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Sistema de Procesamiento de Imágenes Microscópicas: Espermiograma Digital y
Patología por Internet
Steffen Härtel
Laboratory of Scientific Image Analysis (SCIAN-Lab) Biomedical Neuroscience Institute (BNI)
Anatomy and Developmental Biology Program, ICBM, Faculty of Medicine,
University of Chile
Montevideo 02 del Abril del 2013
vvv
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vvv
morfología
topología
y patrones
tiempo
Joaquín Torres Garcia … UNIVERSALISMO CONSTRUCTIVO
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Cross correlation functions
Colocalization 2012 PLosOne 2011 JBC 2011 Arthritis & Rheumatism 2011 Biol Research 2011 Antioxid Redox Signal 2010 Journal of Microscopy 2009 JBC I 2009 JBC II 2008 Cardiovasc Res I + 2
vvv
Partial differential equations
3D · Morpho-topology 2012 European Biophysics Journal 2011 J Microbiol Methods 2010 J of Struct Biol 2010 Development 2010 Biological research 2009 BBA 2007 Computational Modelling
2D · Morpho-topology in lipid monolayers 2010 BBA 2009 Biophysical Journal 2007 Cell Biochemistry and Biophysics 2005 Biophysical Journal …
Motion estimation and tracking 2013 IPOL 2012 Machine Vision and Applications 2012 PLosOne 2011 Revista Médica de Chile
IPOL
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Basic Science FONDECYT CONICYT
Basic Science ICM
R&D FONDEF CONICYT
Human Capital Formation Medical Informatics DAAD / DFG
vvv
Redes: ‘Red de Investigación de Cancer de Estados Unidos y America Latina US LA CRN’ National Cancer Institute EEUU: NCI
Fibra de 10 GB entre Medicina y NLHPC VID, U-Chile, BNI, F-Med, ICBM, NLHPC, …
SCIAN-Lab
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vvv SCIAN-Lab
PI ● Biophysics PostDocs ●●●● Biology / Computer Sc / Electrical Engineer PhD - students ●●●● Computer Sc / Electrical Engineer Master - students ●● Medical Technology / Electrical Engineer Undergraduate ● Computer Sc Research – Assistants ●●●●● Medicine / Computer Sc / Electrical Engineer Technicians ●●● Biotechnology / Labtechnician / Administration
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vvv SCIAN-Lab
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vvv SCIAN-Lab <-> BNI
● ● ● ● ●
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vvv SCIAN-Lab <-> BNI
Leica TCS LSI: Super Zoom Confocal + SOFI
NanoZoomer: Tissue Imaging
Perkin Elmer Spinning Disk
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vvv SCIAN-Lab <-> BNI
Keller et al, Science 322, 2008
Pulgar, Concha, Keller 2012 unpublished
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Resolution ~ / 2 ~ Full Width at Halft Maximum (FWHM)
Ernst Abbe
1840 - 1905
FWHM
vvv Light Microscopy in LA…
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2-photon SIM STED 4- PALM
FWHM(xy) ~ /2 ~ /4 ~ /∞ ~ /4 ~ /100
M Goeppert-Mayer M Gustafson S Hell E Betzig
1906-1972 1960-2011 MPI Göttingen Janelia Farm
BIOQUANT Hdg
vvv Light Microscopy outside LA…
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Fluctuating light source:
Quantum dots
(Cd/Se)
(ZnS)
(2º antibody)
Joerg Enderlein, Göttingen
vvv Superresolution optical fluctuation
imaging (SOFI) …
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Image formation with SOFI
Dertinger T., Colyer R.; Iyer G.; Weiss. S.; Enderlein J., PNAS, 2009
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Scale bar: 250 nm
1st
2nd
4th
16th 25th
SOFI higher order cumulants
Dertinger T., Colyer R.; Iyer G.; Weiss. S.; Enderlein J., PNAS, 2009
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2nd order SOFI applied to a neuronal ER image
KDEL
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Two channel 2nd order SOFI
Wide-field
SOFI 2nd order
5 µm
KDEL/GABABR1
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Transgenic flh::GFP
LEO-Lab/SCIAN-Lab … (Härtel et al. 2007 Computational Modelling of Objects Represented in Images. Fundamentals, Methods and Applications)
Morpho-genetic mechanisms – interplay of form and function. .
vvv
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Kass M. et al (1988) Int. J. Comp. Vis. 1:321-331. Xu & Prince (1998) Signal Processing 71: 131-139.
