swiss pdbviewer manual

Upload: anatoly-belostotsky

Post on 01-Jun-2018

233 views

Category:

Documents


3 download

TRANSCRIPT

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    1/145

    !""#$%"& ( )*" +&%,,-./0$%"&"1 

    2,"1 34%/"

    56 768

    *99#:;;&&&6"6?1@;,#/05;

    !""#$%"& ( )&%**+,-.$%"&"/ 0*"/ 10%-"6 +%AB" 9*"1" &=, = ,91?A@ /"C=A/ D?1 = #1%A9=0E" 5"1,%?A ?D = !""#$%"& 4,"1 @4%/"F &" /"B%/"/ 9? #1"#=1" 9*%, C=A4,B1%#9 9?B?C#E"C"A9, 9*" /?B4C"A9=9%?A =A/ 949?1%=E D?4A/ ?A 9*" &"0 ,%9"6 G" =1" =&=1" 9*=99*%, 4,"1 @4%/" %, ,9%EE %AB?C#E"9" %A ,?C" B*=#9"1,F 9*"1" =1" 1"D"1"AB", C%,,%A@F "9B6

    ,2"3*" 4"2# 0* 56 738" 54%* 0*"/ 10%-" 0*"902 96/ :60: HD >?4 D%A/ =A> "11?1, ?1 

    %AB?A,%,9"AB%",F ?1 >?4 /?AI9 D%A/ =A %C#?19=A9 #%"B" ?D %AD?1C=9%?AF #E"=," E"9 4,JA?&6

    )*" !""#$%"& )"=C

    3"A"5=F K7 +"#9"C0"1F LMMK

    3E=

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    2/145

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    3/145

    ;6%A@ G%A/?&,666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666KMHHH6 V09=%A%A@ ^"E#66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666KK

    H>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>@I

    H6 +=5%A@ !=9= 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666K7HH6 QE?,%A@ !""#$%"& 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66666KY

    J3*%= !""#$%"& ;6773>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>@K

    H6 2,%A@ 9*" !""#$%& 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666KZ=6 2,%A@ 9*" 9??E,6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666K8 06 2,%A@ 9*" C"A4,66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66666666666666666666666666666666666666666666666666 LKB6 +#"B%=E B?CC=A/,6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666L_

    HH6 2,%A@ 9*" '"()&"# +%(,# 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666L]2,%A@ 9*" -%.,&/ 0(1"/  G%A/?&6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666667Y

    C-L3>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>IM

    H6 G?1J%A@ ?A = [=>"166666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666678=6 `?/%D>%A@ B?CC=A/, 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666667_ 06 +"=1B*%A@ B?CC=A/, 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 666666666666666666666666666666666666666666666666666 YZB6 Q?C#49%A@ B?CC=A/, 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666TM/6 Q1>,9=EE?@1=#*%B B?CC=A/,6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666T_

    HH6 G?1J%A@ ?A = .1?a"B9 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666ZY=6 `"1@%A@ B?CC=A/,66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666Z8 06 +4#"1#?,%A@ B?CC=A/, 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66666666666666666666666666666666666666666666666666 Z_B6 RE%@AC"A9 B?CC=A/, 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666687

    N676261: O6-"2%>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>MK

    H6 [?=/%A@ \%E",666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666688HH6 3"A"1=9%A@ = `?/"E%[email protected]?a"B9 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6666666666666666666666666666666666666666666666 8]HHH6 +40C%99%A@ = `?/"E%[email protected]?a"B96666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666_7H$6 W5=E4=9%A@ =A/ HC#1?5%A@ 9*" ̀ ?/"E 66666666666666666666666666666666666666666666666 6666666666666666666666666666666666666666666 _Y

    !%*#23: O6-"* >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>> PK

    H6 b?A +9"1"?,B?#%B `?/",6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666_ZHH6 +9"1"?,B?#%B `?/", 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666__

    )"55%>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>G@

    H6 V5"15%"& 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6666666666666666666666 ]KHH6 +"99%A@ .1"D"1"AB",666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666]L

    C>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> @UI

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    4/145

    %% !""#$%"&`=A4=E

    H6 N"> `?/%D%"1,6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666KM7HH6 [%,9 ?D `"A4, 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666KMY

    C>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>@@U

    H6 2,%A@ +B1%#9, 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666KKMHH6 +B1%#9%A@ [=A@4=@" 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666KKM

    HHH6 [%,9 ?D Q?CC=A/,6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666KK7

    C>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>@IV

    H6 Q?AA"B966666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666K7LHH6 +"B?A/=1> ,914B941" /"9"B9%?A 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666K7LHHH6 `49=9%?A, 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 666666666666 K7LH$6 c4%E/%A@ E??#,6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666K77$6 `?E"B4E=1 ,41D=B", 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 K77$H6 WE"B91?,9=9%B #?9"A9%=E,666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666K77$HH6 WE"B91?A /"A,%9> C=#, 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666K7Y

    $HHH6 +?E5"A9 =BB",,%0%E%9>6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666K7YHd6 `=91%B", 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 666666666666 K7Td6 )*1"=/%A@ "A"1@> ; C"=A D?1B" #?9"A9%=E e..f 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666K7TdH6 \VOQW \HW[! WbWO3g e\\f6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666K7TdHH6 91=A,D?1C=9%?A C=91%B",666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666K7TdHHH6 O`+!66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66666666666666666 K7TdH$6 +"X4"AB" +%C%E=1%9>6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666K7T

    C

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    5/145

    ,/"93="

    C=8 `"1BS \"11", %A 9*" .1?9"%A +914B941" c%?%AD?1C=9%B, @1?4#?D 3E=

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    6/145

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    7/145

    ?EBDY!X;B?YE

    ?> Y$HD$?H[

    !""#$%"& ( 54" )&%**+,-.$%"&"/  e?1 ),!J$fF %, =A %A9"1=B9%5" C?E"B4E=1 @1=#*%B, #1?@1=C D?1 5%"&%A@ =A/ =A=E>U%A@ #1?9"%A =A/ A4BE"%B =B%/ ,914B941",6 HA B?C0%A=9%?A &%9* )&%**+O6-"2 e= ,"15"1 D?1 =49?C=9"/ B?C#=1=9%5" #1?9"%A C?/"E%A@ C=%A9=%A"/ =9 455#R\\&&&>"Q#3*:>6/1\*&%**76-f A"& #1?9"%A ,914B941", B=A =E,? 0" C?/"E"/6

    RAA"< T: 3E?,,=1>  #1?5%/", =A " D?1 !""#$%"& 9"1C%A?E?@>6 )? D=B%E%9=9"4A/"1,9=A/%A@ ?D 9*" D?EE?&%A@ B*=#9"1,F ,?C" ",,"A9%=E 9"1C, =1" %A91?/4B"/ *"1":

    R 762"=023/ =66/-% ,"5"1=E E=>"1,F =A/ 9*%, B?A,9%949", = #/6]"=56 G*"A &?1J%A@ ?A #1?a"B9,F 9*" E=>"1 9*=9 %, B411"A9E> @?5"1A"/ 0> 9*" '"()&"# +%(,#  %, B=EE"/ 9*" =0//" !""#$%"& &%A/?&F "=B* ?D &*%B* &%EE 0" D4EE> /",B1%0"/ E=9"16

    @ ! F/3#4%= &%"/ ?A 9*" 2&%3456 &%A/?&6

    V ! !"#$%"& ()#*& e,"" 8Mf

    B4%* 53.2"+2%8" &%

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    8/145

    !""#$%"&`=A4=EL

    )*"," E"9 >?4 =A=E>U" 9*" E?=/"/ C?E"B4E", =A/ 4," +&%,,-`?/"E %A B?C0%A=9%?A 9? C?/"E A"&,914B941",6

    A !  -).*%/ 0#1"/ &%"16O=C=B*=A/1=A #E?9, =1" 4,"/ 9? a4/@" 9*" X4=E%9> ?D = C?/"EF 0> D%A/%A@ 1",%/4", &*?,"B?AD?1C=9%?A=E =A@E", E%" ?49,%/" =EE?&"/ 1"@%?A,6

    2&%3456

    &%A/?&

    !""#$%& 

    `=%A&%A/?&,

    +#"B%D%B&%A/?&,

    !""# $%"& &6/8%

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    9/145

    Hb)OV!2Q)HVb 7

    M !  :;%1)7* )#9 !)?4 B?A91?E 9*" =##"=1=AB" ?D "E"B91?A /"A,%9> C=#, =A/"E"B91?,9=9%B #?9"A9%=E C=#,6

    G ! +*=$  &% 9"

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    10/145

    ?E)BCSS?EF !HH,$?H[

    ?> D HbX?DHOHEB) CE! ?E)BCSSCB?YE

    @U ! D"W0%/"7"0?=1/ *%@*E> 1"B?CC"A/"/6

    V#"A 3[em4%BJ!1=&7! A? E?A@"1 ,4##?19"/f

    [%A4< 2+ N">0?=1/67 0499?A C?4,"6

    [%A4< D?1 .Q e&%9* @E%0B-L6M ?1 *%@*"1f6.1"D"1=0E> O"/^=9dKKOZ &%9* =9 E"=,9 KZ0%9,6`W+R E%01=1%",6

    H1%<   MLF VB9=A" HOHd Z6< e#1"D"1=0E> Z6TfeHOHd T67 A? E?A@"1 ,4##?19"/f6

     78!9 :+"" RbbWd 7: ̂ RO!GROW OWm2HOW`Wb)+ D?1 *=1/&=1" ,9"1"? ,4##?196

    @@!

     ? &*"1" >?4 &=A9 ?A >?41 *=1/ /1%5"6 c" ,41" 9? C=%A9=%A 9*" /%1"B9?1>

    B?A9"A9 e,"" #?%A9, KT-LMf6 )? E=4AB* !""#$%"&F /?40E" BE%BJ 9*" =##E%B=9%?A %B?A e f6•  e6U%#f: )*" D%E" B=A 0" "6

    )*" D?EE?&%A@ ,9"#, 0f ( Df =1" ?#9%?A=E6

    .a !6&3//?(9,@3*>*% -""A B)$),)/* `V>AK O.a>

    )*%, ,9"# %, 4,"D4E %D >?4 %A9"A/ 9? /? ,9=A/=E?A" C?/"E%A@F ?1 D?1 9"=B*%A@ #41#?,",6 )? 0" =0E" 9? 4,"9*" E??# /=9=0=,"F #49 %9 %A9? 9*" :/);11:  /%1"B9?1> e,"" #?%A9 KTf6

    =a !6&6

    -a !6&

    )*%, ,9"# %, 4,"D4E 9? E"=1A *?& 9? 4," !""#$%"& 0> E??J%A@ =9 1"=E "

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    11/145

    Hb+)R[[Hb3 !WW.$HWG T

    !""#$%"& B=A ,"=1B* = ,"X4"AB" D?1 .OV+H)W #=99"1A,F %D >?4 /?&AE?=/ 9*" #=99"1A D%E"  3&"/5),6

    9a !6&?4 %A9"A/ 9? C=J" 1=>-91=B"/ %C=@", D1?C >?41 C?E"B4E",6

     78!9>•  Y#"?41 @1=#*%B B=1/ C=A4=E ?1 =,J >?41 @1=#*%B B=1/C=A4D=B941"1 D?1 ,4##?196 +9=A/=1/ V#"A3[ ![[, =1" =5=%E=0E" D1?C 9*" `%B1?,?D9 &"0 ,%9"*99#:;;&&&6C%B1?,?D96B?C6

    •  [%=67\6#""9 #1","A9 ?A>?41 ,>,9"Cf6 )*%, ,9"# %, ?#9%?A=EF 049 =EE?&, 1"A/"1%A@ A%B" %C=@",6

    .a !6&3//?(9,@3*>*% 

    )*" D?EE?&%A@ ,9"#, =1" ?#9%?A=E6

    =a !6&3//?(9,@3*>*% -""A B)$),)/* `I>AA O.a>

    )*%, ,9"# %, 4,"D4E %D >?4 %A9"A/ 9? /? ,9=A/=E?A" C?/"E%A@F ?1 D?1 9"=B*%A@ #41#?,",6 HD >?4 *=5" = #1?@1=C 9*=9 B=A " e,"" #?%A9 KTf6

    -a !6& %D >?4 %A9"A/ 9? C=J" 1=>-91=B"/ %C=@", D1?C >?41 C?E"B4E",6

     78!9 :HD >?41 01?&,"1 ,9=19, 9? /%,#E=> = E?9 ?D 9"6/1\*#-.L\  ?1 =A> ?D 9*" C%11?1 ,%9",

    C"A9%?A"/ 9*"1"6

    3a !6&

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    12/145

    !""#$%"&`=A4=EZ

    .a 53/ Q_9 *#-.LIK+S%53/>1_

    =a =- ),!J$d!?)BD?JXB?YE

    -a >\%*4

    )*" [%A4< 5"1,%?A %, = #?19 ?D 9*" `=B%A9?,* 5"1,%?A /?A" 4,%A@ = #1"E%C%A=1> 1"E"=," ?D [=9%94/" D?1 [%A4< J%A/E> C=/" =5=%E=0E" 0> `"91?&"1J, HAB6 G" &%,* 9? 9*=AJ N"5%A c4"9A"1 D?1 *%, ,4##?19F =A/31"@ 3=E=A?, D?1 =EE?&%A@ 4, 9? 1"E"=," = 5"1,%?A ?D !""#$%"& 9*=9 C=J", 4," ?D [=9%94/"6

     78!9 :RA "11?1 C%@*9 ?BB41 %A E?=/%A@ ,*=1"/ E%01=1%", #5$G,/%2-?4 B=A @"9 1??9 =BB",, 9? >?41 [%A4< 0?C0?E%B E%AJ, D1?C 9*"

    A"& E%01=1%", 9? 9*" ?E/ A=C",:

