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15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
NOUVELLES TECHNIQUES POUR QUELLES AVANCEacuteES EN
MICROBIOLOGIE MEacuteDICALE
Dr Freacutedeacuterique GOURIET Feacutedeacuteration de Bacteacuteriologie Virologie et Hygiegravene hospitaliegravere
URMITE CNRS-IRD UMR 6236
1
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
2
Molecular detection and identification
MetagenomicsSequencing
PCR
Syndrome and disease--based sampling kits
Point of care (POC) laboratory
assays lt 2 hours
Real-time PCR
Immunochromatographicor agglutination
assay
Real-time genome
sequencing
New or atypicalbacterium
Direct examinationand culture
Automated bloodculture monitoring
Diversifiedculture conditions
Phenotypic identification and antibiotic susceptibility testing
Automated biochemicalphenotype and antibiogram
MALDI-TOF MS
Manual biochemotypeand antibiogram
Phenotypic microarrayStrain
collection
Local national and or international
alert
SMS message Laboratory
website
Transport
Unidentifiedor unusualbacterium
Corelaboratory
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
3
Nouvelles applications de la spectromeacutetrie de masse au laboratoire de Microbiologie
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Identification de souche bacteacuterienne
identification directe sur flacon drsquoheacutemocultures
Identification directe sur les urines
Biotypage des bacteacuteries detection drsquoune eacutepideacutemie Surveillance drsquoune eacutepideacutemie Identification de clones
Deacutetection rapide de la reacutesistance aux antibiotiques par MALDI-TOF Carbapeacuteneacutemases chez les bacteacuteries agrave gram neacutegatif
Nouvelles applications de la spectromeacutetrie de masse au laboratoire de Microbiologie
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Apport de la Spectromeacutetrie de masse pour le diagnostic microbiologique
5
Micro-organisme inconnu Deacutepocirct sur une cible
Analyse MALDI-TOF
Interpreacutetation des donneacutees Banque de donneacutees
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Interpreacutetation des reacutesultats
6
bull Comparaison par souches
bull 3 niveaux drsquoidentification ndash Log supeacuterieur ou eacutegal agrave 2
identification drsquoespegravece ndash Log entre 17 et 20 identification
de genre ndash Log lt agrave 17 absence
drsquoidentification
Increacutementation de la Base de donneacutees Bruker Biotyper
Biologie moleacuteculaire
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Performances des diffeacuterents Spectromegravetre disponible pour la microbiologie
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Problegravemes drsquoidentification Discordance MALDI_Tof et identification classique
Pheacutenotypique en spectromeacutetrie de masse
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Identification pheacutenotypique classique spectromeacutetrie de masse
bull Problegravemes du choix du systegraveme drsquoidentification
ndash Gram ndash Tests drsquoorientation (catalase oxydasehellip)
bull Diversiteacute pheacutenotypique ndash Base de donneacutees nombre importants
de souches par espegravece ndash Chevauchement des pheacutenotypes
bull Choix multiples
bull Souches deacuteficientes ndash Variant ndash Inoculum insuffisant
bull Choix preacutealable inutile
bull Colonie ou eacutechantillon heacutemocultureurines
bull Une seule base de donneacutee pouvant ecirctre constitueacutee par une seule souche par espegravecemodulable
bull Profils proteacuteiques provenant en grande partie par des proteacuteines ribosomales
bull Reacutesultat rapide
bull Coucirct concurrentiel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
2
6
4
9
0
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
2005 2006 2007 2008
Ndeg o
f pat
ient
year
18 souches Issues de13 patients
Deacutetection drsquoune eacutepideacutemie
Emerging Infectious Diseases bull wwwcdcgoveid bull Vol 16 No 8 August 2010
Arbre phylogeacuteneacutetique position des Corynebacterium spp comparaisons MALDI-TOF (A) et sequences partielle ARN ndashsous uniteacute beta de polymerase gene rpoB (B)
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Surveillance drsquoune eacutepideacutemie
01002003004005006007008009001000
MSP Dendrogram
Distance Level
C1
C2
C3
C4
C5
bull 622 isolats
bull 5 clusters
bull Cluster associations
ndash Origine Geographical bull Algeacuterie ST80 (C1)
bull Marseille (C2-C5)
ndash Origine Clinique bull Patients non-mucovicidosique (C5)
bull Patients mucovicidosique ndash C1 and C2 children
ndash C3 and C4 adults
Staphylococcus aureus et mucovicidose
Clusters identification de pheacutenotypes
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Epideacutemie et origine geacuteographique
Klebsiella pneumoniae
01002003004005006007008009001000K pneumoniae SKP3K pneumoniae SKP4K pneumoniae SKP2K pneumoniae SKP8K pneumoniae OKP5K pneumoniae OKP9K pneumoniae SKP14K pneumoniae SKP7K pneumoniae SKP9K pneumoniae SKP15K pneumoniae SKP29K pneumoniae OKP15K pneumoniae KP61K pneumoniae KP74K pneumoniae SKP28K pneumoniae SKP27K pneumoniae KP63K pneumoniae OKP8K pneumoniae KP73K pneumoniae KP78K pneumoniae OKP10K pneumoniae KP62K pneumoniae SKP22K pneumoniae OKP13K pneumoniae SKP23K pneumoniae SKP26K pneumoniae KP80K pneumoniae KP70K pneumoniae KP76K pneumoniae KP77K pneumoniae SKP30K pneumoniae OKP7K pneumoniae OKP3K pneumoniae OKP6K pneumoniae SKP1K pneumoniae KP64K pneumoniae KP98K pneumoniae SKP25K pneumoniae KP79K pneumoniae SKP6K pneumoniae KP101K pneumoniae KP83K pneumoniae SKP17K pneumoniae SKP21K pneumoniae KP95K pneumoniae KP69K pneumoniae KP81K pneumoniae OKP11K pneumoniae KP96K pneumoniae OKP1K pneumoniae KP82K pneumoniae SKP16K pneumoniae KP102K pneumoniae KP65K pneumoniae KP85K pneumoniae KP86K pneumoniae KP90K pneumoniae OKP4K pneumoniae KP67K pneumoniae KP87K pneumoniae KP88K pneumoniae OKP14K pneumoniae KP68K pneumoniae KP92K pneumoniae OKP12K pneumoniae KP93K pneumoniae 129K pneumoniae OKP2K pneumoniae 131K pneumoniae CSUR P130K pneumoniae KP89K pneumoniae SKP20K pneumoniae 128K pneumoniae 130K pneumoniae 64K pneumoniae 108K pneumoniae 63K pneumoniae 67K pneumoniae 121K pneumoniae 88K pneumoniae 1K pneumoniae 116K pneumoniae 27K pneumoniae 52K pneumoniae 65K pneumoniae 34K pneumoniae 36K pneumoniae 109K pneumoniae 169K pneumoniae 79K pneumoniae 117K pneumoniae 7K pneumoniae 113K pneumoniae 40K pneumoniae 115K pneumoniae 19K pneumoniae 82K pneumoniae 123K pneumoniae 5K pneumoniae 2K pneumoniae 38K pneumoniae 74K pneumoniae 62K pneumoniae 3K pneumoniae 32K pneumoniae 6K pneumoniae 77K pneumoniae 94K pneumoniae 110K pneumoniae 78K pneumoniae 20K pneumoniae 125K pneumoniae 119K pneumoniae 76K pneumoniae 98K pneumoniae 66K pneumoniae 17K pneumoniae 90K pneumoniae 23K pneumoniae 31K pneumoniae 10K pneumoniae 144K pneumoniae 16K pneumoniae 60K pneumoniae 96K pneumoniae 75K pneumoniae 86K pneumoniae 97K pneumoniae 112K pneumoniae 118K pneumoniae 80K pneumoniae 104K pneumoniae 35K pneumoniae 85K pneumoniae 99K pneumoniae 106K pneumoniae 120K pneumoniae 91K pneumoniae 22K pneumoniae 49K pneumoniae 58K pneumoniae 41K pneumoniae 137K pneumoniae 68K pneumoniae 149K pneumoniae 105K pneumoniae 47K pneumoniae 53K pneumoniae 147K pneumoniae 18K pneumoniae 81K pneumoniae 59K pneumoniae 61K pneumoniae 93K pneumoniae 11K pneumoniae 37K pneumoniae 92K pneumoniae 148K pneumoniae 146K pneumoniae 102K pneumoniae 114K pneumoniae 12K pneumoniae 156K pneumoniae 111K pneumoniae 30K pneumoniae 126K pneumoniae 84K pneumoniae 138K pneumoniae 54K pneumoniae 150K pneumoniae 46K pneumoniae 28K pneumoniae 158K pneumoniae 159K pneumoniae 167K pneumoniae 164K pneumoniae 165K pneumoniae 168K pneumoniae 166K pneumoniae 160K pneumoniae 161K pneumoniae 163K pneumoniae 103K pneumoniae 87K pneumoniae 83K pneumoniae 21K pneumoniae 73K pneumoniae 157K pneumoniae 133K pneumoniae 14K pneumoniae 89K pneumoniae 95K pneumoniae 69K pneumoniae 136K pneumoniae 134K pneumoniae 152K pneumoniae 48K pneumoniae 155K pneumoniae 55K pneumoniae 33K pneumoniae 135K pneumoniae 142K pneumoniae 42K pneumoniae 154K pneumoniae 13K pneumoniae 9K pneumoniae 153K pneumoniae 100K pneumoniae 8K pneumoniae 101K pneumoniae 145K pneumoniae 15K pneumoniae 4K pneumoniae 162K pneumoniae 39K pneumoniae 107K pneumoniae 25K pneumoniae 45K pneumoniae 72K pneumoniae 127K pneumoniae 29K pneumoniae NCTC13443K pneumoniae 122K pneumoniae 124K pneumoniae 57K pneumoniae 132K pneumoniae 140K pneumoniae 26K pneumoniae 56K pneumoniae 141K pneumoniae 43K pneumoniae 139K pneumoniae 143K pneumoniae 151K pneumoniae 70K pneumoniae 51K pneumoniae 71K pneumoniae 24K pneumoniae 44
MSP Dendrogram
Distance Level
Marseille - France
Algeria
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
Klebsiella pneumoniae Sensible Imipeacutenegraveme ndash Test Imipeacutenegraveme IMP pic speacutecifique agrave 300 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F8 MS Raw
00
05
10
15
205x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0G7 MS Raw
00
05
10
15
5x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0M10 MS Raw
0
2
4
6
4x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0M20 MS Raw
0
2
4
64x10
Inte
ns [
au
]
240 260 280 300 320 340 360 380mz
IMP 1 B T0
IMP 1 B T2
IMP 1 B T1
Matrice +Nacl
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Klebsiella pneumoniae NDM-1 Positive ndash Test Imipeacutenegraveme IMP pic speacutecifique agrave 300 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F7 MS Raw
00
05
10
15
4x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J15 MS Raw
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02
04
06
08
5x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0A11 MS Raw
0
2
4
64x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0N19 MS Raw
0
1
2
3
4
5
64x10
Inte
ns [
au
]
250 260 270 280 290 300 310 320 330mz
IMP 1 B T0
IMP 1 B T2
IMP 1 B T1
Matrice +Nacl
Disparition de lrsquoIMP agrave T1
imipenemmetabolite
carbapenemase
NH
O OH
S
NH NH
H
C11H17N3O2S N
O OH
S
NH NH
HHOH
OC12H17N3O4S
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Klebsiella pneumoniae NDM-1 Positive ndash Test Meacuteropeacutenegraveme MER pic speacutecifique agrave 384 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F7 MS Raw
00
05
10
155x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0M15 MS Raw
00
02
04
06
08
105x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J11 MS Raw
00
05
10
15
5x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J21 MS Raw
00
05
10
15
20
5x10
Inte
ns [
au
]
360 370 380 390 400 410 420mz
Matrice+NACL
MER 1 B to
MER 1 B t2
MER 1 B t1 Disparition de MER agrave T1
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Strain type No of isolates
(Location of isolates [ Noof isolates])
MALDI-TOF analysis
Range of the ratio of the area of
imipenemmetabolite based on the time of
incubation
No of isolates detected as carbapenemase
producers based on the time of incubation
2h 4h 2h 4h
Carbapenem-resistant strains (70) (imipenem MIC gt8 mgL) lt001-177 lt001-026 67 70
K pneumoniae KPC 1 lt001 lt001 1 1
K pneumoniae NDM-1 2
P aeruginosa VIM 2
P aeruginosa IMP 2
lt001
lt001
lt001
lt001
ND
ND
2
2
2
2
2
2
Abaumannii blaOXA23-like 57 (Marseille [17] Algeria [40]) lt001-177 lt001-039 54 57
Abaumannii blaOXA24-like 3 (Algeria) lt001 002-004 3 3
Abaumannii blaOXA23-like + blaOXA24-like 3 (Algeria) lt001-048 lt001-026 3 3
Carbapenem-susceptible strains (79) (imipenem MIC le2 mgL) lt001-1286 lt001 -1484 0 0
K pneumoniae ESBL 31 (Algeria)
K pneumoniae non ESBL 4 (Algeria)
Escherichia coli ATCC 25922 (1)
ND
ND
164
064-1484
124-582
117
0
0
0
0
0
0
A baumannii 43 (Marseille [1] Algeria [42]) 061-1286 076 -326 0 0
Table 1 Characterization of the 149 bacterial strains analyzed and data summary of imipenem hydrolysis assay utilizing MALDI-TOF MS
Sensitivity = 100 Specificity = 100 (t=4h)
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
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bull Les tests microbiologiques ameacuteliorent la prise en charge des malades si les reacutesultats sont disponibles dans le temps du soin
Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014 19
Organisation du laboratoire central en microbiologie
eacutechantillons
Preacutelegravevements drsquoenvironnement
- reacuteservoirs - vecteurs
PRE-ANALYTIQUE ANALYTIQUE POST-ANALYTIQUE
gt Reacuteception 2424 365 joursan
gt Enregistrement
gt Dispatching
Seacuterologies Automates
inoculation automatique
Inoculation Manuelle bull cellules bull animaux
Identi
ficati
on M
ALDI
-TOF
bull Identification par seacutequenccedilage bullGeacutenomique au deacutebit
Antibiogramme automatiseacute
bull Validation
bull Expertise et conseil theacuterapeutique bull Contact avec cliniciens
Limites des laboratoires cœur reacutesultats retardeacutes dans les tests de routine
Regroupement geacuteographique des laboratoires sur un seul site
Creacuteation de laboratoires secondaire drsquourgence
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Objectif laboratoire drsquourgence
bull Prise en charge meacutedicale rapide des maladies infectieuses en fournissant les reacutesultats des analyses microbiologiques pendant que les malades sont encore en service drsquourgence =gt Reacutesultats lt 4 heures
bull Afin de reacutepondre agrave 4 questions cruciales
bull 1 ndash Hospitalisation neacutecessaire
bull 2 ndash isolement requis
bull 3 ndashtraitement anti-infectieux neacutecessaire
bull 4 ndashanalyses compleacutementaires neacutecessaires
20
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
21
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
OrdiOrdi
Ordi+ imp
OrdiOrdi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm OrdiOrdi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
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bull Reacutesultats en moins de 4 heures transmission SMS
bull bonne valeur preacutedictive
bull deacutepistage par syndrome
bull Reacutesultats modifient la prise en charge
Immunochromatographie PCR en temps reacuteel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
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Pneumonia bull Flu ICT bull VRS ICT bull Mycoplasma pneumoniae PCR bull Whooping-cough (B pertussis) PCR bull Coxiella burnetii PCR bull Staphylococcus aureus (ICU only) PCR bull Pneumocystis jiroveci PCR bull Legionella urinary antigen bull Pneumococcal urinary antigen
Gastro-enteritis diarrhoea bull Rotavirus ndash adenovirus ICT bull Norovirus ICT bull Clostridium difficile - Helicobacter pylori ICT
Tropical fever bull Malaria PCR bull Malaria ICT bull Dengue ICT
Meningitis bull Cytology bull Enterovirus PCR bull Herpes virus PCR bull Varicella zoster virus PCR bull Meningococcus PCR bull Pneumococcus PCR bull Cryptococcus
Gynecology bull HIV ICT bull Group B streptococcus PCR bull Atopobium vaginae PCR
Pharyngitis bull Group A streptococcus ICT bull Infectious mononucleosis MNI test
Others bull Blood exposure accident = HIV bull Tetanus toxin ICT bull Procalcitonin
Exploration par syndrome
PNEU
GASTRO
Tropical fever
MENIN
GYNECO
ANG
Other
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Real-time PCR assays syndrome-specific strips
24
LCR code
5 microL
in all wells
Strip 1
HSV VZV PlyN LytA TISS ctrA crgA 7SL-RNA mix
Strip 3
Strip 2 CONTROcircLE NEGATIF - rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
CONTROcircLE POSITIF- Rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
Une barrette par patient ex meacuteningite
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
25
Real-time PCR assays syndrome-specific multiplexed strips
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
cup1 cup2 cup3
5 microL
Code
mix X TISS 7SL-RNA X TISS X
patient Negative control Positive control
7SL-RNA 7SL-RNA
Coxiella burnetii M pneumoniae Bordetella pertussis
Nothing to add ndash Ready to use controls
1 patient par barrette ex pneumonie
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
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POC PCR en temps reacuteel
Xpertreg Flu Detection of Flu virus de type A and B and H1N1 2009 Preparation 2 min Result 77 min
Xpertreg EV Molecular detection of enterovirus meningitis Preparation 5 min Result 150 min
Xpertreg C difficile Detection of toxigenic et epidemic strains of Clostridium difficile Preparation 2 min Result 47 min
Xpertreg GBS Intrapartum detection of Streptococcus group B Preparation 1 min Result 52 min
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Activiteacute exponentielle
2008 2009 2010 Test Diagnostics Test Diagnostics Test Diagnostics influenza virus 1390 102 7 12455 1489 12 2551 25 1 RSV 1537 378 25 3300 297 9 2171 451 21 S pneumoniae 67 12 18 967 63 7 L pneumophila 168 1 1 405 4 1 954 9 1 M pneumoniae 668 25 4 1184 47 4 C burnetii 244 0 0 B pertussis 561 20 4 761 10 1 Procalcitonin 1169 206 18 1090 169 16 774 104 13 S pyogenes 1817 339 19 2912 567 19 2210 420 19 EBV 82 9 11 143 13 9 146 16 11 EV 296 84 28 482 92 19 416 58 14 HSV-12 3 0 0 114 3 3 251 3 1 S pneumoniae 267 10 4 479 10 2 410 14 3 N meningitidis 272 6 2 480 3 1 403 6 1 M pneumoniae 38 1 3 144 0 0 Rotavirusadeno 537 105 20 1075 313 29 1221 295 24 C difficile 352 7 2 518 10 2 535 17 3 H pylori 33 4 12 49 4 8 60 1 2 S agalactiae 149 21 14 352 64 18 417 66 16 HIV 199 2 1 401 4 1 269 5 2 Plasmodium spp 277 50 18 367 90 25 382 83 22 Dengue virus 45 4 9 66 6 9 15 2 13 C tetani 16 8 50 21 18 86 Total 8593 1328 15 26038 3204 12 16506 1713 10
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Activiteacute exponentielle
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
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Core Other
Remote mobile POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Core Laboratory Other
Remote POC in patientrsquos premices
Assistance Publique des Hocircpitaux de Marseille
POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Remote POC
Perspectives POC deacutelocaliseacute Afrique
Clinics hospitals laboratories In France and abroad
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
Place des nouveaux outils moleacuteculaires
30
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Approche syndromique kit peacutericardique
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application meacutetageacutenomique
32
Detection Torque teno virus et papillomavirus dans le liquide peacutericardique pour la 1ere fois chez lrsquohomme
PLoS One 2014 Apr 19(4)e93367 2014 Viral communities associated with human pericardial fluids in idiopathic pericarditis Fancello L Monteil S Popgeorgiev N Rivet R Gouriet F Fournier PE Raoult D Desnues C
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique ex Kit endocardite
33
Geacutenome en temps reacuteel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application geacutenome en temps reacuteel
bull Geacutenome en temps reacuteel de Sepidermidis
J Clin Microbiol 2013 May51(5)1617-21 Deciphering genomic virulence traits of a Staphylococcus epidermidis strain causing native-valve endocarditis Fournier PE Gouriet F Gimenez G Robert C Raoult D
Staphylococcus epidermidis souche isoleacutee de 3 heacutemocultures sur 3 chez responsable drsquoune endocardite aortique chez un homme de 26 ans geacutenome de 25-Mb sequence unique avec 32 genes de virulence CSUR P278
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remerciements
bull Pr Michel Drancourt bull Dr jean-Paul Casalta bull Dr Pierre Yves Levy bull Pr jean Marc Rolain
35
Merci pour votre attention
- Nouvelles techniques pour quelles avanceacutees en microbiologie meacutedicale
- Diapositive numeacutero 2
- Diapositive numeacutero 3
- Nouvelles applications de la spectromeacutetrie de masse au laboratoire de Microbiologie
- Apport de la Spectromeacutetrie de masse pour le diagnostic microbiologique
- Interpreacutetation des reacutesultats
- Performances des diffeacuterentsSpectromegravetre disponible pour la microbiologie
- Problegravemes drsquoidentification Discordance MALDI_Tof et identification classique
- Diapositive numeacutero 9
- Identification pheacutenotypique classique spectromeacutetrie de masse
- Diapositive numeacutero 11
- Diapositive numeacutero 12
- Diapositive numeacutero 13
- Diapositive numeacutero 14
- Diapositive numeacutero 15
- Diapositive numeacutero 16
- Diapositive numeacutero 17
- Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
- Organisation du laboratoire central en microbiologie
- Objectif laboratoire drsquourgence
- Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
- Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
- Diapositive numeacutero 23
- Real-time PCR assays syndrome-specific strips
- Diapositive numeacutero 25
- Diapositive numeacutero 26
- Diapositive numeacutero 27
- Diapositive numeacutero 28
- Diapositive numeacutero 29
- Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
- Approche syndromique kit peacutericardique
- Application meacutetageacutenomique
- Approche syndromique ex Kit endocardite
- Application geacutenome en temps reacuteel
- remerciements
-
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2
Molecular detection and identification
MetagenomicsSequencing
PCR
Syndrome and disease--based sampling kits
Point of care (POC) laboratory
assays lt 2 hours
Real-time PCR
Immunochromatographicor agglutination
assay
Real-time genome
sequencing
New or atypicalbacterium
Direct examinationand culture
Automated bloodculture monitoring
Diversifiedculture conditions
Phenotypic identification and antibiotic susceptibility testing
Automated biochemicalphenotype and antibiogram
MALDI-TOF MS
Manual biochemotypeand antibiogram
Phenotypic microarrayStrain
collection
Local national and or international
alert
SMS message Laboratory
website
Transport
Unidentifiedor unusualbacterium
Corelaboratory
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3
Nouvelles applications de la spectromeacutetrie de masse au laboratoire de Microbiologie
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Identification de souche bacteacuterienne
identification directe sur flacon drsquoheacutemocultures
Identification directe sur les urines
Biotypage des bacteacuteries detection drsquoune eacutepideacutemie Surveillance drsquoune eacutepideacutemie Identification de clones
Deacutetection rapide de la reacutesistance aux antibiotiques par MALDI-TOF Carbapeacuteneacutemases chez les bacteacuteries agrave gram neacutegatif
Nouvelles applications de la spectromeacutetrie de masse au laboratoire de Microbiologie
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Apport de la Spectromeacutetrie de masse pour le diagnostic microbiologique
5
Micro-organisme inconnu Deacutepocirct sur une cible
Analyse MALDI-TOF
Interpreacutetation des donneacutees Banque de donneacutees
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Interpreacutetation des reacutesultats
6
bull Comparaison par souches
bull 3 niveaux drsquoidentification ndash Log supeacuterieur ou eacutegal agrave 2
identification drsquoespegravece ndash Log entre 17 et 20 identification
de genre ndash Log lt agrave 17 absence
drsquoidentification
Increacutementation de la Base de donneacutees Bruker Biotyper
Biologie moleacuteculaire
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Performances des diffeacuterents Spectromegravetre disponible pour la microbiologie
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Problegravemes drsquoidentification Discordance MALDI_Tof et identification classique
Pheacutenotypique en spectromeacutetrie de masse
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15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Identification pheacutenotypique classique spectromeacutetrie de masse
bull Problegravemes du choix du systegraveme drsquoidentification
ndash Gram ndash Tests drsquoorientation (catalase oxydasehellip)
bull Diversiteacute pheacutenotypique ndash Base de donneacutees nombre importants
de souches par espegravece ndash Chevauchement des pheacutenotypes
bull Choix multiples
bull Souches deacuteficientes ndash Variant ndash Inoculum insuffisant
bull Choix preacutealable inutile
bull Colonie ou eacutechantillon heacutemocultureurines
bull Une seule base de donneacutee pouvant ecirctre constitueacutee par une seule souche par espegravecemodulable
bull Profils proteacuteiques provenant en grande partie par des proteacuteines ribosomales
bull Reacutesultat rapide
bull Coucirct concurrentiel
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2
6
4
9
0
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
2005 2006 2007 2008
Ndeg o
f pat
ient
year
18 souches Issues de13 patients
Deacutetection drsquoune eacutepideacutemie
Emerging Infectious Diseases bull wwwcdcgoveid bull Vol 16 No 8 August 2010
Arbre phylogeacuteneacutetique position des Corynebacterium spp comparaisons MALDI-TOF (A) et sequences partielle ARN ndashsous uniteacute beta de polymerase gene rpoB (B)
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Surveillance drsquoune eacutepideacutemie
01002003004005006007008009001000
MSP Dendrogram
Distance Level
C1
C2
C3
C4
C5
bull 622 isolats
bull 5 clusters
bull Cluster associations
ndash Origine Geographical bull Algeacuterie ST80 (C1)
bull Marseille (C2-C5)
ndash Origine Clinique bull Patients non-mucovicidosique (C5)
bull Patients mucovicidosique ndash C1 and C2 children
ndash C3 and C4 adults
Staphylococcus aureus et mucovicidose
Clusters identification de pheacutenotypes
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Epideacutemie et origine geacuteographique
Klebsiella pneumoniae
01002003004005006007008009001000K pneumoniae SKP3K pneumoniae SKP4K pneumoniae SKP2K pneumoniae SKP8K pneumoniae OKP5K pneumoniae OKP9K pneumoniae SKP14K pneumoniae SKP7K pneumoniae SKP9K pneumoniae SKP15K pneumoniae SKP29K pneumoniae OKP15K pneumoniae KP61K pneumoniae KP74K pneumoniae SKP28K pneumoniae SKP27K pneumoniae KP63K pneumoniae OKP8K pneumoniae KP73K pneumoniae KP78K pneumoniae OKP10K pneumoniae KP62K pneumoniae SKP22K pneumoniae OKP13K pneumoniae SKP23K pneumoniae SKP26K pneumoniae KP80K pneumoniae KP70K pneumoniae KP76K pneumoniae KP77K pneumoniae SKP30K pneumoniae OKP7K pneumoniae OKP3K pneumoniae OKP6K pneumoniae SKP1K pneumoniae KP64K pneumoniae KP98K pneumoniae SKP25K pneumoniae KP79K pneumoniae SKP6K pneumoniae KP101K pneumoniae KP83K pneumoniae SKP17K pneumoniae SKP21K pneumoniae KP95K pneumoniae KP69K pneumoniae KP81K pneumoniae OKP11K pneumoniae KP96K pneumoniae OKP1K pneumoniae KP82K pneumoniae SKP16K pneumoniae KP102K pneumoniae KP65K pneumoniae KP85K pneumoniae KP86K pneumoniae KP90K pneumoniae OKP4K pneumoniae KP67K pneumoniae KP87K pneumoniae KP88K pneumoniae OKP14K pneumoniae KP68K pneumoniae KP92K pneumoniae OKP12K pneumoniae KP93K pneumoniae 129K pneumoniae OKP2K pneumoniae 131K pneumoniae CSUR P130K pneumoniae KP89K pneumoniae SKP20K pneumoniae 128K pneumoniae 130K pneumoniae 64K pneumoniae 108K pneumoniae 63K pneumoniae 67K pneumoniae 121K pneumoniae 88K pneumoniae 1K pneumoniae 116K pneumoniae 27K pneumoniae 52K pneumoniae 65K pneumoniae 34K pneumoniae 36K pneumoniae 109K pneumoniae 169K pneumoniae 79K pneumoniae 117K pneumoniae 7K pneumoniae 113K pneumoniae 40K pneumoniae 115K pneumoniae 19K pneumoniae 82K pneumoniae 123K pneumoniae 5K pneumoniae 2K pneumoniae 38K pneumoniae 74K pneumoniae 62K pneumoniae 3K pneumoniae 32K pneumoniae 6K pneumoniae 77K pneumoniae 94K pneumoniae 110K pneumoniae 78K pneumoniae 20K pneumoniae 125K pneumoniae 119K pneumoniae 76K pneumoniae 98K pneumoniae 66K pneumoniae 17K pneumoniae 90K pneumoniae 23K pneumoniae 31K pneumoniae 10K pneumoniae 144K pneumoniae 16K pneumoniae 60K pneumoniae 96K pneumoniae 75K pneumoniae 86K pneumoniae 97K pneumoniae 112K pneumoniae 118K pneumoniae 80K pneumoniae 104K pneumoniae 35K pneumoniae 85K pneumoniae 99K pneumoniae 106K pneumoniae 120K pneumoniae 91K pneumoniae 22K pneumoniae 49K pneumoniae 58K pneumoniae 41K pneumoniae 137K pneumoniae 68K pneumoniae 149K pneumoniae 105K pneumoniae 47K pneumoniae 53K pneumoniae 147K pneumoniae 18K pneumoniae 81K pneumoniae 59K pneumoniae 61K pneumoniae 93K pneumoniae 11K pneumoniae 37K pneumoniae 92K pneumoniae 148K pneumoniae 146K pneumoniae 102K pneumoniae 114K pneumoniae 12K pneumoniae 156K pneumoniae 111K pneumoniae 30K pneumoniae 126K pneumoniae 84K pneumoniae 138K pneumoniae 54K pneumoniae 150K pneumoniae 46K pneumoniae 28K pneumoniae 158K pneumoniae 159K pneumoniae 167K pneumoniae 164K pneumoniae 165K pneumoniae 168K pneumoniae 166K pneumoniae 160K pneumoniae 161K pneumoniae 163K pneumoniae 103K pneumoniae 87K pneumoniae 83K pneumoniae 21K pneumoniae 73K pneumoniae 157K pneumoniae 133K pneumoniae 14K pneumoniae 89K pneumoniae 95K pneumoniae 69K pneumoniae 136K pneumoniae 134K pneumoniae 152K pneumoniae 48K pneumoniae 155K pneumoniae 55K pneumoniae 33K pneumoniae 135K pneumoniae 142K pneumoniae 42K pneumoniae 154K pneumoniae 13K pneumoniae 9K pneumoniae 153K pneumoniae 100K pneumoniae 8K pneumoniae 101K pneumoniae 145K pneumoniae 15K pneumoniae 4K pneumoniae 162K pneumoniae 39K pneumoniae 107K pneumoniae 25K pneumoniae 45K pneumoniae 72K pneumoniae 127K pneumoniae 29K pneumoniae NCTC13443K pneumoniae 122K pneumoniae 124K pneumoniae 57K pneumoniae 132K pneumoniae 140K pneumoniae 26K pneumoniae 56K pneumoniae 141K pneumoniae 43K pneumoniae 139K pneumoniae 143K pneumoniae 151K pneumoniae 70K pneumoniae 51K pneumoniae 71K pneumoniae 24K pneumoniae 44
MSP Dendrogram
Distance Level
Marseille - France
Algeria
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Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
Klebsiella pneumoniae Sensible Imipeacutenegraveme ndash Test Imipeacutenegraveme IMP pic speacutecifique agrave 300 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F8 MS Raw
00
05
10
15
205x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0G7 MS Raw
00
05
10
15
5x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0M10 MS Raw
0
2
4
6
4x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0M20 MS Raw
0
2
4
64x10
Inte
ns [
au
]
240 260 280 300 320 340 360 380mz
IMP 1 B T0
IMP 1 B T2
IMP 1 B T1
Matrice +Nacl
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Klebsiella pneumoniae NDM-1 Positive ndash Test Imipeacutenegraveme IMP pic speacutecifique agrave 300 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F7 MS Raw
00
05
10
15
4x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J15 MS Raw
00
02
04
06
08
5x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0A11 MS Raw
0
2
4
64x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0N19 MS Raw
0
1
2
3
4
5
64x10
Inte
ns [
au
]
250 260 270 280 290 300 310 320 330mz
IMP 1 B T0
IMP 1 B T2
IMP 1 B T1
Matrice +Nacl
Disparition de lrsquoIMP agrave T1
imipenemmetabolite
carbapenemase
NH
O OH
S
NH NH
H
C11H17N3O2S N
O OH
S
NH NH
HHOH
OC12H17N3O4S
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
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Klebsiella pneumoniae NDM-1 Positive ndash Test Meacuteropeacutenegraveme MER pic speacutecifique agrave 384 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F7 MS Raw
00
05
10
155x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0M15 MS Raw
00
02
04
06
08
105x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J11 MS Raw
00
05
10
15
5x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J21 MS Raw
00
05
10
15
20
5x10
Inte
ns [
au
]
360 370 380 390 400 410 420mz
Matrice+NACL
MER 1 B to
MER 1 B t2
MER 1 B t1 Disparition de MER agrave T1
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
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Strain type No of isolates
(Location of isolates [ Noof isolates])
MALDI-TOF analysis
Range of the ratio of the area of
imipenemmetabolite based on the time of
incubation
No of isolates detected as carbapenemase
producers based on the time of incubation
2h 4h 2h 4h
Carbapenem-resistant strains (70) (imipenem MIC gt8 mgL) lt001-177 lt001-026 67 70
K pneumoniae KPC 1 lt001 lt001 1 1
K pneumoniae NDM-1 2
P aeruginosa VIM 2
P aeruginosa IMP 2
lt001
lt001
lt001
lt001
ND
ND
2
2
2
2
2
2
Abaumannii blaOXA23-like 57 (Marseille [17] Algeria [40]) lt001-177 lt001-039 54 57
Abaumannii blaOXA24-like 3 (Algeria) lt001 002-004 3 3
Abaumannii blaOXA23-like + blaOXA24-like 3 (Algeria) lt001-048 lt001-026 3 3
Carbapenem-susceptible strains (79) (imipenem MIC le2 mgL) lt001-1286 lt001 -1484 0 0
K pneumoniae ESBL 31 (Algeria)
K pneumoniae non ESBL 4 (Algeria)
Escherichia coli ATCC 25922 (1)
ND
ND
164
064-1484
124-582
117
0
0
0
0
0
0
A baumannii 43 (Marseille [1] Algeria [42]) 061-1286 076 -326 0 0
Table 1 Characterization of the 149 bacterial strains analyzed and data summary of imipenem hydrolysis assay utilizing MALDI-TOF MS
Sensitivity = 100 Specificity = 100 (t=4h)
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
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18
bull Les tests microbiologiques ameacuteliorent la prise en charge des malades si les reacutesultats sont disponibles dans le temps du soin
Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014 19
Organisation du laboratoire central en microbiologie
eacutechantillons
Preacutelegravevements drsquoenvironnement
- reacuteservoirs - vecteurs
PRE-ANALYTIQUE ANALYTIQUE POST-ANALYTIQUE
gt Reacuteception 2424 365 joursan
gt Enregistrement
gt Dispatching
Seacuterologies Automates
inoculation automatique
Inoculation Manuelle bull cellules bull animaux
Identi
ficati
on M
ALDI
-TOF
bull Identification par seacutequenccedilage bullGeacutenomique au deacutebit
Antibiogramme automatiseacute
bull Validation
bull Expertise et conseil theacuterapeutique bull Contact avec cliniciens
Limites des laboratoires cœur reacutesultats retardeacutes dans les tests de routine
Regroupement geacuteographique des laboratoires sur un seul site
Creacuteation de laboratoires secondaire drsquourgence
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Objectif laboratoire drsquourgence
bull Prise en charge meacutedicale rapide des maladies infectieuses en fournissant les reacutesultats des analyses microbiologiques pendant que les malades sont encore en service drsquourgence =gt Reacutesultats lt 4 heures
bull Afin de reacutepondre agrave 4 questions cruciales
bull 1 ndash Hospitalisation neacutecessaire
bull 2 ndash isolement requis
bull 3 ndashtraitement anti-infectieux neacutecessaire
bull 4 ndashanalyses compleacutementaires neacutecessaires
20
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
21
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
OrdiOrdi
Ordi+ imp
OrdiOrdi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm OrdiOrdi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
22
bull Reacutesultats en moins de 4 heures transmission SMS
bull bonne valeur preacutedictive
bull deacutepistage par syndrome
bull Reacutesultats modifient la prise en charge
Immunochromatographie PCR en temps reacuteel
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23
Pneumonia bull Flu ICT bull VRS ICT bull Mycoplasma pneumoniae PCR bull Whooping-cough (B pertussis) PCR bull Coxiella burnetii PCR bull Staphylococcus aureus (ICU only) PCR bull Pneumocystis jiroveci PCR bull Legionella urinary antigen bull Pneumococcal urinary antigen
Gastro-enteritis diarrhoea bull Rotavirus ndash adenovirus ICT bull Norovirus ICT bull Clostridium difficile - Helicobacter pylori ICT
Tropical fever bull Malaria PCR bull Malaria ICT bull Dengue ICT
Meningitis bull Cytology bull Enterovirus PCR bull Herpes virus PCR bull Varicella zoster virus PCR bull Meningococcus PCR bull Pneumococcus PCR bull Cryptococcus
Gynecology bull HIV ICT bull Group B streptococcus PCR bull Atopobium vaginae PCR
Pharyngitis bull Group A streptococcus ICT bull Infectious mononucleosis MNI test
Others bull Blood exposure accident = HIV bull Tetanus toxin ICT bull Procalcitonin
Exploration par syndrome
PNEU
GASTRO
Tropical fever
MENIN
GYNECO
ANG
Other
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Real-time PCR assays syndrome-specific strips
24
LCR code
5 microL
in all wells
Strip 1
HSV VZV PlyN LytA TISS ctrA crgA 7SL-RNA mix
Strip 3
Strip 2 CONTROcircLE NEGATIF - rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
CONTROcircLE POSITIF- Rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
Une barrette par patient ex meacuteningite
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
25
Real-time PCR assays syndrome-specific multiplexed strips
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
cup1 cup2 cup3
5 microL
Code
mix X TISS 7SL-RNA X TISS X
patient Negative control Positive control
7SL-RNA 7SL-RNA
Coxiella burnetii M pneumoniae Bordetella pertussis
Nothing to add ndash Ready to use controls
1 patient par barrette ex pneumonie
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26
POC PCR en temps reacuteel
Xpertreg Flu Detection of Flu virus de type A and B and H1N1 2009 Preparation 2 min Result 77 min
Xpertreg EV Molecular detection of enterovirus meningitis Preparation 5 min Result 150 min
Xpertreg C difficile Detection of toxigenic et epidemic strains of Clostridium difficile Preparation 2 min Result 47 min
Xpertreg GBS Intrapartum detection of Streptococcus group B Preparation 1 min Result 52 min
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Activiteacute exponentielle
2008 2009 2010 Test Diagnostics Test Diagnostics Test Diagnostics influenza virus 1390 102 7 12455 1489 12 2551 25 1 RSV 1537 378 25 3300 297 9 2171 451 21 S pneumoniae 67 12 18 967 63 7 L pneumophila 168 1 1 405 4 1 954 9 1 M pneumoniae 668 25 4 1184 47 4 C burnetii 244 0 0 B pertussis 561 20 4 761 10 1 Procalcitonin 1169 206 18 1090 169 16 774 104 13 S pyogenes 1817 339 19 2912 567 19 2210 420 19 EBV 82 9 11 143 13 9 146 16 11 EV 296 84 28 482 92 19 416 58 14 HSV-12 3 0 0 114 3 3 251 3 1 S pneumoniae 267 10 4 479 10 2 410 14 3 N meningitidis 272 6 2 480 3 1 403 6 1 M pneumoniae 38 1 3 144 0 0 Rotavirusadeno 537 105 20 1075 313 29 1221 295 24 C difficile 352 7 2 518 10 2 535 17 3 H pylori 33 4 12 49 4 8 60 1 2 S agalactiae 149 21 14 352 64 18 417 66 16 HIV 199 2 1 401 4 1 269 5 2 Plasmodium spp 277 50 18 367 90 25 382 83 22 Dengue virus 45 4 9 66 6 9 15 2 13 C tetani 16 8 50 21 18 86 Total 8593 1328 15 26038 3204 12 16506 1713 10
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
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Activiteacute exponentielle
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
29
Core Other
Remote mobile POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Core Laboratory Other
Remote POC in patientrsquos premices
Assistance Publique des Hocircpitaux de Marseille
POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Remote POC
Perspectives POC deacutelocaliseacute Afrique
Clinics hospitals laboratories In France and abroad
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
Place des nouveaux outils moleacuteculaires
30
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique kit peacutericardique
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application meacutetageacutenomique
32
Detection Torque teno virus et papillomavirus dans le liquide peacutericardique pour la 1ere fois chez lrsquohomme
PLoS One 2014 Apr 19(4)e93367 2014 Viral communities associated with human pericardial fluids in idiopathic pericarditis Fancello L Monteil S Popgeorgiev N Rivet R Gouriet F Fournier PE Raoult D Desnues C
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique ex Kit endocardite
33
Geacutenome en temps reacuteel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application geacutenome en temps reacuteel
bull Geacutenome en temps reacuteel de Sepidermidis
J Clin Microbiol 2013 May51(5)1617-21 Deciphering genomic virulence traits of a Staphylococcus epidermidis strain causing native-valve endocarditis Fournier PE Gouriet F Gimenez G Robert C Raoult D
Staphylococcus epidermidis souche isoleacutee de 3 heacutemocultures sur 3 chez responsable drsquoune endocardite aortique chez un homme de 26 ans geacutenome de 25-Mb sequence unique avec 32 genes de virulence CSUR P278
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
remerciements
bull Pr Michel Drancourt bull Dr jean-Paul Casalta bull Dr Pierre Yves Levy bull Pr jean Marc Rolain
35
Merci pour votre attention
- Nouvelles techniques pour quelles avanceacutees en microbiologie meacutedicale
- Diapositive numeacutero 2
- Diapositive numeacutero 3
- Nouvelles applications de la spectromeacutetrie de masse au laboratoire de Microbiologie
- Apport de la Spectromeacutetrie de masse pour le diagnostic microbiologique
- Interpreacutetation des reacutesultats
- Performances des diffeacuterentsSpectromegravetre disponible pour la microbiologie
- Problegravemes drsquoidentification Discordance MALDI_Tof et identification classique
- Diapositive numeacutero 9
- Identification pheacutenotypique classique spectromeacutetrie de masse
- Diapositive numeacutero 11
- Diapositive numeacutero 12
- Diapositive numeacutero 13
- Diapositive numeacutero 14
- Diapositive numeacutero 15
- Diapositive numeacutero 16
- Diapositive numeacutero 17
- Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
- Organisation du laboratoire central en microbiologie
- Objectif laboratoire drsquourgence
- Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
- Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
- Diapositive numeacutero 23
- Real-time PCR assays syndrome-specific strips
- Diapositive numeacutero 25
- Diapositive numeacutero 26
- Diapositive numeacutero 27
- Diapositive numeacutero 28
- Diapositive numeacutero 29
- Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
- Approche syndromique kit peacutericardique
- Application meacutetageacutenomique
- Approche syndromique ex Kit endocardite
- Application geacutenome en temps reacuteel
- remerciements
-
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3
Nouvelles applications de la spectromeacutetrie de masse au laboratoire de Microbiologie
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Identification de souche bacteacuterienne
identification directe sur flacon drsquoheacutemocultures
Identification directe sur les urines
Biotypage des bacteacuteries detection drsquoune eacutepideacutemie Surveillance drsquoune eacutepideacutemie Identification de clones
Deacutetection rapide de la reacutesistance aux antibiotiques par MALDI-TOF Carbapeacuteneacutemases chez les bacteacuteries agrave gram neacutegatif
Nouvelles applications de la spectromeacutetrie de masse au laboratoire de Microbiologie
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Apport de la Spectromeacutetrie de masse pour le diagnostic microbiologique
5
Micro-organisme inconnu Deacutepocirct sur une cible
Analyse MALDI-TOF
Interpreacutetation des donneacutees Banque de donneacutees
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Interpreacutetation des reacutesultats
6
bull Comparaison par souches
bull 3 niveaux drsquoidentification ndash Log supeacuterieur ou eacutegal agrave 2
identification drsquoespegravece ndash Log entre 17 et 20 identification
de genre ndash Log lt agrave 17 absence
