whole-genome based archaea phylogeny and taxonomy composition vector...
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Supplementary Material To
Whole-genome based Archaea phylogeny and taxonomy — composition vector pproach
By
SUN JianDong1*, XU Zhao1* & HAO BaiLin1,2,3†
1 T-Life Research Center & Department of Physics, Fudan University, Shanghai
200433, China; 2 Institute of Theoretical Physics, Academia Sinica, Beijing 100190, China; 3 Santa Fe Institute, Santa Fe, New Mexico 87501, USA
Archaea branches were cut from CVTrees calculated from 861 = 56 Archaea + 797 Bacteria
+ 8 Eukarya genomes by using the Web Server at:
http://tlife.fudan.edu.cn/cvtree/
The original 861-genome genus trees for K=3 to 7 are given below:
1. K=7 CVTree 861 Populations K=7
Neighbor-Joining/UPGMA method version 3.67
Neighbor-joining method
Negative branch lengths allowed
+====Eremothecium{1}
+-565
+-734 +====Saccharomyces{1}
! !
! +====Schizosaccharomyces{1}
+-810
! ! +====Arabidopsis{1}
! +-805
! ! +====Caenorhabditis{1}
! +-757
! +--------------Drosophila_melanogaster_FlyBase
!
! +====Plasmodium{1}
! !
! ! +-504=Borrelia{8}
! ! +-827
! ! ! +-727=Treponema{3}
! ! +-852
! ! ! ! +-330=Chlamydia{5}
! ! ! ! +-524
! ! ! ! ! +-484=Chlamydophila{7}
! ! ! +-773
! ! ! +====Parachlamydia{1}
! ! !
! ! ! +----------117=Acidithiobacillus{2}
! ! ! !
! ! ! ! +====Alkalilimnicola{1}
! ! ! +-731 +-577
! ! ! ! ! +-646 +====Halorhodospira{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-683 +====Thioalkalivibrio{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! +-695 +====Nitrosococcus{1}
! ! ! ! !
! ! ! ! +====Methylococcus{1}
! ! ! !
! ! ! ! +----Acidovorax_JS42
! ! ! ! +------235
! ! ! ! +-441 +====Diaphorobacter{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! +-481 +------------Acidovorax_avenae_citrulli_AAC00-1
! ! ! ! ! !
! ! ! ! +-535 +====Delftia{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Verminephrobacter{1}
! ! ! ! +-541
! ! ! ! ! ! +-404=Polaromonas{2}
! ! ! ! ! +-501
! ! ! ! +-576 +====Rhodoferax{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Leptothrix{1}
! ! ! ! ! +-531
! ! ! ! ! +====Methylibium{1}
! ! ! +-754 +-662
! ! ! ! ! ! ! +-468=Burkholderia{22}
! ! ! ! ! ! ! +-567
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Cupriavidus{1}
! ! ! ! ! +-673 ! ! ! +-306
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-350 +--------Ralstonia_eutropha_H16
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-604 ! +-384 +-----------Ralstonia_eutropha_JMP134
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-499 +------------Ralstonia_metallidurans_CH34
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Ralstonia_pickettii_12J
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-360
! ! ! ! ! ! ! +-632 ! +-----------Ralstonia_solanacearum
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Herminiimonas{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-361
! ! ! ! ! ! ! ! +====Janthinobacterium{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-347=Polynucleobacter{2}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-453=Bordetella{5}
! ! ! ! ! +-699
! ! ! +-761 ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Aromatoleum{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-493
! ! ! ! ! ! ! ! +-583 +====Azoarcus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-714 ! ! +====Dechloromonas{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-663 +====Methylobacillus{1}
! ! ! ! ! ! ! +-627
! ! ! ! ! ! ! ! +====Thiobacillus{1}
! ! ! ! ! ! +-641
! ! ! ! ! ! ! +-368=Nitrosomonas{2}
! ! ! ! ! ! +-547
! ! ! ! ! ! +====Nitrosospira{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Chromobacterium{1}
! ! ! ! ! +-660
! ! ! ! ! +------269=Neisseria{6}
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-----263=Stenotrophomonas{2}
! ! ! ! ! +-486
! ! ! ! ! ! +-338=Xanthomonas{8}
! ! ! ! +-534
! ! ! ! +-------228=Xylella{4}
! ! ! !
! ! ! ! +-418=Acinetobacter{7}
! ! ! ! +-659
! ! ! ! ! +-470=Psychrobacter{3}
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +--Actinobacillus_pleuropneumoniae_L20
! ! ! ! ! +-115
! ! ! ! ! +--------118 +--Actinobacillus_pleuropneumoniae_serovar_7_AP76
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-398 +--Actinobacillus_pleuropneumoniae_serovar_3_JL03
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-436 +------------Haemophilus_ducreyi_35000HP
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +------------Haemophilus_parasuis_SH0165
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-----------Actinobacillus_succinogenes_130Z
! ! ! +-774 ! +-502 +-380
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Mannheimia{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Haemophilus_influenzae
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-213
! ! ! ! ! ! ! +-463 +-223 +---Haemophilus_influenzae_86_028NP
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +------244 +----Haemophilus_influenzae_PittEE
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----Haemophilus_influenzae_PittGG
! ! ! ! ! ! ! +-458
! ! ! ! ! ! ! ! +----Haemophilus_somnus_129PT
! ! ! ! ! ! ! ! +------227
! ! ! ! ! ! ! +-444 +----Haemophilus_somnus_2336
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Pasteurella{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Citrobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! +-317
! ! ! ! ! ! ! ! +-264=Salmonella{16}
! ! ! ! ! ! ! +-345
! ! ! ! ! ! ! ! +----------Enterobacter_638
! ! ! ! ! ! ! +-366
! ! ! ! ! ! ! ! +----246=Klebsiella{2}
! ! ! ! ! ! ! +-378
! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Enterobacter_sakazakii_ATCC_BAA-894
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +---Escherichia_coli_0127_H6_E2348_69
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_536
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-220 +-154 +Escherichia_coli_APEC_O1
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--95
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-116 +Escherichia_coli_S88
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-157 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_UTI89
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-209 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_CFT073
! ! ! ! ! ! +-626 ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Escherichia_coli_ED1a
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_55989
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-153
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_E24377A
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-130
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_IAI1
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-113
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_SE11
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-242 +-177
! ! ! ! ! ! ! ! +-395 ! ! ! ! +-Escherichia_coli_C_ATCC_8739
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-137
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Escherichia_coli_K_12_substr__DH10B
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--80
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-155 ! +Escherichia_coli_K_12_substr__MG1655
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-216 ! +--58
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Escherichia_coli_K_12_substr__W3110
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_HS
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-226 ! +---Escherichia_coli_SMS_3_5
! ! ! ! +-753 ! ! ! ! ! ! ! ! +-210
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Escherichia_coli_UMN026
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-278 ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Escherichia_coli_O157H7
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-237 ! +--71
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---88 +Escherichia_coli_O157H7_EDL933
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Escherichia_coli_O157_H7_EC4115
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----Escherichia_coli_IAI39
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Shigella_boydii_CDC_3083_94
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-292 ! +-188
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Shigella_boydii_Sb227
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-245
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Shigella_flexneri_2a
! ! ! ! ! ! ! +-476 ! ! ! ! ! ! +--79
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-247 +-146 +Shigella_flexneri_2a_2457T
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-328 ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Shigella_flexneri_5_8401
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----Shigella_sonnei_Ss046
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--------Escherichia_fergusonii_ATCC_35469
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +----------Shigella_dysenteriae
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +------------Erwinia_carotovora_atroseptica_SCRI1043
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-442
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Serratia{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-392
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-326=Yersinia{12}
! ! ! ! ! ! ! +-507 ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-462
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Erwinia_tasmaniensis
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Sodalis{1}
! ! ! +-782 ! ! +-527
! ! ! ! ! ! +-694 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Photorhabdus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-489
! ! ! ! ! ! ! ! +====Proteus{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +----290=Aeromonas{2}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Aliivibrio{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-371
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Vibrio_fischeri_ES114
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------186
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Vibrio_fischeri_MJ11
! ! ! ! ! ! ! ! +-597 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-494 +Vibrio_cholerae
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------62
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Vibrio_cholerae_O395
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----------Vibrio_harveyi_ATCC_BAA-1116
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-424 +-344
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----------Vibrio_parahaemolyticus
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-520 ! +-383
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Vibrio_vulnificus_CMCP6
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-405 +--------152
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Vibrio_vulnificus_YJ016
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------------Vibrio_splendidus_LGP32
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Photobacterium{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-613
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-460=Shewanella{19}
! ! ! ! ! +-742 ! +-639
! ! ! ! ! ! ! ! +====Psychromonas{1}
! ! ! ! ! ! +-664
! ! ! +-785 ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Alteromonas{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-536
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Pseudoalteromonas_atlantica_T6c
! ! ! ! ! ! ! ! +-609
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Colwellia{1}
! ! ! ! ! ! ! +-618 +-598
! ! ! ! ! ! ! ! +--------------Pseudoalteromonas_haloplanktis_TAC125
! ! ! ! ! ! ! !
! ! +-853 ! ! ! ! +====Idiomarina{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Alcanivorax{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-637
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Hahella{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-599
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Marinobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-672
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Chromohalobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-670
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-482=Pseudomonas{16}
! ! ! ! ! ! ! ! +-696
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Marinomonas{1}
! ! ! ! +-788 ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-711
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Cellvibrio{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-619
! ! ! ! ! ! ! ! +====Saccharophagus{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +------------Candidatus_Ruthia_magnifica_Cm_Calyptogena_magnifica_
! ! ! ! ! ! ! ! +-379
! ! ! ! ! ! ! +-751 +------------Candidatus_Vesicomyosocius_okutanii_HA
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Thiomicrospira{1}
! ! ! ! +-799 ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +---------214=Coxiella{5}
! ! ! ! ! ! ! +-745
! ! ! ! ! ! ! +--------233=Legionella{4}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Dichelobacter{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-375=Francisella{9}
! ! ! ! +-843
! ! ! ! ! ! +====Baumannia{1}
! ! ! ! ! ! +-640
! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Candidatus_Blochmannia_floridanus
! ! ! ! ! ! ! +-523
! ! ! ! ! ! ! +-------------Candidatus_Blochmannia_pennsylvanicus_BPEN
! ! ! ! ! ! +-725
! ! ! ! ! ! ! ! +--------------Buchnera_aphidicola
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +Buchnera_aphidicola_5A__Acyrthosiphon_pisum_
! ! ! ! ! ! ! +-668 +--16
! ! ! ! ! ! +-756 ! +------------28 +Buchnera_aphidicola_Tuc7__Acyrthosiphon_pisum_
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-500 +Buchnera_sp
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-769 ! +-------------Buchnera_aphidicola_Sg
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Wigglesworthia{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +--------------Buchnera_aphidicola_Cc_Cinara_cedri
! ! ! ! !
! ! ! ! +-849 +-552=Anaplasma{3}
! ! ! ! ! ! +-653
! ! ! ! ! ! ! +-452=Ehrlichia{5}
! ! ! ! ! ! +-715
! ! ! ! ! ! ! +-407=Wolbachia{4}
! ! ! ! ! ! +-759
! ! ! ! ! ! ! +====Neorickettsia{1}
! ! ! ! ! ! +-807
! ! ! ! ! ! ! ! +----287=Orientia{2}
! ! ! ! ! ! ! +-764
! ! ! ! ! ! ! +-434=Rickettsia{11}
! ! ! ! ! +-838
! ! ! ! ! +--------------Candidatus_Pelagibacter_ubique_HTCC1062
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Acidothermus{1}
! ! ! ! ! +-657
! ! ! ! ! ! +====Thermobifida{1}
! ! ! ! ! +-692
! ! ! ! ! ! +-491=Frankia{3}
! ! ! ! ! +-698
822-829 ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-525=Mycobacterium{20}
! ! ! ! ! ! ! +-569
! ! ! ! ! ! ! +-636 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Nocardia{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-521
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Rhodococcus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-713 +-682 +====Saccharopolyspora{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Nocardioides{1}
! ! ! ! ! ! ! +-669
! ! ! ! ! ! ! ! +---320=Salinispora{2}
! ! ! ! ! ! ! +-665
! ! ! ! ! ! ! +-443=Streptomyces{3}
! ! ! ! ! +-735 !
! ! ! ! ! ! ! ! +-387=Arthrobacter{3}
! ! ! ! ! ! ! ! +-529
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Renibacterium{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-594
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Kocuria{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-666
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----280=Clavibacter{2}
! ! ! ! ! ! ! +-681 +-554
! ! ! ! ! ! ! ! +====Leifsonia{1}
! ! ! ! ! +-737 ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Kineococcus{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Propionibacterium{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-562=Corynebacterium{7}
! ! ! ! ! +-765
! ! ! ! ! ! +-478=Bifidobacterium{5}
! ! ! ! ! +-792
! ! ! ! ! ! +-------------48=Tropheryma{2}
! ! ! ! ! +-854
! ! ! ! ! ! ! +====Coprothermobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +--336=Dictyoglomus{2}
! ! ! ! ! ! ! +-819 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Fervidobacterium{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-593
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-448=Thermosipho{2}
! ! ! ! ! ! ! ! +-816 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-689
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-611=Thermotoga{5}
! ! ! ! ! ! +-846 ! !
! ! ! ! ! +-856 ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-744
! ! ! ! ! ! ! ! +====Petrotoga{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +---313=Dehalococcoides{3}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Elusimicrobium{1}
! ! ! ! ! ! +-821
! ! ! ! ! ! +--------------uncultured_Termite_group_1_bacterium_phylotype_Rs_D17
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-581=Alkaliphilus{2}
! ! ! ! ! ! +-733
! ! ! ! ! ! ! +--------------Clostridium_difficile_630
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +--------------Clostridium_acetobutylicum
! ! ! ! ! ! ! +-633
! ! ! ! ! ! ! ! ! +Clostridium_kluyveri_DSM_555
! ! ! ! ! ! ! ! +--------------13
! ! ! ! ! ! ! ! +Clostridium_kluyveri_NBRC_12016
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +Clostridium_botulinum_A
! ! ! ! ! ! +-752 ! +--47
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Clostridium_botulinum_A_ATCC_19397
! ! ! ! ! ! ! ! +-643 ! +--23
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-211 +Clostridium_botulinum_A_Hall
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Clostridium_botulinum_B1_Okra
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--------241 +-163
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Clostridium_botulinum_F_Langeland
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-587 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----Clostridium_botulinum_A3_Loch_Maree
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-612 !
! ! ! ! ! ! ! +-677 ! +--------------Clostridium_tetani_E88
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-775 ! +--------------Clostridium_novyi_NT
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Clostridium_beijerinckii_NCIMB_8052
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-539
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------Clostridium_botulinum_B_Eklund_17B
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----274
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------Clostridium_botulinum_E3_Alaska_E43
! ! ! ! ! ! ! ! +-614
! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Clostridium_perfringens
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-183
! ! ! ! ! ! ! ! +-------249 +---Clostridium_perfringens_ATCC_13124
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-776 ! +-----Clostridium_perfringens_SM101
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +--------------Clostridium_phytofermentans_ISDg
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Anaerocellum{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-358
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Caldicellulosiruptor{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-723
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-394=Thermoanaerobacter{3}
! ! ! ! ! ! ! +-755
! ! ! ! ! ! ! ! +--------------Clostridium_cellulolyticum_H10
! ! ! ! ! ! ! +-635
! ! ! ! ! ! ! +--------------Clostridium_thermocellum_ATCC_27405
! ! ! ! ! ! +-793
! ! ! ! ! ! ! ! +--------------Candidatus_Desulforudis_audaxviator_MP104C
! ! ! ! ! ! ! ! +-679
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Desulfotomaculum{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-621
! ! ! ! ! ! ! ! +-709 +====Pelotomaculum{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Heliobacterium{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-720 +-705
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Moorella{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-741 +====Carboxydothermus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------207=Desulfitobacterium{2}
! ! ! ! ! ! ! ! +-758
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Syntrophomonas{1}
! ! ! ! ! ! ! +-781
! ! ! ! ! ! ! ! +====Halothermothrix{1}
! ! ! ! ! ! ! +-771
! ! ! ! ! ! ! +====Natranaerobius{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Anoxybacillus{1}
! ! ! ! ! ! ! +-477
! ! ! ! ! ! ! ! +-327=Geobacillus{2}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-575 +-----------Bacillus_amyloliquefaciens_FZB42
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-355
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Bacillus_subtilis
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-430
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Bacillus_licheniformis_ATCC_14580
! ! ! ! ! ! ! ! +-454 +------------11
! ! ! ! ! ! ! ! ! +Bacillus_licheniformis_DSM_13
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Bacillus_pumilus_SAFR-032
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +Bacillus_anthracis_Ames
! ! ! ! ! ! ! ! +--8
! ! ! ! ! ! ! ! +--44 +Bacillus_anthracis_Ames_0581
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-136 +Bacillus_anthracis_str_Sterne
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-181 +--Bacillus_cereus_AH820
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-582 +-196 +---Bacillus_thuringiensis_konkukian
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Bacillus_cereus_03BB102
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-201 +-101
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Bacillus_thuringiensis_Al_Hakam
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-252 +---Bacillus_cereus_ZK
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Bacillus_cereus_AH187
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-112
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-239 +-Bacillus_cereus_Q1
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-272 !
! ! ! ! ! ! ! +-610 ! ! ! +----Bacillus_cereus_ATCC_10987
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Bacillus_cereus_ATCC14579
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--283 ! +-187
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-234 +---Bacillus_cereus_B4264
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-353 ! +----Bacillus_cereus_G9842
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-628 ! ! +-------Bacillus_weihenstephanensis_KBAB4
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-858 ! ! ! ! +-----------Bacillus_cereus_cytotoxis_NVH_391-98
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Bacillus_clausii_KSM-K16
! ! ! ! ! ! ! ! +-651 ! +-557
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Bacillus_halodurans
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-686 ! +====Oceanobacillus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Lysinibacillus{1}
! ! ! +-855 ! ! +-826 ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Exiguobacterium{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-697
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----279=Listeria{5}
! ! ! ! ! ! ! ! +-707
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Macrococcus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-571
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-479=Staphylococcus{19}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Enterococcus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-667
! ! ! ! ! ! ! +-768 ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---307=Lactococcus{3}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-622
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-522=Streptococcus{38}
! ! ! ! ! ! +-828 ! !
! ! ! ! +-859 ! ! ! ! !
! ! +-851 ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-724
! ! ! ! ! ! ! +-847 ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--------------Lactobacillus_brevis_ATCC_367
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-600
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-732 ! ! +--------------Lactobacillus_plantarum
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-644 +-------------Lactobacillus_fermentum_IFO_3956
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-528
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Lactobacillus_reuteri_DSM_20016
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------------29
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-623 +Lactobacillus_reuteri_F275_Kitasato
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-648 ! +--------------Lactobacillus_salivarius_UCC118
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-616
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Pediococcus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Lactobacillus_casei
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------191
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-710 +-591 +---Lactobacillus_casei_ATCC_334
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--------------Lactobacillus_sakei_23K
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-429=Leuconostoc{2}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-652
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Oenococcus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Lactobacillus_acidophilus_NCFM
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-377
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Lactobacillus_helveticus_DPC_4571
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-509
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------Lactobacillus_gasseri_ATCC_33323
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--319
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-555 +---------Lactobacillus_johnsonii_NCC_533
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Lactobacillus_delbrueckii_bulgaricus
! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------128
! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Lactobacillus_delbrueckii_bulgaricus_ATCC_BAA-365
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Finegoldia{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-815
! ! ! ! ! ! ! ! +====Fusobacterium{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Brachyspira{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Aquifex{1}
! ! ! ! ! ! ! +-690
! ! ! ! ! ! ! ! +====Hydrogenobaculum{1}
! ! ! ! ! ! ! +-739
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Persephonella{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-573
! ! ! ! ! ! ! +-814 +-437=Sulfurihydrogenibium{2}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Thermodesulfovibrio{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Arcobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-701 +====Nitratiruptor{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-624
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-661 +====Sulfurovum{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-717 !
