bioinformatics - from genomes to drugs [vols 1 and 2] - t. langauer (wiley, 2002) ww

640
Thomas Lengauer (Ed.) Bioinformatics ± From Genomes to Drugs Vol. I: Basic Technologies Bioinformatics ± From Genomes to Drugs. Edited by Thomas Lengauer Copyright 8 2002 WILEY-VCH Verlag GmbH, Weinheim ISBN: 3-527-29988-2 Vol. II: Applications

Upload: others

Post on 11-Sep-2021

3 views

Category:

Documents


0 download

TRANSCRIPT

Page 1: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������ ������ ����

������������ �

��� ������� � �����

���� �� ���� �����������

������������ � ��� ������� � ������ ������ �� ��� ��������������� � ���� ��������� ������ ����# ��������$%&' (�)�*��++,,��

���� ��� ����������

Page 2: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������ ��� ���������

�� �������� �������

������ ��

�� ������

�� ������

�� ��������

��������� �����

�� �������� �� !� ��"��#�� $� %�&&��

�� '� �� (���������� �� (�����

Page 3: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������������ � ��� �������

� �����

������ �� ���� �����������

������ �� ������ ������

������ ��� ����������

Page 4: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

!����� "�����

����� ��� ���� ������� %�����-�� .� ���- ������

/��-���� 0��� .� ���- ����

������-�������1��2�� ���3�

1��2�� ���3� ���4� 5

0�6���) 0�3 ����7

�������

����� ��� ���� �����%"$8 "�# ���9�� �7���

-: 0���� ���� ��� � �

0�;*�); ��� ����� �� $���

�������

����� ��� ��� �������0��������� 7 "������ %� -���-�

��� <�3��-

����������� $�� 5+�

���,�)* <�3��-

$9��=������

������ "�����

����� ��� ����� ��������� �����8����7�� �� ������ 7� "������ ���

$-�����>- �������� ?$�"�@

$-� %������2��

0�)(*)6 $��A� "��� ���

�������

� �� �A 9� -���7���� ����-��

&�2������ # ����� # ���� ��� ����� ��

� �� 9������ �� ��7������ -�������

������ � �� 7��� 7 ���� .����� ���

��2� �� � A��� �� ���� ��� �������� #

����# ���� ������ # ��-������ ������ �

��� ���� ��� ����2�������� ��

���--�����

#�$��� �� �������� ���� %��� ������� ���

" -������� ��-�� 7� �� �A � �2�������

7�� �� %���� ������� 0�� 0��� -�

%������A B ��C ��������������

C����-�����0��� " -������� ��-�� 7� ��

�����-���� � �2������� 7�� 0�� 0��� -�

%������A

� ��������� ������ ����# �������

?8������ .������- 7 �������@ ����

"�� ���� �� ��2�� ?��-������ � � 7

���� ����� �� ��� �������� @ & ���� 7

�� �A ��� �� ������-�� �� ��� 7��

B �� ����������# ��-�>��# � ���

��� ���� B �� ���� ������ �

���� ����� ��� ��-��� �������� 9����

9������ ����� �� 7�� �� ����� ��

.��� ����� ���� # ��������A # ��- � �� ��

�� �A# �2�� 9�� �� ��-�>-����

���A�� � �-# ��� �� � �� -� ������

������-��� �� ��9

C������ �� �� 8������ .������- 7

�������

C������ � �-���7��� �����

� ������� " - ���� ����� #

��� !��

������� ���=����-A ����# 0��� ����

���&$������ D $-�3E�� ���� � � !�#

���3� ����

�!�% (�)�*��++,,��

Page 5: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������

�� ��� ��� 2���� 7 �� ���� FF/��� ��� C���-���� �� /���-����

���� ���GG 7-� � � � ������ ���-' %���7�����- %���7�����- � �

������� -�������� >���# 9�- ��-��� � ���-���� �����# ��-��� ���

��� ������- � �� �� ���# ��� -������ -���-� � �� ��� %��

��7�����- � � ���� 7�� 2���� ���� 7 -������ -���-�# �- �

������� # -���������� �����=����# ������� ������ ����������# -��

������ ����������# 7���� �������� ����# ������ ��� # ��-��� ������

���# ���7 ��-������# ����-��2� ���- ����������# ������ � � ��� #

A�9����� �� -2��� ��� ������ � ������ �� �H�������� ��9� �� ���

���-�� ����# ��������� 7�� ������� ��� ������������ ����� ��I�-� #

E�� � �����A���� ��������� 7� �� �����-���� 7 ����� -������

-���-� �� 7� �� 7 ������-��� ��� -������ ��-���� E�� ���

������� ����>� � ��� -����� � ��2�2�� �� ������-�� �� ���- �� �����

7 ���� ������� �� �� 7 ����2��� �� J������ 7 ���� �� ��-��� ���

�����-�� A�9����� �� �� -���H�# 9� 7��� ��� �� 9� ���� � �������� �

2���� � ����7�����- 9�� � �����-���� ���� � � � ��-� 7 �� ����

��� ��9 ����

�� -������� 7 �� ���� ����� �J���-�# ����� �� �� 8�������

���5# ���A � � ���- �2���# �� ��� �� �����- # ��� �� �� ����� ���

����-��� �� ������� �� ��� �9 ���� � ���� �� ��H�K ��� 9� ����� ����

��� ���� ���� 7 �� FF/�A��� �� � 7 �� �J���-�GG � �� �� A 7 ��

-���� ���� %���7�����- 9��� ���� �� ������� ��� �� �� >���# ��

����� ������� �� ��������� 7 ���� �H��� ��# �� �� 7��-����� �� -����

��� 7 �� ���� ����-� # �� �������- ��-� � # �� �� �# ������- 2�������

��� -�������2� ����� ���� ��������# �� �����-���� 7 �� �A �

FFI� � �� ����GG � I��� ��� �� � �������- ���

%� �-����# ���� ��� �9 9�� 7 ���-������ �� >��� 7 ����7�����-

L�� � ������ �-���� �� �� ���� 7 ������ ��� � ����� -� ��������

����# �� ������� 9�� 7 ���-������ � �� ����� 7 ��7������ ��� ���

-������# ������� 7�� �� �����- ���� �� �-�� � �H���� �-����# �� ��

�����-���� -����� �� 9�- ����7�����- ������ ��� �� �� ���� 7

���-���� ����� �H�������� ��� �� ����� �� ��9 -��������� �

����7�����- � ����� ���-����� �--����� � �� 2��9 �� 9���� 7

'

Page 6: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��7������ ������� �� �� 2���� ��-� ������ � ����2� �� ��� �9

����

�� ������ �- 2��9 � �� ��I�-� 7 C��� 5' �� ���-���� ����7�����-

�� �����-�� ����� �9�� ����� ������ ����-��� � �� �����- ��H�

��� � �� �� ��� 7 �J���-��� ��I�-� ����� ����� ������ � �����

��2�� ��7������ ����2�� 7�� �� ��H� "--�������# C��� 5 �� -� � ���

������ 7 ����7�����- ��� ��2��� -������ �� � ����� ����7��

����- ����� ��- -����� � ��2��� � �� ����2��� -������' �7��� ��

������-��� 2��2��9# ������ 7��9 ��� ��� ��2��� � $�J���-� "�����

� ?����� �� ����� �������@# $���-����# C������� ��� ������� �������

>-���� 7 ��A�����- ���� ?�� ���� ��������@# "����=��� .�������� .��

��� �� ����� ?�� ������ ������@# ������%� �� C����� /������

�� %���� ��� /���-��� ?�� ����� ������!@# C����� $���-���� C����-���

��� "����-���� �� $���-����� �����- # C����� 8��-��� " ������� ���

0��� ������ 8������ ?�� ���� "����� �� ������ #�������@# C�����B������

0-A��� ��� 0��� 0� ��� ?�� ������ �����@ ��� C�����BC����� ���

C�����B0&" 0-A��� ?�� ��!� �������� �� �� �� ����@ "� �������H

�� ������ #�������# A��-��� �� ��������- ���� ��� ��� � �� ��

����7�����- # -�-���� �� >� � C���

�� �H���� �- 2��9 � �� 7-� 7 �� �-�� C���' ������ -�-�������

� �2���� �������� �����-���� -����� ��� -�� ��� �� ������� �7�

7�-��2��� �� -������� -������ �� -� �� �� C��� 5 �� � ������

-2�� ����������� ��� "--� ��� /��-���� %���� .� ��-� ?�� ���� $����� �� ����� %&�� @# %���7�����- $����� 7 ����� $�J���-���

C�I�-� ?�� '���(�� $����@# "���� � 7 $�J���-� �������� ?�� )�����*���)������ � ���@# C����� "���� � ?�� +�����,-��� ���& � ���@# ������ 8������

�� ����� ��� C����� ?�� ������� ������ � ���@ � 9��� � $-�����

��� 7 0��� 0����� � ?�� ����� ���� � ���@ �� � -�-������ ������#

������ #������� ������ �� 8����� ����� �� �� >��� 7 ����7�����-

�� ���� ����� ��� �����7�� � ��� ��������# 9 �--����� ��

-��������� �� A � �����=� �� 2���� � ����7�����- # � -�2��-�

���� � �����-����� �� �� ��I�-� ��� � >�� ���� -����� �� ����#

�� ���� �� 7�-� ��� �� ���- ��� � �� � ��� �� ��� ��� ��� �� �� ���

7 � -�������2� 9�A -� ������ ����� ������ �� �� ���� �

/��� ��� C���-���� �� /���-���� ���� ��� �� �������# 9� 9��� �

���A ������ ������ ��� 8���A �������-# ���������# 7� ���� �E�-��2�

-���������

$�������� ���5 .������ /����� 0�3 ����7

��� !������ ���9�� �7��

���A ��������� "� ������

)��*�&�'�

Page 7: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������

���� � ���� �����������

�� � 7 ��������� .���

8��9�� .�.

( ��� ������� � ����� )�� ������������ /

5 5 �� ���-���� �� � 7 �� �� � /

5 � �� ���-���� �����- � -����� �� �� � 0

5 ( 8������ ������ ������ 12

5 ( 5 �����- 2 ������- 13

5 ( � �H���� 7 ��7������ �2������� � �� ���� :������ 13

5 6 0�2������ ���� 14

5 ) " ����7�����- ���� -��� 15

5 ) 5 �� ������ �- 2��9 16

5 ; �� �H���� �- 2��9 31

5 ; 5 %� �- -��������� ' ���-���� ����� ������ � ��� �����

-����� � 33

5 ; � $-����� 5' ���� ��� ������ �H��� �� ���� 33

5 ; ( $-����� �' 0��� -������� 3/

5 ; 6 $-����� (' ������- 2���������� 34

* !�+���� ���� ��� 37

� 5 ������-��� 37

� � "���� � 7 ����2����� �J���-� 30

� � 5 $�-����� ���-���� �����-��� /1

� ( C���9� � �J���-� -����� � /3

� ( 5 0� ��� //

� ( � $�J���-� ��������� /4

� 6 0����� � ���-��� �' ����� �J���-� ���� ��-

������� /8

� ) "�������� ��� ���- ���� ��- 43

� ; /������� �J���-� ��������� 45

'��

Page 8: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

� * /������� ��������� ��� ������ � ���-��� 47

� , C����� 7������ ��� ������ ����� 48

� + ��-�� �� 52

, !�����- ��������� ��� ������� �����.���� �� "�&�� ��

����� 58

( 5 $���-����� -���-���� ��- 7 ��A�����- ���� 58

( � ��� �>-���� 7 ���-� ��� �� ��������� ����� 63

( ( /��� 7� �� ��-������ 7 7��-����� ����� 66

( ( 5 $���- 7� ������� ��������� 9�� -� �� � �J���-� 66

( ( � C ����� ��-�>- �� � 68

( ( ( ������� ��-�>- ��� ��� 71

( ( 6 8����� ��-�>- ��� ��� 7� ��-������ 7 ������ -����

����� 71

( ( ) "--���-� ��� ��� 73

( ( ; "����-���� 7 ������ �� -�������� ����� � 7/

( ( * C����-��� 7 ��� ��� �--���� ���-� I��-��� 74

( ( , .�-������ 7 ������ ����� �� ���� 0&" 70

( ( + C����-��� 7 ����" ��� 01

( 6 ���� ������>-���� �����-� 04

( ) 0� -��������2� ��� �������� ��- �����-� 7� �������� ����

�����-��� 05

( ) 5 /������� ���� �����-��� � ��� �// �����- 05

( ) � C������ �� �� �������� ���� �����-��� �����- 00

( ) ( "--���-� 7 ���� ������>-���� ������ 8/

( ) 6 1 ��� ������ � �$� ��������� ��7������ � ����2� ����

�����-��� 85

( ; "������� 7 �J���-� 7�� ����� �J���-��� ��I�-� 87

( * ��7����' ������ � 7 A�9� ��� �����-��� ���� 88

( * 5 "������� 7 ���� ����� ���7� 121

( , 8��-����� ����� � ��� 2���>-���� 7 �����-��� ���� 121

( + �������� ��� 7� ���� >����� ��� 7��-����� ��� �����-��� 124

/ ���� 0��� 1������� 1������ �� ������� 11/

6 5 ������� 7������ 7 ��������� ����� �� ��A�����-

����� 11/

6 � ������� 7��-��� 7 ��������� ����� 11/

6 � 5 ���� -������ 7�-�� ������� ��� ?�8� ��� @ 114

6 � � $�J���-� 7������ 114

6 � ( $���-����� ������� 115

6 � 6 L�����=������ ����-���� 7 ��������� ����� 115

6 � ) %���7�����- ���� 7� �� ����� � ��� ����-��� 7

��������� ����� 138

6 ( /��� 7� ������� ����-��� 133

6 ( 5 0���-��� 7 ���� -������ 7�-�� ������� ��� 133

+�����'���

Page 9: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

6 ( � 0���-��� 7 ���-����� ������� 13/

6 ( ( " � ���� 7 ��� ������� 13/

6 6 "���� � 7 ��������� ����� 135

6 6 5 �������� �� ���-��� 135

6 6 � $���� ��-�� ��� �����-�� ����>-��-� 136

6 6 ( ����H� ��������-� 136

6 ) /��� 7� ����-��� 7 ��������� ����� 136

6 ) 5 ���� 7 ��������� ����� 130

6 ) � C����� 7� ��-������ 7 ��������� �J���-� 138

6 ; "������� 7 ����� �����- �J���-� 1/6

6 ; 5 �� �����-� ���9��� �� ���2��� ��� ��-�>-��� 1/6

6 ; � �� ������ -���H� 1/7

6 ; ( " ��-� 7 -�������2� �����- 1/7

6 ; 6 "���� � 7 ���� �� 7�� �� ������� ���� 1/0

6 * ��-�� �� 1/0

2 3������ �������� �� ������ ��� ������� 145

) 5 ������-��� 145

) 5 5 �� -�-��� 7 ���� ������� 145

) 5 � �9 � ���� ������ ��� �M 146

) 5 ( �� ���� � 7 ���� ������� 147

) 5 6 �� �E�-� 7 �� ����� ��I�-� 148

) � ����� ���� 151

) ( /��� 15/

) ( 5 /������ �� ��E����� ��2�� 7 -����H��� 15/

) ( � �� ������� 155

) ( ( $����-��� ������� 171

) ( 6 /��� 7� -������ ������� 104

) 6 .� ��� 100

) 6 5 .���� 7 ������ 100

) 6 � �H�����' ������ ���-�� � ������ �� �-���� � 108

) ) $������ ��� ��������� 184

) ; ��������� 185

) ; 5 $����-��� �����-��� �--���-� 186

) ; � �� �"$C ������� 186

) ; ( C����� ���� 180

) * "2���������� 188

) , "������H 188

) , 5 %�-A��� -�7������ 188

) , � $����-��� -�7�������� ����� � 320

4 ������ !����� �������� 3/7

; 5 L2��2��9 3/0

; 5 5 0�>����� 7 ���� 341

; 5 � ��� � -2���� �� �� -����� 34/

+����� �5

Page 10: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

; � 0��� 345

; � 5 ����� ���� 345

; � � L����� ���� 346

; � ( "�������� ����� ���� 346

; � 6 $���-���� -����� � ��� -�� �>-���� 347

; � ) $-���� 7��-��� ��� ?������-��@ ������ �������� 348

; ( /��� 354

; ( 5 $�-����� ���-���� �����-��� 355

; ( � !�9�������� �� (0 ���-���� �����-��� 356

; 6 .� ��� 37/

; 6 5 .���� ���� ����-��� 375

; 6 � $���-����� �����- 303

; 6 ( $���-���� ������ 7� ���-����� �����- 30/

; 6 6 ����� �������� 304

; 6 ) $�J���-���� ���-�������7��-��� �������� 304

; ) ��������� 7 �����-��� 307

; ) 5 %��-���A �� �� � 307

; ) � %���� �����-��� �H�������� ?�"$C@ 308

; ; ��-�� ��' ������ ��� ��������� 383

; ; 5 �������� 383

; ; � $������ 38/

; ; ( ��������� 384

; * "--� ������� 385

6 �������#����� ��&��� �� ���� ������ /15

* 5 ������-��� /15

* 5 5 " ��H��� 7 �-A��� ������ /16

* 5 � "����-���� -����� �� ���-������� �� ���� �� ��� /10

* � /��� 7� ������B������ �-A��� /18

* � 5 .�������� �-A��� ������� /32

* � � 8��H���� ������ �-A��� ������� /34

* � ( 0-A��� �� �������� //3

* � 6 0-A��� 7 -���������� �������� //6

* � ) $-���� ������B������ -����H� //0

* ( ��������� ����� ��� �����-���� /42

* ( 5 .�����-��� N���� ���-���� /42

* ( � ��������� ����� �����-��� /43

* ( ( $-������� ���� ���-��� ������ � /43

* ( 6 0-A��� 7 -���������� �������� /44

* 6 /��-���� �-A��� �� ���-��-� /44

* 6 5 C�������� ����� ���� /45

* 6 � "����=��� �-A��� �� ��� /45

* 6 ( � ��� �� ���� �-A��� �� /46

* ) ��-������ �����A /47

* ; $7�9��� �--� ������� /40

+�����5

Page 11: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

7 ��������� ������������� ��� ��������%� ��&��� /61

, 5 ������-��� /61

, 5 5 �� ���� 7� ������B������ ��� ������B0&" �-A��� /61

, 5 � L2��2��9 7 �� -���������� �����- /63

, 5 ( $-�� 7 �� -����� /64

, � $���-����� ����� 7 ������ -����H� /64

, ( /������ 7 � ������B������ �-A��� ������� /66

, ( 5 .���� ��� �-A��� �� 8����� -�������� ���� /66

, ( � 1 � 7 �� ���� ���� �������� � ������A �-A�� -����H� /7/

, ( ( 1 � 7 �� ���-� -� ������ /76

, ( 6 .�>������ ��� ��������� -������� 7 -����H� /77

, ( ) ������������� 7 �� �-A��� ���� /78

, 6 .� ��� 7�� �� ������B������ �-A��� ������� /02

, ) /������� ������B0&" -����H� /04

, ) 5 /��� /05

, ) � .� ��� /07

, ; $�������� 7� ������B������ �-A��� /08

, ; 5 �2������� 7 �� �� ��� 7 �-A��� �������� /08

, ; � 8����� -�������� ���� /82

, ; ( L��� ��������� �-A��� �����-� /81

, ; 6 8��H���� ������B������ �-A��� /83

, ; ) .�������� ��������� � ������A ������2� �-A�� -����H� /8/

, ; ; ������-��� 7 O�H������� � ������A ������2� �-A��

-����H� /84

, * %���� ����� 7 ������B������ �-A��� /85

, , ������ ���� -��� 7� ������ �-A��� /87

, + ��-�� �� /80

-**�� �. 425

�� ��� 7 "�������- ���� �� %���7�����- 425

���9� :� �. 435

;��� :� �. 4/8

+����� 5�

Page 12: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� �� ����������

�� � 7 ��������� .���

8��9�� .�.

( ��������� ��� ������� �������� ������ 1������� /

5 5 ������-��� /

5 � /��-���� ����� �� ��-� 4

5 � 5 0����� � 4

5 � � "����-���� 8

5 � ( 0����� � ��� �����-���� 9����9��� 8

5 ( "� 2��2��9 7 $.$ 12

5 ( 5 �� �������>����� ����� 11

5 ( � �� $.$ -�� 13

5 ( ( ������� 13

5 ( 6 ������ 1/

5 6 ����������� ���-���� ����� �� ��-� 1/

5 6 5 �� $.$ �A�� ��2�� 14

5 6 � /��� ��>����� 7 ���-���� ����� �� ��-� 14

5 6 ( ����H��� ������ � 16

5 6 6 P������� ��� ���A��� ������ � 16

5 6 ) ���9 ��� �I�-� ����� 16

5 6 ; "����-���� B �����=��� ���� 17

5 ) �� $.$ ���� 9���� � 10

5 ; "--� ��� ���������� ���� 10

5 ; 5 �� 9�� �����7�-� 18

5 ; � �� �����-���� ��������� G �����7�-� ?"C� @ 31

5 ; ( L��� �����7�-� 33

5 * L��� �����-� 33

5 , ��-�� �� 3/

* ������������ !����� �� ������ !�+������ ���8�� 35

� 5 ������-��� 35

� � /��� /2

+����� 5���

Page 13: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

� � 5 8� � ������>-���� 7 ���� 7 ������ ���� /1

� � � �������� 7 �� ��� ����� /4

� � ( ��������� ��� �2������� 7 2����� /6

� � 6 �� ���-��� 7 -���� /6

� � ) �� ���-��� 7 -� �� � �J���-� /0

� ( "� �H����� /8

� 6 L��� � ����� ������ 44

� ) ��-�� �� 46

, ���� ��� �� !�+���� ��������� 48

( 5 ������-��� 48

( � $�J���-� 2������� 48

( ( ���A��� ����� � 52

( 6 " -����� ����� � 5/

( ) �� � ������- ����� � �7���� � ����� ��-������

������� � ?$&C @M 54

( ; $&C 0� -2��� 55

( * ��������� ��-����� 56

( , $&C ��� 7��J���� �� �� ���� ����� ��� ���� �����=����

-����H 58

( + C���� �������� 61

( 5� ��-�� �� 63

/ ������� ���� ��� 68

6 5 ������-��� ��� ����-���� 68

6 � C����� �������� 74

6 � 5 �H���������� � ��-� ' �� -������ 7 �� ��0� ��-����# �

9������ ��-��J��# 7�� � 9������ ���� 7 2��9 74

6 � � �� � � 7 ��0� � � �� �9��� ����� ��- ��� �� �� �

�� -������ 76

6 ( ������� ����� � 7 ��0� ��� ����� 77

6 ( 5 ��0� ����� � 7�9��� 03

6 6 ������>-���� ��� -���-����=���� 7 ������ �7���

�������� 83

6 6 5 ������-��� 83

6 6 � �� �� 8/

6 ) C����� ������ � 80

6 ) 5 ������-��� 80

6 ) � C����� �J���-� ������ � 80

6 ) ( &�-������ �J���-� ������ � 123

6 ) 6 0����� � 7� ������ 7������ # ����� ��� 7��-����� ��� '

�����C� 12/

6 ) ) ��0� ������ � 124

6 ) ; C ������ ������� ���>-���� ������ � 125

6 ) * ��-�� �� 126

+�����5�'

Page 14: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

6 ; "������� �� ������ ����� � 126

6 ; 5 ������-��� 126

6 ; � .���=�� ������ ������>-���� � ��� ������� ��

>������������ 127

6 ; ( �� ���-���� -����� 128

6 ; 6 L��� ��-��J�� 113

6 * ��-�� �� 11/

2 ����� ������ �� ������� ��� �������� 118

) 5 ������-��� 118

) � �H���������� �� ��� 7� ������ -��� ���� �H��� �� ����� ���

���� ������ ������>-���� 132

) ( ����������� ����� � �� ���� ������ �� -2��� 13/

) ( 5 $���� ������ 13/

) ( � ��� ������ 136

) ( ( �������� �������-�� ���� �� �� ��2������� 7

�H���������� ������� 138

) ( 6 �9 �� � ���� 9��� ���-��� 1/2

) ( ) ���-�� � �� 7�����' ��2�� � ����������� 7 ������-

���9�A 1/2

) ( ; ����� ��� ������ 1//

) 6 ��-������ �����A 1//

4 !������� �� ���� ���$���� 1/7

; 5 ������-��� 1/7

; � /��� 7� 2������ -������� 142

; � 5 ������ ������������ �� 2������ -������� 142

; � � $���-������� �� 2������ -������� 145

; ( C��-��-�� 2������ -������� 147

; 6 8�� � �� � -�����' �����-���� 7 7� � ��������� ���-���

������� 140

; 6 5 ������� ��������� 140

; 6 � ����������� ������ 152

; 6 ( 0� -� �� 7 -������� �� ��� 152

; ) $�-�� �� � -�����' �-A��� � � �� 7� 2������ -�������

�� 150

; ) 5 ������� ��������� 158

; ) � 0-A��� ��-����� 158

; ) ( 0� -� �� 7 �-A��� �� ��� 162

; ; ��-�� �� ��� ���A 165

6 ���� ������ 171

* 5 �9 �� �� ����� �� �����- ��� ����7�����- -����

�� 2��9 � ����� ��� ����-���M 171

* � ��� ��� �� ���� -���� -������� 7� ����7�����- M 17/

+����� 5'

Page 15: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

* � 5 &�9 �H���������� ���� 174

* � � &�9 ����� � ���� 176

* � ( ���������� 2��9 � ����� 178

* ( ��� ��� 9��� 7����� �H��-����� ��� ������ �- ��������� 7

����7�����- M 10/

.�7����-� 105

���9� :� �. 108

;��� :� �. 32/

+�����5'�

Page 16: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

#�� �� �����$����

C�7 .� 0 "����

$9� �� ������ 7 %���7�����-

C����� ��7�����- ����

�/1�5# ��� /�-�� $��2��5�55 ����2� 6

$9��=������

�� �����Q� �� �� -

0� "� %���-

$9� �� ������ 7 %���7�����-

$��$$�C.L� �����/1�5# ��� /�-�� $��2��

5�55 ����2� 6

$9��=������

"� %���-Q� �� �� -

0� C������"���� %��=

$9� �� ������ 7 %���7�����- C����� ��7�����- ����

�/1�5# ��� /�-�� $��2��

5�55 ����2� 6

$9��=������C������"���� %��=Q� �� �� -

0� ��� ���� $ ���� �1��2�� ��� 7 �� �����

0��������� 7 /��-���� %���-����

%H ()**(�

$������# �" +,5+)1$"

��������Q��� 9� ����� ���

C�7 .���� � 0�����-A# D� �� ������ 7� ���-�� .� ���-

8H �� � ���-�� ������

**�5 %����� "2����C���������# C" 5+555

1$"

��R������-AQ7--- ���

0� ���� ��=��

��� %� -���-� ��� $����� �� �# �� ��� %� ��� C��A

��������� �%( L"N

1����� !�����

��=��Q����� �A -�

0� $��7���� 8�����

��-��� C����-����-�� # ��-

(5*6 C���� 0�

C�� "��# �" +6(�61$"

7�����Q��-��� -�

0� ��� ���� �� ������$9� �� ������ 7 %���7�����-

$��$$�C.L� ����

�/1�5# ��� /�-�� $��2��

5�55 ����2� 6$9��=������

��� ���� �� ������Q� �� �� -

0� 0�2�� C ��� ����� %� -���-� ���

$����� �� �# �� ��� %� ��� C��A

��������� �%( �"N

1����� !�����0�2�� ��� ��Q�A ����� -���-� -�

C�7 0� 0��� 8 �- ��� ��

��������� ������� �� �����

�����J��

�S����� ������� 1��2�� �������6# ��� /�-���������� �

5�55 ����T2� 56

$9��=������

0��� �- ��� ��Q��� -��� -

C�7 N��J�� �����

0��������� 7 ������� $-���-��9� $���� 1��2�� ���

��; "���� E ����

"�� # �" )��551$"

H�����Q- �� ���� ���

C�7 ������ !����

C����� �1��2�� ���3� /������

5'��

���� � ���� �����������

Page 17: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�� ����� 7�3� C����=���� -� �����

/����-�� ��� ;

()�(� /������

�������A����Q������ ����������� ��

C�7 ��� ��������

8����7�� �� ������ 7� "������ ��� $-�����>- ��������

$-� %������2��

)(*)6 $��A� "��� ���

�������?��� ��� ����� '

/�H�C���-A��� ������ 7� �������

$-���-�

$��� ��=���� 9�� ,);;5�( $������3-A��

�������

��������Q���� � ��� ��@

0� $���� �����

��-��� C����-����-�� # ��-

(5*6 C���� 0� C�� "��# �" +6(�6

1$"

�����Q��-��� -�

0� ���� /���������� ���-�� .� ���- 8���

%����-���� /������� ��������

66 ���-��G ��� 8���� ���� ���" (CN

1����� !�����

���Q�-�7 �-��� �A

C�7 0���� &�-A�� �

1��2�� ��� 7 �� �����

0��������� 7 /��-���� %���-����%H ()**(�

$������# �" +,5+)

1$"�����-AQ� 9� ����� ���

0� /����� .����8����7�� �� ������ 7� "������

��� $-�����>- ��������

$-� %������2��

)(*)6 $��A� "��� ����������

������ �����Q��� ��

0� /��A D .�����

1��2�� ��� 7 �� �����

0��������� 7 /��-���� %���-����%H ()**(�

$������# �" +,5+)

1$"

�������Q�9� ����� ���

0� D��������� $��-�=

��������� ������� �� ����� �����J��

�S����� ������� 1��2�� ������

�6# ��� /�-���������� �5�55 ����T2� 56

$9��=������

D��������� $��-�=Q��� -��� -

��-�� $�2��2

�L$ %���-����

��)" ����9�� %���2���$�� $�� 8���-� -# �" +6�,�

1$"

�2��2Q� ����- -�

0� .���� $����

��-��� C����-����-�� # ��-

(5*6 C���� 0� C�� "��# �" +6(�6

1$"

� ����Q��-��� -�

0� /����� $���

C����-����-�� 0�2� ��

8 �E������� .-� "�6�*� %� ��

$9��=������

0� /�-��� D � $���������������� ���-�� .� ���- 8���

%����-���� /������� ��������

66 ���-��G ��� 8���� ���� ���" (CN

1����� !�����

� ��������Q�-�7 �-��� �A

0� /����� ������/�H�C���-A��� ������ 7 /��-����

������-

��� ���4� *(

565+) %������������

2�����Q����� ��� ���������

0� N����� ���

��-��� C����-����-�� # ��- (5*6 C���� 0�

C�� "��# �" +6(�6

1$"

H9��Q��-��� -�

C�7 0� .��7 <�����

���9���/�H������� �1��2�� ���3� /�3�-��

�� ����� 7�3� ��7�����A���� ��� ���4� (+

,�((( /�3�-��

�������

=�����Q�� ��7�����A ��������-�� ��

���� �* +����������5'���

Page 18: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

C�7 .� 0 "����

$9� �� ������ 7 %���7�����-

C����� ��7�����- ����

�/1 B 5# ��� /�-�� $��2��5�55 ����2� 6

$9��=������

�� �����Q� �� �� -

C�7 .���� � 0�����-A# D�

�� ������ 7� ���-�� .� ���-

8H �� � ���-�� ������

**�5 %����� "2����C���������# C" 5+555

1$"

��R������-AQ7--- ���

0� ���� ��=����� %� -���-� ���

$����� �� �# �� ��� %� ��� C��A

��������� �%( L"N1!

��=��Q����� �A -�

C�7 N��J�� �����

0��������� 7 ������� $-���-��9� $���� 1��2�� ���

��; "���� E ����

"�� # �" )��55

1$"H�����Q- �� ���� ���

C�7 ������ !����

C����� �1��2�� ���3� /������

�� ����� 7�3� C����=���� -� �����/����-�� ��� ;

()�(� /������

�������A����Q������ ����������� ��

C�7 ��� ��������

8����7� �� ������ 7� "������

��� $-�����>- ��������

$-� %������2��

)(*)6 $��A� "��� ���

�������

��� ��������Q��� ��?��� ��� ����� '

/�H�C���-A��� ������

7� ������� $-���-�$��� ��=���� 9�� ,)

;;5�( $������3-A��

�������@

C�7 0���� &�-A�� �

1��2�� ��� 7 �� �����

0��������� 7 /��-����

%���-����%H ()**(�

$������# �" +,5+)

1$"�����-AQ� 9� ����� ���

0� /����� .����

8����7� �� ������ 7� "������

��� $-�����>- ��������

$-� %������2��)(*)6 $��A� "��� ���

�������

������ �����Q��� ��

��-�� $�2��2�L$ %���-����

��)" ����9�� %���2���

$�� $�� 8���-� -# �" +6�,�

1$" �2��2Q� ����- -�

0� .���� $����

��-��� C����-����-�� # ��- (5*6 C���� 0�

C�� "��# �" +6(�6

1$"

� ����Q��-��� -�

5'��

���� �� ����������

Page 19: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

0� /�-��� D � $��������

�������� ���-�� .� ���- 8���

%����-���� /������� ��������

66 ���-��G ��� 8���� ���� ���" (CN

1!

� ��������Q�-�7 �-��� �A

0� /����� ������������ ���-�� .� ���- ������

?0!8<@

������-�� %���7�����- 0�2� ���� &��������� 8��� �,�

;+5�� ����������

�������

� 2�����Q�A7=���������� ��

0� ��� ������

�$8�&������ .� ���- ������ 7�

��2��������� ��� �����

�� ������ 7 �H���������� ������- ���� ��3���� ���� ��� � 5

,)*;6 &��������

�������

9�����Q� 7 ��

0� .��7 <�����

8����7� �� ������ 7� "������

��� $-�����>- ��������$-� %������2��

)(*)* $��A� "��� ���

�������

���7 =�����Q��� ��

���� �* +����������5'���

Page 20: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� � ��� !"�

���)���

)��*������� ������� ��� ������������ ��� ���� 7� �� ������� -��������

>��� I����� ��7������ ��-���� ��� ����� ��� � A��-A���� ��

��-��� ���� �� >��� � �-���� �� �� �����7�-� ���9��� �� �9 -�����>-

��� ��-����-�� �� -������ ��� -�� �� ������ � ���2� � ����>-��� �7 ��

�� ��������� ���� 7 -��������� -�����>- ���2���� �� �� �����

��������# -���������� ����� ��7�� � ��� � �� -�����>- ���� 7 ��

>���# 9���� ����7�����- ����� � ������ �� ��7�� ���-���� ���� ��

�� ��� �������� ?� � ������@ ����7�����- -2�� �� � ��-� 7

�� >���

�� ��� 7 �� >��� � � ��2��� -��������� �� ���� 7� -����

9�� ��� ������������ �� �����- ���� ��� ��� ����� ��-2���� �� �����

2���� ���� �� ��2�� � ����� �J���-��� ��I�-� ��� ��� ��9

�H���������� ��-���� �� ���-���� ����� �� >��� ��� ��� �� 7 ��

����� -������� 7 �� ���� �� � � ����� �� �- �� ���- � ��-�# ��-� 9�

-���� -���� � �� -� � � ����� ������� �����-�� � ��� � �� �����

� � � �2�� -������� ��2�� "� �� ��� ����# �� >��� � 7�-�� 9�� � ����

������ 7� ��������� ����� # ��-�� � �� �����- ���� ��� ��� �����

��-2���� ��-�� ���� �����-�� �� ��� 9 � ��-������� -�� �� ��

�� � 7� �������- -�����>- ��� �-���-�� �--� "� �� ��� 7 �� ����

�����- ��� ��� 9� -���-����=�� �� �� �E�� � �J���-� �� ����

����� 9� ��� �������� �� � ������- ��� ��� -�-������� � ��2� ��

��� �� 7���� ����� �� �� �����- ��H� �� -���� � � �� ��������- ���

9�-# 7�� �� �����-����� 7 �� J�� � � �J���-� �� ���� �����

� �� -�������# � �� ��� �� ��� 5) ���� # �� � ������- ��� -�� ��

�H��-��� � �� � ��- �����# ������� �H������� 2�� �2���� ���������

5�5

Page 21: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� �� 9��� ��-��� ���� �� �- ��� ������� � ��-� 7 �� >���# ��

��-�>- ��� 7 �� �A � � ���� �9��� ��� ��-��2� ��� ����7�����-

-�� ��� �9��� �� �� ��� 7 ��9 ���� �� � �� �����-����-���� ���

����� ��� 7 �� >��� ��� ��2��� �� ����� � 7��� 7� �� -������ 9����

����� ������ � �� ����7�����-

%�7�� �� ��-A�����# �� �A � �������� � �� ������-��� ���

�� >��� 7 ����7�����- ��� � �������� � ������ 9�� � 2������ 7 ��-A�

����� %���� � # ��-��� � # �����-��� � # �����-� � ��� �����

-�� �-�� -�� ��� 7�� �� �� ������-��� ��� �� �- ��� ���-��-�� � ��

7 �� -��������� �� ���� 7 ������� ��� ������������ �����- ���� ��

�����-����# ���� -����� 7 �� �A ���� � ����7�����- 7�9��� ���

���� �� ��-� ��� ��� �2������� � �� �������� ?7��� �� � - �@ ��� ��A�

�� ������� �� -�� �7���� ��� -������� � � �� ��-� 8� -������ -��

���� � ��� ��������-��� �� �A -����� �� ������-��� ��� �� ���

���-�� ��-A����� ��� �� ��-� ��� ��7������ � ����� � �����-����

�� ��U-����� ��� 9���� 7 ������� -����H ��-���-�� ��� ���

���-���� � �� �� �� -������

%���7�����- � � J��-A�� ����� ��� >��� %� �� �H���������� ��-�

����� ��� �� -��������� �� ���� ��� �� � ������- �� � 7 ���

2������� �� �A ��� ��� � ��� � 7 9��� �� >��� ���� ����

� �� �����7�� � ���� ����� ��� ����� ��A� �� �A � ���� ���

!������ >� � �����-�� �� 9�� �� ���� 7� �� �A ��� ��-� ���

�--������� �� ��I�-� 9�� � >���� �����-�� ��H���� 7 ��� ��� ���

��-��������� .������ /����� ��� ���A ��������� ������� ��

��I�-� � �� ��� ����� 7 �� ���� "�2� ���# � ���A �� ���� 7

�� 2���� -����� 7 �� �9 2���� 9 7��� �� ���� � 9���� 9���

������� -����� �� � ����� 7 �������- ��9� 7 �� >��� ��� ��� �

��� �2��� �����-������� -����� � 9�� �� � ��-����� �� 9�A��� ������

������ ��� 8���A �������- ������ �� ����-��� ��-� 7 �� �A

2��� 9��� 8������ � 9��� ��A� � �H��� �� ���� ��������� � �� 9�7�

$������ ��� �� -������ $��� ��� &�- 9 �� � -�� 9�� �� �� �-��

� ������ �� ��-� 9��� �� ��I�-� 9� �����

������ ������

$��A� "��� ���# D��� ���5

����,���55

Page 22: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� �� ��� �� �������

������������ � ��� ������� � ������ ������ �� ���� ������������ ������ �� �� � ���� ���

�$%&' (�)�*��++,,��������� � ���� ��������� ������ ����# �������

Page 23: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� ������� �� ����� ��

����������

������ ������

�� ����� �� ��� �� �� �� -�� ��� �.��/����� ���0# ��� � ���� ���/����

� �������1���� ���� �� ����1�� � � ��� �- ���� ��� �� ��� 1������� ��

���1��� ������ �������1 � ��1��2��� .�� .�1 .� /� ��1����� ����

����.���� �� �1���� -�� ����1�� � ����� � ����� � .��� � -�� �� �����

������/��� � � ���� 3����� .�� � �/��/��. �/�� �� 3��� �- ����

��-��� ��1� � �� �� 1�/���� �� �� �.� /������ �- ��� ���0�

���

� � �������� ���� �� ������

4� ������� �� 1����� ���� ��� � �. �� ���� �� .��� 1������� �� �� �

��� � �� ��� �� � � � � �� 1�����5 ����� .�� � �� - 1��� ��1 �-

.�1 .� �� ��� �� ���� ��� .��� ��/�� ������� ��� 4� ������� �� 1���

��� ���� ��� � � �� ���1�� ��1���� ���1���1 �# ���������1 �# ���1��

����1 �# ��1������1 � �� ������� � �����

6���1�� � ����1��� ����1�� ��� / ����� �� �� ����1�� � ���1�� ��/���

��� �����# �� ����� �# �� �� �� �� � ���1�� �# �� ��� ���� � 1�����5

���.��0� �- ����1�� � ����� 1����� � � -��� �� ���1����� �- ��-�� ��

77����1�� � 1��1�����88 � �������� ����� �- ���� ���� � � 1��������� ��

� ��� �� ��� �- �� ��� ���� �� ���� �� ����� �- ���� ���� � � 1�����

����� �� ���� ��� �� ���� �� ����1�� � ����1���# �� �� � �- �� �������

���� �� �� �� ������-� ��� ����1�� � � ���# ���� �� ��.�� �� 2������� . �

���� .���� �� �� ����1�� � 1��1������ � �� � �- ��� �� �� �� ����� ��

���1���1 � 1��1����� � 10 �� � ��� �� ���

"� .� ������� ���# �� ����1�� � � ��� �- ��-� �� -����� �� 1�����5 ����

1���1 � ���1����� � � 1���� ���� �����1� �� ��1�1�� ����1���� �� �� ��

�� ���� 1������ ��� �� � � �1�� - ����� � ���������� � ��1 ����1��

���� �� 2���� ��0� �������� �� 0������� �- ��-�# �/�� ���� �� ����

1����� �� ��1 ���� 1�����5 �� ���� ��/������ ��� �� �� �� �� �

� � �� � 1���� # -�� ���� �1�� 9����� :�: ��/�� � ���� 1� /��. �- ��1 �

������������ � ��� ������� � ������ ������ �� ���� ������������ ������ �� �� � ���� ���

�$%&' (�)�*��++,,��

������� � ���� ��������� ������ ����# �������

Page 24: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���������� ���1���1 � ���.��0# �� ���1 ���� ������� ������ �- � 1����� � 1��� ;�� �������� � � 1������ �� ���<� � 3���� =���� � ��1������� �� ���� ������3�� 11���� �- �� 1�� � ����1�� � ����� 1�����# ��� ��

��1��� /��� ��>�� �� /��. �- ��/��� 1��� � ���1���1 � 1��1���� � 3����

� �� � ��� ��1 � ����1���� �- ������ � 1 ��� ;����< �� ��� �- �� ����� ��1 ����1��� � � �� ��� ����>�� .���� �� 1���� "�1���# ���1���# ��

"? �� �5 ����� -�� ��1 ����1����� � 1 ���� ;����< �� ��� -�� 1���1 ��� 1����� � �.� ����� 1����1��� �� �� ���� ��������� �� ������ �� ��

�� �����1� �- �� �� 1����� � 1����� �� 9����� :�: ��������� �� ���� � �

�� �����1��/� �� 1���� �� �� �� ��� ������� ��� ����� ��1���� �� 1���

��� ���

�������� �� � ���� � �� ������� ������ � ��

������� � ����� ���� ��������������������������

��������

� ���� ������ �� ���� ���� ��������������

Page 25: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

����1���� �- ����1�� � 1��������� � � �� ������� � -�� ��-� @ ��1��������

;���<# ���� 1��� ;�� ���<# 1 ������ ��� ;����<# ������ ;���� ����<# ��1� @

�� �� ��� 0��.� �- ����1���� � � �� ��� ���-�� �� �/�� ��-�� �� ��

1���� A��� � �0� �- 1���1 � �� 1����� �� ��� ����1 ���.��0 ���� �� �� ��

���� �� �� 1��/������ �- ������� ;� ���� 1�1�� �� �� 1����� �- �� 9�����

�� �� 1����1 1�� 1�1���< " ���� 1� �� �- �� 1����� - 1���� ��� �� �51 ��� �-

��-��� ���� �� �� 1��� �� ���.��� 1����� �� ��1���� �� 1������ �- .��

�� �� . � . � ����� �� �5������� ;���� ���������<# ��� ��� ��1 � �0� ��� ������� �� 1������ �- ����1�� � 1 ����� �� �� 1��� ���- 1�# �� ��

1��/ ���� �� �� 1��/ ���� �- 1��� ���1����� ��1 � �����1 ���� �� ��������

;����1�� 1��� �� �<� � �� 1����� � � - 1���� �� 1������1 ���� .���� ��

1��� �� ���.��� 1���� �� �-��� 1����1��/��� ��-����� �� � �� �������� ��!����� 9����� :�: ���� ��1����� ��� ����1 �� �� ����� ���� �� 1������ A-1����� �� ��� ����1 �� �� ����� ���� ���.��0 �- 1��� �� 1������ ������

�.����# �� � �� �� 1����� 1 � /� ��� ��� ����1 �� ����� ���� ���1���

�� ����� �# ��1 ���� �� 0��.� �� ��� ����1 � � �� ����� ���� ���.��0�#

�/�� ���� � �� ����/ �� ���� ��� ��/��/� ����� ���� � ��� � � ��� �

����1 ���-��1�����

� ��� ����1 �� ����� ���� ���.��0 1 � �� 1��������� � 1������� �-

� ��� � ���.��0� � � .� 1 �� ����� �� ? �. �� 1 � -��� �� �� ������/��#�� .�1 1 �� .� 1 �� ��� ���� " ��� ����1 � �. � �� ����� �- ���

1����� � � ����� ������ �� ���� �����1� �/�� ��/�� � ����� ;� �. �< ��

��1�1�� ����1��� �� �������1��� �� ��/�� � ����� ;1�1��<� � �� �� �������� ;�� ��2���1� �- ���� /����1 � ����� �� �� 1����� �- 9����� :�:<# �� � �5 ���� �- � �. � � � ��1������� ���1��� ���� ����/ ��� � ������ �� ;�� ���� 1�1�� ����1��� ����. �� ���1������ � �. � �� 9����� :�:<�� � �5 ���� �- 1�1�� � � �����1�� "?# �� ���/��� � ����1��� -��

������ �� ������� 6�� ����1 1�1��� �� ������� �# �� ����� � � �� ���1�����

�- ��-� ��� 11���� �� . ��� �� ������� ������1��� ;& ���� �� ��1 ������ �

��1�1���� � � � ��<

��� �� ��/�� � . �� �� .�1 9����� :�: ���� ������ �� ��� �� �- ��

1�� � ��� ����1 � �. �� �� ����� �� ���1��� ��� �����# .� /� �5�� 1���

��� ����1 1�1�� -��� 9����� :�: ;��� 9����� :��<� �� 1�1�� �� 1��������

�- 1��� �����1 ����# ���� ���1�����B �� �� ��� �- �� ������ � � ���/� ��

�������� �- ������# ����1�� � 1�������� �- 4&"� �� 9����� :��# ��

��� ���

� ����� ������� ����

��� ��� ��������� ����� �� �������

Page 26: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

����� �- �� ��� ����1 1�1�� �� � ����� .�� �� �����1��/� ��� ��1 �����

1����# �� �� ����� ����� �� �� ����1���� -��� �� ������ �� �- �� �� 1����

�� �� �����1�� 6�� ����1 �� 1����� 1 � � 0� �� 1� ����� ������� �����

���������1 � 1��������� ;�� 2����� ��������# ����� ���� ������ ���� ��

����� � ��<� ��.�/��# � ���� � �2������ � 1 �� 1���� ;� 1 ���� �� 9���

��� :�:< .�� ���1�31 ����1��� � � 1 � ��>�� � � �� 1����� �� ����1���

�� 1 ���� � ��" �� ��# ���� �-���# �� �� �������� "� ��>��� �� � ������ �� ������� ���� -�� �� �� ������� �� �� �- �� 1 � ��>�� 1���1 � �� 1�����

�� �� ��>��� ������ �� �� � �� �- � � �� 1���� ������������# �� � ���

�- � ��1 � :�*� 9���������# �� � �� �- �� 1���� � � �� 1 � ��>�� �� �

��>��� 1 � �� ����� ��� �� 1���������� �� �=�1��/��� �- �� ��>��� �� ��

������ �- ��>��� ����1���� � � �� / �� ���� �/�� �� ����1���� �- ���

1���� 1 � �=�1��/��� �� 1��������� .�� �� ��� �- ��/�� � ��>�����

��. ���� �� ��>��� �� ��� -����� ��� � �0C 9�� � �5 ����# 1�������

�� �� 1���� �� 9����� :�� � � ����� ������-�� �� ���� ���� ����-�� ��� ��

�� 1���� �� 1 � ��>�� �� � ��>��� 1 ���� ��� �������� ������� #�$ %&�� ���- 1� �- ��� ������� �� ����1��� �� 9����� :�(� A�� ������ ���� ��1�

����>�� � ��� �� ���� ��10�� � � �� 1������ ���� ;������������ ��� ��� �

��/� 1 ���<� �� ��10�� �� ������� ���� �� ������� ��� �- �� ��>���#

��� ���

�� ��� �������� �������� � ������ ���� �������

������ �� �� ��� �� �������� ����� ����� ��

����� � �� ����� ����� � ����

� ���� ������ �� ���� ���� �������������!

Page 27: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�� �� �� ��� ��� -����� �� ����� �- �������� �� 1�������# ��1 � �� ����

�� �� ������ �� ����1��� ������-�� �� �� ������� �� �� 1��-��� ����

� � �� 1����1�/� -�� �� ������� 1���1 � �� 1���� �� � 0� �� 1�� �� ���

1 ��# ��� ��10�� �� ��� .��� �� �� 1���� �� 1 � ��>��� �� 1 �� ��� �� 1�

�� ��'� ���� ;��� 1 � �� ���� ������� ��10��� �� ������� � � �� - �����/�� -��� �� 1��/� �����<

��� �� ����� ���1� �- ��� ����1 �� 1����� � � �� ��� ����1��� ��

9����� :�:' 6 �� �� 1����� ��/��/� �!������ " 1��- 1��� �� � ��� ��1 �����1���# ��� � ���# �� @ �� ���� 1 ��� @ ������� �� ������� � � � �� ��

������� �� ����� -�� �� �� 1���� �� � 0� �� 1�� �- �� 1��- 1��� �� �����-

����3�� ������ �� �� 1����# .� 1 �� �� �!�������� �� �� 1 �� �- ��� �5� ���� �� 1����# .� ���� �� 1�������� �� &"4?� -�� �� �� 1���� �� ��

���� � �� 1���� ����3�� ������-�� �� �� ���� ����-�� �� �� &"4?� ��

&"4?�� 9����� :�D ��.� �� ����1�� � 1�����5 �- 4�9E# ������-�� ��;4�9< �� &"4?� ��-��� �� �� 1���� ������ "-��� �� �� 1���� �

���� 1��������# ��� ��� ��1 ����1���� �����1� �� -��� 4�9E �� ��

������ � �� �� �- �� ��>��� �� ��1�/�����

&�. � � .� /� ���1����� ���� �- �� ��� ��� �- ��� ����1 �� 1����� ���

�� ��/� � 10 �� �� ���� � /��. �- 9����� :�:� �� /� ���� � � � 1 �- ��

����� �� � � 3���� ���������� �� 1���� � � �� 1 � ��>�� �� ���1�31 ����

��� ���

!"�# $����% �����&� ��� !"� $���% ��� '�!�" ��%

��� ��� ��������� ����� �� ������� "

Page 28: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

����� ;��.�/��# �� � �� ������� 1 � 1 � ��>� ��/�� � �� 1������< �� �� ������� �� � ����� ��� ������ �- (��� ��>����# �� �� �� � ���� �� �

�� �� �.�1� � � ��� � ����1�� � � ��� �- ���� �� ���� �� ����31 ����� �-

�� 1���� �- ���� ���1���1 � � �. ��� $��� �� 1����� �� ��� ���� �

���� �������� � �� ;��10�� 1��� ���� # �� �����<# ������1�� � � �� ������

�� ��� ������� �� ��F1���� ������ ;/�� ��� ��31���1���< �� . ��� �����

�1�� 11���� �� �� �� ���� ;"�>�����8� ���� ��<� �� ����� � ��� � �1��

����1�� �� ��� � �� �- �� ���.��0 ���� � �� ���� � ���� � �� �- ��� ��

�� �� ���� 1� �� ���� �� ���1����� .�� ���� � � ������� � ��� �� ���

� ���� ����� ��� - ����# �� .�1 ��� 1���� �� ����# .���� �� �� 1���

���� �� �=�1��/����� �- .��� ��� �- ��>����# �� ����� �� ��� �� �� ����

����1 � � �1�� �� ��� ���� ��� ��/��/�� � ��# � �� ��������# � .� 1 �

�5��1� � �� �������� �� �� ��/��/�� �� � ��-������ �� ���� ��� "���# � 1

�- ���� �������� .���� /� �� �� ����� ��� �� 2���� ���1�31 � ����� �

�=�1��/����� �- ���� �������� .���� �������� /� �� �� ��1�� ��� �� � ��

�1 ��� .��� � ���� �������� .���� /� �� �� ���10�� �������� ��1� �� ��

��/���� � � ��� 0��� �- ��� �� ��/��/�� 0��� �- ���� � 0��.����� �-

�� .��0���� �- �� 1��� �� ��3��� � �� 1����1 � ��1������ � � �� - �

������ . � � � 1 � �� ��� � �� -�� ���� ���� �� 1����

���

� � �������� �##��� �� ���� �������

9�� ��� �� ���# �� ���� 1 �- ��� �8� � �� 1����1 � ���� �1 �� - � ����

���������1� � �� �� �� ����� �� ������ �������� �� ���� 1 ��� .� �� �

1��������� ���10��� � ��>���� � ��� ���# .� 1 � ���/��� ���� �����

1��� � � �=�1��/��� 1������� .�� �� � ��� � ������ �� �- �� ��>���� �

���� ����1���# �� ���1 ���� ��������# � �� �� � �� �� ��1 � � �� ��������� �������� �� �� ������� � � �� ������ ��� ��# �� ������� ��10���

�- ���� ��>��� ����1���� .��� 1��� �� ���� ����1���� �� 1 ���� 1 � ��>�

�� ������� �� 1���� �� �� ������ ��� �� ���� 1 ���# �� ���� ����1��� �/��

����� /��� ������ ;1�/ ������< �� �� ��>��� ;���1��� ��������<� �� ����

�������� -�� �� ��� ����� ��-����� �- �� ������� ����1���� �/���� ���# ��

�� 1��/ ��� ������� ����1��� �� ���0�� ��.� �� �� 1��� �� ��. ������1 �

��>��� ����1��� � 0�� ��� �� 1�� "������ �� � �5 ���� �- ���1��� ������

���� � �=�1� �- �� ���� �������� ����� �� ���� ����1���� ������/�� ��

����/�� -��� �� 1��� �� ��� ��� ����1 ���1�����# �� �� ��. ���� �����

1���� �� ����������� �� ���� 1� ���� ��# ��� 1 � 1������ �� �=�1� �-

�� ���� �� �� ���� �� ���� �� �� ������������

��� �� ��/�� � ������ ��������� �- 4�9E� A�� �- ��� �� ������(���9����� :�) ��.� �������5 �� ;1����< ��� ������� ;��-�< �� �����

;����< �� 4�9E ;�� 10 �� .���<� 6������5 �� � ���� ����������� �

� �=�1��/� 1����� ��1 1 �1�� ���� -�� �/�� �.� ��1 ����

� ���� ������ �� ���� ���� �������������$

Page 29: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� �� � �� ���� . �� �- ��G���1��� �� 1��/��� �- ������� ��

���/����� ���� � � ����� �� ��� 4���� ����� 1� .�� �� 0���� �- ��������'

� .�� ��1����� ����1���� � � �� ��1 ��� �� �� 1��� ����� �� �� -��3������� ���� � �0�

� .�� ��� 1 ����� �� �� �������� ������� ; � �� �������� �������� �� ��1��� ����� ��< � � ������� �� G�5 �- ����1���� ���� �� ��� �- �� 1���

� ���� �- ����� 1���� ���.��� ���� �� ������� ���� ��� �. �� /� ��

�=�1� �� ���10 �� �������# ��� .� �� ����� ��� ���0��� -�� ����� � � ����

������ �� �� ��������

6��� ����� � � �� �� �� � �0�� ��� � ����-� �� ��>�� ��1 �� ����� �

���� 1���� �- ������� �� �������� ������� �� �� � ���1����� ��/�� "����

���� ����� �� ������� �����# .������� � �� ���� ����� � ����1 �����

�� ���� ������ ����� � ���� ���� ��� ��1 � "�4$# ����������# �� 1 ��

1��� �/�� �� ��-������� ����� � � 1 �� ���� ��� �� �� � �� -�. �� ��# ��1

� �� �� �� H���1 �# ������ �� �� 1� �� �- ������� ����������

�� ��� /��.# �� 2���� -�� ����1�� � ��� �� �- ���� �� ��1�������

���� �.� � ���'

��� ��

(�����&�� $������ �� ��� �� ������� � ���� )%

��� ����� !"�# $����%

��� ��� ��������� �������� �� ���� �������� %

Page 30: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

� )������ *� +��� ������ ������ �� ����, "� .� /� ����# ���� ��� �� ���� ��� 1 ���� �� �������� �� �� �� �� �� �� ���0��� -�� ���

�- ��� � �# �� ������� �� ���� ����1��� �� ��# ���/���� �� ���� �=�1�

��/� ������ �- �� ���� ��� �� ������� �� 1 ���� �� ���� �������� )������ -� +��� ���� �������� ������ �� ���� � ���� � �� ���� ������,����# �� ����1�� � / ����� �� �/�� � ����� � ��� � �� 1����1 � 1��� �

���� /� 1������� �1�/�� .�� �������� �- 1�������� � ���� ����

��� �� �/��� ��. � ���� ������� � ���� �� 2��������# .�1 �- �� �- ����

1�������� .���� �� �� ���� ���� 1 ���� ��� & ���� �� ����� �������� �-

����1����� ��� �� ��. ��1������ �- 1����� ���� � 1�������# .���

1�������� 1 � �� �������>�� ������ ��1 ��� -��� ������� ��� �- ������

��� ���10�# ��� ������ �- ������� ���� 1 ���� ��� �� ��� ��1����� 1�1������� �� �� � ��� �����

�� .��� ��. ��/� ���� ���� �� �- �� ������ �- ���� �1 �� ��� �-

���� 2���������

���

����� #����� �������

I������� : 1���� ��� �� ��� �� �0�� �� �����1 ��� ����� -�. �� �� ��� ����

����1 ���# -�. � ���� �������� .��� 0��.� � �� ���� � � �� �����1��/� ����

� ���� ���1�/����� � �� ��� �� � � ��. ����� .��� ��/������ �� ����

�-���� 0��.� �����# � ��� �� ���� �������/� ������ �- ����1�� � ����� �����

� 1 ����31 ���� . � ������ ���� ������ �� �� � ��� ���� ����� �� /���� ��

�� /�/�� ��# �� �=�1��/����� �- �� ���� 1���� �� ������� .����� �/��

1���������� �� � ���� �������� � ��� � �# �� ����� � � �� �� �� � ��

0���� 1� .�����.��� � ���� �� � ����� ��� ��� �- )�� �������� J:K� �� ��

�� �1 -�� � ���� �������� �� ��3������ �� ����� �� ��������10 �- ��� �8�

� �� 1����1 � ���� �1�

�� �# ��. �5�������� � ������ �- ����1�� � �������# �� 3��� /�������

�- .�1 /� ���� ��/������ L��� -�. �� �� ��# =��� �� .�� -��� �

���� ��� ��. . � @ �� 3��� ������ ��1 . � @ �- ���0��� -�� ������� � ������

�� �5�����-� ��� �������� � ���1�31 4&" 1�� ��1������ J�K� ��.�/��#

�� ����� � ��1���� �5����� �� � �� ���� �5�������� � ������ ����� ���

/���������

9����� :�M ��.� 4&"�1�� � � ���/���� �� .�� ��=������ � 1�����

�- �� �������� � ��- 1����� �� �� �� 1��� �� �.� ��=����� 1��� �� ���# ���

��/����� �� �� ������1� �- ���1��� ;�����< �� ��� �� �� ����1� �- ����

1��� ;���<� �� �=�1� �� ��� ��1���� �� � � �- �� �/��� �� �� 1���# .��� �

�� ����� ��1���� ��. �� 77� ���88 �� ��� � 1 ����� ����� ��� �� ���

-�� ������� � � �� � ��- 1����� ;�5�������< �� �� ������� �� ��

77� ���88 �� ��� � 1 ����� ��� ��� �� ��� -�� ������� � � �� �5�������

� ���� ������ �� ���� ���� ��������������&

Page 31: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� �� �� �� �/��� 1���� �- �� ������� �11��� -��2������ �� ��� ��

� ��� �� �� �� �/��� �� ��# �� 1������������ ��� �� ����� �����. ;���

������� -��� � �����/� ��5���� �- �� 1����� ����� �� ���<� 4 �0 ����

�� �� -�� �������� � � �� ��� -��2����# �� ���� �- �� 1���� � �� �����3��

.���� �� ������� �11��� ���� �-��� �� �� � ��� 1��� ;�����<# �2� ���

�-��� �� ��� 1���� ;�����.< �� ���� �-��� �� �� ���� ��� 1��� ;���<�

"� ��� ����� �� �� �- ��1��� �� ������ �1�# �5 1��� .�1 �5�������� �

���1������ ����� �� �� ��1���� �- 9����� :�M� � � �� ������ �� ��# �.

��1 ��-��� ���� �� �� 1�� �� 1������ ���� �� �� ��1����� ����# .� 1 �

� 0� �� -����.��� ����� � �� ��������

:� � �������� �- �� ������� �� ���������� �� �� 1������ ��� �- �� 1���

���� ���� �� .��� �����# -�� ������1���# � � ���� � ��=����� ��1 �����

��� ��������� ��=����� ��������� ;�� �� ����# �������� ���� � � ���������

��� ��!

� !'� ��� $ ��� ���������������� ��������������

&�����%

��� ���� ������ ������ ��

Page 32: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�� � �� ������� �� �������1��# �� �������# -�� �� � 0� �- 1 ���� �����<

� �5 1� �� ������� �- �� ���� �� ���������� ��-��� �� 1�� ��

� ��- 1������ �� ��/��/�� ������-���� ������ �- �������� �� �� ����

�������� �� �� 1�� �� � ���� ��� ��� �� �� 1�� ���- 1�� �� � ����

�� ��/����� �� ����� �� 1��������� �� ���-����1�� �- �� �5�������� �

���1������ �� �� ��� ������ �� -�� �� ��������� ���� �- �� ��-��� �����

�� A��� �������� �� ��-��� ���� �� �� 1�� �� � 1 ���� "� ����# �� �5�

�������� ��/� �� �� 1������� ��2���1� �- �� ���� �� �������� $����

�����# ���� ���� �������� �- �� ����/ �� ��2���1� �� / �� ����

��/�� ��� ����� � ��1����# �� ��. ��1�������� �- ����1�� � ������� 1 �

�� 1� ���3�� 11������ �� �.� 1������ # � ��.� �� �� ��5� �����1������

*�)�*

������ '� #�������

�� ������1�# ��� �� �������� ������/�� �� ��������� ��� � ��� .�

�1���� �� �5������� ����� .��� �� ��� ���� ����� ���� ������ �� �����1�

��/� ��������� �� ��������1�# �� �������>�� �������� ������/�� �� �����

������ � 1�� �� 9����� :�M �� 4&"�1��# ����# �� 1��� ��� ��-��� ���� ��

�� �5������� ����� ��# ���# ���� ������1��� �� �� 3� � ������� �����1���

� �/ �� �� �- �� ������1� ���� 1 �� � � ����� �� ���� 11�������

�5�������� ��� �� � ���� �� ���� � � ��������� 9�� ��� �� ���# ������

�1� �� � � �- ��������1�# ��� �� ��.�/��# ���� ��� �� ��� �/ �� ��� ��

������1�� 9���� �� �5�������� ��/�� �- ���� ���� ��� �� 1������ 1����� ���

.�� �� 1��1���� ���� �- �� �����1��/� ������� �� �� 1���� %�� �� � ����

3���� � � �� ���� ������ �� �� �� �- .� . �� �� ���1�� 1 �� � 1����1����

���.��� ������� �5�������� �� ���� �� ���1������ �/�� ���� ������ ��#

�������� �� ����3�� ������� ��� ���� ��� ;���� -��� ��� �� � ��- 1�����<�

��� ����31 ����� ��/��/� ���1���� ���� ; �� 1��� 1�����5 ��� � �����

1���� �� �� ������� ���- 1�<# �� �������� ���� ; �� 1��� ���� ��� ��

�� ������� ���- 1�<# -�� ���� �1�# �� ��� �� � �� � �� /������� �- �������

����1���� .�� �� � �� ����� 1�� ��2���1�� ������1� 1 ���� �������

���� ����31 �����# .�1 �� ������� � -�� � �� ���� ���� ���-���# �� 1 �

�� �5��1��� � �# � �� �5�������� � ��1������ � �����# ��������1� .���

� �� ������ �1� �/�� ������1��

*�)�+

()���� �� ��������� �'������ �� � � �����*#������

�1�������� / �� .����� �� ��� �����1�� � 1�� �� 9����� :�M �� ����� ���

�� ��1������ � � ������3�� �� ���� ��2���1�� �� �� ������� ��-��� �

���� �� �� ����1���� �� �� -��1���� �- �� �������# ��� ����1�� � ����� 1�

� ���� ������ �� ���� ���� ���������������

Page 33: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� � ������ �� ��� ��1 ���� ������ �� ��� ����1 �� ����� ���� ���.��0 �-

�� ��� ����� "�� �- ��� ��-��� ���� �� ������� �� � L����� �- �� �����

�� �� 1���

��� �� � �� / �� ����� �� �� 4&"�1�� ����� ��� �� ��1����

����� � ��� �� ���1 ���� �(������� ��.���� ��� #�/��& � � ���� �� ���/������� �� 11�� �� ��-��� ���� �� �5�������� ��/���# �� / ����� ����� �-

��1�� �� � ��1��2��� ;��� � ���� ) �- ������ �<� ?�������1� ���� ��=���

��� 0���� �- ����# �� �5��������� ��/��/��� � �� ���1�������� ;��� � ��

��� D �- ������ �<� "� �� �� 1 �� .�� ������1�# ��������1� ��1��������

���� �� ����� �� ��-��� ���� �� �� ��2���1�� �- �� ��/��/�� �������� ��

�� ���� ����1�� � .����# �� �������� ��-��� ���� �� ������� ��� ���� �

����31 ����� ��1 � ���1���� ���� �� �������� ����� "� ��# �� �����

����� ��-��� ���� �� �������� �� �� ��-� ����� �� ����� �� ��� ��-��� ����

�51����/��� �� �� .�� � � @ .� ���� �����-��� ��1� �� � 0� ���1 ���

������� ���� 9��������� � ��1 ��� �� - 1��� �- �����-��� ��1� � � �� ��

.�� � �������� ��2���1� 1 � �� �- ���� �� ��1����� �� 1��� � ��/�

� ����� �- ����� �� ��������# ������� ����1���� �����1����# �� � ����� ��

�����1���� �- ����1�� � ����� 1����� ��/��/��� �������� � .��� � �����-���

� ��1� -�� � ��>��� ��� ����1 �� ����� ���� ���.��0�� �� �� .� �� �-

�����-��� ��1� �� ����/ �� -�� �� ������� �- ��� ���0� ��# � �� : �- ��

���0 ���� ��>�� �� �� �� �- �� �� �- �� ����/ �� � ��1 �������� �� ����

��-��� ��1��

�-# .�� �� ��� �- �����-��� ��1�# .� 1 � ������/� ��� ��-��� ���� ���

.� /� 1 �1� �- 1�������� ��� ���� ��1���� �- �� ���� �� ���1���

� � 1 � ����� �� �� �� ������31 ���� �- �������� � ���� �������� -�� ��

��/�������� �- � �=�1��/� ����� &��� � � �� �5�������� � ��1������

���1����� ��/� �� ���/��� ��� ����1 ���� � 1�� �� 9����� :�M 1��� ��� ��

����� �- �� ;-���� ��2���1��< ��� ���� /� ���'����� ;�� ��<� � 1��� �� �������� � ��>�� ��� �� �� �� �5�1 ��-� @ �� 1 ��� �- ��� ������ ����

����/ � �- ���1���� %�� .� 1���� �51 ��� ��� .�� ����� �� ���� 1���

1�������� �- �� ������ �- �� 1��1��/ ��� ��� ����� � ������ �- �����

� � 1 � �� ��� �� ������ 1�� ���� ���� �� ������ ���� ���� �� ��

����� -�� ������� �� �� � ����� �� ������ 1��� "���# .� �� ��� /�

�� ������1� ������/�� �� ���� �� 1���������B �� 0���� �- ��/�������� � 1���

������� ;� �# 1���# ��. �� �� ��# 1���1 � ������# ���� ��� �����# ��/����

������� ��1�< �� ��������1 1��������� ;������1� �� ����1� �- 1��� �� �����#

��� ����� ��1�< 1 � �� �� ���L�1� �- ������

�� � � ���� �- �� �1��� -�� � ���� �������� �� ������1� � � �� 1���

������� �� �� �� ��������� � � � �� 1����1 � �������� � ���� ��/������

� /��� �� �� �� �/�� �� � �� �� ��� ����� 1�� ���.��� � �� 1����1 � 1���

� ���� �� ��. �����1 �������� � � �� ���/����� �� � � �� 1���� �� ��.

� ����� /� ��/��/�� ������� �- ������� ���� ��� �� ����# � 1 ��. � ����

������� 1 � =��� 1��������� ��. ���� 1 �� ���� �� ��� �� �� ���

����� ��� ���� ��1� ��/� .����.��� � �0�� � ��� ���# �� � � ���� ����� �

�� ���/� ��� / ���� ��� 1�����1� � ���1�� �- �� ���� �1 /� ���

��� ���� ������ ������ ��

Page 34: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�������� =�1��� �� �1�����31 ���1������ �- �����-��� ��1�� �� .��� 1���

���� ���� �� ��� �� �� ��1��� /����� �- ��� ���0�

?��/����� ��2� �� �����-��� ��1� -�� 3����� ��. � ���� �������� ��

-����� ��� 1 ������ � � �� �� -�1�� �- ��1 �- ��� ���0� %�� ��1� .�

/� � ���� ������� ��� L�� �� ��� �����

���

��'���#�� �����

�- �� � ���� ������� � ���� ����1���# .� �� ���0��� -�� ����1��� � �

����� ������ �� ������� ���� �- �� �������� & ���� �-��� ���� � 1���

����1����# ��1 � �������� �� �������� �� ������ ���� ��������� ��.�/��#

�������� �� ��� � 0� ���� �����' �� �� � ���� ���0�� ��.� �� �������/�

������# ��� 1 � ���1�� ������ �� 1����# �� ��� 1 ���� �� ������ -��

���� ����� ��# -��� ���� �51������ ���� ���� ������ � ��� �� ��������#

� �� 1����1 � ���� �1 � ���� � 10 �� ���0��� -�� �� �� ���� ����1�����

����# ��� ��� �� �� ��� ������� � �� ����� �� -�� � ������� �� ����

;�������������1�<�

4�� �� �� � 10 �- -��� ���� � 0��.����� �- �� �������1 � ���1����� ���

/��/��# �� �� �1 -�� ����� . � ��/����� �� 1 �1�# ����� ��1������ ��.�

�/��# � ���� � 1������ /� ����� �� ����� �- 1���1 � -����� �#

� �� 1����1 � ���� �1 � �������� �� ������>� ���� ����1���� � ���

�� 1���1 � ��������� �� �� �� 1��1��� �- ����1�� � ����� ����� � � ���

-�� ��� ���� 1 �� �� ��10� ���0�� ����1���� -����� ��� �� ���� 9��1��

J(K ���� ������ �� �� ��� 9����� :�D ��1��� ������� ��� � � ����1����' ��

����� �� ���� ������ �� �.� ������� ����1���� /� �� �� 1��������� ��

�� � 1 ���� ��� �����1 ��� �� 1���1 ��� ;1�����<� � ���� ����1���

3�� ���� �� ������� ��10�� �- �� ������� ��0� 0�� ������ ��10� � ��10�

���0�� ����1���� � ���� �� ����� ���� � � ���� -�� ���� ���� �1 �/��

���1� ��� ��/������� �� � ���� ��3��� �� ��1���� �� ��������� �- ���

��1�� 3�# �� .�1 �� ������� ��10�� �- �� ������� ��������� ������ �����1

1 ���� �� ����� �� � �� �� �� �������� �- �� ���� ����1����

9�� ���� �- �� 1������# �� ����1���� �- ������� ������� ��10��� � ���

���� / �� ��� �� �� ����1�� � 1�����# �� ���� ������ . � � ��� �� ��

��� � � ����1���� .��� ���- 1� �� ����� � �� � �� �� 1���1 � -� �����

����� ���� �� �� � ���� ������� .�� 1��� � ��� �������� �� ���� ���

���� . � � ��� �� 1��� ���� ���� ����1����# ����� �������/��� ��# ����

��1�����# ������ ��1 ��� .�� �� 1�������� "� (4 ������� ����1����� ��1 ��

/ �� ���# �� ���1 ���� ������� �� ������!����� ���� 1 �� ���� ��/��������� . � ��/�����# .�1 �5������� ��� ��-��� ���� �� ��/���� �=�1��/�

������ E ���� � ���� ������ �� ���� ����� 1��/� ���1��� .�� �� 1���

����� ������ ��� ������ /��� ��>��� �� ������� ����1���� �� ���.��� 2����

��� �� ��� 1���1 � -� ������ � ����1�� � 1����� ����3�� ���� �����

� ���� ������ �� ���� ���� ���������������

Page 35: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

1���� ������ �� ������� ��10�� �- �� ������� � �� 1������� �1����� "�

� ���� � ���� ������ ��� � �� ��/��/� ���� ������ ��1 ������> ���� ���1��

����� �������� ���� �� �������� ������# ���� �� �����1���� �- �� ����1���� �� ������� F���� �- �� ����1�� � 1�����5 ��/��/��� ����1��� ��� ���

���/�� ������� �� ��� ������� � �����# �� �� 1�������� $������>��� ��

������� ���� �� �� � ��� ���� ���� �� �� 1��� � ��/��� �5�����/�� �� ��

. � �- �������� �� /� �� 1������� ������� �� �� ��� �- ���� ���������

���� 1 ���� ���� ��.�/��# �� ��� � � � ���� � ���� ������ � ���� ��

����� �� �� - 1� � � �� ����1���� �- �� � ���� ������� .��� ��� �� 0��.�

-�� � �� � �� 1����1 � ���L�1�� -�� ���� ���� �� 1���� 9�� ���� �1�#

� �� ���� ��� ��/��/� � ���� �������� � � ������ �� �� 1��� ����� ��# ��

.� 1 ���� �5��1� �� (4 ����1���� �- ��1 �������� �� ��1��� 0��.� �����

��� �� �/��� �- ����!�������� ��������# �� ������� F���� �- �� �� � ��/�� � ������ ���� ��� ���� 1 ���� ��� �� �� � ���� �������

1 � ��. �� �� ��� .���� � �� 9���������# ����������� ������ ���.�-�� �� ������ ��1 �������� �- ����1���� � � �� 1������� �- �������1���

����1�� � ������ � � �� ���0�� .�� �������1��� 1���1 � �� 1������ �

������ �- ����1���� � � �� 11������� �� ��1 1����� ���� � ���� ��# ��

����1����# 1 � �51��� � �� ��������� �� .� ���� �� 1������� �� �������

��������� ������� ���� � � 1��� �� � ��� ������ �- 1�������� � � ����

������ �� �� ��������

"� �� �� 1 �� �- � ���� 3�����# �� ��. �5�������� � ��1�������� ��

���� ������ ��2���� ��. 1������� ������ -�� �1������� �� ������������

�� /��������� � � �������� �� �� �5��������� ��� ������ �� ����

��� 1��������� � �� �- �����-��� ��1�# ���1� �� �������1 � ��L�1�# � ����

�� � ���� ������� �� ��� �� -�1�� �- �� ��/����� ����� E ���# ������ ��� 0

�- ������������# �� 1������� ���1� �- ����1�� � 1�������� � ��/���� � ��# �� �� ��� 1��/�1���� � � ��� ���1�� �- �� ���1��� � � ������ ��

-��� �� ������ �� �� ���� /� �� �� 1��������� �������# �� .� .��� ��

�� �� ��� ���0�

��

+ ���������� ������#�

�� �� $�1����� ��/�# .� /� ���1����� �� ����1 ���� �1�� ��� � � �� ��

/��.����� -��� .�1 .� �� ���������� �� �����-��� ��1�� �� ��� $�1����#

.� ������ �� 1 �� ��� �� 3��� �- �����-��� ��1� �� ����� �- ��� �1�����31

����������� �� �� ����1 ���� 1 ������� � � �� - 1���

% ��1 ���# ���� �� �.� . �� �- ����1������ �� 3��� �- �����-��� ��1��

A�� �� ���������� # �� �� ���� �- ������� � � �� ����� 1������� ����� ����#

�� � ��� � . � �- ����1������ �� �� � ���� �- ��-��� ���� � � �� 1�������

�� ����� -��� �� ������1 � � �� .��0��� ��� . � ��. ��� / ����� ��/���

�- �� ��������� � ��1��� �� �(�������� # �� �� ����1 � �� � �� 1���

��� ������������� �������� �

Page 36: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��1 � ����1 ���� �1�� ��� �� .�1 �����-��� ��1� 1���������� �� �� ��

���� �- �������1 � �5�������� ���� � � �� ��������� �� ���0 �� ������

����1����� 11������ �� ��� ������1����� � ��������1 /��. �� �� ���L�1� �-

������ :� �� /����� ���1����� ����������� �- �����-��� ��1� � � ����

/��� 1��������� �� ���� � �����-��� ��1� ��������� � 1 � ���� �� ���

/���� �� ��� ����/ �� 1��������� � �5������1 /��. �� �� -�1�� �- ������

�� �� /����� � � ����� .�1 � 1 1��1���� �� �� ���� ������ ��

����1 ���� �1�� ���� � � 1 � ���� �� ��������� �=�1��/��� �� 1��������

1��������� ���1����� �� ������ :�

%�� /��.� �� ���� ��>�� �� � ������ ��� - ���� �� 9����� :�*# .���

�� �����-��� ��1� 1��1�� �� ����1��� �� 1��� -��� �� ������ ��2���1� ��

�� � 1���1���1 ��������� �� .��� �� ������ �� ��� 3���� � .� ��.

1 �� ��� �� �����-��� ��1� � ���1 �� �� ���� ��� ���

*�,�*

� � ����� '��

� ��������1 /��. � � �� �� ���� � ��1 ���� �1��������� ���� �� /��.

�� �����-��� ��1� ����� �� �����1� �� ��� ��� .������3��� �� ��������

�1�����31 �������� � � �-��� /� �� 1 � 1��� �- �� �� 1 �������� "�

���1����� ��/�# .� .��� ����1���� ��� /��. �- �����-��� ��1� �� � ���� �-

����/�� ��-��� ���� � � .� �� �� ��� �- �� ���� �� ��-��� ���� ���/����

�� �� ������1 ��2���1��

*�,�*�* ,�-�� ��� .�/����� ��##���

�� � �� �- �����-��� ��1� �������� �������� � � �11�� �/�� ��-��� ��

������1 ��2���1� �� / �� ���� � ��L�1� �� �� ��������� �5�������� � � �

� � �� ����� ��� �� ��2���1��� �=����� ?������� �� �� �������� ��� ��

���� ������# ���� �� ��������� ���� �- �� ���� �� ������ �� ��2���1��� ������� �- ��1���1 1�� ��2���1��# �� ���� �������# ���� ���/����� ����� � �- ����/ �� � �0�� ��1� ���� �� ������# �� ������� ������� # ������ ���1��� �- ���1��� ������� ���� �������� �- ��2���1�� 4&" �� -���

1��������� ��2���1� �- �� ������ �� 1��������� � ��� �: �� �� ����1� � ����# ���1� �� �� ��� ���������� �� � ����1 ���� �1�� ���� �

����1 ������������� 1 � 1��� �- ��� ������� ������ ��� -��� ��� 1����

��� ������� .�� �� ������ ��2���1��� ���1������ � �.� 1��������

���� 1�� �� ��2���1��� �� �� � �������# � ���� .�����������

������ ��2���1���# � ���-����� �� ����� ������1� JDK �� %"��

������� � ���-����� �� �� �����1 ��� -����� �� � ������ ���L�1� J)K#

.�1 �� � �� 2���� ��=����� ���� 1�� -�� �������# /� ������� ��� ���

����� /��� /������� �� 1��� �� ���1��� ��� � ��� �� ������ � ;� ���� � ��

H� �2�� �� ��<�

� ���� ������ �� ���� ���� ��������������!

Page 37: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�����"

���

��

���

��

��

��

��

���

���

��� ������������� �������� �"

Page 38: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

"-��� �5��1����� � ��� �: �- �����-��� ��1� ��11���-���� �� � . ������1��2���1� �� / �� ����

*�,�*�+ ,�-�� �� +���-�� �� ���� �� ��/����� 0 �1��2 #�����

� ����� ��"3

�� � ��� �� 1��1����� .�� ���� ���� �� � . ������1 ��2���1� .�� ���

-��� ���� � � 1 � �� ����/�� ����1��� -��� �� ��2���1�� ?������� ��

������� �� ��� � ��� �� ���� 0����� ;� ���� ( �- ������ :# ��1��� $���/��/<#���� �� ������31 ���� �- ���� @ � �� �����# � �� @ �����1�� �- ������1

4&" � � 1��� -�� ��������# �� �� � ����� �- �� ��1 ���� ���/ ����

�� 2���� ��� ���� ���������� ���!����� ������� �� �� ������ ;� ����D �- ������ :# �� � ������<� � -����� ������� �� ��� ����� �� ������

�� ����� �� ��������� �� �� �� ��# � � ��� � �5�������� � ���1������

� � �� ����1��� -��� ������� ��2���1�� �� ��/������ �� ��� ���� �� . ��

� � ���� ������� 1�������� 1��1���� ��� �� �� ������� ������ � �- ���

2���1�� � � ��1��� ��������� ��� ������� �� �����/�� �� 1��� �� � ������

� � ��/��� �� ����� ���� �- �� �5�������� �- �� �����# ���� ���� �� ��� �

���� �� ��������� %�� �������� 1 � �� 1��������� � ��1 ���� �1 ��������

�� �1�����31 �� �� 1 �������� &������� ���� ���� ����� �� ����� ���#

��1 � �� ���� ���� �- ������1 ��2���1�� .�� ��������� ��2���1��

�� �� � �� �� ��=����� ���1���# �� ������1���� ���.��� ������������ ��

� � �������� ��2���1��� " 1��� ����� ���.��� � �� ��2���1�� � ����

1 � ����� ������� �������� ��# �- .� �� ���������� �� �� ���� ��� �- ��� ���1�� ���� ��2���1��# � �'�������� ����� ���1����� �- � ��� : ���/��� �� � � -�� � ��� ��

*�,�*�) ,�-�� �� +���-�� �� #����� ��/����� 0 �1��2 #�����

� ����� ��"3

�� � ��� ���� ��� ������� ��2���1��� ����# �� ���� /��������� ����1�

�- ��-��� ���� �� �� 1��� ����� .�� ���� ��������� ��2���1��# �����

�� �� ������� �� �� �� ��1���1 1�� ��/��� � ������� ������� �� ��� �����

���� ���.��� ��=����� �������� � � ���. -�� � 0��� 1��1������� ����

�3 A��������� ��2���1�� �� ���������

��2���1�� �� ��1���� ���1��� � � /�1����� ������ �� .��� ������1�����

1��� ���� �� �� �� � �/������� ��

����31 ����� -��� �� 1�����

�1������ A��������� ��2���1�� ���� ��

/� �� � �� -��1���� �� ��=�����

���1����

�3 ? � ������ ��2���1�� �� ���������

��2���1�� � � �5��� .���� ���1����

? � ������ ��2���1�� /� 1�����

������ ��� ��/��/� ���� �����1 ����

�/���� �� ����� A-��� �� ����

�����1 ���� � �� ������� �- ����� ��

��2���1� �� ��������� ��. -��1�����

�� � � ������ ��2���1�� �-���

���-��� ��=����� -��1������

� ���� ������ �� ���� ���� ��������������$

Page 39: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������� -��1����# 1����� � ��1 ��> ���� �� �� ��0�� � ������ �� � ��� �

�� � ��1 ��� �� � �� ���� � �� � ��� :� � ���� � �- ������ : ;6 ����

�������< 1��1���� ��� �� �� �����-��� ��1� ������ -�� � ���� : �� ��

*�,�*�- ,�-�� �� +���-�� ��� #������ �� �������� �������� 0! �1��2

#����� � ����� ��"3

�� � ��� ����� ��� �������������� � ������ �- �� �������1���� �����

1������� ����� �� �� �������1���� � �� �- �� � ���� .� /� ���� � � ���

����1���� �� �� 0�� �� �� -��1���� �- ����1���� ��# �������� ����1�� �

����1���� �� /��� ������ �� ������� �- �����-��� ��1�� ��� �� ��/�� �

0���� �- ����1���� �� �� 1����������

*�,�*�-�* �4+

� ����1���� �- 4&" �� 2���� .��� ������/�� �������� � ����� �� �� ��

������ ���5� ��� �� �� �� ��=����1��# �� ���1 ���� 3�� ����1���� �-

4&"# .�1 �� ������� �� �� 1������� .�� ������ ��0� ������ �����

��> ���� �� ����1�� � ��� ��1�� ��� ������ �� ��� ���� -�� ����

����� ���� �������1����# ��� ���# ��������� ���-��� �������� �� ����1�

���� �- 4&" �� ��� 1�/���� �� ��� ���0�

*�,�*�-�+ 54+

�� ����1��� �� ����1��� ��� ���� G�5���� � � 4&"� � � � � �� �-

�����/�� �������������� � E&" ����1����� �� ��1 �� ���� � � � �

-�� ��������B �� 1��� ��� ���� -�. ������ ����1����� 6������� �����

��������� � ����1����� �- E&" �� � ��1 ��� � �����/�� �������# �.�/��#

���� �� �=�1��/� ������ -�� �������� �.����������� � E&" ����1������

�� �� ��� ���1��� �������� E&" ����1����� �� ��� ���0 �� ��-�� ��

�� ��� �� JMK�

*�,�*�-�) �������

?������� ����� � .��� / ����� �- ����1������ � ������� ����1���� �����1�

���� ������� � ���� 1 ������ -�� ���� ����� 6 �� ��11����� /�

���� 11�������� ��� �� ����� � ������� �� ����� - � -��� ����� ���/���

� � 1 � �� 1��/�� �� �� ����� ;� ����< �������� ��/�� ����1��� ��� ���

���/�� ������� � � 1�� � ����� ��� ��.�/�� ��� ���1��� �� ���� ��11���-��

�- �� � ���� �� �� ����� �� ������� �5���� ��F1���� ����� �- ����� ����

�� ��2���1�� � ���� ) �- ������ : ;E�� �� 4���� 10# N�< ���1����� ��

������ ���� �� ��� ���� 1 �� ������� ��������� �- �� ��2���1� �����

��� ������������� �������� �%

Page 40: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

� ���� �� ��.# ��� ��� 1 ���� ����� �� � 11�� �� -���� ��� ����� �-

�� �������# �� ����� �� %�� �-��� ��� 1 � ����� 3�� ��� ��� �- �����31 ��

���1�� �- �� ����1���� �- �� �������# ��1 � �� �/�� �� �1���1����#

�� 1������ ��� �- �� ������� � 10����# �� �/�� ���� 11�� �� ������ �-

����/ �� ������� ��10���� � ���� M �- ������ : ;E �- O�����# �� �

���� ���< ������� �� �� �� �� �- �� �� �� ��� 3����

*�,�*�-�- ,#��6 ���� -������

������ -��� ����� ��� ������ �� ����� �� 1���� � ������ ��� -���

1�����5 �������0� ����1���� � � ��1��� �� 1�� �� �� ���- 1� �- ��������

�� 1����� � ����� ���� �� ��� 1 ���# �� �������������� � ����1�� �

����1���� �� ��� ���2��# ��� �� ����1�� � ��������� �� ���� G�5�����

��# � ��>��� �� ����1�� � ����1���� ��/��/�� �� �����1���� �- ���1���

�� ����� 6���1�� � ��� ��1� �� �� ���� / �� ��� 1��������� ��� �����

-�� ����� ��� ���� ��� .�� ������� ����1����� ���� �� ��� ��/��� -�. ���

����� �� ������ �� 1 ������ ���� � ���0 ���� ��� ��� �� ��� ����1�

*�,�*�, ,�-�� �� 7������� ��������� 0" �1��2 #����� � ����� ��"3

�- �� ����1�� � ����1���� �� 0��.� .� 1 � ������ �� � ��>� �� ������

1����� ���.��� ����1����� "���� �� � �� �������� � ��� �- ����� 1����

� ������ �.� �� ��� ����/ �� �� ���� 1 ��� �� 1��������

*�,�*�,�* ������8����� ���������

����# ��� ����1�� � � ����� �� �������B �� �� ���� �� �� ��# �-���

G�5����# ��� ��1 ����1���� �� �� �� ������� ���1����� �� ��� �� �� ��

�������1���� � ��� �- ��� � ����� � ������� �� � ��1 ���� �1 �������

��# � �� � �� ����# �� �- ����� ������ �1� -�� ���� ������� � �������

� �.� ���1��� A�� �� �� ��������� �� 1����1� �������� �- �� ����1�� �

1�����5� � ��1��� �� �� ���/��� � 11�� �� ����� �� �- �� ��=������ �

-��� ������ �- �������� ���� � ��1 �������� � ���� � �� �� �� 3���

���1�# �� ��1��� ���1� ��� ��� �� �� 1 ������� � ���� * �- ������ :

;6 ��� � E ���< ���1����� ��� ��������

*�,�*�,�+ ������8#����� ���������

���� �.� �������� ���� �� � 1 ����� �� ������� �� ������ �� �- .� . ��

�� ������� �� ����1�� � ����� 1���� ������ ��/��� ��� �����B �� �� �� ���� �-

���� -�� ���� ������� � ������� �� ��=����� -��� �������@��� �� ��10�

��� �� ��/�� � �����1��� �� �������@��� �� ��10���# �� ������� ���� ��

������ ���������� �� ������ ��� ���1 -��1�� ���.��� �� ������� �� ��

� ���� ������ �� ���� ���� ��������������&

Page 41: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� ��� �� �������# �� 1������������ �- �����/ ���� ;���� 1��� �� . ���

����1���� ������ �� ��10�� �� �� ��� ��< �� ������� �� � ������ �-

����1�� � ���- 1� �� ��� � ��1 ����/ ��# ����1� ���# ���1� �� ��� �� 1 �

�� ���� G�5���� �� ���� ��� /� ���2�� ���- 1�� �� 1���� ��# ��������1

1��������� ���� �- ��� �������� �� ����� ���� ����� �� �������@�������

��10���# .��� ��� ������� � ������ ���� �/�� ��1 � ���� 1��� 1� ����

- 1� �� � ������ �- �����/ ���� 1 � �� ������� � ���� ����1�� 3�# ���� ������

����1��� � 1 ���� �� �� ������� ���- 1� �� 11����� �� ������� �� ���

���� �� �� ��� ��������# ��� ���� �� �� ���� ������� � �� �������@�������

��10���� � ���� , �- ������ : ;6�1 �� $��������< ���1����� ��� �����

���� ����� ���� �� -��� ������ �- ������� �� � L�� ��������10 �� ��

��10��� ���������

*�,�*�,�) 9� �� ���������

A- 1�����# �� 0���� �- ����1�� � ����� 1����� �� ������ ��# �� �� �������@

4&" ;������� � -�� ������� ����� ���� ����� ����< �� �� 1����� ��/��/���

E&"# ������ �� 1 ������ ���� ?������@4&" ��10��� ����� �/�� ����

� � �������@������� ��10���� %�1 ��� �- �� �������� �- 4&" ��������

1��-��� ���� � 1 ���� ���� �� �� ��1��� �� �� �� ������� ����� "���#

. ��� �� �� � ������ �� ���� �� �������@4&" ��10���� � ���� , ���1�����

�������@4&" ��10���� � ���� �������� �� ��� ���1����� �� ��� ���0�

*�,�*�. ,�-�� � 7������ ��� ���������- ������2� 0% �1��2 #�����

� ����� ��"3

�� � ��� � 0�� �� ���� -��� � ��>��� ������ ����� 1����� �� � ��>���

���.��0� �- ����� 1������ �� � � � � �� ���1�# .�1 L��� 1����1�� ��

/��������� � � �� � 0�� ��� ����� ��� 11�������# �� � ��������1

���1� � � ���-���� ����� ����� �� �� ��������� ���.��0�� %�� ���1��

�� �� �������� �� �� ��� � ���� ��/�������� � � 0�� �� 1� �� ��� �

����1 � � � ���� ����# .� /� 2���� ��� ���� ��1���� �- � ��� �- ��

��� ������ -�� ��/�� � ��� ������ �� ���0 ���� ��� ��� �� �� ����� ����

�- ��� ����1 ���.��0��

��!

� � �)���� '��

�� /��. ����1����� �����-��� ��1� 11������ �� ��=����� ����1 ���� �1��

� ���� �� ����� �- �5�������� � � � � � �� ����� �1�������

��� ������������� �������� ��

Page 42: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

*�.�*

��� ����������� �������� �����- ��������� ��� ������ ��#�����

� 3��� 1��������� ��2���1�� � 1���� � ������# � � �- �� � 1������# $���2���"��# . � / �� ��� �� :++D� $��1� ���# -�. ��>�� � 1���� � ������� /� ���� ��2���1��� $�2���1��� � 1������ � ��1��� �� �� �- �� ��#

�� .� 1 � �5��1� � �� ���� ������� �� ��� � �� �� �� � -������ �

3��� ��1 ����� ;/� ���'�����# �� �� J*K< � ���� ��2���1�� �� :++M# �� �������� �- �� 3��� �����1����� � ��� ���� ;3� �������# ��� ����# J,K< ���1 �� / �� ��� �� :++,� � ������ �- �� ����������� ;-����G� J+K< ��1 �� / �� ��� �� 9���� �� ����# �� �.� �� -�� �- �� �� � ������ ��2���1�

/� ���� �������� �� 9���� �� ���: JD# )K� "� �� ������ �� / ����� �-

1��������� ��2���1�� ������� �����# ���� 1��� ����� 1 � ����� ������ ��

�1�����31 �������� � � �� �� � � � 0�� �� � 1������ �� ��� ��������1����31� � � � ����# .��� � �� � 1������ $� ��2���"�� � � ����� ��� � ���-�1����� � ��1 ��� � ��5�1 �=�1�� �� �� ����/ �� � ��� �- �� �� �

����C ������ �� �� J:�K /� 1 ����� ��� ��=������ � � ����� � � ���0�

-�� ��������� ���� �������� �� ��� � 1���� �� 1��1���� ��� �� ����

; ���� ���< �������� � � �11�� ���� �� $� ��2���"��� P���� ��������� �1�� �/�� �� � � � �� �- / �� ��� ������� ��2���1�� -��� �� 0���� �-

��� �����# ������ �� �� J:�K -���� � � � �� �- ���� ��� �������� ��

����� � �� �������� � � 1� ��5�1 �� ���� ��� ������ ��# �� ���� �����#

�� ��� �- 1 ���� �� �������� � � �� ����������� -�� �� �/���� �=�1�� �-

$� ��2���"�� � ���� � ���.�� ��.� -��� �� ���� :,�� ������� �� ��

� 1������ �� ���� �� �� � �5 ���� �- �� 0���� �- ������� ������ 1���

� ����� 1 � 1��/��

�� ����� �� 1 ��� ��� ��1 � �0�# .� ���� �� 1������ .��� / ����� �-

������ �� � � � � ���� : �- ������ � ;��� ��>��� �� ��< ���1�����

��11���-�� �� .����� ���� ���� 1 -�� ���0��� �� / ���� ���.��� / �����

�- �������1�� � � � � ����

*�.�+

.����� �� ���� ��� #����� �)#������ ���� 0�& �1��2 #�����

� ����� ��"3

� �� �������� �� ��������� ���� �- �5�������� ��/��� �- ����� �� ����

����� �� � �� 1����� �- ��� �8� �������� �� ������1�# ��������1�# �� ����

��-��� ��1�� � �� � �� �� 1�� �� ��� ���� ��=������ � -��1���� � ��1���� �-

�� 1���8� ����� .��0����# � �� �� ���������� �� �� 1��� �� �� � ��� ����

�� ��� 1 � �� ��G���1�� �� ���������� �� �5���� � ��/�������� � - 1����

;������ ����# ��# 1���1 � ������ - 1����<# �� �� ������ � - 1���� ��1 �

�� 1��� ��������� �� ���1� � ������ �� �� �� 1��� �� ���� �� �� ���

� ���� ������ �� ���� ���� ���������������

Page 43: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�������1 ��� �� 3��� /������ �- �5�������� �- � � �� �(������� ��.���� ���#�/��&� ��� �� ���� �����1�� �- 14&" ;1��������� �� 4&"<# ���� 4&"� � � ���� �� ��� ��� � 10 -��� ��������� E&" ;�E&"< �5������� ��

�� 1���� � ��������� E&" �� �� � ���� �� ��# ���� ������� /� ����

����1�� ��� ��-��� �� 14&" . � � 0�� -��� �� �E&"� �$� ���/���

1����� �- �� ����� �5������� �� 1��� � � �� ���L�1� �� 1��� �� ������ � ��

�5���� � 1���������� � ��/�� �- �5�������� �- 1��� �� ���� �� ������

1����� ��� .�� �� -��2���1� .�� .�1 ��� ���� �� �� �� ��2���1��

�$�� �� �# ���� �� � ��� 1����1����� �- �$� / �� ��� -�� � �� ��� ��

���� �� 1���� ���L�1� �� � �� ��=����� 1����������

� 4&" 1��� ���1����� ��/� ;��� 9����� :�M< ���/��� ��=����� / ���

�� �- �� 0��� �- � � ���/���� �� �$�� � �/ �� �� �- 4&" 1��� ��

� � ��� 1 � ���/��� ���� 11�� �� �5�������� � � �� �5�������� ��/����

���� �# �$ 1����� 1 � �� ��. �� ����� ��� ���/��� ������ ����������� A��

. � �- �� ���� ��� �5��������� ��/��� -��� 4&" 1��� �� /� G�����1���

� �0���� � �� 1����� ���� ���.��� �� ���� ��������� �� �� �5�����

���� ��/�� ���/���� ���� ���������� � � �$ 1������

�5�������� ��/��� �� 4&" �� ������� ���� �� ����� ��� ����1�� -��� ��

��>� �- ����� �� �� ���� �4 ���� �� � �� ���1�������� 1 � �� ���� � - ��

����� -�� ������-���� �5������� �������� �� / ����� �� ��� �- �� 1���� ���

�5�������� � � � �� ���� ��������� ���� .�� �����-��� ��1� �� ���L�1� ��

� ���� D ;E�� �� "���� �� ��# ��������1�< �� � ���� ) ;E�� �� $����

���# ������1�< �- ������ ��

*�.�)

.����� �� ���� ������� 0� �1��2 #����� � ����� ��"3

A�1� �� � ���� ������� �� ������3��# �� �� �1 -�� �� ���� �� ���� �

�� �1 �� � �� 1������� �- ��5���� �- �5�������� � �� 1��������� ���

���1������� �� 3��� � ��# ��� �� ���0��� -�� ���� �������� � ������2�������� �� �� �� � 1������� �� � � �� ����� ������ �� �� �������

���� �- �� � ���� �������� �� ��1��� ���� �- ���� �����"����# �� �� �1������� �� ����3�� �� �� ������5�1# /� -�. ���� �=�1�� �� �� ����

11�������# ���� �� � ���� ����/���� �� �� ���� �� �� ����# � .�1 ��� �=�1� ��

��������

% ��1 ���# ���� �� �.� ���� 1�� �� ��/������� ��. ����� A�� ��

�� 1�� �� ��� -��� �1� �1� �� � ���� �������� �� �� � ��� �- ��

0��.����� �- �� �������������� � ����1���� �- �� ������� ���� �- ��

�������� �� �=�1�# �� ���� ����1��� 1 � �� �������� �� �� 1��������� ��

�� �� ������� ���� �� �����1 �� ����1�1���1 � ������ �� ���� 1 ��

1 ���� �� ����� ���� ������ ;��� �� �� 1��-���� .�� �� ����� ������� ����1����� �����1���� �� �� ����� ������ �� �������1 � 1�������<� 4� ����� ���������� � ���� ������ �� �� - 1� � � �-��� �� ��/������ ����1����

��! ��� �"������ #��� ��

Page 44: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

.��� �� �� �������>�� 9��������� �� � ������> ���� ������ ��� �� ��

�� -�� � �� �� � 1�������� ��/������ .�� �� ����� ������ ��1��2����� ��1��� ���� 1 �� �� �1���� ����� � ��� � � � �� �- 0��.�

����1���� �� 1�10 ���� ������� F���� �� �� � ���� �������� � �/ ��

� �� �- ��� ���� 1 �� � �# ������# �� 1�������� � � /� ���� 11��

��� ��� �� � � � �� /� ���� ��/����� ��� ��-��� @ ���� ������ ��

��=����� 1����5�� ��� ��� 11���������� �� ��5�1��� � � /� ���� �������

�� ��� ���� ��� /� ���� �������>��� $1������� 1�������� -���

���� �� 1 � ���� ���� �� �� � ��� ���� �� �� �� 1�������� �� �� � ���� 1 ��#

�� ���1��� �� 1 ���� '����� ��������� �������� � � � ��� ��1��� � ���#�� ��5���� �- �� �.� ���1����� � � �� �/�� ���� ����# ��� �- 1���

������ �� �������1��� -��� � ��� ���� �� .�� /���� � �1�������� ���

1�������� �� ��� ������ �� �� � ��� ����� � ���� M �- /����� � ��

6 ��� � E ���# 6 ���� $� �# �� ��� �� !���� ��/�� ���� ��� �� �� /���

�� � ���� �1��������

*�.�-

.����� �� ����� '������- 0� �1��2 #����� � ����� ��"3

E�1�����# ��. �5�������� � ������ /� ���� ��/������ � � ��1�/��

/ �� ����� �- ������1 ��5� -�� ��� ����� �- �� � �� ���1���� � ��2���1�

��� � � ���1����� �� ���.��� ��=����� �5���� � �� ������ � �� ��� �- ��

��� ���� �� ���/��� ������ ���� ���� ����1��� ������1 / �� ������� ������1

/ �� ������ �� L��� �� ����� �� �� ��/����� ��� �� ������1 �1 �� ��� �5�

�������� ��� �� .�� �����-��� ��1�� � ���� ( �- ������ � ;4����

&�10�����< �������1�� ��� ��. �� �51����� 3��� �- ����1�� � �������

�� �����-��� ��1��

������1 / �� ������ ���� ��� ���� �11�� �� �� ��� ;� �����< ��� ��� �� ��

����� ;��-�1����� ����<� 9�� � �� ���� 1���� � �� ��/�� � ���/�� � ��� �

���� ;���� "�4$<# �� ����� ����� ���� �� 1�� �� �� ������������ �- �����#

�� ������ �� ��� ��� ��/����� �� ��� 1����5�# ���� ����1���� �� ��F1���

�������� ��/�� ������� �� ��������1 �� ��������1 � � # �����-��� ��11�

1 � �/���� ��� ��� �� ������>��� ��� ���� �� ��� 1����5� ;( �81��10 �����

���� �� 9����� :�*<�

� -����.��� � ����� �- ��� /������ ���/��� �� ��1��� �� ��� �� -��

� ������� �������1���� ���� �����-��� ��1�� � ���� * �- /����� � .���

� 0� � ������ � .� ����� �� .��� .� �� �� ��� � �� � � �1� ����

�� �5��1� ����� .�� ����� ����� �- ��� ��. �� � ����� ��/������� 3����

5��������

� 4����# N�# 4�� /��������� O�0��-�# ����# % ���# $.��>��� ��'%��0 Q���� ���� ��

� ���� ������ �� ���� ���� ���������������

Page 45: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

� 4�E���# N� ��# �� E� ����# �� ?� A� %����# �5������� ��

��� ����1 �� ������1 1������ �- ���� �5�������� ��

������1 �1 ��# /����# ����� �*,;)((,<' �� M,�@M�� 9����# ��# %���1�� ��� 4����1�� �����1���������1 -�# ����� �*' �� �+,)@�++(�

� ������# N� ��# �� ��# � $�2���1� �- �� ��� � ������#

/����# ��� �+:;))�*<' �� :(�D@:():� ��� ��# �� $�# �� ��# ����� � ��2���1��� �� � ����� �- ���� � ������# 5����# ��� D�+;M,��<' �� ,M�@+�:�

! O����# 6�# � �1�� ���� ��1���1 1�� ��1��� �� ����1����# 3���6��� /�� ����# �� :�;(<' �� (�(@:��

" �������# "�# �� ��# ��-� .�� M��� �����# /����# �����*D;)�,*<' �� )DM# )M(@*�

$ ������ ��2���1� �- �� ��� ���� �� ���� ��' �� �-��� -��

��/����� ���� �������� � �� ���� �� $�2���1��� ����������#/����# ����� �,�;)(+M<' �� ��:�@,�

% " ���# 6� 4�# �� ��# � ������ ��2���1� �- 4�������

��� ��� ����# /����# �� �,*;)DM:<' �� �:,)@+)��& ������# 6� "�# �� 4���������# �� ?� %���# 4�=������ �

������ ����� �# ������ ����# ����� :(;:�<' �� (,+@+��

$�������� �

Page 46: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�������� ���� �

������ ������

���

��������� ��

�������� � �������� ���� �� ����� �� ����� ������� ������ ��

� ����� �� ��� ����� ���� �� ��� �� ����� ��� ����� ��� ���

���� � ������� �� ���������� ���� �� �� �� ����� �� ��

���� ��� ������ ���������� ����� �� ������ �� �� ��� ����� � ���

�� ������ ����� � �� ��������� �� ���� ��� ������ � ��

������������� �� ������ ���� ������ �� �� ��� �������� ���� �� �����

�� ������� �� ���� ����� �� ��� �� ��������� ���� ������ ���� �

�� ��� �� ����� � ����� �� ��� �� ��� ���������� ������ ���� ��

���� ������ �� �� �� �� ��� ������� �� �� ������ ����� �� �����

���� ����� ���� ����� ���� ��� ���� �� ����� �� �������� ��� ���������

���� �� �� �� ����� ���� ��� �� ������� � ��� �� ���� ����

������� �������� ����� ���� ���� ��� ������� ���� �� ���� ���

����� �� ���������� ����� ����� �� ��������� � ���� � ����������

� ���� �� � �� ������ ���� � � ��� ��� ������� !���������

������ � ����� � �� ���� ���� �� ������������ �� � ��� ����� ��

���� ��� �� �������� �� ���� � �������������� "��� ������������

� ������������� ����� � ����������� ����� �� � �������� �������

������� "����� #�# ���� ��� ��� ������

$������� �� ��� �� ���� ����� ���� ��� � %����� �� � �����

�� ��������� �� �� ��� ������ �� ��� �� ���� ��� � ����� ��

����� ��� ��� ������� �� �� ��������� �������� �� �� %����� ��

���� ����� ���� �� ������� �� �� �������� �� �� ���� ���������� ��

��� �� ������ ���� �� �� ������ ��� ����� �� ������� !� �����

��� �� ����� �� ������ � ���� �� �� ��������� �� �� ����� ��

���� �� ����� ��� �� ������ �� �� ���������� �� ����� �� �� �����

�� ����� �� ������ �� �� �� ������ �� ��� ������ ����� ���� �

���� ���� �� "����� #�&�

"���� �� ������� � '��� �� ��� �� �� ��� �������

����� �������� �� ������ ���� � �� ��� �� � ��� ������ ���

������������ � ��� ������� � ������ ������ �� ���� ������������ (���� �� ��� �� )����

!"2$3 &�4#5�#6677�#

��

������� � ���� ��������� ������ ����# �������

Page 47: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

����� � �� ���� ����� �� �� � ���� �� �� �� %��� �� �����������

"����� #�8 �������� �� ����� ��� ������� �������� �� �������

�������� .���� �� ������� � � � �������� �� �� ����� ��

����������� ����� �� ������ ��� ���� � �� ���� �� �� ����������� ��

���������� ������ ��� ���� ��� � �� �� ����� ����� �����

�� ������� � �� �� � ���9��� �� � ������� ��� ����� ����������� :�����

�� �� ����� �� �� �� ����������� ���������� �� � ������ � ��������

�� "����� #�4�

/�� �� ��� �� �� ���� ��� ��� �� ��� �� ����� �����������

�� �� ���� �� ����� � ���� ��� ������ �� � �� ����� �� ��� ��

������ ����� �� ���� �� �� ������������ � �� ��� ���� � �� ���

����� ��������� �������� �� �� ��� �� ������� � ����� ���

"����� #�; ����� �� ����� �������� �� ������ ����� ����� ���

"����� #�5 ���� ����� �� �� ������� �� � ������ ����� �� ��� �����

��� ��� �� %����� �� ���� ����� �������� �� ���� ���� ������

�� �� ����� �� ���������� ���������� ���� ������ �� � ��������

�� ���� ������ ���� ��� ����� �� ���������� �� ���� �� �� �

� ��� ���� ������� <� �� ���������� �� ������ ��� �� �����

���� �� �������� ���� ����� ��� ��� ���������� � ������ ����� �

��� ����

���

���� � �� �� � �� ���������

���� ����� ������ �� ������� ���� ��� � ��� � ���� �����

�� �� �� �� ����� �� � ������ "��� �������� ��� � �������

=��������� ���� ������������ �� ���������� � ��� ����� � �� �����

�� ��������� �� ���� �������� ������ <� %� ��� �������� ����

��� ������ �� ������ � ���������� ������ ���� �� ���� �������

������ ��� � ������ ���� �� �� � ����������� �������� �� �� �� ��

������ �� �������� �� ������� ����� � �� �� ������ �������

������ ����� �� �������� �� ��������� ��������� �������� �� ����

������ ���� ���� ���������� ��� ����� ������� ����� �� �� �� �����

�� ���>� �������� �� � ������

� ��� ����� ��� ������ ��' �� ��� ���������� ���� ������ <�

%� ��� �� ��� �� � %���� �� ���� ���� ��� � ����������� ����

�� ���������� � ��� ����� ��� �� ����� %���� �� ���� ����� �� �

� ?%������� �� �� ������� � ���� �� �� �� ��� %� ��� �� � ���

���� ��� ��� ��� ��� �� � ������� ���� �� � �� ����

���� ���� ���� �� �� ��� � �� %���� � ���� ��������� � �� �

�� ��� � ��� ����� <� �� ��� �� ������������� ��� ���� ����� ���

��� �� ���� �� ��� �� �� �� .��� ��� +���� @AB ���� �� ��� ��

�� �� 1�� ��� C������� @#B� � ��� ��������� �� � ��� ���� ��� ��

�� ����� ����������

Page 48: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� �� ������� �� ���� @&B ��� ����� ���� �������� �� �� �

������ ���� ��� ��� ���� ���� �� �� ���� ����� ������ �� ����

��� �� � �� ��� �� �� �� ���� ��� ���� �� � �� . ����� ��

��������� ��� �� �� � ����������� ��3 �������������� ��� ���

�� @8B� ���� ���� @4B� ��������� ���% @;B� ��� ���������� ����� ���

�� @5B�

"������ ����� �������� ������ ����� �'� ���� � ���� ���� ����

��� ��� �� �� � ���� ����� D<��� #�AE� "���� ������ �������

��� �� ����� �� �� ���� � ������� �� ���� ���� ��� �����������

��� �� �� ��� �� �� �� ����� "� ��� ������� ���� �� �'

�� �������� �� �������� ��� �� �� �� ��� ��� !� ������� �� ����

��� ��� �� � ��� �� ���� � ��� ����� �� � ��� ���� ������ -����

� ����� ������ � ������� ������ �� � ����� �� ���� �� �������

�� �� ������ ����� ��� �� ����� ������ ��� ����� ���� 5 ��� A4

����� ������ � ��������� +����� � ������ � �������� ���

�� � ������ ����� ����� ��������� ������ � � ������ �� �����

�� �� ���� �� �� ������ ���� �� �� ��� �� �� ����

<���� �� �� ���������� � ��� ����� ���� ���� � �� �� �� ����� ���

����� ������ �� ������ 2��� �� %�� ���� ����� ����� ��� ��

� �� �

����������� ���� �� ��� ������������� ������ �����

���� ��� ����� � ����������� ��� ������� ������

��� ������� �������� ������� �������

� �������� � ���������� �� ������ ��

Page 49: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������� �� �� � ��� ����� �������� ��� ���� �� ���� ���� ���� �

������ ������ @7B� ����������� ��� ������� ������ ��������

����� ��� ������� ����� �� �� � ��� ����� �������� �� �����

������� ������ ��� ��� �� ���� � <� %� ��� /���� �� �� ��

������ ����� �� ����� ����� ���� -���� ��� � ���� �� ���

������ ��� =���� �� ����� �� � ������� ������ �� ������ :���

������� ������ �������� ����� � � ������� ������ D�

����E�

�� ���������� ����� �� ������ ���� � ����� �� ���� ��� ��

� �������� .��������� � ��� ����� ��� �� ���� �� �� ����� ��

������� ������� ���� �� �� ����� �� � ����� �� ���� ���������

��� ���������� ������ F� ����������� �� �� ���� �� �� �������� ��

�������� ������ ����� ��� � ���� � �� ������� ���� ������ ��

���������� ������ !� ���� ��� ������� �� ����� �� �� �����

���� ���� �� ��� ��� �� � ������� ���������� ��� �� ������

���� �� ���� ���� ����� �� �� ������ ��� �� ����� �� ��� �� ��

��������� �� ���� ��� ������ ���� �� ��� ����� ���� @6�

A*B� ���������� �� ���� ��� ����� ��� �� ����� �� � ���

���� ���������� ���� ������ �� �� �������� �� �� ������ �� ��� ���

�� � �� ���������� �� ����� ���������

����� ���������� �� �� ������ �� ���������� ��� ����������

����� �� ������� �������� ������� �������� (%���� ����� ���

�� ������� � ���������� ���� �� &G8 ���������� ���� �� ��� ���

��� � ��� ����������� ���� �� ��� ������ �� � HH������ ��� ��

��������II �� �� � ��� ���� ����� �� ����� �� � ���� ���� ��

�������� &�; � ��� ����� � &;*�� )������ � ����� ���� �� ��� ��

%���� �� ������� � ���������� ���� �� �� ��� ��������� 2��� ��

��� ����������� (����� ����� �� ���� �� ���������� � ���

@AAB� :��� �������� ������ ������ ���� ��� ��� ������ ��������

����� �� ��� � �������� ���������� ������� �� �������� ����������

�� �� ������ ���� ��� ����� �� ?��� �� � ����� ������

���� �� �� ���������� ��� ���������� � ��� ������ /������ ��

����� �� �� ����� ���% ���� ���������� �� � ���������� ���� ���� ����

���� � ��������� ���� � ���� ���� �� ����� 5 � ��� ������ C��� ����

5 ��������� �� � ������ �� ��� �������� � ��� � ��� �� � ����� � ����

���� � ��� � � ���������� @A#B� =������� ����� �� ���������� �

����� � ����� �� �� ��� ����� @A&B ��� �� ��� �� �� �������

����� ���� ���������� ��� ��������� ����������� @A8B�

�� �� �� ����� �� � ����� ���� �������� �� ���� ����� ����

� ����� �� ���� � ����� ������ �� ��� �� �� �� ������ ��� !�

��������� ����� ������ ������� � $�� ���� ������ ����� �� ��

��������� �� ����� ���� � ��� �� ������ @A4B� F�� ������� ����

���� ����� ������ ����� ������� � ���������� ��� �� ������ :���

���������������� ������������ �� �� ��� ����� � ����� �� ��������

� ��� ���� ������ �� ������ �� �� =���� ��������

�� ����� ����������

Page 50: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�����

�������� ��������� ���� �� ��

)���� =������ ����� ������� ���� � ��� ���� ������ ����� ���� ��

��� ����� �������� �� �� ����� ����� ��� ��� ������ @A;B� !� ����

��� ������� ������ � ��� �� � ���� � ����� @A5B� �� ��

� ���� �������� �� ��� ��� �� ����� ����� ������� ������ ���� ��

������ "������ ������ �������� ������ �� � �� ��������

�� ������� �� ������� �� ���� � ��� ���� ���� ���� ��������

������� �������� �� ���� �� �� ���� ��������� ��� � ���� ��

����� ����� ������� ���� �� ������� ������� ������� �� ��

�� �� ����� ����� �� �� ����� ��� � ������ ���� @A7B� 2��� �� ���� �

������ ��� ����������� ����� � ������ ���� ��� �� ���� �����

���� D�� /F� ���� @A6BE �� ���� ������ @#*B ��� ���� ����� �

����� �������� @#AB�

�� ����� ������� ��������� �� �� ���� ��� <�� �� @##B ��� � ����

���� ���� �� ����� �� ������ ���� ����� � �������� � ��� ���� ���

�� �� ���� � ������ ������ �� �� ����� ������ �� �� ������

� ��� ���� �� ���� �� �� ����� ���%� �� ������� �� ���� ���� �� � ��

�� ���������� ��� ���� ���� ��������� ���� � � ������ ������

D������� ����E �� ������ �� �������� � ���% D������ ����E� ��� ���

�� ����� ��� � ���� �� � ��� ���� ��� <� � �������� �� ���

�� �� ��� ��� �� �� �� ��� �� �� ����� -���� � �����

������ � ������� ������ ��� �� ������� ���� �� ���%� ����� ��� ����

�������� � �� ���� ������� �� �� ������ �� �� �� ��� �� ��

������

�� /F� ���� ����� � �� �� ��� ������� �� �� ���� �����

������ �� ���� �� ������ ��� ���� ����� �� ���������� ���

��� ��� �� ��� �� �� ��������� �� ����� �� ���� ������ ��

� ��� ������ "��� �� ���� ���� �� ���� ������ ��� ������ ��J����

���� �� ��� ����� �� �� �������� �� �� ������ ����� ����%� ������

��� �� �� @#&B� �� �� �� �� �� ��� ��� ��� ���� �� ����

������� �� ������� �� ��� ���� ��������� ������ �� ����� ������

�������� �� ��� �� �� 4� �� ����� ���� � ����� �� ��'��

������� ������� @#8B� F�� �������� ��� �� �� �� �� "������

��� "��� �� @#4B ��� �� ��'�� ������������ �� � ���� ����� D����

��� ��� ������ ������� ������ ������ ���������� � ��E ��

� ��� ����� ��� ����� ���� ����� ����� �������� �� �� �� ��� � ��

����� �� �� ������� ������ �� � �����

+��� �� ���� ����� �������� �� �� �� �� ����� ���� � � ��

� ����J���� �� ����� � �����I� ������� ������� ������� ������

������ D� ����E �' � ��� �� ���� �� �� ��� �� �� ���������

F�������� �� �� K����� � ��� @#;B ���� ��� �� ������ �� �� ���� �� ��

����� �� �� =.C ���� �� ���� ��� "��� @#5B� �� =.C ���� ����

�� ����� � ������ ����� �� �� � �� �� �� ������� ����� ������ ���

� �������� � ���������� �� ������ ��

Page 51: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� ���� ���� ������ �� '�� �� ��������� �� ��� ���� ���

��� ��� �� ����������� ����� �� � ��� ���� ������� �� � ������

�� ��9���� ����� �� ���� �� ���� �� �� �� ����� ���%� ������ ���

����� F������ �� ���� ���� �� � ��� ������� �� � ����� ���� ��

����� �� ���� � �������� ��������� � ���� ��� �� ���������������

�� ���� ���� ��������� �� ���� ��� ���� � ����� �� ��'�

�� ���� � ���� ��'�� ��������� �� ������ �� �� ���� ����� ��

���� �� �� .""= ������� @#7B �� ������� ������ ������ ���� �

�������� ���� ��� �� �� ������� �������

C���� �� �� �������� ����� ���� �� ����� ���� ��� �������

��� �� � �������� �������� �� ��� ��� �� �� ������ !� ���

�� �� ����� �� �� 1����� ��� "��� @#6B �� ��� ����� � ����������

��� �� ������� ������ ��������� ���� �� ���� �� �� ���� ����

������ �� �� ������� ������� �� � ���� ������ ������ ������� ��

�� ����� �� �� �� �� �� ������� �� ���%� ��� ��� ���� ����������

�� ���� �� �� ������ ����� �� �� ���� �� ������� ������ ��

������� �� � ����� ����� �� �� �� �� �������� ������� ����� � � ��

�� ����� ;&L @&*B� =.C ���� � �� ������� �� �� 5#L �� �� �� ������

���� �� ������� ������ ������� !� �������� ������������� ����� ��

����� ���� �� ���� ���� ����� �� ������ �� ������� ������

��������� (�� ��� � ����������� �� � �� ����� ������ ��� �

������ ��� �� �������� ������� ������� �� ���� ����� ���� ���

�������� ����� �� �� �� �� ������ ���� �� � "�

����� D��� /F� ��� =.C� � ��� ����E ������ �� �� ���� �� ����

�� �� ��� ����� � �������� �� � �������� �� �� ����� �� �� ����

������ �� ������� �� ������ �� �������� �� ������ �� ���� ���

����� ������ �������� ���� � �� ��� �� ����� ����� �� �� ���

��� ���� �� ���������� ����� � ��J������ ��'�� �� ��������

����� �� ���� ����� ������ ���� �� �������� ���� ����� ��

��' � ��� @&AB ��� �� "���� � ��� @&#B ��� ���� ��� ��� ������� ����

��������

�� %���� �� @&&B �'� ���� �� ��� +� ���� �� �����

����� �������� ��� ������� ������ ���������

���

� � �� �������� ��!�� ���

�� ����� �� �� ���� ����� ����� � � ����� �� ��� ��� ������ +

��� ��� �� �� �� ������ �� ��� ������� �� �������� ����� ��

�� ������ �� ������ �� � �������� ���� ���� �� ���� �� �����

���� ���� �� ���� �� ������ �� ��� ���� �� �� �� �������

������� ���� �� �� �� ����� �� ��� �� ���������� ������ �� ����

����� ��� ��� ���������� ������� �� ������ �� ���������� ������

�� ���� ����%� �� �������� �� �� ������ ���� �� �� ����� �� �����

�� ����� ����������

Page 52: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

����� <� %� ��� �� �� � �� ��������� ��������� ��� ������� ��

���� ������ �� ������ �� C$� ����� ���� ����� �� �� �

��� ?����� ���������� �������� F� �� ��� ����� � �� ����

��� �� � � ��� ���� �� ���� �� �� ��� �� � �� � ������ ��������

���� �� �� ���������� ���� �� ���� ��� ��� �� � �� �����������

����� �� �� �� ����� ����� �� �� ��� ������� ���� ����� ��

�� ��� ������ � �� ��� ��������� =������� ������������ �� � ��� �����

���� � � � ������ �� �� ���� �������� ���� ��� �� ��� ��������

���������

�����

"�� ����

C�� ����� � ������� �� ����� ��� �� �� ����� ������ @&8B� � ���

���� �� � ������ ��������� �� �� �� ������� ���� ��� ������

(��� �%�� �� � �������� ��� ����� �� �� �� ��� ������ �� �

�� ���� � ������ ����� �� �%�� ����� ���� � ������ ��� ���

����� ������� � � � �� � �� ���� +��� �� ������ �� ��

����� � ��� ����� ������ �� �� ��� ������ � ��� � ����

�������� �� ���� �� �� ���������� �������� �� �� ���� ����� ���

��� ������ ��� �� ������ �� ��� ��� ����� � �������� ��� ����

%��� �� �� ��� �� �� ��� ���� �� �� ���������� ������� ����

!� ��� ������ ���� ��� ������ �� �� ������ ���� ���� � ���� ��

�������� �������

<��� #�# ����� �� %� �� �� � ��� ����� ��� �� ������ C$�

������ �� �� ����� ����� �� �� �� � ������� ��� �� �� ��� ����� ��

�� �� � ������� � �� ��� �� ��� ���� <� ���� �� �������� ��

������ ����� ��� �� �� &A� �� ���� ���� �� �� ����� ������ �

������ ��� �� ������� ���� �� �� �������� �� �� �������� �� ��

������� �� �� ���� �� ���� ��������� F� ��� ����� ����� � ��������

��� ����� �� ��� ����� �� �� ��� ������� $�� �� 9� �� ��

���� ��� ������ �� ����� �������� �� �� ���� ��� 9� �� �������

�� �������� �� �� ����� ��� � D� ��E ���� ���� �� ���

��� �� ��� ��� ������ ����� �� ���� HH����II @&4B�

C�� ����� � � ������ ���� �� �� ����� ��� ������� ���

�� ��� ������� �� �������� �� ��� ��� ���� ���� ��� ��������� ��

���� �������� �������� ����� 2��� �� �� ��� ���� �� �� ��� ����

���� � ���� ���� � ��� �� ������� ���� �������������� �� ������� �

����� �� ������� HH)���� �� ������II ����� �� %����� �� �� ��� �����

���� ��� ������ ���� � ���� �� �� ����� ������ �����

���� �� ������� "����� �� ������� ����� �� ������ ������ ����� �

������� � � ������ ����� � ��� ���� �� ������ �� �� �����

����� ���� ��� ������ ���� �� ���������� ���� ������ ����������

!����� �� �� ��� ������� ��� ��� ������� � �� ��� � ������� �����

���� �� � ����� !� �� �� ���� ���� ���� ����� � �� �� � ��

�� �������� �� ����� �������� ��

Page 53: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

����� �� �� ������� <� � ��� ���� ������ �� �������� �������

���� � ��� ����� �� ��� �� �� � ������������� �� �� �� ������ ��

��� �������� <� %� ��� ��� � �� ������ ���% �� �� � ��� �����

D��� �� C����' ���%� � ����E �� ��� �� ���� �� �� ��� �����

����� �� ������� .���� ��� ���� �� ������ ���% �������� ������

����� �� %��� ����� ���� ���� �� %����� ������� ������� �� ��'��

�������� �� ��� ���� ���� �� ���� @&;B �� �� ������� ����� ���� ?���

�� �������� ������� �� � ��� ������ �� ���� ���� @&5B �� ��

M�������� ���� ���� ���� ������ �� ������� ��� ����� �� C$�� ��

������� ��� �� �� ������ �� C$� �� ������

�����

�������� ��!���

� ����� ����� �� @&7B �� � ��� �� ������ �� ����� �� ��� ��

����� �� �� ����� �� �� �������� � � � �� ��� � �� ��

� �� �

��� ���� ������� ��� ��������� ���������

�� ����� ���������#

Page 54: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���������� ������ !� �� �� ��� ����� �� ���� ������ ��� ����

