vl algorithmische bioinformatik (19710) ws2013/2014 woche 16 - mittwoch annkatrin bressin freie...

VL Algorithmische BioInformatik (19710)WS2013/2014Woche 16 - Mittwoch

Annkatrin BressinFreie Universität Berlin

Vorlesungsthemen

Part 1: Background Basics (4) 1. The Nucleic Acid World 2. Protein Structure 3. Dealing with Databases

Part 2: Sequence Alignments (3) 4. Producing and Analyzing Sequence Alignments 5. Pairwise Sequence Alignment and Database Searching 6. Patterns, Profiles, and Multiple Alignments

Part 3: Evolutionary Processes (3) 7. Recovering Evolutionary History 8. Building Phylogenetic Trees

Part 4: Genome Characteristics (4) 9. Revealing Genome Features 10. Gene Detection and Genome Annotation

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 2

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

• Wiederholung der Vorlesungsthemen• Gliederung• Blöcke:

• Part 1: Background Basics

• Part 2: Sequence Alignments

• Part 3: Evolutionary Processes

• Part 4: Genome Characteristics

• Part 5: Secondary Structures

• Part 6: Tertiary Structures

• Part 7: Cells and Organisms

• Pro Block:• Themen / Mind-Maps der zugrundeliegenden Buchkapitel

• Wichtigste Stichwörter der jeweiligen Vorlesungen als Word-Cloud

• Beispiel-Fragen der Probeklausur

Heute

Block 1Block 1Background BasicsBackground Basics

Topics:

1. The Nucleic Acid World 2. Protein Structure 3. Dealing with Databases

Kapitel 1,2,3Kapitel 1,2,3

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

Kapitel 1 - Themen

Nicht alle Themen kamen in der VL dran!Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

Kapitel 2 - Themen

Nicht alle Themen kamen in der VL dran!Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

Kapitel 3 - Themen

Nicht alle Themen kamen in der VL dran!Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

Woche 1 - Montag

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 8

Einführung

Woche 1 - Mittwoch

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 9

Wiederholung: Molekular-Biologische Grundlagen

Woche 2 - Montag

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 10

Wiederholung: Proteinstrukturen, Einführung (biologische) Datenbanken

Woche 2 - Mittwoch

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 11

Vertiefung: (Biologische) Datenbanken, Webservices, BioJava

Beis

pie

l-Fra

gen

Block 2Block 2Sequence AlignmentsSequence Alignments

Topics:

4. Producing and Analyzing SequenceAlignments

5. Pairwise Sequence Alignment andDatabase Searching

6. Patterns, Profiles, and Multiple Alignments

Kapitel 4,6Kapitel 4,6

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

Kapitel 4 - Themen

Nicht alle Themen kamen in der VL dran!Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

Kapitel 6 - Themen

Nicht alle Themen kamen in der VL dran!Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

Woche 3 - Montag

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 16

Wiederholung: Sequence Alignment

Woche 3 - Mittwoch

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 17

Einführung: Patterns & Profiles

Beis

pie

l-Fra

gen

Block 3Block 3Evolutionary ProcessesEvolutionary Processes

Topics:

7. Recovering Evolutionary History 8. Building Phylogenetic Trees

Kapitel 7,8Kapitel 7,8

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

Kapitel 7 - Themen

Nicht alle Themen kamen in der VL dran!Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

Kapitel 8 - Themen

Nicht alle Themen kamen in der VL dran!Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

Woche 4 - Mittwoch

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 22

Einführung: Phylogenetische Bäume

Woche 5 - Montag

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 23

Vertiefung: Phylogenetische Bäume Evolutionary Distances, Generating Single Trees

Woche 5 - Mittwoch

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 24

Vertiefung: Phylogenetische BäumeGenerating Multiple Tree Topologies, Tree Evaluation

Woche 5 - 3

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 25

Vertiefung: Phylogenetische BäumeStatistical Methods for Tree Evaluation

Beis

pie

l-Fra

gen

Block 4Block 4Genome CharacteristicsGenome Characteristics

Topics:

