nous avons consideacutereacute la reacutegion drsquoAbeyi comme faisant partie inteacutegrante de la Reacutepublique du Soudan cependant dans la cartographie des produits nationaux les deux pays prennent en compte cette reacutegion Nous avons traiteacute le Triangle Halaib sur la frontiegravere soudano-eacutegyptienne comme faisant partie du Soudan bien que depuis 2010 lrsquoEacutegypte controcircle cette zone en tant que partie inteacutegrante de son Etat de la Mer Rouge La reacutegion de Bakassi territoire frontalier contesteacute sur la cocircte atlantique entre le Nigeria et le Cameroun a eacuteteacute traiteacute comme faisant partie du Nigeria en deacutepit de la mise en œuvre finale des accords qui ont accordeacute cette reacutegion agrave ladministration camerounaise en 2014 Les groupes insulaires de Bioko Annobin et Zanzibar sont traiteacutees seacutepareacutement de la partie continentale de Guineacutee eacutequatoriale et de Tanzanie respectivement Ces groupes insulaires ont toujours eu diffeacuterents plans de lutte antipaludique et des ambitions drsquoeacutelimination diffeacuterentes de ceux de leurs homologues du continent 55 Normalisation selon lacircge Lorsque lacircge nrsquoeacutetait pas preacuteciseacute dans le rapport de chaque enquecircte mais que le rapport preacutecisait que lrsquoensemble du village ou drsquoenfants de leacutecole primaire eacutetaient examineacutes nous avons supposeacute que les tranches dacircge agrave 0-99 ans ou 5-14 ans respectivement Il y avait une grande diversiteacute dans les tranches dacircge des populations eacutechantillonneacutees entre les eacutetudes Pour faire des comparaisons significatives dans le temps et lespace une seule tranche dacircge normaliseacute est neacutecessaire Il est possible drsquoeffectuer des ajustements dun acircge normaliseacute pour le Plasmodium falciparum gracircce agrave lobservation et agrave la theacuteorie des maladies infectieuses lagrave ougrave limmuniteacute est acquise apregraves une exposition reacutepeacuteteacutee de la naissance Nous avons adapteacute des modegraveles de

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conversion catalytique de Muench (dabord utiliseacute dans le paludisme par Pull amp Grab dans les anneacutees 1970 [158]) en eacutequations statiques en R-script qui utilise les gammes infeacuterieure et supeacuterieure deacutechantillon et la preacutevalence globale pour se transformer en une estimation preacutevues chez les enfants acircgeacutes de 2-10 ans PfPR2-10 [96] 56 Limitations dues agrave la taille de leacutechantillon La taille de leacutechantillon est inversement proportionnelle agrave la preacutevalence ougrave agrave faible taille des eacutechantillons les biais dans les estimations de la preacutevalence sont introduits en fonction de la preacutevalence reacuteelle de la population se traduisant deacutecarts-types relativement eacuteleveacutes [159] Il existe un seuil critique entre 10 et 20 individus eacutechantillonneacutes en dessous duquel les eacutecarts-types augmentent de faccedilon exponentielle dans la plupart des enquecirctes sur les infections parasitaires et la courbe commence agrave aplatir agrave partir drsquoune taille denviron 50 eacutechantillons et atteint une asymptote agrave environ 100 [160] La taille des eacutechantillons denquecircte individuels est eacutegalement importante dans le calcul des correacutelations avec les variables dendeacutemiciteacute pour veacuterifier les associations plausibles entre par exemple des preacutecipitations et la preacutevalence Au cours de seacutelection des co-variables de petits eacutechantillons impreacutecis peuvent conduire agrave loverfitting Nous avons chercheacute agrave combiner les communauteacutes agrave proximiteacute ougrave tout village comptait moins de 10 personnes eacutechantillonneacutees et ougrave les communauteacutes se situaient agrave moins de 5 km lrsquoun de lautre eacutechantillonneacutes exactement au mecircme moment par les mecircmes enquecircteurs 6 Partage et accegraves aux donneacutees Les donneacutees recueillies pour cette eacutetude font partie dune initiative plus large visant agrave aider les gouvernements nationaux en mettant agrave leur disposition des plateformes de donneacutees probantes pour les aider agrave concevoir des projets de lutte antipaludique gracircce au concours du projet INFORM [131161] soutenu par le Deacutepartement pour le deacuteveloppement international Royaume-Uni et le Wellcome Trust Les donneacutees geacuteocodeacutees sur la preacutevalence parasitaire issues des donneacutees archiveacutees publieacutees et ineacutedites donneacutees et rassembleacutees en bases de donneacutees soigneusement conserveacutees doivent ecirctre prise en charge et geacutereacutees par les services de lutte contre le paludisme au sein des ministegraveres nationaux de la santeacute Les donneacutees provenant des recherches nationales et des enquecirctes meneacutees par les ministegraveres de la santeacute sont la proprieacuteteacute des gouvernements nationaux Le plus souvent la plupart des ministegraveres de la santeacute nont pas accegraves agrave la gamme complegravete des donneacutees sur le paludisme pourtant potentiellement disponibles dans leur propre pays Le but est donc de se servir du projet INFORM pour bacirctir une appropriation des donneacutees nationales sur le paludisme et mettre toutes les donneacutees recueillies agrave la disposition des ministegraveres de la santeacute agrave travers lAfrique et aux conseillers techniques reacutegionaux de lOrganisation mondiale de la santeacute A ce titre ces gouvernements nationaux deviendront les gardiens de leurs propres donneacutees nationales et pleinement responsables de leur distribution aux scientifiques nationaux reacutegionaux et internationaux ainsi qursquoaux partenaires de controcircle

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7 Reacutefeacuterences 1 Snow RW (2014) Sixty years trying to define the malaria burden in Africa have we made any progress

BMC Medicine 12 227 2 Noor AM Kinyoki DK Mundia CW Kabaria CW Wambua JM Alegana VA Fall IS Snow RW (2014) The

changing risk of Plasmodium falciparum malaria infection in Africa 2000ndash10 a spatial and temporal analysis of transmission intensity Lancet 383 1739-1747

3 Snow RW Marsh K le Sueur D (1996) The need for maps of transmission intensity to guide malaria

control in Africa Parasitology Today 12 455ndash457 4 MARAARMA (1998) Towards an atlas of malaria risk in Africa First technical report of the

MARAARMA collaboration Durban South Africa httpsidl-bncidrccadspacebitstream10625316441114833pdf

5 Le Sueur D Binka F Lengeler C de Savigny D Teuscher T Toure Y Snow RW (1997) An atlas of malaria in

Africa Africa Health 19 23-24 6 Trape JF amp Rogier C (1996) Combating Malaria morbidity and mortality by reducing transmission

Parasitology Today 12 236-240 7 Snow RW Omumbo JA Lowe B Molyneux SM Obiero JO Palmer A Weber MW Pinder M Nahlen B

Obonyo C Newbold C Gupta S Marsh K (1997) Relation between severe malaria morbidity in children and level of Plasmodium falciparum transmission in Africa Lancet 349 1650-1654

8 Ghani AC Sutherland CJ Riley EM Drakeley CJ Griffin JT Gosling RD Filipe JAN (2009) Loss of

population levels of immunity to malaria as a result of exposure reducing interventions consequences for interpretation of disease trends PLoS One 4 e4383

9 Okiro EA Al-Taiar A Reyburn H Idro R Berkley J Nokes DJ Snow RW (2009) Age patterns of severe

paediatric malaria and their relationship to Plasmodium falciparum transmission intensity Malaria Journal 8 4

10 Carneiro I Roca-Feltrer A Griffin JT Smith L Tanner M Armstrong Schellenberg J Greenwood BM

Schellenberg D (2010) Age-patterns of malaria vary with severity transmission intensity and seasonality in sub-Saharan Africa A systematic review and pooled analysis PLoS One 5 e8988

11 Griffin JT Hollingsworth TD Reyburn H Drakeley CJ Riley EM Ghani AC (2014) Gradual acquisition of

immunity to severe malaria with increasing exposure Proceedings of the Royal Society B 282 20142657

12 Snow RW (2015) Global malaria eradication and the importance of Plasmodium falciparum

epidemiology in Africa BMC Medicine 13 23

24

13 Smith T Maire N Ross A Penny M Chitnis N Schapira A Studer A Genton B Lengeler C Tediosi F de Savigny D Tanner M (2008) Towards a comprehensive simulation model of malaria epidemiology and control Parasitology 135 1507ndash1516

14 Smith DL Noor AM Hay SI Snow RW (2009) Predicting changing malaria risk after expanded

insecticide treated net coverage in Africa Trends in Parasitology 25 511ndash516 15 Griffin JT Hollingsworth D Okell LC Churcher TS White M Hinsley W Bousema T Drakeley CJ

Ferguson NM Basanez MG Ghani AC (2010) Reducing Plasmodium falciparum malaria transmission in Africa a model based evaluation of intervention strategies PLoS Medicine 7 e1000324

16 Chitnis N Schapira A Smith T Steketee R (2010) Comparing the effectiveness of malaria vector-

control interventions through a mathematical model American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 83 230ndash240

17 World Health Organization (2014) From malaria control to malaria elimination a manual for

Elimination Scenario Planning Global Malaria Programme World Health Organization Geneva April 2014

18 Gerardin J Eckhoff P Wenger EA (2015) Mass campaigns with antimalarial drugs a modelling

comparison of artemether-lumefantrine and DHA-piperaquine with and without primaquine as tools for malaria control and elimination BMC Infectious Diseases 15 144

19 Okell LC Drakeley CJ Bousema T Whitty CJM Ghani AC (2008) Modelling the impact of artemisinin

combination therapy and long-acting treatments on malaria transmission intensity PLoS Medicine 5 e226

20 Guyatt HL amp Snow RW (2001) Malaria in pregnancy as an indirect cause of infant mortality in sub-Saharan

Africa Transactions of Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 95 569-576 21 Desai M ter Kuile FO Nosten F McGready R Asamoa K Brabin B Newman R (2007) Epidemiology

and burden of malaria in pregnancy Lancet Infectious Diseases 7 93ndash104 22 van Eijk A Hill J Alegana VA Kirui V Gething PW ter Kuile F Snow RW (2011) Coverage of malaria

protection in pregnant women in sub-Saharan Africa a synthesis and analysis of national survey data Lancet Infectious Diseases 11 190-207

23 MPAC (2012) wwwwhointmalariampacsep2012mpac_mip_erg_sep2012pdf 24 MPAC (2013) wwwwhointmalariampacmpac_sep13_erg_ipt_malaria_pregnancy_reportpdf 25 Meremikwu MM Donegan S Sinclair D Esu E Oringanje C (2012) Intermittent preventive

treatment for malaria in children living in areas with seasonal transmission Cochrane Database Systematic Reviews 2 CD003756

26 Cairns M Roca-Feltrer A Garske T Wilson AL Diallo D Milligan PJ Ghani AC Greenwood BM (2012)

Estimating the potential public health impact of seasonal malaria chemoprevention in African children Nature Communications 3 881

25

27 Noor AM Kibuchi E Mitto B Coulibaly D Doumbo OK Snow RW (2015) A spatial decision support

framework for sub-national targeting of seasonal malaria chemoprevention in the Sahel Under review

28 Smith DL McKenzie FE Snow RW Hay SI (2007a) Revisiting the basic reproductive number for

malaria and its implications for malaria control PLoS Biology 5 e42 29 Hay SI Smith DL Snow RW (2008) Measuring malaria endemicity from intense to interrupted

transmission Lancet Infectious Diseases 8 369-378 30 Moonen B Cohen JM Snow RW Slutsker L Drakeley C Smith DL Abeyasinghe R Rodriguez Loacutepez

MH Maharaj R Tanner M Targett G (2010) Operational strategies to achieve and maintain malaria elimination Lancet 376 1592-1603

31 World Health Organization (2012a) Disease surveillance for malaria control Operational manual

WHO Geneva 32 World Health Organization (2012b) Disease surveillance for malaria elimination Operational manual

WHO Geneva 33 Cohen JM Moonen B Snow RW Smith DL (2010) How absolute is zero An evaluation of historical

and current definitions of malaria elimination Malaria Journal 9 213 34 Molineaux L Muir DA Spencer HC Wernsdorfer WH (1988) The epidemiology of malaria and its

measurement Malaria Principles and Practice of Malariology W Wernsdorfer and I McGregor London Churchill Livingstone 2 999-1089

35 Tusting LS Bousema T Smith DL Drakeley C (2014) Measuring changes in Plasmodium falciparum

transmission precision accuracy and costs of metrics Advances in Parasitology 84 151-208 36 Metselaar D amp van Thiel PH (1959) Classification of malaria Tropical Geographic Medicine 11 157ndash

161 37 Macdonald G amp Goumleckel GW (1964) The malaria parasite rate and interruption of transmission

Bulletin of World Health Organization 31 365ndash377 38 Lysenko AJ amp Semashko IN (1968) Geography of malaria A medico-geographic profile of an ancient

disease In Lebedew AW ed Itogi Nauki Medicinskaja Geografija Moscow USSR Academy of Sciences pp 25ndash146

39 Macdonald G (1957) The epidemiology and control of malaria Oxford University Press 40 Pampana E (1969) A textbook on malaria eradication Oxford Oxford University Press 41 Pull JH (1972) Malaria surveillance methods their uses and limitations American Journal of Tropical

Medicine amp Hygiene 21 651-657

26

42 World Health Organization (1950) Report on the malaria conference in equatorial Africa Held under the joint auspices of the World Health Organization and of the commission for technical co-operation in Africa south of the Sahara Kampala Uganda 27 Novemberndash9 December 1950

43 Yekutiel P (1960) Problems of epidemiology in malaria eradication Bulletin of the World Health

Organization 22 669-683 44 Macdonald G (1952) The analysis of equilibrium in malaria Tropical Diseases Bulletin 49 813-1129 45 Hay SI Guerra CA Gething PW Patil AP Tatem AJ Noor AM Kabaria CW Manh BH Elyazar IRF

Brooker S Smith DL Moyeed RA Snow RW (2009) A world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2007 PLoS Medicine 6 e1000048

46 Gething PW Patil AP Smith DL Guerra CA Elyazar IRF Johnston GL Tatem AJ Hay SI (2011) A new

world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2010 Malaria Journal 10 378 47 Snow RW Amratia P Kabaria CW Noor AM Marsh K (2012) The changing limits and incidence of

malaria in Africa 1939-2009 Advances in Parasitology 78 169-262 48 Black RH (1968) Manual of epidemiology and epidemiological services in malaria programmes World

Health Organization Geneva 49 Ray AP amp Beljaev AE (1984) Epidemiological surveillance a tool for assessment of malaria and its

control Journal of Communicable Disease 16 197ndash207 50 Omumbo JA Noor AM Fall IS Snow RW (2013) How well are malaria maps used to design and

finance malaria control in Africa PLoS One 8 e53198 51 Alegana VA Atkinson PM Wright JA Kamwi R Kakokele S Snow RW Noor AM (2013) Estimation of

malaria incidence in northern Namibia in 2009 using Bayesian Conditional-Autoregressive Spatial-Temporal Models Spatial amp Spatial Temporal Epidemiology 7 25-36

52 Bennett A Yukich J Miller JM Vounatsou P Hamainza B Ingwe MI Moonga HB Kamuliwo M Keating

J Smith TA Steketee RW Eisele TP (2014) A methodological framework for the improved use of routine health system data to evaluate national malaria control programs evidence from Zambia Population amp Health Metrics 12 30

53 Moonasar D Morris N Kleinschmidt I Maharaj R Raman J Mayet NT Benson FG Durrheim DN

Blumberg L (2013) What will move malaria control to elimination in South Africa South African Medical Journal 103 (10 Suppl 2) 801-806

54 Cohen JM Dlamini S Novotny JM Kandula D Kunene S Tatem AJ (2013) Rapid case-based mapping

of seasonal malaria transmission risk for strategic elimination planning in Swaziland Malaria Journal 12 61

55 Zanzibar Malaria Control Programme (2011) Zanzibar Malaria Performance Review September 2011

ZMCP Ministry of Health Revolutionary Government of Zanzibar

27

56 Ministry of Health [Cape Verde] World Health Organization and the University of California San Francisco (2012) Eliminating malaria Moving towards sustainable elimination in Cape Verde Geneva The World Health Organization httpappswhointirisbitstream106657584919789241504386_engpdfua=1

57 Littrell M Sow GD Ngom A Ba M Mboup BM Dieye Y Mutombo B Earle D Steketee RW (2013)

Case investigation and reactive case detection for malaria elimination in northern Senegal Malaria Journal 12 331

58 Thiroux D A amp DAnfreville D L (1908) Le paludisme au Seacuteneacutegal pendant les anneacutees 1905-1906

Gouvernement General de lAfrique Occidentale Francaise Laboratorie de bacteriologie de Saint-Louis Published Libraire JB Bailliere et Fils Paris 1908

59 Government General de LAlgeacuterie (1908) Campagne Antipaludique de 1908 unpublished document

available in Wellcome Library Euston Road London UK FX134AA9 60 Government of Gold Coast (1914) Medical amp Sanitary Report for the year 1913 Waterlow amp Sons

London 61 Mansfield-Aders W (1927) Notes on malaria and filariasis in the Zanzibar Protectorate Transactions

of the Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 30 207-214 62 Colony of Mauritius (1923-1925) Annual Reports on the Medical and Health Department 63 Swaroop S Gilroy AB Uemura K (1966) Statistical methods in malaria eradication Monograph Series

of World Health Organization 51 164 64 Barber MA amp Rice JB (1937) A survey of malaria in Egypt American Journal of Tropical Medicine amp

Hygiene 17 413-436 65 De Meira MT Simotildees TS Pinto Nogueira JF (1948) Observaccedilotildees sobre sezonismo nas ilhas do Sal Boa

Vista e S Nicolau (Cabo Verde) Anais do Instituto de Medicina Tropical 3 213-237 66 Young MD amp Johnson TH (1949) A malaria survey of Liberia Journal of National Malaria Society 8

247-266 67 De Meillon B (1951) Malaria survey of South-West Africa Bulletin of the World Health Organization

4 333ndash417 68 Houel G amp Donadille F (1953) Vingt ans de lutte antipaludique au Maroc Bulletin de lrsquoInstitut

drsquoHygiene du Maroc 13 3-51 69 Soeiro A (1952) O sezonismo em Moccedilambique contribuiccedilatildeo para o estudo epidemioloacutegico Anais do

Instituto de Medicina Tropical 9 343-389 70 Soeiro A (1959) Relactoacuterio da actividade do Instituto de Investigaccedilatildeo Meacutedica de Moccedilambique em

1958 e plano de trabalhos para o ano de 1960 Anais Intstituto de Higiene e Medicina Tropical 16 573-611

28

71 Bernard PM (1954) Trois ans de lutte antipaludique agrave Madagascar Bulletin de Madagascar

Publication Mensuelle du Service General Drsquoinformation du Haut-Commissariat no 96 72 Cambournac FJC Gandara AF Pena AJ Teixeira EWLG (1955) Subsidios para o inquerito malariologico

em Angola Anais do Instituto de Medicina Tropical 12 121-153 73 Anon (1954) Campagne antipaludique au Dahomey Map found in Benin box in WHO Archives

Geneva August 2012 74 Languillon J (1957) Carte eacutepideacutemiologique du paludisme au Cameroun Bulletin de la Socieacuteteacute de

Pathologie Exotique 50 585 - 600 75 Alves W (1958) Malaria parasite rates in Southern Rhodesia May-September 1956 Bulletin of the

World Health Organization 19 69-74 76 Lariviere M Hocquet P Abonnenc E (1961) Reacutesultats drsquoune enquecircte palustre dans la reacutepublique du

Seacuteneacutegal Indices plasmodiques chez les enfants en milieu rural Bulletin de la Socieacuteteacute Meacutedicale drsquoAfrique Noire de Langue Franccedilaise 6 386-403

77 Wernsdorfer G amp Wernsdorfer W (1967) Malaria in the middle Nile basin and its bordering regions Z

Tropenmed Parasitol 18 17-44 78 Rishikesh N amp Fahmy Y (1961) Quarterly report April-June 1961 Republic of Somalia pre-eradication

survey World Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 79 Rishikesh N Payne D Fahmy Y (1961) Quarterly report for the period January-March 1961 World

Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 80 Bechuanaland Protectorate (1958-1963) Annual Medical and Sanitary Reports for the Protectorate for

the years 1958-1963 Government Printers Gaborone 81 Craig MH Sharp BL Mabaso MLH Kleinschmidt I (2007) Developing a spatial-statistical model and

map of historical malaria prevalence in Botswana using a staged variable selection procedure International Journal of Health Geographics 6 44

82 Cano VI (1971) Deacuteveloppement des services de santeacute de base (Paludisme) World Health

Organization AFRMAL112 83 Barbie Y amp Timbila R (1964) Notes sur le paludisme en Reacutepublique Islamique de Mauritanie Medicine

Tropicale 24 427-435 84 Khromov A amp Privault R (1965) Programme du pre-eradication du paludisme Rapport trimestriel 4th

trimestre 1965 (Sep-Oct-Nov) WHO Mauritanie World Health Organization Unpublished document WHO Archives Geneva

85 Beltran O (1966) Malaria pre-eradication project Sierra Leone-19 fourth quarterly field report

October - December 1966 Government of Sierra Leone amp World Health Organization

29

86 Guy Y amp Gassabi R (1967) Les perspectives de leacuteradication du paludisme en Algeacuterie Archives de

LInstitut Pastuer DAlgerie 45 72-88 87 Chand D Garzen JB Bahar R Rishikesh N (1964) Malaria Eradication Service Ethiopia 14 (c) Quarterly

Report 1 October to 31 December 1964 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

88 Chand D Garzon JB Bahar R Rishiskesh N (1965) Quarterly report covering period 1 October to 31

December 1964 Project Ethiopia 0014 dated 9th february 1965 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

89 Onori E (1967) Distribution of Plasmodium ovale in the Eastern Western and Northern regions of

Uganda Bulletin of the World Health Organization 37 665-668 90 Wenlock (1978) The incidence of Plasmodium parasites in rural Zambia East African Medical Journal

55 268-276 91 Escudie A amp Hamon J (1961) Paludisme en Afrique Occidentale dexpression Franccedilaise Medicine

Tropicale 21 661-687 92 RBM-MERG - httpwwwrbmwhointmechanismsmerghtml 93 Corsi DJ Neuman M Finlay JE Subramanian SV (2012) Demographic and health surveys a profile

International Journal of Epidemiology 41 1602-1613 94 Measure httpwwwmeasuredhscomData 95 UNICEF httpwwwuniceforgstatisticsindex_24302html 96 Smith DL Guerra CA Snow RW Hay SI (2007b) Standardizing estimates of malaria prevalence

Malaria Journal 6 131 97 Brooker S Kolaczinski JH Gitonga CW Noor AM Snow RW (2009) The use of schools for malaria

surveillance and programme evaluation in Africa Malaria Journal 8 231 98 Stevenson JC Stresman GH Gitonga CW Gillig J Owaga C Marube E Odongo W Okoth A China P

Oriango R Brooker SJ Bousema T Drakeley C Cox J (2013) Reliability of school surveys in estimating geographic variation in malaria transmission in the western Kenyan highlands PLoS One 8 e77641

99 De Zulueta J Kafuko GW Cullen JR (1963) An investigation of the annual cycle of malaria in Masaka

district (Uganda) East African Medical Journal 40 469-488 100 Najera JA Shidrawi GR Gibson FD Stafford JS (1967) A large-scale field trial of Malathion as an

insecticide for antimalarial work in Southern Uganda Bulletin of the World Health Organization 36 913-935

30

101 Storey J (1972) A review of malaria work in Sierra Leone 1900 to 1964 West African Medical Journal 27 57-68

102 Gitonga CW Karanja PN Kihara J Mwjame M Juma E Snow RW Noor AM Brooker S (2010)

Implementing school malaria surveys in Kenya towards a nationwide surveillance system Malaria Journal 9 306

103 Gitonga CW Edwards T Karanja PN Noor AM Snow RW Brooker S (2012) Plasmodium infection

anaemia and mosquito net use among school children across different settings in Kenya Tropical Medicine amp International Health 17 858ndash870

104 Houngbedji CA N Dri PB Huumlrlimann E Yapi RB Silueacute KD Soro G Koudou BG Acka CA Assi S

Vounatsou P N Goran EK Fantodji A Utzinger J Raso G (2015) Disparities of Plasmodium falciparum infection malaria-related morbidity and access to malaria prevention and treatment among school-aged children a national cross-sectional survey in Cote dIvoire Malaria Journal 14 7

105 Ashton R Kefyalew T Tesfaye G Pullan R Yadeta D Reithinger R Kolaczinski J Brooker S (2010)

School-based surveys of malaria in Oromia Regional State Ethiopia towards a map of malaria risk Federal Ministry of Health Ethiopia

106 Takem EN Affara M Amambua-Ngwa A Okebe J Ceesay SJ Jawara M Oriero E Nwakanma D

Pinder M Clifford C Taal M Sowe M Suso P Mendy A Mbaye A Drakeley C DAlessandro U (2013) Detecting foci of malaria transmission with school surveys A pilot study in The Gambia PLoS One 8 e67108

107 Clarke SE Roschnik N Rouhani S Diarra S Bamadio M Sacko M Traore D Ly AB Gaye O Sembene

M Fall FB (2012) Malaria in school children under a new policy of universal coverage of nets Recent data from Mali and Senegal American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 Supplement 5 abstract 1466

108 Kabatereine NB Standley CJ Sousa-Fugueiredo JC Fleming RM Stothard JR Talisuna A Fenwick A

(2011) Integrated prevalence mapping of schistosomiasis soil-transmitted helminthiasis and malaria in lakeside and island communities in Lake Victoria Uganda Parasites amp Vectors 4 232

109 Emerson PM Ngondi J Biru E Graves PM Ejigsemahu Y Gebre T Endeshaw T Genet A Mosher

AW Zerihun M Messele A Richards FO (2008) Integrating an NTD with one of lsquolsquoThe Big Threersquorsquo Combined malaria and trachoma survey in Amhara Region of Ethiopia PLoS Neglected Tropical Diseases 2 e197

110 Noor AM Alegana VA Patil AP Moloney G Borle M Ahmed F Yousef F Amran J Snow RW (2012)

Mapping the receptivity of malaria risk to plan the future of control in Somalia British Medical Journal Open Access 2 e001160

111 Boyd MF (1949) Malariology A comprehensive review of all aspects of this group of diseases from a

global standpoint Volume II WB Saunders Company Philadelphia and London

31

112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

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Au deacutebut le Centre Muraz baseacute agrave Bobo Dioullaso au Burkina Faso faisait office du siegravege sous reacutegional du Service Geacuteneacuteral dHygiegravene et de Prophylaxie (SGHMP) qui fournissait des preacuteconisations meacutedicales et sanitaires ainsi que la recherche pour les pays qui constituaient la Feacutedeacuteration des pays de lrsquoAfrique occidentale Franccedilaise (AOF) En 1955 des enquecirctes aupregraves des meacutenages de grande ampleur ont eacuteteacute entreprises depuis le Centre Muraz agrave travers la sous-reacutegion pour eacutetablir la preacutevalence du pian et de la syphilis Le chef de la section de lutte contre le paludisme le commandant docteur Choumara a suggeacutereacute qursquoon pourrait inclure des enquecirctes compleacutementaires sur le paludisme sans occasionner des coucircts suppleacutementaires et sans retarder le travail de leacutequipe de Treacuteponeacutematoses Au cours des anneacutees suivantes les premiegraveres cartographies sous-reacutegionales de la preacutevalence empirique du paludisme ont eacuteteacute eacutelaboreacutees [91] (scheacutema 3) Scheacutema 3 Reacutesultats des enquecirctes paludomeacutetriques sous-reacutegionales meneacutees dans le cadre drsquoenquecirctes de treacuteponegraveme en milieu et agrave la fin des anneacutees 1950 par le Centre Muraz agrave travers lrsquoAOF [91]

Pendant les efforts deacuteradication un certain nombre de pays ont maintenu des enquecirctes communautaires parasitologiques eacutetendues mais pour la majoriteacute des pays dAfrique sub-saharienne les enquecirctes nationales dinfections paludiques aupregraves des meacutenages ont eacuteteacute abandonneacutees En 2005 cinq ans apregraves le lancement de linitiative Roll Back Malaria il a eacuteteacute reconnu quil eacutetait important de ressusciter des enquecirctes nationales des meacutenages sur la preacutevalence de linfection en tant que moyen pour permettre de suivre les progregraves au niveau des pays [9293] Les trois principaux veacutehicules denquecircte pour recueillir les donneacutees nationales contemporaines de

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preacutevalence parasitaires eacutetaient les modules de paludisme de lrsquoEnquecircte deacutemographique et de santeacute geacutereacutes par le programme ameacutericain MESURE-ICF [94] les Enquecirctes en grappes agrave indicateurs multiples geacutereacutees par lUNICEF [95] et les EIP autonomes geacutereacutees par les programmes nationaux de lutte contre le paludisme et leurs partenaires de drsquoenquecircte Ces enquecirctes sont effectueacutees avec un accent sur le suivi des eacutevolutions dans la couverture dintervention et du taux de mortaliteacute des enfants de moins de cinq ans dans le premier niveau des zones administratives (province Eacutetat Gouvernorat etc) Lrsquoeacutechantillonnage national stratifieacute et pondeacutereacute selon la population ne se fonde pas sur la preacutecision autour de la preacutevalence du paludisme Lune des conseacutequences est que les uniteacutes primaires deacutechantillonnage qui en deacutecoulent ne repreacutesentent qursquoun tregraves petit nombre dindividus eacutechantillonneacutes pour linfection par le paludisme Ceci est une distinction importante entre les enquecirctes nationales sur le paludisme meneacutees au cours de legravere du Projet GMEP qui ont eacuteteacute conccedilues sur la base de leur capaciteacute agrave deacutefinir la preacutevalence dinfection [63] Les enquecirctes nationales actuelles comprennent des combinaisons de meacutethodes de deacutepistage des parasites dans diffeacuterents tranches dacircge en fonction de lenquecircte nationale Cependant la majoriteacute se focalise uniquement sur les enfants acircgeacutes drsquoentre 6 mois agrave cinq ans ce qui constitue une tranche dacircge moins informative en termes de preacutevalence dinfection par rapport aux enquecirctes comprenant une fourchette dacircge denfance beaucoup plus eacutetendue [96] et qui repeacutesente une autre rupture par rapport aux enquecirctes nationales meneacutees entre les anneacutees 1950 et 1960 qui eacutetaient axeacutees sur les enfants de moins de 10 ou de moins de 15 ans ou qui ont pris en consideacuteration tous les membres du meacutenage Malgreacute ces limites il y a eu une augmentation importante de donneacutees empiriques sur la preacutevalence dinfection par le paludisme en Afrique par rapport agrave ce qui eacutetait disponible dans une vaste zone geacuteographique depuis plus de 40 ans Depuis 2006 les enquecirctes nationales sur le parasites du paludisme ont eacuteteacute entreprises en Angola (2006 et 2011) au Botswana (2012) au Beacutenin (2012) au Burkina Faso (2010 et 2014) au Burundi (2012) au Cameroun (2011) au Tchad (2011) aux Comores (2010b) en Cocircte dIvoire (2012) en Reacutepublique deacutemocratique du Congo (2011b) aux Comores (2010b) en Cocircte dIvoire (2012) en Reacutepublique deacutemocratique du Congo (DRC) (2009 et 201314) au Djibouti (2009b) en Guineacutee eacutequatoriale (2007 and 201011b) en Erythreacutee (2002 et 2012b) en Ethiopie (2006 2007 et 2011b) au Gabon (2007 adultes uniquementb) en Gambie (2008b 2010b 2013b et 2015b) Ghana (2011 and 2014) Guineacutee (2012 and 201415) Guineacutee Bissau (200809b) Kenya (2007b 2010b et 2015b) au Liberia (2009 et 2011) agrave Madagascar (2011 and 2013) au Malawi (2000 2009 2012 et 2014) au Mali (2010) Mozambique (2002a 2007a et 2011) en Namibie (2009a) au Nigeria (2010) au Rwanda (2007 et 201011) au Seacuteneacutegal (20089 201011 201213 et 201314) en Sierra Leone (2013) en Somalie (2005b et 2014b) au Sud-Soudan (2009b et 2013b) au Soudan (2005b 2009b et 2012b) au Swaziland (2010b) en Tanzanie (20078 et 201112) au Togo (201314) en Ouganda (2009 et 201415) en Zambie (2006b 2008b 2010b et 2012a) agrave Zanzibar (2007 2010 et 201112) et au Zimbabwe (2009 et 2012)

b Donneacutees mises agrave la disposition de lrsquoeacutequipe drsquoINFORM par les programmes nationaux de lute contre le paludisme sans permission pour de partager avec des tiers

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Suivant une augmentation des enquecirctes communautaires sur la preacutevalence drsquoinfection il y a eu une renaissance dans les enquecirctes drsquoeacutecoliers Cette fourchette dacircge fournit une gamme plus optimale pour les recherches sur la preacutevalence dinfection Lagrave ougrave la freacutequentation scolaire est eacuteleveacutee et ougrave lintensiteacute de transmission est stable cette approche consistant agrave mesurer lexposition communautaire aux parasites est moins coucircteuse et exige moins de main-dœuvre que leacutechantillonnage communautaire [9798] Lutilisation de la preacutevalence de linfection chez les eacutecoliers pour suivre les progregraves et limpact de la lutte contre le paludisme et son eacutelimination nrsquoest pas nouvelle Les enquecirctes scolaires ont eacuteteacute entreprises dans le cadre de la surveillance en Rhodeacutesie du Sud (aujourdhui appeleacute le Zimbabwe) [75] au Bechuanaland (aujourdhui appeleacute la Reacutepublique du Botswana) [80] en Ouganda [99 100] en icircle Maurice [62] et en Sierra Leone [101] Au Kenya les enquecirctes sur le paludisme dans les eacutecoles ont eacuteteacute reacuteguliegraverement effectueacutees dans le cadre de la surveillance paludique par la Division des maladies agrave transmission vectorielle (DMTV) depuis sa creacuteation dans les anneacutees 1940 jusquau deacutebut des anneacutees 1990 anneacutee ougrave ces enquecirctes ont eacuteteacute abandonneacutees en raison du manque de fonds [DMTV donneacutees non publieacutees] Des enquecirctes nationales reacutecentes en milieu scolaire ont eacuteteacute restaureacutees au Kenya [102103] en Cocircte dIvoire [104] en Ethiopie [105] en Gambie [106] au Mali [107] en Tanzanie [F Molteni communication personnelle] au Mozambique et au Malawi [Natalie Roschnik communication personnelle] et en Ouganda [108] Le co-eacutechantillonnage a eacuteteacute proposeacute au cours des enquecirctes sanitaires plus eacutetendues dans les anneacutees 1950 pour la lutte contre les treacuteponegravemes et le paludisme [91] ainsi qursquoau cours des enquecirctes nutritionnelles meneacutees en Zambie [90] Reacutecemment les opportuniteacutes partageacutees dont les enquecirctes sur le paludisme meneacutees dans le cadre dautres enquecirctes sanitaires ont eacuteteacute revues notamment le deacutepistage des maladies tropicales neacutegligeacutees [109] ou des enquecirctes nutritionnelles offrant ainsi des possibiliteacutes drsquointeacutegrer des diagnostics du paludisme En Somalie par exemple nous avons travailleacute avec lUniteacute danalyse de la nutrition et de la seacutecuriteacute alimentaire (FSNAU) de lOrganisation pour lalimentation et lagriculture en Somalie de faccedilon agrave inclure des diagnostics rapide du paludisme au cours du deacutepistage des problegravemes nutritionnels au sein des communauteacutes entre 2007 et 2011 [110] 4 Recueil des donneacutees denquecirctes sur la preacutevalence parasitaire Comme nous lavons indiqueacute plus haut il y a eu deux grandes pousseacutees dinteacuterecirct dans les enquecirctes nationales sur la preacutevalence parasitaire toutes les deux gravitant autour des initiatives mondiales pour controcircler et eacuteliminer le paludisme meneacutees par lOMS Cependant il y a eu de nombreuses enquecirctes de terrain sous-nationales et individuelles sur la preacutevalence de lrsquoinfection paludique agrave travers le continent depuis le deacutebut des anneacutees 1900 Le processus didentification de ces donneacutees denquecirctes fut long et ardu la prise en charge vers 20 ans Cette section deacutecrit le processus lextraction de donneacutees et lexhaustiviteacute de ce processus de recherche de donneacutees

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41 Contexte de strateacutegies de recherche de donneacutees Les principes de base de la recherche dinformation sur la preacutevalence dinfection paludique en Afrique ont eacuteteacute rassembleacutes dans le projet de collaboration appeleacute Cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) [4] Cette collaboration a eacuteteacute eacutetendue en 2005 dans le cadre du Projet Malaria Atlas (MAP) (Atlas du risque de paludisme en Afrique [Guerra et al 2007] Ces deux projets provisoires de recueil de donneacutees mettent en eacutevidence un aspect important de la localisation des informations paludomeacutetriques en Afrique dont la plupart proviennent de sources ineacutedites Cela nrsquoaurait pour autant pas surpris les paludologues qui travaillaient en Afrique il y a plus de cinquante ans Bagster-Wilson deacuteclare dans le traiteacute de Boyd sur le paludisme en 1948 qursquolaquoon peut sefforcer de deacutefinir avec plus de preacutecision la reacutepartition du paludisme dans la mesure ougrave les informations disponibles le permettront une grande partie de savoir local se cache dans les rapports officiels non publieacutes qui ne peuvent ecirctre consulteacutes que par le biais des visites dans les pays concerneacutes raquo [111] Pour identifier les sources dinformations nous avons proceacutedeacute agrave des meacutethodes opportunistes aux approches en cascade et nrsquoavons pas respecteacute les meacutethodes rigoureuses proposeacutees pour les examens systeacutematiques ou des meacuteta-analyses [112] eacutetant donneacute qursquoavoir recours uniquement aux donneacutees examineacutees par des pairs se traduirait par lexclusion de preacutecieuses sources de donneacutees de valeur au niveau des pays Nous avons utiliseacute des contacts personnels fait des reacutefeacuterences occasionnelles aux enquecirctes contenues dans les rapports des ministegraveres de la santeacute effectueacute des recherches darchives et effectueacute des recherches dans des publications traditionnelles eacutevalueacutees par les pairs afin de traquer les sources possibles de donneacutees denquecirctes paludiques agrave travers le continent Dans les sections suivantes nous tenterons darticuler les approches adopteacutees pour repeacuterer des informations 42 Recherches dans les archives historiques Depuis 2005 nous avons entrepris des recherches manuelles dans les archives et les bibliothegraveques des instituts ex-coloniaux de meacutedecine tropicale pour repeacuterer des rapports ineacutedits de paludologues travaillant en Afrique avant que les pays nrsquoaccegravedent agrave lindeacutependance Il srsquoagissait notamment de drsquoarchives de lInstitut de Meacutedecine Tropicale Anvers lrsquoInstitut Pasteur Paris Deacutepartement dHistoire de la Meacutedecine Sapienza - Universitagrave di Roma Rome ArchivioItaliano Di Scienze mediche Coloniali Rome Instituto Higiene Medicina Tropical Lisbonne Wellcome Trust Library Londres The National Archives Kew Royaume-Uni et la London School of Tropical Medicine and Hygiene Londres On notera en particulier les rapports de voyage des consultants et les rapports trimestriels de paludologues travaillant pour le compte de lOrganisation mondiale de la santeacute (OMS) agrave partir des anneacutees 1950 jusquaux anneacutees 1970 Ceux-ci fournissent des reacutecits riches et des donneacutees denquecircte des campagnes de preacute-eacutelimination des rapports deacutetape deacutelimination des critiques et des analyses de situation du paludisme au niveau national Toutes ces donneacutees sont archiveacutees dans les bibliothegraveques de lOMS agrave Genegraveve au Caire et agrave Brazzaville (Figure 4) Nous tenons agrave

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remercier les bibliotheacutecaires de ces archives qui nous ont fourni une aide preacutecieuse dans le repeacuterage des documents non publieacutes dans chacun de ces siegraveges de lOMS Figure 4 Archives de lrsquoOMS agrave Genegraveve (agrave gauche) et agrave Brazzaville (agrave droite) Nous avons eacutegalement visiteacute les archives nationales du Ministegravere de la santeacute situeacutees dans les villes de Nairobi Kisumu Eldoret Mombasa et Meru (au Kenya) Entebbe et Jinja (en Ouganda) Sennar Khartoum et Kassala (au Soudan) Thies (au Seacuteneacutegal) Amani (en Tanzanie) Accra (au Ghana) Tzaneen (en Afrique du Sud) et les archives personnelles de lex-directeur de Tzaneen Malaria Research Centre ndash Centre de recherche sur le paludisme (couvrant lAfrique du Sud la Namibie et le Botswana) Les dossiers et les rapports tenus au National Institute of Medical Research (Institut national de la recherche meacutedicale) agrave Amani (Scheacutema 5) a couvert la peacuteriode ougrave le centre eacutetait le siegravege sous-reacutegional de lrsquoInstitute of Malaria and Vector Borne Diseases (Institut est-africain du paludisme et des maladies agrave transmission vectorielle) (1954-1977) Le siegravege du Projet de leacuteradication du paludisme agrave Jinja en Ouganda abritait tous les dossiers des enquecirctes nationales des meacutenages agrave partir des anneacutees 1960 jusquen 2011 quand ceux-ci ont malheureusement eacuteteacute deacutetruits et nous nrsquoavons eacuteteacute en mesure de trouver que ceux qui avaient eacuteteacute deacutemeacutenageacute agrave Entebbe Des rapports annuels des services meacutedicaux et de lrsquoassainissement datant de 1919 produits par les gouvernements coloniaux de la Gambie du Nigeria du Gold Coast (Ghana) de Sierra Leone de Somalie du Kenya de Tanganyika (Tanzanie) de Zanzibar drsquoOuganda du Congo belge (RDC) du Bechuanaland (Botswana ) du Nyassaland (Malawi) de Rhodeacutesie (Zambie et Zimbabwe) de lrsquoicircle Maurice et du Soudan eacutetaient disponibles en eacutetats variables de conservation dans la bibliothegraveque fondeacutee par le Wellcome Trust en 1963 et fait maintenant partie des laboratoires nationaux de santeacute publique appartenant au ministegravere de la santeacute agrave Nairobi Kenya (Figure 5) Au cours du Projet de cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) des scientifiques reacutegionaux ont visiteacute les archives nationales situeacutees dans les villes de Maputo (Mozambique) Bobo Dioulasso (Burkina Faso) Yaoundeacute (Cameroun) Cotonou (Beacutenin) et Lomeacute (Togo) [MARA ARMA 1998] Ces recherches ont identifieacute plusieurs rapports importants

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renfermant des donneacutees denquecirctes nationales Ils nrsquoont cependant pas pris des exemplaires numeacuteriques de rapports originaux Dans la mesure du possible nous avons tenteacute de localiser ces rapports et drsquoen preacuteparer des exemplaires numeacuteriques Cela na pas toujours eacuteteacute couronneacutee de succegraves et nous avons de ce fait inclus certaines donneacutees des issues de la base de donneacutees MARA ARMA des enquecirctes meneacutees agrave lrsquoeacutepoque preacute-indeacutependance avec des citations respectives notamment celles reacutecupeacutereacutees du Centre Muraz agrave Bobo Dioulasso Des exemplaires numeacuteriques des rapports non-publieacutes issus des archives europeacuteennes et africaines sont mis agrave la disposition des pays dans le cadre du projet INFORM en tant que bibliothegraveques numeacuteriques Scheacutema 5 A gauche Archives du laboratoire national de santeacute publique Nairobi Kenya (Old Wellcome Trust Library) A droite ndash Bibliothegraveque de lrsquoInstitut national de recherche meacutedicale Amani Tanzanie 43 Recherche des donneacutees eacutelectroniques Des bases de donneacutees eacutelectroniques en ligne ont eacuteteacute utiliseacutees comme un moyen didentifier les pairs des donneacutees publieacutees sur la preacutevalence de linfection paludique notamment celles publieacutees depuis les anneacutees 1980 y compris PubMed [113] Google Scholar [114] Armed Forces Pest Management Board (le Conseil dadministration de la lutte antiparasitaire des Forces armeacutees) - Litteacuterature Retrieval System [116] la base de donneacutees de la bibliothegraveque de lrsquoOrganisation mondiale de la santeacute [116] et le service de la bibliothegraveque numeacuterique en ligne de lInstitut de Recherche pour le Deacuteveloppement [117] Nous nrsquoavons pas trouveacute facilement des revues reacutegionales y compris un grand nombre de revues meacutedicales nationales des revues de la santeacute publique et parasitologiques agrave partir des sources ci-dessus Toutefois nous avons trouveacute des titres et des extraits en ligne de lrsquoAfrican Journals Online (AJOL) [118] Dans toutes les recherches de bases de donneacutees numeacuteriques des travaux publieacutes contenant les des mots-cleacutes laquo paludisme raquo et laquonom de paysraquo ont eacuteteacute utiliseacutes Nous avons eacuteviteacute lrsquoemploi des terminologies speacutecialiseacutees issues du systegraveme de meacutetadonneacutees meacutedicales laquoMedical Subject Headings (MeSH)raquo dans les recherches darchives numeacuteriques de faccedilon agrave eacutelargir au maximum

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notre champ de recherche Nous avons effectueacute des recherches de base de donneacutees au moins une fois par an agrave partir de lrsquoanneacutee 2005 Nous avons compleacuteteacute nos recherches par des notifications reacuteguliegraveres hebdomadaires sur le paludisme du service dalerte infos de Malaria World [119] Roll Back Malaria des bulletins dinformations du Programme de santeacute environnementale de lUSAID [120] et Santeacute Tropicale pour les revues nationales et reacutegionales des pays francophones y compris Meacutedecine dAfrique noire [121 ] Les titres et les reacutesumeacutes ont eacuteteacute utiliseacutes pour identifier drsquoeacuteventuelles donneacutees denquecirctes parasitaires transversales dans diverses formes soit en tant qursquoenquecirctes communautaires enquecirctes en milieu scolaire autres meacutethodes de deacutepistage parasitaire ou des essais sur le terrain Nous avons eacutegalement eacutetudieacute des eacutetudes sur la preacutevalence de maladies associeacutees au paludisme lorsque celles-ci sont preacutesenteacutees dans le cadre drsquoenquecirctes sur laneacutemie lrsquoheacutemoglobinopathie la transfusion sanguine ou eacutevaluations de la situation nutritionnelle afin drsquoidentifier les rapports coiumlncidence de la preacutevalence paludique En outre crsquoeacutetait une pratique courante de deacutepister les membres de la communauteacute ou des eacutecoliers au cours des protocoles de sensibiliteacute preacutecoces aux meacutedicaments antipaludeacuteens de sorte agrave enrocircler des personnes infecteacutees aux enquecirctes de suivi post-traitement Souvent des donneacutees issues des sites denquecirctes seacutelectionneacutes permettaient de fournir le nombre de personnes deacutepisteacutees et le nombre de personnes infecteacutees Les enquecirctes aupregraves des populations feacutebriles ou des personnes freacutequentant des cliniques ont eacuteteacute exclues Les publications avec des titres ou des extraits pouvant indiquer la preacutesence des donneacutees parasitaires possibles ont eacuteteacute soit teacuteleacutechargeacutees agrave partir darchives de revues offertes en ligne en libre accegraves ou provenant de HINARI (lInitiative daccegraves aux recherches pour la santeacute) [122] A chaque fois que les publications nrsquoeacutetaient pas disponibles sur HINARI en libre accegraves nous visitions les archives des bibliothegraveques du Royaume-Uni agrave la London School of Hygiene and Tropical Medicine la Liverpool School of Tropical Medicine la bibliothegraveque Bodleian agrave lUniversiteacute dOxford ou la Bibliothegraveque de lInstitut Pasteur Paris pour obtenir en obtenir des exemplaires Nous faisions des demandes de reacutefeacuterences que nous nrsquoarrivions pas agrave trouver suivant ces recherches agrave laide du catalogue mondial des recherches agrave travers les bibliothegraveques dOxford factureacutees agrave la page Toutes les publications agrave partir desquelles des donneacutees ont eacuteteacute extraites ont eacuteteacute contreveacuterifieacutees agrave lrsquoaide des bibliographies provenant dautres sources qursquoon aurait oublieacutees ou qui correspondraient agrave des documents non publieacutes ou laquodocuments parallegravelesraquo qui ne sont geacuteneacuteralement pas controcircleacutes par les eacutediteurs commerciaux Les auteurs des articles eacutevalueacutes par les pairs ont souvent eacuteteacute contacteacutes pour nous renseigner sur des informations compleacutementaires dans leur document et nous indiquer dautres travaux non publieacutes dans leur zone geacuteographique ou de leur institution

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44 Autres sources de donneacutees Les enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages ayant inteacutegreacute la preacutevalence parasitaire sont deacutecrites dans la section 3 Les donneacutees provenant de ces enquecirctes sont soit disponibles en formats teacuteleacutechargeables agrave partir du programme ICF MEASURE ou ont eacuteteacute fournis au projet INFORM par les programmes nationaux de lutte antipaludique dans le cadre daccords de collaboration Pour dautres donneacutees eacuteventuellement ineacutedites et propres aux sites sur la preacutevalence du paludisme nous avons consulteacute des sites Web et contacteacute les organisations non gouvernementales (ONG) travaillant en Afrique pouvant avoir entrepris des eacutevaluations sanitaires comprenant des enquecirctes parasitologiques au sein des communauteacutes aupregraves desquelles elles œuvraient Il srsquoagissait notamment de Meacutedecins sans Frontiegraveres [123] MERLIN [124] le Centre Carter [125] Selon lUniteacute danalyse de la seacutecuriteacute alimentaire et de la nutrition en Somalie (FSNAU) [126] Shape Consulting [127] Save the Children [128] Malaria Consortium [129] et MENTOR [130] Gracircce aux contacts fournis par ces agences nous avons pu trouver des donneacutees provenant de sites drsquoenquecirctes en Guineacutee en Sierra Leone en Cocircte dIvoire en Tanzanie au Libeacuteria en Somalie au Kenya en Ouganda au Nigeria en Ethiopie au Mali et au Soudan du Sud Les extraits des ouvrages publieacutes par Tropical Medicine ainsi que ceux issus des reacuteunions sur le paludisme ont eacuteteacute identifieacutes provenant de sources les plus diverses possibles et produits dans le cadre de confeacuterences et de congregraves nationaux et internationaux Ceux-ci ont eacuteteacute utiliseacutes pour signaler drsquoeacuteventuelles donneacutees solliciteacutees par correspondance des auteurs drsquoextraits Notre preacutesence reacutegionale et les liens que nous entretenons avec la communauteacute de recherche sur le paludisme en Afrique a permis de faire naicirctre une prise de conscience quant agrave lobjectif et agrave lambition de la recherche sur la cartographie du paludisme commenceacute en 1996 sous la collaboration MARA ARMA [35] Nous avons profiteacute de cette connectiviteacute reacutegionale des chercheurs pour contacter directement les collegravegues travaillant sur leacutepideacutemiologie du paludisme de sorte agrave rechercher des donneacutees ventileacutees et speacutecifiques au site souvent ineacutedites La volonteacute de partager des donneacutees non publieacutees sur les enquecirctes parasitaires a eacuteteacute sans preacuteceacutedent Au 1er Juillet 2015 plus de 700 scientifiques et speacutecialistes individuels de la santeacute publique ont fourni des informations ventileacutees sur les donneacutees publieacutees donneacutees non-publieacutees ou ont apporteacute leur concours agrave la localisation des communauteacutes eacutechantillonneacutees agrave travers lAfrique Nous avons tenu agrave les remercier dans lannexe accompagnant le preacutesent rapport ainsi que sur le site Web INFORM [131] Les instituts reacutegionaux menant des recherches sur le paludisme et leurs partenaires de collaboration eacutetaient toujours agrave lavant-garde dans la fourniture de donneacutees non publieacutees Il convient de mentionner particuliegraverement les Medical Research Council Laboratories (Gambie) les partenariats de collaboration entre le Kenyan Medical Research Institute et le Wellcome Trust Universiteacute dOxford US Centers for Disease Control Universiteacute de Nagasaki et Walter Reed (Kenya) le Centre de Recherche et de formation sur le paludisme (Mali) Uganda Malaria Surveillance Project (Ouganda) les partenariats de collaboration tisseacutes entre Ifakara Health Institute et le Swiss Tropical Institute la London School of Hygiene and Tropical Medicine et US

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Centers for Disease Control (Tanzanie) Dar es Salaam Urban Malaria Control Project (Tanzanie) National Medical Research Institute agrave Amani (Tanzanie) Institut Pasteur (Madagascar) lrsquoInstitut de Recherche pour le deacuteveloppement (Seacuteneacutegal) Centre de Rechercheacute en Santeacute de Nouna (Burkina Faso) Institute for Endemic Diseases University of Khartoum (Sudan) Blue Nile Health Project-Giezera State University (Sudan) Centro Investigaco Saude Angola (Angola) Liverpool School of Tropical Medicine Wellcome Trust and College of Medicine Programme collaboratif de lrsquoUniversity of Malawi (Malawi) South African Medical Research Council (Afrique du Sud Mozambique et Swaziland) le programme de collaboration du Swiss Tropical and Public Health Institute et de lInstitut de la santeacute publique (Cocircte dIvoire) le programme de collaboration du US Centers for Disease Control (Togo) partenariats de collaboration du Prince Leopold Institute (Burundi Beacutenin et Rwanda) Malaria Institute agrave Macha (Zambie) Medical Research CentreOuganda Virus Research Institute (Ouganda) lEcole de Santeacute Publique de Kinshasa (RDC) et le Southern African Malaria Consortium (Zimbabwe) 5 Abstraction des donneacutees drsquoenquecircte 51 Exigences minimales en matiegravere de donneacutees De chacun des rapports drsquoenquecircte les champs de donneacutees minimales requises pour chaque enregistrement sont les suivants description de la zone deacutetude (nom divisions administratives et coordonneacutees geacuteographiques cas eacutecheacuteant) dates de deacutebut et de fin de lenquecircte (mois et anneacutee) et renseignements sur de lexamen sanguin (nombre de personnes deacutepisteacutees nombre de personnes constateacutees positives pour infection au Plasmodium par espegravece) meacutethodes utiliseacutees pour deacutetecter linfection (microscopie tests de diagnostic rapide (TDR) reacuteaction en chaicircne par polymeacuterase (PCR) ou combinaisons) et lrsquoacircge le plus bas et la population eacutetudieacutee Pour les donneacutees provenant des essais controcircleacutes et randomiseacutes dintervention les donneacutees nrsquoont eacuteteacute seacutelectionneacutees que lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees de base de preacute-intervention et celles issues des enquecirctes de suivi transversales ulteacuterieures au sein des populations teacutemoins Lorsque des cohortes dindividus ont eacuteteacute interrogeacutees agrave plusieurs reprises dans le temps nous nous sommes efforceacutes dinclure uniquement la premiegravere enquecircte et les enquecirctes ulteacuterieures lorsque celles-ci nrsquoavaient qursquoun eacutecart drsquoau moins cinq mois par rapport agrave la date denquecircte initiale pour eacuteviter toute deacutependance entre les observations baseacutees sur le traitement des personnes infecteacutees preacuteceacutedentes Lorsqursquoil neacutetait pas possible de ventiler les enquecirctes reacutepeacuteteacutees celles-ci eacutetaient deacutefinitivement exclues de lanalyse Plusieurs pays ont maintenu des enquecirctes sanguines de masse apregraves avoir atteint les phases de consolidation de leacutelimination La dureacutee des phases de preacute-eacutelimination drsquoattaque de consolidation et dentretien deacutelimination varie entre les pays [47] Nous avons choisi dexclure les donneacutees eacutechantillonneacutees apregraves les dates ougrave les pays mettant en œuvre des programmes drsquoeacutelimination avaient commenceacute agrave utiliser des taux drsquoincidence deacuteriveacutes des indices parasitaires annuels ou lorsque des enquecirctes sanguines de masse eacutetaient utiliseacutees pour deacutemontrer labsence de transmission en Algeacuterie (1967) en Egypte (1965) en Libye (1967) en icircle Maurice (1957) au Maroc (1969) en Reacuteunion (1953) et en Tunisie (1968)

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Parfois les rapports preacutesentaient le nombre total de personnes examineacutees dans un certain nombre de villages et le pourcentage de personnes controcircleacutees positives par village ici nous avons supposeacute que le deacutenominateur par village eacutetait eacutequivalent au nombre total de personnes examineacutees diviseacute par le nombre total de villages Il eacutetait possible deacutetablir lanneacutee de chaque enquecircte cependant il eacutetait parfois impossible drsquoeacutetablir le mois de lenquecircte agrave partir des rapports denquecirctes Dans ce cas de figure nous avons utiliseacute des descriptions saison laquohumideraquo et saison laquosegravecheraquo premier ou deuxiegraveme trimestre scolaire ou dautres informations pour parvenir agrave une approximation du mois de lenquecircte et avons inclus un rapport sur cette hypothegravese Certains reacutesultats de lenquecircte ont eacuteteacute signaleacutes en tant qursquoagreacutegat dans lespace (par exemple un seul PfPR pour un groupe de villages) ou dans le temps (par exemple un PfPR moyen estimeacute agrave partir de quatre enquecirctes diffeacuterentes meneacutees au fil du temps) Dans de tels cas nous avons soit chercheacute dautres rapports des mecircmes enquecirctes avec une reacutesolution spatiale ou temporelle plus eacuteleveacutee Lagrave ougrave cela na pas eacuteteacute possible et ougrave des groupes de villages deacutepassaient 5 km2 nous avons exclu du dossier de lanalyse (voir ci-dessous) Lorsque des informations suppleacutementaires eacutetaient neacutecessaires pour fournir des donneacutees speacutecifiques par village dans un moment preacutecis nous avons demandeacute aux auteurs de nous fournir tout renseignement ou document manquant 52 Meacutethodes de deacutetection parasitaires Compte tenu de son ubiquiteacute en tant qursquooutil de diagnostic paludique la meacutethode preacutefeacutereacutee de deacutetection parasitaire eacutetait la microscopie Aucune distinction nrsquoeacutetait faite entre la microscopie optique ou par fluorescence La qualiteacute de la veacuterification de lame [132133] les variations de sensibiliteacute speacutecificiteacute entre les tests de diagnostic rapide (TDR) [134] la capaciteacute des eacutequipes de terrain agrave analyser les TDR de maniegravere fiable [135-138] ou des variations obtenues sur la base de la seacutelection des amorces pour les reacuteactions en chaicircne de la polymeacuterase (PCR) [139] influencent toutes les descriptions de la preacutevalence et auront des variances intrinsegraveques entre les enquecirctes incluses dans la base de donneacutees Il a eacuteteacute deacutemontreacute que les TDR donnent des taux de faux positifs plus eacuteleveacutes que la microscopie [134 140 141] cependant ils ont tendance agrave stratifier agrave fois le taux parasitaire le plus bas (lt1) et le plus eacuteleveacute (gt50) avec plus de preacutecision par rapport agrave la microscopie courante [133 141] Une analyse drsquoun grand recueil de donneacutees sur les taux parasitaires des communauteacutes a deacutemontreacute quil y avait une diffeacuterence minime dans les estimations du taux moyen global de preacutevalence de P falciparum dans une analyse des donneacutees correspondantes apparieacutees issues des enquecirctes communautaires ayant utiliseacute la microscopie et les TDR pour les examens parasitaires [46] Neacuteanmoins les diffeacuterences entre les TDR et la microscopie en matiegravere de leur capaciteacute agrave deacutetecter des dinfections mineures lorsquelles sont geacutereacutees dans des conditions normales restent un preacutejugeacute systeacutematique inheacuterent aux donneacutees [141] que nous sommes incapables de controcircler Nous sommes eacutegalement incapables de controcircler la qualiteacute des analyses de donneacutees des enquecirctes en utilisant uniquement la microscopie Le principal problegraveme de la microscopie lorsquelle est utiliseacutee dans le cadre les enquecirctes-eacutechantillons nationales est la qualiteacute de la preacuteparation des lames (coloration et entreposage) et

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ou les garanties de la veacuterification de la qualiteacute (VQ) des analyses des lames Dans ce cas de figure nous avons en consultation avec les responsables des enquecirctes nationales ducirc faire plusieurs jugements de valeur Par exemple pour les enquecirctes nationales aupregraves des meacutenages au Soudan en Somalie au Malawi et en Angola nous avons choisi dinteacutegrer les preacutevalences dinfection obtenues gracircce aux TDR plutocirct les estimations provenant des analyses des lames de microscopie Par contre pour drsquoautres pays tels que le Kenya et lOuganda nous avions des garanties quant agrave la qualiteacute des analyses des preacutelegravevements sanguins pendant enquecirctes sur les indicateurs du paludisme Il ny a pas de regravegles absolues pour ces deacutecisions A chaque fois que des preuves quant agrave la qualiteacute des analyses des lames nous eacutetaient fournies nous avons deacutecideacute drsquoutiliser celles-ci par rapport aux TDR 53 Geacuteocodage des sites drsquoenquecircte Le geacuteocodage de donneacutees la deacutefinition dune longitude et une latitude deacutecimale pour chaque site denquecircte consistait en une tacircche particuliegraverement exigeante En fonction de leur repreacutesentation spatiale les donneacutees eacutetaient classeacutees en tant que villages communauteacutes ou eacutecoles individuelles ou ensemble de communauteacutes dans une zone deacutefinissable correspondant agrave une zone agrave linteacuterieur dun quadrillage de 5 km ou environ 005 degreacutes deacutecimaux au niveau de leacutequateur Dans la mesure du possible nous avons chercheacute agrave conserver des donneacutees ventileacutees au niveau des villages plutocirct que des donneacutees agrave travers une laquogrande eacutetendueraquo Lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees provenant des communauteacutes deacutepassant un quadrillage de 5 km nous avons consideacutereacute ces derniers comme une reacutesolution spatiale trop faible avec une variance importante possible dans le polygone dinformations agrave exclure lors de lutilisation de la modeacutelisation geacuteostatistique avanceacutee En pratique il srsquoagissait ici drsquoun critegravere difficile agrave veacuterifier eacutetant donneacute que la plupart des rapports denquecircte ne fournissaient pas suffisamment de deacutetails sur la superficie de la zone eacutetudieacutee Une utilisation plus reacutecente des systegravemes de positionnement mondial (GPS) lors de travaux denquecircte permet une reacuteagreacutegation des donneacutees denquecircte aupregraves des meacutenages avec une plus grande preacutecision Crsquoest eacutegalement utile dans le maintien du critegravere du quadrillage de 5 km tout en combinant des grappes de petites tailles deacutechantillon dans lespace Lutilisation du GPS pour enregistrer des longitudes et latitudes a contribueacute de maniegravere appreacuteciable agrave des enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages depuis circa 2007 [142] Cependant dans les enquecirctes deacutemographiques et sanitaires aupregraves des meacutenages geacutereacutes par le programme ICF-MEASURE un processus de deacuteplacement de coordonneacutees GPS est effectueacute de telle sorte que pour les clusters urbains un deacuteplacement est introduit agrave une distance allant jusqursquoagrave tous les 2 km qui influe rarement sur la preacutecision globale de modeacutelisation eacutetant donneacute que ce processus se fait dans le cadre est dans les zones urbaines Pour les clusters ruraux on fait un deacuteplacement jusqursquoagrave 5 km avec 1 de clusters ruraux suppleacutementaires deacuteplaceacutes jusquagrave une distance de 10 km Ici nous avons passeacute en revue tous les clusters ruraux agrave lrsquoaide de Google Earth pour examiner la mesure dans laquelle les clusters ruraux pourraient avoir eacuteteacute deacuteplaceacutes vers des zones inhabiteacutees et repositionneacutes dans les zones peupleacutees les plus proches

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Pour positionner chaque site denquecircte lagrave ougrave les coordonneacutees GPS ne sont pas disponibles nous avons utiliseacute une varieacuteteacute de ressources numeacuteriques parmi lesquels les plus utiles eacutetaient Encyclopeacutedie Microsoft Encarta (Microsoft 2004) et Google Earth (Google 2009) Drsquoautres sources drsquoarchives numeacuteriques de noms de lieux couramment utiliseacutes sont entre autres le serveur de noms de lieux de la National Geospatial-Intelligence Agency GEOnet Eacutetats-Unis [143] Falling Rain Genomicsrsquo Global Gazetteer [144] Alexandria Digital Library de lUniversiteacute de Californie Eacutetats-Unis [145] African Data Sampler [146] MapCarta [147] Maplandia [148] Global geodatabase-cities [149] Open Street Map [150] VMAP0 [151] et IslamicFinder [152] A travers lAfrique il existe un certain nombre de reacutepertoire toponymique numeacuteriques nationaux pour les lieux habiteacutes les eacutetablissements sanitaires ou les eacutecoles Ce type de reacutepertoires accroicirct en nombre en preacutecision et en couverture Nous les avons obtenus sur demande aupregraves des bureaux nationaux de recensement des ministegraveres de leacuteducation et de la santeacute et des ONG partenaires Cela srsquoest aveacutereacute un outil preacutecieux dans la localisation des communauteacutes au Burkina Faso au Kenya en Gambie au Mozambique agrave Madagascar en Somalie au Malawi en Mauritanie au Ghana au Niger en Namibie au Seacuteneacutegal en Somalie en Afrique du Sud en Tanzanie en Ouganda en Zambie et agrave Zanzibar Bien que nous tentons drsquoutiliser des nomenclatures types et des strateacutegies uniques de nommage dans les reacutepertoires toponymiques numeacuteriques [153] il est difficile drsquoatteindre cela au niveau national ougrave les orthographes changement en fonction des auteurs au fil du temps et ougrave les mecircmes noms de lieux sont reacutepliqueacutees agrave travers un pays En tant que tel lors de lextraction de donneacutees chaque point de donneacutees a eacuteteacute enregistreacute avec autant drsquoinformations geacuteographiques que possible issues de la source Crsquoest bien ces informations qui ont eacuteteacute utiliseacutees au cours du geacuteo-positionnement par exemple pour veacuterifier que le geacuteocodage permettait de cadrer les sites denquecirctes dans les uniteacutes administratives deacutecrites dans le rapport ou qursquoil correspondait agrave dautres deacutetails dans le rapport sur la distance vis-agrave-vis des riviegraveres ou les villes lorsque cela eacutetait afficheacutees sur Google Earth Bien quen theacuteorie les coordonneacutees GPS doivent repreacutesenter une localisation spatiale sans ambiguiumlteacute il fallait une veacuterification rigoureuse pour veiller agrave ce que les sites denquecirctes correspondent aux coordonneacutees GPS Comme drsquohabitude nous avons donc reveacuterifieacute toutes les donneacutees GPS de toutes les sources en utilisant les noms de lieux et ou Google Earth pour assurer que les coordonneacutees se situaient dans les communauteacutes Toutes les coordonneacutees ont eacuteteacute soumises agrave un controcircle final agrave laide de la base de donneacutees spatiale des frontiegraveres administratives de second niveau deacuteveloppeacutees et reacuteviseacutee en 2008 par lOrganisation pour lalimentation et lagriculture (FAO) des Nations Unies [154] Loutil de seacutelection spatiale ArcGIS 101 (ESRI USA) a eacuteteacute utiliseacute pour veacuterifier que les points du long du littoral eacutetaient situeacutes sur des terrains tels que deacutefinis par GAUL 2008 La base de donneacutees de Global Lakes and Wetlands (GLWD) deacuteveloppeacutee par le Fonds mondial pour la nature [155] a eacuteteacute utiliseacute pour srsquoassurer que les points inteacuterieurs eacutetaient positionneacutes sur la terre ferme et non pas sur des plans deau Nous cherchions par-lagrave agrave identifier les coordonneacutees qui se trouvaient leacutegegraverement au large des cocirctes sur les affluents ou dans les uniteacutes administratives incorrectes chaque anomalie a eacuteteacute reveacuterifieacutee et repositionneacutee agrave laide de petits changements et avec Google Earth

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54 Deacutefinition des frontiegraveres nationales A la fin de la Seconde Guerre mondiale en 1945 presque tous les pays en Afrique eacutetaient soumis agrave la domination ou agrave lrsquoadministration coloniale Chaque pays sur le continent africain est aujourdhui indeacutependant mecircme si quelques icircles restent sous administration europeacuteenne (la Reacuteunion et Mayotte) Il existe actuellement 55 Etats indeacutependants dont 53 sont membres de lUnion africaine Tout au long de ce rapport nous utilisons les noms et les frontiegraveres des Eacutetats-nations en Afrique et les frontiegraveres actuelles plutocirct que la nomenclature preacute-indeacutependance Tout au long de ce rapport nous avons utiliseacute lrsquooutil numeacuterique de traitement de frontiegraveres parraineacute par lrsquoONU [156] En tant que tel nous traitons le Soudan du Sud en tant qursquoentiteacute diffeacuterente de la Reacutepublique du Soudan et lEacuterythreacutee diffeacuterente de lEthiopie Il y a beaucoup de zones litigieuses en Afrique revendiqueacutees par diffeacuterents pays voisins et qui restent en suspens [157] Pour les besoins de notre travail nous avons traiteacute le Triangle drsquoIlemi en tant que partie inteacutegrante de la reacutegion de Turkana du Kenya Nous avons consideacutereacute Walvis Bay en Namibie comme faisant toujours partie de la Namibie en deacutepit du fait que ce territoire fait partie de lrsquoAfrique du Sud depuis de nombreuses anneacutees suivant lindeacutependance de la Namibie en 1990 Deux petits territoires au sein du Royaume du Maroc continuent decirctre occupeacutes par lEspagne dans le Nord-Ouest (Ceuta) et dans le Nord-Est (Melilla) sur le littoral meacutediterraneacuteen Cependant nous avons consideacutereacutes ces territoires comme faisant partie du Royaume du Maroc se rapprochant de son eacutetendue ottomane avant 1912 Nous traitons la peacuteninsule du Sinaiuml en tant que partie permanente de la Reacutepublique arabe dEgypte Sans faire de jugements politiques nous avons consideacutereacute la reacutegion drsquoAbeyi comme faisant partie inteacutegrante de la Reacutepublique du Soudan cependant dans la cartographie des produits nationaux les deux pays prennent en compte cette reacutegion Nous avons traiteacute le Triangle Halaib sur la frontiegravere soudano-eacutegyptienne comme faisant partie du Soudan bien que depuis 2010 lrsquoEacutegypte controcircle cette zone en tant que partie inteacutegrante de son Etat de la Mer Rouge La reacutegion de Bakassi territoire frontalier contesteacute sur la cocircte atlantique entre le Nigeria et le Cameroun a eacuteteacute traiteacute comme faisant partie du Nigeria en deacutepit de la mise en œuvre finale des accords qui ont accordeacute cette reacutegion agrave ladministration camerounaise en 2014 Les groupes insulaires de Bioko Annobin et Zanzibar sont traiteacutees seacutepareacutement de la partie continentale de Guineacutee eacutequatoriale et de Tanzanie respectivement Ces groupes insulaires ont toujours eu diffeacuterents plans de lutte antipaludique et des ambitions drsquoeacutelimination diffeacuterentes de ceux de leurs homologues du continent 55 Normalisation selon lacircge Lorsque lacircge nrsquoeacutetait pas preacuteciseacute dans le rapport de chaque enquecircte mais que le rapport preacutecisait que lrsquoensemble du village ou drsquoenfants de leacutecole primaire eacutetaient examineacutes nous avons supposeacute que les tranches dacircge agrave 0-99 ans ou 5-14 ans respectivement Il y avait une grande diversiteacute dans les tranches dacircge des populations eacutechantillonneacutees entre les eacutetudes Pour faire des comparaisons significatives dans le temps et lespace une seule tranche dacircge normaliseacute est neacutecessaire Il est possible drsquoeffectuer des ajustements dun acircge normaliseacute pour le Plasmodium falciparum gracircce agrave lobservation et agrave la theacuteorie des maladies infectieuses lagrave ougrave limmuniteacute est acquise apregraves une exposition reacutepeacuteteacutee de la naissance Nous avons adapteacute des modegraveles de

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conversion catalytique de Muench (dabord utiliseacute dans le paludisme par Pull amp Grab dans les anneacutees 1970 [158]) en eacutequations statiques en R-script qui utilise les gammes infeacuterieure et supeacuterieure deacutechantillon et la preacutevalence globale pour se transformer en une estimation preacutevues chez les enfants acircgeacutes de 2-10 ans PfPR2-10 [96] 56 Limitations dues agrave la taille de leacutechantillon La taille de leacutechantillon est inversement proportionnelle agrave la preacutevalence ougrave agrave faible taille des eacutechantillons les biais dans les estimations de la preacutevalence sont introduits en fonction de la preacutevalence reacuteelle de la population se traduisant deacutecarts-types relativement eacuteleveacutes [159] Il existe un seuil critique entre 10 et 20 individus eacutechantillonneacutes en dessous duquel les eacutecarts-types augmentent de faccedilon exponentielle dans la plupart des enquecirctes sur les infections parasitaires et la courbe commence agrave aplatir agrave partir drsquoune taille denviron 50 eacutechantillons et atteint une asymptote agrave environ 100 [160] La taille des eacutechantillons denquecircte individuels est eacutegalement importante dans le calcul des correacutelations avec les variables dendeacutemiciteacute pour veacuterifier les associations plausibles entre par exemple des preacutecipitations et la preacutevalence Au cours de seacutelection des co-variables de petits eacutechantillons impreacutecis peuvent conduire agrave loverfitting Nous avons chercheacute agrave combiner les communauteacutes agrave proximiteacute ougrave tout village comptait moins de 10 personnes eacutechantillonneacutees et ougrave les communauteacutes se situaient agrave moins de 5 km lrsquoun de lautre eacutechantillonneacutes exactement au mecircme moment par les mecircmes enquecircteurs 6 Partage et accegraves aux donneacutees Les donneacutees recueillies pour cette eacutetude font partie dune initiative plus large visant agrave aider les gouvernements nationaux en mettant agrave leur disposition des plateformes de donneacutees probantes pour les aider agrave concevoir des projets de lutte antipaludique gracircce au concours du projet INFORM [131161] soutenu par le Deacutepartement pour le deacuteveloppement international Royaume-Uni et le Wellcome Trust Les donneacutees geacuteocodeacutees sur la preacutevalence parasitaire issues des donneacutees archiveacutees publieacutees et ineacutedites donneacutees et rassembleacutees en bases de donneacutees soigneusement conserveacutees doivent ecirctre prise en charge et geacutereacutees par les services de lutte contre le paludisme au sein des ministegraveres nationaux de la santeacute Les donneacutees provenant des recherches nationales et des enquecirctes meneacutees par les ministegraveres de la santeacute sont la proprieacuteteacute des gouvernements nationaux Le plus souvent la plupart des ministegraveres de la santeacute nont pas accegraves agrave la gamme complegravete des donneacutees sur le paludisme pourtant potentiellement disponibles dans leur propre pays Le but est donc de se servir du projet INFORM pour bacirctir une appropriation des donneacutees nationales sur le paludisme et mettre toutes les donneacutees recueillies agrave la disposition des ministegraveres de la santeacute agrave travers lAfrique et aux conseillers techniques reacutegionaux de lOrganisation mondiale de la santeacute A ce titre ces gouvernements nationaux deviendront les gardiens de leurs propres donneacutees nationales et pleinement responsables de leur distribution aux scientifiques nationaux reacutegionaux et internationaux ainsi qursquoaux partenaires de controcircle

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7 Reacutefeacuterences 1 Snow RW (2014) Sixty years trying to define the malaria burden in Africa have we made any progress

BMC Medicine 12 227 2 Noor AM Kinyoki DK Mundia CW Kabaria CW Wambua JM Alegana VA Fall IS Snow RW (2014) The

changing risk of Plasmodium falciparum malaria infection in Africa 2000ndash10 a spatial and temporal analysis of transmission intensity Lancet 383 1739-1747

3 Snow RW Marsh K le Sueur D (1996) The need for maps of transmission intensity to guide malaria

control in Africa Parasitology Today 12 455ndash457 4 MARAARMA (1998) Towards an atlas of malaria risk in Africa First technical report of the

MARAARMA collaboration Durban South Africa httpsidl-bncidrccadspacebitstream10625316441114833pdf

5 Le Sueur D Binka F Lengeler C de Savigny D Teuscher T Toure Y Snow RW (1997) An atlas of malaria in

Africa Africa Health 19 23-24 6 Trape JF amp Rogier C (1996) Combating Malaria morbidity and mortality by reducing transmission

Parasitology Today 12 236-240 7 Snow RW Omumbo JA Lowe B Molyneux SM Obiero JO Palmer A Weber MW Pinder M Nahlen B

Obonyo C Newbold C Gupta S Marsh K (1997) Relation between severe malaria morbidity in children and level of Plasmodium falciparum transmission in Africa Lancet 349 1650-1654

8 Ghani AC Sutherland CJ Riley EM Drakeley CJ Griffin JT Gosling RD Filipe JAN (2009) Loss of

population levels of immunity to malaria as a result of exposure reducing interventions consequences for interpretation of disease trends PLoS One 4 e4383

9 Okiro EA Al-Taiar A Reyburn H Idro R Berkley J Nokes DJ Snow RW (2009) Age patterns of severe

paediatric malaria and their relationship to Plasmodium falciparum transmission intensity Malaria Journal 8 4

10 Carneiro I Roca-Feltrer A Griffin JT Smith L Tanner M Armstrong Schellenberg J Greenwood BM

Schellenberg D (2010) Age-patterns of malaria vary with severity transmission intensity and seasonality in sub-Saharan Africa A systematic review and pooled analysis PLoS One 5 e8988

11 Griffin JT Hollingsworth TD Reyburn H Drakeley CJ Riley EM Ghani AC (2014) Gradual acquisition of

immunity to severe malaria with increasing exposure Proceedings of the Royal Society B 282 20142657

12 Snow RW (2015) Global malaria eradication and the importance of Plasmodium falciparum

epidemiology in Africa BMC Medicine 13 23

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13 Smith T Maire N Ross A Penny M Chitnis N Schapira A Studer A Genton B Lengeler C Tediosi F de Savigny D Tanner M (2008) Towards a comprehensive simulation model of malaria epidemiology and control Parasitology 135 1507ndash1516

14 Smith DL Noor AM Hay SI Snow RW (2009) Predicting changing malaria risk after expanded

insecticide treated net coverage in Africa Trends in Parasitology 25 511ndash516 15 Griffin JT Hollingsworth D Okell LC Churcher TS White M Hinsley W Bousema T Drakeley CJ

Ferguson NM Basanez MG Ghani AC (2010) Reducing Plasmodium falciparum malaria transmission in Africa a model based evaluation of intervention strategies PLoS Medicine 7 e1000324

16 Chitnis N Schapira A Smith T Steketee R (2010) Comparing the effectiveness of malaria vector-

control interventions through a mathematical model American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 83 230ndash240

17 World Health Organization (2014) From malaria control to malaria elimination a manual for

Elimination Scenario Planning Global Malaria Programme World Health Organization Geneva April 2014

18 Gerardin J Eckhoff P Wenger EA (2015) Mass campaigns with antimalarial drugs a modelling

comparison of artemether-lumefantrine and DHA-piperaquine with and without primaquine as tools for malaria control and elimination BMC Infectious Diseases 15 144

19 Okell LC Drakeley CJ Bousema T Whitty CJM Ghani AC (2008) Modelling the impact of artemisinin

combination therapy and long-acting treatments on malaria transmission intensity PLoS Medicine 5 e226

20 Guyatt HL amp Snow RW (2001) Malaria in pregnancy as an indirect cause of infant mortality in sub-Saharan

Africa Transactions of Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 95 569-576 21 Desai M ter Kuile FO Nosten F McGready R Asamoa K Brabin B Newman R (2007) Epidemiology

and burden of malaria in pregnancy Lancet Infectious Diseases 7 93ndash104 22 van Eijk A Hill J Alegana VA Kirui V Gething PW ter Kuile F Snow RW (2011) Coverage of malaria

protection in pregnant women in sub-Saharan Africa a synthesis and analysis of national survey data Lancet Infectious Diseases 11 190-207

23 MPAC (2012) wwwwhointmalariampacsep2012mpac_mip_erg_sep2012pdf 24 MPAC (2013) wwwwhointmalariampacmpac_sep13_erg_ipt_malaria_pregnancy_reportpdf 25 Meremikwu MM Donegan S Sinclair D Esu E Oringanje C (2012) Intermittent preventive

treatment for malaria in children living in areas with seasonal transmission Cochrane Database Systematic Reviews 2 CD003756

26 Cairns M Roca-Feltrer A Garske T Wilson AL Diallo D Milligan PJ Ghani AC Greenwood BM (2012)

Estimating the potential public health impact of seasonal malaria chemoprevention in African children Nature Communications 3 881

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27 Noor AM Kibuchi E Mitto B Coulibaly D Doumbo OK Snow RW (2015) A spatial decision support

framework for sub-national targeting of seasonal malaria chemoprevention in the Sahel Under review

28 Smith DL McKenzie FE Snow RW Hay SI (2007a) Revisiting the basic reproductive number for

malaria and its implications for malaria control PLoS Biology 5 e42 29 Hay SI Smith DL Snow RW (2008) Measuring malaria endemicity from intense to interrupted

transmission Lancet Infectious Diseases 8 369-378 30 Moonen B Cohen JM Snow RW Slutsker L Drakeley C Smith DL Abeyasinghe R Rodriguez Loacutepez

MH Maharaj R Tanner M Targett G (2010) Operational strategies to achieve and maintain malaria elimination Lancet 376 1592-1603

31 World Health Organization (2012a) Disease surveillance for malaria control Operational manual

WHO Geneva 32 World Health Organization (2012b) Disease surveillance for malaria elimination Operational manual

WHO Geneva 33 Cohen JM Moonen B Snow RW Smith DL (2010) How absolute is zero An evaluation of historical

and current definitions of malaria elimination Malaria Journal 9 213 34 Molineaux L Muir DA Spencer HC Wernsdorfer WH (1988) The epidemiology of malaria and its

measurement Malaria Principles and Practice of Malariology W Wernsdorfer and I McGregor London Churchill Livingstone 2 999-1089

35 Tusting LS Bousema T Smith DL Drakeley C (2014) Measuring changes in Plasmodium falciparum

transmission precision accuracy and costs of metrics Advances in Parasitology 84 151-208 36 Metselaar D amp van Thiel PH (1959) Classification of malaria Tropical Geographic Medicine 11 157ndash

161 37 Macdonald G amp Goumleckel GW (1964) The malaria parasite rate and interruption of transmission

Bulletin of World Health Organization 31 365ndash377 38 Lysenko AJ amp Semashko IN (1968) Geography of malaria A medico-geographic profile of an ancient

disease In Lebedew AW ed Itogi Nauki Medicinskaja Geografija Moscow USSR Academy of Sciences pp 25ndash146

39 Macdonald G (1957) The epidemiology and control of malaria Oxford University Press 40 Pampana E (1969) A textbook on malaria eradication Oxford Oxford University Press 41 Pull JH (1972) Malaria surveillance methods their uses and limitations American Journal of Tropical

Medicine amp Hygiene 21 651-657

26

42 World Health Organization (1950) Report on the malaria conference in equatorial Africa Held under the joint auspices of the World Health Organization and of the commission for technical co-operation in Africa south of the Sahara Kampala Uganda 27 Novemberndash9 December 1950

43 Yekutiel P (1960) Problems of epidemiology in malaria eradication Bulletin of the World Health

Organization 22 669-683 44 Macdonald G (1952) The analysis of equilibrium in malaria Tropical Diseases Bulletin 49 813-1129 45 Hay SI Guerra CA Gething PW Patil AP Tatem AJ Noor AM Kabaria CW Manh BH Elyazar IRF

Brooker S Smith DL Moyeed RA Snow RW (2009) A world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2007 PLoS Medicine 6 e1000048

46 Gething PW Patil AP Smith DL Guerra CA Elyazar IRF Johnston GL Tatem AJ Hay SI (2011) A new

world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2010 Malaria Journal 10 378 47 Snow RW Amratia P Kabaria CW Noor AM Marsh K (2012) The changing limits and incidence of

malaria in Africa 1939-2009 Advances in Parasitology 78 169-262 48 Black RH (1968) Manual of epidemiology and epidemiological services in malaria programmes World

Health Organization Geneva 49 Ray AP amp Beljaev AE (1984) Epidemiological surveillance a tool for assessment of malaria and its

control Journal of Communicable Disease 16 197ndash207 50 Omumbo JA Noor AM Fall IS Snow RW (2013) How well are malaria maps used to design and

finance malaria control in Africa PLoS One 8 e53198 51 Alegana VA Atkinson PM Wright JA Kamwi R Kakokele S Snow RW Noor AM (2013) Estimation of

malaria incidence in northern Namibia in 2009 using Bayesian Conditional-Autoregressive Spatial-Temporal Models Spatial amp Spatial Temporal Epidemiology 7 25-36

52 Bennett A Yukich J Miller JM Vounatsou P Hamainza B Ingwe MI Moonga HB Kamuliwo M Keating

J Smith TA Steketee RW Eisele TP (2014) A methodological framework for the improved use of routine health system data to evaluate national malaria control programs evidence from Zambia Population amp Health Metrics 12 30

53 Moonasar D Morris N Kleinschmidt I Maharaj R Raman J Mayet NT Benson FG Durrheim DN

Blumberg L (2013) What will move malaria control to elimination in South Africa South African Medical Journal 103 (10 Suppl 2) 801-806

54 Cohen JM Dlamini S Novotny JM Kandula D Kunene S Tatem AJ (2013) Rapid case-based mapping

of seasonal malaria transmission risk for strategic elimination planning in Swaziland Malaria Journal 12 61

55 Zanzibar Malaria Control Programme (2011) Zanzibar Malaria Performance Review September 2011

ZMCP Ministry of Health Revolutionary Government of Zanzibar

27

56 Ministry of Health [Cape Verde] World Health Organization and the University of California San Francisco (2012) Eliminating malaria Moving towards sustainable elimination in Cape Verde Geneva The World Health Organization httpappswhointirisbitstream106657584919789241504386_engpdfua=1

57 Littrell M Sow GD Ngom A Ba M Mboup BM Dieye Y Mutombo B Earle D Steketee RW (2013)

Case investigation and reactive case detection for malaria elimination in northern Senegal Malaria Journal 12 331

58 Thiroux D A amp DAnfreville D L (1908) Le paludisme au Seacuteneacutegal pendant les anneacutees 1905-1906

Gouvernement General de lAfrique Occidentale Francaise Laboratorie de bacteriologie de Saint-Louis Published Libraire JB Bailliere et Fils Paris 1908

59 Government General de LAlgeacuterie (1908) Campagne Antipaludique de 1908 unpublished document

available in Wellcome Library Euston Road London UK FX134AA9 60 Government of Gold Coast (1914) Medical amp Sanitary Report for the year 1913 Waterlow amp Sons

London 61 Mansfield-Aders W (1927) Notes on malaria and filariasis in the Zanzibar Protectorate Transactions

of the Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 30 207-214 62 Colony of Mauritius (1923-1925) Annual Reports on the Medical and Health Department 63 Swaroop S Gilroy AB Uemura K (1966) Statistical methods in malaria eradication Monograph Series

of World Health Organization 51 164 64 Barber MA amp Rice JB (1937) A survey of malaria in Egypt American Journal of Tropical Medicine amp

Hygiene 17 413-436 65 De Meira MT Simotildees TS Pinto Nogueira JF (1948) Observaccedilotildees sobre sezonismo nas ilhas do Sal Boa

Vista e S Nicolau (Cabo Verde) Anais do Instituto de Medicina Tropical 3 213-237 66 Young MD amp Johnson TH (1949) A malaria survey of Liberia Journal of National Malaria Society 8

247-266 67 De Meillon B (1951) Malaria survey of South-West Africa Bulletin of the World Health Organization

4 333ndash417 68 Houel G amp Donadille F (1953) Vingt ans de lutte antipaludique au Maroc Bulletin de lrsquoInstitut

drsquoHygiene du Maroc 13 3-51 69 Soeiro A (1952) O sezonismo em Moccedilambique contribuiccedilatildeo para o estudo epidemioloacutegico Anais do

Instituto de Medicina Tropical 9 343-389 70 Soeiro A (1959) Relactoacuterio da actividade do Instituto de Investigaccedilatildeo Meacutedica de Moccedilambique em

1958 e plano de trabalhos para o ano de 1960 Anais Intstituto de Higiene e Medicina Tropical 16 573-611

28

71 Bernard PM (1954) Trois ans de lutte antipaludique agrave Madagascar Bulletin de Madagascar

Publication Mensuelle du Service General Drsquoinformation du Haut-Commissariat no 96 72 Cambournac FJC Gandara AF Pena AJ Teixeira EWLG (1955) Subsidios para o inquerito malariologico

em Angola Anais do Instituto de Medicina Tropical 12 121-153 73 Anon (1954) Campagne antipaludique au Dahomey Map found in Benin box in WHO Archives

Geneva August 2012 74 Languillon J (1957) Carte eacutepideacutemiologique du paludisme au Cameroun Bulletin de la Socieacuteteacute de

Pathologie Exotique 50 585 - 600 75 Alves W (1958) Malaria parasite rates in Southern Rhodesia May-September 1956 Bulletin of the

World Health Organization 19 69-74 76 Lariviere M Hocquet P Abonnenc E (1961) Reacutesultats drsquoune enquecircte palustre dans la reacutepublique du

Seacuteneacutegal Indices plasmodiques chez les enfants en milieu rural Bulletin de la Socieacuteteacute Meacutedicale drsquoAfrique Noire de Langue Franccedilaise 6 386-403

77 Wernsdorfer G amp Wernsdorfer W (1967) Malaria in the middle Nile basin and its bordering regions Z

Tropenmed Parasitol 18 17-44 78 Rishikesh N amp Fahmy Y (1961) Quarterly report April-June 1961 Republic of Somalia pre-eradication

survey World Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 79 Rishikesh N Payne D Fahmy Y (1961) Quarterly report for the period January-March 1961 World

Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 80 Bechuanaland Protectorate (1958-1963) Annual Medical and Sanitary Reports for the Protectorate for

the years 1958-1963 Government Printers Gaborone 81 Craig MH Sharp BL Mabaso MLH Kleinschmidt I (2007) Developing a spatial-statistical model and

map of historical malaria prevalence in Botswana using a staged variable selection procedure International Journal of Health Geographics 6 44

82 Cano VI (1971) Deacuteveloppement des services de santeacute de base (Paludisme) World Health

Organization AFRMAL112 83 Barbie Y amp Timbila R (1964) Notes sur le paludisme en Reacutepublique Islamique de Mauritanie Medicine

Tropicale 24 427-435 84 Khromov A amp Privault R (1965) Programme du pre-eradication du paludisme Rapport trimestriel 4th

trimestre 1965 (Sep-Oct-Nov) WHO Mauritanie World Health Organization Unpublished document WHO Archives Geneva

85 Beltran O (1966) Malaria pre-eradication project Sierra Leone-19 fourth quarterly field report

October - December 1966 Government of Sierra Leone amp World Health Organization

29

86 Guy Y amp Gassabi R (1967) Les perspectives de leacuteradication du paludisme en Algeacuterie Archives de

LInstitut Pastuer DAlgerie 45 72-88 87 Chand D Garzen JB Bahar R Rishikesh N (1964) Malaria Eradication Service Ethiopia 14 (c) Quarterly

Report 1 October to 31 December 1964 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

88 Chand D Garzon JB Bahar R Rishiskesh N (1965) Quarterly report covering period 1 October to 31

December 1964 Project Ethiopia 0014 dated 9th february 1965 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

89 Onori E (1967) Distribution of Plasmodium ovale in the Eastern Western and Northern regions of

Uganda Bulletin of the World Health Organization 37 665-668 90 Wenlock (1978) The incidence of Plasmodium parasites in rural Zambia East African Medical Journal

55 268-276 91 Escudie A amp Hamon J (1961) Paludisme en Afrique Occidentale dexpression Franccedilaise Medicine

Tropicale 21 661-687 92 RBM-MERG - httpwwwrbmwhointmechanismsmerghtml 93 Corsi DJ Neuman M Finlay JE Subramanian SV (2012) Demographic and health surveys a profile

International Journal of Epidemiology 41 1602-1613 94 Measure httpwwwmeasuredhscomData 95 UNICEF httpwwwuniceforgstatisticsindex_24302html 96 Smith DL Guerra CA Snow RW Hay SI (2007b) Standardizing estimates of malaria prevalence

Malaria Journal 6 131 97 Brooker S Kolaczinski JH Gitonga CW Noor AM Snow RW (2009) The use of schools for malaria

surveillance and programme evaluation in Africa Malaria Journal 8 231 98 Stevenson JC Stresman GH Gitonga CW Gillig J Owaga C Marube E Odongo W Okoth A China P

Oriango R Brooker SJ Bousema T Drakeley C Cox J (2013) Reliability of school surveys in estimating geographic variation in malaria transmission in the western Kenyan highlands PLoS One 8 e77641

99 De Zulueta J Kafuko GW Cullen JR (1963) An investigation of the annual cycle of malaria in Masaka

district (Uganda) East African Medical Journal 40 469-488 100 Najera JA Shidrawi GR Gibson FD Stafford JS (1967) A large-scale field trial of Malathion as an

insecticide for antimalarial work in Southern Uganda Bulletin of the World Health Organization 36 913-935

30

101 Storey J (1972) A review of malaria work in Sierra Leone 1900 to 1964 West African Medical Journal 27 57-68

102 Gitonga CW Karanja PN Kihara J Mwjame M Juma E Snow RW Noor AM Brooker S (2010)

Implementing school malaria surveys in Kenya towards a nationwide surveillance system Malaria Journal 9 306

103 Gitonga CW Edwards T Karanja PN Noor AM Snow RW Brooker S (2012) Plasmodium infection

anaemia and mosquito net use among school children across different settings in Kenya Tropical Medicine amp International Health 17 858ndash870

104 Houngbedji CA N Dri PB Huumlrlimann E Yapi RB Silueacute KD Soro G Koudou BG Acka CA Assi S

Vounatsou P N Goran EK Fantodji A Utzinger J Raso G (2015) Disparities of Plasmodium falciparum infection malaria-related morbidity and access to malaria prevention and treatment among school-aged children a national cross-sectional survey in Cote dIvoire Malaria Journal 14 7

105 Ashton R Kefyalew T Tesfaye G Pullan R Yadeta D Reithinger R Kolaczinski J Brooker S (2010)

School-based surveys of malaria in Oromia Regional State Ethiopia towards a map of malaria risk Federal Ministry of Health Ethiopia

106 Takem EN Affara M Amambua-Ngwa A Okebe J Ceesay SJ Jawara M Oriero E Nwakanma D

Pinder M Clifford C Taal M Sowe M Suso P Mendy A Mbaye A Drakeley C DAlessandro U (2013) Detecting foci of malaria transmission with school surveys A pilot study in The Gambia PLoS One 8 e67108

107 Clarke SE Roschnik N Rouhani S Diarra S Bamadio M Sacko M Traore D Ly AB Gaye O Sembene

M Fall FB (2012) Malaria in school children under a new policy of universal coverage of nets Recent data from Mali and Senegal American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 Supplement 5 abstract 1466

108 Kabatereine NB Standley CJ Sousa-Fugueiredo JC Fleming RM Stothard JR Talisuna A Fenwick A

(2011) Integrated prevalence mapping of schistosomiasis soil-transmitted helminthiasis and malaria in lakeside and island communities in Lake Victoria Uganda Parasites amp Vectors 4 232

109 Emerson PM Ngondi J Biru E Graves PM Ejigsemahu Y Gebre T Endeshaw T Genet A Mosher

AW Zerihun M Messele A Richards FO (2008) Integrating an NTD with one of lsquolsquoThe Big Threersquorsquo Combined malaria and trachoma survey in Amhara Region of Ethiopia PLoS Neglected Tropical Diseases 2 e197

110 Noor AM Alegana VA Patil AP Moloney G Borle M Ahmed F Yousef F Amran J Snow RW (2012)

Mapping the receptivity of malaria risk to plan the future of control in Somalia British Medical Journal Open Access 2 e001160

111 Boyd MF (1949) Malariology A comprehensive review of all aspects of this group of diseases from a

global standpoint Volume II WB Saunders Company Philadelphia and London

31

112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

10

preacutevalence parasitaires eacutetaient les modules de paludisme de lrsquoEnquecircte deacutemographique et de santeacute geacutereacutes par le programme ameacutericain MESURE-ICF [94] les Enquecirctes en grappes agrave indicateurs multiples geacutereacutees par lUNICEF [95] et les EIP autonomes geacutereacutees par les programmes nationaux de lutte contre le paludisme et leurs partenaires de drsquoenquecircte Ces enquecirctes sont effectueacutees avec un accent sur le suivi des eacutevolutions dans la couverture dintervention et du taux de mortaliteacute des enfants de moins de cinq ans dans le premier niveau des zones administratives (province Eacutetat Gouvernorat etc) Lrsquoeacutechantillonnage national stratifieacute et pondeacutereacute selon la population ne se fonde pas sur la preacutecision autour de la preacutevalence du paludisme Lune des conseacutequences est que les uniteacutes primaires deacutechantillonnage qui en deacutecoulent ne repreacutesentent qursquoun tregraves petit nombre dindividus eacutechantillonneacutes pour linfection par le paludisme Ceci est une distinction importante entre les enquecirctes nationales sur le paludisme meneacutees au cours de legravere du Projet GMEP qui ont eacuteteacute conccedilues sur la base de leur capaciteacute agrave deacutefinir la preacutevalence dinfection [63] Les enquecirctes nationales actuelles comprennent des combinaisons de meacutethodes de deacutepistage des parasites dans diffeacuterents tranches dacircge en fonction de lenquecircte nationale Cependant la majoriteacute se focalise uniquement sur les enfants acircgeacutes drsquoentre 6 mois agrave cinq ans ce qui constitue une tranche dacircge moins informative en termes de preacutevalence dinfection par rapport aux enquecirctes comprenant une fourchette dacircge denfance beaucoup plus eacutetendue [96] et qui repeacutesente une autre rupture par rapport aux enquecirctes nationales meneacutees entre les anneacutees 1950 et 1960 qui eacutetaient axeacutees sur les enfants de moins de 10 ou de moins de 15 ans ou qui ont pris en consideacuteration tous les membres du meacutenage Malgreacute ces limites il y a eu une augmentation importante de donneacutees empiriques sur la preacutevalence dinfection par le paludisme en Afrique par rapport agrave ce qui eacutetait disponible dans une vaste zone geacuteographique depuis plus de 40 ans Depuis 2006 les enquecirctes nationales sur le parasites du paludisme ont eacuteteacute entreprises en Angola (2006 et 2011) au Botswana (2012) au Beacutenin (2012) au Burkina Faso (2010 et 2014) au Burundi (2012) au Cameroun (2011) au Tchad (2011) aux Comores (2010b) en Cocircte dIvoire (2012) en Reacutepublique deacutemocratique du Congo (2011b) aux Comores (2010b) en Cocircte dIvoire (2012) en Reacutepublique deacutemocratique du Congo (DRC) (2009 et 201314) au Djibouti (2009b) en Guineacutee eacutequatoriale (2007 and 201011b) en Erythreacutee (2002 et 2012b) en Ethiopie (2006 2007 et 2011b) au Gabon (2007 adultes uniquementb) en Gambie (2008b 2010b 2013b et 2015b) Ghana (2011 and 2014) Guineacutee (2012 and 201415) Guineacutee Bissau (200809b) Kenya (2007b 2010b et 2015b) au Liberia (2009 et 2011) agrave Madagascar (2011 and 2013) au Malawi (2000 2009 2012 et 2014) au Mali (2010) Mozambique (2002a 2007a et 2011) en Namibie (2009a) au Nigeria (2010) au Rwanda (2007 et 201011) au Seacuteneacutegal (20089 201011 201213 et 201314) en Sierra Leone (2013) en Somalie (2005b et 2014b) au Sud-Soudan (2009b et 2013b) au Soudan (2005b 2009b et 2012b) au Swaziland (2010b) en Tanzanie (20078 et 201112) au Togo (201314) en Ouganda (2009 et 201415) en Zambie (2006b 2008b 2010b et 2012a) agrave Zanzibar (2007 2010 et 201112) et au Zimbabwe (2009 et 2012)

b Donneacutees mises agrave la disposition de lrsquoeacutequipe drsquoINFORM par les programmes nationaux de lute contre le paludisme sans permission pour de partager avec des tiers

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Suivant une augmentation des enquecirctes communautaires sur la preacutevalence drsquoinfection il y a eu une renaissance dans les enquecirctes drsquoeacutecoliers Cette fourchette dacircge fournit une gamme plus optimale pour les recherches sur la preacutevalence dinfection Lagrave ougrave la freacutequentation scolaire est eacuteleveacutee et ougrave lintensiteacute de transmission est stable cette approche consistant agrave mesurer lexposition communautaire aux parasites est moins coucircteuse et exige moins de main-dœuvre que leacutechantillonnage communautaire [9798] Lutilisation de la preacutevalence de linfection chez les eacutecoliers pour suivre les progregraves et limpact de la lutte contre le paludisme et son eacutelimination nrsquoest pas nouvelle Les enquecirctes scolaires ont eacuteteacute entreprises dans le cadre de la surveillance en Rhodeacutesie du Sud (aujourdhui appeleacute le Zimbabwe) [75] au Bechuanaland (aujourdhui appeleacute la Reacutepublique du Botswana) [80] en Ouganda [99 100] en icircle Maurice [62] et en Sierra Leone [101] Au Kenya les enquecirctes sur le paludisme dans les eacutecoles ont eacuteteacute reacuteguliegraverement effectueacutees dans le cadre de la surveillance paludique par la Division des maladies agrave transmission vectorielle (DMTV) depuis sa creacuteation dans les anneacutees 1940 jusquau deacutebut des anneacutees 1990 anneacutee ougrave ces enquecirctes ont eacuteteacute abandonneacutees en raison du manque de fonds [DMTV donneacutees non publieacutees] Des enquecirctes nationales reacutecentes en milieu scolaire ont eacuteteacute restaureacutees au Kenya [102103] en Cocircte dIvoire [104] en Ethiopie [105] en Gambie [106] au Mali [107] en Tanzanie [F Molteni communication personnelle] au Mozambique et au Malawi [Natalie Roschnik communication personnelle] et en Ouganda [108] Le co-eacutechantillonnage a eacuteteacute proposeacute au cours des enquecirctes sanitaires plus eacutetendues dans les anneacutees 1950 pour la lutte contre les treacuteponegravemes et le paludisme [91] ainsi qursquoau cours des enquecirctes nutritionnelles meneacutees en Zambie [90] Reacutecemment les opportuniteacutes partageacutees dont les enquecirctes sur le paludisme meneacutees dans le cadre dautres enquecirctes sanitaires ont eacuteteacute revues notamment le deacutepistage des maladies tropicales neacutegligeacutees [109] ou des enquecirctes nutritionnelles offrant ainsi des possibiliteacutes drsquointeacutegrer des diagnostics du paludisme En Somalie par exemple nous avons travailleacute avec lUniteacute danalyse de la nutrition et de la seacutecuriteacute alimentaire (FSNAU) de lOrganisation pour lalimentation et lagriculture en Somalie de faccedilon agrave inclure des diagnostics rapide du paludisme au cours du deacutepistage des problegravemes nutritionnels au sein des communauteacutes entre 2007 et 2011 [110] 4 Recueil des donneacutees denquecirctes sur la preacutevalence parasitaire Comme nous lavons indiqueacute plus haut il y a eu deux grandes pousseacutees dinteacuterecirct dans les enquecirctes nationales sur la preacutevalence parasitaire toutes les deux gravitant autour des initiatives mondiales pour controcircler et eacuteliminer le paludisme meneacutees par lOMS Cependant il y a eu de nombreuses enquecirctes de terrain sous-nationales et individuelles sur la preacutevalence de lrsquoinfection paludique agrave travers le continent depuis le deacutebut des anneacutees 1900 Le processus didentification de ces donneacutees denquecirctes fut long et ardu la prise en charge vers 20 ans Cette section deacutecrit le processus lextraction de donneacutees et lexhaustiviteacute de ce processus de recherche de donneacutees

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41 Contexte de strateacutegies de recherche de donneacutees Les principes de base de la recherche dinformation sur la preacutevalence dinfection paludique en Afrique ont eacuteteacute rassembleacutes dans le projet de collaboration appeleacute Cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) [4] Cette collaboration a eacuteteacute eacutetendue en 2005 dans le cadre du Projet Malaria Atlas (MAP) (Atlas du risque de paludisme en Afrique [Guerra et al 2007] Ces deux projets provisoires de recueil de donneacutees mettent en eacutevidence un aspect important de la localisation des informations paludomeacutetriques en Afrique dont la plupart proviennent de sources ineacutedites Cela nrsquoaurait pour autant pas surpris les paludologues qui travaillaient en Afrique il y a plus de cinquante ans Bagster-Wilson deacuteclare dans le traiteacute de Boyd sur le paludisme en 1948 qursquolaquoon peut sefforcer de deacutefinir avec plus de preacutecision la reacutepartition du paludisme dans la mesure ougrave les informations disponibles le permettront une grande partie de savoir local se cache dans les rapports officiels non publieacutes qui ne peuvent ecirctre consulteacutes que par le biais des visites dans les pays concerneacutes raquo [111] Pour identifier les sources dinformations nous avons proceacutedeacute agrave des meacutethodes opportunistes aux approches en cascade et nrsquoavons pas respecteacute les meacutethodes rigoureuses proposeacutees pour les examens systeacutematiques ou des meacuteta-analyses [112] eacutetant donneacute qursquoavoir recours uniquement aux donneacutees examineacutees par des pairs se traduirait par lexclusion de preacutecieuses sources de donneacutees de valeur au niveau des pays Nous avons utiliseacute des contacts personnels fait des reacutefeacuterences occasionnelles aux enquecirctes contenues dans les rapports des ministegraveres de la santeacute effectueacute des recherches darchives et effectueacute des recherches dans des publications traditionnelles eacutevalueacutees par les pairs afin de traquer les sources possibles de donneacutees denquecirctes paludiques agrave travers le continent Dans les sections suivantes nous tenterons darticuler les approches adopteacutees pour repeacuterer des informations 42 Recherches dans les archives historiques Depuis 2005 nous avons entrepris des recherches manuelles dans les archives et les bibliothegraveques des instituts ex-coloniaux de meacutedecine tropicale pour repeacuterer des rapports ineacutedits de paludologues travaillant en Afrique avant que les pays nrsquoaccegravedent agrave lindeacutependance Il srsquoagissait notamment de drsquoarchives de lInstitut de Meacutedecine Tropicale Anvers lrsquoInstitut Pasteur Paris Deacutepartement dHistoire de la Meacutedecine Sapienza - Universitagrave di Roma Rome ArchivioItaliano Di Scienze mediche Coloniali Rome Instituto Higiene Medicina Tropical Lisbonne Wellcome Trust Library Londres The National Archives Kew Royaume-Uni et la London School of Tropical Medicine and Hygiene Londres On notera en particulier les rapports de voyage des consultants et les rapports trimestriels de paludologues travaillant pour le compte de lOrganisation mondiale de la santeacute (OMS) agrave partir des anneacutees 1950 jusquaux anneacutees 1970 Ceux-ci fournissent des reacutecits riches et des donneacutees denquecircte des campagnes de preacute-eacutelimination des rapports deacutetape deacutelimination des critiques et des analyses de situation du paludisme au niveau national Toutes ces donneacutees sont archiveacutees dans les bibliothegraveques de lOMS agrave Genegraveve au Caire et agrave Brazzaville (Figure 4) Nous tenons agrave

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remercier les bibliotheacutecaires de ces archives qui nous ont fourni une aide preacutecieuse dans le repeacuterage des documents non publieacutes dans chacun de ces siegraveges de lOMS Figure 4 Archives de lrsquoOMS agrave Genegraveve (agrave gauche) et agrave Brazzaville (agrave droite) Nous avons eacutegalement visiteacute les archives nationales du Ministegravere de la santeacute situeacutees dans les villes de Nairobi Kisumu Eldoret Mombasa et Meru (au Kenya) Entebbe et Jinja (en Ouganda) Sennar Khartoum et Kassala (au Soudan) Thies (au Seacuteneacutegal) Amani (en Tanzanie) Accra (au Ghana) Tzaneen (en Afrique du Sud) et les archives personnelles de lex-directeur de Tzaneen Malaria Research Centre ndash Centre de recherche sur le paludisme (couvrant lAfrique du Sud la Namibie et le Botswana) Les dossiers et les rapports tenus au National Institute of Medical Research (Institut national de la recherche meacutedicale) agrave Amani (Scheacutema 5) a couvert la peacuteriode ougrave le centre eacutetait le siegravege sous-reacutegional de lrsquoInstitute of Malaria and Vector Borne Diseases (Institut est-africain du paludisme et des maladies agrave transmission vectorielle) (1954-1977) Le siegravege du Projet de leacuteradication du paludisme agrave Jinja en Ouganda abritait tous les dossiers des enquecirctes nationales des meacutenages agrave partir des anneacutees 1960 jusquen 2011 quand ceux-ci ont malheureusement eacuteteacute deacutetruits et nous nrsquoavons eacuteteacute en mesure de trouver que ceux qui avaient eacuteteacute deacutemeacutenageacute agrave Entebbe Des rapports annuels des services meacutedicaux et de lrsquoassainissement datant de 1919 produits par les gouvernements coloniaux de la Gambie du Nigeria du Gold Coast (Ghana) de Sierra Leone de Somalie du Kenya de Tanganyika (Tanzanie) de Zanzibar drsquoOuganda du Congo belge (RDC) du Bechuanaland (Botswana ) du Nyassaland (Malawi) de Rhodeacutesie (Zambie et Zimbabwe) de lrsquoicircle Maurice et du Soudan eacutetaient disponibles en eacutetats variables de conservation dans la bibliothegraveque fondeacutee par le Wellcome Trust en 1963 et fait maintenant partie des laboratoires nationaux de santeacute publique appartenant au ministegravere de la santeacute agrave Nairobi Kenya (Figure 5) Au cours du Projet de cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) des scientifiques reacutegionaux ont visiteacute les archives nationales situeacutees dans les villes de Maputo (Mozambique) Bobo Dioulasso (Burkina Faso) Yaoundeacute (Cameroun) Cotonou (Beacutenin) et Lomeacute (Togo) [MARA ARMA 1998] Ces recherches ont identifieacute plusieurs rapports importants

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renfermant des donneacutees denquecirctes nationales Ils nrsquoont cependant pas pris des exemplaires numeacuteriques de rapports originaux Dans la mesure du possible nous avons tenteacute de localiser ces rapports et drsquoen preacuteparer des exemplaires numeacuteriques Cela na pas toujours eacuteteacute couronneacutee de succegraves et nous avons de ce fait inclus certaines donneacutees des issues de la base de donneacutees MARA ARMA des enquecirctes meneacutees agrave lrsquoeacutepoque preacute-indeacutependance avec des citations respectives notamment celles reacutecupeacutereacutees du Centre Muraz agrave Bobo Dioulasso Des exemplaires numeacuteriques des rapports non-publieacutes issus des archives europeacuteennes et africaines sont mis agrave la disposition des pays dans le cadre du projet INFORM en tant que bibliothegraveques numeacuteriques Scheacutema 5 A gauche Archives du laboratoire national de santeacute publique Nairobi Kenya (Old Wellcome Trust Library) A droite ndash Bibliothegraveque de lrsquoInstitut national de recherche meacutedicale Amani Tanzanie 43 Recherche des donneacutees eacutelectroniques Des bases de donneacutees eacutelectroniques en ligne ont eacuteteacute utiliseacutees comme un moyen didentifier les pairs des donneacutees publieacutees sur la preacutevalence de linfection paludique notamment celles publieacutees depuis les anneacutees 1980 y compris PubMed [113] Google Scholar [114] Armed Forces Pest Management Board (le Conseil dadministration de la lutte antiparasitaire des Forces armeacutees) - Litteacuterature Retrieval System [116] la base de donneacutees de la bibliothegraveque de lrsquoOrganisation mondiale de la santeacute [116] et le service de la bibliothegraveque numeacuterique en ligne de lInstitut de Recherche pour le Deacuteveloppement [117] Nous nrsquoavons pas trouveacute facilement des revues reacutegionales y compris un grand nombre de revues meacutedicales nationales des revues de la santeacute publique et parasitologiques agrave partir des sources ci-dessus Toutefois nous avons trouveacute des titres et des extraits en ligne de lrsquoAfrican Journals Online (AJOL) [118] Dans toutes les recherches de bases de donneacutees numeacuteriques des travaux publieacutes contenant les des mots-cleacutes laquo paludisme raquo et laquonom de paysraquo ont eacuteteacute utiliseacutes Nous avons eacuteviteacute lrsquoemploi des terminologies speacutecialiseacutees issues du systegraveme de meacutetadonneacutees meacutedicales laquoMedical Subject Headings (MeSH)raquo dans les recherches darchives numeacuteriques de faccedilon agrave eacutelargir au maximum