�������� ��� �� ������ �� �������� D�� �������������� �������� ��

����� ������� ���� ��� ���� �� �� �� �� ��� ����E� !� �� ���

�� ��' �� �� ���� � ���� �� ��� ��� �� �� ������� ���� �����

����� � �� �� �� ��� � ����� .� ������� ������ �� ��� ����

��� ������ ������� ����� �� ������ %������ ������ �������� �

������� �� ������� ����� � ��� � � ����� �� ���� �� � ���� ��

���� ����� �� �� ��� ����� �� ������� ���� �� ������� � �������

"��� �� ������� �� �� ����� ��� ������ � �� �� � ������ �� ��

��� �� �� �� � ��� �� � H����I� � �� ��� H���I�

!� ���� � �� �� ������������ ������� ��� � �� ����� �� ���

��� �� �������� �� � ������� �� ��� ������� F� ������ ������� *

�� � ����� �� ������� �� � �� � �� ���� ��� � ��� �������

�� � �� �� ����� 2� ������ ��� ����� ����� �� ����� �� �� �������

� ��� �� ���� ����� ��� � ������� �������� �� ��� ������ ��� �

���� �� ������� �� �� ����� �� ����� ����� �� ��� � ����

$������ �� ����� �� ���� ��� � �� ��� �� ������� ���� ���

������ ����� � ������� �� ������ ��� ������� ����� ���� ����

�� �� ����� �� ����������� ��� ��� �������� ����� ���� �� ���

�� ���� �� ��� � ����� ��� � '��� ������� %�������� �� �����

��� ������� ����� ��� �� ��� ������� �� ����� ���� ������� @&6B�

���� �� ��� ������ �� � � �A� � � � � �� ��� � A� � � � � �� �� �� �� ��

���� �� ���� ��� ������� �� �� ��� ����� ���� �� �� �����������

�� �� ���� �� ����� �� ���� ��� ������ �� ����� �A� � � � � �� ���A� � � � � � �� ��J�� �� ������ �� ��������� �� ���������3

D�E �� ���� �� ����� �� �� �A� � � � � ���A ���� A� � � � � ��A� %���� �� ��

���� ���� �� ��� �ND��E �� ���� �� ����� �� �� �A� � � � � ���A ���� A� � � � � �� %���� ��

������� �� ���� � ��� ������ H�IN

D���E �� ���� �� ����� �� �� �A� � � � � �� ���� A� � � � � ��A� %���� ��

������� � ��� ������ H�I ���� ��

(��� �� ��� ���� ���� ���� � ��� �� �� ������� ����� ��� ����

��� �� �� �� �� �� ��� �� �� ����� �� �� �� �� �� �������� ��

����� ���� �� ��� ���� �� ���� �� %������ ���� ����� ��� !� ���3 D�E

���� ���� �� �� ��� �� ���� � ��� �� ��� ���� � �������� ��� ��

���� D��E ��� D���E �� ���� �� %������ �� �� ������ ������� �� � ���� ��

������� �������� ���� � �� �� ���� �� ��� ��� D<��� #�&E�

�� � �� �� ���� �� �������� �� ���� �� � ���% �� �%� �� ����� �

�������� ���� �� ��� ������ � ��� � !� �� ������ �� �� ����� ������

���� ��� ��� �� ���� �� ���� �� �� ���%� )� �� ��� ����� %�

��� �� ��� �� ��� �� �� ���� ��� �� �� ���%� �� ����� �����

%���� �� ���� �� ����� �� �� ��� ��� �� �� ���%� + ���� �� ���

�� ���% ������� �� �� ��������� ���� ������ �� ��� ��������

�� �������� �� ����� �������� �$

Page 55: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�� �� ��� ������ ��� �� �� ��� �� ���� �� ���� �� �������� � ��

����� ��� ���� ���� �� �� ���%� ��������� ���� ��� ������ ����

��� ��� ���� �������� ����� �� ���� ��� ��� � ������� � ��� ��� �� ������ ����� ���� �������� �� ��� �� �� ���� �� ����� �� �� �� �����

�A� � � � � �� ���� A� � � � � �� �� ��� �� ��� ���� ��� ��� � �� ��� ��

��������� �� ��� � ������ �������� �� �� D��� D�EE� �� ��� ��� D���

D��EE� ��� �� �� ���� D��� D���EE �� �� ��� ������� �� �� ��� ������

������� +�� �� ����� ���� �� ���������� ��� ���� ���� ���

�������� �� ��� �� �� ��� ����� ��� �� ����� �� ����� ��� � �

���� �� �� ��������� �� ���� ��� �� �� ��������� ��� �� �����

��� �� ���� ���� ��� ���� �� �� �� ��� �������

�� ��� �� ��������� � ��� �� �� ����� �� ��� ��� ��� � ��� �

�%� � ��� �� ��� ����� ��� �� �� �� ��� �� ��� ���������� �����

����� ��� .���� ��� � ������������ ��� ��?���� �� ���

������ �� �� ���� ��� �� ����� ����� �� ��������� �� � ���

��� �� ���������� �������� <������ ��� ���� �� �� ��� ��� � ����

���� � � �� ������ �������� �� �� ����� ��� �� ��'�� ��� �� ��

���������� �� �� ������ � ������� �������� ���� ��� ������� �����

�� �� ����� � ���� ��� ��� �� �� ��� � ��� ���� �������� � �� ��

����� �������� ���� ��� ���� ����� �� ����� ��� ��� ����� �� ���� ���

��� �%� � �� ������� ���� �� ����� ������ �� �� ������� ��

�� �� �� ���� ����� !� A67A� " ��� ��� +�� �� @8*B ����� ���� ��

������ ����� ��� ���� ��� � ��� �� �� ���� �� �� ��� ����� ��

���� ������� �� ��� ������� � �� ���� ��������� ����� �� �� ���

����� �� �� ����� �� ������ ���� ���� � ��� �� ����������

������ �� ���������� ������� ���� �� �� ������ ���

!� �� �� ������ �� ��� �� ��� ����� ����������� � ��� �� ��'�

�� ������� �� ����� ��� ���� � ��� ��'�� ����� �� ������ <�

%� ��� � ���� ���� ��� ���������� �� ������� �� �� � �

� ������ ���� � ���� ���� ��� �������� )������ �� ������ �� ���

���������� � ��� ����� ��� )���� ��� !������� �� ����� �� ��

������ �� � ���������� ���� � ���������� ����� "��� � ��� �� ��

� �� �

������ ������������� � ��� ��� ���� ������� ��� ��������� !�� ������

����� ��� �� �������� ��� ���

������ �� ��� ����� ���� ������� �

��� �� ��

�� ����� ���������%

Page 56: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� ��� �� ������� ��� � �������� ����� �� �� �� �� � �� �

��� #* �� #* ���%� ��������� � �� ������ ��� �� ��� ��� �� � ���

������ �������� ��� �� �������� �� �� �������� ������������ �� ��

� ��� ������ �� ����� �� ���� � ���% � ������� ���� ���� �� ��

���������� ��� ���� ������ �� �� ��� �� ���� �������� ����

���������� � ��� � ������� ���� ������� ��� �� ����� ��

:� C����' @8AB ��� �� ���� � ��� �� � ��� ���� �� ������ ������

(��� ���% �� ���� ��� �������� �� � �������� ���������� �������

� ��� ������� ���� ������� �� ���� �� �� ������ ���� ����� A

=�:� �� A ������ =���� :������� D�� A** ���������E� �� ����� ���

�� � ��� =�:A#* � =�:#4* ��� � ������� �� � ����������� ��

���������� �������� �� A#* � #4* =�:� ��������� F�� � ���

��� �� ����� � �� 2)F"O: ����� @8#B � /����I� @8&B ������

<� �� ���% �� ��� �� ��� �������� ������� �� �����

�� ��� �� �� ���� ���� ������ ��� �� �� ��� ������� ��

$�� �� ��� +����� @88B ��� ��� � ��� ��� ��������� �� �� ������

������� �� � ��� �� � ����� ������ <� ����� �� �� ���������� ���

���� ��� ��� ������ �� ��������� � ���� �������� ���� �� �� �� � ��

���� D�����E ����� @84B� ���� � ����� �� ����� ��� �� �����

����� .���� ���� � ����� ���� ���� �� � ����� � ���� ���� �� ��

���������� ����� �� � �� ����� ���� ����� ����� �� ���� ���� ��

��� ���� %����� ��� ���� ������������� �� �� � ��� �� �����

��� � ��� ������ �������� ����� ����� � ��� ���� ������ �� �� ���

���� �� �������� ��� ����� � �� ����� ���� � ��� �������� ����������� �� ����� �� �� ����� � ���� ��� �� ���� ���� ������ ����

����� �� �� �J� ���� �������� �� �� ��� ������ ������� ����� ��

���� � �� � � @8;B�

+��� �� ������ �� �� ���� �� ���� ��� ������� ��� ��������

�� /���� @85B �� ��� ������� �� �� ��� ���� �� ����� ��� ���� �J�

���� ��� ������� �� �� ���������� �� �� ������ �� �� ������ ��

�� ��� ������ �� � ������� ���� �'��� � ������ �� �� ��

�� ������� �� ��� �� � ���� ������� ����� �� � ���� ���

��������� � ���� ��������� �� ����� �� ������� � ����� �� ���

������ �� �� ������� ���� ����� �� ��� �� ���� �� ����� �� �����

�� ��� �� ���� ���������� �� �� ����� �� �� ����� ������

�� ��� ������� ���� ������� �� :�� ��� :��� @87B �� ���� �� ���

�� .������ @86B�

C������ �� �� ���������� ������ ���� ����� �� ����� �� � �� ���

+�� ������ � %���� �� ��� �� ������ %������ �� �� ��

������� �� �� ������ �� ��� ��� ��� � ������ ��������� ���� ���

���� ��� ���� �� ��� ����� �� ��� ��� �� � ���� ��� � � ����

!� �������� �� � ���� ���� ���� �� �� ��� � ����� ��� ��� ��� ����

����� ����� �� � ���������� ��������� ���� �� � ������ ����� ���

+��� ������ �� �� ��� ��� �� ������ �� ��� ��� ����� D�

�� %� �� ��� ���� �� ��� � ������� ������ �� <��� #�#E� ��� ����

�� �������� �� ����� �������� ��

Page 57: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� $� ��� ��� ��� ������� � ��J���� �� ���� �� ��� ��'��� ��

����� �� �� ��� � � �� � �� ���� �� %������� ����������� ��

��� �� ��� ���� �� �� ��� �� �� ������ �������� �� ���� ������

�� ��� �� � �� �� �� �� ���� �� ���� ��� ������� � ��� ���

��������� � ����� <����� �� �������� ����� �� �� ���% ��� �� ?��

�� ��� ���� �� * �� �� ���� �� �� ���%� "������� ���� ������������

�� ��� ��� �������� ���� �� �� ��� �� �� ���% ��� ��� ���

����� �� ����� �� �� �%� � �� ����� �� ����� -������ �� ����

������� ���� ����� ���� �������� ������� � ��� �� ��� ��� ���

� ���� ���� �� �� �� ����� ���� ����� � �� ����� �� �� �� ��

����� ���� �� ���� �� ������

!� ��� ����� ����� ������ ��� ���� � �� ��� ���� �� �� ��

������ ���� �� � � �� �� �� ��� � �� ��� � ���� ���� �� ����

�� ��� �� ������� ���� ��� �� ���� ���� �� �������� ����� ����� �� �� ��

������� �� �� " ��� ��� +�� �� @4*B� )���� ����� �� �� � �� ����

������� �� ��� ��� �� ������ �� �� ��� ������ ���� ���� �� ���

�� �� D������E ����� �� �� ��� ��� ����� �� �� ��� �������� ���� ���

�� � ������ ��� ���� �%� � � � �� ������ ��� ����� ������

�� ��� ����� �� ����� ������ ���� �� � ����� �������� $������ ��

������� �� �� ��� � ����� ����� �� ����� �� �� ������ �� ��� ��

����� ��� ����� � ������ ����� �� ������� �� ��� �� ������ ��� ��

" ��� ��� +�� �� ��� �� �' �� �%� � ����� �� ��� ��� �� ��

���% � ����� ��������3 � � �� ������� �� �������� �� � �� ������

��� ��� ������ �� ���� �� ���� ��� ���% �������� �� ����

��� � ����������� ����� �� �� ��� �� �� ���% ���� �������� ��

����� �����

O��� �� ����� � ��� ���� ��� � ����� ����� �� �� ���� ����� �

����� �� �� ������ ������ �� �� ��� ���� ��� ������ �� �� ����� ���

+��� �� ��� ���� �� %��� ��� ������ ������� ���� ����� ������ ���

�������� ������� ����� �� �� ����� ��� ������ �� ���� ��

�� ������ ���� �� ��� ���� �� ����� ������� ����� ���� ���� ��

��� �� �� ������� �� �� +�� �� ��� (��� @4AB ����� �� �

���� ������� ��� ������ ��� ������������� ����� ���� !� ����� ���� ��

����������� �� �� " ����+�� �� ������� � ���� � ���� �� ���� ���

���% �� ���� ��� ����������� �� �� ���% ��� ���� �� ����� ���

����� �� ��� ����� ����� ��� ��� �� ������� ����� �� ������ �

��������� ����� ����� ��� $�� ���� ���� ������ � ������� �� �����

������� �� �� ��������� ���% ���� "��� �� ������� ����� ���� ��

����� �� ����� ��������� �� ��� �� ��� ���� ���������� ����� ��

���� ������ !������ ���� ���� �� �� ���� �� ���� ��� ���% �

�� �� � �� �� ����������� ����� ��� ���� �� ��� ����� ���

���� ��� � �� �� HH������II �� ���� �� ���� ��� ���% ���

������ ���� �� ��� ����� ��� ��� �� ����� ��� ����� �� ��

������� �� ������� �� �� �%� �� ��� �� �� �� ���% ��� �������

����������� �� ��� !������ �� ���� ����� ����� �� ���������

�� ����� ����������

Page 58: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������������� ����� �� ��� �� ��� �� �� �� �������� ��������

����������� �� ���� ������� ������ �������� ������ ������� ����� ��

���� �� ��� ����� ��� ������� �� ����� ���� �������� ����

��� ������� ������

�� �� �� �������� ������� ���� ��� ��� �� �������� ��

��� ������� ��� �� ������� �� ������ ���� ������ � ��� �� ������

���� �� ��� ����� ��� �� ������� � ����� ����� ���� �� ����� ��

D�� ������ �� ������ ���������� ���� ����� ������ ��� � �� �� �

����� ����� ��E� O�� � ��� ��� ������ �� " ���G+�� �� �����

��� ��� � ����� �� ������� ���� ��� ����� ��� F� �� ��� �����

��� ������� ����� �� �� ������ ���� �� ������ ���� �� �� � �

��� ��� ������ ���� ���� ���� ��� ����� �� ������� ������ ������ ��

+�� ��G(��� ������� �� � ����� ��������� �� ��� ������ ��� �

����� ����� ���������� �� ��� D���� �� " ���G+�� ��E ����� ��

���� ��� ������� ���� �� ��� ������� ���� ��� �� ��� �� �� ��� �

������ 2� ������� �� ������ ������� ���� ������� ���� ����������

������� �� ��� �� ��� ����� �� ���� <� � ������ ���������� �� ���

����� � -����� ��� +�� �� @4#B�

��#

"�&�� ����' �� �( � ��� �������� '��� �� � ��� �'!�

���� ������ ���� � ��� ���� �� �� ���� �� ���������� ���� ������

�� � ����� ������� ���� � �� ��� �� � ���� ������ ���� ���� �����

���� ��� � �� ��� �� ���� ������ ��� �� ����� �� �� ��

���� � ���� ����� ����� %���� �� � �������� /������ ��� ���

����� ��� � ������������� �� ������� ����� �� �� ���� �� ��� �

� ����� ����� ���� �� ���� �� ���������� ��� ������� � � �� ��� ��

������ ���� �� ���� �� ���������� ���� �� �� ���� �� ����

"������ � ���� ��� ��� �� � ���� ��� ������� ��� �� ��� ��9�����

��������� ��� ���� <��� ����� ��� �� ������ �� ���� ��

������� ���� � ����� ����� ��� ���� ����� � �� ����� �� ���� �������

+�� ������� � ������� ���� � ���� �� ��� C$� � � ��� ����

����� G �� �������� ��� ����� G �� �� ���� ��������� ����

������� �� ���� �� %���� �� ������ ���� ���� �� ��� ��� �

9��� ��� �� ��� )������ � ���� � ������� �� ���� �� ���� ���� %���

����� �� ���� ����� �� �� ������� ����� � ���� ��� �� ��� ���

��� �� ��� �� ���� �� � ����� ����� �� ���� �� ��� ��� ���

����� �� �� �������� ���� � ������ ������� �� ����������� �� ��

" ���G+�� �� ������� �� ��� ������� ������ F� ������ ���

��� ������� �� ����� � ����� ������� ��� ������ ���� ���� �� �������

������ �� �� ����� ���� ���� ����� ��� ������ �� ������� ����

�� ��� ������ ������� ������ � �� ��������� �� �� ������ ���

�� �������� ����� ��� !" ������ �� ����� �������� ������ �� ��

Page 59: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

"��� � �� �������� �� ���� ����� � ��������� ��� �� �

������ �� ""(���. ���� �� �� <�"�� ������ @4&B� �� %���

� �� �������� �� �� " ���G+�� �� ������� ���� � ���� ��

��� ��� �� ����� ������ ������ ����������� @48B ���� � ��� �����

�� �� 2���� @44B� C������ �� � �� �������� �� ���� ��� �������

�� � � ���� ���� ���� � ���� ���� ��� �� �� �� �� �� �����

�� ��������� ����� �� ����� �� �� ��� ������� ���� ���

�� � ��� �� �� ���� �� " ���G+�� �� ������� I� ������� �� ����

�� ���� ������ ���� �� �� �� �� ��� ��� �� 9�� �� ���

��� �� � �� ���� ��� �� ������� ��� �� ���� ����� ���� ��� ����

����� �� �� �� ����� �� ������� ��������� �� ��������� �� ����� ��

������� �� ������� <��� �� ���� ����� ���� ��� �� ������� � �����

�� � �� ���������� ������� ����� ��� ��� ���� ��������� �����

���� 2��� �� ��� ���� ������ ��� ������� ���� � �� �� ����

������� � ���� ������� �� ��� ��� %������ �� � �� ������ ���� ��

���� +��� ���������� �� ��'�� ����� ��� �� ���� �� ��� ���� �

�������� �������� �� � ���������� ����������� �� �� ��� ����� ������

��� �� ����� �� ��� ������� �� ��� � �� �%� D���� �� �����

���E� =�������� ��� ���� �� ����� �� ����� �� ��'�� ��

���� ������ �� ���� ���� �� �������� ��������� ���� ���� �� ��������

� ����� �������

�� <�"�� ���� D��� �� � ������ @4;B ���� ������� ��� �� �� ��

�� E ��� � �� � �� ������ �������� �� ���� ��� ����� �� �����

����� �� �� �� ������ ���% ���� ��� ��� ���� ����� �����

����� ��� ������� ����� ���� ��� � ��� �� ������� ���� �� � ��

������ ���� �� ������� �������� �� �� ��� ������ �� �� �� ������� ��� � ������� ���� �� ��� ���� ����� �������� �� ��

�� � �� ������� ����� �� �� �� ���� ��� �� ����� �� �� ������ ��

�� �������� ������� ���� �� �� ��� ������ $�� ���� � ������� ������ �� ���% � �� �� ��� ��� �� ���% � �� �� ������� ����� ��� �

�������� �� � �������� �� ���������� �� �� ���% �� �� ���� ���

��� ��� ��������� � �� ����� �� �� ������� �� ����� ����� ����

����� ��������� ��� ������� <� ��� �� �� �� ����� �� �� ������

�� �� ����� �� �� ���� �� ���� �� ���%���'�� �� ������� ��

�������� ��� ������ � ����� �� ���� ��������� ��� ��������� ��

���� ����� �� ���� ��� � �������� ���� � ���� ����� �� ����� �� �������

� ���� ������� ����� !� � � �� �� %������ �� � ���� ����� ��

���� ���� �� �� ����� �� �� ������� ����� ��� ��� ����� � �����

�� � ���� �������� F� ���� ���� ���� ������ ��� �� � ������

�� ����� �� ����� �� �� ���� ������ �� ���� ��� ���� ����� ����

��������� ���� ����� ����

�� ��� ����� ��� ���� �� ���� � ������� �� ����� 2)�"� @45�

47B� 2)�"� ������� � �� ��� ��� �� ���� �� ��� �� � �� �� �������

�������� ���� ��� ������ �� �� ������ �� %��� ������ ���� ���

�� ���� �� � �� ���������� �� �� ������� �� ��� %������� �� ��

�� ����� ��������#�

Page 60: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�� ������ �� ���� �� � ������ ���� � ����� ���� ������ �� C$� �

���� �� � ��� ���� �� ������ ��� ���� �� ������� �� ������� !��

������ �� �� %��� �������� �� �� �� �� ������� 2)�"� ��� �� ��

��� �������� �� ��� ������ ����� � �� �� ���� ��� �� ��� �� ���

�������� �� �� ���� �� ������� ���� �� � �� �� �� �� �������� �

� ���� ����� ��� �� ����� �� ����� �� � ������� ���� �� �� � ��

�� ������� !� 2���� �� ������ ���� �� �� ������ �� ����� �� �������

���� �� �� ���� �� ��� �� ���� ���� ���������� �� �� ���� %�

������� �����

/��� �� ����������� � ���� ���� ���� �� ��� �� ���� �������

�� �� ������� �� ��� ����� �� �� ����������� ���� ���� ���� �� �

���� � ��������� �� �� ?� ��� ���������� �� �� �������� ���

���������� ���� ��� �� �� ���� �� � ���� O��� ����� ������ �

������� �� ������� �� ���� ���� �� ���� �� ���������� ��� �� � ��

��� ����� ���� �� ����� ���� ��� �� ���� ��� �� ��� �� �� �����

������� !� ��� 2)�"� ��� ��� �� %��� �� �� ������ ����� �� �����

������ ��� �� ���� �� ��������� ���� � �����

)�� <�"��� 2)�"� ��� ���� �� ������ �� ������ ���� ��������� ���

��� ����� ����� ��� ���� ����� 2)�"� ������ �� ������� �� ���� ���

��� �� �� �� ����� �� ���� ������ ���� ��� �� �� ���� ������� ��

�� �� � ����� ������������ ����� �� �� ���� �� �� �� �������������

<�"��� �� �� ��� ����� �� ���� ��� ��� �� ��� �� %��� %�����

�� ��� ���� �' ��� ���� �� �� �������� �� �� $������� ���

�� 2����������� !��� ����� D$�2! @46BE ��� �� �� (����� 2���

���� ����� !������� D(2! @;*BE �� 2)�"� � <�"�� ��� � ��� �� ���

������ C$� ��� ����� ���������

�������� �� �� ���� ������ ����������� � ��� ���� �����

���� ���� ���� ������ �� ����� ��� ���� ���� ������ �� �%��

�� ���� �� �� ������ �� ������ ��� � C$� � � ��� ���� ������� ����

���� �� ��� � ��� �� ����� ���� ��� ��� ����� ���� �� � ���� ��

!2: �������� �� <)�". @;AB ���� � ��� ����� �� ������� ������

��������� �� ���� ����� ��� ������� �� ������ ��� �� �������

���� �� ���% �� ������ �� �'��� �� ����� �������� �� ��� �� .��

��� ��� :�� @;#B ��� ������ �� ���� �������� �� ��� �����

���� ������ �� � ��J% �� � ��J% � ������ �� ����� ������ �� ��

������� �� ������ ����� ���� �� � �������� �� ���� ���� � ��J%

� �� ���� ��� �� �� ���� �� � �� ������� �� �� ������� ���� �����

�� � ����� ������� ��� ���� �� �� ������� �� �� ���� ��� ���

.� ��� ��� :�� ������ � ���� ������ ���� ������ �� J����

������ �� ���� ���� ���� �� �� ���� � ��� � ���� ����� )������

�� PO�"�� ���� �� 2����� � ��� @;&B ������� �� �������

���� � �������� ��J% ���� �� ��� �� � ��J% � �� �� �� �� �� ��

�����

=���� �� �� ���������� ��� ����� ��� �������� ������ � ���

����� ������ ����� ��� �� �� �� ������������ �� %� �� ���� ������

�� �������� ����� ��� !" ������ �� ����� �������� ������ �� #�

Page 61: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�� �� " ���G+�� �� ������� � �� (2!� � ��� ��� �������������

�'� � ���� �� ���� ������� �� %���� �� � ������� ������

�� ��� ������� �� ���� �� � �� � �� ������� �� ����� ���

�� ���� @;8B � =���� @;4B ��� ������ ������ ����� �� �� ����

9���

+��� �� ������������ �� %���� ����� ���� D("��E �� ��� ��� ��

� ������ �� ���� C$� ����� ���� ����� ����� �� ���� � ���

���� � ������� ���������� ��� � �������� ��������� �� ����� ���

2��� �� <�"�� ��� �� 2)�"� ������ ������� ���� � �� ���� ��� �

���� ������ +�� ������ C$� �� �� ��� �� ������� ���� � ����� ��

���� � ��� �� �� ������� � ����� �� � )������ � ����� ����� ���

� ����� ���� � C$� ����� �������� �� ���� �� C$� ��� C$�

���� �� ������ �� ������� ����� ���� ����� �� � ���������� �������

���� �� ��� �� ��� �������� �������� � ���� �� ���� ��� �������

�� ���� ���� �� ������ �� %������ � �� ������� �� 2)�"� �� ��� ���

����� �� ��

��$

� ��!��� �� ����' ��� �� ��

����� �� ��� �� �� ������ �� �� ���� � ������ ����� � �%� � �����

������ �� ���� �� ���� �� � � ��� �� � �� �� � ��������� ���

�������� ������� �� �� �� ���� !� ������ �� ������� �� ��

����� ��� � ����� �� ����� �� ����� �� �� � �� �� �� 9��� ��� ��������

��� ���� ������� �� ��� ������� ���� ���� ����� � ������ ��

������� � ����������� ���������� �� �� ����� �� ����

!� �� ��� ���� �� ����� ����� ��� �� ����������� ���������� �� ��

��� �� � ���� ������ ����� �� ��� ������ ����� �� ��������� ���

���� �� ���� �� �� ������ � � ��� ���� �� ��� � ��

����� �� ��� �� ���������� ���� �� ���� ������ A** �� � ��� ��

��� ������� �������� �� ���� �� �� � ���������� �� ���������� �� ��

���� ����� �� ��� �� ���� �� H�� � �� ������� ��������� ����

�� ��I� ���� ����� �� K����� "������� ��� �� �� �� ����

����� ��� �� �� ������� ����� .���� �� ���������� �� �� ������

�� ������ ��� � ���� �� �� ������� �� ���� ����� ��� ����

��� ��� ���� �� ���� ����� ��� �� ����� ������ ���� �

���� ��� ���� � �� ���� ���������� "��� �� ���� ������ ���

����� G �� ��� �� �� ���� �� ����� �� G �� �� �%� � �� � ���

�� � �� ����� ���� �� ��� � ������� ���� ������ !� ����� ��� �����

�� �� � �� �� ����������� �� �� ���� �� ���� �� �� ������� ��� � �����

���� �� ����� ��� �� ������� ���� ��� �� ����������� ���������� �� �

��� ���� ��� �� ����� ��� �� � ���� �� �� ����� ��

�� ����� ��������#�

Page 62: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� ����� ����� �� '�� �� �� ����� ����� ������ � ��������

���

2��� �� �� ��� �� ���� ����� @;;� ;5B �� ��� ������ ��

�� ������ ���� ����� �� ��� �� ��� �� ���� �� �������

����� ��� � �������� %� ���� ������������ ���� �� ��� ��������

���� ���� %� ���� ������������ ��������� ����� ���� �������

����� � �� ���� �� � �%� � ������ !� ����� ����� ��� �� �

���������� ����� ���� ��� �� ��� ������ ������� �� �� %� ����

� ����������� �� �� ��� �� ����� ����� �� ������� ����� ���� �� ��� ��

�� ���� ������� ���������� �������� �� � �� ������ @;7B� ���� �� ���� �

����� ����%� ����� �� �� ��� �� ������� '��� �� �� ������� ����

���� 2)�"�� ���� ���� ������� ��� ��� ����� ��� ��� �� ����

��� ��������� ������������ �� �� ��������� �� ������� ���� ���� �

����� ���������� ���� ��� �� �� ����� �� �� ���� ���

��� �� ������

�� ����������� ���������� �� �� ��� ��� ������� � ����� ������

�� �� � ����� ������� �� �� ���������� �� ���� � ��� ���� �� � �

���� �� ����� ����� ���� �� ��� �� ��� ����� ����� ���� ����� ��

������ ���� �� ������������ ��� �� ������ �� ����������� �� � ���

�� ������� �� ���������� ���� � ����� ���� ����� %�� �� ��������

������� ������� ! �� A ���� �� ���� �� �� �� ������ �����������

�������� ������� �� ���� �������� D!� ! �� �� ��� �� � ���� �����

�� �� ���� ���������� �� �� �� � =����� �� �� �� ��� !� �� �� �

�������� ���� �� (����� ����� ���� �� %���� �� � �� �� ���

�� �� ����� ���� %�� �� ���� <� �������� ����� � ���� ��

��� ����� � �� � ��� ��� �� ��� ���������E !� ����� ����� ���

�� ������ �� ������ ����������� �������� �� ������ %���� ��

@;6B3

%����"�!��

.� � ��� � � �� ������ �� �� ������ �� ��� ��� " ��� �

� ��� �� ����� �� �� � �� ���� D�� �������E � ���� ��

�� �������� " ��� � ���� �� �� ������ ���% ��� D���� �� =�:A#*

���%E ��� �� ����������� �� ������ .��� �� ��� ������ ����

��� ��� �� � �� ���� ������� ��� �� ����������� ����������

�� �� ����� �� ��� ! �� ��� �� ���� �� ��������� �� �� ��� ����

�� ����� �� �� ��� ������ �� ����

�� ��� �� ���� ��� �� �� ��� �� " ��� � ��� � ����

������������ �� ����� ����� �� ������� ����� ������� ������ ���� � ����� ��

�� ������ � " ���G+�� �� ����� �� ��� �� ���� ��� �������

���� ���� �� ������� ����� �� ���� �� ��� ��� ������� ��� ����� "���

���� ������ �� ����� �� ���� ����� �� ������� ��� �� �� 2)�"� �����

��� ���� ���� �� ������� ����������� ��� ��� � �� ���� ��� ��

�# ��������� ��� ����� ���������� #�

Page 63: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������� �������� !� ���� ������������ �� �� �� ������ �� �� ����� ��

�� ����� ����� ��� �� ��� ����� �� �� �� �� �� �� ����� �� ��

���������� ������ �� �� ������� ���� �� ���� ������

+�� ���� � ������ �� ��������� �� � �� ��% ����� �� ���

��%� ����� �� �� ����������� �������� �� ����� �� ��� �� �� %�

���� ����������� �� ���� �� ��� ������ ������ /����� �������� �� ��

������ ���� �� ��J������ ����� ��� ������� �� ����� ��� ���

�� ���� �� ������ �� �������� �� ��� ������� O�� ��J������

����� ��� �������� ������� �� ��� �� � ������� ���� �� ����%��

����� �� ���� ����� 9��� ��� �� ������ ��� ������� @5*B� .���� �� ��

��� ������� ��� � �� �� ��� ������������ �� ����� �� �� ��� ��

" ��� �� �� � ��� �� ������ �� �������� �� ��� ����� ��� ��

���� �� ����� ������ � �� ���� ��� �� ��� �� � ���

��� ���� �� ������ �� ������ ����������� �������� ���� �� %�

���� ����������� @5AB� )�� �� �� ��� ����� ���� ����� ������ �� ��

� �� ��� �� ������� ��� �� ��� ���������� �� ������� ��

������ �� �� ������ ���� �� �� ����

�� ������� ���� ��� �� �� �� ���� ����%� ����� �� ��

%� ���� ����������� �� �� ������ �� � ����� ������ ��� ���

��� ������ ������ �� �� ������ ���� ��� � ���� �� ���� �� �����

D�� �� ���� ������E ������ �� �� ������ � ������ ����� �� ����

������ ��� ���� �������� ��� � ������� !� �� ���� ��� ������

���� D����� �� ��� ����� � �� �� ���� ���� ������E ��� ��

����%� ����� �� �� ������� ���� �� ���� �� � ��� �� �� ����� ���

+�� �� @5#B ��� �������� �� ������� ����� ���� �� +�� ��

��� -����� @5&B� !� ��������� � ��� ��� ������ �� A# ���� %������

������ �� # � & �� �� ��� �� �� =�:#4* ���%� �� ��� �� ��� �����

�� �������� ����� �� ����%� ����� �� �� %� ���� ������������

!� ������� ������� �� ������ �� ��� � ��� �� ���� �� �����

������� O�� �� ���� ����� ���� �� ��� �9���� �� ������ �� �

������� � ��� ���� �� �� ���� �� ���� �� �� ���� ����� ����

������� ��� � ��� �� ������� ���� ������� �� ���� �� +� =���� ��

�� <�"�� ������� !� ��� �� �������� ���� �� � ������ ���� ��� ��

� ������� ���� �� �� ���� ������ �� �� ���� �������� ������

����� � �� ��� ��� �� �������� "���� ��� -����� @58B ���� ����������

������������ �� ���� ��� ������� �� ��������� � ��� �� � �� ����

������ ��� ����� ����� ���� �� ������ ��� �� ��� �� �� �� �� ��

������ �� ��� �� ������ �� �� ������� �� �� ��������� � ��

�� �� ��� �� �� %� ���� ������������ ���� ����� ����� �� ��

����� ���� �������� ����� �� ����������� !������ � ���������� ����

'���� ����� ��� �� ��� �� � �������� ������� ����� �� ���������

���� '�� �� ������� �� �� �� ���� ���� ����� ��� ������ ���� �� ��

����� ��� �� �� �� �%� �� ����� ��� �� �� � �� ������

������� ������ �� ���� ����� ��� � ��� ���� �� ������ ����� �� ��

��������

�� ����� ��������##

Page 64: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��%

)�� �� �������� ��!���

<� ��� ��� � ������� ���� ���� ��� � ���� �� � �� �� ��

������ ������� F� ��� ����� �� ��� ����� �� �������� ��� ��

����� ���������� �� ���� � ����� ���� ������� ������� ���� ���

�������� � ������ �� �� ����� �� ������ ����� ������ ��

"����� #�&� =����� �� ������� �� ��� ����� ���� ��������� ���� �

������ � ��� � ���� �� �� ������ ��� ��� �� ��� ����� �� �

������� ���� ��� ������ ��� ����� �� ���������� � ��� ���

������� ����� �� ����� �� �� ���������� �� �� ���� �������

� ������ ����� �� ����� � �� �� ������ �� � ��� ��

��������� ����� �� � �� ������� � ����� �� � �� �� ���� �� )��

�� � ������ ����� ��� ��� � ����� ��� ��� ������ �� � ��� ����

�� � �������� �������� ���� �� ����� �� � ����� �� ���� � ����������

�� ��� �� �� ��� �� ������ ����� �� ������ �� ������ �� � ���

���� ����� ��� �� �������� �� �������� D"F=E @54B ��� ���� �� ����

�� ��� �� ������ ������ ���� ��� �������� �� � ������ ����� ��� <�

� ���� ��� ������ ���� � ����� �� ������ ��� ���� � �� �� ����� ��

�� �� �� �� �� � ��� ���� ��� ���� � ��� ������� �� ���� ���� ��

�������� �� ����� � ������������ ��������� �� ������������ ����

������� ������ ��� ��� �� � �� ����� �� � ��� �� �� � ������

����� ��� �� ���� �� ���� ���� ��� ������ ����� ��� � ��

���� �� �� ���������� ��J������ �� �� ������ ������ ����� ����

$�� ���� �� ���� �� �� ���� �� ������ ����� ��� � ��� � ���� �� ��

������ ���� ������ ���� �� �� ������ ����� ��� !� ��

����� �� ��� �� � ������ ����� �� �� ������ ����� ��� �� ���

�� ����� HH������� �����II� ���� �� ��� ��� ����� ������ ����� ���

�� ���� �� �� �� ������ ����� �� �� ������� �� � ����� ����� ��

����� ��� �� �� ������ ����� ��� !� ��������� ������ ����� ���

��� � �� ��� ��� ����� �� ����� �� ��� ����� ��� � ����

�� �� �� ���� ������ �� ��������� � ��� �� ����� ���� ��

����� ������ ����� ��� � ���� �� � �� +��� ��� ��� ��� �

����� �� �� ��� �������� �� ������� � ���� ������ ������� ������

������� ��� �� ��� ������ ��� ���� ����� �� ��� �� �� �� ���

������ �������� �� ���� �������

�� �������� ������� �� �� ����� �� ���� �� ���� ��� �����

� ����� ����� ������ �� ������ ����� �� �� �� ��������� �� �

������ ����� �� ���� �%� � �� ���� �� "F= ���� �� �������

��� @5;B �� � ������������� ����� ����� �� �� ������ ����� �� �����

��� � ���� �� ��� �� �� �� ��������� �� �� ��� �� �� ���� �������

"F= ������ �������� �������� �J� ��� ������ �� ���� �� �� �� ��

���� ��� +��� ���� ������� �� ���� �� �� ���� ��� ���� �� � ����

� � ��� � ����� �� � 2����� ���� ���������� ����� ������

������� � ��� �� � �������� ���� �� /��� �� ���� ���� � ���� �� �

�$ �������� �� ����� ��������� #$

Page 65: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� �� ��� �� ������ �� ���� �� ��� ��� ���� ���� .���

����������� �� �� ���� ������� �� �� ��� �� ���������� �� ��%��� ��

��� ���������� <� � ������ �� �� ���������� �� #� �� � �� ������

�� �� ������ �� ��� �������

!� ������ ���� ������� ��� � �� ���� �� � ���� �� � �� ��

����� ���� �� ���� �� %���� ������ �� �� �� �� ������

���� ���� ������� ���� ������������ � �� ��� � ����������� �������

@55B� <� � ���� �� ������� ������� � ��� �� ������ ����

�� �� ������ �� ���� ���� ���� ����� ���� � ��� �� ���� ������

��������� �� ��� �� ���� ���� �� ���� ���� �� :"�# @57� 56B� ��

�������� ������� �� ��� �� C�� @7*� 7AB ����� � �� ��� � ������

��������� ����������� �� ���� ���� �� ������ ��������� ��

���������� ����� ������ ������ ����� �� ����� �� �� ������ ����� ��

�����

$�� �� ��� ��������� ����� ����� ��� �������� �� ��

�� � �� ������ �� � ������� �� ��� �� �� �� �� ������

�� ������ ����� �� ���� �� �� ����� ����������� �� �� ������

����� �� ������� � .���� �� ����� ��� �� ���� �� � �� ������ �� ��

������ � ���� �� ���� ����� �������� �� � �� �� ������� !����� ��

�� ��� ���� ������ ����� ��� �� ������� �� ������ �� � ����

@7#B ��� �� �������� �� �� �� ���� �� ���������� ������ ������

�������� �� ������� � ���� �� ��������� � ��������� �� ��

����� �� ���� ������ ����� �� �� � �������� ���� ����� �� ��

HH�� �II �� �� ������ �� ��������� F�� ������ � ��� �����

��� � �� ��� �� � ���� ���� ���� �� � ����� � ������ ���

���� �� ���� ������ �� �������� �� ������ � ����� ���� �

���� �� ������ ���������� ������ ��� �� �� ���� ���� �� ������

��� � �� ���� ������� ?�� �� ���������� ������ � ��� ��

����� ������ �������

/��� � ���� ��� � ����� ������ �� ��� ��� � ������ ����� ��

����� ���� �� ���� ��� ������� ����� ���� �� ���� �������

������ ��� � �� ���� ���� � �� ����� �� ���� ����� ���

���� ���� ��� ����� � ������ ���� � ������ ����� �� ��� �� �

������ �� ������ �������� �� ���� ���� �� �� ��� )������

��� ����� ��� � ������ ���� ��� ��� ������� �� � ������ ������

�� ���������� ��� ������ �� ���� ������ +��� ��� ����� ����

��� ������ ����� �� ������� ��� � � �� ���� :��� �� ����� �

��������� � �� ����� �� �� ���� ������ ����� �� ��� ��� �� �

���� �� ������ ���� ����������� ��� ����� ��� ���� ����� ��

������ ��� �������� �� ���� �� ����� @7&B� ���� @78B� ��� .������

@74B� .������I ���� ������� @7;B ��� ������ ��� �� � �����

������� �� ������ ����� ����� �� @75B� F�� ���� � �� ��������

�� � �� :"�# ���� � C��� ��� C������� C������ @77� 76B �� ��'��

�� ���� �� �� � �� �� ��������� �� ����� �� �� ������ � ��� �� ����

�� ����� ��������#%

Page 66: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������� ����� 7 ���� ������� �������� �� ������ ����� �� �

������ �� �� �� ������ � ������ ��� ���� ����� ����� ����

"��� ������ ���� ����� �� ���� �� � ����� �� � ��������� ��

���� ��� �� �� �� �������� �� ���� ��?������ �� ���� ����� O������ ��

��������� � �� �� ���� ���� �� ������ �� ������� ��� ��� �

������� ����� �� ����� "��������� ���� ��� ���% �� ��� �� ����� ��

� �������� ����� ��� ����� ������ �������� � O=/:� @6*B� .���

�� �� �� ��� �������� ���� �� �� ���������� ��� ���� � ���������

�������� ��� ��� �������� ���� �� � ������������ ����� �� ����� ���

�������� ���� � �� �� �� �� ������ ����� �� �� �� �� ����

�� �������� ���� ���������� �������� �� ���� ����� �� ���� �� ����

�������� ����������� �� ������� ��� ���� �� � �� �� �� ����

���� �� ���������� ����������� ��� ������ ����� ����� ��� ��

������ �������� ������������ �� ���� �� ������� ��� ��� ��� �� �

�������� ������� ������ �� ������� �� �� ��� ���� �� � � @6AB�

"��� ��������� ������ �� �� �� �� �� �� �� ������

����� �� � ��� �� ������� !� ���� H����� � � ����� ��I ��

�� � �� ��� � ��� �� �� �� �� ��������� �� ���� �� �� ��

����� �� �� �� �� �� ��� �� �� ����� �� ������� ���� �� ��

����� �� ��� ������� ����� �� �� � %����� �� �� ���������� �� �

��%��� �� ���� ���� ����� ��� ��� �������� ����������� �� ��������

'��� �� ���� ������� �� ���� �� �� ��� �� "����' @6#B� .�� @6&B ���

"���������� ��� -����� @68B ������ ������ @64� 6;B ����� �� ���

�����

���

)�� �� ��!���� �� ��&�� ����' ��

!��� ����� ����� ����� ����� � ������ ��� ���� � ������ ��

� �������� �� ��� �� ������ ��� ���� �� �� ����� �� ������� �������� �

�� �� ������� ���� �� �� ����%� �� ���������� ���� ������ �� �

������� ���� ���� ����� �� �� �������� � ������� �� ����� ��� ��

������ ���� �� �� ���������� ������ �� � ������� ����� � ����

�� � ���� �� ���� �� ��� �� ��� �� ������ �� � ���� ���� ��� ������

���� ��� ��� �������� �������� �� �� ����%� �� ���� ��� ��������

)�� �� ������ ����� ��� ����� ��� �� ����� ��� ������ �����

�� � ������� ����� ����� � ����� ���� ����� �� ��� ���� �� �

������ ���� ���� ��� � ���� ��� ���� � ������� �����

������� ���� �� � ������ ��� �� �� ����� ��� ���� ���� �� �� ���

��� ��� �� �������������� ���� ���� �������

������� ������� ���� ������� �� ��� ��� �� ���� �� ���� ���

����� �� ������� �� �������� � ����� �� � ���� �� ��� �����

�% �������� ���������� ��� �������� ����� ��� #�

Page 67: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�� �� �������� F� ����� ���� �� �� ������������ ���� � ������ ���

��� ���� ���� �� ������� ������� ���� ������� � ��� 2)�"�

� <�"��� ���������� �� ������ ����� �� �������� �� ���� ���� ��

���� � ������ �� ��� ����� �� %���� �� ��� ������ � ������� ��

����� ����� �� ���� ����%� �� �� � ������ ���� �� ���� ������ ���

� ����� �� <��� �� ��� ������� �� ���� ������� �������

��� ����� �� ���� �� �� �� ?�� �� %����� �� ���� ������ ��

�������� ������ ����� ��� ������ ���� ������ � �� ��� ���

�� ����� �� ���� ��������� �� ����� �� ���� ��� �� �����

������ .���� ��'�� ���������� %��� �� �� �� ����� ��� ��������

���� �� ��� ��� ������� @65B�

!� A668� .����� ��� ������� @67B �������� .���� :���� :����

D.::�E �� �� ����� �� ���������� �� ��� �� �� � ��������

.::� � � ����� �� ������������ ���� ��� ����� �� �������� �� ��

���� ��� �� �� ������� � ���� ������ ����� �� ������� � �����

���� <� .::� �� %��� ���� ���� ������ ������� � ���� ����� ��

��� �� �� �� .:: �� ��� ������������ �� �� ��� ��� �����

��� �' �� �������� � �������� �� �� ������� �� ��� ������ �������

����� � ����� "����� � ����� �� .::� �� ��� �� �� ��� ��

��� � ������ �� � ���� �������� �� ���������� �� �� ����� ��

��'��� �� .:: �� ������� �� �� �������� ������ �� ����� ������

��'�� ������ �������� � ����� �� �� .:: � ����� �� ���������

�� ��� �� ��������� ���� �� ��� ����� �� ��� ������ �� ������

2��� �� ���� ���������� �� ��� �� �� �������� ����������� ��

��� �� ���� �� ����� �� �� � ����� ���� � .:: ��� �� �� �����

���� �� �� ���������� ���� � ��� ��� ������ � �������� ������ ��

���� �� ����� �� �� �� ���� ���� �� ������� %����� ��������� �� ��

���� �� ���� ��� ������� ��� �%� � ��� �� ���������� ���� �

��� �� ����� ��� ���� �� �� � �������� ������ !� ������� ���� ��

����� �� ������� �� �� ���� ���� �� ������ �� ���������� ���� �

��� ��� ���� �� �� � �������� ����� ������ ��� � �� ����

�� �� �� �� �� ��'�� ��� �� ����� ���� ����� ��� ������ ��

������ ���� ���������� ���� �� � �� ����� �� ��� ����� ������ ��

�� ����� �� �� ��� ��� ��� ����� � �������� �� C���� � ��� @66B

D"����� #�4�8E ��������� ����������� �� �� ����� ����� ����� �� ��'�

�� �� ��� ��� ���� �� ��� ��������� 2��� ��� 1�����

@A**B �������� ����� � ����� ��� ����� ���� �� ��� ������� �

������ ������ �� ��� �������� �� ��� ����� �� ���� ��� ����

���� �������

�� ���� ���� � ���� � .:: ��� ���� ��� �� ������ ���� ���� ��

�� ���� �� ��� ������� ���� ��� ������ � ��� �� ����� �� ���� �

.:: ��� �� ���� ������ ���� ��� ���� �� ������ ���� ������� �

�� �� ������� �� ����� ������� ��� �� �������� �� ���

����� ���� �� � ��� �� �� ���� ������� ������� =���2���� @A*AB

�� � �� ��������� � �� ������� �� ���� ���� !� ����� ���� � �����

�� ����� ��������#�

Page 68: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

����� ��� ��� �� ��� ���� ������ ����� �� ������ �����

� ��� �� ��� ��� ���� ������� ������� +������ �������� �� ����

D�� ��� �� �� ����E ��� �� ����� � ��� �� ��� �� �����

/������ =���2���� ������� ������ ��� �������� ��� ����� �����

��� ������ �� �� ��������� �� ��������� ��� �� ������ ����� �

����� �� ��� ���� ��� ������ �� � �������� !� �� �� ��

.::�� "�: �� � �� ����� � �� ������� �� �� ��� �� �����

����� @A*#� A*&B�

!� �� �� ������ ��� ��� ���� ������� � ������� ���� � ����

� .:: ���� ����� %� ����� ��������� ���� ����� 9��� ���

����������� ������� �������� �� ������� �� �� �� �� �� %� �

���� ����������� �� ���� �� �� �������� ���� ����� ��� �������

���� ��� �� ������������ ���� ��� ������ ��� ��� ���� �� �� ���

�� ������� ���� �������� $������� ���� ����� ����������� �� ��

����������� ������ �� ������� ������� ����� �� � ������ � �� �� ��

������ ���� ���� �� +������ ��� ��� ����� ����' ����� �� �����

��� ���� ����� ������ �� ������ ���� �� �%� ���� ����� ���

����� �� �� ���� �� ��������� ���� ��������� ���� ������ �� �����

����� �� �� ������

2��� ����� ����� ���� ����� ��� ����>.::����� ��� ���

�� ��������� �������� ����� ��� ��� @A*8B� C������� �� �������

���� ���� �� ���� ���� ���� "�F= @A*4� A*;B ��� �� �� ������� ��

���� � ����� ������� ���� � ��� ��� %����� �� �� �� �� �

�� ���� �������� ��� ���� �������� <� �� ���� �� �� ��� ���

��� ������ �� ���� D���� �������E �� ������ �� �� �� �

�� ���� ������� ������ !� �� ����� ���������� �� ������ �� �� � ��

���� �������� ������ ��� ���� �� (����� ����� �� �� �� � �� ����

�������� %���� �� ������ �������� ��� ������ ���� ������ ���� ���

�� ���������� ���� ����� ������ �� �� ��9���� �� ������� ��� ��

�� �� ��� ��� ������� �� �������� ����� ���� ���� ����� ��

����� ��� ������ ���

���

����� � �! �� �� ����� � ��! ��

�� ���� ������� �� �� �� ���� ������� ���� ������ �� � �������

�� � ���� ��� ����� � �� ��� �� �� ������� ���� ��� �� ������ �� �

��� ����� �� �� ��� ���� �� �� � � �� � �� �� ���� ���� ��

��������� F� �� �� �� �� '���� ���� �� ���� ����� �� ��

=���� ������� @A*5� A*7B ����� �������� � ��� ���� ������ ���� � ��

������� �� �������� �� ����� �� ����� � ���������� ��� ������ �����

�� ������ �������� ����� �� �������� ��������� � ������ �����

����� ���� ���������� :������� � ����� ������� � =���� ���

�& ������ �������� ��� ������ ������ #�

Page 69: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

� ����� �� ��� �� ������� �� �� �������� ����� �� ������� �� ��

���� ������ <� ��� ������ ���� � �������� �� � �����

����� ������� ���� �� ��� �� ������ ��� � ����� ��� ���

����� �� �������� ���� �� =���� ������ ��� �������� �� %����

�� @A*6B �'� �� ����������� �� ��� � ����� ���� �� ���

��������� �� =���� �������

<� ����� ����� ����� �� ���� ������ ������ �� � ���

��� ��������� ���� ��� �� ���� ��� ���� ������� ��� ���� ������

������ �� =�� ������� ��� ���� ��������� �� ��������� ��

�� ���� .���� :���� :���� �� ����� �� ����� � ��� �����

��� � ����� ������� ���� ����� �� .::� �� �� �� ������� �����

�� ���� �� �� ��� ������ .� ���� ���� ���������� ����� � ������

�� �� �� �� �� �� �� ������������ ������� �� ����� � �� ����

������ �� ���� � ����� ���� ��� =�� �� ���� ��� � ����� �� ��

"��� ��� @AA*B� "����� ��� ���� �� ������ �� ����� ��

=�� .::� �� ��� ������ C$� � �� ��� �� C$�� !� �� ���� ���

�� ���� �� ���� �� .:: ������� ���� �� ����������� ����

������ ��� ���������� C$�� ������� � ������� �� �� ����� !��=�

@AAAB� ��� �� ���� ����� ����� ��� =���� ��� =�� �

:��� ��� ��� ��� �� �� �� �������� ������� � ���� ���� �����

�������� �� �� �� ���� ���� �� ���� ����� ������� !� � ���

���� �� � ����� ����� �� �� ������ ����� �� ���� �� �� �������

�� ����� ����� ��� ���� �� ���� ����%� �� � � �� � ���������� �

��J���� ���� �� �� ������ ���� �� %��� ��� ���� � ���� �������

=�������� ������ �������� �� ��� ������� ��� � =��� @AA#�

AA&B ��� �(!�("!�" @AA8� AA4B� �� ���� 2���� �� @AA;� AA5B ����

���� ��������� ����� ������ ���� � ����������� �� � ���� �� ��

������� ���� ���� ��� ���� �� ��� �� �������� � ��� ���������

@AA7B �� 2����� ���� ��� � ����� ��� =���� � =�� � 1��� ���

-����� @AA6B ��� �� ����� ���� ����� ","�(�" @A#*B �� �����

�� ����� �� ���� ��� ������ �������� ������ �� ��� �� ���� ��

� ����� ���� � C$� � ����� ��� ������ �� ��� ������������

���� � �� �� ������� �� �� �� ����� ����� �� � ���� �� ��

������������ ������ ���>� ����� ������ ��������� !� ���������

�� ��� ������ ������� �� �� /���� �� �� ��� ��� ��� �� ���� ��

� ����������� ���� � �� /���� :���� "� �� @A#A� A##B� 2���� ���

(���� @A#&B ������ �� :(:( @A#8B ���� ����� ��� �� �� %�����

���� �%� � ����� ������� �

���

*����� ��

�� ���� � ��� ����� �������� ���� ��� �� ����� ���� ��

�� ������ �� �� ����������� �� ��� ��������� ����� ������ ���

�� ����� ��������$�

Page 70: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������� +��� �� ��� ��� �� �� %��� ����� ���� �� ����

������� �������� ����� �������� ������ � ���� ������ �� �� �����

���� ������� ������ ���������� ���� �� ������� �� ������ �������� ����

����� �� �� �� ������ ����������� � ��� ������ ��� %���� ��� ��

��� �� �� �������� �� ��� �� ������ � �� �������� �������� ����

�� �� ������� �������� �� ������� �� �� ����� ��� ������ �� ���������

�� ����������� �� � ��� �� �������� ��� ��������� �� ���� �����

���� ����� %����� ����� �� �� ������ ���� �� ������������ �� ��� �����

��������� �� ���������� �������� ����� �� � ������� ��� � ���� �� ��

�� �� �

+���������

� .���� �� =� ��� +����� 1� �� ������ =������� �� ������������� �� ������ �� � ��� ���� ������� #���$��� %��� !�� &!% 573&7#8G&7#7�

� 1���� Q� ��� C�������� �� <� ������ � �� �� ���� ��

���������� �� ���������� ������ �� � ������ '� (��� �����A453A*4GA&#�

� ����� =� ������ � "������ =���� �� �� �� � ���

���� "������ '� (��� ����� A6&3&74G&6;�# =��� � Q�� ����� =�� � ���������� =� ������ =����

"������ "����� G "����� �� �� )� ��� �� =�������

�������� ��� '� #��� #����� )��� A63&68G8*A�$ Q����� C� C� ������ � �������� =����� ��� "��������

F�������� �� =����� G ������������� �������� '������� ����� 4*3A;5GA7&�

% Q����� C� C� ������ � �������� =����� ��� "��������

F�������� �� =����� G ������������� �������� '������� ����� 4*3A;5GA7&�

� )����� "�� "����� �� ������ ���������� ��� ������ 2���

"����� ��' �� � �������� ����� =����� $����#;A3A*6GAAA�

� FI$��� 1� ��� C�/���� +� <� ����� � �� ����� �� ����

�� �� ���%��� ��� ������� �� �� �� ���� �������

� ��� ������ !���� #4*3;8;G;4A�� .������� 1�� "������� +� ����� �:���3 � ������� ��

������������ ����� �� ���� ����� *���� +����,!����� &853A;;�

�� =������ 2�� ����� =� ������ =������� �� ���� ����� ��� �� ������ ��������� ������ ����� ����� ����

'� (��� ����� #&53A7#GA6#��� (������� C�� +���� �� :�� ��� �������� �� �� ������

�� ���������� � �� ����� ��������� �� ������������������� #��� $��� %��� !�� &!% 7A3A8*GA88�

�� ������ ��� =��� C� �� C� ������ �������� �����������3 �

������� ���� �� ������� ������ ������� !�� AA3#84G#87��� ) ���� ��� -�� C���� :�� "����� Q� ������ =������� �����

����� �� ����� ������� !���� #4#3AA;#GAA;8�

'��������� $�

Page 71: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�# +���� (�� 1�� =� "�� 2���� 2� ������ :��������3 � ����

�� �������� ���� ��� �� ������ ����� ������ #����� !��;3AA56GAA76�

�$ $������ .�� (����������� Q�� 2 ���� "�� ��� .�����/� ������ !����������� �� ��������� ��� �������� ������

������ ��� �������� �� ��� ������ ����� #�����-���������� A*3AG;�

�% =� ���� )� ��� ����� �� 2� ������ �� ������ ��������3 ��� ������������ ������ ������������ ��

�� ��������� ������ #��� $��� %��� !�� &!%�&53#*4G#AA�

�� 2������ �� ��� ������ Q� ������ ��������� � #�����!�����. /�� ���� /����� =���������� $� ,���

�� �������� $�� (��������� ��� ����� � (�� .������� 2��

:����� Q� =� ����� �� ������ �� �� ������� � �� �������� �� �� ������� ������ �� ������3 �� ���������

�� � �������� ������ ��� #����� -��� ;3&55G&7#��� /���� Q�� /���� Q��<�� ��� ������� 2� ������ /F�

:���� �� =������� =���� "������ "����� �� � ��� ���� "����� (��� -�0� #;;348*G44&�

�� ����� 2� ��� "����� �� ������ �� ������ (����������

!��� ����� ��� $��� $����� �� =���� =����"������ "������ #)1�-�$!� !�����. �����. ��������� A6344G5#�

�� "�������� -� -� ��� "������� �� �� ������ =������� �����%

��� ������� �� ��� �� ������� ������� *���� %���������� A*3;;AG;;6�

�� ��� � =� ,� ��� <������ /� C� ������ ( ������ ���������

�� ����� ����� ������� %��� )�2� ������� 853#4AG#5;��� /���� Q�� /���� Q��<�� ��� ������� 2� ������ /F�

:���� �� =������� =���� "������ "����� ��

� ��� ���� "����� (��� -�0� #;;348*G44&��# ����� =� ������ �������� �� �������� ��� ����������

�� ������ ����� ����� �������� '� (��� ����� #*3&&AG&87�

�$ "�������� -� -� ��� "������� �� �� ������ =������� �����%

��� ������� �� ��� �� ������� ������� *���� %���������� A*3;;AG;;6�

�% K������� :� Q�� 2����� /� Q�� ������ +� ��� "�������

:� Q� (� ������ =������� �� =���� "������ "����� ���

����� "��� ����� �� ����� �� �� .� ������� "������'� (��� ����� A643645G6;A�

�� ����� 2� ��� "����� �� ������ �� ������ (����������

!��� ����� ��� $��� $����� �� =���� =����

"������ "������ #)1�-�$!� !�����. �����. ��������� A6344G5#�

�� "������� �� ��� "����� �� ������ C������ �� �� ������

���� ������� ��� �� �������� ����� �� ���������� ��� #������ 634;G;7�

�� 1������ +�� "����� �� ����� .�� ���� � ��������� ��

����� ������� ������R -�! 3���� A443A56GA7#��� /���� Q�� /���� Q��<�� ��� ������� 2� ������ /F�

:���� �� =������� =���� "������ "����� ��

� ��� ���� "����� (��� -�0� #;;348*G44&�

�� ����� ��������$�

Page 72: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�� � ��� Q� ��� ������ :� (�� "��� � �� "�� <����� :��

2����� /� Q� ������ Q=�3 � �������� ������� ������

�������� ��� ������������ A8376#G76&��� "����� Q�� :������� ��� )���� �� �� ������ C������ ��

���� �� ����� �� �������� ����� ������� ������

��������� ������������ A43A*&6GA*8;��� ����3>>����%�������>

�# :����� Q� -�� )���� �� =� ������ (������ ������ ���%�������� �� ������ ���� ��� ����� ������� #��� $���%��� !�� &!% 5735;;4G5;;6�

�$ "��������� (� )�� C ��� �� ������ � ���� ���% ���� ���� ���� �� ������� ������ ����� �� ��� �� C$� ���

����� ����� ��������� ���� A;53/�AGA*�

�% ����� =� ������ � "������ =���� �� �� �� � ���

���� "������ '� (��� ����� A6&3&74G&6;��� "��������� (� )�� C ��� �� ������ � ���� ���% ����

���� ���� �� ������� ������ ����� �� ��� �� C$� ���

����� ����� ��������� ���� A;53/�AGA*�

�� +������� :� "� ������ ��������� � *����������(������� �������� ���� �� 0 .��� D)�����E�

�� "������� C� ������ :������� ������ ��� ������>

������� ����������� #��� $��� %��� !�� &!% ;638G;�#� "���� �� <�� +������� :� "� ������ !����������� ��

�� �� ������ ���������� '� (��� ����� A853A64GA65�

#� C������� :� F�� 2���� +� ��� . ��� )� �� ������-�� ������� ���������� �� ������ ��4������ !�3 ����� �� =����

"����� ��� "����� 4�

#� .������� "� ��� .������� Q� /� ������ � ��� ����

������������ ����� �� ����� ������� #��� $��� %���!�� &!% 763A*6A4GA*6A6�

#� 2����� "� ��� ������ :� ��� /������ /� .� ������ � ���

���� ������������ ����� ������������ ��������� ������

�������� �� ����� ������� #����� -���������� 53A&#&GA&&#�

## $��������� "� 2� ��� + ����� �� C� ����� � ����

���� ��������� �� �� ���� �� �� ������� �� �� � �������� ����� �� ��� ������� '� (��� ����� 87388&G84&�

#$ "������� C� ������ :������� ������ ��� ������>

������� ����������� #��� $��� %��� !�� &!% ;638G;�

#% +������� :� "� ������ (J���� ����� ����� ��������� �� '� ������ ����� A*73&&&G&&5�

#� /����� F� ������ �� � ���� ������� �� �������

���������� ������� '� (��� ����� A;#35*4G5*7�#� :���� (� +�� :���� +� ������ F��� �� ����� ��� �� ����

����� *���� %���� ��������� 83AAGA5�#� .������ ������ ������� � �� �� ������ �� ��

�������� ���� � '� %*( #83;;8G;54�$� "���� �� <�� +������� :� "� ������ !����������� ��

�� �� ������ ���������� '� (��� ����� A853A64GA65�

$� +������� :� "�� (����� :� ������ � �� ������� ����� �������� ����� ��� ���� ����������� �� ��$���$�

�� �������� '� (��� ����� A6535#&G5#7�

'��������� $�

Page 73: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

$� -����� :�� +������� :� "� ������ "���� ����� ��

��� =����� �����3 ���� �� �������� ��� "������ ���

! ����������� '� (��� ����� #&43AGA#�$� =������ +� ��� )����� C� Q� ������ ! ���� ����� ��

���������� ����� �� ������� #��� $��� %��� !�� &!%743#888G#887�

$# +������ �� ������ O���� ���������� ����������� �� ���

�� ����� �� ������� *���� %���� ������ A&3A84GA4*�$$ 2����� /� Q� ����� �� J���� ������� �� ����� ��� �������

���� �� ����� ��� ���� ��� ������ �������� �� �����

*���� %���� ������ 635#6G5&8�$% =������ +� ��� )����� C� Q� ������ ! ���� ����� ��

���������� ����� �� ������� #��� $��� %��� !�� &!%743#888G#887�

$� ������ �� "� <�� /��� +�� :���� +�� :���� (� +�� )�����C� Q� ����� 2���� ����� ����� �� ���� ����� '� (��� �����#A438*&G8A*�

$� ������ �� "� <�� :������ �� )�� "������� �� ��� K����� Q��

:���� +�� )����� C� Q� ������ /���� 2)�"� ��� ="!�2)�"�3 � �� ������� �� ����� ������� ����

���� �� $��� %��� )��� #43&&76G&8*#�$� ����3>>����������� ��������>%� ����3>>������������>

%� �������� ��� ��� ����� !� ����� <)�".3 � ���� �������

������� �� ����� �� ������ !�3 =������� �� �� A��

!���������� ������ �� !�������� "��� � �� :������2������� 4;G;8�

%� .� ����� 1�� :����� .��+� ������ �� .���� =�������

� D.=�E3 � ��J% � ������ �� ��� ���� ��� ���� ��

���� ��� ����� ������ !�3 =������� �� �� &� "����� ���� +������ �� "���� =�������� ������

O������� =��� F����� A*AGAA8�

%� 2 ����� "�� �� ��� ��� <������ =�� )������ .��=��

������ (�� -����� :� ������ ���� ���� �������������� ����� � ��J% ��� DPO�"��E� !�3 =������� ��

�� &� !���������� ������ �� �� ���������� :������

2������� 55G7&�%# ����3>>������ ����������>

%$ ����3>>������������ >

%% "���� �� <�� +������� :� "�� 2 ��� �� ������ ��

����������� ����������� �� ������ ���� �� �������� $��� %���)��� A&3;84G;4;�

%� 1���� "�� ������ �� "� <� ����� :����� �� �������� ��

����������� ���������� �� ������ ����� ����� ��

����� ���� ������ ��� �� #��� $��� %��� !�� &!%753##;8G##;7�

%� C����� ��� 1���� "�� K��� �� F� ������ �������

���� �� �� ����� ������� ���� ������� %��� #�� �##3#*##G#*&6�

%� 1���� "�� ������ �� "� <� ����� :����� �� �������� ��

����������� ���������� �� ������ ����� ����� ��

����� ���� ������ ��� �� #��� $��� %��� !�� &!%753##;8G##;7�

�� ����� ��������$#

Page 74: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�� -����� :�� +������� :� "� ������ "���� ����� ��

��� =����� �����3 ���� �� �������� ��� "������ ���

! ����������� '� (��� ����� #&43AGA#��� +������� :� "�� -����� :� ������ ����� ��� ������

��� ��� �� ����������� ���������� �� ������� ��������

#��� $��� %��� !�� &!% 6A38;#4G8;#7�

�� ����� ��� +������� :� "� ������ � ���� ��������� ��

�� ��� �� ������� ���� ������ �������� ��������%��� %���� #�� � 83#**G##4�

�� +������� :� "�� -����� :� ������ "���� �� ������

���������� ��� =������ ����%� ������ !������ !����638*AG8A7�

�# "����� ��� -����� :� ������ "��������� �� ��� ����

����� �������� ������������ A83#56G#78��$ ������ �� "� <�� )����� C� Q� ������ ��� ����� ���

������ ���������� ����� ����� ��� !�%( '� %���� (���863A56G#*6�

�% +������� :� "� ������ (J���� ����� ����� ��

������� �� '� ������ ����� A*73&&&G&&5��� . ���� M� ����� ����� �� �� �� ������ �� ��������

����� %������ *������� )�2��5 A35GAA�

�� / ���� "� 1�� 1������� � Q� C�� "������� �� �� ������! ������ �� �������� ���� ��� �� J����� �� ��

����������� ������� �� �� �������� ������ �����

����� ��� '� *���� ����� #3846G85#��� ����3>>����������� ��������>�22����>"���'> ����� ��� "����� Q� ������ :������ "���� ����� �� ���� ��

C�������������� :����� ���� #AA3/�84G4;�

�� ����3>>��������������������������>���>

�� /������ :�� :��������� �� C�� (������� C� ������=��� ��������3 C������ �� ��������� ���� ������� #���$��� %��� !�� &!% 783844G8&47�

�� ������ +� �� ������ :������ ����� ����� �� �� �

������ ������� � *���� %���� ������ &37AG75��# ������ <� ������ :������ ����� ����� �� ����

��������� ��������� $��� %��� )��� A;3A*77AGA*76*�

�$ .����� C� /�� 2������� �� Q�� < ���� �� ������ �)O"��) -3

� ���� ������ �� ������ ����� ����� ��� *����%���� ������ 73A76GA6A�

�% ����3>>������������>��������>�� Q����� ��� <�� ��������� Q� C�� /� �� :�� .����� C� /�

������ ���� 2���� � !�� #&38*&G8*4��� :��������� 2� ������ C!�)!/$ #3 ! ��� �� �� ��

�� �������� �� ������� �� ������ ���������� ��� ������������ A43#AAG#A7�

�� ����3>>��������������������������>�������>

�� "������� C� )�� F����� /� Q� ����� =�������������������� !�3 :������ "��� ������ (��� .������ C� :��

:��� � ��� "���� ���������� "�������� :������������

8AAG4*A�

�� "������� C� ����� :��� �� ������� �� �� �������!�%( '� %���� (��� #73&4G8#�

'��������� $$

Page 75: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�� "������� C�� �������� �� Q�� )������� /� ������ <�����

�� ��������������� ���������� ��� ��������� �� ��������

�� 4" ����� �� �$�� '� (��� -2��� 53A&&GA86��� .��� Q� ����� O���� ������� �� ����� �� ���

���������� (��� -�0� A7&3;#;G;84��# "��������� 2�� -����� :� ������ �� ��� ����

������� �� �� ����� � � ����� �� ���� � '� *��������� 838A4G8&A�

�$ ����3>>�����������������>������>�������>�������

�� ����� �

�% ����3>>������� ��>���>�����>&�>������ ������ +� �� ������ � ��������� ���������� �� ����

����� ��� ����� (��� ����� 473AGA7��� 1���� ��� 2���� :�� :��� !� "�� "��������� 1��

.� ����� C� ������ .���� :���� :���� ���� ���������� 2������3 ������������ �� =���� C����� '�(��� ����� #&43A4*AGA4&A�

�� C ��� ��� (���� "�� 1���� ��� :������� /� ������

��������� !�4���� %�������� �� ���� O������� =����� ����� O1�

��� 2 ���� =�� 1��� �� 1�� :��� $�� .������� 1� ������ �

?%��� ���� ���� ������� ���� �� ����� � ������*����� *���� #*3&G#&�

��� ������ �� "� <�� :������ �� )�� "������� �� ��� K����� Q��

:���� +�� )����� C� Q� ������ /���� 2)�"� ��� ="!�

2)�"�3 � �� ������� �� ����� ������� �������� �� $��� %��� )��� #43&&76G&8*#�

��� 1��� �� 1�� 2����� ��� . ����� �� ������ .���� :����

���� �� ������� �� ����� �� �������

������������ A8378;G74;���� ����3>>��������������>����>�� ����>�� ��� �

��# 2����� "� (�� ������� ��� . ����� �� Q� ������

�������� ����� �� ������ ����� ���� �����

���������� ������� ������� ���������� ������������ #���$��� %��� !�� &!% 643;*5&G;*57�

��$ : ��� �� /�� 2����� "� (�� . ����� ��� ������� ��

������ "�F=3 � �������� ������������� �� ������ ��������� �� ������������ �� ������ ��� �������� '� (��� �����#8534&;G48*�

��% ����3>>����� ��� ���� ������>����>

��� .������� 1�� 2 ���� =�� <��� ��� )�� 2����� �� �������� =�F"!�( �������� ��� ������ �� A666� $��� %��� )���#53#A4G#A6�

��� ����3>>����%�������>�����>

��� ����3>>����%�������>��� ����3>>��������������>

��� ����3>>������������>�����>

��� Q�������� !� ������ (J���� ������� �� ������ ����������� � ����� ����� *���� %���� ������ A&34*6G4##�

��� ����3>>�������������>����>=������ �

��# ��� ������ !�� <������� �� ������ �� ��������� �����

������� �� ���������� ������3 �� �(!�("!�" ������� ������������� A8344G;5�

�� ����� ��������$%

Administrator
ferret
Page 76: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��$ ����3>>����������� ��� >������� �����>

��% .������� "�� .������� Q� /�� ������ +� Q�� =���������

"� ������ ���� ��� ����������� ��� �������� ���������

�� ����� ������ �� �������� ������� ���� A;&3/�A5G#;�

��� ����3>>������������������>����� �> ��S��������� �

��� ����3>>�����������������>

��� 1� ��� ��� "����� Q�� -����� :� ��� �� ","�(�"����� ����� ������ ��� $��� %��� )��� #73#5*G#5#�

��� ����3>>������� ��>���>�����>�����>�������

��� )������� �� (�� ������ �� "� <�� 2�� ��� :� "�� ) � Q� "��$� ����� �� <�� +������� Q� �� ����� C������ �����

����� �������3 � /���� �� ����� ������ �� ������

����� ��� !���� #;#3#*7G#A8���� ����3>>������������������>�����>�������� ���� 2����� �� )�� (����� �� ������ �� ���� �� ��� �������

�� ��������� ����� ���� :(:(� ��������� !����� ���(������� ������� &3#AG#6�

��# ����3>> ��������>

'��������� $�

Page 77: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���������� ������� ��� �������

������������� � ��������� ����

������ �����

���

���������� ���������� ��� � ��������� ����

��� ���� �� � ������ ������� �������� ���� ����� ��� �� ���� �

���������� � �������� � ��������� ��� � ������� �� ����� ����

����� ��� �� � ����� ��� � �� � � ���� ����� � ����� � � �� � ���

���� ������ ��� ��� �� ����� � ����� � ���� ���� ��� ���� � �

������� ������ � ����� � ��!� ��� � ����� ��� ��� � ����� �� �

�����! ��� �������� ����� �� �� ������"� ����� #� ��������� ������ � ���

� ������� ��� ��� ������ � ��� �� � ����"��� � ����� ��� �� ����� ���

� �������� ���� ���� ��� ��� � �� � ��� � ���� #� � ��$�� � �����

��������� � %&'� ��� �������� ����� �� ���� ������� � � ������ ����

����� �� ��������� � ��� � ������������ ��� � ������� ��������

��� ����� � ��������� ( ���������� ) ��� ����������� � ��� ��������� ���

�� �� ����� ����� �"���� ��� �� � � ������� ����* � �� �������� �"����

� ��� ���� ����� ����� ��������� � %+'� ��� � ������� �"���� � ���� ���

����� ���� �� ��� ������� ��� ���� �� �� ����� ��� � ��� ��� �����

�������� �� ��� ����� ���� �������� ��������� ������ �� �� ���� ��� ��

��� � ���� � ���� ��� ���� � ��� ���� ��� ������� � ��� , ��"��

��� ���� �������� ��� �������� � ��� ���� ��� ��* ��� �� ���� ��

�� "�� � ��� ����� �������� ����� ��� �������� ��� ( �� ��� ) ������������� ��� ��� - ��� ��� ������ ���� ������� � � �������

� ������ ���� ���� �� �������� �� .���� )�&�

/� ������ �# �� �������� ���� ������������� �� ����������� �� 0���

1��� ��� 2-13 ����� ���� �������� ����#����� ���� �� ���� ��� #�

�����#�� �� � 4��� ������ �������� � �������� ��������� ���� ��� ���

��������"� �������� �� ������ 5 ������� 0��1��� %)' ����� � �����

������� ����#��� �� 0��� ��� ������ %6� ('� ����� � ������ �������� �

�� �� ����� ��� ���� #���� ����� ��� ������� ��� �������� � �� �

������ ��� ��7 ������� �� �������� �� ��� ������� ��"��� ��� ���

,���� �� 0��� ��"��� � � ������ �# �� +& 888 ����� ��������� &9 888

�������� ��������� �����!� () 6)( � ���� ��� ��� :) 6:: �� �� ��� �# ��

������������ � ��� ������� � ������ ������ �� ���� ������������ 2����� #� �� ��� 3������

�@1�* )�(+A�+BB::�+

��

������� � ���� ��������� ������ ����# �������

Page 78: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

(: 888 � � ��� ������ ������ ������ ��#�� )�& �� �� ��� ��7 ��������

������������� ,����� - ���� �� ������������ �� �������� �� ������������ �� ������� ����� ��� ����� �� 0��1���� ������ &&B�

<� � � � #��"� ��� �����$���� ��C����� �� ��� ��4� � ���� � ����

����� �� ��C���� ����� �������� #�� ��� ���� ��4�� �� ��� ����

�� "���#���� ��� ���������� �� �������� <� ��� � ���� ���� ��� �����

� ���� �� �� �� �����$������ �� �� ���� ��� ��4�� ��� �������"� ������

��� �"���� ��4� �� �� � �� �# �� +88 #�� ���� �� �� �� � ��� ��� ������

��� ������ ���� ��� ����� � �� �������� ; ���� ��� � ��� ���� �� �� ���

#� �� �� � �� ��"��� #���� ��� �� � �� �� � 4��� �� ������ #�����

D������ � ���� � ���� �� �� ����� 7��� � �� ������ ��� ���� ��4��

��C���� ���� ������ � "� 6&E ��������� ����� ���� ��� � ����

�� �� ��� ��� ��� +F)E ��� ��� ��� ���������

��� �������� ������������� ����� ��� ����� � ������� �# "� �����

�� ��7 � #���� �� � ������� ��� ���� ������$���� ��

&� 3 � ������� �� ���4�� ���� ������� � � � ���� � ����"� ������� ���

��� ���#� ����� �� � ����#�� ���� ��� ��� �� � ���#� .����

)�+!G

+� ��� ����� � ����� �� �� &F+8 #�! ��� � � #� � �� ����� ��� � ��

� ���� ��#���� � ���� ������ ���� �� ��� ��������� � ��� ����

<� ���� � ��"�� � ���� ������� � ��� ����� ���� �� #���� �����$������

� ��� �� ����� � ����� ��� ������� ��� ��� �� ��� ���� ���������

��� ���� �� ���� � �# �� �� � � ���� � �� ��� ��� �� ������ ���� ���

�������� �� ��� ���� ����� � �� ���� � ����� ��������� �������������

������ ������ ��� ��� ����� ��� ������� �� � � ��� � ����� ���� ��� �� �

��� ���

����� �� ������ � ���� ������� �� ���� ������ ��

������ ��� � ������ �������� ��� � �� ���� �� �������� ��� ������ ������ �� ���� �� ������ ���� �

�� � �������� �� ����

� ��� �� ��� ���������� ��� ���� ��� �������������� �� � ������� �����!"

Page 79: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

#�$����

������������ �� ���������

������� ��������� �������������� ������������ �� ������ ���

�!�����"������

##$%&'''(%)� ��

� ������ ��

���

���������

��������� ����!���������)������������*+���� �����������������

����� �����,�����

�����%

�������

���������������� -�

�� ����������"��� �

�(�����������

����)��.�������������� ����������������

����������� ��"!

�/�!(��� ��� �

���� ����

���

�������

������� ��

�������� �

�� ��������

��� ����

������������

�����������

��� ���

;�

@H��

����

()6)(

H+B686

+6(+A

H&)89

8+8)&6H&

(&8

+89)6

H(+9

&+9)(

H&8&9

)&&B6H&

69&

2�

��H

��

����

:)6::

H+&)6+

+6(8:

HAB&)

99B98H&

B)6)

&++B(

&H)

:+B)

&)(A+

H&)&+A

&6(B6+H6

+:66

0��

��H�

�����

+8AB&

H&9&6&

A6+:H

((A)

&A6)(H&

&(6

&B9(:

H&+9)

&+(&)

H&8B:

+:)69H&

8+)

����

���

�"�

������

��

+&9A�

&8�6

EA6B�&8E

&A:(�&8E

&&B6�

9�&

E(B:�6�A

E++A�8�&

E

���

��

���

��&((+�

A�6

EA6:�&8E

)(:)�+8E

99B�)E

&&8A8

�::�(

E(AA9�&B�A

E

���

#�

�� �

�&&A�(�A

96�6�A

+(8�)�:

:(+�9�&

)�&�8

)A:�(�&

2�

���

����

&�&

8::

�+8&�9

&�9

96+

�+8A�&

9�&

8A:(�6&B�(

&�&

6BA

(�++&+(

&�A

6A&

�&(88�

8)�A

(B&

9�&B+�8

���

���

����

+(BAA

9�++8)�

(6+(A)

�:&:�)

+8(+66�9&)�A

&B)BA

�+66�8

A)&A�

)88

&&:9)A�&A6�6

0��

���

����

68&B&

8�B8))

&(8(+

)�)B9)

&(((&(�+:(6

6()&(

�+9+6

&6A))

�&69+

&A8&B&�+8+A

� �

����

�(:A8A

�B:�8

E9++(�

B9�B

E6B(B+�B:�8

E&8+:A

+�BB�(

E6A&�B)�8

E&&A9(:�BB�+

E

���

���

��

���

(:&&+

�B:�(

)E

(9+A�

BA�(

E6B98+�BA�B

E&8+B)

)�BB�A

E6A(�B(�9

E&+&B&A�B9�B

E

��� ��� �� ��� ��������������� �� � ������� ����� !�

Page 80: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�������� � ���� #� ��������� ���� ���� �������� � ���� �� ����� �

����� �� ���� �� ���� ���� ������� � � �����

��%

��� �������� � ����� ��� �� ��������� �����

@���� ��� ���� "�� ����� ����� �� ��� #��"�� ���� ���������� ��� ��� ��

� ����� �� "�� � ���"���"� ������� ������ ��� � � ���� ��� 0� �������

�� ��� ��� �I� ( ��# ����� ��� ��� ������ ���� ��� �0 ������� �� ��� ) ��# ����� %9� A'� <� ���� ������ ����� ���� ���� ��� ������ ��� �� J�����

#� ��� ������� 0���0 ���� ������� � ������� #� ��� ������ � ��

��������� D&� D+� D6HD9 ��� D( ����5� %A'� ��������� � �� �������� �

��� ���� ������ ���� � ����;� ��� #��� ���� "���� �� �� � ������ #� �

������� #�� ��C���� �������� �������� %:� B'� ����; ��� �� �� ������� #�

� � "�� ���� ������ � �� � �� ��� ����5� D&&� D&+� D6����HD9�����

��� D( %&8� &&� &+'� @�"��� ��� ����� � ����� ����� ������ ����� ����

��� ��%

��� ���� ����� �� ���/��� �� *+� �

��� ���� ������ �� � �� 0����� ����� ��� ����� �� ���� ��� � ��

��� �� ���� ��� �� ���� ��� ���� /� �

� ���� ��� ���� �� � ��� ���� �� ��

����� �� �� �� �� ��,����� �� �� ��

��� �� � ���/��� �� ������� ���/� � ������� ��� ����� �� ��,�����

������� ) �� �� ��� �����

� ��� �� ��� ���������� ��� ���� ��� �������������� �� � ������� �����!%

Page 81: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

0;��0� 00��0� 0���0� 0��;0 ;���0 ������� ����� �� ��� ������ 7����

�� �� ��"� #��� �� ��� %:� &)'�

��� � �� � ��������"� ��"�������� � ��C���� ����� ��� �����

������ ����� ��� #��� �� ��� #� 1����� @������ " ��� @ � "��" %&6'� ����

��"� �������� 6) ))A ���� �� ����� � # ������� ��� ���� ���������

� ��� �� 0��� ����#��� %&(' � "���� ��� ��� ����� ����� �� ������

���� ��� ��� ���������� ��� ���� � � � ������ � ��� � #��� �� #�

������� ������� �� ���� � � ����� ��� ���� ����� ��� ������� �

����� ���� �������� ����#����� ���� �� 0��1��� 2-13 %)� &9'� ���� ��

���������� ������ ��� �������� � ��������� ������ ������ . ���������

������� �������� (8 ���� �������� �"����� +& ����� ���� 2-13

��� ���� � � � %&A'� � "��� ��� ��� ����� ������ ����� 1���� �� ��� %&6'

���� ��� ��������� ������� �� �� ���� �� �� ��������� 2@�� ���

���� �� ������ ��� ��� ����������

K 6) ))A ���� � � ��� ������ ������ ����� ������ ����! ++ 6:B

��� ���� ��� #� 2@� ���������� B:�A&E �� �� � ����� ��� ����� �����

��� ����� 0� ��� �0 � � ��� ������ ������ 8�(9E � �� � ����� �����

0;��0 ������ ���� ����� ��� ������ 8�A)E ���� �� � � � ����� � ���

���� ������� ��4� 8�8(E!� ()�9E ��� ����� ��� 7��� +A�)E � ��

��� ����� ������ ���� ��� ���� ��� #� 2@��� 1���� � ����� $���� �� ���

���� ��� ���� �� ����� ��� ��� ����� � ����� ����� ����� ������� ��� �

���� � � �� �� ��� �� �� �� � �� ��"� �� � �� %:� &A'�

�� ������ � � ��� � ���"�� ������� ����� �0�0�� ��� ����� ������ �����

��� ������ ���� ��$���� � ���"�� � � ���� � �������* �0L0���0����

��� ������ ���� � �������* ==��======�;L�00 %&:'� . ��� ����

������ ����; � �� ��C���� � ���"�� � ���� �� ��"� #��� � �����*

L����;;��� � � ���� ��� =�;L ������ ���� %&+� &B� +8'� �����

��C������ �J��� � �� �����$� �������� �� ���� ��� � �� ����� ������

��� ���������� ��� ���� ��� #� ���� � 7���� � � �������� ������ ����

� �� #�� ��� � ��� 0���0 ����; ������ ������� <����� �������

��� 0���0� 0;��0 ���� � �������� #���� � 2@������ ��� ������ ����

�� �������� �� ��#�� )�+ ��� � ������� ��������� ��� ����; ��� ��

�������� �� .���� )�)�

��� ������� ��� ����� ������� ����� ������� � ������� ��

���� 2@������ ��� � ����� ����� ������ ���� � �� ��� ������� �����4���

. �������� ��� ������ ��� ���� ��� ��� �� ��� � ��� ����� �� � ���� ��

9)BF::(� ���� 7����� � �� � �������� ���� ��� #� 2@�� ��� ��� ��� �����

������ ����� �� 00�;�� �����4��� ��� ������ ��� �������� ��� "��� ��

������� � ��� ����� ������ ��� 0���0 7��� �� � ���� � � �������

� ��� ��� ����� ���� .���� )�6!� ������ ��� ��� ��� ���� ��� � ��

��� ����� ������ 7����� �� ��� "�� ����� �� ��� ������� ���� ��� ��� ��

�& ,��� �� ��� ��� � �� � �D5�;

��#������ � ���* ����� � � �� 0� = � ;� ��

@ � ;� 0� � � �� ;� 0� �

��! �������������� �� ������ ����� �� ��������� ������� !�

Page 82: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

#�$� ��%

��,����� ������ � �� �� �1� ���� �� ��� �� � ����

����� ��� � ����!�

.�,����� �� ������� ��� � ���� ��� �� � ��� # �� & � ��� � ��� �� �������� !�� ������� ���

' �� �% �� � % � ( � !

� )6�8 98�6 B�+ 8�8 8�8 (+�9 A&�) A�& &9�8

� )9�) &+�B )�) 8�8 8�8 +�: A�9 (�( &9�(

� &:�) &+�( :8�) &88 8�8 6&�B &&�: :&�6 +8�B

� &&�6 &6�+ A�) 8�8 &88 +�( B�) (�B 69�+

.�,����� �� ������� ��� � ������ ��� �� � ��� �# �� �& � ��� � ��� �� ���������! � ������� ���

' ��( ��� ��% ��� ��" �� �) �* �! �� �( �� �% �� �

� B�8 :�6 A�( 9�: A�9 :�8 B�A B�+ A�9 A�: +)�A 6�+ &88 8�8 +)�B

� )&�8 )&�8 )8�A +B�) )+�9 ))�8 )A�) ):�( 6&�8 )(�+ )8�B A8�: 8�8 8�8 &)�:

� &+�( &&�( &8�9 &8�6 &&�8 &&�) &&�) :�( 9�9 9�6 +&�+ 8�) 8�8 &88 (+�8

� 6+�) 66�8 6A�8 6B�6 6A�& 69�) 68�: 6+�B 66�( (8�6 +6�8 +6�9 8�8 8�8 &8�6

����� ��� �����!

.�,����� �� ������� ��� � ���� ��� �� � ��� # �� & � ��� � ��� �� �������� !�� ������� ���

' �� �% �� � % � ( � !

� 68�( ::�B &�9 8�8 8�8 :A�) :6�& &�9 A�B

� 6+�& 8�: 8�: 8�8 &88 8�8 )�+ 8�: &&�B

� &(�B &�9 BA�9 &88 8�8 &+�A 9�) B9�: B�(

� &�9 :�A 8�8 8�8 8�8 8�8 9�) 8�: A8�9

.�,����� �� ������� ��� � ������ ��� �� � ��� �# �� �& � ��� � ��� �� ���������! � ������� ���

' ��( ��� ��% ��� ��" �� �) �* �! �� �( �� �% �� �

� &&�& &+�A )�+ 6�: &+�A :�A &9�A &9�A &+�A B�( +9�+ 9�) &88 8�8 +&�6

� )9�( )8�B &B�& +)�8 )6�B )B�A )6�B 68�( 68�( )9�( ))�) 9:�+ 8�8 8�8 A�B

� B�( &8�) &(�& &+�A :�A B�( &9�A 6�: +�6 9�) &)�( 8�8 8�8 &88 9+�A

� ):�B 6&�) (:�A ((�9 6+�& 68�( )8�B )A�) 66�6 6A�9 +A�8 +(�6 8�8 8�8 A�B

��� ���

2�������� ��,������ �� ��� ��/�2 � �� ��� ����� ����� � �� ��� ����

� ��� �� ��� ���������� ��� ���� ��� �������������� �� � ������� �����!(

Page 83: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� ������ ����� �� "�� ������ ��� ��� ���� ���� ��������� � ������� �����

#��"��� �� ������ ��� ����� ������� ����� #� ��� ���� � � � ��" �"�

��� ��������H�������� �� ����� ����� ����� �� �������� �#����H������

�� ��� ��� ��� ��� ��������� ���� ��� ������ ��� ������ #� � ������

����� ���� ��������� ��� ����� � 0��1��� ����� ���� ��� ��������

��� ���� ��� � #������ �� ���� �� ������ ��� ��� ���������� � 7����

,�0�!� @�"��� �������� ���� ��� ���� � ��� ���������� � � �����

��$�� #� ��� � ����� � �� �������� �� .���� )�(� &(9 �� &A& �����

� ����� ����� ��� 2@������ ��� ������ ���� ��������� ��� � ���� �����

�� ��� ����� ,�0� ���� ��� #� ������$�� ��� � ���� �� ��* AB 0;��0

���� ����� & ��� �� � ���� � ����� � 0;��0!� 9& � � ���� ���

� ����� � 0���0 ��� ����� ����� 9 ����; ���� ����� + ��� � �

���� � ����� � ����;!� & ���� ���� ��� � ����� � � ���������� ��� ��

A ����� ���� ��� ��� �� ,�0 ���� ��� ��� ����� � 0��1���� ��� $�����

���� ��� ��� + ����� ��� ���� ��� � ����� ����� ������ ������

�� ��� � ������� ���� BB�+6E ��� ������ ���� ���� �� ��� #� 0���0�

8�9BE 0;��0� 8�8(E ����; ��� $����� ��� 8�8+E � ��� � ����� ���

����� � ����� ����� ������ ����� ��#�� )�)!� ���� �� ���� $�����

��� ����� ����� 7��� ������� 0���0 ������ ����� ��� � ��������� ������

��������� BAE ����� �������� 6F( �� �� �� ���� � �"����!� � ���

��� ��(

3��� ��� ��� � ���/�������� ��� ��� �� ������ �� � ������� ���/

���� �� 1���� �� ��� ��� "� �������

�������� � ����% ���� # "!�����

����� �� �4 �5'#''67(� �� � 1���� �� �

�������� �� ����% )� �� ��� �������

���� �� ��� �� 1���� ��� ��� ����������/���� �� 1���� �� �� ��� ���� ��

���� �� 1���� �� ������ ��� ��� 0��

��� ��� ��,������

��� ���

��� ����� �� ���� �� !����� �� ���� � ��

��������� ��,������ �� ����� ������� ���/���� ����� �� � ����

��! �������������� �� ������ ����� �� ��������� ������� !�

Page 84: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� � ����� ��� � �������� � 0;��0 ������ ����� �� ��� ������� ���

�� ����� � ������� � BBE� ��� 0;��0 ������ � �� ��� ��"��� ����������

������� ��� $�� �� ��� �����"��� ���� ������� 8�(9E ��� 2@������

� ��� �������� ���� #�� �� � ���� ���� ��� 8�9BE �� ��� $��� ���������

������� ���� � ��!� ��� ������� ����� ���� ���� �� �� ������

$������ ����� ����� � ���"��� � �� ����� � � ��� ��� ����� � �

������ �� � "���� � � ���#����� � ��������� ���� �� ���� � �� ���� ���

����� � � ���� ���� �� ��������� ���� ������ ����"� ������� ��� ���

.������ ,--�#���� ���� ������� � � ��� %+&' ��� #��� � ��$�� �

������ ����� ���� ��� ����� �� ���� �� ���� 0;�� � ������ ������ ����

"��� � .������ ����*HH����� �#���� �H�H������! ��� ������� � ��

������� 0;��� �� ���� ��� �������� ��� ���� ��"�� ������ ����"� ���

����� �� �� ��� ������ � ����

++ &BB "��$�� �������� ��� ����� ������ ���� �� �������� �� ���

@������1 ����#���� ����� �� ��#����� �"����#�� �� ��� ��� <<< ����*HH

��� ���������������H@������1�����! %&6'� �� ��� �������� &9&( ��� �����

��� +B+ 2@������ ��� ��� �����"��$�� � ����� ����� �����

���

+���� �� ��� ��������� � ��������� �����

���� @���� � �� �������� � �����#� ��"��� ��� ����� ��� �� ����� �

����� ��� ������� �� ����� ��� � �� ������ ����� ������� ����

�� ���� ������$���� �� � ������ ��� ��� � $�� ����� ��� ����� �� #����

� ����� � ������� ��������� ������ ������� �J������ � ���"���"�

����� ����� � �������

7�7�#

������ �� ������� ��������� ,��� �� �� � �-�����

� ����������� ���� � ���������� ��� �����$����� ��� ��������� #������

� � ������� � ����� ��� ������ ��� � ������ �������� ������ ��

#��J� �����#�� #�� � %++� +)'�

#�$� ���

.�,���� �� �� ���� �� �� ���/���� �� ��� �� � ��� �

���� ������

0���0 BB�+6E

0;��0 8�9BE

����; 8�8(E

K��� � ����� ����� 8�8+E

� ��� �� ��� ���������� ��� ���� ��� �������������� �� � ������� �����!!

Page 85: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

3�� �� ������ ���� �� �� �������� � ���� �� � �������� ������ ����� � ��� � ��������� ����� ����� �� � D!� 0 ��� ;� ���� ���

��������� ����� ����� ����� �� ��� ��� �� �� ��� �� � �������"���� � ��

������ ���� �& � ��� �+ � ��� �) � �� � �6 � �� � ���� ��� ���������

��� ����� ����� ��� ��� ������� �! � ! � (� � � � � &(� ���������� ��� � ��

����� ��#���� ��� ��� M�� ;� 0� �N ����� ����� �� ��������� �� ����

��������� ����� ����� ��� ��� ����� ��� !��� ������ �&( ��������

��� ��� ��� 6 ����� ������ �������� #� ��� �D5�; � �� ��

7�7�#�# ������ $��� ���

3�� �� � ����� � ����� ��� ���� ������ "� 3�� �� #� ��� ���#� � ���

�� �� �� ��� � ������� �������� �� �� #���� #�� �� � ��� ���� ����� ���

��� �& � �+ � � � � � �&( � "� ������ ���� ��� � ������� ��� # � ���"��

� ���� �� #� �� � &� � � � � &6�� ���� # �� ��� ���#� � ���"�� ����� �

����� ��� ���� ����� �#& �#+ � � � � �#&6 � #�� ���� $ �$ � 8� &� � � ������������ #������ ��� ���� ��� ��� ������� ������ " #�� ����� �

��� �������� ���� � �������� � �� ��� ��� ��� �� ��� "%# "���#��

� ���� ��� &� �� � &� � � � � &6� �� ��� ���#�� ���������� #������

��� � ������� ��� ��� ��� ������� ��� ���� ����� ����� ������

��� ���#� ���������� �� ��� ���� ��� �� ���� � ����� ��* 8�

&& �����$��& �#&�� 8� &+ � ����$�&&��&( �#&(�� � � � � 8�&&( �

����$�&&�&+ � � � � � &&)��&6 �#&6������ �� ��� � #�#����� ��"� $� ��������� ��� ������� �"� $� ������

" ���� ���������� �� $ "���#�� � ���� ��� ���� �� ���� ���� �� �"� $� ����� ��*

��"� $� ������$��&�#&�

&��8

� � ������$�&&�&+���&&6��&6�#&(�

&&(�8

�&&�&�#&

��&��&

& �& � �&�&&

� � ��&&(�&(�#&(

��&(�&&(

&( �& � �&(�&&( �&�

�� ���� ���� ��� �������� ���#� ��"� $� �������� �"� $� �� � ��� �

�������� ������ � ��*

��"� $� � ��"� $� � "

,�� " �� ��� ���#� � ���#�� ���� � ���� �� �� ��� ��������*

" � � � "� &�

��� � #�#����� ��"��� �������� � �������� �"� $� �� ��� ��������

��� #� ��������� ����� ��� #�� ���� �����#��� �*

���� � �� "���"� $�& � ��"� $� "�� � �+�

��� � #�#����� ��������� � �������� ���� $ ��� ���������� ��*

��� #������ ��� ��� ����������� �� � �������� ������� !*

Page 86: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� ��$'�8

�� "���"� '�& � ��"� '� "�� � �)�

� � �� ��� ���"� ��� ���� # ����� ��� � �$����� ����"�� �8 ����

��� �����$����� ��"�� (! ��� �������� ���#� �������� �� � ��� �

��������*

��8�&

�8

��� � ( �����8

�8

���� (� �6�

� ��� ���#� �"� $� ����� �������� �� ��� �������� ����� ��� � ����� �

�� ��� ���� ��� #� � ������� �� � ������� ����� ��� ������� ���� ��� ����

��$����� ��"�� (�

7�7�#�& ��� ��� .�,/$��� & ���

3�� �� � ����� � � �� ���� � ������� � �� #� ��� ������� "& ��� "+

�� � �������� � �& ����+� ����� �& ��� �+ ��� �������"���� ��� �����

��� ��� ������� ��� ��� ��������� #������ ��� #� ���!� 3�� �&� ���

�+� #� ��� ���#� ����� ����� ��� ���� ����� �� ��� $�� ��� ��� ��

#� ���� �������"��� �� � &� � � � � &(�� �� �� ���� ���� �!& ��!+ � � � � � �!&( � "!� ! � &� +��

3�� ��� $�� ��� ��� �� #� ��� ��"� #&� ��� #+� � ���"�� � ���� ��

��� ����� ����� ���� ������ ���� ��� � #�#����� ��"!� $!� $����� ��

� ��� � �������� ��� ������� �"!� $!� ��4� "! ��C���� �� $! � ��

� ���"�� � ���� �� � ��� !��� #� �� ��� ���� �� ���������� ����� 2�� +!

���� ��� ��#������� �� "� $��� ��� #� #� "!� $!��!� ��� #!� �� � &� � � � � &6�

! � &� +�� �������"���� ��� � #�#����� ��������� �� ��� �����������

������� �"&� $&� ��� �"+� $+� �� ��� ��� � �������� ��*

��"&� $&� � "+� $+� � ��"&� $&� � ��"+� $+�� �(�

��� ���#� � ���#�� ���� ������� ��� �������� �"&� $&� ��� �"+� $+��� ��� ��� � �������� ������ � ��*

�"&� "+��&��+� � ��+ ��& � &� � � "& � "+ ��& ��+

+� &

� �� �9�

����� ��� �������� ���#� ��������� �"&� $&� � "+� $+��&��+� ��*

�"&� $&� "+� $+��&��+� � �"&� "+��&��+� � ��"&� $&� � "+� $+� �A�

��� � #�#����� ���� ��������� � ��������� �"&� $&� � "+� $+��&��+� ���

��� ���� # ����� ��� � �$����� ����"�� �8 ��� #� � ������ ���� �

� ���� � 2�� +F6!�

� ��� �� ��� ���������� ��� ���� ��� �������������� �� � ������� �����!)

Page 87: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� ���������� ��� #��� ����������� �� ��� � ��� �@��2 ����*HH

����� �#���� �H������! %+6'� ���� ������$�� � ���� � ��������� #��

����� ������� � ��"�� �������� ��� � ��������� ������ � � ���

� ��� �&��� �� ����#��� %+('�

7�7�&

����/ ������� �� �

<����� ������� �� ��� ������� ����� ��� ������ �������� � %+9� +A�

+:'� ���� �� ������� � � ������� ���� ��� � ������� ��������� ��� ���

��� � ���� �� � ������ �� ��� ���� � �� ���� $����� ��� ������ �

������ ����� ��� #� � ������� �� � ������ � ��� #���� � � ���

� ���� �������$� � #�#����� �����#��� �� �)���� ���� � "��� � #�#�������

#��"��� � �������� ���� ����� ���� � �� � �������� � ���� � �

��� ����� ��� ������ �������� �� ��� � #�#����� ��������� � ��������

* �+&� � � � � +$� ���� ���� � ��� ��*

��*��� ��$��&

)�+� � �:�

���� ����� ����� ��� ������ �� �������� �������������� � � ��

�� ����� � ��� ��� ��� #� � �������� � ������ �! ���������* �� ���� �

� � �����������"� �� � #���� � ����� � ���� �� ��� � ��������� � ��� *

33��*� � � ���*������*��� �B�

���� �� � ��� #� � ������ �� �� �"���� ��� ������� #��"�� ���

��� ����� �� � ��"�� �������� ������ ����� � � ��� ����� ������ �����

,��� �� � �� ��)���� ����*

33��*� � &

$

�$��&

,��� +��� �&8�

��� � � ��� 33��*� � � ������� � ��� ! ������� 8� ��� #���� �������

���� �������� ��� � ������� � ��� ����� ��� �������

���� �� � �� ��� ������ ����� �� ���� �� ���� � ����� ����

�� ��� �������� �������� ������� ��� #� ����"�� #� �����4��� � � ���

���� ���� �� ������ �� ����� ���� �� %+B� )8'� ��� � ��C���� � ���

�� �������$� � #�#����� �����#��� �� �)��� ��� #� � �������� K�� �������

�������4��� � �� � ��� � ���� �������$� � #�#����� �����#��� �� �)���

$�#��� ��� ����� ����� ������� � � ����� �����!� �� ��� �� �� � ���

�� �� -�� " ����� � ����� ���� ��� � #�#����� � ������� � ��������

����� ���� +� ��� ������ �������� ������� � $8 � & ��"� �� #���� ����

��� #������ ��� ��� ����������� �� � �������� ������� !�

Page 88: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������� � ��� $8 � & #��� ��� ����� ���� ������ �� ��� � ���� � �� &�

���� ��� � #�#����� ��������� ��� ������ �������� * ��*

��*��� � )8

�$��$8)��&� ����&� +�

�&&�

���� )��&� ����&� +�

�� ��� � ����� ��� � #�#����� ��������� ����� ���� +� ��

� ���� � � ��"�� ��� ����� ���� ���& ������ �� � ���� � �� &� )8 �� ���

� #�#����� ��������� ��� ����� ���� +& � � � +$8�&� . �������� � ������

������ ����� �������� ��� ����������� � � ����� ���� � ��� 8�

�� -�� " �����!� ���� $8 � &� )8 � & ��� )��&� �+��&�+�

� )�+� � <��� �� ���

������� ����� &�� �� -�� " �����! $8 � +� )8 � )&+&

� ��� )��&� �+��&� +�

�� ���

� ����� ��� � #�#����� ��������� ����� ���� +� �� � ���� � � ��"�� ���

��� ���� +��& �� � ���� � �� &� ��� � ����� ��� � #�#����� ��� #� ���������

� ��� ��� ��� #��"�� ������� ��� $8�#��� ��� ����� ����

�$8 � &� ������ �� � ���� � � ��"���� #� ��� ������� ��� $8 � &�#���

��� ����� ���� ������ �� � ���� � �� & �� � ��� ������� ���������

� �� ����� ��� �������

)��&� ����&�+�

� � �� ��&� +���� �� ��&�

1� ��� ���� ���� � �� ��� � ������ � � ��� � ������ ���������

� ������� ��*���� ���� ��� ��� 8� �� -�� " ����� ���� ��� ���

#��� ��������� �"�� ����� ��������� 8�+(!! �� ����� � � � ������� �

��� &8! ���� -�� " ������ ��� ���� � ������ ;�0 ������ ��� �� %)&' ��

���� �� �� � �������� � ����� ��� ������� �� ���� $����� � ���� ����

�� 0������ %)+'� .������ %+&� ))' ��� 0���.���� %)6'�

D���� �����������"� ������ ������ ��� ��� ��� � �� � )����� �� ���

���� ��� #� #���� � � ������� 1������� � #�#������� �� � �� �����

� ���� � �����$� �����#��� �� �)���*

�������� � �������������������������� � �������������� �&+�

���� �������� ��� �������� ��� #� ��������� �� � ���� �������$� ��

�������� ��� ����� ����� ��� �� ��� ��� ������� ����� ��� � �������G ������� ���� �� ��� � �� � � #�#������� ���� ��� � ������ ���������� ��

������"���� � �� ��� ���� ��� ����� ���� ������� ������! �� ��� ����� ���� � %)('� � �� ������� ������������ ��� ����� ����� �� ��C����

� ���� �� ��� � #�#����� � �������� * #�� ����� � ��� ������ �� ��"�� #�*

����*� ��$��&

���������

�� ��� �������� ���������� ������ OO5������II ���� ��� �"���� � ���

� ��� �� ��� ���������� ��� ���� ��� �������������� �� � ������� �����*"

Page 89: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�� ��� � #�#����� #�� �� � � ������*

5���*� � &�$�$��&

��������� �&)�

���� ������ ����� �� ���� �� � ��������� ����������� ����� �� ���

.����� ���� $����� � ��� %)9' ��� #� � � ���#�� ���� ��� �# "� �� �

�� � ��������� ��� ��� � ������ ���������� �* � 5���*� � 8�(� ���� �

�������� �� � � ������ #�� �� � ������ ���� � � �������� ����������

7�7�7

������/ ������� ��� ���

@ �� ����� ��� ������ ��������� ��"� ���������"� ������ ��� ����� ����

� �� ���� �� . �������� ���� ����� ��� � � ��� �� ��� �� 0;����

�� � � �� �������� <� ��� ��������4� ����� ��� �� �������� �� �

��� ����� �� ���� �� ������ � ��� ��� ��������� �# "�� #�� ����� � #�

�#����� �����#��� �� ��� ���� �������� �� #� ��� ����� ���� ����������

����� �� � ������ � ��� �� �� �������� ����� ��� ������ ��� �� � �

� ���� � �����$�� . �������� ��� -�� " ����� #���� � #�#����� &&!

��������� ��� ������ �������� * ���� #�*

��*��� � )8

�$��$8)���&�+� �&6�

7�7�8

����/ ������� ��� ��� �� ��������� � ������ ����� �����

�� ��� ���� � #��� �� � � ����� ��� � #�#����� ��������� � � ����

� ���� �������� *� � � ���� �������� �� � �������� ������� � � ��!

��� � ����� ���� � � $��� ������� � ���� ���� ��C���� ������

���� ���� ��C���� � � �� �� � ���#�� ��� ����� ���� ��������

��� � ��� � ���������� ����� �� ��� � �������!� �� ��� � ��� ���� ���

��� ����� �� �����#���� ����� ���"���� �� �� ��C���� � � � � ���� ���

���� � ��� � #�#����� #��"��� � �����$� ��� ����� ���� �� � ����

��������� ������� � ��� � ���� � �����"� � ��� ������ ��� ���� � ��

��#�� "������! �� ���� �� � ��7����� ����� ����� %)A� ):� )B� 68'� ��������

�� #��� � �� ���� � #������ � � � � ���� �� ����� ��� � ���"�� �����

���� ����� ��� ��� ��� �� � � �� �� ������ � � ��� �������� �������

��� ������� � �� %6&'� ; ��������"� ���������� "�� �� � ����

� ���� ������� ��� � �� #� .������ ��� ���� %6+'� ���� �������� ���

������� � � ���� +8 ������� ��� �� ��� ���� ��� � �� � ����

��� #������ ��� ��� ����������� �� � �������� ������� *�

Page 90: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�������� ���� �� ��� O�� ����� ��������� ���� � �� ���� �I� � � �

���� ����� ����� ��"� �# �� :&E ������� �� � ���� ��� � �� ����� �

����� �� � (6 #��� ���� ��� @ �� � ���� �� ������ � ���� ����

��� �� #���� � ����� ���� � ��� ����� ��"� #��� � �������� %6)� 66'�

���� �������"� � ���� ��� � ���� � #���� � � � � ��� ��� � � ����������

�� ��� ���� ��� � ����� ���� � ����� ����� �� ������ BBE �������

� ��������� &:8 �� K�.� ��� ������ ���!� #�� �� ��� �����4�� ���

����� �������� �� ��"� ��� ������ � &888 ��������� ��� ������� �

������� "� (6 #� � ���� ���� �� ��� �# �� :(E %66'� D���� � �����

���� � � � �#��� ��� �� ���� � � A ���� � ���� �����#� ����

�� ���� ��� ��"��� ����� �� ���� �� D#�#���� ��� -��� ������

��� OO� ���� �� ����� � � ����II� ����� ������$�� B8E ��� � ���� �� ��

������ &88 �� ����� ��� �# �� (8E �� �� ���� ���� &88 �� � ��

%6)'� @ � "��" ��� 3������ %6(' ���� �� ��� �� ����� � ����� � � � ���

$���� � � 1������� ������� � ������ 2�� &+! ���� ��� ������� � �

������ � � ��� ��� � ���� ��� �� ������� � %68'� ��� ������� �����

��$���� � ����� ��� ����� ����� : #� ������ ��� ����� � 2�� &)! �� B8E

(6 �� ��� B(E ��������� &8: �� � �� %6('� ����� �� #���� ���� ���

������� ��� � �#���� ��� � �� � ���� ������� #� 3�� ����� � ��

��� .������ ��� ���� %6+' ��"�������� ��

�� -�� " ����� ��� ����� ��� ������������� � #�#������� ) ����&� +�

� � � �&� +� )�� ��� #� ���� � � ��� � ���� ��� ��*

��*��� � )8

�$��$8) ����&� +�

� �&(�

���� � �� ����� &� + ) ��� ����� ����� ������ �� � � � � ���� � &� +

)� �������"����

7�7�9

0������� ��� ���

. �������� � ��� �� ����� �� ��� ���� � �� ����� � ����� �

�� ���� ��� ��"��� ������� ������� %6+� 69� 6A'� ��� � ����"�� ���� �� ���

���#� � ����� �������� ��� ���� � ����"�� � �� �� ��� ���#�

������ �������� ��������� ������ ��� ������"�� ���� �� ��� ���#� � �

����� �������� ��� ���� ������"� � �� �� ��� ���#� ������ ��������

� �������� @������"��� ���� ������� ��� ���� � ��� ��� �������� ����

�� � ����� ��������* �� � ����� � � � @����$���� ��)� ������� ���

���� � ��� �������� �������� ���� �� � ���* �) � ����� � �� K���

� �������� � # �� �� ��� �) "����� ����� ����� ���� �� ��� �� � �

"����� ������� �� ���� �� � �� ���� � � �������� � � ������ "����

������� �������� � ��� �"���� ��� � ����� �������� ���#� �����

��� � �������* �� � 8�( ��� � ��� �� � �����#�� ������� , ��"�� ����

� ��� �� ��� ���������� ��� ���� ��� �������������� �� � ������� �����*%

Page 91: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

����� ������ � �� � � ���� ��� ��� ��� � ���#�� ��C����� �� ��4�� ����

��� � ������� ����� � #���� ������ ������ � ����� � � �P�����! �����

��� ��� ��� ��� ����� � #������ � ����� �������"� � ����"�� ��� ����

���"�� �� ���� �� ���� � ����"�� ��� ������"�� %6:'*

�� � ��)�� � ) ����������������������������������������������������������������������������������) � )���� � ����) � ����� � )�

��

7�7�6

0��������� � ������ �� ��������� ����� �

-��� ����� ��� ����� ��� ������� ��"� "�� �� � � ���"���"� ��� �� ���

�� �� ��� ��� ���� ������ ��� �����$� ������ ��� ���� ��� ����� ����

���������! � ������� ��� ������� ������ ������$���� �� ��C���� ���

���� � ����� ��� ������ ��� ��"� ��C���� �����$����� ��� �� ����

�� � ��� ����� � � #� ������������ ;�������� ����� ����������� ��������

� "���� � ���� � � � �#��� ���� ������ �� � ����������� ����� �� ��

������� � ����������� ����� �� ���� ������� � � ������� ������ �� �����

���� �� �� �������� ��� ����� ���#����� ���� ������� ��� �������

�����"� ��������� � "���� � ������4��� � ��� � ��� ������$���� �

%6B'� 3�� ������ ���� ���� ��"�� �������� ��� #� �����#�� #� "��� * )������������� �+&� ++� � � � � +)�� ����� � ��� #� �������� ��� � �����

����� ����������� �������� �� � $�� � ����� � �#����� � ��� �������

������ ��� ����� ����������� ����� � 3�.!� ���� � "���� �������

����������� � #������ ����� ��������� ����� &! ��� � ������ ��������

����� +!�

��� 3�.*

- ��)��&

��+�

������$�� * ! ��� ����� & � - � ��� ��� ����� + � - � ���� � �� ����

������$���� � �� � ���#��� ��� "��� � �P������ ���&���+� � � ���)� ���

����� �� � ������ �� ���"�� � ��� ������� ��� #� ������4��� ���

��� ��� #������������ "����� � ' � ������������ "����� � ��� �� �����

� %6B'*

�� � ��&���& � ��+�

���

������& � ��+��+�

���� ��� �� ��� ������ ���� "��� � ������������� ����� & ��� �����

��� #������ ��� ��� ����������� �� � �������� ������� *�

Page 92: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

+� �������"���G � �� ��� � ��� � "������ ����� �������������*

� � &

�& � �+ � +��& � �+�

�� �� ��� � "����� � ������ ��� �� �� ��� ������ ��4� ����� �� ����� #����

� ����� ������ �� �� ��� ��������� ��� � �P������ ��� 3�. ��� ���

����� �� � ������ � ����� ��� "����� ������������� ���� ��� � ������

��������� � ��� ������� ���� ��� ���� ���� ��� ������� ��� 3�. �

��� ���� ��� ����� ��� �����$����� � ��"�� ������������ ��� ������

�������� ��� #� ��������� #� ��� �������4�� �������� #������ �� �������

������ ��� -���� � #�� �������� �+!*

��+ � ���& � ��+���&���& � ��+�

����� �� � ������ #���� � "����� ��� ������������� �� ��� �������

��������� ������� & ��� +� � $�� �������� ������ � � � � ���#��

������������� �� ��������� ���� �� �� � ������ �������� ����������

��� ����� ���� �������� ������ ��C���� ��#���� �� ���� @������ �

��� ��#��� �����$���� ������������� ( �� �� ��� ������ )! �� �� ���

#� � ��������� ����������� � ����� ��������� ��� �������������� �����

�����$������ ������� ��� -���� � #�� ��������� ��� � ����� � ���� ����

�����$����� ���� ��� ��� ���� ��� ��������*

� �& � �+ � )� &

)� (�&�+��+

) � �+( �

��& � �+���& � �+ � +� � �&�+�+(

��� �� �)� (� �& � �+ � )� &� �����#��� � %6B' ���� ������� ��� ������

,8* �+) � �+

( � ���� �+� �� ��� � ������ � -���� � #�� �������� #���� � �

"���#���� � ��� #��"��� �� � �� � �����"����� � ��� � ������ ���

��� � ���� � #�#����� ���� ��� ������� #�� ��� � ����� & ��� #� � ��

����� �� %6B'

5������&��+� � &

& � �+

�&�����'� �

��� � ���� � #�#����� 5������+��+� � & � 5������&��+��

7�7�:

�������� � ��� ��� ������� ����� 1������

��� ����� � ��� ������ ����� #� ��� ������ � �� �� "�� ������ %(8F(+'

���������� ��� ������� �����$� ������� ���� ����� �� @����� ����

������� �� ������ ��$��� #� ����� ����� �� ��� ���� ��� ��� #������

� ��� �� ��� ���������� ��� ���� ��� �������������� �� � ������� �����*(

Page 93: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������ �� ���� ��� � ���� ��� ��� �� � � � �C��� ���� ������� � %A�

()'� � �������� : ����� ����� �� ������ � ���"�� �� ��� # ����� #��

����� �� �� � ��� �� ��� � � � ( �������� ����! ��� � �������� 6

����� ������ ������� #� � ������������� ��� �� �� ��� ������ � ���"��

#������ �� �� � ��� �� ��� � ������ ) �������� ����!� ��� ���� ����

� ���"�� �������� �# �� (F: ����� ����� ��� � �������� �� ���� ����

������� ���� ������ ��� ��� �� ������� #������ &8 ��� (8 ����� ����� ���

����� ��� ������ ������ ���� #���� ����!� ����� ��������� � "���

�����$� � ������ ������� #� ����� ��� ��� �������� �������� ��� ������

��� ������ ������ ����� %&:'� ���� �� ���� �C �� � �����4� ��� ���������

� ��� ����� � ���"�� ��� �� %A� &:� (6'� �� ��� �� �� ���� ���� � �����

��� ��C� �������� #������ ��C���� ������� ������� %&:� ((' ��� ���

���� ��� ���� �� ���� � ��� #� � "���� #� ��� ��������� ������ ���

�� � � ���"�� ��� ��� @� ��� ������� #���� � � ������� ���������

������ �������� ����� ���� ��� ��� ��� �� ���� � � ��� ������

����� �� ����� #���������� ��� ���� ����� ��� ��� �����

��������� ����� �� ������� �# �� :8E ��� ������� � ������ ���� � ���

�� �� %(9� (A'� - � ������� ������� � �� �� �� #� ����� ���� � ��� �

����� %(:� (B'� ��� ������ ���� � ���������� &( ����� ����� ���� �

��� 68 ������ ����� � � ����� ��� 6& ����� ����� ���� � ��� +8

������ �����! ��� �� ������� �# �� B6E &&&H&&:! ��������� � �

��� :(E &88H&&:! ��������� ������ ������ ����� �� � ���� ��� &&:

�������� %(B'� D���� 7 ��� � ����H� �� ���� ��� ������ ���� ������$���� �

��� ������� � ������� �# �� B(E ���� � � � ��"�� ���� � ����"� �����

��� #������� ���� � � � "���� � � � #������� ������� ��� ���

�����"� ��� ������ #������ ��� ���� � �������� ���� ������� ))& �����

����! ��� ������� &&: ��������! ����� 1������ ���������� ��� � � �����

� ����� ��� � ���"�� ������� ���� 0� ��� ��� ������ ����� � ����� �0�

-��� �� ��� %98' ���� ������ ����� ������� � ��� �������� ��#������

������� �� ��� �# �� ��������� ������ 7����� �� ��� ��� �� ��� �# �� �����

� �7����� �� ����� � ����� ����� � 0� �� �0 #��� ���� ��� ���� �

#������ � � � B&E ������� � � ��� B6E ������� ������

������ ����� ������� � ������ ������ , ��"�� ���� ���� ��� #���� �

����� ������� �# �� &(8! ��� ���� �# �� (8! ���� ������ 7����� ���

��� "���� "��� � ��� ��C����� ������ � �� ���� � �� ������ ���

����� ������ ��������� �� �� �� �� .���� )�9 %9&'� ���� $��� ������

��� ������� ��� "�� �� ����� ��� ���� ������ ������ <� ��� ���� ���

�� � ��� �� � ��� ������ 7����� �� ��"� � ���� ��C����� �� ������

� �� ���� �� ���� ��������� ������� �� ���� �� ��� ��� �����������

� � ������ ������ ���� � ���� ��� , ��"�� ������������ �� ���� ���

��� �� ��� ��� #� ����* ��� � � ���� � ���� ��� �� ��� 0���� ��� �

��� � ��� #� �������������G ������ ����� F ��� � 0���� ��� ��

#���� � ��� ��� �� � �� ��� !������ ��� � �����

@����� ���� ������� � ���� �� ����� � ����� ����� � ���� � �#����

������ �������� � ��� ������ 7����� � ��� �������� � #� � ���� ���

��� � ��7����� ��� �� ��"� #��� ��"�� ��� %6(� 9&'� 9B+ ��������� ����

��� #������ ��� ��� ����������� �� � �������� ������� *�

Page 94: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

+8)A � � ������ ����� ��� +8(6 ������ ������ ����� ��"��� ��� 0� ��� �0

� ���"�� ������� ���� �� J������ ��� � � ���� �� ��� �������� �

0��1��� %9+'� ��� � :B 6&A ����� � � ��� &)6 &(8 ����� ������ �����

���� � ����� ����� � 0� �� �0 #��� ��� ��� �� � � ��� ����� �� ������

�����! ��� �������� � ����� ���������� ��� ������������� ���������

� ��� ������ ����� ��� ����� ����� ��� ���� ��"�� ���� ��� ������� �

����� ������ ���� �� ����� � ����� � � ����������� ����� ��� ������� ���

�������� +H) ��� ���������� ��� ��� ���� ��� � ������ ��� �������� ����

��� ���� ��� � ������� �������� ���� �������� �� � ���� ��� ��� �

��� �� �������� 6 8A6 (B) #� � ���� ��� �� ��� & ABA (A+ #� ��� �

����������

7�7�:�# 2�� ����� ��� ���������

��� ������������� ���� ���������� � � ���� ��* ��� ������ ��������

2�� &)! �� ��� � ������� � ���� ��� � �)8 � �(!G � ���"�� � �������

��� � �6 � �9! ��� 0���� ��� � �A � �(8!G ��� ���#� �����$����

��� ��!

* ������ �� ��� � ���� ������ � �� ) �� ����� �� !�/���� � �� ���/����

��,������ "����(; ���� ������ �� �!/

���� � �� ���/������ ��,������ " ���( � 6$& ���� ������ ��� ������

������� ��� � ������ �� ���� 0� � ����

������ ���)��� � ��� �� ������� ��� � ���� 0� ��� � ��� .� ���� ��� ���

������ )�� �������� �� �,��

,��� � �� �� � ��� �� ������� ����

� ��� �� ��� ���������� ��� ���� ��� �������������� �� � ������� �����*!

