identifikasi gen chdz dan chdw berbasis bulu pada
TRANSCRIPT
SKRIPSI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus
undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
Oleh
NIM 060911255 YUSTISIANTI FITRIANI
FAKULTAS KEDOKTERAN HEWAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
SURABAYA 2014
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK
MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN
REACTION)
Skripsi
Sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Sarjana Kedokteran Hewan
pada
Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Airlangga
oleh
NIM 060911255
YUSTISIANTI FITRIANI
Menyetujui
Komisi Pembimbing,
Pembimbing Utama
(Prof. Dr. Fedik A. Rantam, drh.)
Pembimbing Serta
(Dr. Abdul Samik, drh., M.Si.)
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
PERNYATAAN
Dengan ini saya menyatakan bahwa dalam skripsi berjudul :
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK
MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN
REACTION) tidak terdapat karya yang pernah diajukan untuk memperoleh gelar kesarjanaan di
suatu perguruan tinggi dan sepanjang pengetahuan saya juga tidak terdapat karya
atau pendapat yang pernah ditulis atau diterbitkan oleh orang lain, kecuali yang
secara tertulis diacu dalam naskah ini dan disebutkan dalam daftar pustaka.
Surabaya, 13 Februari 2014
NIM. 060911255
Yustisianti Fitriani
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
Telah dinilai pada Seminar Hasil Penelitian
Tanggal : 3 Februari 2014
KOMISI PENILAI SEMINAR HASIL PENELITIAN
Ketua : Dr. Suwarno, drh., M. Si.
Sekretaris : Dr. Eduardus Bimo Aksono, drh., Mkes.
Anggota : Dr. Mustofa Helmi Efendi. DTAPH., drh.
Pembimbing Utama : Prof. Dr. Fedik. A. Rantam., drh.
Pembimbing Serta : Dr. Abdul Samik, drh., M.Si.
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
Telah diuji pada
Tanggal : 13 Februari 2014
KOMISI PENGUJI SKRIPSI
Ketua : Dr. Suwarno, drh., M. Si.
Anggota : Dr. Eduardus Bimo Aksono, drh., Mkes
Dr. Mustofa Helmi Efendi. DTAPH., drh.
Prof. Dr. Fedik. A. Rantam., drh.
Dr. Abdul Samik, drh., M.Si.
Surabaya, 13 Februari 2014
Fakultas Kedokteran Hewan
Universitas Airlangga
Dekan,
NIP. 19531216197806200 Prof. Hj. Romziah Sidik, drh., Ph.D.
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
CHDZ AND CHDW GENE IDENTIFICATION BASED ON PARAKEET (Melopsittacus undulatus) FEATHERS TO DETERMINE SEX BY PCR
(POLYMERASE CHAIN REACTION) METHOD
Yustisianti Fitriani
ABSTRACT
Sex Identification in parakeet (Melopsittacus undulatus) is very important to help conservation and breeding efforts in order to preserve and increased the population of parakeets. Especially in monomorphic bird, that was difficult to distinguish between male and female. Molecular-based technology approach with PCR (Polymerase Chain Reaction) method can be applied to amplify intron length that can be distinguish between CHD-W and CHD-Z and allowed to distinguish gender by using P2 and P8 primers, this method can be used to determine the sex of the parakeet appropriately and accurately using feather samples. This research was conducted in two ages five months parakeets, using three to four feathers that have been extracted and amplified by PCR (Polymerase Chain Reaction), and read using 1% agarose gel electrophoresis, the male appeared one band, and female appeared two bands. gender verification has been done by performing surgery on each bird to saw the morphology of the reproductive organs, the result of reproductive organ morphology and electrophoresis showed that the parakeet was a male with one band, which appeared on the result of electrophoresis, ranged from 300-400 base pairs. Key words : parakeet (Melopsittacus undulatus), sex determination, feather, PCR.
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
UCAPAN TERIMA KASIH
Alhamdulillah, Puji syukur kehadirat Allah SWT atas nikmat, rahmat, dan
karunia yang telah dilimpahkan sehingga penulis dapat melaksanakan penelitian
dan menyelesaikan skripsi dengan judul Identifikasi Gen CHDZ Dan CHDW
Berbasis Bulu Pada Burung Parkit (Melopsittacus undulatus ) Untuk
Menentukan Jenis Kelamin Dengan Metode PCR (Polymerase Chain
Reactian).
Pada kesempatan ini penulis ingin menyampaikan terima kasih kepada :
Prof. Hj. Romziah Sidik, drh., Ph.D., selaku Dekan Fakultas Kedokteran
Hewan Universitas Airlangga Surabaya.
Prof. Dr. Fedik. A. Rantam., drh. dan Dr. Abdul Samik, drh., M.Si. selaku
dosen pembimbing utama dan dosen pembimbing serta atas saran dan bimbingan
yang diberikan dalam penyusunan skripsi ini.
Dr. Suwarno, drh., M. Si. selaku ketua penguji, Dr. Eduardus Bimo
Aksono, drh., Mkes. selaku sekretaris penguji dan Dr. Mustofa Helmi Efendi,
DTAPH., drh. selaku anggota penguji atas dukungan serta saran-saran yang telah
diberikan.
Prof. Hj. Romziah Sidik, drh., Ph.D. selaku dosen wali atas bimbingan dan
nasihat yang diberikan selama menempuh pendidikan di Fakultas Kedokteran
Hewan Universitas Airlangga Surabaya.
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
Seluruh dosen dan staf karyawan Fakultas Kedokteran Hewan Universitas
Airlangga Surabaya atas wawasan keilmuan selama mengikuti pendidikan di
Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Airlangga Surabaya.
Seluruh staf Institute Tropical Disease terutama mbak dinar, mbak rury,
dan mbak aldis terima kasih atas bantuannya dalam pelaksanaan penelitian.
Kedua orang tua yaitu ayahanda tercinta Sarmadan Achmad Losoh dan
ibunda tercinta Yeni Anisah yang telah memberikan nasihat, motivasi, doa dan
dukungan baik secara materil maupun spiritual dalam penyusunan skripsi ini.
Kepada kakak tersayang Evaluasi Rohmawati. Kepada keluarga tercinta
Marsiam, Siti Zaenab, Sadadul, Matenur, Matlikan, Ahmad fatah berserta adik-
adik tersayang Nala Anfa’ul Albab, Mahfiyatul Fitriah, Muhammad Ikhwanul
Irham, dan Abdul Munif Al-Mubarok yang selalu memberikan semangat,
dorongan, pengorbanan dan doa selama menempuh pendidikan.
Nasihul Umam mas tersayang dan tercinta yang selalu setia mendampingi,
untuk segala perhatian, hiburan, bantuan, dorongan semangat, nasehat, kesabaran
dan doa selama menempuh pendidikan.
Sahabat tercinta Dina Amalina, Saobil, Mariam, Nur Faizah, Novi
Shofianing, dan Intan Nur Laila. Sahabat-sahabat seperjuangan Mamlu’atus
sa’diyah, Nurus Diana. Lu’ulul Amna, Mia Anjar Sari, Ninik Rahayu Ningsih,
Azizah, Irvin Bea Ariani, Dhara Aprilia Minardi, Virdha Nur Chorina, Novi
Setyaningrum, Nur Aini Nia, Elfa Zuhrotun Nisa’, Khotijah, Alfiana Laili, Icha
Firdausi, Lia Nur Aini, teman-teman kelas B, dan teman-teman Fakultas
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
Kedokteran Hewan angkatan 2009 atas doa, semangat dan dukungan yang telah
diberikan.
Kepada semua pihak yang tidak bisa disebutkan satu persatu tetapi sudah
membantu dalam penyusunan skripsi ini.
Penulis menyadari bahwa tulisan ini masih jauh dari sempurna, untuk itu
penulis sangat mengharapkan saran dan kritik yang bersifat membangun dari
semua pihak. Semoga hasil yang dituangkan dalam skripsi ini dapat bermanfaat
bagi semua pihak yang membutuhkan.
Surabaya, Februari 2014
Penulis
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
DAFTAR ISI Halaman LEMBAR PENGESAHAN ..................................................................... ii HALAMAN PERNYATAAN .................................................................. iii HALAMAN IDENTITAS ........................................................................ iv ABSTRACT. ............................................................................................. vi UCAPAN TERIMA KASIH .................................................................... vii DAFTAR ISI ............................................................................................. x DAFTAR TABEL ..................................................................................... xii DAFTAR GAMBAR…………… ............................................................ xiii DAFTAR LAMPIRAN ............................................................................. xiv SINGKATAN DAN ARTI LAMBANG. ................................................. xv
BAB 1 PENDAHULUAN ...................................................................... 1
1.1 Latar Belakang Penelitian ..................................................... 1 1.2 Rumusan Masalah ................................................................ 5 1.3 Tujuan Penelitian ................................................................. 5 1.4 Manfaat Penelitian. ............................................................... 5 BAB 2 TINJAUAN PUSTAKA ............................................................ 6
2.1 Burung Parkit (Melopsittacus undulatus) ............................. 6 2.1.1 Taksonomi .................................................................. 6 2.1.2 Karakteristik Anatomi dan Fisiologi .......................... 6 2.1.3 Karakteristik Bulu....................................................... 7 2.1.4 Habitat ........................................................................ 8 2.1.5 Kromosom Seks pada Burung .................................... 9 2.2 Teknik Sexing ....................................................................... 9 2.2.1 Laparoskopi............................................................... . 10 2.2.2 Karyotyping ................................................................ 10 2.2.3 Vent Sexing ................................................................. 11 2.2.4 Steroid Sexing............................................................. 11 2.3 Teknik Polymerase Chain Reaction ..................................... 11 2.3.1 Prinsip Kerja PCR ...................................................... 12 2.3.2 Manfaat dan Keunggulan PCR................................... 14 2.4 Sekuensing Nukleotida CHDZ Dan CHDW......................... 15
BAB 3 MATERI DAN METODE PENELITIAN ................................. 18
3.1 Jenis Penelitian ..................................................................... 18 3.2 Waktu dan Tempat Penelitian .............................................. 18 3.3 Bahan Penelitian .................................................................. 18 3.3.1 Sampel Penelitian ....................................................... 18 3.3.2 Bahan yang digunakan Dalam Penelitian ................... 19
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
3.4 Alat Penelitian ....................................................................... 19 3.5 Prosedur Penelitian .............................................................. 20 3.5.1 Pembedahan ............................................................... 20 3.5.2 Ekstraksi DNA ............................................................ 20 3.5.3 Polymerase Chain Reaction ........................................ 21 3.5.4 Elektroforesis .............................................................. 22 3.5.5 Diagram Alir Prosedur Penelitian ............................... 23 BAB 4 HASIL PENELITIAN ................................................................ 24 BAB 5 PEMBAHASAN ......................................................................... 28 BAB 6 KESIMPULAN DAN SARAN................................................... 33
6.1 Kesimpulan .......................................................................... 33 6.2 Saran .................................................................................... 33 RINGKASAN ........................................................................................... 34 DAFTAR PUSTAKA .............................................................................. 36 LAMPIRAN .............................................................................................. 41
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
DAFTAR TABEL Tabel Halaman 4.1 Tabel Hasil Pengamatan Jenis Kelamin .......................................... 24
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
DAFTAR GAMBAR
Gambar Halaman
2.1 Burung Parkit (Melopsittacus undulatus) .................................. 7
2.2 Struktur Bulu .............................................................................. 8
2.3 Tahap-tahap Pelipatgandaan DNA ............................................. 13
2.4 Reaksi gen CHD-Z dan CHD-W dengan pembacaan
menggunakan elektroforesis gel agarose 1% ................................ 14
2.5 Hasil Sekuensing gen CHDW dan CHDZ pada
burung puyuh .............................................................................. 17
3.1 Bulu burung parkit ....................................................................... 19
3.1 Diagram Alir Prosedur Penelitian .............................................. 23
4.1 Reaksi gen CHD-Z dan CHD-W dengan pembacaan
menggunakan elektroforesis gel agarose 1% ................................ 25
4.3 Testis burung parkit setelah dilakukan pembedahan ................... 26
4.4 Perbedaan warna care untuk menentukan jenis kelamin pada
Burung parkit ............................................................................... 27
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran Halaman 1. Bahan Penelitian........................................................................ 41 2. Alat Penelitian ........................................................................... 44
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
DAFTAR SINGKATAN DAN ARTI LAMBANG
DNA = Deoxyribonucleic acid RNA = Ribonucleic acid PCR = Polymerase Chain Reaction CHDZ = Chromo Helicase DNA-Z CHDW = Chromo Helicase DNA-W DOC = Day Old Chicken dNTPs = Deoxynucleotide triphosphates dATP = deoksiadenosin trifosfatdCTP = deoksisitidin trifosfat
dGTP = deoksiguanosin trifosfat dTTP = deoksitimidin trifosfat Mg = Magnesium mm = Milimeter μl = Mikroliter ml = Mililiter M = Molar EDTA = Ethylene Diamine Tetra Acid NaCl = Natrium Chlorida % = Persen mg/ml = Miligram per Mililiter TBE = Tris/Borate/EDTA o
HCL = Hydrochloride C = Derajat celcius
pH = Power of Hydrogen rpm = Rotation Per Minutes nm = Nanometer mM = Millimolar MgCL2 = Magnesium Clorida μM = Mikromolar ng = Nanogram G = Guanine C = Cytosine A = Adenine T = Thymine Taq = Thermus aquaticus Bp = base pair ATL = Aqueous Tissue Lysis buffer AL = Aqueous Lysis buffer (untuk melisiskan sel) AW = Aqueous Washing buffer (untuk memurnikan DNA yang
terkumpul) AE = Aqueous Elution buffer (untuk melarutkan kembali DNA
yang sudah terkumpul dalam filter)
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
BAB 1 PENDAHULUAN
1.1. Latar belakang masalah
Burung parkit biasanya dijumpai dapat dijumpai di pasar-pasar burung
sekarang ini. Sesungguhnya burung parkit merupakan hasil penjinakan jenis parkit
liar di Australia. Proses penjinakan sudah lama terjadi. Ketika Kapten Cook
mendarat pertama kali di benua Australia, jenis burung ini mulai digambarkan
secara ilmiah (Widodo, 2002). Pada tahun 1794, Shaw, penulis Zoologi of New
Holland, member nama parkit dengan sebutan Melopsittacus undulatus.
Melopsittacus berasal dari kata melos (Yunani) yang berarti nyanyian dan
psittacus yang merupakan sebutan dari kerabat betet, sedangkan undulates (Latin)
berarti bercorak gelombang. Corak gelombang ini mungkin berkaitan dengan
warna bulu parkit yang bermacam-macam (Widodo, 2002).
Berdasarkan Cerit dan Avanus (2007), identifikasi jenis kelamin juga
dilakukan berdasar perbedaan morfologi seperti ukuran tubuh dan warna bulu.
Teknik ini menemui kendala karena beragamnya karakter morfologi burung akibat
perbedaan geografis dan perbedaan antar spesies burung. Kendala lain yaitu
banyaknya spesies burung yang bersifat monomorfik, yaitu memiliki kemiripan
karakter morfologi antara jantan dan betinanya. Spesies yang dimorfik sekalipun,
hanya memiliki sedikit perbedaan yang dapat diamati. Penentuan jenis kelamin
berdasarkan kenampakan morfologi, dalam beberapa kasus merupakan hal yang
sulit, bahkan mustahil.
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
Secara umum, determinasi jenis kelamin pada Aves cukup sulit sebelum
dewasa. Namun, pada jenis-jenis monomorfik hal ini sulit dilakukan meskipun
telah melewati masa pubertas. Beberapa jenis Aves seperti ayam, kalkun, itik,
angsa, burung hantu dan burung paruh bengkok sulit untuk diidentifikasi jenis
kelaminnya secara morfologis (Griffiths dan Tiwari, 1995; Griffiths et al., 1998).
Burung mempunyai banyak spesies yang sulit dibedakan berdasarkan
karakteristik eksternal. Membedakan antara kedua jenis kelamin dalam berbagai
kelompok taksonomi tidak semudah seperti pada manusia. Beberapa cara yang
dapat digunakan untuk membedakan jenis kelamin pada burung monomorfik ini
diantaranya adalah pengamatan laparoskopi atau melalui pembedahan
(laparoskopi), dan analisis DNA dengan teknik Polymerase Chain Reaction
(PCR) (Griffiths, 2000).
Polymerase Chain Reaction (PCR) pertama kali ditemukan oleh Kary
Mullis pada tahun 1986. Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah satu teknik
yang dipakai untuk melipatgandakan asam nukleat (DNA atau RNA) secara in
vitro dengan enzimatis di dalam suatu mesin pengubah yang dikenal dengan
Thermocycle. Proses pelipatgandaan ini terjadi melalui tiga tahapan yaitu
denaturai, annealing dan ekstensi (Rantam, 2007). Teknik PCR memerlukan suatu
DNA cetakan (templat DNA) yang nantinya akan diperbanyak secara in vitro.
DNA cetakan didapatkan dari hasil ekstraksi dan purifikasi suatu sel, jaringan atau
organ. Sebagian besar DNA pada sel hewan terdapat di dalam inti. Sebagian yang
lain terdapat di organel seperti di mitokondria. Ekstraksi dan purifikasi DNA pada
prinsipnya adalah suatu cara atau metoda untuk memisahkan DNA total dari
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
komponen sel lainnya (Sulandari dan Zein 2003). Setiap sel atau jaringan yang
memiliki DNA memungkinkan untuk dilakukan ekstraksi DNA, akan tetapi,
kualitas dan jumlah DNA yang diperoleh dapat bervariasi tergantung asal
jaringan, metode penyimpanan, dan cara ekstraksi. Ekstraksi DNA dari fosil,
specimen museum, sampel forensik, rambut atau bulu (calamus) dan feses
biasanya lebih sulit dilakukan (Taberlet et al. 1996).
Penanda yang digunakan selama ini adalah kromosom seks berupa
kromosom W pada burung betina (ZW) yang tidak dimiliki oleh pejantan (ZZ).
Gen penanda pertama yang ditemukan adalah CHD (chromo-helicase-
DNAbinding) yang terletak di kromosom W pada aves (Griffiths dkk., 1998).
Hasil amplifikasi PCR dengan metode molecular sexing berdasarkan gen penanda
CHD akan menunjukkan jenis kelamin sampel berdasarkan jumlah pita yang
terbentuk. Hal ini karena gen CHD-W dan CHD-Z pada betina akan teramplifikasi
menjadi dua sekuen, sedangkan dua gen CHD-Z pada jantan akan menghasilkan
satu sekuen saja (Quintana dkk., 2008).
Sejak ditemukannya perbedaan pada gen jenis kelamin CHD-Z dan CHD-W
pada kebanyakan jenis burung, kemudian gen ini diamplifikasi dengan PCR
(Griffiths et al., 1998; Kahn et al., 1998; Fridolfsson dan Ellegren, 1999). Banyak
primer yang telah didesain untuk mengenali ukuran intron yang berbeda pada gen
CHD. Namun primer yang paling sering digunakan untuk mengidentifikasi jenis
kelamin pada aves yaitu P2 dan P8. (Griffiths et al., 1998). Primer P2/P8 dapat
mengamplifikasi pada intron yang sama, oleh karena itu terjadi perbedaan antara
kromosom Z dan W yang identik (Kahn dkk., 1998).
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
Elektroforesis merupakan suatu cara analisis kimiawi yang didasarkan
pada pergerakan molekul-molekul protein bermuatan di dalam medan listrik (titik
isolektrik). Pergerakan molekul didalam medan listrik dipengaruhi oleh bentuk,
ukuran, besar muatan dan sifat kimia molekul (Pratiwi, 2001). Elektroforesis
menggunakan gel agarose dapat menghasilkan satu band pada burung dengan
jenis kelamin jantan dan pada betina menghasilkan dua band (Griffiths et al.,
1998; Fridolffson and Ellegren, 1999).