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notre champ de recherche Nous avons effectueacute des recherches de base de donneacutees au moins une fois par an agrave partir de lrsquoanneacutee 2005 Nous avons compleacuteteacute nos recherches par des notifications reacuteguliegraveres hebdomadaires sur le paludisme du service dalerte infos de Malaria World [119] Roll Back Malaria des bulletins dinformations du Programme de santeacute environnementale de lUSAID [120] et Santeacute Tropicale pour les revues nationales et reacutegionales des pays francophones y compris Meacutedecine dAfrique noire [121 ] Les titres et les reacutesumeacutes ont eacuteteacute utiliseacutes pour identifier drsquoeacuteventuelles donneacutees denquecirctes parasitaires transversales dans diverses formes soit en tant qursquoenquecirctes communautaires enquecirctes en milieu scolaire autres meacutethodes de deacutepistage parasitaire ou des essais sur le terrain Nous avons eacutegalement eacutetudieacute des eacutetudes sur la preacutevalence de maladies associeacutees au paludisme lorsque celles-ci sont preacutesenteacutees dans le cadre drsquoenquecirctes sur laneacutemie lrsquoheacutemoglobinopathie la transfusion sanguine ou eacutevaluations de la situation nutritionnelle afin drsquoidentifier les rapports coiumlncidence de la preacutevalence paludique En outre crsquoeacutetait une pratique courante de deacutepister les membres de la communauteacute ou des eacutecoliers au cours des protocoles de sensibiliteacute preacutecoces aux meacutedicaments antipaludeacuteens de sorte agrave enrocircler des personnes infecteacutees aux enquecirctes de suivi post-traitement Souvent des donneacutees issues des sites denquecirctes seacutelectionneacutes permettaient de fournir le nombre de personnes deacutepisteacutees et le nombre de personnes infecteacutees Les enquecirctes aupregraves des populations feacutebriles ou des personnes freacutequentant des cliniques ont eacuteteacute exclues Les publications avec des titres ou des extraits pouvant indiquer la preacutesence des donneacutees parasitaires possibles ont eacuteteacute soit teacuteleacutechargeacutees agrave partir darchives de revues offertes en ligne en libre accegraves ou provenant de HINARI (lInitiative daccegraves aux recherches pour la santeacute) [122] A chaque fois que les publications nrsquoeacutetaient pas disponibles sur HINARI en libre accegraves nous visitions les archives des bibliothegraveques du Royaume-Uni agrave la London School of Hygiene and Tropical Medicine la Liverpool School of Tropical Medicine la bibliothegraveque Bodleian agrave lUniversiteacute dOxford ou la Bibliothegraveque de lInstitut Pasteur Paris pour obtenir en obtenir des exemplaires Nous faisions des demandes de reacutefeacuterences que nous nrsquoarrivions pas agrave trouver suivant ces recherches agrave laide du catalogue mondial des recherches agrave travers les bibliothegraveques dOxford factureacutees agrave la page Toutes les publications agrave partir desquelles des donneacutees ont eacuteteacute extraites ont eacuteteacute contreveacuterifieacutees agrave lrsquoaide des bibliographies provenant dautres sources qursquoon aurait oublieacutees ou qui correspondraient agrave des documents non publieacutes ou laquodocuments parallegravelesraquo qui ne sont geacuteneacuteralement pas controcircleacutes par les eacutediteurs commerciaux Les auteurs des articles eacutevalueacutes par les pairs ont souvent eacuteteacute contacteacutes pour nous renseigner sur des informations compleacutementaires dans leur document et nous indiquer dautres travaux non publieacutes dans leur zone geacuteographique ou de leur institution

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44 Autres sources de donneacutees Les enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages ayant inteacutegreacute la preacutevalence parasitaire sont deacutecrites dans la section 3 Les donneacutees provenant de ces enquecirctes sont soit disponibles en formats teacuteleacutechargeables agrave partir du programme ICF MEASURE ou ont eacuteteacute fournis au projet INFORM par les programmes nationaux de lutte antipaludique dans le cadre daccords de collaboration Pour dautres donneacutees eacuteventuellement ineacutedites et propres aux sites sur la preacutevalence du paludisme nous avons consulteacute des sites Web et contacteacute les organisations non gouvernementales (ONG) travaillant en Afrique pouvant avoir entrepris des eacutevaluations sanitaires comprenant des enquecirctes parasitologiques au sein des communauteacutes aupregraves desquelles elles œuvraient Il srsquoagissait notamment de Meacutedecins sans Frontiegraveres [123] MERLIN [124] le Centre Carter [125] Selon lUniteacute danalyse de la seacutecuriteacute alimentaire et de la nutrition en Somalie (FSNAU) [126] Shape Consulting [127] Save the Children [128] Malaria Consortium [129] et MENTOR [130] Gracircce aux contacts fournis par ces agences nous avons pu trouver des donneacutees provenant de sites drsquoenquecirctes en Guineacutee en Sierra Leone en Cocircte dIvoire en Tanzanie au Libeacuteria en Somalie au Kenya en Ouganda au Nigeria en Ethiopie au Mali et au Soudan du Sud Les extraits des ouvrages publieacutes par Tropical Medicine ainsi que ceux issus des reacuteunions sur le paludisme ont eacuteteacute identifieacutes provenant de sources les plus diverses possibles et produits dans le cadre de confeacuterences et de congregraves nationaux et internationaux Ceux-ci ont eacuteteacute utiliseacutes pour signaler drsquoeacuteventuelles donneacutees solliciteacutees par correspondance des auteurs drsquoextraits Notre preacutesence reacutegionale et les liens que nous entretenons avec la communauteacute de recherche sur le paludisme en Afrique a permis de faire naicirctre une prise de conscience quant agrave lobjectif et agrave lambition de la recherche sur la cartographie du paludisme commenceacute en 1996 sous la collaboration MARA ARMA [35] Nous avons profiteacute de cette connectiviteacute reacutegionale des chercheurs pour contacter directement les collegravegues travaillant sur leacutepideacutemiologie du paludisme de sorte agrave rechercher des donneacutees ventileacutees et speacutecifiques au site souvent ineacutedites La volonteacute de partager des donneacutees non publieacutees sur les enquecirctes parasitaires a eacuteteacute sans preacuteceacutedent Au 1er Juillet 2015 plus de 700 scientifiques et speacutecialistes individuels de la santeacute publique ont fourni des informations ventileacutees sur les donneacutees publieacutees donneacutees non-publieacutees ou ont apporteacute leur concours agrave la localisation des communauteacutes eacutechantillonneacutees agrave travers lAfrique Nous avons tenu agrave les remercier dans lannexe accompagnant le preacutesent rapport ainsi que sur le site Web INFORM [131] Les instituts reacutegionaux menant des recherches sur le paludisme et leurs partenaires de collaboration eacutetaient toujours agrave lavant-garde dans la fourniture de donneacutees non publieacutees Il convient de mentionner particuliegraverement les Medical Research Council Laboratories (Gambie) les partenariats de collaboration entre le Kenyan Medical Research Institute et le Wellcome Trust Universiteacute dOxford US Centers for Disease Control Universiteacute de Nagasaki et Walter Reed (Kenya) le Centre de Recherche et de formation sur le paludisme (Mali) Uganda Malaria Surveillance Project (Ouganda) les partenariats de collaboration tisseacutes entre Ifakara Health Institute et le Swiss Tropical Institute la London School of Hygiene and Tropical Medicine et US

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Centers for Disease Control (Tanzanie) Dar es Salaam Urban Malaria Control Project (Tanzanie) National Medical Research Institute agrave Amani (Tanzanie) Institut Pasteur (Madagascar) lrsquoInstitut de Recherche pour le deacuteveloppement (Seacuteneacutegal) Centre de Rechercheacute en Santeacute de Nouna (Burkina Faso) Institute for Endemic Diseases University of Khartoum (Sudan) Blue Nile Health Project-Giezera State University (Sudan) Centro Investigaco Saude Angola (Angola) Liverpool School of Tropical Medicine Wellcome Trust and College of Medicine Programme collaboratif de lrsquoUniversity of Malawi (Malawi) South African Medical Research Council (Afrique du Sud Mozambique et Swaziland) le programme de collaboration du Swiss Tropical and Public Health Institute et de lInstitut de la santeacute publique (Cocircte dIvoire) le programme de collaboration du US Centers for Disease Control (Togo) partenariats de collaboration du Prince Leopold Institute (Burundi Beacutenin et Rwanda) Malaria Institute agrave Macha (Zambie) Medical Research CentreOuganda Virus Research Institute (Ouganda) lEcole de Santeacute Publique de Kinshasa (RDC) et le Southern African Malaria Consortium (Zimbabwe) 5 Abstraction des donneacutees drsquoenquecircte 51 Exigences minimales en matiegravere de donneacutees De chacun des rapports drsquoenquecircte les champs de donneacutees minimales requises pour chaque enregistrement sont les suivants description de la zone deacutetude (nom divisions administratives et coordonneacutees geacuteographiques cas eacutecheacuteant) dates de deacutebut et de fin de lenquecircte (mois et anneacutee) et renseignements sur de lexamen sanguin (nombre de personnes deacutepisteacutees nombre de personnes constateacutees positives pour infection au Plasmodium par espegravece) meacutethodes utiliseacutees pour deacutetecter linfection (microscopie tests de diagnostic rapide (TDR) reacuteaction en chaicircne par polymeacuterase (PCR) ou combinaisons) et lrsquoacircge le plus bas et la population eacutetudieacutee Pour les donneacutees provenant des essais controcircleacutes et randomiseacutes dintervention les donneacutees nrsquoont eacuteteacute seacutelectionneacutees que lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees de base de preacute-intervention et celles issues des enquecirctes de suivi transversales ulteacuterieures au sein des populations teacutemoins Lorsque des cohortes dindividus ont eacuteteacute interrogeacutees agrave plusieurs reprises dans le temps nous nous sommes efforceacutes dinclure uniquement la premiegravere enquecircte et les enquecirctes ulteacuterieures lorsque celles-ci nrsquoavaient qursquoun eacutecart drsquoau moins cinq mois par rapport agrave la date denquecircte initiale pour eacuteviter toute deacutependance entre les observations baseacutees sur le traitement des personnes infecteacutees preacuteceacutedentes Lorsqursquoil neacutetait pas possible de ventiler les enquecirctes reacutepeacuteteacutees celles-ci eacutetaient deacutefinitivement exclues de lanalyse Plusieurs pays ont maintenu des enquecirctes sanguines de masse apregraves avoir atteint les phases de consolidation de leacutelimination La dureacutee des phases de preacute-eacutelimination drsquoattaque de consolidation et dentretien deacutelimination varie entre les pays [47] Nous avons choisi dexclure les donneacutees eacutechantillonneacutees apregraves les dates ougrave les pays mettant en œuvre des programmes drsquoeacutelimination avaient commenceacute agrave utiliser des taux drsquoincidence deacuteriveacutes des indices parasitaires annuels ou lorsque des enquecirctes sanguines de masse eacutetaient utiliseacutees pour deacutemontrer labsence de transmission en Algeacuterie (1967) en Egypte (1965) en Libye (1967) en icircle Maurice (1957) au Maroc (1969) en Reacuteunion (1953) et en Tunisie (1968)

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Parfois les rapports preacutesentaient le nombre total de personnes examineacutees dans un certain nombre de villages et le pourcentage de personnes controcircleacutees positives par village ici nous avons supposeacute que le deacutenominateur par village eacutetait eacutequivalent au nombre total de personnes examineacutees diviseacute par le nombre total de villages Il eacutetait possible deacutetablir lanneacutee de chaque enquecircte cependant il eacutetait parfois impossible drsquoeacutetablir le mois de lenquecircte agrave partir des rapports denquecirctes Dans ce cas de figure nous avons utiliseacute des descriptions saison laquohumideraquo et saison laquosegravecheraquo premier ou deuxiegraveme trimestre scolaire ou dautres informations pour parvenir agrave une approximation du mois de lenquecircte et avons inclus un rapport sur cette hypothegravese Certains reacutesultats de lenquecircte ont eacuteteacute signaleacutes en tant qursquoagreacutegat dans lespace (par exemple un seul PfPR pour un groupe de villages) ou dans le temps (par exemple un PfPR moyen estimeacute agrave partir de quatre enquecirctes diffeacuterentes meneacutees au fil du temps) Dans de tels cas nous avons soit chercheacute dautres rapports des mecircmes enquecirctes avec une reacutesolution spatiale ou temporelle plus eacuteleveacutee Lagrave ougrave cela na pas eacuteteacute possible et ougrave des groupes de villages deacutepassaient 5 km2 nous avons exclu du dossier de lanalyse (voir ci-dessous) Lorsque des informations suppleacutementaires eacutetaient neacutecessaires pour fournir des donneacutees speacutecifiques par village dans un moment preacutecis nous avons demandeacute aux auteurs de nous fournir tout renseignement ou document manquant 52 Meacutethodes de deacutetection parasitaires Compte tenu de son ubiquiteacute en tant qursquooutil de diagnostic paludique la meacutethode preacutefeacutereacutee de deacutetection parasitaire eacutetait la microscopie Aucune distinction nrsquoeacutetait faite entre la microscopie optique ou par fluorescence La qualiteacute de la veacuterification de lame [132133] les variations de sensibiliteacute speacutecificiteacute entre les tests de diagnostic rapide (TDR) [134] la capaciteacute des eacutequipes de terrain agrave analyser les TDR de maniegravere fiable [135-138] ou des variations obtenues sur la base de la seacutelection des amorces pour les reacuteactions en chaicircne de la polymeacuterase (PCR) [139] influencent toutes les descriptions de la preacutevalence et auront des variances intrinsegraveques entre les enquecirctes incluses dans la base de donneacutees Il a eacuteteacute deacutemontreacute que les TDR donnent des taux de faux positifs plus eacuteleveacutes que la microscopie [134 140 141] cependant ils ont tendance agrave stratifier agrave fois le taux parasitaire le plus bas (lt1) et le plus eacuteleveacute (gt50) avec plus de preacutecision par rapport agrave la microscopie courante [133 141] Une analyse drsquoun grand recueil de donneacutees sur les taux parasitaires des communauteacutes a deacutemontreacute quil y avait une diffeacuterence minime dans les estimations du taux moyen global de preacutevalence de P falciparum dans une analyse des donneacutees correspondantes apparieacutees issues des enquecirctes communautaires ayant utiliseacute la microscopie et les TDR pour les examens parasitaires [46] Neacuteanmoins les diffeacuterences entre les TDR et la microscopie en matiegravere de leur capaciteacute agrave deacutetecter des dinfections mineures lorsquelles sont geacutereacutees dans des conditions normales restent un preacutejugeacute systeacutematique inheacuterent aux donneacutees [141] que nous sommes incapables de controcircler Nous sommes eacutegalement incapables de controcircler la qualiteacute des analyses de donneacutees des enquecirctes en utilisant uniquement la microscopie Le principal problegraveme de la microscopie lorsquelle est utiliseacutee dans le cadre les enquecirctes-eacutechantillons nationales est la qualiteacute de la preacuteparation des lames (coloration et entreposage) et

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ou les garanties de la veacuterification de la qualiteacute (VQ) des analyses des lames Dans ce cas de figure nous avons en consultation avec les responsables des enquecirctes nationales ducirc faire plusieurs jugements de valeur Par exemple pour les enquecirctes nationales aupregraves des meacutenages au Soudan en Somalie au Malawi et en Angola nous avons choisi dinteacutegrer les preacutevalences dinfection obtenues gracircce aux TDR plutocirct les estimations provenant des analyses des lames de microscopie Par contre pour drsquoautres pays tels que le Kenya et lOuganda nous avions des garanties quant agrave la qualiteacute des analyses des preacutelegravevements sanguins pendant enquecirctes sur les indicateurs du paludisme Il ny a pas de regravegles absolues pour ces deacutecisions A chaque fois que des preuves quant agrave la qualiteacute des analyses des lames nous eacutetaient fournies nous avons deacutecideacute drsquoutiliser celles-ci par rapport aux TDR 53 Geacuteocodage des sites drsquoenquecircte Le geacuteocodage de donneacutees la deacutefinition dune longitude et une latitude deacutecimale pour chaque site denquecircte consistait en une tacircche particuliegraverement exigeante En fonction de leur repreacutesentation spatiale les donneacutees eacutetaient classeacutees en tant que villages communauteacutes ou eacutecoles individuelles ou ensemble de communauteacutes dans une zone deacutefinissable correspondant agrave une zone agrave linteacuterieur dun quadrillage de 5 km ou environ 005 degreacutes deacutecimaux au niveau de leacutequateur Dans la mesure du possible nous avons chercheacute agrave conserver des donneacutees ventileacutees au niveau des villages plutocirct que des donneacutees agrave travers une laquogrande eacutetendueraquo Lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees provenant des communauteacutes deacutepassant un quadrillage de 5 km nous avons consideacutereacute ces derniers comme une reacutesolution spatiale trop faible avec une variance importante possible dans le polygone dinformations agrave exclure lors de lutilisation de la modeacutelisation geacuteostatistique avanceacutee En pratique il srsquoagissait ici drsquoun critegravere difficile agrave veacuterifier eacutetant donneacute que la plupart des rapports denquecircte ne fournissaient pas suffisamment de deacutetails sur la superficie de la zone eacutetudieacutee Une utilisation plus reacutecente des systegravemes de positionnement mondial (GPS) lors de travaux denquecircte permet une reacuteagreacutegation des donneacutees denquecircte aupregraves des meacutenages avec une plus grande preacutecision Crsquoest eacutegalement utile dans le maintien du critegravere du quadrillage de 5 km tout en combinant des grappes de petites tailles deacutechantillon dans lespace Lutilisation du GPS pour enregistrer des longitudes et latitudes a contribueacute de maniegravere appreacuteciable agrave des enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages depuis circa 2007 [142] Cependant dans les enquecirctes deacutemographiques et sanitaires aupregraves des meacutenages geacutereacutes par le programme ICF-MEASURE un processus de deacuteplacement de coordonneacutees GPS est effectueacute de telle sorte que pour les clusters urbains un deacuteplacement est introduit agrave une distance allant jusqursquoagrave tous les 2 km qui influe rarement sur la preacutecision globale de modeacutelisation eacutetant donneacute que ce processus se fait dans le cadre est dans les zones urbaines Pour les clusters ruraux on fait un deacuteplacement jusqursquoagrave 5 km avec 1 de clusters ruraux suppleacutementaires deacuteplaceacutes jusquagrave une distance de 10 km Ici nous avons passeacute en revue tous les clusters ruraux agrave lrsquoaide de Google Earth pour examiner la mesure dans laquelle les clusters ruraux pourraient avoir eacuteteacute deacuteplaceacutes vers des zones inhabiteacutees et repositionneacutes dans les zones peupleacutees les plus proches

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Pour positionner chaque site denquecircte lagrave ougrave les coordonneacutees GPS ne sont pas disponibles nous avons utiliseacute une varieacuteteacute de ressources numeacuteriques parmi lesquels les plus utiles eacutetaient Encyclopeacutedie Microsoft Encarta (Microsoft 2004) et Google Earth (Google 2009) Drsquoautres sources drsquoarchives numeacuteriques de noms de lieux couramment utiliseacutes sont entre autres le serveur de noms de lieux de la National Geospatial-Intelligence Agency GEOnet Eacutetats-Unis [143] Falling Rain Genomicsrsquo Global Gazetteer [144] Alexandria Digital Library de lUniversiteacute de Californie Eacutetats-Unis [145] African Data Sampler [146] MapCarta [147] Maplandia [148] Global geodatabase-cities [149] Open Street Map [150] VMAP0 [151] et IslamicFinder [152] A travers lAfrique il existe un certain nombre de reacutepertoire toponymique numeacuteriques nationaux pour les lieux habiteacutes les eacutetablissements sanitaires ou les eacutecoles Ce type de reacutepertoires accroicirct en nombre en preacutecision et en couverture Nous les avons obtenus sur demande aupregraves des bureaux nationaux de recensement des ministegraveres de leacuteducation et de la santeacute et des ONG partenaires Cela srsquoest aveacutereacute un outil preacutecieux dans la localisation des communauteacutes au Burkina Faso au Kenya en Gambie au Mozambique agrave Madagascar en Somalie au Malawi en Mauritanie au Ghana au Niger en Namibie au Seacuteneacutegal en Somalie en Afrique du Sud en Tanzanie en Ouganda en Zambie et agrave Zanzibar Bien que nous tentons drsquoutiliser des nomenclatures types et des strateacutegies uniques de nommage dans les reacutepertoires toponymiques numeacuteriques [153] il est difficile drsquoatteindre cela au niveau national ougrave les orthographes changement en fonction des auteurs au fil du temps et ougrave les mecircmes noms de lieux sont reacutepliqueacutees agrave travers un pays En tant que tel lors de lextraction de donneacutees chaque point de donneacutees a eacuteteacute enregistreacute avec autant drsquoinformations geacuteographiques que possible issues de la source Crsquoest bien ces informations qui ont eacuteteacute utiliseacutees au cours du geacuteo-positionnement par exemple pour veacuterifier que le geacuteocodage permettait de cadrer les sites denquecirctes dans les uniteacutes administratives deacutecrites dans le rapport ou qursquoil correspondait agrave dautres deacutetails dans le rapport sur la distance vis-agrave-vis des riviegraveres ou les villes lorsque cela eacutetait afficheacutees sur Google Earth Bien quen theacuteorie les coordonneacutees GPS doivent repreacutesenter une localisation spatiale sans ambiguiumlteacute il fallait une veacuterification rigoureuse pour veiller agrave ce que les sites denquecirctes correspondent aux coordonneacutees GPS Comme drsquohabitude nous avons donc reveacuterifieacute toutes les donneacutees GPS de toutes les sources en utilisant les noms de lieux et ou Google Earth pour assurer que les coordonneacutees se situaient dans les communauteacutes Toutes les coordonneacutees ont eacuteteacute soumises agrave un controcircle final agrave laide de la base de donneacutees spatiale des frontiegraveres administratives de second niveau deacuteveloppeacutees et reacuteviseacutee en 2008 par lOrganisation pour lalimentation et lagriculture (FAO) des Nations Unies [154] Loutil de seacutelection spatiale ArcGIS 101 (ESRI USA) a eacuteteacute utiliseacute pour veacuterifier que les points du long du littoral eacutetaient situeacutes sur des terrains tels que deacutefinis par GAUL 2008 La base de donneacutees de Global Lakes and Wetlands (GLWD) deacuteveloppeacutee par le Fonds mondial pour la nature [155] a eacuteteacute utiliseacute pour srsquoassurer que les points inteacuterieurs eacutetaient positionneacutes sur la terre ferme et non pas sur des plans deau Nous cherchions par-lagrave agrave identifier les coordonneacutees qui se trouvaient leacutegegraverement au large des cocirctes sur les affluents ou dans les uniteacutes administratives incorrectes chaque anomalie a eacuteteacute reveacuterifieacutee et repositionneacutee agrave laide de petits changements et avec Google Earth

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54 Deacutefinition des frontiegraveres nationales A la fin de la Seconde Guerre mondiale en 1945 presque tous les pays en Afrique eacutetaient soumis agrave la domination ou agrave lrsquoadministration coloniale Chaque pays sur le continent africain est aujourdhui indeacutependant mecircme si quelques icircles restent sous administration europeacuteenne (la Reacuteunion et Mayotte) Il existe actuellement 55 Etats indeacutependants dont 53 sont membres de lUnion africaine Tout au long de ce rapport nous utilisons les noms et les frontiegraveres des Eacutetats-nations en Afrique et les frontiegraveres actuelles plutocirct que la nomenclature preacute-indeacutependance Tout au long de ce rapport nous avons utiliseacute lrsquooutil numeacuterique de traitement de frontiegraveres parraineacute par lrsquoONU [156] En tant que tel nous traitons le Soudan du Sud en tant qursquoentiteacute diffeacuterente de la Reacutepublique du Soudan et lEacuterythreacutee diffeacuterente de lEthiopie Il y a beaucoup de zones litigieuses en Afrique revendiqueacutees par diffeacuterents pays voisins et qui restent en suspens [157] Pour les besoins de notre travail nous avons traiteacute le Triangle drsquoIlemi en tant que partie inteacutegrante de la reacutegion de Turkana du Kenya Nous avons consideacutereacute Walvis Bay en Namibie comme faisant toujours partie de la Namibie en deacutepit du fait que ce territoire fait partie de lrsquoAfrique du Sud depuis de nombreuses anneacutees suivant lindeacutependance de la Namibie en 1990 Deux petits territoires au sein du Royaume du Maroc continuent decirctre occupeacutes par lEspagne dans le Nord-Ouest (Ceuta) et dans le Nord-Est (Melilla) sur le littoral meacutediterraneacuteen Cependant nous avons consideacutereacutes ces territoires comme faisant partie du Royaume du Maroc se rapprochant de son eacutetendue ottomane avant 1912 Nous traitons la peacuteninsule du Sinaiuml en tant que partie permanente de la Reacutepublique arabe dEgypte Sans faire de jugements politiques nous avons consideacutereacute la reacutegion drsquoAbeyi comme faisant partie inteacutegrante de la Reacutepublique du Soudan cependant dans la cartographie des produits nationaux les deux pays prennent en compte cette reacutegion Nous avons traiteacute le Triangle Halaib sur la frontiegravere soudano-eacutegyptienne comme faisant partie du Soudan bien que depuis 2010 lrsquoEacutegypte controcircle cette zone en tant que partie inteacutegrante de son Etat de la Mer Rouge La reacutegion de Bakassi territoire frontalier contesteacute sur la cocircte atlantique entre le Nigeria et le Cameroun a eacuteteacute traiteacute comme faisant partie du Nigeria en deacutepit de la mise en œuvre finale des accords qui ont accordeacute cette reacutegion agrave ladministration camerounaise en 2014 Les groupes insulaires de Bioko Annobin et Zanzibar sont traiteacutees seacutepareacutement de la partie continentale de Guineacutee eacutequatoriale et de Tanzanie respectivement Ces groupes insulaires ont toujours eu diffeacuterents plans de lutte antipaludique et des ambitions drsquoeacutelimination diffeacuterentes de ceux de leurs homologues du continent 55 Normalisation selon lacircge Lorsque lacircge nrsquoeacutetait pas preacuteciseacute dans le rapport de chaque enquecircte mais que le rapport preacutecisait que lrsquoensemble du village ou drsquoenfants de leacutecole primaire eacutetaient examineacutes nous avons supposeacute que les tranches dacircge agrave 0-99 ans ou 5-14 ans respectivement Il y avait une grande diversiteacute dans les tranches dacircge des populations eacutechantillonneacutees entre les eacutetudes Pour faire des comparaisons significatives dans le temps et lespace une seule tranche dacircge normaliseacute est neacutecessaire Il est possible drsquoeffectuer des ajustements dun acircge normaliseacute pour le Plasmodium falciparum gracircce agrave lobservation et agrave la theacuteorie des maladies infectieuses lagrave ougrave limmuniteacute est acquise apregraves une exposition reacutepeacuteteacutee de la naissance Nous avons adapteacute des modegraveles de

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conversion catalytique de Muench (dabord utiliseacute dans le paludisme par Pull amp Grab dans les anneacutees 1970 [158]) en eacutequations statiques en R-script qui utilise les gammes infeacuterieure et supeacuterieure deacutechantillon et la preacutevalence globale pour se transformer en une estimation preacutevues chez les enfants acircgeacutes de 2-10 ans PfPR2-10 [96] 56 Limitations dues agrave la taille de leacutechantillon La taille de leacutechantillon est inversement proportionnelle agrave la preacutevalence ougrave agrave faible taille des eacutechantillons les biais dans les estimations de la preacutevalence sont introduits en fonction de la preacutevalence reacuteelle de la population se traduisant deacutecarts-types relativement eacuteleveacutes [159] Il existe un seuil critique entre 10 et 20 individus eacutechantillonneacutes en dessous duquel les eacutecarts-types augmentent de faccedilon exponentielle dans la plupart des enquecirctes sur les infections parasitaires et la courbe commence agrave aplatir agrave partir drsquoune taille denviron 50 eacutechantillons et atteint une asymptote agrave environ 100 [160] La taille des eacutechantillons denquecircte individuels est eacutegalement importante dans le calcul des correacutelations avec les variables dendeacutemiciteacute pour veacuterifier les associations plausibles entre par exemple des preacutecipitations et la preacutevalence Au cours de seacutelection des co-variables de petits eacutechantillons impreacutecis peuvent conduire agrave loverfitting Nous avons chercheacute agrave combiner les communauteacutes agrave proximiteacute ougrave tout village comptait moins de 10 personnes eacutechantillonneacutees et ougrave les communauteacutes se situaient agrave moins de 5 km lrsquoun de lautre eacutechantillonneacutes exactement au mecircme moment par les mecircmes enquecircteurs 6 Partage et accegraves aux donneacutees Les donneacutees recueillies pour cette eacutetude font partie dune initiative plus large visant agrave aider les gouvernements nationaux en mettant agrave leur disposition des plateformes de donneacutees probantes pour les aider agrave concevoir des projets de lutte antipaludique gracircce au concours du projet INFORM [131161] soutenu par le Deacutepartement pour le deacuteveloppement international Royaume-Uni et le Wellcome Trust Les donneacutees geacuteocodeacutees sur la preacutevalence parasitaire issues des donneacutees archiveacutees publieacutees et ineacutedites donneacutees et rassembleacutees en bases de donneacutees soigneusement conserveacutees doivent ecirctre prise en charge et geacutereacutees par les services de lutte contre le paludisme au sein des ministegraveres nationaux de la santeacute Les donneacutees provenant des recherches nationales et des enquecirctes meneacutees par les ministegraveres de la santeacute sont la proprieacuteteacute des gouvernements nationaux Le plus souvent la plupart des ministegraveres de la santeacute nont pas accegraves agrave la gamme complegravete des donneacutees sur le paludisme pourtant potentiellement disponibles dans leur propre pays Le but est donc de se servir du projet INFORM pour bacirctir une appropriation des donneacutees nationales sur le paludisme et mettre toutes les donneacutees recueillies agrave la disposition des ministegraveres de la santeacute agrave travers lAfrique et aux conseillers techniques reacutegionaux de lOrganisation mondiale de la santeacute A ce titre ces gouvernements nationaux deviendront les gardiens de leurs propres donneacutees nationales et pleinement responsables de leur distribution aux scientifiques nationaux reacutegionaux et internationaux ainsi qursquoaux partenaires de controcircle

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7 Reacutefeacuterences 1 Snow RW (2014) Sixty years trying to define the malaria burden in Africa have we made any progress

BMC Medicine 12 227 2 Noor AM Kinyoki DK Mundia CW Kabaria CW Wambua JM Alegana VA Fall IS Snow RW (2014) The

changing risk of Plasmodium falciparum malaria infection in Africa 2000ndash10 a spatial and temporal analysis of transmission intensity Lancet 383 1739-1747

3 Snow RW Marsh K le Sueur D (1996) The need for maps of transmission intensity to guide malaria

control in Africa Parasitology Today 12 455ndash457 4 MARAARMA (1998) Towards an atlas of malaria risk in Africa First technical report of the

MARAARMA collaboration Durban South Africa httpsidl-bncidrccadspacebitstream10625316441114833pdf

5 Le Sueur D Binka F Lengeler C de Savigny D Teuscher T Toure Y Snow RW (1997) An atlas of malaria in

Africa Africa Health 19 23-24 6 Trape JF amp Rogier C (1996) Combating Malaria morbidity and mortality by reducing transmission

Parasitology Today 12 236-240 7 Snow RW Omumbo JA Lowe B Molyneux SM Obiero JO Palmer A Weber MW Pinder M Nahlen B

Obonyo C Newbold C Gupta S Marsh K (1997) Relation between severe malaria morbidity in children and level of Plasmodium falciparum transmission in Africa Lancet 349 1650-1654

8 Ghani AC Sutherland CJ Riley EM Drakeley CJ Griffin JT Gosling RD Filipe JAN (2009) Loss of

population levels of immunity to malaria as a result of exposure reducing interventions consequences for interpretation of disease trends PLoS One 4 e4383

9 Okiro EA Al-Taiar A Reyburn H Idro R Berkley J Nokes DJ Snow RW (2009) Age patterns of severe

paediatric malaria and their relationship to Plasmodium falciparum transmission intensity Malaria Journal 8 4

10 Carneiro I Roca-Feltrer A Griffin JT Smith L Tanner M Armstrong Schellenberg J Greenwood BM

Schellenberg D (2010) Age-patterns of malaria vary with severity transmission intensity and seasonality in sub-Saharan Africa A systematic review and pooled analysis PLoS One 5 e8988

11 Griffin JT Hollingsworth TD Reyburn H Drakeley CJ Riley EM Ghani AC (2014) Gradual acquisition of

immunity to severe malaria with increasing exposure Proceedings of the Royal Society B 282 20142657

12 Snow RW (2015) Global malaria eradication and the importance of Plasmodium falciparum

epidemiology in Africa BMC Medicine 13 23

24

13 Smith T Maire N Ross A Penny M Chitnis N Schapira A Studer A Genton B Lengeler C Tediosi F de Savigny D Tanner M (2008) Towards a comprehensive simulation model of malaria epidemiology and control Parasitology 135 1507ndash1516

14 Smith DL Noor AM Hay SI Snow RW (2009) Predicting changing malaria risk after expanded

insecticide treated net coverage in Africa Trends in Parasitology 25 511ndash516 15 Griffin JT Hollingsworth D Okell LC Churcher TS White M Hinsley W Bousema T Drakeley CJ

Ferguson NM Basanez MG Ghani AC (2010) Reducing Plasmodium falciparum malaria transmission in Africa a model based evaluation of intervention strategies PLoS Medicine 7 e1000324

16 Chitnis N Schapira A Smith T Steketee R (2010) Comparing the effectiveness of malaria vector-

control interventions through a mathematical model American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 83 230ndash240

17 World Health Organization (2014) From malaria control to malaria elimination a manual for

Elimination Scenario Planning Global Malaria Programme World Health Organization Geneva April 2014

18 Gerardin J Eckhoff P Wenger EA (2015) Mass campaigns with antimalarial drugs a modelling

comparison of artemether-lumefantrine and DHA-piperaquine with and without primaquine as tools for malaria control and elimination BMC Infectious Diseases 15 144

19 Okell LC Drakeley CJ Bousema T Whitty CJM Ghani AC (2008) Modelling the impact of artemisinin

combination therapy and long-acting treatments on malaria transmission intensity PLoS Medicine 5 e226

20 Guyatt HL amp Snow RW (2001) Malaria in pregnancy as an indirect cause of infant mortality in sub-Saharan

Africa Transactions of Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 95 569-576 21 Desai M ter Kuile FO Nosten F McGready R Asamoa K Brabin B Newman R (2007) Epidemiology

and burden of malaria in pregnancy Lancet Infectious Diseases 7 93ndash104 22 van Eijk A Hill J Alegana VA Kirui V Gething PW ter Kuile F Snow RW (2011) Coverage of malaria

protection in pregnant women in sub-Saharan Africa a synthesis and analysis of national survey data Lancet Infectious Diseases 11 190-207

23 MPAC (2012) wwwwhointmalariampacsep2012mpac_mip_erg_sep2012pdf 24 MPAC (2013) wwwwhointmalariampacmpac_sep13_erg_ipt_malaria_pregnancy_reportpdf 25 Meremikwu MM Donegan S Sinclair D Esu E Oringanje C (2012) Intermittent preventive

treatment for malaria in children living in areas with seasonal transmission Cochrane Database Systematic Reviews 2 CD003756

26 Cairns M Roca-Feltrer A Garske T Wilson AL Diallo D Milligan PJ Ghani AC Greenwood BM (2012)

Estimating the potential public health impact of seasonal malaria chemoprevention in African children Nature Communications 3 881

25

27 Noor AM Kibuchi E Mitto B Coulibaly D Doumbo OK Snow RW (2015) A spatial decision support

framework for sub-national targeting of seasonal malaria chemoprevention in the Sahel Under review

28 Smith DL McKenzie FE Snow RW Hay SI (2007a) Revisiting the basic reproductive number for

malaria and its implications for malaria control PLoS Biology 5 e42 29 Hay SI Smith DL Snow RW (2008) Measuring malaria endemicity from intense to interrupted

transmission Lancet Infectious Diseases 8 369-378 30 Moonen B Cohen JM Snow RW Slutsker L Drakeley C Smith DL Abeyasinghe R Rodriguez Loacutepez

MH Maharaj R Tanner M Targett G (2010) Operational strategies to achieve and maintain malaria elimination Lancet 376 1592-1603

31 World Health Organization (2012a) Disease surveillance for malaria control Operational manual

WHO Geneva 32 World Health Organization (2012b) Disease surveillance for malaria elimination Operational manual

WHO Geneva 33 Cohen JM Moonen B Snow RW Smith DL (2010) How absolute is zero An evaluation of historical

and current definitions of malaria elimination Malaria Journal 9 213 34 Molineaux L Muir DA Spencer HC Wernsdorfer WH (1988) The epidemiology of malaria and its

measurement Malaria Principles and Practice of Malariology W Wernsdorfer and I McGregor London Churchill Livingstone 2 999-1089

35 Tusting LS Bousema T Smith DL Drakeley C (2014) Measuring changes in Plasmodium falciparum

transmission precision accuracy and costs of metrics Advances in Parasitology 84 151-208 36 Metselaar D amp van Thiel PH (1959) Classification of malaria Tropical Geographic Medicine 11 157ndash

161 37 Macdonald G amp Goumleckel GW (1964) The malaria parasite rate and interruption of transmission

Bulletin of World Health Organization 31 365ndash377 38 Lysenko AJ amp Semashko IN (1968) Geography of malaria A medico-geographic profile of an ancient

disease In Lebedew AW ed Itogi Nauki Medicinskaja Geografija Moscow USSR Academy of Sciences pp 25ndash146

39 Macdonald G (1957) The epidemiology and control of malaria Oxford University Press 40 Pampana E (1969) A textbook on malaria eradication Oxford Oxford University Press 41 Pull JH (1972) Malaria surveillance methods their uses and limitations American Journal of Tropical

Medicine amp Hygiene 21 651-657

26

42 World Health Organization (1950) Report on the malaria conference in equatorial Africa Held under the joint auspices of the World Health Organization and of the commission for technical co-operation in Africa south of the Sahara Kampala Uganda 27 Novemberndash9 December 1950

43 Yekutiel P (1960) Problems of epidemiology in malaria eradication Bulletin of the World Health

Organization 22 669-683 44 Macdonald G (1952) The analysis of equilibrium in malaria Tropical Diseases Bulletin 49 813-1129 45 Hay SI Guerra CA Gething PW Patil AP Tatem AJ Noor AM Kabaria CW Manh BH Elyazar IRF

Brooker S Smith DL Moyeed RA Snow RW (2009) A world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2007 PLoS Medicine 6 e1000048

46 Gething PW Patil AP Smith DL Guerra CA Elyazar IRF Johnston GL Tatem AJ Hay SI (2011) A new

world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2010 Malaria Journal 10 378 47 Snow RW Amratia P Kabaria CW Noor AM Marsh K (2012) The changing limits and incidence of

malaria in Africa 1939-2009 Advances in Parasitology 78 169-262 48 Black RH (1968) Manual of epidemiology and epidemiological services in malaria programmes World

Health Organization Geneva 49 Ray AP amp Beljaev AE (1984) Epidemiological surveillance a tool for assessment of malaria and its

control Journal of Communicable Disease 16 197ndash207 50 Omumbo JA Noor AM Fall IS Snow RW (2013) How well are malaria maps used to design and

finance malaria control in Africa PLoS One 8 e53198 51 Alegana VA Atkinson PM Wright JA Kamwi R Kakokele S Snow RW Noor AM (2013) Estimation of

malaria incidence in northern Namibia in 2009 using Bayesian Conditional-Autoregressive Spatial-Temporal Models Spatial amp Spatial Temporal Epidemiology 7 25-36

52 Bennett A Yukich J Miller JM Vounatsou P Hamainza B Ingwe MI Moonga HB Kamuliwo M Keating

J Smith TA Steketee RW Eisele TP (2014) A methodological framework for the improved use of routine health system data to evaluate national malaria control programs evidence from Zambia Population amp Health Metrics 12 30

53 Moonasar D Morris N Kleinschmidt I Maharaj R Raman J Mayet NT Benson FG Durrheim DN

Blumberg L (2013) What will move malaria control to elimination in South Africa South African Medical Journal 103 (10 Suppl 2) 801-806

54 Cohen JM Dlamini S Novotny JM Kandula D Kunene S Tatem AJ (2013) Rapid case-based mapping

of seasonal malaria transmission risk for strategic elimination planning in Swaziland Malaria Journal 12 61

55 Zanzibar Malaria Control Programme (2011) Zanzibar Malaria Performance Review September 2011

ZMCP Ministry of Health Revolutionary Government of Zanzibar

27

56 Ministry of Health [Cape Verde] World Health Organization and the University of California San Francisco (2012) Eliminating malaria Moving towards sustainable elimination in Cape Verde Geneva The World Health Organization httpappswhointirisbitstream106657584919789241504386_engpdfua=1

57 Littrell M Sow GD Ngom A Ba M Mboup BM Dieye Y Mutombo B Earle D Steketee RW (2013)

Case investigation and reactive case detection for malaria elimination in northern Senegal Malaria Journal 12 331

58 Thiroux D A amp DAnfreville D L (1908) Le paludisme au Seacuteneacutegal pendant les anneacutees 1905-1906

Gouvernement General de lAfrique Occidentale Francaise Laboratorie de bacteriologie de Saint-Louis Published Libraire JB Bailliere et Fils Paris 1908

59 Government General de LAlgeacuterie (1908) Campagne Antipaludique de 1908 unpublished document

available in Wellcome Library Euston Road London UK FX134AA9 60 Government of Gold Coast (1914) Medical amp Sanitary Report for the year 1913 Waterlow amp Sons

London 61 Mansfield-Aders W (1927) Notes on malaria and filariasis in the Zanzibar Protectorate Transactions

of the Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 30 207-214 62 Colony of Mauritius (1923-1925) Annual Reports on the Medical and Health Department 63 Swaroop S Gilroy AB Uemura K (1966) Statistical methods in malaria eradication Monograph Series

of World Health Organization 51 164 64 Barber MA amp Rice JB (1937) A survey of malaria in Egypt American Journal of Tropical Medicine amp

Hygiene 17 413-436 65 De Meira MT Simotildees TS Pinto Nogueira JF (1948) Observaccedilotildees sobre sezonismo nas ilhas do Sal Boa

Vista e S Nicolau (Cabo Verde) Anais do Instituto de Medicina Tropical 3 213-237 66 Young MD amp Johnson TH (1949) A malaria survey of Liberia Journal of National Malaria Society 8

247-266 67 De Meillon B (1951) Malaria survey of South-West Africa Bulletin of the World Health Organization

4 333ndash417 68 Houel G amp Donadille F (1953) Vingt ans de lutte antipaludique au Maroc Bulletin de lrsquoInstitut

drsquoHygiene du Maroc 13 3-51 69 Soeiro A (1952) O sezonismo em Moccedilambique contribuiccedilatildeo para o estudo epidemioloacutegico Anais do

Instituto de Medicina Tropical 9 343-389 70 Soeiro A (1959) Relactoacuterio da actividade do Instituto de Investigaccedilatildeo Meacutedica de Moccedilambique em

1958 e plano de trabalhos para o ano de 1960 Anais Intstituto de Higiene e Medicina Tropical 16 573-611

28

71 Bernard PM (1954) Trois ans de lutte antipaludique agrave Madagascar Bulletin de Madagascar

Publication Mensuelle du Service General Drsquoinformation du Haut-Commissariat no 96 72 Cambournac FJC Gandara AF Pena AJ Teixeira EWLG (1955) Subsidios para o inquerito malariologico

em Angola Anais do Instituto de Medicina Tropical 12 121-153 73 Anon (1954) Campagne antipaludique au Dahomey Map found in Benin box in WHO Archives

Geneva August 2012 74 Languillon J (1957) Carte eacutepideacutemiologique du paludisme au Cameroun Bulletin de la Socieacuteteacute de

Pathologie Exotique 50 585 - 600 75 Alves W (1958) Malaria parasite rates in Southern Rhodesia May-September 1956 Bulletin of the

World Health Organization 19 69-74 76 Lariviere M Hocquet P Abonnenc E (1961) Reacutesultats drsquoune enquecircte palustre dans la reacutepublique du

Seacuteneacutegal Indices plasmodiques chez les enfants en milieu rural Bulletin de la Socieacuteteacute Meacutedicale drsquoAfrique Noire de Langue Franccedilaise 6 386-403

77 Wernsdorfer G amp Wernsdorfer W (1967) Malaria in the middle Nile basin and its bordering regions Z

Tropenmed Parasitol 18 17-44 78 Rishikesh N amp Fahmy Y (1961) Quarterly report April-June 1961 Republic of Somalia pre-eradication

survey World Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 79 Rishikesh N Payne D Fahmy Y (1961) Quarterly report for the period January-March 1961 World

Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 80 Bechuanaland Protectorate (1958-1963) Annual Medical and Sanitary Reports for the Protectorate for

the years 1958-1963 Government Printers Gaborone 81 Craig MH Sharp BL Mabaso MLH Kleinschmidt I (2007) Developing a spatial-statistical model and

map of historical malaria prevalence in Botswana using a staged variable selection procedure International Journal of Health Geographics 6 44

82 Cano VI (1971) Deacuteveloppement des services de santeacute de base (Paludisme) World Health

Organization AFRMAL112 83 Barbie Y amp Timbila R (1964) Notes sur le paludisme en Reacutepublique Islamique de Mauritanie Medicine

Tropicale 24 427-435 84 Khromov A amp Privault R (1965) Programme du pre-eradication du paludisme Rapport trimestriel 4th

trimestre 1965 (Sep-Oct-Nov) WHO Mauritanie World Health Organization Unpublished document WHO Archives Geneva

85 Beltran O (1966) Malaria pre-eradication project Sierra Leone-19 fourth quarterly field report

October - December 1966 Government of Sierra Leone amp World Health Organization

29

86 Guy Y amp Gassabi R (1967) Les perspectives de leacuteradication du paludisme en Algeacuterie Archives de

LInstitut Pastuer DAlgerie 45 72-88 87 Chand D Garzen JB Bahar R Rishikesh N (1964) Malaria Eradication Service Ethiopia 14 (c) Quarterly

Report 1 October to 31 December 1964 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

88 Chand D Garzon JB Bahar R Rishiskesh N (1965) Quarterly report covering period 1 October to 31

December 1964 Project Ethiopia 0014 dated 9th february 1965 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

89 Onori E (1967) Distribution of Plasmodium ovale in the Eastern Western and Northern regions of

Uganda Bulletin of the World Health Organization 37 665-668 90 Wenlock (1978) The incidence of Plasmodium parasites in rural Zambia East African Medical Journal

55 268-276 91 Escudie A amp Hamon J (1961) Paludisme en Afrique Occidentale dexpression Franccedilaise Medicine

Tropicale 21 661-687 92 RBM-MERG - httpwwwrbmwhointmechanismsmerghtml 93 Corsi DJ Neuman M Finlay JE Subramanian SV (2012) Demographic and health surveys a profile

International Journal of Epidemiology 41 1602-1613 94 Measure httpwwwmeasuredhscomData 95 UNICEF httpwwwuniceforgstatisticsindex_24302html 96 Smith DL Guerra CA Snow RW Hay SI (2007b) Standardizing estimates of malaria prevalence

Malaria Journal 6 131 97 Brooker S Kolaczinski JH Gitonga CW Noor AM Snow RW (2009) The use of schools for malaria

surveillance and programme evaluation in Africa Malaria Journal 8 231 98 Stevenson JC Stresman GH Gitonga CW Gillig J Owaga C Marube E Odongo W Okoth A China P

Oriango R Brooker SJ Bousema T Drakeley C Cox J (2013) Reliability of school surveys in estimating geographic variation in malaria transmission in the western Kenyan highlands PLoS One 8 e77641

99 De Zulueta J Kafuko GW Cullen JR (1963) An investigation of the annual cycle of malaria in Masaka

district (Uganda) East African Medical Journal 40 469-488 100 Najera JA Shidrawi GR Gibson FD Stafford JS (1967) A large-scale field trial of Malathion as an

insecticide for antimalarial work in Southern Uganda Bulletin of the World Health Organization 36 913-935

30

101 Storey J (1972) A review of malaria work in Sierra Leone 1900 to 1964 West African Medical Journal 27 57-68

102 Gitonga CW Karanja PN Kihara J Mwjame M Juma E Snow RW Noor AM Brooker S (2010)

Implementing school malaria surveys in Kenya towards a nationwide surveillance system Malaria Journal 9 306

103 Gitonga CW Edwards T Karanja PN Noor AM Snow RW Brooker S (2012) Plasmodium infection

anaemia and mosquito net use among school children across different settings in Kenya Tropical Medicine amp International Health 17 858ndash870

104 Houngbedji CA N Dri PB Huumlrlimann E Yapi RB Silueacute KD Soro G Koudou BG Acka CA Assi S

Vounatsou P N Goran EK Fantodji A Utzinger J Raso G (2015) Disparities of Plasmodium falciparum infection malaria-related morbidity and access to malaria prevention and treatment among school-aged children a national cross-sectional survey in Cote dIvoire Malaria Journal 14 7

105 Ashton R Kefyalew T Tesfaye G Pullan R Yadeta D Reithinger R Kolaczinski J Brooker S (2010)

School-based surveys of malaria in Oromia Regional State Ethiopia towards a map of malaria risk Federal Ministry of Health Ethiopia

106 Takem EN Affara M Amambua-Ngwa A Okebe J Ceesay SJ Jawara M Oriero E Nwakanma D

Pinder M Clifford C Taal M Sowe M Suso P Mendy A Mbaye A Drakeley C DAlessandro U (2013) Detecting foci of malaria transmission with school surveys A pilot study in The Gambia PLoS One 8 e67108

107 Clarke SE Roschnik N Rouhani S Diarra S Bamadio M Sacko M Traore D Ly AB Gaye O Sembene

M Fall FB (2012) Malaria in school children under a new policy of universal coverage of nets Recent data from Mali and Senegal American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 Supplement 5 abstract 1466

108 Kabatereine NB Standley CJ Sousa-Fugueiredo JC Fleming RM Stothard JR Talisuna A Fenwick A

(2011) Integrated prevalence mapping of schistosomiasis soil-transmitted helminthiasis and malaria in lakeside and island communities in Lake Victoria Uganda Parasites amp Vectors 4 232

109 Emerson PM Ngondi J Biru E Graves PM Ejigsemahu Y Gebre T Endeshaw T Genet A Mosher

AW Zerihun M Messele A Richards FO (2008) Integrating an NTD with one of lsquolsquoThe Big Threersquorsquo Combined malaria and trachoma survey in Amhara Region of Ethiopia PLoS Neglected Tropical Diseases 2 e197

110 Noor AM Alegana VA Patil AP Moloney G Borle M Ahmed F Yousef F Amran J Snow RW (2012)

Mapping the receptivity of malaria risk to plan the future of control in Somalia British Medical Journal Open Access 2 e001160

111 Boyd MF (1949) Malariology A comprehensive review of all aspects of this group of diseases from a

global standpoint Volume II WB Saunders Company Philadelphia and London

31

112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

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Suivant une augmentation des enquecirctes communautaires sur la preacutevalence drsquoinfection il y a eu une renaissance dans les enquecirctes drsquoeacutecoliers Cette fourchette dacircge fournit une gamme plus optimale pour les recherches sur la preacutevalence dinfection Lagrave ougrave la freacutequentation scolaire est eacuteleveacutee et ougrave lintensiteacute de transmission est stable cette approche consistant agrave mesurer lexposition communautaire aux parasites est moins coucircteuse et exige moins de main-dœuvre que leacutechantillonnage communautaire [9798] Lutilisation de la preacutevalence de linfection chez les eacutecoliers pour suivre les progregraves et limpact de la lutte contre le paludisme et son eacutelimination nrsquoest pas nouvelle Les enquecirctes scolaires ont eacuteteacute entreprises dans le cadre de la surveillance en Rhodeacutesie du Sud (aujourdhui appeleacute le Zimbabwe) [75] au Bechuanaland (aujourdhui appeleacute la Reacutepublique du Botswana) [80] en Ouganda [99 100] en icircle Maurice [62] et en Sierra Leone [101] Au Kenya les enquecirctes sur le paludisme dans les eacutecoles ont eacuteteacute reacuteguliegraverement effectueacutees dans le cadre de la surveillance paludique par la Division des maladies agrave transmission vectorielle (DMTV) depuis sa creacuteation dans les anneacutees 1940 jusquau deacutebut des anneacutees 1990 anneacutee ougrave ces enquecirctes ont eacuteteacute abandonneacutees en raison du manque de fonds [DMTV donneacutees non publieacutees] Des enquecirctes nationales reacutecentes en milieu scolaire ont eacuteteacute restaureacutees au Kenya [102103] en Cocircte dIvoire [104] en Ethiopie [105] en Gambie [106] au Mali [107] en Tanzanie [F Molteni communication personnelle] au Mozambique et au Malawi [Natalie Roschnik communication personnelle] et en Ouganda [108] Le co-eacutechantillonnage a eacuteteacute proposeacute au cours des enquecirctes sanitaires plus eacutetendues dans les anneacutees 1950 pour la lutte contre les treacuteponegravemes et le paludisme [91] ainsi qursquoau cours des enquecirctes nutritionnelles meneacutees en Zambie [90] Reacutecemment les opportuniteacutes partageacutees dont les enquecirctes sur le paludisme meneacutees dans le cadre dautres enquecirctes sanitaires ont eacuteteacute revues notamment le deacutepistage des maladies tropicales neacutegligeacutees [109] ou des enquecirctes nutritionnelles offrant ainsi des possibiliteacutes drsquointeacutegrer des diagnostics du paludisme En Somalie par exemple nous avons travailleacute avec lUniteacute danalyse de la nutrition et de la seacutecuriteacute alimentaire (FSNAU) de lOrganisation pour lalimentation et lagriculture en Somalie de faccedilon agrave inclure des diagnostics rapide du paludisme au cours du deacutepistage des problegravemes nutritionnels au sein des communauteacutes entre 2007 et 2011 [110] 4 Recueil des donneacutees denquecirctes sur la preacutevalence parasitaire Comme nous lavons indiqueacute plus haut il y a eu deux grandes pousseacutees dinteacuterecirct dans les enquecirctes nationales sur la preacutevalence parasitaire toutes les deux gravitant autour des initiatives mondiales pour controcircler et eacuteliminer le paludisme meneacutees par lOMS Cependant il y a eu de nombreuses enquecirctes de terrain sous-nationales et individuelles sur la preacutevalence de lrsquoinfection paludique agrave travers le continent depuis le deacutebut des anneacutees 1900 Le processus didentification de ces donneacutees denquecirctes fut long et ardu la prise en charge vers 20 ans Cette section deacutecrit le processus lextraction de donneacutees et lexhaustiviteacute de ce processus de recherche de donneacutees

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41 Contexte de strateacutegies de recherche de donneacutees Les principes de base de la recherche dinformation sur la preacutevalence dinfection paludique en Afrique ont eacuteteacute rassembleacutes dans le projet de collaboration appeleacute Cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) [4] Cette collaboration a eacuteteacute eacutetendue en 2005 dans le cadre du Projet Malaria Atlas (MAP) (Atlas du risque de paludisme en Afrique [Guerra et al 2007] Ces deux projets provisoires de recueil de donneacutees mettent en eacutevidence un aspect important de la localisation des informations paludomeacutetriques en Afrique dont la plupart proviennent de sources ineacutedites Cela nrsquoaurait pour autant pas surpris les paludologues qui travaillaient en Afrique il y a plus de cinquante ans Bagster-Wilson deacuteclare dans le traiteacute de Boyd sur le paludisme en 1948 qursquolaquoon peut sefforcer de deacutefinir avec plus de preacutecision la reacutepartition du paludisme dans la mesure ougrave les informations disponibles le permettront une grande partie de savoir local se cache dans les rapports officiels non publieacutes qui ne peuvent ecirctre consulteacutes que par le biais des visites dans les pays concerneacutes raquo [111] Pour identifier les sources dinformations nous avons proceacutedeacute agrave des meacutethodes opportunistes aux approches en cascade et nrsquoavons pas respecteacute les meacutethodes rigoureuses proposeacutees pour les examens systeacutematiques ou des meacuteta-analyses [112] eacutetant donneacute qursquoavoir recours uniquement aux donneacutees examineacutees par des pairs se traduirait par lexclusion de preacutecieuses sources de donneacutees de valeur au niveau des pays Nous avons utiliseacute des contacts personnels fait des reacutefeacuterences occasionnelles aux enquecirctes contenues dans les rapports des ministegraveres de la santeacute effectueacute des recherches darchives et effectueacute des recherches dans des publications traditionnelles eacutevalueacutees par les pairs afin de traquer les sources possibles de donneacutees denquecirctes paludiques agrave travers le continent Dans les sections suivantes nous tenterons darticuler les approches adopteacutees pour repeacuterer des informations 42 Recherches dans les archives historiques Depuis 2005 nous avons entrepris des recherches manuelles dans les archives et les bibliothegraveques des instituts ex-coloniaux de meacutedecine tropicale pour repeacuterer des rapports ineacutedits de paludologues travaillant en Afrique avant que les pays nrsquoaccegravedent agrave lindeacutependance Il srsquoagissait notamment de drsquoarchives de lInstitut de Meacutedecine Tropicale Anvers lrsquoInstitut Pasteur Paris Deacutepartement dHistoire de la Meacutedecine Sapienza - Universitagrave di Roma Rome ArchivioItaliano Di Scienze mediche Coloniali Rome Instituto Higiene Medicina Tropical Lisbonne Wellcome Trust Library Londres The National Archives Kew Royaume-Uni et la London School of Tropical Medicine and Hygiene Londres On notera en particulier les rapports de voyage des consultants et les rapports trimestriels de paludologues travaillant pour le compte de lOrganisation mondiale de la santeacute (OMS) agrave partir des anneacutees 1950 jusquaux anneacutees 1970 Ceux-ci fournissent des reacutecits riches et des donneacutees denquecircte des campagnes de preacute-eacutelimination des rapports deacutetape deacutelimination des critiques et des analyses de situation du paludisme au niveau national Toutes ces donneacutees sont archiveacutees dans les bibliothegraveques de lOMS agrave Genegraveve au Caire et agrave Brazzaville (Figure 4) Nous tenons agrave

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remercier les bibliotheacutecaires de ces archives qui nous ont fourni une aide preacutecieuse dans le repeacuterage des documents non publieacutes dans chacun de ces siegraveges de lOMS Figure 4 Archives de lrsquoOMS agrave Genegraveve (agrave gauche) et agrave Brazzaville (agrave droite) Nous avons eacutegalement visiteacute les archives nationales du Ministegravere de la santeacute situeacutees dans les villes de Nairobi Kisumu Eldoret Mombasa et Meru (au Kenya) Entebbe et Jinja (en Ouganda) Sennar Khartoum et Kassala (au Soudan) Thies (au Seacuteneacutegal) Amani (en Tanzanie) Accra (au Ghana) Tzaneen (en Afrique du Sud) et les archives personnelles de lex-directeur de Tzaneen Malaria Research Centre ndash Centre de recherche sur le paludisme (couvrant lAfrique du Sud la Namibie et le Botswana) Les dossiers et les rapports tenus au National Institute of Medical Research (Institut national de la recherche meacutedicale) agrave Amani (Scheacutema 5) a couvert la peacuteriode ougrave le centre eacutetait le siegravege sous-reacutegional de lrsquoInstitute of Malaria and Vector Borne Diseases (Institut est-africain du paludisme et des maladies agrave transmission vectorielle) (1954-1977) Le siegravege du Projet de leacuteradication du paludisme agrave Jinja en Ouganda abritait tous les dossiers des enquecirctes nationales des meacutenages agrave partir des anneacutees 1960 jusquen 2011 quand ceux-ci ont malheureusement eacuteteacute deacutetruits et nous nrsquoavons eacuteteacute en mesure de trouver que ceux qui avaient eacuteteacute deacutemeacutenageacute agrave Entebbe Des rapports annuels des services meacutedicaux et de lrsquoassainissement datant de 1919 produits par les gouvernements coloniaux de la Gambie du Nigeria du Gold Coast (Ghana) de Sierra Leone de Somalie du Kenya de Tanganyika (Tanzanie) de Zanzibar drsquoOuganda du Congo belge (RDC) du Bechuanaland (Botswana ) du Nyassaland (Malawi) de Rhodeacutesie (Zambie et Zimbabwe) de lrsquoicircle Maurice et du Soudan eacutetaient disponibles en eacutetats variables de conservation dans la bibliothegraveque fondeacutee par le Wellcome Trust en 1963 et fait maintenant partie des laboratoires nationaux de santeacute publique appartenant au ministegravere de la santeacute agrave Nairobi Kenya (Figure 5) Au cours du Projet de cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) des scientifiques reacutegionaux ont visiteacute les archives nationales situeacutees dans les villes de Maputo (Mozambique) Bobo Dioulasso (Burkina Faso) Yaoundeacute (Cameroun) Cotonou (Beacutenin) et Lomeacute (Togo) [MARA ARMA 1998] Ces recherches ont identifieacute plusieurs rapports importants

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renfermant des donneacutees denquecirctes nationales Ils nrsquoont cependant pas pris des exemplaires numeacuteriques de rapports originaux Dans la mesure du possible nous avons tenteacute de localiser ces rapports et drsquoen preacuteparer des exemplaires numeacuteriques Cela na pas toujours eacuteteacute couronneacutee de succegraves et nous avons de ce fait inclus certaines donneacutees des issues de la base de donneacutees MARA ARMA des enquecirctes meneacutees agrave lrsquoeacutepoque preacute-indeacutependance avec des citations respectives notamment celles reacutecupeacutereacutees du Centre Muraz agrave Bobo Dioulasso Des exemplaires numeacuteriques des rapports non-publieacutes issus des archives europeacuteennes et africaines sont mis agrave la disposition des pays dans le cadre du projet INFORM en tant que bibliothegraveques numeacuteriques Scheacutema 5 A gauche Archives du laboratoire national de santeacute publique Nairobi Kenya (Old Wellcome Trust Library) A droite ndash Bibliothegraveque de lrsquoInstitut national de recherche meacutedicale Amani Tanzanie 43 Recherche des donneacutees eacutelectroniques Des bases de donneacutees eacutelectroniques en ligne ont eacuteteacute utiliseacutees comme un moyen didentifier les pairs des donneacutees publieacutees sur la preacutevalence de linfection paludique notamment celles publieacutees depuis les anneacutees 1980 y compris PubMed [113] Google Scholar [114] Armed Forces Pest Management Board (le Conseil dadministration de la lutte antiparasitaire des Forces armeacutees) - Litteacuterature Retrieval System [116] la base de donneacutees de la bibliothegraveque de lrsquoOrganisation mondiale de la santeacute [116] et le service de la bibliothegraveque numeacuterique en ligne de lInstitut de Recherche pour le Deacuteveloppement [117] Nous nrsquoavons pas trouveacute facilement des revues reacutegionales y compris un grand nombre de revues meacutedicales nationales des revues de la santeacute publique et parasitologiques agrave partir des sources ci-dessus Toutefois nous avons trouveacute des titres et des extraits en ligne de lrsquoAfrican Journals Online (AJOL) [118] Dans toutes les recherches de bases de donneacutees numeacuteriques des travaux publieacutes contenant les des mots-cleacutes laquo paludisme raquo et laquonom de paysraquo ont eacuteteacute utiliseacutes Nous avons eacuteviteacute lrsquoemploi des terminologies speacutecialiseacutees issues du systegraveme de meacutetadonneacutees meacutedicales laquoMedical Subject Headings (MeSH)raquo dans les recherches darchives numeacuteriques de faccedilon agrave eacutelargir au maximum

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notre champ de recherche Nous avons effectueacute des recherches de base de donneacutees au moins une fois par an agrave partir de lrsquoanneacutee 2005 Nous avons compleacuteteacute nos recherches par des notifications reacuteguliegraveres hebdomadaires sur le paludisme du service dalerte infos de Malaria World [119] Roll Back Malaria des bulletins dinformations du Programme de santeacute environnementale de lUSAID [120] et Santeacute Tropicale pour les revues nationales et reacutegionales des pays francophones y compris Meacutedecine dAfrique noire [121 ] Les titres et les reacutesumeacutes ont eacuteteacute utiliseacutes pour identifier drsquoeacuteventuelles donneacutees denquecirctes parasitaires transversales dans diverses formes soit en tant qursquoenquecirctes communautaires enquecirctes en milieu scolaire autres meacutethodes de deacutepistage parasitaire ou des essais sur le terrain Nous avons eacutegalement eacutetudieacute des eacutetudes sur la preacutevalence de maladies associeacutees au paludisme lorsque celles-ci sont preacutesenteacutees dans le cadre drsquoenquecirctes sur laneacutemie lrsquoheacutemoglobinopathie la transfusion sanguine ou eacutevaluations de la situation nutritionnelle afin drsquoidentifier les rapports coiumlncidence de la preacutevalence paludique En outre crsquoeacutetait une pratique courante de deacutepister les membres de la communauteacute ou des eacutecoliers au cours des protocoles de sensibiliteacute preacutecoces aux meacutedicaments antipaludeacuteens de sorte agrave enrocircler des personnes infecteacutees aux enquecirctes de suivi post-traitement Souvent des donneacutees issues des sites denquecirctes seacutelectionneacutes permettaient de fournir le nombre de personnes deacutepisteacutees et le nombre de personnes infecteacutees Les enquecirctes aupregraves des populations feacutebriles ou des personnes freacutequentant des cliniques ont eacuteteacute exclues Les publications avec des titres ou des extraits pouvant indiquer la preacutesence des donneacutees parasitaires possibles ont eacuteteacute soit teacuteleacutechargeacutees agrave partir darchives de revues offertes en ligne en libre accegraves ou provenant de HINARI (lInitiative daccegraves aux recherches pour la santeacute) [122] A chaque fois que les publications nrsquoeacutetaient pas disponibles sur HINARI en libre accegraves nous visitions les archives des bibliothegraveques du Royaume-Uni agrave la London School of Hygiene and Tropical Medicine la Liverpool School of Tropical Medicine la bibliothegraveque Bodleian agrave lUniversiteacute dOxford ou la Bibliothegraveque de lInstitut Pasteur Paris pour obtenir en obtenir des exemplaires Nous faisions des demandes de reacutefeacuterences que nous nrsquoarrivions pas agrave trouver suivant ces recherches agrave laide du catalogue mondial des recherches agrave travers les bibliothegraveques dOxford factureacutees agrave la page Toutes les publications agrave partir desquelles des donneacutees ont eacuteteacute extraites ont eacuteteacute contreveacuterifieacutees agrave lrsquoaide des bibliographies provenant dautres sources qursquoon aurait oublieacutees ou qui correspondraient agrave des documents non publieacutes ou laquodocuments parallegravelesraquo qui ne sont geacuteneacuteralement pas controcircleacutes par les eacutediteurs commerciaux Les auteurs des articles eacutevalueacutes par les pairs ont souvent eacuteteacute contacteacutes pour nous renseigner sur des informations compleacutementaires dans leur document et nous indiquer dautres travaux non publieacutes dans leur zone geacuteographique ou de leur institution

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44 Autres sources de donneacutees Les enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages ayant inteacutegreacute la preacutevalence parasitaire sont deacutecrites dans la section 3 Les donneacutees provenant de ces enquecirctes sont soit disponibles en formats teacuteleacutechargeables agrave partir du programme ICF MEASURE ou ont eacuteteacute fournis au projet INFORM par les programmes nationaux de lutte antipaludique dans le cadre daccords de collaboration Pour dautres donneacutees eacuteventuellement ineacutedites et propres aux sites sur la preacutevalence du paludisme nous avons consulteacute des sites Web et contacteacute les organisations non gouvernementales (ONG) travaillant en Afrique pouvant avoir entrepris des eacutevaluations sanitaires comprenant des enquecirctes parasitologiques au sein des communauteacutes aupregraves desquelles elles œuvraient Il srsquoagissait notamment de Meacutedecins sans Frontiegraveres [123] MERLIN [124] le Centre Carter [125] Selon lUniteacute danalyse de la seacutecuriteacute alimentaire et de la nutrition en Somalie (FSNAU) [126] Shape Consulting [127] Save the Children [128] Malaria Consortium [129] et MENTOR [130] Gracircce aux contacts fournis par ces agences nous avons pu trouver des donneacutees provenant de sites drsquoenquecirctes en Guineacutee en Sierra Leone en Cocircte dIvoire en Tanzanie au Libeacuteria en Somalie au Kenya en Ouganda au Nigeria en Ethiopie au Mali et au Soudan du Sud Les extraits des ouvrages publieacutes par Tropical Medicine ainsi que ceux issus des reacuteunions sur le paludisme ont eacuteteacute identifieacutes provenant de sources les plus diverses possibles et produits dans le cadre de confeacuterences et de congregraves nationaux et internationaux Ceux-ci ont eacuteteacute utiliseacutes pour signaler drsquoeacuteventuelles donneacutees solliciteacutees par correspondance des auteurs drsquoextraits Notre preacutesence reacutegionale et les liens que nous entretenons avec la communauteacute de recherche sur le paludisme en Afrique a permis de faire naicirctre une prise de conscience quant agrave lobjectif et agrave lambition de la recherche sur la cartographie du paludisme commenceacute en 1996 sous la collaboration MARA ARMA [35] Nous avons profiteacute de cette connectiviteacute reacutegionale des chercheurs pour contacter directement les collegravegues travaillant sur leacutepideacutemiologie du paludisme de sorte agrave rechercher des donneacutees ventileacutees et speacutecifiques au site souvent ineacutedites La volonteacute de partager des donneacutees non publieacutees sur les enquecirctes parasitaires a eacuteteacute sans preacuteceacutedent Au 1er Juillet 2015 plus de 700 scientifiques et speacutecialistes individuels de la santeacute publique ont fourni des informations ventileacutees sur les donneacutees publieacutees donneacutees non-publieacutees ou ont apporteacute leur concours agrave la localisation des communauteacutes eacutechantillonneacutees agrave travers lAfrique Nous avons tenu agrave les remercier dans lannexe accompagnant le preacutesent rapport ainsi que sur le site Web INFORM [131] Les instituts reacutegionaux menant des recherches sur le paludisme et leurs partenaires de collaboration eacutetaient toujours agrave lavant-garde dans la fourniture de donneacutees non publieacutees Il convient de mentionner particuliegraverement les Medical Research Council Laboratories (Gambie) les partenariats de collaboration entre le Kenyan Medical Research Institute et le Wellcome Trust Universiteacute dOxford US Centers for Disease Control Universiteacute de Nagasaki et Walter Reed (Kenya) le Centre de Recherche et de formation sur le paludisme (Mali) Uganda Malaria Surveillance Project (Ouganda) les partenariats de collaboration tisseacutes entre Ifakara Health Institute et le Swiss Tropical Institute la London School of Hygiene and Tropical Medicine et US

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Centers for Disease Control (Tanzanie) Dar es Salaam Urban Malaria Control Project (Tanzanie) National Medical Research Institute agrave Amani (Tanzanie) Institut Pasteur (Madagascar) lrsquoInstitut de Recherche pour le deacuteveloppement (Seacuteneacutegal) Centre de Rechercheacute en Santeacute de Nouna (Burkina Faso) Institute for Endemic Diseases University of Khartoum (Sudan) Blue Nile Health Project-Giezera State University (Sudan) Centro Investigaco Saude Angola (Angola) Liverpool School of Tropical Medicine Wellcome Trust and College of Medicine Programme collaboratif de lrsquoUniversity of Malawi (Malawi) South African Medical Research Council (Afrique du Sud Mozambique et Swaziland) le programme de collaboration du Swiss Tropical and Public Health Institute et de lInstitut de la santeacute publique (Cocircte dIvoire) le programme de collaboration du US Centers for Disease Control (Togo) partenariats de collaboration du Prince Leopold Institute (Burundi Beacutenin et Rwanda) Malaria Institute agrave Macha (Zambie) Medical Research CentreOuganda Virus Research Institute (Ouganda) lEcole de Santeacute Publique de Kinshasa (RDC) et le Southern African Malaria Consortium (Zimbabwe) 5 Abstraction des donneacutees drsquoenquecircte 51 Exigences minimales en matiegravere de donneacutees De chacun des rapports drsquoenquecircte les champs de donneacutees minimales requises pour chaque enregistrement sont les suivants description de la zone deacutetude (nom divisions administratives et coordonneacutees geacuteographiques cas eacutecheacuteant) dates de deacutebut et de fin de lenquecircte (mois et anneacutee) et renseignements sur de lexamen sanguin (nombre de personnes deacutepisteacutees nombre de personnes constateacutees positives pour infection au Plasmodium par espegravece) meacutethodes utiliseacutees pour deacutetecter linfection (microscopie tests de diagnostic rapide (TDR) reacuteaction en chaicircne par polymeacuterase (PCR) ou combinaisons) et lrsquoacircge le plus bas et la population eacutetudieacutee Pour les donneacutees provenant des essais controcircleacutes et randomiseacutes dintervention les donneacutees nrsquoont eacuteteacute seacutelectionneacutees que lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees de base de preacute-intervention et celles issues des enquecirctes de suivi transversales ulteacuterieures au sein des populations teacutemoins Lorsque des cohortes dindividus ont eacuteteacute interrogeacutees agrave plusieurs reprises dans le temps nous nous sommes efforceacutes dinclure uniquement la premiegravere enquecircte et les enquecirctes ulteacuterieures lorsque celles-ci nrsquoavaient qursquoun eacutecart drsquoau moins cinq mois par rapport agrave la date denquecircte initiale pour eacuteviter toute deacutependance entre les observations baseacutees sur le traitement des personnes infecteacutees preacuteceacutedentes Lorsqursquoil neacutetait pas possible de ventiler les enquecirctes reacutepeacuteteacutees celles-ci eacutetaient deacutefinitivement exclues de lanalyse Plusieurs pays ont maintenu des enquecirctes sanguines de masse apregraves avoir atteint les phases de consolidation de leacutelimination La dureacutee des phases de preacute-eacutelimination drsquoattaque de consolidation et dentretien deacutelimination varie entre les pays [47] Nous avons choisi dexclure les donneacutees eacutechantillonneacutees apregraves les dates ougrave les pays mettant en œuvre des programmes drsquoeacutelimination avaient commenceacute agrave utiliser des taux drsquoincidence deacuteriveacutes des indices parasitaires annuels ou lorsque des enquecirctes sanguines de masse eacutetaient utiliseacutees pour deacutemontrer labsence de transmission en Algeacuterie (1967) en Egypte (1965) en Libye (1967) en icircle Maurice (1957) au Maroc (1969) en Reacuteunion (1953) et en Tunisie (1968)

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Parfois les rapports preacutesentaient le nombre total de personnes examineacutees dans un certain nombre de villages et le pourcentage de personnes controcircleacutees positives par village ici nous avons supposeacute que le deacutenominateur par village eacutetait eacutequivalent au nombre total de personnes examineacutees diviseacute par le nombre total de villages Il eacutetait possible deacutetablir lanneacutee de chaque enquecircte cependant il eacutetait parfois impossible drsquoeacutetablir le mois de lenquecircte agrave partir des rapports denquecirctes Dans ce cas de figure nous avons utiliseacute des descriptions saison laquohumideraquo et saison laquosegravecheraquo premier ou deuxiegraveme trimestre scolaire ou dautres informations pour parvenir agrave une approximation du mois de lenquecircte et avons inclus un rapport sur cette hypothegravese Certains reacutesultats de lenquecircte ont eacuteteacute signaleacutes en tant qursquoagreacutegat dans lespace (par exemple un seul PfPR pour un groupe de villages) ou dans le temps (par exemple un PfPR moyen estimeacute agrave partir de quatre enquecirctes diffeacuterentes meneacutees au fil du temps) Dans de tels cas nous avons soit chercheacute dautres rapports des mecircmes enquecirctes avec une reacutesolution spatiale ou temporelle plus eacuteleveacutee Lagrave ougrave cela na pas eacuteteacute possible et ougrave des groupes de villages deacutepassaient 5 km2 nous avons exclu du dossier de lanalyse (voir ci-dessous) Lorsque des informations suppleacutementaires eacutetaient neacutecessaires pour fournir des donneacutees speacutecifiques par village dans un moment preacutecis nous avons demandeacute aux auteurs de nous fournir tout renseignement ou document manquant 52 Meacutethodes de deacutetection parasitaires Compte tenu de son ubiquiteacute en tant qursquooutil de diagnostic paludique la meacutethode preacutefeacutereacutee de deacutetection parasitaire eacutetait la microscopie Aucune distinction nrsquoeacutetait faite entre la microscopie optique ou par fluorescence La qualiteacute de la veacuterification de lame [132133] les variations de sensibiliteacute speacutecificiteacute entre les tests de diagnostic rapide (TDR) [134] la capaciteacute des eacutequipes de terrain agrave analyser les TDR de maniegravere fiable [135-138] ou des variations obtenues sur la base de la seacutelection des amorces pour les reacuteactions en chaicircne de la polymeacuterase (PCR) [139] influencent toutes les descriptions de la preacutevalence et auront des variances intrinsegraveques entre les enquecirctes incluses dans la base de donneacutees Il a eacuteteacute deacutemontreacute que les TDR donnent des taux de faux positifs plus eacuteleveacutes que la microscopie [134 140 141] cependant ils ont tendance agrave stratifier agrave fois le taux parasitaire le plus bas (lt1) et le plus eacuteleveacute (gt50) avec plus de preacutecision par rapport agrave la microscopie courante [133 141] Une analyse drsquoun grand recueil de donneacutees sur les taux parasitaires des communauteacutes a deacutemontreacute quil y avait une diffeacuterence minime dans les estimations du taux moyen global de preacutevalence de P falciparum dans une analyse des donneacutees correspondantes apparieacutees issues des enquecirctes communautaires ayant utiliseacute la microscopie et les TDR pour les examens parasitaires [46] Neacuteanmoins les diffeacuterences entre les TDR et la microscopie en matiegravere de leur capaciteacute agrave deacutetecter des dinfections mineures lorsquelles sont geacutereacutees dans des conditions normales restent un preacutejugeacute systeacutematique inheacuterent aux donneacutees [141] que nous sommes incapables de controcircler Nous sommes eacutegalement incapables de controcircler la qualiteacute des analyses de donneacutees des enquecirctes en utilisant uniquement la microscopie Le principal problegraveme de la microscopie lorsquelle est utiliseacutee dans le cadre les enquecirctes-eacutechantillons nationales est la qualiteacute de la preacuteparation des lames (coloration et entreposage) et

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ou les garanties de la veacuterification de la qualiteacute (VQ) des analyses des lames Dans ce cas de figure nous avons en consultation avec les responsables des enquecirctes nationales ducirc faire plusieurs jugements de valeur Par exemple pour les enquecirctes nationales aupregraves des meacutenages au Soudan en Somalie au Malawi et en Angola nous avons choisi dinteacutegrer les preacutevalences dinfection obtenues gracircce aux TDR plutocirct les estimations provenant des analyses des lames de microscopie Par contre pour drsquoautres pays tels que le Kenya et lOuganda nous avions des garanties quant agrave la qualiteacute des analyses des preacutelegravevements sanguins pendant enquecirctes sur les indicateurs du paludisme Il ny a pas de regravegles absolues pour ces deacutecisions A chaque fois que des preuves quant agrave la qualiteacute des analyses des lames nous eacutetaient fournies nous avons deacutecideacute drsquoutiliser celles-ci par rapport aux TDR 53 Geacuteocodage des sites drsquoenquecircte Le geacuteocodage de donneacutees la deacutefinition dune longitude et une latitude deacutecimale pour chaque site denquecircte consistait en une tacircche particuliegraverement exigeante En fonction de leur repreacutesentation spatiale les donneacutees eacutetaient classeacutees en tant que villages communauteacutes ou eacutecoles individuelles ou ensemble de communauteacutes dans une zone deacutefinissable correspondant agrave une zone agrave linteacuterieur dun quadrillage de 5 km ou environ 005 degreacutes deacutecimaux au niveau de leacutequateur Dans la mesure du possible nous avons chercheacute agrave conserver des donneacutees ventileacutees au niveau des villages plutocirct que des donneacutees agrave travers une laquogrande eacutetendueraquo Lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees provenant des communauteacutes deacutepassant un quadrillage de 5 km nous avons consideacutereacute ces derniers comme une reacutesolution spatiale trop faible avec une variance importante possible dans le polygone dinformations agrave exclure lors de lutilisation de la modeacutelisation geacuteostatistique avanceacutee En pratique il srsquoagissait ici drsquoun critegravere difficile agrave veacuterifier eacutetant donneacute que la plupart des rapports denquecircte ne fournissaient pas suffisamment de deacutetails sur la superficie de la zone eacutetudieacutee Une utilisation plus reacutecente des systegravemes de positionnement mondial (GPS) lors de travaux denquecircte permet une reacuteagreacutegation des donneacutees denquecircte aupregraves des meacutenages avec une plus grande preacutecision Crsquoest eacutegalement utile dans le maintien du critegravere du quadrillage de 5 km tout en combinant des grappes de petites tailles deacutechantillon dans lespace Lutilisation du GPS pour enregistrer des longitudes et latitudes a contribueacute de maniegravere appreacuteciable agrave des enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages depuis circa 2007 [142] Cependant dans les enquecirctes deacutemographiques et sanitaires aupregraves des meacutenages geacutereacutes par le programme ICF-MEASURE un processus de deacuteplacement de coordonneacutees GPS est effectueacute de telle sorte que pour les clusters urbains un deacuteplacement est introduit agrave une distance allant jusqursquoagrave tous les 2 km qui influe rarement sur la preacutecision globale de modeacutelisation eacutetant donneacute que ce processus se fait dans le cadre est dans les zones urbaines Pour les clusters ruraux on fait un deacuteplacement jusqursquoagrave 5 km avec 1 de clusters ruraux suppleacutementaires deacuteplaceacutes jusquagrave une distance de 10 km Ici nous avons passeacute en revue tous les clusters ruraux agrave lrsquoaide de Google Earth pour examiner la mesure dans laquelle les clusters ruraux pourraient avoir eacuteteacute deacuteplaceacutes vers des zones inhabiteacutees et repositionneacutes dans les zones peupleacutees les plus proches

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Pour positionner chaque site denquecircte lagrave ougrave les coordonneacutees GPS ne sont pas disponibles nous avons utiliseacute une varieacuteteacute de ressources numeacuteriques parmi lesquels les plus utiles eacutetaient Encyclopeacutedie Microsoft Encarta (Microsoft 2004) et Google Earth (Google 2009) Drsquoautres sources drsquoarchives numeacuteriques de noms de lieux couramment utiliseacutes sont entre autres le serveur de noms de lieux de la National Geospatial-Intelligence Agency GEOnet Eacutetats-Unis [143] Falling Rain Genomicsrsquo Global Gazetteer [144] Alexandria Digital Library de lUniversiteacute de Californie Eacutetats-Unis [145] African Data Sampler [146] MapCarta [147] Maplandia [148] Global geodatabase-cities [149] Open Street Map [150] VMAP0 [151] et IslamicFinder [152] A travers lAfrique il existe un certain nombre de reacutepertoire toponymique numeacuteriques nationaux pour les lieux habiteacutes les eacutetablissements sanitaires ou les eacutecoles Ce type de reacutepertoires accroicirct en nombre en preacutecision et en couverture Nous les avons obtenus sur demande aupregraves des bureaux nationaux de recensement des ministegraveres de leacuteducation et de la santeacute et des ONG partenaires Cela srsquoest aveacutereacute un outil preacutecieux dans la localisation des communauteacutes au Burkina Faso au Kenya en Gambie au Mozambique agrave Madagascar en Somalie au Malawi en Mauritanie au Ghana au Niger en Namibie au Seacuteneacutegal en Somalie en Afrique du Sud en Tanzanie en Ouganda en Zambie et agrave Zanzibar Bien que nous tentons drsquoutiliser des nomenclatures types et des strateacutegies uniques de nommage dans les reacutepertoires toponymiques numeacuteriques [153] il est difficile drsquoatteindre cela au niveau national ougrave les orthographes changement en fonction des auteurs au fil du temps et ougrave les mecircmes noms de lieux sont reacutepliqueacutees agrave travers un pays En tant que tel lors de lextraction de donneacutees chaque point de donneacutees a eacuteteacute enregistreacute avec autant drsquoinformations geacuteographiques que possible issues de la source Crsquoest bien ces informations qui ont eacuteteacute utiliseacutees au cours du geacuteo-positionnement par exemple pour veacuterifier que le geacuteocodage permettait de cadrer les sites denquecirctes dans les uniteacutes administratives deacutecrites dans le rapport ou qursquoil correspondait agrave dautres deacutetails dans le rapport sur la distance vis-agrave-vis des riviegraveres ou les villes lorsque cela eacutetait afficheacutees sur Google Earth Bien quen theacuteorie les coordonneacutees GPS doivent repreacutesenter une localisation spatiale sans ambiguiumlteacute il fallait une veacuterification rigoureuse pour veiller agrave ce que les sites denquecirctes correspondent aux coordonneacutees GPS Comme drsquohabitude nous avons donc reveacuterifieacute toutes les donneacutees GPS de toutes les sources en utilisant les noms de lieux et ou Google Earth pour assurer que les coordonneacutees se situaient dans les communauteacutes Toutes les coordonneacutees ont eacuteteacute soumises agrave un controcircle final agrave laide de la base de donneacutees spatiale des frontiegraveres administratives de second niveau deacuteveloppeacutees et reacuteviseacutee en 2008 par lOrganisation pour lalimentation et lagriculture (FAO) des Nations Unies [154] Loutil de seacutelection spatiale ArcGIS 101 (ESRI USA) a eacuteteacute utiliseacute pour veacuterifier que les points du long du littoral eacutetaient situeacutes sur des terrains tels que deacutefinis par GAUL 2008 La base de donneacutees de Global Lakes and Wetlands (GLWD) deacuteveloppeacutee par le Fonds mondial pour la nature [155] a eacuteteacute utiliseacute pour srsquoassurer que les points inteacuterieurs eacutetaient positionneacutes sur la terre ferme et non pas sur des plans deau Nous cherchions par-lagrave agrave identifier les coordonneacutees qui se trouvaient leacutegegraverement au large des cocirctes sur les affluents ou dans les uniteacutes administratives incorrectes chaque anomalie a eacuteteacute reveacuterifieacutee et repositionneacutee agrave laide de petits changements et avec Google Earth

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54 Deacutefinition des frontiegraveres nationales A la fin de la Seconde Guerre mondiale en 1945 presque tous les pays en Afrique eacutetaient soumis agrave la domination ou agrave lrsquoadministration coloniale Chaque pays sur le continent africain est aujourdhui indeacutependant mecircme si quelques icircles restent sous administration europeacuteenne (la Reacuteunion et Mayotte) Il existe actuellement 55 Etats indeacutependants dont 53 sont membres de lUnion africaine Tout au long de ce rapport nous utilisons les noms et les frontiegraveres des Eacutetats-nations en Afrique et les frontiegraveres actuelles plutocirct que la nomenclature preacute-indeacutependance Tout au long de ce rapport nous avons utiliseacute lrsquooutil numeacuterique de traitement de frontiegraveres parraineacute par lrsquoONU [156] En tant que tel nous traitons le Soudan du Sud en tant qursquoentiteacute diffeacuterente de la Reacutepublique du Soudan et lEacuterythreacutee diffeacuterente de lEthiopie Il y a beaucoup de zones litigieuses en Afrique revendiqueacutees par diffeacuterents pays voisins et qui restent en suspens [157] Pour les besoins de notre travail nous avons traiteacute le Triangle drsquoIlemi en tant que partie inteacutegrante de la reacutegion de Turkana du Kenya Nous avons consideacutereacute Walvis Bay en Namibie comme faisant toujours partie de la Namibie en deacutepit du fait que ce territoire fait partie de lrsquoAfrique du Sud depuis de nombreuses anneacutees suivant lindeacutependance de la Namibie en 1990 Deux petits territoires au sein du Royaume du Maroc continuent decirctre occupeacutes par lEspagne dans le Nord-Ouest (Ceuta) et dans le Nord-Est (Melilla) sur le littoral meacutediterraneacuteen Cependant nous avons consideacutereacutes ces territoires comme faisant partie du Royaume du Maroc se rapprochant de son eacutetendue ottomane avant 1912 Nous traitons la peacuteninsule du Sinaiuml en tant que partie permanente de la Reacutepublique arabe dEgypte Sans faire de jugements politiques nous avons consideacutereacute la reacutegion drsquoAbeyi comme faisant partie inteacutegrante de la Reacutepublique du Soudan cependant dans la cartographie des produits nationaux les deux pays prennent en compte cette reacutegion Nous avons traiteacute le Triangle Halaib sur la frontiegravere soudano-eacutegyptienne comme faisant partie du Soudan bien que depuis 2010 lrsquoEacutegypte controcircle cette zone en tant que partie inteacutegrante de son Etat de la Mer Rouge La reacutegion de Bakassi territoire frontalier contesteacute sur la cocircte atlantique entre le Nigeria et le Cameroun a eacuteteacute traiteacute comme faisant partie du Nigeria en deacutepit de la mise en œuvre finale des accords qui ont accordeacute cette reacutegion agrave ladministration camerounaise en 2014 Les groupes insulaires de Bioko Annobin et Zanzibar sont traiteacutees seacutepareacutement de la partie continentale de Guineacutee eacutequatoriale et de Tanzanie respectivement Ces groupes insulaires ont toujours eu diffeacuterents plans de lutte antipaludique et des ambitions drsquoeacutelimination diffeacuterentes de ceux de leurs homologues du continent 55 Normalisation selon lacircge Lorsque lacircge nrsquoeacutetait pas preacuteciseacute dans le rapport de chaque enquecircte mais que le rapport preacutecisait que lrsquoensemble du village ou drsquoenfants de leacutecole primaire eacutetaient examineacutes nous avons supposeacute que les tranches dacircge agrave 0-99 ans ou 5-14 ans respectivement Il y avait une grande diversiteacute dans les tranches dacircge des populations eacutechantillonneacutees entre les eacutetudes Pour faire des comparaisons significatives dans le temps et lespace une seule tranche dacircge normaliseacute est neacutecessaire Il est possible drsquoeffectuer des ajustements dun acircge normaliseacute pour le Plasmodium falciparum gracircce agrave lobservation et agrave la theacuteorie des maladies infectieuses lagrave ougrave limmuniteacute est acquise apregraves une exposition reacutepeacuteteacutee de la naissance Nous avons adapteacute des modegraveles de

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conversion catalytique de Muench (dabord utiliseacute dans le paludisme par Pull amp Grab dans les anneacutees 1970 [158]) en eacutequations statiques en R-script qui utilise les gammes infeacuterieure et supeacuterieure deacutechantillon et la preacutevalence globale pour se transformer en une estimation preacutevues chez les enfants acircgeacutes de 2-10 ans PfPR2-10 [96] 56 Limitations dues agrave la taille de leacutechantillon La taille de leacutechantillon est inversement proportionnelle agrave la preacutevalence ougrave agrave faible taille des eacutechantillons les biais dans les estimations de la preacutevalence sont introduits en fonction de la preacutevalence reacuteelle de la population se traduisant deacutecarts-types relativement eacuteleveacutes [159] Il existe un seuil critique entre 10 et 20 individus eacutechantillonneacutes en dessous duquel les eacutecarts-types augmentent de faccedilon exponentielle dans la plupart des enquecirctes sur les infections parasitaires et la courbe commence agrave aplatir agrave partir drsquoune taille denviron 50 eacutechantillons et atteint une asymptote agrave environ 100 [160] La taille des eacutechantillons denquecircte individuels est eacutegalement importante dans le calcul des correacutelations avec les variables dendeacutemiciteacute pour veacuterifier les associations plausibles entre par exemple des preacutecipitations et la preacutevalence Au cours de seacutelection des co-variables de petits eacutechantillons impreacutecis peuvent conduire agrave loverfitting Nous avons chercheacute agrave combiner les communauteacutes agrave proximiteacute ougrave tout village comptait moins de 10 personnes eacutechantillonneacutees et ougrave les communauteacutes se situaient agrave moins de 5 km lrsquoun de lautre eacutechantillonneacutes exactement au mecircme moment par les mecircmes enquecircteurs 6 Partage et accegraves aux donneacutees Les donneacutees recueillies pour cette eacutetude font partie dune initiative plus large visant agrave aider les gouvernements nationaux en mettant agrave leur disposition des plateformes de donneacutees probantes pour les aider agrave concevoir des projets de lutte antipaludique gracircce au concours du projet INFORM [131161] soutenu par le Deacutepartement pour le deacuteveloppement international Royaume-Uni et le Wellcome Trust Les donneacutees geacuteocodeacutees sur la preacutevalence parasitaire issues des donneacutees archiveacutees publieacutees et ineacutedites donneacutees et rassembleacutees en bases de donneacutees soigneusement conserveacutees doivent ecirctre prise en charge et geacutereacutees par les services de lutte contre le paludisme au sein des ministegraveres nationaux de la santeacute Les donneacutees provenant des recherches nationales et des enquecirctes meneacutees par les ministegraveres de la santeacute sont la proprieacuteteacute des gouvernements nationaux Le plus souvent la plupart des ministegraveres de la santeacute nont pas accegraves agrave la gamme complegravete des donneacutees sur le paludisme pourtant potentiellement disponibles dans leur propre pays Le but est donc de se servir du projet INFORM pour bacirctir une appropriation des donneacutees nationales sur le paludisme et mettre toutes les donneacutees recueillies agrave la disposition des ministegraveres de la santeacute agrave travers lAfrique et aux conseillers techniques reacutegionaux de lOrganisation mondiale de la santeacute A ce titre ces gouvernements nationaux deviendront les gardiens de leurs propres donneacutees nationales et pleinement responsables de leur distribution aux scientifiques nationaux reacutegionaux et internationaux ainsi qursquoaux partenaires de controcircle

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7 Reacutefeacuterences 1 Snow RW (2014) Sixty years trying to define the malaria burden in Africa have we made any progress

BMC Medicine 12 227 2 Noor AM Kinyoki DK Mundia CW Kabaria CW Wambua JM Alegana VA Fall IS Snow RW (2014) The

changing risk of Plasmodium falciparum malaria infection in Africa 2000ndash10 a spatial and temporal analysis of transmission intensity Lancet 383 1739-1747

3 Snow RW Marsh K le Sueur D (1996) The need for maps of transmission intensity to guide malaria

control in Africa Parasitology Today 12 455ndash457 4 MARAARMA (1998) Towards an atlas of malaria risk in Africa First technical report of the

MARAARMA collaboration Durban South Africa httpsidl-bncidrccadspacebitstream10625316441114833pdf

5 Le Sueur D Binka F Lengeler C de Savigny D Teuscher T Toure Y Snow RW (1997) An atlas of malaria in

Africa Africa Health 19 23-24 6 Trape JF amp Rogier C (1996) Combating Malaria morbidity and mortality by reducing transmission

Parasitology Today 12 236-240 7 Snow RW Omumbo JA Lowe B Molyneux SM Obiero JO Palmer A Weber MW Pinder M Nahlen B

Obonyo C Newbold C Gupta S Marsh K (1997) Relation between severe malaria morbidity in children and level of Plasmodium falciparum transmission in Africa Lancet 349 1650-1654

8 Ghani AC Sutherland CJ Riley EM Drakeley CJ Griffin JT Gosling RD Filipe JAN (2009) Loss of

population levels of immunity to malaria as a result of exposure reducing interventions consequences for interpretation of disease trends PLoS One 4 e4383

9 Okiro EA Al-Taiar A Reyburn H Idro R Berkley J Nokes DJ Snow RW (2009) Age patterns of severe

paediatric malaria and their relationship to Plasmodium falciparum transmission intensity Malaria Journal 8 4

10 Carneiro I Roca-Feltrer A Griffin JT Smith L Tanner M Armstrong Schellenberg J Greenwood BM

Schellenberg D (2010) Age-patterns of malaria vary with severity transmission intensity and seasonality in sub-Saharan Africa A systematic review and pooled analysis PLoS One 5 e8988

11 Griffin JT Hollingsworth TD Reyburn H Drakeley CJ Riley EM Ghani AC (2014) Gradual acquisition of

immunity to severe malaria with increasing exposure Proceedings of the Royal Society B 282 20142657

12 Snow RW (2015) Global malaria eradication and the importance of Plasmodium falciparum

epidemiology in Africa BMC Medicine 13 23

24

13 Smith T Maire N Ross A Penny M Chitnis N Schapira A Studer A Genton B Lengeler C Tediosi F de Savigny D Tanner M (2008) Towards a comprehensive simulation model of malaria epidemiology and control Parasitology 135 1507ndash1516

14 Smith DL Noor AM Hay SI Snow RW (2009) Predicting changing malaria risk after expanded

insecticide treated net coverage in Africa Trends in Parasitology 25 511ndash516 15 Griffin JT Hollingsworth D Okell LC Churcher TS White M Hinsley W Bousema T Drakeley CJ

Ferguson NM Basanez MG Ghani AC (2010) Reducing Plasmodium falciparum malaria transmission in Africa a model based evaluation of intervention strategies PLoS Medicine 7 e1000324

16 Chitnis N Schapira A Smith T Steketee R (2010) Comparing the effectiveness of malaria vector-

control interventions through a mathematical model American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 83 230ndash240

17 World Health Organization (2014) From malaria control to malaria elimination a manual for

Elimination Scenario Planning Global Malaria Programme World Health Organization Geneva April 2014

18 Gerardin J Eckhoff P Wenger EA (2015) Mass campaigns with antimalarial drugs a modelling

comparison of artemether-lumefantrine and DHA-piperaquine with and without primaquine as tools for malaria control and elimination BMC Infectious Diseases 15 144

19 Okell LC Drakeley CJ Bousema T Whitty CJM Ghani AC (2008) Modelling the impact of artemisinin

combination therapy and long-acting treatments on malaria transmission intensity PLoS Medicine 5 e226

20 Guyatt HL amp Snow RW (2001) Malaria in pregnancy as an indirect cause of infant mortality in sub-Saharan

Africa Transactions of Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 95 569-576 21 Desai M ter Kuile FO Nosten F McGready R Asamoa K Brabin B Newman R (2007) Epidemiology

and burden of malaria in pregnancy Lancet Infectious Diseases 7 93ndash104 22 van Eijk A Hill J Alegana VA Kirui V Gething PW ter Kuile F Snow RW (2011) Coverage of malaria

protection in pregnant women in sub-Saharan Africa a synthesis and analysis of national survey data Lancet Infectious Diseases 11 190-207

23 MPAC (2012) wwwwhointmalariampacsep2012mpac_mip_erg_sep2012pdf 24 MPAC (2013) wwwwhointmalariampacmpac_sep13_erg_ipt_malaria_pregnancy_reportpdf 25 Meremikwu MM Donegan S Sinclair D Esu E Oringanje C (2012) Intermittent preventive

treatment for malaria in children living in areas with seasonal transmission Cochrane Database Systematic Reviews 2 CD003756

26 Cairns M Roca-Feltrer A Garske T Wilson AL Diallo D Milligan PJ Ghani AC Greenwood BM (2012)

Estimating the potential public health impact of seasonal malaria chemoprevention in African children Nature Communications 3 881

25

27 Noor AM Kibuchi E Mitto B Coulibaly D Doumbo OK Snow RW (2015) A spatial decision support

framework for sub-national targeting of seasonal malaria chemoprevention in the Sahel Under review

28 Smith DL McKenzie FE Snow RW Hay SI (2007a) Revisiting the basic reproductive number for

malaria and its implications for malaria control PLoS Biology 5 e42 29 Hay SI Smith DL Snow RW (2008) Measuring malaria endemicity from intense to interrupted

transmission Lancet Infectious Diseases 8 369-378 30 Moonen B Cohen JM Snow RW Slutsker L Drakeley C Smith DL Abeyasinghe R Rodriguez Loacutepez

MH Maharaj R Tanner M Targett G (2010) Operational strategies to achieve and maintain malaria elimination Lancet 376 1592-1603

31 World Health Organization (2012a) Disease surveillance for malaria control Operational manual

WHO Geneva 32 World Health Organization (2012b) Disease surveillance for malaria elimination Operational manual

WHO Geneva 33 Cohen JM Moonen B Snow RW Smith DL (2010) How absolute is zero An evaluation of historical

and current definitions of malaria elimination Malaria Journal 9 213 34 Molineaux L Muir DA Spencer HC Wernsdorfer WH (1988) The epidemiology of malaria and its

measurement Malaria Principles and Practice of Malariology W Wernsdorfer and I McGregor London Churchill Livingstone 2 999-1089

35 Tusting LS Bousema T Smith DL Drakeley C (2014) Measuring changes in Plasmodium falciparum

transmission precision accuracy and costs of metrics Advances in Parasitology 84 151-208 36 Metselaar D amp van Thiel PH (1959) Classification of malaria Tropical Geographic Medicine 11 157ndash

161 37 Macdonald G amp Goumleckel GW (1964) The malaria parasite rate and interruption of transmission

Bulletin of World Health Organization 31 365ndash377 38 Lysenko AJ amp Semashko IN (1968) Geography of malaria A medico-geographic profile of an ancient

disease In Lebedew AW ed Itogi Nauki Medicinskaja Geografija Moscow USSR Academy of Sciences pp 25ndash146

39 Macdonald G (1957) The epidemiology and control of malaria Oxford University Press 40 Pampana E (1969) A textbook on malaria eradication Oxford Oxford University Press 41 Pull JH (1972) Malaria surveillance methods their uses and limitations American Journal of Tropical

Medicine amp Hygiene 21 651-657

26

42 World Health Organization (1950) Report on the malaria conference in equatorial Africa Held under the joint auspices of the World Health Organization and of the commission for technical co-operation in Africa south of the Sahara Kampala Uganda 27 Novemberndash9 December 1950

43 Yekutiel P (1960) Problems of epidemiology in malaria eradication Bulletin of the World Health

Organization 22 669-683 44 Macdonald G (1952) The analysis of equilibrium in malaria Tropical Diseases Bulletin 49 813-1129 45 Hay SI Guerra CA Gething PW Patil AP Tatem AJ Noor AM Kabaria CW Manh BH Elyazar IRF

Brooker S Smith DL Moyeed RA Snow RW (2009) A world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2007 PLoS Medicine 6 e1000048

46 Gething PW Patil AP Smith DL Guerra CA Elyazar IRF Johnston GL Tatem AJ Hay SI (2011) A new

world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2010 Malaria Journal 10 378 47 Snow RW Amratia P Kabaria CW Noor AM Marsh K (2012) The changing limits and incidence of

malaria in Africa 1939-2009 Advances in Parasitology 78 169-262 48 Black RH (1968) Manual of epidemiology and epidemiological services in malaria programmes World

Health Organization Geneva 49 Ray AP amp Beljaev AE (1984) Epidemiological surveillance a tool for assessment of malaria and its

control Journal of Communicable Disease 16 197ndash207 50 Omumbo JA Noor AM Fall IS Snow RW (2013) How well are malaria maps used to design and

finance malaria control in Africa PLoS One 8 e53198 51 Alegana VA Atkinson PM Wright JA Kamwi R Kakokele S Snow RW Noor AM (2013) Estimation of

malaria incidence in northern Namibia in 2009 using Bayesian Conditional-Autoregressive Spatial-Temporal Models Spatial amp Spatial Temporal Epidemiology 7 25-36

52 Bennett A Yukich J Miller JM Vounatsou P Hamainza B Ingwe MI Moonga HB Kamuliwo M Keating

J Smith TA Steketee RW Eisele TP (2014) A methodological framework for the improved use of routine health system data to evaluate national malaria control programs evidence from Zambia Population amp Health Metrics 12 30

53 Moonasar D Morris N Kleinschmidt I Maharaj R Raman J Mayet NT Benson FG Durrheim DN

Blumberg L (2013) What will move malaria control to elimination in South Africa South African Medical Journal 103 (10 Suppl 2) 801-806

54 Cohen JM Dlamini S Novotny JM Kandula D Kunene S Tatem AJ (2013) Rapid case-based mapping

of seasonal malaria transmission risk for strategic elimination planning in Swaziland Malaria Journal 12 61

55 Zanzibar Malaria Control Programme (2011) Zanzibar Malaria Performance Review September 2011

ZMCP Ministry of Health Revolutionary Government of Zanzibar

27

56 Ministry of Health [Cape Verde] World Health Organization and the University of California San Francisco (2012) Eliminating malaria Moving towards sustainable elimination in Cape Verde Geneva The World Health Organization httpappswhointirisbitstream106657584919789241504386_engpdfua=1

57 Littrell M Sow GD Ngom A Ba M Mboup BM Dieye Y Mutombo B Earle D Steketee RW (2013)

Case investigation and reactive case detection for malaria elimination in northern Senegal Malaria Journal 12 331

58 Thiroux D A amp DAnfreville D L (1908) Le paludisme au Seacuteneacutegal pendant les anneacutees 1905-1906

Gouvernement General de lAfrique Occidentale Francaise Laboratorie de bacteriologie de Saint-Louis Published Libraire JB Bailliere et Fils Paris 1908

59 Government General de LAlgeacuterie (1908) Campagne Antipaludique de 1908 unpublished document

available in Wellcome Library Euston Road London UK FX134AA9 60 Government of Gold Coast (1914) Medical amp Sanitary Report for the year 1913 Waterlow amp Sons

London 61 Mansfield-Aders W (1927) Notes on malaria and filariasis in the Zanzibar Protectorate Transactions

of the Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 30 207-214 62 Colony of Mauritius (1923-1925) Annual Reports on the Medical and Health Department 63 Swaroop S Gilroy AB Uemura K (1966) Statistical methods in malaria eradication Monograph Series

of World Health Organization 51 164 64 Barber MA amp Rice JB (1937) A survey of malaria in Egypt American Journal of Tropical Medicine amp

Hygiene 17 413-436 65 De Meira MT Simotildees TS Pinto Nogueira JF (1948) Observaccedilotildees sobre sezonismo nas ilhas do Sal Boa

Vista e S Nicolau (Cabo Verde) Anais do Instituto de Medicina Tropical 3 213-237 66 Young MD amp Johnson TH (1949) A malaria survey of Liberia Journal of National Malaria Society 8

247-266 67 De Meillon B (1951) Malaria survey of South-West Africa Bulletin of the World Health Organization

4 333ndash417 68 Houel G amp Donadille F (1953) Vingt ans de lutte antipaludique au Maroc Bulletin de lrsquoInstitut

drsquoHygiene du Maroc 13 3-51 69 Soeiro A (1952) O sezonismo em Moccedilambique contribuiccedilatildeo para o estudo epidemioloacutegico Anais do

Instituto de Medicina Tropical 9 343-389 70 Soeiro A (1959) Relactoacuterio da actividade do Instituto de Investigaccedilatildeo Meacutedica de Moccedilambique em

1958 e plano de trabalhos para o ano de 1960 Anais Intstituto de Higiene e Medicina Tropical 16 573-611

28

71 Bernard PM (1954) Trois ans de lutte antipaludique agrave Madagascar Bulletin de Madagascar

Publication Mensuelle du Service General Drsquoinformation du Haut-Commissariat no 96 72 Cambournac FJC Gandara AF Pena AJ Teixeira EWLG (1955) Subsidios para o inquerito malariologico

em Angola Anais do Instituto de Medicina Tropical 12 121-153 73 Anon (1954) Campagne antipaludique au Dahomey Map found in Benin box in WHO Archives

Geneva August 2012 74 Languillon J (1957) Carte eacutepideacutemiologique du paludisme au Cameroun Bulletin de la Socieacuteteacute de

Pathologie Exotique 50 585 - 600 75 Alves W (1958) Malaria parasite rates in Southern Rhodesia May-September 1956 Bulletin of the

World Health Organization 19 69-74 76 Lariviere M Hocquet P Abonnenc E (1961) Reacutesultats drsquoune enquecircte palustre dans la reacutepublique du

Seacuteneacutegal Indices plasmodiques chez les enfants en milieu rural Bulletin de la Socieacuteteacute Meacutedicale drsquoAfrique Noire de Langue Franccedilaise 6 386-403

77 Wernsdorfer G amp Wernsdorfer W (1967) Malaria in the middle Nile basin and its bordering regions Z

Tropenmed Parasitol 18 17-44 78 Rishikesh N amp Fahmy Y (1961) Quarterly report April-June 1961 Republic of Somalia pre-eradication

survey World Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 79 Rishikesh N Payne D Fahmy Y (1961) Quarterly report for the period January-March 1961 World

Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 80 Bechuanaland Protectorate (1958-1963) Annual Medical and Sanitary Reports for the Protectorate for

the years 1958-1963 Government Printers Gaborone 81 Craig MH Sharp BL Mabaso MLH Kleinschmidt I (2007) Developing a spatial-statistical model and

map of historical malaria prevalence in Botswana using a staged variable selection procedure International Journal of Health Geographics 6 44

82 Cano VI (1971) Deacuteveloppement des services de santeacute de base (Paludisme) World Health

Organization AFRMAL112 83 Barbie Y amp Timbila R (1964) Notes sur le paludisme en Reacutepublique Islamique de Mauritanie Medicine

Tropicale 24 427-435 84 Khromov A amp Privault R (1965) Programme du pre-eradication du paludisme Rapport trimestriel 4th

trimestre 1965 (Sep-Oct-Nov) WHO Mauritanie World Health Organization Unpublished document WHO Archives Geneva

85 Beltran O (1966) Malaria pre-eradication project Sierra Leone-19 fourth quarterly field report

October - December 1966 Government of Sierra Leone amp World Health Organization

29

86 Guy Y amp Gassabi R (1967) Les perspectives de leacuteradication du paludisme en Algeacuterie Archives de

LInstitut Pastuer DAlgerie 45 72-88 87 Chand D Garzen JB Bahar R Rishikesh N (1964) Malaria Eradication Service Ethiopia 14 (c) Quarterly

Report 1 October to 31 December 1964 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

88 Chand D Garzon JB Bahar R Rishiskesh N (1965) Quarterly report covering period 1 October to 31

December 1964 Project Ethiopia 0014 dated 9th february 1965 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

89 Onori E (1967) Distribution of Plasmodium ovale in the Eastern Western and Northern regions of

Uganda Bulletin of the World Health Organization 37 665-668 90 Wenlock (1978) The incidence of Plasmodium parasites in rural Zambia East African Medical Journal

55 268-276 91 Escudie A amp Hamon J (1961) Paludisme en Afrique Occidentale dexpression Franccedilaise Medicine