! ! ! ! ! ! +-844 ! ! +====Sulfurimonas{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Nautilia{1}
! ! ! ! ! ! +-747
! ! ! ! ! ! ! +-630=Campylobacter{10}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-730 +--------Helicobacter_acinonychis_Sheeba
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +----Helicobacter_pylori_26695
! ! ! ! ! ! ! ! +-231
! ! ! ! ! ! ! ! +-238 +----Helicobacter_pylori_HPAG1
! ! ! ! ! ! ! +----299 ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-240 +----Helicobacter_pylori_P12
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-253 +----Helicobacter_pylori_G27
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-678 +-260 +-----Helicobacter_pylori_J99
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-----Helicobacter_pylori_Shi470
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +--------------Helicobacter_hepaticus
! ! ! ! ! ! +-656
! ! ! ! ! ! +====Wolinella{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Acaryochloris{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Anabaena{1}
! ! ! ! ! ! ! +----267
! ! ! ! ! ! ! +-402 +------Nostoc_sp
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-602 +-586 +------------Nostoc_punctiforme_PCC_73102
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Cyanothece_PCC_7425
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-551
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Thermosynechococcus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-592 +-------------Cyanothece_ATCC_51142
! ! ! ! ! ! ! ! +-459
! ! ! ! ! ! ! ! +-513 +-------------Cyanothece_PCC_8801
! ! ! ! ! ! +-608 ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-542 +-------------Cyanothece_PCC_7424
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-566 +====Microcystis{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Synechococcus_PCC_7002
! ! ! ! ! ! +-638 ! +-546
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Synechocystis{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +Synechococcus_elongatus_PCC_6301
! ! ! ! ! ! ! ! +-------------24
! ! ! ! ! ! +-680 ! +Synechococcus_elongatus_PCC_7942
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Trichodesmium{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-703 ! +---------Synechococcus_sp._JA-2-3B-a_2-13
! ! ! ! ! ! ! ! +---309
! ! ! ! ! ! ! ! +---------Synechococcus_sp._JA-3-3Ab
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Gloeobacter{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +------Prochlorococcus_marinus_AS9601
! ! ! ! ! ! ! +-271
! ! ! ! ! ! ! +-288 +------Prochlorococcus_marinus_MIT_9301
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-305 +--------Prochlorococcus_marinus_MIT_9215
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-381 +---------Prochlorococcus_marinus_MIT_9312
! ! ! ! ! ! +-736 ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----------Prochlorococcus_marinus_MED4
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-331
! ! ! ! ! ! ! ! +-553 +----------Prochlorococcus_marinus_MIT_9515
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------------Prochlorococcus_marinus_CCMP1375
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-439
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------------Prochlorococcus_marinus_MIT_9211
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-496
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Prochlorococcus_marinus_NATL1A
! ! ! ! ! ! ! ! ! +--------202
! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Prochlorococcus_marinus_NATL2A
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-584 +-----Prochlorococcus_marinus_MIT9313
! ! ! ! ! ! ! ! +------243
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----Prochlorococcus_marinus_MIT_9303
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-451 +------------Synechococcus_CC9311
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-388
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------------Synechococcus_WH_7803
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-426
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Synechococcus_CC9605
! ! ! ! ! ! ! +-506 ! +-364
! ! ! ! ! ! ! ! +-369 +-----------Synechococcus_sp_WH8102
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-835 ! +-----------Synechococcus_CC9902
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Synechococcus_RCC307
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Acidobacteria{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-642
! ! ! ! ! ! ! ! +-721 +====Acidobacterium{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Solibacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-812
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-464=Anaeromyxobacter{4}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-722
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Myxococcus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-763
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Sorangium{1}
! ! ! ! ! ! +-839 +-830
! ! ! ! +-857 ! ! ! +-346=Chloroflexus{3}
! ! ! ! ! ! ! ! +-568
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-340=Roseiflexus{2}
! ! ! ! ! ! ! ! +-708
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Herpetosiphon{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-790
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Rubrobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-780
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Thermomicrobium{1}
! ! ! ! ! ! ! +-811
! ! ! ! ! ! ! ! +-457=Deinococcus{2}
! ! ! ! ! ! ! ! +-719
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------108=Thermus{2}
! ! ! ! ! ! ! +-804
! ! ! ! ! ! ! +====Symbiobacterium{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-840 +====Pirellula{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Chlorobaculum{1}
! ! ! ! ! ! ! +-354
! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Chlorobium_tepidum_TLS
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-516 +-------------Chlorobium_limicola_DSM_245
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-446
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-474 +-------------Chlorobium_phaeobacteroides_DSM_266
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-508 +-------------Pelodictyon_phaeoclathratiforme_BU_1
! ! ! ! ! ! ! +-532 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------------Pelodictyon_luteolum_DSM_273
! ! ! ! ! +-842 ! ! ! +-399
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------------Prosthecochloris_vibrioformis_DSM_265
! ! ! ! ! ! ! ! +-548 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Chlorobium_chlorochromatii_CaD3
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-649 ! +-------------Chlorobium_phaeobacteroides_BS1
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-473
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Prosthecochloris_aestuarii_DSM_271
! ! ! ! ! ! ! +-817 !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Chloroherpeton{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Salinibacter{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Akkermansia{1}
! ! ! ! ! ! ! +-795
! ! ! ! ! ! +-818 +====Opitutus{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Methylacidiphilum{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Acidiphilium{1}
! ! ! ! ! ! +-601
! ! ! ! ! ! ! +====Granulobacter{1}
! ! ! ! ! ! +-620
! ! ! ! ! ! ! ! +----------111=Gluconacetobacter{2}
! ! ! ! ! ! ! +-558
! ! ! ! ! ! ! +====Gluconobacter{1}
! ! ! ! ! ! +-718
! ! ! ! ! ! ! ! +====Magnetospirillum{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-631
! ! ! ! ! ! ! +-654 +--------------Rhodospirillum_rubrum_ATCC_11170
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +--------------Rhodospirillum_centenum_SW
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +------------Agrobacterium_radiobacter_K84
! ! ! ! ! ! ! +-420
! ! ! ! ! ! ! ! +--295=Rhizobium{4}
! ! ! ! ! ! ! +-480
! ! ! ! ! ! ! +-490 ! +-------------Agrobacterium_tumefaciens_C58_Cereon
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-475
! +-836 ! ! ! ! ! ! +-------------Agrobacterium_vitis_S4
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +----282=Sinorhizobium{2}
! ! ! ! ! ! +-543
! ! ! ! ! ! +-561 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +------143=Brucella{9}
! ! ! ! ! ! ! ! +-342
! ! ! ! ! ! ! ! +====Ochrobactrum{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-544=Mesorhizobium{2}
! ! ! ! ! ! +-650
! ! ! ! ! ! ! +-423=Bartonella{4}
! ! ! ! ! +-738 !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Azorhizobium{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-487
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Xanthobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-603 +-431=Bradyrhizobium{3}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-497
! ! ! ! +-845 ! ! +-704 ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-356=Nitrobacter{2}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-488
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-406=Rhodopseudomonas{6}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-514
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Oligotropha{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-625
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-510=Methylobacterium{6}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-634
! ! ! ! ! ! ! ! +-726 ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-684 !
! ! ! ! ! ! +-746 ! ! ! ! ! +====Beijerinckia{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-537
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Methylocella{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Parvibaculum{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Dinoroseobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-517
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Roseobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-498
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-533 ! +====Ruegeria{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-469
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Silicibacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-728 ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Jannaschia{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-570
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Paracoccus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-549
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-332=Rhodobacter{4}
! ! ! ! ! ! +-808 ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-428=Caulobacter{3}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-538
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Phenylobacterium{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-685
! ! ! ! +-848 ! ! ! ! ! +====Hyphomonas{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-676
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Maricaulis{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Erythrobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-540
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-560 +====Novosphingobium{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-589 +====Sphingopyxis{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-655 +====Sphingomonas{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Zymomonas{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Magnetococcus{1}
! ! ! ! ! ! ! +-834
! ! ! ! ! ! ! ! ! +--------------Candidatus_Desulfococcus_oleovorans_Hxd3
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-675
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-693 +====Desulfatibacillum{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-760 +====Desulfobacterium{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Desulfotalea{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------------Geobacter_FRC_32
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-438
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------------Geobacter_uraniumreducens_Rf4
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-518
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------------Geobacter_metallireducens_GS-15
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-777 +-530 +-425
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------------Geobacter_sulfurreducens
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-580 +-------------Geobacter_bemidjiensis_Bem
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Geobacter_lovleyi_SZ
! ! ! ! ! ! +-841 ! ! ! +-687 +-550
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Pelobacter_propionicus_DSM_2379
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-772 +--------------Pelobacter_carbinolicus
! ! ! ! ! ! ! +-794 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Syntrophobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-750
! ! ! ! ! ! ! ! +====Syntrophus{1}
! ! ! +-850 ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-607=Desulfovibrio{5}
! ! ! ! ! ! +-700
! ! ! ! ! ! +====Lawsonia{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Bdellovibrio{1}
! ! ! ! !
! ! ! ! +-629=Leptospira{6}
! ! ! !
! ! ! ! +-492=Bacteroides{4}
! ! ! ! +-559
! ! ! ! ! +====Parabacteroides{1}
! ! ! ! +-647
! ! ! ! ! +--------219=Porphyromonas{2}
! ! ! ! +-712
! ! ! ! ! +--------------Candidatus_Azobacteroides_pseudotrichonymphae_genomovar__CFP2
! ! ! ! +-787
! ! ! ! ! ! +====Cytophaga{1}
! ! ! ! ! +-748
! ! ! +-796 ! +-526=Flavobacterium{2}
! ! ! ! +-606
! ! ! ! +====Gramella{1}
! ! ! !
! ! ! +--------------Candidatus_Amoebophilus_asiaticus_5a2
! ! !
! ! ! +====Acholeplasma{1}
! ! ! !
! ! ! ! +====Aster{1}
! ! ! +-797 +--318
! ! ! ! ! +-564 +====Onion{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! +-706 +-------------Candidatus_Phytoplasma_australiense
! ! ! ! !
! ! ! ! +--------------Candidatus_Phytoplasma_mali
! ! ! !
! ! ! ! +====Mesoplasma{1}
! ! ! ! +-691
! ! ! ! ! ! +-----------Mycoplasma_capricolum_ATCC_27343
! ! ! ! ! +-363
! ! ! ! ! +-----------Mycoplasma_mycoides
! ! +-837 !
! ! ! ! +--------------Mycoplasma_agalactiae_PG2
! ! ! +-820 +-767
! ! ! ! ! +-770 +--------------Mycoplasma_arthritidis_158L3_1
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-778 +--------------Mycoplasma_pulmonis
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! +-784 +--------------Mycoplasma_mobile_163K
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +--Mycoplasma_hyopneumoniae_232
! ! ! ! +----------145
! ! ! ! ! +--Mycoplasma_hyopneumoniae_7448
! ! ! ! +-127
! ! +-825 +--Mycoplasma_hyopneumoniae_J
! ! !
! ! ! +--------------Mycoplasma_gallisepticum
! ! ! +-702
! ! ! ! +--------------Mycoplasma_synoviae_53
! ! ! +-791
! ! ! ! ! +-------------Mycoplasma_genitalium
! ! ! +-800 +-519
! ! ! ! ! +-------------Mycoplasma_pneumoniae
! ! ! ! !
! ! ! ! +--------------Mycoplasma_penetrans
! ! +-801
! ! +---316=Ureaplasma{3}
! !
! ! +====Aeropyrum{1}
! ! +-729
! ! ! +====Hyperthermus{1}
! ! +-762
! ! ! ! +====Desulfurococcus{1}
! ! +-779 +-658
! ! ! ! +====Staphylothermus{1}
! ! +-786 !
! ! ! ! +====Ignicoccus{1}
! ! ! !
! ! ! +====Thermofilum{1}
! ! +-789
! ! ! ! +====Caldivirga{1}
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +------------Pyrobaculum_aerophilum
! ! ! +-743 +-409
! ! ! ! +-465 +------------Pyrobaculum_arsenaticum_DSM_13514
! ! ! ! ! !
! ! +-803 +-472 +-------------Pyrobaculum_calidifontis_JCM_11548
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-----------Pyrobaculum_islandicum_DSM_4184
! ! ! ! +-349
! ! ! ! +====Thermoproteus{1}
! ! ! !
! ! +-813 ! +====Metallosphaera{1}
! ! ! ! +-596
! ! ! ! +-574=Sulfolobus{3}
! ! ! !
! ! ! +--------------Candidatus_Korarchaeum_cryptofilum_OPF8
! ! +-824
! ! ! ! +====Picrophilus{1}
! ! +-831 +-671
! ! ! ! +-456=Thermoplasma{2}
! ! ! !
! ! ! +====Nanoarchaeum{1}
! ! !
! ! ! +====Archaeoglobus{1}
! ! ! +-783
! ! ! ! ! +-400=Pyrococcus{3}
! ! ! ! +-505
! ! ! +-802 +-408=Thermococcus{2}
! ! ! ! !
! ! ! ! +====Methanopyrus{1}
! ! ! !
! ! ! +-806 +====Methanobacterium{1}
! ! ! ! ! +-688
! ! ! ! ! +-716 +====Methanobrevibacter{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Methanosphaera{1}
! ! ! ! +-798
! ! ! ! +-617=Methanococcus{7}
! +-833 !
! ! +-809
! ! ! ! +--------------Candidatus_Methanoregula_boonei_6A8
! ! ! ! +-579
! ! ! ! +-595 +--------------Candidatus_Methanosphaerula_palustris_E1_9c
! ! ! ! ! !
! ! ! ! +-645 +====Methanoculleus{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! +-674 +====Methanospirillum{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Methanocorpusculum{1}
! ! ! ! !
! ! ! +-766 +====Methanococcoides{1}
! ! +-823 ! +-615
! ! ! ! ! ! +-413=Methanosarcina{3}
! ! ! ! ! +-740
! ! ! ! ! ! +====Methanosaeta{1}
! ! ! ! +-749
! ! ! ! +--------------uncultured_methanogenic_archaeon_RC-I
! ! ! !
! ! ! ! +====Haloarcula{1}
! +-832 ! +-563
! ! ! +-572 +====Natronomonas{1}
! ! ! ! !
! ! ! +-585 +====Halorubrum{1}
! ! ! ! !
! ! +-588 +====Haloquadratum{1}
! ! !
! ! +-------------25=Halobacterium{2}
! !
! +====Nitrosopumilus{1}
!
+====Encephalitozoon{1}
remember: (although rooted by outgroup) this is an unrooted tree!
2. K=6 CVTree 861 Populations K=6
Neighbor-Joining/UPGMA method version 3.67
Neighbor-joining method
Negative branch lengths allowed
+====Eremothecium{1}
+-560
+-736 +====Saccharomyces{1}
! !
! +====Schizosaccharomyces{1}
+-813
! ! +====Arabidopsis{1}
! +-809
+-819 ! +====Caenorhabditis{1}
! ! +-764
! ! +--------------Drosophila_melanogaster_FlyBase
! !
! +====Plasmodium{1}
!
! +-470=Borrelia{8}
! +-818
! ! +-699=Treponema{3}
! +-847
! ! ! +====Brachyspira{1}
! ! +-828
! ! +====Fusobacterium{1}
! !
! ! +--322=Chlamydia{5}
! ! +-494
! ! ! +-449=Chlamydophila{7}
! ! +-752
! ! ! +====Parachlamydia{1}
! ! !
! ! ! +====Acaryochloris{1}
! ! ! !
! ! ! ! +====Anabaena{1}
! ! ! ! +----276
! ! ! ! +-439 +------Nostoc_sp
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +------------Nostoc_punctiforme_PCC_73102
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +------------Cyanothece_ATCC_51142
! ! ! ! +-608 +-480
! ! ! ! ! ! +-527 +------------Cyanothece_PCC_8801
! ! ! +-640 ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-554 +-------------Cyanothece_PCC_7424
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-573 +====Microcystis{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-615 ! +-------------Synechococcus_PCC_7002
! ! ! ! ! ! ! +-555
! ! ! ! ! ! ! +====Synechocystis{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-------------Cyanothece_PCC_7425
! ! ! +-686 ! ! ! +-564
! ! ! ! ! +-623 ! ! +====Thermosynechococcus{1}
! ! ! ! ! ! +-595
! ! ! ! ! ! ! +Synechococcus_elongatus_PCC_6301
! ! ! ! ! ! +------------25
! ! ! ! ! ! +Synechococcus_elongatus_PCC_7942
! ! ! +-708 ! !
! ! ! ! ! ! +====Trichodesmium{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +--------Synechococcus_sp._JA-2-3B-a_2-13
! ! ! ! ! +----311
! ! ! ! ! +--------Synechococcus_sp._JA-3-3Ab
! ! ! ! !
! ! ! ! +====Gloeobacter{1}
! ! ! !
! ! ! ! +-----Prochlorococcus_marinus_AS9601
! ! ! ! +-264
! ! ! ! +-283 +-----Prochlorococcus_marinus_MIT_9301
! ! ! ! ! !
! ! ! ! +-294 +------Prochlorococcus_marinus_MIT_9215
! ! ! +-748 ! !
! ! ! ! ! +-363 +-------Prochlorococcus_marinus_MIT_9312
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +--------Prochlorococcus_marinus_MED4
! ! ! ! ! ! +-318
! ! ! ! ! +-526 +--------Prochlorococcus_marinus_MIT_9515
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +------------Prochlorococcus_marinus_CCMP1375
! ! ! ! ! ! ! +-427
! ! ! ! ! ! ! ! +------------Prochlorococcus_marinus_MIT_9211
! ! ! ! ! ! +-487
! ! ! ! ! ! ! +--Prochlorococcus_marinus_NATL1A
! ! ! ! ! ! +--------180
! ! ! ! ! ! +--Prochlorococcus_marinus_NATL2A
! ! ! ! ! !
! ! ! ! +-565 +----Prochlorococcus_marinus_MIT9313
! ! ! ! ! +------254
! ! ! ! ! ! +----Prochlorococcus_marinus_MIT_9303
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-468 +-----------Synechococcus_CC9311
! ! ! ! ! ! ! +-395
! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Synechococcus_WH_7803
! ! ! ! ! ! +-429
! ! ! ! ! ! ! +----------Synechococcus_CC9605
! ! ! ! +-505 ! +-370
! ! ! ! ! +-377 +----------Synechococcus_sp_WH8102
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +----------Synechococcus_CC9902
! ! ! ! !
! ! ! ! +------------Synechococcus_RCC307
! ! ! !
! ! ! ! +====Acidothermus{1}
! ! ! ! +-659
! ! ! ! ! +====Thermobifida{1}
! ! ! ! +-696
! ! ! ! ! ! +====Nocardioides{1}
! ! ! ! ! +-692
! ! ! ! ! ! +---336=Salinispora{2}
! ! ! ! ! +-687
! ! ! ! ! +-458=Streptomyces{3}
! ! ! ! +-711
! ! ! ! ! +-501=Frankia{3}
! ! ! ! +-720
! ! ! +-852 ! !
! ! ! ! ! ! ! +-539=Mycobacterium{20}
! ! ! ! ! ! ! +-590
! ! ! ! ! +-732 ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-671 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Nocardia{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-533
! ! ! ! ! ! ! ! +====Rhodococcus{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Saccharopolyspora{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-398=Arthrobacter{3}
! ! ! ! ! ! ! +-534
! ! ! ! ! ! ! ! +====Renibacterium{1}
! ! ! ! ! ! ! +-601
! ! ! ! ! +-746 ! ! +====Kocuria{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-670
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----273=Clavibacter{2}
! ! ! ! ! ! ! +-680 +-543
! ! ! ! ! ! ! ! +====Leifsonia{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Kineococcus{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-572=Corynebacterium{7}
! ! ! ! ! +-754
! ! ! ! ! ! +====Propionibacterium{1}
! ! ! ! ! +-771
! ! ! ! ! ! +-476=Bifidobacterium{5}
! ! ! ! ! +-788
! ! ! ! ! ! +-------------34=Tropheryma{2}
! ! ! ! ! !
! ! ! +-854 ! ! +-356=Chloroflexus{3}
! ! ! ! ! +-848 +-584
! ! ! ! ! ! ! +--346=Roseiflexus{2}
! ! ! ! ! ! +-731
! ! ! ! ! ! ! +====Herpetosiphon{1}
! ! ! ! ! ! +-805
! ! ! ! ! ! ! +====Thermomicrobium{1}
! ! ! ! ! ! +-824
! ! ! ! ! ! ! ! +-461=Deinococcus{2}
! ! ! ! ! ! ! ! +-722
! ! ! ! ! ! ! ! ! +----------111=Thermus{2}
! ! ! ! ! ! ! +-816
! ! ! ! ! +-840 +====Rubrobacter{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-----304=Dehalococcoides{3}
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Acidobacteria{1}
! ! ! ! ! +-682
! ! ! ! ! +-755 +====Acidobacterium{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Solibacter{1}
! ! ! ! ! +-834
! ! ! ! ! ! ! +-441=Anaeromyxobacter{4}
! ! ! ! ! ! ! +-741
! ! ! ! ! ! ! ! +====Myxococcus{1}
! +-858 ! ! ! ! +-775
! ! ! ! ! ! ! +====Sorangium{1}
! ! ! ! ! ! +-843
! ! ! ! ! ! ! ! +====Akkermansia{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-814
! ! ! ! ! ! ! ! +-826 +====Methylacidiphilum{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-850 +-842 +====Opitutus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Pirellula{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Bdellovibrio{1}
! ! ! ! ! ! ! +-844
! ! ! ! ! ! ! +-620=Leptospira{6}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-506=Bacteroides{4}
! ! ! ! ! ! ! +-577
! ! ! ! ! +-853 ! +====Parabacteroides{1}
! ! ! ! ! ! +-645
! ! ! ! ! ! ! +--------188=Porphyromonas{2}
! ! ! ! ! ! +-694
! ! ! ! ! ! ! +--------------Candidatus_Azobacteroides_pseudotrichonymphae_genomovar__CFP2
! ! ! ! ! ! +-790
! ! ! ! ! ! ! ! +====Cytophaga{1}
! ! ! ! ! ! ! +-750
! ! ! ! ! ! +-798 ! +-520=Flavobacterium{2}
! ! ! ! ! ! ! ! +-602
! ! ! ! ! ! ! ! +====Gramella{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +--------------Candidatus_Amoebophilus_asiaticus_5a2
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Chlorobaculum{1}
! ! ! ! ! ! ! +-355
! ! ! ! ! ! ! ! +----------Chlorobium_tepidum_TLS
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-509 +------------Chlorobium_limicola_DSM_245
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-432
! ! ! ! ! +-845 ! ! +-467 +------------Chlorobium_phaeobacteroides_DSM_266
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-496 +------------Pelodictyon_phaeoclathratiforme_BU_1
! ! ! ! ! ! +-518 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Pelodictyon_luteolum_DSM_273
! ! ! ! ! ! ! ! +-392
! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Prosthecochloris_vibrioformis_DSM_265
! ! ! ! ! ! +-538 !
! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Chlorobium_chlorochromatii_CaD3
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-654 ! +------------Chlorobium_phaeobacteroides_BS1
! ! ! ! ! ! ! ! +-466
! ! ! ! ! ! ! ! +------------Prosthecochloris_aestuarii_DSM_271
! ! ! ! ! +-829 !
