skrócony życiorys zawodowy małgorzata kotulska · mnisw: 25 if 2015 = 1,438 4. kulbacka j*,...

Skrócony życiorys zawodowy

Imię, nazwisko Małgorzata KOTULSKA (z domu Pidek)

Tytuł/stopień naukowy Dr hab. inż.

Stanowisko Profesor nadzwyczajny Politechniki Wrocławskiej

Podstawowe miejsce pracy Politechnika Wrocławska, Wydział Podstawowych Problemów

Techniki, Katedra Inżynierii Biomedycznej

Rok zatrudnienia na Politechnice

Wrocławskiej

Na Wydziale Podstawowych

Problemów Techniki

1989

1996

e-mail

telefon służbowy

malgorzata.kotulska at pwr.edu.pl

71 320 39 74

Wykształcenie i stopnie naukowe:

1989

1999

2008

magistra inżyniera, Politechnika Wrocławska, Wydział Podstawowych Problemów

Techniki, kierunek Inżynieria Biomedyczna, promotor: prof. dr hab. inż. Marek Kurzyński,

doktora (wyróżnienie), Politechnika Wrocławska, Instytut Fizyki, w dziedzinie Nauki

Fizyczne, dyscyplina Fizyka, promotor: prof. dr hab. Karina Weron

doktora habilitowanego, Polska Akademia Nauk, Instytut Biocybernetyki i Inżynierii

Biomedycznej (IBiB), Warszawa, dziedzina Nauki Techniczne, dyscyplina Biocybernetyka i

Inżynieria Biomedyczna

Przebieg kariery zawodowej (chronologicznie, od najwcześniejszej daty)

1989-1996 asystent w Instytucie Metrologii Elektrycznej, Wydział Elektroniki, Politechnika

Wrocławska,

1991-92, 1993-96 urlopy macierzyńskie i wychowawcze

1996-2000 asystent w Zakładzie Aparatury Elektromedycznej i Pomiarowej, Wydział Podstawowych

Problemów Techniki, Politechnika Wrocławska

2001 staż na Wydziale Fizyki, Politechnika Poznańska (6 miesięcy)

2001-2002 staż podoktorski (research associate), University of Texas at Dallas, USA (6 miesięcy)

2000- 2008 adiunkt w Zakładzie Aparatury Elektromedycznej i Pomiarowej (a następnie Zakładzie

Inżynierii Biomedycznej i Pomiarowej), Wydział Podstawowych Problemów Techniki, Politechnika

Wrocławska

2008-2011 adiunkt ze stopniem dr hab. w Instytucie Inżynierii Biomedycznej i Pomiarowej, Wydział

Podstawowych Problemów Techniki, Politechnika Wrocławska

2009-2010 stypendium Fulbrighta, Yale University, USA (7 miesięcy)

Od 2011 profesor nadzwyczajny w Katedrze Inżynierii Biomedycznej (poprzednio: Instytucie

Inżynierii Biomedycznej i Pomiarowej), Wydział Podstawowych Problemów Techniki, Politechnika

Wrocławska.

mailto:[email protected]

I. INFORMACJE O OSIĄGNIĘCIACH I DOROBKU

1. Informacja o osiągnięciach i dorobku naukowym

SUMARYCZNIE:

• 80 publikacji, w tym 42 z Listy Filadelfijskiej (wraz z przyjętymi do druku w Bioinformatics)

• Sumaryczna punktacja MNiSW: 1241 (wyznaczona wg. punktacji zbliżonej do roku publikacji, spośród

dostępnych list MNiSW 2010, 2012, 2013-16)

• Sumaryczny współczynnik oddziaływania IF (impact factor) wg. punktacji w roku publikacji: 101,294.

• Indeks Hirscha według bazy Web of Science: 9,

• Całkowita liczba cytowań według bazy Web of Science: 310, w tym bez autocytowań: 199 (Web of Science

Core collection: 285 i 188), dane z dn. 6.02.17

W tym:

Po uzyskaniu stopnia doktora habilitowanego:

• 52 publikacji, w tym 30 w czasopismach z Listy Filadelfijskiej, 2 w innych czasopismach, 5 rozdziałów w

książkach, 7 artykułów konferencyjnych w wydawnictwach międzynarodowych oraz 8 w materiałach

konferencji krajowych.

• Sumaryczna punktacja MNiSW uzyskana po habilitacji: 933.

• Sumaryczny współczynnik oddziaływania IF: 78,372.

Przed uzyskaniem stopnia doktora habilitowanego:

• 28 publikacji, w tym 1 monografia, 13 w czasopismach z Listy Filadelfijskiej, 2 w innych czasopismach

krajowym, 7 artykułów konferencyjnych w wydawnictwach międzynarodowych oraz 4 w materiałach

konferencji krajowych.

• Sumaryczna punktacja MNiSW uzyskana przed habilitacją: 308.

• Sumaryczny współczynnik oddziaływania IF: 22,922.

1.1. Wykaz autorskich publikacji naukowych w czasopismach krajowych i międzynarodowych


Nie dotyczy


1. Kotulska M: Natural fluctuations of an electropore show fractional Levy stable motion, Biophysical

Journal 2007, vol. 92, nr 7, s. 2412-2421

MNiSW 2010: 32 IF 2007 = 04,627

2. Kotulska M: Elektrochemotherapy in cancer treatment, Advances in Clinical and Experimental Medicine

2007, vol. 16, nr 5, s. 601-607,

MNiSW 2010: 09

3. Kotulska M: 1/f alfa noise in nanopores and its potential application in biosensors, Elektronika (Warszawa)

2004, R. 45, nr 8/9, s. 130-132

4. Kotulska M: Komputerowa analiza matematycznego modelu dielektrycznej dyspersji w tkance. Acta Bio-

Optica et Informatica Medica 1998, vol. 4, nr 2, s. 57-62.

MNiSW 2010: brak, (MNiSW 2013-16: 9)

1.2. Wykaz autorskich monografii


Nie dotyczy


1. Kotulska M: Elektro-nanopores in the lipid membrane and their application in medicine. Warszawa : IBIB

PAN, 2007, Prace Instytutu Biocybernetyki i Inżynierii Biomedycznej PAN, ISSN 0239-7455; nr 68.

1.3. Wykaz współautorskich publikacji naukowych i udział w opracowaniach zbiorowych

Punktacja MNiSW podana wg. aktualnego wskaźnika za lata 2013-16 (z dn. 27.01.2017) lub wcześniejsza dla

starszych publikacji (oznaczona odpowiednio MNiSW 2010 lub MNiSW 2012).

* oznaczony autor korespondujący,


W czasopismach z Listy Filadelfijskiej

1. Woźniak P, Vriend G, Kotulska M *, Correlated mutations select misfolded from properly folded proteins,

Bioinformatics 2017, przyjęte do druku.

MNiSW: 45 IF 2015 = 5,766

2. Kulbacka J*, Pucek A, Wilk KA, Dubińska-Magiera M, Rossowska J, Kulbacki M, Kotulska M: The

Effect of Millisecond Pulsed Electric Fields (msPEF) on Intracellular Drug Transport with Negatively

Charged Large Nanocarriers Made of Solid Lipid Nanoparticles (SLN): In Vitro Study. Journal of

Membrane Biology 2016, 249(5): 645-661.

MNiSW: 20 IF 2015 = 1,991

3. Kurczynska M, Kania E, Konopka BM, Kotulska M*: Applying PyRosetta molecular energies to separate

properly oriented protein models from mirror models, obtained from contact maps. Journal of Molecular

Modeling 2016, 22(5):111.

MNiSW: 25 IF 2015 = 1,438

4. Kulbacka J*, Pucek A, Kotulska M, Dubinska-Magiera M, Rossowska J, Rols M.P, Wilk K.

Electroporation and lipid nanoparticles with cyanine IR-780 and flavonoids as efficient vectors to enhanced

drug delivery in colon cancer. Bioelectrochemistry 2016, 110:19-31.

MNiSW: 35 IF 2015 = 3,556

5. Dyrka W, Kurczyńska M, Konopka B, M, Kotulska M*: Fast assessment of structural models of ion

channels based on their predicted current-voltage characteristics. Proteins-Structure Function and

Bioinformatics 2016, 84(2):217-31.

