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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 1
Università del Piemonte Orientale
Corso di Laurea in Biotecnologie Mediche
Corso di Statistica Medica
I modelli di studio
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 2
Modelli di studio
• Sperimentale • Osservazionale / Epidemiologico
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 3
Modelli di studio• Sperimentale
– Lo sperimentatore:– determina un’esposizione e
ne studia gli effetti– assegna le ‘unità
sperimentali’ ai diversi trattamenti.
– definisce modalità e durata dei trattamenti.
– definisce il numero di unitàsperimentali per ciascun trattamento.
• Osservazionale– Il ricercatore:– osserva gli effetti di
esposizioni/trattamenti– non può influire
sull’assegnazione dei soggetti
– non può influire sulle modalità di esposizione
– il numero di soggetti eleggibili dipende dalla frequenza degli eventi
– non può aumentare il numero di soggetti eleggibili
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 4
Modelli di studio
• Sperimentale
– Studi in Laboratorio– Sperimentazione
clinica
• Osservazionale / Epidemiologico– Survey– Studio trasversale– Studio prospettico o
di coorte– Studio retrospettivo o
caso-controllo
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Disegno statistico degli esperimenti
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• Principi del disegno sperimentale– Replicazione, – Randomizzazione– Blocchi– Ortogonalità
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• Principi del disegno sperimentale– Replicazione -Alla base della misura precisa della
variabilità e dell'effetto
-Potenza dello studio
-Risorse
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trattamentosoggetto 1 2
1 8,4 9,42 12,8 15,23 9,6 9,14 9,8 8,85 8,4 8,26 8,6 9,97 8,9 9,08 7,9 8,1
tot 74,4 77,7media 9,30 9,71
Replicazioni
Il caso di uno studio con misure ripetute: qui le replicazioni sono i diversi soggetti inclusi
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varietà
A B C D E F
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
20 20 20 20 20 20
Il caso di uno studio sul confronto tra diverse varietàdi piante. Qui le replicazioni sono i semi che sono
stati piantati
Numero di repliche
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• Principi del disegno sperimentale– Replicazione, – Randomizzazione– Blocchi– Ortogonalità
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Selezione
Randomizzazione
Trattamento A
Trattamento B
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-Obiettivo è l’eliminazione delle distorsionisistematiche (bias)
- L’assegnazione del trattamento ad un individuoè fatta dal caso, non dal ricercatore
-Deve essere condotta con metodi appropriati(assegnazione casuale, secondo i metodidescritti nella lezione sul campionamento)
-E’ alla base della stima accurata della variabilitàcasuale
Randomizzazione
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• Principi del disegno sperimentale– Replicazione, – Randomizzazione– Blocchi– Ortogonalità
-Controllo dei fattori estranei di variazione
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Blocking (Stratificazione!)
molto secco secco umido molto umido
Studio della fertilità di diverse varietà di piante(A, B, C, D, E, F)
In un terreno non omogeneo per quanto riguardal’umidità.
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semente A B C D E F Blocco=1 / molto secco Blocco=2/ secco Blocco=3 / umido Blocco=4 / molto umido
Blocchi (stratificazione)
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semente A B C D E F 5 5 5 5 5 5 Blocco=1 / very dry 5 5 5 5 5 5 Blocco=2/ dry 5 5 5 5 5 5 Blocco=3 /wet 5 5 5 5 5 5 Blocco=4 / very wet
Replicazioni e blocchi
Numero di repliche distribuite in ciascun blocco
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I blocchi dovrebbero essere:
• Uniformi al loro interno
• Quanto più possibile diversi tra loro
• In queste condizioni i blocchi spieganoquanto più possibile della variabilità dellarisposta e quindi minimizzano la varianzaresidua (Error Mean Square)
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• Principi del disegno sperimentale– Replicazione, – Randomizzazione– Blocchi– Ortogonalità
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Varietà A B C D E F Molto secco Secco Umido Molto umido
Ortogonalità nel caso di variabilicategoriche
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Varietà A B C D E F Molto secco Secco Umido Molto umido
Ortogonalità nel caso di variabilicategoriche
In una tabella chepresenta la frequenza di
osservazioni per le diverse
combinazioni delledue variabili, ciascuna cella
dovrebbe contenerelo stesso numero di
osservazioni.
