pesies ProbiotikSebagai bakteri, probiotik dikategorikan oleh para ilmuwan dalam genus, spesies dan strain. Sebagai contoh, bakteri probiotik Lactobacillus Casei Shirota berasal dari genus Lactobacillus, termasuk spesies Casei dan memiliki strain Shirota. Kebanyakan produk probiotik mengandung bakteri dari genus  Lactobacillus atau Bifidobacterium, meskipun ada juga dari genus lain, seperti Escherichia, Enterococcus, Bacillusdan Saccharomyces.Berikut adalah beberapa spesies probiotik dan manfaatnya: Bifidobacterium bifidum adalah organisme probiotik sangat penting

yang ditemukan dalam jumlah besar di usus dan mukosa vagina. Bifidobacterium bifidum mencegah perkembangbiakan E. coli, salmonella dan clostridium. Bakteri ini juga memproduksi asam laktat dan asam asetat yang menurunkan pH usus dan mencegah pertumbuhan bakteri jahat. Penelitian lain pada Bifidobacteriummenunjukkan bahwa organisme ini juga merangsang penyerapan mineral seperti besi, kalsium, magnesium, dan seng.

Bifidobacterium longum merupakan bakteri probiotik dalam usus besar. Penelitian menunjukkan bahwa bakteri ini berkontribusi meningkatkan nilai gizi makanan dengan memproduksi vitamin melalui sintesis enzim pencernaan seperti fosfatase kasein atau lisozim. Bifidobacterium longum juga berpartisipasi dalam pencernaan usus.

Bifidobacterium breve memungkinkan berfungsinya sistem pencernaan, membantu menghambat pertumbuhan bakteri berbahaya dan merangsang sistem kekebalan tubuh. Bifidobacterium breve juga berperan penting dalam sintesis vitamin D dan K.

Bifidobacterium lactis dikenal menjaga keseimbangan mikroflora usus, mendorong penyerapan nutrisi, merangsang sistem kekebalan tubuh dan mendetoksifikasi usus, darah dan hati.

Lactobacillus acidophilus membantu pencernaan laktosa susu, merangsang respon kekebalan tubuh terhadap mikroorganisme yang tidak diinginkan dan membantu mengendalikan kadar kolesterol darah. Banyak publikasi yang menunjukkan bahwa Lactobacillus acidophilusmenghasilkan zat seperti lactocidine atau acidophiline yang  meningkatkan stamina dan kekebalan.

Lactobacillus casei merupakan bakteri probiotik yang telah lama digunakan dalam susu fermentasi seperti pada produk Yakult, Jepang. Lactobacillus caseimembantu membatasi pertumbuhan bakteri jahat dalam usus.

Lactobacillus plantarum menghasilkan asam laktat di saluran pencernaan. Penelitian menunjukkan bahwa  Lactobacillus plantarum membantu mengurangi perut kembung. Spesies probiotik ini juga membantu penyerapan vitamin dan antioksidan serta menghilangkan komponen beracun dari makanan.

Kenaikan dan penurunan jumlah probiotikMeminum air PAM yang mengandung klorin dan natrium florida, mengkonsumi makanan basi/terkontaminasi, meminum obat antibiotik, pil KB, dan banyak obat lainnya dapat menurunkan jumlah bakteri bersahabat di dalam usus. Sebaliknya, mengkonsumsi makanan sumber probiotik seperti tempe, bawang putih, pisang, susu fermentasi, dan lainnya dapat meningkatkan jumlah bakteri bersahabat.