Seluruh teknik molekuler untuk identifikasi jenis kelamin pada burung
dibutuhkan sampel DNA. DNA sekarang dapat diperoleh dari bulu (calamus)
(Smith et al. 1991; Ellegren 1992). Identifikasi jenis kelamin melalui bulu
(calamus) dapat digunakan sebagai sexing jaringan. DNA ekstraksi dengan
mengguanakan bulu (calamus) dapat mengurangi stres pada burung dan
menghindari kehilangan darah yang berlebihan (Cerit dan Avanus 2006).
Penggunaan sampel bulu (calamus) sebagai identifikasi jenis kelamin pada
burung telah berhasil dibuktikan dalam studi molekuler seks rasio (Questiau et al.
2000).
Seks dapat diidentifikasi dengan : (1) pengamatan perilaku,(2) kehadiran
mengerami patch, (3) perbedaan sifat morfometrik (4) pemeriksaan dari gonad
dengan laparotomi atau laparoskopi, dan (5) pemeriksaan kromosom seks. Dua
metode pertama dapat secara umum diterapkan hanya selama musim berkembang
biak, dan analisis sifat morfometrik mungkin ambigu. Pemeriksaann dari gonad
mungkin sulit dilakukan di burung dewasa di luar musim kawin karena ukuran
tubuh kecil mereka (Prus dan Schmutz 1987).
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
1.2. Perumusan masalah
Berdasarkan latar belakang diatas,maka perumusan masalah adalah:
Apakah bulu (calamus) yang diuji dengan PCR dapat digunakan untuk
mengidentifikasi gen CHDZ dan CHDW dalam menentukan jenis kelamin pada
burung parkit ?
1.3. Tujuan penelitian
Penelitian ini bertujuan untuk membuktikan bahwa sampel bulu (calamus)
dari burung parkit dapat digunakan untuk mengidentifikasi gen CHDZ dan
CHDW dalam menentukan jenis kelamin dengan teknik PCR.
1.4. Manfaat penelitian
Hasil penelitian ini diharapkan dapat membedakan atau mengidentifikasi
gen CHDZ dan CHDW dalam menentukan jenis kelamin burung parkit tanpa
menimbulkan stres dan rasa sakit melalui teknik PCR, sehingga dapat membantu
pemerhati burung untuk kepentingan budidaya burung. Manfaat jangka panjang
penelitian ini dapat membantu pada usaha konservasi dan penangkaran sehingga
dapat ikut serta melestarikan dan menyelamatkan anggota burung yang terancam
punah juga membantu para peternak burung dalam menentukan jenis kelamin
yang saat ini masih banyak kesalahan dalam mengidentifikasi terutama dilihat
secara empiris.
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
BAB 2 TINJAUAN PUSTAKA
2.1 Burung Parkit
Anggota burung berparuh bengkok terbagi atas 6 suku, 82 marga dan 316
jenis. Diantara kelompok burung-burung berparuh bengkok, parkit termasuk yang
sangat popul er ka rena bulunya yang b erwarna-warni da n s ifatnya yang m uda
beradaptasi dengan alam lingkungan sekitarnya (Widodo. 2002).
2.1.1 Taksonomi
Susunan kl asifikasi bur ung pa rkit be rdasarkan Checlist of Bird of the
World yang dikutip oleh Widodo (2002) adalah sebagai berikut.
Filum : Chordata
Sub filum : Vertebrata
Ordo : Psittaciformes
Family : Psittacidae
Sub Family : Psittacinae
Genus : Melopsittacus
Spesies : Melopsittacus undulatus
2.1.2 Karakteristik Anatomi dan Fisologi
Menurut F orshaw ( 1986), pa njang bur ung p arkit r ata-rata ad alah 18 cm
dengan be rat ba dan antara 26 -29 gram. Lebih l anjut di nyatakan , da ri 8 burung
parkit j antan di ketahui panjang s ayapnya a ntara 93 -100 m m, e kor 91 -103 m m,
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
clumen (paruh bagian a tas) 9-10 mm, dan tarsus 13-15 mm. Untuk yang betina,
dari 9 parkit betina diketahui memiliki panjang sayap antara 93-104 mm, ekor 88-
99 m m, c lumen 9 -11 m m, da n t arsus 14 -15 m m ( Widodo, 2002) . Pada bur ung
parkit denyut jantung adalah 7 ka li lebih cepat dari pada manusia. Burung parkit
memiliki dua jari kaki menghadap ke depan dan dua jari menghadap ke belakang.
Berbeda dengan unggas lain memiliki tiga jari kaki menghadap ke depan dan satu
jari menghadap ke belakang seperti pada gambar 2.1 (Lafeber Company, 2011).
Gambar 2.1 Burung Parkit (Melopsittacus undulatus) www.lafebercares.com
2.1.3 Karakreistik Bulu
Bulu (calamus) burung mempunyai prospek menjadi sumber DNA karena
pada pa ngkal bulu ( calamus) ba nyak m engandung sel e pitel. Bulu (calamus)
merupakan s truktur khu sus K elas A ves. Secara g enetik bulu (calamus) diduga
berasal dari epidermal, sedangkan secara embriologis bermula dari papila dermal.
Bulu terdiri da ri poros ut ama y ang disebut Shaft (tangkai), Calamus (tangkai
pangkal bulu yang berongga), Rachis (lanjutan calamus yang merupakan sumbu
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
bulu yang t idak be rongga didalamnya me miliki s umsum da n jaringan), Vane
(bendera yang t ersusun atas barbae yang merupakan cabang-cabang l ateral da ri
rachis) (Hickman et al., 1984), seperti yang terlihat pada Gambar 2.2.
Gambar 2.2 Struktur bulu (Sumber : http://www lifestyle.kompasiana.com
)
2.1.4 Habitat
Biasanya bur ung p arkit m enempati ha bitat hutan E ucalypus yang
berbatasan de ngan anak s ungai,padang rerumputan,semak b elukar yang ke ring,
dan daerah padang terbuka. Umumnya mereka berkelompok dalam jumlah kecil,
dimanapun bur ung t ersebut t inggal. Meraka hi dup be rpindah-pindah,
menyesuaikan persediaan air da n biji r erumputan sebagai s umber m akananya
(Widodo, 2002).
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
2.1.5 Kromosom Seks Pada Burung
Kromosom seks Z dan W pada b urung berkembang s ecara b erbeda
dibandingkan kromosom mamalia X dan Y (Ellegren et al, 2001). Burung betina
bersifat heterogamet dan membawa s alinan Z dan W tapi pada j antan bersifat
homogamet dan membawa 2 eksemplar jenis ke lamin kromosom Z (Handley et
al, 2005) . Identifikasi seks pa da burung yang pa ling pe nting adalah bagaimana
peranan 2 jenis kromosom seks tersebut. Hingga saat ini masih belum cukup jelas,
namun j ika karakteristik betina dikembangkan oleh W sebagai kromosom betina
maka karakteristik jantan ditentukan oleh kromosom Z. Meskipun khusus betina,
kromosom W memiliki struktur yang mir ip dengan kromosom mamalia Y pada
jantan, kecuali ukurannya y ang lebih ke cil, da n jumlah heterochromatin yang
lebih s edikit. (Cerit da n A vanus, 2007)
. Gen CHD-W pa da b etina s angat uni k,
dimana kr omosom s eks pa da be tina be rsifat heterogametic ( Ellegren, 1996 ;
Griffiths et al., 1996), sedangkan gen CHD-Z dapat ditemukan pada kedua jenis
kelamin (Griffiths and Korn, 1997; Fridolfsson and Ellegren, 1999).
2.2 Teknik Sexing
Teknik s exing yang di lakukan unt uk m engidentifikasi j enis ke lamin p ada
burung m onomorfik s ecara non m olekuler (konvensional) yaitu: laparoskopi,
karyotyping, vent sexing, dan steroid sexing.
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
2.2.1 Laparoskopi
Laparoskopi d apat m elihat ka rakteristik s aluran r eproduksi da n ha silnya
dapat di lihat l angsung. Gonad bur ung d ewasa adalah m udah di visualisasikan
dibandingkan de ngan a nakan. S eorang ahli da pat da pat m engidentifikasi je nis
kelamin anakan juga. Melihat organ seks menggunakan laparoskop atau otoskope,
diperlukan sayatan kecil disisi kiri tubuh burung. Pada anakan betina, indung telur
sering t idak di temukan. K elemahan ut ama da ri l aparoskopi a dalah di butuhkan
anastesi dan resiko cedera pada organ vital. Pra pemeriksaan bisa berbahaya dan
bahkan dapat membuat burung mati (Swengel, 1996).
2.2.2 Karyotyping
Sumber unt uk i solasi kr omosom da n pe nentuan karyotipe da pat di peroleh
dari kul tur s el yang um um, yang be rasal da ri bul u atau darah karena s ebagian
besar kromosom spesies burung adalah mikrokromosom, sulit untuk menghitung
mikrokromosom i ni secara a kurat. K arena be rukuran b esar kr omosom Z da pat
dibedakan d ari kr omosom W yang l ebih k ecil ( Archawaranon, 2004) . S eorang
cytogenetics berpengalaman dapat memperoleh hasil yang akurat. Kerugian utama
dari analisis kromosom adalah prosedur yang memakan waktu (christidis, 1985).
Metode i ni t idak da pat diterapkan unt uk bur ung unt a, ka rena r endah pe rbedaan
dari kromosom Z dan W (Malago et al, 2002).