! ! ! ! ! ! +====Chloroherpeton{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Salinibacter{1}
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Acidiphilium{1}
! ! ! ! ! +-604
! ! ! ! ! ! +====Granulobacter{1}
! ! ! ! ! +-634
! ! ! ! ! ! ! +---------129=Gluconacetobacter{2}
! ! ! ! ! ! +-558
! ! ! ! ! ! +====Gluconobacter{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +------------Agrobacterium_radiobacter_K84
! ! ! ! ! ! +-444
! ! ! ! ! ! ! +---303=Rhizobium{4}
! ! ! ! ! ! +-500
! ! ! ! ! ! ! +---287=Sinorhizobium{2}
! ! ! ! ! ! +-512
! ! ! ! ! ! ! ! +------------Agrobacterium_tumefaciens_C58_Cereon
! ! ! ! ! ! ! +-492
! ! ! ! ! ! ! +------------Agrobacterium_vitis_S4
! ! ! ! ! ! +-571
! ! ! ! ! ! +-583 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +------141=Brucella{9}
! ! ! ! ! ! ! ! +-353
! ! ! ! ! ! ! ! +====Ochrobactrum{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-568=Mesorhizobium{2}
! ! ! ! ! ! +-651
! ! ! ! ! ! ! +-397=Bartonella{4}
! ! ! ! ! +-756 !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Azorhizobium{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-498
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Xanthobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-713 +-632 +-453=Bradyrhizobium{3}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-514
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-421=Rhodopseudomonas{6}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-530
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-647 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-369=Nitrobacter{2}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-504
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Oligotropha{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-510=Methylobacterium{6}
! ! ! ! ! ! ! ! +-653
! ! ! ! ! ! ! +-738 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Beijerinckia{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-546
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Methylocella{1}
! ! ! ! ! +-761 ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-438=Caulobacter{3}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-545
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Phenylobacterium{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-693
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Hyphomonas{1}
! ! ! ! ! ! ! +-743 ! +-704 +-691
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Maricaulis{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-730 +====Parvibaculum{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Magnetospirillum{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-655
! ! ! ! ! ! ! ! +-676 +-------------Rhodospirillum_rubrum_ATCC_11170
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Rhodospirillum_centenum_SW
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Dinoroseobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-521
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Roseobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-516
! ! ! ! ! ! ! ! +-541 ! +====Ruegeria{1}
! ! ! ! ! +-812 ! ! ! ! +-477
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Silicibacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Jannaschia{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-580
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Paracoccus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-552
! ! ! ! ! ! ! ! +--328=Rhodobacter{4}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Erythrobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-548
! ! ! ! ! ! ! ! +-566 +====Novosphingobium{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-611 +====Sphingopyxis{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-664 +====Sphingomonas{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Zymomonas{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +--------------Candidatus_Pelagibacter_ubique_HTCC1062
! ! ! ! ! +-825
! ! ! ! ! ! ! +-519=Anaplasma{3}
! ! ! ! ! ! ! +-605
! ! ! ! ! ! ! ! +-410=Ehrlichia{5}
! ! ! ! ! ! ! +-657
! ! ! ! ! ! ! ! +-379=Wolbachia{4}
! ! ! ! ! ! ! +-739
! ! ! ! ! ! ! ! +====Neorickettsia{1}
! ! ! ! ! ! +-785
! ! +-859 ! ! !
! ! ! ! ! ! +-------270=Orientia{2}
! ! ! ! ! +-721
! ! ! ! ! +-396=Rickettsia{11}
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-----------115=Acidithiobacillus{2}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Alkalilimnicola{1}
! ! ! ! ! +-751 +-576
! ! ! ! ! ! ! +-667 +====Halorhodospira{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-698 +====Thioalkalivibrio{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-702 +====Nitrosococcus{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Methylococcus{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +----Acidovorax_JS42
! ! ! ! ! ! +------248
! ! ! ! ! ! +-437 +====Diaphorobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-489 +------------Acidovorax_avenae_citrulli_AAC00-1
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-542 +====Delftia{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Verminephrobacter{1}
! ! ! ! ! ! +-561
! ! ! ! ! ! ! ! +-418=Polaromonas{2}
! ! ! ! ! ! ! +-517
! ! ! ! ! ! +-586 +====Rhodoferax{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Leptothrix{1}
! ! ! ! ! ! ! +-524
! ! ! ! ! ! ! +====Methylibium{1}
! ! ! +-856 ! ! !
! ! ! ! ! ! +-768 +-668
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-478=Burkholderia{22}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-582
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Cupriavidus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-310
! ! ! ! ! ! ! ! +-673 ! ! ! +-361 +--------Ralstonia_eutropha_H16
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-627 ! +-393 +----------Ralstonia_eutropha_JMP134
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-515 +-----------Ralstonia_metallidurans_CH34
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----------Ralstonia_pickettii_12J
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-371
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-638 ! +----------Ralstonia_solanacearum
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Herminiimonas{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-374
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Janthinobacterium{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--347=Polynucleobacter{2}
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-459=Bordetella{5}
! ! ! ! ! ! ! ! +-705
! ! ! ! ! ! +-773 ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Aromatoleum{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-499
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-593 +====Azoarcus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-724 ! ! +====Dechloromonas{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-683 +====Methylobacillus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-649
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Thiobacillus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-662
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-372=Nitrosomonas{2}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-559
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Nitrosospira{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Chromobacterium{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-665
! ! ! ! ! ! ! ! +------266=Neisseria{6}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-----269=Stenotrophomonas{2}
! ! ! ! ! ! ! ! +-491
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-333=Xanthomonas{8}
! ! ! ! ! ! ! +-536
! ! ! ! ! ! ! +-------234=Xylella{4}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-412=Acinetobacter{7}
! ! ! ! ! ! ! +-658
! ! ! ! ! ! ! ! +-460=Psychrobacter{3}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-Actinobacillus_pleuropneumoniae_L20
! ! ! ! ! ! ! ! +-101
! ! ! ! ! ! ! ! +--------102 +-Actinobacillus_pleuropneumoniae_serovar_7_AP76
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-389 +-Actinobacillus_pleuropneumoniae_serovar_3_JL03
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-423 +-----------Haemophilus_ducreyi_35000HP
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Haemophilus_parasuis_SH0165
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +----------Actinobacillus_succinogenes_130Z
! ! ! ! ! ! ! ! +-493 +-380
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Mannheimia{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Haemophilus_influenzae
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-212
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-456 +-219 +---Haemophilus_influenzae_86_028NP
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------242 +---Haemophilus_influenzae_PittEE
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----Haemophilus_influenzae_PittGG
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-443
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Haemophilus_somnus_129PT
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------221
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-431 +---Haemophilus_somnus_2336
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Pasteurella{1}
! ! ! ! ! +-839 ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Citrobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-335
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-274=Salmonella{16}
! ! ! ! ! ! ! +-782 ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Escherichia_coli_0127_H6_E2348_69
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_536
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-236 +-186 +-Escherichia_coli_APEC_O1
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-110
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-135 +-Escherichia_coli_S88
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-193 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_UTI89
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-222 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_CFT073
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Escherichia_coli_ED1a
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_55989
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-351 ! +-182
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_E24377A
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-159
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_IAI1
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-252 ! +-133
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-633 ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_SE11
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-203
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_C_ATCC_8739
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-162
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +E_coli_K_12_substr__DH10B
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--85
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-181 ! +E_coli_K12_substr_MG1655
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-235 ! +--62
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +E_coli_K_12_substr__W3110
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_HS
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Escherichia_coli_IAI39
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-216
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-271 +-240 +-228 +---Escherichia_coli_SMS_3_5
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Escherichia_coli_UMN026
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-375 ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Escherichia_coli_O157H7
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--79
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--95 +Escherichia_coli_O157H7_EDL933
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-763 ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Escherichia_coli_O157_H7_EC4115
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Shigella_boydii_CDC_3083_94
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-289 ! +-202
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-243 +--Shigella_boydii_Sb227
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----Shigella_sonnei_Ss046
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-249
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-381 ! ! ! ! ! +Shigella_flexneri_2a
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-314 ! ! +--84
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-150 +Shigella_flexneri_2a_2457T
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Shigella_flexneri_5_8401
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------Shigella_dysenteriae
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-388 ! ! +--------Escherichia_fergusonii_ATCC_35469
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----------Enterobacter_638
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----255=Klebsiella{2}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-475 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Enterobacter_sakazakii_ATCC_BAA-894
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------------Erwinia_tasmaniensis
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-486
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------------Erwinia_carotovora_atroseptica_SCRI1043
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-469
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Serratia{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-409
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-338=Yersinia{12}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-507
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Sodalis{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-701 ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-535
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Photorhabdus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-511
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Proteus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----299=Aeromonas{2}
! +-846 ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Aliivibrio{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-358
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Vibrio_fischeri_ES114
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----204
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Vibrio_fischeri_MJ11
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-616 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-503 +Vibrio_cholerae
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------66
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Vibrio_cholerae_O395
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------Vibrio_harveyi_ATCC_BAA-1116
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-440 +-343
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------Vibrio_parahaemolyticus
! ! ! ! ! ! ! ! +-786 ! ! ! ! ! ! +-532 ! +-394
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Vibrio_vulnificus_CMCP6
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-428 +-------173
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Vibrio_vulnificus_YJ016
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Vibrio_splendidus_LGP32
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Photobacterium{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-643
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-484=Shewanella{19}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-776 ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-663
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Psychromonas{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-757 ! !
! ! ! ! ! +-851 ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-685
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Alteromonas{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-553
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Pseudoalteromonas_atlantica_T6c
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-637
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Colwellia{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-646 +-619
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Pseudoalteromonas_haloplanktis_TAC125
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Idiomarina{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Alcanivorax{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-631
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-679 +====Marinobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Hahella{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-697
! ! ! ! ! ! ! +-799 ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Chromohalobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-689
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-502=Pseudomonas{16}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-717
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Marinomonas{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-726
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Cellvibrio{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-624
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Saccharophagus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----------Candidatus_Ruthia_magnifica_Cm_Calyptogena_magnifica_
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--362
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-744 +----------Candidatus_Vesicomyosocius_okutanii_HA
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Thiomicrospira{1}
! ! ! ! ! ! +-823 ! !
! ! ! +-857 ! ! ! ! +----------156=Coxiella{5}
! ! ! ! ! ! ! ! +-737
! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------227=Legionella{4}
! ! ! ! ! ! ! +-781
! ! ! ! ! ! ! +====Dichelobacter{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +---348=Francisella{9}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Baumannia{1}
! ! ! ! ! ! +-610
! ! ! ! ! ! ! ! +------------Candidatus_Blochmannia_floridanus
! ! ! ! ! ! +-688 +-495
! ! ! ! ! ! ! ! +------------Candidatus_Blochmannia_pennsylvanicus_BPEN
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Wigglesworthia{1}
! ! ! ! ! +-714
! ! ! ! ! +-674=Buchnera{6}
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Aquifex{1}
! ! ! ! ! +-642
! ! ! ! ! ! +====Hydrogenobaculum{1}
! ! ! ! ! +-715
! ! ! ! ! ! ! +====Persephonella{1}
! ! ! ! ! ! +-544
! ! ! ! ! +-804 +-405=Sulfurihydrogenibium{2}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Thermodesulfovibrio{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Arcobacter{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-669 +====Nitratiruptor{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-618
! ! ! ! ! ! ! +-644 +====Sulfurovum{1}
! ! ! ! ! ! +-695 !
! ! ! ! ! +-837 ! ! +====Sulfurimonas{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Nautilia{1}
! ! ! ! ! ! +-723
! ! ! ! ! ! ! +-599=Campylobacter{10}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-707 +-------Helicobacter_acinonychis_Sheeba
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +---Helicobacter_pylori_26695
! ! ! ! ! ! ! ! +-225
! ! ! ! ! ! ! ! +-229 +---Helicobacter_pylori_HPAG1
! ! ! ! ! ! ! +----298 ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-231 +---Helicobacter_pylori_P12
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-251 +----Helicobacter_pylori_G27
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-652 +-256 +----Helicobacter_pylori_J99
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! +-849 ! +-----Helicobacter_pylori_Shi470
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-------------Helicobacter_hepaticus
! ! ! ! ! +-621
! ! ! ! ! +====Wolinella{1}
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +--------------Candidatus_Desulfococcus_oleovorans_Hxd3
! ! ! ! ! +-709
! ! ! ! ! +-727 +====Desulfatibacillum{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-789 +====Desulfobacterium{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Desulfotalea{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +------------Geobacter_FRC_32
! ! ! ! ! ! +-463
! ! ! ! ! ! ! +------------Geobacter_uraniumreducens_Rf4
! ! ! ! ! ! +-529
! ! ! ! ! ! ! ! +------------Geobacter_metallireducens_GS-15
! ! ! ! ! +-803 +-540 +-430
! ! ! ! ! ! ! ! ! +------------Geobacter_sulfurreducens
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-596 +-------------Geobacter_bemidjiensis_Bem
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Geobacter_lovleyi_SZ
! ! ! ! ! ! ! +-703 +-563
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Pelobacter_propionicus_DSM_2379
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-796 +--------------Pelobacter_carbinolicus
! ! ! ! ! +-815 !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Syntrophobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! +-770
! ! ! ! ! ! ! +====Syntrophus{1}
! ! ! ! +-838 !
! ! ! ! ! ! +-617=Desulfovibrio{5}
! ! ! ! ! +-684
! ! ! ! ! +====Lawsonia{1}
! ! ! ! !
! ! ! ! +====Magnetococcus{1}
! ! ! !
! ! ! ! +-597=Alkaliphilus{2}
! ! ! ! +-742
! ! ! ! ! +--------------Clostridium_difficile_630
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-------------Clostridium_acetobutylicum
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +Clostridium_botulinum_A
! ! ! ! ! ! +--50
! ! ! ! ! ! ! ! +Clostridium_botulinum_A_ATCC_19397
! ! ! ! ! ! ! +--23
! ! ! ! ! ! +-214 +Clostridium_botulinum_A_Hall
! ! ! ! +-759 ! ! !
! ! ! ! ! ! +-641 ! ! +--Clostridium_botulinum_B1_Okra
! ! ! ! ! ! ! ! +-------245 +-165
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Clostridium_botulinum_F_Langeland
! ! ! ! ! ! ! ! +-591 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----Clostridium_botulinum_A3_Loch_Maree
! ! ! ! ! ! ! ! +-600 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Clostridium_tetani_E88
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-629 +-------------Clostridium_novyi_NT
! ! ! ! ! +-661 !
! ! ! ! ! ! ! +Clostridium_kluyveri_DSM_555
! ! ! ! ! ! +-------------19
! ! ! ! ! ! +Clostridium_kluyveri_NBRC_12016
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-------------Clostridium_beijerinckii_NCIMB_8052
! ! ! ! ! ! +-537
! ! ! ! +-777 ! ! ! +------Clostridium_botulinum_B_Eklund_17B
! ! ! ! ! ! ! ! +-----275
! ! ! ! ! ! ! ! +------Clostridium_botulinum_E3_Alaska_E43
! ! ! ! ! ! +-606
! ! ! ! ! ! ! +--Clostridium_perfringens
! ! ! ! ! ! ! +-185
! ! ! ! ! ! +-------247 +--Clostridium_perfringens_ATCC_13124
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +----Clostridium_perfringens_SM101
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Anaerocellum{1}
! ! ! ! ! ! +--352
! ! ! ! +-780 ! ! +====Caldicellulosiruptor{1}
! ! ! ! ! ! ! +-725
! ! ! ! ! ! ! ! +-386=Thermoanaerobacter{3}
! ! ! ! ! ! +-760
! ! ! ! +-810 ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Clostridium_cellulolyticum_H10
! ! ! ! ! ! ! +-635
! ! ! ! ! ! ! +-------------Clostridium_thermocellum_ATCC_27405
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +--------------Clostridium_phytofermentans_ISDg
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Finegoldia{1}
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Anoxybacillus{1}
! ! ! ! ! +-483
! ! ! ! ! ! +-334=Geobacillus{2}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-587 +----------Bacillus_amyloliquefaciens_FZB42
! ! ! ! ! ! ! +-365
! ! ! ! ! ! ! ! +----------Bacillus_subtilis
! ! ! ! ! ! ! +-442
! ! ! ! ! ! ! ! ! +Bacillus_licheniformis_ATCC_14580
! ! ! ! ! ! +-473 +------------16
! ! ! ! ! ! ! +Bacillus_licheniformis_DSM_13
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +------------Bacillus_pumilus_SAFR-032
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +Bacillus_anthracis_Ames
! ! ! ! ! ! +--13
! ! ! ! ! ! +--47 +Bacillus_anthracis_Ames_0581
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-146 +Bacillus_anthracis_str_Sterne
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-195 +--Bacillus_cereus_AH820
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-592 +-210 +--Bacillus_thuringiensis_konkukian
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-213 +---Bacillus_cereus_ZK
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Bacillus_cereus_03BB102
! ! ! ! ! ! ! ! +--97
! ! ! ! ! ! ! +-259 +-Bacillus_thuringiensis_Al_Hakam
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Bacillus_cereus_AH187
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-113
! ! ! ! ! ! ! ! +-250 +-Bacillus_cereus_Q1
! ! ! ! ! ! ! +-280 !
! ! ! ! ! +-630 ! ! ! +----Bacillus_cereus_ATCC_10987
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
822-836 ! ! ! ! ! ! ! ! +---Bacillus_cereus_ATCC14579
! ! ! ! ! ! ! ! +-293 ! +-206
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-244 +---Bacillus_cereus_B4264
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-368 ! +----Bacillus_cereus_G9842
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-650 ! ! +-------Bacillus_weihenstephanensis_KBAB4
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +----------Bacillus_cereus_cytotoxis_NVH_391-98
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Bacillus_clausii_KSM-K16
! ! ! ! ! +-677 ! +-570
! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Bacillus_halodurans
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-700 ! +====Oceanobacillus{1}
! ! ! ! +-830 ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Lysinibacillus{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Exiguobacterium{1}
! ! ! ! ! ! +-712
! ! ! ! ! ! ! ! +------278=Listeria{5}
! ! ! ! ! ! ! +-706
! ! ! ! ! ! ! ! +====Macrococcus{1}
! ! ! ! ! ! ! +-557
! ! ! ! ! ! ! +-457=Staphylococcus{19}
! ! ! ! ! +-766
! ! ! ! ! ! +====Enterococcus{1}
! ! ! ! ! ! +-675
! ! ! ! ! ! ! ! +----300=Lactococcus{3}
! ! ! ! ! ! ! +-612
! ! ! ! ! ! ! +-513=Streptococcus{38}
! ! ! ! +-835 ! !
! ! ! ! ! ! +-733
! ! ! ! ! ! ! +----------Lactobacillus_acidophilus_NCFM
! ! ! ! ! ! ! +-360
! ! ! ! ! ! ! ! +----------Lactobacillus_helveticus_DPC_4571
! ! ! ! ! ! ! +-485
! ! ! ! ! ! ! ! ! +--------Lactobacillus_gasseri_ATCC_33323
! ! ! ! ! ! ! ! +--312
! ! ! ! ! ! ! +-525 +--------Lactobacillus_johnsonii_NCC_533
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Lactobacillus_delbrueckii_bulgaricus
! ! ! ! ! ! ! ! +----------103
! ! ! ! ! ! ! ! +-Lactobacillus_delbrueckii_bulgaricus_ATCC_BAA-365
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Lactobacillus_brevis_ATCC_367
! ! ! ! +-841 ! ! ! +-562
! ! ! ! ! ! ! ! +-681 +-588 +-------------Lactobacillus_plantarum
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Pediococcus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-607 +------------Lactobacillus_fermentum_IFO_3956
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-508
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Lactobacillus_reuteri_DSM_20016
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-603 +-----------28
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Lactobacillus_reuteri_F275_Kitasato
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-622 !
! ! ! ! ! ! ! +-716 ! +-------------Lactobacillus_salivarius_UCC118
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Lactobacillus_casei
! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------171
! ! ! ! ! ! ! ! +-589 +--Lactobacillus_casei_ATCC_334
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Lactobacillus_sakei_23K
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-414=Leuconostoc{2}
! ! ! ! ! ! ! +-628
! ! ! ! ! ! ! +====Oenococcus{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +--------------Candidatus_Desulforudis_audaxviator_MP104C
! ! ! ! ! ! ! +-690
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Desulfotomaculum{1}
! ! ! ! ! ! ! +-718 +-648
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Pelotomaculum{1}
! ! ! ! ! ! ! +-719 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Moorella{1}
! ! ! ! ! ! ! +-728 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Carboxydothermus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-762 +====Heliobacterium{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! +-855 ! ! ! +---------223=Desulfitobacterium{2}
! ! ! ! ! ! +-774
! ! ! ! ! ! ! +====Syntrophomonas{1}
! ! ! ! ! ! +-802
! ! ! ! ! ! ! ! +====Halothermothrix{1}
! ! ! ! ! +-811 +-778
! ! ! ! ! ! +====Natranaerobius{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Symbiobacterium{1}
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Coprothermobacter{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +---326=Dictyoglomus{2}
! ! ! ! +-817 !
! ! ! ! ! ! +====Fervidobacterium{1}
! ! ! ! ! ! +-574
! ! ! ! ! ! ! +-413=Thermosipho{2}
! ! ! ! +-806 !
! ! ! ! ! +-656
! ! ! ! ! ! +-614=Thermotoga{5}
! ! ! ! +-734
! ! ! ! +====Petrotoga{1}
! ! ! !
! ! ! ! +====Elusimicrobium{1}
! ! ! +-797
! ! ! +--------------uncultured_Termite_group_1_bacterium_phylotype_Rs_D17
! ! !
! ! ! +====Acholeplasma{1}
! ! ! !
! ! ! ! +====Aster{1}
! ! ! +-791 +---309
! ! ! ! ! +-528 +====Onion{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! +-678 +-------------Candidatus_Phytoplasma_australiense
! ! ! ! !
! ! ! ! +--------------Candidatus_Phytoplasma_mali
! ! ! !
! ! ! ! +====Mesoplasma{1}
! ! ! ! +-626
! ! ! ! ! ! +---------Mycoplasma_capricolum_ATCC_27343
! ! ! ! ! +--337
! ! ! ! ! +---------Mycoplasma_mycoides
! ! +-831 !
! ! ! ! +--------------Mycoplasma_agalactiae_PG2
! ! ! +-807 +-740
! ! ! ! ! +-747 +--------------Mycoplasma_pulmonis
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-749 +--------------Mycoplasma_arthritidis_158L3_1
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! +-765 +--------------Mycoplasma_mobile_163K
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +--Mycoplasma_hyopneumoniae_232
! ! ! ! +----------112
! ! ! ! ! +-Mycoplasma_hyopneumoniae_7448
! ! ! ! +--96
! ! +-808 +-Mycoplasma_hyopneumoniae_J
! ! !