Original Data Deconvolved Data (www.svi.nl) Hand drawn contour Snakes
2D 3D
vvv
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vvv
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26 28 30 32 34 38 time (hpf)
box hight
box width
box entropy
box model
box elongation
box length
box flatness
vvv
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26 hpf 32 hpf 38 hpf
Similar for -tubulin, γ-tubulin, Phalloidin,
ZO-1
apical
basolateral
vvv
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26hpf
vvv
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external energy image dependent
(GGVF Xu&Price 1988)
dstsCtsCsCE
dssCsCE
dssCE
s
sC
s
sCE
f
in
ext
)]1,(),1,(),([
)](),([
)]([
)()(
2
11
0
2
2
22
internal energy contour dependent
(Kass et al 1988)
distance energy neighbour dependent (us …)
CLG-3D optical flow energy time dependent
++ multi-grid
(Bruhn et al. 2003/2005)
++ ‘subjective surfaces’
(Sarti et al 2000)
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vvv
COS-7 cell with fusion protein EB3-GFP (end binding protein) at growing microtube tips (cito skeleton)
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vvv
- Speed of growing microtube tips, correlation with ER dynamics with cytoskeleton, …
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vvv
OF-fields determine motion, velocities, and improve object tracking
Model
OF for fronts, blebs, tips, …
Front
Microtube Tips
Biology
Bleb
Growing microtube tips, EB3-GFP (end binding protein)
50 100 150 200 250 300 350 4000
500
1000
1500
2000
2500
3000
3500
4000N = 40000
mean vel = 90.25 [nm/s]
sd = 56,68 [nm/s]
se = 0,28 [nm/s]
nu
mb
er
velocity [nm/s]
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vvv Optical Flow (OF)
1950 JJ Gibson, psychologist, ’The Perception of the Visual World’
OF vector field v = [u,v] meets Ix ∙ u + Iy ∙ v + It = 0
I(x,y,t) = I(x+∆x, y+∆y, t+∆t)
1981 Horn and Schunck (HS) ’… apparent velocities of movement of brightness patterns in images’ … two basic assumptions: ’gray value constancy’ and ’smooth flow of the intensity values’ between two images
2003-2006 Bruhn et al Combined Local Global Methods (CLG) … generalize ’global’ HS and ’local’ Lucas and Kanade (LK, 1981) approaches
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vvv OF - equations
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Combined Global Local, CLG
vvv
Horn - Schunck, HS
1 pixel jump 3 pj 6 pj 12 pj 20 pj
Lukas - Kanade, LK
OF – vector fields
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vvv
Combined Global Local , CLG
Horn - Schunck, HS
Lukas – Kanade, LK
0 5 10 15 20 250
5
10
15
20
25
flo
w p
red
ictio
n
pixel jump
ground trouth
LK
HS
CLG
OF prediction LK-HS-CLG
UUUps, … only small jumps , max 6 pixels !!! -> but Nyquist in time
2012 Machine Vision and Applications
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vvv Multi Scale Optical Flow
ti+1
ti
Scale 0
Gaussian Pyramid
Scale 1 ti+1
ti
Scale 2 . . . Scale N
ti+1 ti
∆OF(N-1)’
ti+1’ ti+1
OF(N-1)
+
∆OF(N-1)’ OF(N-1)’
.
.