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
2.2.3 Vent Sexing
Vent sexing merupakan metode yang di populerkan pa da t ahun 1930 -an
oleh pr ofessor j epang, K iyoshi M asui. Vent sexers yang t elah di latih di sekolah
Chick Sexing, dapat dengan mudah mendapatkan keakuratan sebesar 95% dalam
sexing. Metode i ni be rdasarkan dengan memegang D OC atau unggas yang l ain
posisi di balik ke bawah de ngan s atu t angan da n m emeriksa a rea vent (kloaka)
untuk m elihat a danya a tau t idak a danya r udimenter da ri or gan j antan.
Bagaimanapun seseorang yang bukan ahlinya mempelajari dasar da ri metode ini
dapat m enghasilkan k eakuratan t idak l ebih d ari 60 -70%, m eskipun s eseorang
yang ahli juga dapat salah dalam mengidentifikasi (Bramwell, 2003)
2.2.4 Steroid Sexing
Metode i ni be rdasarkan pa da l evel es trogen/testosterone di da lam f eses
burung. Feses burung betina memiliki rasio yang lebih tinggi dibandingkan yang
jantan. Pada teknik ini feses yang masih segar sangat diperlukan sebagai sampel
tes ini . Hasil te rbaik d apat t ercapai ha nya da ri burung de wasa s elama musim
kawin (Swengel, 1996).
2.3 Teknik Polymerase Chain Reaction
Polymerase Chain Reaction merupakan t eknik yang d apat di terapkan
kegunaannya di segala bi dang bi ologi, yang m emungkinkan da lam pe njelasan
rangkaian DNA spesifik dari target DNA yang tidak dapat terdeteksi (Erlich 1989,
Innis et al, 1990). Teknik PCR melibatkan beberapa tahap yang berulang (siklus)
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
dan pada s etiap s iklus t erjadi duplikasi j umlah target D NA unt ai ganda. U ntai
ganda template DNA dipisahkan de ngan de naturasi t ermal da n ke mudian
didinginkan hi ngga m encapai s uatu s uhu t ertentu unt uk m emberi w aktu pa da
primer m enempel p ada (anneal primers) pa da d aerah t ertentu dari t arget DN A.
Polymerase D NA di gunakan unt uk m emperpanjang pr imer ( extend orimers)
dengan adanya dNTPs (dATP, dCTP, dGTP, dan dTTP) dan buffer yang sesuai.
Umumnya ke adaan i ni de lakukan ant ara 20 -40 s iklus. T arget D NA yang
diinginkan ( short ”targe” product) aka n meningkat s ecara eks ponensial s etelah
siklus keempat dan DNA non-target ( long product) akan meningkat secara l inier
(Newton dan Graham, 1994).
Metode i ni m enggunakan pa sangan p rimer be rdasarkan va riasi ukur an
intron unt uk m embedakan a ntara pr otein chromo-helicase DNA-binding (CHD),
CHD-Z dan CHD-W (Han dkk., 2009).
2.3.1 Prinsip Kerja PCR
Tahap de naturasi di lakukan pa da s uhu sekitar 9 2ºC untuk menguraikan
rantai ganda m enjadi rantai t unggal. Kemudian di lanjutkan de ngan t ahap
annealing dengan suhu sekitar 37º - 65º C. Pada proses ini primer menempel pada
daerah spesifik DNA template. P roses ekstensi dilakukan pada suhu 72ºC yang
dimaksudkan unt uk pe nambahan e nzim Tag DNA polymerase sehingga pr imer
akan di sambung d engan nukl eotid dN TP da n t erbentuk r antai nukl eotida yang
lebih panjang seperti pada gambar 2.2 (Suwarno, 2007).
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
Gambar 2.3 Tahap-Tahap Pelipatgandaan DNA (Sumber: Erlich, 1991).
Penelitian sebelumnya telah dilakukan pada dua ekor burung kenari dan dua
ekor bur ung gelatik J awa unt uk m engidentifikasi j enis ke lamin m enggunakan
sampel bulu dengan metode PCR dengan menggunakan pr imer P8 dan P2 yang
selanjutnya dielektroforesis dengan gel agarosa 1%. Hasil dari elektroforesis pada
dua ekor burung kenari dan burung gelatik Jawa menunjukkan dua fragmen DNA
yang b erarti be rjenis ke lamin betina s eperti pa da Gambar 2.4 (Ariani., 2013;
Minardi., 2013).
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
Gambar 2.4 Reaksi ge n CHD-W da n CHD-Z de ngan pembacaan menggunakan elektroforesis gel agarose 1%. Keterangan: M= Marker; C (-) = K ontrol ne gatif; K 1 = K enari satu: K 2 = Kenari dua ; G 1= G elatik Satu, G2= G elatik Dua (Ariani., 2013; Minardi., 2013).
2.3.2 Manfaat dan Keunggulan Teknik PCR
Polymerase Chain Reaction memiliki ke unggulan yang cukup ba nyak
karena k esederhanaan teknis da n waktu yang di tawarkan serta d apat di terapkan
kegunaanya di segala bi dang bi ologi, yang m emungkinkan da lam pe njelasan
rangkaian DNA spesifik dari target DNA yang tidak dapat terdeteksi (Erlich 1989,
Innis e t a l, 1990) . Dengan m enggunakan m etode P CR ini lebih f leksibel da n
dapat be kerja h anya d engan m enggunakan s atu bul u be rkualitas, di bandingkan
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
menggunakan t eknik m olekuler hi bridisasi be rlabel unt uk m emeriksa DNA
genom dengan memeriksa kromosom W spesifik atau mengidentifikasi keturunan
multigen dengan kelompok spesifik kromosom W (Griffiths and Holland, 1990;
Quinn et al., 1990; D vorak et al., 1992; Griffiths, 1992; M illar et al., 1992;
Graves et al., 1993; Longmire et al., 1993). Metode molekuler ini sangat lambat
dan melelahkan karena m emerlukan jumah DNA yang r elatif be sar s erta
kebanyakan melibatkan penggunaan radioisotope.
2.4 Sekuensing Nukleotida CHDZ Dan CHDW
Sekuensing nukleotida m erupakan t eknik yang di gunakan unt uk
menentukan ur utan nu kleotida s ecara l angsung da ri s uatu f regmen D NA
(handajani, 2003) . S ekuensi D NA a kan m enghasilkan s ekuens D NA yang
digambarkan s ebagai ur utan a bjad l ambing nu kleotida pe nyusun D NA yaitu
AGTC (Riyadi, 2010).
Sekuensing pada penelitian yang pernah dilakukan dari burung bangau putih
(Ciconia boyciana) untuk membedakan jenis kelamin yang mengidentifikasi gen
CHDZ dan CHDW de ngan m enggunakan pr imer P 8 dan P 2. Hasil s ekuensing
pada bur ung ba ngau put ih m enunjukan ba hwa ge n C HD-W be rukuran 3 83 bp
yang ada pada burung betina, sedangkan gen CHD-Z pada bu rung bangau put ih
berukuran 376 bp yang ada pada bu rung j antan seperti dibawah ini (Han el al,
2009).
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
Cb -W CTCCCAAGGA TGAGAAACTG TGCAAAACAG GTATCTCTGG GTTTTGACCA ACTAACTTCA 60 Cb -Z CTCCCAAGGA TGAGAAACTG TGCAAAACAG GTGTCTCTTT GCTTTGACTG ACT---TGTA 57
Cb -W ATTTTGTTGT TCTTGTTGTT TGTTTGTTTT TTCGTTGCTG TTGTTTTGGC TTGTACTTTT 120 Cb -Z CTTTTATG-- --TTGCTGTT GGTTTACTTT GTTGGGGGGG TTTTTTGGGT TTTGGGTTCG 113
Cb -W GGGTTGTGTG GTTTTCGCGC GTGGCGCCCC CCCCATTTTT GACAGGCTAG ATAACACATT 180 Cb -Z TGGTTTTTTT TTTTCCTTCC TTTTCTGAAC CCATGTTTTT GACAGGCTAG GTAAAACTTC 173
Cb -W AATAAAATGT TTTAGTCACA TAGCTTTGAA CTACTTAATC TGAAATTCCA GATCAGCTTT 240 Cb -Z CCTTATGTTT GTTAATCATG TAGCTTTGAA CTACTTACTC TGAAATTCCA AATCAGCTTT 233
Cb -W AATGGAAGGG AAGGGAAACG CAGTAGGAGC AGAAGATATT CTGGATCTGA TAGTGACTCC 300 Cb -Z AATGGAAGTG AAGGGAGGGG CAGTAGGAGC AAAAAATACT CTGGATCTGA TAGTGACTCC 293
Cb -W ATCTCAGAAA GAAAACGACC AAAAAAACGT GGACGACCAC GAACTATTCC TCGAGAAAAT 360 Cb -Z ATCTCAAAAA GAAAACGGCC AAAAAAACGT GGAAAACCAC AAACGATTCC TCGAGAAAAT 353
Cb -W ATTAAAGGAT TTAGCGATGC AGA 383 Cb -Z ATTAAAGGAT TTAGCGATGC AAA 376
Keterangan: H asil s ekuensing da ri gen C HD-Z dan C HD-W pada bur ung bangau putih Cb: (Ciconia boyciana) (Han el al, 2009).
Penelitian i dentifikasi j enis ke lamin de ngan m etode P CR de ngan
menggunakan primer P2 dan P8 pada Burung puyuh umum (Coturnix c. coturnix)
dan puyuh Jepang (Coturnix c. japonica). Burung puyuh umum dan burung puyuh
Jepang menunjukkan bahwa gen CHD-W berukuran 379 bp pada burung betina,
Sedangkan gen C HD-Z pada bur ung pu yuh um um berukuran 385 bp yang a da
pada burung jantan seperti gambar dibawah ini (Morinha et al., 2011).
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
Gambar 2.5 Hasil Sekuensing gen CHDW dan CHDZ pada burung puyuh umum (Coturnix c. coturnix) dan burung puyuh J epang (Coturnix c. japonica) (Morinha et al., 2011).
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
BAB 3
MATERI DAN METODE PENELITIAN
3.1 Jenis Penelitian
Penelitian i ni m erupakan j enis pe nelitian eksploratif l aboratorik unt uk
mengidentifikasi jenis kelamin dengan teknik Polymerase Chain reaction berbasis
Gen CHDz dan CHDw dengan menggunakan sampel bulu (calamus )dari burung
parkit.
3.2 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian PCR dilakukan di L embaga P enyakit T ropis U niversitas
Airlangga, da n di laksanakan pa da bul an M aret-April 2013 . Penelitian
pembedahaan morfologi dilakukan di Departemen Anatomi Veteriner Universitas
Airlangga dan dilaksanakan pada bulan Maret 2013.
3.3 Bahan Penelitian
3.3.1 Sampel Penelitian
Penelitian ini menggunakan 25 m g (3-4 calamuses) bagian apeks dari bulu
burung parkit berumur 5 bul an yang di beli da ri t oko bur ung di D esa
Sambogunung Kecamatan Dukun Kabupaten Gresik.
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
Gambar 3.1 Bulu burung parkit yang digunakan sebagai sampel dalam penelitian (Dokumen pribadi).
3.3.2 Bahan yang digunakan dalam penelitian
Bahan unt uk i solasi D NA a dalah D Neasy® Tissue K it C at no. 69 504
Qiagen Germany meliputi: 180 μl lysis buffer ATL, 200 μl buf fer AL dan 20 μl
10 mg/ml proteinase K, 200 μl ethanol, 500 μl buffer AW1, 500 μl buffer AW2,
200 μl buffer AE; gel agarose 1%, ethidium bromide, TBE, loading dye,12,5 μl
super master mix (Taq polymerase, DNTPs, PCR reaction buffer, Gel loading
buffer), dan 3 μl DW (Destile Water), 100 bp DNA lot no. 00066905, primer P2
dan P8, ketamin 0,2 ml.
3.4 Alat Penelitian
Alat pe nelitian yang di perlukan meliputi : tip s 1000 μl, t ips 100 μl,
microcentrifuge tube 10 μl da n 100 μl, m ikropipet e ppendorf 10 μl, 100 μl da n
1000 μl, M esin P CR, Electrophoresis apparatus, Gel- documentation, s tavolt,
Calamus
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
colection tube, scalpel, g unting be dah, pi nset, microcentrifuge, spin down,
Transiluminator UV, dry bath.
3.5 Prosedur Penelitian
3.5.1 Pembedahan
Pembedahan dilakukan untuk m elihat m orfologi a lat r eproduksi s eks pa da
burung parkit sebagai data pendukung metode yang dikembangkan. pembedahan
dilakukan de ngan m embius t erlebih da hulu bur ung parkit dengan m enggunakan
ketamin 0,2 ml s ecara intramuscular untuk m empermudah pr oses pe mbedahan,
setelah burung t ersebut sudah lemas m aka s egera d ilakukan pe mbedahan. Bulu-
bulu yang a da di s ekitar a bdomen bur ung di bersihkan a gar t idak m engotori
bagian-bagian o rgan yang a kan di amati. B agian a bdomen bur ung di lakukan
sayatan be rbentuk “ Y” terbalik de ngan m enggunakan s calpel. R ongga thorak
dibuka dengan menggunakan gunting, lalu dicari organ seks pada burung tersebut
yang l etaknya di ba gian c ranial ginjal da n t erletak di antara r ongga t horak da n
rongga abdomen pada garis punggung.
3.5.2 Ekstraksi DNA
Ekstraksi DNA di lakukan dengan memotong kecil-kecil bagian apeks bulu
(calamus) burung parkit sebanyak 25 m g dimasukkan ke da lam microcentrifuge
tube kemudian ditambahkan 180 µ l lysis buffer ATL (Aqueous Tissue Lysis), dan
20 µl pr oteinase K di campur de ngan m enggunakan vor tex s upaya t idak a da
jaringan yang menempel pada dinding tube dan inkubasi pada suhu 55 ºC sampai
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
jaringan t ersebut l isis s epenuhnya. S etelah j aringan l isis s epenuhnya divortex
selama 15 detik dan ditambahkan 200 µl buffer AL ke dalam sampel dan divortex
kembali. Penambahan 200 µl ethanol (96-100%) kemudian dicampur sepenuhnya
dengan m enggunakan vortex da n e ndapan putih a kan t erbentuk s etelah
penambahan bu ffer A L da n e thanol. C ampuran l arutan t adi di pipet k e da lam
collection tube untuk di filter kemudian disentrifuse dengan kecepatan 80 00 rpm
selama 1 m enit. Langkah selanjutnya larutan tersebut dipindahkan menggunakan
pipet ke da lam collection tube yang ba ru da n 5 00 µ l buf fer A W1 di berikan ke
dalamnya dan disetrifuse selama 1 menit dengan kecepatan 8000 r pm kemudian
larutan yang t ertampung pa da collection tube dibuang da n b ahan D NA yang
tertahan pada alat filter dipindahkan ke collection tube yang baru lagi selanjutnya
500 µ l buffer AW2 di tambahkan dan di sentrifuse dengan kecepatan 14.000 rpm
selama 3 menit, langkah ini dilakukan untuk meyakinkan tidak ada residu ethanol
yang t erbawa s elama pr oses pe murnian kemudian bahan D NA t ersebut
dipindahkan kembali ke microcentrifuge tube dan ditambahkan 200 µ l buffer AE
kemudian diinkubasi pa da t emperatur 70 ºC s elama 10 m enit da n di sentrifuse
selama 1 menit dengan kecepatan 8000 rpm (Lane et al., 2004).
3.5.3 Polymerase Chain Reaction
Reaksi PCR pada penelitian ini menggunakan rancangan primer yang telah
dibuat yaitu : P8 (5’-CTCCCAAGGATGAGRAAYTG-3’) dan P2 (5’-TCTGCAT
CGCTAAATCCTTT-3’). Proses amplifikasi di gunakan : 20 μl tot al vol ume
terdiri a tas 12,5 μl super master mix (Taq polymerase, DNTPs, PCR reaction
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
buffer, Gel loading buffer) , 1 μl ma sing-masing pr imer, 3 μl DW ( Destile
Water), dan 2,5 μl sampel DNA. Kondisi amplifikasi PCR terdiri dari tahap pre-
denaturasi 94 oC selama 5 menit, 30 siklus terdiri dari denaturasi 94 oC selama 1
menit 30 de tik, annealing 50oC s elama 1 menit, dan extension 72 oC selama 45
detik, dan tahap akhir extension 72 o
C selama 5 menit (Sefc et al., 2003; Leeton et
al., 1993; Malago et al., 2002).
3.5.4 Elektroforesis
Hasil P CR di viualisasi de ngan gel a garosa 1% yang t erbuat d ari 40 ml
larutan TBE d an 0,4 g b ubuk agarosa serta 4 μl ethidium bromide (Sefc et al.,
2003; Leeton et al., 1993; Malago et al., 2002) . Sampel DNA dicampur dengan
loading dye untuk mengetahui seberapa jauh sampel DNA melewati gel agarosa.
Loading dye membuat sampel D NA m enjadi b erat da n tenggelam pa da da sar
sumur g el. Marker yang di gunakan dalam p enelitian ini a dalah 100 bp DNA
ladder lot no. 00066905. B urung dengan kelamin jantan akan menunjukkan satu
band dan pa da be tina akan m enunjukkan dua band (Griffiths et al., 1998;
Fridolffson and Ellegren 1999) . Elektroforesis digunakan de ngan t ujuan unt uk
mengetahui ukuran suatu partikel DNA, RNA, dan protein (Klud and Cummings,
1994).
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
3.5.5. Diagram Alir Prosedur Penelitian
Jantan Betina
Gambar 3.2 Diagram Alir Pelaksanaan Penelitian
Konfirmasi
PCR
CHDZ
CHDW
2 Band 1 band
Elektroforesis
Sampel bulu
Burung parkit
Pembedahan
Melihat warna care
Ekstraksi DNA
Jenis Kelamin
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
BAB IV HASIL PENELITIAN
Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan selama bulan maret – april 2013
dari dua burung parkit berumur 5 bulan yang telah di PCR menggunakan sampel bulu
(calamus). H asil pe ngamatan unt uk pe nentuan j enis ke lamin be rdasarkan m etode
PCR yang t elah dibandingkan dengan pengamatan secara em piris da n anatomois
diperoleh hasil seperti tertera pada Tabel 4.1 sebagai berikut :
4.1 Tabel Hasil Pengamatan Jenis Kelamin
Sampel Empiris Anatomis PCR Hasil J B J B J B
K- (DW) - - - - - - Negatif
P1 + - + - + - Jantan
P2 - + + - + - Jantan
Keterangan : K- (DW) = Kontrol Negatif Destile Water; P 1= Parkit K esatu; P2 = Parkit Kedua; J = Jantan; B = Betina
Penentuan jenis kelamin pada burung parkit yang telah diakui oleh peternak dan
penjual dengan membedakannya s ecara empiris t erutama melihat warna care masih
diragukan b ahkan t erkadang s alah, k arena s eletah di buktikan de ngan m etode P CR
yang dilakukan dengan menggunakan primer P8 dan P2, serta dilihat hasilnya melalui
proses elektroforesis ternyata lebih tepat dan akurat yang sebelumnya telah didukung
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
dengan p engamatan s ecara anatomis s ehingga s udah t idak p erlu di ragukan bahwa
metode PCR dapat untuk menentukan jenis kelamin pada burung parkit. Gambar 4.1
berikut adalah reaksi dari gen CHD-Z dan CHD-W dengan pembacaan menggunakan
elektroforesis gel agarose 1%.
Gambar 4.1. Reaksi gen CHD-Z dan CHD-W dengan pembacaan menggunakan elektroforesis. Keterangan: M = Marker; C(-) = Kontrol negatif; P1 = Parkit kesatu; P2 = Parkit kedua.