! ! ! +--------------Mycoplasma_gallisepticum
! ! ! +-666
! ! ! ! +--------------Mycoplasma_synoviae_53
! ! ! +-772
! ! ! ! ! +------------Mycoplasma_genitalium
! ! ! +-792 +-479
! ! ! ! ! +------------Mycoplasma_pneumoniae
! ! ! ! !
! ! ! ! +--------------Mycoplasma_penetrans
! ! +-794
! ! +----307=Ureaplasma{3}
! !
! ! +====Aeropyrum{1}
! ! +-710
! ! +-745 +====Hyperthermus{1}
! ! ! !
! ! +-758 +====Ignicoccus{1}
! ! ! !
! ! ! ! +====Desulfurococcus{1}
! ! +-779 +-613
! ! ! ! +====Staphylothermus{1}
! ! +-793 !
! ! ! ! +====Thermofilum{1}
! ! ! !
! ! ! +--------------Candidatus_Korarchaeum_cryptofilum_OPF8
! ! !
! ! ! +====Caldivirga{1}
! ! ! !
! ! +-801 ! +-----------Pyrobaculum_aerophilum
! ! ! ! +-735 +-406
! ! ! ! ! ! +-451 +-----------Pyrobaculum_arsenaticum_DSM_13514
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-464 +------------Pyrobaculum_calidifontis_JCM_11548
! ! ! ! ! !
! ! ! +-784 ! +----------Pyrobaculum_islandicum_DSM_4184
! ! ! ! +-350
! ! ! ! +====Thermoproteus{1}
! ! +-820 !
! ! ! ! ! +====Metallosphaera{1}
! ! ! ! +-581
! ! ! ! +-547=Sulfolobus{3}
! ! ! !
! ! ! ! +====Picrophilus{1}
! ! ! +-625
! ! ! +-425=Thermoplasma{2}
! ! !
! ! ! +====Archaeoglobus{1}
! ! ! !
! ! ! ! +-------------Candidatus_Methanoregula_boonei_6A8
! ! ! ! +-575
! ! ! ! +-598 +-------------Candidatus_Methanosphaerula_palustris_E1_9c
! ! +-821 ! ! !
! ! ! ! +-783 +-639 +====Methanoculleus{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-672 +====Methanospirillum{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Methanocorpusculum{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-767 +====Methanococcoides{1}
! ! ! ! ! ! +-609
! ! ! ! ! ! ! +-411=Methanosarcina{3}
! ! ! ! ! ! +-729
! ! ! ! ! ! ! +====Methanosaeta{1}
! ! ! ! ! +-753
! ! ! ! ! +--------------uncultured_methanogenic_archaeon_RC-I
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Methanobacterium{1}
! ! ! +-800 +-636
! ! ! ! +-660 +====Methanobrevibacter{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Methanosphaera{1}
! ! ! ! +-769
! ! ! ! ! +-579=Methanococcus{7}
! ! +-827 ! !
! ! ! ! ! +-787
! ! ! ! ! ! +====Methanopyrus{1}
! ! ! ! +-795
! ! ! ! ! +-391=Pyrococcus{3}
! ! ! ! +-490
! +-833 ! +-407=Thermococcus{2}
! ! !
! ! ! +====Haloarcula{1}
! ! ! +-556
! ! ! +-567 +====Natronomonas{1}
! ! ! ! !
! ! ! +-569 +====Halorubrum{1}
! ! ! ! !
! ! ! ! +------------27=Halobacterium{2}
! ! +-585
! ! +====Haloquadratum{1}
! !
! ! +====Nanoarchaeum{1}
! +-832
! +====Nitrosopumilus{1}
!
+====Encephalitozoon{1}
remember: (although rooted by outgroup) this is an unrooted tree!
3. K=5 CVTree
861 Populations K=5
Neighbor-Joining/UPGMA method version 3.67
Neighbor-joining method
Negative branch lengths allowed
+====Eremothecium{1}
+-544
+-709 +====Saccharomyces{1}
! !
! +====Schizosaccharomyces{1}
+-789
! ! +====Arabidopsis{1}
! +-771
+-799 ! +====Caenorhabditis{1}
! ! +-704
! ! +--------------Drosophila_melanogaster_FlyBase
! !
! +====Plasmodium{1}
!
! +-603=Alkaliphilus{2}
! +-739
! ! +-------------Clostridium_difficile_630
! !
! ! +-------------Clostridium_acetobutylicum
! ! !
! ! ! +Clostridium_botulinum_A
! ! ! +--50
! ! ! ! ! +Clostridium_botulinum_A_ATCC_19397
! ! ! ! +--24
! ! ! +-201 +Clostridium_botulinum_A_Hall
! +-758 ! ! !
! ! ! +-633 ! ! +--Clostridium_botulinum_B1_Okra
! ! ! ! ! +-------231 +-141
! ! ! ! ! ! ! +--Clostridium_botulinum_F_Langeland
! ! ! ! ! +-567 !
! ! ! ! ! ! ! +----Clostridium_botulinum_A3_Loch_Maree
! ! ! ! ! +-584 !
! ! ! ! ! ! ! +-------------Clostridium_tetani_E88
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! +-626 +-------------Clostridium_novyi_NT
! ! +-648 !
! ! ! ! +Clostridium_kluyveri_DSM_555
! ! ! +------------23
! ! ! +Clostridium_kluyveri_NBRC_12016
! ! !
! ! ! +------------Clostridium_beijerinckii_NCIMB_8052
! ! ! +-529
! +-783 ! ! ! +-----Clostridium_botulinum_B_Eklund_17B
! ! ! ! ! +-----272
! ! ! ! ! +-----Clostridium_botulinum_E3_Alaska_E43
! ! ! +-594
! ! ! ! +--Clostridium_perfringens
! ! ! ! +-159
! ! ! +-------232 +--Clostridium_perfringens_ATCC_13124
! ! ! !
! ! ! +----Clostridium_perfringens_SM101
! ! !
! ! ! +====Anaerocellum{1}
! ! ! +--347
! +-786 ! ! +====Caldicellulosiruptor{1}
! ! ! ! +-724
! ! ! ! ! +-387=Thermoanaerobacter{3}
! ! ! +-768
! ! ! ! +-------------Clostridium_cellulolyticum_H10
! ! ! +-639
! ! ! +-------------Clostridium_thermocellum_ATCC_27405
! ! !
! ! +--------------Clostridium_phytofermentans_ISDg
! !
! +-821 +-------------Candidatus_Desulforudis_audaxviator_MP104C
! ! ! +-697
! ! ! +-723 +====Pelotomaculum{1}
! ! ! ! !
! ! ! +-744 +====Desulfotomaculum{1}
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Carboxydothermus{1}
! ! ! +-754 +-736
! ! ! ! ! +====Moorella{1}
! ! ! +-784 !
! ! ! ! ! +====Heliobacterium{1}
! +-827 ! ! !
! ! ! ! +-792 +====Syntrophomonas{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +--------236=Desulfitobacterium{2}
! ! ! +-814
! +-835 ! ! +====Halothermothrix{1}
! ! ! ! +-781
! ! ! ! +====Natranaerobius{1}
! ! ! !
! ! ! ! +====Finegoldia{1}
! ! ! +-811
! ! ! +====Fusobacterium{1}
! ! !
! +-845 +====Brachyspira{1}
! ! !
! ! ! +====Coprothermobacter{1}
! ! ! !
! ! ! ! +-----312=Dictyoglomus{2}
! ! +-808 !
! ! ! ! +====Fervidobacterium{1}
! ! ! ! +-536
! ! ! ! ! +-373=Thermosipho{2}
! ! +-793 !
! +-847 ! !
! ! ! ! +-632
! ! ! ! ! +-604=Thermotoga{5}
! ! ! +-708
! ! ! +====Petrotoga{1}
! +-848 !
! ! ! ! +====Elusimicrobium{1}
! ! ! +-802
! ! ! +--------------uncultured_Termite_group_1_bacterium_phylotype_Rs_D17
! ! !
! ! +-----317=Dehalococcoides{3}
! !
! ! +====Aquifex{1}
! ! +-614
! ! ! +====Hydrogenobaculum{1}
! ! +-681
! ! ! ! +====Persephonella{1}
! ! ! +-516
! ! +-813 +-378=Sulfurihydrogenibium{2}
! ! ! !
! ! ! +====Thermodesulfovibrio{1}
! ! !
! ! ! +====Arcobacter{1}
! ! ! +-620
! ! ! +-640 +====Sulfurimonas{1}
! ! ! ! !
! ! ! +-644 +====Sulfurovum{1}
! ! ! ! !
! ! +-828 ! ! +====Nautilia{1}
! +-849 ! ! ! +-607
! ! ! ! ! ! +====Nitratiruptor{1}
! ! ! ! +-695
! ! ! ! ! +-576=Campylobacter{10}
! ! ! ! +-677
! ! +-846 !
! ! ! ! +-624=Helicobacter{8}
! ! ! +-641
! ! ! +====Wolinella{1}
! ! !
! ! ! +-------------Candidatus_Desulfococcus_oleovorans_Hxd3
! ! ! +-717
! ! ! +-741 +====Desulfatibacillum{1}
! ! ! ! !
! ! ! +-782 +====Desulfobacterium{1}
! ! ! ! !
! ! ! +-801 +====Syntrophobacter{1}
! ! ! ! !
! ! ! +-817 +====Syntrophus{1}
! ! ! ! !
! ! ! ! +====Desulfotalea{1}
! ! ! !
! ! ! ! +-----------Geobacter_FRC_32
! ! ! ! +-469
! ! ! ! +-534 +-----------Geobacter_uraniumreducens_Rf4
! ! ! +-822 ! !
! ! ! ! ! +-548 +------------Geobacter_bemidjiensis_Bem
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-----------Geobacter_metallireducens_GS-15
! ! ! ! ! +-609 +-440
! ! ! ! ! ! ! +-----------Geobacter_sulfurreducens
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! +-730 ! +-------------Geobacter_lovleyi_SZ
! ! ! ! ! +-585
! ! +-829 ! +-------------Pelobacter_propionicus_DSM_2379
! ! ! !
! ! ! +-------------Pelobacter_carbinolicus
! ! !
! ! ! +-643=Desulfovibrio{5}
! ! +-716
! ! +====Lawsonia{1}
! !
! ! +====Acaryochloris{1}
! ! !
! ! ! +====Anabaena{1}
! ! ! +----279
! ! ! +-429 +-----Nostoc_sp
! ! ! ! !
! ! ! +-601 +-----------Nostoc_punctiforme_PCC_73102
! ! ! ! !
! ! ! ! +====Trichodesmium{1}
! ! +-638 !
! ! ! ! ! +-----------Cyanothece_ATCC_51142
! ! ! ! +-610 +-466
! ! ! ! ! ! +-519 +-----------Cyanothece_PCC_8801
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-549 +------------Cyanothece_PCC_7424
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-575 +====Microcystis{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! +-622 ! +------------Synechococcus_PCC_7002
! ! ! ! +-563
! ! +-676 ! +====Synechocystis{1}
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-------------Cyanothece_PCC_7425
! ! ! ! ! +-571
! ! ! ! ! ! +====Thermosynechococcus{1}
! ! ! ! +-597
! ! ! ! ! +Synechococcus_elongatus_PCC_6301
! ! +-700 ! +------------28
! ! ! ! ! +Synechococcus_elongatus_PCC_7942
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-------Synechococcus_sp._JA-2-3B-a_2-13
! ! ! ! +----308
! ! ! ! +-------Synechococcus_sp._JA-3-3Ab
! ! ! !
! ! ! +====Gloeobacter{1}
! ! !
! ! ! +----Prochlorococcus_marinus_AS9601
! ! ! +-257
! ! ! +-277 +----Prochlorococcus_marinus_MIT_9301
! ! ! ! !
! ! +-752 +-285 +-----Prochlorococcus_marinus_MIT_9215
! ! ! ! ! !
! ! ! ! +--343 +------Prochlorococcus_marinus_MIT_9312
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-------Prochlorococcus_marinus_MED4
! ! ! ! ! +-306
! ! ! ! +-504 +-------Prochlorococcus_marinus_MIT_9515
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-----------Prochlorococcus_marinus_CCMP1375
! ! ! ! ! ! +-424
! ! ! ! ! ! ! +-----------Prochlorococcus_marinus_MIT_9211
! ! ! ! ! +-479
! ! ! ! ! ! +--Prochlorococcus_marinus_NATL1A
! ! ! ! ! +--------145
! ! ! +-558 +--Prochlorococcus_marinus_NATL2A
! ! ! !
! ! ! ! +-----Prochlorococcus_marinus_MIT9313
! ! ! ! +-----274
! ! ! ! ! +-----Prochlorococcus_marinus_MIT_9303
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +----------Synechococcus_CC9311
! ! ! +-502 +-410
! ! ! ! ! +----------Synechococcus_WH_7803
! ! +-854 ! +-435
! ! ! ! ! ! ! +----------Synechococcus_CC9605
! ! ! ! ! ! ! +-374
! ! ! ! +-482 +-386 +----------Synechococcus_sp_WH8102
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +----------Synechococcus_CC9902
! ! ! ! !
! ! ! ! +------------Synechococcus_RCC307
! ! ! !
! ! ! ! +--350=Chloroflexus{3}
! ! ! ! +-581
! ! ! ! ! +---337=Roseiflexus{2}
! ! ! ! +-718
! ! ! ! ! +====Herpetosiphon{1}
! ! ! ! !
! ! ! +-833 +-447=Deinococcus{2}
! ! ! ! +-699
! ! ! ! ! +---------107=Thermus{2}
! ! ! ! +-820
! ! ! ! ! ! +====Rubrobacter{1}
! ! ! +-832 +-798
! ! ! ! +====Thermomicrobium{1}
! ! ! !
! ! ! +====Symbiobacterium{1}
! ! !
! ! ! +====Acidiphilium{1}
! ! ! +-612
! ! ! ! +====Granulobacter{1}
! ! ! +-651
! ! ! ! ! +--------156=Gluconacetobacter{2}
! ! ! ! +-566
! ! ! +-746 +====Gluconobacter{1}
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Magnetospirillum{1}
! ! ! ! +-679
! ! ! ! +-656=Rhodospirillum{2}
! ! ! !
! ! ! ! +-----------Agrobacterium_radiobacter_K84
! ! ! ! +-443
! ! ! ! ! +--310=Rhizobium{4}
! ! ! ! +-493
! ! ! ! ! +----283=Sinorhizobium{2}
! ! ! ! +-509
! ! ! ! ! ! +------------Agrobacterium_tumefaciens_C58_Cereon
! ! ! ! ! +-487
! ! ! ! ! +------------Agrobacterium_vitis_S4
! ! ! ! +-577
! ! ! ! +-593 !
! ! ! ! ! ! ! +-----166=Brucella{9}
! ! ! ! ! ! +--366
! ! ! ! ! ! +====Ochrobactrum{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-578=Mesorhizobium{2}
! ! ! ! +-689
! ! ! ! ! +-426=Bartonella{4}
! ! ! +-760 !
! ! ! ! ! ! +====Azorhizobium{1}
! ! ! ! ! ! +-495
! ! ! ! ! ! ! +====Xanthobacter{1}
! ! ! ! ! +-727 +-630
! ! ! ! ! ! ! ! +-494=Methylobacterium{6}
! ! ! ! ! ! ! +-650
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Beijerinckia{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-561
! ! ! ! ! ! ! ! +====Methylocella{1}
! +-859 ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-660
! ! ! ! ! ! ! ! +-442=Bradyrhizobium{3}
! ! ! ! ! ! ! ! +-514
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-415=Rhodopseudomonas{6}
! ! ! ! ! ! +-743 ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-547
! ! ! ! +-769 ! ! ! ! +-368=Nitrobacter{2}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-506
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Oligotropha{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-433=Caulobacter{3}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-546
! ! ! ! ! ! +-745 ! ! +====Phenylobacterium{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-675
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Hyphomonas{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-688
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Maricaulis{1}
! ! ! ! ! ! ! +-705
! ! ! ! ! ! ! +====Parvibaculum{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Dinoroseobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! +-512
! ! ! ! ! ! ! ! +====Roseobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! +-526
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Ruegeria{1}
! ! ! ! ! ! ! +-542 +-468
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Silicibacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Jannaschia{1}
! ! ! ! ! ! +-582
! ! ! ! ! ! ! +====Paracoccus{1}
! ! ! ! ! ! +-555
! ! ! ! ! ! +---321=Rhodobacter{4}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Erythrobacter{1}
! ! ! ! ! ! +-559
! ! ! ! ! ! +-568 +====Novosphingobium{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-617 +====Sphingopyxis{1}
! ! ! ! +-819 ! ! !
! ! ! ! ! ! +-698 +====Sphingomonas{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Zymomonas{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-530=Anaplasma{3}
! ! ! ! ! ! +-599
! ! ! ! ! ! ! +-414=Ehrlichia{5}
! ! ! ! ! ! +-635
! ! ! ! ! ! ! +-377=Wolbachia{4}
! ! ! ! ! ! +-719
! ! ! ! ! ! ! +====Neorickettsia{1}
! ! ! ! ! ! +-764
! ! ! ! ! ! ! ! +------270=Orientia{2}
! ! ! ! ! ! ! +-680
! ! ! ! ! ! ! +-393=Rickettsia{11}
! ! ! ! ! +-800
! ! ! ! ! +--------------Candidatus_Pelagibacter_ubique_HTCC1062
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +----------131=Acidithiobacillus{2}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Alkalilimnicola{1}
! ! ! ! ! +-770 +-570
! ! ! ! ! ! ! +-666 +====Halorhodospira{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-728 +====Thioalkalivibrio{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-729 +====Nitrosococcus{1}
! ! ! ! ! +-788 !
! ! ! ! ! ! ! +====Methylococcus{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +---------Candidatus_Ruthia_magnifica_Cm_Calyptogena_magnifica_
! ! ! ! ! ! ! +--356
! ! ! ! ! ! +-737 +---------Candidatus_Vesicomyosocius_okutanii_HA
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Thiomicrospira{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +----Acidovorax_JS42
! ! ! ! ! ! +-----256
! ! ! ! ! ! +-438 +====Diaphorobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-486 +-----------Acidovorax_avenae_citrulli_AAC00-1
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-560 +====Delftia{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Verminephrobacter{1}
! ! ! ! ! ! +-573
! ! ! ! ! ! ! ! +-431=Polaromonas{2}
! ! ! ! ! ! ! +-524
! ! ! ! ! ! +-591 +====Rhodoferax{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Leptothrix{1}
! ! ! ! ! ! ! +-525
! ! ! ! ! ! ! +====Methylibium{1}
! ! ! ! ! ! +-668
! ! ! ! ! +-791 ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-460=Bordetella{5}
! ! ! ! ! ! ! ! +-659
! ! ! ! ! ! ! +-690 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-470=Burkholderia{22}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-583
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Cupriavidus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-302
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-354 +-------Ralstonia_eutropha_H16
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-647 ! +-395 +---------Ralstonia_eutropha_JMP134
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-726 ! ! +-508 +----------Ralstonia_metallidurans_CH34
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----------Ralstonia_pickettii_12J
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-375
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----------Ralstonia_solanacearum
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Herminiimonas{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-379
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Janthinobacterium{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +--361=Polynucleobacter{2}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Aromatoleum{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-497
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-602 +====Azoarcus{1}
! ! ! ! ! ! +-749 ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Dechloromonas{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-711 +====Methylobacillus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-664
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Thiobacillus{1}
! ! ! ! ! ! ! +-691
! ! ! ! ! ! ! ! +-382=Nitrosomonas{2}
! ! ! ! ! ! ! +-586
! ! ! ! ! ! ! +====Nitrosospira{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Chromobacterium{1}
! ! ! ! ! ! +-694
! ! ! ! ! ! +-----280=Neisseria{6}
! ! +-858 ! !
