ingénieur en développement de logiciels de recherche en imagerie médicale et biologique. 30 oct...
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Ingénieur en développement de logiciels de recherche en imagerie médicale et biologique.
30 oct 2008
Eduardo E. DAVILA S.
Concours : 141 Laboratoire d’intérêt : CREATIS-LRMN
Ville : Villeurbanne
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Concours: 141 Eduardo E. Davila S.
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PLAN
• Expériences et compétences
• Vision du poste
• Conclusion
Formation
Lycée bilingue en anglais / Bogota, Colombie
Universidad de los Andes – Bogotá, Colombie. - 1999 : 2 Diplômes d’ingénieur
- Génie Mécanique. - Génie Informatique. projet - 2002 : Master of Computer Science Générateur d’applications de présentations multimédia 3D
INSA - Lyon, France. - 2002 : D.E.A. Images et Systèmes.
Interface pour le traitement d’images médicales à distance publications: [ISPA'2003] [3DPVT'2002]
Double culture ingénieur/recherche avec une vision internationale(français / anglais / espagnol)
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3/18Expériences et compétences
Expériences en développement logiciel:
~8 ans (France / Colombie)
• En entreprise (Samira Software, Datanex, Theralys, …) ~4 ans multimédia, sites web, traitement d’images médicales
• Au sein du CHU de Lyon, (Hôpital Cardiologique) ~2 ans Développement de l’environnement Maracas
• Laboratoire de recherche multidisciplinaire (CREATIS-LRMN) ~2 ans - Suite logicielle Creatools – BBTK
- Co-développement International de logiciels Collaboration CREATIS-LRMN / UNIANDES
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4/18Expériences et compétences
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Maracas
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MAgnetic Resonance Angiography Computer Assisted analysiS
C++, gdcm, Vtk, Itk, wxWidgets, OSGI, CMake, CVS, Doxygen, windows, linux
Logiciel d’aide à l’analyse d’images médicales 3D
Logiciel interactif 3D pour la visualisation, l’analyse et la quantification de sténoses vasculaires
- IHM conviviale et utilisable par des médecins- Manipulation et traitement d’images 3D - Visualisation de scènes 3D complexes multi objets
Expériences et compétences
- Chef de projet- Élaboration du cahier des charges avec les médecins- Développement, maintenance et évolution du logiciel (2 ans) - Support pour une dizaine de stages, PFE, Master, thèse - Support à la recherche : 11 publications, 22 communications- Co-auteur d’1 publication, 4 communications
- Licences vendues à Hitachi (Japon) à travers Medasys (Paris)
http://www.creatis.insa-lyon.fr/maracas [IJCARS’2007] [INVEMAR’2008] [CARS’2007] [CARS’2006] [CCR’2006]
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Mes contributions à Maracas
6/18Expériences et compétences
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BBTK
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Black
Box
Tool
Kit
C++, Vtk, Itk, wxWidgets, OSGI, XML, HTML, Latex, CMake, CVS, Doxygen, windows, linux
Environnement simple et flexible pour le design/prototypage de nouvelles chaînes de
traitements d’images et de maillages
- Capitalisation, pérennisation et auto-documentation d’algorithmes - Prototypage rapide : description de workflow par langage de script - Mécanisme de plug-in- Images multi-modalités et multi-dimensionnelles - Composants d’interface graphique et widgets évolués
Expériences et compétences
- Développement collaboratif (3 développeurs), maintenance et évolution du logiciel (2 ans)
- Élaboration du cahier des charges avec les chercheurs
- Conception et développement de la couche basse de la librairie
- Responsable du développement de modules de haut niveau
- Support d’une dizaine de stages, PFE, Master, thèse
- Evaluation dans le cadre du REX Européen (Virtual Physiological Human) du programme TIC (FP7)
http://www.creatis.insa-lyon.fr/creatools/bbtk Concours: 141 Eduardo E. Davila S.
Mes contributions à BBTK
8/18Expériences et compétences
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Communication de savoir faire
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• Coauteur de 7 publications/communications
• Enseignement ~100 heurs UNIANDES, atelier de programmation, algorithmique (35 étud.) INSA, TP et TD, UML, programmation orientée objet (60 étud.)
• Formation interne et documentation des outils développés par l’équipe informatique.
• Suivi des étudiants• Suivi informatique de thèses (8 étudiants)• Suivi et formation des stages informatiques (12 étudiants)
dont 7 par visioconférence UNIANDES / CREATIS-LRMN
Expériences et compétences
CREATIS–LRMN Missions de l’Equipe Informatique
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10/18Vision du poste
• Définition d’un cadre commun de développement logiciel en adéquation avec les besoins :
prototypage, démonstration, évaluation, usage clinique
• Aide aux développements logiciels
• Support et formation aux outils de développement
CREATIS–LRMN Centre de recherche en imagerie médicale
180 personnes
Acquisition d’images
Traitementd’images
Interprétationcliniques
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11/18Vision du poste
Acquisition d’image
Traitementd’image
Interprétationclinique
Chaîne detraitement
Dev
. lo
gici
elChaîne de traitement vs
besoin de développement logiciel
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12/18Vision du poste
Développement d’applications
Acquisition d’image
Traitementd’image
Interprétationclinique
Chaîne detraitement
Dev
. lo
gici
elChaîne de traitement vs
besoin de développement logiciel
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Développement d’applications Développement de librairies
Vision du poste
BBTK
• Pérennisation • Mutualisation• Factorisation
CREATIS–LRMN Missions de l’Equipe Informatique
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14/18Vision du poste
• Définition d’un cadre commun de développement logiciel en adéquation avec les besoins :
prototypage, démonstration, évaluation, usage clinique
• Aide aux développements logiciels
• Support et formation aux outils de développement
• Simplification de la gestion de logiciels:• Pérennisation • Mutualisation• Factorisation
Librairies de développement– Librairie IDO~1992 : Collection de fonctions de traitement– DaVaW~2001 : Collection de widgets sophistiqués
Applications de traitement d’images– CreaTools Python ~2003 (DaVaW)
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - – BBTK ~2006
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
– Maracas ~2004– CreaTools suite ~2008 (BBTK)
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15/18Vision du poste
Mon Savoir faire
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Conclusion
16/18Conclusion
• Ma motivation :• Apporter mon savoir faire à la recherche• Utiliser l’informatique et les mathématiques comme outils afin d’aider à résoudre de forts enjeux pour la société (médecine)
• Mes atouts pour accomplir avec succès les missions attribuées à ce poste
• Expérience & savoir faire technique • Sens des relations et de l’écoute • Communication internationale et multidisciplinaire• Goût pour la formation et la transmission de compétences• Mon grand enthousiasme
PublicationsPUBLICATIONS DANS DES REVUES A COMITÉ DE LECTURE
• [IJCARS’2007] Carrillo J.F., Hernández Hoyos M., Dávila E.E., Orkisz M. Recursive tracking of vascular tree axes in 3D medical images. Int J Comp Assisted Radiol Surg, 2007; 1(6): 331-339.
COMUNICATIONS DANS DES COLLOQUES INTERNATIONAUX AVEC ACTES
• [INVEMAR’2008] Ardila N, Hernández Hoyos M, Teillaud S, Orkisz M, Dávila E, Beuf O, Adrien J, Martínez F., Rey C, Sánchez JA. Estudio no destructivo de los canales internos de octocorales por medio del análisis de imágenes
biológicas y médicas. Libro de resumenes del XII Seminario Nacional de Ciencia y Tecnología del Mar, v.1. p.155, Santa Marta, Colombia
• [CARS’2007] Zuluaga M.A., Dávila E.E., Uriza L.F., Hernández Hoyos M. Carotid artery segmentation and characterization in 3D computed tomography (CT) images. Computer Assisted Radiology and Surgery (CARS), June 27 - 30 2007, Berlin, Germany.
• [CARS’2006] Carrillo J.F., Hernández Hoyos M., Dávila E.E., Orkisz M. Vascular Tree Extraction from 3D Images. In: Computer Assisted Radiology and Surgery (CARS), June 28 - July 1, 2006, Osaka, Japan.
• [CCR’2006] Carrillo J.F., Hernández Hoyos M., Dávila E.E., Orkisz M. Segmentación y visualización arterial en ARM y TAC 3D. In: XXXI Congreso Colombiano de Radiología, Octubre 12 – 15, 2006, Cartagena de Indias, Colombia.
• [ISPA'2003] J. Montagnat, Davila-Serrano E.E., and I.E. Magnin. Efficient visualization of 3D medical scenes for remote interactive applications. In: ISPA'03, Roma, Italy, 2003.
• [3DPVT'2002] J. Montagnat, Davila-Serrano E.E., and I.E. Magnin. 3D objects visualization for remote interactive medical applications. In: 3D Data Visualization, Processing, and Transmission (3DPVT'02), Padova, Italy, pages 75-48, 2002.
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Merci
pour votre attention …
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CREATIS-LRMNAcquisition d’images
• Imagerie Ultrasonore • Imagerie et Méthodologie Exploratoires en RMN • Imagerie RMN et Optique • Imagerie Spectroscopique en RMN
Traitement d’images• Imagerie Dynamique • Imagerie Volumique
Interprétation clinique• Imagerie Morphologique et Fonctionnelle (Ischémie Myocardique, Lumière et Paroi Vasculaire , Ischémie Cérébrale, Réponse Pulmonaire à l’Agression)• Microarchitecture et Tissus Osseux
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Vision du poste
8 équipes de recherche 180 personnes
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Vision du poste
Problèmes:- Connexion entre les modules difficile - Maîtrise de l’informatique nécessaire
Avantages:- Capitalisation du travail du laboratoire- Génération des interfaces rapide & simple- Documentation automatique
Problématique
//
Application
withEx. script définition
Module A
Module B
Module C
Module C
Module A Box A Box B Box C
ApplicationEx. Maracas - Creatools Python BBTK
Module B
Avant Aujourd'hui
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Images
Collaboration avecL’ECAM pour la
visualisation en stéréo
Images• img 2.3.A : Modèle 3D d’une hanche pathologique. Le modèle a été
repris pour un logiciel de CAO afin de produire une prothèse adaptée
• img 2.4.A : Segmentation d’une dissection aortique
• img2.6.C : Bifurcation de canaux de corail
• img 2.7.A : Image d’un cheveu acquise avec un scanner de haute résolution
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Img 2.3.A img 2.6.C img 2.4.A img 2.7.A
Images
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Images
img 2.3.A : Modèle 3D d’une hanche pathologique. Le modèle a été repris pour un logiciel de CAO afin de
produire une prothèse adaptée
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Images
img2.6.C : Bifurcation de canaux de corail
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Images
img 2.4.A : Segmentation d’une dissection aortique
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img 2.7.A : Image d’un cheveu acquise avec un scanner de haute résolution
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Maracas IRM Quantification
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