Kontrol negatif pada penelitian ini menggunakan Destile Water dan pada hasil
elektroforesis t idak m enghasilkan ba nd, h al i ni menunjukan s elama pr oses e kstrasi
sampai PCR tidak terjadi kontaminasi.
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
Proses PCR ini menggunakan sampel bulu (calamus) burung parkit P1 dan P2
yang di ambil s ebelum d ilakukan pe mbedahan . Sampel bul u ( calamus) yang telah
dikumpulkan di lakukan ekstraksi unt uk m emurnikan D NA. B ulu ( calamus) bur ung
terdapat sumber DNA karena pada panggal bulu (calamus) menggandung banyak sel
epitel seperti yang terlihat pada Gambar 3.1.
Penentuan secara an atomis yang t elah di lakukan yaitu de ngan pe mbedahan
pada r ongga a bdomen unt uk m elihat g onad bur ung pa rkit. H asil pe mbedahan
menunjukan bahwa P1 dan P2 berjenis kelamin jantan karena ditemukan testis pada
kedua burung. Hasil pembedahan ini tidak sesuai dengan pernyataan yang dikatakan
oleh penjual dan peternak bahwa P1 berjenis kelamin jantan dan P2 berjenis kelamin
betina. G ambar 4.2 berikut ada lah hasil pembedahan unt uk m elihat m orfologi a lat
reproduksi burung parkit.
Gambar 4.2 Testis burung parkit setelah dilakukan pembedahan (Dokumen pribadi).
Keterangan: P1(Parkit kesatu) = be rdasarkan k arakteristik m orfologi luarnya yang d iyakini be rjenis kl amin jantan; P2 (Parkit kedua) = berdasarkan ka rakteristik m orfologi l uarnya yang di yakini be rjenis kelamin betina.
P1 P2
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
Menurut T abel 4.1 diatas da pat di lihat ba hwa penentuan j enis ke lamin s ecara
empiris yang di amati d ari w arna care (tonjolan da ging di sekitar l ubang hi dung)
menunjukan ba hwa P 1 berjenis ke lamin j antan karena care berwarna b iru dan P2
berjenis kelamin betina karena warna care berwarna put ih. Hasil pengamatan secara
empiris ini dipercaya oleh peternak burung parkit seperti pada gambar Gambar 4.3.
Gambar 4.3 Perbedaan warna care untuk menentukan jenis kelamin pada burung parkit. P1 (Parkit satu diyakini berjenis kelamin jantan karena warna care berwarna biru), P2 (Parkit dua diyakini berjenis kelamin betina karena warna care berwarna putih) (Dokumen pribadi).
Hasil da ri P CR de ngan m enggunakan pr imer P8 da n P 2 s erta s ampel bul u
(calamus) bu rung pa rkit yang di lihat dari da ta e lektroforesis dengan gelagarose 1%
telah di ketahui ba hwa ke dua bur ung t ersebut be rjenis ke lamin j antan ka rena
keduanya ditandai dengan satu band yang berada pada ukuran antara 300 bp sampai
400 bp dengan menggunakan marker 100 bp DNA ladder lot no. 00066905 (Gambar
4.1).
P2
P1
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
BAB 5 PEMBAHASAN
Penentuan jenis kelamin pada aves dapat dilakukan dengan beberapa cara
yaitu secara non molekuler dan secara molekuler. Penentuan jenis kelamin secara
non molekuler diantaranya yaitu autosexing, vent sexing, karyotyping, steroid
sexing pada feses dan laparoskopi. Penentuan jenis kelamin secara molekuler
umumnya menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan
menggunakan penanda genetik khusus jenis kelamin (Cerit dan Avanus, 2007).
Burung parkit yang digunakan sebagai penelitian yang sebelumnya telah
diyakini oleh penjual dan peternak burung secara empiris berjenis kelamin jantan
dan betina yang diambil bulunya pada masing-masing burung untuk dijadikan
sampel dalam proses polymerase chain reaction.
Poymerase Chain Reaction (PCR) merupakan suatu reaksi in vitro untuk
menggandakan jumlah molekul DNA pada target tertentu dengan DNA baru yang
berkomplemen dengan molekul DNA target tersebut dengan bantuan enzim dan
oligonukleotida sebagai primer dalam suatu thermocycler. Panjang target DNA
berkisar antara puluhan sampai ribuan nukleotida yang posisinya diapit sepasang
primer. Primer yang berada sebelum daerah target disebut sebagai primer forward
dan yang berada setelah daerah target disebut primer reverse. Enzim yang
digunakan sebagai pencetak rangkaian molekul DNA baru dikenal sebagai enzim
polymerase. Mencetak rangkaian tersebut dalam teknik PCR, diperlukan juga
dNTPs (deoxynucleoside triphosphat) yang mencakup dATP (nukleotida berbasa
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
Adenine), dCTP (Cytosine), dGTP (Guanine) dan dTTP (Tymine) (Muladno,
2002).
Sebelum melakukan proses PCR terlebih dahulu dilakukan ekstrasi DNA.
Ekstrasi DNA pada penelitian ini menggunakan bulu untuk mendapatkan DNA.
Bulu burung mempunyai prospek sebagai sumber DNA karena pada pangkal bulu
(calamus) mengandung sel epitel.
Bulu (calamus) secara alami dapat terlepas dari bagian kulitnya sendiri pada
saat musimnya yang biasanya disebut mabung atau molting dan tidak melukai
burung tersebut. Hal ini dapat dimanfaatkan dalam memperoleh DNA. Bulu
(calamus) dapat diperoleh secara langsung (pada saat mabung) maupun tak
langsung (dicabut) dengan tingkat resiko kecil pada burung tersebut. (Harrap &
Woods 1964).
Setelah dilakukan ekstrasi bulu (calamus) dilanjutkan dengan proses PCR
terdiri dari tiga tahapan yaitu : (1) Denaturasi, yaitu perubahan struktur DNA utas
ganda menjadi utas tunggal, (2) Annealing, yaitu penempelan primer pada sekuens
DNA komplementer yang akan diperbanyak, dan (3) Ekstensi, yaitu pemanjangan
primer oleh DNA polymerase. PCR biasanya berlangsung dalam 35-40 siklus
(Muladno, 2002). Tahap denaturasi DNA berlangsung dalam suhu 94 ºC sehingga
DNA untai ganda dapat terpisah menjadi utai tunggal. Tahap yang paling
menentukan adalah tahap penempelan primer, karena setiap pasang primer
memiliki suhu penempelan primer yang spesifik. Tahap pemanjangan primer
berlangsung pada suhu 27 ºC. Pada tahap ini enzim taq polymerase, buffer, dNTP,
dan Mg2+ memulai aktifitasnya memperpanjang primer (Viljoen et al., 2005).
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
Teknik PCR dengan menggunakan primer spesifik untuk penentuan jenis
kelamin telah diketahui dapat digunakan sebagai penentu jenis kelamin burung
monomorfik (Ellegren, 1996). Salah satu penenda molekuler atau primer sexing
yang sering dipakai pada burung yaitu P2 dan P8 yang didesain oleh Griffiths.
Primer P2 merupakan reverse, sedangkan P8 merupakan primer forward yang
digunakan untuk mengetahui jenis kelamin pada umumnya. Urutan basa terdiri
dari P8 yaitu (5’-CTCCCAAGGATGAGRAAYTG-3’) sedangkan P2 yaitu (5’-
TCTGCATCGCTAA ATCC TTT-3’). P8 dan P2 menempel pada gen CHD pada
kromosom Z dan W. Penggunaan primer sexing P8 dan P2 hampir bersifat
universal pada burung untuk menentukan jenis kelaminnya dan merupakan cara
yang efektif untuk membedakan burung jantan dari burung betina. Ukuran basa
pita DNA yang dihasilkan dari PCR berkisar antara 300 bp sampai 400 bp dan
terdapat variasi ukuran pada setiap spesies (Griffiths et al.1998).
Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan teknik untuk menggandakan
jumlah molekul DNA secara in vitro. Proses ini berjalan dengan bantuan enzim
polimerase dan primer. Primer merupakan oligonukleotida spesifik pada DNA
template yang berukuran pendek, yaitu sekitar 18-24 pasang basa. Primer akan
menempel pada DNA cetakan di tempat spesifik. Enzim polimerase merupakan
enzim yang dapat mencetak urutan DNA baru. Hasil PCR dapat langsung
divisualisasikan dengan elektroforesis atau dapat digunakan untuk analisis lebih
lanjut (Williams, 2005). PCR diaplikasikan dalam diagnosis dan dalam deteksi
gen tertentu (baik yang menguntungkan maupun yang membahayakan) pada
ternak domestik (Nicholas, 2004).
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
Hasil dari proses PCR pada penelitian ini dapat dilihat setelah dilakukan
elektroforesis dengan menggunakan gel agarose 1% menunjukan bahwa kedua
burung tersebut berjenis kelamin jantan yang ditandai dengan munculnya satu
fregman DNA.
Elektroforesis gel agarosa merupakan metode fisik yang paling banyak
dipergunakan pada bidang biologi molekuler. Teknik tersebut memisahkan dan
memurnikan fragmen DNA. Prinsip dasar elektroforesis adalah memisahkan
molekul berdasarkan muatan listriknya. Muatan listrik positif akan menarik
muatan negatif dan menolak sesama muatan positif. Sebaliknya, muatan negatif
akan menarik muatan positif dan menolak semua muatan negatif. Dua elektroda,
masing-masing bermuatan positif dan negatif dihubungkan dengan sumber
tegangan tinggi. Pergerakan molekul didalam medan listrik dipengaruhi oleh
bentuk, ukuran, besar muatan dan sifat kimia molekul (Pratiwi, 2001).
Proses elektroforesis membutuhkan agar atau gel sebagai medium untuk
pemisahan DNA. Ada dua tipe gel dalam proses elektroforesis yaitu agarose dan
poliakrilamid. Gel agarose adalah koloid alami yang diekstrak dari rumput laut.
