SHIROKANE東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター

スーパーコンピュータご利用のご案内https://supcom.hgc.jp

2019.7

SHIROKANE

普通のLinux に近い操作感

•スパコンを扱うために新しく習得するべきことは比較的少ないです

•ホームディレクトリで計算できます

大きなディスクスペース

•高速なホームディレクトリが利用コースによりますがテラバイト単位で使用できます

安価で巨大な貯蔵スペース

•アーカイブディスクはペタバイト単位に対応します（テラバイトあたり六千円/年）

丁寧なサポート

•個別対応ができる熟練のサポート要員を継続的に置いています

•必要なソフトウェアのインストールを行います

ヒトゲノム解析センターは、パーソナルゲノム

時代が本格化し、ゲノム情報と医療情報に基づい

た個別化ゲノム医療を推進し、疾病の診断、予防、

治療法の開発などを通し人間社会に大きく貢

献することを目的としています。このため

に、医学・生命科学研究に最適化したスーパーコ

ンピュータを活用し、次の事業を行っています。（１）個別化ゲノム医療のための次世代ゲノム医学研究の推進

超高速シークエンサー技術等を駆使して、個人個人のゲノム

情報・エピゲノム・トランスクリプトーム・プロテオーム・メ

タボロームなどの違いと、がんや成人病等の病気、薬、環境因

子との繋がりを解明し、それを診断、予防、治療へと翻訳する

最先端研究の実施。

ヒトゲノム解析センター(HGC) スパコンのシステム構成

Shirokane3

Shirokane4

2018 2019 2020 2021 2022 2023 2024

メインの計算ノード

HGC のスパコン SHIROKANE の特長

メインの計算ノード

（２）個別化ゲノム医療のためのメディカルインフォマティク

スの研究

ゲノム情報等と医療情報を整理・解析・解釈し、個別化医療

に翻訳するメディカルインフォマティクスの研究を展開する。

スパコンを活用し、ヒト大規模ゲノム関連データベース、副作

用情報データベース、大規模生命・医療データ解析技術、ソフ

トウェア等の情報基盤技術を整備。

（３）倫理的・法的・社会的問題の研究による公共政策研究

生命科学・医学研究を進めるに当たっての社会との接点で生

じる様々な問題の研究。個別化ゲノム医療や先端医療の推進に

は、市民の理解、個人ゲノム情報等の利活用最大化に関する社

会的合意形成が不可欠。そこで、実証・比較政策研究により、

個人遺伝情報の誤用や悪用の防止、病名告知や医療者と患者の

意思決定過程の共有、自身のゲノムや診療情報へのアクセス権、

適切な価格のヘルスケア等に関する研究・政策提言を行う。

2

Shirokane5 Shirokane7

Shirokane6

今ここ

HGC では、制限のある電力を無駄にしないために、新しい製品、技術を採用しています。

空調設備には、間接外気冷却システムを採用します。このシステムは、スパコン室内の温まった空気を室外に運び、室外に設置する熱交換器に通します。熱交換器の管の外側には水が散布され、その気化熱によって空気を冷やし、空気をスパコン室に戻します。従来型空調機にあるようなコンプレッサーを使用せず、年間を通じてほとんどファンのみによる冷却を行うことで、高効率化を実現します。試算の年間平均 PUE は 、 Shirokane3 単体で 1.06 、Shirokane4単体で1.09になります。

MuntersOasis

この他にも、ジョブの有無に連動してサーバを自動起動停止する仕組みや、大容量テープライブラリの採用しています。大規模な計算を必要最低限の電力で運用するために、様々な取り組みを行います。

HGC スパコンの省電力運用への取り組み

国際がんゲノムコンソーシアム (ICGC)

50 種類のがんについて、2 万 5 千検体の全ゲノム解析が完了。がんのゲノム異常のカタログを作成しました。解析結果をそれぞれの機関で統一にするため、同じソフトウェアセットを使用した再解析をおこなった中で、日本チームは主に肝がんの解析を HGC のスパコンで実施しました。現在ゲノムデータを研究者が利用できるよう準備を進めています。

