thalassemiastaff.unila.ac.id/priyambodo/files/2016/03/pcr-sscp-sebagai-penanda... · journal of...

23
www.thalassemia.org www.thalassemia.org www.medimagazin.com.tr

Upload: lythuy

Post on 28-Apr-2019

217 views

Category:

Documents


0 download

TRANSCRIPT

Page 1: thalassemiastaff.unila.ac.id/priyambodo/files/2016/03/PCR-SSCP-SEBAGAI-PENANDA... · Journal of Animal Science. 74: 2904-2906. Nussbaum, Robert L., McInnes, RR, Willard, HF. 2001

www.thalassemia.org

www.thalassemia.org

www.medimagazin.com.tr

Page 2: thalassemiastaff.unila.ac.id/priyambodo/files/2016/03/PCR-SSCP-SEBAGAI-PENANDA... · Journal of Animal Science. 74: 2904-2906. Nussbaum, Robert L., McInnes, RR, Willard, HF. 2001

YTI/POPTI

Page 3: thalassemiastaff.unila.ac.id/priyambodo/files/2016/03/PCR-SSCP-SEBAGAI-PENANDA... · Journal of Animal Science. 74: 2904-2906. Nussbaum, Robert L., McInnes, RR, Willard, HF. 2001

Thalassemia

Mutasi gen penyandi rantai globin

Kromosom 16 Kromosom 11

α-thalassemia β-thalassemia

Kelainan herediter

Autosomal Resesif

Gen HBA Gen HBB

Reduksi atau tidak adanya sintesis rantai globin (Hoffbrand et al., 2006)

(Galanello, 2012)

(Galanello & Origa, 2010)

(Galanello, 2012)

Page 4: thalassemiastaff.unila.ac.id/priyambodo/files/2016/03/PCR-SSCP-SEBAGAI-PENANDA... · Journal of Animal Science. 74: 2904-2906. Nussbaum, Robert L., McInnes, RR, Willard, HF. 2001

Thalassemia di Indonesia

Setiap tahun ada penyandang baru

Pembawa sifat 3-10 %

Asymptomatic

Kelainan bawaan lahir

Dapat dicegah dan dikontrol

Strategi Global WHO

Page 5: thalassemiastaff.unila.ac.id/priyambodo/files/2016/03/PCR-SSCP-SEBAGAI-PENANDA... · Journal of Animal Science. 74: 2904-2906. Nussbaum, Robert L., McInnes, RR, Willard, HF. 2001

Strategi global World Health Organization

Analisis Hematologi Analisis Molekular

Skrining Pembawa Sifat Thalassemia

PCR-SSCP Sekuensing

Page 6: thalassemiastaff.unila.ac.id/priyambodo/files/2016/03/PCR-SSCP-SEBAGAI-PENANDA... · Journal of Animal Science. 74: 2904-2906. Nussbaum, Robert L., McInnes, RR, Willard, HF. 2001

RUMUSAN MASALAH 1. Bagaimana profil elektroforegram individu terduga pembawa sifat

β-thalassemia? 2. Bagaimana perbandingan antara hasil uji hematologis dengan hasil

PCR-SSCP pada individu terduga pembawa sifat β-thalassemia? 3. Apakah hasil deteksi mutasi dengan PCR-SSCP dapat dikonfirmasi

dengan sekuensing DNA?

TUJUAN 1. Mendeskripsikan profil elektroforegram individu terduga

pembawa sifat β-thalassemia. 2. Membandingkan hasil uji hematologis dengan hasil PCR-SSCP pada

individu terduga pembawa sifat β-thalassemia. 3. Melakukan konfirmasi hasil PCR-SSCP dengan sekuensing DNA.

Page 7: thalassemiastaff.unila.ac.id/priyambodo/files/2016/03/PCR-SSCP-SEBAGAI-PENANDA... · Journal of Animal Science. 74: 2904-2906. Nussbaum, Robert L., McInnes, RR, Willard, HF. 2001

1. Memberikan dukungan terhadap data uji hematologis terkait penentuan status pembawa sifat β-thalassemia.

2. Memberikan informasi letak mutasi gen HBB pada pembawa sifat β-thalassemia.

3. Memberikan rekomendasi untuk dilakukannya identifikasi jenis mutasi berdasarkan letak mutasi yang telah diketahui dengan metode PCR-SSCP.

