ufrj - universidade federal do rio de janeiro imppg
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UFRJ - UNIVERSIDADE FEDERAL DO RIO DE JANEIRO IMPPG - INSTITUTO DE MICROBIOLOGIA PAULO DE GÓES
PROFESSOR COORDENADOR: CARGA HORÁRIA/ CRÉDITOS: PERÍODO DE REALIZAÇÃO: Período Letivo Excepcional / 2020-4-0
CÓDIGO DISCIPLINA DURAÇÃO PROFESSOR RESPONSÁVEL
EMENTA DA DISCIPLINA
IMW015 ASP MORF E FUNC DO SIST IMUNOL
15H Profa Renata
Meirelles
Operacionalização das Práticas Remotas (ex. aulas demonstrativas gravadas, estudo dirigido, análises de bioinformática, etc):
IMM001
EPIDEMIOLOGIA MOLECULAR DE BACTÉRIAS DE
INTERESSE MÉDICO
30H Prof Tatiana Pinto
A disciplina abordará os princípios e aplicações dos principais métodos moleculares utilizados para caracterização epidemiológica de agentes bacterianos, assim como algumas das principais ferramentas disponíveis para interpretação e análise dos resultados. Serão apresentadas, de forma teórica e/ou demonstrativa, através de exercícios interativos, metodologias consideradas de referência para este propósito, assim como também serão apresentadas propostas mais recentes e metodologias consideradas emergentes em Bacteriologia. É aconselhável que o aluno tenha previamente noções de biologia molecular de bactérias. As aulas serão assíncronas.
IMW004
DIVERSIDADE
METABÓLICA DE MICRORGANISMOS
PROCARIOTOS
30H Profa Carolina
Kein
Temas: alimento, ecologia microbiana, deterioração, microrganismos indicadores, patogênicos e seus métodos de detecção, além dos métodos de controle microbiológico e garantia da qualidade na produção de alimentos. Enfocam-se as características microbiológicas de alimentos lácteos, cárneos, vegetais e bebidas, além de microrganismos probióticos e utilização de microrganismos na produção dos alimentos. São feitas visitas a indústrias de alimentos
IMW017
EVOLUÇÃO DO SISTEMA IMUNE
30H Profa Juliana
Echevarria
Estudo da origem e evolução do Sistema Imune em mamíferos através da comparação dos componentes da resposta Imune Inata e Adaptativa encontrados em invertebrados e vertebrados
IMW105
INTRODUÇÃO À BIOINFORMÁTICA E A FILOGENIA
30H Prof Andrew
Macrae
Esta disciplina tem como objetivo apresentar uma introdução à bioinformática, com teoria e prática com as ferramentas de bioinformática. O curso
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MOLECULAR
aborda as bases biológicas de dados, tipos de alinhamentos, introdução ao Linux para execução de ferramentas de alta performance por linha de comando, montagem de genomas, transcritômica por RNA-seq, métodos para interpretação dos resultados de RNA-seq e filogenia e taxonomia molecular. A realização de aulas práticas em laboratório de computadores que permitam exercitar o conhecimento teórico adquirido também faz parte do conteúdo programático. A avaliação será realizada a partir da apresentação de seminários de artigos pelos alunos e da realização de trabalho prático durante as aulas.
IMW021
FUNDAMENTOS DE VIROLOGIA VEGETAL
30H Profa Maite Vaslin F Silva
Fundamentos da virologia vegetal dando uma visão geral sobre seus diversos aspectos incluindo: características gerais do vírus vegetais, transmissão, espalhamento no hospedeiro, mecanismos de expressão de seus genomas, respostas dos hospedeiros à infecções virais e mecanismos virais de evasão da resposta de defesa.
IMW202
MICROBIOLOGIA DA POLUIÇÃO AMBIENTAL
30H Profa Carolina
Keim
Estudo da poluição ambiental e ecotoxicologia, com ênfase nas interações dos microrganismos com poluentes químicos orgânicos e inorgânicos e na participação dos microrganismos nos processos de poluição e despoluição, assim como a sua utilização como indicadores de poluição.