パーソナルゲノムに基づく個別化医療の推進

個 別 化 医 療 の 第 一 歩 は “ Whole GenomeSequencing” データ解析・解釈、メディカルインフォマティクスが鍵になります。 HGC は病院と連携。全ゲノム情報解析を HGC のスパコンで行っています。

現在の HGC スパコン SHIROKANE のミッション

SHIROKANE は、1.2 PFLOPS 余の総合理論演算性能になる主に ３種類の計算機を用意しています。ヒトゲノム情報の高

速な同時処理を行うプログラム用には合計 15,000 CPU コアを有する｢計算ノード Thin｣、 ヒトゲノムアセンブリプログ

ラムといった大容量のメモリを必要とするプログラム用の 1 ノードあたり 3 TB のメモリ容量を有する｢計算ノード Fat｣で

す、そして GPU による 40 PFLOPS 余のアクセラレータを備える「計算ノード GPU」です。ストレージには、現時点で、

合計 55 PB の記憶容量を有し、適時の増量が容易にできます。具体的には、膨大なヒトゲノム情報の高速な解析を行うた

め、すべてのサーバ間と大量のデータを 高速に送受信できる｢高速ディスクアレイ装置｣と用いたホームディスクと、ヒトゲ

ノム情報を長期保存するための大容量の｢分散ストレージ｣と｢巨大アーカイブストレージ｣で構成したアーカイブディスクが

あります。アーカイブディスクは、100 PB を超える容量まで増量できるハードウェアを備えます。

ヒトゲノム情報の高速な解析と大量データ保存を実現しています

アースクリーン東北 メガクー

ル運用中の IT 機器の発熱量は、時系列で変動します。常時、冷却装置の風量を一定で運用すると無駄が生じる可能性があります。そのため、運用中の IT 機器発熱量に応じた冷却装置の風量を自動制御し、無駄を無くすことで、冷却効率を向上させています。

0%

100%

0

200IT負荷と冷却システム風量の遷移

IT負荷

空調機風量

( k w ) (風 量)

サーバ

サーバ

サーバ

サーバ

空調機

0%

100%

0

200

時間

IT負荷と冷却システム風量の遷移

( k w ) (風 量)

IT負荷

空調機風量

サーバ

サーバ

サーバ

サーバ

空調機

管理サーバ 消費電力情報を収集

風量変更を指示

時間

3

スパコンはスゴイ

• あふれるストレージ• ペタバイト単位のディスクがある（ペタバイトは１０２４テラバイト）

• いくらでも使えそうな ＣＰＵ• SHIROKANE は １５,０００ ＣＰＵコア以上ある

• 広大なメモリスペース• 合計すれば ７０ テラバイト以上ある

•大きなシステムを共用することで得られる最大性能の高さがスゴイ

• 高い最大性能によって無理を通せることがある

4

SHIROKANE の利用例

5

国際がんゲノムコンソーシアム (ICGC)

