7thISCBStudentCouncilSymposium

Vienna,July15th2011

2  

3  

ContentsWelcome   4

Agenda  6

Program 

        Scientific Speed Dating  10

        Keynote Speakers  10

        Research and Industry Partners Session  13

        Accepted Abstracts  17

Awards  25

ISCB Student Council Travel Fellowships  26

Acknowledgements  27

Sponsors  28

Regional Student Groups Initiative  30

Other Student Council Activities at ISMB/ECCB 2011 

        Art and Science Exhibition  33

        ISCB Student Council Open Business Meeting and Awards Ceremony  34

        Student Council Career Central  35

        Student Council Social HQ  36

        Social Event: Blast your Brain!  37

Committees 

        Chairs  38

        Organizing Committee  39

        Program Committee  39

4  

Welcometothe7thISCBStudentCouncilSymposium!  

Dear Student Council Symposium attendees, 

 

  It  is  our  great  pleasure  to  welcome  you  all  to  the  7th  ISCB  Student  Council 

Symposium  taking  place  in  Vienna,  Austria. Our  previous  Symposiums  in  Boston  (2010), 

Stockholm (2009), Toronto (2008), Vienna (2007), Fortaleza (2006) and Madrid (2005) were 

a great success. We are therefore thrilled to continue our efforts  in Vienna this year. As in 

previous years, our goal is to create an opportunity for students to meet their peers from all 

over the world, promoting the exchange of ideas and networking. This year we managed to 

secure  funds  to  organize  the  Symposium,  give  poster  and  oral  presentation  awards  and, 

most importantly, provide 12 travel fellowships for Symposium delegates. 

 

  We are honored to have Dr. Curtis Huttenhower (Harvard School of Public Health),  

Dr.  Ivet Bahar  (University of Pittsburgh), and Dr. Chad Myers  (University of Minnesota) as 

keynote  speakers  at  this  year’s  Symposium.  Their  keynotes  promise  to  be  inspiring 

presentations of exceptional work relevant to everyone in the field.  

 

  We will start the Symposium with the recent tradition of Scientific Speed Dating: a 

chance to meet colleagues in an informal and friendly way. Throughout the day we will hear 

oral presentations  from a  selection of 12 outstanding  student abstracts  spanning a wide‐

range  of  research  areas.  In  the  evening,  the  poster  session will  offer  exciting  science  in 

various  domains,  and  give  everybody  a  chance  to  discuss  their  research  topics  in more 

depth. 

 

  Everyone  involved  in the organization of this Symposium contributed significantly 

to make this event happen. Our volunteers have spent many months preparing all aspects 

of this Symposium ranging from the invitation of keynote speakers, fundraising, advertising, 

organizing the peer‐review process and the speed dating session to such mundane things as 

maintaining a website. This year, our  team has managed  to  secure more  funds  than ever 

5  

with the  intention of making the 7th Student Council Symposium even better  than before. 

We wish  to  continue  this  unique  and well‐received  event  as  judged  by  registration  and 

submission numbers. 

 

  Now  it  is up  to you  to make  the most out of  this opportunity. Talk  to  the other 

delegates,  ask  your  questions  and  show  enthusiasm  about  your  research  if  you  are 

presenting! You can make this Symposium a starting point for fruitful future collaborations 

and  another  step  towards a  successful  career  in  computational biology. Do not  forget  to 

check  out  other  Student  Council  events  during  ISMB/ECCB  2011,  such  as  the  Career 

Central/Student Council Lounge (Booth 4), our Open Business Meeting, the Art and Science 

Exhibition and, of course, our Social Events. 

 

Enjoy your time in Vienna! 

 

 

Lorena Pantano Rubino, Student Council Symposium Chair  Pedro Lopes, Student Council Symposium Co‐Chair  Geoffrey John Macintyre, Student Council Chair  

 

 

 

PS: This booklet went into print in early June. Please check http://Symposium.iscbsc.org for 

the latest updates and announcements. 

           

6  

Agenda  

Time  Item  Details on Page 08:00   Registration 

08:30   Scientific Speed Dating   10 

09:30  Keynote: Systems‐Level  Insights from Large‐Scale Combinatorial Perturbation 

Experiments in Yeast, Dr. Chad Myers  11 

10:15   Coffee Break 

10:45   Student Presentations Session 1:  Sequence Analysis  17 

   

 Bacteriophage Evolution Drives Pseudomonas Aeruginosa PAO1 Biofilm Diversification   Kerensa McElroy, University of New South Wales, Randwick, Sydney, AU  

   Efficient branch‐and‐bound techniques for two‐locus association mapping Karin Klotzbuecher, Max Planck Institutes, Tübingen, DE  

   Genome‐Wide Association Study of Tb in the South African Colored Population: Comprehensive Gene and Pathway‐Based Association Emile R.  Chimusa, University of Cape Town, Cape Town, ZA 

   

 Variant Detection and the Autism Sequencing Project   Orion Buske, Toronto, Toronto, CA  

11:45   Research and Industry Partners Session 

    Training and Career opportunities at EMBL‐EBI Johannes Griss and Dr. Jennifer MacDowell, EBI  13 

    A Snap‐Shot of Bioinformatics at NICTA Dr. Izhak Haviv, NICTA  16 

12:15   Lunch Break 

7  

13:30 Keynote: Protein Dynamics: Learning from Computations and Experiments 

Dr. Ivet Bahar 11 

14:15  Internship Program – Testimonial 

14:30  Student Presentations Session 2: Bioinformatics Tools   17 

   

Resolving Atomic Interaction Networks to Understand GPCR Conformational Switching  AJ Venkatakrishnan, University of Cambridge / MRC Laboratory of Molecular Biology, Cambridge, UK 

   

 Oqtans: A Galaxy‐Integrated Workflow for Quantitative Transcriptome Analysis from NGS Data Sebastian Schultheiss, Friedrich Miescher Laboratory of the Max Planck Society, Tuebingen, DE  

   Replication of Epistatic DNA Loci in Two Case‐Control GWAS studies using OPE algorithm Benjamin Goudey, University of Melbourne and NICTA, Melbourne, AU 

    

 An Integrative Bioinformatics Predictor of Protein Sub‐Cellular Localization in Malaria  Ben Woodcroft, Bio21 Molecular Science and Biotechnology, Melbourne, AU  

15:30  Coffee Break 

16:00 

 Student Presentations Session 3:  Transcriptomics, Data Management and Phylogeny  

18 

    

