testes em bioinformática

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Biologia vs TI Willian Reis

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Page 1: Testes em Bioinformática

Biologia vs TI

Willian Reis

Page 2: Testes em Bioinformática

Definições de BioInformática A tarefa de organizar e analisar dados incrivelmente complexos resultantes de modernas técnicas de Biologia molecular e bioquímica.

Page 3: Testes em Bioinformática

Definições de BioInformática A tarefa de organizar e analisar dados incrivelmente complexos resultantes de modernas técnicas de Biologia molecular e bioquímica.Uma importante ferramenta para a compreensão de como as informações contidas nos genes são refletidas em características fisiológicas, como inteligência, crescimento dos cabelos ou susceptibilidade ao câncer.

Page 4: Testes em Bioinformática

Definições de BioInformática A tarefa de organizar e analisar dados incrivelmente complexos resultantes de modernas técnicas de Biologia molecular e bioquímica.Uma importante ferramenta para a compreensão de como as informações contidas nos genes são refletidas em características fisiológicas, como inteligência, crescimento dos cabelos ou susceptibilidade ao câncer.A ciência da criação e manutenção de base de dados (ou Bancos de Dados) e eventualmente a simulação de fenômenos dos organismos vivos

Page 5: Testes em Bioinformática

Origem da BioinformáticaUm futuro promissor...

BioCientistas

BioInformatas

BioQuímicos

Biologia Molecular

Biologia Molecular

QuimicaOrganica

QuimicaOrganica

Fonte: http://genfis40.esalq.usp.br/genfis/index.php?option=com_phocadownload&view=category&id=7:apostilas-e-artigos&Itemid=68#

Page 6: Testes em Bioinformática

Conhecimentos na Bioinformática

Biologia

Page 7: Testes em Bioinformática

Conhecimentos na Bioinformática

BiologiaProgramação \ Testes

Page 8: Testes em Bioinformática

Conhecimentos na Bioinformática

BiologiaProgramação \ TestesEstatística

Page 9: Testes em Bioinformática

Conhecimentos na Bioinformática

BiologiaProgramação \ TestesEstatística Matemática

Page 10: Testes em Bioinformática

Conhecimentos na Bioinformática

BiologiaProgramação \ TestesEstatística Matemática

Page 11: Testes em Bioinformática

Programar \ Testar em Bioinfo

(...) hoje a genética aliada à bioinformática consegue prever até 70 doenças inscritas no código genético (genoma) de qualquer pessoa.

Page 12: Testes em Bioinformática

Programar \ Testar em Bioinfo

(...) hoje a genética aliada à bioinformática consegue prever até 70 doenças inscritas no código genético (genoma) de qualquer pessoa.

??? COMO ???

Page 13: Testes em Bioinformática

Programar \ Testar em Bioinfo(cont)

Mineração de Dados

Page 14: Testes em Bioinformática

Programar \ Testar em Bioinfo(cont)

Mineração de Dados

Page 15: Testes em Bioinformática

Programar \ Testar em Bioinfo(cont)

Estatística

Page 16: Testes em Bioinformática

Programar \ Testar em Bioinfo(cont)

Estatística

Simulando sequências de

DNA com Cadeias de

Markov (Markov Chain)

http://recologia.com.br/2014/03/simulando-sequencias-de-dna-com-cadeias-de-markov-markov-chain/

Page 17: Testes em Bioinformática

Programar \ Testar em Bioinfo(cont)

Testes de SoftwareTestes de Caixa PretaTestes UnitáriosTestes FuncionaisEtc...

Page 18: Testes em Bioinformática

Programar \ Testar em Bioinfo(cont)

Testes de SoftwareTestes de Caixa PretaTestes UnitáriosTestes FuncionaisEtc...

Testes de HipóteseTeste de Qui-Quadrado

Page 19: Testes em Bioinformática

Casos de Programação\Testes

Page 20: Testes em Bioinformática

Casos de Programação\Testes(cont)

Page 21: Testes em Bioinformática

Casos de Programação\Testes(cont)

Page 22: Testes em Bioinformática

Casos de Programação\Testes(cont)

Page 23: Testes em Bioinformática

Casos de Programação\Testes(cont)

Page 24: Testes em Bioinformática

Casos de Programação\Testes(cont)

Page 25: Testes em Bioinformática

Casos de Programação\Testes(cont)

Page 26: Testes em Bioinformática

Biblioteca BioPythonProjeto OpenSourcePython 2.XO que existe?

Parser em arquivos FASTA e GenBankConexão direta com bases de BioInfo(PubMed, ExPASy, SCOP)Variadas rotinas e classes que trabalham com sequencia.Alinhamento de sequenciasAlgoritmos de Aprendizado SupervisionadoNaive, Markov

Page 27: Testes em Bioinformática

Biblioteca BioPythonFramework Teste: