so c ssorachai saelim - mwit.ac.thteppode/53_proteins [compatibility mode].pdf · 2. part 1 :...
TRANSCRIPT
BIOMOLECULEBIOMOLECULE
SO C SSORACHAI SAELIMDEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL1
Contents
•PROTEINS
Contents
PROTEINS
•CARBOHYDRATE
•LIPIDS
•NUCLEIC ACIDS
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL2
Part 1 : PROTEINS
3
โปรตนมหนาทอะไร????บาง
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL
4
PROTEINSPROTEINS•Proteins are polymers of the bifunctional monomer.
•Monomer is amino acids.
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL5
Amino acid
COOH
C
COOH
H2N CH3C
H
H2N CH3
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL6
Amino acidAmino acid
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL7
AMINO ACID
COOHCOOH
C HH N
COOH
C HH2N
R
α C N2HHα
RR
L-form D-form
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL8
COOHH
C
COOH NCH2
Proline
HCH2
CH2
COOH
C
H
H2N CH3 Alanine
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL9
Amino acid propertiesp p
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL10
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL11
R
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL12
The peptide bond
Proteins are polymers made up of amino acids
Peptide bond
how the amino acids are linked together to make a protein.
H O H O H O H OC C
R1
H2N OH + C C
R2
H2N OH C C
R1
H2N N C
H
C
R2
OH + H2O
Peptide bond
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL13
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL14
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL15
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL16
การเขยนพนธะ Peptide bond
C
H
COOHH2N + C
H
COOHH2N C
H
COOHH2N+2
CH3
2
H2
CH2OH
Glycine ( Gly )Alanine ( Ala ) Serine (Ser )Glycine ( Gly )Alanine ( Ala ) Serine (Ser )
H O H O H O+ H2O2C CH2N
CH3
N
H
C
H
C N
H
C
CH2OH
C OH
Alanylglycylserine (Ala-Gly-Ser)Alanylglycylserine
Cut –ine add yl except terminal amino acid add ine 17
กาหนด กรดอะมโน
l tid ส ไป นกเรยน จงเขยนpolypeptide ของ สารตอไปน1. Gly- Ala- Val- Leu
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL18
กาหนด กรดอะมโน
นกเรยน จงเขยนpolypeptide ของ สารตอไปน2. Tyr- Trp- Thr- Asn
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL19
กาหนด กรดอะมโน
นกเรยน จงเขยนpolypeptide ของ สารตอไปน3. Gln- Cys- Lys- Asp
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL20
4.ถาม amino acid 2 ชนดมาตอกนคอ Ala และ Gly จะม dipeptideกแบบ อะไรบางกแบบ อะไรบาง
เฉลยเฉลย
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL21
5.ถาม amino acid 3 ชนดมาตอกน จะม polypeptide กแบบ
ไ อะไรบาง
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL22
6.ถาม amino acid 4 ชนดมาตอกน
จะม polypeptide กแบบ อะไรบาง
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL23
ประเภทของกรดอะมโน
E i l i id/
ประเภทของกรดอะมโน
• Essential amino acid/ Indispensable amino acid p
• Nonessential amino acid/ Dispensaable amino acidp
24
โ ป โ ไ ปกรดอะมโนทจาเปน กรดอะมโนทไมจาเปน
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL25
แรงยดเหนยวระหวางโมเลกลของโปรตนแรงยดเหนยวระหวางโมเลกลของโปรตน
• H-bond• Disulfide bond
Van der waals force• Van der waals force
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL26
•H-bond
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL27
H-bond : Pleated sheet structure
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL28
H-bond : Pleated sheet structure
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL29
พนธะไดซลไฟด (Disulfide bond)พนธะไดซลไฟด (Disulfide bond)
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL30
Disulfide bond
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL31