Profiling Transcription Initiation in Human Aged Brain Using Deep‐CAGE Margherita Francescatto, Vrije Universiteit Medical Center and University of Porto, Amsterdam, NL   

    

The Development of an Open‐Access Database for Human Transcriptional Regulation Interactions Luiz Bovolenta, Instituto de Biociências de Botucatu, Unesp‐Univ Estadual Paulista, Botucatu, BR  

    

Computational Purification of Tumor Gene Expression Data Amit Deshwar, University of Toronto, Toronto, CA 

8  

    

Markov Models to Delineate Evolutionary and Codon Usage Patterns amoung Malpighiales Mehedi Hassan, University of Glamorgan, Pontypridd, UK   

17:00   

Keynote: Functional Metagenomics and the Human Microbiome 

Dr. Curtis Huttenhower  10

 17:45 

 Closing Remarks 

18:00  Poster Session  19

19:30   Symposium Ends 

9 

Program

10  

 

ScientificSpeedDating We are continuing the speed‐dating event introduced at last year’s Symposium! No, 

we are not going to help you find your life partner (even though it may be a side effect), we are talking about scientific speed dating to chat with your colleagues and break the ice in a convivial atmosphere. 

Who  are  the  other  people  who  will  spend  the  day  with  you?  Where  are  they working? What are their research  interests? Are they Ph.D. students?  Is this the  first time they attended the Symposium? Are they here to present a poster? Will they attend ISMB? Getting  to know people during  this event might help you make  the most of your Student Council Symposium experience. And there is always lunch and coffee breaks to follow up on interesting beginnings.  

Don’t miss the speed‐dating event! 

KeynoteSpeakersCurtisHuttenhowerHarvard School of Public Health, Boston, MA, USA 

Dr.  Curtis  Huttenhower is  an  Assistant  Professor  in  the Department of Biostatistics at the Harvard School of Public Health. He  received his Ph.D.  from Princeton University  in  the  lab of Dr. Olga  Troyanskaya,  where  he  also  performed  his  postdoctoral research  at  the  Lewis‐Sigler  Institute.  His  lab  focuses  on computational  metagenomics  and  the  human  microbiome, particularly  in  terms  of  scalable  methods  for  characterizing microbial  populations,  their  molecular  and  metabolic functionalities, and their  impacts on human health. He chairs the Metabolic Reconstruction group in the Human Microbiome Project 

and  co‐chairs  the  Whole‐Genome  Shotgun  metagenomic  analysis  group,  and  his  lab  has produced a microbiome‐wide map of microbial functional activity as part of this effort. In past lives,  he  studied  computational  linguistics  at  Carnegie Mellon  University  and worked  as  a developer in the software industry.      

11 

IvetBaharUniversity of Pittsburgh, Pittsburgh, PA, USA 

Dr.  Ivet  Bahar is  currently  the  Founding  Chair  of  the Department  of  Computational  and  Systems  Biology  (CSB), the University of Pittsburgh at  the School of Medicine. She received  her  Ph.D.  in  Chemistry  in  1986  from  Istanbul Technical  University.  She  then  joined  the  Chemical Engineering  Department  at  Bogazici  University,  Istanbul, 

Turkey where she served as an Assistant (1986‐87), Associate (1987‐93) and Full (1993‐2001) Professor, while also being a regular visiting scientist at the Molecular Structure Division of the Laboratory of Experimental & Computational Biology, NIH, Bethesda, USA, and the Laboratoire de Physique et Chimie Structurale et Macromoleculaire, Paris. She moved to the University of Pittsburgh  in  2001,  where  she  established  a  new  Center  for  Computational  Biology  and Bioinformatics (2001‐05) which led to her current department, and she served as the Director of  the Carnegie Mellon‐U Pitt  Joint Ph.D. program  in Computational Biology  (2005‐09). Her research area is molecular biophysics and computational biology, with focus on the dynamics of  proteins  and  their  assemblies,  and modeling  and  simulations  of  complex  biomolecular interactions at multiple scales. She  is an elected member of the European Molecular Biology Organization (EMBO), and a Principal Member of the Turkish Academy of Sciences.  

  

ChadMeyersUniversity of Minnesota, Minneapolis, MN, USA 

Dr. Chad Myers received his Ph.D.  from  the Department of Computer  Science  at Princeton University  in 2007, working with  Dr.  Olga  Troyanskaya  in  the  Lewis‐Sigler  Institute  for Integrative Genomics. In 2008, he began his current position as  an  Assistant  Professor  in  the  Department  of  Computer Science and Engineering at the University of Minnesota. Dr. Myers’s research emphasis  includes computational methods for  analysis  and  interpretation  of  large‐scale  genetic 

interaction  networks  and methods  for  integration  of  diverse  genomic  data  to  predict  gene function  or  infer  biological  networks.  His  lab  is  developing  approaches  for  analyzing  and leveraging  interaction  networks  to  answer  biological  questions  in  a  variety  of  systems including yeast, plants (Arabidopsis and maize), worm and human.

 

 

12  

13  

ResearchandIndustryPartnersSessionJohannesGrissEuropean Bioinformatics Institute, Hinxton, UK 

Johannes  Griss  is  a  Database  Application  Developer  for  the  proteomic 

services team at the EMBL‐European Bioinformatics Institute, which is part 

of  the  European  Molecular  Biology  Laboratory  (EMBL‐EBI).  Johannes 

undertook his degree  in medicine at Medical University of Vienna and  is 

currently doing a Ph.D. there. Johannes’s role at the EMBL‐EBI involves the 

development  of  tools  and  the  development  of  data  standards  for  the 

proteomics community as well as doing research on large proteomics datasets. 

 

Abstract of talk 

Life as a Developer at EMBL‐EBI 

The multidisciplinary, collaborative environment of  the EMBL‐EBI gives you  the possibility  to work 

with excellent people  from all over  the world and  to be at the heart of bioinformatics  research  in 

Europe.  The  EBI’s  primary  objective  is  to make  biological  data  freely  available  and  accessible  to 

researchers, and the proteomics services are a big part of that. We develop resources and tools for a 

broad  range  of  users,  and  try  to make  this  data  as  easily  accessible  and  reusable  as  possible. 

Furthermore, we are actively  involved  in the development of new data and reporting standards for 

the  field.  One  can  work  at  the  EBI  in  any  number  of  ways:  in  our  team  we  benefit  from  the 

contributions  of  visiting  scientists,  postdocs  and  Ph.D.  students,  who  are  with  us  for  anywhere 

between a week and several years.  