drsquoidentification
Increacutementation de la Base de donneacutees Bruker Biotyper
Biologie moleacuteculaire
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Performances des diffeacuterents Spectromegravetre disponible pour la microbiologie
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Problegravemes drsquoidentification Discordance MALDI_Tof et identification classique
Pheacutenotypique en spectromeacutetrie de masse
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15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Identification pheacutenotypique classique spectromeacutetrie de masse
bull Problegravemes du choix du systegraveme drsquoidentification
ndash Gram ndash Tests drsquoorientation (catalase oxydasehellip)
bull Diversiteacute pheacutenotypique ndash Base de donneacutees nombre importants
de souches par espegravece ndash Chevauchement des pheacutenotypes
bull Choix multiples
bull Souches deacuteficientes ndash Variant ndash Inoculum insuffisant
bull Choix preacutealable inutile
bull Colonie ou eacutechantillon heacutemocultureurines
bull Une seule base de donneacutee pouvant ecirctre constitueacutee par une seule souche par espegravecemodulable
bull Profils proteacuteiques provenant en grande partie par des proteacuteines ribosomales
bull Reacutesultat rapide
bull Coucirct concurrentiel
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2
6
4
9
0
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
2005 2006 2007 2008
Ndeg o
f pat
ient
year
18 souches Issues de13 patients
Deacutetection drsquoune eacutepideacutemie
Emerging Infectious Diseases bull wwwcdcgoveid bull Vol 16 No 8 August 2010
Arbre phylogeacuteneacutetique position des Corynebacterium spp comparaisons MALDI-TOF (A) et sequences partielle ARN ndashsous uniteacute beta de polymerase gene rpoB (B)
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Surveillance drsquoune eacutepideacutemie
01002003004005006007008009001000
MSP Dendrogram
Distance Level
C1
C2
C3
C4
C5
bull 622 isolats
bull 5 clusters
bull Cluster associations
ndash Origine Geographical bull Algeacuterie ST80 (C1)
bull Marseille (C2-C5)
ndash Origine Clinique bull Patients non-mucovicidosique (C5)
bull Patients mucovicidosique ndash C1 and C2 children
ndash C3 and C4 adults
Staphylococcus aureus et mucovicidose
Clusters identification de pheacutenotypes
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Epideacutemie et origine geacuteographique
Klebsiella pneumoniae
01002003004005006007008009001000K pneumoniae SKP3K pneumoniae SKP4K pneumoniae SKP2K pneumoniae SKP8K pneumoniae OKP5K pneumoniae OKP9K pneumoniae SKP14K pneumoniae SKP7K pneumoniae SKP9K pneumoniae SKP15K pneumoniae SKP29K pneumoniae OKP15K pneumoniae KP61K pneumoniae KP74K pneumoniae SKP28K pneumoniae SKP27K pneumoniae KP63K pneumoniae OKP8K pneumoniae KP73K pneumoniae KP78K pneumoniae OKP10K pneumoniae KP62K pneumoniae SKP22K pneumoniae OKP13K pneumoniae SKP23K pneumoniae SKP26K pneumoniae KP80K pneumoniae KP70K pneumoniae KP76K pneumoniae KP77K pneumoniae SKP30K pneumoniae OKP7K pneumoniae OKP3K pneumoniae OKP6K pneumoniae SKP1K pneumoniae KP64K pneumoniae KP98K pneumoniae SKP25K pneumoniae KP79K pneumoniae SKP6K pneumoniae KP101K pneumoniae KP83K pneumoniae SKP17K pneumoniae SKP21K pneumoniae KP95K pneumoniae KP69K pneumoniae KP81K pneumoniae OKP11K pneumoniae KP96K pneumoniae OKP1K pneumoniae KP82K pneumoniae SKP16K pneumoniae KP102K pneumoniae KP65K pneumoniae KP85K pneumoniae KP86K pneumoniae KP90K pneumoniae OKP4K pneumoniae KP67K pneumoniae KP87K pneumoniae KP88K pneumoniae OKP14K pneumoniae KP68K pneumoniae KP92K pneumoniae OKP12K pneumoniae KP93K pneumoniae 129K pneumoniae OKP2K pneumoniae 131K pneumoniae CSUR P130K pneumoniae KP89K pneumoniae SKP20K pneumoniae 128K pneumoniae 130K pneumoniae 64K pneumoniae 108K pneumoniae 63K pneumoniae 67K pneumoniae 121K pneumoniae 88K pneumoniae 1K pneumoniae 116K pneumoniae 27K pneumoniae 52K pneumoniae 65K pneumoniae 34K pneumoniae 36K pneumoniae 109K pneumoniae 169K pneumoniae 79K pneumoniae 117K pneumoniae 7K pneumoniae 113K pneumoniae 40K pneumoniae 115K pneumoniae 19K pneumoniae 82K pneumoniae 123K pneumoniae 5K pneumoniae 2K pneumoniae 38K pneumoniae 74K pneumoniae 62K pneumoniae 3K pneumoniae 32K pneumoniae 6K pneumoniae 77K pneumoniae 94K pneumoniae 110K pneumoniae 78K pneumoniae 20K pneumoniae 125K pneumoniae 119K pneumoniae 76K pneumoniae 98K pneumoniae 66K pneumoniae 17K pneumoniae 90K pneumoniae 23K pneumoniae 31K pneumoniae 10K pneumoniae 144K pneumoniae 16K pneumoniae 60K pneumoniae 96K pneumoniae 75K pneumoniae 86K pneumoniae 97K pneumoniae 112K pneumoniae 118K pneumoniae 80K pneumoniae 104K pneumoniae 35K pneumoniae 85K pneumoniae 99K pneumoniae 106K pneumoniae 120K pneumoniae 91K pneumoniae 22K pneumoniae 49K pneumoniae 58K pneumoniae 41K pneumoniae 137K pneumoniae 68K pneumoniae 149K pneumoniae 105K pneumoniae 47K pneumoniae 53K pneumoniae 147K pneumoniae 18K pneumoniae 81K pneumoniae 59K pneumoniae 61K pneumoniae 93K pneumoniae 11K pneumoniae 37K pneumoniae 92K pneumoniae 148K pneumoniae 146K pneumoniae 102K pneumoniae 114K pneumoniae 12K pneumoniae 156K pneumoniae 111K pneumoniae 30K pneumoniae 126K pneumoniae 84K pneumoniae 138K pneumoniae 54K pneumoniae 150K pneumoniae 46K pneumoniae 28K pneumoniae 158K pneumoniae 159K pneumoniae 167K pneumoniae 164K pneumoniae 165K pneumoniae 168K pneumoniae 166K pneumoniae 160K pneumoniae 161K pneumoniae 163K pneumoniae 103K pneumoniae 87K pneumoniae 83K pneumoniae 21K pneumoniae 73K pneumoniae 157K pneumoniae 133K pneumoniae 14K pneumoniae 89K pneumoniae 95K pneumoniae 69K pneumoniae 136K pneumoniae 134K pneumoniae 152K pneumoniae 48K pneumoniae 155K pneumoniae 55K pneumoniae 33K pneumoniae 135K pneumoniae 142K pneumoniae 42K pneumoniae 154K pneumoniae 13K pneumoniae 9K pneumoniae 153K pneumoniae 100K pneumoniae 8K pneumoniae 101K pneumoniae 145K pneumoniae 15K pneumoniae 4K pneumoniae 162K pneumoniae 39K pneumoniae 107K pneumoniae 25K pneumoniae 45K pneumoniae 72K pneumoniae 127K pneumoniae 29K pneumoniae NCTC13443K pneumoniae 122K pneumoniae 124K pneumoniae 57K pneumoniae 132K pneumoniae 140K pneumoniae 26K pneumoniae 56K pneumoniae 141K pneumoniae 43K pneumoniae 139K pneumoniae 143K pneumoniae 151K pneumoniae 70K pneumoniae 51K pneumoniae 71K pneumoniae 24K pneumoniae 44
MSP Dendrogram
Distance Level
Marseille - France
Algeria
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
Klebsiella pneumoniae Sensible Imipeacutenegraveme ndash Test Imipeacutenegraveme IMP pic speacutecifique agrave 300 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F8 MS Raw
00
05
10
15
205x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0G7 MS Raw
00
05
10
15
5x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0M10 MS Raw
0
2
4
6
4x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0M20 MS Raw
0
2
4
64x10
Inte
ns [
au
]
240 260 280 300 320 340 360 380mz
IMP 1 B T0
IMP 1 B T2
IMP 1 B T1
Matrice +Nacl
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Klebsiella pneumoniae NDM-1 Positive ndash Test Imipeacutenegraveme IMP pic speacutecifique agrave 300 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F7 MS Raw
00
05
10
15
4x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J15 MS Raw
00
02
04
06
08
5x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0A11 MS Raw
0
2
4
64x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0N19 MS Raw
0
1
2
3
4
5
64x10
Inte
ns [
au
]
250 260 270 280 290 300 310 320 330mz
IMP 1 B T0
IMP 1 B T2
IMP 1 B T1
Matrice +Nacl
Disparition de lrsquoIMP agrave T1
imipenemmetabolite
carbapenemase
NH
O OH
S
NH NH
H
C11H17N3O2S N
O OH
S
NH NH
HHOH
OC12H17N3O4S
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Klebsiella pneumoniae NDM-1 Positive ndash Test Meacuteropeacutenegraveme MER pic speacutecifique agrave 384 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F7 MS Raw
00
05
10
155x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0M15 MS Raw
00
02
04
06
08
105x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J11 MS Raw
00
05
10
15
5x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J21 MS Raw
00
05
10
15
20
5x10
Inte
ns [
au
]
360 370 380 390 400 410 420mz
Matrice+NACL
MER 1 B to
MER 1 B t2
MER 1 B t1 Disparition de MER agrave T1
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Strain type No of isolates
(Location of isolates [ Noof isolates])
MALDI-TOF analysis
Range of the ratio of the area of
imipenemmetabolite based on the time of
incubation
No of isolates detected as carbapenemase
producers based on the time of incubation
2h 4h 2h 4h
Carbapenem-resistant strains (70) (imipenem MIC gt8 mgL) lt001-177 lt001-026 67 70
K pneumoniae KPC 1 lt001 lt001 1 1
K pneumoniae NDM-1 2
P aeruginosa VIM 2
P aeruginosa IMP 2
lt001
lt001
lt001
lt001
ND
ND
2
2
2
2
2
2
Abaumannii blaOXA23-like 57 (Marseille [17] Algeria [40]) lt001-177 lt001-039 54 57
Abaumannii blaOXA24-like 3 (Algeria) lt001 002-004 3 3
Abaumannii blaOXA23-like + blaOXA24-like 3 (Algeria) lt001-048 lt001-026 3 3
Carbapenem-susceptible strains (79) (imipenem MIC le2 mgL) lt001-1286 lt001 -1484 0 0
K pneumoniae ESBL 31 (Algeria)
K pneumoniae non ESBL 4 (Algeria)
Escherichia coli ATCC 25922 (1)
ND
ND
164
064-1484
124-582
117
0
0
0
0
0
0
A baumannii 43 (Marseille [1] Algeria [42]) 061-1286 076 -326 0 0
Table 1 Characterization of the 149 bacterial strains analyzed and data summary of imipenem hydrolysis assay utilizing MALDI-TOF MS
Sensitivity = 100 Specificity = 100 (t=4h)
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
18
bull Les tests microbiologiques ameacuteliorent la prise en charge des malades si les reacutesultats sont disponibles dans le temps du soin
Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014 19
Organisation du laboratoire central en microbiologie
eacutechantillons
Preacutelegravevements drsquoenvironnement
- reacuteservoirs - vecteurs
PRE-ANALYTIQUE ANALYTIQUE POST-ANALYTIQUE
gt Reacuteception 2424 365 joursan
gt Enregistrement
gt Dispatching
Seacuterologies Automates
inoculation automatique
Inoculation Manuelle bull cellules bull animaux
Identi
ficati
on M
ALDI
-TOF
bull Identification par seacutequenccedilage bullGeacutenomique au deacutebit
Antibiogramme automatiseacute
bull Validation
bull Expertise et conseil theacuterapeutique bull Contact avec cliniciens
Limites des laboratoires cœur reacutesultats retardeacutes dans les tests de routine
Regroupement geacuteographique des laboratoires sur un seul site
Creacuteation de laboratoires secondaire drsquourgence
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Objectif laboratoire drsquourgence
bull Prise en charge meacutedicale rapide des maladies infectieuses en fournissant les reacutesultats des analyses microbiologiques pendant que les malades sont encore en service drsquourgence =gt Reacutesultats lt 4 heures
bull Afin de reacutepondre agrave 4 questions cruciales
bull 1 ndash Hospitalisation neacutecessaire
bull 2 ndash isolement requis
bull 3 ndashtraitement anti-infectieux neacutecessaire
bull 4 ndashanalyses compleacutementaires neacutecessaires
20
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
21
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
OrdiOrdi
Ordi+ imp
OrdiOrdi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm OrdiOrdi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
22
bull Reacutesultats en moins de 4 heures transmission SMS
bull bonne valeur preacutedictive
bull deacutepistage par syndrome
bull Reacutesultats modifient la prise en charge
Immunochromatographie PCR en temps reacuteel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
23
Pneumonia bull Flu ICT bull VRS ICT bull Mycoplasma pneumoniae PCR bull Whooping-cough (B pertussis) PCR bull Coxiella burnetii PCR bull Staphylococcus aureus (ICU only) PCR bull Pneumocystis jiroveci PCR bull Legionella urinary antigen bull Pneumococcal urinary antigen
Gastro-enteritis diarrhoea bull Rotavirus ndash adenovirus ICT bull Norovirus ICT bull Clostridium difficile - Helicobacter pylori ICT
Tropical fever bull Malaria PCR bull Malaria ICT bull Dengue ICT
Meningitis bull Cytology bull Enterovirus PCR bull Herpes virus PCR bull Varicella zoster virus PCR bull Meningococcus PCR bull Pneumococcus PCR bull Cryptococcus
Gynecology bull HIV ICT bull Group B streptococcus PCR bull Atopobium vaginae PCR
Pharyngitis bull Group A streptococcus ICT bull Infectious mononucleosis MNI test
Others bull Blood exposure accident = HIV bull Tetanus toxin ICT bull Procalcitonin
Exploration par syndrome
PNEU
GASTRO
Tropical fever
MENIN
GYNECO
ANG
Other
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Real-time PCR assays syndrome-specific strips
24
LCR code
5 microL
in all wells
Strip 1
HSV VZV PlyN LytA TISS ctrA crgA 7SL-RNA mix
Strip 3
Strip 2 CONTROcircLE NEGATIF - rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
CONTROcircLE POSITIF- Rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
Une barrette par patient ex meacuteningite
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
25
Real-time PCR assays syndrome-specific multiplexed strips
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
cup1 cup2 cup3
5 microL
Code
mix X TISS 7SL-RNA X TISS X
patient Negative control Positive control
7SL-RNA 7SL-RNA
Coxiella burnetii M pneumoniae Bordetella pertussis
Nothing to add ndash Ready to use controls
1 patient par barrette ex pneumonie
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26
POC PCR en temps reacuteel
Xpertreg Flu Detection of Flu virus de type A and B and H1N1 2009 Preparation 2 min Result 77 min
Xpertreg EV Molecular detection of enterovirus meningitis Preparation 5 min Result 150 min
Xpertreg C difficile Detection of toxigenic et epidemic strains of Clostridium difficile Preparation 2 min Result 47 min
Xpertreg GBS Intrapartum detection of Streptococcus group B Preparation 1 min Result 52 min
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Activiteacute exponentielle
2008 2009 2010 Test Diagnostics Test Diagnostics Test Diagnostics influenza virus 1390 102 7 12455 1489 12 2551 25 1 RSV 1537 378 25 3300 297 9 2171 451 21 S pneumoniae 67 12 18 967 63 7 L pneumophila 168 1 1 405 4 1 954 9 1 M pneumoniae 668 25 4 1184 47 4 C burnetii 244 0 0 B pertussis 561 20 4 761 10 1 Procalcitonin 1169 206 18 1090 169 16 774 104 13 S pyogenes 1817 339 19 2912 567 19 2210 420 19 EBV 82 9 11 143 13 9 146 16 11 EV 296 84 28 482 92 19 416 58 14 HSV-12 3 0 0 114 3 3 251 3 1 S pneumoniae 267 10 4 479 10 2 410 14 3 N meningitidis 272 6 2 480 3 1 403 6 1 M pneumoniae 38 1 3 144 0 0 Rotavirusadeno 537 105 20 1075 313 29 1221 295 24 C difficile 352 7 2 518 10 2 535 17 3 H pylori 33 4 12 49 4 8 60 1 2 S agalactiae 149 21 14 352 64 18 417 66 16 HIV 199 2 1 401 4 1 269 5 2 Plasmodium spp 277 50 18 367 90 25 382 83 22 Dengue virus 45 4 9 66 6 9 15 2 13 C tetani 16 8 50 21 18 86 Total 8593 1328 15 26038 3204 12 16506 1713 10
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
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Activiteacute exponentielle
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
29
Core Other
Remote mobile POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Core Laboratory Other
Remote POC in patientrsquos premices
Assistance Publique des Hocircpitaux de Marseille
POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Remote POC
Perspectives POC deacutelocaliseacute Afrique
Clinics hospitals laboratories In France and abroad
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
Place des nouveaux outils moleacuteculaires
30
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Approche syndromique kit peacutericardique
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application meacutetageacutenomique
32
Detection Torque teno virus et papillomavirus dans le liquide peacutericardique pour la 1ere fois chez lrsquohomme
PLoS One 2014 Apr 19(4)e93367 2014 Viral communities associated with human pericardial fluids in idiopathic pericarditis Fancello L Monteil S Popgeorgiev N Rivet R Gouriet F Fournier PE Raoult D Desnues C
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique ex Kit endocardite
33
Geacutenome en temps reacuteel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application geacutenome en temps reacuteel
bull Geacutenome en temps reacuteel de Sepidermidis
J Clin Microbiol 2013 May51(5)1617-21 Deciphering genomic virulence traits of a Staphylococcus epidermidis strain causing native-valve endocarditis Fournier PE Gouriet F Gimenez G Robert C Raoult D
Staphylococcus epidermidis souche isoleacutee de 3 heacutemocultures sur 3 chez responsable drsquoune endocardite aortique chez un homme de 26 ans geacutenome de 25-Mb sequence unique avec 32 genes de virulence CSUR P278
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
remerciements
bull Pr Michel Drancourt bull Dr jean-Paul Casalta bull Dr Pierre Yves Levy bull Pr jean Marc Rolain
35
Merci pour votre attention
- Nouvelles techniques pour quelles avanceacutees en microbiologie meacutedicale
- Diapositive numeacutero 2
- Diapositive numeacutero 3
- Nouvelles applications de la spectromeacutetrie de masse au laboratoire de Microbiologie
- Apport de la Spectromeacutetrie de masse pour le diagnostic microbiologique
- Interpreacutetation des reacutesultats
- Performances des diffeacuterentsSpectromegravetre disponible pour la microbiologie
- Problegravemes drsquoidentification Discordance MALDI_Tof et identification classique
- Diapositive numeacutero 9
- Identification pheacutenotypique classique spectromeacutetrie de masse
- Diapositive numeacutero 11
- Diapositive numeacutero 12
- Diapositive numeacutero 13
- Diapositive numeacutero 14
- Diapositive numeacutero 15
- Diapositive numeacutero 16
- Diapositive numeacutero 17
- Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
- Organisation du laboratoire central en microbiologie
- Objectif laboratoire drsquourgence
- Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
- Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
- Diapositive numeacutero 23
- Real-time PCR assays syndrome-specific strips
- Diapositive numeacutero 25
- Diapositive numeacutero 26
- Diapositive numeacutero 27
- Diapositive numeacutero 28
- Diapositive numeacutero 29
- Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
- Approche syndromique kit peacutericardique
- Application meacutetageacutenomique
- Approche syndromique ex Kit endocardite
- Application geacutenome en temps reacuteel
- remerciements
-
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Identification de souche bacteacuterienne
identification directe sur flacon drsquoheacutemocultures
Identification directe sur les urines
Biotypage des bacteacuteries detection drsquoune eacutepideacutemie Surveillance drsquoune eacutepideacutemie Identification de clones
Deacutetection rapide de la reacutesistance aux antibiotiques par MALDI-TOF Carbapeacuteneacutemases chez les bacteacuteries agrave gram neacutegatif
Nouvelles applications de la spectromeacutetrie de masse au laboratoire de Microbiologie
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Apport de la Spectromeacutetrie de masse pour le diagnostic microbiologique
5
Micro-organisme inconnu Deacutepocirct sur une cible
Analyse MALDI-TOF
Interpreacutetation des donneacutees Banque de donneacutees
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Interpreacutetation des reacutesultats
6
bull Comparaison par souches
bull 3 niveaux drsquoidentification ndash Log supeacuterieur ou eacutegal agrave 2
identification drsquoespegravece ndash Log entre 17 et 20 identification
de genre ndash Log lt agrave 17 absence
drsquoidentification
Increacutementation de la Base de donneacutees Bruker Biotyper
Biologie moleacuteculaire
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Performances des diffeacuterents Spectromegravetre disponible pour la microbiologie
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Problegravemes drsquoidentification Discordance MALDI_Tof et identification classique
Pheacutenotypique en spectromeacutetrie de masse
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15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Identification pheacutenotypique classique spectromeacutetrie de masse
bull Problegravemes du choix du systegraveme drsquoidentification
ndash Gram ndash Tests drsquoorientation (catalase oxydasehellip)
bull Diversiteacute pheacutenotypique ndash Base de donneacutees nombre importants
de souches par espegravece ndash Chevauchement des pheacutenotypes
bull Choix multiples
bull Souches deacuteficientes ndash Variant ndash Inoculum insuffisant
bull Choix preacutealable inutile
bull Colonie ou eacutechantillon heacutemocultureurines
bull Une seule base de donneacutee pouvant ecirctre constitueacutee par une seule souche par espegravecemodulable
bull Profils proteacuteiques provenant en grande partie par des proteacuteines ribosomales
bull Reacutesultat rapide
bull Coucirct concurrentiel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
2
6
4
9
0
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
2005 2006 2007 2008
Ndeg o
f pat
ient
year
18 souches Issues de13 patients
Deacutetection drsquoune eacutepideacutemie
Emerging Infectious Diseases bull wwwcdcgoveid bull Vol 16 No 8 August 2010
Arbre phylogeacuteneacutetique position des Corynebacterium spp comparaisons MALDI-TOF (A) et sequences partielle ARN ndashsous uniteacute beta de polymerase gene rpoB (B)
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Surveillance drsquoune eacutepideacutemie
01002003004005006007008009001000
MSP Dendrogram
Distance Level
C1
C2
C3
C4
C5
bull 622 isolats
bull 5 clusters
bull Cluster associations
ndash Origine Geographical bull Algeacuterie ST80 (C1)
bull Marseille (C2-C5)
ndash Origine Clinique bull Patients non-mucovicidosique (C5)
bull Patients mucovicidosique ndash C1 and C2 children
ndash C3 and C4 adults
Staphylococcus aureus et mucovicidose
Clusters identification de pheacutenotypes
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Epideacutemie et origine geacuteographique
Klebsiella pneumoniae
01002003004005006007008009001000K pneumoniae SKP3K pneumoniae SKP4K pneumoniae SKP2K pneumoniae SKP8K pneumoniae OKP5K pneumoniae OKP9K pneumoniae SKP14K pneumoniae SKP7K pneumoniae SKP9K pneumoniae SKP15K pneumoniae SKP29K pneumoniae OKP15K pneumoniae KP61K pneumoniae KP74K pneumoniae SKP28K pneumoniae SKP27K pneumoniae KP63K pneumoniae OKP8K pneumoniae KP73K pneumoniae KP78K pneumoniae OKP10K pneumoniae KP62K pneumoniae SKP22K pneumoniae OKP13K pneumoniae SKP23K pneumoniae SKP26K pneumoniae KP80K pneumoniae KP70K pneumoniae KP76K pneumoniae KP77K pneumoniae SKP30K pneumoniae OKP7K pneumoniae OKP3K pneumoniae OKP6K pneumoniae SKP1K pneumoniae KP64K pneumoniae KP98K pneumoniae SKP25K pneumoniae KP79K pneumoniae SKP6K pneumoniae KP101K pneumoniae KP83K pneumoniae SKP17K pneumoniae SKP21K pneumoniae KP95K pneumoniae KP69K pneumoniae KP81K pneumoniae OKP11K pneumoniae KP96K pneumoniae OKP1K pneumoniae KP82K pneumoniae SKP16K pneumoniae KP102K pneumoniae KP65K pneumoniae KP85K pneumoniae KP86K pneumoniae KP90K pneumoniae OKP4K pneumoniae KP67K pneumoniae KP87K pneumoniae KP88K pneumoniae OKP14K pneumoniae KP68K pneumoniae KP92K pneumoniae OKP12K pneumoniae KP93K pneumoniae 129K pneumoniae OKP2K pneumoniae 131K pneumoniae CSUR P130K pneumoniae KP89K pneumoniae SKP20K pneumoniae 128K pneumoniae 130K pneumoniae 64K pneumoniae 108K pneumoniae 63K pneumoniae 67K pneumoniae 121K pneumoniae 88K pneumoniae 1K pneumoniae 116K pneumoniae 27K pneumoniae 52K pneumoniae 65K pneumoniae 34K pneumoniae 36K pneumoniae 109K pneumoniae 169K pneumoniae 79K pneumoniae 117K pneumoniae 7K pneumoniae 113K pneumoniae 40K pneumoniae 115K pneumoniae 19K pneumoniae 82K pneumoniae 123K pneumoniae 5K pneumoniae 2K pneumoniae 38K pneumoniae 74K pneumoniae 62K pneumoniae 3K pneumoniae 32K pneumoniae 6K pneumoniae 77K pneumoniae 94K pneumoniae 110K pneumoniae 78K pneumoniae 20K pneumoniae 125K pneumoniae 119K pneumoniae 76K pneumoniae 98K pneumoniae 66K pneumoniae 17K pneumoniae 90K pneumoniae 23K pneumoniae 31K pneumoniae 10K pneumoniae 144K pneumoniae 16K pneumoniae 60K pneumoniae 96K pneumoniae 75K pneumoniae 86K pneumoniae 97K pneumoniae 112K pneumoniae 118K pneumoniae 80K pneumoniae 104K pneumoniae 35K pneumoniae 85K pneumoniae 99K pneumoniae 106K pneumoniae 120K pneumoniae 91K pneumoniae 22K pneumoniae 49K pneumoniae 58K pneumoniae 41K pneumoniae 137K pneumoniae 68K pneumoniae 149K pneumoniae 105K pneumoniae 47K pneumoniae 53K pneumoniae 147K pneumoniae 18K pneumoniae 81K pneumoniae 59K pneumoniae 61K pneumoniae 93K pneumoniae 11K pneumoniae 37K pneumoniae 92K pneumoniae 148K pneumoniae 146K pneumoniae 102K pneumoniae 114K pneumoniae 12K pneumoniae 156K pneumoniae 111K pneumoniae 30K pneumoniae 126K pneumoniae 84K pneumoniae 138K pneumoniae 54K pneumoniae 150K pneumoniae 46K pneumoniae 28K pneumoniae 158K pneumoniae 159K pneumoniae 167K pneumoniae 164K pneumoniae 165K pneumoniae 168K pneumoniae 166K pneumoniae 160K pneumoniae 161K pneumoniae 163K pneumoniae 103K pneumoniae 87K pneumoniae 83K pneumoniae 21K pneumoniae 73K pneumoniae 157K pneumoniae 133K pneumoniae 14K pneumoniae 89K pneumoniae 95K pneumoniae 69K pneumoniae 136K pneumoniae 134K pneumoniae 152K pneumoniae 48K pneumoniae 155K pneumoniae 55K pneumoniae 33K pneumoniae 135K pneumoniae 142K pneumoniae 42K pneumoniae 154K pneumoniae 13K pneumoniae 9K pneumoniae 153K pneumoniae 100K pneumoniae 8K pneumoniae 101K pneumoniae 145K pneumoniae 15K pneumoniae 4K pneumoniae 162K pneumoniae 39K pneumoniae 107K pneumoniae 25K pneumoniae 45K pneumoniae 72K pneumoniae 127K pneumoniae 29K pneumoniae NCTC13443K pneumoniae 122K pneumoniae 124K pneumoniae 57K pneumoniae 132K pneumoniae 140K pneumoniae 26K pneumoniae 56K pneumoniae 141K pneumoniae 43K pneumoniae 139K pneumoniae 143K pneumoniae 151K pneumoniae 70K pneumoniae 51K pneumoniae 71K pneumoniae 24K pneumoniae 44
MSP Dendrogram
Distance Level
Marseille - France
Algeria
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
Klebsiella pneumoniae Sensible Imipeacutenegraveme ndash Test Imipeacutenegraveme IMP pic speacutecifique agrave 300 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F8 MS Raw
00
05
10
15
205x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0G7 MS Raw
00
05
10
15
5x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0M10 MS Raw
0
2
4
6
4x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0M20 MS Raw
0
2
4
64x10
Inte
ns [
au
]
240 260 280 300 320 340 360 380mz
IMP 1 B T0
IMP 1 B T2
IMP 1 B T1
Matrice +Nacl
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Klebsiella pneumoniae NDM-1 Positive ndash Test Imipeacutenegraveme IMP pic speacutecifique agrave 300 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F7 MS Raw
00
05
10
15
4x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J15 MS Raw
00
02
04
06
08
5x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0A11 MS Raw
0
2
4
64x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0N19 MS Raw
0
1
2
3
4
5
64x10
Inte
ns [
au
]
250 260 270 280 290 300 310 320 330mz
IMP 1 B T0
IMP 1 B T2
IMP 1 B T1
Matrice +Nacl
Disparition de lrsquoIMP agrave T1
imipenemmetabolite
carbapenemase
NH
O OH
S
NH NH
H
C11H17N3O2S N
O OH
S
NH NH
HHOH
OC12H17N3O4S
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Klebsiella pneumoniae NDM-1 Positive ndash Test Meacuteropeacutenegraveme MER pic speacutecifique agrave 384 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F7 MS Raw
00
05
10
155x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0M15 MS Raw
00
02
04
06
08
105x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J11 MS Raw
00
05
10
15
5x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J21 MS Raw
00
05
10
15
20
5x10
Inte
ns [
au
]
360 370 380 390 400 410 420mz
Matrice+NACL
MER 1 B to
MER 1 B t2
MER 1 B t1 Disparition de MER agrave T1
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Strain type No of isolates
(Location of isolates [ Noof isolates])
MALDI-TOF analysis
Range of the ratio of the area of
imipenemmetabolite based on the time of
incubation
No of isolates detected as carbapenemase
producers based on the time of incubation
2h 4h 2h 4h
Carbapenem-resistant strains (70) (imipenem MIC gt8 mgL) lt001-177 lt001-026 67 70
K pneumoniae KPC 1 lt001 lt001 1 1
K pneumoniae NDM-1 2
P aeruginosa VIM 2
P aeruginosa IMP 2
lt001
lt001
lt001
lt001
ND
ND
2
2
2
2
2
2
Abaumannii blaOXA23-like 57 (Marseille [17] Algeria [40]) lt001-177 lt001-039 54 57
Abaumannii blaOXA24-like 3 (Algeria) lt001 002-004 3 3
Abaumannii blaOXA23-like + blaOXA24-like 3 (Algeria) lt001-048 lt001-026 3 3
Carbapenem-susceptible strains (79) (imipenem MIC le2 mgL) lt001-1286 lt001 -1484 0 0
K pneumoniae ESBL 31 (Algeria)
K pneumoniae non ESBL 4 (Algeria)
Escherichia coli ATCC 25922 (1)
ND
ND
164
064-1484
124-582
117
0
0
0
0
0
0
A baumannii 43 (Marseille [1] Algeria [42]) 061-1286 076 -326 0 0
Table 1 Characterization of the 149 bacterial strains analyzed and data summary of imipenem hydrolysis assay utilizing MALDI-TOF MS
Sensitivity = 100 Specificity = 100 (t=4h)
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
18
bull Les tests microbiologiques ameacuteliorent la prise en charge des malades si les reacutesultats sont disponibles dans le temps du soin
Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014 19
Organisation du laboratoire central en microbiologie
eacutechantillons
Preacutelegravevements drsquoenvironnement
- reacuteservoirs - vecteurs
PRE-ANALYTIQUE ANALYTIQUE POST-ANALYTIQUE
gt Reacuteception 2424 365 joursan
gt Enregistrement
gt Dispatching
Seacuterologies Automates
inoculation automatique
Inoculation Manuelle bull cellules bull animaux
Identi
ficati
on M
ALDI
-TOF
bull Identification par seacutequenccedilage bullGeacutenomique au deacutebit
Antibiogramme automatiseacute
bull Validation
bull Expertise et conseil theacuterapeutique bull Contact avec cliniciens
Limites des laboratoires cœur reacutesultats retardeacutes dans les tests de routine
Regroupement geacuteographique des laboratoires sur un seul site
Creacuteation de laboratoires secondaire drsquourgence
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Objectif laboratoire drsquourgence
bull Prise en charge meacutedicale rapide des maladies infectieuses en fournissant les reacutesultats des analyses microbiologiques pendant que les malades sont encore en service drsquourgence =gt Reacutesultats lt 4 heures
bull Afin de reacutepondre agrave 4 questions cruciales
bull 1 ndash Hospitalisation neacutecessaire
bull 2 ndash isolement requis
bull 3 ndashtraitement anti-infectieux neacutecessaire
bull 4 ndashanalyses compleacutementaires neacutecessaires
20
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
21
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
OrdiOrdi
Ordi+ imp
OrdiOrdi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm OrdiOrdi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
22
bull Reacutesultats en moins de 4 heures transmission SMS
bull bonne valeur preacutedictive
bull deacutepistage par syndrome
bull Reacutesultats modifient la prise en charge
Immunochromatographie PCR en temps reacuteel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
23
Pneumonia bull Flu ICT bull VRS ICT bull Mycoplasma pneumoniae PCR bull Whooping-cough (B pertussis) PCR bull Coxiella burnetii PCR bull Staphylococcus aureus (ICU only) PCR bull Pneumocystis jiroveci PCR bull Legionella urinary antigen bull Pneumococcal urinary antigen
Gastro-enteritis diarrhoea bull Rotavirus ndash adenovirus ICT bull Norovirus ICT bull Clostridium difficile - Helicobacter pylori ICT
Tropical fever bull Malaria PCR bull Malaria ICT bull Dengue ICT
Meningitis bull Cytology bull Enterovirus PCR bull Herpes virus PCR bull Varicella zoster virus PCR bull Meningococcus PCR bull Pneumococcus PCR bull Cryptococcus
Gynecology bull HIV ICT bull Group B streptococcus PCR bull Atopobium vaginae PCR
Pharyngitis bull Group A streptococcus ICT bull Infectious mononucleosis MNI test
Others bull Blood exposure accident = HIV bull Tetanus toxin ICT bull Procalcitonin
Exploration par syndrome
PNEU
GASTRO
Tropical fever
MENIN
GYNECO
ANG
Other
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Real-time PCR assays syndrome-specific strips
24
LCR code
5 microL
in all wells
Strip 1
HSV VZV PlyN LytA TISS ctrA crgA 7SL-RNA mix
Strip 3
Strip 2 CONTROcircLE NEGATIF - rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
CONTROcircLE POSITIF- Rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
Une barrette par patient ex meacuteningite
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
25
Real-time PCR assays syndrome-specific multiplexed strips
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
cup1 cup2 cup3
5 microL
Code
mix X TISS 7SL-RNA X TISS X
patient Negative control Positive control
7SL-RNA 7SL-RNA
Coxiella burnetii M pneumoniae Bordetella pertussis
Nothing to add ndash Ready to use controls
1 patient par barrette ex pneumonie
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
26
POC PCR en temps reacuteel
Xpertreg Flu Detection of Flu virus de type A and B and H1N1 2009 Preparation 2 min Result 77 min
Xpertreg EV Molecular detection of enterovirus meningitis Preparation 5 min Result 150 min
Xpertreg C difficile Detection of toxigenic et epidemic strains of Clostridium difficile Preparation 2 min Result 47 min
Xpertreg GBS Intrapartum detection of Streptococcus group B Preparation 1 min Result 52 min
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Activiteacute exponentielle
2008 2009 2010 Test Diagnostics Test Diagnostics Test Diagnostics influenza virus 1390 102 7 12455 1489 12 2551 25 1 RSV 1537 378 25 3300 297 9 2171 451 21 S pneumoniae 67 12 18 967 63 7 L pneumophila 168 1 1 405 4 1 954 9 1 M pneumoniae 668 25 4 1184 47 4 C burnetii 244 0 0 B pertussis 561 20 4 761 10 1 Procalcitonin 1169 206 18 1090 169 16 774 104 13 S pyogenes 1817 339 19 2912 567 19 2210 420 19 EBV 82 9 11 143 13 9 146 16 11 EV 296 84 28 482 92 19 416 58 14 HSV-12 3 0 0 114 3 3 251 3 1 S pneumoniae 267 10 4 479 10 2 410 14 3 N meningitidis 272 6 2 480 3 1 403 6 1 M pneumoniae 38 1 3 144 0 0 Rotavirusadeno 537 105 20 1075 313 29 1221 295 24 C difficile 352 7 2 518 10 2 535 17 3 H pylori 33 4 12 49 4 8 60 1 2 S agalactiae 149 21 14 352 64 18 417 66 16 HIV 199 2 1 401 4 1 269 5 2 Plasmodium spp 277 50 18 367 90 25 382 83 22 Dengue virus 45 4 9 66 6 9 15 2 13 C tetani 16 8 50 21 18 86 Total 8593 1328 15 26038 3204 12 16506 1713 10
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Activiteacute exponentielle
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
29
Core Other
Remote mobile POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Core Laboratory Other
Remote POC in patientrsquos premices
Assistance Publique des Hocircpitaux de Marseille
POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Remote POC
Perspectives POC deacutelocaliseacute Afrique
Clinics hospitals laboratories In France and abroad
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
Place des nouveaux outils moleacuteculaires
30
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique kit peacutericardique
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application meacutetageacutenomique
32
Detection Torque teno virus et papillomavirus dans le liquide peacutericardique pour la 1ere fois chez lrsquohomme
PLoS One 2014 Apr 19(4)e93367 2014 Viral communities associated with human pericardial fluids in idiopathic pericarditis Fancello L Monteil S Popgeorgiev N Rivet R Gouriet F Fournier PE Raoult D Desnues C
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique ex Kit endocardite
33
Geacutenome en temps reacuteel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application geacutenome en temps reacuteel
bull Geacutenome en temps reacuteel de Sepidermidis
J Clin Microbiol 2013 May51(5)1617-21 Deciphering genomic virulence traits of a Staphylococcus epidermidis strain causing native-valve endocarditis Fournier PE Gouriet F Gimenez G Robert C Raoult D
Staphylococcus epidermidis souche isoleacutee de 3 heacutemocultures sur 3 chez responsable drsquoune endocardite aortique chez un homme de 26 ans geacutenome de 25-Mb sequence unique avec 32 genes de virulence CSUR P278
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
remerciements
bull Pr Michel Drancourt bull Dr jean-Paul Casalta bull Dr Pierre Yves Levy bull Pr jean Marc Rolain
35
Merci pour votre attention
- Nouvelles techniques pour quelles avanceacutees en microbiologie meacutedicale
- Diapositive numeacutero 2
- Diapositive numeacutero 3
- Nouvelles applications de la spectromeacutetrie de masse au laboratoire de Microbiologie
- Apport de la Spectromeacutetrie de masse pour le diagnostic microbiologique
- Interpreacutetation des reacutesultats
- Performances des diffeacuterentsSpectromegravetre disponible pour la microbiologie
- Problegravemes drsquoidentification Discordance MALDI_Tof et identification classique
- Diapositive numeacutero 9
- Identification pheacutenotypique classique spectromeacutetrie de masse
- Diapositive numeacutero 11
- Diapositive numeacutero 12
- Diapositive numeacutero 13
- Diapositive numeacutero 14
- Diapositive numeacutero 15
- Diapositive numeacutero 16
- Diapositive numeacutero 17
- Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
- Organisation du laboratoire central en microbiologie
- Objectif laboratoire drsquourgence
- Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
- Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
- Diapositive numeacutero 23
- Real-time PCR assays syndrome-specific strips
- Diapositive numeacutero 25
- Diapositive numeacutero 26
- Diapositive numeacutero 27
- Diapositive numeacutero 28
- Diapositive numeacutero 29
- Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
- Approche syndromique kit peacutericardique
- Application meacutetageacutenomique
- Approche syndromique ex Kit endocardite
- Application geacutenome en temps reacuteel
- remerciements
-
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Apport de la Spectromeacutetrie de masse pour le diagnostic microbiologique
5
Micro-organisme inconnu Deacutepocirct sur une cible
Analyse MALDI-TOF
Interpreacutetation des donneacutees Banque de donneacutees
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Interpreacutetation des reacutesultats
6
bull Comparaison par souches
bull 3 niveaux drsquoidentification ndash Log supeacuterieur ou eacutegal agrave 2
identification drsquoespegravece ndash Log entre 17 et 20 identification
de genre ndash Log lt agrave 17 absence
drsquoidentification
Increacutementation de la Base de donneacutees Bruker Biotyper
Biologie moleacuteculaire
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Performances des diffeacuterents Spectromegravetre disponible pour la microbiologie
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Problegravemes drsquoidentification Discordance MALDI_Tof et identification classique
Pheacutenotypique en spectromeacutetrie de masse
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Identification pheacutenotypique classique spectromeacutetrie de masse
bull Problegravemes du choix du systegraveme drsquoidentification
ndash Gram ndash Tests drsquoorientation (catalase oxydasehellip)
bull Diversiteacute pheacutenotypique ndash Base de donneacutees nombre importants
de souches par espegravece ndash Chevauchement des pheacutenotypes
bull Choix multiples
bull Souches deacuteficientes ndash Variant ndash Inoculum insuffisant
bull Choix preacutealable inutile
bull Colonie ou eacutechantillon heacutemocultureurines
bull Une seule base de donneacutee pouvant ecirctre constitueacutee par une seule souche par espegravecemodulable
bull Profils proteacuteiques provenant en grande partie par des proteacuteines ribosomales
bull Reacutesultat rapide
bull Coucirct concurrentiel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
2
6
4
9
0
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
2005 2006 2007 2008
Ndeg o
f pat
ient
year
18 souches Issues de13 patients
Deacutetection drsquoune eacutepideacutemie
Emerging Infectious Diseases bull wwwcdcgoveid bull Vol 16 No 8 August 2010
Arbre phylogeacuteneacutetique position des Corynebacterium spp comparaisons MALDI-TOF (A) et sequences partielle ARN ndashsous uniteacute beta de polymerase gene rpoB (B)
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Surveillance drsquoune eacutepideacutemie
01002003004005006007008009001000
MSP Dendrogram
Distance Level
C1
C2
C3
C4
C5
bull 622 isolats
bull 5 clusters
bull Cluster associations
ndash Origine Geographical bull Algeacuterie ST80 (C1)
bull Marseille (C2-C5)
ndash Origine Clinique bull Patients non-mucovicidosique (C5)
bull Patients mucovicidosique ndash C1 and C2 children
ndash C3 and C4 adults
Staphylococcus aureus et mucovicidose
Clusters identification de pheacutenotypes
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Epideacutemie et origine geacuteographique
Klebsiella pneumoniae
01002003004005006007008009001000K pneumoniae SKP3K pneumoniae SKP4K pneumoniae SKP2K pneumoniae SKP8K pneumoniae OKP5K pneumoniae OKP9K pneumoniae SKP14K pneumoniae SKP7K pneumoniae SKP9K pneumoniae SKP15K pneumoniae SKP29K pneumoniae OKP15K pneumoniae KP61K pneumoniae KP74K pneumoniae SKP28K pneumoniae SKP27K pneumoniae KP63K pneumoniae OKP8K pneumoniae KP73K pneumoniae KP78K pneumoniae OKP10K pneumoniae KP62K pneumoniae SKP22K pneumoniae OKP13K pneumoniae SKP23K pneumoniae SKP26K pneumoniae KP80K pneumoniae KP70K pneumoniae KP76K pneumoniae KP77K pneumoniae SKP30K pneumoniae OKP7K pneumoniae OKP3K pneumoniae OKP6K pneumoniae SKP1K pneumoniae KP64K pneumoniae KP98K pneumoniae SKP25K pneumoniae KP79K pneumoniae SKP6K pneumoniae KP101K pneumoniae KP83K pneumoniae SKP17K pneumoniae SKP21K pneumoniae KP95K pneumoniae KP69K pneumoniae KP81K pneumoniae OKP11K pneumoniae KP96K pneumoniae OKP1K pneumoniae KP82K pneumoniae SKP16K pneumoniae KP102K pneumoniae KP65K pneumoniae KP85K pneumoniae KP86K pneumoniae KP90K pneumoniae OKP4K pneumoniae KP67K pneumoniae KP87K pneumoniae KP88K pneumoniae OKP14K pneumoniae KP68K pneumoniae KP92K pneumoniae OKP12K pneumoniae KP93K pneumoniae 129K pneumoniae OKP2K pneumoniae 131K pneumoniae CSUR P130K pneumoniae KP89K pneumoniae SKP20K pneumoniae 128K pneumoniae 130K pneumoniae 64K pneumoniae 108K pneumoniae 63K pneumoniae 67K pneumoniae 121K pneumoniae 88K pneumoniae 1K pneumoniae 116K pneumoniae 27K pneumoniae 52K pneumoniae 65K pneumoniae 34K pneumoniae 36K pneumoniae 109K pneumoniae 169K pneumoniae 79K pneumoniae 117K pneumoniae 7K pneumoniae 113K pneumoniae 40K pneumoniae 115K pneumoniae 19K pneumoniae 82K pneumoniae 123K pneumoniae 5K pneumoniae 2K pneumoniae 38K pneumoniae 74K pneumoniae 62K pneumoniae 3K pneumoniae 32K pneumoniae 6K pneumoniae 77K pneumoniae 94K pneumoniae 110K pneumoniae 78K pneumoniae 20K pneumoniae 125K pneumoniae 119K pneumoniae 76K pneumoniae 98K pneumoniae 66K pneumoniae 17K pneumoniae 90K pneumoniae 23K pneumoniae 31K pneumoniae 10K pneumoniae 144K pneumoniae 16K pneumoniae 60K pneumoniae 96K pneumoniae 75K pneumoniae 86K pneumoniae 97K pneumoniae 112K pneumoniae 118K pneumoniae 80K pneumoniae 104K pneumoniae 35K pneumoniae 85K pneumoniae 99K pneumoniae 106K pneumoniae 120K pneumoniae 91K pneumoniae 22K pneumoniae 49K pneumoniae 58K pneumoniae 41K pneumoniae 137K pneumoniae 68K pneumoniae 149K pneumoniae 105K pneumoniae 47K pneumoniae 53K pneumoniae 147K pneumoniae 18K pneumoniae 81K pneumoniae 59K pneumoniae 61K pneumoniae 93K pneumoniae 11K pneumoniae 37K pneumoniae 92K pneumoniae 148K pneumoniae 146K pneumoniae 102K pneumoniae 114K pneumoniae 12K pneumoniae 156K pneumoniae 111K pneumoniae 30K pneumoniae 126K pneumoniae 84K pneumoniae 138K pneumoniae 54K pneumoniae 150K pneumoniae 46K pneumoniae 28K pneumoniae 158K pneumoniae 159K pneumoniae 167K pneumoniae 164K pneumoniae 165K pneumoniae 168K pneumoniae 166K pneumoniae 160K pneumoniae 161K pneumoniae 163K pneumoniae 103K pneumoniae 87K pneumoniae 83K pneumoniae 21K pneumoniae 73K pneumoniae 157K pneumoniae 133K pneumoniae 14K pneumoniae 89K pneumoniae 95K pneumoniae 69K pneumoniae 136K pneumoniae 134K pneumoniae 152K pneumoniae 48K pneumoniae 155K pneumoniae 55K pneumoniae 33K pneumoniae 135K pneumoniae 142K pneumoniae 42K pneumoniae 154K pneumoniae 13K pneumoniae 9K pneumoniae 153K pneumoniae 100K pneumoniae 8K pneumoniae 101K pneumoniae 145K pneumoniae 15K pneumoniae 4K pneumoniae 162K pneumoniae 39K pneumoniae 107K pneumoniae 25K pneumoniae 45K pneumoniae 72K pneumoniae 127K pneumoniae 29K pneumoniae NCTC13443K pneumoniae 122K pneumoniae 124K pneumoniae 57K pneumoniae 132K pneumoniae 140K pneumoniae 26K pneumoniae 56K pneumoniae 141K pneumoniae 43K pneumoniae 139K pneumoniae 143K pneumoniae 151K pneumoniae 70K pneumoniae 51K pneumoniae 71K pneumoniae 24K pneumoniae 44
