R: A Language and Environment forStatistical Computing

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Version 3.0.1 (2013-05-16)

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Contents

I 1

1 The base package 3base-package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3.bincode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3.Device . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4.Machine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5.Platform . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7abbreviate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8agrep . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10all . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12all.equal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13all.names . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14any . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15aperm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16append . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17apply . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18args . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20Arithmetic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21array . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23as.data.frame . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25as.Date . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26as.environment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29as.function . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30as.POSIX* . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31AsIs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33assign . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34assignOps . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36attach . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37attr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39attributes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40autoload . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41backsolve . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42basename . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43Bessel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44bindenv . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46bitwise . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48body . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49bquote . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50browser . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51

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browserText . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52builtins . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53by . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54c . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55call . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56callCC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58CallExternal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58capabilities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60cat . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61cbind . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63char.expand . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65character . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66charmatch . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67chartr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68chol . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 70chol2inv . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73col . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74Colon . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75colSums . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76commandArgs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78comment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79Comparison . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80complex . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82conditions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83conflicts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87connections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87Constants . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96contributors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97Control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97copyright . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99crossprod . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99Cstack_info . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100cumsum . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101cut . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102cut.POSIXt . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104data.class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105data.frame . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106data.matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108date . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109Dates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110DateTimeClasses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111dcf . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114debug . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116Defunct . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117delayedAssign . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118deparse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119deparseOpts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121Deprecated . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122det . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123detach . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124diag . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126

CONTENTS iii

diff . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127difftime . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 128dim . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130dimnames . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131do.call . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133double . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 134dput . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136drop . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137droplevels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 138dump . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139duplicated . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 141dyn.load . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143eapply . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145eigen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146encodeString . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 148Encoding . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 149environment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 151EnvVar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153eval . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155exists . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 157expand.grid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 159expression . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 160Extract . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 161Extract.data.frame . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 166Extract.factor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 169Extremes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170factor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 172file.access . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 175file.choose . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 176file.info . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 177file.path . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 178file.show . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 179files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 180files2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 183find.package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 184findInterval . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 185force . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 186Foreign . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 187formals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190format . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 191format.info . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 194format.pval . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 195formatC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 196formatDL . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 199function . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 200funprog . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 201gc . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 203gc.time . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 205gctorture . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 205get . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 206getDLLRegisteredRoutines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 208getLoadedDLLs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 209

iv CONTENTS

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viii CONTENTS

Sys.localeconv . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 496sys.parent . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 497Sys.readlink . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 499Sys.setenv . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 500Sys.setFileTime . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 501Sys.sleep . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 502sys.source . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 503Sys.time . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 504Sys.which . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 505system . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 506system.file . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 508system.time . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 509system2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 510t . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 511table . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 512tabulate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 515tapply . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 516taskCallback . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 517taskCallbackManager . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 519taskCallbackNames . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 521tempfile . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 522textConnection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 523tilde . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 525timezones . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 526toString . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 527trace . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 528traceback . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 532tracemem . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 533transform . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 535Trig . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 536try . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 537typeof . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 538unique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 539unlink . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 541unlist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 542unname . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 543UseMethod . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 544userhooks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 546utf8Conversion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 548vector . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 549Vectorize . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 551warning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 552warnings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 554weekdays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 555which . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 556which.min . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 557with . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 558withVisible . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 560write . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 561writeLines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 562xtfrm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 563zapsmall . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 563

CONTENTS ix

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2 The compiler package 567compile . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 567

3 The datasets package 571datasets-package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 571ability.cov . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 571airmiles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 572AirPassengers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 573airquality . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 574anscombe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 575attenu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 576attitude . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 577austres . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 578beavers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 578BJsales . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 579BOD . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 580cars . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 581ChickWeight . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 582chickwts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 583CO2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 584co2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 585crimtab . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 586discoveries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 588DNase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 588esoph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 589euro . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 591eurodist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 592EuStockMarkets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 592faithful . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 593Formaldehyde . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 594freeny . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 595HairEyeColor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 596Harman23.cor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 597Harman74.cor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 597Indometh . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 598infert . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 599InsectSprays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 600iris . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 600islands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 602JohnsonJohnson . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 602LakeHuron . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 603lh . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 603LifeCycleSavings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 604Loblolly . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 605longley . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 606lynx . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 607morley . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 607mtcars . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 608nhtemp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 609Nile . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 610

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nottem . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 611occupationalStatus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 612Orange . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 612OrchardSprays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 613PlantGrowth . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 614precip . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 615presidents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 616pressure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 616Puromycin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 617quakes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 618randu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 619rivers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 620rock . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 620sleep . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 621stackloss . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 622state . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 623sunspot.month . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 624sunspot.year . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 625sunspots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 625swiss . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 626Theoph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 627Titanic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 628ToothGrowth . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 630treering . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 630trees . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 631UCBAdmissions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 632UKDriverDeaths . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 633UKgas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 634UKLungDeaths . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 635USAccDeaths . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 635USArrests . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 636USJudgeRatings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 636USPersonalExpenditure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 637uspop . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 638VADeaths . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 638volcano . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 639warpbreaks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 640women . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 641WorldPhones . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 641WWWusage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 642

4 The grDevices package 645grDevices-package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 645adjustcolor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 645as.graphicsAnnot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 647as.raster . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 647axisTicks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 649boxplot.stats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 650cairo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 652check.options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 654chull . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 655cm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 656col2rgb . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 656

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xii CONTENTS

xyz.coords . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 743

5 The graphics package 745graphics-package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 745abline . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 745arrows . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 747assocplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 748Axis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 750axis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 751axis.POSIXct . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 753axTicks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 755barplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 756box . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 760boxplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 761boxplot.matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 764bxp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 765cdplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 767clip . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 770contour . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 771convertXY . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 773coplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 774curve . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 777dotchart . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 779filled.contour . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 780fourfoldplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 783frame . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 784grid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 785hist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 786hist.POSIXt . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 789identify . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 790image . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 793layout . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 795legend . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 797lines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 802locator . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 803matplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 804mosaicplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 807mtext . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 810pairs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 811panel.smooth . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 814par . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 815persp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 824pie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 827plot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 829plot.data.frame . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 830plot.default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 831plot.design . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 833plot.factor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 835plot.formula . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 836plot.histogram . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 838plot.table . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 839plot.window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 840plot.xy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 841

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points . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 842polygon . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 846polypath . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 848rasterImage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 850rect . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 851rug . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 852screen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 853segments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 855smoothScatter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 856spineplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 858stars . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 860stem . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 864stripchart . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 864strwidth . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 866sunflowerplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 868symbols . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 870text . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 872title . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 874units . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 876xspline . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 877

6 The grid package 881grid-package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 881absolute.size . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 882arrow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 883calcStringMetric . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 883convertNative . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 885dataViewport . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 886drawDetails . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 887editDetails . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 888gEdit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 889getNames . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 890gpar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 890gPath . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 892Grid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 893Grid Viewports . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 894grid.add . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 897grid.arrows . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 898grid.bezier . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 900grid.cap . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 902grid.circle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 903grid.clip . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 904grid.collection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 905grid.convert . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 906grid.copy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 908grid.curve . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 909grid.delay . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 911grid.display.list . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 912grid.DLapply . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 913grid.draw . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 914grid.edit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 915grid.force . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 916grid.frame . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 917

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CONTENTS xv

vpPath . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 976widthDetails . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 977Working with Viewports . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 978xDetails . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 980xsplinePoints . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 981

