BIOKEMIJA – KOLOKVIJ, 22.12.2006

1. Kaj velja za agarozno elektroforezo nukleinskih kislin?a) Večje molekule potujejo hitrejše kot manjšeb) DNA se denaturirac) Nukleinske kisline detektiramo z bromfenolmodrimd) RNA na gelu ne moremo detektiratie) Molekule določenega plazmida se lahko ločijo v več črt

2. Obkroži pravilno trditev!a) Pri liofilizaciji uporabljamo celofansko membrano v obliki črevesab) Dodatek suhega dekstrana v obliki kroglic povzroči dializoc) Vakuumska črpalka povzroči ultrafiltracijod) Lizocim homogenizira bakterijee) Pri homogeniziaciji izhodnega materiala potrebujemo membrano z določeno velikostjo por

3. *Kateri trditvi sta napačni?a) Km je enaka polovici maksimalne hitrostib) Km se izračuna iz presečišča Eadie-Hofsteejevega grafa z y osjoc) Nizka vrednost Km predstavlja veliko afiniteto encima do substratad) Km je definirana kot koncentracija substrata, pri kateri je začetna hitrost reakcije enaka polovici maksimalne hitrostie) Na Km ne vpliva koncentracija encima

4. Kaj velja za dvoverižno DNA?a) Med adeninom ni gvaninom sta dve vodikovi vezib) Število pirimidinskih baz je enako številu deoksiribozc) Število citozinov in timinov je enakod) Med gvaninom in citozinom so tri vodikove vezie) Deoksiriboza je hkrati vezana na fosfat in dve organski bazi

5. Katera od naslednjih trditev je pravilna?a) α-heliks stabilizirajo vodikove vezi, ki ležijo vzporedno z osjo vijačniceb) Stabilnost terciarne strukture je v glavnem posledica kovalentnih vezi med podenotamic) Informacija za pravilno zvitje proteina je zapisana v kvartarni strukturid) β-struktura je stabilizirana z vodikovimi vezmi sosednjih aminokislin

6. *Absorbanci pri 280nm dveh vzorcev sta enaki to pomeni, da je:a) v obeh vzorcih enako število proteinovb) koncentracija čistega proteina v obeh vzorcih enaka, če imata proteina enako relativno molekulsko masoc) koncentracija čistega proteina v obeh vzorcih enakad) v vzorcu z višjo koncentracijo proteinov razmerje med aromatskimi in ostalimi aminokislinami manjšee) v vzorcu z višjo koncentracijo proteinov prisotne še nekaj DNA

7. *Pri danih reakcijskih pogojih imata encima A in B enako maksimalno hitrost, Km pa ima encim A dvakrat večjo kot encim B. Obkroži pravilni trditvi!a) Encim A ima dvakrat večjo afiniteto do substrata kot encim Bb) Pri encimu A je koncentracija substrata dvakrat večja kot pri encimu B, ko imata oba zapolnjenih polovico aktivnih mestc) Encima imata enako afiniteto do substratad) Pri dani koncentraciji substrata bo začetna hitrost za encim A večja kot za encim Be) Pri dani koncentraciji substrata bo začetna hitrost za encim A manjša kot za encim B

8. S katerim postopkom smo med izolacijo kromosomske DNA iz jeder prekinili interakcije med DNA in histoni?a) suspendiranje odmrznjenih jeder v 15mM citratnem pufrub) centrifugiranje 5 minut pri 5000 obr./minc) suspendiranje usedline v 2M NaCld) ekstrakcija v mešanici kloroform/izoamilni alkohole) dodatek 40ml ledenomrzlega etanola

9. *Kako bi iz zmesi proteinov (pI(A)=3.0, pI(B)=6.1, pI(C)=8.7) z ionsko izmenjevalno kromatografijo ločili protein C od ostalih dveh? Uporabili bi:a) kationski izmenjevalec, pH 8.7b) anionski izmenjevalec, pH 11.7c) kationski izmenjevalec, pH 7.0d) anionski izmenjevalec, pH 4.5e) kationski izmenjevalec, pH 4.0

10. Po obarjanju z (NH4)2SO4 bi radi proteine najprej očistili z ionsko kromatografijo. Česa pred tem ne smemo storiti?a) vzorec dializirati proti pufru s katerim je ekvilibrirana kolonab) uravnati ustrezen pH za ionsko kromatografijoc) kolono ekvilibrirati s pufrom s čim večjo ionsko močjod) določiti encimsko aktivnoste) narediti elektroforezo v prisotnosti NaDS

11. Imamo zmes proteinov z naslednjimi lastnostmi:protein Mr pIpepsin 78000 1heksokinaza 150000 5,7mioglobin 38000 6,8lizocim 33000 11,0

V kakšnem vrstnem redu se proteini sperejo s QAE-celulozne kolone pri pH 7,0?a) lizocim, mioglobin, heksokinaza, pepsinb) pepsin, heksokinaza, mioglobin, lizocimc) mioglobin, heksokinaza, pepsin, lizocimd) heksokinaza, lizocim, mioglobin, pepsine) lizocim, heksokinaza, mioglobin, pepsin

12. Katere od naštetih reakcij stabilizirajo primarno strukturo?a) hidrofobneb) ionskec) kovalentned) vodikovee) van der Waalsove

13. Pri gelski kromatografiji vzorca dobimo dva elucijska vrhova, pri PAGE v prisotnosti NaDS tega vzorca pa vidimo tri lise. Kaj lahko sklepamo o proteinskem vzorcu?a) Imamo en protein iz treh polipeptidnih verig, pri čemer sta dve povezani z disulfidnimi vezmib) Imamo en protein iz treh polipeptidnih verig brez disulfidnih verigc) Imamo dva proteina pri čemer je eden sestavljen iz dveh polipeptidnih verigd) Imamo dva proteina pri čemer ima eden dve polipeptidni verigi povezani z disulfidnimi vezmie) Pri nativni elektroforezi bi dobili najmanj tri lise

14. *Imamo mešanico dveh proteinov. Protein A je sestavljen iz treh podenot (vsaka z relativno molekulsko maso 40000), izoelektrična točka je 10.3, stabilen pa je pri pH 7-9. Protein B ima štiri podenote, Mr vsake je 30000. Izoelektrična točka proteina B je 8.3, stabilen je pri pH 4-7.5. Za ločbo lahko uporabimo:a) gelsko izključitveno kromatografijob) kationsko izmenjevalno kromatografijo pri pH 7-7.5c) anionsko izmenjevalno kromatografijo pri pH 7-7.5d) afinitetno kromatografijo z ligandom za podenoto z Mr 40000e) preparativno izoelektrično fokusiranje pri gradientu pH 8-11

15. Dopolni tabelo!encim katepsin B katepsin D

hemoglobinβnaftilamin

inhibitorFolinov reagent

16. Hitrost encimsko katalizirane reakcij je bila izmerjena pri različnih koncentracijah substrata. Kolikšna je Km?

[S] Vo0.025 mM 1.0 µmol/Lmin0.05 mM 1.7 µmol/Lmin 0.1 mM 2.5 µmol/Lmin 0.2 mM 5.0 µmol/Lmin 0.5 mM 5.0 µmol/Lmin

a) 0.025Mb) 0.05 mMc) 0.1 mMd) 0.2 Me) 0.1 M

17. Iz velike količine oborine pri encimskem testu na hemoglobin (Ansonovem testu) lahko sklepaš na:a) premajhno količino substratab) premajhno količino dodane trikloroocetne kislinec) majhno aktivnost encimad) veliko količino peptidov in aminokislin v filtratue) visoko absorbanco po dodatku Fast Garneta

18. Poveži!

epitop celica imunskega sistemalimfocit diagnostična metodapoliklonska protitelesa detekcija proteinovprenos western del antigenaELISA prepoznajo različne epitope

19. Obkroži nepravilno trditev o topnosti proteinaa) Protein je najmanj topen v njegovi izoelektrični točkib) Naraščajoča koncentracija amonijevega sulfata lahko obori protein z zmanjšanjem molekul vode za hidratacijoc) Navadno pri nizkih ionskih močeh z naraščanjem ionske moči topnost proteina padad) Dodatek organskega topila poveča elektrostatske privlačne sile zaradi zmanjšanja dielektrične konstante topila

20. V plazmid (3000 bp) smo preko restrikcijskih mest EcoRI vstavili insert velik 750 bp. Po transformaciji bakterijskih celic smo iz ene kolonije izolirali plazmidno DNA in naredili restrikcijo z BamHI. Plazmid nima restrikcijskega mesta za encim BamHI, insert pa ga ima. Nariši shemo rekombinantnega plazmida z restrikcijskimi mesti za EcoRI in BamHI ter opiši in nariši, kaj bi videl na sliki agarozne elektroforeze po restrikciji z BamHI!