MSP Dendrogram
Distance Level
Marseille - France
Algeria
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
Klebsiella pneumoniae Sensible Imipeacutenegraveme ndash Test Imipeacutenegraveme IMP pic speacutecifique agrave 300 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F8 MS Raw
00
05
10
15
205x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0G7 MS Raw
00
05
10
15
5x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0M10 MS Raw
0
2
4
6
4x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0M20 MS Raw
0
2
4
64x10
Inte
ns [
au
]
240 260 280 300 320 340 360 380mz
IMP 1 B T0
IMP 1 B T2
IMP 1 B T1
Matrice +Nacl
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Klebsiella pneumoniae NDM-1 Positive ndash Test Imipeacutenegraveme IMP pic speacutecifique agrave 300 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F7 MS Raw
00
05
10
15
4x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J15 MS Raw
00
02
04
06
08
5x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0A11 MS Raw
0
2
4
64x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0N19 MS Raw
0
1
2
3
4
5
64x10
Inte
ns [
au
]
250 260 270 280 290 300 310 320 330mz
IMP 1 B T0
IMP 1 B T2
IMP 1 B T1
Matrice +Nacl
Disparition de lrsquoIMP agrave T1
imipenemmetabolite
carbapenemase
NH
O OH
S
NH NH
H
C11H17N3O2S N
O OH
S
NH NH
HHOH
OC12H17N3O4S
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Klebsiella pneumoniae NDM-1 Positive ndash Test Meacuteropeacutenegraveme MER pic speacutecifique agrave 384 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F7 MS Raw
00
05
10
155x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0M15 MS Raw
00
02
04
06
08
105x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J11 MS Raw
00
05
10
15
5x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J21 MS Raw
00
05
10
15
20
5x10
Inte
ns [
au
]
360 370 380 390 400 410 420mz
Matrice+NACL
MER 1 B to
MER 1 B t2
MER 1 B t1 Disparition de MER agrave T1
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Strain type No of isolates
(Location of isolates [ Noof isolates])
MALDI-TOF analysis
Range of the ratio of the area of
imipenemmetabolite based on the time of
incubation
No of isolates detected as carbapenemase
producers based on the time of incubation
2h 4h 2h 4h
Carbapenem-resistant strains (70) (imipenem MIC gt8 mgL) lt001-177 lt001-026 67 70
K pneumoniae KPC 1 lt001 lt001 1 1
K pneumoniae NDM-1 2
P aeruginosa VIM 2
P aeruginosa IMP 2
lt001
lt001
lt001
lt001
ND
ND
2
2
2
2
2
2
Abaumannii blaOXA23-like 57 (Marseille [17] Algeria [40]) lt001-177 lt001-039 54 57
Abaumannii blaOXA24-like 3 (Algeria) lt001 002-004 3 3
Abaumannii blaOXA23-like + blaOXA24-like 3 (Algeria) lt001-048 lt001-026 3 3
Carbapenem-susceptible strains (79) (imipenem MIC le2 mgL) lt001-1286 lt001 -1484 0 0
K pneumoniae ESBL 31 (Algeria)
K pneumoniae non ESBL 4 (Algeria)
Escherichia coli ATCC 25922 (1)
ND
ND
164
064-1484
124-582
117
0
0
0
0
0
0
A baumannii 43 (Marseille [1] Algeria [42]) 061-1286 076 -326 0 0
Table 1 Characterization of the 149 bacterial strains analyzed and data summary of imipenem hydrolysis assay utilizing MALDI-TOF MS
Sensitivity = 100 Specificity = 100 (t=4h)
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
18
bull Les tests microbiologiques ameacuteliorent la prise en charge des malades si les reacutesultats sont disponibles dans le temps du soin
Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014 19
Organisation du laboratoire central en microbiologie
eacutechantillons
Preacutelegravevements drsquoenvironnement
- reacuteservoirs - vecteurs
PRE-ANALYTIQUE ANALYTIQUE POST-ANALYTIQUE
gt Reacuteception 2424 365 joursan
gt Enregistrement
gt Dispatching
Seacuterologies Automates
inoculation automatique
Inoculation Manuelle bull cellules bull animaux
Identi
ficati
on M
ALDI
-TOF
bull Identification par seacutequenccedilage bullGeacutenomique au deacutebit
Antibiogramme automatiseacute
bull Validation
bull Expertise et conseil theacuterapeutique bull Contact avec cliniciens
Limites des laboratoires cœur reacutesultats retardeacutes dans les tests de routine
Regroupement geacuteographique des laboratoires sur un seul site
Creacuteation de laboratoires secondaire drsquourgence
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Objectif laboratoire drsquourgence
bull Prise en charge meacutedicale rapide des maladies infectieuses en fournissant les reacutesultats des analyses microbiologiques pendant que les malades sont encore en service drsquourgence =gt Reacutesultats lt 4 heures
bull Afin de reacutepondre agrave 4 questions cruciales
bull 1 ndash Hospitalisation neacutecessaire
bull 2 ndash isolement requis
bull 3 ndashtraitement anti-infectieux neacutecessaire
bull 4 ndashanalyses compleacutementaires neacutecessaires
20
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
21
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
OrdiOrdi
Ordi+ imp
OrdiOrdi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm OrdiOrdi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
22
bull Reacutesultats en moins de 4 heures transmission SMS
bull bonne valeur preacutedictive
bull deacutepistage par syndrome
bull Reacutesultats modifient la prise en charge
Immunochromatographie PCR en temps reacuteel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
23
Pneumonia bull Flu ICT bull VRS ICT bull Mycoplasma pneumoniae PCR bull Whooping-cough (B pertussis) PCR bull Coxiella burnetii PCR bull Staphylococcus aureus (ICU only) PCR bull Pneumocystis jiroveci PCR bull Legionella urinary antigen bull Pneumococcal urinary antigen
Gastro-enteritis diarrhoea bull Rotavirus ndash adenovirus ICT bull Norovirus ICT bull Clostridium difficile - Helicobacter pylori ICT
Tropical fever bull Malaria PCR bull Malaria ICT bull Dengue ICT
Meningitis bull Cytology bull Enterovirus PCR bull Herpes virus PCR bull Varicella zoster virus PCR bull Meningococcus PCR bull Pneumococcus PCR bull Cryptococcus
Gynecology bull HIV ICT bull Group B streptococcus PCR bull Atopobium vaginae PCR
Pharyngitis bull Group A streptococcus ICT bull Infectious mononucleosis MNI test
Others bull Blood exposure accident = HIV bull Tetanus toxin ICT bull Procalcitonin
Exploration par syndrome
PNEU
GASTRO
Tropical fever
MENIN
GYNECO
ANG
Other
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Real-time PCR assays syndrome-specific strips
24
LCR code
5 microL
in all wells
Strip 1
HSV VZV PlyN LytA TISS ctrA crgA 7SL-RNA mix
Strip 3
Strip 2 CONTROcircLE NEGATIF - rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
CONTROcircLE POSITIF- Rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
Une barrette par patient ex meacuteningite
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
25
Real-time PCR assays syndrome-specific multiplexed strips
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
cup1 cup2 cup3
5 microL
Code
mix X TISS 7SL-RNA X TISS X
patient Negative control Positive control
7SL-RNA 7SL-RNA
Coxiella burnetii M pneumoniae Bordetella pertussis
Nothing to add ndash Ready to use controls
1 patient par barrette ex pneumonie
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
26
POC PCR en temps reacuteel
Xpertreg Flu Detection of Flu virus de type A and B and H1N1 2009 Preparation 2 min Result 77 min
Xpertreg EV Molecular detection of enterovirus meningitis Preparation 5 min Result 150 min
Xpertreg C difficile Detection of toxigenic et epidemic strains of Clostridium difficile Preparation 2 min Result 47 min
Xpertreg GBS Intrapartum detection of Streptococcus group B Preparation 1 min Result 52 min
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Activiteacute exponentielle
2008 2009 2010 Test Diagnostics Test Diagnostics Test Diagnostics influenza virus 1390 102 7 12455 1489 12 2551 25 1 RSV 1537 378 25 3300 297 9 2171 451 21 S pneumoniae 67 12 18 967 63 7 L pneumophila 168 1 1 405 4 1 954 9 1 M pneumoniae 668 25 4 1184 47 4 C burnetii 244 0 0 B pertussis 561 20 4 761 10 1 Procalcitonin 1169 206 18 1090 169 16 774 104 13 S pyogenes 1817 339 19 2912 567 19 2210 420 19 EBV 82 9 11 143 13 9 146 16 11 EV 296 84 28 482 92 19 416 58 14 HSV-12 3 0 0 114 3 3 251 3 1 S pneumoniae 267 10 4 479 10 2 410 14 3 N meningitidis 272 6 2 480 3 1 403 6 1 M pneumoniae 38 1 3 144 0 0 Rotavirusadeno 537 105 20 1075 313 29 1221 295 24 C difficile 352 7 2 518 10 2 535 17 3 H pylori 33 4 12 49 4 8 60 1 2 S agalactiae 149 21 14 352 64 18 417 66 16 HIV 199 2 1 401 4 1 269 5 2 Plasmodium spp 277 50 18 367 90 25 382 83 22 Dengue virus 45 4 9 66 6 9 15 2 13 C tetani 16 8 50 21 18 86 Total 8593 1328 15 26038 3204 12 16506 1713 10
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
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Activiteacute exponentielle
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
29
Core Other
Remote mobile POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Core Laboratory Other
Remote POC in patientrsquos premices
Assistance Publique des Hocircpitaux de Marseille
POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Remote POC
Perspectives POC deacutelocaliseacute Afrique
Clinics hospitals laboratories In France and abroad
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
Place des nouveaux outils moleacuteculaires
30
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique kit peacutericardique
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application meacutetageacutenomique
32
Detection Torque teno virus et papillomavirus dans le liquide peacutericardique pour la 1ere fois chez lrsquohomme
PLoS One 2014 Apr 19(4)e93367 2014 Viral communities associated with human pericardial fluids in idiopathic pericarditis Fancello L Monteil S Popgeorgiev N Rivet R Gouriet F Fournier PE Raoult D Desnues C
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique ex Kit endocardite
33
Geacutenome en temps reacuteel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application geacutenome en temps reacuteel
bull Geacutenome en temps reacuteel de Sepidermidis
J Clin Microbiol 2013 May51(5)1617-21 Deciphering genomic virulence traits of a Staphylococcus epidermidis strain causing native-valve endocarditis Fournier PE Gouriet F Gimenez G Robert C Raoult D
Staphylococcus epidermidis souche isoleacutee de 3 heacutemocultures sur 3 chez responsable drsquoune endocardite aortique chez un homme de 26 ans geacutenome de 25-Mb sequence unique avec 32 genes de virulence CSUR P278
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
remerciements
bull Pr Michel Drancourt bull Dr jean-Paul Casalta bull Dr Pierre Yves Levy bull Pr jean Marc Rolain
35
Merci pour votre attention
- Nouvelles techniques pour quelles avanceacutees en microbiologie meacutedicale
- Diapositive numeacutero 2
- Diapositive numeacutero 3
- Nouvelles applications de la spectromeacutetrie de masse au laboratoire de Microbiologie
- Apport de la Spectromeacutetrie de masse pour le diagnostic microbiologique
- Interpreacutetation des reacutesultats
- Performances des diffeacuterentsSpectromegravetre disponible pour la microbiologie
- Problegravemes drsquoidentification Discordance MALDI_Tof et identification classique
- Diapositive numeacutero 9
- Identification pheacutenotypique classique spectromeacutetrie de masse
- Diapositive numeacutero 11
- Diapositive numeacutero 12
- Diapositive numeacutero 13
- Diapositive numeacutero 14
- Diapositive numeacutero 15
- Diapositive numeacutero 16
- Diapositive numeacutero 17
- Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
- Organisation du laboratoire central en microbiologie
- Objectif laboratoire drsquourgence
- Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
- Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
- Diapositive numeacutero 23
- Real-time PCR assays syndrome-specific strips
- Diapositive numeacutero 25
- Diapositive numeacutero 26
- Diapositive numeacutero 27
- Diapositive numeacutero 28
- Diapositive numeacutero 29
- Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
- Approche syndromique kit peacutericardique
- Application meacutetageacutenomique
- Approche syndromique ex Kit endocardite
- Application geacutenome en temps reacuteel
- remerciements
-
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Interpreacutetation des reacutesultats
6
bull Comparaison par souches
bull 3 niveaux drsquoidentification ndash Log supeacuterieur ou eacutegal agrave 2
identification drsquoespegravece ndash Log entre 17 et 20 identification
de genre ndash Log lt agrave 17 absence
drsquoidentification
Increacutementation de la Base de donneacutees Bruker Biotyper
Biologie moleacuteculaire
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Performances des diffeacuterents Spectromegravetre disponible pour la microbiologie
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Problegravemes drsquoidentification Discordance MALDI_Tof et identification classique
Pheacutenotypique en spectromeacutetrie de masse
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Identification pheacutenotypique classique spectromeacutetrie de masse
bull Problegravemes du choix du systegraveme drsquoidentification
ndash Gram ndash Tests drsquoorientation (catalase oxydasehellip)
bull Diversiteacute pheacutenotypique ndash Base de donneacutees nombre importants
de souches par espegravece ndash Chevauchement des pheacutenotypes
bull Choix multiples
bull Souches deacuteficientes ndash Variant ndash Inoculum insuffisant
bull Choix preacutealable inutile
bull Colonie ou eacutechantillon heacutemocultureurines
bull Une seule base de donneacutee pouvant ecirctre constitueacutee par une seule souche par espegravecemodulable
bull Profils proteacuteiques provenant en grande partie par des proteacuteines ribosomales
bull Reacutesultat rapide
bull Coucirct concurrentiel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
2
6
4
9
0
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
2005 2006 2007 2008
Ndeg o
f pat
ient
year
18 souches Issues de13 patients
Deacutetection drsquoune eacutepideacutemie
Emerging Infectious Diseases bull wwwcdcgoveid bull Vol 16 No 8 August 2010
Arbre phylogeacuteneacutetique position des Corynebacterium spp comparaisons MALDI-TOF (A) et sequences partielle ARN ndashsous uniteacute beta de polymerase gene rpoB (B)
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Surveillance drsquoune eacutepideacutemie
01002003004005006007008009001000
MSP Dendrogram
Distance Level
C1
C2
C3
C4
C5
bull 622 isolats
bull 5 clusters
bull Cluster associations
ndash Origine Geographical bull Algeacuterie ST80 (C1)
bull Marseille (C2-C5)
ndash Origine Clinique bull Patients non-mucovicidosique (C5)
bull Patients mucovicidosique ndash C1 and C2 children
ndash C3 and C4 adults
Staphylococcus aureus et mucovicidose
Clusters identification de pheacutenotypes
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Epideacutemie et origine geacuteographique
Klebsiella pneumoniae
01002003004005006007008009001000K pneumoniae SKP3K pneumoniae SKP4K pneumoniae SKP2K pneumoniae SKP8K pneumoniae OKP5K pneumoniae OKP9K pneumoniae SKP14K pneumoniae SKP7K pneumoniae SKP9K pneumoniae SKP15K pneumoniae SKP29K pneumoniae OKP15K pneumoniae KP61K pneumoniae KP74K pneumoniae SKP28K pneumoniae SKP27K pneumoniae KP63K pneumoniae OKP8K pneumoniae KP73K pneumoniae KP78K pneumoniae OKP10K pneumoniae KP62K pneumoniae SKP22K pneumoniae OKP13K pneumoniae SKP23K pneumoniae SKP26K pneumoniae KP80K pneumoniae KP70K pneumoniae KP76K pneumoniae KP77K pneumoniae SKP30K pneumoniae OKP7K pneumoniae OKP3K pneumoniae OKP6K pneumoniae SKP1K pneumoniae KP64K pneumoniae KP98K pneumoniae SKP25K pneumoniae KP79K pneumoniae SKP6K pneumoniae KP101K pneumoniae KP83K pneumoniae SKP17K pneumoniae SKP21K pneumoniae KP95K pneumoniae KP69K pneumoniae KP81K pneumoniae OKP11K pneumoniae KP96K pneumoniae OKP1K pneumoniae KP82K pneumoniae SKP16K pneumoniae KP102K pneumoniae KP65K pneumoniae KP85K pneumoniae KP86K pneumoniae KP90K pneumoniae OKP4K pneumoniae KP67K pneumoniae KP87K pneumoniae KP88K pneumoniae OKP14K pneumoniae KP68K pneumoniae KP92K pneumoniae OKP12K pneumoniae KP93K pneumoniae 129K pneumoniae OKP2K pneumoniae 131K pneumoniae CSUR P130K pneumoniae KP89K pneumoniae SKP20K pneumoniae 128K pneumoniae 130K pneumoniae 64K pneumoniae 108K pneumoniae 63K pneumoniae 67K pneumoniae 121K pneumoniae 88K pneumoniae 1K pneumoniae 116K pneumoniae 27K pneumoniae 52K pneumoniae 65K pneumoniae 34K pneumoniae 36K pneumoniae 109K pneumoniae 169K pneumoniae 79K pneumoniae 117K pneumoniae 7K pneumoniae 113K pneumoniae 40K pneumoniae 115K pneumoniae 19K pneumoniae 82K pneumoniae 123K pneumoniae 5K pneumoniae 2K pneumoniae 38K pneumoniae 74K pneumoniae 62K pneumoniae 3K pneumoniae 32K pneumoniae 6K pneumoniae 77K pneumoniae 94K pneumoniae 110K pneumoniae 78K pneumoniae 20K pneumoniae 125K pneumoniae 119K pneumoniae 76K pneumoniae 98K pneumoniae 66K pneumoniae 17K pneumoniae 90K pneumoniae 23K pneumoniae 31K pneumoniae 10K pneumoniae 144K pneumoniae 16K pneumoniae 60K pneumoniae 96K pneumoniae 75K pneumoniae 86K pneumoniae 97K pneumoniae 112K pneumoniae 118K pneumoniae 80K pneumoniae 104K pneumoniae 35K pneumoniae 85K pneumoniae 99K pneumoniae 106K pneumoniae 120K pneumoniae 91K pneumoniae 22K pneumoniae 49K pneumoniae 58K pneumoniae 41K pneumoniae 137K pneumoniae 68K pneumoniae 149K pneumoniae 105K pneumoniae 47K pneumoniae 53K pneumoniae 147K pneumoniae 18K pneumoniae 81K pneumoniae 59K pneumoniae 61K pneumoniae 93K pneumoniae 11K pneumoniae 37K pneumoniae 92K pneumoniae 148K pneumoniae 146K pneumoniae 102K pneumoniae 114K pneumoniae 12K pneumoniae 156K pneumoniae 111K pneumoniae 30K pneumoniae 126K pneumoniae 84K pneumoniae 138K pneumoniae 54K pneumoniae 150K pneumoniae 46K pneumoniae 28K pneumoniae 158K pneumoniae 159K pneumoniae 167K pneumoniae 164K pneumoniae 165K pneumoniae 168K pneumoniae 166K pneumoniae 160K pneumoniae 161K pneumoniae 163K pneumoniae 103K pneumoniae 87K pneumoniae 83K pneumoniae 21K pneumoniae 73K pneumoniae 157K pneumoniae 133K pneumoniae 14K pneumoniae 89K pneumoniae 95K pneumoniae 69K pneumoniae 136K pneumoniae 134K pneumoniae 152K pneumoniae 48K pneumoniae 155K pneumoniae 55K pneumoniae 33K pneumoniae 135K pneumoniae 142K pneumoniae 42K pneumoniae 154K pneumoniae 13K pneumoniae 9K pneumoniae 153K pneumoniae 100K pneumoniae 8K pneumoniae 101K pneumoniae 145K pneumoniae 15K pneumoniae 4K pneumoniae 162K pneumoniae 39K pneumoniae 107K pneumoniae 25K pneumoniae 45K pneumoniae 72K pneumoniae 127K pneumoniae 29K pneumoniae NCTC13443K pneumoniae 122K pneumoniae 124K pneumoniae 57K pneumoniae 132K pneumoniae 140K pneumoniae 26K pneumoniae 56K pneumoniae 141K pneumoniae 43K pneumoniae 139K pneumoniae 143K pneumoniae 151K pneumoniae 70K pneumoniae 51K pneumoniae 71K pneumoniae 24K pneumoniae 44
MSP Dendrogram
Distance Level
Marseille - France
Algeria
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
Klebsiella pneumoniae Sensible Imipeacutenegraveme ndash Test Imipeacutenegraveme IMP pic speacutecifique agrave 300 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F8 MS Raw
00
05
10
15
205x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0G7 MS Raw
00
05
10
15
5x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0M10 MS Raw
0
2
4
6
4x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0M20 MS Raw
0
2
4
64x10
Inte
ns [
au
]
240 260 280 300 320 340 360 380mz
IMP 1 B T0
IMP 1 B T2
IMP 1 B T1
Matrice +Nacl
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Klebsiella pneumoniae NDM-1 Positive ndash Test Imipeacutenegraveme IMP pic speacutecifique agrave 300 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F7 MS Raw
00
05
10
15
4x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J15 MS Raw
00
02
04
06
08
5x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0A11 MS Raw
0
2
4
64x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0N19 MS Raw
0
1
2
3
4
5
64x10
Inte
ns [
au
]
250 260 270 280 290 300 310 320 330mz
IMP 1 B T0
IMP 1 B T2
IMP 1 B T1
Matrice +Nacl
Disparition de lrsquoIMP agrave T1
imipenemmetabolite
carbapenemase
NH
O OH
S
NH NH
H
C11H17N3O2S N
O OH
S
NH NH
HHOH
OC12H17N3O4S
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Klebsiella pneumoniae NDM-1 Positive ndash Test Meacuteropeacutenegraveme MER pic speacutecifique agrave 384 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F7 MS Raw
00
05
10
155x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0M15 MS Raw
00
02
04
06
08
105x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J11 MS Raw
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10
15
5x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J21 MS Raw
00
05
10
15
20
5x10
Inte
ns [
au
]
360 370 380 390 400 410 420mz
Matrice+NACL
MER 1 B to
MER 1 B t2
MER 1 B t1 Disparition de MER agrave T1
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Strain type No of isolates
(Location of isolates [ Noof isolates])
MALDI-TOF analysis
Range of the ratio of the area of
imipenemmetabolite based on the time of
incubation
No of isolates detected as carbapenemase
producers based on the time of incubation
2h 4h 2h 4h
Carbapenem-resistant strains (70) (imipenem MIC gt8 mgL) lt001-177 lt001-026 67 70
K pneumoniae KPC 1 lt001 lt001 1 1
K pneumoniae NDM-1 2
P aeruginosa VIM 2
P aeruginosa IMP 2
lt001
lt001
lt001
lt001
ND
ND
2
2
2
2
2
2
Abaumannii blaOXA23-like 57 (Marseille [17] Algeria [40]) lt001-177 lt001-039 54 57
Abaumannii blaOXA24-like 3 (Algeria) lt001 002-004 3 3
Abaumannii blaOXA23-like + blaOXA24-like 3 (Algeria) lt001-048 lt001-026 3 3
Carbapenem-susceptible strains (79) (imipenem MIC le2 mgL) lt001-1286 lt001 -1484 0 0
K pneumoniae ESBL 31 (Algeria)
K pneumoniae non ESBL 4 (Algeria)
Escherichia coli ATCC 25922 (1)
ND
ND
164
064-1484
124-582
117
0
0
0
0
0
0
A baumannii 43 (Marseille [1] Algeria [42]) 061-1286 076 -326 0 0
Table 1 Characterization of the 149 bacterial strains analyzed and data summary of imipenem hydrolysis assay utilizing MALDI-TOF MS
Sensitivity = 100 Specificity = 100 (t=4h)
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
18
bull Les tests microbiologiques ameacuteliorent la prise en charge des malades si les reacutesultats sont disponibles dans le temps du soin
Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014 19
Organisation du laboratoire central en microbiologie
eacutechantillons
Preacutelegravevements drsquoenvironnement
- reacuteservoirs - vecteurs
PRE-ANALYTIQUE ANALYTIQUE POST-ANALYTIQUE
gt Reacuteception 2424 365 joursan
gt Enregistrement
gt Dispatching
Seacuterologies Automates
inoculation automatique
Inoculation Manuelle bull cellules bull animaux
Identi
ficati
on M
ALDI
-TOF
bull Identification par seacutequenccedilage bullGeacutenomique au deacutebit
Antibiogramme automatiseacute
bull Validation
bull Expertise et conseil theacuterapeutique bull Contact avec cliniciens
Limites des laboratoires cœur reacutesultats retardeacutes dans les tests de routine
Regroupement geacuteographique des laboratoires sur un seul site
Creacuteation de laboratoires secondaire drsquourgence
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Objectif laboratoire drsquourgence
bull Prise en charge meacutedicale rapide des maladies infectieuses en fournissant les reacutesultats des analyses microbiologiques pendant que les malades sont encore en service drsquourgence =gt Reacutesultats lt 4 heures
bull Afin de reacutepondre agrave 4 questions cruciales
bull 1 ndash Hospitalisation neacutecessaire
bull 2 ndash isolement requis
bull 3 ndashtraitement anti-infectieux neacutecessaire
bull 4 ndashanalyses compleacutementaires neacutecessaires
20
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Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
21
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
OrdiOrdi
Ordi+ imp
OrdiOrdi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm OrdiOrdi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
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Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
22
bull Reacutesultats en moins de 4 heures transmission SMS
bull bonne valeur preacutedictive
bull deacutepistage par syndrome
bull Reacutesultats modifient la prise en charge
Immunochromatographie PCR en temps reacuteel
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23
Pneumonia bull Flu ICT bull VRS ICT bull Mycoplasma pneumoniae PCR bull Whooping-cough (B pertussis) PCR bull Coxiella burnetii PCR bull Staphylococcus aureus (ICU only) PCR bull Pneumocystis jiroveci PCR bull Legionella urinary antigen bull Pneumococcal urinary antigen
Gastro-enteritis diarrhoea bull Rotavirus ndash adenovirus ICT bull Norovirus ICT bull Clostridium difficile - Helicobacter pylori ICT
Tropical fever bull Malaria PCR bull Malaria ICT bull Dengue ICT
Meningitis bull Cytology bull Enterovirus PCR bull Herpes virus PCR bull Varicella zoster virus PCR bull Meningococcus PCR bull Pneumococcus PCR bull Cryptococcus
Gynecology bull HIV ICT bull Group B streptococcus PCR bull Atopobium vaginae PCR
Pharyngitis bull Group A streptococcus ICT bull Infectious mononucleosis MNI test
Others bull Blood exposure accident = HIV bull Tetanus toxin ICT bull Procalcitonin
Exploration par syndrome
PNEU
GASTRO
Tropical fever
MENIN
GYNECO
ANG
Other
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Real-time PCR assays syndrome-specific strips
24
LCR code
5 microL
in all wells
Strip 1
HSV VZV PlyN LytA TISS ctrA crgA 7SL-RNA mix
Strip 3
Strip 2 CONTROcircLE NEGATIF - rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
CONTROcircLE POSITIF- Rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
Une barrette par patient ex meacuteningite
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25
Real-time PCR assays syndrome-specific multiplexed strips
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
cup1 cup2 cup3
5 microL
Code
mix X TISS 7SL-RNA X TISS X
patient Negative control Positive control
7SL-RNA 7SL-RNA
Coxiella burnetii M pneumoniae Bordetella pertussis
Nothing to add ndash Ready to use controls
1 patient par barrette ex pneumonie
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26
POC PCR en temps reacuteel
Xpertreg Flu Detection of Flu virus de type A and B and H1N1 2009 Preparation 2 min Result 77 min
Xpertreg EV Molecular detection of enterovirus meningitis Preparation 5 min Result 150 min
Xpertreg C difficile Detection of toxigenic et epidemic strains of Clostridium difficile Preparation 2 min Result 47 min
Xpertreg GBS Intrapartum detection of Streptococcus group B Preparation 1 min Result 52 min
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Activiteacute exponentielle
2008 2009 2010 Test Diagnostics Test Diagnostics Test Diagnostics influenza virus 1390 102 7 12455 1489 12 2551 25 1 RSV 1537 378 25 3300 297 9 2171 451 21 S pneumoniae 67 12 18 967 63 7 L pneumophila 168 1 1 405 4 1 954 9 1 M pneumoniae 668 25 4 1184 47 4 C burnetii 244 0 0 B pertussis 561 20 4 761 10 1 Procalcitonin 1169 206 18 1090 169 16 774 104 13 S pyogenes 1817 339 19 2912 567 19 2210 420 19 EBV 82 9 11 143 13 9 146 16 11 EV 296 84 28 482 92 19 416 58 14 HSV-12 3 0 0 114 3 3 251 3 1 S pneumoniae 267 10 4 479 10 2 410 14 3 N meningitidis 272 6 2 480 3 1 403 6 1 M pneumoniae 38 1 3 144 0 0 Rotavirusadeno 537 105 20 1075 313 29 1221 295 24 C difficile 352 7 2 518 10 2 535 17 3 H pylori 33 4 12 49 4 8 60 1 2 S agalactiae 149 21 14 352 64 18 417 66 16 HIV 199 2 1 401 4 1 269 5 2 Plasmodium spp 277 50 18 367 90 25 382 83 22 Dengue virus 45 4 9 66 6 9 15 2 13 C tetani 16 8 50 21 18 86 Total 8593 1328 15 26038 3204 12 16506 1713 10
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
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Activiteacute exponentielle
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
29
Core Other
Remote mobile POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Core Laboratory Other
Remote POC in patientrsquos premices
Assistance Publique des Hocircpitaux de Marseille
POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Remote POC
Perspectives POC deacutelocaliseacute Afrique
Clinics hospitals laboratories In France and abroad
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Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
Place des nouveaux outils moleacuteculaires
30
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique kit peacutericardique
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application meacutetageacutenomique
32
Detection Torque teno virus et papillomavirus dans le liquide peacutericardique pour la 1ere fois chez lrsquohomme
PLoS One 2014 Apr 19(4)e93367 2014 Viral communities associated with human pericardial fluids in idiopathic pericarditis Fancello L Monteil S Popgeorgiev N Rivet R Gouriet F Fournier PE Raoult D Desnues C
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique ex Kit endocardite
33
Geacutenome en temps reacuteel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application geacutenome en temps reacuteel
bull Geacutenome en temps reacuteel de Sepidermidis
J Clin Microbiol 2013 May51(5)1617-21 Deciphering genomic virulence traits of a Staphylococcus epidermidis strain causing native-valve endocarditis Fournier PE Gouriet F Gimenez G Robert C Raoult D
Staphylococcus epidermidis souche isoleacutee de 3 heacutemocultures sur 3 chez responsable drsquoune endocardite aortique chez un homme de 26 ans geacutenome de 25-Mb sequence unique avec 32 genes de virulence CSUR P278
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remerciements
bull Pr Michel Drancourt bull Dr jean-Paul Casalta bull Dr Pierre Yves Levy bull Pr jean Marc Rolain
35
Merci pour votre attention
- Nouvelles techniques pour quelles avanceacutees en microbiologie meacutedicale
- Diapositive numeacutero 2
- Diapositive numeacutero 3
- Nouvelles applications de la spectromeacutetrie de masse au laboratoire de Microbiologie
- Apport de la Spectromeacutetrie de masse pour le diagnostic microbiologique
- Interpreacutetation des reacutesultats
- Performances des diffeacuterentsSpectromegravetre disponible pour la microbiologie
- Problegravemes drsquoidentification Discordance MALDI_Tof et identification classique
- Diapositive numeacutero 9
- Identification pheacutenotypique classique spectromeacutetrie de masse
- Diapositive numeacutero 11
- Diapositive numeacutero 12
- Diapositive numeacutero 13
- Diapositive numeacutero 14
- Diapositive numeacutero 15
- Diapositive numeacutero 16
- Diapositive numeacutero 17
- Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
- Organisation du laboratoire central en microbiologie
- Objectif laboratoire drsquourgence
- Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
- Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
- Diapositive numeacutero 23
- Real-time PCR assays syndrome-specific strips
- Diapositive numeacutero 25
- Diapositive numeacutero 26
- Diapositive numeacutero 27
- Diapositive numeacutero 28
- Diapositive numeacutero 29
- Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
- Approche syndromique kit peacutericardique
- Application meacutetageacutenomique
- Approche syndromique ex Kit endocardite
- Application geacutenome en temps reacuteel
- remerciements
-
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Performances des diffeacuterents Spectromegravetre disponible pour la microbiologie
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Problegravemes drsquoidentification Discordance MALDI_Tof et identification classique
Pheacutenotypique en spectromeacutetrie de masse
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15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Identification pheacutenotypique classique spectromeacutetrie de masse
bull Problegravemes du choix du systegraveme drsquoidentification
ndash Gram ndash Tests drsquoorientation (catalase oxydasehellip)
bull Diversiteacute pheacutenotypique ndash Base de donneacutees nombre importants
de souches par espegravece ndash Chevauchement des pheacutenotypes
bull Choix multiples
bull Souches deacuteficientes ndash Variant ndash Inoculum insuffisant
bull Choix preacutealable inutile
bull Colonie ou eacutechantillon heacutemocultureurines
bull Une seule base de donneacutee pouvant ecirctre constitueacutee par une seule souche par espegravecemodulable
bull Profils proteacuteiques provenant en grande partie par des proteacuteines ribosomales
bull Reacutesultat rapide
bull Coucirct concurrentiel
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2
6
4
9
0
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
2005 2006 2007 2008
Ndeg o
f pat
ient
year
18 souches Issues de13 patients
Deacutetection drsquoune eacutepideacutemie
Emerging Infectious Diseases bull wwwcdcgoveid bull Vol 16 No 8 August 2010
Arbre phylogeacuteneacutetique position des Corynebacterium spp comparaisons MALDI-TOF (A) et sequences partielle ARN ndashsous uniteacute beta de polymerase gene rpoB (B)
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Surveillance drsquoune eacutepideacutemie
01002003004005006007008009001000
MSP Dendrogram
Distance Level
C1
C2
C3
C4
C5
bull 622 isolats
bull 5 clusters
bull Cluster associations
ndash Origine Geographical bull Algeacuterie ST80 (C1)
bull Marseille (C2-C5)
ndash Origine Clinique bull Patients non-mucovicidosique (C5)
bull Patients mucovicidosique ndash C1 and C2 children
ndash C3 and C4 adults
Staphylococcus aureus et mucovicidose
Clusters identification de pheacutenotypes
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Epideacutemie et origine geacuteographique
Klebsiella pneumoniae
01002003004005006007008009001000K pneumoniae SKP3K pneumoniae SKP4K pneumoniae SKP2K pneumoniae SKP8K pneumoniae OKP5K pneumoniae OKP9K pneumoniae SKP14K pneumoniae SKP7K pneumoniae SKP9K pneumoniae SKP15K pneumoniae SKP29K pneumoniae OKP15K pneumoniae KP61K pneumoniae KP74K pneumoniae SKP28K pneumoniae SKP27K pneumoniae KP63K pneumoniae OKP8K pneumoniae KP73K pneumoniae KP78K pneumoniae OKP10K pneumoniae KP62K pneumoniae SKP22K pneumoniae OKP13K pneumoniae SKP23K pneumoniae SKP26K pneumoniae KP80K pneumoniae KP70K pneumoniae KP76K pneumoniae KP77K pneumoniae SKP30K pneumoniae OKP7K pneumoniae OKP3K pneumoniae OKP6K pneumoniae SKP1K pneumoniae KP64K pneumoniae KP98K pneumoniae SKP25K pneumoniae KP79K pneumoniae SKP6K pneumoniae KP101K pneumoniae KP83K pneumoniae SKP17K pneumoniae SKP21K pneumoniae KP95K pneumoniae KP69K pneumoniae KP81K pneumoniae OKP11K pneumoniae KP96K pneumoniae OKP1K pneumoniae KP82K pneumoniae SKP16K pneumoniae KP102K pneumoniae KP65K pneumoniae KP85K pneumoniae KP86K pneumoniae KP90K pneumoniae OKP4K pneumoniae KP67K pneumoniae KP87K pneumoniae KP88K pneumoniae OKP14K pneumoniae KP68K pneumoniae KP92K pneumoniae OKP12K pneumoniae KP93K pneumoniae 129K pneumoniae OKP2K pneumoniae 131K pneumoniae CSUR P130K pneumoniae KP89K pneumoniae SKP20K pneumoniae 128K pneumoniae 130K pneumoniae 64K pneumoniae 108K pneumoniae 63K pneumoniae 67K pneumoniae 121K pneumoniae 88K pneumoniae 1K pneumoniae 116K pneumoniae 27K pneumoniae 52K pneumoniae 65K pneumoniae 34K pneumoniae 36K pneumoniae 109K pneumoniae 169K pneumoniae 79K pneumoniae 117K pneumoniae 7K pneumoniae 113K pneumoniae 40K pneumoniae 115K pneumoniae 19K pneumoniae 82K pneumoniae 123K pneumoniae 5K pneumoniae 2K pneumoniae 38K pneumoniae 74K pneumoniae 62K pneumoniae 3K pneumoniae 32K pneumoniae 6K pneumoniae 77K pneumoniae 94K pneumoniae 110K pneumoniae 78K pneumoniae 20K pneumoniae 125K pneumoniae 119K pneumoniae 76K pneumoniae 98K pneumoniae 66K pneumoniae 17K pneumoniae 90K pneumoniae 23K pneumoniae 31K pneumoniae 10K pneumoniae 144K pneumoniae 16K pneumoniae 60K pneumoniae 96K pneumoniae 75K pneumoniae 86K pneumoniae 97K pneumoniae 112K pneumoniae 118K pneumoniae 80K pneumoniae 104K pneumoniae 35K pneumoniae 85K pneumoniae 99K pneumoniae 106K pneumoniae 120K pneumoniae 91K pneumoniae 22K pneumoniae 49K pneumoniae 58K pneumoniae 41K pneumoniae 137K pneumoniae 68K pneumoniae 149K pneumoniae 105K pneumoniae 47K pneumoniae 53K pneumoniae 147K pneumoniae 18K pneumoniae 81K pneumoniae 59K pneumoniae 61K pneumoniae 93K pneumoniae 11K pneumoniae 37K pneumoniae 92K pneumoniae 148K pneumoniae 146K pneumoniae 102K pneumoniae 114K pneumoniae 12K pneumoniae 156K pneumoniae 111K pneumoniae 30K pneumoniae 126K pneumoniae 84K pneumoniae 138K pneumoniae 54K pneumoniae 150K pneumoniae 46K pneumoniae 28K pneumoniae 158K pneumoniae 159K pneumoniae 167K pneumoniae 164K pneumoniae 165K pneumoniae 168K pneumoniae 166K pneumoniae 160K pneumoniae 161K pneumoniae 163K pneumoniae 103K pneumoniae 87K pneumoniae 83K pneumoniae 21K pneumoniae 73K pneumoniae 157K pneumoniae 133K pneumoniae 14K pneumoniae 89K pneumoniae 95K pneumoniae 69K pneumoniae 136K pneumoniae 134K pneumoniae 152K pneumoniae 48K pneumoniae 155K pneumoniae 55K pneumoniae 33K pneumoniae 135K pneumoniae 142K pneumoniae 42K pneumoniae 154K pneumoniae 13K pneumoniae 9K pneumoniae 153K pneumoniae 100K pneumoniae 8K pneumoniae 101K pneumoniae 145K pneumoniae 15K pneumoniae 4K pneumoniae 162K pneumoniae 39K pneumoniae 107K pneumoniae 25K pneumoniae 45K pneumoniae 72K pneumoniae 127K pneumoniae 29K pneumoniae NCTC13443K pneumoniae 122K pneumoniae 124K pneumoniae 57K pneumoniae 132K pneumoniae 140K pneumoniae 26K pneumoniae 56K pneumoniae 141K pneumoniae 43K pneumoniae 139K pneumoniae 143K pneumoniae 151K pneumoniae 70K pneumoniae 51K pneumoniae 71K pneumoniae 24K pneumoniae 44
MSP Dendrogram
Distance Level
Marseille - France
Algeria
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Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
Klebsiella pneumoniae Sensible Imipeacutenegraveme ndash Test Imipeacutenegraveme IMP pic speacutecifique agrave 300 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F8 MS Raw
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05
10
15
205x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0G7 MS Raw
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05
10
15
5x10
Inte
ns [
au
]
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2
4
6
4x10
Inte
ns [
au
]
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2
4
64x10
Inte
ns [
au
]
240 260 280 300 320 340 360 380mz
IMP 1 B T0
IMP 1 B T2
IMP 1 B T1
Matrice +Nacl
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Klebsiella pneumoniae NDM-1 Positive ndash Test Imipeacutenegraveme IMP pic speacutecifique agrave 300 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F7 MS Raw
00
05
10
15
4x10
Inte
ns [
au
]
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02
04
06
08
5x10
Inte
ns [
au
]
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2
4
64x10
Inte
ns [
au
]
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1
2
3
4
5
64x10
Inte
ns [
au
]
250 260 270 280 290 300 310 320 330mz
IMP 1 B T0
IMP 1 B T2
IMP 1 B T1
Matrice +Nacl
Disparition de lrsquoIMP agrave T1
imipenemmetabolite
carbapenemase
NH
O OH
S
NH NH
H
C11H17N3O2S N
O OH
S
NH NH
HHOH
OC12H17N3O4S
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Klebsiella pneumoniae NDM-1 Positive ndash Test Meacuteropeacutenegraveme MER pic speacutecifique agrave 384 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F7 MS Raw
00
05
10
155x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0M15 MS Raw
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04
06
08
105x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J11 MS Raw
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10
15
5x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J21 MS Raw
00
05
10
15
20
5x10
Inte
ns [
au
]
360 370 380 390 400 410 420mz
Matrice+NACL
MER 1 B to
MER 1 B t2
MER 1 B t1 Disparition de MER agrave T1
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Strain type No of isolates
(Location of isolates [ Noof isolates])
MALDI-TOF analysis
Range of the ratio of the area of
imipenemmetabolite based on the time of
incubation
No of isolates detected as carbapenemase
producers based on the time of incubation
2h 4h 2h 4h
Carbapenem-resistant strains (70) (imipenem MIC gt8 mgL) lt001-177 lt001-026 67 70
K pneumoniae KPC 1 lt001 lt001 1 1
K pneumoniae NDM-1 2
P aeruginosa VIM 2
P aeruginosa IMP 2
lt001
lt001
lt001
lt001
ND
ND
2
2
2
2
2
2
Abaumannii blaOXA23-like 57 (Marseille [17] Algeria [40]) lt001-177 lt001-039 54 57
Abaumannii blaOXA24-like 3 (Algeria) lt001 002-004 3 3
Abaumannii blaOXA23-like + blaOXA24-like 3 (Algeria) lt001-048 lt001-026 3 3
Carbapenem-susceptible strains (79) (imipenem MIC le2 mgL) lt001-1286 lt001 -1484 0 0
K pneumoniae ESBL 31 (Algeria)
K pneumoniae non ESBL 4 (Algeria)
Escherichia coli ATCC 25922 (1)
ND
ND
164
064-1484
124-582
117
0
0
0
0
0
0
A baumannii 43 (Marseille [1] Algeria [42]) 061-1286 076 -326 0 0
Table 1 Characterization of the 149 bacterial strains analyzed and data summary of imipenem hydrolysis assay utilizing MALDI-TOF MS
Sensitivity = 100 Specificity = 100 (t=4h)
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
18
bull Les tests microbiologiques ameacuteliorent la prise en charge des malades si les reacutesultats sont disponibles dans le temps du soin
Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014 19
Organisation du laboratoire central en microbiologie
eacutechantillons
Preacutelegravevements drsquoenvironnement
- reacuteservoirs - vecteurs
PRE-ANALYTIQUE ANALYTIQUE POST-ANALYTIQUE
gt Reacuteception 2424 365 joursan