50 種類のがんについて、2 万 5 千検体の全ゲノム解析が完了。

がんのゲノム異常のカタログを目指し、解析結果をそれぞれの

機関で統一にするため、同じソフトウェアセットを使用した再

解析を行いました。日本チームは主に肝がんの解析を HGC の

スパコンで実施しました。

http://pancancer.info/transfers.html

ICGC Cancer Genome Project Map April 2015 - version 2

国際連携による癌の全ゲノムシークエンスとスーパーコンピュータ

がんは正常細胞のゲノム（約30億=3Gb の DNA 配列）に様々な異常が蓄積し、正常な 分子経路が破綻した

結果、無秩序な細胞増殖や転移をきたす「ゲノムの疾患」である。 今日、これらがんのゲノム異常を標的と

した様々な分子標的治療薬が開発され、がんの 治療成績の向上に寄与している。乳がんの HER2 遺伝子増幅

を標的としたハーセプチン が成功例であり、EGFR を標的とした薬が開発されて EGFR 変異のある症例が適

応となる 一方で、その下流の KRAS 遺伝子に変異があるものは適応外となり、ゲノム情報をバイ オマーカー

としたがん治療の個別化が進みつつある。また、BRCA1/2 遺伝子の変異のある遺伝性乳がん患者やその家

族には、予防的切除などの様々な措置もとられようとして おり、ゲノム情報を指針したがん予防医療も広ま

りつつある。 超大量の DNA 配列を決定する次世代シーケンス技術 (Next Generation Sequencing: NGS)

とゲノム情報解析技術の爆発的な進歩に伴い、個人のヒトゲノムの配列約 30 億塩 基=3Gb を短期間で決定

し、ほぼすべての変異/多型の検出が可能な全ゲノムシークエンス解析（WGS）が比較的安価で迅速に行うこ

とが可能になってきている。現在の最先端 の NGS システムでは、年間 18,000 例の WGS が 1,000 ドル/

例のコストで可能である (3Gx30x18,000=1,500 Tera 塩基/年)。しかしながら、これだけの配列情報を扱

うための 計算リソースと効率のいい解析方法および人材が不足しているのが、問題である。 「ゲノムの疾

患」であるがんに対して、発生機序の解明と理解、新規治療法や個別化 医療の発展を目的として、国際連携

にてがんゲノムをシークエンス解析し、そのデータを共有・公開する国際がんゲノムコンソーシアム

（International Cancer Genome Consortium：ICGC）が 2008 年に創立され、現在は 16 か国＋EU が参

画し、80 もの様々ながんのゲノムシークエンスプロジェクトが遂行されている。日本では理化学研究所と 国

立がんセンターが肝臓がんを担当し、270 例の WGS 解析および 250 例の全エクソンシークエンス解析（た

んぱく質をコードする１~２％の領域）が、東大医科研のスパコン 「SHIROKANE」を駆使して完了した。こ

れまで、ICGC 全体で 12,800 例のがんのゲノムデータが登録・公開されており、様々ながん研究で活用さ

れている。そして 2014 年から、 米国のがんゲノムプロジェクト TCGA と ICGC と共同で、PCAWG

(PanCancer Whole Genome Sequencing Project) が開始され、TCGA/ICGA内での 2,500~3,000例の

様々ながん種の WGS （全体で約 600 Tera 塩基）を、6 つのゲノム解析に特化した世界中のスパコンを同

調 させながら、600 人もの研究者が共同で解析を行っている。理研は、この全データの約 10％（肝がん

270 例）に貢献し、東大医科研スパコンと共同で 6 つのゲノムデータ解析 拠点の１つを運用してこの国際連

携ゲノムプロジェクトに深く貢献してきている。 今後、がんゲノムに限らず、ゲノムシークエンスデータの

産出は急激に増加するこ とは間違いなく、計算リソースや人材の確保、および大量のゲノムデータから、い

かに 生物学的な「解釈」を導き出すが、最大の問題点である。

中川英刀理化学研究所統合生命医科学研究センターゲノムシークエンス解析研究チームhttp://www.cyber.biotech.okayama-u.ac.jp/Ksympo/Hidewaki%20Nakagawa.pdf

SHIROKANE をつかうメリット

• ハードウェアのメンテナンスから解放される

• 設備メンテナンスからも解放される• 電気代• 空調

• OS などの基本的なソフトウェアのメンテナンスから解放される

• ソフトウェアのインストールのサポートが得られる

• 多くのフリーウェアの利用実績がある（冊子の最後に一覧があります）

6

自前のサーバを利用する場合と比べて…

コストパフォーマンス比較（ＣＰＵのみ比較）

例えば、

「192 G バイトメモリ、24 CPU コア」×１０台

のワークステーションを自前で持つ場合

場所代 ＋ 本体の価格 ＋ 保守費 ＋ 電気

＋ 技術サポート

＝ 2,300万円＋α＋β （初年度）

同等以上の性能を SHIROKANE で得る場合

H1 コース の 108,000 円 （年額）リソース内訳：共有ではあるものの ３５４ CPU コア、

２０５０ Gバイトメモリ、２ T バイトのホームディレクリ、 ４ T バイトのアーカイブディスク

ちなみに AWS (Amazon Web Service) では、

c5.4xlarge (16 CPU, 32 GiB)