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Varietà A B C D E F 5 5 5 5 5 5 Molto secco 5 5 5 5 5 5 Secco 5 5 5 5 5 5 Umido 5 5 5 5 5 5 Molto umido
Ortogonalità nel caso di variabilicategoriche
In una tabella dellafrequenza di
osservazioni per le diverse
combinazioni delledue variabili, ciascuna cella
dovrebbe contenerelo stesso numero di
osservazioni.
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 22
Varietà A B C D E F 5 5 2 5 5 5 Molto secco 5 5 5 5 5 5 Secco 5 5 5 5 5 5 Umido 5 2 5 5 1 5 Molto umido
Ortogonalità nel caso di variabili categoriche
Se non è così, conoscendo il valore
di una delle due variabili cambia
anche la distribuzione diprobabilità deivalori dell’altra
variabile
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Varietà A B C D E F 5 5 2 5 5 5 Molto secco 5 5 5 5 5 5 Secco 5 5 5 5 5 5 Umido 5 2 5 5 1 5 Molto umido
Ortogonalità nel caso di variabili categoriche
In tal caso ho unasituazione di ‘non ortogonalità’ (o confondimento).
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Ortogonalità nel caso di variabili categoriche:cosa significa mancanza di ortogonalità
a b cstrati 1 10 10 10
2 10 10 103 10 10 104 10 10 10
numero 40 40 40
Trattamenti
Vogliamo studiare l’effetto di tre diversi trattamenti (a, b, c) applicati a quattro diverse categorie di persone (strati 1, 2, 3, 4). Includiamo 40
persone per trattamento, distribuite in 10 per ogni strato.
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Ortogonalità nel caso di variabili categoriche:cosa significa mancanza di ortogonalità
a b cstrati 1 100 100 100
2 200 200 2003 300 300 3004 400 400 400
Trattamenti
In realtà i tre trattamenti non presentano nessuna differenza tra di loro. Invece i quattro gruppi di persone sono tra loro molto diversi.
La tabella presenta il valore medio misurato dopo il trattamento, per ciascun trattamento e per ciascuno strato.
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Ortogonalità nel caso di variabili categoriche:cosa significa mancanza di ortogonalità
Confronto i diversi trattamenti calcolando la media pesata (I pesi sono le persone in ciascuna combinazione strato x trattamento). Ottengo il
seguente risultato
a b cstrati 1 100 100 100
2 200 200 2003 300 300 3004 400 400 400
media pesata 250 250 250
Trattamenti
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 27
Ortogonalità nel caso di variabili categoriche:cosa significa mancanza di ortogonalità
a b cstrati 1 10 5 10
2 10 10 103 10 10 104 5 10 10
numero 35 35 40
Trattamenti
Immaginiamo adesso di ripetere lo studio ma, per errore nel disegno, diincludere un numero diseguale di soggetti (da cui mancanza di
ortogonalità).
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 28
Ortogonalità nel caso di variabili categoriche:cosa significa mancanza di ortogonalità
a b cstrati 1 100 100 100
2 200 200 2003 300 300 3004 400 400 400
Trattamenti
Il valore medio misurato dopo il trattamento, per ciascun trattamento e per ciascuno strato non cambia.
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 29
Ortogonalità nel caso di variabili categoriche:cosa significa mancanza di ortogonalità
La media pesata invece mostra un’apparente differenza tra i trattamenti. E’ un errore dovuto alla perdita di ortogonalità.
a b cstrati 1 100 100 100
2 200 200 2003 300 300 3004 400 400 400
media pesata 228,57 271,43 250
Trattamenti
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 30
Il disegno fattoriale
• Il disegno fattoriale• L’analisi di un esperimento con disegno
fattoriale• Interazione
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 31
Disegno fattoriale: i totali
S4S3S2S1
S
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 32
Disegno fattoriale: i totali
V2
V1
V
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 33
Disegno fattoriale: i termini di interazione
V2
V1
V2*S4V2*S3V2*S2V2*S1
V1*S4V1*S3V1*S2V1*S1
V
S4S3S2S1
S
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 34
Disegno fattoriale: il disegno completo
V2
V1
V2*S4V2*S3V2*S2V2*S1
V1*S4V1*S3V1*S2V1*S1
V
S4S3S2S1
S
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 35
Disegno fattoriale: il numero di oss(replicazioni implicite).
V2=4
V1=4
N=8
V2*S4=1
V2*S3=1
V2*S2=1
V2*S1=1
V1*S4=1
V1*S3=1
V1*S2=1
V1*S1=1
V
S4=2S3=2S2=2S1=2
S
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 36
trattamentostrato 1 2 3 4 tot media
1 8.4 9.4 9.8 12.2 39.8 9.952 12.8 15.2 12.9 14.4 55.3 13.833 9.6 9.1 11.2 9.8 39.7 9.934 9.8 8.8 9.9 12.0 40.5 10.135 8.4 8.2 8.5 8.5 33.6 8.406 8.6 9.9 9.8 10.9 39.2 9.807 8.9 9.0 9.2 10.4 37.5 9.388 7.9 8.1 8.2 10.0 34.2 8.55
tot 74.4 77.7 79.5 88.2 319.8media 9.30 9.71 9.94 11.03 9.99
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trattamentostrato 1 2 3 4 tot media
1 8.4 9.4 9.8 12.2 39.8 9.952 12.8 15.2 12.9 14.4 55.3 13.833 9.6 9.1 11.2 9.8 39.7 9.934 9.8 8.8 9.9 12.0 40.5 10.135 8.4 8.2 8.5 8.5 33.6 8.406 8.6 9.9 9.8 10.9 39.2 9.807 8.9 9.0 9.2 10.4 37.5 9.388 7.9 8.1 8.2 10.0 34.2 8.55
tot 74.4 77.7 79.5 88.2 319.8media 9.30 9.71 9.94 11.03 9.99
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 38
trattamentostrato 1 2 3 4 tot media
1 8.4 9.4 9.8 12.2 39.8 9.952 12.8 15.2 12.9 14.4 55.3 13.833 9.6 9.1 11.2 9.8 39.7 9.934 9.8 8.8 9.9 12.0 40.5 10.135 8.4 8.2 8.5 8.5 33.6 8.406 8.6 9.9 9.8 10.9 39.2 9.807 8.9 9.0 9.2 10.4 37.5 9.388 7.9 8.1 8.2 10.0 34.2 8.55
tot 74.4 77.7 79.5 88.2 319.8media 9.30 9.71 9.94 11.03 9.99
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 39
trattamentostrato 1 2 3 4 tot media
1 8.4 9.4 9.8 12.2 39.8 9.952 12.8 15.2 12.9 14.4 55.3 13.833 9.6 9.1 11.2 9.8 39.7 9.934 9.8 8.8 9.9 12.0 40.5 10.135 8.4 8.2 8.5 8.5 33.6 8.406 8.6 9.9 9.8 10.9 39.2 9.807 8.9 9.0 9.2 10.4 37.5 9.388 7.9 8.1 8.2 10.0 34.2 8.55
tot 74.4 77.7 79.5 88.2 319.8media 9.30 9.71 9.94 11.03 9.99
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 40
Interazione
Parliamo di interazione quando il risultato per unavariabile dipende dal valore dell’altra.
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 41
A
B
(ii)
Trattamento
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 42
A
B
(ii)
A,B
(iii)
FertilizzanteTrattamento
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 43
A
B
(ii)
A,B
(iii)
AB
(iv)
A
B
(v)
Trattamento Fertilizzante
Trattamento e Fertilizzante
? ?
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 44
AB
(iv)
A
B
(v)
No interazione Interazione
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 46
Il disegno dello studio• Il laboratorio: il disegno fattoriale.• Il contesto clinico: lo studio clinico
randomizzato.• Il contesto osservazionale: coorte e
caso controllo.• Gli studi con dati appaiati
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 47
Clinical Trial o Esperimento Clinico
• esperimento condotto per misurare l’efficacia di un
trattamento terapeutico.
– Clinical Trial
– Controlled Clinical Trial
– Randomized Controlled Clinical Trial
– Trial Clinico Controllato Randomizzato.