MNiSW: 30 IF 2015 = 2,499

6. Woźniak P.P, Kotulska M*: AmyLoad: website dedicated to amyloidogenic protein fragments.

Bioinformatics 2015, 31(20):3395-3397.

MNiSW: 45 IF 2015 = 5,766

7. Żulpo M, Kotulska M*: Comparative modeling of hypothetical amyloid pores based on cylindrin. Journal

of Molecular Modeling 2015, 21(151), s. 1-12.

MNiSW: 25 IF 2015 = 1,438

8. Kulbacka J*, Daczewska M, Dubinska-Magiera M, Choromańska A, Rembiałkowska N, Surowiak P,

Kulbacki M, Kotulska M, Saczko J: Doxorubicin delivery enhanced by electroporation to gastrointestinal

adenocarcinoma cells with P-gp overexpression. Bioelectrochemistry 2014, 100:96-104.

MNiSW: 35 IF 2014 = 4,172

9. Kurczyńska M, Kotulska M*: Ion Move Brownian Dynamics (IMBD) - simulations of ion transport /

Monika Kurczyńska, Małgorzata Kotulska. Acta of Bioengineering and Biomechanics 2014, 16(4):105-

114.

MNiSW: 15 IF 2014 = 0,894

10. Konopka B.M, Gołda T, Kotulska M*: Evaluating the significance of protein functional similarity based on

gene ontology. Journal of Computational Biology 2014, 21(11): 809-822.

MNiSW: 25 IF 2014 = 1,737

11. Woźniak P.P, Kotulska M*: Characteristics of protein residue-residue contacts and their application in

contact prediction. Journal of Molecular Modeling 2014, 20(11):1-17.

MNiSW: 25 IF 2014 = 1,736

12. Saczko J, Kamińska I, Kotulska M, Bar J, Choromańska A, Rembiałkowska N, Bieżuńska-Kusiak K,

Rossowska J, Nowakowska D, Kulbacka J*: Combination of therapy with 5-fluorouracil and cisplatin with

electroporation in human ovarian carcinoma model in vitro. Biomedicine & Pharmacotherapy 2014,

68(5):573-580.

MNiSW: 25 IF 2014 = 2,023

13. Konopka B.M, Ciombor M, Kurczyńska M, Kotulska M*: Automated procedure for contact-map-based

protein structure reconstruction. Journal of Membrane Biology 2014, 247(5):409-420.

MNiSW: 20 IF 2014 = 2,457

14. Gąsior P, Kotulska M*: FISH Amyloid - a new method for finding amyloidogenic segments in proteins

based on site specific co-occurence of aminoacids. BMC Bioinformatics 2014, 15(art. 54):1-8.

MNiSW: 35 IF 2014 = 2,576

15. Dyrka W*, Nebel J-C, Kotulska M*: Probabilistic grammatical model for helix-helix contact site

classification. Algorithms for Molecular Biology 2013, 8(art. 31):1-26.

MNiSW: 25 IF 2013 = 1,857

16. Kotulska M*, Unold O*: On the amyloid datasets used for training PAFIG - how (not) to extend the

experimental dataset of hexapeptides. BMC Bioinformatics 2013, 14(art. 351):1-8.

MNiSW: 35 IF 2013 = 2,672

17. Dyrka W, Bartuzel M, Kotulska M*: Optimization of 3D Poisson-Nernst-Planck model for fast evaluation

of diverse protein channels. Proteins, Structure, Function and Bioinformatics 2013, 81(10):1802-1822.

MNiSW: 30 IF 2013 = 2,921

18. Weżgowiec J, Kotulska M, Saczko J, Deryło M.B, Teissie J, Rols M-P, Orio J, Garbiec A, Kulbacka J*:

Cyanines in photodynamic reaction assisted by reversible electroporation - in vitro study on human breast

carcinoma cells. Photodiagnosis and Photodynamic Therapy 2013, 10(4): 490-502.

MNiSW : 25 IF 2013 = 2,524

19. Kulbacka J*, Kotulska M, Rembiałkowska N, Choromańska A, Kamińska I, Garbiec A, Rossowska J,

Daczewska M, Jachimska B, Saczko J: Cellular stress induced by photodynamic reaction with CoTPPS and

MnTMPyPCl5 in combination with electroporation in human colon adenocarcinoma cell lines (LoVo and

LoVoDX). Cell Stress & Chaperones 2013, 18(6):719-731.

MNiSW: 25 IF 2013 = 2,537

20. Weżgowiec J, Deryło M.B, Teissie J, Orio J, Rols M-P, Kulbacka J, Saczko J, Kotulska M*: Electric field-

assisted delivery of photofrin to human breast carcinoma cells. Journal of Membrane Biology 2013,

246(10):725-735,

MNiSW: 20 IF 2013 = 2,174

21. Kotulska M*, Kulbacka J, Saczko J: Advances in photodynamic therapy assisted by electroporation.

Current Drug Metabolism 2013, 14(3):309-318.

MNiSW: 40 IF 2013 = 3,487

22. Stanislawski J, Kotulska M*, Unold O*: Machine learning methods can replace 3D profile method in

classification of amyloidogenic hexapeptides. BMC Bioinformatics 2013, 14(art. 21):1-19.

MNiSW: 35 IF 2013 = 2,672

23. Kramar P, Delemotte L, Maček-Lebar A, Kotulska M, Tarek M, Miklavčič D*: Molecular-level

characterization of lipid membrane electroporation using linearly rising current. Journal of Membrane

Biology 2012, 245(10): 651-659.

MNiSW 2012: 20, (MNiSW 2013-16: 20), IF 2012 = 2,478

24. Konopka B, Nebel J-C, Kotulska M*: Quality assessment of protein model-structures based on structural

and functional similarities . BMC Bioinformatics 2012, 13:1-18.

MNiSW 2012: 35, (MNiSW 2013-16: 35), IF 2012 = 3,024

25. Kamińska I, Kotulska M, Stecka A, Saczko J, Drąg-Zalesińska M, Wysocka T, Choromańska A, Skołucka

N, Nowicki R, Marczak J, Kulbacka J*: Electroporation-induced changes in normal immature rat

myoblasts (H9C2). General Physiology and Biophysics 2012, 31(1):19-25.

MNiSW 2012: 15, (MNiSW 2013-16: 15), IF 2012 = 0,852

26. Kulbacka J, Nowak M, Skołucka N, Saczko J, Kotulska M*: The influence of electroporation on in vitro

photodynamic therapy of human breast carcinoma cells. Folia Biologica 2011, 57(3):112-118.

MNiSW 2010: 20, (MNiSW 2013-16: 20), IF 2011 = 1,151

27. Kulbacka J*, Poła A, Mosiądz D, Choromańska A, Nowak P, Kotulska M, Majkowski M, Hryniewicz-

Jankowska A, Purzyc L, Saczko J: Cyanines as efficient photosensitizers in photodynamic reaction:

photophysical properties and in vitro photodynamic activity. Biochemistry-Moscow 2011, 76(4):473-476.

MNiSW 2010: 15, (MNiSW 2013-16: 15), IF 2011 = 1,058

28. Kotulska M*, Weżgowiec J, Deryło M.B, Sadowski P: Metastable pores at the onset of constant-current

electroporation. Journal of Membrane Biology 2010, 236(1): 37-41.

MNiSW 2010: 27, (MNiSW 2013-16: 20) , IF 2010 = 1,63

29. Saczko J, Nowak M, Skołucka N, Kulbacka J, Kotulska M*: The effects of the electro-photodynamic in

vitro treatment on human lung adenocarcinoma cells. Bioelectrochemistry 2010, 79(1):90-94.

MNiSW 2010: 32, (MNiSW 2013-16: 35), IF 2010 = 3,52

Inne czasopisma:

1. Skołucka N, Daczewska M, Saczko J, Chwiłkowska A, Choromańska A, Kotulska M, Kamińska I,

Kulbacka J*: ETM study of electroporation influence on cell morphology in human malignant melanoma

and human primary gingival fibroblast cells. Asian Pacific Journal of Tropical Biomedicine 2011, 1(2): 94-

98.

MNiSW 2010: brak, (MNiSW 2013-16: 9)

2. Skołucka N, Saczko J, Kotulska M, Kulbacka J, Choromańska A: Elektroporacja i jej zastosowania, Polski

Merkuriusz Lekarski 2010, 28(168):501-504.

MNiSW 2010: 6, (MNiSW 2013-16: 7)

Rozdziały w książkach:

1. Weżgowiec J, Kulbacka J, Kotulska M, Electroporation in modern oncology.W: Electrically Active

Materials for Medical Devices, London Imperial College Press 2016, s. 477-494; ISBN: 978-1-78326-987-

7.

2. Woźniak P.P, Kotulska M: Characteristics of contact sites with regard to protein topology, [W:] Postępy

inżynierii biomedycznej / red. L. Leniowska, Z. Nawrat. Rzeszów : Uniwersytet Rzeszowski 2013, s. 81-

90; ISBN 978-93-63151-02-7.

3. Kramar P, Miklavčič D, Kotulska M, Maček-Lebar A: Voltage- and current-clamp methods for

determination of planar lipid bilayer properties. W: Advances in planar lipid bilayers and liposomes. Vol.

11/ ed. A. Iglič. Amsterdam [i in.] : Academic Press, 2010, s. 29-69; ISBN 978-0-12-381013-7.

4. Kotulska M, Dyrka W, Sadowski P: Fluorescent methods in evaluation of nanopore conductivity and their

computational. W: Advanced electroporation techniques in biology and medicine / ed. A.G. Pakhomov, D.

Miklavčič, M.S. Markov. Boca Raton: CRC Press, cop. 2010, s. 123-139 (Biological Effects of

Electromagnetics Series; ISBN 9781439819067).

5. Kotulska M, Kubica K: Random processes in the appearance and dynamics of an electropore in a lipid

membrane. W: Advances in planar lipid bilayer and liposomes. Vol. 7 / ed. A. Leitmanova Liu.

Amsterdam [i in.] : Elsevier/Academic Press, 2008, s. 1-38; ISBN 978-0-12-374308-4

6. Kubica K, Kotulska M: Model mechanizmu elektroporacji błon biologicznych. W: Błony biologiczne:

monografia / red. J. Gabrielska i P. Misiak. Wrocław : Uniwersytet Przyrodniczy, 2008, s. 88-93.

Artykuły konferencyjne (międzynarodowe):

1. Woźniak P.P, Nebel J-C, Kotulska M: Database of peptides susceptible to aggregation as a tool for

studying mechanisms of diseases of civilization, W: Intelligent Information and Database Systems : 8th

Asian Conference, ACIIDS 2016, Da Nang, Vietnam, March 14-16, 2016 : proceedings. Pt. 1 / Ngoc

Thanh Nguyen [i in.] (eds.). Berlin, Heidelberg : Springer, cop. 2016. s. 310-319, (Lecture Notes in

Computer Science. Lecture Notes in Artificial Intelligence 2016, ISSN 0302-9743; vol. 9621).

MNiSW (Web of Science): 15

2. Kulbacka J, Paczuska J, Rembiałkowska N, Saczko J, Kiełbowicz Z, Kinda W, Liszka B, Kotulska M,

Tozon N, Cemazar M: Canine oral melanoma - electrochemotherapy combined with standard and CO2

laser surgeries as a palliative treatment - case report / Julita Kulbacka [i in.]. W: Proceedings of the COST

TD1104 Electroporation-Based Technologies and Treatments : international scientific workshop and

postgraduate course 2015, Ljubljana, Slovenia / ed. P. Kramar, D. Miklavčič, L.M. Mir. Ljubljana :

Založba FE, cop. 2015. s. 146-146.

3. Kulbacka J, Kulbacki M, Segen J, Choromańska A, Saczko J, Dubinska-Magiera M, Kotulska M:

Automated analysis of images from confocal laser scanning microscopy applied to observation of calcium

channel subunits in nerve cell model line subjected electroporation and calcium. W: Intelligent Information

and Database Systems : 7th Asian Conference, ACIIDS 2015, Bali, Indonesia, March 23-25, 2015 :

proceedings. Pt. 2 / Ngoc Thanh Nguyen, B. Trawiński, R. Kosala (eds.). Cham [i in.]: Springer, cop. 2015.

s. 297-306 (Lecture Notes in Computer Science. Lecture Notes in Artificial Intelligence 2015, ISSN 0302-

9743; vol. 9012).


4. Kulbacka J, Saczko J, Choromańska A, Dubinska-Magiera M, Surowiak P, Kotulska M: Transmembrane

transport and anticancer activity of Strontium Ranelate delivered with nanosecond Pulsed Electric Fields

(nsPEFs) into human cells in vitro . W: 6th European Conference of the International Federation for

Medical and Biological Engineering, MBEC 2014, September 2014, Dubrovnik, Croatia / I. Lacković, D.

Vasić Eds. Cham [i in.] : Springer, cop. 2015. s. 581-585, (IFMBE Proceedings 2014, ISSN 1680-0737;

vol. 45).


5. Weżgowiec J, Kotulska M, Saczko J, Kulbacka J, Deryło M.B, Teissie J, Rols M-P, Orio J: Electroporation

as a support for the photosensitizers delivery to human breast carcinoma cells. W: Proceedings of the

COST TD1104 Electroporation based Technologies and Treatments : international scientific workshop and

postgraduate course, November 2012, Ljubljana, Slovenia / ed. P. Kramar, D. Miklavčič, L.M. Mir.

Ljubljana : Založba FE in FRI, cop. 2012. s. 125-125.

6. Dyrka W, Nebel J-C, Kotulska M: Towards 3D modeling of interacting TM helix pairs based on

classification of helix pair sequence / Lecture Notes in Computer Science. Lecture Notes in Bioinformatics

(Pattern recognition in bioinformatics) 2010, 6282: 62-73. 5th IAPR International Conference, PRIB 2010,

Nijmegen, The Netherlands, September 2010.

MNiSW 2010: 13

7. Konopka B, Dyrka W, Nebel J-C, Kotulska M: Accuracy in predicting secondary structure of ionic

channels. W: New challenges in computational collective intelligence / Ngoc Thanh Nguyen, R.

Katarzyniak A. Janiak (eds.). Berlin ; Heidelberg : Springer, cop. 2009. s. 315-326 (Studies in

Computational Intelligence; ISSN 1860-949X, vol. 244). 1st International Conference on Collective

Intelligence - Semantic Web, Social Networks and Multigent Systems (ICCCI 2009), Wroclaw, Poland,

October, 2009.



W czasopismach z Listy Filadelfijskiej:

1. Dyrka W, Augousti A, Kotulska M*: Ion flux through membrane channels - an enhanced algorithm for the

Poisson-Nernst-Planck model, Journal of Computational Chemistry 2008, nr 29, s. 1876-1888,

MNiSW 2010: 32, IF 2008 = 03,390

2. Kalinowski S, Koronkiewicz S, Kotulska M, Kubica K: Simulation of electroporated cell by

chronopotentiometry, Bioelectrochemistry 2007, vol. 70, nr 1, s. 83-90.

MNiSW 2010: 32, IF 2007 = 02,992

3. Kotulska M*, Kubica K, Koronkiewicz S, Kalinowski S: Modeling the induction of lipid membrane

electropermeabilization, Bioelectrochemistry 2007, vol. 70, nr 1, s. 64-70,

MNiSW z 2010: 32, IF 2007 = 02,992

4. Jafri MS, Kotulska M*: Modeling the mechanism of metabolic oscillations in ischemic cardiac myocytes,

Journal of Theoretical Biology 2006, vol. 242, s. 801-817.

MNiSW z 2010: 32, IF 2006 = 02,264

5. Kotulska M*, Kubica K: Structural and energetic model of the mechanisms for reduced self-diffusion in a

lipid bilayer with increasing ionic strength, Physical Review. E, Statistical Nonlinear and Soft Matter

Physics 2005, vol. 72, [nr 6], s. 061903-1 - 061903-6.

MNiSW z 2010: 32, IF 2005 = 02,418

6. Kotulska M*, Kubica K: Modeling the effect of ionic strength on durability of lipid membrane in the gel

phase / Małgorzata Kotulska, Krystian Kubica. Acta Physica Polonica B 2005, vol. 36, nr 5, s. 1641-1651,

MNiSW 2010: 20, IF 2005 = 0,807

7. Kotulska M*, Koronkiewicz S, Kalinowski S: Self-similar processes and flicker noise from fluctuating

nanopores in lipid membrane, Physical Review. E, Statistical Nonlinear and Soft Matter Physics 2004, vol.

69, [nr 3], s. 0319XX-1, - 0319XX-10.

MNiSW 2010: 32, IF 2004 = 02,352

8. Kotulska M*, Koronkiewicz S, Kalinowski S: Cholesterol induced changes in the characteristics of the

time series from planar lipid bilayer membrane during electroporation, Acta Physica Polonica B 2002, vol.

33, nr 4, s. 1115-1129,

MNiSW 2010: 20, IF 2002 = 0,601

9. Jellonek K, Kotulska M*: Measuring and diagnostic systems in biomedical education, Engineering Science

and Education Journal 2002, vol. 11, nr 1, s. 2-6.

10. Kotulska M*, Jurlewicz A: How heterogenous structure of tissue effects its dielectric characteristics, Acta

Physica Polonica B 2000, vol. 31, nr 5, s. 1085-1096

MNiSW 2010: 20, IF 2000 = 0,479

11. Kotulska M: A comparison between deterministic and probabilistic approaches to the phenomenon of

anomalous diffusion in tissue, Cellular & Molecular Biology Letters 1999, vol. 4, nr 1, s. 105-116.

MNiSW 2010: 15, IF 2010 - brak

Artykuły konferencyjne (międzynarodowe):

1. Jellonek K., Kotulska M., A Medical - Measuring Diagnostic System (MMDS) based on Cellular

Telephone Functions, Proc. 11 IMEKO TC-4 TEMI (2001) 221-224,

2. Jellonek K., Kotulska M., Measuring And Diagnostic Systems - Real and Virtual Measures in Biomedical

Education, Proc. IMECO TC-1 Enschede (2001) 23-26,

3. Jellonek K., Kotulska M., New Concepts and Techniques in Education of Biomedical Engineers in

Computer Science, Proc. IMEKO TC-1 & XXXIV MKM (2002) 83-90,

4. Kotulska M., Jafri M. S. Modeling the Mechanism of Metabolic Oscillations in Metabolically Deprived

Cardiac Myocytes, Proc. EMBS/BMES (2002) 801-817,

5. Kania M. Kotulska M., A system for modeling the cooperativity of ryanodine receptors in cardiac

myocytes, Proc. IFMBE 11 (2005) 1727-83,

6. Kotulska, M. Weron, K. Continuous time random walk model of dielectric low frequency dispersion in

tissue, Proc. SPIE, 37DP, Dielectric and Related Phenomena (1998), 56-63

7. Kotulska, M, Weron, K. Probabilistic approach to the dielectric response of biological materials, Proc.

SPIE, 3181, Dielectric and Related Phenomena (1997), 11-18.

1.4. Członkostwo w redakcjach naukowych

Edytor gościnny w "Bioelectrochemistry" (Elsevier), Kotulska M, Kutner W. 2012 Oct;87:1-2. doi:

10.1016/j.bioelechem.2012.06.007 (MNiSW: 35, 5-IF= 3,903)

2. Informacja o aktywności naukowej

2.1. Informacje o wystąpieniach na krajowych i międzynarodowych konferencjach naukowych

Wykłady konferencyjne na zaproszenie:

1. Elektrochemioterapia w Weterynarii i Onkologii, Katedra i Klinika Chirurgii Wydziału Medycyny

Weterynaryjnej Uniwersytetu Przyrodniczego we Wrocławiu, Wrocław 13-14.07.2016, wykład pt."

Elektroporacja –idea metody".

2. COST Charme (2016), Warszawa 21-22.07.2016, wykład pt. „The need for standardization - biological

databases and ontologies”.

3. BioInformatics in Torun (BIT 2016), Uniwersytet Mikołaja Kopernika, Toruń 16-18.07.2016, wykład pt." Healthy and unhealthy contact sites".

4. Konferencja Liczby Komputery Życie, Wydział Matematyki i Informatyki Uniwersytetu Jagiellońskiego,

Kraków 8-10 kwietnia 2016, wykład pt."Jak powstają i działają złogi amyloidowe w chorobach

neurodegeneracyjnych – perspektywa bioinformatyka".

5. VII Konwersatorium Chemii Medycznej oraz VIII Sympozjum PTBI, Lublin 17-19.09.2015, wykład pt." Bioinformatical studies of amyloid proteins and their contribution to diseases of civilization".

6. Modeling and Design of Molecular Materials (MDMM 2016), Kudowa-Zdrój, 29.06-3.07.2014, wykład

pt."Computational modeling of amyloid peptides"

7. Electroporation based Technologies and Treatments, International Scientific Workshop and Postgraduate

Course, University of Ljubljana, Slovenia 15-22.11.2009, warsztaty pt."Electroporation of lipid bilayers

with a current-controlled method"


8. Gordon Research Conference on Bioelectrochemistry, Aussois, Francja, 09.2006, wykład pt. "Natural

fluctuations of a single nano-electropore show fractional Lévy stable motion".

9. Biosensing with channels – summerschool, Bremen, Niemcy, wykład pt."Natural fluctuationsof a single

nano-electropore show fractional Lévy stable motion, 07.2006

10. Workshop on modeling biological processes, Kopenhaga, Dania, 01.2003, wystąpienie "Modeling the

Mechanism of Metabolic Oscillations in Metabolically Deprived Cardiac Myocytes"

Pozostałe wykłady konferencyjne, prezentowane osobiście:

1. 8th Asian Conference on Intelligent Information and Database Systems (ACIIDS 2016), Da Nang,

Wietnam, 14-16.03.2016, prezentacja pt. “Databases of Peptides Susceptible to Aggregation as a Tool for

Studying Mechanisms of Diseases of Civilization”,

2. 1st World Congress on Electroporation and Pulsed Electric Fields in Biology, Medicine and Food &

Environmental Technologies, Portoroz, Słowenia, 6-10.09.2015, prezentacja pt. „The influence of micro-

and nanosecond electroporation with calcium ions on neural cells – in vitro study using model

pheochromocytoma cells”

3. SocBiN-BIT 2013, Toruń, 26-29.06.2013, prezentacja pt. „How proteins forming amyloids can be

recognized computationally”,

4. 12th Topical Meeting of the International Society of Electrochemistry & XXII International Symposium on

Bioelectrochemistry and Bioenergetics of the Bioelectrochemical Society (BES 2012), Bochum, Niemcy,

17-21.03.2013, wystąpienie pt. "Photodynamic Reaction Assisted by Reversible Electroporation as a

Prospective Cancer Treatment - in Vitro Study on Breast Carcinoma Cells",

5. XXI International Symposium on Bioelectrochemistry and Bioenergetics of the Bioelectrochemical Society

(BES 2011), Kraków 8-12.05.2011, wystąpienie pt. “Quality Assessment of a channel model structure by

flow models”

6. BioInformatics in Toruń (BIT 2011), Uniwersytet Mikołaja Kopernika, Toruń 2-4.06.2011, wystąpienie pt.

„Quality Assessment of a Channel Structure Model by Flow Models”.

7. XX International Symposium on Bioelectrochemistry and Bioenergetics of the Bioelectrochemical Society

(BES 2009), Sibiu, Rumunia, 10-14.05.2009, wystąpienie pt. “The Effects of the Electro-Photodynamic

Therapy on Selected Human Carcinoma Cells in Vitro”.


8. 3rd European Medical and Biological Engineering Conference, Praga, Czechy, 11.2005, wystąpienie “A

system for modeling the cooperativity of ryanodine receptors in cardiac myocytes”

9. Mechatronics, Warszawa, 09.2004, prezentacja "1/f a noise in nanopores and its potential application in

biosensors"

10. IMEKO TC-1, Wrocław, 09.2002, wystąpienie "New Concepts and Techniques in Education of

Biomedical Engineers in Computer Science"

11. IBRO course in neuroscience, Wrocław, 07.2002, wystąpienie "Mathematical model of potassium

oscillations in ischemic respiratory neurons of the brain stem"

12. Frontiers in Mathematical and Computational Biology, Dallas, USA, 06.2001, wystąpienie

"Characteristics of Biological Membranes Based on Electropore Fluctuations"

13. International Workshop on Mathematics for Nonlinear Biophysics, Zakopane, 05.1998, wystąpienie "A

comparison between deterministic and probabilistic approaches to the phenomenon of anomalous

diffusion in tissue".

Seminaria na zaproszenie:

1. Wykład „Limiting the search space in modeling unknown protein structures”, Politechnika Poznańska

8.12.2015

2. Zaproszone seminarium „Modeling amyloid proteins”, Uniwersytet Przyrodniczy, 2013, Wrocław.

3. Zaproszony wykład dla doktorantów, „Metody bioinformatycznej w modelowaniu białek

transmembranowych i kanałów jonowych”, Politechnia Śląska, Gliwice, 10.12.2011

4. Zaproszone seminarium, „Nanopory biologiczne i ich zastosowanie w onkologii”, Instytut Onkologii,

Gliwice, 9.12.2011

5. Zaproszone seminarium, „Nanopory biologiczne. Od eksperymentu do modelowania”, Komisja Chemii,

Fizyki i Techniki w Biologii, Polska Akademia Nauk Oddział we Wrocławiu, Wrocław, 17.10.2011

6. Zaproszone seminarium, „Nanopory biologiczne. Od eksperymentu do modelowania”, Wydział Chemii,

Politechnika Wrocławska, Wrocław 20.05.2011

7. Wykład popularnonaukowy w cyklu seminariów: "Kobieta w roli głównej - Kobieta Sukcesu" koła

naukowego Kite, Uniwersytet Wrocławski, 15.12.2010.

8. Wykład „Biological nanopores - from experiment to modeling”, University of Iowa, Iowa City, USA,

9.03.2010.

9. Wykład „Biological nanopores - from experiment to modeling”, Yale University, New Haven, USA,

1.09.2009.


10. Wykład „Electro-nanopores in lipid membranes and their applications in medicine”, IBiB PAN,

Warszawa, 11.01.2007

11. Wykład „Powstawanie i dynamika elektro-nanopora. Zastosowanie elektroporacji w terapii nowotworów”,

Akademia Medyczna, Wrocław, 29.11.2006

12. Wykład „Scientific career in Europe and USA. Differences and similarities”, George Mason University,

USA, 11.02.2004

Prowadzenie sesji konferencyjnych:

1. VIII Symposium of Polish Bioinformatics Society, Białystok, 28-30.09.2016,

2. 2nd Congress BIO, Wrocław 2016

3. BioInformatics in Torun (BIT 2016), Uniwersytet Mikołaja Kopernika, Toruń 16-18.07.2016,

4. VII Konwersatorium Chemii Medycznej oraz VIII Sympozjum PTBI, Lublin 17-19.09.2015

5. 12th Topical Meeting of the International Society of Electrochemistry & XXII International Symposium on

Bioelectrochemistry and Bioenergetics of the Bioelectrochemical Society 17-21.03.2013, Bochum, Niemcy.

6. 10th Workshop on Bioinformatics and 5th Symposium of the Polish Bioinformatics Society (PTBI 2012),

Gdańsk 25-27.05.2012

7. XXI International Symposium on Bioelectrochemistry and Bioenergetics of the Bioelectrochemical Society

(BES 2011), Kraków 8-12.05.2011

tel:25-27.05.2012


8. "Winterschool", Klosters, Szwajcaria, styczeń 2007

Poza wymieniona listą wystąpień konferencyjnych i seminaryjnych udział w wielu konferencjach z prezentacją

posterów.

Członkostwo w komitetach naukowych konferencji naukowych:

1. 9th Asian Conference on Intelligent Information and Database Systems, ACIIDS 2017, Kanazawa, Japonia,

2. I Wrocławskie Spotkania Naukowe, Wrocław 03.03.2017

3. IX Symposium of Polish Bioinformatics Society, Białystok 2016,

4. 2nd Congress BIO, Wrocław 2016,

5. Elektrochemioterapia w Weterynarii i Onkologii, Wrocław 2016,

6. BIO 2016, 2nd Congress, Wrocław 2016,

7. VIII Symposium of Polish Bioinformatics Society, Lublin 2015,

8. VI Symposium of Polish Bioinformatics Society, Wrocław 2013, przewodnicząca komitetu naukowego,

9. VIII Symposium of Polish Bioinformatics Society, Lublin 2015

10. Przewodnicząca komitetu naukowego VI Zjazdu Polskiego Towarzystwa Bioinformatycznego, Wrocław

2013,

11. International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms (BIOINFORMATICS 2017),

Porto, Portugalia,

12. International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms (BIOINFORMATICS 2016),

Rzym, Włochy,

13. International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms (BIOINFORMATICS 2015)

2015, Lizbona, Portugalia,


2014, Angers, Francja,


2012, Vilamoura, Algarve, Portugalia,

16. XXI International Symposium on Bioelectrochemistry and Bioenergetics, Kraków 2011, organizator sesji

Biomedical Application of Electromagnetic Fields,


2011, Rzym, Włochy,

18. 1st International Conference on Computational Collective Intelligence - Semantic Web, Social Networks

ICCCI, Wrocław, 2009,

19. Teoretyczne podstawy i kliniczne zastosowanie elektrochemioterapii, Warsztaty 2009, organizowane we

współpracy z CNRS (Francja) w Szpitalu Specjalistycznym we Wrocławiu.

2.2. Członkostwo w komitetach redakcyjnych i radach naukowych czasopism Nie dotyczy.

2.3. Wykaz zrealizowanych projektów naukowo-badawczych krajowych, europejskich i innych

międzynarodowych

Krajowe projekty naukowo-badawcze:

1. Grant Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego, Projekt Badawczy Własny (realizowany poprzez

Narodowe Centrum Nauki), 2011-2014, kierownik grantu („Zastosowanie metod uczenia maszynowego do

przewidywania miejsc kontaktowych w białkach”, projekt zespołowy międzyuczelniany ze współpracą

zagraniczną, N N519 643540). Raport końcowy z projektu badawczego został przyjęty przez NCN. Wynikiem

projektu było m.in. 11 publikacji z Listy Filadelfijskiej, ogólnodostępny internetowy serwis narzędziowy dla

społeczności bioinformatycznej.

2. Grant promotorski MNiSW 2009-10, kierownik grantu (wykonawca doktorant Witold Dyrka, „Structure

prediction of a protein channel based on probabilistic formal grammars and the continuous ion flow model”, N

N519 401537 ). Raport końcowy z projektu badawczego został przyjęty przez MNiSW. Wynikiem projektu

było m.in. 2 publikacje z Listy Filadelfijskiej, 1 z Listy Ministerialnej, 1 rozdział w książce, oraz obroniony

doktorat.

3. Grant Diamentowy MNiSW, 2012-2016, promotor (kierownik grantu: doktorantka Monika Kurczyńska,

"Ocena jakości modeli strukturalnych białek transbłonowych wykorzystująca dynamikę Browna i modele

energetyczne - korelacja między funkcjonalnością a innymi miarami").

4. Grant Narodowego Centrum Nauki, 2015-2016, promotor (kierownik grantu: doktorantka Joanna Weżgowiec,

"Rola wybranych substancji przeciwnowotworowych transportowanych metodą elektropermeabilizacji do

komórek wrażliwych i opornych lekowo w procesach degradacji białek i błon komórkowych",

2014/15/N/NZ7/02983). Projekt w trakcie realizacji.

5. Grant Narodowego Centrum Nauki, ETIUDA 4, 2016-17, promotor (kierownik grantu: doktorant Paweł

Woźniak, "Metody wspomagania modelowania struktury trzeciorzędowej białek za pomocą predyktorów

miejsc kontaktowych", UMO-2016/20/T/NZ1/00514). Projekt w trakcie realizacji.

Udział w polskich międzyuczelnianych zespołach badawczych (uczelnia, kierownik zespołu):

• Uniwersytet Medyczny we Wrocławiu, Katedra i Zakład Biochemii Lekarskiej, dr hab. J. Saczko

• Uniwersytet Wrocławski, Wydział Biotechnologii, prof. dr hab. P. Mackiewicz

• Politechnika Poznańska, Instytut Informatyki, dr hab. M. Szachniuk

• Uniwersytet Warmińsko-Mazurski, Wydział Kształtowania Środowiska i Rolnictwa, Katedra Chemii, dr

hab. S. Kalinowski

Międzynarodowe projekty naukowo-badawcze:

1. COST CA15110: Harmonising standardisation strategies to increase efficiency and competitiveness of

European life-science research (CHARME) (2016-2020), koordynator strony polskiej (członek komitetu

zarządzającego);

2. COST TD1104: European network for development of electroporation-based technologies and treatments

(EP4Bio2Med) (2011-2015), koordynator strony polskiej (członek komitetu zarządzającego);

3. Stypendium Fulbrighta, Yale University 2009-2010, Projekt "Functioning of mutated ryanodine receptor based

upon predicted channel structure", stypendysta i kierownik projektu;

4. Program bilateralny Polska-Słowenia, Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego, 2008/09, kierownik strony

polskiej;

5. Grant Sieci Naukowej ECONET, nr 21357PB, Francja, 2009, uczestnik


6. Grant COBASE (Collaboration in Basic Science and Engineering) przyznany przez The National Academies of

Science, USA, 2003-2004, kierownik strony polskiej.

2.4. Informacje o kierowaniu zespołami badawczymi realizującymi projekty finansowane w drodze

konkursów krajowych i zagranicznych

• Kierowanie krajowymi projektami naukowo-badawczymi: 5, w tym 1 grant własny NCN oraz 4 granty

doktoranckie w charakterze promotora lub kierownika (wymienione w pkt. 2.3).

• Kierowanie międzynarodowymi projektami naukowo-badawczymi: 1 dwustronną umową międzyrządową

(Polska-Słowenia), 1 projekt finansowany przez Fundację Fulbrighta oraz członkostwo w 2 Komitetach

Sterujących programu COST (wymienione w 2.3).

2.5 Członkostwo w polskich organizacjach i towarzystwach naukowych

• Polskie Towarzystwo Bioinformatyczne, członek zarządu w kadencji 2013-2016.

3. Informacja o współpracy z otoczeniem społecznym i gospodarczym

3.1. Dorobek technologiczny i współpraca sektorem gospodarczym Nie dotyczy

3.2. Prawa własności przemysłowej lub prawa do ochrony wyhodowanych albo odkrytych i

wyprowadzonych odmian roślin, uzyskane w kraju lub za granicą Nie dotyczy

3.3. Wdrożenia technologii, konstrukcji, procesów, rozwiązań oraz procedur Działania w kierunku wprowadzenia elektrochemioterapii do praktyki klinicznej w Polsce. Dopiero od niedawna

terapia ta stała się dostępna, nadal nie jest refundowana przez NFZ.

Organizacja warsztatów i seminariów z udziałem zaproszonych gości zagranicznych. Podczas warsztatów we

współpracy ze Szpitalem Specjalistycznym we Wrocławiu, Katedrą i Zakładem Biochemii Lekarskiej

Akademii Medycznej przeprowadzono pierwszy w Polsce zabieg elektrochemioterapii czerniaka skóry

(współfinansowane przez program Eco-Net,Francja).

Warsztaty elektrochemioterapii dla lekarzy weterynarii, z Katedrą i Kliniką Chirurgii Wydziału Medycyny

Weterynaryjnej Uniwersytetu Przyrodniczego oraz Katedrą i Zakładem Biochemii Lekarskiej Akademii

Medycznej we Wrocławiu

3.4. Ekspertyzy i inne opracowania wykonane na zamówienie instytucji publicznych lub

przedsiębiorców

Nie dotyczy

3.5. Udziały lub akcje objęte lub nabyte w spółkach w celu wdrożenia lub przygotowania do wdrożenia

wyników badań naukowych, prac rozwojowych lub know-how związanych z tymi wynikami

Nie dotyczy

3.6. Udział w zespołach eksperckich i konkursowych

Recenzent grantów, stypendiów i konkursów:

1. Wielka Brytania, recenzent grantu Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBRSC) 2016

2. Członek komisji konkursowej Polskiego Towarzystwa Bioinformatycznego na najlepsze prace magisterskie, od

2016

3. Recenzent w jury konkursu na najlepszą pracę magisterską z dziedziny bioinformatyki, Polskie Towarzystwo

Bioinformatyczne, 2016

4. Granty EU Funduszu Kapitał Ludzki "Młoda Kadra" (kilka recenzji rocznie), 2011-2014,

5. Recenzent 2 wniosków o stypendia Fulbrighta, 2014

6. VICI Beta grant, Netherlands Organization for Scientific Research (NWO), Holandia 2013

7. Recenzent w jury konkursu na najlepszą pracę doktorską z dziedziny bioinformatyki, Polskie Towarzystwo

Bioinformatyczne, 2013

8. Grant Narodowego Centrum Nauki, 2012.

4. Informacja o współpracy międzynarodowej

4.1. Staże zagraniczne

1. USA, Stypendium Fulbrighta, Yale University 2009-2010, Projekt "Functioning of mutated ryanodine receptor

based upon predicted channel structure", 7 miesięcy,

2. Wielka Brytania, Socrates/Erasmus, Kingston University, 2008-16, 3 pobyty po ok. 1 tygodniu,

3. Słowenia, Poland-Slovenia Bilateral Program of Ministers of Science and Education, University of Ljubljana),

Coordinator of Poland, 2008-2009, 1 tydzień.


4. USA, University of Texas at Dallas, research associate, (2001/02), 6 miesięcy,

5. USA, George Mason University w ramach własnego grantu COBASE (2004), 1 miesiąc.

4.2. Udział w ocenie projektów międzynarodowych

1. Wielka Brytania, recenzent grantu Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBRSC), 2016.

2. Polska-USA, recenzent 2 wniosków o stypendia Fundacji Fulbrighta, 2014,

3. Holandia, recenzent VICI Beta grant, Netherlands Organization for Scientific Research (NWO), 2013,

4. Włochy, recenzent pracy doktorskiej Simone Furini, Computational Analyses on the Structure-Function

Relation in Ion-Channels”, promotor prof. Guido Avanzoloni, współpromotor prof. Silvio Cavalcanti,

University of Bologna, Department of Electronics, Computer Science, and Systems, 2008. Doktorat w

dziedzinie Bioengineering (ING-INF/06).

4.3. Recenzowanie prac publikowanych w czasopismach międzynarodowych z zastosowaniem

wskaźnika impact factor

Format: czasopismo (wydawnictwo), (liczba całkowita: rok [: liczba, jeśli >1]), 5-letni wskaźnik IF wg. Web of

Science

Biocybernetics and Biomedical Engineering (Elsevier), (1: 2014), 5-IF=0,508

Bioelectrochemistry (Elsevier) , (4: 2011, 2014, 2015 x 2), 5-IF=3,903

Cell Biochemistry and Biophysics (Springer), (1: 2010), 5-IF=1,789

Computational and Structural Biotechnology Journal (Elsevier), (1: 2016), 5-IF: brak

Electrochimica Acta (Elsevier), (1: 2011), 5-IF=4,721; 5-IF=4,721

IEEE Transactions on Dielectrics and Electrical Insulation (IEEE), (1: 2009), 5-IF=1,648

Information Sciences (Elsevier), (1: 2008), 5-IF=3,683

International Journal of Nanomedicine (Dove Medical Press), (1: 2013), 5-IF=5,034

Journal of Analytical & Bioanalytical Techniques (OMICS Group), (1: 2013), 5-IF: brak

Journal of Membrane Biology (Springer) , (4: 2010, 2013, 2015, 2016), 5-IF=2,174

Journal of Molecular Modeling (Springer), (1: 2014), 5-IF=1,508

Langmuir (American Chemical Society), (1: 2012), 5-IF=4,210

Lecture Notes in Computer Science (Springer), (4:2009), 5-IF: brak

Metallomics (RSC Publishing), (1: 2013), 5-IF=3,563

Nanotechnology, Science and Applications (Dove Medical Press), (1: 2014), 5-IF: brak

Recent Patents on Biotechnology (Bentham Science Publishers), (1: 2011), 5-IF=brak

Vietnam Journal of Computer Science (Springer), (1: 2015), 5-IF=brak


International Journal of Modern Physics C (World Scientific), (1: 2007), 5-IF=1,031

Journal of Membrane Biology (Springer) , (1: 2006), 5-IF=2,174

Sumarycznie: 28 recenzji.

4.4. Członkostwo międzynarodowych organizacjach i towarzystwach naukowych

• Biophysical Society (wybrane lata pomiędzy 2001-2016),

• International Society for Electroporation-Based Technologies and Treatments (od 2015),

• International Society for Computational Biology (wybrane lata pomiędzy 2008-2016),

4.5. Udział w międzynarodowych zespołach eksperckich

COST CA15110: Harmonising standardisation strategies to increase efficiency and competitiveness of

European life-science research (CHARME) (2016-2020), koordynator strony polskiej (członek komitetu

zarządzającego),

COST TD1104: European network for development of electroporation-based technologies and treatments

(EP4Bio2Med) (2011-2015), koordynator strony polskiej (członek komitetu zarządzającego).

4.6. Uczestnictwo w programach europejskich i innych programach międzynarodowych

• Polska-Słowenia, Bilateralna umowa międzyrządowa o współpracy naukowej i naukowo-technicznej z

zagranicą na lata 2008-2009, kierownik i wykonawca,

• USA, Stypendium Fundacji Fulbrighta, Yale University 2009-2010, projekt Functioning of mutated ryanodine

receptor based upon predicted channel structure, kierownik i stypendysta,

• Francja, Program ECONET, nr 21357PB, 2009, uczestnik.

4.7. Udział w międzynarodowych zespołach badawczych

Współpraca w projektach:

• Wielka Brytania, Kingston University, Faculty of Science, Engineering and Computing, dr J-C. Nebel,

• Holandia, Radboud University Medical Centre, Medical Centre, prof. dr G. Vriend,

• USA, George Mason University, School of Systems Biology, prof. M.S. Jafri

• USA, Yale University, Department of Molecular Biophysics and Biochemistry, prof. M. Gerstein

• Słowenia, University of Ljubljana, Faculty of Electrical Engineering prof. D. Miklavcic.

5. Informacja o osiągnięciach i dorobku dydaktycznym, popularyzatorskim i organizacyjnym

6.1. Prowadzone wykłady i seminaria naukowe

Zajęcia prowadzone w języku polskim:

• Informatyka INP2005W, wykład dla Inżynierii Biomedycznej, wkład: opracowanie nowego kursu

• Bioinformatyka i biologia obliczeniowa (pierwotna nazwa: Modelowanie Struktur i Procesów Biologicznych,

ETP002942W, wykład dla Inżynierii Biomedycznej, wkład: zaproponowanie i opracowanie nowego kursu

• Systemy Pomiarowo-Diagnostyczne (część kursu), ETP002935W wykład dla Inżynierii Biomedycznej, wkład:

zmiana programu kursu

• Oddziaływanie czynników fizykalnych na tkanki (część kursu), ETP002928W, wykład dla Inżynierii

Biomedycznej, wkład: opracowanie jednego modułu zajęć

• Współczesne zagadnienia inżynierii biomedycznej (część kursu), ETP002948W, wykład dla Inżynierii

Biomedycznej, wkład: opracowanie jednego modułu zajęć

• Seminarium dyplomowe dla kierunku Inżynieria Biomedyczna I st.


Podstawy Metrologii Elektrycznej, laboratorium (Wydz. Elektroniki, Wydz. Mechaniczny)

https://rekrutacja.pwr.wroc.pl/EdukacjaWeb/prowGrupyZajeciowe.do?clEduWebSESSIONTOKEN=SMTM1ODg1NTU4NDY0MQ==&event=wyborGrupyRow&rowId=429283&positionIterator=StuGrzPrROViewIterator&href=#hrefGrupyZajecioweTabela

Zasady Konstrukcji Aparatury Elektromedycznej, laboratorium (kierunek: Inżynieria Biomedyczna)

Podstawy Elektroniki, laboratorium , wykład (kierunek: Fizyka)

Programowanie niskopoziomowe, laboratorium (Wydz. Elektroniki)

Programy Użytkowe, laboratorium (Inżynieria Biomedyczna), wkład: opracowanie nowych zajęć

Programowanie w jęz. C, laboratorium , wykład (Inżynieria Biomedyczna), wkład: opracowanie nowych zajęć

Podstawy Elektroniki i Miernictwa, laboratorium (kierunek: Informatyka), wkład: współudział w opracowaniu

nowych zajęć

Fizyka Komputerowa, laboratorium (kierunek: Fizyka, Politechnika Poznańska)

Pakiety Matematyczne INP6252L, wykład i laboratorium, Inżynieria Biomedyczna, wkład: opracowanie

nowych zajęć

Systemy Pomiarowo-Diagnostyczne ETP8301W, ETP002935W, ETP8301L, laboratorium i wykład

(częściowo), Inżynieria Biomedyczna, wkład: zmiana programu zajęć

Informatyka INP2005W, INP2005L, laboratorium i wykład, Inżynieria Biomedyczna, wkład: opracowanie

zajęć

Oddziaływanie czynników fizykalnych na tkanki ETP002928W, wkład: opracowanie jednego modułu zajęć

Zajęcia prowadzone w języku angielskim:

• Seminarium interdyscyplinarne „Current Research in Biomedical Engineering”, FTP009006SMK, dla

uczestników studiów doktoranckich Politechniki Wrocławskiej.

5.2. Opieka naukowa nad doktorantami i osobami ubiegającymi się o nadanie stopnia doktora (w

charakterze promotora, promotora pomocniczego lub opiekuna naukowego), z podaniem tytułów

rozpraw doktorskich

Promotorstwo zakończonych doktoratów (3):

1. Witold Dyrka, Structure prediction of a protein channel based on probabilistic formal grammars and the

continuous ion flow model. Praca obroniona w Instytucie Biocybernetyki i Inżynierii Biomedycznej, Polska

Akademia Nauk, Warszawa, grudzień 2011 r. Praca doktorska uzyskała wyróżnienie. Promotor.

2. Bogumił Konopka, Applying biomedical ontologies to aid protein structure modeling. Praca obroniona w

Instytucie Biocybernetyki i Inżynierii Biomedycznej, Polska Akademia Nauk, Warszawa, luty 2014 r.

Promotor.

3. Joanna Weżgowiec, The influence of electroporation on selected anti-tumor agents applied in human breast

cancer cell. Promotor wspomagający dr inż. Julita Kulbacka, Uniwersytet Medyczny we Wrocławiu). Praca

obroniona na Wydziale Podstawowych Problemów Techniki Politechniki Wrocławskiej, czerwiec 2016. Praca

doktorska uzyskała wyróżnienie. Promotor główny.

Promotorstwo otwartych przewodów doktorskich (2):

1. Monika Kurczyńska, Ocena jakości modeli białek na podstawie parametrów energetycznuch i funkcjonalnych

modeli przepływowych. Przewód otwarty w roku 2014, Politechnika Wrocławska, Wydział Podstawowych

Problemów Techniki. Promotor.

2. Paweł P. Woźniak, Supporting protein tertiary structure modeling with contact sites prediction method .

Kopromotor prof. dr G. Vriend, Radboud University Nijmegen Medical Centre Holandia. Przewód otwarty w

roku 2014, Politechnika Wrocławska. Wydział Podstawowych Problemów Techniki. Promotor główny.

Recenzje rozpraw doktorskich (3):

1. Simone Furini, recenzent pracy doktorskiej „Computational Analyses on the Structure-Function Relation in

Ion-Channels”, promotor prof. Guido Avanzoloni, współpromotor prof. Silvio Cavalcanti. University of

Bologna, Dept. Electronics, Computer Science, and Systems, Włochy, 2008. Doktorat w dziedzinie

Bioengineering (ING-INF/06).

2. Michał Staniszewski, recenzent pracy doktorskiej Analiza sygnałów magnetycznego rezonansu jądrowego z

wykorzystaniem dekompozycji SVD, promotorzy: prof. dr hab. inż. Andrzej Polański i dr Łukasz Boguszewicz,

https://rekrutacja.pwr.wroc.pl/EdukacjaWeb/prowGrupyZajeciowe.do?clEduWebSESSIONTOKEN=SMTM1ODg1NTU4NDY0MQ==&event=wyborGrupyRow&rowId=429283&positionIterator=StuGrzPrROViewIterator&href=#hrefGrupyZajecioweTabela

mailto:%[email protected]

Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki, Gliwice 2015. Doktorat w dziedzinie

Informatyka (specjalność: Bioinformatyka).

3. Franciszek Bińczyk, recenzent pracy doktorskiej Processing and analysis of data obtained using Nuclear

Magnetic Resonance technology in the diagnosis and treatment of brain tumours, promotorzy: prof. dr hab. inż.

Joanna Polańska i prof. dr Hans-Peter Meinzer, Politechnika Śląska, Wydział Automatyki, Elektroniki i

Informatyki, Gliwice 2016. Doktorat w dziedzinie Informatyka (specjalność: Informatyka medyczna).

Udział w komisjach doktorskich:

Wielokrotnie jak członek komisji.

Promotorstwo prac dyplomowych:

Promotor 23 obronionych prac magisterskich, w tym 6 nagrodzonych w konkursach ogólnokrajowych oraz 22

obronionych prac inżynierskich. Spośród podanych prac dyplomowych 3 prace magisterskie oraz 1 inżynierska

zostały napisane w jęz. angielskim.

Prace magisterskie nagrodzone w konkursach ogólnopolskich:

1. Anita Sokołowska, Analiza skupień miejsc kontaktowych białek ze względu na klasę i topologię białka,

wyróżnienie w ogólnopolskim konkursie prac magisterskich Polskiego Towarzystwa Bioinformatycznego,

Lublin 2015 (promotor)

2. Monika (Rybicka) Kurczyńska, Badanie zależności pomiędzy charakterystyką przepływu a jakością struktury

kanału jonowego odtworzoną z mapy kontaktów, wyróżnienie w ogólnopolskim konkursie prac magisterskich

Polskiego Towarzystwa Inżynierii Biomedycznej, Warszawa 2013 (promotor)

3. Joanna (Basałyga) Weżgowiec, Wpływ wybranych cjanin o własnościach fotouczulających na parametry

elektroporacji. Ocena wybranych parametrów stresu oksydacyjnego na skutek działania cjanin w terapii

fotodynamicznej wspomaganej elektroporacją; badania in-vitro na dwóch wybranych związkach, wyróżnienie

w ogólnopolskim konkursie prac magisterskich Polskiego Towarzystwa Inżynierii Biomedycznej, Warszawa

2012 (promotor)

4. Bogumił Konopka - De novo modelling of the 3d structure of a channel protein, I miejsce ex-equo w

ogólnopolskim konkursie prac magisterskich Polskiego Towarzystwa Inżynierii Biomedycznej, Warszawa 2010

(promotor)

5. Mariola (Nowak) Rymarczuk, Wspomaganie elektroporacją metody fotodynamicznej w terapii nowotworów, II

miejsce ex-aequo w ogólnopolskim konkursie prac mgr Fundacji Hasco-Lek, Gliwice 2009 (promotor)

6. Nina (Skołucka) Rębiałkowska, Optymalizacja elektroporacji w komórkach eukariotycznych, II miejsce ex-

aequo w ogólnopolskim konkursie Fundacji Hasco-Lek, Gliwice 2009 (promotor)

oraz

7. Jerzy Stanisławski, Maszynowe metody predykcji struktur amyloidowych w białkach, I miejsce w

ogólnopolskim konkursie prac magisterskich Polskiego Towarzystwa Bioinformatycznego, Gdańsk 2011

(konsultant)


Promotor 5 prac magisterskich

5.3. Artykuły i prace o charakterze popularnonaukowym Opiekun Akademickiego Koła Naukowego BioNanopor. Koło prowadzi aktywną działalność popularyzująca

naukę, studenci biorą udział w konferencjach studenckich zdobywając nagrody i wyróżnienia, przygotowują sesje

w Dolnośląskim Festiwalu Nauki.

W 2009 r. koło otrzymało główną nagrodę Rektora Politechniki Wrocławskiej podczas Konferencji naukowej

Studentów.

W roku 2014 koło uzyskało I nagrodę (ex-aequo z Kołem Naukowym Studentów Fizyki z Politechniki

Gdańskiej) w konkursie StRuNa, przeprowadzonym pod patronatem MNiSW, na najlepsze akademickie koło

naukowe roku 2013. W konkursie wzięło udział 245 kół z całej Polski.

5.4 Przygotowane materiały do e-learningu




Slajdy i dodatkowe materiały dydaktyczne są udostępniane studentom wszystkich moich kursów na stronie

internetowej zespołu.

5.5. Aktywny udział w imprezach popularyzujących naukę

Konferencja Liczby Komputery Życie, Wydział Matematyki i Informatyki Uniwersytetu Jagiellońskiego,

Kraków 8-10 kwietnia 2016, wykład Jak powstają i działają złogi amyloidowe w chorobach

neurodegeneracyjnych – perspektywa bioinformatyka. Konferencja popularyzująca naukę dla studentów i

doktorantów.

5.6 Działalność organizacyjna

Organizacja konferencji naukowych:

1. II Congress BIO, Wrocław 2016, komitet organizacyjny,

2. VIII Symposium of Polish Bioinformatics Society, Lublin 2015, komitet organizacyjny,

3. VI Symposium of Polish Bioinformatics Society, Wrocław 2013, przewodnicząca komitetu organizacyjnego,

4. Warsztaty Teoretyczne podstawy i kliniczne zastosowanie elektrochemioterapii, organizowane we współpracy z

CNRS (Francja) w Szpitalu Specjalistycznym we Wrocławiu, Wrocław 2009, komitet organizacyjny.

Inna działalność organizacyjna:

1. Kierownik studiów doktoranckich na Wydziale Podstawowych Problemów Techniki Politechniki

Wrocławskiej, od 2015 r.

2. Sekretarz w zarządzie Polskiego Towarzystwa Bioinformatycznego, kadencja 2013-2016.

3. Członek Prezydium Rady Wydziału Podstawowych Problemów Techniki, Politechnika Wrocławska, od 2016 r.

4. Kierownik zespołu Bioinformatyki i Biofizyki Nanoporów w Katedrze Inżynierii Biomedycznej, Wydział

Podstawowych Problemów Techniki, Politechnika Wrocławska.

5. Członek komisji programowych dla kierunku studiów Inżynieria Biomedyczna I i II stopnia, od 2008 r.

6. Informacja o otrzymanych nagrodach oraz wyróżnieniach za osiągnięcia naukowe

1. Złota Odznaka Politechniki Wrocławskiej, Wrocław 2015

2. Nagrody Rektora Politechniki Wrocławskiej, Wrocław: 2008, 2010, 2011, 2015, 2016

3. Pierwsza nagroda (ex aequo) dla najlepszego koła naukowego studentów "BioNanopor" w konkursie STRUNA

2013 (pod patronatem MNiSW), Warszawa 2013 – opiekun koła

4. Nagroda Rektora dla opiekuna najlepszego koła naukowego Politechniki Wrocławskiej, Wrocław 2009

5. Stypendium Fulbrighta, 2009

6. Srebrny Medal za Długoletnią Służbę, odznaczenie państwowe, 2009

7. International Travel Award, Biophysical Society, USA, 2010


8. International Travel Award, Biophysical Society, USA: 2004, 2007,

9. Nagrody Dziekana Wydziału Podstawowych Problemów Techniki, Wrocław: 2000, 2004

10. Wyróżnienie pracy doktorskiej, Wrocław, 1999

skrócony życiorys zawodowy małgorzata kotulska · mnisw: 25 if 2015 = 1,438 4. kulbacka j*,...

Documents