× 15 台 を使うとすると

5.6 万ドル程度 （１００％年間）2019 年 7 月現在、オハイオリージョン、スタンダードリザーブインスタンス１年、 No Upfront 7

α 200万×10 20万×10 100万

β

SHIROKANE のセキュリティ

•インターネットにつながっています

• ファイアウォールがあります

• 脆弱性対策を迅速に行なっています

•一般的な Linux の共用使用です

• 利用者は SSH の鍵認証でログインして使います

• SSH の機能でログインの制御はできます

• 他の利用者の様子は基本的に見ることができません

• 共用のシステムのため利用状況などはすべての利用者で共有されます。

• 利用者間の壁はディレクトリ、ファイルへのパーミッションの設定（使い方を間違えないように利用者が注意）

8

root 権限の運用 他 について

• SHIROKANEの運用業者は入札により決定していますが、現在は、（株）日立製作所です

• ヒトゲノム解析センターは、 root 権限のユーザを持たず、運用業者がこれを持ちます

• センターでは、運用業者の選定条件に、ISO/IEC 27001 があります。 root 権限の操作は、運用業者が取得している ISO/IEC 27001:2013 の 9.2.3 章に則って実施されています

• 「9.2.3.8 特権の割当ての正式な認可プロセスでは、特権的アクセス権を与えられた利用者の力量がその職務に見合っていることを検証するために、その力量を定期的にレビューする。」など10 項目

• 運用業者とセンターが利用者のデータに意思を持ってアクセスすることはありません

• 「私のプログラムが動かないから見てくれ」とおっしゃられても直接見ることはしません。問題の解決のために見ることを利用者から求められた場合には、決められた手続きを利用者に実施していただいた後に間接的に利用者のデータにアクセスします

• センターは、運用業者との間に秘密保持契約がある状態にて業務を行わせています

• 必要であれば、利用者がセンターと秘密保持契約を結び、SHIROKANEの利用においての安全を担保することに応じます

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東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センタースーパーコンピュータシステム利用規程

平成28年11月24日改正

(趣旨)

第1条 この規程は、東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター (以下「センター」という。) の管理運営するスーパーコンピュータシステム (以下「計算機システム」という。) の利用について、必要な事項を定めるものとする。

(利用目的)

第2条 計算機システムの利用は、ゲノム研究を通じてライフサイエンス分野の振興を促進し、国民の健康医療の向上及び教育に供することを目

的とする。

(利用資格者)

第3条 計算機システムの利用資格を有する者は、次の各号に掲げるものとする。

• 大学院、大学、高等専門学校及び大学共同利用機関の教職員及び学生

• 文部科学省等中央省庁所管の独立行政法人に所属し、専ら研究に従事する者

• 学術研究を目的とする国又は自治体が所轄する機関に所属し、専ら研究に従事する者

• 学術研究を目的とする機関で東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター長 (以下「センター長」という。) が認める機関に所属し、専ら研

究に従事する者

• 科学研究補助金等の交付を受けて学術研究を行う者

• 第一号から第五号までに該当する者が所属する機関との契約により共同研究に研究分担者として参加し、専ら研究に従事する者

• 民間企業その他の法人に所属する者で、センター長、もしくは第5条の委員会が審査規程に基づく審査を行い、利用を認められた者

• 前各号に掲げる者のほか、特にセンター長が認めた者

(利用申込)