. OF (0) √
v
warping
w
ti OF(N-1)’ ti+1’
OF(N)
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Combined Global Local, CLG
vvv
Horn - Schunck, HS
1 pixel jump 3 pj 6 pj 12 pj 20 pj
Lukas - Kanade, LK
Multi-Scale CLG (4)
Multi-Scale HS (4)
OF – vector fields
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vvv
Multi-Scale 4 CLG MS(4)
Multi-Scale 4 HS MS(4)
0 5 10 15 20 250
5
10
15
20
25
flo
w p
red
ictio
n
pixel jump
ground trouth
LK
HS
CLG
HS MS(4)
CLG MS(4)Combined Global Local , CLG
Horn - Schunck, HS
Lukas – Kanade, LK
OF prediction LK-HS-CLG-MS
![Page 35: Sistema de Procesamiento de Imágenes Microscópicas ... · Sistema de Procesamiento de Imágenes Microscópicas: Espermiograma Digital y Patología por Internet Steffen Härtel Laboratory](https://reader036.vdocuments.net/reader036/viewer/2022062311/5ee30632ad6a402d666d278e/html5/thumbnails/35.jpg)
IPOL publishes image processing algorithms as precise and comprehensive as possible. The publication of each algorithm includes: - detailed description, bibliography, commented examples and a failure case analysis - on line demo site for testing of user data - downloadable program in C or C++ - discussion forum on the algorithm
vvv ... Image Processing Online, iPol @ www.ipol.im
![Page 36: Sistema de Procesamiento de Imágenes Microscópicas ... · Sistema de Procesamiento de Imágenes Microscópicas: Espermiograma Digital y Patología por Internet Steffen Härtel Laboratory](https://reader036.vdocuments.net/reader036/viewer/2022062311/5ee30632ad6a402d666d278e/html5/thumbnails/36.jpg)
-2013- Combined Local Global Optical Flow Jara J, Delpiano J, and S Härtel IPOL-LA, Montevideo, Uruguay, in revision -2012- Performance of optical flow techniques for motion analysis of fluorescent point signals in confocal microscopy Delpiano J, Jara J, Scheer J, Ramírez O, Ruiz-del-Solar J and S Härtel Machine Vision and Applications, Volume 23, Issue 4, pp: 675-89 Nicolas LIMARE: “Reproducible Research in Computational Sciences” Montevideo 04 o 05 de Abril Details will appear very soon on http://www.ipol.im/news/ and https://twitter.com/ipol_journal Thanks for the promotion.
vvv ... Image Processing Online:
iPol @ www.ipol.im
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?
0 2 4 6 8 100
50
100
150
200
250
300
350
400
dis
tan
cia
numero vecino0 2 4 6 8 10
0
50
100
150
200
250
300
350
400
dis
tan
cia
numero vecino
costo ignorancia
factor
2-3 : 1
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Espermiograma a Distancia
Implementación Clínica de Espermiogramas Digitales
Potenciando iSalud en América Latina
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Problema
Escenario Actual
• Infertilidad
… es un problema creciente que afecta el 15% de las parejas. En Chile, ~6000 parejas generan una demanda de ~8.000 espermiogramas por año.
• Espermiograma
… mide parámetros claves de una muestra seminal y determina el tratamiento clínico de la pareja.
• Existe falta de estandarización, precisión y objetividad
… analisis visual induce errores importantes con implicancias (graves) para el tratamiento de la pareja.
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Problema
Esperiograma Convencional
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Problema
Esperiograma Convencional
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CEDAI
Esperiograma por Internet
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… manejo simple
… menor costo
( 10 MM CLP )
… soporte y respaldo
… almacenamiento
en cloud
Solución CED·AI
SAAS Software As A Service, …
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Solución CED·AI
SAAS Software As A Service, …
Vitalidad
3-4 Imágenes
Fragmentación ADN
3-4 Imágenes
Concentración Movilidad Células
Redondas
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Metodología Movilidad
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Metodología Movilidad
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Metodología Movilidad
N
tt
yyxx
VCL
finalt
i ii
iiii
_
0 1
2
1
2
1 )()(
Velocidad curvilínea
0_
2
0_
2
0_ )()(
tt
yyxxVSL
finalt
finaltfinalt
Velocidad lineal
N
tt
YsYsXsXs
VAP
finalt
i ii
iiii
_
0 1
2
1
2
1 )()(
Velocidad promedio
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Objetivo 10x ph1, 650,138 x 483,436µm
Metodología Movilidad y Concentración.
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Metodología Movilidad y Concentración.
Identificación de cabezas por tamaño.
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Metodología Movilidad y Concentración.