 

 

 

 

 

 

14  

JenniferMcDowallEuropean Bioinformatics Institute, Hinxton, UK 

Dr. Jennifer McDowall  is  a  Bioinformatics  Outreach  Officer  for  the EMBL‐European Bioinformatics  Institute.  Jennifer has  created hands‐on 

courses  on  the  UniProt  protein  sequence  database,  the  European 

Nucleotide Archive, the InterPro protein function database and in the use 

of  sequence  search  and  analysis  tools,  including  the  use  of  these 

databases  and  tools  for patent  searching.  She has provided  training  at 

over 30 institutes worldwide. Jennifer has worked in a wide range of roles at EMBL‐EBI, including 

as  a  Senior  Database  Curator  for  InterPro,  curating  protein  signatures  for  the  functional 

classification of proteins.  

 

Abstract of talk 

Training and Career Opportunities at EMBL‐EBI 

EMBL‐EBI  is a world‐leading bioinformatics center, and makes biological data  freely available  to 

the  scientific  community  through  an  extensive  array of  services.  EMBL‐EBI offers  a  stimulating 

environment  for  training  and  career  progression  for  early‐stage  researchers.  In  addition  to 

developing user services, the EBI is active  in research, training and working closely with industry. 

Our  research  groups  use  computational  approaches  to  address  a  broad  range  of  biological 

questions  and  often  work  in  collaboration  with  a  service  team  at  the  EBI  or  experimental 

researchers.  Two  postdoctoral  programs  and  individual  group  vacancies  offer  a  variety  of 

opportunities for researchers to join the EBI and work at the forefront of bioinformatics.

15 

16  

AssociateProfessor IzhakHavivNICTA and the Department of Pathology, The University of Melbourne 

Izhak completed his his Ph.D. at  the Weizmann  Institute of Science and post doctoral  fellowship  at  R.  Tjian’s  lab  in  UC  Berkeley,  as  a  Howard  Hughes medical  institute fellow, working on genome‐scale analyses to monitor global transcriptional  responses.  In  the Peter MacCallum Cancer Centre,  Izhak  took part in the first steps of utilizing the microarrays to analyze ovarian and gastric patient specimens. Over the past ten years, Dr. Haviv has focused his career in the interface between genome‐wide profiling of pathological human samples, model systems and functional assays, and bioinformatics.  Dr. Haviv has been a founding member and contributed to the establishment of (1) the Peter Mac 

profiling facility, (2) VCFG, and (3) Baker IDI Omics facility. He has developed multiple approaches to determine the role of cancer stroma  in virulent phenotype of the cancer cases, such as metastasis and drug resistance. More recently, Izhak has been developing methods to analyse a minute number of cells from tissue microtome section on Massively Parallel Sequencing, at the level of mRNA, CpG methylation, and histone‐modification‐specific chromatin  immunoprecipitation. Izhak  is particularly interested  in the establishment of analysis pipelines  for epigenetic profiling datasets  (such as DNA methylation,  chromatin  immunopreciupitation,  etc)  that  are  generated  via  Massively  parallel sequencing, in R‐bioconductor (Robinson, 2010), and in Galaxy environments. In Baker IDI, Dr. Haviv assisted  in  the  foundation  of  the  Victorian  centre  for  functional  genomics  (shRNA  and  siRNA screening)  and  an  integrated  systems  biology  scale  profiling  facility,  including  an  Illumina  GAII sequencer,  iSCAN microarray, and three mass spectrometry platforms  focusing on small molecules and proteins (LC‐MS). His work  in  integrated genomics  is contributing to the ENCODE, TCGA,  ICGC, and NIH epigenetic  roadmap projects, specifically  in  investigating how  transcription  factor binding affects  transcription  of  genes,  positioned  at  distant  locations,  and  consequently,  this  work contributes to our understanding of unclassified disease‐associated SNPs.   Abstract of talk Next generation sequencing and targeted drug development are in the cross roads of the maturation of personalized medicine. We have developed a series of tools for genomic data analysis. Our unique niche emphasis  is on  reduced  computational hardware  requirements and  consequent accelerated performance. We focus on expanding the fraction of the genome, which is annotated with functional roles, and using  a number of models  for gene‐gene  interactions  and epigenetic  gene  control, we enhance  the  interpretation  of  unclassified  genomic  variations.  To  demonstrate  the  accelerated performance of our algorithms, during the presentation we will perform three analyses that would each typically requiring hours to carry out. We will focus on the MHC locus of the genome, which is critical  to  many  auto‐immune  diseases.  We  will  assemble  (Conway,  Bioinformatics,  2011)  and determine the genotype of Agilent Sure‐select target enriched sequencing of the  locus, performed on  indexed six  individual multiplexes. SNPs that are  intergenic, which normally cannot be assigned functional  impact, will be analyzed for their effect on the potential binding of transcription factors, and  their  superimposition  on  known  cis‐regulatory  modules  (Macintyre,  Bioinformatics,  2010). Epistasis  and  other  modes  of  gene‐gene  synergy  will  be  assessed,  using  our  newly  developed algorithm  (Kowalczyk,  in  preparation),  and  compared  to  existing  datasets  on  protein‐protein interaction networks (KEGG, Biocarta, etc), and sets of coexpressed genes (MSigDB). Using this set of analyses on prostate  acquired  castration  resistance,  show  that  the  identification of  targets of AR binding in the genome regulates prostate cell survival and patient performance. 

   

17  

AcceptedAbstractsOralPresentationsSequenceAnalysis Bacteriophage Evolution Drives Pseudomonas Geruginosa PAO1 Biofilm Diversification Kerensa McElroy, University of New South Wales, Randwick, Sydney, AU  We  deep‐sequenced  a  P.  aeruginosa  PAO1 biofilm model  of  lung  infection  (P.  aeruinosa  is the  leading  cause  of  death  for  Cystic  Fibrosis patients).  Surprisingly,  PAOI  exhibited negligible genetic  diversity.  In  contrast,  its  bacteriophage underwent  ongoing  diversification.  Statistical haplotype reconstruction revealed superinfective phage emergence, possibly driving PAO1 biofilm phenotypic diversification.  Efficient  Branch‐and‐Bound  Techniques  for Two‐Locus Association Mapping Karin  Klotzbuecher,  Max  Planck  Ins tutes Tübingen, Tübingen, DE  We present two different approaches to efficiently determine pairs of interacting SNPs , which are strongly associated with a phenotype. First, we use a branch‐and‐bound strategy to prune away insignificant pairs. Secondly, we apply prior biological knowledge in the form of candidate genes and interactions to reduce the search space.  .  Genome‐Wide  Association  Study  of  TB  in the  South  African  Colored  Population: Comprehensive  Gene  and  Pathway‐Based Association Study Emile R. Chimusa, University of Cape Town, Cape Town, ZA  The admixed Coloured population in South Africa has  the  highest  incidence  of  tuberculosis  in Africa. Understanding of the genetic basis of the TB  susceptibility  and  of  its  multiple  genetic factors  is critical  for  informing  the development of  novel  interventions.  New  paradigms  of Genome‐wide association study were conducted on this population. 