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 48
Clinical Trial o Esperimento Clinico Controllato
• Un clinical trial non è uno studio isolato ma si
inserisce in una sequenza di indagini per
conoscere e valutare le ‘prestazioni’ di un
farmaco o di un trattamento, in modo
comparativo rispetto ad altri farmaci o
trattamenti.
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 49
• Studi di famacocinetica
• Fase 1: studio preliminare degli effetti e delle dosi possibili (pochi volontari)
• Fase 2: dimostrazione preliminare di efficacia (pochi pazienti)
• Fase 3: misura dell’efficacia del trattamento, in modo comparativo con trattamenti alternativi
• Fase 4: farmacovigilanza (tossicità)
• Meta-analisi
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 50
Studi fase 1
Obiettivi:• Massima Dose somministrabile • Modalità di somministrazione• Effetti avversi (tipo, organi, durata, gravità,
probabilità) limitanti la dose
Non sono randomizzatiNon c’è un gruppo di controlloN. Soggetti < 20
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 51
Studi fase 1
• Disegno generale:
• Somministrazione a pochi soggetti di dosi progressivamente crescenti di farmaco.
• Ricerca della dose associata ad effetti tossici.
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 52
• Se lo studio è riferito ad un farmaco non studiato in precedenza è necessaria una specifica autorizzazione dal ministero della sanità.
• Se invece è uno studio di dose finding per individuare la dose ottimale in condizioni nuove può essere condotto come un normale trial.
• Necessario consenso informato dei partecipanti ed approvazione del comitato etico
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 53
Studi fase 1
Dose e tossicità in oncologia: • Dose Massima Tollerata (MTD): la dose
massima associata con effetti gravi ma reversibili in una proporzione rilevante di soggetti.
• Tossicità Dose Limitante (DLT): l’evento avverso che impedisce un ulteriore incremento della dose
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 54
Studi fase 1
• Dose minima definita in base a studi preclinici o precedenti fase 1
• Incremento scalare (serie di Fibonacci modificata 1- 1 - 2 - 3 - 5 – 8 – 13- 21-34….)
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 55
Studi fase 1
30%16 x D34 x D830%12 x D21 x D729%9 x D13 x D640%7 x D8 x D550%5 x D5 x D467%3,3 x D3 x D3100%2 x D2 x D2-DD1incremento%F. modif.Fibonacci
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 56
Livello i
Osservata DLT?
NO
i+1
Si 1 pz
Si > 1 pz
+ 3 pazienti
Osservata DLT?STOP
o espande i-1
3 pazienti
Si >=1 pz
NO
STOP o espande i-1
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 57
Studi fase 1Lettura suggerita: • Orlowski RZ et al. Phase 1 trial of the proteasome inhibitor
PS-341 in patients with refractory hematologicmalignancies. J Clin Oncol 2002; 20:4420-4427.
• E. Claire Dees · Bert H. O’Neil · Celeste M. Lindley ·Frances Collichio Lisa A. Carey · Jason Collins · William J. Riordan · Anastasia Ivanova ·Dixie Esseltine · Robert Z. Orlowski A phase I and pharmacologic study of the combination of bortezomib and pegylated liposomaldoxorubicin in patients with refractory solid tumors. Cancer Chemother Pharmacol DOI 10.1007/s00280-008-0716-8
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 58
• Studi di famacocinetica
• Fase 1: studio preliminare degli effetti e delle dosi possibili (pochi volontari)
• Fase 2: dimostrazione preliminare di efficacia (pochi pazienti)
• Fase 3: misura dell’efficacia del trattamento, in modo comparativo con trattamenti alternativi
• Fase 4: farmacovigilanza (tossicità)
• Meta-analisi
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 59
Studi fase 2Obiettivi:• Valutazione preliminare di efficacia
(frequenza di successi, effetti avversi, tossicità)
• Fattibilità di studi successivi
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 60
Il trial di fase 2mira ad indicare se il risultato è:
Così modesto da non meritare studi
ulteriori (π < π0 )
Sufficientemente buono da
giustificare uno studio di fase 3
(π>π1 )
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 61
Studi fase 2Disegno generale:• Somministrazione a un gruppo di soggetti del farmaco alla
dose definita con il precedente studio di fase 1.