! ! ! ! ! +-417=Acinetobacter{7}
! ! ! ! ! +-669
! ! ! ! ! ! +-456=Psychrobacter{3}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-Actinobacillus_pleuropneumoniae_L20
! ! ! ! +-795 ! +-103
! ! ! ! ! ! ! +-------106 +-Actinobacillus_pleuropneumoniae_serovar_3_JL03
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-408 +-Actinobacillus_pleuropneumoniae_serovar_7_AP76
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-437 +----------Haemophilus_ducreyi_35000HP
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Haemophilus_parasuis_SH0165
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +----------Actinobacillus_succinogenes_130Z
! ! ! ! ! ! ! +-510 +-384
! ! ! +-841 ! ! ! ! ! ! +====Mannheimia{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Haemophilus_influenzae
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-221
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-477 +-230 +---Haemophilus_influenzae_86_028NP
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----251 +---Haemophilus_influenzae_PittEE
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----Haemophilus_influenzae_PittGG
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-464
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Haemophilus_somnus_129PT
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------227
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-454 +---Haemophilus_somnus_2336
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Pasteurella{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Citrobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-352
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-291=Salmonella{16}
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----Escherichia_coli_0127_H6_E2348_69
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_536
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-254 +-208 +-Escherichia_coli_APEC_O1
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-119
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-160 +-Escherichia_coli_S88
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-215 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_UTI89
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-241 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Escherichia_coli_CFT073
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----Escherichia_coli_ED1a
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_55989
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-363 ! +-199
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_E24377A
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-176
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_IAI1
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-266 ! +-147
! ! ! ! ! ! ! ! +-670 ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_SE11
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-216
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_C_ATCC_8739
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-172
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Escherichia_coli_K_12_substr__DH10B
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--82
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-192 ! +Escherichia_coli_K_12_substr__MG1655
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-246 ! +--59
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Escherichia_coli_K_12_substr__W3110
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_HS
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Escherichia_coli_IAI39
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-226
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-278 +-255 +-238 +---Escherichia_coli_SMS_3_5
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Escherichia_coli_UMN026
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-389 ! ! ! ! +Escherichia_coli_O157H7
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--77
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-105 +Escherichia_coli_O157H7_EDL933
! ! ! ! ! ! +-778 ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_O157_H7_EC4115
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Shigella_boydii_CDC_3083_94
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-292 ! +-210
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-250 +--Shigella_boydii_Sb227
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----Shigella_sonnei_Ss046
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-259
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Shigella_flexneri_2a
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-325 ! ! +--83
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-404 ! ! ! +-153 +Shigella_flexneri_2a_2457T
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Shigella_flexneri_5_8401
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------Shigella_dysenteriae
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--------Escherichia_fergusonii_ATCC_35469
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-490 ! ! +----------Enterobacter_638
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-380
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----252=Klebsiella{2}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----------Enterobacter_sakazakii_ATCC_BAA-894
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-499 +------------Erwinia_tasmaniensis
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Erwinia_carotovora_atroseptica_SCRI1043
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-481
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Serratia{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-425
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-345=Yersinia{12}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-537
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Sodalis{1}
! ! ! ! ! +-796 ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-732 +-569
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Photorhabdus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-532
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Proteus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----301=Aeromonas{2}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Aliivibrio{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-359
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Vibrio_fischeri_ES114
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----198
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Vibrio_fischeri_MJ11
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-637 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-513 +-Vibrio_cholerae
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------76
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Vibrio_cholerae_O395
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------Vibrio_harveyi_ATCC_BAA-1116
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-462 +-349
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------Vibrio_parahaemolyticus
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-543 ! +-406
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Vibrio_vulnificus_CMCP6
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-436 +-----196
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Vibrio_vulnificus_YJ016
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Vibrio_splendidus_LGP32
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Photobacterium{1}
! ! ! +-842 ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-663
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-483=Shewanella{19}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-678
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Psychromonas{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-772 ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-696
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Alteromonas{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-565
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------------Pseudoalteromonas_atlantica_T6c
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-646
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Colwellia{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-655 +-631
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Pseudoalteromonas_haloplanktis_TAC125
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Idiomarina{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Alcanivorax{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-642
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-693 +====Marinobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Hahella{1}
! ! ! ! ! +-818 ! ! !
! +-852 ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-714
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Chromohalobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-692
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-500=Pseudomonas{16}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-731
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Marinomonas{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-747
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Cellvibrio{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-629
! ! ! ! ! ! ! ! +====Saccharophagus{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! +-855 ! ! ! +-----267=Stenotrophomonas{2}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-489
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--335=Xanthomonas{8}
! ! ! ! ! ! ! ! +-562
! ! ! ! ! ! ! ! +------253=Xylella{4}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Baumannia{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-596
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Candidatus_Blochmannia_floridanus
! ! ! ! ! ! ! ! +-625 +-472
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Candidatus_Blochmannia_pennsylvanicus_BPEN
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Wigglesworthia{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-645
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-574=Buchnera{6}
! ! ! ! ! ! ! ! +-809
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Dichelobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! +-810
! ! ! ! ! ! ! ! +----------151=Coxiella{5}
! ! ! ! ! ! ! ! +-765
! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------220=Legionella{4}
! ! ! ! ! ! ! +-794
! ! ! ! ! ! ! +----341=Francisella{9}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Magnetococcus{1}
! ! ! +-857 !
! ! ! ! ! +====Acidobacteria{1}
! ! ! ! ! +-686
! ! ! ! ! +-750 +====Acidobacterium{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Solibacter{1}
! ! ! ! ! +-831
! ! ! ! ! ! ! +-412=Anaeromyxobacter{4}
! ! ! ! ! ! ! +-748
! ! ! ! ! ! ! ! +====Myxococcus{1}
! ! ! ! ! +-839 +-773
! ! ! ! ! ! ! +====Sorangium{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Pirellula{1}
! ! ! ! +-853
! ! ! ! ! +====Bdellovibrio{1}
! ! ! ! +-840
! ! ! ! +-605=Leptospira{6}
! ! ! !
! ! ! ! +====Akkermansia{1}
! ! ! ! +-825
! ! ! ! +-834 +====Opitutus{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Methylacidiphilum{1}
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-521=Bacteroides{4}
! ! ! ! ! +-598
! ! ! ! ! ! +====Parabacteroides{1}
! ! ! ! ! +-682
! ! ! ! ! ! +--------183=Porphyromonas{2}
! ! ! ! ! +-720
! ! ! ! ! ! +-------------Candidatus_Azobacteroides_pseudotrichonymphae_genomovar__CFP2
! ! ! +-856 !
! ! ! ! +-807
! ! ! ! ! ! +--------------Candidatus_Amoebophilus_asiaticus_5a2
! ! ! ! ! +-805
! ! ! ! ! ! +====Cytophaga{1}
! ! ! ! ! +-733
! ! ! ! ! ! +-523=Flavobacterium{2}
! ! ! ! ! +-595
! ! ! ! ! +====Gramella{1}
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Chlorobaculum{1}
! ! ! ! ! +-360
! ! ! ! ! ! +---------Chlorobium_tepidum_TLS
! ! ! +-843 !
! ! ! ! +-520 +------------Chlorobium_chlorochromatii_CaD3
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-----------Chlorobium_limicola_DSM_245
! ! ! ! ! +-515 +-439
! ! ! ! ! ! +-474 +-----------Chlorobium_phaeobacteroides_DSM_266
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! +-545 +-498 +-----------Pelodictyon_phaeoclathratiforme_BU_1
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +----------Pelodictyon_luteolum_DSM_273
! ! ! ! ! ! +-394
! ! ! ! ! ! +----------Prosthecochloris_vibrioformis_DSM_265
! ! ! ! +-672 !
! ! ! ! ! ! ! +-----------Chlorobium_phaeobacteroides_BS1
! ! ! ! ! ! +-467
! ! ! +-837 ! +-----------Prosthecochloris_aestuarii_DSM_271
! ! ! ! !
! ! ! ! +====Chloroherpeton{1}
! ! ! !
! ! ! +====Salinibacter{1}
! ! !
! ! ! +====Acholeplasma{1}
! ! ! !
! ! ! ! +====Aster{1}
! ! ! +-774 +---299
! ! ! ! ! +-492 +====Onion{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! +-621 +------------Candidatus_Phytoplasma_australiense
! ! ! ! !
! ! ! ! +-------------Candidatus_Phytoplasma_mali
! ! ! !
! ! ! ! +====Mesoplasma{1}
! ! ! ! +-579
! ! ! ! ! ! +-------Mycoplasma_capricolum_ATCC_27343
! ! ! ! ! +----318
! ! ! ! ! +-------Mycoplasma_mycoides
! ! ! +-812 !
! ! ! ! ! ! +-------------Mycoplasma_agalactiae_PG2
! ! ! ! ! ! +-654
! ! ! ! ! +-776 ! +-------------Mycoplasma_synoviae_53
! ! ! ! ! ! ! +-687
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Mycoplasma_mobile_163K
! ! ! ! ! ! ! +-710 +-667
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Mycoplasma_pulmonis
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Mycoplasma_arthritidis_158L3_1
! ! ! ! ! ! +-725
! ! ! ! ! ! ! +-Mycoplasma_hyopneumoniae_232
! ! ! ! ! ! ! +--87
! ! ! ! +-779 +-----------91 +-Mycoplasma_hyopneumoniae_J
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-Mycoplasma_hyopneumoniae_7448
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-------------Mycoplasma_gallisepticum
! ! ! ! ! +-713
! ! ! ! ! ! ! +-----------Mycoplasma_genitalium
! ! ! ! ! +-756 +-458
! ! ! ! ! ! ! +-----------Mycoplasma_pneumoniae
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +--------------Mycoplasma_penetrans
! ! ! ! +-757
! ! ! ! +------288=Ureaplasma{3}
! ! ! !
! ! ! ! +====Anoxybacillus{1}
! ! ! ! +-511
! ! ! ! ! +-351=Geobacillus{2}
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +---------Bacillus_amyloliquefaciens_FZB42
! ! ! ! ! +-369
! ! ! ! ! ! +---------Bacillus_subtilis
! ! ! ! ! +-451
! ! ! ! ! ! ! +Bacillus_licheniformis_ATCC_14580
! ! ! ! ! +-480 +-----------20
! ! ! ! ! ! ! +Bacillus_licheniformis_DSM_13
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! +-619 ! +------------Bacillus_pumilus_SAFR-032
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +Bacillus_anthracis_Ames
! ! ! ! ! ! ! +--13
! ! ! ! ! ! ! +--48 +Bacillus_anthracis_Ames_0581
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-133 +Bacillus_anthracis_str_Sterne
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-175 +--Bacillus_cereus_AH820
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-194 +--Bacillus_thuringiensis_konkukian
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-204 +---Bacillus_cereus_ZK
! ! ! ! ! +-608 ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-Bacillus_cereus_03BB102
! ! ! ! ! ! ! +--97
! ! ! ! ! ! +-262 +-Bacillus_thuringiensis_Al_Hakam
! ! ! ! +-649 ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Bacillus_cereus_AH187
! ! ! ! ! ! ! ! ! +--95
! ! ! ! ! ! ! ! +-249 +-Bacillus_cereus_Q1
! ! ! ! ! ! ! +-281 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +----Bacillus_cereus_ATCC_10987
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Bacillus_cereus_ATCC14579
! ! ! ! ! ! ! +--294 ! +-191
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-233 +---Bacillus_cereus_B4264
! ! ! ! +-658 ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-371 ! +----Bacillus_cereus_G9842
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +------Bacillus_weihenstephanensis_KBAB4
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +----------Bacillus_cereus_cytotoxis_NVH_391-98
! ! ! ! +-683 ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Bacillus_clausii_KSM-K16
! ! ! ! ! ! ! +-588
! ! ! ! ! ! ! +-------------Bacillus_halodurans
! ! ! ! +-715 ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Oceanobacillus{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Lysinibacillus{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Exiguobacterium{1}
! ! ! ! +-721
! ! ! +-836 ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Macrococcus{1}
! ! ! ! ! ! +-564
! ! ! ! ! ! +-450=Staphylococcus{19}
! ! ! ! ! +-755
! ! ! ! ! ! ! +====Enterococcus{1}
! ! ! ! ! ! ! +-673
816-838 ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +----296=Lactococcus{3}
! ! ! ! ! ! ! ! +-628
! ! ! ! ! ! ! ! +-522=Streptococcus{38}
! ! ! ! ! ! +-722
! ! ! ! ! ! +------275=Listeria{5}
! ! ! +-850 ! !
! ! ! ! ! +-785
! ! ! ! ! ! +---------Lactobacillus_acidophilus_NCFM
! ! ! ! ! ! +-364
! ! ! ! ! ! ! +---------Lactobacillus_helveticus_DPC_4571
! ! ! ! ! ! +-484
! ! ! ! ! ! ! ! +-------Lactobacillus_gasseri_ATCC_33323
! ! ! ! ! ! ! +---313
! ! ! ! ! ! +-535 +-------Lactobacillus_johnsonii_NCC_533
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +--Lactobacillus_delbrueckii_bulgaricus
! ! ! ! ! ! ! +--------115
! ! ! ! ! ! ! +--Lactobacillus_delbrueckii_bulgaricus_ATCC_BAA-365
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-------------Lactobacillus_brevis_ATCC_367
! ! ! ! ! ! ! +-580
! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Lactobacillus_plantarum
! ! ! ! ! ! +-706 +-623
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Lactobacillus_sakei_23K
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-606
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-618 +====Pediococcus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-634 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------------Lactobacillus_salivarius_UCC118
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------------Lactobacillus_fermentum_IFO_3956
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-517
! ! ! ! ! +-734 +-674 ! +Lactobacillus_reuteri_DSM_20016
! ! ! ! ! ! ! +-----------29
! ! ! ! ! ! ! +Lactobacillus_reuteri_F275_Kitasato
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +---Lactobacillus_casei
! ! ! ! ! ! +--------186
! ! ! ! ! ! +---Lactobacillus_casei_ATCC_334
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-444=Leuconostoc{2}
! ! ! ! ! +-636
! ! ! ! ! +====Oenococcus{1}
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-420=Borrelia{8}
! ! ! ! ! +-804
! ! ! ! ! ! +-702=Treponema{3}
! ! ! ! +-844
! ! ! ! ! +--324=Chlamydia{5}
! ! ! ! ! +-496
! ! ! ! ! ! +-459=Chlamydophila{7}
! ! ! ! +-761
! ! ! ! +====Parachlamydia{1}
! ! +-851
! ! ! +====Acidothermus{1}
! ! ! +-662
! ! ! ! +====Thermobifida{1}
! ! ! +-685
! ! ! ! ! +====Nocardioides{1}
! ! ! ! +-671
! ! ! ! ! +---328=Salinispora{2}
! ! ! ! +-665
! ! ! ! +-445=Streptomyces{3}
! ! ! +-703
! ! ! ! +-488=Frankia{3}
! ! ! +-712
! ! ! ! ! +-554=Mycobacterium{20}
! ! ! ! ! +-590
! ! ! +-738 ! ! !
! ! ! ! ! +-661 !
! ! ! ! ! ! ! +====Nocardia{1}
! ! ! ! ! ! +-528
! ! ! ! ! ! +====Rhodococcus{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Saccharopolyspora{1}
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-396=Arthrobacter{3}
! ! ! ! ! +-550
! ! ! ! ! ! +====Renibacterium{1}
! ! ! +-753 ! +-611
! ! ! ! ! ! ! +====Kocuria{1}
! ! ! ! ! +-657
! ! ! ! ! ! +-----268=Clavibacter{2}
! ! ! ! ! ! +-527
! ! ! ! ! ! ! +====Leifsonia{1}
! ! ! ! ! +-653
! ! ! ! ! +====Kineococcus{1}
! ! ! ! !
! ! ! ! +-589=Corynebacterium{7}
! ! ! +-762
! ! ! ! +====Propionibacterium{1}
! ! ! +-797
! ! ! ! +-501=Bifidobacterium{5}
! ! +-806
! ! +-------------33=Tropheryma{2}
! !
! ! +====Aeropyrum{1}
! ! +-701
! ! ! +====Hyperthermus{1}
! ! +-740
! ! ! ! +====Desulfurococcus{1}
! ! +-751 +-600
! ! ! ! +====Staphylothermus{1}
! ! ! !
! ! ! +====Ignicoccus{1}
! ! !
! ! ! +====Caldivirga{1}
! ! ! !
! ! +-775 ! +----------Pyrobaculum_aerophilum
! ! ! ! +-707 +-401
! ! ! ! ! ! +-432 +----------Pyrobaculum_arsenaticum_DSM_13514
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-448 +-----------Pyrobaculum_calidifontis_JCM_11548
! ! ! ! ! !
! ! ! +-767 ! +---------Pyrobaculum_islandicum_DSM_4184
! ! ! ! +-348
! ! ! ! +====Thermoproteus{1}
! ! +-780 !
! ! ! ! ! +====Metallosphaera{1}
! ! ! ! +-552
! ! ! ! +-505=Sulfolobus{3}
! ! +-815 !
! ! ! ! ! +--------------Candidatus_Korarchaeum_cryptofilum_OPF8
! ! ! ! +-759
! ! ! ! +====Thermofilum{1}
! ! ! !
! ! ! ! +====Picrophilus{1}
! ! ! +-592
! ! ! +-413=Thermoplasma{2}
! ! !
! ! ! +====Archaeoglobus{1}
! ! ! +-787
! ! ! ! ! +-383=Pyrococcus{3}
! ! ! ! +-475
! ! ! ! +-405=Thermococcus{2}
! ! +-823 !
! ! ! ! ! +====Methanobacterium{1}
! ! ! ! ! +-627
! ! ! ! +-790 ! ! +====Methanobrevibacter{1}
! ! ! ! ! ! ! +-613
! ! ! ! ! ! ! +====Methanosphaera{1}
! ! ! ! ! ! +-742
! ! ! ! ! ! ! +-541=Methanococcus{7}
! ! ! ! ! +-766
! ! ! ! ! +====Methanopyrus{1}
! ! ! +-803
! ! +-824 !
! ! ! ! ! +-------------Candidatus_Methanoregula_boonei_6A8
! ! ! ! ! +-587
! ! ! ! ! +-615 +-------------Candidatus_Methanosphaerula_palustris_E1_9c
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-652 +====Methanoculleus{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-684 +====Methanospirillum{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Methanocorpusculum{1}
! ! ! ! ! !
! ! +-826 ! +-777 +====Methanococcoides{1}
! ! ! ! ! ! +-616
! ! ! ! ! ! ! +-407=Methanosarcina{3}
! ! ! ! ! ! +-735
! ! ! ! ! ! ! +====Methanosaeta{1}
! ! ! ! ! +-763
! ! ! ! ! +--------------uncultured_methanogenic_archaeon_RC-I
! ! ! ! !
! ! ! ! +====Nanoarchaeum{1}
! ! ! !
! +-830 +====Nitrosopumilus{1}
! !
! ! +====Haloarcula{1}
! ! +-538
! ! +-539 +====Natronomonas{1}
! ! ! !
! ! +-553 +====Halorubrum{1}
! ! ! !
! ! ! +-----------26=Halobacterium{2}
! +-572
! +====Haloquadratum{1}
!
+====Encephalitozoon{1}
remember: (although rooted by outgroup) this is an unrooted tree!
4. K=4 CVTree 861 Populations K=4
Neighbor-Joining/UPGMA method version 3.67
Neighbor-joining method
Negative branch lengths allowed
+====Eremothecium{1}
+-514
+-653 +====Saccharomyces{1}
! !
! +====Schizosaccharomyces{1}
+-709
! ! +====Arabidopsis{1}
! +-621
+-765 ! +====Caenorhabditis{1}
! ! +-532
! ! +----------Drosophila_melanogaster_FlyBase
! !
! +====Plasmodium{1}
!
! +====Acaryochloris{1}
! +-628
! ! +-----------Cyanothece_PCC_7425
! !
! ! +====Anabaena{1}
! ! +--288
! ! +-419 +----Nostoc_sp
! +-637 ! !
! ! ! +-603 +--------Nostoc_punctiforme_PCC_73102
! ! ! ! !
! ! ! ! +====Trichodesmium{1}
! ! ! !
! ! ! ! +---------Cyanothece_ATCC_51142
! ! +-618 +-460
! ! ! +-497 +---------Cyanothece_PCC_8801
! ! ! ! !
! ! ! +-553 +---------Cyanothece_PCC_7424
! +-663 ! ! !
! ! ! +-584 +====Microcystis{1}
! ! ! !
! ! ! ! +----------Synechococcus_PCC_7002
! ! ! +-550
! ! ! +====Synechocystis{1}
! ! !
! ! ! +Synechococcus_elongatus_PCC_6301
! +-702 ! +-----------22
! ! ! ! ! +Synechococcus_elongatus_PCC_7942
! ! ! +-629
! ! ! ! +-----Synechococcus_sp._JA-2-3B-a_2-13
! ! ! ! +-----289
! ! ! +-593 +-----Synechococcus_sp._JA-3-3Ab
! ! ! !
! ! ! +====Thermosynechococcus{1}
! ! !
! ! +====Gloeobacter{1}
! !
! ! +---Prochlorococcus_marinus_AS9601
! ! +-150
! ! +-203 +---Prochlorococcus_marinus_MIT_9301
! ! ! !
! +-762 +-243 +---Prochlorococcus_marinus_MIT_9312
! ! ! ! !
! ! ! +--311 +----Prochlorococcus_marinus_MIT_9215
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-----Prochlorococcus_marinus_MED4
! ! ! ! +-273
! ! ! +-475 +-----Prochlorococcus_marinus_MIT_9515
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +---------Prochlorococcus_marinus_CCMP1375
! ! ! ! ! +-391
! ! ! ! ! ! +---------Prochlorococcus_marinus_MIT_9211
! ! ! ! +-435
! ! ! ! ! +-Prochlorococcus_marinus_NATL1A
! ! ! ! +--------51
! ! +-543 +-Prochlorococcus_marinus_NATL2A
! ! !
! ! ! +-----Prochlorococcus_marinus_MIT9313
! ! ! +---264
! ! ! ! +-----Prochlorococcus_marinus_MIT_9303
! ! ! !
! ! ! ! +--------Synechococcus_CC9311
! ! +-480 +-378
! ! ! ! +--------Synechococcus_WH_7803
! ! ! +-415
! +-852 ! ! ! +--------Synechococcus_CC9605
! ! ! ! ! ! +-370
! ! ! +-436 +-377 +--------Synechococcus_sp_WH8102
! ! ! ! !
! ! ! ! +--------Synechococcus_CC9902
! ! ! !
! ! ! +----------Synechococcus_RCC307
! ! !
! ! ! +---293=Chlamydia{5}
! ! ! +-487
! ! ! ! +-450=Chlamydophila{7}
! ! +-764
! ! +====Parachlamydia{1}
! !
! ! +-501=Anaplasma{3}
! ! +-539
! ! ! +-349=Ehrlichia{5}
! ! +-590
! ! ! +-386=Wolbachia{4}
! ! +-611
! ! ! +====Neorickettsia{1}
! ! +-667
! ! ! ! +----290=Orientia{2}
! ! ! +-627
! ! ! +-384=Rickettsia{11}
! +-856 +-785
! ! ! ! +-423=Bartonella{4}
! ! ! +-790
! ! ! ! +-------------Candidatus_Pelagibacter_ubique_HTCC1062
! ! ! !
! ! ! ! +====Baumannia{1}
! ! ! ! +-572
! ! ! ! ! ! +----------Candidatus_Blochmannia_floridanus
! ! ! ! +-583 +-444
! ! ! ! ! ! +----------Candidatus_Blochmannia_pennsylvanicus_BPEN
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Wigglesworthia{1}
! ! ! ! +-599
! ! ! +-851 ! +-528=Buchnera{6}
! ! ! ! ! +-791
! ! ! ! ! ! +-------------uncultured_Termite_group_1_bacterium_phylotype_Rs_D17
! ! ! ! ! !
