microarreglos de dna

MICROARREGLOS DE DNA

UNA HERRAMIENTA

PARA DETECCIÓN

Y DIAGNÓSTICO

Que es un microarreglo??

Glucosa

2 hr + Glucosa 2 hr + Etanol

RNA total

cDNA

Cy5

RNA total

cDNA

Cy3

Uso principal de los

Microarreglos de DNA

Síntesis de cDNA

Incorporación

indirecta de marca fluorescente

Alexa555

Alexa647

Cy3

Cy5

AISLAMIENTO

DE RNA TOTAL

SÍNTESIS Y

MARCADO

DE cDNA

PREHIBRIDIZACIÓN

HIBRIDIZACIÓN

LAVADO

LECTURA

Cy3 Cy5 +

http://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html

GENE EXPRESSION PATTERNS OF

BREAST CARCINOMAS

DISTINGUISH TUMOR SUBCLASSES

WITH CLINICAL IMPLICATIONS

Therese Sørliea, et al.

PNAS September 11, 2001 vol. 98 no. 19 10869–10874

Arreglo para genes específicos

Ejemplo de hibridización de un chip

diagnóstico para clasificar pacientes

por su firma genética para una patología


PARA DETECCIÓN

DE PATÓGENOS

DNA genómico E. coli

5´ 3´

sonda

DNA genómico C. jeyuni

5´ 3´

sonda

DNA genómico L. monocitogenes

5´ 3´

sonda

DNA genómico Salmonella spp

5´ 3´

sonda

Diseño de sondas

DNA genómico E. coli

5´ 3´

DNA genómico C. jeyuni

5´ 3´

DNA genómico L. monocitogenes

5´ 3´

DNA genómico Salmonella spp

Obtención de DNA marcado

5´ 3´

Hibridización

Ejemplo de hibridización de chip diagnóstico para clasificar bacterias por su firma genética

Formato de chip de 16 retículas


PARA DETECCIÓN

DE OGMs

Exploración – tamizaje

(determinar si el promotor o el terminador están presentes)

BAJA

ALTA

Esp

ecif

icid

ad

del

bla

nco

Blanco específico del Gen

Construcción específica

(no importa la combinación de primers hay que asegurar que esta la construcción)

Blanco específico

(hay que asegurar que el evento esta inserto en la planta de acuerdo a los expedientes de los

desarrolladores, las secuencias que ellos proporcionan)

ORGANISMO ORGANISMO TRANSGEN

2.5 mm

2.5

mm

ORGANISMO ORGANISMO TRANSGEN

Organismo y/o Evento 01










PRUEBA DUPLICADO

Maíz, MON-00810-6

Maíz, MON-00603-6

Maíz, MON-00863-5

Maíz, MON-00863-5

Maíz, DAS-01507-1

Maíz, DAS-01507-1

Soya, MON-04032-6

Soya, MON-04032-6

Soya, DP-356043-5

Soya, DP-356043-5

PRUEBA DUPLICADO

B. thuringensis s. kur-cry1AB

Agrobacterium sp-CP4 cp4

B. thuringensis s. kum-cry3Bb1

E. coli-ntpII

B. thuringensis v. Aiz-cry1F

S. viridochromognes-pat

Agrobacterium sp-5eno3P

E. coli-ntpII

B. licheniformis-gat4601

Glycine max-gm-hra

Maíz-Control Maíz-MON863-5

O P A Tg Tr O P A Tg Tr

Hasta 1000 sondas por arreglo

16 muestras individuales

Idénticas condiciones de:

Hibridización

Lavado

Lectura

Desventajas; se deben procesar

las 16 muestras al mismo tiempo

Prototipo visual para la distribución de sondas

en microarreglos para detección y diagnóstico

Formatos de chip múltiple, para la prueba simultanea de muestras

1000 sondas


1000 sondas


http://microarrays.ifc.unam.mx/

UNIDAD DE MICROARREGLOS DE DNA

UNAM

INSTITUTO DE FISIOLOGÍA CELULAR

Ciudad Universitaria D.F. AP70242. CP04510

Tel. 56225753 FAX 56225630

e-mail [email protected]

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