• Una sola posologia
• Non randomizzati: confronto con valori attesi da serie storiche o trattamento in uso corrente
oppure• Randomizzati: confronto con interno
• N. Soggetti 20 – 100 (minimizzazione delle dimensioni)
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 62
Studi fase 2
• Disegno ad uno stadio (Fleming)
• Disegno a due stadi (Gehan; Simon)
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 63
Studi fase 2
• Disegno ad uno stadio (Fleming)
Analisi dei dati e dimensione dello studio in base al calcolo dell’intervallo di confidenza
nppzp )1(ˆ
2
−×± α
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 64
Studi fase 2
• Disegno ad uno stadio (Fleming)
Il farmaco è di interesse se il limite inferiore dell’IC supera un valore predefinito.
nppzp )1(ˆ
2
−×± α
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 65
Studi fase 2
• Disegno a due stadi (Gehan; Simon)
• Nel disegno a due stadi viene prima valutato se (π < π0 )
• Quindi vengono reclutati ulteriori soggetti per valutare se (π>π1 )
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 66
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 67
• Studi di famacocinetica
• Fase 1: studio preliminare degli effetti e delle dosi possibili (pochi volontari)
• Fase 2: dimostrazione preliminare di efficacia (pochi pazienti)
• Fase 3: misura dell’efficacia del trattamento, in modo comparativo con trattamenti alternativi
• Fase 4: farmacovigilanza (tossicità)
• Meta-analisi
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 68
Studi fase 3Obiettivi:• Valutazione comparativa della frequenza /
importanza di successi ed effetti avversi
Disegno generale:• Il nuovo farmaco viene confrontato al trattamento
correntemente in uso in modo da valutare in modo comparativo efficacia ed effetti avversi.
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 69
Pazienti in studio
Trattamento base Trattamento innovativo
Risultato osservato Risultato osservato
Test di H0 sulla differenza tra i risultati osservati
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 70
Clinical Trial o Esperimento Clinico Controllato
• Il clinical trial è uno strumento
essenziale per valutare l’efficacia di un
farmaco
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 71
Tipo di studio Forza dell’evidenza
Massima, forte convinzioneMeta-analisi di RCT
Replicazioni di RCT
Trial clinici randomizzati
Studi osservazionali
Analisi di serie storiche
Serie cliniche
Minima, un suggerimentoCase reports singoli
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 72
Studi fase 3Disegno generale:
• Controllati • Randomizzati • In cieco o valutazione indipendente• N. Soggetti > 100
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 73
Come si costruisce un C.T.
• Definizione del problema e dei risultati attesi.
• Aspetti etici
• Potenza dello studio
• Selezione dei pazienti
• Assegnazione ai diversi trattamenti
• Valutazione della risposta a livello individuale
• Analisi dei dati (Valutazione della risposta a livello dello studio)
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 74
Definizione del problema e dei risultati attesi.
• Il quesito non è di competenza dello statistico
ma del clinico cui lo statistico fornisce la
metodologia necessaria e (quando
opportuno) uno stimolo critico.
• Problema e risultati attesi debbono essere chiaramente specificati nel protocollo dello studio.
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 75
Definizione del problema e dei risultati attesi.
• Es.1: la somministrazione di chemioterapia migliora
la sopravvivenza dei pazienti di mesotelioma?
• Es.2 tra due diversi schemi di trattamento con un
chemioterapico, qual’è più efficace?
• Es.3: la riduzione del trattamento radioterapico
pregiudica la sopravvivenza?
• Es.4: due farmaci hanno la stessa efficacia?
38
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 76
La somministrazione di chemioterapia migliora la sopravvivenza dei pazienti affetti da mesotelioma?
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 77
Confronto tra Capecitabina e fluorouracile + leucovorin nel tumore metastatico del colon (J Clin Oncol 2001 19: 4097-4106)
Domanda: “ La somministrazione per os di un composto che a livello cellulare rilascia 5-FU ha la stessa efficacia della somministrazione di 5-FU endovenosa? “
due farmaci hanno la stessa efficacia?
