typning af vancomycin-resistente enterokokker et...

Typning af vancomycin-resistente enterokokker

- Et tværsnitsstudie

Typing of Vancomycin-resistant enterococci

- a cross-sectional study

Udarbejdet af: Aynur Barut

16. december 2013

Hovedvejleder: Niels Nørskov-Lauritsen Overlæge, ph.d. Kandidatspeciale udført Fagligvejleder: Ved Den Sundhedsfaglige Rita Andersen Leth Kandidatuddannelse, Overvågningskoordinator, Aarhus Universitet MPH, ph.d.

Indhold 1. Forord ........................................................................................................................................................ 4

2. Ordforklaring ............................................................................................................................................. 5

4. Resuméer ................................................................................................................................................... 8

3.1 Resumé .................................................................................................................................................... 8

3.2 Abstract.................................................................................................................................................... 9

5. Indledning ................................................................................................................................................ 10

4.1 Enterokokker ......................................................................................................................................... 10

4.2 Vancomycin-resistente Enterokokker .................................................................................................... 10

4.3 Mekanisme ............................................................................................................................................ 10

4.3.1 Cellevæggen ................................................................................................................................... 10

4.3.2 Resistensbestemmelse af VRE ....................................................................................................... 11

4.3.3 Resistensmekanisme, Van-typer ..................................................................................................... 11

4.4 Epidemiologi ......................................................................................................................................... 12

4.4.1 USA ................................................................................................................................................ 12

4.4.2 Europa ............................................................................................................................................. 12

4.5 Hospitalserhvervede infektioner samt risikofaktorer for VRE .............................................................. 13

4.6 Vancomycin-resistente enterokokker på Aarhus Universitetshospital .................................................. 14

4.7 Molekylære typningsmetoder ................................................................................................................ 15

4.7.1 Pulsed field gel electrophoresis ...................................................................................................... 15

6. Formål og hypoteser ................................................................................................................................ 17

5.1 Formål.................................................................................................................................................... 17

5.2 Hypoteser ............................................................................................................................................... 17

7. Materiale og metoder ............................................................................................................................... 18

6.1 Materiale ................................................................................................................................................ 18

6.1.1 Litteratursøgningsstrategi ............................................................................................................... 18

6.1.2 Design ............................................................................................................................................. 18

6.1.3 Studiepopulation ............................................................................................................................. 18

6.1.4 Eksponering .................................................................................................................................... 19

6.1.5 Udfald ............................................................................................................................................. 19

6.1.6 Potentielle confoundere .................................................................................................................. 19

6.1 7 Etiske overvejelser .......................................................................................................................... 20

6.2 Metoder.................................................................................................................................................. 20

6.2.1 PFGE .............................................................................................................................................. 20


│ 3

6.2.2 Antimikrobiel følsomhedsbestemmelse.......................................................................................... 23

6.3 Databearbejdning ................................................................................................................................... 23

6.4 Statistiske metoder ................................................................................................................................. 24

7. Resultater ..................................................................................................................................................... 25

7.1 Statistiske analyser ................................................................................................................................ 29

7.2 Sensitivitetsanalyse ................................................................................................................................ 30

7.3 Effektmodifikation og confounding ...................................................................................................... 30

7.4 Fænotypisk og genotypisk resistens ...................................................................................................... 32

8. Diskussion ............................................................................................................................................... 34

8.1 Projektets hovedresultater...................................................................................................................... 34

8.2 Hoved resultaterne i relation til projektets hypoteser ............................................................................ 34

8.3 Diskussion af anvendte metode ............................................................................................................. 37

8.3.1 Design ............................................................................................................................................. 37

8.3.2 Informationsproblemer ................................................................................................................... 37

8.3.3 Betydning af inter-observatør variation samt vurdering af PFGE metode ..................................... 37

8.3.4 Selektionsproblemer ....................................................................................................................... 38

8.3.5 Effektmodifikation og confounding ............................................................................................... 39

8.3.6 Statistisk præcision ......................................................................................................................... 40

8.3.7 Reliabilitet og ekstern validitet ....................................................................................................... 40

9. Konklusion .................................................................................................................................................. 41

10. Perspektivering .......................................................................................................................................... 42

11. Referencer.................................................................................................................................................. 43

12. Appendiks eller Bilagsoversigt .................................................................................................................. 48


│ 4

1. Forord Dette projekt er udarbejdet i forbindelse med det afsluttende kandidatspeciale ved Den

Sundhedsfaglige Kandidatuddannelse, Aarhus Universitet.

Projektet er baseret på studier gennemført på Klinisk Mikrobiologisk Afdeling (KMA), Aarhus

Universitetshospitalet (AUH), Skejby i perioden primo februar- ultimo december 2013.

Projektet har haft formålet at undersøge forekomsten af VRE faecium klon(er) hos hæmatologiske

patienter og øvrige patienter samt undersøge om den sandsynlige hæmatologiske udbrudsklon(er) kan

påvises hos ikke-hæmatologiske afdelinger. Ydermere at undersøge en eventuelt association mellem

VRE faecium klon(er) og resistensmønstre. Projektet understøtter formodningen om, at der har været

én udbrudsklon på hæmatologisk afdeling på AUH.

Jeg vil gerne benytte lejligheden til især at takke min hovedvejleder overlæge, ph.d. Niels Nørskov-

Lauritsen, KMA, AUH, Skejby, min faglig vejleder overvågningskoordinator, MPH, ph.d. Rita

Andersen Leth for faglig samt uvurderlig støtte og vejledning. Dertil ønsker jeg at udtrykke min

taknemlighed til molekylærbiolog, ph.d. Kurt Handberg og molekylærbiolog, ph.d. Marianne Lund,

KMA, AUH, der har fungeret som yderst værdifuld medvejleder og sparingspartner.

Specielt tak skal gå til forsknings bioanalytiker, Mette Jensen, KMA, AUH, Skejby samt

molekylærbiolog, ph.d. studerende, Winnie Jensen, KMA, AUH, Skejby for deres oplæring i PFGE

analysen.

Sidst men ikke mindst en stor tak til ledelsen på KMA, AUH, Skejby for deres økonomiske bistand

(projektudgifter).

Aarhus, den 16. december 2013

Aynur Barut

stud.scient.san


│ 5

2. Ordforklaring Aminoglycosider: Et aminoglykosid er et molekyle eller del af et molekyle der består af amin-

modificerede sukre. Flere aminoglykosider virker som antibiotika ved at hæmme bakteriers

proteinsyntese.

Associationsmål: Mål for sammenhænge

AUH: Aarhus Universitetshospital.

Bakteriæmi: Bakterier i blodbanen.

Bakteriekultur: En rendyrket samling af en bestemt bakterieart.

Binomialfordeling: Er en diskret fordeling inden for sandsynlighedsregning og beskriver en af de

mest fundamentale fordelinger.

Bias: Skævhed, ensidighed. At et estimat er biased kan blandt andet skyldes enten information- eller

selektionsproblemer eller confounding, hvilket betyder at der er systematiske fejl som påvirker

estimatet.

Båndmønster: Fordeling af DNA fragmenter efter strørrelse, karakteristisk for hver bakterieklon.

CI: Konfidensinterval eller sikkerhedsinterval. Dette er et udtryk for den tilfældige usikkerhed ved

et estimat. Et 95 % CI udtrykker, at den ”sande” værdi, der ønskes estimeret, med 95 % sandsynlighed

ligger indenfor CI

Chi i anden test: X2-test bruges ved kontingenstabeller.

Confounding: Forveksling, sammenblanding. Hvis to eksponeringer begge kan være årsag til en

sygdom, og hvis de er indbyrdes associeret, kan der ske en forveksling, for eksempel ved at den ene

eksponering fejlagtigt tilskrives hele den kausale effekt.

Diskriminerende index: Et mål for hvor effektiv en typningsmetode er til at adskille forskellige

bakterierkloner.

Effektmodifikation: Effektmodifikation kaldes også for interaktion. Det forhold, at effekten af en

eksponering påvirkes af en anden faktor. Om effekten påvirkes, kan afhænge af det anvendte

effektmål (associastionsmål): derfor bruges undertiden betegnelsen effektmålsmodifikation.

Elektroforese: Elektroforese er en analysemetode der benyttes til at adskille forskellige molekyler

fra hinanden baseret på deres elektriske egenskaber samt for eksempel størrelse og form.

Eksponering: Udsættelse, påvirkning

Ekstern validitet: Resultaternes gyldighed ud over den repræsenterede målepopulation. Et

resultatets eksterne validitet vedrører mulighederne for generalisering til andre populationer og andre

tider.

Erhvervet resistens: Erhvervet resistens er resistens overfor et eller flere antibiotika, som

bakteriearten er normalt følsom.

Estimat: Et skøn. Ethvert empirisk fund, for eksempel prævalensproportion eller en relativ risiko,

kan betragtes som et estimat af en ”sand” bagvedliggende værdi; estimatet kan være behæftede med

større eller mindre tilfældig usikkerhed, typisk udtryk ved et sikkerhedsinterval.

Evidens: Videnskabeligt belæg der giver vished for et givent forhold.

Fishers eksakte test: Fishers eksakte test er en statistisk signifikans test, det anvendes især når

stikprøvestørrelser er små.


│ 6

Genotyper: Arvelighedspræg (i modsætning til fænotype (fremtoningspræg)).

Glycopeptid: Proteiner

HEI: Hospitalserhvervet infektion er en infektion der er erhvervet under indlæggelse på et hospital.

Der må ikke foreligge beviser for, at infektionen er opstået før indlæggelse

Incidens: Antal nye tilfælde er tidsenhed.

Infektiøs endocarditis: Betændelse på hjerteklapperne. Bakterier i blod kan ”slå sig ned” i

hjerteklapperne. Kan forårsages af enterokokker.

Informationsbias: Bias, det vil sige systematisk over- eller undervurdering af et estimat på grund af

informationsproblemer.

Intern validitet: Et estimats interne validitet er god, hvis det ikke over- eller undervurderer den sande

værdi i målepopulationen. Den interne validitet kan trues af informationsbias, selektionsbias og

confounding

KMA: Klinisk Mikrobiologisk Afdeling.

Lambda ladder PFGE Marker (BioLabs): En samling af DNA stykker af kendt størrelse der

fungerer som størrelsesmarkør ved PFGE analyse. Består af sammenføjede stykker af Lambda phag

(virus) DNA af 48,5 kb.

Lysering: celledød

Lysozym: Er et enzym.

Mantel-Hanzel analyse: En metode til stratificeret analyse.

MLST: multilocus sequence typning

MLVA: multiple-locus-number tandem repeat analysis

Mutanolysin: Er et enzym

Naturlig resistens: Når bakteriearten ikke aldrig er følsom overfor et antibiotika (for eksempel har

mycoplasma ingen cellevæg og er resistente overfor betalaktam).

NBG: Nørrebrogade; AUH, NBG, den gamle Komunehospital.

Nulhypotesen: Antagelsen, at udfaldet af eksperimentet alene skyldes tilfældigheder, kaldes

nulhypotesen.

OR: Odds ratio. I en case-kontrol-undersøgelse beregnes eksponerings-odds for cases og kontroller;

odds radio er ratio mellem disse to odds.

ORadjusted: Standardiserede estimater

ORcrude: Rå estimater

Penicillin: Er en række antibiotika udledt fra pencillium.

PFGE: Pulsed-field gel electrophoresis

Proteinase K: Er et enzym.

Proteolyse: Opløsning af protein.

Prævalens: Den andel af en specifik gruppe personer der på et givet tidspunkt har pågældende lidelse.

Når der tales om prævalens af HEI er det andelen af alle indlagte patienter.

PPD: Prævalensproportiondifferens.


│ 7

P-værdie: Sandsynligheden for de foreliggende observationer er i overenstemmelse med

nulhypotesen. En sikker forkastning af nulhypotesen (statistisk signifikans) sættes almindeligvis til

p-værdi <5 %.

Reliabilitet: Målenøjagtighed. Reliabilteten kan blandt andet anvendes ved eksperimenter, målinger,

afprøvninger og test, det vil sige, at de giver samme resultat, hvis de gentages (reproducerbarhed), og

at to, der uafhængigt af hinanden eksperimenterer med, afprøver eller tester det samme, får samme

resultat (reproducerbarhed).

Restriktionsenzym: Restriktionsenzymer eller endonukleaser genkender og skærer DNA ved en

specifik sekvens.

Review: Oversigtartikel. En artikel som sammenfatter viden omkring et specifikt felt inden for en

årrække.

RCS: Randers.

Selektionsbias: Bias, det vil sige systematisk over- eller undervurdering af en sammenhæng på grund

af selektionsproblemer.

SIR: Sensitive (følsom), Intermediære og Resistente.

SSI: Statens Serum Institut.

Styrke/power: en undersøgelsens styrke/power udtrykker dens evne til at undgå type 2 fejl, det vil

sige undgå at overse en sammenhæng.

TBE: TBE er en bufferopløsning indeholdende af Tris base, boresyre og EDTA.

TE buffer: TE er en bufferopløsning indeholdende af Tris base og EDTA.

Tværsnitstudie: I en beskrivende tværsnitundersøgelse undersøges prævalensen af en sygdom eller

en egenskab på et givet tidspunkt. I en analytisk tværsnit-undersøgelse indsamles samtidig

information om eksponering og udfald. Afhængigt af omstændighederne kan en

tværsnitundersøgelses resultater være misvisende ved studiet af årsagssammenhæng.

Type 1 fejl: Ved en type 1 fejl accepteres en hypotese om sammenhæng fejlagtigt. Ved en

signifikansniveau (p-værdi) på 5 % er risikoen for type 1 fejl 5 %.

Type 2 fejl: Ved en type 2 fejl forkastes en hypotese om sammenhæng fejlagtigt. En undersøgelses

styrke udtrykker sandsynligheden for at undgå type 2 fejl; styrken afhænger blandt andet af

undersøgelsens størrelse.

Validitet: Gyldighed. Der sondres mellem intern validitet, som vedrører bias i forhold til målpopu-

lationen, og ekstern validitet, som vedrører mulighederne for generalisering og ud over

målpopulationen.

VRE: Vancomycin resistente enterokokker.

Udfald: Udfald kaldes også for outcome.

WHO: World Health Organization.


│ 8

4. Resuméer

3.1 Resumé

Titel: Typing af vancomycin-resistente enterokokker.

Indledning: Enterokokker er Gram-positive bakterier der danner kæder og som er en del af den

normale tarmflora hos både mennesker og dyr. Enterokokker er normalt lavpatogene, hvilket betyder,

at bakterierne sjældent forårsager sygdom hos raske mennesker. Vancomycin-resistente enterokokker

(VRE) er Enterococcus arter med erhvervet resistens over for antibiotikummet vancomycin. Gennem

de sidste 20 år er VRE blevet et stigende problem, specielt som årsag til hospitalserhvervede

infektioner (HEI). I litteraturen er det velkendt, at risiko for at få VRE generelt kunne være associeret

med: længerevarende hospitalsophold, længerevarende ophold på intensive afdelinger, tidligere

antibiotikabehandling, samt køn og alder. Skønt antallet af VRE faecium har været stigende på Aarhus

Universitetshospitalet (AUH) siden 2009, især på hæmatologisk afdeling, har forekomsten dog hidtil

været lav. De fleste VRE isolater fra 2009 til 2013 på AUH har ikke været typebestemt, hvilket

betyder, at man hidtil ikke har vidst om disse isolater udgjordes af én klon eller forskellige kloner.

Formål: At undersøge forekomsten af VRE faecium klon(er) hos hæmatologiske patienter i forhold

til øvrige patienter ved PFGE typning samt at undersøge om den sandsynlige hæmatologiske

udbrudsklon(er) kan påvises på ikke-hæmatologiske afdelinger. Endvidere at undersøge en eventuel

association mellem VRE faecium klon(er) og resistensmønstre.

Metode: Problemstillingen blev belyst ud fra et tværsnitstudie. Data stammer fra Klinisk

Mikrobiologisk Afdeling (KMA), AUH, Skejby. Studiepopulationen består af 158 VRE faecium

isolater, der var identificeret som VRE faecium i perioden januar 2009 til juli 2013 fra AUH samt

Regionshospitalerne i Randers og Horsens. PFGE metoden blev anvendt til at typebestemme VRE

faecium isolater, AST-586 kort (bioMérieux) blev anvendt til resistensbestemmelse.

Resultater: Der blev kørt PFGE på 133 VRE faecium isolater, hvorved der blev fundet 32 forskellige

VRE faecium kloner. 14 VRE kloner udgjorde deciderende clustre bestående af mindst to og op til

34 VRE faecium isolater. De resterende 18 VRE faceium kloner udgjorde ”unikke” kloner, hver

bestående af én klon. Klon 1 var signifikant hyppigere forekommende hos hæmatologiske patienter

end hos øvrige patienter (p<0,001). Endvidere var klon 1 signifikant hyppigere resistent overfor

antibiotikum gentamicin (high level) og streptomycin, end det var tilfældet for øvrige kloner (p=0,040

og p<0,001). Klon 1 var statistisk signifikant associeret med mandlige patienter (p=0,033). Der

fandtes ingen statistisk signifikant association mellem klon 1 og hospitaler samt alder.

Konklusion: På baggrund af dette studies resultater kan det konkluderes, at klon 1 overvejende

detekteres hos hæmatologiske patienter. Ydermere var klon 1 signifikant hyppigere resistent overfor

gentamicin (high level) og streptomycin end det var tilfældet for øvrige kloner. Fraset de

hæmatologiske patienter var der ikke signifikant association mellem klon 1 og hospitaler. Klon 1 var

signifikant associeret med mandlige patienter. Med hensyn til alder var der ingen forskel på klon 1

og øvrige kloner.


│ 9

3.2 Abstract

Title: Typing of Vancomycin-resistant Enterococci

Background: Enterococci are Gram-positive bacteria, which form chains, and are part of the normal

intestinal flora of humans and animals. Enterococci are generally of low pathogenicity, meaning that

they rarely cause disease in healthy people. Vancomycin-resistant enterococci (VRE) are

Enterococcus species with acquired resistance to the antibiotic vancomycin. Over the past 20 years,

VRE has become an increasing problem, especially as a cause to hospital-acquired infections (HEI).

In the literature, it was well known that the risk of getting VRE generally could be associated with:

prolonged hospital stays, long-term stay at ICU, previous antibiotic therapy, gender and age. Even

the number of VRE faecium has been growing, especially in the department of hematology, the

incidens has been low. Most VRE faceium isolates from 2009 to 2013 at AUH had not been typed,

meaning that it was not known if these isolates were formed as a single clone or different clones.

Objectives: To investigate the prevalence of VRE faecium clon(s) in haematological patients

compared to other patients by PFGE typing, and to investigate whether the likely haematological

outbreak-clon(s) could be detected in non-haematological departments. Furthermore to investigate a

possible association between VRE faecium clon(s) and resistance pattern.

Method: In order to fulfill the objective the following study was assessed as a cross-sectional study.

The study data was collected at the Department of Clinical Microbiology (KMA), AUH Skejby. The

study population consists of 158 VRE faecium isolates which were identified as VRE faecium in the

period of January 2009 to July 2013 from AUH, Region Hospitals Randers and Horsens. PFGE

method was used to determine types of VRE faecium isolates; AST-586 card (bioMérieux) was used

to susceptibility tests.

Results: PFGE was performed on 133 VRE faecium isolates, in which was found 32 different VRE

faecium clones were found. 14 VRE faecium clones represented clusters consisting of at least two

and up to 34 VRE faecium isolates. The remaining 18 VRE clones constituted "unique" clones

consisting of a single clone. Clone 1 was significantly more frequent in hematologic patients than in

other patients (p <0.001). Furthermore, clone 1 was significantly more often resistant to antibiotic

gentamicin (high level) and streptomycin than it was the case for the other clones (p = 0.040 and p

<0.001). Clone 1 was statistically significantly associated with male patients (p = 0.033). No

statistically significantly, association between clone 1, hospitals and age was found.

Conclusion: Based on the findings in this study it can be concluded that the clone 1 was detected

predominantly in hematological patients. Furthermore, clone 1 was significantly more frequent

resistant to gentamicin (high level) and streptomycin than other clones. Exclusive hematological

patients, there was no significant association between clone 1 and hospitals. Clone 1 was

significantly associated with male patients. Clone 1 and other clones showed no difference in age.