IMW009 VACINAS 30H Profa Clarissa
Palatnik
Será analisado o impacto da utilização de vacinas em Saúde Pública e o desenvolvimento de vacinas contra infecções e câncer. Será estudada a evolução de vacinas compostas pelos germes vivos, atenuados, inativados, pelas suas toxinas e a sua evolução até vacinas com antígenos quimicamente definidos, recombinantes, vacinas gênicas e vacinas sintéticas. Serão estudados os formatos para avaliação da eficácia de vacinas em
testes clínicos Fase I, II, III e IV e o cálculo
de amostras. Será aprofundado o estudo dos mecanismos de ação de adjuvantes, de vacinas sem agulha, e da resposta vacinal associada com histocompatibilidade. Será dada especial atenção ao desenvolvimento de vacinas contra Influenza e contra COVID19. Os alunos receberão as aulas téoricas gravadas pelo Google classrooom e haver horários de trabalho em conjunto “live”
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através do Zoom. Haverá uma aula pratica sobre imuno informática por Zoom. Os alunos apresentarão seminários através do Zoom. A Nota final se comporá da nota sobre o seminário apresentado, da assiduidade e participação nos seminários dos colegas e de um relatório final em word, encaminhado aos professores por email, sobre o seminário apresentado.
IMW001 INTRODUÇÃO À MICROSCOPIA
15H Profa Fernanda
Abreu
Conhecimentos básicos sobre microscopia de luz e microscopia eletrônica utilizados para microbiologia. Serão abordados a utilização dos princípios de física óptica e os procedimentos de preparo de amostras para a obtenção de informações microscópicas sobre espécimes microbianos.
IMW014
MICROBIOTA HUMANA NA SAÚDE E NA DOENÇA
45H Leandro Araujo Lobo e Rosana
Barreto Ferreira
Estudo da interação entre bactérias residentes da microbiota e o hospedeiro humano, incluindo: (i) conceitos de colonização e aquisição da microbiota e microbioma humano; (ii) papel da microbiota na saúde humana com exemplos de pesquisas com animais axênicos e transgênicos, além de humanos; (iii) métodos de estudo da microbiota. Ao final do curso, o aluno deverá ser capaz de compreender a natureza dualística da associação entre humanos e sua microbiota residente.
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DATA HORÁRIO TIPO DE AULA
ASP MORF E FUNC DO SIST IMUNOL (IMW015)
TURMA PROFESSOR
Avaliação: Participação nas discussões; EDs; Apresentação de trabalho
Segunda-Feira 21/09/2020
10h às 12h
Síncrona Assíncrona
Introdução Aspectos Gerais da Resposta Imune
Renata
Frederico
Terça-Feira 22/09/2020
10h às 12h Assíncrona
Resposta imune a infeções Resposta Imune e a Tumores
Renata
Frederico
Quarta- Feira 23/09/2020
10h às 12h Assíncrona Diferenciação e exaustão de células T Renata
Quinta-Feira 24/09/2020
10h às 12h Síncrona Discussão e ED
Renata
Sexta-Feira 25/09/2020
10h às 12h Assíncronas Manipulação genética de células T em imunoterapias
Terapias baseadas em bloqueio de receptores inibitórios Renata
Segunda-Feira 28/09/2020
10h às 12h Síncrona Discussão e ED Renata
Terça-Feira 29/09/2020
10h às 12h Síncrona Apresentação de trabalhos sobre imunoterapia
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DATA HORÁRIO TIPO DE AULA
EPIDEMIOLOGIA MOLECULAR DE BACTÉRIAS DE INTERESSE
MÉDICO (IMM001)
TURMA PROFESSOR
De 31/08/2020 às 11/09/2020 - Aulas gravadas e discussões em tempo real pela plataforma Google Classroom
Segunda-Feira 31/08/2020
9h às 12h Introdução ao tema: Conceitos e aplicações dos diferentes métodos aplicados a epidemiologia molecular de bactérias de interesse médico
Tatiana Pinto
Terça-Feira 01/09/2020
9h às 12h Métodos moleculares envolvendo sequenciamento de DNA bacteriano: MLST e variações, WGS.
Tatiana Pinto
Quarta-Feira 02/09/2020
9h às 12h Métodos moleculares baseados em amplificação de DNA bacteriano: RAPD.
Tatiana Pinto
Quinta-Feira 03/09/2020
9h às 12h Estudo dirigido e discussão das aulas.
Tatiana Pinto
Sexta-Feira 04/09/2020
9h às 12h Métodos moleculares baseados na análise de regiões repetitivas do DNA bacteriano: MLVA.