Identificación de colas de espermatozoides
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Metodología Movilidad y Concentración.
Identificación de cabezas de espermatozoides con colas.
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Comparación CASA versus ED·AI
CED·AI
total=68 total=57
Espermatozoides no encontrados: 4
Cabezas sin cola: 11
2
2
CASA
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Debido al conteo de un mayor número de objetos en el análisis digital los valores son más cercanos al valor real.
SE = 10.5 % (Expertos) contra SE = 8 % (ED·AI)
Verificación / Calibración
Concentración: Cuantificación de espermatozoides sólo con colas.
0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20
0
50
100
150
200
250
300
350
400
Concentr
acio
n [10E
6]/m
l]
Muestra
Ob 1
Ob 2
Ob 3
EDAI 1
EDAI 2
EDAI 3
1 3 5 7 9 11 13 15 17 19
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Verificación / Calibración
Movilidad
Movilidad Tipo A
0,00
10,00
20,00
30,00
40,00
50,00
60,00
70,00
80,00
90,00
100,00
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21
numero de muestra
mo
vil
ida
d [
%]
Observador 1
Observador 2
Observador 3
ED-AI 1
ED-AI 2
ED-AI 3
No existen diferencias significativas entre expertos y el método digital.
Movilidad Tipo A
Movilid
ad (
%)
Número de la muestra
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Verificación / Calibración
Movilidad
Método digital produce resultados sin diferencias estadisticas a los resultados de los tres expertos. Ventajas: mayor N <-> menor SE [%] ~ √N
0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100 EDAI 1
EDAI 2
EDAI 3
Pro
gre
siv
os (
PR
) [%
]
Muestra
Ob1
Ob2
Ob3
1 3 5 7 9 11 13 15 17 19
0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
Inm
ovil
[%]
Muestra
1 3 5 7 9 11 13 15 17 19
Ob1
Ob2
Ob3
EDAI 1
EDAI 2
EDAI 3
0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
No P
rogre
siv
os [%
]
Muestra
1 3 5 7 9 11 13 15 17 19
Ob1
Ob2
Ob3
EDAI 1
EDAI 2
EDAI 3
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ED·AI
Colisión con detritus celular: - Error de velocidad
Intersección de trayectorias: - Error de Fusión y Fisión
Comparación CASA versus ED·AI
CASA
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Muestras
Digital | ED·AI
Espermiogramas Asistidos por Internet (CED·AI, U-Chile)
Manual | Expertos
Luis Sarabia (U-Chile) Marcia Madariaga (IDIMI) Adolfo Acosta (Clínica Las Condes)
Movilidad (OMS 2010) Grupos: Progresivo
No progresivo Inmóvil
Concentración millones/ml Recuento de
células redondas millones/ml
Vitalidad % en base de >400 espermios
Fragmentación ADN % en base de >400 espermios
Validación ED·AI …
con expertos nacionales
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Vitalidad …
- … integridad de la mitocondria espermática
- … integridad del ADN espermático
- … integridad de membrana espermática
- SYBR-14 / IP LIVE / DEAD Sperm Viability Kit
- Eosina Y / Nigrosina
(al frotis) (OMS)
- Eosina Y (al fresco)
- Eosina Y (al frotis)
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Vitalidad… Eosina Y (al fresco)
campo claro (OMS)
objetos tamaños
colas
objetos de un tamaño definido con cola
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“Rojicidad”:
R/G o R/B
Vitalidad… rojicidad
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R/G:
1.00 0.87 1.03 0.88 0.96 0.95 0.96 0.89 0.89
Vitalidad… rojicidad
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Eosina Y (al fresco) Eosina Y (al frotis)
Vitalidad… plano focal
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familia de espermios refringentes (muertos)
familia de espermios no refringentes (vivos)
Vitalidad… Eosina Y (al frotis)
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Vitalidad… Eosina Y (al frotis)
familia de espermios refringentes (muertos)
familia de espermios no refringentes (vivos)
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Vitalidad… fresco vs frotis vs CEDAI
60 65 70 75 80 85 90 95
60
65
70
75
80
85
90
95 Linear Fit of Data7_MANUAL
Upper 95% Confidence Limit
Lower 95% Confidence Limit
espe
rmio
s vi
vos
expe
rto
frot
is (
%)
espermios vivos experto fresco (%)
60 65 70 75 80 85 90 95
60
65
70
75
80
85
90
95
Linear Fit of Data2_MANUAL
Upper 95% Confidence Limit
Lower 95% Confidence Limit
esp
erm
ios
vivo
s e
xpe
rto
fro
tis (
%)
espermios vivos CED·AI (%)
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- … determiado por:
- TUNEL (terminal deoxinucleotide
transferase dUTP nick end
labeling) FITC/IP via fluorescencia
- SCSA (sperm chromatine structure
assay) via fluorescencia
- COMET (single cell gel electrophoresis)
via fluorescencia
- SCD (sperm chromatine dispersion)
-> Halosperm®
-> en casa
Fernandez et al 2003 J Andrology
Fragmentación del ADN …
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Fabrizzio Horta: “Validación de la metodología de dispersión de la
cromatina para cuantificar daño en el DNA espermático en pacientes
que consultan por infertilidad.” Tutora: Dra. Rosita Smith.
