séminaire europe vibrant presentation

Virtual BiodiversityViBRANT

Ontologiespour la description, la classification et l’identification

de spécimens biologiques

Noël CONRUYTUniversity of Reunion Island

[email protected]

ViBRANTVirtual Biodiversity Research& Access Network for Taxonomy

Workpackage 5Data services

Séminaire Europe - UR - 15 mars 2011


Séminaire Europe : le 7ème PCDR

Genèse du projet : http://www.e-biosphere09.org/ (juin 2009)



Biodiversity Informatics

Un champs transdisciplinaire en plein essor pour valoriser les informations de la biodiversité (données, connaissances) des biologistes, c’est-à-dire les études qu’ils mènent sur la diversité du vivant (gènes, organismes, taxons) et leurs interactions avec les Technologies de l’Information et de la Communication maîtrisées par les informaticiens.


Molécules

Cellulles

Systématique

Physiologie

Ecologie

Biologie des organismes

Biologiecellulaire

Organes

Organismes

Populations

Taxons

Ecosystèmes

Gènes

Chimie



• The Natural History Museum, London• Hellenic Center for Marine Research, Crete• Royal Belgian Institute of Natural Sciences• Oxford e-Research Centre• Vrije Universiteit Amsterdam• Julius Kühn-Institute, Berlin• Museum für Naturkunde, Berlin• University of Amsterdam• The Open University• Karlsruher Institut für Technologie• VIZZUALITY, Madrid• PENSOFT Publishers, Sofia• Université Pierre et Marie Curie-Paris 6• Global Biodiversity Information Facility• Freie Universität Berlin• Université de la Réunion• University of Trieste

Le consortium ViBRANT

17 partenaires dans 9 pays : 4,75 Meuros - 9 Universités - 3 Muséums - 2 Centres de recherche - 2 PME - 1 Organisation internationale

http://vbrant.eu/



Problématique de la gestion de la biodiversité

Hotspots de la biodiversité

Détenteurs de la plupart des données et des connaissances


La biodiversité est au sud …


< Fanjan ou peste végétale ?

Blanchissement des coraux ? >


… et les connaissances existent aussi au sud !


OSURECOMARUMR PVBMT…

LIM / IREMIA


Expérience passée sur des projets européens

Programme ESPRIT I : INSTIL (1986)

Integrating Numeric and Symbolic Techniques In Learning

Appliqué aux Systèmes Experts en Pathologie Végétale de l’INRA.

GEC Londres – COGNITECH Paris – LRI Orsay

Programme ESPRIT III : INRECA (1992)

INduction and REasoning from CAses

Thèse CIFRE dans le cadre d’une société de développement du logiciel KATE d’ACKNOSOFT avec le MNHN (Acquisition des connaissances sur les éponges marines)

Université de Kaizerslautern – Acknosoft – TecInno - IMS



IKBS

Un atelier pour l’aide à la définition d’ontologies, à la description, à la classification et à l’identification de spécimens biologiques

http://coraux.univ-reunion.fr/



Xper2

http://lis-upmc.snv.jussieu.fr/lis/

Xper2 est une plate-forme dédiée à la description de taxons et à l'identification assistée par ordinateur

Vers une intégration française d’IKBS et Xper2 pour la Systématique Assistée par Ordinateur (spécimens et taxons).



Les mesures d’aide spécifiques à La Réunion


Source : http://www.reunioneurope.org/DOCUP/FEDER_2-06_CI.html


Mission du programme ETIC


Système d’Information pour l’aide à la gestion des milieux insulaires tropicaux : application à l’île de La Réunion

Moyens

Constitution d’une équipe à l’interface des contenus ETI (“Environnement Tropical Insulaire”) et des contenants TIC (“Technologies de l’Information et de la Communication”)

Mots-clés

ETI : ressources et environnement naturels, diagnostic systématique et écologique, gestion spatialisée, suivi environnemental temporel,

TIC : bases de données, bases de connaissances, systèmes multi-agents, système d’information géographique, applications collaboratives et collectives, stratégies d’information et de communication

ETIC3 : aide à la décision, modélisation conceptuelle, couplage de modèles de représentation des connaissances, veille technologique et innovation


PORTAIL

Environnement Tropical Insulaire

Technologies de l’Information et de la Communication

http://etic.univ-reunion.fr



Herbier numérique



Mission du projet NExTIC


Première phase (2009 - 2010)

Service d’informationspour l’aide à la gestion des milieux naturels : application à

l’Herbier Universitaire de La Réunion

Moyens

Constitution d’une équipe d’ingénieurs en recherche et développement à la fois sur la production des contenus, l’édition des contenants et leurs distributions sur le Web

