DBCLS のサービスを利用した　非モデル生物のデータ解析およびデータベース構築

Hiromi Kanegae1, Takeshi Kanegae2

1 Database Center for Life Science,2 Tokyo Metropolitan University

DBCLS services facilitate large-scale data analyses and

database development process of non-model organisms

mbsj2013Molecular biology in the brandnew research style that makes full use of public database

12013年12月7日土曜日

Live

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Lyco

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illus

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Seed

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Arab

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iana

vascular plantnon-flowering plant

22013年12月7日土曜日

Live

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Seed

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iana

vascular plantnon-flowering plant

22013年12月7日土曜日

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Seed

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vascular plantnon-flowering plant

22013年12月7日土曜日

Live

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Seed

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vascular plantnon-flowering plant

22013年12月7日土曜日

Live

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Lyco

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vascular plantnon-flowering plant

22013年12月7日土曜日

Live

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© 2011 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本

Togo picture gallery

vascular plantnon-flowering plant

22013年12月7日土曜日

Live

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Seed

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Arab

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© 2011 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本

Togo picture gallery

vascular plantnon-flowering plant

22013年12月7日土曜日

Maidenhair fern

Adiantum capillus-veneris

TST385,198 clonesProthallia

YMU024,456 clonesSporophytes

n

YMU0110,420 clonesProthallia (normalized)

n 2n

TST3910,466 clonesProthallia with plantlets

2n

n

32013年12月7日土曜日

EST submission

42013年12月7日土曜日

EST submission

42013年12月7日土曜日

Model organism databases

52013年12月7日土曜日

Model organism databases

http://www.arabidopsis.org/Arabidopsis thaliana

52013年12月7日土曜日

Model organism databases

http://www.arabidopsis.org/Arabidopsis thaliana

52013年12月7日土曜日

Model organism databases

DIY non-model organism database

http://www.arabidopsis.org/Arabidopsis thaliana

52013年12月7日土曜日

Model organism databases

DIY non-model organism database

http://www.arabidopsis.org/Arabidopsis thaliana

Adiantum capillus-veneris http://togodb.dbcls.jp/acest/

52013年12月7日土曜日

Model organism databases

DIY non-model organism database

http://www.arabidopsis.org/Arabidopsis thaliana

Adiantum capillus-veneris http://togodb.dbcls.jp/acest/

52013年12月7日土曜日

DBCLS TogoDB database hosting serviceTogoDB is a simple database application for

creating simple online databases.

62013年12月7日土曜日

DBCLS TogoDB database hosting serviceTogoDB is a simple database application for

creating simple online databases.

62013年12月7日土曜日

DBCLS TogoDB database hosting serviceTogoDB is a simple database application for

creating simple online databases.

表形式のデータをCSV形式でインポートするだけ

62013年12月7日土曜日

DBCLS TogoDB database hosting serviceTogoDB is a simple database application for

creating simple online databases.

DBCLSのサーバーでホスティングし、安定運用 表形式のデータをCSV形式でインポートするだけ

62013年12月7日土曜日

DBCLS TogoDB database hosting serviceTogoDB is a simple database application for

creating simple online databases.

サーバー運用費が不要 DBCLSのサーバーでホスティングし、安定運用 表形式のデータをCSV形式でインポートするだけ

62013年12月7日土曜日

Adiantum capillus-veneris EST

72013年12月7日土曜日

Adiantum capillus-veneris EST

72013年12月7日土曜日

Adiantum capillus-veneris EST

陸上植物の形態形成遺伝子の解析

72013年12月7日土曜日

Adiantum capillus-veneris EST

陸上植物の形態形成遺伝子の解析

・BLAST検索を手がかりにすることで、オーソログである可能性の高い遺伝子を探し出 す・KAAS(KEGG Automatic Annotation Server)を用いてKO(KEGG ORTHOLOGY) を自動的にアサイン

72013年12月7日土曜日

Adiantum capillus-veneris EST

陸上植物の形態形成遺伝子の解析

・BLAST検索を手がかりにすることで、オーソログである可能性の高い遺伝子を探し出 す・KAAS(KEGG Automatic Annotation Server)を用いてKO(KEGG ORTHOLOGY) を自動的にアサイン

遺伝子対応表を作成72013年12月7日土曜日

Arabidopsis thaliana (種子植物)

Physcomitrella patens (コケ植物蘚類)

Selaginella moellendorffii (シダ植物小葉類)

Adiantum capillus-veneris (シダ植物シダ類）

BLAST検索→ベストヒットの抽出

82013年12月7日土曜日

Arabidopsis thaliana (種子植物)

Physcomitrella patens (コケ植物蘚類)

Selaginella moellendorffii (シダ植物小葉類)

Adiantum capillus-veneris (シダ植物シダ類）

BLAST検索→ベストヒットの抽出

82013年12月7日土曜日

Arabidopsis thaliana (種子植物)

Physcomitrella patens (コケ植物蘚類)

Selaginella moellendorffii (シダ植物小葉類)

Adiantum capillus-veneris (シダ植物シダ類）

BLAST検索→ベストヒットの抽出

82013年12月7日土曜日

http://motdb.dbcls.jp/

92013年12月7日土曜日

http://motdb.dbcls.jp/Master of the database データベース達人

92013年12月7日土曜日

http://motdb.dbcls.jp/Master of the database データベース達人

92013年12月7日土曜日

http://motdb.dbcls.jp/?AJACS32%2Fbono

AJACS(All Japan Annotator/Curator/System DB administrator)