Conformation of proteinConformation of protein
-Primary structure-Secondary structure -Tertiary structure-Quarternary structure
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL32
Conformation of protein
http://imiloa.wcc.hawaii.edu/krupp/BIOL101/present/lcture12/sld018.htm
Conformation of protein33
ไดเฟปไทด โครงสรางปฐมภม
Ala Gly
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL34
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL35
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL36
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL37
โครงสรางทตยภม
เปนโครงสรางทเกดจากการขดหรอมวนตวของโครงสรางปฐมภม เกดการสรางพนธะ
ไฮโดรเจนบอนระหวาง C=O ของกรดอะมโนหนงทบกบ N-H กรดอะมโนถดไปอก 4
หนวยในสายพอลเพปไทดเดยวกนจะเกดโครงสรางเปนเกลยวเรยกวาเกลยวแอลฟา
เกลยวแอลฟา
แผนพลทบตา
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL38
โครงสรางตตยภม
เกดจากโครงสรางเกลยวแอลฟา และบรเวณทไมใชเกลยวแอลฟามวนเขาหา
กนและไขวกนโดยมแรงยดเหนยวออน ๆ คลายโครงสรางทตยภม
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL39
โครงสรางจตรภม
เกดจากหนวยยอยชนด เดยวกนหรอต างชนดกนของ
โครงสรางตตยภม โครงสรางนอาจรวมเปนกอนกลม เชน
ฮโมโกบน หรอมดเปนเสนใย เชน คอลลาเจน ฮโมโกบน หรอมดเปนเสนใย เชน คอลลาเจน
คอลลาเจน
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL40
ลาดบการเกดโครงสรางของฮโมโกบน
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL41
ชนดของโปรตน
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL42
หนาทของโปรตน
ชนดของโปรตน หนาท ตวอยางและแหลงทพบ
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL43
หนาทของโปรตน (ตอ)
ชนดของโปรตน หนาท ตวอยางและแหลงทพบ
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL44
หนาทของโปรตน (ตอ)
ประเภท หนาท ตวอยางของโปรตน
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL45
ปฏกรยาของกรดอะมโนและโปรตนปฏกรยาของกรดอะมโนและโปรตน
-Ninhydrin Biuret-Biuret
-HydrolysisHydrolysis
46
Ninhydrinyd
NH OO
OO
R CH
NH2
C
O
OH +
O
OH
OHC
O
HR NH3 CO2+ +
OH
HO+
O
amino acid triketohydrindene hydrate ( ninhydrin )
reduced ninhydrin
OOH
OH+
O
H
HO+NH3
O
N
O
+ + H2O3H+
triketohydrindene hydrate( ninhydrin )
O
OH
reduced ninhydrin
OH
O O
Blue product(Ruheman's Blue)( y )
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL47
Biuret
COO
HHC
RCO
HN:H :NH
CH
C OCR Cu2+
C
R
O
COHN: :NH
CH
R
HN:
CH
R O
:NHC O
R OHH
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL48
Hydrolysis• กรดอะมโน ละลายนา
ละลายไดเลกนอยหรอไมละลายในตวทาละลายอนทรย
• โปรตน ไมละลายนา
M HCl ใ โป ปปไ ไ โ กรด 6 M HCl ทาใหโปรตนเกดการสลายพนธะเปปไทดไดกรดอะมโนอสระ
• เอนไซมบางชนดสามารถเลอกตาแหนงการสลายพนธะเปปไทดได เอนไซมบางชนดสามารถเลอกตาแหนงการสลายพนธะเปปไทดได
เชน
-Trypsin enzyme ยอยเฉพาะพนธะท R เปนไลซนหรออารจนน-Chymotrysin enzyme ยอยเฉพาะพนธะท R เปน เฟนลอะลานน
ไทโรซน ทรปโตเฟน และลซน
Th l i R ป โ-Thermolysin enzyme ยอยเฉพาะพนธะท R เปนกรดอะมโนชนดทไมชอบนา
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL49
เอนไซม
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL50
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL51
การจบกนของสบสเตรตกบเอนไซมแบบเหนยวนา
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL52
ไ ปจจยทมผลตอการทางานของเอนไซม
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL53
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL54
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL55
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL56
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL57
Denaturation
• ความรอนและรงสอตราไวโอเลต• ความรอนและรงสอตราไวโอเลต
• สารเคม
- กรดและดาง
- ตวทาละลายอนทรย
เกลอไอออนของโลหะหนก- เกลอไอออนของโลหะหนก
การสญเสยสภาพธรรมชาตของเสนผม
SORACHAI SAELIM, DEPARTMENT OF CHEMISTRY, MAHIDOLWITTAYANUSORN SCHOOL
การสญเสยสภาพธรรมชาตของเสนผม58