Tropicale 21 661-687 92 RBM-MERG - httpwwwrbmwhointmechanismsmerghtml 93 Corsi DJ Neuman M Finlay JE Subramanian SV (2012) Demographic and health surveys a profile

International Journal of Epidemiology 41 1602-1613 94 Measure httpwwwmeasuredhscomData 95 UNICEF httpwwwuniceforgstatisticsindex_24302html 96 Smith DL Guerra CA Snow RW Hay SI (2007b) Standardizing estimates of malaria prevalence

Malaria Journal 6 131 97 Brooker S Kolaczinski JH Gitonga CW Noor AM Snow RW (2009) The use of schools for malaria

surveillance and programme evaluation in Africa Malaria Journal 8 231 98 Stevenson JC Stresman GH Gitonga CW Gillig J Owaga C Marube E Odongo W Okoth A China P

Oriango R Brooker SJ Bousema T Drakeley C Cox J (2013) Reliability of school surveys in estimating geographic variation in malaria transmission in the western Kenyan highlands PLoS One 8 e77641

99 De Zulueta J Kafuko GW Cullen JR (1963) An investigation of the annual cycle of malaria in Masaka

district (Uganda) East African Medical Journal 40 469-488 100 Najera JA Shidrawi GR Gibson FD Stafford JS (1967) A large-scale field trial of Malathion as an

insecticide for antimalarial work in Southern Uganda Bulletin of the World Health Organization 36 913-935

30

101 Storey J (1972) A review of malaria work in Sierra Leone 1900 to 1964 West African Medical Journal 27 57-68

102 Gitonga CW Karanja PN Kihara J Mwjame M Juma E Snow RW Noor AM Brooker S (2010)

Implementing school malaria surveys in Kenya towards a nationwide surveillance system Malaria Journal 9 306

103 Gitonga CW Edwards T Karanja PN Noor AM Snow RW Brooker S (2012) Plasmodium infection

anaemia and mosquito net use among school children across different settings in Kenya Tropical Medicine amp International Health 17 858ndash870

104 Houngbedji CA N Dri PB Huumlrlimann E Yapi RB Silueacute KD Soro G Koudou BG Acka CA Assi S

Vounatsou P N Goran EK Fantodji A Utzinger J Raso G (2015) Disparities of Plasmodium falciparum infection malaria-related morbidity and access to malaria prevention and treatment among school-aged children a national cross-sectional survey in Cote dIvoire Malaria Journal 14 7

105 Ashton R Kefyalew T Tesfaye G Pullan R Yadeta D Reithinger R Kolaczinski J Brooker S (2010)

School-based surveys of malaria in Oromia Regional State Ethiopia towards a map of malaria risk Federal Ministry of Health Ethiopia

106 Takem EN Affara M Amambua-Ngwa A Okebe J Ceesay SJ Jawara M Oriero E Nwakanma D

Pinder M Clifford C Taal M Sowe M Suso P Mendy A Mbaye A Drakeley C DAlessandro U (2013) Detecting foci of malaria transmission with school surveys A pilot study in The Gambia PLoS One 8 e67108

107 Clarke SE Roschnik N Rouhani S Diarra S Bamadio M Sacko M Traore D Ly AB Gaye O Sembene

M Fall FB (2012) Malaria in school children under a new policy of universal coverage of nets Recent data from Mali and Senegal American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 Supplement 5 abstract 1466

108 Kabatereine NB Standley CJ Sousa-Fugueiredo JC Fleming RM Stothard JR Talisuna A Fenwick A

(2011) Integrated prevalence mapping of schistosomiasis soil-transmitted helminthiasis and malaria in lakeside and island communities in Lake Victoria Uganda Parasites amp Vectors 4 232

109 Emerson PM Ngondi J Biru E Graves PM Ejigsemahu Y Gebre T Endeshaw T Genet A Mosher

AW Zerihun M Messele A Richards FO (2008) Integrating an NTD with one of lsquolsquoThe Big Threersquorsquo Combined malaria and trachoma survey in Amhara Region of Ethiopia PLoS Neglected Tropical Diseases 2 e197

110 Noor AM Alegana VA Patil AP Moloney G Borle M Ahmed F Yousef F Amran J Snow RW (2012)

Mapping the receptivity of malaria risk to plan the future of control in Somalia British Medical Journal Open Access 2 e001160

111 Boyd MF (1949) Malariology A comprehensive review of all aspects of this group of diseases from a

global standpoint Volume II WB Saunders Company Philadelphia and London

31

112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

12

41 Contexte de strateacutegies de recherche de donneacutees Les principes de base de la recherche dinformation sur la preacutevalence dinfection paludique en Afrique ont eacuteteacute rassembleacutes dans le projet de collaboration appeleacute Cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) [4] Cette collaboration a eacuteteacute eacutetendue en 2005 dans le cadre du Projet Malaria Atlas (MAP) (Atlas du risque de paludisme en Afrique [Guerra et al 2007] Ces deux projets provisoires de recueil de donneacutees mettent en eacutevidence un aspect important de la localisation des informations paludomeacutetriques en Afrique dont la plupart proviennent de sources ineacutedites Cela nrsquoaurait pour autant pas surpris les paludologues qui travaillaient en Afrique il y a plus de cinquante ans Bagster-Wilson deacuteclare dans le traiteacute de Boyd sur le paludisme en 1948 qursquolaquoon peut sefforcer de deacutefinir avec plus de preacutecision la reacutepartition du paludisme dans la mesure ougrave les informations disponibles le permettront une grande partie de savoir local se cache dans les rapports officiels non publieacutes qui ne peuvent ecirctre consulteacutes que par le biais des visites dans les pays concerneacutes raquo [111] Pour identifier les sources dinformations nous avons proceacutedeacute agrave des meacutethodes opportunistes aux approches en cascade et nrsquoavons pas respecteacute les meacutethodes rigoureuses proposeacutees pour les examens systeacutematiques ou des meacuteta-analyses [112] eacutetant donneacute qursquoavoir recours uniquement aux donneacutees examineacutees par des pairs se traduirait par lexclusion de preacutecieuses sources de donneacutees de valeur au niveau des pays Nous avons utiliseacute des contacts personnels fait des reacutefeacuterences occasionnelles aux enquecirctes contenues dans les rapports des ministegraveres de la santeacute effectueacute des recherches darchives et effectueacute des recherches dans des publications traditionnelles eacutevalueacutees par les pairs afin de traquer les sources possibles de donneacutees denquecirctes paludiques agrave travers le continent Dans les sections suivantes nous tenterons darticuler les approches adopteacutees pour repeacuterer des informations 42 Recherches dans les archives historiques Depuis 2005 nous avons entrepris des recherches manuelles dans les archives et les bibliothegraveques des instituts ex-coloniaux de meacutedecine tropicale pour repeacuterer des rapports ineacutedits de paludologues travaillant en Afrique avant que les pays nrsquoaccegravedent agrave lindeacutependance Il srsquoagissait notamment de drsquoarchives de lInstitut de Meacutedecine Tropicale Anvers lrsquoInstitut Pasteur Paris Deacutepartement dHistoire de la Meacutedecine Sapienza - Universitagrave di Roma Rome ArchivioItaliano Di Scienze mediche Coloniali Rome Instituto Higiene Medicina Tropical Lisbonne Wellcome Trust Library Londres The National Archives Kew Royaume-Uni et la London School of Tropical Medicine and Hygiene Londres On notera en particulier les rapports de voyage des consultants et les rapports trimestriels de paludologues travaillant pour le compte de lOrganisation mondiale de la santeacute (OMS) agrave partir des anneacutees 1950 jusquaux anneacutees 1970 Ceux-ci fournissent des reacutecits riches et des donneacutees denquecircte des campagnes de preacute-eacutelimination des rapports deacutetape deacutelimination des critiques et des analyses de situation du paludisme au niveau national Toutes ces donneacutees sont archiveacutees dans les bibliothegraveques de lOMS agrave Genegraveve au Caire et agrave Brazzaville (Figure 4) Nous tenons agrave

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remercier les bibliotheacutecaires de ces archives qui nous ont fourni une aide preacutecieuse dans le repeacuterage des documents non publieacutes dans chacun de ces siegraveges de lOMS Figure 4 Archives de lrsquoOMS agrave Genegraveve (agrave gauche) et agrave Brazzaville (agrave droite) Nous avons eacutegalement visiteacute les archives nationales du Ministegravere de la santeacute situeacutees dans les villes de Nairobi Kisumu Eldoret Mombasa et Meru (au Kenya) Entebbe et Jinja (en Ouganda) Sennar Khartoum et Kassala (au Soudan) Thies (au Seacuteneacutegal) Amani (en Tanzanie) Accra (au Ghana) Tzaneen (en Afrique du Sud) et les archives personnelles de lex-directeur de Tzaneen Malaria Research Centre ndash Centre de recherche sur le paludisme (couvrant lAfrique du Sud la Namibie et le Botswana) Les dossiers et les rapports tenus au National Institute of Medical Research (Institut national de la recherche meacutedicale) agrave Amani (Scheacutema 5) a couvert la peacuteriode ougrave le centre eacutetait le siegravege sous-reacutegional de lrsquoInstitute of Malaria and Vector Borne Diseases (Institut est-africain du paludisme et des maladies agrave transmission vectorielle) (1954-1977) Le siegravege du Projet de leacuteradication du paludisme agrave Jinja en Ouganda abritait tous les dossiers des enquecirctes nationales des meacutenages agrave partir des anneacutees 1960 jusquen 2011 quand ceux-ci ont malheureusement eacuteteacute deacutetruits et nous nrsquoavons eacuteteacute en mesure de trouver que ceux qui avaient eacuteteacute deacutemeacutenageacute agrave Entebbe Des rapports annuels des services meacutedicaux et de lrsquoassainissement datant de 1919 produits par les gouvernements coloniaux de la Gambie du Nigeria du Gold Coast (Ghana) de Sierra Leone de Somalie du Kenya de Tanganyika (Tanzanie) de Zanzibar drsquoOuganda du Congo belge (RDC) du Bechuanaland (Botswana ) du Nyassaland (Malawi) de Rhodeacutesie (Zambie et Zimbabwe) de lrsquoicircle Maurice et du Soudan eacutetaient disponibles en eacutetats variables de conservation dans la bibliothegraveque fondeacutee par le Wellcome Trust en 1963 et fait maintenant partie des laboratoires nationaux de santeacute publique appartenant au ministegravere de la santeacute agrave Nairobi Kenya (Figure 5) Au cours du Projet de cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) des scientifiques reacutegionaux ont visiteacute les archives nationales situeacutees dans les villes de Maputo (Mozambique) Bobo Dioulasso (Burkina Faso) Yaoundeacute (Cameroun) Cotonou (Beacutenin) et Lomeacute (Togo) [MARA ARMA 1998] Ces recherches ont identifieacute plusieurs rapports importants

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renfermant des donneacutees denquecirctes nationales Ils nrsquoont cependant pas pris des exemplaires numeacuteriques de rapports originaux Dans la mesure du possible nous avons tenteacute de localiser ces rapports et drsquoen preacuteparer des exemplaires numeacuteriques Cela na pas toujours eacuteteacute couronneacutee de succegraves et nous avons de ce fait inclus certaines donneacutees des issues de la base de donneacutees MARA ARMA des enquecirctes meneacutees agrave lrsquoeacutepoque preacute-indeacutependance avec des citations respectives notamment celles reacutecupeacutereacutees du Centre Muraz agrave Bobo Dioulasso Des exemplaires numeacuteriques des rapports non-publieacutes issus des archives europeacuteennes et africaines sont mis agrave la disposition des pays dans le cadre du projet INFORM en tant que bibliothegraveques numeacuteriques Scheacutema 5 A gauche Archives du laboratoire national de santeacute publique Nairobi Kenya (Old Wellcome Trust Library) A droite ndash Bibliothegraveque de lrsquoInstitut national de recherche meacutedicale Amani Tanzanie 43 Recherche des donneacutees eacutelectroniques Des bases de donneacutees eacutelectroniques en ligne ont eacuteteacute utiliseacutees comme un moyen didentifier les pairs des donneacutees publieacutees sur la preacutevalence de linfection paludique notamment celles publieacutees depuis les anneacutees 1980 y compris PubMed [113] Google Scholar [114] Armed Forces Pest Management Board (le Conseil dadministration de la lutte antiparasitaire des Forces armeacutees) - Litteacuterature Retrieval System [116] la base de donneacutees de la bibliothegraveque de lrsquoOrganisation mondiale de la santeacute [116] et le service de la bibliothegraveque numeacuterique en ligne de lInstitut de Recherche pour le Deacuteveloppement [117] Nous nrsquoavons pas trouveacute facilement des revues reacutegionales y compris un grand nombre de revues meacutedicales nationales des revues de la santeacute publique et parasitologiques agrave partir des sources ci-dessus Toutefois nous avons trouveacute des titres et des extraits en ligne de lrsquoAfrican Journals Online (AJOL) [118] Dans toutes les recherches de bases de donneacutees numeacuteriques des travaux publieacutes contenant les des mots-cleacutes laquo paludisme raquo et laquonom de paysraquo ont eacuteteacute utiliseacutes Nous avons eacuteviteacute lrsquoemploi des terminologies speacutecialiseacutees issues du systegraveme de meacutetadonneacutees meacutedicales laquoMedical Subject Headings (MeSH)raquo dans les recherches darchives numeacuteriques de faccedilon agrave eacutelargir au maximum

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notre champ de recherche Nous avons effectueacute des recherches de base de donneacutees au moins une fois par an agrave partir de lrsquoanneacutee 2005 Nous avons compleacuteteacute nos recherches par des notifications reacuteguliegraveres hebdomadaires sur le paludisme du service dalerte infos de Malaria World [119] Roll Back Malaria des bulletins dinformations du Programme de santeacute environnementale de lUSAID [120] et Santeacute Tropicale pour les revues nationales et reacutegionales des pays francophones y compris Meacutedecine dAfrique noire [121 ] Les titres et les reacutesumeacutes ont eacuteteacute utiliseacutes pour identifier drsquoeacuteventuelles donneacutees denquecirctes parasitaires transversales dans diverses formes soit en tant qursquoenquecirctes communautaires enquecirctes en milieu scolaire autres meacutethodes de deacutepistage parasitaire ou des essais sur le terrain Nous avons eacutegalement eacutetudieacute des eacutetudes sur la preacutevalence de maladies associeacutees au paludisme lorsque celles-ci sont preacutesenteacutees dans le cadre drsquoenquecirctes sur laneacutemie lrsquoheacutemoglobinopathie la transfusion sanguine ou eacutevaluations de la situation nutritionnelle afin drsquoidentifier les rapports coiumlncidence de la preacutevalence paludique En outre crsquoeacutetait une pratique courante de deacutepister les membres de la communauteacute ou des eacutecoliers au cours des protocoles de sensibiliteacute preacutecoces aux meacutedicaments antipaludeacuteens de sorte agrave enrocircler des personnes infecteacutees aux enquecirctes de suivi post-traitement Souvent des donneacutees issues des sites denquecirctes seacutelectionneacutes permettaient de fournir le nombre de personnes deacutepisteacutees et le nombre de personnes infecteacutees Les enquecirctes aupregraves des populations feacutebriles ou des personnes freacutequentant des cliniques ont eacuteteacute exclues Les publications avec des titres ou des extraits pouvant indiquer la preacutesence des donneacutees parasitaires possibles ont eacuteteacute soit teacuteleacutechargeacutees agrave partir darchives de revues offertes en ligne en libre accegraves ou provenant de HINARI (lInitiative daccegraves aux recherches pour la santeacute) [122] A chaque fois que les publications nrsquoeacutetaient pas disponibles sur HINARI en libre accegraves nous visitions les archives des bibliothegraveques du Royaume-Uni agrave la London School of Hygiene and Tropical Medicine la Liverpool School of Tropical Medicine la bibliothegraveque Bodleian agrave lUniversiteacute dOxford ou la Bibliothegraveque de lInstitut Pasteur Paris pour obtenir en obtenir des exemplaires Nous faisions des demandes de reacutefeacuterences que nous nrsquoarrivions pas agrave trouver suivant ces recherches agrave laide du catalogue mondial des recherches agrave travers les bibliothegraveques dOxford factureacutees agrave la page Toutes les publications agrave partir desquelles des donneacutees ont eacuteteacute extraites ont eacuteteacute contreveacuterifieacutees agrave lrsquoaide des bibliographies provenant dautres sources qursquoon aurait oublieacutees ou qui correspondraient agrave des documents non publieacutes ou laquodocuments parallegravelesraquo qui ne sont geacuteneacuteralement pas controcircleacutes par les eacutediteurs commerciaux Les auteurs des articles eacutevalueacutes par les pairs ont souvent eacuteteacute contacteacutes pour nous renseigner sur des informations compleacutementaires dans leur document et nous indiquer dautres travaux non publieacutes dans leur zone geacuteographique ou de leur institution

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44 Autres sources de donneacutees Les enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages ayant inteacutegreacute la preacutevalence parasitaire sont deacutecrites dans la section 3 Les donneacutees provenant de ces enquecirctes sont soit disponibles en formats teacuteleacutechargeables agrave partir du programme ICF MEASURE ou ont eacuteteacute fournis au projet INFORM par les programmes nationaux de lutte antipaludique dans le cadre daccords de collaboration Pour dautres donneacutees eacuteventuellement ineacutedites et propres aux sites sur la preacutevalence du paludisme nous avons consulteacute des sites Web et contacteacute les organisations non gouvernementales (ONG) travaillant en Afrique pouvant avoir entrepris des eacutevaluations sanitaires comprenant des enquecirctes parasitologiques au sein des communauteacutes aupregraves desquelles elles œuvraient Il srsquoagissait notamment de Meacutedecins sans Frontiegraveres [123] MERLIN [124] le Centre Carter [125] Selon lUniteacute danalyse de la seacutecuriteacute alimentaire et de la nutrition en Somalie (FSNAU) [126] Shape Consulting [127] Save the Children [128] Malaria Consortium [129] et MENTOR [130] Gracircce aux contacts fournis par ces agences nous avons pu trouver des donneacutees provenant de sites drsquoenquecirctes en Guineacutee en Sierra Leone en Cocircte dIvoire en Tanzanie au Libeacuteria en Somalie au Kenya en Ouganda au Nigeria en Ethiopie au Mali et au Soudan du Sud Les extraits des ouvrages publieacutes par Tropical Medicine ainsi que ceux issus des reacuteunions sur le paludisme ont eacuteteacute identifieacutes provenant de sources les plus diverses possibles et produits dans le cadre de confeacuterences et de congregraves nationaux et internationaux Ceux-ci ont eacuteteacute utiliseacutes pour signaler drsquoeacuteventuelles donneacutees solliciteacutees par correspondance des auteurs drsquoextraits Notre preacutesence reacutegionale et les liens que nous entretenons avec la communauteacute de recherche sur le paludisme en Afrique a permis de faire naicirctre une prise de conscience quant agrave lobjectif et agrave lambition de la recherche sur la cartographie du paludisme commenceacute en 1996 sous la collaboration MARA ARMA [35] Nous avons profiteacute de cette connectiviteacute reacutegionale des chercheurs pour contacter directement les collegravegues travaillant sur leacutepideacutemiologie du paludisme de sorte agrave rechercher des donneacutees ventileacutees et speacutecifiques au site souvent ineacutedites La volonteacute de partager des donneacutees non publieacutees sur les enquecirctes parasitaires a eacuteteacute sans preacuteceacutedent Au 1er Juillet 2015 plus de 700 scientifiques et speacutecialistes individuels de la santeacute publique ont fourni des informations ventileacutees sur les donneacutees publieacutees donneacutees non-publieacutees ou ont apporteacute leur concours agrave la localisation des communauteacutes eacutechantillonneacutees agrave travers lAfrique Nous avons tenu agrave les remercier dans lannexe accompagnant le preacutesent rapport ainsi que sur le site Web INFORM [131] Les instituts reacutegionaux menant des recherches sur le paludisme et leurs partenaires de collaboration eacutetaient toujours agrave lavant-garde dans la fourniture de donneacutees non publieacutees Il convient de mentionner particuliegraverement les Medical Research Council Laboratories (Gambie) les partenariats de collaboration entre le Kenyan Medical Research Institute et le Wellcome Trust Universiteacute dOxford US Centers for Disease Control Universiteacute de Nagasaki et Walter Reed (Kenya) le Centre de Recherche et de formation sur le paludisme (Mali) Uganda Malaria Surveillance Project (Ouganda) les partenariats de collaboration tisseacutes entre Ifakara Health Institute et le Swiss Tropical Institute la London School of Hygiene and Tropical Medicine et US

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Centers for Disease Control (Tanzanie) Dar es Salaam Urban Malaria Control Project (Tanzanie) National Medical Research Institute agrave Amani (Tanzanie) Institut Pasteur (Madagascar) lrsquoInstitut de Recherche pour le deacuteveloppement (Seacuteneacutegal) Centre de Rechercheacute en Santeacute de Nouna (Burkina Faso) Institute for Endemic Diseases University of Khartoum (Sudan) Blue Nile Health Project-Giezera State University (Sudan) Centro Investigaco Saude Angola (Angola) Liverpool School of Tropical Medicine Wellcome Trust and College of Medicine Programme collaboratif de lrsquoUniversity of Malawi (Malawi) South African Medical Research Council (Afrique du Sud Mozambique et Swaziland) le programme de collaboration du Swiss Tropical and Public Health Institute et de lInstitut de la santeacute publique (Cocircte dIvoire) le programme de collaboration du US Centers for Disease Control (Togo) partenariats de collaboration du Prince Leopold Institute (Burundi Beacutenin et Rwanda) Malaria Institute agrave Macha (Zambie) Medical Research CentreOuganda Virus Research Institute (Ouganda) lEcole de Santeacute Publique de Kinshasa (RDC) et le Southern African Malaria Consortium (Zimbabwe) 5 Abstraction des donneacutees drsquoenquecircte 51 Exigences minimales en matiegravere de donneacutees De chacun des rapports drsquoenquecircte les champs de donneacutees minimales requises pour chaque enregistrement sont les suivants description de la zone deacutetude (nom divisions administratives et coordonneacutees geacuteographiques cas eacutecheacuteant) dates de deacutebut et de fin de lenquecircte (mois et anneacutee) et renseignements sur de lexamen sanguin (nombre de personnes deacutepisteacutees nombre de personnes constateacutees positives pour infection au Plasmodium par espegravece) meacutethodes utiliseacutees pour deacutetecter linfection (microscopie tests de diagnostic rapide (TDR) reacuteaction en chaicircne par polymeacuterase (PCR) ou combinaisons) et lrsquoacircge le plus bas et la population eacutetudieacutee Pour les donneacutees provenant des essais controcircleacutes et randomiseacutes dintervention les donneacutees nrsquoont eacuteteacute seacutelectionneacutees que lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees de base de preacute-intervention et celles issues des enquecirctes de suivi transversales ulteacuterieures au sein des populations teacutemoins Lorsque des cohortes dindividus ont eacuteteacute interrogeacutees agrave plusieurs reprises dans le temps nous nous sommes efforceacutes dinclure uniquement la premiegravere enquecircte et les enquecirctes ulteacuterieures lorsque celles-ci nrsquoavaient qursquoun eacutecart drsquoau moins cinq mois par rapport agrave la date denquecircte initiale pour eacuteviter toute deacutependance entre les observations baseacutees sur le traitement des personnes infecteacutees preacuteceacutedentes Lorsqursquoil neacutetait pas possible de ventiler les enquecirctes reacutepeacuteteacutees celles-ci eacutetaient deacutefinitivement exclues de lanalyse Plusieurs pays ont maintenu des enquecirctes sanguines de masse apregraves avoir atteint les phases de consolidation de leacutelimination La dureacutee des phases de preacute-eacutelimination drsquoattaque de consolidation et dentretien deacutelimination varie entre les pays [47] Nous avons choisi dexclure les donneacutees eacutechantillonneacutees apregraves les dates ougrave les pays mettant en œuvre des programmes drsquoeacutelimination avaient commenceacute agrave utiliser des taux drsquoincidence deacuteriveacutes des indices parasitaires annuels ou lorsque des enquecirctes sanguines de masse eacutetaient utiliseacutees pour deacutemontrer labsence de transmission en Algeacuterie (1967) en Egypte (1965) en Libye (1967) en icircle Maurice (1957) au Maroc (1969) en Reacuteunion (1953) et en Tunisie (1968)

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Parfois les rapports preacutesentaient le nombre total de personnes examineacutees dans un certain nombre de villages et le pourcentage de personnes controcircleacutees positives par village ici nous avons supposeacute que le deacutenominateur par village eacutetait eacutequivalent au nombre total de personnes examineacutees diviseacute par le nombre total de villages Il eacutetait possible deacutetablir lanneacutee de chaque enquecircte cependant il eacutetait parfois impossible drsquoeacutetablir le mois de lenquecircte agrave partir des rapports denquecirctes Dans ce cas de figure nous avons utiliseacute des descriptions saison laquohumideraquo et saison laquosegravecheraquo premier ou deuxiegraveme trimestre scolaire ou dautres informations pour parvenir agrave une approximation du mois de lenquecircte et avons inclus un rapport sur cette hypothegravese Certains reacutesultats de lenquecircte ont eacuteteacute signaleacutes en tant qursquoagreacutegat dans lespace (par exemple un seul PfPR pour un groupe de villages) ou dans le temps (par exemple un PfPR moyen estimeacute agrave partir de quatre enquecirctes diffeacuterentes meneacutees au fil du temps) Dans de tels cas nous avons soit chercheacute dautres rapports des mecircmes enquecirctes avec une reacutesolution spatiale ou temporelle plus eacuteleveacutee Lagrave ougrave cela na pas eacuteteacute possible et ougrave des groupes de villages deacutepassaient 5 km2 nous avons exclu du dossier de lanalyse (voir ci-dessous) Lorsque des informations suppleacutementaires eacutetaient neacutecessaires pour fournir des donneacutees speacutecifiques par village dans un moment preacutecis nous avons demandeacute aux auteurs de nous fournir tout renseignement ou document manquant 52 Meacutethodes de deacutetection parasitaires Compte tenu de son ubiquiteacute en tant qursquooutil de diagnostic paludique la meacutethode preacutefeacutereacutee de deacutetection parasitaire eacutetait la microscopie Aucune distinction nrsquoeacutetait faite entre la microscopie optique ou par fluorescence La qualiteacute de la veacuterification de lame [132133] les variations de sensibiliteacute speacutecificiteacute entre les tests de diagnostic rapide (TDR) [134] la capaciteacute des eacutequipes de terrain agrave analyser les TDR de maniegravere fiable [135-138] ou des variations obtenues sur la base de la seacutelection des amorces pour les reacuteactions en chaicircne de la polymeacuterase (PCR) [139] influencent toutes les descriptions de la preacutevalence et auront des variances intrinsegraveques entre les enquecirctes incluses dans la base de donneacutees Il a eacuteteacute deacutemontreacute que les TDR donnent des taux de faux positifs plus eacuteleveacutes que la microscopie [134 140 141] cependant ils ont tendance agrave stratifier agrave fois le taux parasitaire le plus bas (lt1) et le plus eacuteleveacute (gt50) avec plus de preacutecision par rapport agrave la microscopie courante [133 141] Une analyse drsquoun grand recueil de donneacutees sur les taux parasitaires des communauteacutes a deacutemontreacute quil y avait une diffeacuterence minime dans les estimations du taux moyen global de preacutevalence de P falciparum dans une analyse des donneacutees correspondantes apparieacutees issues des enquecirctes communautaires ayant utiliseacute la microscopie et les TDR pour les examens parasitaires [46] Neacuteanmoins les diffeacuterences entre les TDR et la microscopie en matiegravere de leur capaciteacute agrave deacutetecter des dinfections mineures lorsquelles sont geacutereacutees dans des conditions normales restent un preacutejugeacute systeacutematique inheacuterent aux donneacutees [141] que nous sommes incapables de controcircler Nous sommes eacutegalement incapables de controcircler la qualiteacute des analyses de donneacutees des enquecirctes en utilisant uniquement la microscopie Le principal problegraveme de la microscopie lorsquelle est utiliseacutee dans le cadre les enquecirctes-eacutechantillons nationales est la qualiteacute de la preacuteparation des lames (coloration et entreposage) et

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ou les garanties de la veacuterification de la qualiteacute (VQ) des analyses des lames Dans ce cas de figure nous avons en consultation avec les responsables des enquecirctes nationales ducirc faire plusieurs jugements de valeur Par exemple pour les enquecirctes nationales aupregraves des meacutenages au Soudan en Somalie au Malawi et en Angola nous avons choisi dinteacutegrer les preacutevalences dinfection obtenues gracircce aux TDR plutocirct les estimations provenant des analyses des lames de microscopie Par contre pour drsquoautres pays tels que le Kenya et lOuganda nous avions des garanties quant agrave la qualiteacute des analyses des preacutelegravevements sanguins pendant enquecirctes sur les indicateurs du paludisme Il ny a pas de regravegles absolues pour ces deacutecisions A chaque fois que des preuves quant agrave la qualiteacute des analyses des lames nous eacutetaient fournies nous avons deacutecideacute drsquoutiliser celles-ci par rapport aux TDR 53 Geacuteocodage des sites drsquoenquecircte Le geacuteocodage de donneacutees la deacutefinition dune longitude et une latitude deacutecimale pour chaque site denquecircte consistait en une tacircche particuliegraverement exigeante En fonction de leur repreacutesentation spatiale les donneacutees eacutetaient classeacutees en tant que villages communauteacutes ou eacutecoles individuelles ou ensemble de communauteacutes dans une zone deacutefinissable correspondant agrave une zone agrave linteacuterieur dun quadrillage de 5 km ou environ 005 degreacutes deacutecimaux au niveau de leacutequateur Dans la mesure du possible nous avons chercheacute agrave conserver des donneacutees ventileacutees au niveau des villages plutocirct que des donneacutees agrave travers une laquogrande eacutetendueraquo Lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees provenant des communauteacutes deacutepassant un quadrillage de 5 km nous avons consideacutereacute ces derniers comme une reacutesolution spatiale trop faible avec une variance importante possible dans le polygone dinformations agrave exclure lors de lutilisation de la modeacutelisation geacuteostatistique avanceacutee En pratique il srsquoagissait ici drsquoun critegravere difficile agrave veacuterifier eacutetant donneacute que la plupart des rapports denquecircte ne fournissaient pas suffisamment de deacutetails sur la superficie de la zone eacutetudieacutee Une utilisation plus reacutecente des systegravemes de positionnement mondial (GPS) lors de travaux denquecircte permet une reacuteagreacutegation des donneacutees denquecircte aupregraves des meacutenages avec une plus grande preacutecision Crsquoest eacutegalement utile dans le maintien du critegravere du quadrillage de 5 km tout en combinant des grappes de petites tailles deacutechantillon dans lespace Lutilisation du GPS pour enregistrer des longitudes et latitudes a contribueacute de maniegravere appreacuteciable agrave des enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages depuis circa 2007 [142] Cependant dans les enquecirctes deacutemographiques et sanitaires aupregraves des meacutenages geacutereacutes par le programme ICF-MEASURE un processus de deacuteplacement de coordonneacutees GPS est effectueacute de telle sorte que pour les clusters urbains un deacuteplacement est introduit agrave une distance allant jusqursquoagrave tous les 2 km qui influe rarement sur la preacutecision globale de modeacutelisation eacutetant donneacute que ce processus se fait dans le cadre est dans les zones urbaines Pour les clusters ruraux on fait un deacuteplacement jusqursquoagrave 5 km avec 1 de clusters ruraux suppleacutementaires deacuteplaceacutes jusquagrave une distance de 10 km Ici nous avons passeacute en revue tous les clusters ruraux agrave lrsquoaide de Google Earth pour examiner la mesure dans laquelle les clusters ruraux pourraient avoir eacuteteacute deacuteplaceacutes vers des zones inhabiteacutees et repositionneacutes dans les zones peupleacutees les plus proches

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Pour positionner chaque site denquecircte lagrave ougrave les coordonneacutees GPS ne sont pas disponibles nous avons utiliseacute une varieacuteteacute de ressources numeacuteriques parmi lesquels les plus utiles eacutetaient Encyclopeacutedie Microsoft Encarta (Microsoft 2004) et Google Earth (Google 2009) Drsquoautres sources drsquoarchives numeacuteriques de noms de lieux couramment utiliseacutes sont entre autres le serveur de noms de lieux de la National Geospatial-Intelligence Agency GEOnet Eacutetats-Unis [143] Falling Rain Genomicsrsquo Global Gazetteer [144] Alexandria Digital Library de lUniversiteacute de Californie Eacutetats-Unis [145] African Data Sampler [146] MapCarta [147] Maplandia [148] Global geodatabase-cities [149] Open Street Map [150] VMAP0 [151] et IslamicFinder [152] A travers lAfrique il existe un certain nombre de reacutepertoire toponymique numeacuteriques nationaux pour les lieux habiteacutes les eacutetablissements sanitaires ou les eacutecoles Ce type de reacutepertoires accroicirct en nombre en preacutecision et en couverture Nous les avons obtenus sur demande aupregraves des bureaux nationaux de recensement des ministegraveres de leacuteducation et de la santeacute et des ONG partenaires Cela srsquoest aveacutereacute un outil preacutecieux dans la localisation des communauteacutes au Burkina Faso au Kenya en Gambie au Mozambique agrave Madagascar en Somalie au Malawi en Mauritanie au Ghana au Niger en Namibie au Seacuteneacutegal en Somalie en Afrique du Sud en Tanzanie en Ouganda en Zambie et agrave Zanzibar Bien que nous tentons drsquoutiliser des nomenclatures types et des strateacutegies uniques de nommage dans les reacutepertoires toponymiques numeacuteriques [153] il est difficile drsquoatteindre cela au niveau national ougrave les orthographes changement en fonction des auteurs au fil du temps et ougrave les mecircmes noms de lieux sont reacutepliqueacutees agrave travers un pays En tant que tel lors de lextraction de donneacutees chaque point de donneacutees a eacuteteacute enregistreacute avec autant drsquoinformations geacuteographiques que possible issues de la source Crsquoest bien ces informations qui ont eacuteteacute utiliseacutees au cours du geacuteo-positionnement par exemple pour veacuterifier que le geacuteocodage permettait de cadrer les sites denquecirctes dans les uniteacutes administratives deacutecrites dans le rapport ou qursquoil correspondait agrave dautres deacutetails dans le rapport sur la distance vis-agrave-vis des riviegraveres ou les villes lorsque cela eacutetait afficheacutees sur Google Earth Bien quen theacuteorie les coordonneacutees GPS doivent repreacutesenter une localisation spatiale sans ambiguiumlteacute il fallait une veacuterification rigoureuse pour veiller agrave ce que les sites denquecirctes correspondent aux coordonneacutees GPS Comme drsquohabitude nous avons donc reveacuterifieacute toutes les donneacutees GPS de toutes les sources en utilisant les noms de lieux et ou Google Earth pour assurer que les coordonneacutees se situaient dans les communauteacutes Toutes les coordonneacutees ont eacuteteacute soumises agrave un controcircle final agrave laide de la base de donneacutees spatiale des frontiegraveres administratives de second niveau deacuteveloppeacutees et reacuteviseacutee en 2008 par lOrganisation pour lalimentation et lagriculture (FAO) des Nations Unies [154] Loutil de seacutelection spatiale ArcGIS 101 (ESRI USA) a eacuteteacute utiliseacute pour veacuterifier que les points du long du littoral eacutetaient situeacutes sur des terrains tels que deacutefinis par GAUL 2008 La base de donneacutees de Global Lakes and Wetlands (GLWD) deacuteveloppeacutee par le Fonds mondial pour la nature [155] a eacuteteacute utiliseacute pour srsquoassurer que les points inteacuterieurs eacutetaient positionneacutes sur la terre ferme et non pas sur des plans deau Nous cherchions par-lagrave agrave identifier les coordonneacutees qui se trouvaient leacutegegraverement au large des cocirctes sur les affluents ou dans les uniteacutes administratives incorrectes chaque anomalie a eacuteteacute reveacuterifieacutee et repositionneacutee agrave laide de petits changements et avec Google Earth

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54 Deacutefinition des frontiegraveres nationales A la fin de la Seconde Guerre mondiale en 1945 presque tous les pays en Afrique eacutetaient soumis agrave la domination ou agrave lrsquoadministration coloniale Chaque pays sur le continent africain est aujourdhui indeacutependant mecircme si quelques icircles restent sous administration europeacuteenne (la Reacuteunion et Mayotte) Il existe actuellement 55 Etats indeacutependants dont 53 sont membres de lUnion africaine Tout au long de ce rapport nous utilisons les noms et les frontiegraveres des Eacutetats-nations en Afrique et les frontiegraveres actuelles plutocirct que la nomenclature preacute-indeacutependance Tout au long de ce rapport nous avons utiliseacute lrsquooutil numeacuterique de traitement de frontiegraveres parraineacute par lrsquoONU [156] En tant que tel nous traitons le Soudan du Sud en tant qursquoentiteacute diffeacuterente de la Reacutepublique du Soudan et lEacuterythreacutee diffeacuterente de lEthiopie Il y a beaucoup de zones litigieuses en Afrique revendiqueacutees par diffeacuterents pays voisins et qui restent en suspens [157] Pour les besoins de notre travail nous avons traiteacute le Triangle drsquoIlemi en tant que partie inteacutegrante de la reacutegion de Turkana du Kenya Nous avons consideacutereacute Walvis Bay en Namibie comme faisant toujours partie de la Namibie en deacutepit du fait que ce territoire fait partie de lrsquoAfrique du Sud depuis de nombreuses anneacutees suivant lindeacutependance de la Namibie en 1990 Deux petits territoires au sein du Royaume du Maroc continuent decirctre occupeacutes par lEspagne dans le Nord-Ouest (Ceuta) et dans le Nord-Est (Melilla) sur le littoral meacutediterraneacuteen Cependant nous avons consideacutereacutes ces territoires comme faisant partie du Royaume du Maroc se rapprochant de son eacutetendue ottomane avant 1912 Nous traitons la peacuteninsule du Sinaiuml en tant que partie permanente de la Reacutepublique arabe dEgypte Sans faire de jugements politiques nous avons consideacutereacute la reacutegion drsquoAbeyi comme faisant partie inteacutegrante de la Reacutepublique du Soudan cependant dans la cartographie des produits nationaux les deux pays prennent en compte cette reacutegion Nous avons traiteacute le Triangle Halaib sur la frontiegravere soudano-eacutegyptienne comme faisant partie du Soudan bien que depuis 2010 lrsquoEacutegypte controcircle cette zone en tant que partie inteacutegrante de son Etat de la Mer Rouge La reacutegion de Bakassi territoire frontalier contesteacute sur la cocircte atlantique entre le Nigeria et le Cameroun a eacuteteacute traiteacute comme faisant partie du Nigeria en deacutepit de la mise en œuvre finale des accords qui ont accordeacute cette reacutegion agrave ladministration camerounaise en 2014 Les groupes insulaires de Bioko Annobin et Zanzibar sont traiteacutees seacutepareacutement de la partie continentale de Guineacutee eacutequatoriale et de Tanzanie respectivement Ces groupes insulaires ont toujours eu diffeacuterents plans de lutte antipaludique et des ambitions drsquoeacutelimination diffeacuterentes de ceux de leurs homologues du continent 55 Normalisation selon lacircge Lorsque lacircge nrsquoeacutetait pas preacuteciseacute dans le rapport de chaque enquecircte mais que le rapport preacutecisait que lrsquoensemble du village ou drsquoenfants de leacutecole primaire eacutetaient examineacutes nous avons supposeacute que les tranches dacircge agrave 0-99 ans ou 5-14 ans respectivement Il y avait une grande diversiteacute dans les tranches dacircge des populations eacutechantillonneacutees entre les eacutetudes Pour faire des comparaisons significatives dans le temps et lespace une seule tranche dacircge normaliseacute est neacutecessaire Il est possible drsquoeffectuer des ajustements dun acircge normaliseacute pour le Plasmodium falciparum gracircce agrave lobservation et agrave la theacuteorie des maladies infectieuses lagrave ougrave limmuniteacute est acquise apregraves une exposition reacutepeacuteteacutee de la naissance Nous avons adapteacute des modegraveles de

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conversion catalytique de Muench (dabord utiliseacute dans le paludisme par Pull amp Grab dans les anneacutees 1970 [158]) en eacutequations statiques en R-script qui utilise les gammes infeacuterieure et supeacuterieure deacutechantillon et la preacutevalence globale pour se transformer en une estimation preacutevues chez les enfants acircgeacutes de 2-10 ans PfPR2-10 [96] 56 Limitations dues agrave la taille de leacutechantillon La taille de leacutechantillon est inversement proportionnelle agrave la preacutevalence ougrave agrave faible taille des eacutechantillons les biais dans les estimations de la preacutevalence sont introduits en fonction de la preacutevalence reacuteelle de la population se traduisant deacutecarts-types relativement eacuteleveacutes [159] Il existe un seuil critique entre 10 et 20 individus eacutechantillonneacutes en dessous duquel les eacutecarts-types augmentent de faccedilon exponentielle dans la plupart des enquecirctes sur les infections parasitaires et la courbe commence agrave aplatir agrave partir drsquoune taille denviron 50 eacutechantillons et atteint une asymptote agrave environ 100 [160] La taille des eacutechantillons denquecircte individuels est eacutegalement importante dans le calcul des correacutelations avec les variables dendeacutemiciteacute pour veacuterifier les associations plausibles entre par exemple des preacutecipitations et la preacutevalence Au cours de seacutelection des co-variables de petits eacutechantillons impreacutecis peuvent conduire agrave loverfitting Nous avons chercheacute agrave combiner les communauteacutes agrave proximiteacute ougrave tout village comptait moins de 10 personnes eacutechantillonneacutees et ougrave les communauteacutes se situaient agrave moins de 5 km lrsquoun de lautre eacutechantillonneacutes exactement au mecircme moment par les mecircmes enquecircteurs 6 Partage et accegraves aux donneacutees Les donneacutees recueillies pour cette eacutetude font partie dune initiative plus large visant agrave aider les gouvernements nationaux en mettant agrave leur disposition des plateformes de donneacutees probantes pour les aider agrave concevoir des projets de lutte antipaludique gracircce au concours du projet INFORM [131161] soutenu par le Deacutepartement pour le deacuteveloppement international Royaume-Uni et le Wellcome Trust Les donneacutees geacuteocodeacutees sur la preacutevalence parasitaire issues des donneacutees archiveacutees publieacutees et ineacutedites donneacutees et rassembleacutees en bases de donneacutees soigneusement conserveacutees doivent ecirctre prise en charge et geacutereacutees par les services de lutte contre le paludisme au sein des ministegraveres nationaux de la santeacute Les donneacutees provenant des recherches nationales et des enquecirctes meneacutees par les ministegraveres de la santeacute sont la proprieacuteteacute des gouvernements nationaux Le plus souvent la plupart des ministegraveres de la santeacute nont pas accegraves agrave la gamme complegravete des donneacutees sur le paludisme pourtant potentiellement disponibles dans leur propre pays Le but est donc de se servir du projet INFORM pour bacirctir une appropriation des donneacutees nationales sur le paludisme et mettre toutes les donneacutees recueillies agrave la disposition des ministegraveres de la santeacute agrave travers lAfrique et aux conseillers techniques reacutegionaux de lOrganisation mondiale de la santeacute A ce titre ces gouvernements nationaux deviendront les gardiens de leurs propres donneacutees nationales et pleinement responsables de leur distribution aux scientifiques nationaux reacutegionaux et internationaux ainsi qursquoaux partenaires de controcircle

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7 Reacutefeacuterences 1 Snow RW (2014) Sixty years trying to define the malaria burden in Africa have we made any progress

BMC Medicine 12 227 2 Noor AM Kinyoki DK Mundia CW Kabaria CW Wambua JM Alegana VA Fall IS Snow RW (2014) The

changing risk of Plasmodium falciparum malaria infection in Africa 2000ndash10 a spatial and temporal analysis of transmission intensity Lancet 383 1739-1747

3 Snow RW Marsh K le Sueur D (1996) The need for maps of transmission intensity to guide malaria

control in Africa Parasitology Today 12 455ndash457 4 MARAARMA (1998) Towards an atlas of malaria risk in Africa First technical report of the

MARAARMA collaboration Durban South Africa httpsidl-bncidrccadspacebitstream10625316441114833pdf

5 Le Sueur D Binka F Lengeler C de Savigny D Teuscher T Toure Y Snow RW (1997) An atlas of malaria in

Africa Africa Health 19 23-24 6 Trape JF amp Rogier C (1996) Combating Malaria morbidity and mortality by reducing transmission

Parasitology Today 12 236-240 7 Snow RW Omumbo JA Lowe B Molyneux SM Obiero JO Palmer A Weber MW Pinder M Nahlen B

Obonyo C Newbold C Gupta S Marsh K (1997) Relation between severe malaria morbidity in children and level of Plasmodium falciparum transmission in Africa Lancet 349 1650-1654

8 Ghani AC Sutherland CJ Riley EM Drakeley CJ Griffin JT Gosling RD Filipe JAN (2009) Loss of

population levels of immunity to malaria as a result of exposure reducing interventions consequences for interpretation of disease trends PLoS One 4 e4383

9 Okiro EA Al-Taiar A Reyburn H Idro R Berkley J Nokes DJ Snow RW (2009) Age patterns of severe

paediatric malaria and their relationship to Plasmodium falciparum transmission intensity Malaria Journal 8 4

10 Carneiro I Roca-Feltrer A Griffin JT Smith L Tanner M Armstrong Schellenberg J Greenwood BM

Schellenberg D (2010) Age-patterns of malaria vary with severity transmission intensity and seasonality in sub-Saharan Africa A systematic review and pooled analysis PLoS One 5 e8988

11 Griffin JT Hollingsworth TD Reyburn H Drakeley CJ Riley EM Ghani AC (2014) Gradual acquisition of

immunity to severe malaria with increasing exposure Proceedings of the Royal Society B 282 20142657

12 Snow RW (2015) Global malaria eradication and the importance of Plasmodium falciparum

epidemiology in Africa BMC Medicine 13 23

24

13 Smith T Maire N Ross A Penny M Chitnis N Schapira A Studer A Genton B Lengeler C Tediosi F de Savigny D Tanner M (2008) Towards a comprehensive simulation model of malaria epidemiology and control Parasitology 135 1507ndash1516

14 Smith DL Noor AM Hay SI Snow RW (2009) Predicting changing malaria risk after expanded

insecticide treated net coverage in Africa Trends in Parasitology 25 511ndash516 15 Griffin JT Hollingsworth D Okell LC Churcher TS White M Hinsley W Bousema T Drakeley CJ

Ferguson NM Basanez MG Ghani AC (2010) Reducing Plasmodium falciparum malaria transmission in Africa a model based evaluation of intervention strategies PLoS Medicine 7 e1000324

16 Chitnis N Schapira A Smith T Steketee R (2010) Comparing the effectiveness of malaria vector-

control interventions through a mathematical model American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 83 230ndash240

17 World Health Organization (2014) From malaria control to malaria elimination a manual for

Elimination Scenario Planning Global Malaria Programme World Health Organization Geneva April 2014

18 Gerardin J Eckhoff P Wenger EA (2015) Mass campaigns with antimalarial drugs a modelling

comparison of artemether-lumefantrine and DHA-piperaquine with and without primaquine as tools for malaria control and elimination BMC Infectious Diseases 15 144

19 Okell LC Drakeley CJ Bousema T Whitty CJM Ghani AC (2008) Modelling the impact of artemisinin

combination therapy and long-acting treatments on malaria transmission intensity PLoS Medicine 5 e226

20 Guyatt HL amp Snow RW (2001) Malaria in pregnancy as an indirect cause of infant mortality in sub-Saharan

Africa Transactions of Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 95 569-576 21 Desai M ter Kuile FO Nosten F McGready R Asamoa K Brabin B Newman R (2007) Epidemiology

and burden of malaria in pregnancy Lancet Infectious Diseases 7 93ndash104 22 van Eijk A Hill J Alegana VA Kirui V Gething PW ter Kuile F Snow RW (2011) Coverage of malaria

protection in pregnant women in sub-Saharan Africa a synthesis and analysis of national survey data Lancet Infectious Diseases 11 190-207

23 MPAC (2012) wwwwhointmalariampacsep2012mpac_mip_erg_sep2012pdf 24 MPAC (2013) wwwwhointmalariampacmpac_sep13_erg_ipt_malaria_pregnancy_reportpdf 25 Meremikwu MM Donegan S Sinclair D Esu E Oringanje C (2012) Intermittent preventive

treatment for malaria in children living in areas with seasonal transmission Cochrane Database Systematic Reviews 2 CD003756

26 Cairns M Roca-Feltrer A Garske T Wilson AL Diallo D Milligan PJ Ghani AC Greenwood BM (2012)

Estimating the potential public health impact of seasonal malaria chemoprevention in African children Nature Communications 3 881

25

27 Noor AM Kibuchi E Mitto B Coulibaly D Doumbo OK Snow RW (2015) A spatial decision support

framework for sub-national targeting of seasonal malaria chemoprevention in the Sahel Under review

28 Smith DL McKenzie FE Snow RW Hay SI (2007a) Revisiting the basic reproductive number for

malaria and its implications for malaria control PLoS Biology 5 e42 29 Hay SI Smith DL Snow RW (2008) Measuring malaria endemicity from intense to interrupted

transmission Lancet Infectious Diseases 8 369-378 30 Moonen B Cohen JM Snow RW Slutsker L Drakeley C Smith DL Abeyasinghe R Rodriguez Loacutepez

MH Maharaj R Tanner M Targett G (2010) Operational strategies to achieve and maintain malaria elimination Lancet 376 1592-1603

31 World Health Organization (2012a) Disease surveillance for malaria control Operational manual

WHO Geneva 32 World Health Organization (2012b) Disease surveillance for malaria elimination Operational manual

WHO Geneva 33 Cohen JM Moonen B Snow RW Smith DL (2010) How absolute is zero An evaluation of historical

and current definitions of malaria elimination Malaria Journal 9 213 34 Molineaux L Muir DA Spencer HC Wernsdorfer WH (1988) The epidemiology of malaria and its

measurement Malaria Principles and Practice of Malariology W Wernsdorfer and I McGregor London Churchill Livingstone 2 999-1089

35 Tusting LS Bousema T Smith DL Drakeley C (2014) Measuring changes in Plasmodium falciparum

transmission precision accuracy and costs of metrics Advances in Parasitology 84 151-208 36 Metselaar D amp van Thiel PH (1959) Classification of malaria Tropical Geographic Medicine 11 157ndash

161 37 Macdonald G amp Goumleckel GW (1964) The malaria parasite rate and interruption of transmission

Bulletin of World Health Organization 31 365ndash377 38 Lysenko AJ amp Semashko IN (1968) Geography of malaria A medico-geographic profile of an ancient

disease In Lebedew AW ed Itogi Nauki Medicinskaja Geografija Moscow USSR Academy of Sciences pp 25ndash146

39 Macdonald G (1957) The epidemiology and control of malaria Oxford University Press 40 Pampana E (1969) A textbook on malaria eradication Oxford Oxford University Press 41 Pull JH (1972) Malaria surveillance methods their uses and limitations American Journal of Tropical

Medicine amp Hygiene 21 651-657

26

42 World Health Organization (1950) Report on the malaria conference in equatorial Africa Held under the joint auspices of the World Health Organization and of the commission for technical co-operation in Africa south of the Sahara Kampala Uganda 27 Novemberndash9 December 1950

43 Yekutiel P (1960) Problems of epidemiology in malaria eradication Bulletin of the World Health

Organization 22 669-683 44 Macdonald G (1952) The analysis of equilibrium in malaria Tropical Diseases Bulletin 49 813-1129 45 Hay SI Guerra CA Gething PW Patil AP Tatem AJ Noor AM Kabaria CW Manh BH Elyazar IRF

Brooker S Smith DL Moyeed RA Snow RW (2009) A world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2007 PLoS Medicine 6 e1000048

46 Gething PW Patil AP Smith DL Guerra CA Elyazar IRF Johnston GL Tatem AJ Hay SI (2011) A new

world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2010 Malaria Journal 10 378 47 Snow RW Amratia P Kabaria CW Noor AM Marsh K (2012) The changing limits and incidence of

malaria in Africa 1939-2009 Advances in Parasitology 78 169-262 48 Black RH (1968) Manual of epidemiology and epidemiological services in malaria programmes World

Health Organization Geneva 49 Ray AP amp Beljaev AE (1984) Epidemiological surveillance a tool for assessment of malaria and its

control Journal of Communicable Disease 16 197ndash207 50 Omumbo JA Noor AM Fall IS Snow RW (2013) How well are malaria maps used to design and

finance malaria control in Africa PLoS One 8 e53198 51 Alegana VA Atkinson PM Wright JA Kamwi R Kakokele S Snow RW Noor AM (2013) Estimation of

malaria incidence in northern Namibia in 2009 using Bayesian Conditional-Autoregressive Spatial-Temporal Models Spatial amp Spatial Temporal Epidemiology 7 25-36

52 Bennett A Yukich J Miller JM Vounatsou P Hamainza B Ingwe MI Moonga HB Kamuliwo M Keating

J Smith TA Steketee RW Eisele TP (2014) A methodological framework for the improved use of routine health system data to evaluate national malaria control programs evidence from Zambia Population amp Health Metrics 12 30

53 Moonasar D Morris N Kleinschmidt I Maharaj R Raman J Mayet NT Benson FG Durrheim DN

Blumberg L (2013) What will move malaria control to elimination in South Africa South African Medical Journal 103 (10 Suppl 2) 801-806

54 Cohen JM Dlamini S Novotny JM Kandula D Kunene S Tatem AJ (2013) Rapid case-based mapping

of seasonal malaria transmission risk for strategic elimination planning in Swaziland Malaria Journal 12 61

55 Zanzibar Malaria Control Programme (2011) Zanzibar Malaria Performance Review September 2011

ZMCP Ministry of Health Revolutionary Government of Zanzibar

27

56 Ministry of Health [Cape Verde] World Health Organization and the University of California San Francisco (2012) Eliminating malaria Moving towards sustainable elimination in Cape Verde Geneva The World Health Organization httpappswhointirisbitstream106657584919789241504386_engpdfua=1

57 Littrell M Sow GD Ngom A Ba M Mboup BM Dieye Y Mutombo B Earle D Steketee RW (2013)

Case investigation and reactive case detection for malaria elimination in northern Senegal Malaria Journal 12 331

58 Thiroux D A amp DAnfreville D L (1908) Le paludisme au Seacuteneacutegal pendant les anneacutees 1905-1906

Gouvernement General de lAfrique Occidentale Francaise Laboratorie de bacteriologie de Saint-Louis Published Libraire JB Bailliere et Fils Paris 1908

59 Government General de LAlgeacuterie (1908) Campagne Antipaludique de 1908 unpublished document

available in Wellcome Library Euston Road London UK FX134AA9 60 Government of Gold Coast (1914) Medical amp Sanitary Report for the year 1913 Waterlow amp Sons

London 61 Mansfield-Aders W (1927) Notes on malaria and filariasis in the Zanzibar Protectorate Transactions

of the Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 30 207-214 62 Colony of Mauritius (1923-1925) Annual Reports on the Medical and Health Department 63 Swaroop S Gilroy AB Uemura K (1966) Statistical methods in malaria eradication Monograph Series

of World Health Organization 51 164 64 Barber MA amp Rice JB (1937) A survey of malaria in Egypt American Journal of Tropical Medicine amp

Hygiene 17 413-436 65 De Meira MT Simotildees TS Pinto Nogueira JF (1948) Observaccedilotildees sobre sezonismo nas ilhas do Sal Boa

Vista e S Nicolau (Cabo Verde) Anais do Instituto de Medicina Tropical 3 213-237 66 Young MD amp Johnson TH (1949) A malaria survey of Liberia Journal of National Malaria Society 8

247-266 67 De Meillon B (1951) Malaria survey of South-West Africa Bulletin of the World Health Organization

4 333ndash417 68 Houel G amp Donadille F (1953) Vingt ans de lutte antipaludique au Maroc Bulletin de lrsquoInstitut

drsquoHygiene du Maroc 13 3-51 69 Soeiro A (1952) O sezonismo em Moccedilambique contribuiccedilatildeo para o estudo epidemioloacutegico Anais do

Instituto de Medicina Tropical 9 343-389 70 Soeiro A (1959) Relactoacuterio da actividade do Instituto de Investigaccedilatildeo Meacutedica de Moccedilambique em

1958 e plano de trabalhos para o ano de 1960 Anais Intstituto de Higiene e Medicina Tropical 16 573-611

28

71 Bernard PM (1954) Trois ans de lutte antipaludique agrave Madagascar Bulletin de Madagascar

Publication Mensuelle du Service General Drsquoinformation du Haut-Commissariat no 96 72 Cambournac FJC Gandara AF Pena AJ Teixeira EWLG (1955) Subsidios para o inquerito malariologico

em Angola Anais do Instituto de Medicina Tropical 12 121-153 73 Anon (1954) Campagne antipaludique au Dahomey Map found in Benin box in WHO Archives

Geneva August 2012 74 Languillon J (1957) Carte eacutepideacutemiologique du paludisme au Cameroun Bulletin de la Socieacuteteacute de

Pathologie Exotique 50 585 - 600 75 Alves W (1958) Malaria parasite rates in Southern Rhodesia May-September 1956 Bulletin of the

World Health Organization 19 69-74 76 Lariviere M Hocquet P Abonnenc E (1961) Reacutesultats drsquoune enquecircte palustre dans la reacutepublique du

Seacuteneacutegal Indices plasmodiques chez les enfants en milieu rural Bulletin de la Socieacuteteacute Meacutedicale drsquoAfrique Noire de Langue Franccedilaise 6 386-403

77 Wernsdorfer G amp Wernsdorfer W (1967) Malaria in the middle Nile basin and its bordering regions Z

Tropenmed Parasitol 18 17-44 78 Rishikesh N amp Fahmy Y (1961) Quarterly report April-June 1961 Republic of Somalia pre-eradication

survey World Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 79 Rishikesh N Payne D Fahmy Y (1961) Quarterly report for the period January-March 1961 World

Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 80 Bechuanaland Protectorate (1958-1963) Annual Medical and Sanitary Reports for the Protectorate for

the years 1958-1963 Government Printers Gaborone 81 Craig MH Sharp BL Mabaso MLH Kleinschmidt I (2007) Developing a spatial-statistical model and

map of historical malaria prevalence in Botswana using a staged variable selection procedure International Journal of Health Geographics 6 44

82 Cano VI (1971) Deacuteveloppement des services de santeacute de base (Paludisme) World Health

Organization AFRMAL112 83 Barbie Y amp Timbila R (1964) Notes sur le paludisme en Reacutepublique Islamique de Mauritanie Medicine

Tropicale 24 427-435 84 Khromov A amp Privault R (1965) Programme du pre-eradication du paludisme Rapport trimestriel 4th

trimestre 1965 (Sep-Oct-Nov) WHO Mauritanie World Health Organization Unpublished document WHO Archives Geneva

85 Beltran O (1966) Malaria pre-eradication project Sierra Leone-19 fourth quarterly field report

October - December 1966 Government of Sierra Leone amp World Health Organization

29

86 Guy Y amp Gassabi R (1967) Les perspectives de leacuteradication du paludisme en Algeacuterie Archives de

LInstitut Pastuer DAlgerie 45 72-88 87 Chand D Garzen JB Bahar R Rishikesh N (1964) Malaria Eradication Service Ethiopia 14 (c) Quarterly

Report 1 October to 31 December 1964 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

88 Chand D Garzon JB Bahar R Rishiskesh N (1965) Quarterly report covering period 1 October to 31

December 1964 Project Ethiopia 0014 dated 9th february 1965 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

89 Onori E (1967) Distribution of Plasmodium ovale in the Eastern Western and Northern regions of

Uganda Bulletin of the World Health Organization 37 665-668 90 Wenlock (1978) The incidence of Plasmodium parasites in rural Zambia East African Medical Journal

55 268-276 91 Escudie A amp Hamon J (1961) Paludisme en Afrique Occidentale dexpression Franccedilaise Medicine

Tropicale 21 661-687 92 RBM-MERG - httpwwwrbmwhointmechanismsmerghtml 93 Corsi DJ Neuman M Finlay JE Subramanian SV (2012) Demographic and health surveys a profile

International Journal of Epidemiology 41 1602-1613 94 Measure httpwwwmeasuredhscomData 95 UNICEF httpwwwuniceforgstatisticsindex_24302html 96 Smith DL Guerra CA Snow RW Hay SI (2007b) Standardizing estimates of malaria prevalence

Malaria Journal 6 131 97 Brooker S Kolaczinski JH Gitonga CW Noor AM Snow RW (2009) The use of schools for malaria

surveillance and programme evaluation in Africa Malaria Journal 8 231 98 Stevenson JC Stresman GH Gitonga CW Gillig J Owaga C Marube E Odongo W Okoth A China P

Oriango R Brooker SJ Bousema T Drakeley C Cox J (2013) Reliability of school surveys in estimating geographic variation in malaria transmission in the western Kenyan highlands PLoS One 8 e77641

99 De Zulueta J Kafuko GW Cullen JR (1963) An investigation of the annual cycle of malaria in Masaka

district (Uganda) East African Medical Journal 40 469-488 100 Najera JA Shidrawi GR Gibson FD Stafford JS (1967) A large-scale field trial of Malathion as an

insecticide for antimalarial work in Southern Uganda Bulletin of the World Health Organization 36 913-935

30

101 Storey J (1972) A review of malaria work in Sierra Leone 1900 to 1964 West African Medical Journal 27 57-68

102 Gitonga CW Karanja PN Kihara J Mwjame M Juma E Snow RW Noor AM Brooker S (2010)

Implementing school malaria surveys in Kenya towards a nationwide surveillance system Malaria Journal 9 306

103 Gitonga CW Edwards T Karanja PN Noor AM Snow RW Brooker S (2012) Plasmodium infection

anaemia and mosquito net use among school children across different settings in Kenya Tropical Medicine amp International Health 17 858ndash870

104 Houngbedji CA N Dri PB Huumlrlimann E Yapi RB Silueacute KD Soro G Koudou BG Acka CA Assi S

Vounatsou P N Goran EK Fantodji A Utzinger J Raso G (2015) Disparities of Plasmodium falciparum infection malaria-related morbidity and access to malaria prevention and treatment among school-aged children a national cross-sectional survey in Cote dIvoire Malaria Journal 14 7

105 Ashton R Kefyalew T Tesfaye G Pullan R Yadeta D Reithinger R Kolaczinski J Brooker S (2010)

School-based surveys of malaria in Oromia Regional State Ethiopia towards a map of malaria risk Federal Ministry of Health Ethiopia

106 Takem EN Affara M Amambua-Ngwa A Okebe J Ceesay SJ Jawara M Oriero E Nwakanma D

Pinder M Clifford C Taal M Sowe M Suso P Mendy A Mbaye A Drakeley C DAlessandro U (2013) Detecting foci of malaria transmission with school surveys A pilot study in The Gambia PLoS One 8 e67108

107 Clarke SE Roschnik N Rouhani S Diarra S Bamadio M Sacko M Traore D Ly AB Gaye O Sembene

M Fall FB (2012) Malaria in school children under a new policy of universal coverage of nets Recent data from Mali and Senegal American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 Supplement 5 abstract 1466

108 Kabatereine NB Standley CJ Sousa-Fugueiredo JC Fleming RM Stothard JR Talisuna A Fenwick A

(2011) Integrated prevalence mapping of schistosomiasis soil-transmitted helminthiasis and malaria in lakeside and island communities in Lake Victoria Uganda Parasites amp Vectors 4 232

109 Emerson PM Ngondi J Biru E Graves PM Ejigsemahu Y Gebre T Endeshaw T Genet A Mosher

AW Zerihun M Messele A Richards FO (2008) Integrating an NTD with one of lsquolsquoThe Big Threersquorsquo Combined malaria and trachoma survey in Amhara Region of Ethiopia PLoS Neglected Tropical Diseases 2 e197

110 Noor AM Alegana VA Patil AP Moloney G Borle M Ahmed F Yousef F Amran J Snow RW (2012)

Mapping the receptivity of malaria risk to plan the future of control in Somalia British Medical Journal Open Access 2 e001160

111 Boyd MF (1949) Malariology A comprehensive review of all aspects of this group of diseases from a

global standpoint Volume II WB Saunders Company Philadelphia and London

31

112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

13

remercier les bibliotheacutecaires de ces archives qui nous ont fourni une aide preacutecieuse dans le repeacuterage des documents non publieacutes dans chacun de ces siegraveges de lOMS Figure 4 Archives de lrsquoOMS agrave Genegraveve (agrave gauche) et agrave Brazzaville (agrave droite) Nous avons eacutegalement visiteacute les archives nationales du Ministegravere de la santeacute situeacutees dans les villes de Nairobi Kisumu Eldoret Mombasa et Meru (au Kenya) Entebbe et Jinja (en Ouganda) Sennar Khartoum et Kassala (au Soudan) Thies (au Seacuteneacutegal) Amani (en Tanzanie) Accra (au Ghana) Tzaneen (en Afrique du Sud) et les archives personnelles de lex-directeur de Tzaneen Malaria Research Centre ndash Centre de recherche sur le paludisme (couvrant lAfrique du Sud la Namibie et le Botswana) Les dossiers et les rapports tenus au National Institute of Medical Research (Institut national de la recherche meacutedicale) agrave Amani (Scheacutema 5) a couvert la peacuteriode ougrave le centre eacutetait le siegravege sous-reacutegional de lrsquoInstitute of Malaria and Vector Borne Diseases (Institut est-africain du paludisme et des maladies agrave transmission vectorielle) (1954-1977) Le siegravege du Projet de leacuteradication du paludisme agrave Jinja en Ouganda abritait tous les dossiers des enquecirctes nationales des meacutenages agrave partir des anneacutees 1960 jusquen 2011 quand ceux-ci ont malheureusement eacuteteacute deacutetruits et nous nrsquoavons eacuteteacute en mesure de trouver que ceux qui avaient eacuteteacute deacutemeacutenageacute agrave Entebbe Des rapports annuels des services meacutedicaux et de lrsquoassainissement datant de 1919 produits par les gouvernements coloniaux de la Gambie du Nigeria du Gold Coast (Ghana) de Sierra Leone de Somalie du Kenya de Tanganyika (Tanzanie) de Zanzibar drsquoOuganda du Congo belge (RDC) du Bechuanaland (Botswana ) du Nyassaland (Malawi) de Rhodeacutesie (Zambie et Zimbabwe) de lrsquoicircle Maurice et du Soudan eacutetaient disponibles en eacutetats variables de conservation dans la bibliothegraveque fondeacutee par le Wellcome Trust en 1963 et fait maintenant partie des laboratoires nationaux de santeacute publique appartenant au ministegravere de la santeacute agrave Nairobi Kenya (Figure 5) Au cours du Projet de cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) des scientifiques reacutegionaux ont visiteacute les archives nationales situeacutees dans les villes de Maputo (Mozambique) Bobo Dioulasso (Burkina Faso) Yaoundeacute (Cameroun) Cotonou (Beacutenin) et Lomeacute (Togo) [MARA ARMA 1998] Ces recherches ont identifieacute plusieurs rapports importants

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renfermant des donneacutees denquecirctes nationales Ils nrsquoont cependant pas pris des exemplaires numeacuteriques de rapports originaux Dans la mesure du possible nous avons tenteacute de localiser ces rapports et drsquoen preacuteparer des exemplaires numeacuteriques Cela na pas toujours eacuteteacute couronneacutee de succegraves et nous avons de ce fait inclus certaines donneacutees des issues de la base de donneacutees MARA ARMA des enquecirctes meneacutees agrave lrsquoeacutepoque preacute-indeacutependance avec des citations respectives notamment celles reacutecupeacutereacutees du Centre Muraz agrave Bobo Dioulasso Des exemplaires numeacuteriques des rapports non-publieacutes issus des archives europeacuteennes et africaines sont mis agrave la disposition des pays dans le cadre du projet INFORM en tant que bibliothegraveques numeacuteriques Scheacutema 5 A gauche Archives du laboratoire national de santeacute publique Nairobi Kenya (Old Wellcome Trust Library) A droite ndash Bibliothegraveque de lrsquoInstitut national de recherche meacutedicale Amani Tanzanie 43 Recherche des donneacutees eacutelectroniques Des bases de donneacutees eacutelectroniques en ligne ont eacuteteacute utiliseacutees comme un moyen didentifier les pairs des donneacutees publieacutees sur la preacutevalence de linfection paludique notamment celles publieacutees depuis les anneacutees 1980 y compris PubMed [113] Google Scholar [114] Armed Forces Pest Management Board (le Conseil dadministration de la lutte antiparasitaire des Forces armeacutees) - Litteacuterature Retrieval System [116] la base de donneacutees de la bibliothegraveque de lrsquoOrganisation mondiale de la santeacute [116] et le service de la bibliothegraveque numeacuterique en ligne de lInstitut de Recherche pour le Deacuteveloppement [117] Nous nrsquoavons pas trouveacute facilement des revues reacutegionales y compris un grand nombre de revues meacutedicales nationales des revues de la santeacute publique et parasitologiques agrave partir des sources ci-dessus Toutefois nous avons trouveacute des titres et des extraits en ligne de lrsquoAfrican Journals Online (AJOL) [118] Dans toutes les recherches de bases de donneacutees numeacuteriques des travaux publieacutes contenant les des mots-cleacutes laquo paludisme raquo et laquonom de paysraquo ont eacuteteacute utiliseacutes Nous avons eacuteviteacute lrsquoemploi des terminologies speacutecialiseacutees issues du systegraveme de meacutetadonneacutees meacutedicales laquoMedical Subject Headings (MeSH)raquo dans les recherches darchives numeacuteriques de faccedilon agrave eacutelargir au maximum

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notre champ de recherche Nous avons effectueacute des recherches de base de donneacutees au moins une fois par an agrave partir de lrsquoanneacutee 2005 Nous avons compleacuteteacute nos recherches par des notifications reacuteguliegraveres hebdomadaires sur le paludisme du service dalerte infos de Malaria World [119] Roll Back Malaria des bulletins dinformations du Programme de santeacute environnementale de lUSAID [120] et Santeacute Tropicale pour les revues nationales et reacutegionales des pays francophones y compris Meacutedecine dAfrique noire [121 ] Les titres et les reacutesumeacutes ont eacuteteacute utiliseacutes pour identifier drsquoeacuteventuelles donneacutees denquecirctes parasitaires transversales dans diverses formes soit en tant qursquoenquecirctes communautaires enquecirctes en milieu scolaire autres meacutethodes de deacutepistage parasitaire ou des essais sur le terrain Nous avons eacutegalement eacutetudieacute des eacutetudes sur la preacutevalence de maladies associeacutees au paludisme lorsque celles-ci sont preacutesenteacutees dans le cadre drsquoenquecirctes sur laneacutemie lrsquoheacutemoglobinopathie la transfusion sanguine ou eacutevaluations de la situation nutritionnelle afin drsquoidentifier les rapports coiumlncidence de la preacutevalence paludique En outre crsquoeacutetait une pratique courante de deacutepister les membres de la communauteacute ou des eacutecoliers au cours des protocoles de sensibiliteacute preacutecoces aux meacutedicaments antipaludeacuteens de sorte agrave enrocircler des personnes infecteacutees aux enquecirctes de suivi post-traitement Souvent des donneacutees issues des sites denquecirctes seacutelectionneacutes permettaient de fournir le nombre de personnes deacutepisteacutees et le nombre de personnes infecteacutees Les enquecirctes aupregraves des populations feacutebriles ou des personnes freacutequentant des cliniques ont eacuteteacute exclues Les publications avec des titres ou des extraits pouvant indiquer la preacutesence des donneacutees parasitaires possibles ont eacuteteacute soit teacuteleacutechargeacutees agrave partir darchives de revues offertes en ligne en libre accegraves ou provenant de HINARI (lInitiative daccegraves aux recherches pour la santeacute) [122] A chaque fois que les publications nrsquoeacutetaient pas disponibles sur HINARI en libre accegraves nous visitions les archives des bibliothegraveques du Royaume-Uni agrave la London School of Hygiene and Tropical Medicine la Liverpool School of Tropical Medicine la bibliothegraveque Bodleian agrave lUniversiteacute dOxford ou la Bibliothegraveque de lInstitut Pasteur Paris pour obtenir en obtenir des exemplaires Nous faisions des demandes de reacutefeacuterences que nous nrsquoarrivions pas agrave trouver suivant ces recherches agrave laide du catalogue mondial des recherches agrave travers les bibliothegraveques dOxford factureacutees agrave la page Toutes les publications agrave partir desquelles des donneacutees ont eacuteteacute extraites ont eacuteteacute contreveacuterifieacutees agrave lrsquoaide des bibliographies provenant dautres sources qursquoon aurait oublieacutees ou qui correspondraient agrave des documents non publieacutes ou laquodocuments parallegravelesraquo qui ne sont geacuteneacuteralement pas controcircleacutes par les eacutediteurs commerciaux Les auteurs des articles eacutevalueacutes par les pairs ont souvent eacuteteacute contacteacutes pour nous renseigner sur des informations compleacutementaires dans leur document et nous indiquer dautres travaux non publieacutes dans leur zone geacuteographique ou de leur institution

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44 Autres sources de donneacutees Les enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages ayant inteacutegreacute la preacutevalence parasitaire sont deacutecrites dans la section 3 Les donneacutees provenant de ces enquecirctes sont soit disponibles en formats teacuteleacutechargeables agrave partir du programme ICF MEASURE ou ont eacuteteacute fournis au projet INFORM par les programmes nationaux de lutte antipaludique dans le cadre daccords de collaboration Pour dautres donneacutees eacuteventuellement ineacutedites et propres aux sites sur la preacutevalence du paludisme nous avons consulteacute des sites Web et contacteacute les organisations non gouvernementales (ONG) travaillant en Afrique pouvant avoir entrepris des eacutevaluations sanitaires comprenant des enquecirctes parasitologiques au sein des communauteacutes aupregraves desquelles elles œuvraient Il srsquoagissait notamment de Meacutedecins sans Frontiegraveres [123] MERLIN [124] le Centre Carter [125] Selon lUniteacute danalyse de la seacutecuriteacute alimentaire et de la nutrition en Somalie (FSNAU) [126] Shape Consulting [127] Save the Children [128] Malaria Consortium [129] et MENTOR [130] Gracircce aux contacts fournis par ces agences nous avons pu trouver des donneacutees provenant de sites drsquoenquecirctes en Guineacutee en Sierra Leone en Cocircte dIvoire en Tanzanie au Libeacuteria en Somalie au Kenya en Ouganda au Nigeria en Ethiopie au Mali et au Soudan du Sud Les extraits des ouvrages publieacutes par Tropical Medicine ainsi que ceux issus des reacuteunions sur le paludisme ont eacuteteacute identifieacutes provenant de sources les plus diverses possibles et produits dans le cadre de confeacuterences et de congregraves nationaux et internationaux Ceux-ci ont eacuteteacute utiliseacutes pour signaler drsquoeacuteventuelles donneacutees solliciteacutees par correspondance des auteurs drsquoextraits Notre preacutesence reacutegionale et les liens que nous entretenons avec la communauteacute de recherche sur le paludisme en Afrique a permis de faire naicirctre une prise de conscience quant agrave lobjectif et agrave lambition de la recherche sur la cartographie du paludisme commenceacute en 1996 sous la collaboration MARA ARMA [35] Nous avons profiteacute de cette connectiviteacute reacutegionale des chercheurs pour contacter directement les collegravegues travaillant sur leacutepideacutemiologie du paludisme de sorte agrave rechercher des donneacutees ventileacutees et speacutecifiques au site souvent ineacutedites La volonteacute de partager des donneacutees non publieacutees sur les enquecirctes parasitaires a eacuteteacute sans preacuteceacutedent Au 1er Juillet 2015 plus de 700 scientifiques et speacutecialistes individuels de la santeacute publique ont fourni des informations ventileacutees sur les donneacutees publieacutees donneacutees non-publieacutees ou ont apporteacute leur concours agrave la localisation des communauteacutes eacutechantillonneacutees agrave travers lAfrique Nous avons tenu agrave les remercier dans lannexe accompagnant le preacutesent rapport ainsi que sur le site Web INFORM [131] Les instituts reacutegionaux menant des recherches sur le paludisme et leurs partenaires de collaboration eacutetaient toujours agrave lavant-garde dans la fourniture de donneacutees non publieacutees Il convient de mentionner particuliegraverement les Medical Research Council Laboratories (Gambie) les partenariats de collaboration entre le Kenyan Medical Research Institute et le Wellcome Trust Universiteacute dOxford US Centers for Disease Control Universiteacute de Nagasaki et Walter Reed (Kenya) le Centre de Recherche et de formation sur le paludisme (Mali) Uganda Malaria Surveillance Project (Ouganda) les partenariats de collaboration tisseacutes entre Ifakara Health Institute et le Swiss Tropical Institute la London School of Hygiene and Tropical Medicine et US

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Centers for Disease Control (Tanzanie) Dar es Salaam Urban Malaria Control Project (Tanzanie) National Medical Research Institute agrave Amani (Tanzanie) Institut Pasteur (Madagascar) lrsquoInstitut de Recherche pour le deacuteveloppement (Seacuteneacutegal) Centre de Rechercheacute en Santeacute de Nouna (Burkina Faso) Institute for Endemic Diseases University of Khartoum (Sudan) Blue Nile Health Project-Giezera State University (Sudan) Centro Investigaco Saude Angola (Angola) Liverpool School of Tropical Medicine Wellcome Trust and College of Medicine Programme collaboratif de lrsquoUniversity of Malawi (Malawi) South African Medical Research Council (Afrique du Sud Mozambique et Swaziland) le programme de collaboration du Swiss Tropical and Public Health Institute et de lInstitut de la santeacute publique (Cocircte dIvoire) le programme de collaboration du US Centers for Disease Control (Togo) partenariats de collaboration du Prince Leopold Institute (Burundi Beacutenin et Rwanda) Malaria Institute agrave Macha (Zambie) Medical Research CentreOuganda Virus Research Institute (Ouganda) lEcole de Santeacute Publique de Kinshasa (RDC) et le Southern African Malaria Consortium (Zimbabwe) 5 Abstraction des donneacutees drsquoenquecircte 51 Exigences minimales en matiegravere de donneacutees De chacun des rapports drsquoenquecircte les champs de donneacutees minimales requises pour chaque enregistrement sont les suivants description de la zone deacutetude (nom divisions administratives et coordonneacutees geacuteographiques cas eacutecheacuteant) dates de deacutebut et de fin de lenquecircte (mois et anneacutee) et renseignements sur de lexamen sanguin (nombre de personnes deacutepisteacutees nombre de personnes constateacutees positives pour infection au Plasmodium par espegravece) meacutethodes utiliseacutees pour deacutetecter linfection (microscopie tests de diagnostic rapide (TDR) reacuteaction en chaicircne par polymeacuterase (PCR) ou combinaisons) et lrsquoacircge le plus bas et la population eacutetudieacutee Pour les donneacutees provenant des essais controcircleacutes et randomiseacutes dintervention les donneacutees nrsquoont eacuteteacute seacutelectionneacutees que lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees de base de preacute-intervention et celles issues des enquecirctes de suivi transversales ulteacuterieures au sein des populations teacutemoins Lorsque des cohortes dindividus ont eacuteteacute interrogeacutees agrave plusieurs reprises dans le temps nous nous sommes efforceacutes dinclure uniquement la premiegravere enquecircte et les enquecirctes ulteacuterieures lorsque celles-ci nrsquoavaient qursquoun eacutecart drsquoau moins cinq mois par rapport agrave la date denquecircte initiale pour eacuteviter toute deacutependance entre les observations baseacutees sur le traitement des personnes infecteacutees preacuteceacutedentes Lorsqursquoil neacutetait pas possible de ventiler les enquecirctes reacutepeacuteteacutees celles-ci eacutetaient deacutefinitivement exclues de lanalyse Plusieurs pays ont maintenu des enquecirctes sanguines de masse apregraves avoir atteint les phases de consolidation de leacutelimination La dureacutee des phases de preacute-eacutelimination drsquoattaque de consolidation et dentretien deacutelimination varie entre les pays [47] Nous avons choisi dexclure les donneacutees eacutechantillonneacutees apregraves les dates ougrave les pays mettant en œuvre des programmes drsquoeacutelimination avaient commenceacute agrave utiliser des taux drsquoincidence deacuteriveacutes des indices parasitaires annuels ou lorsque des enquecirctes sanguines de masse eacutetaient utiliseacutees pour deacutemontrer labsence de transmission en Algeacuterie (1967) en Egypte (1965) en Libye (1967) en icircle Maurice (1957) au Maroc (1969) en Reacuteunion (1953) et en Tunisie (1968)

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Parfois les rapports preacutesentaient le nombre total de personnes examineacutees dans un certain nombre de villages et le pourcentage de personnes controcircleacutees positives par village ici nous avons supposeacute que le deacutenominateur par village eacutetait eacutequivalent au nombre total de personnes examineacutees diviseacute par le nombre total de villages Il eacutetait possible deacutetablir lanneacutee de chaque enquecircte cependant il eacutetait parfois impossible drsquoeacutetablir le mois de lenquecircte agrave partir des rapports denquecirctes Dans ce cas de figure nous avons utiliseacute des descriptions saison laquohumideraquo et saison laquosegravecheraquo premier ou deuxiegraveme trimestre scolaire ou dautres informations pour parvenir agrave une approximation du mois de lenquecircte et avons inclus un rapport sur cette hypothegravese Certains reacutesultats de lenquecircte ont eacuteteacute signaleacutes en tant qursquoagreacutegat dans lespace (par exemple un seul PfPR pour un groupe de villages) ou dans le temps (par exemple un PfPR moyen estimeacute agrave partir de quatre enquecirctes diffeacuterentes meneacutees au fil du temps) Dans de tels cas nous avons soit chercheacute dautres rapports des mecircmes enquecirctes avec une reacutesolution spatiale ou temporelle plus eacuteleveacutee Lagrave ougrave cela na pas eacuteteacute possible et ougrave des groupes de villages deacutepassaient 5 km2 nous avons exclu du dossier de lanalyse (voir ci-dessous) Lorsque des informations suppleacutementaires eacutetaient neacutecessaires pour fournir des donneacutees speacutecifiques par village dans un moment preacutecis nous avons demandeacute aux auteurs de nous fournir tout renseignement ou document manquant 52 Meacutethodes de deacutetection parasitaires Compte tenu de son ubiquiteacute en tant qursquooutil de diagnostic paludique la meacutethode preacutefeacutereacutee de deacutetection parasitaire eacutetait la microscopie Aucune distinction nrsquoeacutetait faite entre la microscopie optique ou par fluorescence La qualiteacute de la veacuterification de lame [132133] les variations de sensibiliteacute speacutecificiteacute entre les tests de diagnostic rapide (TDR) [134] la capaciteacute des eacutequipes de terrain agrave analyser les TDR de maniegravere fiable [135-138] ou des variations obtenues sur la base de la seacutelection des amorces pour les reacuteactions en chaicircne de la polymeacuterase (PCR) [139] influencent toutes les descriptions de la preacutevalence et auront des variances intrinsegraveques entre les enquecirctes incluses dans la base de donneacutees Il a eacuteteacute deacutemontreacute que les TDR donnent des taux de faux positifs plus eacuteleveacutes que la microscopie [134 140 141] cependant ils ont tendance agrave stratifier agrave fois le taux parasitaire le plus bas (lt1) et le plus eacuteleveacute (gt50) avec plus de preacutecision par rapport agrave la microscopie courante [133 141] Une analyse drsquoun grand recueil de donneacutees sur les taux parasitaires des communauteacutes a deacutemontreacute quil y avait une diffeacuterence minime dans les estimations du taux moyen global de preacutevalence de P falciparum dans une analyse des donneacutees correspondantes apparieacutees issues des enquecirctes communautaires ayant utiliseacute la microscopie et les TDR pour les examens parasitaires [46] Neacuteanmoins les diffeacuterences entre les TDR et la microscopie en matiegravere de leur capaciteacute agrave deacutetecter des dinfections mineures lorsquelles sont geacutereacutees dans des conditions normales restent un preacutejugeacute systeacutematique inheacuterent aux donneacutees [141] que nous sommes incapables de controcircler Nous sommes eacutegalement incapables de controcircler la qualiteacute des analyses de donneacutees des enquecirctes en utilisant uniquement la microscopie Le principal problegraveme de la microscopie lorsquelle est utiliseacutee dans le cadre les enquecirctes-eacutechantillons nationales est la qualiteacute de la preacuteparation des lames (coloration et entreposage) et

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ou les garanties de la veacuterification de la qualiteacute (VQ) des analyses des lames Dans ce cas de figure nous avons en consultation avec les responsables des enquecirctes nationales ducirc faire plusieurs jugements de valeur Par exemple pour les enquecirctes nationales aupregraves des meacutenages au Soudan en Somalie au Malawi et en Angola nous avons choisi dinteacutegrer les preacutevalences dinfection obtenues gracircce aux TDR plutocirct les estimations provenant des analyses des lames de microscopie Par contre pour drsquoautres pays tels que le Kenya et lOuganda nous avions des garanties quant agrave la qualiteacute des analyses des preacutelegravevements sanguins pendant enquecirctes sur les indicateurs du paludisme Il ny a pas de regravegles absolues pour ces deacutecisions A chaque fois que des preuves quant agrave la qualiteacute des analyses des lames nous eacutetaient fournies nous avons deacutecideacute drsquoutiliser celles-ci par rapport aux TDR 53 Geacuteocodage des sites drsquoenquecircte Le geacuteocodage de donneacutees la deacutefinition dune longitude et une latitude deacutecimale pour chaque site denquecircte consistait en une tacircche particuliegraverement exigeante En fonction de leur repreacutesentation spatiale les donneacutees eacutetaient classeacutees en tant que villages communauteacutes ou eacutecoles individuelles ou ensemble de communauteacutes dans une zone deacutefinissable correspondant agrave une zone agrave linteacuterieur dun quadrillage de 5 km ou environ 005 degreacutes deacutecimaux au niveau de leacutequateur Dans la mesure du possible nous avons chercheacute agrave conserver des donneacutees ventileacutees au niveau des villages plutocirct que des donneacutees agrave travers une laquogrande eacutetendueraquo Lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees provenant des communauteacutes deacutepassant un quadrillage de 5 km nous avons consideacutereacute ces derniers comme une reacutesolution spatiale trop faible avec une variance importante possible dans le polygone dinformations agrave exclure lors de lutilisation de la modeacutelisation geacuteostatistique avanceacutee En pratique il srsquoagissait ici drsquoun critegravere difficile agrave veacuterifier eacutetant donneacute que la plupart des rapports denquecircte ne fournissaient pas suffisamment de deacutetails sur la superficie de la zone eacutetudieacutee Une utilisation plus reacutecente des systegravemes de positionnement mondial (GPS) lors de travaux denquecircte permet une reacuteagreacutegation des donneacutees denquecircte aupregraves des meacutenages avec une plus grande preacutecision Crsquoest eacutegalement utile dans le maintien du critegravere du quadrillage de 5 km tout en combinant des grappes de petites tailles deacutechantillon dans lespace Lutilisation du GPS pour enregistrer des longitudes et latitudes a contribueacute de maniegravere appreacuteciable agrave des enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages depuis circa 2007 [142] Cependant dans les enquecirctes deacutemographiques et sanitaires aupregraves des meacutenages geacutereacutes par le programme ICF-MEASURE un processus de deacuteplacement de coordonneacutees GPS est effectueacute de telle sorte que pour les clusters urbains un deacuteplacement est introduit agrave une distance allant jusqursquoagrave tous les 2 km qui influe rarement sur la preacutecision globale de modeacutelisation eacutetant donneacute que ce processus se fait dans le cadre est dans les zones urbaines Pour les clusters ruraux on fait un deacuteplacement jusqursquoagrave 5 km avec 1 de clusters ruraux suppleacutementaires deacuteplaceacutes jusquagrave une distance de 10 km Ici nous avons passeacute en revue tous les clusters ruraux agrave lrsquoaide de Google Earth pour examiner la mesure dans laquelle les clusters ruraux pourraient avoir eacuteteacute deacuteplaceacutes vers des zones inhabiteacutees et repositionneacutes dans les zones peupleacutees les plus proches

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Pour positionner chaque site denquecircte lagrave ougrave les coordonneacutees GPS ne sont pas disponibles nous avons utiliseacute une varieacuteteacute de ressources numeacuteriques parmi lesquels les plus utiles eacutetaient Encyclopeacutedie Microsoft Encarta (Microsoft 2004) et Google Earth (Google 2009) Drsquoautres sources drsquoarchives numeacuteriques de noms de lieux couramment utiliseacutes sont entre autres le serveur de noms de lieux de la National Geospatial-Intelligence Agency GEOnet Eacutetats-Unis [143] Falling Rain Genomicsrsquo Global Gazetteer [144] Alexandria Digital Library de lUniversiteacute de Californie Eacutetats-Unis [145] African Data Sampler [146] MapCarta [147] Maplandia [148] Global geodatabase-cities [149] Open Street Map [150] VMAP0 [151] et IslamicFinder [152] A travers lAfrique il existe un certain nombre de reacutepertoire toponymique numeacuteriques nationaux pour les lieux habiteacutes les eacutetablissements sanitaires ou les eacutecoles Ce type de reacutepertoires accroicirct en nombre en preacutecision et en couverture Nous les avons obtenus sur demande aupregraves des bureaux nationaux de recensement des ministegraveres de leacuteducation et de la santeacute et des ONG partenaires Cela srsquoest aveacutereacute un outil preacutecieux dans la localisation des communauteacutes au Burkina Faso au Kenya en Gambie au Mozambique agrave Madagascar en Somalie au Malawi en Mauritanie au Ghana au Niger en Namibie au Seacuteneacutegal en Somalie en Afrique du Sud en Tanzanie en Ouganda en Zambie et agrave Zanzibar Bien que nous tentons drsquoutiliser des nomenclatures types et des strateacutegies uniques de nommage dans les reacutepertoires toponymiques numeacuteriques [153] il est difficile drsquoatteindre cela au niveau national ougrave les orthographes changement en fonction des auteurs au fil du temps et ougrave les mecircmes noms de lieux sont reacutepliqueacutees agrave travers un pays En tant que tel lors de lextraction de donneacutees chaque point de donneacutees a eacuteteacute enregistreacute avec autant drsquoinformations geacuteographiques que possible issues de la source Crsquoest bien ces informations qui ont eacuteteacute utiliseacutees au cours du geacuteo-positionnement par exemple pour veacuterifier que le geacuteocodage permettait de cadrer les sites denquecirctes dans les uniteacutes administratives deacutecrites dans le rapport ou qursquoil correspondait agrave dautres deacutetails dans le rapport sur la distance vis-agrave-vis des riviegraveres ou les villes lorsque cela eacutetait afficheacutees sur Google Earth Bien quen theacuteorie les coordonneacutees GPS doivent repreacutesenter une localisation spatiale sans ambiguiumlteacute il fallait une veacuterification rigoureuse pour veiller agrave ce que les sites denquecirctes correspondent aux coordonneacutees GPS Comme drsquohabitude nous avons donc reveacuterifieacute toutes les donneacutees GPS de toutes les sources en utilisant les noms de lieux et ou Google Earth pour assurer que les coordonneacutees se situaient dans les communauteacutes Toutes les coordonneacutees ont eacuteteacute soumises agrave un controcircle final agrave laide de la base de donneacutees spatiale des frontiegraveres administratives de second niveau deacuteveloppeacutees et reacuteviseacutee en 2008 par lOrganisation pour lalimentation et lagriculture (FAO) des Nations Unies [154] Loutil de seacutelection spatiale ArcGIS 101 (ESRI USA) a eacuteteacute utiliseacute pour veacuterifier que les points du long du littoral eacutetaient situeacutes sur des terrains tels que deacutefinis par GAUL 2008 La base de donneacutees de Global Lakes and Wetlands (GLWD) deacuteveloppeacutee par le Fonds mondial pour la nature [155] a eacuteteacute utiliseacute pour srsquoassurer que les points inteacuterieurs eacutetaient positionneacutes sur la terre ferme et non pas sur des plans deau Nous cherchions par-lagrave agrave identifier les coordonneacutees qui se trouvaient leacutegegraverement au large des cocirctes sur les affluents ou dans les uniteacutes administratives incorrectes chaque anomalie a eacuteteacute reveacuterifieacutee et repositionneacutee agrave laide de petits changements et avec Google Earth

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54 Deacutefinition des frontiegraveres nationales A la fin de la Seconde Guerre mondiale en 1945 presque tous les pays en Afrique eacutetaient soumis agrave la domination ou agrave lrsquoadministration coloniale Chaque pays sur le continent africain est aujourdhui indeacutependant mecircme si quelques icircles restent sous administration europeacuteenne (la Reacuteunion et Mayotte) Il existe actuellement 55 Etats indeacutependants dont 53 sont membres de lUnion africaine Tout au long de ce rapport nous utilisons les noms et les frontiegraveres des Eacutetats-nations en Afrique et les frontiegraveres actuelles plutocirct que la nomenclature preacute-indeacutependance Tout au long de ce rapport nous avons utiliseacute lrsquooutil numeacuterique de traitement de frontiegraveres parraineacute par lrsquoONU [156] En tant que tel nous traitons le Soudan du Sud en tant qursquoentiteacute diffeacuterente de la Reacutepublique du Soudan et lEacuterythreacutee diffeacuterente de lEthiopie Il y a beaucoup de zones litigieuses en Afrique revendiqueacutees par diffeacuterents pays voisins et qui restent en suspens [157] Pour les besoins de notre travail nous avons traiteacute le Triangle drsquoIlemi en tant que partie inteacutegrante de la reacutegion de Turkana du Kenya Nous avons consideacutereacute Walvis Bay en Namibie comme faisant toujours partie de la Namibie en deacutepit du fait que ce territoire fait partie de lrsquoAfrique du Sud depuis de nombreuses anneacutees suivant lindeacutependance de la Namibie en 1990 Deux petits territoires au sein du Royaume du Maroc continuent decirctre occupeacutes par lEspagne dans le Nord-Ouest (Ceuta) et dans le Nord-Est (Melilla) sur le littoral meacutediterraneacuteen Cependant nous avons consideacutereacutes ces territoires comme faisant partie du Royaume du Maroc se rapprochant de son eacutetendue ottomane avant 1912 Nous traitons la peacuteninsule du Sinaiuml en tant que partie permanente de la Reacutepublique arabe dEgypte Sans faire de jugements politiques nous avons consideacutereacute la reacutegion drsquoAbeyi comme faisant partie inteacutegrante de la Reacutepublique du Soudan cependant dans la cartographie des produits nationaux les deux pays prennent en compte cette reacutegion Nous avons traiteacute le Triangle Halaib sur la frontiegravere soudano-eacutegyptienne comme faisant partie du Soudan bien que depuis 2010 lrsquoEacutegypte controcircle cette zone en tant que partie inteacutegrante de son Etat de la Mer Rouge La reacutegion de Bakassi territoire frontalier contesteacute sur la cocircte atlantique entre le Nigeria et le Cameroun a eacuteteacute traiteacute comme faisant partie du Nigeria en deacutepit de la mise en œuvre finale des accords qui ont accordeacute cette reacutegion agrave ladministration camerounaise en 2014 Les groupes insulaires de Bioko Annobin et Zanzibar sont traiteacutees seacutepareacutement de la partie continentale de Guineacutee eacutequatoriale et de Tanzanie respectivement Ces groupes insulaires ont toujours eu diffeacuterents plans de lutte antipaludique et des ambitions drsquoeacutelimination diffeacuterentes de ceux de leurs homologues du continent 55 Normalisation selon lacircge Lorsque lacircge nrsquoeacutetait pas preacuteciseacute dans le rapport de chaque enquecircte mais que le rapport preacutecisait que lrsquoensemble du village ou drsquoenfants de leacutecole primaire eacutetaient examineacutes nous avons supposeacute que les tranches dacircge agrave 0-99 ans ou 5-14 ans respectivement Il y avait une grande diversiteacute dans les tranches dacircge des populations eacutechantillonneacutees entre les eacutetudes Pour faire des comparaisons significatives dans le temps et lespace une seule tranche dacircge normaliseacute est neacutecessaire Il est possible drsquoeffectuer des ajustements dun acircge normaliseacute pour le Plasmodium falciparum gracircce agrave lobservation et agrave la theacuteorie des maladies infectieuses lagrave ougrave limmuniteacute est acquise apregraves une exposition reacutepeacuteteacutee de la naissance Nous avons adapteacute des modegraveles de

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conversion catalytique de Muench (dabord utiliseacute dans le paludisme par Pull amp Grab dans les anneacutees 1970 [158]) en eacutequations statiques en R-script qui utilise les gammes infeacuterieure et supeacuterieure deacutechantillon et la preacutevalence globale pour se transformer en une estimation preacutevues chez les enfants acircgeacutes de 2-10 ans PfPR2-10 [96] 56 Limitations dues agrave la taille de leacutechantillon La taille de leacutechantillon est inversement proportionnelle agrave la preacutevalence ougrave agrave faible taille des eacutechantillons les biais dans les estimations de la preacutevalence sont introduits en fonction de la preacutevalence reacuteelle de la population se traduisant deacutecarts-types relativement eacuteleveacutes [159] Il existe un seuil critique entre 10 et 20 individus eacutechantillonneacutes en dessous duquel les eacutecarts-types augmentent de faccedilon exponentielle dans la plupart des enquecirctes sur les infections parasitaires et la courbe commence agrave aplatir agrave partir drsquoune taille denviron 50 eacutechantillons et atteint une asymptote agrave environ 100 [160] La taille des eacutechantillons denquecircte individuels est eacutegalement importante dans le calcul des correacutelations avec les variables dendeacutemiciteacute pour veacuterifier les associations plausibles entre par exemple des preacutecipitations et la preacutevalence Au cours de seacutelection des co-variables de petits eacutechantillons impreacutecis peuvent conduire agrave loverfitting Nous avons chercheacute agrave combiner les communauteacutes agrave proximiteacute ougrave tout village comptait moins de 10 personnes eacutechantillonneacutees et ougrave les communauteacutes se situaient agrave moins de 5 km lrsquoun de lautre eacutechantillonneacutes exactement au mecircme moment par les mecircmes enquecircteurs 6 Partage et accegraves aux donneacutees Les donneacutees recueillies pour cette eacutetude font partie dune initiative plus large visant agrave aider les gouvernements nationaux en mettant agrave leur disposition des plateformes de donneacutees probantes pour les aider agrave concevoir des projets de lutte antipaludique gracircce au concours du projet INFORM [131161] soutenu par le Deacutepartement pour le deacuteveloppement international Royaume-Uni et le Wellcome Trust Les donneacutees geacuteocodeacutees sur la preacutevalence parasitaire issues des donneacutees archiveacutees publieacutees et ineacutedites donneacutees et rassembleacutees en bases de donneacutees soigneusement conserveacutees doivent ecirctre prise en charge et geacutereacutees par les services de lutte contre le paludisme au sein des ministegraveres nationaux de la santeacute Les donneacutees provenant des recherches nationales et des enquecirctes meneacutees par les ministegraveres de la santeacute sont la proprieacuteteacute des gouvernements nationaux Le plus souvent la plupart des ministegraveres de la santeacute nont pas accegraves agrave la gamme complegravete des donneacutees sur le paludisme pourtant potentiellement disponibles dans leur propre pays Le but est donc de se servir du projet INFORM pour bacirctir une appropriation des donneacutees nationales sur le paludisme et mettre toutes les donneacutees recueillies agrave la disposition des ministegraveres de la santeacute agrave travers lAfrique et aux conseillers techniques reacutegionaux de lOrganisation mondiale de la santeacute A ce titre ces gouvernements nationaux deviendront les gardiens de leurs propres donneacutees nationales et pleinement responsables de leur distribution aux scientifiques nationaux reacutegionaux et internationaux ainsi qursquoaux partenaires de controcircle

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7 Reacutefeacuterences 1 Snow RW (2014) Sixty years trying to define the malaria burden in Africa have we made any progress

BMC Medicine 12 227 2 Noor AM Kinyoki DK Mundia CW Kabaria CW Wambua JM Alegana VA Fall IS Snow RW (2014) The

changing risk of Plasmodium falciparum malaria infection in Africa 2000ndash10 a spatial and temporal analysis of transmission intensity Lancet 383 1739-1747

3 Snow RW Marsh K le Sueur D (1996) The need for maps of transmission intensity to guide malaria

control in Africa Parasitology Today 12 455ndash457 4 MARAARMA (1998) Towards an atlas of malaria risk in Africa First technical report of the

MARAARMA collaboration Durban South Africa httpsidl-bncidrccadspacebitstream10625316441114833pdf

5 Le Sueur D Binka F Lengeler C de Savigny D Teuscher T Toure Y Snow RW (1997) An atlas of malaria in

Africa Africa Health 19 23-24 6 Trape JF amp Rogier C (1996) Combating Malaria morbidity and mortality by reducing transmission

Parasitology Today 12 236-240 7 Snow RW Omumbo JA Lowe B Molyneux SM Obiero JO Palmer A Weber MW Pinder M Nahlen B

Obonyo C Newbold C Gupta S Marsh K (1997) Relation between severe malaria morbidity in children and level of Plasmodium falciparum transmission in Africa Lancet 349 1650-1654

8 Ghani AC Sutherland CJ Riley EM Drakeley CJ Griffin JT Gosling RD Filipe JAN (2009) Loss of

population levels of immunity to malaria as a result of exposure reducing interventions consequences for interpretation of disease trends PLoS One 4 e4383

9 Okiro EA Al-Taiar A Reyburn H Idro R Berkley J Nokes DJ Snow RW (2009) Age patterns of severe

paediatric malaria and their relationship to Plasmodium falciparum transmission intensity Malaria Journal 8 4

10 Carneiro I Roca-Feltrer A Griffin JT Smith L Tanner M Armstrong Schellenberg J Greenwood BM

Schellenberg D (2010) Age-patterns of malaria vary with severity transmission intensity and seasonality in sub-Saharan Africa A systematic review and pooled analysis PLoS One 5 e8988

11 Griffin JT Hollingsworth TD Reyburn H Drakeley CJ Riley EM Ghani AC (2014) Gradual acquisition of

immunity to severe malaria with increasing exposure Proceedings of the Royal Society B 282 20142657

12 Snow RW (2015) Global malaria eradication and the importance of Plasmodium falciparum

epidemiology in Africa BMC Medicine 13 23

24

13 Smith T Maire N Ross A Penny M Chitnis N Schapira A Studer A Genton B Lengeler C Tediosi F de Savigny D Tanner M (2008) Towards a comprehensive simulation model of malaria epidemiology and control Parasitology 135 1507ndash1516

14 Smith DL Noor AM Hay SI Snow RW (2009) Predicting changing malaria risk after expanded

insecticide treated net coverage in Africa Trends in Parasitology 25 511ndash516 15 Griffin JT Hollingsworth D Okell LC Churcher TS White M Hinsley W Bousema T Drakeley CJ

Ferguson NM Basanez MG Ghani AC (2010) Reducing Plasmodium falciparum malaria transmission in Africa a model based evaluation of intervention strategies PLoS Medicine 7 e1000324

16 Chitnis N Schapira A Smith T Steketee R (2010) Comparing the effectiveness of malaria vector-

control interventions through a mathematical model American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 83 230ndash240

17 World Health Organization (2014) From malaria control to malaria elimination a manual for

Elimination Scenario Planning Global Malaria Programme World Health Organization Geneva April 2014

18 Gerardin J Eckhoff P Wenger EA (2015) Mass campaigns with antimalarial drugs a modelling

comparison of artemether-lumefantrine and DHA-piperaquine with and without primaquine as tools for malaria control and elimination BMC Infectious Diseases 15 144

19 Okell LC Drakeley CJ Bousema T Whitty CJM Ghani AC (2008) Modelling the impact of artemisinin

combination therapy and long-acting treatments on malaria transmission intensity PLoS Medicine 5 e226

20 Guyatt HL amp Snow RW (2001) Malaria in pregnancy as an indirect cause of infant mortality in sub-Saharan

Africa Transactions of Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 95 569-576 21 Desai M ter Kuile FO Nosten F McGready R Asamoa K Brabin B Newman R (2007) Epidemiology

and burden of malaria in pregnancy Lancet Infectious Diseases 7 93ndash104 22 van Eijk A Hill J Alegana VA Kirui V Gething PW ter Kuile F Snow RW (2011) Coverage of malaria

protection in pregnant women in sub-Saharan Africa a synthesis and analysis of national survey data Lancet Infectious Diseases 11 190-207

23 MPAC (2012) wwwwhointmalariampacsep2012mpac_mip_erg_sep2012pdf 24 MPAC (2013) wwwwhointmalariampacmpac_sep13_erg_ipt_malaria_pregnancy_reportpdf 25 Meremikwu MM Donegan S Sinclair D Esu E Oringanje C (2012) Intermittent preventive

treatment for malaria in children living in areas with seasonal transmission Cochrane Database Systematic Reviews 2 CD003756

26 Cairns M Roca-Feltrer A Garske T Wilson AL Diallo D Milligan PJ Ghani AC Greenwood BM (2012)

Estimating the potential public health impact of seasonal malaria chemoprevention in African children Nature Communications 3 881

25

27 Noor AM Kibuchi E Mitto B Coulibaly D Doumbo OK Snow RW (2015) A spatial decision support

framework for sub-national targeting of seasonal malaria chemoprevention in the Sahel Under review

28 Smith DL McKenzie FE Snow RW Hay SI (2007a) Revisiting the basic reproductive number for

malaria and its implications for malaria control PLoS Biology 5 e42 29 Hay SI Smith DL Snow RW (2008) Measuring malaria endemicity from intense to interrupted

transmission Lancet Infectious Diseases 8 369-378 30 Moonen B Cohen JM Snow RW Slutsker L Drakeley C Smith DL Abeyasinghe R Rodriguez Loacutepez

MH Maharaj R Tanner M Targett G (2010) Operational strategies to achieve and maintain malaria elimination Lancet 376 1592-1603

31 World Health Organization (2012a) Disease surveillance for malaria control Operational manual

WHO Geneva 32 World Health Organization (2012b) Disease surveillance for malaria elimination Operational manual

WHO Geneva 33 Cohen JM Moonen B Snow RW Smith DL (2010) How absolute is zero An evaluation of historical

and current definitions of malaria elimination Malaria Journal 9 213 34 Molineaux L Muir DA Spencer HC Wernsdorfer WH (1988) The epidemiology of malaria and its

measurement Malaria Principles and Practice of Malariology W Wernsdorfer and I McGregor London Churchill Livingstone 2 999-1089

35 Tusting LS Bousema T Smith DL Drakeley C (2014) Measuring changes in Plasmodium falciparum

transmission precision accuracy and costs of metrics Advances in Parasitology 84 151-208 36 Metselaar D amp van Thiel PH (1959) Classification of malaria Tropical Geographic Medicine 11 157ndash

161 37 Macdonald G amp Goumleckel GW (1964) The malaria parasite rate and interruption of transmission

Bulletin of World Health Organization 31 365ndash377 38 Lysenko AJ amp Semashko IN (1968) Geography of malaria A medico-geographic profile of an ancient

disease In Lebedew AW ed Itogi Nauki Medicinskaja Geografija Moscow USSR Academy of Sciences pp 25ndash146

39 Macdonald G (1957) The epidemiology and control of malaria Oxford University Press 40 Pampana E (1969) A textbook on malaria eradication Oxford Oxford University Press 41 Pull JH (1972) Malaria surveillance methods their uses and limitations American Journal of Tropical

Medicine amp Hygiene 21 651-657

26

42 World Health Organization (1950) Report on the malaria conference in equatorial Africa Held under the joint auspices of the World Health Organization and of the commission for technical co-operation in Africa south of the Sahara Kampala Uganda 27 Novemberndash9 December 1950

43 Yekutiel P (1960) Problems of epidemiology in malaria eradication Bulletin of the World Health

Organization 22 669-683 44 Macdonald G (1952) The analysis of equilibrium in malaria Tropical Diseases Bulletin 49 813-1129 45 Hay SI Guerra CA Gething PW Patil AP Tatem AJ Noor AM Kabaria CW Manh BH Elyazar IRF

Brooker S Smith DL Moyeed RA Snow RW (2009) A world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2007 PLoS Medicine 6 e1000048

46 Gething PW Patil AP Smith DL Guerra CA Elyazar IRF Johnston GL Tatem AJ Hay SI (2011) A new

world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2010 Malaria Journal 10 378 47 Snow RW Amratia P Kabaria CW Noor AM Marsh K (2012) The changing limits and incidence of

malaria in Africa 1939-2009 Advances in Parasitology 78 169-262 48 Black RH (1968) Manual of epidemiology and epidemiological services in malaria programmes World

Health Organization Geneva 49 Ray AP amp Beljaev AE (1984) Epidemiological surveillance a tool for assessment of malaria and its

control Journal of Communicable Disease 16 197ndash207 50 Omumbo JA Noor AM Fall IS Snow RW (2013) How well are malaria maps used to design and

finance malaria control in Africa PLoS One 8 e53198 51 Alegana VA Atkinson PM Wright JA Kamwi R Kakokele S Snow RW Noor AM (2013) Estimation of

malaria incidence in northern Namibia in 2009 using Bayesian Conditional-Autoregressive Spatial-Temporal Models Spatial amp Spatial Temporal Epidemiology 7 25-36

52 Bennett A Yukich J Miller JM Vounatsou P Hamainza B Ingwe MI Moonga HB Kamuliwo M Keating

J Smith TA Steketee RW Eisele TP (2014) A methodological framework for the improved use of routine health system data to evaluate national malaria control programs evidence from Zambia Population amp Health Metrics 12 30

53 Moonasar D Morris N Kleinschmidt I Maharaj R Raman J Mayet NT Benson FG Durrheim DN

Blumberg L (2013) What will move malaria control to elimination in South Africa South African Medical Journal 103 (10 Suppl 2) 801-806

54 Cohen JM Dlamini S Novotny JM Kandula D Kunene S Tatem AJ (2013) Rapid case-based mapping

of seasonal malaria transmission risk for strategic elimination planning in Swaziland Malaria Journal 12 61

55 Zanzibar Malaria Control Programme (2011) Zanzibar Malaria Performance Review September 2011

ZMCP Ministry of Health Revolutionary Government of Zanzibar

27

56 Ministry of Health [Cape Verde] World Health Organization and the University of California San Francisco (2012) Eliminating malaria Moving towards sustainable elimination in Cape Verde Geneva The World Health Organization httpappswhointirisbitstream106657584919789241504386_engpdfua=1

57 Littrell M Sow GD Ngom A Ba M Mboup BM Dieye Y Mutombo B Earle D Steketee RW (2013)

Case investigation and reactive case detection for malaria elimination in northern Senegal Malaria Journal 12 331

58 Thiroux D A amp DAnfreville D L (1908) Le paludisme au Seacuteneacutegal pendant les anneacutees 1905-1906

Gouvernement General de lAfrique Occidentale Francaise Laboratorie de bacteriologie de Saint-Louis Published Libraire JB Bailliere et Fils Paris 1908

59 Government General de LAlgeacuterie (1908) Campagne Antipaludique de 1908 unpublished document

available in Wellcome Library Euston Road London UK FX134AA9 60 Government of Gold Coast (1914) Medical amp Sanitary Report for the year 1913 Waterlow amp Sons

London 61 Mansfield-Aders W (1927) Notes on malaria and filariasis in the Zanzibar Protectorate Transactions

of the Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 30 207-214 62 Colony of Mauritius (1923-1925) Annual Reports on the Medical and Health Department 63 Swaroop S Gilroy AB Uemura K (1966) Statistical methods in malaria eradication Monograph Series

of World Health Organization 51 164 64 Barber MA amp Rice JB (1937) A survey of malaria in Egypt American Journal of Tropical Medicine amp