│ 10

5. Indledning 4.1 Enterokokker

Enterokokker er fakultativt anaerobe bakterier. Det er Gram-positive kokker der danner kæder og

som er en del af den normale tarmflora hos både mennesker og dyr. Enterokokker er normalt

lavpatogene, men deres naturlige modstandskraft overfor antibiotika giver dem en fordel i miljøer

hvor der anvendes store mængder antibiotikum, det vil sige på hospitaler (1-3). De hyppigste

enterokokker er Enterococcus faecium (E. faecium) og Enterococcus faecalis (E. faecalis). Disse

bakterier kan blandt andet forårsage urinvejsinfektioner, galdevejsinfektioner, sårinfektioner,

bakteriæmi og bakteriel endokarditis (1,4,5). Femten til tyve procent af tilfælde af infektiøs

endokarditis i Danmark forårsages af enterokokker (6). Første gang en enterokok blev påvist som

årsag til infektiøs endokartidis var i 1899 (7). I USA er enterokokker den næsthyppigste bakterie,

efter stafylokokker, til at forårsage hospitalserhvervede infektioner (HEI) (3,8). Enterokokker er

naturlig resistente over for en række antibiotikum, såsom cephalosporiner samt pencillin og

ampicillin, hvorfor vancomycin har været et centralt stof i behandling af HAI med enterokokker (7).

4.2 Vancomycin-resistente Enterokokker

Vancomycin-resistente Enterokokker (VRE) er Enterococcus arter med erhvervet resistens over for

antibiotikummet vancomycin. Vancomycin er ofte blevet brugt som en sidste udvej i behandlingen

af antibiotikaresistente gram positive bakterier, såsom enterokokker og stafylokokker (9). Gennem

de sidste 20 år er VRE blevet et stigende problem, specielt som årsag til HEI. Ifølge Centers for

Disease Control and Prevention (CDC), Atlanta, USA, forekommer de fleste tilfælde af VRE på

hospitaler, hos patienter med nedsat immunsystem, eller som har været i antibiotikabehandling i

længere tid (10).

4.3 Mekanisme

4.3.1 Cellevæggen

Gram positive bakteriers cellevæg er opbygget af en tyk cellevæg, bestående af peptidoglycaner (N-

acetylglucosamin (NAG) og N-acetylmuraminsyre (NAM)), der linker NAG og NAM sammen (11-

13). Hos bakterier der er følsomme for vancomycin, vil vancomycin virke ved at hæmme

cellevægssyntesen, idet vancomycin-molekylet bindes til aminosyre, D-alanine, der katalyserer

krydsbindingen mellem to glycan-forgrenede peptidkæder. Cellevægssyntesen opstår ved, at

cellevæggen bliver svagere og svagere og til sidst lyserer bakteriercellen på grund af forskellen i det

osmotiske tryk mellem bakteriens indre og omgivelserne (14-16).

Hos bakterier der er vancomycin resistente vil stabile krydsbindinger i cellevæggen blive dannet, idet

aminosyre, D-alanine vil blive skiftet ud med enzymet, D-lactate, hvorved vancomycin ikke kan

binde sig (14-16), jf. Figur 1.


│ 11

Figur 1. Vancomycin sensitiv: Vancomycin genkender og binder til D-alanine på enden af peptidkæderne. Dette gør at vancomycin

forhindre ved at hæmme dannelsen af peptidoglycan krydsbindinger i bakteriens cellevæg. Det svækkede cellevæg forårsager, at

bakterien lyserer på grund af osmotisk tryk. Vancomycin resistente: Hos bakterier der er resistente for vancomycin vil D-alanine

blive erstattet af D-lactate, hvorved vancomycin ikke kan binde sig. Dette medføre til, at stabile krydsbinding i bakteriens cellevæg

vil blive dannet (17).

4.3.2 Resistensbestemmelse af VRE

Følsomhed af en bakterie angives ved bogstavsystem (S, I, R), hvor S (sensitiv), I (intermediær/nedsat

følsom) og R (resistent) (18). Sensitiv betyder, at behandling med antibiotika i standarddosering

forventes at have effekt. Intermediær betyder, at effektfuld behandling kan opnås, hvis

antibiotikummet opkoncentreres i det aktuelle infektionsfokus (for eksempel i urinvejene) eller hvis

der behandles med højere doser for eksempel ved lokalbehandling, såsom inhalation i luftveje.

Resistent betyder, at en infektion ikke kan forventes behandlet med pågældende antibiotikum (19).

Der findes forskellige årsager til antibiotikaresistens hos bakterier. Årsagerne kan blandt andet

skyldes, ”naturlig resistens”, hvor bakterien er naturlig resistent overfor visse antibiotika, men kan

også skyldes ”erhvervet resistens”. Erhvervet resistens kan opnås enten ved mutationer i

arvematerialet eller optagelsen af resistensgener fra andre bakterier (1, 36).

4.3.3 Resistensmekanisme, Van-typer

Vancomycin resistens er en kompleks mekanisme, der kræver tilstedeværelsen af flere gener. Gen

komplekset (operons) kaldes for VanA, B, C, D, E eller G. I disse operons findes der såvel gener for

funktionelle enzymer til modifikation af syntesevejen, for eksempel D-Ala-D-Ala ligase (ddl), som

regulatoriske elementer. VanA og VanB er de hyppigste typer i Europa og USA (3,20). VanA

medfører resistens over for alle glycopeptider, såsom vancomycin og teicoplanin, mens VanB typisk

er følsom for teicoplanin (2,3). Flere studier dokumenterer, at resistensmønstre hos enterokokker

sjældent er forskellig (21-27).

Antimikrobiel behandling af svære infektioner som infektiøs endocarditis kræver brug af

synergistiske kombinationer, såsom pencillin (ampicillin eller pencillin G) og et aminoglykosid

(gentamicin eller streptomycin) eller glycopeptid (2,4,13).


│ 12

4.4 Epidemiologi

4.4.1 USA

Enterokok infektioner i USA, der er forårsaget af VRE, er foregået i to bølger. Den første bølge var i

1970’erne, hvor E. faecalis udgjorde 90-95 % af alle VRE tilfælde. På nuværende tidspunkt er vi i

den anden bølge, hvor det er VRE faecium der hyppigst forekommer. Siden begyndelsen af 1990´erne

er antallet af VRE faecium infektioner steget drastisk på amerikanske hospitaler (8,28). Samme

tendens ses i resten af verden (8,28). Flere studier dokumenterer, at stigningen af VRE tilfælde er

signifikant forbundet med øget forbrug af vancomycin og bredspektret antibiotikum (8 ,29). Et studie

har fundet, at antallet af VRE tilfælde på amerikanske hospitaler er steget fra 9820 VRE tilfælde i

2006 til 21.352 VRE tilfælde i 2010 (8, 30).

En amerikansk overvågningsundersøgelse fra 1995 til 2002 viser, at af 9% hospitalserhvervede

bakteriæmier var 62 % forårsaget af VRE, heraf 2 % VRE faecalis isolater og 60 % VRE faecium

isolater (31). CDC rapporterede, at andelen af HEI forårsaget af VRE i perioden 1989 til 1993 steg

fra 0,3 % til 7,9 (2). Af en nyere undersøgelse fra CDC fremgår, at i perioden 2006 til 2007 var 80 %

af 983 E. faecium isolater VR og 6,9 % af de undersøgte E. faecalis isolater var VR (n=1542) (7).

4.4.2 Europa

De første VRE tilfælde blev rapporteret i Europa i slutningen af 1980’erne, hvor bakterien havde

koloniseret sig i menneskets og dyrs mavetarmkanal; hvilket formentlig var forbundet med forøget

brug af avoparcin, et glycopeptid antibiotika, der blev brugt i dyrefoder (32). Fremkomsten af VRE

tilfælde i Europa medførte i 1996 forbud mod brug af avoparcin hos dyr, hvilket har bevirket et fald

af antallet af VRE tilfælde hos dyr (7,8,32,33). Efterfølgende overvågning af VRE tilfælde i Europa

har vist en stigning i antallet af ampicillin og/eller vancomycin resistente enterokok infektioner i det

seneste årti.

De seneste år har prævalensen af VRE i Europa været stigende med store regionale forskelle. De

fleste VRE tilfælde i Europa forekommer i Grækenland, Storbritannien og Portugal (7,8). I 2007

rapporterede European Antimicrobial Resistance Surveilance System (EARSS), et netværk af

nationale overvågningssystemer, at antallet af invasive VRE faecium infektioner var lav (n = 4.561).

Af de 31 lande, der indberettede data til EARSS, var der syv lande der rapporterede mindre end 20

VRE faecium infektioner (Bulgarien, n= 12, Cypern, n= 12, Island, n= 14, Litauen, n= 18,

Luxembourg, n= 11, Malta, n= 6 og Rumænien, n= 9). 11 lande indberettede mindre eller lig med 1

% VRE faecium infektioner (n= >20). Tre lande indberettede mere end 25% VRE faecium infektioner,

Grækenland (37%, n= 388), Irland (33%, n= 323) og Portugal (29%, n= 158).

I løbet af de seneste 6 år, har VRE faecium tilfælde været betydeligt øget i 6 lande, Tyskland,

Grækenland, Irland, Israel, Slovenien og Tyrkiet. Figur 2 viser, andelen af VRE faecium tilfælde i

Europa i 2007 (34).


│ 13

Figur 2. Forekomst af vancomycin resistente Enterococcus faecium i Europa i år 2007 (EARSS årlige rapport fra 2007). *) Disse

lande har ikke indberettet nogen data, <10 isolater (34).

I 2012 blev der i Danmark påvist 1,8 % VRE faecium isolater af alle E. faecium bakteriæmier (n =

11) og 0,2% VRE faecalis isolater (n=1) af alle E. faecalis bakteriæmier . Seks VRE faecium isolater

blev fundet ved KMA, Aarhus Universitetshospital (AUH) og tre på Klinisk Mikrobiologisk Afdeling

(KMA), Hvidovre Hospital. Disse isolater var type VanA (4).

4.5 Hospitalserhvervede infektioner samt risikofaktorer for VRE

På danske hospitaler erhverver 7,2 % af alle indlagte patienter en HEI under indlæggelsen (35). World

Health Organisation (WHO) definerer HEI, som infektioner erhvervet i hospitalsmiljøet, og som ikke

var i inkubationsstadiet ved indlæggelsen, samt infektioner opstået mere end 48 timer efter

indlæggelsen (37). HEI kan opstå ved direkte eller indirekte smitte med patogene mikroorganismer,

som kan frembringes gennem mad, drikke, luft og lægemiddelpræparater eller overføres ved

kontaktsmitte. Smittekilden kan stamme fra hospitalspersonalet og miljøet, medpatienter eller fra

patientens egen normalflora (38). De hyppigste infektioner omfatter urinvejsinfektioner, nedre

luftvejsinfektioner, sårinfektioner og bakteriæmi. Alvorligheden af disse infektioner kan variere fra

hududslæt til anafylaktisk chok. Ældre, svækkede og kronisk syge patienter er i øget risiko for at

erhverve HEI (37). Disse patienter er sårbare, og derfor i særligt risiko for at erhverve HEI, specielt

efter en antibiotikabehandling, som kan medføre at bakterierne beskytter sig ved at udvikle resistens

over for antibiotika.

Flere studier har dokumenteret, at VRE udbrud kunne skyldes krydsinfektion mellem patienterne.

Dette antyder, at infektionshygiejniske retningslinjer på afdelingerne ikke fungerer optimalt.

Enterokokker er i stand til at overleve i uger og måneder på sygehuse, hvilket gør det nemmere for

bakterierne at sprede sig og kolonisere hos patienter (39,40). I Rigshospitalets årsrapport fra 2011


│ 14

rapporteredes, at urinvejsinfektioner fortsat var den hyppigste HEI der registreredes, samt at

Enterococcus arter, Escherichia coli og Klebsiella pneumoniae var de hyppigste forekommende

ætiologiske agens til infektioner (41). Ifølge tal fra Statens Serum Institut (SSI) er prævalensen af

HEI højest på intensive og kirurgiske afdelinger, og infektionerne kan medføre anseelige

omkostninger for både patienten og samfundet (37,42,43). Økonomiske omkostninger ved forlænget

indlæggelsestid skal ses i et samspil med øget medicinforbrug, eventuelt isolationsophold, samt tabt

arbejdsfortjeneste for patienten (37).

Flere studier har undersøgt risikofaktorer for VRE infektioner. Forekomsten af VRE i USA har været

stigende på intensive afdelinger, men også blandt patienter med kronisk nyresvigt, cancer,

organtransplanterede patienter, og patienter der havde langvarig indlæggelse. Adskillige studier har

brugt case-control design samt multivariat analyse for at undersøge risikofaktorerne for VRE hos

indlagte patienter. Studier fandt frem til følgende risikofaktorer for VRE: længerevarende

hospitalsophold, længerevarende ophold på intensiv afdelinger samt tidligere antibiotikabehandling

med for eksempel vancomycin og tredje generation af cefphalosporiner (2, 8, 21, 31,44, 45,46,47). I

litteraturen er det velkendt, at risiko for at få VRE generelt kunne være associeret med køn og alder

(21,46,47).

4.6 Vancomycin-resistente enterokokker på Aarhus Universitetshospital

I 2010 har der i alt været 61 incidente VRE faecium tilfælde på AUH, hvoraf 24 patienter var fra

hæmatologisk afdeling (R70 og R170). Hæmatologiske patienter betragtes at være i højrisiko for både

høj sygelighed og høj dødelighed i forbindelse med infektion (48,49). På baggrund af dette betragtes

hæmatologiske patienter at være højrisikogruppe for at erhverve VRE infektioner. Ydermere har der

været et stigende antal tilfælde af VRE faecium 25 på AUH, Skejby i første halvår 2013. Hovedparten

af patienterne har haft tilknytning til flere afdelinger. Antallet af VRE faecium har været stigende på

AUH siden 2009, dog har forekomsten hidtil været lav. De fleste VRE isolater fra 2009 til 2013 på

AUH har ikke været typebestemt, hvilket betyder, at man hidtil ikke har vidst om disse isolater

udgjordes af én klon eller forskellige. I Figur 3 illustreres VRE tilfælde på AUH, Regionshospitalerne

Randers og Horsens i perioden 1 januar 2009 til 30 juli 2013. Der ses en markant stigning af VRE

tilfælde i 2010, hvilket antyder, at der har været VRE udbrud. Som tidligere nævnt var der i 2010 på

AUH mange hæmatologiske patienter, der fik påvist VRE. Dette kunne være på grund af en bestemt

”hæmatologisk” klon, men dette er endnu ikke undersøgt.


│ 15

Figur 3. Forekomsten af VRE faecium tilfælde på AUH, Regionshospitalerne Randers og Horsens i perioden 2009-2013.

Antal VRE faecium tilfælde i 2013 er fra første halvår. Screeningsprøver figurerer i figuren.

4.7 Molekylære typningsmetoder

Molekylære typningsmetoder kan anvendes til typning af bakterier hvis der er mistanke om udbrud

og smittespredning. Der er udviklet en række molekylære typninigsmetoder såsom pulsed field gel

electrophoresis (PFGE).

4.7.1 Pulsed field gel electrophoresis

PFGE er en hyppigt anvendt molekylær typningsmetode, der muliggør sammenligning af forskellige

bakterieisolater inden for samme art. Typningen kan således afgøre om forskellige isolater kan være

relaterede, eller må betragtes som forskellige. DNA fragmenterne fremkommer efter skæring af

bakteriens kromosomale DNA, med restriktionsenzymer, der genkender bestemte sekvenser i DNA.

DNA´et opdeles derved i ligeså mange fragmenter som der er genkendelsessteder. Fragmentstørrelsen

afgøres af afstanden mellem stederne. Grundtanken bag denne sammenligning er, at hvis to isolater

af en bakterie er forskellige, vil DNA’et blive skåret forskellige steder, og afstanden mellem hvert

skår vil være forskellig (50).

Efter skæring af DNA’et med restriktionsenzymet adskilles DNA fragmenterne ved elektroforese,

hvor DNA’et køres gennem en agarosegel. DNA fragmenter vandrer med forskellig hastighed,

afhængig af størrelse. Det vil sige at store DNA-stykker bevæger sig langsommere i et elektrisk felt

sammenlignet med mindre stykker af DNA. Et elektrisk felt er i stand til at trække DNA-stykkerne

mod den positive pol på grund af de negative ladninger på hver phosphatgruppe, der er med til at

danne rygraden i DNA-molekylet (51). Efter farvning af gelen kan de forskellige DNA fragmenter

visualiseres med farve. Dette giver et båndmønster af fragmenter, og er karakteristisk for det DNA,

der er blevet skåret. Båndmønstre sammenlignes ved hjælp af computerprogrammer, såsom

BioNumerics og/eller tolkes på baggrund af Tenovers kriterier (Figur 2) (47,52). Valget af

0

10

20

30

40

50

60

70

80

90

100

2009 2010 2011 2012 2013

AN

TAL

VR

E F

AEC

IUM

ISO

LATE

R

VRE FAECIUM I PERIODEN 2009-2013

Screening

VRE


│ 16

restriktionsenzymet afhænger af, hvilke bakterier, der ønskes undersøgt. Restriktionsenzymet, SmaI,

kan anvendes til de fleste gram positive bakterier, herunder enterokokker. Metoden er

arbejdskrævende og tager flere dage at gennemføre. Den bruges derfor kun, hvis der for eksempel er

en ophobning over tid af en bestemt bakterie type og derfor mistanke om et udbrud (53,54).

Figur 4: Pulsed-field gel electrophorese (PFGE): 1) viser bakteriekultur på agarpladen 2) bakteriesuspensionen blandes med agarose

3) bakteriecellevæggen er brudt op via lysering 4) efter skæring af DNA`et med restriktionsenzymet adskilles DNA fragmenter ved

elektroforese 5) dataanalyse, hvor DNA båndene fotograferes under UV-lys (53).

PFGE analysen er på nuværende tidspunkt guldstandard inden for molekylære typningsmetoder, dette

på grund af sin høje grad af differentiering samt etableret fortolkning (13,55).

Et studie har undersøgt, hvilke molekylære typningsmetoder, PFGE, multilocus sequence typing

(MLST) og multiple-locus variable-number tandem repeat analysis (MLVA), der er mest optimal til

at opspore en udbrudsstamme af VRE faecium. Der blev undersøgt på 58 VRE faecium isolater fra

31 tyske sygehuse i tidsperioden 1996 til 2006. De 58 VRE faecium isolater blev opdelt i 38 typer

ved PFGE, 19 typer ved MLST og 14 forskellige typer ved MLVA. PFGE havde det højeste

diskriminerende index målt med Simpson´s diversity index (56,64).

Turabelidze et al. har undersøgt, hvordan PFGE analysen kan gøres mere enkel og hurtig. Studiet

modificerede PFGE analysen, hvilket muliggjorde et svar af resultatet efter 2 døgn (58).

Som tidligere nævnt var der i 2010 mange hæmatologiske patienter, der blev konstateret med VRE

faecium og typning blev foretaget. På baggrund af dette har jeg valgt at undersøge og typebestemme

alle VRE faecium isolater fra januar 2009 til juli 2013 på KMA, AUH, Skejby. Dernæst at

Data analyse


│ 17

sammenligne, hvordan de enkelte VRE kloner spreder sig på de enkelte sygehuse, såsom AUH,

Regionshospitalerne Randers og Horsens samt på afdelingsniveau.

6. Formål og hypoteser

5.1 Formål

1. At undersøge forekomsten af VRE faecium klon(er) hos hæmatologiske patienter i forhold til

øvrige patienter ved PFGE typning.

2. At undersøge om den sandsynlige hæmatologiske udbrudsklon(er) kan påvises på ikke-

hæmatologiske afdelinger.

3. At undersøge en eventuel association mellem VRE faecium klon(er) og resistensmønstre.

5.2 Hypoteser

1. Forekomst af VRE faecium hos hæmatologiske patienter er hovedsagelig monoklon i

modsætning til forekomsten hos øvrige patienter.

