chapter 36: clinical microbiology
DESCRIPTION
Chapter 36: Clinical microbiology. Näytteenotto. Pumpulituppo, kurkku Neula, veri Putki, ohut-/paksusuoli Ulostenäytteet Virtsanäytteet. Nielunäyte. pumpulituppo. Veri-/selkäydinäyte. Tavallisesti, veri on steriiliä. Kolonoskopia/ sisätähystys (=endoskopia). paksusuoli. mahalaukku. - PowerPoint PPT PresentationTRANSCRIPT
Chapter 36: Clinical microbiology
Näytteenotto
• Pumpulituppo, kurkku
• Neula, veri
• Putki, ohut-/paksusuoli
• Ulostenäytteet
• Virtsanäytteet
Nielunäyte
pumpulituppo
Veri-/selkäydinäyte
• Tavallisesti, veri on steriiliä
Kolonoskopia/sisätähystys (=endoskopia)
paksusuoli
mahalaukku
Kolonoskopia/ sisätähystys
Uloste- ja virtsanäytteet
Mikrobiston eroavaisuuksia limakalvo/uloste
Anaerobinen kuljetus
Redoxindikatori
Säilytys• Viljely: +4°C, vähän aikaa
• Ulostenäytteet anaerobisesti
• Molekyylibiologiset tekniikat: -70°C, monta vuotta
Mikrobien identifiointi
• Virukset
• homeet/hiivat
• Bakteerit
• Riketsia, klamydia, mykoplasma
• Parasiitit
Virusten identifiointi
• Soluviljely
• Immunologiset tekniikat– Fluoresoivat merkkityt vasta-aineet– ELISA– Lateksi agglutinaatio
• Molekyylibiologiset tekniikat– PCR
Virusten identifiointi
ELISA
Virusten identifiointiLateksi agglutinaatio
Virus
Virus
Virus Virus
Virus
Virus Virus
Virus
Sieni/hiiva identifiointi
• Morfologia
• Biokemialliset ominaisuudet
• Calcofluor valkoinen värjäys (kiinnittyy kitiiniin)
Parasiittien identifiointi
• Suoraan näytteestä (mikroskopointi)
• Immunologiset testit
Plasmodium vivax (malaria)Nematodit
Bakteerien identifiointi
• Selektiiviset mediumit:– vain yksi bakteeriryhmä kasvaa, muuiden
bakteerien kasvu estynyt
Gram -
Gram - Gram +
Gram +
Bakteerien identifiointi
• Differentiaaliset mediumit
PseudomonasaeruginosaEscherichia coli
MacConkey agar (selektiivinen ja differentiaalinen)
Bakteerien identifiointi
• Rikastus liuos– Jos näyte sisältää vähän bakteereja (veri,
selkäydinneste, jne.).
• Bakteerien näytteenotto– selektiiviset agarit– differentiaaliset agarit
Gram värjäys
Gram - Gram +
Bakteerien identifiointi biokemiset testit
Hiilihydraattifermentaattio
+ -
Happo - + + - +Kaasu - - + - +
Glukoosi
Katalaasitesti
H2O2katalaasi
O2 + H2O
Oksidaasitesti Sytokromioksidaasin läsnäolo aeroobeja
Liikkuvuustesti
pehmeäagari
Koagulaasi- ja gelatinaasitesti
Gelatinaasitesti
-
+
+
verihyytymä
Koagulaasi-testi
Ureaasitesti
Urea ureaasiCO2 + 2NH3
Kittitesti
Riketsia, klamydia, mykoplasma
• Riketsia: immunologiset testit (ELISA)
• Klamydia: Giemsa värjäys
• Mykoplasma: vasta-aine titteri
inclusion body
Testit ilman viljelyä
• Immunologiset testit
• DNA hybridisaatio
• Plasmidi sormenjälki
• 16S rRNA sekvenssi
• PCR
Immunologiset testit
Staphaurex (lateksitesti)
Bactigen
DNA hybridisaatioTuntematon DNA DNA probi
hybridisaatio
substraati
väri
Plasmidi sormenjälki
16S rRNA sekvenssi
AVAINSANAT (1)
• Näytteenotto
• Näytteensäilytys
• Virusten identifiointi: immunologiset tekniikat
• Sieni/hiiva identifiointi: Calcofluorvärjäys
• Parasiittien identifiointi: immunologiset tekniikat
AVAINSANAT (2)• Bakteerien identifiointi:
– selektiiviset, differentaaliset mediumit, Gram väräys
• Biokemiset testit:– hiilihydraattifermentaatio, katalaasi-,
oksidaasi-, liikkuvuus-, koagulaasi-, gelatinaasi-, ureaasitesti
• Viljetön testit– Immunologiset testit, DNA
hybridisaatio, Plasmidi sormenjälki, 16S rRNA sekvenssi, PCR