39
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 78
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 79
Come si costruisce un C.T.
• Definizione del problema e dei risultati attesi.
• Aspetti etici
• Potenza dello studio
• Selezione dei pazienti
• Assegnazione ai diversi trattamenti
• Valutazione della risposta a livello individuale
• Analisi dei dati (Valutazione della risposta a livello dello studio)
40
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 80
Aspetti etici
• Requisiti: – incertezza tra diverse soluzioni equivalenti– sufficiente conoscenza dei farmaci– qualità dello studio
• Revisione scientifica
• Comitati etici
• Consenso informato
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 81
Come si costruisce un C.T.
• Definizione del problema e dei risultati attesi.
• Aspetti etici
• Potenza dello studio
• Selezione dei pazienti
• Assegnazione ai diversi trattamenti
• Valutazione della risposta a livello individuale
• Analisi dei dati (Valutazione della risposta a livello dello studio)
41
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 82
Selezione dei pazienti
• Rappresentatività dei pazienti inclusi nello studio rispetto all’universo dei pazienti della malattia in studio
• Spesso gli studi clinici sono condotti su sottogruppi selezionati di pazienti
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 83
Rappresentatività dei pazienti inclusi nello studio rispetto all’universo dei pazienti
della malattia in studio
elenco dei pazienti affetti dalla malattia – in ciascuno dei centri
– informazioni essenziali
– indicazione dell’inclusione o meno nello studio (con i motivi)
42
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 84
Come si costruisce un C.T.
• Definizione del problema e dei risultati attesi.
• Aspetti etici
• Potenza dello studio
• Selezione dei pazienti
• Assegnazione ai diversi trattamenti
• Valutazione della risposta a livello individuale
• Analisi dei dati (Valutazione della risposta a livello dello studio)
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 85
Pazienti in studio
Trattamento base Trattamento innovativo
Risultato osservato Risultato osservato
Test di H0 sulla differenza tra i risultati osservati
Assegnazione casuale
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 86
Assegnazione casuale del trattamento -Randomizzazione
Non dipende dal ricercatore
Non dipende dal paziente
Garantisce l’uniformità dei gruppi a confronto rispetto a tutte le variabili, anche se dimenticate.
Giustificato eticamente dalla equivalenza dei trattamenti che sono posti a confronto
Requisito per la corretta inferenza statistica
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 87
Aspetti etici• Requisiti:
– incertezza tra diverse soluzioni equivalenti– sufficiente conoscenza dei farmaci– qualità dello studio– partecipazione volontaria e senza penalizzazioni per la
mancata partecipazione
• Strumenti:– Consenso informato
– Revisione scientifica
– Comitati etici
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 88
Prerequisiti etici per un CT
Incertezza tra alternative di trattamento
– Relativamente all’efficacia terapeutica
– Relativamente agli effetti collaterali
– Relativamente al costo, sia diretto sia indiretto (a parità di efficacia ed effetti collaterali)
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 89
Assegnazione casuale del trattamento -Randomizzazione
Metodo:
- Tavole dei numeri casuali
- Estrazione da urna
- Programmi al calcolatore
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 90
Esempio di randomizzazione in uno studio multicentrico:
• Studi AIEOP - protocollo LLA 2000
• registrazione su data base comune via internet
• contestuale randomizzazione
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 91
Verifichiamo se la randomizzazione ha
portato a gruppi equivalenti per le loro
caratteristiche di base.
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 92
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 93
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 94
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 95
Come si costruisce un C.T.
• Definizione del problema e dei risultati attesi.