gt Enregistrement
gt Dispatching
Seacuterologies Automates
inoculation automatique
Inoculation Manuelle bull cellules bull animaux
Identi
ficati
on M
ALDI
-TOF
bull Identification par seacutequenccedilage bullGeacutenomique au deacutebit
Antibiogramme automatiseacute
bull Validation
bull Expertise et conseil theacuterapeutique bull Contact avec cliniciens
Limites des laboratoires cœur reacutesultats retardeacutes dans les tests de routine
Regroupement geacuteographique des laboratoires sur un seul site
Creacuteation de laboratoires secondaire drsquourgence
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Objectif laboratoire drsquourgence
bull Prise en charge meacutedicale rapide des maladies infectieuses en fournissant les reacutesultats des analyses microbiologiques pendant que les malades sont encore en service drsquourgence =gt Reacutesultats lt 4 heures
bull Afin de reacutepondre agrave 4 questions cruciales
bull 1 ndash Hospitalisation neacutecessaire
bull 2 ndash isolement requis
bull 3 ndashtraitement anti-infectieux neacutecessaire
bull 4 ndashanalyses compleacutementaires neacutecessaires
20
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
21
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
OrdiOrdi
Ordi+ imp
OrdiOrdi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm OrdiOrdi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
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Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
22
bull Reacutesultats en moins de 4 heures transmission SMS
bull bonne valeur preacutedictive
bull deacutepistage par syndrome
bull Reacutesultats modifient la prise en charge
Immunochromatographie PCR en temps reacuteel
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23
Pneumonia bull Flu ICT bull VRS ICT bull Mycoplasma pneumoniae PCR bull Whooping-cough (B pertussis) PCR bull Coxiella burnetii PCR bull Staphylococcus aureus (ICU only) PCR bull Pneumocystis jiroveci PCR bull Legionella urinary antigen bull Pneumococcal urinary antigen
Gastro-enteritis diarrhoea bull Rotavirus ndash adenovirus ICT bull Norovirus ICT bull Clostridium difficile - Helicobacter pylori ICT
Tropical fever bull Malaria PCR bull Malaria ICT bull Dengue ICT
Meningitis bull Cytology bull Enterovirus PCR bull Herpes virus PCR bull Varicella zoster virus PCR bull Meningococcus PCR bull Pneumococcus PCR bull Cryptococcus
Gynecology bull HIV ICT bull Group B streptococcus PCR bull Atopobium vaginae PCR
Pharyngitis bull Group A streptococcus ICT bull Infectious mononucleosis MNI test
Others bull Blood exposure accident = HIV bull Tetanus toxin ICT bull Procalcitonin
Exploration par syndrome
PNEU
GASTRO
Tropical fever
MENIN
GYNECO
ANG
Other
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Real-time PCR assays syndrome-specific strips
24
LCR code
5 microL
in all wells
Strip 1
HSV VZV PlyN LytA TISS ctrA crgA 7SL-RNA mix
Strip 3
Strip 2 CONTROcircLE NEGATIF - rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
CONTROcircLE POSITIF- Rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
Une barrette par patient ex meacuteningite
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
25
Real-time PCR assays syndrome-specific multiplexed strips
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
cup1 cup2 cup3
5 microL
Code
mix X TISS 7SL-RNA X TISS X
patient Negative control Positive control
7SL-RNA 7SL-RNA
Coxiella burnetii M pneumoniae Bordetella pertussis
Nothing to add ndash Ready to use controls
1 patient par barrette ex pneumonie
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26
POC PCR en temps reacuteel
Xpertreg Flu Detection of Flu virus de type A and B and H1N1 2009 Preparation 2 min Result 77 min
Xpertreg EV Molecular detection of enterovirus meningitis Preparation 5 min Result 150 min
Xpertreg C difficile Detection of toxigenic et epidemic strains of Clostridium difficile Preparation 2 min Result 47 min
Xpertreg GBS Intrapartum detection of Streptococcus group B Preparation 1 min Result 52 min
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Activiteacute exponentielle
2008 2009 2010 Test Diagnostics Test Diagnostics Test Diagnostics influenza virus 1390 102 7 12455 1489 12 2551 25 1 RSV 1537 378 25 3300 297 9 2171 451 21 S pneumoniae 67 12 18 967 63 7 L pneumophila 168 1 1 405 4 1 954 9 1 M pneumoniae 668 25 4 1184 47 4 C burnetii 244 0 0 B pertussis 561 20 4 761 10 1 Procalcitonin 1169 206 18 1090 169 16 774 104 13 S pyogenes 1817 339 19 2912 567 19 2210 420 19 EBV 82 9 11 143 13 9 146 16 11 EV 296 84 28 482 92 19 416 58 14 HSV-12 3 0 0 114 3 3 251 3 1 S pneumoniae 267 10 4 479 10 2 410 14 3 N meningitidis 272 6 2 480 3 1 403 6 1 M pneumoniae 38 1 3 144 0 0 Rotavirusadeno 537 105 20 1075 313 29 1221 295 24 C difficile 352 7 2 518 10 2 535 17 3 H pylori 33 4 12 49 4 8 60 1 2 S agalactiae 149 21 14 352 64 18 417 66 16 HIV 199 2 1 401 4 1 269 5 2 Plasmodium spp 277 50 18 367 90 25 382 83 22 Dengue virus 45 4 9 66 6 9 15 2 13 C tetani 16 8 50 21 18 86 Total 8593 1328 15 26038 3204 12 16506 1713 10
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Activiteacute exponentielle
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
29
Core Other
Remote mobile POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Core Laboratory Other
Remote POC in patientrsquos premices
Assistance Publique des Hocircpitaux de Marseille
POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Remote POC
Perspectives POC deacutelocaliseacute Afrique
Clinics hospitals laboratories In France and abroad
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
Place des nouveaux outils moleacuteculaires
30
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique kit peacutericardique
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application meacutetageacutenomique
32
Detection Torque teno virus et papillomavirus dans le liquide peacutericardique pour la 1ere fois chez lrsquohomme
PLoS One 2014 Apr 19(4)e93367 2014 Viral communities associated with human pericardial fluids in idiopathic pericarditis Fancello L Monteil S Popgeorgiev N Rivet R Gouriet F Fournier PE Raoult D Desnues C
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique ex Kit endocardite
33
Geacutenome en temps reacuteel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application geacutenome en temps reacuteel
bull Geacutenome en temps reacuteel de Sepidermidis
J Clin Microbiol 2013 May51(5)1617-21 Deciphering genomic virulence traits of a Staphylococcus epidermidis strain causing native-valve endocarditis Fournier PE Gouriet F Gimenez G Robert C Raoult D
Staphylococcus epidermidis souche isoleacutee de 3 heacutemocultures sur 3 chez responsable drsquoune endocardite aortique chez un homme de 26 ans geacutenome de 25-Mb sequence unique avec 32 genes de virulence CSUR P278
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
remerciements
bull Pr Michel Drancourt bull Dr jean-Paul Casalta bull Dr Pierre Yves Levy bull Pr jean Marc Rolain
35
Merci pour votre attention
- Nouvelles techniques pour quelles avanceacutees en microbiologie meacutedicale
- Diapositive numeacutero 2
- Diapositive numeacutero 3
- Nouvelles applications de la spectromeacutetrie de masse au laboratoire de Microbiologie
- Apport de la Spectromeacutetrie de masse pour le diagnostic microbiologique
- Interpreacutetation des reacutesultats
- Performances des diffeacuterentsSpectromegravetre disponible pour la microbiologie
- Problegravemes drsquoidentification Discordance MALDI_Tof et identification classique
- Diapositive numeacutero 9
- Identification pheacutenotypique classique spectromeacutetrie de masse
- Diapositive numeacutero 11
- Diapositive numeacutero 12
- Diapositive numeacutero 13
- Diapositive numeacutero 14
- Diapositive numeacutero 15
- Diapositive numeacutero 16
- Diapositive numeacutero 17
- Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
- Organisation du laboratoire central en microbiologie
- Objectif laboratoire drsquourgence
- Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
- Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
- Diapositive numeacutero 23
- Real-time PCR assays syndrome-specific strips
- Diapositive numeacutero 25
- Diapositive numeacutero 26
- Diapositive numeacutero 27
- Diapositive numeacutero 28
- Diapositive numeacutero 29
- Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
- Approche syndromique kit peacutericardique
- Application meacutetageacutenomique
- Approche syndromique ex Kit endocardite
- Application geacutenome en temps reacuteel
- remerciements
-
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Problegravemes drsquoidentification Discordance MALDI_Tof et identification classique
Pheacutenotypique en spectromeacutetrie de masse
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Identification pheacutenotypique classique spectromeacutetrie de masse
bull Problegravemes du choix du systegraveme drsquoidentification
ndash Gram ndash Tests drsquoorientation (catalase oxydasehellip)
bull Diversiteacute pheacutenotypique ndash Base de donneacutees nombre importants
de souches par espegravece ndash Chevauchement des pheacutenotypes
bull Choix multiples
bull Souches deacuteficientes ndash Variant ndash Inoculum insuffisant
bull Choix preacutealable inutile
bull Colonie ou eacutechantillon heacutemocultureurines
bull Une seule base de donneacutee pouvant ecirctre constitueacutee par une seule souche par espegravecemodulable
bull Profils proteacuteiques provenant en grande partie par des proteacuteines ribosomales
bull Reacutesultat rapide
bull Coucirct concurrentiel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
2
6
4
9
0
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
2005 2006 2007 2008
Ndeg o
f pat
ient
year
18 souches Issues de13 patients
Deacutetection drsquoune eacutepideacutemie
Emerging Infectious Diseases bull wwwcdcgoveid bull Vol 16 No 8 August 2010
Arbre phylogeacuteneacutetique position des Corynebacterium spp comparaisons MALDI-TOF (A) et sequences partielle ARN ndashsous uniteacute beta de polymerase gene rpoB (B)
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Surveillance drsquoune eacutepideacutemie
01002003004005006007008009001000
MSP Dendrogram
Distance Level
C1
C2
C3
C4
C5
bull 622 isolats
bull 5 clusters
bull Cluster associations
ndash Origine Geographical bull Algeacuterie ST80 (C1)
bull Marseille (C2-C5)
ndash Origine Clinique bull Patients non-mucovicidosique (C5)
bull Patients mucovicidosique ndash C1 and C2 children
ndash C3 and C4 adults
Staphylococcus aureus et mucovicidose
Clusters identification de pheacutenotypes
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Epideacutemie et origine geacuteographique
Klebsiella pneumoniae
01002003004005006007008009001000K pneumoniae SKP3K pneumoniae SKP4K pneumoniae SKP2K pneumoniae SKP8K pneumoniae OKP5K pneumoniae OKP9K pneumoniae SKP14K pneumoniae SKP7K pneumoniae SKP9K pneumoniae SKP15K pneumoniae SKP29K pneumoniae OKP15K pneumoniae KP61K pneumoniae KP74K pneumoniae SKP28K pneumoniae SKP27K pneumoniae KP63K pneumoniae OKP8K pneumoniae KP73K pneumoniae KP78K pneumoniae OKP10K pneumoniae KP62K pneumoniae SKP22K pneumoniae OKP13K pneumoniae SKP23K pneumoniae SKP26K pneumoniae KP80K pneumoniae KP70K pneumoniae KP76K pneumoniae KP77K pneumoniae SKP30K pneumoniae OKP7K pneumoniae OKP3K pneumoniae OKP6K pneumoniae SKP1K pneumoniae KP64K pneumoniae KP98K pneumoniae SKP25K pneumoniae KP79K pneumoniae SKP6K pneumoniae KP101K pneumoniae KP83K pneumoniae SKP17K pneumoniae SKP21K pneumoniae KP95K pneumoniae KP69K pneumoniae KP81K pneumoniae OKP11K pneumoniae KP96K pneumoniae OKP1K pneumoniae KP82K pneumoniae SKP16K pneumoniae KP102K pneumoniae KP65K pneumoniae KP85K pneumoniae KP86K pneumoniae KP90K pneumoniae OKP4K pneumoniae KP67K pneumoniae KP87K pneumoniae KP88K pneumoniae OKP14K pneumoniae KP68K pneumoniae KP92K pneumoniae OKP12K pneumoniae KP93K pneumoniae 129K pneumoniae OKP2K pneumoniae 131K pneumoniae CSUR P130K pneumoniae KP89K pneumoniae SKP20K pneumoniae 128K pneumoniae 130K pneumoniae 64K pneumoniae 108K pneumoniae 63K pneumoniae 67K pneumoniae 121K pneumoniae 88K pneumoniae 1K pneumoniae 116K pneumoniae 27K pneumoniae 52K pneumoniae 65K pneumoniae 34K pneumoniae 36K pneumoniae 109K pneumoniae 169K pneumoniae 79K pneumoniae 117K pneumoniae 7K pneumoniae 113K pneumoniae 40K pneumoniae 115K pneumoniae 19K pneumoniae 82K pneumoniae 123K pneumoniae 5K pneumoniae 2K pneumoniae 38K pneumoniae 74K pneumoniae 62K pneumoniae 3K pneumoniae 32K pneumoniae 6K pneumoniae 77K pneumoniae 94K pneumoniae 110K pneumoniae 78K pneumoniae 20K pneumoniae 125K pneumoniae 119K pneumoniae 76K pneumoniae 98K pneumoniae 66K pneumoniae 17K pneumoniae 90K pneumoniae 23K pneumoniae 31K pneumoniae 10K pneumoniae 144K pneumoniae 16K pneumoniae 60K pneumoniae 96K pneumoniae 75K pneumoniae 86K pneumoniae 97K pneumoniae 112K pneumoniae 118K pneumoniae 80K pneumoniae 104K pneumoniae 35K pneumoniae 85K pneumoniae 99K pneumoniae 106K pneumoniae 120K pneumoniae 91K pneumoniae 22K pneumoniae 49K pneumoniae 58K pneumoniae 41K pneumoniae 137K pneumoniae 68K pneumoniae 149K pneumoniae 105K pneumoniae 47K pneumoniae 53K pneumoniae 147K pneumoniae 18K pneumoniae 81K pneumoniae 59K pneumoniae 61K pneumoniae 93K pneumoniae 11K pneumoniae 37K pneumoniae 92K pneumoniae 148K pneumoniae 146K pneumoniae 102K pneumoniae 114K pneumoniae 12K pneumoniae 156K pneumoniae 111K pneumoniae 30K pneumoniae 126K pneumoniae 84K pneumoniae 138K pneumoniae 54K pneumoniae 150K pneumoniae 46K pneumoniae 28K pneumoniae 158K pneumoniae 159K pneumoniae 167K pneumoniae 164K pneumoniae 165K pneumoniae 168K pneumoniae 166K pneumoniae 160K pneumoniae 161K pneumoniae 163K pneumoniae 103K pneumoniae 87K pneumoniae 83K pneumoniae 21K pneumoniae 73K pneumoniae 157K pneumoniae 133K pneumoniae 14K pneumoniae 89K pneumoniae 95K pneumoniae 69K pneumoniae 136K pneumoniae 134K pneumoniae 152K pneumoniae 48K pneumoniae 155K pneumoniae 55K pneumoniae 33K pneumoniae 135K pneumoniae 142K pneumoniae 42K pneumoniae 154K pneumoniae 13K pneumoniae 9K pneumoniae 153K pneumoniae 100K pneumoniae 8K pneumoniae 101K pneumoniae 145K pneumoniae 15K pneumoniae 4K pneumoniae 162K pneumoniae 39K pneumoniae 107K pneumoniae 25K pneumoniae 45K pneumoniae 72K pneumoniae 127K pneumoniae 29K pneumoniae NCTC13443K pneumoniae 122K pneumoniae 124K pneumoniae 57K pneumoniae 132K pneumoniae 140K pneumoniae 26K pneumoniae 56K pneumoniae 141K pneumoniae 43K pneumoniae 139K pneumoniae 143K pneumoniae 151K pneumoniae 70K pneumoniae 51K pneumoniae 71K pneumoniae 24K pneumoniae 44
MSP Dendrogram
Distance Level
Marseille - France
Algeria
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
Klebsiella pneumoniae Sensible Imipeacutenegraveme ndash Test Imipeacutenegraveme IMP pic speacutecifique agrave 300 mz
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05
10
15
205x10
Inte
ns [
au
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05
10
15
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2
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6
4x10
Inte
ns [
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2
4
64x10
Inte
ns [
au
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240 260 280 300 320 340 360 380mz
IMP 1 B T0
IMP 1 B T2
IMP 1 B T1
Matrice +Nacl
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Klebsiella pneumoniae NDM-1 Positive ndash Test Imipeacutenegraveme IMP pic speacutecifique agrave 300 mz
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00
05
10
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Inte
ns [
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Inte
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1
2
3
4
5
64x10
Inte
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au
]
250 260 270 280 290 300 310 320 330mz
IMP 1 B T0
IMP 1 B T2
IMP 1 B T1
Matrice +Nacl
Disparition de lrsquoIMP agrave T1
imipenemmetabolite
carbapenemase
NH
O OH
S
NH NH
H
C11H17N3O2S N
O OH
S
NH NH
HHOH
OC12H17N3O4S
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Klebsiella pneumoniae NDM-1 Positive ndash Test Meacuteropeacutenegraveme MER pic speacutecifique agrave 384 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F7 MS Raw
00
05
10
155x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0M15 MS Raw
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08
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Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J11 MS Raw
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10
15
5x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J21 MS Raw
00
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10
15
20
5x10
Inte
ns [
au
]
360 370 380 390 400 410 420mz
Matrice+NACL
MER 1 B to
MER 1 B t2
MER 1 B t1 Disparition de MER agrave T1
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Strain type No of isolates
(Location of isolates [ Noof isolates])
MALDI-TOF analysis
Range of the ratio of the area of
imipenemmetabolite based on the time of
incubation
No of isolates detected as carbapenemase
producers based on the time of incubation
2h 4h 2h 4h
Carbapenem-resistant strains (70) (imipenem MIC gt8 mgL) lt001-177 lt001-026 67 70
K pneumoniae KPC 1 lt001 lt001 1 1
K pneumoniae NDM-1 2
P aeruginosa VIM 2
P aeruginosa IMP 2
lt001
lt001
lt001
lt001
ND
ND
2
2
2
2
2
2
Abaumannii blaOXA23-like 57 (Marseille [17] Algeria [40]) lt001-177 lt001-039 54 57
Abaumannii blaOXA24-like 3 (Algeria) lt001 002-004 3 3
Abaumannii blaOXA23-like + blaOXA24-like 3 (Algeria) lt001-048 lt001-026 3 3
Carbapenem-susceptible strains (79) (imipenem MIC le2 mgL) lt001-1286 lt001 -1484 0 0
K pneumoniae ESBL 31 (Algeria)
K pneumoniae non ESBL 4 (Algeria)
Escherichia coli ATCC 25922 (1)
ND
ND
164
064-1484
124-582
117
0
0
0
0
0
0
A baumannii 43 (Marseille [1] Algeria [42]) 061-1286 076 -326 0 0
Table 1 Characterization of the 149 bacterial strains analyzed and data summary of imipenem hydrolysis assay utilizing MALDI-TOF MS
Sensitivity = 100 Specificity = 100 (t=4h)
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
18
bull Les tests microbiologiques ameacuteliorent la prise en charge des malades si les reacutesultats sont disponibles dans le temps du soin
Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014 19
Organisation du laboratoire central en microbiologie
eacutechantillons
Preacutelegravevements drsquoenvironnement
- reacuteservoirs - vecteurs
PRE-ANALYTIQUE ANALYTIQUE POST-ANALYTIQUE
gt Reacuteception 2424 365 joursan
gt Enregistrement
gt Dispatching
Seacuterologies Automates
inoculation automatique
Inoculation Manuelle bull cellules bull animaux
Identi
ficati
on M
ALDI
-TOF
bull Identification par seacutequenccedilage bullGeacutenomique au deacutebit
Antibiogramme automatiseacute
bull Validation
bull Expertise et conseil theacuterapeutique bull Contact avec cliniciens
Limites des laboratoires cœur reacutesultats retardeacutes dans les tests de routine
Regroupement geacuteographique des laboratoires sur un seul site
Creacuteation de laboratoires secondaire drsquourgence
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Objectif laboratoire drsquourgence
bull Prise en charge meacutedicale rapide des maladies infectieuses en fournissant les reacutesultats des analyses microbiologiques pendant que les malades sont encore en service drsquourgence =gt Reacutesultats lt 4 heures
bull Afin de reacutepondre agrave 4 questions cruciales
bull 1 ndash Hospitalisation neacutecessaire
bull 2 ndash isolement requis
bull 3 ndashtraitement anti-infectieux neacutecessaire
bull 4 ndashanalyses compleacutementaires neacutecessaires
20
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
21
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
OrdiOrdi
Ordi+ imp
OrdiOrdi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm OrdiOrdi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
22
bull Reacutesultats en moins de 4 heures transmission SMS
bull bonne valeur preacutedictive
bull deacutepistage par syndrome
bull Reacutesultats modifient la prise en charge
Immunochromatographie PCR en temps reacuteel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
23
Pneumonia bull Flu ICT bull VRS ICT bull Mycoplasma pneumoniae PCR bull Whooping-cough (B pertussis) PCR bull Coxiella burnetii PCR bull Staphylococcus aureus (ICU only) PCR bull Pneumocystis jiroveci PCR bull Legionella urinary antigen bull Pneumococcal urinary antigen
Gastro-enteritis diarrhoea bull Rotavirus ndash adenovirus ICT bull Norovirus ICT bull Clostridium difficile - Helicobacter pylori ICT
Tropical fever bull Malaria PCR bull Malaria ICT bull Dengue ICT
Meningitis bull Cytology bull Enterovirus PCR bull Herpes virus PCR bull Varicella zoster virus PCR bull Meningococcus PCR bull Pneumococcus PCR bull Cryptococcus
Gynecology bull HIV ICT bull Group B streptococcus PCR bull Atopobium vaginae PCR
Pharyngitis bull Group A streptococcus ICT bull Infectious mononucleosis MNI test
Others bull Blood exposure accident = HIV bull Tetanus toxin ICT bull Procalcitonin
Exploration par syndrome
PNEU
GASTRO
Tropical fever
MENIN
GYNECO
ANG
Other
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Real-time PCR assays syndrome-specific strips
24
LCR code
5 microL
in all wells
Strip 1
HSV VZV PlyN LytA TISS ctrA crgA 7SL-RNA mix
Strip 3
Strip 2 CONTROcircLE NEGATIF - rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
CONTROcircLE POSITIF- Rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
Une barrette par patient ex meacuteningite
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
25
Real-time PCR assays syndrome-specific multiplexed strips
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
cup1 cup2 cup3
5 microL
Code
mix X TISS 7SL-RNA X TISS X
patient Negative control Positive control
7SL-RNA 7SL-RNA
Coxiella burnetii M pneumoniae Bordetella pertussis
Nothing to add ndash Ready to use controls
1 patient par barrette ex pneumonie
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
26
POC PCR en temps reacuteel
Xpertreg Flu Detection of Flu virus de type A and B and H1N1 2009 Preparation 2 min Result 77 min
Xpertreg EV Molecular detection of enterovirus meningitis Preparation 5 min Result 150 min
Xpertreg C difficile Detection of toxigenic et epidemic strains of Clostridium difficile Preparation 2 min Result 47 min
Xpertreg GBS Intrapartum detection of Streptococcus group B Preparation 1 min Result 52 min
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Activiteacute exponentielle
2008 2009 2010 Test Diagnostics Test Diagnostics Test Diagnostics influenza virus 1390 102 7 12455 1489 12 2551 25 1 RSV 1537 378 25 3300 297 9 2171 451 21 S pneumoniae 67 12 18 967 63 7 L pneumophila 168 1 1 405 4 1 954 9 1 M pneumoniae 668 25 4 1184 47 4 C burnetii 244 0 0 B pertussis 561 20 4 761 10 1 Procalcitonin 1169 206 18 1090 169 16 774 104 13 S pyogenes 1817 339 19 2912 567 19 2210 420 19 EBV 82 9 11 143 13 9 146 16 11 EV 296 84 28 482 92 19 416 58 14 HSV-12 3 0 0 114 3 3 251 3 1 S pneumoniae 267 10 4 479 10 2 410 14 3 N meningitidis 272 6 2 480 3 1 403 6 1 M pneumoniae 38 1 3 144 0 0 Rotavirusadeno 537 105 20 1075 313 29 1221 295 24 C difficile 352 7 2 518 10 2 535 17 3 H pylori 33 4 12 49 4 8 60 1 2 S agalactiae 149 21 14 352 64 18 417 66 16 HIV 199 2 1 401 4 1 269 5 2 Plasmodium spp 277 50 18 367 90 25 382 83 22 Dengue virus 45 4 9 66 6 9 15 2 13 C tetani 16 8 50 21 18 86 Total 8593 1328 15 26038 3204 12 16506 1713 10
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Activiteacute exponentielle
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
29
Core Other
Remote mobile POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Core Laboratory Other
Remote POC in patientrsquos premices
Assistance Publique des Hocircpitaux de Marseille
POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Remote POC
Perspectives POC deacutelocaliseacute Afrique
Clinics hospitals laboratories In France and abroad
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
Place des nouveaux outils moleacuteculaires
30
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique kit peacutericardique
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application meacutetageacutenomique
32
Detection Torque teno virus et papillomavirus dans le liquide peacutericardique pour la 1ere fois chez lrsquohomme
PLoS One 2014 Apr 19(4)e93367 2014 Viral communities associated with human pericardial fluids in idiopathic pericarditis Fancello L Monteil S Popgeorgiev N Rivet R Gouriet F Fournier PE Raoult D Desnues C
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique ex Kit endocardite
33
Geacutenome en temps reacuteel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application geacutenome en temps reacuteel
bull Geacutenome en temps reacuteel de Sepidermidis
J Clin Microbiol 2013 May51(5)1617-21 Deciphering genomic virulence traits of a Staphylococcus epidermidis strain causing native-valve endocarditis Fournier PE Gouriet F Gimenez G Robert C Raoult D
Staphylococcus epidermidis souche isoleacutee de 3 heacutemocultures sur 3 chez responsable drsquoune endocardite aortique chez un homme de 26 ans geacutenome de 25-Mb sequence unique avec 32 genes de virulence CSUR P278
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
remerciements
bull Pr Michel Drancourt bull Dr jean-Paul Casalta bull Dr Pierre Yves Levy bull Pr jean Marc Rolain
35
Merci pour votre attention
- Nouvelles techniques pour quelles avanceacutees en microbiologie meacutedicale
- Diapositive numeacutero 2
- Diapositive numeacutero 3
- Nouvelles applications de la spectromeacutetrie de masse au laboratoire de Microbiologie
- Apport de la Spectromeacutetrie de masse pour le diagnostic microbiologique
- Interpreacutetation des reacutesultats
- Performances des diffeacuterentsSpectromegravetre disponible pour la microbiologie
- Problegravemes drsquoidentification Discordance MALDI_Tof et identification classique
- Diapositive numeacutero 9
- Identification pheacutenotypique classique spectromeacutetrie de masse
- Diapositive numeacutero 11
- Diapositive numeacutero 12
- Diapositive numeacutero 13
- Diapositive numeacutero 14
- Diapositive numeacutero 15
- Diapositive numeacutero 16
- Diapositive numeacutero 17
- Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
- Organisation du laboratoire central en microbiologie
- Objectif laboratoire drsquourgence
- Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
- Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
- Diapositive numeacutero 23
- Real-time PCR assays syndrome-specific strips
- Diapositive numeacutero 25
- Diapositive numeacutero 26
- Diapositive numeacutero 27
- Diapositive numeacutero 28
- Diapositive numeacutero 29
- Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
- Approche syndromique kit peacutericardique
- Application meacutetageacutenomique
- Approche syndromique ex Kit endocardite
- Application geacutenome en temps reacuteel
- remerciements
-
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Identification pheacutenotypique classique spectromeacutetrie de masse
bull Problegravemes du choix du systegraveme drsquoidentification
ndash Gram ndash Tests drsquoorientation (catalase oxydasehellip)
bull Diversiteacute pheacutenotypique ndash Base de donneacutees nombre importants
de souches par espegravece ndash Chevauchement des pheacutenotypes
bull Choix multiples
bull Souches deacuteficientes ndash Variant ndash Inoculum insuffisant
bull Choix preacutealable inutile
bull Colonie ou eacutechantillon heacutemocultureurines
bull Une seule base de donneacutee pouvant ecirctre constitueacutee par une seule souche par espegravecemodulable
bull Profils proteacuteiques provenant en grande partie par des proteacuteines ribosomales
bull Reacutesultat rapide
bull Coucirct concurrentiel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
2
6
4
9
0
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
2005 2006 2007 2008
Ndeg o
f pat
ient
year
18 souches Issues de13 patients
Deacutetection drsquoune eacutepideacutemie
Emerging Infectious Diseases bull wwwcdcgoveid bull Vol 16 No 8 August 2010
Arbre phylogeacuteneacutetique position des Corynebacterium spp comparaisons MALDI-TOF (A) et sequences partielle ARN ndashsous uniteacute beta de polymerase gene rpoB (B)
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Surveillance drsquoune eacutepideacutemie
01002003004005006007008009001000
MSP Dendrogram
Distance Level
C1
C2
C3
C4
C5
bull 622 isolats
bull 5 clusters
bull Cluster associations
ndash Origine Geographical bull Algeacuterie ST80 (C1)
bull Marseille (C2-C5)
ndash Origine Clinique bull Patients non-mucovicidosique (C5)
bull Patients mucovicidosique ndash C1 and C2 children
ndash C3 and C4 adults
Staphylococcus aureus et mucovicidose
Clusters identification de pheacutenotypes
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Epideacutemie et origine geacuteographique
Klebsiella pneumoniae
01002003004005006007008009001000K pneumoniae SKP3K pneumoniae SKP4K pneumoniae SKP2K pneumoniae SKP8K pneumoniae OKP5K pneumoniae OKP9K pneumoniae SKP14K pneumoniae SKP7K pneumoniae SKP9K pneumoniae SKP15K pneumoniae SKP29K pneumoniae OKP15K pneumoniae KP61K pneumoniae KP74K pneumoniae SKP28K pneumoniae SKP27K pneumoniae KP63K pneumoniae OKP8K pneumoniae KP73K pneumoniae KP78K pneumoniae OKP10K pneumoniae KP62K pneumoniae SKP22K pneumoniae OKP13K pneumoniae SKP23K pneumoniae SKP26K pneumoniae KP80K pneumoniae KP70K pneumoniae KP76K pneumoniae KP77K pneumoniae SKP30K pneumoniae OKP7K pneumoniae OKP3K pneumoniae OKP6K pneumoniae SKP1K pneumoniae KP64K pneumoniae KP98K pneumoniae SKP25K pneumoniae KP79K pneumoniae SKP6K pneumoniae KP101K pneumoniae KP83K pneumoniae SKP17K pneumoniae SKP21K pneumoniae KP95K pneumoniae KP69K pneumoniae KP81K pneumoniae OKP11K pneumoniae KP96K pneumoniae OKP1K pneumoniae KP82K pneumoniae SKP16K pneumoniae KP102K pneumoniae KP65K pneumoniae KP85K pneumoniae KP86K pneumoniae KP90K pneumoniae OKP4K pneumoniae KP67K pneumoniae KP87K pneumoniae KP88K pneumoniae OKP14K pneumoniae KP68K pneumoniae KP92K pneumoniae OKP12K pneumoniae KP93K pneumoniae 129K pneumoniae OKP2K pneumoniae 131K pneumoniae CSUR P130K pneumoniae KP89K pneumoniae SKP20K pneumoniae 128K pneumoniae 130K pneumoniae 64K pneumoniae 108K pneumoniae 63K pneumoniae 67K pneumoniae 121K pneumoniae 88K pneumoniae 1K pneumoniae 116K pneumoniae 27K pneumoniae 52K pneumoniae 65K pneumoniae 34K pneumoniae 36K pneumoniae 109K pneumoniae 169K pneumoniae 79K pneumoniae 117K pneumoniae 7K pneumoniae 113K pneumoniae 40K pneumoniae 115K pneumoniae 19K pneumoniae 82K pneumoniae 123K pneumoniae 5K pneumoniae 2K pneumoniae 38K pneumoniae 74K pneumoniae 62K pneumoniae 3K pneumoniae 32K pneumoniae 6K pneumoniae 77K pneumoniae 94K pneumoniae 110K pneumoniae 78K pneumoniae 20K pneumoniae 125K pneumoniae 119K pneumoniae 76K pneumoniae 98K pneumoniae 66K pneumoniae 17K pneumoniae 90K pneumoniae 23K pneumoniae 31K pneumoniae 10K pneumoniae 144K pneumoniae 16K pneumoniae 60K pneumoniae 96K pneumoniae 75K pneumoniae 86K pneumoniae 97K pneumoniae 112K pneumoniae 118K pneumoniae 80K pneumoniae 104K pneumoniae 35K pneumoniae 85K pneumoniae 99K pneumoniae 106K pneumoniae 120K pneumoniae 91K pneumoniae 22K pneumoniae 49K pneumoniae 58K pneumoniae 41K pneumoniae 137K pneumoniae 68K pneumoniae 149K pneumoniae 105K pneumoniae 47K pneumoniae 53K pneumoniae 147K pneumoniae 18K pneumoniae 81K pneumoniae 59K pneumoniae 61K pneumoniae 93K pneumoniae 11K pneumoniae 37K pneumoniae 92K pneumoniae 148K pneumoniae 146K pneumoniae 102K pneumoniae 114K pneumoniae 12K pneumoniae 156K pneumoniae 111K pneumoniae 30K pneumoniae 126K pneumoniae 84K pneumoniae 138K pneumoniae 54K pneumoniae 150K pneumoniae 46K pneumoniae 28K pneumoniae 158K pneumoniae 159K pneumoniae 167K pneumoniae 164K pneumoniae 165K pneumoniae 168K pneumoniae 166K pneumoniae 160K pneumoniae 161K pneumoniae 163K pneumoniae 103K pneumoniae 87K pneumoniae 83K pneumoniae 21K pneumoniae 73K pneumoniae 157K pneumoniae 133K pneumoniae 14K pneumoniae 89K pneumoniae 95K pneumoniae 69K pneumoniae 136K pneumoniae 134K pneumoniae 152K pneumoniae 48K pneumoniae 155K pneumoniae 55K pneumoniae 33K pneumoniae 135K pneumoniae 142K pneumoniae 42K pneumoniae 154K pneumoniae 13K pneumoniae 9K pneumoniae 153K pneumoniae 100K pneumoniae 8K pneumoniae 101K pneumoniae 145K pneumoniae 15K pneumoniae 4K pneumoniae 162K pneumoniae 39K pneumoniae 107K pneumoniae 25K pneumoniae 45K pneumoniae 72K pneumoniae 127K pneumoniae 29K pneumoniae NCTC13443K pneumoniae 122K pneumoniae 124K pneumoniae 57K pneumoniae 132K pneumoniae 140K pneumoniae 26K pneumoniae 56K pneumoniae 141K pneumoniae 43K pneumoniae 139K pneumoniae 143K pneumoniae 151K pneumoniae 70K pneumoniae 51K pneumoniae 71K pneumoniae 24K pneumoniae 44
MSP Dendrogram
Distance Level
Marseille - France
Algeria
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
Klebsiella pneumoniae Sensible Imipeacutenegraveme ndash Test Imipeacutenegraveme IMP pic speacutecifique agrave 300 mz
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05
10
15
205x10
Inte
ns [
au
]
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05
10
15
5x10
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au
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2
4
6
4x10
Inte
ns [
au
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2
4
64x10
Inte
ns [
au
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240 260 280 300 320 340 360 380mz
IMP 1 B T0
IMP 1 B T2
IMP 1 B T1
Matrice +Nacl
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Klebsiella pneumoniae NDM-1 Positive ndash Test Imipeacutenegraveme IMP pic speacutecifique agrave 300 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F7 MS Raw
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05
10
15
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Inte
ns [
au
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Inte
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1
2
3
4
5
64x10
Inte
ns [
au
]
250 260 270 280 290 300 310 320 330mz
IMP 1 B T0
IMP 1 B T2
IMP 1 B T1
Matrice +Nacl
Disparition de lrsquoIMP agrave T1
imipenemmetabolite
carbapenemase
NH
O OH
S
NH NH
H
C11H17N3O2S N
O OH
S
NH NH
HHOH
OC12H17N3O4S
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Klebsiella pneumoniae NDM-1 Positive ndash Test Meacuteropeacutenegraveme MER pic speacutecifique agrave 384 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F7 MS Raw
00
05
10
155x10
Inte
ns [
au
]
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]
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Inte
ns [
au
]
360 370 380 390 400 410 420mz
Matrice+NACL
MER 1 B to
MER 1 B t2
MER 1 B t1 Disparition de MER agrave T1
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Strain type No of isolates
(Location of isolates [ Noof isolates])
MALDI-TOF analysis
Range of the ratio of the area of
imipenemmetabolite based on the time of
incubation
No of isolates detected as carbapenemase
producers based on the time of incubation
2h 4h 2h 4h
Carbapenem-resistant strains (70) (imipenem MIC gt8 mgL) lt001-177 lt001-026 67 70
K pneumoniae KPC 1 lt001 lt001 1 1
K pneumoniae NDM-1 2
P aeruginosa VIM 2
P aeruginosa IMP 2
lt001
lt001
lt001
lt001
ND
ND
2
2
2
2
2
2
Abaumannii blaOXA23-like 57 (Marseille [17] Algeria [40]) lt001-177 lt001-039 54 57
Abaumannii blaOXA24-like 3 (Algeria) lt001 002-004 3 3
Abaumannii blaOXA23-like + blaOXA24-like 3 (Algeria) lt001-048 lt001-026 3 3
Carbapenem-susceptible strains (79) (imipenem MIC le2 mgL) lt001-1286 lt001 -1484 0 0
K pneumoniae ESBL 31 (Algeria)
K pneumoniae non ESBL 4 (Algeria)
Escherichia coli ATCC 25922 (1)
ND
ND
164
064-1484
124-582
117
0
0
0
0
0
0
A baumannii 43 (Marseille [1] Algeria [42]) 061-1286 076 -326 0 0
Table 1 Characterization of the 149 bacterial strains analyzed and data summary of imipenem hydrolysis assay utilizing MALDI-TOF MS
Sensitivity = 100 Specificity = 100 (t=4h)
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
18
bull Les tests microbiologiques ameacuteliorent la prise en charge des malades si les reacutesultats sont disponibles dans le temps du soin
Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014 19
Organisation du laboratoire central en microbiologie
eacutechantillons
Preacutelegravevements drsquoenvironnement
- reacuteservoirs - vecteurs
PRE-ANALYTIQUE ANALYTIQUE POST-ANALYTIQUE
gt Reacuteception 2424 365 joursan
gt Enregistrement
gt Dispatching
Seacuterologies Automates
inoculation automatique
Inoculation Manuelle bull cellules bull animaux
Identi
ficati
on M
ALDI
-TOF
bull Identification par seacutequenccedilage bullGeacutenomique au deacutebit
Antibiogramme automatiseacute
bull Validation
bull Expertise et conseil theacuterapeutique bull Contact avec cliniciens
Limites des laboratoires cœur reacutesultats retardeacutes dans les tests de routine
Regroupement geacuteographique des laboratoires sur un seul site
Creacuteation de laboratoires secondaire drsquourgence
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Objectif laboratoire drsquourgence
bull Prise en charge meacutedicale rapide des maladies infectieuses en fournissant les reacutesultats des analyses microbiologiques pendant que les malades sont encore en service drsquourgence =gt Reacutesultats lt 4 heures
bull Afin de reacutepondre agrave 4 questions cruciales
bull 1 ndash Hospitalisation neacutecessaire
bull 2 ndash isolement requis
bull 3 ndashtraitement anti-infectieux neacutecessaire
bull 4 ndashanalyses compleacutementaires neacutecessaires
20
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
21
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
OrdiOrdi
Ordi+ imp
OrdiOrdi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm OrdiOrdi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
22
bull Reacutesultats en moins de 4 heures transmission SMS
bull bonne valeur preacutedictive
bull deacutepistage par syndrome
bull Reacutesultats modifient la prise en charge
Immunochromatographie PCR en temps reacuteel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
23
Pneumonia bull Flu ICT bull VRS ICT bull Mycoplasma pneumoniae PCR bull Whooping-cough (B pertussis) PCR bull Coxiella burnetii PCR bull Staphylococcus aureus (ICU only) PCR bull Pneumocystis jiroveci PCR bull Legionella urinary antigen bull Pneumococcal urinary antigen
Gastro-enteritis diarrhoea bull Rotavirus ndash adenovirus ICT bull Norovirus ICT bull Clostridium difficile - Helicobacter pylori ICT
Tropical fever bull Malaria PCR bull Malaria ICT bull Dengue ICT
Meningitis bull Cytology bull Enterovirus PCR bull Herpes virus PCR bull Varicella zoster virus PCR bull Meningococcus PCR bull Pneumococcus PCR bull Cryptococcus
Gynecology bull HIV ICT bull Group B streptococcus PCR bull Atopobium vaginae PCR
Pharyngitis bull Group A streptococcus ICT bull Infectious mononucleosis MNI test
Others bull Blood exposure accident = HIV bull Tetanus toxin ICT bull Procalcitonin
Exploration par syndrome
PNEU
GASTRO
Tropical fever
MENIN
GYNECO
ANG
Other
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Real-time PCR assays syndrome-specific strips
24
LCR code
5 microL
in all wells
Strip 1
HSV VZV PlyN LytA TISS ctrA crgA 7SL-RNA mix
Strip 3
Strip 2 CONTROcircLE NEGATIF - rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
CONTROcircLE POSITIF- Rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
Une barrette par patient ex meacuteningite
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
25
Real-time PCR assays syndrome-specific multiplexed strips
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
cup1 cup2 cup3
5 microL
Code
mix X TISS 7SL-RNA X TISS X
patient Negative control Positive control
7SL-RNA 7SL-RNA
Coxiella burnetii M pneumoniae Bordetella pertussis
Nothing to add ndash Ready to use controls
1 patient par barrette ex pneumonie
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
26
POC PCR en temps reacuteel
Xpertreg Flu Detection of Flu virus de type A and B and H1N1 2009 Preparation 2 min Result 77 min
Xpertreg EV Molecular detection of enterovirus meningitis Preparation 5 min Result 150 min
Xpertreg C difficile Detection of toxigenic et epidemic strains of Clostridium difficile Preparation 2 min Result 47 min
Xpertreg GBS Intrapartum detection of Streptococcus group B Preparation 1 min Result 52 min
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Activiteacute exponentielle
2008 2009 2010 Test Diagnostics Test Diagnostics Test Diagnostics influenza virus 1390 102 7 12455 1489 12 2551 25 1 RSV 1537 378 25 3300 297 9 2171 451 21 S pneumoniae 67 12 18 967 63 7 L pneumophila 168 1 1 405 4 1 954 9 1 M pneumoniae 668 25 4 1184 47 4 C burnetii 244 0 0 B pertussis 561 20 4 761 10 1 Procalcitonin 1169 206 18 1090 169 16 774 104 13 S pyogenes 1817 339 19 2912 567 19 2210 420 19 EBV 82 9 11 143 13 9 146 16 11 EV 296 84 28 482 92 19 416 58 14 HSV-12 3 0 0 114 3 3 251 3 1 S pneumoniae 267 10 4 479 10 2 410 14 3 N meningitidis 272 6 2 480 3 1 403 6 1 M pneumoniae 38 1 3 144 0 0 Rotavirusadeno 537 105 20 1075 313 29 1221 295 24 C difficile 352 7 2 518 10 2 535 17 3 H pylori 33 4 12 49 4 8 60 1 2 S agalactiae 149 21 14 352 64 18 417 66 16 HIV 199 2 1 401 4 1 269 5 2 Plasmodium spp 277 50 18 367 90 25 382 83 22 Dengue virus 45 4 9 66 6 9 15 2 13 C tetani 16 8 50 21 18 86 Total 8593 1328 15 26038 3204 12 16506 1713 10
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Activiteacute exponentielle
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
29
Core Other
Remote mobile POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Core Laboratory Other
Remote POC in patientrsquos premices
Assistance Publique des Hocircpitaux de Marseille
POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Remote POC
Perspectives POC deacutelocaliseacute Afrique
Clinics hospitals laboratories In France and abroad
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
Place des nouveaux outils moleacuteculaires
30
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique kit peacutericardique
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application meacutetageacutenomique
32
Detection Torque teno virus et papillomavirus dans le liquide peacutericardique pour la 1ere fois chez lrsquohomme
PLoS One 2014 Apr 19(4)e93367 2014 Viral communities associated with human pericardial fluids in idiopathic pericarditis Fancello L Monteil S Popgeorgiev N Rivet R Gouriet F Fournier PE Raoult D Desnues C
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique ex Kit endocardite
33
Geacutenome en temps reacuteel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application geacutenome en temps reacuteel
bull Geacutenome en temps reacuteel de Sepidermidis
J Clin Microbiol 2013 May51(5)1617-21 Deciphering genomic virulence traits of a Staphylococcus epidermidis strain causing native-valve endocarditis Fournier PE Gouriet F Gimenez G Robert C Raoult D
Staphylococcus epidermidis souche isoleacutee de 3 heacutemocultures sur 3 chez responsable drsquoune endocardite aortique chez un homme de 26 ans geacutenome de 25-Mb sequence unique avec 32 genes de virulence CSUR P278