   Variant  detection  and  the  Autism Sequencing Project Orion Buske, University of Toronto, Toronto, CA  In collaboration with SickKids, we are sequencing the  exomes  of  1000  individuals with  autism  to discover associated genetic variants. We present our  current  sequencing  and  analysis  pipeline, along  with  the  tools  we  have  developed  for alignment, variant detection, and visualization of next‐generation sequencing data.  BioinformaticsTools Resolving  Atomic  Interaction  Networks  to Understand GPCR Conformational Switching AJ  Venkatakrishnan,  University  of Cambridge/MRC  Laboratory  of  Molecular Biology, Cambridge, IN  G‐protein  coupled  receptors  (GPCRs)  are membrane proteins vital in health and disease. A detailed  structural  understanding  of  GPCR functioning  is still unclear. We have developed a novel network based framework to study protein structure conformational changes and applied  it to  understand  roles  of  residues  and  residue interactions in GPCR activation.  Oqtans:  A  Galaxy‐Integrated Workflow  for Quantitative  Transcriptome  Analysis  from NGS Data Sebastian  Schultheiss,  Friedrich  Miescher Laboratory of the Max Planck Society, Tuebingen, DE  We demonstrate how a complete quantitative RNA‐seq analysis can be performed easily and effectively in 

18  

Replication  of  Epistatic  DNA  Loci  in  Two Case‐Control  GWAS  studies  Using  OPE Algorithm Benjamin Goudey, University  of Melbourne  and NICTA, Melbourne, AU  In  this paper, we validate  robustness of a novel algorithm  known  as  Optimal  Pairwise  Epistasis (OPE)  for  exhaustively  examining  all  pairwise interactions. We have  tested our approach over 2  independent  GWAS  studies  of  Celiac  disease and  demonstrate  the  high  level  of  replication achieved  An  Integrative  Bioinformatics  Predictor  of Protein Sub‐Cellular Localization in Malaria Ben  Woodcroft,  Bio21  Molecular  Science  and Biotechnology, Melbourne, AU  Prediction  of  protein  sub‐cellular  localization  in the  malarial  parasite  Plasmodium  falciparum remains  a  biologically  relevant  and  unsolved bioinformatic question. We present Plasmarithm, the  first  global  localisation  predictor  for Plasmodium  that  uses  genomic,  transcriptomic and other systems biology data. For training and testing,  experimental  annotation  was  manually curated from >700 publications.  

Transcriptomics,DataManagementandPhylogeny Profiling  Transcription  Initiation  in  Human Aged Brain Using Deep‐CAGE Margherita  Francescatto,  Vrije  Universiteit Medical  Center  and  University  of  Porto, Amsterdam, NL  The  aim  of  this  study  was  to  characterize transcription  start  sites  in  different  areas  of human aged brain and correlate expression with methylation  and  structural  genomic  variation. We  present  here  our  findings  on  alternative promoters and antisense transcription.     

The  Development  of  an  Open‐Access Database  for  Human  Transcriptional Regulation interactions  Luiz  Bovolenta,  Instituto  de  Biociências  de Botucatu,  Unesp  ‐Univ  Estadual  Paulista, Botucatu, BR  In  an  effort  to  provide  researchers  with  a repository of TF‐TG interactions from which such interactions  can  be  directly  extracted,  we present  here  the  human  transcriptional regulation  interactions  database  (HTRIdb),  an open‐access  database  of  experimentally validated  interactions  among  human  TFs  and their respective TGs.  Computational  Purification  of  Tumor  Gene Expression Data Amit Deshwar, University of Toronto, Toronto, CA  An  integrative  bioinformatic  strategy  was developed to  identify peptidic antigens with  low cross‐reactivity in the pathogen's genome, based on  a  number  of  attributes  such  as  protein disorder,  tandem  repeats,  subcellular localization,  codon  usage,  sequence  similarity against  human  and  related  pathogens,  etc. Peptide  microarray  technology  was  used  to validate predictions   Markov  Models  to  Delineate  Evolutionary and  Codon  Usage  Patterns  among Malpighiales Mehedi  Hassan,  University  of  Glamorgan, Pnotypridd, UK  This  presentation  is  about  our  recent  work where  a  comparative  study  of  codon  usage patterns  of  chloroplast  genes  in  Jatropha curcas and Manihot esculenta was performed using  multivariate  statistical  analysis  and correlation  analysis.  Our  models  placed Jatropha  curcasas  sister  to Manihot esculenta on  the  emerging  biofuel‐model.

19  

PosterPresentations 1.  Mapping  of  Genome‐Wide  Expression Data in Biologically Coherent Ordered List of Genes Integrated Networks Marcio Acencio,   Universidade  Estadual Paulista  ‐  Instituto de Biociências de Botucatu, Botucatu, BR  2.  Predicting  Protein  Associations  with Long Noncoding RNAs  Federico  Agostini,  Centre  for  Genomic Regulation, Barcelona, ES  3.  Minimum  Curvilinearity  to  Address High‐Throughput  Protein‐Protein Interaction Experiments Gregorio  Alanis‐Lobato,  King  Abdullah University of Science and Technology, Thuwal, SA  4.  Explanation  of  Helicobacter  Pylori Virulence  and  Adaptation  Based  on Proteogenomic Analysis Dmitry  Alexeev,  Russian  Institute  Of Physico‐Chemical Medicine, Moscow, RU  5. A Unified View on Regulatory Genomics Sonja  Althammer,  Universitat  Pompeu Fabra, Barcelona, ES  6.  In  Silico  Phenotype  Prediction  of Ionizing‐Radiation‐Resistant  Bacteria  by Extraction of Discriminative Motifs Sabeur  Aridhi,  Blaise  Pascal  University, Clermont Ferrand, FR  7.Curation  and  Analysis  of  Polyketide Metabolism  in  Mycobacterium Tuberculosis Anshu  Bhardwaj,  Council  of  Scientific  and Industrial Research, New Delhi, IN  8. Structural Comparison of Erwinase and E.  Coli  L‐Asparaginase  to  Facilitate Rational Rngineering of a Cancer Drug Mainá Bitar,  Technische Universität München, Garching, DE