Mots-clés

INSPIRE - WEB SERVICES - HERBIER


NEXTIC

Nouvel Environnement x Technologies de l’Information et de la Communication

Influence du Web 2.0 sur la gestion des informations avec les Web Services : passer des Systèmes d’Information aux Services d’informations pour l’interopérabilité des données

Directive INSPIRE

Application à l’Herbier de

l’université de La Réunion

http://nextic.univ-reunion.fr


Web 1.0 Web 2.0

Gouvernance Top-down Bottom-up

Information Site web Blog, wiki

Structure Répertoires Tags

Savoirs Britannica Wikipédia

Données Capture d’écran Web service

Accès Naviguer Publier

Technologie HTML XML, AJAX

Applications Propriétaires Ouvertes


Web Services

Annuaire

WS

WS

WS

WS WS

HerbierAuthentification

Multimédia

Base de données

Navigateur Web Ilela Flore d’ici

WS

Serveur web

WS

WS

Spip

WS

Edition - Consultation

Consultation



Du FEDER au FP7

Les aides spécifiques à La Réunion permettent de se préparer à collaborer avec des partenaires au niveau européen.

ETIC et NExTIC ont permis aux chercheurs et ingénieurs de participer à des conférences internationales pour communiquer sur les recherches et développements menés au laboratoire en environnement tropical insulaire.

Le FEDER permet d’innover en recherche en proposant des projets de services qui mettent en avant les spécificités réunionnaises à faire connaître (biodiversité par exemple).



EXEMPLE de ViBRANT

Le projet européen en biodiversity informatics :

http://www.slideshare.net/vbrant/vibrant-project-overview

La contribution de l’Université de La Réunion :

http://www.slideshare.net/vbrant/26-noel-cinruyt-vibrant-lighteningtalknoel




Who we are & what we do

We are biologists and computer scientists, i.e. biomaticians

We make (Data - Information - Knowledge) Bases

We apply Sign Management and Activity Theory (UCD)

We do Biodiversity Informatics in situ (Enhancement of herbarium and coral collections at University of Reunion Island)

We intend to do it in vivo (Management of the natural patrimony of the Reunion National Park) in a Reunion Island Living Lab



What we will do in ViBRANT

We will use ViBRANT tools and services for Data enhancement in our regional context and applications (University of Reunion Island collections)

We will tell about our Iterative Knowledge Base System made with Descriptive Logics and Ontologies for specimen description, classification, and identification purpose

We will link the Scratchpads with our modules in the NEXTIC programme for going from database systems to Information Services through Web Services



How we are doing it

The World is an IslandSign managementSemiotic WebInteroperabilityIntelligibilityAccessTeachingPlayingActivityLearningLiving LabCreativity platformUser-centred-design


Web 1.0 Web 2.0 Web 3.0Service Social Sémantique Immersif

Gouvernance Top-downCathédrale

Bottom-upBazar

Communauté d’acteursChapelle

Information Site Web, CMS Blog, Wiki YouTube, GlossToU

Structure RépertoiresTaxonomie

TagsFolksonomie

OntoterminologieGuide

Connaissances Britannica Wikipédia Knol

Données Capture d’écran Web Service Web sémantique

Accès Navigation2D

Publication2D

Immersif et ubiquitaireWisdom

Technologies HTML XML, AJAX OWL, RDF, SPARQL

Applications CopyrightProprietary

CopyleftFree

SomeRightsReservedCreative Commons



Web immersif


Immersion dans des jeux sérieux



Who are our users & how will they engage?

Creativity Platform

Learners + Players + Teachers

Iterative co-design approach

Instrument = ISBS

Application = e-service

Know-how KnowledgeBusinessObjects Dev & Content

Engineers&

InfographistsSemiotics

Methodology

Experts EditorsBiomaticians

UsageObjects

Sign Management for coral objects’ interpretations

Users in a Living Lab

Producers

Tool = IKBS


Living Lab territorial


Un Living Lab Territorial (LLT) est une politique d‘innovation située sur un territoire et centrée sur les usages en plus des technologies. Il est fondé sur l’analyse et la synthèse des pratiques journalières des usagers. Il gère les retours d‘expérience des utilisateurs sur les technologies proposées, tout en facilitant leur intervention de manière ouverte et distribuée au sein de la communauté des chercheurs et des entrepreneurs pour créer durablement de la valeur avec eux.

=> Co-design des E-Services avec les usagers

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et taxons

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