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
remerciements
bull Pr Michel Drancourt bull Dr jean-Paul Casalta bull Dr Pierre Yves Levy bull Pr jean Marc Rolain
35
Merci pour votre attention
- Nouvelles techniques pour quelles avanceacutees en microbiologie meacutedicale
- Diapositive numeacutero 2
- Diapositive numeacutero 3
- Nouvelles applications de la spectromeacutetrie de masse au laboratoire de Microbiologie
- Apport de la Spectromeacutetrie de masse pour le diagnostic microbiologique
- Interpreacutetation des reacutesultats
- Performances des diffeacuterentsSpectromegravetre disponible pour la microbiologie
- Problegravemes drsquoidentification Discordance MALDI_Tof et identification classique
- Diapositive numeacutero 9
- Identification pheacutenotypique classique spectromeacutetrie de masse
- Diapositive numeacutero 11
- Diapositive numeacutero 12
- Diapositive numeacutero 13
- Diapositive numeacutero 14
- Diapositive numeacutero 15
- Diapositive numeacutero 16
- Diapositive numeacutero 17
- Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
- Organisation du laboratoire central en microbiologie
- Objectif laboratoire drsquourgence
- Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
- Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
- Diapositive numeacutero 23
- Real-time PCR assays syndrome-specific strips
- Diapositive numeacutero 25
- Diapositive numeacutero 26
- Diapositive numeacutero 27
- Diapositive numeacutero 28
- Diapositive numeacutero 29
- Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
- Approche syndromique kit peacutericardique
- Application meacutetageacutenomique
- Approche syndromique ex Kit endocardite
- Application geacutenome en temps reacuteel
- remerciements
-
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Identification pheacutenotypique classique spectromeacutetrie de masse
bull Problegravemes du choix du systegraveme drsquoidentification
ndash Gram ndash Tests drsquoorientation (catalase oxydasehellip)
bull Diversiteacute pheacutenotypique ndash Base de donneacutees nombre importants
de souches par espegravece ndash Chevauchement des pheacutenotypes
bull Choix multiples
bull Souches deacuteficientes ndash Variant ndash Inoculum insuffisant
bull Choix preacutealable inutile
bull Colonie ou eacutechantillon heacutemocultureurines
bull Une seule base de donneacutee pouvant ecirctre constitueacutee par une seule souche par espegravecemodulable
bull Profils proteacuteiques provenant en grande partie par des proteacuteines ribosomales
bull Reacutesultat rapide
bull Coucirct concurrentiel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
2
6
4
9
0
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
2005 2006 2007 2008
Ndeg o
f pat
ient
year
18 souches Issues de13 patients
Deacutetection drsquoune eacutepideacutemie
Emerging Infectious Diseases bull wwwcdcgoveid bull Vol 16 No 8 August 2010
Arbre phylogeacuteneacutetique position des Corynebacterium spp comparaisons MALDI-TOF (A) et sequences partielle ARN ndashsous uniteacute beta de polymerase gene rpoB (B)
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Surveillance drsquoune eacutepideacutemie
01002003004005006007008009001000
MSP Dendrogram
Distance Level
C1
C2
C3
C4
C5
bull 622 isolats
bull 5 clusters
bull Cluster associations
ndash Origine Geographical bull Algeacuterie ST80 (C1)
bull Marseille (C2-C5)
ndash Origine Clinique bull Patients non-mucovicidosique (C5)
bull Patients mucovicidosique ndash C1 and C2 children
ndash C3 and C4 adults
Staphylococcus aureus et mucovicidose
Clusters identification de pheacutenotypes
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Epideacutemie et origine geacuteographique
Klebsiella pneumoniae
01002003004005006007008009001000K pneumoniae SKP3K pneumoniae SKP4K pneumoniae SKP2K pneumoniae SKP8K pneumoniae OKP5K pneumoniae OKP9K pneumoniae SKP14K pneumoniae SKP7K pneumoniae SKP9K pneumoniae SKP15K pneumoniae SKP29K pneumoniae OKP15K pneumoniae KP61K pneumoniae KP74K pneumoniae SKP28K pneumoniae SKP27K pneumoniae KP63K pneumoniae OKP8K pneumoniae KP73K pneumoniae KP78K pneumoniae OKP10K pneumoniae KP62K pneumoniae SKP22K pneumoniae OKP13K pneumoniae SKP23K pneumoniae SKP26K pneumoniae KP80K pneumoniae KP70K pneumoniae KP76K pneumoniae KP77K pneumoniae SKP30K pneumoniae OKP7K pneumoniae OKP3K pneumoniae OKP6K pneumoniae SKP1K pneumoniae KP64K pneumoniae KP98K pneumoniae SKP25K pneumoniae KP79K pneumoniae SKP6K pneumoniae KP101K pneumoniae KP83K pneumoniae SKP17K pneumoniae SKP21K pneumoniae KP95K pneumoniae KP69K pneumoniae KP81K pneumoniae OKP11K pneumoniae KP96K pneumoniae OKP1K pneumoniae KP82K pneumoniae SKP16K pneumoniae KP102K pneumoniae KP65K pneumoniae KP85K pneumoniae KP86K pneumoniae KP90K pneumoniae OKP4K pneumoniae KP67K pneumoniae KP87K pneumoniae KP88K pneumoniae OKP14K pneumoniae KP68K pneumoniae KP92K pneumoniae OKP12K pneumoniae KP93K pneumoniae 129K pneumoniae OKP2K pneumoniae 131K pneumoniae CSUR P130K pneumoniae KP89K pneumoniae SKP20K pneumoniae 128K pneumoniae 130K pneumoniae 64K pneumoniae 108K pneumoniae 63K pneumoniae 67K pneumoniae 121K pneumoniae 88K pneumoniae 1K pneumoniae 116K pneumoniae 27K pneumoniae 52K pneumoniae 65K pneumoniae 34K pneumoniae 36K pneumoniae 109K pneumoniae 169K pneumoniae 79K pneumoniae 117K pneumoniae 7K pneumoniae 113K pneumoniae 40K pneumoniae 115K pneumoniae 19K pneumoniae 82K pneumoniae 123K pneumoniae 5K pneumoniae 2K pneumoniae 38K pneumoniae 74K pneumoniae 62K pneumoniae 3K pneumoniae 32K pneumoniae 6K pneumoniae 77K pneumoniae 94K pneumoniae 110K pneumoniae 78K pneumoniae 20K pneumoniae 125K pneumoniae 119K pneumoniae 76K pneumoniae 98K pneumoniae 66K pneumoniae 17K pneumoniae 90K pneumoniae 23K pneumoniae 31K pneumoniae 10K pneumoniae 144K pneumoniae 16K pneumoniae 60K pneumoniae 96K pneumoniae 75K pneumoniae 86K pneumoniae 97K pneumoniae 112K pneumoniae 118K pneumoniae 80K pneumoniae 104K pneumoniae 35K pneumoniae 85K pneumoniae 99K pneumoniae 106K pneumoniae 120K pneumoniae 91K pneumoniae 22K pneumoniae 49K pneumoniae 58K pneumoniae 41K pneumoniae 137K pneumoniae 68K pneumoniae 149K pneumoniae 105K pneumoniae 47K pneumoniae 53K pneumoniae 147K pneumoniae 18K pneumoniae 81K pneumoniae 59K pneumoniae 61K pneumoniae 93K pneumoniae 11K pneumoniae 37K pneumoniae 92K pneumoniae 148K pneumoniae 146K pneumoniae 102K pneumoniae 114K pneumoniae 12K pneumoniae 156K pneumoniae 111K pneumoniae 30K pneumoniae 126K pneumoniae 84K pneumoniae 138K pneumoniae 54K pneumoniae 150K pneumoniae 46K pneumoniae 28K pneumoniae 158K pneumoniae 159K pneumoniae 167K pneumoniae 164K pneumoniae 165K pneumoniae 168K pneumoniae 166K pneumoniae 160K pneumoniae 161K pneumoniae 163K pneumoniae 103K pneumoniae 87K pneumoniae 83K pneumoniae 21K pneumoniae 73K pneumoniae 157K pneumoniae 133K pneumoniae 14K pneumoniae 89K pneumoniae 95K pneumoniae 69K pneumoniae 136K pneumoniae 134K pneumoniae 152K pneumoniae 48K pneumoniae 155K pneumoniae 55K pneumoniae 33K pneumoniae 135K pneumoniae 142K pneumoniae 42K pneumoniae 154K pneumoniae 13K pneumoniae 9K pneumoniae 153K pneumoniae 100K pneumoniae 8K pneumoniae 101K pneumoniae 145K pneumoniae 15K pneumoniae 4K pneumoniae 162K pneumoniae 39K pneumoniae 107K pneumoniae 25K pneumoniae 45K pneumoniae 72K pneumoniae 127K pneumoniae 29K pneumoniae NCTC13443K pneumoniae 122K pneumoniae 124K pneumoniae 57K pneumoniae 132K pneumoniae 140K pneumoniae 26K pneumoniae 56K pneumoniae 141K pneumoniae 43K pneumoniae 139K pneumoniae 143K pneumoniae 151K pneumoniae 70K pneumoniae 51K pneumoniae 71K pneumoniae 24K pneumoniae 44
MSP Dendrogram
Distance Level
Marseille - France
Algeria
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
Klebsiella pneumoniae Sensible Imipeacutenegraveme ndash Test Imipeacutenegraveme IMP pic speacutecifique agrave 300 mz
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05
10
15
205x10
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ns [
au
]
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05
10
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ns [
au
]
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6
4x10
Inte
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au
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4
64x10
Inte
ns [
au
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240 260 280 300 320 340 360 380mz
IMP 1 B T0
IMP 1 B T2
IMP 1 B T1
Matrice +Nacl
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Klebsiella pneumoniae NDM-1 Positive ndash Test Imipeacutenegraveme IMP pic speacutecifique agrave 300 mz
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05
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Inte
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au
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2
3
4
5
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au
]
250 260 270 280 290 300 310 320 330mz
IMP 1 B T0
IMP 1 B T2
IMP 1 B T1
Matrice +Nacl
Disparition de lrsquoIMP agrave T1
imipenemmetabolite
carbapenemase
NH
O OH
S
NH NH
H
C11H17N3O2S N
O OH
S
NH NH
HHOH
OC12H17N3O4S
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Klebsiella pneumoniae NDM-1 Positive ndash Test Meacuteropeacutenegraveme MER pic speacutecifique agrave 384 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F7 MS Raw
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ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J11 MS Raw
00
05
10
15
5x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J21 MS Raw
00
05
10
15
20
5x10
Inte
ns [
au
]
360 370 380 390 400 410 420mz
Matrice+NACL
MER 1 B to
MER 1 B t2
MER 1 B t1 Disparition de MER agrave T1
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Strain type No of isolates
(Location of isolates [ Noof isolates])
MALDI-TOF analysis
Range of the ratio of the area of
imipenemmetabolite based on the time of
incubation
No of isolates detected as carbapenemase
producers based on the time of incubation
2h 4h 2h 4h
Carbapenem-resistant strains (70) (imipenem MIC gt8 mgL) lt001-177 lt001-026 67 70
K pneumoniae KPC 1 lt001 lt001 1 1
K pneumoniae NDM-1 2
P aeruginosa VIM 2
P aeruginosa IMP 2
lt001
lt001
lt001
lt001
ND
ND
2
2
2
2
2
2
Abaumannii blaOXA23-like 57 (Marseille [17] Algeria [40]) lt001-177 lt001-039 54 57
Abaumannii blaOXA24-like 3 (Algeria) lt001 002-004 3 3
Abaumannii blaOXA23-like + blaOXA24-like 3 (Algeria) lt001-048 lt001-026 3 3
Carbapenem-susceptible strains (79) (imipenem MIC le2 mgL) lt001-1286 lt001 -1484 0 0
K pneumoniae ESBL 31 (Algeria)
K pneumoniae non ESBL 4 (Algeria)
Escherichia coli ATCC 25922 (1)
ND
ND
164
064-1484
124-582
117
0
0
0
0
0
0
A baumannii 43 (Marseille [1] Algeria [42]) 061-1286 076 -326 0 0
Table 1 Characterization of the 149 bacterial strains analyzed and data summary of imipenem hydrolysis assay utilizing MALDI-TOF MS
Sensitivity = 100 Specificity = 100 (t=4h)
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
18
bull Les tests microbiologiques ameacuteliorent la prise en charge des malades si les reacutesultats sont disponibles dans le temps du soin
Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014 19
Organisation du laboratoire central en microbiologie
eacutechantillons
Preacutelegravevements drsquoenvironnement
- reacuteservoirs - vecteurs
PRE-ANALYTIQUE ANALYTIQUE POST-ANALYTIQUE
gt Reacuteception 2424 365 joursan
gt Enregistrement
gt Dispatching
Seacuterologies Automates
inoculation automatique
Inoculation Manuelle bull cellules bull animaux
Identi
ficati
on M
ALDI
-TOF
bull Identification par seacutequenccedilage bullGeacutenomique au deacutebit
Antibiogramme automatiseacute
bull Validation
bull Expertise et conseil theacuterapeutique bull Contact avec cliniciens
Limites des laboratoires cœur reacutesultats retardeacutes dans les tests de routine
Regroupement geacuteographique des laboratoires sur un seul site
Creacuteation de laboratoires secondaire drsquourgence
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Objectif laboratoire drsquourgence
bull Prise en charge meacutedicale rapide des maladies infectieuses en fournissant les reacutesultats des analyses microbiologiques pendant que les malades sont encore en service drsquourgence =gt Reacutesultats lt 4 heures
bull Afin de reacutepondre agrave 4 questions cruciales
bull 1 ndash Hospitalisation neacutecessaire
bull 2 ndash isolement requis
bull 3 ndashtraitement anti-infectieux neacutecessaire
bull 4 ndashanalyses compleacutementaires neacutecessaires
20
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
21
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
OrdiOrdi
Ordi+ imp
OrdiOrdi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm OrdiOrdi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
22
bull Reacutesultats en moins de 4 heures transmission SMS
bull bonne valeur preacutedictive
bull deacutepistage par syndrome
bull Reacutesultats modifient la prise en charge
Immunochromatographie PCR en temps reacuteel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
23
Pneumonia bull Flu ICT bull VRS ICT bull Mycoplasma pneumoniae PCR bull Whooping-cough (B pertussis) PCR bull Coxiella burnetii PCR bull Staphylococcus aureus (ICU only) PCR bull Pneumocystis jiroveci PCR bull Legionella urinary antigen bull Pneumococcal urinary antigen
Gastro-enteritis diarrhoea bull Rotavirus ndash adenovirus ICT bull Norovirus ICT bull Clostridium difficile - Helicobacter pylori ICT
Tropical fever bull Malaria PCR bull Malaria ICT bull Dengue ICT
Meningitis bull Cytology bull Enterovirus PCR bull Herpes virus PCR bull Varicella zoster virus PCR bull Meningococcus PCR bull Pneumococcus PCR bull Cryptococcus
Gynecology bull HIV ICT bull Group B streptococcus PCR bull Atopobium vaginae PCR
Pharyngitis bull Group A streptococcus ICT bull Infectious mononucleosis MNI test
Others bull Blood exposure accident = HIV bull Tetanus toxin ICT bull Procalcitonin
Exploration par syndrome
PNEU
GASTRO
Tropical fever
MENIN
GYNECO
ANG
Other
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Real-time PCR assays syndrome-specific strips
24
LCR code
5 microL
in all wells
Strip 1
HSV VZV PlyN LytA TISS ctrA crgA 7SL-RNA mix
Strip 3
Strip 2 CONTROcircLE NEGATIF - rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
CONTROcircLE POSITIF- Rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
Une barrette par patient ex meacuteningite
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
25
Real-time PCR assays syndrome-specific multiplexed strips
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
cup1 cup2 cup3
5 microL
Code
mix X TISS 7SL-RNA X TISS X
patient Negative control Positive control
7SL-RNA 7SL-RNA
Coxiella burnetii M pneumoniae Bordetella pertussis
Nothing to add ndash Ready to use controls
1 patient par barrette ex pneumonie
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
26
POC PCR en temps reacuteel
Xpertreg Flu Detection of Flu virus de type A and B and H1N1 2009 Preparation 2 min Result 77 min
Xpertreg EV Molecular detection of enterovirus meningitis Preparation 5 min Result 150 min
Xpertreg C difficile Detection of toxigenic et epidemic strains of Clostridium difficile Preparation 2 min Result 47 min
Xpertreg GBS Intrapartum detection of Streptococcus group B Preparation 1 min Result 52 min
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Activiteacute exponentielle
2008 2009 2010 Test Diagnostics Test Diagnostics Test Diagnostics influenza virus 1390 102 7 12455 1489 12 2551 25 1 RSV 1537 378 25 3300 297 9 2171 451 21 S pneumoniae 67 12 18 967 63 7 L pneumophila 168 1 1 405 4 1 954 9 1 M pneumoniae 668 25 4 1184 47 4 C burnetii 244 0 0 B pertussis 561 20 4 761 10 1 Procalcitonin 1169 206 18 1090 169 16 774 104 13 S pyogenes 1817 339 19 2912 567 19 2210 420 19 EBV 82 9 11 143 13 9 146 16 11 EV 296 84 28 482 92 19 416 58 14 HSV-12 3 0 0 114 3 3 251 3 1 S pneumoniae 267 10 4 479 10 2 410 14 3 N meningitidis 272 6 2 480 3 1 403 6 1 M pneumoniae 38 1 3 144 0 0 Rotavirusadeno 537 105 20 1075 313 29 1221 295 24 C difficile 352 7 2 518 10 2 535 17 3 H pylori 33 4 12 49 4 8 60 1 2 S agalactiae 149 21 14 352 64 18 417 66 16 HIV 199 2 1 401 4 1 269 5 2 Plasmodium spp 277 50 18 367 90 25 382 83 22 Dengue virus 45 4 9 66 6 9 15 2 13 C tetani 16 8 50 21 18 86 Total 8593 1328 15 26038 3204 12 16506 1713 10
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Activiteacute exponentielle
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
29
Core Other
Remote mobile POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Core Laboratory Other
Remote POC in patientrsquos premices
Assistance Publique des Hocircpitaux de Marseille
POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Remote POC
Perspectives POC deacutelocaliseacute Afrique
Clinics hospitals laboratories In France and abroad
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
Place des nouveaux outils moleacuteculaires
30
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique kit peacutericardique
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application meacutetageacutenomique
32
Detection Torque teno virus et papillomavirus dans le liquide peacutericardique pour la 1ere fois chez lrsquohomme
PLoS One 2014 Apr 19(4)e93367 2014 Viral communities associated with human pericardial fluids in idiopathic pericarditis Fancello L Monteil S Popgeorgiev N Rivet R Gouriet F Fournier PE Raoult D Desnues C
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique ex Kit endocardite
33
Geacutenome en temps reacuteel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application geacutenome en temps reacuteel
bull Geacutenome en temps reacuteel de Sepidermidis
J Clin Microbiol 2013 May51(5)1617-21 Deciphering genomic virulence traits of a Staphylococcus epidermidis strain causing native-valve endocarditis Fournier PE Gouriet F Gimenez G Robert C Raoult D
Staphylococcus epidermidis souche isoleacutee de 3 heacutemocultures sur 3 chez responsable drsquoune endocardite aortique chez un homme de 26 ans geacutenome de 25-Mb sequence unique avec 32 genes de virulence CSUR P278
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
remerciements
bull Pr Michel Drancourt bull Dr jean-Paul Casalta bull Dr Pierre Yves Levy bull Pr jean Marc Rolain
35
Merci pour votre attention
- Nouvelles techniques pour quelles avanceacutees en microbiologie meacutedicale
- Diapositive numeacutero 2
- Diapositive numeacutero 3
- Nouvelles applications de la spectromeacutetrie de masse au laboratoire de Microbiologie
- Apport de la Spectromeacutetrie de masse pour le diagnostic microbiologique
- Interpreacutetation des reacutesultats
- Performances des diffeacuterentsSpectromegravetre disponible pour la microbiologie
- Problegravemes drsquoidentification Discordance MALDI_Tof et identification classique
- Diapositive numeacutero 9
- Identification pheacutenotypique classique spectromeacutetrie de masse
- Diapositive numeacutero 11
- Diapositive numeacutero 12
- Diapositive numeacutero 13
- Diapositive numeacutero 14
- Diapositive numeacutero 15
- Diapositive numeacutero 16
- Diapositive numeacutero 17
- Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
- Organisation du laboratoire central en microbiologie
- Objectif laboratoire drsquourgence
- Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
- Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
- Diapositive numeacutero 23
- Real-time PCR assays syndrome-specific strips
- Diapositive numeacutero 25
- Diapositive numeacutero 26
- Diapositive numeacutero 27
- Diapositive numeacutero 28
- Diapositive numeacutero 29
- Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
- Approche syndromique kit peacutericardique
- Application meacutetageacutenomique
- Approche syndromique ex Kit endocardite
- Application geacutenome en temps reacuteel
- remerciements
-
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
2
6
4
9
0
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
2005 2006 2007 2008
Ndeg o
f pat
ient
year
18 souches Issues de13 patients
Deacutetection drsquoune eacutepideacutemie
Emerging Infectious Diseases bull wwwcdcgoveid bull Vol 16 No 8 August 2010
Arbre phylogeacuteneacutetique position des Corynebacterium spp comparaisons MALDI-TOF (A) et sequences partielle ARN ndashsous uniteacute beta de polymerase gene rpoB (B)
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Surveillance drsquoune eacutepideacutemie
01002003004005006007008009001000
MSP Dendrogram
Distance Level
C1
C2
C3
C4
C5
bull 622 isolats
bull 5 clusters
bull Cluster associations
ndash Origine Geographical bull Algeacuterie ST80 (C1)
bull Marseille (C2-C5)
ndash Origine Clinique bull Patients non-mucovicidosique (C5)
bull Patients mucovicidosique ndash C1 and C2 children
ndash C3 and C4 adults
Staphylococcus aureus et mucovicidose
Clusters identification de pheacutenotypes
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Epideacutemie et origine geacuteographique
Klebsiella pneumoniae
01002003004005006007008009001000K pneumoniae SKP3K pneumoniae SKP4K pneumoniae SKP2K pneumoniae SKP8K pneumoniae OKP5K pneumoniae OKP9K pneumoniae SKP14K pneumoniae SKP7K pneumoniae SKP9K pneumoniae SKP15K pneumoniae SKP29K pneumoniae OKP15K pneumoniae KP61K pneumoniae KP74K pneumoniae SKP28K pneumoniae SKP27K pneumoniae KP63K pneumoniae OKP8K pneumoniae KP73K pneumoniae KP78K pneumoniae OKP10K pneumoniae KP62K pneumoniae SKP22K pneumoniae OKP13K pneumoniae SKP23K pneumoniae SKP26K pneumoniae KP80K pneumoniae KP70K pneumoniae KP76K pneumoniae KP77K pneumoniae SKP30K pneumoniae OKP7K pneumoniae OKP3K pneumoniae OKP6K pneumoniae SKP1K pneumoniae KP64K pneumoniae KP98K pneumoniae SKP25K pneumoniae KP79K pneumoniae SKP6K pneumoniae KP101K pneumoniae KP83K pneumoniae SKP17K pneumoniae SKP21K pneumoniae KP95K pneumoniae KP69K pneumoniae KP81K pneumoniae OKP11K pneumoniae KP96K pneumoniae OKP1K pneumoniae KP82K pneumoniae SKP16K pneumoniae KP102K pneumoniae KP65K pneumoniae KP85K pneumoniae KP86K pneumoniae KP90K pneumoniae OKP4K pneumoniae KP67K pneumoniae KP87K pneumoniae KP88K pneumoniae OKP14K pneumoniae KP68K pneumoniae KP92K pneumoniae OKP12K pneumoniae KP93K pneumoniae 129K pneumoniae OKP2K pneumoniae 131K pneumoniae CSUR P130K pneumoniae KP89K pneumoniae SKP20K pneumoniae 128K pneumoniae 130K pneumoniae 64K pneumoniae 108K pneumoniae 63K pneumoniae 67K pneumoniae 121K pneumoniae 88K pneumoniae 1K pneumoniae 116K pneumoniae 27K pneumoniae 52K pneumoniae 65K pneumoniae 34K pneumoniae 36K pneumoniae 109K pneumoniae 169K pneumoniae 79K pneumoniae 117K pneumoniae 7K pneumoniae 113K pneumoniae 40K pneumoniae 115K pneumoniae 19K pneumoniae 82K pneumoniae 123K pneumoniae 5K pneumoniae 2K pneumoniae 38K pneumoniae 74K pneumoniae 62K pneumoniae 3K pneumoniae 32K pneumoniae 6K pneumoniae 77K pneumoniae 94K pneumoniae 110K pneumoniae 78K pneumoniae 20K pneumoniae 125K pneumoniae 119K pneumoniae 76K pneumoniae 98K pneumoniae 66K pneumoniae 17K pneumoniae 90K pneumoniae 23K pneumoniae 31K pneumoniae 10K pneumoniae 144K pneumoniae 16K pneumoniae 60K pneumoniae 96K pneumoniae 75K pneumoniae 86K pneumoniae 97K pneumoniae 112K pneumoniae 118K pneumoniae 80K pneumoniae 104K pneumoniae 35K pneumoniae 85K pneumoniae 99K pneumoniae 106K pneumoniae 120K pneumoniae 91K pneumoniae 22K pneumoniae 49K pneumoniae 58K pneumoniae 41K pneumoniae 137K pneumoniae 68K pneumoniae 149K pneumoniae 105K pneumoniae 47K pneumoniae 53K pneumoniae 147K pneumoniae 18K pneumoniae 81K pneumoniae 59K pneumoniae 61K pneumoniae 93K pneumoniae 11K pneumoniae 37K pneumoniae 92K pneumoniae 148K pneumoniae 146K pneumoniae 102K pneumoniae 114K pneumoniae 12K pneumoniae 156K pneumoniae 111K pneumoniae 30K pneumoniae 126K pneumoniae 84K pneumoniae 138K pneumoniae 54K pneumoniae 150K pneumoniae 46K pneumoniae 28K pneumoniae 158K pneumoniae 159K pneumoniae 167K pneumoniae 164K pneumoniae 165K pneumoniae 168K pneumoniae 166K pneumoniae 160K pneumoniae 161K pneumoniae 163K pneumoniae 103K pneumoniae 87K pneumoniae 83K pneumoniae 21K pneumoniae 73K pneumoniae 157K pneumoniae 133K pneumoniae 14K pneumoniae 89K pneumoniae 95K pneumoniae 69K pneumoniae 136K pneumoniae 134K pneumoniae 152K pneumoniae 48K pneumoniae 155K pneumoniae 55K pneumoniae 33K pneumoniae 135K pneumoniae 142K pneumoniae 42K pneumoniae 154K pneumoniae 13K pneumoniae 9K pneumoniae 153K pneumoniae 100K pneumoniae 8K pneumoniae 101K pneumoniae 145K pneumoniae 15K pneumoniae 4K pneumoniae 162K pneumoniae 39K pneumoniae 107K pneumoniae 25K pneumoniae 45K pneumoniae 72K pneumoniae 127K pneumoniae 29K pneumoniae NCTC13443K pneumoniae 122K pneumoniae 124K pneumoniae 57K pneumoniae 132K pneumoniae 140K pneumoniae 26K pneumoniae 56K pneumoniae 141K pneumoniae 43K pneumoniae 139K pneumoniae 143K pneumoniae 151K pneumoniae 70K pneumoniae 51K pneumoniae 71K pneumoniae 24K pneumoniae 44
MSP Dendrogram
Distance Level
Marseille - France
Algeria
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
Klebsiella pneumoniae Sensible Imipeacutenegraveme ndash Test Imipeacutenegraveme IMP pic speacutecifique agrave 300 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F8 MS Raw
00
05
10
15
205x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0G7 MS Raw
00
05
10
15
5x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0M10 MS Raw
0
2
4
6
4x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0M20 MS Raw
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2
4
64x10
Inte
ns [
au
]
240 260 280 300 320 340 360 380mz
IMP 1 B T0
IMP 1 B T2
IMP 1 B T1
Matrice +Nacl
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Klebsiella pneumoniae NDM-1 Positive ndash Test Imipeacutenegraveme IMP pic speacutecifique agrave 300 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F7 MS Raw
00
05
10
15
4x10
Inte
ns [
au
]
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04
06
08
5x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0A11 MS Raw
0
2
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Inte
ns [
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]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0N19 MS Raw
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1
2
3
4
5
64x10
Inte
ns [
au
]
250 260 270 280 290 300 310 320 330mz
IMP 1 B T0
IMP 1 B T2
IMP 1 B T1
Matrice +Nacl
Disparition de lrsquoIMP agrave T1
imipenemmetabolite
carbapenemase
NH
O OH
S
NH NH
H
C11H17N3O2S N
O OH
S
NH NH
HHOH
OC12H17N3O4S
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Klebsiella pneumoniae NDM-1 Positive ndash Test Meacuteropeacutenegraveme MER pic speacutecifique agrave 384 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F7 MS Raw
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05
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155x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0M15 MS Raw
00
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105x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J11 MS Raw
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Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J21 MS Raw
00
05
10
15
20
5x10
Inte
ns [
au
]
360 370 380 390 400 410 420mz
Matrice+NACL
MER 1 B to
MER 1 B t2
MER 1 B t1 Disparition de MER agrave T1
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Strain type No of isolates
(Location of isolates [ Noof isolates])
MALDI-TOF analysis
Range of the ratio of the area of
imipenemmetabolite based on the time of
incubation
No of isolates detected as carbapenemase
producers based on the time of incubation
2h 4h 2h 4h
Carbapenem-resistant strains (70) (imipenem MIC gt8 mgL) lt001-177 lt001-026 67 70
K pneumoniae KPC 1 lt001 lt001 1 1
K pneumoniae NDM-1 2
P aeruginosa VIM 2
P aeruginosa IMP 2
lt001
lt001
lt001
lt001
ND
ND
2
2
2
2
2
2
Abaumannii blaOXA23-like 57 (Marseille [17] Algeria [40]) lt001-177 lt001-039 54 57
Abaumannii blaOXA24-like 3 (Algeria) lt001 002-004 3 3
Abaumannii blaOXA23-like + blaOXA24-like 3 (Algeria) lt001-048 lt001-026 3 3
Carbapenem-susceptible strains (79) (imipenem MIC le2 mgL) lt001-1286 lt001 -1484 0 0
K pneumoniae ESBL 31 (Algeria)
K pneumoniae non ESBL 4 (Algeria)
Escherichia coli ATCC 25922 (1)
ND
ND
164
064-1484
124-582
117
0
0
0
0
0
0
A baumannii 43 (Marseille [1] Algeria [42]) 061-1286 076 -326 0 0
Table 1 Characterization of the 149 bacterial strains analyzed and data summary of imipenem hydrolysis assay utilizing MALDI-TOF MS
Sensitivity = 100 Specificity = 100 (t=4h)
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
18
bull Les tests microbiologiques ameacuteliorent la prise en charge des malades si les reacutesultats sont disponibles dans le temps du soin
Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014 19
Organisation du laboratoire central en microbiologie
eacutechantillons
Preacutelegravevements drsquoenvironnement
- reacuteservoirs - vecteurs
PRE-ANALYTIQUE ANALYTIQUE POST-ANALYTIQUE
gt Reacuteception 2424 365 joursan
gt Enregistrement
gt Dispatching
Seacuterologies Automates
inoculation automatique
Inoculation Manuelle bull cellules bull animaux
Identi
ficati
on M
ALDI
-TOF
bull Identification par seacutequenccedilage bullGeacutenomique au deacutebit
Antibiogramme automatiseacute
bull Validation
bull Expertise et conseil theacuterapeutique bull Contact avec cliniciens
Limites des laboratoires cœur reacutesultats retardeacutes dans les tests de routine
Regroupement geacuteographique des laboratoires sur un seul site
Creacuteation de laboratoires secondaire drsquourgence
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Objectif laboratoire drsquourgence
bull Prise en charge meacutedicale rapide des maladies infectieuses en fournissant les reacutesultats des analyses microbiologiques pendant que les malades sont encore en service drsquourgence =gt Reacutesultats lt 4 heures
bull Afin de reacutepondre agrave 4 questions cruciales
bull 1 ndash Hospitalisation neacutecessaire
bull 2 ndash isolement requis
bull 3 ndashtraitement anti-infectieux neacutecessaire
bull 4 ndashanalyses compleacutementaires neacutecessaires
20
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
21
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
OrdiOrdi
Ordi+ imp
OrdiOrdi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm OrdiOrdi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
22
bull Reacutesultats en moins de 4 heures transmission SMS
bull bonne valeur preacutedictive
bull deacutepistage par syndrome
bull Reacutesultats modifient la prise en charge
Immunochromatographie PCR en temps reacuteel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
23
Pneumonia bull Flu ICT bull VRS ICT bull Mycoplasma pneumoniae PCR bull Whooping-cough (B pertussis) PCR bull Coxiella burnetii PCR bull Staphylococcus aureus (ICU only) PCR bull Pneumocystis jiroveci PCR bull Legionella urinary antigen bull Pneumococcal urinary antigen
Gastro-enteritis diarrhoea bull Rotavirus ndash adenovirus ICT bull Norovirus ICT bull Clostridium difficile - Helicobacter pylori ICT
Tropical fever bull Malaria PCR bull Malaria ICT bull Dengue ICT
Meningitis bull Cytology bull Enterovirus PCR bull Herpes virus PCR bull Varicella zoster virus PCR bull Meningococcus PCR bull Pneumococcus PCR bull Cryptococcus
Gynecology bull HIV ICT bull Group B streptococcus PCR bull Atopobium vaginae PCR
Pharyngitis bull Group A streptococcus ICT bull Infectious mononucleosis MNI test
Others bull Blood exposure accident = HIV bull Tetanus toxin ICT bull Procalcitonin
Exploration par syndrome
PNEU
GASTRO
Tropical fever
MENIN
GYNECO
ANG
Other
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Real-time PCR assays syndrome-specific strips
24
LCR code
5 microL
in all wells
Strip 1
HSV VZV PlyN LytA TISS ctrA crgA 7SL-RNA mix
Strip 3
Strip 2 CONTROcircLE NEGATIF - rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
CONTROcircLE POSITIF- Rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
Une barrette par patient ex meacuteningite
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
25
Real-time PCR assays syndrome-specific multiplexed strips
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
cup1 cup2 cup3
5 microL
Code
mix X TISS 7SL-RNA X TISS X
patient Negative control Positive control
7SL-RNA 7SL-RNA
Coxiella burnetii M pneumoniae Bordetella pertussis
Nothing to add ndash Ready to use controls
1 patient par barrette ex pneumonie
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
26
POC PCR en temps reacuteel
Xpertreg Flu Detection of Flu virus de type A and B and H1N1 2009 Preparation 2 min Result 77 min
Xpertreg EV Molecular detection of enterovirus meningitis Preparation 5 min Result 150 min
Xpertreg C difficile Detection of toxigenic et epidemic strains of Clostridium difficile Preparation 2 min Result 47 min
Xpertreg GBS Intrapartum detection of Streptococcus group B Preparation 1 min Result 52 min
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Activiteacute exponentielle
2008 2009 2010 Test Diagnostics Test Diagnostics Test Diagnostics influenza virus 1390 102 7 12455 1489 12 2551 25 1 RSV 1537 378 25 3300 297 9 2171 451 21 S pneumoniae 67 12 18 967 63 7 L pneumophila 168 1 1 405 4 1 954 9 1 M pneumoniae 668 25 4 1184 47 4 C burnetii 244 0 0 B pertussis 561 20 4 761 10 1 Procalcitonin 1169 206 18 1090 169 16 774 104 13 S pyogenes 1817 339 19 2912 567 19 2210 420 19 EBV 82 9 11 143 13 9 146 16 11 EV 296 84 28 482 92 19 416 58 14 HSV-12 3 0 0 114 3 3 251 3 1 S pneumoniae 267 10 4 479 10 2 410 14 3 N meningitidis 272 6 2 480 3 1 403 6 1 M pneumoniae 38 1 3 144 0 0 Rotavirusadeno 537 105 20 1075 313 29 1221 295 24 C difficile 352 7 2 518 10 2 535 17 3 H pylori 33 4 12 49 4 8 60 1 2 S agalactiae 149 21 14 352 64 18 417 66 16 HIV 199 2 1 401 4 1 269 5 2 Plasmodium spp 277 50 18 367 90 25 382 83 22 Dengue virus 45 4 9 66 6 9 15 2 13 C tetani 16 8 50 21 18 86 Total 8593 1328 15 26038 3204 12 16506 1713 10
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Activiteacute exponentielle
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
29
Core Other
Remote mobile POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Core Laboratory Other
Remote POC in patientrsquos premices
Assistance Publique des Hocircpitaux de Marseille
POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Remote POC
Perspectives POC deacutelocaliseacute Afrique
Clinics hospitals laboratories In France and abroad
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
Place des nouveaux outils moleacuteculaires
30
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique kit peacutericardique
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application meacutetageacutenomique
32
Detection Torque teno virus et papillomavirus dans le liquide peacutericardique pour la 1ere fois chez lrsquohomme
PLoS One 2014 Apr 19(4)e93367 2014 Viral communities associated with human pericardial fluids in idiopathic pericarditis Fancello L Monteil S Popgeorgiev N Rivet R Gouriet F Fournier PE Raoult D Desnues C
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique ex Kit endocardite
33
Geacutenome en temps reacuteel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application geacutenome en temps reacuteel
bull Geacutenome en temps reacuteel de Sepidermidis
J Clin Microbiol 2013 May51(5)1617-21 Deciphering genomic virulence traits of a Staphylococcus epidermidis strain causing native-valve endocarditis Fournier PE Gouriet F Gimenez G Robert C Raoult D
Staphylococcus epidermidis souche isoleacutee de 3 heacutemocultures sur 3 chez responsable drsquoune endocardite aortique chez un homme de 26 ans geacutenome de 25-Mb sequence unique avec 32 genes de virulence CSUR P278
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
remerciements
bull Pr Michel Drancourt bull Dr jean-Paul Casalta bull Dr Pierre Yves Levy bull Pr jean Marc Rolain
35
Merci pour votre attention
- Nouvelles techniques pour quelles avanceacutees en microbiologie meacutedicale
- Diapositive numeacutero 2
- Diapositive numeacutero 3
- Nouvelles applications de la spectromeacutetrie de masse au laboratoire de Microbiologie
- Apport de la Spectromeacutetrie de masse pour le diagnostic microbiologique
- Interpreacutetation des reacutesultats
- Performances des diffeacuterentsSpectromegravetre disponible pour la microbiologie
- Problegravemes drsquoidentification Discordance MALDI_Tof et identification classique
- Diapositive numeacutero 9
- Identification pheacutenotypique classique spectromeacutetrie de masse
- Diapositive numeacutero 11
- Diapositive numeacutero 12
- Diapositive numeacutero 13
- Diapositive numeacutero 14
- Diapositive numeacutero 15
- Diapositive numeacutero 16
- Diapositive numeacutero 17
- Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
- Organisation du laboratoire central en microbiologie
- Objectif laboratoire drsquourgence
- Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
- Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
- Diapositive numeacutero 23
- Real-time PCR assays syndrome-specific strips
- Diapositive numeacutero 25
- Diapositive numeacutero 26
- Diapositive numeacutero 27
- Diapositive numeacutero 28
- Diapositive numeacutero 29
- Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
- Approche syndromique kit peacutericardique
- Application meacutetageacutenomique
- Approche syndromique ex Kit endocardite
- Application geacutenome en temps reacuteel
- remerciements
-
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Surveillance drsquoune eacutepideacutemie
01002003004005006007008009001000
MSP Dendrogram
Distance Level
C1
C2
C3
C4
C5
bull 622 isolats
bull 5 clusters
bull Cluster associations
ndash Origine Geographical bull Algeacuterie ST80 (C1)
bull Marseille (C2-C5)
ndash Origine Clinique bull Patients non-mucovicidosique (C5)
bull Patients mucovicidosique ndash C1 and C2 children
ndash C3 and C4 adults
Staphylococcus aureus et mucovicidose
Clusters identification de pheacutenotypes
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Epideacutemie et origine geacuteographique
Klebsiella pneumoniae
01002003004005006007008009001000K pneumoniae SKP3K pneumoniae SKP4K pneumoniae SKP2K pneumoniae SKP8K pneumoniae OKP5K pneumoniae OKP9K pneumoniae SKP14K pneumoniae SKP7K pneumoniae SKP9K pneumoniae SKP15K pneumoniae SKP29K pneumoniae OKP15K pneumoniae KP61K pneumoniae KP74K pneumoniae SKP28K pneumoniae SKP27K pneumoniae KP63K pneumoniae OKP8K pneumoniae KP73K pneumoniae KP78K pneumoniae OKP10K pneumoniae KP62K pneumoniae SKP22K pneumoniae OKP13K pneumoniae SKP23K pneumoniae SKP26K pneumoniae KP80K pneumoniae KP70K pneumoniae KP76K pneumoniae KP77K pneumoniae SKP30K pneumoniae OKP7K pneumoniae OKP3K pneumoniae OKP6K pneumoniae SKP1K pneumoniae KP64K pneumoniae KP98K pneumoniae SKP25K pneumoniae KP79K pneumoniae SKP6K pneumoniae KP101K pneumoniae KP83K pneumoniae SKP17K pneumoniae SKP21K pneumoniae KP95K pneumoniae KP69K pneumoniae KP81K pneumoniae OKP11K pneumoniae KP96K pneumoniae OKP1K pneumoniae KP82K pneumoniae SKP16K pneumoniae KP102K pneumoniae KP65K pneumoniae KP85K pneumoniae KP86K pneumoniae KP90K pneumoniae OKP4K pneumoniae KP67K pneumoniae KP87K pneumoniae KP88K pneumoniae OKP14K pneumoniae KP68K pneumoniae KP92K pneumoniae OKP12K pneumoniae KP93K pneumoniae 129K pneumoniae OKP2K pneumoniae 131K pneumoniae CSUR P130K pneumoniae KP89K pneumoniae SKP20K pneumoniae 128K pneumoniae 130K pneumoniae 64K pneumoniae 108K pneumoniae 63K pneumoniae 67K pneumoniae 121K pneumoniae 88K pneumoniae 1K pneumoniae 116K pneumoniae 27K pneumoniae 52K pneumoniae 65K pneumoniae 34K pneumoniae 36K pneumoniae 109K pneumoniae 169K pneumoniae 79K pneumoniae 117K pneumoniae 7K pneumoniae 113K pneumoniae 40K pneumoniae 115K pneumoniae 19K pneumoniae 82K pneumoniae 123K pneumoniae 5K pneumoniae 2K pneumoniae 38K pneumoniae 74K pneumoniae 62K pneumoniae 3K pneumoniae 32K pneumoniae 6K pneumoniae 77K pneumoniae 94K pneumoniae 110K pneumoniae 78K pneumoniae 20K pneumoniae 125K pneumoniae 119K pneumoniae 76K pneumoniae 98K pneumoniae 66K pneumoniae 17K pneumoniae 90K pneumoniae 23K pneumoniae 31K pneumoniae 10K pneumoniae 144K pneumoniae 16K pneumoniae 60K pneumoniae 96K pneumoniae 75K pneumoniae 86K pneumoniae 97K pneumoniae 112K pneumoniae 118K pneumoniae 80K pneumoniae 104K pneumoniae 35K pneumoniae 85K pneumoniae 99K pneumoniae 106K pneumoniae 120K pneumoniae 91K pneumoniae 22K pneumoniae 49K pneumoniae 58K pneumoniae 41K pneumoniae 137K pneumoniae 68K pneumoniae 149K pneumoniae 105K pneumoniae 47K pneumoniae 53K pneumoniae 147K pneumoniae 18K pneumoniae 81K pneumoniae 59K pneumoniae 61K pneumoniae 93K pneumoniae 11K pneumoniae 37K pneumoniae 92K pneumoniae 148K pneumoniae 146K pneumoniae 102K pneumoniae 114K pneumoniae 12K pneumoniae 156K pneumoniae 111K pneumoniae 30K pneumoniae 126K pneumoniae 84K pneumoniae 138K pneumoniae 54K pneumoniae 150K pneumoniae 46K pneumoniae 28K pneumoniae 158K pneumoniae 159K pneumoniae 167K pneumoniae 164K pneumoniae 165K pneumoniae 168K pneumoniae 166K pneumoniae 160K pneumoniae 161K pneumoniae 163K pneumoniae 103K pneumoniae 87K pneumoniae 83K pneumoniae 21K pneumoniae 73K pneumoniae 157K pneumoniae 133K pneumoniae 14K pneumoniae 89K pneumoniae 95K pneumoniae 69K pneumoniae 136K pneumoniae 134K pneumoniae 152K pneumoniae 48K pneumoniae 155K pneumoniae 55K pneumoniae 33K pneumoniae 135K pneumoniae 142K pneumoniae 42K pneumoniae 154K pneumoniae 13K pneumoniae 9K pneumoniae 153K pneumoniae 100K pneumoniae 8K pneumoniae 101K pneumoniae 145K pneumoniae 15K pneumoniae 4K pneumoniae 162K pneumoniae 39K pneumoniae 107K pneumoniae 25K pneumoniae 45K pneumoniae 72K pneumoniae 127K pneumoniae 29K pneumoniae NCTC13443K pneumoniae 122K pneumoniae 124K pneumoniae 57K pneumoniae 132K pneumoniae 140K pneumoniae 26K pneumoniae 56K pneumoniae 141K pneumoniae 43K pneumoniae 139K pneumoniae 143K pneumoniae 151K pneumoniae 70K pneumoniae 51K pneumoniae 71K pneumoniae 24K pneumoniae 44
MSP Dendrogram
Distance Level
Marseille - France
Algeria
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
Klebsiella pneumoniae Sensible Imipeacutenegraveme ndash Test Imipeacutenegraveme IMP pic speacutecifique agrave 300 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F8 MS Raw
00
05
10
15
205x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0G7 MS Raw
00
05
10
15
5x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0M10 MS Raw
0
2
4
6
4x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0M20 MS Raw
0
2
4
64x10
Inte
ns [
au
]
240 260 280 300 320 340 360 380mz
IMP 1 B T0
IMP 1 B T2
IMP 1 B T1
Matrice +Nacl
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Klebsiella pneumoniae NDM-1 Positive ndash Test Imipeacutenegraveme IMP pic speacutecifique agrave 300 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F7 MS Raw
00
05
10
15
4x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J15 MS Raw
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02
04
06
08
5x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0A11 MS Raw
0
2
4
64x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0N19 MS Raw
0
1
2
3
4
5
64x10
Inte
ns [
au
]
250 260 270 280 290 300 310 320 330mz
IMP 1 B T0
IMP 1 B T2
IMP 1 B T1
Matrice +Nacl
Disparition de lrsquoIMP agrave T1
imipenemmetabolite
carbapenemase
NH
O OH
S
NH NH
H
C11H17N3O2S N
O OH
S
NH NH
HHOH
OC12H17N3O4S
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Klebsiella pneumoniae NDM-1 Positive ndash Test Meacuteropeacutenegraveme MER pic speacutecifique agrave 384 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F7 MS Raw
00
05
10
155x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0M15 MS Raw
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08
105x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J11 MS Raw
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5x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J21 MS Raw
00
05
10
15
20
5x10
Inte
ns [
au
]
360 370 380 390 400 410 420mz
Matrice+NACL
MER 1 B to
MER 1 B t2
MER 1 B t1 Disparition de MER agrave T1
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Strain type No of isolates
(Location of isolates [ Noof isolates])
MALDI-TOF analysis
Range of the ratio of the area of
imipenemmetabolite based on the time of
incubation
No of isolates detected as carbapenemase
producers based on the time of incubation
2h 4h 2h 4h
Carbapenem-resistant strains (70) (imipenem MIC gt8 mgL) lt001-177 lt001-026 67 70
K pneumoniae KPC 1 lt001 lt001 1 1
K pneumoniae NDM-1 2
P aeruginosa VIM 2
P aeruginosa IMP 2
lt001
lt001
lt001
lt001
ND
ND
2
2
2
2
2
2
Abaumannii blaOXA23-like 57 (Marseille [17] Algeria [40]) lt001-177 lt001-039 54 57
Abaumannii blaOXA24-like 3 (Algeria) lt001 002-004 3 3
Abaumannii blaOXA23-like + blaOXA24-like 3 (Algeria) lt001-048 lt001-026 3 3
Carbapenem-susceptible strains (79) (imipenem MIC le2 mgL) lt001-1286 lt001 -1484 0 0
K pneumoniae ESBL 31 (Algeria)
K pneumoniae non ESBL 4 (Algeria)
Escherichia coli ATCC 25922 (1)
ND
ND
164
064-1484
124-582
117
0
0
0
0
0
0
A baumannii 43 (Marseille [1] Algeria [42]) 061-1286 076 -326 0 0
Table 1 Characterization of the 149 bacterial strains analyzed and data summary of imipenem hydrolysis assay utilizing MALDI-TOF MS
Sensitivity = 100 Specificity = 100 (t=4h)
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
18
bull Les tests microbiologiques ameacuteliorent la prise en charge des malades si les reacutesultats sont disponibles dans le temps du soin
Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014 19
Organisation du laboratoire central en microbiologie
eacutechantillons
Preacutelegravevements drsquoenvironnement
- reacuteservoirs - vecteurs
PRE-ANALYTIQUE ANALYTIQUE POST-ANALYTIQUE
gt Reacuteception 2424 365 joursan
gt Enregistrement
gt Dispatching
Seacuterologies Automates
inoculation automatique
Inoculation Manuelle bull cellules bull animaux
Identi
ficati
on M
ALDI
-TOF
bull Identification par seacutequenccedilage bullGeacutenomique au deacutebit
Antibiogramme automatiseacute
bull Validation
bull Expertise et conseil theacuterapeutique bull Contact avec cliniciens
Limites des laboratoires cœur reacutesultats retardeacutes dans les tests de routine
Regroupement geacuteographique des laboratoires sur un seul site
Creacuteation de laboratoires secondaire drsquourgence
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Objectif laboratoire drsquourgence
bull Prise en charge meacutedicale rapide des maladies infectieuses en fournissant les reacutesultats des analyses microbiologiques pendant que les malades sont encore en service drsquourgence =gt Reacutesultats lt 4 heures
bull Afin de reacutepondre agrave 4 questions cruciales
bull 1 ndash Hospitalisation neacutecessaire
bull 2 ndash isolement requis
bull 3 ndashtraitement anti-infectieux neacutecessaire
bull 4 ndashanalyses compleacutementaires neacutecessaires
20
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
21
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
OrdiOrdi
Ordi+ imp
OrdiOrdi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm OrdiOrdi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
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Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
22
bull Reacutesultats en moins de 4 heures transmission SMS
bull bonne valeur preacutedictive
bull deacutepistage par syndrome
bull Reacutesultats modifient la prise en charge
Immunochromatographie PCR en temps reacuteel
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23
Pneumonia bull Flu ICT bull VRS ICT bull Mycoplasma pneumoniae PCR bull Whooping-cough (B pertussis) PCR bull Coxiella burnetii PCR bull Staphylococcus aureus (ICU only) PCR bull Pneumocystis jiroveci PCR bull Legionella urinary antigen bull Pneumococcal urinary antigen
Gastro-enteritis diarrhoea bull Rotavirus ndash adenovirus ICT bull Norovirus ICT bull Clostridium difficile - Helicobacter pylori ICT
Tropical fever bull Malaria PCR bull Malaria ICT bull Dengue ICT
Meningitis bull Cytology bull Enterovirus PCR bull Herpes virus PCR bull Varicella zoster virus PCR bull Meningococcus PCR bull Pneumococcus PCR bull Cryptococcus
Gynecology bull HIV ICT bull Group B streptococcus PCR bull Atopobium vaginae PCR
Pharyngitis bull Group A streptococcus ICT bull Infectious mononucleosis MNI test
Others bull Blood exposure accident = HIV bull Tetanus toxin ICT bull Procalcitonin
Exploration par syndrome
PNEU
GASTRO
Tropical fever
MENIN
GYNECO
ANG
Other
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Real-time PCR assays syndrome-specific strips
24
LCR code
5 microL
in all wells
Strip 1
HSV VZV PlyN LytA TISS ctrA crgA 7SL-RNA mix
Strip 3
Strip 2 CONTROcircLE NEGATIF - rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
CONTROcircLE POSITIF- Rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
Une barrette par patient ex meacuteningite
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
25
Real-time PCR assays syndrome-specific multiplexed strips
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
cup1 cup2 cup3
5 microL
Code
mix X TISS 7SL-RNA X TISS X
patient Negative control Positive control
7SL-RNA 7SL-RNA
Coxiella burnetii M pneumoniae Bordetella pertussis
Nothing to add ndash Ready to use controls
1 patient par barrette ex pneumonie
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
26
POC PCR en temps reacuteel
Xpertreg Flu Detection of Flu virus de type A and B and H1N1 2009 Preparation 2 min Result 77 min
Xpertreg EV Molecular detection of enterovirus meningitis Preparation 5 min Result 150 min
Xpertreg C difficile Detection of toxigenic et epidemic strains of Clostridium difficile Preparation 2 min Result 47 min
Xpertreg GBS Intrapartum detection of Streptococcus group B Preparation 1 min Result 52 min
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Activiteacute exponentielle
2008 2009 2010 Test Diagnostics Test Diagnostics Test Diagnostics influenza virus 1390 102 7 12455 1489 12 2551 25 1 RSV 1537 378 25 3300 297 9 2171 451 21 S pneumoniae 67 12 18 967 63 7 L pneumophila 168 1 1 405 4 1 954 9 1 M pneumoniae 668 25 4 1184 47 4 C burnetii 244 0 0 B pertussis 561 20 4 761 10 1 Procalcitonin 1169 206 18 1090 169 16 774 104 13 S pyogenes 1817 339 19 2912 567 19 2210 420 19 EBV 82 9 11 143 13 9 146 16 11 EV 296 84 28 482 92 19 416 58 14 HSV-12 3 0 0 114 3 3 251 3 1 S pneumoniae 267 10 4 479 10 2 410 14 3 N meningitidis 272 6 2 480 3 1 403 6 1 M pneumoniae 38 1 3 144 0 0 Rotavirusadeno 537 105 20 1075 313 29 1221 295 24 C difficile 352 7 2 518 10 2 535 17 3 H pylori 33 4 12 49 4 8 60 1 2 S agalactiae 149 21 14 352 64 18 417 66 16 HIV 199 2 1 401 4 1 269 5 2 Plasmodium spp 277 50 18 367 90 25 382 83 22 Dengue virus 45 4 9 66 6 9 15 2 13 C tetani 16 8 50 21 18 86 Total 8593 1328 15 26038 3204 12 16506 1713 10
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Activiteacute exponentielle
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
29
Core Other
Remote mobile POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Core Laboratory Other
Remote POC in patientrsquos premices
Assistance Publique des Hocircpitaux de Marseille
POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Remote POC
Perspectives POC deacutelocaliseacute Afrique
Clinics hospitals laboratories In France and abroad
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
Place des nouveaux outils moleacuteculaires
30
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique kit peacutericardique
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application meacutetageacutenomique
32
Detection Torque teno virus et papillomavirus dans le liquide peacutericardique pour la 1ere fois chez lrsquohomme
PLoS One 2014 Apr 19(4)e93367 2014 Viral communities associated with human pericardial fluids in idiopathic pericarditis Fancello L Monteil S Popgeorgiev N Rivet R Gouriet F Fournier PE Raoult D Desnues C
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique ex Kit endocardite
33
Geacutenome en temps reacuteel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application geacutenome en temps reacuteel
bull Geacutenome en temps reacuteel de Sepidermidis
J Clin Microbiol 2013 May51(5)1617-21 Deciphering genomic virulence traits of a Staphylococcus epidermidis strain causing native-valve endocarditis Fournier PE Gouriet F Gimenez G Robert C Raoult D
Staphylococcus epidermidis souche isoleacutee de 3 heacutemocultures sur 3 chez responsable drsquoune endocardite aortique chez un homme de 26 ans geacutenome de 25-Mb sequence unique avec 32 genes de virulence CSUR P278
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
remerciements
bull Pr Michel Drancourt bull Dr jean-Paul Casalta bull Dr Pierre Yves Levy bull Pr jean Marc Rolain
35
Merci pour votre attention
- Nouvelles techniques pour quelles avanceacutees en microbiologie meacutedicale
- Diapositive numeacutero 2
- Diapositive numeacutero 3
- Nouvelles applications de la spectromeacutetrie de masse au laboratoire de Microbiologie
- Apport de la Spectromeacutetrie de masse pour le diagnostic microbiologique
- Interpreacutetation des reacutesultats
- Performances des diffeacuterentsSpectromegravetre disponible pour la microbiologie
- Problegravemes drsquoidentification Discordance MALDI_Tof et identification classique
- Diapositive numeacutero 9
- Identification pheacutenotypique classique spectromeacutetrie de masse
- Diapositive numeacutero 11
- Diapositive numeacutero 12
- Diapositive numeacutero 13
- Diapositive numeacutero 14
- Diapositive numeacutero 15
- Diapositive numeacutero 16
- Diapositive numeacutero 17
- Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
- Organisation du laboratoire central en microbiologie
- Objectif laboratoire drsquourgence
- Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
- Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
- Diapositive numeacutero 23
- Real-time PCR assays syndrome-specific strips
- Diapositive numeacutero 25
- Diapositive numeacutero 26
- Diapositive numeacutero 27
- Diapositive numeacutero 28
- Diapositive numeacutero 29
- Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
- Approche syndromique kit peacutericardique
- Application meacutetageacutenomique
- Approche syndromique ex Kit endocardite
- Application geacutenome en temps reacuteel
- remerciements
-
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Epideacutemie et origine geacuteographique
Klebsiella pneumoniae
01002003004005006007008009001000K pneumoniae SKP3K pneumoniae SKP4K pneumoniae SKP2K pneumoniae SKP8K pneumoniae OKP5K pneumoniae OKP9K pneumoniae SKP14K pneumoniae SKP7K pneumoniae SKP9K pneumoniae SKP15K pneumoniae SKP29K pneumoniae OKP15K pneumoniae KP61K pneumoniae KP74K pneumoniae SKP28K pneumoniae SKP27K pneumoniae KP63K pneumoniae OKP8K pneumoniae KP73K pneumoniae KP78K pneumoniae OKP10K pneumoniae KP62K pneumoniae SKP22K pneumoniae OKP13K pneumoniae SKP23K pneumoniae SKP26K pneumoniae KP80K pneumoniae KP70K pneumoniae KP76K pneumoniae KP77K pneumoniae SKP30K pneumoniae OKP7K pneumoniae OKP3K pneumoniae OKP6K pneumoniae SKP1K pneumoniae KP64K pneumoniae KP98K pneumoniae SKP25K pneumoniae KP79K pneumoniae SKP6K pneumoniae KP101K pneumoniae KP83K pneumoniae SKP17K pneumoniae SKP21K pneumoniae KP95K pneumoniae KP69K pneumoniae KP81K pneumoniae OKP11K pneumoniae KP96K pneumoniae OKP1K pneumoniae KP82K pneumoniae SKP16K pneumoniae KP102K pneumoniae KP65K pneumoniae KP85K pneumoniae KP86K pneumoniae KP90K pneumoniae OKP4K pneumoniae KP67K pneumoniae KP87K pneumoniae KP88K pneumoniae OKP14K pneumoniae KP68K pneumoniae KP92K pneumoniae OKP12K pneumoniae KP93K pneumoniae 129K pneumoniae OKP2K pneumoniae 131K pneumoniae CSUR P130K pneumoniae KP89K pneumoniae SKP20K pneumoniae 128K pneumoniae 130K pneumoniae 64K pneumoniae 108K pneumoniae 63K pneumoniae 67K pneumoniae 121K pneumoniae 88K pneumoniae 1K pneumoniae 116K pneumoniae 27K pneumoniae 52K pneumoniae 65K pneumoniae 34K pneumoniae 36K pneumoniae 109K pneumoniae 169K pneumoniae 79K pneumoniae 117K pneumoniae 7K pneumoniae 113K pneumoniae 40K pneumoniae 115K pneumoniae 19K pneumoniae 82K pneumoniae 123K pneumoniae 5K pneumoniae 2K pneumoniae 38K pneumoniae 74K pneumoniae 62K pneumoniae 3K pneumoniae 32K pneumoniae 6K pneumoniae 77K pneumoniae 94K pneumoniae 110K pneumoniae 78K pneumoniae 20K pneumoniae 125K pneumoniae 119K pneumoniae 76K pneumoniae 98K pneumoniae 66K pneumoniae 17K pneumoniae 90K pneumoniae 23K pneumoniae 31K pneumoniae 10K pneumoniae 144K pneumoniae 16K pneumoniae 60K pneumoniae 96K pneumoniae 75K pneumoniae 86K pneumoniae 97K pneumoniae 112K pneumoniae 118K pneumoniae 80K pneumoniae 104K pneumoniae 35K pneumoniae 85K pneumoniae 99K pneumoniae 106K pneumoniae 120K pneumoniae 91K pneumoniae 22K pneumoniae 49K pneumoniae 58K pneumoniae 41K pneumoniae 137K pneumoniae 68K pneumoniae 149K pneumoniae 105K pneumoniae 47K pneumoniae 53K pneumoniae 147K pneumoniae 18K pneumoniae 81K pneumoniae 59K pneumoniae 61K pneumoniae 93K pneumoniae 11K pneumoniae 37K pneumoniae 92K pneumoniae 148K pneumoniae 146K pneumoniae 102K pneumoniae 114K pneumoniae 12K pneumoniae 156K pneumoniae 111K pneumoniae 30K pneumoniae 126K pneumoniae 84K pneumoniae 138K pneumoniae 54K pneumoniae 150K pneumoniae 46K pneumoniae 28K pneumoniae 158K pneumoniae 159K pneumoniae 167K pneumoniae 164K pneumoniae 165K pneumoniae 168K pneumoniae 166K pneumoniae 160K pneumoniae 161K pneumoniae 163K pneumoniae 103K pneumoniae 87K pneumoniae 83K pneumoniae 21K pneumoniae 73K pneumoniae 157K pneumoniae 133K pneumoniae 14K pneumoniae 89K pneumoniae 95K pneumoniae 69K pneumoniae 136K pneumoniae 134K pneumoniae 152K pneumoniae 48K pneumoniae 155K pneumoniae 55K pneumoniae 33K pneumoniae 135K pneumoniae 142K pneumoniae 42K pneumoniae 154K pneumoniae 13K pneumoniae 9K pneumoniae 153K pneumoniae 100K pneumoniae 8K pneumoniae 101K pneumoniae 145K pneumoniae 15K pneumoniae 4K pneumoniae 162K pneumoniae 39K pneumoniae 107K pneumoniae 25K pneumoniae 45K pneumoniae 72K pneumoniae 127K pneumoniae 29K pneumoniae NCTC13443K pneumoniae 122K pneumoniae 124K pneumoniae 57K pneumoniae 132K pneumoniae 140K pneumoniae 26K pneumoniae 56K pneumoniae 141K pneumoniae 43K pneumoniae 139K pneumoniae 143K pneumoniae 151K pneumoniae 70K pneumoniae 51K pneumoniae 71K pneumoniae 24K pneumoniae 44
MSP Dendrogram
Distance Level
Marseille - France
Algeria
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
Klebsiella pneumoniae Sensible Imipeacutenegraveme ndash Test Imipeacutenegraveme IMP pic speacutecifique agrave 300 mz
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240 260 280 300 320 340 360 380mz
IMP 1 B T0
IMP 1 B T2
IMP 1 B T1
Matrice +Nacl
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Klebsiella pneumoniae NDM-1 Positive ndash Test Imipeacutenegraveme IMP pic speacutecifique agrave 300 mz
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4
5
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250 260 270 280 290 300 310 320 330mz
IMP 1 B T0
IMP 1 B T2
IMP 1 B T1
Matrice +Nacl
Disparition de lrsquoIMP agrave T1
imipenemmetabolite
carbapenemase
NH
O OH
S
NH NH
H
C11H17N3O2S N
O OH
S
NH NH
HHOH
OC12H17N3O4S
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Klebsiella pneumoniae NDM-1 Positive ndash Test Meacuteropeacutenegraveme MER pic speacutecifique agrave 384 mz
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Inte
ns [
au
]
360 370 380 390 400 410 420mz
Matrice+NACL
MER 1 B to
MER 1 B t2
MER 1 B t1 Disparition de MER agrave T1
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Strain type No of isolates
(Location of isolates [ Noof isolates])
MALDI-TOF analysis
Range of the ratio of the area of
imipenemmetabolite based on the time of
incubation
No of isolates detected as carbapenemase
producers based on the time of incubation
2h 4h 2h 4h
Carbapenem-resistant strains (70) (imipenem MIC gt8 mgL) lt001-177 lt001-026 67 70
K pneumoniae KPC 1 lt001 lt001 1 1
K pneumoniae NDM-1 2
P aeruginosa VIM 2
P aeruginosa IMP 2
lt001
lt001
lt001
lt001
ND
ND
2
2
2
2
2
2
Abaumannii blaOXA23-like 57 (Marseille [17] Algeria [40]) lt001-177 lt001-039 54 57
Abaumannii blaOXA24-like 3 (Algeria) lt001 002-004 3 3
Abaumannii blaOXA23-like + blaOXA24-like 3 (Algeria) lt001-048 lt001-026 3 3
Carbapenem-susceptible strains (79) (imipenem MIC le2 mgL) lt001-1286 lt001 -1484 0 0
K pneumoniae ESBL 31 (Algeria)
K pneumoniae non ESBL 4 (Algeria)
Escherichia coli ATCC 25922 (1)
ND
ND
164
064-1484
124-582
117
0
0
0
0
0
0
A baumannii 43 (Marseille [1] Algeria [42]) 061-1286 076 -326 0 0
Table 1 Characterization of the 149 bacterial strains analyzed and data summary of imipenem hydrolysis assay utilizing MALDI-TOF MS
Sensitivity = 100 Specificity = 100 (t=4h)
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
18
bull Les tests microbiologiques ameacuteliorent la prise en charge des malades si les reacutesultats sont disponibles dans le temps du soin
Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014 19
Organisation du laboratoire central en microbiologie
eacutechantillons
Preacutelegravevements drsquoenvironnement
- reacuteservoirs - vecteurs
PRE-ANALYTIQUE ANALYTIQUE POST-ANALYTIQUE
gt Reacuteception 2424 365 joursan
gt Enregistrement
gt Dispatching
Seacuterologies Automates
inoculation automatique
Inoculation Manuelle bull cellules bull animaux
Identi
ficati
on M
ALDI
-TOF
bull Identification par seacutequenccedilage bullGeacutenomique au deacutebit
Antibiogramme automatiseacute
bull Validation
bull Expertise et conseil theacuterapeutique bull Contact avec cliniciens
Limites des laboratoires cœur reacutesultats retardeacutes dans les tests de routine
Regroupement geacuteographique des laboratoires sur un seul site
Creacuteation de laboratoires secondaire drsquourgence
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Objectif laboratoire drsquourgence
bull Prise en charge meacutedicale rapide des maladies infectieuses en fournissant les reacutesultats des analyses microbiologiques pendant que les malades sont encore en service drsquourgence =gt Reacutesultats lt 4 heures
bull Afin de reacutepondre agrave 4 questions cruciales
bull 1 ndash Hospitalisation neacutecessaire
bull 2 ndash isolement requis
bull 3 ndashtraitement anti-infectieux neacutecessaire
bull 4 ndashanalyses compleacutementaires neacutecessaires
20
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
21
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
OrdiOrdi
Ordi+ imp
OrdiOrdi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm OrdiOrdi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
22
bull Reacutesultats en moins de 4 heures transmission SMS
bull bonne valeur preacutedictive
bull deacutepistage par syndrome
bull Reacutesultats modifient la prise en charge
Immunochromatographie PCR en temps reacuteel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
23
Pneumonia bull Flu ICT bull VRS ICT bull Mycoplasma pneumoniae PCR bull Whooping-cough (B pertussis) PCR bull Coxiella burnetii PCR bull Staphylococcus aureus (ICU only) PCR bull Pneumocystis jiroveci PCR bull Legionella urinary antigen bull Pneumococcal urinary antigen
Gastro-enteritis diarrhoea bull Rotavirus ndash adenovirus ICT bull Norovirus ICT bull Clostridium difficile - Helicobacter pylori ICT
Tropical fever bull Malaria PCR bull Malaria ICT bull Dengue ICT
Meningitis bull Cytology bull Enterovirus PCR bull Herpes virus PCR bull Varicella zoster virus PCR bull Meningococcus PCR bull Pneumococcus PCR bull Cryptococcus
Gynecology bull HIV ICT bull Group B streptococcus PCR bull Atopobium vaginae PCR
Pharyngitis bull Group A streptococcus ICT bull Infectious mononucleosis MNI test
Others bull Blood exposure accident = HIV bull Tetanus toxin ICT bull Procalcitonin
Exploration par syndrome
PNEU
GASTRO
Tropical fever
MENIN
GYNECO
ANG
Other
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Real-time PCR assays syndrome-specific strips
24
LCR code
5 microL
in all wells
Strip 1
HSV VZV PlyN LytA TISS ctrA crgA 7SL-RNA mix
Strip 3
Strip 2 CONTROcircLE NEGATIF - rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
CONTROcircLE POSITIF- Rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
Une barrette par patient ex meacuteningite
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
25
Real-time PCR assays syndrome-specific multiplexed strips
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
cup1 cup2 cup3
5 microL
Code
mix X TISS 7SL-RNA X TISS X
patient Negative control Positive control
7SL-RNA 7SL-RNA
Coxiella burnetii M pneumoniae Bordetella pertussis
Nothing to add ndash Ready to use controls
1 patient par barrette ex pneumonie
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
26
POC PCR en temps reacuteel
Xpertreg Flu Detection of Flu virus de type A and B and H1N1 2009 Preparation 2 min Result 77 min
Xpertreg EV Molecular detection of enterovirus meningitis Preparation 5 min Result 150 min
Xpertreg C difficile Detection of toxigenic et epidemic strains of Clostridium difficile Preparation 2 min Result 47 min
Xpertreg GBS Intrapartum detection of Streptococcus group B Preparation 1 min Result 52 min
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Activiteacute exponentielle
2008 2009 2010 Test Diagnostics Test Diagnostics Test Diagnostics influenza virus 1390 102 7 12455 1489 12 2551 25 1 RSV 1537 378 25 3300 297 9 2171 451 21 S pneumoniae 67 12 18 967 63 7 L pneumophila 168 1 1 405 4 1 954 9 1 M pneumoniae 668 25 4 1184 47 4 C burnetii 244 0 0 B pertussis 561 20 4 761 10 1 Procalcitonin 1169 206 18 1090 169 16 774 104 13 S pyogenes 1817 339 19 2912 567 19 2210 420 19 EBV 82 9 11 143 13 9 146 16 11 EV 296 84 28 482 92 19 416 58 14 HSV-12 3 0 0 114 3 3 251 3 1 S pneumoniae 267 10 4 479 10 2 410 14 3 N meningitidis 272 6 2 480 3 1 403 6 1 M pneumoniae 38 1 3 144 0 0 Rotavirusadeno 537 105 20 1075 313 29 1221 295 24 C difficile 352 7 2 518 10 2 535 17 3 H pylori 33 4 12 49 4 8 60 1 2 S agalactiae 149 21 14 352 64 18 417 66 16 HIV 199 2 1 401 4 1 269 5 2 Plasmodium spp 277 50 18 367 90 25 382 83 22 Dengue virus 45 4 9 66 6 9 15 2 13 C tetani 16 8 50 21 18 86 Total 8593 1328 15 26038 3204 12 16506 1713 10
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Activiteacute exponentielle
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
29
Core Other
Remote mobile POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Core Laboratory Other
Remote POC in patientrsquos premices
Assistance Publique des Hocircpitaux de Marseille
POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Remote POC
Perspectives POC deacutelocaliseacute Afrique
Clinics hospitals laboratories In France and abroad
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
Place des nouveaux outils moleacuteculaires
30
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique kit peacutericardique
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application meacutetageacutenomique
32
Detection Torque teno virus et papillomavirus dans le liquide peacutericardique pour la 1ere fois chez lrsquohomme
PLoS One 2014 Apr 19(4)e93367 2014 Viral communities associated with human pericardial fluids in idiopathic pericarditis Fancello L Monteil S Popgeorgiev N Rivet R Gouriet F Fournier PE Raoult D Desnues C
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique ex Kit endocardite
33
Geacutenome en temps reacuteel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application geacutenome en temps reacuteel
bull Geacutenome en temps reacuteel de Sepidermidis
J Clin Microbiol 2013 May51(5)1617-21 Deciphering genomic virulence traits of a Staphylococcus epidermidis strain causing native-valve endocarditis Fournier PE Gouriet F Gimenez G Robert C Raoult D
Staphylococcus epidermidis souche isoleacutee de 3 heacutemocultures sur 3 chez responsable drsquoune endocardite aortique chez un homme de 26 ans geacutenome de 25-Mb sequence unique avec 32 genes de virulence CSUR P278
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
remerciements
bull Pr Michel Drancourt bull Dr jean-Paul Casalta bull Dr Pierre Yves Levy bull Pr jean Marc Rolain
35
Merci pour votre attention
- Nouvelles techniques pour quelles avanceacutees en microbiologie meacutedicale
- Diapositive numeacutero 2
- Diapositive numeacutero 3
- Nouvelles applications de la spectromeacutetrie de masse au laboratoire de Microbiologie
- Apport de la Spectromeacutetrie de masse pour le diagnostic microbiologique
- Interpreacutetation des reacutesultats
- Performances des diffeacuterentsSpectromegravetre disponible pour la microbiologie
- Problegravemes drsquoidentification Discordance MALDI_Tof et identification classique
- Diapositive numeacutero 9
- Identification pheacutenotypique classique spectromeacutetrie de masse
- Diapositive numeacutero 11
- Diapositive numeacutero 12
- Diapositive numeacutero 13
- Diapositive numeacutero 14
- Diapositive numeacutero 15
- Diapositive numeacutero 16
- Diapositive numeacutero 17
- Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
- Organisation du laboratoire central en microbiologie
- Objectif laboratoire drsquourgence
- Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
- Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
- Diapositive numeacutero 23
- Real-time PCR assays syndrome-specific strips
- Diapositive numeacutero 25
- Diapositive numeacutero 26
- Diapositive numeacutero 27
- Diapositive numeacutero 28
- Diapositive numeacutero 29
- Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
- Approche syndromique kit peacutericardique
- Application meacutetageacutenomique
- Approche syndromique ex Kit endocardite
- Application geacutenome en temps reacuteel
- remerciements
-
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
Klebsiella pneumoniae Sensible Imipeacutenegraveme ndash Test Imipeacutenegraveme IMP pic speacutecifique agrave 300 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F8 MS Raw
00
05
10
15
205x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0G7 MS Raw
00
05
10
15
5x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0M10 MS Raw
0
2
4
6
4x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0M20 MS Raw
0
2
4
64x10
Inte
ns [
au
]
240 260 280 300 320 340 360 380mz
IMP 1 B T0
IMP 1 B T2
IMP 1 B T1
Matrice +Nacl
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Klebsiella pneumoniae NDM-1 Positive ndash Test Imipeacutenegraveme IMP pic speacutecifique agrave 300 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F7 MS Raw
00
05
10
15
4x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J15 MS Raw
00
02
04
06
08
5x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0A11 MS Raw
0
2
4
64x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0N19 MS Raw
0
1
2
3
4
5
64x10
Inte
ns [
au
]
250 260 270 280 290 300 310 320 330mz
IMP 1 B T0
IMP 1 B T2
IMP 1 B T1
Matrice +Nacl
Disparition de lrsquoIMP agrave T1
imipenemmetabolite
carbapenemase
NH
O OH
S
NH NH
H
C11H17N3O2S N
O OH
S
NH NH
HHOH
OC12H17N3O4S
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Klebsiella pneumoniae NDM-1 Positive ndash Test Meacuteropeacutenegraveme MER pic speacutecifique agrave 384 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F7 MS Raw
00
05
10
155x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0M15 MS Raw
00
02
04
06
08
105x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J11 MS Raw
00
05
10
15
5x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J21 MS Raw
00
05
10
15
20
5x10
Inte
ns [
au
]
360 370 380 390 400 410 420mz
Matrice+NACL
MER 1 B to
MER 1 B t2
MER 1 B t1 Disparition de MER agrave T1
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Strain type No of isolates
(Location of isolates [ Noof isolates])
MALDI-TOF analysis
Range of the ratio of the area of
imipenemmetabolite based on the time of
incubation
No of isolates detected as carbapenemase
producers based on the time of incubation
2h 4h 2h 4h
Carbapenem-resistant strains (70) (imipenem MIC gt8 mgL) lt001-177 lt001-026 67 70
K pneumoniae KPC 1 lt001 lt001 1 1
K pneumoniae NDM-1 2
P aeruginosa VIM 2
P aeruginosa IMP 2
lt001
lt001
lt001
lt001
ND
ND
2
2
2
2
2
2
Abaumannii blaOXA23-like 57 (Marseille [17] Algeria [40]) lt001-177 lt001-039 54 57
Abaumannii blaOXA24-like 3 (Algeria) lt001 002-004 3 3
Abaumannii blaOXA23-like + blaOXA24-like 3 (Algeria) lt001-048 lt001-026 3 3
Carbapenem-susceptible strains (79) (imipenem MIC le2 mgL) lt001-1286 lt001 -1484 0 0
K pneumoniae ESBL 31 (Algeria)
K pneumoniae non ESBL 4 (Algeria)
Escherichia coli ATCC 25922 (1)
ND
ND
164
064-1484
124-582
117
0
0
0
0
0
0
A baumannii 43 (Marseille [1] Algeria [42]) 061-1286 076 -326 0 0
Table 1 Characterization of the 149 bacterial strains analyzed and data summary of imipenem hydrolysis assay utilizing MALDI-TOF MS
Sensitivity = 100 Specificity = 100 (t=4h)
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
18
bull Les tests microbiologiques ameacuteliorent la prise en charge des malades si les reacutesultats sont disponibles dans le temps du soin
Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014 19
Organisation du laboratoire central en microbiologie
eacutechantillons
Preacutelegravevements drsquoenvironnement
- reacuteservoirs - vecteurs
PRE-ANALYTIQUE ANALYTIQUE POST-ANALYTIQUE
gt Reacuteception 2424 365 joursan
gt Enregistrement
gt Dispatching
Seacuterologies Automates
inoculation automatique
Inoculation Manuelle bull cellules bull animaux
Identi
ficati
on M
ALDI
-TOF
bull Identification par seacutequenccedilage bullGeacutenomique au deacutebit
Antibiogramme automatiseacute
bull Validation
bull Expertise et conseil theacuterapeutique bull Contact avec cliniciens
Limites des laboratoires cœur reacutesultats retardeacutes dans les tests de routine
Regroupement geacuteographique des laboratoires sur un seul site
Creacuteation de laboratoires secondaire drsquourgence
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Objectif laboratoire drsquourgence
bull Prise en charge meacutedicale rapide des maladies infectieuses en fournissant les reacutesultats des analyses microbiologiques pendant que les malades sont encore en service drsquourgence =gt Reacutesultats lt 4 heures
bull Afin de reacutepondre agrave 4 questions cruciales
bull 1 ndash Hospitalisation neacutecessaire
bull 2 ndash isolement requis
bull 3 ndashtraitement anti-infectieux neacutecessaire
bull 4 ndashanalyses compleacutementaires neacutecessaires
20
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
21
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
OrdiOrdi
Ordi+ imp
OrdiOrdi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm OrdiOrdi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
22
bull Reacutesultats en moins de 4 heures transmission SMS
bull bonne valeur preacutedictive
bull deacutepistage par syndrome
bull Reacutesultats modifient la prise en charge
Immunochromatographie PCR en temps reacuteel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
23
Pneumonia bull Flu ICT bull VRS ICT bull Mycoplasma pneumoniae PCR bull Whooping-cough (B pertussis) PCR bull Coxiella burnetii PCR bull Staphylococcus aureus (ICU only) PCR bull Pneumocystis jiroveci PCR bull Legionella urinary antigen bull Pneumococcal urinary antigen
Gastro-enteritis diarrhoea bull Rotavirus ndash adenovirus ICT bull Norovirus ICT bull Clostridium difficile - Helicobacter pylori ICT
Tropical fever bull Malaria PCR bull Malaria ICT bull Dengue ICT
Meningitis bull Cytology bull Enterovirus PCR bull Herpes virus PCR bull Varicella zoster virus PCR bull Meningococcus PCR bull Pneumococcus PCR bull Cryptococcus
Gynecology bull HIV ICT bull Group B streptococcus PCR bull Atopobium vaginae PCR
Pharyngitis bull Group A streptococcus ICT bull Infectious mononucleosis MNI test
Others bull Blood exposure accident = HIV bull Tetanus toxin ICT bull Procalcitonin
Exploration par syndrome
PNEU
GASTRO
Tropical fever
MENIN
GYNECO
ANG
Other
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Real-time PCR assays syndrome-specific strips
24
LCR code
5 microL
in all wells
Strip 1
HSV VZV PlyN LytA TISS ctrA crgA 7SL-RNA mix
Strip 3
Strip 2 CONTROcircLE NEGATIF - rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
CONTROcircLE POSITIF- Rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
Une barrette par patient ex meacuteningite
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
25
Real-time PCR assays syndrome-specific multiplexed strips
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
cup1 cup2 cup3
5 microL
Code
mix X TISS 7SL-RNA X TISS X
patient Negative control Positive control
7SL-RNA 7SL-RNA
Coxiella burnetii M pneumoniae Bordetella pertussis
Nothing to add ndash Ready to use controls
1 patient par barrette ex pneumonie
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
26
POC PCR en temps reacuteel
Xpertreg Flu Detection of Flu virus de type A and B and H1N1 2009 Preparation 2 min Result 77 min
Xpertreg EV Molecular detection of enterovirus meningitis Preparation 5 min Result 150 min
Xpertreg C difficile Detection of toxigenic et epidemic strains of Clostridium difficile Preparation 2 min Result 47 min
Xpertreg GBS Intrapartum detection of Streptococcus group B Preparation 1 min Result 52 min
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Activiteacute exponentielle
2008 2009 2010 Test Diagnostics Test Diagnostics Test Diagnostics influenza virus 1390 102 7 12455 1489 12 2551 25 1 RSV 1537 378 25 3300 297 9 2171 451 21 S pneumoniae 67 12 18 967 63 7 L pneumophila 168 1 1 405 4 1 954 9 1 M pneumoniae 668 25 4 1184 47 4 C burnetii 244 0 0 B pertussis 561 20 4 761 10 1 Procalcitonin 1169 206 18 1090 169 16 774 104 13 S pyogenes 1817 339 19 2912 567 19 2210 420 19 EBV 82 9 11 143 13 9 146 16 11 EV 296 84 28 482 92 19 416 58 14 HSV-12 3 0 0 114 3 3 251 3 1 S pneumoniae 267 10 4 479 10 2 410 14 3 N meningitidis 272 6 2 480 3 1 403 6 1 M pneumoniae 38 1 3 144 0 0 Rotavirusadeno 537 105 20 1075 313 29 1221 295 24 C difficile 352 7 2 518 10 2 535 17 3 H pylori 33 4 12 49 4 8 60 1 2 S agalactiae 149 21 14 352 64 18 417 66 16 HIV 199 2 1 401 4 1 269 5 2 Plasmodium spp 277 50 18 367 90 25 382 83 22 Dengue virus 45 4 9 66 6 9 15 2 13 C tetani 16 8 50 21 18 86 Total 8593 1328 15 26038 3204 12 16506 1713 10
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Activiteacute exponentielle
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
29
Core Other
Remote mobile POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Core Laboratory Other
Remote POC in patientrsquos premices
Assistance Publique des Hocircpitaux de Marseille
POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Remote POC
Perspectives POC deacutelocaliseacute Afrique
Clinics hospitals laboratories In France and abroad
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
Place des nouveaux outils moleacuteculaires
30
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique kit peacutericardique
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application meacutetageacutenomique
32
Detection Torque teno virus et papillomavirus dans le liquide peacutericardique pour la 1ere fois chez lrsquohomme
PLoS One 2014 Apr 19(4)e93367 2014 Viral communities associated with human pericardial fluids in idiopathic pericarditis Fancello L Monteil S Popgeorgiev N Rivet R Gouriet F Fournier PE Raoult D Desnues C
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique ex Kit endocardite
33
Geacutenome en temps reacuteel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application geacutenome en temps reacuteel
bull Geacutenome en temps reacuteel de Sepidermidis
J Clin Microbiol 2013 May51(5)1617-21 Deciphering genomic virulence traits of a Staphylococcus epidermidis strain causing native-valve endocarditis Fournier PE Gouriet F Gimenez G Robert C Raoult D
Staphylococcus epidermidis souche isoleacutee de 3 heacutemocultures sur 3 chez responsable drsquoune endocardite aortique chez un homme de 26 ans geacutenome de 25-Mb sequence unique avec 32 genes de virulence CSUR P278
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
remerciements
bull Pr Michel Drancourt bull Dr jean-Paul Casalta bull Dr Pierre Yves Levy bull Pr jean Marc Rolain
35
Merci pour votre attention
- Nouvelles techniques pour quelles avanceacutees en microbiologie meacutedicale
- Diapositive numeacutero 2
- Diapositive numeacutero 3
- Nouvelles applications de la spectromeacutetrie de masse au laboratoire de Microbiologie
- Apport de la Spectromeacutetrie de masse pour le diagnostic microbiologique
- Interpreacutetation des reacutesultats
- Performances des diffeacuterentsSpectromegravetre disponible pour la microbiologie
- Problegravemes drsquoidentification Discordance MALDI_Tof et identification classique
- Diapositive numeacutero 9
- Identification pheacutenotypique classique spectromeacutetrie de masse
- Diapositive numeacutero 11
- Diapositive numeacutero 12
- Diapositive numeacutero 13
- Diapositive numeacutero 14
- Diapositive numeacutero 15
- Diapositive numeacutero 16
- Diapositive numeacutero 17
- Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
- Organisation du laboratoire central en microbiologie
- Objectif laboratoire drsquourgence
- Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
- Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
- Diapositive numeacutero 23
- Real-time PCR assays syndrome-specific strips
- Diapositive numeacutero 25
- Diapositive numeacutero 26
- Diapositive numeacutero 27
- Diapositive numeacutero 28
- Diapositive numeacutero 29
- Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
- Approche syndromique kit peacutericardique
- Application meacutetageacutenomique
- Approche syndromique ex Kit endocardite
- Application geacutenome en temps reacuteel
- remerciements
-
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Klebsiella pneumoniae NDM-1 Positive ndash Test Imipeacutenegraveme IMP pic speacutecifique agrave 300 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F7 MS Raw
00
05
10
15
4x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J15 MS Raw
00
02
04
06
08
5x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0A11 MS Raw
0
2
4
64x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0N19 MS Raw
0
1
2
3
4
5
64x10
Inte
ns [
au
]
250 260 270 280 290 300 310 320 330mz
IMP 1 B T0
IMP 1 B T2
IMP 1 B T1
Matrice +Nacl
Disparition de lrsquoIMP agrave T1
imipenemmetabolite
carbapenemase
NH
O OH
S
NH NH
H
C11H17N3O2S N
O OH
S
NH NH
HHOH
OC12H17N3O4S
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Klebsiella pneumoniae NDM-1 Positive ndash Test Meacuteropeacutenegraveme MER pic speacutecifique agrave 384 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F7 MS Raw
00
05
10
155x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0M15 MS Raw
00
02
04
06
08
105x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J11 MS Raw
00
05
10
15
5x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J21 MS Raw
00
05
10
15
20
5x10
Inte
ns [
au
]
360 370 380 390 400 410 420mz
Matrice+NACL
MER 1 B to
MER 1 B t2
MER 1 B t1 Disparition de MER agrave T1
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Strain type No of isolates
(Location of isolates [ Noof isolates])
MALDI-TOF analysis
Range of the ratio of the area of
imipenemmetabolite based on the time of
incubation
No of isolates detected as carbapenemase
producers based on the time of incubation
2h 4h 2h 4h
Carbapenem-resistant strains (70) (imipenem MIC gt8 mgL) lt001-177 lt001-026 67 70
K pneumoniae KPC 1 lt001 lt001 1 1
K pneumoniae NDM-1 2
P aeruginosa VIM 2
P aeruginosa IMP 2
lt001
lt001
lt001
lt001
ND
ND
2
2
2
2
2
2
Abaumannii blaOXA23-like 57 (Marseille [17] Algeria [40]) lt001-177 lt001-039 54 57
Abaumannii blaOXA24-like 3 (Algeria) lt001 002-004 3 3
Abaumannii blaOXA23-like + blaOXA24-like 3 (Algeria) lt001-048 lt001-026 3 3
Carbapenem-susceptible strains (79) (imipenem MIC le2 mgL) lt001-1286 lt001 -1484 0 0
K pneumoniae ESBL 31 (Algeria)
K pneumoniae non ESBL 4 (Algeria)
Escherichia coli ATCC 25922 (1)
ND
ND
164
064-1484
124-582
117
0
0
0
0
0
0
A baumannii 43 (Marseille [1] Algeria [42]) 061-1286 076 -326 0 0
Table 1 Characterization of the 149 bacterial strains analyzed and data summary of imipenem hydrolysis assay utilizing MALDI-TOF MS
Sensitivity = 100 Specificity = 100 (t=4h)
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
18
bull Les tests microbiologiques ameacuteliorent la prise en charge des malades si les reacutesultats sont disponibles dans le temps du soin
Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014 19
Organisation du laboratoire central en microbiologie
eacutechantillons
Preacutelegravevements drsquoenvironnement
- reacuteservoirs - vecteurs
PRE-ANALYTIQUE ANALYTIQUE POST-ANALYTIQUE
gt Reacuteception 2424 365 joursan
gt Enregistrement
gt Dispatching
Seacuterologies Automates
inoculation automatique
Inoculation Manuelle bull cellules bull animaux
Identi
ficati
on M
ALDI
-TOF
bull Identification par seacutequenccedilage bullGeacutenomique au deacutebit
Antibiogramme automatiseacute
bull Validation
bull Expertise et conseil theacuterapeutique bull Contact avec cliniciens
Limites des laboratoires cœur reacutesultats retardeacutes dans les tests de routine
Regroupement geacuteographique des laboratoires sur un seul site
Creacuteation de laboratoires secondaire drsquourgence
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Objectif laboratoire drsquourgence
bull Prise en charge meacutedicale rapide des maladies infectieuses en fournissant les reacutesultats des analyses microbiologiques pendant que les malades sont encore en service drsquourgence =gt Reacutesultats lt 4 heures
bull Afin de reacutepondre agrave 4 questions cruciales
bull 1 ndash Hospitalisation neacutecessaire
bull 2 ndash isolement requis
bull 3 ndashtraitement anti-infectieux neacutecessaire
bull 4 ndashanalyses compleacutementaires neacutecessaires
20
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
21
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
OrdiOrdi
Ordi+ imp
OrdiOrdi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm OrdiOrdi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
22
bull Reacutesultats en moins de 4 heures transmission SMS
bull bonne valeur preacutedictive
bull deacutepistage par syndrome
bull Reacutesultats modifient la prise en charge
Immunochromatographie PCR en temps reacuteel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
23
Pneumonia bull Flu ICT bull VRS ICT bull Mycoplasma pneumoniae PCR bull Whooping-cough (B pertussis) PCR bull Coxiella burnetii PCR bull Staphylococcus aureus (ICU only) PCR bull Pneumocystis jiroveci PCR bull Legionella urinary antigen bull Pneumococcal urinary antigen
Gastro-enteritis diarrhoea bull Rotavirus ndash adenovirus ICT bull Norovirus ICT bull Clostridium difficile - Helicobacter pylori ICT
Tropical fever bull Malaria PCR bull Malaria ICT bull Dengue ICT
Meningitis bull Cytology bull Enterovirus PCR bull Herpes virus PCR bull Varicella zoster virus PCR bull Meningococcus PCR bull Pneumococcus PCR bull Cryptococcus
Gynecology bull HIV ICT bull Group B streptococcus PCR bull Atopobium vaginae PCR
Pharyngitis bull Group A streptococcus ICT bull Infectious mononucleosis MNI test
Others bull Blood exposure accident = HIV bull Tetanus toxin ICT bull Procalcitonin
Exploration par syndrome
PNEU
GASTRO
Tropical fever
MENIN
GYNECO
ANG
Other
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Real-time PCR assays syndrome-specific strips
24
LCR code
5 microL
in all wells
Strip 1
HSV VZV PlyN LytA TISS ctrA crgA 7SL-RNA mix
Strip 3
Strip 2 CONTROcircLE NEGATIF - rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
CONTROcircLE POSITIF- Rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
Une barrette par patient ex meacuteningite
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
25
Real-time PCR assays syndrome-specific multiplexed strips
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
cup1 cup2 cup3
5 microL
Code
mix X TISS 7SL-RNA X TISS X
patient Negative control Positive control
7SL-RNA 7SL-RNA
Coxiella burnetii M pneumoniae Bordetella pertussis
Nothing to add ndash Ready to use controls
1 patient par barrette ex pneumonie
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
26
POC PCR en temps reacuteel
Xpertreg Flu Detection of Flu virus de type A and B and H1N1 2009 Preparation 2 min Result 77 min
Xpertreg EV Molecular detection of enterovirus meningitis Preparation 5 min Result 150 min
Xpertreg C difficile Detection of toxigenic et epidemic strains of Clostridium difficile Preparation 2 min Result 47 min
Xpertreg GBS Intrapartum detection of Streptococcus group B Preparation 1 min Result 52 min
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Activiteacute exponentielle
2008 2009 2010 Test Diagnostics Test Diagnostics Test Diagnostics influenza virus 1390 102 7 12455 1489 12 2551 25 1 RSV 1537 378 25 3300 297 9 2171 451 21 S pneumoniae 67 12 18 967 63 7 L pneumophila 168 1 1 405 4 1 954 9 1 M pneumoniae 668 25 4 1184 47 4 C burnetii 244 0 0 B pertussis 561 20 4 761 10 1 Procalcitonin 1169 206 18 1090 169 16 774 104 13 S pyogenes 1817 339 19 2912 567 19 2210 420 19 EBV 82 9 11 143 13 9 146 16 11 EV 296 84 28 482 92 19 416 58 14 HSV-12 3 0 0 114 3 3 251 3 1 S pneumoniae 267 10 4 479 10 2 410 14 3 N meningitidis 272 6 2 480 3 1 403 6 1 M pneumoniae 38 1 3 144 0 0 Rotavirusadeno 537 105 20 1075 313 29 1221 295 24 C difficile 352 7 2 518 10 2 535 17 3 H pylori 33 4 12 49 4 8 60 1 2 S agalactiae 149 21 14 352 64 18 417 66 16 HIV 199 2 1 401 4 1 269 5 2 Plasmodium spp 277 50 18 367 90 25 382 83 22 Dengue virus 45 4 9 66 6 9 15 2 13 C tetani 16 8 50 21 18 86 Total 8593 1328 15 26038 3204 12 16506 1713 10
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Activiteacute exponentielle
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
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Core Other
Remote mobile POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Core Laboratory Other
Remote POC in patientrsquos premices
Assistance Publique des Hocircpitaux de Marseille
POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Remote POC
Perspectives POC deacutelocaliseacute Afrique
Clinics hospitals laboratories In France and abroad
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
Place des nouveaux outils moleacuteculaires
30
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique kit peacutericardique
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application meacutetageacutenomique
32
Detection Torque teno virus et papillomavirus dans le liquide peacutericardique pour la 1ere fois chez lrsquohomme
PLoS One 2014 Apr 19(4)e93367 2014 Viral communities associated with human pericardial fluids in idiopathic pericarditis Fancello L Monteil S Popgeorgiev N Rivet R Gouriet F Fournier PE Raoult D Desnues C
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique ex Kit endocardite
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Geacutenome en temps reacuteel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application geacutenome en temps reacuteel
bull Geacutenome en temps reacuteel de Sepidermidis
J Clin Microbiol 2013 May51(5)1617-21 Deciphering genomic virulence traits of a Staphylococcus epidermidis strain causing native-valve endocarditis Fournier PE Gouriet F Gimenez G Robert C Raoult D
Staphylococcus epidermidis souche isoleacutee de 3 heacutemocultures sur 3 chez responsable drsquoune endocardite aortique chez un homme de 26 ans geacutenome de 25-Mb sequence unique avec 32 genes de virulence CSUR P278
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
remerciements
bull Pr Michel Drancourt bull Dr jean-Paul Casalta bull Dr Pierre Yves Levy bull Pr jean Marc Rolain
35
Merci pour votre attention
- Nouvelles techniques pour quelles avanceacutees en microbiologie meacutedicale
- Diapositive numeacutero 2
- Diapositive numeacutero 3
- Nouvelles applications de la spectromeacutetrie de masse au laboratoire de Microbiologie
- Apport de la Spectromeacutetrie de masse pour le diagnostic microbiologique
- Interpreacutetation des reacutesultats
- Performances des diffeacuterentsSpectromegravetre disponible pour la microbiologie
- Problegravemes drsquoidentification Discordance MALDI_Tof et identification classique
- Diapositive numeacutero 9
- Identification pheacutenotypique classique spectromeacutetrie de masse
- Diapositive numeacutero 11
- Diapositive numeacutero 12
- Diapositive numeacutero 13
- Diapositive numeacutero 14
- Diapositive numeacutero 15
- Diapositive numeacutero 16
- Diapositive numeacutero 17
- Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
- Organisation du laboratoire central en microbiologie
- Objectif laboratoire drsquourgence
- Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
- Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
- Diapositive numeacutero 23
- Real-time PCR assays syndrome-specific strips
- Diapositive numeacutero 25
- Diapositive numeacutero 26
- Diapositive numeacutero 27
- Diapositive numeacutero 28
- Diapositive numeacutero 29
- Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
- Approche syndromique kit peacutericardique
- Application meacutetageacutenomique
- Approche syndromique ex Kit endocardite
- Application geacutenome en temps reacuteel
- remerciements
-
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Klebsiella pneumoniae NDM-1 Positive ndash Test Meacuteropeacutenegraveme MER pic speacutecifique agrave 384 mz
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0F7 MS Raw
00
05
10
155x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0M15 MS Raw
00
02
04
06
08
105x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J11 MS Raw
00
05
10
15
5x10
Inte
ns [
au
]
essai-ATB-bact-27-09-2011-ultraflex 0J21 MS Raw
00
05
10
15
20
5x10
Inte
ns [
au
]
360 370 380 390 400 410 420mz
Matrice+NACL
MER 1 B to
MER 1 B t2
MER 1 B t1 Disparition de MER agrave T1
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Strain type No of isolates
(Location of isolates [ Noof isolates])
MALDI-TOF analysis
Range of the ratio of the area of
imipenemmetabolite based on the time of
incubation
No of isolates detected as carbapenemase
producers based on the time of incubation
2h 4h 2h 4h
Carbapenem-resistant strains (70) (imipenem MIC gt8 mgL) lt001-177 lt001-026 67 70
K pneumoniae KPC 1 lt001 lt001 1 1
K pneumoniae NDM-1 2
P aeruginosa VIM 2
P aeruginosa IMP 2
lt001
lt001
lt001
lt001
ND
ND
2
2
2
2
2
2
Abaumannii blaOXA23-like 57 (Marseille [17] Algeria [40]) lt001-177 lt001-039 54 57
Abaumannii blaOXA24-like 3 (Algeria) lt001 002-004 3 3
Abaumannii blaOXA23-like + blaOXA24-like 3 (Algeria) lt001-048 lt001-026 3 3
Carbapenem-susceptible strains (79) (imipenem MIC le2 mgL) lt001-1286 lt001 -1484 0 0
K pneumoniae ESBL 31 (Algeria)
K pneumoniae non ESBL 4 (Algeria)
Escherichia coli ATCC 25922 (1)
ND
ND
164
064-1484
124-582
117
0
0
0
0
0
0
A baumannii 43 (Marseille [1] Algeria [42]) 061-1286 076 -326 0 0
Table 1 Characterization of the 149 bacterial strains analyzed and data summary of imipenem hydrolysis assay utilizing MALDI-TOF MS
Sensitivity = 100 Specificity = 100 (t=4h)
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
18
bull Les tests microbiologiques ameacuteliorent la prise en charge des malades si les reacutesultats sont disponibles dans le temps du soin
Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014 19
Organisation du laboratoire central en microbiologie
eacutechantillons
Preacutelegravevements drsquoenvironnement
- reacuteservoirs - vecteurs
PRE-ANALYTIQUE ANALYTIQUE POST-ANALYTIQUE
gt Reacuteception 2424 365 joursan
gt Enregistrement
gt Dispatching
Seacuterologies Automates
inoculation automatique
Inoculation Manuelle bull cellules bull animaux
Identi
ficati
on M
ALDI
-TOF
bull Identification par seacutequenccedilage bullGeacutenomique au deacutebit
Antibiogramme automatiseacute
bull Validation
bull Expertise et conseil theacuterapeutique bull Contact avec cliniciens
Limites des laboratoires cœur reacutesultats retardeacutes dans les tests de routine
Regroupement geacuteographique des laboratoires sur un seul site
Creacuteation de laboratoires secondaire drsquourgence
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Objectif laboratoire drsquourgence
bull Prise en charge meacutedicale rapide des maladies infectieuses en fournissant les reacutesultats des analyses microbiologiques pendant que les malades sont encore en service drsquourgence =gt Reacutesultats lt 4 heures
bull Afin de reacutepondre agrave 4 questions cruciales
bull 1 ndash Hospitalisation neacutecessaire
bull 2 ndash isolement requis
bull 3 ndashtraitement anti-infectieux neacutecessaire
bull 4 ndashanalyses compleacutementaires neacutecessaires
20
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
21
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
OrdiOrdi
Ordi+ imp
OrdiOrdi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm OrdiOrdi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
22
bull Reacutesultats en moins de 4 heures transmission SMS
bull bonne valeur preacutedictive
bull deacutepistage par syndrome
bull Reacutesultats modifient la prise en charge
Immunochromatographie PCR en temps reacuteel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
23
Pneumonia bull Flu ICT bull VRS ICT bull Mycoplasma pneumoniae PCR bull Whooping-cough (B pertussis) PCR bull Coxiella burnetii PCR bull Staphylococcus aureus (ICU only) PCR bull Pneumocystis jiroveci PCR bull Legionella urinary antigen bull Pneumococcal urinary antigen
Gastro-enteritis diarrhoea bull Rotavirus ndash adenovirus ICT bull Norovirus ICT bull Clostridium difficile - Helicobacter pylori ICT
Tropical fever bull Malaria PCR bull Malaria ICT bull Dengue ICT
Meningitis bull Cytology bull Enterovirus PCR bull Herpes virus PCR bull Varicella zoster virus PCR bull Meningococcus PCR bull Pneumococcus PCR bull Cryptococcus
Gynecology bull HIV ICT bull Group B streptococcus PCR bull Atopobium vaginae PCR
Pharyngitis bull Group A streptococcus ICT bull Infectious mononucleosis MNI test
Others bull Blood exposure accident = HIV bull Tetanus toxin ICT bull Procalcitonin
Exploration par syndrome
PNEU
GASTRO
Tropical fever
MENIN
GYNECO
ANG
Other
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Real-time PCR assays syndrome-specific strips
24
LCR code
5 microL
in all wells
Strip 1
HSV VZV PlyN LytA TISS ctrA crgA 7SL-RNA mix
Strip 3
Strip 2 CONTROcircLE NEGATIF - rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
CONTROcircLE POSITIF- Rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
Une barrette par patient ex meacuteningite
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
25
Real-time PCR assays syndrome-specific multiplexed strips
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
cup1 cup2 cup3
5 microL
Code
mix X TISS 7SL-RNA X TISS X
patient Negative control Positive control
7SL-RNA 7SL-RNA
Coxiella burnetii M pneumoniae Bordetella pertussis
Nothing to add ndash Ready to use controls
1 patient par barrette ex pneumonie
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26
POC PCR en temps reacuteel
Xpertreg Flu Detection of Flu virus de type A and B and H1N1 2009 Preparation 2 min Result 77 min
Xpertreg EV Molecular detection of enterovirus meningitis Preparation 5 min Result 150 min
Xpertreg C difficile Detection of toxigenic et epidemic strains of Clostridium difficile Preparation 2 min Result 47 min
Xpertreg GBS Intrapartum detection of Streptococcus group B Preparation 1 min Result 52 min
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Activiteacute exponentielle
2008 2009 2010 Test Diagnostics Test Diagnostics Test Diagnostics influenza virus 1390 102 7 12455 1489 12 2551 25 1 RSV 1537 378 25 3300 297 9 2171 451 21 S pneumoniae 67 12 18 967 63 7 L pneumophila 168 1 1 405 4 1 954 9 1 M pneumoniae 668 25 4 1184 47 4 C burnetii 244 0 0 B pertussis 561 20 4 761 10 1 Procalcitonin 1169 206 18 1090 169 16 774 104 13 S pyogenes 1817 339 19 2912 567 19 2210 420 19 EBV 82 9 11 143 13 9 146 16 11 EV 296 84 28 482 92 19 416 58 14 HSV-12 3 0 0 114 3 3 251 3 1 S pneumoniae 267 10 4 479 10 2 410 14 3 N meningitidis 272 6 2 480 3 1 403 6 1 M pneumoniae 38 1 3 144 0 0 Rotavirusadeno 537 105 20 1075 313 29 1221 295 24 C difficile 352 7 2 518 10 2 535 17 3 H pylori 33 4 12 49 4 8 60 1 2 S agalactiae 149 21 14 352 64 18 417 66 16 HIV 199 2 1 401 4 1 269 5 2 Plasmodium spp 277 50 18 367 90 25 382 83 22 Dengue virus 45 4 9 66 6 9 15 2 13 C tetani 16 8 50 21 18 86 Total 8593 1328 15 26038 3204 12 16506 1713 10
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Activiteacute exponentielle
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
29
Core Other
Remote mobile POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Core Laboratory Other
Remote POC in patientrsquos premices
Assistance Publique des Hocircpitaux de Marseille
POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Remote POC
Perspectives POC deacutelocaliseacute Afrique
Clinics hospitals laboratories In France and abroad
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
Place des nouveaux outils moleacuteculaires
30
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique kit peacutericardique
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application meacutetageacutenomique
32
Detection Torque teno virus et papillomavirus dans le liquide peacutericardique pour la 1ere fois chez lrsquohomme
PLoS One 2014 Apr 19(4)e93367 2014 Viral communities associated with human pericardial fluids in idiopathic pericarditis Fancello L Monteil S Popgeorgiev N Rivet R Gouriet F Fournier PE Raoult D Desnues C
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique ex Kit endocardite
33
Geacutenome en temps reacuteel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application geacutenome en temps reacuteel
bull Geacutenome en temps reacuteel de Sepidermidis
J Clin Microbiol 2013 May51(5)1617-21 Deciphering genomic virulence traits of a Staphylococcus epidermidis strain causing native-valve endocarditis Fournier PE Gouriet F Gimenez G Robert C Raoult D
Staphylococcus epidermidis souche isoleacutee de 3 heacutemocultures sur 3 chez responsable drsquoune endocardite aortique chez un homme de 26 ans geacutenome de 25-Mb sequence unique avec 32 genes de virulence CSUR P278
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remerciements
bull Pr Michel Drancourt bull Dr jean-Paul Casalta bull Dr Pierre Yves Levy bull Pr jean Marc Rolain
35
Merci pour votre attention
- Nouvelles techniques pour quelles avanceacutees en microbiologie meacutedicale
- Diapositive numeacutero 2
- Diapositive numeacutero 3
- Nouvelles applications de la spectromeacutetrie de masse au laboratoire de Microbiologie
- Apport de la Spectromeacutetrie de masse pour le diagnostic microbiologique
- Interpreacutetation des reacutesultats
- Performances des diffeacuterentsSpectromegravetre disponible pour la microbiologie
- Problegravemes drsquoidentification Discordance MALDI_Tof et identification classique
- Diapositive numeacutero 9
- Identification pheacutenotypique classique spectromeacutetrie de masse
- Diapositive numeacutero 11
- Diapositive numeacutero 12
- Diapositive numeacutero 13
- Diapositive numeacutero 14
- Diapositive numeacutero 15
- Diapositive numeacutero 16
- Diapositive numeacutero 17
- Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
- Organisation du laboratoire central en microbiologie
- Objectif laboratoire drsquourgence
- Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
- Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
- Diapositive numeacutero 23
- Real-time PCR assays syndrome-specific strips
- Diapositive numeacutero 25
- Diapositive numeacutero 26
- Diapositive numeacutero 27
- Diapositive numeacutero 28
- Diapositive numeacutero 29
- Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
- Approche syndromique kit peacutericardique
- Application meacutetageacutenomique
- Approche syndromique ex Kit endocardite
- Application geacutenome en temps reacuteel
- remerciements
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Strain type No of isolates
(Location of isolates [ Noof isolates])
MALDI-TOF analysis
Range of the ratio of the area of
imipenemmetabolite based on the time of
incubation
No of isolates detected as carbapenemase
producers based on the time of incubation
2h 4h 2h 4h
Carbapenem-resistant strains (70) (imipenem MIC gt8 mgL) lt001-177 lt001-026 67 70
K pneumoniae KPC 1 lt001 lt001 1 1
K pneumoniae NDM-1 2
P aeruginosa VIM 2
P aeruginosa IMP 2
lt001
lt001
lt001
lt001
ND
ND
2
2
2
2
2
2
Abaumannii blaOXA23-like 57 (Marseille [17] Algeria [40]) lt001-177 lt001-039 54 57
Abaumannii blaOXA24-like 3 (Algeria) lt001 002-004 3 3
Abaumannii blaOXA23-like + blaOXA24-like 3 (Algeria) lt001-048 lt001-026 3 3
Carbapenem-susceptible strains (79) (imipenem MIC le2 mgL) lt001-1286 lt001 -1484 0 0
K pneumoniae ESBL 31 (Algeria)
K pneumoniae non ESBL 4 (Algeria)
Escherichia coli ATCC 25922 (1)
ND
ND
164
064-1484
124-582
117
0
0
0
0
0
0
A baumannii 43 (Marseille [1] Algeria [42]) 061-1286 076 -326 0 0
Table 1 Characterization of the 149 bacterial strains analyzed and data summary of imipenem hydrolysis assay utilizing MALDI-TOF MS
Sensitivity = 100 Specificity = 100 (t=4h)
Deacutetection des carbapeacuteneacutemases par MALDI-TOF
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bull Les tests microbiologiques ameacuteliorent la prise en charge des malades si les reacutesultats sont disponibles dans le temps du soin
Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
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Organisation du laboratoire central en microbiologie
eacutechantillons
Preacutelegravevements drsquoenvironnement
- reacuteservoirs - vecteurs
PRE-ANALYTIQUE ANALYTIQUE POST-ANALYTIQUE
gt Reacuteception 2424 365 joursan
gt Enregistrement
gt Dispatching
Seacuterologies Automates
inoculation automatique
Inoculation Manuelle bull cellules bull animaux
Identi
ficati
on M
ALDI
-TOF
bull Identification par seacutequenccedilage bullGeacutenomique au deacutebit
Antibiogramme automatiseacute
bull Validation
bull Expertise et conseil theacuterapeutique bull Contact avec cliniciens
Limites des laboratoires cœur reacutesultats retardeacutes dans les tests de routine
Regroupement geacuteographique des laboratoires sur un seul site
Creacuteation de laboratoires secondaire drsquourgence
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Objectif laboratoire drsquourgence
bull Prise en charge meacutedicale rapide des maladies infectieuses en fournissant les reacutesultats des analyses microbiologiques pendant que les malades sont encore en service drsquourgence =gt Reacutesultats lt 4 heures
bull Afin de reacutepondre agrave 4 questions cruciales
bull 1 ndash Hospitalisation neacutecessaire
bull 2 ndash isolement requis
bull 3 ndashtraitement anti-infectieux neacutecessaire
bull 4 ndashanalyses compleacutementaires neacutecessaires
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Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
21
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
OrdiOrdi
Ordi+ imp
OrdiOrdi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm OrdiOrdi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
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Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
22
bull Reacutesultats en moins de 4 heures transmission SMS
bull bonne valeur preacutedictive
bull deacutepistage par syndrome
bull Reacutesultats modifient la prise en charge
Immunochromatographie PCR en temps reacuteel
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23
Pneumonia bull Flu ICT bull VRS ICT bull Mycoplasma pneumoniae PCR bull Whooping-cough (B pertussis) PCR bull Coxiella burnetii PCR bull Staphylococcus aureus (ICU only) PCR bull Pneumocystis jiroveci PCR bull Legionella urinary antigen bull Pneumococcal urinary antigen
Gastro-enteritis diarrhoea bull Rotavirus ndash adenovirus ICT bull Norovirus ICT bull Clostridium difficile - Helicobacter pylori ICT
Tropical fever bull Malaria PCR bull Malaria ICT bull Dengue ICT
Meningitis bull Cytology bull Enterovirus PCR bull Herpes virus PCR bull Varicella zoster virus PCR bull Meningococcus PCR bull Pneumococcus PCR bull Cryptococcus
Gynecology bull HIV ICT bull Group B streptococcus PCR bull Atopobium vaginae PCR
Pharyngitis bull Group A streptococcus ICT bull Infectious mononucleosis MNI test
Others bull Blood exposure accident = HIV bull Tetanus toxin ICT bull Procalcitonin
Exploration par syndrome
PNEU
GASTRO
Tropical fever
MENIN
GYNECO
ANG
Other
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Real-time PCR assays syndrome-specific strips
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LCR code
5 microL
in all wells
Strip 1
HSV VZV PlyN LytA TISS ctrA crgA 7SL-RNA mix
Strip 3
Strip 2 CONTROcircLE NEGATIF - rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
CONTROcircLE POSITIF- Rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
Une barrette par patient ex meacuteningite
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
25
Real-time PCR assays syndrome-specific multiplexed strips
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
cup1 cup2 cup3
5 microL
Code
mix X TISS 7SL-RNA X TISS X
patient Negative control Positive control
7SL-RNA 7SL-RNA
Coxiella burnetii M pneumoniae Bordetella pertussis
Nothing to add ndash Ready to use controls
1 patient par barrette ex pneumonie
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
26
POC PCR en temps reacuteel
Xpertreg Flu Detection of Flu virus de type A and B and H1N1 2009 Preparation 2 min Result 77 min
Xpertreg EV Molecular detection of enterovirus meningitis Preparation 5 min Result 150 min
Xpertreg C difficile Detection of toxigenic et epidemic strains of Clostridium difficile Preparation 2 min Result 47 min
Xpertreg GBS Intrapartum detection of Streptococcus group B Preparation 1 min Result 52 min
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Activiteacute exponentielle
2008 2009 2010 Test Diagnostics Test Diagnostics Test Diagnostics influenza virus 1390 102 7 12455 1489 12 2551 25 1 RSV 1537 378 25 3300 297 9 2171 451 21 S pneumoniae 67 12 18 967 63 7 L pneumophila 168 1 1 405 4 1 954 9 1 M pneumoniae 668 25 4 1184 47 4 C burnetii 244 0 0 B pertussis 561 20 4 761 10 1 Procalcitonin 1169 206 18 1090 169 16 774 104 13 S pyogenes 1817 339 19 2912 567 19 2210 420 19 EBV 82 9 11 143 13 9 146 16 11 EV 296 84 28 482 92 19 416 58 14 HSV-12 3 0 0 114 3 3 251 3 1 S pneumoniae 267 10 4 479 10 2 410 14 3 N meningitidis 272 6 2 480 3 1 403 6 1 M pneumoniae 38 1 3 144 0 0 Rotavirusadeno 537 105 20 1075 313 29 1221 295 24 C difficile 352 7 2 518 10 2 535 17 3 H pylori 33 4 12 49 4 8 60 1 2 S agalactiae 149 21 14 352 64 18 417 66 16 HIV 199 2 1 401 4 1 269 5 2 Plasmodium spp 277 50 18 367 90 25 382 83 22 Dengue virus 45 4 9 66 6 9 15 2 13 C tetani 16 8 50 21 18 86 Total 8593 1328 15 26038 3204 12 16506 1713 10
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Activiteacute exponentielle
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
29
Core Other
Remote mobile POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Core Laboratory Other
Remote POC in patientrsquos premices
Assistance Publique des Hocircpitaux de Marseille
POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Remote POC
Perspectives POC deacutelocaliseacute Afrique
Clinics hospitals laboratories In France and abroad
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
Place des nouveaux outils moleacuteculaires
30
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique kit peacutericardique
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application meacutetageacutenomique
32
Detection Torque teno virus et papillomavirus dans le liquide peacutericardique pour la 1ere fois chez lrsquohomme
PLoS One 2014 Apr 19(4)e93367 2014 Viral communities associated with human pericardial fluids in idiopathic pericarditis Fancello L Monteil S Popgeorgiev N Rivet R Gouriet F Fournier PE Raoult D Desnues C
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique ex Kit endocardite
33
Geacutenome en temps reacuteel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application geacutenome en temps reacuteel
bull Geacutenome en temps reacuteel de Sepidermidis
J Clin Microbiol 2013 May51(5)1617-21 Deciphering genomic virulence traits of a Staphylococcus epidermidis strain causing native-valve endocarditis Fournier PE Gouriet F Gimenez G Robert C Raoult D
Staphylococcus epidermidis souche isoleacutee de 3 heacutemocultures sur 3 chez responsable drsquoune endocardite aortique chez un homme de 26 ans geacutenome de 25-Mb sequence unique avec 32 genes de virulence CSUR P278
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
remerciements
bull Pr Michel Drancourt bull Dr jean-Paul Casalta bull Dr Pierre Yves Levy bull Pr jean Marc Rolain
35
Merci pour votre attention
- Nouvelles techniques pour quelles avanceacutees en microbiologie meacutedicale
- Diapositive numeacutero 2
- Diapositive numeacutero 3
- Nouvelles applications de la spectromeacutetrie de masse au laboratoire de Microbiologie
- Apport de la Spectromeacutetrie de masse pour le diagnostic microbiologique
- Interpreacutetation des reacutesultats
- Performances des diffeacuterentsSpectromegravetre disponible pour la microbiologie
- Problegravemes drsquoidentification Discordance MALDI_Tof et identification classique
- Diapositive numeacutero 9
- Identification pheacutenotypique classique spectromeacutetrie de masse
- Diapositive numeacutero 11
- Diapositive numeacutero 12
- Diapositive numeacutero 13
- Diapositive numeacutero 14
- Diapositive numeacutero 15
- Diapositive numeacutero 16
- Diapositive numeacutero 17
- Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
- Organisation du laboratoire central en microbiologie
- Objectif laboratoire drsquourgence
- Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
- Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
- Diapositive numeacutero 23
- Real-time PCR assays syndrome-specific strips
- Diapositive numeacutero 25
- Diapositive numeacutero 26
- Diapositive numeacutero 27
- Diapositive numeacutero 28
- Diapositive numeacutero 29
- Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
- Approche syndromique kit peacutericardique
- Application meacutetageacutenomique
- Approche syndromique ex Kit endocardite
- Application geacutenome en temps reacuteel
- remerciements
-
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
18
bull Les tests microbiologiques ameacuteliorent la prise en charge des malades si les reacutesultats sont disponibles dans le temps du soin
Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014 19
Organisation du laboratoire central en microbiologie
eacutechantillons
Preacutelegravevements drsquoenvironnement
- reacuteservoirs - vecteurs
PRE-ANALYTIQUE ANALYTIQUE POST-ANALYTIQUE
gt Reacuteception 2424 365 joursan
gt Enregistrement
gt Dispatching
Seacuterologies Automates
inoculation automatique
Inoculation Manuelle bull cellules bull animaux
Identi
ficati
on M
ALDI
-TOF
bull Identification par seacutequenccedilage bullGeacutenomique au deacutebit
Antibiogramme automatiseacute
bull Validation
bull Expertise et conseil theacuterapeutique bull Contact avec cliniciens
Limites des laboratoires cœur reacutesultats retardeacutes dans les tests de routine
Regroupement geacuteographique des laboratoires sur un seul site
Creacuteation de laboratoires secondaire drsquourgence
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Objectif laboratoire drsquourgence
bull Prise en charge meacutedicale rapide des maladies infectieuses en fournissant les reacutesultats des analyses microbiologiques pendant que les malades sont encore en service drsquourgence =gt Reacutesultats lt 4 heures
bull Afin de reacutepondre agrave 4 questions cruciales
bull 1 ndash Hospitalisation neacutecessaire
bull 2 ndash isolement requis
bull 3 ndashtraitement anti-infectieux neacutecessaire
bull 4 ndashanalyses compleacutementaires neacutecessaires
20
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
21
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
OrdiOrdi
Ordi+ imp
OrdiOrdi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm OrdiOrdi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
22
bull Reacutesultats en moins de 4 heures transmission SMS
bull bonne valeur preacutedictive
bull deacutepistage par syndrome
bull Reacutesultats modifient la prise en charge
Immunochromatographie PCR en temps reacuteel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
23
Pneumonia bull Flu ICT bull VRS ICT bull Mycoplasma pneumoniae PCR bull Whooping-cough (B pertussis) PCR bull Coxiella burnetii PCR bull Staphylococcus aureus (ICU only) PCR bull Pneumocystis jiroveci PCR bull Legionella urinary antigen bull Pneumococcal urinary antigen
Gastro-enteritis diarrhoea bull Rotavirus ndash adenovirus ICT bull Norovirus ICT bull Clostridium difficile - Helicobacter pylori ICT
Tropical fever bull Malaria PCR bull Malaria ICT bull Dengue ICT
Meningitis bull Cytology bull Enterovirus PCR bull Herpes virus PCR bull Varicella zoster virus PCR bull Meningococcus PCR bull Pneumococcus PCR bull Cryptococcus
Gynecology bull HIV ICT bull Group B streptococcus PCR bull Atopobium vaginae PCR
Pharyngitis bull Group A streptococcus ICT bull Infectious mononucleosis MNI test
Others bull Blood exposure accident = HIV bull Tetanus toxin ICT bull Procalcitonin
Exploration par syndrome
PNEU
GASTRO
Tropical fever
MENIN
GYNECO
ANG
Other
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Real-time PCR assays syndrome-specific strips
24
LCR code
5 microL
in all wells
Strip 1
HSV VZV PlyN LytA TISS ctrA crgA 7SL-RNA mix
Strip 3
Strip 2 CONTROcircLE NEGATIF - rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
CONTROcircLE POSITIF- Rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
Une barrette par patient ex meacuteningite
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
25
Real-time PCR assays syndrome-specific multiplexed strips
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
cup1 cup2 cup3
5 microL
Code
mix X TISS 7SL-RNA X TISS X
patient Negative control Positive control
7SL-RNA 7SL-RNA
Coxiella burnetii M pneumoniae Bordetella pertussis
Nothing to add ndash Ready to use controls
1 patient par barrette ex pneumonie
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
26
POC PCR en temps reacuteel
Xpertreg Flu Detection of Flu virus de type A and B and H1N1 2009 Preparation 2 min Result 77 min
Xpertreg EV Molecular detection of enterovirus meningitis Preparation 5 min Result 150 min
Xpertreg C difficile Detection of toxigenic et epidemic strains of Clostridium difficile Preparation 2 min Result 47 min
Xpertreg GBS Intrapartum detection of Streptococcus group B Preparation 1 min Result 52 min
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Activiteacute exponentielle
2008 2009 2010 Test Diagnostics Test Diagnostics Test Diagnostics influenza virus 1390 102 7 12455 1489 12 2551 25 1 RSV 1537 378 25 3300 297 9 2171 451 21 S pneumoniae 67 12 18 967 63 7 L pneumophila 168 1 1 405 4 1 954 9 1 M pneumoniae 668 25 4 1184 47 4 C burnetii 244 0 0 B pertussis 561 20 4 761 10 1 Procalcitonin 1169 206 18 1090 169 16 774 104 13 S pyogenes 1817 339 19 2912 567 19 2210 420 19 EBV 82 9 11 143 13 9 146 16 11 EV 296 84 28 482 92 19 416 58 14 HSV-12 3 0 0 114 3 3 251 3 1 S pneumoniae 267 10 4 479 10 2 410 14 3 N meningitidis 272 6 2 480 3 1 403 6 1 M pneumoniae 38 1 3 144 0 0 Rotavirusadeno 537 105 20 1075 313 29 1221 295 24 C difficile 352 7 2 518 10 2 535 17 3 H pylori 33 4 12 49 4 8 60 1 2 S agalactiae 149 21 14 352 64 18 417 66 16 HIV 199 2 1 401 4 1 269 5 2 Plasmodium spp 277 50 18 367 90 25 382 83 22 Dengue virus 45 4 9 66 6 9 15 2 13 C tetani 16 8 50 21 18 86 Total 8593 1328 15 26038 3204 12 16506 1713 10
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Activiteacute exponentielle
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
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Core Other
Remote mobile POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Core Laboratory Other
Remote POC in patientrsquos premices
Assistance Publique des Hocircpitaux de Marseille
POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Remote POC
Perspectives POC deacutelocaliseacute Afrique
Clinics hospitals laboratories In France and abroad
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
Place des nouveaux outils moleacuteculaires
30
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Approche syndromique kit peacutericardique
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application meacutetageacutenomique
32
Detection Torque teno virus et papillomavirus dans le liquide peacutericardique pour la 1ere fois chez lrsquohomme
PLoS One 2014 Apr 19(4)e93367 2014 Viral communities associated with human pericardial fluids in idiopathic pericarditis Fancello L Monteil S Popgeorgiev N Rivet R Gouriet F Fournier PE Raoult D Desnues C
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Approche syndromique ex Kit endocardite
33
Geacutenome en temps reacuteel
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Application geacutenome en temps reacuteel
bull Geacutenome en temps reacuteel de Sepidermidis
J Clin Microbiol 2013 May51(5)1617-21 Deciphering genomic virulence traits of a Staphylococcus epidermidis strain causing native-valve endocarditis Fournier PE Gouriet F Gimenez G Robert C Raoult D
Staphylococcus epidermidis souche isoleacutee de 3 heacutemocultures sur 3 chez responsable drsquoune endocardite aortique chez un homme de 26 ans geacutenome de 25-Mb sequence unique avec 32 genes de virulence CSUR P278
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
remerciements
bull Pr Michel Drancourt bull Dr jean-Paul Casalta bull Dr Pierre Yves Levy bull Pr jean Marc Rolain
35
Merci pour votre attention
- Nouvelles techniques pour quelles avanceacutees en microbiologie meacutedicale
- Diapositive numeacutero 2
- Diapositive numeacutero 3
- Nouvelles applications de la spectromeacutetrie de masse au laboratoire de Microbiologie
- Apport de la Spectromeacutetrie de masse pour le diagnostic microbiologique
- Interpreacutetation des reacutesultats
- Performances des diffeacuterentsSpectromegravetre disponible pour la microbiologie
- Problegravemes drsquoidentification Discordance MALDI_Tof et identification classique
- Diapositive numeacutero 9
- Identification pheacutenotypique classique spectromeacutetrie de masse
- Diapositive numeacutero 11
- Diapositive numeacutero 12
- Diapositive numeacutero 13
- Diapositive numeacutero 14
- Diapositive numeacutero 15
- Diapositive numeacutero 16
- Diapositive numeacutero 17
- Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
- Organisation du laboratoire central en microbiologie
- Objectif laboratoire drsquourgence
- Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
- Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
- Diapositive numeacutero 23
- Real-time PCR assays syndrome-specific strips
- Diapositive numeacutero 25
- Diapositive numeacutero 26
- Diapositive numeacutero 27
- Diapositive numeacutero 28
- Diapositive numeacutero 29
- Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
- Approche syndromique kit peacutericardique
- Application meacutetageacutenomique
- Approche syndromique ex Kit endocardite
- Application geacutenome en temps reacuteel
- remerciements
-
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Organisation du laboratoire central en microbiologie
eacutechantillons
Preacutelegravevements drsquoenvironnement
- reacuteservoirs - vecteurs
PRE-ANALYTIQUE ANALYTIQUE POST-ANALYTIQUE
gt Reacuteception 2424 365 joursan
gt Enregistrement
gt Dispatching
Seacuterologies Automates
inoculation automatique
Inoculation Manuelle bull cellules bull animaux
Identi
ficati
on M
ALDI
-TOF
bull Identification par seacutequenccedilage bullGeacutenomique au deacutebit
Antibiogramme automatiseacute
bull Validation
bull Expertise et conseil theacuterapeutique bull Contact avec cliniciens
Limites des laboratoires cœur reacutesultats retardeacutes dans les tests de routine
Regroupement geacuteographique des laboratoires sur un seul site
Creacuteation de laboratoires secondaire drsquourgence
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Objectif laboratoire drsquourgence
bull Prise en charge meacutedicale rapide des maladies infectieuses en fournissant les reacutesultats des analyses microbiologiques pendant que les malades sont encore en service drsquourgence =gt Reacutesultats lt 4 heures
bull Afin de reacutepondre agrave 4 questions cruciales
bull 1 ndash Hospitalisation neacutecessaire
bull 2 ndash isolement requis
bull 3 ndashtraitement anti-infectieux neacutecessaire
bull 4 ndashanalyses compleacutementaires neacutecessaires
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Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
21
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
OrdiOrdi
Ordi+ imp
OrdiOrdi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
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20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm OrdiOrdi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
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Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
22
bull Reacutesultats en moins de 4 heures transmission SMS
bull bonne valeur preacutedictive
bull deacutepistage par syndrome
bull Reacutesultats modifient la prise en charge
Immunochromatographie PCR en temps reacuteel
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Pneumonia bull Flu ICT bull VRS ICT bull Mycoplasma pneumoniae PCR bull Whooping-cough (B pertussis) PCR bull Coxiella burnetii PCR bull Staphylococcus aureus (ICU only) PCR bull Pneumocystis jiroveci PCR bull Legionella urinary antigen bull Pneumococcal urinary antigen
Gastro-enteritis diarrhoea bull Rotavirus ndash adenovirus ICT bull Norovirus ICT bull Clostridium difficile - Helicobacter pylori ICT
Tropical fever bull Malaria PCR bull Malaria ICT bull Dengue ICT
Meningitis bull Cytology bull Enterovirus PCR bull Herpes virus PCR bull Varicella zoster virus PCR bull Meningococcus PCR bull Pneumococcus PCR bull Cryptococcus
Gynecology bull HIV ICT bull Group B streptococcus PCR bull Atopobium vaginae PCR
Pharyngitis bull Group A streptococcus ICT bull Infectious mononucleosis MNI test
Others bull Blood exposure accident = HIV bull Tetanus toxin ICT bull Procalcitonin
Exploration par syndrome
PNEU
GASTRO
Tropical fever
MENIN
GYNECO
ANG
Other
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Real-time PCR assays syndrome-specific strips
24
LCR code
5 microL
in all wells
Strip 1
HSV VZV PlyN LytA TISS ctrA crgA 7SL-RNA mix
Strip 3
Strip 2 CONTROcircLE NEGATIF - rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
CONTROcircLE POSITIF- Rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
Une barrette par patient ex meacuteningite
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
25
Real-time PCR assays syndrome-specific multiplexed strips
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
cup1 cup2 cup3
5 microL
Code
mix X TISS 7SL-RNA X TISS X
patient Negative control Positive control
7SL-RNA 7SL-RNA
Coxiella burnetii M pneumoniae Bordetella pertussis
Nothing to add ndash Ready to use controls
1 patient par barrette ex pneumonie
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
26
POC PCR en temps reacuteel
Xpertreg Flu Detection of Flu virus de type A and B and H1N1 2009 Preparation 2 min Result 77 min
Xpertreg EV Molecular detection of enterovirus meningitis Preparation 5 min Result 150 min
Xpertreg C difficile Detection of toxigenic et epidemic strains of Clostridium difficile Preparation 2 min Result 47 min
Xpertreg GBS Intrapartum detection of Streptococcus group B Preparation 1 min Result 52 min
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Activiteacute exponentielle
2008 2009 2010 Test Diagnostics Test Diagnostics Test Diagnostics influenza virus 1390 102 7 12455 1489 12 2551 25 1 RSV 1537 378 25 3300 297 9 2171 451 21 S pneumoniae 67 12 18 967 63 7 L pneumophila 168 1 1 405 4 1 954 9 1 M pneumoniae 668 25 4 1184 47 4 C burnetii 244 0 0 B pertussis 561 20 4 761 10 1 Procalcitonin 1169 206 18 1090 169 16 774 104 13 S pyogenes 1817 339 19 2912 567 19 2210 420 19 EBV 82 9 11 143 13 9 146 16 11 EV 296 84 28 482 92 19 416 58 14 HSV-12 3 0 0 114 3 3 251 3 1 S pneumoniae 267 10 4 479 10 2 410 14 3 N meningitidis 272 6 2 480 3 1 403 6 1 M pneumoniae 38 1 3 144 0 0 Rotavirusadeno 537 105 20 1075 313 29 1221 295 24 C difficile 352 7 2 518 10 2 535 17 3 H pylori 33 4 12 49 4 8 60 1 2 S agalactiae 149 21 14 352 64 18 417 66 16 HIV 199 2 1 401 4 1 269 5 2 Plasmodium spp 277 50 18 367 90 25 382 83 22 Dengue virus 45 4 9 66 6 9 15 2 13 C tetani 16 8 50 21 18 86 Total 8593 1328 15 26038 3204 12 16506 1713 10
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Activiteacute exponentielle
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
29
Core Other
Remote mobile POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Core Laboratory Other
Remote POC in patientrsquos premices
Assistance Publique des Hocircpitaux de Marseille
POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Remote POC
Perspectives POC deacutelocaliseacute Afrique
Clinics hospitals laboratories In France and abroad