Page 8: thalassemiastaff.unila.ac.id/priyambodo/files/2016/03/PCR-SSCP-SEBAGAI-PENANDA... · Journal of Animal Science. 74: 2904-2906. Nussbaum, Robert L., McInnes, RR, Willard, HF. 2001

Skrining Thalassemia

Analisis hasil uji hematologi

Suspect carrier β-thalassemia

Confirmatory test

Profil Hematologis [CBC, Indeks Korpuskular, Analisis Hb,

Gambaran darah tepi, HPLC]

Page 9: thalassemiastaff.unila.ac.id/priyambodo/files/2016/03/PCR-SSCP-SEBAGAI-PENANDA... · Journal of Animal Science. 74: 2904-2906. Nussbaum, Robert L., McInnes, RR, Willard, HF. 2001

Confirmatory test

Isolasi dan amplifikasi 4 daerah Gen HBB

Analisis PCR-SSCP

Konfirmasi salah hasil PCR-SSCP dengan sekuensing DNA

Analisis subjek penelitian berdasarkan kriteria inklusi dan eksklusi

Page 10: thalassemiastaff.unila.ac.id/priyambodo/files/2016/03/PCR-SSCP-SEBAGAI-PENANDA... · Journal of Animal Science. 74: 2904-2906. Nussbaum, Robert L., McInnes, RR, Willard, HF. 2001

Lokasi penempelan primer (Gupta & Argawal, 2003)

Page 11: thalassemiastaff.unila.ac.id/priyambodo/files/2016/03/PCR-SSCP-SEBAGAI-PENANDA... · Journal of Animal Science. 74: 2904-2906. Nussbaum, Robert L., McInnes, RR, Willard, HF. 2001

Parameter Carrier Alfa Carrier Beta Carrier HbE

Hematologi Rutin

Hemoglobin Rendah Rendah Rendah

Eritrosit Tinggi/Normal Tinggi/Normal Tinggi/Normal

Nilai-nilai MC

MCV Rendah Rendah Rendah

MCH Rendah Rendah Rendah

Gambaran darah tepi

Eritrosit Bukan “Normositik, Normokromik”

Bukan “Normositik, Normokromik”

Bukan “Normositik, Normokromik”

Analisa Hb

HbA2 Dalam kisaran normal 3,6 < x < 13 > 13

Badan Inklusi HbH

Ada/Tidak ada Tidak ada Tidak ada

Page 12: thalassemiastaff.unila.ac.id/priyambodo/files/2016/03/PCR-SSCP-SEBAGAI-PENANDA... · Journal of Animal Science. 74: 2904-2906. Nussbaum, Robert L., McInnes, RR, Willard, HF. 2001

Skrining Thalassemia

21 terduga pembawa sifat β-thalassemia

29 terduga pembawa sifat HbE

47 (2012) + 49 (2013) = 96 peserta skrining

18 terduga pembawa sifat α-thalassemia

Page 13: thalassemiastaff.unila.ac.id/priyambodo/files/2016/03/PCR-SSCP-SEBAGAI-PENANDA... · Journal of Animal Science. 74: 2904-2906. Nussbaum, Robert L., McInnes, RR, Willard, HF. 2001
Page 14: thalassemiastaff.unila.ac.id/priyambodo/files/2016/03/PCR-SSCP-SEBAGAI-PENANDA... · Journal of Animal Science. 74: 2904-2906. Nussbaum, Robert L., McInnes, RR, Willard, HF. 2001
Page 15: thalassemiastaff.unila.ac.id/priyambodo/files/2016/03/PCR-SSCP-SEBAGAI-PENANDA... · Journal of Animal Science. 74: 2904-2906. Nussbaum, Robert L., McInnes, RR, Willard, HF. 2001
Page 16: thalassemiastaff.unila.ac.id/priyambodo/files/2016/03/PCR-SSCP-SEBAGAI-PENANDA... · Journal of Animal Science. 74: 2904-2906. Nussbaum, Robert L., McInnes, RR, Willard, HF. 2001
Page 17: thalassemiastaff.unila.ac.id/priyambodo/files/2016/03/PCR-SSCP-SEBAGAI-PENANDA... · Journal of Animal Science. 74: 2904-2906. Nussbaum, Robert L., McInnes, RR, Willard, HF. 2001

Rekapitulasi ada/tidaknya mutasi

Keterangan: Daerah: daerah pada gen HBB yang dilekati primer K1-K2: Kontrol P1-P21: Individu terduga β-thalassemia berdasarkan uji hemtologi

Rekapitulasi: Tidak termutasi pada empat daerah pada gen HBB : 5 individu Termutasi pada satu daerah pada gen HBB : 9 individu Termutasi pada dua daerah pada gen HBB : 8 individu Termutasi pada tiga daerah pada gen HBB : 1 individu Termutasi pada empat daerah pada gen HBB : 0 individu

Page 18: thalassemiastaff.unila.ac.id/priyambodo/files/2016/03/PCR-SSCP-SEBAGAI-PENANDA... · Journal of Animal Science. 74: 2904-2906. Nussbaum, Robert L., McInnes, RR, Willard, HF. 2001

Perbandingan Uji Hematologis dan PCR-SSCP

TIDAK TERKONFIRMASI

K2 P1 P2

P11 P12

Page 19: thalassemiastaff.unila.ac.id/priyambodo/files/2016/03/PCR-SSCP-SEBAGAI-PENANDA... · Journal of Animal Science. 74: 2904-2906. Nussbaum, Robert L., McInnes, RR, Willard, HF. 2001

Hasil Sekuensing DNA Daerah I – P16

Perbandingan sekuen daerah I gen HBB pada alel wild type (a) dan heterozigot (b)

Page 20: thalassemiastaff.unila.ac.id/priyambodo/files/2016/03/PCR-SSCP-SEBAGAI-PENANDA... · Journal of Animal Science. 74: 2904-2906. Nussbaum, Robert L., McInnes, RR, Willard, HF. 2001

Diagram silsilah

Page 21: thalassemiastaff.unila.ac.id/priyambodo/files/2016/03/PCR-SSCP-SEBAGAI-PENANDA... · Journal of Animal Science. 74: 2904-2906. Nussbaum, Robert L., McInnes, RR, Willard, HF. 2001

1. Individu dengan status pembawa sifat β-thalassemia berdasarkan uji hematologi menunjukkan pola elektroferogram berbeda dengan individu normal, kecuali pada subjek penelitian P1, P2, P11 dan P12.

2. Individu dengan status pembawa sifat β-thalassemia berdasarkan uji hematologi dapat dikonfirmasi dengan metode polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism (PCR-SSCP) kecuali individu K2, P1, P2, P11 dan P12.

3. Individu dengan status pembawa sifat β-thalassemia berdasarkan uji PCR-SSCP dapat dikonfirmasi dengan menggunakan sekuensing DNA.

Simpulan

Page 22: thalassemiastaff.unila.ac.id/priyambodo/files/2016/03/PCR-SSCP-SEBAGAI-PENANDA... · Journal of Animal Science. 74: 2904-2906. Nussbaum, Robert L., McInnes, RR, Willard, HF. 2001

1. Parameter gambaran darah tepi perlu diperhatikan dalam penentuan status pembawa sifat β-thalassemia.

2. Perlu dilakukan PCR-SSCP pada daerah lain di gen HBB pada subjek penelitian yang belum diketahui letak mutasinya.

3. Perlu dilakukan skrining thalassemia bagi kerabat dekat subjek penelitian yang telah diketahui status pembawa sifat β-thalassemia sehingga dapat disusun diagram silsilah dengan lengkap.

Saran

Page 23: thalassemiastaff.unila.ac.id/priyambodo/files/2016/03/PCR-SSCP-SEBAGAI-PENANDA... · Journal of Animal Science. 74: 2904-2906. Nussbaum, Robert L., McInnes, RR, Willard, HF. 2001

Anonymous. 2010. Pencegahan Thalassemia (Hasil Kajian HTA Tahun 2009). Dirjen Bina Pelayanan Medik, Kementerian Kesehatan Republik Indonesia, Jakarta.

Ansari, SH. & Shamsi, TS. 2010. Thalassemia Prevention Programme. Karachi: National Institute of Blood Disease and Bone Marrow Transplantation.

Calzolari, R., McMorrow, T., Yannoutsos, N., Langeveld, A., Grosveld, F. 1999. Deletion of a Region that is a Candidate for the Difference between the Deletion Forms of Hereditary Persistence of Fetal Hemoglobin and δβ-thalassemia Affets β-Globin Gene but not γ-Globin Gene Expression. European Molecular Biology Organization 18(4): 949 – 958.

Galanello, R. & Origa, R. 2010. Beta Thalassemia. Orphanet Journal of Rare Diseases. 5 (1): 1-15. Galanello, R. 2012. Recent Advances in the Molecular Understanding of Non-Transfusion-Dependent Thalassemia.

Blood Rev. 26S: S7-S11. Gupta, A. & Agarwal, S. 2003. Efficiency and Cost Effectiveness: PAGE-SSCP versus MDE and Phast gels for

Identification of Unknown β-Thalassaemia Mutations. J Clin Pathol: Mol. Pathol, 56: 237-239. Hoffbrand, A.V., Pettit, J.E., Moss, P.A.H. 2006. Essential Haematology Fifth Edition. Massachusetts: Blackwell

Science, Inc. Konstantinos KV., Panadiotis, P., Antonios, VT., Agelos, P., Argiris, NV. 2007. PCR-SSCP: A Method fot the Molecular

Analysis for Genetic Diseases. Mol biotechnol 38: 155-163. Lanni, F. 2002. Heterogenitas Molekular Gena Globin-β di Indonesia: Kaitannya dengan Pola Penyebaran

Thalassemia-β serta Afinitas Genetik antar Populasi di Indonesia. Disertasi, tidak diterbitkan. UGM. Yogyakarta. Martini, FH., Timmons, MJ., Tallitsch, RR. 2012. Human Anatomy Seventh Edition. London: Benjamin Cummings. McPherson, M.J. & Møller, S.G. 2006. PCR: The Basics. 2nd edition. Taylor & Francis Group. New York, pp: 9-29. Nakajima, E., Matsumoto, T., Yamada, R., Kawakami, K., Takeda, K., Ohnishi, A., Komatsu, M. 1996. Technical Note:

Use of A PCR-Single Strand Conformation Polymorphism (PCR-SSCP) for Detection of a Point Mutation in the Swine Ryanodine Receptor (RYR1) Gene. Journal of Animal Science. 74: 2904-2906.

Nussbaum, Robert L., McInnes, RR, Willard, HF. 2001. Thompson & Thompson Genetics in Medicine Sixth Edition. Philadelphia: W.B. Saunders Company.

Piomelli, Sergio & Yachnin, Stanley. 1985. Current Topics in Hematology Volume 5. New York: Alan R. Liss, Inc. Raut, AA., Kumar, A., Kala, SN., Chhokar, V., Rana, N., Beniwal, V., Jaglan, S., Samuchiwal, S.K., Singh, J.K.,

Mishra, A.. 2012. Identification of Novel Single Nucleotide Polymorphisms in the DGAT1 Gene of Buffaloes by PCR-SSCP. Genetics and Molecular Biology, 35(3): 610- 613.

Weatherall, David. 2001. Thalassaemias. Encyclopedia of Life Sciences. Diakses 30 Maret 2013. Weatherall, D.J. & Clegg, J.B. 2001. Inherited Haemoglobin Disorders: An Increasing Global Health Problem. Public

Health Reviews. Bulletin of the World Health Organization 79: 704–712. http://www.ironhealthalliance.com/disease-states/thalassemia.jsp http://www.pathophys.org/thalassemia/