2. På ikke-hæmatologiske afdelinger er der ikke signifikant overhyppighed af den sandsynlige

hæmatologiske klon(er).

3. Alle VRE faecium isolater har samme resistensmønster.


│ 18

7. Materiale og metoder

6.1 Materiale

6.1.1 Litteratursøgningsstrategi

Fokusområderne for litteratursøgningen har været artikler vedrørende typebestemmelse af VRE via

PFGE metode. Publikationsåret for de enkelte artikler har ikke været en begrænsende faktor for

udvælgelsen.

Litteratursøgningen er foretaget i artikeldatabaserne PubMed, Embase, og Scopus ud fra

veldefinerede MeSH-ord med afslutningsvis fritekstsøgning. Der er anvendt MeSH-ord eksempelvis

som ”Vancomycin Resistance [MeSH]”, ”Electrophoresis, Gel, Pulsed-Field [MeSH]” og

”Enterococcus faecium [MeSH]”. Optimering af søgeresultaterne er opnået ved at indsætte Limits for

søgningerne. Sorteringen af artikler er foregået ved gennemlæsning af overskrifter samt abstracts for

at identificere de artikler, der var relevante for projektet. Som supplement hertil er der fundet

yderligere artikler ved gennemlæsning af referencelisterne. Anden litteratur og information er

fremskaffet ved søgning på relevante internetadresser. For yderligere beskrivelse omkring

litteratursøgningen henvises til Bilag 1 og Bilag 2.

Litteratursøgningen er foretaget i februar 2013, og er opdateret i december 2013 med henblik på

identifikation af artikler, der var publiceret i den mellemliggende periode.

6.1.2 Design

Problemstillingen blev belyst ud fra et analytisk tværsnitstudie på baggrund af registeroplysninger

fra MADS- og EPJ-databaser samt udvalgte laboratorieanalyser, såsom resistensbestemmelse samt

typninging af VRE faecium isolater. Resistensbestemmelse på VRE faecium isolater blev undersøgt

via antimicrobial susceptibility testing (AST), AST-586 kort (bioMérieux) og typebestemmelse blev

foretaget ved hjælp af PFGE metode.

Langt hovedparten af VRE-infektionerne på AUH samt Regionshospitalerne Randers og Horsens i

perioden 2009 til første halvår 2013 var forårsaget af 158 E. faecium isolater. VRE faecalis isolater

bestod af 4 tilfælde i perioden. Dette betød at datasættet udelukkende bestod af VRE faecium.

Projektet var udformet som et komparativt design, hvor studiets referencegrupper var dels

hæmatologiske patienter samt hæmatologiske VRE faecium kloner.

6.1.3 Studiepopulation

Studiepopulationen bestod af 158 VRE faecium isolater, der var identificeret som VRE på KMA,

AUH, Skejby i perioden januar 2009 til juli 2013 (Bilag 3). Ydermere figurerer 32 screeningsprøver

(rectum podninger) fra patienter fra hæmatologisk-, nefrologisk-, kirurgisk- samt intensiv- afdelinger

i perioden 2009 til 2011. Der udgik 25 VRE faecium isolater, hvoraf der kun blev udført PFGE på


│ 19

133 VRE faecium isolater. De kliniske VRE faecium isolater var indsamlet fra blod, pus, urin,

kateterspids, fæces, sterile kropsvæsker, vaginal-, anal- og sår-podninger. Det skal påpeges, at der

kun er medtaget ét bakterieisolat per patient.

Inklusionskriterierne i projektet omfattede patienter, der havde fået påvist VRE faecium på AUH samt

Regionshospitalerne i Randers og Horsens, i perioden januar 2009 til juli 2013 (n= 158).

Eksklusionskriterierne i projektet var patienter, der havde fået påvist VRE faecium på andre sygehuse

(n=2), eller havde fået opvist VRE faecium før inklusionsperioden. Ydermere var det patienter, der

tidligere havde fået påvist VRE faecium før inklusionsperioden.

6.1.4 Eksponering

Som projektets eksponeringsvariabel valgtes indlæggelse på hæmatologisk afdeling på AUH.

Hæmatologiske patienter er patienter, der er indlagt, eller har været indlagt på hæmatologisk afdeling,

AUH indenfor 5 år før, inden de har fået konstateret VRE faecium. Øvrige patienter er patienter, der

ikke har været indlagt på hæmatologisk afdeling, AUH indenfor 5 år før konstatering af VRE faecium.

Ydermere er VRE faecium isolaterne i datasættet inddelt efter hvilket hospitaler patientprøverne er

indsendt fra, AUH, Regionshospitalerne i Randers og Horsens.

6.1.5 Udfald

Projektets primære udfaldsmål var VRE faecium kloner, og det sekundære udfaldsmål var resistens

overfor udvalgte antibiotika samt genteknologisk bestemmelse af van genotype.

Oplysningerne om identifikation samt genteknologisk undersøgelse er indhentet fra MADS-

databasen på KMA, AUH, Skejby. MADS- databasen giver desuden oplysninger om dyrknings- og

analyseresultat samt dato og tidspunkt for prøvetagning. Oplysninger om tidligere indlæggelse af

patienten er dels indhentet fra ovenstående database og dels fra Elektronisk patientjournal (EPJ-

database).

PFGE analysen samt resistensbestemmelse er udført af projektansvarlig.

6.1.6 Potentielle confoundere

Co-variateter i dette studie var udvalgt a priori fra litteraturen, hvor andre studier indikerede at såvel

ældre patienter, mandlige patienter, tidligere hospitalsophold samt vancomycinbehandlede patienter

diagnosticeres med VRE infektioner. Disse co-variater antages som risikofaktorer for erhvervelse af

VRE infektioner. På grund af tidsbegrænsning var det ikke muligt at undersøge tidligere

hospitalsophold og tidligere vancomycin behandling, hvorfor kun køn og alder inkluderes i

analyserne som mulige confoundere (2,21,44,45,46,47,51).


│ 20

6.1 7 Etiske overvejelser

Før projektets påbegyndelse blev der indhentet tilladelse til dataindsamling på KMA, AUH, Skejby,

hvorefter Sundhedsstyrelsen blev kontaktet med henblik på tilladelse til projektets gennemførelse, jf.

Bilag 4.

Der blev indhentet tilladelse fra Datatilsynet i Region Midtjylland til behandling af personfølsomme

oplysninger, jf. Bilag 5.

Studiet er ikke behæftet med etiske problemstillinger, da studiedesignet bevirker, at der ikke tages

personlig kontakt til de enkelte patienter. Studiet er udelukkende et studie, hvori der ikke indgår

biologisk materiale fra patienterne, hvorfor der ikke er søgt tilladelse fra Videnskabsetisk Komité.

Data som vedrører personfølsomme oplysninger om patienterne blev under hele databearbejdningen

opbevaret aflåst og sikkert på KMA, AUH, Skejby. De personhenførbare data blev krypteret, i forhold

til gældende retningslinjer fra Datatilsynet, inden datamaterialet forlod afdelingen.

6.2 Metoder

Optøet VRE faecium subkultur blev udstrøget på 5 % blodagarplade. Vækst blev vurderet efter 24

timers inkubations ved 35° C. Herefter blev der udvalgt én koloni ud fra kolonimateriale fra frisk

inkuberet plade. Denne udvalgte koloni blev på ny udstrøget på 5 % blodagarplade og inkuberet ved

35°C. Ud fra den nye udstrøgne plade blev der både udført resistensbestemmelse med VITEK 2

system (bioMérieux), vancomycinresistens, genotype bestemmelse samt PFGE. Mulig forurening

blev forebygget ved at arbejde med samme koloni.

6.2.1 PFGE

PFGE metode blev udført på CHEF-DR® II system (Bio-Rad) samt udført som beskrevet af

Turbelidze et al. (58). PFGE metode består af syv trin (59):

1. Lysering af bakteriecellevæggen

2. Indstøbning i agarose

3. Proteolyse, nedbrydning af proteiner

4. Vaskeproces

5. Skæring med restriktionsenzym

6. Elektroforese, CHEF-DR® II system (Bio-Rad)

7. Farvning


│ 21

Lysering:

Kolonimateriale fra frisk inkuberet 5% blodagarplade blev opslemmet med 1 µl hvid øse i 700 µl 0,9

% saltvand i eppendorfrør. Bakteriesuspensionen blev centrifugeret ved 14.000 rpm (omdrejning per

minut) i 2 minutter. Supernatanten blev hældt fra, og der blev herefter tilsat 130 µl TE buffer (50-50)

samt enzymer, 15 µl proteinase K (10 mg/mL), 5 µl lysozym (100 mg/mL) og 5 µl mutanolysin (1000

U/mL), i alt 155 µl blanding. Efter tilsætning af TE buffer og enzymer blev rørene sat i varmeblok på

37° C i minimum 10 minutter, og derefter blev varmeblokken justeret til 55° C.

Indstøbning i agarose:

155 µl bakteriesuspension blev hurtig med opvarmet 1,2 % InCert ® Agarose (Lonza Rockland,

ME, USA). Fra blandingen blev derefter afpipetteret 200 µl i en brønd i støbeforme (Bio-Rad), hvor

der blev fremstillet 1-24 ”plugs” af agarose med DNA fra bakterien.

Proteolyse:

”Plugsene” blev overført til et 2 mL eppendorfrør, med 980 µl ES buffer og 20 µl proteinase K (10

mg/mL og inkuberet i 2 timer ved 55° C.

Vaskeproces:

Efter proteolysis blev plugsene vasket 3 gange med 1,5 mL redest vand ved 50° C i 10 minutter, og

derefter blev plugsene vasket 3 gange med 1,5 mL TE-buffer (10-1) ved 50° C i 10 minutter.

Vaskeprocessen fjerner cellerester og proteinase.

Skæring med restriktionsenzym:

Efter vaskeprocessen blev der skåret et lille stykke af en plugs (3x1mm), som blev overført til et

eppendorfrør, hvorefter der blev tilsat 50 µl restriktionsenzym mix og røret blev inkuberet ved 25° C

i 4 timer. Restriktionsenzym mix bestod af 45 µl H2O, 5 µl 10 X reaktionsbuffer samt 2 µl SmaI.

Elektroforese, CHEF-DR® II system (Bio-Rad):

Efter 4 timer, blev der fremstillet 1 % agarosegel i ½ TBE (TBE er en opløsning indeholder Tris,

boresyre og EDTA, pH=8,3) (UltraPure® Gold Agarose) med 30 brønde, hvor der i hver brønd var

plads til en afskåret blok. De skårne blokke blev påsat agarosegelen, og brøndene blev lukket med 1

% agarosegel i ½ TBE (pH=8,3) (UltraPure® Gold Agarose). Der blev desuden påsat en Lambda

Ladder PFG Marker (BioLabs). Hver første, tiende samt attende brønd på gelen blev brugt til en

størrelsesmarkør. Isolaterne blev analyseret af restriktionsenzymet SmaI (Roche Diagnostics GmbH,

Germany). Der blev anvendt et specielt konstrueret elektroforese apparat, CHEF-DR® II system (Bio-

Rad) til elektroforese. Elektroforese blev udført ligesom Turabelidze et al., det vil sige i 20 timer ved

6 Volt/centimeter (V/cm), med puls tider fra 1 til 25 sekundær ved 14° C.


│ 22

Farvning:

Efter elektroforese blev DNA-fragmenterne visualiseret, ved farvning med GelRed Nucleic Acid

Stain. Agarose gel blev inkuberet i cirka 30 minutter med GelRed farvning. Herefter blev DNA

båndene fotograferet under UV-lys ved (SYNGENE, INGENIUS). Migrationen af DNA fragmenter

danner et båndmønster der er typisk for individuelle bakteriekloner. Tenover et al. opdeler

båndforskelle i 4 kategorier. Hvis isolaternes båndmønstre er identiske, anses isolaterne for at

repræsentere den samme stamme (klon). En enkelt genetisk hændelse, for eksempel en punktmutation

eller indsættelse/fjernelse af DNA, kan medføre op til tre båndforskelle. Isolaterne med op til og med

tre båndforskelle anses derfor for at være tæt forbundet til udbrudsstammen. Fire til seks

båndforskelle repræsenterer to uafhængige genetiske begivenheder, og bakterier der afviger med fire

til seks bånd anses for at være mulig relaterede. Syv eller flere båndforskelle udgør tre eller flere

genetiske ændringer og betragtes som ”uafhængige”. Båndmønstre blev fortolket efter modificerede

Tenover-kriterer, således at bakterier med nul til tre bånds forskelle blev kategoriseret som tilhørende

samme klon, mens bakterier med 4 eller flere bånds forskelle blev kategoriseret som ikke-relaterede

(59). jf. Tabel 1.

Tabel 1. kriterier for fortolkningen af PFGE båndsmønster.

KATEGORI ANTALLET AF

GENETISKE

FORSKELLE I

FORHOLD TIL

UDBRUDSSTAMMEN

ANTAL FRAGMENT

AFVIGELSER I

FORHOLD TIL

UDBRUDSTAMMEN

EPIDEMIOLOGISK

FORTOLKNING

ENS 0 0 Isolatet er en del af

udbruddet

NÆRT

BESLÆGTEDE

1 2-3 Isolatet er formentlig

en del af udbruddet

MULIG

RELATERET

2 4-6 Isolatet er muligvis en

del af udbruddet

UAFHÆNGIGE ≥3 ≥7 Isolatet er ikke en del

af udbruddet

PFGE analyse, af 133 VRE faecium, har taget cirka 4 måneder. Der er i alt kørt 34 antal geler. I

opsætningsfasen blev der kørt PFGE på en lille gel, hvor der var plads til 8 VRE faecium isolater.

Efterfølgende blev der kørt PFGE på en stor gel med plads til 28 VRE faecium isolater. Alle isolater,

der blev vurderet som tilhørende samme klon, blev efterfølgende konfirmeret ved kørsler ”side-by-

side” på samme gel.


│ 23

6.2.2 Antimikrobiel følsomhedsbestemmelse

Resistensbestemmelse blev udført med, VITEK 2 system (bioMérieux) og hvor AST-586 ”korter”

(bioMérieux) blev anvendt til resistensbestemmelse af VRE faecium isolater. AST-586 ”kortet”

bestemmer følsomhed/resistens overfor, benzylpencillin, ampicillin, imipenem, gentamicin (high

level), streptomycin, moxifloxacin, linezolid, teicoplanin, vancomycin, tetracyklin, tigecyclin og

nitrofurantoin.

6.3 Databearbejdning

Der blev udarbejdet en kodebog for data, og ud fra denne blev data indtastet af den projektansvarlige

i Microsoft Office Excel 2013, hvorefter datamaterialet, ved hjælp af programmet StatTransfer,

formateredes til STATA-version 11.0, hvori de videre statistiske analyser blev foretaget, jf. Bilag 6.

I STATA kodes missing values med ”.”.

Dataindsamling og –indtastning fandt sted i perioden juni 2013 til oktober 2013.

Estimaterne for Odds Ratio (OR) blev angivet med én betydende decimal og

prævalensproportionsdifferens (PPD) blev angivet med uden betydende decimaler.

Dikotomisering af data blev foretaget ud fra kodning 0 1 på udfaldsvariablerne.

Referencegruppe/variabel blev konsekvent kodet 0. I Bilag 7 ses en skematisk oversigt over alle

indsamlede variabler, datatype, kodning samt beskrivelse.

VRE faecium kloner blev dikotomiseret i henhold til klon 1 og øvrige kloner, hvor klon 1 betragtedes

som referencegruppe.

Patienter/afdelinger blev dikotomiseret i henhold til hæmatologiske patienter og øvrige patienter,

hvor hæmatologiske patienter betragtedes som referencegruppe.

Vitek-res blev dikotomiseret og klassificeret sensitiv/følsom, hvis den pågældende antibiotikum var

angivet med værdien 2, hvorimod antibiotikum der var angivet med værdien 0 blev klassificeret

resistent. I datasættet forekom ingen antibiotikum som intermediære, hvilket gjorde dikotomisering

anvendelig i dette tilfælde.

Alder blev dikotomiseret i henhold til ≤ 65 år og > 65 år. Dikotomisering af alder blev anvendt til

beregning af associationsmålene, hvor >65 årige betragtedes som referencegruppe.

Køn blev dikotomiseret i henhold til kvinde og mænd, hvor mænd betragtedes som referencegruppe.


│ 24

6.4 Statistiske metoder

Til statistisk analyse af hypoteserne blev der i projektet beregnet associationsmålene Odds Ratio (OR)

og prævalensproportionsdifferens (PPD) med tilhørende 95 % konfidensintervaller (CI) for at

estimere associationen mellem VRE faecium typer samt resistensmønstre hos VRE patienter fra AUH

samt Regionshospitalerne Randers og Horsens. PPD beregnes som risikodifferens (RD), men tolkes

som PPD eftersom projektets design er et tværsnitstudie. Ydermere blev Chi i anden test (X2) anvendt.

Hypoteserne blev antaget statistisk signifikant med Fischers eksakte test, og tilhørende 2-sidet p-

værdi (signifikansniveau <0,05).

Deskriptiv statistik blev udført, hvor dikotome variable blev beskrevet med antal og proportioner.

Undersøgelse for effektmodifikation og confounding foregik ved hjælp af stratificerende analyser i

form af en Mantel-Haentzel analyse, hvor den ujusterede OR (ORcrude) blev sammenholdt med den

justerede OR (ORadjusted).


│ 25

7. Resultater

I det følgende beskrives fordelingen af VRE faecium isolater i henhold til indlæggelse på

hæmatologisk afdeling kontra øvrige afdelinger/hospitaler, samt køn og alder

Ud af 133 VRE faecium isolater var 120 VRE faecium isolater fra AUH, fem fra Regionshospitalet i

Randers, og fire fra Regionshospitalet i Horsens. Fire VRE faecium isolater var indsendt fra

praktiserende læger.

Tabel 2 viser at hovedparten af patienterne med VRE faecium tilhørte den ældre aldersgruppe > 65

år. Ligeledes viser Tabel 2 at der totalt set var flere mænd (54 %) end kvinder blandt patienter med

VRE faecium, en undtagelse heraf er dog AUH, Nørrebrogade (NBG) og Regionshospitalet Randers.

Af 158 patienter med førstegangs påvist VRE faecium var 1/3 fra hæmatologisk afdeling og 1/3 fra

AUH, Skejby.

Tabel 2. VRE faecium isolater blev fordelt i henhold til indlæggelse på hæmatologisk afdeling og hospitaler samt alder og køn.

Hæm.a)

n# (%)¤

SKEd)

n# (%)¤

THGc)

n# (%)¤

NBGb)

n# (%)¤

RCSe)

n# (%)¤

HORf)

n# (%)¤

PRAK.g)

n# (%)¤

I alt

n# (%)¤

Køn

Kvinde Mænd

19 (37)

32 (63)

21 (43)

28 (57)

9 (39)

14 (61)

12 (67)

6 (33)

3 (60)

2 (40)

5 (83)

1 (20)

4 (67)

2 (33)

73 (46)

85 (54)

Alder

≤65 år

>65 år

26 (50)

25 (49)

20 (41)

29 (59)

5 (22)

18 (78)

5 (28)

13 (72)

2 (40)

3 (60)

2 (33)

4 (67)

1 (17)

5 (83)

61 (39)

97 (61)

I alt

51

49

23

18

5

6

6

158

a) Hæmatologisk afdeling. b) Aarhus Universitetshospital, Nørrebrogade (NBG). c) Aarhus Universitetshospital, Tage Hansens Gade

(THG), minus hæmatologisk afdeling. d) Aarhus Universitetshospital, Skejby. e) Regionshospitalet, Randers (RCS). f)

Regionshospitalet, Horsens (HOR). g) Praktiserende læge (PRAK). #) Antal observationer. ¤) Procenterne angives som søjleprocent.

Der blev udført PFGE analyse på 133 VRE faecium isolater. En repræsentativ gel er vist i Figur 5.

Efter indledende opdeling i sandsynlige kloner og efterfølgende konfirmation af kloner ”side-by-

side” på samme gel, kunne 133 VRE faecium isolater opdeles i 32 forskellige VRE faecium kloner.

14 VRE faecium kloner udgjorde deciderende clustre bestående af mindst to og op til 34 VRE isolater.

De resterende 18 VRE faecium kloner udgjorde ”unikke” kloner, hver bestående af ét isolat, jf. Tabel

3.