102013年12月7日土曜日

http://motdb.dbcls.jp/?AJACS32%2Fbono

AJACS(All Japan Annotator/Curator/System DB administrator)

102013年12月7日土曜日

http://motdb.dbcls.jp/?AJACS32%2Fbono

AJACS(All Japan Annotator/Curator/System DB administrator)

102013年12月7日土曜日

http://togotv.dbcls.jp/ja/Local BLAST

112013年12月7日土曜日

122013年12月7日土曜日

CONSTITUTIVE PHOTOMORPHOGENIC 1 (COP1)

光形態形成抑制タンパク質

122013年12月7日土曜日

CONSTITUTIVE PHOTOMORPHOGENIC 1 (COP1)

光形態形成抑制タンパク質

122013年12月7日土曜日

CONSTITUTIVE PHOTOMORPHOGENIC 1 (COP1)

光形態形成抑制タンパク質

種子植物・シダ植物・コケ植物に共通122013年12月7日土曜日

CONSTITUTIVE PHOTOMORPHOGENIC 1 (COP1)

光形態形成抑制タンパク質

種子植物・シダ植物・コケ植物に共通122013年12月7日土曜日

KAAS (KEGG Automatic Annotation Server) Bidirectional Best Hits に基づき自動的にKOをアノテーション

132013年12月7日土曜日

KAASの解析結果

142013年12月7日土曜日

KAASの解析結果

142013年12月7日土曜日

KAASの解析結果

142013年12月7日土曜日

KAASの解析結果

142013年12月7日土曜日

TogoWSによるエントリ取得機能の利用http://togows.dbcls.jp/site/ja/rest.html

152013年12月7日土曜日

TogoWSによるエントリ取得機能の利用

情報を取得できるURLの一覧

http://togows.dbcls.jp/site/ja/rest.html

152013年12月7日土曜日

TogoWSによるエントリ取得機能の利用

情報を取得できるURLの一覧

http://togows.dbcls.jp/site/ja/rest.html

例) 遺伝子IDからDefinitionを一括して取得可能http://togows.dbcls.jp/entry/nucleotide/AB018442/definition

152013年12月7日土曜日

KOのIDのリストから関連する情報を取得

162013年12月7日土曜日

KOのIDのリストから関連する情報を取得

162013年12月7日土曜日

KOのIDのリストから関連する情報を取得

162013年12月7日土曜日

KOのIDのリストから関連する情報を取得

162013年12月7日土曜日

KOのIDのリストから関連する情報を取得

データベース名

162013年12月7日土曜日

KOのIDのリストから関連する情報を取得

データベース名 ID

162013年12月7日土曜日

KOのIDのリストから関連する情報を取得

データベース名 ID 項目

162013年12月7日土曜日

KOのIDのリストから関連する情報を取得

データベース名 ID 項目

162013年12月7日土曜日

KOのIDのリストから関連する情報を取得

データベース名 ID 項目

162013年12月7日土曜日

KOのIDのリストから関連する情報を取得

データベース名 ID 項目

162013年12月7日土曜日

KOのIDのリストから関連する情報を取得

URLにデータベース名やそのエントリを追加するだけで、簡単にそのデータベースから欲しい情報を得ることができる

データベース名 ID 項目

162013年12月7日土曜日

Open Refine+TogoWS REST

KEGG Orthology のリストからそれぞれのエントリーに関連する情報を一括取得

172013年12月7日土曜日

Open Refine+TogoWS REST

KEGG Orthology のリストからそれぞれのエントリーに関連する情報を一括取得

172013年12月7日土曜日

Open Refine+TogoWS REST

KEGG Orthology のリストからそれぞれのエントリーに関連する情報を一括取得

172013年12月7日土曜日

Open Refine+TogoWS REST

KEGG Orthology のリストからそれぞれのエントリーに関連する情報を一括取得

172013年12月7日土曜日

Open Refine+TogoWS REST

KEGG Orthology のリストからそれぞれのエントリーに関連する情報を一括取得

Pathway情報を取得表をダウンロード

172013年12月7日土曜日

KEGG OrthologyからPathwayの解析

182013年12月7日土曜日

KEGG OrthologyからPathwayの解析

182013年12月7日土曜日

Selaginella moellendorffii (シダ植物小葉類)

Adiantum capillus-veneris(シダ植物シダ類）

Physcomitrella patens

(コケ植物蘚類)

Arabidopsis thaliana (種子植物)

COP1 PHOT EID FT X

1 2 1 1 2

1 2 1 0 1

2 2 1 0 0

9 6 3 0 0

LightSignaling

LightSignaling

LightSignaling Flowering Shoot

meristem

形態形成遺伝子対応表を作成

192013年12月7日土曜日

データベース構築のメリット

202013年12月7日土曜日

遺伝子の解析に利用可能

データベース構築のメリット

202013年12月7日土曜日

遺伝子の解析に利用可能

データベース構築のメリット

研究データの共有が可能

202013年12月7日土曜日

遺伝子の解析に利用可能

共同研究の可能性

データベース構築のメリット

研究データの共有が可能

202013年12月7日土曜日

遺伝子の解析に利用可能

共同研究の可能性

データベース構築のメリット

研究データの共有が可能

　新たな発見の可能性

202013年12月7日土曜日