第4条 計算機システムを利用しようとするものは、センター長に所定の利用申し込みを行うものとする。

２ センター長は申し込み状況に応じて、利用申し込みの受付を停止できる。

(利用承認)

第5条 前条の利用申し込みを受付け、センター長が利用を認めたときは、これを承認し、承認された者 (以下「利用者」という。) にアカウント (ユー

ザID、パスワード) を付して「利用登録のお知らせ」を発行するものとする。

２ センター長は計算機システムの利用に関する一切の業務をセンター長が任命する者により構成される計算機システム運営委員会に委任する

ことができる。

(アカウントの有効期間)

第6条 前条のアカウントの有効期間は、利用申込月から1年以内とする。

２ 削除

(アカウントの転用等禁止)

第7条 利用者は、アカウントを適切に管理し、不正利用の防止に努めなければならない。

２ 利用者は、アカウントを第2条に規定する利用目的以外のために利用し、又は第三者に利用させてはならない。

(利用者の義務)

第8条 利用者は、計算機システムの利用に当たっては、本規程を順守しなければならない。

(届出)

第9条 削除

(利用承認の取消し等)

第10条センター長は、計算システムの運用に支障をきたすおそれがあると判断した場合、利用者に利用方法の改善を指示することができる。

２ 利用者又は研究責任者が、前項の指示に従わない場合、又は次の各号のいずれかに該当したときは、センター長は計算機システムの利用

承認を取り消し、又は利用を停止させることができる。

一 第2条に規定する利用目的以外に計算機システムを利用したとき

二 第3条の利用資格を喪失したとき

三 第12条第1項及び第2項に規定する利用負担金を支払わないとき

10

一年ごとに利用申請をすることで継続的に利用できます。

利用者ごとに一つ以上のアカウントを作成してください。アカウントの数に制限はありません。

(報告書の提出等)

第11条 センター長は、利用者に対し、計算機システムを利用した結果又は経過の報告を求めることができる。利用者は、報告を求められた場合

は、センター長に報告するものとする。

２ 利用者は計算機システムの利用による研究等の成果を論文等により公表するときは、当該論文等にセンターを利用した旨を明記しなければ

ならない。

３ 報告書は原則として公開とし、センターの広報等の用に供することができるものとする。ただし、利用者の申出により最大 2 年間公開を延長す

ることができるものとする。

４ 特にセンター長が認めた利用者は、秘密保持契約を結び、1項から3項の一部またはすべてを免除できるものとする。

５ センターは、予め書面による承諾を得ない限り、計算機システムの利用の報告に際して知り得た利用者の研究上、技術上その他の秘密とす

べき情報を厳格に取り扱い、センター運用上の目的以外には利用してはならない。

(利用負担金)

第12条 第5条により計算機システムの利用申し込みが承認された場合は、別に定める利用負担金額を次条に規定する経理責任者が支払わな

ければならない。ただし、特にセンター長が認めた場合は、利用負担金の全部又は一部を免除することができる。

２ 前項に規定する利用負担金の支払いは、東京大学における内部取引に基づく振替又は東京大学の発行する請求書により定められた期日ま

でに指定口座への振込によるものとする。

３ 前項により支払われた利用負担金は、原則として返還しない。

(研究責任者)

第13条 利用者は、利用者の研究を統括管理する責任を有する者 (以下「研究責任者」という。) を、利用申込時にセンター長に届け出なければな

らない。

２ センターは、利用者のデータを研究責任者の所有物として扱う。

(経理責任者)

第14条 利用者は、利用負担金の支払の責任を有する者 (以下「経理責任者」という。) を利用申込時にセンター長に届け出なければならない。

２ 削除

(免責事項)

第15条 センターは、利用者に計算機システムを安定提供できるよう努力するが、利用者が計算機システムを利用したことにより被った損害、そ

の他計算機システムに関連して被った損害について一切の責任及び負担を負わない。

(利用の制限)

