yanara astudillo silva genómica y proteómica curso 2011: 2012
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Perfiles de expresión génica y diagnóstico/pronóstico en cáncer
Yanara Astudillo SilvaGenómica y proteómica
Curso 2011: 2012
Introducción
Perfil de expresión génica:
Expresión génica: Proceso por el cual la inf. almacenada en DNA es traducida a proteínas.
Perfil de expresión génica: medida de expresión de varios genes en una célula en un momento dado
TécnicasGen reportero Northern blot Western blot La hibridación fluorescente in situ SAGE
TECNICA DESCRIPCIÓN
VENTAJA DESVENTAJA
MICROARRAYS
• Superficie• Hibridación probe- target • Fluorescencia• Análisis de imagen
• Diseño personalizado• Ensayos simultáneos• Alta capacidad
• Inversión• Incompatibilidad•Artefactos
qRT-PCR • Fluoróforos• cDNA
ARN- tejido en parafina
desarrollo y la validación de sondas, limitaciones en número de genes que se puede ensayar
RNA- SEC clonación cDNA (RNA inf.)
Detecta mutacionesVariantes spliceFusion genes, cambion nivel exp
Caro y consume mucho tiempo
AplicacionesEstudio expresión de genes (sanos/enfermos,
salvajes/mutantes, tratados/no tratados…)Clasificación de enfermedadesIdentificación de genes característicos en una
patologíaPredicción de respuestas a un tratamientoDetección de mutaciones y polimorfismos de
un único gen (SNP)
Diagnóstico/ pronóstico CáncerPulmón, hígado, mama, próstata, leucemia,
etc.Clasificación subtiposDiagnósticoPronosticar
Medir respuesta tratamientoSupervivencia paciente
Buscar nuevos targets
Cáncer de pulmónProducido por:
Proliferación incontrolada célulasCausa:
TabacoExp- carcinógenosGenéticoExp. MineralesEtc…
Tipos:Células no pequeñas
Carcinoma células escamosas Adenocarcinomas Carcinoma de células grandes, carcinoma adenoescamoso carcinoma no diferenciado.
Células pequeñas
967 muestras (x3)420 analizados1995-2008 30 mi RNA’s Purificación RNATratamiento heparinaTranscripción reversaAmplificaciónPCR cuantitativa
Resultados
No hay correlación entre plasma y suero
No hubo diferencias en plasma
Suero plasma
99 casos adenocarcinoma58 casos células escamosasNo hay diferencias de expresión entre los dos
tiposComparación controles:
Adenocarcinoma miR- 146b: reducidoCélulas escamosas: miR-221, mir-let- 7a:
reducidos
Materiales y métodos:
• Materiales y métodos:
– Análisis Microarray:– Agilent: array de baja densidad de
todo el genoma 44k –Hibridización: pool 65 muestras
Resultados
72 genes Verde: baja
regulaciónRojo: alta regulación
72 genes Verde: baja
regulaciónRojo: alta regulación
Bibliografia Bhattacharjee, A. et al. Classification of human lung carcinomas by mRNA expression
profiling reveals distinct adenocarcinoma subclasses. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 13790–13795 (2001).
Paul Roepman, Jacek Jassem, Egbert F. Smit, et al. An Immune Response Enriched 72-Gene Prognostic Profile for Early-Stage Non -Small-Cell Lung Cancer, Clin Cancer Res 2009.
M. Teresa Agulló –Ortun, Fernando López-Ríos, Luis Paz-Ares, Lung Cancer Genomic Signatures. Journal of Thoracic Oncology • Volume 5, Number 10, October 2010
Heegaard NH, Schetter AJ, Welsh JA, Yoneda M, Bowman ED, Harris CC (2011) Circulating microRNA expression profiles in early stage non-small cell lung cancer. Int J Cancer