Gel agarose memiliki pori berukuran besar dan kegunaan utamanya untuk
memisahkan molekul yang sangat besar dengan berat molekul lebih dari 200
kiladalton (Sambrook et al., 1989). Posisi molekul yang terseparasi dapat dilihat
dengan pewarnaan gel. Mendeteksi potongan-potongan DNA berupa larik DNA
pada gel agarose digunakan pewarna yang mengandung fluorescen dengan
konsentrasi rendah seperti ethidium bromide (EtBr) (Fatchiyah, 2006).
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
Berdasarkan hasil penelitian ini, elektroforesis yang diperoleh tidak sesuai
dengan hasil secara empiris namun dapat diperkuat dengan hasil anatomis yang
dilakukan melalui proses pembedahan untuk melihat gonad pada kedua burung
parkit yang hasilnya telah ditemukan testis pada keduanya. Hal ini menunjukan
bahwa penentuan jenis kelamin dengan metode PCR dapat dipercaya
keakuratannya.
Penelitian yang sama telah dilakukan pada dua ekor burung kenari dan dua
ekor burung gelatik Jawa. Awalnya dua ekor burung kenari dan burung gelatik
Jawa telah diketahui secara empiris berjenis kelamin jantan dan betina.
Pembedahan dilakukan pada burung kenari dan burung gelatik Jawa untuk
mendukung hasil PCR yang menunjukkan bahwa dua ekor burung kenari dan dua
ekor burung gelatik Jawa berjenis kelamin betina karena setelah dibedah
ditemukan ovarium pada keempat ekor burung tersebut, hal ini tidak sesuai
dengan pendapat penjual dan peternak burung. Proses selanjutnya dilakukan PCR
pada dua ekor burung kenari dan dua ekor burung gelatik Jawa dengan
menggunakan primer P8 dan P2 yang telah dibaca pada elektroforesis dengan gel
agarose 1 % yang hasilnya menujukkan dua band artinya dua ekor burung kenari
dan dua ekor burung gelatik Jawa berjenis kelamin betina, seperti pada Gambar
2.4 (Ariani., 2013; Minardi., 2013).
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
BAB 6 KESIMPULAN DAN SARAN
6.1. Kesimpulan :
Kesimpulan dari penelitian ini adalah pemeriksaan gen CHDZ dan CHDW
menggunakan sampel bulu (calamus) dengan metode PCR ternyata dapat
digunakan untuk mengidentifikasi jenis kelamin dengan hasil yang akurat pada
burung parkit (melopsittacus undulatus).
6.2. Saran :
Mengidentifikasi jenis kelamin pada burung tidak dapat dilakukan hanya
dengan melihat karakteristik eksternal tetapi harus didukung dengan
metode PCR terutama pada jenis burung monomorfik.
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
RINGKASAN
Yustisianti Fitrian. Penelitian dengan judul “ IDENTIFIKASI GEN CHDZ
DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus
undulatus) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE
PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)” dibawah Prof. Dr. Fedik A. Rantam,
drh selaku pembimbing utama dan Dr. Abdul Samik, drh., M.Si selaku
pembimbing serta. Penelitian ini bertujuan untuk membuktikan bahwa sampel
bulu dari burung parkit dapat mengidentifikasi gen CHDZ dan CHDW dalam
menentukan jenis kelamin dengan teknik polymerase chain reaction.
Jenis kelamin merupakan informasi yang penting dalam budidaya unggas
dan penangkaran burung. Penentuan jenis kelamin pada sebagian burung sulit
dilakukan karena memiliki ciri-ciri fenotipik yang sangat mirip antara jantan dan
betina, bahkan setelah mencapai dewasa kelamin (monomorfik). Hal ini menjadi
suatu permasalahan bagi para breeder karena mereka belum yakin dengan jenis
kelamin burung yang mereka identifikasi. Penentuan jenis kelamin secara
molekuler merupakan suatu solusi efektif bagi para breeder karena dapat
dilakukan untuk burung yang sulit dibedakan jenis kelaminnya terutama pada
burung monomorfis yang dapat dideteksi dari DNA sehingga hasilnya lebih
akurat. Teknik dalam membedakan jenis kelamin pada aves telah berkembang
sangat pesat salah satunya adalah dengan menggunakan teknik Polymerase Chain
Reaction (PCR).
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
PCR merupakan suatu teknik perbanyakan (amplifikasi) potongan DNA
secara in vitro
Penelitian ini menggunakan dua ekor burung parkit yang sudah diketahui
jantan dan betina dilihat secara empiris menurut pendapat penjual dan peternak
burung. Sampel penelitian ini diperoleh dari bulu (calamus) yang kemudian
diekstraksi untuk mendapatkan DNA total. Sampel bulu (calamus) diekstraksi
dengan menggunakan kit Cat no. 69504 Qiagen Germany yang dielektroforesis
pada gel agarose 1%. Elektroforesis menggunakan gel agarose dapat
menghasilkan satu band pada burung dengan jenis kelamin jantan dan pada betina
menghasilkan dua band (Griffiths et al., 1998; Fridolffson and Ellegren 1999).
Pembedahan dilakukan sebelum dilakukan proses PCR untuk memastikan jenis
kelamin burung parkit.
pada daerah spesifik yang dibatasi oleh dua buah primer
oligonukleotida. Proses PCR memerlukan sekurang-kurangnya dua macam primer
yakni primer forward dan primer reverse (Suwarno, 2005). Banyak primer yang
telah didesain untuk mengenali ukuran intron yang berbeda pada gen CHD.
Namun primer yang paling sering digunakan untuk mengidentifikasi jenis kelamin
pada aves yaitu P2 dan P8 (Griffiths et al., 1998).
Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa sampel DNA dari bulu (calamus)
dengan metode polymerase chain reaction dapat digunakan untuk
mengindentifikasi jenis kelamin burung parkit terutama pada burung jenis
monomorfik yang hasilnya lebih cepat dan akurat.
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
DAFTAR PUSTAKA
Archawaranon M. 2004. R apid S exing H ill M ynah Gracula R eligiosa by S ex Chromosomes. Biotechnology 3: 160-164.
Ariani, I. B.2013.Penentuan J enis K elamin B urung K enari ( Serinus C anaria)
Menggunakan ba han B ulu D engan M etode P CR ( Polimerase Chain Reaction) [Skripsi] Kedokteran Hewan, Universitas Airlangga.
Bramwell R. K. 2003. Sexing Chicks in The Backyard Flock. Avian Advice 5: 45. Cerit H. and Avanus. 2007. S ex I dentification in A vian S pecies U sing D NA
Typing Methods. World’s Poultry Science Journal, Vol. 63. Cerit H . and K. Avanus. 2006. Sex Identification in Avian Species Using DNA
Typing Methods. World's Poultry Science Journal,63, pp 91100. Christidis L. 1985. a R apid P rocedure f or O btaining C hromosome P reparations
From Birds. Auk 102: 892 - 893. Dvorak J., J. L. Halverson, P. Gulick, K. A. Rauen, U. K. Abbott, B. J. Kelly, and
F. T . S hultz. 1992. c DNA C loning of a Z- and W -linket G ene i n ga l-linaceous Bird. J. Hered. 83: 22-25.
Ellegren H. 1996: First gene on t he avian W chromosome (CHD) provides a tag
for universal sexing of non-ratite birds. Proceedings of the Royal Society of London B 263:1635–1641.
Ellegren H. and Carmichael A. : M ultiple and Independent C essation of
Recombination Between A vian Sex Chromosomes. G enetics, 2001; 1 58: 325-331.
Ellegren H. 1992. Polymerase-chain-reaction (PCR) Analysis of Microsatellites-a
New Approach to Studies of Genetic Relationships in Birds. The Auk 109: 886-895.
Erlich H. A. 1991. B asic M ethodelogi: In P CR T echnologi. P rinciples a nd
Application for DNA Amplification. Stockton Press.1-5.
Erlich H. A. 1989. PCR Technology: Principles a nd A pplications f or D NA Amplifications. Stockton P ress, N ew Y ork, London, T okyo, M elbourne, Hong Kong.
Fatchiyah. 2006. Gel Elektroforesis. L aboratorium Sentral Biologi Molekuler & Seluler. Universitas Brawijaya, Malang.
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
Forshaw, J . M . 1989. P arrots of t he W orld. Tird E dn. Lansdowne Editions, Sydney, Australia.
Fridolfsson A. K . a nd H. E llegren. 1999. A s imple a nd uni versal m ethod f or
molecular sexing of non-ratite birds. J. Avi. Bio. 30: 116-121.
Graves J., J. Ortega Ruano and P. J. B. Slater. 1993. S ex Ratio of Chicks in The Shag Phalacrocorax ar-istotelis Determinaned by a Female-specific Band in DNA Fingerprinting. Ibis 135: 470-472.
Griffiths, R ., a nd P .W.H. H olland. 1990. A no vel a vian W c hromosome D NA
repeat s equence in the L esser B lack-backed G ull ( Larus fuscus). Chromosoma (Berl.) 99: 243-250.
Griffiths R. a nd R . K orn. 1997. A C HD1 gene is Z chromosome l inked i n t he chicken Gallus domesticus. Gene.197: 225-229.
Griffiths, R., S. Daan and C. Dijkstra. 1996. Sex identification in birds using two
CHD g enes. P roceedings of t he R oyal S ociety of London B 263: 1251 -1256.
Griffiths R., M.C. Double, K. Orr and R.G.J. Dawson : A DNA Test to Sex Most
Birds. Mol. Ecol., 1998; 7: 1071-1075. Griffiths R. and B. Tiwari : Sex of The Last Wild Spix’s Macaw. Nature, 1995; 375: 454. Griffits R. 2000. Sex Identification Using DNA Markers. In : Molecular Methods
in Ecology (BACKER A. J., Ed.), pp. 295.321, Blackwell Science, London. Griffiths R. 1992. S ex-biased Mortality i n The Lesser Black-backet Gull ( Larus
fuscus) During The Nestling Stage.Ibis 134: 237-244. Han J. I., J Hye. H. Kim., S. Kim., S. R. Park., and K. J. Na. 2009. A simple and
improved DNA test for avian sex determination. The Auk 126(4):779-783. Handajani, R . 2003. D NA S equencing. Kursus B iologi M olekuler. G ramik F K
Unair, Surabaya 7 Juni 2003: 1-12. Handley R., E. Barbara and Agren. 2005. V ariation i n T richome D ensity a nd
Resistance A gainst S pecialist Insect H erbivore i n Natural Populations of Arabidopssis thaliana. J.Econ. Entomol. 30 (3): 284-292.