Page 95: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������� �� ��� � ���"�� � ������� ��� �G �������� ���� �������� 2��

&(! #���� � ���� �� ��� �98 � �&! ��� � ��� #���� ��� � �� ��� �&

� �(6! ��� �G ��� ���#� 0�#����� 00�� �#���� ��� 000�������� ��

��� �9 � �(8! ��� �� ��� "����� ����� 9 ������������� � � ����

��� ���������� &)A( ��������� � � ���� ��� 98 ()+ ����� ����

��������� � ��� ������� ���� ��� -���� � #�� ��������� �� ���� ���

�����$����� ���� ������������ �� ��"�� �� ��#�� )�6�� <� ��� ���

���� ��� �� ����� ������������ � � ����� �� ��� ������ � �� ���� �

�� ��� � ������� ��� � ��+ � B�)� ��� ���� ��� ��7����� ��� � ��� �

��+ � +�9� ��� � ���� ��� � ��+ � +�(�� K��� �����$���� �������������

��* ��� ���#� �����$���� ������� �� ��� � ���"�� � ������� ��� �G

��� ���#� 0�#����� 00�� �#���� ��� 000��������G ��� ������� ���

� ���� ��� ��� � ��� ��� ��� ������� ��� ����������� ����� � #����

� ����� ������������� ��� ������ � ��� �� ����� � 99+ � � ����� ���

+: :(( ����� ���� ���������� ��� ������ ������� � � ���� ������� �

��� BAE� ���� ������� �� #���� ���� �� ��� ����� ���� ��#���� ���� ��

����� ��� �� � 8�9& �� B(E ������� %(B'� � ������ � �� � 8�9)�

7�7�:�& 0������ ����� ��� ���������

��� ������������� ���� ������ ������ ����� ��* ��� ������ ��������

2�� &)! �� ��� #���� � ��� ��� � �6: � �)6!G � �� ��� !����� ��� �

�)) � �A!G � ���"�� � ������� ��� � �9 � �(!G � ���� ��� � �9 �

�)8!G ��� �������� ���� �������� 2�� &(! #���� � ���� �� ��� �& �

�(6! ��� � ��� �� ��� �& � �(6! ��� �G ��� ��� ���#� � ��� � ��

� �� ��� !����� ��� �� ��� "����� A ������������� ������ ����� ���

���������� &):9 ��������� ������ ���� ��� :B AB& ����� ���� ���������

� ��� ������� ���� ��� -���� � #�� ��������� �� ���� ����"����� ����

��$����� ���� ������������ �� ��"�� �� ��#�� )�(�� <� ��� ��� ����

�� ����� ������������� ������ ����� ��* ��� ������ � �� ���� � ��

� �� ��� !����� ��� � ��+ � (�&�G � ������� ��� � ��+ � +�A�G ��7�����

#�$� ��(

� �� 0���� �� �������� ����� �� �� �� ���� ��� �� � ����

��������������� � % � ( � ! *

� ����"����� �+ B�) +�9 +�( 8�8& &�( 8�8& 8�6

# ; �#���� �+ B�) &&�: &)�9 &6�B &(�( &9�9 &9�:

&� +� ) �� ��� ������ �������� � �������� ��� � 0���� ���

� ���� ��� ��� �������"���G 6 �� ��� ���#� �����$���� ������� ��

��� � ������� ��� �� ( ��� 9 �� ��� �������� ���� ��������

#���� ��� � ���� (6 #� ��� � � ��� ��� ��� #���� ��� ��� � (6

#� ��� � � ��� ���� � � ������ ���� 7����� �G A �� ��� ���#�

0 #����� 00�� �#���� ��� 000�������� �� ��� � 0���� ��� ��

��� #������ ��� ��� ����������� �� � �������� ������� **

Page 96: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

� ���� ��� � ��+ � +�)�G ��� #���� � ��� ��� � ��+ � &�8�� @ �� ����

��$����� �� ��� ����� ��� ���#� � ��� � �� ��� ��7����� ��� � ��

�� � ��+ � +�6�G ��� ��� ������� ��� � ���� ��� � ��+ � +�9����� ������ ������� ������ ���� ������� � ��� B9E �� � 8�6A��

��#�� )�9 ���������� ��� �� ����� � � ��� ������ ����� ��� � ��

���� ��� ������ ���� ��� � � -��� �� ��� %98' �� ���� ������ � ��

� ���� � ������ ���� ������� �� ��� ��� � � 1���� �� ��� %(B' ��

���� � � ����� ����� ���� � ���� ����������� ��

7�7�<

3�������� � ������ ����� �� ����� 240

2���� ��� � ������� �� � � �� ��������� �� ��� ���� ������ � ����

����� ����� ��� ������ ���� �� ����� � #� � ����� ��� ����� ����

������� ��� ������� ���� ������� ������$���� � �� ���� �� � "��� ���

� ���#����� � ����� ���� ������� �� ��� ��"�� ����� � ����� ��� �

����� � �� ���4� 5 � �� � � �� ��������� �� ��� ��� ��� �� ��

�������� ��P���� � #��� �� � ������� ��� � ������ #� � ��� ��� ( ��J������ ��� � � � � �� �� "�� � �� �����#�� �� ������� �� ���

� ����� � 4��� �� � � ��� (F&8 #����! ���� ��"� �� �� ����� � �����

#�$� ���

� �� 0���� �� � ��� ����� �� �� �� ������ ��� �� � ����

��������������� � % � ( � ! *

� ����"����� �+ (�& +�9 +�A +�) 8�8& &�8( +�6

# ; �#���� �+ (�& :�& &8�8 &&�) &+�( &+�: &)�9

&� )� 6� 9 �� ��� ������ �������� � �� ��� !������ � ��������

� ���� ��� #���� � ��� ��� ��� �������"���G A �� ��� ���#�

� ��� � �� ��� � � �� ��� !����� ��� �� + ��� ( �� ���

�������� ���� �������� #���� � ���� (6 #� ��� � � ��� ���

��� (6 #� ��� � #���� ��� � � ��� ���� � � ������ ����

7����� ��

#�$� ��!

��� �� � �� ��� �� �� ������

����� �� ����� �� � � ���� ��� �� � � ���� ���! �� � � �"#�

� � @� 8�BA 8�B& 8�B(

� � ;; 8�9) 8�6& 8�9&

������ @� 8�B9 8�B) 8�B9

������ ;; 8�6A 8�)9 8�68

������ ����� +8)A &)( 66B

���� ����� 99+ (8 &&:

� ��� �� ��� ���������� ��� ���� ��� �������������� �� � ������� �����*)

Page 97: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

� ����� � "����� �������� � ��������� � �� ���� �� �����$� ������� �

���� ������� �� ����� � ��� ��C� �� �� "�� �� � ��� ����� ���

�"�� ���� � ���� �� �� � � �� ������� �� ��� �����# � �� ��� �#����

�� ( ����� �� ���� � ����������� ������ 2��� � � �� ��� � ������

������� � ��� ��������� ����� �������� � "����� � ������ � ���

���� ������� �� � � ��������"� �������� � � � �� �� ����� �

� #���� �� � ������� �� ;����� 6 ���� # �� ,�� �� ���� � �����

� �� ������ ������ 5 ��� � � ��� ���� ��� #� ����� ��� ��� ��� ��

���� ������� � � �����

� �"��� ��� ������� � ������� ���� ������ ��� �� � � ��

������� � � ��� ��� �������� #� .������ ��� ,��4��� �� � %9)'� ����

���� ��"��� ��� ����� ���� � ����� #���� %96� 9('� ����� ���� � %99�

9A' ��� ����� ����������� ��� ����� %9:' �� �� ����� ���� ��� ���

���� ��� �� �����"��� ����� &: ���������! ��� ��� ��"��� � #���� ���� ���

� ����� #� %9B'� ��� ������ ��� ������� ���� ��� � ���� ��� �� ���4�

� � � ���� (8E ��� � � ��� ���� � ���� � ����"� ��� �# ��

& �� A88F&888 #�� <��� ��� �"���� ��4� � ����� ���� #���� � �

���� (888 #���� ��� ���� ����� ������� ������� ��� #����� �� ������

�����$������ � � ���� � ����"� ������� �� ���� ��� � � ���� , ��"��

����� � ���� ��� #� ���� � $�� ��� � � �� � ���� � ��� ����

��������� � ��� ��� �����# �! �� � ��"�� ( ����� � � ���� ������ ���

� ��� ( ���� � �� ���� ������� � ��� ������

<� ���� �����#� �� ��� "�� "��� � ��� � � �� �� ����� � � �

��� �@@< ��������� � @��� @���� < ������ ����� ����� ��� � ���

� ��� <������� %+(' ����#���! %9:' � ��� ������ �������� ������

���� ��� #� ���� � ������� ����� ��� � � �� ��� ��� �� ���� "��� �

�� ��� ��������� ���� ����� ��� ����� � � ��� ��"� "�� ��C����

�������� ������ ��� ����� � ��� ��� �����4�� ���������� 5 ������������� � � �� ��������� ��� �������� #� ��� "���� �� � � ������

����� ��� 1���� ���� # � ������ ����� %A8' ���� ��� ����� �� �� ���

� ��� ������� �� � "���� ��� ����� � � ��� �� ��� ������� ����

���� �� ��� ��� ����� �� ��"���� ��� ������� ��� �� �� � � ���

��� �� ��� �������� ��������4� ����� @����$���� ������������� # ��

� ��� ��� #� ����������� �������� �� �������� �� ��#�� )�A� >�����

-������ #�� ��������� ��+� ����"����� ������������� �J��� ��� � ��

��� ����� � ������� ��� ������ � � �������� ���������� ���� ������

��� ��� ������� ���� ����� � � ��� ��"� ���� ����� ������ ���

���� ���� ����� � � ���� 5 #�#�� ��� ����� � � �� � �������

� � ���� �����$� ������� ��� ���� #� �������� ��P���� � ������ #� ���

���������� �� ���� ���

��� �� ����� � ������� ��� � ��� ��� ������ � +88 � � ����

����� ��� � � �������� �� ��� ������� ���� <� � "��� ��� ������� "�����

��C���� ��"��� � ����� �������� � � ��� �� ��#�� )�:� ��� ����

��� ������ � � ������� ����� � � �� �� ����� � � � �� ���

������� ��� �� � ���� ���� �� ����� � ����� � ��� � "��� �����"���

��� #������ ��� ��� ����������� �� � �������� ������� *�

Page 98: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

����#��� �� ������� �� ������ ��� �� ���� ���� (88 #� � ��� �� � ������

B8E ��� ����� � � ��� ��� #� ������$�� �� ��� ���� �# �� +888 #��

����� ����� "���� ���� ��� � ��� � ��� ���� $����� � �����

�������� ��"��� ��� "������ � � �� ������� � ��� ����� ��"�

#��� ��#������� K��� �� ��� %9B' ���� ����� ����� -�� " ������ �� ����

��� ��� ��� �������� ��� "�� ��� ��"� �� ������� ���� ������� (8E

��� � � ��� �� ��� .������ ��� ,��4��� �� � %9)' � � �� ���� �����

��"��� �� ���� � ����"� ������� � �"�� :6B #�� ��� �� "��� � �@@<

��� �� ������� 6+E ���� � ���� � ����"� ��� &HA:B #�� �� ��� ���

� ��� 5 � �� +�8! ��� �������� #� /������ %A&' �������� � � �#��

���� � ����� ���� �� ��� ������� ��� ������ 5 � �� +�8 ��� ������

� � � ��� �� ��� � ������ ���� "��� ��� ��� ����� �� )( B)A #����

� ��� ��� � ��� �������� ��� ( �� �� � � �� ����� � ��� ���� �����

��� )8 ���� � ����"� � � ���� ��� �"���� �������� ��� ��� �� ����

�������� � � �� �� �# �� &&( #�� ��� �@@< � ��� ���� ��� ����� ��

#�$� ��*

�������� ����� �� �� �� ������ ��,������ ���� �� ���= ����� �� ����� ��

����� ��������

���������������� �$ %�� &�&��

���������

�$ %�� &�&��

���������

� ,�������� �+88 � �6( +�9 &�6 �&88 � �&!� ���� # � �� � )�6 8�B� ������� � ��� �@@ 6�& 8�A� ,�������� �& � �68 8�B� @�&�� �� � ����� 8�B� ���� $��� � ���� � 8�A� ;�0 � ����� &�6 8�A� @�������� �+88 � �&88 8�) 8�A� - �� ������� -�! �+88 � �& 6�( )�+� �����H��"���� -� �&88 � �& 6�8 )�) �&88 � �&!

� ��� -���� � #�� �������� &&�+ 6�)

���#� � � ���H� ��� � ��� +8)H6888 &B)HA6 888

#�$� ��)

������ �� ������ ���� 0�� �� �� ���= �����

&��� �% �������� '����� �% ���� ����� ������� � ��������� � %� �� �������� ��� ��

����� &8& B:E &888

B8E ++88

A(E )688

(+E 9&88

����� B9 (+E (88

68E &888

� ��� �� ��� ���������� ��� ���� ��� �������������� �� � ������� �����)"

Page 99: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

� ������ ��� ( � � ��� � ����� )( ���� � ����"��� #�� �� �"���� ����

����� #������ ��� �������� �@@ ��������� � ���� ����! ��� ��� ��� � �

� �� �� 7��� 6 #� + �������� �������� & ���� & #� ����� & ���� ( #� ����

��� ��� ������� � � �� ��� �������� ���� &( #� ����!�

7�7�$

�������� � ���/0 ���

��� ) ������������� ��� � ) �D��! ��� ��"��� ��� ������� ����� ��

�C������ ��� � ����4��� �� ���#����� ��� �������� � ����� %A&'� ��� ��

��� ����� ��� ����� ����� ) ����� � �������� ����� ��" �"�� ��� ��� �

����� ��� ����"��� �� ��� #� ��� � ����������� � ��� ������� ����"���

� ���� %A+� A)'� ��� ����� � ��������� ��������� ��" �"�� ��� ���� �

��"��� ���� ����� ���� � ������� %A6'� ��� ��������� ��������

#������ �����$� � ����� �� �������� � �� � ���"�� ��� ��� ���

���4�� �� � � �����"� ���� � %A+'� ���� �� ���������� ��"� �"�����

���� ����� ��� ��������� ��$���� � ) ��� ������� ���� %A+� A(' .����

)�A!� ��� � �� � ���"�� �� ��� ������ ������ ��D��� � ���� ������!�

�������� &8F)8 ����� ����� ������� ��� ) ������"��� ����� �# �� B8E

��� ��������� ����� ��"� � ����� � �� ���� ������� �� ��� ������

��� ������� ��� ��� � ������� �������� �� ��������� ��� ��"� � �

#��� � ���� ��������4��� � ������� �������� �� �������� � �����

������ ��� �������� (8 ����� ����� ) � ��� ����"��� ���� %A9'� ����� ����

����� �� ��� 0D D ���� ���� ��� ��� ��"� "�� �� #��� � �� ���

�� �� ��� � ���� ��� K� ��� #���� �������� � ����� �� -�3������ �� ���

%AA' ��"� ��������� � � ������� ��� � ������� �������* =0D0DD==�

��� ��*

��,����� ����� �� �� �������� �� ���� �� ����/� � �����,�������

��� #������ ��� ��� ����������� �� � �������� ������� )�

Page 100: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� �P������ � ����������� � �� � ���#� ����� ��� #� ��� ���

������ #� ��������� ������� ��D���� ����� �� �������� D����

%A+'� ��� ����� ��� ��������� ��"� �� �������� � ����� ��� ������

� �� ���� � ���� � ����� ������4��� ��� � ����������� � ����� �� =��� ��

��� %A:' ��"� � ������� � ����������� �������� ����� ��� ��������� ��

��� "������� ��� � ���� ������ �� �� � ����������� ���� � ������

��������� ������ �� ����� ��� ����� � �����������! ���� �� � �

��" �"�� �� � ����������� �� ���� ��� ���� � #��� ; �������� ������ �

��� ������� ���� ��� ������ ������ ��� � #��� � ; ��� ������

� ��� � ������� ����� �������� ���� ;������ �H;! ��� #� ������ ��

� � ������� ��� � ���� ������� / ������� �� ��� %AB' � �������� � ����

����4�� � ������� ����� ����� 9) ��������� ����"���H� ����������� �

����� �� "���#��� �������� ��� �������� ��� ����� ��� �#� ����

��������� ������� �� ���� ���� � ���� �� D���� ���� ����� ���� ��"�

� "���� � ������������"� ������ �� ����� � � ����������� � ��

�� ��� , ��"� ���� ���� � ��� � "�� ���� ���� � ����"� ����

@���� " ��� @ � "��" ��"�� ��� � 3�. �� ����� � ����� � ��� � ���

� ������� ��� �������� ) ��� ������� ����� ��� OO����� II � ���� �������

��� �������� � 0��1��� >��� � :+!� ) ��� ������� ����� ��� �����

� ��� ����� ��� ������� � �������� � �������� � ��� � ���� ������

�� ��� ����� ��#��� 5���� ����� ��� ����� �� ����� ����� �� ��� ���

������� � ������� �&88� �+88! � ��� ��� ������� �"����� #� ��� � ���

� ������ ����� ��� #�� �!� #�� � � �������� � � ���� ����� �� ��� �����

��#��� @�������� ��#������ � 0��1��� #� � &BB6 ��� �������� � ���

������� ��� ��� �� �� ��� &BB6 � ��� ���� ���� �� � ����� ���� ��� +6:

� ����"� ��� (A8+ ����� ����� �� ��� ������� ��� ��� �������"��� &)& ���

&699 �� ��� ���� ����

7�7�$�# 0 ���� �� ��������� � � �/���� ��� ���

�� ��� ������ ������ �� ��� � �� � ���"���"� ������� ) ��� �������

����� �� ��� � ������� �� ��� ���� #� �� �� � � ����� �� ����� � ����

�� �� ���� ��� ��� ������ �� ������ � ���"��� "������ ���� ������ ��

#��"��� . �������� �� ��� ������� ��� 6) +6: � ���� ����� ��"� ����

��� "������ ������ ���� �� ��������� � � ����� ���� "������ ���

� ���� � ������ ����� �� ���4��� ���� ������ ��� #��� ����� ��� ���

������������� ���� �� � ����� ���������� ��������� ������ � ���� ��� ����

���� �� ��� ������� ��� � ������� ��� �� ��� ��$��� �����"� � ���

� ���� � ��� � ���"���"� ������ �������� .���� )�A!�

��� -���� � #�� ��������� ���� ������������ ���������� � ���

������� ��� �� ��"�� �� ��#�� )�B� ��� � �� �����$���� ������������ �� ���

�� � ��� ������������ ��������� #� ��� � ���� � ������ �����!� �����

��������� ��� ��� ����� �������� �� ��� �� ����� � ���� ������

������!� ��� ��� �� � �� "����#�� ������������ �� ��� ��������� ����

�������� ��� � ������� �9 � �&88! ��� �� ���� ��� ��� �������

� ��� �� ��� ���������� ��� ���� ��� �������������� �� � ������� �����)%

Page 101: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������� �#����� ��� 0����� � ������� ������� ����� ������������ +! ��

"�� ����� � �#����� �� ���� ��� ��� ������������� �����$������ ��������

��� � ��� -���� � #�� ���������

��� ���� � ��� #��"��� � =��� �� ��� %A:'� �� ���� ��� ��� ��� ���

������ ������ ��� ��� J������ ����� ������ K��� ��������� ���� � �� �

���� ������� � �� ����� �� ��� � ������� �� ���������� � ���� ������

� ��� ��� � ������� �� ���������� ��� ��� ������������� .���� )�:!

��� ��� "���� ��� ����� ����������� ����� �� ��� ����� �� ��� �� ���

�� ��� ������� �� � #��"�� ��������� � ���� ������� �� ��� �������

���� ��� � ���� ������ ������ ����� � "���� � ����� �� � ������� � ���

� ������� ���� ;�������! ��� � ������ �� � ��� "������ ����

��� ���������� @��� "������ �� ��� #��"�� ���� � � ��������

�� �� ����� ����� ��� ���� � ��� ������ ����� �� � � � �����������

������

�� ������� ������������� � ��� � ������� ��� � ��� ������

�������� �� � � �� ����"� ���� �� �� � ��� ������� ��� �� @���

�������� ������������� �� � ���� ��� ������ � �� ���� � ��� �������

��� � ������� ��� �� �� ���� �� ��� �������� #������ ������ ������

��� 0����� ������� ����� �������� ��� ��� ����� ��$���� � ���� �

�������� �������� �� ��� ) ��� ������� ��� �� ��� ������ ����� ��������

��� ����� ��� #������ � �����"� �������� �� #������ � �����

������ �� ���� � ����� ������4��� ��� � ����������� � ����� �� �� ��

� �� ����� ���� ���� �� ������ ��� �������� ��� ��� � �� ������ ����

���������� � ���� ���� ��� ���

��� ��� ���� ) ��� ������� ���� ������$���� � �� ����4�� �� ���

5K3=�, � ��� ����*HH��� ���������������!� .���� �� ������� ���

������ ������ ����� ��� � ���� � ������ ����� ���� ��� ��� ������ ��

���� �� � ������ ��� "���� ��� ����� ����������� ����� � ��$��� #�

��� ������������� � ��� ���� ������� ��� � ���� ���� �� �������� � ���

#�$� ���

� �� 0���� �� �������� ����� �� �� �� ����/� � ����

��������������� � ( % � � ! ) *

����"����� �+ A�9& )�69 8�8& +�+A 8�66 &�9& 8�&9 8�&A

; �#���� �+ A�9& &8�A: &&�9A &+�)9 &+�9: &+�BA &)�8B &)�&

& �� ��� �� � � ���� � ������ ����� � ���� ������� + �� ��� �� �

��� � ���� � ������ ����� ��� � ������� 0�H����� ��������

) �� ��� �������� #������ ��� � ���� ������ ��� ��� �������� � ���

����� 0�H����� �������� 6 �� ��� ��������� ���� � �� ���� � ���

� ������� �9� �&88! ��� �� ( �� ��� ��������� ���� � �� ���� �

��� ������� �&88� �&! ��� �� 9 �� ��� � ���� ��� ������

� �� ���� � ��� � ������� �9� �((! ��� �� A �� ��� � ���� ���

������ � �� ���� � ��� ������� �(8� �&! ��� �� : �� ���

� ���� ��� ������ � �� ���� � ��� 0�H����� � ������� ��������

��� #������ ��� ��� ����������� �� � �������� ������� )�

Page 102: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

"���� ���� ����� � �� ����� ���� � �� ���������� �������� ����� ���

�� ������� ��� ���� � ��� #��� ��������� � � ��� &)& � ����"� ���

&699 ������"� ������ ����� ��� � � ���� �� �������� <��� :9E � ����

��� �� �� �������� � ������ ��� ���� � � ����� �������� �����

�� �� ��� �������� �����$����! �� (&E ��� ��� � ����� � � �P����� ��

8�9+�

/ ������� �� ��� %AB' �� ��� ��� � ���� ���� ���� � �� ��C����

����� ��� � ���� ������ ������� �� � ��� ����� �� �� ��� � ������ : B

��� ����� ���� ����� � ��� ������� B9: ������ ��� ���� ������ <� ��"�

������ ��� 5K3=�, � ��� ���� ��� ���� �������� ��+ ��� �� ���

: � ����� �������� ����� �� ��"�� ��� 6 ���� ������ � ������ ��� "��

���� 5 ���� �� ����� � ��� ������ �� ����� � ��� �������� ����

�������� ����� � �� 5 ����� � ��� %:8'� ���� � ��� ���� � ���

5K3=�, ������� � ���� � ��� �� ��� $�� ���� ��� ������ �����$���� ����

#�� ����������� ��������

��(

���� ������������� ��������

- �� ���� ������� � ������� � �#��� �� ���� � �# �� ����� ��� �������

��� ��� ���������� � ���� ��� ��� � ��� ��� ��������� ��"��� ��� �����

��������� ������� �� �� ��� � ��������� ��� � ��� @K�.��� %:&' ���

�������� � ������ ������� �� �� #���� � � � � ����� ��� 1�� ? " �

,����� %:+' ����������� � ����� ��� �F�� � # ������� �� ����� ��

��� ������� ����� ������� �� �� ������� � �� # �� ( �� ��� ) ��������

7����� �� ��� �� ��� � ��� ������ ���! #� ��� @K�.��� � ���

������ (BE ���� � �����$���� +8E� � ������� � ������� ��� ���

��������"� � ��� ����#���� ��� ���! ��� ������� #� @���� ��� @� �

&BB)! � ������� �� � ������� � �� ��� 0���5��� ��� ����� �� �� ��

��4�� A9E ��� ������� �� ��� #�� ��� ������� ��� 69E �� �� ���

������� �������� ���� ������ � ����� 0��1��� ���� ���������� ,2QK�

,���� 2QK�! � ��� %9&' #���� � ����� ����������� �������� ��� ���

� �� ������� �� ����� �� � ������� � ���� �����

3��� � ���#� ������ ���� ������� � � ���� ��� #��� ��"�� ���

� �����#�� � ������� ����� ��� � ���� ��� �� ��� ��������#�� ����

��������� ��������� ������ � �#����� �� � �����#�� �� �� %6A� 99�

:)� :6'� ������� � ������� ��� ��������� �� � ��� ���� � � $��

�� ������ � �#����� � ���������� �� �� %6(� :(� :9'� ���� �� ��C����

� ��� ��� ��� ��������� #� @���� ��� @� � %69' �� 0���5���

��� ���� � ����� �� ����� � # ����� � ���� ��� ��� 0���� ��� �

���� ���� � 0������4�� ,����� -�� " - ���� 0���� �� ������ �� ������

� 0���5���� #�� �� #���� � � �� �� � #�#������� ���� � %:A'� ���

.02�2, .��� 02�2 �� ,����! ��� ���� �������� ( ��� ������� ��� ) ���� � ������$���� � ����� ����������� ����� �� ��� ������� � ����

� ��� �� ��� ���������� ��� ���� ��� �������������� �� � ������� �����)(

Page 103: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� ��� ��� %9&� ::'� � � ��������"� ���� .02�2, ��� ��� ���

���� $����� ��� ����� ��� #��� ����� �� #� 1���� ��� 0��� %:B'� ���

.02�2, � ��� ��� �� ��� #��� �� ��� ������ � �� ��"��� ��� �����

�� � ������� � ������� &8E ����� ���� ��� ���� ��� ��� #��� ��"��

������� � ��� � ���� ��"��� ��� ���� #��� �� ����� .02�2,

��� �� �� #� ��� ��"�� ��� 0���� %:A'�

���

2� ���������5� ��� ��$�$��� ��� �������� �� �������� ���� ���������

�������� ��� ��� �� ���������� � 7���� ������� ������� ����#����

���� ��� ��� ����� �����$����� ��� ����� �#�� � ������� ���� �����

��� ��� �� ��� � ����� ���������� ��� "���� �������� �� ���� �

��� #� ������� � ������� ���� �� ���� ������ � �"����#����� ���������

����� � ������� ����� �������� �� ����� ���������� - � "�� ��� ��������"�

���� ������ � O ��� ���I ��� ����� ��� �� ��� ��� � ��� ����������

� � ���� � � ������ ���� ���� "���� ������� ����� %B8'� ��� #��� ����

����� ���� ������� � � ���� ������� 0������ %)+' ��� .������ %+&'

,-- #����� � #�#������� ��� ���! ��� .����� �����������"� ��� ���!

%)9'� ��������� �� ���� �����#� � ������ ������ ,-- #���� ���� ���

����� � $�� ����4�� #� ��� ,������ � �� %:A� B&'! �� ��� � �� ������

�������� � � ���� � ���� ��� �������#���� ��� ��� ��� #� � �������

�� � �������� ���� ���� ������� � � #�#������� �� � � ����� ��� ��� ����

7�9�#

+������� ���� ��������� � ��� ��� 6++ �������

� ���� �������� ��� #� � ������� �� � �������� � �������� +� ����

������� �� ��� ��� ��� ( � ��� ) ������������� ��� �� ��� ��� ��������

����� �������� ��� #� � ������� �� ��C���� �������� ������� ���� ��

)( ������ �����#��� ��� ����� ��� ���� � ��� � �������� ����� ��� ��

"��� ������ �� � ���#�� ���� � ���� �� .���� )�:!� �� ��� ����� ����

������� � ��� ����� � ��� ���� ( �� ��� ) ���� �� ��� ��� ��! �� � �

� �������� #������ ��� �#����� � ���� � ���� ������������� ��� ����

� �� ������� ���� ������� �� ��� ���� � � � � �� ��� � ����

���������� ��� �������� +A ������ ������� 9 �� � ������ $��� ���� ������

��� ) ����� ������� �� �� �� ) � ���#�� ������ ���! ��� A � �� ����

������ ) ��� �� � �� ���� ( �� ��� ) ��� � �� ��� � ����! �� ���� �����

���� � �� ���� ��������� ��� �� ��� ����� +A ������ �� � ������� ����

� ��� � �� �� .���� )�:� ��� ����� ������ ������ �� � ������� ����

# ��� � ���

��� �������� ���� ������� ��� #� � ������� �� �� ���� ���

������H�������� ����� � � ��(&� +&�� �(+� ++�� � � � � �($� +$��� ������ ��� �����

���� ���� � #�#����� ��* � �� ��������� * ��� ���� � � �� ������� "�

��$ %������������ ��� ���&�&������� ���������� ��� � ������ ���� ���������� )�

Page 104: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� � ���#�� ����� � �� �� � �� ������ �� � �� ��������� ������ �����

#��� �������� ��� #��"��� �� %B)'!*

��* � �� � ��(&��$�&

��&

��+� ��+��� (������+�� (�����(��&� (��� �

� ��+� ��+$�� ($�����+$� ($�

���� ��(&� �� ��� �� ��� ������� ����� � #�#�������G ��+� ��+&�� (������+�� (��

��� ��)

* ����� ��,����� ����� �� ��� � ���

� ������ � ���� ������ �� �� >� �

� ����� ���� �� ���� �����%

������ ���� "� � '� #� & � ��� 7 ���� ���� ����� ?�.(� � ��� ���/��� �� �����

�� >9@>7 � 9 �/ �� 7 �/ ����� �1���� �����/��� �� ������

� ��� �� ��� ���������� ��� ���� ��� �������������� �� � ������� �����)!

Page 105: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� ��(��&� (�� �� ��� ����������� 7 ��� � #�#������� ��������� ���

��#�������� +� ������ � �� ����� (� ��� ��������� � ����� �� &� ������

��"����

@�������"� ������ ���� ,-- � ��� �� ��������� ����� ��� ���� �

��� -�� " � ���� ���� ������� � �������� ����� ����� � �������� � ����

��� ��������� #���� � ��� ������� � ������� ���� � $����� ���

������ ���� ��� ������ #��� ����� ��������! �� ������ ��� >���#� ��� �

���� %B+'� ��� ��� ���� ������ � ��� �� �+�+" ��������� ���

���� � �� ��� ���#� ������� � �� ��� � ����� ����� � ��� " �� ���

�������� ������ %B)'� � ������ ��������� ��� ��� ����� #� 1��� %+:' �

����� ��� ���#� ������ ��� ������� � ������� �� #� � ������ � ��

� ���� ����� ������ ���� � �� ����� �����#��� �� <� � ����� �� ��� ���

��� ���� ���� $����� ����� ���� ���������� ����� ��� ��������� ���

��������� �� ��� 0������ � ��� %)+' ��� ���� ���� �� ��� .������

� ��� %+&'� @���� ��� "���� ���� ���� � ����� ��� ���������� �����

� ��� ���� ��� ; ���� ������* ������� � � � ����� �� ���� ��� && "���

�#���� � ��� ����� � ��� ��C���� ����� � ������� �� ���� ���� � ��

�� ����� � � �� �������� � ���� � �� ������ ��� ������� 7 ��� � #��

#����� � � ������ �� ��� ����� ����� � � "� � �� ��� � ��� ���� �����

��$��� #� � � ���� ����� � � ��� ������ ���� � ���#�� � ����

������!� ����� �� ������ �� �����4�� �������� � ���� ��

3�� �� ��$�� ��� #��� �� � ������� 7 ��� � #�#�����! ��� !� ��� ������

���� ��� ��#�������� �&� !� ����� ���� �� ����� (� �� � ���� � !� 3�� ��

��"� � ��� �! � ���� ������ �F$F� ������� �.$�� ������� �� � ���� ��

��$� ��� ������ �� � ���� � !� ����� ��"� ��� ��"� �� ������ �/$�� ���

������ �����#��� � ����� $ �� ��� ��� #� �$�.�� ��� �������� � �����

��� #� ������ �� �� ��*

�������'�����

���&� � ������&�)�� � � &� � � � &&�

&��������

��� !� &� � ���

��� !�)�����!�&��

���$ ��!

�����$ � &��& � )/$�/$� $ �$�.$�����$� !�$� � )�����!�&��

� � &� � � � &&� ! � &� � � � � "� &�

�����������

���"� &� � ��� ���"�����$ ��!

�����$ � &��& � )/$�/$� $ �$�.$�����$� !�$� ��

� � &� � � � &&�

��$ %������������ ��� ���&�&������� ���������� ��� � ������ ���� ���������� )*

Page 106: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

. ���� ���� �� �� � ��� � ���� � ��� ���� ������� � ������4��� ���

����� ��� � ��� � ��� ������ ��� ������ ���� �������! #� � #����

������� � ������ - �� �������� ����� ������ �� ��� #� ����������

� ��� ������� ��� �� �� ���� ��������� ������� �� �� � ����

������ ����$� !� �� �� #���� � ��� � ��������� � ��� � ����� � � � � ����

�� �� #�� � ��� ������ � ����� ������ ��

0������ %)+' ��� ��� $�� ��� ���� � ������ �������� ����� ��� ������

@�"��� ������ ,--�#���� ���� ������� � � ���� ��� ��"�� ��� �����

�� �� ���� >��� %B6'� ,--���� %B('� .������ %+&� ))'� � "����� 0����

%:A' ��� 0���-�� %B9'� .������ .��� 02�2@ ,��! �� ������� ���

� �� ������� � ���� �� �� ��C���� � 0������ �� ���� �� ��� � ���

���� ������� ������ ���� ���� �� ������ ���� ���� ���� �� �! ��"� � ��

��"������ "� � ����� ���� ���� �� � ���� � ��������!� �� � ��������� �

���� ���� ����� ���� ��� ������ ����� ��� ��� �� � ����� ��� ������� ��"�

�� ������ ��� �� �� ��������� � ��� ��"� ����� ��� ������ ��� ��

� ������� ��� � ���� �� �� � ������� �� ��� � �� � � #�#�������

�� �� ��� ����� ��� ��� ��� ��� ���� � 1����I ��� ��� �� � ������ ���

� ���� �� �� � ������� �� �� �� �������� � �� ���� �� 0������� ���

� � �� ����� � ����� � �� #���� � � ��� �� �� � ���� � �����$�

,-- &)! ������� : ������ ������ �����#��� ��C���� � ��� ������

����� ���� �� 0�������� .������ � �� ���� ��������� ������ ��������

���� �������� � ��� ������ ���� �� ������ � � ������ ����� ���

������ ��#�� ���� � � � � ������ ���� ; ���� � �������� ��� ����������

��������� 6 �� �� ���� �����! ��� + �� �� �� ��� �������!� ���

�� ���� .������ �� ���������� ����� ��� ��� ����� "��� � ��� �

�������� ����� � ��� ������ �����4�� ��������� ��� ������� � �# �� :88

����� �� )6 -1 ;� � � �� ++ �������� ����� �# �� &�( ������� � �

��������� � ���� 2>9 ��� ������ .������ "��� ��

7�9�&

������ $� �� �������� ���� ��������� �������

.02�2@ .��� 02�2@! �� ��� �������� ���� ������� � � ��� #���� �

������� � �������� �� ���� ����������� ������$�� � ������� � ���

�� � ����������� @����� ����������� ����� �� ��� ��"�� ��� ��������� ��

.��� .��� 2� �!� .����� .��� 02�2! � ������ "��� � � �����4�

����� �����! ��� �����#�� �� ������ %)(� 9:� ::'�

��� �� ���� ��7 ����� �����#� �������� ��� ��� ��������� #� ���

.����� ��� ����*

%& �� �� �� � �� � "�� � �� ������

� )88 �#! ��� ���� �� � � ���� ��

�� #��� � �� ���� � ��� � �� ���� �����

� ������ ���� ��� � ���� �������� ����

�� ��#���

� ��� �� ��� ���������� ��� ���� ��� �������������� �� � ������� �����))

Page 107: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

&! ;���� � ���� � ������� �� ��� ��������� ��� K�.�* ��0 � � � 0�� �0 � � �

0�� �0 � � � @� � ���� �� �� �� �� ����� ���� ��� �����$� ����� ���

��������� � 0; � ����� 6 � ���!G

+! .��� ��� ��� � �����#�� �� �� ���� ������� � ��� �� �� 0��� %6&'

�����#�� �� �C����"� ��� ���� $����� ���� � ���� .����� ���� �

������ "����� ��� ��� ����* K�� ��� �� � ���������� ��� ���� �

���� ) ����� � ���� ��� 0 ��� � ��� $�� � ��� ���� �� � ������ ����

�� � ��� ��������� �� ��� ���� � �����#�� �� �� � �#����� �! �����

����� #� ���� �� � ����� ��� ������� � ������� ��� ���� �������

� ������ ���� ������� ����� ���� �� � �� � ���� ��� ���� ) ���������� ������ ������ �� ��� ���� � ���� � ����� ����� ��� �����

��� ������� �� � ����!�

)! ���� ��� ��� ��� � � �� � ���� �� �� � ��������! �� �������

�� �� �� ���

��� �� ���� ��� ��� ���� � �� ��� �������� ������� ���� ��� ���

������ ������� .����� �� #���� � ��� ����� ����������� ����� �� ��"���

��� ���������� ������ ������ �� ��� � � �� ��� � ���� ����� %9&� 9:'�

<� � ����� ����� ����� �� �� ��� �� ���� ����� �� � ��� ����� ��������

������ �� ��� ���� �� �� � ������� ��

7�9�&�# �������� �7� ���������

. ������� ��� � ������� � �� � ����� ��� ��� ������ ���� �� �

��"�� �������� ���� J����� ��� �0 � ��� ���! ��� 0� � ��� ����! #���

���� �� � ������� ������� �� ��� ��� ������� ���� �� �� �� �������� ��

.���� )�B� ��� � �� ����� ��� �� ����� � ����� � ������� �� �

��� ���

* ����� ����� ��� �� ��� �� ��� 0�� "(% ����� "�(%��� "�( �� � ���� ����� �������� �� �� ���������� ��

����� � �� ����� ����

��$ %������������ ��� ���&�&������� ���������� ��� � ������ ���� ���������� )�

Page 108: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������� � � ����� ��� �������� ���� �������� �� ��� � A8 #� �

��� ��� ��� � ������� ��� � ��� �G ��� "���� ��� ������ ������ ����

�� ����� � ����� �� ��� �������� ���� �������� ��� � ���� K�.�

��� "���� ��� � � ������ ���� �� ����� � ����� � ��� ��� �������� �

���� �������� ��� � A8 #� � ��� ���� � ������� ��� � ��� �� ���

"����� ( ������������� ��� ���������� B(+ ��������� �� �� ���

9B8 A&6 ����� ��� � ������� ��������� � ��� ���� ��� -���� � #��

��������� �� ���� �����$����� ���� ������������ �� ��"�� �� ��#��

)�&8� <� ��� ��� ���� ��� �� ����� ������������� �� �� �� ��� "�����

�� ����� � ����� �� J������ � � ��� ������ ������ ����� �+ �&(�86 ��� �+ � &+�89� �������"���!� ��� ������� K�. #���� � � ����

��� � ��� �+ � &�6A ��� ��7����� ��� ��� � ��� � ��� �+ � 8�6& ���

���� ��� � ��� � ��� �+ � 8�&:�

��� ������� ��� ����������� ����� � #���� � ����� �������������

��� ���������� � ��� �� ����� � 6(& �� � ��� +69 9B) ����� ��� �

��������� � ��� ���� ���� ��� ������ ������� ����� ������� �� �

������� � �� AAE ���� � �����$���� ABE� �� ��� ��"�� ����"����� ���

��� ������ ��� �������"��� �� � ������� � �� :BE ���� � �����$���� :BEG

��� ��� �������"��� ��� ��� � ������� � � ���� �� �� B:E ���� � �����$��

��� B:E� ���� ������� �� #���� ���� �� ��� ������� � ������� ���

����� ���� ��#���� ���� � %69'� ����� ��� A(E ������� ��� �����

������� �� �� ������� � ���� � �����$���� 9AE� ��� ���� � ��� &+E

��� ���� �� � ����������� ���� ��� #���� ��"�� � ��� �� � ������� ��

7�9�&�& 3�������� � �������� �7�

.���� )�&8 �� �� ��� ������������ ��� ���� ���� �J������ ��� ���

��� ���� � �� ���� � ���� J������ ��� �� ������ #���� � ��� �����

���� ����� ���������� � ����� ���� ��������� %BA� B:� BB'� ��� ����

��C������ �� � �� ���� � ��� ���� ���� �� ��� ��"�� ����� �� ������

����� ��� ���

#�$� ���"

� �� 0���� �� �������� ����� ���� ����� �� ��� 2���� �� �� # �� & � ���

����� �� ���� �� ������ � �� ����� � �� ����� ���; 7 � ��� ���������� ��

��������� �� �� �� ��� �� �� ������ � ���� �� ��; 8 � ��� ���������� ����������� �� �� �� ���� :' �� �� �� �� ��� ���� �� :' �� �� �� �� ��� ��� ��

������ � ���� �� ���

��������������� � % � ( �

� ����"����� �+ &(�8 &+�& 8�6 8�+ &�(

# ; �#���� �+ &(�8 +(�) +(�: +(�: +(�B

� ��� �� ��� ���������� ��� ���� ��� �������������� �� � ������� ������"

Page 109: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

7�9�&�&�# � �/�������� �7� ����� ����� ���������

. ( ���� � ������� �� ��� ��� ������ ���� �� � ��"�� �������� �������

���� �� ��0 � � � ��� ������ ���� � 0� ������� ���� ��� � ������� ��

� ������� $�� �� ��� ��� ������� ���� �� �� �� �������� �� .���� )�B�

��� � �� ����� ��� ( ���� � �� ����� � ����� � �������� ��������� �

���� �������� �� ��� �&(8� �&8&!� �&88� �(&! ��� �(8� &! ��� �� �

��� ��� ��� � ������� � ���� ��� �G ��� �"���� "���� ��� � ���� ���

������ �������� �� ��� �&(� �&8! ��� � � ��� ��� ��0 � � �G ����

����� ���� �������� ��� � ���� K�.� ��� "���� ��� � � ������ ����

�� ����� � ����� � ��� ��� �������� ���� �������� � #� ��� � A8 #�

� ��� ���� ��� � ������� � ���� ��� �� ��� -���� � #�� ���������

�� ���� ��� �����$����� ���� ������������ �� ��"�� �� ��#�� )�&&� ���

������� ��� ����������� ����� � #���� � ����� ������������� ���

� ������ � ��� �� ����� � )&+ ��� $�� �� � ��� +69 9B) ����� ��� �

���������� ��� ���� ��������� ��� ������� ��� ( ���� � ���� �������

������ ��� �������� ���� ����� ��� ������� ��� ����� $�� � ����

��� ���"

.��� ��� ���������� �� �� ���

����� �� � �����

���������� ��� � ���

9 �/ "���( �� 7 �/ "������(���� �� ���� ��� �����

�������� ��� ����� ��

�� ��� ���������� ��

� ��� ��� �� ��,�������

��$ %������������ ��� ���&�&������� ���������� ��� � ������ ���� ���������� ��

Page 110: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�� � ������� � �� (BE� �� ���� #� � ��� ���� ��� � ������� � ���� ��� ���

����� �� �� ��� � � � ������� �� ���� �����

7�9�&�&�& � �/�7� ����� ����� ���������

��� K�. ��� �� ���� ��� J����� #� 0� � ��� ���! ��� $������ ���� �

�� � � � � ��� � ������� �� � ������� ���� �� ��� ��� ������� ����

�� �� �� �������� �� .���� )�B� ��� ������������� ���� �����������

����� � ��� ���� -���� � #�� ��������� �� �������� �� ��#�� )�&+� ���

������� ��� ����������� ����� � ��� ������ � ��� �� ����� � ���

���� )++ �� � ��� +6A 966 ����� ��� � ���������� ��� ���� ��������� ���

������� ��� ��� ) ���� � ���� ��� ������� ������ ��� �������� ����

����� ��� ����� � ��� ������� ������� 98E ��� ��� ����� ���� �� ���

��� �� ����� � ����� � ������ �� �� � �#���� ��� � ��� �����

������������� ( �� ��� ) ���� ���

7�9�&�&�7 ��$���� ��������� � ��� ��� �� �������� ��� �� � �7�

�� ����� ����

��� � ��� .2Q .���2Q �! ������� � ���� ��� �� �� � ��"�� ���������

��� � ��� ��������� ������� ��� ������� �� �� #���� � ��� ������� �� �

#�$� ����

� �� 0���� �� �������� 9 �/���� ����� �� ��� 2���� �� � # � ��� ���� �� ��� ����

� �� ����� � �� ����� ��; & � ��� ���� ���� �� ��� � ��� � ���� ��������� � ���

"�#9% #'( �� �� ���� ��� ��! �����; 8 � ��� ���������� �� ��������� �� �� �� ���� � ��� :' �� �� �� �� ��� ��� �� ��� ������ � ����; 7% 9 �� : � ��� ���������� ��

��������� � ��� "�#9'% �#'#(% "�#''% �9#( �� "�9'% �#( �� ��� �� ��� ���� �� ���

������ � ����% ������ ����; 6 � ��� ���������� �� ��������� �� �� �� ��� �� � ���

���� �� ���

��������������� � % � ( � ! *

� ����"����� �+ (�& +�9 +�A +�) 8�8& &�8( +�6

# ; �#���� �+ (�& :�& &8�8 &&�) &+�( &+�: &)�9

#�$� ���%

� �� 0���� �� �������� 7 �/���� ����� �� ��� 2���� �� � # � ��� ���� �� ���

������ � �� ����� � �� ����� ��; & � ��� ���������� �� ��������� �� �� �� ��� ���� ?�. �� ��; 7% 9 �� : � ��� ���������� �� ��������� "�#''% #9'(% "�9'% �#''(�� "�#% �9'( �� ��� �� ��� ���� �� ��� ��� �� �� ��% ������ ����; 8 � ��� ����

���� �� ��� ��� � ��� � ���� ��������� � ��� "�#'% �7'( �� �� ���� ��� ���������; 6 � ��� ���������� �� ��������� �� �� �� ���� � ��� :' �� �� �� �� ���

���� �� ��� ���� ��,������

��������������� � % � ( � ! *

� ����"����� �+ &8�8 )�+ 8�: +�+ &�+ 8�+ &�9

# ; �#���� �+ &8�8 &&�6 &+�8 &)�: &6�) &6�( &6�9

� ��� �� ��� ���������� ��� ���� ��� �������������� �� � ������� ������%

Page 111: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

����������� ����� �� ���� �� ����� ��� ( ��� ���� ��� � �������

� ��� #�������� ��� �������� ����� ��� ��� ��� $�� �������� ���

����� �� �� �� ���� ��� � ��� ( ��� ���� �� � ���� ��� ������� ������

��� ����������� ����� � ��� $�� �� � �� ��������� ��� ���� �� �����

��� ) ��� ���� ��� � ������� � ��� #�������� ��� ���� ��������

������� �� � ����� ��� ��� ��� ��������� �� ���� ��� � ��� ) ��� ����

�� � ���� ��� ������� ������ ��� ���� �� � ����������� ����� � ��

��������� ���� � ��� ��� #� ����� �� � ������ � ���� � ������� �� ���

����� �� � � �C����� #� ���� �����#����� #������ �� � �����#���� ��

� �� ����� ����� �����$������ � ��� ������ ���� ������� ��� � �����

������� � � �� ����� �� ��� , ��"�� �� � �����#���� ������ ����

��$������ ��� ���#� ���� � ����"� �� �� ��� ���� ������� �� ���� �� ���

� �� ������� ���� ������� � ��� ������

7�9�7

0������� � ���� ������������� ������

- �� ���� �� ����� � � ���� ��� ������ � � ��������� �������� ���

(A8 ������� ��������� %:B' ��������� ����� ��#�� )�&)!� <� ��� ���

����� � ��� �"����� ��� #��� � ���� ������ ��������� B)E ��� �� �

����� ����� @� � 8�B)! ���� 7��� AE ���� � ����"� ������� ��� 1������ ���

� �� ��P���� ���� �� � ������ ����� �� �� ��� � ������� ������� ��� ( ��

#�$� ����

������ �� ���� ��� �� �� ����� �� � ���� ���� ��,������ ��� ��� A<$B �� ����

�� "���� � � ��( � ��� ����� �� ������ ��� ���� �����@����� �� ��� ����� "�

������� ���(; �� "���� 0� ��( � ��� ����� �� ������ ��� ���� �����@����� �� ����� ���� ������ ������ �� �� ��� ����� ��������� ����� #$$6 )�� ��� ����

�� ����� �� !� �� A<$B� ��� ���� �� )�� ��� ��� �� ��� ����� �� ��� ������ ��

������

� ������� � (�)��* �� (�)��* � �� ������� �� �� ������� +�%�����

.������ 8�:6 8�:9 8�B6 8�B( %))'

.����� 8�:) 8�:+ 8�B) 8�B) %)9'

0��@��� 8�A: 8�:& 8�B) 8�B) %)+'

.����� 8�9& 8�96 8�AA 8�:: %::'

- ��� 8�(: 8�(& 8�:) 8�AB %&8:'

>��� 8�() 8�6B 8�:) 8�AB %B6'

0���� 8�(( 8�6: 8�A9 8�AA %:A'

0��3��� 8�(& 8�(+ 8�A+ 8�AB %6A'

@ $�� 8�6+ 8�6A 8�A& 8�:( %:&'

0����� 8�66 8�69 8�9) 8�:& %99'

0���+ 8�)9 8�6) 8�A+ 8�:A %:9'

0���5���+ 8�)( 8�68 8�99 8�AB %69'

Q� ��� 8�&( 8�&: 8�9& 8�:A %&8B'

��$ %������������ ��� ���&�&������� ���������� ��� � ������ ���� ���������� ��

Page 112: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� ) ������ �� �� �� ��� ������� �� ��� �� � ��"�� �� ������� � �� ����

�� ��� ����� ���� ��"���

��� ��#�� ��� ������� ���� ��� � ��� �������� ���� ������� � � �

���� �� .������� .����� ��� 0������� �����$������ ���� � ��� ���

��� ����� � �� ���� ��� ��"� #��� ��� "�� ����� ��� ������� ��#���

���� �!� ����� ���� �� � ��$���� � ���� �� ������� ���� �� ����� ��

��� �� � ������$���� � ��� �� �������� �"�� ����� ���� ��� �������� ����

����� "�������� �� �� ��� � � � ����� �� ����� �� � ������� ��� , ��

�"� ���� �� � � � � ���� ��� "������� ����� ��� ������� ��

��� ��"�� ����� ���� ������� � �� ��� (BE .������� (9E .�����

��� 6(E 0������� � ���� �"�� � ���� �����"��� ������ �����

��� ��� ��������� �/ ����� ���� ������$���� � �� �������� #� � ��

��� ��� ��������� � �������� ���� ����� �� # �� ��� ������� ���� ��

� � ���� �� ���� � �# �� ��� ����� �� ���� ���������� K�� ��������

����� ��� ������������� ������� �� ��� @���� ;���� D/!� �� ��� �����

1��;�+ ��� � &�6 -1! ���� � ������ : ����� ��� &9B �������������

"��$�� �� ��� ���� ��� � �� �� ��� � �� ��P���� ����� �� ��� �� ���

� ���� �� #������ �� ��� ����� ���� ���� �� �� ��� ��� �� � ����� ���

� �� ���� ���� ��������� ��"��� ��������� ���� �� �� � ������ - ��

"� ��� ��� � � ������ 6 ����� ����� ��� �� ����� + ����� ��"� ��������"�

�������� "������� ��� ������ ���� ������� � ��������� � "���� #� ,�#�

#�� ��� 1��������� ��� @���� ;���� 0�� �� ��� ���� � 0 ��! ��

�� �� �� ��#�� )�&6�

.������ ������� +8E ��� ���� � ����"� �� �� �� ���� ��� � ���� 0���

#�$� ���(

������ �� ���� ��� �� �� ����� �� ��� ���2�& #�8 �� ���� ����� ���,������ =��� ����� ��� ���� ��0��� �� ��� ��������� A#''B ���� � ���

���-�� ��,����� ����� �� ��� )�� ����� �� ��� ��� �� �� �� �������� ��� ���

������ � ���� ���� ��� �� �� ��� �� ��� ��� �� �� ���� ���� �� &' ��,������ ) �� <

�� 0�� �����% 8 ����������� �� #6$ ������ C�� ��� ��,����� )� ���������� ��7 �� � ��� ����� )�� ���� 0��� ��� ������ �� ��� ��� �� ��� �� �� � ��,����� �

���� � ����� 22 � ��� ����� �� ���D� ��� � ��� �� ��� ����� �� ��� �� ��

� ��� ������� �� ������ ���% ��� E ���� � � �� �� ���� 0� �� � ��� ��� ����� " � F(%3� E ����� �� ��� ���� �����% 2� E ����� �� ������� ��� ���� �����% ���%

��� E ���� � � �� �� ���� 0� �� � ��� ���� �����% ���� E ���� ���� � � ��% ����� ��

�� ��� ����� ��� ���� ����� " � F(� ?� ������ �� ����� �� � ������� ��� ����

��� ���� ��� ���� ����� )� �� ������ �� �� �� ) �� ��� �� �����% ��� ����� ������ ���� ����� ��� �������� ) �� ��� �� ������

�� �� ��� ,� ��-.� �� �/�� ���-���/��

0������ 8�9: B8 () +A&H��� &8BH��� 9( :8H�� 68H��

.������ 8�:8 :B A) &::H��� &&(H��� 9B :8H�� 9&H��

.����� 8�9B AB 9+ +B:H� � &&8H��� 99 :9H� )AH�

0������ ������ 8�A9 B8 99 +&A &8B 9( :8 (8

.������ ������ 8�:6 :B :+ &A+H�� &&6H��� 9: ABH�� 99H��

.����� ������ 8�A) :8 9: +(AH�� &8AH��� 96 :(H�� 6+H�

� ��� �� ��� ���������� ��� ���� ��� �������������� �� � ������� ������(

Page 113: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� ���� ���������� ��� ���� ���#� � ����� �������� �� ��� ��� � ��

��� #��"� ���� �"�� ���� � ��P���� ��� �� �# �� :8E ��� �� ��

��� ������$�� #� �/ ����� ��� ������ �� �� ���������� � � �� ����� ����

�� ���� ��� ��#��� �� �� �������� #� # �� � ���� .������.������!�

���� ��� �������� �� �� �� � ��� �� B)E ������ �� �� "�� ��� ���� �

�� � ���� ����#�� �� �� � ���� "��$���� � � ���� ������� #� ������

������ �����������

. �� ��� ���� �� �������� � ��� &B � �� ��� ��� ��������� ���� #��

����� +9 888 ��� �+68 888 #� ��� &B ��������� ��������� ���� #������ +

��� 9 ����� � 0��1���� ��#�� )�&( ��� ������� ��� ������ ����

������� � � ����� ����� ���� ������ �� � ���� ��� ������� �� ����� �����

� � � ��� ����� ���� ��� �� � ��"��� #�� ����� ���� ������� � �� � ��

���� ��� ���� ���� �� � ������ ���� ���������� @������"��� ����� ���

����� �� � ������� � �� :(FB8E� #�� ( ��� ) �� ��� ������ �� �� ��"� � ���

����� � �������"��� �(8FA(E� ����� ��� �������� ������� ��� �����"���

� � ��"�� ����� ���� ������� �� �� � ����� �� #��"� ��������� ��

� �� ������ ����� ���H 7 ����� � �� ��� �������� ����� ��� � ������ ���

� �����$���� �������� � ��� ����� �����$����� � ���� �� ���� ����

� ��� � � ������ ������ ������ ����� ����� � ����� ������ ��� �� �� ���

������ <���� ���� �� � #�#�� � �� �"��� ��� ����� ��� ��� �

������� ���� �����)���� �� ������� � ��� � #���� . �������� ��� ��� �

������$�� &A �������� ������ ����� �� ��� ��� ��� �� %&&8'� -������

������ ����� ��� ���� � ������� �&8E! ��� �����$���� ������� ��

7�9�8

8 ��� ������ � ��# ��������� ��������� � ����5� ���� ���������

-����� ��� ���� � ��������� �� �� ���� �� �� ��� ��"������ �� � ����

��� ��� ��� ��� �"����#�� �� ���� � � ��� "� ���� ������$���� �� ��� �

#�$� ����

3������� �� ���� ��� ����/0�� �� �� 7< ����� � ��,������� �� � � �� �� �����

�� = � )��� ������ �G � ��� ��� �� ��� �� ��� �� ��,������ ) �� �����

������ ��G� � ���� ��� �� �� ����� ����� �� ������ �� ������

,������ ��0�����-

1���

�������� ���

�� ������

�������� ���

�)�

� 2� 1���-

3�����

� �� �� �-�/� ��

.������ ):HAA -R 8�B6

8�B6

8�:A

8�A:

8�B8

8�:(

8�:(H8�B)

8�:6H8�B+

8�:8

8�A(

8�8:

8�8:

8�&6

8�+&

8�)9H8�&&

8�)6H8�8:

0������ ):HAA -R 8�B)

8�B+

8�:+

8�A8

8�:A

8�AB

8�:8H8�B8

8�ABH8�B8

8�A6

8�99

8�&8

8�&&

8�&:

8�)8

8�+BH8�8)

8�+BH8�8)

����� ):HAA -R 8�B&

8�B+

8�:8

8�A9

8�:6

8�:)

8�:6H8�B+

8�:6H8�B)

8�A+

8�9:

8�8:

8�8A

8�+&

8�)8

8�)9H8�&:

8�)BH8�+&

��$ %������������ ��� ���&�&������� ���������� ��� � ������ ���� ���������� ��

Page 114: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

����� ���� ������� � ��� ����� ��� ���� ��� ��� ��� ��������� �� �

���� � ���� �� �� � ����� 2@�� %&8&� &8+'� .������� %+&' �� � "��� �

.������� ����� ���� ������ ��� �� ���� � � ��� �"����#�� � ����

� � � �� <��� �� �� ��������� �������� #� .������ �� � ���� ��������� �

� �� � ���� � ��� ����#���� �� �� ��� ��"������ �� � ��� ���� �� �

���� � � ��� "� ��� ������� � �������� .������� ������ �� ������ ���

$�� ���� � � ���� � � � �� ��� ������ ��� �������� � ������� �� �� ����

���� � ���� ����� ��� @;�� + ������"� � ��� ��������� ��� ���� %&8)'� �

������� ��� � ������� � ����� ��� "�������� �� �� �� ��� ���� ������

��� �� � �#���� ��� �� �������� ��� ������� ��� ����

��� ���� ������ �� � ��� ��� ����� �����"� � .������� �������*

&! ���������� � ��� �� �� �� �� ���� �������� ��������� #� �� �����

�� ��� ��� � � �� ��� � ��� ��������� �� ��

+! ������ ��� ������� �������� ��� ��7����� �� �� �� ������� � ����

���� >���#� ��� ����!� � ���� � ��� ����� ������� � ���� ����

����� �� � � �� �� �� ��� � ��� ����� ������ � �����

.������� ��� ������ � ��� �������� ��� 9& 0��1��� ����� ����������

����� ��� .������ ������� �� ��� � � ������� � ����� � � �P�����

8�8�;; � 8�B8! ��� ����� ��"� � ���� � � � �� � ��� ��������

��� ������ �������� �������� #������ ��� ��� � ����� ��� � � � �� ���

"���� � BBE � 68E� ��� ������� � ������� � ���� ��� �� �������� ��

��#�� )�&9� ��� ������ �� � ���� � ��� ��������� � "�� ��� �� �� ������

# �� � ������ ���� .������� ������� �������� ��� ������� �����"� �

.������� ���� ���� ��� � � �� � � ������ �����$������ � ��� ��"��

�������� ��������� �� � �� �� ��"�� ������ 68E� ���� � ���� ����� �� ���

���� � ����� � �"�� ������� ������� "����#�� ��� "��� ���

������� ���� ������$���� �� � ������ ��� ��� ���� ����� �� ��

2@�H���� �� ���� � ��� ����4�� �� .������R� � ��� %+&'�

#�$� ���!

2��� ��� �� ��� ����� �� .������ �� .������� ��

��� ��� �� ���� ����� ��� � ����� ��� ���� �� �&������ ���� ��� ���� �� �� � ���� � � � �� � ���

�������� ��� ��� � ������ 9& ����� ��� )A8 �� ��� ;0

F ������ � ����� �������� �����G @��� @�� �� ���

�������"��� ��� �����$���� �� ��� �� � ��"�� �� E!G @�#�@�# �� ��� �������"��� ��� �����$���� �� ��� #��� ��"�� ��

E!� �������"���G ;; F � ����� � � �P������

�1 �� ��� �� �� ��

.������ 8 9) 9: :9 :) 8�A6

.������� 69 :+ :( B9 B: 8�B(

� ��� �� ��� ���������� ��� ���� ��� �������������� �� � ������� ������!

Page 115: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��!

0������� � �-����� ��� ����� �-������� ��1���

��� $�� ���� �� �����4��� ����� ��������� �� $����� ��� ������ /� ������

����� ���� � ��� ��� �� ���� #� � ����� ������� ������ O����� ���

��� ����I� ��� ��� � #��� �� � $�� �� ���� ��� ����� ��� ����� � �

� � ���� ������� ��� �� �������� %&86'� ; ����� �� #������ �����

��C���� ��� ��� ��� � "��� ������ ��� �������� ��� ��� ������� ���

������� ��� ����� � ������

<� ���� � ������ ������� ��� ���� � �� ����� ��� � ��� �������� �

� �� ������ ��� � ����� #� � ����� � ������ ��� ������� ���������

���� ������� �� �� ���� ������� � ����� �������� ��� ����������� ����

������� ��� ��� � �� ����������� #� ��"��� �����$����� ��� �����

%&8(' ��"�� �� � ������ �� ������ � ��$�� ��� ����#����� ��� �������� ��

� ������� �� ��� � "��� ��� ������� ���� ���������� � ������

�� � ������ �� �������� ��� ��� ��� ���������� ��� ������� �� ���

�"������� #� ����� �� ��������� �� #���� � ��"� ���� ���������

���� ������� ���������� ���� ��������� ��� � ��� �� #���� � ��� ���

��� ���� �� �������� �� ��� �� �������� ����� ��� ��� � #� �

� �� � � ����� ������� ��� �� ����� ��"��� ������� ��� ���

�� �� �� �������� �� ��#�� )�&A� ��� ;00& ��� ���� � � ������ ��� � ��

#�$� ���*

3������� �� ����� ����� �� ��� ��� �� �� �� %���������� ��� ���) � ������ +++

����� ��� B8B �� ��� ��� ���& ��� � ������ 6) ����� ��� &+) �� ��� ��� ��� �����

�� �� �� ����� � ��� ��� �������� #� ����4�� ��� 0�� �� ��� ���� ����������� 5 7��� 0�@5&! �� ��� ���� ��� ������� ���� ��������� 5� F ���#�

�������� �� ��� ;� F ���#� � ����� �������� �� ��� 5� F ���#� ��������

������ 5� F ���#� � ����� �������� ������ @� F �������"��� �� E!� @� F

�����$���� �� E!� �� ��� �� � ��"�� ��� ��� �� $��� �� �� �������"��� ������ ��� ��� ��� ������� �������� ��� "������� �� ���

�11� 4����� 4����� ����� 1��� 1��� 3�&

1��� 3�"�� @� ���& :B B: B: B9 BA

@� ���) :A B+ :: AB AB

@� ���) AA A& :9 B+ B&

2� � 3�"�� 5� &&&( &9A& BAB A:9 :6B

;� ���& :8 &88 &88 :9 B(

@� ���& 9(H:B :&HBA :&HBA A8 AA

;� ���) (66 98& (9( 66A 6A8

@� ���) 98H:+ 99H:B 9+H:+ 6B (+

@� ���) 6B )9 (: (A (+

0��� 3�"�� 5� +:: ()8 +9+ +6& +69

;� ���& ++ )& )& +6 +:

@� ���& (& A+ A+ (9 9(

;� ���) &8+ &8: &89 :9 B+

@� ���) 69 6B 6: )B 6&

@� ���) )9 +8 )B )A ):

��' (��������� �� ��) ����� ���� ������ ��) ������ ���*���� �*

Page 116: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��#��� �� ���� ���� ��� ����� ��� �������� #� ��� �� ���� ���� ���

�������� �� �� ���!*

�! ��� ����� ���� ��� �������� #� .�������G

#! ����� �������� ����������� #� # �� .����� ����� ��������! ���

.������ � � ����� ��������! � ����G

�! �� ��� ��� �� "������� #�� � � ������� � ������! ������� ��� ���

�� �������� ���� ��� �������� ���� ��� �� ��� ��"�� � ��� �����

� ������ ��� � ��� � �����

.������� ��� ���� � ��� "� ��� ������� ������� � 6B ������

)A ���� ��� �������� ����� �� �����������0� �� � ������ ������

��� ����� �� � ���� ����#����� �������� ����� ������� �� ��� �������

���� �"�� ���� ����� ������� � ������� ���� ������� ��� � � #�

��"���� ���� ��� �� � �� ����� .������� ��� "�� ��� ������� � �������

�����"� � �/ ����� ���� ���

��� ��� ���� � ;00& ������� �# �� :AE ��� ��� � ���� ����� �����

��� ��� 7��� �# �� +)E ���� � ����"�� � �� ���� ����� ������ � #�

� ���� ��� � �#����� ����������� ���� �� ���� ��� ��!� :BE ���

�� �� �� �������� ������� ���� "��������� ����� ���� �� � ���� �/����� ������� �� ��� � "��� �� ���� � �# �� ���������� ��� � ����

� ���� ����� 7��� &)E � ���� ��� � ��� � � ��������! ��� ��� ��"� ��

� ��� ��#�� #��� ���� ����������� ���������

�� �� ���������� � � �� ���� ��� ����� �� � ���� � "���� ���#��

������� � ������� � # �� ���& ��� ���)! ����� ��� 0���� � ����

�������� ��� ������� +8E ������� �������"��� ��#�� )�&A!� 1������

���� �� � "��� � .����� ���� ��� �������� � ������ � �����)���������� ��� ������ "����� ��� ����� ��� ���� � ��� �� ��� #� �����

��� ��� .������ � ����

�� ��� ��� ���� ��� .������ ����� ������� �� � "���� ��� #��� ���

����� ��� ���� � ��� +�B -1 ��� ��������� �� ���� ������ "�����

� ��� ��� �������� ����� ��� � ���� ��� ����� ���� �"���� ����

�� � ���� ���� &(! ��� ��������� ���� ������ B:E ��� � ���� ����� ����

������� � � ��� ��� 6) "��$�� ����� ��� ::E ������� � ���� ����� �

���� ������� �� ���� ��� &6E ���� � ����"�� � � +++ ���� ��� ����

��� �����$���� ���� ��� ����� ��� ���"�� � 0������ ������� ��!�

��� ������ ��� ������ ���� � �� ��� ��� ����� ����� �� ���) �� ��

����� �������� � "��� #� ������� ��� . �������� 7��� ( ����� � ���

���) ��� � � � "���� ���� .������ ������� �� �� ���� �� ��� ���

������ �� ��� ���& ���!� . � ����� ( ������ 6 �� � ����� ������ ��� ��

��� ����� ��� 6 �� ��������� � ������ @ �� ��� �������� �� �����

�����$����� � ���� �� ���� ���� ���� � ������ ������ ������ ���� �����

� ����� ������ ��� �� ��� ����� ��� ���� �� �� ��� ���� ������ ��

��� "����� �����$����� � ����� �� ��� ���#��� ��� �����

�����$����� � ���� �� ���� ������� �� ������� �� �� �� ��������

� ��� �� ��� ���������� ��� ���� ��� �������������� �� � ������� ������)

Page 117: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� � �� ���� ��� ������� ���� ���� ������ �� ��������� �� � ��

������ ����� ���H 7 ����� � �� ��� �������� ����� ��� � ������ ���

@�"��� �������� ���� � ������� � ��� #� ���� ���� ���� ��� �� 0���

S�"� "���� %&(' .���� )�&&! ��"�� ��� � ������ �� ���� � �# �� ����

�������� �����#�� �� 0��#��� � �������� �� ���� � �# �� � ���� �

���� ������! ��� ����� ����� ���� ������� � � ����� K� ��� ���& ���

.������ ������� ��� ������� �� �� � ����� &88E!� ����� ��� A+E ����

���� �� �� ��� AAE ������� �� �� ��� �������� � ������ ���� #����

��������� ��� ������� �� �� ��� ��� ������ � #��� #���� �� ���4�

��� ��� #��������� ��������� � ���� �����! ��� ������� � ��� �����!

����� �� ��� ��� ���� � ���#�� ���� ��� "������ �����$�����

� �����

��*

�������9 ����$� � � ��,� ��� ��������� ����

0�� ��� �� ���� � �� � ���� ���� �"�� ���� #�� �� �������� ���

� � �� � ������������� � �$��� ���� �� ��������� ��� ��� � ��

��� ����

>���!��� � �)� A#9B � ��� -� �� ��

������ �� ������� ��� �� ��� � ���

�� ��� >� ��� ��)� ���� ������� ��

����� ��� � �������� ��� � ���� � ��� ���� ����� ��� ��� ����� �������

��� ���7 ���� ����� ��� 2�� �� ������ ���� �� �� ���� �� ����� ��

��� ����� !��� � ����� ���) ��� ���

�� ���� �� �� �� �� ���� �� ���

����/� � ����

��+ ��������, ����&��� �� ���-� ��� ��������� ����� ��

Page 118: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������� ������� � ����� �� ���� � �� ���������� ��� �� 0���

����#��� %6� (' � "���� �� ��� � �� � ������ ������������ ��� ���

����#���� ���������� ���� ��� � ����� �� ���� � ���� ��� #� #������

� ��� 0��1��� ����� ��#���� <� ��� #���� ��� �������� �� ���� �

���� �� � ���� ��� ���� 0��1��� ������� ���� ��� �� ���� � �# �� �

�������� ���� ����� #� �� ���

��� �� 0��� ����#��� �������� �� �� ��� �������� ���� ��������

���� � �������� � ���� #���� ����� ��� ������� ��� ���� � �� ������

��� ��7 ������� �� �������� �� ������� ��"��� ��� ��� �� ���� �

�# �� � ���� ������� ����� #� � ������� � � 4��� 0��1��� �������

���� �� ���� � ��� #� ������� � ����� ��C���� ���� ����� ��� ����

� �� ���� ������� � ���� �����$���� ������������� ���� �� ���� ���

����� � �������� �� 0��� �� ����4�� ���� � S�>� ��������"� ��"� �����

������ %&(' ���� � "���� "����� �������� �� �� �� ���� � �# �� � ��

���� ���� ������� .���� )�&+! ��� ������� ��C���� ���� � �� �����

��� �������� ��� ����#��� �� �"����#�� �� ��� <<< ��"� ; ������

�� ��� 0�� ���� 0 �� �� ����*HH��� ���������������H�� �#�������

��� "���� �������� �� ���� � ��� #� ������� � ������� ����

�� ���� ������ � ��� �"����#����� ��������� ����� ���� �� � ������

�� ����� �������� �� ����� ���������� ;������ �� ���� � �# �� ���

������ ����� �� �#���� �� �������� ����#���� � ��� ���� ��� � ��������� �

��� � ���� ��"�� ���� � �� �� � ����� D���� ���� ������� � ��� �������$�

� ������� ��� ���� ����������� � � ���� � �� ����� ������ #������

��� ���%

>���!��� A#9B ������� �� �� ����

3�2�8 "��''#<$<( ����� �� � ���� ��

����� ����� �� ���� �� ���� ��� �

#: ��� �� �� !������ 2��� ������,������ �� ��� �������� �� � �����

!����� ��� �� � ������ �� ���

��� �� ���

� ��� �� ��� ���������� ��� ���� ��� �������������� �� � ������� ������""

Page 119: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�����$����� � ���� ������� ������ ��������� �� ����� ��� ��7 ���

��� �� �� �� � ���� ��������� �� 0��� �������� ��� �������� �����

,���� ��� �����)���� ��� �� ���� ��� ��"��� �� � � ���

��� ���/�.�)��� ��� ��� ��� ����#��� �� �"����#�� ������� �� ��� <<<

��"� �� �����*HH����� �#���� �H�� �#������ ��������� ��� ������

� 7��� 2����#� ��� ������ �� � � ���# ��� � #������ ��� @���� ;����

��� 2� ���� 1� �� ������ ��������� ����*HH���������#�� �H!�

7�:�#

0������� � ����� ����� �����

��� ����� ���� �������� ����� B8E ��� ����� ��� �� ) 01! ���

#��� ��������� #� �������� ��� ���������� �C �� �����#�� ��� ���

��� ��� ��� ����� ��� �� ��� �� ��� #� ��� ,���� 0�� ��

5 7��� ���� �� D; @���� ;�4� K� ���� �������� ���� ������ ������! ���

.02�2@, � ��� ��� ���� � ������ �� �� ��� �����#�� ��������

������ ��� ���� � ��������� ���� �� � ���� ��� 5��� � ����

� ���� ����#��� %&89' ��� � ����� #� ��� 1���� � ��� %&8A'� � �����

6B &A& ����� ��� +:+ )A: � ���� �� �� ��� ��������� K� �"���� �� ����

��� ��� �� �# �� 9: 9+) #� ��� �� �� � �� && B6B #�� � � ������

������ ���� �������� ��������� ��� ���� ��� �� � ���#�� �� ���

���� ����� �� � � ��� �� �������� �� ����*HH����� �#���� �H��H

����R������� ��� ��� #� "����� �� ��� �� 0��� ����#���� @��������

�������� �� �� ��� ���� ��� ���� � ���� ��� #� � ���� � ���� ���� ��� �

&&(6 ����� 5��� ��C���� � ����� ��� ��� �� ��� �������� � �

������ ��� � � ��� ��� � ���� ���� �� �������� �� ��#�� )�&:�

��)

�������� ����� � ��� 5���������� � ��������� ����

3��� ����� ����� ��� �������� �������� ��� �� �� ����� ����� #� � ��

����� ������� � ��� ���� ����� � �� ��� ;����� ( > ���� + ����

# �!� K��� ����� �� �������� � ��� ����� #� ������ ��� ����� �����

�� �� � ��� ) ����� ��� ����� 1�� ���� �� ���� �������� ��� �����

���� ��"� � �� �� � ��� ����� 2@� ���������� <� ��� ����� ��� ���

����� � ���� ����� �� � ���� ���#� ����� ������� ����� ��������

�� � ��������� ��������� � �� ��"��� �C������ ���� ��� ������

�� � ����� �� ���� �� � � � ��� ������� � � ������ ������ #�� �� ���

������� ���� �� �� �� ���� K#��"��� � ������� ������� � ������

# ��� �� �� �� ��C���� ������� �� ���� ��� #� � ���#�� � ��$�� ����

# �������� ����� �� "�� ��P���� ����� �/ ����� ���� ������� �� - ��

"� ���� ���������� ����� ��"� ������ ��� "���� �� ��$���� �������

��. / �������� ������� ��� ����������� �� ��������� ����� �"�

Page 120: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������ �����$� ������ ����� ��� #� ���� ��� ��"�� ����� � �������

������������

��� ���� �������� #� 2K@ 1� ����� � �� �������� ��� �� �� � ;� �

� � �� ++ �������� #� .������ ��� 0������� �� ���� �� �� �� � ���

��� ��� ��� ��������� 5���� + ��� ) �������� #� .������� �� ���

��� ���� ��� �������� �� � ��������� ������ � � � ��������"� � 2@�

��������� ���� ��� � � ���#����� � � � ���� �������� ����� � � ����

������

�� .���� )�&) �� ��"� �� ������� ������� � #���"� $"� �������

���� �� �� �� �� ��� ;� � � �� ++ �������� ������� � ���� ��� ����"��

�� 2K@ 1� ����� � �� ����!� 2� �� +� ) ��� 6 �� -� �� #�� ���� �� ���

������ �����$� ������� � ���� �� ���� ���� ���� ��� ��7 ����� � �����

#�$� ���)

3��� ��� �� ���� 0�� � ��� ��� ���� ���� ������ *�� � �� ��� ��� ����

���� -�� � �� ���� �� ����� )�� ������� ���� �����

'����� ,%��� ����� ��� '���

69A 5������ 2���� ��� � ���� ������ � ����

)A+ A��R& A �������#��� ����� � � ���� �����!

)8: -��R�R��� -�� ���� �������� ��� �

+(9 � � �� �����R� 2���� ��� ��� � � �� ����� �

++6 �� ����� �� #���� � ����

&:) �� ��� �� ����� � � ��

&:+ 5, 5, � ����

&:8 -� ���R���� -� ��� ����

&99 20. 20.����� � ����

&(B .������� ����������� $������ � �����

&(6 @������� @������� � ����

&6) ��� ��� �����

&): ���R� �R� ��� � ������� �H#��� �H� �� ��#����

&+) 1�1 1�1H5KT � ����

&&B 0���� 0���� �� � ����� ����� �����!

&&B � � ��� � � ���

&&) ,����R���� �R� ,����"��� ���� � ���� �

&&& , �� # � , �� # � � ����

&&8 @,) @,) � ����

&8+ ������ ������

&8+ ��������R; ,�������� � ���"�� ;�������� � ����

&88 /��1 /��1 # �

B: ������� ��������

B9 �1;R��� �1; ����� ��

B( 2�- 24��H������H� ���� �����

:B ; ������ ; ������ ����� ����� �����

:A ���R����� -��������� ���� � ����

:6 .�) .�# ������ ���� ��� � ����

:& � R�� ����� ;��� ������ ���� ���������� ��� �������� �� �����

:& ,-0R# � ,-0 ���� � #����� � ��! # �

AB @,+ @� � � � �� � ���� +

� ��� �� ��� ���������� ��� ���� ��� �������������� �� � ������� ������"%

Page 121: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�� �������� ������� ���� ��� �������� �������� ��� ��"�� ������� �

�� ����� ������� �� &8F&88 ����� ����� ���� ��� ��"�� ������� ���

������� �� ���� �� ��� �"���� ��"�� ������� � ��� ��� �� ��� �� ���

<� ��� ���� ���� -� �� #�� �� �� ��"� ������� � ��"�� � ����� � � �

�P����� 8�BB� ���� ��� � �� �� �� �� �# �� 8�89� ����� �� �� ���

�������� � ����� #� ��� .������ � ��� ��� ��� ���� ������� �

��� ����� ���� � #��� . � ���� ����� �� ��� � ������ ���� ��� ��������

�� �� ��� #� ���� �� ���� ����������"��� �� ��� ���� ���� �� J����

��� �� �� & ��� (! � ��C���� ����� �� � � � ����� � ���� ���

-� �� #�� �� ��� ���� ������ ��� ������� � � ������� � ���� ��� #�

���� � ��$�� ���� # �������� �� ��� ��������� � ������� � ���� ��

����� ��� �������� ��� ������$���� � ��������"��� ������� ����� �� ��!�

� �� �������� ������� � �� �� �� ���� ����! ��"� "�� ��C���� ���

����� � ����������� � ������ ���� ��� ��� �� �� � ��� ���� �����

� ( ����������"� �� �� ��$�� ��C���� ����� ��� �� ����� � ���

��� �������������$�� �������!� ���� ��� ) ��2@� �������� � #�� ���� �

#� ���� ������$���� � ������� �����$� ���� "�������

��� ����

2��� �� �� ������ �� �� ���� �����

"�?�78<8&% �?�78<8&% �?�78<8&( �� ���

H��� ������� � ���� ��� 2��������&& "����� )�� ��� ���� �� ��� .������

���� �� ���� �� ��� �� ��� �?�

� ����������� H��� ������ �� �( �

9' � ����� � ������ ��� � �� ����� �������� �� � ������� ���� � �����

���� 0� � ������ ��� �)� ����� ��

������� � ��� ���� �� ��� ���� � ��

"�?�78<8#( �� �� ��� ��� � ��

"�?�7:''$( ������ ���� ���) ����������� ����� ������ �� ������ ��� ���

� ��� -� �� � �������� �� ��� ��C��!

���� �� ���� � �� ������ �� ��

��������� �� ������� >���

��. / �������� ������� ��� ����������� �� ��������� ����� �"�

Page 122: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���

�������� ��� �� ���� ������� ��� ��������� ��� ���������

0��� ������$���� �� ��� $����� K�.�� � � ��� ��� ������ ����� #� ���

���� �� �����#�� �# "� �� �"����#�� "�� < �� <��� <�#� ��#�� )�&B ����

���� � ���� � �� ����� � ���� #�� � �� � � � "��� � � ��������"�

� ������ ��

#�$� ����

3��� � )�� ����� �� ������ � ���� �� ����� ��� � ��� ��� �� ���

,������- %����� 2�� � 2��� 2�� �������

�������H,--�#���� ���� ������� �

,����� � � ������ ��� ��� - � � ���

;��������� @�� �#�!

����*HH��� ���������������H�H�������

����*HH�������������#����������*B))&H

���������H���������������

����*HH����� �#���� �H����� �����

�������H,--�#���� ���� ������� �

,����� ��#�������� -��4�!

����*HH�������������H02�@;�������

!!�����H,--�#���� ���� ������� �

,����� ;��������!

����*HH�����#��������H��"����H

,--����H

������H�����������"� ���� ������� �

,����!

����*HH��� ���������������H�H�������

����*HH�������������#����������*B))&H

���������H���������������

�������!H5������ � ��������"� ����

�������� ,����!

����*HH��� ���������������H�H�������

����*HH����� �#���� �H����� �����

��������H�������"�H���� ������� �

���� ��� ���� ������ � ����H2@�

����*HH��� ���������������H�H�������

����*HH����� �#���� �H����� �����

���������H���� ������� � ����� +

��������� �� �� �������

����*HH����� �#���� �H����� �����

#$%�&'�H.������ #��� ;�@HK�.

�� 2@� ,����� 5������ � � �����!

����*HH��� ���������������H�H�������

����*HH����� �#���� �H����� �����

!(�)H������� �� � ������� �

,����� - ���� ��#�� ����� =����!

����*HH�� ������� �H����$���H

�%%*+�%%�H����� ��� � � ��

������� �

����*HH�������������#����������*B))&H

���������H���������������

����*HH��� ���������������H�H�������

,�-.�� ���H� � �� ������� � ����*HH�����#��������H��"����H

5 � ��H

,�-.��%���H����� ��� � � ��

������� �

����*HH�#���������H� ����H� ����H

� � ����������

���,�-.��H� � �� ������� � ����*HH�� ������� �H����$���H

;5�K-K�2�H���������

%,/H������ ���� ������� �

,����� � � ������ 5������ =����!

����*HH��� ���������������H�H�������

����*HH����� �#���� �H����� �����

0�.�����+0�.,����H������ ����

������� � ,����� ;��������� 5�����!

����*HH�����#��������H��"����H

���50���H

12����H�������� ��������� ��

��� ��� ��������� ��� ���

"������4��� � ��� ����� ���� �� ��

���� �������

����*HH����� �#���� �H����� �����

� ��� �� ��� ���������� ��� ���� ��� �������������� �� � ������� ������"(

Page 123: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

0���,���������

� � ��� ���� � ���� ������ � ���# ��� � ���� ��� @���� " ��� ��

@������ " �� ��"�� ���� ���� $����� ��� �������� �������� ��� ����� ���

- ���� 1���� � ���# ��� � �� ������ �������� �� @���� � )�+�

3��������

� ;���� ��� @���� 3����� �������)����� ��������� ����$��1���� ; �� @���� ,�# 3�# �� � 5���� ; �� @����,�# � ��� = ��

% 3���� 3��� � 0����� K� � D��"����� 5���� K� �� D/�

� 1�� �� ��� 1�� �� -� @�� 3���� �� S�� K���� S��

K ������� 1� .�� ���� 1� ��� <������ �� 3� 3����� 0��1��������� ��.� &���� +A� &+F&A�

( @������� >� >�� @������ �� �� 3����� ��.K02�2* � ����#���

�� �� ���� �������� ��� �������� ����� ��� � ����� ��

��������� ��� �� ���������� � 7����� ����� ��.� &����+A*&� +6:F+(8�

� @������� >�� @������� ��� @������ �� 3����� ��������.��/��� �� $��,� ��. )��.��. ������ �����*HH��� ���������������H�� �#�������

! 1�������� ��� 1���� ;�� KI,��� /�� 0�� .��

;����� 5� 3��� � K"��#���� ����* �"������ � �����

�������� �� ���� ��� ��� ��������� �� ��� �� ����� �# �������� ���� ���� ��.� ���� A(� 6:()F6:(A�

* 1�������� ��� ;����� 5� 3�� �� K����4��� � ���

������� � ����� ��� ����� ����� � ���� � ������ �����&��� �������� (8� )6BF)B)�

) S���� �� S� 3����� � ��������� � ��� ������� ����

������ ������ ����� ��.� &���� &B� )AB(F)AB:�

� ,��� �� ��� ������� �� �� 3����� ; ���"�� ��������� �� ������ �� ����� ��� ������ ��� �� ���� � ��� �������

������ ������ 2� #��� ������ +)B� )(AF)9(�

�" ��� <� =�� @����� S� �� 3����� ,����� ��"���� D6 ��� D9

����� ������ ���� ������ �������� �� ����; ��� ��������� +A)*(+:)� &:+6F&:)+�

�� ��� <� =�� @����� S� �� 3����� 5������ ��������* ���

���� "�� � ��� ������ � �� � �#��� ��� ���������� ����.�������� ���� ++*6� &)+F&)A�

�% @���� 5� ��� 1 ��� ;� 1� 3����� ;�����$���� � ��� ��* D+�

���� D&+������ ����� B&*A� :A(F:AB�

�� @������ -� 1�� @������� 5� 3�� � � ��� ������ 7����� ��

��C���� ������� ����� ���* �������� ���������� �������� ��� ��������� �� �� ���� ������� �� ����� ��.� &����&(*&A� A&((FA&A6�

�( 1 ��� -�� @������� ��� @������� >� 3����� �������� ��� ����� ��� � ����� ����� ������ ����� �� ���������

��� ���� ����� ��.� &���� +:� 6)96F6)A(�

�� @������� ��� @������� >� 3����� �����3��3������� ��������2��� ���,�� ��� �������� .��/���� ����*HH��� ��������������H�� �#�������

0��������� �"�

Page 124: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�! @����� 0�� � �� -�� 3���� ��� @���� 5� 3����� ��� 2-13

����� ���� @������� ��#���� ����� ��.� &���� +A*&� &:F+6�

�* 5����� .� 2� 3����� ,���� 5������ �������� �������� 2������� ������ &(8� ):(F6+8�

�) @������� 5�� @������ -�� ,���� �� 3����� @�����

7����� ��� #���� � ��� ������ ��� �� ��* �������� �����������

������$���� �� ��� ��������� � � ��� �� � 7���� #���.� ��4�'1�����1� &:)� +(+F+A:�

%" < U�� /����� �� �� 3����� @������� � ��"����� ��#�����

����; ��� �� ������ ��� ��7 ������ � ��� �������

&��� )*9� (:9F98&�%� @������ ��� @������� >� 3����� �# ����� ���� $����� ��

� � ����� ��� ��� ���� ������ &������ &8� (&9F(++�

%% @���� ����� /� ��� /������� �� ��� @������� >� >��

����� >� �� 3�� �� 2����������� �������� �� �������������"� ��������� ��� ����� ��� ��� ���� ������5&����6� ++� )(AF)9:�

%� @������� >�� /������� �� 3����� ����� ��� �������� ��������� ��������� ��* ; ����� �������� 0������-�� � �������� @������� .����� � ��� 2" ���� �� ����

/ ����� " �� ��� 3�� ,� ��!� < �� @������$�� �� &9F+&�

%( @���� ����� ��� @������� 3����� �@��2 � ��� �� ����� � ������������� �����$���� ������ � � ���* ����*HH

� �#���� �H����� ������

%� <������ 2�� ������ 5�� /��� ,�� / ���� �� 3�����

����@.�;* � ����#��� ��������� � ��� � ��� ����#������ ������ ����� ��.� &���� +6� +):F+6&�

%! @���� �� 3�� �� ; ����� ���� �� � � ���� ������� ��

������� ���� ���������� ����� ��.� &���� &+� (8(F(&B�

%* T��� -� U� ? -��� �� 0� 3����� � ������ ��� ���� � �������� ������ ��������� ���)� �))�� ����� ���� B (!� 6BBF(8B�

%) 1 ��� ;� 3����� �.���7���� �� ����� �� ����� ������ ����

5���� ������� @��� �� &(+��

%� @����� 0� �� ? ,� ��� �� 3����� 8)�����1 )������ ���(���� ��� .�9���� ������ /���. �� ����)�� 1)�� �� ���.������* 5 �������� ��� @�� �� �������� ��� ; ������ �

����������� @������ - ������ 1� � ��� ��� 6AF((� ����5���� -��� 5��� ;��

�" 1���� 5�� 1� �� @� 3��� � ������������� �� �������������� �))����� -�� 5���� ;��# ���� -��

�� � ��� ��� 2��� @�� /���� ��� -������ 0� 3��� �1� � ����� @������� ��������� ;��#���� D��"����� 5����

;��#����� D/�

�% 1 ��� ;�� /���� @� 3����� 5������ � � ������ ����

�������� �� ����� ��� ��� ���� 2� #��� ������ +9:� A:FB6��� @������ ��� @������� >� 3��� � .������ �������� ����

������� � � ���* �����*HH��� ����������������

�( 0��� 5�� ,������ 3� 3��� � 02�2.���2�� ����#������� �����

�� @������� >� >�� 3������ ;� 1� 3������ �.���7���� ��:���� ���� �������� ������� /���. �� �����������.���)������� ��* 5 �������� .��� �������� ��� � ������ � ����������� @����� - ������ 1� � �� ���� ,���� 3��

@���� ��� @���"�� S�!� 1�������� )A&F)AB�

� ��� �� ��� ���������� ��� ���� ��� �������������� �� � ������� ������"!

Page 125: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�! @������� >� 3���� � .����� �������� ���� ������� � � ���*

�����*HH��� ���������������H�������

�* @������� S� ;� <� 3�� �� -��� � � �������� ��� ������

��� � � ���� � ��� �����H��������� ��� ���������� ��� ��� � ���#�� �" ���� ��� 7����$���� �� ���� ������.� ��� ��� A:� &(B9F&988�

�) 1��������� -�� @���������� =��� 0������� 2��

��������� �� 3�� �� @���������� ������� �� ��� ������������� ����� ��� ��� �� ��� ��� �� �� 2���������

� ��� ��� � ���� � -�� " - ����� #���$��1����1� ���������+8� &&&6F&&+)�

�� ;������� S�� 1� � ������ 3� 3�� �� ,������� �� ���� ���

�������� ���������� ����� ��.� &���� &8� &ABF&B9�

(" 1�������� -� ? -����� S� 3����� 02�-��/* �������

���� �� ����� � # �� ��� ������� ���)� ������ &A�&+)F&))�

(� 0 ��� �� 3����� ��� ��)������; �.�� ����� ��. �+��)��.����� ��* 0������� ����#����� �������� 5���� (6F:8�

(% .������ S� <�� � � ;� @� 3����� ���������� 5 ����; ���� -������� ����� ��.� &���� +8� 966&F96(8�

(� D��������� 2�� - ��� S� 3����� 3 ������ � ���� � ����

��� �� �� ����� ��� ��������� #� � �������� ���� ��������� � ��� ���� ���� ���� ��.� ��� ��� ::� &&+9&F

&&+9(�

(( .����� ��� 3����� ��� @������ /� 3����� ���������� �

����� ��� � ���� � ���� ��� �� ����� ����� ���� �� ����� ���� � ��� �� 2� #��� ������ ++9� 6A&F6AB�

(� @������� >�� 3������ ;� 3����2� ���.���� �� ����� ���������� ����� .1���� )���������� ��. �����������.���)������� ��* �#������ ��� 6�� ������ /��� @��� �����5����#���� 6A�

(! @���� 2� 2�� @����� 0� �� 3����� ������$���� � � ����

��� �� �� ��� ��� ��� ���������* �� ��������� �

������� � ������� ��� ����� ���� ��� ����� ��.�&���� +&� 98AF9&)�

(* ��� @�� @���� �� 3����� 0��� ������� ������� � #�

���������� ���� ��� �������� +)� (68F((&�() -����� 1� <� 3����� ; ����� � ��� �������� ���

#��"�� ��� ���� ������� �6 ����� ��� 4���� ����������)�1�� ��� 68(� 66+F6(&�

(� ��� �� ��� ��� @� 5� 3����� ������� ����1���� � ��)���������. �))����� �������� 5���� ��� = ��

�" ���� -�� <���� ;� 3�� � � 5����� � ��� �������� ��

��������� ����.� �� ������� )� &8+F&8A�

�� @����� �� ��� 3�� � OO@����II� �� ���� +(:� (9F98��% 0��� -� �� 3����� 1� �������� ���������� � ��������"�

��� ������� ������� ��������� ���� &��� ���� ������ A� ((BF

(BB��� <������ 1�� -���� .�� ����� S�� <���� ;� 3�� ��

D������ ������ ����� �"����� #� ��������� ������"��� � ��

��������� ������ ���� ��� �##�� #������ #�� ����� ������)8&*(:B(� ):F6)�

�( -� � @� 3�� �� � ����� ��� ������ 7����� � ����������

����� ��.� &���� &8� 6(BF6A+�

0��������� �"*

Page 126: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�� -� � @� -� 3����� #�������� &�� �)����� ������ �������)���� ������ ��* �� ����� � � ����� ����� ��� -� ��

0�!� K� ��

�! ������ /�� /����� -�� ��3�� ;� 3�� �� 5������ � ������ 7����� �� �� ���� ���������� ����� ��.� &���� &)�

()+AF()68�

�* 0����� -� 3�� �� @���������� �������� ��������� ���

���� �������� ������ ����� ��.� &���� &A� 9)9BF9):+��) 3����� ��� 1��� ;�� 1 �� ;�� .����� ��� @������ /�

3�� � ��������� � ����� ���� � ��� ��� �������

������� ��� ����� � ��� �������� ��������� ���� ���� ������ A� &(AF&:+�

�� 1� �� @�� 2�������� S�� / �� @� 3����� 5������ �

,���� ���� � � ��� ������ ����� � ��� ���

��������� 2� #��� ������ ++8� 6BF9(�!" - ��� �� S�� -� �� ;�� D��������� 2� ;� 3����� �������������� �� ��� ��(������ ��� �����%�+�� !����� )��/����

��* ��� $�� �������� ��� ; ������ � 2���� �� �����

@���� ������� ��� ��� ,���� 0�� ��� ;��� ;� ��� 3��,� �� ���!� < �� @������$�� 3 �� �� &96F&A+�

!� @������� >� >�� @������ �� ��� 3������ ;� 1� 3�����

5�������� ������� �� �� #� ��� ����� ���� � �� ���� � �������������� �������� �������#�� ��� ������ �����

����� ��.� &���� ++� 9&(9F(&()�

!% ;����� -�� .������ S�� 0��� 5�� 1 �� ;� 3����� 2����

� ��� ���� ��#������� ��� 0��1���� ������ +(+� &+A)F&+AA�!� .������ S�� ,������������ �� 3���� � 2���� ��� � � ��

�� ����� �� ������ &������� A� :9&F:A:�

!( , ����� 0� 3����� ��� ������� � "���#��� � � ��

��� �� ����� ��C������� ������ ������� ������������)�� �))�� ������� &+� )B&F)B:�

!� � ��� @� ;������� S� 3���� � ������� � ����� ���

� � ��� ����� -�� " ������� � �������� ���)� �����

+&� ++)F++A�!! 0 ��� ��� / �� @�� ����� ��� @���� �� 3����� 5������ �

���� �������� 2� #��� ������ ++9� &6&F&(A�

!* ���� -� 0�� ,���� �� 3� ��� 2����� .� ,� 3����� "�������� ��(������ �)��7 ������ ��,��$� ��� ������� ��.�)��� ��� &��������� 1� � �������* 5 �������� ��� &BB9

5���$� @��� ���� ���� 3� ,���� ��� �� /����!� < ��

@������$� 5�#������� ; � @����� �� &BB9�!) @������� >� >�� @������ �� �� 3����� ��� ����% ��.����)��� ���� ��� ����1��� �� ����� ��. ��.�� ��������������� ��(������ ��* 5 �������� ��� .��� �������� ���

; ������ � ����������� @������ - ������ 1� � �� ����������� ;�� ;��� ��� ������ ��� ,���� 3�� 3������ ���

< ��� @�!� ,��������� 0����� ���� 5���� +B6F)8+�

!� K���� D�� ,������ @�� ����� ,�� ���� 2�� ���� -�3����� ����� ����� ��� " ������ ����� ��� � � ��

�� ����� �� ������������� &(� )9+F)9B�

*" 1 ���� 5� 3����� <����� ����� �������� �� �

����� ��� ��� � ������� �� � � �� �������� ���"�� � (8+ �������� � � �� ���������� 2� #��� ������ +&+�

(9)F(A:�

� ��� �� ��� ���������� ��� ���� ��� �������������� �� � ������� ������")

Page 127: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

*� ������ ;� S� ��� 5����� �� 3����� ��"����� ��� ��������

����� �� ��� ) ������������� ��� � ����� ���

���������� ������ 8)������ �� ���� ������1� &BB(� ):9F)B+�

*� / �� @� 3����� 5 � �� +�8* ��� �� ����� � 5 ���� � �� ���������� ������������� &(� )(9F)9&�

*% <���� 2� 3����� ) ����� ����"��� ��� � ����������� �

���� ����� � ������� � ���)�1�� ��� &+9&� &:)F&B6�

*� -���� S� 3� 3����� � � ����� � ���� �����#�� ������4��� ����������� � ���� ����� �� ������ 8)��� �����������)�� (� +++F++:�

*( <�� � S�� @��� ��� �������� =�� -���� S� 3� 3����� ������� �� ���� � ����� �� ������ ��� ��D����

��������� � ���������� � 96���� ���� � � ���� �

� ����������� � ��#������� #��� ����� ������ &8� &+66F&+6:�

*� 5�� ����� �� S�� 5 �� �! ������� 3����� ����� 96� 9&AF9A6�*! <���� 2�� ��� /����� <� 3����� ��� #� �������� ��� ) ��

��� ����"��� ��� � ����������� � ���� ����� �� �����&��� �������� &BB+� 9&� 6&BF668�

** -�3� ���� S�� 0����� ��� <����� S� 3�� ;����� S� 1�3�� �� ��� � ������� �������� =0�0��== � �����

� ������� � ��� ������ ������ �� ������ �P�����

���� � ���� ) � ������� ����� ��.� &���� &)� &)6AF&)9A�

*) =��� ��� ������� -�� ������ =�� K� �� /� 3����� �����������1��� �� ����� ��� ��(����� �� �� �����1 �� )��15�6������� ��������� ��� 0������ � ; ����� ����� � ������������ ��� � ���:A9�

*� /������� =� >�� @���� >� >�� /������� �� �� 3�����

; ������� � � �������4�� � ������� �����

�� ����� � "���#��� ������� ) ��������� � ������������� ���)�� �))��� ������� &8� (BAF98)�

)" ������ S�� T��� -� U� 3����� ������� � � ����������� �

������� �� ,���� ��� ���������� ����� +)&� AAF:9�

)� , ����� 0� 1�� ,���� -� �� 3����� ��� ������� � �� �� �� ��� �� �������� ������#�� ��� ������ �����

����� ��.� &���� +8� )6()F)69+�

)% 1��� K� 0�� �� ,����� 5� ,� 3�� �� @������ � ���#������ ����� #� ������ � � ������ 2� #��� ������ &B)� A+)F

A(8�

)� .���� ;�� @����� � ;� 3����� 0-* � �������� � �

��� ������ ��� �������� ��������� ���)� �))��� ������� 9�+9)F+A8�

)( 0����� -� 3����� 0� #�� ���� �� ��� � �����

������� � � ������ ���� ��� �� �� ����� ���� ����������

����������1 ���,���� A� )F&&�)� 0����� -�� �������� -� 3����� 5������ � ��� �� ��

��� � ������� #� � ������� � ������� ��� ����

����1����� )8� &A)F&:+�)! Q =�� S� �� 2����� �� S� - ���� -� @���� ��� 2� ;�

D��������� 3����� �� ��)����. �1��� ��� �+�� �����������. ���� ��.����� �� ����� ��� ��(������ ��* 5 ��������

��� +�� �������� ��� ; ������ � ����������� @������ - ������ 1� � �� ���� ������ ��� 1������ /�� 5�� 3��� �

�� ��� @���� ��! @��� �� ���� 5���� )A9F):)�

0��������� �"�

Page 128: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

)* / �� ��� ,� ��� ��� ��� -�� 2����� .� 3����� ���������'�. :�..�� #��$�� #�.�� ��� �� ��������� �� ���������� �� ���� ��* 5 �������� ��� . ��� �������� ���

; ������ � ����������� @������ - ������ 1� � �� ����@����� ��� ������ 5�� 0��������� ��� ,���� 3�� @���� ��!�

@�� 3 ���� ���� 5���� &)6F&6+�

)) @������� >� >�� @������ �� ��� 3������ ;� 1� 3�����

���.���� �� ����� ���� ������ ����� ������ .���������������� ��. .1���� )����������� ��* 5 �������� ���

���� �������� ��� ; ������ � ����������� @������

- ������ 1� � �� ���� ������� ;�� ;��� ��� ������ ���,���� 3�� 3������ ��� < ��� @�!� ;��#����� 2�������

���� 5���� )9AF)A(�

)� 1 ��� -�� 0 ��� �� 3����� 2"������ � ���� �������

������� � � ����� �������� )6� )()F)9A��" ;���� .�� 5����� ��� S���� 2�� ;���������� ���

0������ ��� <����� 3� 3��� � ��� � ��� ��� D�@�

,���� 0�� �� 5 7���* &BB:F+88)� ������ +:+� 9:+F9:B�

�� /���� ��� -�� �� @� ? ,� ��� �� 3����� � ������-�� " � ��� ���� $��� ����� �� 2� � �� ���� ����� ��.�&���� ++� 6A9:F6AA:�

�% .����� 0� �� 3����� ��� >���#� ��� ����� ���� �444� 9&�+9:F+A:�

�� ������ 3�� S �� 1� 3����� ��.������� �� �)������������� 5������ ,���� ��� S�����

�( ,����� S�� @������� @�� .��� /� 3����� .������ ������� ��� ���� � ,����� -�� " - ���� 2� ���)�� ������ 6�

&+AF&6&�

�� /��� �� 3����� �� ���� �� ��� "��� �� �����

�� ,-- ��� ���� ��������� � ���� $������ ���/�� (�&ABF&:9�

�! 3 ���� �� >�� 1�������� -� 3��� � 0���-������* ���

� ���� �� ���� $������ ����� ��.� &���� +9� &&8AF&&&(�

�* S������ ,� S� 3����� ;�� � ���� ���������� � ������������ ����� ��.� &���� &:� +&9)F+&A8�

�) @������� >� >� 3����� .����� �������� ���������� � ���

�������� ��� ��� 5 ���� ���������� ����1����� )8� &)AF&98�

�� @������� >� >�� /������ @� >�� >� 0� � ����� 3�� ,� ��

3����� � ��� ��� ��� � ������$���� � ��� ��� �� #����

� ����� ���������� � ����� ����� ������ �������������� ���� ��.� ��� ��& 5&����6 5���������16� &BB&�

)&B 9!� &6B9F&(88�

�"" @���� ��� 0��� 5� 3����� ������-���� �������� ���

��������� ���������� ������ ��� � � � �������� ������������* ����*HH������ ����������� �����H�-H

������-����������

�"� 0����� -�� -����� ��� 5����� 5� 3����� 0����� ����� � "�� ������� �������� ���������� ��� ��� ��. �� ��� B)� B89&FB899�

�"% /���� �� 3����� D���� ����#��� ������� ���� ,--����

��� ����� ���� ������� � �� � � ������ ������ &��� &8�(+)F(+:�

� ��� �� ��� ���������� ��� ���� ��� �������������� �� � ������� �������"

Page 129: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�"� @������� ��� @������� >� 3����� @;��+* 5������ ������"�

��������� ��� ���� ����*HH����� �#���� �H����������

�"( <���� -� 3��� � � ��� ���I ����� ��� �� ����

��������I #������� ������ )B)� )BBF688��"� ���� -� 0�� ,������� 0�� ,���� �� 3�� K���� D�� ? 3���

@� 2� 3������ 0�� �� ��� ���� � ���������� �� �����)���������������� ������ &������ 5�� )����6�

�"! 1����� ��� 1���� 2�� � ��� ��� 2��� @�� ,��� /��@������� 2� 3����� ��� 5�� � ���� ������� ����#����

����� ��.� &���� +:� +9)F+99�

�"* ����� � @� .�� -���� �� 3�� @������� �� ��� T��� S�� ����� 3���� � 0����� 13�@� ��� 5@��13�@�* � ��� ������� �

� ���� ����#��� ����� � ����� ����� ��.� &���� +(�

)):BF)68+�

�") @������ @�� ������� ��� .��� /�� ,����� S� 3��� � ������� � ��� @����� $����� ����� �� ���� 2� ���)������� (� 99AF9:8�

�"� ����� ��� @������ -� 3����� � � #�#������� � ���

��������� � ���� ��� �� �� ��� ���������� �-� 2� #����))�� #�.� ������ &&� &6BF&98�

��" ��� ��� -�� -��� @�� ����� S�� 3��� @� 2�� 1����� ���

���� ��� ����� ;�� 0���� ��� 0����� ��� ,���� ���,������� 0�� ,����� ��� ,�� 3�� ,� �� /�� ,��� ���

S��� 0�� -���� ;�� -����� ��� 5�������� -�� ����

-� 0�� @������� ��� ��� 0�� <� /�� <������� /��

;������ @�� ? � �� 0� -� 3����� �� ���� ��� � ����������� � +�B��# ��� � ��� ��� �� �����)���������������* ��� ��� ��� �� ������� &()� &ABF+&B�

0��������� ���

Page 130: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�������� ���� ��� ����� �� �������

������ ���

���

������� ��� ���� �� ����� ��� ������ �� ������� �� ������

�������� ����� ��� ����� ������ ������ �� ���� ���� ������

��������� �� �������� �� � �� ��� � ������ ������ �� ��� �������

������ ��� ��� ���������� ������� ��� � ��� ��� ��� � ����� ���

�� �� � ���������� ��������� � �������� ���� ������� �� ��� ����

��������� ��� ����� ����� ��� �������� �� ������� ��� ������

������!� � ������ �� ��� �� ��� ��� ���������� �� �������� �� ���

���� � �� ������� ����� � ��� ������� ���������� ��� ������ � ""

#��� ""$ � ��� �� � ���� ���� �!����� � �� ��� %��� �� � ���� ���� ��

��� ������� &�%���� ��� ������� � ��� �������� ������� ��� ���

���� �� �� �� ����� �� ���� ������� ����� � %����

�������� �� ��� ���� � ��� ���������� �� ������� ����� ��%

��� ��� �������� ���������� �������� � �� ��� �!����� �� ��� �� ����

���� ������� ������������� ����� � �������� � ���� ������% ��� ���

���������� ��������� ��� ������� � � ���� � �� ���� ���� %���

�� ��� ������ ��� %��'�� � �� ��� ���������� �������� � ��� ������

�� ������� ��� �������������� �� ��� �������� ����� ������ �� ��

����� ��� ���� �� � ������ ��� ����(��� �� ���%�� ������)��� ����

���� ����� �� ��� � ���������� �� � ���� �!����� � ��% ��� �� ���

�������� �����% %��� %��� �� ������ ��� ���������� ����� ��� ������ �

�������� ������% �� ��� ����� %� ������ ����� ��� *+,�

���

������� ���� ���� �� ����� ��� ������

��� ���������� ������������ �� ������� ����� � ������� ��� � �����

����� ���� ��� ��� ������� ����� �� ������ -��������� ���� � ����

�� ��(��� � � ����������� �� ��(��� ������ ���� ��� �� ���������

������������ � ��� ������� � ������ ������ �� ���� ������������ .����� � ����� /������

"9:�; <�=1>�1??@@�1

���

������� � ���� ��������� ������ ����# �������

Page 131: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� �� � �� ����� �� ���������� ����� #����� ������� �� � ������ � �

����� ��� ������$� 9����� ����������� ����� ��� �� ��� � ������

�� ��� �� ����� '��%� ��� %��� �� ����� �� � �������� ��� � ����

���� �� ������ � ������ �� ������� ����� �� ����������� �A�����

�� ��� ������� �������� �� � ������ � �������� ��� �������� �� ���

�������� ������� ����� � ����� �� ��� ��� �������� �� ��� ��������

��� ������� ����� �� �� �������� ����� #����������� ������� $ � �

���� ��� �B��� #������ $�

�����

��������� ��� ��� �� ������ �� �� ��� �� ��!

:������ ��� �� ����(� ������ �� �� � �������� ����� ��� � ����

���� � ��� ��� � � �� ����� +2 <2 ���������� � ��� ��� �� %���� �� ������

�������� �� ������ �������� � � ��� ������� ���������� ������ �����

��� ��� �� �� �������� ���� �� ��� ���� �� ��� ��� ������� ���� ��

���������� ��������� � ��� ������ �� � �������� ����(� ����� %����

�� � ���� ��� �� � ��� ���� ��� �� � ������� ���� ��B���� ����������

�� �������� �� ��� ���'���� ������� � ����� ���������� ��� ������� �����

����%�' #��� ������� ����(� � ��� �� ��� ������� ��� �� � �� 6� 0�

� �$� ��� ���� �� ������� CC ���� DD ��� ��������� � ��� ������ �� ����

"� ������� �������������� ��� �!����� ������ ������� ��� ������� ��

����% �� ��� ��������� �� ��������� � � ����� �� ������� ��������

�� �� �������� � E�������� ������� ��� ��� �� ����� ���� � ��� ��� ���

������ ��� �� ��� � ������ �� ������� ����� � F���� � ����� ��

������� ��� ��� ��� ������� ����� �� �� � '��%� �� ���� ���� ��

������� ������� ������ *1,� ������� ��� ��������� �� �������� �������

��� � ��� �� � � ��������� �� ��� ��������� �������� ��� �G��� ����

������� ������

�����

"�#����� ��� ����

�������� ��� �� � ������� ����� ������ ��� ������ � ������ �� ���

����)���� ������� ��� �������� -� �!������ ��� ������� �� �%� �����

�� � ����� ����� #����!����� � �!���$ �� ��� ���� �� ������� %��� ��

���� �� ���� ���� ��� ��B���� ����� ����� �� ��� ����� �� ������� ��

���� ��������� � ����� ����� �� ����� ������ %����� ������� ���

����� � ��� ��� � � ����� �� ��� ������� %���� �� ������� �%��� �

��� �������� %����� � ��� ����� � ��� ��� �� ������! ����� %����

����� � ������ �� �%� � ��� ������� � ������ ������ �� ����� � ��

������ %��� ������� � .������ �� ��� ������ ���� ������� ����

������� ��� � �� ����� %������ ����� ������ ���� ���� � H�� �!�����

� �� ���� ���� ���� ������ � ���������

Page 132: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�� � ����� ������� ������� � ��� �������'���1 ������� *<,� H��� ��

������ ������ ���� �� ��� �� ������ � ������� ������ ������� ���

�������� %��' ������ ���� �� �������� ����� *I,� ��� ������ %��� ���

��� �� <�� ������ #��'� ����� ��� *=,$� ���������� ����� #�� ����

�� ��(���� ����� �� ���������� �� ���$� ��� ���� ������� ������� �

�����

" ��� ���� ������ �

9������ ������ �� ������ ��� �� � � ���� ������� ������� %���

� ���� �� ������� ���� � � 9������ ������ �� �� �� '��%� ��

��� ��� ������ ��� ��� �� � ��� �������� ��� �� ���� E��������

������ ������ ��� �� �� �� ��������� ��� ���� ���� ��� ���

�������� ������� ���� ����� �� � ������� %��� ��� ������ �������� ��

��� ������ # ����� ����$ � ������� #������ ����$ ������� 9������

� ������ �� �� � ��� ���� ��� ��� ���� �� ���� ���������� ��

������ ��� �� ������ �� ���� �� ������� ��������� %����� ��� �������

���������� ����� � ���� �� ��� ������� �� %������ �� ����� ��

�������� �� ��� ������������ �� ��� ����� � &�%���� �!� ���� �������

�� ��������� ��� ������ �� �� ������ ���� ��� %��� ��!�� ���� ���

������ �� � �� �� � ������ ������� ���� � �� �� ����

�����

$������ ����� ���������� �� ����� ��� ������

��� ������� %��� ����� ���������� �� ��'����� ������ � "" ���

���� � ��� �� ������ ��� �� �� ������ ������� ����� � ��� �-�

��� %����� ������ #��� ��'�%� � �� � ���� ������� ������� $ ��

��� ��% �� ������ ������ %��� � ���� �� �������� ��� ����������

%����� ��� ������ ������� � .��� ����������� �������� ������� ���

�� � ����(� ��� ������� ����� �� ���� ���� � ��%��� %����� � ���

����� -� �!������ ���������� �E�+ #���������� ������ +� � ������! �� �%�

��� ������� ����� � ��� ��� ��� �� ��� ��� ��� ��� J�� �����$ �������

��� ��� �� ������� �� �� ����� � �� ��� �� ���� ���������� ���� %���

�� �E�+ ��� ������� ����� ?22 ���������� �� ���� �� ��� ��� �������

��� ��� #�99$ ������� �!�� ��� *K,� �� �E�+ ��� ������� ��� � �� ��� �99

� �������� �� ��� �!�� ��� �� ������ ����� /��'���� 5�� *>,�

������� ���������� �E�+ ��� ���� �� � ���� ����� �� ��� �!�� + #��%��

���� �� ��� �99$ �� ��� ����������������� ���� *@, � %��� � %�����

��� ( � ����� �� ��� ���+ ���� *?,� ���� �������� ��� ��� ��� �������

9����� �!����� ��� �� ����� �� ����� ���� �-� ��� � ���� ������ %�

�� ������ ��������� �� �-� ��� %����� ����(� ������ ����� ��� ��

��(���� �- ������� ��� ��� �� ����� ������� ���%��� �� ������

��� ���� ������� �� ��� ���� ����� ��%

Page 133: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� �� ���������� ������ �� ���� �������� �� ���� ��� � ������� �

��� � ���' ����� ���� ��� �������� �� �� �E�+ ������� ��� ����� ������

�� ��� ������� �������� ��� � ������� �� ��� ������� �����!� �� ��� �����

��� ���� ��� �E�+ ��� �� ��� ����� ��������� �� ���� ���������� ����

������ %��� � �� �� ������������� � ��� ��� ������� #6�.� ��� ���

������� ���� � ����� � ��� ������������� ������ %���� � � ��� ����

���� �����$ ���� ��� %���� �� ������ �� ��� ���� ��� ���������

��� �����!� �� � �-� ��� � ��� �� ��� ���� ���������� �� �� ��� ��

��� ������� ������� � � ��� ������� �� �����!� ��������� � �- ���

�� ����� ������ ������� ��� ��� ���������� ���� ���� ���� �� �����

�� ��� �� � � � ������� ������� �� ���������� ���� ��� � �������� �

��� ��� �� �- ������� ��� �� ���� ���� %��� ��� 0H�E./ ������ �

*+2� ++,� "� ��� �� � � � ����(� ������ �������� #����� � �� ��� ����(�

������$ %��� ����� ��� ���� �%� ��� � E����� ������ ��� � ���� ��

���� �� �- ������� ��� ���� �� � ����(� �������� ����������� �� ���

������ %��� �� ����� �� � ������� �������� � ��� �������� ��(������

�� ������ ������ �� ���� ����� ������ � ����� ��� ����� �� *+1,�

"� ����� ������ ������ ������� ����� ��� ������� ����� �������

��� %���� ��� ������� �� ����� � ������ �������� ��'� �� ��� ����(�

�!�� ���� ��� �����)����� �� ������� ��� #��� ������ �� � �� ����

������� $ �� � ������ ������ ����� �� �� ���� ��� � ������ ����

��� ������� ����� �� �- ��� ��� ���� �� �������� �� ��� %���� ������

���� � � 3����� � ������ ������ ���� ��������� ��� ��� �� ����� ���

�� ������ �� �������� ���������� ���� ��� � ������ �� �� ��� �������

���������� �� � ������ ���� ���� ���������� ������� ��� � E����

�� ������ �� ��%� ��� ������� � ��� ���� ��� ������� ���� 9����

������ ��� ������� ����� ������ ���� �� � � ���������� �� ��

������� ��� � ��� ��� ���� �����!� �� � �������� ������� ��� ������ ��

��������� ��� ��� ���� �������� ��� ��� ������� ������ �� �

�� ���������� ������� ����� ��� ���������� ������ ������ �� � ���

���� � �� ���� ������� ��� ����� ��� �� ������� � �������

���� � � H�� %��� '��%� ������ ������ ������ � ��� ��� �������

%���� %��� �� �� �� �� �� ��� ������ ����%� &�%���� ��� �� �� ��������

�� ������ �����)����� �� �� � ��� �� �� � �� ��� ��� ���� �������

����� ��� �� ������ ������� �� � ������ �� ������ �

������� &����� ������ ��� �� '� ���� ����� ��

��� ��� ������ ������ ��� �� ��(��� ����������� � �� ��������� ��

� ����� ��� ��� ������� ���������� ������! # �� -���� I�<$ ��� ����� ��

����(���� ��%�� ��� �99 �� ��� ������ *+<,� ��(���� ��� �!��� ��������

�� ��� �99� 5���� ����������� �� ����� ��� �� ������ ����� ��� ���

���� ������� ���� ��� ������ � ������ ��� ������ ��� ������� ��� �

��� ������ ������� ��� ���� ��!� ��� �������� ����� #"��$� �� �� ����

���������� �������� ��� � ��%� ���� �������� #��� ���� ��! � � �� ��

� �� ���� ���� ���� ������ � ��������(

Page 134: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� ������� �������� %���� � ������� ����� 12 <2 ���������� �� ����

�� ��� ������ ��� ������� ��� ��� ��� � '��%� �� ���� �� ��� ���� ��!

������� ������ �:E�$ &�%���� ��� � �� � %��� ��� ��������%�� ��(�

������ �� � ��� ������ ������ ��� ����� � ��� ��� ��� ������� ��

��%� ������� � ��� ������� ��� �� ��� ������� �� �� ������)���� �

����� ������� ���� �

������� ���� ����) ���� ��* ��� ����� ����� ��� +� '�� ���+� ��� �� ��

9���� ��� �� �������� �� ��� ���������� ������! ��� ��� �� ��� ���� ��!

���������� ������ � ��� �-""� ������!� %���� ������� ��� ����

��! ������� ������ � %��� � ����� ���� ����� � ������� %��� ������

������! �� ������ ��� ������� ����� � ����� �-"":� ��� ���� �� ���

� ���� �� �� ���������� ������! *+I,� "� �� ��������� �� ���� �- �����

��� ��� �������� %��� ��� ���� ��!� �� ������ �������� � ��%� ����

������� ����� �� ������� %���� ����% �� ��� � ���� �� � ����������

��� ������ ������ ��� �� � �%� �� ��� ��� ������� #-���� I�+$� ���

��� ��� ��� ��� �� � �� ����� ��� ������ ���� ������� � ���� ��!�

������ ����� ������� ���� �� �������

������� "����� ����) ���� ���� ����� ��� +� ' ���� ����� ��� �� ��

&�%���� � �� � '��%� ��� � �� � �� ������� ������ � ��� ���� ��!

� � �� ���� �� � ������ ������� �� � ���������� ��� ������� �� "��

�������� %��� � ����� �� ���� ������� �� �� � ���� ��%� �� �� �����

��� �� ����(���� ���������� ��� ������� *+=,� �������� �������� ������ ��

����� ��(��� �� ��� ������� ����� � ��� 6������� � ����� �� +2 12

���������� ����� ��� ��� ������� ��� ��� � ������� �� ��� ��� ���

��������� � ���'���� �� �� ��� ��B���� �� ���� �- ��� #9E+� �E�+�

��-� � �.-+$ %� ��%� �� ����� ����������� � ��������� �� ��� ��

����� ������� ��������� � � ������ ���������� ������ ��� � ��� ������

95I2� ��� � �� �!����� �� � ������� �� ����� ������ ���� ��� �� �����

�� ����� ���� ��� ��� ������������� ������� #��������� ����� ���� $�

��� ���

����� � �� �� �� �������� �� ���

���� �� ����� ����� ������� �� ��

��� ������ � �� �� ���� ����� ���

��� � ��� � � ������ ��� ����� ���� �� � ������� � !!� ���� �� ���

���!��� �� �� �! �� �� ��!�� �� ��

����� ��� � �� ��

��� ���� ������� �� ��� ���� ����� ��,

Page 135: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� ���� ����������� � ������ � ����� ��� ������ ��� ��� � � ��

���� � ���� ��! ��� �� ��������� ��� ����������� ��� �� ����� �� �����

���� ������ ��� �� �� ���� ��%� ���� �� ���������� �� ���� �-

������� ��� ��� ��G����� %����� ��� ���� ��! � ��� �������� �������

%��� �� ���������� ��� ������ ������� *+K,� ��� ����� ��%�� ����

�� ���� ������� ��� ����(����� ����� � ��� �A����� �� ��� "�� ��

��� ����������� %���� � ������� 9E�+ ��� ���� ��� ���� ��! ���� � ���

����� �� ���� �!������ ��� ����������� �� ���� ��! %��� �� "�� ��� ���

������ �B��� �� ������ � � ����� ����� � ��� ���������� �B��� �� � �-"":

������� %���� �������� %��� �!�� ��� ��� �������� ������ � ���

� �� � �� �!����� �� ��� ��� ������� �B��� �� ����(� ��������� ��

������ ���� �� ��� �� ������� ���� ������ ��������� �����

��� �� � ���� ��� � � �� �������� ����������� %���� ���� ������ �

���� ��! �� �� �������� ��� �� �!��� ���� �� �� ���� ��� ��%� ����

������� *+>,�

:� ������ �� ��� � ��� ��� ��B���� ��� ������ ��� �������� �����

���� ���� ������(�� � ��� %���� ��� ��� ��� ����� ����������� �� ���

������ ��� #����%�� �� *+>,$� "� ��� ����������� ��������� �� ����

��� ��%� ���� ������� �� �� � ��� ������ � ����� �� > �� ���� ���

������ ������ �� �� ���� #�� � �� %���� ��� �� ������� ����� ��

���� ��� ��� � � �� ��� ��� ������ �� -���� I�1 ������ �� ���� �

��%� ���� ������� � ����$�

��� ���

"�� !�#��� �� ��� ��

�������� �� ���

���� �� ������������� � �� "���� ����

� �� ���� ���� ���� ������ � ��������-

Page 136: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� ��� ������� ������ ���������� �� ��� ������� ���������� %����

�� � ������ %���� �� ���� ���� �� � �� �� ��� � ��� #� ���$ ��� ���

���� ������� %����� � ������ ������ ��� � ������� � %���� :���

������ ���L� ��������� ��� �� ������� %����� ��� ��� ������

������ �� �� ���� � ��������� ������ �� ��� �� ���� � �� ���� ��

���������� ������� #� � ���� ���� ����� �� �� ��� �!������� $� ����

���� ��� �� ����� ������ ���� ��������� �� ����(� �� ���� �

��%� ���� ������� ��� %��� �������� %��� ���� ����(� �-� ������

����� ��� ��������� ��� ���� ��! ���� �� ��� �!����� �� � �� ���� ����

���� ��� ���� ������� �B��� �� ������ �������� � -� �!������ ���

����� �� �� � � ��% ���������� ���%��� ��� ���� ��! ��� �� �� ���� �-

������� ��� #���$ �� ��� �� ��� ���� ������ ��� ��� �!�� ��� �����

� ��� ���� ���� *+@,� ������� ��� ������ ������ ��� �B��� ����

���� �� ���� �!�� ��� ��'� ������� *+?,� "� %� �� � ��%� �� ��� ��

���������� ������ ���� � ��% �������� ����� ��� ��� ������� ��� ���

#���� %����� ��� ��������$ ��� ���� ���� ���� ������ �� ��� �������� ������

*12,�

� � (��� ����� ��� ��� ������� �� ��� ������ ���� ��! ��� ��� ����

��� "�� � �� ��� �����(������� ���� �� ����� ����� �� ������ �����

���� ��!� �� ��B���� ������ ��� � *1+� 11� 1<� 1I, ��� ��� ��� �

��� �� ��� "�� ����� %���� �� � �� ����� ����������� �� ����� ���

������������ � ��� ��������������� ��� ��� "�� �� ��� ����� �����

���� '��� � ���� *1=,� ��� 0L.:E ������� "�� �� ��� ������� ��%�� �����

���� ������ *1K,� � ��� 44�+ ������� "�� *1>,�

�� � �� ��� �������� �� ��������� ��� � ������� �������� ����� ��

��� ��� ������ ������ �� �� � ��� �� ���� ������ ������ ����

����� ��� ��������� �A����� ���� ���� ���������� ��� ��� ����� ��

��� ������� � ��� ��� ������ ��� � ��� ������ ���� � ���� ��� �� �

������ �� ���������� ��������� �� ��� ������� ���� ��� �� ��� �� �

�������� ������ ����� ��� ��������� �� ��� �������� �� ��� �������

�������������� � ������� �� ��� ���� ��� ������ ��� ��� ����

������� � -���� I�< ��% � �������� ��� "" ������ %��� ��� ����������

������! � ������ %���� ���� ���� ���� �� ����� %��� � ����(� ������

� ����� �� ��� ��� �� ��� �� ����% �� ���� � ���� �� ��� ��������

��� �% ��))�� �� ��� ���������� ������!� ��� � ��� ���������� ������

��� �� ������� �� ������ ������� ����� � ���� �!� � ����� #��� �

����� ������� �� �� $ ���������� ������� �� ��� � ���� ������� �

����������� � -���� I�< �� ������ �� ���� ����� ��� � ���� �� ������

��� ���������� ��� ������ ���� �� ����� %���� �� � ��� �� �����

���� ��� �� ��� ������� ���������� 9���� �� ��� *1@, �� �������� �� �!�����

�� ��� ������� ��G����� �� ��� � �B��� �� ������������� ������!

� ���� ��� �������� �� ��� � �������� ������ �� � ���� &�%����

��������������� �B��� �� ��� �� ��� ����� �� �� �� ��� ������

��������� ������ � �������� %� �� ��� �� ���� �� ��� ������ ����

��� ���� ������� �� ��� ���� ����� ��.