│ 26

Figur 5 viser 23 forskellige VRE faecium kloner, hvoraf markøren samt klon 1 er illustreret i figuren.

Figur 5. PFGE båndmønster af 23 forskellige VRE faecium kloner på samme gel.

* ) Markør. kb) kilobase, længden af DNA fragmenter. De resterende båndmønster illustrerer 23 forskellige VRE faecium kloner.

Nedenstående figurer illustrerer den fremherskende VRE faecium klon (klon 1), jf. Figur 6. I Bilag 8

ses en oversigt over PFGE VRE faecium kørsler af klonerne, der ligger til grund for resultaterne.

M* M* M* M*

Figur 6. PFGE båndmønster, klon 1.


│ 27

De hyppigste klon (klon 1) med 34 isolater blev fortrinsvis isoleret fra hæmatologisk afdeling (n=

28), og 28 af 47 (60 %) VRE faecium isolater fra hæmatologisk afdeling blev typebestemt til den

klon. Fire andre kloner blev isoleret fra mere end ti patienter (n= 11 til 18), og to af disse var også

overrepræsenteret blandt hæmatologiske patienter: 5 af 11 (45 %) klon 5 isolater blev dyrket fra

hæmatologisk afdeling, og fire af 19 (21 %) klon 2 isolater blev dyrket fra hæmatologisk afdeling, jf.

tabel 4. 95 af 133 (71 %) VRE faecium isolater fordelte sig på de fem hyppigste kloner, mens de

resterende 38 (29 %) VRE faecium isolater fordelte sig på 27 forskellige kloner, med én til fire isolater

i hver klon (Tabel 3). Ud over den hæmatologiske afdeling fandtes en geografisk ophobning af visse

kloner, der kunne indikere smittespredning: 11 af 19 (58 %) klon 2 isolater var fra AUH, Skejby

(svarende til 26 % af alle VRE faecium isolater fra AUH, Skejby), 9 af 18 (50 %) klon 3 isolater fra

AUH, Skejby (svarende til 21 % af alle VRE faecium isolater fra AUH, Skejby), 6 af 18 (33 %) klon

3 isolater var fra AUH, Tage-Hansens Gade (THG) (svarende til 32 % af alle VRE faecium isolater

fra AUH, THG), og 4 af 13 (31 %) klon 4 isolater var fra AUH, Skejby (svarende til 9 % af alle VRE

faecium isolater fra AUH, Skejby) samt AUH, NBG (svarende til 36 % alle VRE faecium isolater fra

AUH, NBG).

Klon 1 forekom i perioden 2009 til 2011, og langt de fleste VRE faecium infektioner forårsaget af

klon 1 optrådte i 2010. Klon 1 sås ikke efter 2011, dette kan muligvis skyldes en række

infektionshygiejniske tiltag, der blev indført på hæmatologisk afdeling. Ud af de 34 VRE faecium

tilfælde med klon 1 var der inkluderet 11 screeningsprøver, hvor alle var fra hæmatologisk afdeling

fra 2010. Klon 2 forekom i perioden 2009 til 2012, og viste sig gennemgående i 2009, hvor VRE

faecium infektioner var karakteristisk for nefrologisk afdeling. Klon 3 forekom i perioden 2010 til

2012, og de fleste VRE faecium infektioner viste sig i 2010. Klon 4 sås i perioden 2010 til 2013, dog

var langt de fleste fra 2013. Både klon 3 og klon 4 optrådte på flere forskellige afdelinger, og kan

derfor ikke henføres til specifikke afdelinger. Klon 5 forekom i perioden 2011 til 2013, men viste sig

gennemgående i 2012. Denne klon var karakteristisk for hæmatologisk afdeling.

Der var tre hæmatologiske patienter, hvor VRE faecium blev detekteret under indlæggelse på øvrige

afdelinger. Disse inkluderes under de hæmatologiske patienter ved de statistiske beregninger.

I de følgende vil jeg fokusere på den dominerende hæmatologiske klon (klon 1), mens de øvrige

kloner vil blive samlet under ét i forhold til klon 1.


│ 28

Tabel 3. VRE faecium kloner i relation til hæmatologisk afdeling og hospitaler.

Klon

Syg.

1

n#(%)¤

2

n#(%)¤

3

n#(%)¤

4

n#(%)¤

5

n#(%)¤

6

n#(%)¤

7

n#(%)¤

8

n#(%)¤

9

n#(%)¤

10

n#(%)¤

11

n#(%)¤

12

n#(%)¤

13

n#(%)¤

14

n#(%)¤

Unikke

n#(%)¤

I alt

n#(%)¤

HÆM.a

28 (82)

4 (21)

1 (6)

-

5 (45)

2 (50)

1 (50)

-

-

2 (100)

-

-

-

-

4 (22)

47 (35)

SKEe

1 (3)

11 (58)

9 (50)

4 (31)

2 (18)

1 (25)

1 (50)

-

-

-

2 (100)

2 (100)

2 (100)

1 (50)

7 (39)

43 (32)

THGc

1 (3)

3 (16)

6 (33)

1 (8)

2 (18)

1 (25)

-

1 (50)

-

-

-

-

-

1 (50)

3 (17)

19 (14)

NBGb

3 (9)

1 (5)

-

4 (31)

1 (9)

-

-

-

1 (50)

-

-

-

-

-

1 (6)

11 (8)

RCSf

1 (3)

-

1 (6)

3 (23)

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

5 (4)

HORf

-

-

-

1 (8)

-

-

-

1 (50)

1 (50)

-

-

-

-

-

1 (6)

4 (3)

PRAK.g

-

-

1 (6)

-

1 (9)

-

-

-

-

-

-

-

-

-

2 (11)

4 (3)

I alt

34

19

18

13

11

4

2

2

2

2

2

2

2

2

18

133

a) Hæmatologisk afdeling (Hæm). b) Aarhus Universitetshospital, Nørrebrogade (NBG). c) Aarhus Universitetshospital, Tage Hansens Gade (THG), minus hæmatologiske patienter. d)

Aarhus Universitetshospital, Skejby (SKE). e) Regionshospitalet, Randers (RCS). f) Regionshospitalet, Horsens (HOR). g) Praktiserende læge (PRAK). #) Antal observationer. ¤)

Procenterne angives som søjleprocent.


│ 29

7.1 Statistiske analyser

Resultaterne af de statistiske analyser for patienter samt sygehuse i relation til VRE faecium typning

er sammenfattet henholdsvis i Tabel 4 og Tabel 5.

Tabel 4 viser at klon 1 var signifikant hyppigere hos hæmatologiske patienter (p <0,001) end øvrige

patienter og hypotesen om, at forekomsten af VRE faecium infektioner hos hæmatologiske patienter

er hovedsagelig monoklon i modsætning til forekomsten hos øvrige patienter accepteres. PPD

tilkendegiver, at 58 % (95% CI: 44;72 %) af patienter med klon 1 kom hos hæmatologiske patienter

end hos øvrige patienter.

Tabel 4. Association mellem VRE faecium kloner og patienter.

Klon 1

Øvrige

kloner

OR# (95%

CI)##

p-

værdi*

Klon 1

Øvrige

kloner

PPD¤ (95%

CI)##

p-

værdi*

Hæm.

patienter##

#

31

19

40,8

(10,6;221,5)

<0,001

31 19

58 %

(44;72%)

<0,001

Øvrige

patienter

3

75

3 75

#) Odds Radio. ##) Beregnes som eksakte 95% konfidensintervaller i binomialfordelingen. ###) Referencevariabel. *) p- værdien

udregnes ved hjælp af Fischers Eksakte Test. ¤) Prævalensproportionsdifferens.

I Tabel 5 ses, at hovedparten af alle VRE faecium isolater fra AUH, Regionshospitalerne i Randers

og Horsens tilhørte øvrige kloner. Hæmatologiske patienter figurerer ikke i Tabel 5, og indgår heller

ikke i den statistiske beregning. Klon 1 var ikke statistisk signifikant associeret med hospitaler, og

hypotesen om, at på ikke-hæmatologiske afdelinger ikke er signifikant overhyppighed af den

sandsynlige hæmatologiske klon(er) på AUH samt Regionshospitalerne i Randers og Horsens

accepteres.

Tabel 5. Sammenhæng mellem VRE faecium kloner og hospitaler.

Klon 1

Øvrige kloner

I alt p-værdi#

AUH 5

68 73

RCS

1 4 5

HOR

- 4 4

I alt

6 76 82 0,514

#) p- værdien udregnes ved hjælp af Fischers Eksakte


│ 30

Tabel 6 viser fordelingen af klon 1 versus øvrige kloner i relation til alder og køn. Estimaterne i Tabel

6 tilkendegiver, at klon 1 ikke var signifikant hyppigere hos ældre patienter. Derimod ses, at klon 1

var signifikant hyppigere hos mænd end hos kvinder. OR tilkendegiver, at odds for at mænd havde

en klon 1 var 2,5 gange større end at kvinder havde tilsvarende klon, svarende til at PPD estimeres til

16 % (95 % CI: 1,9;31 %).

Tabel 6. Association mellem VRE faecium kloner og alder samt køn.

Klon 1

Øvrige

kloner

OR# (95%

CI)##

p-værdi* Klon 1

Øvrige

kloner

PPD¤

(95% CI)##

p-værdi*

Alder:

>65år###

≤65 år

19

15

62

37

0,8

(0,3;1,8)

2,5

(1,0; 6,3)

0,487

0,033

19

15

62

37

-5

(-21;10,0)

16

(1,9;31)

0,487

0,033 Køn:

Mænd###

Kvinde

24

10

49

50

24

10

49

50

#) Odds Radio. ##) Beregnes som eksakte 95% konfidensintervaller i binomialfordelingen. ###) Referencevariabel. *) p- værdien. ¤)

Prævalensproportionsdifferens.

7.2 Sensitivitetsanalyse

For at vurdere konsekvensen af de 25 VRE faecium isolater der blev ekskluderet, anvendes

sensitivitetsanalyse.

Ved beregning af OR, hvor alle 25 VRE faecium isolater antages at tilhøre hæmatologiske patienter

samt klon 1 fås OR= 54,4 (95% CI: 15,1;196,1, p<0,001), mens OR hvor alle 25 VRE faecium isolater

antages at tilhøre øvrige patienter samt klon 1 fås OR= 17,6 (95% CI: 5,1;61,0, p<0,001).

7.3 Effektmodifikation og confounding

For ikke at undervurdere betydningen af køn og alder på de fundne resultater, undersøgtes det, om

disse faktorer havde betydning for størrelsen af associationen mellem afdeling/hospitaler og VRE

faecium typer (effektmodifikation), eller om de forekom som confoundere, hvorfor det var

nødvendigt med en korrektion for disse faktorers betydning.

I en stratificeret analyse undersøgtes det om køn og alder var mulige effektmodifikatorer for

sammenhængen mellem afdelinger/hospitaler og typer.

Tabel 7 viser, at de stratificerede OR-estimater lå i hinandens konfidensintervaller og p-værdierne

var >0,05. Dette indikerer, at der ikke var statistisk signifikant forskel på de estimerede OR for typer,


│ 31

og derfor betragtes alder og køn ikke som effektmodifikatorer. I Bilag 9 ses hvilke observationer, der

ligger til grund for beregningerne af de stratificerede OR i Tabel 7.

Tabel 7. Stratificeret association mellem VRE faecium kloner og køn samt alder.

Kloner OR# (95%CI)## p-værdi+

ORcrude++ 40,8 (10,6; 221,5)

-

Køn:

Mand¤

Kvinde

36,0 (6,7; 340,3)

43,9 (4,5; 1969,3)

0,887

ORadjusted+++ 38,5 (10,5; 140,2)

-

ORcrude++ 40,8 (10,6; 221,5)

-

Alder:

0-65 år

66-100 år¤

11,3 (1,9;114,5)

138,9 (15,6; 5882,3)

-

0,071

ORadjusted+++ 30,4 (8,7; 105,7)

-

#) Odds Radio. ##) Beregnet som eksakte konfidensintervaller i binomialfordelingen. +) p-værdien beregnes som eksakt i

binomialfordelingen. ++) Ujusteret OR. +++) Justeret OR. ¤) Refferencegruppen.

Efter udelukkelse af køn og alder som effektmodifikator blev der undersøgt om, patientens køn og

alder var mulige confoundere.

Det ses af Tabel 7, at køn og alder ikke var potentielle confoundere for kloner, idet estimaterne for

ORcrude ikke ændres betydeligt efter justering for køn og alder.


│ 32

7.4 Fænotypisk og genotypisk resistens

Ud af 133 VRE faecium isolater var 131 isolater VanA positive og tre isolater VanB positive. I Bilag

10 vises resultatet af resistensundersøgelsen over samtlige antibiotika fordelt på klon 1 og øvrige

kloner. For langt de fleste antibiotika var der ingen forskel, mens for fire sås en forskel, der var

signifikant for de tre af dem. I Figur 10 og Tabel 8 er vist resultaterne for de udvalgte antibiotika. For

aminoglykosiderne; gentamicin (high level) og streptomycin var klon 1 signifikant hyppigere

resistent end øvrige kloner (p=0,040 og p<0,001). For nitrofurantoin var øvrige kloner signifikant

hyppigere resistente end klon 1 (p<0,001). For tetracyclin var øvrige kloner hyppigere resistente end

klon 1, men forskellen var ikke statistisk signifikant (Figur 10 og Tabel 8). OR tilkendegiver, at odds

for at klon 1 VRE faecium isolater var resistente overfor gentamicin (high level) og streptomycin var

henholdsvist 3,3 og 15,8 gange større end for øvrige kloner, svarende til at PPD estimeres til 19 %

(95% CI: 5;33 %) og 52 % (95% CI: 38;65%).

* Antibiotika (AB)

0

20

40

60

80

100

120

Gentamicin(high level)

Streptomycin Tetracyclin Nitrofurantoin

PR

OC

ENT

FØLS

OM

ME

AB

*

ANTIBIOTIKA

Typning i forhold til resistensmønstre

% Klon 1

% Øvrige kloner

Figur 10. VRE faecium kloner i forhold til resistensmønstre.


│ 33

Tabel 8. Associationen mellem VRE faecium kloner og antibiotika.

Antibiotika Klon 1

n*

Øvrige

kloner

n*

I alt

OR# (95%

CI##)

p-

værdi¤

PPD¤¤ 95%

CI##)

p-

værdi¤

High level

gentamicin

Følsom

Resistent**

4

30

30

68

132

3,3

(1,0;14,0)

0,040

19 (5;33)

0,040

Streptomycin

Følsom

Resistent**

3

31

58

38

130

15,8

(4,4;85,0)

<0,001

52 (38;65)

<0,001

Tetracyklin

Følsom

Resistent**

32

2

77

21

132

0,2

(0,0;1,0)

0,063

-16 (-27;-4)

0,063

Nitrufurantoin

Følsom

Resistent**

34

0

72

26

132

0

(0;0,3)

<0,001

- 27

(-35;-18)

<0,001

*) Antal observationer. **) Referencevariabel. #) Odds Radio. ##) Beregnes som eksakte 95% konfidensintervaller i

binomialfordelingen. ¤) P-værdien beregnes som eksakt ved hjælp af Fishers Eksakte Test. ¤¤) Prævalensproportionsdifferens.**) Da

OR beregnes (a x c) / (b x d) og nul figurerer i én af cellerne i 2 x 2 tabellen umuliggøres det at teste for statistisk signifikans.


│ 34

8. Diskussion Formålet med studiet var dels at undersøge forekomsten af VRE faecium klon(er) hos hæmatologiske

patienter i forhold til øvrige patienter ved PFGE typning, dels at undersøge om den sandsynlige

hæmatologiske udbrudsklon(er) kunne påvises hos ikke-hæmatologiske afdelinger. Ydermere

ønskede vi at undersøge associationen mellem VRE faecium klon(er) og resistensmønstre.

Nedenstående afsnit indeholder et sammendrag af projektets hovedresultater, hvorefter resultaterne

diskuteres i relation til hypoteserne sammenholdt med relevante litteratur. Efterfølgende vurderes

projektets reliabilitet samt interne og eksterne validitet.

8.1 Projektets hovedresultater

De statistiske analyser viste, at klon 1 var signifikant hyppigere forekommende hos hæmatologiske

patienter end hos øvrige patienter. Ligeledes blev det påvist, at klon 1 var signifikant hyppigere

resistent overfor antibiotikum gentamicin (high level) og streptomycin end tilfældet var for øvrige

kloner. Fraset hæmatologisk afdeling var der ingen statistisk signifikant association mellem klon 1

og hospitaler.

Forskellen i antal observationer imellem hospitlerne indebærer begrænsninger i forhold til den

komparative analyse, hvorfor resultaterne af udfaldsvariablerne skal tolkes med en vis forsigtighed.

8.2 Hoved resultaterne i relation til projektets hypoteser

Vi fandt at VRE faecium hos hæmatologiske patienter overvejende tilhørte klon 1, hvorimod

forekomsten af klon 1 hos øvrige patienter var ekstrem lille. Klon 1 var signifikant hyppigere

forekommende hos hæmatologiske patienter end hos øvrige patienter (p <0,001). Derved bekræftes

hypotesen om, at forekomsten af VRE faecium hos hæmatologiske patienter var udbredt monoklon i

forhold til VRE faecium hos øvrige patienter. Dog er konfidensintervallet bredt, hvilket tyder på, at

der potentiel kan være usikkerheder omkring estimatet. Denne problemstilling er sparsom belyst i

litteraturen.

I to tværsnitstudier af henholdsvis Kawalec et al. og Kirdar et al. analyseres VRE udbrud på

hæmatologiske afdelinger med hensyn til fænotypiske og genotypiske karakteristika (26,60).

Kawalec et al. undersøgte 128 VRE isolater fra 2 hæmatologiske afdelinger (voksen hæmatologisk

afdeling, HW og pædiatrisk hæmatologisk afdeling, PHW) samt én intensiv afdeling. PFGE analyse

blev udført på 22 VRE isolater (21 VRE faceium og 1 VRE faecalis). PFGE analysen viste, at der var

otte forskellige VRE faecium kloner (type A til H) blandt alle VRE isolater. Der var otte VRE

patienter fra HW, der blev klassificeret i seks forskellige VRE kloner, idet to kloner hver omfattede

to patienter. VRE faecium udbruddet på denne afdeling viste sig således at være polyklonalt. På

intensiv afdeling blev der kun konstateret én VRE faecium isolat da tilhørte en af de kloner der blev

fundet hos to patienter på HW. Dette sandsynliggør at den intensive VRE faecium havde smittekilde

på HW. Typning af 12 VRE faecium isolater fra PHW viste to store, nært beslægtede typer med seks

VRE faecium isolater i hver gruppe. Udbruddet på denne hæmatologiske afdeling skyldtes

sandsynligvis den klonale spredning af to VRE faecium kloner, og var ikke relateret til HW (60).


│ 35

Kirdar et al. undersøgte 12 VRE faceium isolater fra en hæmatologisk afdeling, hvoraf syv VRE

faecium isolater var fra kliniske patienter og fem VRE faecium isolater var fra screeningsprøver.

PFGE metoden identificerede to VRE kloner (type A og B). Studiet viste, at VRE faecium tilfælde

på hæmatologisk afdeling skyldtes udbrud af samme klon, hvilket ligeledes gør sig gældende i

nærværende studie (26).

Fraset hæmatologisk afdeling var der ikke statistisk signifikant association mellem klon 1 og

hospitaler. Imidlertid var der et begrænset antal VRE faecium isolater på Regionshospitalerne i

Randers (n= 5) og Horsens (n= 4), men ikke på AUH (n= 73). På grund af projektets manglende

styrke kan hypotesen om association mellem klon 1 og hospitaler ikke afkræftes for de mindre

hospitaler (Regionshospitalerne).

Resultaterne er sammenlignet med resultater fra andre studier, som ligeledes har undersøgt

sammenhængen mellem VRE faecium kloner og hospitaler. Disse studier er inkonsistente, men finder

overvejende en sammenhæng.

Et fransk studie fra 2011 af Bourdon et al. undersøgte 902 VRE isolater fra 112 forskellige hospitaler

i Frankrig gennem 3 år. Af isolaterne stammede 46 % fra udbrud (defineret som ≥ 2 tilfælde på samme

afdeling) og 54 % af VRE isolater var sporadiske tilfælde. Der blev udført PFGE analyse på 755 VRE

isolater (83,7 %). VRE isolaterne blev udvalgt på baggrund af epidemiologiske oplysninger, såsom

mistanke om VRE udbrud. Ud af 755 VRE isolater var der 731 VRE faecium, hvoraf 66 % VRE

faecium isolater tilhørte VanA genotype og 34 % VRE faecium isolater tilhørte VanB fænotype. Af

24 VRE faecalis isolater var 75 % genotype VanA og 25 % VanB. PFGE analysen viste 161

forskellige VRE kloner. 482 VRE faecium/VanA isolater fordelte sig på 125 VRE kloner, og 249

VRE faecium/VanB isolater fordelte sig på 36 VRE kloner. Selvom studiet påviste mange forkellige

kloner blev der dokumenteret klonal spredning af VRE på franske hospitaler. De fleste hospitaler

havde få VRE typer (1-4), men enkelte havde flere (op til 26). I ganske få tilfælde (4) fandtes VRE

tilfælde fra fjerntliggende hospitaler at tilhører kloner påvist et andet hospital. Dette kunne indikere

epidemiologisk sammenhæng, for eksempel at en VRE patient var blevet overflyttet til et andet

hospital. Populationsstrukturen af de Franske VRE faecium isolater viste sig at være polyklonale, det

vil sige at isolaterne tilhørte en række forskellige VRE faecium stammer. Forfatteren begrunder den

polyklonale struktur med, at der eventuelt opstår forskellige genetiske mutationer blandt VRE

faecium stammer. I studiet blev, udover PFGE metoden, også anvendt MLST metoden til typning

(20).

Et kohortestudie fra 2003 af Padiglione et al. undersøgte 56 VRE fra tre Universitetshospitaler i

Australien og fandt 33 forskellige VRE kloner. Også dette studie påviste en polyklonal

populationsstruktur, altså at der ikke var tale om et udbrud med samme klon (47). Dette fund er

konsistent med nærværende studies resultater blandt ikke-hæmatologiske patienter.

I et græsk tværsnitstudie af Gikas et al. fra 2005 blev 266 VRE isolater fra 13 forskellige hospitaler i

Grækenland undersøgt for fænotypiske og genotypiske karakteristika. Studiet fandt ingen statistisk


│ 36

signifikant forskel mellem hyppigheden af VRE på store og små hospitaler. I studiet blev 65 VR E.

faecium isolater identificeret til 32 kloner. Ud af 13 hospitaler var der ét hospital der indberettede 15

VRE faecium isolater, hvoraf 10 VRE faecium isolater tilhørte samme VRE klon. Denne VRE klon

blev også påvist blandt tre VRE faecium isolater fra et nærliggende hospital, hvilket kunne tyde på at

der er sket en transmission af VRE faecium klonen. På de resterende hospitaler blev den

fremherskende klon ikke påvist (61). Dette kan eventuelt forklares med få observationer, hvilket også

gør sig gældende i nærværende studie for Regionshospitalerne i Randers og Horsens.

Klon 1 var signifikant hyppigere resistent overfor gentamicin (high level) og streptomycin end det

var tilfældet for øvrige kloner. Odds for at VRE faecium isolater var resistente over for ovennævnte

antibiotika var henholdsvis 3,3 og 15,8 gange større for klon 1 end for øvrige kloner. Dette svarer til,

at PPD estimeres til 19 % og 52 %, hvorved hypotesen afvises.

Den statistisk signifikante association mellem aminoglycosid resistents og klon 1 har klinisk

betydning i tilfælde af infektiøs endocarditis, hvor internationale guidelines anbefaler at supplerer

med aminoglycosid.

Et studie af Cesar et al. har undersøgt resistensmekanismen hos VRE faecium isolater og VRE

faecalis isolater. Studiet dokumenterer, at VRE faecium isolater ofte var resistente overfor

aminoglycosider (gentamicin (high level) og streptomycin) (8). Lignende resultater genfindes i andre

studier (20,26,27,47,60,62,63), og gør sig også gældende i nærværende studies fund. Linezolid

resistens ses sjældent hos VRE (8, 22,23,27,46,63), hvilket også blev fundet i nærværende studie.

Som forventet var VRE faecium isolater i nærværende studie resistente overfor de fleste antibiotika.

En del isolater var dog følsomme for aminoglykosider, dette var især tilfældet for øvrige kloner. Af

øvrige kloner var 31 % og 60 % følsomme overfor gentamicin (high level) og streptomycin i

modsætning til den hæmatologiske klon (henholdsvis 12 % og 9 %). Denne forskel kan eventuelt

forklares ud fra at klon 1 måske har aminoglykosid resistents på international niveau, mens øvrige

klonere er mere følsomme. Ydermere kan det skyldes anvendelsen af forskellige

resistensbestemmelses metoder. Flere studier har anvendt andre metoder til at resistensbestemme

antibiotika end den valgte metode i dette studie (23,24,60,62). Guld standard for

resistensbestemmelse er bestemmelse af mindst hæmmende koncentration (MIC) i flydende

fortyndingsrækker; den anvendte metode i dette studie (VITEK, AST-586 kort) er tæt approximation

af denne metode, mens for eksempel disk-diffusion kan være behæftede med større fejlkilder. Disse

forskelle i resistensbestemmelse indikerer således behovet for yderligere undersøgelser, der belyser

specifikke VRE faecium kloners resistensmønstre.


│ 37

8.3 Diskussion af anvendte metode

Ved tolkning af projektets resultater bør faktorer som informations- og selektionsproblemer,

confounding samt den statistiske præcision vurderes.

Intern validitet

8.3.1 Design

Idet projektet er et tværsnitstudie er oplysningerne om eksponering og udfald indsamlet samtidigt,

hvilket udelukkende giver et ”øjebliksbillede” af afdelingernes og sygehuses forekomst af VRE

faecium kloner samt resistensmønstre. Designet umuliggør observation af forandringer i

eksponerings- og udfaldsvariablerne over tid. I forhold til projektets formål vurderes det valgte design

at være optimalt.

8.3.2 Informationsproblemer

Indsamling af oplysninger om eksponerings- og udfaldsvariablerne stammer fra MADS databasen fra

KMA, AUH, Skejby. Dette er en styrke for projektet, idet oplysningerne stammer fra data, der dagligt

danner rammer for klinisk praksis og må antages at være af høj kvalitet.

Med hensyn til hypotese 2, hvor VRE faecium patienter er placeret enten på AUH, Regionshospital

Randers eller Regionshospital Horsens kan misklassifikation af grupperne ikke udelukkes. Dette

grund af at patienterne i studiepopulationen flytter rundt mellem matriklerne, det vil sige mellem

afdelinger samt hospitaler.

En eventuelt misklassifikation af eksponeringsvariablen kunne være til stede, da der i nærværende

studie er inkluderet 32 screeningsprøver (rectum podninger). Disse screeningsprøver kommer fra

hæmatologisk-, nefrologisk-, kirurgisk- samt intensiv- afdelinger. Screeningsprøverne kunne

eventuelt overestimere sammenhængen mellem afdelingerne og VRE kloner.

8.3.3 Betydning af inter-observatør variation samt vurdering af PFGE metode

Typningsresultaterne af VRE kloner blev vurderet ud fra Tenover-kriterier, hvor fire eller flere

fragmentafvigelser er nødvendige for at kategorisere to isolater som tilhørende forskellige kloner,

(Tabel 1) (59). Selve vurderingen af båndsmønster blev vurderet af samme person. Vurderingen af

VRE kloner blev foretaget ved blinding, hvilket betyder at hospitaler samt afdelinger først blev belyst,

efter at alle VRE faecium isolater blev undersøgt. Da visuel vurdering af fragmenter er subjektivt,

kan påvirkning på grund af forventning eller ønske om et bestemt udfald ikke udelukkes. Som

tidligere nævnt blev der analyseret mindst to geler: tentative PFGE typer blev efterfølgende

konfirmeret ved ”side-to-side” kørsler på samme gel, før endeligt typningsresultat forelå. Nogle VRE

faecium isolater blev kørt i flere omgange, idet disse VRE faecium isolater var svære at

typebestemme. Dette kan have medført misklassifikationer af udfaldet, og således vil der i sådanne

tilfælde være tale om differentieret misklassifikation, hvilket kan føre til enten over- eller

underestimering af associationsmålet.


│ 38

For at mindske risikoen for bias samt at øge den interne validitet kunne VRE kloner i nærværende

studie med fordel være blevet revurderet af en sekundær person. Dette har dog ikke været muligt

grundet manglende tid i forhold til oplæring i Tenover-kriterier for at identificere båndmønster

forskelle. Ydermere kunne gel-analysen have været suppleret med computerprogrammet,

BioNumerics. Der er tekniske vanskeligheder og andre ”pit-falls” ved anvendelse af maskinel

fragmentanalyse, men metoden kunne værre et interessant supplement til den subjektive, visuelle

vurdering.

Derudover kan der være usikkerheder i vurdering af PFGE båndmønster specielt ved isolater, hvor

den parvise forskel var tæt på cut-off (≥ 4, Tabel 1). Det havde været væsentligt at undersøge hvor

forskellig vurderingen kan være mellem to forskellige undersøgere, hvilket derefter yderligere kunne

have været testet statistisk.

Ydermere kunne anvendelsen af en anden eller flere andre molekylære typningsmetoder overvejes til

validering af PFGE metoden. Der findes forskellige molekylære metoder til typebestemmelse, såsom

MLST. Det har dog ikke været muligt af økonomiske og tidsmæssige årsager.

I nærværende studie er cut-off værdien for at tilhøre udbrudsstammen sat til ≤ 3 fragmentforskelle.

Denne cut-off værdi er valgt, da der i nærværende studie kunne analyserers 9 til 15 bånd, inden for

kontrol markøren (Lambda Ladder PFGE Marker). Tenover et al. opererer med flere bånd, hvilket

gør at deres studie kan anvende en højere cut-off værdi (Tabel 1) (59). Tenover et al. fremhæver, at

det er vigtigt, at PFGE metoden ikke anvendes på isolater, der er indsamlet over en længere

tidsperiode på 1 år eller mere (59). Vi har analyseret stammer indsamlet over en næsten 5-årig periode.

Det er således muligt at mutationer, ophobet i udbrudsstammen over en længere årrække, fejlagtigt

vil medføre at en klonal sammenhæng ikke erkendes.

Kvaliteten af at detektere den korrekte størrelse af bånd i PFGE analysen afhænger af flere faktorer,

såsom DNA nedbrydning i gelen, ufuldstændig fordøjelse af restriktionsenzymet samt ukorrekt

elektroforeseforhold. Ovennævnte fejl minimeres i nærværende studie, i det PFGE analysen er udført

efter veletableret protokol (58).

8.3.4 Selektionsproblemer

Anvendelse af VRE faecium isolater fra VRE faecium patienter i nærværende studie, giver ikke

anledning til selektionsbias, idet VRE faecium isolater blev indsamlet gennem KMA, AUH, Skejby.

Den projektansvarlige har forestået dataindsamling og databearbejdning, hvorved der er fulgt en, på

forhånd fastlagt, systematisk retningslinje, hvor VRE faecium isolater er nummereret med

projektnummer i vilkårlig rækkefølge. Det havde været optimalt at dataindsamling og

databearbejdning havde været foretaget af en sekundær person, hvorved sandsynligheden for

systematiske fejl eventuelt kunne formindskes.

Antallet af ekskluderede VRE faecium isolater synes at være associeret med eksponeringsvariablen,

hvilket kan medføre selektionsproblemer, hvis de ekskluderede VRE faecium isolater hos


│ 39

hæmatologiske patienter og øvrige patienter adskiller sig væsentligt fra hinanden.

Sensitivitetsanalysen viste, at når alle VRE faecium isolater antages at tilhøre enten hæmatologiske

patienter eller øvrige patienter ændres OR estimaterne væsentligt. Antallet af VRE faecium isolater

der blev ekskluderet kan dermed have givet et andet resultatet.

Sensitivitetsanalysen illustrerede de mest ekstreme resultater af OR estimaterne, hvis alle 25 VRE

faecium isolater, der blev ekskluderet, havde tilhørt enten hæmatologiske patienter eller øvrige

patienter. Sensitivitetsanalysen underbygger dog, at såfremt samtlige VRE faecium isolater var

inkluderet i studiepopulationen, kunne projektet stadig påvise statistisk signifikant association

mellem klon 1 og hæmatologiske patienter.

8.3.5 Effektmodifikation og confounding

I litteraturen er det velkendt, at risikofaktorer for erhvervelse af VRE infektioner generelt kan være

associeret med langvarig hospitalsophold, tidligere antibiotikabehandling herunder tidligere

vancomycinbehandling, tidligere kirurgisk indgreb, køn og alder (21,46,47,62.). På grund af

begrænset tid var det ikke muligt at undersøge langvarig hospitalsophold, tidligere

antibiotikabehandling samt tidligere kirurgisk indgrebs betydning, hvorfor kun køn og alder

undersøges som potentiel confoundere i nærværende studie i forhold til erhvervelse af VRE

infektioner. Det ville formentlig have haft klinisk relevans at undersøge de ovennævnte faktorer,

hvilket ville have styrket nærværende studie. Ydermere kunne det have været relevant at have

undersøgt co-morbiditet hos patienter med VRE infektioner.

Vores studie viste, at klon 1 forekommer signifikant hyppigere hos mandlige patienter end hos

kvindelige patienter (p= 0,033). Disse fund er sammenlignelige og sammenfaldende med publicerede

resultater, der angiver mandlige patienter som højrisikogruppe for erhvervelse af VRE infektioner. I

modsætning til køn fandtes ingen forskel mellem klon 1 og øvrige kloner med hensyn til alder. VRE

rammer fortrinsvis ældre patienter, dette gælder både for klon 1 og øvrige kloner.

Et studie af Oh et al. fra 2004 fra Korea undersøgte risikofaktorer for erhvervelse VRE infektioner,

idet der havde været VRE udbrud på et koreansk sygehus på hæmatologisk og onkologisk afdeling.

Risikofaktorer der blev undersøgt var: køn, alder, langvarig hospitalsophold og

antibiotikabehandling. Studiet fandt statistisk signifikant association mellem mandelig patienter og

VRE (p = 0,02), hvilket også blev fundet i studie af Kalocheretis et al. (p= 0,019) (46,62). Angående

alder fandt studiet Oh et al. ingen statistisk signifikant association (p= 0,27) (46). Tilsvarende fandt

van den Braak et al. fra 2000 heller ingen statistisk signifikant associationen mellem alder og VRE

(p= 0,07) (21).

Et tværsnitstudie af Padiglione et al. fra 2003 fandt derimod ikke statistisk signifikant association

mellem VRE og køn (p= 0,84). Diskrepansen mellem studiet af Padiglione er al. og nærværende

studie kan eventuelt forklares ud fra studiepopulationens størrelse, idet Padiglione et al. undersøgte

fænotypiske og genotypiske karakteristika hos 56 VRE isolater (47).


│ 40

Ved justering for køn og alder findes i nærværende studie ingen betydelige ændringer i OR estimatet,

hvorfor køn og alder ikke betragtes som confoundere for sammenhængen mellem VRE faecium

kloner og patienter.

8.3.6 Statistisk præcision

Studiepopulationen har ikke en størrelse, som kan forventes at frembringe statistisk signifikante

resultater. Derved øges risikoen for at begå type 2 fejl, idet der fejlagtig kan overses en faktisk forskel.

Størrelsen af studiepopulationen medvirker til brede konfidensintervaller omkring estimaterne.

Estimaterne bør derfor tolkes med forsigtighed. Ved at inkludere flere VRE faecium isolater i

studiepopulationen kunne størrelsen på den tilfældige variation være blevet mindsket og

konfidensintervallerne derved blevet markant smallere med en større præcisionsgevinst til følge.

Resultaterne skal som følge af ovenstående betragtes med forbehold.

8.3.7 Reliabilitet og ekstern validitet

I studiet er inddraget andre studier med både lav og høj evidens, herunder tværsnitstudier og kohorte

studier. Eftersom forskning af VRE og VRE kloner er begrænset, var der begrænset mulighed for at

sammenholde resultaterne med lignede studier. I de studier, resultaterne er sammenholdt med, er der

både fundet samme tendenser men også variationer. Variationer kan blandt andet skyldes

studiepopulationens størrelse og, at der er benyttet forskellige typningsmetoder i studierne.

På trods af studiepopulationens størrelse er nærværende studie i stand til at påvise statistisk signifikant

association i to af de opstillede hypoteser.

Selvom resultaterne i nogen grad er sammenlignelige med resultater fra andre studier må den eksterne

validitet samlet ses som yderst begrænset. Generalisering af resultaterne er vanskelig og giver

anledning til videre forskning på området. På baggrund af ovenstående må det formodes, at

nærværende studiets fundne sammenhænge ikke kan generaliseres til samtlige VRE faecium patienter

i Danmark.

Nærværende studies resultater bidrager til øget fokus på typning af VRE faecium isolater via PFGE,

hvor der har været mistanke om udbrud. Projektet dokumenterer vigtigheden af studier, der

undersøger disse forhold.

Som tidligere nævnt er PFGE analysen udført i nærværende studie efter veletableret protokol af

Turbalitze et al., desuden er analyserne kørt gentagende gange på samme VRE faecium isolater,

hvilket giver anledning til høj validitet og reliabilitet.


│ 41

9. Konklusion Nærværende studie har undersøgt association mellem VRE faecium klon(er) hos hæmatologiske

patienter og hos øvrige patienter samt associationen mellem eventuelle hæmatologiske VRE faecium

klon(er) og AUH og Regionshospitalerne i Randers og Horsens. Ydermere har nærværende studie

undersøgt associationen mellem eventuelle hæmatologiske VRE faecium klon(er) og

resistensmønstre.

På baggrund af dette studies resultater kan det konkluderes, at klon 1 detekteres overvejende hos

hæmatologiske patienter. Ydermere var klon 1 signifikant hyppigere resistent overfor antibiotikum

gentamicin (high level) og streptomycin end det var tilfældet for øvrige kloner.

Fraset de hæmatologiske patienter var der ikke signifikant association mellem klon 1 og hospitaler.

Klon 1 var statistisk signifikant associeret med mandlige patienter. Med hensyn til alder var der ingen

forskel på klon 1 og øvrige kloner, idet VRE fortrinsvis rammer ældre patienter; dette gælder både

for klon 1 og øvrige kloner.

Projektet underbygger eksisterende viden om at PFGE typning bidrager til at opspore VRE faecium

udbrudsstammen.

Endelig konkluderes, at de statistisk signifikante resultater for VRE faecium typning og antibiotikum

har klinisk betydning, da klon 1 viser at være mere resistent end øvrige kloner.

Resultaterne kan og bør ikke generaliseres.


│ 42

10. Perspektivering Nærværende studie har vist at en enkelt klon (klon 1) har været den dominerende udbrudsstamme på

hæmatologisk afdeling. Det har således, været spredning af klon 1 blandt hæmatologiske patienter.

Resultaterne tilkendegiver vigtigheden af, at man typebestemmer bakterier ved mistanke om udbrud,

hvilket eventuelt kan medføre interventioner, hvorved spredning eventuelt kan elimineres.

Som tidligere nævnt var VRE faecium isolater i perioden januar 2009 til juni 2013 på KMA, AUH,

Skejby ikke typebestemt. Omkring august 2013 valgte KMA, AUH, Skejby at sende 65 VRE faecium

isolater til typning på SSI, hvoraf 53 af isolatererne var inkluderet i nærværende studies datasæt.

Resultaterne fra SSI viste at der var 42 VRE faecium isolater hvor der var overensstemmelse og 11

VRE faecium isolater hvor der var forskel i typning i forhold til resultaterne i nærværende studie.

Identifikation af båndmønster forskelle foregår på SSI via computerprogrammet, BioNumerics. Det

kunne være hensigtsmæssigt at validere nærværende studies resultater ved at samtlige VRE faecium

isolater blev typebestemt på SSI. For VRE faecium isolater hvor der eventuelt er uoverensstemmelse

kunne det være hensigtsmæssigt at foretage en ny PFGE typning.

På nuværende tidspunkt betragtes PFGE analysen som guldstandard inden for typning. Vores fund

indikerer at PFGE metoden med fordel kunne implementeres på KMA, AUH, Skejby, da studiets

resultater af VRE faecium typning havde god overensstemmelse med resultaterne på de typebestemte

VRE faecium isolater på SSI.


│ 43

11. Referencer

1. Klare I, Konstabel C, Badstubner D, Werner G, Witte W. Occurrence and spread of antibiotic

resistances in Enterococcus faecium. Int J Food Microbiol 2003 Dec 1;88(2-3):269-290.

2. Cetinkaya Y, Falk P, Mayhall CG. Vancomycin-resistant enterococci. Clin Microbiol Rev 2000

Oct;13(4):686-707.

3. Malathum K, Murray BE. Vancomycin-resistant enterococci: recent advances in genetics,

epidemiology and therapeutic options. Drug Resist Updat 1999 Aug;2(4):224-243.

4.

http://www.danmap.org/Downloads/~/media/Projekt%20sites/Danmap/DANMAP%20reports/DAN

MAP%202012/Danmap_2012.ashx. Accessed 17/10, 2013.

5. Weng PL, Ramli R, Shamsudin MN, Cheah YK, Hamat RA. High genetic diversity of

Enterococcus faecium and Enterococcus faecalis clinical isolates by pulsed-field gel electrophoresis

and multilocus sequence typing from a hospital in Malaysia. Biomed Res Int 2013;2013:938937.

6. http://www.selskaberne.dk/LF/UFL/2010/16/pdf/VP05090202.pdf. Accessed 12/12, 2013.

7. Arias CA, Contreras GA, Murray BE. Management of multidrug-resistant enterococcal infections.

Clin Microbiol Infect 2010 Jun;16(6):555-562.

8. Arias CA, Murray BE. The rise of the Enterococcus: beyond vancomycin resistance. Nat Rev

Microbiol 2012 Mar 16;10(4):266-278.

9. Sahlstrom L, Rehbinder V, Albihn A, Aspan A, Bengtsson B. Vancomycin resistant enterococci

(VRE) in Swedish sewage sludge. Acta Vet Scand 2009 May 29;51:24-0147-51-24.

10. http://www.sygdoms.com/12/2012/02/hvad-er-en-VRE-infektion-.html. Accessed 12/12, 2013.

11.https://www.ucviden.dk/student-

portal/files/7494815/Unders%C3%B8gelse%20af%203%20kromogene%20selektive%20plader%20

til%20identifikation%20af%20MRSA.pdf. Accessed 12/12, 2013.

12. http://medicin.dk/Laegemiddelgrupper/Grupper/315714. Accessed 12/12, 2013.

13. Weng PL, Ramli R, Shamsudin MN, Cheah YK, Hamat RA. High genetic diversity of

Enterococcus faecium and Enterococcus faecalis clinical isolates by pulsed-field gel electrophoresis

and multilocus sequence typing from a hospital in Malaysia. Biomed Res Int 2013;2013:938937.

14.

http://www.ssi.dk/Smitteberedskab/Om%20overvaagning/Antibiotikaforbrug/Fakta%20om%20anti

biotikaresistens.aspx. Accessed 17/10, 2013.

15.http://immi.au.dk/fileadmin/www.immi.au.dk/uddannelse/powerpoints/MK-

Antibiotikaogantibiotikaresistens.pdf. Accessed 17/10, 2013.

http://www.danmap.org/Downloads/~/media/Projekt%20sites/Danmap/DANMAP%20reports/DANMAP%202012/Danmap_2012.ashx

http://www.danmap.org/Downloads/~/media/Projekt%20sites/Danmap/DANMAP%20reports/DANMAP%202012/Danmap_2012.ashx

http://www.selskaberne.dk/LF/UFL/2010/16/pdf/VP05090202.pdf

http://www.sygdoms.com/12/2012/02/hvad-er-en-VRE-infektion-.html

https://www.ucviden.dk/student-portal/files/7494815/Unders%C3%B8gelse%20af%203%20kromogene%20selektive%20plader%20til%20identifikation%20af%20MRSA.pdf



http://medicin.dk/Laegemiddelgrupper/Grupper/315714

http://www.ssi.dk/Smitteberedskab/Om%20overvaagning/Antibiotikaforbrug/Fakta%20om%20antibiotikaresistens.aspx

http://www.ssi.dk/Smitteberedskab/Om%20overvaagning/Antibiotikaforbrug/Fakta%20om%20antibiotikaresistens.aspx

http://immi.au.dk/fileadmin/www.immi.au.dk/uddannelse/powerpoints/MK-Antibiotikaogantibiotikaresistens.pdf

http://immi.au.dk/fileadmin/www.immi.au.dk/uddannelse/powerpoints/MK-Antibiotikaogantibiotikaresistens.pdf


│ 44

16. http://www.biosite.dk/leksikon/penicillin.htm. Accessed 17/10, 2013.

17. http://en.wikipedia.org/wiki/File:Vancomycin_resistance.svg. Accessed 17/10, 2013.

18.http://www.dskm.dk/pdf/rapporter/DSKM-rapporter/klaringsrapport-RETTET.pdf.Accessed

17/10, 2013.

19. http://www.eucast.org/clinical_breakpoints/. Accessed 12/12, 2013.

20. Bourdon N, Fines-Guyon M, Thiolet JM, Maugat S, Coignard B, Leclercq R, et al. Changing

trends in vancomycin-resistant enterococci in French hospitals, 2001-08. J Antimicrob Chemother

2011 Apr;66(4):713-721.

21. van den Braak N, Ott A, van Belkum A, Kluytmans JA, Koeleman JG, Spanjaard L, et al.

Prevalence and determinants of fecal colonization with vancomycin-resistant Enterococcus in

hospitalized patients in The Netherlands. Infect Control Hosp Epidemiol 2000 Aug;21(8):520-524.

22. Deshpande LM, Fritsche TR, Moet GJ, Biedenbach DJ, Jones RN. Antimicrobial resistance and

molecular epidemiology of vancomycin-resistant enterococci from North America and Europe: a

report from the SENTRY antimicrobial surveillance program. Diagn Microbiol Infect Dis 2007

Jun;58(2):163-170.

23. Salem-Bekhit MM, Moussa IM, Muharram MM, Alanazy FK, Hefni HM. Prevalence and

antimicrobial resistance pattern of multidrug-resistant enterococci isolated from clinical specimens.

Indian J Med Microbiol 2012 Jan-Mar;30(1):44-51.

24. Kalocheretis P, Baimakou E, Zerbala S, Papaparaskevas J, Makriniotou I, Tassios PT, et al.

Dissemination of vancomycin-resistant enterococci among haemodialysis patients in Athens, Greece.

J Antimicrob Chemother 2004 Dec;54(6):1031-1034.

25. Sun H, Wang H, Xu Y, Jones RN, Costello AJ, Liu Y, et al. Molecular characterization of

vancomycin-resistant Enterococcus spp. clinical isolates recovered from hospitalized patients among

several medical institutions in China. Diagn Microbiol Infect Dis 2012 Dec;74(4):399-403.

26. Kirdar S, Sener AG, Arslan U, Yurtsever SG. Molecular epidemiology of vancomycin-resistant

Enterococcus faecium strains isolated from haematological malignancy patients in a research hospital

in Turkey. J Med Microbiol 2010 Jun;59(Pt 6):660-664.

27. Liu Y, Cao B, Gu L, Liu K, Feng Z. Successful control of vancomycin-resistant Enterococcus

faecium nosocomial outbreak in a teaching hospital in China. Am J Infect Control 2012

Aug;40(6):568-571.

28. Hidron AI, Edwards JR, Patel J, Horan TC, Sievert DM, Pollock DA, et al. NHSN annual update:

antimicrobial-resistant pathogens associated with healthcare-associated infections: annual summary

of data reported to the National Healthcare Safety Network at the Centers for Disease Control and

Prevention, 2006-2007. Infect Control Hosp Epidemiol 2008 Nov;29(11):996-1011.

http://www.biosite.dk/leksikon/penicillin.htm

http://en.wikipedia.org/wiki/File:Vancomycin_resistance.svg

http://www.dskm.dk/pdf/rapporter/DSKM-rapporter/klaringsrapport-RETTET.pdf

http://www.eucast.org/clinical_breakpoints/


│ 45

29. Brandl K, Plitas G, Mihu CN, Ubeda C, Jia T, Fleisher M, et al. Vancomycin-resistant enterococci

exploit antibiotic-induced innate immune deficits. Nature 2008 Oct 9;455(7214):804-807.

30. Ramsey AM, Zilberberg MD. Secular trends of hospitalization with vancomycin-resistant

enterococcus infection in the United States, 2000-2006. Infect Control Hosp Epidemiol 2009

Feb;30(2):184-186.

31. Tacconelli E, Cataldo MA. Vancomycin-resistant enterococci (VRE): transmission and control.

Int J Antimicrob Agents 2008 Feb;31(2):99-106.

32. Bonten MJ, Willems R, Weinstein RA. Vancomycin-resistant enterococci: wh y are they here,

and where do they come from? Lancet Infect Dis 2001 Dec;1(5):314-325.

33. Werner G, Coque TM, Hammerum AM, Hope R, Hryniewicz W, Johnson A, et al. Emergence

and spread of vancomycin resistance among enterococci in Europe. Euro Surveill 2008 Nov

20;13(47):19046.

34.http://www.ecdc.europa.eu/en/activities/surveillance/ears-

net/documents/2007_earss_annual_report.pdf. Accessed 17/10, 2013.

35.

http://www.ssi.dk/Smitteberedskab/Infektionshygiejne/Overvaagning/Praevalensundersogelser/~/m

edia/Indhold/DK%20-

%20dansk/Smitteberedskab/Infektionshygiejne/PDF/Praevalensundersogelser/Data%20fra%20land

spraevalens/Landspr%C3%A6valensunders%C3%B8gelsen%20For%C3%A5r%202013.ashx.

Accessed 12/12, 2013.

36.http://www.antibiotikaellerej.dk/pdf.ashx?title=Antibiotika-og-

resistens&url=http%3A%2F%2Fwww.antibiotikaellerej.dk%2FAntibiotika+og+resistens.aspx%3F

pdf%3D1. Asccessed 12/12, 2013.

37. Ducel G, Fabry J, Nicolle L. Prevention of hospital acquired infections: a practical guide.

Prevention of hospital acquired infections: a practical guide 2002 (Ed. 2).

38. http://sundhedsstyrelsen.dk/da/om-os/maal-og-opgaver. Accessed 12/12, 2013.

39. Lee SC, Wu MS, Shih HJ, Huang SH, Chiou MJ, See LC, et al. Identification of vancomycin-

resistant enterococci clones and inter-hospital spread during an outbreak in Taiwan. BMC Infect Dis

2013 Apr 4;13:163-2334-13-163.

40. Werner G, Klare I, Fleige C, Geringer U, Witte W, Just HM, et al. Vancomycin-resistant vanB-

type Enterococcus faecium isolates expressing varying levels of vancomycin resistance and being

highly prevalent among neonatal patients in a single ICU. Antimicrob Resist Infect Control 2012 May

30;1(1):21

41.http://www.rigshospitalet.dk/NR/rdonlyres/C0CB9A28-CACE-4769-8189-

244D8A8806DF/0/ihe_aarsberetning2011.pdf. Accessed 12/12, 2013.

http://www.ecdc.europa.eu/en/activities/surveillance/ears-net/documents/2007_earss_annual_report.pdf

http://www.ecdc.europa.eu/en/activities/surveillance/ears-net/documents/2007_earss_annual_report.pdf

http://www.ssi.dk/Smitteberedskab/Infektionshygiejne/Overvaagning/Praevalensundersogelser/~/media/Indhold/DK%20-%20dansk/Smitteberedskab/Infektionshygiejne/PDF/Praevalensundersogelser/Data%20fra%20landspraevalens/Landspr%C3%A6valensunders%C3%B8gelsen%20For%C3%A5r%202013.ashx




http://www.antibiotikaellerej.dk/pdf.ashx?title=Antibiotika-og-resistens&url=http%3A%2F%2Fwww.antibiotikaellerej.dk%2FAntibiotika+og+resistens.aspx%3Fpdf%3D1



http://sundhedsstyrelsen.dk/da/om-os/maal-og-opgaver

http://www.rigshospitalet.dk/NR/rdonlyres/C0CB9A28-CACE-4769-8189-244D8A8806DF/0/ihe_aarsberetning2011.pdf

http://www.rigshospitalet.dk/NR/rdonlyres/C0CB9A28-CACE-4769-8189-244D8A8806DF/0/ihe_aarsberetning2011.pdf


│ 46

42. Statens Serum Institut, Landsprævalensundersøgelsen efteråret 2011. CEI NYT 2012;120.

43. Jepsen O. Hvad koster sygehusinfektioner? CAS NYT 2000;85.

44. Malathum K, Murray BE. Vancomycin-resistant enterococci: recent advances in genetics,

epidemiology and therapeutic options. Drug Resist Updat 1999 Aug;2(4):224-243.

45. Batistao DW, Gontijo-Filho PP, Conceicao N, Oliveira AG, Ribas RM. Risk factors for

vancomycin-resistant enterococci colonisation in critically ill patients. Mem Inst Oswaldo Cruz 2012

Feb;107(1):57-63.

46. Oh HS, Kim EC, Oh MD, Choe KW. Outbreak of vancomycin resistant enterococcus in a

hematology/oncology unit in a Korean University Hospital, and risk factors related to patients, staff,

hospital care and facilities. Scand J Infect Dis 2004;36(11-12):790-794.

47. Padiglione AA, Wolfe R, Grabsch EA, Olden D, Pearson S, Franklin C, et al. Risk factors for

new detection of vancomycin-resistant enterococci in acute-care hospitals that employ strict infection

control procedures. Antimicrob Agents Chemother 2003 Aug;47(8):2492-2498.

48. Greene JN, Linch DC, Miller CB. Current treatments for infection in neutropenic patients with

hematologic malignancy. Oncology (Williston Park). 2000;14(8 Suppl 6):31-34.

49. Worth LJ, Thursky KA, Seymour JF, Slavin MA. Vancomycin-resistant Enterococcus faecium

infection in patients with hematologic malignancy: patients with acute myeloid leukemia are at high-

risk. Eur J Haematol 2007 Sep;79(3):226-233.

50. Fann Wu PD. Pulsed-Field Gel Electrophoresis. Advanced Techniques in Diagnostic

Microbiology; 2006. p. 143-157.

51.

http://biokemi.au.dk/fileadmin/www.biokemi.au.dk/uddannelse/undervisning/__velseskurser/matria

le-dna/dnateknologi.pdf. Accessed 12/12, 2013.

52. Maria Mathilde Haugaard, Morten Rønn Petersen, Anders Miki Bojesen. Genetisk fingerprintning

af Streptococcus equi subsp. zooepidemicus isoleret fra hoppens kønsorganer ved brug af Pulsed

Field gel Electro- phoresis (PFGE). Dansk Veterinærtidsskrift 15 Oktober, 2010;Nummer 20 ·

Årgang 93.

53. http://www.cdc.gov/pulsenet/pathogens/protocol-images.html#pfge. Accessed 17/19, 2013.

54. http://www.fo odsafetynews.com/2009/08/genetic-testing-1/#.UicPAD8SbCk. Accessed 17/10,

2013.

55. Chuang YC, Wang JT, Chen ML, Chen YC. Comparison of an automated repetitive-sequence-

based PCR microbial typing system with pulsed-field gel electrophoresis for molecular typing of

vancomycin-resistant Enterococcus faecium. J Clin Microbiol 2010 Aug;48(8):2897-2901.

http://biokemi.au.dk/fileadmin/www.biokemi.au.dk/uddannelse/undervisning/__velseskurser/matriale-dna/dnateknologi.pdf

http://biokemi.au.dk/fileadmin/www.biokemi.au.dk/uddannelse/undervisning/__velseskurser/matriale-dna/dnateknologi.pdf

http://www.cdc.gov/pulsenet/pathogens/protocol-images.html#pfge


│ 47

56. Werner G, Klare I, Witte W. The current MLVA typing scheme for Enterococcus faecium is less

discriminatory than MLST and PFGE for epidemic-virulent, hospital-adapted clonal types. BMC

Microbiol 2007 Apr 10;7:28.

57. Homan WL, Tribe D, Poznanski S, Li M, Hogg G, Spalburg E, et al. Multilocus sequence typing

scheme for Enterococcus faecium. J Clin Microbiol 2002 Jun;40(6):1963-1971.

58. Turabelidze D, Kotetishvili M, Kreger A, Morris JG,Jr, Sulakvelidze A. Improved pulsed-field

gel electrophoresis for typing vancomycin-resistant enterococci. J Clin Microbiol 2000

Nov;38(11):4242-4245.

59. Tenover FC, Arbeit RD, Goering RV, Mickelsen PA, Murray BE, Persing DH, et al. Interpreting

chromosomal DNA restriction patterns produced by pulsed-field gel electrophoresis: criteria for

bacterial strain typing. J Clin Microbiol 1995 Sep;33(9):2233-2239.

60. Kawalec M, Gniadkowski M, Hryniewicz W. Outbreak of vancomycin-resistant enterococci in a

hospital in Gdask, Poland, due to horizontal transfer of different Tn1546-like transposon variants and

clonal spread of several strains. J Clin Microbiol 2000 Sep;38(9):3317-3322.

61. Gikas A, Christidou A, Scoulica E, Nikolaidis P, Skoutelis A, Levidiotou S, et al. Epidemiology

and molecular analysis of intestinal colonization by vancomycin-resistant enterococci in greek

hospitals. J Clin Microbiol 2005 Nov;43(11):5796-5799.

62. Kalocheretis P, Baimakou E, Zerbala S, Papaparaskevas J, Makriniotou I, Tassios PT, et al.

Dissemination of vancomycin-resistant enterococci among haemodialysis patients in Athens, Greece.

J Antimicrob Chemother 2004 Dec;54(6):1031-1034.

63. Liu Y, Cao B, Gu L, Wang H. Molecular characterization of vancomycin-resistant enterococci

in a Chinese hospital between 2003 and 2009. Microb Drug Resist 2011 Sep;17(3):449-455.

64. Hunter PR, Gaston MA. Numerical index of the discriminatory ability of typing systems: an

application of Simpson's index of diversity. J Clin Microbiol 1988 Nov;26(11):2465-2466.


│ 48

12. Appendiks eller Bilagsoversigt

Bilag 1: Litteratursøgningsstrategi

Bilag 2: Kritisk litteraturvurdering

Bilag 3: Flowdiagram

Bilag 4: Sundhedsstyrelsen

Bilag 5: Datatilsynet

Bilag 6: Ark anvendt til dataindtastning i Excel

Bilag 7: Oversigt over anvendte kodninger i datamaterialet

Bilag 8: Oversigt over PFGE VRE faecium kørsler af kloner

Bilag 9: Observationer til grundlag for den stratificerede analyse

Bilag 10: Antibiotika skemaet


│ 49

Bilag 1: Litteratursøgningsstrategi.

Database: Limits: Søgeord: Hits: Anvendelige:

PubMed

Danish,

English,

Norwegian,

Swedish,

Humans.

Vancomycin

resistance

[MeSH] AND

Enterococcus

faceium

[MeSH] AND

Electrophoresis,

Gel, Pulsed-

Field [MeSH]

Vancomycin

resistance

[MeSH] AND

Enterococcus

faceium

[MeSH] AND

Electrophoresis,

Gel, Pulsed-

Field [MeSH]

AND *risk

factors*

Vancomycin

resistance

[MeSH] AND

Enterococcus

faceium

[MeSH] AND

Electrophoresis,

Gel, Pulsed-

Field [MeSH]

AND

*hematologic*

126

4

6

13

1

1


│ 50

Vancomycin

resistance

[MeSH] AND

Enterococcus

faceium

[MeSH] AND

Electrophoresis,

Gel, Pulsed-

Field [MeSH]

AND

*geographic*

Vancomycin

resistance

[MeSH] AND

Enterococcus

faceium

[MeSH] AND

Electrophoresis,

Gel, Pulsed-

Field [MeSH]

AND *region*

Vancomycin

resistance

[MeSH] AND

Enterococcus

faceium

[MeSH] AND

Electrophoresis,

Gel, Pulsed-

Field [MeSH]

AND *district*

6

21

0

0

1

0


│ 51

Vancomycin

resistance

[MeSH] AND

Enterococcus

faceium

[MeSH] AND

Electrophoresis,

Gel, Pulsed-

Field [MeSH]

AND

*antimicrobial

resistance*

Vancomycin

resistance

[MeSH] AND

Enterococcus

faceium

[MeSH] AND

Electrophoresis,

Gel, Pulsed-

Field [MeSH]

AND

*hospitals*

Vancomycin

resistance

[MeSH] AND

Enterococcus

faceium

[MeSH] AND

Electrophoresis,

Gel, Pulsed-

Field [MeSH]

AND

*departments*

6

68

3

1

10

0


│ 52

Embase

Humans,

only

English

Vancomycin

resistant

enterococcus

[Emtree] AND

Pulsed-field gel

electrophoresis

[Emtree] AND

Enterococcus

faecium

Vancomycin

resistant

enterococcus

[Emtree] AND

Pulsed-field gel

electrophoresis

[Emtree] AND

Enterococcus

faecium AND

hospitals

63

24

7

2

Scopus

PFGE AND

VRE AND

Enterococcus

faecium

PFGE AND

VRE AND

Enterococcus

faecium AND

risk factors

PFGE AND

VRE AND

Enterococcus

faecium AND

hematologic

119

13

3

14

2

1


│ 53

PFGE AND

VRE AND

Enterococcus

faecium AND

geographic

PFGE AND

VRE AND

Enterococcus

faecium AND

region

PFGE AND

VRE AND

Enterococcus

faecium AND

antimicrobial

resistance

PFGE AND

VRE AND

Enterococcus

faecium AND

hospitals

PFGE AND

VRE AND

Enterococcus

faecium AND

departments

5

13

28

83

4

1

2

4

12

1


│ 54

Bilag 2: Kritisk litteraturvurdering.

Forfatter titel mm. Studiedesign &

periode Studielokalisation

& størrelse Formål Metode og materiale Resultater Vurdering

Turabelidze et al.

(2000)

Improved Pulsed-

Field Gel

Electrophoresis for

Typing

Vancomycin-

Resistant

Enterococci

Validerings

studie -

laboratorie

Periode:

november 2000

USA

70 VRE isolater,

hvoraf fire E.

faecalis og 66 E.

faecium.

10 vancomysin-

følsomme

enterokokker (alle

E. faecalis)

At udvikle en

hurtig, enkel og

reproducerbar

procedure af

PFGE metode til

typning af VRE,

hvilket også vil

være egnet til

undertypebe-

stemmelse af

andre

enterokokker.

Turabelitze et al. anvendte en

allerede eksisterende standard

PFGE procedure fra et andet

studie, hvoraf der blev

modificeret i.

Modificerede PFGE protokol:

a) Lysis: med 50 nM Tris-HCI

(pH 8), 50 mM EDTA,

mutanolysin, lysozym,

proteinase K; 10 min ved 37° C.

b) Proteolyse: 0, 5 M EDTA, 1

% natriumdodecylsulfat og 400

µg proteinase K K/ml; 2 timer

ved 55° C. c) Vaskeproces:

vask 3 gange med H20 ved 50°

C i 10 min hver og tilsvarende

for TE. d) Restriktionsenzym:

præinkubation, 10 min 30 ° C

fordøjelse med SmaI (30U); 2

timer ved 30 ° C. d)

Elektroforese: Blok 1: 200 V,

initial tid, 3,5 s, finale tid, 25 s,

12 timer. Blok 2: 200 V, initial

tid, 1 s, finale tid, 5 s, 8 timer.

Total tid: 20 timer. e) Farvning:

25 min.

Den modificerede PFGE

protokol kan fremstille

propper (ca.4 timer i

stedet for 3-4 dage) og har

en kortere elektoforese tid

(20 timer i stedet for 20-

40 timer). Typningen kan

udføres i ca. 28 timer i

stedet for de 3-7 dage.

Konklusion:

Modificeret PFGE

protokol var hurtigere og

billigere end standard

PFGE procedure.

Det amerikanske studie er

generaliserbar til danske

laboratorie der udfører

typning. Velgennemført

studie, hvor PFGE

proceduren er udført efter

væsentlige forhold.

Evidens: 2c


│ 55


periode Studielokalisa

tion &

størrelse

Formål Metode og materiale Resultater Vurdering

Tenover et al.

(1995)

Interpreting

Chromosomal

DNA Restriction

Patterns Produced

by Pulsed-Field Gel

Electrophoresis:

Criteria for

Bacterial Strain

Typing

Metodevali-

deringsstudie

Periode:

september 1995

USA

At udforme

retningslinjer til at

fortolke DNA

fragment

båndmønster

genereret af PFGE

analysen og, hvordan

tilfældige genetiske

begivenheder kan

ændre mønstre.

Tenover et al. opdelde

båndforskelle i 4

kategorier.

Hvis isolaternes

restriktionsmønster gav

det samme båndmønster,

betragtedes det som

”Indistinguishable”, dvs.

at isolaterne ansås for at

repræsentere den samme

stamme. En til tre

båndforskelle ansås for at

være ”nært beslægtede”,

hvilket afspejlede to

uafhængige genetiske

forandringer. Sådan et

isolat ansås for at være

tæt forbundet til

udbrudsstammen, da det

kun afveg med en enkelt

genetisk hændelse. Fire til

seks båndforskelle ansås

at være ”mulig relateret”,

og seks eller flere bånd

forskelle udgjorde tre

eller flere genetiske

ændringer og betragtedes

som ”uafhængige”.

Tenover-kriterier var beregnet

til anvendelse ved hospitals

laboratorier, hvor der var

mistanke om udbrud ved

relativ få isolater (ca. 30), dvs.

ikke egnet til undersøge større

populationer over længere

periode på 1 år eller længere.

Veludført studie, hvor

metodeafsnittet er godt

beskrevet med relevante

tiltag.

Evidens: 1a


│ 56


periode Studielokalisa

tion &

størrelse

Formål Metode og materiale Resultater Vurdering

Kirdar et al. (2010)

Molecular

epidemiology of

vancomycin-

resistant

Enterococcus

faecium strais

isolated from

haemotological

malignancy patients

in a research

hopital in Turkey

Studiedesign:

Tværsnitstudie

Studieperiode:

8 marts 2010

Tyrkiet

I alt syv

patienter i

alderen 32 til

62 år blev

inkluderet.

Alle VRE

isolater var fra

hæmatologiske

patienter. VRE

isolater var fra

perioden maj

og oktober

2006.

Screenings

prøver samt

miljøprøver

blev også

medtaget.

At undersøge VRE

udbruddet på

hæmatologisk

afdeling

Der blev foretaget

følgende undersøgelser:

-Resistensbestemmelse

-Fænotypning

-PFGE

-MLST

Resistensbestemmelse på

følgende antibiotikum

blev foretaget:

Pencillin, vancomycin,

teicoplanin, ciprofloxacin,

ampicillin, gentamicin,

erytromycin, tetracyclin,

chloramphenicol.

Disse antibiotikum blev

foretaget på Mueller

Hinton (MH) plade og

resistensbestemmelse blev

bestemt vha. MIC-

værdien (mindst

hæmmende

koncentration).

Gennemsitsalderen på de 7

VRE patienter var 45+/- 11,9

år. Af de 7 VRE patienter var

der 5 kvindelige patienter og to

mandelige patienter.

I alt 12 VRE isolaler var

resistente over for vancomycin

og teicoplanin samt var de

VanA.

Alle VRE isolater var

resistente for de testede

antibiotikum.

Der blev fundet to PFGE typer

(type A og B), seks VRE

isolater tilhørte PFGE type A

og resten tilhørte PFGE type B

MLST blev udført på to

forskellige PFGE typer (A og

B). Type A viste, at tilhører

ST17 og Type B tilhørte ST78.

Både ST17 og ST78 tilhører

den klonale kompleks (CC)

CC17. CC17 er den største

årsag til de fleste HEI

forårsaget af VR i resten af

verden.

Har begrænset datamateriale.

Deraf vil dårlig

generaliserbarhed. Herudover

er der ikke angivet

signifikantsniveau i form af

p-værdi eller

konfidensintervaller.

Metodeafsnittet er godt

beskrevet og derfor vurderet

fornuftig.

Evidens: 4


│ 57




Kawalec M et al.

(2000)

Outbreak of

vancomycin-

resistant

Enterococci in a

Hospital in Gdansk,

Poland due

horizontal transfer

of different Tn

1546-like

transposon variants

and clonal spread

of several strains

Studiedesign:

Tværsnitsstudie

Studieperiode:

6 Juni 2000

Polen

128 VRE isolater

fra to

hæmatologiske

afdelinger blev

undersøgt (én

voksen

hæmatologisk

afdeling og én

pædiatrisk

hæmatologisk

afdeling). På

voksen

hæmatologisk

afdeling var der i

alt 112 VRE

isolater og på

pædiatrisk

hæmatologisk

afdeling var der i

alt 12 VRE isolater.

Ydermere var der 4

VRE isolater fra

intensiv afdeling.

Af 128 VRE

isolater blev 22

isolater

typebestemt, (21 E.

faecium og 1 E.

faecalis).

At undersøge

fænotypiske og

genotypiske

karakteristika af

VRE udbruddet

på

Universitetshos-

pitalet i Gdansk,

Polen.

Der blev foretaget

fænotypebestemmelse

(vaner)

resistensbestemmelse

samt typning, PFGE,

hvor resultaterne af

PFGE båndmønster

blev fortolket ud fra

Tenover et al.

Resistensbestemmelse

blev foretaget på

følgende antibiotikum:

Pencillin

Ampicilllin

Gentamicin

Streptomycin

Tetracycklin

Chloramphenicol

Teicoplanin

ciprofloxacin

Disse antibiotikum

aflæst på Mueller

Hinton (MH) plade

vha. MIC-værdien

(mindst hæmmende

koncentration).

Alle VRE isolater var resistente over

for ciprofloxacin. Ingen af VRE

isolater var resistente over for

chloramphenicol.

9 VRE isolater var følsomme over for

streptomycin, 6 isolater var gentamicin

følsomme og 7 isolater var følsomme

for teracyclin. Alle isolater var

glycopeptid resistente.

Bandt de 21 VR E. faecium isolater

blev der fundet 8 forskellige typer

(type A til Type H). Otte patienter fra

voksen hæmatologisk afdeling blev

klassificeret i seks forskellige typer,

kun to patienter fra hæmatologisk

afdeling havde identiske båndmønster.

Pædiatrisk hæmatologisk afdeling

havde 12 VR E. faecium, og disse blev

typebestemt til to kloner (type D og E).

Studiet viste, at udbruddet på

pædiatrisk hæmatologisk afdeling

sandsynligvis skyldtes spredningen af

to typer (D og E), der ikke var relateret

til hæmatologisk afdeling. Type F som

var på hæmatologisk afdeling blev

også fundet på intensiv afdeling,

hvilket sandsynligjorde at type F på

intensiv afdeling kom fra

hæmatologisk afdeling

Veludført studie med

relevante inddragede

resultater. Manglende

uddybende

overvejelser om

eventuelle bias og

confounding, men

disse mangler vil kun i

lav grad kunne påvirke

studiets resultater

Evidens: 2b


│ 58




Werner et al.

(2007)

The current MLVA

typing scheme for

Enterococcus

faecium is less

discriminatory than

MLST and PFGE

for epidemic-

virulent, hospital-

adapted clonal

types

Laboratorie-

analyse/

tværsnitsstudie

April 2007

Tyskland

58 VRE isolater fra

tyske sygehuse i

1996-2006, blev

typebestemt via

MLST, MLVA og

PFGE analyser.

At undersøge

hvilke

typningsmetoder

(MLST, MLVA

og PFGE), der

er den mest

effektive

analyse til

typning ved

udbrud.

MLST:

Der blev anvendt syv

gusholdningsgener til

MLST.

Sekvensreaktionerne blev

udført ifølge producentens

anbefalinger. Sekvens filer

blev læst, vurderet, justeret

og sammenlignet med

reference sæt af alleler.

MLVA:

MLVA analysen blev

udført efter Top et al.

PFGE:

Standardprotokollen til

PFGE blev lidt ændret.

DNA blev isoleret og

fordøjet med

restriktionsenzym SmaI.

Der blev anvendt 1%

agarosegel og PFGE blev

kørt i CHEF-DR III

apparat. Elektroforese blev

udført i 1-11 sek. i 15 timer

og 11-30 sek. i 14 timer ved

14° C. Båndmøstret blev

beregnet vha.

computerprogrammet

BioNumerics.

Ud af 58 isolater afslørede

PFGE 38, MLST 19 og

MLVA 14 forskellige typer.

PFGE var den mest

diskriminerende metode med

en diskriminerende index på

0,972, MLST 0,91 og MLVA

0,842.

Desuden fandt studiet, at

congruence values mellem

MLST og PFGE var 0,935 og

mellem MLVA og PFGE

0,863, hvilket betyder at

MLVA var den metode, der

klarede sig dårligst til at finde

den samme udbrudsstamme

som PFGE.

Konklusion:

MLVA var den mindst

diskriminerende metode

sammenlignet med MLST og

PFGE og MLVA resultater var

mindre sammenstemmende

end MLST resultater

sammenlignet med resultater

fra PFGE og derfor var MLVA

ikke egnet til at identificere

typer af E. faecium ved

udbrud.

Veludført studie. Studiet

mangler information om

bias og confounding, men

disse mangler ville kun i

lav grad kunne påvirke

studiets resultater

Herudover er der ikke

angivet signifikantsniveau

i form af p-værdi og

konfidensintervaller.

Til gengæld har studiet

vurderet de tre

typningsmetoder ud fra

diskriminerende index.

Evidens: 1b


│ 59



& størrelse Formål Metode og materiale Resultater

Vurdering

Bourdon et al.

(2011)

Changing trends in

vancomycin-

resistant

enterococci in

Franch hospitals,

2001-08

Studiedesign:

Kohortestudie

Studieperiode:

10 december

2010

Frankrig

Der blev inkluderet

902 VRE isolater

fra patienter i

perioden fra januar

2006 til december

2008. VRE blev

indsamlet fra 112

forskellige

hospitalslabora-

torier.

At give et billede af

forekomsten/

spredningen af

VRE udbrud i

Frankrig samt at

undersøge

fænotypiske og

genotypiske

karakteristika af

VRE isolaterne

De indsamlede VRE

isolater blev undersøgt

for:

-Resistensbestemmelse

-Genotypning (Vaner)

-Typning

(PFGE/MLST)

I løbet af en 3 års periode blev der i alt

analyseret på 902 VRE isolater. I 2006

var der 93 VRE isolater, i 2007 var der

137 og i 2008 var der 672 VRE

isolater. 46 % af VRE isolaterne var

fra udbrud (>2 tilfælde) og 54 % fra

sporadiske tilfælde.

Ud af 855 E. faecium isolater var 563

isolater VanA (65,8 %), 290 isolater

VanB (33,9 %) og 2 isolater VanD (0,2

%).

Langt størstedel af VR E. faecium

isolater var resistente over for

ampicillin, erytromycin, clindamycin

og levofloxacin. Kun 22 % var high

level gantamicin resistent.

PFGE analysen viste 161 forskellige

typer. Blandt de 731 VR E. faceium

isolater var 125 (typer) ud af 532

VanA VRE og 36 (typer) af 199 Van

B. 20 af disse stammer/kloner havde

spredt sig i tilstødende hospitaler. Der

blev identificeret samme stamme i

fjerntliggende hospitaler i fire tilfælde.

MLST metoden viste 13 forskellige

ST, alle isolater tilhørte CC17.

Fornuftig udført

studie. Mangler dog

informationer om

bias og confounding

samt er der ikke

angivet

signifikantsniveau

eller

konfidensinterval-ler.

Studiet består af stor

studiepopulation

samt typning af VRE

isolater er forgået via

to typningsmetoder,

hvilket bidrager til

mere specifikke

resultater.

Evidens: 2b


│ 60




Padiglione et al.

2003

Risk factors for

new detection of

vancomycin-

resistant

enterococci in

acute-care hospitals

that employ strict

infection control

procedures

15 måneders

kohortestudie

undersøgelse

Studieperiode:

7 maj 2003

Australien

Der blev undersøgt

på 11 højrisiko

afdelinger, såsom

tre renale

afdelinger, fem

intensive

afdelinger, to

transplantations

afdelinger og en

hæmatologisk/ono-

kologisk afdeling.

Der blev taget 8953

rectum podninger.

.

At undersøge

graden/risiko

faktorer af

VRE blandt

højrisiko

patienter på

sygehuse,

hvor der

anvendes

infektionsbe-

kæmpelses-

for-

anstaltninger.

Der blev indsamlet

følgende oplysinger:

køn, alder, demografisk og

sundhedsdata blev

registreret, co-morbiditeder,

tidligere indlæggelser og

varighed af den nuværende

indlæggelse,

antibiotikaforbrug.

Der blev taget rectum

podninger på patienterne.

Rectum podninger blev

herefter udsået på VRE

plade, hvorved

identifikation af VRE

kunne foretages.

Der blev yderligere

foretaget

resistensbestemmelse på

vancomycin via E-test samt

blev der VRE isolaterne

undersøgt for genotypning

(vangener)

Klonaliteten af VRE blev

bestemt via PFGE metode.

Der blev indsamlet 8953 rectum

podninger fra 3458 patienter i

løbet af 4215 indlæggelser.

Der blev fundet VRE på 66

patienter:

-to vanB E. faceium, 71 %

-vanB E. faecalis 21 %

-vanA E. faecium 6%

-vanA E. faaecalis 2%

Der blev lavet PFGE på 56 VRE

isolater (85%) og der blev

fundet 33forskellige PFGE

mønstre.

Studiet fandt ikke statistisk

signifikant association mellem

VRE og køn (p= 0,84).

Nyrepatienter viste at være

statistisk signifikant (p=0,02) i

multivariate analyse, hvilket

betyder at nyrepatienter vil være

effektmodifikator for at få VRE

Der blev ikke fundet statistisk

signifikant sammenhæng

mellem VRE og brugen af

glycopeptider, men der blev til

gengæld fundet statistisk

signifikant sammenhæng

mellem VRE og ticarcillin-

clavulanate (p= 0,03).

Veludført studie med god

intern validitet. Studiet har

undersøgt for mulige

confounding. Herudover er

der angivet

signifikantsniveau i form af

p-værdi.

Evidens: 1b


│ 61


periode Studielokalisatio

n & størrelse Formål Metode og materiale Resultater Vurdering

Gikas et al (2005)

Epidemiology and

molecular analysis

of intestinal

colonization by

vancomycin-

resistant

enterococci

inGreek hospitals

Studiedesign:

Kohortestudie

Studieperiode:

5 August 2005

Grækenland

Der blev

indsamlet 1246

prøver, hvoraf

226 VRE isolater

blev fundet fra

255 patienter

(20,5%).

De fleste VRE

isolater var E.

faecium (29,7 %)

For at vurdere

molekylære

epidemio-logi af

VRE isolater,

foretages

prævalens

undersøgelse.

Isolaterne blev

indsamlet enten via

fæces prøver eller

rectum podninger.

Isolaterne blev fænotype

bestemt via multiplex-

PCR assay, mens

typning af isolaterne

blev bestemt via PFGE.

VanA type var tilstede i 31 % af

stammerne, 6 % VanB og resten var VanC.

I studiet havde man kun fokus på VanA og

VanB, så den samlede prævalens var 7,5 %.

68 VRE isolater havde VanA eller VanB

fænotype og disse blev analyseret vha.

PFGE, hvor der blev fundet 46 typer. 65

VR E. faecium isolater med VanA

fænotype dannede 32 mønstre, 4 VR E.

faecalis isolater med VanA fænotype

dannede fire mønstre. De båndmønstre der

blev identificereret ud fra VRE isolater fra

alle hospitaler var undtagen to hospitaler

var uafhængige.