第16条 センターは利用者への予告なしに計算機システムを停止することができる。

２ センターは計算機システムの安定運用を目的に、次の各号にあげる処置を予告なしに実施できる。

• 利用者のアカウントを第三者が利用していることが疑われるとき、アカウントを一時停止できる

• 計算機システムに過負荷を与える恐れがあるプロセスが実行されているとき、該当プロセスを一時停止、又は停止することができる

• その他、計算機システムの安定運用を維持するための処置

(利用者のデータ管理)

第17条 利用者は、次の各号に掲げる利用者のデータ管理を自己責任で行うものとする。

• データのアクセス権限の管理

• データのバックアップ

(倫理審査を要する研究上の注意)

第18条 利用者は、計算機システムで倫理審査を要する研究のデータの保存、解析等を行う場合は、そのデータを計算機システムに置き、保存、

解析等を計算機システムで行うことに関して、利用者が所属する機関の所定の倫理審査委員会の承認を得た上で実施する。

(ソフトウェアのインストール及び利用)

第19条 利用者は、ソフトウェアをインストール及び利用する場合はそのソフトウェアのライセンス規約を遵守する。

附則

１ この規程は、平成22年10月21日から施行し、平成28年11月24日から適用する。

最近の変更

平成28年11月24日

第13条 (研究責任者) を追加

11

報告された論文の一覧を Web サイトに載せています。

公開した論文やWeb サービスがあれば、教えてください。

スパコンが想定外に使えない期間あったり、データロストがあった場合の補償はありません。

第15条のことについて具体的に書いています。

第15条への対策を書いています。

個人情報に該当するゲノム配列情報を扱う場合はご注意ください。

利用開始の手続き

12

にある計算機システム利用申請書に記述し、押印の上郵送してください。

https://supcom.hgc.jp/japanese/utili_info/procedure/addition.html

ここです

利用申請書に書く内容

●利用規定への同意 ● 3行程度の利用目的 ●代表利用者の設

定 ●研究責任者の設定 ●経理責任者の設定 ●請求について

●利用期間とコース

お支払い方法

請求書をお送りしますので、銀行振込にてお支払いください。

タイミングは、

１か月ごとに 年度ごとに

１年をまとめて 期間ごとに

例えば １年をまとめて 後払い

後払い

希望の時期に支払

先払い

13

申請書の備考欄でご指示ください。

…のようにできます。

14

Shirokane5 の計算ノードShirokane4 のストレージ

現地の見学ができます。

利用料金

試用コース ¥0 100GiB 1k - 0 12 ○ ○ 0 no 60 no no

H1 ¥108,000 2TiB 2M 4TiB 0 354 ○ ○ 0 8 2,050 ○ ○

H2 ¥216,000 2TiB 2M 8TiB 0 664 ○ ○ 0 8 3,600 ○ ○

H3 ¥360,000 3TiB 3M 16TiB 0 974 ○ ○ 0 8 5,150 ○ ○

H4 ¥720,000 6TiB 6M 32TiB 0 1,284 ○ ○ 0 8 6,700 ○ ○

H5 ¥1,368,000 12TiB 12M 64TiB 24 1,594 ○ ○ 0 8 8,370 ○ ○

H6 ¥2,760,000 24TiB 24M 128TiB 48 2,581 ○ ○ 1 64 15,409 ○ ○

H7 ¥4,680,000 48TiB 48M 256TiB 96 3,202 ○ ○ 2 64 18,778 ○ ○

H8 ¥9,360,000 96TiB 96M 512TiB 192 5,128 ○ ○ 4 128 31,176 ○ ○

H9 ¥18,480,000 192TiB 192M 1,024TiB 240 9,996 ○ ○ 8 128 55,852 ○ ○

専有追加 ¥180,000 - - - +12 - - - - - +60 - -

共有追加 ¥432,000 - - - - +310 - - - - +1,550 - -

計算ノード Fat 追加 ¥54,000 - - - - +8 - - - +8 +320 - -

アクセラレータ V100 追加 ¥432,000 - - - - - - - +1 - +24 - -

ホーム Disk 追加 ¥72,000 +1 +1 - - - - - - - - - -

アーカイブ Disk 追加 ¥6,000 - - +1 - - - - - - - - -

技術支援 1 SP あたり ¥5,000 - - - - - - - - - - - -

Windowsサーバホーム

Disk 容量

ホームDisk ファイル数

アーカイブDisk 容量

専有共有総計

XeonPhi

利用

GPUK80利用

GPUV100利用

計算ノードFat 利用

Webサイト開設

SHIROKANE

民間

利用形態料金 (年額

(12 か月分))