! ! ! ! +-845 +--------119=Coxiella{5}
! ! ! ! ! +-777
! ! ! ! ! ! +-----322=Francisella{9}
! ! ! ! ! +-788
! ! ! ! ! ! +--------129=Legionella{4}
! ! ! ! +-827
! ! ! ! +====Dichelobacter{1}
! ! +-854
! ! ! +====Aster{1}
! ! ! +---270
! ! ! +-461 +====Onion{1}
! ! ! ! !
! ! ! +-538 +----------Candidatus_Phytoplasma_australiense
! ! ! ! !
! ! ! ! +-----------Candidatus_Phytoplasma_mali
! ! ! +-807
! ! ! ! +--405=Borrelia{8}
! ! ! +-829
! ! ! ! +-------------Candidatus_Amoebophilus_asiaticus_5a2
! ! ! +-849
! ! ! ! ! +-496=Bacteroides{4}
! ! ! ! ! +-568
! ! ! ! ! ! +====Parabacteroides{1}
! ! ! ! ! +-680
! ! +-853 ! ! +--------111=Porphyromonas{2}
! ! ! +-738
! ! ! +-------------Candidatus_Azobacteroides_pseudotrichonymphae_genomovar__CFP2
! ! !
! ! ! +====Elusimicrobium{1}
! ! +-794
! ! +------------16=Tropheryma{2}
! !
! ! +====Acholeplasma{1}
! ! +-485
! ! ! +----------Mycoplasma_gallisepticum
! ! !
! ! ! +-------Lactobacillus_acidophilus_NCFM
! ! +-760 +-398
! ! ! ! ! +--------Lactobacillus_helveticus_DPC_4571
! ! ! ! +-473
! ! ! ! ! ! +-----Lactobacillus_gasseri_ATCC_33323
! ! ! ! ! +--312
! ! ! +-563 +-----Lactobacillus_johnsonii_NCC_533
! ! ! !
! ! ! ! +--Lactobacillus_delbrueckii_bulgaricus
! ! ! +-------127
! ! ! +--Lactobacillus_delbrueckii_bulgaricus_ATCC_BAA-365
! ! !
! ! ! +====Anoxybacillus{1}
! ! ! +-525
! ! ! ! +-359=Geobacillus{2}
! ! ! +-636
! ! ! ! ! +----------Bacillus_clausii_KSM-K16
! ! ! ! +-587
! ! ! ! +====Oceanobacillus{1}
! ! ! !
! ! ! ! +-------Bacillus_amyloliquefaciens_FZB42
! ! ! ! +-368
! ! ! ! +-470 +-------Bacillus_subtilis
! ! ! ! ! !
! ! ! ! +-489 +---------Bacillus_pumilus_SAFR-032
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +Bacillus_licheniformis_ATCC_14580
! ! ! +-649 ! +--------53
! ! ! ! ! ! +Bacillus_licheniformis_DSM_13
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +Bacillus_anthracis_Ames
! ! ! ! ! ! +--54
! ! ! ! ! ! +--83 +Bacillus_anthracis_Ames_0581
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-158 +Bacillus_anthracis_str_Sterne
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-204 +-Bacillus_cereus_AH820
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +--Bacillus_cereus_ZK
! ! ! ! ! ! +-206 +-191
! ! ! ! +-616 ! ! +--Bacillus_thuringiensis_konkukian
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-Bacillus_cereus_03BB102
! ! ! ! ! ! +-140
! ! ! +-669 ! +-276 +-Bacillus_thuringiensis_Al_Hakam
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-Bacillus_cereus_AH187
! ! ! ! ! ! ! ! +-167
! ! ! ! ! ! ! +-267 +-Bacillus_cereus_Q1
! ! ! ! ! ! +-297 !
! ! ! ! ! ! ! ! +---Bacillus_cereus_ATCC_10987
! ! +-797 ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Bacillus_cereus_ATCC14579
! ! ! ! ! ! ! +-301 ! +-205
! ! ! ! +-673 ! ! ! ! +-246 +--Bacillus_cereus_B4264
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-379 ! +---Bacillus_cereus_G9842
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +----Bacillus_weihenstephanensis_KBAB4
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-------Bacillus_cereus_cytotoxis_NVH_391-98
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-----------Bacillus_halodurans
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Exiguobacterium{1}
! ! ! ! +-718
! ! ! ! ! ! +====Lysinibacillus{1}
! ! ! ! ! +-691
! ! ! ! ! ! +====Macrococcus{1}
! ! ! ! ! +-562
! ! ! ! ! +-441=Staphylococcus{19}
! ! ! +-759
! ! ! ! +====Enterococcus{1}
! ! ! ! +-626
! ! ! ! ! +-----292=Listeria{5}
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +----------Lactobacillus_brevis_ATCC_367
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-Lactobacillus_casei
! ! ! ! ! +-551 +-----232
! ! ! ! ! ! ! +-517 +-Lactobacillus_casei_ATCC_334
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-530 +---------Lactobacillus_sakei_23K
! ! ! ! ! +-613 !
! ! ! ! ! ! ! +---------Lactobacillus_plantarum
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +--337=Lactococcus{3}
! ! ! ! ! +-658
! ! ! ! ! ! ! +---------Lactobacillus_fermentum_IFO_3956
! ! ! ! ! ! ! +-518
! ! ! ! ! ! ! ! ! +Lactobacillus_reuteri_DSM_20016
! ! ! ! ! ! ! ! +--------62
! ! ! +-719 ! +-614 +Lactobacillus_reuteri_F275_Kitasato
! ! ! ! +-690 !
! ! ! ! ! ! ! +----------Lactobacillus_salivarius_UCC118
! ! ! ! ! ! +-579
! ! ! ! ! ! +====Pediococcus{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +--345=Leuconostoc{2}
! ! ! ! ! +-600
! ! ! ! ! +====Oenococcus{1}
! ! +-823 ! !
! ! ! ! +-713
! ! ! ! +-573=Streptococcus{38}
! ! +-832 !
! ! ! ! ! +====Acidobacteria{1}
! ! ! ! ! +-622
! ! ! ! ! ! +====Solibacter{1}
! ! ! ! ! +-692
! ! ! ! ! ! +--401=Anaeromyxobacter{4}
! ! ! ! ! +-720
! ! ! ! ! ! +====Myxococcus{1}
! ! ! ! ! +-753
! ! ! ! ! ! +====Sorangium{1}
! ! ! ! ! +-801
! ! ! ! ! ! +====Opitutus{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-811 +--352=Chloroflexus{3}
! ! ! ! ! ! ! +-581
! ! ! ! ! ! ! ! +--353=Roseiflexus{2}
! ! ! ! ! ! ! +-701
! ! ! ! ! ! ! ! +====Herpetosiphon{1}
! ! ! ! ! ! +-800
! ! ! ! ! ! ! +-455=Deinococcus{2}
! ! ! ! ! ! +-682
! ! ! ! +-820 +-------170=Thermus{2}
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Haloarcula{1}
! ! ! ! ! +-513
! ! ! ! ! +-535 +====Halorubrum{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-554 +====Natronomonas{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-589 +====Haloquadratum{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +---------52=Halobacterium{2}
! ! ! ! +-778
! ! ! ! ! +====Nitrosopumilus{1}
! ! ! ! +-754
! ! ! ! +====Symbiobacterium{1}
! ! ! !
! ! ! ! +====Acidobacterium{1}
! ! ! +-805
! ! ! ! +====Pirellula{1}
! ! ! +-779
! ! ! +====Salinibacter{1}
! ! !
! ! ! +====Aeropyrum{1}
! ! ! !
! ! ! ! +--------Pyrobaculum_aerophilum
! ! ! +-716 +-363
! ! ! ! ! ! +--------Pyrobaculum_arsenaticum_DSM_13514
! ! ! ! ! +-411
! ! ! ! ! ! ! +-------Pyrobaculum_islandicum_DSM_4184
! ! ! ! +-431 +-335
! ! ! ! ! +====Thermoproteus{1}
! ! ! ! !
! ! ! +-741 +---------Pyrobaculum_calidifontis_JCM_11548
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Desulfurococcus{1}
! ! ! ! ! +-570
! ! ! ! ! +-681 +====Staphylothermus{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! +-722 +====Hyperthermus{1}
! ! ! ! !
! ! ! ! +====Ignicoccus{1}
! ! ! !
! ! ! ! +====Caldivirga{1}
! ! ! ! +-640
! ! ! ! ! ! +====Metallosphaera{1}
! ! ! ! ! +-464
! ! ! ! ! +-432=Sulfolobus{3}
! ! ! +-758 !
! ! ! ! ! +-693
! ! ! ! ! ! ! +-394=Pyrococcus{3}
! ! ! ! ! +-721 +-447
! ! ! ! ! ! ! +-369=Thermococcus{2}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! +-747 ! +====Picrophilus{1}
! ! ! ! ! +-575
! ! ! ! ! +-388=Thermoplasma{2}
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-----------Candidatus_Korarchaeum_cryptofilum_OPF8
! ! ! ! +-698
! ! ! ! +====Thermofilum{1}
! ! +-840 !
! ! ! ! +-819 +====Archaeoglobus{1}
! ! ! ! ! ! +-780
! ! ! ! ! ! ! +====Methanopyrus{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Methanobacterium{1}
! ! ! ! ! ! ! +-624
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Methanobrevibacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-591
! ! ! ! ! ! ! ! +====Methanosphaera{1}
! ! ! ! ! ! +-793 +-733
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-533=Methanococcus{7}
! ! ! ! ! ! ! +-769
! ! ! ! ! +-808 ! +====Methanococcoides{1}
! ! ! ! ! ! ! +-645
! ! ! ! ! ! ! ! +-434=Methanosarcina{3}
! ! ! ! ! ! +-739
! ! ! ! ! ! +====Methanosaeta{1}
! ! ! ! +-833 !
! ! ! ! ! ! ! +------------Candidatus_Methanoregula_boonei_6A8
! ! ! ! ! ! ! +-644
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Candidatus_Methanosphaerula_palustris_E1_9c
! ! ! ! ! ! ! ! +-638
! ! ! ! ! ! ! +-704 ! +====Methanoculleus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-617
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Methanospirillum{1}
! ! ! ! ! ! +-745 !
! ! ! ! ! ! ! +====Methanocorpusculum{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +------------uncultured_methanogenic_archaeon_RC-I
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Aquifex{1}
! ! ! ! ! ! +-619
! ! ! ! ! ! ! +====Hydrogenobaculum{1}
! ! ! ! ! ! +-659
! ! ! ! ! ! ! ! +====Persephonella{1}
! ! ! ! ! ! ! +-494
! ! ! ! ! ! ! +-380=Sulfurihydrogenibium{2}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Arcobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! +-630
! ! ! ! ! ! ! ! +====Wolinella{1}
! ! ! ! ! ! ! +-654
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Nitratiruptor{1}
! ! ! ! ! +-814 ! ! +-560
! ! ! ! ! ! +-665 +-585 +====Sulfurovum{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Sulfurimonas{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Nautilia{1}
! ! ! ! ! +-734
! ! ! ! ! ! +-576=Campylobacter{10}
! ! ! ! ! +-675
! ! ! ! ! +-633=Helicobacter{8}
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-612=Alkaliphilus{2}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +------------Clostridium_acetobutylicum
! ! ! ! ! ! +-641
! ! ! ! ! ! ! ! +Clostridium_kluyveri_DSM_555
! ! ! ! ! ! ! +-----------28
! ! ! ! ! ! ! +Clostridium_kluyveri_NBRC_12016
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +Clostridium_botulinum_A
! ! ! ! ! ! ! +--40
! ! ! +-835 ! +-652 ! ! +Clostridium_botulinum_A_ATCC_19397
! ! ! ! ! ! ! ! +--21
! ! ! ! ! ! ! +-125 +Clostridium_botulinum_A_Hall
! ! ! ! +-799 ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Clostridium_botulinum_B1_Okra
! ! ! ! ! ! ! ! +------175 +--85
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Clostridium_botulinum_F_Langeland
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-598 +---Clostridium_botulinum_A3_Loch_Maree
! ! ! ! ! ! +-671 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Clostridium_novyi_NT
! ! ! ! ! ! ! ! +-558
! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Clostridium_tetani_E88
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +----------Clostridium_beijerinckii_NCIMB_8052
! ! ! ! ! ! ! ! +-544
! ! ! ! +-815 ! ! ! ! ! +----Clostridium_botulinum_B_Eklund_17B
! ! +-841 ! ! ! +-744 ! ! +-----247
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----Clostridium_botulinum_E3_Alaska_E43
! ! ! ! ! ! ! ! +-634
! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Clostridium_perfringens
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-126
! ! ! ! ! ! ! ! +-------225 +--Clostridium_perfringens_ATCC_13124
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +---Clostridium_perfringens_SM101
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-------------Clostridium_difficile_630
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +------------Clostridium_cellulolyticum_H10
! ! ! ! ! ! ! +-620
! ! ! ! ! ! +-795 +-----------Clostridium_thermocellum_ATCC_27405
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-821 +------------Clostridium_phytofermentans_ISDg
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Anaerocellum{1}
! ! ! ! ! ! ! +----346
! ! ! ! ! ! ! ! +====Caldicellulosiruptor{1}
! ! ! ! ! ! ! +-766
! ! ! ! ! ! ! ! ! +----306=Dictyoglomus{2}
! ! ! ! ! ! ! ! +-748
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Halothermothrix{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-725
! ! ! ! ! ! ! ! +--399=Thermoanaerobacter{3}
! ! ! ! ! ! +-810
! ! ! ! ! ! ! +====Coprothermobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Fervidobacterium{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-537
! ! ! ! ! ! ! ! ! +--356=Thermosipho{2}
! ! ! ! ! +-825 +-798 +-615
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Thermotoga_RQ2
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-148
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--199 +-Thermotoga_maritima
! ! ! ! ! ! ! ! +-656 ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--334 +--Thermotoga_petrophila_RKU-1
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-694 ! +------Thermotoga_neapolitana_DSM_4359
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Thermotoga_lettingae_TMO
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Petrotoga{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Carboxydothermus{1}
! ! ! ! ! ! ! +-679
! ! ! ! ! ! ! ! +====Natranaerobius{1}
! ! ! ! ! ! ! +-715
! ! ! ! ! ! ! ! +------238=Desulfitobacterium{2}
! ! ! ! ! ! ! +-757
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Desulfotomaculum{1}
! ! ! ! ! ! ! +-774 +-726
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Pelotomaculum{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-796 ! +====Heliobacterium{1}
! ! ! ! ! ! ! +-756
! ! ! ! ! ! ! +====Moorella{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! +-834 +====Syntrophomonas{1}
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-----------Candidatus_Desulfococcus_oleovorans_Hxd3
! +-858 ! ! ! +-662
! ! ! ! ! ! +-687 +====Desulfatibacillum{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-737 +====Desulfobacterium{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-809 +====Syntrophobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Desulfotalea{1}
! ! ! ! ! ! +-816
! ! ! ! ! ! ! ! +-595=Geobacter{6}
! ! ! ! ! ! ! ! +-655
! ! ! ! ! ! +-818 ! ! +-----------Pelobacter_propionicus_DSM_2379
! ! ! ! ! ! ! ! +-749
! ! ! ! ! ! ! ! +------------Pelobacter_carbinolicus
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Syntrophus{1}
! ! ! ! ! +-831 +-781
! ! ! ! ! ! +====Thermodesulfovibrio{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +------------Candidatus_Desulforudis_audaxviator_MP104C
! ! ! ! ! ! +-742
! ! ! ! ! ! ! +====Thermomicrobium{1}
! ! ! ! ! +-782
! ! ! ! ! +-----321=Dehalococcoides{3}
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Chlorobaculum{1}
! ! ! ! ! +-365
! ! ! ! ! ! +--------Chlorobium_tepidum_TLS
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-512 +---------Chlorobium_limicola_DSM_245
! ! ! ! ! ! ! +-413
! ! ! ! ! ! ! +-472 +---------Chlorobium_phaeobacteroides_DSM_266
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-508 +----------Pelodictyon_phaeoclathratiforme_BU_1
! ! ! ! ! +-516 !
! ! ! ! ! ! ! ! +--------Pelodictyon_luteolum_DSM_273
! ! ! +-843 ! ! ! +-408
! ! ! ! ! ! ! ! +---------Prosthecochloris_vibrioformis_DSM_265
! ! ! ! ! ! +-559 !
! ! ! ! ! ! ! ! +----------Chlorobium_chlorochromatii_CaD3
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-703 ! +---------Chlorobium_phaeobacteroides_BS1
! ! ! ! ! ! ! ! +-456
! ! ! ! ! ! ! ! +----------Prosthecochloris_aestuarii_DSM_271
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Chloroherpeton{1}
! ! ! ! ! +-836
! ! ! ! ! ! +====Cytophaga{1}
! ! ! ! ! ! +-735
! ! ! ! ! ! ! ! +-469=Flavobacterium{2}
! ! ! ! ! ! ! +-549
! ! ! ! ! ! ! +====Gramella{1}
! ! ! ! ! +-817
! ! ! ! ! +-623=Leptospira{6}
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Acidothermus{1}
! ! ! ! ! +-661
! ! ! ! ! ! +====Thermobifida{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-717 +====Saccharopolyspora{1}
! ! ! ! ! ! ! +-666
! ! ! ! ! ! ! ! +-458=Streptomyces{3}
! ! ! ! ! ! +-696
! ! ! ! ! ! +-----299=Salinispora{2}
! ! ! ! ! +-728
! ! ! ! ! ! ! +-412=Arthrobacter{3}
! ! ! ! ! ! ! +-574
! ! ! ! ! ! ! ! +====Renibacterium{1}
! ! ! ! ! ! ! +-635
! ! ! ! ! ! ! ! +====Kocuria{1}
! ! ! ! ! ! ! +-674
! ! ! ! ! ! ! ! ! +----268=Clavibacter{2}
! ! ! ! ! ! ! +-683 +-569
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Leifsonia{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-708 +====Kineococcus{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Nocardioides{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +--------Frankia_CcI3
! ! ! ! ! +-755 +-426
! ! ! ! ! ! ! ! +---------Frankia_alni_ACN14a
! ! ! ! ! ! ! +-588
! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------Frankia_EAN1pec
! ! ! ! ! ! ! ! +-476
! ! ! ! ! ! ! ! +====Nocardia{1}
! ! ! ! ! ! +-707
! ! ! ! ! +-804 !
! ! ! ! ! ! ! ! +-577=Mycobacterium{20}
! ! ! ! ! ! ! +-642
! ! ! ! ! ! ! +====Rhodococcus{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-607=Corynebacterium{7}
! ! ! ! ! +-828
! ! ! ! ! ! +====Propionibacterium{1}
! ! ! ! +-837
! ! ! ! +====Rubrobacter{1}
! ! ! !
! ! ! ! +====Acidiphilium{1}
! ! ! ! +-651
! ! ! ! ! +====Granulobacter{1}
! ! ! ! +-685
! ! ! ! ! ! +-------101=Gluconacetobacter{2}
! ! ! ! ! +-596
! ! ! ! ! +====Gluconobacter{1}
! ! ! ! +-767
! ! ! ! ! ! +====Magnetospirillum{1}
! ! ! ! ! ! +-648
! ! ! ! ! +-706 +-----------Rhodospirillum_rubrum_ATCC_11170
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-----------Rhodospirillum_centenum_SW
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +--------Agrobacterium_radiobacter_K84
! ! ! ! ! +-445
! ! ! ! ! ! +-314=Rhizobium{4}
! ! ! ! ! +-491
! ! ! ! ! ! +----271=Sinorhizobium{2}
! ! ! ! ! +-507
! ! ! ! ! ! ! +---------Agrobacterium_tumefaciens_C58_Cereon
! ! ! ! ! ! +-478
! ! ! ! ! ! +---------Agrobacterium_vitis_S4
! ! ! ! ! +-608
! ! ! ! ! ! ! +----133=Brucella{9}
! ! ! ! ! ! ! +-371
! ! ! ! ! ! ! ! +====Ochrobactrum{1}
! ! ! ! ! ! ! +-597
! ! ! ! ! ! ! ! +----------Mesorhizobium_BNC1
! ! ! ! ! ! +-605
! ! ! ! ! ! +----------Mesorhizobium_loti
! ! ! ! ! !
! ! ! ! +-786 ! +====Azorhizobium{1}
! ! ! ! ! ! ! +-488
! ! ! ! ! ! ! ! +====Xanthobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! +-632
! ! ! ! ! ! +-723 ! +-509=Methylobacterium{6}
! ! ! ! ! ! ! ! +-664
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-433=Bradyrhizobium{3}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-506
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-406=Rhodopseudomonas{6}
! ! ! ! ! ! +-761 +-686 +-561
! ! ! +-846 ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-375=Nitrobacter{2}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-524
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Oligotropha{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Beijerinckia{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-602
! ! ! ! ! +-789 ! ! ! +====Methylocella{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-427=Caulobacter{3}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-519
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Phenylobacterium{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-672
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Parvibaculum{1}
! ! ! ! ! ! ! +-773 ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-711
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Hyphomonas{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-676
! ! ! ! ! ! ! ! +====Maricaulis{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Dinoroseobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-482
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Roseobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-459
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Ruegeria{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-511
! ! ! ! ! ! ! ! ! +--320=Rhodobacter{4}
! ! ! ! ! ! ! ! +-531
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Jannaschia{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-566
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Silicibacter{1}
! ! ! ! ! ! ! +-601
! ! ! ! ! ! ! +====Paracoccus{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Erythrobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! +-594
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Novosphingobium{1}
! ! ! ! ! ! ! +-670 +-555
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Sphingopyxis{1}
! ! ! ! ! ! +-730 !
! ! ! ! ! ! ! +====Sphingomonas{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Zymomonas{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-------222=Acidithiobacillus{2}
! ! ! ! ! ! +-647
! ! ! ! ! ! ! +====Thioalkalivibrio{1}
! ! ! ! ! ! +-727
! ! ! ! ! ! ! ! +====Alkalilimnicola{1}
! ! ! ! ! ! +-783 +-578
! ! ! ! ! ! ! ! +====Halorhodospira{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Magnetococcus{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +---Acidovorax_JS42
! ! ! ! ! ! ! +----262
! ! ! ! ! ! ! +-477 +====Diaphorobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-504 +----------Acidovorax_avenae_citrulli_AAC00-1
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-592 +====Delftia{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Verminephrobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! +-606
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-467=Polaromonas{2}
! ! ! ! ! ! ! ! +-542
! ! ! ! ! ! ! +-625 +====Rhodoferax{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Leptothrix{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-552
! ! ! ! ! ! ! ! +====Methylibium{1}
! ! ! ! ! ! ! +-700
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-490=Bordetella{5}
! ! ! ! ! ! +-803 ! ! +-668
! ! ! ! ! ! ! ! +-712 ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-684 !
! +-859 ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-484=Burkholderia{22}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-609
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Cupriavidus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-329
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-357 +-----Ralstonia_eutropha_H16
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-420 +------Ralstonia_eutropha_JMP134
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-536 +--------Ralstonia_metallidurans_CH34
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-751 ! ! ! +-------Ralstonia_pickettii_12J
! ! ! ! ! ! ! +-812 ! ! ! ! ! +-409
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------Ralstonia_solanacearum
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Herminiimonas{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--387
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Janthinobacterium{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--393=Polynucleobacter{2}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-772 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Aromatoleum{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-522
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-604 +====Azoarcus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-699 +====Dechloromonas{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-787 ! +-732 +====Thiobacillus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Chromobacterium{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Methylobacillus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Methylococcus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-770
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Nitrosococcus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-736
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-404=Nitrosomonas{2}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-580
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Nitrosospira{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------Candidatus_Ruthia_magnifica_Cm_Calyptogena_magnifica_
! ! ! ! ! ! ! ! ! +----333
! ! ! ! ! ! ! ! +-746 +-------Candidatus_Vesicomyosocius_okutanii_HA
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Thiomicrospira{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-438=Acinetobacter{7}
! ! ! ! ! ! ! ! +-724
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-449=Psychrobacter{3}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Alcanivorax{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-660
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Marinobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-710
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Chromohalobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-802 ! +-697
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-529=Pseudomonas{16}
! ! ! ! ! +-838 ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-822 ! ! +-750
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Hahella{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-771
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Cellvibrio{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-639
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-768 +====Saccharophagus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Marinomonas{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +Actinobacillus_pleuropneumoniae_L20
! ! ! ! ! ! ! ! ! +--93
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----106 +Actinobacillus_pleuropneumoniae_serovar_3_JL03
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-439 +-Actinobacillus_pleuropneumoniae_serovar_7_AP76
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-474 +--------Haemophilus_parasuis_SH0165
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------Haemophilus_ducreyi_35000HP
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------Actinobacillus_succinogenes_130Z
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-540 +-372
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Mannheimia{1}
! ! ! ! +-848 ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Haemophilus_influenzae
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-144
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-510 +-156 +--Haemophilus_influenzae_86_028NP
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----216 +--Haemophilus_influenzae_PittEE
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-437 +---Haemophilus_influenzae_PittGG
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-500 +====Pasteurella{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Haemophilus_somnus_129PT
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----172
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Haemophilus_somnus_2336
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Citrobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-354
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-296=Salmonella{16}
! ! ! ! ! ! ! ! +-813 ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Escherichia_coli_0127_H6_E2348_69
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_536
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-274 ! +-Escherichia_coli_APEC_O1
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-229 +-159
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-192 +-Escherichia_coli_S88
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-261 +-227 +-Escherichia_coli_UTI89
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_CFT073
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Escherichia_coli_ED1a
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-367 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_55989
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-224
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_E24377A
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-212
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_IAI1
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-287 ! +-180
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_SE11
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-236
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-731 ! ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_C_ATCC_8739
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-190
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Escherichia_coli_K_12_substr__DH10B
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-103
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-213 ! +Escherichia_coli_K_12_substr__MG1655
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-260 ! +--80
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Escherichia_coli_K_12_substr__W3110
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_HS
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_IAI39
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-239
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-279 +-249 +--Escherichia_coli_SMS_3_5
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-319 ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Escherichia_coli_UMN026
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-397 ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Escherichia_coli_O157H7
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-102
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-152 +Escherichia_coli_O157H7_EDL933
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Escherichia_coli_O157_H7_EC4115
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
806-855 ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-280=Shigella{7}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-336
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----Escherichia_fergusonii_ATCC_35469
! ! ! ! ! ! ! +-824 ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-416 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------Enterobacter_638
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-502 ! +-382
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---245=Klebsiella{2}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--------Enterobacter_sakazakii_ATCC_BAA-894
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------Erwinia_carotovora_atroseptica_SCRI1043
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-486
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Serratia{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-443
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-360=Yersinia{12}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-515
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------Erwinia_tasmaniensis
! ! ! +-850 ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-784 ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-567
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Sodalis{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-610
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Photorhabdus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-571
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Proteus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +----313=Aeromonas{2}
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Aliivibrio{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-381
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Vibrio_fischeri_ES114
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---207
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Vibrio_fischeri_MJ11
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-678 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-541 +Vibrio_cholerae
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--------92
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Vibrio_cholerae_O395
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--------Vibrio_harveyi_ATCC_BAA-1116
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-483 +-402
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------Vibrio_parahaemolyticus
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-705 +-582 ! +-446
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Vibrio_vulnificus_CMCP6
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-466 +----215
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Vibrio_vulnificus_YJ016
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------Vibrio_splendidus_LGP32
! ! ! ! ! +-826 ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Photobacterium{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-729 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Psychromonas{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Alteromonas{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-556
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----------Pseudoalteromonas_atlantica_T6c
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-657
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Colwellia{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-677 +-650
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Pseudoalteromonas_haloplanktis_TAC125
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Idiomarina{1}
! ! ! ! ! ! ! +-740
! ! ! ! ! ! ! +-565=Shewanella{19}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +------284=Neisseria{6}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-----269=Stenotrophomonas{2}
! ! ! ! ! ! +-523
! ! ! ! ! ! ! +-376=Xanthomonas{8}
! ! ! ! ! +-631
! ! ! ! ! +------248=Xylella{4}
! ! ! ! !
! ! ! ! +====Bdellovibrio{1}
! ! ! !
! ! ! +====Methylacidiphilum{1}
! ! !
! ! ! +====Akkermansia{1}
! ! ! +-830
! ! ! ! +-695=Treponema{3}
! ! +-857
! ! ! +-643=Desulfovibrio{5}
! ! +-752
! ! +====Lawsonia{1}
! !
! ! +-526=Bifidobacterium{5}
! ! +-839
! ! ! +====Brachyspira{1}
! ! +-842
! ! ! ! +====Finegoldia{1}
! ! ! +-776
! ! ! +====Fusobacterium{1}
! ! !
! ! ! +====Mesoplasma{1}
! ! ! +-548
! ! ! ! ! +------Mycoplasma_capricolum_ATCC_27343
! ! ! ! +---304
! ! ! ! +------Mycoplasma_mycoides
! ! ! !
! ! ! ! +----------Mycoplasma_genitalium
! ! ! +-775 +-452
! ! ! ! ! ! +----------Mycoplasma_pneumoniae
! +-847 ! ! +-688
! ! ! ! ! +-------241=Ureaplasma{3}
! ! ! +-743
! ! ! +-------------Mycoplasma_penetrans
! ! +-792
! ! ! ! +-------------Mycoplasma_agalactiae_PG2
! ! ! ! +-714
! ! ! ! ! ! +-------------Mycoplasma_arthritidis_158L3_1
! ! ! ! ! +-689
! ! ! ! ! ! +-----------Mycoplasma_mobile_163K
! ! ! ! ! +-646
! +-844 +-763 ! +------------Mycoplasma_pulmonis
! ! ! +-586
! ! ! +------------Mycoplasma_synoviae_53
! ! !
! ! ! +-Mycoplasma_hyopneumoniae_232
! ! +-----------37
! ! ! +-Mycoplasma_hyopneumoniae_7448
! ! +--27
! ! +-Mycoplasma_hyopneumoniae_J
! !
! +====Nanoarchaeum{1}
!
+====Encephalitozoon{1}
remember: (although rooted by outgroup) this is an unrooted tree!
5. K=3 CVTree 861 Populations K=3
Neighbor-Joining/UPGMA method version 3.67
Neighbor-joining method
Negative branch lengths allowed
+====Nitrosopumilus{1}
!
! +====Eremothecium{1}
! +-429
! +-520 +====Saccharomyces{1}
! ! !
! ! +====Schizosaccharomyces{1}
! +-549
! ! ! +====Arabidopsis{1}
! ! +-405
! +-625 ! +====Caenorhabditis{1}
! ! ! +-337
! ! ! +----Drosophila_melanogaster_FlyBase
! ! !
! ! +====Plasmodium{1}
! !
! ! +====Akkermansia{1}
! ! !
! ! ! +====Chlorobaculum{1}
! ! ! +-348
! ! ! ! +----Chlorobium_tepidum_TLS
! ! ! +-536
! ! ! ! ! +-----Pelodictyon_luteolum_DSM_273
! ! ! ! +-393
! ! ! +-567 +-----Prosthecochloris_vibrioformis_DSM_265
! ! +-850 ! !
! ! ! ! ! ! +------Chlorobium_limicola_DSM_245
! ! ! ! ! ! +-466
! ! ! ! +-592 +-499 +-------Chlorobium_phaeobacteroides_DSM_266
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-------Pelodictyon_phaeoclathratiforme_BU_1
! ! ! ! ! !
! ! ! ! +-640 ! +-------Chlorobium_phaeobacteroides_BS1
! ! ! ! ! ! +-513
! ! ! ! ! ! +-------Prosthecochloris_aestuarii_DSM_271
! ! ! +-729 !
! ! ! ! +---------Chlorobium_chlorochromatii_CaD3
! ! ! !
! ! ! +====Chloroherpeton{1}
! ! !
! ! ! +--------Candidatus_Desulfococcus_oleovorans_Hxd3
! ! ! +-739
! ! ! ! ! +====Desulfatibacillum{1}
! ! ! ! +-700
! ! ! +-770 +====Desulfobacterium{1}
! ! ! ! !
! ! +-853 ! ! +====Syntrophobacter{1}
! ! ! ! ! +-754
! ! ! ! ! +====Syntrophus{1}
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-----Geobacter_FRC_32
! ! ! ! ! +-446
! ! ! ! +-801 +-528 +-----Geobacter_uraniumreducens_Rf4
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-555 +------Geobacter_bemidjiensis_Bem
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +------Geobacter_metallireducens_GS-15
! ! ! ! ! ! +-696 +-478
! ! ! ! ! ! ! ! +------Geobacter_sulfurreducens
! ! ! ! +-826 ! ! !
! ! ! ! ! ! +-760 ! +-------Geobacter_lovleyi_SZ
! ! ! ! ! ! ! +-630
! ! ! ! ! ! ! +-------Pelobacter_propionicus_DSM_2379
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +--------Pelobacter_carbinolicus
! ! ! ! ! !
! ! ! +-847 +====Desulfotalea{1}
! ! +-858 !
! ! ! ! ! +-660=Desulfovibrio{5}
! ! ! ! +-781
! ! ! ! +====Lawsonia{1}
! ! ! !
! ! ! ! +-468=Bacteroides{4}
! ! ! ! +-561
! ! ! ! ! +====Parabacteroides{1}
! ! ! ! +-736
! ! ! ! ! +-----184=Porphyromonas{2}
! ! ! ! +-808
! ! ! ! ! ! +====Cytophaga{1}
! ! ! ! ! +-666
! ! ! ! ! ! +-518=Flavobacterium{2}
! ! ! +-838 +-605
! ! ! ! +====Gramella{1}
! ! ! !
! ! ! ! +====Bdellovibrio{1}
! ! ! +-820
! ! ! +-679=Leptospira{6}
! ! !
! ! ! +====Acaryochloris{1}
! ! ! +-607
! ! ! ! +-------Cyanothece_PCC_7425
! ! ! !
! ! ! ! +====Anabaena{1}
! ! ! ! +-300
! ! ! +-622 +-398 +-Nostoc_sp
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +----Nostoc_punctiforme_PCC_73102
! ! ! ! ! +-537
! ! ! ! ! ! ! +----Cyanothece_ATCC_51142
! ! ! ! ! ! ! +-400
! ! ! ! +-587 +-445 +----Cyanothece_PCC_8801
! ! ! ! ! !
! ! ! +-634 ! +-----Cyanothece_PCC_7424
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Trichodesmium{1}
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +------Synechococcus_PCC_7002
! ! ! ! ! +-504
! ! ! ! ! ! +====Synechocystis{1}
! ! ! +-649 +-594
! ! ! ! ! ! +Synechococcus_elongatus_PCC_6301
! ! ! ! ! ! +-------57
! ! ! ! ! +-569 +Synechococcus_elongatus_PCC_7942
! ! ! ! ! !
! ! ! +-737 ! +====Thermosynechococcus{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Microcystis{1}
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-----Synechococcus_sp._JA-2-3B-a_2-13
! ! ! ! +---342
! ! ! ! +-----Synechococcus_sp._JA-3-3Ab
! ! ! !
! ! ! ! +-Prochlorococcus_marinus_AS9601
! ! ! ! +-113
! ! ! ! +-144 +-Prochlorococcus_marinus_MIT_9301
! ! ! ! ! !
! ! ! ! +-170 +--Prochlorococcus_marinus_MIT_9312
! ! ! +-768 ! !
! ! ! ! ! +--252 +--Prochlorococcus_marinus_MIT_9215
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +--Prochlorococcus_marinus_MED4
! ! ! ! ! +-432 +-185
! ! ! ! ! ! ! +--Prochlorococcus_marinus_MIT_9515
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +Prochlorococcus_marinus_NATL1A
! ! ! ! ! +-439 +------87
! ! ! ! ! ! ! +Prochlorococcus_marinus_NATL2A
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-----Prochlorococcus_marinus_CCMP1375
! ! ! ! ! ! +-352
! ! ! ! ! ! +-----Prochlorococcus_marinus_MIT_9211
! ! ! ! +-586
! ! ! ! ! +--Prochlorococcus_marinus_MIT9313
! ! ! +-814 ! +---192
! ! ! ! ! ! ! +--Prochlorococcus_marinus_MIT_9303
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +------Synechococcus_CC9311
! ! ! ! ! +-462 !
! ! ! ! ! ! ! +----Synechococcus_CC9605
! ! ! ! ! ! +-385 +-325
! ! ! ! ! ! ! ! +-332 +----Synechococcus_sp_WH8102
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-404 +-370 +-----Synechococcus_CC9902
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +------Synechococcus_WH_7803
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +------Synechococcus_RCC307
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Gloeobacter{1}
! ! ! ! +-738
! ! ! ! +====Nitrosococcus{1}
! ! ! !
! ! ! ! +====Acidobacteria{1}
! ! ! ! +-604
! ! ! ! +-637 +====Solibacter{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! +-752 +====Acidobacterium{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Opitutus{1}
! ! ! ! +-764
! ! ! ! ! ! +-334=Anaeromyxobacter{4}
! ! ! ! ! ! +-552
! ! ! ! +-774 ! ! +====Sorangium{1}
! ! ! ! ! ! +-612
! ! ! ! ! ! +====Myxococcus{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Pirellula{1}
! ! ! ! +-827
! ! ! ! ! ! +-402=Chloroflexus{3}
! ! ! ! ! ! +-568
! ! ! ! ! ! ! +-399=Roseiflexus{2}
! ! ! ! ! +-714
! ! ! ! ! +====Herpetosiphon{1}
! ! ! ! +-845
! ! ! ! ! ! +-481=Deinococcus{2}
! ! ! ! ! ! +-642
! ! ! ! ! ! ! +--------49=Thermus{2}
! ! ! ! ! ! +-791
! ! ! +-854 ! ! ! ! +====Rubrobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-757
! ! ! ! ! ! ! ! +====Thermomicrobium{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Haloarcula{1}
! ! ! ! ! ! +-805 +-437
! ! ! ! ! ! ! +-448 +====Natronomonas{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-476 +====Halorubrum{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-------31=Halobacterium{2}
! ! ! ! ! ! ! +-502
! ! ! ! ! ! ! ! +====Haloquadratum{1}
! ! ! ! ! ! +-773
! ! ! ! ! ! +====Salinibacter{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Acidothermus{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-407=Frankia{3}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-614 +-551 +====Saccharopolyspora{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-512
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-364=Streptomyces{3}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-533
! ! ! ! ! ! ! ! +-577 +---242=Salinispora{2}
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-654 ! ! +====Nocardioides{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-585
! ! ! ! ! ! ! ! +====Kineococcus{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Thermobifida{1}
! ! ! ! ! ! +-703
! ! ! ! ! ! ! ! +-392=Arthrobacter{3}
! ! ! ! ! ! ! ! +-617
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Kocuria{1}
! ! ! ! ! ! +-735 ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-665
! ! ! ! ! ! ! ! ! +--319=Clavibacter{2}
! ! ! ! ! ! ! ! +-534
! ! ! ! ! ! +-753 ! +====Leifsonia{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Propionibacterium{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Renibacterium{1}
! ! ! ! +-851 !
! ! ! ! ! ! +-Mycobacterium_JLS
! ! ! ! ! ! +-158
! ! ! ! ! ! ! ! +Mycobacterium_KMS
! ! ! ! ! ! ! +-110
! ! ! ! ! ! +-363 +Mycobacterium_MCS
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +--Mycobacterium_gilvum_PYR-GCK
! ! ! ! ! ! +-428 +-330
! ! ! ! ! ! ! ! +--Mycobacterium_vanbaalenii_PYR-1
! ! ! ! ! ! +-496 !
! ! ! ! ! ! ! ! +----Mycobacterium_smegmatis_MC2_155
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-788 +-547 +------Mycobacterium_abscessus_ATCC_19977T
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Nocardia{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-444
! ! ! ! ! ! ! ! +====Rhodococcus{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +---Mycobacterium_avium_104
! ! ! ! ! ! ! ! +-222
! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Mycobacterium_avium_paratuberculosis
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-596 ! +Mycobacterium_bovis
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--41
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Mycobacterium_bovis_BCG_Pasteur_1173P2
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--40
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-427 +--50 +Mycobacterium_bovis_BCG_Tokyo_172
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Mycobacterium_tuberculosis_F11
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--39
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---54 ! +Mycobacterium_tuberculosis_H37Ra
! ! ! ! ! +-792 ! ! ! ! ! ! ! +--37
! ! ! ! ! ! ! +-669 +-511 ! ! ! +Mycobacterium_tuberculosis_H37Rv
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-328 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Mycobacterium_tuberculosis_CDC1551
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Mycobacterium_marinum_M
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +Mycobacterium_leprae
! ! ! ! ! ! ! ! +--------20
! ! ! ! ! ! ! ! +Mycobacterium_leprae_Br4923
+-793 ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +------------Mycobacterium_ulcerans_Agy99
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-716=Corynebacterium{7}
! ! ! ! ! ! +-821
! ! ! ! ! ! ! +-532=Bifidobacterium{5}
! ! ! ! ! +-846
! ! ! ! ! ! +--270=Stenotrophomonas{2}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-510 +Xanthomonas_campestris_8004
! ! ! ! ! ! ! ! +-135
! ! ! ! ! ! ! ! +-190 +Xanthomonas_campestris_ATCC_33913
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-323 +Xanthomonas_campestris_B100
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-655 ! +-Xanthomonas_campestris_vesicatoria_85-10
! ! ! ! ! ! ! ! +-286
! ! ! ! ! ! ! ! +-Xanthomonas_citri
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-----204=Xylella{4}
! ! ! ! ! +-751
! ! ! ! ! ! +Xanthomonas_oryzae_KACC10331
! ! ! ! ! ! +--9
! ! ! ! ! +-----------15 +Xanthomonas_oryzae_MAFF_311018
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +Xanthomonas_oryzae_PXO99A
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Acidiphilium{1}
! ! ! ! ! +-657
! ! ! ! ! ! +====Granulobacter{1}
! ! ! ! ! +-667
! ! ! ! ! ! ! +-----130=Gluconacetobacter{2}
! ! ! ! ! ! +-600
! ! ! ! ! +-749 +====Gluconobacter{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Magnetospirillum{1}
! ! ! ! ! ! +-699
! ! ! ! ! ! +-638=Rhodospirillum{2}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-----Agrobacterium_radiobacter_K84
! ! ! ! ! ! +-465
! ! ! ! ! ! ! +-306=Rhizobium{4}
! ! ! ! ! ! +-482
! ! ! ! ! ! ! +-----Agrobacterium_tumefaciens_C58_Cereon
! ! ! ! ! ! +-493
! ! ! ! ! ! ! +--292=Sinorhizobium{2}
! ! ! ! ! ! +-521
! ! ! ! ! ! ! +-----Agrobacterium_vitis_S4
! ! ! ! ! ! +-570
! ! ! ! ! ! ! +-----Mesorhizobium_loti
! ! ! ! ! ! +-603
! ! ! ! ! ! ! +------Mesorhizobium_BNC1
! ! ! ! ! ! +-616
! ! ! ! ! ! ! ! +-241=Brucella{9}
! ! ! ! ! ! ! +-417
! ! ! ! ! ! ! +====Ochrobactrum{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Azorhizobium{1}
! ! ! +-859 ! +-756 ! +-522
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Xanthobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-715 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-652
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-509=Methylobacterium{6}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-671
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Beijerinckia{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-610
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Methylocella{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-693
! ! ! ! ! +-855 ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-475=Bradyrhizobium{3}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-542
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-460=Rhodopseudomonas{6}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-719 ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-619
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-456=Nitrobacter{2}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-576
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Oligotropha{1}
! ! ! ! ! ! ! +-833 ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Dinoroseobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-506
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Roseobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-530
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Ruegeria{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-545 +-486
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Silicibacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Jannaschia{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-748 +-609
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Paracoccus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-584
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--335=Rhodobacter{4}
! ! ! ! ! ! ! +-844 ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-435=Caulobacter{3}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-526
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Phenylobacterium{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-618
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Hyphomonas{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-651
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Maricaulis{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-704
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Parvibaculum{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-712
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Erythrobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-593
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Novosphingobium{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-646 +-583
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Sphingopyxis{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Sphingomonas{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Zymomonas{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Magnetococcus{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-----247=Acidithiobacillus{2}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Alkalilimnicola{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-783 +-546
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-681 +====Halorhodospira{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-717 +====Thioalkalivibrio{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-763 +====Thiobacillus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Methylococcus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +---Acidovorax_JS42
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-315
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-527 +====Diaphorobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-538 +====Delftia{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------Acidovorax_avenae_citrulli_AAC00-1
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-620
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-483=Polaromonas{2}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-581
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-621 +====Rhodoferax{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-648 ! +====Leptothrix{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-539
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Methylibium{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Verminephrobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-802 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-727
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-559=Burkholderia{22}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-641
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-747 ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Cupriavidus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-331
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-386 +-Ralstonia_eutropha_H16
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-713 ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-455 +--Ralstonia_eutropha_JMP134
! ! ! ! ! ! ! ! +-823 ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-578 +----Ralstonia_metallidurans_CH34
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----Ralstonia_pickettii_12J
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-457
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----Ralstonia_solanacearum
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Herminiimonas{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--433
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-766 ! +====Janthinobacterium{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-668=Bordetella{5}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Aromatoleum{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-579
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-683 +====Azoarcus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-731 +====Dechloromonas{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Chromobacterium{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Methylobacillus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-761
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---367=Polynucleobacter{2}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-776
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-494=Nitrosomonas{2}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-680
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Nitrosospira{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +--346=Aeromonas{2}
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Vibrio_cholerae
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---217
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-650 ! +Vibrio_cholerae_O395
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! +-810 ! ! ! ! ! ! ! ! +-484 +---Vibrio_parahaemolyticus
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-423
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Vibrio_vulnificus_CMCP6
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-464 +-280
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-524 ! +Vibrio_vulnificus_YJ016
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----Vibrio_splendidus_LGP32
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-831 ! ! +Vibrio_fischeri_ES114
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----220
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Vibrio_fischeri_MJ11
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Alteromonas{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-694 +-562
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------Pseudoalteromonas_atlantica_T6c
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-644
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Colwellia{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-580
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------Pseudoalteromonas_haloplanktis_TAC125
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-673
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-503=Shewanella{19}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-720
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Psychromonas{1}
! ! ! ! ! +-852 ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-732
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Marinomonas{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-769
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Idiomarina{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Alcanivorax{1}
! ! ! ! ! ! ! +-775 +-662
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Marinobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-741
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Cellvibrio{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-597
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-718 +====Saccharophagus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Hahella{1}
! ! ! ! ! ! ! +-765
! ! ! ! ! ! ! ! +====Chromohalobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! +-730
! ! ! ! ! ! ! +-573=Pseudomonas{16}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +Actinobacillus_pleuropneumoniae_L20
! ! ! ! ! ! ! +-114
! ! ! ! ! ! ! +---127 +Actinobacillus_pleuropneumoniae_serovar_3_JL03
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-421 +Actinobacillus_pleuropneumoniae_serovar_7_AP76
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-477 +-----Haemophilus_parasuis_SH0165
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-------Haemophilus_ducreyi_35000HP
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +----Actinobacillus_succinogenes_130Z
! ! ! ! ! ! ! ! +-345
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Mannheimia{1}
! ! ! ! ! ! ! +-523 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Haemophilus_influenzae
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-454 +-161
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-169 +Haemophilus_influenzae_86_028NP
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--183 +--Haemophilus_influenzae_PittEE
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-469 +-438 +--Haemophilus_influenzae_PittGG
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Pasteurella{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Haemophilus_somnus_129PT
! ! ! ! ! ! ! ! +---198
! ! ! ! ! ! ! ! +-Haemophilus_somnus_2336
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Citrobacter{1}
! ! ! ! ! ! +-841 ! +-381
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-326=Salmonella{16}
! ! ! +-857 ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-410
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-383=Escherichia{23}
! ! ! ! ! ! ! +-750 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-450
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-297=Klebsiella{2}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-451
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-419=Enterobacter{2}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-514
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----Erwinia_tasmaniensis
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-540 +-490
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Serratia{1}
! ! ! ! ! ! ! +-806 ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +------Erwinia_carotovora_atroseptica_SCRI1043
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-535
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-447=Yersinia{12}
! ! ! ! +-842 ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-606
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Proteus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-632
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Photorhabdus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-682
! ! ! ! ! ! ! ! +====Sodalis{1}
! ! ! ! ! ! +-830 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Photobacterium{1}
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-695
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----------Vibrio_harveyi_ATCC_BAA-1116
! ! ! ! ! ! ! ! +-795
! ! ! ! ! ! ! ! +----308=Shigella{7}
! ! ! ! ! ! +-832 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +----Candidatus_Ruthia_magnifica_Cm_Calyptogena_magnifica_
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----203
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-777 +----Candidatus_Vesicomyosocius_okutanii_HA
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-813 +====Thiomicrospira{1}
! ! +-856 ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Dichelobacter{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +------277=Neisseria{6}
! ! ! ! ! ! +-840
! ! ! ! ! ! ! +------153=Coxiella{5}
! ! ! ! ! ! +-787
! ! ! ! ! ! +-----224=Legionella{4}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-691=Acinetobacter{7}
! ! ! ! ! +-812
! ! ! ! ! +--489=Psychrobacter{3}
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Aliivibrio{1}
! ! ! ! ! +-598
! ! ! ! ! ! ! +---------Lactococcus_lactis_cremoris_SK11
! ! ! ! ! ! +-412
! ! ! ! ! ! +---------Mycoplasma_mobile_163K
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Mesoplasma{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-------Mycoplasma_capricolum_ATCC_27343
! ! ! ! ! ! ! +--291
! ! ! ! ! ! +-701 +-543 +-------Mycoplasma_mycoides
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-779 ! ! +-602 +-----------Mycoplasma_synoviae_53
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Mycoplasma_gallisepticum
! ! ! ! ! ! ! ! +-686
! ! ! ! ! ! ! +-709 +--------72=Ureaplasma{3}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +------------Mycoplasma_penetrans
! ! ! ! ! ! +-726
! ! ! ! ! ! ! +------------Mycoplasma_agalactiae_PG2
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-653 +-Mycoplasma_hyopneumoniae_232
! ! ! ! ! ! ! ! ! +--19
! ! ! ! ! ! ! ! +---------26 +Mycoplasma_hyopneumoniae_7448
! ! ! ! ! +-797 +-676 !
! ! ! ! ! ! ! ! +--Mycoplasma_hyopneumoniae_J
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +------------Mycoplasma_arthritidis_158L3_1
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Aster{1}
! ! ! ! ! ! ! +------59
! ! ! ! ! ! ! +-472 +====Onion{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-575 +----------Candidatus_Phytoplasma_australiense
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-659 +-----------Candidatus_Phytoplasma_mali
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----------Mycoplasma_pulmonis
! ! ! ! ! ! ! +-743 +-550
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Nanoarchaeum{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +--------Mycoplasma_genitalium
! ! ! ! ! ! +-778 +--368
! ! ! ! ! ! ! +--------Mycoplasma_pneumoniae
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-----------13=Tropheryma{2}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-430=Anaplasma{3}
! ! ! ! ! ! +-473
! ! ! ! ! ! ! +--233=Ehrlichia{5}
! ! ! ! ! +-811 !
! ! ! ! ! ! ! +-613
! ! ! ! ! ! ! ! +-372=Wolbachia{4}
! ! ! ! ! ! ! +-678
! ! ! ! ! ! ! ! +====Neorickettsia{1}
! ! ! ! ! ! ! +-733
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-----167=Orientia{2}
! ! ! ! ! ! ! ! +-677
! ! ! ! ! ! ! ! +---309=Rickettsia{11}
! ! ! ! ! ! +-807
! ! ! ! ! +-816 !
! ! ! ! ! ! ! ! +---321=Borrelia{8}
! ! ! ! ! ! ! +-794
! ! ! ! ! ! ! +------------Candidatus_Amoebophilus_asiaticus_5a2
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Baumannia{1}
! ! ! ! ! ! ! +-564
! ! ! ! ! ! ! ! ! +--------Candidatus_Blochmannia_floridanus
! ! ! ! ! ! ! ! +-387
! ! ! ! ! +-836 ! ! +-------Candidatus_Blochmannia_pennsylvanicus_BPEN
! ! ! ! ! ! ! ! +-595
! ! ! ! ! ! ! +-796 ! +-463=Buchnera{6}
! ! ! ! ! ! ! ! +-563
! ! ! ! ! ! ! ! +====Wigglesworthia{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +----------Candidatus_Azobacteroides_pseudotrichonymphae_genomovar__CFP2
! ! ! ! ! ! ! +-675
! ! ! ! ! ! ! +-----------uncultured_Termite_group_1_bacterium_phylotype_Rs_D17
! ! ! ! ! +-837 !
! ! ! ! ! ! ! ! +--453=Bartonella{4}
! ! ! ! ! ! ! +-835
! ! ! ! ! ! ! ! +------------Candidatus_Pelagibacter_ubique_HTCC1062
! ! ! ! ! ! ! +-815
! ! ! ! ! ! ! +---379=Francisella{9}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! +-843 ! +Treponema_pallidum
! ! ! ! ! +------------12
! ! ! ! ! +Treponema_pallidum_SS14
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +---174=Chlamydia{5}
! ! ! ! ! +--418
! ! ! ! ! ! +-366=Chlamydophila{7}
! ! ! ! ! +-817
! ! ! ! ! ! +====Parachlamydia{1}
! ! ! ! +-834
! ! ! ! +====Methylacidiphilum{1}
! ! ! !
! ! ! ! +====Acholeplasma{1}
! ! ! ! +-790
! ! ! ! ! +---------Clostridium_phytofermentans_ISDg
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +--------Alkaliphilus_metalliredigens_QYMF
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-744 +--------Alkaliphilus_oremlandii_OhILAs
! ! ! ! ! ! ! +-636
! ! ! ! ! ! +-722 +====Fusobacterium{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Natranaerobius{1}
! ! ! ! +-809 !
! ! ! ! ! ! ! +--------Clostridium_acetobutylicum
! ! ! ! ! ! ! +-661
! ! ! ! ! ! ! ! ! +Clostridium_kluyveri_DSM_555
! ! ! ! ! ! ! ! +-------74
! ! ! ! ! ! ! ! +Clostridium_kluyveri_NBRC_12016
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-----Clostridium_beijerinckii_NCIMB_8052
! ! ! ! ! ! ! ! +-415
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--Clostridium_botulinum_B_Eklund_17B
! ! ! ! ! +-786 ! ! +--194
! ! ! ! ! ! ! ! +--Clostridium_botulinum_E3_Alaska_E43
! ! ! ! ! ! ! +-635
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Clostridium_perfringens
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-132
! ! ! ! ! ! +-698 ! +---255 +-Clostridium_perfringens_ATCC_13124
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +----Clostridium_perfringens_SM101
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +Clostridium_botulinum_A
! ! ! ! ! ! ! ! +-674 +-108
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Clostridium_botulinum_A_ATCC_19397
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--89
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-156 +Clostridium_botulinum_A_Hall
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Clostridium_botulinum_B1_Okra
! ! ! ! ! +-746 ! ! ! +-----168 +-142
! ! ! ! ! ! +-688 ! ! ! +Clostridium_botulinum_F_Langeland
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-590 +Clostridium_botulinum_A3_Loch_Maree
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +--------Clostridium_novyi_NT
! ! ! ! ! ! ! +-571
! ! ! ! ! ! ! +-------Clostridium_tetani_E88
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +--------Clostridium_difficile_630
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Finegoldia{1}
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Anoxybacillus{1}
! ! ! ! ! +-516
! ! ! ! ! ! +-406=Geobacillus{2}
! ! ! ! ! +-647
! ! ! ! ! ! +--------Bacillus_halodurans
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +----Bacillus_amyloliquefaciens_FZB42
! ! ! ! ! ! +-369
! ! ! ! ! ! ! +----Bacillus_subtilis
! ! ! ! ! ! +-461
! ! ! ! ! ! ! ! +Bacillus_licheniformis_ATCC_14580
! ! ! ! ! ! +-488 +----125
! ! ! ! ! ! ! ! +Bacillus_licheniformis_DSM_13
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-----Bacillus_pumilus_SAFR-032
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +Bacillus_anthracis_Ames
! ! ! ! ! ! ! +-157
! ! ! ! ! ! ! +-173 +Bacillus_anthracis_Ames_0581
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-215 +Bacillus_anthracis_str_Sterne
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +-228 +Bacillus_cereus_AH820
! ! ! ! ! +-697 ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-229 +-Bacillus_cereus_ZK
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-230 +-Bacillus_thuringiensis_konkukian
! ! ! ! ! ! ! +-611 ! !
! ! ! ! +-824 ! ! ! ! ! ! +Bacillus_cereus_03BB102
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-196
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-272 +Bacillus_thuringiensis_Al_Hakam
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +Bacillus_cereus_AH187
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-202
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-249 +Bacillus_cereus_Q1
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-293 !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Bacillus_cereus_ATCC_10987
! ! ! ! ! ! ! ! +-639 ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-Bacillus_cereus_ATCC14579
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-301 ! +-226
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-254 +-Bacillus_cereus_B4264
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-396 ! +-Bacillus_cereus_G9842
! ! ! ! ! ! +-723 ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +-664 ! ! +-Bacillus_weihenstephanensis_KBAB4
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +----Bacillus_cereus_cytotoxis_NVH_391-98
! ! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Lysinibacillus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-------Bacillus_clausii_KSM-K16
! ! ! ! ! ! ! ! +-624
! ! ! ! ! ! ! ! +====Oceanobacillus{1}
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +====Exiguobacterium{1}
! ! ! ! ! ! ! +-643
! +-849 ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +====Macrococcus{1}
! ! ! ! ! ! +-498
! ! ! ! ! ! +-408=Staphylococcus{19}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! +-784 +====Enterococcus{1}
! ! ! ! ! +-687
! ! ! ! ! ! +-----199=Listeria{5}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-------Lactobacillus_acidophilus_NCFM
! ! ! ! ! ! +-425
! ! ! ! ! ! ! ! +----Lactobacillus_gasseri_ATCC_33323
! ! ! ! ! ! +-529 +-298
! ! ! ! ! ! ! ! +-----Lactobacillus_johnsonii_NCC_533
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-557 +----------Lactobacillus_helveticus_DPC_4571
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-721 ! ! +--Lactobacillus_delbrueckii_bulgaricus
! ! ! ! ! ! ! ! +------99
! ! ! ! ! ! ! ! +--Lactobacillus_delbrueckii_bulgaricus_ATCC_BAA-365
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! +--------Lactobacillus_brevis_ATCC_367
! ! ! ! ! ! ! +-685 +-519
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------Lactobacillus_sakei_23K
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-558
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--------Lactobacillus_plantarum
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-544
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------Leuconostoc_citreum_KM20
! ! ! ! ! ! ! ! ! ! +-474
! ! ! ! ! ! ! ! +-633 +====Pediococcus{1}
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------Lactobacillus_fermentum_IFO_3956
! ! ! ! ! ! ! ! ! +-507
! ! ! ! ! ! +-702 ! ! ! +Lactobacillus_reuteri_DSM_20016
! ! ! ! ! ! ! +-623 +--------43
! ! ! ! ! ! ! ! +Lactobacillus_reuteri_F275_Kitasato
! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +----------Lactobacillus_salivarius_UCC118
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +---Lactobacillus_casei
! ! ! ! ! ! ! +---206
! ! ! ! ! ! ! ! +----Lactobacillus_casei_ATCC_334
! ! ! ! ! ! ! +-582
! ! ! ! ! ! ! ! ! +---------Leuconostoc_mesenteroides_ATCC_8293
! ! ! ! ! ! ! ! +-467
! ! ! ! ! ! +-658 +====Oenococcus{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +---Lactococcus_lactis
! ! ! ! ! ! +----238
! ! ! ! ! ! +---Lactococcus_lactis_cremoris_MG1363
! ! ! ! +-724
! ! ! ! +-591=Streptococcus{38}
! ! +-848
! ! ! +====Aeropyrum{1}
! ! ! +-589
! ! ! ! +====Hyperthermus{1}
! ! ! +-627
! ! ! ! ! +====Desulfurococcus{1}
! ! ! ! ! +-443
! ! ! +-670 +-615 +====Staphylothermus{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Thermofilum{1}
! ! ! +-692 !
! ! ! ! ! +====Ignicoccus{1}
! ! ! ! !
! ! ! ! +-----------Candidatus_Korarchaeum_cryptofilum_OPF8
! ! ! +-707
! ! ! ! ! +-317=Pyrococcus{3}
! ! ! ! +--371
! ! ! ! +-320=Thermococcus{2}
! ! ! +-725
! ! ! ! ! +====Caldivirga{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +----Pyrobaculum_aerophilum
! ! ! ! ! +-626 +-305
! ! ! ! ! ! ! +-338 +----Pyrobaculum_arsenaticum_DSM_13514
! ! ! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +--354 +-----Pyrobaculum_calidifontis_JCM_11548
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! ! +----Pyrobaculum_islandicum_DSM_4184
! ! ! ! +-705 +-253
! ! ! +-755 ! +====Thermoproteus{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Metallosphaera{1}
! ! ! ! ! ! +-388
! ! ! ! ! ! ! ! +-----Sulfolobus_acidocaldarius_DSM_639
! ! ! ! ! +-458 +-349
! ! ! ! ! ! +-----Sulfolobus_tokodaii
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +--------Sulfolobus_solfataricus
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Picrophilus{1}
! ! ! ! +-501
! ! ! ! +-339=Thermoplasma{2}
! ! ! +-789
! ! ! ! ! +====Archaeoglobus{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Methanococcoides{1}
! ! ! ! ! +-772 +-628
! ! ! ! ! ! ! ! +-384=Methanosarcina{3}
! ! ! ! ! ! ! +-711
! ! ! ! ! ! ! ! +---------uncultured_methanogenic_archaeon_RC-I
! ! ! ! ! ! +-762
! ! ! ! ! ! +====Methanosaeta{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Methanobacterium{1}
! ! ! ! ! ! +-560
! ! ! ! +-785 ! ! +====Methanobrevibacter{1}
! ! ! ! ! ! +-553
! ! ! ! ! ! +====Methanosphaera{1}
! ! ! ! ! +-672
! ! ! +-804 ! ! +-403=Methanococcus{7}
! ! ! ! ! +-771
! ! ! ! ! +====Methanopyrus{1}
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-------Candidatus_Methanoregula_boonei_6A8
! ! ! ! ! +-566
! ! ! ! ! +-608 +-------Candidatus_Methanosphaerula_palustris_E1_9c
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! +-690 +====Methanospirillum{1}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! +-708 +====Methanoculleus{1}
! ! ! ! !
! ! ! ! +====Methanocorpusculum{1}
! ! ! +-825
! ! ! ! ! +====Anaerocellum{1}
! ! ! ! ! +---347
! ! ! ! ! ! +====Caldicellulosiruptor{1}
! ! ! ! ! +-745
! ! ! ! ! ! ! +--------Clostridium_cellulolyticum_H10
! ! ! ! ! ! +-689
! ! ! ! ! +-782 +--------Clostridium_thermocellum_ATCC_27405
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +-431=Thermoanaerobacter{3}
! ! ! ! ! +-803
! ! ! ! ! ! ! +====Aquifex{1}
! ! ! ! ! ! ! +-556
! ! ! ! ! ! ! ! +====Hydrogenobaculum{1}
! ! ! ! ! ! ! +-684
! ! ! ! ! ! ! ! ! +====Persephonella{1}
! ! ! ! ! ! ! ! +-500
! ! ! ! ! ! +-780 +-357=Sulfurihydrogenibium{2}
! ! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Thermodesulfovibrio{1}
! ! ! ! +-818
! ! ! ! ! +====Coprothermobacter{1}
! ! ! ! ! !
! ! ! ! ! ! +------162=Dictyoglomus{2}
! ! +-839 ! ! !
! ! ! ! ! ! +====Fervidobacterium{1}
! ! ! ! ! ! +-548
! ! ! +-799 ! ! +-307=Thermosipho{2}
! ! ! ! +-742 !
! ! ! ! ! ! +-663
! ! ! ! ! ! ! +-588=Thermotoga{5}
! ! ! +-798 +-706
! ! ! ! +====Petrotoga{1}
! ! ! !
! ! ! +====Halothermothrix{1}
! ! !
! ! ! +----------Candidatus_Desulforudis_audaxviator_MP104C
! ! ! +-819
! ! ! ! +------223=Dehalococcoides{3}
! ! ! !
! ! ! ! +====Carboxydothermus{1}
! ! ! ! +-740
! ! ! ! +-758 +====Pelotomaculum{1}
! ! +-829 ! !
! ! ! +-759 +====Moorella{1}
! ! ! ! !
! ! ! ! ! +====Desulfotomaculum{1}
! ! ! +-767 +-728
! ! ! ! ! +====Syntrophomonas{1}
! ! ! ! !
! ! ! +-800 +-----248=Desulfitobacterium{2}
! ! ! ! !
! ! ! ! +====Heliobacterium{1}
! ! +-822
! ! +====Symbiobacterium{1}
! !
! ! +====Arcobacter{1}
! ! +-485
! ! +-599 +====Sulfurimonas{1}
! ! ! !
! ! ! +====Nautilia{1}
! ! +-631
! ! ! +-497=Campylobacter{10}
! ! +-656
! ! +-710 !
! ! ! ! ! +-554=Helicobacter{8}
! ! ! ! +-629
! ! ! ! +====Wolinella{1}
! +-828 !
! ! ! +====Nitratiruptor{1}
! ! +-601
! ! +====Sulfurovum{1}
! !
! +====Elusimicrobium{1}
!
! +====Brachyspira{1}
734-645
! +---------Treponema_denticola_ATCC_35405
!
+====Encephalitozoon{1}
remember: (although rooted by outgroup) this is an unrooted tree!