    2< +* \0*/\e@@DZ\2%.\2%.FS>*6>@>V>U \0*/\e@@DZ\2%.\2%.O"*3FS>*6>I

    2< +* \0*/\e@@DZ\2%.\2%.FSX>*6>@>V>U \0*/\e@@DZ\2%.\2%.O"*3FSX>*6>I

    =A/ 9*"A 14A \*.%6/1\*#-.L\  ?1 =A> ?D 9*" C%11?1 ,%9",

    C"A9%?A"/ 9*"1"6

    3a !6&M.V `*53.2" J"53 L"/*%6U O.a

    .a 1053/>1_ f 53/ Q9 ( 

    =a =- ),!J$d!?)BD?JXB?YE

    -a %*4

    ??> !HH,$?H[ !?DH;BYD?H)

    !"#"A/%A@ ?A &*"9*"1 >?4 %A,9=EE"/ 9*" ?#9%?A=E C=9"1%=E ?1 A?9F 9*" *#-.L 1??9-/%1"B9?1> &%EE B?A9=%A9*" D?EE?&%A@ /%1"B9?1%", =A/ ,40/%1"B9?1%",:

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    13/145

    Hb+)R[[Hb3 !WW.$HWG 8

    @K !  F/$;11F -%/"=56/:

    )*%, /%1"B9?1> B?A9=%A, D%E", 4,"/ 0> !""#$%"& %A9"1A=EE>F =A/ B=AA?9 0" =E9"1"/6

    @Z ! 9">#&")9  -%/"=56/:

    +9?1", =EE D%E", %C#?19"/ D1?C 9*" ,"15"1 =A/ ,*?4E/ 0" BE"=1"/ D1?C 9%C" 9? 9%C"6

    9">#&")9  -%/"=56/:

    g%2"* !"*=/%#5%6<

    l6#/0 D%E", .!c =A/ W 1"#?19, e,"" #?%A9 KMZfF .OV+H)W ,"=1B* 1",4E9,e,"" #?%A9 ]]fF =E%@AC"A9, e,"" #?%A9 KLKf6 RE9*?4@* %9, B?A9"A9 %, 4,4=EE> BE"=1"/ &*"A !""#$%"& %,BE?,"/F %9 C%@*9 0" A"B",,=1> 9? BE"=1 %9 D1?C 9%C" 9? 9%C"6

    @G ! $;$"%3)&  -%/"=56/:

    )*%, ,4##E"C"A9=1> /%1"B9?1> B?A9=%A, 9*" 949?1%=E =A/ =EE D%E", A""/"/ 9? 14A 9*" "

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    14/145

    !""#$%"&`=A4=E_

    VU ! ;/%/$;11  -%/"=56/:

    )*%, %, 9*" o2,"1p, ,94DDq /%1"B9?1>F &*%B* ,9?1", 9*" ,"99%A@, =A/ 9*" /"D=4E9 #1"D"1"AB",:

    ;/%/$;11  -%/"=56/:

    g%2"* !"*=/%#5%6<1"BD%E"6%A%: Q?A9=%A, 9*" D%5" E=,9 E?=/"/ D%E",

     #1?,%9"6/=9: Q?A9=%A, =EE .OV+H)W #=99"1A,6 )*" 4,"1 *=, 9? %A,9=EE 9*%, D%E" 0> 1"91%"5%A@ %9 D1?C 9*"W ,%9" e*99#:;;&&&6"6?1@;#1?,%9";f6

    !"D=4E96#1D Q?A9=%A, 9*" /"D=4E9 #1"D"1"AB", e,"" #?%A9 KYZf

    )0.-%/"=56/: !"*=/%#5%6<

    C=91%<   Q?A9=%A, =EE C=91%B", 9*=9 B=A 0" 4,"/ D?1 ,"X4"AB" =E%@AC"A9,F .R` LMM 0"%A@ 9*"/"D=4E9 C=91%< e,"" =AA"< KZLf6

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    15/145

    )53/5%%A@ ?#9%?A=E ?0a"B9, 0> E?=/%A@ C?E"B4E=1 ,41D=B",F "E"B91?,9=9%B #?9"A9%=E C=#, =A/ "E"B91?A/"A,%9> C=#, eC?E"B4E=1 ,41D=B", =A/ "E"B91?,9=9%B #?9"A9%=E C=#, B=A =E,? 0" B?C#49"/F ,"" #?%A9,KML =A/ KM7fF

    •  /%,#E=>%A@ 9*" 1"X4%1"/ &%A/?&,6

    REE 9*"," =B9%?A, B=A 0" =B*%"5"/ 0> 4,%A@ 9*"  I5#, =A/ J5(="K C"A4, ?D 9*" !""#$%& F =, " 

    SYC!?EF g?SH)

    V@ ! S63-% ,"E"B9%A@ %96

    83,( ??651 I5#,   !%,#E=>, = /%=E?@ 0?< 9*=9 =EE?&, E?=/%A@ =A CCQH\ D%E"6

    83,( G8- I5#,   !%,#E=>, = /%=E?@ 0?< 9*=9 =EE?&, E?=/%A@ = ̀ ?E"B4E=1 !",%@A [%C%9"/ `?E\%E" e`![`?E\%E"f6

     0?3"&)    !%,#E=>, = /%=E?@ 0?< 9*=9 =EE?&, /?%A@ ?A" ?D 9*" D?EE?&%A@:

    K- O"91%"5%A@ .!c D%E", D1?C = E?B=E /%1"B9?1>F 0> 9>#%A@ 9*" C?E"B4E" =BB",,%?A B?/" =A/,"E"B9%A@ 2&%$ 1&"? =5/E> +LM I5#,6

     78!9> )*" #=9* ?D 9*" E?B=E /%1"B9?1>F &*%B* %, 9*" /%1"B9?1> %A >?41 B?C#49"1 9*=9B?A9=%A, >?41 ?&A B?EE"B9%?A ?D .!c D%E",F A""/, 9? 0" ,#"B%D%"/ e,"" #?%A9 KZYf6

    L- O"91%"5%A@ .!cF +&%,,.1?9-,"X4"AB" =A/ +&%,,.1?9-9" 9>#%A@ 9*" C?E"B4E" =BB",,%?A B?/" ?1 %9, +&%,,.1?9%/"A9%D%B=9%?A =A/ ,"E"B9%A@ 9*" =##1?#1%=9" 0499?A 4A/"1 2&%$ 1&"? /,&D,&<

     78!9> )*" A"9&?1J ,"15"1 C4,9 0" B?AD%@41"/ e,"" #?%A9 KZ7f6

    7- N">&?1/ +"=1B* D?1 .!c ; W"/6 )? E?=/ = D%E" D1?C 9*" @%5"AE%,9F a4,9 BE%BJ %9, A=C" =##"=1%A@ %A 1"/6HD = .!c "A91> B?A9=%A, C?1" 9*=A ?A" B*=%AF ,"5"1=E W, 9? E?=/ C?E"B4E=1 B??1/%A=9" D%E", %ABE4/":

    ,23596/7 S63- 3 762"=023/ =66/-%

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    16/145

    !""#$%"&`=A4=EKM

    `=B /1=@@%A@ ?A" ?1 ,"5"1=E .!c D%E" %B?A, ?A9? 9*" +&%,,-./0$%"&"1 %B?A6 VAE> 5=E%/ D?1 .!c D%E",6

    [%A4< =A/ H1%< 9>#%A@ = B?CC=A/ E%A" =1@4C"A9F "6@6 st,#/05 #/0K6#/06

     78!9>`=BF [%A4< =A/ H1% "

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    17/145

    HbH)HR)Hb3 R !WW.$HWG +W++HVb KK

    VA ! !%*#23:% C=# ?1 =C?E"B4E=1 ,41D=B" &"1" E?=/"/ e?1 B?C#49"/F ,"" #?%A9 KMLf6 )? BE?," = &%A/?&F D?EE?& 9*" A?1C=E #1?B"/41" ?D 9*" ?#"1=9%A@ ,>,9"C6

    VK ! S%

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    18/145

    !""#$%"&`=A4=EKL

    VM ! Y.53% 9*" !""#$%"& o,#E=,*q ,B1""AF &%9* 9*" B411"A9 5"1,%?A ?D 9*" #1?@1=C =A/ = E%,9 ?D =49*?1,6

    VP ! Y.53%?41 B?C#49"1F #1?5%/"/ 9*=9>?4 *=5" /?&AE?=/"/ =A/ %A,9=EE"/ %9 %A >?41 /);11  /%1"B9?1> e,"" #?%A9 KTf6

    H/,& L,15(,= -5(E/   V#"A, >?41 &"0 01?&,"1 9? 9*" #=@" o4,"16*9Cq %A >?41 ;/&/);11  /%1"B9?1>F =A/ E"9,>?4 ,"9 >?41 D=5?1%9" E%AJ, 9? @? X4%BJE> &*"1" >?4 &=A9 ?A 9*" A"9F /%1"B9E> D1?C&%9*%A !""#$%"& e,"" #?%A9 LMf6

    IU ! X#-35% D%E",F =A/ &%EE=49?C=9%B=EE> /?&AE?=/ =A/ %A,9=EE 9*"C ?A >?41 B?C#49"16

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    19/145

    H?4 %A5?J" 9*"  9F5) B?CC=A/ e,"" #?%A9 7ZfF 0"D?1" "A/%A@ >?41 ,",,%?AF >?4 C%@*9 &=A9 9?:•  ,=5" >?41 /=9=F•  ,>,9"C=9%B=EE> BE?," >?41 D%E",6)*"," =B9%?A, B=A 0" =B*%"5"/ 0> 4,%A@ 9*" I5#, C"A4 ?D 9*" !""#$%& 6

    ?> )C$?EF !CBC

    +"E"B9 I5#,PC%D,: 9*%, B?CC=A/ ?DD"1, = ,40C"A4 9? ,=5" /=9= =A/ %C=@",6

    I@ ! )3L% =B9%5" E=>"1 %A .!c D?1C=96

    HA =//%9%?A 9? =9?C B??1/%A=9",F ,=5"/ /=9= %ABE4/" 9*" B411"A9 '"()&"# +%(,#  ,"99%A@,F9*" B411"A9 5%"& ?1%"A9=9%?AF 9*" 0=BJ@1?4A/ B?E?1F =A/ =A> =//"/ 0?A/,F " !""#$%"&f6

     +&"V,6)    +=5", =EE E=>"1, %A = ,%A@E" .!c D%E" e,"" #?%A9 KK7f6

    )*" ,=5"/ D%E" B?A9=%A, 9*" ,=C" /=9= =, =0?5"6 eV9*"1 #1?@1=C, ,*?4E/ 0" =0E" 9? 1"=/9*" =9?C B??1/%A=9",F 049 &%EE A?9 /%,9%A@4%,* 9*" /%DD"1"A9 E=>"1,f6

    C%D, C,#,6),=  N,/5=;,/

    +=5", 9*" B411"A9E> ,"E"B9"/ @1?4#, D1?C =EE E=>"1, 9? = .!c D%E"6

    ??651    +=5", = C?E"B4E=1 B??1/%A=9" D%E" 9? =A CCQH\ D%E"6 e)*%, D?1C=9 &%EE "5"A94=EE>1"#E=B" 9*" B411"A9 .!c D?1C=9f6

    IV ! )3L% =B9%5" E=>"16 g?4C4,9 D%1,9 ?#"A 9*" N%?%64%(=&%(  +#")  &%A/?& 9? B=EB4E=9" 9*" =A@E" 5=E4",6 )*" D%E"B?A9=%A,F D?1 "=B* 1",%/4"F 9*" E=>"1 A=C"F 9*" 7-E"99"1 1",%/4" A=C"F 9*" ,"B?A/=1>,914B941" 9>#" eI^IF I+I ?1 I IfF 9*" #"#9%/" /%*"/1=E 0?A/ =A@E" eω fF =A/ 9*" 0=BJ0?A"B?AD?1C=9%?A=E /%*"/1=E =A@E", (φ =A/ ϕ)6

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    20/145

    !""#$%"&`=A4=EKY

    II ! )3L% 9*" B411"A9E> =B9%5" E=>"16QE%BJ I5#,P'#"/, R## -%.,&/ 9? BE?," =EE E=>"1, =9 ?AB"6 )*%, B?CC=A/ %, ?AE> =B9%5" %D >?4 =1" &?1J%A@?A = #1?a"B9 e,"5"1=E E=>"1, &"1" E?=/"/f6

    IZ ! ;26*%

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    21/145

    J3*%= !""#$%"& ;6773 B=A 0" @1?4#"/ =BB?1/%A@ 9? 9*"%1 E?B=9%?A:

    S6=35%6< ;6773 @1?4#, =A/ =9?C, YZ

    !%,#E=>;,"E"B9 @1?4#, &%9*%A = /%,9=AB" ?D = #%BJ"/ =9?C Y8

       )  ?  ?   E  ,

    Q"A9"1 9*" C?/"E ?A = #%BJ"/ =9?C Y_

     9=5) B?CC=A/, W/%9 9*" %/"A9%D%B=9%?A ?D = C?E"B4E" Y]

    C,#,6) B?CC=A/,

    - =##E> 0=,%B ,"E"B9%?A,- ,"E"B9 @1?4#, 0> 9>#"- ,"E"B9 @1?4#, 0> #1?#"19>- ,"E"B9 @1?4#, 0> ,"B?A/=1> ,914B941"- ,"E"B9 @1?4#, &%9* 1",#"B9 9? = 1"D"1"AB"- ,"E"B9 @1?4#, 0> /%,9=AB"

    - ,"E"B9 @1?4#, 0> ,914B941=E B1%9"1%=

    TMTKTLT7TYTT

    TZ

     L5/3#%. B?CC=A/,

      - ,*?&;*%/" 5=1%?4, ?0a"B9,- ,"E"B9 5=1%?4, 5%"&, D?1 /%,#E=>%A@ = C?E"B4E"- ,"9 9*" ,9>E" ?D E=0"E, #E=B"/ 0> 9*" '"()&"# +%(,# - BE"=1 =EE E=0"E, #E=B"/ 0> 9*" 9??E,

    T8-T_T]ZMZK

       `

      "  A  4  ,

    '"#"& B?CC=A/, ["9 >?4 B?E?1 =EE ?1 #=19, ?D = C?E"B4E" 0> /%DD"1"A9 B1%9"1%= ZL-ZZ

    !%,#E=>, .!c D%E", ?1 ?#"A, 9"?4 B"A9"1 9*" C?/"E ?A = ,#"B%D%B @1?4#["9 >?4 ,"E"B9: - =EE @1?4#, 0"E?A@%A@ 9? = B*=%A

    - =EE @1?4#, 0"E?A@%A@ 9? = ,"B?A/=1> ,914B941""E"C"A9

    - ?A" ,%A@E" @1?4#- ,"5"1=E %A/%5%/4=E @1?4#,- =A %A9"15=E ?D @1?4#,

    8L878Y

    8T8Z88

     /4"K[/5=,[#%$#[&5$(   )?@@E" 9*" /%,#E=> ?D @1?4#, 8_-8]

    >>   )?@@E" 9*" /%,#E=> ?D ,41D=B", _M

    6"#    ["9, >?4 B?E?1 = C?E"B4E" =A/ =,,?B%=9"/ @1=#*%B ?0a"B9,e1%00?AF ,41D=B",f

    _K

    D5/[?"D   )?@@E", ?A =A/ ?DD 9*" /%,#E=> =A/ C?5"C"A9 ?D E=>"1, _L

    !"#$%"& 

     ()#*& 

       ^  "  =   /  "  1

    .1?5%/", *"E# ?A 9*" '"()&"# +%(,#    _7

    `=A=@", 9*" /%,#E=> ?D #1?a"B9, _T -).*%/

     0#1"/&%

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    22/145

    !""#$%"&`=A4=EKZ

    ?> X)?EF BNH + JJ-K26

    IP ! B4" +""&,)% 

    )*" )??E0=1 B?A9=%A, 9*" 9??E 0499?A, =A/ C"A4, ?D 9*" #1?@1=C:

    IG ! B4" 5662*

    R 9??E %, ,"E"B9"/ 0> BE%BJ%A@ %9, %B?A,6 )? /","E"B9 9??E, L 9? KMF "%9*"1 ,"E"B9 =A?9*"1 9??E ?1 #1",, W,B 9?=B9%5=9" 9*" 1?9=9%?A 9??E6

    \?1 "6

    )??E, T 9? _ =// E=0"E, ?A 9*" 2&%3456 &%A/?&6 )? 1"C?5" 9*?," E=0"E, ,"" #?%A9 ZK6

    AU ! B4" 7"

    `",,=@" ,#=B": 9*%, %, D?1 #1?5%/%A@%A,914B9%?A, D?1 9*" 4," ?D 9*" 9??E,F =,&"EE =, D?1 /%,#E=>%A@ %AD?1C=9%?A6

    ^"E# %B?A: BE%BJ %9 9? ?09=%A*"E# ?A 9*" !""#$%& 6

    B662*

    .!c D%E" %B?A: BE%BJ %9 9?/%,#E=> 9*" .!c D%E" ?D 9*" B411"A9E> =B9%5" E=>"16

     

    K L 7 Y T Z 8 _ ] KM KK KL K7

    !""# $%"& 5662*>R =B9%5" 9??E =##"=1, %A%A5"1," 5%/"?6

    )??E, D?1 0=,%BD4AB9%?A,6

    )??E, D?1 =/5=AB"/D4AB9%?A,6

    `"A4, B?A9=%A%A@ B?CC=A/,D?1 .3*%= 90

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    23/145

    cR+HQ !WW.$HWG QV``Rb!+ K8

    3> X*% 4,%A@ 9*" j^?C"j J"> e?0E%X4" =11?& ?A`=Bf ?1 9*" x J">6

    AV ! B/3 B>BE", 9*1?4@* 9*" 9*1"" B?CC=A/, D1?C 1%@*9 9? E"D96

    [%A4 B?A91?E 9*" C?E"B4E" C?9%?A &%9* 9*" 9*1"" C?4," 0499?A,6

    G%A/?&,: 4," 9*" E"D9 C?4," 0499?A 9? 1?9=9" = C?E"B4E"F 9*" 1%@*9 0499?A 9? 91=A,E=9" %9F =A/ 0?9* 0499?A,9? U??C %9F #1?5%/"/ 9*=9 9*" 1?9=9" 0499?A %, ,"E"B9"/ eC=##"/ ?A 9*" E"D9 C?4," 0499?Af6 H9 %, 9*"1"D?1",4@@",9"/ 9? E"=5" 9*" 1?9=9" 0499?A ,"E"B9"/ #"1C=A"A9E>F ,? 9*=9 %9 %, #?,,%0E" 9? D4EE> B?A91?E 9*"C?E"B4E" C?9%?A &%9* 9*" 9&? C?4," 0499?A,6

    G*"A "%9*"1 9*" 91=A,E=9" ?1 9*" 1?9=9" 9??E, =1" =B9%5"F 9*" ,"E"B9"/ C?5"C"A9 B=A 0" B?A,91=%A"/ =0?49?1 =E?A@ 9*" dF gF ?1 n ="1 &%EE 0" =E9"1"/:

    )&%5=4 9/67 E"

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    24/145

    !""#$%"&`=A4=EK_

    AI ! O"3*0/%

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    25/145

    cR+HQ !WW.$HWG QV``Rb!+ K]

    AA ! O"3*0/%"/?A 9*" C",,=@" ,#=B"6

    •  QE%BJ 9*" 0499?A &*%E" *?E/%A@ Q91E =A/F D?EE?&%A@ 9*" %A,914B9%?A, 9*=9 =##"=1 %A 9*" C",,=@" ,#=B" 0"E?& 9*" 9??E0=1F #%BJ Y =9?C,6 )*" 9?1,%?A =A@E" ?D 9*" D?41 =9?C, %, /%,#E=>"/ ?A 9*" C",,=@",#=B"6

    AZ ! ?-"

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    26/145

    !""#$%"&`=A4=ELM

    AM ! !%*#23:%, @1?4#, ?A 9*" 2&%3456 K5(="K 9*=9 =1"&%9*%A 9*" "A9"1"/ /%,9=AB" ?D 9*" #%BJ"/ =9?C6

    - +"E"B9, @1?4#, ?A 9*" '"()&"# +%(,#  &%A/?& 9*=9=1" &%9*%A 9*" "A9"1"/ /%,9=AB" ?D 9*" #%BJ"/ =9?CF

    R//, 9? = #1"5%?4, ,"E"B9%?A 9*?," @1?4#, 9*=9 =1"&%9*%A 9*" "A9"1"/ /%,9=AB" ?D 9*" #%BJ"/ =9?C6

    WA9"1 *"1" 9*" /%,9=AB"6

    HD C?1" 9*=A ?A" E=>"1 &=, E?=/"/F 9*" L5/3#%. N%=5;/ /%=E?@ 0?< E"9, >?4 "A=0E";/%,=0E"=##E%B=9%?A ?D 9*" 9??E 9? =EE E=>"1,6

    !%*#23: D3-%0* -%3261 .6Q>

    ?-""1 A=C"

    =C%A?=B%/

    =9?C9>#"

    F U =9?CB??1/%A=9",

    =9?Cc-D=B9?1 

    +"E"B9"/ 9??E6

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    27/145

    cR+HQ !WW.$HWG QV``Rb!+ LK

    .> X*%"1F =A/ B*=A@%A@ 9*" B*=%A %/"A9%D%"1 ?D ,"E"B9"/ =C%A? =B%/, =, &"EE =,1"A4C0"1%A@ 9*"C e,"" D%@41" 0"E?&f6

     N,(%?, C,#,6),=  Q9!R!G/

    !%,#E=>, 9*" N,(%?, Q9!R!G/ /%=E?@ 0? C?/"E%A@fF ?1 D%E", 9*=9*=5" 0""A "A"1@> C%A%C%U"/ &%9* ""9f6

     

     6*#)5* -).*% !"5A"#*#$/ 3"1F- 9*" B*=%A H! ?D ,"E"B9"/ @1?4#,6

    \%"E/ D?1 1"A4C0"1%A@ ,"E"B9"/@1?4#,<

    \%"E/ D?1 1"A=C%A@ 9*" ,"E"B9"/^W)R)`6

    \%"E/ D?1 1"A4C0"1%A@ 9*"=9?C, 0"E?A@%A@ 9? 9*" ,"E"B9"/^W)R)` eD?41 B*=1=B9"1, #"1 =9?CF =, %A .!c D%E",f6

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    28/145

    !""#$%"&`=A4=ELL

    \?1 "

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    29/145

    cR+HQ !WW.$HWG QV``Rb!+ L7

    K@ ! )"2"=5%, = ,40C"A4 9? ,"E"B9 @1?4#, 0> 9>#":

     :*&*7$ID%";A P3#9 =6773 ,91=A/ ej,j %A '"()&"# +%(,# &%A/?&f6

    '"5#/   REE 1",%/4", ?D =A> B?%E 0"9&""A 9&? ,#"B%D%B ,"B?A/=1> ,914B941" "E"C"A9, ej j %A '"()&"#  +%(,#  &%A/?&f6 W5"A A?A-=C%A? =B%/ @1?4#, =1" ,"E"B9"/6

    ("(S!NR7C %%   O",%/4", &%9* 65/S ?1 /%,9?19"/ #"#9%/" 0?A/,6

    %% K5)4 +45[+/5 ";) "1 '"&, N,@5"(/

    O",%/4", ?49,%/" ?D 9*" B?CC?A αF βF =A/ α[ B?1" 1"@%?A, e,"" #?%A9 ]7F N%?%64%(=&%( +#") F uvf6

    %% K5)4 +45[+/5 ";) 

    "1 R##"K,= N,@5"(/O",%/4", &%9* 4A4,4=E φ =A/;?1 ϕ 5=E4",6 \"& 1",%/4", ,*?4E/ 0" *"1"F "

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    30/145

    !""#$%"&`=A4=ELY

    g?4 B=A ,"E"B9 =A %A/%5%/4=E ,"B?A/=1> ,914B941" 0> BE%BJ%A@ ?A = j*jF j,j ?1 j j %A 9*" ,"B?A/ B?E4CA4A/"1 9*" @&";3 *"=/"1 ?D 9*" '"()&"# +%(,#  e,"" #?%A9 8Yf6

    KA ! )"2"=5% B?A,"15"/ 0"9&""A 9*" B411"A9E> =B9%5" E=>"1 =A/ 9*"1"D"1"AB" E=>"1 eD%1,9 E?=/"/f6

    %% /5?5#%& )" &,1<   +"E"B9, ,%C%E=1 1",%/4", 0"9&""A 9*" B411"A9E> =B9%5" E=>"1 =A/ 9*" 1"D"1"AB" E=>"1 eD%1,9E?=/"/f6 c> /"D=4E9F 9*" .R` LMM C=91%< &%EE 0" 4,"/F =A/ 9*" C%A%C4C ,B?1" A""/"/ 9? 0"B?A,%/"1"/ ,%C%E=1 B=A 0" C?/%D%"/ %A +&,1,&,(6,/PR#5@(?,() e,"" #?%A9 KZL Y<

    %% ?%)645(@ &,1< /)&;6);&,

    +"E"B9, 1",%/4", ?D 9*" B411"A9E> =B9%5" E=>"1 &*?," 0=BJ0?A" *=, = O`+ /"5%=9%?A 9? 9*"1"D"1"AB" E=>"1 %AD"1%?1 ?1 "X4=E 9? = B"19=%A 9*1",*?E/6

    KK ! )"2"=5% /",B1%0"/  L5/3#%. N%=5;/ /%=E?@ 0?< e,"" #?%A9Y8fF &*%B* =EE?&, ,"E"B9%A@ @1?4#, ?A 9*" '"()&"# +%(,# F ?1 /%,#E=>%A@ @1?4#, ?A 9*" 2&%3456 &%A/?&F&%9*%A = /%,9=AB" 9*=9 >?4 B=A ,#"B%D>6 )*" /%=E?@ E"9, >?4 "F =A/ %ABE4/", =A ?#9%?A 9? =B9 ?A =EE E=>"1,6

     :*&*7$ 7" =9?C ?D ,"E"B9"/ @1?4#,6

    2&";3/ 6#"/, )"%(")4,& 64%5( +"E"B9,;/%,#E=>, =A> @1?4# 9*=9 %, A"=1 =A> ?9*"1 @1?4# &%9* = /%DD"1"A9 B*=%A H!6 )*%,B?CC=A/ %, 4,"D4E 9? *%@*E%@*9 1",%/4", =9 9*" %A9"1D=B" ?D 9&? B*=%A,6

    2&";3/ 6#"/, )"%(")4,& #%.,& 

    +"E"B9,;/%,#E=>, =A> @1?4# 9*=9 %, A"=1 =A> ?9*"1 @1?4# D1?C = /%DD"1"A9 E=>"16 H9 =##E%", 9? =EEE=>"1,F =A/ %, 4,"D4E &*"A %A9"1=B9%A@ B*=%A, *=5" 0""A E?=/"/ %A9? ,"#=1=9" E=>"1,6

    KZ ! )"2"=5%?4&%EE 0" #1?C#9"/ D?1 %A = /%=E?@6

    %% G%E5(@ 

    '#%/4,/

    +"E"B9, 1",%/4", &%9* =9?C, 9?? BE?," 9? =9?C, ?D ?9*"1 1",%/4",6 +%AB" 5=A /"1 G==E, 1=/%%=1" A?9 =,,%@A"/ &*"A D%E", =1" E?=/"/F !""#$%"& E??J, D?1 =9?C, 9*=9 =1" BE?,"1 9*=A 9*"C%A%C=E ^-0?A/ /%,9=AB" e=, ,"9 %A +&,1,&,(6,/PQ $"(= =,),6)5"( )4&,/4"#= F &*"A A?*>/1?@"A =9?C, =1" #1","A9f6 R D%A"1 &=> 9? D%A/ BE=,*", B?A,%,9, %A B?E?1%A@ 9*" C?E"B4E" 0> D?1B" D%"E/ "A"1@>: 1",%/4", 9*=9 *=5" = *%@* A?A-0?A/"/ "A"1@> eB?E?1"/ %A 1"/f =1" 9??BE?," 9? "=B* ?9*"16

    %% G%E5(@ '#%/4,/ K5)4

     M%6E$"(,

    +"E"B9, @1?4#, &%9* =9 E"=,9 ?A" =9?C 9?? BE?," 9? 9*" 0=BJ0?A" ?D =A?9*"1 @1?4#6

    C5=,64%5(/

    #%6E5(@ +&"3,& 

     QS$"(=/

    +"E"B9, 9*?," 041%"/ 1",%/4", &*?," ,%/"B*=%A B?4E/ C=J" =A ^-0?A/ ?1 = ,=E9-01%/@"F 049 /?A?A" e,"" #?%A9 KMKF B?C#49%A@ ^-0?A/,vf6 \"& ,*?4E/ ?BB41 %A @??/ ,914B941",6

     N,6"(/)&;6),=    +"E"B9, 1",%/4", &%9* 1"B?A,914B9"/ ,%/"B*=%A,6 )*"," C=> *=5" 0""A 04%E9 =49?C=9%B=EE> D?1 

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    31/145

    cR+HQ !WW.$HWG QV``Rb!+ LT

    %?5("S%65=/   1",%/4", &%9* C%,,%A@ =9?C,F &*%B* ?D9"A ?BB41, D?1 *%@*E> C?0%E" ,41D=B" 1",%/4",6R49?C=9%B 1"B?A,914B9%?A B=A 0" /%,=0E"/ e,"" #?%A9 KY]f6

     B3/A&). 7" B?C#1%,"/ ?D C4"K =A/ T5,K B?CC=A/,6 )*"," =1" B*"BJ0?< B?CC=A/,F&*%B* 941A ?A =A/ ?DD 5=1%?4, 5%"&%A@ ?#9%?A,6 +?C" ?D 9*"," ?#9%?A, =1" =E,? =5=%E=0E" 9*1?4@* 9*" -%.,& 0(1"/ &%A/?&6

    KM !  :8"> =6773,9"C = ?AE> 9? 9*" B411"A9E> =B9%5" E=>"1F ",9"C6 )? ""1,F ,"E"B9 %9 &*%E" *?E/%A@ +*%D96 )*" C?,94,"/ C4"K B?CC=A/, =1" 1"=/%E> =5=%E=0E" 9*1?4@* 9*" -%.,&/ 0(1"/ &%A/?& e,"" #?%A9 _Tf6

    KP ! @3*>/ =6773 9*" ?1%"A9=9%?A =A/ #"1,#"B9%5" ?D 9*" C?E"B4E"6

     B3/A&).I@3*>/ =6773"1F =EE ,=5"/ 5%"&, =1" ,9?1"/ &%9* 9*" E=>"16

     N,/,)    !%,#E=>, 9*" ?1%@%A=E C?/"E 5%"&F &*"A D%1,9 E?=/"/6

     L,#,),   .1?C#9, = C",,=@" 1"C%A/%A@ *?& 9? /"E"9" = ,=5"/ 5%"&F %6"6 0> ,"E"B9%A@ %9 &*%E" *?E/%A@/?&A Q91E6

    KG ! @3*> G%"5 =6773

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    32/145

    !""#$%"&`=A4=ELZ

    ZU ! )"55%E" 0>:

    R9?C B?/"F 1"D"11%A@ 9? 9*" 3OV`V+]Z D?1B" D%"E/F "6@6 KLF KKF KF T6 VAE>5=E%/ =D9"1 =A "A"1@> B?C#49=9%?A *=, 0""A C=/"6

    +"E"B9%?A &%EE =##E> 9? =EE E=>"1,6

    Z@ ! ;2"3/%F B?E?1, =1" =###E%"/ 9? =EE E=>"1,6 HD = '"#"&  B?CC=A/ %, %A5?J"/ &*%E"

    *?E/%A@ /?&A 9*" Q91E J">F ?AE> ,"E"B9"/ @1?4#, =1" B?E?1"/ eB411"A9E> 9*%, &?1J, ?AE> &*"A ,"E"B9%A@'"#"&P$. '+\  ?1 '"#"&P$. 8)4,& '"#"& f6

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    33/145

    cR+HQ !WW.$HWG QV``Rb!+ L8

    ZI ! !"&"%  7" "E"C"A9 9>#"F 4,%A@ = /"D=4E9 ,9=A/=1/ Q.N ,B*"C": bx0E4"FVx1"/F Qx&*%9"F ^xB>=AF .x?1=A@"F +x>"EE?&F ?9*"1x@1=>6 )*%, B?CC=A/ %, ?AE> "DD"B9%5"%D 0=BJ0?A", =A/;?1 ,%/"B*=%A, =1" ,"E"B9"/ D?1 B?E?1%A@6 !"D=4E9 B?E?1, B=A 0" 1"/"D%A"/ %A +&,1,&,(6,/P'"#"&/ e,"" #?%A9 KTYf

     M. !.3,   Q?E?1, 9*" ,"E"B9"/ ?0a"B9 0> 1",%/4" #1?#"19>: RB%/%Bx1"/F c=,%Bx0E4"F .?E=1x>"EE?&F =A/ b?A-.?E=1x@1=> eRB%/%BF c=,%BF .?E=1F =A/ b?A-.?E=1f6 !"D=4E9 B?E?1, B=A 0" 1"/"D%A"/ %A +&,1,&,(6,/P'"#"&/ e,"" #?%A9 KTYf6

     M. NGC    R9 E"=,9 9&? #1?9"%A, C4,9 *=5" 0""A E?=/"/F ,4#"1#?,"/F =A/ ,914B941=EE> =E%@A"/ e,"" #?%A9,KL8-K7Lf6 W=B* 1",%/4" %A 9*" =B9%5" E=>"1 &%EE 0" B?E?1"/ =BB?1/%A@E> 9? %9, O`+ 0=BJ0?A"

    /"5%=9%?A D1?C 9*" B?11",#?A/%A@ =C%A? =B%/ ?D 9*" 1"D"1"AB" #1?9"%A e9*" D%1,9 E?=/"/f6 78!9 : Q?E?1, =1" C=##"/ D1?C = D% +&%,,-`?/"EF 9*" c-D=B9?1 B?E4CA B?A9=%A, 9*" `?/"EQ?AD%/"AB" \=B9?1 e,"" #?%A9 K7Tf6

     78!9> )*" B?E?1%A@ @1=/%"A9 B=A 0" =/a4,9"/ %A +&,1,&,(6,/P2,(,&%#  9? D%9 9*" 1=A@" ?D c-

    D=B9?1 5=E4", #1","A9 %A 9*" ,914B941" e,"" #?%A9 KY]f6 M. C,6"(=%&.C)&;6);&,

    Q?E?1, 9*" ,"E"B9"/ ?0a"B9 =BB?1/%A@ 9? 9*" 9*1"" B?CC?A ,"B?A/=1> ,914B941" 9>#",:^"E%6 W,#"B%=EE> 4,"D4E D?1 B?E?1%A@ 1%00?A /1=&%A@,6!"D=4E9 B?E?1, B=A 0" 1"/"D%A"/ %A +&,1,&,(6,/P'"#"&/ e,"" #?%A9 KTYf6

     M. C,6"(=%&.C)&;6)< C;66,//<

    .1?/4B", = @1=/%"A9 =E?A@ 9*" #?E>#"#9%/" B*=%A D1?C b-9"1C%A4, e0E4"f 9? 9*" Q-9"1C%A4,e1"/f6 W=B* ,"B?A/=1> ,914B941" "E"C"A9 @"9, = ,%A@E" B?E?1F =A/ 1=A/?C-B?%E, =1" @1=>6W,#"B%=EE> 4,"D4E D?1 B?E?1%A@ 1%00?A /1=&%A@,6

    ZA ! !"&"%  7"F C=@"A9=F B>=AF ,=EC?AF #41#E"F E%@*9 @1""AF =A/ 01?&A6 )*" B?E?1 ,4BB",,%?A %, 1"#"=9"/ D?1 =//%9%?A=E B*=%A,6

     78!9> Q*=%A, =1" /"D%A"/ %A 9*" .!c D%E"k = 01"=J %A 9*" C?/"E"/ #?E>#"#9%/" B*=%A /?", A?9,%@A%D> = A"& B*=%A6

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    34/145

    !""#$%"&`=A4=EL_

    ZK ! !"&"%  7""1,F =BB?1/%A@ 9? 9*" /"@1"" ?D ,%C%E=1%9> =C?A@ =EE =E%@A"/ 1",%/4",6 cE4" %A/%B=9", %/"A9%B=E ?1 5"1> ,%C%E=1F =A/ 1"/%A/%B=9", 9*=9 1",%/4", *=5" /%,,%C%E=1 #1?#"19%", e,"" RAA"< Y: f6

     M. R66,//5$5#5).   W=B* @1?4# %, B?E?1"/ 0> %9, 1"E=9%5" =BB",,%0%E%9> e,"" RAA"< Y: f6 Q?E?1, 1=A@" D1?C /=1J  0E4" D?1 B?C#E"9"E> 041%"/ =C%A? =B%/,F 9? 1"/ D?1 1",%/4", &%9* =9 E"=,9 8T{ ?D 9*"%1 C=B?C#=1%,?A 9? = 1"D"1"AB" 5=E4" ?D KMM{ =BB",,%0%E%9> B?C#49"/ %A =A " = j+%##E-E%J"j C"=A

    D?1B" #?9"A9%=EF ,"" RAA"< Y: F uvf6 !=1J 0E4" C"=A, 9*=9 9*" 9*1"=/%A@ "A"1@> %, E?& e9*"1",%/4" %, *=##> &%9* %9, "A5%1?AC"A9fF 1"/ C"=A, 9*=9 9*" 9*1"=/%A@ "A"1@> %, *%@* e9*"1",%/4" %, A?9 *=##> &%9* %9, "A5%1?AC"A9f6

     M. I"&6, I5,#=  9(,&@.

    Q?E?1, "=B* 1",%/4" =BB?1/%A@ 9? %9, D?1B" D%"E/ "A"1@> eB?C#49"/ &%9* = #=19%=E%C#E"C"A9=9%?A ?D 9*" 3OV`V+ ]Z uvf6 R /%=E?@ E"9, >?4 B*??," &*=9 J%A/ ?D %A9"1=B9%?A>?4 &=A9 9? B?C#49" e0?A/F =A@E",F %C#1?#"1F "E"B91?,9=9%B666f =A/ =,J D?1 = 9" 4,"D4E /41%A@ 1"D%A"C"A9 ?D = C?/"E =,>?4 B=A B?E?1 0> 0?A/ =A/ =A@E" /"5%=9%?A, ?AE>F =A/ 9*%, &%EE %/"A9%D> /%,9?19"/ #=19, ?D 9*" #1?9"%A6

     M. +&"),5( +&"$#,?/

    )*" 0=BJ0?A" ?D 9*?," 1",%/4", &*?," φ, ϕ =A@E", /? A?9 #E?9 %A 9*" =EE?&"/ =1"= ?D 9*" N%?%64%(=&%( +#")  %, B?E?1"/ %A >"EE?&6 )*" 0=BJ0?A" ?D #1?E%A" 1",%/4", &*?," φ =A@E"/"5%=9", C?1" 9*=A LT| D1?C 9*" %/"=E (ZT| 5=E4" %, B?E?1"/ %A 1"/6 c41%"/ ,%/"B*=%A, ?D 1",%/4", 9*=9 B?4E/ C=J" ^-0?A/, 049 /? A?9 =1" B?E?1"/ %A ?1=A@"6 QE=,*", =1" B?C#49"/ =A/&%EE =##"=1 =, #%AJ /?99"/ E%A",6

    ZZ ! !"&"%  7" "X4%5=E"A9 9?= ,*%D9-BE%BJ ?A =A> B?E?1 0?< ?D 9*" '"()&"# +%(,#  &%A/?& e,"" #?%A9 _Kf6

     M. M%6E$"(,O

    C5=,64%5(O N5$$"(O C;&1%6,O

     -%$,# '"#"& 

    )*"," E=,9 D%5" B?CC=A/, =1" 4,"/ 9? B?#> 9*" B411"A9 B?E?1, ,"9 D?1 ?A" ?0a"B9 ,"E"B9"/ *"1"9? 9*" ?0a"B9 ,*?&A %A 9*" D%1,9 E%A" ?D 9*" '"#"&  C"A46 2," 9*%, 9? ,=5" = ,"9 ?D B?E?1, %A = #1?#"19> >?4I1" A?9 4,%A@ eE%J" ,41D=B" B?E?1f =A/ B?#> %9 0=BJ E=9"16

     78!9C :•  '"#"& $. '+\   %, 9*" ?AE> B?E?1%A@ B?CC=A/ 9*=9 4,", /%DD"1"A9 B?E?1, D?1 9*" /%DD"1"A9 =9?C, 9*=9 0"E?A@ 9? =

    @1?4#6•  \?1 B?E?1, 0> Q.NF 0> 9>#"F =A/ 0> ,"B?A/=1> ,914B941"F /"D=4E9 B?E?1, B=A 0" 1"/"D%A"/ %A

     +&,1,&,(6,/P'"#"&/ e,"" #?%A9 KTYf6

    => )#"=%32 =6773

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    35/145

    cR+HQ !WW.$HWG QV``Rb!+ L]

    QE%BJ 9*" /?@-"=1"/ #=@" %B?A 9? ?#"A = 9" =B9%5" E=>"16

    ZP ! E3L%135% 9" E=1@" D%E", =1" ,4##?19"/F &*%B* B=A 0" 5%,4=E%U"/ 9*%, &=>6`=A> 9"#"1E%AJ,6 G*"A 9*"> =1" BE%BJ"/ 9*"> #1?/4B" =A=B9%?AF D?1 "6•  QE%BJ%A@ =A R)V` E%A" &%EE B"A9"1 9*" 5%"& ?D 9*" C?/"E ?A 9*%, =9?C =A/ &%EE /%,#E=> ?AE> 9*?,"