Page 137: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

����$

/��������� ��� ������ ��� '� �������� ��� �� �� ��� �� ����� ��� ������

�������� � �� �� ����)� ��� ������ ������� ����� �� ���� ���

�� �� �� ��� '��� �� � ���� �����(�� ����� �� %��� � ������� �����

����� ���' ��'�� ��� �� ��� � ����� �� ��������� ������� ��� ���%���

������ %��� � ���� �� ��� ���������� ����� #��� ������ �� ����$ ���

������������� ��� ������ �� ��� ������ -� �!������ � ������������� �����

�� �� �� � ������ ���������� ����� ������ ��������� ������ ���

��� ���

������ ��� ��� ��� ������% ����! � ����� ������ �

� �� ���� ���� ���� ������ � ��������0

Page 138: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�������� ������ � ��� ���� ������� ���� (��� �� �� ��� �� � �����

��� ����� �� � ����� ��� ������ �� � �� �� ��� ���� � �� ��� ���� ���

�� �!�� ��� ������ �� ������������� � ���� � H� ��� ���� ���� �

����� �� �� �� ����� ������� ��������� �������� � "ME�0 ��� �� �

# �� 0����� < �� �������� ��(������$ ������� ��� �� �� �� � �� �� � E0

��� � ��� %��� � ���� ��� ����� ��� ���������� ���� �� �� ����������

������

����$�� " � �� ���� ������

"� �� ���� ����� ����� �� ��� ���� ������ ��� �� � ��'�� �� �

���� ������� ����� ��'� ������� ������� ��� ��� ������� �����

������� ��� ���� ����������� ������� � �� ���� � �� ��� ������� ���

������� �� ��� ��� %����� � ������ %����% ������� ��� ���� ���

���������� ����� ��� ��������� ������� ������� �� � ����� �� ����

%���� � ��� ������� �� ����� ���� ����� ����� � 9����� ����� �!� �

���� �� �� ��� �!���� �� ��� ��� �� ���� ��� �

����$�� &�*�� ������

H� ��� �� �� � ����� ���� ��� ������ I�+ ���� � ��� ���� ����� ����� �

�� ��� �����(������ ���� %��� ���� �� �B��� ��� ������ �� ���������

�� ���� �� ��������� �� � �� ��������������� �������� ��!�� ����� ��

�� � � �� ���� ��'� �� ��� � ��� ������� ���������� ���� ��� ��������

��� ��� �� ��� � ���� ����� ����� ���� ���� ���������� � 3����� ���

���������� ���� ���� ����� ������ �� ��� ������ ��� ������ ����

��)����� � ���%��� �G����� � ��� ��������� �� ��� ����������

%���� ��� ��� ��B���� ������ ����� �

����$�� $������ ����� ������

��� �� � ������ ��� � � �� ����� ���� � �� ��� �� �����% ��� �����)��

������ �������� �� ��� ������� ����� � "� ��� �� �������� � �����

���������� ������ ������� ��'� ��� ������� ����� ������� ��� � %���

� ���� ������� ��� ��� �� ����� �� ������� �� � ����� ����� %����

�G��� ��� ���� �� � ����� ������ � � ���� ���� �� �����������

����� ������ � �������� ��� �� �������� ��� ���������� �������� �� �

��� �� ��� �� ������� �� %��� ���� ������������ &��� ������ �� ��

������� ������� �� ������ �� ������� ��� ����� ����� � ���

������� ��������� ������ ��� ��� �� ����� �� ������� ���� �� ��

���������� ��� � � ���� �� ��� ����� �� �� �� ' ��� ����� ������

������ �� ��� ����� �� �������� ��% �!����� ���� ����� ��������

���� � �

��� ���� ������� �� ��� ���� ����� ���

Page 139: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���

&� '��� ��� ������ �� �� ���

�����

1� �� ��� �� �������� ��� ��� �� ������ �� ��

��� ������� ����� ������� ��� �� ��� �� � �������� ������� %�����

������� ��� ����� ��'� ������ � ������� � ��� ������ �� ���

'��%� ��� ������� ����� ������)� ��� ��� ������ �� ����� +2 +=

���������� �� ������ ���� ��% ��B���� ����� �� ������� ��������� 9���

�� ��� ��������� �� ������ ������� ��� �� ��� ������� ��%� ���� ��

���������� �� ������� �� ���������� ������� ��� � 9��� �� ������� ��

� ���� ������ ��� � ������� �� �� ��� � ��� ��������� ������� ��� �

&�%���� ��� ������ ������� �� ��� ���� ��� %����� � ��� � ���������

� ��� �� ��� ������ ����� ����� �� ��B���� ����������� � H�� ��

��� ( � �������� �� ��(�� ������ ������� ��� � �� "ME�0 ��� �� �

������� � %���� �������� ��� ���������� ���������� � ���������� ����

�������� �� ���� �� ����� �� � �� �� �!����� ������� � ��� "ME�0 ����

�6�9�0� �������� ���� ��� ( � ���� �� ����� �� �� � �������� �� 6�

��� � %���� ��� ����� �� ����� �� �� 0 � 6 �����%�� � �� 0� ��� � ��

�� � �� � � "ME�0 ��� �� � ������� ������ �� ������ � ��� ��

�!����� �� �� ��(�� ��� ���� � ���� �� �� ������� ��� ���� ��(�

������ ��� ��� ����� ��� ���� � ������ ��� � ���� �� �����

&�%���� "ME�0 ��� �� � ������� ����� ������ �� ��� �������

�� � �� �� ��(������� ��� (��� "ME�0 ��� �� � ������� ����� ����

�� ��������� �� ��� ��� � �� �� �������� ��� ��� �� � � 0����� ���

(��� ��� ��� ���� %� ���� � �� �� 69- �� ����� �� ��% ���� ��

�� �!�������� "ME�0 ��� �� � ������� ��(��� ���� %� ��� �� � ��

��� *1?,� &�%���� "ME�0 ��� �� � ������� �� ����� �����������

���������� ������� ��� ��� �� � ����� �� ����� #� �� ������(��� "ME�0

�������$�

��� ������� �� ���������� %����� ����! #�3�$ �� ������� �� ����

��������� �� ��� +?@2 � �� ���������� �� "ME�0 ���� *<2� <+,� &�%����

�������� %����� ������ ����� �� �� ������� ����� �� "ME�0 ����

���� ����� � �� ��������� � ��� �� ����� ��������� �� ����(��� ���

���� � %���� �� ��� ����������� �� ��� ���� ���� "ME�0 ���� ���

����� ����(� ���%��� ��� ������ %��� ���� � � �� %����� ������

�� ���� � � ������ �������� ��� ������ %�� ��������� ���������� ���

������� �� �� ��� �� ����� � ��� � ��% ������ ������ ��� ���� ���

(��� *<1,� ��� �������� ������� %��� �� +??= �%� #����������$ ����!

������ �� �- ��� %�� �������� ��� ������ %���� ��������� ���� �

���������� � *<<� <I,� ����! 9���� *<I, ��� ����� ��� ����9-�0

������ � � �������� � �� ���� # ������ �� �%� ������� ��� �� ���

�����$ ���� ������ � ��� � ������� ����� �������� ��� ���"� ����

�� ���� � ����� �� �� �� � ������� �������� ��� ��� ����! �����

� �� ���� ���� ���� ������ � ���������

Page 140: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�� ��� ����9-�0 ������ �� ��������� ��� ������ ������ ��� ��� 0���

"� ����� ���� *<=� <K� <>,� ��� ����� ������� ������ � ��� "������

���� ����! ������ � %� �������� ��� ��� ����9-�0 ����! ����� ���

��� �-�� ��� ���"� ����� ���� � ������� %��� ���� ��% ����9-�0

���� � %���� "�� �� ��� ���� ������� ������� ��������� ����! ���������

����� ���� ���� ����%�� ������ *<K, ��� � ������ �� �� ��� �

������ � ����������� �� � �� � �� �� ������� %� ����� ��� *<>,� -�

����������� ����� I�+ �����)� %���� ������ �� ��� ��������� ��

��� ������� ����� ������� ��� �� ��������� �� ��� ������� %��� ����� �

�� ����� �������� � 333����������

�����

1� �� ��� �� � ��� ���� ������ �

�������� ������� �� � ������� %��� � ������ �� ���� ���������� ����

���� � ������� ������� �� �������� �� ��� ����� ������� ��� � �����

��� � �� ������ ������ ������� ��'� ��� &"5�+ ��� ����� #��� �

����������������� %���� ��� ������ �� ��� ������� *<@,� ������� ���

������ *<?,� � ����� ����� ����� *I2,� ���������� ����� ������

��'� ����� ��� *I+, �� � ��G����� ������ ��������� �� � �� ��� � ����

���� ��� �� �������� � ��������� � ��� ������� ���� � *I1� I<� II�

I=, ��� ���� �� ���� � ���� ������ ����(� ��� ��� ��� ������� ���

�� ����� �������� ��� ��� �� ������ � ��� ������ � ������� �����

���� �� � ��� ��� ����������� �� ����� ������� ���� ���� �� ��������

�� �!�� ��� ������� ������ %���� ���� �� ���� ��� ������� ������ ���

�� � ���� ���� ��� ���� ������ �� ������ ����������� "� � ���� �

�� ������� ����� ����������� %��' ����� ���� � ����� ��� ������ %����

���� �������� � ��������� ������ %������ ����� ���%������ � ���

������������ ������!�� �� ��������� ������� ����������� �

�����

��������� �� � '�� ������ �

9����� ������ ����� ���� ����� ��� �� �� ������� ����� ����� ��

������� ������ �� ������� ������� � %���� ������ �� �� ����� � ���

���� ��� �� �� �� ������ ��� ������� ��������� �� ���������������

#������������ � ������������ � ��� ��!��� �� � �� �� � ��������$�

0�6 � ���� #06 ������������ �� � ���� ������� ����� �� ����

������ ������ �!���� �� ��� �� ������ ��� ������� ������� � 0�6

� ���� �� ����� %��� ��� ������������ � �H� ������� ����� *IK,�

��� ��������� �� %��' ������� ������ #��� �� ���$� ��(������ �� ���

������� �� � ���� ��� %��' �� ����% �� ����(���� ����������� �� ���

��� ��������� ����� � &�%���� ��� �������� ����� %��� ������ ��� ��

��� ������� �� � ���� �������� ���

Page 141: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

����

���

�� ���

���������

�� ��!� �

!� �� ���� �����

�� �

& ����� ����� ����!����� ��'

�������

����

��

���

�����

���"� �����

����;LL%

%%�� ����L�������L�

�� �������

����;LL���

�����!�� ����L�������L�

���� �����L����� ��������

���"� ���������!

����

#�������

����9-�0������ $

9"6

��/90��

����;LL���

� ������������L������L �����L

"ME�0��� �� � ����

����"N

9.��0&

����;LL���

� ������������L������L�

���! L

"��

����!����

#����9-�0��-�$

�-9����

����;LL����+����%�������L� ����L��L�

-9.��0&����

�����9-�0������

�.99

����;LL������������

�����

�����L��� L�� L

����9-�0������

� �� ���� ���� ���� ������ � ���������

Page 142: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� ������������ ������ �� ��������� ������� ������� ���� ������

��������� �� ��� ��� � �� ��� ����� ������ ��������� ������ �

���

�������� �� ����� ��� ������

:� ����� �%� ��B���� �� ' ��� �� �� ������ ��� �� ��� ���� � �� ������

�� ����� � ��� ( � �� ' � ���� � ������ �� ��� ��(������ �� ������

������ �� �� �� �� �� '��%� ������� ������� � ��� � � ������ ���

�� ��� ��(������ �� �� ������� ������� �� ����� ���� ����������� �� ���

������� �� ��������� ������� ����� %����� ��% ������� �������

%���� ��� �� ������ � ��� ����� �� '�

�����

������� �� ����� ���

H�� �� ��� �� � �������� ��� �� ���������� ������� ���� � � ���

�������� �� ������� ������� �� �� ������� � "� � ������� �� �� ���

���� ��� � � ��� �� ��� ��������� �!�� �� ������� #��� ���� ����� ��

�!�� ���� �� � ������ ���������$ ������ ��� �� ������ ����� �� '��� ��

�� ��� ����(� �!�� ��� ������ �� ��� ������ �������� �� � ����� ���

�� ��� ��� %��� ������� #����� ���� �� �� ������ �� ���$ �� ���

���� �� ���������� ���� � � �������� ��� ����� � ��� ������ �� ( �� �� �

� ��� � �� %��� ���� �� ���� ��� �� %������������)�� ������� ����

�� � ���

0����� �� '��%� ��� �� �� ����������� ����� �� ��� ������� �� ��

����� � �������� � ��� ������� �� ���� ���� � &�%���� ��� ��������

����� �� ���� ���� ���� '��%� ������� ����� � �������� �����

���� �� � CC�� �� ����� �������� �����DD %���� ��� �� � �� ��� �� ������

� ���� ���� ���� ��� ������� ���� ��� ���� �� ��� �� ���� ��������

���� ����� �������� ������ ������� �� ����� ������� ������ �������

��� �� �� �� �������� ��� ����� �� �� ������� � �� � ��� �� ��� ��� ���

����� �������� ������ �� ������ ��� ������� ��� ������� �����

��� ����� ������ #����� 0�6 � ���� $� � ������ ������ #����� ����

����(���$� � ��������� ��� ������� � 9�������� �� ��������� ������

������� ��� �� � ���� �B��� ��� � �� � ������ �� ��� ������� �� ���

���������� �� �� ������� 0����� ������ %��� ������ �� �����

'��%� � ��'��%� ��� � �� ��� ������ �� � �������� ������ � ���� ���

������� ��� ��� �� � �� �� ������� �� ������ � ������� ��� �����������

�� ���� ��������� ������ �� ������� ��� ��� ��� ������ �������

��� ������ ��� ����� ������ ��� ��������� 6������ ������� �����

��%� �� ��� ( � ������ �� ������ � ��� �G��� ��� ������ ���������

��� �� ���� �� ��� ���� ����� ��%

Page 143: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�����

" � �� ���� ��� ��������� �����������

��� ������ �� ������� ������ ���������� � ����� ������)�� �� ������

��� ��������� �� ��� ������ %��� ��� ���� #�� ����� ��� �������� �������

�� $� &�%���� �� �� � �� � �� � ��� �� ���� �� ������� �A����� ���� ��

����� � ����� ��������� ���� � � �������� ������������ ������

����� �� �� ���� ����� ���� � �� ���� ������� ������� ��� ������)� ��

���� ������ �� � ����(���� ������ � M����������� ��� '��� �� ������)��

���� ��� ��� ��%� �G��� ��� ���������� ������)����� �� ������� ��

������ ���� � ��%� ������)��� ����� ������ �� �����

��� ������ �� ���������� �������� ����� ���� ����� ��������� ���

����� � -� �!������ ��� ������� � ���� �� ��� ������� ������� ���

%��� ��� ����� � �A��� �� ���� ������� ������ ����� � ������� ���

�� �������� �� ��� ������ �� ������ �� ���� ��������� ��� ������

������� ��� %���� ������� %��� ��� �� �������� ��� � ������� �����

������� ����� ��

�����

2�� �* ����������

��� ���������� ����(����� �� �� ������� ������� � ��(��� � ��� ����

���� �������� �� ��� ������� ��� � � ���� ��������� �� � ���������� ����

��!� ���� ���� ����� � ����� �� ���������� ������� � �������� ���� ���

��� ����(����� �� ��� ������ � ��� �� ���������� ������� � ������

���� � �� �A����� �� �������� ���������� ����(������ ����������� ��

��� ���������� �����!� �� �� � ������� ����� �������� ��'� ��� ��� ��

�������� � ��������� ���� � �� ���������� ������� � %���� ������ ��

�������� ��� �� ��� ���� ���� ����� � ����(� �������� �������� �� �

�� �� ����%�

��%

&� '��� ��� �� �� ��� �� ����� ��� ������

���� �� ����� ������ ��������� �� ��� ��������� �� ������� ���

����� �� ��% ������� ����� ����� I�1 �� � ������ ��������� %��� � ���

���� ���� �� ����� ���� ������ � 333���������� M����������� ����

� �� CC������� �������DD ������ ��� ��� ������ ���� ���� ���������� ����

��� %��' ����� � � ����� ����� �� �!������� ��� �� ��� �� � ����� ��

� �������� ������ �� ������ �� � %��� ���� ������ �� ���� ����

�������� %� %��� �� ���� � %���� ��� �� ������ %������ ��������� ��

��' � ��� �� �� �� ���� 3� %��� ���� �����% ��� ���������� ������

���� ����� �� ���� �� ��� ��B���� ������� ����� �

� �� ���� ���� ���� ������ � ��������(

Page 144: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

����

���

(�

�����

���� �)���� ���������!�� ��� ����

�������

����

��

���

�����

��������

��������

������������

-��9���E

����;LL��� ����������L�� ����L��� ����L� �����

��������

��!����

������

��EE

����;LL%

%%������������L������ L����������

����

������

E��-�

����;LL������������������L�

����

�L&

����!� LE��-�����

����

�O

������������������

�������

��!����

������

�������

����������

E�����9���

����;LL��� ����������L ���%��L�� ���

L������ �������

�������

��!����

������

�996L�

993

����;LL������

���

����

��������;?<<+L���

��(���L������

��������

��!����

������

������7��!��

�������

���

0��

E�����-����

����;LL �������� �����L���

�(���L0

E�H�H�.�L�

����

����

�� ���

���������

�� �

������������

�����L0

������

�����O

��%

������ ��

��

��'�������

E��-���

���;LL���������������������L�

�����L�����

����;LL%

%%���������������

��!��

�������

���

�������

�����

�����

N6��"/

���;LL����������������L���L!����

���

��������

���

������!�

��������

���

��������������

���

�����������

-� ��

����

����;LL%

%%�� ����L�������L�� ��

���

����;LL���

�����!�� ����L�������L�� ��

1L�� ��

���

������

��1�- ��� � � ���"� �����

�����-����

����;LL���������

���L�����-��������

�������

��+�- ���

��������

%���+��

�������������

������������

6��

���"� �����

����;LL%

%%�� ����L�����L���

����� ���������

���;LL����

��� ����L���L���!L���

����� �����L

�����������

�� � ����1�-������� ���

�� ���� ����(������

(�'���%O

������� ��������

�������

����%�����

N���� ����

���;LL������������������L���L/��

� ����L!���

���+����P

%��

������

��� ���������� ����(�

��� ������� �� �������� �� ��� ���� ����� ��,

Page 145: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��$��

����� �� ����� ��� ������

��$���� &� ��* � ��'��� ������

� �������� ���� � ��� ����� �� ����� ���� ��� ������� ���%��� �%�

������� ����� �� ��� ��� %��� ��� ������ ����! ��'�� � ��������

9��B���L����! ���������� ������ #9L��� $� ��� ������ ����! � �

�� � �� ������ ������ ��� ���� ����� �� ��� ������ ��������� ����

��������� ��������� ����� ��� � �������� �� ��� %��� ��� ������

����!� %���� ����� � ����� �� ������� ������ � 9L��� �� ����

�� �� �� ����� ������� ��������� ��� ������� ����� ������� ��� � ���

��� ������ � ��������� ������� ���� ��� ������%������ ����� ��

���� � ��% �� ��� �� � �������� 9L��� ������� � ���� � �� �!�������

����% �� �������� ������ ��� ��������� �� ��� ������� � :�����

'� *I>,� �!�������� 9L��� ��� ���� ������� �� ������� 8��� �� ��� *I@,

����� ��� � ������ �� ������ ��������� 9L��� ������� �� ������� ���

���� ��� ������ ��������� ��� 333 #����;LL%%%�������L���� ����L$

*I?,� ���� ������ � �� �� �� � ���� ����� ����������� �� ��� ��������

�� � ����� �� 9L��� ������ #������ ��� $� ������������ �� �A�����

������ �� ��� � ��� %��� �� �������� � ��������� 9L��� ����� � ���

����(��� �� ��� ������ ������ �������� �� ��� ������� �����!� �� ���

��������� 9L��� ������� � �������� � ��� �� ��A���� �� �������� �

������ �� � &�%���� � �� ��� � ��� ��� ������ ��������� �� ������

9L��� ����� � 3� ��������� ������ ������� �� ��(�� � ������� ������

��� ������ 9����� � %���� � ��������� �� ��� %�� �� ����;LL��������!�

� ������ 9����� � � �� �� �� � ���� �� ����� ������� ����������

%����� ������ ��� �������� 9L��� ����������� �� �� ���� ��

������ �����!�� �������� ��� ������ � ������� �� �� � � ������ 9L���

������� � ���-���� ��� 9����� � �� ����������� ��� ����� ��

��� �� ����������� ���� ���� � ���������� �

��$���� 3�'������4���������

.������ �� ������� ����� ���� ��� ����(����� ��� � ��� ����� ��

��� ������� ��� � � ��� ��� ������ ������ �� ���� ���������� ���

�� ����� %��� � ���� �� ��� ������ � ���� � ��� �� ������� %�����

��� ��� �������� ����� 9������ �� �� ����� ��������� �� ������� ���

�����% ��� ��� ��������� ��� �!�� � �������� �B��� �� ������ ������

���� � �� �� ��� ���� �� �� ����(� ����� �� ������ ������� ���

������ � &�%���� ����� �� ����� �� ������ ��� ������� �����)�����

�� ������ �� ������ �� � ������� �� ������ ������� ��� ������

���� ��� � ������� ����� �� � ��% � ����� ������� �����)����� �

������ �

� �� ���� ���� ���� ������ � ��������-

Page 146: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��$���� 5���� ���

E����� �� ��� ����� ������� �� ����(� ���������� �� ��� �������

# ��� �� ��� ���� � $ ��� ��� � � �� ���� �� �� ����� #9�� -���� I�1$�

��� ��� ���������� ��� �!��� ���������� �� ��� ��������� ���������� �

������ ��� ��� ������ ��� � ��� ����� �� ��� ������� %��� ���

��� ������ � ��� �� ������� � ����� �� ��� �������

��� ����� ���������� �� ���� �� ��� ��� ������ � ������ ���

��!���� ������ ��� � ���� ������� � ����� �� ��� ������� �����

������� ��� � ��� ���� �� ��� � ���� �� �� ���������� ������!� ���

������! �� ��� ����� ��� ������ � ������!� "� � ������� ��������

���� �� � ��!���� ������ ������� �� ������� %����� � ����� �� �����

1=2 =22 ���������� �� ���� �� ��� ������ ��� ������� ��� ��� #�99$�

��� ���� ��� �� ��� ������ � ������� ���� ����� �� ���� ��� �

������ ��� �� ��� ������� ��� ����� � ���� ������� ��� ������� �� ���

��� ��� ��� ��!���� ������ ��� �� � ������� ��� ������� �����

������� ��� � &�%���� �� ��� ������ ����� ��� ������� �!����� ��

�������� ��B����� � "� � �� ��� ������ ����� ��� �� ����� ��� �������

���� ����������� �� � ������ �� ��������

��$��

5������ ��� ������ ��� �� ����� ��� ��#������

���� �� ����� %� ������ ���������� ���� ��� �� �������)��� 3�

%��� ���� �� ��� ���� �������� ��� �������� � ��� �� ��� �����

���� ���� ��������� ������ � � ��� %��� �� � �� ��� ���� ����� � �� �!���

�������� %�'��� ������ � � �%� ������� �� ����� �������� ���� ����

� �� � �� �� ��� �� ������� �� ����� ������ ���������� *=2,� ��� ���

���� �� ����� ���� �� �� ������� ������� ���������� %���� ��� ���

��� ( � ������� H�� ���� �� ����� �� ��� ������ # �� ����%$ ����

������� �� ���������� �� ��� ������ ������� ��� ���� ������

�������� ���� �� ���� �� � %���� ��� ���� ���� ��� � � �� ����� ����

��'� ���� ������� �� � ��� ��!���� ������ ����� �� ����� 1=2 <22

���������� �� ���� �� ��� �99� 6����� ���������� ����� �� � ����

�� �� �� ������� �� ������ ��� ��� .�'����� E����� ������ � #.E�

*=+,$ ��� ����� �� �� ������� %������ '��%� ������ ��������� � ���

.E� � �� �!������� ���������� �� ��� ������� ���� ���(� �%� ��������� ;

��� ���� ���� ��%� �!���������� �� �������� � ������ ��� ���

��� ������� ��� ��� � '��%�� ��� ����� �� ��� � �������� � ����

�������� %���� ��� ��� ����� �� ����(� '��%����� ����� � ��������

������ �� ��� �� ��'� � ���������� ��� ����� ����� �� ��� ���� �

�� ������� ������� �� %���� �� � ������ '��%����� � ���������� ���

��� ��% � ���� ��� ����(��� �� ��� ��� ������ �������� �����������

� �� � �������� ��� ���������� ���� ����� �� ��� ���� ����� ��������� ��

��� ������� �� �������� �� ��� ���� ����� ��.

Page 147: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

����� ������� ������� ���� ���� ����������� �� ��� �������� ��

������� ������� �

��� ����� ������ �� ���� ��� �� ����� ������� ��������� ����� ��

��� �������� ������ �� ������ �� �� ��'� ����������� �� ����������

������� � ��� ����� �� ��� ������� � �!������� ����(���� %���� �

�!����� ������� �� ��� ������ �� � ������ ��� �� �� ����� � �

������ � �� ������� ���� �� �� ����)��� ��� ��� ��% ��� � �������

������������� ����� ���� ������ ���� � ��� ����� � ����(���� ���

��(��� ����� ����� ������� ��� �� ����)�� �� ��� � ������ � ���

�� � ��� �� � ���� ����� �� ��� � �������� �� ����� ���� ���� � �

3� %��� ���G �� �� ���������� ������ �� ��� � �%� �������� %���

����� � �� ��� �������������� �� ��� ���������� �������� �� ������

������ � �������� � �������� ������ �� �� ��� ������ �� ��������� ����

�� �� �� ������ ������ ����� �� ���� ����� ���� %���� �� ��%�

���� ���� �� ��� � ������ � ����� ����� �� �� ��� *=2,� �������� "

%��� ��� �� ���� ������ ����� ��������� �� ��� ������ ��� # �� 0�����

< �� ������ $�

��$���� 5������ ����� �� � � �� ���� ������ ������� ����� �� ������ ���!

��� � ����� ��� �� ��� ��������� �� ��� "" ������ � � ����������

������ ������ ����� ���� � ��� �� ��� ������� �� ���� ��� �����������

������ ������ �� ������ �������� ����� ���� � � ���� ������� �� �

�� ��� ������ ������ ��� ������ �� � ���� � ���������� ��� �����

�� ������ ����� ���������� � ���� ��! %���� � ��� ���� ����� �� ���

������ �� ��� ������ ������ ��������� ���� � ��� � �� � ��� �� ���

�� �� %� ��� ����� ���(�� ���� ���� � �� ��� ��� ������ ��

���� %���� ����� ������ %��� ��� ���� ��� ���� � ��!���� ����� �

6����� ����� ���� ������� ��� ��!���� ����� ��� ������� ���� ���

��� �� ��� ������ � � ���� ���� ����� ������ �� �- ������� ��� ���

���������� � ������� (�� ����� � ��� �� �� %�������� �� �� ��

�������� ��������� �� �- ������� ��� �� ������ � ������� �� �

�������� ������� ���

&�%���� ��� �� � �� �������� %������ �!������� � � ���� ����� ��

��� � �� ����� ��������� #������� ����� ��� ����� �� +2 222 <2 222 ���

�������� $� 9���(�� �� � ��� ������� ��������� �� ��� ������ #<2Q �

���$ � �� � � ���� �� �� �������� �� ��� � ��� ����(���� ���� �� � �

��������� �� ���� %��� '��� �� ������ %� �������� �� �� � �� � ������

��$������ 5���� ��"���

9����� �� ��� ������ ������ ��������� ����� �����%�� ��� �� �� ���

��� �� E� ����� %�� � �� ��� .�'����� E����� ������ � #.E�$ �

:���� *=+, �� ���� �� ���%�� �� ������ ����������� &� �����

���������� %� ��� ( � ����� ��� ������ �� ���'�� ��� ������ *=1,�

� �� ���� ���� ���� ������ � ��������0

Page 148: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

&� �����)�� ������ ���������� ������� ��� 6��:��' � � ��������

������� �� ��� �������� ��� ��!���� ������ ����� �� ��� ����������

��� ����� � � ���������� ��(�� �� ��� �- ������� ��� ���������� ��

���� ������� ������� �� ������ �� ���������� ��� �� ��� ��

������ ����)��� E�����9��� ����� ��� 9�����9��� "ME�0 ����

�� �- ������� ��� *=<,� ���������� � ���� ���� �� ���������� '��%�����

���� ��� ������� �������� ������ �����)����� �� ��� ��!���� ����� �

���� ��� ������� �� ��� �� ��� ( � �� ��� %�� �������� %��� ���

:���� �3� �� ��� ���� ��!� %���� ���� � � ��� �������� �� ���

��� ������ ������ *<1,�

���� � ��% � ��% �� ��� �� ���������� ���������� E�����9���

1�2� ��� ��% �� ��� � ���� �� �� ������ ��� ���������� ��� �� ���

��� CC����' ��!DD %���� � ������ � �� �� �� �� �� ��� +�2 ��� � �� � ����

�� ������ � �������� ������ �� .E� ������ ������� �� ��� �� �

�� ��� ������ �� �- ��� � �������� ��� ���� ������ ������ �� %���

E�����9��� 1�2 �B������� ��� � �� ��� ����(� ���������� �� ����������

������� ��� ������� � ��� � �� �� ��� ������� ������ ���������� E��

����9��� � ��������� ��� 333� %���� � � ��(������ ��������� �� �����

����� ������ �� �����

��$������ 5����1

��� ����� *=I,� �!���� ��� ����� ������ ���������� �� �%� %� �

H�� ���� ��B����� � � � �� ��� "�� ����! ���� *<I, �� ���� ��

��� 9"6��/ 90�� "ME�0 ���� � ��� ���� ������ � ��� ����� ��� ��

������ �� ���� �� = +2 ���������� �� ������ ���� %�� ����� �� ��

������ ����� �� ��� ������� �� �� ������ � :� ������ ��� ����� ��

����� � ��� ��� � �� ���������� ��� ��� ������ ����� ���� ��

������� �� ��� � �� ��'��%� ������� ��� ���� �� �� ��� �� ���

������ � E��-� ����� ����� �� ��������� ��� � ��� ��������� ��� �

333���������� ���� ���� ���� �� ������ � ���

��$������ �""�4�""6

�%� ���� ������ #���� ��� ����$ �� � ��������� ��!���� ������

����� �� ��������� ��� 333 ��� ��� ��� �� �� ��������� ��� �����

�� ��������� �� � ���� ��! � �� � �������� ��� �� ��� ��� �������

E����� ��������� � ���� �� �� �� ��� ��� �� ��� ���� ��!� ��� ���

�������� ������ �� �������� ����� ��� �������� �99� "� ������ �� E���

-��� # �� ����%$ ��!��� ��������� �� ���� +22 ���������� %��� %����%

�� ���� �� ��� �������� �99 �� �� � ��� ������ ��� � ���� �� ��������

%��� ��������� �- ������� ��� � %���� �� �������� ����� �� �� �� � �-�

������ ����������� � E� ����� #�� �996$� � �� ��� ����9-�0 �����

�� � *++, �� �993� -��'��� ��� &��)�������� ��� ��� ���� ����(����

���������� �� ��� ��������� ����������� � ����� ��� �� ������ ���

��� ������� �� �������� �� ��� ���� ����� ���

Page 149: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��!��� *=2,� &�%���� ��� ������ ��� �� ��� � ����� � ��� �����

������� ������ ��������� ��� �� � � � �� (����� �!�������� ������

�� �������� ���� �

��$������ 78��������

��� ���� �� 9���� ��������� ������ ������� %���� � ������ ����������� � ������� �������� ���������� ���� �� ����� ������ ������

%�� %���� �� ����(���� � ������� %��� ������ � �!�� � �����

*==,� ���� � ��� �� � ������� � ��������� ���������� � ��� ��B����

������� �!��� ��� ����� ��� %����� � �������� ����� � ��'�� ��

������ �� ��� �� ��� � ���� � �������� ��� ������ %� ��� ��������� ��

������ ��������� �� ��� ����� � %��� � ��� ���� ������ ������

��������� ����� �������� �� ��������� ����� ���� ��� ��� ������

������� ��� ����� ����� ����� �� ����������

��$�����$ 5�������

��� ����� *=K, � ����� �� ��������� "� ���� �� ��� ��B����� ��

��!��� ��������� ���%��� ������ ��� ����� ��� ��� �� ������

%���� � � ��� � ������ ���% � ������� �� ��� ���� ������ ��������

��� ��������� � �� ������������� ������!��� ��� ����� %� �� �

������ �� ������� ��� ��� .E� ��� ��� ������� ������ ��� ����

������ ����� ��� ��� ��� ������ ��'�� ��� 6��:��'� �� ����� ��

%���� ��� ���� �� ������ �� ���������� ��!������������� ����� �

��� ���� � ��� ����� ��� ��� ��� ����� %��� ��� ��� �� � ��!����

� ��(��� � ��� ������� ��� ����� ���� �� ��� ���� ��� �� �������

�� �����)������� ������ �� ������ � " �� ��� �%�� �� �� ������

���� ��� ������� ������������

��$�����* 9955

��� ����� *=>, �����)� ���� ���� ����� ���%�' �� ������ � ���� ��!

�������� %��� �� �������� ����� ��� ��� � � ��� �������� �� ��� �����

������ %���� ���� � �� ��� ������� ������ ������ �������� ���

����� ��� ����% �� ������� ������ ���%��� ��� ������� � � �������

�� ����� ��� ���� ������ %��� �� � �������� ������ �� ��� ������ �

�� ������� ��� �������� �� � ���� ��!� �� ������� �� ��� �� ��� ���

��� %� ����� ��� ������ ��� ��� ����� ������ � ��%� ����� ��

��� � �������� #����� + �����L'�$� ��� � ���� ��% �� � ��� ����� ��

��� � �� �� ����)�� #������ ����� �� �� ���� 1 '�$� &�%���� ����

��� ����� �� � � ������� � ��� ����� �� ��� � �� ����� ������

���%�������� ��� ����� � ��������� ��� � 333��������� #����;LL%%%�

�����������L������ L�����������$�

� �� ���� ���� ���� ������ � ���������

Page 150: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��$�����+ 2���5���� �� "����'

������� P���� *=@, ����� ��� � ��% ������ �� ������ �������! ����������

��� ������ � �� ���������� ���� � � ��� ������ � ��������� ��� �

333���������� %���� ����� ����� � ������� �� ��� ������� ������

�� + '�� 0�� E����� 9���� ��� ��EE �� ���������� ��������������

�� � ����� ������ ������ ����� ��� ��� �� ������� �� ��������

��$���� 5������ � ������ ��*�� ������

��� � ����� �� � �� �� ���� ����� ������ ����� ��� ������� ������

� �������� ��� �����)������� ������ �� ������ ������� ���� ��

���%��� ��� ��� ���� ����� ����� ��� ������� �� ����!����� ��� ����

�������� �������� ������� �����)����� �� ������ �

��$������ ���"� �5

��� ����� *=?, �� � ��'� ���� ������� ��!���� ������ ����� ���

�����)� � ���������� �� �- ������� ��� *K2, %��� %���� � ������ �� ��'��

��� .�:/ #I>1 ������ $ %� ����)��� -�� ��� ���� � � %�����

����! �� �- ������� ��� ������)����� %� ������ ��� ������ �����

�� ������ %��� ��%� � ����� ������������ �� �- ������� ��� �

-��9���E ��� ��� ���� ��������� ������ ������ ��� �� � � ���

���� �� ��� �� ���� ������ ��� � � ��� � %�� ��'�� ��� :����D

��(������ #��� .E�$ ��� ��� � � �� ���� ������ ��� � ������� ���

���� � ����� ��� ��� ��� ������ � ��)�� � ������ � ��%�� ����� �

��� ������� ������ � �� � ����� � ������ ������ � ��� ����� �(��

������ � �������� ��� � ��� � �� �� ���� � ��(��� � ����������

��������� ��� ��� ��� �� ������� ��%�� ��� ����(� ������ �����

������� -��9���E � �� � ��������� ��� � 333����������

��$������ �����42��:����

� ����� �� ����� � ����� ��� 0������ *K+, � � ��'�� ����� ��

�������� ������ �������� ����� � ������� �� ��� .E� ��� �������

���� ������� ��� ��� �� ��� ������ � ��'�� ����� ��������� ����%

�� ��� ����� ��� �� �����)������� ������ ��� ��� ����� �� ��� �������

�� �������� %����� ��� ������ ��� �� ��� ����� � ���� 3� �� ����

��� ����� �� ��� ������ ����� � ��� ��� ��B���� ������ �� .E�

�� � ��'�� ��� � ��� � ��'�� ����� �� �� ��� ������ ���� ����(��

��$���� 5������ ������ �� ������� ����� ������

��� ������ �� ������ �������� ��� ���������� �����!� �� ��� �� ����

� ��� ��� � ��� �� ���� ��� �����!� ��� ���������� ������� ���� � �

��� ������� �� �������� �� ��� ���� ����� ���

Page 151: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� � ������ ����� �)� ����(� �������� �� ������ � ������

�� ������ ���� ���� ������ ����������� �������� �� � ��� �� ����

�� ������ � � ��� ������ ��������� ����������� �� ��� � ������ �

&�%���� �� ��� �� � ������)��� � ������ �� ������ ���%��� ���

���� ��� �� �� ������� � ������� �� �!��������� �� ����

��$������ ��� &

��� ������ %� ������ ��� ��� ����� �����6������ *11, ��� ��'�

��������� �� ��� �!� ����� �� �3� ������ � "� ��� �� ���� �� ��� � 333�

�������� #����;LL%%%���������!��� CC��� ����� DD$ ��� ����% �� � �������

��%�� ��(������ �� �� ������ �� �%� �- ������� ��� � ����� �����

���� ��� ��� ���"� ����� /��� *<<,� ��� ��% ������ ��(������ ���

��������� �� %��� ����� �� ���� ��� �- ������� ��� ��� � ��� � ���

����� �� ���������� ������ ������ �������� � ����(� ��� ���������

�������� �� � ������ *+2� K1,� ��! ����� �� �%� ������� ��� ���

���� ���� ������� ������ ����� ��� ����� ��� ������� ��� ��

��� ������ ����(�� 0���� ��� ������� ��� �� � �� ������� �� �������

� ����� ������ � � ��������� �� ��� �� -� �� � ��������� ���� ���

���� ��(������ �� ��������� ����� ����(� ������ ��� ����� �������

��� �� �� +2 ���������� ������� �

��$������ ���� ������

������ ������� ������ �� �������� �� ������ �� ������ ��� � ����

�� �%� �� ����� ������� � �����-���� *K<,� ��� ������ ������� �-

������� ��� %��� ������ �!������ ��� ��� ���������� �� � ������ �

������� �� ����% �������� ������(������ �� ������� ���������� ���� ����

��� %����� � ��(��� ������� ��� ��������� � ���� �����-���� �� �����

�� � �����% ��� ��������� �� ����� ��� ��� ����% ����� ��� �� ������

���� ���� ���� ��������� � �!��������� %�' �� %���� �� ���� �����

���� �!� � � �������� ��� �!����� ���� � �� ��% ������� ������� �

��� ����� � ���� ���� ��� � 333��������� #����;LL������������L

�����-���������$�

"� ����� �� ��������� ��� ���� -��'��� �� � ������� ��� ���� �� � �%�

�- ������� ��� ������ �� ���� ���� ������ � ����� �� �� ���� ����(�

������� ������� ������� � � ����������� �� �.-1 ��� ��� *KI,�

&�%���� ��� %� �� � � �� ����(� ������� ��� �� ������ ���� � �����

��� �� ���� %�'� ��� �.-1L��� ����� ��� �� � �� �� ��(�� � ����

������� ������ %��� -� ��� 3� ���� ��� -��'��� *K=, ������ ����

�� ��� � �������� ������� �� �� �� ��� ����� �� � �� ������� �� ��

��3 #��(��� �� ��� ���$ �������� %��� �� ���� ����(� ���� �!�� �

���� ��� %�� ���� �� ������ ����� 1=Q �� ��� �� ���� ����(� �������

����� �� ������� ��� ��� ���� ������� �� ��� ��� ���� K2Q �� ����

� �� ���� ���� ���� ������ � ���������

Page 152: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������� ��� ��� ��� �� ���� ������ � ������� ������ ����������

&�%���� ���� � ��� ���� � ���� ��� ������ ������ � ���������� �� ����

����� ��� ����(� ������ %��� � ���� �� ��� ��(������ ����� ������

�������� ��� ������ � ��� ������� ����(� ��� ��� ����(��� � �����

���� �� � � �� ����� ���� �������� %���� �� ��������� �� ����� ������

������� ��� ����� %��� ��'� ��� ������������� ���%�� � �� �� ����

������� ��������� �� ���� � #������� J� -��'���$�

6������� ��� ���� �� ������ ������� ���� ����� ����(��� ����

����� �����%��� ������ ����� � &�%���� ��� ���� �� ��� ����� � ��

����(��� � � ���� � ������� �� ��� ������ ����� �� � ���� �� ��

#��� $ �� ������ �

��$���� �'� ������� ����� ����� �� '�� ��� ;� ����� ���

��� ����(� �������� �� � ������ ��� ��� �� ����� ����� �� � %����

'��%� �!����� ��� ��� ��������� ���������� &� ���� ���� �� ������

����� ��� ��� ���������� ��� ��� ��% �� � � ���� �� ����������

���� �� �� ���� � *KK,� ��� ���� � ���� ��� ����� ���� � ������

������ ������� &� ���� &+ ���� ������ �� �!����� ��� �� �����

�� ��� .�'����� E����� ������ � #.E�� *=+,$�

��� ����� �� &� ���� &+ ���� #-���� I�I$ %� �� �� �� ��� ? �����

��� ������� ��'�� ��� ������� ���� +> �� ��� .E�� ��� ��� � +22

�� ������� ����� ��� ��� ������� ��� ��� ��� ��� ���� �������

�� �%��� �� ��� K22 ���������� # ������ ������ �� .E� ������ ��

������ $� � ����� ���������� = ��B���� ��� ������� ����� ������� ���

%� ������ ��� ��� �� �� ������� ��%� �� -���� I�I � ��� 6.�9

/������ #6�������! 9���%��� ������$�

������� ��� ����� �������� ������� ��� ������ .1- ���� � '��%� �� ��

�������� �� ���� ���� ��������� �� ���� *K>,� ��� ����� ����� �� �� ��

�������� ��� ��� ��� ����� �� +1 ������� �� � ��� �� ��� ���������

������ �� ��� .�:/ ������ � %� ������ ���� � ��� ������ #����� �� =?$

�� '��%� &� ���� &+ ���� � �!���� �� ��� ����� ������ %��� ��� ���

���� �� ������ #1=$ �� %����� ������� ������� � &�%���� ����� ���

�!������� ����(��� ��������� ��� ��������� ������ � �� ��� ���

�� � ��� ���� �� � �� ��� ��'��%� ������ %����� ��� ����� ������ �

������ ������� ������(�� ��% � �� ����������� ���� � ���� �� ������ ��

��� ���

,��� ���� ��!�� �� ��� ��� -� ���� �� ��� �����

��% ����� ��� �� � ���!��� �� ���

��� ������� �� �������� �� ��� ���� ����� ��%

Page 153: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

� ����� ��������� � �� ���� #���� � �� ����� �������� ���� ��� � ��

�� ���� ���� $� &�%���� ��� � � %�'��� ������ � %���� ���� �� ��

���(���

��(

���� � ��� �� ���� ������ ��#������

���� � ��� �� ��� ������ �� �� �� ����� %�� ��������� ����� ��� �����

�� � ����� �� �� (���� %��� ������� ������ �!������� +22 222 �������

���� �� ������� ��� �������� ����� ������ ���� ��% ������� ��� ����

< ������� ���������� � ��� ������ ��� ������� �� ������� �����������

3���� �������� ���������� ����� �� �������� ����� ����(� ����������

������ ������� %��� ���� ���������� ������� �!���� ��� �����������

�� � ����� �� ������ �� �������� ���������� �� ������� �������

�� �� �� ���� ��������� �� ��� �� '��� ���� %��� ��� ��� �� ���������

�� ��% ������� � 9���������� �� ���������� �� �������� ���� � ����

������ �����!� ���� ���� � ����� %����� �������� ��� � ������ ������

�� ���� ��� �� ����� ����� �������� ��� ������� �

��*��

�'� ������� �� +��� ����� �:� � ��� ��������� �

" %��� ���(�� ��� �� �� ��� ��� �� ������� ����� ��� ��� ������ ��

������� � �� �� ����� ������� %��� ������)� ��� ������ �� ��� � �����

���� ��������� ��� ��� � ������� ��%�� � �������� ����������� &�%�

���� ��� ��������� ����� ��������� ���� ����� �� ��� � �� ����� ��� �

%���� �� �� �������� ��� ��� �� ����� ��������� � ��� ��� �� ����

�������

"� ��� �� ����� ��� ������ ��� �� �� ����� �� ���� ��� ���� � ���

��(��� #����� ����(� ������ �������� � �� �� �� �����$� &��� ���

����� � ���� ��������� � ���� ����� �� ��� ���������� � ��� � %���� �� �

�� �� ��� >2Q �� ?2Q �� ��� ��� �� ����� ����� �

� ������ ������� �!������� ����� ���� ��� ������� �� ����� �����

�� �� ���������� �� ������� � � ��� %� �� ����)��� � ����� ��

< ������� �� �� ��������� ����� ������� ��� #��� ����� ������$� ���

����� ������ � � ������� �� ������� ����� K2 222� <2 222 ������ �

H� ������ ������ ������ ��������� ����� ������ ��� ������ ��

+222 �� +2 222 ���������� �������� �� ��� � ������� ����� � � ����� ��

������ ��� ����� #+L+2 222$ ��� %���� � ��� �� ����� <22 222 ��������� �

6���� ��� ��� ����� ��� ��������� � -��'��� ��� &��)�������� *=2, ��

�� ���� 12Q �� ������ ��� � ��� %���� �� 12 222 ��� ��������� �� �

1@2 222 � ��� ���� ?2Q ��� � �� ����� �

� �� ���� ���� ���� ������ � ��������(

Page 154: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

H� ��� ���� ���� ����(� ������ %�� ��%� �� ������ ��� ����

=2Q ��� �� ����� ������ �� ���� ����� ������ *1+, ��� ������)� �� � �

���� ������� �� ��� ������ � � ����� ����(� ����� ��'� ��� ����� ���

����� *1+, ������ ����� ���� ��� 1�= ������� �� ��� ��� %���� ���� �

����� �� +122 ������ � K22 �� %���� ��� �� �!������ �� �� ���� ��� � ����

�� ��� �� ����(���� ��� ��� ��� ��� ���� ?2Q �� ��� ��� ������

�� ��� � ������� �� ��� %��� ������� ���������� � ������ ��� ���

�!� ����� �� +22 �� �� � ��'��� ���� ��� ������ ����� �� ��� ������

���� �� ��� ����� ����� %���� �� ������ �� ������� ����(� ���������� ��

�� � �� ��� ������ �� ��� %����� ��� ������� ��(������ �� ��� ��

����� ����� �� ����(� ����� �� �� �� ����� ����������� � ��� �

��� ���� �� '� �������� ��% ����������� ���� ����� ���� ��������� ��

������� ��� ����� �� ����� �

��� ����� ��������� ����� �� ���� ��� �� ���� � ������ �

&�%���� �%�� � ��������� �������� %���� ��� ������ ��� ������ � ��� �

"� � ����� ������� ���� ���������� ������ ���� � �� ��������� � �����

��� �� ������� %��� ����� ������ � ���� ���� ��� �������� �����

%���� ��������� ����� ������ ���� ��� � ���� ������� �� ����� ��

���� ��� �� ����� "� � ��� �� � ��� ���� ����� ���������� �� �����

��� ���� ��������� ����������� ��� ����������� �� ��� ����(��� ��

������ ���������� �� ����� %��� ���� ���%��� �� ��� ����� �� ��� � ���

��� �� �� '��%����� ����� ��� ���������� ��������� �� ��� ������� "� �

�� � ����� ���� ��� ��� �� � ��� �� ��� ����������� ���� ������������

%��� ������ ���� ����(����� ��� ���� ���� �� ���� �����

��*��

�'� ����� ��� �*

���� %��� �� ���� �� ��� %� ��%�� ��� ����(� �������� �� ����������

����� �� ������� ������� � ��� ���� � ��������� ������ �����!� �� ��

���� �� ������� ������� %��� ����% �� ��������� ��% �������� ��

���������� ������� ���� � � %���� �� ����� ����� �� �� ��� �� �

��%���� ������� �� ������������ �� ������� ������� #����� �� ������

���� �� ��% ������� ������� $� 0��������� ���� � %��� �� �� ��������

�� ���������� ��� ������ �� ������� ���%�' ��������� ��� � /0�9�

������� � ��� ������ �� �������� �� ��� ������ ������� � "� ��� ��

���� � ���� ���� �����!�� �� ����� ������� ���� � %��� ������ �� ���

���� �� ��� �� ������ ������� %��� ��� � ������ ������� �

��*��

����� � �� ������� �:� �������

��� �����!� ���������� � � �� ���� � ������ �� ���� ����� %�����

��� ��� ������� �������� �� �� �� ���������� ������� ��������

��� ������� �� ��� ������ �������� ��,

Page 155: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������� ���������� ��� �%� � ��� ������ ����� �� �� �� ��%��

��� � ��� �������� ����������� � ���� ���� ��� ���� � � E����������

�������� ���� ����� ��%� ��� *K>,� ��� %�� �� ���������� ���%���

��� � ��� ����������� ��� ���� ����� ��� �� ������� � ������ ��

�� �� ��������� �� ����� � ���� �� ��������� �B�� �

��*��

�������� �� �� � �� � ���� '�' '���'�� �� '���

������ (��� �� %���� ��� ������������ �� ������� ��� ����� ��� ��

�!������ �� ��������� ����(����� � ��� ���� � �� � ��� ��� ����

��������� �!������� �� �!�� ��� ���� � #����� ��� ��� �� �!�� ���

�� $� ��� �� ��� �� ��������� ����� �� ������� ����� ���� �

�� %� �� �������� ������ ������� ������ ��� ��� �!�� ��� ����

������ ���� �� � ���� �� �� �� ������ ����� � &�%���� ��� ������

����������� �� ��� ��� ������� ������� ������� ����� �� ��� #���

�� ��� ���$ �� ��� ���� ����)�� �� �� �!�� ��� �� �!������� ���

���� ������� �� ��������� ��� ������� ������ �������� ������ �!�

�� ��� ������ �� ���� � .!�� ��� �� #�� ����� �� ������ �� 0�����

K� 5����� 1$ ������ ������ ����������� "��� ���� �� "���� �!�� ������ ��� ��������� �� ���� &�%���� ��� ������ ������ �� ���� �� "�#��� ������ � ��% ��� ��� ���� %���� ������ ���� �� ���� ��� ����

������ � "�����(������ �� ���������� ������ � ���������� ������� �����

� #����� ������ ������ $ ��� ����� ��B���� ���������� ������ ��

������ �� ���� ������ ��������� ���� ����(� ��������� � 0�� ��

������� ��� ��������� �� '��%� ���������� ������ ��� ���� � �!�� ���

������ ���� �� ���� ��� ��������� � ������� ��� �����)������� ����

��� �� ������ ��� �� � �� � �� �� ������� ���������� ��������� �����

���� ����� %����� ��� ��� ����� � �� ���� ������ � ��� ����������

������� � 6���� ��� �!��������� ����� �� �� �������� �� �����������

�� ��������� � ������������ �� ������� ������� %��� �� � ������ ���

�������� �� ��� ������� �� ��� �� �!�� ��� �� � %��� � �� �����

���� �� �!��������� ��������� �

��,

2����������

��� �!��������� �� ������ �� ���������� ������� � �� ��� �������

������ �� ������ �� ������ �������� ����� ����� �� � ��� ���

� ��� ����� �� ����������� �� ��� ����� ��� %���� �� ��� ��������

���� %���� ����� ��� ������' ������ ������ �� ��� ����������� �� � ��%

������ �� ��� J����� �� �������� ��� 0������ :����� ������ ������� ��

���� � �� ��� ������� ������� ��� ������! ���������� ���%�' �� ����

� �� ���� ���� ���� ������ � ��������-

Page 156: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������� ������ ������� ��� ��� ��� �� ��� ���� ���� �� %���� ��

����� �� ���� ������� �� ��% ���� �������� � �� ��� �� ������� ���

���������� �� �� ��B����������� ��� ����������� �� ��� ���� ��� (���

�� ����� ����� � ��������� ����� ��� � �� � ��� �� �� %� ���� ���

�!��������� ���� � � %��� � ��� ������������ �� ��� ������� ����

��� %��� ���� ��� ��� ��� ���� ��� ���� �� �������L�������������

� ����� � ��� ������� ����� �� �� �� � �� ������ � �������� ����

������ �� ��������� �� ������� ��� ������� ����� #����� �� � ��� ��

�����$� -�������� ��� ��� ��G����� ��� ������� ������ ��� ���

������ ����%� #�������� ��� ������� ����� $ %���� ����� �� � �� ����

������ �� ������ ��� �B��� �� ��� � ��� ����� ������ ���������

������ %��� ������ � %��� � �������� ������� �� ��� ��������� �� � ���

��� ������ %����� � ��� ��� %��� ��� ������ � �������� �� ��� �������

�� � �� � ������ &�%���� ��� ��� ���� � �� ��� ������� ��� �� ���

������ ��� ��� ��� ������� �!�� ��� ������ ��� ��� ������! �����

����� ���%�' %��� ������ ����� �� ���� ���� ��% ��� ������! �������

������ ���� � %�'���� ��(������ ��� ��������� �� ������� ����� � ����

��������� %��� ��������� �� ��� ��� �� ��� �� '�

���������

� 3������ �� ������ "�����(������ ��� ��������)����� ��

������ �� ��'����� ��� ������� ���������

6������ +2� +K@ +>=�� 8������� �� ������ ������� ��� ������� ���%��� ���

����������� ������������ ��� ��� �������� ������ ���������� 1<� >? @<�

� ��������� .� 5�� 3���� 9� :� ������ � ������ � ����

�� ���� � ��� ������� ����� �������� ���������� ��� �����

��� ���������� �� �������'�� 1 ���� ���������� ���� $���%��� ��� &�% ?<� ?<=@ ?<K=�

� "�� ���� "�� :������ ��� ����������� 8�� :����������

��� �� ������ .� �� ������ ������ ��� ��� �������

������ ������� � �������� ��������� �� �!����������

������ ������� � '� !��� ����� 1K1� +1? +<?�% 9����� /� 9�� 9�������� �� ������ 9������� ���������� ��

��� ����� �� ���� �� ��� ����� ��E � ��� � ��������

���������# <>� >++< >++@�( 4����� � ��� H����� 4�� 8 �� �� &�� / � J� J�� -�������� /�

E�� 9����� J� ������ �E�+ ��������� �� ��� �� ����

���������� ���� ��� ������� � �������� ������ � �E�

� ��� � ������� %����� � ������������� � ��� � ���� �� ������� ������� !���( ����� +=� ++? +<2�

, 9��� J�� ������� ��� 9�� ��� J�� 9���������� &��

5���������� :� ������ ���� ��� �� ��� ������� �������� ��

� ����� ������ � ��� � ������� � ��� ������ ��������������� $���� <I2� 1I1 1II�

�������� ��.

Page 157: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

- :��� �� ��� �� /�� ���� ��� ��� /������ ��� /������� J�

��� ������� J� /�� /�������� J� E� ������ 0�����������

���� ��� ������ �������� �����������������

��� ������� � �-� ���������� ��� ������������ ����%� ;0�������)����� �� �� �E+ ��� �� �!�� +� !�������)�������� ?� >I= >==�

. :������� 6�� 6��� ����� E�� :���������� 9�� 3� ����� 0��

:���� ����� �� ������ ��� ��������� ���������� �� ��� ���+���� � �E�+ � �������� � ������� ������� �� ��� ( �

������ !�� *��� ���� +=� <>I@ <>=@��0 8��� H� 5�� ����������� �� 6�� 8��� �� .�� 3 �������� .��

8�������� �� �� ������ � ����������� �� ����� ���

������� ������� �B������ ���� ��� ������� ��

�������� � $���� %��� +�� 1<� I2?> I+2<��� &� �������� ��� 3 �������� .�� ������� "�� &�������� &��

8��� �� .�� 8��� H� 5�� "���� ���� .� 5�� ������� .� ���

E������������ H� ��� 8�������� -� ��� E���������� �� /��

8�������� �� �� ������ ������ � �� ��� ���������

���������; ����9-�0� ���� ��� 0H�E./� $���� %���+�� 1K� <K1 <K>�

�� ������� �� "�� ��� ����� .� &� ������ ��� ���%���� ��

�����������; �����)����� ��� �������� �� �������������� ��� � ��,������� +1I� +@=+ +@KI�

�� P����� /�� �� ����� �� ������ 0����� ����� �� � ����

��� �������� �� ��'����� ��� ������� ������!� � %����+�,� ������� KI� =<< =K+�

�� 0������� J� 3�� 0������� �� 0� ������ "��������� ��

.�'����� �� ���� ��� 9���� � � ' ���� *��� 1KK�

+>>1+ +>>1I�

�% 6 � ����� 6�� ��� ��� J� 0� ������ ��� ��������� ����������� ����� ��� �I2 ���� ��������� ��������� �� �����

������ ������ ���������� ����� ���� � ��������

������� %��� ������� �� ���� ����� ������� ��� � ' �����K>� KK@1 KK@@�

�( 0������ J�� ������� J� /� ������ 0��������� ���%��� ���

������ ������� ��G����� ��� ��������� ������� �� �����

��� $�� %�� �� &�% ?1� +?== +?=?��, ��� ��� 0� ��� ���� �� /� ������ 0�� ������ ���

��� ��������� ������� ������ �� ������ +1� <=+ <==�

�- / � &�� 0�������� � 4� ������ �� . ��! �� ��� �� ��������� �������� %��� ��� .���! ��� �.-�1 ��� �� �

�� ��� ������� �� ����� �� ���� ����(� ��� �������� )!�-' +<� <=@2 <=@?�

�. 0������ E�� E����� 0� 6�� :������� -� .�� 8���� ��� �� �������� -��������� � �������� ���%��� ������ ������ ���

��� ���� ���������� �������� ��� $�� %�� �� &�% ?I�

++I=K ++IK2��0 : ������ 4�� ������� H� ������ 9�� �������� �� �� � (��

���������� �� ��� ����� ��� ��� ������� ��� ��� �� ��

���������� ������ � �A����� �� ���� ��� � ������

��� ���� � ������ �� ��� �������� ������� )�� .� I2=�<<< <<K�

�� -���� 8�� F������ 8�� 3������ �� ������ �� ��� �����

� �� ���� ���� ���� ������ � ��������0

Page 158: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� ; � ( � ��� ��%�� ������������� ��� �(������ ��

�� �� ����(� ������ � �� ����� ����� +� +1? +<@��� -���� 8�� �������������� J�� 3������ �� ������� � �����

������ �� ������� ����� ����(� ����� �� ������� ���� ������ � ��% /�� �� 6��:��' %���� ������� � ����������

������� ' !�� ���� 1>2� K>I K@>��� -���� 8�� 3������ �� ������� 9����(� ��������� ��

������� ���� �� ��� ������� � "� E���(� 9��� ��� ��:����������� D?>� �� :� ������� �� 8� ���'�� /� &���� ���

�� .� 8���� �� � #3��� 9������(�$� +=+ +K1�

�� -���� 8�� :�����3������ ��� 3������ �� ������� 0����������� ������ �� �������� /�� � �������# 11I� 1=K 1K>�

�% ���� 8�� �������� .� �� ������ 6������������ ���������

�� � ��� ������� ����� ���� ���� �� �����������'� ������� ��

��� ����� �������� '��� � #�'�+$ ������� !�������)�������� +2� +=<K +=I@�

�( J ���� J� 6�� P�������� �� ������ � ����� ��� ���������

������� ����� %����� ��� ��� ������ �� ��� ���������

��%�� ����� ���� � � ��� ���� �� �� ����������� ����'��� ��� ��� 0L.:E ����� �� ��� ������� ����� � !��*��� ���� +>� =>=@ =>>2�

�, M����� ��� 9���� �� ������ 44+ ��� ��������� ��������;E����� ���������� ��� � �������� %��� � ��� ���

���������� ������� ���� � ��� $�� %�� �� &�% ?<�

+<=>+ +<=>K�

�- 9�� �� 6� 9�� 5��� ����� �� J�� 9�� �� J�� / ��� J� :�������� ��� �� ������ 0���������� �� ������ ����������

�� ��� ��������� ������� ��� +�,� *#��� +K1�� 1=+ 1>@��. 0������� �� �� ������ 0����� �� �� ��� ��� �� �

������� G��'��� ��� �������� ��� ��� �� �� ������ ����������� � $���� %��� +�� +=� +<=< +<K+�

�0 9������ �� ������ 0������ ������ �� ������ ����� ��

������� ���� ������� � $���� %��� +��� +1� =2= =+?��� 9������ 6� ��� &������� """� 6� 3� ������ "���������

�������������� ��� ��� ��������� ��� ������� � ���$�� %�� �� &�% @K� ++@< ++@>�

�� :����� E� ������ 3����� ����! �� ������� �� �����'����� ��� ������ � "" ������ ������� ������ ���

=21 �������� ������ ������� � ' !�� ���� 1+1� =K< =>@��� F������ 8�� -���� 8�� 8����� &�� 3 �������� .�� 3������

�� ������ ������ ��� ����� �����; ��% �� � ��� �� ��������� �� ��������� �� ��� �� � ������ �� ����������

������� ����� $���� %��� +�� 1<� I@>@ I@@I��� 0��� F� 8�� &����� 6� P�� 9������ 6� �� ������ ����"N

9.��0& +�2; � ������� ����� ���� ��� ��� ������� �� ��� ��������� ������� � ��� � ������ � ��

%����� ������ � *��� %��� ����� ++� =K< =KK��% -���� 8�� &�������� 6�� 3������ �� ������ 0�������

� � ��� ���������� ��� �(������� ��� ������������ �� ������

������� ��� �� ������� ���� � $���� %��� +��� 1+� +K== +KKI�

�( -���� 8�� F������ 8�� 3������ �� ������� -������ �������������� ��� �� ��� ������� ; ��� ��!� ���������� ������������ �� 11� +2< +2I�

�������� ���

Page 159: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�, -���� 8�� F������ 8�� 3������ �� ������� 9���%�� �� ���

���� � �� ��� ������� ������� �� ��� �������� *���%��� ����� +<� @? ?>�

�- :������� E� ��� / �� 4�� 6��� �:������ �� �� ������ ������ ���� ������� ������������� &"5�+ ��� ������� ����

������������ ������! ��������� $���� %��� +�� 1=� II@+ II@K�

�. 3���� 3� ��� 0 � �� &�� N��� 4� ��� P��� 9�� 8��� ���0������� 6� �� ������ ����������� ��� ������� � � �����

������������L'��� �����'� ������ �� ��������� 93"L9�-�

������ ������!� � ��� $�� %�� �� &�% ?=� I?1 I?@��0 :���� E� J� /�� & �� ��� 5� J�� ������ "� 3�� : �� ����� E� &�

������ ������� ������� +I> �� ������� ��� � �������

��� ���������� �������� �� �������� ��/ ������ ��

9��������� ����� ���� /��� +<� ++<= ++II��� 8 �� J�� 8�������� 9�� 9�� ��� �� J� ������ "���� ����� ����

��� �� � ��'����� ��� ������� ����� ���������� �������

���������� ��� ������� ����������� ' ���� *��� 1>2� +1@1

+1@@��� 0������ � -�� ������ �� E�� ������� E�� 6��� �� 0��

� ���� :� ������ .99�; �� ��������� ��� ����������

������� ���� �� ���� ��� ��� ������ ������� $����%��� +�� 1=� <=+I <=11�

�� 9������� E�� 9������� E� -�� ������� �� ������ ���

������ ��� �������; -�� ������������ �� ��% � �� ��

������ ��������� � *��� -� ��� ���� >� 11? 1<= 9�������� ������ 0������ ������ �� ������ ����� �� ������� ����

������� � $���� %��� +�� +1� =2= =+?��� ������� ��� 4�������� 8�� 4�������� �� ������ ���

������ ������ ��������� � ��� ����� �������������� � *��� %��� ����� ++� K@= K?1�

�% � ������ �� ��� ������������� ��� 6������� �� ������

990E ���� �� ��� �� �� �� ������ ���� ��� ������

�������� � � ��� ������� ������ $���� %��� +�� 1<�11@> 11?+�

�( 9���� ��� 6 ������ 5� ������ " ������� �� � ����� �������

������ ��� ��� ���� � �������� �� ������� ������� ������ ��� 0�6�� ������������ ���� !�� *��� ���� +K�I<<> I<I@�

�, :��� ���� �� ������ 0����� ������� ������ �� ����������

����� �� ��� ���� ��� � ' *��� ������ K2� 1?> <+K��- 8������ J� ��� 9 ��� 6� :�� 8������� 9� �� ������

0�������� � ��� ���� �� ��� �� ������ ����!

����������� ������� <<� <2= <2@��. 9 ��� 6� :�� 8������ J� ��� 8������� 9� �� ������

������������ ����� �� ������ ����� �� �������� �������

���� �� ��� ������ ����!� $���� %��� +��� 1=� +I+? +I1=�%0 - ������ J� 3�� &��� ����� ��� �� 0� ������ .�'�����

������ ����������� ������ +�� >� @K+ @>@�%� E�� ��� �� 0�� J�� ��� ��� :����� E� ������ ��� .�'�����

E����� ������ � .E�� $���� %��� +�� 1K� <=< <=>�%� E����� ���� �� 9� ������ E�������� E�� "" ������

������� � ��� ��� ������� ����� ������� ��� � ' !�� ����1I?� ?1< ?<1�

� �� ���� ���� ���� ������ � ���������

Page 160: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

%� E����� ���� �� 9� ������ 9"6��/ 90��; � �������

����� ���� ��� ��� ������� �� ��'�����

��� ��������� ������� � *��� %��� ����� >� 12< 12K�%� 0��� F� 8�� &����� 6� P�� 9������ 6� �� ������ E��-�

+�2; � ������� ����� ���� ������ ��'����� ��� ""

������ � ��� ���� ��� "�� ������ � *��� %��� �����+<� 1? <=�

%% /���� 9�� 0�������� � /�� ������ .� 3�� 9������ 6� �������� N���� ����; ��� �������� �� ��� �� %�� ���������

�� ������� � ������������ +I; �� >I @2�%( &��� ����� 6� :� ������ ��� ��������� �� ��������

������ ����� � ��� ��B������� ��!��� �������

���� � � *��� %��� ����� +1� <?+ <?@�%, ������ �� 6�� &��� �� �� /�� .������� -� &� ������ /���

9���� 9��������� 9����(� ����� ���%�' �� E����� ���9����� 9��� ������������ "�; E�������� �� ��� E���(�

9��� ��� �� :������������ .� &���� ��� 8���� ��

%- P���� �� F� ������ "�����(������ �� ����� ���� ���

������ �� ������ ������ +��� @� <+? <1K�%. 8������ �� 4� 5�� 8��� �� .�� 8�������� �� ���

����������� �� 6�� � ����� � /� ������ .�'�����

������ ���������� � ������� ��� �� ��� ������������ � *��� %��� ����� ++� I>> I@@�

(0 -� ���� 9�� ������ 9� ������ 0���������� �� 5��������

.������ ��� ������� ����� � $���� %��� +�� 12� < 1K�(� ��� �� 9�� 0����� �� J� �� ������ ��������� �� .�'�����

������ � ��� ��'�� ��� ����� ������ � *��� *��� 1+�

11< 11>�

(� 8� �������� ��� -���� 8�� F������ 8�� 3������ �� ������

-��������� ������ ������ ��� �� �������� � ���������� ����������� �� ������ ������ ��� ������� ��������

������������ +=� +@2 +@K�(� /�������� 6�� 6������ � ��� :����� � 6�� :���� �� ���

:��� ���� � .� ������ �����-����; ������� ��������� ������� ������ � �� ����� ���� �� ��� ������� ����� �

������������ +=� +>1 +><�(� - ������ J� 3� ������ 0�������� �� �������� �� �.-1 ���

������� ������� ��� #�������� ��� 6����0���� � ���

+>1� �� 60+? 60<1� +??K$� ���� +>1� 60+? 60<1�

(% 3���������� 3� 3�� - ������ J� 3� ������ "�����(������ ��

������� ����� %���� ����� �� ���� ����(� �����!�� ���� ' !�� ���� 1>@� +K> +@+�

(( . ���� �� :�� 9�������� E� ��� :����� E� H�� :����� �� ��

������ 0�� �� ���� � ��� �� ��� �� �������%��� �!�� ���

������ � ��� $�� %�� �� &�% ?=� +I@K< +I@K@�(, ������ /�� :����� E� ������ 9������� �� �������

������� �� ����� ��������� ������� � *���� -�� ��������� >� <?? I2K�

(- 4���� ��� ������� 0�� &���� 5�� -���� 4� 8�� 4��� �� 9��

8�������� &� E� ������ -������� �� ����� �+ �� ��� ���� ����

��� �� ���������� %��� ��� ������� ����� .1-�+ ��� ��� ��

����� �� ������ � !��� *���� ����� +?� 1I22 1I2>�

�������� ���

Page 161: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�������� ������ �� ������ ��

�����

������ �� ���� �� ���

���

�����������

�����

�� ������ �� �������� ������

�� �������� ��� ������� � ��� ����� �� � � ��� ��������� ������

������ ���� ��������� �� �������� ���������� �� ��� ����

��������� �� �� ��������������� ��� ��� �� �� ��� �������� ��

�� ��� ������� ���� �� ��� ������ �� �� �� ���� ��� ������ �� ����

�� ���� ������� �� ����� ������� �� ����� �� ������ �������� ���

������ ���� ����� �� � ���������� ��������� ������ ��� ����

!"� #$ ��� ����� ���� "% &&& ������� ��� � � �� ������� ��� ������

'&& �� (&& ����� ������� ���� ����� �� ��� ��� �� �� ��)��� � ����

����� !'*+$� ��� � � ������� � ���� ���� ���� �� �� ��)��� �

�������� � ��� )��� ������ ��� ���� �� ��� � �� ��������� �

���� �� �� � �� �� ����� �� "&&&*(&&& ��,���� ������� !-� ($ ��� �

��� ���� ���� �� ��� ��� �� ����� ���� ������ �� ���� ���� �

��� � ������� �� �� ������� � ��� ���� � ������� ��������

.�� � � �� /�� �� ����0�� � ������� � ���� ������ ��� ���� !%$�

�������� ������ ��� ���� ��������� � ����� ������ �� �������

�� ������� ��� ��� ���� �� ����� ������� �� ����� ��� ��� !1$�

2�� �� � �������� �,���� �������� � � �������� �������� �� �����

��� ��������� ������ ��� ���� �� ��� �� �� 3���� !"&� ""$4 "� �������

�������� �� ������ ��� ��� ����� � �� ����� ��)��� � �� �������

��� ���� �� ���� �� ��� ��)��� � � �� ����� ��)��� � ��

��� ���5 #� ��� ��� �� ����� ��� ���� �� �� ����� �������� ��� �� ��

�������� ������ �� � ����� �������� �� �� ����� ������ �

�� ��)��� � ������� �� �� ��� �� �����5 '� ��� ������� �� ��

��� ��)��� � ��� ��� � �������� ��� �� �������� ���� �� ���

��� �� ��� �� ��������� �� �������� �� �� ������� ������� �� ����

������� �� �� �������� ����� ���� ������� ����� ���� ����� ���

���� �������� � ���� ������� �� ����� ������ �� ���� ������������ 6���� �� ����� 7������

:.�A4 '�+#(�#11%%�#

���

������� � ���� ��������� ������ ����# �������

Page 162: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

����� ���� �� ��� ��������� �� �� ��������� �� ������ ��� ���5 B�

����� ���� ���� ��������� �� �� ��� ��)��� � �� � �� � �����

����� ���� ���� �� ����� ��� ��� �� ���� ����� ���� :� �� � ��

���������� ��� ��� ��������� ��)����� ������� �� ��)��� ��� �� ��

���� " �� # �� ��������� ������� .�� # �� ���� ���� �C�����

�� �� �������� �� ����� ��)��� � ������� ������ ��,����

���� ���� ���� � ��� �� �����/ ��� �� �� ����� @���� .��� ' ��

B� � ����� �� ����� ��� ��������� �� �� ������� ��� � ���� � ��

���� ���������� �� �� ����� � ������ �� ��)����� ����

���� �� �� ���������� ���������� @� ������� ����� �� ����

��������� �� �������� �� ��������� ���� �� ������� ������ ��

����� ��� ����� �� ���� � ��� ���� �� ����� ������ ��� ��� !"#*

"B$� 2��� ����� ��� ������ ���� �� �� ����� ��� ��� ���� �����

�� ��������� ����� ��� ���� �� �������� ���� ������� �����

���� � ������� !"+$ �� ���� ��� ����� � �� ������ ������0���

!"-*"1$ ��� ��� ���� ����������

2�� ������ ��� ���� �������� � ������� � � �� �� ���� �� ��

�������� �������� ��� ���� ����� �� ��� ������ �� ����� � ������

� ��� ��������� ������ � ���� � �� � ���� ��)��� � �����

��� �� ���� C�� ��)��� � �� ������� ������ ������ :� ��� 8���

��� �� ��� ���� ���� �� �� ��� ���� � ����� ���� �� ����� ���

�������� ����������� �� �� ������� ����� �� ������ � ��������

���� 9� ��� ��� ��� ���� �� �� ������� � ������� �� �� �� ���� ��

��������� ��� �����/ ��� �� ������� ���� ���� �� ������ �� �� ��

8���� �� ��� �������

�����

��� � ���������� ������� �����

�� ��/������ ���������� ������� ���� �� �������� ���� �����

� ����� �� ���� �� ������ ��,���� �� ������ �� ���� �� ���� ��

�������� �� D����� +�"� ��� /�� �� ����� ����� �� ��������� ���

������� � ���� ������ ��)��� �� �� ������ �������� ������

� ������ �� ������ �� ������ ���� ��� � ���� � ��������� �� ���

������ �� ������ �� �� ������� � ����� �� �������� �� ������� ��

���� ���� @� ������ ��� ��� �������� ��� �� ��� ���� ���� �� ��

���� ��� ��� ���� ������ � � �� �� �� �������� ��� ��� �� ���� ���

���� ���� ������ � ���� ������ ��)��� �� :� ��� ��� �� �����

�� �� ��,���� �������� ���� ������ ����� �� ��� ��� ���� �����

����� �� �������� � � ���������� �� ��� ������ @ �� ��� �� ����� ��

����� ��� �� ���� �� �� ���� ������ ����� ������ ������� ��

���� ���� ���� @� ��� ���� ��� �� �� ����� �� �� ���� �� ����� �

���� ������� :� �� ���� ���� ��������� ���� �� ��� ��� ����

��� � ���� ������ ��� ���� �� �� ��,���� �������� ��� �� ��

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ������

Page 163: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

����� �� ����� �� ��� ��� �/ �� ��� ��� �� �� �� ����� ����� ��

���� ���� ���� ��� �/ ���� ��� �� ����� :� ��� �������� � �� ��� ���

� �� �� �� �� ������� �� ��������� �� ����� ��� ���� �� ��� / ��

�� �� ��������� ����� �� ����� �� �������� �� ��� ������ :� ��

��� ��� ��� �� ��� �� �������� �������� ��� �� ��� ���� � � ��� ���

���� ���� �� �� ��������� 6 � ���� �� � � ��� ��� ���� ��� ��� �

��������� �� ������� �� �� ���� ��� ����

�����

�� ������� �� �������� ������

=������� �������� �� ������� �� ���� �� ��� ���� �� ���������� ��

����������� �� ��)��� �� ��� ���� �� ��� ���� :� ��� ���� �������

���� ������� ������ ���� ���� �� �������� �������� � � �� ���

������� �� ���� �� ��������������� ������ �� �� �������� 8��������

���� ���

����� �� ��� ������ ��� �������� �

��� ������ ������ ��� ����� ���� �

��� � �������� ����� � ������ ���� ��� �� ������� �� �������� �� �� �������

�������� ��� �� �������� �������� �

����� �� ���� �� ������� ��� �����������

!���� � ������ ���� � �� �� ������� ��� ��������� �� ��� ���� ������

� ������" �� ��� #���� � ������ ���

� ������" � �� �� ����� ��� ��������$��� �������� � �� � ��� � ������ �

�� ��������� ����" � � �������� ��

%����� � �� �������� ��� ����� ���� ������� ��� ���������� &� �� �������

��������" ��� �� ���� ������� ���

�������� �� � �������� �����" ���

������� ��� ������� ������� ������ � ��� � ������ � � ��� ����

�� �� ��� ��������

��� ������ ���� ��

Page 164: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�������� ���� ���� �������� ��� ��� �� ���� ��� ���� � �� ��

������� ���� �� ��� �� ���� ���� � � ���� �� �� ��)��� �� 9��

��� ��� ������ ������� ������� �� ���������� ������� � ��

��������� �� ���� �� �� ������� �� ���� ���� ��� �� �� ��)�����

���� ��� ������ �������� ������� ����� �� �� ��� ����

D�� �������� �������� ��������������� ������ � �� ���� � �����

��� �� ���������� �� ��,���� �� �� �� ��)��� �� �� ���� �� �� �����

��� ��� �� ��,���� ��� ���� �� �� ������� �� ����� !#&$� :� ���

���� ���� �� �����/ � ��������� �� �������� �� ���� �� �����

�� �� ��� �� ������� ��� ������ ��������� �� �� �������� �� ��

����� ������� ��� ��������� �������� ���������� ����� � � ������ ��

���������� ��� ��� � ����� �� ��� ��� �� �� � ���� ��)��� ��

� �� ��������� :������ �������� ������ � ����� � ���� �� �������

��� � ������ ������� � ��� � ��� ���� ����� �� �� ��������� ��

������ �������� �� �� ��� �� ������� ��� !#"$� @ ������ �� �� ��

����� ��� ���� ��������� � ��� ������� �������� � ����� ��

������� ������ ��� ��� !##*#-$�

@����� ������ ��� �� �������� �������� �� � ������� ���� ���

���� �� ������ ��)��� �� � ���� ����� �� ���� ��� ����� �� �� � �

�������� ���������� A�� � �� ���� ������ ���C� �� ����

�� �� ����� ��� �� �� ������ ���� ������ ��)��� �� ���� ��

����� � �� ���� �� ���������� � �� ������ ������������� ��

���� ������ ����� � ��,���� �� �� ��� ��������� ���������� �� ���

��� �� ���� ������� ����� �� ��� ��� �� � � ������ �� ������ ��

D �� <E7����� F+&-G ����� !#($ � ���� �� ����� � ����� � ��

���������� ������ �� ��������� �� ������ � ��� �� �����

������ �� ���� ������ �� �� ������ ���� � �� ��� ��� ������ !#%$� ��

�F8@" ��� ��� � ��� ��)��� � ��,���� �� �� ������ ���� �� ��� �

�� ��� � ���� � �� !#1$� @ �� ��� ���� ���� �� ��� �����

��������� �� ������ ����� � ��� �� ��� ������� �,� �� ���� ���

��� ���� @ ��� ��� ���� �� ����� ���� �� �� ���� �,� � �� ��

� �� ������� �� ���� ������ �������� �� ������ �� �� ���� ��

� ��� ��� ������� �� ���� ������� � ���� ����� �� �������� ���� ��

�� ����� ������ ���� ��� �� �������� ��������� ��� � ����

����� �� ���� � ������ ��� � ������ ���� ������ ���� �� ��� � ��

���

=������� ������ �� ��� �� ���� �� ����������� ���� ������� ���

�� ���� ���� ���� ����� ��� ��� �� ������ ��� �� ��� ��)��� ��

D�� ��0���� ��� � ����� �� ��� ��� ����� �� ��� ��� ��

�� ��H ����� �������� � ����� �� �� ������ �������� ������

��� ��� ��� ������ ������� ��� � � ������ �� ��� ������ ���

������ � ���� ���� � �� ��� ��� ���� ��� 8���� ( �� ��� ��������

���� �� ���� ���� �� �������� �� �� ���� ���������� �� =:< ������

��������� !'&� '"$ �� �� �� ���������� �� �������� �������� �

��� �� ������ ������ �� �� ��������� !'#$�

� �������� �������� �� ������� ��� ���� �����!

Page 165: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

����'

�� ���� �� �� ���� ���"���

��� ��� ������ ���C� � ��� ������� �� ������� ��� �����

,� �� �� �� � � �� �������� �������� �� ������ ��� ����� D���� ��

��� ��� ��)��� �� ��� �������� ���� ������ �� ���� ��� ���������

.� ���� �� ���� ���� �� ��)��� � � ���� � ����� � ������� ���

��� ��)��� � ����������� ������ ������� �� ������� ��� ��� ��

���� �� ����� ��� ��� �� ��� � ����� � �� ����� ��� ��� ���

����� ���� ������ ��� ���������� ��)��� � ����������� �� � � �.:�

�7@.� !''$ �� �������� �� ������� ��� ����� ��)��� �� � ������

���� �� ���/�� �� ��)��� � ������ �� ��������� ��� ��)��� �

������ ���� ���/�� � �� ���� � ��� � ���� �� ��)��� �� �� �� ���

��� ������ �� �� ��� ��)��� �� ��� ���� �������� �� ���� �����

��)��� �� �� �� �� ����� �� ���� ����� �� �� ���������� �������

����� � � �� ���������� �� �� ���� ������ � �� � ��������� ��

����� ��� ��� ��� ��� ��)��� � � �� ������ ������ � �� ������ �

�� �� � �� ��)��� � �������� ������ �� ��)��� � �� �������

��� ��� � �� �� �������� �� ��������� � � �� ��� ��)��� �� ��

�� ������ ��)��� � �� ����� ��� ��� ���� ��� ����� �������� ���������

� � �� ����� ��� ���� �� ��� ����� �������� ��� ���/��� ����

������ ���� ��� ����� ������� �� �� ��� ��)��� � !'B$� D����� ��

�������� �� ������ �� �� ����� ������� �� ������� ������ �,��

���� ��� ��� ��������� � �������� �� ��� ���� �� ������������

�� �� ����� ������ ��)��� � �������� �� �� ������� �� ������� �

������� �� � � �� ���� �� ��� !'+$� ������ ��� ���� ��������� �� I���

����������� �� A2F ��� ��� ��� �� ����� ������ �� � ���� � �

�� �� �������� ���� "& ���� ��� ��� ��� �� ���� �� �� ������ ��

������ ������ ��� ���� �� ��� ��� �� �� /��� �� �������� ����

������ ��� � � �� ���� ���� ���� ������ � ���� ���� �� ����� ��� �

��� �� �� ��� ��� �� ��� ��)��� � �� �������

3���� �� ����� ��)��� � �� ��� ��� ������ � �� �� ������ �

�������� �� �� ��� �� ��)��� �� ���� �� ������� �� �� ���� ��

��)��� � �������� ������ ��� ��)��� �� �� ��)��� �� �� �����

��� ���� :� D����� +�#� �� ���� �������� �� ��)��� � �������� �� ��

��)��� �� �� ������ ������� �� ���� ����� ������� �� ����� ��� ���

�� �� ������ � ���� ����� ����������� ���� ��������� ��� �.:�

�7@.� � ��� ����� �� �� ������� �.:��7@.� �� ����� �������� �� �����

������ ���� �������� ����������� !'B� '-� '($� ��� ������ ���� � �

�� ����� '&*B&J �� ������ ������ ��)��� �� �� ����� � ������� ��

����� ��� ���� ��� � ������� ���� ������ �� ������ ���� ���

�������� ��������� �� � ������ ��� �� ������ �� � �� ����� ���

)��� � ������ ������ ��� ��)��� �� �� ����� ��� ���� �� ��

��� �� ���� �� #+J� : �� ������ � � ��)��� � �������� ������

�������� ��� ����� � ������� �� �������� ����� ���������� ���� ���

��� ������ ���� ��#

Page 166: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

����� �� �� ���� �� ��� � �������� ����������� ���� ����� ���

)��� � ������ ��� ��/��� � !'%$�

��� ��� ��)��� � ������ ������ ��� �� ����� ��)��� �� ��

D����� +�# ������� �C�� ������� ��� �������� �������� �� ��������

��� � �C�� �������� �� �� �� � �� �������� �������� �� �� ���

)��� � ������ ������ �� ��� ��)��� � �� �� ��)��� � �� �� ���

��� ��� ���� @ ������ ����� '&J ��)��� � ������� ����� ������

��� ���� ������� �����/ ��� �� ���� �� �� ��� ��������� �� ���

������ �� �� ��)��� � !'1$� @ #&J ��)��� � ������� �� ����� F2.�

�� ��� � ����� ��� �� #�B@K !'1$� �� � ��������� �� D����� +�#� � ��

������ � �� ���� ��� ���� � � ������ ����� �� ��� �� �����

��)��� �� �� ������� ������ 2�� ������ ���� �������� ��������

������ ��� ���� ����� �� �� �� � ������ ��)��� � �������� ������

����� �� ���� ������ ���� ���� '&J !B&*B#$� 9� ������ ������

�� ���� ��)��� � �������� �� �� "&*'&J ���� �� �� �� �� ������ �

�� ��� ��� ���� ���������� ���

���� ��$

(�����# ��� � ��) ���� ����������

#������ ������� �� � � ������ ���

���� ������ ��� �� �� ��*����� (���#��+ �� ��� ��) ����� ��

������ ��� ��� �� �� �� *(,�

*�&-,��� ��� ��� � ����� �� ��-

��� ����� ������ ��) ���� ����#��� ���� �������������� ��� � *(, ��) ����� ��

) ������ � ������ ��� � � �� � �

���������" ��� � ��.�� � �.��������

��� � � /�///� 0��� 1����� � �� ��

�.�������� � ��� ��� �2 ��� ���������� ��) ����� ��� ��� ���� ��� ��

�� ������-�����%� ���������� �����.� �����

� � ���������" ��� �����. ��� ��� ������ ��� � �� � � ������� 1����-

��� ��� ��-��) ���� �����.���

��) ����� ���� ������ ��� ���

����� ��� �� ��-��� ����� ��) ��������#���� ��� ��� �� �� ������ ��� 3-

��� �� ���� ��� /�//� ���� �����" ��� ��

�������� ���� # ��� ��� �� *�&-,���

������� ��) ���� �����������

� �������� �������� �� ������� ��� ���� �����%

Page 167: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��$

����� ���

�� ����� � ������ ����� � ���� �� ������ �� ��������� ��)�����

���� �� �� ��� ��� ��)��� � ��� � � ����� ��� ���� @ ����

���� �� ��)��� � � �� ���� ����� �� � �������� � � ���� ��

������ �� �� ��� ��)��� � �� �� �� ��������� �� ����� ��� ���

� �� ���� ��� ����� ��������� ���� ��������� � �� ���� � �����

���� ����� ��� � �� � � �� ��������� �� ���� �� �� ������ ��� ���

�� � ����� � ������� ����� �� �� ������ ��)��� �� ��� ���� ��

��� ���� �� ������ � ����� ��� ���� :� ���� +�"� �� ��� �� ����� ��

��������� ��� � ���� �� ������ ��� ��� ������ �� ��� ����

� ���� �� ��� ������ 9�� �� ���� ���� �� ��)��� � ���������

������� � �� ���� ���� �������� � ����� � ������� ������� ��

���� ���

&�� � ��������� �� ���� ���� # ������

���� ��)��� �� ���� ���������� ������� ����� �.:��7@.��� ���� �������� ������� ����� �.:��7@.��� 2������ ��)��� � ������� �� ���������� �� �������� ������ �7@.��������

������� �� ����������� ���� ������� ������� �������� .�)��� � ���/�� �� ����E��������

������ ��)��� �� =����������� �� ����� ��� ��� ���������� ��������� �� ���� ��� �

������ ��7@.�� �.:��7@.�� ������������)��� ����� � ������� =22L�� ����

�� ������� �������� ������ ���������� ��)��� ��� ������ �������� ��)��� ��� 2������ ��)��� � ������� �� ���� ���������� �� ��������

@������� �� ��� ��)��� � � ����� ��)��� � �� ��� ���� ������� �������� ���/�� �������� 2������ ��)��� � ������� �� ��� �� ����� ��)��� � �������� ���/������/�� �������� D��� �� ������� �������� <���� � ������ �� �������� �������� �� ���� �C������ @�������� �� ��/��� � �� ������� �� ������� ����� ������� ���� �� ����

�������� �� ������

.�� ��� ������� �� ������� ������� �� ������� @���� �� ��� ��� ������ <@.�� 86� � ��� 8����� ��)��� � �������� ���� ��� ��� � ��)��� � �������� ���� �������

��)��� � �������� ���� �����

6 �������� ���������� 2���� � ��������� ��� ������ ������ � �������� D�� ���� � * ���� �A@ �������� ������� ����� ������ � �

�� ���� ���� ���

Page 168: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��)��� �� ����� � �� ��� ������� ��� /�� ��� �� �������� ��������

�� � ��� ���� ��� � ������ �� � � �.:��7@.� !''$ ���� ����

������� ������ ��)��� � ���� �� � � A8�:L� �� ���� !B'$ �� ��

���� .������� ���� !BB$� 9�� ���� ��� ��� �� ������� � ��

��� ��)��� � � �� ������ �� ������� �.:��7@.� �������� ������

��� ������� ��������� �� � �� �� �������� � �� �� ��)��� ��

�����/�� �� �� ���� ��� � �� ������ ��� ��� ������� ��)��� �

������� ������ �� � � 87M.�@7 9 !B+$� ���� !B-$� �� ������ !B($�

@����� ���� � �� ������ ��)��� �� ����� � �� ��� �� �� ���� ��

� ������� ��)��� � �� �6.��� ������ A8�:� 6.�� �� ������� ����

��)��� ��� �A@ ��� ������� �� �FA@� ������� ���� ������ ������

���� ������ ��� ��� �� ����� ����� 9���� ���� ��)��� �� ���� ����

���� ����� �� �������� �� ���� �� �� ��)��� � ��������� ��� �����

������ ���� �A@ ��)��� � ���� � �� ��� ��� ��� ������ ��)��� �

)������ ����� �� ��7@.�A ������ ���4EE����� ��������������E�����

A8�: ��� ���� ������ �� ��)��� �� �� ��/������ �� ����� ����

���� ��� ��7@.�A ��� ��� ���4EE����� ��������������E2� ���N���E

��/������������������ �� ��� � �� ���� �� ������� ������� ���

)��� �� ����� � �� ����

: �� �� � ���� ��� � �������� �� ������ ������ �� �.:�

�7@.� ���� ������� ��� �� ���� ��)��� �� �� ����� ���������������

��� ���� :� ��� �� �� �� �� ��� ���� �������� ������ ���� �� ����

�� ������� !B%*(1$ ���� 8���� - �� ��� ������� �� ������ 2���� ����

��� ���� @������ � ��� ������� !%&*%($ �� ������ ������������ ��

������� ������ ����� ��� ���� O� � ����� ��� ��� �� ������

/��� ��)��� � ���� ��� � ���� ������� ��� �� ������� �� �� ���

���� ������� � ��� ��� ��� ������� �� �� ���� @ ��� ��� � ��

������ � ������ �� ��)��� �� ����� � �� ��� ��� ���������� ��

�������� �� ����� �� ��� �� �� ����� ��� ����� ��� ��)��� �

������ ����� �� �� �� ������� � �� ���������� � �� ��� ����

����� ��������� � � �� ��� �� �� ��)��� � �� ��� �������� ��

�������� ������ � �� ��� ������ �� �� ������ .������� ������ �� ��

�� �� ������� � �� ���������� � �� ����� ������� ���� �� ��

����� ������ ����� � � �� ���� � ������� ������ �� ����� ��

����� �� �� ����� �� ��� �������� ����� ������ � �� ���� �

����� �� �C�� C��� ������� ������� �� ��� ��������

:� ���� �� ������� ��� ���� �� �� ������ � ��� � �� ������

����� � �� ��� ��)��� �� ��� � �� �� ����� � ����� ��� � �����

���� ��� � ��� ���� ���� ������� �� ��� ����� ��� ��� �� ������

� ���� �� ������ � ��� ���� �� ��� ��� ��� �� �� �������� ��� ���� :�

�� �� �� ������ ��)��� � � � ��� �� ������� ��� ������� � ��

������ ��� �� ���� ��� �� ���� ��� �� ������ ��������� �� ��

��� �������� ������ ��A@� ��0��� ���������� ��� ������ :� ����

���� ���� �� �� ���� �� ��� ��������� ����� � �� ��� ���

)��� �� �� �� �� �� � ���� �� ��� ���� ������ ����� � �� ���

� �������� �������� �� ������� ��� ���� �����$

Page 169: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�� � ������ ��������� ���� ���� �� ��� ����� ��� ��� � �����

�� ������ �� �� ���� ��� ��� ������� �� �� ������ ������ �

�� ��������� �� ��� �� ������ �� ������ ������� ������ �� ��

:����� ���� !%%$� 86 !%1$� � �� ��� ���� +�-�� D��� �������� �� �� ��

�� � �� ������ ������� �� �� ��� �� ��������� �� �������� � ��

�������� �� ���� � ���� �� ��� � ��� ����� �� ���� �� ������

���� �� �� �� �������� �������� �� � � ���� ������� �� �� ���

�� ��� �� ��������� �� �������� ��� ����� � ��� ������ �� ����

������� �� ���� ����� ������ ��� �� ���� ������ :� ��� ��� ���

���� ��� ��� �� �� ����� �� !"'$�

D������ �� ���� � �������� ��������� ������ �� �� ��� ��

����� ������� �� �� ���� ������� �� ����� ��� �� ����������

��� ��� ������ ���� � �� ���� �������� ������� �A@ ������� �� ���

)��� � ������ ���������� ����� ��� �������� ��������� �� �� ��

����� @ ������ �� ����� �� ������ �� �� ��� � ������0� ���

������� �� ��� ��� ������ �� � ���� ��������� �� ������ ��

������������� ������ � ������ �� ������4 �� 8� �� 3����� @����

���C� !1&$5 �� O����� 2������� :������ � �� 2� �O2:2� !1"$5 ;��

�;�� ������ 9����� ��� ������ ������ �� ������� ����� ����!������"��� ���#� ������ �� ������ ���� ��4EE������������ ��E

�����E�5 �� �� =��� 3��� 2���� ���� !1#$�

D������ �� ��� � ��� ������ �� �������� �������� ���� �� ��

��� � � �� ������ ����������� 9� ������ ������ �� ���� ��� �

�� ������ ��� ��� �� �� @������ � ��� 8�����

��&

�����

�����

������ �� ������ �'�� �� �����(���

O� � � ������� �� ������ ������ �� ��� �� ������ �� �����

��� ��� �� ��� ����� �� PP:��� �LL �� �� 8���� - �� ��� �������� � ��

�������� � ����� ������ �� ������ �� �� ������ ������� ����

������� )���� ���

?��� � ����� �� �������� ���� ���� �� ������� �� �����������

�������� �� �� ����� ��� ��� ��� �� ��� ��)��� � ����� ��

������� �� ��� �� �����5 ������� ���� ���� ���� ����� �����

��� �������� ������ ������ .89F7 !1'� 1B$�5 �� �� ����� ��������� ��

��������5 � ��� �� �� ����� ��� ����� �� �� �� ���� �� ���� D�� ���

�������� �� ��� ��� ������ ���� ������ ���� #����$����� �

��! ������� ��&

Page 170: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� �7@.� �������� � ���� �� �� .89F7 ������ � ����� �����

��� ���� ���4EE����� ����E����� �E���E����� �E������������

������� )����� ���

������ ��� � ����� ���� ����� ��� ���� ����� ��� ������� ��� ���

������� �� �������� �� �� ��)��� � �������5 ������� ��� ���� ����5

������� ��� ������� ��� ���� ����� ��� ����� �� ��C�� ��� ��� �����

��� ����� ��� ������ 8��� � ����� �� ���� ���� �� �� �� �� ��

���� / �� ������ ���� ����� ��� ������ 8OA36A !1+$��

������� *��+�� ���

����� ����� ������ ���� ���� ������� ���� ���� ����� ��� ������

�� ��)��� � ������� ������ 2O�6776F !"-� "($��

������' ,������� � ���

: �� �� ���� �� �� � ���� ������� �� ������ �� ���� ��

�������� ���� ������ ����� :� ������� �� �� ����� ��� ���� �� ������

� ���� �� ���� ���� �������� �� �� ����� �� ���� ����� ��

��� � ������ ��������� �� ��������� � �� �� �� �� � ��

����� �� ������ �� ���� �� ��� ��� ��� ��� � ���� ������ �� ��

����� ��� ��� �� � ����� ���� ���� �� �� PP���� ����LL �������

��� ����� �� Q��� 2��� �� 8@.� ������� !1-*1%$� 9� ����� ����

������ � ���� �� ����� ��� ��� ����� � �� ��� ��� ����

�� � � ��� PP�� ����LL � ������ ����� ���� �� � ������� ���

��� ��� ���� ������ ��� ���� ���� ���� ��� 6 ������ ������ �����

��0��� �� ���� ��� ����� � ��������� ���� ����� ����� ������

�� ���� �� ���� ��� ��� �� ���� � !11$�

��� ������ ����� �� �������� C���/�� ���� ���� �� �� ���������

�� �������� ������ �� ����� �� ��� �� ���� ���� ��)��� �

����� ����� �� �� ���� �� ��� ��� �� ������� ��� �� �� ������ �

�� �������� ���� ���� � ��� �� ���������� ��0���� � �� �����

����� ���� ��� �������� � ����� �� ������� �� �� ��� ���� 6��� ��

�������������� ��0����� �������� �� �� ��� �������� �� � ���

����� ��� �� �� ��� ��� ������� �� �� �� ������� �� �� ������ ����

� ���� �� ��� ���� M����� ���� �������� �� ���� � �� �������� �

������� ����� �� ���� ������� �� ������ �� �� �� �� �� �� �����

��� ��������� :� �� ���� ��� �� �� ��� �� �� �������� ��� ����

���� �� /�� ���� ���� �������� �� �� ����� �� �� �������� �

���� ������ ��������

@ ������� ����� �� ������� �� ��� ����� ����� ���� �� ������

��� ��������� ��� � � �� �� ������ ������� �� �� ���� �����

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ������

Page 171: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������ �� ��� � � � ��� � � �� ����� �� �� � ����� �� ����

.��� ������� �������� ��� ��� �� ���� �� ��)��� �*��� ��� �����

���� �������� �� ������� ����� ���� �� ��������� �� ��������� ��

�� ����� ��� ����� �� ���� ���� ���� �� / �� ����� �� �� ���

������ ���� .��� ������ �� ��� ���� �� ��� �� �� �����

��� ��� � �C�� � �� ����� �� ��)��� � �� ��������� �� ���������

���� ������ ��� �� ���� �� 2��� 8��� �� ���� ��� ����� � �����

���� !"%$� @ ����� ������ � ��� ����� ����� �������� ��� ��� ����

��� � ������� ������� ���� �� ����� ����� ��� ��� �� ��� �����

���� �� �� ���� � ������� ������ � ��� ��� ��������� �� ���� ���

��� �� �� ����� ��� ��� �� ������ ��������� �� ��� ����

2�� ������ ������� ��� �������� �������� �� ��������� � �����

������ ������� * �� � � ���� �� ����� ��� ��������� �� �� �� �� ��

�� � ���� �� ��� �� �� ������ � �C�� �� � ����� ��� ��������

������������� :� ��� ��� ���� ������ ��� ���� ���� �� �����

������/�� �������� ������� ��� �� ����� ��������� ������� .� �

� ����� �� ���� � �������� ��� �������� �� ���������� ����� ���

������ ������ ��� ����� �� �������� �� ���������� �� ���� �����

��������� �� �� �� �� ���� �� ������ ���� �� �� ���� �� ���� ��

����

�����

-��� ������

������� ����� �����������

:� ������� ����� ��� ������� � ����� ������� ��� � ��,�� ��

����� ������ �� ����� �� ��� � ������ � �� ��)��� � �����

���� ���� � �� ������� :� ���� �������� ���� ���� �� ��)��� �

����� �� ��� ������ �� �������� � �� �� �� ����� � �������

������� ���������� � ������ ����� ���� ���� �� ��������

��� ��,����� � ����� ���������� ��)��������� 3�� � ����3��� ��

��� � ������� ������ ���� @������ �� 2�� �� � ���� ����� ���

������ ��� ���� ���� ���� �� ���� ��� ���� ���� ��� � �� ���� �

�� ���� �� ���� �������� �� �� ����� �� �������� �������� �� ����

����� ��� ��)������ ������ ��� �� � �� ��� �� �������� �� ������

��� ���� ����� �� ���� ��� �� � �� �� ����� ��� ��� � ������

������ ���� ��������5 ������ � ����� �� ����� ���� �� �� ��� ������

���������� �� �����5 �� ������ � ������� ������� ����� ������������

�� ��������

�� ����� ��� �� � �� �� ����� ��� ��� � ������ ������ ����

�������� ������� �� � ������ �� �� ��)��� � ������� �� �� ���

��� ��� ���� .�)��� � �������� ��� ��������� �� �������� ��

������ �� ����������� 2�� ��)��� � ������� ������ ������ ��

��! ������� ���

Page 172: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� ��� ���� �� C� ���� �� �� ��� ��)��� � ��������� �C �� �

�� �� ����� ��)��� �� �� ��� ��� ���� ����� � � ������� � �����

���� ��� �������4

����������

����� ��

���� �� ���� ��� ���4

�������������

������� ��

=������� �� ��� ������� �� ������� ���� ������ !"&&$� ���� ���

� + ���� �� ���� �� �� /�� ��)��� � �� ��� ��� �� � �� ���� ��

��� ' ���� �� ���� �� �� �� ��� ��)��� �� ��� ������ �� � � ��

� ������ �� ����� ������ ������ �� �������� �� ����� ��� ����

����� 6��� ��� ��� �� � �� ������� ������� ��� � �� ���� �� �� �

����� ��� ����� ���� ���� ������ ��� �� �� ���� ���������� :� ����

�������� ������ ���� ���� ��� �������� ���� �� �� ������ �����

�� ���� ���� �� ���� ����� ������� �� - ���� ���� �� ��H �� �

������� ������ �� ��� � ���� �� ��� � �������� � �� � �� ��

����� ��� ��� � ��������� O� � �� � ����� �� ���� �������� ����

�� ����� �� ������� ��������� ��� �� � �� ��� �� ����� �� ��������

�� ��� ���� ����� �� � ����� �� ����� � �� ����� �� ���� ���� �����

���� �� �� ���� ��)�������� �� ������ � ��� ������������� .���

���� ���� �� ��� �� ����� �� �������� �� �� ����� �� �� ���

��� �� ������ ���� �� ����� : �� ������ �� �� � �� �� /��

��� ��� ���� ��� �� �������� ���������� ��������� � � �

������ �� ����� �� ���� ���� ������������� ��,���� ����� ���

��� ��,���� ��� ��� �� ���� �� ���� ���� ��� � �� ��� ��

��� ����� ����� ������� �� ��� � ������� �� ������ ������ ��� ���

���� !(B� "&"*"&+$ / ���

������� -��� �������������� ��������

7��� ��� ��� ����� ��� �� ���� ���� �� ��� �� �� ����� �� �

����������� �� ���� ���������� �� � ���������� ��������� ��� �

����� 7��� ���������� ������ �� ���� ��������� �� ������ ��

������� ������ ���� ����/ ��� �� ����� ��� ������ �� ����� ���� �

���� � ������ �� � ����� ������� ������ 7��� ����/ ��� � �����

��� ������ ���� ����� �� � ����� �� ��� ��� ��0� ����4 ���� ����� ��

"*B ��������� ������ ����� �� +*% ��������� �� ���� ����� �� 1 �������� ��

�������

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ������

Page 173: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������� �� �������� ��� ����/�� ������� ��� � �� ���� ����� ��

#*+ ���� ��� � ���� �� ��������� ������ ����� !"&-*"&1$�

����� ����� � �� �� ������ ������ �� ���������� � ������ �� ��

��)��� � �� �� ����� ���� ���� �� �� ������ � �� ��� ��� �� ������� ����

����� ��� �/ ��������� ��� � ����� ��������� � �� �� ���0��

�� �� ���������� �� � � ���� �� �� ���� �� ������� �� �� F��

����� �� � ����� ������� ��/��� � �%� ��� �� � �%� �&� �� �&5 ���

@������ � !"&%$� M����� ��� �� ���� �������� �� �� ����� ��)����� � �&

��������� �� �������� ��� ���� �������� �� ���� �� ��������

O�� ������ ��� �� ��� ������ �� � �� ������� ����� ���� �����

���� �� ���� �� ���� ��������� ���� ��������� �� �,� �� �� ����

� �� ����� �� !"&1$ ��� � �� ������ �� ������������ ��� � � ����� ���

�� ����� ��� ������ ���F6� �� ������ ���� ���� +�-� � ����� ��

�� ���� �� ��� �/ ���� �� ������ ���� ������ ��)��� �� �� �� �����

��� ��� ����� ���� ������� ���� ���� ������� !""&$� .����� ���� ��

����� ��� � ����� �� ���� ����������� � �� ���� ��� ��������

������� ��� �������� ��� � � &� ���� @������ � ��� 8������ �����

��������� ���� �� ��� �� �� �����

:� �� �� ���� ��� ����� ������ �� ��� ���� ������� ������

����� ����� ��� ��� ���� ����/�� !"""*""($ �� ���� ����� �� � ��

���� ��������� ������� �� ������� ��%� ��� � ��� @ ������ �� ��������

� ������ ����� ��� ���� ������ ��������� �� ������ ��� �� �� �����

��� ��� ����� ���� ��� �� ��)��� �� ����� ����� ���� ��� �� ��

�� ���� �� �� �� ����� ���� �� ����� ��� ��� �� ��� ���� �� O��� �

�� !""B$ �� ������� �� ��� ������� ����/ ��� � ���

7����� ����� �� % ���� ���� ��� ���� ��������� �� 2��� � ��

!""%$ �� F��� � �� !""1$� 2��� � �� ����� � ���� ����� ��� ��� #

������ ���� � ���� ������ �C �� �� ����� ��� ���� �� ����

� ���� �� ����� ��� ���� ������ �� ���� ���� �� F��� � ��

�������� ������ ����/ ��� �� ������ ����� � ����� ��� ����� � �

����� ������� � ����� ������� � ���� ��� ����� �� 7��0 0����� !""'$�

��� � �������� �� 3���� ����� �� � ������ ��� � �� �������� ��

��� 0��0� ����� �� ��� ��,���� ���� ���� ���� ����� � ��� ����

����� ����������� �� ����� 8��8��8��8� �������� � ������ ����

������

.�������� � �� !"#&$ ��� � ���� �� ������� ��� ����������� �� ��

#& ���� ��� ���� �� ��� ������� �� %+ ������ ��� ����� ��� ������

����� ��� ��� ������� �� )��� ��,���� �� ��� �� ������ �� �����

��� ��� �������� ��� ���� �� ���� �� �� �� �& ���������� ��

�� � ���� ������� ���������� �� �� �� �� �% �������� ����� ������

��� ���� � � �� "% ����3��� ��� ���� �� ��� �� �� � )��� ����

����� ���� � � ���� �� ���� �� ���� F� ����� ������������ ���

���� �� � � ��� �� ������ ���� � ����� ��� ��������� �� ����

�� ��� ������ !1+� "#"$� ����� ������ �� ������� ��� �� ��� ����

��! ������� ��

Page 174: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������� �� �� F� ����� ��� �������� �� �& ������� ��� ������ ��

���������� �� � �� ��������� ����������� �� ����� ������ ����

���� � ���� ���� �������� ���� ������ ���� .�� �� @������ �

��� 8���� ��� � ������

������� -��� �������� �����

7��� ����� ��� ������ � �� ���0�� ��� ������ �� ������ � ���

�� ���������� ���� ����������4 "� ����� �� � ����� ����� ���5 #�

�� ���� �� ������ �� ��������5 '� ��� ������ �� �� ����������

�� � ��� ���5 B� ��� �� ���� ���� ����5 +� ��� �� �� ����������

� ���� ������ �� ������ ������ ��� ����5 �� -� ��� �� � �� ��

����� ���� ���� ������� ������� ����E�������� �� 9� ������0� ����

������ �� ��������� ������ �� ���� +�#� O��� ����� �� ���� ������

�� ������ � ������� � � �� ��������� �� � ����������� � �

������� � ������ �� ���� ��� ����� ���� �� ���� �� �� ���� +�#� ��

�� �������� ��� ������ ������� �� ����� �� ���� +�-�

��������� .���+�� �����

��� ��� ����� ���� � � ���� �������� �������� ����� PP���� ���LL

���� ���� ��������� ������ ��� ���� !""� "'� ""1� "##*"''$� �����

���� ������ ����� �� �������� �� �������� �� ������� �� ��

� ����� ������� R����� �� ������ � �� �������� �� ��� ��� � ��

��� ��� ������� �� �� ��� ����� ��� � ��� ������ �� ������ ��0�

�� ��������� ���� ���� �� ��������� �� Q���� �� ������ !"##$� ����

��/��� ��� ����� �� ��� � 8��8� ���� �� ���� ������� ���� ��

��������� ���� �� ����� ���� �� � ����� ������ � �� ����� ���

����� "+ 8��8� ���� �� ���� ���� � ��� � ��� ���� �� �� ������

���� ��� ������� ��� ������ 8��8� ���� �� �� �� ��������

������ �� ���������� ��������� O��� ����� ��� ���� �� ��� �����

��� �� ��� ������ ���� ������ ��� �� ���� � �� ����� ��

!"#B� "#(� "#%� "'&$�

:� �� �� ����� � �� ��0� �� �� ��� �� �� ������ ���� ������

��� ������� � � ������ 9�� ����� ����� �� ������ ��� �

��� ����� ��� ���� ����/�� ��� ���� ��� ���� !"""� ""B� ""-� "#1�

"'B$� �� ������ ���� ��)��� � �������� �� ���� ������ ��� ����

������ ���� ��� ����� �� �� � % ��������� D������ � �� !"#-$ ����� � ���

����� �� ����� ����� �� ( ���� �� �� ������ � �� ������ �� �� ���

� ���������� � �� ���� ���� ���������� ��� �� +% ������ ���

������ � .��� ����� ����� � ���� �� ���� ����� ���� ��

������ ��� ��� � �� ��� � �� �������� ���� ������ ������� �����

��� F2.� ����� ����� "@K �� ����� O������� ��� ��� � ��� !"#B�

"#(� "'&$�

� �������� �������� �� ������� ��� ���� �����!

Page 175: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

@������ ��� ������ ��� ���� ���������� ��� ��� ������ ����

���� ���� �� ���� ������ �� ������ �� ��� ������ �� �� ��� ��

���������� ����� ��� ���� ��� � ������� ���� �� �� �� ��� ��� ��

�������� ��������� ����� ������� �� ����� �� ���� +�#� O�� � �����

� �� ���� ������� �� ��� �� �� ���� �� D� ����� � �� !"#%$� ��� ���

������� ���� ����� ����������� �� �� ������ �F@3:� ��

���� � �� (" �������� �� (B ������� ������� �� "*' ���� ��� ��

������ @����� �� �� ���� �� F�/�� � ��� ��� ���� ���� ���� ����/ �

��� � ���� ����� ����� �� "(%+ ����� !"#1$� M���������� ��� �����

���� ���� �� ��� ����� �� ������ �� ����� ����� ����� �����

���� ���� ���� �� ���� � ��� ����� ��� �� -'J �� ���� �� ����

+BJ �� ���� ����� ���� ���� ��������� ���� �

��������� ,����������� �����

��� ��� ������� � ���� ������ �� ����� ��� �� ����� �� ���

��� �� � ������ ��� � �� ������� 2��� �� Q��� !"'+$ ���� ��

���� ������ ��� � � ����� ���� ���������� �� � - ��������

����� ���� ��������� ������ ������ �� ��� �� ���� �������� �� ����� �

���4 �� ��� �� ������ ������ �� ��� ���� ��� ����� ���5 ����� ���

���� � � ��� �� �� ���� ������������5 ��� ����� ���������� �� ���

�� ����� � ��� ��� �� �������� ���� � ��� ���� �������� ���

� �� �������5 ����� ����� ��� ����� � ��C� ���� ���� ����������5

�� �� ��� �� ��� ���� �� ���������� ���� ������ ���� �� �������

����� �� ������ ����� ����� �� �������� ����� �� �� ��� ���� �� ��

����� �� ������� ��� 8OA36A ������ �� ��� ����� �� ?����� !"%� 1+�

"'-� "'($ �� ��� ���� �� � � ������ ��� � �������� ��� ��� ����

�� � ������ �� �� ���� �� � ����� ���������� ������ "+� �� '&�� ��

������� ������� �� �� F� ����� ��� 3�� �� ��� �� ���� �

����� ������ ����� �� �������� "% ���� ��� �� ���� ����� ���

�� ���� �� ���� � ����� �������� �� ������ ����� @���� ��� ��

���� �� ���� ��� ���� ���������� ��� ���� �� � ���� �� ���������� �

���� �� ���� ��� �� �������� ���� ��� � �� ����� 6������� ��

������ ��� �� 8=@F22 ������������� ��� � /��� !"'%$� .��� ����

�� ���� �� � ������ ��� � �� '&� �� ������ �� ����� ��� ��������� �

� � ������� �� ����� .�� � �� ����� �� ���� ���� ���� �� ����

������ �� �������������� 8�F ������ � �� ��H �� � ��� ��� ��������

�� ������ �� ������� �� ������ � ���

@ ��� ����� ��������� ���� ����� ��� ������� �� �� � �����

��� ��� ����� �� S���� � �� !"'1*"B"$� :� ��� ������ ���� ������

�� ������ �� �� ��������� ���� � �� �������� :� ��� ���� � ��

������ �� �� ������ ����� � ��� ��� �� ������ �� � ��� �� ��0� ��

� � /� �� ��������� ���� � �� �� ������ � ����� ���� ������ ��

���� ���� ���� ���� ��� �� ������� � ���� ���� � �� � ����� D���

��! ������� ��#

Page 176: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�������

�������

�������

������

�������

������������

�����������

�������������

����

@��

��

!"B(�"B1�

#1#$

:82

�T'#+&���

����

.�

� ���

���2

���

8���

���

��

����

��� ���

2���

���

��

��

� ��

�������

���

8�����

���4:�

���

����

���2

���

8���

����

��������

��

����

����������

��� ���

���

�����

���

+8@.�#�������

�������B*+

��#8@.�#

�������

�����

�"&�"'

�������

�����

"�"1*#�++@K

F2

.�5

:�������

�����

%�"�""�B

@K

F2

.�

���

������?�����

!1+�"'-�#&"$

8OA36A

3��

����

��

������

��

����

8=@F2

28�����

���43��������

��� �

� ����

�����

3��. �

���

�����

�0���

���8=@F2

25

������� ������ �

��

�����

��

+�������������

"#�����+*1

!1+$

"#:�

�����!"'-$

:������4

&�-*

#�-

@K���

�����

��

8�� ��8���

6�������

!#1'�#1B$

�������

�����

686��E#

5��

9�

���

���� �

���

�����

������

�������

�����

��5��

#5

�����

���

��������

�����

�5

���

���

��� �

��

A�8��8�O

��

���

���

���

��������

��

�����������

8�����

���42

8E

���

�����

��

����5

/ �

���

���5/ �

�����������

�����5

�����

��

�������

���������

������

����

���

�����

��

���

�������

���

��

���

�����

��

����

���� ���

���

�����+*1

��

���:����

+��������

"�&

@K

�������

�5

(

�����

"�-

@K

�������

�5

1

�����

"�%(@K

�������

� �������� �������� �� ������� ��� ���� �����%

Page 177: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

8������=����

F����

��3�����

!#1+*#1($

�������

�����

F����

����

�����

��

!#1%$5

��9

����

���� 5

���������

���� �

���5

�����

�����

����� �� 5

�����

���

�����

���

�����

8�����

���42

8E

���

�����

��

����5

�� ��

�����������

��,

����

��

�������

�����������

��5�

����

/ �

�5����� �

�����

���

���

�����

���

���

������

���

������

��������

���

���������

�����

�B

�������

� �

���5�����

���

����

� �

������

���

%�����������

�������

:��

���:�

���

����

-*%

F2

."@K

����

��

����5

����

��

���

��

������

�����

����

�������

������

�����

����

���

. �

���

!#11*'&"$

8�

����

����

���

����

686��

�T"1+�

@����

���

�����

������

����

�����

�0���

686���

���

����

��� ���

8�����

���4F�

���

������

���

���

����

��

�������

���

�����

���

����

�0����

��

���� �

����

�����

�0���

+���:����������

"��������������

�����

(

���

������

����

��������

���

����7��

F2

.&�"-�&�#(�

&�1"�

"�"+�&�'#�

&�%1�

������

������

�����

��

����

���'

��������

��

����

� ���

���

��

���

�������

� ����

����

��! ������� ���

Page 178: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�������

� �������

�������

������

�������

������������

�����������

�������������

����

Q�����

�<C�

!"&#$

8�

����

����

���

���

��

8OA36A

�������8OA36A

8=@F2

2�

����

����

�����

���

������ �

��

���������

8�����

���48OA36A4

�����

��� �

-8@.�"�����

6�

���������

�����������

8@.�"����

�� ��������

8OA36A

����

����5

������

� �

��

�����

���

����

���

�5�����

���

������

������

����� ����

2����Q�

���

D������

!"#-�

"'+$

F��

���������

��

����

��� �

6�� ����

���

���

�� �

���

�������

���

��

���

9

���

���

�������

���

8�����

���4��""��

����5���

������� ������ �

��5

������

�� �

��������

� �

����

�����5����

�������

����

�� �

#.3�

�����

����

��

���������

����

B�+��������5

""���

�����

�������

B

���

����5

B*-

��

�����

=��

�������

���

����

�����

�5��

����

����

�����

��

)����

�����

����

�����

F�

����

��!"B%$

8�

����

����

���

����

I�7OF

����2

���

�����

@2

�6F��

B�5

���������

������

8�����

���4@2

�6F

+&

�����

�����

O��(��������

������

����

������

��������

��

������������

(������������

�� ��

���

.� ��������

�����

�� �

����

������

�������2

�����

����

���

����

� �������� �������� �� ������� ��� ���� �����$

Page 179: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

F�

��D�������

!"&B$

8�

����

����

���

����

2

��2

�����

�T11+�

@����

���F.@

��

.���

������

��

����

���������

���

����

�����

@2

�6F�

@2

�6F1B

�����

�������

������

������

2

��2

����

8�����

���4:�

��������

���

����

�����

��

�����

�������7����

/�����

��"&&&&

���

������

���

�����

��0���5���

2�

��

���

�����

��

����5

�����

�0���

#�����������

%

��"#

����

������ ��

��@

�����

�����

���

���

��

������

�����

��5"#

����

&�%"@K5

@2

�6F1B

���

���

���

@2

�6F

�����

��

�����

F����8����

!""1�

'&#$

���������

:����� �� �

���

�������

>F� ����

���

���

.��

���

����

���

��

8�����

���4���

��

����

����

�����

��� �

���

�����

�������

�����

�����

�����

������

���5

�9

6@?

�������

�����

��/��

�����

!"B'�"BB$

B8�F

�������

������=;�

=67+

��������

��

��

����

��������

���

������

.���

����D����

9�

��;��

���

7��

����

!"B'�

"BB$

:�����

������

:�����::�

PP�9

6@?LL

A�����

�������

�5

����

������

������������

��� �

����

"&�

��������

�����

�0��

���

�@?33F@D

�:.

8O<6F�

8=@F2

2

8�����

���4F�

���

��

�4����������

���

���

�� �

�������

��7�

�����

���������

�/��Q�����������

������� �

�5�

��

����

�����

����

"&�

����

�����

����

����

�5��������

��2

�E�

�����

���

8�FL�

��

28�8-&'

.� �����

����

�����5

�������

�����

���

������

8�F5

���

��

��

���� �

����

�����

���

���

���

����

��! ������� ��&

Page 180: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�������

� �������

�������

������

�������

������������

�����������

�������������

����

.�����

����

F�

�����

��

����

!"B+$

@����

������ �

�������/��

��������

����

�����

�0��

5Q���

���

���

2O�:�

��� �/���

8�����

���4M������

�����

��

�3�������

3����

������

�������5

��

�����

�����/���

���

���

��������

��

�������

����

�0���

�����/��������

���

�����

"+

�����/������

����� ����4

���� ���

����������

'*+@K

���5

���

���

'+&&&& �

��

����

�����

/����������

"+

.������

.�������

!'&'�'&B$

A���

.��

���

����

��

���

8�����

���4F�

���

��������

����

����������

��������

"

�����B&&��������

����

��

�������

����

����

�������

�������������

����

�����������

���

���������������

"&&&& �

�����

������

����

�� �������

������

/

� �

���

�����

����� ���

(���

�����-*#&

��

�����

<����� �

�����

�����

�����

����

�� ����������

����

���

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ������

Page 181: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

S���

���������?���

!"'1*"B"$

8�

����

����

���

����

8=@F2

2

��

8OA36A

:� �����

��

���

�����

8=@F2

2���

�������5��

B�

8�����

���4.

�����

���

���

�����

��

8OA36A4���� �

�����

������

/

� �

���

�����

� ���

��0�

�������

���@�AF

�����

��

0���5�����

�����

����

��

����������

%��������������

-���

�����

(

7����6��

�����

F2

.(E%

��

��5

S���

�1'&�%'*

"�BB@K

F2

.��

S���

�1-��

&�'%@K

����O���

.���

����

!""B�"'"�'&+$

.��

�������

�����

� �

����

���

���

����

����5

��������

2 3

�����������

8=@F2

2��

��4

!""B$����Q�����

����������

��

8�

��������5

��������

��

���

������

G��

18@.�#������

#*1

��

�����

8@.�#4

�������

��

���

��

�����

�����

�����������

��������

���

���� �

����

���

���

�����

D�

������7������

. �

������

!"#%�"'#�"'B$

�F@3:

A������ ��

8��

���� �

����

��

��4

�������

���

���

��

���� �

������

��0�

!"'B$5

/�� �

��

������

�������

���� �

8��

�� �

("����������

(B

���������

"*%

3���

����

����

����

�����

�������

3����

!""$

2

���

���

���

������

����

���

=�

���������

��

��4

@�����

����

�������

���

����

������

��

��

��/

���

���

���������

�<FL��5

��

�����

���

�������

�8�

����

��

�����������

����������

���

��������

�����

�0���

A��

������

A� �

�������

������

���

����

��! ������� ���

Page 182: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�������

� �������

�������

������

�������

������������

�����������

�������������

����

?���

��������

!"#($

=��

�����

���

���

��

���������,���

������

��.82

D

��� �

��

���

9

������

��

��4

��

����%"

�������� �

���

���

Q��������������� �

�5

�����

�0��

/��5

��

/������

��

%��

���

���:�

� �

B

5

��

�%����

��

���

�����5

-����

����

����

�������

���

��

7��� ����

��4

&�#%*"�%

@K

F2

.5-(J

�"����

.82

D�5

&�"1*&�1&���

���

����������

�����)����8���

!'&-$

8�

����

����

���

����

8=@F2

2

��,�����

��

������

!"-+$

8=@F2

2�

/���

��,

����

������

���

���0�

��

���

���� �

��

��4

�� �

���

����

��

����������

��

�������

����

�0���5

���� ���

����

��

����

������ � ��

� �����

���8=@F2

2�

������

���

��0�

��

���

���U � �

-8�F

�����

����

"

������

3�

������

����

���

��� ���

��

����5

�����

���

����

������

������

����

��

����

F���

��9

���

�����

��

!""+$

A���

A��

���

��4

.�)

���

����

������ �����

"B-B�����

.�)

���

�����

����������� �

���

������

��

�������

��

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ������

Page 183: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

F�/���

�����

8�

���

��������

!"""�"#1$

.����

A��� �����

A��

��7���

� �

����

����)���

��

� �

����������

�� �

�������

��

��������

��

��4

�� ����������

"*%

���������

��

�������� �

�������

������

������)���

��

����

� ���!"""$

"(%+�����

����� �������

������

���

���

�����

��

���4

�����

����������� �

����

���

��

����-'J

��������

��

��� �+BJ

��

����

.�

�����2

���

!"1%�"11$

F@2

�.���� �

��

���

��

��

�����

������

���

��

��������

:�����

������

����

��

��

��

��4

3������

��

�� ��)��/�����

���

��

���������

���

��������

����

���

##8@.�#�����

��'�������5

B8�F

�����

���

�����

��

���

����

���

������

���

5��

���

���

���

���

8@.�"

.���

�����3�����

�����

��

!""&$

���F6�

A���

A��

���

��4

����� ���

��

�����

���������

��)���

���

��

������

� �

�����

����

����

���������

���

���

����������

��

������

''+1����

�8����

����� ���

�����

�����

B(E+

1

���

�%&J��

��! ������� ��

Page 184: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�������

� �������

�������

������

�������

������������

�����������

�������������

����

.��

�����

?�����

!"#B$

:������

���� �

���

8=@F2

2���

���

�����

����� ��

��

��4

����Q�����

������"+8��8�����

� �

���'��������

��

�����

����������5'"

������

��

��5

���

������

�������

����

��0���

�����

���

"%��������������

&*B

��

�����

#E'

�����������

������

������

��

<��C�

���

?�����!"'&$

F��

� �

������ �

��

�����

��7��

�5

8������

��

�����

�0���

��

����������5

���

�����

���

��

������

8=@F2

2��

��4

Q�����������

���� �

��

8���

"%����������

%E"

%���

1

"�&(@K5

"(E"

%��

����

������

��' �

�����

�����

9���

��

�����

��

!"&(�"&%$

A���

A��

���

��4

����� ���

��

�����

���������

��)���

���

��

������

� �

�����

����

������

������

���

���

����

+1�����

8����

����� ���

�����

�����

B(E+

1

���

�%&J��

� �������� �������� �� ������� ��� ���� �����!

Page 185: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

9�C ���2

���

���

8���

�����

!""-�"''$

A����� �

���

8=@F2

2

�I��7OF�

��

��4

8����/

���

��

����'*%

�����

!""-$5

��� ������

�����

����)���

��

���� �

����

��5

��

� �

���

���

��

�����

�0��

����

�����5

�����

�0���

���I��7OF

'*%

�������5

"'8@.�'

�����

&�+*#�%

@K�

��

����F2

.���

8@.�'�����

2����������������� ���

�������

�9

���

����� ���

�����

���

���

�������

�/��

����

��

����

������

����

��.��

��������

����

���

����

������

����� ���

�����

���

���

����

����

� �/ ��

������� ����

���

������

@����������������

���42

8*2

���

8���5

*�

���

��5

��9

*�

����

9

��������5:�

*��

������������

���

�����5

8�F

* �

�����

�����������

��������������

��������5

F2

.*

�����

����)������

����5�����

�����

����� �� *���� �

���

�����

����� �� �

���

5�*����� �� �

���

52

�*�

��� �

��

���

�� ����

�����5����������*����� ���

��������������

����

���

��������������

��

���

���

���

������� �������

������

���

�����

���

��)���

�5�����

*�

���������

�����

���

��������5.82

D*����� �������

��

/���5���

*���

���

���

�5Q��������������� �

�*������

� ���� �

���'8�

��

���

�����

�����������

���

������

��! ������� ��#

Page 186: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

����� ������ ������0��� �� ��������� �� �� ����� ������ ��� ��� ��

� ���� ����� ���� �� ���� �� � ��� � � � ���� ��0�� ��� ����� ��

�H ���� ��� � ��� ����� � �� ������� ��� � ��� �� � ����� ����

��� �� ���� ��� �������� ������� ������ @���� ��� ����� �� ����

���� �� ���� ��� �������� ����� ���������������� M���� �� ���

����������� F����� � �� F�������� ��� �������� �� ������ �����

�� ������������ �������� �� �� ���� ����� �� ������� !"B#$� :� ��� ��

��� ��� ����� � �������� � ����� �� ����� ������������� �� �

� � ��� �� ������ � �� �� ���� �� ������ � ������

O��� ������ ��� ���� ���� �� ������� F� ����� �������

���� �������� ������� ���� ������� � ���� � ��� � ������ ��

���� ��� �� �������� �������� � �� ���� !"B'*"B+$ D�� ������ ������

���� ������ ���� � �� �� � ���� ���������� ��� � ��� ����� ����

��� �� �������� ���������� ��� ��� �� �� ���� ������ 2�� �� ����

������ �� ���� �� 2��� 8��� �� ���� ��� ����� � ��������� ���

������� ������� � ������ ��� ���������� ��� � � ��� ��

������ ������0�� �� ���� ��� ���� ������ ��� ��� � ����� ��

����� ������ ��������� ��� ����� ��� !"B'� "BB� "B-*"B%$� .����� ��

���� ��� ��������� 2��� 8��� ������ � ��� ��� ����� ����

��������� ����������� ������� ���� �� ��� !"B1� "+&$ ��� ���� ����

������ �� � � A2F ��� ��� ��/����� �� �# ������ ������ ��������

����� ������ �� ��������� �� ��� ��� �� ���� �� � ������ ��

������� �� ��� �� ���� �������� �� ���� �� ���� ���������

O�� ������ ��� �� �� ���������� �� ����� ��� ����� ����

�� ����� ��� � ������� ����� ��� �� � ����� ���������� �� ��

���� ������ ��� ��� ���� � ��� ������ ���� ���� ����������

��� � �� �������� ������ �� � ���� ���� ���� +�#�� Q����� �� <C�

!"&#$ ��� ����� � ���� ������ ��� ��� �� ������ ���� ��� ���

��� � ��� ��� �� ���������� ������� �� ���������� ���� �

���� ������ ��� ��� �� ������� �� ��� � ��� ������ ������ �� ��

����� �� ��� ����� �� � �� � �� ���� ���������� F�� ��

D������� !"&B$ ������� �� ���� � �� @2�6F1B ��� � /��� �� ������

��0�� ���� ������� ����� ������ ��� ���� ��� ����� � �� 2���

8��� ��������� �� ��� � �������� ���������� ���� � �� ����

��� ��� ��� ��� % �� ��� "# ���� �� ���� ������ �� ������ �����

����� ������ ��� ��� �� ��� � ��� ������ ������ ���� �� ����

�����������

������' /'����+� ��������

@�� ���� ������ �������� � ���� ���� ����� ������� ���� ����

������ �� ������� �� ������ �� ����� �� ������ ���� �� ��� ����

��� � ��� ���� ��������� ���� ���� +�-�� @���� ���� ������� ���

�� ����� ���� .��������<����� !"+"$� �� �F@3: ��� � ��������� ��

����� �� D� ����� � �� !"#%$� .����� ���� ����� �� ������� @����

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ���� %

Page 187: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

����� ��� ������� 8OA36A �� ������� ������ !1+$� 8O�@ ����

��� ���� �� � �# ������ ����� ��� ����� !"+#$�

�����

)�0����� ������

������� ����� �����������

.���� ��� �������� �� �� �� ��� �� ����� ��� ������ ��� ��� ��

��������� ��� � ����� ��� �������� �� ���������� �������� ��

��� �/ �� ��,���� �� �� ��0��� ��� ���� �� ������ ������� ����� ���

������� �� ���� ��� ����� � PP������LL !"+'$� ������ ��� ������ !"+B$

�� ����������� �� ����� ���� !1B$ ������ � �� ���������� .��� �����

��� ����� ��� ������ ��� �� ���� ���� �� �� ��� � �� ����

��� / �� � ����� ��������� �� ��)��� � � �� ������� ����� �

����� O��� ������ ��� ���� ��������� �� �� ��� �� ������ ������

��� �������� ������� �� ������ �� ����� ��� �� ���������������� ���

������ 6��� ���� ����� ������ �������� ��� ������� �� � � 2O�6776F�

� �� �� ��������� �����)����� � ���� ����� ��� �������� ��� ���

���� ������� �����0�� ��� ��� �������� ���� �� ���� ���� �� �� ����

����� ��� ���������� �� �� �� ��� ������ � � ���������� ��

�� ������ : �� ��� ���� �� �� � ���������������� ������� �� ��

�� ���� �� ��� �� ������� �� ���� �������� �� �� ��������� ����

:������ �����/ � ������� �� �� � ����� �� �� ������ �� ��� ��

�� ����� � �� ��� � �� ������� ��� � ���� ������ �� �� ������

�� �� � ����� �� ������ ����� ��� �������� �� �� �� ���� ��������

���� ���������� @� ��� ����� ����� �� ��� � �� �� ����� �� ������

�� ���� �� ��)��� � ������ �� ��� �� �� ���� � �� ��������� �� ���

������ ��� �� ��� �� ������� :� ��� �� �� ������� ����� ��� ��������

����� �� ������ � �� ������ � ���� ����� ����

.���� ��� ����� ��� ������ ��� ����� �� ���� �� �� ������� ���

���� ������� ������ ���� ���� ������ �� ������� �� ������� ����

�� �� ������ ���� ����� +�' �� +�-�� A���� �� ����� / �� � ������

��� � �� �� ���� ���������� ������ �� �� ��� ��� � �� ��������

�� �� �� �� �� I��� � ����� �������� �� �� ������ � �� ����

����� 2�� ������ ��� �� � ���� ���� ���� �� ���� ��� ���� ����

��� � ������ ��� ���� �� �� ��������������� �������� �� ��

������� ����� ������� �PP������ ����� ����� ����LL�� A����������� ����

������ � �� ���� ��� �������� �������� �� ��������� �� ��� ���

)��� � ��� �� ����� � ������ 9��� ������ �� ������� ����

����� ��� ���� ��������� �� �� ��������� �� ���� ���� ���� ��

�� ��� ���� �� ������ ���� �� ��� ���)����� �� �� ���� ��

����� �� ��� ������� �� ����� �� �� ��� � �� �� ����� �����

���L� 8����� �������� �� �� ����� ����� �� �� ��� / �� � ��

���� ���� ���� �� �� �� �� �����0��� �� ��� �� �� ���� ���� �

��! ������� � �

Page 188: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

����� ��������� �� �����0�� ��� �� ���� ���� ����� O���

���� ������ �� ������ ��� ��������� ��� ��������� � ���� ����

�������� ���� �� ������ D�� ���� �� ��� � ��� ���������� ����

��)���� �� �������� �� ������ �� ����� �� ����� ����� @�� � @�� ����

������� ��)���� ������ ��� �� ��� ���� A=# � O �� �� � �����

.������ �� ?����� !"++� "+-$ ���� ���� ������ ��������� � �����

����� ��� ���� � �� �" ���� �� ���� ��,���� ����� ��� ���� ������

7�� � ���� ���� �� ���� �� �������� ���� ���� ���� @������ ��� ��/�

����� �� ����� ��� ������� ������� :� �� ���� ���� ��� �� �������

�� ��������� ��� � �� ���������� �������� �� �� ���������� �����

��� ���� �� �� )��� ��,���� ���� � � �����

������� 1������ �� ������ ��+�����

A���� �� ����� ��� ����� ��� ������ ������ �� �� �� �� �� �����

��� ��������� D��� ���������� ������ �� ����� ���� ����� � ��

����� �� ���� �� !"+(� "+%$ � ������ ���� ���� ������ �� ������

������ �� ���������� �� ��� �� ���� �� ������� ���� ����� � �

���� ��� �� ������ �� ���� ��� �� �� � ����� �������� ����

� ��� �� ��� �� ���� � ������ ������ ������� ���� ��� ������ ��

� ������ ��������� !"+1$� D�� ��'*��' �������0�� ������ �� ������ �����

��� �� ������� �� �� ������� �������� � ������0� ������� ����

���� ����� -&�� "%&�� �� �-&�� D�� ��'*��# ������ �� ����� ��

������ ������� ��������� ����� �1&� �� �1&� ��� ���� � �� ������

��������� ����� &� �� "%&� ��� ��� ���� �� ����� ������ @��E@�� �#�� 3��E3�� �'��

@� ���� ��� ���� �� ������� ��� ���� ������ �� �� ������ ��������

����� �� ����� �������� ��� ���� ������� ��� �� ������ �����

�� ���� �� ����� ���� � ���������5 � ��� ��� ���� ��� ����

������ ��������� !"-&*"-1$� ��� ������ ����� �������� ���� ���� ��

���� ������ �� ��� ���� !"-&*"-'$� 6��� �� ������ ���� ������

> F� ���� ������ �� ���� �� ���� "1 ��� ����� �� ������ ���� "- ���

�������� !"-'$� ��� ��� �� �� �������� �� ���� �� ���� -&& ��� ����

��� ��������� �� "�%@K �� ���� �� ���� ��)��� � ������ ���� ��

+&J ������ �� �� ���� �����

2�� ����� �������� �� � ������ ��������������������� :� ����

��������� �� ������� ����� ��� ���� ���� �� ������ ���� �� ���� ����

�� ����� ��� �� ����� ���� ��������� �� �� �� � � ����� ������

���� �� �� ����� ��� ���� ����� �������� �� ���� �� �� ����� ���

�� ����� ��� ��������� ����� ��� ������� � �� ������ > F� ����

�� � �� ��,��� � �� !"-+$� : ������ �� ���� � �� �������F� ����

������ �� ���� �� ���� ���� ����� �� ������� �� ������ ��� �� ����

��� ��������� ����� ��� ���� � �� �� �� ������� ��� ������ ���

��,��� ������ �� ���� �� +' ��� ����� ��� � �� ��� ���� ���� �����

������ � �� ��� ��� ������� ?��� �� ��� ��� ��������� �����

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ���� $

Page 189: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������ ���� �� ����� ������ �� "&' ��� ���� !"(&$� F� ������ � ��

��� ������� ������ �� ���� ���� ������� ��� ��������� ���� ��

"�(@K � ������ � �� ���� ����� #�&@K ��������� ��, �� ����� � �

������ �������� ����� ��������� �� ������ � �� ������ ���������� ���

� ����� ������ ���������� �������� ����� I��� �������� � ���� ��

���� ��� ��������� ���� �������� ���� ��������� ��� ��� �����

������ ����� �� ��� ��� ���� ����� ������� ������� ����� !"("$�

.����� �������� ��� ���� �������� � �� �������� �� �� ������

���� �� �� �� � � ����� !"-B� "--*"-1$� 2 3����� � �� !"-B$ ��

. ������ � �� !"-($ ������� ����� ����������� �� ������� ����

������ �� ��,���� �� ����� ��� ����� �� �� ��������� ���� ��������

�� �� ���� �� �� ������ ����� ��� ��������� ����� ��� ��������

9� ��� ���� ������ ���� � ������ � ������ � ��������������

����� ������ ��� ����� ����������� �� ����� ����� �� �����

�������� �� ����� �� �� � ����� ������� ����� � �� � �� "&� ���

������ !"--� "-%� "-1$� ��� ����� ������� �� ��� ������ �� ���� �� -11

���� ��� ��������� ���� �� "�% @K �� ���� �� +&J ���� ��)��� �

������� ��� ������ �� ��� ����� �� ����� ���� �� �� ������ �

������� )�0����� �������� �����

.���� ��� ����� ��� ������ � �� ����/�� �� ���� �� ��� ��� ��

����� ��� ������� ����� ������ ������� ����� �� �������� �������

���� ������������ ������ ������ ��� ��� ���� � ����� ��������

����������� �� ��� � ������ ����� � ��� �� ������0�� �� ����

+�' ��� ����� �� ����� ��� ����� ��� ������ ��������� � ��� : �� ���

������ � ���� ��� ���� � � ����� �� ���� ����� �� ��� ���������

�� ��� ����� �� �� ����

@� ��������� �� ���� +�'� �� ������ ������ ��� ���� �� ����� ���

����� ��� ������ ��� ����� ����������� ���� ������ ���� � ������

���� � ���� ���� ��� �� ��� � �������� :� ��� ���� �� ������

������ ��� ��� �� ����� 7������Q���� ������4

���� � B�

� �"#�

� �-� ��+�"�

:� ��� �)����� � �� �� ���� � ������ �� ���������� ��� �� � ��

�� ������� � �������� �� ���� �� �� ������� ���� ������

�� ������� �� ���� � � � #"�- �� ���� ���� �� �� ��,����

����� �� �� � �� �� ����� ��� ��,���� ���� �� �� ����� .���

������ ������ ��� ���� ��� ���� ���� �� ��� �� ���� ��������

���� ���� ��������� �� �� ������ �������� ���� ������� ��

�� ����� ����� �� ������ �������� �� ������ ��� � � ����� ���

��� � �� ��������� ���� �� � ���� ���� ����� � � ���� ��� ��

������ �� ���� ��� �� �� �� � � ������ D�� ���� �� �� ���� ���

��! ������� � &

Page 190: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�������

����-���������

�������

������

���������������

������������

�����������

�������������

����

���

���8��

���

����� �

!1'�1B$

.89

F7

����

�����

�����

���

��������

!"-1$

7������

��������

����

�����

��

����

���

8��

�������

��� �

�� ������ ������

'&&��������������

��������������5

"B1&��������

���

����5

�����

���

������

������� ����

%&J

�" �

���

8����

�<����

!"1B�#%B$

9=@�

:D�������

���

�/

���

����

��

����

����+*(

�����

=��

���

O��

����

�� �

���

����

����

"+��������

���

����

A�����

����

�������

����

��7�����

��2

���

��=0

��!"%"�"%#�

"%B�'&($

����

�������

�����

���

��������4B'(

���

����

��2

���

�������

>

F� ����!"-'$�

. �

�����

!"-($�

#�

"&�

���

����

@��

�"�

#�

#&�

@��

�#

D�� �/�������

��

8=@F2

2��

����

���

����

�FM367

���

���

��

���������

�����

#����������

����

!"%"$5

"1����������

����

!'&($

(#J

�" �

���

�(&J

��!'&($

����� �

>

?�����!"--$

8�

����

����

���

����

8=@F2

2

����

�����

�����

���

��������

8=@F2

2��� �/���

��������

���

�� �

�� �

���

����

��

���

��

���

������

���

�����

��

���

��������

����

����

�����

�0���

��

����������

��

��������

-����������

����

%#J

�" �

���

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ���� �

Page 191: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

6����

���

����

@��

���

@��

��!'&%$

:82

�T'#+&

���

����

8�

��� �

�����

��

�������-

&��"%&� �

�-&�

��9

�=��

�������

����

686��E#

7�

���

������� �

��������

�������

�������

����

�0�

���5:8

2���

���

-����������

�����

#��������

���

����

%&J

�"�-(J

�"#5

-&J

�"���

���

�����

������

=���

�.�

���

!"(-$

�OF.O

��,���������

!"-+$

��9

284����� �

��E�

��

������

�����

"&

�E�

�����

���

���

��

''����������

�����

+��������

���

����

(#J

���

�"5%"J

������

�"5����

����

+B*('J

����

�"���

/ �

� �

�������

=��

��7��!"(1$

A��

��������

��

#&�

�����

7��

���

9���

��

(�

�E�

��

.��

�����

��

�����

2����

���

2���

8���

"#����������

����

(BJ

�"�-&J

�"#

?������

��!'&1$

��,���������

-*"#������

��7��

��.�����!"1&$

��

���������

�����

"+����������

����

('�BJ

�"�-&J

�"#

?���

��������

!"('$

8����

��,����������

����/

����

��9������/��������

���

"&�

�E�

��

�7��

��"1%'�

2�

�/������

��'&����������

����

-���������������

(#J

�"�-#J

�"#�

������

%#J

�"�

(#J

�"#������

��������4

++*

(#J

����

�"�

-B*%"J

��

����

��

�����

�������

�������

?�������!"(&�

"1#$

.:�

62

O�

��,����������

�������

��9

�=�

A��

��������

#"����������

����

�#��������

���

����

%(�(J

�"���������

7�

����

!'"&$

��

����� �

���

��

���

������

��

���

�����

F��

����������

��9

����&�VV#���

�&

2��

�8���

��� �

��

���

���

%����������

�����

"��������

���

���

(#�%J

�"�(1�-J

�"

������

5-B�"J

��

����������

��! ������� � �

Page 192: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�������

� �������

�������

������

���������������

������������

�����������

�������������

����

7�

��7��

��

!'""$

����

�E7

�����

��

����������

�����

���

��������

!"%"$

@2

�6F

��� �/���

�66�

@V@�������

%����������

����

-+*('J

����

�����

���

����

����

5���

�����

�����

�����

��

�������

���

�������

�����

���

�/��

������

�����������

�����

��

7��

�.�����

!"1&�'"#$

3��

�2���E

7���

"&�

�� ���

���

���

��9

�'�����

���

������

.��

�����

��

����

1����������

����

%&*1&J

���������

��������5(&J

��

���"

7��

�!"(($

.��

���

������

��

7���

.��

���

����

���

6A8@�

��� �/����

�� ������

��9

�=�����

2��

�8���

���

���

���

� �

���

�����

���

�����

���

��

����

� �

����

������������

��

����

���5��

����

�����

�0���

���

6A8@�

%���

����������

����

8�

��������

%&J

����

2��

���

���

!"+B$

��,���#

"B�

3�

����

����������

���

R�

�����������

���

���

����

3FO2

O.����� �

���

�����

����� ��

2�

��/����

���

��

����

#&����������

����

%(�(J

�"�%+�(J

�"#� �

������

��

.89

F7�

����

���

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ���� �

Page 193: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

O�>

M�

���

!'"'�'"B$

D@2

..��� �

�������

(#

������������

�������

�������

����������

���

������

���

��

�������

���

��

���

������

���

������

����

����

���� ���

��

���

���

�����

A���

.��������

����

���

���

� �

���������

�� �

���

���

������ �

�����

����

�����

5

����

��R�

�����

����� �

����

���

������

����� �

�R� ���

�������5

�����

���

����

���������

�������

��������

����

��

���

������

����

������

���

����

����

"+����������

����

-+J

�"��

"+����

�������

.�

����

>

2��

�!"1'$

F@2

�8�

��� �

�����

��

������

-&�

�"%&� �

�-&�

��

����

���

���� �

���+���� ����

����

�� �

��

���

�5���

�����

���� ������

����

"+����������

����

(+J

�"

. �

�,��

���

!"(B$

������

>F� ����

@2

�6F�

����

�����

��

�����

���

2����

0��������

� �

��������

���

���

����

�0��

���������

���

���

>F� ����

���

���

"����������

���

���

�������

������

����

���

��������

��! ������� �

Page 194: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�������

� �������

�������

������

���������������

������������

�����������

�������������

����

.���

���

���

!'"+$

������

>F� �����

� �����

�������B

6�

�������

�����

���

����

���

���

����

�� ��

������

������>F

���

��

���

��

������

2��

�8���

���

��

����

��

����

B1����������

����

(BJ

�"

.����@�

0��

!'"-$

"+�

�� ���

���

��

�����

���

����

2��� �

���

� ��

� �

������

PP8������������

���

���

�����LL4

����

��

������

����

�������

���

�����

����

/�������

���

���� �

�������

���

��

���5

���

�����

��

�������

����

�0��

�������

������

-����� �

�����

"��������

������

.��� �

��� �

��

�� ��

�������

.��

�����

?�����

!"++�"+-$

F����

�����

��"&�

8=@F2

28��

���

���

�����

���

��

���

��

� ���

����� �

��"&�

�������

��

� �

� ��

"��������������

1#J

��8����

���

��������

�0�����

���

���

����

���

� �������

���

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ���� !

Page 195: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

.� ��,��

��������

!"'$

8O2

�O.6F

.�

���������

���

���

�����

��

���

A���

���������

���

�����������

����������

��

�����

�������

���

����

"��������������

A�����

�������

��

�����?�����

A�

���

!'"($

����

�������

�����

���

����������

����

B1���

����

@2

�6F���

#�

��

���������

�����

""����������

����

-%J

����

�"�

%&J

������

�"

� ��

�� ��

�� �

������

����

�����

����

����

��������

���5

���� ����

��

PP�

����

������

����LL�

�3�L�

�"1%'�

������

�� �

���� ����

��,����

6 ���

���

=0

���7�

���

!"-+�"1"$

.2

���,���������

PPD�� LL��� �/���4

����

���

���

'��

�������

.������

�� ������

�������

� ������

������� ���

���

����

���

��

�������

"+����������

����

��� �

��

��

�������

��

<�)��0

!"%1$

����

�������

�����

���

��������

� ����

�����

���������������

��

�������

���

��,���5

�����

�0�

���

���

����

��9

"#�-

��1�-�

�������

�6

���

�������

��� �

��

2�

��/������

��

-&����������

����

%&J

�"�(&J

�"#5

����

�������

�����

���

���

R�

����

���

���

��! ������� � #

Page 196: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�������

� �������

�������

������

���������������

������������

�����������

�������������

����

9��

������

��

.���

��!'"%$

��������

����

���

���

���������

���

��+*1

�����

.��

���

���

� �

� �

�� �

���

���

����

���������

��

����

/��

���

����

����

���

����

����

��

��

'����������

����

+1�+'�(&J

�"

+B�'1�+1J

�#

9����

��

��!"(+$

������

>F� �����

����

2��@��

@2

�6F

����

�6����

���

2 7

���

�����

���

���

6 �

�������� �

���

�������

���

��

��������

��

���

���

��������

��0�

��

��������

���

�/ ��

2������������� �

��

����� ���

�������

�9

���

����� ���

�����

���

���

�������

�/��

����

��

����

������

����

��.��

��������

����

���

����

������

����� ���

�����

���

���

����

����

� �/ ��

������� ����

���

������

@����������������

���

����

���

����

���

��+�#�4=�

*

���

�����

�������������

���������

5�������*����� ���

�������

���

������

���

��

���

���

��������

������

��)���

�5

��������*����� ���

������� �

��

������

���

���

�����

��������

����

���

����������

���

���

����

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ����!%

Page 197: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�� ��� � �������� ���� ���� ������ ��� ���� �� �� ' �����

����� ���� � �� �� ' �� ���� �� �� ������ ���� �� �� ��� 9��

����� �� ���� �� ������ ���� �� �� ���� !"(#$�

���� ���

'� ������ ��� �+�#�

����� �� ��� ���� � �� �� ���� ��������� �������� ���������� ����������

�� �� ����� ����� ����� ��� '� �� �� �� ����� ��� �/ ��� � �

������� ���� �� � � ��� �� �� ���� ����� ������ ���� �� �� �����

�� ���� ����� ��� ����� ��� ������� �� ������� �� ����� !"('$�

6�� ���� ���� ���� �� �� ���� �� 8������ ������ ��� ����

�� ����� �� ������ � ���� �� ���� ���� ��� �� ��� � �������� ����

��� ��� ���� ���������� ����� �� � ���� � �4

� � (�( )

����� �+�'�

.����� ���� ���� �� ��� ������ �������� ��� � ���� � �� ��H �� ��

� ������� � ����� �������� ���� � ������ ��� !"(B� "(+$��

.89F7 ���� � ������� ������ ���� �� ���������� ������

���� �� �� � �������������� ����� ������� ����� �� �� ����4 ��

������ ����� ��� ������ �� �� �� � ����� ����� ����� ���� ���

�� ������� ��� � ������ ��� ���������� � ��� ���� ����� ���� �� ��

��������� �� �� ����� ��� �� ��� ��� ����� ��� ��� �� � �����

��������� �� ������ ��� �� ����� ���� ��� � ������ �� ���

������� ���� ���� ������ ��� !1'� 1B$�

.���� ��� ��������� ����� ��� �� ��������� �������� ��� �

���� �� �� �� ����� �� �*��� �������� ����������� ����� ���� �� �� ����

�� ������ �� ������ ��� ���� ��� �� * �� �� ������ �� ���� �����

�� �� � �� �� � �� ���������� �� �� � ������ �� �� ��� � ����

���� � ���� ���� ��� ���� ������ �� ���������� �� �� ���

��� ������ �� ���� ��� ���� ���� � �� ������ �� � � ����� �

�� ������ ������� !1'� "-+$� @���� ��� ������ ��� ������������ ����

���� ���� ��� �� � ����� �� �� �� ���� �������� � �� �� ��

�� /�� ����� �� ���������� ����� � �� �������� ���� �� ��� �

���� ���

2�� ����� ��� � ������ ��� ���� ���� �� ����� ��� �������

��� ����� ���� �� ������ 2��� 8��� �������� !"(-*"(%$� �������

������� !"(1$� ����� ������� ��� /��� � ������ !"+B� "('� "%&$� ��

����� ������� !"(&$� .���� ������� ��� /��� � ������ ��������

� � ���� ��� � �� �� ����������� � � ��� �� ��� ����������

6 � ����� �� � � ���� ��� �� ���� ���������� ������ ��� ��

������ �� ������� ��� �� �� ���� ���� ��� �� � ����� �� �����

���� �� ���� ���� ��� � � ����4

��! ������� �!�

Page 198: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� ��*��"

�����������"

������##���� ��*�"

��"

�����������"

�*)���"

������ )��)�"

��������)�������� �)� �+�B�

:� ��� �)����� ����� �� �� ������ �� ��������� �� ����� �� �� ������� ���##���� �� �� ������ �� ���� ��� �� ��� ����� ��� �� � ������ ��

������� �)� �� �� ���� ��� ������ ��� ��� 9��� ��� ���� � �� �����

�� �� ������� � ��� ����� �) �� ������� )� .��� ����� ����������� ��

����� ��� �� �L� �� 6)� �+�B�� �� �� �������� � ����� A�� �����������

� ���� � ��� �� � ���� ��� ���0��� ���������� ���� �� ��

�������� �� � � ���� ��� �� �� ����������� �� �� �������� ���4

����� � �##���� ��*

)�"� )��

������ )��)�"

���)�������� �)�

� ���� � � ���������+�������������"

� ���������+��

�+�+�

@������� ���� �� ��� �������� �� ��� ����������� � �� � ����

���� �� � ��������� �� 6)� �+�+� ���� �� ����� �� ����������� �� ���

������ �� � � ��� �� ��� ������ �� ���� ����� ��

��� ������� ��������� ������� �� ����� ��� ������� �� ������

�� ������ ���� �� ��������� ��� � �� �������� ������ � �

�� �� �� �� �� ����� ������� ������ ��������� !"%"*"%+$� ����

����� � �� ���� ��� �� ��� � ������� � � �� � ������� � ���

�� ������������ ��� ���� �� ������� ���� ����� 3�������L� ��������

��� �� �� ������� �66 � �� � ������� � ������� !"%'$� :� �� ��

������ ��� �� ���� ���� �� � ������� � �� ��� �� ������ �� �������

���������

� ��*��"

�##���� ��*�"

��"

�*)��

������� �)� �+�-�

��� ����� �� � �� �������� ���� �� ��� � �� ���� �� �����

����� �� ��� �� ��� ���� ��� � ���/�� �� ��������� �)����4

�##���� � �##���� ��*

)�"� )��

����)

������� �)� � ������� �)�� � & �+�(�

:� ������ ����� �� �� ������� � � �� �������� ���� �� ��� � ��

����� ����� �� ������� �� ��� ���� �� ����� ���� ��� ������ ���

�� ���� ���� ���� ��������� �� ��� � ����� �� ����� ��� �� ���� ����

����� 2��� �������� �������� ��� ���� ��������� � ������� ����

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ����!$

Page 199: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� �� ������ ���� �� ��� � !"%'� "%+$� �66����� ������ ��� ���

������ ���� ������ �� ������ ������� ����� ���� �� ������ �� ������� ���

� ���� � ��������� � � ������� �� �� ������ !"%-*"%%$�

O�� ����� ��� ����� ��� ������ .89F7 !1'� 1B$ ������ �� ��������

��� �� � �� � ����� �� �� ���� � ����� ���������� �� ��� �� �

��� ���� ���� ������� �� �� ��� ������ ������� ������ � �� � ��

������������� ����� ������ !"--� "-%� "-1$� ��� �" ����� ��� ��������

��� � ��� ��� �� �� � ����� ��������� ��� � � ����� ���� ��

���� � �� ��� �� � ���������������� ����� ��������� O� � ��

���� ���� �� �� ��� ���� ����� �� � ���� �� ���� ���� ��

������� ��� ������ �� ������ ��������� :� �� ����� ��� �� ���� ���

�� ��� �� �� ������� ������ � ����� � ���� ������� ��� ���� ����

���� �� �� �� ������� ��� ���� ���� ���� �� ���� � �� �������

��� ������ �� ���� ���� ���� �� ��� ��� ��� ���� ���� ��� ����

���� ����� �� �� ��� O� � �� ������ �� ���������� ��� �� ������

����� ��� ���������� �������� : ������ ��� �� ���� � .89F7

���� �� �� ��������� ������� ��������� ���� ��� � ���� ���� ��� �

����� �� ���� � �� ������ �� �� ��� ���� ��� � ��� �� ����� ��

���� ������ ����� ��� ����� � �� � ������ @�� ���� �����

��� � ����� �� ���� �� ������� ������� ��� 6)� �+�(� �����

:� �� ������ �� �� ���� � �� ������ )�� ���� �� ������ �� ������� ��

/����� ������� ��� � ���� ������� ���� ������ �� ����� ��� �� ���

��� �� ������ ������ �� ��������� ��� ������� � � ��� ������ D��

���� � �� ����� �� * �������� � �� ������ ��� �� �������� ���

��� �� �������� ��� ������� � ���� �� ������� ��������� ��� �� ����

��� �� ��������� ��)����� � ����� � � ����� ������� �� � ��� � �

����� �� �� ������� �������� �� ���� ����� ���������� � �#

���� �����

* � �� # �� ���� �� �� ����� ������ �� ������ ��� � � ���� ���� :�

��#� ��� �� ������ �� ��������� �� ���� ����� �� �)��� ��� ��

�� ������ �� ��������� �� �� ��������� ������

:� ��� ������� �� ��� � �� ���� �������/��� �� �� ������ ���

� � �������� @� ��� ����� ����� ���� �������� �� � ����� �� �� �����

��� ���������� ������ ������ ��� :� ������ ������� ��������

��������� �������� �� ������� .������ �� ?����� ���� 8=@F22

� � ��� ������ ������ ��� ��� ���� ���� ���� �� "&� ����� !"++�

"+-$� ����� � �� ?����� ���� 8=@F22 � ������0� �� ������ ��

������ ���� ���� � ����� ���������� ��-&�� "%&�� �� �-&��!"--$� <�)��0 ��� ���� ������ ������0��� !"%1$� 7�� �� .����� ����

��� � ���� "&� �� ������ �� ������� ����� ��� ������ �� ��� 9��

��� �� �������� ���� ������ �� ����� ��� �������� !"1&$� <���

�� ���� 2����� � �� !"+B� "%&$ ���� ����/��� ����� � ����� ����

3����� ����������� ��� �� ���������� �� �� ����� ������ ��

��,��� � �� !"-+$� O� ����� �� #& �������� ��� ��� ������ �� ��

����� ��� �� ��� �������� �� .89F7 �� ����� �� ��� ���� ��� �����

���������

��! ������� �!&

Page 200: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������' /'����+� �������� ��� ��0����� ��������

9���� ��� ������ ��� ����� ��� ����� ��� ��� ���� �������� ���� ��

����� ���� ���� ������ �� ������� �� ����� �� ������ ��� ����

:�������� �� ������� ���� ������� �� ����� �� ���� +�-� ��� ����

��� ������� �� ���� .2� !"-+� "1"$� .������ !"1#$� 8���� !"('$�

����� !"(-$� 3���2��� !"1&$� F@2� !"1'$� �� .89F7 !1'� 1B$� 9� �����

��� �� ���� ������� ��� � ����� ������� �� � � ��� O�� ������

��� ��� ����� ����� �� 8���� �� �������� ������� �� � �� ����

���� �� �� ����� �� ������� ��������� �� �� ���� /��� �� �����

�������� �� �������� ���� " � *� �� ������ �� �������� �� �� ����

/��� ���� ����� �� �� ��� �� ���� ������� ��� �������� ���������

@���� ���� .89F7 �������� ����� ��� ��������� �� ���������� ��

���� ���� ����� ������ ���� � �� ��������� �� ���� �� ��� ���

���� �� ��� ��)��� � �� ����� ��� ��� ���� ��� ���������

2������� ������� ��� � �� ���� � ����� �������� ��� ����� � �����

��� ��������� ����� ����� ������ �� ��� ��� ���� ����� ���

����� ��� ��� ��� �� ���� ������� ����� ������� �� ���� 9�:��

��� � ���� ������ ������ �+*( ���� ��� ����� � �������� �����

���� �� ����� ��� ���������� ��� �� ���� ������� ��� ������

� ����� ��������� ���� �� ������ !"1B$� 9�:� L� ����� ��� ������

��� �� ������ �� �� ��� ���� ���� +�-�� 2O�6776F !"-� "($ ���� ���

����� ���� �� �� ����� ����� ��� ���������� �� �� ����� ��� �

���� @� �� �� � �� �� �������� ��� �������� ���� ���� �� � �����

��� �� ����� ��������� �� ����� ��� ���������� .����2���� !"+"$

���� � ���������������� ����� ������ �������� �� ������ ������0�

���� :82 !"B($ ���� ���� � ������ ������ ��� ��� � ����� �����

��� �����������

����'

����� ��� ������ ������

=������� �������� �� ����� ��� ���� @����� ���� ��� � �����

��� ��)��� � �� ����� � ������ ����� �� ���� �� �� ��������

������ ������ �� � ����� ��� ��� �� �� �� ����� ������ �� ��������

�� ���� ������ ������ ���� ��� ��� ������ �� ������� ���� ����

���������� �� �� ��� � �� ����� ��� ��� �� ��� ����� �� �� ��

��)��� � �������� :� ���� ����� ���� ���������� �� ������ � ���

������ ����)��� ��� 7�� ���� �� �������� � �� �������� �� ��

��� ���� �� ���� ����� ������ �� ���� �� �� ������ �������

���� �C������ � ����

����� �� ������ ����� �� ������ ������� ������ ��� ��������

�������� � �� ������� � ��� ������ ������ ���� ���� ���

)��� ��� ����� �� 2O�6776F� ��������� �� @����C .W�� �� ��������

!"-� "(� B"� "1+$� .����2����� ��������� �� 2���� ���� � �� ��������

!"+"� "1-� "1($� F@2� ��������� �� F� .����� �� Q��� 2��� !"1'�

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ����!�

Page 201: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

"1%� "11$� �� 8O2�O.6F �� �������� �� �������� !"'� "B$� .��� ���

��� �� ������0�� �� ���� +�B� ������ �������� �� ����� �� ���� +�-�

9� ��� ����� � � ������ �� ����

������� �����

2������� ��� � ���� ������ ��)��� � �� ��)��� � ������� � ��

��)��� ���� �� ����� ��� ������� �� ����� �� ������� ������ ���

������ ���� �� ���� ��� ������ � ����� ������� �� ��� ����

� ��� ������� ������ �� �� ����� � ���� ������� ��� ���� �

����������� ������� ���� ��� ���������� ��� ��� ���� �� �� ������

� ���� ���� �������� ��������� ���������� ��� ��� ��� �� ���

����� �� ������� �� �� ������� D�� ���� �� ��������� ��� ��� ��� ��

� ����� �������� �� ��� ��� ������� � �� ���� �� �� ����� � ��

������� �� �������� ��������� �� �� ����� ��� ��� ������ �� �����

���� �� ��������� ��� �� ���� �� ���L� F� ����� ������

����� �� �� ���� ��� ������ �� ������� �� ���� ����5 ��� ������ ��

"&& �������� ���� �� �� � ��� � #& &&& �������� ��� �������

�� ������� ��� �� 8=@F22 ��� � /��� � ���� ��� ��� � �� ����

��0��� ���� ��� ��� �� �����0�� ����� ��C��� ������ ������0���

�� ���� ��� ����� � ��� ������� ��������

2������� �������� ���� ���� ��� ��������� �����/ ��� �� ���

)��� � �������� �� �� ���� ��� ������ �� ��� ��� ������ �� 2�������

������ ���� �� �� ���� �� �� ������ �� ���� �� ������� @����

���� ��)��� �� �� ������� ��� ��� � ��� �� ���� � �� ���������

���� �� 2�������� ������ ���� ��� �� ������ ��� ���� �������

�� � � �7@.� �� D@.�@� 2������� � ������ �� ��)��� �� ��

��� ���� ��� ������ ������� ��� � � ��� �� � ����� �����

���� ��� ����� � ������� �� ����� �������

������� )�������

.����2���� �� ������� � �� ������ �������� ��� ����� ������� ��

��� ������ � ��� �� ��)��� � � �� �������� �� ��� �������� ��

����� �� ��� ���� ��� !"+"� "1-$� :� ���� � 2�������� .����2����

������� �� ����� ���� �� �� ��������� �����/ ���� ��)��� � �����

���� ���������� �� ��� � ������ �� �������� ����� �� ���� �����

.����2���� ���� ��� � ��)��� � ���� �� ������� �� �� ��� ���

�7@.�� �� ���� ��� � ����� ����� ��� �� ��� ��� ��� ����������� �� "&�+ �� ��� '&J ��)��� � ������ � �� ��� ���� ���

� ������ �� ������� �� �7@.�� ��� 8���� # �� ��� �������� .����2����

����� ��� ���� ���������� �� ��� ������ �� �������� �� �������� �

�� ����� :� ���� �� ��� ��� ��� �� ������ ��� ���� �� ������������ ��

�� ����� ��� ��� ����� �� ��)��� � ������ � �� ���� ��� ��� �

��� ������������ �� ��������� �� ������� �� ��� ���� ������ �

�� ����� ��)��� � �������� �� ��� ������0��� 8��8� ���� �� ���

��! ������� �!�

Page 202: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� ��

*������ �� ������� ���� ������� 0���������" ���" ���� �����2

������� ������ ������� ����� ����� ������

.� ��,��

��������

!"'� "B$

8O2�O.6F @������� ������ ��� ����5

�� ���� ������� ���� � �

��� ������ � �����

.��� ���������

.� ��0

!"-� "(� "1+$

2O�6776F 8=@F22� �������

���� ����

� � ������

.��� ��� �� ���� �������

������ ���������� ��� �����

�� ������0��� �� �����

��� �������

;��� =����

!#&B$

��:.2 2������ ��� ���� �� �������

�� �� ��� ��������

����� �� ���� ��� � �

������ �� �� ��� � ��

����� 7���� �� ���� �#������ �� ���� ���� ��

���� ����� �� ����� ��

���� �� ��� ��� �������

�� ����� ������

��������

7�� ��C����

��� ������

2��������

!"%� "1$

8OA36A� #

�����

�������

8=@F225

� � �

���� � ������� �������

���� ����� ��� ��� ��

�������5 ����� ����� ��

���� � ���� � 8OA36A

������� �������E

�������� ���� ���

����� � ���������

���� �� 3��

!"+"� "1-$

.����2���� 3FO2O. @������� ��������� ���

� ������ ����� ����� ��

���� ��� ���� ������

.��� ���� �� ���� �����

�� ����� ���� ���

����� ��������� ��

3FO2O. ������0���

���������

=���� .���

!"+� #"&$

�:.36OE8��

�������

�2.:� :� ��

A��� ���� � �������5 �������

���� �� ������� ��

������� ��� ����

.������

2��� !"1'�

"1%� "11�

#&1$

F@2� @�� ���� �

������ ��� �

��� ����

���� �

������

3��� ����� ����� �

���� � ������� ������

����� ���� �������

������� ������� ����

������ �� ����� ���

������

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ����!�

Page 203: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� �� �������� ���� �� �� ���� � ������ � ����� ������������ �� �� ��� ��� ��� ��� ������ ���� �� �� �� ����� �� � � �@7:

!%%$ �� 86 !%1$�

.����2���� ��������� �� ��� � ����� ���� �� ������� �� ��

��� ��)��� � � �� ����� ��)��� ���� �� ������� �� ��� ���� �

������ � ���� �� � ������ �� ��)��� � ������ ��� �� ��� ��)��� ��

��� ������ ������ ��� ������� �� � ����� ��� ���� ������� �� ��

��� � � �� �� ��� ����� � ���� �� B 8� ��� �� � � ���� ����

����� �� ���� � ����� ���� �� 8� ���� �� �� � ����� �� �������

��� ��� � �� ��������� ������� �� �� ��� � / �� 8� � �

�� �� ����� .��� ���� �� ��� ���� ��� ���� �������� ����� ������

���� �� �� ����� ��� ��� �� ����� �� ��� ����� �� ������

����������� ����� ��� � ������� ���� :� ���� ��� � �� �� �� ��

����� ���� �������� ����� ����� �� ����� .��� ������� ��/���

��� �� ��������� ��� ������ ������0��� ��� �� 3FO2O. !#&&$

�������

.����2���� �� ���� � �������� ���� �� �������� ���� "#&& ������ ��

������� �� ����� ��� ���� ��� ��������� ��)��� � �������� ����

��� ���� #+ � 1+J� : �� ����� � '&J �� ������ ��� ��)��� � ������

���� �� '&J ���� �� ���� ��� � ����� F2.� ���� �� '@K � ���� ����

������ ��� ��)��� � ������� �� � � ���� %&J �� ������ ��� ��)��� �

������ ���� �� +&J ���� �� ���� ��� F2.�L� ���� �� '@K � @��

�������� �� ���� ��� �� ���� �������� )���� ������� ��� �� ����

����������

������� ,23*43 ���� ��������0��' �����������

2�������� � �� ��� ���� 8OA36A !1+� #&"$ � ����� � �������

������ !"%� "1� #&#� #&'$� ����� ����� ������� ���� � ������� ���� ��

����� ��� ��� �� �� ��)��� � ������� �� �� ��� �� �����

��� ��� ��� ������� PP�����������LL ����� ��� �� ���� �� � �����

��� �� ����� ��� ��� �� �� ��� ���� � ��� �� �������0���

�� ������ ��'� ��#�� :� �� �� ���� �� � �������� �� ������� �� �� �����

��� ��' ���� ����� �� ���������� ��� �� ��/��� �� � ����

������� �� ���� � ����� D��� �� ���� ���� ������ �� ������� ����

���� �� ��� ��� ������ ���� �� ��� �� #J� �� ����� ������� ��

���� ��� �������� ���� ��� ����� � �� ������� ������� �� ��

8OA36A ������� 8OA36AL� ����� ��� ���� �� ��� � ������� �

��� �� ����� ��� ����� �� ���� ���� ���� �� B ������� !"%� "1$� �� ��

� �� ��H �� � ����� �� �� ��

������' 5��)�

;�� �� =���� ��� ��������� �� ��:.2 � ��� �� ������� � ����

����� ��� ��� �������� ��� ��)��� � ��� �� ���� �� �������� ���

��! ������� �!

Page 204: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

)��� � �������� �� ����� ��� ��� ����� ���� �� �������� ��������

!#&B*#&%$� :� ������ ��� �������� �������� !#&B$� �� ���� � ��� �

��� ������� !#&-*#&%$� ��� �� ���� ��������� �� ����� :� �������

��� ���� �� ������� ��:.2 ����� ��� �� ������ ������� ���

��� �� ���� ��� � � �� ����� ��� ��� ���� �� ��� �������� ���

���� 7��� �������� �� ��������� �# ������ �� ����� ��� �������� ��

��� ����� ���� �� ����� �� ����� �� ���� �� ��� ��� ������

����� �� ����� ������ ��������

������� ,2�52)41

8O2�O.6F �� �������� �� �������� !"'� "B$ � ����� �� ��� �� �������

����� ��� ���� ��� �������� �������� ������� :� ��� ��)��� � ��

����� � ���� �� ��� ����� ��� ��,���� ��)��� �� ��� �� ������

�� ���� � ������� � PP�����LL �������� ��� �������� �� ��� ����

2������� �� ����� �� ����� ���� �� ��������� �� ��������� ���� ���

�� �� ����� ��� ��� ����� ��������� �� �� ���� ������ �� ����

����

������4 1/�5

.����� �� 2��� ��� ����� ����� ��� PP������� ��� ���������LL

�� ������ ��� ��� ����� ���� � ��� ���������� ���� �� ����� ���

��������� ����� ���� ����� ����� !"1%� #&1$ �� � ����� ���� ��

�������� ���� � ������ ������ ��� ��� !"11$� ����� ������ F@2�

�� ����� �� ���� +�-�

������5 .�)*426,�������

=��� �� �������� !"+� #"&$ ��� ��� ����� ����� �� ����� ��� ���

����� ������ �� ���� � ������� ���� �� ����� �� ����� ��� ����

8��8� ���� ��� ��������� �� ��� ���*����� ��� ���� ��� ����

����� �� �� ��� �� �� �� :�����:: � ��� ���� 2��� ��� .����

������ :� �

���

1�����

��'��

1��� �� ������

@ ���� ���� ������ �� �������� ������ ��� ���� ���� ���� �� ���� ��

��� ������ ����� ��� �� ����� �������� !#""*#"-$ �� ��� ����

���� �������� �� ���� ������� �� ���� ��� !"1� '"� #"(*#+-$�

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ����!!

Page 205: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� ��&

6 ������ ��) ���� ��������� � ,�13

������ ���#��� ��� ��� ������

0*����� (��� ,��+ ����� ���" ��� �� ��#���� � ���� �������2� &��������

����� �� ��� ����� ����" ���� ��������

����� �� �� �����" ��� ������-���� ����� ���� �� ���� �� ������ ��� �� �������

� #������ ��� ��������� #� �� �������+ 072�

,�13 ����� � ��� �84" ��� �� ��� ����

������ � ������� �� ��� ������ ��

�������� ��������" �� ��� ��� � �� �

���� ���� � �������� ��� �� �� � �� ��� ������ �������� ��� �� �� �� �����

� �� ��� ���� �� �� ��������� �� �#������ �������� � �������� ��� �� ��

09 �� �-���.: 3 �� �-������2� &� ��) ����

�����" � ���: � � � ��: � � ���:# � #����: $ � $�#��%�: � � ��� �) ���

0���� ������ �����"� 2� ;������� ��) �����

� ##����" �#����" ##����" ��� �#��� ����

������� ��� 3� ��) ������

��# ������ �!#

Page 206: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� ����� �� �������� ������ �� ������ �� �� :����� * 2���

��� �� .����2����� 2����� !#+($� ����� �� �� @����C .W�� �� ���

������ F� �������� M��������� ����� �������� ������ ���� ��� ��

������ 2O�6776F !"-$ ��� � ��� ��)��� �� �� ������ ������ ���

����� � � �� ������� ��� ��� ��� ���������� �� ���� �� '&J

��)��� � ������� ��� ������ �� ���� �������� ��� ����� ��� ���� �

�� ��

��'��

4(����7 ������ �������� ������ �0������

@�0������L� ������ �� �� ���0�� �� ��)��� �� �� ���� �������� ����

����� �� �� B&*B# ���� �� ������ �������� �@�� !#+%$� @� �������

���� ���������� �� �� ������ ��� ����� ������ �@��� �� �� � �� � �� �

����� � ��� �� A �� 8������� �� �� ������ ����� ����� !#+1$� ���

���� ���� �� �� ���� ���� �����/�� � +&" ����� �� ����������

������ �� ������ ����� � ������ !#-&*#-'$� ��� ��0���� �������� ����

�@86� �������#� �� @��#� �� � ���� ������ ����� � �������

������ �� �� ������ ��� �� �� ��������� � �� �� �� �� ���� �����

�� ��� �@86 �� ������ ��� ��� ���� ������ � �� �� ������

@�0������L� ������� �� �� ���� ���� ������ �� �� �@86 � � ������

����� ���� �� ���� ��� ���� �� �� ����� �������� @� ��� �����

����� ������ �� ��� ������ ��� �� �������� �������� �� � ����

������ � �������� � �� �� ������L� ��� ���� 6��� ������ �� �����

�/ ��� �� �@86� �� ��� �/ �� �� �� ���� ���� �� ����� ���� ������

� �������� !#-B$� ��� ��)��� � �� @�� �� ������ ����� ��� ��

6<?2��@6D� ����� �� ������ ����� �� ������ ���� ������ 2 ��

�� ����� �������� �� ������ �B��'��#��"��" ��# ��' ��B �� ����� ����

��� ����� ����� ��� ������ ��� ����� ����� ������� ����� ��

@� ������� 3�� ""� ��� ��)��� � �.3;�6<==� : �� ��� � ���� ��

��� ���� �������� � ��� �������� ����� ������� �� �" ��������� ������ ����� �� ���� �������� ���� ��� �� � ��������0� �

�� ������ ������� ��� �� ���� ������ � ���� ��������� �����

��������

�@86 ��� ����� �� ��� �� ��� �� @�� ��� �� ��� ���� PP.������

�����LL� ?2 � A7 �#��"� ����� �� ������� ��� ��������� @�0�

������L� ������� ���� ���� �� � ���������� ������� ����� � ��

��������� �� �" ������� �� ���������� ������� �#� O�� ���� ��� �

�� � �� ��� �� �� @�� ������ �� 2 � < ������� �"� ��� �

����� ���� �� ���� �� �@86 ��� �� ������ !#-B� #-+$�

��� �� ��� ��� �� � ���� ���������� ��)��� �� �� �@86 � ��/��

�� ����� �� ��)��� �� � ��� � �@86 �������� 9� ��� ��� ��� ��

����������� ������ ��)��� � ���� A8�: � ���� � �� 6.� ��

����� ��� �������� ������� �� �@86 ���������� �� ����� �� D����� +�'

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ����#%

Page 207: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� �� "%1�� :� ������ ���� �� �� ������ ����� ��)��� ��� ��� ����

�@86" �� �@86#� � ���� � ��� ����� ���� �� �� ����� ���� :�

0���/�� �� ��) �)����� ���� �� ������ �@86 ��)��� � �� 6.� �����

� ����� ����� �� ��� �@86" �� �@86#� 9� �� ���� �@86" ��

�@86# �� �� ������� �� ����������� ���� ����� ���� ��)��� �� � ��

�� �� ��� ��� ���� �� ��� ��� �� ���� ������ ����� �� ���� ��� �/

��� ���� ��� �� �� ���� ����������

�� ����� �� ����� �� ���� �.:��7@.� � ��� � �� �����������

������ ��)��� � ���� �� � ����� � ����������� �/ � ����� ���

��� �@86� ���� ��� �� ���� � ��� � �� ������ � ��� � �������

���������� �� ����� ��� ��� � ���� �� ���� � ������ � �����

����� �� �@86� ���� ��� ��� �����/�� ��� ����� �������� @���

������� �� ��������� �� �� ���� � ��� #�&@K ��������� ����

��� ��� �� ���� ������ �� ����� ��� ������ ������� ����

���� "�.O� !#--$� ���� ��� ��� �� �� ��������� �� �������� �� ����

��� ���� � �� ��0��� ��� ���� ����� ��� ���� ����� ������� ��

��������� �� �� ����� ������� �� ��� ���� 9� ���� ��� �������� ��

�������� �� ����� �� �� ������ ��)��� � ���� @��� ��� ���� ��� �

���� �� ��� ����� ������� �� �� ��� ���� ����������� �����

���� �� �� ��� ���� �� ��� ���� ���� ���� ���� ��������� ����

�� �������� �� ������ ���� �� ����� ��� �� ���� �� ��� ����

����������� �������� ���� �� ���� ���� ��������� ��� � � �

�� �� �� �� �� � ����� �� �� ��������� ��� ���� � ����� � ��� ��

���� �� ������ �������� �� "�%@K ���� ��� ��� �� ���0����������

���� ���� '@�F� !#-($� :� ��� ��������� �� ������ ����� �� �� � ������

���� �� ���� ���� �� ��� �������� ����� ��8=#��� 9� ���� ���

������ � ����� �� @�� ������ ��� � �� � ����� �� �� ������ �

�� ������� ���� �� �������� ���� �� ���� �� ������ �� �� ���0�����

������ ��� ���� �� ����� �� ���� ��� �� �� ������ ��� �� ��0����

�� ������������ �� ��� ��� �� �� ���� �� ������ �������� ��� ��

������ ������ �� �� ������ �������� �� "�.O� ��� � ����� ��� ��

�� ������ �������� ������ �� � ������ ���� ����������� ��� �� ����

��� � ����� ��� � F2.� �� &�"-@K �

:� D����� +�B �� ���� �� �C�� �������� ���� ���� �� �� @�� ����

��� ��� �� ��0���� D�� �� �������� ������ �� D����� +�B@ ��� ���

)��� � 6<?2�@� �� �" ���� �� ���� ��������� ��� @��#1- ��

�� ��0���� ���� �� �� ��������0�� ������� ���� �� �� �@86 ���

���� : �� �������� �� �� ������ ����� ���� ���������� ������

�@86# !#-%$� ��� � ���� �� � ��� ��0��� �� ������ � ��� ������

������ ��� �/ �� � �@86� :� ���� ���� �������� ��� ������� �� �

@�� .��� ���� <�� 7��� �� :�� �������� :� �� ������ �� �# ������ ��� ����

��������� ��� �� ��0��� @��'(1� ����� �� ������ ����������

�� � ������ �� �" ��������� �� ��0��� �������� 7��1"� ���"'#�

�� :��"(1� ����� �� �' ����� ���� � ��� ���"(&�

��# ������ �#�

Page 208: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

9� ��� ������� �� ��� ������ 6<?<�@ ����� �� D����� +�B��

��� ��,���� �� �� ���� ��� ������ �� ���� ��� �� �� ��0��� � �

���� ��� ��� ������ �� ����� ���� ���� �� �@86 !#-B$� 9���� �� 8�" ��

<� �� 8� �� 2� �� �� �� ��� �� ��� ��" � �-+��� �� 8�# �� �� <�

�� � �� ��� @��1' 8�� O"� �� O# ���� ���� �� ������ � ��������

��� �� ��� ����� @���� ��� �� �� ���������� �� � ������

�" 2� �� �� ��0��� �� ������� �� �" <�� :� D����� +�B8 ����� ��

�� PP.������ �����LL ?2 � A7 �#� �"� ��� � �� ��� ��� ��� �����

���� @�0������L� ������ !#-1$� ����� � �� @�� � �������� ���� �

���� ���

6���� � �-��������� ��� �**-�������

� #�������� 0/2 <���-���� � #������

����� �� �8�=�85 � �** 0>��,��+

�������� 1�����?�/��2 ��� ��) ����3@A67(� 0*'-*�-*�-*�-*� -*� 2 ����������� ���� ���+�� ��� 7� 0 2 6 ����

� #������ ��� @�� 0���2 � #���� �� �� *�

6�� 0��) ���� 3@A@7(�2� 0,2 ������� ����� � #������ ��� *�-*� ��) ���� �

���-�� 0���2 �� ����� � ����-���� ���-6��

0��) ���� 3@B�7(�2� 0.2 ������������-��������� �������� ���� �� �** ����� �>� 4/5 0*� 2 0��) ���� (�>C73@2� �%� �� ��� ��������� ��� 6���1!&*

D�?5E" !������( D�??E" ��� �� >&6* D�?8E�

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ����#$

Page 209: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

@��#1-� ��� � ��� �������� ����� � �� �" @��� ��� ��� ��� ��� ����

���� ���������� �� � ��� 7��1"� ���"'#� �� :��"(1� :� D����� +�B��

�� ����� ����� ��� ��� ���� ����� 3��"" �� �� @� ������� �� ����

���� � �� ������� ��� �" 3�� �� ����� �������� ������� ���� � ��

@��#1-� ������ �� �������� ���� ������� �� ����� ���� �� � ����

��� �� 3��"" ��� �� ����� �� �@86� �� ���� � ����� ������� ��

�@86 ���� �� @���

��� ���� ��� ��� �� �@86 �� �� ���� ��������� �� ��� �� ���

������ !#(&$� :� D����� +�+� �� ���� �� ������ ������� ��� ����

��� ��� ������� �� �� ����� �� �� ���� ��� ���� @ ������ �� ��

���������� �/ ������������� �������� ���� ���� �� ��������� ��� ��

�� ��� �� ���������� :� ��� ���� ��� ���� � �������� �� ����� ��

�� ��� ���� ���� �������� �� ��)��� � 6<A7�@@6D� ����� �� 7�@ ���

)��� � �� ���������� � ������ ��� �" ������� �� � ����� �� �

���� ���

� ��������� � ,�13 ������� ��� �� ��

��� ���� ���� � ,�13� � �������

��� �� �� � ,�13 0*(, ����� �;AB2 ���

� ��������� � �� ���� ���� ��6&(�� ������ D�8/E� � ���� �������

�� ��� �� ����� ����+ %� �� ��� ��

������� ��� �� �� ������� �� ��� �� ����

� ������� ��� �� �� ����-����� �� ��������� �� ������� ��� ��� �� #� � #���-

���-����+ %� ���" ���� �� ���� ����-

����� ��� ��� �� ������ 1������

��� �� �� ����84 �� ��� �� ��� ������� ��� �� �� ����84 �� ��� �� �����"

��� � ������ #�� �������� #� �����

����� � ��� �� *� �

��# ������ �#&

Page 210: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

����� ���� �� �������� ����� �������� � �� ��� @�� ������

��������� :� ��� ������ @��#1- ����� ��������� � @�� �" � ����

������� �� �� ����� �� � ��� ������� �� �� ���� ��� ���� �� ��

��,���� ����� �� ����� �������� ���� � ������ @�� �#� :�

�� ���� ������� �# �� 7�� �� �������� ���� �������� � ��� ���

������ ���� � @��#1-� 9� ������� � ��� ���������� �����

@��#1- �� ����� ��� � ���� �� ������ ��� �" �������� ����� �����

���� �� �� ��� ��� �� �� ����� ��������� �� ��� �/ �� �� �@86

��� @��� : �� ����� � �� ��� �� ���� ��� ��� ��� �� ���� ��

���� ������ ��)��� � ��� ���� ��� �� @��#1- ��� �" �� �� ����

����� �� �� �������������� ���� ����� � �� �� ���� ������ ���������

����� ������� ��� � ���� ��� �" ���� �����

: �� ��� ���� ��� � ���� � ������� ������ �� �������� ����

�� ��� ��� � ��� ���� �� �� ����������� �� ������� � ��� ����

@����� ��� ������ �� ���� �� ���� ��� ��� �� �������� ��� �����

�����

���

)������� �� �����������

��� ������� �� �������� �������� �� ���� �� �� ������� ��������

��� ������ ��� ���� ��� ���� �� �������� ��� � ����� �� �� ����

��� �� �� ���� � �� � � �������� ��� ���� :� ��� ��������

����� ���� �� �������� �� ��H ��� ��� ���������� ��� ��� �� � �

�������� ��������� �� ���� ������� ������ ��������� ��� ���������

��� � ��������� =������� �������� �� ��� ������� ��� ���� ���

������� ������ �� �����/ ��� �� ���������� ��)��� �� � �� ����

�� ��� ����� �� ����� � ���������� ���������� �� ��������

������������

��� �������� �� ��� � �� ������ �� � � �� ���������� ����

� � ������ ��� �� ����� �� ������ @������� �� ���� ����

�� ����� ��������� �� �������� ���� ���)���� �� ���� �� �����

��� ��� ���� �� �� �� ��,���� ������� �������� �� �������� �� ����

����� ����������� ����� ��� �� �� ���� �� �� ����� ��� ��� ����

� �� �� ������ �� �� ����� ��� ��� �� ��H �� ������� ��

���� �� ���� ���� ����� ��� � ��

��� �������� �� �������� �������� ��� ���� ���� �� ��� ����H�

��� ��������� � ����� ����� ��� � ����� ������� D�� ���� �� ��

�� �� ��� � ����� ��� �� ���� ������ �� ���������� ������ ��

���������� ����� � �� � �� �� �� �������� � ����� �� ������

�����0��� �� �� ������ �� ������� ����� �� ���� ������� ���� ���

���� ������� ��� ������ ����� �� @�� �� �� �� ����� ������ ��

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ����#�

Page 211: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� ���� ������ �� �� ���� ��� � �� ���� � �������� ������� ����

����� M� � '&J �� ���� ������� �� ������� �������� ��� � ��

������ ��H �� � ����� �� ��� �� �� ���� ������ �� ������� ����

���� �� ����� ��� ���� ��� �� �� ��� ��� �� �� 3�������� ������ ���

���� ��������� !#("$ ���� � ��������� � ����� ��� �� ����

������� ������� ���� ����� �� �� ���������� ������ ��� ���

�� � ������������� !#(#� #('$�

@����� ������� �� �� )���� �� � �� ��)��� ��� �� ��� ��� ���

��������� ����� �� ������� ������ �� ���������� ������ ��)��� ��

���� ������ ��)��� ��� ����� �� ��� �� ������ �� �� �A@ ��)��� � ��

�� �� ��� � ��� �� ������� �A@ !#(B$� O��� +&J �� I��� ��� ���� ��

������ �������� ��� ���������� ������ �� ����� �� #�&@K � ������

�������� �� ���������� ������ ��� ���� �� A2F� ���� ��� ���� �� ��

����� ��������� �� ���� )���� I��� ��� ����� 9���� ���� ��������

��� ��� ���������� ���� �� �� ��� ���� � �������� �� ��������� ���

�� ��� �� �� )���� �� ��� ��� ���������� ���� �� ��� ��� �� ��

������� ����� ��������� �� ��������

���

8��������

<������ ��� �������� �������� �� ������ �� �� ����� ���4 "� ��

����� ��� ��� ��� � � ����� ���� �� �� ����� ��� �� ����� ��� �

���� ����� ��������� ���� ���� ��� ����5 #� ����� ���� � C���� � �

����� ������������ @� ����� �� ����� +�#*+�B� ��� ��� ��� ����� ���

����� ����� ��� �� ����� ����� ���� �� ����� ��� ����� ������� �

�� ��� �� ���� �� �� =������� �� ��� ��� �� ������ �� �� ���

�� ����)��� : �� ��� ���� ��� � ���� �� ��� ���� � ����� ����

����� ���� ��� ����� ������ �� ��� ������ �� �� ��� �� �

� ����� �� ���� �� ��� ��������� �� ���� ����� ����� ��� ��� ��� ��

������ �� �� ��� � ���� � ������ ����� ���� �� ����� �� ���� ����

�� ��������� �� �������� ���� ����� �� �� ����� ��� ��� � ,����

�� �� ��� �������� �������� ������� ����� �� �����E����� ���� ��

���� �� �������� � ,����� ��� ������ �� �� ���� ��H �� � ������� ��

������������ ��� ��� � � ��)����� ��� ��)��� ����� ��� ��������

� ������� �� ���� ��������� �� ��� � ������ �� � �� ����� @�����

������� �� � � � ����� �� C����� ����� ������ ������ ������ �� ��

�� ��������� �������� �� �������� ���� �� ��������� ������ ���

������� �� ����� �� ��� �� �����)��� ���������� �� ����� ��� ��

���� �� ���� ������ �� �� �� ����� ��� ��� ����� ��� /��� !#(+�

#(-$� �� ����� �� ���� �� ����� ��� ������ �� ��� �� �� ���� �� �

���� �������

��$ %��������� �#�

Page 212: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��4��

)�0����� �������� ��������

�� ������ ��� ������ ��� ������ ����� ��� ����� ���� �� ���������

��� ���� �� ���� ������ ����� �� ������ ����� ��� ����� ��� ����

����� :� �� ������� ����� ����� ���� ������ ���� ���� �� ���� ����

����� �� ��� �� ����� ������ ����� ��� PP ���� LL ����� ���� :� ����

���� �� �� ��� �� ���� ����� �� ��� ���� �� �� � �� ����� ���

����� �� �� ��� �� ����� �� �� �������� ����� ������� �������

�� �� �)��� ��� �� �� ������ �� � ������ :� �� �� �� �� ��� ��

���� �" ������ ��� ������ ������ � � ����� �� ������� � ��

����� ������� �� �� � �� ���� ����� &�&- �-J� �� ���� �� ���

:� �� �� ������ �� "& �������� ��� �� ����� ������� �� �� ���

�� &�&-������"&

� &�&#� ��� 1+J ��/��� � ������ �� �������� �� ���

�&�&B� �� � ���� ��� ���� ���� ������ 7���� �� ��� �� ��������

���� ����

9� ��������� �� �� "%& �������� � ��� ����� � � �������

��� �� �� ���� ��� ���� ������� ��� ��������� ���� �� "�%@K ��

���� �� '&J ��)��� � ������ ������ �� �� ������� �� �� ���� ���

��� ����� ���� ���� � ����� � � �� �� ������4 � ���� ����� ���

����� B&� �� �� ���� ��� ��� ���������� ��� �������� ���� C�����

���� �� �� �" ���� �� ����� #&� �� �� ���� ��� ��� ����������

@�� �������� ���� �� 3�� �� @� ���� �� ������ ��� ������ ��� �� "%

���� �� ���� �� ��� �� �������� ������ �� ����� �� ���� +�+� :�

��� ���� PP�����LL ���� �� ����� ��� � ����� �� ��� ������ ��

������� �� ��� ����� ����� �� �� � �������������� �����

������� � ��� �� ����� ��������� �� ��� ��� � � �������� PP�����LL

���� �� ����� ��� ���� �� ������ ������� �� ��� ����� �����

��� � � ���� ��� �� �� � ���������������� ����� ������ �� ����

�� �� :� ��� ����� ���� �� ������� ���� ���� �� ����� �" ������� ��

���� ����� �-&�� � �� ��� <� ��� � �� ��� ������� ��� "%&�

������ �� .�� �� ��� ��� � �� ��� ������� ��� �-&�� ��� ���

��������� ����� �� � ���� �� �� ������ ������� ������ �������

,���� ����� ���� �� ������ ������� �� ��� ����� ����� �� ��

� �������������� ����� ������� ����� ��� � ��� ���� ��� ������

������� �� ��������� �� ���� ��� ����� ������ �� �� ��� �

����� ('J �� �" ������ ���� ��� .89F7� 8����� �� ����� �������

���� �� ��� ����� ��� �� �����0��� ������ ���� �� ���� ����

������ ���� ���� �� ������ ���� ���� �� �� � ������

��4��

�� ,/)5 ������

@����� ����� ��� ����� �������� �������� ������ �� ���� �� ���

����� ������ �� 8@.� ������� ���� PP8��� � @�������� �� ������ .�� �

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ����#�

Page 213: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�������

��������������

��������

������

������

�����

��� �

�!��"��

��"�

��#�$

��� "!�

�"�

�!��!

:76

#"#(

(+�1

%(�-

1"�"

+B�"

1"�'

%1�(

--�'

1&�(

<@7

#((1

(&�(

%+�1

%%�(

(#�'

%%�%

%(�-

-+�'

%%�B

�=F

#B'1

B%�&

%B�+

(%�+

%&�+

%(�"

-1�&

-+�"

%&�-

�FO

"11-

-&�B

(-�%

+"�"

V(B�%

'1�#

V+#�1

�=6

"-BB

+'�+

(B�1

1&�B

(&�'

1"�#

%(�(

-%�"

1"�%

�;F

"-#-

+'�&

(B�#

%%�&

-(�'

1&�&

%"�-

-+�&

%1�%

76M

''1-

--�"

('�'

%-�(

-%�+

%(�"

(%�'

-+�#

%(�1

@.�

#B%'

+&�#

("�'

(1�%

-#�B

%"�"

+%�#

+(�1

(&�&

=:.

%1+

+B�'

(&�%

%#�%

-'�B

%'�"

(B�B

+1�+

%B�"

8;.

-(%

+(�%

(&�+

%+�'

-&�+

%'�&

(%�&

%"�+

(%�+

�F�

--%

B-�%

-1�1

%'�1

-&�+

%-�"

(-�"

+(�1

%B�&

@.A

#&#(

+#�-

-(�(

(B�'

++�1

((�-

-#�#

+'�#

(B�(

7;.

#'""

+-�B

-(�B

("�B

+%�1

('�#

+(�"

+(�&

('�"

37A

"+-#

-&�&

-+�1

('�%

+-�%

('�-

-'�1

+B�#

('�'

@F3

"%%+

+(�"

-+�B

(+�B

+1�+

(B�(

-B�&

+B�(

-1�&

26�

(%%

+1�+

-+�&

(B�+

+1�'

(+�+

(&�%

+'�&

((�&

.6F

#--"

BB�%

-#�B

+(�B

+-�%

-B�#

'%�-

B"�B

-&�"

37M

##++

++�&

-#�&

-(�'

+#�-

-%�(

+-�%

+"�'

--�%

��

����

� �

���

��

����

����

����

����

���

��� �

����"�����

���

���

����� ���

�����

B&��� �������

���

�#&�������

��������� ������

"%&���

�����������

���

�������

����

�����

������

���)

��

�"�%

@K�F����������

����

���

��

�� ��

������H

���������� ����

���

����

���������

�����

���

��������

����� ���

�PP�

��6�LL��PP��:A

�LL �

���

�����

�����������

�����

��

��������

����� ����������

���

����

����8OAD2

@�

!"('$�F@2

�!"1'$�.89

F7!1'�1B$�.����

��

!"1#$�.2

�!"-+�"1"$��

��OF.O

!'"1$�

VF@2

��

�.2

���������� ���

���� �

�����

�����

��$ %��������� �#

Page 214: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� ����� ���LL� �����0�� �� Q��� 2��� �� �������� !1-*1%� #((*#%&$�

:� �� ������ �� ������ ������ � � ������ ���� �� �� ����� "11B�

"11-� "11%� �� #&&&� ��)��� �� �� ������� ����� ��� ��� �� �����

��� � �������� ���������� �� A2F �� I��� ����������� ����

��������� �� �� :������ @����� ���� ����� ��� ��� ����� ����

������ ������ �� ���� ��� ����� ��� ��� ����� ����� ��)��� � �����

���� � ��� ����� �� ���� '����������� ��������� ������ ��� �/ � �

������ ��� ��� � � ��� ��)��� �� ��� ������ ���� ������ ��

������ �� ������ ������� ����� ��� �� �������� �� ��� �������

�� � ���� �� � � /���� �� ������ ������� ��������� ���� �� ��������

�� �# ������ ��� ��� ����� ���� ��� �����0��� ������ ����� ��� �����

����� ���� ���� �������� � ������ ���� ������ �� ������ ��

������� �� � ��� ����� ���� ���� �� ��� �� ����� �� �� C����� ����

����� ��������� �� �� ��������� ����

O�������� ���� ������ ��� ��� ����� ��� ������ �� ���������� ���

�� ���� �� ��� �� ������ ��� ���� ����� �� ����� �� ������ M��

��������� � �� ��� � ���� ����� ���� ��� ��� ������� ��� ��� � ���

� ��� ����� ����� ���������� �� ���� ����� @���� � �� ��� � ����

��0� ������� ��� ���� �� �� � �� �� ���� � ���� ��� ����� ��

���� 9���� �� ������ �� ����� ��� ���� �� 8@.� �� ������ � �������

�� �� ����� �� "&*#& ��� ������ ���� ������� �� ���� ������ ��

��� �� �� �� ��� ���� �� ����� ��� ������ ����� ����������� �

����� �� ����� +�# �� +�'�

��4��

5����� �����

@ ������ �� ������� ��� ���� ��������� � � ���� �� )���� �� � �

���������� ��������� ��� ���� �� ���� � �� ���� � ��������

������ ������ ����� ����� �������� ����� ���� � ������ ��� ��

��� ������ ������� �� ���8�� � !#%"*#%'$ �� 9�8�� � !#%B$�

����� ������� �� � ���� ������ �� ������ ������� ������ ������

�� ��# ������� ���������� ��� ���� ��� �����/�� ������ �� ����

�� ����� � �� ������ ��� ����� O�� �� �� ���� ������ �� �� �� � ���

������ � ����� ��������� �� �� ����� ������� �� �� F� ���

��� ��� � ����� ���������� �� �� ��������� ������� �� ���� ������

� �� �� ���� � 9� ��� ��� ��������� ������� ##���� � �������

������ ����� ��� ������ �� ��� ��� �� ���������� �� �����������

����������� ��� ������ ������ ������ ������ ��� �� ��� �����

���� �� � � �������� � ���� � ������ �"� �#� �#� �B ����� ����������

�� ������ ������� ������

: ������ �� ���� �� � ��� � ���� ������� �� �� ������ ��

���� ��� ��� ����� ���� :� ���� ���� � �� �� ���� � ����� ���

���� ��R� � �� �� ������� ������ ���� �� � ������0� �� ��� �

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ����#!

Page 215: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���L� ������� 9���� �� ������� �� ���� ����� �� /�� ��� ��� ��

�� ������ �� ���� �� ��� ��� ��� ��� � ���� ������ �� �� ���

������0�� ��� ����

��� �������� �� ���� ������� �� ����� �� ���� +�-�

��

/'����+�����

2�� ������� �� ����� �� ������ ��� �� ������ ���� �� ��������

�������� �� ��� ������� �� ������� ��� ����� �� ��� ��)��� �

�������� : ��/�� PP����� �� ������LL � ���� ������� ��� � � ��

��������� �� ���� �� ��������� ��� ���� �� ��� ������ ���� � �

���� �� �������/ ����� � ������� ����� �� ����� �� ������� �

�� �� �� ����� �� T#&&&*T'&&& ��� ��� �� ���� ��� � � :�����:: ��

:82�� �� ���� �� �� �� ����� �� ��� ���� : ��� �� ����� � ��� ����

���� � : ���� /�� �� ��� ���� �� :����� �� �� ��� ����� ��

����� � ������ ������ ��� ����� ����� ���� �� ���� ������� ����

������ ��� ������� �� ��� ���� ��� �������� ��� ����� �� ������ ����

���� �� ����� �� ���� +�-�

��!

/����(

��?��

��9+�� �������������

:� ��� @������ � �� ��� ���� ���� �� �� ��� ��� ��� ��������� ��

�������� ������� �� ������������� �� #& ���� �� ���� ��� � ��

���� �������� �� �A=�8�=�F�8O� �� �� �������� ����� F �� ����

��� ���� ����� ��/��� ��� � � ���� �� ���� @ ������ �� ' ����

��� �� ����� �� D����� +�-� @� ��� �� ����� ���� ����� ���� �� ���

����� ���� ������ �� ����� ��� ��� ��� �� ���� �� ���� �

����� ������� �� ������� ��� ���� ����� � ������ � �� ��������� ��

���� ����� ���� ���� � ��������� �� ���� ���� ��������� ��� ���� ��

���� ������� !#%+$� ��� ��� ���� �� ������� � �������� �� ��/���

���� ����� �� �� �� �������� ����� � �������� �� �������� ��

���� � ������ �� �� ������ ���� @� ����� �� D����� +�(� �������

���� �� ��/��� ��� �� �� B ������ ���� �� @���8��� � �� ���� ���

���� �� ����� @���8 �� ��8��� 7������ ���� �� ��8 ���� ��� �

����� �� ������� 8 ������ ���� ������� ������� ���� �� ���������

�� ����� �� ���� @�� ��� ���� ���� @���8� �� ������ �� �����

��& '������( �##

Page 216: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��+� ���

<�#-����� ��� � #����� ������#�� �������

��%�&

���

#��&

������

�������� ������

��������� ���������

86 I I ��4EE ����� ����E �����

��� I I ��4EE���#����� ���E���E

<@.� I ��4EE����� ��������������4%&E

.�� ���E<@.�E�������

2:A@F6@ I ��4EE���� ������� ������E ����E

���E���������

7O8? I I ��4EE���������������E�� �E

.@FD# I ��4EE������ ������� ���E"#'�E

���#����

..@� I ��4EE������� ����� �� ���E

�������E�������

8@�= ��4EE������� ����� �� ���E���E

�E

.�@2� I ��4EE����������� � ���E

F��������EO����E�������

8O2�@F6F I I ��4EE���� ������� � �� ���E

������E ���E8O2�@F6FE

����������

���� ���������

������ 7��� 8����/ ���

�O��� �� .��������

I ��4EE��������� �����E����E

���� ����

.���� ������� �����

���������

I ��4EE���� ������� � �� ���E

������E

7����� > . ������� I ��4EE���������������E������E

��� �����E���E����N��

���� ���������� �������

�F@3: I ��4EE���������E���E����E

���F6� I ��4EE������� ����� �� ���E���E

�����

8O�@ I ��4EE���� ������� � �� ���E

� �����E8��E ������

F@2� I ��4EE����������E �������E���E

�������

8OA36A I ��4EE���� �������� �� ��E �����E

�����N� ����

��������� I ��4EE���� ������� ������E ����E

���E

8���� I 8�� 4 �����X�����������������

������ 7��� 8����/ ���

�O��� � ���

I ��4EE��������� �����E����E

.��������<����� I I ��4EE����� ���� �E�����

������ ���������

� ��������������

����� ������

������ ��

I ��4EE����� ����E����� �E���E

����� �E���� �������

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ���$%%

Page 217: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��+� ��� � ��������

��%�&

���

#��&

������

�������� ������

7����� I ��4EE����������� ������������E

������E��������

��2���� ��4EE����� ����E����� �E���E

����� �E���� ���E����������

��,��� ��4EE �����������C���������E

���������

������ > F� ���� I ��4EE����� ����E����� �E���E

����� �E���� ���E

������N�� �������

����!����� ����������

�������

8���� I 8�� 4 ��� � ?�����

�����X�����������������

D@2. I ��4EE���� ���������������� �C�E

[email protected]�������

F@2� I ��4EE����������E �������E���E

�������

.89F7 I ��4EE����� ����E����� �E���E

����� �E� ���

.�����E8@F@

�3�������E7���'�

I ��4EE�������������� ��� �����E

���������

.������ I ��4EE����� ����������C�E������E

.���8���

.2� I ��4EE �����������C���������E.������

���� I I ��4EE���#����� ���E���E� �����E

� ���������

9�:� I I ��4EE���� ����������E����

"������ #�������

$�������

8O2�O.6F I ��4EE���� ������� � �� ���E

2O�6776F I ��4EE������� ������������E��������E

������������

��:.2 I ��4EE���� ����������E��"E

8OA36A �2��������� I ��4EE�������� �������������E

������E���E���N����������

F@2� I ��4EE����������E �������E���E

�������

.����2���� I ��4EE����� ���� �E��������E

.9:..2O�67����

9�:� I I ��4EE���� ����������E����

$������ ������

���8�� � I ��4EE������� ����� �� ���E�����E

��� �� �E��� �� �����

9�8�� � I ��4EE���� ����������E����E

�� �� �E

������� I ��4EE������� ����� �� ���E���E

�������E�����������

���6� I ��4EE����� ����E����� �E���E

����� �E���� �������

��& '������( $%�

Page 218: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� ��� ��� �� ��8 ��� @���������� ������� ������� �� ���������

�� ����� �� ���� 8�� �� �� ����� ���� ��� ��� �� ��8 ���

@���� �� ������ � ������ �� ������� ����� �� �� �� � �� ����

� ��� ���� �� ���������� � ����� �� D����� +�-� ����� �� ��/���

� �� � 8���"�8��"�A��8��� �� � 8��"�A��8���8�� �� � A��8�-�8��A��"� �� ���

�� ������ ���� ������ 8 �� A �� ���� ����������� �� ��� ��

���� ����� �� ����� R� �� ��� �� ��� A� 8�� =� 8��"� O��"� ��

8���" �� ��� �� ����� � �� �������� ���� ���� � "%&� ������� �� &� ������D�� �� �������� � �� �������� � �� ����� ���� ����� ����� �� &�"J ��

����� @���� ����� +J �� ������� ������ ����� �� ����O��� ���� ��� ��������� ���� �� ��������� ���� �� ������ ���

� ����� �� ���� �� �� F� ����� ������ � ����� �� D����� +�%�

��� � � �� ����0��� �� �� � � �� ���� � ��� :� D����� +�%� ��

� ���������� ��������� � ����� ������� ����� ��� �� ������ ����

���� �� ������� �������� �� -11 ������� �� ���� ��� ����� �� ���� ���

���� ���

(������ � ���������� ��� ��) ���� ���-���-����

,��+#�� �������� ����� � �� ������� ��� ����� � ���

���������� ����-���� �������� ��� ��� ��" ��� �'" � ��� ������ ����������

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ���$%$

Page 219: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

� ��� � �������� �� ���� ������ �� � ����� ���������� ���

������ �� ������� � ����� �� D����� +�%4 �"� ���� ���� ���� ���� ��

������ � ����� � ������ �� � ���� � �� ���� ����������5 �#�

��� ���� ���� ���� �� �� ������� �� �� ����� ��� ���� �� ������

��� ������� �� � ����� A= �� 8O ������5 �� �'� � ����������� ���

���� ����� ��� ���� �� ��� ���� ��� ����� �� �� �� �� ����

������ � ��� ��� �� ������ �� F� ����� ����������� ����

�� #& ���� ���� 9� ��� ���� � � �� ���� �� ����

��?���� )���� �����������

��� �� � �� � �������� �� ������� �� B ��� ��� �������0��� ��#�

��#���'���#� ��� ������ �� ��������� ��� ����� � �� � ���� ���� &�

�� �� � + � �E��� ������ �� �� ������ ������� �� ��� �� ����

���� ���� �� �� ������ ���� :� �� �� �� � ���� �� �� ������

���� �� �� ������ ��������� :� �� �� �� �� ���� �� �� �������

��� �� �� ������ ��������� ��� F� ����� ���������� ��� �����

����� ��������� � ���� ���������� ��� &� �� �� &�� �� ��� ��

���� ��

(������ ����� ��%������ �

������� ����� � ���� �","1"( ��

��� �� 0/2 � ������� ����� #�� ����-���+���� ������ � ��

,-� #�� �# � �� ,-1 #��:

0 2 � �������� ����� #� ���+���������� � ,-�: 0,2 � ������������ #� ���+���� ������ � ��

1-( #��: 0.2 � �������� ����� #�� �������+���� ������ � 1-(�

��& '������( $%&

Page 220: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�� ����� 9� ��� ��� ������� �� ������ � �� �� � ���� �� �� ����

��� ��� ���� ���� ��� ������� 8��"�A��8���8��� �� �)�� � �� � "#&������ ������� �� ��� &� ���� � � �"#&�� ����� �� ���� ��� ������ ���

���� �������� ��� � ������ �� �� ���� ��� ��� ���������� ���

�������� 8���8� �8��A��" �� 8���8� �8��O� �� �)�� � �� � "#&� ��

�� � -&� ����� ������ ����� �������� �� &� ���� �� �� �"#&� �� �-&��8���������� ��� �� ��� ���� ����� �� ��� ����� �������� ��� ���

�������� ��� 8� ���� �� ��� ��� ��� � �� 8� ��� ���� ��� �� ������

�������� ���� ��� ��� � �� �� �� ���� ���� �������� :� D����� +�%��

�� F� ����� ���������� �� ��� ��� �������� �� �� ��� -11 ����

���� �� ������

@����� ������ �,� �� �� ���� ���� ���� �� ������������ ���

������ �� B ����� ������ 7� �� ���� ��� @���8���6� ����� �� ��

�������� � �������� �� ������� �� �� � �� ��� @ �� 6 �� ���

���4 �" � @���8�� �� �# � ��8���6� 9��� ��� �" �� �# �� &�� ���

@ �� 6 �� ���� ���� ������� ��� ���� � ������ @ �� 6 ���� �,

)�� ��� ���� ��� �" �� �# �� ����� �� ���� ��� ��� �� ����� ���

���� � ���� �, �� � ���� ������ ���� �" �� ����� ����� �# �� ����� ��

.��� .����� :� D����� +�1� �� ���� � ������ ��� @ �� 6 �� ����� �

��� ��� �� �� �� �������� �" �� �#� ������� �� ���� ������ ��

"�++@K �� �� ���� ����� �� ""+� ��� ����� �� ��# �� ��' ������� ��

�������� �� �,� �� ��� ���� ��� �� F� ����� ����������� ��

��� � ������� �� ���� �� + ��� � ��� ��� � ��E�� � ����� ���

�� �������� @���8�� �� ��8���6 ���� ��� ����� ����� �� �����

�� ���� +�(� ��� ����� � ��/�� � ���� ���� ���� ���� � ��

���� ��!

!���������� ���� � ������� � ���

��� �� �� ��������" ��������" ��� ��������� 488 ������� � +��� ��� �� ���

*������ ���� �������� ��� �� *(, ���

���� ��� #����� ��� � �) �� � ��? �F ���

���� ��� �/G ��) ���� �������� ���� ���

����� �� �� ���� ���� �� �������������� 0����HH����������� H�������H

��#�H� �#���+H� ������#����2�

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ���$%�

Page 221: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��������� �� ���� F� ����� ���������� � ���� �� D����� +�%@�

�� ��� ��� ��� � �� 8� � � �� � ����� ���������� � ����

������� ���� � �� * ���� ����� �� ���� +�( � �� ���� 8�� �� ���

������� ����� /����������� ���� �������� �� A�8��8��8��8 ����

�� � ������� �� ������ �������� � �� ��� � � �-&� '&�� ��� F��

����� ���������� ��� ������� �� ����� �� D����� +�%8�

��?���� 4����������� �����������

�� ��� �� ������ �� ���� A= ������ �� ������ ����� ��� ����

�������� ����� ����� ��� ��� ���� ����� �� ���� ���� ������ ��

���� ������ ��� �� ������� �� ������ ��� ����� ��)����� � ��� ��

���� ���� �������� �� �������� ����� ��� ���� ������� �� �� � ��

���� �� ��� ����� ��� ������� @� �H ��� �� �� ���/����� ��� ��������

� ��� �� �� ������ �� ����� ��� ���� �� ������ �� �� �������� :� ��

���� ��#

(������� #������ ���� � ��� 3 �� � %��

��� ����" �-,-1-(-3 �� � � ����� � ���-,-1-( 0��2 ��� ,-1-(-3 0��2 ���������

� �=3 �������� ��� ���� ����� #�

��� ���� �� #�� ������ ��� ���� �F ���

�� #�� ������ ��� ���� 0�� ������� ���� ��� ��� ������2�

��& '������( $%�

Page 222: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�� �� ������ ��� �������� ����� �� ������ ������ �� 8�O �� ����

�� � �� �� ���� =A ����� �� ���� �� �� B ���� �� � ����� ���

����� ����� �� ���� � ��B+���++��� 2�� ������ �� �� ��� # ����

����� �� ���� ������� ������� �� �� ����� ��� ���� �������� �� ��

�� ���� ������ �� ��������� � ����� ������� � ���� ��������

����� ������ ��� ��� ���� � ����� A= �� 8�O ������� D�� ������

������� ����� �� ��� ���� F� ����� ������ ��� �������� �� ��

���� ��� �������� �� ��� ������� �� ����� ���� �� D����� +�"& � ����

����� � ������ �� ����� ��� ���� ������ ���� ���� ������� ��

�� ��� �� � ��� �������� � �� �� ��� ����

��?���� ��9+��0��0����� �����������

9� ��� ���� �� �,� �� � ����� ���������� �� ����� ��� ���

�������� ������ �� /�� �� ���� � ����3��� ������� ���� ��� ��

�� ��� ����� � F� ����� ������������ ��� � ���� ���� ������

�� ���� ��� �� �� � ������ :� D����� +�"&� �� +�"&8 �� ���� ��

@�� �� <� F� ����� ����������� �� � � �� ����� ��� ��� �

�������� ��� �,� � @�� �� ��� ��� �� ���� ���� �� �������� ���

� � &� �� ��� �� ��� �� � �����*����� ��� �������� ������ <� �� ����

��� �������� ��� � � &� �� ��� �� ���� ����� �� �� �� 8� ��� ���

�� � ������

��+� ��

������ ����������� ���� #��+#�� ��� ��������� !���������� ������# ����

� � � � �' �( � � �

8� �" 8��" A� 8�� 8� � � & &

8� �" 8��" A� 8�� 8�� � �� "#&� & "#&

O �" 8��" A� 8�� 8� �� "%&� � "%& &

O �" 8��" A� 8�� 8�� �� "%&� �� "#&� "%& "#&

8��" A� 8�� 8� A��" � � & &

8��" A� 8�� 8� O� � �� "%&� & "%&

A� 8�� 8� A��" 8���" � � & &

8�� 8�� 8� A��" 8���" �� "#&� � & �"#&

�������� ���� ���� ���� �� # ��� �@ �� 6� �� �� ���� ��

+��� ��� �@���8���6�� ��� ������� @���8�� �� ������ �" �� ��

������� ��8���6 �� ������ �#� ����� �������� ��� � � �� �� ���

�� � ������� � ��� ���� �� � ����� �������� �� �� �� �� ���

����� �� �� �� �� � ���� �" �� �# �� 0��� �� ����� �� �� ��

���� ������� 7��� ���� ���� ���� ���� � �� ���� �" �� �#�� ��� &�� ���� ���� ��� ���� ��� �, )�� ��� � ��� ��������

�� ���� �� ��� �������� �� ����� �� �� � ���� ������ � ���

�� ����� ���� &� �� �� ���� �� ����� ���� D����� +�(��

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ���$%�

Page 223: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� ���%

!���������� ������# ���� � �2 �������:,2 ����������: 12 @����� ��������� #�

�������� ��� �� �� ����� (��� ��� ��+��

��� �� ���� 488 ������� � +���

��� �� �� �� ������#�� �� �� ������ �

;�� �� ��?� �������� ��� �� �� ������������� ��� �� � !&(3 ������

D�8�E� 9 ������ 9���." 3 ������ ����"

��� 1 ������ 1���

Page 224: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��?��

)�0����� �������������� ��������

��?���� ��9+��0������������0������ �����������

.��� ���� � ��� �� ��� ����� �� ���� ������� ������ �� ���� ��

������ �"� �#� �'� �� �B� 6 �� ��� ��� ���� ����� ���� ��� �� ����

������ �������� �� ������ � �� �� ���� �� �� � ������ �� ������

����� ���� ��� �� ���� ������ ����� ����� ������ � �� �� ����

�� �� � ������ �� ���� ���� ���� ��� �" ������� ���� ��/��� � A�

8��8��I ����� I �� ����� 8�� �� 8�" �<�� :���� O� �.���� O�" ������ �� .�

�8���� 7����� ���� ���� ��� ������� � ��������� � ����� �� D�����

+�-� :� D����� +�"" �� ���� �� ���������� �� �" �������� �� �"� �#� ���

7��� @� �� � �� ���� ����� �������� �� �������� �� ������� ���

�-&�� "%&�� �� �-&�� ����� ���������� �� ������ � �� �� �� �

����� ������ ����� ��������� PP�� ��LL �� � ��������� ���� : ������

�� ���� � ���� ����� ������� �� � �� � ��/�������

��� ������ �� �� �� ������ ��������� ���� �� �������� ���

����� ��������� ��� ����� ��� ��� � �� ���� �� �� A���� ����� ��

���� ���% 0����� ��2

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ���$%!

Page 225: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� ����

(�����# ��� � �2 �� ��� ,2 ��=�� ����-

���� �������� �� ������� ������� �� ��

���� 488 ������� �� ������#�� �� �������� � ;�� �� ��? ���� ��� � ��� ��

�� ����

��& '������( $%#

Page 226: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

D����� +�"#� D���� �� �� �� ���� ��� �������� � �-&� �� �-&�� �� ��

�" �������� A�8��8��8�� �� ����� �� ������ �� ��� &�1 � �E��� ���

�� �� ���� ��� !#%-$� ��� � �� � ������ � � ��� ��� �� �� ���

�� ��� ��� �� � ����� �� ����� 8 �� A ����� ������� ����� �� �

�� �� �� ���� ���� ��� #��� �� � ����� 8 �� A ���� :� ������ ��

�������� ��� &�1 � �E��� ������ �� �� ���� �� ������� ���� ��

� ������ ��������� ���������� ���� ���5 � ��� � ���� �� ������

�� � ����� �������� � �� �� .� ���� ��� �� �� �� "*+ ���� ����

�� ����� �� D����� +�1� ,� �� ���������� �� �"*�# ���� �� ���������

@� ��� ����� ������ ��� ���� ���� ���� �� � ������ �� ���� � ���

���� ��� @ �� 6 �� +��� ��� ����� ���� � ��� ����� �� ��

�������� �� �� ������� ����� D�� �"*�# ������� ����� ��� ���� �

���� �" �� �-&� �� �# �� �-&�� �� �� � ����� �� ������ ����� �� ��� ��

�� ���� ���� ��� �� �� ������� �� 8 ��� �� �� +��� ��� A�

8��8��8��8� �� ��� ���� �� ���� ��� ��� � ��� ������ 8 �� ��

������ ����� ���� � ��� ���� �" �� �-&� �� �# �� �-&� �� ���� �" ��

"%&� �� �# �� �-&�� ��� �,� � �� ���� ���� ���� � �� �������� �� ��

�"*�# ���������� ��� ������ �� D����� +�""��

��?���� ��9+��0������������0���� �����������

O�� �� �� ����� ��������� �� �" ����� ��� � �� ���� ���� ��� ��

�� � ���� �� ��� �� � ����� �� ����� � �� �������� �� ��

��������� �� �� � ������ � ��� �� �������� � �� �� :� D����� +�"'�

�� ���������� �� �� �� �� �� � ������ �� ����� �� �� F� ���

��� �� ��� 7��� ���� @��� �� <�� ��� ����� �� ��� ������ �� ����

������ ������ �� ��������� ������ ��� ���� ���������� ���

���� ��,���� ��� ������ �� ��,���� ���� �� ����� ��� ����� ���

����� � ����� �������� � � �� �������� �� D����� +�"#�� ��� ��������

���� ���� �� ����� �� ���� +�%� .��� ���� ���� � � �� ������

���� ��� �������� � �� �� B ���� �� �� �������� ���� ���

��� �� �� ����� �� �� ��� ������ �� D����� +�1� 9� ��� ���� �� �

���� � ��� 8��"� O�� �� A��" �� �� � ������ �� �������� �� ����

������ ��������� �� �������� �� ���� +��� ����� 8��"�A��8��8��

8�� O��8��8��8��8�� �� A��"�8��8��8��8� ����� ������ ��� �� ��� �������

�� � � �� ���� ��)��� �� �� ����� �" �� �" � "#&� ���� D����� +�-�� .�� �

�� �" ������� �� ������ � �� �� ������� ������� �-&�� "%&�� �-&�� ������� � � ����� A �� 8� �� ���� � �������� �� ���� �� �� ��������

8��"�A��8��8�� O��8��8��8�� �� A��"�8��8��8� ������� D�� ���� �� �� �" ��

�-&�� D����� +�1 ���� �� � 8��"�A��8��8� �� ��������� ���� � ��� ��

����� �� �'&� � +&�� .�� � ��� ������� �� �)�� � �� "#&�� �� � ���

��� �� ��������� ���� � � �"+&� � +&�� ���� �� ������ �� �� ���� ��

D����� +�"'� ����� �� � ����� �� �� ����� �� �� �� ��� �� � � ���

����"%&��� �� �� ��� ��������� �� � ����� �� �� ������ ����

� � �1&� � +&��

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ���$�%

Page 227: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� ���$

B����� �������� �� ������ #��+#��-

����-���� ������������ 0/2 ,��+#��-����������� �����������" �+���

��� �� 1�-1� #�� ��� 1�: �������

��#������� � �� ��� �� ��� ��#�����#��� �� � ���� ����������� #������

1 ��� #��+#�� B ��� 1 � �� ����

����� �� &� �� ���� �������" ��

�� � �?/� ������ �� ������� ������ ��������� � � � ��� �� ��#������� ���

��� ��#����� ��� ��� ��� 1 0������

IIJJ2 ��� ������ � �� #��+#�� B ���

1 ����� 0 2 ,��+#��-��������������������" �+��� ��� �� 1�-1� #��

��� 1�: ������� ��#������� � �� ���

� ��� ������� ��#������� � �� ��� �

��� ����������� ��#����� #��� �� �

����������� #������ 1� ��� #��+#��

���� 1���" B���" ��" ��� � ������

#�� ������� � 9B��

��& '������( $��

Page 228: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� ���&

(�����# ��� � �� ����-���� ������� �� �

� ����� � #��+#�� �������� � ��� � ��

0/2 ���: 0 2 *�: 0,2 ���: 0.2 @��� 3���) ��� ���������� �� ������� � ���

������ ���� �� �/� ������ � � � � �� ������� � 488 ������� �� ������#�� ��

;�� �� ��?� ���� ������ � � � � �� ���

���� ���� �� ����� �/ ����� �� ������#�� ��

��� ������ � ������� ��� �������

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ���$�$

Page 229: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�������

���������������������#��+#�����

���������!��

��������������# ����

��

��

�'

�'����

�(

�(����

�'

��

8�

8�

8�

A�

8��

"�"

�-&�

��'

&��-

&��'

&�

8�

8�

8�

A�

O��=A�

�"

�-&�

��

"%&�

�'&�

�-&�

"+&�

8�

8�

8�

A�

8��

"�"

�-&�

��'

&��-

&��'

&�

8�

8�

8�

A�

O��=A�

�"

�-&�

��

"%&�

�'&�

�-&�

�"+&�

8�

8�

8�

8�

O�

�"�

"#&�

�-&�

��

-&�

�'&�

"%&�

�'&�

8�

8�

8�

8�

A��

"�"�

"#&�

�-&�

��

"#&�

�'&�

"%&�

�"+&�

8�

8�

8�

8�

O�

�"�

"#&�

�-&�

��

-&�

�'&�

�-&�

�1&�

8�

8�

8�

8�

A��

"�"�

"#&�

�-&�

��

"#&�

�'&�

�-&�

�1&�

8�#

8�

8�

A�

8��

"�"�

"#&�

�-&�

��'

&��-

&��'

&�

8�#

8�

8�

A�

O��=A�

�"�

"#&�

�-&�

��

"%&�

�'&�

�-&�

"+&�

8�#

8�

8�

A�

8��

"�"�

"#&�

�-&�

��'

&�"%&�

�'&�

8�#

8�

8�

A�

O��=A�

�"�

"#&�

�-&�

��

"%&�

�'&�

"%&�

�"+&�

8�#

8�

8�

8�

O�

�"

�-&�

��

-&�

�'&�

�-&�

�'&�

8�#

8�

8�

8�

A��

"�"

�-&�

��

"#&�

�'&�

�-&�

�"+&�

8�#

8�

8�

8�

O�

�"

�-&�

��

-&�

�'&�

�-&�

�1&�

8�#

8�

8�

8�

A��

"�"

�-&�

��

"#&�

�'&�

�-&�

�1&�

��������

����

���� ������#��

��@

��6���

����

����+�

��

���

�@��

�8��

�6����������

��@��

�8��

�����

����"�

���

�����

����8

���6

�����

����#�����������

���

����

�������

���

�������

���

� ����������� �

��

�����

���"�

����

�����

�����

�����

�����

���

�"�

��

����

��������

���� �

��

�����

�����

���

����

��-&� �

"%&� �

���-

&� ������

���� ����

� ������

���

������"��

�-&����-

&� �

���#���'

&� �

+&�

���'

&� �

+&�����

� ���

������

D�����

+�(��D��������� �

��

����

���

������

����

�����

���������

���8��

����D������� �

���

���

�����

����

��<

������:�������� ���������

���8��

8�#

�������

���

������/

�����

���"���:���

������"�������

��������

���)

��

��"�

"#&��

�����

������

���.��������

���-

&���

����

����

����

�)������

���-

&���

�����

:���

�����

��& '������( $�&

Page 230: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� ������� O��8��8��8� �� �)�� � �� -&�� �" � "#&� �� �-&� ��� ��

� ������ �� �������� �� � ����� �� ��������� ���� �� -&�

�� �'&� � +&�� �� ���� � � �1&� � +&�� �� ��� �� ���� ���� ���

������ 8� �� O�� ��� ���� ��� ��� � ����� �� A��" � ���

"%&� �� ���� ���� �� ���� � �� �1&� � +&�� ��� �� ���� ���� ����

�� ������ �� �� ��� ���������� �� �� � ������ �� ���� �������

�� D����� +�"'� D������ �� ��� ���� ���� � �� ��� �� � �����

��" � "#&� � �-&�� ���� �� -&� �� �'&� � +&� �� ���� � � �'&� � +&�

�� ��� "%&� �� ���� � � �"+&� � +&�� �� ��� ������ ������ ����

�� �������� ��� �� � ���� ���� ���� ���� ��� ��� ��� ���

�� ��������� �� ��� ������� : �� ��� �� D����� +�"'8 � ����� �� ������

����� �� �� �� � ����� ���������� ��� � �� ��� ������� �� ��

F� ����� �� �� �� �� ���� �" ������ �� ���������� ������

���� ��� ������ ����������

��#

/�9���������

���� ���� �� ������ �� �� �� ��� 8@&-1#( ���� �� A���� :��

����� �� =���� ��� ���� �� @���� � 8� �� .� ���� �� � ��

��������� ���� �� 8��������� �� ����������� : ��� �� F���� �

8������� .���� �� �� D� 8��� 8� �� 8���� ��� ������ �������

1�����

� D� 8� ���������� �� D� ?������ 3� Q� �� 9�����

6� D� Q� 2����� 2� �� ��� �� Q� F� F������� O� ?������

�� .������ ��� 2� ������ ��� ������ � ���4 @ ����������� � ���� /�� ��� � ������ ��� ��� �����

/� 0��� ���� �% � ""#� +'+*+B#�$ =� 2� ������ Q� 9��������� S� D���� 3� 3�����

�� A� ���� =� 9������� :� A� .�������� �� 6� ���������� ������ � ���� *������ 1���� %��� ����� #%� #'+*#B#�

& @� 3� 2������ .� 6� �������� �� =������ 8� 8������

.8O�4 ��� ��� ����/ ��� �� ������� ���� ��� ������������ �� ��)��� �� �� ��� ����� /� 0��� ���� �%%��#B(� +'-*+B&�

� 8� @� O������ @� �� 2� ���� .� Q����� �� �� Q�����

2� �� .������� Q� 2� ��������� 8@�= * ����� �� ����/ ��� �� ������ ����� ��� ����� ���������� �%% � +�"&1'*""&%�

� 7� =��� 8� .����� ��� D..� ����4 ���� ����/ ���

���� �� ��� ������� ��� ������� �� �������� *������1���� %��� �%%�� #B� #&-*#&1�

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ���$��

Page 231: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

� F� 7� ������ 7� . ����� �� 9� 3������ =�� ��� �� ��

�������� �� � ���Y �������� �%%�� #+&� "'((*"'%#� 7� =��� 8� .����� 2����� �� ������ ��������� ���������%%�� #('� +1+*-&'�

! 2� D� ������� Q� 8� ?������� =� 8� 9����� .�� ��� ��

��� ��� �� ����������� /� 0��� ���� �%��� "'� --1*-(%�# 9� Q� ������� @� 8� A����� �� 8� ������� @ �������� �����

���������� ��� ��� �� ������ ����� ������ ���� ��� �� ���L� �������� ����0���� /� 0��� ���� �%�%� B#� -+*%-�

�% Q� 3����� 2���� ��� ��������� ���� ��� ���� ����

��� ��� ��������� ���� *��� 1��� ��� 2 � 1� �%��� ((�''1'*''1(�

�� Q� 3����� 8������� �������� ������4 ���� ��� � ��

����� �� �� ������ ������ �������� ��������� �%%�� (�'"(*''B�

�$ �� 7� ������ �� 7� .����� 2� Q� 6� .��������� Q� 2�

��������� ?������������� ����� ��� �� ������ ��� ����

�� �� ������ �� ����� ���� ����� *������ �%� � '#-� 'B(*'+#�

�& 2� Q� .�� ����� :� =����� �� 8����� �� 7� ������

?�������� ���� �������� �� ���������� �������� �� :4

��������������� ��������� ������� ���� �� ���������������������� �� ������� ��� ����� ����� ��� �%� � +� '((*'%B�

�� 2� Q� .�� ����� D� F� =���� �� 7� ������ ?��������

���� �������� �� ���������� �������� �� ::4 F���� ��� �� ���������� �� �������� ���� ����� ����� ��� �%� � "�'%+*'1#�

�� �� D� =��� 2� 6� .���� @ ��� ����� ��� �������� ������

���������� ���� ��)��� � �������� ��� ���������� ������� ��� ���� /� 0��� ���� �%%�� #"(� "*(�

�� @� .�� �� 7� ������ 8������� ������ ��������� ��

���� ��� �� ���� �������� /� 0��� ���� �%%�� #'B� ((1*%"+�

� F� .� ���� @� .�� 6������ �� ������� ������

��� ��� �������� �� 2O�6776F�'� ��������� �%% � .�����+&*+%�

�! =� 7�� F� ������� �� 2������ �� ��������?���� 8�

@����.���� F� 6� ��� ����� 3� �� 2���������

=������� �������� ����� ������� ������� �� ��������

���� ��� ����� � �� ���������� ��� � � ��������� 8OA36A4 ���� ��� �� ����� ��� �� �����

���������� ��� ��� �� ������ ���������� 2� �"�

������� ���� �%% � -� 1+-*1(&��# �� <� .��������� F� ������� .� ?���� ;� D���� ��� 3� ��

2��������� =������� �������� �� � FA� ����� ����

���� FA@�������� ������4 =�������� �������� ������

�����0��� �������� ������� ��� ������������� ��������)��� � ��������� ��������� �%%�� ''� ++%*+--�

$% O� 7� ������ =� F� ������� D� 6� 8����� @� ����������

� � ����� ��/��� ������� ���� �� ����� � ������

�������� /� 0��� ���� �%%�� #+(� 'B#*'+%�$� Q� .� D������ @� 3������ Q� .���� �� D�� ���� @������ ��

�� 6� ���� �� ��� 3����� M���� �� .�)��� ����.�� ����

��)���� �� $��

Page 232: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��D�� ��� ������4 :����/ ��� �� ������� 6 �������

�� 3������ ��E�������� �� �����/�� O ������� ��

@ ����� /� 0��� ���� �%%�� #%#� (&'*(""�$$ A� �������� F� F� 3�������� 2� A����� F� 8� 9���

8����/ ��� �� ������ ��)��� �� �� �������� ��������

�� )������ ������ �� ��� ���� ��������� ����������%%%� '(� '(1*'%(�

$& �� ������ @� <�� �� �� � � ����� �� ��� ��� ����� ������������� ����� B"� 1%*"&(�

$� Q� 8� 9������ �� Q� @� :������ .� �� ��������� F� A� �����

@� 2� 7���� .������ �� �� 8���������� ������ ���������������� �%%%� '-� '"*B"�

$� F� 7������ �� D�� ���� �� 6��������� @������ ��

��������� ������� �� ������� ���������� � ���� ���������� �%%%� "#� 1B'*1+"�

$� �� F� 8������ 7� @� OLA��� �� 8� .������ @ ����� �

����� �������� ��������� ��� ���� ��,���� �� ������

����� �������4 ���� ��� � 2@� ����� ������ ����������� ����� 1� -++*-(&�

$ �� S���� �� ��� �� 7����� ������ ��������

������ � � ���� ������ 8 �� � �� < ���� �����

�� ������ ��������� � &������ �%%� 'B'� "+'-*"+'%�$! Q� �� ?���� 2� Q������ <� ?��� �� F� 2���� <� .����

2� �� .�������� 3� .������� F� �� D�� ���� 3� @�����

7� @� ?�������� =� ���� 3� =� ������ F� �� 3������

�� ?����� 2� ;� ���� 9� �� ?������ =� 3� ?� �� �� O����2� 3�������� 8��������� ��������� ������ ��

���� �������� 3�� 0����� �%%%� "'� '-#*'(+�$# D� Q� 8�� �� �� 7� 9����� 2����� �� ������������� ��

�� ������ ��������� ���� � �� ��F8@"� ����� ����8� �� :�������� 8���� 3�� 0����� �%%�� %� %*"%�

&% :� �� 9����� 2� 2���� 2� Q������� Q� 7���� @� 2� .���

@� 9������ 2��� ��� �������� �� �� =:<�" ������ ��

�� ������ ������� ���� �������� �%�%� #B'� 1#%*1'"�&� :� �� 9����� 6������ �� �������� �������� �� =:<

������� ��������� �%%�� (� "(#*"%B�&$ 8� .� F���� 6� .��� Q� =� 2 ?������ 3� ?� 7��� �� Q�

F������� :� �� ?����� D� 6� 8����� .�� �������� �������

�� ������ �� ����� ������ ������ ��� �� ���������� �� ���

����� ����� ����� *���� 1���� ���� 2�1� �%%�� 1&� '+%'*'+%(�&& .� D� @�� ��� �� 7� 2����� @� @� . ������� �� �����

S� S���� 9� 2���� �� Q� 7����� 3���� �7@.� ��

�.:��7@.�4 ��� �������� �� ���� ��������

*������ 1���� %��� �%% � #+� ''%1*'B&#�&� Q� 2� .����� Q� 9� @������ F� 7� ����� �� Q�� 7����� ��

�������� �� ������ ��)��� � ������� �������� ���

��� ��� ��������� ��������� ����� B&� -*##�&� �� 8���������� @� ;��� @� ������� ;� ?�����

@� .� ������ Q� F� 8���� <� ������ 8� �� 2 �������

<� .������� :� 6���� 3� ?����� ?� 7� 2���� A� 9��

7� �� 2 :������ ?� 3������� 2� @� ?������� @� F� ��������

6� D� ��� 2� 3�������� @� 2� 6������ 8� =� @����������.�� ��� ������� � �� � � ����� *�� ������ ���� ����� (�1&'*1&1�

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ���$��

Page 233: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

&� 2� =������ �� ������� D� 6��������� 8� O������

.� .������ ;� ;��� �� ����� =������������ ����

����� ���� ��� 0"�������� ��������� �������� /� 0������� �%%�� #%&� '#'*'#-�

& ;� :� 9��� .� 6� �������� �� @� ���� 6� <� ?������

���������� �� ������ ����� �� �� ���� ������������� ��

����� ������ %��� �%%%� 1� "(*#-�&! �� F���� ������ ��� ���� ����� ���������� ����� �����

���� �%% � #� ."1*.#B�&# 8� 8������ @� 2� 7���� ��� ������ ������ �� �������� � ��

��)��� � �� ��� ��� �� �������� �04 /� �%��� +� %#'*%#-��% 2� 8� ����� �� 2� F� 9������ 7� ����� Q� 8� .� ���� F�

�� @���� �� D� =� ��������� 7����� �� ������ ���������

�� �������� ��� �� .9:..��FO� �� .9:..�#��@36

�����4 �� � ���� �� 6� ���� �� ���� �����������������%% � "%� B1%*+&"�

�� F� .� ���� @� .�� 7����� �� ������ ��� ��� ��������

�� �� . ����� �� �������� ������� ���� *��� 1��� ���2�1� �%%�� 1+� "'+1(*"'-&#�

�$ 8� ������ F� . �������� 8� .����� ��� =..� ���� ��

������ ��� ������)��� � �������� �� ����� ���/����

*������ 1���� %��� �%%�� #-� '"'*'"+��& �� 7� 9������ 8� 8������ @� 6� 7��� �� �� 7�����

�� 7� 2����� 3� �� . ����� �� @� ������� �� @� F���

���� ������ �� �� �� A���� 8���� ��� ���� �������

:��������� *������ 1���� %��� ����� #%� "&*"B��� @� ���� �� F� @������� ��� .9:..��FO� ������

��)��� � ���� �� �� ��������� ��62�7 �� #&&&�

*������ 1���� %��� ����� #%� B+*B%��� Q� �� ��������� �� 3� =������� �� Q� 3������ 87M.�@7 94

��������� �� ��������� �� ����������� ������� ��)��� �

������� ������ ��)��� � ��������� ����������� �/ ��

������� �� ����� ��� ��� �� *������ 1���� %��� �%%�##� B-('*B-%&�

�� O� 3����� .����/ � ���������� �� �� � �� �������

��)��� � �������� �� ������ ��/����� � ������� ��

������� � � ��� ��� ��������� /� 0��� ���� �%%�� #-B�%#'*%'%�

� D� 8������ 2������ ��)��� � ������� ��� ����� �� �

��������� *������ 1���� %��� �%��� "-� "&%%"*"&%1&��! Q� M� ������ A� �� 8���� 8� O� ���� F� �� .����

:����/ ��� �� ������ �����4 2 ���� ���������� ��

����� �� ��)��� � ��� ��� ������ ��������� ����� ��

����� ��� ����� ��������� �%%�� (� #+(*#-B��# F� 7������ Q� M� ������ �� 6��������� @�������� �� ������

������ ��� ��������������� ���/���� *������ �%%�� '-� %'*%+��% 2� Q� .���� .� 9��� ���� ��� ��� �� ��������� ������ ���

���� �� ��)��� �� �� ������� ������������������ ��� �� � ��� �� ����� ������ �����������

��������� �%%�� "'� #+%*#("��� �� �� Q����� 9� F� ����� Q� 2� ��������� @ ��� ���� �

� ������ ���� �� �������� *������ �%%�� '+%� %-*%1��$ 8� O�������� 8� .����� 2� . ���� F� . ��������

����� ��� �� ������ ��� ��� �� ������� �� ��)��� ��

��)���� �� $�

Page 234: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� ��� /����4 @������� ��)��� �� � �� ���/���

������� ���� ��������������� ��� ����� /� 0��� ���� �%%��#'#� %&+*%#+�

�& .� =� ������ 8� 6� 7���� �� @� ������ � ������ ��� ������ ������� ������ ��)��� � ������ �� ������� �����

��������� �%%�� "-� 1#*""#��� F� @����� �� D������� �� @����� F� ������� �� ������

����� ������� ������ ������ � ������� ��������� �%%�"1� "'#*"B&�

�� .� =� ������ .� D� @�� ��� .��� � �� ��)��� ����� ���

�������� ����� 4���� ������� ���� �%%�� +� #'-*#BB��� �� �� Q����� F� �� 2���� Q� 2� ��������� .� ������ ������

���� �� ������� �� ����� ��)��� � ������� ������ ��

�������� ����� ������ ��������� �%%�� #'� '%(*'1(�� �� F� 9������� <� �� 8���� 2� �� 6������� 2� @�

D����� Q� 7�� 8� 9� 2����� ������ ���� �� ������� ��

�������4 �������� �� �������� �� ������ �� �������

����� ��� �%%�� %� ""1(*"#&B��! ;� 2����� ?� A������� @�������� �� ������ ����

�� ������� ����� � ��� ��� ��� ����

����� � ���� � ���������4 .��� ��� � ����� ��������

����������������� �� �� � ���������� ��������� �%%�� #'�'(&*'(+�

�# 2� 9������ �� 6��������� :������ ������ ������� �� ��

������� ��� �������� � ���/�� �����4 ������� ��

���� ���� �� �������� �� ��� ����� ����������)��� ��� ����� ��� �%%�� %� -#(*-'1�

�% �� 2���� Q��D� 3����� .� =� ������ �������� ���� ��

������ ����� ��������� �%%�� #'� '+-*'-1��� Q� .����� 8�� ��������� �� ��� ������� ��� ������

���� �� �������� ����� ��� �%%�� %� ''1*'+"��$ F� �� F����� F� F� 8����� 3� Q� ������ ������ ����

�� ������� �� ������ ����� �� �� ����� ��� �����

/� 0��� ���� �%%�� #+1� 'B1*'-+��& 7� 2����� 6� ������ ������ ���� �� ������� �� ����� �

�� �� �� � �� �� ���� ��������� �%%�� #-� '1"*B"&��� F� �� 2���� �� �� Q����� Q� 2� ��������� ������ ����

�� ������� �� ��)��� � �������4 ���� �� ��������

� ���)���� �1�� /� �%%�� "&� "("*"(%��� �� F� ����� D� 6� 8����� 2������ ��)��� � ��������� ���

������� ��������� /� 0��� ���� �%%�� #-#� '"B*'#'��� A� A� @�������� F� A�������� F� 2� S������ D� ������

���� �� ������� �� ��)��� � � ��� ��� ������� ��

�� � �� �������� ���� �"��� ��������� �%%�� +'*(#�

� 3� 2� 8������� D������ �� ������� ������� �� ������� ���

����� �������� ��������� �%%�� #-� "-(*"("��! �� D�� ���� �� F� �� Q� M� ������ �� 6��������� @��������

���� �� ��)��� �� � '����������� ������ ������ �1��/� �%%�� "&� "#-*"'-�

�# F� =� 7������ �� D� .����� 3���� ������ ������

������� ��� ����� ������� �� ������ � ��� � ������ ����� /� 0��� ���� �%%�� #++� -B"*--+�

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ���$�!