9.  Maximizing  the  Number  of  Aligned Reads from RNA‐Seq Data Thomas  Bonfert,  Ludwig‐Maximilians‐University Munich, Munich, DE 10.  Discovery  of  Novel  Causes  of Oncogenic  Pathway  Activation  with REVEALER Olga Botvinnik, Broad Institute, Cambridge, US  11. Distribution and Influence of Cation‐pi Interactions  between Native  and Mutant Prions George Priya Doss C, VIT University, Vellore, IN  12.  Using  Large‐Scale  Phylogenomics  to Assess the Evolutionary Position of Elusive Taxa:  the  Case  of  the  Microsporidian Pathogens Salvador Capella‐Gutierrez, Centre for Genomic Regulation, Barcelona, ES  13.  Finding  Consistent  Explanations  for Observations  from Genome‐Wide Mutant Assays Deborah  Chasman,  University  of  Wisconsin‐Madison, Madison, US  14.  Nonparametric  Estimation  of  an Unknown  Probability  Distribution  Using Maximum  Likelihood  and  Bayesian Approaches: Application to CNV Analysis Alona  Chubatiuk,  University  of  Southern California, Los Angeles, US  15.  Comparative  proteomic  Analysis  of Cerebrospinal  Fluid of Patients with Viral and Bacterial Meningitis Ana  Cordeiro, Oswaldo  Cruz  Foundation,  Belo Horizonte, BR  16.  Combinatorial  Approach  to Discovering  Biomarkers  for  Disorders  of the Eye Jigisha Darbha, University of Geneva, Geneva, CH   

20  

17.  A  Semantic  Web  Infrastructure  for Bioinformatics of Staphylococcus Aureus Cândida  Delgado,  Instituto  de  Tecnologia Química e Biológica, Oeiras, PT  18.  A  Comparative  Study  of  HMM Classifier  on  Protein  Sequence Classification Wajdi Dhifli,  LIMOS  ‐ Blaise  Pascal University, Aubière, FR  19. A Generalized Linear Model for Large‐Scale  Metalloproteins  Identification  in Bacterial Proteomes Johan  Estellon,  Commissariat  à  l'Énergie Atomique  et  aux  Énergies  Alternatives, Grenoble, FR  20.  Finding  Active  Subnetworks  in Diseases  by  Using  Integrated  Biological Networks Raj Gaire, University of Melbourne, Carlton, AU  21.  mTIM:  margin‐based  Transcript Identification from RNA‐Seq Nico  Goernitz,  Technical  University  Berlin  & MPI Tuebingen, Berlin, DE 22.  Predict  Subcellular  Localization  for Proteins in All Kingdoms Tatyana  Goldberg,  Technische  Universität München, Garching, DE  23.  Analysis  of  Trypanosoma  Cruzi  Gene Expression  in  Response  to  Ionizing Radiation Priscila  Grynberg,  Universidade  Federal  de Minas Gerais, Belo Horizonte, BR 24.  Toward PWAS: Discovering Pathways Associated with Human Disorders Emre  Guney,  Pompeu  Fabra  University, Barcelona, ES  25. Cholesterol‐‐Responsive Gene Network Reconstruction from Hypercholesterolemic Mice Transcriptome Data Gustavo Hime, Freiburg Institute For Advanced Studies, Freiburg, DE  

26. Web‐based Interactive Protein Contact Maps with PConPy2 Hui Kian Ho, University of Melbourne, Carlton, AU  27.  Multi‐Access  Module  for  the Identification of Trees of Gujarat State Minal Jani, Sardar Patel University, Anand, IN  28.  The Relevance of HIV‐1 Pol, Gag and Vif  T‐cell  Epitopes  Based  Vaccine  Across Kenyan Population HLA Class 1 Diversity Muriira  Karau,  Kenya  Bureau  of  Standards, Nairobi, KE 29.  Computational  Analysis  of  DNA Replicases  in  Double‐Stranded  DNA Viruses:  Relationship  with  the  Genome Size Darius Kazlauskas, Vilnius University, Vilnius, LT  30.  The MAP  Interactome  in  Drosophila: an  Integrative  Systems Biology Quest  for New Mitotic Proteins Faisal Khan, University of Oxford, Exeter, UK  31. System‐Level Analysis of Cell Line Data for Targeted Drug Discovery Nayoung Kim, Sookmyung Women's University, Seoul, KR  32.  Spectral  Classification  of  Short Numerical Exon and Intron Sequences Benjamin Kwan, University of Ottawa, Ottawa, CA  33. A Knowledge  Federation  Strategy  for Integrating Genotype‐to‐Phenotype Data Pedro Lopes, University of Aveiro  34.  Computational  Analysis  of  Genetic Network  Related  to  Pancreatic  Cancer  in Human Mrinal Mishra, VIT University, Vellore, IN      

21  

35.  Birla  Institute  of  Technology,Mesra, Hyderabad, IN   Identification  of Functionally  Important Residues Rowards Substrate  Stabilization  in  Family  11 Microbial Xylanases Karthik  Mvk,  Birla  Institute  of Technology,Mesra, Hyderabad, IN  36.  Cross  Genome  Analysis  of  Histone Orthologs and Chromosomal Networks  in Nucleosomes Across Species Preetam Nayak, SASTRA University, Thanjavur, IN  37.  Integrated  Molecular  Biology  and Bioinformatics  approaches  in Identification of Putative Reservoirs/Hosts of Rift Valley Fever Virus (RVF) in Kenya David  Ouma,  icipe‐African  Isect  Science  for Food and Health, Nairobi, KE  38.  Mining  Gene  Ontology  Data  with AGENDA Guvanch  Ovezmyradov,  University  of Goettingen, Goettingen, DE  39.  Cryptosporidium  Species, Gastroenteric  Pathogens  and  CD4  Counts in North Central Nigeria Victoria  Pam,  National  Veterinary  Research Institute,Vom,Plateau State,Nigeria, Jos, NG  40.  A  Non‐Biased  Framework  for  the Annotation and Classification of  the Non‐miRNA Small RNA Transcriptome Lorena  Pantano,  Center  for  Genomic Regulation, Spain  41.  Comparative  Genome‐Wide  Analysis of  transcription  Initiation  and  Promoter Architecture in Eukaryotes R. Taylor Raborn, University of Iowa, Iowa City, US  42.  Transcriptome  of  a  Climacteric  Fruit Species  Diospyros  Kaki  Thunb  for Functional Genomics Farzana  Rahman,  University  of  Glamorgan, Treforest, UK  

