küçük hücreli dışı akciğer kanserinde nfkbia gen polimorfizminin rolünün...
DESCRIPTION
Küçük Hücreli Dışı Akciğer Kanserinde NFKBIA Gen Polimorfizminin Rolünün Araştırılması. Farangiz Ghodrati 1 , Gökhan Özkan 2 , Engin Aynacı 3 , Yasemin Müşteri Oltulu 2 , Ender Coşkunpınar 2 , Pınar Yıldız 3 , İlhan Yaylım 2 - PowerPoint PPT PresentationTRANSCRIPT
Küçük Hücreli Dışı Akciğer Kanserinde NFKBIA
Gen Polimorfizminin Rolünün Araştırılması
Farangiz Ghodrati1, Gökhan Özkan2, Engin Aynacı3, Yasemin Müşteri Oltulu2, Ender Coşkunpınar2, Pınar Yıldız3, İlhan Yaylım2
1Fatih Üniversitesi, Genetik ve Biyomühendislik Bölümü, İstanbul2İstanbul Üniversitesi DETAE Moleküler Tıp AD, İstanbul
3Yedikule Göğüs Hastalıkları ve Göğüs Cerrahisi EAH, İstanbul
Giriş ve Amaç
Akciğer kanseri tüm dünyada kansere bağlı ölümler arasında ilk sırada gelmekte ve dünya genelinde her yıl yaklaşık 1,4 milyon kişinin ölümüne neden olmaktadır.
Hastaların sadece % 15’inde yaşam süresi 5 yıl
Hastalığın genetik, moleküler ve biyolojik özelliklerinin ortaya konması, uzun süreli sağkalımı belirleyebilecek ve hedefe yönelik tedavi imkanı sağlayabilecek yeni prognostik faktörler bulunması gerekmektedir.
Akciğer Kanseri - Giriş
Tüm kanser olgularının % 23’lük kısmını oluşturan akciğer kanseri tüm kanser ölümlerinin de % 19,4’unden sorumludur.
NFκBIA genindeki 3'UTR varyasyonunun IκB proteininin fonksiyonunda veya yapısında bir eksiklik oluşturduğu düşünülmektedir.
Bu nedenle günümüzde NF-κB aktivitesini bloke eden yeni ilaçların geliştirilmesi, birçok laboratuar ve ilaç şirketinin ana hedefi haline gelmiştir.
NF-κB – IκB Kompleksi
IκB proteini NF-κB molekülündeki NLS dizisini maskeleyerek çekirdeğe girmesini engeller.
IκB proteinlerinin yıkılması ise serin-spesifik IĸB kinaz (IKK) yolağı ile olur.
NFκBIA
İnsan NFκBIA (IκBα) geni 3,5 kb uzunluğunda,6 ekzon içermekte14q13 kromozom bölgesinde lokalize
bulunmaktadır.
NFκBIA (IκBα), NF-κB transkripsyon faktörünün inhibitörüdür.
Bu protein NFκB transkripsiyon faktörüne bağlanarak onun nucleousa taşınmasını ve DNA’ya bağlanmasını bloke etmektedir.
NFκBIA 3 kısımdan oluşur; N terminal domain, 30-33 aminoasitlik kopyalardan (6 kopya) oluşan ankirin tekrar
domaini v prolin-glutamat-serin-treonin amino asitlerince zengin C-terminal
(PEST) bölgelerinden oluşur. Hücrelere gelen tüm sinyaller, serin-spesifik IκB kinaz enziminin
NFκBIA’nın N-terminal ucundaki iki spesifik serin bölgesini (S 32 ve S 36) fosforile etmesine yol açar. Böylece NFκBIA yıkılımı gerçekleşerek NF-κB aktive edilir.
NFκBIA genindeki 3'UTR varyasyonunun IκB proteininin fonksiyonunda veya yapısında bir eksiklik oluşturduğu düşünülmektedir.