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
Place des nouveaux outils moleacuteculaires
30
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique kit peacutericardique
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application meacutetageacutenomique
32
Detection Torque teno virus et papillomavirus dans le liquide peacutericardique pour la 1ere fois chez lrsquohomme
PLoS One 2014 Apr 19(4)e93367 2014 Viral communities associated with human pericardial fluids in idiopathic pericarditis Fancello L Monteil S Popgeorgiev N Rivet R Gouriet F Fournier PE Raoult D Desnues C
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique ex Kit endocardite
33
Geacutenome en temps reacuteel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application geacutenome en temps reacuteel
bull Geacutenome en temps reacuteel de Sepidermidis
J Clin Microbiol 2013 May51(5)1617-21 Deciphering genomic virulence traits of a Staphylococcus epidermidis strain causing native-valve endocarditis Fournier PE Gouriet F Gimenez G Robert C Raoult D
Staphylococcus epidermidis souche isoleacutee de 3 heacutemocultures sur 3 chez responsable drsquoune endocardite aortique chez un homme de 26 ans geacutenome de 25-Mb sequence unique avec 32 genes de virulence CSUR P278
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
remerciements
bull Pr Michel Drancourt bull Dr jean-Paul Casalta bull Dr Pierre Yves Levy bull Pr jean Marc Rolain
35
Merci pour votre attention
- Nouvelles techniques pour quelles avanceacutees en microbiologie meacutedicale
- Diapositive numeacutero 2
- Diapositive numeacutero 3
- Nouvelles applications de la spectromeacutetrie de masse au laboratoire de Microbiologie
- Apport de la Spectromeacutetrie de masse pour le diagnostic microbiologique
- Interpreacutetation des reacutesultats
- Performances des diffeacuterentsSpectromegravetre disponible pour la microbiologie
- Problegravemes drsquoidentification Discordance MALDI_Tof et identification classique
- Diapositive numeacutero 9
- Identification pheacutenotypique classique spectromeacutetrie de masse
- Diapositive numeacutero 11
- Diapositive numeacutero 12
- Diapositive numeacutero 13
- Diapositive numeacutero 14
- Diapositive numeacutero 15
- Diapositive numeacutero 16
- Diapositive numeacutero 17
- Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
- Organisation du laboratoire central en microbiologie
- Objectif laboratoire drsquourgence
- Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
- Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
- Diapositive numeacutero 23
- Real-time PCR assays syndrome-specific strips
- Diapositive numeacutero 25
- Diapositive numeacutero 26
- Diapositive numeacutero 27
- Diapositive numeacutero 28
- Diapositive numeacutero 29
- Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
- Approche syndromique kit peacutericardique
- Application meacutetageacutenomique
- Approche syndromique ex Kit endocardite
- Application geacutenome en temps reacuteel
- remerciements
-
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Objectif laboratoire drsquourgence
bull Prise en charge meacutedicale rapide des maladies infectieuses en fournissant les reacutesultats des analyses microbiologiques pendant que les malades sont encore en service drsquourgence =gt Reacutesultats lt 4 heures
bull Afin de reacutepondre agrave 4 questions cruciales
bull 1 ndash Hospitalisation neacutecessaire
bull 2 ndash isolement requis
bull 3 ndashtraitement anti-infectieux neacutecessaire
bull 4 ndashanalyses compleacutementaires neacutecessaires
20
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
21
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
OrdiOrdi
Ordi+ imp
OrdiOrdi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm OrdiOrdi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
22
bull Reacutesultats en moins de 4 heures transmission SMS
bull bonne valeur preacutedictive
bull deacutepistage par syndrome
bull Reacutesultats modifient la prise en charge
Immunochromatographie PCR en temps reacuteel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
23
Pneumonia bull Flu ICT bull VRS ICT bull Mycoplasma pneumoniae PCR bull Whooping-cough (B pertussis) PCR bull Coxiella burnetii PCR bull Staphylococcus aureus (ICU only) PCR bull Pneumocystis jiroveci PCR bull Legionella urinary antigen bull Pneumococcal urinary antigen
Gastro-enteritis diarrhoea bull Rotavirus ndash adenovirus ICT bull Norovirus ICT bull Clostridium difficile - Helicobacter pylori ICT
Tropical fever bull Malaria PCR bull Malaria ICT bull Dengue ICT
Meningitis bull Cytology bull Enterovirus PCR bull Herpes virus PCR bull Varicella zoster virus PCR bull Meningococcus PCR bull Pneumococcus PCR bull Cryptococcus
Gynecology bull HIV ICT bull Group B streptococcus PCR bull Atopobium vaginae PCR
Pharyngitis bull Group A streptococcus ICT bull Infectious mononucleosis MNI test
Others bull Blood exposure accident = HIV bull Tetanus toxin ICT bull Procalcitonin
Exploration par syndrome
PNEU
GASTRO
Tropical fever
MENIN
GYNECO
ANG
Other
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Real-time PCR assays syndrome-specific strips
24
LCR code
5 microL
in all wells
Strip 1
HSV VZV PlyN LytA TISS ctrA crgA 7SL-RNA mix
Strip 3
Strip 2 CONTROcircLE NEGATIF - rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
CONTROcircLE POSITIF- Rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
Une barrette par patient ex meacuteningite
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25
Real-time PCR assays syndrome-specific multiplexed strips
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
cup1 cup2 cup3
5 microL
Code
mix X TISS 7SL-RNA X TISS X
patient Negative control Positive control
7SL-RNA 7SL-RNA
Coxiella burnetii M pneumoniae Bordetella pertussis
Nothing to add ndash Ready to use controls
1 patient par barrette ex pneumonie
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
26
POC PCR en temps reacuteel
Xpertreg Flu Detection of Flu virus de type A and B and H1N1 2009 Preparation 2 min Result 77 min
Xpertreg EV Molecular detection of enterovirus meningitis Preparation 5 min Result 150 min
Xpertreg C difficile Detection of toxigenic et epidemic strains of Clostridium difficile Preparation 2 min Result 47 min
Xpertreg GBS Intrapartum detection of Streptococcus group B Preparation 1 min Result 52 min
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Activiteacute exponentielle
2008 2009 2010 Test Diagnostics Test Diagnostics Test Diagnostics influenza virus 1390 102 7 12455 1489 12 2551 25 1 RSV 1537 378 25 3300 297 9 2171 451 21 S pneumoniae 67 12 18 967 63 7 L pneumophila 168 1 1 405 4 1 954 9 1 M pneumoniae 668 25 4 1184 47 4 C burnetii 244 0 0 B pertussis 561 20 4 761 10 1 Procalcitonin 1169 206 18 1090 169 16 774 104 13 S pyogenes 1817 339 19 2912 567 19 2210 420 19 EBV 82 9 11 143 13 9 146 16 11 EV 296 84 28 482 92 19 416 58 14 HSV-12 3 0 0 114 3 3 251 3 1 S pneumoniae 267 10 4 479 10 2 410 14 3 N meningitidis 272 6 2 480 3 1 403 6 1 M pneumoniae 38 1 3 144 0 0 Rotavirusadeno 537 105 20 1075 313 29 1221 295 24 C difficile 352 7 2 518 10 2 535 17 3 H pylori 33 4 12 49 4 8 60 1 2 S agalactiae 149 21 14 352 64 18 417 66 16 HIV 199 2 1 401 4 1 269 5 2 Plasmodium spp 277 50 18 367 90 25 382 83 22 Dengue virus 45 4 9 66 6 9 15 2 13 C tetani 16 8 50 21 18 86 Total 8593 1328 15 26038 3204 12 16506 1713 10
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
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Activiteacute exponentielle
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
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Core Other
Remote mobile POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Core Laboratory Other
Remote POC in patientrsquos premices
Assistance Publique des Hocircpitaux de Marseille
POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Remote POC
Perspectives POC deacutelocaliseacute Afrique
Clinics hospitals laboratories In France and abroad
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
Place des nouveaux outils moleacuteculaires
30
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Approche syndromique kit peacutericardique
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Application meacutetageacutenomique
32
Detection Torque teno virus et papillomavirus dans le liquide peacutericardique pour la 1ere fois chez lrsquohomme
PLoS One 2014 Apr 19(4)e93367 2014 Viral communities associated with human pericardial fluids in idiopathic pericarditis Fancello L Monteil S Popgeorgiev N Rivet R Gouriet F Fournier PE Raoult D Desnues C
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Approche syndromique ex Kit endocardite
33
Geacutenome en temps reacuteel
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Application geacutenome en temps reacuteel
bull Geacutenome en temps reacuteel de Sepidermidis
J Clin Microbiol 2013 May51(5)1617-21 Deciphering genomic virulence traits of a Staphylococcus epidermidis strain causing native-valve endocarditis Fournier PE Gouriet F Gimenez G Robert C Raoult D
Staphylococcus epidermidis souche isoleacutee de 3 heacutemocultures sur 3 chez responsable drsquoune endocardite aortique chez un homme de 26 ans geacutenome de 25-Mb sequence unique avec 32 genes de virulence CSUR P278
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
remerciements
bull Pr Michel Drancourt bull Dr jean-Paul Casalta bull Dr Pierre Yves Levy bull Pr jean Marc Rolain
35
Merci pour votre attention
- Nouvelles techniques pour quelles avanceacutees en microbiologie meacutedicale
- Diapositive numeacutero 2
- Diapositive numeacutero 3
- Nouvelles applications de la spectromeacutetrie de masse au laboratoire de Microbiologie
- Apport de la Spectromeacutetrie de masse pour le diagnostic microbiologique
- Interpreacutetation des reacutesultats
- Performances des diffeacuterentsSpectromegravetre disponible pour la microbiologie
- Problegravemes drsquoidentification Discordance MALDI_Tof et identification classique
- Diapositive numeacutero 9
- Identification pheacutenotypique classique spectromeacutetrie de masse
- Diapositive numeacutero 11
- Diapositive numeacutero 12
- Diapositive numeacutero 13
- Diapositive numeacutero 14
- Diapositive numeacutero 15
- Diapositive numeacutero 16
- Diapositive numeacutero 17
- Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
- Organisation du laboratoire central en microbiologie
- Objectif laboratoire drsquourgence
- Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
- Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
- Diapositive numeacutero 23
- Real-time PCR assays syndrome-specific strips
- Diapositive numeacutero 25
- Diapositive numeacutero 26
- Diapositive numeacutero 27
- Diapositive numeacutero 28
- Diapositive numeacutero 29
- Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
- Approche syndromique kit peacutericardique
- Application meacutetageacutenomique
- Approche syndromique ex Kit endocardite
- Application geacutenome en temps reacuteel
- remerciements
-
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Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
21
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
Ordi
Ordi+ imp
Ordi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm Ordi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
210 cm
60 cmEZ1
Qiagen
OrdiOrdi
Ordi+ imp
OrdiOrdi
SmartCycler
SmartCycler
PSMHolten
LaminAir
Congeacutelobas
-20degC
Congeacutelobas
-20degC
Frigobas
+4degC
20 cm
Evier
101 cm
92 cm
113 cm
60 cm
50 cm
257 cm60 cm
BainSec
StuartVortex
Bioblock
CentriJouan
C3i
GenXpert
Monarch
60 cm
65 cm OrdiOrdi
66 cm
240 cm
60 cm
153 cm
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard sous paillasseL113 x h85 x p50
Placard muralL120 x h70 x p30
2 eacutetagegraveres muralesL270 x p36
2 eacutetagegraveres muralesL160 x p36
MicroZeiss
Axiolab
POC Timone172 m2
143 cm
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Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
22
bull Reacutesultats en moins de 4 heures transmission SMS
bull bonne valeur preacutedictive
bull deacutepistage par syndrome
bull Reacutesultats modifient la prise en charge
Immunochromatographie PCR en temps reacuteel
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23
Pneumonia bull Flu ICT bull VRS ICT bull Mycoplasma pneumoniae PCR bull Whooping-cough (B pertussis) PCR bull Coxiella burnetii PCR bull Staphylococcus aureus (ICU only) PCR bull Pneumocystis jiroveci PCR bull Legionella urinary antigen bull Pneumococcal urinary antigen
Gastro-enteritis diarrhoea bull Rotavirus ndash adenovirus ICT bull Norovirus ICT bull Clostridium difficile - Helicobacter pylori ICT
Tropical fever bull Malaria PCR bull Malaria ICT bull Dengue ICT
Meningitis bull Cytology bull Enterovirus PCR bull Herpes virus PCR bull Varicella zoster virus PCR bull Meningococcus PCR bull Pneumococcus PCR bull Cryptococcus
Gynecology bull HIV ICT bull Group B streptococcus PCR bull Atopobium vaginae PCR
Pharyngitis bull Group A streptococcus ICT bull Infectious mononucleosis MNI test
Others bull Blood exposure accident = HIV bull Tetanus toxin ICT bull Procalcitonin
Exploration par syndrome
PNEU
GASTRO
Tropical fever
MENIN
GYNECO
ANG
Other
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Real-time PCR assays syndrome-specific strips
24
LCR code
5 microL
in all wells
Strip 1
HSV VZV PlyN LytA TISS ctrA crgA 7SL-RNA mix
Strip 3
Strip 2 CONTROcircLE NEGATIF - rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
CONTROcircLE POSITIF- Rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
Une barrette par patient ex meacuteningite
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
25
Real-time PCR assays syndrome-specific multiplexed strips
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
cup1 cup2 cup3
5 microL
Code
mix X TISS 7SL-RNA X TISS X
patient Negative control Positive control
7SL-RNA 7SL-RNA
Coxiella burnetii M pneumoniae Bordetella pertussis
Nothing to add ndash Ready to use controls
1 patient par barrette ex pneumonie
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
26
POC PCR en temps reacuteel
Xpertreg Flu Detection of Flu virus de type A and B and H1N1 2009 Preparation 2 min Result 77 min
Xpertreg EV Molecular detection of enterovirus meningitis Preparation 5 min Result 150 min
Xpertreg C difficile Detection of toxigenic et epidemic strains of Clostridium difficile Preparation 2 min Result 47 min
Xpertreg GBS Intrapartum detection of Streptococcus group B Preparation 1 min Result 52 min
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Activiteacute exponentielle
2008 2009 2010 Test Diagnostics Test Diagnostics Test Diagnostics influenza virus 1390 102 7 12455 1489 12 2551 25 1 RSV 1537 378 25 3300 297 9 2171 451 21 S pneumoniae 67 12 18 967 63 7 L pneumophila 168 1 1 405 4 1 954 9 1 M pneumoniae 668 25 4 1184 47 4 C burnetii 244 0 0 B pertussis 561 20 4 761 10 1 Procalcitonin 1169 206 18 1090 169 16 774 104 13 S pyogenes 1817 339 19 2912 567 19 2210 420 19 EBV 82 9 11 143 13 9 146 16 11 EV 296 84 28 482 92 19 416 58 14 HSV-12 3 0 0 114 3 3 251 3 1 S pneumoniae 267 10 4 479 10 2 410 14 3 N meningitidis 272 6 2 480 3 1 403 6 1 M pneumoniae 38 1 3 144 0 0 Rotavirusadeno 537 105 20 1075 313 29 1221 295 24 C difficile 352 7 2 518 10 2 535 17 3 H pylori 33 4 12 49 4 8 60 1 2 S agalactiae 149 21 14 352 64 18 417 66 16 HIV 199 2 1 401 4 1 269 5 2 Plasmodium spp 277 50 18 367 90 25 382 83 22 Dengue virus 45 4 9 66 6 9 15 2 13 C tetani 16 8 50 21 18 86 Total 8593 1328 15 26038 3204 12 16506 1713 10
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Activiteacute exponentielle
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
29
Core Other
Remote mobile POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Core Laboratory Other
Remote POC in patientrsquos premices
Assistance Publique des Hocircpitaux de Marseille
POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Remote POC
Perspectives POC deacutelocaliseacute Afrique
Clinics hospitals laboratories In France and abroad
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
Place des nouveaux outils moleacuteculaires
30
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Approche syndromique kit peacutericardique
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Application meacutetageacutenomique
32
Detection Torque teno virus et papillomavirus dans le liquide peacutericardique pour la 1ere fois chez lrsquohomme
PLoS One 2014 Apr 19(4)e93367 2014 Viral communities associated with human pericardial fluids in idiopathic pericarditis Fancello L Monteil S Popgeorgiev N Rivet R Gouriet F Fournier PE Raoult D Desnues C
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Approche syndromique ex Kit endocardite
33
Geacutenome en temps reacuteel
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Application geacutenome en temps reacuteel
bull Geacutenome en temps reacuteel de Sepidermidis
J Clin Microbiol 2013 May51(5)1617-21 Deciphering genomic virulence traits of a Staphylococcus epidermidis strain causing native-valve endocarditis Fournier PE Gouriet F Gimenez G Robert C Raoult D
Staphylococcus epidermidis souche isoleacutee de 3 heacutemocultures sur 3 chez responsable drsquoune endocardite aortique chez un homme de 26 ans geacutenome de 25-Mb sequence unique avec 32 genes de virulence CSUR P278
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
remerciements
bull Pr Michel Drancourt bull Dr jean-Paul Casalta bull Dr Pierre Yves Levy bull Pr jean Marc Rolain
35
Merci pour votre attention
- Nouvelles techniques pour quelles avanceacutees en microbiologie meacutedicale
- Diapositive numeacutero 2
- Diapositive numeacutero 3
- Nouvelles applications de la spectromeacutetrie de masse au laboratoire de Microbiologie
- Apport de la Spectromeacutetrie de masse pour le diagnostic microbiologique
- Interpreacutetation des reacutesultats
- Performances des diffeacuterentsSpectromegravetre disponible pour la microbiologie
- Problegravemes drsquoidentification Discordance MALDI_Tof et identification classique
- Diapositive numeacutero 9
- Identification pheacutenotypique classique spectromeacutetrie de masse
- Diapositive numeacutero 11
- Diapositive numeacutero 12
- Diapositive numeacutero 13
- Diapositive numeacutero 14
- Diapositive numeacutero 15
- Diapositive numeacutero 16
- Diapositive numeacutero 17
- Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
- Organisation du laboratoire central en microbiologie
- Objectif laboratoire drsquourgence
- Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
- Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
- Diapositive numeacutero 23
- Real-time PCR assays syndrome-specific strips
- Diapositive numeacutero 25
- Diapositive numeacutero 26
- Diapositive numeacutero 27
- Diapositive numeacutero 28
- Diapositive numeacutero 29
- Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
- Approche syndromique kit peacutericardique
- Application meacutetageacutenomique
- Approche syndromique ex Kit endocardite
- Application geacutenome en temps reacuteel
- remerciements
-
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Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
22
bull Reacutesultats en moins de 4 heures transmission SMS
bull bonne valeur preacutedictive
bull deacutepistage par syndrome
bull Reacutesultats modifient la prise en charge
Immunochromatographie PCR en temps reacuteel
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
23
Pneumonia bull Flu ICT bull VRS ICT bull Mycoplasma pneumoniae PCR bull Whooping-cough (B pertussis) PCR bull Coxiella burnetii PCR bull Staphylococcus aureus (ICU only) PCR bull Pneumocystis jiroveci PCR bull Legionella urinary antigen bull Pneumococcal urinary antigen
Gastro-enteritis diarrhoea bull Rotavirus ndash adenovirus ICT bull Norovirus ICT bull Clostridium difficile - Helicobacter pylori ICT
Tropical fever bull Malaria PCR bull Malaria ICT bull Dengue ICT
Meningitis bull Cytology bull Enterovirus PCR bull Herpes virus PCR bull Varicella zoster virus PCR bull Meningococcus PCR bull Pneumococcus PCR bull Cryptococcus
Gynecology bull HIV ICT bull Group B streptococcus PCR bull Atopobium vaginae PCR
Pharyngitis bull Group A streptococcus ICT bull Infectious mononucleosis MNI test
Others bull Blood exposure accident = HIV bull Tetanus toxin ICT bull Procalcitonin
Exploration par syndrome
PNEU
GASTRO
Tropical fever
MENIN
GYNECO
ANG
Other
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Real-time PCR assays syndrome-specific strips
24
LCR code
5 microL
in all wells
Strip 1
HSV VZV PlyN LytA TISS ctrA crgA 7SL-RNA mix
Strip 3
Strip 2 CONTROcircLE NEGATIF - rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
CONTROcircLE POSITIF- Rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
Une barrette par patient ex meacuteningite
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Real-time PCR assays syndrome-specific multiplexed strips
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
cup1 cup2 cup3
5 microL
Code
mix X TISS 7SL-RNA X TISS X
patient Negative control Positive control
7SL-RNA 7SL-RNA
Coxiella burnetii M pneumoniae Bordetella pertussis
Nothing to add ndash Ready to use controls
1 patient par barrette ex pneumonie
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26
POC PCR en temps reacuteel
Xpertreg Flu Detection of Flu virus de type A and B and H1N1 2009 Preparation 2 min Result 77 min
Xpertreg EV Molecular detection of enterovirus meningitis Preparation 5 min Result 150 min
Xpertreg C difficile Detection of toxigenic et epidemic strains of Clostridium difficile Preparation 2 min Result 47 min
Xpertreg GBS Intrapartum detection of Streptococcus group B Preparation 1 min Result 52 min
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Activiteacute exponentielle
2008 2009 2010 Test Diagnostics Test Diagnostics Test Diagnostics influenza virus 1390 102 7 12455 1489 12 2551 25 1 RSV 1537 378 25 3300 297 9 2171 451 21 S pneumoniae 67 12 18 967 63 7 L pneumophila 168 1 1 405 4 1 954 9 1 M pneumoniae 668 25 4 1184 47 4 C burnetii 244 0 0 B pertussis 561 20 4 761 10 1 Procalcitonin 1169 206 18 1090 169 16 774 104 13 S pyogenes 1817 339 19 2912 567 19 2210 420 19 EBV 82 9 11 143 13 9 146 16 11 EV 296 84 28 482 92 19 416 58 14 HSV-12 3 0 0 114 3 3 251 3 1 S pneumoniae 267 10 4 479 10 2 410 14 3 N meningitidis 272 6 2 480 3 1 403 6 1 M pneumoniae 38 1 3 144 0 0 Rotavirusadeno 537 105 20 1075 313 29 1221 295 24 C difficile 352 7 2 518 10 2 535 17 3 H pylori 33 4 12 49 4 8 60 1 2 S agalactiae 149 21 14 352 64 18 417 66 16 HIV 199 2 1 401 4 1 269 5 2 Plasmodium spp 277 50 18 367 90 25 382 83 22 Dengue virus 45 4 9 66 6 9 15 2 13 C tetani 16 8 50 21 18 86 Total 8593 1328 15 26038 3204 12 16506 1713 10
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
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Activiteacute exponentielle
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
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29
Core Other
Remote mobile POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Core Laboratory Other
Remote POC in patientrsquos premices
Assistance Publique des Hocircpitaux de Marseille
POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Remote POC
Perspectives POC deacutelocaliseacute Afrique
Clinics hospitals laboratories In France and abroad
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Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
Place des nouveaux outils moleacuteculaires
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Application meacutetageacutenomique
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Detection Torque teno virus et papillomavirus dans le liquide peacutericardique pour la 1ere fois chez lrsquohomme
PLoS One 2014 Apr 19(4)e93367 2014 Viral communities associated with human pericardial fluids in idiopathic pericarditis Fancello L Monteil S Popgeorgiev N Rivet R Gouriet F Fournier PE Raoult D Desnues C
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Application geacutenome en temps reacuteel
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J Clin Microbiol 2013 May51(5)1617-21 Deciphering genomic virulence traits of a Staphylococcus epidermidis strain causing native-valve endocarditis Fournier PE Gouriet F Gimenez G Robert C Raoult D
Staphylococcus epidermidis souche isoleacutee de 3 heacutemocultures sur 3 chez responsable drsquoune endocardite aortique chez un homme de 26 ans geacutenome de 25-Mb sequence unique avec 32 genes de virulence CSUR P278
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bull Pr Michel Drancourt bull Dr jean-Paul Casalta bull Dr Pierre Yves Levy bull Pr jean Marc Rolain
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Merci pour votre attention
- Nouvelles techniques pour quelles avanceacutees en microbiologie meacutedicale
- Diapositive numeacutero 2
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- Nouvelles applications de la spectromeacutetrie de masse au laboratoire de Microbiologie
- Apport de la Spectromeacutetrie de masse pour le diagnostic microbiologique
- Interpreacutetation des reacutesultats
- Performances des diffeacuterentsSpectromegravetre disponible pour la microbiologie
- Problegravemes drsquoidentification Discordance MALDI_Tof et identification classique
- Diapositive numeacutero 9
- Identification pheacutenotypique classique spectromeacutetrie de masse
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- Diapositive numeacutero 16
- Diapositive numeacutero 17
- Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
- Organisation du laboratoire central en microbiologie
- Objectif laboratoire drsquourgence
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Pneumonia bull Flu ICT bull VRS ICT bull Mycoplasma pneumoniae PCR bull Whooping-cough (B pertussis) PCR bull Coxiella burnetii PCR bull Staphylococcus aureus (ICU only) PCR bull Pneumocystis jiroveci PCR bull Legionella urinary antigen bull Pneumococcal urinary antigen
Gastro-enteritis diarrhoea bull Rotavirus ndash adenovirus ICT bull Norovirus ICT bull Clostridium difficile - Helicobacter pylori ICT
Tropical fever bull Malaria PCR bull Malaria ICT bull Dengue ICT
Meningitis bull Cytology bull Enterovirus PCR bull Herpes virus PCR bull Varicella zoster virus PCR bull Meningococcus PCR bull Pneumococcus PCR bull Cryptococcus
Gynecology bull HIV ICT bull Group B streptococcus PCR bull Atopobium vaginae PCR
Pharyngitis bull Group A streptococcus ICT bull Infectious mononucleosis MNI test
Others bull Blood exposure accident = HIV bull Tetanus toxin ICT bull Procalcitonin
Exploration par syndrome
PNEU
GASTRO
Tropical fever
MENIN
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Other
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Real-time PCR assays syndrome-specific strips
24
LCR code
5 microL
in all wells
Strip 1
HSV VZV PlyN LytA TISS ctrA crgA 7SL-RNA mix
Strip 3
Strip 2 CONTROcircLE NEGATIF - rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
CONTROcircLE POSITIF- Rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
Une barrette par patient ex meacuteningite
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25
Real-time PCR assays syndrome-specific multiplexed strips
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
cup1 cup2 cup3
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Code
mix X TISS 7SL-RNA X TISS X
patient Negative control Positive control
7SL-RNA 7SL-RNA
Coxiella burnetii M pneumoniae Bordetella pertussis
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POC PCR en temps reacuteel
Xpertreg Flu Detection of Flu virus de type A and B and H1N1 2009 Preparation 2 min Result 77 min
Xpertreg EV Molecular detection of enterovirus meningitis Preparation 5 min Result 150 min
Xpertreg C difficile Detection of toxigenic et epidemic strains of Clostridium difficile Preparation 2 min Result 47 min
Xpertreg GBS Intrapartum detection of Streptococcus group B Preparation 1 min Result 52 min
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Activiteacute exponentielle
2008 2009 2010 Test Diagnostics Test Diagnostics Test Diagnostics influenza virus 1390 102 7 12455 1489 12 2551 25 1 RSV 1537 378 25 3300 297 9 2171 451 21 S pneumoniae 67 12 18 967 63 7 L pneumophila 168 1 1 405 4 1 954 9 1 M pneumoniae 668 25 4 1184 47 4 C burnetii 244 0 0 B pertussis 561 20 4 761 10 1 Procalcitonin 1169 206 18 1090 169 16 774 104 13 S pyogenes 1817 339 19 2912 567 19 2210 420 19 EBV 82 9 11 143 13 9 146 16 11 EV 296 84 28 482 92 19 416 58 14 HSV-12 3 0 0 114 3 3 251 3 1 S pneumoniae 267 10 4 479 10 2 410 14 3 N meningitidis 272 6 2 480 3 1 403 6 1 M pneumoniae 38 1 3 144 0 0 Rotavirusadeno 537 105 20 1075 313 29 1221 295 24 C difficile 352 7 2 518 10 2 535 17 3 H pylori 33 4 12 49 4 8 60 1 2 S agalactiae 149 21 14 352 64 18 417 66 16 HIV 199 2 1 401 4 1 269 5 2 Plasmodium spp 277 50 18 367 90 25 382 83 22 Dengue virus 45 4 9 66 6 9 15 2 13 C tetani 16 8 50 21 18 86 Total 8593 1328 15 26038 3204 12 16506 1713 10
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Core Other
Remote mobile POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
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Core Laboratory Other
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POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Consultation
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IHU Hospitalization
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Perspectives POC deacutelocaliseacute Afrique
Clinics hospitals laboratories In France and abroad
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Detection Torque teno virus et papillomavirus dans le liquide peacutericardique pour la 1ere fois chez lrsquohomme
PLoS One 2014 Apr 19(4)e93367 2014 Viral communities associated with human pericardial fluids in idiopathic pericarditis Fancello L Monteil S Popgeorgiev N Rivet R Gouriet F Fournier PE Raoult D Desnues C
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Application geacutenome en temps reacuteel
bull Geacutenome en temps reacuteel de Sepidermidis
J Clin Microbiol 2013 May51(5)1617-21 Deciphering genomic virulence traits of a Staphylococcus epidermidis strain causing native-valve endocarditis Fournier PE Gouriet F Gimenez G Robert C Raoult D
Staphylococcus epidermidis souche isoleacutee de 3 heacutemocultures sur 3 chez responsable drsquoune endocardite aortique chez un homme de 26 ans geacutenome de 25-Mb sequence unique avec 32 genes de virulence CSUR P278
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bull Pr Michel Drancourt bull Dr jean-Paul Casalta bull Dr Pierre Yves Levy bull Pr jean Marc Rolain
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- Diapositive numeacutero 3
- Nouvelles applications de la spectromeacutetrie de masse au laboratoire de Microbiologie
- Apport de la Spectromeacutetrie de masse pour le diagnostic microbiologique
- Interpreacutetation des reacutesultats
- Performances des diffeacuterentsSpectromegravetre disponible pour la microbiologie
- Problegravemes drsquoidentification Discordance MALDI_Tof et identification classique
- Diapositive numeacutero 9
- Identification pheacutenotypique classique spectromeacutetrie de masse
- Diapositive numeacutero 11
- Diapositive numeacutero 12
- Diapositive numeacutero 13
- Diapositive numeacutero 14
- Diapositive numeacutero 15
- Diapositive numeacutero 16
- Diapositive numeacutero 17
- Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
- Organisation du laboratoire central en microbiologie
- Objectif laboratoire drsquourgence
- Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
- Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
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HSV VZV PlyN LytA TISS ctrA crgA 7SL-RNA mix
Strip 3
Strip 2 CONTROcircLE NEGATIF - rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
CONTROcircLE POSITIF- Rien agrave rajouter ndash precirct agrave lrsquoemploi
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
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Une barrette par patient ex meacuteningite
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25
Real-time PCR assays syndrome-specific multiplexed strips
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cup1 cup2 cup3
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Code
mix X TISS 7SL-RNA X TISS X
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7SL-RNA 7SL-RNA
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POC PCR en temps reacuteel
Xpertreg Flu Detection of Flu virus de type A and B and H1N1 2009 Preparation 2 min Result 77 min
Xpertreg EV Molecular detection of enterovirus meningitis Preparation 5 min Result 150 min
Xpertreg C difficile Detection of toxigenic et epidemic strains of Clostridium difficile Preparation 2 min Result 47 min
Xpertreg GBS Intrapartum detection of Streptococcus group B Preparation 1 min Result 52 min
15es JNI Bordeaux du 11 au 13 juin 2014
Activiteacute exponentielle
2008 2009 2010 Test Diagnostics Test Diagnostics Test Diagnostics influenza virus 1390 102 7 12455 1489 12 2551 25 1 RSV 1537 378 25 3300 297 9 2171 451 21 S pneumoniae 67 12 18 967 63 7 L pneumophila 168 1 1 405 4 1 954 9 1 M pneumoniae 668 25 4 1184 47 4 C burnetii 244 0 0 B pertussis 561 20 4 761 10 1 Procalcitonin 1169 206 18 1090 169 16 774 104 13 S pyogenes 1817 339 19 2912 567 19 2210 420 19 EBV 82 9 11 143 13 9 146 16 11 EV 296 84 28 482 92 19 416 58 14 HSV-12 3 0 0 114 3 3 251 3 1 S pneumoniae 267 10 4 479 10 2 410 14 3 N meningitidis 272 6 2 480 3 1 403 6 1 M pneumoniae 38 1 3 144 0 0 Rotavirusadeno 537 105 20 1075 313 29 1221 295 24 C difficile 352 7 2 518 10 2 535 17 3 H pylori 33 4 12 49 4 8 60 1 2 S agalactiae 149 21 14 352 64 18 417 66 16 HIV 199 2 1 401 4 1 269 5 2 Plasmodium spp 277 50 18 367 90 25 382 83 22 Dengue virus 45 4 9 66 6 9 15 2 13 C tetani 16 8 50 21 18 86 Total 8593 1328 15 26038 3204 12 16506 1713 10
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
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Activiteacute exponentielle
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
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29
Core Other
Remote mobile POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Core Laboratory Other
Remote POC in patientrsquos premices
Assistance Publique des Hocircpitaux de Marseille
POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Diagnostic kits
Remote POC
Perspectives POC deacutelocaliseacute Afrique
Clinics hospitals laboratories In France and abroad
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Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
Place des nouveaux outils moleacuteculaires
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Approche syndromique kit peacutericardique
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Application meacutetageacutenomique
32
Detection Torque teno virus et papillomavirus dans le liquide peacutericardique pour la 1ere fois chez lrsquohomme
PLoS One 2014 Apr 19(4)e93367 2014 Viral communities associated with human pericardial fluids in idiopathic pericarditis Fancello L Monteil S Popgeorgiev N Rivet R Gouriet F Fournier PE Raoult D Desnues C
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Approche syndromique ex Kit endocardite
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Geacutenome en temps reacuteel
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Application geacutenome en temps reacuteel
bull Geacutenome en temps reacuteel de Sepidermidis
J Clin Microbiol 2013 May51(5)1617-21 Deciphering genomic virulence traits of a Staphylococcus epidermidis strain causing native-valve endocarditis Fournier PE Gouriet F Gimenez G Robert C Raoult D
Staphylococcus epidermidis souche isoleacutee de 3 heacutemocultures sur 3 chez responsable drsquoune endocardite aortique chez un homme de 26 ans geacutenome de 25-Mb sequence unique avec 32 genes de virulence CSUR P278
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remerciements
bull Pr Michel Drancourt bull Dr jean-Paul Casalta bull Dr Pierre Yves Levy bull Pr jean Marc Rolain
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Merci pour votre attention
- Nouvelles techniques pour quelles avanceacutees en microbiologie meacutedicale
- Diapositive numeacutero 2
- Diapositive numeacutero 3
- Nouvelles applications de la spectromeacutetrie de masse au laboratoire de Microbiologie
- Apport de la Spectromeacutetrie de masse pour le diagnostic microbiologique
- Interpreacutetation des reacutesultats
- Performances des diffeacuterentsSpectromegravetre disponible pour la microbiologie
- Problegravemes drsquoidentification Discordance MALDI_Tof et identification classique
- Diapositive numeacutero 9
- Identification pheacutenotypique classique spectromeacutetrie de masse
- Diapositive numeacutero 11
- Diapositive numeacutero 12
- Diapositive numeacutero 13
- Diapositive numeacutero 14
- Diapositive numeacutero 15
- Diapositive numeacutero 16
- Diapositive numeacutero 17
- Diagnostic rapide en microbiologie meacutedicale un veacuteritable challenge
- Organisation du laboratoire central en microbiologie
- Objectif laboratoire drsquourgence
- Point of care agrave lrsquohocircpital de la Timone et hocircpital Nord
- Critegraveres de seacutelection des analyses au POC
- Diapositive numeacutero 23
- Real-time PCR assays syndrome-specific strips
- Diapositive numeacutero 25
- Diapositive numeacutero 26
- Diapositive numeacutero 27
- Diapositive numeacutero 28
- Diapositive numeacutero 29
- Approche syndromique du diagnostic en microbiologie meacutedicale
- Approche syndromique kit peacutericardique
- Application meacutetageacutenomique
- Approche syndromique ex Kit endocardite
- Application geacutenome en temps reacuteel
- remerciements
-
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25
Real-time PCR assays syndrome-specific multiplexed strips
190 microl sample + 10microL TISS
Extraction EZ1 Virus card
pure DNA
cup1 cup2 cup3
5 microL
Code
mix X TISS 7SL-RNA X TISS X
patient Negative control Positive control
7SL-RNA 7SL-RNA
Coxiella burnetii M pneumoniae Bordetella pertussis
Nothing to add ndash Ready to use controls
1 patient par barrette ex pneumonie
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POC PCR en temps reacuteel
Xpertreg Flu Detection of Flu virus de type A and B and H1N1 2009 Preparation 2 min Result 77 min
Xpertreg EV Molecular detection of enterovirus meningitis Preparation 5 min Result 150 min
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Activiteacute exponentielle
2008 2009 2010 Test Diagnostics Test Diagnostics Test Diagnostics influenza virus 1390 102 7 12455 1489 12 2551 25 1 RSV 1537 378 25 3300 297 9 2171 451 21 S pneumoniae 67 12 18 967 63 7 L pneumophila 168 1 1 405 4 1 954 9 1 M pneumoniae 668 25 4 1184 47 4 C burnetii 244 0 0 B pertussis 561 20 4 761 10 1 Procalcitonin 1169 206 18 1090 169 16 774 104 13 S pyogenes 1817 339 19 2912 567 19 2210 420 19 EBV 82 9 11 143 13 9 146 16 11 EV 296 84 28 482 92 19 416 58 14 HSV-12 3 0 0 114 3 3 251 3 1 S pneumoniae 267 10 4 479 10 2 410 14 3 N meningitidis 272 6 2 480 3 1 403 6 1 M pneumoniae 38 1 3 144 0 0 Rotavirusadeno 537 105 20 1075 313 29 1221 295 24 C difficile 352 7 2 518 10 2 535 17 3 H pylori 33 4 12 49 4 8 60 1 2 S agalactiae 149 21 14 352 64 18 417 66 16 HIV 199 2 1 401 4 1 269 5 2 Plasmodium spp 277 50 18 367 90 25 382 83 22 Dengue virus 45 4 9 66 6 9 15 2 13 C tetani 16 8 50 21 18 86 Total 8593 1328 15 26038 3204 12 16506 1713 10
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Core Other
Remote mobile POC
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Emergency room POC
IHU Hospitalization
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Diagnostic kits
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Core Laboratory Other
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POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
Consultation
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Application geacutenome en temps reacuteel
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Staphylococcus epidermidis souche isoleacutee de 3 heacutemocultures sur 3 chez responsable drsquoune endocardite aortique chez un homme de 26 ans geacutenome de 25-Mb sequence unique avec 32 genes de virulence CSUR P278
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POC PCR en temps reacuteel
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Core Other
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Emergency room POC
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POC
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Emergency room POC
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Consultation
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Activiteacute exponentielle
Cohen-Bacrie S et al PloS One 2011
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Core Other
Remote mobile POC
Consultation
Emergency room POC
IHU Hospitalization
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Core Laboratory Other
Remote POC in patientrsquos premices
Assistance Publique des Hocircpitaux de Marseille
POC
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Remote POC
Perspectives POC deacutelocaliseacute Afrique
Clinics hospitals laboratories In France and abroad
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PLoS One 2014 Apr 19(4)e93367 2014 Viral communities associated with human pericardial fluids in idiopathic pericarditis Fancello L Monteil S Popgeorgiev N Rivet R Gouriet F Fournier PE Raoult D Desnues C
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Application geacutenome en temps reacuteel
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J Clin Microbiol 2013 May51(5)1617-21 Deciphering genomic virulence traits of a Staphylococcus epidermidis strain causing native-valve endocarditis Fournier PE Gouriet F Gimenez G Robert C Raoult D
Staphylococcus epidermidis souche isoleacutee de 3 heacutemocultures sur 3 chez responsable drsquoune endocardite aortique chez un homme de 26 ans geacutenome de 25-Mb sequence unique avec 32 genes de virulence CSUR P278
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- Nouvelles applications de la spectromeacutetrie de masse au laboratoire de Microbiologie
- Apport de la Spectromeacutetrie de masse pour le diagnostic microbiologique
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- Performances des diffeacuterentsSpectromegravetre disponible pour la microbiologie
- Problegravemes drsquoidentification Discordance MALDI_Tof et identification classique
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- Organisation du laboratoire central en microbiologie
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Staphylococcus epidermidis souche isoleacutee de 3 heacutemocultures sur 3 chez responsable drsquoune endocardite aortique chez un homme de 26 ans geacutenome de 25-Mb sequence unique avec 32 genes de virulence CSUR P278
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