7 The methods package 983methods-package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 983.BasicFunsList . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 984as . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 984BasicClasses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 988callGeneric . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 990callNextMethod . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 991canCoerce . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 993cbind2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 994Classes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 995classesToAM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 998className . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1000classRepresentation-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1002Documentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1003dotsMethods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1004environment-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1007envRefClass-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1008evalSource . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1009findClass . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1012findMethods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1013fixPre1.8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1016genericFunction-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1017GenericFunctions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1018getClass . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1021getMethod . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1023getPackageName . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1025hasArg . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1026implicitGeneric . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1027inheritedSlotNames . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1029initialize-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1030is . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1031isSealedMethod . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1036language-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1038LinearMethodsList-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1038LocalReferenceClasses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1039makeClassRepresentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1040method.skeleton . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1042MethodDefinition-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1043Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1044MethodsList-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1051MethodWithNext-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1052new . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1053nonStructure-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1055ObjectsWithPackage-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1056promptClass . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1057promptMethods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1058ReferenceClasses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1059

xvi CONTENTS

representation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1068S3Part . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1070S4groupGeneric . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1073SClassExtension-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1075selectSuperClasses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1076setClass . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1077setClassUnion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1081setGeneric . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1083setLoadActions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1088setMethod . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1090setOldClass . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1093show . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1098showMethods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1099signature-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1101slot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1102StructureClasses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1104testInheritedMethods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1106TraceClasses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1107validObject . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1108

8 The parallel package 1111parallel-package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1111clusterApply . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1112detectCores . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1115makeCluster . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1116mcaffinity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1117mcchildren . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1118mcfork . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1120mclapply . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1122mcparallel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1124pvec . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1126RNGstreams . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1128splitIndices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1130

9 The splines package 1131splines-package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1131asVector . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1131backSpline . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1132bs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1133interpSpline . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1134ns . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1135periodicSpline . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1136polySpline . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1137predict.bs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1138predict.bSpline . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1139splineDesign . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1140splineKnots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1142splineOrder . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1142xyVector . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1143

CONTENTS xvii

10 The stats package 1145stats-package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1145.checkMFClasses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1145acf . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1146acf2AR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1148add1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1149addmargins . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1151aggregate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1153AIC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1156alias . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1157anova . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1159anova.glm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1159anova.lm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1161anova.mlm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1162ansari.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1164aov . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1167approxfun . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1168ar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1170ar.ols . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1173arima . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1175arima.sim . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1179arima0 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1180ARMAacf . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1183ARMAtoMA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1185as.hclust . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1185asOneSidedFormula . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1186ave . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1187bandwidth . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1188bartlett.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1189Beta . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1191binom.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1193Binomial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1194biplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1196biplot.princomp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1197birthday . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1199Box.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1200C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1201cancor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1202case+variable.names . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1204Cauchy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1205chisq.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1206Chisquare . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1208cmdscale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1211coef . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1213complete.cases . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1214confint . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1215constrOptim . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1216contrast . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1218contrasts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1219convolve . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1220cophenetic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1222cor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1223

xviii CONTENTS

cor.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1226cov.wt . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1229cpgram . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1230cutree . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1231decompose . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1232delete.response . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1234dendrapply . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1235dendrogram . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1236density . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1240deriv . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1244deviance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1246df.residual . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1247diffinv . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1248dist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1249Distributions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1252dummy.coef . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1253ecdf . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1254eff.aovlist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1256effects . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1257embed . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1259expand.model.frame . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1259Exponential . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1260extractAIC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1262factanal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1263factor.scope . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1267family . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1268FDist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1271fft . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1273filter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1274fisher.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1275fitted . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1278fivenum . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1279fligner.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1280formula . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1281formula.nls . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1283friedman.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1284ftable . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1286ftable.formula . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1288GammaDist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1289Geometric . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1291getInitial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1293glm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1294glm.control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1299glm.summaries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1300hclust . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1301heatmap . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1304HoltWinters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1307Hypergeometric . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1309identify.hclust . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1311influence.measures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1312integrate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1315interaction.plot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1317

CONTENTS xix

IQR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1319is.empty.model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1320isoreg . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1321KalmanLike . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1322kernapply . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1324kernel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1325kmeans . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1326kruskal.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1329ks.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1330ksmooth . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1333lag . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1334lag.plot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .