Strukturen af transkriptionsaktivatorer1) DNA bindende domæne

2) Transkriptionsaktiverende domæne

3) Eventuelt et dimeriseringsdomæne

DNA bindende domæner1) Zink indeholdende faktorer

2) Homeodomæner

3) basiske leucin zippers

4) basiske helix-loop-helix

Transkriptionsaktiverende domæne1) Sure aminosyrer

2) Glutamin rigt domæne

3) Prolin rigt domæne

Zink finger struktur

-helix-loop--strand

to histidiner i -helix

to cysteiner i -sheet

aminosyrer i -helix kontakter DNA i major groove

Gal4p eksempel på en zink holdig transkriptionsfaktor uden fingerstruktur

zink koordineres af 6 cysteiner

kort helix genkender DNA target

binder i major groove

Kernereceptorer har zinkioner, der er koordineret af fire cysteiner

Homeodomæner indeholder helix-turn-helix strukturer

Homeobox domæner

helix turn helix

Den ene helix genkender major groove i DNAet

bZIP, basisk leucin zipper

dimeriserer via leucin resterne og binde DNA i major groove via basiske aminosyrer

Basisk helix-loop-helix protein

Rekrutering af RNA polymerase holoenzymet til promotoren

Eukaryote transkriptionsfaktorer stimulerer binding af generelle transkriptionsfaktorer og RNA polymerasen til promotorer. Hvordan ?

Hvilke dele af det generelle transkriptionsapparat der interagerer med en transkriptionsaktivator kan bestemmes ved et pull-down eksperiment

eller 2-hybrid analyse

Assay til bestemmelse af generelle transkriptionsfaktorer, der interagerer med det sure transkriptionsaktiverende domæne af GAL4