Hygiene 17 413-436 65 De Meira MT Simotildees TS Pinto Nogueira JF (1948) Observaccedilotildees sobre sezonismo nas ilhas do Sal Boa

Vista e S Nicolau (Cabo Verde) Anais do Instituto de Medicina Tropical 3 213-237 66 Young MD amp Johnson TH (1949) A malaria survey of Liberia Journal of National Malaria Society 8

247-266 67 De Meillon B (1951) Malaria survey of South-West Africa Bulletin of the World Health Organization

4 333ndash417 68 Houel G amp Donadille F (1953) Vingt ans de lutte antipaludique au Maroc Bulletin de lrsquoInstitut

drsquoHygiene du Maroc 13 3-51 69 Soeiro A (1952) O sezonismo em Moccedilambique contribuiccedilatildeo para o estudo epidemioloacutegico Anais do

Instituto de Medicina Tropical 9 343-389 70 Soeiro A (1959) Relactoacuterio da actividade do Instituto de Investigaccedilatildeo Meacutedica de Moccedilambique em

1958 e plano de trabalhos para o ano de 1960 Anais Intstituto de Higiene e Medicina Tropical 16 573-611

28

71 Bernard PM (1954) Trois ans de lutte antipaludique agrave Madagascar Bulletin de Madagascar

Publication Mensuelle du Service General Drsquoinformation du Haut-Commissariat no 96 72 Cambournac FJC Gandara AF Pena AJ Teixeira EWLG (1955) Subsidios para o inquerito malariologico

em Angola Anais do Instituto de Medicina Tropical 12 121-153 73 Anon (1954) Campagne antipaludique au Dahomey Map found in Benin box in WHO Archives

Geneva August 2012 74 Languillon J (1957) Carte eacutepideacutemiologique du paludisme au Cameroun Bulletin de la Socieacuteteacute de

Pathologie Exotique 50 585 - 600 75 Alves W (1958) Malaria parasite rates in Southern Rhodesia May-September 1956 Bulletin of the

World Health Organization 19 69-74 76 Lariviere M Hocquet P Abonnenc E (1961) Reacutesultats drsquoune enquecircte palustre dans la reacutepublique du

Seacuteneacutegal Indices plasmodiques chez les enfants en milieu rural Bulletin de la Socieacuteteacute Meacutedicale drsquoAfrique Noire de Langue Franccedilaise 6 386-403

77 Wernsdorfer G amp Wernsdorfer W (1967) Malaria in the middle Nile basin and its bordering regions Z

Tropenmed Parasitol 18 17-44 78 Rishikesh N amp Fahmy Y (1961) Quarterly report April-June 1961 Republic of Somalia pre-eradication

survey World Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 79 Rishikesh N Payne D Fahmy Y (1961) Quarterly report for the period January-March 1961 World

Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 80 Bechuanaland Protectorate (1958-1963) Annual Medical and Sanitary Reports for the Protectorate for

the years 1958-1963 Government Printers Gaborone 81 Craig MH Sharp BL Mabaso MLH Kleinschmidt I (2007) Developing a spatial-statistical model and

map of historical malaria prevalence in Botswana using a staged variable selection procedure International Journal of Health Geographics 6 44

82 Cano VI (1971) Deacuteveloppement des services de santeacute de base (Paludisme) World Health

Organization AFRMAL112 83 Barbie Y amp Timbila R (1964) Notes sur le paludisme en Reacutepublique Islamique de Mauritanie Medicine

Tropicale 24 427-435 84 Khromov A amp Privault R (1965) Programme du pre-eradication du paludisme Rapport trimestriel 4th

trimestre 1965 (Sep-Oct-Nov) WHO Mauritanie World Health Organization Unpublished document WHO Archives Geneva

85 Beltran O (1966) Malaria pre-eradication project Sierra Leone-19 fourth quarterly field report

October - December 1966 Government of Sierra Leone amp World Health Organization

29

86 Guy Y amp Gassabi R (1967) Les perspectives de leacuteradication du paludisme en Algeacuterie Archives de

LInstitut Pastuer DAlgerie 45 72-88 87 Chand D Garzen JB Bahar R Rishikesh N (1964) Malaria Eradication Service Ethiopia 14 (c) Quarterly

Report 1 October to 31 December 1964 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

88 Chand D Garzon JB Bahar R Rishiskesh N (1965) Quarterly report covering period 1 October to 31

December 1964 Project Ethiopia 0014 dated 9th february 1965 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

89 Onori E (1967) Distribution of Plasmodium ovale in the Eastern Western and Northern regions of

Uganda Bulletin of the World Health Organization 37 665-668 90 Wenlock (1978) The incidence of Plasmodium parasites in rural Zambia East African Medical Journal

55 268-276 91 Escudie A amp Hamon J (1961) Paludisme en Afrique Occidentale dexpression Franccedilaise Medicine

Tropicale 21 661-687 92 RBM-MERG - httpwwwrbmwhointmechanismsmerghtml 93 Corsi DJ Neuman M Finlay JE Subramanian SV (2012) Demographic and health surveys a profile

International Journal of Epidemiology 41 1602-1613 94 Measure httpwwwmeasuredhscomData 95 UNICEF httpwwwuniceforgstatisticsindex_24302html 96 Smith DL Guerra CA Snow RW Hay SI (2007b) Standardizing estimates of malaria prevalence

Malaria Journal 6 131 97 Brooker S Kolaczinski JH Gitonga CW Noor AM Snow RW (2009) The use of schools for malaria

surveillance and programme evaluation in Africa Malaria Journal 8 231 98 Stevenson JC Stresman GH Gitonga CW Gillig J Owaga C Marube E Odongo W Okoth A China P

Oriango R Brooker SJ Bousema T Drakeley C Cox J (2013) Reliability of school surveys in estimating geographic variation in malaria transmission in the western Kenyan highlands PLoS One 8 e77641

99 De Zulueta J Kafuko GW Cullen JR (1963) An investigation of the annual cycle of malaria in Masaka

district (Uganda) East African Medical Journal 40 469-488 100 Najera JA Shidrawi GR Gibson FD Stafford JS (1967) A large-scale field trial of Malathion as an

insecticide for antimalarial work in Southern Uganda Bulletin of the World Health Organization 36 913-935

30

101 Storey J (1972) A review of malaria work in Sierra Leone 1900 to 1964 West African Medical Journal 27 57-68

102 Gitonga CW Karanja PN Kihara J Mwjame M Juma E Snow RW Noor AM Brooker S (2010)

Implementing school malaria surveys in Kenya towards a nationwide surveillance system Malaria Journal 9 306

103 Gitonga CW Edwards T Karanja PN Noor AM Snow RW Brooker S (2012) Plasmodium infection

anaemia and mosquito net use among school children across different settings in Kenya Tropical Medicine amp International Health 17 858ndash870

104 Houngbedji CA N Dri PB Huumlrlimann E Yapi RB Silueacute KD Soro G Koudou BG Acka CA Assi S

Vounatsou P N Goran EK Fantodji A Utzinger J Raso G (2015) Disparities of Plasmodium falciparum infection malaria-related morbidity and access to malaria prevention and treatment among school-aged children a national cross-sectional survey in Cote dIvoire Malaria Journal 14 7

105 Ashton R Kefyalew T Tesfaye G Pullan R Yadeta D Reithinger R Kolaczinski J Brooker S (2010)

School-based surveys of malaria in Oromia Regional State Ethiopia towards a map of malaria risk Federal Ministry of Health Ethiopia

106 Takem EN Affara M Amambua-Ngwa A Okebe J Ceesay SJ Jawara M Oriero E Nwakanma D

Pinder M Clifford C Taal M Sowe M Suso P Mendy A Mbaye A Drakeley C DAlessandro U (2013) Detecting foci of malaria transmission with school surveys A pilot study in The Gambia PLoS One 8 e67108

107 Clarke SE Roschnik N Rouhani S Diarra S Bamadio M Sacko M Traore D Ly AB Gaye O Sembene

M Fall FB (2012) Malaria in school children under a new policy of universal coverage of nets Recent data from Mali and Senegal American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 Supplement 5 abstract 1466

108 Kabatereine NB Standley CJ Sousa-Fugueiredo JC Fleming RM Stothard JR Talisuna A Fenwick A

(2011) Integrated prevalence mapping of schistosomiasis soil-transmitted helminthiasis and malaria in lakeside and island communities in Lake Victoria Uganda Parasites amp Vectors 4 232

109 Emerson PM Ngondi J Biru E Graves PM Ejigsemahu Y Gebre T Endeshaw T Genet A Mosher

AW Zerihun M Messele A Richards FO (2008) Integrating an NTD with one of lsquolsquoThe Big Threersquorsquo Combined malaria and trachoma survey in Amhara Region of Ethiopia PLoS Neglected Tropical Diseases 2 e197

110 Noor AM Alegana VA Patil AP Moloney G Borle M Ahmed F Yousef F Amran J Snow RW (2012)

Mapping the receptivity of malaria risk to plan the future of control in Somalia British Medical Journal Open Access 2 e001160

111 Boyd MF (1949) Malariology A comprehensive review of all aspects of this group of diseases from a

global standpoint Volume II WB Saunders Company Philadelphia and London

31

112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

14

renfermant des donneacutees denquecirctes nationales Ils nrsquoont cependant pas pris des exemplaires numeacuteriques de rapports originaux Dans la mesure du possible nous avons tenteacute de localiser ces rapports et drsquoen preacuteparer des exemplaires numeacuteriques Cela na pas toujours eacuteteacute couronneacutee de succegraves et nous avons de ce fait inclus certaines donneacutees des issues de la base de donneacutees MARA ARMA des enquecirctes meneacutees agrave lrsquoeacutepoque preacute-indeacutependance avec des citations respectives notamment celles reacutecupeacutereacutees du Centre Muraz agrave Bobo Dioulasso Des exemplaires numeacuteriques des rapports non-publieacutes issus des archives europeacuteennes et africaines sont mis agrave la disposition des pays dans le cadre du projet INFORM en tant que bibliothegraveques numeacuteriques Scheacutema 5 A gauche Archives du laboratoire national de santeacute publique Nairobi Kenya (Old Wellcome Trust Library) A droite ndash Bibliothegraveque de lrsquoInstitut national de recherche meacutedicale Amani Tanzanie 43 Recherche des donneacutees eacutelectroniques Des bases de donneacutees eacutelectroniques en ligne ont eacuteteacute utiliseacutees comme un moyen didentifier les pairs des donneacutees publieacutees sur la preacutevalence de linfection paludique notamment celles publieacutees depuis les anneacutees 1980 y compris PubMed [113] Google Scholar [114] Armed Forces Pest Management Board (le Conseil dadministration de la lutte antiparasitaire des Forces armeacutees) - Litteacuterature Retrieval System [116] la base de donneacutees de la bibliothegraveque de lrsquoOrganisation mondiale de la santeacute [116] et le service de la bibliothegraveque numeacuterique en ligne de lInstitut de Recherche pour le Deacuteveloppement [117] Nous nrsquoavons pas trouveacute facilement des revues reacutegionales y compris un grand nombre de revues meacutedicales nationales des revues de la santeacute publique et parasitologiques agrave partir des sources ci-dessus Toutefois nous avons trouveacute des titres et des extraits en ligne de lrsquoAfrican Journals Online (AJOL) [118] Dans toutes les recherches de bases de donneacutees numeacuteriques des travaux publieacutes contenant les des mots-cleacutes laquo paludisme raquo et laquonom de paysraquo ont eacuteteacute utiliseacutes Nous avons eacuteviteacute lrsquoemploi des terminologies speacutecialiseacutees issues du systegraveme de meacutetadonneacutees meacutedicales laquoMedical Subject Headings (MeSH)raquo dans les recherches darchives numeacuteriques de faccedilon agrave eacutelargir au maximum

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notre champ de recherche Nous avons effectueacute des recherches de base de donneacutees au moins une fois par an agrave partir de lrsquoanneacutee 2005 Nous avons compleacuteteacute nos recherches par des notifications reacuteguliegraveres hebdomadaires sur le paludisme du service dalerte infos de Malaria World [119] Roll Back Malaria des bulletins dinformations du Programme de santeacute environnementale de lUSAID [120] et Santeacute Tropicale pour les revues nationales et reacutegionales des pays francophones y compris Meacutedecine dAfrique noire [121 ] Les titres et les reacutesumeacutes ont eacuteteacute utiliseacutes pour identifier drsquoeacuteventuelles donneacutees denquecirctes parasitaires transversales dans diverses formes soit en tant qursquoenquecirctes communautaires enquecirctes en milieu scolaire autres meacutethodes de deacutepistage parasitaire ou des essais sur le terrain Nous avons eacutegalement eacutetudieacute des eacutetudes sur la preacutevalence de maladies associeacutees au paludisme lorsque celles-ci sont preacutesenteacutees dans le cadre drsquoenquecirctes sur laneacutemie lrsquoheacutemoglobinopathie la transfusion sanguine ou eacutevaluations de la situation nutritionnelle afin drsquoidentifier les rapports coiumlncidence de la preacutevalence paludique En outre crsquoeacutetait une pratique courante de deacutepister les membres de la communauteacute ou des eacutecoliers au cours des protocoles de sensibiliteacute preacutecoces aux meacutedicaments antipaludeacuteens de sorte agrave enrocircler des personnes infecteacutees aux enquecirctes de suivi post-traitement Souvent des donneacutees issues des sites denquecirctes seacutelectionneacutes permettaient de fournir le nombre de personnes deacutepisteacutees et le nombre de personnes infecteacutees Les enquecirctes aupregraves des populations feacutebriles ou des personnes freacutequentant des cliniques ont eacuteteacute exclues Les publications avec des titres ou des extraits pouvant indiquer la preacutesence des donneacutees parasitaires possibles ont eacuteteacute soit teacuteleacutechargeacutees agrave partir darchives de revues offertes en ligne en libre accegraves ou provenant de HINARI (lInitiative daccegraves aux recherches pour la santeacute) [122] A chaque fois que les publications nrsquoeacutetaient pas disponibles sur HINARI en libre accegraves nous visitions les archives des bibliothegraveques du Royaume-Uni agrave la London School of Hygiene and Tropical Medicine la Liverpool School of Tropical Medicine la bibliothegraveque Bodleian agrave lUniversiteacute dOxford ou la Bibliothegraveque de lInstitut Pasteur Paris pour obtenir en obtenir des exemplaires Nous faisions des demandes de reacutefeacuterences que nous nrsquoarrivions pas agrave trouver suivant ces recherches agrave laide du catalogue mondial des recherches agrave travers les bibliothegraveques dOxford factureacutees agrave la page Toutes les publications agrave partir desquelles des donneacutees ont eacuteteacute extraites ont eacuteteacute contreveacuterifieacutees agrave lrsquoaide des bibliographies provenant dautres sources qursquoon aurait oublieacutees ou qui correspondraient agrave des documents non publieacutes ou laquodocuments parallegravelesraquo qui ne sont geacuteneacuteralement pas controcircleacutes par les eacutediteurs commerciaux Les auteurs des articles eacutevalueacutes par les pairs ont souvent eacuteteacute contacteacutes pour nous renseigner sur des informations compleacutementaires dans leur document et nous indiquer dautres travaux non publieacutes dans leur zone geacuteographique ou de leur institution

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44 Autres sources de donneacutees Les enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages ayant inteacutegreacute la preacutevalence parasitaire sont deacutecrites dans la section 3 Les donneacutees provenant de ces enquecirctes sont soit disponibles en formats teacuteleacutechargeables agrave partir du programme ICF MEASURE ou ont eacuteteacute fournis au projet INFORM par les programmes nationaux de lutte antipaludique dans le cadre daccords de collaboration Pour dautres donneacutees eacuteventuellement ineacutedites et propres aux sites sur la preacutevalence du paludisme nous avons consulteacute des sites Web et contacteacute les organisations non gouvernementales (ONG) travaillant en Afrique pouvant avoir entrepris des eacutevaluations sanitaires comprenant des enquecirctes parasitologiques au sein des communauteacutes aupregraves desquelles elles œuvraient Il srsquoagissait notamment de Meacutedecins sans Frontiegraveres [123] MERLIN [124] le Centre Carter [125] Selon lUniteacute danalyse de la seacutecuriteacute alimentaire et de la nutrition en Somalie (FSNAU) [126] Shape Consulting [127] Save the Children [128] Malaria Consortium [129] et MENTOR [130] Gracircce aux contacts fournis par ces agences nous avons pu trouver des donneacutees provenant de sites drsquoenquecirctes en Guineacutee en Sierra Leone en Cocircte dIvoire en Tanzanie au Libeacuteria en Somalie au Kenya en Ouganda au Nigeria en Ethiopie au Mali et au Soudan du Sud Les extraits des ouvrages publieacutes par Tropical Medicine ainsi que ceux issus des reacuteunions sur le paludisme ont eacuteteacute identifieacutes provenant de sources les plus diverses possibles et produits dans le cadre de confeacuterences et de congregraves nationaux et internationaux Ceux-ci ont eacuteteacute utiliseacutes pour signaler drsquoeacuteventuelles donneacutees solliciteacutees par correspondance des auteurs drsquoextraits Notre preacutesence reacutegionale et les liens que nous entretenons avec la communauteacute de recherche sur le paludisme en Afrique a permis de faire naicirctre une prise de conscience quant agrave lobjectif et agrave lambition de la recherche sur la cartographie du paludisme commenceacute en 1996 sous la collaboration MARA ARMA [35] Nous avons profiteacute de cette connectiviteacute reacutegionale des chercheurs pour contacter directement les collegravegues travaillant sur leacutepideacutemiologie du paludisme de sorte agrave rechercher des donneacutees ventileacutees et speacutecifiques au site souvent ineacutedites La volonteacute de partager des donneacutees non publieacutees sur les enquecirctes parasitaires a eacuteteacute sans preacuteceacutedent Au 1er Juillet 2015 plus de 700 scientifiques et speacutecialistes individuels de la santeacute publique ont fourni des informations ventileacutees sur les donneacutees publieacutees donneacutees non-publieacutees ou ont apporteacute leur concours agrave la localisation des communauteacutes eacutechantillonneacutees agrave travers lAfrique Nous avons tenu agrave les remercier dans lannexe accompagnant le preacutesent rapport ainsi que sur le site Web INFORM [131] Les instituts reacutegionaux menant des recherches sur le paludisme et leurs partenaires de collaboration eacutetaient toujours agrave lavant-garde dans la fourniture de donneacutees non publieacutees Il convient de mentionner particuliegraverement les Medical Research Council Laboratories (Gambie) les partenariats de collaboration entre le Kenyan Medical Research Institute et le Wellcome Trust Universiteacute dOxford US Centers for Disease Control Universiteacute de Nagasaki et Walter Reed (Kenya) le Centre de Recherche et de formation sur le paludisme (Mali) Uganda Malaria Surveillance Project (Ouganda) les partenariats de collaboration tisseacutes entre Ifakara Health Institute et le Swiss Tropical Institute la London School of Hygiene and Tropical Medicine et US

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Centers for Disease Control (Tanzanie) Dar es Salaam Urban Malaria Control Project (Tanzanie) National Medical Research Institute agrave Amani (Tanzanie) Institut Pasteur (Madagascar) lrsquoInstitut de Recherche pour le deacuteveloppement (Seacuteneacutegal) Centre de Rechercheacute en Santeacute de Nouna (Burkina Faso) Institute for Endemic Diseases University of Khartoum (Sudan) Blue Nile Health Project-Giezera State University (Sudan) Centro Investigaco Saude Angola (Angola) Liverpool School of Tropical Medicine Wellcome Trust and College of Medicine Programme collaboratif de lrsquoUniversity of Malawi (Malawi) South African Medical Research Council (Afrique du Sud Mozambique et Swaziland) le programme de collaboration du Swiss Tropical and Public Health Institute et de lInstitut de la santeacute publique (Cocircte dIvoire) le programme de collaboration du US Centers for Disease Control (Togo) partenariats de collaboration du Prince Leopold Institute (Burundi Beacutenin et Rwanda) Malaria Institute agrave Macha (Zambie) Medical Research CentreOuganda Virus Research Institute (Ouganda) lEcole de Santeacute Publique de Kinshasa (RDC) et le Southern African Malaria Consortium (Zimbabwe) 5 Abstraction des donneacutees drsquoenquecircte 51 Exigences minimales en matiegravere de donneacutees De chacun des rapports drsquoenquecircte les champs de donneacutees minimales requises pour chaque enregistrement sont les suivants description de la zone deacutetude (nom divisions administratives et coordonneacutees geacuteographiques cas eacutecheacuteant) dates de deacutebut et de fin de lenquecircte (mois et anneacutee) et renseignements sur de lexamen sanguin (nombre de personnes deacutepisteacutees nombre de personnes constateacutees positives pour infection au Plasmodium par espegravece) meacutethodes utiliseacutees pour deacutetecter linfection (microscopie tests de diagnostic rapide (TDR) reacuteaction en chaicircne par polymeacuterase (PCR) ou combinaisons) et lrsquoacircge le plus bas et la population eacutetudieacutee Pour les donneacutees provenant des essais controcircleacutes et randomiseacutes dintervention les donneacutees nrsquoont eacuteteacute seacutelectionneacutees que lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees de base de preacute-intervention et celles issues des enquecirctes de suivi transversales ulteacuterieures au sein des populations teacutemoins Lorsque des cohortes dindividus ont eacuteteacute interrogeacutees agrave plusieurs reprises dans le temps nous nous sommes efforceacutes dinclure uniquement la premiegravere enquecircte et les enquecirctes ulteacuterieures lorsque celles-ci nrsquoavaient qursquoun eacutecart drsquoau moins cinq mois par rapport agrave la date denquecircte initiale pour eacuteviter toute deacutependance entre les observations baseacutees sur le traitement des personnes infecteacutees preacuteceacutedentes Lorsqursquoil neacutetait pas possible de ventiler les enquecirctes reacutepeacuteteacutees celles-ci eacutetaient deacutefinitivement exclues de lanalyse Plusieurs pays ont maintenu des enquecirctes sanguines de masse apregraves avoir atteint les phases de consolidation de leacutelimination La dureacutee des phases de preacute-eacutelimination drsquoattaque de consolidation et dentretien deacutelimination varie entre les pays [47] Nous avons choisi dexclure les donneacutees eacutechantillonneacutees apregraves les dates ougrave les pays mettant en œuvre des programmes drsquoeacutelimination avaient commenceacute agrave utiliser des taux drsquoincidence deacuteriveacutes des indices parasitaires annuels ou lorsque des enquecirctes sanguines de masse eacutetaient utiliseacutees pour deacutemontrer labsence de transmission en Algeacuterie (1967) en Egypte (1965) en Libye (1967) en icircle Maurice (1957) au Maroc (1969) en Reacuteunion (1953) et en Tunisie (1968)

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Parfois les rapports preacutesentaient le nombre total de personnes examineacutees dans un certain nombre de villages et le pourcentage de personnes controcircleacutees positives par village ici nous avons supposeacute que le deacutenominateur par village eacutetait eacutequivalent au nombre total de personnes examineacutees diviseacute par le nombre total de villages Il eacutetait possible deacutetablir lanneacutee de chaque enquecircte cependant il eacutetait parfois impossible drsquoeacutetablir le mois de lenquecircte agrave partir des rapports denquecirctes Dans ce cas de figure nous avons utiliseacute des descriptions saison laquohumideraquo et saison laquosegravecheraquo premier ou deuxiegraveme trimestre scolaire ou dautres informations pour parvenir agrave une approximation du mois de lenquecircte et avons inclus un rapport sur cette hypothegravese Certains reacutesultats de lenquecircte ont eacuteteacute signaleacutes en tant qursquoagreacutegat dans lespace (par exemple un seul PfPR pour un groupe de villages) ou dans le temps (par exemple un PfPR moyen estimeacute agrave partir de quatre enquecirctes diffeacuterentes meneacutees au fil du temps) Dans de tels cas nous avons soit chercheacute dautres rapports des mecircmes enquecirctes avec une reacutesolution spatiale ou temporelle plus eacuteleveacutee Lagrave ougrave cela na pas eacuteteacute possible et ougrave des groupes de villages deacutepassaient 5 km2 nous avons exclu du dossier de lanalyse (voir ci-dessous) Lorsque des informations suppleacutementaires eacutetaient neacutecessaires pour fournir des donneacutees speacutecifiques par village dans un moment preacutecis nous avons demandeacute aux auteurs de nous fournir tout renseignement ou document manquant 52 Meacutethodes de deacutetection parasitaires Compte tenu de son ubiquiteacute en tant qursquooutil de diagnostic paludique la meacutethode preacutefeacutereacutee de deacutetection parasitaire eacutetait la microscopie Aucune distinction nrsquoeacutetait faite entre la microscopie optique ou par fluorescence La qualiteacute de la veacuterification de lame [132133] les variations de sensibiliteacute speacutecificiteacute entre les tests de diagnostic rapide (TDR) [134] la capaciteacute des eacutequipes de terrain agrave analyser les TDR de maniegravere fiable [135-138] ou des variations obtenues sur la base de la seacutelection des amorces pour les reacuteactions en chaicircne de la polymeacuterase (PCR) [139] influencent toutes les descriptions de la preacutevalence et auront des variances intrinsegraveques entre les enquecirctes incluses dans la base de donneacutees Il a eacuteteacute deacutemontreacute que les TDR donnent des taux de faux positifs plus eacuteleveacutes que la microscopie [134 140 141] cependant ils ont tendance agrave stratifier agrave fois le taux parasitaire le plus bas (lt1) et le plus eacuteleveacute (gt50) avec plus de preacutecision par rapport agrave la microscopie courante [133 141] Une analyse drsquoun grand recueil de donneacutees sur les taux parasitaires des communauteacutes a deacutemontreacute quil y avait une diffeacuterence minime dans les estimations du taux moyen global de preacutevalence de P falciparum dans une analyse des donneacutees correspondantes apparieacutees issues des enquecirctes communautaires ayant utiliseacute la microscopie et les TDR pour les examens parasitaires [46] Neacuteanmoins les diffeacuterences entre les TDR et la microscopie en matiegravere de leur capaciteacute agrave deacutetecter des dinfections mineures lorsquelles sont geacutereacutees dans des conditions normales restent un preacutejugeacute systeacutematique inheacuterent aux donneacutees [141] que nous sommes incapables de controcircler Nous sommes eacutegalement incapables de controcircler la qualiteacute des analyses de donneacutees des enquecirctes en utilisant uniquement la microscopie Le principal problegraveme de la microscopie lorsquelle est utiliseacutee dans le cadre les enquecirctes-eacutechantillons nationales est la qualiteacute de la preacuteparation des lames (coloration et entreposage) et

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ou les garanties de la veacuterification de la qualiteacute (VQ) des analyses des lames Dans ce cas de figure nous avons en consultation avec les responsables des enquecirctes nationales ducirc faire plusieurs jugements de valeur Par exemple pour les enquecirctes nationales aupregraves des meacutenages au Soudan en Somalie au Malawi et en Angola nous avons choisi dinteacutegrer les preacutevalences dinfection obtenues gracircce aux TDR plutocirct les estimations provenant des analyses des lames de microscopie Par contre pour drsquoautres pays tels que le Kenya et lOuganda nous avions des garanties quant agrave la qualiteacute des analyses des preacutelegravevements sanguins pendant enquecirctes sur les indicateurs du paludisme Il ny a pas de regravegles absolues pour ces deacutecisions A chaque fois que des preuves quant agrave la qualiteacute des analyses des lames nous eacutetaient fournies nous avons deacutecideacute drsquoutiliser celles-ci par rapport aux TDR 53 Geacuteocodage des sites drsquoenquecircte Le geacuteocodage de donneacutees la deacutefinition dune longitude et une latitude deacutecimale pour chaque site denquecircte consistait en une tacircche particuliegraverement exigeante En fonction de leur repreacutesentation spatiale les donneacutees eacutetaient classeacutees en tant que villages communauteacutes ou eacutecoles individuelles ou ensemble de communauteacutes dans une zone deacutefinissable correspondant agrave une zone agrave linteacuterieur dun quadrillage de 5 km ou environ 005 degreacutes deacutecimaux au niveau de leacutequateur Dans la mesure du possible nous avons chercheacute agrave conserver des donneacutees ventileacutees au niveau des villages plutocirct que des donneacutees agrave travers une laquogrande eacutetendueraquo Lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees provenant des communauteacutes deacutepassant un quadrillage de 5 km nous avons consideacutereacute ces derniers comme une reacutesolution spatiale trop faible avec une variance importante possible dans le polygone dinformations agrave exclure lors de lutilisation de la modeacutelisation geacuteostatistique avanceacutee En pratique il srsquoagissait ici drsquoun critegravere difficile agrave veacuterifier eacutetant donneacute que la plupart des rapports denquecircte ne fournissaient pas suffisamment de deacutetails sur la superficie de la zone eacutetudieacutee Une utilisation plus reacutecente des systegravemes de positionnement mondial (GPS) lors de travaux denquecircte permet une reacuteagreacutegation des donneacutees denquecircte aupregraves des meacutenages avec une plus grande preacutecision Crsquoest eacutegalement utile dans le maintien du critegravere du quadrillage de 5 km tout en combinant des grappes de petites tailles deacutechantillon dans lespace Lutilisation du GPS pour enregistrer des longitudes et latitudes a contribueacute de maniegravere appreacuteciable agrave des enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages depuis circa 2007 [142] Cependant dans les enquecirctes deacutemographiques et sanitaires aupregraves des meacutenages geacutereacutes par le programme ICF-MEASURE un processus de deacuteplacement de coordonneacutees GPS est effectueacute de telle sorte que pour les clusters urbains un deacuteplacement est introduit agrave une distance allant jusqursquoagrave tous les 2 km qui influe rarement sur la preacutecision globale de modeacutelisation eacutetant donneacute que ce processus se fait dans le cadre est dans les zones urbaines Pour les clusters ruraux on fait un deacuteplacement jusqursquoagrave 5 km avec 1 de clusters ruraux suppleacutementaires deacuteplaceacutes jusquagrave une distance de 10 km Ici nous avons passeacute en revue tous les clusters ruraux agrave lrsquoaide de Google Earth pour examiner la mesure dans laquelle les clusters ruraux pourraient avoir eacuteteacute deacuteplaceacutes vers des zones inhabiteacutees et repositionneacutes dans les zones peupleacutees les plus proches

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Pour positionner chaque site denquecircte lagrave ougrave les coordonneacutees GPS ne sont pas disponibles nous avons utiliseacute une varieacuteteacute de ressources numeacuteriques parmi lesquels les plus utiles eacutetaient Encyclopeacutedie Microsoft Encarta (Microsoft 2004) et Google Earth (Google 2009) Drsquoautres sources drsquoarchives numeacuteriques de noms de lieux couramment utiliseacutes sont entre autres le serveur de noms de lieux de la National Geospatial-Intelligence Agency GEOnet Eacutetats-Unis [143] Falling Rain Genomicsrsquo Global Gazetteer [144] Alexandria Digital Library de lUniversiteacute de Californie Eacutetats-Unis [145] African Data Sampler [146] MapCarta [147] Maplandia [148] Global geodatabase-cities [149] Open Street Map [150] VMAP0 [151] et IslamicFinder [152] A travers lAfrique il existe un certain nombre de reacutepertoire toponymique numeacuteriques nationaux pour les lieux habiteacutes les eacutetablissements sanitaires ou les eacutecoles Ce type de reacutepertoires accroicirct en nombre en preacutecision et en couverture Nous les avons obtenus sur demande aupregraves des bureaux nationaux de recensement des ministegraveres de leacuteducation et de la santeacute et des ONG partenaires Cela srsquoest aveacutereacute un outil preacutecieux dans la localisation des communauteacutes au Burkina Faso au Kenya en Gambie au Mozambique agrave Madagascar en Somalie au Malawi en Mauritanie au Ghana au Niger en Namibie au Seacuteneacutegal en Somalie en Afrique du Sud en Tanzanie en Ouganda en Zambie et agrave Zanzibar Bien que nous tentons drsquoutiliser des nomenclatures types et des strateacutegies uniques de nommage dans les reacutepertoires toponymiques numeacuteriques [153] il est difficile drsquoatteindre cela au niveau national ougrave les orthographes changement en fonction des auteurs au fil du temps et ougrave les mecircmes noms de lieux sont reacutepliqueacutees agrave travers un pays En tant que tel lors de lextraction de donneacutees chaque point de donneacutees a eacuteteacute enregistreacute avec autant drsquoinformations geacuteographiques que possible issues de la source Crsquoest bien ces informations qui ont eacuteteacute utiliseacutees au cours du geacuteo-positionnement par exemple pour veacuterifier que le geacuteocodage permettait de cadrer les sites denquecirctes dans les uniteacutes administratives deacutecrites dans le rapport ou qursquoil correspondait agrave dautres deacutetails dans le rapport sur la distance vis-agrave-vis des riviegraveres ou les villes lorsque cela eacutetait afficheacutees sur Google Earth Bien quen theacuteorie les coordonneacutees GPS doivent repreacutesenter une localisation spatiale sans ambiguiumlteacute il fallait une veacuterification rigoureuse pour veiller agrave ce que les sites denquecirctes correspondent aux coordonneacutees GPS Comme drsquohabitude nous avons donc reveacuterifieacute toutes les donneacutees GPS de toutes les sources en utilisant les noms de lieux et ou Google Earth pour assurer que les coordonneacutees se situaient dans les communauteacutes Toutes les coordonneacutees ont eacuteteacute soumises agrave un controcircle final agrave laide de la base de donneacutees spatiale des frontiegraveres administratives de second niveau deacuteveloppeacutees et reacuteviseacutee en 2008 par lOrganisation pour lalimentation et lagriculture (FAO) des Nations Unies [154] Loutil de seacutelection spatiale ArcGIS 101 (ESRI USA) a eacuteteacute utiliseacute pour veacuterifier que les points du long du littoral eacutetaient situeacutes sur des terrains tels que deacutefinis par GAUL 2008 La base de donneacutees de Global Lakes and Wetlands (GLWD) deacuteveloppeacutee par le Fonds mondial pour la nature [155] a eacuteteacute utiliseacute pour srsquoassurer que les points inteacuterieurs eacutetaient positionneacutes sur la terre ferme et non pas sur des plans deau Nous cherchions par-lagrave agrave identifier les coordonneacutees qui se trouvaient leacutegegraverement au large des cocirctes sur les affluents ou dans les uniteacutes administratives incorrectes chaque anomalie a eacuteteacute reveacuterifieacutee et repositionneacutee agrave laide de petits changements et avec Google Earth

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54 Deacutefinition des frontiegraveres nationales A la fin de la Seconde Guerre mondiale en 1945 presque tous les pays en Afrique eacutetaient soumis agrave la domination ou agrave lrsquoadministration coloniale Chaque pays sur le continent africain est aujourdhui indeacutependant mecircme si quelques icircles restent sous administration europeacuteenne (la Reacuteunion et Mayotte) Il existe actuellement 55 Etats indeacutependants dont 53 sont membres de lUnion africaine Tout au long de ce rapport nous utilisons les noms et les frontiegraveres des Eacutetats-nations en Afrique et les frontiegraveres actuelles plutocirct que la nomenclature preacute-indeacutependance Tout au long de ce rapport nous avons utiliseacute lrsquooutil numeacuterique de traitement de frontiegraveres parraineacute par lrsquoONU [156] En tant que tel nous traitons le Soudan du Sud en tant qursquoentiteacute diffeacuterente de la Reacutepublique du Soudan et lEacuterythreacutee diffeacuterente de lEthiopie Il y a beaucoup de zones litigieuses en Afrique revendiqueacutees par diffeacuterents pays voisins et qui restent en suspens [157] Pour les besoins de notre travail nous avons traiteacute le Triangle drsquoIlemi en tant que partie inteacutegrante de la reacutegion de Turkana du Kenya Nous avons consideacutereacute Walvis Bay en Namibie comme faisant toujours partie de la Namibie en deacutepit du fait que ce territoire fait partie de lrsquoAfrique du Sud depuis de nombreuses anneacutees suivant lindeacutependance de la Namibie en 1990 Deux petits territoires au sein du Royaume du Maroc continuent decirctre occupeacutes par lEspagne dans le Nord-Ouest (Ceuta) et dans le Nord-Est (Melilla) sur le littoral meacutediterraneacuteen Cependant nous avons consideacutereacutes ces territoires comme faisant partie du Royaume du Maroc se rapprochant de son eacutetendue ottomane avant 1912 Nous traitons la peacuteninsule du Sinaiuml en tant que partie permanente de la Reacutepublique arabe dEgypte Sans faire de jugements politiques nous avons consideacutereacute la reacutegion drsquoAbeyi comme faisant partie inteacutegrante de la Reacutepublique du Soudan cependant dans la cartographie des produits nationaux les deux pays prennent en compte cette reacutegion Nous avons traiteacute le Triangle Halaib sur la frontiegravere soudano-eacutegyptienne comme faisant partie du Soudan bien que depuis 2010 lrsquoEacutegypte controcircle cette zone en tant que partie inteacutegrante de son Etat de la Mer Rouge La reacutegion de Bakassi territoire frontalier contesteacute sur la cocircte atlantique entre le Nigeria et le Cameroun a eacuteteacute traiteacute comme faisant partie du Nigeria en deacutepit de la mise en œuvre finale des accords qui ont accordeacute cette reacutegion agrave ladministration camerounaise en 2014 Les groupes insulaires de Bioko Annobin et Zanzibar sont traiteacutees seacutepareacutement de la partie continentale de Guineacutee eacutequatoriale et de Tanzanie respectivement Ces groupes insulaires ont toujours eu diffeacuterents plans de lutte antipaludique et des ambitions drsquoeacutelimination diffeacuterentes de ceux de leurs homologues du continent 55 Normalisation selon lacircge Lorsque lacircge nrsquoeacutetait pas preacuteciseacute dans le rapport de chaque enquecircte mais que le rapport preacutecisait que lrsquoensemble du village ou drsquoenfants de leacutecole primaire eacutetaient examineacutes nous avons supposeacute que les tranches dacircge agrave 0-99 ans ou 5-14 ans respectivement Il y avait une grande diversiteacute dans les tranches dacircge des populations eacutechantillonneacutees entre les eacutetudes Pour faire des comparaisons significatives dans le temps et lespace une seule tranche dacircge normaliseacute est neacutecessaire Il est possible drsquoeffectuer des ajustements dun acircge normaliseacute pour le Plasmodium falciparum gracircce agrave lobservation et agrave la theacuteorie des maladies infectieuses lagrave ougrave limmuniteacute est acquise apregraves une exposition reacutepeacuteteacutee de la naissance Nous avons adapteacute des modegraveles de

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conversion catalytique de Muench (dabord utiliseacute dans le paludisme par Pull amp Grab dans les anneacutees 1970 [158]) en eacutequations statiques en R-script qui utilise les gammes infeacuterieure et supeacuterieure deacutechantillon et la preacutevalence globale pour se transformer en une estimation preacutevues chez les enfants acircgeacutes de 2-10 ans PfPR2-10 [96] 56 Limitations dues agrave la taille de leacutechantillon La taille de leacutechantillon est inversement proportionnelle agrave la preacutevalence ougrave agrave faible taille des eacutechantillons les biais dans les estimations de la preacutevalence sont introduits en fonction de la preacutevalence reacuteelle de la population se traduisant deacutecarts-types relativement eacuteleveacutes [159] Il existe un seuil critique entre 10 et 20 individus eacutechantillonneacutes en dessous duquel les eacutecarts-types augmentent de faccedilon exponentielle dans la plupart des enquecirctes sur les infections parasitaires et la courbe commence agrave aplatir agrave partir drsquoune taille denviron 50 eacutechantillons et atteint une asymptote agrave environ 100 [160] La taille des eacutechantillons denquecircte individuels est eacutegalement importante dans le calcul des correacutelations avec les variables dendeacutemiciteacute pour veacuterifier les associations plausibles entre par exemple des preacutecipitations et la preacutevalence Au cours de seacutelection des co-variables de petits eacutechantillons impreacutecis peuvent conduire agrave loverfitting Nous avons chercheacute agrave combiner les communauteacutes agrave proximiteacute ougrave tout village comptait moins de 10 personnes eacutechantillonneacutees et ougrave les communauteacutes se situaient agrave moins de 5 km lrsquoun de lautre eacutechantillonneacutes exactement au mecircme moment par les mecircmes enquecircteurs 6 Partage et accegraves aux donneacutees Les donneacutees recueillies pour cette eacutetude font partie dune initiative plus large visant agrave aider les gouvernements nationaux en mettant agrave leur disposition des plateformes de donneacutees probantes pour les aider agrave concevoir des projets de lutte antipaludique gracircce au concours du projet INFORM [131161] soutenu par le Deacutepartement pour le deacuteveloppement international Royaume-Uni et le Wellcome Trust Les donneacutees geacuteocodeacutees sur la preacutevalence parasitaire issues des donneacutees archiveacutees publieacutees et ineacutedites donneacutees et rassembleacutees en bases de donneacutees soigneusement conserveacutees doivent ecirctre prise en charge et geacutereacutees par les services de lutte contre le paludisme au sein des ministegraveres nationaux de la santeacute Les donneacutees provenant des recherches nationales et des enquecirctes meneacutees par les ministegraveres de la santeacute sont la proprieacuteteacute des gouvernements nationaux Le plus souvent la plupart des ministegraveres de la santeacute nont pas accegraves agrave la gamme complegravete des donneacutees sur le paludisme pourtant potentiellement disponibles dans leur propre pays Le but est donc de se servir du projet INFORM pour bacirctir une appropriation des donneacutees nationales sur le paludisme et mettre toutes les donneacutees recueillies agrave la disposition des ministegraveres de la santeacute agrave travers lAfrique et aux conseillers techniques reacutegionaux de lOrganisation mondiale de la santeacute A ce titre ces gouvernements nationaux deviendront les gardiens de leurs propres donneacutees nationales et pleinement responsables de leur distribution aux scientifiques nationaux reacutegionaux et internationaux ainsi qursquoaux partenaires de controcircle

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7 Reacutefeacuterences 1 Snow RW (2014) Sixty years trying to define the malaria burden in Africa have we made any progress

BMC Medicine 12 227 2 Noor AM Kinyoki DK Mundia CW Kabaria CW Wambua JM Alegana VA Fall IS Snow RW (2014) The

changing risk of Plasmodium falciparum malaria infection in Africa 2000ndash10 a spatial and temporal analysis of transmission intensity Lancet 383 1739-1747

3 Snow RW Marsh K le Sueur D (1996) The need for maps of transmission intensity to guide malaria

control in Africa Parasitology Today 12 455ndash457 4 MARAARMA (1998) Towards an atlas of malaria risk in Africa First technical report of the

MARAARMA collaboration Durban South Africa httpsidl-bncidrccadspacebitstream10625316441114833pdf

5 Le Sueur D Binka F Lengeler C de Savigny D Teuscher T Toure Y Snow RW (1997) An atlas of malaria in

Africa Africa Health 19 23-24 6 Trape JF amp Rogier C (1996) Combating Malaria morbidity and mortality by reducing transmission

Parasitology Today 12 236-240 7 Snow RW Omumbo JA Lowe B Molyneux SM Obiero JO Palmer A Weber MW Pinder M Nahlen B

Obonyo C Newbold C Gupta S Marsh K (1997) Relation between severe malaria morbidity in children and level of Plasmodium falciparum transmission in Africa Lancet 349 1650-1654

8 Ghani AC Sutherland CJ Riley EM Drakeley CJ Griffin JT Gosling RD Filipe JAN (2009) Loss of

population levels of immunity to malaria as a result of exposure reducing interventions consequences for interpretation of disease trends PLoS One 4 e4383

9 Okiro EA Al-Taiar A Reyburn H Idro R Berkley J Nokes DJ Snow RW (2009) Age patterns of severe

paediatric malaria and their relationship to Plasmodium falciparum transmission intensity Malaria Journal 8 4

10 Carneiro I Roca-Feltrer A Griffin JT Smith L Tanner M Armstrong Schellenberg J Greenwood BM

Schellenberg D (2010) Age-patterns of malaria vary with severity transmission intensity and seasonality in sub-Saharan Africa A systematic review and pooled analysis PLoS One 5 e8988

11 Griffin JT Hollingsworth TD Reyburn H Drakeley CJ Riley EM Ghani AC (2014) Gradual acquisition of

immunity to severe malaria with increasing exposure Proceedings of the Royal Society B 282 20142657

12 Snow RW (2015) Global malaria eradication and the importance of Plasmodium falciparum

epidemiology in Africa BMC Medicine 13 23

24

13 Smith T Maire N Ross A Penny M Chitnis N Schapira A Studer A Genton B Lengeler C Tediosi F de Savigny D Tanner M (2008) Towards a comprehensive simulation model of malaria epidemiology and control Parasitology 135 1507ndash1516

14 Smith DL Noor AM Hay SI Snow RW (2009) Predicting changing malaria risk after expanded

insecticide treated net coverage in Africa Trends in Parasitology 25 511ndash516 15 Griffin JT Hollingsworth D Okell LC Churcher TS White M Hinsley W Bousema T Drakeley CJ

Ferguson NM Basanez MG Ghani AC (2010) Reducing Plasmodium falciparum malaria transmission in Africa a model based evaluation of intervention strategies PLoS Medicine 7 e1000324

16 Chitnis N Schapira A Smith T Steketee R (2010) Comparing the effectiveness of malaria vector-

control interventions through a mathematical model American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 83 230ndash240

17 World Health Organization (2014) From malaria control to malaria elimination a manual for

Elimination Scenario Planning Global Malaria Programme World Health Organization Geneva April 2014

18 Gerardin J Eckhoff P Wenger EA (2015) Mass campaigns with antimalarial drugs a modelling

comparison of artemether-lumefantrine and DHA-piperaquine with and without primaquine as tools for malaria control and elimination BMC Infectious Diseases 15 144

19 Okell LC Drakeley CJ Bousema T Whitty CJM Ghani AC (2008) Modelling the impact of artemisinin

combination therapy and long-acting treatments on malaria transmission intensity PLoS Medicine 5 e226

20 Guyatt HL amp Snow RW (2001) Malaria in pregnancy as an indirect cause of infant mortality in sub-Saharan

Africa Transactions of Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 95 569-576 21 Desai M ter Kuile FO Nosten F McGready R Asamoa K Brabin B Newman R (2007) Epidemiology

and burden of malaria in pregnancy Lancet Infectious Diseases 7 93ndash104 22 van Eijk A Hill J Alegana VA Kirui V Gething PW ter Kuile F Snow RW (2011) Coverage of malaria

protection in pregnant women in sub-Saharan Africa a synthesis and analysis of national survey data Lancet Infectious Diseases 11 190-207

23 MPAC (2012) wwwwhointmalariampacsep2012mpac_mip_erg_sep2012pdf 24 MPAC (2013) wwwwhointmalariampacmpac_sep13_erg_ipt_malaria_pregnancy_reportpdf 25 Meremikwu MM Donegan S Sinclair D Esu E Oringanje C (2012) Intermittent preventive

treatment for malaria in children living in areas with seasonal transmission Cochrane Database Systematic Reviews 2 CD003756

26 Cairns M Roca-Feltrer A Garske T Wilson AL Diallo D Milligan PJ Ghani AC Greenwood BM (2012)

Estimating the potential public health impact of seasonal malaria chemoprevention in African children Nature Communications 3 881

25

27 Noor AM Kibuchi E Mitto B Coulibaly D Doumbo OK Snow RW (2015) A spatial decision support

framework for sub-national targeting of seasonal malaria chemoprevention in the Sahel Under review

28 Smith DL McKenzie FE Snow RW Hay SI (2007a) Revisiting the basic reproductive number for

malaria and its implications for malaria control PLoS Biology 5 e42 29 Hay SI Smith DL Snow RW (2008) Measuring malaria endemicity from intense to interrupted

transmission Lancet Infectious Diseases 8 369-378 30 Moonen B Cohen JM Snow RW Slutsker L Drakeley C Smith DL Abeyasinghe R Rodriguez Loacutepez

MH Maharaj R Tanner M Targett G (2010) Operational strategies to achieve and maintain malaria elimination Lancet 376 1592-1603

31 World Health Organization (2012a) Disease surveillance for malaria control Operational manual

WHO Geneva 32 World Health Organization (2012b) Disease surveillance for malaria elimination Operational manual

WHO Geneva 33 Cohen JM Moonen B Snow RW Smith DL (2010) How absolute is zero An evaluation of historical

and current definitions of malaria elimination Malaria Journal 9 213 34 Molineaux L Muir DA Spencer HC Wernsdorfer WH (1988) The epidemiology of malaria and its

measurement Malaria Principles and Practice of Malariology W Wernsdorfer and I McGregor London Churchill Livingstone 2 999-1089

35 Tusting LS Bousema T Smith DL Drakeley C (2014) Measuring changes in Plasmodium falciparum

transmission precision accuracy and costs of metrics Advances in Parasitology 84 151-208 36 Metselaar D amp van Thiel PH (1959) Classification of malaria Tropical Geographic Medicine 11 157ndash

161 37 Macdonald G amp Goumleckel GW (1964) The malaria parasite rate and interruption of transmission

Bulletin of World Health Organization 31 365ndash377 38 Lysenko AJ amp Semashko IN (1968) Geography of malaria A medico-geographic profile of an ancient

disease In Lebedew AW ed Itogi Nauki Medicinskaja Geografija Moscow USSR Academy of Sciences pp 25ndash146

39 Macdonald G (1957) The epidemiology and control of malaria Oxford University Press 40 Pampana E (1969) A textbook on malaria eradication Oxford Oxford University Press 41 Pull JH (1972) Malaria surveillance methods their uses and limitations American Journal of Tropical

Medicine amp Hygiene 21 651-657

26

42 World Health Organization (1950) Report on the malaria conference in equatorial Africa Held under the joint auspices of the World Health Organization and of the commission for technical co-operation in Africa south of the Sahara Kampala Uganda 27 Novemberndash9 December 1950

43 Yekutiel P (1960) Problems of epidemiology in malaria eradication Bulletin of the World Health

Organization 22 669-683 44 Macdonald G (1952) The analysis of equilibrium in malaria Tropical Diseases Bulletin 49 813-1129 45 Hay SI Guerra CA Gething PW Patil AP Tatem AJ Noor AM Kabaria CW Manh BH Elyazar IRF

Brooker S Smith DL Moyeed RA Snow RW (2009) A world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2007 PLoS Medicine 6 e1000048

46 Gething PW Patil AP Smith DL Guerra CA Elyazar IRF Johnston GL Tatem AJ Hay SI (2011) A new

world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2010 Malaria Journal 10 378 47 Snow RW Amratia P Kabaria CW Noor AM Marsh K (2012) The changing limits and incidence of

malaria in Africa 1939-2009 Advances in Parasitology 78 169-262 48 Black RH (1968) Manual of epidemiology and epidemiological services in malaria programmes World

Health Organization Geneva 49 Ray AP amp Beljaev AE (1984) Epidemiological surveillance a tool for assessment of malaria and its

control Journal of Communicable Disease 16 197ndash207 50 Omumbo JA Noor AM Fall IS Snow RW (2013) How well are malaria maps used to design and

finance malaria control in Africa PLoS One 8 e53198 51 Alegana VA Atkinson PM Wright JA Kamwi R Kakokele S Snow RW Noor AM (2013) Estimation of

malaria incidence in northern Namibia in 2009 using Bayesian Conditional-Autoregressive Spatial-Temporal Models Spatial amp Spatial Temporal Epidemiology 7 25-36

52 Bennett A Yukich J Miller JM Vounatsou P Hamainza B Ingwe MI Moonga HB Kamuliwo M Keating

J Smith TA Steketee RW Eisele TP (2014) A methodological framework for the improved use of routine health system data to evaluate national malaria control programs evidence from Zambia Population amp Health Metrics 12 30

53 Moonasar D Morris N Kleinschmidt I Maharaj R Raman J Mayet NT Benson FG Durrheim DN

Blumberg L (2013) What will move malaria control to elimination in South Africa South African Medical Journal 103 (10 Suppl 2) 801-806

54 Cohen JM Dlamini S Novotny JM Kandula D Kunene S Tatem AJ (2013) Rapid case-based mapping

of seasonal malaria transmission risk for strategic elimination planning in Swaziland Malaria Journal 12 61

55 Zanzibar Malaria Control Programme (2011) Zanzibar Malaria Performance Review September 2011

ZMCP Ministry of Health Revolutionary Government of Zanzibar

27

56 Ministry of Health [Cape Verde] World Health Organization and the University of California San Francisco (2012) Eliminating malaria Moving towards sustainable elimination in Cape Verde Geneva The World Health Organization httpappswhointirisbitstream106657584919789241504386_engpdfua=1

57 Littrell M Sow GD Ngom A Ba M Mboup BM Dieye Y Mutombo B Earle D Steketee RW (2013)

Case investigation and reactive case detection for malaria elimination in northern Senegal Malaria Journal 12 331

58 Thiroux D A amp DAnfreville D L (1908) Le paludisme au Seacuteneacutegal pendant les anneacutees 1905-1906

Gouvernement General de lAfrique Occidentale Francaise Laboratorie de bacteriologie de Saint-Louis Published Libraire JB Bailliere et Fils Paris 1908

59 Government General de LAlgeacuterie (1908) Campagne Antipaludique de 1908 unpublished document

available in Wellcome Library Euston Road London UK FX134AA9 60 Government of Gold Coast (1914) Medical amp Sanitary Report for the year 1913 Waterlow amp Sons

London 61 Mansfield-Aders W (1927) Notes on malaria and filariasis in the Zanzibar Protectorate Transactions

of the Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 30 207-214 62 Colony of Mauritius (1923-1925) Annual Reports on the Medical and Health Department 63 Swaroop S Gilroy AB Uemura K (1966) Statistical methods in malaria eradication Monograph Series

of World Health Organization 51 164 64 Barber MA amp Rice JB (1937) A survey of malaria in Egypt American Journal of Tropical Medicine amp

Hygiene 17 413-436 65 De Meira MT Simotildees TS Pinto Nogueira JF (1948) Observaccedilotildees sobre sezonismo nas ilhas do Sal Boa

Vista e S Nicolau (Cabo Verde) Anais do Instituto de Medicina Tropical 3 213-237 66 Young MD amp Johnson TH (1949) A malaria survey of Liberia Journal of National Malaria Society 8

247-266 67 De Meillon B (1951) Malaria survey of South-West Africa Bulletin of the World Health Organization

4 333ndash417 68 Houel G amp Donadille F (1953) Vingt ans de lutte antipaludique au Maroc Bulletin de lrsquoInstitut

drsquoHygiene du Maroc 13 3-51 69 Soeiro A (1952) O sezonismo em Moccedilambique contribuiccedilatildeo para o estudo epidemioloacutegico Anais do

Instituto de Medicina Tropical 9 343-389 70 Soeiro A (1959) Relactoacuterio da actividade do Instituto de Investigaccedilatildeo Meacutedica de Moccedilambique em

1958 e plano de trabalhos para o ano de 1960 Anais Intstituto de Higiene e Medicina Tropical 16 573-611

28

71 Bernard PM (1954) Trois ans de lutte antipaludique agrave Madagascar Bulletin de Madagascar

Publication Mensuelle du Service General Drsquoinformation du Haut-Commissariat no 96 72 Cambournac FJC Gandara AF Pena AJ Teixeira EWLG (1955) Subsidios para o inquerito malariologico

em Angola Anais do Instituto de Medicina Tropical 12 121-153 73 Anon (1954) Campagne antipaludique au Dahomey Map found in Benin box in WHO Archives

Geneva August 2012 74 Languillon J (1957) Carte eacutepideacutemiologique du paludisme au Cameroun Bulletin de la Socieacuteteacute de

Pathologie Exotique 50 585 - 600 75 Alves W (1958) Malaria parasite rates in Southern Rhodesia May-September 1956 Bulletin of the

World Health Organization 19 69-74 76 Lariviere M Hocquet P Abonnenc E (1961) Reacutesultats drsquoune enquecircte palustre dans la reacutepublique du

Seacuteneacutegal Indices plasmodiques chez les enfants en milieu rural Bulletin de la Socieacuteteacute Meacutedicale drsquoAfrique Noire de Langue Franccedilaise 6 386-403

77 Wernsdorfer G amp Wernsdorfer W (1967) Malaria in the middle Nile basin and its bordering regions Z

Tropenmed Parasitol 18 17-44 78 Rishikesh N amp Fahmy Y (1961) Quarterly report April-June 1961 Republic of Somalia pre-eradication

survey World Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 79 Rishikesh N Payne D Fahmy Y (1961) Quarterly report for the period January-March 1961 World

Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 80 Bechuanaland Protectorate (1958-1963) Annual Medical and Sanitary Reports for the Protectorate for

the years 1958-1963 Government Printers Gaborone 81 Craig MH Sharp BL Mabaso MLH Kleinschmidt I (2007) Developing a spatial-statistical model and

map of historical malaria prevalence in Botswana using a staged variable selection procedure International Journal of Health Geographics 6 44

82 Cano VI (1971) Deacuteveloppement des services de santeacute de base (Paludisme) World Health

Organization AFRMAL112 83 Barbie Y amp Timbila R (1964) Notes sur le paludisme en Reacutepublique Islamique de Mauritanie Medicine

Tropicale 24 427-435 84 Khromov A amp Privault R (1965) Programme du pre-eradication du paludisme Rapport trimestriel 4th

trimestre 1965 (Sep-Oct-Nov) WHO Mauritanie World Health Organization Unpublished document WHO Archives Geneva

85 Beltran O (1966) Malaria pre-eradication project Sierra Leone-19 fourth quarterly field report

October - December 1966 Government of Sierra Leone amp World Health Organization

29

86 Guy Y amp Gassabi R (1967) Les perspectives de leacuteradication du paludisme en Algeacuterie Archives de

LInstitut Pastuer DAlgerie 45 72-88 87 Chand D Garzen JB Bahar R Rishikesh N (1964) Malaria Eradication Service Ethiopia 14 (c) Quarterly

Report 1 October to 31 December 1964 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

88 Chand D Garzon JB Bahar R Rishiskesh N (1965) Quarterly report covering period 1 October to 31

December 1964 Project Ethiopia 0014 dated 9th february 1965 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

89 Onori E (1967) Distribution of Plasmodium ovale in the Eastern Western and Northern regions of

Uganda Bulletin of the World Health Organization 37 665-668 90 Wenlock (1978) The incidence of Plasmodium parasites in rural Zambia East African Medical Journal

55 268-276 91 Escudie A amp Hamon J (1961) Paludisme en Afrique Occidentale dexpression Franccedilaise Medicine

Tropicale 21 661-687 92 RBM-MERG - httpwwwrbmwhointmechanismsmerghtml 93 Corsi DJ Neuman M Finlay JE Subramanian SV (2012) Demographic and health surveys a profile

International Journal of Epidemiology 41 1602-1613 94 Measure httpwwwmeasuredhscomData 95 UNICEF httpwwwuniceforgstatisticsindex_24302html 96 Smith DL Guerra CA Snow RW Hay SI (2007b) Standardizing estimates of malaria prevalence

Malaria Journal 6 131 97 Brooker S Kolaczinski JH Gitonga CW Noor AM Snow RW (2009) The use of schools for malaria

surveillance and programme evaluation in Africa Malaria Journal 8 231 98 Stevenson JC Stresman GH Gitonga CW Gillig J Owaga C Marube E Odongo W Okoth A China P

Oriango R Brooker SJ Bousema T Drakeley C Cox J (2013) Reliability of school surveys in estimating geographic variation in malaria transmission in the western Kenyan highlands PLoS One 8 e77641

99 De Zulueta J Kafuko GW Cullen JR (1963) An investigation of the annual cycle of malaria in Masaka

district (Uganda) East African Medical Journal 40 469-488 100 Najera JA Shidrawi GR Gibson FD Stafford JS (1967) A large-scale field trial of Malathion as an

insecticide for antimalarial work in Southern Uganda Bulletin of the World Health Organization 36 913-935

30

101 Storey J (1972) A review of malaria work in Sierra Leone 1900 to 1964 West African Medical Journal 27 57-68

102 Gitonga CW Karanja PN Kihara J Mwjame M Juma E Snow RW Noor AM Brooker S (2010)

Implementing school malaria surveys in Kenya towards a nationwide surveillance system Malaria Journal 9 306

103 Gitonga CW Edwards T Karanja PN Noor AM Snow RW Brooker S (2012) Plasmodium infection

anaemia and mosquito net use among school children across different settings in Kenya Tropical Medicine amp International Health 17 858ndash870

104 Houngbedji CA N Dri PB Huumlrlimann E Yapi RB Silueacute KD Soro G Koudou BG Acka CA Assi S

Vounatsou P N Goran EK Fantodji A Utzinger J Raso G (2015) Disparities of Plasmodium falciparum infection malaria-related morbidity and access to malaria prevention and treatment among school-aged children a national cross-sectional survey in Cote dIvoire Malaria Journal 14 7

105 Ashton R Kefyalew T Tesfaye G Pullan R Yadeta D Reithinger R Kolaczinski J Brooker S (2010)

School-based surveys of malaria in Oromia Regional State Ethiopia towards a map of malaria risk Federal Ministry of Health Ethiopia

106 Takem EN Affara M Amambua-Ngwa A Okebe J Ceesay SJ Jawara M Oriero E Nwakanma D

Pinder M Clifford C Taal M Sowe M Suso P Mendy A Mbaye A Drakeley C DAlessandro U (2013) Detecting foci of malaria transmission with school surveys A pilot study in The Gambia PLoS One 8 e67108

107 Clarke SE Roschnik N Rouhani S Diarra S Bamadio M Sacko M Traore D Ly AB Gaye O Sembene

M Fall FB (2012) Malaria in school children under a new policy of universal coverage of nets Recent data from Mali and Senegal American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 Supplement 5 abstract 1466

108 Kabatereine NB Standley CJ Sousa-Fugueiredo JC Fleming RM Stothard JR Talisuna A Fenwick A

(2011) Integrated prevalence mapping of schistosomiasis soil-transmitted helminthiasis and malaria in lakeside and island communities in Lake Victoria Uganda Parasites amp Vectors 4 232

109 Emerson PM Ngondi J Biru E Graves PM Ejigsemahu Y Gebre T Endeshaw T Genet A Mosher

AW Zerihun M Messele A Richards FO (2008) Integrating an NTD with one of lsquolsquoThe Big Threersquorsquo Combined malaria and trachoma survey in Amhara Region of Ethiopia PLoS Neglected Tropical Diseases 2 e197

110 Noor AM Alegana VA Patil AP Moloney G Borle M Ahmed F Yousef F Amran J Snow RW (2012)

Mapping the receptivity of malaria risk to plan the future of control in Somalia British Medical Journal Open Access 2 e001160

111 Boyd MF (1949) Malariology A comprehensive review of all aspects of this group of diseases from a

global standpoint Volume II WB Saunders Company Philadelphia and London

31

112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

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notre champ de recherche Nous avons effectueacute des recherches de base de donneacutees au moins une fois par an agrave partir de lrsquoanneacutee 2005 Nous avons compleacuteteacute nos recherches par des notifications reacuteguliegraveres hebdomadaires sur le paludisme du service dalerte infos de Malaria World [119] Roll Back Malaria des bulletins dinformations du Programme de santeacute environnementale de lUSAID [120] et Santeacute Tropicale pour les revues nationales et reacutegionales des pays francophones y compris Meacutedecine dAfrique noire [121 ] Les titres et les reacutesumeacutes ont eacuteteacute utiliseacutes pour identifier drsquoeacuteventuelles donneacutees denquecirctes parasitaires transversales dans diverses formes soit en tant qursquoenquecirctes communautaires enquecirctes en milieu scolaire autres meacutethodes de deacutepistage parasitaire ou des essais sur le terrain Nous avons eacutegalement eacutetudieacute des eacutetudes sur la preacutevalence de maladies associeacutees au paludisme lorsque celles-ci sont preacutesenteacutees dans le cadre drsquoenquecirctes sur laneacutemie lrsquoheacutemoglobinopathie la transfusion sanguine ou eacutevaluations de la situation nutritionnelle afin drsquoidentifier les rapports coiumlncidence de la preacutevalence paludique En outre crsquoeacutetait une pratique courante de deacutepister les membres de la communauteacute ou des eacutecoliers au cours des protocoles de sensibiliteacute preacutecoces aux meacutedicaments antipaludeacuteens de sorte agrave enrocircler des personnes infecteacutees aux enquecirctes de suivi post-traitement Souvent des donneacutees issues des sites denquecirctes seacutelectionneacutes permettaient de fournir le nombre de personnes deacutepisteacutees et le nombre de personnes infecteacutees Les enquecirctes aupregraves des populations feacutebriles ou des personnes freacutequentant des cliniques ont eacuteteacute exclues Les publications avec des titres ou des extraits pouvant indiquer la preacutesence des donneacutees parasitaires possibles ont eacuteteacute soit teacuteleacutechargeacutees agrave partir darchives de revues offertes en ligne en libre accegraves ou provenant de HINARI (lInitiative daccegraves aux recherches pour la santeacute) [122] A chaque fois que les publications nrsquoeacutetaient pas disponibles sur HINARI en libre accegraves nous visitions les archives des bibliothegraveques du Royaume-Uni agrave la London School of Hygiene and Tropical Medicine la Liverpool School of Tropical Medicine la bibliothegraveque Bodleian agrave lUniversiteacute dOxford ou la Bibliothegraveque de lInstitut Pasteur Paris pour obtenir en obtenir des exemplaires Nous faisions des demandes de reacutefeacuterences que nous nrsquoarrivions pas agrave trouver suivant ces recherches agrave laide du catalogue mondial des recherches agrave travers les bibliothegraveques dOxford factureacutees agrave la page Toutes les publications agrave partir desquelles des donneacutees ont eacuteteacute extraites ont eacuteteacute contreveacuterifieacutees agrave lrsquoaide des bibliographies provenant dautres sources qursquoon aurait oublieacutees ou qui correspondraient agrave des documents non publieacutes ou laquodocuments parallegravelesraquo qui ne sont geacuteneacuteralement pas controcircleacutes par les eacutediteurs commerciaux Les auteurs des articles eacutevalueacutes par les pairs ont souvent eacuteteacute contacteacutes pour nous renseigner sur des informations compleacutementaires dans leur document et nous indiquer dautres travaux non publieacutes dans leur zone geacuteographique ou de leur institution

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44 Autres sources de donneacutees Les enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages ayant inteacutegreacute la preacutevalence parasitaire sont deacutecrites dans la section 3 Les donneacutees provenant de ces enquecirctes sont soit disponibles en formats teacuteleacutechargeables agrave partir du programme ICF MEASURE ou ont eacuteteacute fournis au projet INFORM par les programmes nationaux de lutte antipaludique dans le cadre daccords de collaboration Pour dautres donneacutees eacuteventuellement ineacutedites et propres aux sites sur la preacutevalence du paludisme nous avons consulteacute des sites Web et contacteacute les organisations non gouvernementales (ONG) travaillant en Afrique pouvant avoir entrepris des eacutevaluations sanitaires comprenant des enquecirctes parasitologiques au sein des communauteacutes aupregraves desquelles elles œuvraient Il srsquoagissait notamment de Meacutedecins sans Frontiegraveres [123] MERLIN [124] le Centre Carter [125] Selon lUniteacute danalyse de la seacutecuriteacute alimentaire et de la nutrition en Somalie (FSNAU) [126] Shape Consulting [127] Save the Children [128] Malaria Consortium [129] et MENTOR [130] Gracircce aux contacts fournis par ces agences nous avons pu trouver des donneacutees provenant de sites drsquoenquecirctes en Guineacutee en Sierra Leone en Cocircte dIvoire en Tanzanie au Libeacuteria en Somalie au Kenya en Ouganda au Nigeria en Ethiopie au Mali et au Soudan du Sud Les extraits des ouvrages publieacutes par Tropical Medicine ainsi que ceux issus des reacuteunions sur le paludisme ont eacuteteacute identifieacutes provenant de sources les plus diverses possibles et produits dans le cadre de confeacuterences et de congregraves nationaux et internationaux Ceux-ci ont eacuteteacute utiliseacutes pour signaler drsquoeacuteventuelles donneacutees solliciteacutees par correspondance des auteurs drsquoextraits Notre preacutesence reacutegionale et les liens que nous entretenons avec la communauteacute de recherche sur le paludisme en Afrique a permis de faire naicirctre une prise de conscience quant agrave lobjectif et agrave lambition de la recherche sur la cartographie du paludisme commenceacute en 1996 sous la collaboration MARA ARMA [35] Nous avons profiteacute de cette connectiviteacute reacutegionale des chercheurs pour contacter directement les collegravegues travaillant sur leacutepideacutemiologie du paludisme de sorte agrave rechercher des donneacutees ventileacutees et speacutecifiques au site souvent ineacutedites La volonteacute de partager des donneacutees non publieacutees sur les enquecirctes parasitaires a eacuteteacute sans preacuteceacutedent Au 1er Juillet 2015 plus de 700 scientifiques et speacutecialistes individuels de la santeacute publique ont fourni des informations ventileacutees sur les donneacutees publieacutees donneacutees non-publieacutees ou ont apporteacute leur concours agrave la localisation des communauteacutes eacutechantillonneacutees agrave travers lAfrique Nous avons tenu agrave les remercier dans lannexe accompagnant le preacutesent rapport ainsi que sur le site Web INFORM [131] Les instituts reacutegionaux menant des recherches sur le paludisme et leurs partenaires de collaboration eacutetaient toujours agrave lavant-garde dans la fourniture de donneacutees non publieacutees Il convient de mentionner particuliegraverement les Medical Research Council Laboratories (Gambie) les partenariats de collaboration entre le Kenyan Medical Research Institute et le Wellcome Trust Universiteacute dOxford US Centers for Disease Control Universiteacute de Nagasaki et Walter Reed (Kenya) le Centre de Recherche et de formation sur le paludisme (Mali) Uganda Malaria Surveillance Project (Ouganda) les partenariats de collaboration tisseacutes entre Ifakara Health Institute et le Swiss Tropical Institute la London School of Hygiene and Tropical Medicine et US

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Centers for Disease Control (Tanzanie) Dar es Salaam Urban Malaria Control Project (Tanzanie) National Medical Research Institute agrave Amani (Tanzanie) Institut Pasteur (Madagascar) lrsquoInstitut de Recherche pour le deacuteveloppement (Seacuteneacutegal) Centre de Rechercheacute en Santeacute de Nouna (Burkina Faso) Institute for Endemic Diseases University of Khartoum (Sudan) Blue Nile Health Project-Giezera State University (Sudan) Centro Investigaco Saude Angola (Angola) Liverpool School of Tropical Medicine Wellcome Trust and College of Medicine Programme collaboratif de lrsquoUniversity of Malawi (Malawi) South African Medical Research Council (Afrique du Sud Mozambique et Swaziland) le programme de collaboration du Swiss Tropical and Public Health Institute et de lInstitut de la santeacute publique (Cocircte dIvoire) le programme de collaboration du US Centers for Disease Control (Togo) partenariats de collaboration du Prince Leopold Institute (Burundi Beacutenin et Rwanda) Malaria Institute agrave Macha (Zambie) Medical Research CentreOuganda Virus Research Institute (Ouganda) lEcole de Santeacute Publique de Kinshasa (RDC) et le Southern African Malaria Consortium (Zimbabwe) 5 Abstraction des donneacutees drsquoenquecircte 51 Exigences minimales en matiegravere de donneacutees De chacun des rapports drsquoenquecircte les champs de donneacutees minimales requises pour chaque enregistrement sont les suivants description de la zone deacutetude (nom divisions administratives et coordonneacutees geacuteographiques cas eacutecheacuteant) dates de deacutebut et de fin de lenquecircte (mois et anneacutee) et renseignements sur de lexamen sanguin (nombre de personnes deacutepisteacutees nombre de personnes constateacutees positives pour infection au Plasmodium par espegravece) meacutethodes utiliseacutees pour deacutetecter linfection (microscopie tests de diagnostic rapide (TDR) reacuteaction en chaicircne par polymeacuterase (PCR) ou combinaisons) et lrsquoacircge le plus bas et la population eacutetudieacutee Pour les donneacutees provenant des essais controcircleacutes et randomiseacutes dintervention les donneacutees nrsquoont eacuteteacute seacutelectionneacutees que lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees de base de preacute-intervention et celles issues des enquecirctes de suivi transversales ulteacuterieures au sein des populations teacutemoins Lorsque des cohortes dindividus ont eacuteteacute interrogeacutees agrave plusieurs reprises dans le temps nous nous sommes efforceacutes dinclure uniquement la premiegravere enquecircte et les enquecirctes ulteacuterieures lorsque celles-ci nrsquoavaient qursquoun eacutecart drsquoau moins cinq mois par rapport agrave la date denquecircte initiale pour eacuteviter toute deacutependance entre les observations baseacutees sur le traitement des personnes infecteacutees preacuteceacutedentes Lorsqursquoil neacutetait pas possible de ventiler les enquecirctes reacutepeacuteteacutees celles-ci eacutetaient deacutefinitivement exclues de lanalyse Plusieurs pays ont maintenu des enquecirctes sanguines de masse apregraves avoir atteint les phases de consolidation de leacutelimination La dureacutee des phases de preacute-eacutelimination drsquoattaque de consolidation et dentretien deacutelimination varie entre les pays [47] Nous avons choisi dexclure les donneacutees eacutechantillonneacutees apregraves les dates ougrave les pays mettant en œuvre des programmes drsquoeacutelimination avaient commenceacute agrave utiliser des taux drsquoincidence deacuteriveacutes des indices parasitaires annuels ou lorsque des enquecirctes sanguines de masse eacutetaient utiliseacutees pour deacutemontrer labsence de transmission en Algeacuterie (1967) en Egypte (1965) en Libye (1967) en icircle Maurice (1957) au Maroc (1969) en Reacuteunion (1953) et en Tunisie (1968)

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Parfois les rapports preacutesentaient le nombre total de personnes examineacutees dans un certain nombre de villages et le pourcentage de personnes controcircleacutees positives par village ici nous avons supposeacute que le deacutenominateur par village eacutetait eacutequivalent au nombre total de personnes examineacutees diviseacute par le nombre total de villages Il eacutetait possible deacutetablir lanneacutee de chaque enquecircte cependant il eacutetait parfois impossible drsquoeacutetablir le mois de lenquecircte agrave partir des rapports denquecirctes Dans ce cas de figure nous avons utiliseacute des descriptions saison laquohumideraquo et saison laquosegravecheraquo premier ou deuxiegraveme trimestre scolaire ou dautres informations pour parvenir agrave une approximation du mois de lenquecircte et avons inclus un rapport sur cette hypothegravese Certains reacutesultats de lenquecircte ont eacuteteacute signaleacutes en tant qursquoagreacutegat dans lespace (par exemple un seul PfPR pour un groupe de villages) ou dans le temps (par exemple un PfPR moyen estimeacute agrave partir de quatre enquecirctes diffeacuterentes meneacutees au fil du temps) Dans de tels cas nous avons soit chercheacute dautres rapports des mecircmes enquecirctes avec une reacutesolution spatiale ou temporelle plus eacuteleveacutee Lagrave ougrave cela na pas eacuteteacute possible et ougrave des groupes de villages deacutepassaient 5 km2 nous avons exclu du dossier de lanalyse (voir ci-dessous) Lorsque des informations suppleacutementaires eacutetaient neacutecessaires pour fournir des donneacutees speacutecifiques par village dans un moment preacutecis nous avons demandeacute aux auteurs de nous fournir tout renseignement ou document manquant 52 Meacutethodes de deacutetection parasitaires Compte tenu de son ubiquiteacute en tant qursquooutil de diagnostic paludique la meacutethode preacutefeacutereacutee de deacutetection parasitaire eacutetait la microscopie Aucune distinction nrsquoeacutetait faite entre la microscopie optique ou par fluorescence La qualiteacute de la veacuterification de lame [132133] les variations de sensibiliteacute speacutecificiteacute entre les tests de diagnostic rapide (TDR) [134] la capaciteacute des eacutequipes de terrain agrave analyser les TDR de maniegravere fiable [135-138] ou des variations obtenues sur la base de la seacutelection des amorces pour les reacuteactions en chaicircne de la polymeacuterase (PCR) [139] influencent toutes les descriptions de la preacutevalence et auront des variances intrinsegraveques entre les enquecirctes incluses dans la base de donneacutees Il a eacuteteacute deacutemontreacute que les TDR donnent des taux de faux positifs plus eacuteleveacutes que la microscopie [134 140 141] cependant ils ont tendance agrave stratifier agrave fois le taux parasitaire le plus bas (lt1) et le plus eacuteleveacute (gt50) avec plus de preacutecision par rapport agrave la microscopie courante [133 141] Une analyse drsquoun grand recueil de donneacutees sur les taux parasitaires des communauteacutes a deacutemontreacute quil y avait une diffeacuterence minime dans les estimations du taux moyen global de preacutevalence de P falciparum dans une analyse des donneacutees correspondantes apparieacutees issues des enquecirctes communautaires ayant utiliseacute la microscopie et les TDR pour les examens parasitaires [46] Neacuteanmoins les diffeacuterences entre les TDR et la microscopie en matiegravere de leur capaciteacute agrave deacutetecter des dinfections mineures lorsquelles sont geacutereacutees dans des conditions normales restent un preacutejugeacute systeacutematique inheacuterent aux donneacutees [141] que nous sommes incapables de controcircler Nous sommes eacutegalement incapables de controcircler la qualiteacute des analyses de donneacutees des enquecirctes en utilisant uniquement la microscopie Le principal problegraveme de la microscopie lorsquelle est utiliseacutee dans le cadre les enquecirctes-eacutechantillons nationales est la qualiteacute de la preacuteparation des lames (coloration et entreposage) et

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ou les garanties de la veacuterification de la qualiteacute (VQ) des analyses des lames Dans ce cas de figure nous avons en consultation avec les responsables des enquecirctes nationales ducirc faire plusieurs jugements de valeur Par exemple pour les enquecirctes nationales aupregraves des meacutenages au Soudan en Somalie au Malawi et en Angola nous avons choisi dinteacutegrer les preacutevalences dinfection obtenues gracircce aux TDR plutocirct les estimations provenant des analyses des lames de microscopie Par contre pour drsquoautres pays tels que le Kenya et lOuganda nous avions des garanties quant agrave la qualiteacute des analyses des preacutelegravevements sanguins pendant enquecirctes sur les indicateurs du paludisme Il ny a pas de regravegles absolues pour ces deacutecisions A chaque fois que des preuves quant agrave la qualiteacute des analyses des lames nous eacutetaient fournies nous avons deacutecideacute drsquoutiliser celles-ci par rapport aux TDR 53 Geacuteocodage des sites drsquoenquecircte Le geacuteocodage de donneacutees la deacutefinition dune longitude et une latitude deacutecimale pour chaque site denquecircte consistait en une tacircche particuliegraverement exigeante En fonction de leur repreacutesentation spatiale les donneacutees eacutetaient classeacutees en tant que villages communauteacutes ou eacutecoles individuelles ou ensemble de communauteacutes dans une zone deacutefinissable correspondant agrave une zone agrave linteacuterieur dun quadrillage de 5 km ou environ 005 degreacutes deacutecimaux au niveau de leacutequateur Dans la mesure du possible nous avons chercheacute agrave conserver des donneacutees ventileacutees au niveau des villages plutocirct que des donneacutees agrave travers une laquogrande eacutetendueraquo Lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees provenant des communauteacutes deacutepassant un quadrillage de 5 km nous avons consideacutereacute ces derniers comme une reacutesolution spatiale trop faible avec une variance importante possible dans le polygone dinformations agrave exclure lors de lutilisation de la modeacutelisation geacuteostatistique avanceacutee En pratique il srsquoagissait ici drsquoun critegravere difficile agrave veacuterifier eacutetant donneacute que la plupart des rapports denquecircte ne fournissaient pas suffisamment de deacutetails sur la superficie de la zone eacutetudieacutee Une utilisation plus reacutecente des systegravemes de positionnement mondial (GPS) lors de travaux denquecircte permet une reacuteagreacutegation des donneacutees denquecircte aupregraves des meacutenages avec une plus grande preacutecision Crsquoest eacutegalement utile dans le maintien du critegravere du quadrillage de 5 km tout en combinant des grappes de petites tailles deacutechantillon dans lespace Lutilisation du GPS pour enregistrer des longitudes et latitudes a contribueacute de maniegravere appreacuteciable agrave des enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages depuis circa 2007 [142] Cependant dans les enquecirctes deacutemographiques et sanitaires aupregraves des meacutenages geacutereacutes par le programme ICF-MEASURE un processus de deacuteplacement de coordonneacutees GPS est effectueacute de telle sorte que pour les clusters urbains un deacuteplacement est introduit agrave une distance allant jusqursquoagrave tous les 2 km qui influe rarement sur la preacutecision globale de modeacutelisation eacutetant donneacute que ce processus se fait dans le cadre est dans les zones urbaines Pour les clusters ruraux on fait un deacuteplacement jusqursquoagrave 5 km avec 1 de clusters ruraux suppleacutementaires deacuteplaceacutes jusquagrave une distance de 10 km Ici nous avons passeacute en revue tous les clusters ruraux agrave lrsquoaide de Google Earth pour examiner la mesure dans laquelle les clusters ruraux pourraient avoir eacuteteacute deacuteplaceacutes vers des zones inhabiteacutees et repositionneacutes dans les zones peupleacutees les plus proches

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Pour positionner chaque site denquecircte lagrave ougrave les coordonneacutees GPS ne sont pas disponibles nous avons utiliseacute une varieacuteteacute de ressources numeacuteriques parmi lesquels les plus utiles eacutetaient Encyclopeacutedie Microsoft Encarta (Microsoft 2004) et Google Earth (Google 2009) Drsquoautres sources drsquoarchives numeacuteriques de noms de lieux couramment utiliseacutes sont entre autres le serveur de noms de lieux de la National Geospatial-Intelligence Agency GEOnet Eacutetats-Unis [143] Falling Rain Genomicsrsquo Global Gazetteer [144] Alexandria Digital Library de lUniversiteacute de Californie Eacutetats-Unis [145] African Data Sampler [146] MapCarta [147] Maplandia [148] Global geodatabase-cities [149] Open Street Map [150] VMAP0 [151] et IslamicFinder [152] A travers lAfrique il existe un certain nombre de reacutepertoire toponymique numeacuteriques nationaux pour les lieux habiteacutes les eacutetablissements sanitaires ou les eacutecoles Ce type de reacutepertoires accroicirct en nombre en preacutecision et en couverture Nous les avons obtenus sur demande aupregraves des bureaux nationaux de recensement des ministegraveres de leacuteducation et de la santeacute et des ONG partenaires Cela srsquoest aveacutereacute un outil preacutecieux dans la localisation des communauteacutes au Burkina Faso au Kenya en Gambie au Mozambique agrave Madagascar en Somalie au Malawi en Mauritanie au Ghana au Niger en Namibie au Seacuteneacutegal en Somalie en Afrique du Sud en Tanzanie en Ouganda en Zambie et agrave Zanzibar Bien que nous tentons drsquoutiliser des nomenclatures types et des strateacutegies uniques de nommage dans les reacutepertoires toponymiques numeacuteriques [153] il est difficile drsquoatteindre cela au niveau national ougrave les orthographes changement en fonction des auteurs au fil du temps et ougrave les mecircmes noms de lieux sont reacutepliqueacutees agrave travers un pays En tant que tel lors de lextraction de donneacutees chaque point de donneacutees a eacuteteacute enregistreacute avec autant drsquoinformations geacuteographiques que possible issues de la source Crsquoest bien ces informations qui ont eacuteteacute utiliseacutees au cours du geacuteo-positionnement par exemple pour veacuterifier que le geacuteocodage permettait de cadrer les sites denquecirctes dans les uniteacutes administratives deacutecrites dans le rapport ou qursquoil correspondait agrave dautres deacutetails dans le rapport sur la distance vis-agrave-vis des riviegraveres ou les villes lorsque cela eacutetait afficheacutees sur Google Earth Bien quen theacuteorie les coordonneacutees GPS doivent repreacutesenter une localisation spatiale sans ambiguiumlteacute il fallait une veacuterification rigoureuse pour veiller agrave ce que les sites denquecirctes correspondent aux coordonneacutees GPS Comme drsquohabitude nous avons donc reveacuterifieacute toutes les donneacutees GPS de toutes les sources en utilisant les noms de lieux et ou Google Earth pour assurer que les coordonneacutees se situaient dans les communauteacutes Toutes les coordonneacutees ont eacuteteacute soumises agrave un controcircle final agrave laide de la base de donneacutees spatiale des frontiegraveres administratives de second niveau deacuteveloppeacutees et reacuteviseacutee en 2008 par lOrganisation pour lalimentation et lagriculture (FAO) des Nations Unies [154] Loutil de seacutelection spatiale ArcGIS 101 (ESRI USA) a eacuteteacute utiliseacute pour veacuterifier que les points du long du littoral eacutetaient situeacutes sur des terrains tels que deacutefinis par GAUL 2008 La base de donneacutees de Global Lakes and Wetlands (GLWD) deacuteveloppeacutee par le Fonds mondial pour la nature [155] a eacuteteacute utiliseacute pour srsquoassurer que les points inteacuterieurs eacutetaient positionneacutes sur la terre ferme et non pas sur des plans deau Nous cherchions par-lagrave agrave identifier les coordonneacutees qui se trouvaient leacutegegraverement au large des cocirctes sur les affluents ou dans les uniteacutes administratives incorrectes chaque anomalie a eacuteteacute reveacuterifieacutee et repositionneacutee agrave laide de petits changements et avec Google Earth

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54 Deacutefinition des frontiegraveres nationales A la fin de la Seconde Guerre mondiale en 1945 presque tous les pays en Afrique eacutetaient soumis agrave la domination ou agrave lrsquoadministration coloniale Chaque pays sur le continent africain est aujourdhui indeacutependant mecircme si quelques icircles restent sous administration europeacuteenne (la Reacuteunion et Mayotte) Il existe actuellement 55 Etats indeacutependants dont 53 sont membres de lUnion africaine Tout au long de ce rapport nous utilisons les noms et les frontiegraveres des Eacutetats-nations en Afrique et les frontiegraveres actuelles plutocirct que la nomenclature preacute-indeacutependance Tout au long de ce rapport nous avons utiliseacute lrsquooutil numeacuterique de traitement de frontiegraveres parraineacute par lrsquoONU [156] En tant que tel nous traitons le Soudan du Sud en tant qursquoentiteacute diffeacuterente de la Reacutepublique du Soudan et lEacuterythreacutee diffeacuterente de lEthiopie Il y a beaucoup de zones litigieuses en Afrique revendiqueacutees par diffeacuterents pays voisins et qui restent en suspens [157] Pour les besoins de notre travail nous avons traiteacute le Triangle drsquoIlemi en tant que partie inteacutegrante de la reacutegion de Turkana du Kenya Nous avons consideacutereacute Walvis Bay en Namibie comme faisant toujours partie de la Namibie en deacutepit du fait que ce territoire fait partie de lrsquoAfrique du Sud depuis de nombreuses anneacutees suivant lindeacutependance de la Namibie en 1990 Deux petits territoires au sein du Royaume du Maroc continuent decirctre occupeacutes par lEspagne dans le Nord-Ouest (Ceuta) et dans le Nord-Est (Melilla) sur le littoral meacutediterraneacuteen Cependant nous avons consideacutereacutes ces territoires comme faisant partie du Royaume du Maroc se rapprochant de son eacutetendue ottomane avant 1912 Nous traitons la peacuteninsule du Sinaiuml en tant que partie permanente de la Reacutepublique arabe dEgypte Sans faire de jugements politiques nous avons consideacutereacute la reacutegion drsquoAbeyi comme faisant partie inteacutegrante de la Reacutepublique du Soudan cependant dans la cartographie des produits nationaux les deux pays prennent en compte cette reacutegion Nous avons traiteacute le Triangle Halaib sur la frontiegravere soudano-eacutegyptienne comme faisant partie du Soudan bien que depuis 2010 lrsquoEacutegypte controcircle cette zone en tant que partie inteacutegrante de son Etat de la Mer Rouge La reacutegion de Bakassi territoire frontalier contesteacute sur la cocircte atlantique entre le Nigeria et le Cameroun a eacuteteacute traiteacute comme faisant partie du Nigeria en deacutepit de la mise en œuvre finale des accords qui ont accordeacute cette reacutegion agrave ladministration camerounaise en 2014 Les groupes insulaires de Bioko Annobin et Zanzibar sont traiteacutees seacutepareacutement de la partie continentale de Guineacutee eacutequatoriale et de Tanzanie respectivement Ces groupes insulaires ont toujours eu diffeacuterents plans de lutte antipaludique et des ambitions drsquoeacutelimination diffeacuterentes de ceux de leurs homologues du continent 55 Normalisation selon lacircge Lorsque lacircge nrsquoeacutetait pas preacuteciseacute dans le rapport de chaque enquecircte mais que le rapport preacutecisait que lrsquoensemble du village ou drsquoenfants de leacutecole primaire eacutetaient examineacutes nous avons supposeacute que les tranches dacircge agrave 0-99 ans ou 5-14 ans respectivement Il y avait une grande diversiteacute dans les tranches dacircge des populations eacutechantillonneacutees entre les eacutetudes Pour faire des comparaisons significatives dans le temps et lespace une seule tranche dacircge normaliseacute est neacutecessaire Il est possible drsquoeffectuer des ajustements dun acircge normaliseacute pour le Plasmodium falciparum gracircce agrave lobservation et agrave la theacuteorie des maladies infectieuses lagrave ougrave limmuniteacute est acquise apregraves une exposition reacutepeacuteteacutee de la naissance Nous avons adapteacute des modegraveles de

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conversion catalytique de Muench (dabord utiliseacute dans le paludisme par Pull amp Grab dans les anneacutees 1970 [158]) en eacutequations statiques en R-script qui utilise les gammes infeacuterieure et supeacuterieure deacutechantillon et la preacutevalence globale pour se transformer en une estimation preacutevues chez les enfants acircgeacutes de 2-10 ans PfPR2-10 [96] 56 Limitations dues agrave la taille de leacutechantillon La taille de leacutechantillon est inversement proportionnelle agrave la preacutevalence ougrave agrave faible taille des eacutechantillons les biais dans les estimations de la preacutevalence sont introduits en fonction de la preacutevalence reacuteelle de la population se traduisant deacutecarts-types relativement eacuteleveacutes [159] Il existe un seuil critique entre 10 et 20 individus eacutechantillonneacutes en dessous duquel les eacutecarts-types augmentent de faccedilon exponentielle dans la plupart des enquecirctes sur les infections parasitaires et la courbe commence agrave aplatir agrave partir drsquoune taille denviron 50 eacutechantillons et atteint une asymptote agrave environ 100 [160] La taille des eacutechantillons denquecircte individuels est eacutegalement importante dans le calcul des correacutelations avec les variables dendeacutemiciteacute pour veacuterifier les associations plausibles entre par exemple des preacutecipitations et la preacutevalence Au cours de seacutelection des co-variables de petits eacutechantillons impreacutecis peuvent conduire agrave loverfitting Nous avons chercheacute agrave combiner les communauteacutes agrave proximiteacute ougrave tout village comptait moins de 10 personnes eacutechantillonneacutees et ougrave les communauteacutes se situaient agrave moins de 5 km lrsquoun de lautre eacutechantillonneacutes exactement au mecircme moment par les mecircmes enquecircteurs 6 Partage et accegraves aux donneacutees Les donneacutees recueillies pour cette eacutetude font partie dune initiative plus large visant agrave aider les gouvernements nationaux en mettant agrave leur disposition des plateformes de donneacutees probantes pour les aider agrave concevoir des projets de lutte antipaludique gracircce au concours du projet INFORM [131161] soutenu par le Deacutepartement pour le deacuteveloppement international Royaume-Uni et le Wellcome Trust Les donneacutees geacuteocodeacutees sur la preacutevalence parasitaire issues des donneacutees archiveacutees publieacutees et ineacutedites donneacutees et rassembleacutees en bases de donneacutees soigneusement conserveacutees doivent ecirctre prise en charge et geacutereacutees par les services de lutte contre le paludisme au sein des ministegraveres nationaux de la santeacute Les donneacutees provenant des recherches nationales et des enquecirctes meneacutees par les ministegraveres de la santeacute sont la proprieacuteteacute des gouvernements nationaux Le plus souvent la plupart des ministegraveres de la santeacute nont pas accegraves agrave la gamme complegravete des donneacutees sur le paludisme pourtant potentiellement disponibles dans leur propre pays Le but est donc de se servir du projet INFORM pour bacirctir une appropriation des donneacutees nationales sur le paludisme et mettre toutes les donneacutees recueillies agrave la disposition des ministegraveres de la santeacute agrave travers lAfrique et aux conseillers techniques reacutegionaux de lOrganisation mondiale de la santeacute A ce titre ces gouvernements nationaux deviendront les gardiens de leurs propres donneacutees nationales et pleinement responsables de leur distribution aux scientifiques nationaux reacutegionaux et internationaux ainsi qursquoaux partenaires de controcircle

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7 Reacutefeacuterences 1 Snow RW (2014) Sixty years trying to define the malaria burden in Africa have we made any progress

BMC Medicine 12 227 2 Noor AM Kinyoki DK Mundia CW Kabaria CW Wambua JM Alegana VA Fall IS Snow RW (2014) The

changing risk of Plasmodium falciparum malaria infection in Africa 2000ndash10 a spatial and temporal analysis of transmission intensity Lancet 383 1739-1747

3 Snow RW Marsh K le Sueur D (1996) The need for maps of transmission intensity to guide malaria

control in Africa Parasitology Today 12 455ndash457 4 MARAARMA (1998) Towards an atlas of malaria risk in Africa First technical report of the

MARAARMA collaboration Durban South Africa httpsidl-bncidrccadspacebitstream10625316441114833pdf

5 Le Sueur D Binka F Lengeler C de Savigny D Teuscher T Toure Y Snow RW (1997) An atlas of malaria in

Africa Africa Health 19 23-24 6 Trape JF amp Rogier C (1996) Combating Malaria morbidity and mortality by reducing transmission

Parasitology Today 12 236-240 7 Snow RW Omumbo JA Lowe B Molyneux SM Obiero JO Palmer A Weber MW Pinder M Nahlen B

Obonyo C Newbold C Gupta S Marsh K (1997) Relation between severe malaria morbidity in children and level of Plasmodium falciparum transmission in Africa Lancet 349 1650-1654

8 Ghani AC Sutherland CJ Riley EM Drakeley CJ Griffin JT Gosling RD Filipe JAN (2009) Loss of

population levels of immunity to malaria as a result of exposure reducing interventions consequences for interpretation of disease trends PLoS One 4 e4383

9 Okiro EA Al-Taiar A Reyburn H Idro R Berkley J Nokes DJ Snow RW (2009) Age patterns of severe

paediatric malaria and their relationship to Plasmodium falciparum transmission intensity Malaria Journal 8 4

10 Carneiro I Roca-Feltrer A Griffin JT Smith L Tanner M Armstrong Schellenberg J Greenwood BM

Schellenberg D (2010) Age-patterns of malaria vary with severity transmission intensity and seasonality in sub-Saharan Africa A systematic review and pooled analysis PLoS One 5 e8988

11 Griffin JT Hollingsworth TD Reyburn H Drakeley CJ Riley EM Ghani AC (2014) Gradual acquisition of

immunity to severe malaria with increasing exposure Proceedings of the Royal Society B 282 20142657

12 Snow RW (2015) Global malaria eradication and the importance of Plasmodium falciparum

epidemiology in Africa BMC Medicine 13 23

24

13 Smith T Maire N Ross A Penny M Chitnis N Schapira A Studer A Genton B Lengeler C Tediosi F de Savigny D Tanner M (2008) Towards a comprehensive simulation model of malaria epidemiology and control Parasitology 135 1507ndash1516

14 Smith DL Noor AM Hay SI Snow RW (2009) Predicting changing malaria risk after expanded

insecticide treated net coverage in Africa Trends in Parasitology 25 511ndash516 15 Griffin JT Hollingsworth D Okell LC Churcher TS White M Hinsley W Bousema T Drakeley CJ

Ferguson NM Basanez MG Ghani AC (2010) Reducing Plasmodium falciparum malaria transmission in Africa a model based evaluation of intervention strategies PLoS Medicine 7 e1000324

16 Chitnis N Schapira A Smith T Steketee R (2010) Comparing the effectiveness of malaria vector-

control interventions through a mathematical model American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 83 230ndash240

17 World Health Organization (2014) From malaria control to malaria elimination a manual for

Elimination Scenario Planning Global Malaria Programme World Health Organization Geneva April 2014

18 Gerardin J Eckhoff P Wenger EA (2015) Mass campaigns with antimalarial drugs a modelling

comparison of artemether-lumefantrine and DHA-piperaquine with and without primaquine as tools for malaria control and elimination BMC Infectious Diseases 15 144

19 Okell LC Drakeley CJ Bousema T Whitty CJM Ghani AC (2008) Modelling the impact of artemisinin

combination therapy and long-acting treatments on malaria transmission intensity PLoS Medicine 5 e226

20 Guyatt HL amp Snow RW (2001) Malaria in pregnancy as an indirect cause of infant mortality in sub-Saharan

Africa Transactions of Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 95 569-576 21 Desai M ter Kuile FO Nosten F McGready R Asamoa K Brabin B Newman R (2007) Epidemiology

and burden of malaria in pregnancy Lancet Infectious Diseases 7 93ndash104 22 van Eijk A Hill J Alegana VA Kirui V Gething PW ter Kuile F Snow RW (2011) Coverage of malaria

protection in pregnant women in sub-Saharan Africa a synthesis and analysis of national survey data Lancet Infectious Diseases 11 190-207

23 MPAC (2012) wwwwhointmalariampacsep2012mpac_mip_erg_sep2012pdf 24 MPAC (2013) wwwwhointmalariampacmpac_sep13_erg_ipt_malaria_pregnancy_reportpdf 25 Meremikwu MM Donegan S Sinclair D Esu E Oringanje C (2012) Intermittent preventive

treatment for malaria in children living in areas with seasonal transmission Cochrane Database Systematic Reviews 2 CD003756

26 Cairns M Roca-Feltrer A Garske T Wilson AL Diallo D Milligan PJ Ghani AC Greenwood BM (2012)

Estimating the potential public health impact of seasonal malaria chemoprevention in African children Nature Communications 3 881

25

27 Noor AM Kibuchi E Mitto B Coulibaly D Doumbo OK Snow RW (2015) A spatial decision support

framework for sub-national targeting of seasonal malaria chemoprevention in the Sahel Under review

28 Smith DL McKenzie FE Snow RW Hay SI (2007a) Revisiting the basic reproductive number for

malaria and its implications for malaria control PLoS Biology 5 e42 29 Hay SI Smith DL Snow RW (2008) Measuring malaria endemicity from intense to interrupted

transmission Lancet Infectious Diseases 8 369-378 30 Moonen B Cohen JM Snow RW Slutsker L Drakeley C Smith DL Abeyasinghe R Rodriguez Loacutepez

MH Maharaj R Tanner M Targett G (2010) Operational strategies to achieve and maintain malaria elimination Lancet 376 1592-1603

31 World Health Organization (2012a) Disease surveillance for malaria control Operational manual

WHO Geneva 32 World Health Organization (2012b) Disease surveillance for malaria elimination Operational manual

WHO Geneva 33 Cohen JM Moonen B Snow RW Smith DL (2010) How absolute is zero An evaluation of historical

and current definitions of malaria elimination Malaria Journal 9 213 34 Molineaux L Muir DA Spencer HC Wernsdorfer WH (1988) The epidemiology of malaria and its

measurement Malaria Principles and Practice of Malariology W Wernsdorfer and I McGregor London Churchill Livingstone 2 999-1089

35 Tusting LS Bousema T Smith DL Drakeley C (2014) Measuring changes in Plasmodium falciparum

transmission precision accuracy and costs of metrics Advances in Parasitology 84 151-208 36 Metselaar D amp van Thiel PH (1959) Classification of malaria Tropical Geographic Medicine 11 157ndash

161 37 Macdonald G amp Goumleckel GW (1964) The malaria parasite rate and interruption of transmission

Bulletin of World Health Organization 31 365ndash377 38 Lysenko AJ amp Semashko IN (1968) Geography of malaria A medico-geographic profile of an ancient

disease In Lebedew AW ed Itogi Nauki Medicinskaja Geografija Moscow USSR Academy of Sciences pp 25ndash146

39 Macdonald G (1957) The epidemiology and control of malaria Oxford University Press 40 Pampana E (1969) A textbook on malaria eradication Oxford Oxford University Press 41 Pull JH (1972) Malaria surveillance methods their uses and limitations American Journal of Tropical

Medicine amp Hygiene 21 651-657

26

42 World Health Organization (1950) Report on the malaria conference in equatorial Africa Held under the joint auspices of the World Health Organization and of the commission for technical co-operation in Africa south of the Sahara Kampala Uganda 27 Novemberndash9 December 1950

43 Yekutiel P (1960) Problems of epidemiology in malaria eradication Bulletin of the World Health

Organization 22 669-683 44 Macdonald G (1952) The analysis of equilibrium in malaria Tropical Diseases Bulletin 49 813-1129 45 Hay SI Guerra CA Gething PW Patil AP Tatem AJ Noor AM Kabaria CW Manh BH Elyazar IRF

Brooker S Smith DL Moyeed RA Snow RW (2009) A world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2007 PLoS Medicine 6 e1000048

46 Gething PW Patil AP Smith DL Guerra CA Elyazar IRF Johnston GL Tatem AJ Hay SI (2011) A new

world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2010 Malaria Journal 10 378 47 Snow RW Amratia P Kabaria CW Noor AM Marsh K (2012) The changing limits and incidence of

malaria in Africa 1939-2009 Advances in Parasitology 78 169-262 48 Black RH (1968) Manual of epidemiology and epidemiological services in malaria programmes World

Health Organization Geneva 49 Ray AP amp Beljaev AE (1984) Epidemiological surveillance a tool for assessment of malaria and its

control Journal of Communicable Disease 16 197ndash207 50 Omumbo JA Noor AM Fall IS Snow RW (2013) How well are malaria maps used to design and

finance malaria control in Africa PLoS One 8 e53198 51 Alegana VA Atkinson PM Wright JA Kamwi R Kakokele S Snow RW Noor AM (2013) Estimation of

malaria incidence in northern Namibia in 2009 using Bayesian Conditional-Autoregressive Spatial-Temporal Models Spatial amp Spatial Temporal Epidemiology 7 25-36

52 Bennett A Yukich J Miller JM Vounatsou P Hamainza B Ingwe MI Moonga HB Kamuliwo M Keating

J Smith TA Steketee RW Eisele TP (2014) A methodological framework for the improved use of routine health system data to evaluate national malaria control programs evidence from Zambia Population amp Health Metrics 12 30

53 Moonasar D Morris N Kleinschmidt I Maharaj R Raman J Mayet NT Benson FG Durrheim DN

Blumberg L (2013) What will move malaria control to elimination in South Africa South African Medical Journal 103 (10 Suppl 2) 801-806

54 Cohen JM Dlamini S Novotny JM Kandula D Kunene S Tatem AJ (2013) Rapid case-based mapping

of seasonal malaria transmission risk for strategic elimination planning in Swaziland Malaria Journal 12 61

55 Zanzibar Malaria Control Programme (2011) Zanzibar Malaria Performance Review September 2011

ZMCP Ministry of Health Revolutionary Government of Zanzibar

27

56 Ministry of Health [Cape Verde] World Health Organization and the University of California San Francisco (2012) Eliminating malaria Moving towards sustainable elimination in Cape Verde Geneva The World Health Organization httpappswhointirisbitstream106657584919789241504386_engpdfua=1

57 Littrell M Sow GD Ngom A Ba M Mboup BM Dieye Y Mutombo B Earle D Steketee RW (2013)

Case investigation and reactive case detection for malaria elimination in northern Senegal Malaria Journal 12 331

58 Thiroux D A amp DAnfreville D L (1908) Le paludisme au Seacuteneacutegal pendant les anneacutees 1905-1906

Gouvernement General de lAfrique Occidentale Francaise Laboratorie de bacteriologie de Saint-Louis Published Libraire JB Bailliere et Fils Paris 1908

59 Government General de LAlgeacuterie (1908) Campagne Antipaludique de 1908 unpublished document

available in Wellcome Library Euston Road London UK FX134AA9 60 Government of Gold Coast (1914) Medical amp Sanitary Report for the year 1913 Waterlow amp Sons

London 61 Mansfield-Aders W (1927) Notes on malaria and filariasis in the Zanzibar Protectorate Transactions

of the Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 30 207-214 62 Colony of Mauritius (1923-1925) Annual Reports on the Medical and Health Department 63 Swaroop S Gilroy AB Uemura K (1966) Statistical methods in malaria eradication Monograph Series

of World Health Organization 51 164 64 Barber MA amp Rice JB (1937) A survey of malaria in Egypt American Journal of Tropical Medicine amp

Hygiene 17 413-436 65 De Meira MT Simotildees TS Pinto Nogueira JF (1948) Observaccedilotildees sobre sezonismo nas ilhas do Sal Boa

Vista e S Nicolau (Cabo Verde) Anais do Instituto de Medicina Tropical 3 213-237 66 Young MD amp Johnson TH (1949) A malaria survey of Liberia Journal of National Malaria Society 8

247-266 67 De Meillon B (1951) Malaria survey of South-West Africa Bulletin of the World Health Organization

4 333ndash417 68 Houel G amp Donadille F (1953) Vingt ans de lutte antipaludique au Maroc Bulletin de lrsquoInstitut

drsquoHygiene du Maroc 13 3-51 69 Soeiro A (1952) O sezonismo em Moccedilambique contribuiccedilatildeo para o estudo epidemioloacutegico Anais do

Instituto de Medicina Tropical 9 343-389 70 Soeiro A (1959) Relactoacuterio da actividade do Instituto de Investigaccedilatildeo Meacutedica de Moccedilambique em

1958 e plano de trabalhos para o ano de 1960 Anais Intstituto de Higiene e Medicina Tropical 16 573-611

28

71 Bernard PM (1954) Trois ans de lutte antipaludique agrave Madagascar Bulletin de Madagascar

Publication Mensuelle du Service General Drsquoinformation du Haut-Commissariat no 96 72 Cambournac FJC Gandara AF Pena AJ Teixeira EWLG (1955) Subsidios para o inquerito malariologico

em Angola Anais do Instituto de Medicina Tropical 12 121-153 73 Anon (1954) Campagne antipaludique au Dahomey Map found in Benin box in WHO Archives

Geneva August 2012 74 Languillon J (1957) Carte eacutepideacutemiologique du paludisme au Cameroun Bulletin de la Socieacuteteacute de

Pathologie Exotique 50 585 - 600 75 Alves W (1958) Malaria parasite rates in Southern Rhodesia May-September 1956 Bulletin of the

World Health Organization 19 69-74 76 Lariviere M Hocquet P Abonnenc E (1961) Reacutesultats drsquoune enquecircte palustre dans la reacutepublique du

Seacuteneacutegal Indices plasmodiques chez les enfants en milieu rural Bulletin de la Socieacuteteacute Meacutedicale drsquoAfrique Noire de Langue Franccedilaise 6 386-403

77 Wernsdorfer G amp Wernsdorfer W (1967) Malaria in the middle Nile basin and its bordering regions Z

Tropenmed Parasitol 18 17-44 78 Rishikesh N amp Fahmy Y (1961) Quarterly report April-June 1961 Republic of Somalia pre-eradication

survey World Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 79 Rishikesh N Payne D Fahmy Y (1961) Quarterly report for the period January-March 1961 World

Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 80 Bechuanaland Protectorate (1958-1963) Annual Medical and Sanitary Reports for the Protectorate for

the years 1958-1963 Government Printers Gaborone 81 Craig MH Sharp BL Mabaso MLH Kleinschmidt I (2007) Developing a spatial-statistical model and

map of historical malaria prevalence in Botswana using a staged variable selection procedure International Journal of Health Geographics 6 44

82 Cano VI (1971) Deacuteveloppement des services de santeacute de base (Paludisme) World Health

Organization AFRMAL112 83 Barbie Y amp Timbila R (1964) Notes sur le paludisme en Reacutepublique Islamique de Mauritanie Medicine

Tropicale 24 427-435 84 Khromov A amp Privault R (1965) Programme du pre-eradication du paludisme Rapport trimestriel 4th

trimestre 1965 (Sep-Oct-Nov) WHO Mauritanie World Health Organization Unpublished document WHO Archives Geneva

85 Beltran O (1966) Malaria pre-eradication project Sierra Leone-19 fourth quarterly field report

October - December 1966 Government of Sierra Leone amp World Health Organization

29

86 Guy Y amp Gassabi R (1967) Les perspectives de leacuteradication du paludisme en Algeacuterie Archives de

LInstitut Pastuer DAlgerie 45 72-88 87 Chand D Garzen JB Bahar R Rishikesh N (1964) Malaria Eradication Service Ethiopia 14 (c) Quarterly

Report 1 October to 31 December 1964 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

88 Chand D Garzon JB Bahar R Rishiskesh N (1965) Quarterly report covering period 1 October to 31

December 1964 Project Ethiopia 0014 dated 9th february 1965 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

89 Onori E (1967) Distribution of Plasmodium ovale in the Eastern Western and Northern regions of

Uganda Bulletin of the World Health Organization 37 665-668 90 Wenlock (1978) The incidence of Plasmodium parasites in rural Zambia East African Medical Journal

55 268-276 91 Escudie A amp Hamon J (1961) Paludisme en Afrique Occidentale dexpression Franccedilaise Medicine

Tropicale 21 661-687 92 RBM-MERG - httpwwwrbmwhointmechanismsmerghtml 93 Corsi DJ Neuman M Finlay JE Subramanian SV (2012) Demographic and health surveys a profile

International Journal of Epidemiology 41 1602-1613 94 Measure httpwwwmeasuredhscomData 95 UNICEF httpwwwuniceforgstatisticsindex_24302html 96 Smith DL Guerra CA Snow RW Hay SI (2007b) Standardizing estimates of malaria prevalence

Malaria Journal 6 131 97 Brooker S Kolaczinski JH Gitonga CW Noor AM Snow RW (2009) The use of schools for malaria

surveillance and programme evaluation in Africa Malaria Journal 8 231 98 Stevenson JC Stresman GH Gitonga CW Gillig J Owaga C Marube E Odongo W Okoth A China P

Oriango R Brooker SJ Bousema T Drakeley C Cox J (2013) Reliability of school surveys in estimating geographic variation in malaria transmission in the western Kenyan highlands PLoS One 8 e77641

99 De Zulueta J Kafuko GW Cullen JR (1963) An investigation of the annual cycle of malaria in Masaka

district (Uganda) East African Medical Journal 40 469-488 100 Najera JA Shidrawi GR Gibson FD Stafford JS (1967) A large-scale field trial of Malathion as an

insecticide for antimalarial work in Southern Uganda Bulletin of the World Health Organization 36 913-935

30

101 Storey J (1972) A review of malaria work in Sierra Leone 1900 to 1964 West African Medical Journal 27 57-68

102 Gitonga CW Karanja PN Kihara J Mwjame M Juma E Snow RW Noor AM Brooker S (2010)

Implementing school malaria surveys in Kenya towards a nationwide surveillance system Malaria Journal 9 306

103 Gitonga CW Edwards T Karanja PN Noor AM Snow RW Brooker S (2012) Plasmodium infection

anaemia and mosquito net use among school children across different settings in Kenya Tropical Medicine amp International Health 17 858ndash870

104 Houngbedji CA N Dri PB Huumlrlimann E Yapi RB Silueacute KD Soro G Koudou BG Acka CA Assi S

Vounatsou P N Goran EK Fantodji A Utzinger J Raso G (2015) Disparities of Plasmodium falciparum infection malaria-related morbidity and access to malaria prevention and treatment among school-aged children a national cross-sectional survey in Cote dIvoire Malaria Journal 14 7

105 Ashton R Kefyalew T Tesfaye G Pullan R Yadeta D Reithinger R Kolaczinski J Brooker S (2010)

School-based surveys of malaria in Oromia Regional State Ethiopia towards a map of malaria risk Federal Ministry of Health Ethiopia

106 Takem EN Affara M Amambua-Ngwa A Okebe J Ceesay SJ Jawara M Oriero E Nwakanma D

Pinder M Clifford C Taal M Sowe M Suso P Mendy A Mbaye A Drakeley C DAlessandro U (2013) Detecting foci of malaria transmission with school surveys A pilot study in The Gambia PLoS One 8 e67108

107 Clarke SE Roschnik N Rouhani S Diarra S Bamadio M Sacko M Traore D Ly AB Gaye O Sembene

M Fall FB (2012) Malaria in school children under a new policy of universal coverage of nets Recent data from Mali and Senegal American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 Supplement 5 abstract 1466

108 Kabatereine NB Standley CJ Sousa-Fugueiredo JC Fleming RM Stothard JR Talisuna A Fenwick A

(2011) Integrated prevalence mapping of schistosomiasis soil-transmitted helminthiasis and malaria in lakeside and island communities in Lake Victoria Uganda Parasites amp Vectors 4 232

109 Emerson PM Ngondi J Biru E Graves PM Ejigsemahu Y Gebre T Endeshaw T Genet A Mosher

AW Zerihun M Messele A Richards FO (2008) Integrating an NTD with one of lsquolsquoThe Big Threersquorsquo Combined malaria and trachoma survey in Amhara Region of Ethiopia PLoS Neglected Tropical Diseases 2 e197

110 Noor AM Alegana VA Patil AP Moloney G Borle M Ahmed F Yousef F Amran J Snow RW (2012)

Mapping the receptivity of malaria risk to plan the future of control in Somalia British Medical Journal Open Access 2 e001160

111 Boyd MF (1949) Malariology A comprehensive review of all aspects of this group of diseases from a

global standpoint Volume II WB Saunders Company Philadelphia and London

31

112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

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44 Autres sources de donneacutees Les enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages ayant inteacutegreacute la preacutevalence parasitaire sont deacutecrites dans la section 3 Les donneacutees provenant de ces enquecirctes sont soit disponibles en formats teacuteleacutechargeables agrave partir du programme ICF MEASURE ou ont eacuteteacute fournis au projet INFORM par les programmes nationaux de lutte antipaludique dans le cadre daccords de collaboration Pour dautres donneacutees eacuteventuellement ineacutedites et propres aux sites sur la preacutevalence du paludisme nous avons consulteacute des sites Web et contacteacute les organisations non gouvernementales (ONG) travaillant en Afrique pouvant avoir entrepris des eacutevaluations sanitaires comprenant des enquecirctes parasitologiques au sein des communauteacutes aupregraves desquelles elles œuvraient Il srsquoagissait notamment de Meacutedecins sans Frontiegraveres [123] MERLIN [124] le Centre Carter [125] Selon lUniteacute danalyse de la seacutecuriteacute alimentaire et de la nutrition en Somalie (FSNAU) [126] Shape Consulting [127] Save the Children [128] Malaria Consortium [129] et MENTOR [130] Gracircce aux contacts fournis par ces agences nous avons pu trouver des donneacutees provenant de sites drsquoenquecirctes en Guineacutee en Sierra Leone en Cocircte dIvoire en Tanzanie au Libeacuteria en Somalie au Kenya en Ouganda au Nigeria en Ethiopie au Mali et au Soudan du Sud Les extraits des ouvrages publieacutes par Tropical Medicine ainsi que ceux issus des reacuteunions sur le paludisme ont eacuteteacute identifieacutes provenant de sources les plus diverses possibles et produits dans le cadre de confeacuterences et de congregraves nationaux et internationaux Ceux-ci ont eacuteteacute utiliseacutes pour signaler drsquoeacuteventuelles donneacutees solliciteacutees par correspondance des auteurs drsquoextraits Notre preacutesence reacutegionale et les liens que nous entretenons avec la communauteacute de recherche sur le paludisme en Afrique a permis de faire naicirctre une prise de conscience quant agrave lobjectif et agrave lambition de la recherche sur la cartographie du paludisme commenceacute en 1996 sous la collaboration MARA ARMA [35] Nous avons profiteacute de cette connectiviteacute reacutegionale des chercheurs pour contacter directement les collegravegues travaillant sur leacutepideacutemiologie du paludisme de sorte agrave rechercher des donneacutees ventileacutees et speacutecifiques au site souvent ineacutedites La volonteacute de partager des donneacutees non publieacutees sur les enquecirctes parasitaires a eacuteteacute sans preacuteceacutedent Au 1er Juillet 2015 plus de 700 scientifiques et speacutecialistes individuels de la santeacute publique ont fourni des informations ventileacutees sur les donneacutees publieacutees donneacutees non-publieacutees ou ont apporteacute leur concours agrave la localisation des communauteacutes eacutechantillonneacutees agrave travers lAfrique Nous avons tenu agrave les remercier dans lannexe accompagnant le preacutesent rapport ainsi que sur le site Web INFORM [131] Les instituts reacutegionaux menant des recherches sur le paludisme et leurs partenaires de collaboration eacutetaient toujours agrave lavant-garde dans la fourniture de donneacutees non publieacutees Il convient de mentionner particuliegraverement les Medical Research Council Laboratories (Gambie) les partenariats de collaboration entre le Kenyan Medical Research Institute et le Wellcome Trust Universiteacute dOxford US Centers for Disease Control Universiteacute de Nagasaki et Walter Reed (Kenya) le Centre de Recherche et de formation sur le paludisme (Mali) Uganda Malaria Surveillance Project (Ouganda) les partenariats de collaboration tisseacutes entre Ifakara Health Institute et le Swiss Tropical Institute la London School of Hygiene and Tropical Medicine et US

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Centers for Disease Control (Tanzanie) Dar es Salaam Urban Malaria Control Project (Tanzanie) National Medical Research Institute agrave Amani (Tanzanie) Institut Pasteur (Madagascar) lrsquoInstitut de Recherche pour le deacuteveloppement (Seacuteneacutegal) Centre de Rechercheacute en Santeacute de Nouna (Burkina Faso) Institute for Endemic Diseases University of Khartoum (Sudan) Blue Nile Health Project-Giezera State University (Sudan) Centro Investigaco Saude Angola (Angola) Liverpool School of Tropical Medicine Wellcome Trust and College of Medicine Programme collaboratif de lrsquoUniversity of Malawi (Malawi) South African Medical Research Council (Afrique du Sud Mozambique et Swaziland) le programme de collaboration du Swiss Tropical and Public Health Institute et de lInstitut de la santeacute publique (Cocircte dIvoire) le programme de collaboration du US Centers for Disease Control (Togo) partenariats de collaboration du Prince Leopold Institute (Burundi Beacutenin et Rwanda) Malaria Institute agrave Macha (Zambie) Medical Research CentreOuganda Virus Research Institute (Ouganda) lEcole de Santeacute Publique de Kinshasa (RDC) et le Southern African Malaria Consortium (Zimbabwe) 5 Abstraction des donneacutees drsquoenquecircte 51 Exigences minimales en matiegravere de donneacutees De chacun des rapports drsquoenquecircte les champs de donneacutees minimales requises pour chaque enregistrement sont les suivants description de la zone deacutetude (nom divisions administratives et coordonneacutees geacuteographiques cas eacutecheacuteant) dates de deacutebut et de fin de lenquecircte (mois et anneacutee) et renseignements sur de lexamen sanguin (nombre de personnes deacutepisteacutees nombre de personnes constateacutees positives pour infection au Plasmodium par espegravece) meacutethodes utiliseacutees pour deacutetecter linfection (microscopie tests de diagnostic rapide (TDR) reacuteaction en chaicircne par polymeacuterase (PCR) ou combinaisons) et lrsquoacircge le plus bas et la population eacutetudieacutee Pour les donneacutees provenant des essais controcircleacutes et randomiseacutes dintervention les donneacutees nrsquoont eacuteteacute seacutelectionneacutees que lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees de base de preacute-intervention et celles issues des enquecirctes de suivi transversales ulteacuterieures au sein des populations teacutemoins Lorsque des cohortes dindividus ont eacuteteacute interrogeacutees agrave plusieurs reprises dans le temps nous nous sommes efforceacutes dinclure uniquement la premiegravere enquecircte et les enquecirctes ulteacuterieures lorsque celles-ci nrsquoavaient qursquoun eacutecart drsquoau moins cinq mois par rapport agrave la date denquecircte initiale pour eacuteviter toute deacutependance entre les observations baseacutees sur le traitement des personnes infecteacutees preacuteceacutedentes Lorsqursquoil neacutetait pas possible de ventiler les enquecirctes reacutepeacuteteacutees celles-ci eacutetaient deacutefinitivement exclues de lanalyse Plusieurs pays ont maintenu des enquecirctes sanguines de masse apregraves avoir atteint les phases de consolidation de leacutelimination La dureacutee des phases de preacute-eacutelimination drsquoattaque de consolidation et dentretien deacutelimination varie entre les pays [47] Nous avons choisi dexclure les donneacutees eacutechantillonneacutees apregraves les dates ougrave les pays mettant en œuvre des programmes drsquoeacutelimination avaient commenceacute agrave utiliser des taux drsquoincidence deacuteriveacutes des indices parasitaires annuels ou lorsque des enquecirctes sanguines de masse eacutetaient utiliseacutees pour deacutemontrer labsence de transmission en Algeacuterie (1967) en Egypte (1965) en Libye (1967) en icircle Maurice (1957) au Maroc (1969) en Reacuteunion (1953) et en Tunisie (1968)

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Parfois les rapports preacutesentaient le nombre total de personnes examineacutees dans un certain nombre de villages et le pourcentage de personnes controcircleacutees positives par village ici nous avons supposeacute que le deacutenominateur par village eacutetait eacutequivalent au nombre total de personnes examineacutees diviseacute par le nombre total de villages Il eacutetait possible deacutetablir lanneacutee de chaque enquecircte cependant il eacutetait parfois impossible drsquoeacutetablir le mois de lenquecircte agrave partir des rapports denquecirctes Dans ce cas de figure nous avons utiliseacute des descriptions saison laquohumideraquo et saison laquosegravecheraquo premier ou deuxiegraveme trimestre scolaire ou dautres informations pour parvenir agrave une approximation du mois de lenquecircte et avons inclus un rapport sur cette hypothegravese Certains reacutesultats de lenquecircte ont eacuteteacute signaleacutes en tant qursquoagreacutegat dans lespace (par exemple un seul PfPR pour un groupe de villages) ou dans le temps (par exemple un PfPR moyen estimeacute agrave partir de quatre enquecirctes diffeacuterentes meneacutees au fil du temps) Dans de tels cas nous avons soit chercheacute dautres rapports des mecircmes enquecirctes avec une reacutesolution spatiale ou temporelle plus eacuteleveacutee Lagrave ougrave cela na pas eacuteteacute possible et ougrave des groupes de villages deacutepassaient 5 km2 nous avons exclu du dossier de lanalyse (voir ci-dessous) Lorsque des informations suppleacutementaires eacutetaient neacutecessaires pour fournir des donneacutees speacutecifiques par village dans un moment preacutecis nous avons demandeacute aux auteurs de nous fournir tout renseignement ou document manquant 52 Meacutethodes de deacutetection parasitaires Compte tenu de son ubiquiteacute en tant qursquooutil de diagnostic paludique la meacutethode preacutefeacutereacutee de deacutetection parasitaire eacutetait la microscopie Aucune distinction nrsquoeacutetait faite entre la microscopie optique ou par fluorescence La qualiteacute de la veacuterification de lame [132133] les variations de sensibiliteacute speacutecificiteacute entre les tests de diagnostic rapide (TDR) [134] la capaciteacute des eacutequipes de terrain agrave analyser les TDR de maniegravere fiable [135-138] ou des variations obtenues sur la base de la seacutelection des amorces pour les reacuteactions en chaicircne de la polymeacuterase (PCR) [139] influencent toutes les descriptions de la preacutevalence et auront des variances intrinsegraveques entre les enquecirctes incluses dans la base de donneacutees Il a eacuteteacute deacutemontreacute que les TDR donnent des taux de faux positifs plus eacuteleveacutes que la microscopie [134 140 141] cependant ils ont tendance agrave stratifier agrave fois le taux parasitaire le plus bas (lt1) et le plus eacuteleveacute (gt50) avec plus de preacutecision par rapport agrave la microscopie courante [133 141] Une analyse drsquoun grand recueil de donneacutees sur les taux parasitaires des communauteacutes a deacutemontreacute quil y avait une diffeacuterence minime dans les estimations du taux moyen global de preacutevalence de P falciparum dans une analyse des donneacutees correspondantes apparieacutees issues des enquecirctes communautaires ayant utiliseacute la microscopie et les TDR pour les examens parasitaires [46] Neacuteanmoins les diffeacuterences entre les TDR et la microscopie en matiegravere de leur capaciteacute agrave deacutetecter des dinfections mineures lorsquelles sont geacutereacutees dans des conditions normales restent un preacutejugeacute systeacutematique inheacuterent aux donneacutees [141] que nous sommes incapables de controcircler Nous sommes eacutegalement incapables de controcircler la qualiteacute des analyses de donneacutees des enquecirctes en utilisant uniquement la microscopie Le principal problegraveme de la microscopie lorsquelle est utiliseacutee dans le cadre les enquecirctes-eacutechantillons nationales est la qualiteacute de la preacuteparation des lames (coloration et entreposage) et

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ou les garanties de la veacuterification de la qualiteacute (VQ) des analyses des lames Dans ce cas de figure nous avons en consultation avec les responsables des enquecirctes nationales ducirc faire plusieurs jugements de valeur Par exemple pour les enquecirctes nationales aupregraves des meacutenages au Soudan en Somalie au Malawi et en Angola nous avons choisi dinteacutegrer les preacutevalences dinfection obtenues gracircce aux TDR plutocirct les estimations provenant des analyses des lames de microscopie Par contre pour drsquoautres pays tels que le Kenya et lOuganda nous avions des garanties quant agrave la qualiteacute des analyses des preacutelegravevements sanguins pendant enquecirctes sur les indicateurs du paludisme Il ny a pas de regravegles absolues pour ces deacutecisions A chaque fois que des preuves quant agrave la qualiteacute des analyses des lames nous eacutetaient fournies nous avons deacutecideacute drsquoutiliser celles-ci par rapport aux TDR 53 Geacuteocodage des sites drsquoenquecircte Le geacuteocodage de donneacutees la deacutefinition dune longitude et une latitude deacutecimale pour chaque site denquecircte consistait en une tacircche particuliegraverement exigeante En fonction de leur repreacutesentation spatiale les donneacutees eacutetaient classeacutees en tant que villages communauteacutes ou eacutecoles individuelles ou ensemble de communauteacutes dans une zone deacutefinissable correspondant agrave une zone agrave linteacuterieur dun quadrillage de 5 km ou environ 005 degreacutes deacutecimaux au niveau de leacutequateur Dans la mesure du possible nous avons chercheacute agrave conserver des donneacutees ventileacutees au niveau des villages plutocirct que des donneacutees agrave travers une laquogrande eacutetendueraquo Lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees provenant des communauteacutes deacutepassant un quadrillage de 5 km nous avons consideacutereacute ces derniers comme une reacutesolution spatiale trop faible avec une variance importante possible dans le polygone dinformations agrave exclure lors de lutilisation de la modeacutelisation geacuteostatistique avanceacutee En pratique il srsquoagissait ici drsquoun critegravere difficile agrave veacuterifier eacutetant donneacute que la plupart des rapports denquecircte ne fournissaient pas suffisamment de deacutetails sur la superficie de la zone eacutetudieacutee Une utilisation plus reacutecente des systegravemes de positionnement mondial (GPS) lors de travaux denquecircte permet une reacuteagreacutegation des donneacutees denquecircte aupregraves des meacutenages avec une plus grande preacutecision Crsquoest eacutegalement utile dans le maintien du critegravere du quadrillage de 5 km tout en combinant des grappes de petites tailles deacutechantillon dans lespace Lutilisation du GPS pour enregistrer des longitudes et latitudes a contribueacute de maniegravere appreacuteciable agrave des enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages depuis circa 2007 [142] Cependant dans les enquecirctes deacutemographiques et sanitaires aupregraves des meacutenages geacutereacutes par le programme ICF-MEASURE un processus de deacuteplacement de coordonneacutees GPS est effectueacute de telle sorte que pour les clusters urbains un deacuteplacement est introduit agrave une distance allant jusqursquoagrave tous les 2 km qui influe rarement sur la preacutecision globale de modeacutelisation eacutetant donneacute que ce processus se fait dans le cadre est dans les zones urbaines Pour les clusters ruraux on fait un deacuteplacement jusqursquoagrave 5 km avec 1 de clusters ruraux suppleacutementaires deacuteplaceacutes jusquagrave une distance de 10 km Ici nous avons passeacute en revue tous les clusters ruraux agrave lrsquoaide de Google Earth pour examiner la mesure dans laquelle les clusters ruraux pourraient avoir eacuteteacute deacuteplaceacutes vers des zones inhabiteacutees et repositionneacutes dans les zones peupleacutees les plus proches

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Pour positionner chaque site denquecircte lagrave ougrave les coordonneacutees GPS ne sont pas disponibles nous avons utiliseacute une varieacuteteacute de ressources numeacuteriques parmi lesquels les plus utiles eacutetaient Encyclopeacutedie Microsoft Encarta (Microsoft 2004) et Google Earth (Google 2009) Drsquoautres sources drsquoarchives numeacuteriques de noms de lieux couramment utiliseacutes sont entre autres le serveur de noms de lieux de la National Geospatial-Intelligence Agency GEOnet Eacutetats-Unis [143] Falling Rain Genomicsrsquo Global Gazetteer [144] Alexandria Digital Library de lUniversiteacute de Californie Eacutetats-Unis [145] African Data Sampler [146] MapCarta [147] Maplandia [148] Global geodatabase-cities [149] Open Street Map [150] VMAP0 [151] et IslamicFinder [152] A travers lAfrique il existe un certain nombre de reacutepertoire toponymique numeacuteriques nationaux pour les lieux habiteacutes les eacutetablissements sanitaires ou les eacutecoles Ce type de reacutepertoires accroicirct en nombre en preacutecision et en couverture Nous les avons obtenus sur demande aupregraves des bureaux nationaux de recensement des ministegraveres de leacuteducation et de la santeacute et des ONG partenaires Cela srsquoest aveacutereacute un outil preacutecieux dans la localisation des communauteacutes au Burkina Faso au Kenya en Gambie au Mozambique agrave Madagascar en Somalie au Malawi en Mauritanie au Ghana au Niger en Namibie au Seacuteneacutegal en Somalie en Afrique du Sud en Tanzanie en Ouganda en Zambie et agrave Zanzibar Bien que nous tentons drsquoutiliser des nomenclatures types et des strateacutegies uniques de nommage dans les reacutepertoires toponymiques numeacuteriques [153] il est difficile drsquoatteindre cela au niveau national ougrave les orthographes changement en fonction des auteurs au fil du temps et ougrave les mecircmes noms de lieux sont reacutepliqueacutees agrave travers un pays En tant que tel lors de lextraction de donneacutees chaque point de donneacutees a eacuteteacute enregistreacute avec autant drsquoinformations geacuteographiques que possible issues de la source Crsquoest bien ces informations qui ont eacuteteacute utiliseacutees au cours du geacuteo-positionnement par exemple pour veacuterifier que le geacuteocodage permettait de cadrer les sites denquecirctes dans les uniteacutes administratives deacutecrites dans le rapport ou qursquoil correspondait agrave dautres deacutetails dans le rapport sur la distance vis-agrave-vis des riviegraveres ou les villes lorsque cela eacutetait afficheacutees sur Google Earth Bien quen theacuteorie les coordonneacutees GPS doivent repreacutesenter une localisation spatiale sans ambiguiumlteacute il fallait une veacuterification rigoureuse pour veiller agrave ce que les sites denquecirctes correspondent aux coordonneacutees GPS Comme drsquohabitude nous avons donc reveacuterifieacute toutes les donneacutees GPS de toutes les sources en utilisant les noms de lieux et ou Google Earth pour assurer que les coordonneacutees se situaient dans les communauteacutes Toutes les coordonneacutees ont eacuteteacute soumises agrave un controcircle final agrave laide de la base de donneacutees spatiale des frontiegraveres administratives de second niveau deacuteveloppeacutees et reacuteviseacutee en 2008 par lOrganisation pour lalimentation et lagriculture (FAO) des Nations Unies [154] Loutil de seacutelection spatiale ArcGIS 101 (ESRI USA) a eacuteteacute utiliseacute pour veacuterifier que les points du long du littoral eacutetaient situeacutes sur des terrains tels que deacutefinis par GAUL 2008 La base de donneacutees de Global Lakes and Wetlands (GLWD) deacuteveloppeacutee par le Fonds mondial pour la nature [155] a eacuteteacute utiliseacute pour srsquoassurer que les points inteacuterieurs eacutetaient positionneacutes sur la terre ferme et non pas sur des plans deau Nous cherchions par-lagrave agrave identifier les coordonneacutees qui se trouvaient leacutegegraverement au large des cocirctes sur les affluents ou dans les uniteacutes administratives incorrectes chaque anomalie a eacuteteacute reveacuterifieacutee et repositionneacutee agrave laide de petits changements et avec Google Earth

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54 Deacutefinition des frontiegraveres nationales A la fin de la Seconde Guerre mondiale en 1945 presque tous les pays en Afrique eacutetaient soumis agrave la domination ou agrave lrsquoadministration coloniale Chaque pays sur le continent africain est aujourdhui indeacutependant mecircme si quelques icircles restent sous administration europeacuteenne (la Reacuteunion et Mayotte) Il existe actuellement 55 Etats indeacutependants dont 53 sont membres de lUnion africaine Tout au long de ce rapport nous utilisons les noms et les frontiegraveres des Eacutetats-nations en Afrique et les frontiegraveres actuelles plutocirct que la nomenclature preacute-indeacutependance Tout au long de ce rapport nous avons utiliseacute lrsquooutil numeacuterique de traitement de frontiegraveres parraineacute par lrsquoONU [156] En tant que tel nous traitons le Soudan du Sud en tant qursquoentiteacute diffeacuterente de la Reacutepublique du Soudan et lEacuterythreacutee diffeacuterente de lEthiopie Il y a beaucoup de zones litigieuses en Afrique revendiqueacutees par diffeacuterents pays voisins et qui restent en suspens [157] Pour les besoins de notre travail nous avons traiteacute le Triangle drsquoIlemi en tant que partie inteacutegrante de la reacutegion de Turkana du Kenya Nous avons consideacutereacute Walvis Bay en Namibie comme faisant toujours partie de la Namibie en deacutepit du fait que ce territoire fait partie de lrsquoAfrique du Sud depuis de nombreuses anneacutees suivant lindeacutependance de la Namibie en 1990 Deux petits territoires au sein du Royaume du Maroc continuent decirctre occupeacutes par lEspagne dans le Nord-Ouest (Ceuta) et dans le Nord-Est (Melilla) sur le littoral meacutediterraneacuteen Cependant nous avons consideacutereacutes ces territoires comme faisant partie du Royaume du Maroc se rapprochant de son eacutetendue ottomane avant 1912 Nous traitons la peacuteninsule du Sinaiuml en tant que partie permanente de la Reacutepublique arabe dEgypte Sans faire de jugements politiques nous avons consideacutereacute la reacutegion drsquoAbeyi comme faisant partie inteacutegrante de la Reacutepublique du Soudan cependant dans la cartographie des produits nationaux les deux pays prennent en compte cette reacutegion Nous avons traiteacute le Triangle Halaib sur la frontiegravere soudano-eacutegyptienne comme faisant partie du Soudan bien que depuis 2010 lrsquoEacutegypte controcircle cette zone en tant que partie inteacutegrante de son Etat de la Mer Rouge La reacutegion de Bakassi territoire frontalier contesteacute sur la cocircte atlantique entre le Nigeria et le Cameroun a eacuteteacute traiteacute comme faisant partie du Nigeria en deacutepit de la mise en œuvre finale des accords qui ont accordeacute cette reacutegion agrave ladministration camerounaise en 2014 Les groupes insulaires de Bioko Annobin et Zanzibar sont traiteacutees seacutepareacutement de la partie continentale de Guineacutee eacutequatoriale et de Tanzanie respectivement Ces groupes insulaires ont toujours eu diffeacuterents plans de lutte antipaludique et des ambitions drsquoeacutelimination diffeacuterentes de ceux de leurs homologues du continent 55 Normalisation selon lacircge Lorsque lacircge nrsquoeacutetait pas preacuteciseacute dans le rapport de chaque enquecircte mais que le rapport preacutecisait que lrsquoensemble du village ou drsquoenfants de leacutecole primaire eacutetaient examineacutes nous avons supposeacute que les tranches dacircge agrave 0-99 ans ou 5-14 ans respectivement Il y avait une grande diversiteacute dans les tranches dacircge des populations eacutechantillonneacutees entre les eacutetudes Pour faire des comparaisons significatives dans le temps et lespace une seule tranche dacircge normaliseacute est neacutecessaire Il est possible drsquoeffectuer des ajustements dun acircge normaliseacute pour le Plasmodium falciparum gracircce agrave lobservation et agrave la theacuteorie des maladies infectieuses lagrave ougrave limmuniteacute est acquise apregraves une exposition reacutepeacuteteacutee de la naissance Nous avons adapteacute des modegraveles de

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conversion catalytique de Muench (dabord utiliseacute dans le paludisme par Pull amp Grab dans les anneacutees 1970 [158]) en eacutequations statiques en R-script qui utilise les gammes infeacuterieure et supeacuterieure deacutechantillon et la preacutevalence globale pour se transformer en une estimation preacutevues chez les enfants acircgeacutes de 2-10 ans PfPR2-10 [96] 56 Limitations dues agrave la taille de leacutechantillon La taille de leacutechantillon est inversement proportionnelle agrave la preacutevalence ougrave agrave faible taille des eacutechantillons les biais dans les estimations de la preacutevalence sont introduits en fonction de la preacutevalence reacuteelle de la population se traduisant deacutecarts-types relativement eacuteleveacutes [159] Il existe un seuil critique entre 10 et 20 individus eacutechantillonneacutes en dessous duquel les eacutecarts-types augmentent de faccedilon exponentielle dans la plupart des enquecirctes sur les infections parasitaires et la courbe commence agrave aplatir agrave partir drsquoune taille denviron 50 eacutechantillons et atteint une asymptote agrave environ 100 [160] La taille des eacutechantillons denquecircte individuels est eacutegalement importante dans le calcul des correacutelations avec les variables dendeacutemiciteacute pour veacuterifier les associations plausibles entre par exemple des preacutecipitations et la preacutevalence Au cours de seacutelection des co-variables de petits eacutechantillons impreacutecis peuvent conduire agrave loverfitting Nous avons chercheacute agrave combiner les communauteacutes agrave proximiteacute ougrave tout village comptait moins de 10 personnes eacutechantillonneacutees et ougrave les communauteacutes se situaient agrave moins de 5 km lrsquoun de lautre eacutechantillonneacutes exactement au mecircme moment par les mecircmes enquecircteurs 6 Partage et accegraves aux donneacutees Les donneacutees recueillies pour cette eacutetude font partie dune initiative plus large visant agrave aider les gouvernements nationaux en mettant agrave leur disposition des plateformes de donneacutees probantes pour les aider agrave concevoir des projets de lutte antipaludique gracircce au concours du projet INFORM [131161] soutenu par le Deacutepartement pour le deacuteveloppement international Royaume-Uni et le Wellcome Trust Les donneacutees geacuteocodeacutees sur la preacutevalence parasitaire issues des donneacutees archiveacutees publieacutees et ineacutedites donneacutees et rassembleacutees en bases de donneacutees soigneusement conserveacutees doivent ecirctre prise en charge et geacutereacutees par les services de lutte contre le paludisme au sein des ministegraveres nationaux de la santeacute Les donneacutees provenant des recherches nationales et des enquecirctes meneacutees par les ministegraveres de la santeacute sont la proprieacuteteacute des gouvernements nationaux Le plus souvent la plupart des ministegraveres de la santeacute nont pas accegraves agrave la gamme complegravete des donneacutees sur le paludisme pourtant potentiellement disponibles dans leur propre pays Le but est donc de se servir du projet INFORM pour bacirctir une appropriation des donneacutees nationales sur le paludisme et mettre toutes les donneacutees recueillies agrave la disposition des ministegraveres de la santeacute agrave travers lAfrique et aux conseillers techniques reacutegionaux de lOrganisation mondiale de la santeacute A ce titre ces gouvernements nationaux deviendront les gardiens de leurs propres donneacutees nationales et pleinement responsables de leur distribution aux scientifiques nationaux reacutegionaux et internationaux ainsi qursquoaux partenaires de controcircle

23

7 Reacutefeacuterences 1 Snow RW (2014) Sixty years trying to define the malaria burden in Africa have we made any progress

BMC Medicine 12 227 2 Noor AM Kinyoki DK Mundia CW Kabaria CW Wambua JM Alegana VA Fall IS Snow RW (2014) The

changing risk of Plasmodium falciparum malaria infection in Africa 2000ndash10 a spatial and temporal analysis of transmission intensity Lancet 383 1739-1747

3 Snow RW Marsh K le Sueur D (1996) The need for maps of transmission intensity to guide malaria

control in Africa Parasitology Today 12 455ndash457 4 MARAARMA (1998) Towards an atlas of malaria risk in Africa First technical report of the

MARAARMA collaboration Durban South Africa httpsidl-bncidrccadspacebitstream10625316441114833pdf

5 Le Sueur D Binka F Lengeler C de Savigny D Teuscher T Toure Y Snow RW (1997) An atlas of malaria in

Africa Africa Health 19 23-24 6 Trape JF amp Rogier C (1996) Combating Malaria morbidity and mortality by reducing transmission

Parasitology Today 12 236-240 7 Snow RW Omumbo JA Lowe B Molyneux SM Obiero JO Palmer A Weber MW Pinder M Nahlen B

Obonyo C Newbold C Gupta S Marsh K (1997) Relation between severe malaria morbidity in children and level of Plasmodium falciparum transmission in Africa Lancet 349 1650-1654

8 Ghani AC Sutherland CJ Riley EM Drakeley CJ Griffin JT Gosling RD Filipe JAN (2009) Loss of

population levels of immunity to malaria as a result of exposure reducing interventions consequences for interpretation of disease trends PLoS One 4 e4383

9 Okiro EA Al-Taiar A Reyburn H Idro R Berkley J Nokes DJ Snow RW (2009) Age patterns of severe

paediatric malaria and their relationship to Plasmodium falciparum transmission intensity Malaria Journal 8 4

10 Carneiro I Roca-Feltrer A Griffin JT Smith L Tanner M Armstrong Schellenberg J Greenwood BM

Schellenberg D (2010) Age-patterns of malaria vary with severity transmission intensity and seasonality in sub-Saharan Africa A systematic review and pooled analysis PLoS One 5 e8988

11 Griffin JT Hollingsworth TD Reyburn H Drakeley CJ Riley EM Ghani AC (2014) Gradual acquisition of

immunity to severe malaria with increasing exposure Proceedings of the Royal Society B 282 20142657

12 Snow RW (2015) Global malaria eradication and the importance of Plasmodium falciparum

epidemiology in Africa BMC Medicine 13 23

24

13 Smith T Maire N Ross A Penny M Chitnis N Schapira A Studer A Genton B Lengeler C Tediosi F de Savigny D Tanner M (2008) Towards a comprehensive simulation model of malaria epidemiology and control Parasitology 135 1507ndash1516

14 Smith DL Noor AM Hay SI Snow RW (2009) Predicting changing malaria risk after expanded

insecticide treated net coverage in Africa Trends in Parasitology 25 511ndash516 15 Griffin JT Hollingsworth D Okell LC Churcher TS White M Hinsley W Bousema T Drakeley CJ

Ferguson NM Basanez MG Ghani AC (2010) Reducing Plasmodium falciparum malaria transmission in Africa a model based evaluation of intervention strategies PLoS Medicine 7 e1000324

16 Chitnis N Schapira A Smith T Steketee R (2010) Comparing the effectiveness of malaria vector-

control interventions through a mathematical model American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 83 230ndash240

17 World Health Organization (2014) From malaria control to malaria elimination a manual for

Elimination Scenario Planning Global Malaria Programme World Health Organization Geneva April 2014

18 Gerardin J Eckhoff P Wenger EA (2015) Mass campaigns with antimalarial drugs a modelling

comparison of artemether-lumefantrine and DHA-piperaquine with and without primaquine as tools for malaria control and elimination BMC Infectious Diseases 15 144

19 Okell LC Drakeley CJ Bousema T Whitty CJM Ghani AC (2008) Modelling the impact of artemisinin

combination therapy and long-acting treatments on malaria transmission intensity PLoS Medicine 5 e226

20 Guyatt HL amp Snow RW (2001) Malaria in pregnancy as an indirect cause of infant mortality in sub-Saharan

Africa Transactions of Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 95 569-576 21 Desai M ter Kuile FO Nosten F McGready R Asamoa K Brabin B Newman R (2007) Epidemiology

and burden of malaria in pregnancy Lancet Infectious Diseases 7 93ndash104 22 van Eijk A Hill J Alegana VA Kirui V Gething PW ter Kuile F Snow RW (2011) Coverage of malaria

protection in pregnant women in sub-Saharan Africa a synthesis and analysis of national survey data Lancet Infectious Diseases 11 190-207

23 MPAC (2012) wwwwhointmalariampacsep2012mpac_mip_erg_sep2012pdf 24 MPAC (2013) wwwwhointmalariampacmpac_sep13_erg_ipt_malaria_pregnancy_reportpdf 25 Meremikwu MM Donegan S Sinclair D Esu E Oringanje C (2012) Intermittent preventive

treatment for malaria in children living in areas with seasonal transmission Cochrane Database Systematic Reviews 2 CD003756

26 Cairns M Roca-Feltrer A Garske T Wilson AL Diallo D Milligan PJ Ghani AC Greenwood BM (2012)

Estimating the potential public health impact of seasonal malaria chemoprevention in African children Nature Communications 3 881

25

27 Noor AM Kibuchi E Mitto B Coulibaly D Doumbo OK Snow RW (2015) A spatial decision support

framework for sub-national targeting of seasonal malaria chemoprevention in the Sahel Under review

28 Smith DL McKenzie FE Snow RW Hay SI (2007a) Revisiting the basic reproductive number for

malaria and its implications for malaria control PLoS Biology 5 e42 29 Hay SI Smith DL Snow RW (2008) Measuring malaria endemicity from intense to interrupted

transmission Lancet Infectious Diseases 8 369-378 30 Moonen B Cohen JM Snow RW Slutsker L Drakeley C Smith DL Abeyasinghe R Rodriguez Loacutepez

MH Maharaj R Tanner M Targett G (2010) Operational strategies to achieve and maintain malaria elimination Lancet 376 1592-1603

31 World Health Organization (2012a) Disease surveillance for malaria control Operational manual

WHO Geneva 32 World Health Organization (2012b) Disease surveillance for malaria elimination Operational manual

WHO Geneva 33 Cohen JM Moonen B Snow RW Smith DL (2010) How absolute is zero An evaluation of historical

and current definitions of malaria elimination Malaria Journal 9 213 34 Molineaux L Muir DA Spencer HC Wernsdorfer WH (1988) The epidemiology of malaria and its

measurement Malaria Principles and Practice of Malariology W Wernsdorfer and I McGregor London Churchill Livingstone 2 999-1089

35 Tusting LS Bousema T Smith DL Drakeley C (2014) Measuring changes in Plasmodium falciparum

transmission precision accuracy and costs of metrics Advances in Parasitology 84 151-208 36 Metselaar D amp van Thiel PH (1959) Classification of malaria Tropical Geographic Medicine 11 157ndash

161 37 Macdonald G amp Goumleckel GW (1964) The malaria parasite rate and interruption of transmission

Bulletin of World Health Organization 31 365ndash377 38 Lysenko AJ amp Semashko IN (1968) Geography of malaria A medico-geographic profile of an ancient

disease In Lebedew AW ed Itogi Nauki Medicinskaja Geografija Moscow USSR Academy of Sciences pp 25ndash146

39 Macdonald G (1957) The epidemiology and control of malaria Oxford University Press 40 Pampana E (1969) A textbook on malaria eradication Oxford Oxford University Press 41 Pull JH (1972) Malaria surveillance methods their uses and limitations American Journal of Tropical

Medicine amp Hygiene 21 651-657

26

42 World Health Organization (1950) Report on the malaria conference in equatorial Africa Held under the joint auspices of the World Health Organization and of the commission for technical co-operation in Africa south of the Sahara Kampala Uganda 27 Novemberndash9 December 1950

43 Yekutiel P (1960) Problems of epidemiology in malaria eradication Bulletin of the World Health

Organization 22 669-683 44 Macdonald G (1952) The analysis of equilibrium in malaria Tropical Diseases Bulletin 49 813-1129 45 Hay SI Guerra CA Gething PW Patil AP Tatem AJ Noor AM Kabaria CW Manh BH Elyazar IRF

Brooker S Smith DL Moyeed RA Snow RW (2009) A world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2007 PLoS Medicine 6 e1000048

46 Gething PW Patil AP Smith DL Guerra CA Elyazar IRF Johnston GL Tatem AJ Hay SI (2011) A new

world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2010 Malaria Journal 10 378 47 Snow RW Amratia P Kabaria CW Noor AM Marsh K (2012) The changing limits and incidence of

malaria in Africa 1939-2009 Advances in Parasitology 78 169-262 48 Black RH (1968) Manual of epidemiology and epidemiological services in malaria programmes World

Health Organization Geneva 49 Ray AP amp Beljaev AE (1984) Epidemiological surveillance a tool for assessment of malaria and its

control Journal of Communicable Disease 16 197ndash207 50 Omumbo JA Noor AM Fall IS Snow RW (2013) How well are malaria maps used to design and

finance malaria control in Africa PLoS One 8 e53198 51 Alegana VA Atkinson PM Wright JA Kamwi R Kakokele S Snow RW Noor AM (2013) Estimation of

malaria incidence in northern Namibia in 2009 using Bayesian Conditional-Autoregressive Spatial-Temporal Models Spatial amp Spatial Temporal Epidemiology 7 25-36

52 Bennett A Yukich J Miller JM Vounatsou P Hamainza B Ingwe MI Moonga HB Kamuliwo M Keating

J Smith TA Steketee RW Eisele TP (2014) A methodological framework for the improved use of routine health system data to evaluate national malaria control programs evidence from Zambia Population amp Health Metrics 12 30

53 Moonasar D Morris N Kleinschmidt I Maharaj R Raman J Mayet NT Benson FG Durrheim DN

Blumberg L (2013) What will move malaria control to elimination in South Africa South African Medical Journal 103 (10 Suppl 2) 801-806

54 Cohen JM Dlamini S Novotny JM Kandula D Kunene S Tatem AJ (2013) Rapid case-based mapping

of seasonal malaria transmission risk for strategic elimination planning in Swaziland Malaria Journal 12 61

55 Zanzibar Malaria Control Programme (2011) Zanzibar Malaria Performance Review September 2011

ZMCP Ministry of Health Revolutionary Government of Zanzibar

27

56 Ministry of Health [Cape Verde] World Health Organization and the University of California San Francisco (2012) Eliminating malaria Moving towards sustainable elimination in Cape Verde Geneva The World Health Organization httpappswhointirisbitstream106657584919789241504386_engpdfua=1

57 Littrell M Sow GD Ngom A Ba M Mboup BM Dieye Y Mutombo B Earle D Steketee RW (2013)

Case investigation and reactive case detection for malaria elimination in northern Senegal Malaria Journal 12 331

58 Thiroux D A amp DAnfreville D L (1908) Le paludisme au Seacuteneacutegal pendant les anneacutees 1905-1906

Gouvernement General de lAfrique Occidentale Francaise Laboratorie de bacteriologie de Saint-Louis Published Libraire JB Bailliere et Fils Paris 1908

59 Government General de LAlgeacuterie (1908) Campagne Antipaludique de 1908 unpublished document

available in Wellcome Library Euston Road London UK FX134AA9 60 Government of Gold Coast (1914) Medical amp Sanitary Report for the year 1913 Waterlow amp Sons

London 61 Mansfield-Aders W (1927) Notes on malaria and filariasis in the Zanzibar Protectorate Transactions

of the Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 30 207-214 62 Colony of Mauritius (1923-1925) Annual Reports on the Medical and Health Department 63 Swaroop S Gilroy AB Uemura K (1966) Statistical methods in malaria eradication Monograph Series

of World Health Organization 51 164 64 Barber MA amp Rice JB (1937) A survey of malaria in Egypt American Journal of Tropical Medicine amp

Hygiene 17 413-436 65 De Meira MT Simotildees TS Pinto Nogueira JF (1948) Observaccedilotildees sobre sezonismo nas ilhas do Sal Boa

Vista e S Nicolau (Cabo Verde) Anais do Instituto de Medicina Tropical 3 213-237 66 Young MD amp Johnson TH (1949) A malaria survey of Liberia Journal of National Malaria Society 8

247-266 67 De Meillon B (1951) Malaria survey of South-West Africa Bulletin of the World Health Organization

4 333ndash417 68 Houel G amp Donadille F (1953) Vingt ans de lutte antipaludique au Maroc Bulletin de lrsquoInstitut

drsquoHygiene du Maroc 13 3-51 69 Soeiro A (1952) O sezonismo em Moccedilambique contribuiccedilatildeo para o estudo epidemioloacutegico Anais do

Instituto de Medicina Tropical 9 343-389 70 Soeiro A (1959) Relactoacuterio da actividade do Instituto de Investigaccedilatildeo Meacutedica de Moccedilambique em

1958 e plano de trabalhos para o ano de 1960 Anais Intstituto de Higiene e Medicina Tropical 16 573-611

28

71 Bernard PM (1954) Trois ans de lutte antipaludique agrave Madagascar Bulletin de Madagascar

Publication Mensuelle du Service General Drsquoinformation du Haut-Commissariat no 96 72 Cambournac FJC Gandara AF Pena AJ Teixeira EWLG (1955) Subsidios para o inquerito malariologico

em Angola Anais do Instituto de Medicina Tropical 12 121-153 73 Anon (1954) Campagne antipaludique au Dahomey Map found in Benin box in WHO Archives

Geneva August 2012 74 Languillon J (1957) Carte eacutepideacutemiologique du paludisme au Cameroun Bulletin de la Socieacuteteacute de

Pathologie Exotique 50 585 - 600 75 Alves W (1958) Malaria parasite rates in Southern Rhodesia May-September 1956 Bulletin of the

World Health Organization 19 69-74 76 Lariviere M Hocquet P Abonnenc E (1961) Reacutesultats drsquoune enquecircte palustre dans la reacutepublique du

Seacuteneacutegal Indices plasmodiques chez les enfants en milieu rural Bulletin de la Socieacuteteacute Meacutedicale drsquoAfrique Noire de Langue Franccedilaise 6 386-403

77 Wernsdorfer G amp Wernsdorfer W (1967) Malaria in the middle Nile basin and its bordering regions Z

Tropenmed Parasitol 18 17-44 78 Rishikesh N amp Fahmy Y (1961) Quarterly report April-June 1961 Republic of Somalia pre-eradication

survey World Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 79 Rishikesh N Payne D Fahmy Y (1961) Quarterly report for the period January-March 1961 World

Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 80 Bechuanaland Protectorate (1958-1963) Annual Medical and Sanitary Reports for the Protectorate for

the years 1958-1963 Government Printers Gaborone 81 Craig MH Sharp BL Mabaso MLH Kleinschmidt I (2007) Developing a spatial-statistical model and

map of historical malaria prevalence in Botswana using a staged variable selection procedure International Journal of Health Geographics 6 44

82 Cano VI (1971) Deacuteveloppement des services de santeacute de base (Paludisme) World Health

Organization AFRMAL112 83 Barbie Y amp Timbila R (1964) Notes sur le paludisme en Reacutepublique Islamique de Mauritanie Medicine

Tropicale 24 427-435 84 Khromov A amp Privault R (1965) Programme du pre-eradication du paludisme Rapport trimestriel 4th

trimestre 1965 (Sep-Oct-Nov) WHO Mauritanie World Health Organization Unpublished document WHO Archives Geneva

85 Beltran O (1966) Malaria pre-eradication project Sierra Leone-19 fourth quarterly field report

October - December 1966 Government of Sierra Leone amp World Health Organization

29

86 Guy Y amp Gassabi R (1967) Les perspectives de leacuteradication du paludisme en Algeacuterie Archives de

LInstitut Pastuer DAlgerie 45 72-88 87 Chand D Garzen JB Bahar R Rishikesh N (1964) Malaria Eradication Service Ethiopia 14 (c) Quarterly

Report 1 October to 31 December 1964 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

88 Chand D Garzon JB Bahar R Rishiskesh N (1965) Quarterly report covering period 1 October to 31

December 1964 Project Ethiopia 0014 dated 9th february 1965 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

89 Onori E (1967) Distribution of Plasmodium ovale in the Eastern Western and Northern regions of

Uganda Bulletin of the World Health Organization 37 665-668 90 Wenlock (1978) The incidence of Plasmodium parasites in rural Zambia East African Medical Journal

55 268-276 91 Escudie A amp Hamon J (1961) Paludisme en Afrique Occidentale dexpression Franccedilaise Medicine

Tropicale 21 661-687 92 RBM-MERG - httpwwwrbmwhointmechanismsmerghtml 93 Corsi DJ Neuman M Finlay JE Subramanian SV (2012) Demographic and health surveys a profile

International Journal of Epidemiology 41 1602-1613 94 Measure httpwwwmeasuredhscomData 95 UNICEF httpwwwuniceforgstatisticsindex_24302html 96 Smith DL Guerra CA Snow RW Hay SI (2007b) Standardizing estimates of malaria prevalence

Malaria Journal 6 131 97 Brooker S Kolaczinski JH Gitonga CW Noor AM Snow RW (2009) The use of schools for malaria

surveillance and programme evaluation in Africa Malaria Journal 8 231 98 Stevenson JC Stresman GH Gitonga CW Gillig J Owaga C Marube E Odongo W Okoth A China P

Oriango R Brooker SJ Bousema T Drakeley C Cox J (2013) Reliability of school surveys in estimating geographic variation in malaria transmission in the western Kenyan highlands PLoS One 8 e77641

99 De Zulueta J Kafuko GW Cullen JR (1963) An investigation of the annual cycle of malaria in Masaka

district (Uganda) East African Medical Journal 40 469-488 100 Najera JA Shidrawi GR Gibson FD Stafford JS (1967) A large-scale field trial of Malathion as an

insecticide for antimalarial work in Southern Uganda Bulletin of the World Health Organization 36 913-935

30

101 Storey J (1972) A review of malaria work in Sierra Leone 1900 to 1964 West African Medical Journal 27 57-68

102 Gitonga CW Karanja PN Kihara J Mwjame M Juma E Snow RW Noor AM Brooker S (2010)

Implementing school malaria surveys in Kenya towards a nationwide surveillance system Malaria Journal 9 306

103 Gitonga CW Edwards T Karanja PN Noor AM Snow RW Brooker S (2012) Plasmodium infection

anaemia and mosquito net use among school children across different settings in Kenya Tropical Medicine amp International Health 17 858ndash870

104 Houngbedji CA N Dri PB Huumlrlimann E Yapi RB Silueacute KD Soro G Koudou BG Acka CA Assi S

Vounatsou P N Goran EK Fantodji A Utzinger J Raso G (2015) Disparities of Plasmodium falciparum infection malaria-related morbidity and access to malaria prevention and treatment among school-aged children a national cross-sectional survey in Cote dIvoire Malaria Journal 14 7

105 Ashton R Kefyalew T Tesfaye G Pullan R Yadeta D Reithinger R Kolaczinski J Brooker S (2010)

School-based surveys of malaria in Oromia Regional State Ethiopia towards a map of malaria risk Federal Ministry of Health Ethiopia

106 Takem EN Affara M Amambua-Ngwa A Okebe J Ceesay SJ Jawara M Oriero E Nwakanma D

Pinder M Clifford C Taal M Sowe M Suso P Mendy A Mbaye A Drakeley C DAlessandro U (2013) Detecting foci of malaria transmission with school surveys A pilot study in The Gambia PLoS One 8 e67108

107 Clarke SE Roschnik N Rouhani S Diarra S Bamadio M Sacko M Traore D Ly AB Gaye O Sembene

M Fall FB (2012) Malaria in school children under a new policy of universal coverage of nets Recent data from Mali and Senegal American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 Supplement 5 abstract 1466

108 Kabatereine NB Standley CJ Sousa-Fugueiredo JC Fleming RM Stothard JR Talisuna A Fenwick A

(2011) Integrated prevalence mapping of schistosomiasis soil-transmitted helminthiasis and malaria in lakeside and island communities in Lake Victoria Uganda Parasites amp Vectors 4 232

109 Emerson PM Ngondi J Biru E Graves PM Ejigsemahu Y Gebre T Endeshaw T Genet A Mosher

AW Zerihun M Messele A Richards FO (2008) Integrating an NTD with one of lsquolsquoThe Big Threersquorsquo Combined malaria and trachoma survey in Amhara Region of Ethiopia PLoS Neglected Tropical Diseases 2 e197

110 Noor AM Alegana VA Patil AP Moloney G Borle M Ahmed F Yousef F Amran J Snow RW (2012)

Mapping the receptivity of malaria risk to plan the future of control in Somalia British Medical Journal Open Access 2 e001160

111 Boyd MF (1949) Malariology A comprehensive review of all aspects of this group of diseases from a

global standpoint Volume II WB Saunders Company Philadelphia and London

31

112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

17

Centers for Disease Control (Tanzanie) Dar es Salaam Urban Malaria Control Project (Tanzanie) National Medical Research Institute agrave Amani (Tanzanie) Institut Pasteur (Madagascar) lrsquoInstitut de Recherche pour le deacuteveloppement (Seacuteneacutegal) Centre de Rechercheacute en Santeacute de Nouna (Burkina Faso) Institute for Endemic Diseases University of Khartoum (Sudan) Blue Nile Health Project-Giezera State University (Sudan) Centro Investigaco Saude Angola (Angola) Liverpool School of Tropical Medicine Wellcome Trust and College of Medicine Programme collaboratif de lrsquoUniversity of Malawi (Malawi) South African Medical Research Council (Afrique du Sud Mozambique et Swaziland) le programme de collaboration du Swiss Tropical and Public Health Institute et de lInstitut de la santeacute publique (Cocircte dIvoire) le programme de collaboration du US Centers for Disease Control (Togo) partenariats de collaboration du Prince Leopold Institute (Burundi Beacutenin et Rwanda) Malaria Institute agrave Macha (Zambie) Medical Research CentreOuganda Virus Research Institute (Ouganda) lEcole de Santeacute Publique de Kinshasa (RDC) et le Southern African Malaria Consortium (Zimbabwe) 5 Abstraction des donneacutees drsquoenquecircte 51 Exigences minimales en matiegravere de donneacutees De chacun des rapports drsquoenquecircte les champs de donneacutees minimales requises pour chaque enregistrement sont les suivants description de la zone deacutetude (nom divisions administratives et coordonneacutees geacuteographiques cas eacutecheacuteant) dates de deacutebut et de fin de lenquecircte (mois et anneacutee) et renseignements sur de lexamen sanguin (nombre de personnes deacutepisteacutees nombre de personnes constateacutees positives pour infection au Plasmodium par espegravece) meacutethodes utiliseacutees pour deacutetecter linfection (microscopie tests de diagnostic rapide (TDR) reacuteaction en chaicircne par polymeacuterase (PCR) ou combinaisons) et lrsquoacircge le plus bas et la population eacutetudieacutee Pour les donneacutees provenant des essais controcircleacutes et randomiseacutes dintervention les donneacutees nrsquoont eacuteteacute seacutelectionneacutees que lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees de base de preacute-intervention et celles issues des enquecirctes de suivi transversales ulteacuterieures au sein des populations teacutemoins Lorsque des cohortes dindividus ont eacuteteacute interrogeacutees agrave plusieurs reprises dans le temps nous nous sommes efforceacutes dinclure uniquement la premiegravere enquecircte et les enquecirctes ulteacuterieures lorsque celles-ci nrsquoavaient qursquoun eacutecart drsquoau moins cinq mois par rapport agrave la date denquecircte initiale pour eacuteviter toute deacutependance entre les observations baseacutees sur le traitement des personnes infecteacutees preacuteceacutedentes Lorsqursquoil neacutetait pas possible de ventiler les enquecirctes reacutepeacuteteacutees celles-ci eacutetaient deacutefinitivement exclues de lanalyse Plusieurs pays ont maintenu des enquecirctes sanguines de masse apregraves avoir atteint les phases de consolidation de leacutelimination La dureacutee des phases de preacute-eacutelimination drsquoattaque de consolidation et dentretien deacutelimination varie entre les pays [47] Nous avons choisi dexclure les donneacutees eacutechantillonneacutees apregraves les dates ougrave les pays mettant en œuvre des programmes drsquoeacutelimination avaient commenceacute agrave utiliser des taux drsquoincidence deacuteriveacutes des indices parasitaires annuels ou lorsque des enquecirctes sanguines de masse eacutetaient utiliseacutees pour deacutemontrer labsence de transmission en Algeacuterie (1967) en Egypte (1965) en Libye (1967) en icircle Maurice (1957) au Maroc (1969) en Reacuteunion (1953) et en Tunisie (1968)

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Parfois les rapports preacutesentaient le nombre total de personnes examineacutees dans un certain nombre de villages et le pourcentage de personnes controcircleacutees positives par village ici nous avons supposeacute que le deacutenominateur par village eacutetait eacutequivalent au nombre total de personnes examineacutees diviseacute par le nombre total de villages Il eacutetait possible deacutetablir lanneacutee de chaque enquecircte cependant il eacutetait parfois impossible drsquoeacutetablir le mois de lenquecircte agrave partir des rapports denquecirctes Dans ce cas de figure nous avons utiliseacute des descriptions saison laquohumideraquo et saison laquosegravecheraquo premier ou deuxiegraveme trimestre scolaire ou dautres informations pour parvenir agrave une approximation du mois de lenquecircte et avons inclus un rapport sur cette hypothegravese Certains reacutesultats de lenquecircte ont eacuteteacute signaleacutes en tant qursquoagreacutegat dans lespace (par exemple un seul PfPR pour un groupe de villages) ou dans le temps (par exemple un PfPR moyen estimeacute agrave partir de quatre enquecirctes diffeacuterentes meneacutees au fil du temps) Dans de tels cas nous avons soit chercheacute dautres rapports des mecircmes enquecirctes avec une reacutesolution spatiale ou temporelle plus eacuteleveacutee Lagrave ougrave cela na pas eacuteteacute possible et ougrave des groupes de villages deacutepassaient 5 km2 nous avons exclu du dossier de lanalyse (voir ci-dessous) Lorsque des informations suppleacutementaires eacutetaient neacutecessaires pour fournir des donneacutees speacutecifiques par village dans un moment preacutecis nous avons demandeacute aux auteurs de nous fournir tout renseignement ou document manquant 52 Meacutethodes de deacutetection parasitaires Compte tenu de son ubiquiteacute en tant qursquooutil de diagnostic paludique la meacutethode preacutefeacutereacutee de deacutetection parasitaire eacutetait la microscopie Aucune distinction nrsquoeacutetait faite entre la microscopie optique ou par fluorescence La qualiteacute de la veacuterification de lame [132133] les variations de sensibiliteacute speacutecificiteacute entre les tests de diagnostic rapide (TDR) [134] la capaciteacute des eacutequipes de terrain agrave analyser les TDR de maniegravere fiable [135-138] ou des variations obtenues sur la base de la seacutelection des amorces pour les reacuteactions en chaicircne de la polymeacuterase (PCR) [139] influencent toutes les descriptions de la preacutevalence et auront des variances intrinsegraveques entre les enquecirctes incluses dans la base de donneacutees Il a eacuteteacute deacutemontreacute que les TDR donnent des taux de faux positifs plus eacuteleveacutes que la microscopie [134 140 141] cependant ils ont tendance agrave stratifier agrave fois le taux parasitaire le plus bas (lt1) et le plus eacuteleveacute (gt50) avec plus de preacutecision par rapport agrave la microscopie courante [133 141] Une analyse drsquoun grand recueil de donneacutees sur les taux parasitaires des communauteacutes a deacutemontreacute quil y avait une diffeacuterence minime dans les estimations du taux moyen global de preacutevalence de P falciparum dans une analyse des donneacutees correspondantes apparieacutees issues des enquecirctes communautaires ayant utiliseacute la microscopie et les TDR pour les examens parasitaires [46] Neacuteanmoins les diffeacuterences entre les TDR et la microscopie en matiegravere de leur capaciteacute agrave deacutetecter des dinfections mineures lorsquelles sont geacutereacutees dans des conditions normales restent un preacutejugeacute systeacutematique inheacuterent aux donneacutees [141] que nous sommes incapables de controcircler Nous sommes eacutegalement incapables de controcircler la qualiteacute des analyses de donneacutees des enquecirctes en utilisant uniquement la microscopie Le principal problegraveme de la microscopie lorsquelle est utiliseacutee dans le cadre les enquecirctes-eacutechantillons nationales est la qualiteacute de la preacuteparation des lames (coloration et entreposage) et

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ou les garanties de la veacuterification de la qualiteacute (VQ) des analyses des lames Dans ce cas de figure nous avons en consultation avec les responsables des enquecirctes nationales ducirc faire plusieurs jugements de valeur Par exemple pour les enquecirctes nationales aupregraves des meacutenages au Soudan en Somalie au Malawi et en Angola nous avons choisi dinteacutegrer les preacutevalences dinfection obtenues gracircce aux TDR plutocirct les estimations provenant des analyses des lames de microscopie Par contre pour drsquoautres pays tels que le Kenya et lOuganda nous avions des garanties quant agrave la qualiteacute des analyses des preacutelegravevements sanguins pendant enquecirctes sur les indicateurs du paludisme Il ny a pas de regravegles absolues pour ces deacutecisions A chaque fois que des preuves quant agrave la qualiteacute des analyses des lames nous eacutetaient fournies nous avons deacutecideacute drsquoutiliser celles-ci par rapport aux TDR 53 Geacuteocodage des sites drsquoenquecircte Le geacuteocodage de donneacutees la deacutefinition dune longitude et une latitude deacutecimale pour chaque site denquecircte consistait en une tacircche particuliegraverement exigeante En fonction de leur repreacutesentation spatiale les donneacutees eacutetaient classeacutees en tant que villages communauteacutes ou eacutecoles individuelles ou ensemble de communauteacutes dans une zone deacutefinissable correspondant agrave une zone agrave linteacuterieur dun quadrillage de 5 km ou environ 005 degreacutes deacutecimaux au niveau de leacutequateur Dans la mesure du possible nous avons chercheacute agrave conserver des donneacutees ventileacutees au niveau des villages plutocirct que des donneacutees agrave travers une laquogrande eacutetendueraquo Lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees provenant des communauteacutes deacutepassant un quadrillage de 5 km nous avons consideacutereacute ces derniers comme une reacutesolution spatiale trop faible avec une variance importante possible dans le polygone dinformations agrave exclure lors de lutilisation de la modeacutelisation geacuteostatistique avanceacutee En pratique il srsquoagissait ici drsquoun critegravere difficile agrave veacuterifier eacutetant donneacute que la plupart des rapports denquecircte ne fournissaient pas suffisamment de deacutetails sur la superficie de la zone eacutetudieacutee Une utilisation plus reacutecente des systegravemes de positionnement mondial (GPS) lors de travaux denquecircte permet une reacuteagreacutegation des donneacutees denquecircte aupregraves des meacutenages avec une plus grande preacutecision Crsquoest eacutegalement utile dans le maintien du critegravere du quadrillage de 5 km tout en combinant des grappes de petites tailles deacutechantillon dans lespace Lutilisation du GPS pour enregistrer des longitudes et latitudes a contribueacute de maniegravere appreacuteciable agrave des enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages depuis circa 2007 [142] Cependant dans les enquecirctes deacutemographiques et sanitaires aupregraves des meacutenages geacutereacutes par le programme ICF-MEASURE un processus de deacuteplacement de coordonneacutees GPS est effectueacute de telle sorte que pour les clusters urbains un deacuteplacement est introduit agrave une distance allant jusqursquoagrave tous les 2 km qui influe rarement sur la preacutecision globale de modeacutelisation eacutetant donneacute que ce processus se fait dans le cadre est dans les zones urbaines Pour les clusters ruraux on fait un deacuteplacement jusqursquoagrave 5 km avec 1 de clusters ruraux suppleacutementaires deacuteplaceacutes jusquagrave une distance de 10 km Ici nous avons passeacute en revue tous les clusters ruraux agrave lrsquoaide de Google Earth pour examiner la mesure dans laquelle les clusters ruraux pourraient avoir eacuteteacute deacuteplaceacutes vers des zones inhabiteacutees et repositionneacutes dans les zones peupleacutees les plus proches

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Pour positionner chaque site denquecircte lagrave ougrave les coordonneacutees GPS ne sont pas disponibles nous avons utiliseacute une varieacuteteacute de ressources numeacuteriques parmi lesquels les plus utiles eacutetaient Encyclopeacutedie Microsoft Encarta (Microsoft 2004) et Google Earth (Google 2009) Drsquoautres sources drsquoarchives numeacuteriques de noms de lieux couramment utiliseacutes sont entre autres le serveur de noms de lieux de la National Geospatial-Intelligence Agency GEOnet Eacutetats-Unis [143] Falling Rain Genomicsrsquo Global Gazetteer [144] Alexandria Digital Library de lUniversiteacute de Californie Eacutetats-Unis [145] African Data Sampler [146] MapCarta [147] Maplandia [148] Global geodatabase-cities [149] Open Street Map [150] VMAP0 [151] et IslamicFinder [152] A travers lAfrique il existe un certain nombre de reacutepertoire toponymique numeacuteriques nationaux pour les lieux habiteacutes les eacutetablissements sanitaires ou les eacutecoles Ce type de reacutepertoires accroicirct en nombre en preacutecision et en couverture Nous les avons obtenus sur demande aupregraves des bureaux nationaux de recensement des ministegraveres de leacuteducation et de la santeacute et des ONG partenaires Cela srsquoest aveacutereacute un outil preacutecieux dans la localisation des communauteacutes au Burkina Faso au Kenya en Gambie au Mozambique agrave Madagascar en Somalie au Malawi en Mauritanie au Ghana au Niger en Namibie au Seacuteneacutegal en Somalie en Afrique du Sud en Tanzanie en Ouganda en Zambie et agrave Zanzibar Bien que nous tentons drsquoutiliser des nomenclatures types et des strateacutegies uniques de nommage dans les reacutepertoires toponymiques numeacuteriques [153] il est difficile drsquoatteindre cela au niveau national ougrave les orthographes changement en fonction des auteurs au fil du temps et ougrave les mecircmes noms de lieux sont reacutepliqueacutees agrave travers un pays En tant que tel lors de lextraction de donneacutees chaque point de donneacutees a eacuteteacute enregistreacute avec autant drsquoinformations geacuteographiques que possible issues de la source Crsquoest bien ces informations qui ont eacuteteacute utiliseacutees au cours du geacuteo-positionnement par exemple pour veacuterifier que le geacuteocodage permettait de cadrer les sites denquecirctes dans les uniteacutes administratives deacutecrites dans le rapport ou qursquoil correspondait agrave dautres deacutetails dans le rapport sur la distance vis-agrave-vis des riviegraveres ou les villes lorsque cela eacutetait afficheacutees sur Google Earth Bien quen theacuteorie les coordonneacutees GPS doivent repreacutesenter une localisation spatiale sans ambiguiumlteacute il fallait une veacuterification rigoureuse pour veiller agrave ce que les sites denquecirctes correspondent aux coordonneacutees GPS Comme drsquohabitude nous avons donc reveacuterifieacute toutes les donneacutees GPS de toutes les sources en utilisant les noms de lieux et ou Google Earth pour assurer que les coordonneacutees se situaient dans les communauteacutes Toutes les coordonneacutees ont eacuteteacute soumises agrave un controcircle final agrave laide de la base de donneacutees spatiale des frontiegraveres administratives de second niveau deacuteveloppeacutees et reacuteviseacutee en 2008 par lOrganisation pour lalimentation et lagriculture (FAO) des Nations Unies [154] Loutil de seacutelection spatiale ArcGIS 101 (ESRI USA) a eacuteteacute utiliseacute pour veacuterifier que les points du long du littoral eacutetaient situeacutes sur des terrains tels que deacutefinis par GAUL 2008 La base de donneacutees de Global Lakes and Wetlands (GLWD) deacuteveloppeacutee par le Fonds mondial pour la nature [155] a eacuteteacute utiliseacute pour srsquoassurer que les points inteacuterieurs eacutetaient positionneacutes sur la terre ferme et non pas sur des plans deau Nous cherchions par-lagrave agrave identifier les coordonneacutees qui se trouvaient leacutegegraverement au large des cocirctes sur les affluents ou dans les uniteacutes administratives incorrectes chaque anomalie a eacuteteacute reveacuterifieacutee et repositionneacutee agrave laide de petits changements et avec Google Earth

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54 Deacutefinition des frontiegraveres nationales A la fin de la Seconde Guerre mondiale en 1945 presque tous les pays en Afrique eacutetaient soumis agrave la domination ou agrave lrsquoadministration coloniale Chaque pays sur le continent africain est aujourdhui indeacutependant mecircme si quelques icircles restent sous administration europeacuteenne (la Reacuteunion et Mayotte) Il existe actuellement 55 Etats indeacutependants dont 53 sont membres de lUnion africaine Tout au long de ce rapport nous utilisons les noms et les frontiegraveres des Eacutetats-nations en Afrique et les frontiegraveres actuelles plutocirct que la nomenclature preacute-indeacutependance Tout au long de ce rapport nous avons utiliseacute lrsquooutil numeacuterique de traitement de frontiegraveres parraineacute par lrsquoONU [156] En tant que tel nous traitons le Soudan du Sud en tant qursquoentiteacute diffeacuterente de la Reacutepublique du Soudan et lEacuterythreacutee diffeacuterente de lEthiopie Il y a beaucoup de zones litigieuses en Afrique revendiqueacutees par diffeacuterents pays voisins et qui restent en suspens [157] Pour les besoins de notre travail nous avons traiteacute le Triangle drsquoIlemi en tant que partie inteacutegrante de la reacutegion de Turkana du Kenya Nous avons consideacutereacute Walvis Bay en Namibie comme faisant toujours partie de la Namibie en deacutepit du fait que ce territoire fait partie de lrsquoAfrique du Sud depuis de nombreuses anneacutees suivant lindeacutependance de la Namibie en 1990 Deux petits territoires au sein du Royaume du Maroc continuent decirctre occupeacutes par lEspagne dans le Nord-Ouest (Ceuta) et dans le Nord-Est (Melilla) sur le littoral meacutediterraneacuteen Cependant nous avons consideacutereacutes ces territoires comme faisant partie du Royaume du Maroc se rapprochant de son eacutetendue ottomane avant 1912 Nous traitons la peacuteninsule du Sinaiuml en tant que partie permanente de la Reacutepublique arabe dEgypte Sans faire de jugements politiques nous avons consideacutereacute la reacutegion drsquoAbeyi comme faisant partie inteacutegrante de la Reacutepublique du Soudan cependant dans la cartographie des produits nationaux les deux pays prennent en compte cette reacutegion Nous avons traiteacute le Triangle Halaib sur la frontiegravere soudano-eacutegyptienne comme faisant partie du Soudan bien que depuis 2010 lrsquoEacutegypte controcircle cette zone en tant que partie inteacutegrante de son Etat de la Mer Rouge La reacutegion de Bakassi territoire frontalier contesteacute sur la cocircte atlantique entre le Nigeria et le Cameroun a eacuteteacute traiteacute comme faisant partie du Nigeria en deacutepit de la mise en œuvre finale des accords qui ont accordeacute cette reacutegion agrave ladministration camerounaise en 2014 Les groupes insulaires de Bioko Annobin et Zanzibar sont traiteacutees seacutepareacutement de la partie continentale de Guineacutee eacutequatoriale et de Tanzanie respectivement Ces groupes insulaires ont toujours eu diffeacuterents plans de lutte antipaludique et des ambitions drsquoeacutelimination diffeacuterentes de ceux de leurs homologues du continent 55 Normalisation selon lacircge Lorsque lacircge nrsquoeacutetait pas preacuteciseacute dans le rapport de chaque enquecircte mais que le rapport preacutecisait que lrsquoensemble du village ou drsquoenfants de leacutecole primaire eacutetaient examineacutes nous avons supposeacute que les tranches dacircge agrave 0-99 ans ou 5-14 ans respectivement Il y avait une grande diversiteacute dans les tranches dacircge des populations eacutechantillonneacutees entre les eacutetudes Pour faire des comparaisons significatives dans le temps et lespace une seule tranche dacircge normaliseacute est neacutecessaire Il est possible drsquoeffectuer des ajustements dun acircge normaliseacute pour le Plasmodium falciparum gracircce agrave lobservation et agrave la theacuteorie des maladies infectieuses lagrave ougrave limmuniteacute est acquise apregraves une exposition reacutepeacuteteacutee de la naissance Nous avons adapteacute des modegraveles de

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conversion catalytique de Muench (dabord utiliseacute dans le paludisme par Pull amp Grab dans les anneacutees 1970 [158]) en eacutequations statiques en R-script qui utilise les gammes infeacuterieure et supeacuterieure deacutechantillon et la preacutevalence globale pour se transformer en une estimation preacutevues chez les enfants acircgeacutes de 2-10 ans PfPR2-10 [96] 56 Limitations dues agrave la taille de leacutechantillon La taille de leacutechantillon est inversement proportionnelle agrave la preacutevalence ougrave agrave faible taille des eacutechantillons les biais dans les estimations de la preacutevalence sont introduits en fonction de la preacutevalence reacuteelle de la population se traduisant deacutecarts-types relativement eacuteleveacutes [159] Il existe un seuil critique entre 10 et 20 individus eacutechantillonneacutes en dessous duquel les eacutecarts-types augmentent de faccedilon exponentielle dans la plupart des enquecirctes sur les infections parasitaires et la courbe commence agrave aplatir agrave partir drsquoune taille denviron 50 eacutechantillons et atteint une asymptote agrave environ 100 [160] La taille des eacutechantillons denquecircte individuels est eacutegalement importante dans le calcul des correacutelations avec les variables dendeacutemiciteacute pour veacuterifier les associations plausibles entre par exemple des preacutecipitations et la preacutevalence Au cours de seacutelection des co-variables de petits eacutechantillons impreacutecis peuvent conduire agrave loverfitting Nous avons chercheacute agrave combiner les communauteacutes agrave proximiteacute ougrave tout village comptait moins de 10 personnes eacutechantillonneacutees et ougrave les communauteacutes se situaient agrave moins de 5 km lrsquoun de lautre eacutechantillonneacutes exactement au mecircme moment par les mecircmes enquecircteurs 6 Partage et accegraves aux donneacutees Les donneacutees recueillies pour cette eacutetude font partie dune initiative plus large visant agrave aider les gouvernements nationaux en mettant agrave leur disposition des plateformes de donneacutees probantes pour les aider agrave concevoir des projets de lutte antipaludique gracircce au concours du projet INFORM [131161] soutenu par le Deacutepartement pour le deacuteveloppement international Royaume-Uni et le Wellcome Trust Les donneacutees geacuteocodeacutees sur la preacutevalence parasitaire issues des donneacutees archiveacutees publieacutees et ineacutedites donneacutees et rassembleacutees en bases de donneacutees soigneusement conserveacutees doivent ecirctre prise en charge et geacutereacutees par les services de lutte contre le paludisme au sein des ministegraveres nationaux de la santeacute Les donneacutees provenant des recherches nationales et des enquecirctes meneacutees par les ministegraveres de la santeacute sont la proprieacuteteacute des gouvernements nationaux Le plus souvent la plupart des ministegraveres de la santeacute nont pas accegraves agrave la gamme complegravete des donneacutees sur le paludisme pourtant potentiellement disponibles dans leur propre pays Le but est donc de se servir du projet INFORM pour bacirctir une appropriation des donneacutees nationales sur le paludisme et mettre toutes les donneacutees recueillies agrave la disposition des ministegraveres de la santeacute agrave travers lAfrique et aux conseillers techniques reacutegionaux de lOrganisation mondiale de la santeacute A ce titre ces gouvernements nationaux deviendront les gardiens de leurs propres donneacutees nationales et pleinement responsables de leur distribution aux scientifiques nationaux reacutegionaux et internationaux ainsi qursquoaux partenaires de controcircle

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7 Reacutefeacuterences 1 Snow RW (2014) Sixty years trying to define the malaria burden in Africa have we made any progress

BMC Medicine 12 227 2 Noor AM Kinyoki DK Mundia CW Kabaria CW Wambua JM Alegana VA Fall IS Snow RW (2014) The

changing risk of Plasmodium falciparum malaria infection in Africa 2000ndash10 a spatial and temporal analysis of transmission intensity Lancet 383 1739-1747

3 Snow RW Marsh K le Sueur D (1996) The need for maps of transmission intensity to guide malaria

control in Africa Parasitology Today 12 455ndash457 4 MARAARMA (1998) Towards an atlas of malaria risk in Africa First technical report of the

MARAARMA collaboration Durban South Africa httpsidl-bncidrccadspacebitstream10625316441114833pdf

5 Le Sueur D Binka F Lengeler C de Savigny D Teuscher T Toure Y Snow RW (1997) An atlas of malaria in

Africa Africa Health 19 23-24 6 Trape JF amp Rogier C (1996) Combating Malaria morbidity and mortality by reducing transmission

Parasitology Today 12 236-240 7 Snow RW Omumbo JA Lowe B Molyneux SM Obiero JO Palmer A Weber MW Pinder M Nahlen B

Obonyo C Newbold C Gupta S Marsh K (1997) Relation between severe malaria morbidity in children and level of Plasmodium falciparum transmission in Africa Lancet 349 1650-1654

8 Ghani AC Sutherland CJ Riley EM Drakeley CJ Griffin JT Gosling RD Filipe JAN (2009) Loss of

population levels of immunity to malaria as a result of exposure reducing interventions consequences for interpretation of disease trends PLoS One 4 e4383

9 Okiro EA Al-Taiar A Reyburn H Idro R Berkley J Nokes DJ Snow RW (2009) Age patterns of severe

paediatric malaria and their relationship to Plasmodium falciparum transmission intensity Malaria Journal 8 4

10 Carneiro I Roca-Feltrer A Griffin JT Smith L Tanner M Armstrong Schellenberg J Greenwood BM

Schellenberg D (2010) Age-patterns of malaria vary with severity transmission intensity and seasonality in sub-Saharan Africa A systematic review and pooled analysis PLoS One 5 e8988

11 Griffin JT Hollingsworth TD Reyburn H Drakeley CJ Riley EM Ghani AC (2014) Gradual acquisition of

immunity to severe malaria with increasing exposure Proceedings of the Royal Society B 282 20142657

12 Snow RW (2015) Global malaria eradication and the importance of Plasmodium falciparum

epidemiology in Africa BMC Medicine 13 23

24

13 Smith T Maire N Ross A Penny M Chitnis N Schapira A Studer A Genton B Lengeler C Tediosi F de Savigny D Tanner M (2008) Towards a comprehensive simulation model of malaria epidemiology and control Parasitology 135 1507ndash1516

14 Smith DL Noor AM Hay SI Snow RW (2009) Predicting changing malaria risk after expanded

insecticide treated net coverage in Africa Trends in Parasitology 25 511ndash516 15 Griffin JT Hollingsworth D Okell LC Churcher TS White M Hinsley W Bousema T Drakeley CJ

Ferguson NM Basanez MG Ghani AC (2010) Reducing Plasmodium falciparum malaria transmission in Africa a model based evaluation of intervention strategies PLoS Medicine 7 e1000324

16 Chitnis N Schapira A Smith T Steketee R (2010) Comparing the effectiveness of malaria vector-

control interventions through a mathematical model American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 83 230ndash240

17 World Health Organization (2014) From malaria control to malaria elimination a manual for

Elimination Scenario Planning Global Malaria Programme World Health Organization Geneva April 2014

18 Gerardin J Eckhoff P Wenger EA (2015) Mass campaigns with antimalarial drugs a modelling

comparison of artemether-lumefantrine and DHA-piperaquine with and without primaquine as tools for malaria control and elimination BMC Infectious Diseases 15 144

19 Okell LC Drakeley CJ Bousema T Whitty CJM Ghani AC (2008) Modelling the impact of artemisinin

combination therapy and long-acting treatments on malaria transmission intensity PLoS Medicine 5 e226

20 Guyatt HL amp Snow RW (2001) Malaria in pregnancy as an indirect cause of infant mortality in sub-Saharan

Africa Transactions of Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 95 569-576 21 Desai M ter Kuile FO Nosten F McGready R Asamoa K Brabin B Newman R (2007) Epidemiology

and burden of malaria in pregnancy Lancet Infectious Diseases 7 93ndash104 22 van Eijk A Hill J Alegana VA Kirui V Gething PW ter Kuile F Snow RW (2011) Coverage of malaria

protection in pregnant women in sub-Saharan Africa a synthesis and analysis of national survey data Lancet Infectious Diseases 11 190-207

23 MPAC (2012) wwwwhointmalariampacsep2012mpac_mip_erg_sep2012pdf 24 MPAC (2013) wwwwhointmalariampacmpac_sep13_erg_ipt_malaria_pregnancy_reportpdf 25 Meremikwu MM Donegan S Sinclair D Esu E Oringanje C (2012) Intermittent preventive

treatment for malaria in children living in areas with seasonal transmission Cochrane Database Systematic Reviews 2 CD003756

26 Cairns M Roca-Feltrer A Garske T Wilson AL Diallo D Milligan PJ Ghani AC Greenwood BM (2012)

Estimating the potential public health impact of seasonal malaria chemoprevention in African children Nature Communications 3 881

25

27 Noor AM Kibuchi E Mitto B Coulibaly D Doumbo OK Snow RW (2015) A spatial decision support

framework for sub-national targeting of seasonal malaria chemoprevention in the Sahel Under review

28 Smith DL McKenzie FE Snow RW Hay SI (2007a) Revisiting the basic reproductive number for

malaria and its implications for malaria control PLoS Biology 5 e42 29 Hay SI Smith DL Snow RW (2008) Measuring malaria endemicity from intense to interrupted

transmission Lancet Infectious Diseases 8 369-378 30 Moonen B Cohen JM Snow RW Slutsker L Drakeley C Smith DL Abeyasinghe R Rodriguez Loacutepez

MH Maharaj R Tanner M Targett G (2010) Operational strategies to achieve and maintain malaria elimination Lancet 376 1592-1603

31 World Health Organization (2012a) Disease surveillance for malaria control Operational manual

WHO Geneva 32 World Health Organization (2012b) Disease surveillance for malaria elimination Operational manual

WHO Geneva 33 Cohen JM Moonen B Snow RW Smith DL (2010) How absolute is zero An evaluation of historical

and current definitions of malaria elimination Malaria Journal 9 213 34 Molineaux L Muir DA Spencer HC Wernsdorfer WH (1988) The epidemiology of malaria and its

measurement Malaria Principles and Practice of Malariology W Wernsdorfer and I McGregor London Churchill Livingstone 2 999-1089

35 Tusting LS Bousema T Smith DL Drakeley C (2014) Measuring changes in Plasmodium falciparum

transmission precision accuracy and costs of metrics Advances in Parasitology 84 151-208 36 Metselaar D amp van Thiel PH (1959) Classification of malaria Tropical Geographic Medicine 11 157ndash

161 37 Macdonald G amp Goumleckel GW (1964) The malaria parasite rate and interruption of transmission

Bulletin of World Health Organization 31 365ndash377 38 Lysenko AJ amp Semashko IN (1968) Geography of malaria A medico-geographic profile of an ancient

disease In Lebedew AW ed Itogi Nauki Medicinskaja Geografija Moscow USSR Academy of Sciences pp 25ndash146

39 Macdonald G (1957) The epidemiology and control of malaria Oxford University Press 40 Pampana E (1969) A textbook on malaria eradication Oxford Oxford University Press 41 Pull JH (1972) Malaria surveillance methods their uses and limitations American Journal of Tropical

Medicine amp Hygiene 21 651-657

26

42 World Health Organization (1950) Report on the malaria conference in equatorial Africa Held under the joint auspices of the World Health Organization and of the commission for technical co-operation in Africa south of the Sahara Kampala Uganda 27 Novemberndash9 December 1950

43 Yekutiel P (1960) Problems of epidemiology in malaria eradication Bulletin of the World Health

Organization 22 669-683 44 Macdonald G (1952) The analysis of equilibrium in malaria Tropical Diseases Bulletin 49 813-1129 45 Hay SI Guerra CA Gething PW Patil AP Tatem AJ Noor AM Kabaria CW Manh BH Elyazar IRF

Brooker S Smith DL Moyeed RA Snow RW (2009) A world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2007 PLoS Medicine 6 e1000048

46 Gething PW Patil AP Smith DL Guerra CA Elyazar IRF Johnston GL Tatem AJ Hay SI (2011) A new

world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2010 Malaria Journal 10 378 47 Snow RW Amratia P Kabaria CW Noor AM Marsh K (2012) The changing limits and incidence of

malaria in Africa 1939-2009 Advances in Parasitology 78 169-262 48 Black RH (1968) Manual of epidemiology and epidemiological services in malaria programmes World

Health Organization Geneva 49 Ray AP amp Beljaev AE (1984) Epidemiological surveillance a tool for assessment of malaria and its

control Journal of Communicable Disease 16 197ndash207 50 Omumbo JA Noor AM Fall IS Snow RW (2013) How well are malaria maps used to design and

finance malaria control in Africa PLoS One 8 e53198 51 Alegana VA Atkinson PM Wright JA Kamwi R Kakokele S Snow RW Noor AM (2013) Estimation of

malaria incidence in northern Namibia in 2009 using Bayesian Conditional-Autoregressive Spatial-Temporal Models Spatial amp Spatial Temporal Epidemiology 7 25-36

52 Bennett A Yukich J Miller JM Vounatsou P Hamainza B Ingwe MI Moonga HB Kamuliwo M Keating

J Smith TA Steketee RW Eisele TP (2014) A methodological framework for the improved use of routine health system data to evaluate national malaria control programs evidence from Zambia Population amp Health Metrics 12 30

53 Moonasar D Morris N Kleinschmidt I Maharaj R Raman J Mayet NT Benson FG Durrheim DN

Blumberg L (2013) What will move malaria control to elimination in South Africa South African Medical Journal 103 (10 Suppl 2) 801-806

54 Cohen JM Dlamini S Novotny JM Kandula D Kunene S Tatem AJ (2013) Rapid case-based mapping

of seasonal malaria transmission risk for strategic elimination planning in Swaziland Malaria Journal 12 61

55 Zanzibar Malaria Control Programme (2011) Zanzibar Malaria Performance Review September 2011

ZMCP Ministry of Health Revolutionary Government of Zanzibar

27

56 Ministry of Health [Cape Verde] World Health Organization and the University of California San Francisco (2012) Eliminating malaria Moving towards sustainable elimination in Cape Verde Geneva The World Health Organization httpappswhointirisbitstream106657584919789241504386_engpdfua=1

57 Littrell M Sow GD Ngom A Ba M Mboup BM Dieye Y Mutombo B Earle D Steketee RW (2013)

Case investigation and reactive case detection for malaria elimination in northern Senegal Malaria Journal 12 331

58 Thiroux D A amp DAnfreville D L (1908) Le paludisme au Seacuteneacutegal pendant les anneacutees 1905-1906

Gouvernement General de lAfrique Occidentale Francaise Laboratorie de bacteriologie de Saint-Louis Published Libraire JB Bailliere et Fils Paris 1908

59 Government General de LAlgeacuterie (1908) Campagne Antipaludique de 1908 unpublished document

available in Wellcome Library Euston Road London UK FX134AA9 60 Government of Gold Coast (1914) Medical amp Sanitary Report for the year 1913 Waterlow amp Sons

London 61 Mansfield-Aders W (1927) Notes on malaria and filariasis in the Zanzibar Protectorate Transactions

of the Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 30 207-214 62 Colony of Mauritius (1923-1925) Annual Reports on the Medical and Health Department 63 Swaroop S Gilroy AB Uemura K (1966) Statistical methods in malaria eradication Monograph Series

of World Health Organization 51 164 64 Barber MA amp Rice JB (1937) A survey of malaria in Egypt American Journal of Tropical Medicine amp

Hygiene 17 413-436 65 De Meira MT Simotildees TS Pinto Nogueira JF (1948) Observaccedilotildees sobre sezonismo nas ilhas do Sal Boa

Vista e S Nicolau (Cabo Verde) Anais do Instituto de Medicina Tropical 3 213-237 66 Young MD amp Johnson TH (1949) A malaria survey of Liberia Journal of National Malaria Society 8

247-266 67 De Meillon B (1951) Malaria survey of South-West Africa Bulletin of the World Health Organization

4 333ndash417 68 Houel G amp Donadille F (1953) Vingt ans de lutte antipaludique au Maroc Bulletin de lrsquoInstitut

drsquoHygiene du Maroc 13 3-51 69 Soeiro A (1952) O sezonismo em Moccedilambique contribuiccedilatildeo para o estudo epidemioloacutegico Anais do

Instituto de Medicina Tropical 9 343-389 70 Soeiro A (1959) Relactoacuterio da actividade do Instituto de Investigaccedilatildeo Meacutedica de Moccedilambique em

1958 e plano de trabalhos para o ano de 1960 Anais Intstituto de Higiene e Medicina Tropical 16 573-611

28

71 Bernard PM (1954) Trois ans de lutte antipaludique agrave Madagascar Bulletin de Madagascar

Publication Mensuelle du Service General Drsquoinformation du Haut-Commissariat no 96 72 Cambournac FJC Gandara AF Pena AJ Teixeira EWLG (1955) Subsidios para o inquerito malariologico

em Angola Anais do Instituto de Medicina Tropical 12 121-153 73 Anon (1954) Campagne antipaludique au Dahomey Map found in Benin box in WHO Archives

Geneva August 2012 74 Languillon J (1957) Carte eacutepideacutemiologique du paludisme au Cameroun Bulletin de la Socieacuteteacute de

Pathologie Exotique 50 585 - 600 75 Alves W (1958) Malaria parasite rates in Southern Rhodesia May-September 1956 Bulletin of the

World Health Organization 19 69-74 76 Lariviere M Hocquet P Abonnenc E (1961) Reacutesultats drsquoune enquecircte palustre dans la reacutepublique du

Seacuteneacutegal Indices plasmodiques chez les enfants en milieu rural Bulletin de la Socieacuteteacute Meacutedicale drsquoAfrique Noire de Langue Franccedilaise 6 386-403

77 Wernsdorfer G amp Wernsdorfer W (1967) Malaria in the middle Nile basin and its bordering regions Z

Tropenmed Parasitol 18 17-44 78 Rishikesh N amp Fahmy Y (1961) Quarterly report April-June 1961 Republic of Somalia pre-eradication

survey World Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 79 Rishikesh N Payne D Fahmy Y (1961) Quarterly report for the period January-March 1961 World

Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 80 Bechuanaland Protectorate (1958-1963) Annual Medical and Sanitary Reports for the Protectorate for

the years 1958-1963 Government Printers Gaborone 81 Craig MH Sharp BL Mabaso MLH Kleinschmidt I (2007) Developing a spatial-statistical model and

map of historical malaria prevalence in Botswana using a staged variable selection procedure International Journal of Health Geographics 6 44

82 Cano VI (1971) Deacuteveloppement des services de santeacute de base (Paludisme) World Health

Organization AFRMAL112 83 Barbie Y amp Timbila R (1964) Notes sur le paludisme en Reacutepublique Islamique de Mauritanie Medicine

Tropicale 24 427-435 84 Khromov A amp Privault R (1965) Programme du pre-eradication du paludisme Rapport trimestriel 4th

trimestre 1965 (Sep-Oct-Nov) WHO Mauritanie World Health Organization Unpublished document WHO Archives Geneva

85 Beltran O (1966) Malaria pre-eradication project Sierra Leone-19 fourth quarterly field report

October - December 1966 Government of Sierra Leone amp World Health Organization

29

86 Guy Y amp Gassabi R (1967) Les perspectives de leacuteradication du paludisme en Algeacuterie Archives de

LInstitut Pastuer DAlgerie 45 72-88 87 Chand D Garzen JB Bahar R Rishikesh N (1964) Malaria Eradication Service Ethiopia 14 (c) Quarterly

Report 1 October to 31 December 1964 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

88 Chand D Garzon JB Bahar R Rishiskesh N (1965) Quarterly report covering period 1 October to 31

December 1964 Project Ethiopia 0014 dated 9th february 1965 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

89 Onori E (1967) Distribution of Plasmodium ovale in the Eastern Western and Northern regions of

Uganda Bulletin of the World Health Organization 37 665-668 90 Wenlock (1978) The incidence of Plasmodium parasites in rural Zambia East African Medical Journal

55 268-276 91 Escudie A amp Hamon J (1961) Paludisme en Afrique Occidentale dexpression Franccedilaise Medicine

Tropicale 21 661-687 92 RBM-MERG - httpwwwrbmwhointmechanismsmerghtml 93 Corsi DJ Neuman M Finlay JE Subramanian SV (2012) Demographic and health surveys a profile

International Journal of Epidemiology 41 1602-1613 94 Measure httpwwwmeasuredhscomData 95 UNICEF httpwwwuniceforgstatisticsindex_24302html 96 Smith DL Guerra CA Snow RW Hay SI (2007b) Standardizing estimates of malaria prevalence

Malaria Journal 6 131 97 Brooker S Kolaczinski JH Gitonga CW Noor AM Snow RW (2009) The use of schools for malaria

surveillance and programme evaluation in Africa Malaria Journal 8 231 98 Stevenson JC Stresman GH Gitonga CW Gillig J Owaga C Marube E Odongo W Okoth A China P

Oriango R Brooker SJ Bousema T Drakeley C Cox J (2013) Reliability of school surveys in estimating geographic variation in malaria transmission in the western Kenyan highlands PLoS One 8 e77641

99 De Zulueta J Kafuko GW Cullen JR (1963) An investigation of the annual cycle of malaria in Masaka

district (Uganda) East African Medical Journal 40 469-488 100 Najera JA Shidrawi GR Gibson FD Stafford JS (1967) A large-scale field trial of Malathion as an

insecticide for antimalarial work in Southern Uganda Bulletin of the World Health Organization 36 913-935

30

101 Storey J (1972) A review of malaria work in Sierra Leone 1900 to 1964 West African Medical Journal 27 57-68

102 Gitonga CW Karanja PN Kihara J Mwjame M Juma E Snow RW Noor AM Brooker S (2010)

Implementing school malaria surveys in Kenya towards a nationwide surveillance system Malaria Journal 9 306

103 Gitonga CW Edwards T Karanja PN Noor AM Snow RW Brooker S (2012) Plasmodium infection

anaemia and mosquito net use among school children across different settings in Kenya Tropical Medicine amp International Health 17 858ndash870

104 Houngbedji CA N Dri PB Huumlrlimann E Yapi RB Silueacute KD Soro G Koudou BG Acka CA Assi S

Vounatsou P N Goran EK Fantodji A Utzinger J Raso G (2015) Disparities of Plasmodium falciparum infection malaria-related morbidity and access to malaria prevention and treatment among school-aged children a national cross-sectional survey in Cote dIvoire Malaria Journal 14 7

105 Ashton R Kefyalew T Tesfaye G Pullan R Yadeta D Reithinger R Kolaczinski J Brooker S (2010)

School-based surveys of malaria in Oromia Regional State Ethiopia towards a map of malaria risk Federal Ministry of Health Ethiopia

106 Takem EN Affara M Amambua-Ngwa A Okebe J Ceesay SJ Jawara M Oriero E Nwakanma D

Pinder M Clifford C Taal M Sowe M Suso P Mendy A Mbaye A Drakeley C DAlessandro U (2013) Detecting foci of malaria transmission with school surveys A pilot study in The Gambia PLoS One 8 e67108

107 Clarke SE Roschnik N Rouhani S Diarra S Bamadio M Sacko M Traore D Ly AB Gaye O Sembene

M Fall FB (2012) Malaria in school children under a new policy of universal coverage of nets Recent data from Mali and Senegal American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 Supplement 5 abstract 1466

108 Kabatereine NB Standley CJ Sousa-Fugueiredo JC Fleming RM Stothard JR Talisuna A Fenwick A

(2011) Integrated prevalence mapping of schistosomiasis soil-transmitted helminthiasis and malaria in lakeside and island communities in Lake Victoria Uganda Parasites amp Vectors 4 232

109 Emerson PM Ngondi J Biru E Graves PM Ejigsemahu Y Gebre T Endeshaw T Genet A Mosher

AW Zerihun M Messele A Richards FO (2008) Integrating an NTD with one of lsquolsquoThe Big Threersquorsquo Combined malaria and trachoma survey in Amhara Region of Ethiopia PLoS Neglected Tropical Diseases 2 e197

110 Noor AM Alegana VA Patil AP Moloney G Borle M Ahmed F Yousef F Amran J Snow RW (2012)

Mapping the receptivity of malaria risk to plan the future of control in Somalia British Medical Journal Open Access 2 e001160

111 Boyd MF (1949) Malariology A comprehensive review of all aspects of this group of diseases from a

global standpoint Volume II WB Saunders Company Philadelphia and London

31

112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

18

Parfois les rapports preacutesentaient le nombre total de personnes examineacutees dans un certain nombre de villages et le pourcentage de personnes controcircleacutees positives par village ici nous avons supposeacute que le deacutenominateur par village eacutetait eacutequivalent au nombre total de personnes examineacutees diviseacute par le nombre total de villages Il eacutetait possible deacutetablir lanneacutee de chaque enquecircte cependant il eacutetait parfois impossible drsquoeacutetablir le mois de lenquecircte agrave partir des rapports denquecirctes Dans ce cas de figure nous avons utiliseacute des descriptions saison laquohumideraquo et saison laquosegravecheraquo premier ou deuxiegraveme trimestre scolaire ou dautres informations pour parvenir agrave une approximation du mois de lenquecircte et avons inclus un rapport sur cette hypothegravese Certains reacutesultats de lenquecircte ont eacuteteacute signaleacutes en tant qursquoagreacutegat dans lespace (par exemple un seul PfPR pour un groupe de villages) ou dans le temps (par exemple un PfPR moyen estimeacute agrave partir de quatre enquecirctes diffeacuterentes meneacutees au fil du temps) Dans de tels cas nous avons soit chercheacute dautres rapports des mecircmes enquecirctes avec une reacutesolution spatiale ou temporelle plus eacuteleveacutee Lagrave ougrave cela na pas eacuteteacute possible et ougrave des groupes de villages deacutepassaient 5 km2 nous avons exclu du dossier de lanalyse (voir ci-dessous) Lorsque des informations suppleacutementaires eacutetaient neacutecessaires pour fournir des donneacutees speacutecifiques par village dans un moment preacutecis nous avons demandeacute aux auteurs de nous fournir tout renseignement ou document manquant 52 Meacutethodes de deacutetection parasitaires Compte tenu de son ubiquiteacute en tant qursquooutil de diagnostic paludique la meacutethode preacutefeacutereacutee de deacutetection parasitaire eacutetait la microscopie Aucune distinction nrsquoeacutetait faite entre la microscopie optique ou par fluorescence La qualiteacute de la veacuterification de lame [132133] les variations de sensibiliteacute speacutecificiteacute entre les tests de diagnostic rapide (TDR) [134] la capaciteacute des eacutequipes de terrain agrave analyser les TDR de maniegravere fiable [135-138] ou des variations obtenues sur la base de la seacutelection des amorces pour les reacuteactions en chaicircne de la polymeacuterase (PCR) [139] influencent toutes les descriptions de la preacutevalence et auront des variances intrinsegraveques entre les enquecirctes incluses dans la base de donneacutees Il a eacuteteacute deacutemontreacute que les TDR donnent des taux de faux positifs plus eacuteleveacutes que la microscopie [134 140 141] cependant ils ont tendance agrave stratifier agrave fois le taux parasitaire le plus bas (lt1) et le plus eacuteleveacute (gt50) avec plus de preacutecision par rapport agrave la microscopie courante [133 141] Une analyse drsquoun grand recueil de donneacutees sur les taux parasitaires des communauteacutes a deacutemontreacute quil y avait une diffeacuterence minime dans les estimations du taux moyen global de preacutevalence de P falciparum dans une analyse des donneacutees correspondantes apparieacutees issues des enquecirctes communautaires ayant utiliseacute la microscopie et les TDR pour les examens parasitaires [46] Neacuteanmoins les diffeacuterences entre les TDR et la microscopie en matiegravere de leur capaciteacute agrave deacutetecter des dinfections mineures lorsquelles sont geacutereacutees dans des conditions normales restent un preacutejugeacute systeacutematique inheacuterent aux donneacutees [141] que nous sommes incapables de controcircler Nous sommes eacutegalement incapables de controcircler la qualiteacute des analyses de donneacutees des enquecirctes en utilisant uniquement la microscopie Le principal problegraveme de la microscopie lorsquelle est utiliseacutee dans le cadre les enquecirctes-eacutechantillons nationales est la qualiteacute de la preacuteparation des lames (coloration et entreposage) et

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ou les garanties de la veacuterification de la qualiteacute (VQ) des analyses des lames Dans ce cas de figure nous avons en consultation avec les responsables des enquecirctes nationales ducirc faire plusieurs jugements de valeur Par exemple pour les enquecirctes nationales aupregraves des meacutenages au Soudan en Somalie au Malawi et en Angola nous avons choisi dinteacutegrer les preacutevalences dinfection obtenues gracircce aux TDR plutocirct les estimations provenant des analyses des lames de microscopie Par contre pour drsquoautres pays tels que le Kenya et lOuganda nous avions des garanties quant agrave la qualiteacute des analyses des preacutelegravevements sanguins pendant enquecirctes sur les indicateurs du paludisme Il ny a pas de regravegles absolues pour ces deacutecisions A chaque fois que des preuves quant agrave la qualiteacute des analyses des lames nous eacutetaient fournies nous avons deacutecideacute drsquoutiliser celles-ci par rapport aux TDR 53 Geacuteocodage des sites drsquoenquecircte Le geacuteocodage de donneacutees la deacutefinition dune longitude et une latitude deacutecimale pour chaque site denquecircte consistait en une tacircche particuliegraverement exigeante En fonction de leur repreacutesentation spatiale les donneacutees eacutetaient classeacutees en tant que villages communauteacutes ou eacutecoles individuelles ou ensemble de communauteacutes dans une zone deacutefinissable correspondant agrave une zone agrave linteacuterieur dun quadrillage de 5 km ou environ 005 degreacutes deacutecimaux au niveau de leacutequateur Dans la mesure du possible nous avons chercheacute agrave conserver des donneacutees ventileacutees au niveau des villages plutocirct que des donneacutees agrave travers une laquogrande eacutetendueraquo Lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees provenant des communauteacutes deacutepassant un quadrillage de 5 km nous avons consideacutereacute ces derniers comme une reacutesolution spatiale trop faible avec une variance importante possible dans le polygone dinformations agrave exclure lors de lutilisation de la modeacutelisation geacuteostatistique avanceacutee En pratique il srsquoagissait ici drsquoun critegravere difficile agrave veacuterifier eacutetant donneacute que la plupart des rapports denquecircte ne fournissaient pas suffisamment de deacutetails sur la superficie de la zone eacutetudieacutee Une utilisation plus reacutecente des systegravemes de positionnement mondial (GPS) lors de travaux denquecircte permet une reacuteagreacutegation des donneacutees denquecircte aupregraves des meacutenages avec une plus grande preacutecision Crsquoest eacutegalement utile dans le maintien du critegravere du quadrillage de 5 km tout en combinant des grappes de petites tailles deacutechantillon dans lespace Lutilisation du GPS pour enregistrer des longitudes et latitudes a contribueacute de maniegravere appreacuteciable agrave des enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages depuis circa 2007 [142] Cependant dans les enquecirctes deacutemographiques et sanitaires aupregraves des meacutenages geacutereacutes par le programme ICF-MEASURE un processus de deacuteplacement de coordonneacutees GPS est effectueacute de telle sorte que pour les clusters urbains un deacuteplacement est introduit agrave une distance allant jusqursquoagrave tous les 2 km qui influe rarement sur la preacutecision globale de modeacutelisation eacutetant donneacute que ce processus se fait dans le cadre est dans les zones urbaines Pour les clusters ruraux on fait un deacuteplacement jusqursquoagrave 5 km avec 1 de clusters ruraux suppleacutementaires deacuteplaceacutes jusquagrave une distance de 10 km Ici nous avons passeacute en revue tous les clusters ruraux agrave lrsquoaide de Google Earth pour examiner la mesure dans laquelle les clusters ruraux pourraient avoir eacuteteacute deacuteplaceacutes vers des zones inhabiteacutees et repositionneacutes dans les zones peupleacutees les plus proches

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Pour positionner chaque site denquecircte lagrave ougrave les coordonneacutees GPS ne sont pas disponibles nous avons utiliseacute une varieacuteteacute de ressources numeacuteriques parmi lesquels les plus utiles eacutetaient Encyclopeacutedie Microsoft Encarta (Microsoft 2004) et Google Earth (Google 2009) Drsquoautres sources drsquoarchives numeacuteriques de noms de lieux couramment utiliseacutes sont entre autres le serveur de noms de lieux de la National Geospatial-Intelligence Agency GEOnet Eacutetats-Unis [143] Falling Rain Genomicsrsquo Global Gazetteer [144] Alexandria Digital Library de lUniversiteacute de Californie Eacutetats-Unis [145] African Data Sampler [146] MapCarta [147] Maplandia [148] Global geodatabase-cities [149] Open Street Map [150] VMAP0 [151] et IslamicFinder [152] A travers lAfrique il existe un certain nombre de reacutepertoire toponymique numeacuteriques nationaux pour les lieux habiteacutes les eacutetablissements sanitaires ou les eacutecoles Ce type de reacutepertoires accroicirct en nombre en preacutecision et en couverture Nous les avons obtenus sur demande aupregraves des bureaux nationaux de recensement des ministegraveres de leacuteducation et de la santeacute et des ONG partenaires Cela srsquoest aveacutereacute un outil preacutecieux dans la localisation des communauteacutes au Burkina Faso au Kenya en Gambie au Mozambique agrave Madagascar en Somalie au Malawi en Mauritanie au Ghana au Niger en Namibie au Seacuteneacutegal en Somalie en Afrique du Sud en Tanzanie en Ouganda en Zambie et agrave Zanzibar Bien que nous tentons drsquoutiliser des nomenclatures types et des strateacutegies uniques de nommage dans les reacutepertoires toponymiques numeacuteriques [153] il est difficile drsquoatteindre cela au niveau national ougrave les orthographes changement en fonction des auteurs au fil du temps et ougrave les mecircmes noms de lieux sont reacutepliqueacutees agrave travers un pays En tant que tel lors de lextraction de donneacutees chaque point de donneacutees a eacuteteacute enregistreacute avec autant drsquoinformations geacuteographiques que possible issues de la source Crsquoest bien ces informations qui ont eacuteteacute utiliseacutees au cours du geacuteo-positionnement par exemple pour veacuterifier que le geacuteocodage permettait de cadrer les sites denquecirctes dans les uniteacutes administratives deacutecrites dans le rapport ou qursquoil correspondait agrave dautres deacutetails dans le rapport sur la distance vis-agrave-vis des riviegraveres ou les villes lorsque cela eacutetait afficheacutees sur Google Earth Bien quen theacuteorie les coordonneacutees GPS doivent repreacutesenter une localisation spatiale sans ambiguiumlteacute il fallait une veacuterification rigoureuse pour veiller agrave ce que les sites denquecirctes correspondent aux coordonneacutees GPS Comme drsquohabitude nous avons donc reveacuterifieacute toutes les donneacutees GPS de toutes les sources en utilisant les noms de lieux et ou Google Earth pour assurer que les coordonneacutees se situaient dans les communauteacutes Toutes les coordonneacutees ont eacuteteacute soumises agrave un controcircle final agrave laide de la base de donneacutees spatiale des frontiegraveres administratives de second niveau deacuteveloppeacutees et reacuteviseacutee en 2008 par lOrganisation pour lalimentation et lagriculture (FAO) des Nations Unies [154] Loutil de seacutelection spatiale ArcGIS 101 (ESRI USA) a eacuteteacute utiliseacute pour veacuterifier que les points du long du littoral eacutetaient situeacutes sur des terrains tels que deacutefinis par GAUL 2008 La base de donneacutees de Global Lakes and Wetlands (GLWD) deacuteveloppeacutee par le Fonds mondial pour la nature [155] a eacuteteacute utiliseacute pour srsquoassurer que les points inteacuterieurs eacutetaient positionneacutes sur la terre ferme et non pas sur des plans deau Nous cherchions par-lagrave agrave identifier les coordonneacutees qui se trouvaient leacutegegraverement au large des cocirctes sur les affluents ou dans les uniteacutes administratives incorrectes chaque anomalie a eacuteteacute reveacuterifieacutee et repositionneacutee agrave laide de petits changements et avec Google Earth

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54 Deacutefinition des frontiegraveres nationales A la fin de la Seconde Guerre mondiale en 1945 presque tous les pays en Afrique eacutetaient soumis agrave la domination ou agrave lrsquoadministration coloniale Chaque pays sur le continent africain est aujourdhui indeacutependant mecircme si quelques icircles restent sous administration europeacuteenne (la Reacuteunion et Mayotte) Il existe actuellement 55 Etats indeacutependants dont 53 sont membres de lUnion africaine Tout au long de ce rapport nous utilisons les noms et les frontiegraveres des Eacutetats-nations en Afrique et les frontiegraveres actuelles plutocirct que la nomenclature preacute-indeacutependance Tout au long de ce rapport nous avons utiliseacute lrsquooutil numeacuterique de traitement de frontiegraveres parraineacute par lrsquoONU [156] En tant que tel nous traitons le Soudan du Sud en tant qursquoentiteacute diffeacuterente de la Reacutepublique du Soudan et lEacuterythreacutee diffeacuterente de lEthiopie Il y a beaucoup de zones litigieuses en Afrique revendiqueacutees par diffeacuterents pays voisins et qui restent en suspens [157] Pour les besoins de notre travail nous avons traiteacute le Triangle drsquoIlemi en tant que partie inteacutegrante de la reacutegion de Turkana du Kenya Nous avons consideacutereacute Walvis Bay en Namibie comme faisant toujours partie de la Namibie en deacutepit du fait que ce territoire fait partie de lrsquoAfrique du Sud depuis de nombreuses anneacutees suivant lindeacutependance de la Namibie en 1990 Deux petits territoires au sein du Royaume du Maroc continuent decirctre occupeacutes par lEspagne dans le Nord-Ouest (Ceuta) et dans le Nord-Est (Melilla) sur le littoral meacutediterraneacuteen Cependant nous avons consideacutereacutes ces territoires comme faisant partie du Royaume du Maroc se rapprochant de son eacutetendue ottomane avant 1912 Nous traitons la peacuteninsule du Sinaiuml en tant que partie permanente de la Reacutepublique arabe dEgypte Sans faire de jugements politiques nous avons consideacutereacute la reacutegion drsquoAbeyi comme faisant partie inteacutegrante de la Reacutepublique du Soudan cependant dans la cartographie des produits nationaux les deux pays prennent en compte cette reacutegion Nous avons traiteacute le Triangle Halaib sur la frontiegravere soudano-eacutegyptienne comme faisant partie du Soudan bien que depuis 2010 lrsquoEacutegypte controcircle cette zone en tant que partie inteacutegrante de son Etat de la Mer Rouge La reacutegion de Bakassi territoire frontalier contesteacute sur la cocircte atlantique entre le Nigeria et le Cameroun a eacuteteacute traiteacute comme faisant partie du Nigeria en deacutepit de la mise en œuvre finale des accords qui ont accordeacute cette reacutegion agrave ladministration camerounaise en 2014 Les groupes insulaires de Bioko Annobin et Zanzibar sont traiteacutees seacutepareacutement de la partie continentale de Guineacutee eacutequatoriale et de Tanzanie respectivement Ces groupes insulaires ont toujours eu diffeacuterents plans de lutte antipaludique et des ambitions drsquoeacutelimination diffeacuterentes de ceux de leurs homologues du continent 55 Normalisation selon lacircge Lorsque lacircge nrsquoeacutetait pas preacuteciseacute dans le rapport de chaque enquecircte mais que le rapport preacutecisait que lrsquoensemble du village ou drsquoenfants de leacutecole primaire eacutetaient examineacutes nous avons supposeacute que les tranches dacircge agrave 0-99 ans ou 5-14 ans respectivement Il y avait une grande diversiteacute dans les tranches dacircge des populations eacutechantillonneacutees entre les eacutetudes Pour faire des comparaisons significatives dans le temps et lespace une seule tranche dacircge normaliseacute est neacutecessaire Il est possible drsquoeffectuer des ajustements dun acircge normaliseacute pour le Plasmodium falciparum gracircce agrave lobservation et agrave la theacuteorie des maladies infectieuses lagrave ougrave limmuniteacute est acquise apregraves une exposition reacutepeacuteteacutee de la naissance Nous avons adapteacute des modegraveles de

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conversion catalytique de Muench (dabord utiliseacute dans le paludisme par Pull amp Grab dans les anneacutees 1970 [158]) en eacutequations statiques en R-script qui utilise les gammes infeacuterieure et supeacuterieure deacutechantillon et la preacutevalence globale pour se transformer en une estimation preacutevues chez les enfants acircgeacutes de 2-10 ans PfPR2-10 [96] 56 Limitations dues agrave la taille de leacutechantillon La taille de leacutechantillon est inversement proportionnelle agrave la preacutevalence ougrave agrave faible taille des eacutechantillons les biais dans les estimations de la preacutevalence sont introduits en fonction de la preacutevalence reacuteelle de la population se traduisant deacutecarts-types relativement eacuteleveacutes [159] Il existe un seuil critique entre 10 et 20 individus eacutechantillonneacutes en dessous duquel les eacutecarts-types augmentent de faccedilon exponentielle dans la plupart des enquecirctes sur les infections parasitaires et la courbe commence agrave aplatir agrave partir drsquoune taille denviron 50 eacutechantillons et atteint une asymptote agrave environ 100 [160] La taille des eacutechantillons denquecircte individuels est eacutegalement importante dans le calcul des correacutelations avec les variables dendeacutemiciteacute pour veacuterifier les associations plausibles entre par exemple des preacutecipitations et la preacutevalence Au cours de seacutelection des co-variables de petits eacutechantillons impreacutecis peuvent conduire agrave loverfitting Nous avons chercheacute agrave combiner les communauteacutes agrave proximiteacute ougrave tout village comptait moins de 10 personnes eacutechantillonneacutees et ougrave les communauteacutes se situaient agrave moins de 5 km lrsquoun de lautre eacutechantillonneacutes exactement au mecircme moment par les mecircmes enquecircteurs 6 Partage et accegraves aux donneacutees Les donneacutees recueillies pour cette eacutetude font partie dune initiative plus large visant agrave aider les gouvernements nationaux en mettant agrave leur disposition des plateformes de donneacutees probantes pour les aider agrave concevoir des projets de lutte antipaludique gracircce au concours du projet INFORM [131161] soutenu par le Deacutepartement pour le deacuteveloppement international Royaume-Uni et le Wellcome Trust Les donneacutees geacuteocodeacutees sur la preacutevalence parasitaire issues des donneacutees archiveacutees publieacutees et ineacutedites donneacutees et rassembleacutees en bases de donneacutees soigneusement conserveacutees doivent ecirctre prise en charge et geacutereacutees par les services de lutte contre le paludisme au sein des ministegraveres nationaux de la santeacute Les donneacutees provenant des recherches nationales et des enquecirctes meneacutees par les ministegraveres de la santeacute sont la proprieacuteteacute des gouvernements nationaux Le plus souvent la plupart des ministegraveres de la santeacute nont pas accegraves agrave la gamme complegravete des donneacutees sur le paludisme pourtant potentiellement disponibles dans leur propre pays Le but est donc de se servir du projet INFORM pour bacirctir une appropriation des donneacutees nationales sur le paludisme et mettre toutes les donneacutees recueillies agrave la disposition des ministegraveres de la santeacute agrave travers lAfrique et aux conseillers techniques reacutegionaux de lOrganisation mondiale de la santeacute A ce titre ces gouvernements nationaux deviendront les gardiens de leurs propres donneacutees nationales et pleinement responsables de leur distribution aux scientifiques nationaux reacutegionaux et internationaux ainsi qursquoaux partenaires de controcircle

23

7 Reacutefeacuterences 1 Snow RW (2014) Sixty years trying to define the malaria burden in Africa have we made any progress

BMC Medicine 12 227 2 Noor AM Kinyoki DK Mundia CW Kabaria CW Wambua JM Alegana VA Fall IS Snow RW (2014) The

changing risk of Plasmodium falciparum malaria infection in Africa 2000ndash10 a spatial and temporal analysis of transmission intensity Lancet 383 1739-1747

3 Snow RW Marsh K le Sueur D (1996) The need for maps of transmission intensity to guide malaria

control in Africa Parasitology Today 12 455ndash457 4 MARAARMA (1998) Towards an atlas of malaria risk in Africa First technical report of the

MARAARMA collaboration Durban South Africa httpsidl-bncidrccadspacebitstream10625316441114833pdf

5 Le Sueur D Binka F Lengeler C de Savigny D Teuscher T Toure Y Snow RW (1997) An atlas of malaria in

Africa Africa Health 19 23-24 6 Trape JF amp Rogier C (1996) Combating Malaria morbidity and mortality by reducing transmission

Parasitology Today 12 236-240 7 Snow RW Omumbo JA Lowe B Molyneux SM Obiero JO Palmer A Weber MW Pinder M Nahlen B

Obonyo C Newbold C Gupta S Marsh K (1997) Relation between severe malaria morbidity in children and level of Plasmodium falciparum transmission in Africa Lancet 349 1650-1654

8 Ghani AC Sutherland CJ Riley EM Drakeley CJ Griffin JT Gosling RD Filipe JAN (2009) Loss of

population levels of immunity to malaria as a result of exposure reducing interventions consequences for interpretation of disease trends PLoS One 4 e4383

9 Okiro EA Al-Taiar A Reyburn H Idro R Berkley J Nokes DJ Snow RW (2009) Age patterns of severe

paediatric malaria and their relationship to Plasmodium falciparum transmission intensity Malaria Journal 8 4

10 Carneiro I Roca-Feltrer A Griffin JT Smith L Tanner M Armstrong Schellenberg J Greenwood BM

Schellenberg D (2010) Age-patterns of malaria vary with severity transmission intensity and seasonality in sub-Saharan Africa A systematic review and pooled analysis PLoS One 5 e8988

11 Griffin JT Hollingsworth TD Reyburn H Drakeley CJ Riley EM Ghani AC (2014) Gradual acquisition of

immunity to severe malaria with increasing exposure Proceedings of the Royal Society B 282 20142657

12 Snow RW (2015) Global malaria eradication and the importance of Plasmodium falciparum

epidemiology in Africa BMC Medicine 13 23

24

13 Smith T Maire N Ross A Penny M Chitnis N Schapira A Studer A Genton B Lengeler C Tediosi F de Savigny D Tanner M (2008) Towards a comprehensive simulation model of malaria epidemiology and control Parasitology 135 1507ndash1516

14 Smith DL Noor AM Hay SI Snow RW (2009) Predicting changing malaria risk after expanded

insecticide treated net coverage in Africa Trends in Parasitology 25 511ndash516 15 Griffin JT Hollingsworth D Okell LC Churcher TS White M Hinsley W Bousema T Drakeley CJ

Ferguson NM Basanez MG Ghani AC (2010) Reducing Plasmodium falciparum malaria transmission in Africa a model based evaluation of intervention strategies PLoS Medicine 7 e1000324

16 Chitnis N Schapira A Smith T Steketee R (2010) Comparing the effectiveness of malaria vector-

control interventions through a mathematical model American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 83 230ndash240

17 World Health Organization (2014) From malaria control to malaria elimination a manual for

Elimination Scenario Planning Global Malaria Programme World Health Organization Geneva April 2014

18 Gerardin J Eckhoff P Wenger EA (2015) Mass campaigns with antimalarial drugs a modelling

comparison of artemether-lumefantrine and DHA-piperaquine with and without primaquine as tools for malaria control and elimination BMC Infectious Diseases 15 144

19 Okell LC Drakeley CJ Bousema T Whitty CJM Ghani AC (2008) Modelling the impact of artemisinin

combination therapy and long-acting treatments on malaria transmission intensity PLoS Medicine 5 e226

20 Guyatt HL amp Snow RW (2001) Malaria in pregnancy as an indirect cause of infant mortality in sub-Saharan

Africa Transactions of Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 95 569-576 21 Desai M ter Kuile FO Nosten F McGready R Asamoa K Brabin B Newman R (2007) Epidemiology

and burden of malaria in pregnancy Lancet Infectious Diseases 7 93ndash104 22 van Eijk A Hill J Alegana VA Kirui V Gething PW ter Kuile F Snow RW (2011) Coverage of malaria

protection in pregnant women in sub-Saharan Africa a synthesis and analysis of national survey data Lancet Infectious Diseases 11 190-207

23 MPAC (2012) wwwwhointmalariampacsep2012mpac_mip_erg_sep2012pdf 24 MPAC (2013) wwwwhointmalariampacmpac_sep13_erg_ipt_malaria_pregnancy_reportpdf 25 Meremikwu MM Donegan S Sinclair D Esu E Oringanje C (2012) Intermittent preventive

treatment for malaria in children living in areas with seasonal transmission Cochrane Database Systematic Reviews 2 CD003756

26 Cairns M Roca-Feltrer A Garske T Wilson AL Diallo D Milligan PJ Ghani AC Greenwood BM (2012)

Estimating the potential public health impact of seasonal malaria chemoprevention in African children Nature Communications 3 881

25

27 Noor AM Kibuchi E Mitto B Coulibaly D Doumbo OK Snow RW (2015) A spatial decision support

framework for sub-national targeting of seasonal malaria chemoprevention in the Sahel Under review

28 Smith DL McKenzie FE Snow RW Hay SI (2007a) Revisiting the basic reproductive number for

malaria and its implications for malaria control PLoS Biology 5 e42 29 Hay SI Smith DL Snow RW (2008) Measuring malaria endemicity from intense to interrupted

transmission Lancet Infectious Diseases 8 369-378 30 Moonen B Cohen JM Snow RW Slutsker L Drakeley C Smith DL Abeyasinghe R Rodriguez Loacutepez

MH Maharaj R Tanner M Targett G (2010) Operational strategies to achieve and maintain malaria elimination Lancet 376 1592-1603

31 World Health Organization (2012a) Disease surveillance for malaria control Operational manual

WHO Geneva 32 World Health Organization (2012b) Disease surveillance for malaria elimination Operational manual

WHO Geneva 33 Cohen JM Moonen B Snow RW Smith DL (2010) How absolute is zero An evaluation of historical

and current definitions of malaria elimination Malaria Journal 9 213 34 Molineaux L Muir DA Spencer HC Wernsdorfer WH (1988) The epidemiology of malaria and its

measurement Malaria Principles and Practice of Malariology W Wernsdorfer and I McGregor London Churchill Livingstone 2 999-1089

35 Tusting LS Bousema T Smith DL Drakeley C (2014) Measuring changes in Plasmodium falciparum

transmission precision accuracy and costs of metrics Advances in Parasitology 84 151-208 36 Metselaar D amp van Thiel PH (1959) Classification of malaria Tropical Geographic Medicine 11 157ndash

161 37 Macdonald G amp Goumleckel GW (1964) The malaria parasite rate and interruption of transmission

Bulletin of World Health Organization 31 365ndash377 38 Lysenko AJ amp Semashko IN (1968) Geography of malaria A medico-geographic profile of an ancient

disease In Lebedew AW ed Itogi Nauki Medicinskaja Geografija Moscow USSR Academy of Sciences pp 25ndash146

39 Macdonald G (1957) The epidemiology and control of malaria Oxford University Press 40 Pampana E (1969) A textbook on malaria eradication Oxford Oxford University Press 41 Pull JH (1972) Malaria surveillance methods their uses and limitations American Journal of Tropical

Medicine amp Hygiene 21 651-657

26

42 World Health Organization (1950) Report on the malaria conference in equatorial Africa Held under the joint auspices of the World Health Organization and of the commission for technical co-operation in Africa south of the Sahara Kampala Uganda 27 Novemberndash9 December 1950

43 Yekutiel P (1960) Problems of epidemiology in malaria eradication Bulletin of the World Health

Organization 22 669-683 44 Macdonald G (1952) The analysis of equilibrium in malaria Tropical Diseases Bulletin 49 813-1129 45 Hay SI Guerra CA Gething PW Patil AP Tatem AJ Noor AM Kabaria CW Manh BH Elyazar IRF

Brooker S Smith DL Moyeed RA Snow RW (2009) A world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2007 PLoS Medicine 6 e1000048

46 Gething PW Patil AP Smith DL Guerra CA Elyazar IRF Johnston GL Tatem AJ Hay SI (2011) A new

world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2010 Malaria Journal 10 378 47 Snow RW Amratia P Kabaria CW Noor AM Marsh K (2012) The changing limits and incidence of

malaria in Africa 1939-2009 Advances in Parasitology 78 169-262 48 Black RH (1968) Manual of epidemiology and epidemiological services in malaria programmes World

Health Organization Geneva 49 Ray AP amp Beljaev AE (1984) Epidemiological surveillance a tool for assessment of malaria and its

control Journal of Communicable Disease 16 197ndash207 50 Omumbo JA Noor AM Fall IS Snow RW (2013) How well are malaria maps used to design and

finance malaria control in Africa PLoS One 8 e53198 51 Alegana VA Atkinson PM Wright JA Kamwi R Kakokele S Snow RW Noor AM (2013) Estimation of

malaria incidence in northern Namibia in 2009 using Bayesian Conditional-Autoregressive Spatial-Temporal Models Spatial amp Spatial Temporal Epidemiology 7 25-36

52 Bennett A Yukich J Miller JM Vounatsou P Hamainza B Ingwe MI Moonga HB Kamuliwo M Keating

J Smith TA Steketee RW Eisele TP (2014) A methodological framework for the improved use of routine health system data to evaluate national malaria control programs evidence from Zambia Population amp Health Metrics 12 30

53 Moonasar D Morris N Kleinschmidt I Maharaj R Raman J Mayet NT Benson FG Durrheim DN

Blumberg L (2013) What will move malaria control to elimination in South Africa South African Medical Journal 103 (10 Suppl 2) 801-806

54 Cohen JM Dlamini S Novotny JM Kandula D Kunene S Tatem AJ (2013) Rapid case-based mapping

of seasonal malaria transmission risk for strategic elimination planning in Swaziland Malaria Journal 12 61

55 Zanzibar Malaria Control Programme (2011) Zanzibar Malaria Performance Review September 2011

ZMCP Ministry of Health Revolutionary Government of Zanzibar

27

56 Ministry of Health [Cape Verde] World Health Organization and the University of California San Francisco (2012) Eliminating malaria Moving towards sustainable elimination in Cape Verde Geneva The World Health Organization httpappswhointirisbitstream106657584919789241504386_engpdfua=1

57 Littrell M Sow GD Ngom A Ba M Mboup BM Dieye Y Mutombo B Earle D Steketee RW (2013)

Case investigation and reactive case detection for malaria elimination in northern Senegal Malaria Journal 12 331

58 Thiroux D A amp DAnfreville D L (1908) Le paludisme au Seacuteneacutegal pendant les anneacutees 1905-1906

Gouvernement General de lAfrique Occidentale Francaise Laboratorie de bacteriologie de Saint-Louis Published Libraire JB Bailliere et Fils Paris 1908

59 Government General de LAlgeacuterie (1908) Campagne Antipaludique de 1908 unpublished document

available in Wellcome Library Euston Road London UK FX134AA9 60 Government of Gold Coast (1914) Medical amp Sanitary Report for the year 1913 Waterlow amp Sons

London 61 Mansfield-Aders W (1927) Notes on malaria and filariasis in the Zanzibar Protectorate Transactions

of the Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 30 207-214 62 Colony of Mauritius (1923-1925) Annual Reports on the Medical and Health Department 63 Swaroop S Gilroy AB Uemura K (1966) Statistical methods in malaria eradication Monograph Series

of World Health Organization 51 164 64 Barber MA amp Rice JB (1937) A survey of malaria in Egypt American Journal of Tropical Medicine amp

Hygiene 17 413-436 65 De Meira MT Simotildees TS Pinto Nogueira JF (1948) Observaccedilotildees sobre sezonismo nas ilhas do Sal Boa

Vista e S Nicolau (Cabo Verde) Anais do Instituto de Medicina Tropical 3 213-237 66 Young MD amp Johnson TH (1949) A malaria survey of Liberia Journal of National Malaria Society 8

247-266 67 De Meillon B (1951) Malaria survey of South-West Africa Bulletin of the World Health Organization

4 333ndash417 68 Houel G amp Donadille F (1953) Vingt ans de lutte antipaludique au Maroc Bulletin de lrsquoInstitut

drsquoHygiene du Maroc 13 3-51 69 Soeiro A (1952) O sezonismo em Moccedilambique contribuiccedilatildeo para o estudo epidemioloacutegico Anais do

Instituto de Medicina Tropical 9 343-389 70 Soeiro A (1959) Relactoacuterio da actividade do Instituto de Investigaccedilatildeo Meacutedica de Moccedilambique em

1958 e plano de trabalhos para o ano de 1960 Anais Intstituto de Higiene e Medicina Tropical 16 573-611

28

71 Bernard PM (1954) Trois ans de lutte antipaludique agrave Madagascar Bulletin de Madagascar

Publication Mensuelle du Service General Drsquoinformation du Haut-Commissariat no 96 72 Cambournac FJC Gandara AF Pena AJ Teixeira EWLG (1955) Subsidios para o inquerito malariologico

em Angola Anais do Instituto de Medicina Tropical 12 121-153 73 Anon (1954) Campagne antipaludique au Dahomey Map found in Benin box in WHO Archives

Geneva August 2012 74 Languillon J (1957) Carte eacutepideacutemiologique du paludisme au Cameroun Bulletin de la Socieacuteteacute de

Pathologie Exotique 50 585 - 600 75 Alves W (1958) Malaria parasite rates in Southern Rhodesia May-September 1956 Bulletin of the

World Health Organization 19 69-74 76 Lariviere M Hocquet P Abonnenc E (1961) Reacutesultats drsquoune enquecircte palustre dans la reacutepublique du

Seacuteneacutegal Indices plasmodiques chez les enfants en milieu rural Bulletin de la Socieacuteteacute Meacutedicale drsquoAfrique Noire de Langue Franccedilaise 6 386-403

77 Wernsdorfer G amp Wernsdorfer W (1967) Malaria in the middle Nile basin and its bordering regions Z

Tropenmed Parasitol 18 17-44 78 Rishikesh N amp Fahmy Y (1961) Quarterly report April-June 1961 Republic of Somalia pre-eradication

survey World Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 79 Rishikesh N Payne D Fahmy Y (1961) Quarterly report for the period January-March 1961 World

Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 80 Bechuanaland Protectorate (1958-1963) Annual Medical and Sanitary Reports for the Protectorate for

the years 1958-1963 Government Printers Gaborone 81 Craig MH Sharp BL Mabaso MLH Kleinschmidt I (2007) Developing a spatial-statistical model and

map of historical malaria prevalence in Botswana using a staged variable selection procedure International Journal of Health Geographics 6 44

82 Cano VI (1971) Deacuteveloppement des services de santeacute de base (Paludisme) World Health

Organization AFRMAL112 83 Barbie Y amp Timbila R (1964) Notes sur le paludisme en Reacutepublique Islamique de Mauritanie Medicine

Tropicale 24 427-435 84 Khromov A amp Privault R (1965) Programme du pre-eradication du paludisme Rapport trimestriel 4th

trimestre 1965 (Sep-Oct-Nov) WHO Mauritanie World Health Organization Unpublished document WHO Archives Geneva

85 Beltran O (1966) Malaria pre-eradication project Sierra Leone-19 fourth quarterly field report

October - December 1966 Government of Sierra Leone amp World Health Organization

29

86 Guy Y amp Gassabi R (1967) Les perspectives de leacuteradication du paludisme en Algeacuterie Archives de

LInstitut Pastuer DAlgerie 45 72-88 87 Chand D Garzen JB Bahar R Rishikesh N (1964) Malaria Eradication Service Ethiopia 14 (c) Quarterly

Report 1 October to 31 December 1964 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

88 Chand D Garzon JB Bahar R Rishiskesh N (1965) Quarterly report covering period 1 October to 31

December 1964 Project Ethiopia 0014 dated 9th february 1965 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

89 Onori E (1967) Distribution of Plasmodium ovale in the Eastern Western and Northern regions of

Uganda Bulletin of the World Health Organization 37 665-668 90 Wenlock (1978) The incidence of Plasmodium parasites in rural Zambia East African Medical Journal

55 268-276 91 Escudie A amp Hamon J (1961) Paludisme en Afrique Occidentale dexpression Franccedilaise Medicine

Tropicale 21 661-687 92 RBM-MERG - httpwwwrbmwhointmechanismsmerghtml 93 Corsi DJ Neuman M Finlay JE Subramanian SV (2012) Demographic and health surveys a profile

International Journal of Epidemiology 41 1602-1613 94 Measure httpwwwmeasuredhscomData 95 UNICEF httpwwwuniceforgstatisticsindex_24302html 96 Smith DL Guerra CA Snow RW Hay SI (2007b) Standardizing estimates of malaria prevalence

Malaria Journal 6 131 97 Brooker S Kolaczinski JH Gitonga CW Noor AM Snow RW (2009) The use of schools for malaria

surveillance and programme evaluation in Africa Malaria Journal 8 231 98 Stevenson JC Stresman GH Gitonga CW Gillig J Owaga C Marube E Odongo W Okoth A China P

Oriango R Brooker SJ Bousema T Drakeley C Cox J (2013) Reliability of school surveys in estimating geographic variation in malaria transmission in the western Kenyan highlands PLoS One 8 e77641

99 De Zulueta J Kafuko GW Cullen JR (1963) An investigation of the annual cycle of malaria in Masaka

district (Uganda) East African Medical Journal 40 469-488 100 Najera JA Shidrawi GR Gibson FD Stafford JS (1967) A large-scale field trial of Malathion as an

insecticide for antimalarial work in Southern Uganda Bulletin of the World Health Organization 36 913-935

30

101 Storey J (1972) A review of malaria work in Sierra Leone 1900 to 1964 West African Medical Journal 27 57-68

102 Gitonga CW Karanja PN Kihara J Mwjame M Juma E Snow RW Noor AM Brooker S (2010)

Implementing school malaria surveys in Kenya towards a nationwide surveillance system Malaria Journal 9 306

103 Gitonga CW Edwards T Karanja PN Noor AM Snow RW Brooker S (2012) Plasmodium infection

anaemia and mosquito net use among school children across different settings in Kenya Tropical Medicine amp International Health 17 858ndash870

104 Houngbedji CA N Dri PB Huumlrlimann E Yapi RB Silueacute KD Soro G Koudou BG Acka CA Assi S

Vounatsou P N Goran EK Fantodji A Utzinger J Raso G (2015) Disparities of Plasmodium falciparum infection malaria-related morbidity and access to malaria prevention and treatment among school-aged children a national cross-sectional survey in Cote dIvoire Malaria Journal 14 7

105 Ashton R Kefyalew T Tesfaye G Pullan R Yadeta D Reithinger R Kolaczinski J Brooker S (2010)

School-based surveys of malaria in Oromia Regional State Ethiopia towards a map of malaria risk Federal Ministry of Health Ethiopia

106 Takem EN Affara M Amambua-Ngwa A Okebe J Ceesay SJ Jawara M Oriero E Nwakanma D

Pinder M Clifford C Taal M Sowe M Suso P Mendy A Mbaye A Drakeley C DAlessandro U (2013) Detecting foci of malaria transmission with school surveys A pilot study in The Gambia PLoS One 8 e67108

107 Clarke SE Roschnik N Rouhani S Diarra S Bamadio M Sacko M Traore D Ly AB Gaye O Sembene

M Fall FB (2012) Malaria in school children under a new policy of universal coverage of nets Recent data from Mali and Senegal American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 Supplement 5 abstract 1466

108 Kabatereine NB Standley CJ Sousa-Fugueiredo JC Fleming RM Stothard JR Talisuna A Fenwick A

(2011) Integrated prevalence mapping of schistosomiasis soil-transmitted helminthiasis and malaria in lakeside and island communities in Lake Victoria Uganda Parasites amp Vectors 4 232

109 Emerson PM Ngondi J Biru E Graves PM Ejigsemahu Y Gebre T Endeshaw T Genet A Mosher

AW Zerihun M Messele A Richards FO (2008) Integrating an NTD with one of lsquolsquoThe Big Threersquorsquo Combined malaria and trachoma survey in Amhara Region of Ethiopia PLoS Neglected Tropical Diseases 2 e197

110 Noor AM Alegana VA Patil AP Moloney G Borle M Ahmed F Yousef F Amran J Snow RW (2012)

Mapping the receptivity of malaria risk to plan the future of control in Somalia British Medical Journal Open Access 2 e001160

111 Boyd MF (1949) Malariology A comprehensive review of all aspects of this group of diseases from a

global standpoint Volume II WB Saunders Company Philadelphia and London

31

112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

19

ou les garanties de la veacuterification de la qualiteacute (VQ) des analyses des lames Dans ce cas de figure nous avons en consultation avec les responsables des enquecirctes nationales ducirc faire plusieurs jugements de valeur Par exemple pour les enquecirctes nationales aupregraves des meacutenages au Soudan en Somalie au Malawi et en Angola nous avons choisi dinteacutegrer les preacutevalences dinfection obtenues gracircce aux TDR plutocirct les estimations provenant des analyses des lames de microscopie Par contre pour drsquoautres pays tels que le Kenya et lOuganda nous avions des garanties quant agrave la qualiteacute des analyses des preacutelegravevements sanguins pendant enquecirctes sur les indicateurs du paludisme Il ny a pas de regravegles absolues pour ces deacutecisions A chaque fois que des preuves quant agrave la qualiteacute des analyses des lames nous eacutetaient fournies nous avons deacutecideacute drsquoutiliser celles-ci par rapport aux TDR 53 Geacuteocodage des sites drsquoenquecircte Le geacuteocodage de donneacutees la deacutefinition dune longitude et une latitude deacutecimale pour chaque site denquecircte consistait en une tacircche particuliegraverement exigeante En fonction de leur repreacutesentation spatiale les donneacutees eacutetaient classeacutees en tant que villages communauteacutes ou eacutecoles individuelles ou ensemble de communauteacutes dans une zone deacutefinissable correspondant agrave une zone agrave linteacuterieur dun quadrillage de 5 km ou environ 005 degreacutes deacutecimaux au niveau de leacutequateur Dans la mesure du possible nous avons chercheacute agrave conserver des donneacutees ventileacutees au niveau des villages plutocirct que des donneacutees agrave travers une laquogrande eacutetendueraquo Lorsqursquoil srsquoagissait de donneacutees provenant des communauteacutes deacutepassant un quadrillage de 5 km nous avons consideacutereacute ces derniers comme une reacutesolution spatiale trop faible avec une variance importante possible dans le polygone dinformations agrave exclure lors de lutilisation de la modeacutelisation geacuteostatistique avanceacutee En pratique il srsquoagissait ici drsquoun critegravere difficile agrave veacuterifier eacutetant donneacute que la plupart des rapports denquecircte ne fournissaient pas suffisamment de deacutetails sur la superficie de la zone eacutetudieacutee Une utilisation plus reacutecente des systegravemes de positionnement mondial (GPS) lors de travaux denquecircte permet une reacuteagreacutegation des donneacutees denquecircte aupregraves des meacutenages avec une plus grande preacutecision Crsquoest eacutegalement utile dans le maintien du critegravere du quadrillage de 5 km tout en combinant des grappes de petites tailles deacutechantillon dans lespace Lutilisation du GPS pour enregistrer des longitudes et latitudes a contribueacute de maniegravere appreacuteciable agrave des enquecirctes nationales par sondage sur les meacutenages depuis circa 2007 [142] Cependant dans les enquecirctes deacutemographiques et sanitaires aupregraves des meacutenages geacutereacutes par le programme ICF-MEASURE un processus de deacuteplacement de coordonneacutees GPS est effectueacute de telle sorte que pour les clusters urbains un deacuteplacement est introduit agrave une distance allant jusqursquoagrave tous les 2 km qui influe rarement sur la preacutecision globale de modeacutelisation eacutetant donneacute que ce processus se fait dans le cadre est dans les zones urbaines Pour les clusters ruraux on fait un deacuteplacement jusqursquoagrave 5 km avec 1 de clusters ruraux suppleacutementaires deacuteplaceacutes jusquagrave une distance de 10 km Ici nous avons passeacute en revue tous les clusters ruraux agrave lrsquoaide de Google Earth pour examiner la mesure dans laquelle les clusters ruraux pourraient avoir eacuteteacute deacuteplaceacutes vers des zones inhabiteacutees et repositionneacutes dans les zones peupleacutees les plus proches

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Pour positionner chaque site denquecircte lagrave ougrave les coordonneacutees GPS ne sont pas disponibles nous avons utiliseacute une varieacuteteacute de ressources numeacuteriques parmi lesquels les plus utiles eacutetaient Encyclopeacutedie Microsoft Encarta (Microsoft 2004) et Google Earth (Google 2009) Drsquoautres sources drsquoarchives numeacuteriques de noms de lieux couramment utiliseacutes sont entre autres le serveur de noms de lieux de la National Geospatial-Intelligence Agency GEOnet Eacutetats-Unis [143] Falling Rain Genomicsrsquo Global Gazetteer [144] Alexandria Digital Library de lUniversiteacute de Californie Eacutetats-Unis [145] African Data Sampler [146] MapCarta [147] Maplandia [148] Global geodatabase-cities [149] Open Street Map [150] VMAP0 [151] et IslamicFinder [152] A travers lAfrique il existe un certain nombre de reacutepertoire toponymique numeacuteriques nationaux pour les lieux habiteacutes les eacutetablissements sanitaires ou les eacutecoles Ce type de reacutepertoires accroicirct en nombre en preacutecision et en couverture Nous les avons obtenus sur demande aupregraves des bureaux nationaux de recensement des ministegraveres de leacuteducation et de la santeacute et des ONG partenaires Cela srsquoest aveacutereacute un outil preacutecieux dans la localisation des communauteacutes au Burkina Faso au Kenya en Gambie au Mozambique agrave Madagascar en Somalie au Malawi en Mauritanie au Ghana au Niger en Namibie au Seacuteneacutegal en Somalie en Afrique du Sud en Tanzanie en Ouganda en Zambie et agrave Zanzibar Bien que nous tentons drsquoutiliser des nomenclatures types et des strateacutegies uniques de nommage dans les reacutepertoires toponymiques numeacuteriques [153] il est difficile drsquoatteindre cela au niveau national ougrave les orthographes changement en fonction des auteurs au fil du temps et ougrave les mecircmes noms de lieux sont reacutepliqueacutees agrave travers un pays En tant que tel lors de lextraction de donneacutees chaque point de donneacutees a eacuteteacute enregistreacute avec autant drsquoinformations geacuteographiques que possible issues de la source Crsquoest bien ces informations qui ont eacuteteacute utiliseacutees au cours du geacuteo-positionnement par exemple pour veacuterifier que le geacuteocodage permettait de cadrer les sites denquecirctes dans les uniteacutes administratives deacutecrites dans le rapport ou qursquoil correspondait agrave dautres deacutetails dans le rapport sur la distance vis-agrave-vis des riviegraveres ou les villes lorsque cela eacutetait afficheacutees sur Google Earth Bien quen theacuteorie les coordonneacutees GPS doivent repreacutesenter une localisation spatiale sans ambiguiumlteacute il fallait une veacuterification rigoureuse pour veiller agrave ce que les sites denquecirctes correspondent aux coordonneacutees GPS Comme drsquohabitude nous avons donc reveacuterifieacute toutes les donneacutees GPS de toutes les sources en utilisant les noms de lieux et ou Google Earth pour assurer que les coordonneacutees se situaient dans les communauteacutes Toutes les coordonneacutees ont eacuteteacute soumises agrave un controcircle final agrave laide de la base de donneacutees spatiale des frontiegraveres administratives de second niveau deacuteveloppeacutees et reacuteviseacutee en 2008 par lOrganisation pour lalimentation et lagriculture (FAO) des Nations Unies [154] Loutil de seacutelection spatiale ArcGIS 101 (ESRI USA) a eacuteteacute utiliseacute pour veacuterifier que les points du long du littoral eacutetaient situeacutes sur des terrains tels que deacutefinis par GAUL 2008 La base de donneacutees de Global Lakes and Wetlands (GLWD) deacuteveloppeacutee par le Fonds mondial pour la nature [155] a eacuteteacute utiliseacute pour srsquoassurer que les points inteacuterieurs eacutetaient positionneacutes sur la terre ferme et non pas sur des plans deau Nous cherchions par-lagrave agrave identifier les coordonneacutees qui se trouvaient leacutegegraverement au large des cocirctes sur les affluents ou dans les uniteacutes administratives incorrectes chaque anomalie a eacuteteacute reveacuterifieacutee et repositionneacutee agrave laide de petits changements et avec Google Earth

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54 Deacutefinition des frontiegraveres nationales A la fin de la Seconde Guerre mondiale en 1945 presque tous les pays en Afrique eacutetaient soumis agrave la domination ou agrave lrsquoadministration coloniale Chaque pays sur le continent africain est aujourdhui indeacutependant mecircme si quelques icircles restent sous administration europeacuteenne (la Reacuteunion et Mayotte) Il existe actuellement 55 Etats indeacutependants dont 53 sont membres de lUnion africaine Tout au long de ce rapport nous utilisons les noms et les frontiegraveres des Eacutetats-nations en Afrique et les frontiegraveres actuelles plutocirct que la nomenclature preacute-indeacutependance Tout au long de ce rapport nous avons utiliseacute lrsquooutil numeacuterique de traitement de frontiegraveres parraineacute par lrsquoONU [156] En tant que tel nous traitons le Soudan du Sud en tant qursquoentiteacute diffeacuterente de la Reacutepublique du Soudan et lEacuterythreacutee diffeacuterente de lEthiopie Il y a beaucoup de zones litigieuses en Afrique revendiqueacutees par diffeacuterents pays voisins et qui restent en suspens [157] Pour les besoins de notre travail nous avons traiteacute le Triangle drsquoIlemi en tant que partie inteacutegrante de la reacutegion de Turkana du Kenya Nous avons consideacutereacute Walvis Bay en Namibie comme faisant toujours partie de la Namibie en deacutepit du fait que ce territoire fait partie de lrsquoAfrique du Sud depuis de nombreuses anneacutees suivant lindeacutependance de la Namibie en 1990 Deux petits territoires au sein du Royaume du Maroc continuent decirctre occupeacutes par lEspagne dans le Nord-Ouest (Ceuta) et dans le Nord-Est (Melilla) sur le littoral meacutediterraneacuteen Cependant nous avons consideacutereacutes ces territoires comme faisant partie du Royaume du Maroc se rapprochant de son eacutetendue ottomane avant 1912 Nous traitons la peacuteninsule du Sinaiuml en tant que partie permanente de la Reacutepublique arabe dEgypte Sans faire de jugements politiques nous avons consideacutereacute la reacutegion drsquoAbeyi comme faisant partie inteacutegrante de la Reacutepublique du Soudan cependant dans la cartographie des produits nationaux les deux pays prennent en compte cette reacutegion Nous avons traiteacute le Triangle Halaib sur la frontiegravere soudano-eacutegyptienne comme faisant partie du Soudan bien que depuis 2010 lrsquoEacutegypte controcircle cette zone en tant que partie inteacutegrante de son Etat de la Mer Rouge La reacutegion de Bakassi territoire frontalier contesteacute sur la cocircte atlantique entre le Nigeria et le Cameroun a eacuteteacute traiteacute comme faisant partie du Nigeria en deacutepit de la mise en œuvre finale des accords qui ont accordeacute cette reacutegion agrave ladministration camerounaise en 2014 Les groupes insulaires de Bioko Annobin et Zanzibar sont traiteacutees seacutepareacutement de la partie continentale de Guineacutee eacutequatoriale et de Tanzanie respectivement Ces groupes insulaires ont toujours eu diffeacuterents plans de lutte antipaludique et des ambitions drsquoeacutelimination diffeacuterentes de ceux de leurs homologues du continent 55 Normalisation selon lacircge Lorsque lacircge nrsquoeacutetait pas preacuteciseacute dans le rapport de chaque enquecircte mais que le rapport preacutecisait que lrsquoensemble du village ou drsquoenfants de leacutecole primaire eacutetaient examineacutes nous avons supposeacute que les tranches dacircge agrave 0-99 ans ou 5-14 ans respectivement Il y avait une grande diversiteacute dans les tranches dacircge des populations eacutechantillonneacutees entre les eacutetudes Pour faire des comparaisons significatives dans le temps et lespace une seule tranche dacircge normaliseacute est neacutecessaire Il est possible drsquoeffectuer des ajustements dun acircge normaliseacute pour le Plasmodium falciparum gracircce agrave lobservation et agrave la theacuteorie des maladies infectieuses lagrave ougrave limmuniteacute est acquise apregraves une exposition reacutepeacuteteacutee de la naissance Nous avons adapteacute des modegraveles de

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conversion catalytique de Muench (dabord utiliseacute dans le paludisme par Pull amp Grab dans les anneacutees 1970 [158]) en eacutequations statiques en R-script qui utilise les gammes infeacuterieure et supeacuterieure deacutechantillon et la preacutevalence globale pour se transformer en une estimation preacutevues chez les enfants acircgeacutes de 2-10 ans PfPR2-10 [96] 56 Limitations dues agrave la taille de leacutechantillon La taille de leacutechantillon est inversement proportionnelle agrave la preacutevalence ougrave agrave faible taille des eacutechantillons les biais dans les estimations de la preacutevalence sont introduits en fonction de la preacutevalence reacuteelle de la population se traduisant deacutecarts-types relativement eacuteleveacutes [159] Il existe un seuil critique entre 10 et 20 individus eacutechantillonneacutes en dessous duquel les eacutecarts-types augmentent de faccedilon exponentielle dans la plupart des enquecirctes sur les infections parasitaires et la courbe commence agrave aplatir agrave partir drsquoune taille denviron 50 eacutechantillons et atteint une asymptote agrave environ 100 [160] La taille des eacutechantillons denquecircte individuels est eacutegalement importante dans le calcul des correacutelations avec les variables dendeacutemiciteacute pour veacuterifier les associations plausibles entre par exemple des preacutecipitations et la preacutevalence Au cours de seacutelection des co-variables de petits eacutechantillons impreacutecis peuvent conduire agrave loverfitting Nous avons chercheacute agrave combiner les communauteacutes agrave proximiteacute ougrave tout village comptait moins de 10 personnes eacutechantillonneacutees et ougrave les communauteacutes se situaient agrave moins de 5 km lrsquoun de lautre eacutechantillonneacutes exactement au mecircme moment par les mecircmes enquecircteurs 6 Partage et accegraves aux donneacutees Les donneacutees recueillies pour cette eacutetude font partie dune initiative plus large visant agrave aider les gouvernements nationaux en mettant agrave leur disposition des plateformes de donneacutees probantes pour les aider agrave concevoir des projets de lutte antipaludique gracircce au concours du projet INFORM [131161] soutenu par le Deacutepartement pour le deacuteveloppement international Royaume-Uni et le Wellcome Trust Les donneacutees geacuteocodeacutees sur la preacutevalence parasitaire issues des donneacutees archiveacutees publieacutees et ineacutedites donneacutees et rassembleacutees en bases de donneacutees soigneusement conserveacutees doivent ecirctre prise en charge et geacutereacutees par les services de lutte contre le paludisme au sein des ministegraveres nationaux de la santeacute Les donneacutees provenant des recherches nationales et des enquecirctes meneacutees par les ministegraveres de la santeacute sont la proprieacuteteacute des gouvernements nationaux Le plus souvent la plupart des ministegraveres de la santeacute nont pas accegraves agrave la gamme complegravete des donneacutees sur le paludisme pourtant potentiellement disponibles dans leur propre pays Le but est donc de se servir du projet INFORM pour bacirctir une appropriation des donneacutees nationales sur le paludisme et mettre toutes les donneacutees recueillies agrave la disposition des ministegraveres de la santeacute agrave travers lAfrique et aux conseillers techniques reacutegionaux de lOrganisation mondiale de la santeacute A ce titre ces gouvernements nationaux deviendront les gardiens de leurs propres donneacutees nationales et pleinement responsables de leur distribution aux scientifiques nationaux reacutegionaux et internationaux ainsi qursquoaux partenaires de controcircle

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7 Reacutefeacuterences 1 Snow RW (2014) Sixty years trying to define the malaria burden in Africa have we made any progress

BMC Medicine 12 227 2 Noor AM Kinyoki DK Mundia CW Kabaria CW Wambua JM Alegana VA Fall IS Snow RW (2014) The

changing risk of Plasmodium falciparum malaria infection in Africa 2000ndash10 a spatial and temporal analysis of transmission intensity Lancet 383 1739-1747

3 Snow RW Marsh K le Sueur D (1996) The need for maps of transmission intensity to guide malaria

control in Africa Parasitology Today 12 455ndash457 4 MARAARMA (1998) Towards an atlas of malaria risk in Africa First technical report of the

MARAARMA collaboration Durban South Africa httpsidl-bncidrccadspacebitstream10625316441114833pdf

5 Le Sueur D Binka F Lengeler C de Savigny D Teuscher T Toure Y Snow RW (1997) An atlas of malaria in

Africa Africa Health 19 23-24 6 Trape JF amp Rogier C (1996) Combating Malaria morbidity and mortality by reducing transmission

Parasitology Today 12 236-240 7 Snow RW Omumbo JA Lowe B Molyneux SM Obiero JO Palmer A Weber MW Pinder M Nahlen B

Obonyo C Newbold C Gupta S Marsh K (1997) Relation between severe malaria morbidity in children and level of Plasmodium falciparum transmission in Africa Lancet 349 1650-1654

8 Ghani AC Sutherland CJ Riley EM Drakeley CJ Griffin JT Gosling RD Filipe JAN (2009) Loss of

population levels of immunity to malaria as a result of exposure reducing interventions consequences for interpretation of disease trends PLoS One 4 e4383

9 Okiro EA Al-Taiar A Reyburn H Idro R Berkley J Nokes DJ Snow RW (2009) Age patterns of severe

paediatric malaria and their relationship to Plasmodium falciparum transmission intensity Malaria Journal 8 4

10 Carneiro I Roca-Feltrer A Griffin JT Smith L Tanner M Armstrong Schellenberg J Greenwood BM

Schellenberg D (2010) Age-patterns of malaria vary with severity transmission intensity and seasonality in sub-Saharan Africa A systematic review and pooled analysis PLoS One 5 e8988

11 Griffin JT Hollingsworth TD Reyburn H Drakeley CJ Riley EM Ghani AC (2014) Gradual acquisition of

immunity to severe malaria with increasing exposure Proceedings of the Royal Society B 282 20142657

12 Snow RW (2015) Global malaria eradication and the importance of Plasmodium falciparum

epidemiology in Africa BMC Medicine 13 23

24

13 Smith T Maire N Ross A Penny M Chitnis N Schapira A Studer A Genton B Lengeler C Tediosi F de Savigny D Tanner M (2008) Towards a comprehensive simulation model of malaria epidemiology and control Parasitology 135 1507ndash1516

14 Smith DL Noor AM Hay SI Snow RW (2009) Predicting changing malaria risk after expanded

insecticide treated net coverage in Africa Trends in Parasitology 25 511ndash516 15 Griffin JT Hollingsworth D Okell LC Churcher TS White M Hinsley W Bousema T Drakeley CJ

Ferguson NM Basanez MG Ghani AC (2010) Reducing Plasmodium falciparum malaria transmission in Africa a model based evaluation of intervention strategies PLoS Medicine 7 e1000324

16 Chitnis N Schapira A Smith T Steketee R (2010) Comparing the effectiveness of malaria vector-

control interventions through a mathematical model American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 83 230ndash240

17 World Health Organization (2014) From malaria control to malaria elimination a manual for

Elimination Scenario Planning Global Malaria Programme World Health Organization Geneva April 2014

18 Gerardin J Eckhoff P Wenger EA (2015) Mass campaigns with antimalarial drugs a modelling

comparison of artemether-lumefantrine and DHA-piperaquine with and without primaquine as tools for malaria control and elimination BMC Infectious Diseases 15 144

19 Okell LC Drakeley CJ Bousema T Whitty CJM Ghani AC (2008) Modelling the impact of artemisinin

combination therapy and long-acting treatments on malaria transmission intensity PLoS Medicine 5 e226

20 Guyatt HL amp Snow RW (2001) Malaria in pregnancy as an indirect cause of infant mortality in sub-Saharan

Africa Transactions of Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 95 569-576 21 Desai M ter Kuile FO Nosten F McGready R Asamoa K Brabin B Newman R (2007) Epidemiology

and burden of malaria in pregnancy Lancet Infectious Diseases 7 93ndash104 22 van Eijk A Hill J Alegana VA Kirui V Gething PW ter Kuile F Snow RW (2011) Coverage of malaria

protection in pregnant women in sub-Saharan Africa a synthesis and analysis of national survey data Lancet Infectious Diseases 11 190-207

23 MPAC (2012) wwwwhointmalariampacsep2012mpac_mip_erg_sep2012pdf 24 MPAC (2013) wwwwhointmalariampacmpac_sep13_erg_ipt_malaria_pregnancy_reportpdf 25 Meremikwu MM Donegan S Sinclair D Esu E Oringanje C (2012) Intermittent preventive

treatment for malaria in children living in areas with seasonal transmission Cochrane Database Systematic Reviews 2 CD003756

26 Cairns M Roca-Feltrer A Garske T Wilson AL Diallo D Milligan PJ Ghani AC Greenwood BM (2012)

Estimating the potential public health impact of seasonal malaria chemoprevention in African children Nature Communications 3 881

25

27 Noor AM Kibuchi E Mitto B Coulibaly D Doumbo OK Snow RW (2015) A spatial decision support

framework for sub-national targeting of seasonal malaria chemoprevention in the Sahel Under review

28 Smith DL McKenzie FE Snow RW Hay SI (2007a) Revisiting the basic reproductive number for

malaria and its implications for malaria control PLoS Biology 5 e42 29 Hay SI Smith DL Snow RW (2008) Measuring malaria endemicity from intense to interrupted

transmission Lancet Infectious Diseases 8 369-378 30 Moonen B Cohen JM Snow RW Slutsker L Drakeley C Smith DL Abeyasinghe R Rodriguez Loacutepez

MH Maharaj R Tanner M Targett G (2010) Operational strategies to achieve and maintain malaria elimination Lancet 376 1592-1603

31 World Health Organization (2012a) Disease surveillance for malaria control Operational manual

WHO Geneva 32 World Health Organization (2012b) Disease surveillance for malaria elimination Operational manual

WHO Geneva 33 Cohen JM Moonen B Snow RW Smith DL (2010) How absolute is zero An evaluation of historical

and current definitions of malaria elimination Malaria Journal 9 213 34 Molineaux L Muir DA Spencer HC Wernsdorfer WH (1988) The epidemiology of malaria and its

measurement Malaria Principles and Practice of Malariology W Wernsdorfer and I McGregor London Churchill Livingstone 2 999-1089

35 Tusting LS Bousema T Smith DL Drakeley C (2014) Measuring changes in Plasmodium falciparum

transmission precision accuracy and costs of metrics Advances in Parasitology 84 151-208 36 Metselaar D amp van Thiel PH (1959) Classification of malaria Tropical Geographic Medicine 11 157ndash

161 37 Macdonald G amp Goumleckel GW (1964) The malaria parasite rate and interruption of transmission

Bulletin of World Health Organization 31 365ndash377 38 Lysenko AJ amp Semashko IN (1968) Geography of malaria A medico-geographic profile of an ancient

disease In Lebedew AW ed Itogi Nauki Medicinskaja Geografija Moscow USSR Academy of Sciences pp 25ndash146

39 Macdonald G (1957) The epidemiology and control of malaria Oxford University Press 40 Pampana E (1969) A textbook on malaria eradication Oxford Oxford University Press 41 Pull JH (1972) Malaria surveillance methods their uses and limitations American Journal of Tropical

Medicine amp Hygiene 21 651-657

26

42 World Health Organization (1950) Report on the malaria conference in equatorial Africa Held under the joint auspices of the World Health Organization and of the commission for technical co-operation in Africa south of the Sahara Kampala Uganda 27 Novemberndash9 December 1950

43 Yekutiel P (1960) Problems of epidemiology in malaria eradication Bulletin of the World Health

Organization 22 669-683 44 Macdonald G (1952) The analysis of equilibrium in malaria Tropical Diseases Bulletin 49 813-1129 45 Hay SI Guerra CA Gething PW Patil AP Tatem AJ Noor AM Kabaria CW Manh BH Elyazar IRF

Brooker S Smith DL Moyeed RA Snow RW (2009) A world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2007 PLoS Medicine 6 e1000048

46 Gething PW Patil AP Smith DL Guerra CA Elyazar IRF Johnston GL Tatem AJ Hay SI (2011) A new

world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2010 Malaria Journal 10 378 47 Snow RW Amratia P Kabaria CW Noor AM Marsh K (2012) The changing limits and incidence of

malaria in Africa 1939-2009 Advances in Parasitology 78 169-262 48 Black RH (1968) Manual of epidemiology and epidemiological services in malaria programmes World

Health Organization Geneva 49 Ray AP amp Beljaev AE (1984) Epidemiological surveillance a tool for assessment of malaria and its

control Journal of Communicable Disease 16 197ndash207 50 Omumbo JA Noor AM Fall IS Snow RW (2013) How well are malaria maps used to design and

finance malaria control in Africa PLoS One 8 e53198 51 Alegana VA Atkinson PM Wright JA Kamwi R Kakokele S Snow RW Noor AM (2013) Estimation of

malaria incidence in northern Namibia in 2009 using Bayesian Conditional-Autoregressive Spatial-Temporal Models Spatial amp Spatial Temporal Epidemiology 7 25-36

52 Bennett A Yukich J Miller JM Vounatsou P Hamainza B Ingwe MI Moonga HB Kamuliwo M Keating

J Smith TA Steketee RW Eisele TP (2014) A methodological framework for the improved use of routine health system data to evaluate national malaria control programs evidence from Zambia Population amp Health Metrics 12 30

53 Moonasar D Morris N Kleinschmidt I Maharaj R Raman J Mayet NT Benson FG Durrheim DN

Blumberg L (2013) What will move malaria control to elimination in South Africa South African Medical Journal 103 (10 Suppl 2) 801-806

54 Cohen JM Dlamini S Novotny JM Kandula D Kunene S Tatem AJ (2013) Rapid case-based mapping

of seasonal malaria transmission risk for strategic elimination planning in Swaziland Malaria Journal 12 61

55 Zanzibar Malaria Control Programme (2011) Zanzibar Malaria Performance Review September 2011

ZMCP Ministry of Health Revolutionary Government of Zanzibar

27

56 Ministry of Health [Cape Verde] World Health Organization and the University of California San Francisco (2012) Eliminating malaria Moving towards sustainable elimination in Cape Verde Geneva The World Health Organization httpappswhointirisbitstream106657584919789241504386_engpdfua=1

57 Littrell M Sow GD Ngom A Ba M Mboup BM Dieye Y Mutombo B Earle D Steketee RW (2013)

Case investigation and reactive case detection for malaria elimination in northern Senegal Malaria Journal 12 331

58 Thiroux D A amp DAnfreville D L (1908) Le paludisme au Seacuteneacutegal pendant les anneacutees 1905-1906

Gouvernement General de lAfrique Occidentale Francaise Laboratorie de bacteriologie de Saint-Louis Published Libraire JB Bailliere et Fils Paris 1908

59 Government General de LAlgeacuterie (1908) Campagne Antipaludique de 1908 unpublished document

available in Wellcome Library Euston Road London UK FX134AA9 60 Government of Gold Coast (1914) Medical amp Sanitary Report for the year 1913 Waterlow amp Sons

London 61 Mansfield-Aders W (1927) Notes on malaria and filariasis in the Zanzibar Protectorate Transactions

of the Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 30 207-214 62 Colony of Mauritius (1923-1925) Annual Reports on the Medical and Health Department 63 Swaroop S Gilroy AB Uemura K (1966) Statistical methods in malaria eradication Monograph Series

of World Health Organization 51 164 64 Barber MA amp Rice JB (1937) A survey of malaria in Egypt American Journal of Tropical Medicine amp

Hygiene 17 413-436 65 De Meira MT Simotildees TS Pinto Nogueira JF (1948) Observaccedilotildees sobre sezonismo nas ilhas do Sal Boa

Vista e S Nicolau (Cabo Verde) Anais do Instituto de Medicina Tropical 3 213-237 66 Young MD amp Johnson TH (1949) A malaria survey of Liberia Journal of National Malaria Society 8

247-266 67 De Meillon B (1951) Malaria survey of South-West Africa Bulletin of the World Health Organization

4 333ndash417 68 Houel G amp Donadille F (1953) Vingt ans de lutte antipaludique au Maroc Bulletin de lrsquoInstitut

drsquoHygiene du Maroc 13 3-51 69 Soeiro A (1952) O sezonismo em Moccedilambique contribuiccedilatildeo para o estudo epidemioloacutegico Anais do

Instituto de Medicina Tropical 9 343-389 70 Soeiro A (1959) Relactoacuterio da actividade do Instituto de Investigaccedilatildeo Meacutedica de Moccedilambique em

1958 e plano de trabalhos para o ano de 1960 Anais Intstituto de Higiene e Medicina Tropical 16 573-611

28

71 Bernard PM (1954) Trois ans de lutte antipaludique agrave Madagascar Bulletin de Madagascar

Publication Mensuelle du Service General Drsquoinformation du Haut-Commissariat no 96 72 Cambournac FJC Gandara AF Pena AJ Teixeira EWLG (1955) Subsidios para o inquerito malariologico

em Angola Anais do Instituto de Medicina Tropical 12 121-153 73 Anon (1954) Campagne antipaludique au Dahomey Map found in Benin box in WHO Archives

Geneva August 2012 74 Languillon J (1957) Carte eacutepideacutemiologique du paludisme au Cameroun Bulletin de la Socieacuteteacute de

Pathologie Exotique 50 585 - 600 75 Alves W (1958) Malaria parasite rates in Southern Rhodesia May-September 1956 Bulletin of the

World Health Organization 19 69-74 76 Lariviere M Hocquet P Abonnenc E (1961) Reacutesultats drsquoune enquecircte palustre dans la reacutepublique du

Seacuteneacutegal Indices plasmodiques chez les enfants en milieu rural Bulletin de la Socieacuteteacute Meacutedicale drsquoAfrique Noire de Langue Franccedilaise 6 386-403

77 Wernsdorfer G amp Wernsdorfer W (1967) Malaria in the middle Nile basin and its bordering regions Z

Tropenmed Parasitol 18 17-44 78 Rishikesh N amp Fahmy Y (1961) Quarterly report April-June 1961 Republic of Somalia pre-eradication

survey World Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 79 Rishikesh N Payne D Fahmy Y (1961) Quarterly report for the period January-March 1961 World

Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 80 Bechuanaland Protectorate (1958-1963) Annual Medical and Sanitary Reports for the Protectorate for

the years 1958-1963 Government Printers Gaborone 81 Craig MH Sharp BL Mabaso MLH Kleinschmidt I (2007) Developing a spatial-statistical model and

map of historical malaria prevalence in Botswana using a staged variable selection procedure International Journal of Health Geographics 6 44

82 Cano VI (1971) Deacuteveloppement des services de santeacute de base (Paludisme) World Health

Organization AFRMAL112 83 Barbie Y amp Timbila R (1964) Notes sur le paludisme en Reacutepublique Islamique de Mauritanie Medicine

Tropicale 24 427-435 84 Khromov A amp Privault R (1965) Programme du pre-eradication du paludisme Rapport trimestriel 4th

trimestre 1965 (Sep-Oct-Nov) WHO Mauritanie World Health Organization Unpublished document WHO Archives Geneva

85 Beltran O (1966) Malaria pre-eradication project Sierra Leone-19 fourth quarterly field report

October - December 1966 Government of Sierra Leone amp World Health Organization

29

86 Guy Y amp Gassabi R (1967) Les perspectives de leacuteradication du paludisme en Algeacuterie Archives de

LInstitut Pastuer DAlgerie 45 72-88 87 Chand D Garzen JB Bahar R Rishikesh N (1964) Malaria Eradication Service Ethiopia 14 (c) Quarterly

Report 1 October to 31 December 1964 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

88 Chand D Garzon JB Bahar R Rishiskesh N (1965) Quarterly report covering period 1 October to 31

December 1964 Project Ethiopia 0014 dated 9th february 1965 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

89 Onori E (1967) Distribution of Plasmodium ovale in the Eastern Western and Northern regions of

Uganda Bulletin of the World Health Organization 37 665-668 90 Wenlock (1978) The incidence of Plasmodium parasites in rural Zambia East African Medical Journal

55 268-276 91 Escudie A amp Hamon J (1961) Paludisme en Afrique Occidentale dexpression Franccedilaise Medicine

Tropicale 21 661-687 92 RBM-MERG - httpwwwrbmwhointmechanismsmerghtml 93 Corsi DJ Neuman M Finlay JE Subramanian SV (2012) Demographic and health surveys a profile

International Journal of Epidemiology 41 1602-1613 94 Measure httpwwwmeasuredhscomData 95 UNICEF httpwwwuniceforgstatisticsindex_24302html 96 Smith DL Guerra CA Snow RW Hay SI (2007b) Standardizing estimates of malaria prevalence

Malaria Journal 6 131 97 Brooker S Kolaczinski JH Gitonga CW Noor AM Snow RW (2009) The use of schools for malaria

surveillance and programme evaluation in Africa Malaria Journal 8 231 98 Stevenson JC Stresman GH Gitonga CW Gillig J Owaga C Marube E Odongo W Okoth A China P

Oriango R Brooker SJ Bousema T Drakeley C Cox J (2013) Reliability of school surveys in estimating geographic variation in malaria transmission in the western Kenyan highlands PLoS One 8 e77641

99 De Zulueta J Kafuko GW Cullen JR (1963) An investigation of the annual cycle of malaria in Masaka

district (Uganda) East African Medical Journal 40 469-488 100 Najera JA Shidrawi GR Gibson FD Stafford JS (1967) A large-scale field trial of Malathion as an

insecticide for antimalarial work in Southern Uganda Bulletin of the World Health Organization 36 913-935

30

101 Storey J (1972) A review of malaria work in Sierra Leone 1900 to 1964 West African Medical Journal 27 57-68

102 Gitonga CW Karanja PN Kihara J Mwjame M Juma E Snow RW Noor AM Brooker S (2010)

Implementing school malaria surveys in Kenya towards a nationwide surveillance system Malaria Journal 9 306

103 Gitonga CW Edwards T Karanja PN Noor AM Snow RW Brooker S (2012) Plasmodium infection

anaemia and mosquito net use among school children across different settings in Kenya Tropical Medicine amp International Health 17 858ndash870

104 Houngbedji CA N Dri PB Huumlrlimann E Yapi RB Silueacute KD Soro G Koudou BG Acka CA Assi S

Vounatsou P N Goran EK Fantodji A Utzinger J Raso G (2015) Disparities of Plasmodium falciparum infection malaria-related morbidity and access to malaria prevention and treatment among school-aged children a national cross-sectional survey in Cote dIvoire Malaria Journal 14 7

105 Ashton R Kefyalew T Tesfaye G Pullan R Yadeta D Reithinger R Kolaczinski J Brooker S (2010)

School-based surveys of malaria in Oromia Regional State Ethiopia towards a map of malaria risk Federal Ministry of Health Ethiopia

106 Takem EN Affara M Amambua-Ngwa A Okebe J Ceesay SJ Jawara M Oriero E Nwakanma D

Pinder M Clifford C Taal M Sowe M Suso P Mendy A Mbaye A Drakeley C DAlessandro U (2013) Detecting foci of malaria transmission with school surveys A pilot study in The Gambia PLoS One 8 e67108

107 Clarke SE Roschnik N Rouhani S Diarra S Bamadio M Sacko M Traore D Ly AB Gaye O Sembene

M Fall FB (2012) Malaria in school children under a new policy of universal coverage of nets Recent data from Mali and Senegal American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 Supplement 5 abstract 1466

108 Kabatereine NB Standley CJ Sousa-Fugueiredo JC Fleming RM Stothard JR Talisuna A Fenwick A

(2011) Integrated prevalence mapping of schistosomiasis soil-transmitted helminthiasis and malaria in lakeside and island communities in Lake Victoria Uganda Parasites amp Vectors 4 232

109 Emerson PM Ngondi J Biru E Graves PM Ejigsemahu Y Gebre T Endeshaw T Genet A Mosher

AW Zerihun M Messele A Richards FO (2008) Integrating an NTD with one of lsquolsquoThe Big Threersquorsquo Combined malaria and trachoma survey in Amhara Region of Ethiopia PLoS Neglected Tropical Diseases 2 e197

110 Noor AM Alegana VA Patil AP Moloney G Borle M Ahmed F Yousef F Amran J Snow RW (2012)

Mapping the receptivity of malaria risk to plan the future of control in Somalia British Medical Journal Open Access 2 e001160

111 Boyd MF (1949) Malariology A comprehensive review of all aspects of this group of diseases from a

global standpoint Volume II WB Saunders Company Philadelphia and London

31

112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

20

Pour positionner chaque site denquecircte lagrave ougrave les coordonneacutees GPS ne sont pas disponibles nous avons utiliseacute une varieacuteteacute de ressources numeacuteriques parmi lesquels les plus utiles eacutetaient Encyclopeacutedie Microsoft Encarta (Microsoft 2004) et Google Earth (Google 2009) Drsquoautres sources drsquoarchives numeacuteriques de noms de lieux couramment utiliseacutes sont entre autres le serveur de noms de lieux de la National Geospatial-Intelligence Agency GEOnet Eacutetats-Unis [143] Falling Rain Genomicsrsquo Global Gazetteer [144] Alexandria Digital Library de lUniversiteacute de Californie Eacutetats-Unis [145] African Data Sampler [146] MapCarta [147] Maplandia [148] Global geodatabase-cities [149] Open Street Map [150] VMAP0 [151] et IslamicFinder [152] A travers lAfrique il existe un certain nombre de reacutepertoire toponymique numeacuteriques nationaux pour les lieux habiteacutes les eacutetablissements sanitaires ou les eacutecoles Ce type de reacutepertoires accroicirct en nombre en preacutecision et en couverture Nous les avons obtenus sur demande aupregraves des bureaux nationaux de recensement des ministegraveres de leacuteducation et de la santeacute et des ONG partenaires Cela srsquoest aveacutereacute un outil preacutecieux dans la localisation des communauteacutes au Burkina Faso au Kenya en Gambie au Mozambique agrave Madagascar en Somalie au Malawi en Mauritanie au Ghana au Niger en Namibie au Seacuteneacutegal en Somalie en Afrique du Sud en Tanzanie en Ouganda en Zambie et agrave Zanzibar Bien que nous tentons drsquoutiliser des nomenclatures types et des strateacutegies uniques de nommage dans les reacutepertoires toponymiques numeacuteriques [153] il est difficile drsquoatteindre cela au niveau national ougrave les orthographes changement en fonction des auteurs au fil du temps et ougrave les mecircmes noms de lieux sont reacutepliqueacutees agrave travers un pays En tant que tel lors de lextraction de donneacutees chaque point de donneacutees a eacuteteacute enregistreacute avec autant drsquoinformations geacuteographiques que possible issues de la source Crsquoest bien ces informations qui ont eacuteteacute utiliseacutees au cours du geacuteo-positionnement par exemple pour veacuterifier que le geacuteocodage permettait de cadrer les sites denquecirctes dans les uniteacutes administratives deacutecrites dans le rapport ou qursquoil correspondait agrave dautres deacutetails dans le rapport sur la distance vis-agrave-vis des riviegraveres ou les villes lorsque cela eacutetait afficheacutees sur Google Earth Bien quen theacuteorie les coordonneacutees GPS doivent repreacutesenter une localisation spatiale sans ambiguiumlteacute il fallait une veacuterification rigoureuse pour veiller agrave ce que les sites denquecirctes correspondent aux coordonneacutees GPS Comme drsquohabitude nous avons donc reveacuterifieacute toutes les donneacutees GPS de toutes les sources en utilisant les noms de lieux et ou Google Earth pour assurer que les coordonneacutees se situaient dans les communauteacutes Toutes les coordonneacutees ont eacuteteacute soumises agrave un controcircle final agrave laide de la base de donneacutees spatiale des frontiegraveres administratives de second niveau deacuteveloppeacutees et reacuteviseacutee en 2008 par lOrganisation pour lalimentation et lagriculture (FAO) des Nations Unies [154] Loutil de seacutelection spatiale ArcGIS 101 (ESRI USA) a eacuteteacute utiliseacute pour veacuterifier que les points du long du littoral eacutetaient situeacutes sur des terrains tels que deacutefinis par GAUL 2008 La base de donneacutees de Global Lakes and Wetlands (GLWD) deacuteveloppeacutee par le Fonds mondial pour la nature [155] a eacuteteacute utiliseacute pour srsquoassurer que les points inteacuterieurs eacutetaient positionneacutes sur la terre ferme et non pas sur des plans deau Nous cherchions par-lagrave agrave identifier les coordonneacutees qui se trouvaient leacutegegraverement au large des cocirctes sur les affluents ou dans les uniteacutes administratives incorrectes chaque anomalie a eacuteteacute reveacuterifieacutee et repositionneacutee agrave laide de petits changements et avec Google Earth

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54 Deacutefinition des frontiegraveres nationales A la fin de la Seconde Guerre mondiale en 1945 presque tous les pays en Afrique eacutetaient soumis agrave la domination ou agrave lrsquoadministration coloniale Chaque pays sur le continent africain est aujourdhui indeacutependant mecircme si quelques icircles restent sous administration europeacuteenne (la Reacuteunion et Mayotte) Il existe actuellement 55 Etats indeacutependants dont 53 sont membres de lUnion africaine Tout au long de ce rapport nous utilisons les noms et les frontiegraveres des Eacutetats-nations en Afrique et les frontiegraveres actuelles plutocirct que la nomenclature preacute-indeacutependance Tout au long de ce rapport nous avons utiliseacute lrsquooutil numeacuterique de traitement de frontiegraveres parraineacute par lrsquoONU [156] En tant que tel nous traitons le Soudan du Sud en tant qursquoentiteacute diffeacuterente de la Reacutepublique du Soudan et lEacuterythreacutee diffeacuterente de lEthiopie Il y a beaucoup de zones litigieuses en Afrique revendiqueacutees par diffeacuterents pays voisins et qui restent en suspens [157] Pour les besoins de notre travail nous avons traiteacute le Triangle drsquoIlemi en tant que partie inteacutegrante de la reacutegion de Turkana du Kenya Nous avons consideacutereacute Walvis Bay en Namibie comme faisant toujours partie de la Namibie en deacutepit du fait que ce territoire fait partie de lrsquoAfrique du Sud depuis de nombreuses anneacutees suivant lindeacutependance de la Namibie en 1990 Deux petits territoires au sein du Royaume du Maroc continuent decirctre occupeacutes par lEspagne dans le Nord-Ouest (Ceuta) et dans le Nord-Est (Melilla) sur le littoral meacutediterraneacuteen Cependant nous avons consideacutereacutes ces territoires comme faisant partie du Royaume du Maroc se rapprochant de son eacutetendue ottomane avant 1912 Nous traitons la peacuteninsule du Sinaiuml en tant que partie permanente de la Reacutepublique arabe dEgypte Sans faire de jugements politiques nous avons consideacutereacute la reacutegion drsquoAbeyi comme faisant partie inteacutegrante de la Reacutepublique du Soudan cependant dans la cartographie des produits nationaux les deux pays prennent en compte cette reacutegion Nous avons traiteacute le Triangle Halaib sur la frontiegravere soudano-eacutegyptienne comme faisant partie du Soudan bien que depuis 2010 lrsquoEacutegypte controcircle cette zone en tant que partie inteacutegrante de son Etat de la Mer Rouge La reacutegion de Bakassi territoire frontalier contesteacute sur la cocircte atlantique entre le Nigeria et le Cameroun a eacuteteacute traiteacute comme faisant partie du Nigeria en deacutepit de la mise en œuvre finale des accords qui ont accordeacute cette reacutegion agrave ladministration camerounaise en 2014 Les groupes insulaires de Bioko Annobin et Zanzibar sont traiteacutees seacutepareacutement de la partie continentale de Guineacutee eacutequatoriale et de Tanzanie respectivement Ces groupes insulaires ont toujours eu diffeacuterents plans de lutte antipaludique et des ambitions drsquoeacutelimination diffeacuterentes de ceux de leurs homologues du continent 55 Normalisation selon lacircge Lorsque lacircge nrsquoeacutetait pas preacuteciseacute dans le rapport de chaque enquecircte mais que le rapport preacutecisait que lrsquoensemble du village ou drsquoenfants de leacutecole primaire eacutetaient examineacutes nous avons supposeacute que les tranches dacircge agrave 0-99 ans ou 5-14 ans respectivement Il y avait une grande diversiteacute dans les tranches dacircge des populations eacutechantillonneacutees entre les eacutetudes Pour faire des comparaisons significatives dans le temps et lespace une seule tranche dacircge normaliseacute est neacutecessaire Il est possible drsquoeffectuer des ajustements dun acircge normaliseacute pour le Plasmodium falciparum gracircce agrave lobservation et agrave la theacuteorie des maladies infectieuses lagrave ougrave limmuniteacute est acquise apregraves une exposition reacutepeacuteteacutee de la naissance Nous avons adapteacute des modegraveles de

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conversion catalytique de Muench (dabord utiliseacute dans le paludisme par Pull amp Grab dans les anneacutees 1970 [158]) en eacutequations statiques en R-script qui utilise les gammes infeacuterieure et supeacuterieure deacutechantillon et la preacutevalence globale pour se transformer en une estimation preacutevues chez les enfants acircgeacutes de 2-10 ans PfPR2-10 [96] 56 Limitations dues agrave la taille de leacutechantillon La taille de leacutechantillon est inversement proportionnelle agrave la preacutevalence ougrave agrave faible taille des eacutechantillons les biais dans les estimations de la preacutevalence sont introduits en fonction de la preacutevalence reacuteelle de la population se traduisant deacutecarts-types relativement eacuteleveacutes [159] Il existe un seuil critique entre 10 et 20 individus eacutechantillonneacutes en dessous duquel les eacutecarts-types augmentent de faccedilon exponentielle dans la plupart des enquecirctes sur les infections parasitaires et la courbe commence agrave aplatir agrave partir drsquoune taille denviron 50 eacutechantillons et atteint une asymptote agrave environ 100 [160] La taille des eacutechantillons denquecircte individuels est eacutegalement importante dans le calcul des correacutelations avec les variables dendeacutemiciteacute pour veacuterifier les associations plausibles entre par exemple des preacutecipitations et la preacutevalence Au cours de seacutelection des co-variables de petits eacutechantillons impreacutecis peuvent conduire agrave loverfitting Nous avons chercheacute agrave combiner les communauteacutes agrave proximiteacute ougrave tout village comptait moins de 10 personnes eacutechantillonneacutees et ougrave les communauteacutes se situaient agrave moins de 5 km lrsquoun de lautre eacutechantillonneacutes exactement au mecircme moment par les mecircmes enquecircteurs 6 Partage et accegraves aux donneacutees Les donneacutees recueillies pour cette eacutetude font partie dune initiative plus large visant agrave aider les gouvernements nationaux en mettant agrave leur disposition des plateformes de donneacutees probantes pour les aider agrave concevoir des projets de lutte antipaludique gracircce au concours du projet INFORM [131161] soutenu par le Deacutepartement pour le deacuteveloppement international Royaume-Uni et le Wellcome Trust Les donneacutees geacuteocodeacutees sur la preacutevalence parasitaire issues des donneacutees archiveacutees publieacutees et ineacutedites donneacutees et rassembleacutees en bases de donneacutees soigneusement conserveacutees doivent ecirctre prise en charge et geacutereacutees par les services de lutte contre le paludisme au sein des ministegraveres nationaux de la santeacute Les donneacutees provenant des recherches nationales et des enquecirctes meneacutees par les ministegraveres de la santeacute sont la proprieacuteteacute des gouvernements nationaux Le plus souvent la plupart des ministegraveres de la santeacute nont pas accegraves agrave la gamme complegravete des donneacutees sur le paludisme pourtant potentiellement disponibles dans leur propre pays Le but est donc de se servir du projet INFORM pour bacirctir une appropriation des donneacutees nationales sur le paludisme et mettre toutes les donneacutees recueillies agrave la disposition des ministegraveres de la santeacute agrave travers lAfrique et aux conseillers techniques reacutegionaux de lOrganisation mondiale de la santeacute A ce titre ces gouvernements nationaux deviendront les gardiens de leurs propres donneacutees nationales et pleinement responsables de leur distribution aux scientifiques nationaux reacutegionaux et internationaux ainsi qursquoaux partenaires de controcircle

23

7 Reacutefeacuterences 1 Snow RW (2014) Sixty years trying to define the malaria burden in Africa have we made any progress

BMC Medicine 12 227 2 Noor AM Kinyoki DK Mundia CW Kabaria CW Wambua JM Alegana VA Fall IS Snow RW (2014) The

changing risk of Plasmodium falciparum malaria infection in Africa 2000ndash10 a spatial and temporal analysis of transmission intensity Lancet 383 1739-1747

3 Snow RW Marsh K le Sueur D (1996) The need for maps of transmission intensity to guide malaria

control in Africa Parasitology Today 12 455ndash457 4 MARAARMA (1998) Towards an atlas of malaria risk in Africa First technical report of the

MARAARMA collaboration Durban South Africa httpsidl-bncidrccadspacebitstream10625316441114833pdf

5 Le Sueur D Binka F Lengeler C de Savigny D Teuscher T Toure Y Snow RW (1997) An atlas of malaria in

Africa Africa Health 19 23-24 6 Trape JF amp Rogier C (1996) Combating Malaria morbidity and mortality by reducing transmission

Parasitology Today 12 236-240 7 Snow RW Omumbo JA Lowe B Molyneux SM Obiero JO Palmer A Weber MW Pinder M Nahlen B

Obonyo C Newbold C Gupta S Marsh K (1997) Relation between severe malaria morbidity in children and level of Plasmodium falciparum transmission in Africa Lancet 349 1650-1654

8 Ghani AC Sutherland CJ Riley EM Drakeley CJ Griffin JT Gosling RD Filipe JAN (2009) Loss of

population levels of immunity to malaria as a result of exposure reducing interventions consequences for interpretation of disease trends PLoS One 4 e4383

9 Okiro EA Al-Taiar A Reyburn H Idro R Berkley J Nokes DJ Snow RW (2009) Age patterns of severe

paediatric malaria and their relationship to Plasmodium falciparum transmission intensity Malaria Journal 8 4

10 Carneiro I Roca-Feltrer A Griffin JT Smith L Tanner M Armstrong Schellenberg J Greenwood BM

Schellenberg D (2010) Age-patterns of malaria vary with severity transmission intensity and seasonality in sub-Saharan Africa A systematic review and pooled analysis PLoS One 5 e8988

11 Griffin JT Hollingsworth TD Reyburn H Drakeley CJ Riley EM Ghani AC (2014) Gradual acquisition of

immunity to severe malaria with increasing exposure Proceedings of the Royal Society B 282 20142657

12 Snow RW (2015) Global malaria eradication and the importance of Plasmodium falciparum

epidemiology in Africa BMC Medicine 13 23

24

13 Smith T Maire N Ross A Penny M Chitnis N Schapira A Studer A Genton B Lengeler C Tediosi F de Savigny D Tanner M (2008) Towards a comprehensive simulation model of malaria epidemiology and control Parasitology 135 1507ndash1516

14 Smith DL Noor AM Hay SI Snow RW (2009) Predicting changing malaria risk after expanded

insecticide treated net coverage in Africa Trends in Parasitology 25 511ndash516 15 Griffin JT Hollingsworth D Okell LC Churcher TS White M Hinsley W Bousema T Drakeley CJ

Ferguson NM Basanez MG Ghani AC (2010) Reducing Plasmodium falciparum malaria transmission in Africa a model based evaluation of intervention strategies PLoS Medicine 7 e1000324

16 Chitnis N Schapira A Smith T Steketee R (2010) Comparing the effectiveness of malaria vector-

control interventions through a mathematical model American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 83 230ndash240

17 World Health Organization (2014) From malaria control to malaria elimination a manual for

Elimination Scenario Planning Global Malaria Programme World Health Organization Geneva April 2014

18 Gerardin J Eckhoff P Wenger EA (2015) Mass campaigns with antimalarial drugs a modelling

comparison of artemether-lumefantrine and DHA-piperaquine with and without primaquine as tools for malaria control and elimination BMC Infectious Diseases 15 144

19 Okell LC Drakeley CJ Bousema T Whitty CJM Ghani AC (2008) Modelling the impact of artemisinin

combination therapy and long-acting treatments on malaria transmission intensity PLoS Medicine 5 e226

20 Guyatt HL amp Snow RW (2001) Malaria in pregnancy as an indirect cause of infant mortality in sub-Saharan

Africa Transactions of Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 95 569-576 21 Desai M ter Kuile FO Nosten F McGready R Asamoa K Brabin B Newman R (2007) Epidemiology

and burden of malaria in pregnancy Lancet Infectious Diseases 7 93ndash104 22 van Eijk A Hill J Alegana VA Kirui V Gething PW ter Kuile F Snow RW (2011) Coverage of malaria

protection in pregnant women in sub-Saharan Africa a synthesis and analysis of national survey data Lancet Infectious Diseases 11 190-207

23 MPAC (2012) wwwwhointmalariampacsep2012mpac_mip_erg_sep2012pdf 24 MPAC (2013) wwwwhointmalariampacmpac_sep13_erg_ipt_malaria_pregnancy_reportpdf 25 Meremikwu MM Donegan S Sinclair D Esu E Oringanje C (2012) Intermittent preventive

treatment for malaria in children living in areas with seasonal transmission Cochrane Database Systematic Reviews 2 CD003756

26 Cairns M Roca-Feltrer A Garske T Wilson AL Diallo D Milligan PJ Ghani AC Greenwood BM (2012)

Estimating the potential public health impact of seasonal malaria chemoprevention in African children Nature Communications 3 881

25

27 Noor AM Kibuchi E Mitto B Coulibaly D Doumbo OK Snow RW (2015) A spatial decision support

framework for sub-national targeting of seasonal malaria chemoprevention in the Sahel Under review

28 Smith DL McKenzie FE Snow RW Hay SI (2007a) Revisiting the basic reproductive number for

malaria and its implications for malaria control PLoS Biology 5 e42 29 Hay SI Smith DL Snow RW (2008) Measuring malaria endemicity from intense to interrupted

transmission Lancet Infectious Diseases 8 369-378 30 Moonen B Cohen JM Snow RW Slutsker L Drakeley C Smith DL Abeyasinghe R Rodriguez Loacutepez

MH Maharaj R Tanner M Targett G (2010) Operational strategies to achieve and maintain malaria elimination Lancet 376 1592-1603

31 World Health Organization (2012a) Disease surveillance for malaria control Operational manual

WHO Geneva 32 World Health Organization (2012b) Disease surveillance for malaria elimination Operational manual

WHO Geneva 33 Cohen JM Moonen B Snow RW Smith DL (2010) How absolute is zero An evaluation of historical

and current definitions of malaria elimination Malaria Journal 9 213 34 Molineaux L Muir DA Spencer HC Wernsdorfer WH (1988) The epidemiology of malaria and its

measurement Malaria Principles and Practice of Malariology W Wernsdorfer and I McGregor London Churchill Livingstone 2 999-1089

35 Tusting LS Bousema T Smith DL Drakeley C (2014) Measuring changes in Plasmodium falciparum

transmission precision accuracy and costs of metrics Advances in Parasitology 84 151-208 36 Metselaar D amp van Thiel PH (1959) Classification of malaria Tropical Geographic Medicine 11 157ndash

161 37 Macdonald G amp Goumleckel GW (1964) The malaria parasite rate and interruption of transmission

Bulletin of World Health Organization 31 365ndash377 38 Lysenko AJ amp Semashko IN (1968) Geography of malaria A medico-geographic profile of an ancient

disease In Lebedew AW ed Itogi Nauki Medicinskaja Geografija Moscow USSR Academy of Sciences pp 25ndash146

39 Macdonald G (1957) The epidemiology and control of malaria Oxford University Press 40 Pampana E (1969) A textbook on malaria eradication Oxford Oxford University Press 41 Pull JH (1972) Malaria surveillance methods their uses and limitations American Journal of Tropical

Medicine amp Hygiene 21 651-657

26

42 World Health Organization (1950) Report on the malaria conference in equatorial Africa Held under the joint auspices of the World Health Organization and of the commission for technical co-operation in Africa south of the Sahara Kampala Uganda 27 Novemberndash9 December 1950

43 Yekutiel P (1960) Problems of epidemiology in malaria eradication Bulletin of the World Health

Organization 22 669-683 44 Macdonald G (1952) The analysis of equilibrium in malaria Tropical Diseases Bulletin 49 813-1129 45 Hay SI Guerra CA Gething PW Patil AP Tatem AJ Noor AM Kabaria CW Manh BH Elyazar IRF

Brooker S Smith DL Moyeed RA Snow RW (2009) A world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2007 PLoS Medicine 6 e1000048

46 Gething PW Patil AP Smith DL Guerra CA Elyazar IRF Johnston GL Tatem AJ Hay SI (2011) A new

world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2010 Malaria Journal 10 378 47 Snow RW Amratia P Kabaria CW Noor AM Marsh K (2012) The changing limits and incidence of

malaria in Africa 1939-2009 Advances in Parasitology 78 169-262 48 Black RH (1968) Manual of epidemiology and epidemiological services in malaria programmes World

Health Organization Geneva 49 Ray AP amp Beljaev AE (1984) Epidemiological surveillance a tool for assessment of malaria and its

control Journal of Communicable Disease 16 197ndash207 50 Omumbo JA Noor AM Fall IS Snow RW (2013) How well are malaria maps used to design and

finance malaria control in Africa PLoS One 8 e53198 51 Alegana VA Atkinson PM Wright JA Kamwi R Kakokele S Snow RW Noor AM (2013) Estimation of

malaria incidence in northern Namibia in 2009 using Bayesian Conditional-Autoregressive Spatial-Temporal Models Spatial amp Spatial Temporal Epidemiology 7 25-36

52 Bennett A Yukich J Miller JM Vounatsou P Hamainza B Ingwe MI Moonga HB Kamuliwo M Keating

J Smith TA Steketee RW Eisele TP (2014) A methodological framework for the improved use of routine health system data to evaluate national malaria control programs evidence from Zambia Population amp Health Metrics 12 30

53 Moonasar D Morris N Kleinschmidt I Maharaj R Raman J Mayet NT Benson FG Durrheim DN

Blumberg L (2013) What will move malaria control to elimination in South Africa South African Medical Journal 103 (10 Suppl 2) 801-806

54 Cohen JM Dlamini S Novotny JM Kandula D Kunene S Tatem AJ (2013) Rapid case-based mapping

of seasonal malaria transmission risk for strategic elimination planning in Swaziland Malaria Journal 12 61

55 Zanzibar Malaria Control Programme (2011) Zanzibar Malaria Performance Review September 2011

ZMCP Ministry of Health Revolutionary Government of Zanzibar

27

56 Ministry of Health [Cape Verde] World Health Organization and the University of California San Francisco (2012) Eliminating malaria Moving towards sustainable elimination in Cape Verde Geneva The World Health Organization httpappswhointirisbitstream106657584919789241504386_engpdfua=1

57 Littrell M Sow GD Ngom A Ba M Mboup BM Dieye Y Mutombo B Earle D Steketee RW (2013)

Case investigation and reactive case detection for malaria elimination in northern Senegal Malaria Journal 12 331

58 Thiroux D A amp DAnfreville D L (1908) Le paludisme au Seacuteneacutegal pendant les anneacutees 1905-1906

Gouvernement General de lAfrique Occidentale Francaise Laboratorie de bacteriologie de Saint-Louis Published Libraire JB Bailliere et Fils Paris 1908

59 Government General de LAlgeacuterie (1908) Campagne Antipaludique de 1908 unpublished document

available in Wellcome Library Euston Road London UK FX134AA9 60 Government of Gold Coast (1914) Medical amp Sanitary Report for the year 1913 Waterlow amp Sons

London 61 Mansfield-Aders W (1927) Notes on malaria and filariasis in the Zanzibar Protectorate Transactions

of the Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 30 207-214 62 Colony of Mauritius (1923-1925) Annual Reports on the Medical and Health Department 63 Swaroop S Gilroy AB Uemura K (1966) Statistical methods in malaria eradication Monograph Series

of World Health Organization 51 164 64 Barber MA amp Rice JB (1937) A survey of malaria in Egypt American Journal of Tropical Medicine amp

Hygiene 17 413-436 65 De Meira MT Simotildees TS Pinto Nogueira JF (1948) Observaccedilotildees sobre sezonismo nas ilhas do Sal Boa

Vista e S Nicolau (Cabo Verde) Anais do Instituto de Medicina Tropical 3 213-237 66 Young MD amp Johnson TH (1949) A malaria survey of Liberia Journal of National Malaria Society 8

247-266 67 De Meillon B (1951) Malaria survey of South-West Africa Bulletin of the World Health Organization

4 333ndash417 68 Houel G amp Donadille F (1953) Vingt ans de lutte antipaludique au Maroc Bulletin de lrsquoInstitut

drsquoHygiene du Maroc 13 3-51 69 Soeiro A (1952) O sezonismo em Moccedilambique contribuiccedilatildeo para o estudo epidemioloacutegico Anais do

Instituto de Medicina Tropical 9 343-389 70 Soeiro A (1959) Relactoacuterio da actividade do Instituto de Investigaccedilatildeo Meacutedica de Moccedilambique em

1958 e plano de trabalhos para o ano de 1960 Anais Intstituto de Higiene e Medicina Tropical 16 573-611

28

71 Bernard PM (1954) Trois ans de lutte antipaludique agrave Madagascar Bulletin de Madagascar

Publication Mensuelle du Service General Drsquoinformation du Haut-Commissariat no 96 72 Cambournac FJC Gandara AF Pena AJ Teixeira EWLG (1955) Subsidios para o inquerito malariologico

em Angola Anais do Instituto de Medicina Tropical 12 121-153 73 Anon (1954) Campagne antipaludique au Dahomey Map found in Benin box in WHO Archives

Geneva August 2012 74 Languillon J (1957) Carte eacutepideacutemiologique du paludisme au Cameroun Bulletin de la Socieacuteteacute de

Pathologie Exotique 50 585 - 600 75 Alves W (1958) Malaria parasite rates in Southern Rhodesia May-September 1956 Bulletin of the

World Health Organization 19 69-74 76 Lariviere M Hocquet P Abonnenc E (1961) Reacutesultats drsquoune enquecircte palustre dans la reacutepublique du

Seacuteneacutegal Indices plasmodiques chez les enfants en milieu rural Bulletin de la Socieacuteteacute Meacutedicale drsquoAfrique Noire de Langue Franccedilaise 6 386-403

77 Wernsdorfer G amp Wernsdorfer W (1967) Malaria in the middle Nile basin and its bordering regions Z

Tropenmed Parasitol 18 17-44 78 Rishikesh N amp Fahmy Y (1961) Quarterly report April-June 1961 Republic of Somalia pre-eradication

survey World Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 79 Rishikesh N Payne D Fahmy Y (1961) Quarterly report for the period January-March 1961 World

Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 80 Bechuanaland Protectorate (1958-1963) Annual Medical and Sanitary Reports for the Protectorate for

the years 1958-1963 Government Printers Gaborone 81 Craig MH Sharp BL Mabaso MLH Kleinschmidt I (2007) Developing a spatial-statistical model and

map of historical malaria prevalence in Botswana using a staged variable selection procedure International Journal of Health Geographics 6 44

82 Cano VI (1971) Deacuteveloppement des services de santeacute de base (Paludisme) World Health

Organization AFRMAL112 83 Barbie Y amp Timbila R (1964) Notes sur le paludisme en Reacutepublique Islamique de Mauritanie Medicine

Tropicale 24 427-435 84 Khromov A amp Privault R (1965) Programme du pre-eradication du paludisme Rapport trimestriel 4th

trimestre 1965 (Sep-Oct-Nov) WHO Mauritanie World Health Organization Unpublished document WHO Archives Geneva

85 Beltran O (1966) Malaria pre-eradication project Sierra Leone-19 fourth quarterly field report

October - December 1966 Government of Sierra Leone amp World Health Organization

29

86 Guy Y amp Gassabi R (1967) Les perspectives de leacuteradication du paludisme en Algeacuterie Archives de

LInstitut Pastuer DAlgerie 45 72-88 87 Chand D Garzen JB Bahar R Rishikesh N (1964) Malaria Eradication Service Ethiopia 14 (c) Quarterly

Report 1 October to 31 December 1964 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

88 Chand D Garzon JB Bahar R Rishiskesh N (1965) Quarterly report covering period 1 October to 31

December 1964 Project Ethiopia 0014 dated 9th february 1965 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

89 Onori E (1967) Distribution of Plasmodium ovale in the Eastern Western and Northern regions of

Uganda Bulletin of the World Health Organization 37 665-668 90 Wenlock (1978) The incidence of Plasmodium parasites in rural Zambia East African Medical Journal

55 268-276 91 Escudie A amp Hamon J (1961) Paludisme en Afrique Occidentale dexpression Franccedilaise Medicine

Tropicale 21 661-687 92 RBM-MERG - httpwwwrbmwhointmechanismsmerghtml 93 Corsi DJ Neuman M Finlay JE Subramanian SV (2012) Demographic and health surveys a profile

International Journal of Epidemiology 41 1602-1613 94 Measure httpwwwmeasuredhscomData 95 UNICEF httpwwwuniceforgstatisticsindex_24302html 96 Smith DL Guerra CA Snow RW Hay SI (2007b) Standardizing estimates of malaria prevalence

Malaria Journal 6 131 97 Brooker S Kolaczinski JH Gitonga CW Noor AM Snow RW (2009) The use of schools for malaria

surveillance and programme evaluation in Africa Malaria Journal 8 231 98 Stevenson JC Stresman GH Gitonga CW Gillig J Owaga C Marube E Odongo W Okoth A China P

Oriango R Brooker SJ Bousema T Drakeley C Cox J (2013) Reliability of school surveys in estimating geographic variation in malaria transmission in the western Kenyan highlands PLoS One 8 e77641

99 De Zulueta J Kafuko GW Cullen JR (1963) An investigation of the annual cycle of malaria in Masaka

district (Uganda) East African Medical Journal 40 469-488 100 Najera JA Shidrawi GR Gibson FD Stafford JS (1967) A large-scale field trial of Malathion as an

insecticide for antimalarial work in Southern Uganda Bulletin of the World Health Organization 36 913-935

30

101 Storey J (1972) A review of malaria work in Sierra Leone 1900 to 1964 West African Medical Journal 27 57-68

102 Gitonga CW Karanja PN Kihara J Mwjame M Juma E Snow RW Noor AM Brooker S (2010)

Implementing school malaria surveys in Kenya towards a nationwide surveillance system Malaria Journal 9 306

103 Gitonga CW Edwards T Karanja PN Noor AM Snow RW Brooker S (2012) Plasmodium infection

anaemia and mosquito net use among school children across different settings in Kenya Tropical Medicine amp International Health 17 858ndash870

104 Houngbedji CA N Dri PB Huumlrlimann E Yapi RB Silueacute KD Soro G Koudou BG Acka CA Assi S

Vounatsou P N Goran EK Fantodji A Utzinger J Raso G (2015) Disparities of Plasmodium falciparum infection malaria-related morbidity and access to malaria prevention and treatment among school-aged children a national cross-sectional survey in Cote dIvoire Malaria Journal 14 7

105 Ashton R Kefyalew T Tesfaye G Pullan R Yadeta D Reithinger R Kolaczinski J Brooker S (2010)

School-based surveys of malaria in Oromia Regional State Ethiopia towards a map of malaria risk Federal Ministry of Health Ethiopia

106 Takem EN Affara M Amambua-Ngwa A Okebe J Ceesay SJ Jawara M Oriero E Nwakanma D

Pinder M Clifford C Taal M Sowe M Suso P Mendy A Mbaye A Drakeley C DAlessandro U (2013) Detecting foci of malaria transmission with school surveys A pilot study in The Gambia PLoS One 8 e67108

107 Clarke SE Roschnik N Rouhani S Diarra S Bamadio M Sacko M Traore D Ly AB Gaye O Sembene

M Fall FB (2012) Malaria in school children under a new policy of universal coverage of nets Recent data from Mali and Senegal American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 Supplement 5 abstract 1466

108 Kabatereine NB Standley CJ Sousa-Fugueiredo JC Fleming RM Stothard JR Talisuna A Fenwick A

(2011) Integrated prevalence mapping of schistosomiasis soil-transmitted helminthiasis and malaria in lakeside and island communities in Lake Victoria Uganda Parasites amp Vectors 4 232

109 Emerson PM Ngondi J Biru E Graves PM Ejigsemahu Y Gebre T Endeshaw T Genet A Mosher

AW Zerihun M Messele A Richards FO (2008) Integrating an NTD with one of lsquolsquoThe Big Threersquorsquo Combined malaria and trachoma survey in Amhara Region of Ethiopia PLoS Neglected Tropical Diseases 2 e197

110 Noor AM Alegana VA Patil AP Moloney G Borle M Ahmed F Yousef F Amran J Snow RW (2012)

Mapping the receptivity of malaria risk to plan the future of control in Somalia British Medical Journal Open Access 2 e001160

111 Boyd MF (1949) Malariology A comprehensive review of all aspects of this group of diseases from a

global standpoint Volume II WB Saunders Company Philadelphia and London

31

112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

21

54 Deacutefinition des frontiegraveres nationales A la fin de la Seconde Guerre mondiale en 1945 presque tous les pays en Afrique eacutetaient soumis agrave la domination ou agrave lrsquoadministration coloniale Chaque pays sur le continent africain est aujourdhui indeacutependant mecircme si quelques icircles restent sous administration europeacuteenne (la Reacuteunion et Mayotte) Il existe actuellement 55 Etats indeacutependants dont 53 sont membres de lUnion africaine Tout au long de ce rapport nous utilisons les noms et les frontiegraveres des Eacutetats-nations en Afrique et les frontiegraveres actuelles plutocirct que la nomenclature preacute-indeacutependance Tout au long de ce rapport nous avons utiliseacute lrsquooutil numeacuterique de traitement de frontiegraveres parraineacute par lrsquoONU [156] En tant que tel nous traitons le Soudan du Sud en tant qursquoentiteacute diffeacuterente de la Reacutepublique du Soudan et lEacuterythreacutee diffeacuterente de lEthiopie Il y a beaucoup de zones litigieuses en Afrique revendiqueacutees par diffeacuterents pays voisins et qui restent en suspens [157] Pour les besoins de notre travail nous avons traiteacute le Triangle drsquoIlemi en tant que partie inteacutegrante de la reacutegion de Turkana du Kenya Nous avons consideacutereacute Walvis Bay en Namibie comme faisant toujours partie de la Namibie en deacutepit du fait que ce territoire fait partie de lrsquoAfrique du Sud depuis de nombreuses anneacutees suivant lindeacutependance de la Namibie en 1990 Deux petits territoires au sein du Royaume du Maroc continuent decirctre occupeacutes par lEspagne dans le Nord-Ouest (Ceuta) et dans le Nord-Est (Melilla) sur le littoral meacutediterraneacuteen Cependant nous avons consideacutereacutes ces territoires comme faisant partie du Royaume du Maroc se rapprochant de son eacutetendue ottomane avant 1912 Nous traitons la peacuteninsule du Sinaiuml en tant que partie permanente de la Reacutepublique arabe dEgypte Sans faire de jugements politiques nous avons consideacutereacute la reacutegion drsquoAbeyi comme faisant partie inteacutegrante de la Reacutepublique du Soudan cependant dans la cartographie des produits nationaux les deux pays prennent en compte cette reacutegion Nous avons traiteacute le Triangle Halaib sur la frontiegravere soudano-eacutegyptienne comme faisant partie du Soudan bien que depuis 2010 lrsquoEacutegypte controcircle cette zone en tant que partie inteacutegrante de son Etat de la Mer Rouge La reacutegion de Bakassi territoire frontalier contesteacute sur la cocircte atlantique entre le Nigeria et le Cameroun a eacuteteacute traiteacute comme faisant partie du Nigeria en deacutepit de la mise en œuvre finale des accords qui ont accordeacute cette reacutegion agrave ladministration camerounaise en 2014 Les groupes insulaires de Bioko Annobin et Zanzibar sont traiteacutees seacutepareacutement de la partie continentale de Guineacutee eacutequatoriale et de Tanzanie respectivement Ces groupes insulaires ont toujours eu diffeacuterents plans de lutte antipaludique et des ambitions drsquoeacutelimination diffeacuterentes de ceux de leurs homologues du continent 55 Normalisation selon lacircge Lorsque lacircge nrsquoeacutetait pas preacuteciseacute dans le rapport de chaque enquecircte mais que le rapport preacutecisait que lrsquoensemble du village ou drsquoenfants de leacutecole primaire eacutetaient examineacutes nous avons supposeacute que les tranches dacircge agrave 0-99 ans ou 5-14 ans respectivement Il y avait une grande diversiteacute dans les tranches dacircge des populations eacutechantillonneacutees entre les eacutetudes Pour faire des comparaisons significatives dans le temps et lespace une seule tranche dacircge normaliseacute est neacutecessaire Il est possible drsquoeffectuer des ajustements dun acircge normaliseacute pour le Plasmodium falciparum gracircce agrave lobservation et agrave la theacuteorie des maladies infectieuses lagrave ougrave limmuniteacute est acquise apregraves une exposition reacutepeacuteteacutee de la naissance Nous avons adapteacute des modegraveles de

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conversion catalytique de Muench (dabord utiliseacute dans le paludisme par Pull amp Grab dans les anneacutees 1970 [158]) en eacutequations statiques en R-script qui utilise les gammes infeacuterieure et supeacuterieure deacutechantillon et la preacutevalence globale pour se transformer en une estimation preacutevues chez les enfants acircgeacutes de 2-10 ans PfPR2-10 [96] 56 Limitations dues agrave la taille de leacutechantillon La taille de leacutechantillon est inversement proportionnelle agrave la preacutevalence ougrave agrave faible taille des eacutechantillons les biais dans les estimations de la preacutevalence sont introduits en fonction de la preacutevalence reacuteelle de la population se traduisant deacutecarts-types relativement eacuteleveacutes [159] Il existe un seuil critique entre 10 et 20 individus eacutechantillonneacutes en dessous duquel les eacutecarts-types augmentent de faccedilon exponentielle dans la plupart des enquecirctes sur les infections parasitaires et la courbe commence agrave aplatir agrave partir drsquoune taille denviron 50 eacutechantillons et atteint une asymptote agrave environ 100 [160] La taille des eacutechantillons denquecircte individuels est eacutegalement importante dans le calcul des correacutelations avec les variables dendeacutemiciteacute pour veacuterifier les associations plausibles entre par exemple des preacutecipitations et la preacutevalence Au cours de seacutelection des co-variables de petits eacutechantillons impreacutecis peuvent conduire agrave loverfitting Nous avons chercheacute agrave combiner les communauteacutes agrave proximiteacute ougrave tout village comptait moins de 10 personnes eacutechantillonneacutees et ougrave les communauteacutes se situaient agrave moins de 5 km lrsquoun de lautre eacutechantillonneacutes exactement au mecircme moment par les mecircmes enquecircteurs 6 Partage et accegraves aux donneacutees Les donneacutees recueillies pour cette eacutetude font partie dune initiative plus large visant agrave aider les gouvernements nationaux en mettant agrave leur disposition des plateformes de donneacutees probantes pour les aider agrave concevoir des projets de lutte antipaludique gracircce au concours du projet INFORM [131161] soutenu par le Deacutepartement pour le deacuteveloppement international Royaume-Uni et le Wellcome Trust Les donneacutees geacuteocodeacutees sur la preacutevalence parasitaire issues des donneacutees archiveacutees publieacutees et ineacutedites donneacutees et rassembleacutees en bases de donneacutees soigneusement conserveacutees doivent ecirctre prise en charge et geacutereacutees par les services de lutte contre le paludisme au sein des ministegraveres nationaux de la santeacute Les donneacutees provenant des recherches nationales et des enquecirctes meneacutees par les ministegraveres de la santeacute sont la proprieacuteteacute des gouvernements nationaux Le plus souvent la plupart des ministegraveres de la santeacute nont pas accegraves agrave la gamme complegravete des donneacutees sur le paludisme pourtant potentiellement disponibles dans leur propre pays Le but est donc de se servir du projet INFORM pour bacirctir une appropriation des donneacutees nationales sur le paludisme et mettre toutes les donneacutees recueillies agrave la disposition des ministegraveres de la santeacute agrave travers lAfrique et aux conseillers techniques reacutegionaux de lOrganisation mondiale de la santeacute A ce titre ces gouvernements nationaux deviendront les gardiens de leurs propres donneacutees nationales et pleinement responsables de leur distribution aux scientifiques nationaux reacutegionaux et internationaux ainsi qursquoaux partenaires de controcircle

23

7 Reacutefeacuterences 1 Snow RW (2014) Sixty years trying to define the malaria burden in Africa have we made any progress

BMC Medicine 12 227 2 Noor AM Kinyoki DK Mundia CW Kabaria CW Wambua JM Alegana VA Fall IS Snow RW (2014) The

changing risk of Plasmodium falciparum malaria infection in Africa 2000ndash10 a spatial and temporal analysis of transmission intensity Lancet 383 1739-1747

3 Snow RW Marsh K le Sueur D (1996) The need for maps of transmission intensity to guide malaria

control in Africa Parasitology Today 12 455ndash457 4 MARAARMA (1998) Towards an atlas of malaria risk in Africa First technical report of the

MARAARMA collaboration Durban South Africa httpsidl-bncidrccadspacebitstream10625316441114833pdf

5 Le Sueur D Binka F Lengeler C de Savigny D Teuscher T Toure Y Snow RW (1997) An atlas of malaria in

Africa Africa Health 19 23-24 6 Trape JF amp Rogier C (1996) Combating Malaria morbidity and mortality by reducing transmission

Parasitology Today 12 236-240 7 Snow RW Omumbo JA Lowe B Molyneux SM Obiero JO Palmer A Weber MW Pinder M Nahlen B

Obonyo C Newbold C Gupta S Marsh K (1997) Relation between severe malaria morbidity in children and level of Plasmodium falciparum transmission in Africa Lancet 349 1650-1654

8 Ghani AC Sutherland CJ Riley EM Drakeley CJ Griffin JT Gosling RD Filipe JAN (2009) Loss of

population levels of immunity to malaria as a result of exposure reducing interventions consequences for interpretation of disease trends PLoS One 4 e4383

9 Okiro EA Al-Taiar A Reyburn H Idro R Berkley J Nokes DJ Snow RW (2009) Age patterns of severe

paediatric malaria and their relationship to Plasmodium falciparum transmission intensity Malaria Journal 8 4

10 Carneiro I Roca-Feltrer A Griffin JT Smith L Tanner M Armstrong Schellenberg J Greenwood BM

Schellenberg D (2010) Age-patterns of malaria vary with severity transmission intensity and seasonality in sub-Saharan Africa A systematic review and pooled analysis PLoS One 5 e8988

11 Griffin JT Hollingsworth TD Reyburn H Drakeley CJ Riley EM Ghani AC (2014) Gradual acquisition of

immunity to severe malaria with increasing exposure Proceedings of the Royal Society B 282 20142657

12 Snow RW (2015) Global malaria eradication and the importance of Plasmodium falciparum

epidemiology in Africa BMC Medicine 13 23

24

13 Smith T Maire N Ross A Penny M Chitnis N Schapira A Studer A Genton B Lengeler C Tediosi F de Savigny D Tanner M (2008) Towards a comprehensive simulation model of malaria epidemiology and control Parasitology 135 1507ndash1516

14 Smith DL Noor AM Hay SI Snow RW (2009) Predicting changing malaria risk after expanded

insecticide treated net coverage in Africa Trends in Parasitology 25 511ndash516 15 Griffin JT Hollingsworth D Okell LC Churcher TS White M Hinsley W Bousema T Drakeley CJ

Ferguson NM Basanez MG Ghani AC (2010) Reducing Plasmodium falciparum malaria transmission in Africa a model based evaluation of intervention strategies PLoS Medicine 7 e1000324

16 Chitnis N Schapira A Smith T Steketee R (2010) Comparing the effectiveness of malaria vector-

control interventions through a mathematical model American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 83 230ndash240

17 World Health Organization (2014) From malaria control to malaria elimination a manual for

Elimination Scenario Planning Global Malaria Programme World Health Organization Geneva April 2014

18 Gerardin J Eckhoff P Wenger EA (2015) Mass campaigns with antimalarial drugs a modelling

comparison of artemether-lumefantrine and DHA-piperaquine with and without primaquine as tools for malaria control and elimination BMC Infectious Diseases 15 144

19 Okell LC Drakeley CJ Bousema T Whitty CJM Ghani AC (2008) Modelling the impact of artemisinin

combination therapy and long-acting treatments on malaria transmission intensity PLoS Medicine 5 e226

20 Guyatt HL amp Snow RW (2001) Malaria in pregnancy as an indirect cause of infant mortality in sub-Saharan

Africa Transactions of Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 95 569-576 21 Desai M ter Kuile FO Nosten F McGready R Asamoa K Brabin B Newman R (2007) Epidemiology

and burden of malaria in pregnancy Lancet Infectious Diseases 7 93ndash104 22 van Eijk A Hill J Alegana VA Kirui V Gething PW ter Kuile F Snow RW (2011) Coverage of malaria

protection in pregnant women in sub-Saharan Africa a synthesis and analysis of national survey data Lancet Infectious Diseases 11 190-207

23 MPAC (2012) wwwwhointmalariampacsep2012mpac_mip_erg_sep2012pdf 24 MPAC (2013) wwwwhointmalariampacmpac_sep13_erg_ipt_malaria_pregnancy_reportpdf 25 Meremikwu MM Donegan S Sinclair D Esu E Oringanje C (2012) Intermittent preventive

treatment for malaria in children living in areas with seasonal transmission Cochrane Database Systematic Reviews 2 CD003756

26 Cairns M Roca-Feltrer A Garske T Wilson AL Diallo D Milligan PJ Ghani AC Greenwood BM (2012)

Estimating the potential public health impact of seasonal malaria chemoprevention in African children Nature Communications 3 881

25

27 Noor AM Kibuchi E Mitto B Coulibaly D Doumbo OK Snow RW (2015) A spatial decision support

framework for sub-national targeting of seasonal malaria chemoprevention in the Sahel Under review

28 Smith DL McKenzie FE Snow RW Hay SI (2007a) Revisiting the basic reproductive number for

malaria and its implications for malaria control PLoS Biology 5 e42 29 Hay SI Smith DL Snow RW (2008) Measuring malaria endemicity from intense to interrupted

transmission Lancet Infectious Diseases 8 369-378 30 Moonen B Cohen JM Snow RW Slutsker L Drakeley C Smith DL Abeyasinghe R Rodriguez Loacutepez

MH Maharaj R Tanner M Targett G (2010) Operational strategies to achieve and maintain malaria elimination Lancet 376 1592-1603

31 World Health Organization (2012a) Disease surveillance for malaria control Operational manual

WHO Geneva 32 World Health Organization (2012b) Disease surveillance for malaria elimination Operational manual

WHO Geneva 33 Cohen JM Moonen B Snow RW Smith DL (2010) How absolute is zero An evaluation of historical

and current definitions of malaria elimination Malaria Journal 9 213 34 Molineaux L Muir DA Spencer HC Wernsdorfer WH (1988) The epidemiology of malaria and its

measurement Malaria Principles and Practice of Malariology W Wernsdorfer and I McGregor London Churchill Livingstone 2 999-1089

35 Tusting LS Bousema T Smith DL Drakeley C (2014) Measuring changes in Plasmodium falciparum

transmission precision accuracy and costs of metrics Advances in Parasitology 84 151-208 36 Metselaar D amp van Thiel PH (1959) Classification of malaria Tropical Geographic Medicine 11 157ndash

161 37 Macdonald G amp Goumleckel GW (1964) The malaria parasite rate and interruption of transmission

Bulletin of World Health Organization 31 365ndash377 38 Lysenko AJ amp Semashko IN (1968) Geography of malaria A medico-geographic profile of an ancient

disease In Lebedew AW ed Itogi Nauki Medicinskaja Geografija Moscow USSR Academy of Sciences pp 25ndash146

39 Macdonald G (1957) The epidemiology and control of malaria Oxford University Press 40 Pampana E (1969) A textbook on malaria eradication Oxford Oxford University Press 41 Pull JH (1972) Malaria surveillance methods their uses and limitations American Journal of Tropical

Medicine amp Hygiene 21 651-657

26

42 World Health Organization (1950) Report on the malaria conference in equatorial Africa Held under the joint auspices of the World Health Organization and of the commission for technical co-operation in Africa south of the Sahara Kampala Uganda 27 Novemberndash9 December 1950

43 Yekutiel P (1960) Problems of epidemiology in malaria eradication Bulletin of the World Health

Organization 22 669-683 44 Macdonald G (1952) The analysis of equilibrium in malaria Tropical Diseases Bulletin 49 813-1129 45 Hay SI Guerra CA Gething PW Patil AP Tatem AJ Noor AM Kabaria CW Manh BH Elyazar IRF

Brooker S Smith DL Moyeed RA Snow RW (2009) A world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2007 PLoS Medicine 6 e1000048

46 Gething PW Patil AP Smith DL Guerra CA Elyazar IRF Johnston GL Tatem AJ Hay SI (2011) A new

world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2010 Malaria Journal 10 378 47 Snow RW Amratia P Kabaria CW Noor AM Marsh K (2012) The changing limits and incidence of

malaria in Africa 1939-2009 Advances in Parasitology 78 169-262 48 Black RH (1968) Manual of epidemiology and epidemiological services in malaria programmes World

Health Organization Geneva 49 Ray AP amp Beljaev AE (1984) Epidemiological surveillance a tool for assessment of malaria and its

control Journal of Communicable Disease 16 197ndash207 50 Omumbo JA Noor AM Fall IS Snow RW (2013) How well are malaria maps used to design and

finance malaria control in Africa PLoS One 8 e53198 51 Alegana VA Atkinson PM Wright JA Kamwi R Kakokele S Snow RW Noor AM (2013) Estimation of

malaria incidence in northern Namibia in 2009 using Bayesian Conditional-Autoregressive Spatial-Temporal Models Spatial amp Spatial Temporal Epidemiology 7 25-36

52 Bennett A Yukich J Miller JM Vounatsou P Hamainza B Ingwe MI Moonga HB Kamuliwo M Keating

J Smith TA Steketee RW Eisele TP (2014) A methodological framework for the improved use of routine health system data to evaluate national malaria control programs evidence from Zambia Population amp Health Metrics 12 30

53 Moonasar D Morris N Kleinschmidt I Maharaj R Raman J Mayet NT Benson FG Durrheim DN

Blumberg L (2013) What will move malaria control to elimination in South Africa South African Medical Journal 103 (10 Suppl 2) 801-806

54 Cohen JM Dlamini S Novotny JM Kandula D Kunene S Tatem AJ (2013) Rapid case-based mapping

of seasonal malaria transmission risk for strategic elimination planning in Swaziland Malaria Journal 12 61

55 Zanzibar Malaria Control Programme (2011) Zanzibar Malaria Performance Review September 2011

ZMCP Ministry of Health Revolutionary Government of Zanzibar

27

56 Ministry of Health [Cape Verde] World Health Organization and the University of California San Francisco (2012) Eliminating malaria Moving towards sustainable elimination in Cape Verde Geneva The World Health Organization httpappswhointirisbitstream106657584919789241504386_engpdfua=1

57 Littrell M Sow GD Ngom A Ba M Mboup BM Dieye Y Mutombo B Earle D Steketee RW (2013)

Case investigation and reactive case detection for malaria elimination in northern Senegal Malaria Journal 12 331

58 Thiroux D A amp DAnfreville D L (1908) Le paludisme au Seacuteneacutegal pendant les anneacutees 1905-1906

Gouvernement General de lAfrique Occidentale Francaise Laboratorie de bacteriologie de Saint-Louis Published Libraire JB Bailliere et Fils Paris 1908

59 Government General de LAlgeacuterie (1908) Campagne Antipaludique de 1908 unpublished document

available in Wellcome Library Euston Road London UK FX134AA9 60 Government of Gold Coast (1914) Medical amp Sanitary Report for the year 1913 Waterlow amp Sons

London 61 Mansfield-Aders W (1927) Notes on malaria and filariasis in the Zanzibar Protectorate Transactions

of the Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 30 207-214 62 Colony of Mauritius (1923-1925) Annual Reports on the Medical and Health Department 63 Swaroop S Gilroy AB Uemura K (1966) Statistical methods in malaria eradication Monograph Series

of World Health Organization 51 164 64 Barber MA amp Rice JB (1937) A survey of malaria in Egypt American Journal of Tropical Medicine amp

Hygiene 17 413-436 65 De Meira MT Simotildees TS Pinto Nogueira JF (1948) Observaccedilotildees sobre sezonismo nas ilhas do Sal Boa

Vista e S Nicolau (Cabo Verde) Anais do Instituto de Medicina Tropical 3 213-237 66 Young MD amp Johnson TH (1949) A malaria survey of Liberia Journal of National Malaria Society 8

247-266 67 De Meillon B (1951) Malaria survey of South-West Africa Bulletin of the World Health Organization

4 333ndash417 68 Houel G amp Donadille F (1953) Vingt ans de lutte antipaludique au Maroc Bulletin de lrsquoInstitut

drsquoHygiene du Maroc 13 3-51 69 Soeiro A (1952) O sezonismo em Moccedilambique contribuiccedilatildeo para o estudo epidemioloacutegico Anais do

Instituto de Medicina Tropical 9 343-389 70 Soeiro A (1959) Relactoacuterio da actividade do Instituto de Investigaccedilatildeo Meacutedica de Moccedilambique em

1958 e plano de trabalhos para o ano de 1960 Anais Intstituto de Higiene e Medicina Tropical 16 573-611

28

71 Bernard PM (1954) Trois ans de lutte antipaludique agrave Madagascar Bulletin de Madagascar

Publication Mensuelle du Service General Drsquoinformation du Haut-Commissariat no 96 72 Cambournac FJC Gandara AF Pena AJ Teixeira EWLG (1955) Subsidios para o inquerito malariologico

em Angola Anais do Instituto de Medicina Tropical 12 121-153 73 Anon (1954) Campagne antipaludique au Dahomey Map found in Benin box in WHO Archives

Geneva August 2012 74 Languillon J (1957) Carte eacutepideacutemiologique du paludisme au Cameroun Bulletin de la Socieacuteteacute de

Pathologie Exotique 50 585 - 600 75 Alves W (1958) Malaria parasite rates in Southern Rhodesia May-September 1956 Bulletin of the

World Health Organization 19 69-74 76 Lariviere M Hocquet P Abonnenc E (1961) Reacutesultats drsquoune enquecircte palustre dans la reacutepublique du

Seacuteneacutegal Indices plasmodiques chez les enfants en milieu rural Bulletin de la Socieacuteteacute Meacutedicale drsquoAfrique Noire de Langue Franccedilaise 6 386-403

77 Wernsdorfer G amp Wernsdorfer W (1967) Malaria in the middle Nile basin and its bordering regions Z

Tropenmed Parasitol 18 17-44 78 Rishikesh N amp Fahmy Y (1961) Quarterly report April-June 1961 Republic of Somalia pre-eradication

survey World Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 79 Rishikesh N Payne D Fahmy Y (1961) Quarterly report for the period January-March 1961 World

Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 80 Bechuanaland Protectorate (1958-1963) Annual Medical and Sanitary Reports for the Protectorate for

the years 1958-1963 Government Printers Gaborone 81 Craig MH Sharp BL Mabaso MLH Kleinschmidt I (2007) Developing a spatial-statistical model and

map of historical malaria prevalence in Botswana using a staged variable selection procedure International Journal of Health Geographics 6 44

82 Cano VI (1971) Deacuteveloppement des services de santeacute de base (Paludisme) World Health

Organization AFRMAL112 83 Barbie Y amp Timbila R (1964) Notes sur le paludisme en Reacutepublique Islamique de Mauritanie Medicine

Tropicale 24 427-435 84 Khromov A amp Privault R (1965) Programme du pre-eradication du paludisme Rapport trimestriel 4th

trimestre 1965 (Sep-Oct-Nov) WHO Mauritanie World Health Organization Unpublished document WHO Archives Geneva

85 Beltran O (1966) Malaria pre-eradication project Sierra Leone-19 fourth quarterly field report

October - December 1966 Government of Sierra Leone amp World Health Organization

29

86 Guy Y amp Gassabi R (1967) Les perspectives de leacuteradication du paludisme en Algeacuterie Archives de

LInstitut Pastuer DAlgerie 45 72-88 87 Chand D Garzen JB Bahar R Rishikesh N (1964) Malaria Eradication Service Ethiopia 14 (c) Quarterly

Report 1 October to 31 December 1964 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

88 Chand D Garzon JB Bahar R Rishiskesh N (1965) Quarterly report covering period 1 October to 31

December 1964 Project Ethiopia 0014 dated 9th february 1965 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

89 Onori E (1967) Distribution of Plasmodium ovale in the Eastern Western and Northern regions of

Uganda Bulletin of the World Health Organization 37 665-668 90 Wenlock (1978) The incidence of Plasmodium parasites in rural Zambia East African Medical Journal

55 268-276 91 Escudie A amp Hamon J (1961) Paludisme en Afrique Occidentale dexpression Franccedilaise Medicine

Tropicale 21 661-687 92 RBM-MERG - httpwwwrbmwhointmechanismsmerghtml 93 Corsi DJ Neuman M Finlay JE Subramanian SV (2012) Demographic and health surveys a profile

International Journal of Epidemiology 41 1602-1613 94 Measure httpwwwmeasuredhscomData 95 UNICEF httpwwwuniceforgstatisticsindex_24302html 96 Smith DL Guerra CA Snow RW Hay SI (2007b) Standardizing estimates of malaria prevalence

Malaria Journal 6 131 97 Brooker S Kolaczinski JH Gitonga CW Noor AM Snow RW (2009) The use of schools for malaria

surveillance and programme evaluation in Africa Malaria Journal 8 231 98 Stevenson JC Stresman GH Gitonga CW Gillig J Owaga C Marube E Odongo W Okoth A China P

Oriango R Brooker SJ Bousema T Drakeley C Cox J (2013) Reliability of school surveys in estimating geographic variation in malaria transmission in the western Kenyan highlands PLoS One 8 e77641

99 De Zulueta J Kafuko GW Cullen JR (1963) An investigation of the annual cycle of malaria in Masaka

district (Uganda) East African Medical Journal 40 469-488 100 Najera JA Shidrawi GR Gibson FD Stafford JS (1967) A large-scale field trial of Malathion as an

insecticide for antimalarial work in Southern Uganda Bulletin of the World Health Organization 36 913-935

30

101 Storey J (1972) A review of malaria work in Sierra Leone 1900 to 1964 West African Medical Journal 27 57-68

102 Gitonga CW Karanja PN Kihara J Mwjame M Juma E Snow RW Noor AM Brooker S (2010)

Implementing school malaria surveys in Kenya towards a nationwide surveillance system Malaria Journal 9 306

103 Gitonga CW Edwards T Karanja PN Noor AM Snow RW Brooker S (2012) Plasmodium infection

anaemia and mosquito net use among school children across different settings in Kenya Tropical Medicine amp International Health 17 858ndash870

104 Houngbedji CA N Dri PB Huumlrlimann E Yapi RB Silueacute KD Soro G Koudou BG Acka CA Assi S

Vounatsou P N Goran EK Fantodji A Utzinger J Raso G (2015) Disparities of Plasmodium falciparum infection malaria-related morbidity and access to malaria prevention and treatment among school-aged children a national cross-sectional survey in Cote dIvoire Malaria Journal 14 7

105 Ashton R Kefyalew T Tesfaye G Pullan R Yadeta D Reithinger R Kolaczinski J Brooker S (2010)

School-based surveys of malaria in Oromia Regional State Ethiopia towards a map of malaria risk Federal Ministry of Health Ethiopia

106 Takem EN Affara M Amambua-Ngwa A Okebe J Ceesay SJ Jawara M Oriero E Nwakanma D

Pinder M Clifford C Taal M Sowe M Suso P Mendy A Mbaye A Drakeley C DAlessandro U (2013) Detecting foci of malaria transmission with school surveys A pilot study in The Gambia PLoS One 8 e67108

107 Clarke SE Roschnik N Rouhani S Diarra S Bamadio M Sacko M Traore D Ly AB Gaye O Sembene

M Fall FB (2012) Malaria in school children under a new policy of universal coverage of nets Recent data from Mali and Senegal American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 Supplement 5 abstract 1466

108 Kabatereine NB Standley CJ Sousa-Fugueiredo JC Fleming RM Stothard JR Talisuna A Fenwick A

(2011) Integrated prevalence mapping of schistosomiasis soil-transmitted helminthiasis and malaria in lakeside and island communities in Lake Victoria Uganda Parasites amp Vectors 4 232

109 Emerson PM Ngondi J Biru E Graves PM Ejigsemahu Y Gebre T Endeshaw T Genet A Mosher

AW Zerihun M Messele A Richards FO (2008) Integrating an NTD with one of lsquolsquoThe Big Threersquorsquo Combined malaria and trachoma survey in Amhara Region of Ethiopia PLoS Neglected Tropical Diseases 2 e197

110 Noor AM Alegana VA Patil AP Moloney G Borle M Ahmed F Yousef F Amran J Snow RW (2012)

Mapping the receptivity of malaria risk to plan the future of control in Somalia British Medical Journal Open Access 2 e001160

111 Boyd MF (1949) Malariology A comprehensive review of all aspects of this group of diseases from a

global standpoint Volume II WB Saunders Company Philadelphia and London

31

112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

22

conversion catalytique de Muench (dabord utiliseacute dans le paludisme par Pull amp Grab dans les anneacutees 1970 [158]) en eacutequations statiques en R-script qui utilise les gammes infeacuterieure et supeacuterieure deacutechantillon et la preacutevalence globale pour se transformer en une estimation preacutevues chez les enfants acircgeacutes de 2-10 ans PfPR2-10 [96] 56 Limitations dues agrave la taille de leacutechantillon La taille de leacutechantillon est inversement proportionnelle agrave la preacutevalence ougrave agrave faible taille des eacutechantillons les biais dans les estimations de la preacutevalence sont introduits en fonction de la preacutevalence reacuteelle de la population se traduisant deacutecarts-types relativement eacuteleveacutes [159] Il existe un seuil critique entre 10 et 20 individus eacutechantillonneacutes en dessous duquel les eacutecarts-types augmentent de faccedilon exponentielle dans la plupart des enquecirctes sur les infections parasitaires et la courbe commence agrave aplatir agrave partir drsquoune taille denviron 50 eacutechantillons et atteint une asymptote agrave environ 100 [160] La taille des eacutechantillons denquecircte individuels est eacutegalement importante dans le calcul des correacutelations avec les variables dendeacutemiciteacute pour veacuterifier les associations plausibles entre par exemple des preacutecipitations et la preacutevalence Au cours de seacutelection des co-variables de petits eacutechantillons impreacutecis peuvent conduire agrave loverfitting Nous avons chercheacute agrave combiner les communauteacutes agrave proximiteacute ougrave tout village comptait moins de 10 personnes eacutechantillonneacutees et ougrave les communauteacutes se situaient agrave moins de 5 km lrsquoun de lautre eacutechantillonneacutes exactement au mecircme moment par les mecircmes enquecircteurs 6 Partage et accegraves aux donneacutees Les donneacutees recueillies pour cette eacutetude font partie dune initiative plus large visant agrave aider les gouvernements nationaux en mettant agrave leur disposition des plateformes de donneacutees probantes pour les aider agrave concevoir des projets de lutte antipaludique gracircce au concours du projet INFORM [131161] soutenu par le Deacutepartement pour le deacuteveloppement international Royaume-Uni et le Wellcome Trust Les donneacutees geacuteocodeacutees sur la preacutevalence parasitaire issues des donneacutees archiveacutees publieacutees et ineacutedites donneacutees et rassembleacutees en bases de donneacutees soigneusement conserveacutees doivent ecirctre prise en charge et geacutereacutees par les services de lutte contre le paludisme au sein des ministegraveres nationaux de la santeacute Les donneacutees provenant des recherches nationales et des enquecirctes meneacutees par les ministegraveres de la santeacute sont la proprieacuteteacute des gouvernements nationaux Le plus souvent la plupart des ministegraveres de la santeacute nont pas accegraves agrave la gamme complegravete des donneacutees sur le paludisme pourtant potentiellement disponibles dans leur propre pays Le but est donc de se servir du projet INFORM pour bacirctir une appropriation des donneacutees nationales sur le paludisme et mettre toutes les donneacutees recueillies agrave la disposition des ministegraveres de la santeacute agrave travers lAfrique et aux conseillers techniques reacutegionaux de lOrganisation mondiale de la santeacute A ce titre ces gouvernements nationaux deviendront les gardiens de leurs propres donneacutees nationales et pleinement responsables de leur distribution aux scientifiques nationaux reacutegionaux et internationaux ainsi qursquoaux partenaires de controcircle

23

7 Reacutefeacuterences 1 Snow RW (2014) Sixty years trying to define the malaria burden in Africa have we made any progress

BMC Medicine 12 227 2 Noor AM Kinyoki DK Mundia CW Kabaria CW Wambua JM Alegana VA Fall IS Snow RW (2014) The

changing risk of Plasmodium falciparum malaria infection in Africa 2000ndash10 a spatial and temporal analysis of transmission intensity Lancet 383 1739-1747

3 Snow RW Marsh K le Sueur D (1996) The need for maps of transmission intensity to guide malaria

control in Africa Parasitology Today 12 455ndash457 4 MARAARMA (1998) Towards an atlas of malaria risk in Africa First technical report of the

MARAARMA collaboration Durban South Africa httpsidl-bncidrccadspacebitstream10625316441114833pdf

5 Le Sueur D Binka F Lengeler C de Savigny D Teuscher T Toure Y Snow RW (1997) An atlas of malaria in

Africa Africa Health 19 23-24 6 Trape JF amp Rogier C (1996) Combating Malaria morbidity and mortality by reducing transmission

Parasitology Today 12 236-240 7 Snow RW Omumbo JA Lowe B Molyneux SM Obiero JO Palmer A Weber MW Pinder M Nahlen B

Obonyo C Newbold C Gupta S Marsh K (1997) Relation between severe malaria morbidity in children and level of Plasmodium falciparum transmission in Africa Lancet 349 1650-1654

8 Ghani AC Sutherland CJ Riley EM Drakeley CJ Griffin JT Gosling RD Filipe JAN (2009) Loss of

population levels of immunity to malaria as a result of exposure reducing interventions consequences for interpretation of disease trends PLoS One 4 e4383

9 Okiro EA Al-Taiar A Reyburn H Idro R Berkley J Nokes DJ Snow RW (2009) Age patterns of severe

paediatric malaria and their relationship to Plasmodium falciparum transmission intensity Malaria Journal 8 4

10 Carneiro I Roca-Feltrer A Griffin JT Smith L Tanner M Armstrong Schellenberg J Greenwood BM

Schellenberg D (2010) Age-patterns of malaria vary with severity transmission intensity and seasonality in sub-Saharan Africa A systematic review and pooled analysis PLoS One 5 e8988

11 Griffin JT Hollingsworth TD Reyburn H Drakeley CJ Riley EM Ghani AC (2014) Gradual acquisition of

immunity to severe malaria with increasing exposure Proceedings of the Royal Society B 282 20142657

12 Snow RW (2015) Global malaria eradication and the importance of Plasmodium falciparum

epidemiology in Africa BMC Medicine 13 23

24

13 Smith T Maire N Ross A Penny M Chitnis N Schapira A Studer A Genton B Lengeler C Tediosi F de Savigny D Tanner M (2008) Towards a comprehensive simulation model of malaria epidemiology and control Parasitology 135 1507ndash1516

14 Smith DL Noor AM Hay SI Snow RW (2009) Predicting changing malaria risk after expanded

insecticide treated net coverage in Africa Trends in Parasitology 25 511ndash516 15 Griffin JT Hollingsworth D Okell LC Churcher TS White M Hinsley W Bousema T Drakeley CJ

Ferguson NM Basanez MG Ghani AC (2010) Reducing Plasmodium falciparum malaria transmission in Africa a model based evaluation of intervention strategies PLoS Medicine 7 e1000324

16 Chitnis N Schapira A Smith T Steketee R (2010) Comparing the effectiveness of malaria vector-

control interventions through a mathematical model American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 83 230ndash240

17 World Health Organization (2014) From malaria control to malaria elimination a manual for

Elimination Scenario Planning Global Malaria Programme World Health Organization Geneva April 2014

18 Gerardin J Eckhoff P Wenger EA (2015) Mass campaigns with antimalarial drugs a modelling

comparison of artemether-lumefantrine and DHA-piperaquine with and without primaquine as tools for malaria control and elimination BMC Infectious Diseases 15 144

19 Okell LC Drakeley CJ Bousema T Whitty CJM Ghani AC (2008) Modelling the impact of artemisinin

combination therapy and long-acting treatments on malaria transmission intensity PLoS Medicine 5 e226

20 Guyatt HL amp Snow RW (2001) Malaria in pregnancy as an indirect cause of infant mortality in sub-Saharan

Africa Transactions of Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 95 569-576 21 Desai M ter Kuile FO Nosten F McGready R Asamoa K Brabin B Newman R (2007) Epidemiology

and burden of malaria in pregnancy Lancet Infectious Diseases 7 93ndash104 22 van Eijk A Hill J Alegana VA Kirui V Gething PW ter Kuile F Snow RW (2011) Coverage of malaria

protection in pregnant women in sub-Saharan Africa a synthesis and analysis of national survey data Lancet Infectious Diseases 11 190-207

23 MPAC (2012) wwwwhointmalariampacsep2012mpac_mip_erg_sep2012pdf 24 MPAC (2013) wwwwhointmalariampacmpac_sep13_erg_ipt_malaria_pregnancy_reportpdf 25 Meremikwu MM Donegan S Sinclair D Esu E Oringanje C (2012) Intermittent preventive

treatment for malaria in children living in areas with seasonal transmission Cochrane Database Systematic Reviews 2 CD003756

26 Cairns M Roca-Feltrer A Garske T Wilson AL Diallo D Milligan PJ Ghani AC Greenwood BM (2012)

Estimating the potential public health impact of seasonal malaria chemoprevention in African children Nature Communications 3 881

25

27 Noor AM Kibuchi E Mitto B Coulibaly D Doumbo OK Snow RW (2015) A spatial decision support

framework for sub-national targeting of seasonal malaria chemoprevention in the Sahel Under review

28 Smith DL McKenzie FE Snow RW Hay SI (2007a) Revisiting the basic reproductive number for

malaria and its implications for malaria control PLoS Biology 5 e42 29 Hay SI Smith DL Snow RW (2008) Measuring malaria endemicity from intense to interrupted

transmission Lancet Infectious Diseases 8 369-378 30 Moonen B Cohen JM Snow RW Slutsker L Drakeley C Smith DL Abeyasinghe R Rodriguez Loacutepez

MH Maharaj R Tanner M Targett G (2010) Operational strategies to achieve and maintain malaria elimination Lancet 376 1592-1603

31 World Health Organization (2012a) Disease surveillance for malaria control Operational manual

WHO Geneva 32 World Health Organization (2012b) Disease surveillance for malaria elimination Operational manual

WHO Geneva 33 Cohen JM Moonen B Snow RW Smith DL (2010) How absolute is zero An evaluation of historical

and current definitions of malaria elimination Malaria Journal 9 213 34 Molineaux L Muir DA Spencer HC Wernsdorfer WH (1988) The epidemiology of malaria and its

measurement Malaria Principles and Practice of Malariology W Wernsdorfer and I McGregor London Churchill Livingstone 2 999-1089

35 Tusting LS Bousema T Smith DL Drakeley C (2014) Measuring changes in Plasmodium falciparum

transmission precision accuracy and costs of metrics Advances in Parasitology 84 151-208 36 Metselaar D amp van Thiel PH (1959) Classification of malaria Tropical Geographic Medicine 11 157ndash

161 37 Macdonald G amp Goumleckel GW (1964) The malaria parasite rate and interruption of transmission

Bulletin of World Health Organization 31 365ndash377 38 Lysenko AJ amp Semashko IN (1968) Geography of malaria A medico-geographic profile of an ancient

disease In Lebedew AW ed Itogi Nauki Medicinskaja Geografija Moscow USSR Academy of Sciences pp 25ndash146

39 Macdonald G (1957) The epidemiology and control of malaria Oxford University Press 40 Pampana E (1969) A textbook on malaria eradication Oxford Oxford University Press 41 Pull JH (1972) Malaria surveillance methods their uses and limitations American Journal of Tropical

Medicine amp Hygiene 21 651-657

26

42 World Health Organization (1950) Report on the malaria conference in equatorial Africa Held under the joint auspices of the World Health Organization and of the commission for technical co-operation in Africa south of the Sahara Kampala Uganda 27 Novemberndash9 December 1950

43 Yekutiel P (1960) Problems of epidemiology in malaria eradication Bulletin of the World Health

Organization 22 669-683 44 Macdonald G (1952) The analysis of equilibrium in malaria Tropical Diseases Bulletin 49 813-1129 45 Hay SI Guerra CA Gething PW Patil AP Tatem AJ Noor AM Kabaria CW Manh BH Elyazar IRF

Brooker S Smith DL Moyeed RA Snow RW (2009) A world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2007 PLoS Medicine 6 e1000048

46 Gething PW Patil AP Smith DL Guerra CA Elyazar IRF Johnston GL Tatem AJ Hay SI (2011) A new

world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2010 Malaria Journal 10 378 47 Snow RW Amratia P Kabaria CW Noor AM Marsh K (2012) The changing limits and incidence of

malaria in Africa 1939-2009 Advances in Parasitology 78 169-262 48 Black RH (1968) Manual of epidemiology and epidemiological services in malaria programmes World

Health Organization Geneva 49 Ray AP amp Beljaev AE (1984) Epidemiological surveillance a tool for assessment of malaria and its

control Journal of Communicable Disease 16 197ndash207 50 Omumbo JA Noor AM Fall IS Snow RW (2013) How well are malaria maps used to design and

finance malaria control in Africa PLoS One 8 e53198 51 Alegana VA Atkinson PM Wright JA Kamwi R Kakokele S Snow RW Noor AM (2013) Estimation of

malaria incidence in northern Namibia in 2009 using Bayesian Conditional-Autoregressive Spatial-Temporal Models Spatial amp Spatial Temporal Epidemiology 7 25-36

52 Bennett A Yukich J Miller JM Vounatsou P Hamainza B Ingwe MI Moonga HB Kamuliwo M Keating

J Smith TA Steketee RW Eisele TP (2014) A methodological framework for the improved use of routine health system data to evaluate national malaria control programs evidence from Zambia Population amp Health Metrics 12 30

53 Moonasar D Morris N Kleinschmidt I Maharaj R Raman J Mayet NT Benson FG Durrheim DN

Blumberg L (2013) What will move malaria control to elimination in South Africa South African Medical Journal 103 (10 Suppl 2) 801-806

54 Cohen JM Dlamini S Novotny JM Kandula D Kunene S Tatem AJ (2013) Rapid case-based mapping

of seasonal malaria transmission risk for strategic elimination planning in Swaziland Malaria Journal 12 61

55 Zanzibar Malaria Control Programme (2011) Zanzibar Malaria Performance Review September 2011

ZMCP Ministry of Health Revolutionary Government of Zanzibar

27

56 Ministry of Health [Cape Verde] World Health Organization and the University of California San Francisco (2012) Eliminating malaria Moving towards sustainable elimination in Cape Verde Geneva The World Health Organization httpappswhointirisbitstream106657584919789241504386_engpdfua=1

57 Littrell M Sow GD Ngom A Ba M Mboup BM Dieye Y Mutombo B Earle D Steketee RW (2013)

Case investigation and reactive case detection for malaria elimination in northern Senegal Malaria Journal 12 331

58 Thiroux D A amp DAnfreville D L (1908) Le paludisme au Seacuteneacutegal pendant les anneacutees 1905-1906

Gouvernement General de lAfrique Occidentale Francaise Laboratorie de bacteriologie de Saint-Louis Published Libraire JB Bailliere et Fils Paris 1908

59 Government General de LAlgeacuterie (1908) Campagne Antipaludique de 1908 unpublished document

available in Wellcome Library Euston Road London UK FX134AA9 60 Government of Gold Coast (1914) Medical amp Sanitary Report for the year 1913 Waterlow amp Sons

London 61 Mansfield-Aders W (1927) Notes on malaria and filariasis in the Zanzibar Protectorate Transactions

of the Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 30 207-214 62 Colony of Mauritius (1923-1925) Annual Reports on the Medical and Health Department 63 Swaroop S Gilroy AB Uemura K (1966) Statistical methods in malaria eradication Monograph Series

of World Health Organization 51 164 64 Barber MA amp Rice JB (1937) A survey of malaria in Egypt American Journal of Tropical Medicine amp

Hygiene 17 413-436 65 De Meira MT Simotildees TS Pinto Nogueira JF (1948) Observaccedilotildees sobre sezonismo nas ilhas do Sal Boa

Vista e S Nicolau (Cabo Verde) Anais do Instituto de Medicina Tropical 3 213-237 66 Young MD amp Johnson TH (1949) A malaria survey of Liberia Journal of National Malaria Society 8

247-266 67 De Meillon B (1951) Malaria survey of South-West Africa Bulletin of the World Health Organization

4 333ndash417 68 Houel G amp Donadille F (1953) Vingt ans de lutte antipaludique au Maroc Bulletin de lrsquoInstitut

drsquoHygiene du Maroc 13 3-51 69 Soeiro A (1952) O sezonismo em Moccedilambique contribuiccedilatildeo para o estudo epidemioloacutegico Anais do

Instituto de Medicina Tropical 9 343-389 70 Soeiro A (1959) Relactoacuterio da actividade do Instituto de Investigaccedilatildeo Meacutedica de Moccedilambique em

1958 e plano de trabalhos para o ano de 1960 Anais Intstituto de Higiene e Medicina Tropical 16 573-611

28

71 Bernard PM (1954) Trois ans de lutte antipaludique agrave Madagascar Bulletin de Madagascar

Publication Mensuelle du Service General Drsquoinformation du Haut-Commissariat no 96 72 Cambournac FJC Gandara AF Pena AJ Teixeira EWLG (1955) Subsidios para o inquerito malariologico

em Angola Anais do Instituto de Medicina Tropical 12 121-153 73 Anon (1954) Campagne antipaludique au Dahomey Map found in Benin box in WHO Archives

Geneva August 2012 74 Languillon J (1957) Carte eacutepideacutemiologique du paludisme au Cameroun Bulletin de la Socieacuteteacute de

Pathologie Exotique 50 585 - 600 75 Alves W (1958) Malaria parasite rates in Southern Rhodesia May-September 1956 Bulletin of the

World Health Organization 19 69-74 76 Lariviere M Hocquet P Abonnenc E (1961) Reacutesultats drsquoune enquecircte palustre dans la reacutepublique du

Seacuteneacutegal Indices plasmodiques chez les enfants en milieu rural Bulletin de la Socieacuteteacute Meacutedicale drsquoAfrique Noire de Langue Franccedilaise 6 386-403

77 Wernsdorfer G amp Wernsdorfer W (1967) Malaria in the middle Nile basin and its bordering regions Z

Tropenmed Parasitol 18 17-44 78 Rishikesh N amp Fahmy Y (1961) Quarterly report April-June 1961 Republic of Somalia pre-eradication

survey World Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 79 Rishikesh N Payne D Fahmy Y (1961) Quarterly report for the period January-March 1961 World

Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 80 Bechuanaland Protectorate (1958-1963) Annual Medical and Sanitary Reports for the Protectorate for

the years 1958-1963 Government Printers Gaborone 81 Craig MH Sharp BL Mabaso MLH Kleinschmidt I (2007) Developing a spatial-statistical model and

map of historical malaria prevalence in Botswana using a staged variable selection procedure International Journal of Health Geographics 6 44

82 Cano VI (1971) Deacuteveloppement des services de santeacute de base (Paludisme) World Health

Organization AFRMAL112 83 Barbie Y amp Timbila R (1964) Notes sur le paludisme en Reacutepublique Islamique de Mauritanie Medicine

Tropicale 24 427-435 84 Khromov A amp Privault R (1965) Programme du pre-eradication du paludisme Rapport trimestriel 4th

trimestre 1965 (Sep-Oct-Nov) WHO Mauritanie World Health Organization Unpublished document WHO Archives Geneva

85 Beltran O (1966) Malaria pre-eradication project Sierra Leone-19 fourth quarterly field report

October - December 1966 Government of Sierra Leone amp World Health Organization

29

86 Guy Y amp Gassabi R (1967) Les perspectives de leacuteradication du paludisme en Algeacuterie Archives de

LInstitut Pastuer DAlgerie 45 72-88 87 Chand D Garzen JB Bahar R Rishikesh N (1964) Malaria Eradication Service Ethiopia 14 (c) Quarterly

Report 1 October to 31 December 1964 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

88 Chand D Garzon JB Bahar R Rishiskesh N (1965) Quarterly report covering period 1 October to 31

December 1964 Project Ethiopia 0014 dated 9th february 1965 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

89 Onori E (1967) Distribution of Plasmodium ovale in the Eastern Western and Northern regions of

Uganda Bulletin of the World Health Organization 37 665-668 90 Wenlock (1978) The incidence of Plasmodium parasites in rural Zambia East African Medical Journal

55 268-276 91 Escudie A amp Hamon J (1961) Paludisme en Afrique Occidentale dexpression Franccedilaise Medicine

Tropicale 21 661-687 92 RBM-MERG - httpwwwrbmwhointmechanismsmerghtml 93 Corsi DJ Neuman M Finlay JE Subramanian SV (2012) Demographic and health surveys a profile

International Journal of Epidemiology 41 1602-1613 94 Measure httpwwwmeasuredhscomData 95 UNICEF httpwwwuniceforgstatisticsindex_24302html 96 Smith DL Guerra CA Snow RW Hay SI (2007b) Standardizing estimates of malaria prevalence

Malaria Journal 6 131 97 Brooker S Kolaczinski JH Gitonga CW Noor AM Snow RW (2009) The use of schools for malaria

surveillance and programme evaluation in Africa Malaria Journal 8 231 98 Stevenson JC Stresman GH Gitonga CW Gillig J Owaga C Marube E Odongo W Okoth A China P

Oriango R Brooker SJ Bousema T Drakeley C Cox J (2013) Reliability of school surveys in estimating geographic variation in malaria transmission in the western Kenyan highlands PLoS One 8 e77641

99 De Zulueta J Kafuko GW Cullen JR (1963) An investigation of the annual cycle of malaria in Masaka

district (Uganda) East African Medical Journal 40 469-488 100 Najera JA Shidrawi GR Gibson FD Stafford JS (1967) A large-scale field trial of Malathion as an

insecticide for antimalarial work in Southern Uganda Bulletin of the World Health Organization 36 913-935

30

101 Storey J (1972) A review of malaria work in Sierra Leone 1900 to 1964 West African Medical Journal 27 57-68

102 Gitonga CW Karanja PN Kihara J Mwjame M Juma E Snow RW Noor AM Brooker S (2010)

Implementing school malaria surveys in Kenya towards a nationwide surveillance system Malaria Journal 9 306

103 Gitonga CW Edwards T Karanja PN Noor AM Snow RW Brooker S (2012) Plasmodium infection

anaemia and mosquito net use among school children across different settings in Kenya Tropical Medicine amp International Health 17 858ndash870

104 Houngbedji CA N Dri PB Huumlrlimann E Yapi RB Silueacute KD Soro G Koudou BG Acka CA Assi S

Vounatsou P N Goran EK Fantodji A Utzinger J Raso G (2015) Disparities of Plasmodium falciparum infection malaria-related morbidity and access to malaria prevention and treatment among school-aged children a national cross-sectional survey in Cote dIvoire Malaria Journal 14 7

105 Ashton R Kefyalew T Tesfaye G Pullan R Yadeta D Reithinger R Kolaczinski J Brooker S (2010)

School-based surveys of malaria in Oromia Regional State Ethiopia towards a map of malaria risk Federal Ministry of Health Ethiopia

106 Takem EN Affara M Amambua-Ngwa A Okebe J Ceesay SJ Jawara M Oriero E Nwakanma D

Pinder M Clifford C Taal M Sowe M Suso P Mendy A Mbaye A Drakeley C DAlessandro U (2013) Detecting foci of malaria transmission with school surveys A pilot study in The Gambia PLoS One 8 e67108

107 Clarke SE Roschnik N Rouhani S Diarra S Bamadio M Sacko M Traore D Ly AB Gaye O Sembene

M Fall FB (2012) Malaria in school children under a new policy of universal coverage of nets Recent data from Mali and Senegal American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 Supplement 5 abstract 1466

108 Kabatereine NB Standley CJ Sousa-Fugueiredo JC Fleming RM Stothard JR Talisuna A Fenwick A

(2011) Integrated prevalence mapping of schistosomiasis soil-transmitted helminthiasis and malaria in lakeside and island communities in Lake Victoria Uganda Parasites amp Vectors 4 232

109 Emerson PM Ngondi J Biru E Graves PM Ejigsemahu Y Gebre T Endeshaw T Genet A Mosher

AW Zerihun M Messele A Richards FO (2008) Integrating an NTD with one of lsquolsquoThe Big Threersquorsquo Combined malaria and trachoma survey in Amhara Region of Ethiopia PLoS Neglected Tropical Diseases 2 e197

110 Noor AM Alegana VA Patil AP Moloney G Borle M Ahmed F Yousef F Amran J Snow RW (2012)

Mapping the receptivity of malaria risk to plan the future of control in Somalia British Medical Journal Open Access 2 e001160

111 Boyd MF (1949) Malariology A comprehensive review of all aspects of this group of diseases from a

global standpoint Volume II WB Saunders Company Philadelphia and London

31

112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

23

7 Reacutefeacuterences 1 Snow RW (2014) Sixty years trying to define the malaria burden in Africa have we made any progress

BMC Medicine 12 227 2 Noor AM Kinyoki DK Mundia CW Kabaria CW Wambua JM Alegana VA Fall IS Snow RW (2014) The

changing risk of Plasmodium falciparum malaria infection in Africa 2000ndash10 a spatial and temporal analysis of transmission intensity Lancet 383 1739-1747

3 Snow RW Marsh K le Sueur D (1996) The need for maps of transmission intensity to guide malaria

control in Africa Parasitology Today 12 455ndash457 4 MARAARMA (1998) Towards an atlas of malaria risk in Africa First technical report of the

MARAARMA collaboration Durban South Africa httpsidl-bncidrccadspacebitstream10625316441114833pdf

5 Le Sueur D Binka F Lengeler C de Savigny D Teuscher T Toure Y Snow RW (1997) An atlas of malaria in

Africa Africa Health 19 23-24 6 Trape JF amp Rogier C (1996) Combating Malaria morbidity and mortality by reducing transmission

Parasitology Today 12 236-240 7 Snow RW Omumbo JA Lowe B Molyneux SM Obiero JO Palmer A Weber MW Pinder M Nahlen B

Obonyo C Newbold C Gupta S Marsh K (1997) Relation between severe malaria morbidity in children and level of Plasmodium falciparum transmission in Africa Lancet 349 1650-1654

8 Ghani AC Sutherland CJ Riley EM Drakeley CJ Griffin JT Gosling RD Filipe JAN (2009) Loss of

population levels of immunity to malaria as a result of exposure reducing interventions consequences for interpretation of disease trends PLoS One 4 e4383

9 Okiro EA Al-Taiar A Reyburn H Idro R Berkley J Nokes DJ Snow RW (2009) Age patterns of severe

paediatric malaria and their relationship to Plasmodium falciparum transmission intensity Malaria Journal 8 4

10 Carneiro I Roca-Feltrer A Griffin JT Smith L Tanner M Armstrong Schellenberg J Greenwood BM

Schellenberg D (2010) Age-patterns of malaria vary with severity transmission intensity and seasonality in sub-Saharan Africa A systematic review and pooled analysis PLoS One 5 e8988

11 Griffin JT Hollingsworth TD Reyburn H Drakeley CJ Riley EM Ghani AC (2014) Gradual acquisition of

immunity to severe malaria with increasing exposure Proceedings of the Royal Society B 282 20142657

12 Snow RW (2015) Global malaria eradication and the importance of Plasmodium falciparum

epidemiology in Africa BMC Medicine 13 23

24

13 Smith T Maire N Ross A Penny M Chitnis N Schapira A Studer A Genton B Lengeler C Tediosi F de Savigny D Tanner M (2008) Towards a comprehensive simulation model of malaria epidemiology and control Parasitology 135 1507ndash1516

14 Smith DL Noor AM Hay SI Snow RW (2009) Predicting changing malaria risk after expanded

insecticide treated net coverage in Africa Trends in Parasitology 25 511ndash516 15 Griffin JT Hollingsworth D Okell LC Churcher TS White M Hinsley W Bousema T Drakeley CJ

Ferguson NM Basanez MG Ghani AC (2010) Reducing Plasmodium falciparum malaria transmission in Africa a model based evaluation of intervention strategies PLoS Medicine 7 e1000324

16 Chitnis N Schapira A Smith T Steketee R (2010) Comparing the effectiveness of malaria vector-

control interventions through a mathematical model American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 83 230ndash240

17 World Health Organization (2014) From malaria control to malaria elimination a manual for

Elimination Scenario Planning Global Malaria Programme World Health Organization Geneva April 2014

18 Gerardin J Eckhoff P Wenger EA (2015) Mass campaigns with antimalarial drugs a modelling

comparison of artemether-lumefantrine and DHA-piperaquine with and without primaquine as tools for malaria control and elimination BMC Infectious Diseases 15 144

19 Okell LC Drakeley CJ Bousema T Whitty CJM Ghani AC (2008) Modelling the impact of artemisinin

combination therapy and long-acting treatments on malaria transmission intensity PLoS Medicine 5 e226

20 Guyatt HL amp Snow RW (2001) Malaria in pregnancy as an indirect cause of infant mortality in sub-Saharan

Africa Transactions of Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 95 569-576 21 Desai M ter Kuile FO Nosten F McGready R Asamoa K Brabin B Newman R (2007) Epidemiology

and burden of malaria in pregnancy Lancet Infectious Diseases 7 93ndash104 22 van Eijk A Hill J Alegana VA Kirui V Gething PW ter Kuile F Snow RW (2011) Coverage of malaria

protection in pregnant women in sub-Saharan Africa a synthesis and analysis of national survey data Lancet Infectious Diseases 11 190-207

23 MPAC (2012) wwwwhointmalariampacsep2012mpac_mip_erg_sep2012pdf 24 MPAC (2013) wwwwhointmalariampacmpac_sep13_erg_ipt_malaria_pregnancy_reportpdf 25 Meremikwu MM Donegan S Sinclair D Esu E Oringanje C (2012) Intermittent preventive

treatment for malaria in children living in areas with seasonal transmission Cochrane Database Systematic Reviews 2 CD003756

26 Cairns M Roca-Feltrer A Garske T Wilson AL Diallo D Milligan PJ Ghani AC Greenwood BM (2012)

Estimating the potential public health impact of seasonal malaria chemoprevention in African children Nature Communications 3 881

25

27 Noor AM Kibuchi E Mitto B Coulibaly D Doumbo OK Snow RW (2015) A spatial decision support

framework for sub-national targeting of seasonal malaria chemoprevention in the Sahel Under review

28 Smith DL McKenzie FE Snow RW Hay SI (2007a) Revisiting the basic reproductive number for

malaria and its implications for malaria control PLoS Biology 5 e42 29 Hay SI Smith DL Snow RW (2008) Measuring malaria endemicity from intense to interrupted

transmission Lancet Infectious Diseases 8 369-378 30 Moonen B Cohen JM Snow RW Slutsker L Drakeley C Smith DL Abeyasinghe R Rodriguez Loacutepez

MH Maharaj R Tanner M Targett G (2010) Operational strategies to achieve and maintain malaria elimination Lancet 376 1592-1603

31 World Health Organization (2012a) Disease surveillance for malaria control Operational manual

WHO Geneva 32 World Health Organization (2012b) Disease surveillance for malaria elimination Operational manual

WHO Geneva 33 Cohen JM Moonen B Snow RW Smith DL (2010) How absolute is zero An evaluation of historical

and current definitions of malaria elimination Malaria Journal 9 213 34 Molineaux L Muir DA Spencer HC Wernsdorfer WH (1988) The epidemiology of malaria and its

measurement Malaria Principles and Practice of Malariology W Wernsdorfer and I McGregor London Churchill Livingstone 2 999-1089

35 Tusting LS Bousema T Smith DL Drakeley C (2014) Measuring changes in Plasmodium falciparum

transmission precision accuracy and costs of metrics Advances in Parasitology 84 151-208 36 Metselaar D amp van Thiel PH (1959) Classification of malaria Tropical Geographic Medicine 11 157ndash

161 37 Macdonald G amp Goumleckel GW (1964) The malaria parasite rate and interruption of transmission

Bulletin of World Health Organization 31 365ndash377 38 Lysenko AJ amp Semashko IN (1968) Geography of malaria A medico-geographic profile of an ancient

disease In Lebedew AW ed Itogi Nauki Medicinskaja Geografija Moscow USSR Academy of Sciences pp 25ndash146

39 Macdonald G (1957) The epidemiology and control of malaria Oxford University Press 40 Pampana E (1969) A textbook on malaria eradication Oxford Oxford University Press 41 Pull JH (1972) Malaria surveillance methods their uses and limitations American Journal of Tropical

Medicine amp Hygiene 21 651-657

26

42 World Health Organization (1950) Report on the malaria conference in equatorial Africa Held under the joint auspices of the World Health Organization and of the commission for technical co-operation in Africa south of the Sahara Kampala Uganda 27 Novemberndash9 December 1950

43 Yekutiel P (1960) Problems of epidemiology in malaria eradication Bulletin of the World Health

Organization 22 669-683 44 Macdonald G (1952) The analysis of equilibrium in malaria Tropical Diseases Bulletin 49 813-1129 45 Hay SI Guerra CA Gething PW Patil AP Tatem AJ Noor AM Kabaria CW Manh BH Elyazar IRF

Brooker S Smith DL Moyeed RA Snow RW (2009) A world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2007 PLoS Medicine 6 e1000048

46 Gething PW Patil AP Smith DL Guerra CA Elyazar IRF Johnston GL Tatem AJ Hay SI (2011) A new

world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2010 Malaria Journal 10 378 47 Snow RW Amratia P Kabaria CW Noor AM Marsh K (2012) The changing limits and incidence of

malaria in Africa 1939-2009 Advances in Parasitology 78 169-262 48 Black RH (1968) Manual of epidemiology and epidemiological services in malaria programmes World

Health Organization Geneva 49 Ray AP amp Beljaev AE (1984) Epidemiological surveillance a tool for assessment of malaria and its

control Journal of Communicable Disease 16 197ndash207 50 Omumbo JA Noor AM Fall IS Snow RW (2013) How well are malaria maps used to design and

finance malaria control in Africa PLoS One 8 e53198 51 Alegana VA Atkinson PM Wright JA Kamwi R Kakokele S Snow RW Noor AM (2013) Estimation of

malaria incidence in northern Namibia in 2009 using Bayesian Conditional-Autoregressive Spatial-Temporal Models Spatial amp Spatial Temporal Epidemiology 7 25-36

52 Bennett A Yukich J Miller JM Vounatsou P Hamainza B Ingwe MI Moonga HB Kamuliwo M Keating

J Smith TA Steketee RW Eisele TP (2014) A methodological framework for the improved use of routine health system data to evaluate national malaria control programs evidence from Zambia Population amp Health Metrics 12 30

53 Moonasar D Morris N Kleinschmidt I Maharaj R Raman J Mayet NT Benson FG Durrheim DN

Blumberg L (2013) What will move malaria control to elimination in South Africa South African Medical Journal 103 (10 Suppl 2) 801-806

54 Cohen JM Dlamini S Novotny JM Kandula D Kunene S Tatem AJ (2013) Rapid case-based mapping

of seasonal malaria transmission risk for strategic elimination planning in Swaziland Malaria Journal 12 61

55 Zanzibar Malaria Control Programme (2011) Zanzibar Malaria Performance Review September 2011

ZMCP Ministry of Health Revolutionary Government of Zanzibar

27

56 Ministry of Health [Cape Verde] World Health Organization and the University of California San Francisco (2012) Eliminating malaria Moving towards sustainable elimination in Cape Verde Geneva The World Health Organization httpappswhointirisbitstream106657584919789241504386_engpdfua=1

57 Littrell M Sow GD Ngom A Ba M Mboup BM Dieye Y Mutombo B Earle D Steketee RW (2013)

Case investigation and reactive case detection for malaria elimination in northern Senegal Malaria Journal 12 331

58 Thiroux D A amp DAnfreville D L (1908) Le paludisme au Seacuteneacutegal pendant les anneacutees 1905-1906

Gouvernement General de lAfrique Occidentale Francaise Laboratorie de bacteriologie de Saint-Louis Published Libraire JB Bailliere et Fils Paris 1908

59 Government General de LAlgeacuterie (1908) Campagne Antipaludique de 1908 unpublished document

available in Wellcome Library Euston Road London UK FX134AA9 60 Government of Gold Coast (1914) Medical amp Sanitary Report for the year 1913 Waterlow amp Sons

London 61 Mansfield-Aders W (1927) Notes on malaria and filariasis in the Zanzibar Protectorate Transactions

of the Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 30 207-214 62 Colony of Mauritius (1923-1925) Annual Reports on the Medical and Health Department 63 Swaroop S Gilroy AB Uemura K (1966) Statistical methods in malaria eradication Monograph Series

of World Health Organization 51 164 64 Barber MA amp Rice JB (1937) A survey of malaria in Egypt American Journal of Tropical Medicine amp

Hygiene 17 413-436 65 De Meira MT Simotildees TS Pinto Nogueira JF (1948) Observaccedilotildees sobre sezonismo nas ilhas do Sal Boa

Vista e S Nicolau (Cabo Verde) Anais do Instituto de Medicina Tropical 3 213-237 66 Young MD amp Johnson TH (1949) A malaria survey of Liberia Journal of National Malaria Society 8

247-266 67 De Meillon B (1951) Malaria survey of South-West Africa Bulletin of the World Health Organization

4 333ndash417 68 Houel G amp Donadille F (1953) Vingt ans de lutte antipaludique au Maroc Bulletin de lrsquoInstitut

drsquoHygiene du Maroc 13 3-51 69 Soeiro A (1952) O sezonismo em Moccedilambique contribuiccedilatildeo para o estudo epidemioloacutegico Anais do

Instituto de Medicina Tropical 9 343-389 70 Soeiro A (1959) Relactoacuterio da actividade do Instituto de Investigaccedilatildeo Meacutedica de Moccedilambique em

1958 e plano de trabalhos para o ano de 1960 Anais Intstituto de Higiene e Medicina Tropical 16 573-611

28

71 Bernard PM (1954) Trois ans de lutte antipaludique agrave Madagascar Bulletin de Madagascar

Publication Mensuelle du Service General Drsquoinformation du Haut-Commissariat no 96 72 Cambournac FJC Gandara AF Pena AJ Teixeira EWLG (1955) Subsidios para o inquerito malariologico

em Angola Anais do Instituto de Medicina Tropical 12 121-153 73 Anon (1954) Campagne antipaludique au Dahomey Map found in Benin box in WHO Archives

Geneva August 2012 74 Languillon J (1957) Carte eacutepideacutemiologique du paludisme au Cameroun Bulletin de la Socieacuteteacute de

Pathologie Exotique 50 585 - 600 75 Alves W (1958) Malaria parasite rates in Southern Rhodesia May-September 1956 Bulletin of the

World Health Organization 19 69-74 76 Lariviere M Hocquet P Abonnenc E (1961) Reacutesultats drsquoune enquecircte palustre dans la reacutepublique du

Seacuteneacutegal Indices plasmodiques chez les enfants en milieu rural Bulletin de la Socieacuteteacute Meacutedicale drsquoAfrique Noire de Langue Franccedilaise 6 386-403

77 Wernsdorfer G amp Wernsdorfer W (1967) Malaria in the middle Nile basin and its bordering regions Z

Tropenmed Parasitol 18 17-44 78 Rishikesh N amp Fahmy Y (1961) Quarterly report April-June 1961 Republic of Somalia pre-eradication

survey World Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 79 Rishikesh N Payne D Fahmy Y (1961) Quarterly report for the period January-March 1961 World

Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 80 Bechuanaland Protectorate (1958-1963) Annual Medical and Sanitary Reports for the Protectorate for

the years 1958-1963 Government Printers Gaborone 81 Craig MH Sharp BL Mabaso MLH Kleinschmidt I (2007) Developing a spatial-statistical model and

map of historical malaria prevalence in Botswana using a staged variable selection procedure International Journal of Health Geographics 6 44

82 Cano VI (1971) Deacuteveloppement des services de santeacute de base (Paludisme) World Health

Organization AFRMAL112 83 Barbie Y amp Timbila R (1964) Notes sur le paludisme en Reacutepublique Islamique de Mauritanie Medicine

Tropicale 24 427-435 84 Khromov A amp Privault R (1965) Programme du pre-eradication du paludisme Rapport trimestriel 4th

trimestre 1965 (Sep-Oct-Nov) WHO Mauritanie World Health Organization Unpublished document WHO Archives Geneva

85 Beltran O (1966) Malaria pre-eradication project Sierra Leone-19 fourth quarterly field report

October - December 1966 Government of Sierra Leone amp World Health Organization

29

86 Guy Y amp Gassabi R (1967) Les perspectives de leacuteradication du paludisme en Algeacuterie Archives de

LInstitut Pastuer DAlgerie 45 72-88 87 Chand D Garzen JB Bahar R Rishikesh N (1964) Malaria Eradication Service Ethiopia 14 (c) Quarterly

Report 1 October to 31 December 1964 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

88 Chand D Garzon JB Bahar R Rishiskesh N (1965) Quarterly report covering period 1 October to 31

December 1964 Project Ethiopia 0014 dated 9th february 1965 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

89 Onori E (1967) Distribution of Plasmodium ovale in the Eastern Western and Northern regions of

Uganda Bulletin of the World Health Organization 37 665-668 90 Wenlock (1978) The incidence of Plasmodium parasites in rural Zambia East African Medical Journal

55 268-276 91 Escudie A amp Hamon J (1961) Paludisme en Afrique Occidentale dexpression Franccedilaise Medicine

Tropicale 21 661-687 92 RBM-MERG - httpwwwrbmwhointmechanismsmerghtml 93 Corsi DJ Neuman M Finlay JE Subramanian SV (2012) Demographic and health surveys a profile

International Journal of Epidemiology 41 1602-1613 94 Measure httpwwwmeasuredhscomData 95 UNICEF httpwwwuniceforgstatisticsindex_24302html 96 Smith DL Guerra CA Snow RW Hay SI (2007b) Standardizing estimates of malaria prevalence

Malaria Journal 6 131 97 Brooker S Kolaczinski JH Gitonga CW Noor AM Snow RW (2009) The use of schools for malaria

surveillance and programme evaluation in Africa Malaria Journal 8 231 98 Stevenson JC Stresman GH Gitonga CW Gillig J Owaga C Marube E Odongo W Okoth A China P

Oriango R Brooker SJ Bousema T Drakeley C Cox J (2013) Reliability of school surveys in estimating geographic variation in malaria transmission in the western Kenyan highlands PLoS One 8 e77641

99 De Zulueta J Kafuko GW Cullen JR (1963) An investigation of the annual cycle of malaria in Masaka

district (Uganda) East African Medical Journal 40 469-488 100 Najera JA Shidrawi GR Gibson FD Stafford JS (1967) A large-scale field trial of Malathion as an

insecticide for antimalarial work in Southern Uganda Bulletin of the World Health Organization 36 913-935

30

101 Storey J (1972) A review of malaria work in Sierra Leone 1900 to 1964 West African Medical Journal 27 57-68

102 Gitonga CW Karanja PN Kihara J Mwjame M Juma E Snow RW Noor AM Brooker S (2010)

Implementing school malaria surveys in Kenya towards a nationwide surveillance system Malaria Journal 9 306

103 Gitonga CW Edwards T Karanja PN Noor AM Snow RW Brooker S (2012) Plasmodium infection

anaemia and mosquito net use among school children across different settings in Kenya Tropical Medicine amp International Health 17 858ndash870

104 Houngbedji CA N Dri PB Huumlrlimann E Yapi RB Silueacute KD Soro G Koudou BG Acka CA Assi S

Vounatsou P N Goran EK Fantodji A Utzinger J Raso G (2015) Disparities of Plasmodium falciparum infection malaria-related morbidity and access to malaria prevention and treatment among school-aged children a national cross-sectional survey in Cote dIvoire Malaria Journal 14 7

105 Ashton R Kefyalew T Tesfaye G Pullan R Yadeta D Reithinger R Kolaczinski J Brooker S (2010)

School-based surveys of malaria in Oromia Regional State Ethiopia towards a map of malaria risk Federal Ministry of Health Ethiopia

106 Takem EN Affara M Amambua-Ngwa A Okebe J Ceesay SJ Jawara M Oriero E Nwakanma D

Pinder M Clifford C Taal M Sowe M Suso P Mendy A Mbaye A Drakeley C DAlessandro U (2013) Detecting foci of malaria transmission with school surveys A pilot study in The Gambia PLoS One 8 e67108

107 Clarke SE Roschnik N Rouhani S Diarra S Bamadio M Sacko M Traore D Ly AB Gaye O Sembene

M Fall FB (2012) Malaria in school children under a new policy of universal coverage of nets Recent data from Mali and Senegal American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 Supplement 5 abstract 1466

108 Kabatereine NB Standley CJ Sousa-Fugueiredo JC Fleming RM Stothard JR Talisuna A Fenwick A

(2011) Integrated prevalence mapping of schistosomiasis soil-transmitted helminthiasis and malaria in lakeside and island communities in Lake Victoria Uganda Parasites amp Vectors 4 232

109 Emerson PM Ngondi J Biru E Graves PM Ejigsemahu Y Gebre T Endeshaw T Genet A Mosher

AW Zerihun M Messele A Richards FO (2008) Integrating an NTD with one of lsquolsquoThe Big Threersquorsquo Combined malaria and trachoma survey in Amhara Region of Ethiopia PLoS Neglected Tropical Diseases 2 e197

110 Noor AM Alegana VA Patil AP Moloney G Borle M Ahmed F Yousef F Amran J Snow RW (2012)

Mapping the receptivity of malaria risk to plan the future of control in Somalia British Medical Journal Open Access 2 e001160

111 Boyd MF (1949) Malariology A comprehensive review of all aspects of this group of diseases from a

global standpoint Volume II WB Saunders Company Philadelphia and London

31

112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

24

13 Smith T Maire N Ross A Penny M Chitnis N Schapira A Studer A Genton B Lengeler C Tediosi F de Savigny D Tanner M (2008) Towards a comprehensive simulation model of malaria epidemiology and control Parasitology 135 1507ndash1516

14 Smith DL Noor AM Hay SI Snow RW (2009) Predicting changing malaria risk after expanded

insecticide treated net coverage in Africa Trends in Parasitology 25 511ndash516 15 Griffin JT Hollingsworth D Okell LC Churcher TS White M Hinsley W Bousema T Drakeley CJ

Ferguson NM Basanez MG Ghani AC (2010) Reducing Plasmodium falciparum malaria transmission in Africa a model based evaluation of intervention strategies PLoS Medicine 7 e1000324

16 Chitnis N Schapira A Smith T Steketee R (2010) Comparing the effectiveness of malaria vector-

control interventions through a mathematical model American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 83 230ndash240

17 World Health Organization (2014) From malaria control to malaria elimination a manual for

Elimination Scenario Planning Global Malaria Programme World Health Organization Geneva April 2014

18 Gerardin J Eckhoff P Wenger EA (2015) Mass campaigns with antimalarial drugs a modelling

comparison of artemether-lumefantrine and DHA-piperaquine with and without primaquine as tools for malaria control and elimination BMC Infectious Diseases 15 144

19 Okell LC Drakeley CJ Bousema T Whitty CJM Ghani AC (2008) Modelling the impact of artemisinin

combination therapy and long-acting treatments on malaria transmission intensity PLoS Medicine 5 e226

20 Guyatt HL amp Snow RW (2001) Malaria in pregnancy as an indirect cause of infant mortality in sub-Saharan

Africa Transactions of Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 95 569-576 21 Desai M ter Kuile FO Nosten F McGready R Asamoa K Brabin B Newman R (2007) Epidemiology

and burden of malaria in pregnancy Lancet Infectious Diseases 7 93ndash104 22 van Eijk A Hill J Alegana VA Kirui V Gething PW ter Kuile F Snow RW (2011) Coverage of malaria

protection in pregnant women in sub-Saharan Africa a synthesis and analysis of national survey data Lancet Infectious Diseases 11 190-207

23 MPAC (2012) wwwwhointmalariampacsep2012mpac_mip_erg_sep2012pdf 24 MPAC (2013) wwwwhointmalariampacmpac_sep13_erg_ipt_malaria_pregnancy_reportpdf 25 Meremikwu MM Donegan S Sinclair D Esu E Oringanje C (2012) Intermittent preventive

treatment for malaria in children living in areas with seasonal transmission Cochrane Database Systematic Reviews 2 CD003756

26 Cairns M Roca-Feltrer A Garske T Wilson AL Diallo D Milligan PJ Ghani AC Greenwood BM (2012)

Estimating the potential public health impact of seasonal malaria chemoprevention in African children Nature Communications 3 881

25

27 Noor AM Kibuchi E Mitto B Coulibaly D Doumbo OK Snow RW (2015) A spatial decision support

framework for sub-national targeting of seasonal malaria chemoprevention in the Sahel Under review

28 Smith DL McKenzie FE Snow RW Hay SI (2007a) Revisiting the basic reproductive number for

malaria and its implications for malaria control PLoS Biology 5 e42 29 Hay SI Smith DL Snow RW (2008) Measuring malaria endemicity from intense to interrupted

transmission Lancet Infectious Diseases 8 369-378 30 Moonen B Cohen JM Snow RW Slutsker L Drakeley C Smith DL Abeyasinghe R Rodriguez Loacutepez

MH Maharaj R Tanner M Targett G (2010) Operational strategies to achieve and maintain malaria elimination Lancet 376 1592-1603

31 World Health Organization (2012a) Disease surveillance for malaria control Operational manual

WHO Geneva 32 World Health Organization (2012b) Disease surveillance for malaria elimination Operational manual

WHO Geneva 33 Cohen JM Moonen B Snow RW Smith DL (2010) How absolute is zero An evaluation of historical

and current definitions of malaria elimination Malaria Journal 9 213 34 Molineaux L Muir DA Spencer HC Wernsdorfer WH (1988) The epidemiology of malaria and its

measurement Malaria Principles and Practice of Malariology W Wernsdorfer and I McGregor London Churchill Livingstone 2 999-1089

35 Tusting LS Bousema T Smith DL Drakeley C (2014) Measuring changes in Plasmodium falciparum

transmission precision accuracy and costs of metrics Advances in Parasitology 84 151-208 36 Metselaar D amp van Thiel PH (1959) Classification of malaria Tropical Geographic Medicine 11 157ndash

161 37 Macdonald G amp Goumleckel GW (1964) The malaria parasite rate and interruption of transmission

Bulletin of World Health Organization 31 365ndash377 38 Lysenko AJ amp Semashko IN (1968) Geography of malaria A medico-geographic profile of an ancient

disease In Lebedew AW ed Itogi Nauki Medicinskaja Geografija Moscow USSR Academy of Sciences pp 25ndash146

39 Macdonald G (1957) The epidemiology and control of malaria Oxford University Press 40 Pampana E (1969) A textbook on malaria eradication Oxford Oxford University Press 41 Pull JH (1972) Malaria surveillance methods their uses and limitations American Journal of Tropical

Medicine amp Hygiene 21 651-657

26

42 World Health Organization (1950) Report on the malaria conference in equatorial Africa Held under the joint auspices of the World Health Organization and of the commission for technical co-operation in Africa south of the Sahara Kampala Uganda 27 Novemberndash9 December 1950

43 Yekutiel P (1960) Problems of epidemiology in malaria eradication Bulletin of the World Health

Organization 22 669-683 44 Macdonald G (1952) The analysis of equilibrium in malaria Tropical Diseases Bulletin 49 813-1129 45 Hay SI Guerra CA Gething PW Patil AP Tatem AJ Noor AM Kabaria CW Manh BH Elyazar IRF

Brooker S Smith DL Moyeed RA Snow RW (2009) A world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2007 PLoS Medicine 6 e1000048

46 Gething PW Patil AP Smith DL Guerra CA Elyazar IRF Johnston GL Tatem AJ Hay SI (2011) A new

world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2010 Malaria Journal 10 378 47 Snow RW Amratia P Kabaria CW Noor AM Marsh K (2012) The changing limits and incidence of

malaria in Africa 1939-2009 Advances in Parasitology 78 169-262 48 Black RH (1968) Manual of epidemiology and epidemiological services in malaria programmes World

Health Organization Geneva 49 Ray AP amp Beljaev AE (1984) Epidemiological surveillance a tool for assessment of malaria and its

control Journal of Communicable Disease 16 197ndash207 50 Omumbo JA Noor AM Fall IS Snow RW (2013) How well are malaria maps used to design and

finance malaria control in Africa PLoS One 8 e53198 51 Alegana VA Atkinson PM Wright JA Kamwi R Kakokele S Snow RW Noor AM (2013) Estimation of

malaria incidence in northern Namibia in 2009 using Bayesian Conditional-Autoregressive Spatial-Temporal Models Spatial amp Spatial Temporal Epidemiology 7 25-36

52 Bennett A Yukich J Miller JM Vounatsou P Hamainza B Ingwe MI Moonga HB Kamuliwo M Keating

J Smith TA Steketee RW Eisele TP (2014) A methodological framework for the improved use of routine health system data to evaluate national malaria control programs evidence from Zambia Population amp Health Metrics 12 30

53 Moonasar D Morris N Kleinschmidt I Maharaj R Raman J Mayet NT Benson FG Durrheim DN

Blumberg L (2013) What will move malaria control to elimination in South Africa South African Medical Journal 103 (10 Suppl 2) 801-806

54 Cohen JM Dlamini S Novotny JM Kandula D Kunene S Tatem AJ (2013) Rapid case-based mapping

of seasonal malaria transmission risk for strategic elimination planning in Swaziland Malaria Journal 12 61

55 Zanzibar Malaria Control Programme (2011) Zanzibar Malaria Performance Review September 2011

ZMCP Ministry of Health Revolutionary Government of Zanzibar

27

56 Ministry of Health [Cape Verde] World Health Organization and the University of California San Francisco (2012) Eliminating malaria Moving towards sustainable elimination in Cape Verde Geneva The World Health Organization httpappswhointirisbitstream106657584919789241504386_engpdfua=1

57 Littrell M Sow GD Ngom A Ba M Mboup BM Dieye Y Mutombo B Earle D Steketee RW (2013)

Case investigation and reactive case detection for malaria elimination in northern Senegal Malaria Journal 12 331

58 Thiroux D A amp DAnfreville D L (1908) Le paludisme au Seacuteneacutegal pendant les anneacutees 1905-1906

Gouvernement General de lAfrique Occidentale Francaise Laboratorie de bacteriologie de Saint-Louis Published Libraire JB Bailliere et Fils Paris 1908

59 Government General de LAlgeacuterie (1908) Campagne Antipaludique de 1908 unpublished document

available in Wellcome Library Euston Road London UK FX134AA9 60 Government of Gold Coast (1914) Medical amp Sanitary Report for the year 1913 Waterlow amp Sons

London 61 Mansfield-Aders W (1927) Notes on malaria and filariasis in the Zanzibar Protectorate Transactions

of the Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 30 207-214 62 Colony of Mauritius (1923-1925) Annual Reports on the Medical and Health Department 63 Swaroop S Gilroy AB Uemura K (1966) Statistical methods in malaria eradication Monograph Series

of World Health Organization 51 164 64 Barber MA amp Rice JB (1937) A survey of malaria in Egypt American Journal of Tropical Medicine amp

Hygiene 17 413-436 65 De Meira MT Simotildees TS Pinto Nogueira JF (1948) Observaccedilotildees sobre sezonismo nas ilhas do Sal Boa

Vista e S Nicolau (Cabo Verde) Anais do Instituto de Medicina Tropical 3 213-237 66 Young MD amp Johnson TH (1949) A malaria survey of Liberia Journal of National Malaria Society 8

247-266 67 De Meillon B (1951) Malaria survey of South-West Africa Bulletin of the World Health Organization

4 333ndash417 68 Houel G amp Donadille F (1953) Vingt ans de lutte antipaludique au Maroc Bulletin de lrsquoInstitut

drsquoHygiene du Maroc 13 3-51 69 Soeiro A (1952) O sezonismo em Moccedilambique contribuiccedilatildeo para o estudo epidemioloacutegico Anais do

Instituto de Medicina Tropical 9 343-389 70 Soeiro A (1959) Relactoacuterio da actividade do Instituto de Investigaccedilatildeo Meacutedica de Moccedilambique em

1958 e plano de trabalhos para o ano de 1960 Anais Intstituto de Higiene e Medicina Tropical 16 573-611

28

71 Bernard PM (1954) Trois ans de lutte antipaludique agrave Madagascar Bulletin de Madagascar

Publication Mensuelle du Service General Drsquoinformation du Haut-Commissariat no 96 72 Cambournac FJC Gandara AF Pena AJ Teixeira EWLG (1955) Subsidios para o inquerito malariologico

em Angola Anais do Instituto de Medicina Tropical 12 121-153 73 Anon (1954) Campagne antipaludique au Dahomey Map found in Benin box in WHO Archives

Geneva August 2012 74 Languillon J (1957) Carte eacutepideacutemiologique du paludisme au Cameroun Bulletin de la Socieacuteteacute de

Pathologie Exotique 50 585 - 600 75 Alves W (1958) Malaria parasite rates in Southern Rhodesia May-September 1956 Bulletin of the

World Health Organization 19 69-74 76 Lariviere M Hocquet P Abonnenc E (1961) Reacutesultats drsquoune enquecircte palustre dans la reacutepublique du

Seacuteneacutegal Indices plasmodiques chez les enfants en milieu rural Bulletin de la Socieacuteteacute Meacutedicale drsquoAfrique Noire de Langue Franccedilaise 6 386-403

77 Wernsdorfer G amp Wernsdorfer W (1967) Malaria in the middle Nile basin and its bordering regions Z

Tropenmed Parasitol 18 17-44 78 Rishikesh N amp Fahmy Y (1961) Quarterly report April-June 1961 Republic of Somalia pre-eradication

survey World Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 79 Rishikesh N Payne D Fahmy Y (1961) Quarterly report for the period January-March 1961 World

Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 80 Bechuanaland Protectorate (1958-1963) Annual Medical and Sanitary Reports for the Protectorate for

the years 1958-1963 Government Printers Gaborone 81 Craig MH Sharp BL Mabaso MLH Kleinschmidt I (2007) Developing a spatial-statistical model and

map of historical malaria prevalence in Botswana using a staged variable selection procedure International Journal of Health Geographics 6 44

82 Cano VI (1971) Deacuteveloppement des services de santeacute de base (Paludisme) World Health

Organization AFRMAL112 83 Barbie Y amp Timbila R (1964) Notes sur le paludisme en Reacutepublique Islamique de Mauritanie Medicine

Tropicale 24 427-435 84 Khromov A amp Privault R (1965) Programme du pre-eradication du paludisme Rapport trimestriel 4th

trimestre 1965 (Sep-Oct-Nov) WHO Mauritanie World Health Organization Unpublished document WHO Archives Geneva

85 Beltran O (1966) Malaria pre-eradication project Sierra Leone-19 fourth quarterly field report

October - December 1966 Government of Sierra Leone amp World Health Organization

29

86 Guy Y amp Gassabi R (1967) Les perspectives de leacuteradication du paludisme en Algeacuterie Archives de

LInstitut Pastuer DAlgerie 45 72-88 87 Chand D Garzen JB Bahar R Rishikesh N (1964) Malaria Eradication Service Ethiopia 14 (c) Quarterly

Report 1 October to 31 December 1964 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

88 Chand D Garzon JB Bahar R Rishiskesh N (1965) Quarterly report covering period 1 October to 31

December 1964 Project Ethiopia 0014 dated 9th february 1965 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

89 Onori E (1967) Distribution of Plasmodium ovale in the Eastern Western and Northern regions of

Uganda Bulletin of the World Health Organization 37 665-668 90 Wenlock (1978) The incidence of Plasmodium parasites in rural Zambia East African Medical Journal

55 268-276 91 Escudie A amp Hamon J (1961) Paludisme en Afrique Occidentale dexpression Franccedilaise Medicine

Tropicale 21 661-687 92 RBM-MERG - httpwwwrbmwhointmechanismsmerghtml 93 Corsi DJ Neuman M Finlay JE Subramanian SV (2012) Demographic and health surveys a profile

International Journal of Epidemiology 41 1602-1613 94 Measure httpwwwmeasuredhscomData 95 UNICEF httpwwwuniceforgstatisticsindex_24302html 96 Smith DL Guerra CA Snow RW Hay SI (2007b) Standardizing estimates of malaria prevalence

Malaria Journal 6 131 97 Brooker S Kolaczinski JH Gitonga CW Noor AM Snow RW (2009) The use of schools for malaria

surveillance and programme evaluation in Africa Malaria Journal 8 231 98 Stevenson JC Stresman GH Gitonga CW Gillig J Owaga C Marube E Odongo W Okoth A China P

Oriango R Brooker SJ Bousema T Drakeley C Cox J (2013) Reliability of school surveys in estimating geographic variation in malaria transmission in the western Kenyan highlands PLoS One 8 e77641

99 De Zulueta J Kafuko GW Cullen JR (1963) An investigation of the annual cycle of malaria in Masaka

district (Uganda) East African Medical Journal 40 469-488 100 Najera JA Shidrawi GR Gibson FD Stafford JS (1967) A large-scale field trial of Malathion as an

insecticide for antimalarial work in Southern Uganda Bulletin of the World Health Organization 36 913-935

30

101 Storey J (1972) A review of malaria work in Sierra Leone 1900 to 1964 West African Medical Journal 27 57-68

102 Gitonga CW Karanja PN Kihara J Mwjame M Juma E Snow RW Noor AM Brooker S (2010)

Implementing school malaria surveys in Kenya towards a nationwide surveillance system Malaria Journal 9 306

103 Gitonga CW Edwards T Karanja PN Noor AM Snow RW Brooker S (2012) Plasmodium infection

anaemia and mosquito net use among school children across different settings in Kenya Tropical Medicine amp International Health 17 858ndash870

104 Houngbedji CA N Dri PB Huumlrlimann E Yapi RB Silueacute KD Soro G Koudou BG Acka CA Assi S

Vounatsou P N Goran EK Fantodji A Utzinger J Raso G (2015) Disparities of Plasmodium falciparum infection malaria-related morbidity and access to malaria prevention and treatment among school-aged children a national cross-sectional survey in Cote dIvoire Malaria Journal 14 7

105 Ashton R Kefyalew T Tesfaye G Pullan R Yadeta D Reithinger R Kolaczinski J Brooker S (2010)

School-based surveys of malaria in Oromia Regional State Ethiopia towards a map of malaria risk Federal Ministry of Health Ethiopia

106 Takem EN Affara M Amambua-Ngwa A Okebe J Ceesay SJ Jawara M Oriero E Nwakanma D

Pinder M Clifford C Taal M Sowe M Suso P Mendy A Mbaye A Drakeley C DAlessandro U (2013) Detecting foci of malaria transmission with school surveys A pilot study in The Gambia PLoS One 8 e67108

107 Clarke SE Roschnik N Rouhani S Diarra S Bamadio M Sacko M Traore D Ly AB Gaye O Sembene

M Fall FB (2012) Malaria in school children under a new policy of universal coverage of nets Recent data from Mali and Senegal American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 Supplement 5 abstract 1466

108 Kabatereine NB Standley CJ Sousa-Fugueiredo JC Fleming RM Stothard JR Talisuna A Fenwick A

(2011) Integrated prevalence mapping of schistosomiasis soil-transmitted helminthiasis and malaria in lakeside and island communities in Lake Victoria Uganda Parasites amp Vectors 4 232

109 Emerson PM Ngondi J Biru E Graves PM Ejigsemahu Y Gebre T Endeshaw T Genet A Mosher

AW Zerihun M Messele A Richards FO (2008) Integrating an NTD with one of lsquolsquoThe Big Threersquorsquo Combined malaria and trachoma survey in Amhara Region of Ethiopia PLoS Neglected Tropical Diseases 2 e197

110 Noor AM Alegana VA Patil AP Moloney G Borle M Ahmed F Yousef F Amran J Snow RW (2012)

Mapping the receptivity of malaria risk to plan the future of control in Somalia British Medical Journal Open Access 2 e001160

111 Boyd MF (1949) Malariology A comprehensive review of all aspects of this group of diseases from a

global standpoint Volume II WB Saunders Company Philadelphia and London

31

112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

25

27 Noor AM Kibuchi E Mitto B Coulibaly D Doumbo OK Snow RW (2015) A spatial decision support

framework for sub-national targeting of seasonal malaria chemoprevention in the Sahel Under review

28 Smith DL McKenzie FE Snow RW Hay SI (2007a) Revisiting the basic reproductive number for

malaria and its implications for malaria control PLoS Biology 5 e42 29 Hay SI Smith DL Snow RW (2008) Measuring malaria endemicity from intense to interrupted

transmission Lancet Infectious Diseases 8 369-378 30 Moonen B Cohen JM Snow RW Slutsker L Drakeley C Smith DL Abeyasinghe R Rodriguez Loacutepez

MH Maharaj R Tanner M Targett G (2010) Operational strategies to achieve and maintain malaria elimination Lancet 376 1592-1603

31 World Health Organization (2012a) Disease surveillance for malaria control Operational manual

WHO Geneva 32 World Health Organization (2012b) Disease surveillance for malaria elimination Operational manual

WHO Geneva 33 Cohen JM Moonen B Snow RW Smith DL (2010) How absolute is zero An evaluation of historical

and current definitions of malaria elimination Malaria Journal 9 213 34 Molineaux L Muir DA Spencer HC Wernsdorfer WH (1988) The epidemiology of malaria and its

measurement Malaria Principles and Practice of Malariology W Wernsdorfer and I McGregor London Churchill Livingstone 2 999-1089

35 Tusting LS Bousema T Smith DL Drakeley C (2014) Measuring changes in Plasmodium falciparum

transmission precision accuracy and costs of metrics Advances in Parasitology 84 151-208 36 Metselaar D amp van Thiel PH (1959) Classification of malaria Tropical Geographic Medicine 11 157ndash

161 37 Macdonald G amp Goumleckel GW (1964) The malaria parasite rate and interruption of transmission

Bulletin of World Health Organization 31 365ndash377 38 Lysenko AJ amp Semashko IN (1968) Geography of malaria A medico-geographic profile of an ancient

disease In Lebedew AW ed Itogi Nauki Medicinskaja Geografija Moscow USSR Academy of Sciences pp 25ndash146

39 Macdonald G (1957) The epidemiology and control of malaria Oxford University Press 40 Pampana E (1969) A textbook on malaria eradication Oxford Oxford University Press 41 Pull JH (1972) Malaria surveillance methods their uses and limitations American Journal of Tropical

Medicine amp Hygiene 21 651-657

26

42 World Health Organization (1950) Report on the malaria conference in equatorial Africa Held under the joint auspices of the World Health Organization and of the commission for technical co-operation in Africa south of the Sahara Kampala Uganda 27 Novemberndash9 December 1950

43 Yekutiel P (1960) Problems of epidemiology in malaria eradication Bulletin of the World Health

Organization 22 669-683 44 Macdonald G (1952) The analysis of equilibrium in malaria Tropical Diseases Bulletin 49 813-1129 45 Hay SI Guerra CA Gething PW Patil AP Tatem AJ Noor AM Kabaria CW Manh BH Elyazar IRF

Brooker S Smith DL Moyeed RA Snow RW (2009) A world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2007 PLoS Medicine 6 e1000048

46 Gething PW Patil AP Smith DL Guerra CA Elyazar IRF Johnston GL Tatem AJ Hay SI (2011) A new

world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2010 Malaria Journal 10 378 47 Snow RW Amratia P Kabaria CW Noor AM Marsh K (2012) The changing limits and incidence of

malaria in Africa 1939-2009 Advances in Parasitology 78 169-262 48 Black RH (1968) Manual of epidemiology and epidemiological services in malaria programmes World

Health Organization Geneva 49 Ray AP amp Beljaev AE (1984) Epidemiological surveillance a tool for assessment of malaria and its

control Journal of Communicable Disease 16 197ndash207 50 Omumbo JA Noor AM Fall IS Snow RW (2013) How well are malaria maps used to design and

finance malaria control in Africa PLoS One 8 e53198 51 Alegana VA Atkinson PM Wright JA Kamwi R Kakokele S Snow RW Noor AM (2013) Estimation of

malaria incidence in northern Namibia in 2009 using Bayesian Conditional-Autoregressive Spatial-Temporal Models Spatial amp Spatial Temporal Epidemiology 7 25-36

52 Bennett A Yukich J Miller JM Vounatsou P Hamainza B Ingwe MI Moonga HB Kamuliwo M Keating

J Smith TA Steketee RW Eisele TP (2014) A methodological framework for the improved use of routine health system data to evaluate national malaria control programs evidence from Zambia Population amp Health Metrics 12 30

53 Moonasar D Morris N Kleinschmidt I Maharaj R Raman J Mayet NT Benson FG Durrheim DN

Blumberg L (2013) What will move malaria control to elimination in South Africa South African Medical Journal 103 (10 Suppl 2) 801-806

54 Cohen JM Dlamini S Novotny JM Kandula D Kunene S Tatem AJ (2013) Rapid case-based mapping

of seasonal malaria transmission risk for strategic elimination planning in Swaziland Malaria Journal 12 61

55 Zanzibar Malaria Control Programme (2011) Zanzibar Malaria Performance Review September 2011

ZMCP Ministry of Health Revolutionary Government of Zanzibar

27

56 Ministry of Health [Cape Verde] World Health Organization and the University of California San Francisco (2012) Eliminating malaria Moving towards sustainable elimination in Cape Verde Geneva The World Health Organization httpappswhointirisbitstream106657584919789241504386_engpdfua=1

57 Littrell M Sow GD Ngom A Ba M Mboup BM Dieye Y Mutombo B Earle D Steketee RW (2013)

Case investigation and reactive case detection for malaria elimination in northern Senegal Malaria Journal 12 331

58 Thiroux D A amp DAnfreville D L (1908) Le paludisme au Seacuteneacutegal pendant les anneacutees 1905-1906

Gouvernement General de lAfrique Occidentale Francaise Laboratorie de bacteriologie de Saint-Louis Published Libraire JB Bailliere et Fils Paris 1908

59 Government General de LAlgeacuterie (1908) Campagne Antipaludique de 1908 unpublished document

available in Wellcome Library Euston Road London UK FX134AA9 60 Government of Gold Coast (1914) Medical amp Sanitary Report for the year 1913 Waterlow amp Sons

London 61 Mansfield-Aders W (1927) Notes on malaria and filariasis in the Zanzibar Protectorate Transactions

of the Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 30 207-214 62 Colony of Mauritius (1923-1925) Annual Reports on the Medical and Health Department 63 Swaroop S Gilroy AB Uemura K (1966) Statistical methods in malaria eradication Monograph Series

of World Health Organization 51 164 64 Barber MA amp Rice JB (1937) A survey of malaria in Egypt American Journal of Tropical Medicine amp

Hygiene 17 413-436 65 De Meira MT Simotildees TS Pinto Nogueira JF (1948) Observaccedilotildees sobre sezonismo nas ilhas do Sal Boa

Vista e S Nicolau (Cabo Verde) Anais do Instituto de Medicina Tropical 3 213-237 66 Young MD amp Johnson TH (1949) A malaria survey of Liberia Journal of National Malaria Society 8

247-266 67 De Meillon B (1951) Malaria survey of South-West Africa Bulletin of the World Health Organization

4 333ndash417 68 Houel G amp Donadille F (1953) Vingt ans de lutte antipaludique au Maroc Bulletin de lrsquoInstitut

drsquoHygiene du Maroc 13 3-51 69 Soeiro A (1952) O sezonismo em Moccedilambique contribuiccedilatildeo para o estudo epidemioloacutegico Anais do

Instituto de Medicina Tropical 9 343-389 70 Soeiro A (1959) Relactoacuterio da actividade do Instituto de Investigaccedilatildeo Meacutedica de Moccedilambique em

1958 e plano de trabalhos para o ano de 1960 Anais Intstituto de Higiene e Medicina Tropical 16 573-611

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71 Bernard PM (1954) Trois ans de lutte antipaludique agrave Madagascar Bulletin de Madagascar

Publication Mensuelle du Service General Drsquoinformation du Haut-Commissariat no 96 72 Cambournac FJC Gandara AF Pena AJ Teixeira EWLG (1955) Subsidios para o inquerito malariologico

em Angola Anais do Instituto de Medicina Tropical 12 121-153 73 Anon (1954) Campagne antipaludique au Dahomey Map found in Benin box in WHO Archives

Geneva August 2012 74 Languillon J (1957) Carte eacutepideacutemiologique du paludisme au Cameroun Bulletin de la Socieacuteteacute de

Pathologie Exotique 50 585 - 600 75 Alves W (1958) Malaria parasite rates in Southern Rhodesia May-September 1956 Bulletin of the

World Health Organization 19 69-74 76 Lariviere M Hocquet P Abonnenc E (1961) Reacutesultats drsquoune enquecircte palustre dans la reacutepublique du

Seacuteneacutegal Indices plasmodiques chez les enfants en milieu rural Bulletin de la Socieacuteteacute Meacutedicale drsquoAfrique Noire de Langue Franccedilaise 6 386-403

77 Wernsdorfer G amp Wernsdorfer W (1967) Malaria in the middle Nile basin and its bordering regions Z

Tropenmed Parasitol 18 17-44 78 Rishikesh N amp Fahmy Y (1961) Quarterly report April-June 1961 Republic of Somalia pre-eradication

survey World Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 79 Rishikesh N Payne D Fahmy Y (1961) Quarterly report for the period January-March 1961 World

Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 80 Bechuanaland Protectorate (1958-1963) Annual Medical and Sanitary Reports for the Protectorate for

the years 1958-1963 Government Printers Gaborone 81 Craig MH Sharp BL Mabaso MLH Kleinschmidt I (2007) Developing a spatial-statistical model and

map of historical malaria prevalence in Botswana using a staged variable selection procedure International Journal of Health Geographics 6 44

82 Cano VI (1971) Deacuteveloppement des services de santeacute de base (Paludisme) World Health

Organization AFRMAL112 83 Barbie Y amp Timbila R (1964) Notes sur le paludisme en Reacutepublique Islamique de Mauritanie Medicine

Tropicale 24 427-435 84 Khromov A amp Privault R (1965) Programme du pre-eradication du paludisme Rapport trimestriel 4th

trimestre 1965 (Sep-Oct-Nov) WHO Mauritanie World Health Organization Unpublished document WHO Archives Geneva

85 Beltran O (1966) Malaria pre-eradication project Sierra Leone-19 fourth quarterly field report

October - December 1966 Government of Sierra Leone amp World Health Organization

29

86 Guy Y amp Gassabi R (1967) Les perspectives de leacuteradication du paludisme en Algeacuterie Archives de

LInstitut Pastuer DAlgerie 45 72-88 87 Chand D Garzen JB Bahar R Rishikesh N (1964) Malaria Eradication Service Ethiopia 14 (c) Quarterly

Report 1 October to 31 December 1964 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

88 Chand D Garzon JB Bahar R Rishiskesh N (1965) Quarterly report covering period 1 October to 31

December 1964 Project Ethiopia 0014 dated 9th february 1965 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

89 Onori E (1967) Distribution of Plasmodium ovale in the Eastern Western and Northern regions of

Uganda Bulletin of the World Health Organization 37 665-668 90 Wenlock (1978) The incidence of Plasmodium parasites in rural Zambia East African Medical Journal

55 268-276 91 Escudie A amp Hamon J (1961) Paludisme en Afrique Occidentale dexpression Franccedilaise Medicine

Tropicale 21 661-687 92 RBM-MERG - httpwwwrbmwhointmechanismsmerghtml 93 Corsi DJ Neuman M Finlay JE Subramanian SV (2012) Demographic and health surveys a profile

International Journal of Epidemiology 41 1602-1613 94 Measure httpwwwmeasuredhscomData 95 UNICEF httpwwwuniceforgstatisticsindex_24302html 96 Smith DL Guerra CA Snow RW Hay SI (2007b) Standardizing estimates of malaria prevalence

Malaria Journal 6 131 97 Brooker S Kolaczinski JH Gitonga CW Noor AM Snow RW (2009) The use of schools for malaria

surveillance and programme evaluation in Africa Malaria Journal 8 231 98 Stevenson JC Stresman GH Gitonga CW Gillig J Owaga C Marube E Odongo W Okoth A China P

Oriango R Brooker SJ Bousema T Drakeley C Cox J (2013) Reliability of school surveys in estimating geographic variation in malaria transmission in the western Kenyan highlands PLoS One 8 e77641

99 De Zulueta J Kafuko GW Cullen JR (1963) An investigation of the annual cycle of malaria in Masaka

district (Uganda) East African Medical Journal 40 469-488 100 Najera JA Shidrawi GR Gibson FD Stafford JS (1967) A large-scale field trial of Malathion as an

insecticide for antimalarial work in Southern Uganda Bulletin of the World Health Organization 36 913-935

30

101 Storey J (1972) A review of malaria work in Sierra Leone 1900 to 1964 West African Medical Journal 27 57-68

102 Gitonga CW Karanja PN Kihara J Mwjame M Juma E Snow RW Noor AM Brooker S (2010)

Implementing school malaria surveys in Kenya towards a nationwide surveillance system Malaria Journal 9 306

103 Gitonga CW Edwards T Karanja PN Noor AM Snow RW Brooker S (2012) Plasmodium infection

anaemia and mosquito net use among school children across different settings in Kenya Tropical Medicine amp International Health 17 858ndash870

104 Houngbedji CA N Dri PB Huumlrlimann E Yapi RB Silueacute KD Soro G Koudou BG Acka CA Assi S

Vounatsou P N Goran EK Fantodji A Utzinger J Raso G (2015) Disparities of Plasmodium falciparum infection malaria-related morbidity and access to malaria prevention and treatment among school-aged children a national cross-sectional survey in Cote dIvoire Malaria Journal 14 7

105 Ashton R Kefyalew T Tesfaye G Pullan R Yadeta D Reithinger R Kolaczinski J Brooker S (2010)

School-based surveys of malaria in Oromia Regional State Ethiopia towards a map of malaria risk Federal Ministry of Health Ethiopia

106 Takem EN Affara M Amambua-Ngwa A Okebe J Ceesay SJ Jawara M Oriero E Nwakanma D

Pinder M Clifford C Taal M Sowe M Suso P Mendy A Mbaye A Drakeley C DAlessandro U (2013) Detecting foci of malaria transmission with school surveys A pilot study in The Gambia PLoS One 8 e67108

107 Clarke SE Roschnik N Rouhani S Diarra S Bamadio M Sacko M Traore D Ly AB Gaye O Sembene

M Fall FB (2012) Malaria in school children under a new policy of universal coverage of nets Recent data from Mali and Senegal American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 Supplement 5 abstract 1466

108 Kabatereine NB Standley CJ Sousa-Fugueiredo JC Fleming RM Stothard JR Talisuna A Fenwick A

(2011) Integrated prevalence mapping of schistosomiasis soil-transmitted helminthiasis and malaria in lakeside and island communities in Lake Victoria Uganda Parasites amp Vectors 4 232

109 Emerson PM Ngondi J Biru E Graves PM Ejigsemahu Y Gebre T Endeshaw T Genet A Mosher

AW Zerihun M Messele A Richards FO (2008) Integrating an NTD with one of lsquolsquoThe Big Threersquorsquo Combined malaria and trachoma survey in Amhara Region of Ethiopia PLoS Neglected Tropical Diseases 2 e197

110 Noor AM Alegana VA Patil AP Moloney G Borle M Ahmed F Yousef F Amran J Snow RW (2012)

Mapping the receptivity of malaria risk to plan the future of control in Somalia British Medical Journal Open Access 2 e001160

111 Boyd MF (1949) Malariology A comprehensive review of all aspects of this group of diseases from a

global standpoint Volume II WB Saunders Company Philadelphia and London

31

112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

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42 World Health Organization (1950) Report on the malaria conference in equatorial Africa Held under the joint auspices of the World Health Organization and of the commission for technical co-operation in Africa south of the Sahara Kampala Uganda 27 Novemberndash9 December 1950

43 Yekutiel P (1960) Problems of epidemiology in malaria eradication Bulletin of the World Health

Organization 22 669-683 44 Macdonald G (1952) The analysis of equilibrium in malaria Tropical Diseases Bulletin 49 813-1129 45 Hay SI Guerra CA Gething PW Patil AP Tatem AJ Noor AM Kabaria CW Manh BH Elyazar IRF

Brooker S Smith DL Moyeed RA Snow RW (2009) A world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2007 PLoS Medicine 6 e1000048

46 Gething PW Patil AP Smith DL Guerra CA Elyazar IRF Johnston GL Tatem AJ Hay SI (2011) A new

world malaria map Plasmodium falciparum endemicity in 2010 Malaria Journal 10 378 47 Snow RW Amratia P Kabaria CW Noor AM Marsh K (2012) The changing limits and incidence of

malaria in Africa 1939-2009 Advances in Parasitology 78 169-262 48 Black RH (1968) Manual of epidemiology and epidemiological services in malaria programmes World

Health Organization Geneva 49 Ray AP amp Beljaev AE (1984) Epidemiological surveillance a tool for assessment of malaria and its

control Journal of Communicable Disease 16 197ndash207 50 Omumbo JA Noor AM Fall IS Snow RW (2013) How well are malaria maps used to design and

finance malaria control in Africa PLoS One 8 e53198 51 Alegana VA Atkinson PM Wright JA Kamwi R Kakokele S Snow RW Noor AM (2013) Estimation of

malaria incidence in northern Namibia in 2009 using Bayesian Conditional-Autoregressive Spatial-Temporal Models Spatial amp Spatial Temporal Epidemiology 7 25-36

52 Bennett A Yukich J Miller JM Vounatsou P Hamainza B Ingwe MI Moonga HB Kamuliwo M Keating

J Smith TA Steketee RW Eisele TP (2014) A methodological framework for the improved use of routine health system data to evaluate national malaria control programs evidence from Zambia Population amp Health Metrics 12 30

53 Moonasar D Morris N Kleinschmidt I Maharaj R Raman J Mayet NT Benson FG Durrheim DN

Blumberg L (2013) What will move malaria control to elimination in South Africa South African Medical Journal 103 (10 Suppl 2) 801-806

54 Cohen JM Dlamini S Novotny JM Kandula D Kunene S Tatem AJ (2013) Rapid case-based mapping

of seasonal malaria transmission risk for strategic elimination planning in Swaziland Malaria Journal 12 61

55 Zanzibar Malaria Control Programme (2011) Zanzibar Malaria Performance Review September 2011

ZMCP Ministry of Health Revolutionary Government of Zanzibar

27

56 Ministry of Health [Cape Verde] World Health Organization and the University of California San Francisco (2012) Eliminating malaria Moving towards sustainable elimination in Cape Verde Geneva The World Health Organization httpappswhointirisbitstream106657584919789241504386_engpdfua=1

57 Littrell M Sow GD Ngom A Ba M Mboup BM Dieye Y Mutombo B Earle D Steketee RW (2013)

Case investigation and reactive case detection for malaria elimination in northern Senegal Malaria Journal 12 331

58 Thiroux D A amp DAnfreville D L (1908) Le paludisme au Seacuteneacutegal pendant les anneacutees 1905-1906

Gouvernement General de lAfrique Occidentale Francaise Laboratorie de bacteriologie de Saint-Louis Published Libraire JB Bailliere et Fils Paris 1908

59 Government General de LAlgeacuterie (1908) Campagne Antipaludique de 1908 unpublished document

available in Wellcome Library Euston Road London UK FX134AA9 60 Government of Gold Coast (1914) Medical amp Sanitary Report for the year 1913 Waterlow amp Sons

London 61 Mansfield-Aders W (1927) Notes on malaria and filariasis in the Zanzibar Protectorate Transactions

of the Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 30 207-214 62 Colony of Mauritius (1923-1925) Annual Reports on the Medical and Health Department 63 Swaroop S Gilroy AB Uemura K (1966) Statistical methods in malaria eradication Monograph Series

of World Health Organization 51 164 64 Barber MA amp Rice JB (1937) A survey of malaria in Egypt American Journal of Tropical Medicine amp

Hygiene 17 413-436 65 De Meira MT Simotildees TS Pinto Nogueira JF (1948) Observaccedilotildees sobre sezonismo nas ilhas do Sal Boa

Vista e S Nicolau (Cabo Verde) Anais do Instituto de Medicina Tropical 3 213-237 66 Young MD amp Johnson TH (1949) A malaria survey of Liberia Journal of National Malaria Society 8

247-266 67 De Meillon B (1951) Malaria survey of South-West Africa Bulletin of the World Health Organization

4 333ndash417 68 Houel G amp Donadille F (1953) Vingt ans de lutte antipaludique au Maroc Bulletin de lrsquoInstitut

drsquoHygiene du Maroc 13 3-51 69 Soeiro A (1952) O sezonismo em Moccedilambique contribuiccedilatildeo para o estudo epidemioloacutegico Anais do

Instituto de Medicina Tropical 9 343-389 70 Soeiro A (1959) Relactoacuterio da actividade do Instituto de Investigaccedilatildeo Meacutedica de Moccedilambique em

1958 e plano de trabalhos para o ano de 1960 Anais Intstituto de Higiene e Medicina Tropical 16 573-611

28

71 Bernard PM (1954) Trois ans de lutte antipaludique agrave Madagascar Bulletin de Madagascar

Publication Mensuelle du Service General Drsquoinformation du Haut-Commissariat no 96 72 Cambournac FJC Gandara AF Pena AJ Teixeira EWLG (1955) Subsidios para o inquerito malariologico

em Angola Anais do Instituto de Medicina Tropical 12 121-153 73 Anon (1954) Campagne antipaludique au Dahomey Map found in Benin box in WHO Archives

Geneva August 2012 74 Languillon J (1957) Carte eacutepideacutemiologique du paludisme au Cameroun Bulletin de la Socieacuteteacute de

Pathologie Exotique 50 585 - 600 75 Alves W (1958) Malaria parasite rates in Southern Rhodesia May-September 1956 Bulletin of the

World Health Organization 19 69-74 76 Lariviere M Hocquet P Abonnenc E (1961) Reacutesultats drsquoune enquecircte palustre dans la reacutepublique du

Seacuteneacutegal Indices plasmodiques chez les enfants en milieu rural Bulletin de la Socieacuteteacute Meacutedicale drsquoAfrique Noire de Langue Franccedilaise 6 386-403

77 Wernsdorfer G amp Wernsdorfer W (1967) Malaria in the middle Nile basin and its bordering regions Z

Tropenmed Parasitol 18 17-44 78 Rishikesh N amp Fahmy Y (1961) Quarterly report April-June 1961 Republic of Somalia pre-eradication

survey World Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 79 Rishikesh N Payne D Fahmy Y (1961) Quarterly report for the period January-March 1961 World

Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 80 Bechuanaland Protectorate (1958-1963) Annual Medical and Sanitary Reports for the Protectorate for

the years 1958-1963 Government Printers Gaborone 81 Craig MH Sharp BL Mabaso MLH Kleinschmidt I (2007) Developing a spatial-statistical model and

map of historical malaria prevalence in Botswana using a staged variable selection procedure International Journal of Health Geographics 6 44

82 Cano VI (1971) Deacuteveloppement des services de santeacute de base (Paludisme) World Health

Organization AFRMAL112 83 Barbie Y amp Timbila R (1964) Notes sur le paludisme en Reacutepublique Islamique de Mauritanie Medicine

Tropicale 24 427-435 84 Khromov A amp Privault R (1965) Programme du pre-eradication du paludisme Rapport trimestriel 4th

trimestre 1965 (Sep-Oct-Nov) WHO Mauritanie World Health Organization Unpublished document WHO Archives Geneva

85 Beltran O (1966) Malaria pre-eradication project Sierra Leone-19 fourth quarterly field report

October - December 1966 Government of Sierra Leone amp World Health Organization

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86 Guy Y amp Gassabi R (1967) Les perspectives de leacuteradication du paludisme en Algeacuterie Archives de

LInstitut Pastuer DAlgerie 45 72-88 87 Chand D Garzen JB Bahar R Rishikesh N (1964) Malaria Eradication Service Ethiopia 14 (c) Quarterly

Report 1 October to 31 December 1964 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

88 Chand D Garzon JB Bahar R Rishiskesh N (1965) Quarterly report covering period 1 October to 31

December 1964 Project Ethiopia 0014 dated 9th february 1965 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

89 Onori E (1967) Distribution of Plasmodium ovale in the Eastern Western and Northern regions of

Uganda Bulletin of the World Health Organization 37 665-668 90 Wenlock (1978) The incidence of Plasmodium parasites in rural Zambia East African Medical Journal

55 268-276 91 Escudie A amp Hamon J (1961) Paludisme en Afrique Occidentale dexpression Franccedilaise Medicine

Tropicale 21 661-687 92 RBM-MERG - httpwwwrbmwhointmechanismsmerghtml 93 Corsi DJ Neuman M Finlay JE Subramanian SV (2012) Demographic and health surveys a profile

International Journal of Epidemiology 41 1602-1613 94 Measure httpwwwmeasuredhscomData 95 UNICEF httpwwwuniceforgstatisticsindex_24302html 96 Smith DL Guerra CA Snow RW Hay SI (2007b) Standardizing estimates of malaria prevalence

Malaria Journal 6 131 97 Brooker S Kolaczinski JH Gitonga CW Noor AM Snow RW (2009) The use of schools for malaria

surveillance and programme evaluation in Africa Malaria Journal 8 231 98 Stevenson JC Stresman GH Gitonga CW Gillig J Owaga C Marube E Odongo W Okoth A China P

Oriango R Brooker SJ Bousema T Drakeley C Cox J (2013) Reliability of school surveys in estimating geographic variation in malaria transmission in the western Kenyan highlands PLoS One 8 e77641

99 De Zulueta J Kafuko GW Cullen JR (1963) An investigation of the annual cycle of malaria in Masaka

district (Uganda) East African Medical Journal 40 469-488 100 Najera JA Shidrawi GR Gibson FD Stafford JS (1967) A large-scale field trial of Malathion as an

insecticide for antimalarial work in Southern Uganda Bulletin of the World Health Organization 36 913-935

30

101 Storey J (1972) A review of malaria work in Sierra Leone 1900 to 1964 West African Medical Journal 27 57-68

102 Gitonga CW Karanja PN Kihara J Mwjame M Juma E Snow RW Noor AM Brooker S (2010)

Implementing school malaria surveys in Kenya towards a nationwide surveillance system Malaria Journal 9 306

103 Gitonga CW Edwards T Karanja PN Noor AM Snow RW Brooker S (2012) Plasmodium infection

anaemia and mosquito net use among school children across different settings in Kenya Tropical Medicine amp International Health 17 858ndash870

104 Houngbedji CA N Dri PB Huumlrlimann E Yapi RB Silueacute KD Soro G Koudou BG Acka CA Assi S

Vounatsou P N Goran EK Fantodji A Utzinger J Raso G (2015) Disparities of Plasmodium falciparum infection malaria-related morbidity and access to malaria prevention and treatment among school-aged children a national cross-sectional survey in Cote dIvoire Malaria Journal 14 7

105 Ashton R Kefyalew T Tesfaye G Pullan R Yadeta D Reithinger R Kolaczinski J Brooker S (2010)

School-based surveys of malaria in Oromia Regional State Ethiopia towards a map of malaria risk Federal Ministry of Health Ethiopia

106 Takem EN Affara M Amambua-Ngwa A Okebe J Ceesay SJ Jawara M Oriero E Nwakanma D

Pinder M Clifford C Taal M Sowe M Suso P Mendy A Mbaye A Drakeley C DAlessandro U (2013) Detecting foci of malaria transmission with school surveys A pilot study in The Gambia PLoS One 8 e67108

107 Clarke SE Roschnik N Rouhani S Diarra S Bamadio M Sacko M Traore D Ly AB Gaye O Sembene

M Fall FB (2012) Malaria in school children under a new policy of universal coverage of nets Recent data from Mali and Senegal American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 Supplement 5 abstract 1466

108 Kabatereine NB Standley CJ Sousa-Fugueiredo JC Fleming RM Stothard JR Talisuna A Fenwick A

(2011) Integrated prevalence mapping of schistosomiasis soil-transmitted helminthiasis and malaria in lakeside and island communities in Lake Victoria Uganda Parasites amp Vectors 4 232

109 Emerson PM Ngondi J Biru E Graves PM Ejigsemahu Y Gebre T Endeshaw T Genet A Mosher

AW Zerihun M Messele A Richards FO (2008) Integrating an NTD with one of lsquolsquoThe Big Threersquorsquo Combined malaria and trachoma survey in Amhara Region of Ethiopia PLoS Neglected Tropical Diseases 2 e197

110 Noor AM Alegana VA Patil AP Moloney G Borle M Ahmed F Yousef F Amran J Snow RW (2012)

Mapping the receptivity of malaria risk to plan the future of control in Somalia British Medical Journal Open Access 2 e001160

111 Boyd MF (1949) Malariology A comprehensive review of all aspects of this group of diseases from a

global standpoint Volume II WB Saunders Company Philadelphia and London

31

112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

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56 Ministry of Health [Cape Verde] World Health Organization and the University of California San Francisco (2012) Eliminating malaria Moving towards sustainable elimination in Cape Verde Geneva The World Health Organization httpappswhointirisbitstream106657584919789241504386_engpdfua=1

57 Littrell M Sow GD Ngom A Ba M Mboup BM Dieye Y Mutombo B Earle D Steketee RW (2013)

Case investigation and reactive case detection for malaria elimination in northern Senegal Malaria Journal 12 331

58 Thiroux D A amp DAnfreville D L (1908) Le paludisme au Seacuteneacutegal pendant les anneacutees 1905-1906

Gouvernement General de lAfrique Occidentale Francaise Laboratorie de bacteriologie de Saint-Louis Published Libraire JB Bailliere et Fils Paris 1908

59 Government General de LAlgeacuterie (1908) Campagne Antipaludique de 1908 unpublished document

available in Wellcome Library Euston Road London UK FX134AA9 60 Government of Gold Coast (1914) Medical amp Sanitary Report for the year 1913 Waterlow amp Sons

London 61 Mansfield-Aders W (1927) Notes on malaria and filariasis in the Zanzibar Protectorate Transactions

of the Royal Society of Tropical Medicine amp Hygiene 30 207-214 62 Colony of Mauritius (1923-1925) Annual Reports on the Medical and Health Department 63 Swaroop S Gilroy AB Uemura K (1966) Statistical methods in malaria eradication Monograph Series

of World Health Organization 51 164 64 Barber MA amp Rice JB (1937) A survey of malaria in Egypt American Journal of Tropical Medicine amp

Hygiene 17 413-436 65 De Meira MT Simotildees TS Pinto Nogueira JF (1948) Observaccedilotildees sobre sezonismo nas ilhas do Sal Boa

Vista e S Nicolau (Cabo Verde) Anais do Instituto de Medicina Tropical 3 213-237 66 Young MD amp Johnson TH (1949) A malaria survey of Liberia Journal of National Malaria Society 8

247-266 67 De Meillon B (1951) Malaria survey of South-West Africa Bulletin of the World Health Organization

4 333ndash417 68 Houel G amp Donadille F (1953) Vingt ans de lutte antipaludique au Maroc Bulletin de lrsquoInstitut

drsquoHygiene du Maroc 13 3-51 69 Soeiro A (1952) O sezonismo em Moccedilambique contribuiccedilatildeo para o estudo epidemioloacutegico Anais do

Instituto de Medicina Tropical 9 343-389 70 Soeiro A (1959) Relactoacuterio da actividade do Instituto de Investigaccedilatildeo Meacutedica de Moccedilambique em

1958 e plano de trabalhos para o ano de 1960 Anais Intstituto de Higiene e Medicina Tropical 16 573-611

28

71 Bernard PM (1954) Trois ans de lutte antipaludique agrave Madagascar Bulletin de Madagascar

Publication Mensuelle du Service General Drsquoinformation du Haut-Commissariat no 96 72 Cambournac FJC Gandara AF Pena AJ Teixeira EWLG (1955) Subsidios para o inquerito malariologico

em Angola Anais do Instituto de Medicina Tropical 12 121-153 73 Anon (1954) Campagne antipaludique au Dahomey Map found in Benin box in WHO Archives

Geneva August 2012 74 Languillon J (1957) Carte eacutepideacutemiologique du paludisme au Cameroun Bulletin de la Socieacuteteacute de

Pathologie Exotique 50 585 - 600 75 Alves W (1958) Malaria parasite rates in Southern Rhodesia May-September 1956 Bulletin of the

World Health Organization 19 69-74 76 Lariviere M Hocquet P Abonnenc E (1961) Reacutesultats drsquoune enquecircte palustre dans la reacutepublique du

Seacuteneacutegal Indices plasmodiques chez les enfants en milieu rural Bulletin de la Socieacuteteacute Meacutedicale drsquoAfrique Noire de Langue Franccedilaise 6 386-403

77 Wernsdorfer G amp Wernsdorfer W (1967) Malaria in the middle Nile basin and its bordering regions Z

Tropenmed Parasitol 18 17-44 78 Rishikesh N amp Fahmy Y (1961) Quarterly report April-June 1961 Republic of Somalia pre-eradication

survey World Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 79 Rishikesh N Payne D Fahmy Y (1961) Quarterly report for the period January-March 1961 World

Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 80 Bechuanaland Protectorate (1958-1963) Annual Medical and Sanitary Reports for the Protectorate for

the years 1958-1963 Government Printers Gaborone 81 Craig MH Sharp BL Mabaso MLH Kleinschmidt I (2007) Developing a spatial-statistical model and

map of historical malaria prevalence in Botswana using a staged variable selection procedure International Journal of Health Geographics 6 44

82 Cano VI (1971) Deacuteveloppement des services de santeacute de base (Paludisme) World Health

Organization AFRMAL112 83 Barbie Y amp Timbila R (1964) Notes sur le paludisme en Reacutepublique Islamique de Mauritanie Medicine

Tropicale 24 427-435 84 Khromov A amp Privault R (1965) Programme du pre-eradication du paludisme Rapport trimestriel 4th

trimestre 1965 (Sep-Oct-Nov) WHO Mauritanie World Health Organization Unpublished document WHO Archives Geneva

85 Beltran O (1966) Malaria pre-eradication project Sierra Leone-19 fourth quarterly field report

October - December 1966 Government of Sierra Leone amp World Health Organization

29

86 Guy Y amp Gassabi R (1967) Les perspectives de leacuteradication du paludisme en Algeacuterie Archives de

LInstitut Pastuer DAlgerie 45 72-88 87 Chand D Garzen JB Bahar R Rishikesh N (1964) Malaria Eradication Service Ethiopia 14 (c) Quarterly

Report 1 October to 31 December 1964 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

88 Chand D Garzon JB Bahar R Rishiskesh N (1965) Quarterly report covering period 1 October to 31

December 1964 Project Ethiopia 0014 dated 9th february 1965 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

89 Onori E (1967) Distribution of Plasmodium ovale in the Eastern Western and Northern regions of

Uganda Bulletin of the World Health Organization 37 665-668 90 Wenlock (1978) The incidence of Plasmodium parasites in rural Zambia East African Medical Journal

55 268-276 91 Escudie A amp Hamon J (1961) Paludisme en Afrique Occidentale dexpression Franccedilaise Medicine

Tropicale 21 661-687 92 RBM-MERG - httpwwwrbmwhointmechanismsmerghtml 93 Corsi DJ Neuman M Finlay JE Subramanian SV (2012) Demographic and health surveys a profile

International Journal of Epidemiology 41 1602-1613 94 Measure httpwwwmeasuredhscomData 95 UNICEF httpwwwuniceforgstatisticsindex_24302html 96 Smith DL Guerra CA Snow RW Hay SI (2007b) Standardizing estimates of malaria prevalence

Malaria Journal 6 131 97 Brooker S Kolaczinski JH Gitonga CW Noor AM Snow RW (2009) The use of schools for malaria

surveillance and programme evaluation in Africa Malaria Journal 8 231 98 Stevenson JC Stresman GH Gitonga CW Gillig J Owaga C Marube E Odongo W Okoth A China P

Oriango R Brooker SJ Bousema T Drakeley C Cox J (2013) Reliability of school surveys in estimating geographic variation in malaria transmission in the western Kenyan highlands PLoS One 8 e77641

99 De Zulueta J Kafuko GW Cullen JR (1963) An investigation of the annual cycle of malaria in Masaka

district (Uganda) East African Medical Journal 40 469-488 100 Najera JA Shidrawi GR Gibson FD Stafford JS (1967) A large-scale field trial of Malathion as an

insecticide for antimalarial work in Southern Uganda Bulletin of the World Health Organization 36 913-935

30

101 Storey J (1972) A review of malaria work in Sierra Leone 1900 to 1964 West African Medical Journal 27 57-68

102 Gitonga CW Karanja PN Kihara J Mwjame M Juma E Snow RW Noor AM Brooker S (2010)

Implementing school malaria surveys in Kenya towards a nationwide surveillance system Malaria Journal 9 306

103 Gitonga CW Edwards T Karanja PN Noor AM Snow RW Brooker S (2012) Plasmodium infection

anaemia and mosquito net use among school children across different settings in Kenya Tropical Medicine amp International Health 17 858ndash870

104 Houngbedji CA N Dri PB Huumlrlimann E Yapi RB Silueacute KD Soro G Koudou BG Acka CA Assi S

Vounatsou P N Goran EK Fantodji A Utzinger J Raso G (2015) Disparities of Plasmodium falciparum infection malaria-related morbidity and access to malaria prevention and treatment among school-aged children a national cross-sectional survey in Cote dIvoire Malaria Journal 14 7

105 Ashton R Kefyalew T Tesfaye G Pullan R Yadeta D Reithinger R Kolaczinski J Brooker S (2010)

School-based surveys of malaria in Oromia Regional State Ethiopia towards a map of malaria risk Federal Ministry of Health Ethiopia

106 Takem EN Affara M Amambua-Ngwa A Okebe J Ceesay SJ Jawara M Oriero E Nwakanma D

Pinder M Clifford C Taal M Sowe M Suso P Mendy A Mbaye A Drakeley C DAlessandro U (2013) Detecting foci of malaria transmission with school surveys A pilot study in The Gambia PLoS One 8 e67108

107 Clarke SE Roschnik N Rouhani S Diarra S Bamadio M Sacko M Traore D Ly AB Gaye O Sembene

M Fall FB (2012) Malaria in school children under a new policy of universal coverage of nets Recent data from Mali and Senegal American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 Supplement 5 abstract 1466

108 Kabatereine NB Standley CJ Sousa-Fugueiredo JC Fleming RM Stothard JR Talisuna A Fenwick A

(2011) Integrated prevalence mapping of schistosomiasis soil-transmitted helminthiasis and malaria in lakeside and island communities in Lake Victoria Uganda Parasites amp Vectors 4 232

109 Emerson PM Ngondi J Biru E Graves PM Ejigsemahu Y Gebre T Endeshaw T Genet A Mosher

AW Zerihun M Messele A Richards FO (2008) Integrating an NTD with one of lsquolsquoThe Big Threersquorsquo Combined malaria and trachoma survey in Amhara Region of Ethiopia PLoS Neglected Tropical Diseases 2 e197

110 Noor AM Alegana VA Patil AP Moloney G Borle M Ahmed F Yousef F Amran J Snow RW (2012)

Mapping the receptivity of malaria risk to plan the future of control in Somalia British Medical Journal Open Access 2 e001160

111 Boyd MF (1949) Malariology A comprehensive review of all aspects of this group of diseases from a

global standpoint Volume II WB Saunders Company Philadelphia and London

31

112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

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71 Bernard PM (1954) Trois ans de lutte antipaludique agrave Madagascar Bulletin de Madagascar

Publication Mensuelle du Service General Drsquoinformation du Haut-Commissariat no 96 72 Cambournac FJC Gandara AF Pena AJ Teixeira EWLG (1955) Subsidios para o inquerito malariologico

em Angola Anais do Instituto de Medicina Tropical 12 121-153 73 Anon (1954) Campagne antipaludique au Dahomey Map found in Benin box in WHO Archives

Geneva August 2012 74 Languillon J (1957) Carte eacutepideacutemiologique du paludisme au Cameroun Bulletin de la Socieacuteteacute de

Pathologie Exotique 50 585 - 600 75 Alves W (1958) Malaria parasite rates in Southern Rhodesia May-September 1956 Bulletin of the

World Health Organization 19 69-74 76 Lariviere M Hocquet P Abonnenc E (1961) Reacutesultats drsquoune enquecircte palustre dans la reacutepublique du

Seacuteneacutegal Indices plasmodiques chez les enfants en milieu rural Bulletin de la Socieacuteteacute Meacutedicale drsquoAfrique Noire de Langue Franccedilaise 6 386-403

77 Wernsdorfer G amp Wernsdorfer W (1967) Malaria in the middle Nile basin and its bordering regions Z

Tropenmed Parasitol 18 17-44 78 Rishikesh N amp Fahmy Y (1961) Quarterly report April-June 1961 Republic of Somalia pre-eradication

survey World Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 79 Rishikesh N Payne D Fahmy Y (1961) Quarterly report for the period January-March 1961 World

Health Organization Unpublished Report WHO Archives Geneva Switzerland 80 Bechuanaland Protectorate (1958-1963) Annual Medical and Sanitary Reports for the Protectorate for

the years 1958-1963 Government Printers Gaborone 81 Craig MH Sharp BL Mabaso MLH Kleinschmidt I (2007) Developing a spatial-statistical model and

map of historical malaria prevalence in Botswana using a staged variable selection procedure International Journal of Health Geographics 6 44