NFκB’nin inhibitörü olan NFκBIA proteinin disfonksiyonu NFκB aktivasyonunu arttırır bunun sonucu olarak da NFκB’nin karsinogenezde etkin olduğu düşünülmektedir.
Bu çalışmada KHDAK hastalarında NFκBIA 3’UTR A→G polimorfizmi incelendi.
Song S, PLoS One. 2011;6(6):e21726.
Materyal - Metod
Yedikule Göğüs
hastalıkları
İ.Ü.
DETAEDNA
İzolasyonu
PCREnzim Kesimi
UV
Görüntüleme
İstatistik Analiz
NFκBIA -3’ UTR A→G gen bölgesi PCR'ı final volümde 25 µl olacak şekilde ve primerlerin herbiri 10 pmol, 10 mmol dNTP, 2.5 U Taq DNA polimeraz (fermentas), içinde 10 mmol/l Tris-HCL (pH:8.3) 50mmol/l KCL ve 1.5 mmol/l MgCl2 olan buffer kullanılarak hazırlandı.
NFκBIA -3’ UTR A→G polimorfizmi
HaeIII enzimi
PCR ürünleri 20 µl final hacimde HaeIII restriksiyon enzimi ile kesildi.Enzim kesimi için 0,5 µl enzim kullanıldı. 37ºC’de 1 gece inkübe edildi.
NFκBIA geni fragmanının HaeIII restriksiyon enzimi ile kesilmesi sonucu elde edilen bant profillerinin agaroz jel elektroforezi (%3) sonrası görünümü1. kuyucuk, Marker; 2. ve 4. kuyucuklar, NF-ĸBIA mutant homozigot GG genotipi; 3. kuyucuk, yabanıl tip homozigot AA genotipi; 5. ve 6. kuyucuklar, heterozigot AG genotipi
KHDAK grubu Kontrol grubu
N=95 % N=99 % p değeri
Genotip
AA 17 17,90 21 21,21 0,844
AG 45 47,36 45 45,46
GG 33 34,74 33 33,33
Allel
A 79 41,58 87 43,94 0,638
G 111 58,42 111 56,06
BULGULAR
Genotip ve allel dağılımları bakımından hasta ve kontrol grubu sonuçları
• NFκB’nin inhibitörü olan proteinin disfonksiyonu NFκB aktivasyonunu artırır bunun sonucu olarak da NFκB’nin karsinogenezde etkin olduğu düşünülmektedir.
• Literatürde NFκBIA 3’UTR A→G polimorfizmlerinin incelendiği birçok çalışma bulunmaktadır.
Sonuç ve Tartışma
Yazar-Yıl Populasyon Hastalık Sonuç
Hong ve ark (2007) Yeni Zelanda Crohn Hastalığı
İlişkisiz
Szamosi ve ark (2009 Macar Crohn Hastalığı GG genotipi risk faktörü p=0,002
White ve ark (2009) Amerika Epitelyal Over Kanseri İlişkisiz
Romzova ve ark (2006) Çek-Alman Tip 2 DM AA genotipi risk faktörü p=0,0015
Gao ve ark (2007)
Çin Koleraktal Kanser AG genotipi risk faktörü p=0,001
İsveç Koleraktal Kanser GG genotipi kötü prognoz
Bu ve ark (2007) İsveç Melonama
GG genotipi risk faktörü p=0,014
NF-κB1 -94 ins/del polm.DD genotipi risk faktörü
p=0,032
Sonuç ve Tartışma
Çalışmamız sonucunda NFκBIA 3’ UTR A→G Genotip ve allel dağılımları bakımından hasta ve kontrol grupları arasında istatistiksel anlamlı bir fark olmadığı tespit edidi.
Bu çalışma Türk popülasyonunda KHDAK hastalarında NFκBIA 3'UTR A→G polimorfizminin incelendiği ilk çalışmadır.
TEŞEKKÜRLER
Gökhan Özkan, MScEngin Aynacı, MDYasemin Müşteri Oltulu, PhDPınar Yıldız, MDEnder Coşkunpınar, PhDİlhan Y. Eraltan, PhD