Page 235: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

% �� D�� ���� �� 6��������� ������ ���� �� ������� �����

��)��� ��������� ����� ����� ����� �������� �%%�� +� 1B(*1++� � Q� M� ������ ?� S���� 2� 9������ �� 6��������� ������

���������� ���/��� ��� �������� ��������� �� ���� �� ��)��� �� ��� ��������������� ��� ���� 0���� �� ��%%�� #--� +1%*-"-�

$ 9� S����� .� Q� 8��� :� :� <����� @� ������� 1 ��,�������� �� ������� ��� ���������� #���� �� �������" ������������� ������� ���������� �� ����5� �"������� �� ���������� 678�F� �� @���� @� ?� ������� 7� =������ �� 6� ?����

6������ "11-� 9���� . ����/ 4 .�������� �� B%-*B1(� & A� A� @�������� .@FD��� �� ���� ����� ��� �%%�� 1�

(#(*('#�

� �� �� Q����� Q� 2� ��������� ������ ������ ��� ���� ���

�������� ����� 4���� ������� ���� �%%�� -� #"&*#"-� � 9� F� ����� 2������ ��)��� � �������4 @� ������ ��

������� )���� �� ������� /� 0��� ���� �%% � #-1� 1&#*1B'�

� <� ��D�� �� �� Q� 3������ �� Q� 2������ ������ ��������� ������� ���� �� ����� ��� ��� ��)��� ��4 @���� ���

�� �� ������ 2���� ������ � �� ��� ��� ��������

/� 0��� ���� �%% � #-(� BB-*B-'� �� D�� ���� @� 6������� �� F� �� �� 6��������� @��������

�� �������� � �� ���� �� ������� ������ �� ���� ��

������������ ��� ����� ��� �"�� ��������� �%%�� '&&*'"%�

! F� �� F����� 2� @� .� .��� �� @� ����� F� @� .��� 2� Q�

6� .��������� F� ������� �� ������� �� ����������

������ �����4 �������� �� ����� ��� �� ��� �� ��� ���

������� �� � ����� ������ � ��������� ��� �������� ��� �%%�� ""� "*1�

# I� �� 8���� Q� 2� ��������� D ��� ������� ��

�������� � �� ����� �������� ���� �� ������� �������

����� �������� �%%%� %� (+&*(+1�!% 2� ������ F� =������ @� ?����� :� .� 2��� ?� .�������

�� =������ M���� ���� ��� �� ��� ������ � ������ ������

2���� ������ ��� ������ �������� ���#� �%%�� "� B(*++�!� �� ���� ;� 8������ �� =�������� 2� @� 2 8����

=����� 2���� ������ �� ������� � ������ ��)��� �

���������� ���� *��� 1��� ��� 2 � 1� �%%� 1"� "&+1*"&-'�

!$ .� F� 6���� 3� 2�� ������ F� ������� 2 ������� �������� ������ 2���� ������ �� ��)��� � ���������

/ ������ ���� �%%�� #� 1*#'�!& �� 7� ����� 2� 3�������� ��� �������� ������� ���

��� ������� ������ ��)��� � ������ ���#� �%%�� B� "+*#B�!� ?� .�������� ?� ?����� 2� ������ F� =������

@� ?����� :� .� 2��� �� =������ ���� ��� �� ����4

����� ��� �������� ��� ��� �� ��� �� �����/ � ��������)��� � ��������� ������ 1��� ������ �%%�� "#� '#(*'B+�

!� .� F� 6���� =����� 2���� ������� ���� 4��� ������ �����%%�� -� '-"*'-+�

!� ?� ?����� ?� .������� 8� ������� 2� 8������ =������ F� =������ 7� =��� 8� .����� ����� ���

��)���� �� $�#

Page 236: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������ ��� ��� ����� ������ 2���� ������� ��������� �%% �.����� "'B*"'1�

! ?� ?����� 8� ������� F� =������ =����� 2���� ������

��� ��� ��� ����� ������ ����������� ���� ��������� �%%��"B� %B-*%+-�

!! 7� =��� 8� .����� ���4 ������ ��� ��� ������ ��� ���

��������� ������ ������ ���� �%%�� #&� B(%*B%&�!# :� A� .�������� �� 6� ������� ������ ��� ��� �������

�� �� ������ ��������� � ������ �86� �� �� �����

��� ����� ��� �%%�� ""� ('1*(B(�#% F� 7� .��������� ?� =� ������� 2� F� 6�������� ��

F� �� ?������ ��� � �� ������ ���� ���C� 4

�������� � ����� ���� ���� � ������ ������ ����� "-�"&'*"&-�

#� @� =����� @� D� . ���� Q� @�������� �� <��<� @� 2 ?��� �� O����� 2������� :������ � ��

2� �O2:2�� 3��� 0����� ����� "+� +(*-"�#$ 2� ?�� ��� 6� <� �� :� D������ �� �� .�������

.� @���������� A� ������ �� A� 8������ =��� ��������� ���� * ������� � ��������� �� ����� �

������ �� 3��� 0����� ����� "+� B+*+"�#& 2� Q� ������ D� 6� 8����� F� 7� ����� �� Q�� ����� ��� ��

������ ����� ��� ������ ���� � ��������������

����� ������4 ��� �������� �������� ���� / 0�� �����%% � #-(� "#-%*"#%#�

#� F� 7� ����� �� Q�� 8������� �������� �� 8@.�' ��������� �.:��7@.� �� .89F7� �������� ������ �%%%� .����� '�%"*%(�

#� F� 6� ��� ����� 2� ?����� ����� ��� �� �� ������� ��

���� ���������� ������� �� ������� ������������������ �����"����� �%� � #-� "'(*"-%�

#� Q� 2���� ��� ����� �� �� �� � �� ������ ��� ���

����� ���� ����� 4���� ����������"� �%%�� (� B##*B#(�# Q� 2���� �� =������ .� =� ������ ?� D������ Q� ��

��������� 8��� � �������� �� ������ �� ������ ��� ���

����� ��� �8@.��4 ����� ::� ��������� �%% � .����� #*-�#! Q� 2���� �� =������ ?� D������ Q� �� ��������� 8��� �

�������� �� ������ �� ������ ��� ��� ����� ���

�8@.��4 ����� :::� ��������� �%%%� .����� #*-�## �� ?���� 2� 7������ @ ������� ����� ��� ������ ��� ���

����� ���� *����� ������� ���� �%%%� -� "&%*"""��%% A� A� @�������� F� 7������ @������� ������� ���

�������� �������� �� �������� ������� ���� �%%�� (� #+B*#+%�

�%� 7� 9������ �� 6��������� @��� ������� ������������� � ���� ��� ����� � �� ������� �� �������� ������������� �%%�� "� ##(*#'+�

�%$ @� Q������ .� <��� .��� ��� �������� ������������ �������� ��������4 �� ���� �� ���� ��� �� ��� � ��

������� ����� ������� ���� �%%�� (� "((#*"(%&��%& F� Q� ������ �� 7������� 2� ?����� ������ ���� ���

�������� ����� ���4 �� �� �� ������ ��� ��� !�������������� ����� �� D��� ��� "11%5'�-�4+%%$� ���� ���� �%%�� '�'+'*'((�

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ���$$%

Page 237: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�%� 8� .� F��� F� @� D�������� ����� ��� �� ���� ���������

����� �������0�� ���� ����� �� ������� �,� �� ����������%%%� '+� "('*"%'�

�%� �� 7������� 2� ?����� 6,� ��� ������ ��� ��� ���������� �� �������� ��������� �%%%� '+� "''*"+#�

�%� �� 7� .����� Q� 2� ��������� ��������� ������� ��

������� �������� *������ �%��� '"-� "(&*"(B��% 8� 2� 9����� Q� 2� ��������� @������ �� ����� ��� ��

�� ��,���� ���� �� ������ �� �������� /� 0��� ���� �%���#&'� ##"*#'#�

�%! 8� 2� 9����� Q� 2� ��������� ������� �� �������������4 �������� ��� ����� ����� ������� ��� �%%��'� B(1*B1'�

�%# �� 7� .����� Q� 2� ��������� 8��������� �� ��

������� �� ������ ��� ����4 ����/ ��� �� �������� ������������ ��� ����� 0������ �� "���� �%%�� #&#� +1*%#�

��% @� Q� .�������� �� 3����� Q� 2� ��������� ����� ��� �� ��

�� ��� �� ��� �� ������� �� ������� ����� ������������� ������� ���� �%%%� %� "&B+*"&++�

��� 7� 6� ������ .� �� F� ��� 7� =� Q� 8���� �� 7� ������

8���������� ������ �� �������� �� ���� �� ��������0� ����� ���� ��� ������ �� ����� ��� ����4 @ ����

��� �������� �� ����� ���� ����� �������� �%%�� +� #-&&*#-"-�

��$ <� 3����� �� Q� 2������ 7������ �� �� ����� ��� ���� ���������� ����� �������� �%% � -� #+'%*#+B(�

��& Q� D� 7��� ������� 3� �� F���� 7���� �� ������� �������4

����� ����� �� �� ����� ��� ���� �������� �%��� #'B� %B1*%++�

��� �� O��� �� @� ����� 6� G����� D� I� @���!�� 2� Q� 6�

.��������� @� ����� ����/ ��� �� �� ��� ��� ��

������ ������ /� 0��� ���� �%% � #--� %"B*%'&���� 2� Q� F����� .� Q� 9���� Q� 2� ��������� @���� ��

��)��� � ������ ������� ���� �� ����� ��� ����� ��

�������4 ��� � ������� �� ���� ����� ��� ������ ���������� �%�%� '� #'*#(�

��� Q� ?������ �� Q� 8�������� Q� 2������ @ ����� �����

�� ����� �� ������� �������� /� 0��� ���� �%%�� #+1� %++*%(#��� F� �� 9�������� 2� Q� F����� .� Q� 9���� @����

����/ ��� �� ������ �� ��� ������� ����� ���������� / 0�� ���� �%%�� #++� #'+*#+'�

��! @� 8� 2����� ?� ���� =� Q� .����� Q� 2� ��������� 7���

����� �� �������� ������� ��� �%%�� %� "&1'*""&"���# 8� .� F���� �� 3� ?����� F� 7�������� D� 6� 8�����

� ����� �� ���������� ������ �� ����� �� �������

!��������� ����� ����� �� Q����� �� 2��� ��� �������

"11# O +5##(�'�41(($� /� 0��� ���� �%%�� ##B� -%+*-11��$% 2� �� .������� 2� 9� 2 @������ Q� 2� ���������

:������ ��� ����������� �� ���� ���� ������� ���� ��

��� ������� �� ����� ��� ����� *����� ������� ���� �%%�� #�+1-*-&'�

�$� Q� .� 6���� .� :� 8��� 9� @� 3������ '��� ����� ��� ��

������� ����� ���������� ��� ���� ����� 2��� 8���

��)���� �� $$�

Page 238: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���������� ��� � ������ ��� ����� � �������

��������� ������� ���� �%%�� B� #&"1*#&'"��$$ �� @� Q����� .� ������� M���� ����� ������ ���� �� ������

����� �������� �� ������������ �04 /� �%��� +� %"1*%##�

�$& 8� 8������ @� 2� 7���� @� ��������� 2� 7������

.� Q� .�����3�� 3� @��� .� .������� 6� @� ���� �� ������

9� F� ����� � �� 8���������� �� ������������������������� �������� *������ �%�%� 'B#� %((*%%'�

�$� A� 7� .������� 2� ?����� 2������� �� ������� �������4

@ ���� ������ ��� � ��� ����� ��� �� ����� ��� ����������E������� ������� �� ���Z������� ������� /� 0������� �%%�� #"-� 11"*"&"-�

�$� 2� Q� F����� .� Q� 9���� 9�� �������� ������

����� ��� ����� �� ��������� ��)��� � ����� �� ����������� ��� �� � �� �������� ��������� �%%�� 1� -1*(%�

�$� ?� D������ �� .� .����� �� � ��� Q� 2���� 8�������� ��

������ ��� � �� ���� ������ ��� ����� ���

������� �� ������ ��� ����� ����� ��� �%%� (� 1+'*1-&��$ �� ?���� 2� ������ @ ���� ������� ��� /��� ���� �

� ���������� �� ������ �� ���� ��� ���������� ��

�������� ��������� *����� ������� ���� �%%�� #� "-'*"(&��$! �� D� ������ M� ������� �� . �������� ����� ��� ��

������ ��������������� ��� ���� �� �������� �� �������

�������4 ��� ����� ��� ��� ���� � ���� �� �����������

������ ������� ����� ������� � ����� ������ / 0�� �����%%�� #+'� ""B*"'"�

�$# .� �� F� ��� 7� 6� ������ 7� =� Q� 8���� �� 7� ������

����� ��� �� ���������� ��� �� ���� �� ������ ��0�

����� ���� ��� ������ �� ����� ��� ����4 @���� ��� � ������� ��������� /� 0��� ���� �%% � #-(� '+#*'-(�

�&% =� 9� �� �� <������ 2� ?����� �������� ������ ����

����� ���4 ������� ��� ���� ��� �� ������ ���

�����0���� /� 0��� ���� �%% � #-(� 1(+*"&&"��&� �� @� ����� F� 2� Q ����� 2� Q� .��������� 2���� ��������

�� ��������4 �������� �� � ��� ��������� ��

������ ������� ��������� �%% � .����� +1*-(��&$ M� 7����� �� . �������� :����� � �� � ��� �����

���������� �� ������ ���� ����� ���� ��������� �%%%� '(� +-*-B�

�&& Q� 9�� ��� Q� �� 2������ Q� 8�������� A�� �H ������� � ��)��� ���������� ��� ��� ����� ��� �� ����

� ���������0�� ������ ����� ���� �� � � ������ ����

����/ ���� / 0�� ���� �%%%� #%1� "B-1*"B1&��&� M� 7����� �� . �������� 8����� �� �� ���0��� ��

���� ����������� ������ � ���� ������� ��� �%% �"&� -+1*--B�

�&� Q� 2���� 2� A� 3� Q���� @� ������� ��� ���������� �� ��������� �� ���������� ������� �� ������� ��

������ ��� �� ��������� �%��� "� "B-*"-'��&� F� 6� ��� ����� 6� =���� Q� A������� .�� ��� ��

������ ����������� ����� ������� �� �� ������������� � ������� !��������� ����� ����� �� A��� "1%%

A�� "(5''-�-"1-�4#--$� *������ �%��� ''+� +-B*+-%�

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ���$$$

Page 239: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�& �� ��������?���� F� 6� ��� ����� .� .��������

2������� �� ����� �������� ��� �� � ���������������

������� @AO#� ������� ���� �%%�� "� "B-+*"B(-��&! �� F� ������� F� 6� ��� ����� �� �� O����� �� Q� .�����

.� .�������� 2� ?����� 8=@F224 @ ������ ���

� ������ ��� ������� ������0���� �� ����� �

� ������� /� ������� ����� �%��� B� "%(*#"(��&# G� S����� F� F�������� .� <��� 8� ��7���� ����������

������ ���� ��������� ����� � �������� ��� � ���)����

����� �������� �%%�� #� "#B#*"#B%���% G� S����� F� F�������� 8� ��7���� �� Q� ?��� 2������

��� ������� �� ������ ���� ��������4 ��������

�H ��� � �� ��������� � ������� ���� ����������� ������������� �%%� '� B1'*+&-�

��� G� S����� �� Q� ?��� @ �� � �� ��������� �� �� � �������� ��� ����� ��� ���� ������4 @� ������� ���� ��

� ������ �� ������� ��� ���������� ���������

��������� �%%�� #B� #&1*#"(���$ �� F����� �� F� F�������� .��������� �������� ��

������� ����� �� �������� ����� �������� �%%�� B� B1-*+&+���& �� .� .������� �� 7� ;������ F� 2� D���� =� Q� 9���

8� 7������� ����� ��� ������ ����������� ���� ���������� :� 6�������� �� ����� ���������� ���

�������� ��� ����� �����"����� �%� � #-� #&+'*#&%+���� F� 2� D���� =� 9��� �� .� .������� �� 7� ;������

8� 7������� ����� ��� ������ ����������� ���� ����������� ::4 2�����0��� �� ���� ��� ����� �

������ �� 28�8-&' ���� ��� ������� ������� ����

����������� ��������� �%��� "� 'B#*'-#���� F� .��������� .� �� F� ��� �� 7� ������ @ ����

�� ������� ������ ��� ��� ������4 �������� ��

����������� ����� ������� ��� ������ ������ ����� �����%%�� "� #&1*##&�

��� 6� O� �������� =� @� . ����� @� ���� � � ��������������� ������� �� ��� ��� ������������� �����*���� 1���� ���� 2�1� �%��� %'� #(%#*#(%-�

�� �� 8������ 2� ������� F� @����� =������� �������� ���� :82 ������ ��������� �%%�� #'� B&'*B"B�

��! M� F�� 2� 2� ������� :��������� �� ��� ��� ���

����� ��� �� ���� ��� ����� �4 �� ���� �� ���

"������������ ������� ��� �%%�� -� %'(*%B(���# F� @����� 2� ������� ����� ��������� 2��� 8���

���������� ��� ��� �� ��� ���� � ������ ���

������� �� �������� / 0�� ���� �%%� #'+� 1%'*"&&#���% Q� .� 6���� @� 2� 2��������� .� :� 8��� 9� @� 3������

'��� �� ���� ����� ��� �� ���������� ���������� �����

������� ��������� ���� 2��� 8��� ����������� ����������� �%%�� B� "#&'*"#"-�

��� A� 3���� 2� 8� ����� �� .9:..�2O�67 �� �� .�����

���<�����4 � ���������� ��� ������� ������

��������� ���������������� �%% � "%� #("B*#(#'���$ 8� 2� ����� �� 7� ������ @ ����� � ������ ��� �

������� ��� ����� ��� �� ��������� �� ����������

������� �� �������� ��������� ����� B&� "'+*"BB�

��)���� �� $$&

Page 240: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��& 2� 7������ 2� 3�������� 6� =���� .� .������ Q� ����

������ �������4 �� ������� 1��� %�. ������� �%% � --�

+B1*+(1�

��� Q� 2������ @� 2� ������� 2� @� 8������� 8� 2� .�����:������� �������� �� ����� ���� �� ������� ��� ������

���� ������4 R� ���� ����� ������ ��������� �%%%� '(�+'&*+B'�

��� A� 7� .������� 9� �� 8����� 2� ?����� @������ ������ ��� ��������� �� ���������� �������� /� 0��� �����%� � "1-� "(+*"1%�

��� A� 7� .������� 2� ?����� 8����� ��� �� ����� ���� ���������� ���������4 @���� ��� � �� 8������� ���� ��

���0����������� /� 0��� ���� �%�%� #"&� (%+*%""��� <� .��������� �� ?� ���������� � ����� ��

���� ��� ���������� �� ���� ��� �� ���� ���������� �� �������� �����"����� �% �� 1� "#B1*"#+-�

��! <� .��������� �� ?� ���������� .����� �� ��

��������� �� ���� ���� I� 8���������� �� ��������

��� ��� ���� ���� ������ �� �������� ���� �����"������% �� "&� +%'*+1#�

��# 2� ?����� F� 3� ���� @� ���� � � �� ������ �����

�������� /� ����� ��"�� �%��� '%� "+B(*"++#���% Q� Q���� .� 9���� 2� 7������ �� 2������ 8���������� ��

���� �� ����� ���� �� �������� /� 0��� ���� �% �� "#+�'+(*'%-�

��� �� A� ���� <� .��������� 2� <����� @� ������ ������ ��� ��������� �� �������� ���� /� ������� ������� %����% %� "'� "(&*"%B�

��$ 6� ���������� 3� 2����� 3� A������� =� @� . �����

.��� � �� ������� ������ �� ���� ��� ������������ ������������� ���� /� ������� ������� %��� �%��� ##� "*"+�

��& Q� 9� ������� D� 2� F� ����� ������ ������ ���

�������4 M�� �� � ���� ����� �� �� ��������� ��

������ ��)��� �� ��� ��,���� ��� ��� ������ /� 0��� �����%� � "1'� ((+*(1#�

��� 2� Q� 2 3������ .� @� :��� 2� Q� 6� .��������� @������

�� �� ���������� ������ ���� ��� ��������� ���� ����� ��� ��� �� ������� �������� /� 0��� ���� �%� �"1%� #1+*'"&�

��� �� �������� 8� 6� ������� .� =����� F� 7����� @ ���

���� � � �� ���� ���������� �� ������ ���� ��� ����������� /� ������ ������� �"���� �%%�� %� "#-(*"#%1�

��� F� 7� ����� �� Q��� 2� ?����� � ��������������

����� ������ ��� �������� @���� ��� � ����� ���

����� ���� / 0�� ���� �%%�� #'&� +B'*+(B��� =� . ������� D� 6��������� �� @����� F�����4 �� �� ��

�� � ��Y @� ������ �� ���� �� ���� ��� ����������

�� ������� �������� /� 0��� ���� �%%�� #'&� +1#*-"#���! F� 7� ����� �� Q��� 2� ?����� 8���������� ������

�� �� � �������������� ����� �������� �� �� ������

���� ����� *����� ������� ���� �%%� "� ''B*'B&���# F� 7� ����� �� Q��� D� 6� 8����� ������ ���� �

������ �� ������ ���� ��� ����� �������� ��� ������������� �%% � -� "--"*"-%"�

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ���$$�

Page 241: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

� % =� ?���� Q� ���� 6����� ������0��� ����� �����

��� ������ ��� ��)��� � �� ����� ��� ���������

����� ��� ���� ����� � ����� �������� ��������� �%%� "1�#BB*#++�

� � .� 8� 7���� Q� 2� 9���� Q� .� F� ������� �� 8�

F� ������� @������� �� ������� ������4 ��� ��

��, �� ���� ��� �� ���� R��� ����� ����� ���������

���� *��� 1��� ��� 2 � 1� �%%%� 1-� B&&*B&+�� $ Q� 2 ?���� @� ��� 2� �� �� �������� Q� ����� �� F� ���

2� Q� D� Q� 6���� �� .� D�� ���� Q� 3�� =� 3��� .� =�

�� Q������2 8����� 7� ?� ����� ?� ?� ���� D� �� ?� 7��8� 2����� .� 2� ��� �� �� A��� �� �� A������ �� ��������

9� 6� F������ :::� �� F���� 2� . ������ �� Q� .�����

F� .����� Q� .����� 2� 9����� Q� 9��!������ ��?�

@����� ������ � ������ ��� ���� ��� �������� ������� � ������ �� �������� /� ��"�� ����� �%%�� �"&#�'+%-*'-"-�

� & �� ?���� 2� ������ @���� ��� �� ����� ������� ���

/��� ����� � ����� ������ ����� ���� ��������� ������� ���� ���������� ������� / 0�� ���� �%%� #'1�#B1*#(+�

� � 8� @� . ������� Q� 9� 8���� �� @� ?���� F� 2�.������ ����� ��� �� ���������� ������ ��� ���� ����

�� ���������� ��� ��� �� ������� �� ��������� �%%�� %�'&*B'�

� � 8� 9����� 7� 3�������� �� @���� 2������� ���� ��� ��������� ��� ���������� ������� ����� � �����������

����� ��� �� /� 0��� ���� �%%�� ##1� 11-*"&&-�� � 7� =��� 8� .����� D� �� ������ 2��� 8��� �������

��� ���� ��� �����0��� �� �������4 @���� ��� � ������������� �� ��������� ��������� �%%�� "B� #"'*##'�

� 2� 7������ @ ��� �������� �� ������ ��������� ��

���� ������ � ����� /� 0��� ���� �%%�� ##-� +&(*+''�

� ! 8� @� 7������� ����� ��� �� ������ ���� ���

���������� ���� �� � ��������������� ��������

������������ /� 0��� ���� �%%� #'+� "&%%*"&1(�� # Q� ?� =���� 9� D� 7��� .���� ��� ����� ��� �� �����

������� �� ������� ������� �����0���� ������� ����%%�� %� '-'*'(&�

�!% Q� 2������ 8� 2� .����� 2� @� 8������� :��������� ������� ��� �������� �� ������� ��� �� ����� ������� ���

/��� ����� ����� ���� �� � ������ �� �� � ���

��R��� ��� ����� ���� �����"����� �%%%� +&� """*"'"��!� Q� ������� 2� �� 2����� �� =���� :� 7������ ��� �������

��������� ������ �� �� ��� �� ������ ���� ���

����������� *������ �%%�� '+-� +'1*+B#��!$ :� 7������ Q� ������� ��� ��00����� ��������� ������4

8���� �� ����������� �� ���� ��� �� ���� �������

���� �� �� ������� ��������� ������� ����� ��� �%%��-� ("(*(##�

�!& F� D� 3�������� 6H ��� ����� ��������� ������ ������� ����� ���� �� ����� ���� ������� ����"� /� �%%�--� "''+*"'B&�

��)���� �� $$�

Page 242: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�!� :� 7������ 2� ��2����� Q� ������� 6��� �� �������

��������� �� �� ��� � ��� �� ����� ������� ������

��������� �� ���� ��� �� ������ ���� ����� ����� ����%%�� %� %"+*%##�

�!� Q� ������� 2� �� 2����� :� 7������ ������� � ��

�������� � �����0��� �� �� ������� ���������

������� ��� �"�� ��������� �%% � "##*"''��!� �� :� ������ 8� @� .������ .� 7� 2��� �� ���� ������

������4 ����� ����� ����� ��)��� � ���� ���� / 0������ �%% � #('� (%1*(1-�

�! �� �� 3������ .� 7� 2��� ��� �����������4 ��������� �����0��� ������� ��� ������ �������

��������� ���� ���� �%%%� (� "&%1*"&1%��!! 8� @� <����� �� �� 3������ .� 7� 2��� ������ �� �

��� �����4 @ )������ �������� �� ��� � ���������� ������ ��)��� � ������� / 0�� ���� ����� #11� (%1*%&'�

�!# 2� <������ @� ������� �� ��� ��� �� ������� ��� �

� ���)��� ��� ���������� ������ �� ����� ���� ���������� �����"����� �%%�� '-� +'*(&�

�#% 8� 7��� .� .������ ����� ��� �� ������ ����� ���

��������� �� � ���� �����0���� / 0�� ���� �%%�� #"(�'('*'%%�

�#� �� �������� 8� 6� ������� .� =����� ����� ��� �� ������

���� ��� ����������4 ���� �� �� ��R��� � ��

� ����� �� � �� ��������� ������ �� �� ������� �� ������� ��� �%% � "&� '-"*'(#�

�#$ =� ?���� Q� ���� @ ��� ����� ��� ����� ��� ���������

����� ��� ����� =��/��� ������ �� ������� ��

������� /� ����� ����� �%%�� "(� "--(*"-%'��#& F� .����� Q� 2���� ��������� �� ���� ���

���������� �������� �� �� ������ ��� ����� ������� ����%%�� ""� 11"*11(�

�#� 3� 8����� 3� ������ F� 9� =����� 8� .����� 3� <��������� ��� �� ����������� �/ ������ �� ����� �������� ��

��������� ��������� �%%�� #'� B"+*B#"��#� @� .�� Q� �� O���������� �������� �� ����� ��� �������

������ �������� ���� ���� �� ������ ��� ���

��������� ����� �������� �%%� '� "+%#*"+1-��#� 2� 8� ����� �� ���2�� �� .�����2����4 :���������� ����

��� ����� ������� ������ ���������� ������ ��������� �%%�� #B� #(B*#(1�

�# 2� 8� ����� �� 7��� � �� ������ ��������� �� �����

���������� ���#� �%% � +� #'B*#'-��#! F� .����� Q� 2���� @ ����������� ������� ���

������� �������� �� ������ ��� ���� / 0�� ���� �%%��#(1� #%(*'&#�

�## F� .����� Q� 2���� @� ����� ���� ���������� �������� ��������� ��� �������� ��� ��� ��� ������

��� ��� ����� ���� / 0�� ���� �%%�� #(+� %1+*1"-�$%% 9� D� �� 3��������� �� =� =������������ @� 6� 2��� �� 6�

.����� :� 3� ������� 8������ �������� �� ������ ����������� ��"�� ����� �%%�� 1"� '&+*'"1�

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ���$$�

Page 243: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

$%� F� 6� ��� ����� 2� ?����� 8���������� �������

����� ������������� ���� ��� ����� �� �����"������%%�� #1� "%B(*"%-#�

$%$ F� ������� �� ��������?���� F� 6� ��� ����� 3� ��2��������� .������ ������� ��� �������� ���� ���

����� � ����� 8OA36A4 ������ ��/����� �� �� A2F

������� ��� ���� �� �������� �� ������� ����������

����� � ���� ������� ���� �%%�� +� +(%*+1#�$%& �� ��������?���� F� ������� .� F� ?������� 9� Q�

2������ 3� �� 2��������� F� 6� ��� ����� .������

������� ��� �������� ���� ��� ����� � ����� R� ���������� ������4 ����� �� ������� ��� ������� A2F

�������� ������� ���� �%%�� +� +1'*-&'�$%� @� .� ;��� �� =����� .�)��� � � ��� ��� ������� ��

������� �������� ����� ��:.2� ��������� �%%%� '(� --*(#�$%� �� =����� ������ �������4 ���� �� ������� ���� �

��� ��� ����� ���� / 0�� ���� �%%%� #1'� #%'*#1'�$%� @� .� ;��� �� =����� @� ������� ���� � � �� ������

�� �������� �� ������ ��)��� �� �� ��� ����� :� ��������� ��� ������� �� )������ ������ ��� ������

��� ��� ���� �� / 0�� ���� ����� '&"� --+*-(%�$% @� .� ;��� �� =����� @� ������� ���� � � �� ������

�� �������� �� ������ ��)��� �� �� ��� ����� ::� O� ��

���������� ������ ��)��� � �� ��� ��� �������� ���

������� � �� �� ��������� ����� �� ��)��� �� / 0�� ��������� '&"� -(1*-%1�

$%! @� .� ;��� �� =����� @� ������� ���� � � �� ������

�� �������� �� ������ ��)��� �� �� ��� ����� :::� @

������� ���� �� ��)��� � ��������� �� ������

��� ��� ������� ����� ������� ��� ��� ��������� / 0������ ����� '&"� -1"*(""�

$%# F� .����� Q� 2���� =������ ��� ���������� ��

������ ��� ���� ����� ���� �����4 ��� /�� ����� ����

��������� �%% � .����� B'*B1�$�% �� D� =��� ����� ��� �� ��� ��� �� �� R���� �� ����

����������� ���� �� �������� ��������� ���� � �������� ��

���� ��� ����� �� 0�������� ����������� �%%�� "&� "(+*#"&�

$�� 2� �� 2�� ?� 8� .����� �� 7� ;������ ?� @���� F� 2�

D���� 2������� �� ���86@ ������ �������� ��� ��

�������� �� ���������� ��� �� ��������� �%%�� "B� B%'*B1%�

$�$ 8� 7� 8������ F� �� <� 9������ �� @� 8�����

?� @���������� Q� @� 9������ Q� @� Q��� =� 8� 9����

:�������� �� ������� H��� �� � ������ ����� ���� ����������� �� �������� �� ���������� ������� ���� �%%�� (�"-("*"-%&�

$�& .� ������ 7� �������� 2� 7������ F� <��� �� 2���������� D�������� D� Q� .������� �� 2� F�� �� �� @� ���������

?�� ���� ������� ��� D� ���L� ��������4 ���� ���

������ �� ���� ���� �������������� ���� ���� ����

����� ��� �� ����� ��� ������ ������ ������� ����%%%� "#� '-'*'-1�

��)���� �� $$

Page 244: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

$�� .� ������ D� ����� 3� 8������� 3� ������ D� �����

.�� ��� ������ �� ������ ������ �������4 �����

��� ���������� ������� �� ������� / ������ 1���� 0������ �%%�� "#� "B(*"-'�

$�� F� .����� ?� 2������ A� :� @����� < ���� ��)��� �� ��

������������� ���� :�2 ������A@ ������4 ����� ���

��� �� ������ � �� �� �� ��� �� �A@�������� ����

���� ���� ������� ������������� �%%�� %-� (#*%&�$�� Q� 6� 2 6����� 2� F� 8��� .� Q� .����� =� D� .����

D� .����� ������ ��)��� � �� ���� ��� ����� �� ��

������ ������ �� ����� ���� ���� ������ � " ������������� ������ ������ ��� �/ �� � ���� :�6� ���� �9�1����"� �%%�� #%� "B#(*"B'B�

$� �� 7� .����� �� ������ �� 2� =����� 2� D������

Q� .� ������ �� 9� ������� Q� 2� 8�������� 8����������� � �������� �� ���� ������ ��� &���� �%�� "(B�"&#*"""�

$�! 6� @� ���� �� @� =��� 2������� �� �� �� �����������

������ �� �� ���� �� ������ ����H��� D ��������� ���� �D ������� F::E8�#'�� %�������� �%%�� '� '#+*'B"�

$�# Q� @� D�������� �� O� <��������� �� 2� = ����� Q� =�3������� �� A� ����� @������ �� ������ . 8B���������

������ ���� ���� �� �������� �������� �� ���������

��������� ����������"� �%%� ''� ""&('*""&(%�$$% 2� �� �������� @� F� O����� 7� .������ F� 8� 9���

=������� �������� �� �� @���.=' ������ ��������� �%%�#&� #&'*#"+�

$$� 7� 7�� �� ������ 8� D���� F� =������ 7� ���������

=������� �������� �� ���� ��� ����� � �������� ������ ���������� ������ "� ������� ���� �%%�� B� #'B"*#'B%�

$$$ <� F����� 8� 3������� 2� 7 ����� Q� M�� �� Q� 8�

D���� ��8���� Q� 3����� 3� Q� @���� .�� ��� �� �� ��� ������ �� ���� �������� ������ 8"�4 ���� ��

���� � ������������ �� ��������������� ��������

��������� ����������"� �%%�� 'B� ('""*('#"�$$& F� �� ?������� 9� 3� F� ����� =������� �������� ����

�� �� ���� �����������( �� ���� ����� � ������� ����%%�� 1� ""'+*""B#�

$$� F� �� ?������� .� 9� �������� @� Q� F�������� 9� 3�F� ����� ����� ��� �� �� ��������������� ��� ��� ��

���� �����������( �� �������� ��������� ������� ����%%�� 1� B1'*B1%�

$$� A� =� ����� �� D� 7���� =������� �������� �� ����������������8�@ ����4 ��� ��� ���� ��� ����

������ ����� ���������� ������ ������� ���� �%%��+� "1##*"1#(�

$$� .� 2���� 2� Q� ����� 2� Q� .�� ����� 7� ;� 7��� 9� M�

��������� 8� F� 9��� 3� 8� F������� @ ����� ��� ����

�� ����� �B+& #�- ���� �� �������� �������� ��

A2F ������ �� ������ �������� ����������"� �%%�� '+�B+B&*B++&�

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ���$$!

Page 245: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

$$ 3� F����� =� ���������� F� ���� ��� �� �������� �/�

�� ��������������� ������������ ��� F� �� .���������4

���� ��� �������� ����� / ���������� �%% � +%� %1*"&&�$$! �� ������� =� �� . ������ F� 2� ���� �� �� =������

2� @����� F� 6� =������ Q� 6� 9������� 2������� �� ��

��������������� ��� ��� �� �� ���� ����� ���� "

�� ����� ����� � ����� ����� �� �� ���� �� �����

� �� ����� ����������� ������� ��� ������� / 0������� 0����� �%% � "+� '&(*'"(� ''B�

$$# �� ?� ������� �� �� �������� Q� 6������� .� .��������

F� ������ 8� ������ �� 7�� �� �� 2���� Q� ;���� ?� =�3�������� 9� F� 3������� .�� ������� ��� ������ ��

���������� "+ ����� ������� �/ ���������� �����������

��� �� ��C������ �� �������� ��������� / ��� �����

�%% � #(#� #'"#*#'"%�$&% �� ?� ?���� ;� D���� 8� @� 2 9������� 9� D� =����

?� ���� Q� �� 2 ?���� ��� �� ���� ������� ��� �� ����

�����������' ��/��� �� ��������� �� ���� ���

��������� / ��� ����� �%% � #(#� ##-'&*##-B"�$&� �� D� 7����� 2� 3� ����� �� <� ����� 2��� ��� ��������� ��

8;�#6" ��0���� ���� �� ����� �� ��4 � � ������

��� ��� ��� ��,���� �� �� ������� �������� �� ������ � ������� ��� �� ������0��� �� 8;�#6 ������

��� �/ ��� ��9�����"� �%% � ""%� 1'*""'�$&$ 2� 7 ����� <� F����� 8� 3������� .� 8�������

2� Q������� A� 2� �������� Q� 3����� 3� Q� @����.�� ��� �� ������� �� �� ��� ������ �� ����

�������� ������ 8"�4 ��������������� ����� ����

�� ���� � ������������ �� �������� ���������

����������"� �%% � '-� -#(&*-#%#�$&& O� =� ?��� Q� .������� 9� 8� 6 ����� <� :� 8����� F� 8�

F��� 2��� ��� �������� �� �� ���� ��� �� �������

�������� ��� �� ��� �� ���� �������4 �# ������

������� � �� ��� ���� �# ������ �� ����� %����� ��������������� �%% � (� "((*#&"�

$&� Q� ������� 9� Q� 2������ �� .� 7������ 2��� ���

�������� �� 8�#% �� ��������������� ������ �� ������� ��������� �� �� 8�#%E8�"+# ������ / 0�� ����� 0������%% � "+� "'+*"'1� "&%*"""�

$&� 8� 7� ��������� F� 7� ����� �� Q��� D� 3� 9������ D� 6�

8����� A� @����� 6����� ������� 4 ������������� �������� �� ���������� ������ ��� �� ����� ���

�� �������� ��� ������� ����� �9� ���������� �%% � %(�"1B*#&#�

$&� Q� �� @������� <� .������ D� �������� Q� ������3� 7������ .� ������� Q� ;� 7����� :����� ��� ���

/������ �� ��� ��� ��������� �� 8D�F /�� �� ������

������� ���� �A�D"�� � % 1��� ��� ���� �%% � '#&� ""'*"#"�$& 2� 7� =������ F� �� 2��� 2��� ��� ��������� �� =7@��G

������� �� ����� �� ������ � �� ��� " ������� �����/ �������� �%% � B+� "1'*#&#�

$&! .� 2������� Q� ������ 3� 2������ 6� 6� 8�������F� .���� 6� 8������� 2�������� �� �� '�� ��� ���

��)���� �� $$#

Page 246: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�� :DA������ �� �� ���0��� �� �� ���� � ���� ���

���������� ��� / ��� 0�������� �%% � #&� %+*1+�$&# @� :� 9 ��� 2� ?�� ��� 3� ?����8���� �� A� 8������

=������� ��������� �� �� ��� ����� �� ���������� ������ 84 �������� �� ��� ��� ������� 3�������� �%% � "&"� '(*B#�

$�% �� ��������� �� O� <��������� 8� �� ����

?� =����������� 2� <������� �� ������� I� G���Q� F��� �� ����� �� 7������� ?� ����������� =� 7���

���������� �� ������ �� ������ ������� �� �����

��� �/ ����� ��.@� �� ���� ������� ��������� #��?#� ����� ������ ������� �� ������ ���������

������� ���� �%%�� (� #+1*#-1�$�� D� ������ A� <�������� @� <������ �� <���� Q� 7�

<��� ����� 8� 7����� .� .�������2 �� A� ���������3� =�� ������� Q� <������ ������ Q� ���������

2� F�������� @ �������� � ��� ��� ��� �� ���� ���������

�� �������� �78@��4 �����/ ��� �� �� ��� ���

�� ���� ��� ��������� ������� ���� �%%�� (� +%(*+11�$�$ .� 2���� @� =� 7�� ?� @� Q ������ 2��� ��� ��������

������ �� ���� @' �������� �������4 ��� ���

�������� �� �� ���� �� ����� / ���� �� ������ ���� �%%��'%� "#'1*"#B%�

$�& 2� 7��� 2� 6� 2������ @� F� ��������� @ �����

������ �� -+ ��������� @ ������� �� ���� ���

��������� �� ������ ���� � �� <::: �������� � /3�������� �%%�� "&'� "&+"*"&-&�

$�� �� <� Q������� ?� Q� ���� .� Q� �������� 2��� ��� ��������

�� ����� �� ����� ���� �� �� ��� @ ������ �� ����

��� 9�������� � �� �� ���� ������ � � ��� 9��������L�������� ����� �%%�� 1"� #&'#*#&BB�

$�� F� 3� 6������� D� 7������ 3� <�������� @� 8�����

3� 2� ���� @� .� @�������� 2��� ��� �������� �� =:<�"

��� ���� 88F+ �� � ������� �� ���������� �� � �� ��� � ������ ����� �� ���� ��� ����� � ��������� /����� ������ �"�� �%%�� "-� ((*1&�

$�� �� ;������ A� .����� .� ���� �� :����� =� O��������2� 2������ ���������������� ���� ��� ��������

� ����� ��� ��� ��� ��� ��� ����������: �� ��,����

������ ���� �� � ������� ������ ����"� %��������� �%%�� #B#� "+%*"-'�

$� :� .������ @� A� @����� :� @����� @� 8���� 2� �������

=����� 2� 6� ��� �� 2� O�� F� @� 7����� A� O�������

3� ��� �� .� 3� @���� 7� 8��������� 2� 8� �������

2� .������ .�)��� � ������ �� �������� �������������� � ������ ������� ��� �� �� #�#" ������

���� ������ ��������� ����� �� ����� ������ �� ��

�������� ��� ��� ���� �� �� ����� �B+&"�"� 1� / 3�������� �%%�� -#� +('*+%B�

$�! Q� .� .���� =� ���� =� Q� =���� 2� =� ;�� .� 6� F���

=������� �������� �� �� �� ���� ������� ����� ��

���� ������������� / ������ 1���� 0�� ���� �%%�� "#�B"1*B#B�

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ���$&%

Page 247: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

$�# �� ?� .����� =� F� ��������� 7:D �� �������"'& ���� ���

��������� �� �������� ��������4 ����� ���� ��� 7:D

�������� ������� ���� �%%�� (� %%-*%1-�$�% .� �� . ���� Q� 8� ���� M�� �� �������� �������� �

����� �������� �������� �� ����� �� �������� 0�������� "���� �%%�� #1'� -#&*-B(�

$�� 7� 7� Q������� �� @� ����������� Q� @� Q���� �� Q� 8����

@� 3� �������� �� D� O������� 6,� �� ��� ��� ��,���� ���� �����������" �22��'� �������� ���� �� @� � ������

�� �������� ���� ���� ����� �������� �������� �� ������

�������� / ��� ����� �%%%� #(B� #B%%"*#B%%(�$�$ D� D������� @� ������� 2������� �� ��������4

��������� �� �� ��� :: ������ ����� ���� ���� / 0�� �����%%%� #1&� +%"*+1'�

$�& ;� �� 8���� 3� =� 7���� =������� �������� �� ������������� ���� �� ���� 8;�B@"" ��0���� ��������� �%%%� 'B�B&'*B"+�

$�� F� Q� @� ���� 9� 7� 2���� 2��� ��� �������� �� ����

�B+& "( �"(��������� ����E"(�#&������4 ������� ����� ��� �� ������ �� �,� � �� ������� 0������������� �%%%� "'� ""-1*""%#�

$�� 3� 9������ �� =� �������� ?� F� .����� �� 2��� ������������ �� �� +������ �������� �� ������ %����������������� �%%%� -� '"(*''+�

$�� A� <�������� .� ?���������� .� 2������ 3� .� 2������

6����� ������ �� ���� ��� �������� ����� ���������� �� �� 8������� ������ �� �� ��������� ��

���� ������� ����������� ��� / ������� �%%%� #-+�"&-"*"&--�

$� F� .� ���� M� ������� A� 2������ � �� :� �� ������6� 9����������� @� .�� 2O��@.6� ���� �� �����

������� ������ ��� ��� ������� *������ 1���� %��� �����#%� #+&*#+'�

$�! 3� 3� 3������ 8� 9� 9���� @�0������L� ������4 ���������� �� �� ����/ ��� �� �� ���0��� �� �����

�������� ��� ������ ������� ������ ����"� %��������� �%�� "#&� %%+*%1&�

$�# Q� ?��� =� 3� 7������ @� M������ �� Q� 2� .���� 8� 7�

2������ 3� =� 3���� ���� 3� 2������ ?� �����������

�� 2����=�� ��� ��� ����� �� @�0������L� ������

������ @B ������ ��������� ��� ���� � �� ����� *�������%� � '#+� (''*('-�

$�% :� =������ �� ����� �� F� =������ �� 3� ����

�� �� 2���� 8� 8����� :� .� 3����� ?� 6� 2������

8� �� .������ �� 2� F��� �� .� .����� �� 7� .�������D� .� 9��� 8� ������ 3� 8�������� :����/ ���

�� ����� ���� ������ �@��#� � ���� ����� 0��� �����*�������� �%%%� "B� B"1*B#(�

$�� F� <���� �� �� �������� .� ����?��� .� ?��� 6� @�

2������ �� ������ Q��8� 7����� D� 8����� Q� �������

3� F������ 2� 8������ ���� ���� ����� �� @�0������L�

������ ��� ����� ������ �� �� ���������� ���� ������ �@86� �������� �%%%� #%-� ('+*(B"�

��)���� �� $&�

Page 248: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

$�$ .� .���� Q� �� @�������� F� ������� 3� .� ����

F� 8 ���� �� ����� 2� ���� =� D� ������ A� D������

Q� =���� ?� Q ������8���� A� Q������ �� ?���� Q� ?�����

:� 7���������� 2� ������ =� ��� 3� ������� Q� ������� . ����� �� .������� .� 2� .��������� .� 9���

�� 9���� <� Q���� � �� ����/ ��� �� ������ ��

������ ��� ����� ������ ����� ���� ���� ���� �����

*������ �%%%� B&#� +'(*+B&�$�& F� ;�� 2� Q� ����������� 2� 6� .�� �� =� 2���

2� 8� ����� @� 2� ����� Q� F� �������� A� 8� .������

9� F� 2������ @� 6� ���� �� �� 8����� @� 3� ��������7� @� ������ F� 7� =���������� 2� 6� 3������ 2�������

� ����� ����� ������ ��� @�0������L� ������ ���

�� ���� ����� *������ �%%%� B&#� +''*+'(�$�� 2� 8������ �� �� ������ �� Q� .����� 3������� ��

������ �� ������ ���� �� ��� ����� �� ��)��� � ��� �/ �

*������ �%%�� "B� --"*-(&�$�� F� <���� �� �� �������� .� ����?��� .� ?��� 6� @�

2������ �� ������ �� �� ������ .� F���� �� @������F� 7������ ;� 7��� .� D������ Q� D���� .� 6������� Q� 7���

2� @� Q��������� @� 7� ������ 6� 8����� �� �������� Q� 8�

7����� D� 8����� Q� ������� 3� F������ 2� 8������ ���.� ���� 8����� �� @�0������L� @������ ��� ����� ������

�� �� ����������� @���� ������ �@86� �������� �%%%�#%-� ('+*(B"�

$�� 2� D������ 2� 2� 8������ A� :� ������ .� 8�2������� 2� A� 3� Q���� 8���� ��� ��� �� ����

������ �� �� ����� ��� ������� ����� �������� �%%�� B�1-&*1(#�

$� ?� .����� 6� @� ���� 8� 9� .����� 9� �� 8������� F� ������ ������� �� ���� �� ������ �������� � ��

���� �������� ���� F��0���� ��������4 ����� ���� ���

�� ����� �� ���� ����� *���� 1���� ���� 2�1� �%� � %B�(&&1*(&"'�

$�! @� Q� .������� ���9� ?��� F� 6� ����� �@86 ��� �

��������� "" �� �@86 �������� �@86#� ������ �� ��

������ ���� �������� ������ �� ��������� #"� ���������%%%� #%-� "#++�

$�# I���� 8�� �� 6� 3���� .� 3� ;������� F����� �� � ���

������ � ������ ���� ��� ������ � ��� ������ ���������%%�� #+1� +"B*+"-�

$ % 7� =���� 3� ?��� �� I� 7��� .� 9�� .� ������� @� ?�

3����� I� 8� S���� Q� ���� .�� ��� �� �� ������

����� �� ������� # ������ ����� ����� �� ���

��������� �������� ����� #1&� "+&*"+'�$ � ?� � ������� �� ?����� �� =���� 8� @� �������

=� 2�������� �� @� D��� :� 7� ������ �� 8� �����

�� O��� F� 6� .������� 2� ;������ 2� 2����� 8������� ��� �� ���������4 @ 3 ������� ������ �� ����� ������������� #%1� ('1*(B+�

$ $ =� 7�� ��� �� . ������� =� �� F� ����� Q� �� 8������

Q� ?� 7���� .�� ��� �� � ������������� "�++ @���������� / 0�� ���� �%%%� #1"� %11*1""�

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ���$&$

Page 249: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

$ & F� =��������� Q� 2� ������ �� @� 8���� D� S�����

6� �� ����� ?� =� �������� 2���� ��� �� ��� ��� ��

� ������������� ���� �� �������������� ��� ��� ����

�� ��� ���� / 0�� ���� �%%�� #"'� %11*1#1�$ � �� Q� .����� �� ��������� 2��� ��� ��)��� � �� � ��

�� ������ �� ������ ����� �������� ���� *��� 1��� ���2�1� �%%�� %%� ++"%*++##�

$ � �� F���� 8� .����� F� . �������� F���/���� �� ���� ����� ��� ����� ���� /� 0��� ���� �%%� #'+� "'*#-�

$ � @� S��� 8� <�� ���� ?� D������ �� F���� @ ����/��

��/����� �� .��� ����������� ������ ��� �������� ����� ��� ��� ����� ��� ��������� ��������� �%%%� 'B�##&*##'�

$ 8� <�� ���� @� S��� ?� D������ Q� 2���� 8����� ���

������� ������ ��� ���� ������� ���� ���������������� ��������� �%% � .����� (*"'�

$ ! 8� <�� ���� @� S��� ?� D������ Q� 2���� .���

������� �� ������� �������� � �� �� ���� 8@.���

��������� �%%%� .����� #'"*#'(�$ # @� S��� 8� <�� ���� Q� 2���� ?� D������ ��� ������

�� ������ �� 8@.�' ������ ��� ��� ����� ����� ����������%%%� .����� ##*#1�

$!% Q� 2���� ����� ��� ������ ��������������� ��� ����

���� 4��� ���������� �%%%� "&� +%'*+%%�$!� F� @� 7�������� �� .� 2���� Q� 2� ��������� 2��� ���

���� ������ �� ���� ����� �� ������ ��� ����� / 0������ �%%�� #'"� "&B1*"&-(�

$!$ @� 7� 2������ 2� 9� 2 @������ 6� 3� =�� �������

Q� 2� ��������� .���� ���� � )���� �� ������ ��� ���

��������� ��������� �%%�� "#� 'B+*'-B�$!& F� @� 7�������� 2� 9� 2 @������ �� .� 2���� Q� 2�

��������� �FO8=68?4 ������ � �� � ��

����� ���� � )���� �� ������ ��� ����� /� 1���� ��"����%%�� #-� #%'*#1"�

$!� 3� <������ 9=@� :D4 @ ���� ��� �������� �� ���� ������

������� /� 0��� ��������� �%%�� %� +#*+-�$!� F� @� 6���� F� =����� @ ��� ���� �� ���� ��������

��� I��� ������ ��� ��� ��/������ 1���� ��"��� �%%�� @B(�

'1#*B&&�

$!� ?� �� 9������ 2� @� 2�� ��� F����� �������� #� 6�������

�� ���� ������� @� � ������ �� �� �� ���� �����/� 1���� ����� ���� �%��� ""&� %&#1*%&'%�

$! �� Q� ?����� 2��. ���4 @ ������ � ����� � ��� ������

�� � ���� ���� �� ������ ��� ����� /� 1���� ��"��� �%%��#B� 1B-*1+&�

$!! 6� @� 2������� �� Q� � ��� F���'� ����������

���� ��� ����� �� 0���� �� � �%% � #((� +&+*+#B�$!# �� 2����� .� ?���� ��� �*2 ���� ������������ �������

"11%� 3�������4 ��������� 8@�

$#% �� 6� D������ 8� 8� =���� 7� 6� Q����� F� 7�������� ���

2:�@. ������ ������ /� 0��� ��������� �%��� -� "'*#(�$#� �� D������� �� @����� ?������������� ������ �� �����

��� ��� ��������� ��������� �%%�� #'� +--*+(1�

��)���� �� $&&

Page 250: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

$#$ F� @����� .� ����� �� 8������ 2� ������� Q� 9������

;� S���� =������� �������� ��� ������ �������

�� ��� �4 ��������� 0��� ������ �� ����������� ��

������ �� ���������� ��� �� ��������� �%% � .����� #1*'(�

$#& ?� 8� 8���� 7� 8� �� .������ ������� ���� � �

�� ���� �� ������ ��� ����� ������� ��� �%%�� B� --"*--(�$#� 7� 8� �� .� 9� 6������� ��� ���� ������� �� �������4

2��� 8��� ������� ������� ���� �� �����"������%%�� ''� "#("*"#%-�

$#� Q� =���� <� 8���� Q� 3������ ���������� �� �� ����� ������� ������� �����4 ���� ��� � ��

�������� �� ���������� ���������� ������� ��

���������������� �����"����� �%%�� '#� ''*B'�$#� <� 8���� Q� =���� Q� 3������ 2������� �� ������ �����

�� ������� �������� ������� ���� �%%�� #� "+&#*"+"&�$# <� �� 8���� �� Q� 3������ �� F������ @ ����� ���

������ �������� �� ��/���� ������ ������ ������ ��

���� ��� ���������� 6 ���� ������ �� �� ������ �������� ���� =# ���� D@� ������ 2 �8-&'� ���������� �%%� (� ##"*#''�

$#! �� F������ 6� ���� F�/��� ������ ��� ������ � ������ �� ������ ������������ 8������� �� ����� ��

��� ������ ��� ���� ������� ��� ���� �H ���

� ������� / 0�� ���� �%��� "%%� #+1*#%"�$## 2� Q� ������ =� @� . ����� ������ ��� ��� ����� ���

����� �������� �� ��)��� � �������� �� ����� �����

������0��� :� 3���� ������ ������0��� �� ���� � ������

/� ����� ����� �%%�� ""� "#"*"+"�&%% ?� @� ����� =� @� . ����� .������������ ����

/�� � I��� ������� ��� ����4 <������ �� �� ������

������� ���� ������ :� 8��� ������ ������ ������

��� � �� ���� ����������� /� ����� ����� �%%�� "#� +&+*+#-�

&%� ?� @� ����� =� @� . ����� .������������ ����

/�� � I��� ������� ��� ����4 <������ �� �� ������

������� ���� ������ ::� .����� ��� ��� ��� ��������� �� �������4 @���� ���� � ������ �� ���

������ ���� @ �� ���� ����0���� /� ����� ����� �%%��"'� '#1*'+&�

&%$ 8� .� F���� D� 6� 8����� 2������� ������ ��� ����4 ����� ��� �� ���� ���� ����� �1�� /� �%%�� (� (%'*(1&�

&%& .� .������� .� .�������� .�)��� ����������

���������� ������� ����� ���� �� �������" �������� ����� ��� ����� ��� ���������� � �����

����������� ������� ��� �%% � "&� ""++*""-#�&%� .� .������� F� D� ������� 8� Q� 2� �� .� .��������

2������� ������ ����� ����� ��� �� "� ��� � �����

����� ������� ���� �%%�� B� "B"#*"B#&�&%� �� @� ����� 2� Q� .��������� 2���� �������� �� ��������

8@.�'4 M���� � ��� ��������� �� ������ ���������������� �%%%� '(� B(*+B�

� �������� �������� �� ������� ��� ���� ���$&�

Page 251: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

&%� Q� 7� �������� .� 9� 8���� ���� ���������� ����

������ ���������� ���� ���������� �� �������Y ����"�/� �%% � ('� #'+1*#'(+�

&% 2� �� 2����� Q� ������� :� 7������ @�� �� ���4 ������������ ����� ������ �������� ��� �� � �� ����� ��

�� ��������� �� ���� ���� �� ������� ���������� ���� �����%% � #� +'*--�

&%! D� 6����������� �� @����� F� @����� @ ����� � ��/���� ������ ����� ���� ���� �� ���� ��� � � ��

�������� ���������� / 0�� ���� �%%�� #'"� %B1*%-&�&%# �� @� ?���� 2� .����� 6� 2� ��� F� 7� O�������� F�

F���� D������ �� ����� �������4 ��00� ��� ���������

������������ ������� ��� �%%�� %� %1'*1&B�&�% 8� @� 7������� ����� ��� �� ������ ����� ���

���������� ���� �� � ��������������� �������������������� / 0�� ���� �%%� #'+� "&%%*"&1(�

&�� @� F� 7� �� @� �� 7����� 6 ������� �� ����������

�� � �� ������ ���� ���� ����� ������� ��������� ��

�� @V �������� ��������� �%%�� ''� ##(*#'1�&�$ 8� 7��� ������ �������� �������� �� ��� �������4

����� ��� ��� ��� �� ���������� �,� � �� �� @�

1% � <� ���� �� �B ����0���� ����� ���� �%%�� "� "*"#�&�& ?� O��� =� M����� ����� ��� �� ������ ����� ���

���������� �� ���� ��� ������� ������ ��� / ��

���� ��� ���� ������� ��� �%% � "&� '+'*'+1�&�� ?� O��� 2� O��� =� M����� @���� �� ��������

��� ��� �������� �������� ������� ���� ��� ���

������� �� �����0�� �� �� 2��� 8��� ������ / 0������� 0����� �%%�� "-� "(%*"%1� #+B�

&�� �� .� .������� =� D���� Q� .� D������ ����� ��� ��������� �� ����� ��� ���������� ��� ������ � �����

��� ����� ��������� �%%�� #-� '#'*'+#�&�� 2� 6� .���� 7� 2� @���� 8� ����� ���������������

����� �� ������ ��� ��� ��� � ����� �� ����������4�� ������ ������ �� ���������������� ��������� �%��� "�#-(*#(1�

&� F� ������� @� ?����� =� A����� ��������� �������� ����� ��� � ����� ������� ���� �%%� '� #'+%*#'-+�

&�! Q� Q� 9��������� D� F� .����� �FO�:�4 @ ���� �

���� � � �������� ������� ���� ���� ������� �

����� ������ ��� ��������� /� 0��� ��������� �%%�� "&� "#B*"#(�

&�# 7� =��� 8� .����� ���� ������� ��� ��������

������ � ����� �� ���� ��� �������� ���� 8� � �4

@���� ��� � ����� �������� �� ��� ��� �� �������������� /� 0��� ���� �%%�� #"%� "%'*"1B�

��)���� �� $&�

Page 252: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������� ������ ����������

���� ����� �� � ���� ������

�������� �� ���� ���� ������� ����� ���������� ���������� ��� ��� �����

���������� ��� �� �������� ����� � ��� ��������� �������� ��������� ��

������� ����������� ������ ���� ��� �������� �� ���� ��� ���������� ��

��� ���� ������������ � ������� �� ������!� �������!� �� �����������

��! ��������� ��������� "������!� # ��! ��!���������! ��� ��� ���

�������� ������$�� �� �������� ������� ����������� %��� ��� ������� ���

�� � ����&�� ��� ��!����'��� ���� � ���������� ������� ��� � ��������

! �������� ��� ��!��� �� # ��! ���������� ��� ���������� ������� ���� ���

�� � (������ ���������� �� � ���� ��� ������� ������! ��� � ��� ��������

��� ����� ��� �� �� ���������� ! ��� ��� ���� ��� ���������� �������

��! ������ ��� ��������! �� ��� ��� ����� � ��� ���������� # ��!�� )�

����� �� � ���� ��� ������� ������! ��� ��� ���������� ������� ��������

���� ������� ������� ���� ��� ���� ������ *��� ������!� +*, ����

��$��� ���� ��� �������� ��� ��&��� �� ���� ����� ��� ����� ��������

���������� �� �������� ����� ������� !��� �- ���� ���� ���� �� � �����

������ ! � � ������ �������� ���� �������� �� ����� �� ����� ��� �������

������! ���� ����� �� ��� ����������� ��� ��! ��� ��� ����������� �����

�������� �� ��� ��� �������� ������� �������� ��� ���������� �� ��

������� ��� ���� ��������� ��� ��������� ������� � ����������� � ��

����� ������ ��������� � � �� ������ ������ ��� ��� ��������� ��

������ �������� �� ..����� ��� ������ ����� ������������� ��� �� ���������!

���������� ��/ �� /����� �� ���� � � �� ������ ��� ������� ��������� ��

�������! ��������� ������� ����������� ��������� /���� ��0����� ���

������� ! ������ ���� ����� �� ���������� �� 1��� ��� "������� �� 2 ��� 34�

5� ���� � ��� ������� ����� ��� ��� ����������� ��� 6- ��������� � �

������� ��� ��� �- ��$����� �� � ����� ������� �� ������� ����!

1..��� ������ �� � ��� ������� ������4� 7���� 5�&������ �6� ������� ����

������� �� ����� ���� ��� ������! ��$����� ���� �������! ����������

��� �������! ��������� ��������� �� ��� ��������� � �������!������� 8��

��� ���� ������� ����� ������� �� � ��������� �� � ��� �� � ����

����� ������9 ���� ����������� �������� ������� ����&�������� ������������

������������ � ��� ������� � ������ ������ �� ���� ������������ :����� ! ������ ;�������

)78+9 6 C�2 �DD33 �

��

������� � ���� ��������� ������ ����# �������

Page 253: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

/��� ����� ������� ��� ��� ������ ��� �� �������� �� ���������� ���

�����! �� ������� ������

8������������ ���������� ��/���� ������ ������� ���������� ��� ����

������� ��������� ���������� �������� ���! ��� �����! � ��������'�� ����

����� �!��� ��������� �� ��� ����� ���� ���� ��� ��� ����� � ���/���� ��

� ��������9 �- ����������� �� ����� ��������� ����������� ��� ������!

���� �������� �- �� ��������! ��������� ���������� ������� E��� ������

��������! ���������� �� ��� �������� � � �������� ���� ���! ������ /������

��� ������� ������ �� � � ����� � � ������ �� �������� �� ����� ������� ���

���� ��������� ��� ��$����� /������ ��! ��������� ���������� �� ���

�������� ���! ����! ����! �����! ������'����� �� ������� �!������

������� 1��� "������ C ��� 5�������4� %�����! ���� ���������� �� �

&��� ���� ����� �� ��������� � ����� ���� �� � ������� ��$����� ���� ���

���/� ��������� � ������� ������� 1��� �� ���� �������4 ��� � ��$�����

��������� ��������� � �� ���� ���������� �� � ���� �� ������ ������!

���� ������� 1��� "������ C4� ��������� ������� ��! ������� ��� ������

� ��� ������� ��� ���� /������ ������! ���� ������� ������� ���

���� � � ���� ���� � ��� ������� 6- ���������� -������� ��������� ���

������� ������� ���� �������� ������������ :���� ������� ��������� ��� ��

���� ��� ������� ���� ������ � ��$����� ���!��� ������� 1��� "������ �4

/��� ������� �� ��������� ������ ������! ��� ����������� �� ����� �� ��

���� �������� ��� ��������� �������� %�����! ���� ������� ���� ��

��������� ������� 6- ��������� ���������� �� � ���� ������ �� ���

������������� � ��� ������� ������� �� �� � ���� �� ������� ���� �������

���

��������

���� "������ ������������ �� ��������! ��������� ���������� ��� �� �������

��������� ������� ������ ����� ������� ���� ��� ����� � ��� ��� � ��� &���

����� ��� ��� ���� ��������� ���������� �� �������! ��������� �����������

�� ����������� ��� ������ ������! ��������� �� � ���� ������� �����

�� ����� ������� ��� ��� ������� ���� ������� �� ����� ���! ��� ��� ����

������ �������� /��� ��� ��������� � ������ ���������� ��� ����� ���

��$�����F��������� ����������� /��� �� ����� ����������� ������� 1���

7������ G���C4� %�����! ���� ������� ���� �� �� �������� �� �� �

����� ��������� ���� �� ��������� �� "������ C � ���� ������

8������������ ���������� �� ������� ��������� ���������� ��� ��� ������

&������ � ������! ��� ����������� ������ ��� ������� � ������ ���

���� 5� ��� ����� � ����� � ������� ��$������ ��� ����� ������������

�� ������������ ����������� ������� � ��� ������ ����� �� ��������! ���

�����!� ��� �� ���� ;������� ������� �H� ������ ���� ���� ��� ��������

������ ��! ��� � ��� ����� � ������������ ������ ��� ���� ���! �� ����

� ����� ������� �������� ��

Page 254: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

����� ������ ���������� I�� ����� ���! /��� � �� ����������� �� ��� ��

��� ��� ��� ����� � ��� �� �������� �� ��� ����� ��������� (��

������!� �������� ��� �������� � ����! ������ ��������� ������� 1���

�����! ����������4 ���� �� ������ �� �������� ��� ��������! ����������� ��

����� ��� ������� �������������! ��������� ������ J���������!� ������

�� � ������� ��������� ���! �� ��� ����� � ������!� �� ����� ������� ���

����� � � ������� ��� �� ���� �������� ���������� �� �������� �������

������������� )� �� ���������! �������� ���� ��� 6- ��������� �����

����� ����� ���� ��� ������� �� ��� ��$����� �� ���� ������� �� ��� ���

7��� ��� ����� �������� ���� ��! ������� ��� ������������ ������

���� ��� ���� �� � ���� /���� ���� ��� ������������ ������ ���������� �C��

(�� ��� ��������� � ������ ��������� �� ��! � ��$����� �� �����������

������ ����������! ��� �������� ������������� ���������� ��� ������������ ����� ��� �� ��� ���� ������ �������� �� ��������� :���������!

����������� ���� ������ �� ������ ��������� ��� �������� (������ ����

���������� ���� �� ������� ���! ��� ��� �� ������ 1����������� ������ "������ C4 ��$������ ��� ����� ������� ��� � �������� ��� �����������

���� ���� /��� �������� ��$����� ������ �������� 7��� ������� ������

��$����� �������� �GF3� ��� ��������� ���������� ������ ������� ���� ��

8;57� �DF�6� ��� (57�5 ��HF�3�� "������ ���&� ��� ������ ��������

�������� %**� ��DF�3� ��� ��������� �������� ��D� ��/ �� ������! ����

������� ��� �������� ������! 1��� ��� "������ � �� ��$����� ���!���

�� ���� �����4� 7�$������ ��������� ��� ������� ���!��� ��� ��� ���

����! ������/����� ����� �� ��� ��� ���������� ���������� ��� ���� 7����

���� ���������� ��� ��� ����� ��� ������� � ��$����� �� � ��$����� �

���/� ��������� ������ ��������� ��� ��$����� �� ��������� ������������

/������ �����&���� ��$����� ��������!� ������ ������� ��� ��$����� ��

��������� �������� ��������� �� �������� ��/��� �������� /����� �������

���������� �6<�� �� ���� �������� ��������! ���� �� ���������� ��������

����� �6��� �!����!� ������� ��� ��� ���� �''!� ��� ��� �������

/���� ��� ������� ! ����! ��������������� ���� �� ��� ��� ���� �� �������

��������� ����������� /���� ��������! ���� ��� � ����� ������'�����

��� ��� �� ����� ��� �� � � ���/���� ��������! ���� ��������� ������

������� ���������� /��� �K����� ��������� �� ��� ���� ��������������

��� ������� /�!�

��� �������� ��� �� � ��������� �� ������� �� ����� � � ����������

�� � ����� ��$����� ����! ������� � ��������� � ���!��� ����� 1(�����

G��4� �� ���� ������ ��� ���! ����� ��� ��� ����� � ���� �� �� ��$����

������ ���� ��������� ��������! ��������� ��� ��� �� �������� �� ���� ��

������� ��$�����F��������� ���������� ������ ��������� ��� ��� ��

��� ������� ��������! ��������� ���������� ��� �� ������������ ���

����� ����������� ��� ������� ������ �������� �� ��� ������� ���������

������ )� ����� �� ��� /��� ������� ����� � ���������� �� ��� ����

����� ������ �� �� ���� �� ������� ����������� ����� �� ����� ������� ���

������ � ���������� ������ I�� ���� �������� �� ��������� ��� ������'�

��� ������� ��

Page 255: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

� ����� ������� �������� ��

Page 256: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������������ ������ ��� ������� �� � ������ /�! ��� �� ������ ����

�K�����! �� �� ��$���� ���������� �������� �� �� ��� �� ������� � 1#*;

����4 ������� ����������� ������� 1���*; �6�� 66�4�

)� �� ��� � ! ��� �� ������� ���� ���� � ��� ������������ �� ���

������� ���������� ��� ��� �� �K����� ��� � ���� ����������! ������

���� 1�������4 �� ��������� ������� ���L�� ��� �� ����� ��������� �

���!��� �6�2� ��!��� �� ����� ��� �������� � ����� �������� /���� �� ���

��� ����� � ��� ��� �6H� �� ������� ��������� �����������

�����

���������� �� �����

�� ����� ��������� ��! �� ������ ����������� ���� �� &��� ��������� ���

��� ����� ��$����� ����� )� ����� ���� ���� ���! �� ��� ��� ���� ���

������� ���������� ���/���� ���� ���������� �� ������� � ������

���� ��� ��������� �������� �6C�� ,�����!� �� ����� ������� ���� ���

��� ���� /��� ������� ��������� ��� ��������� �� !��� � ��/ �������

����� ! ��������� /���� ������� �� � $���� �������� �� ��� ��������

�C� 6G� 62�� )� �������� �� ������! ���������� ��� ������� ��������� ���

����! ��/ ��� ���� ���� ����� ��� ���� ���� ��� � �������� /��� ��

� ���� ���

������� � � ���� ��� � � ������ �

�������� ������������ ��������� ���� ��� � ������� � � �������� ����

��������� ����� � ������� � �����

����� � � �������������� �������

������ � ��� �� �������� � ������������� �������� ����� �� !" #

$% !"# � &�$% !"# ����� '� � ��������� ���

� � ������� � � ������ ��� (�� �������� � ����# � ��������� ���� ���

�� ��������� '� � ����� ������� �����

���� �� ��������� �������� �������� ���

������������ ��������� ���� ������������ ��� �� ������� � ��� ���

�� ���� ���� � ���� �� ��������� ���

��� �� ��������� ���) ��� �� � �� ��

���������� � ��������� ����� ������ �#��� ������� ��� �� ���������� ��� ��

����������� ����� ��� ��� ����) �

�������� �� ��� ���������� ���� ��������)� "�� � � �������) �������� ��

��� �� ������ �������� ��������� ��� �

������) �������� ��������� )����

��������� ��������� � ��� ������ ��������# ���� ��� �� �� � �� �� ���

���������# ���� ���������# �������

��������� �� ����� ��������� ���������

� ����)�# ��� ���� ���� �� �����

�������� � "�� � �� �������������������� � � ������� ��� �������� ���

����� �������� �� � ������� # ��� #

��� ������� # ���� ��*����� � ���

�������� �������� ��� ��� ���� ����� ���������� � ��� ��� � "�� ��+�����

�������� ��� �� ������ �� ��� ���� ��,�

�,���� �� ���� �� ����� �������� ������������� ������� ��� ��������

��������� ���� ��� ����� ��� �� -������ .

� ��� ������ /��� � ������ ��� ���

����� ��� ��������� ��������� �(������ � ��� � ���������

�,���������� ��������� �����# �

���� ������)# ������) � �����

��������# �� ����� �� ������ # ���������� ���������� ����( ����,��# ����

��� �� � �� �� ����� �) ��

��� ������� �������� ��������� ����� ������ ��� ���������� ��������� ���� � ��

��� ���� ��������� ���� �� ��� � ��

!����� ��0�� &������� ����� ����� �)

����� �,� ��� �� �� �� �� ����-������ � ��� ������

��� ������� ��

Page 257: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

����� �������� �� ��������� %�/����� �� ����� ������� � ��� �� ������������ ��������� ���������� ��� �� ����� �� � ��� ��� � ������

��������� ����� � ������� ��$����� 1��� ������4 �� ��� ��$����� � �

���/� ������� ��������� 1��� �������4 ��������� � ��$����� �� ���������

�������� ! ������'��� ���� � E������ �������� ) ���� ������� ���

����� ��! ��$����� ������ ����� ��������� ������� �� ��$����� ���������

� ��������� ��� ��������� ����������� ���������� ��� ��� ����������

��������� ����� �� ������'� ��� ������� ���! � � ����� ��$����� /��� �

����� ���������� ) ��� ������� �������� �������� ����/��� ������������ �

�/��� ������! ������� ����� ����� ��� ��� �� � ��������� �� ������

��$�����F��������� �������� ������ +� ������� �63��

����� �� � �� ��� �� � ��������� ���� ���� ���������� %���� /� ��!

��� �� ������!��� � ����� � ������� ��������� ����� � ��� � ���������

����������� ���� ��� �� �� ������ ���� ���������� �� �� ��� � � ������ ����

��� ������� �� ��� � ������&�� ���� �� ��� ���� � �� ������� ���������

)� ��������� �� �� ���� ������ �� ���� ��� $����! � �� ������������ ����� ���

��� &����� ������� ��������� ��� � ������&�� ���� �����! ���� �������

��� $����! � �� ��������� ���� ����� �� ����������� � ������ �������

� ��� ��� �� �� ����������� ���������

�������� �������� ����� � ��$����� �� ��������� �������� ��� ���

����� � � ���� ���� �� ��� ������ ��$������ )� ���� �� ! ������� ����

�� ��� �������� � ������ ��� ������� /���� ���� ���� ��������� ����

�� ��� ������� � ��� ������ �������� )� ��������� ���� �� ��� ������� ����

�� � ������ ��� ���� ������ ���� ����� ��/��� ������� ��� ������ ����

�� � ��������� %�����! ���� ������� ���� /��� � ��&������ ���� ���

!���� � � ���� ����� �� ������ 1��� "������ C �� ������4�

%�����! ���� ������� ��������� ���������� ������� ��� ��� ������� �

������� �� ��������� ��� ������ �� ���� ��� ��� �� � ������� ��� ���������

�� ������ �� ���� ����� ���� ��� ��� �� � ������� ��$������� �� ������

��������� �������� ��������� ������������� ���� ���� ���� ��� �����

������� ��$������ I� ��� ��$����� ��� ���� ��������� �� ���� �� �����

����� �������� ��� �������� ��������� /��� ���� ��������� ��� ��������

����� � /� ��� ������ �� � �� � � ������ �������� �� �� ���� ���� ���

������ �� ���� ��� ������ ��� � ��� ����'�� ! ������ ���� �� ������ ��

�� �����������! ���� ����� � �������� ������� �����������

������� ������� �6D� H<� ��� ������ ��� ��������� ������� ������&��

�� ��� �DC<� �H�� H�� /���� ��� �������������� � ���������� �� �������� ���

������ �� � � ����� ���������� �� ��� 6- ������ 7�������! ���������

������� ��� ��&��� ��� �������������� ���� ����� ������� ������ J���!�

����� �������� ������� � ���� 1%4� � ������ 1:� ��������4� �� ����� 1;� ���4 ���

������������� ��� 1��� "������ C �� ������4�

��� ���� � � ������� �� ����! ����������� ! ��� ��������! ���������

������� ��� ����� ����������� �� 6- ������ 5�������� �� ������� ��

�����&�������� ����� 7"I� �H6� �� "5�% �HH� HC�� ����� ��� ������ ��������

� �������� ���� "����!��� �������� ���� � ��������! ��� ����� ���

� ����� ������� �������� �

Page 258: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��������! �� ���! 17"I� �6�3�4 �� ����� ������������� ������!� ���

������! 1"5�% �6�D�4� �� ��� � ������ ����� ��� � ! ������ ��� �� �����

� �������� �� ��� ����! ����������� ���� � ��������! � �������� �� ��������

!� ������� ���������9 ��� ������� �� �������� � � ����� � �����

������ /���� �� ���� ��� �������� � ������ ��� �������� � ����� �����

��� � ������� ��� ����������� ������������� ���� ���������!� # ��!

���������� �������� �� +*, �������� ��������� � ���! ������� �����������

� � ������� �� ����� ! ��� ����� �"� �� #� ����������� � � ��� ���������

������ )� ��� �� � ���� �� ����� ��/����� ���� ��������� ����������� ��� ���

�� � ��������� � ��� ������� �� ��� ����� ����������� ����������� /��� ��

���� ���L�� ����� ������������� ���� �� ��� �� ����������� �������

���� ������� ��!����'����� ������� ��� ��� ������ ������� ��������� ! ���

������������ )� ��������� �� �� ��� ���������! ����� ���� ��� ���� �������� ��

������������� ����������� ��! ��������� ������� �������� ��� � �������

��� ��� ��� ���� ������� ��������� ���������������

$���� �������� ������ ������&��� �� � ����� ��$������ ��� 1����������������4 �� � 1������ ���� ���������4 � ��� �����������! ������ ���

����� �� � ��� � ����������� ���� ��! �� ��! ��� ������ ��� ����������� �

� ������� ��������� ����� )����������!� �� �� ���� ����� � �� ������ ��

���� ������! /��� ��� ��� � ��������� �������� /������ �����! ����

� � �� ������� � ������� � �������� ��� ��������� �����

����1

� !� �� ������� �� � �� � !"���

���� "������ ��������� ������� ��������� ���������� ������� ��� ����� ���

�� ������! ���� ������� 1"������ C4� ������� ��� ������ � ������

1"������ 24� ��������� ��������� ���� ������ &����� 1��� ��� "������ G �

?���� �4� ��� ������� ������������ 5� ������� �� ��� ������������� ����

"������ ������ �� ������! ���� �� ���/���� ���� ������� ������

���� ��!���� ���� 1�� �����4 ����������� ������� ������ �������� ������� � ��� ����� 1����4 �� ��������

1 ���4 ��������� �� ����� ���� ������� ��� ��� �� ��� ��� ���������� ��

�� �� ����� ������ �HGFH3� �� ���� ���� ��� ���! ���������� �������

���� ��� �������� ���� �� ���������� � ����� ������ *�E�� ��������

���� ��� �������� ! ����!��� ������! ���� ���������� �� �- ���

�������� 7��� ������� ����� ��$����� ���! ���������� �� ���������

�������� ��� ������ ���������� ������� ��� ��������� �� 7������ G�H���

)� ������ !� ������ ������ �������� �� �� ������� ����� �������

��� �� �� ������������ ����!� )� ��� ��� ������� �� ������� ��������

/��� ��� ������ ����������� � 5�&���� �� �DG� �6�� ���� ��! ��������

�� ��� ����� ��� �� � ��������� ��� ������� 6- ��������� ��� ��

����� ���� ��$����� ��� ��� �� ����� �� ��� ������� � ������ -�� �� ���

���������� ��� ��� � ��$����� ��� ��������� ���� ��� ��� ���� ��� ����

��� ������� ��

Page 259: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������� �������� � ��$����� 1��� ������ ���E���� �� ������� �6�<� ���

������ ���������� ���� %� �������� �� ������������ �� �������� ,���� ,���*����� %���� �6���4 ��� ��������� ����� 1��������� �������� ���E���� ��

��� J7 �6���� �� :����� �6�6�� ��� �� M���� �6�H�4 ������! ���� �������

��� �����! $���� ��������� ��� �������� ������� ���� �� ������!

���� �������! ��������� ���������� ��� ������ �� �� ��� *������� 7������ G�H�

,����� ��� ��� ��� ������ �������� �������� �������� ��&���� ���������� ������ ������� ��� ������ ������� ��� �� ������� ���������� �� ����

�� ��� ����� ��� ��$����� � ����� ������ ��� �� ������ ������� �����

�� ��� &�� ���������� 5 �� � ���������� /��� ��� ��� ���� �� ���� &�� �H�

HDFCD�� :������!� ������ ����� � �������� �G<FGH� ��� ��� ����������

����� ��������� ���� ��� ������� ���������!� ������ ��� �������� ���

����� � ��� ������ �� �������� ��� ������������� ����������� �������

������� 5 � ����� �� ���� ������ ����� ���� �� ������ � ����! ���

��&�� ���/ � � ������� �� � ����� ������ � ������ 6- ������� ,������� ���

� �������� �� ����� �� ��� ����� ���� ���� �� �� �� �������� � ��� �������

I�! �/ ������� ���������� ��� ������������� ��� ������� ��� ������� ��

��� � ���� ������� ����� ��� �� /��� ��� ���� ��� ��������� ���

������� ��� ��� '������� ������� ������� /��� ������� �� � �������

��������� ����� ���!��� ����������� ���� �� ���������� ������������ ��

������ �� ����������� /��� ����� ������� 1��� 5�������4� �&���� ���������� �� ������'�� ��$������ �� &� � ����� ��������� �� �� 1�� �� ��� ����

��� ������� ����� ��� ��4� ���� ��$������ /���� ������ ��� ����� ��

��� ���� ��������� ����&�� ������� ���� �� � ����&�� ��� ���! �� ������

������ (����� ������ ������� ������� ����������� � � ������� /��� � �����&�

��/ �� �� ����!��� �� �������� �� ! �������� ������� ����� ����� ��

������ ��/ �� ����&�� �������� �GCFGD��

��� ���� � ���� "������ �� ���������� �� ������� �� ������! ����

������� ��������� ���������� ����� � ������� ��$����� ���� ������ �� �������

��� ��������� �� ������ /��� ������ ��� �������� �������� �� �� ��������

���9 ������ ��$������ ���� ������ �� �& � ������� ������� ��� ���

����� :������� ��� �������� ������� ����� � ��� ��$����� ��� ���������

������ ��� ��������� ��� ��������! ������������ ������ � ���� ��������

��! ������! ��� � �������� ��� ���� �� ����������� /����� ��� ��������! �

���� ��� �������� ��������� ����������� ��� ���� � ���� ! ��������!

�������9 ��������! � ������� ������� ��� � ���!'�� /��� ���� �� �������

��������! � ������ �������� 7��� ����������� ��� ��� ���! �� ����� �� ���

���� ������ �� ����&���! �������� ���������

%�����! ���� ������� ��������� ���������� �� ������� /��� ������

����� ���� ���������� ������� �� ������� ��������� ���������� /����� �

�� � ��������� �������� ����� ����� /� ��������! ���� ��� ����������

������� ��������� ���������� ��� �� ���� � �����!��� ������� �� ���

������� ����� ��� �� �� �� ������ :������� �� ���� ����������� �� ����

�������� �� ��� ������� ��������� ���������� &�� �� ����� ��� ��� � ��

������ �� �� ����������� ���� ����! ������ � ��� ������ � ���� ����

� ����� ������� �������� ��

Page 260: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� ��� �� ��$������ ��� ����������� ���� /� � ���� ���� ��� ���� ��

��������� ��������� �������� ���E���� �6�C� ���� ������� /��� ��� ��� �

�������� ��� ����� � ������! ��������� ������� ���� �������� /��� ��

������ ������� � ������� �����&������ � ������� ��� � ��� �������

��������� ����� /� ����� ����� �� /���� ��/� �� ������ � ��������� �� �

����� ��$����� �� ��� ���� � ��� /���� � ��������� ��� ��� ����� ���

����� �� /� �� ��� ���������� ��$������ �����! �������� �� ����� ���������

�������

)� ��� ��/���� /� &��� ������ � ��� ����� ���� �� /���� ��� �������

��������� ��� �� �� ���� �� �������� ��� ������ ���� 17������ G��4� 7������

G�6 �����/� ��� �������� ������� � ��������� ����������� 7������ G�H ���

������ ��� ������ � ������ ! ��������� ���������� ������� �� ��� ������� �

������� ���������� ������ =�!� �� ������ ��� ������� ���������� ������ ���

��� ��������� ��� ���������� � ��� ����� �������� ��� ���� /��� �� 7��

����� G�C ��� G�G�

��

�!�!

��1��

#�"� �!�!

)� ��� ������� ���� ��� ��� �� �������� �� ��&��� ! ��� ����� ���� ��

$����� 1�� ���� ��&����4 ��!�*��� ������� ��������� � ��� ��� �� ������� ��� ����� � ��� �� �

���� �� ��������� �������� ��� ��� ��� � � ����� � ������� 6- �����

�����N ��� ����� � ��$����� ���� ��� ��� ��� ��$������ ���� ��� �������

����! ������ �� ��� ������ ��$������ ����� ! �������� � ������ ����

���� � ���� ������� ���!� )� ��� ��� � ���� �� ����������� ��/���

���������� ��� ��������� ��� ��� � ��� ������� ���!� ����!� ����

���� �� �7) 8;57� 1��� "������ �4 ��� ���� �� ����� ��� ������� ���

���� ���!� �� ����� ��� ��� ��� � ��� ���!� ��� �� �������� ��� ����

������ ������ �������� ���L�� ��$����� ���&�� 7�����!� �� ���� � ���

���������! ������� �������� ��� ��� ��� � �������� ����������! ���L��

���������! ������ �������� ��� � ������� �� ����� �� ��������� ��� ��

�������� ������� ����� ������ ��� ������ ���������

)� ��������� ��� ����� ���! � ����������� �� ��������� ��������! �����

���� ���������� �� ��� $���! ��$����� �� /� �� ����� ����������� ���

�������� ���� �� ���/���� �� ����&�� ������� �� ��������� �� ��������

�������� ��/��� �������� ��� �������� ������ /����� �������� ��� ��

������� ���! � ���� ������ ���� ���� ���� ������ �� ��� ���������� ����

��� ��� ������ �� /� �� �� ��� ���&����� �� ��� ��������� ���� �����

�����

��� ���� �$

Page 261: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

)� ������� ��������� ��� ���������� ��������!��� ��� ������� ��

$����� �� ��! � ��� �� �������� �� �� E��� � ��������� �������� ��� ���

$����! � ��� ��������� ���������� �����! ������� �� ��� $����! � �����

������� ����� �����

��1�1

��"� �!�!

��� ������� ������ �� �� �������� � ��� $���! ��$����� ���� ��� ���

1������ �������4 ������� ���������� 7��� �� �������� �� ��� �������� �����

�� ������ ���!��� ��� ������� ������

5 ���������� � ��� �������� ����� � ��� ������ ��$����� /��� 1���!4

�������� ������� �������� ��� � ��� ���� � ������ ��� �����&����� � ���

�������� ��������� ����� ( ����� ��� � ������� � ���� �������� ���� ���

������ �� ��$����� ���!��� ������� 1��� "������ � � ���� �����4� ��

/���� �� ��� ��� ������� ���������! �D� ��� 2<� 2��� )� ��������� ��� ��

������ ����� ��� � �� E����� �� � /��� ������! � ����� ���! ����� ��

����� �� ��������� ����� ������� �������� *��! � ����� ������ /� � ����

�� ��� � ���� ���� � ��� ������� ���� ������ ��� ��� ���������� ��

���� �� �� "������ C � ���� ������

5�������� ������ ���� ���� � ��������� ��������! ��������� ��� �����

�� ���! ���������� �� ��� $���! ��$����� 1��� 7������ G�6��� �2��4� � ����

�� �������� � ������ ��$������ ��� ����������� ��������� ������ ���

�������� ��� �������� ���!��� � ����! ������ ���������

��� ��/��� ���������� ��� ��������� ���� ��������� ������� ��

��������� ���������� ����������� (�� ���/���� ���� ������� �� �� �����

��� �� ���� ��� ���� �K����� ��� � ��� ������� ���������� �� ���� ��

/��� � ����� � ����������� -���� �� ����� �� � ��� ���� ��������� ��

������ �� ��� ��� ���

��1�2

%�������!& ��"� �!�!

*��� ������� ��������� ������� ���� �� ��� ����� ���� ��������� �� 7��

���� G����� )� ����� �� ������� ������� ��������� ���������� /� ��� ���&�

�����&����! ��� � /��� ������! � ��������� ���������� ���� �� ���������

�� ������� ���� ����� =� �����! ��������� ��� ������� ���! ������

���� ���� �� ��������� �� � ���/��� ��� �� � ���� ���� /���� ����� ��� ��

��� ��$����� �26F2G� ��� ��������� ��� �H6FHC� 22F3��� ���� ����������

��� � ���� �� ������� ���&�� �� ��� ��� ������ ������� ��$����� ��� ���

���! ��� ��� ������� �� ���� ���� 5������ �������� �� �� ������ ���

������ ����� �6�� 36� 3H� ��� �������� �������� �3CF32� �� ���������

��� ��������� ����������� ������ ��� � ���� ���������� ���� ���������� ��

� ����� ������� �������� ��

Page 262: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���������� ��� ������� � /��� ��������! �������� ������������ �� ��� ���

�������� � ���������� �� ������ ��������� �� ��� ���� � ��������� ��

����� ��� ��������� ���� �������� ��� ��� ��/��� �� ������ �� ,-�

1��� 7������ G�6��� �6��4�

5� ���� ���� ������� ��� ���������� �������� �� �� ��� ���/���� ��

����������� � �������� ���������� �� ��� ������� ��� ���/��� ������

���� �� ��� ��� � ���������� ���� ���� ��� ��� ��������! ���/�����

%��� ��� ���������� ���� � ��� � �������� �� ��������� �� � ������� ����

/�! ���� ������� ��������� ����������� �� ��������� ���������� &����� ����

������� �������� � ���� ����/�!� �������� ���� ��������� ���������� ��

��� �������� ���L�� ��������� ����������� � ����� ����/�! ��� ��� ��

����� �� 5����� ���� ���������� ��� � ���� �� ����� ����� � ��� ��

������ �������� �� &��� ����������� ���������� ��� ��� ������ ��� � ���

����������� �� �� ��� ���������� ����������� �� ��� ���������� ���� ���� �6���

)� ���������� ���/���� ��������� ��� �����������! ���� ����� 1���� ���

���� ���� !������! ��� ������� �33FD��4 ���L�� ��������� ������������ �D�F

DG� � �������� ��� ������� ��������� ����������� �� � � ��� �� ������!

���� ��������� �����������

)� ��� ���� �/� �� ��������� /� ������ � �� ���� ����� �/� � ���

���� ��� ���������� ����������� � ��������� ���������� �������� ����!

��� ��������� �����&������� ���� ��������� ��������� ��� ��� �� � ���/

� ������� ��������� ������ ��� ��� ������� ������� ������ � ��$�����F

��������� ��������� )� ���! ��������� �������� ����� ���������� ���

������ ! ����� ��� ������ �� � ������� ������ ��$������� %�/����� �

��������� ������ ��� � �������� ! ������! �������� ����� ����������

�� ��� ������ ��$������

��1�0

������ ���"!����� !�� �&!������!����

)� ������ /�!�� ������� ��������� ���������� ������� ��! �� �����&�������

� ��� ���/� ������� ���������� ���� ��� ���� �� �!�������� ���������� �

��� 6- ����������� (����� ��� ���� �����&������� ����� ��������� ������

������ �������� ������� ��� ��� � �������� /���� ��� � � ��� �� �������

��������� ���������� ��������� ���L�� ���������� ������� �!������ 7������

�������������� �� ���� � ��� ��� � ����������� /���� ��� �������� �� ���

�������� � ����� � ��������� �������� �� ��$������ �� � ���������� ����

�� � ��� � ��� ������� /���� �� ������ ��� ��$������ ������ ���� �����

&������� ��� � ���� �� ������������ ��/��� ��� ����� � �������� )��� �� ��

��� ��! ��������! �� ������! � ��� � ! ���� �� �� �� ������! ����� ���

���� ��� ��� ���� ��� � � ����� �� ��� ������ ��$����� ����� � ����

� � �� �!���� (������ ��������� �����&������� ��� ���� �� � �������� �

����� �� ��������� �� �� ����������� �������� (���!� ���! ��� �� ���

������ � ������� �������/ � ��� ������� ��������� ���������

��� ���� ��

Page 263: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

7�������� ���������� ������� ��� � /�! �� ������� ����� ����������

����������� ���! ��� ��������� �� �� ���� �/� �������� (����� ���! ��/ ��

�������� � ��������! �� �������� ������� �� � ���� �� ��� ������������ �

��������� �����&������� � ��������� 7������ ���! ��� � ���� �� ������ ���

������� � ���������� ���������� ! ��������� ��� ��������� ��� � �����

�������� � ������ ����! ����� ��� ��� �����������! ���������� ������

������� ���������� (����!� ��� ��� �� � ��������� ������������� �� �����

�� �/� ���� � ������ �� 6- ����� ���� ��������� �� � ����� ������ ���

� E������ �� �� ������� � ������� ��� �� � ����� ������ ��� ���

���� � ��� �/� ���� ���� ���� �� ������ ���������� ��� �������� � ��� �

��� ����� ���� 1��������� �������������4 ������'�� ��� ��� 1���� ����

�$���� ���������4 ��/��� ��� ������� ������� I �����!� ����� ��� �/�

�������! �������� �� � ������'��9 ��� ��� �� � ������'�� ��� ��� ��� ��

� ������� �������� �� � ������'��� "���!� � ����� ��� �� � �������

����� ��� � ���������� /��� � ����� ��� ���� ����!� � ����� ��� �� �

�$������� �������� /��� � ������� ��� �� ���� ���������� � �����&����

����� ��������� ��������!�

5�������! �� ��� ��������� ���������� ��� ��� �� ��� ��������� ���

������� ��� �� ��� &��� ���� � �������� ������ �� ��� ���� �� ��� ������

��� $����! ����������� ����� )� ���� ��� ������ ���� � &����� �� ������

������������� � � ����� ��� � ������� ����� � ������ ��� � ����� �K

�����! ��� ������! �D2FDD�� (�� ��� &��� ���� � ���� �������� � ����

��� ��� ��� �������� ���� ��� !����9 ����� ��������� �������� � ��

����� ��<<� �<��� ����������� ��� ���������� �������� ��<��� ��������!

��������� �������� 1/��� �� /������ � �!��� ��� ����� �����4 ��<6� �<H�� ��

��������� ������� ������$��� �������! �������� ��� ����� ����������

� ��� �������� ��<CF�<2�� (�� ��������� ��� $����! � 6- ��������� �����

���������� ������ ��� ���� ��� �� ���� ���� &� ������ � ���������

������� ���������� ��<3� ��� ��� ��������� ���� ������ �������� ��� ���

����� ��/��� ���������� ��� ��� ��'� � ��� ���� ��/��� ��� ���������� 6-

������ � ��� ������� ��� ����� )� ��������� ���������� ���������� ��

������! ����� ���� ��� �������� ������ ��� "57� ������������

����� ��� � �����&�� ���� ��$����� ��������� ��� ��$����� �����������

�������� ��<DF����� ��� ����� ��� ��� ��������� �������� �� ������!

�$������� ������� ����� ��� ������� ��� ��� � ��� ���������� ������

������������� � ���� ��� ����������� ���������� ��� ����� ����������

�� ����������� ��� � ������� ������ ����� ��� ���� ��� ������ ���������

������������ ����� ����� ��� ���� �� ��� �������������� ��� ����� ��������

�� � �� ���� ������� �� �������� ������� �������! /��� �� ����� �������

�� ��� ��� ������&�� ��� � 1������!4 ���! ���������

5� ��������� � ���� ������ � ����� ���������� ���� ��� ����!�� ��

�������� ���������� ���������� � ��� ������� ���������� ���� ���������

������ ����� � ��� ��� �������� ���� ���� 1---L(77�L-�� ��<��� 6-��

�2D�� MI>L%I*7�,5-L--857: ����F��H�� ��������� ����� ;�(" ���C�4�

����� ������������� ���� �����&������� ��� ����������� /��� �����

� ����� ������� �������� ��

Page 264: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

&������� ���� �� ����� �������� 1"5�%4 ���� �� ������! ��� ����������� �

��������! ��������� ������� �� �� ����� �����&������ ��� ����� ��

�������� � ��� ��� 17"I�4� 5 ������ �!�������� ���������� � ����� ���

��&������� ��� ��� ������� ��� ! %���! ��� M���� ���G�� ���! �������

�������� � ����/��� ��������� ����� ��� � ��������� �������� ���� ��

������� ��� ������� � � ��������� �����&������� ��� �� ��� ��� ���

������ �� ����� ������� �� /���� � ��� �����&������� ������ @�����!�

��� �����&������� ����� �� � ���� ���� 1� ��� �/� ������4 � ��� �������

��������� ����� ����� ��� ���� �!�������� ��������������� ����� ��� ��

����� ���������� ��� �� ��� �������� ���������� ������

(��� �����&������� �������������� ���� �� ��������� �� /� �� ������

���� �������� �� ���������� ������ ��� � � ������� )� ��������� �������

���������� ������� ��� ���� ��������� � � �� � ���/ � ������� ���������

����� �� ����� ������������ ��/��� ��� ����� � ����������� ���� ��� �

���� �� �������� ������ � � ��$����� �� �� ��������� �� ����� =� ��

���� ���� ������������� �� � ���/���� � ������� ��������� ����� ��

�����&����! ������� ������� ��������� ���������� �������!� �� ��� ������

���!�� !���������' ������� ��� ���� ������ ���� � ������� 6- �����

������ 7����� ��������� ���� ��� �������� �� ������! ������� �� � �������

��������� ����� �������� ���� �� ��!���� ������� ���������� � ����� ����� ��

������� �������� ���� �!������ ����! ��� ������� ���!� ����������� � �������

����� ��� ����� ���������� �� ����� �������� ���GF��<��

(�� ���������� ���� �������������� ���� � ������� ���������� ��� �������

��� ������ �� � ������� ��������� ��������� ���� ���� ��� ��$�����

����� ������������� ������� � � ���! � ������� �� ����� �� ������ ��� ��

����1�4 ������������ ��� �����/� ��$������ -�� �� ��� ��� ����� ��

����� ������ ��� ���������� ���� � ��������� ! �������� ��� ��$�����

���� �������� ������� ���� ��������� ���� ������� ��� ������ � ���!�

���� ��� � ���� �� ��� ���� � ��� ��$����� ��� ��������� ������ ���

������� ������� ����F��6� �� ! �����������! �������� ��� ����� � ���

���������� ��������� ������ �� � ����������/��� �������

��1�.

������ �������� !�� (��"����!&) �����* "������!&�

5 �������� ������ ���������� �� ���� ������ ���������� � �������� ���

����� ������������ /��� ������ ��� �����! ��� C2� C3�� (��� �����! ���

��� � ���������� �����!9 ���! ������ ���� �� � ����� ���� �������� ���

� ������� ������ ��� ���/�� ������� ��� ����� ���������� /����������

��������� ��� �� �������� �������� ������������ ��/��� ��$����� ���

��������� ��� ���� �������� ��������� ������� ���� ������ (�� ���� �������

�� ��� �� � ����� ���� ������� ���� ������ ���������� ��� ��� ���� �����

��� ���� ��

Page 265: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

����� /� � ���� �� ��� ��������� ��������� ��� �����! ��������� ��� ���

������� ������� ��� �� ���� � ������ �� ����� �� ������� �� ��� ��������

���������� � ��������� �������� ���� �� ��� ���� ����� ������� ��� �����

���! ����� �� ������� ��K����� �������������� ��/��� �������� ���� )�

��������� ����� �/�!� ��! ������ ������� ����� ��� � �������� 1����

��� �� ������������� ��� ��� ��� ����������� �� �� ���� ����� ���

���������� ������� ��� �������� �� ����4� J���! ��� ���� ��� ���

������� ��������� ��� �������� ������ �� ����� �� ��� ���������� � ��

����� ���� ��� ��!���� ������� ���������� ��������� ���/���� �����

���� ���� ��� ������� ��������� �� �������� ���� � � ��������� ���� ���

��������! �������� ��� ���� ��� ���!��� ��� ������� 8��'���� ������

���� �6<� ��H� ��� ������ �� ��������� ������'�������

)������ 8��'���� ���������� ��! �� ��� ����������� ��/��� ��� �����!

� � ������� ����� ��� ��� ��� � ���! /��� /���� �� �� � ������� ���� ��

��������� �� �������� �� ��� 8��'���� �/� J���!� ��� �/ �� ������ ��

������ ��� ��� � ���! � � ������� � ������� ����� ��� ��� ����� �����!�

%���� /� ���! ��� �/ �� ��� ������� ���������� )���� /� ����� ��� ��$����!

� � ������� � ������� ����� 1�� ������ �����4 ��� ������ ��� ���� �

������ �����! � ���� ������ =� �� ��� ������ ������� ������ /���� ��

$������� /� ��� �������� �)���� :���� ������ ��� � ���! ��&���� =� /�

���� � �/ ������� ��/� =� ����� ��� ���������� �� ������ ! ��������

������� � �������������� ��� � ������� ����������� J���� ��� 8��'���� �/

/� ������ ��� ������ ����� ���� ���� ����� ����� �� ��� ���� ������ �����!

� ��� ������� ���������� "����� ������ � � � ������ ������ �� � �������

��������� ��� ����� �� �� !��� ��� ������ �����! � ��� ������� ����������

���� ��������� �� ������ � �$������! �� ������� ��������� �����������

-������ ��� ������� ���� ��� 8��'���� �/ �� ��! ������ � �� ������

�$��� ���� ��� ���� �� ������ �����! � ������ ��������! �� ������ ��

����� ������ ������� �������� ���� �� ������� 8��'���� ���������� ����

������ ���! ���� � �� ������� ��������� �����������

��1�.�� �!��+�����!����� "������!&�

:�������! ����� ��� �/� �!��� � ��������� ���� ����� �� �/� �������� ����

� ������'����� �������� ��� ���� �������� �������� �������� ����� ����

������������ ��/��� ����� ���� �������� �� ��� ������� 1��� (����� G���4�

��� ������� ����� ��� �������� �� �������� ! ��� �!�� � ��� �/� ���������

����� �������� �� ��� ������� ��$������ ��� ����� �������� �� ��� �������

���������� :��� ������� 5 ��� ; ��������� �� � �������� � GF�C ��������

����� �� ��� ������� ��$����� ��� �� � �������� ��/��� 65O ��� G5O �� �����

��! ��� ���� � ������ ��� ����� ����� � � ��$�����F��������� ����

���� �� ��� ��� � � ������ ������ ���������� ! ��� ������� 8��'����

�/ � ����� � ����� ����� � ������ �� ��� ��������� � ��� ������ ��$�����

���� �� � ������ ! ������� ��� ������ ��$����� �� ��� ������� ��������� ��

��� �������� ������� �� 1��� (����� G��4� ���� ���� � �������� ��� ���

���������� ! 7��� �6<� ��C��

� ����� ������� �������� $�

Page 266: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

����!� ����� �� $���� � ������! � ���� ��������� ���CF�6��� ��� ���

������� � ��������� �� �������� ����� �� ��������� ���������� ������� ,�

���/� ��� ����������� � ���� ��� ��� ������� ��������� ���� &��� ��

/� �� ���������� � ����� ������������ ����������� �� ��� �����! ��� �

���� �� ��66F�6C��

��� ������� �������� ������'����� ��� ��� ���� ��� ��� �� � &�����

� ��$�����F��������� �������� /��� ������� ���� ����������� ����� ��

+� ������� �63��

��1�.�1 ,���!�� �!"!���* "������!&�

8������ � ��� ������������ ��� ��� � �������� ��� � �������� ��������

��� ��� �������� ���� ��/� �� ���� �K����� ������'����� ����������

���� ��

&��� �������� � ������ �������)

�������� �� � ���� �������� ���������

�� ��������� ���������� � ���� ���� �

���� ���� �� ��� � ���� ��� �������) � �������� �������� ��������� ��

������ � ��� ���� ���� �! ��� ��

� ��� ������ �������� ��������� "������������ ������ � ��� �)�� �

�� ���� �� ��� � � ��� � � ��������

������� � ����� ������ �! ��� ��# ���

� ����� �� ����� �� ���� � �� �������������# ��) ������� ���� � ���� ����

�� ���� ��� ����# ��� � �� � ����

��� ��������� � �� � �� ����� "�� ����

�����) � ������� � ��� �� � ������� ���������� � �� � ������ �������)

�������� ���� ��� ��������� ����������

� �� ���� ���� �� ��� ��� ������ ������

������� ���� � ������ �� � ������� �� ��� ��� ������ �������� �������� $�

"�� ��������� ���������� � ����������

�) ��� �)�� � �� ���� �� ��� ��� ��������

������� �� � � ��� ������ � �� ��� ��������� �������� �������� $� '� ��� �� �

� ��� �����# �� ��� � ��� � ��� ��� �

� ����� ��� ��,� � � ����, �� ��� ��������� ��� �� � �)������� ������

"�� � ����� � ��������� ��� ��

� ������ �� � ���������� ����

����������3� ��� ���������� � ������� � 4�� ���� ��� ������ �������) ��������

� ������� ��� ��� �������� ��(��� �

��� �������� ������ �,��� ����)� '� ���

�������� � �������� # ��� ���������� ��� ���� �� � ������ �� ������ � �

���������� ��� ����� � $��3����

���� ��� �

��� ���� $�

Page 267: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��5�� �� �

��"�)� ��

��!����� �����������(���

���� �� �

����������)� ��������

�������

"�� ����� � ����������� ����

�������) ������ �������� �������

����)��+���������

������(������

� ��������������������

��� �� �

��� �����#106��

������ ��"��

��� ��������������������

����

������� ���������� �������

�� ��������

�� ������)�������#

��������������)�������#)��������#

��������������� � ��� ���

���������������)� �����������#112

�������� ��5�� �� ������)� �����

��� ���������� �

�������� �������

�������)�����2�7���287#

�� ��������)��� � � ����� �����

������(���

���� �� �

�����)� ��#

������������������ �������� �������������)

����������111 ����� ���� ����

���

���� �1���8��!����#�������

����

��� ������������

�)�����������

�������� �������+������

� ����� ������� �������� $

Page 268: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

7��� ��������� ��� ��������� ���� ���&��� �� ��� ��������� �� � ��������

���� � ����� �������������� 1��� ���&�4 � ��������� ����� ����� �� ��� �<

����� ����� �� ��� ���������� ��������� 5 ���&� ���� ��� �������! ����� ���

�����! � ���� ������������ �� ��� �������� ������� ���������� ,����� ��� ����

� ��� ���&� �� ���� �� ��� �!��������� ���� ��� ������� ������ ��$�����

�������� ��� ��! ��� ��� ��� ����������� ��� ��� ������� ���������

�� ��� ��� ������� ������������ ����� ���� /� ��� ������ �!������ ��

������� �� ��� ������ ������� /���� ���! ����� �� ��� ������� �������� %

��� ����� ������� ��� ��������� �� ��� ���� ������� ���� 1��� (����� G�� 4

) /� ������ ���� �!��������� ���� /� ���� �� ����� ��� ����� � ����� �����

�� ����� ����� ������ ���� ������� � ����� ��� �������� ������� ����

�������� 5������� ��!� � ������� �� �� ��� ������ ��$����� ������� � �������

�* �� ��� ������� ��$����� /��� � ������ ��������� �� ��/ ���� � ����

��� � �!�� �� �� ���� /����� ��� ������� ����������� ���� ��� �������

������� ��������� �������� �� ������� �* 1��� (����� G��� ���� �C�4� ���

�������� ������'����� ��� �� ��/ ������ ���� ������� :�������!�

��� ��$����� �������� ������� ������ �� �� "������ � ��� � ����� =�

��! ���� �� ������ ��� ����� ���� �� ��������� ������ ���� �� ������� ��

��$����� �������� ! ��� ��������� ���&�� ���� �������� ������'�����

��� � ���� /��� �!����� ����������� �� ��!����� ���� 1��� 7������

G�6��4� )� ��������� �� ���� ���� ������ ������ ��������� ��� � ��������

��� ������ �� � /�����������

I ������� ��� �!�������� ���� ��� ������� ����������� � �������� ��

��� ������� ��� ��� ������ �������� �� ���� ��� 1��� (����� G�64� ���� ���

��� �� ���! ��� ����� � �������� �������� �� ������� �� ���� ����� �

��������� ����������� 1��� 7������ G�64�

8�/�� �� �� &��� ���������� ���&� ������� �������� �� ������� ������

��� ��6G�� ���! �������� ��� �!�� � ������� ��� ��������� ������� � ���

����������� ���� �� ������L������� �� ��� ��������! ��������� ������ ��

/���� ��� ������� ������� ;���� �������� �������� � ���� ������ ���� ���

��������� ���! ��������! ����� �� ��/ ���! ������ � ��� ������� ����

������� � ��� ������� �� ��� ������� ���������� "������ �������! �����

���� 1""��4 ��� � ������� ���� �� ��� �������� ��6- 15�������� �� � ��62�4�

""�� ��������! ����� �������� �� ����� ����� ��������� ������������ � ���

�!�� � �������� ��� �- ��������� ����������� �� ���������� �� � ������� �

""�� ��� �������� ��� ������������� /��� ������� �� /������ ���! ������

�������� ���� ��� ���� 1����� �����4 �� �� ����� 1��� �����4 �� ��� �������

��$������ :�������!� ������� �������! ��������� ��� �� ������������� ���

����'�� �!������ ����! �������� ��� ��������! ��������� ����������� ��

��� ���� �����

��1�.�2 ,���!��� �� "������ ��������

*��! ��������� � ��� �!��� ��! �� � ��������� ��&������ � �������

������� �������� 7������� /��� 7��� �6<� ��C� ���! ������� ���� ���� ���

��� ���� $�

Page 269: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�������� ��/��� ������� ����� �� �����! ��������� -�������� ��/ � �������

�������� 1���� ��� ���� 25O �� ��� ������� "� �����4 ���������� � ��������

���� ��&������ �� �� ��� � ��� ���� ����������� ��� ����� �������! � �

������� ���������� :��� � ����� ������� ��� � ������ ��/��� ��� ��������

���� ������ ���! ��� �� ���� ��������� =� ���� ���������� � ���� �����

������ ������ � ������� ������� ������� ��63�� %���� �������� ��� �������

�� � �� 1������4 ������� ��! � ���! ����� � ���������� ��� � � �������

������� ����� ����� ���� �������� ��� ��� ���������� ������� ����� ���

���������� ��� � �� ���� ?������ ���������� � ��� �������� 5 ?������

���������� �� � ������������� � ��� ����� �������� ! ��� ������� ���� ��

���� ?������ ���� ��� �� �� ���� ����� ��� ?������ �� �� �� ���� ��

�������� � ����� ������ �� ����� ���� ��� ������ ����� �� ��� ���������

���� ���� �� � ����� ������ ����� �� �������� ������� � ?������ �����

����� ���� �� ���� �� ������� �������� ������� � ����� ����� 5� ����

������ ���������� �� ��� ������� ��� ��� � � ������ ! ����� ��� ����� �

���� ��� ������� �� � ������� �� ��� �������������� �� ��� ������� ���

��� ��������� �������� ��� ?������ ����������� ���� ��� ������������

�� ������� ��� ���������� � �� ����������� ������� ��63��

��1�.�0 ,!&�-�!���� �� � � ������� �������

��� ��&������ ��� ��� ������ � ����������� ������� ������ ������ ������

��� ������� ������� � ������� ��������� ��� ��$����� ��������� �������

���! ��� ������� /��� *������� -�!��� �� ���������� � ��� ����� �� ���

������ �������� ��6D�� ?������ ����� �������� ���� ��� ���� �� ��&��

����� ������� ����� �� ��$����� ������� ���! ��H<F�HH�� ��������! �����

���� ��������� ��� ������� ��������� 1��� � ���4� "����&������ ��� ���

������ ������$��� ���� �� ����� ������������ ���������� �������� ���

���� ������ �������� ���� ��� ���� �� �!���������! ������'� �� ���������

�������� ��HC�� ��� �������������� � ������ ��HG� ��� ��� ������� /������ �

�������� ���������! ������'�� ������� ������ ������ ����� ���� �����

��H2F�HD�� :��� ��� �� ����������� ���������� � ��� ���;��� ��6-P

�������� ����� ��� ����� /������ � �3 ������� ������ ������ 1��$������

��������! ���������� ��� ��������� ��� ���������� ��� ��� �� � �������

�������!� ���� /������� ���������! �� ����� ��������! ��������� �������4

��� ��� �������� ! ���� ���� H<Q �� �������� �� ��� ������� ��6-�

���

.�� ���

���� ������� ����� �� �������/ � ��������! ��������� ��� �������! ���������

���������� ������� �� ��������� *������ �� 1��������!4 ��������� ������

���� � ����� ���������� ���� �� ,+5 ��� ��� ��������� �����

� ����� ������� �������� $�

Page 270: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��2��

�����!�* ������� "���������

7�������! ��������� ���������� ������� � ��� ��������� �� ����� �����

������� J���!� ��� ��������� �� ����������'�� ! ��� � ����� ��������

������� ���� 1%4� ������ 1: �� ��������4� �� ����� 1" �� ���4� ���� �������

� ��������� �� ��� ���� ����� ����� 1R64 �������� ��� ��� �� ���

��� ���������� &��� �� �� �� ����� ������ �������� ��� ������ �������

��$����� /������ ��! ��������� ���������� �H3� �C<F�CH�� ���� �� ���

������� ������� ���! �� ��������� ��$������� ��� ���! ����������

������� ���� ��� �������� ���� �� ���������� � ����� ������ �����

������� !��� G<FGCQ ���������� �� ����������� �������� �����

*�E�� �������� ���� ��� �������� ! ����!��� � ������! ���� ��

������ �� �- ����������� ��- �2�� �CC� ������� ���/���� �� ���������

��$������ ! ����� ������ ��$����� ��������� ��� ��� ���������� ���

&�� � ��������! ��������� ����������� �� �������� � ����� ���/���� ����

��������� ���� ��� ���� ���/���� � ��� �������! ��������� � �������� ����

��� ������ �� ��� ������ ��$������ 7��� ���������� ���&� �����&����! ���

��� ��������� ��� �� � ����� � ��$������ ���� ����� ����� ��� �����

������ ���������� �� ��� ��� ���� �������� ������ ���������� ��

������� ��������� ��$������ �� ��� ��������� ��� �������� � �����

���� ��$������ �� ���� ��� ��������� ���&� ���� ������ �������� ���� ��

�7) 8;57� 1��� "������ �4� 5 ��������! ��������� ������ ���� �� ����

�������� �� ����,:- ��CG� ��������� ������ 3<Q � ������� ����� �����

����������� �� �������� ���� ��� �� ������� ��� ���������� �������

��C2��

��� ������ ����������� �� ���� ���� �� ��� ��� � ���� ������� ���

������ ���������� �������� =��� � ����� � �������� ������� �� ����� ��

�� ����� � �� ������ � ��������� ���������� �� ��� ��� ���� �� 7I�*5

��C3�� M�,:- ��CD� �G<�� �� "I-: ��G�� ! �!���������! ������'��� ���

���������� �� � �������� ��� ! ����� �������� ���� ������� �� �������

������� ���������� ���� �� ������� ������ �������� ��G���

%����� �� �������� ��������! ��������� ���������� ����� � /���� ��!�

���� ���� 2<Q �������� ����������� ��� ������� 6- ����������� ����� ���

������ ����������9 ���� �� �������� ��� ��������� ��������! ����������

/��� ��� ������� ���������� ��G6� �GH�� ����� ��������! ��������� ������

���� �� � ������� ���� �� ������� ��$����� ��� ��������� ��������� ��H2�

�� ������������� � ���������� ������� ���� ���� ��� � E������ ������� � �

��������� ��������� (��� �� ���������� ����� � ���/ � ����������� ���

���! �� ����'� /��� ������ � ������������ ��������� ��� ��������� �

��������� ��$����� �������� � ����� ���/��� ����� �� ��������� �������

����� ��� ������'����� ������� ������ ������� ���&� ���� �� ��� � E������

�������� +����������� ��� ��� � ��������! ��������� ����������� ������!

�������� ��� ���������� � ������ ������! ��������� �� /� �� ����

���� $����! ��H2� �GC��

��" #�� ��� $$

Page 271: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

I� ��� ����� ����� �� ���! ��������� ��������� � �� ����������� ���

�������� ������ �/�!� ���9 � �� ��������� ��$������ ��� � �����

��� ��������! ��������� ����������� ���� �� � � ������ $����!N ��� �����

/���� ��������! ��������� ���������� ��� ������ ��� ������� ������� ���

������ ��� �������� ��������

%��������� �� ������!�* ������� "����������' ����� ������� ������ ���

������� ���!��� � ���!��� ��� ������� �� ���/� ���������� ��� ��������

��� ����� ��������! ��������� �� /� �� ��� ����������� 1��� ��� 7������

G�C��4�

5 ����� � ��� ��� ���������� � ����������� ��$����� �� �� �� ���� ��� �

��������! ��������� ����������� ��� � ������� �� ������� �����������

/��� ��� ������� ������������ :�������� ���� � ��� ��������� �������

/��� ��������! ��������� ����������� ���� ��� �������� ! 8����� �� ��

��GG� 6�G�� ���� ������� �� �� ��������� � ����� �������� ���� ���� ��CC�

�G2�� )� �������� HDG ��� ��������� 17- ����� � C� /���� �� ���� �����

���� ���� �����! ��� ���� �CQ ��$����� �������!4 �������� ��� ���� ���

�������� 3� 3H2 ��������� �3 G23 ���� ���� 1%4� �2 2H� ��� ������ 1:4� ���

6G H�3 ��� 1"4 ���������

��� �������� ������� �� �������! �� R6 ��&��� �� ��� ��� �� � ����

���� �������! ��������� ������� ! ��� ��� �� � ��������� R6 ��� ��� �

�������� �� ��� �������� � ��������� �������� R6� �� � ��������� ���

�����! ���������� R%� R:� ��� R"� I���� ������� ��� ������� �!��� �

���������� ���K������ �� ���� ��� �!�� ��� �������� � ��������! ���������

������� ���� ������� 1�������� ! ,��� ��G3� ��� ������ �������� �� ���

"57� ����������� ��GD�4� I�� ������ �� ��� 7I? 1������� ������4 ������

���� ��� ������� ���� � ��������! ��������� �������� � ��� ����� � ���

������ � ��������� ��� ���� ��������! ������� ��� ��� ����� ����� �

��� �/� ���������

*��� �������� ��� �������� �� ������� ���� � ����� �������� ��

���������� ��� ��������� � ��/ ������� ��� � ���� �� ��� "57�

/� ���� �6�2� ��� � ������! � �������� ��� � ���� �� ��� :?5 ����

�6�3��

��2�1

/���&����+-!��� �� ������� "���������

+��,����� �� ���������-����� ������ ������ ����������� ��/��� � ����� ��

$����� ��� 1��$������ � 4 �������� � ���/� 6- ���������9 ��� �����!���

���������� �� ���� ��� ���� ������ ��� �/� ��$������� ��� ���� ������

��� ��� �/� ������������� 6- ����������� ��� ��������! �� ���� ������

�'�� �� ���������! ������ $���� ��!���� ����������� ���� �� ����������

� ����� ����� �� ����� �� ������� ������� ���� ����� ������ ��� ������� ��

� ����� ������� �������� $�

Page 272: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������ ������� �� ��� ������� )� ������� ��������! ���������� ��! �� ���� �

����� ��$����� �� 6- ���������� ��� � � ���! � ���������� 1�� ���4 �

���/� ��������� ���� ���� �� �������� ����� $�����!��� ��� ��������! ��

������'��� ����� ������ ���������� &�� ��� �� ��� ��� � ���! ���� ��

���� ������� � �� ��� ��$����� �� $��������

-�������� �� ��� �!�� � ��� ������� �������� ��� �!����� �������

���� ������� ��� � ���� �� &�� ������ ��������� �� ��������� ������

���������� ���� �� � ����!�� �� &�� ����������� ��������� )� ��������� �

�/� ���� �������� ��2<� ��� � ������ �� &��� ������! � ��� ��� � �����

���� ��� ��� � � ���� � ���! ����� � ����� ������� ������� ��� ���

��������� ��� 1���� ""� ��� ���;���L��6-4 ��� ���� ��� � ���� �������

������� ������� ��� � ���� ������� �������� �������� 1���� �����������

��������� ��� ���;���L,-�4 �� ������� ���� �������� ��������� ��� ��

����������� ����� ��� ��������� ������� �����������

) ����� �� �����&���� ��������� ��������! ��/��� ��� $���! ��$�����

��� �������� �� ��� �� � ���! ���� �� ���������� ��������! ��������� �

�/�� ! ������! ������� �� ��� ������ � ������� �� �� ��� !��� ���

�� � ���������� $����!� ) ��� ���������� ������� ��� � ���� ��� ���� � ��

��� !�� ����������� �� ��� �� � ���!� ��� ������ /� ��� � � � �� ����

�� /��� ��� ��/ �� �� � ��������� ���� �� ��� ��$������ �� �� ��� ���

������� ���� ���� � ��� ��� �� ��� � ���! �������

��� ��/��� ������� ��������� ������� �� ��������� ��$�����

��������� ��������� �� ��� �!��� � ������� ���������

��2�1�� 0 � !&����� ��� ����"���� �� ��1����+������� !&������� !��

� ��!����

)� ������ ��! ��������� � � ��$����� � ����� � ���� � ��������� /��� ��������� ��� � ����������� ! � ����� �������� � ��� �/� ��$������� 5�

�� /� ���/� ��� ��� �� � ��� �� � ��������� � ��$������ � ����� � ��

&���� �� ���� ��2��9

� ��� ��� ��� ����

� ���������

� � �� � � ��

��������� ���������� ����������� � ����� � ��������� ��/�� ! ��

��������� � ��������� ��������� �� ����� ������ (��������!� �� �������

�������� ���� ���� ��� ��� � ��������� ���&�� ��� ������ ��������

����� ��� ���������� ��� �� � ����� � ��������� ��� � ���� �K

�����! /��� �!����� ����������� ������� �� �� ��$����� �������� 1���

"������ � � ���� �����4� -�������� �� ��� ��� ���� �������� ����������

/��� ���&�� ��� � �������� �� $�������� 1����� ��� �K�� ��� �����!

��������4 /��� ��� @���� �G� �� �� �� �� ���� 1������ ��� �����4 /��� ���

+������� ��� =����� �2� ���������

��" #�� ��� $�

Page 273: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� ������� ����� ������� ��� ��� ����������� ������ ��� ��� ����!

����������� 8�� ���� � � ������ ���� � ������ �����������!� �����

���������� ��� ���� ��! � ���! ������� � ��� ����� ���� ��$����� �� ��

� ������� /���� �� �� ��� ����� � ���������� �� �������� )� ��������� ���

������ ����� ������ ���� �� � ������ �������! ��������! �� ����� ��

����� ����� ����������� ������ ��� ���� ������ � ����������� ������ ��

�������! ����� � �������� 5�� ��� ��������� ���������� ��� �� �������

�� � ��K��� ��2�F�2H��

)� �� ������! ������� ���� ������� ������������ ��/��� ����� ����� ��

����� ������ ��� ��������� ��� ��'��� ������ ������ �� ������� ��� ���!�

7��� ������������ ������� ��� ��� � �!����� ����������� ������� ��

��� ������'����� 1��� 7������ G��4� )� ���� ����� ��� ������� ������'�����

��� �� �� +� ����� ������ �������� ��� ������! ��� ������� � /�����

������� � ��������� ���� ��� ���������� +����������� ����� ��� ����

���������� ��!��� �� �� ��� ������� ��� ��� ���� ������ �������� ��� ���!

�� ���� ��� ��� �� � � ���� �������� ���� ��� �� ��� ��&�������� � ���

������� �������� ���� ��2C��

)� ��������� ���/���� ���� �������������� ������� ��� � ���� ���

������ ���� ������� ��������� ��� �/� ��E�� ���������� �� ���/����

���� 6- ��������� ����������9 ����! ��$����� ���� �������� ��� ����

��� ��������� ��������� ���/����� ��� ����� ���������� ��� � �����&��

���� ��$����� ������� ����� ��������! ��������� ���������� ��� �������

����� 6- ��������� �������� 1���������4� 5� �� ����� �������� ����/���

������ �� ��������� �� ������� ����� !� /���� �������� ��� ������&��

��� ��� ��$����� ��� ��������� ������������ ��� ���� ����� ��������

��� ����� �� ���� ���/� �� ��/ ��� ����� ! ������'��� ���� �����!

������� �C��

I���� ���������� ��������� ���������� �������� ���� �� ��������� ��

��� ����/�!�� ������ ������ ���������� ��� ������������ ������� �����

1���� ��������� ��� .. ����� ��$����� �� � ��L���������4� ��!���� �������

1 ���� �� &����� ������� �����! ������������ �� ..���������� ��!����

������� ���������4� ��� ��� ��������� �����

��2�1�1 �1���� ��� ���

7�������� ���������� ��� � �������� ! ����������� ��$����� ����������

����9 ����� � ��$����� � ������ �� �������� ������� � �� � ���! !

��������� ��� ���������� ��$������ � ��� ��� /��� ��� $���!� ) � �����

����� ��� �� ����� ��� �� �� ��������� �� � ���� �� ��� $���! ��$������

��� ��$����� �������� ��� � ���� �� �����! ��� � ���� ��� ���

������&�� ������� ���������� 7�$����� �������� �������� ��� �������!

��� ������� ���� ��!��� �� ������! ���������� ��� ���&� � �� ���

��� �������� �� ��$����� ��� ���! ����������� ��������� ��������� ��

$����� ���&� ��2GF�3�� ������������� ���� �� �7) 8;57� �D� ��� �������

����� ��$����� ������ ������ �� ��������� ���������� ��� ���� ��$�����

� ����� ������� �������� $�

Page 274: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� ���� ��� ����������� ������� ��������� �������� )� ����� �� ������� �

���������� �7) 8;57� �� ���� �� ������ � ��$����� ���� ���� �� ����� ��

���� ��$������� �� ������� � ������ ��������� �� ������ � ���������

���&� ��� ��� ��� �� ������ ��� ���� ���� ����� ��� ���&� ������� � ���

$���! ��$����� ���� � ������� � ���/� ��������� �� ���� 5� : ���� �� ����

�� �������� ��� ���&����� �� ��� ���� �����

I���� �������� ��������� ���������� ������� ���� �� ��$����� ����

��� (57�5 ��C� �3�� ������ *����� ����� 1%**�4 ��C� �G� �3� �2D�� ��

���������� ��$����� ������ ��3��� ��� ��������� ���&� ������ ��D�� 7�$�����

���!��� ������� ��� ��������� �� ����� �� "������ �� ��� ������ � ����

������� �� ��� "57� ���������� ��� ������ �� �� ��C2� �36� �3H��

��2�1�2 �1���� !�� ������!�* �������

:����������! ���������� �� ��������� ��������! ��������� ����������

��� ��������! � ������ ���� ��$����� ���� ������� �� ��������� ���

�������� @���������� ���� ���&� ��$����� �������� ��� ������� �����

�������� �������� �� ��� �������� ��������� �������� ������� ���! �

��������� ��� ������� ��������! ��������� ����� � ����� ���/��� �� ����

�� /��� � ���&����� ������� �� ��� �������� ��H2� �C2�� B������ �� ��

��3H� ���� ��������� ��������! ��������� ����������� �� ���� ��������� ���

������� ��������! ��������� ������� ����� ��� ������� *5� ��GH��

��2�1�0 0����!�* �������+-!��� ��� ���

7�������� ���� ������� ��� �����/�� �� ��3C� ��� ��� � �����&�� ����

�/� �!���9 ���&� ������� ���� �� �!����� ����������� 1��� "������ �

� ���� �����4 �� ��������� ������ ��������� � ��������� �������

����� ��� ��������� ���������� ����� � ���� ����������� ��������� �6<�

��C� �63� �3G� 1��� 7������ G��4� ��� ����� ������� ��� ������ ����������

������ ���������� ��2C�� ����� ��� ���� ������������� ��������� ��32�

�33� �� ����� ��������� ���������� �� ��� ������'����� ��3D� �D<�� ,����/�

��� ���������� � ��������� ������� ��� � ���� �� ��3G� �D�� �D���

���2&� � ��!���� ��� ��� 5� ������ �� �� 7������ G��� ��������� ���� ����

��'� ��������� ���&�� ��� ��� ���� �� �� ����/��� ��$����� �������� ���

��� ���� �� �!����� ������������ ����� ������� ���� ��� ���������� !

:���� ��� �� �� ��6G� �D6� �DH��

7����� �������� ����� ������ ��$����� ���������� ��� ��$����� ���

&�� ��������� �� ��� $���! ��$����� �� ��� ��������� ������� ���� ���

������ �� ��� ����������� �� ������� �� ����������� ���������� ��<D�

�DCF�<6� ������! �� ��� ��� � ������ �� ��������! ��������� ����������

��� ��$����� ��������

��" #�� ��� $�

Page 275: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

"�� ����� ��������! ��������� ���������� /��� ���&� ��������� ��GC�

�<H� ��� ��� ������������ �� ������� ��������� ���������� �� /��

5� ������� ���� �� �!����� ����������� ������ ������� �� ����

/��� ����������� ��������� ��� �� ���� ��'�� ������������� ��������

��3D� ��� ��� ��������� ���� ������ ������� ������ ���������� � ���&�

������������� )� ��� &��� ���������� ��� ������� ����������� �� ��&��� ���

��� ������� �������� � ��� �������� )� �� ��$���� ������ ��� ������ ���

����� ��� ��� �������� ��������� ������ ��� �������� � ��� �������� ���

���� �� ���� ������ ��� ������� ��������� ��� ������ ������ ���� ���� ���

��������� ������� ��������� ��/���� ��� ������ �����������

5 ������ ����!��� 6- ��������� ���&�� �� ��������� ������ ��

������� ��� ��� �������� ! 7���� ��� �� �� ��<C�� ���� ������� ����

6- �77* 1����� ���������� �������� �����&� ������� ������4� ���� ��

$����� ���&�� �� ������ ���� ����� ��� ���&�� ��� �������� ��� ����

�� ��$����� ��������� ����� ��� �������� ������ ���� �� ����������

�7) 8;57� ���&�� �D� �<G�� )� ����� �� ��� ��������� ����������� ��� �

�/��� �������� ��� ��� �������� 1��� (����� G�H49 �� ��! ������� � ��

��� �� � ���!� ��������� ��� ��� � ������ ���������� �� ��� ��������!�

(�� ��! ��$����� " �� ������� ��� �7) 8;57� ���&� ��� � ��$�����

���� ���

������� � ��� 29�&!!: ������� �������� �������� ���������; �� ��)

������ � ���������)� &!'�$% !" ������

��� ����� ��� ������� ��� � ��� ���

��������� ����� ���� � ��� � ����������)�������� �����) ������ � �� ��� �� � �

��� ���� � ���� � ��������� �����

����� ������ ��� �����) � �������� ������ ����) �������# � ���� ������

������� ����� � �������# ����� � ���

&!'�$% !"# ��� ��� ����� ��� �������

� ��� � �)����� ���������� �� ������� ��������� ������

� ����� ������� �������� ��

Page 276: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������ � " ������� �� ����������� ���� ��� !������ � ���&� ("� ��� ���

&�� �� ��� ��$������ �� ��� ���� ��� ���� ����� ��� ��������� ����

����� �� ��� ��������! ��� ��� ������ �$��������� � ��������� ���� ��

����� �� ������� ��� ��� ���� ��� �������� �� �� ��� ���������! ���/ �

���� � ��$����� ��������!� ��� ������ �� ���� ����� �������� ��� ��������

�! ��������� � ��� ���� ���� � ������� �$��������� ��� � �����������

��� ���� ����� ��� �������� �� �� ��� � ��� ���������� ����� � �� �

����� � ���������! ������ �������� �� ����� �� �� ��� ��$����� ���������

1���������4 ������� ��� �� � ���! ��� ��� ���������� ���&�� ��� � ���

����� �������� ���� ���� ��� ������ �� � $���! ������� ��� �K�����! �

���� ��� ��������� � ��$����� ���&� ��� �������� ���� ���&� ������� �

6- �77*� ��� ��� � ���! ����� �������� �!����� ����������� ��������

-����� ���� ������� �� ��������� ������ ������� ���! ��� ��������! ���������

���������� ��� ��������� ��� ��������! ��������� ���������� �� ��������

/��� ��� ������� ����,:- ��CG�� ����� ��� �������� ��������! ���

���� ����������! ��� ��������� ���������� ����� � �� ��� ��$����� ���

��������� ���� ���� ����� ��� ���� �������� ������ 1����,:-4 ��� ���

������� ������� 1����,:-4 �� /� �� ���� ����� ���&� ������ �������

1�7) 8;57�4 ��� ��������� �����&������� 17"I�4� ��� ��E�� ������������

� ��� ������ ������� �� � ���� ����� �� ��� � ! ��� ��� ����� ���&�

������������ ��� ���������� � ��! ��������� ��� �� � � ������� �����

���!� +����������� ��� ���������� � ��� ������ ��� ��� ���/� ��

������� �� ��$����� ������ ���� �� � �������� � �6G ���������

������� ����� ���� ������ � �������� /��� �7) 8;57� 1��� ��<C� �� ������

� ��� �������� ������������ ��� ��� ������ � ������4� %���� 6- �77*

/�� � � �� ������ �3Q � ��� ������ ��� ������� �� ����� � �� � /� ���

���� �� ��� 8��������� *������ ;� ������! � ��� )������ "����� ,�

������ (��� ��<C�� )� ��� ����� "57� H ��� "5(57� � ����������� ���

���� �������� ��� ��� ���������� ��������� ���������� ������ /��� �����

��� ���� �������� �������

�"���!& � ��!���� ��� �&& "!������3�����!����� "������!&� ��! �4 !�����

�����!���� J���!� ��������� ������ �� ������ �������� ������� ���

������� ��������� ��� ��9 ����� ��� ��������� �� ����������� ���� � ��� ��

. � ��������! ��������� �������� /���� ��� ���������� &��� �������� � �

��&���� ����� /���� �� ���� ��� ��/�� �� ��! ��������� ��������� ���

��� �� ������� �� &����� � ������� � ��$����� ��������� ���� ��� &���

��������� � � ��� &��� �������� � ��� ���������� ���� ������� ��� �� �

����� ��� ����� �������� � ��� ��$����� ��������� ��� ��������� ��������

��� ��� ��� ����� ������������ ��� ���� ���������� ����� ���� ���� ��

��$�����F��������� ������� �� ���� ��� ��������� �� �������� � ���������

��� ��������� ������ ��� ��������� ����� ��� ��� ��������� /���� ���� �� �

������ �� ���������� ��� �������� ����� � ��� �� ��� ��� ��������� ���� ���

��� �������� /���� ��� ����! ��� ��������� ���� ����� ������ ��� ����

��" #�� ��� ��

Page 277: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

����� ���� ��� � ������ ��� ��� �������� ����� �� ��� ����� ���� �������

�� ��� ����� �������� ������

��� ������� ��������� ��� �� ��� � ���� ����� ������ ����� � ��'�

���������� �� � ��� . ������� � � ��� � �� ������� ���������� )� ����

������ �� ��� �������� �� �������� /��� � ��� ��� �� � �������� ��

���������� ����������� � � �������� � ��$����� ������� ���� ���

����� �� ����� �� ��������� ��� ������ ��������� ��� � ���� �� �����

��! �������� � ������� �������� ���� ������� �������� ���� ������ �� ���

������� ��������� +����������� �� &�� �������� ���������� ���������

������ ������� ���L�� ��������� ������� �� � ���� ��$����� ��������� ��

��������� ��/��� ��� �/� ��������� ��� ������� ������� ��� �� ���� ���

���������� ������� ���! ��������!� 5� � !��� �� ������� ������� �������

�� � �������� ������ �� ������������ ��/��� ������ ��������� ��� ��

����� ��� .�������� �������� ��� � ���� ��� �� � ���������� ����

������ (�� � ���� ���� � �������� ���� ����������� ��������� �� ��� ����

�! ��� ������������ ���� ����� �/�!� ����� ����� ��������� �� ���

�������! � ��� ���������! ������ ���������� ���� ����� ����� ���� ���

�������� � ����� ��������� �� ��� ������� ������� ����� 7��� ���������

��� ����! ���� ��� � �����! ������ � ��� �������� ����� �� ���� �����

������ ������ � ��� ������� �������� ����� � ������� �������� ��<2��

5�!�� +!��+-��� !&����� �� ��� ��!����� � ��!���� 5� �������� �� &��

��� ��� �� � ������� � ������ ���������� ��/��� � $���! ��$����� ��� �

��������� ���� � ����������� �������� 1������� ��������� ��<3�4 ��� ���

������ �� ! ;������ ��� 7���� ��2C�� ��� ������� ��������� �����'�����

�� ���������� �� ��� � ��������� �������� �� ��������� ! ��������� �!�����

����������� 1,-�� ��� ��/4� ��� ������ ��� ��� /��� $���� ������

������� �������� �������� � ���� ����������� ��������� ��� ������� ��!

