Работа с программой the swiss-pdbviewer
DESCRIPTION
Работа с программой The Swiss-PdbViewer. Работу выполнила студентка 5курса гр. ФФ07-14С Почебыт Н.П. Начало работы. Загрузка файлов. Меню File содержит следующие команды: Open PDB File Open mmcif File Open MOL File Import. Загрузка некоординатных файлов. Open Text File Run Script - PowerPoint PPT PresentationTRANSCRIPT
![Page 1: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/1.jpg)
Работа с программой The Swiss-PdbViewer
Работу выполнила студентка 5курса гр. ФФ07-14СПочебыт Н.П.
![Page 2: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/2.jpg)
Начало работы
Загрузка файлов
Меню File содержит следующие команды:
Open PDB File
Open mmcif File
Open MOL File
Import
![Page 3: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/3.jpg)
Загрузка некоординатных файлов
Open Text File
Run Script
Open Surface
Open ElectrostaticPotential Map
Open ElectronDensity Map
![Page 4: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/4.jpg)
Сохранение данных
Layer
Project
Save SelectedResidues
mmcif
молекулярные координаты
![Page 5: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/5.jpg)
Сохранение данныхнекоординатные файлы
Surface
ElectrostaticPotential
Sequence (FASTA)
Alignment
Ramachandran PlotValues
![Page 6: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/6.jpg)
Сохранение данныхизображения
Image
Stereo Image
POV3 Scene
Mega POV scene
![Page 7: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/7.jpg)
Закрытие программы The Swiss-PdbViewer
Discard
Close, Close All Layers
Exit
![Page 8: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/8.jpg)
Основные команды The Swiss-PdbViewer
![Page 9: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/9.jpg)
2. Перевод, масштабирование и вращение молекул
1. Центрирование молекул
Работа с инструментами
![Page 10: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/10.jpg)
3. Измерение расстояний между атомами
4. Измерение углов связей
![Page 11: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/11.jpg)
5. Измерение двухгранных углов
6. Выявление групп и атомов
![Page 12: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/12.jpg)
7. Отображение / выбор группы в радиусе взятого атома
8. Центрированный вид подобранного атома
![Page 13: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/13.jpg)
Работа с меню
Edit меню
Rename CurrentLayer
Rename SelectedHETATMs
Fix AtomsNomenclature
![Page 14: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/14.jpg)
Select меню1. Основной выбор
All
None
Inverse Selection
Visible groups
Pick on screen
Extend to other layers
Groups with same color as
![Page 15: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/15.jpg)
2. Выбор групп по типу
Ala (A) [...] Val (V)
G, A, T, C, U
HETATM
Solvent
SS-bonds
![Page 16: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/16.jpg)
3. Выбор групп по свойствам
Basic
Acidic
Polar
non-Polar
![Page 17: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/17.jpg)
4. Выбор групп по вторичной структуре
Helices
Strands
Coils
non-TRANS aa
aa with Phi/Psi out of Core Regions
aa with Phi/Psi out of Allowed Regions
![Page 18: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/18.jpg)
5. Выбор групп по относительным ссылки
aa identical to ref
aa similar to ref.
aa matching ref. structure
![Page 19: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/19.jpg)
6. Выбор групп по расстоянию
Neighbors of selected aa
Groups close to another chain
Groups close to another layer
![Page 20: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/20.jpg)
7. Выбор групп по структурным критериям
Accessible aa
aa Making Clashes
aa Making Clashes with Backbone
Sidechains lacking Proper H-bonds
Reconstructed amino-acids
![Page 21: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/21.jpg)
Display меню
1. Команда Views
Save
Reset
Delete
![Page 22: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/22.jpg)
2. Настройки стиля
Group Name
Atom Name
Atom Type
Atom Charge
Atom Code(GROMOS 96)
![Page 23: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/23.jpg)
Color меню
1. Первый блок
By CPK
By Type
By RMS
By B-Factor
By SecondaryStructure
By SecondaryStruct. Success.
![Page 24: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/24.jpg)
2. Второй блок
By Selection
By Layer
By Chain
![Page 25: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/25.jpg)
3. Третий блок
By Alignment Diversity
By Accessibility
By Threading Energy
By Force Field Energy
By Protein Problems
![Page 26: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/26.jpg)
4. Четвертый блок
By Other Color
By Backbone, Sidechain, Ribbon, Surface, Label Color
![Page 27: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/27.jpg)
Специальные команды
Просмотр файлов PDB
Навигация в текстовых файлах Ctrl +
Помощь
![Page 28: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/28.jpg)
Использование панели управления
Панель управления
![Page 29: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/29.jpg)
Изменение активного слоя
![Page 30: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/30.jpg)
Отображение поверхностей
VDW ::v
Accessible ::a
Molecular ::m
User ::u
![Page 31: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/31.jpg)
Окраска молекулы
Col В+S
Col B
Col S
Col R
Col L
Col U
![Page 32: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/32.jpg)
Просмотр / перемещение слоя
![Page 33: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/33.jpg)
![Page 34: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/34.jpg)
![Page 35: Работа с программой The Swiss-PdbViewer](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062309/56815467550346895dc2817f/html5/thumbnails/35.jpg)
Использование окна об информации слоев
Настройка изображения слоев
vis mov axis CA O H
Hbnd Hdst Side HOH cyc