DEVELOPPEMENT DrsquoUNE INTERFACE GRAPHIQUE

LOCAL WEB GUI FOR BLAST (LWBG) POUR LES

TRAITEMENTS DE DONNEES BIOLOGIQUES

Fida KHATER amp Abdoulaziz MOUSSA

03 mars 2012 - Journeacutee Portes Ouvertes agrave lUM2

Plan

Introduction

Etat de lrsquoart

Reacutesultats

Perspectives

BIO-INFORMATIQUE

- Enormes volumes de donneacutees heacuteteacuterogegravenes

- Manipulation des donneacutees difficiles

Poin

t F

ort

s le plus utiliseacute

prend en charge tout type de format

alignements tregraves rapides et bonne sensibiliteacute

Poin

ts f

aible

s

Temps de calcul trop important

interrogation des donneacutees indexeacutees par NCBI

une multitude de laboratoires de recherches se sont deacutetourneacutes des

outils en ligne optant ainsi pour une installation locale

Garder la confidentialiteacute des reacutesultats en cours drsquoeacutetudes

utiliser ses propres banques de reacutefeacuterences

Minimiser le temps de calcul

Requecirctes ne sont reacutealisables qursquoen lignes de commande

requecirctes sont compileacutees puis exeacutecuteacutees

Pas de documention creacutedible pour maitriser lrsquooutil

Poin

t F

ort

s

Poin

ts f

aible

s

1- Lrsquointerface local est LIBRE drsquoaccegraves (Open Source) et elle sera

mise en ligne bientocirct

2- Interface web facile drsquoaccession- Mecircme aux novices

3- Permet drsquointerroger des banques geacutenomiques locales

4- Permet la creacuteation de banques de donneacutees locales (proteacuteiques

Nucleacuteiques)

5- Permet drsquointerroger des BD en Ligne via des sites tels que

NCBI

6- Parsing des sorties blast

7- Les Scripts sont exeacutecutables sur nrsquoimporte quel type de

plateforme (linux MS-DOS MacOs)

Local Web Gui for Blast

Nucleotideblast

Makeblastdb

Local parser

Outil drsquointerrogation de banques de donneacutees

Outil de creacuteation de banques de donneacutees

Outil de recherche drsquoinformations speacutecifiques

Local Web Gui for Blast

Nucleotideblast Outil graphique drsquointerrogation de

banque de reacutefeacuterences

Figure Interface utilisateur pour lrsquooutil Blastn

- Possibiliteacute drsquoeffectuer des Blastn des MegaBlast ou DcBlast

- Les seacutequences peuvent ecirctre saisies ou attacheacutees

- Les banques de reacutefeacuterences sont inteacutegreacutees dans lrsquooutil sous la forme drsquoune

liste deacuteroulante

- Preacutesence drsquoun ensemble de paramegravetres geacuteneacuteraux et avanceacutes pour

optimiser le reacutesultat pourcentage drsquoidentiteacute du score du e-value

Figure Reacutesultats drsquoune requecircte sur la banque de donneacutees nucleacuteotidiques

- Les reacutesultats drsquoune requecircte sont afficheacutes sous la forme drsquoun

alignement

- Un score de qualiteacute un pourcentage drsquoidentiteacute et des donneacutees

statistiques sont de mecircme calculeacutes

Nucleotideblast Outil graphique drsquointerrogation de

banque de reacutefeacuterences

Makeblastdb Outil de creacuteation de banques de donneacutees

Locales

- Permet de construire une banque de reacutefeacuterence agrave partir drsquoun

ensemble de seacutequences de reacutefeacuterence deacutejagrave conccedilu ou a partir de

plusieurs fichiers preacutesents en local

- Lrsquooutil supporte des formats de stockage de type gk fasta et

plusieurs autre

Figure interface utilisateur pour la mise en place drsquoune banque de donneacutees de reacutefeacuterence

Local parser Outil de recherche drsquoinformations

speacutecifiques

- Possibiliteacute de filtrage permettant de reacutecupeacuterer les seacutequences de

gegravenes drsquointeacuterecirct

- Le parser prend en charge une sortie blast au format XML ou

ASCII (Txt)

Figure Reacutesultat drsquoun parsing sur des alignements produits par blast

Quelques difficulteacuteshellip Mais bientocirct reacutesolueshellip

- Problegraveme de mises agrave jour automatiques des banques de donneacutees

publiques

- Problegraveme de stockage des donneacutees

Quelques exigences et perspectives

- Neacutecessiteacute drsquoinstallation de logiciels tiers

- Lrsquoensemble de ces outils sera disponible facilitant ainsi la tacircche des

utilisateurs

- Un manuel sera de mecircme mis agrave disposition

- Lrsquoensemble de notre code source sera bientocirct mis en ligne pour la

communauteacute scientifique

Local Web Gui for Blast

Objectif Former les eacutetudiants issus des Sciences du vivant (agronomie biologie

moleacuteculaire cellulaire physiologie animale et veacutegeacutetale biochimie) des

sciences meacutedicales de linformatique ou des matheacutematiques aux besoins

speacutecifiques de la bioinformatique (modeacutelisation du vivant systegravemes

dinformation biologiques algorithmique deacutedieacutee analyse de seacutequences

et de geacutenomes preacutedictions structurales phylogeacutenie hellip ) tout en

renforccedilant les compeacutetences de leur profil initial

La formation sorganise en deux ans

Contact

Pr Vincent Berry vberrylirmmfr

Dr Alban Mancheron albanmancheronlirmmfr

httpwww2lirmmfrBIM

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Introduction

Etat de lrsquoart

Reacutesultats

Perspectives

BIO-INFORMATIQUE

- Enormes volumes de donneacutees heacuteteacuterogegravenes

- Manipulation des donneacutees difficiles

Poin

t F

ort

s le plus utiliseacute

prend en charge tout type de format

alignements tregraves rapides et bonne sensibiliteacute

Poin

ts f

aible

s

Temps de calcul trop important

interrogation des donneacutees indexeacutees par NCBI

une multitude de laboratoires de recherches se sont deacutetourneacutes des

outils en ligne optant ainsi pour une installation locale

Garder la confidentialiteacute des reacutesultats en cours drsquoeacutetudes

utiliser ses propres banques de reacutefeacuterences

Minimiser le temps de calcul

Requecirctes ne sont reacutealisables qursquoen lignes de commande

requecirctes sont compileacutees puis exeacutecuteacutees

Pas de documention creacutedible pour maitriser lrsquooutil

Poin

t F

ort

s

Poin

ts f

aible

s

1- Lrsquointerface local est LIBRE drsquoaccegraves (Open Source) et elle sera

mise en ligne bientocirct

2- Interface web facile drsquoaccession- Mecircme aux novices

3- Permet drsquointerroger des banques geacutenomiques locales

4- Permet la creacuteation de banques de donneacutees locales (proteacuteiques

Nucleacuteiques)

5- Permet drsquointerroger des BD en Ligne via des sites tels que

NCBI

6- Parsing des sorties blast

7- Les Scripts sont exeacutecutables sur nrsquoimporte quel type de

plateforme (linux MS-DOS MacOs)

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Nucleotideblast

Makeblastdb

Local parser

Outil drsquointerrogation de banques de donneacutees

Outil de creacuteation de banques de donneacutees

Outil de recherche drsquoinformations speacutecifiques

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Nucleotideblast Outil graphique drsquointerrogation de

banque de reacutefeacuterences

Figure Interface utilisateur pour lrsquooutil Blastn

- Possibiliteacute drsquoeffectuer des Blastn des MegaBlast ou DcBlast

- Les seacutequences peuvent ecirctre saisies ou attacheacutees

- Les banques de reacutefeacuterences sont inteacutegreacutees dans lrsquooutil sous la forme drsquoune

liste deacuteroulante

- Preacutesence drsquoun ensemble de paramegravetres geacuteneacuteraux et avanceacutes pour

optimiser le reacutesultat pourcentage drsquoidentiteacute du score du e-value

Figure Reacutesultats drsquoune requecircte sur la banque de donneacutees nucleacuteotidiques

- Les reacutesultats drsquoune requecircte sont afficheacutes sous la forme drsquoun

alignement

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statistiques sont de mecircme calculeacutes

Nucleotideblast Outil graphique drsquointerrogation de

banque de reacutefeacuterences

Makeblastdb Outil de creacuteation de banques de donneacutees

Locales

- Permet de construire une banque de reacutefeacuterence agrave partir drsquoun

ensemble de seacutequences de reacutefeacuterence deacutejagrave conccedilu ou a partir de

plusieurs fichiers preacutesents en local

- Lrsquooutil supporte des formats de stockage de type gk fasta et

plusieurs autre

Figure interface utilisateur pour la mise en place drsquoune banque de donneacutees de reacutefeacuterence

Local parser Outil de recherche drsquoinformations

speacutecifiques

- Possibiliteacute de filtrage permettant de reacutecupeacuterer les seacutequences de

gegravenes drsquointeacuterecirct

- Le parser prend en charge une sortie blast au format XML ou

ASCII (Txt)

Figure Reacutesultat drsquoun parsing sur des alignements produits par blast

Quelques difficulteacuteshellip Mais bientocirct reacutesolueshellip

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publiques

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Quelques exigences et perspectives

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utilisateurs

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communauteacute scientifique

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Objectif Former les eacutetudiants issus des Sciences du vivant (agronomie biologie

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sciences meacutedicales de linformatique ou des matheacutematiques aux besoins

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Poin

t F

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Poin

ts f

aible

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Garder la confidentialiteacute des reacutesultats en cours drsquoeacutetudes

utiliser ses propres banques de reacutefeacuterences

Minimiser le temps de calcul

Requecirctes ne sont reacutealisables qursquoen lignes de commande

requecirctes sont compileacutees puis exeacutecuteacutees

Pas de documention creacutedible pour maitriser lrsquooutil

Poin

t F

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s

Poin

ts f

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1- Lrsquointerface local est LIBRE drsquoaccegraves (Open Source) et elle sera

mise en ligne bientocirct

2- Interface web facile drsquoaccession- Mecircme aux novices

3- Permet drsquointerroger des banques geacutenomiques locales

4- Permet la creacuteation de banques de donneacutees locales (proteacuteiques

Nucleacuteiques)

5- Permet drsquointerroger des BD en Ligne via des sites tels que

NCBI

6- Parsing des sorties blast

7- Les Scripts sont exeacutecutables sur nrsquoimporte quel type de

plateforme (linux MS-DOS MacOs)

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utilisateurs

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communauteacute scientifique

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Nucleacuteiques)

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6- Parsing des sorties blast

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Nucleotideblast Outil graphique drsquointerrogation de

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Locales

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Local parser Outil de recherche drsquoinformations

speacutecifiques

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gegravenes drsquointeacuterecirct

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ASCII (Txt)

Figure Reacutesultat drsquoun parsing sur des alignements produits par blast

Quelques difficulteacuteshellip Mais bientocirct reacutesolueshellip

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communauteacute scientifique

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Objectif Former les eacutetudiants issus des Sciences du vivant (agronomie biologie

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sciences meacutedicales de linformatique ou des matheacutematiques aux besoins

speacutecifiques de la bioinformatique (modeacutelisation du vivant systegravemes

dinformation biologiques algorithmique deacutedieacutee analyse de seacutequences

et de geacutenomes preacutedictions structurales phylogeacutenie hellip ) tout en

renforccedilant les compeacutetences de leur profil initial

La formation sorganise en deux ans

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Dr Alban Mancheron albanmancheronlirmmfr

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une multitude de laboratoires de recherches se sont deacutetourneacutes des

outils en ligne optant ainsi pour une installation locale

Garder la confidentialiteacute des reacutesultats en cours drsquoeacutetudes

utiliser ses propres banques de reacutefeacuterences

Minimiser le temps de calcul

Requecirctes ne sont reacutealisables qursquoen lignes de commande

requecirctes sont compileacutees puis exeacutecuteacutees

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mise en ligne bientocirct

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3- Permet drsquointerroger des banques geacutenomiques locales

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Nucleacuteiques)

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6- Parsing des sorties blast

7- Les Scripts sont exeacutecutables sur nrsquoimporte quel type de

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Nucleacuteiques)

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Local parser Outil de recherche drsquoinformations

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gegravenes drsquointeacuterecirct

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optimiser le reacutesultat pourcentage drsquoidentiteacute du score du e-value

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- Les reacutesultats drsquoune requecircte sont afficheacutes sous la forme drsquoun

alignement

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Nucleotideblast Outil graphique drsquointerrogation de

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Makeblastdb Outil de creacuteation de banques de donneacutees