• Aspetti etici
• Potenza dello studio
• Assegnazione dei diversi trattamenti ai diversi pazienti
• Valutazione della risposta a livello individuale
• Analisi dei dati (Valutazione della risposta a livello dello studio)
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 96
Risultati (End-points)
• Riduzione lesione
• Remissione
• Riduzione sintomi
• Sopravvivenza
• Durata dell’intervallo libero da malattia
• Effetti indesiderati del farmaco
• ………………
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 97
Valutazione della risposta a livello individuale
• Cieco (il paziente ignora il trattamento)
• Doppio cieco (il paziente ed il medico ignorano il
trattamento)
• Triplo cieco (il paziente, il medico che segue il
paziente, il medico che valuta il risultato ignorano il
trattamento
• Uso del Placebo
49
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 98
Valutazione dell’end-point
• Valutazione in cieco
• Metodi obiettivi
• Sopravvivenza da dati anagrafici
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 99
Frequenza di risposta al trattamento
CAP 5-FU
Clinico 26.6%21.7-32.0
17.9%13.8 – 22.8
50
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 100
Frequenza di risposta al trattamentoconfronto tra osservatori
CAP 5-FU
Revisoreesterno
18.9%14.7-23.8
15.0%11.1-19.5
Clinico 26.6%21.7-32.0
17.9%13.8 – 22.8
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 101
Il disegno dello studio• Il laboratorio: il disegno fattoriale. • Il contesto clinico: lo studio clinico
randomizzato (fase III).• Il contesto osservazionale: coorte e caso
controllo (cenni).• Gli studi con dati appaiati.• Interazione• Accuratezza• Precisione• Potenza statistica
51
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 102
Gli studi con dati appaiati.
• Esperimenti con disegno ‘cross-over’
• Studi con appaiamento individuale
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 103
Esperimenti con disegno ‘cross-over’
Selezione
Randomizzazione
Trattamento A
Trattamento B
Wash-out
Trattamento B
Trattamento A
52
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 104
Come si costruisce un C.T.
• Definizione del problema e dei risultati attesi.
• Aspetti etici
• Potenza dello studio
• Assegnazione dei diversi trattamenti ai diversi pazienti
• Valutazione della risposta a livello individuale
• Analisi dei dati (Valutazione della risposta a livello dello studio)
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 105
Come misuriamo l’associazione tra:
trattamento (o esposizione)ed
effetto (outcome)?
53
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 106
Metodi di analisi
• Analisi per dati quantitativi• Analisi per dati categorici• Analisi sopravvivenza
• Analisi univariate• Analisi stratificate• Analisi multivariate• Metodi non-parametrici
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 107
Il tipo di variabile che definisce l’outcome
• categorica binaria
• categorica non binaria
• quantitativa
• tempo (di sopravvivenza)
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 108
Var. categorica binaria
• Es. miglioramento vs non miglioramento dopo la somministrazione di un farmaco.
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 109
Var. categorica non binaria• Esito dopo un ricovero in rianimazione per
trauma cranico. L’esito è classificato secondo una scala a 5 livelli:– morto– in stato vegetativo– gravemente invalido– lievemente invalido– buone condizioni
(scala di Glasgow, ordinale)
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 110
Frequenza di risposta al trattamento
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 111
Var. quantitativa
• Variazione di una misura ematochimica
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 112
Var. tempo
• Tempo di sopravvivenza• tempo di remissione
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 113
Se var. categorica binaria
OR (Meropenem vs. Ceftazidima) = (79 * 65) / (49 * 56) = 1,87
Febbre
Farmaco Curato Non curato Totale
Meropenem 79 56 135
Ceftazidima 49 65 114
TOTALE 128 121 249
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 114
Cosa dobbiamo sempre calcolare?
• Intervallo di confidenza
• test di significatività (chi^2)
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 115
quantitativa• Differenza (o rapporto) tra i risultati dei
diversi trattamenti
• Test di significatività– analisi della varianza – test t– tests non parametrici
• intervallo di confidenza
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 116
• Se lo studio è appaiato occorre analizzare i dati adottando le tecniche appropriate.
• Variabili continue: analisi della differenza (cfr. Test t per dati appaiati)
• Variabili categoriche: tabelle di corrispondenza (cfr. OR di McNemar)
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 117
Bibliografia• Peto R, Pike MC, Armitage P et al. Design and analysis of
randomized clinical trials requiring prolonged observation of eachpatient. I Introduction and design Br. J. Cancer 1976; 34: 585-612. II Analysis and examples Br. J. Cancer 1977; 35: 1-39.
• Marubini E and Valsecchi. Analysing Survival Data from ClinicalTrials and Observational Studies, Wiley, 1995.
