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Swiss-Prot Brasil:Estado da arte e perspectivas
futuras
Claudia B. Monteiro-VitorelloSwiss-Prot/LABINFO/LNCC
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Ministry of Science and Technology (MCT)
The National Council for Scientific and Technological Development (CNPq) - foundation linked to MCT, to support Brazilian research.
National Laboratory of Scientific Computation (LNCC)National Laboratory of Scientific Computation (LNCC)
Petrópolis, Rio de Janeiro
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• Swiss-Prot + LNCC
• Started August 1st, 2004
• 4 annotators:
• Claudia B. Monteiro-Vitorello• Marisa Fabiana Nicolas• Luciane Prioli Ciapina• Luiz Fernando Zuleta
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The Human Proteomics Iniciative
The Plant Proteome Annotation Project
Toxin Annotation Project
The HAMAP Project
The Fungal Annotation Project
The Virus Annotation Project
Swiss-Prot Projects
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HAMAP Annotation of complete microbial proteomes in the
Swiss-Prot Protein Knowledge Database
HHigh-quality
AAutomated and
MManual
AAnnotation of Microbial
PProteomes
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•Annotation of proteins involved in virulence/pathogenicity and host adaptation of pathogenic bacteria.
• Staphylococcus aureus
Swiss-Prot Brazil
Virulence factor genes
spa
protein A
fnbB
hemolysin
fibronectin-binding protein
Collagen adhesinAntigens
hla, hld, hlg
Enzymes
cna
GLOBAL REGULATION OF GLOBAL REGULATION OF Staphylococcus aureusStaphylococcus aureus VIRULENCE FACTORS VIRULENCE FACTORS
serine - cysteine protease
sspA, sspBlipase
lip nuclease
nuc
sarH1 lytS-lytR
sar locusmgrAsaeS-saeRarlS-arlRrot
arg locusP2
P3
RNA III
RNA III
Cell membrane
P1P3P2
sarR
sarAsarCsarB
clfA,cflB
clumping factor
B D C A
R S
mgrAarlS-arlRrot
sar locus
lytS-lytR
?
Staphostatin B
sspCToxins
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isb-sib.ch
lncc.br
annotatorsSIB, EBI
LNCC
CLAUDIA MARISA LUCIANELUIZ
Amos
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http://br.expasy.org
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Perspectivas futuras:
Plasmodium falciparum LeishmaniaTrypanosoma Theileria
Anotação de proteínas de protozoários patogênicos:
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Tritryps
Dra. Angela Cruz – USP/Riberão Preto
Dr. Samuel Goldenberg – Instituto de Biologia Molecular do Paraná, FIOCRUZ.
Theileria
Dr. Trushar Shah - The International Livestock Research Institute (ILRI), Kenya.
Swiss-Prot
Anotação de proteinas de protozoários patogênicos
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http://www.labinfo.lncc.br