9. Revealing Genome Features 10. Gene Detection and Genome Annotation

Kapitel 9,10Kapitel 9,10

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

Kapitel 9 - Themen

Nicht alle Themen kamen in der VL dran!Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

Kapitel 10 - Themen

Nicht alle Themen kamen in der VL dran!Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

Woche 6 - Montag

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 30

Einführung: Gene Finding

Woche 6 - Mittwoch

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 31

Vertiefung: Gene Detection in Prokaryotes

Woche 7 - Montag

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 32

Vertiefung: Gene Detection in Eukaryotes

Woche 7 - Donnerstag

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 33

Einführung: Genome Sequencing, Assembly and Comparison

Beis

pie

l-Fra

gen

Block 5Block 5Secondary StructuresSecondary Structures

Topics:

11. Obtaining Secondary Structure from Sequence

12. Predicting Secondary Structures

Kapitel 11,12Kapitel 11,12

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

Kapitel 11 - Themen

Nicht alle Themen kamen in der VL dran!Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

Kapitel 12 - Themen

Nicht alle Themen kamen in der VL dran!Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

Woche 8 - Montag

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 38

Einführung: Secondary Structure from Sequence

Woche 8 - Mittwoch

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 39

Vertiefung: Statistical Methods for Secondary Structure Prediction

Woche 9 - Montag

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 40

Guest Lecture: Repeat Resolution for Genome Assembly (Prof. Reinert)

Woche 9 - Mittwoch

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 41

Vertiefung: Neural Networks for Secondary Structure Prediction

Woche 10 - Montag

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 42

Vertiefung: Neural Networks for Secondary Structure Prediction, Prediction Methods for Special Secondary Structures

Woche 10 - Mittwoch

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 43

Vertiefung: RNA Secondary Structure Prediction

Beis

pie

l-Fra

gen

Block 6Block 6Tertiary StructuresTertiary Structures

Topics:

13. Modeling Protein Structure 14. Analyzing Structure-Function Relationships

Kapitel 13,14Kapitel 13,14

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

Kapitel 13 - Themen

Nicht alle Themen kamen in der VL dran!Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

Kapitel 14 - Themen

Nicht alle Themen kamen in der VL dran!Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

Woche 11 - Montag

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 48

Einführung: Modeling Protein Structures, Potential Energy, Force Fields, Threading Homology Modeling

Woche 11 - Mittwoch

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 49

Vertiefung: Homology Modeling

Woche 12 - Montag

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 50

Vertiefung: Threading

Woche 12 - Mittwoch

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 51

Vertiefung: Structure Comparison

Woche 13 - Montag

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 52

Vertiefung: Binding Site Detection, Docking

Beis

pie

l-Fra

gen

Block 7Block 7Cells and OrganismsCells and Organisms

Topics:

15. Proteome and Gene Expression Analysis 17. Systems Biology

Kapitel 15,17Kapitel 15,17

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

Kapitel 15 - Themen

Nicht alle Themen kamen in der VL dran!Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

Kapitel 17 - Themen

Nicht alle Themen kamen in der VL dran!Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

Woche 13 - Mittwoch

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 57

Einführung: Gene / Microarray Expression Analysis

Woche 14 - Montag

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 58

Vertiefung: Gene / Microarray Expression Analysis; Quality Control, Preprocessing, Normalization, Self-organizing Maps for clustering and classification

Woche 14 - Mittwoch

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 59

Einführung: Protein Expression Analysis,2D GE, Mass Spectrometry

Woche 15 - Montag

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 60

Vertiefung: Protein Expression Analysis; Mass Spectrometry, Algorithms for analysing MS data

Woche 15 - Mittwoch

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 61

Vertiefung: Protein Expression Analysis, Peptide Mass Fingerprinting; Einführung: Systems Biology

Woche 16 - Montag

Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 62

Vertiefung: Systems Biology

Beis

pie

l-Fra

gen