Tatiana Pinto
Terça-Feira 08/09/2020
9h às 12h Métodos moleculares baseados em sistemas de restrição: PFGE.
Tatiana Pinto
Quarta-Feira 09/09/2020
9h às 12h Estudo dirigido e discussão das aulas
Tatiana Pinto
Quinta-Feira 10/09/2020
9h às 12h Revisão da aulas
Tatiana Pinto
Sexta-Feira 11/09/2020
9h às 12h Avaliação
Tatiana Pinto
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DATA HORÁRIO TIPO DE AULA
DIVERSIDADE METABOLICA DE MICRORGANISMOS PROCARIOTICOS
(IMW004)
AVALIAÇÃO DATA DE ENTREGA
PROFESSOR
Sexta-feira 28/8/2020
09 às 11hs síncrona Noções básicas de bioquímica do metabolismo microbiano google forms 04/09/2020
Caroline keim
Sexta-feira 4/9/2020
09 às 11hs Assíncrona Fotossíntese estudo dirigido
11/09/2020 Caroline keim
Sexta-feira 11/9/2020
09 às 11hs Assíncrona Fixação de CO2
produção de esquema
18/09/2020
Caroline keim
Sexta-feira 18/9/2020
09 às 11hs Assíncrona
Quimiolitotrofia; Oxidação de H2
estudo dirigido 25/09/2020
Caroline keim
Sexta-feira 25/9/2020
09 às 11hs Assíncrona
Oxidação de S e Fe
trabalho escrito 02/10/2020
Caroline keim
Sexta-feira 2/10/2020
09 às 11hs Assíncrona Oxidação de N
trabalho escrito 09/10/2020
Caroline keim
Sexta-feira 9/10/2020
09 às 11hs Assíncrona Respiração anaeróbia; Redução de N
Estudo Dirigido 16/10/2020
Caroline keim
Sexta-feira 16/10/2020
09 às 11hs Assíncrona Redução de Fe e Mn
trabalho escrito 23/10/2020
Caroline keim
Sexta-feira 23/10/2020
09 às 11hs Assíncrona Redução de S
trabalho escrito 30/10/2020
Caroline keim
Sexta-feira 30/10/2020
09 às 11hs Assíncrona Redução de CO2
trabalho escrito 06/11/2020
Caroline keim
Sexta-feira 06/10/2020
09 às 11hs Assíncrona Metilotrofia
trabalho escrito 13/11/2020
Caroline keim
Sexta-feira 13/11/2020
09 às 11hs Assíncrona Diversidade metabólica de microrganismos no ambiente
trabalho escrito 16/11/2020
Caroline keim
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DATA HORÁRIO TIPO DE AULA
EVOLUÇÃO DO SISTEMA IMUNE (IMW017)
PROFESSOR
Segunda-Feira 24/08/2020
14h às 15h Síncrona
Assíncrona
Apresentação da disciplina.
Noções gerais da evolução. CRISPRs e a resposta imune em procariotos.
Juliana Echevarria
Segunda-Feira 31/08/2020
Assíncrona
Atividade sobre a aula CRISPRs e a resposta imune em procariotos.
Origem e evolução da imunidade Inata: Fagocitose
Juliana Echevarria
14h às 15h Síncrona TIRA DÚVIDAS
Segunda-Feira 07/09/2020
Assíncrona
Atividade sobre a aula sobre Evolução dos mecanismos de Fagocitose.
Origem e evolução da imunidade Inata: Peptídeos Antimicrobianos
Juliana Echevarria
14h às 15h Síncrona TIRA DÚVIDAS
Segunda-Feira 14/09/2020
Assíncrona
Atividade sobre a aula de Evolução dos Peptídeos Antimicrobianos.