���� 1�����4 ������������ �� ��� ��� �������� ��� ������ ���� /��� ���� �

���� ��� ��� � ���������� �� � ���� ����� �� �K����� �������������� ���

��������� ����������� ����� �� ��� ������� ������� � ����� � � ���

��������� �� ��� ����� ����� ���� ��� ��� � �������� ���������� ��� �

��������� ! ���!��� ��� � ������ ������� ����������� 5�������� �� ���

������� ��������� �����'����� ��� � ����������� ! ��&���� ��$�����

��������� �� � ������ ���� ��� &��� ��������� �������� � ��! ���� �������

���� � ������ ��� � � � � �� �� � "��� ������� %�� � � � �%�� ��� ����� ���� �����

��� ��� ������������ ��&�� ��������� �/�� ��� ����� ����� �� ��� �����

���� �� � ����� ���� ��� ����� � � ��������� �������� 5 ��� � ��������� ��

���� ����������� �� � ������ � �/�� ���� ��� ����� ����� ���� �� ��� ���

����� %� ��� �������� � ���������� ������� � /��� ��� ���������� ���� ���

����� ���� ������ �� %��/� �� �� ��� ����� ���� ���� ��� �������� ����������

� ����� � ���������� ! �������� ���� � ��� ��� � ������� ��� � �� ����

���� ����� �� ���� �� ��� ���������! ��������� ����� �� ���� ���� � /�� ������ �� /� ��� ��� ��������� ��� ���������� ����� �� ��� ����� � ��� ��

����� ) ��� ��� � ��������� ������ ������� ��� �������! ��� ��������

� ����� ������� �������� �

Page 278: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

����� ���/�� ��� /��� ��� ��� � ���������� ��� �������� ���������� ��

���� �� /��� ��� ������ ��������� �������� ��2C�� ����� ������ ����� )

������� ���!� ��� �������� /� ������� ��� ��� ������� �������� ���� ��

��� :��� ���� �� ������ �������� ��� ��� ����� ��� �������� ��� �

��������� �� ����� �� ������� ���������� ������ ��������� �������� ��

������� ��� ���� ���� ��� �������� �� ������� /���� ��� ��! � ������ ��

�������� ���� ��� /��� ������ ����� ��� ��� �������� �!����!� �� ����� � ���

��� ����� �� ��� �� ������� ��� ���� �� �������� �� ��������� ��� ������

���������

��� ���������� � ��� �������� �����! ������� �� ��� ���������! �

��� ����� � ��������� ���� ���� � ����! ��������� �������� ����

�����! ��������� ���� ���������!�

"���������� ��� ��������! ���� ������ ������ ;������ ��� 7���� ������

������� ��������� � �� �� 0�1 � /231 ��������� ��� ������ ��2C� 1�� �

G��4� /���� �������� /��� � ��� /42 ������� ���������� � ��� �������

������� �� � ������ ! 8�!��� ��<D��

-������ ��� ��� ����� �� � ��� � ��������� ���������� ��� ������ ����

���� ���� � �������� �� � ��� � &�� ������! ���� ������� ����������

��� �������� � �� �! ������ ������� ������� ��� �� ��� � ��

����� ����� � ���/� ��� �� �������� ��&�������� �� ��� ���� ������� �!�

����� +����������� ��� �������� ������������ ���� ������ �������� ���

� �������� �� �������! ������� ��� �� ��������� /���� �� ���� ������

���������! �������� ��������� ���� ���� �� ��� ���������� ��� ���

�������� � ����� ��������� =������ ��� ���������� ������'����� �� ���

������ � ��� ������� �������� �� ��� ���� �������� ����� �� � �������

���� $����! ��������� /��� � ������� � ������ � ��������� ���������

������� �� � �����

,�����!� #� ��� #� �������� � ��/ ����� ��� ���� �������� ����

�,I7�:"� ���<F���� �� ��� � ��������� ��� �� /���� ���������� ��

&�� ��� �� �! ������ �������� �� � ������� ������� �������������

����/��� ������� ����� 1�� �������� �� ��$����� ������ ����������� ���&�

������ ��� ��� ��������4� ��� �������� ��� ����� ����������� ��� ���

���� ������ ����� ! ����� ����������� � ������������� � ��� ��$����� ���

���������� ���� ���� ��������� ��������! 1�%4 �� ������'��� ���� ��� �����

� ��� ���������� ���� �� � ������� ��� �� � ����� ��������� ���� 1���

�����4� 5� � ��� ��� �������� � ��� ����������� ���� �� � ����������

��� �% �� �� ��������� ����� ����������� ��� ������� ���� � ��� ���

������ )� ������� �������� ��� �% ��� ��� � ������ �� � ��� 1�34 ��

��������� ��� ��� �������� ��� � ���� ��������! � 5���% ��%���� /����� �� ��� ������ ����� ��� 6 ��� ������� ��/�� ��� ����� 1�� ��� ���

���� ������� 6 � �<4� 5����� �������� ��������� ��������! ��������� ����

������ �������� ��� ����������� ���������� � ��� ��������� ��� �,I7

�:"� ������ ��/� ��������� ����������� �� ��� ������ ������� ���� ��

���/� ����&�� ����� ������ ���� ���������� ��� ��� ����� 1+I:L+*,4

�������� ������������ ��������� ��� ��� �������� �� �������� ���� ���<�

��" #�� ��� ��

Page 279: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

0!-����

&����� ���������� ����

��������� �

��������� #���� #��� ������� #����� ��������

�����������( �� �����///

:�<������� ���������������

��� ������������������ ���� ;

����

����

�����

��

�������

-���8��

�1�-84

����������� �����������

����������

����9LL/

//���� ����L�� L

,������J��������!�+M�J"7-���

�+)7��

=���������

��HC��3H�

*������*������-��� ���1*

*-84

7��������

����157+���:����'4�?�����'�����1��6-4

������������

����������

���1?57�4�7��������

��������!-8

����9LL/

//��� ����

��������L7��������L

+"8)�+)%

�8��������7�8�!��

���

��

��3C��3G�

*������,J7J����!

5�����������

�����-8���� �����

����

��!

����������1�� ���4 !���

�L��!/���

����9LL�

� ��������������L��� ��L��

�-85�5@����

%!������� ����

�����&�����������-8����

������

���!����������������

����9LL���������������L�������L�� S

��S�S���

������

�-87J*

7�����!��

���

����������-8��

�����

����9LL/

//� ������

���������L ��

L

�� ���L

J��������!

"�����;������,�;����/���

��32�

7/��� *���

=����������������

���!���������

��������

�����

����9LL/

//������!���L�/����

��L7=)77

*I-:;����

7/���)��������

�8�������

�����17)84�

@��

����"%�*��������

����

��33�

*��8���

5���������!���

������

��������������

1*I-:;;:,4

����9LL�������������������L�

�����L

����������

,�������J��������!�+>�5�7����

��

��H6�

�������

,�������:�������7��������

)����

�������@��

����:�������

1�,:75@:4

,��������������

������������������������

���E������

�������������������������

������1�������

�������������

����������������

���������

�����������

���������4����������

����9LL�������� �����!����

J"8�����!�7�8������

����

��3D�

� ����� ������� �������� ��

Page 280: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

7��������@��

��������E����

,��������

���

������������������������

���E�����������

���������������

����9LL/

//�������������

���������

����9LL/

//���������� �����L7��@��

����

��HG�

@��

�"��

���

�������

�����

1�������!4��$���

������

����

����9LL �������

�!������L���

���L

>��J��������!�*�@���������

��

*�����������*������

��-��� ����*�����������*������

��/���

5���������

������@��������5��!���

����9LL �������

�!������L*

�*

��-

8L

>��J��������!�*�@���������

��

��D<�

8)+

--��� ����������������������������

����9LL/

//� ������L

7��

��;����

��

,�������)���������

��������"�%������

��

��D���D��

-)�

-��� �����������������������1;����������

!������! ���4

����9LL������� � ���������

J";��5������)�#��

�������

��

�D��D6�

!�������������� �

������� ����������������������)��� �������;

����

����

�����

��

������������������

7��������"����&���������������

17"I�4�"��

������JB

*�E����������������&��������������

����������

����������1*

��'��

����4

����9LL������

�� � ����

������L����L

"��

�����J��������!�JB�5�*��'��

����

��HC��3H�

7��������"����&���������������

1"5�%4�"��

������JB

*�E����������������&��������������

����������

����������1��������LI

�������

��4

����9LL/

//� ������

���������L ��

L����L

J��������!

"�����;������M���������

����

�HH�HC�

-�����������

����������

���(77�

���������

�����&������

�������

�����&�������������������������

��-��

-�����-��������!1-

--4

����9LL/

//��� �������L���L

����9LL/

//��� �������L���L���L�������

:8)�"��

������;�%��

����

��<���D6�

�DH�

6-��

-��� ��������������������

����9LLE����� �������93<3<L6-��L���L���S

���������

:8)�"��

������@�8�������

��

%I*7�,5-

-��� �������������

����

�������

������9LL/

// ��!��� �������������L�

��������L

B�*�'��������

��

�����

��" #�� ��� �$

Page 281: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

0!-����1���������4

����

����

�����

��

6� ��

-��� �������������

����

�������

������9LL/

//��� ����� ������L�����L��L

������

7������������5����

��DC��DG�

-��� ����6 -

�������

7��������

"��

���������

�5�������

6 -

�������

7��������

"���������

���5������

������"�� ��������:����

����1":4*�����

����9LL����������L������

J"7��

-�����"5���8�������

��

��D2�

������ �����

��������������

�-8H<

H<Q

��$���

����

7"I���

��������

�����&�����������

�����

����9LL�����������������L

7������

J��������!LJ

"8�����!�7�8������

��2��

�� �����

+�� ��������

�������

���������$�����

������

��9LL����� ����� ������L�� L���� ����L

�� S�����L�����9LL/

//��� �������L

/����L�����L

:*8;�%� ���

����

��D3�

����

��

+�� ��������

�������

���������$�����

������

����9LL/

//��������L��������L� �L

��� ����L������ ����

(��"����"��

���"��

���������������

,�-�� ����

(77�L-

��

;�������������!�����������

�����������

-��

�������������

����9LL/

//�� �������L���L���L�58;:�����

:8)�"��

������;�%��

��DD�

���

+����������

���$���

��-8

����9LL ����/�������L�� L��� L

=���������J��������!�=�@���

%77�

-��� �����������������

�����$���

�����

���/

�����������

����9LL/

//����

����� �������L����L

:*8;L:8)�,�7���������"�7��

���

�2H�

�����

���

��

�,I7)�:

-��� ������$���

������������

����&�����������

���������

�������

����9LL/

//������!����L�������L

7/���)��������

�8�������

�����17)84�

5�8������

�3G�32�

� ����� ������� �������� ��

Page 282: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

8;I"B7

J�������

��$�����

��������

� ����

����9LL �������������L

M�%��

����

�7�%��

����

�6���H��

:*���

-��� ���������&������$�����

����������

������

�������������

��� ���������������

����9LL�

��������

�������L�����L

7������

J��������!�-�8�����

����

�3H�

�,)+

�7

-��� �������!&����������

����9LL/

//� ��������������L� ��/���L

�,)+

�7L

*��

�������J��������!�JB���

5��/���

����

�36�

�,I-I*

-��� �����������

������� ����

��8;57�

��$�����

�������

����9LL/

//���������������L����������

)+,5�(,�(�"�����

����

�2C�

�(5*

-��� ������������

������� ����

����$���

��

�������

����%**

����9LL/

//����

���������L7��/���L���L

7��

���

"��

����"��

������JB�5�8����

��

����

�����H�26�

)�������

"�� �������������E��

�������

���!���� ����

1�,)+

�7��,I7)�:��������-��

4

����9LL/

//�� �������L��������L

:8)�"��

������,�5�/������

��

�2G�6<<�

�,I�I*5�

"���������������������

�����

����9LL/

//���������������E������

����9LL������������������

"����J��������!�@�>�����

��

��C2�6<��

7*5,�

-��� �����������������

�����������

�������

����9LL��������

����� ������

:*8;���8���

����

�6<��

7>7�:,7

"���������7/���������$���

������8;57�

����9LL/

//���' ����� ������L� �L��������L

������L�!��������

-B(T�%���� ����5�B������*�?�� ���

�6<6�

"I@7

"�����������������������1��$���

���

�����������

�������������4

����9LL�� ����

��������L"I@

+"8)L+)%

�:�B�����

����

�6<H�

��" #�� ��� ��

Page 283: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� �� ��� ����������� �� ��� "57� ���������� ���6�� (�� ��������� ���

������ �� ��� "57� �������� � ����� ���/��� �������� ��� ��� ���� ��

������� ��������� ������ ���� � ���&����� ������� ���� �� � �������� ���

� ���������! ���������� �������� ����� 75,(� )� ��������� ��� �������

��� ��� ��� �� � ���� ����� � ���������� ����� � �������������� ���

��������� ����������� ��� ����� ���� ���� ��� ���� �� � ���� ������

���&����� �� ��� ����������� ���6��

6������� ��!�� "�������� ��� �&& � ��!���� -!��� �� ���&!��� !���!&���

!�� ������� !&����� �� -�&�������� � ��� ������� ������� � ������ ��� ���

� �������� ��� �������� ������ ������� �� &����� ��� ������ ����������

������ ��������� ��� ������� ����� ! �� ������� ��������� �����������

��������� ��������� ������ ���������� ���� �� �������� �������� �6G� ��HF

��2�� *���� "��� ������� ���3F����� ��� ������� ��������� ��26� ��6F��2�

���� ��� ����� )� ������� ����� ���������� ��� ���� �� ��� *��������

������ ���3�� 7������� ��� �� ������ ��������� ���! �������� ��������

����������� ��� ������ ��� ��/ ��������� �� ���������� �� ��� �������

�������� � ���! ����� ����� �� �����/��� ��! /��� � ������� ������ ��

������� �� ��� ����� ��� �� �������� ��������� 1�����������4� 5��� � �/

����� � ��� ���������� ��� �������� ��������� �� ������� ��������� �� � ��

���� ������ ������ ��� ��� ��������� �� ��������� ���� �� ������ ��

��������� �� ��� ������� ��������� ����� ��� � ��������� 5���� ��� ���

/� ���/� ������� ���������� �� ��� ��������� ������ ������ �� � ��

��!��� ��� �������� �� �������� ��������� ��� /� ����� �� ��������

��������� ��! � ��� ������� ������� �� ���! ���������

��� ������ ��� ���! �������� ������� ����� ! �������� ,I7:��5

1��������� ���� ���� ��������� ������4 �C� 62� ��� ��� �������� !

8���� ��� �� /������ �6G�� %���� � ����� �������� �������� ��������� ��

���� �� ����� � ��� �������� /��� ������ ��$������ ��� ��������

������� ���������� ���� ����� � ������� ��� ����������� /���� ��� ���� ��

E����� �� �� �������� 8�!����� ������� ������� ������������� ��$������

����&�� ������� ��������� ��������! ��������� �������� ��� ������� ����

����������� ����� �� ����� ��� ���� ��� � � ��� (�������� ��� ���� ����

���� ��� ��� ��� ������ ����� �� ��&��� ! ����� ��� ������������ �

���� ������� �������� ����� ��� �� ����� � � �C ���������� ���������

�������� ������� ��� � �CQ ��� ��������� ������� ��� ��� � ��$�����

��������! ���������� 7������� ��� ��� �! �������� ������ � ���� ��

�������� ��� ������� ����� ��� � ������! ������ ����� �� �������� )�

���� 1���� ��������� ��� ���� ��C5O 4 ������������ ��� ���������� ������

��� �������� ��������� �� � *�������� ���������� 5 �����&� ����'����� �62�

� ���� �������� ����!�� �� ��� "57�6 ��� ����������� ���������� ��<<

����������� ���� ��� ����� � �<< <<< ������� ���� �� ���������� �� ���

�������� �������� ���������� ���� ����� � ��� � ��!� � ��������� ����

�� � ��� /���������� �� � ������� ������ /��� ��< ����� ������ ��� ���

� ����� ������� �������� ��

Page 284: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������� � ��� ������ �� �������� ��� ��������� ��������� ���� ��

�������'�� ��$������ ��� ��������� /��� ��� /������ ���������� ���

������ ���������� 7������ &���� ���� ��� �������� ��� ��� ��� ��

� ������������ /����� � ��� ��� � ��� ������ ��������� ������ �<<

��������� ���� ��� ��� �������� �� ��� ���� ��� ������� ��� �������

������� � ��� �������� ��� ��� ���� /��� ����� ������� �� ��� ������

���� �� ��� "57� ����������� �� ��� ������� /��� ���/� ������ �������

���������� �� /� �� �� ���� ��� �62� ��D��

�*�!��� "����!����� !""��!� ��7 ��-&� �*�!��� "����!����� 5� ���

��� ��������� � ���� �!����� ����������� 1-�4 ���������� ������ ����

����� ��� ������ �������� +����������� -� ������� ���� ��� ���� �� ���

��� /�!�� ���! ������'� �����&�� ������� �������� �������� ��������� ����

��������� ���� �� ��������� ���&��� )� ��������� ���������� ���! ���� &���

����������� �������� ��&��� ������� ��� �������� � ��� �������� �����

���� 1��'�� �������������4 ��3D� �6<�� %���������� ��������� ���� �� ��� �

�!����� ����������� ��6�� �6�� ����! -� �� ��������� ���! ������

��������� ����������� ������ 1��� &��� ��� ������4 �� ��! ��������� ����

���� � ������� /��� ���� ������� � 1��� ��� ��$�����4 ! ������! �������

��$����� �������� �� ��� ������� �������� � �������� �� ���! ������ ���� ��

�������� ��� ��� &��� ��� ������ �� � �� ��$���� -� 1������ ��� ������4

���� �� &�� �� ����� �������� 1��� ��� ��<�� �� ���� �����4� ��� ��E��

������������ � ��� � �!����� ����������� �� ���� �� ��$����� � �!�����

����������� ������'����� � ���� ��������! 5�� ��� �� ��! � ��� � �������� ������� ��$����� ��������� �������� ���� �������� �� � 5��� ��������� ���� ��������!� ���� �� ���������� �����! �� ������ ��'�� ���������

"���!� ��� ������ �� ��� ��/ �� � ���� �� ���� ���� ��������� �����������

���� ���� � ��$����� ������� � �� � ���! � ������ �������� �������� ����

��� ������ ������ � ���� �� �������� ���� ��� ��� � ��$������� *���

����� ��� ��������� �� ��� � ���! ����� ������������� �� ��� ������ ��������

�� ������������ � ������ �������� ������ � ������ �!�

,��� ��!����� � ��!���� "��� ������� ��������� �� ���� ������ ����

���� �� � ������� � ��� ��������� ��� �� ������ �� ��� ��� �� ���������

���� ! ;������ �� �� �� ��� ������ ����� ��� ���� �������� ��2C� �<3�

��<F���� �66� 1��� 7� ������� G�H���6�� � ���4� ��� ���� �� ���� ��� �� � ���!

�� ������������ ���� � � ���! � ��������� ������ ��� $���! ��$����� �� ����

������ �� ��� ��������� ����� /������ ��/��� �� ���� �� ��� ���� �������

��� /��� ���� ������������ �� ��� ��� ����� ���������� ��� ���� ��������

��� ���� ���������� � ������� �������� ��� ��&��� �� ����������� ���

����� � ��� ��������� ���� ��� ��������� ������ ������ ��������� �

��������� ��DC� �D2�� ;��� ����� ������������ ��� ��&��� �� ������� �� ���

������� ����� �� � ������ �� ��� ��������� ����� ��� ��� �� ����� ���

��!���� ������

��" #�� ��� ��

Page 285: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� ���� ������ �������� �������� ��6H� ������ /��� �� ������! ���

��� �������� � $���! ��$����� �������� /��� ��� ���� �������� @����

�� �������� � ��� ��������� ���������� ��������� ��� ��������� ����

�����! ����� ���������� ������ ! ��� ������ �������� ��� �� ��������

���� �������� ��<3� ��� ����� ������� ����� ��� � @� � ������� �������!

1��� 5�������4� 5���������� ��� �������� ! ������� �� ��������� ������

��$����� ��������� @�� �������� ��� ��� ���� ����� ��� ��� ��$��������

� �����!��� ��� ��� ����� ����������� ������ ��� ���������� � ������

������ 7����� �� ,-� 1��� ��/4 ���� �������� ������� ��� ..��'�� �����

�������� ���������� ��3D� �� ��� ����������� �� �!������! ������� ������

��� @� � ������� ������'������ ��� ��������� �� ��� ���������� �� ���

����� �� � ���$�� ��� ������ �������� ��������� � ������� ���������� �

��� �����&����� � � ��������� ��� ��� ����� �� �������� ! � ���U��� ���

$���! ��$����� ��/�� ! � �� ��������� "���������� ��������� ������

��� �������� �� ������ �� �� ��<3� ��� ��� ��� � ���! �� ��������� ���� �

������ ��$����� /��� ����� ������ ���� ��� $���! ��$����� �������� �

����� ������ ����� � ������ ��� ������ ����� ������������ ���� �������

��<D��

��� ���� ������� ��������� ��������� ����� �����! ��&��� ���������

���� ������ � ��� ����� ������� �������� ��� � ���������� ���������� � ( ����� �� ��� ������� ������� �� � ��� � ��� ���� �������� ������� ��

��� "57� 6 ����������� ��DG� �D2��

8������� �*�!��� "����!����� (8��) 5������ ��������� ������ ���������

���� �� � ����� ��� ���� �������� ��� ��� ������ �� �� ��33�� ���

�������� ����� �� ����� ��� ������������ ������ ! � �����&��� ��������� �����

:��� � ��� ��������� ���� �� �������! ��� �������! ��&���� ���� ��� ���

�������� � ��� $���! ��$����� ���� ��� ��������� ���� ��� � ���� �� ��

�������� � � ��� �� �� ��� � ��� �������� ��� ��������� ��������� � ���

������� ���������� I���� ���������� ������� ����! ��������� ��� ��������

/���� � �������� � �� ��������� �������� 1���� 5�� ������ ���� ��2<�4

��� ��� ��������� �� ��� ��$����� ��� �� ������� ������� � ��$����� �����

�� �������� ��������� 7��� ���� ��� ������� ��������� ������ ����� ��

����������� ��� ������ ��������� ������� � �� ��� ����� ! � �����

����������

��� ��������� �!����� ����������� �������� �� ���� �� ���� � �����

����� )� ���� � ��� �� � �� ���� ������ �� &�� ������ ���� � ������� ���

���� ��$����� ������������� ��������� ����&�� ����� �������� ��������!

����������� �������� ��������� ��6- ����� ���� 7��� �� ������ ��� ����������

� ������ �������� 1��� (����� G�C�4� (��� � ������ ��������� ��� ���

������� ������� �� ��� ��������� ������� ��� ����������� ��� �����!

������ ����� ���� ���� 1��� (����� G�C 4 ���� ������ �����! ����������

��&��� ! ��� ������� �!���� ���� ���� ��� ���������� ���������� �����

���������� ��� � ������� ���� � ��������� ��������� ���&� �� �����

� ����� ������� �������� ��

Page 286: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������$

"�� ��������� ����� ���=9&��������;

������� ����� �������������������� ���

��������

���������� ������

�� ��

���������� ������������

�������������������������)���������

�������

���� �������� ����� ����� ��

�����

���

�����

�����������������;���

���������������������� �����������

��������������� ���� ��������

��������� ���������� ����)���

������������� �������

���� �����

����� �

��" #�� ��� ��

Page 287: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���������� ��� ������ ��� ��� ���������� ��� $���! ��$����� ���� ������ ���

��� ������ ������ +�/� ��� ��������� ���� �!����� ����������� �� &��

��� ��� ����� � ����� ��� ��� ��� ������ ����� � ��� $���! /��� ���

��������� ������� ����������� ! ��� ������� ���&�� ���� ������ �� ����

������ ��������� ��������� ��� ������ �������� ����� ��������������

��� ��������� �� ��������� ���������! ���� �� ������ �����&���� ������

�������� ��� � ���� �� ��� ��� �������� ������ ��� �������� �� ����

������� ��� ��� ���� � ��� ��������� ��� ��� $���! �� ���������� �� � ��

�������� ��� ������� �� ���� �� ��� ���������

���� ��������� ������� ������ /��� � ��� � ������ ������ ��������� ����

������������ ��� ��� �� ���� � ��� � �� ��� ���� /���� ���� �� � �����

�� � ���� �� ����� �������� (��� � �������� �� ���� ��� �� � ���

���� ��� ��� ����� �������1�4 ��� ���������� �� �������� �� ��� �����

��� ���

:������! �� ��� ���! ������ � ���� �������� ���! ��������� �� ��

������ ������ ��������� ���� �� � �������� ��� �� ��� ������ ������

���� ���� �� ��� �������� ���! ����������� ��� ���������� ����� � ������!

� �������

��������!� ��� ������ ����� � ,-� ��� � ����������� �� �� 5+-FI,

���� /��� ���������� ���� � 5+- ��� I, ������ 5� 5+- ���� �������� �

��� � �� ��� ��� �� � ����� �� ����� �� ���� ��� ��� �� ����������� !

��� ����� 5� I, ���� �������� � ��� � ��� ���� /���� ��� ������� � ��!

� ���� ���� � ���� �� ��� ������� � ��� ����� ��� �� ����������� !

��� I, �����

J���!� ��� ������ �� ������'�� ����� � �������! $����� ������ ��� �����

�� ��� ����� � ���� ��������� �� ��� ��� &���� ��� ������ ������ ���

���� ��������� �� ��� �� ��� ���������� �������� �� �� �� ��� �������

� ��� ������ ����������� �����! �����

5 ������� ����������� ��� ���������� ��� � ���� �� ��33�� ��� ��

������ ��� ��� ���/� �� ������� �� ���&� ��������� ������� �� ������

������������� �������� ���� ���������� ��������� ����� � ����������

��K���!�

��� �������� �� ��� ������ �� ��/ ��������� � $���! ��$����� �������

� ��� �� � ���! � ������ ������� �������� (�� ���� ���� ���������

����������� ����� ��������� � ������� ���������� �� �� ���������� ����

����� � ��$������� ���� �� /��� ������ ���!���� ��� ����� ���� �

��������� �� �� ���! ��� ��������� ������� ���� �� ���;���L��6-P &��� ��

����� � ����� ��� � ����������� ������� /���� ��� $���! �� �������� /���

,-� �� � ���� ��������� �������� �� ���� �������� ����������

5�������� �������� ���������� ��� ����������� ������� ��� ������

����� ��� � �������� �� ��������! ������� �� ����� ���������� �������

�������� �� ��������� ��������� ��$��������� �� ����� �� ������� ��

����������� ��� ��������� � ��$������ �� ����������� -������� �����������

������� ��������� �������� �� ������� ��������� ��� ��������� �����

��� ����� �� ��������! �������� ��� ������ ������ ��� ���� ���������

��� �����! ���������� ����� ��� ��������! �/� /�!� �� ����������� ����

� ����� ������� �������� �

Page 288: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�������� ����������� ���� �� �������� ���������� ������9 ��� &��� ���� ���

����������� �� ��������� ��� ��������� ����� ������ ��� ���������� ������

1���� ��������� � /��� ��� �������� �����������4 ����� �� ! �� �������

��� ������ ��� � ����� ��� � ����� ��� ����� ��������� ����� ��� �&��

������������ ��� ������ �������� ���� ��� ����������� �� ��� ���������� �

������� ���� ����� ! �������� ������ ���� ���������� �� ���0��� /��� ���

����������� ������������ %��� � #*; ���� �����&������ ������� ���*;

�� ����!�� �� ��������� ��� ������ ��� ��������� ���������� �� ��� ������

��$����� ��� ��� �� ������� �� ��� ���������� �������� �6�� 66��

��� ,-� ������ ���� ���� ������! �� ���� �� ��������� ��� ������

��������� ��� � ����! ������� �� ������ ����� ��� ����� �������'�� ���

������� �������� �� ������� ��� ���� � ������ �������� ��� �������'��

��������� �������� �� ����� ��� ��� ����� �� ��������� ) � ��� � ���

����� ����������� �� ������ ��� ���������� �������� ��� � ���������� ����

���� ��! �������� ���������� ��� ��� � ����������� ��� ���������� ����� !

������� �� ���������� ��������� �� ����� �� ����� ��� ������ �������

��/���� ���� ��������� ��� ���������� ���� ������ ������ ��� ����������

��! ���� ��������� I� ��� ����� ����� �������� ����������� ��� ��� �

������� ��/��� ������ �������� ���� ������ ����� �� ������ ��������

���� ����� ��������� ��������� ��� ��������� ������� �� ��� ����������

/��� ������� �� ��� ����������� �� ����� �� &��� ��� ������ ����������

5����� ��� ���� �� �� �������� ������ ��������� �� ���! �� ����� � �� ��

������� ��� ����������� ��� �� ������� ��� �������� $����! � ���������

:����������! �������� �������� ����������� ��� � � ���� � ��� ��

��������! ������� �� ��������� ����������� :��� �� �������� ��� ���

1��$����� �����L�<4 � �������� ������������ /� ���� ���� ��� ����� ����

�������'�� ��� ! �� ������� ��6- ��������� ��� � ��� �/� ������ !

����!��� ����� ��������� �� � �������������� �������� ��� �6���

���

8��&��

������� ��������� ������� �� ��������� �� ��� �������� �������� ��� �

����!�� �� � ������! � ����������� ��� /��� ������ ���!��� �� ��

����� ������� ���� ������ ���E����� )� ���� ��������� ������� ���������

���������� ��� ��� �������� ��������� ����� ��� ��� �� ������ ����� �

�������� � �������� ��� �� ����� ���������� ����� � �������� �����

����� ��� �����&������� ����� ! �� ����� �� ��� ����������� �������� ���

����� ������� ������������ ��� ���������� ������� ���������� )� ������

������� ��� ������� ��������� �������� ����������� ����� ��� &�����

�������� �������� �� ������ ���/���� 1��� � ! /��� ��� ��� � ��/

���� ���������� ��������� ����� ���� �� -+5 ���������� ������������

/��� ����!� ��� �����4 ������� ��� ������&������ � ����� � ���� ������

�������� ���� �� ��� ������� ������� �� ���� ��� ��� ��������! ���

��$ ������� ��

Page 289: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

� ����� ������� �������� ��

Page 290: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

/��� ��������� �� ������� ������� ���������� �� �������! ������� ���

��������� ��/ ���� �������� (����� G�G ����� � ��������� �������/ �

��������� ���� ������� �� � ����� �������� �������� ��� ������ &�����

������

��� ��/��� �������� ���0! ������� ���� ������ ��� ������ �� �����

��������� ���������� �� ������ ������! ��������� �������! �� ��� �������

�������� �� ��� ��� ��������� �������� ���E����� �� ������ /��� ������

���������� ��� �� ������ ��� ��$����� �� ��������� �� ������� �������� ��

�������� ������������

��0��

8����� ���&��* ���������

(�� ��� ��������� � ������ ��������� ���� �� ��$������ ���� �/�

������� ��� ����� � ��� ���9 ��������� ��$����� ��������� /��� ���&�� �7)

8;57�� ��������� ��$����� ������ ��� ������ *����� ������ %������ ��

�� ���� �������� � ����� � ����������� ��� ����������� /���� ����!

������������ ��� ����������! � ������� ��������� ����������! ������

���� �� ��� ��� � ���&�� ��<� �6C� �6G�� 8���� �� � �������� ��������

������� ��� ��� �-8H< ��� ���! ���� ���/ ���� ����� ������� ����

������! ���� ���� �/��� �� ���! ������ ����� � �������� 1�� ��� �-8H<

���4 ��������� �� ��� 7"I� �����&������� (�� ������� ������� 1��� ����

6<Q ��$����� �������!4 ��� %** ���� 75* �D3 ��6G� ������ ������

���� ����/��� ������� ���� �� (57�5 ��� @5� 8;57� ! � �����

� ����� �� ������ ���� ������������ =��� ������� �� ��� ����������� � �

������ ����� � �������� �� � ��� � ������� ����� ��$����� ���� ������

�������! ���� ��� ��� ��������� ���� �������� 5�� %**� ���� ���

������ /��� ����� ������� �� ��� "57� ����������� ��36� ��D� �62��

7���� � ��� ��� ������� �� ������� ��������� ���������� ��� ����������!

��������� ��� �������� �� ��� � ����� "57� ����������� 1��� ��� ��

������!��� ������ ������ � ��� M����� �������� �6�D�4� ��� ;���8����

�66<� ��� :?5 �66�� ������������ ��� ��E�� ����� � �������� ��������

��� ������� ��� ������� �� �� �� G�� ��� G�6�

� ���� ���

&����� �������� ��������� ��� ����) � ��

� ������ ����,� � ���� ������ ��������� ������� ���� �� ���� "�� �����

���� ����� �� ���������� ����� � ������

��� ���(����� ��������� � ��������������( # �������� �������� � ��������)

�����) # ��� ������� � ���������

��������� (������ �� ��� � �����) #

��� ��������� �,��� �� ��� ������� � ��� � ���� ����� ����� �������� "��

����� ������ � ��������� �� � � � �

������ ���� ������ ������ ����� ���

����,� ��� ���� �� ��� ���� '� �� ����� �������# ��� � � ���� ��� ������

������ ���� �� �,�����������) ���� �

� ��������� ���� � ���� ������) ��������� ����� !��� ��������� ���� ���� ��

� �� �� ��) �� ��������� � �) ���

���������� �,�������� ��� �� ������� �

������� ����� ������� ���� �� ��� ����,�������� ���������

��$ ������� �$

Page 291: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

0!-���

!���������� �� ������������) � # ����� ����#��� �������#����� ����3����

����

����

�����

��

���� �������������

���

������

� ��������

-77�

6 �����

��������!���������

����������

���������

����������

����9LL/

//��� �������L�/

��L����L

=�B� ����"�7��

���

1������ �������"*8)�+;�

@�?����

�4

�6<C�

7�,)-

:7�������!����������������� ���!���

�!������

�����������

�����

����9LL/

//��� ����� ������L������L����������

:*8;�-�(�������

���5����

�6<G�

�I�7

������!�����������������!

���������

��������

�������������

���

-77������

����9LL/

//����

������ � �������L����

:8)�"��

������JB�-�@� �����

��

�6<2�

�������� �

����������

�����

7/��� �-8?��/��

7������������������������������

����������������'�����

����9LL/

//������!���L��� �L

7)8�"%�+�@���

����

�6<3�

,����

:��!��

���

����������������

���/

������9LL/

//� �������� ��� ��������

,�7�!�

�6<D�

����

�*���������������

���/

����

������

����9LL/

//��

�����

�����L����

�L

*-;)����

�����7!�����)���

"�6�

*���������������

���/

����

������

����9LL/

//��� ����

��������L7��������L"

+6-L

��6������

+"8)�8�!��

���

��

�����

���

)����������������������������

���

�����������!����

����9LL�����

���� ������

���������L

-���J��������!�MA

-�,���������

� ����� ������� �������� ��

Page 292: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

*�������

������������� �������$����!

�����������������

����������

����9LL/

//����������L�

�������L

��B�����

�6�<�

;�����

�� �������$����!����������

�������

����

���������

����9LL/

//� ������

���������L ��

L�����L���������

J��������!

"�����;������M�����������

��

�6���

������������� �� ��

�� ���

���(��

7��������������/��� ����������

���������

����9LL/

//� �����������L���/���

J��������!

�,�������5�*�����

-��

*���������������������

���

�������

���������1-

--�(77�4

����9LL/

//��� �������L���L

:8)�"��

������;�%��

��DH�

775�

-��

�-!���

������������� ����

���������

�������

����9LL/

//� ������

���������L�

������L��������

*,"��

�J";�;������=���!���"�I�����

��<���6��6���

75,(�

7�������!���������

���

��� ����

�������������

����9LL/

// �� ����������L������L��������

+")L+)%

�+�5��������

��<6�

?57�

5���������������

���������!

����������

����9LL/

//��� ����

��������L7��������L?57�L���������

+"8)L+)%

�8�!��

���

��

7���������������

��7"I�

��$������

����9LL �������

�!������L����L

>��J��������!�*�@�������;�

":L"

;"��

�����������������

1":4�

������������������������

�����������L������������

���

1";4��������

����9LL����������L������

J"7-�8�������

��

��������

"��������������

$����!��

�$����!

����

����9LL/

//� ������

���������L�

�����

L��������L

������������

J��������!

"�����;������M�����������

��

=%5�)(L=

%5�"%:"B

7��������

$����!�������������

����������������������

=���)(

����9LL/

//��� �������L/����L

"*8)�+�E�/����

�+;�@�?����

�6�6�

��$ ������� ��

Page 293: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

0!-��� 1���������4

����

����

�����

��

5���������

@��

����������!

���������� ���

���!�����������

�������� ���!

����9LL�����������������L����L

+"75�%�:��� ������

?����������������

@��

����������!

���������� ���

���!�����������

�������� ���!

����9LL/

//�������������L�����L$��

R����������J��������!

�*���������@������!

"��

���

�6�H�

���� �����

�������

���� � �����

��

�� ��� !

���7���

5��������

������������������

���������

����9LL����������� ���������L

"5,8�,�������*-�M�*��

���

��

� ����� ������� �������� ��

Page 294: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

0!-����

!����������������� ����� ���������

���� �������������

�������

�%-

*������������

��������

��������/���

����������

����9LL/

//��� ����� ������L��������������L���

���������������

:*8;L"

��� ��J��������!�8�,���

�2��

��������

�������������

� ����

����9LL/

//��� ����� ������L�����L��������L��������S

�������

:*8;L*

)�7L@7(�*������-�(�������

����,:-

�7) 8;57����

������

��$�����

���&����

++

����9LL������� ����������L�������L

8����J��������!�JB�-�M����

��CG�

M����

"��

������������������������

����9LL ������� �������L�������LE��������

:8)�"��

������JB�@�8�������

��

��CD��G<�

"I-:

-�����������

����

����������������

�����������

����9LL�������������L���;���L���;�������

@*-�7��

��5��������M�7� ��

����

��G��

"#���� ��������

�-8 8;57�

�������

��$���

�����&�/����7) 8;57�

������

����

�7) 8;57������������-8

����9LL �������

������E������L�� S ���L

5�@��'���;�,!���/���

��36�

�I�)�7��������S�������

�������

����������!���������

�����

����9LL/

//��� ����� ������L��������������L

:*8;�8�,���

��G6�

������������������

���������/���������������������������

����9LL������� ����������L��������L������������

8����J��������!�JB�-�M����

��D<�

8�!��

�@� ����������

@� ������������$���

�� ���������

�������

�/�������������������

����9LL/

//��� ����

��������L7��������L,

:7:5,"%L

�������������

+"8)�+)%

�7�8�!��

���

��

��6H�

��$ ������� ��

Page 295: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

0!-����1���������4

@��

��������

1�@��

��������4

7�$���

��1�7) 8;57����&�4�������

/�����������/���

����

����������

�������

��/������������������

����9LL������� ����������L�������L

8����J��������!�-�M����

��H2��C2�

6- �77*

7�$���

�����&�������������

�������

���������

���&���������������!

���������

������������

���������

���������

����9LL/

//� �����������L�6�����

)",(�;������*�7���� �����

��

��<C��36�

8����8@J

"��

����������������&��������

�������/��������������������������

������&��

����9LL/

//���� �������L� ���� ��L

8��

@�����J��������!�)�����-�(������

((57

�������

��$���

���/����7) 8;57���

������

��������-8

����9LL �������

������ ������

��������L((57L

5�@��'���;�,!���/���

��<<��36�6�C�

75* �DD

8���%**

����$���

��N���

%**

��

���������������!���������

�����

������

����-8�"�������!�%**����-8

���������

���������

�����

�����$���

��

����9LL/

//�������������L��������L���� ��L%

** ����L

�DD $���!����

J"7��

��"��'�"5�B�B�����

��<��36��62�

(J@J:

;� ���!

����&����

��� �����������������

���

%I*7�,5-����������������

-8�7�$���

�������&�����������

�������� ���!�

����9LL/

// ��!��� �������������L�����L������������

J��������!

�"��

������JB�B�*�'���������

8����

����

� *

���7) 8;57���������

����9LL/

//�����

���������L�����L�������������

���*

����������

��������/���;;"�8����

�����

����9LL/

//�� �������L�����L�����L

7������

J��������!�5�:�����

(I,,:7�

%**���������������������

"5�%

����9LL� �������������L�������L

5��!����8������������

7�������+)%

�?�-�(����������

��

� ����� ������� �������� ��

Page 296: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

����

;��������I ���������

�I����������������

��������

����9LL��� �����������������L��������

"����J��������!�,�: ��

����

����

���������/���6-���&��

����9LL/

//���� � ���������L�����L����L��������

J";5�-�(�������-�:����

���

��DD�

�,I()�

-!���

�������������������

���������

�����������������

����9LL�������

��� �������L��������

J��������!

�7�' ����*�7���

��6-V

���&����������/���""��1���

�������H4

�������������!���������

�����������

����9LL/

// �� ����������L������L��6-����

+)%

L+")�(���������*-�+�5���������,�T��

���

��62�

��6-P

���&����������/���""��1���

7������

G�H4������7) 8;57���$���

��L���������

���&����

�������'��

�����������

/��������

����9LL�������������L���;���L��6-����

@*-�7��

��5��������,�T��

���

����

��62��63��HD�

�26�

���;���

""�1��6-P4��

��������������������

���������/���1���������4

�!���

��

�����������1,-�� ����� ��� ����

��������4����&�����

�� �����

����9LL�������������L���;�������

@*-�7��

��5��������,�T��

���

����

��63��HD��33�

�26�

,I7:��5

"��

�����������������L��$�����

�������

/�����

��������������9����� !�

���������

��������/�����$�����

��������!�����*"����������

����9LL������/�������������L ������L

1)����

�������!4=���������J��������!�-�8����

����

�C�6G�62�

6�G�

7/��� ����

?�����!

��������

����

�!�����

��������

��������������

�������������

����9LL/

//������!���

7/���8�������

�����)���������@��

����"%�+�@���N

*��������

��$ ������� ��

Page 297: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��0�1

�����!& ��������

��� ��� � ��������� �������� ���E���� �� �� ���� ����������� ����������

� � ��E�� ������ � ������� ��� �!���������! ����������� � ����

�������� �������� �� ��� �������� ��63� �6D�� ��� ��� �� �� ����� ��� �������

��������� ����� �K�����!� (�������� ����������� ���L�� ���������� ���

���� ����/�����

7����� ��������� �� ��� ��� �� � �������� ��� ���� ��� ����������

7��� ��������� ���� ��� ���� �� ��� ��� �� � ��/ ��� ������ ���

��� �� ���!��� � ��������� �����&������� ��� ����� ���/�� ������ ��� ����

!���� ��H<�� I���� ��������� ��� � ������� ��� �!�������� ����������� ��

������� ������� ��H�F�H6�� 5 ������ ���!��� ��HH� � ���� �!��� �����!

��� ��� ��/ ������� � ��� ������ ��������� ���������! 1�-8 ��HC� 66��4� ���

������� ���� ��� ������� � �������� ���� ������ � ��/ ���!� ��������!�

�� �� ������� �������� 1�� � ��� �CQ4 ���� ��� !���� 1�DD<F�DD24� ��

�������� �� ��/ �������� ������� �� � ���/� ���! 1�CQ4� ���/� ���

����� ��� �������� ������� 1�<Q4� ��� ��/ 1����&��4 ���������� ���

�����! ������� �������� 1� ��� C<Q4� )� ��������� ��/ ��������� �������

�� ��$������ /��� �� ������� � ��$����� ��������! �� ���/� ��� 1��

�����&���� ��� ��� �7) 8;57� ��������4 !����� � ��� 6<Q ��/ ���� � ���

�CQ ��/ ����������� /��� �� �����! ���/� ��� ��� HCQ ��/ ������

��������� �� � ���/� ��������!�

8������������ ��� ������� ��������� �������� ! �������� ������� ��

����������� ���� ���������� ��������� �������������� �� ����� �� ����

��� ��� ��� � ��� ����� ����������N ���� ��� ������ � ����������� ����

��� ����� ��� ���������� �� � ����� ����� � ������'��� 7����� ���

�������� ���� �� � ����� � ����������� ��� ���� �� ��� ������� � �����

��� ��� ��������'��� ����������� ������� �� ������ # ��! �� +*, ���������

���� 1��� ��� ������� ��������� ���������� �666�4 ��� �� ������� ����� �

��������� ���/���� �� ��������� �������� ����� ��� ����������� 1����

��� ������ �66H�4� I�� ��� � ��� ����� ��������� �������� �������� �� ��

���� � ����� ��������� /����� � ������� ��������� �������� �� ��! ����� �

������ ��$������ /���� /��� ��/ ��������� � ���� � ���� �� � ���

��� ��$������� ���� ��$�������� ������� �� ��� ����� ������������ �

��� ������� ���������� �� ��� ��� ���� ��� �� ��� ������ � ���������

��������! �����!��� ��� ��������� ����� ��� ��� ��������!��� �����������

�� ��� ����� ����� I��� � ��� � ��� ��������� ����� �� ����� �� ����

���/���� ����� ������� ��������� �������� �� /��� ��� ������� �

��� ������� �� �� ��� �� ��� /��� /��� ����� �������� �� ����� ���������

7��� ���������� ����� ��� �� ���������� ������ ��� ���� ����������

��������� ��� ������� ����!��

7� ��� ������� � /��� /� � ����� � ���� � � ������ ! ���!'���

������� ������� �� ���� ���� � �������� ��� ���������� �����������

� ����� ������� �������� �

Page 298: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

/��� ��� ��������� ���/���� ����� � ����!� ���� ���� �� ��� �������

�������������� ���� ��� � $���� ������ �������� � ��������� ����� ��H6� �HG�

�H2��

,�����!� ������ �������� ��������� ��������� ���� �������� ���

�������� /����� ��� ��������� �������� ���E���� ���� ��� ��������9 ��

5����� �� 5�� �������� �/���� �� ��� ������ ��H3�� � ��/ +����� �� '�*�������� �� � ������ ������ ��HD�N ��� ����� ���� ����� ��� ��� %)� ��

�! ��C<�� 7� ��� !��" ��C��� %��5 ��C��� ��� !E�( ���� �������� ��C6�� (�� �

������ �����/ �� ��� ������� ���� ������ ��� ��������� � ������� ���

�������� ��� ��������� �� ��� &�� �!��������� �������� �� � ������

/��� ����� ��� ��CH��

��0�2

�&������ �!����� ��� ������!& ��������

��� ��� �� � �������� ��� �� ���� ����� ���� ��� ��� �� � ���������

7�������� �� ���� ��������� ���� ��$������ �� ������ ������! �� ����

�������� ������������ �������� /���� ��/ �� ���� ��$����� ����������

5 1����������! ����������4 ������� � ��� ����� � ��� �� ���/�� 7����

���� �������� ���E���� ��� �� ��������� � �������������� ��� � ���� �����

��� ���������� ������� � &����� �� ����������� �� �� � ��$����� /���

�����/� ��������� �� ��� ������� ���� ��� � �������������� ���� -����

������ � ������� �� ��������� ��� ���������� � ������! �������

������$��� �� ������� � � ���� ���� ����������

)� ����� �� ��� � ��� ��������� �������� ���E���� �� ���� �� ��� ����

��������� ������� �� ��������� �������������� ��������� ���������� �������

���� ��� ������ �� �������� ��� ������� � ��������� �������� �� ����� �

���� ��� ���� � �� ��� !�� ��������� �� ��� ��������� ���� ����� ����

����� � ���� �� ���! ��$������ ���� �� ��� ��$����� ����������

����� �/� �������� ���������� ���� ��� �� ������ I�� �� ���� �� �

��������� � �������� ��� ��� ������ ����� � ��� ������� �� ��$����� ���

��������� ����� ��CC�� ��� ����� �� ���� �� �� �������� � ��������� ���

�������� �� � ������� � ��� ������������� �������� ��$����� ���������

������� ���! ����� �������� ��� � ���������� ���������� ��CG�� )� ����

/���� :���� ��� ��� ��/������ ��� � ��������� ������� 1��$����� �������

���������� 7-� ��DD�4 �� ������ ��� �� � I,(� � ��� ������ ��������

(� ����������� (�� ���� ������� ���! ��������� � ���&����� ��� �� ��

�������� ������ ��� ��� �������� ���� �� �� �������� ���� ���&����� �� ��

����� ��� ��� ��� � ���! ������ ����� � ��������� ������� �� E����� !

-5;)L(77� ��������� ��� ' ������ 1��� "������ � � ���� ����� ��

��� ��&������ � ' �����4 ����� � ���� ��� � 6�3C ������� ��� �< 23H GCC

����� ��������� � ���� ������ 7-� ' ������ (�� ��� ��� ����� ���&�����

���� ���� ���� H<Q � ��� ��� ����� ��� ���� �������� ���� � ��

��$ ������� ��

Page 299: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������ � �� /��� D<Q ��� ���� ���� �<Q /��� DDQ ���&������ )� ����

����� � ��� ��Q ���� �� �� !�� ��� ������ �� /��� D<Q ���&����� ��� ��

DDQ ���&����� ��� �H �������� ���� ��� ��������� �� ����� � ���� ���

�������! ��� ;���� ���� ��� ���������� �,I�I*5� ��������� � ��

$������ ��C2� ��� ��� ��������� �����&������ 7"I� �3�� �� ��������� � ���

���� ��$�����F��������� �����&������ � ��������� 8���� �� �,I�I*5�

��< 12� G�6 7/������� ��$������ �������� ���� �6 HCH �������� �DDD4 ���

7"I� ������� ��62 1��DH �������� 36H ������� CD6 ������������ H�2

���� I��� �DD24 ��� � ������� � ���������� �� ��$������� ��� ��$�����

������� ��� �����&�� ���� ������ ��� ��������� ��������� �� /������ ���

������� ������� ���/� ���� ��� �,I�I*5� ��������� ���������� ���

��$������ ����� /��� � ����� 1��� �,I�I*5� �����4� ��� ����� ��/���

��� ��$����� ������� �������� ����� ��������!� J���� ������ �������� ��

����� ��� ��� ������ ����� 1��������� ��/��� ��� �������� ������! �

�������� ������ ������ �����4 ���������� ����� ��� ����������� �� ����

������'� ��� ������ ������� ���������� !�� ������������ ���/� ��� ���

������ ������� /��� ��� � ! ���� ���� ��� ��������� �� ��������� ��

(����� G�2� ��� ������� ������ ��� ������� ��� � ���! �� ������������ ��

�� !�� ��� ������ �� ���������� ��������� ������� �� ����������� �����

���� ��������������

��0�0

9����� !����!����

7���� ��! �<FH<Q � ��� ������� ��$������ �� � ������ ���� �� '����������� '� 8�������� '� ���������� ���� � ��$����� ��������! ���� ���

���� �� ����� ������! �� �������� � ���/� ������� ��H�� �C3�� /� ���� ��

� � � �� ���� ���������� �� �������� ���� ���� �� ���� �/�� ���

�������� �� ����� � ���� ��������� 5� ��� ��������! ��/��� $���! ��

$����� ��� ���� ��$����� ��������� ��/ � �������� �� ��!� �CQ /�

������ ���� ��� ���������� �� � ������ ����������! ������ � ���

$���! ��$����� ��� ��� ���� ��$����� ��! ����� %�/����� �� ����� ���

����� �� ���! ������ /� ��� ��� ���� ! ������� ��� ������� ��� ��� ��

������ ����� /� ��� ���� �������� ������� ��������� ����� � �������

������ ������ ����� �������! �� ���� ��������! ������ ������� ���������

���������� ��� ��� �� ��������� ������� � ������� ������� ��H6� �HG� �H2��

��0�.

�1����+��+�������+��+������� "!�!����

%����� 6<< <<< ��$������ �� ��! � �/ �������� ���������� �� ��� ����

���� ��$����� � ������ �� ���� ��� ������������ � ��$������ �� �����

���� �������� /��� ���/� ������� ���L�� ����������

� ����� ������� �������� ��

Page 300: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� ����������� ��/��� ��������� ��� ������� �� � ���� ���! �� ���!

�������� ,����� ������� ���� ���/� ���� ��������� �������� ��� �

������� ���� ������ �������� ������� ��� �3C� ���� ��������!� ������

������� �� ������ ��� ������ � /��� ����� � �������� ��CD�� ���� �����

��� �������� � �������� ������� ��� ���������� 8�� �� �� ��� ����� � ��

��� ������������� ���/���� �� ��� ����� � ��� ���������� � ���������

������� ��� ��� ����� � �������� ���������� ! ��������� ��� ��

����� �� ���� �������� ���������� ��� ����������

%�������� �������� ���� ������ ��� � ������ �������� ��� ����

����! �/�!� � ������ 6- ���������� ���� ���� ��� ���������! ���! ������

�������9 ���D� �CD� �G<�� ��� � ������ ��$����� �������� ���� ����� �����

������� ��� �����&���� ������������ ��� �� �77*� �D� �<6� �<C�� ��������!

��������� ���������� ��CGF2� �GC� �3H� ��� %**� ��C� �2D� �G��� /����

���� ��� �!���������! �������� ! ������ ������� ��<� ��D� �H2� �DC� �<C��

) � ������� ��� � ���/� ��� /���� �� �������� �� ��������� /��� � ���

������ �� � �/ �����&� ��������� ��� ���� ������� �� ��� ��$����� ��

$������� ���� �� ��� ���������� �� ��� � �������� /��� ������� �� ���

���� ���! /��� ���� � ��� �������� ���������

)� ������� ���� ��$����� �� ��������� �� ������� �������� ������� ���

������� � ��������� ���� �� � ����� ��$����� 1������ ! ��$����� ���L��

��������� ������ ���� ���������4 ���� ����/����� ������!��� � 6- ��������

���� ���

'��� ������ � ��� &=�"�: & �������

��� �� �,����� � � &=�"�: & ������ ������ �������� ����� 4��

����� ��� ������� ��� ��� > ����

����� ��� ��,������ ������ ��� ��� ��

�������� %�����) ��� ���(�) ����� ���

��� ��� ��� ���� ������ ������� (��

� ��� ��� �������� ��� $ �� ��������)�

? ��� ��� � ��� ��� ��� ��������� ������ ���� ��� �� ����� ������) ���������� ���

���� ���� ��� ��(��) � ��� ��� (��

�������� ��� �� � ���� ��� ��(��) � ���

��� ���� �������� �

��$ ������� �$

Page 301: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� �� ������ ����� ���������� �� � ��������� ������� �� ��� �����������

�����

:������! �� ��'!���� ������ ���������� ��� ���������� ������ �����

��� ���� � ������� ���� ��/� ��������� �� ����������� 6- �������� �� �

���� ��� � ���������� ��� �� �������� ����� �� ������� ���� � �������

1�� � /� ���/� ������� ��� 7:, %)7 57� ������ �������� ����!��� �����

��G��4�

7�������� ����� ������ ������� ��� ������&� � �� ������� ��������

=��� ���� � ������ ������ �!��������� ������� ���� ��� � ������ ��

����� �� ������ �������� ��������� �� ��� ��� ������� �����

�������F������� ������������ ��� � ��������� /��� ������� �������9 ��

�!'��� ���/� ������� ��������� ��� �������� ������ ����� ��� ������

��� ��$����� ������������ �������� ��G6F�GC�� ������� ������ �DC� �GG� ���

��� �������� �� ��� ��������� ��������� ��G2��

5 �!�������� ���������� � ��� ����������� ��/��� ������� ���

���� ��� ��������� ��� ��� �������� ! %��!� ��� @������� ��CD� ��� ��

����� !���� ��'!��� �����&�� ! ��� :�'!�� "��������� 1:" ��� ���4

�� ��������� 7"I� �������� )� ���� ����! �� ��� ��� ���� ���� �����

��� ��������� ��� ���� �������� ..�������������� �� ������� ���������

*��� �������� �������� 1�!������� ��� I �!���! �����������4 ���� ���

������&�� �� � ������� ���� ����� �������� ���� /������ ��� ���� ���

����� ��� 1���� �)* ���� ��� ,������� ���4 ����'� �� �� �G ��������

���������

)� �������� �� ����������� ��$����� ����� 1�������� 8;I"B7� �,)+�7�

����4� ��� ���������� � ��������� ����� ���������� � �����&� ��������

��� ���/� ���������� ��� ��� �������� ��G3�� ���� ����� ������� ����

��� ������ � ������ /��� ������ 1��� ���������� ��$�����4 �������� ��

������ �� ��� 8;I"B7 ��� �,)+�7 ���� ����� ,�����!� ��� ��� � �����

�� ��&�� ����������� ��������� ����� 1��������� ���� �''! ��������

����� (((� ��GD�4 ��� ��� ��� ��/��� �� ��������� � � ���! � ����

����� ��������� ��� ����� � ������ ���! � ���� �������� �� ��� ����� �

������� ����������! ��� �����&���!� 7��� ���������� ��� ��������� ! ���

��� ����� ����� ������ ����� � �������� ��������! �� �����&� �������� ���

���� ���� ��������� ���� ��� ����� ������� ��������� 1���� ������� ���

�����!���� ������ ���������4� ���� ���� �� ������� ���� ���� ���� � ����!

��������! ��������� ���� �������� � �� �������� 5� ��� ��������� ��

������ ���E���� ������� � ���� ��� ���� ������������� ������� � ���

��������� ����� /��� ��������������� �� � ��E�� ������� ��� ��� /��� ���

�������� ������! ������ ������� ������ ��� ������ ��$������ ���

���������� �� ���� ���������������� ������������� � ������ � ����! ���

����������� ��������� ����� ��� ��������� ��

=������ �� ��� �� �� ����� � �� ���� ������� �������� ��/���� ��������

��� � ����������� ���������� �� ��� �� ����������� ����� �� ���� ���

��! � ������ �� ���� �� � ��! $������� �� ��� ������� � ���� ����

�������� ����������� "������!� ��� ��������� �� ���� ��������� ���� ����

� ����� ������� �������� ��

Page 302: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������� ��� ����� �N �� ���� ����� ��������� �������� �� �������� ���

������ /��� ��$����� ������� �� ��� �������� ����� ��� � ���� �����N

�� ���� ����� ������� �������� �����&������ ��� ���������� ����������

������ � ��������

������ �� �� ��� ���! �� ������ �������� ��� ������� ������� �����������

��� ����� ���! � ��������� ���������� �������� ��� ������� �� ��������

�� ��!��� �� ��$����� ������� �����

��$

:!&��!���� �� "����������

���������� ����������� ��� ����!� �������� �� ����� � ���� ����������

����������� ��������� �� ��$������ +����������� ���� ��� ����� ���

�������� ����������� /�!� �� ��������� �� ������ ������������ �����

����������� ��� � �������� �� � ���� ���������� ��� ���������� (��

��������� ��� ������� �����! ����� �� � ����� � �� ��� ��������� ��

���������� 5 � ���� ����� ��� ������ ���! � ����������� ����������

��������� �� �� ��������! �� ������ ������ �� ���� �� ����� � ��� �� ��

������ ��� �������� ����� ����� ��� �������� ���� ������������ ���� �� ��� �

������ ��� �� �� ��������� ����������� ������� 5� ���������� � ��� ���

������� ��� �������! � ��� ���������� ������� ��� � � ������ ���

���� ���� ����������� ������������ ��� �������� ��� �����������

��� ��� � ��������! /��� ���������� ���������� 1"57� ��<D� ��D�L

"5(57� ��36�4� ����� ��� ��������� �� ���� �� ��� ��/���9

��.��

5��� �!�; ��� �����

7�������� ���������� ������� ���� �� � �������� ����� ������������� ���

�������������� �������� ����� 5 ����� � �������� ���� ���� ��� ���

����� ��33� �DD� �2<� ���������� � � �� � ���! ��� � ��� � ���������!

������ ������� ����� /������ �����&���� ��$����� ��������!� 7��� � ����

���� �66C� ������� ����� ��� ������ �� $������� �� ������ ��� ������� �

���� ���� ������� ��� � ���! ��� �� ����� ��� ��� �� � �������� �����

������� � ��� ��������� ����� �� ��� ��� �� � ������� ������&������� �

������ ������� ������ 5 ����� � ������� ���� ��� �������� ���� /�!�

*��� ���������� ��� ��������� �������������� �� ��� �������! ���/�

���� ����� ����� � ��������� �����&������ � � ��� ���������� �� ��� �-8

1���� 7"I�4 ��� � ��� � �������� /������ ���� ��$����� ������������ ��!

��� ���� H<Q ����/��� ���������� 1���� �-8H< �66G�� /���� ��� � � ������

���� ���� ��� 57�,5; ������ ��2�� �� ��� � ����� � ����� ������� ��

���� �������������� ���� �662�4� ��� ��� ����! ��������� � ������� ��� �

��% &�������� �� '�������� ��

Page 303: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��������� ����������� ��� ��� ��������� �����&������� )��� � ���� � ���

����� ��� �-8H< ��� ���������� ���������! ������ � ���! ���� �� ���

���� ��������� ���� 1��������� �� ��� ���� ��� ���� ��������! �� ���

���� ��4� I���� ���� � ���������! ������ ����� 1��� ��������� ��������

� ��� 6- ����������4 ��� ����� � 1���� ��� ��� -5;)L(77� ���� ���

�663�4� 5 ������������� �������� ���� ������� ��������� ���� ��$�����

� ��� �-8H< ������� � ����� ��� ��� ��<� �2�� �26�� �/� �����������

�������� ��� � ��&���9 �� 1 ��� ���������4 �� ���� ��������� ��� ������!

��� ��� &����� �� 1����! ��� ��� /��� ��� ��� ������ ��������� ����

���!��� &������ �� ��������� � ��������� �� ����� �� � ���� ����������

����4 ��� ������� �� �� ��� ������ ��������� �������� �� ��� �� � ���!

��� ��� �� �� ��������� ������� �� ���� ������� I �������� �� ���� ���

���� �� ��� ��� �� �� ���������� � �������! ��������� ����������� �� 1$�-���� ���� ���������4 �� ��� � �� � ���������� ��� ��� ���������� ������

��&�� � ����� �������� � ��� /���� ���������� ��� ���������� �����������

� ��������� ��������!� 5� ��! ��� ����� �������� �� ������ �� ��� ����

����� ��������� ����� ��� ������ ���� �� � ������'�� /��� ������� �� ���

����� ��� ����� ������� � ��� $���! ������� �� ����� �� ������ ��� ������

������� � �� ���� ������ "�������� � ����� ��� ��� ������ �� � ������

�� ������� ������� ���! ����� ����������� ��� �� ������ � �����&�����

������� �� ���� ���������� ��26�� ���� ���� �� � ��� � ��������� ����� /���

���������� � ������ /���� ��� � �������� �� ��� ��� � �������� � �����

������ )� ��� ������� ���� ���� ���� �� ��� ��� �� � �������! ���������

����� 1�(4� � ���������! ��������� ����� 1 (4� ��� ��� ��� �� � ������

������� ����� 1 64� )������ ��� ������ ��� � ������ ����� �������� ����

���� ���������� ��� ��/� !������ � ������� �������/ � ��� �����

����� � ��� ������ �� � ����� � �������� ����� � ��� � ������ ���� ������������� �� � �� ���� ����������!L�����&���! ���� @���� � � ���� ������ �� ��� ��/��� ����� � ����������! ��� ��� �����&���! �� ��� � ����!

���� �� ��� ������� ���9

��� � �(���( � 6� ��� �� � �(���( � (��

/���� �( � ���� ���������� 6 � ��� ���������� ( � ��� ���������� ���

��������� ����� 1���������4 ������ ��������� �� ��� � ���� ��������� ���

��������� ������ ��������� ��� ����������! �� ��� ������� � ������� �����

� ��� ��� �������� �� �������� �� � ������� ������ ��� ��� �����&���!

1�� ����� ����4 �� ��� ������� � ������� ����� � ��� ��� �������� �� ���

����� �� � ����� � ��� ��� ��������� +�/ ��� ��� � � ����� � � ���� �������� �� � ����� � ��������� ��� � ����! � ������ �� ��� ������� ���

! ���������! ���������� ��� �������� ��� ��� ������� �������� � ������� ��� ���� ������� � ����� ��/� �� ��� �/��� � ���� � ������� (�� ����

����������� �������� ���� ��� � ���� ��� ����� ��� ������� ��������� ��

/������ ��� ��/ ���� � ��� ��� �������� �� � ���� 1�(4 �� ��� 1 (4 ����� ���� ����� :����� ���� �� ��������� ��� �� ����������� ���������� �

��6- /��� &�� �������� �����&����� �������� ��� ���/� �� (����� G�3� (���

� ����� ������� �������� ��

Page 304: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� � ���� ��� �������� ���������� � � ������� ������ ����� �������

��������� �������� ��� � ���� �� �� ��! ����� ����� ���� �� � ������

� � �� ��� �����

��.�1

5&��� "��������� �4"�������� (,%�)

5 ��� ���������� �� � �������� ���� ������������ � 6- ����� � � ���

���� ��$����� �� /���� �� ��������� �� ���/� �� ��� ����� "57� 1���

�������� ���������� � ��������� ���������� ������� ��<D� �2HF�2G�4 �� �

/���/��� ������� � ������� ��������� ���������� ���� ����� ���� ����! �/�

!����� -����� ��� "57� ������������ � ��� � ��������� �������� �����

���� ���� ���� ��� ���������� ���<� ���� �22� �23� �� ���� /��� ��� ����

��� �� � ����������� �� � /�! ���� �� �� � E������ �� ����� �� )� ���� ���

���������� �� ��� ������� �� ��� �������� ��� ���������� � ���� ��

����� �������� %�/����� ����� �� ��� $���� ���� ����������! �� ��� �����

��� �� E���� ������� ��������� ����������� ��� ��� ������������� �����

�66D��

(�� ��� "57�� ����������� *������ 8���� ��� 8�!��� ��&��� � ����

��� �� � $����������� �������� ���<� �� � ���� ! ��� �������� �� E���� ���

���� ��� ����� ��� ���������� ������ ����� �������� ������ ������ ���

����� �� �� ����������� �����&���!� �� ��������� �������� �����&���!�

��������� ������� �����&���!� ��� ���� �������!�

(�� �� ��������� � ��� "57�6 ������������ 7��� ���� ��� ���7�� �����

��$����� ����������� 6- ������������� ���/��� ����� �2D�� ��� ���� ��

�������� �� ���� ��� ��� ���������� ����������� �� ��� ��� ���������

����� ��/��� ��� ��������� ���� ��� ��� ����������� ���������� ��

���� ��� ��� ��������� ����� ������ �/�!� � ���������� /������ �� �

����! ����������!� ��������� � ����� � ��������� ������� ��/���

���� ��� ��������� ��� ���������� ��� �� �������� ��� ������� �� ���� �

��� ��������� �� ��������� ��� ������ �������������� ��/��� ��� ������

���� ��� ��������� �������� ,������ � ��� � ���������� ��������� �� �����

��������! �� � �������� �� �� ���� ��&��� � ����! ������� ��������!

�������� J���������!� ��������� �������������� ��� ����������'�� ! �/�

������������� $���������� ��� ��� �� � �$��������� �������� ��� ��� ���

����� � ��� �������� ! ������! ����������� ��� �$������� ���������

/���� ��� � ���������! ������'�� ������������ ��� ������ 5 �������

�������� ! 7��� �� "57�6 ��/� � ������ �������! �� ���� �� ��� ���

���� ������������� ��� 75,( ��<6� �3<�� ���� ����������� ��! ��������������

/��� � ��� ����� ���� � �������� ���� 1��! 6�<5O 4 ��� ������'��� ���

��� �� � �������� /����� ���� ��� ������ J���!� ���� ���� �� �� ����!

����������� ������� � ��������� ��������! ��� ������������� �������� �

���������� ������ )� ����� �� ������� � ����������� ��� ������� ��� �� �

�$������� �������� �� ���������� �� � ����� � ��������� ������� �

�/��� ���� ��� ���������� ��� ��������� � ��� �������� ��������� ��

���� �� �� ��K��� �� ����! ������������ ��/��� ����������� ��� �������

��% &�������� �� '�������� ��

Page 305: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������ ��������� ������� �� ���� ��� ������ ��� � �-8 ���������� �����

��� � ������ ��������� ���/� � ��������� � ������� ��������� )� ���������

�������� ��������� ���� �� �$������� �������� ��������� �� ��� ��� �����

���� ����� �� ��������� �� ��� ����� ��������� ��� ������� ��� �� �

�$��������� �� ������� ���� ����� � ������ ��������� ��� �� � ������

����� � ���� ��� �� ������ �� �� ���� ����� ��� �� �� ��� � ���������

�� /���� ����� ��� ��� �� ����� ���� ������� ��� ���������� � ��� ��

���� /��� ��������� ������� � ������ ��� ����� �������� ���� ��� -��

��������� ��������� /���� � # ����� �� �������� ��� ��� �/� $���������

��� ���� �� �������� ���� �� $���� �������� ������ ������

��������� �� ���������� �������� ! %� ��� ��22� ������ ������ ��

/��� � ����� ��� �� $���!��� � ����������� �� ������ � ��� � ��� ��

�������� � � ��� �� � ������������ ��� ��� �� �������� ���� ���� �� ��!

���������� ����� �� � ��� � ������ 1���/� �� � ���4 ������������ �� ����

�������� ���� ��� ������� ��� ��� � � ������� � ��������������� 7���

���� ���

!�� ������)� ��������) ��� � "�� �����

� �,����� �� ������)@ ��������) ���

�� ������ ��� ��������� �������� ���

��������� ���# (� ���# '������# ��'� ���# ��'�(� ���� �� � ��������(

�,�������� � �129A ��������� � �

&9$06 ����� ������) � ��� �������

����� ��������� �� ��� ����) ���������� &!'�$% !"� !��� ��� ��� ��

��������� ������ � ��� ������������������� � �� ������)# )��,� � ��� ���

��� ����� � ���� ���� � ��������)#

*��,� �� '� ��� �� �# �� ��� ������� �

��,���� �� ������) � ���� BC7 ��� ��)���� �����# ��� ���� �67 �� ������) �� �

��������) � ��� ���� 8.7 �� ��� ���

�� ��������# �� ���� ���� C7 ����

�!��� � 6�81� �� � �� �������� �� ����� ������3� ��� ���� �67 � ��� ��� �

� ����� ������� �������� ��

Page 306: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� ��/ �� � ����������� ������ �������/ � � �����������9 ��� ���

����! ������! ����������� ����������� �� � ����� ��������� ��������! 1����

���4 �� �������� 1���� � ����� ��� �� �� ���������� � ������ ��������4

���� �� ��������� ������ ����������� �� ��� /��� ����� � ��������� ���

�������� �� ���������� ��� ���� �� ��� "57�6 ������� ��� ��� �� ������

����������� ��� ����� � �� ��� "57� =� ���� �6H<��

5������ �������� ���� �� "57�6 �� ��$����� ��������� �������������

F �� �������� �� ��� �/� ���������� ��������� � ��� /���� ��� ��$�����

����������� ��!��� �� ��� ��� ��������� ������������� � ��� 6- ����

/������ �������� �� ��� ������ �9� �������� ��/��� ���� ��� ���

����� )� ��K��� ������ ��$����� ��������� ������������� ���������! ��

����� �������� ���� ������ ��� �������� ��� ��� ����������� ��23��

���� ��������� ���� ��� ���������! ��� �� ���� ������ ��������� ���

������ ��/� ��&���� ��� �����!��� ������� ��� � ��������� �������� ��

�� ����������� ��� ��������� �������� �������! ���� �� ������ ������

���� �������� ��� ������ ����������� � ���� � ��������� ����� ��������

��� ��� � ���������� �� ������� �� ���� � ��� ���������� ���� �� ��������!

��������� �������� ����� �� ������� �������� ���� ,����� � ����� ���

����� �� ��� "57� ����������� ��� ��� ����� � ��� ��� "57� =� �����

-�� �� ��� �� ��� � ������� � ��� ������� ������� �� ��������

��������� � ������� ��������� ���������� ��� &�� ���������� � �����

���� �� ��� $����������� �������� �� ���� � � �������� ���� ������ �� ���

�������� �� �������� ����������� �� ��������� �����&������� ��DG�� ���� ��

�������! ���� �� ��� ����� � ��$����� ��� ��������� ����������� ������

����� �� "57� �� ����������� �������� /���� ����������� ��� ������ ���

�������� ��� ���� �� ������! ���� �� ��� ��� ����� ������� �� ��� &���

)������ � �����! ���� ������ ��&������ � ��� 7"I� �� ��������! ���

��� ���� �� ��� "57�6 ���������� ��DG�� ��� ����� ����� � ��� �����

���� ���������� ���������� ������� �� ���� "������ 1�� �����������4�

/���� ��� � ���������� �� �� ������������� �� ��� ����� ����� � ��� ���

�� ��� &��� �� �� ��/� 1��������� �� �� � ) �� ��DG�49 �� � ��� �G ������

������� ���/ �� ������� ����������� �� ���/� ����������� ����� ��������

��� �����&�� �� ��/ ��� ��� ������ ��� ��� ��� �����&��� :���� ��

����� ��� ���! �� � �������! ��������� �� ���/� ����������� +��� �

��� �� ��������� ������������ ���� ��� ��������� ��� � /���� /���

��������!��� ����� ������� ��������� ��� ������ ��� ����� �� ��

����� /��� ���/� ��� ��� ��������� �� ��/�9 &�� ��� ������&��� ���

������� ������! ���������� �/� ������ ��������� �������! ���������� ��� ��!

����� ��� ���� ��� ��� ������&�� ! ��! ������� �/� � ��� ����� ��/

��� ���� ��� ��������� �������! �� ��/� I����� �D � ��� ������ �������

���� ��� ����� ! ��� �� ���� � ��� ���������� ������ ��! ��� ���� ���

� ������ ��� ��� ������ ������� �������&���

)� ���������� /��� ��� ���� � ���� ������� �� ������� �������� �����

���� ���������� �������� ��� ������� ���� ��������� � ������������ �

�� ����� ������� 1���� ��� ������� ����� ! �������� ,I7:��5 �62��

��% &�������� �� '�������� ��

Page 307: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��������� ���� ..���� ��������� ���������� ��� �� �������� ���� ��

������! �� � �� � ������'����� � � �������� �����! ������� �6C�4 ��

�������� �� "57��� "57�6 ��� ���/� �� �������� �� ..��!���� ����

������ ���� ������� ������������� �� ��� ����� � ����� �����������

��������� �� ����� ����/�!� ������ �� ������ ���������� ��<D�� )� �� ���

�������� ���� �������! ��� ������! ���� ������� ���� ���� ���� ���

������� ��/�� ��� �� ����� �� � ��� ���� �� ���� ���� �� �����

���

,���&����' ������� � !�� &����!�����

�����

0 ��!����

��������� ��/�� ����� � $���! ��$������ �� ������ �� ��$������ /��� �

������ �� �� /������ �������� ��$����� ��������!� ��������� ���������

��� ����� ��E�� � E�������9 &���� ������� ��������� �������� � ����� �

������! �� �������! ������ ������� ��$������� ������� ������ ����� �

������! �� ����� /���� ��$����� ������� ��� ��� ������ �� �������

��������� ����� �� ��� $���! ��$����� ��� ���������! ���� ��������

����������

��/���� � ����� ���� ���������� ������������ ���� ��� ��������

������ ��� �� �� ���� ��� ������ � ��� "57� ����������� ��� "57� ��

��������� ��� ��� ���� ��������� � ��� �������� �� ������� ��������� ���

�������� =������ ��� ��������� � �������� �� ��� �� ���! �� &��� ��������� ��

����� ��� ����� �� �� ������������ ������� � �������� ��� � � ������

��� "57�� �� "57��� /���� ����� �� �� �����&���� �������� ��/���

"57�� ��� "57�6� �� ��� ���� ���������� /�� �������� �� ���� ��

&��� �������� )� "57�H� ������ �����! ������ ���/���� ���� ��

�������� �� ������� �� ����������� ����������� ��������� ������� ���

�������� )����������� ���� ��� ���� �������! �� ��� ���������� � ��/

��� /���� ��� �����! 15� *��'��4 ��� ��� �� ����L������� ����� !

�������� �C� �������� /� �� � ����� � ������� /��� ���� ���� ���

����� �������� �������� /� �� ������� ��� �� �� ����������� ���

����������� ������� ������� ��3��� 8�� ����� ������� �� � � ������� ����

� ������� �� ����������� �������� /���� �� ��� /� ��/ ��� ���� �

������� � ��������� ��������! 1��� ��������� �����������4� )� ��������� ��

"57�6 ������ ������ �������� ������� � ����� � �� �� G< �������� ��

�� ����� ������ ��������� �� "57�H� 8���� ���� ����������� ���� �������

���������� � ��� ������� ����� ! ���������

=� ������� � ������! � �� �������� � ��� ������� ����� � ��� ���� ��

"57�6� I�� � H6 ������� �������� �C ���� � �����&�� �� �����������

� ����� ������� �������� �

Page 308: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������! ������� �������� ���� ������ ��� ��� ��������!��� ���������

���� � ������� �!��� ��� �� (�� ���� ���� �� � ��� �� ���� ��K���

������ � ������� � ���� ���� � ��������� ! �� ���� ��� � ��� ������

������� ���������� ������ )� ��������� ��� "5(57� �� ������� � ��� ��

�������� ��� ������������ ���� �< ��� � �D ��� ���� � ����� ���

�������! ��������� ���������� � ��� ��� ��������� �������� ��� ���

���� ��� � ������ � ������ ������ ��� "57� ������������ �������� ���

������ "57�H ���������� 1������L/����� �<<<4� ��� � ���/�� ��� ���

!'�� ������� ��� "57� =� ���� �� ��� ���������� ������ �6H���

*������ �� ��&���� ����� ��������� ����� ��/���� ��� ���� ������

��������� � ��� $���! ������� ��� ��� ����������/���� �� ��� �� ������ ����

� �������� ��3���

����1

������ �

��� ��������� � ��������� ����������� �� ���� ��������� ��� �� ���� �����

�������� �����&������� ��� ����������� ��� � ����� /���� ���� ��

���������� �� ��� ����� � �� � /��� ���� ��$����� ���� �������� )�

������� � ����� �� ������� � ��$����� ��������! ��� ������������� ��

�������� ����� ������� ������������� F ���� ���� ���&����� F ���������

������������ )� ����� /��� �������&���� ��$����� ��������!� � �����&����

��������� �������� ��� ������� ��������� �������� �� �� ����������� )�

�������� �� ��������� ��� ����� � ������ ������! ��������� � ���/����

���� ��������� ���������� �/�!� ������ �� � ��������� ����� /���� ���

� ��������� ��� �������� /��� ����� ������ )� ���������� ���� �����

��� � �������� �� � ���� ����� ������� � �� �����! ������'�����

��� ���������� ���� ��������� ����������� ��� ���� ��� ��� ������� ���

��������� ��� ����� �������� /��� ��������� ����������� ���� ��� �� ����

��� �������� ������ ����������� ������ �� ������� ��� ���� �� �� ����� ��

�������� �������� � ������������ /��� ����� ���������

)� ��������� ����������� ������� ����� ����� � �� �������� ���

������ ����� �� � ������ ��� ��� �K����� ������� I�� ���� ������

���� ������� ����� ���� � � ������� ����� ��� �����&���! ��� ��/�

�� ��������� �������� ����������� ��/��� �������� ��� ������ ������

! � ����� ��� ������ ���� � ������� �������� ������� ����� �������

��������� ! �����&� �!������������������� � ������������� ��� 1*5;-)

�I(4 ���� �����������!� �������� �������� ����������� �� ��� ������� �����

������������� ��� �������� ��� ����������� ��������� ������� ��� ��������

���� �6��� ���� ������� �� � � ���! ��������� �������� �� ���� ��� �����

&����� ��� ���� ��� �������� ���������� � ���������� ��������� ����������

����������� �������! �� ��������� /���� ��� ��� ����! ����� � �� ������

����� ��������� �������������� ���� �������� ��K��� �� ��!����'�� ���

���� ��������� �� ����! 0��� � ���������

��� +�������, ����� � �� ���������� ��

Page 309: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

����2

<����!�����

7�� ��������� ���������� �� �� ������� ��� �� ��� ��� ������� ����� �

��� ����� ��� ���������� ��� ������� � ����������� �� ��� ����! �����������

! ��� ��� ��������� ��� ��� ����! � ���� ����������� ! �������� � �����

��� �������!� ��� ����������� � ����� � � ����� �� ��/ �� � ��������

��/��� E������� � ��� ���������� ���������� ������� ��� ������ ��

���! ������� ��� ��������� ��������� )� ��������� ����� ������� ���

����������� �� ��� �� ��� ���� ����! ��� ��� �� ���������! ������ ��

��� ���� ���� ��� ���� ��� ���! ��� � �� ������� ��������� ���!���� ?��

������� ��� ���������� ����� ��� ��������� ��������� ����� ���� �� � ��

������ ��$����! ���� �� ����! �����&���� ��������� ������������

���� �� ��� ������ /�! �� ������ ���� � ������� ����������� ������ �

������� ��� ��������� ����� ��� ���� �����&����� � ��������� ����

����! �� ��� ��� � ���� ��� ������� ����� � ��� ��� � �������������

��������� ������� ������������ ��$����� ��������� �������� �� ���� ����

������������ ����� ��/����� ���� � ����� � ��� ��������� �����������

������������ 1���� ���������� ����4 �� ���/���� �� ��������� ���

������� ����������� ���/�����

������� �����!�����3�����'

�� ,�����!� ��� $���� ���� ������ ��� ��� ����������� ���� ������

���� ���� �< �������! ��$������ ������� ��� ���!'�� ����������!

����������� � �/� ������� ���� ���� ���� ��� ������� �� ��� �������

��� ��������� �� �������� �������� �� ������� �������� (��� ����� ���

��&������� ��� ������ ���� ����� ����/��� ���� ��/��� ��������!

������ �������� �DH� ��� ������ �������� �������F������� ������������

�DC��

�� ��� ���������� ���9�������� ���!'�� ��� �� ���������� � ����� �� ���

������� � �������� ���������� �� ��� ���� ������� �DG��

I�� ��E�� ������ �� ��� �������! ��� �����!��� ���������� � ���/

���� ���� ���������� ������� �� ��� � ����� ��&�����! �� ��� �������!

���� �������� ������� ��������� 5� ��� ��� ������������ ����� ��� ���!

������� �� ������� ��� ���� ������ � ��� ��������� ! ��� ������ ���

������� �� /��������� � ��� ������� �!���� ��HD�� ���� ����� �� ���� ��

&�������� � ��� ����� � ���������� 5� ���� ���� ����� ����� � ���

���� ��� ������� �������� ��� � �������� �� ����� ���� ���������

��� ����� ��E�� ������������ ����! �� ���� ���������� ������� �� ���

�K�����! ������ ��� ����� � ������������� ���������� �� ��������

������ ���! ����������� ���/��� ������!� ��$����� ��� ��������� �����

� ����� ������� �������� ��

Page 310: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������! ������ ��� ���������� �������� ���� �� ����! ������������ ! ���

��� ���� ��� ���������� ���������� ��� �������� �������! � ����� ��

����� ����� /��� ��� � ��� ��������� ���������� ������� ��� ��� ����

����� ���� ��������� �������� � ��� ������� ���� ��<D� �36�

5� ��� ��� ���0! ��������� � ��� ��� ����������! � ������� �������

��� � �������� �� � $���� �/ �� ��� ��������� � ������ ��������� ����

����������� ��� ��� � ��������� �� � $���� �����!��� ���������� � � ���

C<Q �� &����� � ����� � ��������� �������� ��� ������ ���� ����� ���� �

������ C<Q ��� �� � �������� �� ������� ����� �������������� ���� ����� ��

� ������� � � ��� �������! ������&�� ����� ��� ��/ ������� ��� � ��K

����� �������� �� ������ ������������� �� ���������� �� ��� ��� ������ )

����������� ����������� ����!� ��� ����� �� ��� � ! ���� � ��� ���� � �

�� �< ���� � ������� � �� ������ &����� ������������ 5� ���������

� ���� �������� /��� ��������� ���������� ��������� ��� ��������� ��� ��

��������� ����������� ������$��� ��� ���������� ��� ������� ���� ��� �

�������� �� � ���� �������

���

%������-�&��*

*��! � ��� ���������� ��������� ���� ����� ��� ������� ��������� �� ����

"������ ��� ������� �� ������� ��������� ���������� ��� ���! ����� �

���� ��� ��������� ��� &��� ��� ���� ��� ����� � ���������� ������ $����!

��������� �� ��� �������� ���� �� ������� ����������� ���� ��� ��/

�������� ��� �� �� �� ��� 5������� ������� � ������� �������/�

�� � G�� �������� � �������� � ������� ��������� ��������� ��� ����

���� 1������������ ������ �����&�������� �������������� ��� ��������

����4 ����� � �� ��� === /��� ��� ��E�� ������� ��������� �������� ���

��������� ���������� ����������

�� � G�� ���� � �������� � ���� �� ��������� ���!���� ��������������

�����&������� ��� ������'������

�� � G�6 �������� � ��� � ��������� ���������� ������� ��� ��������� 7��

��� ��� "5(57� ���� ���� �� ������ ���������� ��� �� ������

�������� �� "57�H ������� ��� ���������� ��/! �� ������ �� ��� �-8

1����� ;���8���� �6H�� ��� :?5 �6H6� �� ������� ������� ��� ����������4�

%�;���&��������

���� /��� ��� ��� ��������� ! ��� 8*8( ���E��� ����)� ����� ��������

�� <6��G�C ��� -(@ ����� ���E���� T) G�GL� � ��� T) G�GL� ��

��- .�����������* �$

Page 311: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

8���������

� 8������� "� ��� M� ������ ��������� � (����� ������$%%$9 @����� �� ������ )���

"������� �� :�� (������� ������ ��� '������� (���������$%&'9 =� %� (�������

� 5���� ��� "� 8�� (�������� �� ��)��� �� ������� �� ������������ 7������� $%('� �3�1DG49 �� ��6F6<�

� ;�������� "�� "���� ��!��� $%)&� GC9 �� HHFHC�

$ 7���� � B� ��� "� 7���� � ��� -� 8����� ��������� �� �

������ ������� ��������� ��������� 8 '�� ����� *++$� 6<G1C49 ����D�FD�

� @���� I�� 5� �������� �������� �� �������� �������

��$������� 8 '�� ����� $%&*� �G�1649 �� 2<CF3�� +��������� 7� 8� ��� "� -� =�� �� 5 ������ ������������ � �� ��� ������ �� ����������� �� ��� ����� ����

��$����� � �/� ��������� 8 '�� ����� $%(+� H31649 �� HH6FC6�� 7���� �� (� ��� *� 7� =�������� )�����&������ � ������

������� �� ��$������� 8 '�� ����� $%&$� �H21�49 �� �DCF2�� 5�� ���� 7� (�� �� ��� @����� 8;57� ��� �7) 8;57�9 � ��/

���������� � ������� ���� ��� ������ ��������� 6���� ����$��� $%%(� �C1�249 �� 663DFH<��

�� 5�� ���� 7� (� ��� :� ?� B������ )������� ���&� ��������

/��� �7) 8;57� F � ��� �� ��������! �� ������� ���� �����

������ ������ �� $%%&� �61��49 �� HHHF2��� 5�� ���� 7� (�� �� ��� 8���� ��� �������� ������ ���� 8

'�� ����� $%%+� ��C1649 �� H<6F�<�� 7������� 5� 5�� �� ��� )*�5;59 �������� � �������

��$����� ������� � �������� � �7) 8;57� �����������

�������� �����&� ����� ��������� ������������� $%%%� �C1��49 ���<<<F���

�� T��� T�� �� ��� ������� ��$����� ��������! �������� �����

�������� �� ������ 6���� ���� $��� $%%&� �G1�249 �� 6D3GFD<��� ���� ��� =� ,� ��� -� M� ;������ )������� ���� ��

������� ��$����� ����������� (�� 6�� ��� � : ��$%&&� 3C1349 �� �HHHF3�

�$ ���� ��� =� ,�� (��� � ��$����� ��������! ��������� /������ (57�56 ������� �������� '����� '�� ����� *+++� �6�9�� �3CF��D�

�� ���� ��� =� ,�� :������� ���������� ��������� �� ��$�����

��������! ��������� 8 '�� ����� $%%&� �2G1�49 �� 2�F3H��� ���� ��� =� ,�� 7�������� ������� ��$����� � ������9

���������� � ��� ����������! ��� ���������! � ��� 7����

=������� ��� (57�5 ���������� �������� $%%$� ��1649�� G6CFC<�

�� ���� ��� =� ,�� ,���� ��� ��������� ��$����� ����������

/��� (57�� ��� (57�5� '����� 7�#����� $%%+� �369 �� G6FD3�

�� 8������� "�� %� ,�� B����� � B�� 7������ ������ *�����

������ %���� ���� ������� $%%(� �61�49 �� �D�FD� � ����� M�� �� ��� 7�$����� ����������� ����� ������

��$������ ������ ����� ����� �� ���! ������ ��������� ������/��� �������� 8 '�� ����� $%%&� �3H1H49 �� ��<�F�<�

� ����� ������� �������� ��

Page 312: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

� B������ ,� ��� ,� %���� =�������� ������ *�����

����� �� ������� ��������������� ������������� $%%&��H1D49 �� 22�F3��

8������� 5�� �� ��� ��� 6��9 �6�6 ������ ��������� ������&� %**� ����� ��� ��E����! � ��������� 6���� ����$��� $%%%� �21�49 �� �G<F��

� *�"����� *� 5�� "� 7���� ��� �� :����� ����������'�����

������� �� ��� 75* ��� %**:, ������� � ������ *��������� ����������� ����� $%%)� H9 �� �CCFGH�

� 7��������� :� ;�� �� ��� ���9 ������ ��$�����

��������� ��� %** ���&�� � ������� �������� 6�������� $��� $%%&� �G1�49 �� 6�<F��

$ :���� 7� ,�� ���&� ������ *����� ������ �������������$%%&� �H1D49 �� 2CCFG6�

� :���� 7� ,�� %����� *����� ������ %��� 5��� �� �����$%%)� G1649 �� 6G�FC�

� :���� 7� ,�� *����� �������� ����� ������ *����� ������

����� $%%,� 69 �� ��HF�<� � :���� 7� ,�� @� *���� ��� ��� ,� -������ *������

�������������� ������ *����� ����� � ��$����� ����������

8 %���� ����� $%%,� �1�49 �� DF�6� � 8��������� ;� ��� 7� B������ 5 �!������� �������� ������

�������� � ������� ��$������� 8 '�� ����� $%%&� �2G1�49�� �HDFGH�

�� 7����� *� M�� "�������� � ������������ ����� �� ���

��������� � ���� ����� 5� �������� �� ��� ���/���� �������������� � ��� ���������� �� �� ��� ��������� 8 '�� �����$%%+� ��61H49 �� 3CDF36�

�� %�������� 7�� M� @� %�������� ��� 7� ��������� ���

8�����9 � ��� ��������� ���� ��� � ������� �������� ���� ������� ��� ������ ������������ �������������$%%%� �C1G49 �� H2�FD�

� %�������� -� 7�� ?� =����� 7������ 5������� *��

%��� �� -�� T������ ,�� � ��, ����� ��� �� ��� ������� ��(�����-!�- ������; �������� �"�������� ��� ��������������� %�������� 3222� *++$� 8���9 7������� ?�����

�� %��� �� -�� ,� T����� ��� �� ;������� (��'< � ���������� *����� ;������� �� �����&������ � �������

��$������� ���������� ��� ������� ����������� @"8�<<�� ��

�������

�� *������ 5� @� ��� 5� 8������� -������ ������!����������� ����� ��������� �����&������ � ��������� (�������$%%(� 7���1�49 �� �<CF���

�$ ;��� M�� �� ��� "�������� � ������� ����������� ! �� �

������'����� � � �������� �����! �������� (������� $%%%�7���1649 �� �<HF3�

�� 7���� � B� ��� �� ��� 5���� ! � ������� �������! ����������

��� �������� /��� ������ ��� ��$������ ����� ���������������� ��� 8�!����� ������� ��������� 8 '�� ����� $%%(��G31�49 �� �<DF�C�

�� 7���� � B� ��� �� ��� 5 ������ ������� ��������� ���������� �

"57� ))) ������� ����� ,I7:��5� (������� $%%%� 6217649 ���2�F�2G�

�� ;������ ,� %�� ��� ������� ��������� ��� �� /���

�������� ��

Page 313: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��$����� ����� ���� ����������� ���������� �� +� ��������

(����� 7��� $%%-� 21D49 �� �<CDFG3��� "����� "�� ��������� ���� ��������� ��� ��������� �

��������� ���� $�) ������� $%&-� C69 �� C62F2���� ,����� ��� M� 7�� ��� ������! ��� �������! � �������

���������� ��) (����� %���� $%&$� 6H9 �� �G2F66D��� ������� ;� "� ��� ,� 8� "����� "��&��������� �

��!������� ������ /��� ������ ������������ ������ ����� ����9 �/� ��/ ������ ������� (6� � $%,$� 629 �� 2�DF2H<�

� ������� ;� "�� ,� 8� "���� ��� %� ,� 8��� ��� ���

��������� � ��������9 �/� �!������ ����� ����� ���&���� ����� � ��� ��!������� ������ (6� � $%,$� 629 �� �<CF����

�� ;� "����� ;�� �� ��� 7"I�9 � ��������� �����&������ �

�������� ���� ���� 6���� ���� $��� *+++� �31�49 �� �C2FD��� 8���� M� :�� �� ��� ��� "5�% -��������! � %��������

7���������� 1-%749 � ��������� �������� �� ������!���

������� ��������� ���������� (����� 7��� *+++� �61649 ���C6FGC�

�$ I����� "� 5�� �� ��� "5�% F � ���������� �����&������ �������� ������ ����������� ������ $%%(� C1349 �� �<D6F�<3�

�� "��� �� >� ��� @� -� (� ���� "����������� ����������

�� ����� ����� �� ������ ��� ������ ��� ������ ��� ��������������� ��� ��������� ����������� $%(-� �61�49 �� ���F���

�� ;��� ?� )�� 7�������� ��������� � ��� �� ��� ������'����� �

������� ������� 5 ������������� �����! � �� ��� �������

��������! ���������� 8 '�� ����� $%(-� 331H49 �� 3C2F2���� @������� M�� -� M� I ������� ��� 8� ,�� ��� 5��!��� �

��� �������! ��� ����������� � ����� ������� ��

���������� ��� ��������! ��������� � �� ��� ��������� 8 '������� $%(&� ��<1�49 �� D2F��<�

�� 7�������� 8� 5�� M� M� �������� ��� �� @� =����� �

7������� ������� ����������� ! ����� ��� ����� ����9

��� 0! ������� ���������� (�� 6�� ��� � : �� *+++�D21�G49 �� 33G3F26�

$� %������ "�� �� ��� 5���������� �����! ����������� ��

��������� ���������� /������ ������!9 ���� ����� ���������

(�� 6�� ��� � : �� *+++� D21�G49 �� �H�6CFH<�$� 7����� +� -�� M� +� I������ ��� �� @� =����� � �������

����� ���������� ��� ��� �������������� �����

����� (������� $%%&� 6�1�49 �� �6GFC3�$ I������ M� +�� T� ;���� 7������� ��� �� @� =����� �

�����! � ������� �����9 ��� �����! �������� ������������

���� $�) (��� %���� $%%(� H39 �� CHCFG<<�$� =����� � �� @�� (����� ����� ��� �����! ��������� �

����� �������� /����� ��� ��������! �������������� (�� 6����� � : �� $%%(� DH1��49 �� G�2<FC�

$� =����� � ��� T� ;���� 7������� ��� M� I������ (���

����� ����������� ��� ��� ���������! � ������� ����������! ���������� %��� ����� $%%)� 61G49 �� H�CF6��

$$ I������ M� +�� �� ��� ������� ����� �����9 ��� ������ �

��� ���������� ����� ����� �� ��� ���� $%%)� �1G49 �� HH�FC<�$� I������ M� +�� �� ��� ��/��� �� ������ � ��� ���������! �

� �������� ������� ����� ����� (�� 6�� ��� � : ��$%%,� D�1349 �� 6G�GF6<�

� ����� ������� �������� ��

Page 314: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

$� -������ 5� ,�� �� ��� J������������ ������� ����� ��� ���

�����! ������� ��� �����! ��� ����������� ������ ������ �� *+++� �C1249 �� 66�FD�

$� ;������� � �� ��� *� B����� � :������� �����! �������� ��������� ��������� ����������� %��� 5��� �� ����� *+++��<1�49 �� �6DFHC�

$� -������ 5� ,�� �� ��� (������ ���� ����� ��� ����� � ���! �

��������� (������� $%%%� 6C1�49 �� 6HFH<��� "��� %� 7� ��� B� 5� -���� ��� ������� ����� ��� ���

(����� ������ $%%'� HG1�49 �� �HF6���� -���� B� 5� ��� %� 7� "��� (��� ;������� �� ����/�!� ��

������ 6� �� ����� $%%(� H1�49 �� �<FD�� "��� %� 7� ��� B� 5� -���� ������� ����� �� ��� ��������

�����������9 ������� ���� ��� ��� 5�������� ���������

(������� $%%&� 6<1�49 �� �F66��� -���� B� 5�� �� ��� ��������� � ������� ����� F � �����������

��� ����� ����� ������ (����� �� $%%,� H1H49 �� CG�FG<��

�� >��� B�� �� ��� 5 ���� � ������ ������� ����� ���������� (��6�� ��� � : �� $%%,� D�1�49 �� 6�CFD�

�$ ,����������� 5�� -� 7������� ��� ,� -� 7�����

������� ����������� ��� ������� *����� ��� ��� ������������������ 8 ��������� $%%'� �31�49 �� �F�6�

�� 5���� =�� �� ��� ,������ ������� ����������� ��� ���������

����������9 ��������� ���������� ! ������! ��� �������

������ � ������� �������� /��� �������� ./����������������� F ��� ������ �������� ��� 8�����

���������� 8 ��������� $%%'� �31�49 �� 6�FH<��� 8��� ������ J� �� ��� *� ���� )������� ������!��� !

�������� �������� ��� ������� ������� ������� %��� 5���%��� ����� *++$� C1�49 �� �62FH6�

�� ,���� *� M�� *� 7� B��� ��� �� 7� B��� ������� -����� � ��

%)? � :���! )��� ����� ����� *++$� ��9 �� ����� @����� � ,� ��� ;� 7������� ������� ������ ���� �� �����

������ %��� 5��� �� ����� *++$� ��1�49 �� �<�FG��� B������ 7� ��� 7� (� 5�� ���� *������ �� ��������� ���

���������� �����&����� � ������� ��$����� ������� !����� ������ ������� �������� (�� 6�� ��� � : ��$%%+� 321G49 �� ��GHF3�

�� B������ 7� ��� 7� (� 5�� ���� 5���������� ��� ���������� ��

������ ���� ������� �������� �� ������� ��$������� (��6�� ��� � : �� $%%'� D<1��49 �� C326F2�

� ,� �� 8�� "� 7������ ��� ,� 7�������� �%- F �� ���������

��� ������ �� ������� ��������! ��������� ����������� %�������� ������ $%%-� �<1�49 �� C6FG<�

�� 8������� 5�� �� ��� ��� ��� ������� ������ ���� ����

6���� ���� $��� *+++� �31�49 �� �G6FG��� 7������ "� ��� ,� 7�������� -��� ��� � ������! �������

������� ���������� ��� ��� ��������� ������� � ��$�����

��������� (������� $%%$� D1�49 �� CGFG3��$ "������ (�� �� ��� ���-�� ��� ���-�� "@9 ���� �� �������

������ ���!��� ��� /��� ������ ������������ 6�������� $��� *+++� �31�49 �� �G2FD�

�������� ��

Page 315: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�� 5�������� ,�� �� ��� )������� F �� ���������� �������������

�������� �� ������� ������� ������� ��� �������� ������

������������� *+++� �G1��49 �� ��HCFC<��� %���� ;� ��� "� 7������ ������� ������� �� ����� /���

-��L(77�� 6���� ���� $��� $%%&� �G1�49 �� 6�GFD��� -�������� 7�� �� ��� 5 �! ��������� ����������!

�����&������ � ������� ���9 -�� -����� -��������! �������

6� 6���� ���� $��� *++$� �D1�49 �� CCF2��� 7�������� 5� 7�� J� -������ ��� @� M� 8������ 6-��9 �

���� ��� � ������� ��������� �������� ������������� *++$��21�49 �� �<<F��

�� -������ J�� 5� 7� 7�������� ��� @� M� 8������ �������

��������� �������9 ���!��� � ��� 6-�� ������� ���� ����

(������� *++$� H�1649 �� 66�FHH��� *������ 5� @�� �� ��� 7"I�9 � ��������� �����&������ �

�������� ���� ��� �� ��� ������������� � ��$������ ���

����������� 8 '�� ����� $%%,� �H21H49 �� C6GFH<�� %������� �� M�� �� ��� 7"I�� 7�������� "����&������ �

�������� ���� ���9 ����������� �� ��������� � ��������������� � ��$����� �������� ������� ��� ���������� �

������� ��������� ����� �� %��������� � ���� %���������� $%%&�CH1� 1�� G449 �� ��H2FCH�

�� 5������� �� B�� �� ��� �,)+�7 79 ��� ���� ��� �����!

���/� �� �,)+�7� 6���� ���� $��� *+++� �31�49 �� ��CF2��� %���� M� >� ��� -� ;� 8������ ��� :*I�)( ���� ����

6���� ���� $��� *++$� �D1�49 �� �<�FH��$ B� ���� 5� ��� M� *� �������� ����� ���������� ���������

���!��� � �,I7)�: ��������� 8 '�� ����� $%%%� �3G1C49 ���G26FD��

�� 8������ 5�� �,I7)�:9 � ���������! � ����� ��� �������� ����������� 6���� ���� $��� $%%$� �D 7���9 �� ��H�FC�

�� %������� B�� �� ��� ��� �,I7)�: ���� ���� ��� ������ ��

�DDD� 6���� ���� $��� $%%%� �21�49 �� ��CFD��� )��� ��� �� ��� 5 ������������� �/� �! ��� ���!��� �� ������

��� !���� ������� ������������ (�� 6�� ��� � : �� *++$�D31349 �� HCGDF2H�

�� J���� ��� �� ��� 5 ������������� ���!��� � ������� ������������������� �� 7��������!��� ����������� 6����� *+++�H<61G22<49 �� G�6F2�

�� J���� �� ��� ,� :� %�� � 7!�������� ��� ���� ����

�/� �! ��� �������� %��� 5��� '�������� *+++� 61649�� 6<6F3�

�� "����� @�� �� J���� ��� 7� (���� � %��� ����������

��������� �� ������� ������� ������������ ����� �/� �! ���

����!� '����� 7�#����� *+++� 6�39 �� 6F�H�� #������ � )�� �� ��� -)�9 ��� ���� ��� � ����������� ���������

6���� ���� $��� *+++� �31�49 �� �3DFD���� #������ � )�� �� ��� -)�9 ��� -��� ��� � )����������

��������9 �<<� ������� 6���� ���� $��� *++$� �D1�49 �� �6DFH��

�� *�������� :� *�� �� ��� 5 ��� ���� �������� �� ������

/��� ���������� � ������� �������� 6����� $%%%� H<�1G2C249�� 36FG�

� ����� ������� �����������

Page 316: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�$ *�������� :� *�� �� ��� -�������� ������� ������� ���

������� ������� ������������ ��� ������ ��$������� �����$%%%� �3C1CH�349 �� 2C�F6�

�� ���������� *�� �� ��� 5�������� ������� �������� !����������� ������ ���!���9 ������� ��!�������� ���&���

(�� 6�� ��� � : �� $%%%� DG1349 �� H�3CF3��� -������� ,�� I� ��� ������ ����������� ������������� �

������� ���������� ! ����� ��! ��������������� (����� �� $%%*� �1�<49 �� ��2DF32�

�� 7����� *� M�� I� ��� ��� �� � ��������� ������� �����������

-��������� ��� ����������� � � ��/ ������ �� ������������� � ��������� ����������� � ��!�������

������������� 8 '�� ����� $%&*� �CG1�49 �� 6CDF33��� B�� �� =�� 5 ������� �� ��� ��� �������� �� ����� �/� ����

� �������� �� %���������� $%()� 56�9 �� D��FD�6���� I����� "� 5� ��� =� ,� ������� 775�9 ��$������ ���������

�������� ������� �� ������� ��������� ����������� '�����7�#����� $%%)� �GG9 �� G�2F6C�

��� ������� =� ,�� �� �� (���� � ��� "� 5� I����� *������������ ��������� ��������� (����� �� $%%-� 61�<49 �� �3C3F2<�

�� %���� ;� ��� "� 7������ -��������! � ��������� ������� ��������� ����������� (������� $%%&� 661�49 �� 33FDG�

��� 5���������� +� +�� 75,(��� ��� �-8� (����� 7��� $%%)�D1D49 �� 2�2F6��

��� 5���������� +� +� ��� -� (� ���� 5��!��� � ������������ ������������ ��������� ����������� �� ��� �-89 ��/

������� /��� �� ����������� (������� $%%)� �C1649 �� 6CHFGC���$ (� ���� -�� �� ��� 5� �K����� ��������� �������� ������

���� ������$�� �� ��������� � ����� ���������� �������������� �� ��������� 8 ������ �� ���� $%%*� D1H49 �� 2GDF3D�

��� 7�� ��� *�� �� ��� 5������� � 0��� � ������� �����������

(�� �� %��� ����� �� '�� ����� *+++� 39 �� 6�DFH6���� 8����� I�� �� ��� 5 �������� ������ ���� ������$�� �� 6 -

��$����� ����������� ��������� ���������� � ���������

(����� 7��� $%%'� G1649 �� �2DF33���� (������� 5� ��� (� :� "���� 5 ������ � ������� ����

������ �� ��� ��������� ���������� � ��������� 8 '�� �����$%%)� �C31C49 �� 32�FD��

��� *����� M�� �� ��� "������ ���������� � ������� � �������

��������� ���������� 1"57�49 ����� )))� (������� $%%%�7���1649 �� �FG�

��� *������ 8����� 5� ��� 7� %� 8������ *������� �

��������� �����&���! ��� �������!� (������� $%%(� 7���1�49�� 2HF3��

��� ;������� ��� �� ��� 5�������� ���� ���� ��������� �

������� ��������� ������������ (������� $%%%� 6217649 �� 2F�H��� *������� B�� �� ��� %I*7�,5-9 � ���� ��� � �������

��������� ��������� �� ��������� ������� (����� ��$%%&� 21��49 �� �HGDF2��

��� *������� B�� �� ��� MI>9 ������� ��$����� ���������

�������������� ��� ���!���� ������������� $%%&� �H1249 �� G�2F�6�

�������� ���

Page 317: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� 7��������� ,�� �� ��� ������� ����� ���������� ���������

���� ����9 �������� ���������! ������ ��������� ���

������������ �� %��������� � ���� %���������� $%%&�CH1� 1�� G449 �� ��G3F22�

��$ 7������ ,�� *� @�� ����� ��� ,� 8� 5������ ;�("9 ��

)������� � ���! � ������� ���! ���� ����������� (����� ��$%%(� G1�49 �� �HGF3�

��� %������ "� ��� -� �� M��� � 5 �!�������� ���������� �������� ��������� �����&�������9 7"I�� "5�% ��� (77��

����� ��� ���� $%%%� 21D49 �� �<DDF������� =����� 7� M� ��� M� M����� ;������� � ��������� ������� ��

�������� ����������� $%&$� �<1�649 �� GCHHFC����� %���� ;� ��� "� 7������ ������ �� ������� ����� ������

(������� $%%-� �D1649 �� �CGFG3���� 7������� � *� 8�� 5 ��������� �� ��������� ���������

������� �� ��������� (����� �� $%%,� H1�49 �� �<6F���� � ,� �� @� -�� 5�������� ����������� � ������� �� �� ���

��������� '����� 7�#����� $%&,� ��C9 �� H6<FH<�� � M��� � 7�� �� ��� -����� ���������� �� ������� ����������

����� � ��������� ��������9 ����������'����� ��� ���!����

(����� �� $%%&� 21�49 �� �66FH��� ������� =� ,�� ������� ��������� ������ ������&�������

(����� 7��� $%%%� ��1649 �� �<6F�G�� � *������ M�� B� ?��������� ��� 7� ������ 5 �����

��� � ������ ������� ������ �� ������� ������ ������&�������

������������� *+++� �G1��49 �� ��CCFG�� � 7����� *� M�� �� ��� %�����' ��� �������� � ���� ����

������������ �� ��������� ��� ���� $%%)� �1H49 �� �3DFD3�� $ %������� *�� �� ��� )�����&������ � ������ ������� ���

������� � ���� ��� �� � ��������� ������ ��� ���������� �/ �����! ������������ ��� ��������� � ���� ����� 8'�� ����� $%%+� ��G1�49 �� �G2F3<�

� � 8����� 5� ��� 5� 8����� 5� �������� ���� �������� ��

�������'� ������ ������� ���� (������� $%%-� �31649 �� �CHFG��� � ���� � �� -� ��� B� 5� -���� 7��������� ��������� ���������

��� ������� ����������9 ��/ �������� ��� ���!W 8 '�� �����$%%)� �C21�49 �� HC2FGD�

� � ���� � �� -� ��� B� 5� -���� 5� ��������� ������ ��

���������� �����! ��� $��������� ��� ������� ����������� (��6�� ��� � : �� $%%)� D61��49 �� ��G�3F66�

� � ,� ���� ,� 8�� �� ��� ,���������� � �������� ������������ ������� ��� F ���������� � ���������� �������

��� ���������� �������� �������! ����� ��������

�� ��������� ��������� (����� 7��� $%%&� ��1�49 �� �FD���� ,���� -� =� ��� -� :� ������ 5 6- �- �� ��������� ������

�� ������� �� ����������� ���� ������� ��������� ��������!

��������� � ��� ��$������ 8 '�� ����� $%%(� �G21H49 �� �<�GF63���� ,���� 8� 5�� �� ��� ,������ ������� ���� ���� ��������� ��

������� ��������� ������������ (����� 7��� $%%(� �<1349 �� 3GCF2G�

�� *���� (� ��� :� (������ � +��� ���/���� ���� ����

���� �������� �� ������ ���� 8 '�� ����� $%%(� �G21�49 ���<2F���

� ����� ������� ����������

Page 318: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� M��� � -� �� ��� M� *� �������� �������� �����! ��������

�� ���������� %��� 5��� �� ����� $%%)� G1�49 �� ��<FG���� ?����� 7�� *� 7����� ��� M� +������� :������� ��������� ���

�������� �� ������� ����� ��� ������� %��� 5��� ������� $%%(� 21�49 �� ���F3�

��$ *����� M�� "��������� � ���� ��� ��������� ��� �������

��������� ���� &���� %��� 5��� �� ����� $%%(� 21�49 ���DHFD�

��� 8����� M� J�� ,� ;���� ��� -� :� ������ 5 ������ ��

������! ������� ��$������ ���� �� ���� � ���/� �����

���������� ���������� ����� $%%$� �C61C<�G49 �� �GHF2<���� 5���������� +� +�� ,� +� ����� ��� ,� *� T������ (���

������� �� ����������� ��� ��$����� �� ��������� ��������

��� ������� �������! ���������� (� ��� �������� $%%)9�� C6F2��

��� T������ ,�� *� =����� ��� ,� ������ +�/ �������

������� �� ������� �� ����������� ���� �� ?������

��������� ������������� $%%&� �H1649 �� �DCF6<3���� -������ *�� ,� *� 7������� ��� 8� "� I������ � ����� ��

�)��������� ����� �� �������; �� ���� �� ������ ��&���� ���������� $%(&� �� 6HCF6C��

��� @������ @� %�� *� 5� "���� ��� 7� 5� 8������ :����������������� � ��� ������ ������� ��$����� ���� ���� �����$%%*� �CG1C<G�49 �� �HH6FC�

��� %�������� M� @� ��� 7� %�������� 8���� ���� ��� ��� ���

������������ '����� 7�#����� $%%)� �GG9 �� 33F�<C��� %�������� 7� ��� M� @� %�������� ���������� ��������� �

����� ���� �� ��������� ��������� (������� $%%'� �21�49 �� HDFG��

��� 5�� ���� 7� (�� 5 ������� �������� ������� �!���� ����������� � ����������! ���������� 8 '�� 7)��� $%%'� 6G1649 �� �D<F6<<�

��� 5�� ���� 7� (�� 5���� ���� �� ��������� �������� ��� ��

���������� ��������� ������������ 8 '�� ����� $%%$� ��D1649�� CCCFGC�

��$ B���� *� ��� ,� 5� @��� ����� 5����#��� ��� ������ � ��,���� ������ ��� ������� ������ ������ ��&���� ���������� ��$7%5'�3222� *+++� ���!�9 5"* ������

��� *������� ?� +� ��� @� *� "������� "������ �������� ����

�������'�� ��� ������� ����� � �� ��� ��������� 8 '�� �����$%%*� ��21649 �� 32GF33�

��� M��� � -� ��� @���%,:5-:,9 �� �K����� ��� ���� � �������

�� ����������� ������ �� ������� ��$������� 8 '�� �����$%%%� �321H49 �� 2D2F3�C�

��� ;������ "�� �� ��� 5��������� � ��������� ������'����� ��������� ���������� ��� ���� (� ��� �������� $%%%9�� H3�FD6�

��� T���� 5�� ,� T������ ��� �� ;������� 5 ����� ����������������� �� ��������� ������'������ 8 %���� ����� *+++�216FH49 �� H36FC<��

�$� "��� �� >� ��� @� -� (� ���� ���������� � ��� ��������!

��������� � �������� ��� ����� ����� ���� ��$������ ��)7�#���� $��� ����� '�� ����� $%(&� H29 �� HCF�H3�

�������� ���

Page 319: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�$� ���� ��� I� 8�� �� ��� ���������� � ��� ��������! ��������� �

��� ;2� ;�� �������� � ��� :� ��� �� ������ 7� <�� $%('�6H1�49 �� CCF2�

�$ ;����� M� *�� 8� ,�� ��� ��� M� @������� 5� �������� ����������! ��������� ������������� �� �������� ���� ��

��$����� ��������!� 7� <�� $%&)� �<C1�49 �� 6<6F3��$� @������� M�� M� (� @������ ��� 8� ,�� ��� @I, ������ ��

���������� ������� ��������! ��������� ��� ����� ������$������ '����� 7�#����� $%%)� �GG9 �� CH<FC6�

�$� 8���� ?�� �� ��� 7�������! ��������� ����������9 ��� �������

� ����� �������� �������� (����� 7��� $%&&� �1649 �� �3CFD���$$ ,� �� 8� ��� "� 7������ ���������� � ������� ��������!

��������� �� ����� ���� 2<Q �������!� 8 '�� ����� $%%'� �6�1�49�� C3HFDD�

�$� M��� � -� ��� ������� ��������! ��������� ���������� ���� ���������� �����&� ������� ��������� 8 '�� ����� $%%%� �D�1�49�� �DCF�<��

�$� M��� � -� ��� �� ��� 7������� ����������� � ������� ���

����� ��������� ������� ����� ! ��$����� ��������! ������������ ��������! ���������� (������� $%%%� 6217649 �� �<HF����

�$� @�������� "� ��� @� -������ 7I�*59 �����&���������������� �� ������� ��������! ��������� ���������� !

��������� ���������� ��� ������ ���������� %���� ���������� $%%,� ��1G49 �� G3�FH�

�$� "���� M� 5� ��� @� M� 8������ 5��������� � ��������$����� �������� ���&�� �� ������� ������� ��������!

��������� ����������� (������� *+++� H<1649 �� C<�F������ "���� M� 5�� �� ��� M����9 � ��������� ��������! ���������

���������� ������� ������������� $%%&� �H1�<49 �� 3D�F6���� 7����� M�� �� *��� ��� ��� �� ;������� -������� ���� ����

�������� � ��������� ������� ��������! ���������

����������� ������������� $%%%� �C1��49 �� �<6DFHG��� "�� �������� +�� 7��� ������� M�� �� ��������� �

������ )��� �������� *+++9 "�� ����� J��������! ������

��� ,� �� 8�� �I�)�79 ��������� ��� ���������� ����������� ����

����� ���������� ����������� (�� �� %��� ����� �� '�� �����$%%,� 69 �� 6�HF���

��� ,� ���� ,� 8�� ,� ,� "������ ��� @� M� 8������ ������� ��

����������� ! ������� ��������� ��������! ����������� 8 '������� $%%)� �CD1649 �� 6HDFGC�

��$ 5���������� +� +� ��� ?� ?� 7�������� 7��������� �����&�����

� �������� ��$����� ���������� (� ��� �������� $%%&9�� HG6F2��

��� "���� M� 5� ��� @� M� 8������ :�������� ��� ����������� ������� ��$����� ������� �� ������� ��������! ���������

����������� (������� $%%%� 6H1H49 �� C<3F�D���� B��� ,� -� ��� *� M� 7�������� )�����&������ ���

���������� � ��� �������� ��������� �� �������� ��� ���� �

������� ��������! ��������� ����������� (����� �� $%%)�C1��49 �� ��D3F6�<�

��� ,� �� 8�� "� 7������ ��� ,� 7�������� ,���&���� ��� ����� ������� ��������! ��������� ����������� 8 '�� ����� $%%-��6C1�49 �� �6F�G�

� ����� ������� �����������

Page 320: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� T����� 5�� �� ��� 5 ����&�� ��&������ � 7��� � �������

���� ������� �� ������� ��������! ��������� ����������

����������� (������� $%%%� 6H1�49 �� ��<F6���� T������ ,� ��� ,� ������ �� ��� $�������� ��� �����

��&����-������ ��������� �� �%�=0� $%%(9 7������� ?�������� =�������� *� 7�� ��������� � %���������� �������� $%%,9

"������ A %��

�� J���� ,� ��� M� *����� (������ ��� �/��� ��� �����!����������� � � ������� �� �� +� ���� ��� ��9 ���� ���

������������ ���� '�� ����� $%%'� CC1G49 �� ��36FD3���� J���� ,� ��� M� *����� @������ ��������� �� �������

����� ����������� 8 '�� ����� $%%'� �6�1�49 �� 2CF3����� (�������� 5� 7�� "�������! � ������� ������ ���� '��

����� $%%'� CC1G49 �� ��DDF��<���$ ;������ ,� %� ��� �� (� 7���� @� � ������� �������

��������� /��� ������ �������� ��� �������� ���� �����

��������� 8 '�� ����� $%%)� �CC1H49 �� GH�FGC���� @��� ���� *�� 5� -� *�;������ ��� -� :� ������ ���&�

���!���9 ��������� � �������! ������ ��������� (�� 6�� ��� � : �� $%&(� 3H1�649 �� H6CCF3�

��� %�������� M� @� ��� 7� %�������� J���� �� ���������

��� � ������ �� ������� �������� �����&� ������� ���������%���� ���� ������ $%%)� ��1�49 �� �6CFH6�

��� +������� 5� (�� �� ��� :��������� ������� �������� �����

��� ��� ��$����� ���� ���� 6���� ���� $��� $%%(� �C1D49�� �GGCF22�

��� B��� 5�� �� ��� %����� *����� ����� �� ������������

����!� 5���������� �� ������� �������� 8 '�� ����� $%%-��6C1C49 �� �C<�F6��

��� ���� ��� ,� ;� B�� :� ?�� ;������ -� M�� 5 ������� ������������� ������� ������� ����� $%%(� �231C66349 �� G6�F2�

��� 5������� ;� ��� :� ?� B������ @������ ��� ������

���������� �������� ��� ����������! ���������� � ���

�������� ! ��������� ���� ��� ��������� 8 '�� ����� $%%%��321C49 �� �<�6FH<�

�� 5������ ,� 5� ��� 7� 8������� -� ������ ��$������ �����

��� ���� ��W 8 '�� ����� $%%(� �261�49 �� 6CCFG3���� B����� � B�� �� ��� ���������� ������� ��������� �����

��! ��$����� ����������� (������� $%%%� 6217649 �� ���F��C�

��� B������� B� B�� �� ��� (�� ����������� ����� ��$����� �����������! ��������� ����������� (������� $%%%� 6217649�� �H�F�H3�

��$ M��� � -� ��� �������� �� ������� ��������� ����������� %���5��� �� ����� $%%(� 21649 �� 622F32�

��� 7����� *� M� ��� %� (�������� ��������� ����� ��� ��������

������ $%%)� H1�49 �� �CFD���� ������ ,�� ,� T������ ��� �� ;������� ,�������� �!�����

����������� �� �������� ��$����� ��� ��������� ���������

(�� �� %��� ����� �� '�� ����� $%%,� 69 �� 63HFD����� ������ ,�� ,� T������ ��� �� ;������� ������� ���������

! ��������� �!����� ������������ 8 '�� ����� $%%%� �D<1649�� 2C2F2D�

�������� ��$

Page 321: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� @������ 5�� 5� B���� ��� ��� M� 7�������� ������!

&��������� �������� �� ��� ������� ������� ����� ��� ��� 8'�� ����� $%%*� ��21�49 �� ��2F63�

��� M��� � -� ��� =� ,� ������� ��� M� *� �������� 5 ��/�������� �� ������� �� ������������ 6����� $%%*� 6C31G63�49�� 3GFD�

��� =� ����� -� ,�� �� ��� ������� �� ����������� ! ���������9

���������� � ��������� ��� ���!��� � ������� (����� 7���$%%,� 31��49 �� ��D2F��<H�

�� (� ���� -�� �� ��� 5�������� ����� ���� ��$������ �� 6

���������� ������� ���� ���� 8� $%%)� �<1�49 �� ��GF6G���� ;���� ,�� M� J� 8����� ��� -� :� ������ 5��������� �

������� ����� /��� ����� ���������� ���&��� 6����� $%%*�6CG1G6GH49 �� 36FC�

��� T��� B� >� ��� -� :� ������ ��� ����� �������������&� ������ ����� ������� ��������� �� � ����������

������� � ������� ������������ (����� �� $%%-� 61H49�� G32FDC�

��$ ��������� 5� ,�� 5� *������ 8����� ��� 7� %� 8������"�� ������� � ��������� ��������� ��� ��$����� ���&�� ��

������ �� ������������ 8 '�� ����� *+++� �DG1C49 �� �6�DF6����� *������ 5� @�� 7�������� �����&������ ���� ���������� �

"57�6 ����������� �� ��� �� ����������� �������� (�������$%%%� 6217649 �� 33F�<6�

��� ��������� 5�� 5� *������ 8����� ��� 7� %� 8������

��������� /��� ������� ����� �� ����������! ������������� ��������� ��� ��$������ (������� $%%%� 7���1649 �� �66FH<�

��� :��� ��� 5�� �� ��� 5 ����! � ��� ���� ���������L��$�����

���&��� ��� ���� $%%)� �1G49 �� HC�FG����� (� ���� -� ��� -� :� ������ ������� �� ����������� �����

��$����� ������� ������������ (����� �� $%%)� C1C49 �� DH2FCC� �� M��� ��� ��� ;�� �� ��� (�� ���������� ! � ��������! �

��$������ ���������� ��� ������� �������� (����� ��$%%&� 21G49 �� �H6�FH<�

�� ,� �� 8�� ,� 7�������� ��� "� 7������ ������� ��

����������� ! ���������� ���� ���������� 8 '�� ����� $%%(��2<1649 �� H2�F3<�

� >�� �� *� ��� :� 7� ;������ ,���������� � ������ �������� !