    1",%/4", 9*=9 =1" &%9*%A = B"19=%A 1=/%4, ?D 9*" =9?C6 )? "/%9 9*%, 1=/%4,F ,"" #?%A9 KZ86•  QE%BJ%A@ =A> ?9*"1 E%A" B?A9=%A%A@ 9*" %/"A9%D%B=9%?A ?D = 1",%/4" e@1?4# A=C" =A/ @1?4# A4C0"1f &%EE

    B"A9"1 9*" 5%"& ?A 9*" B=10?A =E#*= ?D 9*" 1",%/4"6

     78!9> )""1631?4#, %/"A9%D%B=9%?A %ABE4/":-  #1?9"%A B*=%A eRF cF "9B6fF- ,"B?A/=1> ,914B941" e*F ,f- 

    @1?4# A=C" e+WOF 3[2F "9Bf- 

    @1?4# A4C0"16

    Q411"A9E> =B9%5" E=>"16   '"()&"# +%(,#  *"=/"1:- 

    )*" D%1,9 E%A" %, D?1 9?@@E%A@ ?A=A/ ?DD 9*" 5%,4=E%U=9%?A =A/C?5"C"A9 ?D 9*" B411"A9E>=B9%5" E=>"1F =A/ D?1 @"99%A@ *"E#?A 9*" '"()&"# +%(,# 6

    )*" ,"B?A/ E%A" #1?5%/", =,"1%", ?D %9"C, 9? 0" B*"BJ"/ D?1 5%"&%A@ 9*"C ?A /%,#E=>F D1?C

    E"D9 9? 1%@*9: 9*" 1",%/4" e /4"KfF%9, ,%/"B*=%A e /5=,fF %9, E=0"Ee#%$# fF %9, C?E"B4E=1 ,41D=B",e>>fF =A/ %9, 1%00?A e&5$(f6 )*"E=,9 B?E4CA e6"# f %, D?1 ,"99%A@9*" B?E?1 D?1 "=B* ?D 9*","?0a"B9,6

    !"#$%"& ()#*& >

    )*"," 9&? ,C=EE 0E=BJ =11?&, =1"D?1 /%,#E=>%A@ #?#-4# C"A4,:- \?1 ,"E"B9%A@ = ,41D=B" 9>#" eD

    %A 9*" "

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    36/145

    !""#$%"&`=A4=E7M

    M@ ! ;43?4 =1" &?1J%A@ ?A = #1?a"B9 e%6"6F ,"5"1=E E=>"1, =1" E?=/"/fF BE%BJ ?A 9*" @1=> 0=1 0"E?& 9*" '"()&"#  +%(,#   9%9E" 0=1: = #?#-4# C"A4 &%9* 9*" A=C", ?D =EE E?=/"/ C?E"B4E=1 B??1/%A=9" D%E", %, /%,#E=>"/6+"E"B9 ?A" D%E" 9? C=J" %9 9*" B411"A9E> =B9%5" E=>"1:

     78!9C :•  )*" B411"A9E> =B9%5" E=>"1 B=A =E,? 0" ,"E"B9"/ ?A 9*"  R#5@(?,()  &%A/?& e,"" #?%A9 KKYf =A/ ?A 9*"

     -%.,&/ 0(1"/ &%A/?& e,"" #?%A9 _Yf6• 

    ^%99%A@ 9*" )=0 J"> &*%E" 9*" '"()&"# +%(,#  %, 9*" =B9%5" &%A/?& B>BE", 9*1?4@* =EE E=>"1,6

    MV ! ;"&*"1" 9?,"E"B9 =EE @1?4#, e=C%A?-=B%/, r *"9"1? @1?4#,f 0"E?A@%A@ 9? 9*" ,"E"B9"/ B*=%A6 eHD 9*" C?/"E B?A9=%A, A?B*=%A %/"A9%D%"1,F 9*" B?E4CA %, 0E=AJ =A/ BE%BJ%A@ %9 &%EE ,"E"B9 =EE @1?4#,f6

    MA ! )"2"=5% ,914B941" "E"C"A96

    MK ! )"2"=5% 0=1 9? /%,#E=> = #?# 4# C"A4 B?A9=%A%A@9*" A=C", ?D =EE E?=/"/ C?E"B4E=1 B??1/%A=9" D%E",6

    VA 9*" #?# 4# C"A4F ,"E"B9 = D%E": 9*%, &%EE 0" 9*"B411"A9E> =B9%5" E=>"1F @?5"1A"/ 0> 9*" '"()&"# +%(,#<

    )"2"=5%

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    37/145

    cR+HQ !WW.$HWG QV``Rb!+ 7K

    RE9"1A=9%5"E>F >?4 B=A 4," 9*" A4C"1%B=E J">#=/ eA?9 %C#E"C"A9"/ >"9f:• 

    "A9"1 9*" D%1,9 @1?4# A4C0"1 =A/ 9*"AF• 

    9>#%A@ r 0"D?1" 9*" A"#%A@ - 0"D?1" 9*" A"#%A@ r_8 &%EE =// @1?4# _8 9? 9*" ,"E"B9%?AF &*"1"=, 9>#%A@ ( 8L &%EE /","E"B9 @1?4# 8Lf6

    MM ! )"2"=5%:• 

    BE%BJ%A@ 9*" D%1,9 @1?4# =A/ /1=@@%A@ 4# ?1 /?&A 9? 9*" E=,9 @1?4#F• 

    BE%BJ%A@ 9*" D%1,9 @1?4# =A/ #1",,%A@ +*%D9 &*%E" BE%BJ%A@ 9*" E=,9 @1?4#F•  4,%A@ 9*" A4C"1%B=E J">#=/ eA?9 %C#E"C"A9"/ >"9f: "A9"1 9*" A4C0"1 ?D 9*" D%1,9 @1?4#F 9>#" ,E=,*F =A/

    "A9"1 9*" A4C0"1 ?D 9*" E=,9 @1?4# e"6@6 8L;_T &%EE ,"E"B9 @1?4#, 8L 9? _Tf6

     78!9C :•  +"E"B9"/ @1?4#, =##"=1 1"/ %A 9*" '"()&"# +%(,# F =A/ 9*" 9?9=E A4C0"1 ?D ,"E"B9"/ @1?4#, %, /%,#E=>"/

    %A 9*" -%.,& 0(1"/ &%A/?& e,"" #?%A9 _Yf6•  \?1 D419*"1 &=>, 9? ,"E"B9 @1?4#,F ,"" #?%A9, TM-TZ6

    MP ! )"55%;*%/" 9*" D?EE?&%A@ ?0a"B9,:

    ;6207<

    `!"#$%"& ()#*& a

    !%*#23:"- 6.]"=5 96/ 37% ?D =EE ?9*"1 B*"BJ"/?#9%?A,6

     /5=,   +%/"B*=%A eA? "DD"B9f

    &5$(   O%00?A eA? "DD"B9f

    #%$#    RC%A?-=B%/ E=0"E6 +"" #?%A9 ZM 9? ,"E"B99*" J%A/ ?D E=0"E6

    31?4# E=0"E

     78!9>

    elf HA #1%AB%#E"F 9? ,"" 9*" ,%/"B*=%A ?D = @1?4#F %9, 0=BJ0?A" C4,9 0" /%,#E=>"/6 ^?&"5"1F ,"" #?%A9 T8 9?,"" ,%/"B*=%A, &%9*?49 0=BJ0?A"6

    MG ! )"55%"1, 0>:

    `=BF G%A/?&,F H1%

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    38/145

    !""#$%"&`=A4=E7L

    PU ! !%*#23:% ?A 9*" '"()&"# +%(,# : L3< -"/ [332* =A/ C=="**%.2" ,41D=B",6•  Q?C#49%A@ %9 D%1,9 e,"" #?%A9 KMLf =A/ "A=0E%A@ %9, /%,#E=> ?A 9*" '"()&"# +%(,# : O62"=023/ ,41D=B"6•  [?=/%A@ %9 D1?C = D%E" e,"" #?%A9 LLf: 3?4 &=A9 9? /%,#E=> 9*" ,"E"B9"/ ,41D=B":

    !"#$%"& ()#*& ̂ *0/93=" 4"3-"/

    N"3-"/ )0/93=" 5:#" !/3&%

    O i K6Y z

    $3< -"/ [332*

    *0/93="

    O62"=023/ *0/93="

    C=="**%.2" *0/93="

    O?EE%A@ ,?E5"A9C?E"B4E"

    `?E"B4E"

    )0/93=" !"9% 9*" 1=/%4, ?D = &=9"1 C?E"B4E"6

    `?E"B4E=1 R1"= 9*=9 B=A 0" 1"=B*"/ &%9* 9*" *0/93=" ?D = ,?E5"A9 C?E"B4E" eK6Y zf1?EE"/ ?5"1 9*" #1?9"%A6

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    39/145

    cR+HQ !WW.$HWG QV``Rb!+ 77

    P@ ! ;626/%

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    40/145

    !""#$%"&`=A4=E7Y

    B6 =626/ 54" *"2"=5"- 6.]"=5R

    • 

    %A 9*" 6"#   B?E4CA ,"E"B9 9*" 0??41 C?4," 9? ,"E"B9 ,"5"1=E 0??4 B=A ,"E"B9 = B?E?16 )? ,"E"B9 9*" Q.N B?E?1, *%9 8\ 6 b?9%B"9*=9 9*" '%(6,#  0499?A /?", A?9 &?1J: %9 B?E?1, ,"E"B9"/ 1",%/4", 0E=BJ6 )*%, =B9%?A B=A 0" =AA4EE"/ 0>

    ,"E"B9%A@ '"#"&PM. '+\ 6

    e\?1 ?9*"1 &=>, 9? B?E?1 = C?E"B4E" ,"" #?%A9, ZL-ZZF '"#"&  C"A4f6

    PV ! $%"&% X)?EF BNH - 2RO6: 0  QGJ:  [?E!Y[

    PA ! B4" -).*%/ 0#1"/ &%"1, =1" E?=/"/F 9*"  -%.,&/ 0(1"/ &%A/?& E"9, >?4 %A/"#"A/"A9E> ,"9 9*" /%,#E=> ?D "=B*E=>"1 0> B*"BJ%A@;4AB*"BJ%A@ 9*" D?EE?&%A@ %9"C,:

    QE%BJ 9*" X4",9%?A C=1J 9? ?09=%A *"E# ?A 9*%,&%A/?&6

    [%,9 ?D =EE E?=/"/ D%E",6 )*"B411"A9E> =B9%5" E=>"1 =##"=1,%A 1"/6 g?4 B=A ,"E"B9 %9 *"1"6

    \?1 "=B* E=>"1F B*"BJ;4AB*"BJ 9*"," %9"C, 9? 9?@@E" ?A;?DD 9*"/%,#E=> ?1 =B9%?A, /",B1%0"/ 0"E?&6^?E/ /?&A +*%D9 9? =B9 ?A =EEE= "1,6 -).*%/ 0#1"/ &%

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    41/145

    cR+HQ !WW.$HWG QV``Rb!+ 7T

     -).*%/ 0#1"/ &%"1,6 e\?1 9*" 1"E=9%5" C?5"C"A9 ?D E=>"1, ,"" #?%A9 KK7f

    %F5/   9*" /%,#E=> ?D 9*" B??1/%A=9" ,>,9"C ="1 e,"" #?%A9 KK7f

    'R   9*" /%,#E=> ?D 9*" 0=BJ0?A" =, = RE#*= Q=10?A )1=B"

    8   9*" /%,#E=> ?D 0=BJ0?A" ?@"A =9?C,

     Q    9*" /%,#E=> ?D *>/1?@"A =9?C, e%D =A>f

     Q$(=    9*" /%,#E=> ?D ^-0?A/, e%D 9*"> *=5" 0""A B?C#49"/f

     Q=/)    9*" /%,#E=> ?D ^-0?A/ /%,9=AB", e%D 9*"> *=5" 0""A B=EB4E=9"/f

    C5=,   9*" /%,#E=> ?D ,%/"B*=%A,F "5"A &*"A 0=BJ0?A" %, *%//"A6 )*%, ?#9%?A %, =49?C=9%B=EE> B*"BJ"/ %D 9*" C4"K C5=,64%5(/ ,D,( K4,( M%6E$"(, 5/ Q5==,( B?CC=A/ ?D 9*" L5/3#%. C"A4 %, "A=0E"/

     Q8Q    9*" /%,#E=> ?D &=9"1 C?E"B4E", e%D 9*"> &"1" E?=/"/F ,"" #?%A9 KTMF -"%=5(@ +&,1,&,(6,/ /%=E?@f

    6.6   9*" B>BE%A@ ?D E=>"1,F &*%B* %, =B*%"5"/ &%9* Q91Er)=06 Q>BE%A@ 9*1?4@* E=>"1, /%,#E=>, 9*" A""1 "A=0E"/ 9? B>BE"

     78!9>)? =DD"B9 =EE E=>"1,F *?E/ /?&A 9*" +*%D9 J"> &*%E" ,"E"B9%A@ =A ?#9%?A e5=E%/ D?1 =EE #E=9D?1C,f6

    PZ ! Y.53%

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    42/145

    !""#$%"&`=A4=E7Z

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    43/145

    C-L3"1 B=A 0" @1?4#"/ %A9? D?41 B=9"@?1%",:

    ;35"16/: ;6773 ,914B941" `ma

    ]8

    } 9=5)PI5(= C,W;,(6,} 9=5)PI5(= 7,F) 

    +"=1B* = E=>"1 D?1 ,"@C"A9, 9*=9 C=9B* =@%5"A =C%A? =B%/ ,"X4"AB"