43.  A Method  to  Separate  Function  and Fold Specific Residues in Proteins Mohd  Rehan,  Jawaharlal  Nehru  University, New Delhi, IN  44.  Falsifying  Signalling  Pathway Models in System Biology Mohammad  Javad  Sadeh,  Institute  of Functional  Genomics  Computational Diagnostics  Group  University  of  Regensburg, Regensburg, DE  45.  A  Novel  Therapeutic  Drug  Targeting Surface  Protein  of  Nipah  Virus  Using Computational Techniques Manzur  Sayeem,  University  of  Dhaka,  Dhaka, BD  46.  Antimony  Resistance  in  Visceral Leishmaniasis  Might  be  a  Possible Consequence  of  Serial Mutations  in  ABC Transporters of Leishmania Species During Evolution Sukrat  Sinha,  University  of  Allahabad, ALLAHABAD, IN  47. Probabilistic Reconstruction of Protein Interaction  Histories  Using  a  Simple Measure of Interaction Affinity Ryan Topping, Imperial College, London, UK  48. Are Protein Disordered Regions Equal to Loops? Esmeralda  Vicedo,  Technische  Universität München, Garching, DE  49.  DMB:  a  Novel  Tool  for  Logic  Data Mining in Bioinformatics Emanuel  Weitschek,  Università  degli  Studi Roma Tre, Rome, IT  50.  On  Sequence  Conservation  Space  of RNA‐Recognizing  Residues  in  Protein Sequences Li  Xue,  Iowa  State  University,  Ames,  US

22  

   

Note: The above abstracts are ordered by the presenting author’s last name.  

The information in the above section has been printed as provided by the authors.  

 23

 

 24

25 

AwardsThe outstanding poster and oral presentation of the 7th ISCB Student Council Symposium will 

be recognized and awarded with the support of our sponsors. All awards this year have been made 

possible by the sponsorship of Oxford University Press. 

              We thank Oxford University Press for their continued support of the Student Council Symposium.  BestPresentationAward

This award will acknowledge the Best Oral presentation by a Student at the Symposium. All 

Symposium  delegates  will  be  asked  to  vote  for  their  favorite  presentation.  The  winner  will  be 

determined by the vote and the opinions of a  jury composed of  ISCB Student Council  leaders. The 

Best presentation award this year is sponsored by Oxford University Press journal Bioinformatics. 

Value of the award: 500 USD 

Previous winners: 

2010 – Geoff Macintyre 

2009 – Nils Gehlenborg 

2008 – Surya Saha 

 BestPosterAward

The best poster of  the Symposium will be  chosen  through voting by  the delegates at  the 

Symposium and by  the opinions of a  jury of  ISCB Student Council  leaders.  In addition  to  the Best 

Poster award, a Best Poster Runner‐Up award will also be given out. The Best poster awards have 

been made possible by Oxford University Press journal Nucleic Acids Research. 

Value of the Best Poster Award: 350 USD 

Value of the Runner‐Up Award: 125 USD 

Previous winners: 

2010 – Mark McDowall and Wouter Meuleman (Runner‐Up) 

2009 – Jose Caldas 

2009 – Inken Wohlers and Nikolay Samusik (Runner‐Up) 

2008 – Lixia Yao 

2008 – Sebastian Pechman and Bridget Chukualim (Runners up) 

 

26  

ISCBStudentCouncilTravelFellowships The ISCB Student Council has teamed up with this year’s sponsors to give more students 

the opportunity to attend the 7th ISCB Student Council Symposium and ISMB/ECCB 2011 in 

Vienna, Austria.  Thanks to generous support from our sponsors, we were able to award 12 

Travel Fellowships this year. 

R. Taylor Raborn University of Iowa, USA   

Benjamin Kwan University of Ottawa, Canada 

Amit Deshwar Edward S. Rogers Sr. Department of Electrical and Computer Engineering, University of Toronto, Toronto, Canada  

Maina Bitar Department for Bioinformatics and Computational Biology  ‐ Fakultät für  Informatik, Technische Universität München 

Farzana Rahman Computational  Biology  Group,  Applied Mathematics  and  Statistics  Research  Unit, University of Glamorgan, Pontypridd, Wales, UK 

Benjamin Woodcroft Department  of  Biochemistry  &  Molecular  Biology,  Bio21  Molecular  Science  and Biotechnology Institute, University of Melbourne, Australia 

Salvador Capella‐Gutierrez Bioinformatics  and  Genomics  Programme,  Centre  for  Genomic  Regulation  (CRG), UPF, Barcelona (Spain)   

Emre Guney Pompeu Fabra University, Barcelona, Spain    

Sonja Althammer Universitat Pompeu Fabra, Barcelona, Spain  

Darius Kazlauskas Institute of Biotechnology, Vilnius University, Vilnius, Lithuania 

Emanuel Weitschek Department of Informatics and Automation, Università degli Studi Roma Tre, Rome, Italy 

Mohd Rehan School of Computational and Integrative Sciences, Jawaharlal Nehru University, New Delhi, India   

Congratulations to all the Travel Fellowship awardees!   

  

27  

AcknowledgementsThe  success of an event  the  size of  the  ISCB Student Council Symposium depends on  the 

commitment of many. We would  like  to  thank everyone  involved  in  the organization  this 

year for their contribution, be it a 15‐minute job or months of work. For some efforts we are 

extraordinarily grateful and they deserve to be mentioned explicitly: 

 

Without  the  logistical  support  and  invaluable  advice  of  ISCB  Executive  Administrator  BJ 

Morrison McKay  and  ISMB/ECCB  2011  conference  organizer  Steven  Leard,  the  7th  ISCB 

Student  Council  Symposium  would  not  have  been  possible. We  deeply  appreciate  their 

continued support of the ISCB Student Council and the Symposium. 

 

We are also greatly  indebted to  ISMB/ECCB 2011 conference chair Dr. Burkhard Rost and 

vice‐chair Dr. Michal Linial for giving us the opportunity to have the 7th ISCB Student Council 

Symposium in Vienna. Further, we would like to acknowledge the support of the ISCB Board 

of Directors and their trust  in our vision. The Student Council would also  like to thank our 

keynote speakers Dr. Curtis Huttenhower, Dr. Ivet Bahar, and Dr. Chad Myers. They are all 

very busy people, yet  they are volunteering  their  time  to contribute to  the success of  the 

Symposium and to promote the next generation of computational biologists. 

 

Furthermore, we would  like  to  thank everyone on  the program  committee  for his or her 

time and effort. All of our reviewers did a fantastic job and it’s due to them that we stayed 

within our set deadlines. 

 

We  are extremely  grateful  for  the  financial  support  that we  received  from our  sponsors. 

Without their help many of the exciting opportunities that we offer to the delegates at the 

7th ISCB Student Council Symposium would not have been possible. 

 

Thank you all! 

 

 

28  

Sponsors   We  thank our  sponsors  for  sharing our  vision  and helping  to make  the 7th  ISCB Student Council Symposium a success.       Specifically, we wish to thank:

  

    

  

  

  

      

29  

  

  

   

     

  

 30

RegionalStudentGroupsInitiative  

The  Student  Council  (SC)  has  always  strived  to  reach  out  to 

Students  of  Computational  Biology  and  Bioinformatics  around 

the  world  and  promote  communication  between  them,  to 

create  a  vibrant  global  network  of  peers.  To  accomplish  this 

more effectively,  in 2006  the SC conceptualized  the setting up 

of  Regional  Student  Groups  (RSGs).  Regional  Student  Groups 

work to fulfill the broad mission of the SC at their regional level 

by  organizing  events  and  initiatives  tailored  to  the  requirements  of  the  local  student 

community. 

 

The RSGs  initiative has turned out  to be an extremely popular and successful  initiative.  In 

the past five years, the RSG network has grown to include 20 RSGs from all over the world. 

Our active RSG network has seen RSGs organize symposia, conduct workshops and contests, 

initiate discussion  groups  and  even work with  each  other on  trans‐national  collaborative 

student  projects. As  supra‐institutional  organizations, RSGs  are  perfectly  placed  to  foster 

inter‐institutional contacts and collaborations in their region and where possible, even serve 

as a  link between students and  the  local  industry. Most RSGs have also  formed  their own 

network of members using mailing  lists, discussion forums or other means to ensure quick 

and efficient dissemination of useful information within the community. 

 

The  minimal  leadership  team  required  to  run  an  RSG  are  a  President  and  a  Secretary 

working under the guidance of a Faculty coordinator. Since the RSGs are affiliated to the SC 

membership  to an RSG  is  free. Only  the President, Secretary and  the Faculty advisors are 

required to hold an  ISCB membership.  Individual RSGs are of course free to put  in place a 

more elaborate administration team if needed. This uncomplicated administrative structure 

and low operating costs associated with the RSGs has made it feasible for students in many 

developing countries to begin and develop RSGs in their countries. 

 

 

    

31

As recognition of the  importance of the RSGs to the Student Council’s overall mission, the 

RSGs  funding program was  initiated  last  July,  thanks  to  funding support by  the  ISCB. As a 

part of this program, RSGs are invited to submit proposal for events and initiatives they plan 

to organize  and  after  a peer  review process  some of  those proposals  are  selected  to be 

funded  by  the  SC.  So  far,  RSGs  have  utilized  these  funds  to  organize  Workshops, 

Hackathons,  Discussion  groups  and more.  Visit  http://iscbsc.org/node/65/rsg‐funding  to  see 

more details about the funding program. 

 

   

Snapshots from RSG events organized with funding support from the SC 

 

The success of the RSGs initiative is due only to the enthusiasm and commitment shown by 

the RSG  leaders and  the support  that  they have  received  from  faculty advisors and other 

interested professors. And with these motivated students leading our RSGs, we only expect 

to see this initiative grow from strength to strength in the coming days. 

 

If you would like to find out more about the RSGs initiative or find out how you too can get 

involved  in  this, please  visit http://iscbsc.org/content/regional‐student‐groups or  send  an 

email to rsg@iscbsc.org 

 

 

    

32

    

33

OtherStudentCouncilActivitiesatISMB/ECCB2011 

ArtandScienceExhibition 

ISMB/ECCB  2011  brings  together  scientists  from  a  wide 

range of disciplines,  including biology, medicine, computer science, 

mathematics and statistics. In these fields we are constantly dealing 

with  information  in  visual  form:  from  microscope  images  and 

photographs  of  gels  to  scatter  plots,  network  graphs  and  phylogenetic  trees,  structural 

formulae  and  protein  models  to  flow  diagrams;  visual  aids  for  problem‐solving  are 

omnipresent. 

Often  these  visual  aids  are mundane  and  nothing more  than  a  small  clue  to  the 

solution of the problem. But then there are special ones that make the whole more than the 

sum of  its parts. Ones  that combine outstanding beauty and aesthetics with deep  insight 

that perfectly proves  the validity of  the scientific approach or goes beyond  the problem's 

solution. Ones that surprise and  inspire us through the transition from science to art, ones 

that open our eyes and minds to reflect on the work we are doing. 

The Art & Science Exhibition at ISMB/ECCB 2011 presents images and videos that have been 

generated as part of a research project and some artworks resulting  from creative efforts 

that involve scientific concepts or employ scientific tools and methods. The artworks will be 

displayed during all conference days. 

 

Website: http://Symposium.iscbsc.org/content/art‐science‐exhibition 

 

 

    

34

ISCBStudentCouncilOpenBusinessMeetingand

AwardsCeremony

Sunday, July 17th, 13:00‐14:20 (ISCB 13:00‐13:30, ISCBSC 13:30‐14:00, QA 14:00‐14:20) in Room E1 

 We are pleased to invite you to the annual ISCB Student Council Open Business 

meeting. This meeting is for people who want to learn more about how the Student Council 

operates, how they can get involved, get updates on current Student Council activities, and 

find out where the Student Council will head in the future. 

This year the Student Council Open Business meeting will be held in conjunction with 

the  ISCB  Open  Business  meeting.  We  strongly  encourage  you  to  come  along  to  both 

meetings and learn how each of the organizations work. 

   Input and feedback from the community are very important to us and we hope that 

you will  join us  for  this meeting. For  those  interested  in getting  involved  in  ISCB Student 

Council activities there will be mentors available that can answer your questions about the 

ISCB Student Council, and discuss with you the options to contribute to our community. 

  

Agenda: 

Report  from  the  ISCB  Student  Council  Leadership  ‐  Overview  of  recent  developments 

within the ISCB Student Council 

Contributing to the SC – Learn about contributing to the ISCB Student Council 

Regional Student Group initiative ‐ Presentations by Regional Student Groups members 

7th ISCB Student Council Awards Ceremony ‐ Presentation of the winners of the Best Poster 

and  Best  Presentation  Awards  as  well  as  the  recipients  of  the  Student  Council  Travel 

Fellowships. 

Outlook ‐ Overview  of  the  plans  for  the  coming months  and  a  preview  of  the  8th  ISCB 

Student Council Symposium. 

Feedback and Discussion ‐ An opportunity  to  voice  your opinion  about  the efforts of  the 

ISCB  Student  Council  and  the  direction  it  should  be  taking.  The  ISCB  Student  Council  is 

counting on your input! 

   

35

StudentCouncilCareerCentral  

   The  ISCB  Student  Council  is  committed  to 

helping  students  to  develop  a  successful  career in 

the  field  of  Computational  Biology  and 

Bioinformatics.  Besides  our  Student  Council 

Symposium, now on its sixth year and the Regional 

Student Group  initiative, for the second year the Student Council will be having a booth  in 

the  Exhibitor  floor  at  ISMB  dedicated  specifically  to  helping  students  and post‐docs with 

career development. 

Please come visit us at Booth 4 in the exhibitor floor, were you will find a job posting 

board and tons of advice on how to navigate the  job market  in this exciting new field. You 

can also participate  in our  interactive  job posting board, where you  can  sign‐up  to meet 

potential employers or supervisors who are also present at the conference. Don’t forget to 

bring your CV. A recruitment seminar and career discussion panel associated with the booth 

will  take place  in Room  J241  from 17:30‐18:30 on Sunday  July 17th. We  look  forward  to 

seeing you there! 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

    

36

StudentCouncilSocialHQDo you feel like science is just so much easier while drinking a beer (or a coke, or two 

beers)? Do you think the hectic conference site is not appropriate for an intimate scientific 

discussion with one of your peers? Or do you  just  feel bummed by all  those posters  that 

present the same stuff as you, but better? 

Come and join us at the SC Social HQ, a friendly riverside pub in Donauinseln (islands 

from  the Danube), where you  can  relax after  the day and meet other  students  from  the 

conference. And even better, it is only 5 minutes by subway from the conference venue!  

 

Friday‐Tuesday: Social HQ (19:00 onwards)  *Depending on the weather the place may 

change. Please visit our twitter #scs2011, @sciscb or facebook group: student council  

http://www.facebook.com/group.php?gid=2314371661 

to get updates on Student activities during the Symposium and ISMB/ECCB 2011. 

Monday:  SC Social Event: BLAST your brain! (19:00 onwards) *see description on next page 

Looking forward to meeting you at the SC Social HQ! 

 

     

      

 

Donauinseln

    

37

SocialEvent:

BLASTyourBrain!The ISCB Student Council invites you to attend a networking and social event on the evening 

of Monday the 18th of July where you will walk around the  lovely Vienna city, mingle with 

other students attending the conference and enjoy a relaxed evening!  

 

BLAST your Brain! Is your algorithm efficient enough?  

In this year’s student social event, you will experience a completely new level of BLASTing! 

With our special quiz, having the right answers is not enough; you will need a performance 

as well! 

Join us in for extra fun right before dinner! Hope to see you all there that night! 

           

 

 

 

 

 

 

 

Agenda: 

19h00: Meet up at ISMB/ECCB conference hall 

19h15: Walking tour through Vienna’s classic and famous streets 

20h30: Start “BLAST your Brain!” at a trendy pub in Naschmarkt 

21h30: Social event dinner, 510 Naschmarkt, http://www.neni.at 

During  “BLAST  your  Brain!”  a  variety  of  finger  foods  and  drinks will  be  served.  Stop  in 

anytime for our special student event on the evening of Monday, July 18th.   

 

   

38

StudentCouncilSymposiumCommittee

 

Lorena Pantano Rubino, Student Council Symposium Chair Center of Genomic Regulation (CRG) 

Barcelona, Spain 

Pedro Lopes, Student Council Symposium Co‐Chair DETI/IEETA, University of Aveiro 

 

 

Priscila Grynberg, Program Chair Departamento de Bioquímica e Imunologia 

Universidade Federal de Minas Gerais, Brazil   

Anupama Jigisha, Fundraising Chair University of Geneva‐Swiss Institute of Bioinformatics Switzerland   

 

Alexander Goncearenco, Website Computational Biology Unit, Department of Informatics 

University of Bergen, Norway   

 Thomas Abeel, Travel Fellowships Chair Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA, USA VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University, Ghent, Belgium     

 Avinash Shanmugam, Keynotes Center for Computational Medicine and Bioinformatics  

University of Michigan, Ann Arbor, USA  

Surya Saha, Publicity Chair, Department of Plant Pathology and Plant‐Microbe Biology Cornell University, NY, USA   

 

 

    

39

 

Cynthia Prudence, Conference Booklet Editor Division of Biological and Medical Physics, Physics Department 

University of Rhode Island, Kingston, RI, USA 

OrganizingCommittee         Noura Chelbat          Jeroen de Ridder Geoff Macintyre        Magali Michaut Casey Overby                                          

ProgramCommittee  Vinicius Abreu         Preeti Bais Virginie Bernard        Ulrich Bodenhofer Jose Caldas          Louise Cerdeira Slavica Dimitrieva        Márcio Dorn Karen Dowell          Segun Fatumo Nils Gehlenborg        Tatyana Goldberg Arlan Goncalves        Ana Carolina Ramos Guimarães Roberto Herai         Venkatakrishnan A. J. Ney Lemke          Hailton David Lemos Karina Machado        Geoff Macintyre Vinicius Maracaja‐Coutinho      Mariana Lima Boroni Martins Daniele Merico        Olga Nikolova Casey Overby          Alexandre Paschoal Ulisses Pereira         Cynthia Prudence Jeroen de Ridder        Francisco Roque Venkata Satagopam        Miranda Stobbe Claudia Elizabeth Thompson      Marie Vendettuoli Esmeralda Vicedo        Ramon Vidal Adriano Velasque Werhli      Ana Trindade Winck Fuxiao Xin          

    

40

Disclaimer  The  ISCB  Student  Council  has  made  all  efforts  to  provide  accurate  information  but  does  not 

guarantee the correctness of any information provided in this booklet. The ISCB Student Council is a 

committee of the International Society for Computational Biology (ISCB), which is incorporated as a 

501(c)(3) non‐profit corporation in the United States. 

  

Copyright © 2011 ISCB Student Council and contributing authors. All rights reserved. This booklet may be 

reproduced without permission in its original form.