82 Cano VI (1971) Deacuteveloppement des services de santeacute de base (Paludisme) World Health

Organization AFRMAL112 83 Barbie Y amp Timbila R (1964) Notes sur le paludisme en Reacutepublique Islamique de Mauritanie Medicine

Tropicale 24 427-435 84 Khromov A amp Privault R (1965) Programme du pre-eradication du paludisme Rapport trimestriel 4th

trimestre 1965 (Sep-Oct-Nov) WHO Mauritanie World Health Organization Unpublished document WHO Archives Geneva

85 Beltran O (1966) Malaria pre-eradication project Sierra Leone-19 fourth quarterly field report

October - December 1966 Government of Sierra Leone amp World Health Organization

29

86 Guy Y amp Gassabi R (1967) Les perspectives de leacuteradication du paludisme en Algeacuterie Archives de

LInstitut Pastuer DAlgerie 45 72-88 87 Chand D Garzen JB Bahar R Rishikesh N (1964) Malaria Eradication Service Ethiopia 14 (c) Quarterly

Report 1 October to 31 December 1964 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

88 Chand D Garzon JB Bahar R Rishiskesh N (1965) Quarterly report covering period 1 October to 31

December 1964 Project Ethiopia 0014 dated 9th february 1965 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

89 Onori E (1967) Distribution of Plasmodium ovale in the Eastern Western and Northern regions of

Uganda Bulletin of the World Health Organization 37 665-668 90 Wenlock (1978) The incidence of Plasmodium parasites in rural Zambia East African Medical Journal

55 268-276 91 Escudie A amp Hamon J (1961) Paludisme en Afrique Occidentale dexpression Franccedilaise Medicine

Tropicale 21 661-687 92 RBM-MERG - httpwwwrbmwhointmechanismsmerghtml 93 Corsi DJ Neuman M Finlay JE Subramanian SV (2012) Demographic and health surveys a profile

International Journal of Epidemiology 41 1602-1613 94 Measure httpwwwmeasuredhscomData 95 UNICEF httpwwwuniceforgstatisticsindex_24302html 96 Smith DL Guerra CA Snow RW Hay SI (2007b) Standardizing estimates of malaria prevalence

Malaria Journal 6 131 97 Brooker S Kolaczinski JH Gitonga CW Noor AM Snow RW (2009) The use of schools for malaria

surveillance and programme evaluation in Africa Malaria Journal 8 231 98 Stevenson JC Stresman GH Gitonga CW Gillig J Owaga C Marube E Odongo W Okoth A China P

Oriango R Brooker SJ Bousema T Drakeley C Cox J (2013) Reliability of school surveys in estimating geographic variation in malaria transmission in the western Kenyan highlands PLoS One 8 e77641

99 De Zulueta J Kafuko GW Cullen JR (1963) An investigation of the annual cycle of malaria in Masaka

district (Uganda) East African Medical Journal 40 469-488 100 Najera JA Shidrawi GR Gibson FD Stafford JS (1967) A large-scale field trial of Malathion as an

insecticide for antimalarial work in Southern Uganda Bulletin of the World Health Organization 36 913-935

30

101 Storey J (1972) A review of malaria work in Sierra Leone 1900 to 1964 West African Medical Journal 27 57-68

102 Gitonga CW Karanja PN Kihara J Mwjame M Juma E Snow RW Noor AM Brooker S (2010)

Implementing school malaria surveys in Kenya towards a nationwide surveillance system Malaria Journal 9 306

103 Gitonga CW Edwards T Karanja PN Noor AM Snow RW Brooker S (2012) Plasmodium infection

anaemia and mosquito net use among school children across different settings in Kenya Tropical Medicine amp International Health 17 858ndash870

104 Houngbedji CA N Dri PB Huumlrlimann E Yapi RB Silueacute KD Soro G Koudou BG Acka CA Assi S

Vounatsou P N Goran EK Fantodji A Utzinger J Raso G (2015) Disparities of Plasmodium falciparum infection malaria-related morbidity and access to malaria prevention and treatment among school-aged children a national cross-sectional survey in Cote dIvoire Malaria Journal 14 7

105 Ashton R Kefyalew T Tesfaye G Pullan R Yadeta D Reithinger R Kolaczinski J Brooker S (2010)

School-based surveys of malaria in Oromia Regional State Ethiopia towards a map of malaria risk Federal Ministry of Health Ethiopia

106 Takem EN Affara M Amambua-Ngwa A Okebe J Ceesay SJ Jawara M Oriero E Nwakanma D

Pinder M Clifford C Taal M Sowe M Suso P Mendy A Mbaye A Drakeley C DAlessandro U (2013) Detecting foci of malaria transmission with school surveys A pilot study in The Gambia PLoS One 8 e67108

107 Clarke SE Roschnik N Rouhani S Diarra S Bamadio M Sacko M Traore D Ly AB Gaye O Sembene

M Fall FB (2012) Malaria in school children under a new policy of universal coverage of nets Recent data from Mali and Senegal American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 Supplement 5 abstract 1466

108 Kabatereine NB Standley CJ Sousa-Fugueiredo JC Fleming RM Stothard JR Talisuna A Fenwick A

(2011) Integrated prevalence mapping of schistosomiasis soil-transmitted helminthiasis and malaria in lakeside and island communities in Lake Victoria Uganda Parasites amp Vectors 4 232

109 Emerson PM Ngondi J Biru E Graves PM Ejigsemahu Y Gebre T Endeshaw T Genet A Mosher

AW Zerihun M Messele A Richards FO (2008) Integrating an NTD with one of lsquolsquoThe Big Threersquorsquo Combined malaria and trachoma survey in Amhara Region of Ethiopia PLoS Neglected Tropical Diseases 2 e197

110 Noor AM Alegana VA Patil AP Moloney G Borle M Ahmed F Yousef F Amran J Snow RW (2012)

Mapping the receptivity of malaria risk to plan the future of control in Somalia British Medical Journal Open Access 2 e001160

111 Boyd MF (1949) Malariology A comprehensive review of all aspects of this group of diseases from a

global standpoint Volume II WB Saunders Company Philadelphia and London

31

112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

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86 Guy Y amp Gassabi R (1967) Les perspectives de leacuteradication du paludisme en Algeacuterie Archives de

LInstitut Pastuer DAlgerie 45 72-88 87 Chand D Garzen JB Bahar R Rishikesh N (1964) Malaria Eradication Service Ethiopia 14 (c) Quarterly

Report 1 October to 31 December 1964 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

88 Chand D Garzon JB Bahar R Rishiskesh N (1965) Quarterly report covering period 1 October to 31

December 1964 Project Ethiopia 0014 dated 9th february 1965 World Health Organization unpublished document Geneva Archives

89 Onori E (1967) Distribution of Plasmodium ovale in the Eastern Western and Northern regions of

Uganda Bulletin of the World Health Organization 37 665-668 90 Wenlock (1978) The incidence of Plasmodium parasites in rural Zambia East African Medical Journal

55 268-276 91 Escudie A amp Hamon J (1961) Paludisme en Afrique Occidentale dexpression Franccedilaise Medicine

Tropicale 21 661-687 92 RBM-MERG - httpwwwrbmwhointmechanismsmerghtml 93 Corsi DJ Neuman M Finlay JE Subramanian SV (2012) Demographic and health surveys a profile

International Journal of Epidemiology 41 1602-1613 94 Measure httpwwwmeasuredhscomData 95 UNICEF httpwwwuniceforgstatisticsindex_24302html 96 Smith DL Guerra CA Snow RW Hay SI (2007b) Standardizing estimates of malaria prevalence

Malaria Journal 6 131 97 Brooker S Kolaczinski JH Gitonga CW Noor AM Snow RW (2009) The use of schools for malaria

surveillance and programme evaluation in Africa Malaria Journal 8 231 98 Stevenson JC Stresman GH Gitonga CW Gillig J Owaga C Marube E Odongo W Okoth A China P

Oriango R Brooker SJ Bousema T Drakeley C Cox J (2013) Reliability of school surveys in estimating geographic variation in malaria transmission in the western Kenyan highlands PLoS One 8 e77641

99 De Zulueta J Kafuko GW Cullen JR (1963) An investigation of the annual cycle of malaria in Masaka

district (Uganda) East African Medical Journal 40 469-488 100 Najera JA Shidrawi GR Gibson FD Stafford JS (1967) A large-scale field trial of Malathion as an

insecticide for antimalarial work in Southern Uganda Bulletin of the World Health Organization 36 913-935

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101 Storey J (1972) A review of malaria work in Sierra Leone 1900 to 1964 West African Medical Journal 27 57-68

102 Gitonga CW Karanja PN Kihara J Mwjame M Juma E Snow RW Noor AM Brooker S (2010)

Implementing school malaria surveys in Kenya towards a nationwide surveillance system Malaria Journal 9 306

103 Gitonga CW Edwards T Karanja PN Noor AM Snow RW Brooker S (2012) Plasmodium infection

anaemia and mosquito net use among school children across different settings in Kenya Tropical Medicine amp International Health 17 858ndash870

104 Houngbedji CA N Dri PB Huumlrlimann E Yapi RB Silueacute KD Soro G Koudou BG Acka CA Assi S

Vounatsou P N Goran EK Fantodji A Utzinger J Raso G (2015) Disparities of Plasmodium falciparum infection malaria-related morbidity and access to malaria prevention and treatment among school-aged children a national cross-sectional survey in Cote dIvoire Malaria Journal 14 7

105 Ashton R Kefyalew T Tesfaye G Pullan R Yadeta D Reithinger R Kolaczinski J Brooker S (2010)

School-based surveys of malaria in Oromia Regional State Ethiopia towards a map of malaria risk Federal Ministry of Health Ethiopia

106 Takem EN Affara M Amambua-Ngwa A Okebe J Ceesay SJ Jawara M Oriero E Nwakanma D

Pinder M Clifford C Taal M Sowe M Suso P Mendy A Mbaye A Drakeley C DAlessandro U (2013) Detecting foci of malaria transmission with school surveys A pilot study in The Gambia PLoS One 8 e67108

107 Clarke SE Roschnik N Rouhani S Diarra S Bamadio M Sacko M Traore D Ly AB Gaye O Sembene

M Fall FB (2012) Malaria in school children under a new policy of universal coverage of nets Recent data from Mali and Senegal American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 Supplement 5 abstract 1466

108 Kabatereine NB Standley CJ Sousa-Fugueiredo JC Fleming RM Stothard JR Talisuna A Fenwick A

(2011) Integrated prevalence mapping of schistosomiasis soil-transmitted helminthiasis and malaria in lakeside and island communities in Lake Victoria Uganda Parasites amp Vectors 4 232

109 Emerson PM Ngondi J Biru E Graves PM Ejigsemahu Y Gebre T Endeshaw T Genet A Mosher

AW Zerihun M Messele A Richards FO (2008) Integrating an NTD with one of lsquolsquoThe Big Threersquorsquo Combined malaria and trachoma survey in Amhara Region of Ethiopia PLoS Neglected Tropical Diseases 2 e197

110 Noor AM Alegana VA Patil AP Moloney G Borle M Ahmed F Yousef F Amran J Snow RW (2012)

Mapping the receptivity of malaria risk to plan the future of control in Somalia British Medical Journal Open Access 2 e001160

111 Boyd MF (1949) Malariology A comprehensive review of all aspects of this group of diseases from a

global standpoint Volume II WB Saunders Company Philadelphia and London

31

112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

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101 Storey J (1972) A review of malaria work in Sierra Leone 1900 to 1964 West African Medical Journal 27 57-68

102 Gitonga CW Karanja PN Kihara J Mwjame M Juma E Snow RW Noor AM Brooker S (2010)

Implementing school malaria surveys in Kenya towards a nationwide surveillance system Malaria Journal 9 306

103 Gitonga CW Edwards T Karanja PN Noor AM Snow RW Brooker S (2012) Plasmodium infection

anaemia and mosquito net use among school children across different settings in Kenya Tropical Medicine amp International Health 17 858ndash870

104 Houngbedji CA N Dri PB Huumlrlimann E Yapi RB Silueacute KD Soro G Koudou BG Acka CA Assi S

Vounatsou P N Goran EK Fantodji A Utzinger J Raso G (2015) Disparities of Plasmodium falciparum infection malaria-related morbidity and access to malaria prevention and treatment among school-aged children a national cross-sectional survey in Cote dIvoire Malaria Journal 14 7

105 Ashton R Kefyalew T Tesfaye G Pullan R Yadeta D Reithinger R Kolaczinski J Brooker S (2010)

School-based surveys of malaria in Oromia Regional State Ethiopia towards a map of malaria risk Federal Ministry of Health Ethiopia

106 Takem EN Affara M Amambua-Ngwa A Okebe J Ceesay SJ Jawara M Oriero E Nwakanma D

Pinder M Clifford C Taal M Sowe M Suso P Mendy A Mbaye A Drakeley C DAlessandro U (2013) Detecting foci of malaria transmission with school surveys A pilot study in The Gambia PLoS One 8 e67108

107 Clarke SE Roschnik N Rouhani S Diarra S Bamadio M Sacko M Traore D Ly AB Gaye O Sembene

M Fall FB (2012) Malaria in school children under a new policy of universal coverage of nets Recent data from Mali and Senegal American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 Supplement 5 abstract 1466

108 Kabatereine NB Standley CJ Sousa-Fugueiredo JC Fleming RM Stothard JR Talisuna A Fenwick A

(2011) Integrated prevalence mapping of schistosomiasis soil-transmitted helminthiasis and malaria in lakeside and island communities in Lake Victoria Uganda Parasites amp Vectors 4 232

109 Emerson PM Ngondi J Biru E Graves PM Ejigsemahu Y Gebre T Endeshaw T Genet A Mosher

AW Zerihun M Messele A Richards FO (2008) Integrating an NTD with one of lsquolsquoThe Big Threersquorsquo Combined malaria and trachoma survey in Amhara Region of Ethiopia PLoS Neglected Tropical Diseases 2 e197

110 Noor AM Alegana VA Patil AP Moloney G Borle M Ahmed F Yousef F Amran J Snow RW (2012)

Mapping the receptivity of malaria risk to plan the future of control in Somalia British Medical Journal Open Access 2 e001160

111 Boyd MF (1949) Malariology A comprehensive review of all aspects of this group of diseases from a

global standpoint Volume II WB Saunders Company Philadelphia and London

31

112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

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112 Higgins JPT amp Green S (editors) (2011) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 510 [updated March 2011] The Cochrane Collaboration 2011 Available from wwwcochrane-handbookorg

113 PubMed httpwwwncbinlmnihgovsitesentrez 114 Google Scholar httpscholargooglecoza 115 Armed Forces Pest Management Board httpwwwafpmborgpublicationshtm 116 World Health Organization Library Database httpwwwwhointlibrary 117 Institute de Rechercheacute pour le Development on-line digital library service httpwwwirdfr 118 African Journals Online (AJOL) httpwwwajolinfo 119 Malaria World httpwwwmalaria-worldcom 120 Environmental Health at USAID malaria bulletins httpwwwehprojectorg 121 Santeacute Tropicale including Medecine DAfrique Noire httpwwwsantetropicalecom 122 HINARI httpwwwwhointhinari 123 Meacutedecins sans Frontiegraveres httpwwwmsforg 124 MERLIN httpwwwmerlinorguk 125 Carter Center httpwwwcartercenterorg 126 Food Security and Nutrition Analysis Unit - Somalia (FSNAU) httpwwwfsnauorg 127 Shape Consulting httpcmsshapeconsultingorg 128 Save the Children httpwwwsavethechildrennet 129 Malaria Consortium httpwwwmalariaconsortiumorg 130 MENTOR httpthementorinitiativeorg 131 INFORM httpwwwinform-malariaorg 132 OrsquoMeara WP Barcus M Wongsrichanalai C Muth S MaguireJD Jordan RG Prescott WR McKenzie

FE (2006) Reader technique as a source of variability in determining malaria parasite density by microscopy Malaria Journal 5 118

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133 Gitonga CW Kihara JH Njenga SM Awundo K Noor AM Snow RW Brooker SJ (2012) Use of rapid diagnostic tests in malaria school surveys in Kenya does under-performance matter for planning malaria control American Journal of Tropical Medicine amp Hygiene 87 1004-1011

134 World Health Organization-Foundation for Innovative New Diagnostics (2012) Malaria Rapid

Diagnostic Test Performance Results of WHO product testing of malaria RDTs Round 4 135 Rennie W Phetsouvanh R Lupisan S Vanisaveth V Hongvanthong B Phompida S Alday P Fulache

M Lumagui R Jorgensen P Bell D Harvey S (2007) Minimizing human error in malaria rapid diagnosis clarity of written instructions and health worker performance Transactions of the Royal Society Tropical Medicine amp Hygiene 101 9ndash18

136 Harvey SA Jennings L Chinyama M Masaninga F Mulholland K Bell DR (2008) Improving

community health worker use of malaria rapid diagnostic tests in Zambia package instructions job aid and job aid-plus-training Malaria Journal 7 160

137 Endeshaw T Gebre T Ngondi J Graves PM Shargie EB Ejigsemahu Y Ayele B Yohannes G Teferi T

Messele A Zerihun M Genet A Mosher AW Emerson PM Richards FO (2008) Evaluation of light microscopy and rapid diagnostic test for the detection of malaria under operational field conditions a household survey in Ethiopia Malaria Journal 7 118

138 Keating J Miller JM Bennett A Moonga HB Eisele TP (2009) Plasmodium falciparum parasite

infection prevalence from a household survey in Zambia using microscopy and a rapid diagnostic test implications for monitoring and evaluation Acta Tropica 112 277ndash282

139 Okell LC Ghani AC Lyons E Drakeley CJ (2009) Sub-microscopic infection in Plasmodium falciparum

endemic populations a systematic review and meta-analysis Journal of Infectious Diseases 200 1509ndash1517

140 Samadoulougou S Kirakoya-Samadoulougou F Sarrassat S Tinto H Bakiono F Nebieacute I Robert A

(2014) Paracheckreg rapid diagnostic test for detecting malaria infection in under five children a population-based survey in Burkina Faso Malaria Journal 13 101

141 Florey L (2014) Measures of malaria parasitemia prevalence in national surveys Agreement between

Rapid Diagnostic Testing and microscopy DHS Analytical Studies No 43 Rockville Maryland USAICF International

142 Burgert CR Colston J Roy T Zachary B (2013) Geographic displacement procedure and

georeferenced data release policy for the Demographic and Health Surveys DHS Spatial Analysis Reports No 7 Calverton Maryland USA ICF International httpdhsprogramcompublicationspublication-SAR7-Spatial-Analysis-Reportscfm

143 GEOnet Names Server of the National Geospatial-Intelligence Agency USA httpwwwearth-

infongamilgnshtmlcntry_fileshtml 144 Falling Rain Genomicsrsquo Global Gazetteer httpwwwfallingraincom 145 Alexandria Digital Library prepared by University of California USA httpwwwalexandriaucsbedu

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146 African Data Sampler httpgcmdnasagovrecordsGCMD_ADS_WRIhtml 147 MAPCarta httpmapcartacom 148 Maplandia httpwwwmaplandiacom 149 Global geodatabase-cities httpwwwgeodatasourcecomcities-platinumhtml 150 Open Street Map httpextractbbbikeorg 151 VMAP0 httpearth-infongamilpublicationsvmap0html 152 IslamicFinder httpwwwislamicfinderorgprayerDetailphp 153 Hill LL (2000) Core elements of digital gazetteers Placenames categories and footprints Research

amp Advanced Technology for Digital Libraries Proceedings 1923 280-290 154 FAO (2008) The Global Administrative Unit Layers (GAUL) EC-FAO Food Security Programme Food

and Agriculture Organization United Nations 155 Lehner B amp Doll P (2004) Development and validation of a global database of lakes reservoirs and

wetlands Journal of Hydrology 296 1-22 156 SALB Second Administrative Level Boundaries

httpsalbgeonetworkgridunepchgeonetworksrven amp GAUL Global Administrative Unit Layers Borders between countries and administrative units within the countries httpwwwfaoorggeonetworksrvenmetadatashowid=12691

157 African Union Border Programme (AUBP) (2014) Delimitation and demarcation of boundaries in

Africa The Userrsquos Guide The Commission of the African Union Department of Peace and Security African Union Addis Ababa Ethiopia

158 Pull JH amp Grab B (1974) A simple epidemiological model for evaluating the malaria inoculation rate

and the risk of infection in infants Bulletin of the World Health Organization 51 507-516 159 Gregory RD amp Blackburn TM (1991) Parasite prevalence and host sample size Parasitology Today 7

316-318 160 Jovani R amp Tella JL (2006)Parasite prevalence and sample size misconceptions and solutions Trends

in Parasitology 22 214-218 161 Snow RW amp Noor AM (2015) Malaria risk mapping in Africa The historical context to the

Information for Malaria (INFORM) project Working Paper in support of the INFORM Project funded by the Department for International Development and the Wellcome Trust Nairobi Kenya 3rd June 2015

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Annex

Acknowledging individuals who have provided assistance in locating geo-coding and providing unpublished data Angola Ana Paula Arez Assumpta Bou-Monclus Fernando David Dina Gamboa Antoacutenio Langa Akiko Matsumoto John Mendelsohn Cristina Mendes Susana Nery Joatildeo Maacuterio Pedro Joseacute Sousa-Figueiredo Fern Teodoro Claudia Videira Benin Ceacutesaire Damien Ahanhanzo Alexandre Biaou Emile Bongo Vincent Corbel Umberto DAlessandro Georgia B Damien Yves Eric Denon Virgile Gnanguenon Marie-Claire Henry Florence Kouadio Florence Migot-Nabias Christian Lengeler Alain Nahum Mariam Oke Razack Osse Christophe Rogier Peter Thomas Botswana Colleen Fraser Musa Mabaso Marlies Craig Frank Hansford Graham Root Burkina Faso Heiko Becher Claudia Beiersmann Clarisse Bougouma Diadier Diallo Adama Gansane Jean-Olivier Guintran Sidonie Gouem Amadou Konate Bocar Kouyateacute Christian Lengeler Laurent Moyenga Olaf Muumlller Issa Nebie Jean-Bosco Ouedraogo Andreacute Lin Oueacutedraogo Hermann Oueacutedraogo Christophe Rogier August Stitch Yazoume Yeacute Issa Zongo Burundi Lidwine Barahadana Marc Coosemans Baza Dismas Natacha Protopopoff Cameroon Eric Achidi Toby Apinjoh Rolland Bantar Chi Hanesh Wilfred Mbacham Kenneth Ndamukong Maria Rebollo Innocent Takougang Peter Uzoegwu Samuel Wanji Cape Verde Joana Alves Ana Paula Arez Chad Kerah Clement Ephraim Djoumbe Ibrahim Soceacute Fall Etienne Magloire Minkoulou Jose Nkuni Nadjitolnan Othingueacute Kaspar Wyass Cote drsquoIvoire Serge-Brice Assi Bassirou Bonfoh Mark Divall NGoran K Eliezer Marie-Claire Henry Astrid Knoblauch Benjamin Koudou Barbara Matthys Giovanna Raso Fabian Rohner Kigbafori Silue Marcel Tanner Andres Tschannen Thomas Tuescher Juerg Utzinger Rita Wegmuumlller Democratic Republic of Congo Mike Bangs Civeon Bazebosso Morrison Bethea Thierry Lengu Bobanga Mark Divall Ellen Dotson Giovanfrancesco Ferrari Louis Ilunga Seth Irish Jean-Emmanuelle Julo-Reacuteminiac Sakkie Hattingh Yakim Kabvangu Didier Kabing Didier Kalemwa Lydie Kalindula-Azama Hyacinthe Kaseya Onyimbo Kerama Astrid Knoblauch Phillipe Lafour Christian Lengeler Joris L Likwela Crispin Lumbala Wa Mbuyi Eric Mafuta Landing Mane Emile Manzambi Andreacute Mazinga Jolyon Medlock Steve Meshnick Janey Messina Flavien Mulumba Ambroise Nanema Marius Ngoyi Henry Ntuku Laura OReilly Milka Owuor Ceacutedric Singa Salumu Solomon Eric Mukomena Sompwe Edouard Swana Katie Tripp Antoinette Tsheacutefu Francis Watsenga Mirko Winkler Djibouti Mouna Osman Aden Ifrah Ali Ahmed Abdisalan Mohamed Noor Christophe Rogier Egypt Abdelbaset Zayed Hoda Atta

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Equatorial Guinea Ana Paula Arez Estefaniacutea Custodio Immo Kliendsmidt National Centre for Tropical Medicine (Madrid) Zaida Herrador Ortiz Spanish Tropical Diseases Research Network (RICET) Eritrea Araia Berhane Joe Keating Azmera Gebreslassie Tewolde Ghebremeskel Samuel Goitom Amanuel Kifle Selam Mihreteab David Sintasath Abdulmumini Usman Assefash Zehaie Ethiopia Ruth Ashton Meshesha Balkew Estifanos Biru Simon Brooker Peter Byass Karre Chawicha Wakgari Deressa Tufa Dinku Yeshewamebrat Ejigsemahu Henok Kebede Ejigu Paul Emerson Tekola Endeshaw Teshome Gebre Asrat Genet Asefaw Getachew Melaku Gimma Patricia Graves Afework Hailemariam Sharon Hill Don Hopkins Daddi Jima Abdissa Kurkie Kabeto Bernt Lindtjoslashrn Addisu Mekasha Endale Mengesha Ayenew Messele Aryc Mosher Jeremiah Ngondi Frank Richards Teshale Seboxa Bob Snow Niko Speybroeck Kassahun Tadesse Zerihun Tadesse Hiwot Solomon Taffese Bekele Worku Adugna Woyessa Delenasaw Yewhalaw Mulat Zerihun Gabon Steffen Bormann Dieudonneacute Nkoghe Francine Ntoumi Odile Oukem Gambia Jane Achan Onome Akpogheneta Steve Allen Sarah Atkinson Kalifa Bojang Sering Ceesay Sian Clarke David Conway Baboucarr Daffeh Umberto DAlessandro Chris Drakeley Sam Dunyo Fatty Fatoumatta Malang Fofana Brian Greenwood Adam Jagne-Sonko Cherno Jallow Ebrima Jarjou Musa Jawara Momodou Kalleh Balla Kandeh Sharmila Lareef-Jah Steve Lindsay Karafa Manneh Ousman Nyan Margaret Pinder Eleanor Riley Judith Satoguina Lorenz von Seidlein Bob Snow Sheriffo Sonko Thomas Sukwa Ebako Takem Michael Walther Emily Webb Ghana Benjamin Abuaku Michael Acquah Collins Ahorlu Felicia Amo-Sakyi Frank Amoyaw Anthony Amuzu Vivian Aubyn Irene Ayi Aba Baffoe-Willmot Frank Baiden Constance Bart-Plange Fred Binka Michael Cappello Daniel Chandramohan Amanua Chinbuah Benjamin Crookston Ina Danquah Stephan Ehrhardt Johnny Gyapong Franca Hartgers Debbie Humphries Shamwill Issah Kwadwo Koram Margaret Kweku Keziah Malm Juergen May Frank Mockenhaupt Wahjib Mohammed Philomena Efua Nyarko Kofi Osae Abena Asamoabea Osei-Akoto Seth Owusu-Agyei Felicia Owusu-Antwi Philip Ricks Sylvester Segbaya Fredericka Sey Harry Tagbor David van Bodegom Mitchell Weiss Guinea Jane Achan Annick Antierens Umberto DAlessandro Amadou Baiumllo Diallo Mark Divall Timotheacute Guilavogui Christine Jamet Astrid Knoblauch Cheick Tidiane Sidibe Amanda Tiffany Mirko Winkler Guinea-Bissau Poul-Erik Kofoed Amabelia Rodrigues Michael Walther Kenya Timothy Abuya Kubaje Adazu Willis Akhwale Pauline Andango Ken Awuondo Fred Baliraine Nabie Bayoh Philip Bejon Simon Brooker Maria Pia Chaparro Jon Cox Meghna Desai Mark Divall Ulrike Fillinger Lia Smith Florey Andrew Githeko Carol Gitonga Joana Greenfield Helen Guyatt Katherine Halliday Mary Hamel Laura Hammitt Allen Hightower Tobias Homan Susan Imbahale Rachel Jenkins Chandy John Elizabeth Juma Lydia Kaduka Jimmy Kahara Akira Kaneko Simon Kariuki Christine Kerubo Charles King Chris King Rebecca Kiptui Astrid Knoblauch Yeri Kombe Feiko ter Kuile Kayla Laserson Tjalling Leenstra Eugiena Lo Brett Lowe Hortance Manda Charles Mbogo Margaret McKinnon Noboru Minakawa Sue Montgomery Eric Muchiri Richard Mukabana Charles Mwandawiro Joseph Mwangangi Tabitha Mwangi Miriam Mwjame Charlotte Neumann Emmily Ngetich Patricia Njuguna Abdisalan Mohamed Noor Oscar Nyangari George Nyangweso Christopher Nyundo Christopher Odero Edna Ogada Bernards Ogutu Bernard Okech George Okello Maurice Ombok Raymond Omollo Simon Omollo Monica Omondi Milka Owuor Beth Rapuoda Evan Secor Dennis Shanks Larry Slutsker Bob Snow David Soti Jennifer Stevenson Willem Takken Feiko Ter Kuile Jacobien Veenemans Juliana Wambua Vincent Were Tom Williams Shona Wilson Guiyun Yan Guofa Zhou Dejan Zurovac Liberia Richard Allan Kristin Banek Joel Jones Tolbert Nyenswah

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Madagascar Vololomboahangy Andrianaja Alyssa Finlay Ronan Jambou Thomas Kesteman Patrice Piola Fanjasoa Rakotomanana Benjamin Ramarosandratana Louise Ranaivo Milijaona Randrianarivelojosia Heryinsalna Honore Rasamimanana Arsene Ratsimbasoa Jemima Andrianina Ravelonarivo Vincent Robert Christophe Rogier Malawi Doreen Ali Adam Bennett Cameron Bowie Bernard Brabin Simon Brooker Marian Bruce Job Calis Tiyese Chimuna John Chiphwanya P Chirambo James Chirombo Maureen Coetzee Michael Coleman Wilfred Dodoli Thomas Eisele Oliver Gadabu Paul Prinsen Geerligs Sarah Gibson Timothy Holtz Gertrude Kalanda Lawrence Kazembe Peter Kazembe Immo Kleinschmidt David Lalloo Miriam Laufer Misheck Luhanga Alan Macheso Ganizani Malata Kingsley Manda Don Mathanga Malcolm Molyneux Kelias Msyamboza Piyali Mustaphi Themba Mzilahowa Monica Olewe Kamija Phiri Arantxa Roca-Feltrer John Sande Andrea Sharma Bertha Simwaka Jacek Skarbinski Rick Steketee Kevin Sullivan Terrie Taylor Anja Terlouw Lindsay Townes Peter Troell Mark Wilson Charles Yuma John Zoya Mali Modibo Bamadio Sian Clarke Amadou Baiumllo Diallo Diadier Diallo Seybou Diarra Alassane Dicko Abdoulaye Djimde Ogobara Doumbo Soce Fall Boubacar Maiga Natalie Roschnik Saba Rouhani Massambou Sacko Issaka Sagara Mahamadou Sissoko Ousmane Toure Manijeh Vafa Mauritania Ba Mamadou dit Dialaw Sidi Ould Zahaf Mayotte Fredric Pagegraves Jean-Louis Solet Laurent Filleul Mozambique Pedro Aide Pedro Alonso Kate Brownlow James Colborn Michael Coleman Alexandre Macedo De Oliveira Mark Divall Celine Gustavson Albert Kilian Immo Kleinschmidt Astrid Knoblauch Samuel Mabunda Euseacutebio Macete Rajendra Maharaj Susana Nery Emilia Virginia Noormahomed Milka Owuor Natalie Roschnik Allan Schapira Ricardo Thomson Namibia Colleen Fraser Frank Hansford John Irish Richard Kamwi Stark Katokele Musa Mabaso Kudzai Makomva John Mendelsohn Benson Ntomwa Andreas Reich Christine Theron Petrina Uusiku Niger Elisa Bosqueacute-Oliva Jean-Bernard Duchemin Isabelle Jeane Zilahatou Tohon Nigeria Emmanuel Adegbe Grace Adeoye Philip Agomo Oluwagbemiga Aina Bolatito Aiyenigba Idowu Akanmu Oladele Akogun Chiaka Anumudu Ebere Anyachukwu Matthew Ashikeni Samson Awolola Ebenezer Baba Oluseye Babatunde William Brieger Marian Bruce Paul Emerson Emmanuel Miri Emmanuel Emukah Nnenna Ezeigwe Bayo Fatunmbi Patricia Graves Celia Holland Nnaemeka Iriemenam Albert Kilian Paddy Kirwan Ibrahim Maikore Addusalami Yayo Manu Kolawole Maxwell Mark Miare Audu Bala Mohammed Gregory Noland Stephen Oguche Olusola Ojurongbe Patricia Okorie Ladipo Taiwo Olabode Folake Olayinka Olanpeleke Olufunke Peter Olumese Ogu Omede Yusuf Omosun Sola Oresanya Wellington Oyibo Lynda Ozor Frank Richards Abdullahi Saddiq Adamu Sallau Arowolo Tolu Yemi Tosofola Aminu Mahmoud Umar Peter Uzoegwu Rwanda Caterina Fanello Jean-Bosco Gahutu Alain Kabayiza Corrine Karema Michael Loevinsohn Frank Mockenhaupt Alphonse Mutabazi Alphonse Rukondo Sao Tome and Principe Hailay Desta Jih Ching Lien Thomas Smith Awash Teklehaimanot Senegal Mady Ba Christian Boudin Badara Cisse Sian Clarke Ndiaceacute Dangoura Mame Birame Diouf Ibrahim Soceacute Fall Florie Fillol Oumar Gaye Ibou Guisse Sylvia Males Florence Migot-Nabias Rick Paul Moussa Thior Jean Francois Trape Sierra Leone Matthew Burns Mark Divall Astrid Knoblauch Edward Magbity Musa Sillah-Kanu Samuel J Smith

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Somalia Jamal Amran Imanol Berakoetxea Mohammed Borle Matthew Burns Waqar Butt Craig Von Hagen Abdi Hersi Grainne Moloney Abdisalaam Mohamed Noor Abdi Noor Ismail Rage Tanya Shewchuk Randa Youssef Fahmi Essa Yusuf South Africa Karen Barnes Frank Hansford Gerdalize Kok Philip Kruger Aaron Mabuza Rajendra Maharaj South Sudan Robert Azairwe Steve Barya Emmanuel Chanda Bill Gueth Kueil Richard Laku Margaret Lejukole Olivia Lomoro Charles Agono Mona Harriet Pasquale Samuel Patti Heidi Reid Sudan Mohamed Abbas Alnazear Abdalla Tareg Abdelgader Nasruddin Abdul-Hadi Abdalla Ahmed Mubashar Ahmed Dalin Abdelkareem Altahir Sahar Bakhite Mustafa Dukeen Tayseer Elamin El Faki Asma Hsahim El Hassan Ibrahim El Hassan Limya El Yamani Khalid Elmardi Salah Elbin Elmubark Homooda Totoa Kafy Fatih Malik Jaffar Mirghani Alaa Moawia Tasneem Moawia Abdullah Sayied Mohammed Maowia Mukhtar Fazza Munim Samia Seif Murghan Ali Elamin Nasir Abdisalan Mohamed Noor Bakari Nour Abdelhameed Elbirdiri Nugad A Omer Abdala Sayaid Jihad Eltaher Sulieman Mohamad Tarig Randa Youssef Ghasem Zamani Swaziland Sabelo Dlamini Frank Hansford Simon Kunene Joe Novotny Graham Root Brian Sharp Tanzania Salim Abdulla Mike Bangs Jubilate Barnard James Beard Michael Beasley Anders Bjorkman Teun Bousema Ilona Carneiro Frank Chacky Prosper Chaki Daniel Chandromohan Mark Divall Stefan Dongus Chris Drakeley Mathew Dukes Yvonne Geissbuumlhler Nicodem J Govella Francesco Grandesso George Greer Kara Hanson Deus Ishengoma Timona Jarha Patrick Kachur Rose Kibe Gerry Killeen Safari Kinunghi William Kisinza Samson Kiware Astrid Knoblauch Karen Kramer Paul Lango Martha Lemnge Christian Lengeler Neil F Lobo Zudson Lucas Rose Lusinde John Lusingu Zawadi Mageni Stephen Magesa Robert Malima Alpha D Malishee Renata Mandike Tanya Marchant Honoratia Masanja Fabian Mashauri Fabiano Massawe Caroline Maxwell Ben Mayala Leonard Mboera Peter McElroy Clara Menendez Sigsbert Mkude Yeromin Mlacha Bruno Mmbando Ally Mohammed Fabrizio Molteni Daniel Msellemu Hassan Mshinda Frank Mtei Zacharia J Mtema Athuman Muhili Theonest Mutabingwa Victoria Mwakalinga Dismas Mwalimu Yusufu Mwita Irene Mwoga Isaack Namango Kenneth Nchimbi Rhita Njau Fredros Okumo John Owuor Milka Owuor Faith Patrick Lynn Paxton Hugh Reyburn Tanya L Russell Sunil Sazawa David Schellenberg Self Shekalaghe Clive Shiff Method Segeja Rosemary Silaa Thomas Smith Paul Smithson Bob Snow Joseacute Sousa-Figueiredo Thor Theander Andrew Tomkins Patrick Tungu Jacobien Veenemans Hans Verhoef Ying Zhou Togo Kodjo Morgah Anja Terlouw Uganda Jane Achan Seraphine Adibaku Miriam Akello Paul Ametepi Paul Bazongere Lea Berrang-Ford Martha Betson Teun Bousema Clare Chandler Jon Cox Deborah DiLiberto Grant Dorsey Calvin Echodu Dorothy Echodu Thomas Egwang Allison Elliot Anthony Esenu Samuel Gonahasa Francesco Grandesso Jean-Paul Guthmann Stephen Hillier Katy Hurd Narcis Kabatereine Rita Kabuleta-Luswata Mark Kaddumuka Ruth Kigozi Simon Kigozi Macklyn Kihembo Fred Kironde Steve Kiwuwa Moses Kizza Jan Kolaczinski Mary Kyohere Steve Lindsay Myers Lugemwa Caroline Lynch Godfrey Magumba Catherine Maiteki Catherine Maiteki-Sebuguzi Edith Mbabazi Monami Patrick Levi Mugenyi Lawrence Muhangi Carolyn Nabasumba Halima Naiwumbwe Marjorie Najjengo Zaria Nalumansi Florence Nankya Sussanne Nasr Dida Manya Florence Nankya Sussann Nasr Juliet Ndibazza Gloria Oduru Michael Okia Jaffer Okiring Peter Okui Ambrose Onapa Niels Ornbjerg Erling Pedersen Carla Proietti Rachel Pullen Andrea Rehman Denis Rubahika John Rwakimari Paul Simonsen Bob Snow James Ssekitoleeko Sarah Staedke Claire Standley Laura Steinhardt Anna-Sofie Stensgaard Russell Stothard Ambrose Talisuna James Tibenderana Henry Wannume Emily Webb Adoke Yeka Charlotte Muheki Zikusooka Zambia Pascalina Chanda Elizabeth Chizema Michael Coleman Umberto DAlessandro Mark Divall Mark Divall Thomas Eisele Lindsey Everett Jean-Pierre Van Geertruyden David Hamer Aniset Kamanga Mulakwa Kamuliwo Sera Karuiki Joe Keating Immo Kleinschmidt Astrid Knoblauch Astrid Knoblauch David Larsen Sungano

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Mharakurwa John Miller Victor Mukona Modest Mulenga Boniface Mutombo Michael Nambozi Eric Njunju Milka Owuor Richard Steketee Philip Thuma Zanzibar Abdullah Ali Achuyt Bhattarai Bob Black Thomas Jaumlnisch Patrick Kachur Rose Lusinde Fabrizio Molteni David Sullivan Zimbabwe Tim Freeman Nicholas Midzi Francisca Mutapi Graham Root Crispin Lumbala General archive assitance data extraction and geo-coding Camila Aros Perez Muriel C Bastien Mauro Capocci Catherine Cecilio Gilberto Corbellini Joaquim Da Silva Daniel Demellier Virgiacutelio do Rosaacuterio Dominique Dupenne Reynald Erard Gehane Al GarrayaCarlos Guerra Nahla Ibrahim Amir Kamal David Kaylo Anne-Marie Lallemand Lorena Lucioparedes Betsy Makena Charles Mayika-Louvouezo Anne Mbeche Bernard Mitto Hatem Nour El-Din H Mohamed Jonesmus Mutua Lydiah Mwangi Judy Omumbo Viola Otieno Marie Sarah Villemin Partow Christian Pethas-Magilad Joatildeo Pires Agnes Raymond-denise Gilbert Sang Christian Sany Dirk Schoonbaert

• 6 Abstraction des donneacutees drsquoenquecircte helliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphellip 15
• 61 Exigences minimales en matiegravere de donneacutees
• • Nous avons eacutegalement visiteacute les archives nationales du Ministegravere de la santeacute situeacutees dans les villes de Nairobi Kisumu Eldoret Mombasa et Meru (au Kenya) Entebbe et Jinja (en Ouganda) Sennar Khartoum et Kassala (au Soudan) Thies (au Seacuteneacutegal)
  • Des rapports annuels des services meacutedicaux et de lrsquoassainissement datant de 1919 produits par les gouvernements coloniaux de la Gambie du Nigeria du Gold Coast (Ghana) de Sierra Leone de Somalie du Kenya de Tanganyika (Tanzanie) de Zanzibar drsquo
  • Au cours du Projet de cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) des scientifiques reacutegionaux ont visiteacute les archives nationales situeacutees dans les villes de Maputo (Mozambique) Bobo Dioulasso (Burkina Faso) Yaoundeacute (Cameroun) Coton
  • Scheacutema 5 A gauche Archives du laboratoire national de santeacute publique Nairobi Kenya (Old Wellcome Trust Library) A droite ndash Bibliothegraveque de lrsquoInstitut national de recherche meacutedicale Amani Tanzanie
  • • 5 Abstraction des donneacutees drsquoenquecircte
    • 51 Exigences minimales en matiegravere de donneacutees

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146 African Data Sampler httpgcmdnasagovrecordsGCMD_ADS_WRIhtml 147 MAPCarta httpmapcartacom 148 Maplandia httpwwwmaplandiacom 149 Global geodatabase-cities httpwwwgeodatasourcecomcities-platinumhtml 150 Open Street Map httpextractbbbikeorg 151 VMAP0 httpearth-infongamilpublicationsvmap0html 152 IslamicFinder httpwwwislamicfinderorgprayerDetailphp 153 Hill LL (2000) Core elements of digital gazetteers Placenames categories and footprints Research

amp Advanced Technology for Digital Libraries Proceedings 1923 280-290 154 FAO (2008) The Global Administrative Unit Layers (GAUL) EC-FAO Food Security Programme Food

and Agriculture Organization United Nations 155 Lehner B amp Doll P (2004) Development and validation of a global database of lakes reservoirs and

wetlands Journal of Hydrology 296 1-22 156 SALB Second Administrative Level Boundaries

httpsalbgeonetworkgridunepchgeonetworksrven amp GAUL Global Administrative Unit Layers Borders between countries and administrative units within the countries httpwwwfaoorggeonetworksrvenmetadatashowid=12691

157 African Union Border Programme (AUBP) (2014) Delimitation and demarcation of boundaries in

Africa The Userrsquos Guide The Commission of the African Union Department of Peace and Security African Union Addis Ababa Ethiopia

158 Pull JH amp Grab B (1974) A simple epidemiological model for evaluating the malaria inoculation rate

and the risk of infection in infants Bulletin of the World Health Organization 51 507-516 159 Gregory RD amp Blackburn TM (1991) Parasite prevalence and host sample size Parasitology Today 7

316-318 160 Jovani R amp Tella JL (2006)Parasite prevalence and sample size misconceptions and solutions Trends

in Parasitology 22 214-218 161 Snow RW amp Noor AM (2015) Malaria risk mapping in Africa The historical context to the

Information for Malaria (INFORM) project Working Paper in support of the INFORM Project funded by the Department for International Development and the Wellcome Trust Nairobi Kenya 3rd June 2015

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Annex

Acknowledging individuals who have provided assistance in locating geo-coding and providing unpublished data Angola Ana Paula Arez Assumpta Bou-Monclus Fernando David Dina Gamboa Antoacutenio Langa Akiko Matsumoto John Mendelsohn Cristina Mendes Susana Nery Joatildeo Maacuterio Pedro Joseacute Sousa-Figueiredo Fern Teodoro Claudia Videira Benin Ceacutesaire Damien Ahanhanzo Alexandre Biaou Emile Bongo Vincent Corbel Umberto DAlessandro Georgia B Damien Yves Eric Denon Virgile Gnanguenon Marie-Claire Henry Florence Kouadio Florence Migot-Nabias Christian Lengeler Alain Nahum Mariam Oke Razack Osse Christophe Rogier Peter Thomas Botswana Colleen Fraser Musa Mabaso Marlies Craig Frank Hansford Graham Root Burkina Faso Heiko Becher Claudia Beiersmann Clarisse Bougouma Diadier Diallo Adama Gansane Jean-Olivier Guintran Sidonie Gouem Amadou Konate Bocar Kouyateacute Christian Lengeler Laurent Moyenga Olaf Muumlller Issa Nebie Jean-Bosco Ouedraogo Andreacute Lin Oueacutedraogo Hermann Oueacutedraogo Christophe Rogier August Stitch Yazoume Yeacute Issa Zongo Burundi Lidwine Barahadana Marc Coosemans Baza Dismas Natacha Protopopoff Cameroon Eric Achidi Toby Apinjoh Rolland Bantar Chi Hanesh Wilfred Mbacham Kenneth Ndamukong Maria Rebollo Innocent Takougang Peter Uzoegwu Samuel Wanji Cape Verde Joana Alves Ana Paula Arez Chad Kerah Clement Ephraim Djoumbe Ibrahim Soceacute Fall Etienne Magloire Minkoulou Jose Nkuni Nadjitolnan Othingueacute Kaspar Wyass Cote drsquoIvoire Serge-Brice Assi Bassirou Bonfoh Mark Divall NGoran K Eliezer Marie-Claire Henry Astrid Knoblauch Benjamin Koudou Barbara Matthys Giovanna Raso Fabian Rohner Kigbafori Silue Marcel Tanner Andres Tschannen Thomas Tuescher Juerg Utzinger Rita Wegmuumlller Democratic Republic of Congo Mike Bangs Civeon Bazebosso Morrison Bethea Thierry Lengu Bobanga Mark Divall Ellen Dotson Giovanfrancesco Ferrari Louis Ilunga Seth Irish Jean-Emmanuelle Julo-Reacuteminiac Sakkie Hattingh Yakim Kabvangu Didier Kabing Didier Kalemwa Lydie Kalindula-Azama Hyacinthe Kaseya Onyimbo Kerama Astrid Knoblauch Phillipe Lafour Christian Lengeler Joris L Likwela Crispin Lumbala Wa Mbuyi Eric Mafuta Landing Mane Emile Manzambi Andreacute Mazinga Jolyon Medlock Steve Meshnick Janey Messina Flavien Mulumba Ambroise Nanema Marius Ngoyi Henry Ntuku Laura OReilly Milka Owuor Ceacutedric Singa Salumu Solomon Eric Mukomena Sompwe Edouard Swana Katie Tripp Antoinette Tsheacutefu Francis Watsenga Mirko Winkler Djibouti Mouna Osman Aden Ifrah Ali Ahmed Abdisalan Mohamed Noor Christophe Rogier Egypt Abdelbaset Zayed Hoda Atta

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Equatorial Guinea Ana Paula Arez Estefaniacutea Custodio Immo Kliendsmidt National Centre for Tropical Medicine (Madrid) Zaida Herrador Ortiz Spanish Tropical Diseases Research Network (RICET) Eritrea Araia Berhane Joe Keating Azmera Gebreslassie Tewolde Ghebremeskel Samuel Goitom Amanuel Kifle Selam Mihreteab David Sintasath Abdulmumini Usman Assefash Zehaie Ethiopia Ruth Ashton Meshesha Balkew Estifanos Biru Simon Brooker Peter Byass Karre Chawicha Wakgari Deressa Tufa Dinku Yeshewamebrat Ejigsemahu Henok Kebede Ejigu Paul Emerson Tekola Endeshaw Teshome Gebre Asrat Genet Asefaw Getachew Melaku Gimma Patricia Graves Afework Hailemariam Sharon Hill Don Hopkins Daddi Jima Abdissa Kurkie Kabeto Bernt Lindtjoslashrn Addisu Mekasha Endale Mengesha Ayenew Messele Aryc Mosher Jeremiah Ngondi Frank Richards Teshale Seboxa Bob Snow Niko Speybroeck Kassahun Tadesse Zerihun Tadesse Hiwot Solomon Taffese Bekele Worku Adugna Woyessa Delenasaw Yewhalaw Mulat Zerihun Gabon Steffen Bormann Dieudonneacute Nkoghe Francine Ntoumi Odile Oukem Gambia Jane Achan Onome Akpogheneta Steve Allen Sarah Atkinson Kalifa Bojang Sering Ceesay Sian Clarke David Conway Baboucarr Daffeh Umberto DAlessandro Chris Drakeley Sam Dunyo Fatty Fatoumatta Malang Fofana Brian Greenwood Adam Jagne-Sonko Cherno Jallow Ebrima Jarjou Musa Jawara Momodou Kalleh Balla Kandeh Sharmila Lareef-Jah Steve Lindsay Karafa Manneh Ousman Nyan Margaret Pinder Eleanor Riley Judith Satoguina Lorenz von Seidlein Bob Snow Sheriffo Sonko Thomas Sukwa Ebako Takem Michael Walther Emily Webb Ghana Benjamin Abuaku Michael Acquah Collins Ahorlu Felicia Amo-Sakyi Frank Amoyaw Anthony Amuzu Vivian Aubyn Irene Ayi Aba Baffoe-Willmot Frank Baiden Constance Bart-Plange Fred Binka Michael Cappello Daniel Chandramohan Amanua Chinbuah Benjamin Crookston Ina Danquah Stephan Ehrhardt Johnny Gyapong Franca Hartgers Debbie Humphries Shamwill Issah Kwadwo Koram Margaret Kweku Keziah Malm Juergen May Frank Mockenhaupt Wahjib Mohammed Philomena Efua Nyarko Kofi Osae Abena Asamoabea Osei-Akoto Seth Owusu-Agyei Felicia Owusu-Antwi Philip Ricks Sylvester Segbaya Fredericka Sey Harry Tagbor David van Bodegom Mitchell Weiss Guinea Jane Achan Annick Antierens Umberto DAlessandro Amadou Baiumllo Diallo Mark Divall Timotheacute Guilavogui Christine Jamet Astrid Knoblauch Cheick Tidiane Sidibe Amanda Tiffany Mirko Winkler Guinea-Bissau Poul-Erik Kofoed Amabelia Rodrigues Michael Walther Kenya Timothy Abuya Kubaje Adazu Willis Akhwale Pauline Andango Ken Awuondo Fred Baliraine Nabie Bayoh Philip Bejon Simon Brooker Maria Pia Chaparro Jon Cox Meghna Desai Mark Divall Ulrike Fillinger Lia Smith Florey Andrew Githeko Carol Gitonga Joana Greenfield Helen Guyatt Katherine Halliday Mary Hamel Laura Hammitt Allen Hightower Tobias Homan Susan Imbahale Rachel Jenkins Chandy John Elizabeth Juma Lydia Kaduka Jimmy Kahara Akira Kaneko Simon Kariuki Christine Kerubo Charles King Chris King Rebecca Kiptui Astrid Knoblauch Yeri Kombe Feiko ter Kuile Kayla Laserson Tjalling Leenstra Eugiena Lo Brett Lowe Hortance Manda Charles Mbogo Margaret McKinnon Noboru Minakawa Sue Montgomery Eric Muchiri Richard Mukabana Charles Mwandawiro Joseph Mwangangi Tabitha Mwangi Miriam Mwjame Charlotte Neumann Emmily Ngetich Patricia Njuguna Abdisalan Mohamed Noor Oscar Nyangari George Nyangweso Christopher Nyundo Christopher Odero Edna Ogada Bernards Ogutu Bernard Okech George Okello Maurice Ombok Raymond Omollo Simon Omollo Monica Omondi Milka Owuor Beth Rapuoda Evan Secor Dennis Shanks Larry Slutsker Bob Snow David Soti Jennifer Stevenson Willem Takken Feiko Ter Kuile Jacobien Veenemans Juliana Wambua Vincent Were Tom Williams Shona Wilson Guiyun Yan Guofa Zhou Dejan Zurovac Liberia Richard Allan Kristin Banek Joel Jones Tolbert Nyenswah

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Madagascar Vololomboahangy Andrianaja Alyssa Finlay Ronan Jambou Thomas Kesteman Patrice Piola Fanjasoa Rakotomanana Benjamin Ramarosandratana Louise Ranaivo Milijaona Randrianarivelojosia Heryinsalna Honore Rasamimanana Arsene Ratsimbasoa Jemima Andrianina Ravelonarivo Vincent Robert Christophe Rogier Malawi Doreen Ali Adam Bennett Cameron Bowie Bernard Brabin Simon Brooker Marian Bruce Job Calis Tiyese Chimuna John Chiphwanya P Chirambo James Chirombo Maureen Coetzee Michael Coleman Wilfred Dodoli Thomas Eisele Oliver Gadabu Paul Prinsen Geerligs Sarah Gibson Timothy Holtz Gertrude Kalanda Lawrence Kazembe Peter Kazembe Immo Kleinschmidt David Lalloo Miriam Laufer Misheck Luhanga Alan Macheso Ganizani Malata Kingsley Manda Don Mathanga Malcolm Molyneux Kelias Msyamboza Piyali Mustaphi Themba Mzilahowa Monica Olewe Kamija Phiri Arantxa Roca-Feltrer John Sande Andrea Sharma Bertha Simwaka Jacek Skarbinski Rick Steketee Kevin Sullivan Terrie Taylor Anja Terlouw Lindsay Townes Peter Troell Mark Wilson Charles Yuma John Zoya Mali Modibo Bamadio Sian Clarke Amadou Baiumllo Diallo Diadier Diallo Seybou Diarra Alassane Dicko Abdoulaye Djimde Ogobara Doumbo Soce Fall Boubacar Maiga Natalie Roschnik Saba Rouhani Massambou Sacko Issaka Sagara Mahamadou Sissoko Ousmane Toure Manijeh Vafa Mauritania Ba Mamadou dit Dialaw Sidi Ould Zahaf Mayotte Fredric Pagegraves Jean-Louis Solet Laurent Filleul Mozambique Pedro Aide Pedro Alonso Kate Brownlow James Colborn Michael Coleman Alexandre Macedo De Oliveira Mark Divall Celine Gustavson Albert Kilian Immo Kleinschmidt Astrid Knoblauch Samuel Mabunda Euseacutebio Macete Rajendra Maharaj Susana Nery Emilia Virginia Noormahomed Milka Owuor Natalie Roschnik Allan Schapira Ricardo Thomson Namibia Colleen Fraser Frank Hansford John Irish Richard Kamwi Stark Katokele Musa Mabaso Kudzai Makomva John Mendelsohn Benson Ntomwa Andreas Reich Christine Theron Petrina Uusiku Niger Elisa Bosqueacute-Oliva Jean-Bernard Duchemin Isabelle Jeane Zilahatou Tohon Nigeria Emmanuel Adegbe Grace Adeoye Philip Agomo Oluwagbemiga Aina Bolatito Aiyenigba Idowu Akanmu Oladele Akogun Chiaka Anumudu Ebere Anyachukwu Matthew Ashikeni Samson Awolola Ebenezer Baba Oluseye Babatunde William Brieger Marian Bruce Paul Emerson Emmanuel Miri Emmanuel Emukah Nnenna Ezeigwe Bayo Fatunmbi Patricia Graves Celia Holland Nnaemeka Iriemenam Albert Kilian Paddy Kirwan Ibrahim Maikore Addusalami Yayo Manu Kolawole Maxwell Mark Miare Audu Bala Mohammed Gregory Noland Stephen Oguche Olusola Ojurongbe Patricia Okorie Ladipo Taiwo Olabode Folake Olayinka Olanpeleke Olufunke Peter Olumese Ogu Omede Yusuf Omosun Sola Oresanya Wellington Oyibo Lynda Ozor Frank Richards Abdullahi Saddiq Adamu Sallau Arowolo Tolu Yemi Tosofola Aminu Mahmoud Umar Peter Uzoegwu Rwanda Caterina Fanello Jean-Bosco Gahutu Alain Kabayiza Corrine Karema Michael Loevinsohn Frank Mockenhaupt Alphonse Mutabazi Alphonse Rukondo Sao Tome and Principe Hailay Desta Jih Ching Lien Thomas Smith Awash Teklehaimanot Senegal Mady Ba Christian Boudin Badara Cisse Sian Clarke Ndiaceacute Dangoura Mame Birame Diouf Ibrahim Soceacute Fall Florie Fillol Oumar Gaye Ibou Guisse Sylvia Males Florence Migot-Nabias Rick Paul Moussa Thior Jean Francois Trape Sierra Leone Matthew Burns Mark Divall Astrid Knoblauch Edward Magbity Musa Sillah-Kanu Samuel J Smith

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Somalia Jamal Amran Imanol Berakoetxea Mohammed Borle Matthew Burns Waqar Butt Craig Von Hagen Abdi Hersi Grainne Moloney Abdisalaam Mohamed Noor Abdi Noor Ismail Rage Tanya Shewchuk Randa Youssef Fahmi Essa Yusuf South Africa Karen Barnes Frank Hansford Gerdalize Kok Philip Kruger Aaron Mabuza Rajendra Maharaj South Sudan Robert Azairwe Steve Barya Emmanuel Chanda Bill Gueth Kueil Richard Laku Margaret Lejukole Olivia Lomoro Charles Agono Mona Harriet Pasquale Samuel Patti Heidi Reid Sudan Mohamed Abbas Alnazear Abdalla Tareg Abdelgader Nasruddin Abdul-Hadi Abdalla Ahmed Mubashar Ahmed Dalin Abdelkareem Altahir Sahar Bakhite Mustafa Dukeen Tayseer Elamin El Faki Asma Hsahim El Hassan Ibrahim El Hassan Limya El Yamani Khalid Elmardi Salah Elbin Elmubark Homooda Totoa Kafy Fatih Malik Jaffar Mirghani Alaa Moawia Tasneem Moawia Abdullah Sayied Mohammed Maowia Mukhtar Fazza Munim Samia Seif Murghan Ali Elamin Nasir Abdisalan Mohamed Noor Bakari Nour Abdelhameed Elbirdiri Nugad A Omer Abdala Sayaid Jihad Eltaher Sulieman Mohamad Tarig Randa Youssef Ghasem Zamani Swaziland Sabelo Dlamini Frank Hansford Simon Kunene Joe Novotny Graham Root Brian Sharp Tanzania Salim Abdulla Mike Bangs Jubilate Barnard James Beard Michael Beasley Anders Bjorkman Teun Bousema Ilona Carneiro Frank Chacky Prosper Chaki Daniel Chandromohan Mark Divall Stefan Dongus Chris Drakeley Mathew Dukes Yvonne Geissbuumlhler Nicodem J Govella Francesco Grandesso George Greer Kara Hanson Deus Ishengoma Timona Jarha Patrick Kachur Rose Kibe Gerry Killeen Safari Kinunghi William Kisinza Samson Kiware Astrid Knoblauch Karen Kramer Paul Lango Martha Lemnge Christian Lengeler Neil F Lobo Zudson Lucas Rose Lusinde John Lusingu Zawadi Mageni Stephen Magesa Robert Malima Alpha D Malishee Renata Mandike Tanya Marchant Honoratia Masanja Fabian Mashauri Fabiano Massawe Caroline Maxwell Ben Mayala Leonard Mboera Peter McElroy Clara Menendez Sigsbert Mkude Yeromin Mlacha Bruno Mmbando Ally Mohammed Fabrizio Molteni Daniel Msellemu Hassan Mshinda Frank Mtei Zacharia J Mtema Athuman Muhili Theonest Mutabingwa Victoria Mwakalinga Dismas Mwalimu Yusufu Mwita Irene Mwoga Isaack Namango Kenneth Nchimbi Rhita Njau Fredros Okumo John Owuor Milka Owuor Faith Patrick Lynn Paxton Hugh Reyburn Tanya L Russell Sunil Sazawa David Schellenberg Self Shekalaghe Clive Shiff Method Segeja Rosemary Silaa Thomas Smith Paul Smithson Bob Snow Joseacute Sousa-Figueiredo Thor Theander Andrew Tomkins Patrick Tungu Jacobien Veenemans Hans Verhoef Ying Zhou Togo Kodjo Morgah Anja Terlouw Uganda Jane Achan Seraphine Adibaku Miriam Akello Paul Ametepi Paul Bazongere Lea Berrang-Ford Martha Betson Teun Bousema Clare Chandler Jon Cox Deborah DiLiberto Grant Dorsey Calvin Echodu Dorothy Echodu Thomas Egwang Allison Elliot Anthony Esenu Samuel Gonahasa Francesco Grandesso Jean-Paul Guthmann Stephen Hillier Katy Hurd Narcis Kabatereine Rita Kabuleta-Luswata Mark Kaddumuka Ruth Kigozi Simon Kigozi Macklyn Kihembo Fred Kironde Steve Kiwuwa Moses Kizza Jan Kolaczinski Mary Kyohere Steve Lindsay Myers Lugemwa Caroline Lynch Godfrey Magumba Catherine Maiteki Catherine Maiteki-Sebuguzi Edith Mbabazi Monami Patrick Levi Mugenyi Lawrence Muhangi Carolyn Nabasumba Halima Naiwumbwe Marjorie Najjengo Zaria Nalumansi Florence Nankya Sussanne Nasr Dida Manya Florence Nankya Sussann Nasr Juliet Ndibazza Gloria Oduru Michael Okia Jaffer Okiring Peter Okui Ambrose Onapa Niels Ornbjerg Erling Pedersen Carla Proietti Rachel Pullen Andrea Rehman Denis Rubahika John Rwakimari Paul Simonsen Bob Snow James Ssekitoleeko Sarah Staedke Claire Standley Laura Steinhardt Anna-Sofie Stensgaard Russell Stothard Ambrose Talisuna James Tibenderana Henry Wannume Emily Webb Adoke Yeka Charlotte Muheki Zikusooka Zambia Pascalina Chanda Elizabeth Chizema Michael Coleman Umberto DAlessandro Mark Divall Mark Divall Thomas Eisele Lindsey Everett Jean-Pierre Van Geertruyden David Hamer Aniset Kamanga Mulakwa Kamuliwo Sera Karuiki Joe Keating Immo Kleinschmidt Astrid Knoblauch Astrid Knoblauch David Larsen Sungano

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Mharakurwa John Miller Victor Mukona Modest Mulenga Boniface Mutombo Michael Nambozi Eric Njunju Milka Owuor Richard Steketee Philip Thuma Zanzibar Abdullah Ali Achuyt Bhattarai Bob Black Thomas Jaumlnisch Patrick Kachur Rose Lusinde Fabrizio Molteni David Sullivan Zimbabwe Tim Freeman Nicholas Midzi Francisca Mutapi Graham Root Crispin Lumbala General archive assitance data extraction and geo-coding Camila Aros Perez Muriel C Bastien Mauro Capocci Catherine Cecilio Gilberto Corbellini Joaquim Da Silva Daniel Demellier Virgiacutelio do Rosaacuterio Dominique Dupenne Reynald Erard Gehane Al GarrayaCarlos Guerra Nahla Ibrahim Amir Kamal David Kaylo Anne-Marie Lallemand Lorena Lucioparedes Betsy Makena Charles Mayika-Louvouezo Anne Mbeche Bernard Mitto Hatem Nour El-Din H Mohamed Jonesmus Mutua Lydiah Mwangi Judy Omumbo Viola Otieno Marie Sarah Villemin Partow Christian Pethas-Magilad Joatildeo Pires Agnes Raymond-denise Gilbert Sang Christian Sany Dirk Schoonbaert

• 6 Abstraction des donneacutees drsquoenquecircte helliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphellip 15
• 61 Exigences minimales en matiegravere de donneacutees
• • Nous avons eacutegalement visiteacute les archives nationales du Ministegravere de la santeacute situeacutees dans les villes de Nairobi Kisumu Eldoret Mombasa et Meru (au Kenya) Entebbe et Jinja (en Ouganda) Sennar Khartoum et Kassala (au Soudan) Thies (au Seacuteneacutegal)
  • Des rapports annuels des services meacutedicaux et de lrsquoassainissement datant de 1919 produits par les gouvernements coloniaux de la Gambie du Nigeria du Gold Coast (Ghana) de Sierra Leone de Somalie du Kenya de Tanganyika (Tanzanie) de Zanzibar drsquo
  • Au cours du Projet de cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) des scientifiques reacutegionaux ont visiteacute les archives nationales situeacutees dans les villes de Maputo (Mozambique) Bobo Dioulasso (Burkina Faso) Yaoundeacute (Cameroun) Coton
  • Scheacutema 5 A gauche Archives du laboratoire national de santeacute publique Nairobi Kenya (Old Wellcome Trust Library) A droite ndash Bibliothegraveque de lrsquoInstitut national de recherche meacutedicale Amani Tanzanie
  • • 5 Abstraction des donneacutees drsquoenquecircte
    • 51 Exigences minimales en matiegravere de donneacutees

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Annex

Acknowledging individuals who have provided assistance in locating geo-coding and providing unpublished data Angola Ana Paula Arez Assumpta Bou-Monclus Fernando David Dina Gamboa Antoacutenio Langa Akiko Matsumoto John Mendelsohn Cristina Mendes Susana Nery Joatildeo Maacuterio Pedro Joseacute Sousa-Figueiredo Fern Teodoro Claudia Videira Benin Ceacutesaire Damien Ahanhanzo Alexandre Biaou Emile Bongo Vincent Corbel Umberto DAlessandro Georgia B Damien Yves Eric Denon Virgile Gnanguenon Marie-Claire Henry Florence Kouadio Florence Migot-Nabias Christian Lengeler Alain Nahum Mariam Oke Razack Osse Christophe Rogier Peter Thomas Botswana Colleen Fraser Musa Mabaso Marlies Craig Frank Hansford Graham Root Burkina Faso Heiko Becher Claudia Beiersmann Clarisse Bougouma Diadier Diallo Adama Gansane Jean-Olivier Guintran Sidonie Gouem Amadou Konate Bocar Kouyateacute Christian Lengeler Laurent Moyenga Olaf Muumlller Issa Nebie Jean-Bosco Ouedraogo Andreacute Lin Oueacutedraogo Hermann Oueacutedraogo Christophe Rogier August Stitch Yazoume Yeacute Issa Zongo Burundi Lidwine Barahadana Marc Coosemans Baza Dismas Natacha Protopopoff Cameroon Eric Achidi Toby Apinjoh Rolland Bantar Chi Hanesh Wilfred Mbacham Kenneth Ndamukong Maria Rebollo Innocent Takougang Peter Uzoegwu Samuel Wanji Cape Verde Joana Alves Ana Paula Arez Chad Kerah Clement Ephraim Djoumbe Ibrahim Soceacute Fall Etienne Magloire Minkoulou Jose Nkuni Nadjitolnan Othingueacute Kaspar Wyass Cote drsquoIvoire Serge-Brice Assi Bassirou Bonfoh Mark Divall NGoran K Eliezer Marie-Claire Henry Astrid Knoblauch Benjamin Koudou Barbara Matthys Giovanna Raso Fabian Rohner Kigbafori Silue Marcel Tanner Andres Tschannen Thomas Tuescher Juerg Utzinger Rita Wegmuumlller Democratic Republic of Congo Mike Bangs Civeon Bazebosso Morrison Bethea Thierry Lengu Bobanga Mark Divall Ellen Dotson Giovanfrancesco Ferrari Louis Ilunga Seth Irish Jean-Emmanuelle Julo-Reacuteminiac Sakkie Hattingh Yakim Kabvangu Didier Kabing Didier Kalemwa Lydie Kalindula-Azama Hyacinthe Kaseya Onyimbo Kerama Astrid Knoblauch Phillipe Lafour Christian Lengeler Joris L Likwela Crispin Lumbala Wa Mbuyi Eric Mafuta Landing Mane Emile Manzambi Andreacute Mazinga Jolyon Medlock Steve Meshnick Janey Messina Flavien Mulumba Ambroise Nanema Marius Ngoyi Henry Ntuku Laura OReilly Milka Owuor Ceacutedric Singa Salumu Solomon Eric Mukomena Sompwe Edouard Swana Katie Tripp Antoinette Tsheacutefu Francis Watsenga Mirko Winkler Djibouti Mouna Osman Aden Ifrah Ali Ahmed Abdisalan Mohamed Noor Christophe Rogier Egypt Abdelbaset Zayed Hoda Atta

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Equatorial Guinea Ana Paula Arez Estefaniacutea Custodio Immo Kliendsmidt National Centre for Tropical Medicine (Madrid) Zaida Herrador Ortiz Spanish Tropical Diseases Research Network (RICET) Eritrea Araia Berhane Joe Keating Azmera Gebreslassie Tewolde Ghebremeskel Samuel Goitom Amanuel Kifle Selam Mihreteab David Sintasath Abdulmumini Usman Assefash Zehaie Ethiopia Ruth Ashton Meshesha Balkew Estifanos Biru Simon Brooker Peter Byass Karre Chawicha Wakgari Deressa Tufa Dinku Yeshewamebrat Ejigsemahu Henok Kebede Ejigu Paul Emerson Tekola Endeshaw Teshome Gebre Asrat Genet Asefaw Getachew Melaku Gimma Patricia Graves Afework Hailemariam Sharon Hill Don Hopkins Daddi Jima Abdissa Kurkie Kabeto Bernt Lindtjoslashrn Addisu Mekasha Endale Mengesha Ayenew Messele Aryc Mosher Jeremiah Ngondi Frank Richards Teshale Seboxa Bob Snow Niko Speybroeck Kassahun Tadesse Zerihun Tadesse Hiwot Solomon Taffese Bekele Worku Adugna Woyessa Delenasaw Yewhalaw Mulat Zerihun Gabon Steffen Bormann Dieudonneacute Nkoghe Francine Ntoumi Odile Oukem Gambia Jane Achan Onome Akpogheneta Steve Allen Sarah Atkinson Kalifa Bojang Sering Ceesay Sian Clarke David Conway Baboucarr Daffeh Umberto DAlessandro Chris Drakeley Sam Dunyo Fatty Fatoumatta Malang Fofana Brian Greenwood Adam Jagne-Sonko Cherno Jallow Ebrima Jarjou Musa Jawara Momodou Kalleh Balla Kandeh Sharmila Lareef-Jah Steve Lindsay Karafa Manneh Ousman Nyan Margaret Pinder Eleanor Riley Judith Satoguina Lorenz von Seidlein Bob Snow Sheriffo Sonko Thomas Sukwa Ebako Takem Michael Walther Emily Webb Ghana Benjamin Abuaku Michael Acquah Collins Ahorlu Felicia Amo-Sakyi Frank Amoyaw Anthony Amuzu Vivian Aubyn Irene Ayi Aba Baffoe-Willmot Frank Baiden Constance Bart-Plange Fred Binka Michael Cappello Daniel Chandramohan Amanua Chinbuah Benjamin Crookston Ina Danquah Stephan Ehrhardt Johnny Gyapong Franca Hartgers Debbie Humphries Shamwill Issah Kwadwo Koram Margaret Kweku Keziah Malm Juergen May Frank Mockenhaupt Wahjib Mohammed Philomena Efua Nyarko Kofi Osae Abena Asamoabea Osei-Akoto Seth Owusu-Agyei Felicia Owusu-Antwi Philip Ricks Sylvester Segbaya Fredericka Sey Harry Tagbor David van Bodegom Mitchell Weiss Guinea Jane Achan Annick Antierens Umberto DAlessandro Amadou Baiumllo Diallo Mark Divall Timotheacute Guilavogui Christine Jamet Astrid Knoblauch Cheick Tidiane Sidibe Amanda Tiffany Mirko Winkler Guinea-Bissau Poul-Erik Kofoed Amabelia Rodrigues Michael Walther Kenya Timothy Abuya Kubaje Adazu Willis Akhwale Pauline Andango Ken Awuondo Fred Baliraine Nabie Bayoh Philip Bejon Simon Brooker Maria Pia Chaparro Jon Cox Meghna Desai Mark Divall Ulrike Fillinger Lia Smith Florey Andrew Githeko Carol Gitonga Joana Greenfield Helen Guyatt Katherine Halliday Mary Hamel Laura Hammitt Allen Hightower Tobias Homan Susan Imbahale Rachel Jenkins Chandy John Elizabeth Juma Lydia Kaduka Jimmy Kahara Akira Kaneko Simon Kariuki Christine Kerubo Charles King Chris King Rebecca Kiptui Astrid Knoblauch Yeri Kombe Feiko ter Kuile Kayla Laserson Tjalling Leenstra Eugiena Lo Brett Lowe Hortance Manda Charles Mbogo Margaret McKinnon Noboru Minakawa Sue Montgomery Eric Muchiri Richard Mukabana Charles Mwandawiro Joseph Mwangangi Tabitha Mwangi Miriam Mwjame Charlotte Neumann Emmily Ngetich Patricia Njuguna Abdisalan Mohamed Noor Oscar Nyangari George Nyangweso Christopher Nyundo Christopher Odero Edna Ogada Bernards Ogutu Bernard Okech George Okello Maurice Ombok Raymond Omollo Simon Omollo Monica Omondi Milka Owuor Beth Rapuoda Evan Secor Dennis Shanks Larry Slutsker Bob Snow David Soti Jennifer Stevenson Willem Takken Feiko Ter Kuile Jacobien Veenemans Juliana Wambua Vincent Were Tom Williams Shona Wilson Guiyun Yan Guofa Zhou Dejan Zurovac Liberia Richard Allan Kristin Banek Joel Jones Tolbert Nyenswah

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Madagascar Vololomboahangy Andrianaja Alyssa Finlay Ronan Jambou Thomas Kesteman Patrice Piola Fanjasoa Rakotomanana Benjamin Ramarosandratana Louise Ranaivo Milijaona Randrianarivelojosia Heryinsalna Honore Rasamimanana Arsene Ratsimbasoa Jemima Andrianina Ravelonarivo Vincent Robert Christophe Rogier Malawi Doreen Ali Adam Bennett Cameron Bowie Bernard Brabin Simon Brooker Marian Bruce Job Calis Tiyese Chimuna John Chiphwanya P Chirambo James Chirombo Maureen Coetzee Michael Coleman Wilfred Dodoli Thomas Eisele Oliver Gadabu Paul Prinsen Geerligs Sarah Gibson Timothy Holtz Gertrude Kalanda Lawrence Kazembe Peter Kazembe Immo Kleinschmidt David Lalloo Miriam Laufer Misheck Luhanga Alan Macheso Ganizani Malata Kingsley Manda Don Mathanga Malcolm Molyneux Kelias Msyamboza Piyali Mustaphi Themba Mzilahowa Monica Olewe Kamija Phiri Arantxa Roca-Feltrer John Sande Andrea Sharma Bertha Simwaka Jacek Skarbinski Rick Steketee Kevin Sullivan Terrie Taylor Anja Terlouw Lindsay Townes Peter Troell Mark Wilson Charles Yuma John Zoya Mali Modibo Bamadio Sian Clarke Amadou Baiumllo Diallo Diadier Diallo Seybou Diarra Alassane Dicko Abdoulaye Djimde Ogobara Doumbo Soce Fall Boubacar Maiga Natalie Roschnik Saba Rouhani Massambou Sacko Issaka Sagara Mahamadou Sissoko Ousmane Toure Manijeh Vafa Mauritania Ba Mamadou dit Dialaw Sidi Ould Zahaf Mayotte Fredric Pagegraves Jean-Louis Solet Laurent Filleul Mozambique Pedro Aide Pedro Alonso Kate Brownlow James Colborn Michael Coleman Alexandre Macedo De Oliveira Mark Divall Celine Gustavson Albert Kilian Immo Kleinschmidt Astrid Knoblauch Samuel Mabunda Euseacutebio Macete Rajendra Maharaj Susana Nery Emilia Virginia Noormahomed Milka Owuor Natalie Roschnik Allan Schapira Ricardo Thomson Namibia Colleen Fraser Frank Hansford John Irish Richard Kamwi Stark Katokele Musa Mabaso Kudzai Makomva John Mendelsohn Benson Ntomwa Andreas Reich Christine Theron Petrina Uusiku Niger Elisa Bosqueacute-Oliva Jean-Bernard Duchemin Isabelle Jeane Zilahatou Tohon Nigeria Emmanuel Adegbe Grace Adeoye Philip Agomo Oluwagbemiga Aina Bolatito Aiyenigba Idowu Akanmu Oladele Akogun Chiaka Anumudu Ebere Anyachukwu Matthew Ashikeni Samson Awolola Ebenezer Baba Oluseye Babatunde William Brieger Marian Bruce Paul Emerson Emmanuel Miri Emmanuel Emukah Nnenna Ezeigwe Bayo Fatunmbi Patricia Graves Celia Holland Nnaemeka Iriemenam Albert Kilian Paddy Kirwan Ibrahim Maikore Addusalami Yayo Manu Kolawole Maxwell Mark Miare Audu Bala Mohammed Gregory Noland Stephen Oguche Olusola Ojurongbe Patricia Okorie Ladipo Taiwo Olabode Folake Olayinka Olanpeleke Olufunke Peter Olumese Ogu Omede Yusuf Omosun Sola Oresanya Wellington Oyibo Lynda Ozor Frank Richards Abdullahi Saddiq Adamu Sallau Arowolo Tolu Yemi Tosofola Aminu Mahmoud Umar Peter Uzoegwu Rwanda Caterina Fanello Jean-Bosco Gahutu Alain Kabayiza Corrine Karema Michael Loevinsohn Frank Mockenhaupt Alphonse Mutabazi Alphonse Rukondo Sao Tome and Principe Hailay Desta Jih Ching Lien Thomas Smith Awash Teklehaimanot Senegal Mady Ba Christian Boudin Badara Cisse Sian Clarke Ndiaceacute Dangoura Mame Birame Diouf Ibrahim Soceacute Fall Florie Fillol Oumar Gaye Ibou Guisse Sylvia Males Florence Migot-Nabias Rick Paul Moussa Thior Jean Francois Trape Sierra Leone Matthew Burns Mark Divall Astrid Knoblauch Edward Magbity Musa Sillah-Kanu Samuel J Smith

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Somalia Jamal Amran Imanol Berakoetxea Mohammed Borle Matthew Burns Waqar Butt Craig Von Hagen Abdi Hersi Grainne Moloney Abdisalaam Mohamed Noor Abdi Noor Ismail Rage Tanya Shewchuk Randa Youssef Fahmi Essa Yusuf South Africa Karen Barnes Frank Hansford Gerdalize Kok Philip Kruger Aaron Mabuza Rajendra Maharaj South Sudan Robert Azairwe Steve Barya Emmanuel Chanda Bill Gueth Kueil Richard Laku Margaret Lejukole Olivia Lomoro Charles Agono Mona Harriet Pasquale Samuel Patti Heidi Reid Sudan Mohamed Abbas Alnazear Abdalla Tareg Abdelgader Nasruddin Abdul-Hadi Abdalla Ahmed Mubashar Ahmed Dalin Abdelkareem Altahir Sahar Bakhite Mustafa Dukeen Tayseer Elamin El Faki Asma Hsahim El Hassan Ibrahim El Hassan Limya El Yamani Khalid Elmardi Salah Elbin Elmubark Homooda Totoa Kafy Fatih Malik Jaffar Mirghani Alaa Moawia Tasneem Moawia Abdullah Sayied Mohammed Maowia Mukhtar Fazza Munim Samia Seif Murghan Ali Elamin Nasir Abdisalan Mohamed Noor Bakari Nour Abdelhameed Elbirdiri Nugad A Omer Abdala Sayaid Jihad Eltaher Sulieman Mohamad Tarig Randa Youssef Ghasem Zamani Swaziland Sabelo Dlamini Frank Hansford Simon Kunene Joe Novotny Graham Root Brian Sharp Tanzania Salim Abdulla Mike Bangs Jubilate Barnard James Beard Michael Beasley Anders Bjorkman Teun Bousema Ilona Carneiro Frank Chacky Prosper Chaki Daniel Chandromohan Mark Divall Stefan Dongus Chris Drakeley Mathew Dukes Yvonne Geissbuumlhler Nicodem J Govella Francesco Grandesso George Greer Kara Hanson Deus Ishengoma Timona Jarha Patrick Kachur Rose Kibe Gerry Killeen Safari Kinunghi William Kisinza Samson Kiware Astrid Knoblauch Karen Kramer Paul Lango Martha Lemnge Christian Lengeler Neil F Lobo Zudson Lucas Rose Lusinde John Lusingu Zawadi Mageni Stephen Magesa Robert Malima Alpha D Malishee Renata Mandike Tanya Marchant Honoratia Masanja Fabian Mashauri Fabiano Massawe Caroline Maxwell Ben Mayala Leonard Mboera Peter McElroy Clara Menendez Sigsbert Mkude Yeromin Mlacha Bruno Mmbando Ally Mohammed Fabrizio Molteni Daniel Msellemu Hassan Mshinda Frank Mtei Zacharia J Mtema Athuman Muhili Theonest Mutabingwa Victoria Mwakalinga Dismas Mwalimu Yusufu Mwita Irene Mwoga Isaack Namango Kenneth Nchimbi Rhita Njau Fredros Okumo John Owuor Milka Owuor Faith Patrick Lynn Paxton Hugh Reyburn Tanya L Russell Sunil Sazawa David Schellenberg Self Shekalaghe Clive Shiff Method Segeja Rosemary Silaa Thomas Smith Paul Smithson Bob Snow Joseacute Sousa-Figueiredo Thor Theander Andrew Tomkins Patrick Tungu Jacobien Veenemans Hans Verhoef Ying Zhou Togo Kodjo Morgah Anja Terlouw Uganda Jane Achan Seraphine Adibaku Miriam Akello Paul Ametepi Paul Bazongere Lea Berrang-Ford Martha Betson Teun Bousema Clare Chandler Jon Cox Deborah DiLiberto Grant Dorsey Calvin Echodu Dorothy Echodu Thomas Egwang Allison Elliot Anthony Esenu Samuel Gonahasa Francesco Grandesso Jean-Paul Guthmann Stephen Hillier Katy Hurd Narcis Kabatereine Rita Kabuleta-Luswata Mark Kaddumuka Ruth Kigozi Simon Kigozi Macklyn Kihembo Fred Kironde Steve Kiwuwa Moses Kizza Jan Kolaczinski Mary Kyohere Steve Lindsay Myers Lugemwa Caroline Lynch Godfrey Magumba Catherine Maiteki Catherine Maiteki-Sebuguzi Edith Mbabazi Monami Patrick Levi Mugenyi Lawrence Muhangi Carolyn Nabasumba Halima Naiwumbwe Marjorie Najjengo Zaria Nalumansi Florence Nankya Sussanne Nasr Dida Manya Florence Nankya Sussann Nasr Juliet Ndibazza Gloria Oduru Michael Okia Jaffer Okiring Peter Okui Ambrose Onapa Niels Ornbjerg Erling Pedersen Carla Proietti Rachel Pullen Andrea Rehman Denis Rubahika John Rwakimari Paul Simonsen Bob Snow James Ssekitoleeko Sarah Staedke Claire Standley Laura Steinhardt Anna-Sofie Stensgaard Russell Stothard Ambrose Talisuna James Tibenderana Henry Wannume Emily Webb Adoke Yeka Charlotte Muheki Zikusooka Zambia Pascalina Chanda Elizabeth Chizema Michael Coleman Umberto DAlessandro Mark Divall Mark Divall Thomas Eisele Lindsey Everett Jean-Pierre Van Geertruyden David Hamer Aniset Kamanga Mulakwa Kamuliwo Sera Karuiki Joe Keating Immo Kleinschmidt Astrid Knoblauch Astrid Knoblauch David Larsen Sungano

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Mharakurwa John Miller Victor Mukona Modest Mulenga Boniface Mutombo Michael Nambozi Eric Njunju Milka Owuor Richard Steketee Philip Thuma Zanzibar Abdullah Ali Achuyt Bhattarai Bob Black Thomas Jaumlnisch Patrick Kachur Rose Lusinde Fabrizio Molteni David Sullivan Zimbabwe Tim Freeman Nicholas Midzi Francisca Mutapi Graham Root Crispin Lumbala General archive assitance data extraction and geo-coding Camila Aros Perez Muriel C Bastien Mauro Capocci Catherine Cecilio Gilberto Corbellini Joaquim Da Silva Daniel Demellier Virgiacutelio do Rosaacuterio Dominique Dupenne Reynald Erard Gehane Al GarrayaCarlos Guerra Nahla Ibrahim Amir Kamal David Kaylo Anne-Marie Lallemand Lorena Lucioparedes Betsy Makena Charles Mayika-Louvouezo Anne Mbeche Bernard Mitto Hatem Nour El-Din H Mohamed Jonesmus Mutua Lydiah Mwangi Judy Omumbo Viola Otieno Marie Sarah Villemin Partow Christian Pethas-Magilad Joatildeo Pires Agnes Raymond-denise Gilbert Sang Christian Sany Dirk Schoonbaert

• 6 Abstraction des donneacutees drsquoenquecircte helliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphellip 15
• 61 Exigences minimales en matiegravere de donneacutees
• • Nous avons eacutegalement visiteacute les archives nationales du Ministegravere de la santeacute situeacutees dans les villes de Nairobi Kisumu Eldoret Mombasa et Meru (au Kenya) Entebbe et Jinja (en Ouganda) Sennar Khartoum et Kassala (au Soudan) Thies (au Seacuteneacutegal)
  • Des rapports annuels des services meacutedicaux et de lrsquoassainissement datant de 1919 produits par les gouvernements coloniaux de la Gambie du Nigeria du Gold Coast (Ghana) de Sierra Leone de Somalie du Kenya de Tanganyika (Tanzanie) de Zanzibar drsquo
  • Au cours du Projet de cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) des scientifiques reacutegionaux ont visiteacute les archives nationales situeacutees dans les villes de Maputo (Mozambique) Bobo Dioulasso (Burkina Faso) Yaoundeacute (Cameroun) Coton
  • Scheacutema 5 A gauche Archives du laboratoire national de santeacute publique Nairobi Kenya (Old Wellcome Trust Library) A droite ndash Bibliothegraveque de lrsquoInstitut national de recherche meacutedicale Amani Tanzanie
  • • 5 Abstraction des donneacutees drsquoenquecircte
    • 51 Exigences minimales en matiegravere de donneacutees

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Equatorial Guinea Ana Paula Arez Estefaniacutea Custodio Immo Kliendsmidt National Centre for Tropical Medicine (Madrid) Zaida Herrador Ortiz Spanish Tropical Diseases Research Network (RICET) Eritrea Araia Berhane Joe Keating Azmera Gebreslassie Tewolde Ghebremeskel Samuel Goitom Amanuel Kifle Selam Mihreteab David Sintasath Abdulmumini Usman Assefash Zehaie Ethiopia Ruth Ashton Meshesha Balkew Estifanos Biru Simon Brooker Peter Byass Karre Chawicha Wakgari Deressa Tufa Dinku Yeshewamebrat Ejigsemahu Henok Kebede Ejigu Paul Emerson Tekola Endeshaw Teshome Gebre Asrat Genet Asefaw Getachew Melaku Gimma Patricia Graves Afework Hailemariam Sharon Hill Don Hopkins Daddi Jima Abdissa Kurkie Kabeto Bernt Lindtjoslashrn Addisu Mekasha Endale Mengesha Ayenew Messele Aryc Mosher Jeremiah Ngondi Frank Richards Teshale Seboxa Bob Snow Niko Speybroeck Kassahun Tadesse Zerihun Tadesse Hiwot Solomon Taffese Bekele Worku Adugna Woyessa Delenasaw Yewhalaw Mulat Zerihun Gabon Steffen Bormann Dieudonneacute Nkoghe Francine Ntoumi Odile Oukem Gambia Jane Achan Onome Akpogheneta Steve Allen Sarah Atkinson Kalifa Bojang Sering Ceesay Sian Clarke David Conway Baboucarr Daffeh Umberto DAlessandro Chris Drakeley Sam Dunyo Fatty Fatoumatta Malang Fofana Brian Greenwood Adam Jagne-Sonko Cherno Jallow Ebrima Jarjou Musa Jawara Momodou Kalleh Balla Kandeh Sharmila Lareef-Jah Steve Lindsay Karafa Manneh Ousman Nyan Margaret Pinder Eleanor Riley Judith Satoguina Lorenz von Seidlein Bob Snow Sheriffo Sonko Thomas Sukwa Ebako Takem Michael Walther Emily Webb Ghana Benjamin Abuaku Michael Acquah Collins Ahorlu Felicia Amo-Sakyi Frank Amoyaw Anthony Amuzu Vivian Aubyn Irene Ayi Aba Baffoe-Willmot Frank Baiden Constance Bart-Plange Fred Binka Michael Cappello Daniel Chandramohan Amanua Chinbuah Benjamin Crookston Ina Danquah Stephan Ehrhardt Johnny Gyapong Franca Hartgers Debbie Humphries Shamwill Issah Kwadwo Koram Margaret Kweku Keziah Malm Juergen May Frank Mockenhaupt Wahjib Mohammed Philomena Efua Nyarko Kofi Osae Abena Asamoabea Osei-Akoto Seth Owusu-Agyei Felicia Owusu-Antwi Philip Ricks Sylvester Segbaya Fredericka Sey Harry Tagbor David van Bodegom Mitchell Weiss Guinea Jane Achan Annick Antierens Umberto DAlessandro Amadou Baiumllo Diallo Mark Divall Timotheacute Guilavogui Christine Jamet Astrid Knoblauch Cheick Tidiane Sidibe Amanda Tiffany Mirko Winkler Guinea-Bissau Poul-Erik Kofoed Amabelia Rodrigues Michael Walther Kenya Timothy Abuya Kubaje Adazu Willis Akhwale Pauline Andango Ken Awuondo Fred Baliraine Nabie Bayoh Philip Bejon Simon Brooker Maria Pia Chaparro Jon Cox Meghna Desai Mark Divall Ulrike Fillinger Lia Smith Florey Andrew Githeko Carol Gitonga Joana Greenfield Helen Guyatt Katherine Halliday Mary Hamel Laura Hammitt Allen Hightower Tobias Homan Susan Imbahale Rachel Jenkins Chandy John Elizabeth Juma Lydia Kaduka Jimmy Kahara Akira Kaneko Simon Kariuki Christine Kerubo Charles King Chris King Rebecca Kiptui Astrid Knoblauch Yeri Kombe Feiko ter Kuile Kayla Laserson Tjalling Leenstra Eugiena Lo Brett Lowe Hortance Manda Charles Mbogo Margaret McKinnon Noboru Minakawa Sue Montgomery Eric Muchiri Richard Mukabana Charles Mwandawiro Joseph Mwangangi Tabitha Mwangi Miriam Mwjame Charlotte Neumann Emmily Ngetich Patricia Njuguna Abdisalan Mohamed Noor Oscar Nyangari George Nyangweso Christopher Nyundo Christopher Odero Edna Ogada Bernards Ogutu Bernard Okech George Okello Maurice Ombok Raymond Omollo Simon Omollo Monica Omondi Milka Owuor Beth Rapuoda Evan Secor Dennis Shanks Larry Slutsker Bob Snow David Soti Jennifer Stevenson Willem Takken Feiko Ter Kuile Jacobien Veenemans Juliana Wambua Vincent Were Tom Williams Shona Wilson Guiyun Yan Guofa Zhou Dejan Zurovac Liberia Richard Allan Kristin Banek Joel Jones Tolbert Nyenswah

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Madagascar Vololomboahangy Andrianaja Alyssa Finlay Ronan Jambou Thomas Kesteman Patrice Piola Fanjasoa Rakotomanana Benjamin Ramarosandratana Louise Ranaivo Milijaona Randrianarivelojosia Heryinsalna Honore Rasamimanana Arsene Ratsimbasoa Jemima Andrianina Ravelonarivo Vincent Robert Christophe Rogier Malawi Doreen Ali Adam Bennett Cameron Bowie Bernard Brabin Simon Brooker Marian Bruce Job Calis Tiyese Chimuna John Chiphwanya P Chirambo James Chirombo Maureen Coetzee Michael Coleman Wilfred Dodoli Thomas Eisele Oliver Gadabu Paul Prinsen Geerligs Sarah Gibson Timothy Holtz Gertrude Kalanda Lawrence Kazembe Peter Kazembe Immo Kleinschmidt David Lalloo Miriam Laufer Misheck Luhanga Alan Macheso Ganizani Malata Kingsley Manda Don Mathanga Malcolm Molyneux Kelias Msyamboza Piyali Mustaphi Themba Mzilahowa Monica Olewe Kamija Phiri Arantxa Roca-Feltrer John Sande Andrea Sharma Bertha Simwaka Jacek Skarbinski Rick Steketee Kevin Sullivan Terrie Taylor Anja Terlouw Lindsay Townes Peter Troell Mark Wilson Charles Yuma John Zoya Mali Modibo Bamadio Sian Clarke Amadou Baiumllo Diallo Diadier Diallo Seybou Diarra Alassane Dicko Abdoulaye Djimde Ogobara Doumbo Soce Fall Boubacar Maiga Natalie Roschnik Saba Rouhani Massambou Sacko Issaka Sagara Mahamadou Sissoko Ousmane Toure Manijeh Vafa Mauritania Ba Mamadou dit Dialaw Sidi Ould Zahaf Mayotte Fredric Pagegraves Jean-Louis Solet Laurent Filleul Mozambique Pedro Aide Pedro Alonso Kate Brownlow James Colborn Michael Coleman Alexandre Macedo De Oliveira Mark Divall Celine Gustavson Albert Kilian Immo Kleinschmidt Astrid Knoblauch Samuel Mabunda Euseacutebio Macete Rajendra Maharaj Susana Nery Emilia Virginia Noormahomed Milka Owuor Natalie Roschnik Allan Schapira Ricardo Thomson Namibia Colleen Fraser Frank Hansford John Irish Richard Kamwi Stark Katokele Musa Mabaso Kudzai Makomva John Mendelsohn Benson Ntomwa Andreas Reich Christine Theron Petrina Uusiku Niger Elisa Bosqueacute-Oliva Jean-Bernard Duchemin Isabelle Jeane Zilahatou Tohon Nigeria Emmanuel Adegbe Grace Adeoye Philip Agomo Oluwagbemiga Aina Bolatito Aiyenigba Idowu Akanmu Oladele Akogun Chiaka Anumudu Ebere Anyachukwu Matthew Ashikeni Samson Awolola Ebenezer Baba Oluseye Babatunde William Brieger Marian Bruce Paul Emerson Emmanuel Miri Emmanuel Emukah Nnenna Ezeigwe Bayo Fatunmbi Patricia Graves Celia Holland Nnaemeka Iriemenam Albert Kilian Paddy Kirwan Ibrahim Maikore Addusalami Yayo Manu Kolawole Maxwell Mark Miare Audu Bala Mohammed Gregory Noland Stephen Oguche Olusola Ojurongbe Patricia Okorie Ladipo Taiwo Olabode Folake Olayinka Olanpeleke Olufunke Peter Olumese Ogu Omede Yusuf Omosun Sola Oresanya Wellington Oyibo Lynda Ozor Frank Richards Abdullahi Saddiq Adamu Sallau Arowolo Tolu Yemi Tosofola Aminu Mahmoud Umar Peter Uzoegwu Rwanda Caterina Fanello Jean-Bosco Gahutu Alain Kabayiza Corrine Karema Michael Loevinsohn Frank Mockenhaupt Alphonse Mutabazi Alphonse Rukondo Sao Tome and Principe Hailay Desta Jih Ching Lien Thomas Smith Awash Teklehaimanot Senegal Mady Ba Christian Boudin Badara Cisse Sian Clarke Ndiaceacute Dangoura Mame Birame Diouf Ibrahim Soceacute Fall Florie Fillol Oumar Gaye Ibou Guisse Sylvia Males Florence Migot-Nabias Rick Paul Moussa Thior Jean Francois Trape Sierra Leone Matthew Burns Mark Divall Astrid Knoblauch Edward Magbity Musa Sillah-Kanu Samuel J Smith

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Somalia Jamal Amran Imanol Berakoetxea Mohammed Borle Matthew Burns Waqar Butt Craig Von Hagen Abdi Hersi Grainne Moloney Abdisalaam Mohamed Noor Abdi Noor Ismail Rage Tanya Shewchuk Randa Youssef Fahmi Essa Yusuf South Africa Karen Barnes Frank Hansford Gerdalize Kok Philip Kruger Aaron Mabuza Rajendra Maharaj South Sudan Robert Azairwe Steve Barya Emmanuel Chanda Bill Gueth Kueil Richard Laku Margaret Lejukole Olivia Lomoro Charles Agono Mona Harriet Pasquale Samuel Patti Heidi Reid Sudan Mohamed Abbas Alnazear Abdalla Tareg Abdelgader Nasruddin Abdul-Hadi Abdalla Ahmed Mubashar Ahmed Dalin Abdelkareem Altahir Sahar Bakhite Mustafa Dukeen Tayseer Elamin El Faki Asma Hsahim El Hassan Ibrahim El Hassan Limya El Yamani Khalid Elmardi Salah Elbin Elmubark Homooda Totoa Kafy Fatih Malik Jaffar Mirghani Alaa Moawia Tasneem Moawia Abdullah Sayied Mohammed Maowia Mukhtar Fazza Munim Samia Seif Murghan Ali Elamin Nasir Abdisalan Mohamed Noor Bakari Nour Abdelhameed Elbirdiri Nugad A Omer Abdala Sayaid Jihad Eltaher Sulieman Mohamad Tarig Randa Youssef Ghasem Zamani Swaziland Sabelo Dlamini Frank Hansford Simon Kunene Joe Novotny Graham Root Brian Sharp Tanzania Salim Abdulla Mike Bangs Jubilate Barnard James Beard Michael Beasley Anders Bjorkman Teun Bousema Ilona Carneiro Frank Chacky Prosper Chaki Daniel Chandromohan Mark Divall Stefan Dongus Chris Drakeley Mathew Dukes Yvonne Geissbuumlhler Nicodem J Govella Francesco Grandesso George Greer Kara Hanson Deus Ishengoma Timona Jarha Patrick Kachur Rose Kibe Gerry Killeen Safari Kinunghi William Kisinza Samson Kiware Astrid Knoblauch Karen Kramer Paul Lango Martha Lemnge Christian Lengeler Neil F Lobo Zudson Lucas Rose Lusinde John Lusingu Zawadi Mageni Stephen Magesa Robert Malima Alpha D Malishee Renata Mandike Tanya Marchant Honoratia Masanja Fabian Mashauri Fabiano Massawe Caroline Maxwell Ben Mayala Leonard Mboera Peter McElroy Clara Menendez Sigsbert Mkude Yeromin Mlacha Bruno Mmbando Ally Mohammed Fabrizio Molteni Daniel Msellemu Hassan Mshinda Frank Mtei Zacharia J Mtema Athuman Muhili Theonest Mutabingwa Victoria Mwakalinga Dismas Mwalimu Yusufu Mwita Irene Mwoga Isaack Namango Kenneth Nchimbi Rhita Njau Fredros Okumo John Owuor Milka Owuor Faith Patrick Lynn Paxton Hugh Reyburn Tanya L Russell Sunil Sazawa David Schellenberg Self Shekalaghe Clive Shiff Method Segeja Rosemary Silaa Thomas Smith Paul Smithson Bob Snow Joseacute Sousa-Figueiredo Thor Theander Andrew Tomkins Patrick Tungu Jacobien Veenemans Hans Verhoef Ying Zhou Togo Kodjo Morgah Anja Terlouw Uganda Jane Achan Seraphine Adibaku Miriam Akello Paul Ametepi Paul Bazongere Lea Berrang-Ford Martha Betson Teun Bousema Clare Chandler Jon Cox Deborah DiLiberto Grant Dorsey Calvin Echodu Dorothy Echodu Thomas Egwang Allison Elliot Anthony Esenu Samuel Gonahasa Francesco Grandesso Jean-Paul Guthmann Stephen Hillier Katy Hurd Narcis Kabatereine Rita Kabuleta-Luswata Mark Kaddumuka Ruth Kigozi Simon Kigozi Macklyn Kihembo Fred Kironde Steve Kiwuwa Moses Kizza Jan Kolaczinski Mary Kyohere Steve Lindsay Myers Lugemwa Caroline Lynch Godfrey Magumba Catherine Maiteki Catherine Maiteki-Sebuguzi Edith Mbabazi Monami Patrick Levi Mugenyi Lawrence Muhangi Carolyn Nabasumba Halima Naiwumbwe Marjorie Najjengo Zaria Nalumansi Florence Nankya Sussanne Nasr Dida Manya Florence Nankya Sussann Nasr Juliet Ndibazza Gloria Oduru Michael Okia Jaffer Okiring Peter Okui Ambrose Onapa Niels Ornbjerg Erling Pedersen Carla Proietti Rachel Pullen Andrea Rehman Denis Rubahika John Rwakimari Paul Simonsen Bob Snow James Ssekitoleeko Sarah Staedke Claire Standley Laura Steinhardt Anna-Sofie Stensgaard Russell Stothard Ambrose Talisuna James Tibenderana Henry Wannume Emily Webb Adoke Yeka Charlotte Muheki Zikusooka Zambia Pascalina Chanda Elizabeth Chizema Michael Coleman Umberto DAlessandro Mark Divall Mark Divall Thomas Eisele Lindsey Everett Jean-Pierre Van Geertruyden David Hamer Aniset Kamanga Mulakwa Kamuliwo Sera Karuiki Joe Keating Immo Kleinschmidt Astrid Knoblauch Astrid Knoblauch David Larsen Sungano

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Mharakurwa John Miller Victor Mukona Modest Mulenga Boniface Mutombo Michael Nambozi Eric Njunju Milka Owuor Richard Steketee Philip Thuma Zanzibar Abdullah Ali Achuyt Bhattarai Bob Black Thomas Jaumlnisch Patrick Kachur Rose Lusinde Fabrizio Molteni David Sullivan Zimbabwe Tim Freeman Nicholas Midzi Francisca Mutapi Graham Root Crispin Lumbala General archive assitance data extraction and geo-coding Camila Aros Perez Muriel C Bastien Mauro Capocci Catherine Cecilio Gilberto Corbellini Joaquim Da Silva Daniel Demellier Virgiacutelio do Rosaacuterio Dominique Dupenne Reynald Erard Gehane Al GarrayaCarlos Guerra Nahla Ibrahim Amir Kamal David Kaylo Anne-Marie Lallemand Lorena Lucioparedes Betsy Makena Charles Mayika-Louvouezo Anne Mbeche Bernard Mitto Hatem Nour El-Din H Mohamed Jonesmus Mutua Lydiah Mwangi Judy Omumbo Viola Otieno Marie Sarah Villemin Partow Christian Pethas-Magilad Joatildeo Pires Agnes Raymond-denise Gilbert Sang Christian Sany Dirk Schoonbaert

• 6 Abstraction des donneacutees drsquoenquecircte helliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphelliphellip 15
• 61 Exigences minimales en matiegravere de donneacutees
• • Nous avons eacutegalement visiteacute les archives nationales du Ministegravere de la santeacute situeacutees dans les villes de Nairobi Kisumu Eldoret Mombasa et Meru (au Kenya) Entebbe et Jinja (en Ouganda) Sennar Khartoum et Kassala (au Soudan) Thies (au Seacuteneacutegal)
  • Des rapports annuels des services meacutedicaux et de lrsquoassainissement datant de 1919 produits par les gouvernements coloniaux de la Gambie du Nigeria du Gold Coast (Ghana) de Sierra Leone de Somalie du Kenya de Tanganyika (Tanzanie) de Zanzibar drsquo
  • Au cours du Projet de cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) des scientifiques reacutegionaux ont visiteacute les archives nationales situeacutees dans les villes de Maputo (Mozambique) Bobo Dioulasso (Burkina Faso) Yaoundeacute (Cameroun) Coton
  • Scheacutema 5 A gauche Archives du laboratoire national de santeacute publique Nairobi Kenya (Old Wellcome Trust Library) A droite ndash Bibliothegraveque de lrsquoInstitut national de recherche meacutedicale Amani Tanzanie
  • • 5 Abstraction des donneacutees drsquoenquecircte
    • 51 Exigences minimales en matiegravere de donneacutees

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Madagascar Vololomboahangy Andrianaja Alyssa Finlay Ronan Jambou Thomas Kesteman Patrice Piola Fanjasoa Rakotomanana Benjamin Ramarosandratana Louise Ranaivo Milijaona Randrianarivelojosia Heryinsalna Honore Rasamimanana Arsene Ratsimbasoa Jemima Andrianina Ravelonarivo Vincent Robert Christophe Rogier Malawi Doreen Ali Adam Bennett Cameron Bowie Bernard Brabin Simon Brooker Marian Bruce Job Calis Tiyese Chimuna John Chiphwanya P Chirambo James Chirombo Maureen Coetzee Michael Coleman Wilfred Dodoli Thomas Eisele Oliver Gadabu Paul Prinsen Geerligs Sarah Gibson Timothy Holtz Gertrude Kalanda Lawrence Kazembe Peter Kazembe Immo Kleinschmidt David Lalloo Miriam Laufer Misheck Luhanga Alan Macheso Ganizani Malata Kingsley Manda Don Mathanga Malcolm Molyneux Kelias Msyamboza Piyali Mustaphi Themba Mzilahowa Monica Olewe Kamija Phiri Arantxa Roca-Feltrer John Sande Andrea Sharma Bertha Simwaka Jacek Skarbinski Rick Steketee Kevin Sullivan Terrie Taylor Anja Terlouw Lindsay Townes Peter Troell Mark Wilson Charles Yuma John Zoya Mali Modibo Bamadio Sian Clarke Amadou Baiumllo Diallo Diadier Diallo Seybou Diarra Alassane Dicko Abdoulaye Djimde Ogobara Doumbo Soce Fall Boubacar Maiga Natalie Roschnik Saba Rouhani Massambou Sacko Issaka Sagara Mahamadou Sissoko Ousmane Toure Manijeh Vafa Mauritania Ba Mamadou dit Dialaw Sidi Ould Zahaf Mayotte Fredric Pagegraves Jean-Louis Solet Laurent Filleul Mozambique Pedro Aide Pedro Alonso Kate Brownlow James Colborn Michael Coleman Alexandre Macedo De Oliveira Mark Divall Celine Gustavson Albert Kilian Immo Kleinschmidt Astrid Knoblauch Samuel Mabunda Euseacutebio Macete Rajendra Maharaj Susana Nery Emilia Virginia Noormahomed Milka Owuor Natalie Roschnik Allan Schapira Ricardo Thomson Namibia Colleen Fraser Frank Hansford John Irish Richard Kamwi Stark Katokele Musa Mabaso Kudzai Makomva John Mendelsohn Benson Ntomwa Andreas Reich Christine Theron Petrina Uusiku Niger Elisa Bosqueacute-Oliva Jean-Bernard Duchemin Isabelle Jeane Zilahatou Tohon Nigeria Emmanuel Adegbe Grace Adeoye Philip Agomo Oluwagbemiga Aina Bolatito Aiyenigba Idowu Akanmu Oladele Akogun Chiaka Anumudu Ebere Anyachukwu Matthew Ashikeni Samson Awolola Ebenezer Baba Oluseye Babatunde William Brieger Marian Bruce Paul Emerson Emmanuel Miri Emmanuel Emukah Nnenna Ezeigwe Bayo Fatunmbi Patricia Graves Celia Holland Nnaemeka Iriemenam Albert Kilian Paddy Kirwan Ibrahim Maikore Addusalami Yayo Manu Kolawole Maxwell Mark Miare Audu Bala Mohammed Gregory Noland Stephen Oguche Olusola Ojurongbe Patricia Okorie Ladipo Taiwo Olabode Folake Olayinka Olanpeleke Olufunke Peter Olumese Ogu Omede Yusuf Omosun Sola Oresanya Wellington Oyibo Lynda Ozor Frank Richards Abdullahi Saddiq Adamu Sallau Arowolo Tolu Yemi Tosofola Aminu Mahmoud Umar Peter Uzoegwu Rwanda Caterina Fanello Jean-Bosco Gahutu Alain Kabayiza Corrine Karema Michael Loevinsohn Frank Mockenhaupt Alphonse Mutabazi Alphonse Rukondo Sao Tome and Principe Hailay Desta Jih Ching Lien Thomas Smith Awash Teklehaimanot Senegal Mady Ba Christian Boudin Badara Cisse Sian Clarke Ndiaceacute Dangoura Mame Birame Diouf Ibrahim Soceacute Fall Florie Fillol Oumar Gaye Ibou Guisse Sylvia Males Florence Migot-Nabias Rick Paul Moussa Thior Jean Francois Trape Sierra Leone Matthew Burns Mark Divall Astrid Knoblauch Edward Magbity Musa Sillah-Kanu Samuel J Smith

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  • Des rapports annuels des services meacutedicaux et de lrsquoassainissement datant de 1919 produits par les gouvernements coloniaux de la Gambie du Nigeria du Gold Coast (Ghana) de Sierra Leone de Somalie du Kenya de Tanganyika (Tanzanie) de Zanzibar drsquo
  • Au cours du Projet de cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) des scientifiques reacutegionaux ont visiteacute les archives nationales situeacutees dans les villes de Maputo (Mozambique) Bobo Dioulasso (Burkina Faso) Yaoundeacute (Cameroun) Coton
  • Scheacutema 5 A gauche Archives du laboratoire national de santeacute publique Nairobi Kenya (Old Wellcome Trust Library) A droite ndash Bibliothegraveque de lrsquoInstitut national de recherche meacutedicale Amani Tanzanie
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  • Des rapports annuels des services meacutedicaux et de lrsquoassainissement datant de 1919 produits par les gouvernements coloniaux de la Gambie du Nigeria du Gold Coast (Ghana) de Sierra Leone de Somalie du Kenya de Tanganyika (Tanzanie) de Zanzibar drsquo
  • Au cours du Projet de cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) des scientifiques reacutegionaux ont visiteacute les archives nationales situeacutees dans les villes de Maputo (Mozambique) Bobo Dioulasso (Burkina Faso) Yaoundeacute (Cameroun) Coton
  • Scheacutema 5 A gauche Archives du laboratoire national de santeacute publique Nairobi Kenya (Old Wellcome Trust Library) A droite ndash Bibliothegraveque de lrsquoInstitut national de recherche meacutedicale Amani Tanzanie
  • • 5 Abstraction des donneacutees drsquoenquecircte
    • 51 Exigences minimales en matiegravere de donneacutees

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  • Des rapports annuels des services meacutedicaux et de lrsquoassainissement datant de 1919 produits par les gouvernements coloniaux de la Gambie du Nigeria du Gold Coast (Ghana) de Sierra Leone de Somalie du Kenya de Tanganyika (Tanzanie) de Zanzibar drsquo
  • Au cours du Projet de cartographie du risque de paludisme en Afrique (MARA ARMA) des scientifiques reacutegionaux ont visiteacute les archives nationales situeacutees dans les villes de Maputo (Mozambique) Bobo Dioulasso (Burkina Faso) Yaoundeacute (Cameroun) Coton
  • Scheacutema 5 A gauche Archives du laboratoire national de santeacute publique Nairobi Kenya (Old Wellcome Trust Library) A droite ndash Bibliothegraveque de lrsquoInstitut national de recherche meacutedicale Amani Tanzanie
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