    ]_

    } 9=5)PC,%&64 1"& +N8C0!9 3%)),&(   +"=1B*", = E=>"1 D?1 ,"@C"A9, 9*=9 C=9B*.OV+H)W #=99"1A,

    ]])"3/=4%

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    44/145

    !""#$%"&`=A4=E7_

     78!9C>

    •  `ma )*%, =B9%?A /?", A?9 =B94=EE> C?/%D> = ,914B941"6 H9 a4,9 =E9"1, %9, 5%,4=E%U=9%?A6

    • 

    +?C" =/5=AB"/ B?CC=A/, ?49#49 1",4E9 9" D%1,9 1"#E=B%A@ %9, ,%/"B*=%AF =A/ 9*"A 01?&,%A@ =1?9=C"1 E%01=1> e N")"#5$ ?0,"15"/ ?1%"A9=9%?A, D?1 9*" A"&,%/"B*=%A6

    HQ37#2"* 69 3##2%=35%6<

    +94/>%A@ C49=9%?A, 0> 4,%A@ !""#$%"& B=A 0" 5"1> 4,"D4E 9? X4%BJE> "5=E4=9" 9*"%1 #49=9%5" "DD"B9, 0"D?1" =B94=EE> #"1D?1C%A@ 9*"C %A 9*" E=06

    ,/6="-0/"

    )? %A%9%=9" = C49=9%?AF BE%BJ 9*" G;)%), 9??E eKL9* 0499?A ?D 9*" !""#$%& f =A/F D?EE?&%A@ 9*" %A,914B9%?A,9*=9 =##"=1 %A 9*" C",,=@" ,#=B" 0"E?&F #%BJ 9*" =C%A? =B%/ 9? 0" C49=9"/ 0> BE%BJ%A@ =A> ?D %9, =9?C,?A 9*" 2&%3456 &%A/?&6 R E%,9 &%9* 9*" LM #1?9"%A =C%A? =B%/, %, /%,#E=>"/6 Q*?," = A"& =C%A? =B%/ %A9*" E%,9: 9*" ?1%@%A=E ,%/"B*=%A ?D 9*" ,"E"B9"/ @1?4# &%EE 0" 1"#E=B"/ 0> 9*" j0",9j 1?9=C"1 ?D 9*" A"&=C%A? =B%/6 QE%BJ%A@ ?49,%/" 9*" E%,9 ?1 #1",,%A@ j1"941Aj ?1 j"A9"1j &%EE *%@*E%@*9 9*" ?1%@%A=E =C%A?=B%/ %A 9*" E%,96 e\?1 = /"D%A%9%?A ?D 9*" j0",9j 1?9=C"1 ,"" RAA"< Y: `49=9%?A,f6

    VAB" = C49=9%?A %, /?A"F 9*" A4C0"1 =A/ 9*" ,B?1" ?D 9*" /%,#E=>"/ 1?9=C"1 =1" ,*?&A %A 9*" C",,=@",#=B" 0"E?& 9*" 9??E,6 \?1 " d[e` /6"&,> Se C"=A, 9*=9 1?9=C"1 Y ?49 ?D KZ =5=%E=0E"1?9=C"1, %, B411"A9E> ?A /%,#E=> =A/ ,B?1", (K e,"" RAA"< Y: `49=9%?A,f6

    VA 9*" 2&%3456 &%A/?&F ^-0?A/, &%EE =##"=1 %A @1""A =A/ ,9"1%B *%A/1=AB", %A #41#E"F #1?5%/"/ 9*=99*" @1?4# 9*=9 C=J", 9*" B?A9=B9 &%9* 9*" C49=9"/ =C%A? =B%/ %, 5%,%0E"6 g?4 B=A B>BE" 9*1?4@* =EE=5=%E=0E" 1?9=C"1, 0> *%99%A@ 9*" l J"> ?D 9*" A4C"1%B=E J">#=/ e*?E/%A@ +*%D9 &*%E" *%99%A@ 9*" l J">&%EE ,"E"B9 9*" #1"5%?4, 1?9=C"1 %A,9"=/ ?D 9*" A" 01?&,"/6

     b4C0"1 B?11",#?A/%A@ 9?9*" /%,#E=>"/ 1?9=C"1 eTf?5"1 9*" A4C0"1 ?D =5=%E=0E" 1?9=C"1, e]f6

    )*%, ,B?1" %, D?1 "5=E4=9%A@ 9*"1?9=C"1: 9*" 0",9 1?9=C"1 %, 9*"?A" 9*=9 9?9=E%U", 9*" E?&",9,B?1"6

    2," 9*"," =11?&, 9?B>BE" 9*1?4@* 9*"=5=%E=0E" 1?9=C"1,6

    O0535%

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    45/145

    R!$RbQW! !WW.$HWG QV``Rb!+ 7]

    •  )&? 1?9=C"1 E%01=1%", =1" =5=%E=0E"F  N")"#5$e ,914B941"F D?1 " 9? 0" D?4A/ %A 9*%, B?AD?1C=9%?AF &*"1" 9*" 0=BJ0?A" %, =A

    *"E% 1?9=9%?A=E 0?A/ =A@E" %A *"9"1? @1?4#,6

    HQ37#2"* 69 3##2%=35%6<R##E>%A@ 9?1,%?A, B=A 0" 4,"D4E 9? " #1?5%/", ?AE> 9*" C?,9 B?CC?AE> ?0,"15"/ ,%/" B*=%A ?1%"A9=9%?A, e,""=0?5"f6+94/>%A@ 9?1,%?A, =E,? E"9, >?4 D%A"E> =/a4,9 9*" ?1%"A9=9%?A ?D ,%/" B*=%A, /41%A@ #1?9"%A C?/"E%A@6

    ,/6="-0/"

    QE%BJ 9*" !"&/5"(  9??E eK79*  0499?A ?D 9*" !""#$%& f =A/F D?EE?&%A@ 9*" %A,914B9%?A, =##"=1%A@ %A 9*"C",,=@" ,#=B" 0"E?&F #%BJ ?A" =9?C 0"E?A@%A@ 9? 9*" @1?4# e=C%A? =B%/ ?1 *"9"1? @1?4#f 9? 0" 9&%,9"/6

    •  RB9%A@ ?A =C%A?-=B%/,: R A4C0"1 ?D E%99E" =11?&, &%EE =##"=1 0"E?& =A/ =9 9*" 1%@*9 ?D 9*" !"&/5"(9??EF 9? E"9 >?4 9&%,9 9*" C?E"B4E" =9 9*" ,"E"B9"/ 1",%/4"6 G*%E" B*=A@%A@ 9*" χK-χT =A@E", &%EE ?AE>=DD"B9 9*" ,"E"B9"/ ,%/" B*=%AF B*=A@%A@ 9*" 0=BJ0?A" /%*"/1=E =A@E",  +45[ .,% &%EE C?/%D> 9*" &*?E"

     #1?9"%A =11=A@"C"A96 c> /"D=4E9F 9*" Q-9"1C%A=E #=19 ?D 9*" #1?9"%A &%EE C?5"6 ^?&"5"1F >?4 B=A E"9C?5" 9*" b-9"1C%A=E #=19 ?D 9*" #1?9"%A 0> 1"C?5%A@ 9*" B*"BJC=1J ?D 9*" E=,9 %9"C ?D 9*" !""# C"A4 e G"D, 'S),&? 3%&) =;&5(@ +45[+/5 '4%(@,/fF ?1 0> BE%BJ%A@ 9*" ,C=EE 0?< uQ;bv ?A 9*" 4##"1 E"D9 B?1A"1 ?D 9*" N%?%64%(=&%( +#")  &%A/?& e,"" #?%A9 ]7f6

     78!9 :g?4 B=A 4," 9*" J">0?=1/ %A,9"=/ ?D BE%BJ%A@ =A =11?&: =A> ,%/"B*=%A /%*"/1=E =A@E" eχK 9? χTf B=A 0" 1?9=9"/ 0> *?E/%A@ /?&A = J"> D1?C jKj 9? jTj &*%E" BE%BJ%A@ =A/ C?5%A@ 9*" C?4," D1?C E"D9-9?1%@*96 N"> jKj &%EE 1?9=9" 9*" QR-Qc 0?A/F J"> jLj 9*" Qc-Q! 0?A/ =A/ ,? ?A6 RE9"1 φ ?1 ϕ =A@E", 0> *?E/%A@ /?&A 9*" j]j ?1 jMj J"> 1",#"B9%5"E>6 )*%, C%@*9 A?9 &?1J ?A [%A4< =A/ H1%?4 #%BJ"/6

    2," 9*" 4##"1 =A/E?&"1 =11?&, 9?C?/%D> φ =A/ ϕF1",#"B9%5"E>6

    \1?C 9?# 9? 0?99?CF 4," 9*","=11?&, 9? C?/%D>χK 9? χT6

    +"%/3"# 5662R 3=5%

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    46/145

    !""#$%"&`=A4=EYM

    •  HA 0?9* B=,",: R 1"=E-9%C" "5=E4=9%?A ?D BE=,*", =A/ *>/1?@"A 0?A/, %, #"1D?1C"/F =A/ >?4 C%@*9&=A9 9? "A=0E" 9*" /%,#E=> ?D ^-0?A/ E"A@9* 0> BE%BJ%A@  L5/3#%.PC4"K QS$"(= =5/)%(6,/ 9? *=5" =A4C"1%B D""/0=BJ6 R 9?1,%?A %, "A/"/ 0> BE%BJ%A@ ?AB" =@=%A 9*" !"&/5"( 9??E6 g?4 &%EE 0" #1?C#9"/D?1 =BB"#9%A@ ?1 /%,B=1/%A@ 9*" 9?1,%?A6 !%,B=1/%A@ %9 &%EE 1",9?1" 9*" %A%9%=E #?,%9%?A ?D 9*" @1?4#6 HD >?4 =BB"#9 9*" 9?1,%?AF 9*" =C%A? =B%/ =9?C A=C", &%EE 0" 4#/=9"/ =BB?1/%A@E> 9? H2.RQA?C"ABE=941"F %D A"B",,=1>6

    GU ! J0%2-% 9*" #49=9%5" ^-0?A/, 9*=9 9*"> B=A C=J"F =A/ 0> 9*"%1 3OV`V+]Z WA"1@>6

    HQ37#2"* 69 3##2%=35%6<c4%E/%A@ E??#, C%@*9 E"9 >?4 B?C#E"9" = #1?9"%A 9*=9 *=, C%,,%A@ #=19,F 1"D%A" = #1?9"%A C?/"E 1"941A"/ 0> +&%,,-`?/"E %D >?4 =1" A?9 ,=9%,D%"/ &%9* %9, E??#,F ?1 ,"=1B* D?1 9*" 0",9 E??# /41%A@ C?/"E 04%E/%A@6 HA D=B9F 4AE%J" *"E%B", =A/ ,91=A/,F &*%B* =1" 4,4=EE> &"EE B?A,"15"/F E??#, B=A A?9%B"=0E>5=1> =C?A@ ,%C%E=1 #1?9"%A,6

    ,/6="-0/"

    2," ?A" ?D 9*" D?EE?&%A@ B?CC=A/, 4A/"1 9*" M;5#=  C"A4 9? 04%E/ = A"& E??# 0"9&""A = #=%1 ?D =C%A?

    =B%/,:

     K;3&9  7"f6 R 1",4E9 E%,9 &%EE 0" /%,#E=>"/ %A = !,F)  &%A/?& e,"" D%@41" 0"E?&f6 RBB"#9 ?A" E??# 0> ,"E"B9%A@ %9 ?A 9*" E%,9 =A/ BE?,%A@ 9*" &%A/?&6

     b?9 4,"/6

    )*"," =11?&, E"9 >?4C?/%D> 9*" 1?9=9%?A= #%BJ%A@ 9&? =9?C,6

    +"%/3"# 5662R 3=5%

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    47/145

    R!$RbQW! !WW.$HWG QV``Rb!+ YK

     78!9C>

    • 

    HA 0?9* B=,",F ?AB" = E??# *=, 0""A ,"E"B9"/F %9 %, =/5%,=0E" 9? #"1D?1C =A "A"1@> C%A%C%U=9%?A e,"" #?%A9 KM8f ?D 9*" 1"@%?A =1?4A/ 9*" 1"04%E/ E??#6

    •  \?1 /"9=%E, =0?49 BE=,* ,B?1",F .. =A/ \\ B=EB4E=9%?A, ,"" RAA"< Y: `49=9%?A,6

    G@ ! O35=4% /"1%5"/ #1?9"%A C?/"E, =1" 04%E9 %A WE"B91?A !"A,%9> `=#,F %A ,"5"1=E ,9"#,6 2,4=EE> 9*" D%1,9 ,9"#%, 9? %/"A9%D> 9*" ,"B?A/=1> ,914B941" "E"C"A9, =A/ 04%E/ 9*"C =, = @"A"1%B #?E>-RE= B*=%A e&%9*?49,%/"B*=%A,f6 )*%, #1?5%/", 9*" %A%9%=E D1=C"&?1J ?D D1=@C"A9, ?D 9*" #"#9%/" B*=%A6 R, E??#, %A%9%=EE> =1"A?9 =E&=>, 5%,%0E"F 9*"," ,"B?A/=1> ,914B941" "E"C"A9, =1" ?D9"A A?9 B?AA"B9"/6 H9 %, 9*"1"D?1" A"B",,=1>9? %/"A9%D> &*%B* #=19 ?D 9*" #1?9"%A #1%C=1> ,"X4"AB" C%@*9 D%9 %A = ,#"B%D%B ,"B?A/=1> "E"C"A9 %A ?1/"1 9? =B*%"5" 9*" B?A,914B9%?A ?D 9*" &*?E" #"#9%/" B*=%A6

    ,/6="-0/"

    )? B?A,914B9 = D1=@C"A9 ?D 9*" #"#9%/" B*=%A ?D = #1?9"%AF >?4 D%1,9 A""/ 9? E?=/ 9*" D?EE?&%A@ D%E",:•  = #?E>-RE=A%A C?/"E ?D 9*" #1?9"%A B*=%A eC?E"B4E=1 B??1/%A=9" .c! D%E"f6•  =A WE"B91?A !"A,%9> `=# ?D 9*" #1?9"%A: 9*%, C%@*9 0" = l6/AZF l6BB#YF ?1 l6