��������� ������� ��&������ 1)�,4� (����� �� $%%-� 61349 ���6�CF�3�

�� -����� �� ,� ��� (� :� "���� *����� ��$����� ������������ ��������� ���������� 8 '�� ����� $%%)� �G�1�49 �� 6�HF�6�

�� ��� IX ��� +� ��� ,� T������ )�������� ���&� ���&�

�������� ��� �� ������� �������� 5�������� ��

8������������ 1=58) �<<�4� 7������� ;+"7 ��HD� �� ��F�G� �$ B������ ;� 5�� ,� *� *��"������ ��� *� M� 7��������

:������� ������ ���������� ����� ��������� ���&�� �� ���

������� 6- �77*� 8 '�� ����� *+++� �DD1�49 �� HDDFC�<� �� %�������� 7� ��� M� @� %�������� �������� ���� ��$�����

/������� 8 '�� ����� $%%-� �H61H49 �� C2HF3� �� T������ ,� ��� M� %�������� 5����#��� �������� '����� ��

������ ������� ,�� �������� �� ���� ����; �� '��� %����������� � ����������� ��� ������ ������� �� 8� @���� ������@�� +����� =�� :������ $%%&� =��� 7������&�� �� HCFG3�

� ����� ������� �����������

Page 322: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�� 8������ 7� %� ��� "� :� ;�������� 5� �������� �����!

������� �� ��������� ������� ��$����� ������� ��� �����

����� (������� $%%'� �G1�49 �� D�F���� �� 8������ 7� %� ��� 7� (� 5�� ���� 7��������� � ��$�����

��������� ���������� %��� 5��� �� ����� $%%,� C1�49 �� �6GFHH�

�� #�� >� ��� -� #�� ������� ��������� ����� �,I7�:"�9 ������

��� ���������� (������� *+++� H<1649 �� 6H6FCH� �� #�� >� #�� -�� J��������� :� "�� 5� �K����� ������������

������ �� �� �! ������ ���������� 8������ ��%���������� �������� $%%&� C9 �� CD2FG�H�

� #�� >� #�� -�� "�������� I� %�� :�� ����� M� ,�� 5

������������ ������ �� +*, ����������� �������

���������� 8������ �� %���������� �������� *+++� 29 �� HHDFHG2� �� #�� -�� I� %� "�������� �� (� ;�"� ���� ��� >� #�� 5�����

���� � �,I7�:"� �� "57�H9 "���������'��� ������� ���������

/��� ��/ ���� (������� *++$� �� ������ 17����� �����4�

�� B����������� 7�� "� -� @������ ��� *� �� ?�����

I�����'����� ! �������� ��������� ����� $%&'���<1HCD349 �� G2�FG3<�

�$ I����� ,� %� M� *� ��� ;� �� �� �� ��� @�������� ������������ ��������� $%&%9 B�/�� 5��������

�� 7���� 5� ��� �� ;� 8�������� -�&������ � ������ ���������

�$�������� �� ������� ����������� 5 ��������� ��������

���������� � ���������� ��� ������������ ������� ��������

�������� ��� �!����� ������������ 8 '�� ����� $%%+����1�49 �� H<6F�3�

�� ) ������ *�� �� ��� *����� ��$����� �������� ! �����

�������� ��������� %���� ���� ������ $%%'� D1649 �� �G2F26�

�� B��� � *� %� ��� �� 5� =������� '��� %���� '������ $%&)9M��� =��! A 7���� )���

�� @�� ������ �� 8�� @�� +������ =�� '��� %���� ������� ������������ ��� (����� ������� $%%&9 =��� 7������&� �� �"��

� @���� "�� �� ��� 5 ��/ �������� �� ��� �������� �

������ ������� ���������� ����� *���� "��� ������'������(� ��� �������� *++$9 �� �2CF3G�

� I����� 5� ,�� 5� B���� ��� ��� M� 7�������� �������! ���������

���������� � ��� B)# ������ � "8� ����� *���� "���

���������� ������ ! ���������� ������� ��� ��������$����� ���������� (������� $%%&� 6<1649 �� �32FDH�

I����� 5� ,�� 5� B���� ��� ��� M� 7�������� +��������

������! ����� ! � ��� �������� ����� ��������� ����������

�� *���� "��� ����� ����������� (�� 6�� ��� � : ��$%%&� DC1649 �� �<�<FC�

� @������� -� :�� ����� ��������� �� ����; 5����#����;��� '����� <�������� $%&&9 5������ =���!�

� ����� ��� M� �� ��� M� *����� @������ ��������� �� �������

��������� ����������� %��� 5��� �� ����� $%%)� G1�49 �� ��2F6��

$ *��� 5� "� ��� *� 7� M�� ��� )������� ������� �������� ���� ������� ��������� �����������9 ����/��� ��� ������

��������������� (����� 7��� $%%,� 31D49 �� 326F3��

�������� ���

Page 323: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

� T��� "� ��� 5� B� =��� 5 ������� �������� �� ������

������� ��$����� ��������� %���� ���� ������ $%%(��61G49 �� CGCF3��

� 7�� ����� ��� M� -� ��� T� =��� ������� ����������������� ����� � ������� ��������� (������� *+++� 631H49�� H�3FH<�

� *�������� � +� ,�� 5� =�� ,� ������� *� +�� ������� 5� %��

������� :�� :$������ � ����� ���������� ! ��� ������������������ 8� %���� (����� $%,'� ��1G49 �� �<32F�<D6�

� 7����� *�� �� ��� ��������� �� �� %� (4 ���� ���������������; �� � ������ �� (������� *++$�

�� @������ 5� ��� M� 7�������� 7�$����� ��������� �������� ��

�� ��� ��������9 ���������� �� �������������! ��� �������!

��������� �������������� (�� 6�� ��� � : �� $%%*�3D1�H49 �� ��<D3F�<��

�� ������� =� ,� ��� "� 5� I����� 5 ������� �������� ��

������� ��������� ��������� (����� 7��� $%&%� �1249 �� C<CF�D�

� ������� =� ,� ��� "� 5� I����� ������� ������������������ 8 '�� ����� $%&%� �<31�49 �� �F���

�� @����� M�� "���������� ���� ������ � ��� ��������

������ ���������� 8'�� $%&$� �C69 �� �<�2F�<H�� �� 8������ 7� %�� :�������� � ��������� �����&���! ���

�������!� (������� $%%)� �G1�49 �� �2�F3C� �$ 8������� "�� ,� %���� ��� B� B����� � 7������ ������

*����� ������ %���� ���� ������ $%%(� �61�49 �� �D�FD� �� B����� � B�� "� 8������� ��� ,� %���� %����� *�����

����� �� ��������� ������ ������� ����������

������������� $%%&� �H1�<49 �� 3HGFCG� �� B����� � B�� �� ��� ���������� ������� ��������� ����� ������

*����� ������ (������� $%%(� 7���1�49 �� �6HFD� �� B��� 7� %�� 7������ � ���� �� ��������� ��������� 6� ��

����� $%%&� C 7���9 �� GH6FC�

�� *���������� @� �� ��� 7� 5���� ��� 7�������� ��������9��!����� �� � %���� �������� ���E��� ���/��� 6� ������� $%%%� G1�49 �� ��F��

�� I����� "� 5�� -� �� M��� � ��� M� *� �������� ������������������ ��� ������ ��������� 6����� $%%-�62�1GC<249 �� G6�FH�

�� (� ���� -� ��� -� :� ������ 5�������� ��� �� ���

�������� ������� ! ��� ������ � *!������� ����������(�� 6�� ��� � : �� $%%(� DH1��49 �� ��D�DF6H�

� %������ *�� �� ��� %�����! ���� �� ����������� ��

*!������� ��������� ��������� 8 '�� ����� $%%&� �3<1649�� 6�6FG�

�� 7������ ,� ��� 5� 7���� ;���� ���� ������� ���������

������� � ��� 7��������!��� ���������� ������� (�� 6����� � : �� $%%&� DC1�649 �� �6CD2FG<��

�� 8������� 7� :� ��� *� ;������ :����������� ��� ���������

��������� (����� �� *+++� D1�49 �� �D2F�<<� �$ 8��� ����� (� "�� �� ��� ��� ������� -��� 8���9 � ��������

���� ������� &� �� ������������ ����������� 8 '�� �����$%((� ���1649 �� C6CFH��

� ����� ������� �����������

Page 324: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�� 7���� 5�� �<< <<< ������� ���������� �� ��� ������� ����

���������� 6� �� ����� $%%&� C1��49 �� �<�DF6�� �� 7�������� M�� M� 7� (������ ��� 5� B���� ��� 7��������

�������� ��� ��� ���������� �� ���� ������� ���!���� 6���������� *+++� �31649 �� �36F2�

�� T������� ��� �� )�� �� ��� 7�������� ���� ���������� � ���

��������� ������� � � �!��������� �������9 � ���� ���� �

��������� ��������� (�� 6�� ��� � : �� $%%&� DC1�G49�� �C�3DFD6�

�� %���� B� >�� �� ��� 7�������� ���� ������&������ � � ����

+����� ��� *������������ E���������� 6� �� ����� $%%%�G1249 �� GD�FG�

$� ;���� "� -�� *� @� B����� ��� =� 5� %������� ���

7�������� ���� ���!��� � ����!��� ��� �� ������ ��&������

�� ��� %)� ������� ���!� ����� $%%(� �231C66G49 �� �3GFD<� $� "����� � "�� -� "� ���� ��� �� I� >���� � ��� ��3 5 ��!���

��������� � ��� !��" ���� ������� ��� :���������� ���

������ �� ��������� �!������ � �����/� �����&���!�

������ $%%&� G1�<49 �� �6�DF62� $ >��� (�� �� ��� "�!��� ��������� � :���������� ��� %��5�

6� �� ����� $%%&� C1D49 �� 2G6FH� $� ?���� B�� 5 ���� ���� �� ��������� ���� ��������

����������9 ��� ��� 5 ��!��� ��������� � ��� !E�( ����

������� ��� :���������� ���� (����� �� $%%%� 31��49 ���H�3F62�

$� :� �� ����� :�� �� ��� 8������� ������� ���� ��!��� ���� F���������� � �!��������� �������� ��� ��������� ���������

%��� 5��� ��������� *+++� ��1�49 �� �CF6<� $$ ��������� :� ��� *� ;������ :��������� ��� ��� � ���! �� �

������� �� ���� � ��/ ��9 5 ���������� ������������ �����(�� 6�� ��� � : �� *+++� D21�<49 �� C�G�FG�

$� *������� ��� �� ��� 7������� ������� ������� �� ���������

�������� � �!�� ����� ���������9 ��������� ���������

�� ���������� ������� ! ����� ����! �!�������� ��������(�� 6�� ��� � : �� *+++� D21G49 �� �HC<FC�

$� >���� @�� �� ��� 5 ��� � ��� ������� ����� F �� ���������

����������� �����&������ � � ������� ��$������� ����� $%%&�G9 �� ���F���

$� (� ���� -� ��� -� :� ������ ���������� ���������� ��

������ ��������� %��� 5��� �� ����� $%%%� D1�49 �� �<3F��� $� %���� %� ��� *� @�� ����� ��� ����������� ��/���

������� ��������� ��� �������9 � ������������� �����! /���

���������� �� ��� !���� ������� 8 '�� ����� $%%%� �331�49�� �H2FGH�

�� ,� ���� ,� 8�� �� -� 7� ����� ��� *� M� :� 7��������7��������� /����� ��������� 8������ ���� ��������! �� ���

� ����� � ������!� 8 '�� ����� $%%&� �3�1H49 �� D<6F�3� �� -������ ,�� 7� ,� :���� 5� B��� ��� @� *���� ���

��������� �&���� ��������� $%%&9 "�� ����� J��������! ������

� =������� 5� "�� ,� 5� ;� ��� ��� ��� M� *� ��������

-��������� � 6- ���������� �������� �� ��������� ���������

���� ����9 ���������� �� 7�� %�� 5�� ����!��� ������ �� ��������� ����������� ��� ������� (����� �� $%%)� C1G49 �� �<<�F�6�

�������� ���

Page 325: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�� M��� � 7� ��� M� *� �������� ������� ������� ������������9 �

�����/ � ������� ����� ����������� (��� ������� '�� �����$%%,� G61�49 �� 6�FGC�

�� � ��� "� M�� �� ��� ������� ������� ���������9 ������������� ��������������� �� ������� ������� ��������� ��� �� ������� ������

����� ����������� ��� ����������� %�� $�) ������ '�� �����$%%)� 6�1�49 �� ��2FC��

�$ ;������� I�� %� ,� 8������ ��� (� :� "���� 5�����������! ����� ������ ��&��� ������ ������� ������

�� ������� ������� 8 '�� ����� $%%)� �C21�49 �� 6H�FC3� �� *�������� :� *�� �� ��� 5 ��� ���� �������� �� ������

/��� ���������� � ������� ������� ���� ���������� 6�����$%%%� H<�1G2C249 �� 36FG�

�� ���� � (�� �� ��� "�������� ��������� ������� ����������

� ��� ������� ������� ������������ 8 '�� ����� $%%(� �2�1H49�� C��F�6�

�� ;� ��� ��� ,� 5�� �� ��� ������� ���� �� �������

����������� ��� �������� (����� �� $%%)� C1��49 �� �H63FC�� �� (������ M� 7� ��� M� 7�������� *����� �� ���������� �

������� ������� ��� ��$����� ����� ��� ��$����� ��

��������� �� ������� �������� /��� ���������� ��

������������L������������ ��� �� �� ���������� 8 '�� �����$%%&� �3�1C49 �� DHDFG3�

�� (� ���� -�� �� ��� 5�������� ��� ���������� � ��

����������� ������� ! ����� � � �������������

��������� (� ��� �������� $%%)9 �� 6<<F�3� �� 8������� 7� :�� �� B���� ��� *� ;������ ��� 57�,5;

���������� �� ������� ��������� ��� ��$����� ���!����

6���� ���� $��� *+++� �31�49 �� �CHFG� � 8������� 7� :�� "� "����� ��� �� M� %������� 5��������

��$����� ���������� ������� /��� ���� � ���������!

������&�� ������� ����������! ������������� (�� 6�� ��� � : �� $%%&� DC1��49 �� G<26F3�

�� T���� 5�� ,� T������ ��� �� ;������� 7������� �-)����� ������������ ������ �� � '�/===� $%%%� %���� ����

�� *������ 8����� 5� ��� 7� %� 8������ 5 ������� � ���

����� �� �� �����������W (������� $%%%� 6217649 �� ��3F��C� �$ 7����� *�� �� ;������� (� 7� -������ � ��� =� 5�

B����� ������� 5� ������� �� ���!�� �������� �� ��

����������� ��� "57�� �� "57�6� (������� $%%%� 6217649�� ��GF�6<�

�� ?������� � "�� �� ��� 7��� �������� � ����������� �����

����� �� ��� ����� "57��� (������� $%%%� 7���1649 �� �6�F2� �� %������� �� M�� ,*7L"������� ������9 5 $��������� ������

�� ��������� ����� ���������� ������� ��������������������� (������� $%%%� 6217649 �� �CF���

�� T����� 5�� �� ��� ���������� ��� ���!��� � "57�6 �������

��������� ������������ (������� $%%%� 7���1649 �� ��FD� �� (��� T� B� ��� *� M� 7����� I������ ��������������� �

������� ����������9 �� �������� ��� ������������ ��� ����$%%)� �1�49 �� ��6F6��

�� 5���������� +� +� ��� +� @�� 8������� �������� ���������������&������ ��� �����&������ � ��� ������ ����������� ��

������������ ��������� (����� �� $%%-� 61G49 �� 3GGF2C�

� ����� ������� �����������

Page 326: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�� *������ 5� @�� �������� �� ������� ��������� ����������� 6� �� ����� *++$� 31�49 �� ��<F��

� B���� ��� 5�� �� ��� 5 ������ �� ��� ����������� �

��������� ���� ������� ������ (������� $%%%� 621H49 �� CD�FG�<�

�� (� ���� -�� �� ��� "5(57� �9 ������� ���������� � �!

��������� ��������� ���������� �������� (������� $%%%�7���1649 �� �<DF�2�

�� 8������ %� *�� �� ��� ��� ������� -��� 8���� 6���� ����$��� *+++� �31�49 �� �6CFH��

�$ =��� >�� �� ��� **-89 6- ��������� ���� �� :����'� 6�������� $��� *+++� �31�49 �� �H6FC�

�� *������ 8����� 5�� �� ��� **-89 :����'�� 6- ���������

���� ���� 6���� ���� $��� $%%%� �21�49 �� �H<F6� �� ;� ��� ��� ,� 5�� �� ��� �-8���9 � =� ���� ���� ��� �

��������� ��� ���!��� � � �-8 ����������� ������ ������ �� $%%(� ��1��49 �� H33FD<�

�� ���� �� *� "�� ���*�� ��� 7/��� *���9 )������� ����

���� �� ��������� ����������� ������� �������� ������ � ������ $%%)� �H1�49 �� �2HFD�

�� 8������� 7� :�� -� 8������ ��� *� ;������ ��� �,:75@:

���� ��� �� ��������� ��������� 6���� ���� $��� $%%%��21�49 �� �C�F6�

�� @�� ����� *� ��� =� B��� � 5 ���� ��� � ������������

�������� 6���� ���� $��� $%%&� �G1�349 �� H�3<FD<� �� 8����� @� -�� �� ��� 8)+- F ��� 8��������� )����������

+��/��� -��� ���� 6���� ���� $��� *++$� �D1�49 �� �H�FC� � 8����� @� -� ��� "� =� %���� 8)+- F � ���� �����&������

�� ������� ��� ������ ��� ��������� �������������

������� �������� ��� ����/�!�� ������������� *+++��G1C49 �� HGCF22�

�� %���� ;� ��� "� 7������ -��L(77� �����&������ � �����

���������� ������� ���� 6���� ���� $��� $%%(� �C1�49�� �6�FH�

�� %���� ;� ��� "� 7������ -��9 � ���/��� ��� �� �������

��������� ����������� ������ ������ �� $%%,� �<1��49 �� H23F3<�

�$ �� �������� 7�� (� *������� ��� �� 5�� � 5 ���� ��� 16- ��4

�������� ������ ������� ��$������ ��� ����������� (�����7��� $%%)� D1649 �� �HDFC��

�� �� �������� 7� ��� �� 5�� � 5 ���� ��� ������� ������������� ���������� ��� ��$������� (����� 7��� $%%*� C1�49�� ���F62�

�� 7��������� )� +� ��� �� :� 8������ ������� ���������

�������� ! ���������� ��� �������� ��������� 1":4 � ��������� ����� (����� 7��� $%%&� ��1D49 �� 26DFH2�

�� %����� J� ��� "� 7������ :������ �������������� ��� �

������� ����������� (����� �� $%%-� 61649 �� C��FH� �� %���� ;� ��� "� 7������ *������ ��� ������� ���������

����� $%%)� �261C�2C49 �� CDCFG<6���� 5�������� ,�� �� ��� ��� )������� ���� ���� �� ����������

������������� �������� �� ������� ������� ���������� �������� ������ 6���� ���� $��� *++$� �D1�49 �� 62FH<�

�������� ���

Page 327: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� >���� @�� +� ;������ ��� *� ;������ �����*��9 ���������

�����&������ � ������� ��$������ ��� ��������! � �������

������� 6���� ���� $��� *+++� �31�49 �� HDFCC��� 7������ M�� �� ��� 7*5,�� � ����� ������ ������������

�������� ���9 ������&������ � �������� �������� (�� 6����� � : �� $%%&� DC1��49 �� C3C2FGH�

��� B��� �� 5�� �� ��� === ������ �� ��� 7>7�:,7 �������

��$����� ������ ���� ������������� $%%%� �C1649 �� �G�F6���� ���� ��� ,� ;�� �� ��� ��� "I@ ���� ���9 � ��� �� ������

���� ���!��� � ������� �������� ��� ��������� 6���� ����$��� *+++� �31�49 �� 66FG�

��$ B�� �� =� ��� "� 7������ -��������! � ������� ��������!

���������9 ������� ����������� � �!������ ����� ���

���������� �������� ������������ $%&'� ��1��49 �� �C22FG62���� (�� ���� -� ��� �� 5�� � B��/���� ���� �������

��������! ��������� ����������� (������� $%%,� �61H49 �� CGGF2D�

��� @������� -�� �� ��� *��� ���� ��������� �� �I�7 �������

������! ���� ����� ������������� $%%%� �C1H49 �� 6�2F�G���� @���� +� ��� *� "� ���� �� 7=)77 *I-:; ��� ��� 7/���

�� ?��/��9 �� ����������� �� ����������� �������

�������� 7������������� $%%(� �31�C49 �� �2�HF�6���� 7����� ,� 5� ��� :� M� *����� =���� ,57*I;9 ���������

�������� �� �� ������ ������ �� $%%,� �<1D49 �� 62H���� B����� � ��� *I;7",)��9 5 ������� �� ������� 8���

-������ ��� 7�������� ���� � ������� 7���������� 8������ ��������� %�������������� $%%$� �H9 �� DHGFDC<�

��� =������� 5� "�� ,� 5� ;� ��� ��� ��� M� *� ��������

;)@�;I�9 � ������� �� �������� ��������� �������� �

������� ����� ������������� (����� 7��� $%%,� 31�49 �� ��2F6H��� ������ =� ,�� ������� ��������� ���������� ����� ��������

��� � �!����� ������������ (����� �� $%%%� 31649 �� GCHFGC�

��� ,�������� ,�� �� ��� %�����! �������� ���� ������/��� ���������9 ����� ������ ���������� �������������$%%&� �H1G49 �� C�6F3�

��� 8������ "� 8�� -� �� -������ ��� %� %�������� ���>��.���� �������� ��� %��)�" ������ 5"* ������������ ��

*���������� 7��/���� $%%,�

��$ ,����� ��� ;�� �� ��� "��������� � ��$����� ���&���

7��������� �� ��������� ����������� ����� ��$���������������� (����� �� *+++� D1�49 �� �6�FH��

��� 7���� � B� ��� �� ��� )������� ����������� � ������ ���

������� ���������� ����� � ��� ������� � ��$�����

��������� ��� ��$����� ����������� ������� � ���������(������� $%%%� 6H1�49 �� 3�FDC�

��� 7���� ��� @����� )",(9 ����9LL///� �����������L�6�����L�

����9LL///� �����������L�����L�� L""���887L� :8)@���$��'9 ����9LLE����� �������932GCL��� ����$��'LL

����$��'���� ;��� 8���������� 8��7����9 ����9LL

///���� �������������

��� ����9LL�������� � ����������L����L��� ����9LL///� ���������������L ��L���

� � ����9LL///���������L�� L�� L�� �����������

� ����� ������� ����������

Page 328: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

� � ����9LL/// ������������L�����������L������������

����9LL///�������������L���E����L� ����9LL///��������������L

������S�� ����

� ����9LL///����������������������L� ����9LL///��������������L������L�������� ����9LL����� �����L

����L7����S@�������L

� � ����9LL����������������� �������L���L

� � ����9LL///���������������E�L� $ ����9LL///����������������������

� � ����9LL ������� �������

� � ����9LL����������"�����������L���L��S���L������S�������������

� � ����9LL����� �������� ������L���L���L�������S�������

� � "57��9 ��������9 ?� �6� +� 6� $%%,N "57� �9 ��������9

7�������� �� $%%(N "57� 69 ��������9 7�������� 6� $%%%�"57� H9 ��������9 ����������� *++$

��� ����9LL �������L;���8����L

��� ����9LL����� �������� ������L���L

�� ����9LL///��� ������� ����9LL///����������������������

��� ����9LL�������� �����!����

��$ ����9LL///���� � ���������L�&�����L8:+"%L ���� ���������

��� ����9LL�����������������L

��� ��9LL����� ����� ������L�� L���� ����L�� S�����L� ����9LL

///��� �������L/����L�����L� ����9LL///��������L��������L� �L��� ����L������ ����

��� ����9LL////��� �������L���L���L�58;:�����

��� (:87 5������� "������ (�������� � ������� 7��������

����������� ),8*� ����'��� $%%(� ����9LL��������������������L�� � ������D2L

��� ����9LL����������"�����������L����6L������L��

��� ����9LL����������"�����������L"57�P

�� ����9LL �������L;���8����L��� ����9LL����� �������� ������L���L

�������� ���

Page 329: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

����������� ������� �� ���� ������

�������� ���

���

����� ������

����� ���� � ���� ����� ��������� ������� ���������� ������ ���

��� �� �� � �� �������������� ��� ������������� � �������� ����

���� ������� ����� ����� ���� ���������� �� ��� ����� �������� ������

���� �������� ��� !" #�� $�� ������� ����� ������� ����� ��� �� ��$��

�� ��� ��$��� �������� ����� ��������� ������������ ������� ���

���%�� ������� ������� � ������� ��� ��������� ��� ���� ���� ��

���� �����%�"

&����� '"� (�" �" )�'* ����� ��� ������% ������� ��� ������� ��������

� ���� $���� ��������� ���� �+,+," #������� ���� ������ ���� ��

��� ���� ��������� ���� � �� ���� ���� � �������� ����� ��

���������� �������" -�$� ��� ����� ��.����� �������� ����.�� ���

��/� ������� �� ������� ������% ���� �������� ��������� ������ ��

���� ���" #�� ��������� �+,+, �� ������ �� ��� �� ��� ��� ������ ��

��� ������� ������� ��� ����� ����� ��� ��� �������� ��� ���� ������

������ 0����" #��������� �� ��� �������� �� �+,+,� ��� ����� �������

�� ��� �������� �������� ����� �� ����.� �� ��������� ��� ��.��� ��

����$� �� ��� �������"

1� ��� /��� ����� �� ��� ����� ������� ��� ��� �� �� /� �� ����

�� ���������� ���� �������� ����� ���� �� ����� ����� ������� �

�� �� ������� ������� �� ���" 1� ��� ����� ��������� ��������� �� ���

����� ������� �� $����� ��$��� ��������� �� �� ����� �� ��������

����� ��� �������� ���" #�� ��� ��� 2�������� ������ �� ��� ���

������% ������� ������� � �������� �� ���$� ��$� � ��� ������

��� ������ 0���� �� ��� �� �� ���� ������� �� ����� ������"

������ ������ �$� ��� ��$��� ������� �� �� �����" &���� �� ��� ���

�� �� �� ���� ��� ������� ������� �)34!� ����� ��� ��������� �� ���

��� 0���� ����� ������� ���� ������%" #��� �� ������ ��������

������� �������� �� ������ ������ � ������ ��������� �� ��� ������

0����" �������� ���� ������ �� ������ �� ������ �� �� �� �����

������������ � ��� ������� � ������ ������ �� ���� �����������" 5��� �� #���� -������

1�?�@ ) 4 ' AABB

���

������� � ���� ��������� ������ ����# �������

Page 330: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� ����� ��$��� ���������" #�� ���� �������� ������ �� ������

�� ��� ������� ���������� �� ��� ��� ��������� � ��� ����������� ��

��� ���� ��������" ?���� ������ ��� ������� ����������� �� ��� ����

���� ��������� �� �� ����� ������� ��� ��������� � ��� ����������

����� �� ��� ��������� �� �����" &������ ��� ������ ������� �� �������

�� ��������� ������$ �� ����������" + ���� ����� �� ��� ������ ��

���� ������� � ������ ������� ��� ��� ��������� ����� �� �������

��� ������� ��� ������ �� �� ����� �� ���" #��� ������� ��� ��� ����

��� ��������� ��� ������� ���� ��$��� �������� ������ ���� �� ���� ���

�� � �� �0���� �� ������.�"

+������� �� ������ �������� �� ��� ��$��� ������� �� ������ ����

������ ��������� ��� ������ $��� �� ��$��� �������� ��� ���� ����

��� � ������������ �����" #��� ������ ���� ���� � �������� �� �����

���������� ������ ������ ������� ���� ������� ��� ��������� ���

��� ����� �� �� ���� �� ��� ��������� ��� C3�)!"

?����� �� ���� ��� ������ ��������� �� ���� ������.� ��� ����� ��

��$��� �������� � ������� ���� ������ ��������� ��������"

�����

� �������� �� ������ ��������

D��$��� �������� �� ���� �� �����/� �� ��� ���� �� ����� ���������" 1�

������������ ��$���� ��� ������������� ��$� �������� �� D�+ ��

��$�" #�� ���� ������������� �� ����� �������� �� ��� ��� ������%

�������� �� ���� ������ �� � ��� ��� ��������� 3 ������� �����

E�%���� 3 ��� /%� ������ ����" #���� ������� ����� ��� ����

�� ��� �� ��������� ���������� ��$� ���� �������������� ���� ��

���� �� ��� �0������� ��� ������� ������������ ������� ������%��" +

������ �� ������ ��� ������� ������� ��$��� �� ����� �� 6����� B �� ����

���$ � ��������� ��F!"

#�� ����� ���� ������� ��$��� �������� �� ����� ���� �������� ��

��$� �� ������������" #�� ������������ �� �� D�+ ������� ��

�������� �� ��� ����� ��� ��� ������� �� ���� �������3���� ��$���" 1�

������� ��� ���� �������� �� � ������ ��������� ��� �%���� �����

�������� �� � ��������� ��$� �+,+, �������� �� ��� �%���� ����"

���� �������� ��$��� �G��� ����������� ���� ������������ ��$

��� �� ��� ��� ��� ��� ���� �� �������� ��� /%� �� ��� ������ ����" #��

������������ E�%������� �� ��� ���� �������� �� �� ��������� � ���

������ ���������� ���� �� ����� ��� ��0����� �� �������� ��� ������

������%��" 5��� �� ���� ����� ��� �������� �� ���� �� ���� /%� �� ���

��������� ����� ��� ���� �� ��� �������� �� ��� ������������ ������

�� /� ��� ������ ������%�� ��� �� ���� ����" #��������� �G�����

��������� �� ������� ��� ���� �������� ��$��� ������ �� ����

�������� ��$���"

� �� ����������� � ����� �� ���� �������

Page 331: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

&�� ������ ������ ��������� �� �������� ��� ���������� ��$� �����

������������� ���� ���� �� ���� ���������" #��������� ���� ��������

��$��� �� �� ���� �������� �� ����������� �������" ?����� ����

������� ������ �� ����� ��������� ���� ��$��� ��������� �� �������

��� ������� ���� ��$���"

1� ���������� ��$��� �� ���� ��������� �� D�+ �� �� ���� �� ���

��� ���������" D�G������� ����� �� ��� ������ �� D�+ �����/� ���

��� ��������� ��$� ������� ������ �� ������ �� �� ���� �����������

��4!" +� ���������� �� ���� �������� ��� ���� �� ��� D�+ ������� ���

�����2���� ����" ����� ��������� ����� �� ��� D�+ �� �������� ���

������� ������������ E�%������� �� ��� D�+ ���� �� �$�� ���� ������"

#��� �� �� ��� �� ��$��� ���� ������� D�+ ��������� ��C!" + ������

�� �� �� �� ���� ��� D�+ E�%������� �������" &�� �%����� H����� �� �"

��'! ������� � �������� ��� �� ����� ��� ������ ��� ������

��������� ������ �� ��� D�+ ����� ��$��� ����������"

,������ ���� ��$��� �������� �� �� ������� ����������� �� ��� ��.�

�� ��� ���� ��������" #�� ������ ���� �������� ��������� �� ��� �

���� ��$��� �������� �� ���� 43� ������� ����� ����� ����� ���

2������� �� ������ ���� ��� �� ��� ����� �������� �� ��� ����� ���� ��

��� ������� �������" 1� ������� �� ������ ��� ��������� ��� �������

����� ���� �� ������� �� 2���� ���� � ���� ��� ���������� �� �$��

�%�������� ���� ������" #��������� ��������� ������ ���� ��� �������

���������� �� ��� ��������� (���� ��� ��$��� ���������* �� �� �

����" D��$��� �������� �� �������� �� ���������� ���� �� ������

���� ������% ��$��� ���������" ���� �%����� �� ��� ������� ����

��$��� ��������� �� ����� E�%������� �� ���� �� ������ ��� ����

���� ������ ��������� ������� ����� ��������� �� ����� ��� ���������

!��� ���

����� �� � �������� �������� ��� ��

�� ��� ���������� ������

���� �� ����� ��� ��

�������� �� ��� � ��������� � ��� ������ ������

�� ����� ���� ��� � ����

�� ��� � �� !��� �����

�� ��� � �� ��"�

��� ���� ����� � ���

Page 332: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�� ����� ���� ������� ����� �� ����������� ��$��� ���������

�� ����� ����������� �������� �� ��������� �� ��$� �� ���������

��������� ��� ������� ������� ����$� �� ��� ������"

I�������� �� ���� �����/����� �� ��� ���� �� ����� ���������� ��� ���

�� �������� ������� ��� �������.��� ��$��� ��������� �� ��� ����

����� ��� ���������" #�� ������ �� ��������� ����� ��� �� �� ��������

������ ���� ���� ������ ��������� �� ������ ��� ������� � �����

�� ��� �������� ��������� �������"

����#

����������� ��������� �� ���������"���� ��� �����

D��$��� �������� ���� �� ������ �G����� �������� �� ��������� ���

��� �����" #�� ������ ��� �� ���� �� ��� ��� ��%� �%�������� �� ����

�� /� �� ����� �� ��������� �� ������.� �����/� ���������� �� ��"

1� �������� ������ �� ��� ����� ������� �� $����� ��� �����

��������� ���������� �� ����� ������%�� ���� ��� ����� ������� �� ��

��������" #��� �� ���� ����� � �� ��� ������� �������� �� ��� ��.���

�� ������������� ��� ������.��� ��� ������ 0���� �� �������" ?�����

���� ���� ��� �� �������� �� �� �������� �� ����� ��������� ����

����� ��� ��������� �������3���� ������% ���� ����� ����" #��������

������� ��� �� ������� ���������� ���� ������� ���� ��$��� ��������

�� ��� /��� ���� ������� �� �������� ����� ���������� � �����

������ ����������"

1� ���� ����� ����� ��.� ��� �� �������� ( ����� �� �� ���

��� ������* �� �������� � ������ ��� �� ����������" #��� ��� ��

������ ��� �%���� ���� ��������� �%��������� ���� /������� �����

���� ����� ������� ������ �� ���� ������ $���� ��������� �� �� �����

���� �� ������ ���" ;���� ��� ��2���� ������ �� ��$� ���� �� ��� ���

����� ������ ��� ������� ������� ���� ����� �������� �����

��������� �� ���������� �������"

:����� ��������� �� ��� �� ����� ����� �� ���� ���������� ���������

(;#�* ��� �� /� ������ �� ���������� ���� ���� ������� �����������"

+ ������ ��������� �%�������� �� �� �������� �� ��� ���� �� ��$���

��������" +������� ��� ������ �� �������� ������� ������ 0������ ��

���� ����� ��� �� �%��������� �������� 0������� ������ ���������

�� ���� ������" #���� �� �� ���������� ���� ��� �������� ���������

������ ��� ��������� �� ������ ��� ��� ��� �%��������� �� ���� ��

��������� ��� ��������� �� �� �������� �� �������� ��� �� ��� ���

������� �� ��������.�" I��������� ��� ������ ��������� ��� ��$���

�������� �� ����" 6������ ����������� ���� �� �� ��� ������� ����

����� �� ������ ��� ��������� �%������� � �� �� �� ����� ��� ����

������ ���� ������� �� ��� ��%� ����"

� �� ����������� � ����� �� ���� �������#

Page 333: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

1� �� �� ���������� �� ������ ���� �� ���� ���� ����� �� �� ���

����� � � ��������� �� ��������� �%��������" #�� ������� �������

���� ���� ������ �� �� ����� ��������� ����� �� �� ��������.� �����" 1�

���� �� ������ ���� ���� ������� ��� �������� �� ��������� ���"

#�� ������ ���� �� ����� �������� �� �� ��$ ������ �� ���� ��������

���� ��� ����� ���� �� ��� ����� �������" ?����� ����� ������� ��������

�� �� 2���� ����� ���� �0����� ��$��� ��������� �� �������� ��� ������ ���� �����"

+ ��� ���� ��� ����������� �������� �� ���� ������ ��������

���� �������� �� ��� ����� ��B� �A!" 6���������� ��������� �G���

�� �� ����� ���� ����������� �� ������ �������� ����� �� ���� ��

��� �� ��������� �%���������" +������� ��� ��������� ����� ��������

��� �������� �� �� 2���� ���������� ��� ������ ���������� �� 2���� ��

������� � ������" #�� ������� ����� �� ����������� ������ �� �����/�

������� �� ���� ��� �� �������� � ��� �� ��������� (�������*" #��

�������� ������� ��� �� ���� �� ��� ������� �� ���� �/�� �� ������

��� ������ �������� (������* �� ��� ������" ?� ������������� ���������

�� �������� � �%�������� ��� �� ������� �� ��������.�" J����� ���

�������� ������ �� �������� ������� ����� �� �� ������ ������� ��

��������� �� ��� ������" #��� ������� �� ���� ���� ��� ���� �� ��� �������

��� �������� ����� �� ��� ���� �� ���� � ������"

?����� ;#� �������� �� ����� �������� � ��� ��$����� �� ��� ���

���� ��������� �� ��� ��� ����� �������� ������ �������� ��� ����

�� ��� �����" + ������ ������ �� ������ ���� ��� ��� �%����� ���

��� �� �������� ������ �� �����/� ����� ������� �� �������" D��$���

��������� �� �� ��� ��� ������� ������ $��� �� ������ ����� ��������@

5������� �� ������ (��$��� � ������� �� �� ������ ���������*� ���

��������� �� � ����� ��������� �� ����� ��� ��.� �� ��� ������� �� ��� ������ ����� �� ������ ��� �� �������� � ���� �� ������ ���

�����" +� �� �� ���� ���� ������ ��$��� �������� �������� ��

���������� �� ������ ����������� ������ ����� ��������" D�� �� ���

������� ��������� �� ����������� ������ (��� ��� ��� �� �������� ��

�������� �� ���� �/�� �� �� �G����� �����������*� ����� ����

��� �� �� ������ ������ �� ��$��� ������� ������� ����������"

��$

%��&� � ��� ������������ ������

#�� ��������� ������� ������� ������ �� ��������� ����� �� ��� ������

����� �� ��$��� �������� � ���� � ����� ������ �� ������� ���������"

#�� ������ �� �������� ����� �� �����/� ������� ����� ��� ��������

����"

��� ��� �� � � �� ����������� � ����� ��'

Page 334: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��#��

(��� "�� � ������ �������&��

���� ��� ��$��� ��������� ��� ����������� ���� ��� /��� ��������

��� ��������� ���� �� ����� �� ����� /� �� ����� ����� �������" #�� ���

���� � ���� � ��� ���� �� ��� /%� �� ������������ ���� ����� ��

���� ��� ������� �� ��� ����� ��� ��� ������� ���������� �� ��� ��� ���

������ ���� ������ ������"

��#���� )��*��"�����& ���� �������&��

#�� ��$��� ������� �� �� �������� � ������� �� ������� ����

�������� ������� �� ��� ��� ��������� �� ����� ��������� ���� � 7!" +

���� �� � ��������� �� ���� ������ �� ������� ������" ���� ��

���� �� ������ �� ����� �� ������ �� ��� ����� ���� �� ��� ������� �� ���

���� �� � ���������� ������� ��� ���������" #�� ����� ��������

�%���.�� ��� ������ �� ������ ���� ��� ��������� ��� ���� �� ���

������ �� ����� ��������� ����� �"�" ��� ���� �� �� ����.� ������

�������" 1� ����� ����� ������������ ���� ��� ������������ �� ��

���� ����� ������������� ������������ �� ���� ������� �� ��� �����

������� �������" 1� ���� �� ����� ��� ��������� ������� ��� ���������

���� � �� ���@ #�� �������� �� � �� �� �������� ������ ������� ��� ���

���� � ��� ����� ��� ���� ������� ���� �� �������� ������������ �����

���� ������" ������� ������������ �� ���������� � ������ ������������

������ /%� �������� �@ #�� ������ ���� ���� �� � � � �� ������ ������

��� �� � ���� �� ������ � � � ����� � �� � �" + �������� �������� ��� ��� ��

������ �� �� ������������� ����.��� �� ��� �� ���� �� ������ �� ��

���� ���������" #��������� � �������� ��� ���������� ���2��� (�����

�������� ��������* �� �� ����� �� �" ?� ������������� ��� �����

������� �� ���2�� ��� ������ � ������ ���������� �� ��� ���� ��������

�� ��� ����� ���� �� ��� �������"

I�� �� ��� ����������� /��� � ��� ������� ���� ����� ��� �������

���� ��� �������� ��$���� ��� DI6> ������ � �!� �� ��� �� ��� �� ��

�������� ������ ��������� ������" ������� ���� ��� �������� ������

�� ��� ������� � � )� F!� ��� �� ������� �� ����� ����� ��� ����� ���� �

����� �� &����� '" " #�� ������� ��������� ��� ������ ����� ���� �� ��

����� �� ��� ���� ��������" #�� ���� �� ������ ���������� �� �������

����� ��� ���� �� ������� �� ��� ����" 1� DI6>� � ���������� ���

����� ������� ��� ���� ���� �� �� ���� ������ ��������� ������" 5��

��� �� ��� ��� � ������ /� �� ��� ���� ���� ��� ����� ����" #��� ��� ���

�� ������� �� ������� ��������� ������ � ��� �������� �� ��� ����

�� ������.� � �����" ����� ��� /��� ������������ ��� DI6> �������

�� ���� �%���� �� ������ ���������" #�� ������� ������� �� ��

����� ���� ������� ���������� � 4! � ������ ���� �� ��� �� ���� ��

� �� ����������� � ����� �� ���� ������$+

Page 335: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� ����� ������� � C� '!" ��������� ��� ����� �������� ��� ������

��������� ������ ����� �� ��� ���2�� �������� �������� ��������

�� >��� � 7� B!"

+� ����������� ���������� �%������� �� �������� �� >������ � A!" 1�

��� �� ����� ������ �������� � �������� �� ������� ���������� �� ��� ���

��� ��$��� ���������" 8��� ���� ������ ������ ������� E�%������� �� ��

�$�� ���� ������" #�� �� ��� E�%���� ���� ��$��� �������� ��� ��

DI6> ���� �� �������� �����" &����������� ������ ������� ��������� ��

����� �� ���������� ���� ��� DI6> �������� �)73))!"

8���� ��� ������ DI6> �������� ���� ������ � ��� ������ �� ��

������ ����� �������� ��� ������� �����������" ��.���� �� �" �)F!

�������� ��� ������ +D+� �� ����� ������� ������ �� ��� ������

��� ��� �������" ,������� �������� �� �������� � /����� ���

�� ������ ������������"

&������ �%����% ��� ������ ������������ � � ������ ������ ��� ���

���� ����������� �� ��� ���� $���� �� ���� ���� ����� ������ -JD1

�)4� )C! � ��� ���� ��� ��$��� ������ 6-1� �)'!" 8���� -JD1K�

�������� �������� �� ��� �� ������� ������� ��� ������� � ��

�������� ������� 6-1� �$�� ������������ ������� ������� ��� ���������

������ �� ��� ���� � ��� ��������� ����" #���� ������� �� �������

��� ���� ��� �������� ������ <�1D �)B! ����� ���� �� �������� ��

������� '" "4" 6-1� ���� ���� ��� ������ ��� � ������ �������" +���� /�

���� ��� ��� ����� ������ ��� ������� ���� ��� ������ %�� ������� ���

����� ����� ������ � � ���� ����� �� ������" #��� ������� �� ����

����� �� ������ ��������"

!��� ��$

�� �� ���� � ������ ����� ��� �� ��� �

$��� ��� ����� �� ��� �� �� �� ��

%��& ��!������� �� �� ��!��� � ��!���

����� ��� ����� �� ��� �� ��

���� ��� � ������� ���������

�������! �� ��!���!��� �� !��� ���

�������� ������� �� ��� � �� ���� ��

��� ��� �� � � �� ����������� � ����� �$�

Page 336: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��#���# ,�������� &��&���

<�������� ������ �)A! �������� ���� ��� �� �� �������� ������ �

�� /��� ����� �� �������� ��$��� �������� �� &������ �� �" �F7� F�!" 1�

�������� ������� ��� ��������� ������ ������ �� ������� ��� ��� ����

��� �� �������.��� (������� ������* ������� �� ���� ������" &�� ���

�������� �� �%���� ��� ��������� ������ �������� ��� ��� ��� ���������

��� /��� � ������� ��� ��������� �� ��� ����� ��������� ��������

��$��� �������"

<���� ������� �� ����� � ��� �� ������� ����� �� ����� �������

(���� ����� �� ���� �����%�* ���� ���������� �� ������ �� D ����� ���

��� �� �� �������.� ���� �� ��� ����� �� ��� �����" 1� �������������

����� ��� ���� �� ����� ���� ��� ��� �� �����@ &�� ��� ����� ���

��� �� ������ �/�� �� ���� ����" #���� ��� ��� ����� ����� ���� �����

��������� �� ��� ���� �� �%������ �� ��������� ������� �� ��� ����" +

����� (����� ����* �� ����� �� ��� ���� ����� �� ��� ������� ����

����� �� ��� ���� �����" #�� ����� ��� ����� ������ ���� ��� ����

����� �� ������ ��� �� ��� �� �� ��$���� �� ����� ������� ��� ��

��� ���� �� ������ �� ��� �����"

1� ��� ����������� ���� ��� ����� �� ���.� � �������@ 5���� ��� ��

������ �� �������� � ����" I��� ��� ���� �� �/��� �� ����� ������

�� �� �%������ �� ������� ��������� ���� ������� �� ��� ���� ���������

�� 2���� ��� ��� ��� ���� ����� ������" #�� 2���� ����� ��� �� �������

������ (����� ����* ����� �� ��� ��� ����" &������ ����� ���� ���

����� �� �%������ ������������ �� ������� ���� ��� ������� �������

� ��� ���� �� ����/�"

#�� ������ �$� ��������� ������ �������� ��� �������� ��$���

��������@ �� �� ���� �0����� � �� ��� ���� ����� �������� ������ ���

������� ������ ������� �� ��� ����� �� ������ �����������" #�� ����� ��

�%������� �������� ������ �� ���� ��$��� ����������� ��� �� �� ���

���� ������� �� ����� ���� ��� ������� ����� ���� �� ��� ���� ���

��� �� �� ������ ���� ���$ ����"

1� ���� �� ���� ��������� ������ �� �������� ��$���� &������ �� �"

�F7� F�! ��� ��� ������ ������������� �� DI6> � ��� ��������� ����"

?����� ��$��� �� �������� �� )D ����� ����� ������ (���� ������� ��

����* �� �������� �� �/�� ����" +� �����2������ ��� ������ �� ���

���� ������� �������� ���� ��� ������ ����� �� ��� ������ �� ���� ����

��������� �� ���������� ���� ��� �����" #��������� ��� ���� �� �������

�� ���� ��� ������ ������ ��� ����� �� ������ ���� (������� ���� ���

%�� �/�� �� ��� ��� ������*" 8��� ���� ���� �� ���� ��� ���������

������ ������ �� �� ������� ����� �� ��� �������� ��$��� �������"

��#���' ���� ����������

,��� 6��������� �F ! �� �G����� ������ ���� ������ ����������� �

���� �� ��� �������� ��$��� ������� �F)!" ,��� ���������� �� ���������

� �� ����������� � ����� �� ���� ������$$

Page 337: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������� ��� �������� ������� �� �������� ���� � ��$���� ���� ���

����" #�� �������� ������ ��� ������� �� ������ ������ ���� ��� ����

��� �� ������ ���� ��� �������" &��� ����� ���� ������� �� ��

������� ���� ��� ��� �������� �����������" #�� ���� �������� ��

����� � ��������" 1� ���� ������� �� ����� ��� ������ �� �����/� �

��� ���������� �� ��� ���� ���� ������� �� ��� ������ �� ��������"

&�� ������� ���� ���������� �� �������� ��$���� ��� -JD1 ���� ��

�������� ����������� �)4� )C! �� ��� � ��� ��������� �������������" &��

��� ���������� ������ � ���������� ������ � � ���������� ������ ��

�/�� (��� &����� '")*" #�� ���������� ������� �� ��� ������� �� �

���%���� �� ������� ������� ����� ���� ���� ��� ����� �� ��� ���� ����

������ ��������" #�� ������� �� ��� ���� ����������� �� ��� ������ ������

����� ��� �� �� ����� �� ��� �����"

8���� �� ��� ������ ����������� ������� ��� ������� �� ������ ������

�� �� ����� �� ��� ������� �� ������� ������� �� ��� ��$��� �����

����� ��� ������ �� ������ �� ������ ���" &���� �� ��� ��� ����������

����� ���� �� ��������� � �������� ��� ������� ���� ���� �� ����%�

����� �� ��� ��� ������" + ������ ������ �� �������� �� �0�������

����� ������� ������� ���������� ����� �������� (������� ������* ���

����� ���� ���������� ������ ������� (������ ������*" #�� ������ ������

������ ���� ������� ��� ������ � ������ ���� �� ��� ��� ������

���� ����� � ��� ��� ������" + ���� ������� �������� ���� ������ ��

�������� ��� �� ����� �� /����� ������� ���� ��� ��� �� ��� ����� 2����

������� ����" &�� ����� ������ ������������ ���������� ��� ���

����� ����������� �� ����$�" #���� ������������ �� ������� ���

������������ ��� ��� ��������" 1� ��� ������� ��������� �� ���� �������

���� ��� ������������ �� ��� �� ������� ��� ���� �������" 1� �����

��� ��$���� ��� ������������ ������� �������� ��� ������� �� ��� ���

���� �� ��� ����� ����"

&������ ��� ������������� ���� �� ��������" 8� ��� �������� ���$��

���������� ���������� ��� ���� ��$" +� ������ ������� ��� ���� ���

�2��� ������� �� ��� ���� ���� ������� ��� ������������� �� ���"

+���� ����� ���� ������������� ����� ���� 2������ �� �� ������� ����

��� ������������� �� ������� ���� �F)!" &�� ��� �� ��� �������� ���

����� ��� ������ ���� ���������� ����� �� ��������� ��$� �������� ���

������ ������������ ����$��� ��� �������3���� ������� � �������"

��#���( -������������ �� ����� ����

1� ��� �� ��� �������� ��������� ��� ���� ��� ��$���� ��� �����

�������� �� ����� ���� �� �������� ���������� ��� �� �� �� �����

�0������� � ��������� �� ������� ���� �������@

#�� ������������� ������� �� �� ������� � �������@ <���� ���

���� � �� ���� � ������� ���� /� ������������ � � ��� � ������.���

��� ���� ��� �2��� ������� ������� � � ��� ��������� ������ �@

!"�� ����� ���������������������������������������������������������#� � �$� � �

�"

��� ��� �� � � �� ����������� � ����� �$�

Page 338: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

-�� � ������� ������� ���� ��� ������� �� �� ���� � � ����� ���� #� �

�� $�� ������.�� !"�� ����� ��� �� �������� �"

I�����.��� � �� ���� �0���� ��$" &���� = ;����� �FF! � ����

����� � ������������ �F4! ������� �������� ��������� ������� ���

��2������ ���� ��� # � $ � � % %��" 1� ��� %�� �� /%�� ��� ������ ���

���� ���� �� �� �������� ���������" >���� �FC� F'! �������� ���

������� � ��������� ������.���� �������" J���� -����� �����

������ � ��� ��������� �� ������������� >���� �� ��� �� ����� ���

������� �������" >����K� �������� �� ���� ���� �0����� � ������� ��

������ ���� ��� �������� ��$��� ���"

��#���) )����� ��� �������

��������� ��� ���������� �� ���� ������ �������� �� ������� ��$

���� ��� ����������� ���� ��" &����� ���� ������� ��������� ���

�������� �� ����� ��������� ����� ����� ��� ���� ����� �����������

���� �����" #���� ������ ���� �������� ������� �� ����� ���� ��

����� ��������� �����" ������ ���� ���������� ���� ��� �������

������� ���������� �� ������ �� ������ ������� ���� ��� ����� �������"

#��������� ������������ ��������� ������� ��������� �� �������

����� ���� �� ���� �$� ����� ���� ������ ����� �� ����" ?��� ��

��������� �� �������� ��� �������� ��� ���������� ��� ���� ������

�� �������� ��������"

��#�#

!������� ����� ������ �������&��

#�� ���� ��������� �� ��� ���� ��� ��$��� ��������� �� ��� ��� ���

��������� E�%������� �� ��� ���� �������� �� ��� ��������" I���� ����

��������� ��� ���� ������������ ����� ���� ������ ��� ������ �����"

5��� ��� ���� ��������� ���� ���� ��� ������� ���� �����/��� �G��

!��� ���

*��������� � ����� �� ��� �����!�

���� �������� �� �������� ���� � ��

��"� ������ ����� �� ��� � ���

������� ��!��� ����� ��� ����� +

������� ,� ��� ���� � ��� � ������������ � ����� ������ �� ��!�� ���� �

��� � �� ������������ �� ����������

������ �� �� �� ��� �� �����!

��!�������

� �� ����������� � ����� �� ���� ������$.

Page 339: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

����� ������� ��� ���� ����������� � ��� ������� ��� ������ ���

�������� �� ����� �FB!"

��#�#�� )����������� ���������

1� ���������� ���� ������������ E�%������� �� �� ���������� �� ����

��� ���� ��� ��$��� ��������� �� ��������� �� ���� ����������� ���

������������ �G����� ����������� �� ��� ��� ����" #�� ��.� �� ���

�������� �� �������� ����� ��� ��������� ���� �������� ������� ���� ���

������ �� ������������ � ��� 2����� �� ��� ������ ���� ���� ������

��� �G������ ������� ��� ���� ������ ����������� �� ��� �������� �

��� ������% �����������"

������ � >������ ������� ��� &��%����L&-I< ��$��� ��������

��� �� ����������� ���������" &��%����� �FA! ����� ���� ��� �� �

����� ������������ ��� ��� �������� ���� ����� ����" #�� ���

��������� �� ����� ���� ������ �������� ������ �47� 4�� 4 ! �����

���� �� �������� ���� �� ��� �����%� �� ��$���" #��� ��� �� �� �� 4

������������ ��� �������� �� ������� �� ���D ����������� �������"

5�� ����������� �� �������� �� ���� ��$� ����� ��� ���� ��� ��$

��� ���� &-I< �4)! ����� �� ������ �� ��� DI6> �������� �������

����"

+ �G����� ������ ��� �� ����������� ��������� �� ��������

�� -����� � �������� �4F!" ;���� ���� )77 ������������ ��� ��������

�� ����� �� ��� ����� ��� ���� �� ���������" &�� ��� ���������

���� ���� ��� �%���� � ������ ���� ������� �� �/��" #�� �������

���� �������� �� ����� ���� ��� ��� ���� �� ���� ���� ��� �� �����

������" #���� ��� DI6> �������� �� ����� �� ��� ���� ��� � ��

������������ �� �����2������ ����� ��� ������ � /���� �����" 8���

���� ������ �����/��� ������ �� �� ������ ������ �� � ���

������ ��$��� �� ��� ������������"

+� �������� ����� �� ���� ������ �� ��� �������� ������� ��� ���

�������� ��������� �������� � ��� ��$��� ��������@ #�� ����� ���

��������� �� ������ ��� ������ ���� �� ��� �������� �� ��� �������

���� �� ��� ��$��� ��������" #��������� ��� ��������� ����� �� ���

��� ����������� �� ����� �$��� �� �������� �� ���� �������� �

�������� ��� ������� �� ������������ ���� �� ���� ���� ��� ��������

�� ������� ���� ������"

��#�#�# !������� ������ ���� �� �������������

+ �������� �� �� ���� ������������ E�%������� ������� �� ��$���

�������� �� �� �����������" ;��� ��� ���� �� ���� ���� ������ ���

�����" 5�� ������� �� ������ ���� �� �� ���� ���� ������ �� ���

��������� ����� �� �� ���� �� ����������� ��������" I���������

��� ������� ��� ��$��� �������� � �� ���� ���� ����� ��

������� �����" #�� ���� �G������ �� ��� ����� �� ��� ��$��� ��������

��� ��� �� � � �� ����������� � ����� �$�

Page 340: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� �������� ���� ���� ������ ��������� ��� �� ���� ���� ����� ���

����� ���$� ������� ��� �� ����"

��#�#�#�� ����� / 0��� �������&��

-��$��� � ��� �� �� ����� ��� �������� �� ���������� ����� ���

��$��� ���������� �� �� ���������� ������� ��� ������ �� ���������@

1� ���� = ���� ��������� �������� �������� �� �� ��$� ������

�����" #���� ��������� ��� ����� �������� �� ����� ��� ����������

���� ������ �� �����/� � ����������"

#�� /��� �������� �� ���� $�� �� ������� �� D��M���� �� �" �44!"

#�� ���� �� ������ ���� ���� ��� �������� ����� ��� ��� ��

������" #���� �������� ����� �� ����� ��� ��� ������� ����� ���

��$��� �������� DI6>" #�� �������� ������� ������� ����� ����� ���

�������� ���� �� ����� ��� ������ ��� �� ����� ����%������ � ���

��� �����" &������ ��� �������� �� ����������� ������ ������.�� �

�����"

��$ �� �" �4C34A! ����� ��� ��������� ������ ����� �� ������

���� = ���� ��������" +� ������� ��� ���� �� ���� ���� ��������

���� ��� ���������� ���� ���� ��� �����" &�� ��� ���� ��� ������� ��

�������� ��� ���� ����� �� ����� � ����� ���� ��� �������

������� ������� ��� ����" #�� ����� ������� ������� �����/�����

� ���� � ��� ������� �� ��� �����" 1� ��� ������� ����� ������� ������

�������� �� ��� �� �%���� ���� ��� �������� ���� ������ �������" +�

������ ���� �� ������ ��� ����� ������� ��� ��� ����" ;���� ��������

���� ��� ����� �� ���� �������� ��� �������� �� ���������� ����

����� � /���� �����"

,��� = ���� ��������� �� �������� �� ���� �� ����� ��� ��������

�������� �� ���� ��� �� ����� ��.� ���� ��������" 1� ��� ��������

�� ��� ����� �� �� �0���� �� ���� ���� �����������" +������ �0����� ��

�� ������� ������� ��� ������� � ����� � ��� ���������� ��� �������

��������� ��� ���������� ���� ����������� �� ��� �������� �� ��� �������"

��#�#�#�# ����������� ������������ �������&��

#�� ����� $�� �� ������� ��� ��$��� ���������� � ��� ��� �����

�� ��� ���� ���2������ ���� ������� ��� ���������� ������������ �����"

1���� �� ������ �� �������� �� ��� ���� ������������ ��� ��������

�� ������������ �������� ����� ���� ������ ��� ������� (���� ��� ��

����� �������* ���� ��� ����� ���� �� ��� �������" #���� ��� ��������

� ��� �������� ���� �� ��� ���� �� ��� ���� ���� ������� ����

������" #���� � ���������� ������������ �������� �� ����� �����@ #��

��������� �� ��� ��������� ��� �������� �� ��� ��������� � ��� ��

�������� ������������ ����" +� ���������� ������������ �������� ��

���� ���� ������ ��� ��������� ��� �� ������� �� ��� ���� = ���� ���

� �� ����������� � ����� �� ���� ������$

Page 341: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������ ��� ��������� �� ��� ������� ��� �$�� � �������� ������

����� �� ����� ��� �������� ���� �� ��� ���� �� �� �"

1��������� ������������ �������� ���� ��� �� �� �� ���� ���� �

����" ���� � ;��� �C7! �������� ��� ������ ����� ���� <�I8 ���

�� ���� �������" #�� /��� ��$��� �������� ��� �� ���������� ���

��������� �� ������� �� -��� = >���. ��� �� ��� DI6> ������

�C�!" &����� ������ ����� ������� �� ������� ������ � ��$� ����

��� ����� ���� ����� ����� �� ��� DI6> �������� ����� ����� ��

����� ������ ������� �� ��� ������� ����" + ������ �� ��������� ��

������� ��� ����� ��� ���������� ������������ ���� �� �����" &�� ����

����� ��$���$��� �������� �� ��� ���������� ��� ���� �� ���

���������� ��������� �� ��� ����� ���� �� ��� ����� ����" +���� ���

������� �� ��� ������� ��������� ��/������ ������� �� ��� �� ���

����� ������ ����� � �� ������� ������� ��� ����������" #�� /��

��������� �� ���� /������ ��/�� � ����� ���� ����� /�� ���

������" +������� ����� �� ������ ���� ����� �� ���� ��������� ���

���$ ��������� ��� ��� ���������� ������������ �� �� �� ����� ��

��� ��$��� �������"

-��� �������� ����� ��$��� �������� �C ! ������ �� ����������

������������ ���� ������� �� ��� �� ��� ��� ������ �� ������ �� /%�

��2��������" D������ �� ������ �������� �� ��� ���� ���������� �

����������� ������� �� ������� ��� � ���� � ��� �� ������� ���

������� ������� ��� �����" -��� ��� ����� �� ����� = ����

������� ���� &' �������� (�� �������� ���������� (��� +�����%*� ��

����� �0������� ������� ��� ���� �� �������� ���/��������"

#�� ��$��� �������� ������� �� ��� &���� ��$�� �C)3C4! �� ���

��� �� ���������� ������������" &���� �� ����� ������ ������ ��

�������� ��$��� ������� ��� ������ ��������� ��������" 1� ��� /���

����� ���� ������ �� ��� �������� �� �������" +� �0������� ���

������ ������� �������� �� ��� �� ������ �������� ����� �� ������� ���

�������� #��� ����� ������ �������� ���� ������ �� ����������

������ � � ��� ��� ���� ��������� ��� ������ �� ��� ������ ���

���������" + �������� �������� ��� ���������� ��������� �� ��� ���

������� ��� ������� ���� �� ��� ������� � �� ��� ������ �%���� ��

���� �� ��� /�� ������� ���� ������%" 1� ���� �� ������ ����� ���� ���

�� ��� �������� ��������� ���� ��� ���� �� �������"

&�� ������ ��� ��� ��������� ��� ���� ���������� �������� �� �����"

?�� ������� ������������ �� �������� ������ ��� �������� ���

�����" #�� ����� �� ��� ���� ���������� �������� �� ��� �� �� ��� ��

��� �������� ����������� ����� �� ��� ���� �� ��� �������" #��� �����

��� ������ �� ���� ������ �������� ��� �� ���� ��� ���������

��� �� ��� ��.� �� ������ ��������� �����" +�� ������� ��������� ��

�� ����� ������ ���� ��� ����� �� ��� ���������� ������������ ����" 1�

������� �� -���K� ��������� ����� ������� �� ����� ��������� ����

��� ) ��������� ���� ��� ������� ������� ����� () �� ���� B77*" 5��

��� ��� �� � � �� ����������� � ����� �$�

Page 342: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�������� �� ��� ���������� ������������ �������� ������� ��� ���������

�����@ ��� ��� ��%� ������� �� �� �������� ������������ �� �� ����

����� ���� ��� �������� �������� (�� ��� ��� �������� ����*� ��������

��� ��� ������� ���� ������������ ������.��� ��� ���� �������� �� ��

����� ��� ���������� ���������� � ����� ������ ������ ��������� ������

�� ��������� ���� ���� ������ � ���������� ��� ��������� �� ������

�������� ����� �� �������� �� ��� �������� ���" #�� ������ ����� �������

�� ����� �� &����� '"F"

-��� ������������ ������ &���� �� ��� �� ��� �1�J�?+ ����

�CC!@ #� ��� ������� ���� ��� �� ��� ������ ������� ����� �� �������

���������� ����� ���� ��������� ������ �� ��� 6������ ���������

D���� (6�D* �C'!" ���� ������ ������������ �� ���������� �����

��� )D ��������� �������� 6���� �CB� CA!" &�� ������� ������� ���� ���

���%��� ����� �� ?�N��� �������� ������� �������� �'7! �� ���"

������ �%�������� �� ��� &���� ������ ��� ���� ������� ��������"

#�� ���������� ���� �� ���� �%���� ���� ��� ���������� ��������

�� �� ���� ���� ��� ���� ���������� �������� �'�!" 1� ���� �� ����

������� ���� ��������� � ���� ���� ����� �� ��� ������� ���� �����

���� ��� OO������� �������KK �� ���� ������� � �������� ���� ��� &����

�������" #�� ������� ������� ����� ��� ������� �������� � ���������

����������� �� ����%������ �������� ������� ����� ��� ��$��� ��

������� �' !" &���5 �� � �%������� �� &���� ������� ��� ������ ��

!��� ��.

-���� ��!��� ������! �� ���������

������ ������ ,� ����� �� �� ����!���� �� ���� �� �� ��!������ ��

������� �� �� �� �� ��� � �� !���

,� ����� ��� ��� ������ �� ������ �����

������ ��� �� ������� �� �� ��������!����

� �� ����������� � ����� �� ���� ������$#

Page 343: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������� E�%������� �')� 'F!" ������ �� >������� ������ �������� �����

&���5 �$�� � �������� �� �������� �G����� ������� ���������� � �����"

;������ ��� ���������� �� ��� ���������� ����� �� ������ ����������"

&���5 ���� ������ ���� ��������� �� �%�������� ������� ��� �G�����

��������� ������������ ��� ������� ���� ��$� ��� ����� �� ���� ����

�������� � ������� ���� �� ������ ������� ����������� ���� �����

��� ��� ������� ���� ������% ����� ����� ��� ��$��� ���������"

#�� ����� �������� ��� �� ���������� ������������ ��� ����

��������" #�� ������ ;������ �'4! �G��� ���� &���� �� ��� ���

��������� �������" 1���� �� ��� ���� �������� (��� ������� ���

������� ���*� ��� ���� �� ���� ���� ���� ��� �� ���� ��������"

D����� ��� ������������ ����� ��� ��%� ������� �� � ���� ��� ���

���������� ��� (�� ���* ������� � ����������� �� ��� ������� �� ��

�����" #��������� ����� �� �� ������� ������� � ��� ������� ���� �� ���

� �������" ;������� ����� ��� ��� ���� � ��� ���������� ���

�� ���� ���� ������ ������������ ���� ��� �� ������� � ��� ����

���� �� ����� ������� ��� ��� ������� ������� ���� ��� ������� �� ����

�0���� �� ����"

�$��� � >���. �'C! �������� ����� ������ ���������� ���

��������� ��$��� �������� ��� �� ��$���$���" + ������ ����� ���

���� �� ������� �%���.��� ������� ������ �������" D����� ��� �����

����� ������������ ����� ��� ������ �� ������������ ��� ��� �������

�� ������ �� ����� ��� ��.� �� ��� ����� ����" #��� ����� �� ����

������ ��$���$ �����" &�� �������� ��� +�?5� ����� /�� �''� 'B! �� ���

���� ���/����� ������� ��� ������ �� �������� ���������� �����"

1��������� ������������ ��������� �� ��� ���� ��� ����� ��� ��$

��� ����� ��$� DI6> � &����" #�� 2����� �� ��� ������� ����������

�������� ����� �� ��� ������ �� �G����� ��������� �������� �� ���

�������� �� ��� ���������� ������������ �������" #��������� ������� ���

������ ������� �� ���������� ������������ �� ������� ���� �G��� ����

�� ��� �� ��� ���� �0����� ������ �� ������� ���� ������ ��� �%����

��� �������3���� ������ ����� ��� �������� �� ��� ������� ��������� �

��� ����������.���� �� ��� ���� ��������"

1� �������� ���������� ������������ �� ���� ������ �� �� ��������

���������� ������� ������ � ��������� ����" #��� ���� ���������

��� ������ ��������� ����������� �� ����� ��������� ���� �� �� ������

���������"

��#�#�' ,������ �������&�� �� �1���������� �����������

����� ��� �� �AA7�� ������� ��������� ��� ���� ����� �� ��� ��������

��$��� ������� �� ������ �������� �'A3B)!" + ������� �������� �BF! ��

������ ������� ������.���� ������ ����� ������ ��� ������� �� ���

������" #�� �������� �� ���/�������� �� ��� ����� ����" + �� ����

/����� �������� �� ��� �� ���� ����� �������� ������� � ������

�G�������"

��� ��� �� � � �� ����������� � ����� �$'

Page 344: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������ �������� ���� �� ����� �� ���� �� ��� ��� �� �� �������

��������� ��� � ��������� ��$� �������� ��$���" &���� �� ��� �����

���������� �� ���/������� (��� ����������* �� ���� ��������� ��

������ �� ������ �� ��� �������" &����� ��� ���������� ���������� ��

��� ���� �0���� ������� ���" + ������� ���������� �� ���� �� �������

� ����� ���������� �� ��� ���/������� ���� ������� ���� ��� ���/�

������� �������� ���������� �� ����� ������� ����� ��� ������.����"

������ /����� �������� �� �� �� �������" #�� /����� �������� ��

������� ����� �� ������� ��������� ��� �������� ��$��� ���� ��� �%���

����" ������� ��������� ������� ���$ �� )D ���������� ��������� ���

���������� �� � ������� �� �� �� ���������� �� ���� �� ���� ���

������� ��������" #��� ���� �� ���� ��� ����$����������$�� ���������"����� ���� �� ��� ��������� ���� �� ����� ��� �������� ��� /����� ����

����� ��� ���������� � ��� �������� �� �� �� ��� �0�������"

#�� ������.���� ������ ������ �� ���� �� ���� ��������� ���� ��� �

��������" #�������� ������ �������� ��� �� �� ������ ��$� ��� ���������

��.�� ��� ������ �� ����������� ��������� � ������� ����� ���"" ;���� ��

�� �������� �� ������ �������� ��� �G ������� ������.��� ��� /�

���� �������� � $������ ��� �������� �� ��� ���������"

#�� ������� �������� ����� �� ��� ������� ���� ����� ����� ���

�������� ��$��� �� ������� �� M���� �� �" �'A� B4! � �� �����

����� �� ��� ������� ���� <I-D" + ���/������� �� <I-D �� ����������

�� ��� �������" #�� /��� ������ ������ ��� ����������� �� ��� ���� �

������� ������� ��� ����� �� �/���� ��� ������� ���� �� ��� �������

���" #�� ����� ��� ������ ������ ������� ������� ��� ������� ��

��� ������� � ��� ����" &�� /����� ��������� )D ��������� �� �����

���� ��� ���������� ������������� �� /��� ��������� ��� ���� ������

�����" +������� �� ��� ������ ����� �� ��� ����� ������� �������

��� ���� �� ����������� �� ������� ��� ���� ������ �� ��� �����

����" &������ ������� �������� �������� ������� ����� ��� ����

������� ������ � ���� � ��� �������3���� �� �� 8�� ������ �� �

���� � ��� /����� ��������"

I����� �� �" �B7! ������� ��� ������ �� ��$��� ������ ���� ���

�� ������� ��������� � ��� DI6> ������" #�� ������ �G�� �� ���

�� ��� ������� ���������� �� ��� ���� �� ��� ������� �� �������" #��

/��� ����� �� ������ �� ��� <I-D �������� � ������ ��� ������� ��

���� ���� �� ������� ������� �� ��� ����������" + ������������� ��

��� �� ������� ��� )D ���������� �� ��� ����" #�� ����� ����� ������

��� ������� ���������� ������� �� ��������� ������ � ����� 5����

�����" &�� �������� ������/� ������� �� ��� +�?5� ����� /�� �� ���"

<����� �� �" �B � BC! ������� ��$��� �������� ��� �� �����

������ ���������� ���� 5,DI6>" 1� ������� �� ������� ���������

�G������� �� ����� ���� ��� ����� �� ������� ����" 5�� ������ ��

��������� �� ��������� ��� ������� �� �� ���� ���������" 5,DI6>

������� ���� ������� ������� �������� ��� �� ����� ������� �����

��������� ��� ������ ����������� � ������� ������"

� �� ����������� � ����� �� ���� �������+

Page 345: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��#�#�( �������� ��������

D������ �������� �4�� 47! �� ���� $���� ������2�� ���� ��� �� ��

��������� ����������� �� ��� ����������" 1���� �� ��������� ����

���� �� ��������� �� 5������ ����� �� �� ������� �� �� ���� ������

����% ��������� �� ���������� �������" ?�� �� ������ ��������

��� �� ������������ �� �� ������� �� ������������� ���� �� ����

����� ������ ������� ��� ��� ��� ���"

#�� ������ �������� ���������� �� �� ������� ��� �� ��� ��$���

�������� ��� �� ���2�� ����� � ������ ������������ (��� �������

'" "�"�*" #�� ������ ������� ������� ���� ������ � ���� ���� ��

���������� �� ��� ���� ����� ������ ���� ������ ��� ������ ������� �� ���

���� ��� ���" #�� ����$ �� ���� ������ �� ��� ��� ������ ����%

�� ������������" &�%��� ��� ��� ��� ������ ������� ����� ���

��� �� ������ ���� ����� ����� ������ �������� �� �����$" ����� ���

�%�� ��� ������� �������� �� �0���� �� �������� ��� ������� � ���

����� ���2����� �� ��� �� ����%���� ���� �B'� BB!" 1� ����� �����

���� ���� ������ ������ �� ������ ������� �� �� �������� ��$ �� )D

����"

<���� � 6������ �BA! /��� ���$� �� ���� ������ �� ���� ����

������ ����" -���� ������� �� �" �A7! ����� ���� ���������� �� ��� ����

����" ?������� �� �" �A�! ������� ��� ���������� �� ��������� �� ������

���������� ���� � �0����� �������� ��� ��������� ������.����"

#�� ��������� ������� ��������� ������� �� ������$� �� �" �A ! ����

������ ����% ���������� � /��� /���� ����" ;������� E�%������� ��

��������� �� ��� ����� �� ������ ��������" 1����� ��������� ������

�� �/�� �� ���� ��� ��� ������������� �� ���� E�%���� ��� ���� �� ���

������ �����"

��#�#�) (�� �� �����&

I��� ������� �������� ��� �������� ������� ���� ������%�� �� ���

���� ���� ����� ��������� �� �� ����� �� ��� ��$��� �������"

���� ��������� �� �� ������ ����� ������� �� ������ /%��� ��

������ �� ������ �� ���� �� �� ����� ���� (����* ������� �����

���� �� ���� �����" 1� ���� ���� ��� ��������� ��������� �� �������

���� �������� ������.���� ������ ��� ��������� �� ��� ������� ����

�����" ���� �������� �� ���� $�� �� ����� 6��� ��������� ��

����� �������� �� ������� '" ")")"

������� �� �" �A)! �������� ���� ����� �������� �� ����� ��$���

������ -1<1�" + ���� ��� �� ������� ���������� �� ����� ������ �

���� ������.� �� ��� �����" #�� ������ �������������� �� ������.�

/���� ��� ������� ��� �������� �� ����� ����" �� ��� -1<1� ��� ���

������ ���� E�%������� ������� ��� ����� �� �� ��������� ��� �� ����

��"

1� ���� �� ��� ������ �������� �� ���� ������ ����������� ?%��� ��

�" �AF! ��� ����� ���� �*� ����� �� ����� ��$��� ������� ����

��� ��� �� � � �� ����������� � ����� ���

Page 346: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

,�IP-5+D�" ������� ���� � ������ ���� ���������� ��� ���������� ��

����� �� ���� �����" 1� ��� ����� ������.����� ���� (��� ��� ����*

�� ������� ��������� ��� ���� � ���� �������� ������ ���/��������"

����� ����� ������� �� ���/�������� ����� �� ��� �� ��� ��� ���� �� ��

����� �%���� �� ���� �� ������ ��� ��� ���� ������� ���" #�� ��� ���� ����

��2�� �������� ��� ������� ���������� �� ��� ���� ����� �������� ��

������ �� ������� ���/��������" (��� ��� +�����%� OO#�� �����KK*

��#�'

������� �� ����������

8���� �� �������� ������ ��� ��� ��$��� ������� �� ��� �� ����

$�� �� ����������� ������.���� ��������� ����� �� ������ ��������

��$���� ��� ������� �� ��������� ������2���" 1���� �� ������ �� ���

����� ������� ��� ������ ������� �� ��� �������� ����� ��������

����� ����� ��������� ���� ������� ���/������� � ������ ���� ��

���/�������� ���� ����� ������"

��#�'�� -������� ���������

������� ������� �A4! �� ���� $���� ��������� ������2�� ����� ��

��� ���2������ ��� ��� ������� ������% ������.���� �������� ������� ��

������� ������������� �� ��� ��������� ������" #�� ������ ��������� ���

���� ������� ��� ��������� �����" ������� ���� ���/������� & ���� �

������ �� ����� ���� +�&�� ���� ���� ���� �� ��� ���/������� ����� ������ +��� �� �������" #�� �������� �� ��� ��� ���/�������

�� ��� �� ��� ���������� ���������� ����� ���� ��� �� �� ������ ��

+����+�&� �� ���� ���������� , � ���+����+�&����)��� ��������� ����� )��� ��� ?���.��� �������" I��� ��������� ����� ��� ���������� � ��

����� ��� �� �� ���� ������� ������� ���� ��� �������� ���

/�������� ���� ������� ������ ������� ���� ��$���" (��� ��� +�����%�

OO������� �������KK*

#�� +J#IDI6> ������ ��� ������� ���� ��$��� ������� ��

<������ �� �" �AC� A'� AB! �� ��� �� ���� �������" &�� ������ ����������

�������� 0���� ��������� �)B! �� ���������� �� ���" 9�� �������

������ ��� ������.��� ������ ���������� ��� ���� ��� ��$��� ���

�� ������� ������� �AA!"

��#�'�# %�������� �������

1� ���������� �������� ��$��� �������� �� �� ����� ���� �������� �

����� (�D* ����������" 1� ���� ��� ������� �������� ��� ���������

������� ���� ����������� ���� ��� �������� ���� ��� �� �D ����

������ ��77� �7�!"

� �� ����������� � ����� �� ���� �������$

Page 347: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

1� �D� ����� /�� �� ��� �� ������� ��� ������ �� ��� ��� �� ���

������� ������" #���� ��������� �������� ��������� ���������� �

����������� �� ������� � ��� ���� �� ���� �������� ���� ������� ��

����� ���� ����" 1��������� �������� ������ � ����� /��� �� ������

����� ��� ����� �� ���� ������" ;������� ���� ������ �� ��$��� �� �D

���������� ����� �� �������� ����E�" #�� ��������� ������� ����

�%��� ��� ������ ��� ���� ���� � ��� ���� ���� �� ��� ������ �� �$��

���� ������" #���� �D ���������� �� ������ ���� ���� ��������� �

�� ��������� ��� ��������� ��� ���������� ���� ���� �� ���������" (��� ���

+�����%� OO�������� ������KK*

1� ���� �� ��� ���� ���� ��������� ������ ������ ���������� ������

����� �� ��� ���� �� ������ ���� ��� ���� �������" #��� ������� ���

�������� �� ��� ������� �� ��� ��������� ���� ��� ������� ���������

� ����� ������ ������� �� ��� ����� ����" D���� �� �" ��7 � �7)!

������� ������2�� ��� ���� ������� ���� O���������� ����K" &�� ������

����� ��� ���������� �� ��� ������ �� ������� ��� ������� ������ ��

������ (������� ���� ������� ����������* � ��� ��������� ����� �� ���

������ �������� �� ������" #��� ������ ��� �������� �� ����� ����

���� ����� �� ��� ������ ��������"

+ ������ ����� �� ��� �� ���� ���� ��$��� �������� ������� ��

<���� � <����� ��7F!" &����� ��� �� ��� ������ ���� ������������ ��

����� ����� �D ���� ������� ������ (�� ���� �� ������� ��� ���������*

� ������� (�� ���� �� ������.� ��� ���������*" #��� ��� ���� �� ����

������ ���� ��� ����� ���� � ������ ����� ������.�" 1� ��� /��

����� ��� ���� ����� ���/�������� �� ���������� ������� ����� �D

���� ������� ������ � �������" #�� ��� �� ��� ��� ���� �� �� �%�����

��� ����� ���� ���� ��� ����� ������������ �� ���� ����"

+ ���2������ ��� ������2�� �� ���� �� �D ���������� �� ��� �����

������� �� ����� /�� ������������� ���� ������� ���� �� ����" #�� �����

�� ���� ��� �� ���� �� �0������� ������� �� ������ ���� ���$��

����� �� ������� ���� �� ������� ��� �������������" #�� ����������

�������� �� ���� �� ���������� ��� ���� ����� � ��� ����� �����

���������� �� ����" 1� ���� �� ��� ���������� ���������� ������� E�%��������

-��� �� �" ��74� �7C! ���� ��� ������� ���� ���� � E�%���� ���" 5����

��� ��0������� �� �� ���� ��� ����� ���� �� �������� � /%� ��

����� �� ����� /�� ������������� �� ����� ���� �� �� ���������� ��

���" D����� ��� �D ���������� ���� ��� ����� ���� ���� �� ��� �������

� ��� ���� ���� �� ����� �� ���� � ��� �� �� �������� �%

�������� �� ��� ����� /�� ���������"

��#�'�' %����")���� �������&��

1� � �D ���������� ��� ���� ��������� �� ��� ���� �� �������� ��

�� ��� ��������� ������" 1� �������� �� ����� 6��� (�6* ���������� ���

���� ����� �� ��� ���� �� �������� ������" #�� ������� �������

��� ��� �� � � �� ����������� � ����� ���

Page 348: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�������� ������� ���� �� ��� ������ ����� �� � �6 ���������" #��

���������� �� �� ���� ��������� �� ��� ���������� �� � �6 ���

�����@ #�� ���������� �� ��� ������ �� ������ � ��� ������ ��������"

6��������� ��� ������ �� ������� ��� �� �� �� ������� ���� ���� ���

���� ������ ����� �� ����" + ��� �%���� �� ��� �� ����.� ���� ���

���� �� ��� ���������� �� ��� ������������ ���� �� �������� �� �������

��������� (��� �������� ��� ����� � ������� �����* ����� �� &�����

'"4 ����� �� �� 6������ ��������� ��� �� ����" 8��� ������� ����

������ ��� ���� �� ������ �� ����� �� �G����� ������ ����@ 6������

��� ������ �� ������������ ���� �%������� ��� ������� ��� �����

����� �� ���� �� ������������ ���� �%������� ��� ������� �������

����" J���� ������� ���������� �� �� �������� �� ������ ������� ��� ���

������ ������������ ���� �� �/���� ��� ������ �� ����� ��� ���

���� �� ��� ���� �� �����" #���� ������� ��������� �� ��� ���� �

�������� ���������� ���� ��� �6 ���������" (��� ��� +�����%� OO�����

6���KK ������*

���� �� ��� ��������� ���� ����� � �6 ��������� �� ����� �� ���

��������� �� ��� ������ (�� �����* �� ����" #��������� ���� ���� �� �� ��

� ���� �0����� � ��������" I����� ������ ��������� �� ���������� ��

��� �� ���� �� ���� ����"

#���� �� ������ �%����� ��� �6 ��� ��$��� ���������" ;�� �

�� ��7'! ������� � �6 ������ ������� ���� ������� �������"

1� ��� �6 ���� ���� ����������� �� ����� � ���� ���� ��� ���

���� ���� ������ �� �����" #�� ������� �� ���� ������.� �� ����

��� ������� ������.���� ������" ,������3���� ������ � ������ ��

������� ��� �� ���������� ����" �������� � ?����$� Q�,

������ ��7B! ���������� ������ ������ ����� �� �� ����� ��

�������� ��$��� � ��������� �������������" 8��2���� � 6����� ��7A!

��� ��� �6 ��� ������.��� ��� /�� ���� ����������" 1���� �� ����

��� �� ������� ����������� ������ ������� �������� �� ���"

+���� �� �" ���7! ������� ��� ������� ��$�� 16� ��������� ���

�6 �������� ���� � ������� �������� ���������� �%����� ����" 1�

!��� ���

*������ ��������� ����������� �� ����� �� ,� ���.���������� ��� �� �

��� � ������ ��� ���� ���� ��!����

���� ��!��� ��� ������� ��!���

� �� ����������� � ����� �� ���� �������.

Page 349: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������� �� ����� �������� �$��� ������ ���� ������ 16� �� ��� ��

�$� ����� ��� �� ���������� ������������ ��� ������ ����" &�� �%�

���� ���������� ����������� ��� ������� ���� �� �� �/�� ���� ���

��� ������ ������� ����� �� ���� ��$��� �� ����� ��� ���� ������ �������

�����" #��� ����� ��� �6 ��������� ����� ��� ������ �����"

�6 ��������� �� �� ��� �� �������� ��� ��������� �� �D ����

������ �� ��� ����$ �� ���� �����" 1� ���� �� ��� ��� ������ �����������

�6 �� ���� �� ������� ���� ������ ������.���� � ������� ��

+������$�� �� �" ����!@ +���� ���� ������� �� ������� �����������

������.���� ���� ���/� �� �� 8�� �������� �� ��������" #��

������ �������� ��� ��� �������� �� ��� ������������ �� ��� �� �����

�����@ ����� /�� ������� ���������� �������� ���� ����� �� ������

����� �� ��� ������� ��������� ������ �� ��� ������% � � ������������

�������� ���� ������ ���� ��� �������� �� ��� ������.� ,������ ?���.

��� �2�����" #�� ���� ������� ���/�������� �� ������� ���.� ����

����� 6��� ��������� ����� ���� �6�" �6� �������� ����� 6���

��������� ���� ������.���� ����� � ���� ��� ������ �������� ���

����� ����"

,�IDI6> �� � �6 ��� ��$��� �������� ������� �� #������ �

������ ��� � ��)� ��F!" #�� ������� ���� ������ ��� +�?5� 1: ��

565,,L) ����� /�� ���� ��� ��� ������ ��������" &�� ���������

������ ����� ������ ��� ���� ?�.��� ������� ���� ��� ������� ��� ����

������ ��������� �� ��� ������ ���� � ���� � ���������� ���� ���

��������� � ���� �����" -�$� 16�� � ������� ���������� �� ��� ������ ��

������ �� ���" #�� �6 ��������� �� ��������� ���� ������ ������.

���� ����� ��$� �� +������$��K ������"

��#�'�( 2���� ���&� �

D�� �� ��� ������%��� �� ��� ��$��� �������� �� ������ ��� �����

���� � ����" &������ ��� �������� � ������� ��������� ������

��� ������� �� ��� ���/������� ����� ������� ��������� ���

������ ���������� ������ �� /���� �%�� ���� ������ �"�" ��������� �

�%�� ��������" 6�������� �G����� ������ �� ��������� ��������

������ ����� �� ������ �� ������ ��������� ��� ���� �� ���"

#�� �������� ��� ���� �������� �������� ����� ������� ��� ���

���� ��� �������� ������2��� ���� ����������� �D �� �6 ����������"

8�� �� �" ���4! ������� ����� ���� ������ ��� �� ���� ���

��$��� � �D" &���� ��� �� ��� ������ ���������� �� �����" 5�� ���

������ �� ��$� ���� ���� ��� ����� ���� ����� DI6>" #�� ���� �������

��������� �� ���� ������.� ����� � �D ��� ������� �������

������.���� �� ���������� ���� ��� +�?5� ����� /��"

;�G��� �� �" ���C! ������� ��� ���������� ������������ ��������

�� &���� ���� � �D ��� �������� ��� ���� ������.����" &����� &����

�� ��� �� ����� ����� �� ��� ����� ���� ���������" #�� ��� ��

��� ��� �� � � �� ����������� � ����� ���

Page 350: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��� ����� ���� �� �� ������� ��� ������ ��$��� �� ��� ��������� � ��

������� ��� ������� ��������" #�� ��������� �� /��� ������ ������.�

����� ��� 6;+��� ����� /��" &�� �� ��$���� ��� ������� ��$��

6+�-� ���'! �� ���" #�� /�� ����� �������� �� ����� ��������������

����� /�� ������� � ������������ ���� � ������� ��� �� ��� ��������

������" #�� ������������ ��� �� ��� �������� ������ �� ������� �� �������

��� ,������ �2����� ����� ��� �������� ������� ����� ��� ������� ���

�� ����%���� �� ��� ���� ������� ��������� ������"

��#�(

������� �� ������������� ���������

#�� ���������� �� ����������� ��������� � ��� ��������� �� ���

����� ��B� �A! �� �� �� ��� ����� �������� �� ��� �����%� �� ��������

��$���" +� �%���� �� ����������� ������ �� ����� �� &����� '"C" #��

������ �� ��������� ����� �� �� ��������.� �� ��� �����������

��������� ���� �� ������� �������� ������ �� ������� ������"

#��������� �� ��������� ���������� �� �� ��� ��� ���� ���������"

,������ ���� �������� ��� ��� ���������� �� ��$��� ������ �� ���

����������� �� ����� ��������� ���� ���� ������� ����� ����" 1� � ��

��������� ������� ���������� �� ������ ��� �������� �� �� �� ���.�

����������� �� ��������� �%��������" 6���������� ��������� ��������

������ ��������� ���� �� �� ��� ��������.��� ��������� ���� ������

������ ��� �� ������� ����$�" #��� ��������� �� �� �%������ �� ��������

����� ��� ������� �� ������ ��������� ����������"

1� ��� �����%� �� ����������� ��������� ��� �� ���������� �������

����� $��� �� ��$��� ��������@

����������� ��� ��� ����� <���� ������� ������� ��� ��$���

����� (� ��� �������� �� ��� ������%* ��� ��� �������� �� ��� ������"

������ �������� ����� <���� ������� ������ ��������� ��� ��� ���

���� � ������ �� ���� �� ���� ������ ��������� ���� � �������

������ �� ���� ��� ��� ����� �������"

�� ���� ����� ������ ����� <���� ����� �� ���������� �����

������ (�������� ��� ����� �� ���������* ������.��� ��� ������ �� ����

��� ��� ����� �������"

!��� ��

/��� �� �� 0!� �������� ��������������������� ��� �� � ��1��� 2.!�� �� ���

� ������ ���� �� �������� ��� �������

���� �� ��� �� ��� ��� � �� ��

��!�� �� ������ � � ��1� �� �� �� �2.!�� �� ������� �� ���

� �� ����������� � ����� �� ���� �������

Page 351: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������ ��� ����� �������� ��� ������ ���� ��� �� �� ��������

��$��� � ������� ���� ����� (��� ���B! ��� � �������� �� ������

����� ��$��� ������*" 1� ��� /��� ���� ��� ��$��� ��������� �� �

���� �� ������� �������� �������� ��$� � ������ �� ��� ���� �� ���

������ � ��� ��������� ���������� �� ���� ������� ������� ���������

��� ������� ������ ���������" #�� ������ ��� ��������� ��� ����

����� �G��" -�$� �� ��� ��� �� ��$��� ���������� ���� �� ��� �� ���

��/� � ������ ���� = ���� �� � ���������� ������������ �����" 1� ���

����� ���� ��� ������� ���� ����� �� ��������� �� ����/�� ����� ��

���������"

5��� ��������� ��� ��� ����������� ��$��� ������� ���.� ���

��������� �� ����� ���� ����� �� ���� �� ���� �� ��� ����� �������"

#�� ����� �� ����� ����� �� �� ����������� ����� ����� ������ ��� ����"

I�� ������ �� � �� �� �� ������� ������ ���� ��������� ������������

��� ����� ���� ���� ���A!" +������ ������ �� �� ���� �� �������

����� �������� ��� �� ���������� ������ ��������� �� 7!" 1� ���� �����

��� ����� �������� �� ��������� �� ���� �� ��� �� � ����������

������������ ��$��� �����"

#�� ����������� ��$��� ����� ,�IP�5-56# �� �! � 6����DI6>

�� ! �� ��� �� ��� ���������� ������������ �����" 1� ���� �

�������� ������ �� ����� �� ������� (�� ����* �������� ���� ��� ��

�������� ������ �� ����� ��� ��� �� ����/�� ��� �� ������������ ��

�� ��������" #�� ������� �� ���� ��������� �� ��� ����� ���� �������

���������� ��� ������������" ������� ���� ��� ����������� �� ��� ���

����� ��� ������������ �� ���� ���� ��� ����� ���� �� ��� ������� ��

���������" 1� ��� �� ,�IP�5-56#� ������������ �� ���� ������� ���

�� ����� � ������ ������� ��$� D ��������� � ���������� �� ������

���" 6����DI6> �������� /�� ����� ��� ����� ������ ��������� ��

��������� ������� ������"

+ ��� �������� ��� ��� ����������� ��$��� ������� ��� �� ���

&���� ���������� ������������ �������� �� �������� �������� �� )!"

#�� �������� �� ��� �� ��� ����������� ��$��� �%������� �� &����

���� &���� " &���� ����� ��� ������ � ����� ���� �� ��� ����� ����"

��������� ���� ��� ������ ��2���� ����� ��� ��$��� ���������� ��

����� �� ��� E�" 8��� ���� ����� �������� ���� ��� ����� ������

��������� �� �� ���� �� ��� ������ ����� ��$��� ���������"

#�� ���� ������������� ����� ��� ������ ������% �������� ���������� ��

������ � ������ ����� �� �� ��������� ���$� ���� ��� ��� ��������� ���

�� ���� �������� ���� �G����� � ������ �� �����" #�� ��������� ���

�������� ������ �������� �� ����� �%������� �� ��� ���������� ���

��������� ����� �� �������� ���������@ 1� ��� ���������� ������������

����� �� �������� � ����� ��������� �� � ��2��������"

������ �������� ��� �� ���� �� ���� ����� ������� ��� ����

�������� ��� � ����� ��������� ��������" >��$ �� �" �� F! ����� �����

�� ��� ?J1-D5� ������ �� 4! �� ��� ������������ �� ������������ ���

��� ��� �� � � �� ����������� � ����� ���

Page 352: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

������ ������ �� 6������� D" ?�N�� �� C! ����� ��� -JD1 ������ ��

��� ��$��� �� ��� ������ �� �������� ����� �� �� �������� ������� ��

������ ���� ������� �� ����� ��� ��� �������� ����������" 1� ����������

�� ������� ��� ������� ��� �� ���� ���� ����� �� �� ����� ��

������ �� �� ��� � ����� ��������� �������"

&������ �� ������� ��� ������ ��� �� ���� ������ �����" 6E���� �� '!

����� ��� �6�� ������2�� ��������� ������� ��������� ����� ��

�����2������ ��������" #�� D�5+��� ������� �� B! �������� ����� ���

������� �������� � ���������" #�� ��������� ������� �� ��� ���� ���

���� ���� ��� �� ���� ��������.� ������ �������� �� ���� �� �����

��� ������"

��#�)

-������ ������������ ���������

+ �������� ������� �� ��� ������� ��� �������� ��$��� �� ��� ����

��� ��������" #�� ������ 2������� �� ����� ��� ����� ������� �

���� �� 2����� ��������� ��� �� ��� ����K� ���� ������ �� ������ �� ���

�������R #�� ������� �������� ����� �� ���� ������%� �� ���� ��������� ����

���� ����� �������� ���� ��� ��� ������������� �� ��� ������� � ���

������ ���" ���� ������������� ������� �� �� ���� �� �)� F� 4� � A3

�) !"

6������� ������ �� ��������� �� ���� �������� ��������� ��� ����

������ �� ������" #�������� ���������� /%��� ���� �� ��� ������ ������

�� ������ �� ��" &����������� �� ���� ��������� �� �� ����� ���

��� ���� ������ �� ������ �� ������ �� ������� ��� ������ �������

���� ������ ���" #��������� ��� ������ �� ������� ���� �������

���� ������%" I���� ������ �0���� �� 2������ ��$� �������� �G�����

������������ ������ �� ��� �������� �� ���� �� ������� ����� ������%

�������� �� ������ ������ �� ����%���� ���� �������"

8��� ������� �� ��� ��$��� ���������� ����� $��� �� �������� �� ��

�/�� ����� ��� �� �� ����� �� ������� ��������� ���� ��������� ���

���%���" #�� �������� ������� �� ��� ��$��� ������� ����� ��$��� ��

�������" ;���� �G����� ����������� �� ��� ��� ���� �� ��� ��� �����

���� ��� �� �� ������ � ��� ������� �������� �� �� ���������� ����

�������� ������� ����������� ���� ���� ������� ����" #�� ���� ������

������� �� ��������� ��� ��� ����� �� ��� ��$��� �� ��� �� �����

���� ������� �� ��� ������ ������ �� ����� �������" 1� ������� �� ��� /���

�������� ��� ������� �������� �� �� �� ��� ���� ���� �G����� �����

������ ��� ��� ���� �G����� ���� ����������" ;������� ��� ������� ��

���� ��� ��� �� � ���� �� ���� ����� ��� ����� ��� � ����%�

����� ��� ��� �������� ����� ��� ����� ����" +��� ��� �������� ���

��������� ������ �� ��� ������� ����� ��� ������ �� ��� ���� ��

��$��� �� �� ������ ����������� ��� ������� �������" #�� ���� ������ ����

� �� ����������� � ����� �� ���� �������#

Page 353: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

����� ��������� ��� ���� ������ �� ������ �� ������� ������� ����

������%�� ���� �G����� ����� � ��������� �� �� ������ ��� ���� ���

������ ���"

1� ���� �� ��$ ������ ��������� ��� ������� �������� �� ������ ��

�� ������ ������ ������ �����" #��������� ���� ��������� ���� �����

��������� ����� �� �� �����" 6��������� ����� �� ����� ����� �� ����

��� ��������� ���2������ ��� �� �������� ��$��� ����������@ ����� /��

�������� �������� �������� � $������� ��� (��������� ��� ����

,�& ��� ��������� �� ��� �����* �������"

&���� /��� (��� ��))! ��� � ��������* �� �� ����� ������� �� �����

����� ��� ������� ���� ������%" #��� ������� ����� �� ������� ��� ��

��$��� ��������� ��� �� ��������� (��� ���� � ��)F!*" ��������

���� ���/������ �� ��������@ &���� ��� �� ��� �� ���� �� ��� ��

�������" ����� ��� -���� M���� �������� �� �%����� �� ��������

��� �� ��� � ������ �� ���� �� ������ ��� ���� ��������� ������ �� ���

�������" 8���� ����� /�� ������� �������� 2���� ���� �� ��������� ��$���

����� �� �� �0���� �� ������ �G����� ��������� �� ���� ����" #�� ���

����� �� ��� �������� � �������� �G���� �� ��� ��������" + ������

���� �� ����� /�� ����� ���� � ����%������ �� ��� �������� ������ ��

������� ��� ������� ��� �� ������������� �%������� ���C!"

+ ���2������ ����� ������ ��� ����� /�� ������� �� <�1D �)B!" 1����

�� ��� ��� ���������� ��� ������� �������� ���������� ��������� ��

��� ��� ���2������ ��������� �������� ������ ��� �� ����� /�� ������

��������" #���� ��� �� �� ������ ��� ��� ������� �� ��� �������� �

������.���� �� �������� ���������� ������� �� ��� ����� ���� �� ��� ���

����"

5������� ������� ��������� �� ��� �� ���������� �� ��������� �

������� �� ��� ������� ���� ������% �� ������ ���� ������ ��������"

#�� ������ ����� �� ��� �� ����� ������������ �G����� ������� �������

�G���� ������������ �� ��� ������ ������ ��$� ������� ������� ����

������ �������� ���"" &�� ��� ���� ��������� ���� � ��� �� ���������

�������� ������� ���� ��� �������3���� ������% �� ������" J������

������� ��� ��� ������� ����� �� �������� ���� ��� �� �������3

���� ������%�� ���� $���� ���������� � ������ �������� ����� ���

����� ����� ���������� �� ����� ���� �2����"

#�� /��� �������� �� ���� ���� �� ������� �� ?�N�� �'7! ��� ��� �� ��������� ������ -JD1 �)4� )C!@

�� � ��7 � ���� -�� � ���*

������� .�*����

� �� ����

� ����

����� ���

� �� ���� � �������&�����

;���� � �� ���� �� ������ �������� �����.��� �������� ���� ��� ���

�������� �� ������� ���� � ����� ������������ -�� �� ��� ������ ��

��� ��� �� � � �� ����������� � ����� ��'

Page 354: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� ������� ���� �� ��� ����� � &���� �� ��� ���������� ������ ��

������� ��� ������� � ��� ����" #�� ����� ��7� ����� ���*� ����� �

������ �� ������� ��������"

#�� ?�N�� �������� �� ������� ������� � �������.� ��� ���������

���������� �'7� �)4� �)C!" ����� ?�N�� �������� ��� ��������� ������

����� �������� ������� ��������� ���� ������� ��)'3�F !" #�� ���������

�G�� �� ��� ���� �� ������� ������� �G���� �������� � ��� ���������

���� ��� ��� ������� �����"

��������� ����� ������ ����������� ������� $������� ��� �������

��������� ��� �������� ��$��� ��F)3�FC!" #��� ������� ����� �� ���

������� ��� �� ����� ��F'� �FB! ��� ������� ��������� ��������� � ��

������������ ����� �� ���� /��" #�� �� ��������� $������� ���

��������� �� ��� ��������� ���2������ ���� �� ���������� �� ������������

�������" +�� ����� ��������� �� ��� �� ����� ��� �������" &�� ���

��� ���� ���� ��� ������ �� ����������� �� ������ ������� �� ���

������" #�� ��������� ��������� �� �������� �� � ������ ��������" #��

����� ��� ����� ������% �� ���� ������� �� ��� ��� ������ ��������

����� ��� �� ����� ��� ���� �� ��� ������%" <���$� ��FC! ������� ���

��� ��� ����� ���� ������� ��������� ������ ���� �� ���� �� �$� ���

����� ���� ������" ��N��� ��F4! � ������ ���������� ����� �� �

����� ��� ��� ���� ������ ���� ��� ���� ��� ����� ���� �����

������ ���� ��� �������"

���

3��� ����� ��� ��� �� ������������

+�� ��$��� ��������� �������� �� ��������� ��������� ������ �� ���

���� �� ��� 2����� �� ��� ������" 1� ������ ��� ��������� �������

������� ����� �� ���� �����" #��������� � ��������� ������� �� ���

��$��� �������� �� � �������� ��2��������"

��'��

(���� ����� 4"��� ����������

#�� /��� ���� ������ �������� ���� ��$��� ���� �� ��� ����������� ��

������%�� ���� $���� ����������" #�� ������� ������ ���� ��$��� ���

������ �� 2���� �0���� �� ������ ��� ������ ������" &����� ����� �� ��

���2�� �������$ ��� � ����� ����� �� �������� ���� ���� ��� ��

���� ������� ����" ������ �G����� ������ �� � ������ $������� �� ���

�� ��� ��������� �� ��� ����� � � �� ��� ���������" 5%����� ��� ������� $������� �� ��� �/������ �� ��� ����� ����� ��� �������� �� ����

� �� ����������� � ����� �� ���� ������.+

Page 355: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��������� ��� ��������� �� ������������ �� ���������� ������ ��

������� ��� ������ �� ���� ���� ����� ������ ��� ����� ����� �� ���

��� ��� ��������� �� �������� ���� ����" &������ �� �� ��� ������ ��$ ��

�������� 2������ ��� 2����� �� ��$��� ���������" &�� ������ �������

��� ���D (���� ��� �2��� �������* �� �� ���" ;������� ���� ����

�� �� �������� �� ��� �������� �� ����� ��������� ������" 1� �

����� ��� ���� ��� ��� �� ���� O��� ������K ����� �� ��� ���� ����

�������� ������� �� ��� ��.� �� ��� ���� � ��� ������ �������������"

#�� �������� ������ �� ���� ���� ���� �� �� ���� �� ��� ���������

�B4� �FA!" M���� �� �" ����� ��� ������� �������� <I-D �� ��� �� �77

�������3���� ������%�� �$�� ���� ��� ,D?" >���� �� �" ������ ���

&���� ������ ���� 77 �������3���� ������%�� ���� ��� ,D?" 1� ���

��� �� �� �� �� ��� ���� C43'7S �� ��� ���� ���� �� �� ������� ��

�������� (� �7+T ���D* ���� ��� ������ ���������" #��� ������ �����

���� ��� E�%������� �� ��� ���� ��������@ ��� ����� � ���� E�%���� ���

����� ��� ������ �� ��� ����� �� �������� ��� �������������� ������%"

#��� �� ��� ����������� ����� ��� ����� ���� ��� �� �� �� �%����� �����

�%���������� ���� ��� ������ �� ������� ���� �� ��� ����"

1� ���� ������� ��� ������� ��������� �� �$�� �� ��� ������% ������

�����" I�� �� �� $��� �� ��� ���� �� ��� ��� �������� ��� �������

�� ������ ������������ ������ �� �� � ����� /� ����� ����

������" I��������� ��� ������� �� ������� ���������� ���� ������ ���� ���

����� �� E�%������� �� ��� ����� ���� �� ��� �������" 1� ���� ������ ����

������� �� ����� �� ���� ������ ���������� ��������� ������

������� ���������� ��������.� ������� ���� �� ���������� �� ��� ���

������� ������%� ���� �G����� �����" + ���� ����� ���� �� ���

��E����� �� ������� E�%������� ����� ��� ��$��� ������� ,�IP-5+D� ��

�� ���� �� ��47!"

&������ �� ������� ��� ����� ����� ������� ������ �G����� ���

������ ��� ������� ���� ��$���" :���� �� �" ��4�! ������ ������� ���

������ (<+* ���� ����� 6��� (�6* � �������� D������ ����������

(�D*" #��� ������� ��� <+ ���$� ���� ������ ����� ������ �� ������

��������� ����� �D ����� ���� ������ ����������" 8����� �� �"

��4 ! ������ ���� ��������� ����� ���������@ ������� ��������� �

����������� ������� ������� ������� � ��� �����" #���� ������

����� ��� ��� ������� �������� /�� ��� ��������� ���� ������ ������

��� ��� ��� ����� ����� ��������� ������ �� ��� �����������������

������� ������%��"

#�� ������� ������ ���� �����/� ����� ���� �������� �� ���

������� �� ��� ������� ���� ��� ���������� �������$" #�� �������

�������� ��� �� ������� ��������� �������� ���� ��������� ���

���� ������ ��� ������� ��� ������� ����� ����� �� ������� ��� ������

������.���� ������2�� �� /%�" #��������� ��� ���������� ����� �� ���

����� � ������ �������� ��� �� ����� � ������.���� �����"

��� �������� � ������ ��� ��������� �� �.�

Page 356: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��'�#

3��� ��� ���� ��� �������

���� �������3���� ��$��� ������� �� ������ ����������" &����� ���

������� �������� �� ����� ���� �%��������� �" ������ ��� ���������

�� ������ ���� ��$����� $������� ���� �������3���� ������%��"

#��������� ������ ������� ��� ������ �� ���� ��� �� �%����� �� ���

������� ���� ���������� �� �������� ��� �������� ��� ���������� �� ���

�������" #������ ���� ��� �� �%����� �� ������ �� ���� ��������� ��

��� ����� ��� �� �� ����$��� ��� ���������� ���� ���� �� ��� ������%��

�� E��� ���� ��� ������� ����������"

,��������� ����� ���� ��������� �� �0���� ��$ � ��2����� ���

��������� �� ��� �������� ���� �������� � ��� �%��������� ��������� ���

������� ��� ����" &�� �������3������� ��$���� ���� ��������� �� ���

������% ������� #5� � � ������ � ��� ��������� ?-1, �� ��������

�� C ��������� ������" +�� ������ ���� ��� �� ������� ��� ������� ���

���% ������ +T ���D ��4)!"

1� 6+�, 11 (6������ +��������� �� ������ �� ,������ ��������� ,����

����@ ���� 11*� ��� ��������� ������� �� �������3���� ��$��� ��

�������� ��4F!" ������ ������ ��������� � �������� �� �� �����

����� ��� ���� �� ��� ����� �������3���� ������%�� (��� ��443�4B! ���

�������*" &�� ��� ������ ��� )D ��������� �� ��� ������� � ��� D �����

���� �� ��� ���� �� ����� �� ��� ����������" +�� ������%�� ���� ��

�������� ������ ��� ���������� �����"

#�� ������� ���� ��� ������ �������� ��$��� �� ����� ����������

�������" +������� ���������� ������ )+T ���� �� ��� ����� �� ������

� ������ +T ��� ���� ��� ��� �� ��� ����� ����� �� �� ����� ���������

������ ��� ������� � ������������ ������� ������� �������3���� ���

���% ����������" D�%�� ��4F! �������� ���� ����� ��� ����� ��������� ����

����� ���� ��� ��� ��$� �������� ����� �� ��� �� ������ ���� ���

��� � ������� ������� ���������"

��'�'

-�������� ����� �������� ��������

#�� ��� ��������� �� �������� ��$��� ������� �� ��� ������ ���������

�� ������� ����� ��� �������� �� ���������" #������ ��$��� ����

��� ������ ���� ������� �� 2���� �0���� � ���� ��� ����� ������

��������� ������� ���� �������� ��$��� �������" ����� ������� �� �����

������� �� ������ ��� ������� ������� �� ��� ����� ��������� �%����

����� ������� �� ��� ������ ��������� ������� �� ��� ��������" ,��

�������� �������� ��� ��� ��$��� ������� ��� ������������ ���

����� �������� ���� ��� ������� ��������� ���� ��� ��� ��� (��� ������

�� ����� ��������� ���� �� ��� ������ �� ������� ���������* �� ��

� �� ����������� � ����� �� ���� ������.$

Page 357: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�������" ;������� ��� ������ �� ����� ��������� ������ ��� ����� �

��� ������ ��� ������������ �� ����� ��$���� ���� ���� �%�������� ���� ���

����������� (��� ������ �� ������ �� ��� ������� ������* �� �� ������

��� ����������� (��� ������ �� ������� ������ ���� ������� �� ��� ������ ��

����� �� ��� ����* �����"

+ ������ ������ ��� �������� ������ ��� ������������ ��������

�� ��� ���������� ����� ����� �� ��� ��� ��� �� ��� ����� ���� ��

��� ���� ��� ��� (����� �� ��� ���� ������ �� ����� ��������� ����

�� ��� ��.� �� ��� � ���*" #�� ���������� ����� ����� ��� ���� ���

����� �������� ��� ��������� ������ ������ �� ���� ���������"

���� ��� ��� ��������� ��� ���������� ������ ��� �� �� $��� ��� ����

������ �� ����� ��������� ����� �� ���� �� ������ �� ���� ���������

�"�"� ��� ����� ���� �%���� ��� $���� ������ �� ����� �� �� �������"

1� ��� ���������� ������ �� ����� ��������� �G����� ����� �� ����

����� ������ �� ������.�"

?��$�� �� �" ��4A! ������� ������� ���� ��� ���� ��� ��������

��$��� ���� �+�DI6>" #�� ����� �� ��� �� ������� ������� ����

���� ���������� � �� ��� ������� �� ���� ����" #�� ������ �����

�+�DI6> �� �������� ��� ��� �������� ����������" I�� �� ��� ���� ��

� ���� ���.������ ���� �������� ���� ��� ��� ������� ����� ��

�%����������� �����" #�� ��������� ������� ��� ��� ������% �� ��

�������� ���� ��� �������������� ��������� �������� �������"

�������� �� �" �))! �������� � �%������� �� ��� DI6> ������� ��������

�$��� �������� �G���� ���� ������" 1� ���� �� ���� ��� ��������� ������

��� ��� �� ��� +6D ���� ���� �47 777 ��������� �� �������� ��� �����

�G����� ������ ����� ��� ���� ��� ����� �� DI6>" >���� �� �" ��FA!

����� &��%� ��� ��������� ���� ��� �� ���� 447 ��������� ����� ��

������ ���� $���� ������� ����������" #�� ��������� � ��� �� ���

�� �� ��%��� ����� �� 77 �%����������� ����� �������3���� ���

���%�� ���� ��� ����� ��������� ������� ���� ��� 6�D (6������

��������� D����* �C'!" >������ � 8����� ��C7! �������� ���������

��������� �� DI6> ��� �������� ���������� � ������������ �������"

#�� ������� ���������� ��� �������� �� ���� �777 ���������" �����

������� ���������� �� ������ ��� �� ���������� ���������� ������

���� �� �������" #��� ������� ��� ��$��� �� �G������ �� ������������

� ����� ������� ��� ������ ���� ��� ��� �� ���������� ������� ����

������ � ������ ��������"

+ ������������� ���� �� �G����� ������� ��������� �� ����������

���� ��$��� �� �������� �������� �� 6������� �� �" ��C�!" 1� ��� ����

�) �G����� ������� ��������� �� ���������� ���� ��� ��$��� ���������

���� ����� �� ���� ��������" #�� ���� �� ����� ���� $����

���������� ��� ����� �G����� ������ ��%� ���� �7 777 ���� ���������

������ ��� ��$����� /����" &�� ��� ��������� ��� �� ���������� ��

������� � ��$� ���� DI6> � � �� ����� ������� ������� ���

����� ���� <+�?-5�" #�� ������ ��������� ��� ��� ������ �� ����

��� �������� � ������ ��� ��������� �� �.�

Page 358: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

���� ���� �������� �� ��� ������� �������� ��� � ��� ����� �� ���

������ �������� ���� ���� ����������" +� �����2������ ���������

������� ����� �� ������� ������� ������ ���������� ��� ��� ���

���� ���������"

��'�(

������� �� ������������� ���������

+� �� ��� ��� �� ���� ���������� ��� �%��������� ������� �� �����

������ ��$��� ������ �� �0���� �� ������� � ��������� ����� ����"

#�� ��� ����� �� ��� ��$ �� �������� ������ � �� ������ 0������

��� ����������� �������� �� �������� ���� $���� )D ���������"

>��$ �� �" �� F! ����� ��� �� ���� ����� ������ ?J1-D5� �� 4! ��

����������� ������ �� ��� ����� �� ������� ������ ��� 6������� D"

?J1-D5� �� ������� ��� �� ���� ����� ������ ����� �� ��� ��$

��� ������� DI6> ������� ����" #�� ������ �� ��� �� ������

������� � ������ ��� ����� ��G�� ������� �� ��� ����� ���� �� 6�������

D" #�� ����� ������� ������ �� ��������.� � �����" 6�������� )7

�������� ���������� 6������� D �� ��� ������� ����� ��� �����

������� ��� ��� ��� �� ����� �� '"4 ������ �� ������ ������" #��

��� ������ �� ��� ���� �� ������ 6����DI6> �� !"

+ ���2������ ��� ����� ������� ��� �������� ��$��� ��������� ��

�������� ���� �������� �� ��� �����������" ?�N�� �� �" �� C! �%����

������� ������ ����� ������� ���� ������ ����������� ������ ��

-JD1" #��� ����� ��� /�� �� ��� ������� �������� �%����� ������

0������ �� ��� ������� ����" 6E���� �� '! � ����� �� �! ���

���� � �������� ��� ����������� ����� ����������� ��$��� � �

���� ����� �6�� 66-D � ,�IP�5-56#" #��� ����� ��� ����� ����

���� $���� ������ ������� �� �����"

1� ���� �� ������ &���� �� )!� �� ��� ����� �G����� � ���� ���

�������� � D;&� ��� ����� �%��������� ������ � �� ������

(��������@ ��C � �C)!� D;&�@ ��CF!*" ��������� �� ��� D;&� � ��� ����

���� ������� ����� ���� ��� �� ���������� ������� ������� � �%����

����� ������ 0���� �� ����" &�� ��� /��� �������� � ���� ������

���� �� 7"C �� ������" &�� ��� ����� �������� � ���� �������� ����

���� ������ 0���� �� $���� ����� ���� �� �����/� � ���� ��$"

��.

%�������� ������ �� ��������

1� ��� �������� ��������� ��� ��������� ��� �������� ��$��� � �����

���������� �� �%���� � ���� �������" 1� ������� ����������

� �� ����������� � ����� �� ���� ������..

Page 359: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

�������� ������ ������ ������ ����" ,�� � ���� ���������� ����� ��

�������� �� ��� ����� � ������ � � ��$��� �������� ���� �

�������� ��� ��� ��������� ������� �� �� �� ������"

��(��

��������� ����� ���

#�������� ��� ����� � ���� �� ������� ��$��� ��������� �� ��� ��

��� ��������� ����� ���� ��� ������������� ����� �� ��������" #��

�������� �� ����������� �G����� ��� ��� ������� � ��� ���� ��������"

+�� ������� ��������� �������� �� ���� ���� ������ ������� ����������

��� ����� �������� ����� �������� ���� ������� �� ���� ��������� ��

�������" #��������� ���� ������������ ����� ������� ������������� ��

�� G��� ����� ������� ����� �� ���� ��� ��� ���� ���������"

#�� ���� ������ ������� ����� ��� ��� ������� �� ��� )D ��������� ��

,D? ��C4! ����� ��������� ��������� ��� �� ���� ����" +������

���������� �������� ��� ���� ��$��� ������� �� ��� ������� �� ���

����� ���� � ��� ���������� ����� �� ���� ����� � �� ���� ���� ���

������� �� ��� ������� ����" 1� ������ ���������� ��$� �������

�������� �� ������������ �� ���� �� ��� ����� ��� �� �� �������"

+������� ������� ����� �� ������ ��� ���� �� ����� ������ ������

����� �������� ����� �� �������� ����� ��� �%�� �/������ �� ��� ���

���� ��������� �� ���� �G��� �� ��� ��$��� �������" I����� ��� ����

������ �� ��� ����� ������� �� $���� �� �� �� ����� ���� ���� $����

����� ��������� �� � ������� ���� �� ��� ������� ����� ����"

#�� ���� ��������� �� �$�� ���� ������� ����� ��������

��������� ���� ��������� ������� �� ��� ������� ���������" 1� ���� ��

��� ���� �� ��$��� ���������� )D ���������� �� ��� ��������� ��� ��

�������" &�� ���� ����� ���� �������� ����� ��$� 6����� ��CC! �� 6���� �CB�

CA! �%���" 1� ������ ��� ������.���� � ���������� � ���� � ���

����� ��� �� �� ��������" #�������� ���� ��$ �� �������� �� ������ ��

�����2������ �%����� ���� ��� �������" 1� ����� �� ���� ��� �� �� ���

������%��� �� ���� ��$� ��� ��������� ���������� �� ��� ���� �� ������ �� ���

��������� �� ��� � ��� �����" #�� ��$��� ������� ����� ���������

���� � ������ � �������� �� ���� ����������"

��(�#

�����5��� ������ �������

#�� ������ �� ��$��� ������ �� ���� �� ������% ���������� � � ��

����� ��� ��� ������ 0����� ��� ������ ��� ��� ����" 1� ��� ����������

����� �� ������� �%����� � ������ ������.���� �� �� ��� ��� �

������ ��/������" ���� ��$��� ������� �� ��� �� ������� ���

�� � ������ � ����� �� ������� �.�

Page 360: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW

��������� ���� � ��������� ��� �� �� ������� ����� ���� �������

������� ������� � ���� ����" #�� ������.���� ������ ����� ���

���� �� ����������� ��$��� ��������� � ����� ��� ������% ���� ���

������� ���� �������"

+� ���� ������� �� ������� '" "4� ��������� ��� ������ 0���� ��

���� ������% ��$" #�� ������ ������� �� ��$��� ������� �����

��������� �� ���� ���� � ���� ���� ������" D������� �� ��� ������

�� ���� ���������� �G����� ������2��� �� �� ��� ��� ���������" 1� ����

��� ���������� �� �� ��������� ���� ��������� ������ ��$� ���� ������

����������� �� �� ����� �� ��� ���� ����� ���� �� �G������� ��

������ ������ ������� ��������� ����� ��C'!" 1� ���� ����������

�������� ��� ������ �� ����� �� �� �������� �� ��� ���� ��� ����� ����

��2���" I�� ������ �� �������� ��� ���������� �� ������ ������� ����

����� �� ��������� ������� ��C�!" D������� �� ��� ��������� ����������

������ ��� $���� ��� �� ������ ������� �������� �� ���������� ��

��������� �� �� ������ ��� ��������� /�� ��$��� ��� ��������� ����

��$���� ������ 0����"

��(�'

)&������ �&� ���&� ������ ����

1� ������� '"�" � ��� ���� ���2���� ��$��� �������� ��������� �� ���

����� �������� ��� ���� ��������" ����� ������ �� ��$��� ���������

��� ���� �������� ��� 2������� ����� ����� �������� �� ������� ��

���� ������ ��� ��� ������� ��������"

1� ���� ���� ��� �� ����� ����� �� ��$�� ��� �� ������ ���� ���

���� �������� �� ������ ����� ���� ��� ��������� ���� �� ���� �����

�����" #�� ���� ��������� �������� �� ������� ��� ����� ������

��������� ���� �0����� ����� ������2�� �� /��� ���� ���� ���� �%��

������� � ������.���� ������2�� �� ��� ����� ����" #�� /��� ���� ��

�� ��������� ����� �� �������� ��� ������� ������ ��� ��������

����" #�� ����� ���� ���� ����� �� /� ��� ���� ����� � ������

���� � ������� � ��������"

1� ��� ��� �� ����� ��������� ����G ������� ������ � ���������

���� �� �� �� ��" ���� ��� ��$��� ����� �� ���� �0������ ��� ����

�� ���� �� ��� �� ��� ����� �� �������� ��� ���� ���� ������ �� ���

������ ������������" 1� ���� �� ��� ��� ���� ��� ����� �� ������� ���� ��

�� ������� ������������ �� ��� ����" 1� ��� ���2���� ��� ��� ��� �����

�� E�%���� (���� ���� ��� /�� ������� ����*� ���� ������ ������

������ E�%������� ����� ��$��� ���� �� ���" J���� ���� ��� ���� �

���/���� �� ��� ������� ����" + ��� ���/���� �� ��� ���� ������� ���

��������� �� ��� ������ �� ���� ������" #�� ���� �������� ��� �� �� ����

���������� ����� �� ��������� ������ ��� /���� ���� �� ���.� �� ����

���� �� ��� �����2���� ��������� ����" + ���� ��� ��$��� ���� �������

� �� ����������� � ����� �� ���� ������.

Page 361: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 362: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 363: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 364: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 365: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 366: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 367: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 368: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 369: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 370: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 371: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 372: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 373: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 374: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 375: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 376: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 377: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 378: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 379: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 380: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 381: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 382: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 383: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 384: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 385: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 386: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 387: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 388: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 389: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 390: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 391: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 392: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 393: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 394: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 395: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 396: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 397: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 398: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 399: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 400: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 401: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 402: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 403: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 404: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 405: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 406: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 407: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 408: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 409: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 410: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 411: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 412: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 413: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 414: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 415: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 416: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 417: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 418: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 419: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 420: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 421: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 422: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 423: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 424: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 425: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 426: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 427: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 428: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 429: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 430: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 431: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 432: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 433: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 434: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 435: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 436: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 437: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 438: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 439: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 440: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 441: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 442: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 443: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 444: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 445: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 446: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 447: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 448: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 449: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 450: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 451: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 452: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 453: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 454: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 455: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 456: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 457: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 458: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 459: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 460: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 461: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 462: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 463: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 464: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 465: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 466: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 467: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 468: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 469: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 470: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 471: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 472: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 473: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 474: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 475: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 476: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 477: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 478: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 479: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 480: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 481: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 482: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 483: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 484: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 485: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 486: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 487: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 488: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 489: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 490: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 491: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 492: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 493: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 494: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 495: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 496: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 497: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 498: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 499: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 500: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 501: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 502: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 503: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 504: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 505: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 506: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 507: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 508: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 509: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 510: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 511: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 512: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 513: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 514: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 515: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 516: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 517: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 518: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 519: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 520: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 521: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 522: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 523: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 524: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 525: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 526: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 527: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 528: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 529: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 530: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 531: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 532: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 533: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 534: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 535: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 536: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 537: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 538: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 539: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 540: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 541: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 542: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 543: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 544: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 545: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 546: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 547: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 548: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 549: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 550: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 551: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 552: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 553: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 554: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 555: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 556: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 557: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 558: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 559: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 560: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 561: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 562: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 563: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 564: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 565: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 566: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 567: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 568: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 569: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 570: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 571: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 572: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 573: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 574: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 575: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 576: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 577: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 578: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 579: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 580: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 581: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 582: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 583: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 584: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 585: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 586: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 587: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 588: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 589: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 590: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 591: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 592: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 593: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 594: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 595: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 596: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 597: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 598: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 599: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 600: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 601: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 602: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 603: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 604: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 605: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 606: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 607: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 608: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 609: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 610: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 611: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 612: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 613: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 614: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 615: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 616: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 617: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 618: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 619: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 620: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 621: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 622: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 623: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 624: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 625: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 626: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 627: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 628: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 629: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 630: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 631: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 632: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 633: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 634: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 635: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 636: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 637: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 638: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 639: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW
Page 640: Bioinformatics - From Genomes to Drugs [Vols 1 and 2] - T. Langauer (Wiley, 2002) WW