From Sequence to Structure

Sources on Web

生物資訊內涵

Gene , Protein

序列 , 結構 , 功能

比對 , 預測 , 分類 , 關聯 , 註解…

基因碼Genetic Code

In form of codon, Left-Top-Right

T C A G

T

Phe

Ser

Tyr Cys TC

Leu TerTer A

Trp G

C Leu ProHis

ArgTC

Gln AG

AIle

ThrAsn Ser T

C

Lys ArgA

Met G

G Val AlaAsp

GlyTC

Glu AG

http://www.cmbi.kun.nl/swift/future/aainfo/gencode.html

Codon Three bases in a DNA or RNA sequence which specify a single amino acid.

生物資訊網路資源SSequence RRetrieve SSystem

http://microbiology.scu.edu.tw/wong/courses/inform/site05.htm

http://www.ebi.ac.uk/

歐洲生物資訊研究所 歐洲生物資訊研究所 The European Bioimformatics InstituteThe European Bioimformatics Institute

生物資訊網路資源資料庫分類資料庫分類

主要序列儲存基因體資料庫蛋白質資料庫結構資料庫分子間作用資料庫突變資料庫文獻資料庫

生物資訊網路資源基因資料庫基因資料庫

GDB genome database http://gdbwww.gdb.org/

Genbank NIH genetic sequence http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/

Genomenet http://www.genome.jp/

DNA DNA 資料庫資料庫EMBL nucleic acid database http://www.ebi.ac.uk/embl/index.html

NDB nucleic acid database http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/

RNA RNA 資料庫資料庫RDP rRNA sequences http://rdp.cme.msu.edu/html/

生物資訊網路資源蛋白質資料庫蛋白質資料庫

PIR protein Information resources http://pir.georgetown.edu

Swiss-Prot/TrEMBL curated protein sequence http://www.expasy.ch/sprot/

PDB protein data bank http://www.rcsb.org/pdb/

CATH protein structure classification

http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath

_new/

SCOP protein Structural classification

http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/

生物資訊網路資源教學資源教學資源

NEE-HOW, POST, 莊榮輝教授教學網業(臺大農化)核酸

DNA from the beginning - Cold Spring Harbor Laboratory, New York (USA)Structure of DNA - http://www.umass.edu/molvis/freichsman/NucAcids/Helix/hmenu.html

胺基酸Amino acid properties - University of California. Davis (USA)Amino acid information - European Molecular Biology Lab-Heidelberg (German)

蛇毒傳奇 - 清華大學 (Taiwan)

蛋白質Principles of Protein Structure Using the Iternet - Birkbeck College-London (UK)

生物資訊Using Internet Resources in Molecular Biology-San Diego Supercomputer center(USA)生命科學線上教學 - 清華大學生物資訊中心 (Taiwan)BioInfoFab - 陽明大學生物資訊中心 (Taiwan)

生物資訊網路資源

參考查詢資源參考查詢資源

HINT HINT - - 國家衛生研究院醫藥衛生研究資訊網 (Taiwan)

http://www.hint.org.tw/

Entrez(PubMed)Entrez(PubMed) – – National Center of biotechnology Information (USA)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed

http://avermitilis.ls.kitasato-u.ac.jp/

Streptomyces avermitilis is an industrial microorganism produced anthelmintic macrolide Avermectins.

序列分析與結構預測

核酸 蛋白質核酸序列

蛋白質序列

蛋白質性質

蛋白質結構

資料庫 :GenBank

工具 :Blast

基因比對

網站 : Expasy

工具 :MBS translator

基因轉譯核酸序列

蛋白質序列

蛋白質特性pI 質與分子量

網站 : Expasy

工具 :PI/MW compute

MGKIGIFFGTDSGNAEAIAEKISKAIGNAEVIDVAKASKDQFNSFTKVILVAPTAGAGDLQTDWEDFLGTLEASDFANKTIGLVGLGDQDTYSETFAEGIFHIYEKAKAGKVVGQTPTDGYHFEASKAVEGGKFVGLVIDEDNQDDLTDGRISKWVEQIKGSFA

AGILPVFYW

DENQRHSTKCM

MGKIGIFFGTDSGNAEAIAEKISKAIGNAEVIDVAKASKDQFNSFTKVILVAPTAGAGDLQTDWEDFLGTLEASDFANKTIGLVGLGDQDTYSETFAEGIFHIYEKAKAGKVVGQTPTDGYHFEASKAVEGGKFVGLVIDEDNQDDLTDGRISKWVEQIKGSFA

Hydrophobic

ALIVMW

MGKIGIFFGTDSGNAEAIAEKISKAIGNAEVIDVAKASKDQFNSFTKVILVAPTAGAGDLQTDWEDFLGTLEASDFANKTIGLVGLGDQDTYSETFAEGIFHIYEKAKAGKVVGQTPTDGYHFEASKAVEGGKFVGLVIDEDNQDDLTDGRISKWVEQIKGSFA

Positive

KHR

MGKIGIFFGTDSGNAEAIAEKISKAIGNAEVIDVAKASKDQFNSFTKVILVAPTAGAGDLQTDWEDFLGTLEASDFANKTIGLVGLGDQDTYSETFAEGIFHIYEKAKAGKVVGQTPTDGYHFEASKAVEGGKFVGLVIDEDNQDDLTDGRISKWVEQIKGSFA

Aromatic

FWY

一級結構分析胺基酸標示

網站 : Expasy

工具 : Colorseq

三級結構預測網站 : Expasy

工具 : 3D-PSSM

THE PAIRWISE RMSD BETWEEN THE STRUCTURES IS : 0.131181THE PAIRWISE RMSD BETWEEN THE STRUCTURES IS : 0.131181

1 : /pdb1czlA_0.tmp TEMPLATE1 : /pdb1czlA_0.tmp TEMPLATE

2 : /model_1.pdb SELECTED2 : /model_1.pdb SELECTED

待測蛋白質序列

資料庫蒐尋蛋白質序列比對

是否有

PDB 資料

yes

比對模擬

預測預測二級結構No

折疊辨認辨認

是否有

折疊資料二級結構比對比對

序列 - 結構比對比對 預測預測三級結構No

yes

3D 結構模型

http://www.bmm.icnet.uk/people/rob/CCP11BBS/flowchart2.html

序列結構蛋白質結構預測流程

蛋白質結構預測之方法

Homology modeling

Recognition fold

Ab-inition

生物資訊在生物技術之應用

電子鼻感測原件分子識別材料

Chemistry (The chinese Chem. Soc., Taipei)

June 2001 Vol. 59 No. 2 pp.235-243.