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This lecture was given to Genetics and Biotechnology students at San Marcos University (Semester 2009-I)TRANSCRIPT
Universidad Nacional Mayor de San Marcos(Universidad del Perú, DECANA DE AMÉRICA)Facultad de Ciencias Biológicas Curso: GENÉTICA MOLECULAR
Semana 2TRANSCRIPCIÓN DEL ADN
Gustavo A. Sandoval, MScPhD. Program in Biological Sciences and Engineering (PDCIB)UNALM – [email protected]
Bases :A = adeninaT = timinaG = guaninaC = citosina
CromosomaNúcleo
Célula
ADN
TGAGTCAACG
ADNmt
El genoma:nuclear ymitocondrial
Doble hélice Antiparalelismo
0.34 nm
Surco menor
Surco mayor
Flujo de la información genética
Transcripción y traducción. Los nucleótidos del ARNm son ensamblados para formar una copia complementaria a partir de una cadena de ADN. Cada grupo de tres es un codón el cual es complementario a un grupo de tres nucleótidos en la región del anticodón de una molécula específica de ARNt. Cuando ocurre el apareamiento de bases, un aminoácido llevado al otro extremo de la molécula de ARNt es añadida a la cadena proteica creciente.
Transcripción(ADN ARN)
ARN polimerasa
Condiciones para la transcripción
codificadoracadena molde
• NTP (ATP, CTP, GTP, UTP).• Complejos proteicos: polimerasa de ribonucleótidos + factores de transcripción• Señales de reconocimiento: (en secuencia de ADN): inicio, elongación, final.
Promotor procariote
TATATTGACA
Promotores: secuencias de reconocimiento en el ADN y fijación de la ARN polimerasa.
Sitio de inicio de la transcripción (eucariotes)
Amplificadores o silenciadores
Caja CAAT
Expresión regulada Expresión basal
Gen estructural
-75 -25
s
Principales subunidades de las ARN Polimerasas
Estudios bioquímicos de la ARN polimerasa bacteriana
1. Ensayo de unión al ADN“DNase I footprinting” para la búsqueda de secuencias promotoras.
1. Rol de las subunidades individualesDisociación de la holoenzima por cromatografía en columna
“DNase I footprinting”: una técnica común para la identificación de sitios de unión a proteínas en el ADN.
1. Un fragmento de ADN es marcado en un extremo con 32P (punto rojo).
2. La muestra es luego digerida con DNase I en la presencia y ausencia de una proteína que se une a la secuencia específica en el fragmento.
3. Se emplea una baja concentración de DNase I de forma que cada molécula de ADN sea clivada sólo una vez (flechas verticales).
4. Luego, las muestras de ADN son separadas de las proteínas y sometidas a electroforesis. El gel resultanto es analizado por autoradiografía, detectando sólo las cadenas marcadas y se procede a la identificación de los fragmentos clivados por la DNase I
Cromatografía de intercambio iónico
Dissociación de RNAP y purificación de σ por cromatografía de intercambio iónico
α
αβ’
βσ
ω [NaCl]
[proteina]
Número de fracción
σ α
αβ’
β
ω
Carboxymethyl- (-CO2-2) or
phospho- (-PO3-2) cellulose
La subunidad sigma disociable le confiere la especificidad a la ARN polimerasa procariota (RNAP)
α
αβ’
βσ
Core enzimático
+α
αβ’
βσ
Holoenzima
Unión inespecífica al promotor; (Kd ~5 x 10-12 M)
Unión específica al promotor; (Kd ~10-7 M); encuentra al promotor 10,000 veces más rápido.
ωω
Secuencias consenso de la región promotora
Otros tipos de promotores
Regiones de la subunidad σ (región 2.3)
Las subunidades σ y α reclutan a la ARN polimerasa hacia el promotor
Posición del ADN dentro y fuera del complejo de transcripción
Transcripción en eucariotes
• Tres polimerasas, muchas subunidades, factores y elementos reguladores
• ARN pol I: ARNr (28S, 18S y 5.8S)• ARN pol II: ARNm• ARN pol III: ARNt, ARNr 5S.
• Procesos: Iniciación, elongación, terminación, procesamiento.
Promotores de la ARN polimerasa II
Transcripción de ARNr
45 S ARNPol I
CH3 CH3 CH3
Transcripción de ARNt y ARNsn (eucar.)
RNA Pol III
TFIIICTFIIIB
TFIIICTFIIIB
Ensamblaje del complejo de iniciación de ARN Pol II:
A) Reconocimiento del promotor
B) Estabilización de complejos
C) Reclutamiento de Holoenzima ARN Pol II + TFs
TFIIA
(TBP y TAFs)
D) Unión de complejos
E) Inicio de la transcripción
Amplificadores (enhancers)
• Aumentan la velocidad de la transcripción (regulan actividad del promotor)• Se localizan en corriente arriba/abajo o ser parte del gen que controlan.• Algunos TFs (enhancer-binding protein) pueden unirse a regiones DNA distantes a miles de nucleótidos.
• Enhancer β-Locus Control Region (LCR) contiene elementos que son reconocidos por proteinas TFs (activadores)
• LCR regulaexpresión de 5 genes:ε en periodo embrionario,γ en fetal, β y δ en la adultez.
Cluster de genes globinas
“Motivos” proteicos
N CDominio de uniónal DNA
Dominio de uniónal ligando
Dominio de activación
(63 aa)
Receptor glucocorticoide
Interacción entre “dedos de Zn2+” y el ADN
Burbuja de Transcripción
Terminación dependiente de secuencia
Terminación de la transcripción
Terminación dependiente de Rho