Origem e evolução da imunidade Inata: Evolução dos Receptores de Padrões Moleculares de Patógenos
Juliana Echevarria
14h às 15h Síncrona TIRA DÚVIDAS
Segunda-Feira 21/09/2020
Assíncrona
Atividade sobre a aula de Evolução dos Receptores de Padrões Moleculares de Patógenos
Origem e evolução do Sistema Complemento
Juliana Echevarria
14h às 15h Síncrona TIRA DÚVIDAS
Segunda-Feira 28/09/2020
Assíncrona
Atividade sobre a aula de Origem e evolução do Sistema Complemento
Evolução da imunidade Adaptativa
Juliana Echevarria
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14h às 15h Síncrona TIRA DÚVIDAS
Segunda-Feira 05/10/2020
Assíncrona
Atividade sobre a Evolução da imunidade Adaptativa
Evolução da imunidade Adaptativa
Juliana Echevarria
14h às 15h Síncrona TIRA DÚVIDAS
Segunda-Feira 12/10/2020
Assíncrona
Co-evolução dos mecanismos de patogenicidade e proteção
Avaliação
Juliana Echevarria
14h às 15h Síncrona TIRA DÚVIDAS
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DATA HORÁRIO TIPO DE AULA
INTROUÇÃO À BIOINFORMÁTICA E A FILOGENIA MOLECULAR
PROFESSOR
Terça-Feira 25/08/2020
15h às 17h Síncrona
Google Meet
Aula 1: Introdução e histórico da bioinformática.
Andrew Macrae
Terça-Feira 01/09/2020
15h às 17h Síncrona
Google Meet
Aula 2: Bases de dados primárias e secundárias
Andrew Macrae
Terça-Feira 08/09/2020
15h às 17h Síncrona
Google Meet
Aula 3: Alinhamento global e local
Andrew Macrae
Terça-Feira 15/09/2020
15h às 17h Síncrona
Google Meet
Aula 4: Introdução ao Linux - aula 1
Andrew Macrae
Terça-Feira 22/09/2020
15h às 17h Síncrona
Google Meet
Aula 5: Introdução ao Linux - aula 2
Andrew Macrae
Terça-Feira 29/09/2020
15h às 17h Síncrona
Google Meet
Aula 6: Alinhamento de sequencias e Linux- Prática
Andrew Macrae
Terça-Feira 06/10/2020
15h às 17h Síncrona
Google Meet
Aula 7: Montagem de genoma
Andrew Macrae
Terça-Feira 13/10/2020
15h às 17h Síncrona
Google Meet
Aula 8: Transcritômica por RNA-seq
Andrew Macrae
Terça-Feira 20/10/2020
15h às 17h Síncrona
Google Meet
Aula 9: Interpretação de expressão diferencial, ontologia gênica e KEGG Aula 10: 2ª Avaliação (apresentação de trabalho prático)
Andrew Macrae
Terça-Feira 27/10/2020
15h às 17h Síncrona
Google Meet
Aula 10: Introdução a taxonomia e filogenia molecular – MEGA
Andrew Macrae
Terça-Feira 03/11/2020
15h às 17h Síncrona
Google Meet
Aula 11: Introdução a taxonomia e filogenia molecular – MEGA
Andrew Macrae
Terça-Feira 10/11/2020
15h às 17h Síncrona
Google Meet Aula 12: Apresentações e discussão final
Andrew Macrae
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DATA HORÁRIO TIPO DE AULA
FUNDAMENTOS DE VIROLOGIA VEGETAL (IMW021)
TURMA PROFESSOR
Dinâmica: Aulas serão gravadas e envio de questões e artigos para discussão on line serão disponibilizadas pela plataforma Google Classroom. As discussões e Eds serão realizadas via plataforma Google Meet
Quarta-Feira 27/08/2020
08h às 12h
aula gravada
Introdução à virologia vegetal. Características dos vírus vegetais, morfologia, composição e estrutura. Doenças
causadas por vírus vegetais Maite Vaslin F Silva
10-12 h ED com alunos on line google meet
Quarta-Feira 02/09/2020
08h às 12h
aula gravada
Como se dá a infecção. Translocação e distribuição dos vírus vegetais pela planta. Espalhamento sistêmico e célula a célula.
Maite Vaslin F Silva
10-12 h ED com alunos on line google meet
Quarta-Feira 09/09/2020
08h às 12h
aula gravada
Síntese viral. Replicação, mecanismos de expressão de genomas RNA e DNA.
Maite Vaslin F Silva
10-12 h ED com alunos on line google meet
Quarta-Feira 16/09/2020
08h às 12h
aula gravada
Interação vírus:célula. Sítios de replicação, localização subcelular de ptns virais. Transmissão de vírus vegetais.
Maite Vaslin F Silva
10-12 h ED com alunos on line google meet
Quarta-Feira 23/09/2020
08h às 12h
aula gravada
Resposta do hospedeiro às infecções virais. Proteínas de defesa. RNAi. Proteínas supressoras de RNAi.
Maite Vaslin F Silva/Prof.
Régis L.orrêa
10-12 h ED com alunos on line google meet
Quarta-Feira 30/09/2020
08h às 12h
Epidemiologia de vírus vegetais e viroides. Detecção e identificação de vírus vegetais Perdas agronômicas associadas a
viroses no Brasil
Maite Vaslin de F Silva Roberto Tarazi
10-12 h ED com alunos on line google meet
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Quarta-Feira 07/10/2020
08h às 12h
On line Google
Docs Prova I on line google docs Maite Vaslin F Silva
Quarta-Feira 14/10/2020
10h às 12h
On line Google
Docs Profa Final on line google docs Maite Vaslin F Silva
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DATA TIPO DE AULA
MICROBIOLOGIA DA POLUIÇÃO AMBIENTAL
AVALIAÇÃO DATA DE ENTREGA
PROFESSOR
Terça-Feira 25/8/2020
Síncrona
Assíncrona Noções de ética ambiental
google forms 01/09/2020
Carolina Keim
Terça-Feira 01/09/2020
Assíncrona O que é Poluição; Excesso de nutrientes Trabalho Escrito
08/09/2020 Carolina Keim
Terça-Feira 08/09/2020
Assíncrona Poluentes inorgânicos (metais, gases inorgânicos, radionuclídeos) Trabalho Escrito
15/09/2020 Carolina Keim
Terça-Feira 15/09/2020
Assíncrona
Poluentes orgânicos
Trabalho Escrito 22/09/2020
Carolina Keim
Terça-Feira 22/09/2020
Assíncrona
Biodegradação de xenobióticos
Trabalho Escrito 29/09/2020
Carolina Keim
Terça-Feira 29/09/2020
Assíncrona Biorremediação Trabalho Escrito
06/10/2020 Carolina Keim
Terça-feira 06/10/2020
Assíncrona Distribuição de poluentes no ambiente Trabalho Escrito
13/10/2020 Carolina Keim
Terça-feira 13/10/2020
Assíncrona Efeitos de poluentes em organismos vivos e ecosistemas
Trabalho Escrito 20/10/2020
Carolina Keim
Terça-feira 20/10/2020
Assíncrona Tratamento de efluentes e resíduos sólidos
Trabalho Escrito 27/10/2020
Carolina Keim
Terça-feira 27/10/2020
Assíncrona Tratamento de água; Qualidade de água
Mudanças ambientais e doenças infecciosas; Microorganismos em
Google Forms 03/11/2020
Carolina Keim
Terça-feira 03/11/2020
Assíncrona aerosóis Trabalho Escrito
10/11/2020 Carolina Keim
Terça-feira 10/11/2020
Assíncrona Microrganismos e o aquecimento global Trabalho Escrito
17/11/2020
Carolina Keim
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DATA HORÁRIO TIPO DE AULA
VACINAS ( IMW009)
PROFESSOR
Quinta-Feira 27/08/2020
13h às 17h
Teórica Gravada e
distribuição de
seminários online
Introdução. O que se espera de uma vacina eficaz?
Antígenos. Desenvolvimento de vacinas de primeira, Segunda e Terceira geração. Testes de FASE I,II,III,IV
CB Palatnik de Sousa
Quinta-Feira 03/09/2020
13h às 17h Gravada e
online
Ensaios clínicos e de campo com fins de registro. Cálculo de amostra
CB Palatnik de Sousa
Quinta-Feira 10/09/2020
13h às 17h Gravada e
online
Adjuvantes e o seu mecanismo de ação
CB Palatnik de Sousa
Quinta-Feira 17/09/2020
13h às 17h Gravada e
online
Vacinas sem agulhas. Imunização por via Mucosa
CB Palatnik de Sousa
Quinta-Feira 24/09/2020
13h às 17h Gravada e
online
Vacinas contra Influenza e COVID-19
CB Palatnik de Sousa José Nelson Couceiro
Quinta-Feira 01/10/2020
13h às 17h Gravada e
online
Escalonamento industrial de vacinas
Dirlei Nico
Quinta-Feira 08/10/2020
13h às 17h Gravada e
online
Desenvolvimento de vacinas sintéticas.