På hospitalet HER-1 blev der fundet 17

forskellige mønstre, på hospitalet PT-1 blev

der fundet 19 forskellige mønstre, på HER-

2, 5 forskellige mønstre. På THES-1, 2

forskellige mønstre, THES- 2, 3 forskellige

mønstre og på IO-1, 2 forskellige mønstre.

På hospitalet, HER-1 var der 10 stammer

med VanA fænotype ud af 15 (66,7 %) der

udviste et tydelig PFGE mønster. Dette

mønster blev også fundet i tre isolater i det

nærliggende hospital (HER-2). På

hospitalet, HER-1 var der tre grupper af

syv, tre og seks stammer med identiske

PFGE mønster, hvilket udgjorde 51,6 %

(16/31) af de undersøgte VRE isolater.

Ingen statistisk signifikant forskel blev

fundet på de samlede VRE isolater mellem

de 13 forskellige hospitaler (X2, p=0,531).

Veludført studie med

relevant inddragede

resultater. Dog

mangler uddybende

overvejelser om

eventuelle bias og

confounding. Disse

mangler ville kun i

lav grad kunne

påvirke studiets

resultater.

Evidens: 1b


│ 62




Kalocheretis et al.

(2004)

Dissemination of

vancomycin-

resistant

enterococci among

haemodialysis

patients in Athens,

Greece

Studiedesign:

Tværsnitstudie

Studieperiode:

September til

december 2001

Grækenland

Der blev indsamlet

334 rectum

podninger samt

fæces prøver fra

ambulante patienter

i 4 måneders

periode (september

til december 2001).

De blev behandlet

på 4 uafhængige

dialyse afdelinger i

Athen.

Der var i alt 180

mænd og 154

kvinder med en

gennemsnitsalder

63,33 år med i

studiet.

At bestemme

VRE

kolonisering

blandt

højrisikopopu-

lation og

definere

risikofaktorerne

Patientens: alder, køn,

tidligere

antimikrobielle

behandling

(vancomycin og andre

stoffer undtagen

teicoplanin) og

indlæggelse (én eller

flere indlæggelser

indenfor sidste 6

måneder) blev

registreret.

Resistensbestemmelse

blev foretaget vha.

VITEK (GPI og

GPS101 cards) og

ATB-system

(BioMérieuz).

Van typer blev bestemt

via PCR metode.

Typning blev foretaget

via PFGE metode.

Der var i alt 13 (3,9 %) VR E. faecium

isolater, VanA ud af 332 isolater.

Alle VRE isolater var resistente overfor,

ampicillin, erythromycin, ciprofloxacin og

streptomycin og tre isolater var også

gentamicin resistente.

PFGE:

Ud af 13 VRE isolater blev der fundet syv

forskellige PFGE typer, betegnet A til G.

Type B var den fremherskende type (n= 6

isolater (46,2 %)), type A var repræsenteret

ved to isolater (15,4 %), mens der var fundet

én isolater af hver type C til G (7,7 %).

Risikofaktorer:

Der blev fundet statistisk signifikant

association mellem VRE og tidligere

indlæggelse (p=0,001). (OR=7,255, 95 % CI:

2,056;26,639)


association mellem VRE og tidligere

antimikrobielle behandling (p=0,026). (OR=

4,199, 95 % CI: 1,149;16,602)


association mellem VRE og mandelige

patienter (p=0,019).

Rimelig fornuftig

udført studie.

Studiet

undersøger for

mulige

confounding.

Herudover har

studiet angivet

signifiknats-

niveau og

konfidensin-

tervallet. Dog er

analyserne udført

på lille

datamateriale (13

VRE isolater).

Evidens: 2b


│ 63




Oh et al. (2004)

Outbreak of

Vancomycin

Resistant

Enterococcus in

Hematology/Oncol

ogy Unit in a

Korean University

Hospital, and Risk

Factors Related to

Patients, Staff,

Hospital Care and

Facilities

Studiedesign:

Kohortestudie

Studieperiode:

1 januar til 31

august 2002

Korea

Der blev taget

prøver fra indlagte

patienter på

hæmatologisk/onko

logisk afdeling ( n=

82) samt prøver på

sundhedspersonaler

på afdelingen (n=

31). Desuden blev

der taget miljø

prøver (n= 35). Der

blev indsamlet

prøver fra patienter

i perioden 1 januar

til 31 august 2002,

hvor VRE udbrud

perioden stod på.

At identificere

risikofaktorer og

etablere

sæsonmæssige

faktorer ved

VRE udbrud

Der blev foretaget

følgende undersøgelser:

-Isolater fra patienter,

personale og miljø prøver

blev udsået på plader,

som blev inkuberet natten

over.

- Der blev foretaget

identifikation via VITEK

system (BioMeriux).

- Der blev foretaget

resistensbestemmelse via

E-test.

- Typebestemmelse blev

foretaget via. PFGE

metode.

- Der blev yderligere

undersøgt for

genotypning.

PFGE:

Blandt de 82 patienter var der 17

patienter der havde VRE. Alle

VRE isolater var E. faecium, de

seks undersøgte var yderligere

VanA med identiske PFGE

mønstre.

11 VRE tilfælde ud af 17 VRE

positive patienter var blevet passet

i en 6 mands værelse.

Personale prøver og miljøprøver

var VRE negative.

Langvarige hospitalsophold

(p=0,02), mandelige patienter (p =

0,02), og 6 mands sengestuer (p <

0,01) var risikofaktorer for VRE,

disse faktorer var statistisk

signifikante.

Fornuftig studie, der har

undersøgt mulige bias i

form af confounding.

Herudover har studiet

angivet resultaterne med

signifinatsniveau.

Generaliserbarheden kan

være et problem, idet

studiet består af lille

datamateriale.

Evidens: 2b


│ 64

Forfatter titel

mm.

Studiedesign &



Deshpande et al.

(2006)

Antimicrobial

resistance and

molecular

epidemiology of

vancomycin-

resistant

enterococci from

North America

and Europe: a

report from

SENTRY

antimicrobial

surveillance

program

Studiedesign:

Kohortestudie

Studieperiode:

11 december

2006

USA

I 2003 blev der

indsamlet VRE

isolater fra

Nordamerika (USA

og Canada, n= 839,

26 hjemmesider) og

Europa (n= 56, 10

hjemmesider).

De fleste af de

indsendte isolater

var Enterococcus

faecium (91,0 %)

og Enterococcus

faecalis (7,8 %).

Kun E. faecalis og

E. faecium blev

indkluderet i

analysen, da de

udgjorde den

største del af

enterokok

infektioner.

At studere det

fænotypiske og

genotypiske

udtryk for VRE

isolater der blev

indsamlet fra

medicinske

centre

Nordamerika,

Europa, Israel

og Tyrkiet.

De indsamlede VRE

isolater blev sendt til

laboratorie (JMI

Laboratories, North

Liberty, IA) hvor der

blev foretaget:

- Resistensbestemmese

- Identificering

- Molekylær typning

(PFGE)

-Chloramphenico-

lacetyltransferase

assay (basseret på

resistens over for

chloramphenicol)

-Påvisning af G2576U

mutation i 232 rRNA

- Påvisning af esp i E.

faecium isolater

baseret på PFGE

mønstre

Ud af de indsamlede VRE isolater fra

Nordamerika (839) og Europa (56) var

hovedparten af de indsendte isolater E.

faecium, 91,0 % og 7,8 % E. faecalis.

I Europa bestod E. faecalis 25,0 %, mens i

Nordamerika bestod E. faecalis 6,7 % af

alle VRE isolater.

E. faecium isolater udgjorde 71,0 % af alle

VRE isolater i Europa og 92,8 % i

Nordamerika.

De fleste VRE isolater var fra urinveje

(36,7 %) og blodet (28 %) efterfulgt af

hudinfektioner (9,2 %).

De fleste VRE isolater var fra kvindelige

patienter (54,6 %) og var over 65 år (40,0

%)

Blandt VRE var VanA fænotype mere

udbredt i Nordamerika (76 %) end Europa

(40 %).

Alle isolater havde forhøjet resistensrater til

de undersøgte antibiotkum. De fleste

isolater var følsomme for linezolid.

Der blev lavet PFGE på 35 VRE isolater,

32 fra Nordamerika (20 steder) og 3 fra

Europa (2 steder). En til tre klynger blev

identificeret fra hver af de steder.

Stor datamateriale

og veludført studie.

Studiet mangler

uddybende

overvejelser om

bias og

confounding, men

disse mangler ville

kun i lav grad

kunne påvirke

studiets resultater.

Ydermere er der

ikke angivet

signifintsniveu eller

konfindensinter-

valler. PFGE

analysen er ikke

udført på samtlige

datasæt, hvilket kan

medføre

usikkerheder i

resultaterne.

Evidens: 1b


│ 65




Van den Braak et al

(2000)

Prevalence and

Determinants of

Fecal Colonization

with Vancomycin-

Resistant

Enterococcus in

Hospitalized

Patients in The

Netherlands

Studiedesign:

Deskriptiv,

multicenter

studie

Studieperiode:

November 1995

til juni 1996

Holland

Alle indlagte

patienter fra

intensiv-,

hæmatologisk og

onkologisk

afdelinger på ni

forskellige

hospitaler i Holland

blev inkluderet i

studiet. Fem

hollandske

Universitetshospi-

taler deltog.

Ydermere deltog

fire regionale

hospitaler.

Der blev taget

screenings prøver

fra (rectum

podninger) på 1112

indlagte patienter i

perioden november

1995 til juni 1996.

At bestemme

prævalensen og

den genetiske

baggrund af

VRE hos

indlagte

patienter fra

Holland, samt at

finde

determinanter

forbundet med

VRE fra

intensive-,

hæmatologiske-,

onkologiske- og

hæmodialyse

patienter i

Holland.

Der blev taget rectum

podninger på indlagte

patienter, som blev

undersøgt for VRE.

Følgende undersøgelser

blev foretaget:

-Identifikation vha.

kolonimorfologi, katalase

test, pyrase-test samt

RAPID ID32 Strep assay

-Resistensbestemmelse på

antibiotikummet;

vancomycin og

teicoplanin

-Typebestemmelse

/PFGE blev udført.

Der blev undersøgt for

følgende risikofaktorer:

køn, alder og

hospitalsophold. Der blev

udført multiple logistisk

regresionsanalyse på

ovennøvnte faktorer.

Af 1112 indlagte patienter var 614

vancomycin følsomme enterokokker.

Der blev fundet 15 VRE patienter ud

af 1112 isolater fra indlagte patinter.

Prævalensen varierede fra 0,8% (2

VRE positive isolater ud af 230

prøver) i 1998 til 2,7% (7 VRE

positive isolater ud af 256) i 1996.

11 VRE isolater blev identificeret

som VR E. faecium og fire VR E.

faecalis.

Alle 15 VRE isolater var vancomycin

resistente og 11 VR E. faecium

isolater og én VR E. faecalis isolat

var teicoplanin resistent. Tre VR E.

faecalis isolater var følsomme for

teicoplanin (de var også

genotypebestemt til vanB).

Tre af fire VR E.faecalis isolater var

genetisk ens, og to klynger af VR E.

faecium var genetisk beslægtede,

men uden geografisk forhold.

Hverken hospitalsophold/indlæggelse

eller køn var korreleret med VRE.

Der blev heller ikke fundet statistisk

signifikant sammenhæng mellem

alder og VRE (p= 0,07), dette kan

forklares ud fra at der blev inkluderet

relativt stort antal patienter (137

patienter) i studiet. Disse patienter

havde ydermere relativ lang ophold

på sygehuset samt ingen VRE.

Fornuftig udført

studie. Studiet har

undersøgt for mulige

confounding.

Ydermere har studiet

angivet

signifikantsniveau på

studiets fund.

Studiepopula-tionen

var dog lille (15 VRE

isolater blev

analyseret).

Evidens: 2b


│ 66

Bilag 3: Flowdiagram.

* Aarhus Universitetshospital, ** Regionshospital Randers, *** Regionshospital Horsens, **** Praktiserende læger.

Kildepopulation

N= 158

N

Eksklusion:

N= 25

(2 isolater var fra andet

hospital, og 23VRE

faecium isolater udgik)

Studiepopulation

N= 133

N

AUH*

N= 120

RCS**

N= 5

HOR***

N= 4

PRAK****

N= 4


│ 67

Bilag 4: Sundhedsstyrelsen.

Til Aynur Barut

Du har i e-mail af den 16. april 2013 sendt ansøgning til Sundhedsstyrelsen.

Sundhedsstyrelsen skal ifølge sundhedsloven § 46, stk. 2 godkende videregivelse af

patientjournaloplysninger til brug for et konkret forskningsprojekt.

Videregivelsen af patientjournaloplysningerne kræver dog ikke Sundhedsstyrelsens godkendelse,

hvis der er tale om et lokalt kvalitetsudviklingsprojekt eller kvalitetskontrol, dvs. aktiviteter, der

indgår som led i sundhedsvæsenets almindelige drift, eksempelvis en sygehusafdelings opnåede

behandlingsresultater for en bestemt patientgruppe. Det er ledelsen på behandlingsstedet, som skal

vurdere, om der er tale kvalitetsudvikling eller et egentligt forskningsprojekt.

Hvis du fastholder at ansøge efter sundhedslovens § 46, stk. 2, har Sundhedsstyrelsen brug for

yderligere oplysninger til behandling af din ansøgning. På Sundhedsstyrelsens hjemmeside fremgår,

hvilke oplysninger ansøgningen skal indeholde:

http://www.sst.dk/Tilsyn%20og%20patientsikkerhed/Patientjournaloplysninger.aspx

Du bedes præcisere din ansøgning med disse oplysninger.

Du er velkommen til at ringe til mig, hvis du har spørgsmål.

Sundhedsstyrelsen beklager meget, at du ikke har hørt fra os før nu.

Venlig hilsen

Katrine Winther Hansen

Jurist

T (dir.) +45 72 22 78 35

[email protected]

Sundhedsstyrelsen

Tilsyn og Patientsikkerhed

T +45 72 22 74 00

[email protected]

https://post.rm.dk/OWA/redir.aspx?C=0c848aedb31a488b86888ad47e048e1c&URL=http%3a%2f%2fwww.sst.dk%2fTilsyn%2520og%2520patientsikkerhed%2fPatientjournaloplysninger.aspx

https://post.rm.dk/OWA/redir.aspx?C=0c848aedb31a488b86888ad47e048e1c&URL=mailto%3akwh%40sst.dk

https://post.rm.dk/OWA/redir.aspx?C=0c848aedb31a488b86888ad47e048e1c&URL=mailto%3asst%40sst.dk


│ 68

Bilag 5: Datatilsynet


│ 69

Bilag 6: Ark anvendt til dataindtastning i Excel.

Køn Alder Afdeling

(nummer)

Afsender Cpr.nr Prøve-nr. Hæmatologiske

patienter

Tidligere indlagte op

til 5 år

Vaner PFGE Vitek S.I.R

pencillin

Vitek S.I.R

ampicillin

Vitek

S.I.R

imipinem

Vitek S.I.R

High level gentamicin

Vitek S.I.R

streptomycin

Vitek S.I.R

moxifloxacin

Vitek S.I.R

linezolid

Vitek S.I.R

teicoplanin

Vitek S.I.R

vancomycin

Vitek S.I.R

tetracyclin

Vitek S.I.R

tigecyclin

Vitek S.I.R

nitrofurantoin

Vitek MIC

pencillin

Vitek MIC

ampicillin

Vitek MIC

imipinem

Vitek MIC

moxifloxacin

Vitek MIC

linezolid

Vitek MIC

teicoplanin

Vitek MIC

vancomycin

Vitek MIC

tetracyclin

Vitek MIC

tigecyclin

Vitek MIC

nitrofurantoin


│ 70

Bilag 7: Oversigt over anvendte kodninger i datamaterialet

Variabel Datatype Kode Beskrivelse

Køn:

Mand

Kvinde

Kategorisk

0

1

Køn

Alder

dikotomiseres:

≤ 65 år

>65 år

Kategorisk

0

1

Aldersgruppe.

Ung

Ældre

Hospitaler:

AUH

RCS

HOR

Praksis

Kategorisk

0

1

2

3

AUH, NGB, THG,Skejby.

Regionshospitalet, Randers.

Regionshospitalet, Horsens.

Praktiserendelæger.

Patienter/afdelinger:

Hæm.

Øvrige

Kategorisk

0

1

Hæmatologisk patienter

Øvrige patienter fra:

- intensiv-

- medicinsk-

- kirurgiske-

- andre afdelinger

Kloner:

Klon 1

Øvrige Kloner

Kategorisk

0

1

Typebestemmelse af

udbrudsstammen:

Klon 1

Øvrige kloner: klon 2-32


│ 71

Bilag 8. Oversigt over PFGE VRE faecium kørsler af kloner.

PFGE båndmønster, klon 1.

* ) Markør.

* ) Markør.

PFGE båndmønster, klon 1, 3 og 25.

M

M M M M

M M M

25 1 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1


│ 72

PFGE båndmønster, klon 3, 8, 12, 18, 19.

* ) Markør.

M M M M 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 8 12 18

M

PFGE båndmønster, klon 4, 5 og 7 .

* ) Markør.

M M 5 M M 5 4 7 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 5 5 5 5 5 5 5 5

19

M


│ 73

PFGE båndmønster, klon 2, 20 og 11

* ) Markør.

M 2 2 2 2 2 2 2 20 11 3 2

* ) Markør. IVRE) ikke en VRE faecium isolat.

PFGE båndmønster, klon1-2, 7-9, 13, 24-25 og 28

M M 1 IVRE 9 25 24 9 8 13 13 22 31 2 7 28


│ 74

.




M

M


M

* ) Markør. De resterende båndmønstre illustrerer klon 3.

* ) Markør. De resterende båndmønstre illustrerer klon 4. * ) Markør. De resterende båndmønstre illustrerer klon 5.


│ 75

Bilag 9: Observationer til grundlag for den stratificerede analyse

Tabellen viser antal observationer, der ligger til grund for beregningerne af de stratificerede OR i

Tabel 8.

VRE faecium

isolater

Klon 1 Øvrige kloner I alt

Kvinde

Hæm. patienter

Øvrige patienter

I alt:

9

1

10

8

39

47

17

40

57

Mænd

Hæm. patienter

Øvrige patienter

I alt:

22

2

24

11

36

47

33

38

71

VRE faecium

isolater

Klon 1 Øvrige kloner I alt

Alder:

≤ 65 år

Hæm. patienter

Øvrige patienter

I alt:

13

2

15

12

21

33

25

23

48

Alder

>65 år

Hæm. patienter

Øvrige patienter

I alt:

18

1

19

7

54

61

54

55

80


│ 76

Bilag 10: Antibiotika skemaet,

Antibiotika Klon 1

n*(%)¤

Øvrige kloner

n*(%)¤

I alt

Pencillin

Følsom

Resistent

0 (0)

34 (100)

0 (0)

99 (100)

133

Ampicillin

Følsom

Resistent

0 (0)

34 (100)

2 (2)

97 (98)

133

Imipinem

Følsom

Resistent

0 (0)

34 (100)

2 (2)

97 (98)

133

High level gentamicin

Følsom

Resistent

4 (12)

30 (88)

30 (31)

68 (69)

132

Streptomycin

Følsom

Resistent

3 (9)

31 (91)

58 (60)

38 (40)

130

Moxifloxacin

Følsom

Resistent

0 (0)

34 (100)

1 (1)

98 (99)

133

Linezolid

Følsom

Resistent

34 (100)

0 (0)

98 (99)

1 (1)

133

Teicoplanin

Følsom

Resistent

1 (3)

33 (97)

9 (9)

90 (91)

133

Vancomycin

Følsom

Resistent

0 (0)

34 (100)

0 (0)

99 (100)

133

Tetracyklin

Følsom

Resistent

32 (94)

2 (6)

77 (79)

21 (21)

132

Tigecyclin

Følsom

Resistent

34 (100)

0 (0)

99 (100)

0 (0)

133

Nitrofurantoin

Følsom

Resistent

34 (100)

0 (0)

72 (73)

26 (27)

132 #) Antal observationer. ¤) Procenterne angives som søjleprocent.

typning af vancomycin-resistente enterokokker et...

Documents