Isolasi DNA memiliki dua prinsip, yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Prinsip utama sentrifugasi adalah memisahkan substansi berdasarkan berat jenis molekul dengan cara memberikan gaya sentrifugal sehingga substansi yang lebih berat akan berada di dasar, sedangkan substansi yang lebih ringan akan terletak di atas. Prinsip presipitasi adalah pengendapan DNA agar terpisah dari zat lain yang terdapat dalam sel (Kimball 2005: 4;Kent & Carr 2001: 317).Sentrifugasi merupakan salah satu metode dasar yang Sangat penting dalam studi biologi sel maupun molekular. Sentrifugasi tidak hanya berguna untuk memisahkan sel atau organel subselular, melainkan juga digunakan untuk pemisahan molekular. Teknik sentrifugasi pada pengisolasian DNA berfungsi untuk memisahkan DNA dari zat lain dalam sel berdasarkan berat molekulnya.Teknik sentrifugasi tersebut dilakukan mengunakan alat yang berupa rotor yang digerakan oleh motor elektrik yang merupakan tempat berpegangnya tabung yang akan disentrifugasi. Pergerakan mesin sentrifugasi berhubungan dengan massa, kerapatan dan usuran dari molekuk yang disentrifugasi, serta massa , kerapatan dan viskositas dari lingkungan larutan (Triwibowo2005: 33; Wolfe 1995: 124).

Isolasi DNA dapat juga dilakukan pada khamir. Khamir adalah fungi uniseluler yang menempati habitat cair dan lembab.Khamir bereproduksi secara aseksual dengan cara pembelahan sel sederhana atau dengan cara melepaskan sel tunas dari sel induk.Beberapa khamir juga bereproduksi secara seksual, yaitu dengan cara mementuk aski atau basidia(Campbelldkk. 2003: 193).

Tabung yang telah diinkubasi selanjutnya disentrifugasi.Prinsip kerja sentrifugasi berhubungan dengan massa, kerapatan, dan bagian struktur atau molekul yang disentrifugasi serta berhubungan dengan massa, kerapatan dan kekentalan larutan.Berdasar berat molekulnya, maka akan dihasilkan dua bagian yang mudah untuk dipisahkan. Dua bagian tersebut terdiri dari supernatan dan pelet.Supernatan adalah bagian yang berat molekulnya ringan dan terdapat pada bagian atas tabung sedangkan pelet adalah bagian yang berat molekulnya lebih berat dan terdapat pada bagian dasar tabung.Sebelum disentrifugasi, tabung ditutup terlebih dahulu menggunakan parafilm.Hal tersebut dilakukan untuk mencegah tumpahnya isi tabung saat disentrifugasi (Boyer 1993 191--196).