Dirlei Nico
Quinta-Feira 15/10/2020
13h às 17h Gravada e
online
Programa Nacional de imunizações
Dirlei Nico
Quinta-Feira 22/10/2020
13h às 17h Gravada e
online Prova final
CB Palatnik de Sousa Dirlei Nico
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DATA HORÁRIO TIPO DE AULA
INTRODUÇÃO À MICROSCOPIA (IMW001)
PROFESSOR
Segunda-Feira 21/09/2020
09h às12h
Assíncrona Google
Classroom
Introdução à Microscopia de Luz
Fernanda Abreu
Segunda-Feira 28/09/2020
09h às12h
Assíncrona Google
Classroom
Microscopia eletrônica de transmissão:
Fernanda Abreu
Segunda-Feira 05/10/2020
09h às12h
Assíncrona Google
Classroom
Microscopia eletrônica de varredura
Fernanda Abreu
Segunda-Feira 19/10/2020
09h às12h
Assíncrona Google
Classroom
Métodos especiais em microscopia
Fernanda Abreu
Segunda-Feira 26/10/2020
09h às12h
Assíncrona Google
Classroom
Avaliação
Fernanda Abreu
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DATA HORÁRIO TIPO DE AULA
MICROBIOTA HUMANA NA SAÚDE E NA DOENÇA ( IMW014)
PROFESSOR
Bem-vindxs alunas e alunos! As aulas gravadas serão disponibilizadas na plataforma google classroom
Em algumas datas (quarta-feira, às 13hs), nos encontraremos no google meet para atividades síncronas, incluindo a discussão dos artigos e respostas às perguntas postadas no google classroom. A participação nos encontros síncronos é altamente recomendada! Fiquem atentos para as datas.
A nota final será uma combinação entre a apresentação de um seminário e os exercícios propostos e corrigidos nas aulas síncronas.
PARTE I
Quarta-Feira 26/08/2020
09h às12h Síncrona
MODULO 1: Introdução ao Curso
Prof.Leandro Lobo e Profa Rosana Ferreira
Quarta-Feira 02/09/2020
09h às12h
Assíncrona
MODULO 2: Técnicas para o estudo da microbiota
Profa Karla Rodrigues
Quarta-Feira 02/09/2020
09h às12h
Assíncrona
MÓDULO 3: Modelos animais para o estudo da microbiota humana Profa Rosana Ferreira
Quarta-Feira 09/09/2020
09h às12h
Assíncrona
MÓDULO 4: Microbiota da cavidade oral Profa Talita Baeta
Quarta-Feira 09/09/2020
09h às12h
Assíncrona
MODULO 5: Microbiota da pele e trato respiratório
Profa Rosana Ferreira
Quarta-Feira 16/09/2020
09h às12h Síncrona Todos os professores da
Parte I
PARTE II
Quarta-Feira 23/09/2020
09h às12h
Assíncrona
MÓDULO 6: Microbiota do trato gastrointestinal Prof.Leandro Lobo
Quarta-Feira 23/09/2020
09h às12h
Assíncrona
MÓDULO 7: Microbiota do trato genito-urinário Prof. Felipe Teixeira
Quarta-Feira 30/09/2020
09h às12h
Assíncrona
MÓDULO 8: Micobioma e Viroma humano Prof. Leandro Lobo
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Quarta-Feira 07/10/2020
09h às12h Síncrona Todos os professores da
PARTE II
PARTE III
Quarta-Feira 14/10/2020
09h às12h
Assíncrona
MÓDULO 9: O efeito de quimioterápicos e outras susbtâncias na microbiota Prof. Eliane Ferreira
Quarta-Feira 14/10/2020
09h às12h
Assíncrona
MÓDULO 10: Probióticos, prebióticos e simbióticos Prof. Leandro Lobo
Quarta-Feira 21/10/2020
Assíncrona MÓDULO 11: Bioprospecção da Microbiota humana Prof. Heidi Pauer
Quarta-Feira 04/11/2020
09h às12h Síncrona Todos os professores da
PARTE III
PARTE IV
Quarta-Feira 11/11/2020
09h às12h Síncrona MÓDULO 12: Apresentação de seminários Prof. Leandro Lobo e
Rosana Ferreira