Harrap B. S. and E . F.Woods. 1964. S oluble derivatives of f eather k eratin. J
Biochem 92:8-18.
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
Hickman Jr. C. P., L. S. Roberts and F. M. Hickman 1984. Integrated Principles of Zoology S event E dition. T oronto: T imes M irror/Mosby C ollege Publishing.
http://www.lifestyle.kompasiana.com/catatan/2012/07/27/ini-lho-bedanya-bulu-
dan-rambut-474564.html. Diakses pada tanggal 30 Juli 2013.
Innis M. A. and D. H. Gelfand, 1990. in PCR Protocols: a Guide to Methods and Applications. Academic Press Inc., San Diego, New York, London, Sydney, Tokyo, Toronto. Innis, M.A., Gelfand, D .H., Sninsky, J .J. and W hite, T .J. (eds.), pp. 3–12.
Kahn N. W., J . J ohn and T. Q uinn. 1998. C hromosome-specific int ron size differences i n t he A vian C HD gene p rovide an e fficient m ethod for s ex identification in birds. The Auk.115: 1074 -1078.
Klug W. S . and M . R . C ummings. 1994. C oncepts of G enetics. 4 th
Edition. Prentice Hall. Engle Wood Cliffs. Pp. xvi + 779.
Lafeber Company. The Parakeet. LafeberCares Web site. Available at : http://www.lafebercares.com/knowledge/birds/parakeet.html. Accessed May 16, 2011.
Lane T. and Valencia. 2004. DNeasy Tissue Handbook.USA: Qiagen. Inc. Animal
Tissue. 18-20. Leeton P., L. Christidis and M. Westerman. : Feathers from museum bird skins: a
good source of DNA for phylogenetic studies. The Condor, 1993; 95: 465-466.
Longmire J. L. M., Maltbie R.W., Pavelka L. M., Smith S. M., Witte O. A., Ryder
D. L., Ellsworth and R. J. Baker. 1993. Gender Identification in Birds Using Microsatellite DNA Fingerprint Analysis. Auk 110: 378-381.
Malago Jr. W., M. F. Heitor., Jr. E. Matheucci., A. Medaglia and F. Hendrique-
Silva. 2002. L arge S cale S ex T yping of O striches U sing D NA E xtracted from Feathers. BMC Biotechnology 2: 19.
Millar C. D., D. M. Lambert., A. R. Bellamy., P. M. Stapleton and E. C. Young.
1992. Sex-specific Restriction Fragment and Sex Ratios Revealet by DNA Fringerprinting in The Brown Skua. J. Hered. 83: 350-355.
Minardi, D . A .2013.Penentuan J enis K elamin B urung G elatik J awa ( Padda
oryzivora) M enggunakan B ulu ( calamus)Dengan T eknik P CR ( Polimerase Chain Reaction) [Skripsi] Kedokteran Hewan, Universitas Airlangga.
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
Muladno. 2002. Teknik Rekayasa Genetika. Bogor: Pustaka Wirausaha Muda dan USESE Foundation. Bogor.
Morinha F., Carvalho M., Ferro A., Guedes-Pinto H., Rodrigues R. and Bastos E.
2011 M olecular s exing a nd a nalysis of CHD1-Z and CHD1-W sequence variations i n w ild c ommon qua il ( Coturnix c. coturnix) and domesticated Japanese quail (Coturnix c. japonica). J. Genet. 90, e39–e43.
Newton C. R. and A. Graham. 1994. PCR. UK: Bios Scientific Publishe. Nicholas, F . W. 2004. P engantar k e G enetika Veteriner. T erjemahan: M uladno.
Pustaka Wirausaha Muda, Bogor. Pratiwi R. 2001. Mengenal M etode E lektroforesis. Oseana. Volume X XVI.
Nomer 1: 25-31. Prus S. E. and S.M. Schmutz S. M. 1987. C omparative Efficiency and Accuracy
of Surgical and Cytogenetic Sexing in Psittacines. Avian Dis. 31: 420.4. Questiau., N . Escaravage., M . C. Eybert and P . Taberlet. 2000. Nestling S ex
Ratios in a Population o f B luethroats Luscinia S vecica Inferned from AFLP™ Analysis, Journal of Avian Biology 31: 8-14.
Quinn T.W., F. Cooke and B. N. White. 1990. Molecular Sexing of Geese Using
A Cloned Z to the W Chromosome. Auk, 107: 199-202. Quintana, F., C. L. Gabriela and S. Gustavo. 2008. A Cheap and Quick Method for DNA-based Sexing of Birds. Waterbirds 31 (3) :485-488. Rantam F. A. 2007. Dasar-Dasar Polymerase Chain Reaction. Workshop Aplikasi
PCR di Bidang Kesehatan dan Kedokteran.FKH Unair. Surabaya. Riyadi, W., 2010. P arameter Penting D esain P rimer.
http://sciencebiotech.net/parameter/_penting_desain_primer.htm. [diakses tanggal 08 Februari 2014].
Sambrook J., EF. Fritch and T. Maniatis. 1989. Molecular cloning: A laboratory
manual Vol 1-3 second edition. Cold Spring Harbor Laboratory Press. Cold Spring Harbor.
Sefc K. M., R. B. Payne and M. D. Sorenson : Microsatellite Amplification from
Museum F eather S amples : E ffects of Fragment Size and Template Concentration On Genotyping Errors. The Auk, 2003; 120: 982-989.
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
Smith E. F. G., P. Arctander., J. Fjeldsa and O. G. Amir.
1991. a New Species of Shrike (Laniidae: Laniarius) from Somalia, verified by DNA Sequence Data from The Only Known Individual. Ibis 133: 227-235.
Sulandari S . a nd M. S. A. Z ein. 2003. P anduan P raktis Laboratorium D NA. Bidang Zoologi, Puslit Biologi, LIPI.
Suwarno. 2005. D isertasi: K arakterisasi Molekuler P rotein Serta G en Penyandi
Nucleuprotein dan Glycoprotein Virus R abies da ri B eberapa D aerah Geografik di Indonesia. Program Doktor Ilmu Kedokteran. Program Pasca Sarjana. Universitas Airlangga. Surabaya.
Suwarno. 2007. Isolasi R NA/DNA unt uk T ujuan Identifikasi F ragment/Full
Genom Organisme dengan Polymerase Chain Reaction.Workshop Aplikasi PCR di Bidang Kesehatan dan Kedokteran.FKH Unair.Surabaya.
Swengel S. R. (1996) Special Techniques, C: Sex Determination In: Cranes: Their
Biology, H usbandry, and C onservation; E llis, D .H.; G ee, G.F.; M irande, C.M. E ds.; N ational Biological S ervice/International C rane F oundation: United States of America, pp223-231.
Taberlet et a l. 1996. R eliable G enotyping o f Samples wi th Very Low DNA
Quantities Using PCR. Nuc Acids Res 24: 3189–3194. Viljoen G . J ., L . H . Nel and J. R . C rowther. 2005. M olecular D iagnostic P CR
Handbook. Springer, Dordrecht, Netherland. Widodo W. 2002. Parkit. Jakarta: Penebar Swadaya. Williams J. L . 2005. T he us e of M arker-assisted Selection in Animal B reeding
and Biotechnology. Rev. Sci. Tech. Off. Int. Epiz. 24 (1): 379-391. www.lafeber.com/pet-birds/species/budgie-parakeet. Lafeber C ompany. 2014.
The Parakeet. LafeberCares Web site. Accessed February 5, 2014.
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
L A M P I R A N
Lampiran 1. Bahan Penelitian
Bulu (calamus) yang digunakan sebagai sampel DNA
Proteinase K (A) berfungsi untuk
jaringan yang akan diekstraksi
memotong-motong atau memutus ikatan peptida dari protein-protein sel, Buffer ATL (B) untuk melisiskan
Buffer AW1 (A) dan AW2 (B) digunakan untuk membersihkan dari residu ethanol selama proses pemurnian
calamus
B A
A B
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
Ethanol yang digunakan pada proses ekstraksi
Super Master Mix yang terdiri dari Taq polymerase, DNTPs, PCR reaction buffer, Gel loading buffer
Primer yang digunakan untuk proses PCR yaitu primer P2 dan P8
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
Ethidium Bromide sebagai pewarna fluorescent yang digunakan untuk pewarnaan asam nukleat
Bubuk agarosa digunakan untuk proses elektroforesis
TBE (Tris Borate EDTA) umtuk melarutkan gel agarose
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
Lampiran 2. Alat Penelitian
Microcentrifuge tube eppendorf sebagai penampung DNA pada saat dilakukan isolasi
Collection tube eppendorf tabung yang ada filternya dan digunakan untuk menyaring DNA
Tips (A), dan Mikropipet eppendorf (B) yang digunakan untuk memindahkan secara akurat suatu larutan dalam ukuran yang kecil
A B
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
Vortex (A) dan Spin down (B) untuk homogenisasi pada saat melakukan isolasi DNA
Microcentrifuge (A) dan stavolt (B) digunakan untuk homogenisasi DNA dengan kecepatan yang tinggi.
A B
B A
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
Dry bath Lab stuff yang digunakan untuk inkubasi sampel DNA
Mesin PCR Bio Rad yang digunakan dalam penelitian
Alat elektroforesis
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI
Transiluminator UV yang digunakan untuk visualisasi gel agarose
ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
YUSTISIANTI FITRIANI