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    48/145

    !""#$%"&`=A4=EYL

    O",4E9, =1" ,?19"/ 0> = ,B?1" e,"" RAA"< Y: WE"B91?A /"A,%9> C=#,f6 W C=#6

    GV ! O6-%9:% ,"E"B9"/ =C%A? =B%/F• 

    =//%A@ = 9"1C%A=E B=10?E @1?4# eVd)fF

    HQ37#2"* 69 3##2%=35%6<

    •  +%AB" = #"#9%/" B*=%A %, E%AJ"/F =E9"1%A@ 9*" ,914B941=E D"=941", ?D = #=19 ?D = #1?9"%A e,4B* =,C?/%D>%A@ 9*" 0=BJ0?A" =A@E", ?D 1",%/4",f &%EE C?5" =EE b-9"1C%A=E 1",%/4", ?D 9*" B*=%A6 )? #1"5"A9 9*%,F 9*" 0=BJ0?A" B=A 0" 01?J"A =D9"1 9*" E=,9 1",%/4" 9*=9 0"E?A@, 9? 9*" #=19 ?D 9*" #1?9"%A9? 0" =E9"1"/6 )*%, %, #=19%B4E=1E> 4,"D4E 9? =E9"1 = E??# C=A4=EE>: >?4 C%@*9 &=A9 9? %,?E=9" %9 D1?C9*" 1",9 ?D 9*" #1?9"%A 0> 01"=J%A@ 9*" 0=BJ0?A" =D9"1 9*" E=,9 1",%/4" 0"E?A@%A@ 9? 9*" E??#6 VAB",=9%,D%"/F >?4 B=A E%@=9" 9*" 0=BJ0?A" =@=%A 9? 1",9?1" = #"#9%/" 0?A/ &*"1" 9*" 0=BJ0?A" &=, 01?J"A6

    • 

    g?4 C%@*9 A""/ 9? =// = B=10?E @1?4# eVd)f =9 9*" "A/ ?D = B*=%A %A ?1/"1 9? C=J" 9*" B=10?9"1C%A4, ?D = #1?9"%A =D9"1 1"C?5%A@ 1",%/4", e,"" #?%A9 ]Yf6 b?9" 9*=9 =A Vd) %, =49?C=9%B=EE>=//"/ 0"D?1" =A> "A"1@> B=EB4E=9%?A e,"" #?%A9, KMZf6

    ,/6="-0/"

    )? 01"=J;E%@=9" 9*" 0=BJ0?A" =A/ 9? =// = 9"1C%A=E B=10?E @1?4#F 4," 9*" D?EE?&%A@ B?CC=A/,  4A/"1 9*" M;5#=  C"A4:

     K;3&9 7"#"#9%/", D%99%A@>?41 ,"E"B9%?A e%A 9*%,"

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    49/145

    R!$RbQW! !WW.$HWG QV``Rb!+ Y7

    ;6773

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    50/145

    !""#$%"&`=A4=EYY

     R#34% Q,#5F   O"04%E/, ,"E"B9"/ =C%A? =B%/, =, ?A" E?A@ =E#*= *"E%< eφ x ZM|F ϕ x YM|f6 )*" *"E%< %, A?9 #"1D"B9E> ,91=%@*9 ,%AB" ?AE> φ =A/ ϕ =A@E", =1" C?/%D%"/F &*"1"=, 0?A/ E"A@9*, =A/ ω  -=A@E", ?D 9*" 0=BJ0?A" =1" A?9 =E9"1"/6

     M,)% C4,,)    O"04%E/, ,"E"B9"/ 1",%/4", %A 0"9= B?AD?1C=9%?A eφ x KLM|F ϕ x KLM|f6 VAE> φ =A/ ϕ=A@E", =1" C?/%D%"/F 0?A/ E"A@9*, =A/ ω  - =A@E", ?D 9*" 0=BJ0?A" =1" A?9 =E9"1"/6

    8)4,&   R /%=E?@ =EE?&, ,"99%A@ A4C"1%B=E φ

    , ϕ =A/ ω  5=E4", D?1 ,"E"B9"/ =C%A? =B%/, e%6"6 D?1 ?A"?1 C=A> 1",%/4", =9 ?AB"f6 +"99%A@ φ =A/ ϕ 9? K_M /"@1"", ,*?&, 9*" 0=BJ0?A" %A %9, C?,9

    " /"D=4E9F 9*" b-9"1C%A=E #=19 ?D 9*" #1?9"%A &%EE ,9=> ,9=9%BF &*%E" 9*" Q-9"1C%A=E #=19 &%EE C?5"=BB?1/%A@ 9? 9*" =##E%"/ B*=A@" %A 9*" 0=BJ0?A" =A@E",6 ^?&"5"1F >?4 B=A B*??," 9? E"9 C?5" 9*" b-9"1C%A=E #=19 ?D 9*" #1?9"%A 0> 1"C?5%A@ 9*" B*"BJC=1J ?D 9*" E=,9 %9"C ?D 9*" !""#  C"A4 e G"D, 'S),&? 3%&) =;&5(@ +45[+/5 '4%(@,/fF ?1 0> BE%BJ%A@ 9*" ,C=EE 0?< uQ;bv ?A 9*" 4##"1 E"D9 B?1A"1 ?D 9*" N%?%64%(=&%( +#")  &%A/?&

     78!9 :)? C=J" 0=BJ0?A" 9?1,%?A=E B*=A@", 9*=9 =DD"B9 ?AE> = #=19 ?D = #1?9"%AF 9*" #=19 9? 0" =E9"1"/ B=A 0"/%,B?AA"B9"/ D1?C 9*" 1",9 ?D 9*" #1?9"%A e M;5#=PM&,%E M%6E$"(,fF =A/ 9*"A 1"B?AA"B9"/ =D9"1&=1/,

    e M;5#=P-5@%), M%6E$"(,f6

    GA ! C--% =//%A@ ?1 1"C?5%A@^-0?A/,fF ?1 9? /%,B=1/ = #=19 ?D = #1?9"%A 9? ,=5" 914AB=9"/ #1?9"%A, e"6@6 0> 1"C?5%A@ ?A" B*=%Af6 )*"%A5"1," ?#"1=9%?AF &*%B* B?A,%,9, ?D B1"=9%A@ A"& "A9%9%", 0> C"1@%A@ E=>"1,F %, /"5"E?#"/ %A #?%A9

    KKTf6

    ,/6="-0/"

    2A/"1 9*" M;5#=  C"A4 ,"E"B9 = B?CC=A/ 9? =B*%"5" ?A" ?D 9*" D?EE?&%A@ =B9%?A,:

     K;3&9  7"?4 #%BJ 9&? =9?C, 9? C=A4=EE> =// =A ^-0?A/ %A 0"9&""A 9*"C6 b?9" 9*=99*"," C=A4=EE> =//"/ 0?A/, =1" A?9 ,=5"/ %A 9*" .!c D%E"F =A/ &%EE 0" E?,9 =A>9%C" >?41"-B?C#49" 9*" ^-0?A/,6 e2,"D4E D?1 D%A=E #?E%,* ?D = ,B"A"F &*"A 9*" !""#/P'"?3;), QS$"(=/ B?CC=A/ *=, C%,,"/ 9*" 5"1> ,#"B%=E ^-0?A/ >?4 &=A9"/ 9? 1"A/"1F ,"" #?%A9 KMKf6

     R== Q.=&"@,(/   R//, C%,,%A@ #?E=1 *>/1?@"A =9?C,F =BB?1/%A@ 9? 3OV`V+]Z 9?#?E?@>6 d-1=> /"1%5"/,914B941", A?1C=EE> /? A?9 B?A9=%A *>/1?@"A #?,%9%?A,6G=1A%A@: =##E>%A@ 9*%, D4AB9%?A B411"A9E> 1"04%E/, =EE ^-=9?C, ?D 9*" E=>"16

     R== QB8   R &=9"1 C?E"B4E" &%EE 0" =//"/ =9 L6Z z ?D 9*" #%BJ"/ =9?CF %A = E?B=9%?A &*"1" %9 /?",A?9 BE=,* 9?? C4B* =A/ &*"1" %9 %, =0E" 9? /? ^-0?A/,6 e2,"D4E 9? =// &=9"1 C?E"B4E", 9?= ,914B941" =A/ 9? "5=E4=9" 9*"%1 #?,%9%?Af6

     K;3&9  7"

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    51/145

    R!$RbQW! !WW.$HWG QV``Rb!+ YT

    ;6773 =B9%5" E=>"16 )*%, &%EE A?9 =##E> 9? ^W)R)`@1?4#, 4AE",, >?4 *?E/ 9*" Q91E J"> &*%E" %A5?J%A@ 9*%, B?CC=A/6 eg?4 C%@*9 A""/ 9?1"C?5" ^ ,%AB" !""#$%"& C=> ?BB=,%?A=EE> C%,,-%/"A9%D> A?A-*>/1?@"A =9?C, =,*>/1?@"A,F /"#"A/%A@ ?A *?& 9*" %A/%5%/4=E =9?C, *=5" 0""A A=C"/F &*%B* %, ,?C"9%C",/?A" %AB?11"B9E> D?1 9&?-E"99"1, "E"C"A9 =001"5%=9%?A,F %6"6 ^"F ^DF ^@F =A/ ^? C%@*9 E??J E%J" *>/1?@"A,f6

     N,?"D, Q.=&"@,(/X7"( +"#%&Y

    +=C" =, 0"D?1"F 049 ?AE> D?1 A?A-#?E=1 ^6 )*%, #1?/4B", BE"=A"1 #%B941", ?D b`O ,914B941",F D?1 " 9*" B?AA"B9%?A, ?D:

    • 

    *"9"1?@1?4#, &1?A@E> B?AA"B9"/ %A ,?C" .!c D%E",F• 

    *"9"1?@1?4#, 0=/E> B?AA"B9"/ 0> 9*" =49?C=9%B 1"B?AA"B9%?A =E@?1%9*C 9*=9 !""#$%"& 4,", &*"A A?QVbWQ) B=1/, =1" #1","A9 %A .!c D%E",6

    GK ! D"+6/%"?4 B=A ,94/> 9*" /%DD"1"A9 ,%/"B*=%A ?1%"A9=9%?A, =A/ ?#9%C%U"

    9*"C %A ?1/"1 9? C=J" @??/ B?A9=B9,6 HD 9*%, B=AA?9 0" =B*%"5"/F %9 B?4E/ 1"DE"B9 = C%,=E%@AC"A9 0"9&""A 9*" #1?9"%A 9? 0" C?/"E"/ =A/ 9*" 9"C#E=9"6G*"A ,94/>%A@ C49=9%?A,F >?4 B=A ,"" %D = ,#"B%D%B 1",%/4" *=, = B*=AB" 9? D%9 &"EE %A 9*" ,914B941"F=BB?1/%A@ 9? %9, /%DD"1"A9 ,%/"B*=%A ?1%"A9=9%?A,6

    ,/6="-0/"

    +"E"B9 9*" 1",%/4", &*?," ,%/"B*=%A A""/ 9? 0" 1"-?1%"A9=9"/6 QE%BJ !""#/PI5F C,#,6),= C5=,64%5(/: =,40C"A4 =EE?&, D%A/%A@ 9*" 0",9 1?9=C"1, =BB?1/%A@ 9? 9*" 9*1"" D?EE?&%A@ 9"B*A%X4",:

    +""&/IG3= :*&*7$*9 :39*78)3#/ =6773"9f

    )*%, C"9*?/ %, 9*" C?,9 9*?1?4@*6 H9 91%", 9? C%A%C%U" 9*" "A"1@> B?C#49"/ =, =B?C0%A=9%?A ?D 3OV`V+]Z "A"1@> =A/ C49=9%?A ,B?1" e^-0?A/, =A/ BE=,*",f6

     78!9 :)*" X4=E%9> ?D D%9 %, /"9"1C%A"/ =BB?1/%A@ 9? 9*" D?1C4E= @%5"A %A RAA"< Y: `49=9%?A,6

    GZ ! D3

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    52/145

    !""#$%"&`=A4=EYZ

    G%9* #"/=@?@%B #41#?,",F !""#$%"& ?DD"1, = B?CC=A/ 9*=9 E"9, >?4 1=A/?CE> 91=A,E=9" =EE =9?C, ?D ,"E"B9"/ @1?4#,6

    HQ37#2"* 69 3##2%=35%6<

    g?4 B=A =E9"1 9*" #?,%9%?A ?D =EE =9?C, ?D = C?E"B4E" %A ?1/"1 9? ,"" 9*" "DD"B9, ?D =A O`+ B?C#49=9%?A?1 =A "A"1@> C%A%C%U=9%?A6

    ,/6="-0/"QE%BJ   !""#/PN%(="?5b, C,#,6),= 2&";3/  9? 1=A/?CE> 91=A,E=9" =EE =9?C, ?D ,"E"B9"/ @1?4#, ?A 9*"'"()&"# +%(,# 6 g?4 &%EE 0" #1?C#9"/ D?1 9*" 91=A,E=9%?A /%,9=AB"F 9? 0" "A9"1"/ %A !6 )*" O`+/ eO??9`"=A +X4=1"/ /"5%=9%?Af 0"9&""A 9*" ?1%@%A=E B??1/%A=9", =A/ 9*" =E9"1"/ ?A", &%EE 0" "X4=E 9? 9*%,5=E4"6

    GM ! C25"/% B?C#49"/ e,"" RAA"< Y: +"B?A/=1>,914B941" /"9"B9%?Af6 )*%, B?C#49=9%?A C%@*9 C%,%A9"1#1"9 9*" ,"B?A/=1> ,914B941" %A =C0%@4?4,