• Friedman LM, Furberg CD, DeMets DL Fundamentals of ClinicalTrials Springer, 1998
• Piantadosi S. Clinical Trials - A methodologic Perspective. Wiley, 1997
• http://www.consort-statement.org/
59
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 118
Il disegno dello studio• Il laboratorio: il disegno fattoriale. • Il contesto clinico: lo studio clinico
randomizzato (fase III).• Il contesto osservazionale: coorte e caso
controllo (cenni).• Gli studi con dati appaiati.• Interazione• Accuratezza• Precisione• Potenza statistica
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 119
• Accuratezza:stima senza errore sistematico
• Precisione:stima senza errore casuale
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 120
Il disegno dello studio• Il laboratorio: il disegno fattoriale. • Il contesto clinico: lo studio clinico
randomizzato (fase III).• Il contesto osservazionale: coorte e caso
controllo (cenni).• Gli studi con dati appaiati.• Interazione• Accuratezza• Precisione• Potenza statistica
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 121
Potenza statistica di uno studio
• Probabilità di riconoscere come statisticamente significativo il valore ipotizzato per il parametro (assumendo che tale sia il valore del parametro nella popolazione).
• Dipende da:– valore del parametro– variabilità– numero di soggetti– errore statistico accettato
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 122
Potenza dello studio e dimensione campionaria
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 123
Introduzione
• Nella pianificazione di uno studio clinico è fondamentale determinare in modo appropriato il numero di soggetti da includere in ogni gruppo.
• La stima del campione permette la valutazione a priori del costo della sperimentazione, del numero di centri da coinvolgere e del numero di pazienti per ogni centro in caso di studio multicentrico.
• Il numero di soggetti da includere nello studio è ottenuto sulla base del valore di potenza dello studio fissato dal ricercatore
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 124
I test di ipotesi
• I test di ipotesi permettono di rifiutare o meno specifiche affermazioni sui parametri della popolazione
• L’ipotesi nulla è un’affermazione riferita ad uno o più parametri sottoposta a test statistico per valutare se è supportata dai dati campionari
• L’ipotesi alternativa viene accettata, se si prova, sulla base dei dati osservati, che l’ipotesi nulla non è plausibile
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 125
Errori di prima e seconda specie
Conclusione del test
Verità
H0 Vera H0 Falsa
Rifiutare H0 Errore di I specie α
Potenza (1 – β)
Accettare H0 1 - α Errore di II specie β
63
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 126
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 127
64
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 128
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 129
Errori di prima e seconda specie
• Solitamente la probabilità di commettere l’errore di primo tipo (α) viene fissato pari a 0.05
• La potenza viene fissata uguale a 0.80 o 0.90
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Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 130
Potenza
• La potenza di un test (1 – β) è la probabilità di rifiutare l’ipotesi nulla quando è falsa
• Un valore di potenza basso comporterebbe il rifiuto di una terapia potenzialmente efficace
• Un valore di potenza troppo elevato condurrebbe ad un sostanziale aumento della dimensione campionaria
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 131
Dimensione campionaria
• Per determinare la dimensione campionaria da considerare in uno studio clinico il ricercatore deve tenere conto:
• dell’errore di prima e di seconda specie• dell’entità dell’effetto del trattamento atteso
secondo l’ipotesi di lavoro (corretto per la variabilità nel campione)
66
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 133
Variazione della media vera nella popolazione
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 134
67
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 135
Media = 0,4
Media = 0,6
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 136
Variazione della deviazione standard
68
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 137
DS=1,0
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 138
DS=0,8
DS=1,0
69
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 139
Variazione del numero di osservazioni
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 140
N=36
70
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 141
N = 36
N=36
N=64
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 142
Variazione dell’errore di primo tipo
71
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 143
Alfa= 0,05
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 144
Alfa= 0,05
Alfa= 0,01
72
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 145
L’equazione fondamentale
( )2
22112
δσβα −− +
=zz
n
Corso di laurea magistrale in biotecnologie mediche - Statistica Medica – Disegno dello studio 146
Dimensione campionaria
α=0.10α=0.05α=0.10α=0.05
121416181.50162022281.25243234421445662750.75981261381680.503965025486720.25
1- β = 0.801- β = 0.90∆ / σ