11 грехов siis 13
TRANSCRIPT
UGENE Workflow Designer: вычислительные конвейеры в
биоинформатике
Грехов ГерманНовосибирский центр информационных технологий
УНИПРОНГУ, ФИТ
UGENE
• Бесплатный• Мультиплатформенный (С++, Qt)• Тысячи пользователей по всему миру• Команда 8-10 человек
– Средний возраст <25 лет
UGENE
Платформа
Workflow Designer
• Более 70 элементов• Модель данных• Внутренний язык программирования
Workflow Designer
• Действия над данными• Типизация
Модель данных
UGENE Workflow Language (UWL)
• Dataflow• Вычислительные элементы
– Конструкции языка– Стандартная библиотека– Библиотека пользователя
• Синтаксис– Графический– Текстовый
Графический синтаксис
Текстовый синтаксис
Пользовательская библиотека
• Добавление сторонних инструментов• Элементы Javascript
Сторонние программы
Javascript
Визард
Визард
• Привязан к конкретной схеме• Написан на UWL
BOSC’13
• Интеграция с динамическими языками– Python– Ruby– Node.js
Спасибо за внимание!• UGENE*:
– http://ugene.unipro.ru/– [email protected]
• Унипро:– http://unipro.ru– [email protected]
• Герман Грехов:– [email protected]
*[Okonechnikov K.; Golosova O.; Fursov M.; the UGENE team .Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit Bioinformatics 2012 28: 1166-1167]