Locales

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Local parser Outil de recherche drsquoinformations

speacutecifiques

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gegravenes drsquointeacuterecirct

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ASCII (Txt)

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Quelques difficulteacuteshellip Mais bientocirct reacutesolueshellip

- Problegraveme de mises agrave jour automatiques des banques de donneacutees

publiques

- Problegraveme de stockage des donneacutees

Quelques exigences et perspectives

- Neacutecessiteacute drsquoinstallation de logiciels tiers

- Lrsquoensemble de ces outils sera disponible facilitant ainsi la tacircche des

utilisateurs

- Un manuel sera de mecircme mis agrave disposition

- Lrsquoensemble de notre code source sera bientocirct mis en ligne pour la

communauteacute scientifique

Local Web Gui for Blast

Objectif Former les eacutetudiants issus des Sciences du vivant (agronomie biologie

moleacuteculaire cellulaire physiologie animale et veacutegeacutetale biochimie) des

sciences meacutedicales de linformatique ou des matheacutematiques aux besoins

speacutecifiques de la bioinformatique (modeacutelisation du vivant systegravemes

dinformation biologiques algorithmique deacutedieacutee analyse de seacutequences

et de geacutenomes preacutedictions structurales phylogeacutenie hellip ) tout en

renforccedilant les compeacutetences de leur profil initial

La formation sorganise en deux ans

Contact

Pr Vincent Berry vberrylirmmfr

Dr Alban Mancheron albanmancheronlirmmfr

httpwww2lirmmfrBIM

Nucleotideblast Outil graphique drsquointerrogation de

banque de reacutefeacuterences

Figure Interface utilisateur pour lrsquooutil Blastn

- Possibiliteacute drsquoeffectuer des Blastn des MegaBlast ou DcBlast

- Les seacutequences peuvent ecirctre saisies ou attacheacutees

- Les banques de reacutefeacuterences sont inteacutegreacutees dans lrsquooutil sous la forme drsquoune

liste deacuteroulante

- Preacutesence drsquoun ensemble de paramegravetres geacuteneacuteraux et avanceacutes pour

optimiser le reacutesultat pourcentage drsquoidentiteacute du score du e-value

Figure Reacutesultats drsquoune requecircte sur la banque de donneacutees nucleacuteotidiques

- Les reacutesultats drsquoune requecircte sont afficheacutes sous la forme drsquoun

alignement

- Un score de qualiteacute un pourcentage drsquoidentiteacute et des donneacutees

statistiques sont de mecircme calculeacutes

Nucleotideblast Outil graphique drsquointerrogation de

banque de reacutefeacuterences

Makeblastdb Outil de creacuteation de banques de donneacutees

Locales

- Permet de construire une banque de reacutefeacuterence agrave partir drsquoun

ensemble de seacutequences de reacutefeacuterence deacutejagrave conccedilu ou a partir de

plusieurs fichiers preacutesents en local

- Lrsquooutil supporte des formats de stockage de type gk fasta et

plusieurs autre

Figure interface utilisateur pour la mise en place drsquoune banque de donneacutees de reacutefeacuterence

Local parser Outil de recherche drsquoinformations

speacutecifiques

- Possibiliteacute de filtrage permettant de reacutecupeacuterer les seacutequences de

gegravenes drsquointeacuterecirct

- Le parser prend en charge une sortie blast au format XML ou

ASCII (Txt)

Figure Reacutesultat drsquoun parsing sur des alignements produits par blast

Quelques difficulteacuteshellip Mais bientocirct reacutesolueshellip

- Problegraveme de mises agrave jour automatiques des banques de donneacutees

publiques

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plusieurs fichiers preacutesents en local

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plusieurs autre

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gegravenes drsquointeacuterecirct

- Le parser prend en charge une sortie blast au format XML ou

ASCII (Txt)

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Lrsquouniversiteacute Montpellier II repreacutesenteacute par Mr Le directeur Gilles Halbout

Mr Le-Guennec

Nos enseignants du Master BIM et les responsables de cette formation

Et tous ceux qui ont contribueacutes de pregraves ou de loin agrave lrsquoavancement de ce projet

Remerciements

Contact

Fida Khater fidakhaterhotmailcom

Abdoulaziz Moussa abdoulazizmoussahotmailfr