Horta F, Madariaga M, Garcia A, Härtel S & Smith R 2011
Association of age with sperm DNA fragmentation
Aumento del daño en el DNA espermatico en varones mayores de 40
años. Revista Médica de Chile, 139: 306-312
www.scian.cl -> publications
• El ensayo SCD permite medir la fragmentación del ADN
espermático de manera sencilla, costo efectiva, rápida y
con instrumentos de laboratorio de fácil acceso.
Fragmentación del ADN …
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Fragmentación del ADN …
m1 m2 m3 m4 m5 m6 m8
0
20
40
60
80
100
AD
N in
tact
o /
con
HA
LO (
%)
CED·AI 20x
Experts
m1 m3 m8
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
AD
N in
tact
o /
con
HA
LO (
%)
CED·AI 10x
Expert
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Calibración Morfología
Expertos Internacionales vía www…
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CED·AI
SCA Barcelona, Esp
SAS Hamilton, USA
SVP Minitüb, Ger
CASA medeaLAB, Ger
Costo Instalación
$ $$$
$$$ $$$ $$$
Concentración / Motilidad
+ + + + +
Vitalidad + (+) fluorescencia
(+) fluorescencia
- (+) fluorescencia
Fragmentación ADN
+ (+) Halo-Kit
(+) fluorescencia
- (+) fluorescencia
Acceso Online + servicio de analisis
(+) analisis remoto sin servicio
- - -
Reporte Automatico
+ - - -
-
Cloud-Storage + - - - -
Resumen
CED·AI vs CASAs
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Equipo Expertos
CED·AI está en fase piloto con Instituciones que abarcan ~30 % del volumen nacional
… Unidad de Medicina Reproductiva
J. Crosby
… Instituto de Investigaciones Materno-Infantil
R. Smith
… Laboratorio de Espermiograma
L. Sarabia
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EQUIPO
Medicina – Telecomunicación – Imágenes
Rodrigo Rojas • Ing. Civil Informàtico
• Fundador de Xperts Ltda.
Dr. Steffen Härtel • Director del Laboratorio de Procesamiento de Imágenes Científicas
• Investigador Principal Fondecyt/Fondef/Instituto Milenio
Alejandra García
• Tecnóloga Médica
• Coordinadora de CED·AI
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EQUIPO
Medicina – Telecomunicación – Imágenes
Victor Castañeda Zeman Ingeniero Civil Eléctrico, Universidad de Chile / PhD. Ciencias de la Computación, TU München, Alemania. - Morfología
Carolina Figueroa Amenábar Licenciado en Biología, Universidad de Chile. - Fragmentación ADN espermático
Susana Vargas López Tecnólogo Médico, Magister en Biofísica Médica, U-Chile. - Motilidad y Vitalidad
Martín Pinuer Administrador Contable CEDAI SpA
Violeta Chang Camacho Ingeniero Civil Informático, Universidad Nacional de Trujillo, Perú. - Morfología Fabrizzio Horta
Tecnologo Medico, U-Chile UMReproductiva Clínica Las Condes
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vvv www.scian.cl
Premios Iberoamericanos a la Innovación y
el Emprendimiento, 15 de noviembre 2012
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vvv www.scian.cl
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vvv www.scian.cl
Homo faber, locución latina que
significa "el hombre que hace".
Contraposición a homo sapiens, la
denominación biológica de la especie
humana, que significa "el hombre
que sabe".
Contraposición a homo ludens, “el
hombre que juega”.
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Modelo Negocio
… Internacional y nuevos mercados
Nuevos Nichos:
- Equino
- Porcino
- Bovino …
… Licenciamiento
Chile Arg/Uru Peru Col Mexico Brazil EEUU0
5
10
15
20
25
Facto
r de P
obla
ció
n
- Muchas Gracias !
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Proyecto D11I1096
I+D precompetitivo
CENTRO DE PATOLOGÍA DIGITAL
ASISTIDA POR INTERNET
XIX Concurso de Proyectos FONDEF de I+D 2011
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(a) (b)
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• La biopsia es el examen de una muestra de tejido que entrega un diagnóstico clave para muchas enfermedades graves o frecuentes.
Ejemplos importantes son linfomas y leucemias, patologías orales o el carcinoma mamario.
• Aunque el desarrollo de nuevos procedimientos, tratamientos y técnicas ha generado grandes avances en los exámenes de biopsias, en Chile y Latinoamérica existen importantes limitaciones debido a:
- falta de recursos para efectuar estudios complementarios.
microscopios, reactivos para fluorescencia, geografía compleja
- falta de herramientas para realizar análisis cuantitativo.
programas analíticos, digitalización de muestras
- falta de acceso a tecnología para realizar interconsultas.
servicios que conecten datos para interconsulta por Internet
problema
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problema
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estado del arte
• En EEUU y Europa, existen empresas e iniciativas en la interfase I&D que ofrecen equipos y sistemas para la digitalización de biopsias y su posterior distribución por Internet:
Los servicios incluyen escaneo en campo claro y fluorescencia, almacenamiento, herramientas de cuantificación, generación de repositorios, elementos educativos, posibilidad de interconsulta.
• En Chile y Latinoamérica el examen de biopsias se realiza en forma visual (semicuantitativo) con variabilidades intra- e inter-observador, sin acceso a herramientas de cuantificación o posibilidad de interconsulta. El envío de material histológico para una interconsulta o una segunda opinión es lenta, costoso sin alternativas digitales atractivas.
• El desarrollo de herramientas de cuantificación morfo-topológica de biopsias presenta un campo muy dinámico en el ámbito del procesamiento de imágenes.
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oportunidad
La oportunidad consiste en la creación de un Centro de Patología Digital Asistida por Internet (CPD), apuntando a la generación de un nuevo servicio tele médico | tele analítico que garantice el más alto nivel de interconsulta y análisis cuantitativo para el diagnóstico de patologías en los centros solicitantes, independiente de su localización geográfica. La constitución del CPD depende de la investigación, desarrollo y aplicación de rutinas matemáticas en el campo de análisis de imágenes a gran escala, que cuantifican por primera vez fenómenos morfo-topológicos con el propósito de precisar diagnósticos con implicancias pronosticas y terapéuticas en la región. El CPD fomenta la investigación, desarrollo y aplicación de rutinas de tele-comunicación y tele-interconsulta por internet en el campo del manejo, anotación y distribución de imágenes microscópicas, ofreciendo el primer servicio de vanguardia a hospitales, clínicas y centros privados que componen el creciente mercado de patología a distancia dentro de Latinoamérica.
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CPD Patología Asistida por Internet
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metodología I&D
I&D evolutivo para plataforma de tele-interconsulta. Desarrollo de Plataforma Software
Cuantificación linfocitos en regiones focales en patología oral. Desarrollo y validación clínica de algoritmos imagenológicos con técnicas HE.
Cuantificación receptor de estrógeno en tejido mamario humano. Desarrollo y validación clínica de algoritmos imagenológicos con técnicas IHQ.
Cuantificación expresión de Cerb2 (IHQ) en tejido mamario. Desarrollo y validación clínica de algoritmos imagenológicos con técnicas IHQ.
Cuantificación gránulos en tejido renal. Desarrollo y validación clínica de algoritmos imagenológicos con técnicas IF.
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Los principales usuarios son patólogos de Centros Médicos (públicos y privados).
Los beneficiarios son pacientes que requieren diagnósticos certeros a través de biopsias.
Biopsias en Chile son exámenes de alta demanda, anualmente …
… el SAP-HCUCH registra 19.669 biopsias con Hematoxilina-Eosina (HE), 1.011 casos requieren al menos un estudio inmunohistoquímico (IHQ).
… el Hospital Barros Luco-Trudeau efectúa alrededor de 20.000 biopsias con HE, 4.000 requieren IHQ.
… la Clínica Las Condes efectúa alrededor de 12.000 biopsias con HE, 3.500 requieren IHQ.
Por otro lado, existe un campo adicional en Facultades de Salud y Biología de diversas Universidades y Colegios que requieren material digital de calidad para clases de anatomía, histología y especialidad médica. Los beneficiarios son académicos, estudiantes, profesores y alumnos.
usuarios y beneficiarios
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rol de empresas
y entidades asociadas
Empresa Consultora en e-Salud. Interés en implementar y desarrollar su plataforma de software en los servidores de CPD para teleinterconsulta y segunda opinión en histopatología.
Servicio Anatomía Patológica, Hospital Clínico, U-Chile. Interés en ejecutar la fase piloto de CPD y participar en la integración de los algoritmos y servicios de vanguardia en la práctica clínica .
Servicio Anatomía Patológica Oral, Facultad Odontología, U-Chile. Recibe biopsias orales de todo Chile. Interés en contribuir y beneficiarse de los algoritmos y servicios de vanguardia generados.
Empresa Telecomunicaciones y Software. Interés en diseñar e implementar la plataforma de gestión, almacenamiento y consulta en el campo de la microscopía virtual.
Reúne expertise e infraestructura en microscopía y procesamiento de imágenes únicos en Chile. Interés en desarrollar temas de ciencia e I&D en CPD.
TIGA-Center, BIOQUANT, U-Heidelberg. Líder mundial en imagenología de tejidos. Desarrolla plataforma bioinformática dedicada al estudio cuantitativo y modelamiento de tejidos con relevancia clínica. Interés en colaborar y potenciarse en el desarrollo de algoritmos versátiles.
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equipo
Dr. Steffen Härtel, Director, Jefe de SCIAN-Lab, científico con Fondecyt, Aniillo, Núcleo y Instituto Milenio, DAAD, DFG, Director Académico del Programa de Informática Médica en conjunto con la U-Heidelberg, Director de FONDEF D07I1019 y socio de spinoff CEDAI SpA.
Dra. Eugenia Díaz, Subdirectora, Académico de Histología de la F-Med U-Chile. Línea de investigación en aspectos histológicos, citoarquitectónicos e inmunohistoquímicos de la habénula humana. Directora científica cursos de extensión para el Magisterio.
Paula Segura: Médico Cirujano, Anátomo Patólogo del HCUCH, con entrenamiento especializado en patología renal. Ha participado en proyectos de investigación clínica y clínica básica.
Gonzalo Rojas: Cirujano-Dentista, Magister Patología Oral y Diplomado Medicina Oral. Jefe Servicio Anatomía Patológica Oral. Investigador asistente en Fondecyt.
Alejandra García: Tecnólogo Médico. Experiencia en técnicas de microscopía óptica, fluorescencia y procesamiento de imágenes. Gestión de actividades I&D de proyecto FONDEF D07I1019.
Jan Scheer: Ingeniero Biomédico. Tesis en sistemas de salud en el Tissue Imaging and Analysis (TIGA) Center bajo la tutela de Dr. Niels Grabe.
Roberto Pino, NOVOS, Incubadora de Negocios, U-Chile. Experiencia en desarrollo de negocios de base tecnológica y en diseño de modelos de negocios que faciliten la explotación comercial de los resultados de investigación y desarrollo.
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morfology
topology
muchas gracias
lots of
work ahead