Disk 利用可能な計算資源

合計メモリ容量 (GB)

専有mjobs.q

Max:11376gpuv.qMax:80

ljobs.qMax:1836

lmem.qMax:144

intr.qMax:288

web.qMax:36

合計メモリ容量 (GB)

試用コース 0 10 0 0 0 2 0 60

H1 0 256 0 48 8 6 36 2,050

H2 0 512 0 96 8 12 36 3,600

H3 0 768 0 144 8 18 36 5,150

H4 0 1,024 0 192 8 24 36 6,700

H5 24 1,280 0 240 8 30 36 8,370

H6 48 2,048 1 384 64 48 36 15,409

H7 96 2,560 2 480 64 60 36 18,778

H8 192 4,096 4 768 128 96 36 31,176

H9 240 8,192 8 1,536 128 96 36 55,852

専有追加 +12 - - - - - - +60

共有追加 - +256 - +48 - +6 - +1,550

計算ノード Fat 追加 - - - - +8 - - +320

アクセラレータ V100 追加 - - +1 - - - - +24

利用形態

利用可能な Univa Grid Engine のキュー (利用可能な計算資源)

SHIROKANE

民間

15

より

細か

な課

金表

http

s://

supc

om.h

gc.jp

/japa

nese

/util

i_in

fo/p

roce

dure

/kak

in_j

S45p

r201

9.3.

pdf

PD

F フ

ァイ

ルが

こち

らに

あり

ます

。

サポート

• Web サイト の Wiki に一通りのマニュアル

• ユーザ専用 Q&A サイト

• ときどき講習会を開催

• 一般的な内容、特定の手法に特化したもの

• support@hgc.jp へのメールサポートは随時

• 03-5449-5620 は電話サポート

16

1. ABySS2. ALSCRIPT3. AmberTools4. APT5. ARCS6. AUGUSTUS7. BamTools8. bcl2fastq9. BCL2FASTQ10. BEAGLE11. BEAST12. BEDTools13. biobambam214. Bioconductor15. Biopieces16. Bioscope17. BLAST18. BLAST+19. BLAT20. Bowtie21. Bowtie222. BWA23. Canu24. CAP325. CD-HIT26. Circos

27. ClustalW28. COPASI29. CREAD30. Cufflinks31. Cytoscape32. Darn33. DIAMOND34. DROMPA35. EMBOSS36. Exonerate37. eXpress38. FALCON39. FasnQC40. FasnTree41. FASTA42. FastML43. FastQC44. FastTree45. FASTX-Toolkit46. FreeBayes47. GENESIS48. GeneTorrent49. GMAP50. HISAT51. HISAT252. HMMER

53. IgBLAST54. IGV55. InterProScan56. io_lib57. Ion-Variant-Hunter58. Jellyfish59. JGAP60. Juicer61. Karn62. kClust63. libGTextUtils64. libsequence65. lobSTR66. MAFFT67. Maq68. MATLAB69. MCL70. MEGAHIT71. MEME72. MEME Suite73. Meta-MEME74. Minimap75. MMseqs76. MolScript77. MUMmer78. NCBI_Toolkit

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スパコン SHIROKANE にて利用実績のあるソフトウエア（2019/7）

ホームディレクトリへのインストールもできます。

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フリーソフトウェア

バイオ系ソフトウエア

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R モジュール

Ruby モジュール

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Python モジュール

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