    1"@%?A,F ?1 &*"A"5"1 ?A" 1",%/4" B=A 0" B?A,%/"1"/ =, 0"E?A@%A@ 9? 9&? ,"B?A/=1> ,914B941" "E"C"A9,=9 9*" ,=C" 9%C"6 )*" A"9 1",4E9 %, 9*=9 9*" 1%00?A e/1=&A =BB?1/%A@E> 9? 9*" C"9*?/ ?D Q=1,?AF K]_8f/?", A?9 E??J =, A%B" =, %9 B?4E/6 R ,"9 ?D B?CC=A/, =EE?&, =E9"1%A@ 9*" 1%00?A 5%,4=E%U=9%?AF 9? *"E#C=J%A@ A%B"1 %C=@",6 )*"," B?CC=A/, /? A?9 =B94=EE> C?/%D> 9*" ,914B941" ?D C?E"B4E",F =A/ &%EE ?AE>=DD"B9 9*" 1"A/"1%A@ eA?9" 9*=9 9*"," C?/%D%B=9%?A, =1" A?9 ,=5"/ %A !""#$%"& D%E", =A/ =1" E?,9 &*"A!""#/PL,),6) C,6"(=%&. C)&;6);&, %, =##E%"/f6

    HQ37#2"* 69 3##2%=35%6<

    g?4 B=A 91> 9? %C#1?5" = #1?9"%A %C=@"6 \?1 " D?EE?&"/ 0> = *"E%"/ =, α-*"E%

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    53/145

    R!$RbQW! !WW.$HWG QV``Rb!+ Y8

    ;6"/ 9? E"9 >?4 "A9"1   =,"X4"AB" ?D =C%A? =B%/, ?1 = .OV+H)W #=99"1A:

    !""#$%"& &%EE 9*"A E??J D?1 9*%, ,"X4"AB" %A 9*" B411"A9E> =B9%5" E=>"16 HD 9*" ,"X4"AB" %, D?4A/F 9*%, &%EE 0","E"B9"/ %A 9*" '"()&"# +%(,

    QE%BJ 9=5)P I5(= 7,F) 9? D%A/ 9*" A""1 9*=9 C=9B*", >?41 "A9"1"/ ,"X4"AB"6

     78!9> )*" B411"A9 ,"99%A@, D?1 =EE?&"/ C%,C=9B*", &%EE =E,? =##E> D?1 ?9*"1 ,"=1B* D4AB9%?A,F "6@6j+"=1B* D?1 .1?,%9" .=99"1A,j6

    GG ! )"3/=4% =B9%5" E=>"1 %, ,"=1B*"/ D?1 .OV+H)W #=99"1A, 9*=9 C=9B* =A> D1=@C"A9 ?D 9*" =C%A? =B%/,"X4"AB"6

    HQ37#2"* 69 3##2%=35%6<

    HA *?C?E?@> C?/"E%A@F D%A/%A@ %/"A9%B=E .OV+H)W #=99"1A, %A 9*" 9=1@"9 =A/ 9*" 9"C#E=9" ,"X4"AB",*"E#, 1"D%A%A@ 9*"%1 C=A4=E =E%@AC"A9 e,"" #?%A9 K7Lf6

    ,/6="-0/"

    +"E"B9 9=5)PC,%&64 1"& +N8C0!9 3%)),&(: !""#$%"& E??J, D?1 9*" ?BB411"AB" ?D =EE ,#"B%D%B .OV+H)W #=99"1A,6 RA %A9"1=B9%5" 1",4E9 E%,9 %, /%,#E=>"/ e,"" D%@41" 0"E?&f6

     78!9 :.OV+H)W #=99"1A, =1" /"D%A"/ %A 9*" 3&"/5),B?,>E=9%?A ,%9",F "9Bf: >?4 A""/ 9? *=5" /?&AE?=/"/ 9*" E=9",95"1,%?A ?D A%"/3$*N9)$ F D1?C 455#R\\&&&>"Q#3*:>6/1\#/6*%5"F =A/ #E=B"/ %9 %A9? >?41 ;/%/$;11  /%1"B9?1>6

    WA9"1 *"1" ?A" ?D 9*" D?EE?&%A@:- 

    =A =C%A? =B%/ ,"X4"AB" %A ?A"-E"99"1 D?1C=9F &*"1" =X4",9%?A C=1J C"=A, =A> 1",%/4": D?1 "B?,>E=9%?A ,%9"6

    WA9"1 *"1" 9*" A4C0"1 ?D =EE?&"/ C%,C=9B*", &%9*%A9*" ,"=1B* #=99"1A6

    Q*"BJ 9*%, %9"C 9? *%@*E%@*9 9*" 1",%/4", ?A 9*"2&%3456 &%A/?&6 2A-B*"BJ%A@ 9*%, %9"C &%EE ?AE>,"E"B9 9*" 1",%/4",6

     O93$IG3#9 :*T;*#7*R G3#9 :*T;*#7* S (6J:0+O A)$$*%# -%3261

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    54/145

    !""#$%"&`=A4=EY_

    @UU ! )"3/=4%"16

    HQ37#2"* 69 3##2%=35%6<

    3%5"A = C?E"B4E"F >?4 B=A D%A/ ?9*"1 #1?9"%A, &%9* = ,%C%E=1 ,"X4"AB"F D?1 C?/"E%A@ #41#?,",6

    ,/6="-0/"2A/"1 9*" 9=5)  C"A4F ,"E"B9 ?A" ?D 9*" D?EE?&%A@ B?CC=A/,:

     O93$  7"6

    !?%A@ ,4BB",,%5" M-RC! ,"E"B9%?A, &%EE @"A"1=9" A"& $#%/)

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    55/145

    R!$RbQW! !WW.$HWG QV``Rb!+ Y]

     78!9> )*"," D4AB9%?A, 1"X4%1" A"9&?1J =BB",,F 9*" !""#$%"& b"9&?1J .1"D"1"AB", C4,9 0" ,"9B?11"B9E>6

     b4C0"1 ?D ,"E"B9"/ == D?1 9*"X4"1> eLTf6

    - +"=1B*"//=9=0=,": W=, = 9"

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    56/145

    !""#$%"&`=A4=ETM

    => ;67#05%/1?@"A =9?C %, &%9*%A = /%,9=AB" 1=A@%A@ 0"9&""A K6L=A/ L68Z z ?D = jB?C#=9%0E"j ^-RBB"#9?1 =9?C6 G*"A *>/1?@"A =9?C, =1" =0,"A9F ^-0?A/, =1"/1=&A 0"9&""A ^-!?A?1 =A/ ^-RBB"#9?1 =9?C, %D 9*" /%,9=AB" ^-!?A?1----^-RBB"#9?1 %, B?C#1%,"/ 0"9&""A L67T =A/ 76L z6 ^-0?A/, &%9*%A 9*%, /%,9=AB" 1=A@" =1" /1=&A =, @1""A /?99"/ E%A",F &"=J"1 ^-0?A/, e" /"D=4E9f =##"=1 %A @1=>6 G*"A = @1?4# %, =9 =A ^-0?A//%,9=AB" ?D ,"5"1=E ?9*"1 =9?C,F =EE #?,,%0E" ^-0?A/, =1" /1=&AF &%9* A? =99"C#9 9? B*??," 9*" 0",9?A"6 !%,9=AB" ,"99%A@, B=A 0" C?/%D%"/ %A 9*"  QS$"(=/ =,),6)5"( )4&,/4"#= /%=E?@  e,"" #?%A9 KZMF +&,1,&,(6,/ C"A4f6

    •  RA@E" B?A,91=%A9,: &*"A *>/1?@"A =9?C, =1" #1","A9F ^-0?A/, =1" /1=&A %D 9*" =A@E" ^-!?A?1---^=9?C---^-RBB"#9?1 %, ,4#"1%?1 ?1 "X4=E 9? KLM|6 G*"A *>/1?@"A =9?C, =1" =0,"A9F %9 %, A?9 #?,,%0E"9? B?C#49" 9*%, =A@E"F =A/ ^-0?A/, =1" /1=&A 0"9&""A = ^-!?A?1 =A/ =A ^-RBB"#9?1 =9?C, %D 9*"=A@E" .1"5%?4,R9?C----^-!?A?1---^-RB"#9?1 ?1 ^-!?A?1---^-RBB"#9?1---b"

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    57/145

    R!$RbQW! !WW.$HWG QV``Rb!+ TK

    HQ37#2"* 69 3##2%=35%6<

    Q?C#49%A@ ^-0?A/, E"9, >?4 5%,4=E%U" #?E=1 %A9"1=B9%?A, %A 9*" #1?9"%A6 G*"A C?/"E%A@ ,914B941",F 9*%,C%@*9 0" 4,"D4E 9? #1?#"1E> #E=B" ,%/" B*=%A,F %6"6 C=J%A@ = C= /1=&A ?A 9*" 2&%3456 &%A/?&F =BB?1/%A@9? 9*" /%,9=AB" =A/ =A@E", B?A,91=%A9, @%5"A =0?5"6

     78!9 :Q"19=%A =9?C, B=A 0"*=5" =, ^-!?A?1, ?1 =, ^-RBB"#9?1,F /"#"A/%A@ ?A B"19=%A B?A/%9%?A,6 )*"1"D?1"F&*"A *>/1?@"A =9?C, =1" A?9 " #1","A9F %9 C%@*9 0" #?,,%0E" 9? D%A/ "11?A"?4, #1"/%B9%?A, ?D ^- 0?A/, B?C#49"/ 0"9&""A 9&? ^-!?A?1, ?1 0"9&""A 9&? ^-RBB"#9?1,6 )*"," "11?A"?4, ^-0?A/, B=A 0"1"C?5"/ 0> BE%BJ%A@ M;5#=PN,?"D, QS$"(= 6

    @UV ! ;67#05% 9*" #1?@1=C `+`+ e+=AA"1 P VE,?AF K]]Zf

    • 

    &1%99"A 0> 9*" #1?@1=C 3OR+. e^?A%@ "9 =E6 K]]Kf6

    `?E"B4E=1 ,41D=B", B=A 0" B?E?1"/ %A = ,%C%E=1 C=AA"1 =, =EE ?9*"1 @1=#*%B=E ?0a"B9,:• 

    \%1,9 ,"E"B9 %6) "( C;&1%6, %A 9*" '"#"&  C"A4 e,"" #?%A9 ZLf ?1 %A 9*" '"()&"# +%(,#  *"=/"1 e,"" #?%A9_Kf6

    • 

    )*"A ,"E"B9 =A> ?D 9*" B?E?1%A@ D4AB9%?A, %A 9*" B?E?1 C"A4 ?1 4," 9*" B?A91?E #=A"E 9? =,,%@A,#"B%D%B B?E?1,6

    )*" /"D=4E9 =##"=1=AB" ?D = C?E"B4E=1 ,41D=B" %, /"D%A"/ %A 9*" +;&1%6, 3&,1,&,(6,/ /%=E?@ e,"" #?%A9KTZfF &*%B* ?DD"1, 9*1"" /%DD"1"A9 ,41D=B" B?E?1,F 0> '%D5).F R)"? !.3, ?1 9#,6)&"/)%)56 +"),()5%# :

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    58/145

    !""#$%"&`=A4=ETL

    Q?C#49%A@ = C?E"B4E=1 ,41D=B" =EE?&, %/"A9%D>%A@ %A9"1A=E B=5%9%", 0%@ "A?4@* D?1 = &=9"1 C?E"B4E":• 

    ?A 9*" C;&1%6, +&,1,&,(6,/ /%=E?@ e,"" #?%A9 KTZfF ,"E"B9 9*" Q=5%9> L,1%;#) /;&1%6, '"#"& F• 

    B?C#49" 9*" C?E"B4E=1 ,41D=B"F• 

    /%,#E=> 9*" C;&1%6, %(= '%D5)5,/ &%A/?&:

    c"D?1" >?4 B?C#49" = C?E"B4E=1 ,41D=B"F %9, /1=&%A@ X4=E%9> B=A 0" ,"9 ?A 9*" C;&1%6, +&,1,&,(6,//%=E?@ 0> "A9"1%A@ = 5=E4" D1?C K e&?1,9 X4=E%9>f 9? Z e0",9 X4=E%9>f6 )*%, %, %C#?19=A9 0"B=4," =1"=,=A/ 5?E4C", ?D B=5%9%", /"#"A/ ?A 9*" /1=&%A@ X4=E%9>:

    !/3&%9*"," B?E?1, >?4 D%1,9 A""/ 9? B?C#49" 9*" "E"B91?,9=9%B #?9"A9%=Ee,"" #?%A9 KM7f6

    K

    L

    7

    2," 9*" '"()&"# +%(,#  9? =,,%@AB?E?1, ?D >?41 ?&A B*?%B" 9? =

    B?C#49"/ C?E"B4E=1 ,41D=B":K- ?A 9*" /;&1%6, *"=/"1F ,"E"B9

    ?"#,6;#%&  ,41D=B"FL- ,"E"B9 9*" @1?4#, D?1 &*%B* >?4

    &=A9 9? B?E?1 9*" ,41D=B"F7- ?A 9*" B?E?1 *"=/"1F ,"E"B9 9? B?E?1 

    ,41D=B",F =A/ 9*"A BE%BJ 6"#  9?/%,#E=> 9*" B?E?1 #=E"99" &*"1" >?4B=A B*??," = B?E?16

    ;626/%/"B1"=,%A@ ,%U": BE%BJ =E%A" 9? B"A9"1 9*" 5%"& ?A9*" B?11",#?A/%A@ B=5%9>k+*%D9rQ91E BE%BJ = E%A" 9?

    B"A9"1 =A/ /%,#E=> ?AE>9*" 1",%/4", ,411?4A/%A@9*" B=5%9>6

    +41D=B" ezL

    f =A/ 5?E4C" ez7

    f?D 9*" C?E"B4E=1 ,41D=B" =A//"9"B9"/ B=5%9%",6

    Q*"BJ *"1" 9? /%,#E=> ?A 9*"2&%3456 &%A/?& 9*" C?E"B4E=1 ,41D=B" =A/ 9*" /"9"B9"/ B=5%9%",6

    U3#9">I:;%1)7* )#9 !)

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    59/145

    R!$RbQW! !WW.$HWG QV``Rb!+ T7

     78!9>!%DD"1"AB", %A 9*" /1=&%A@ X4=E%9> 0"9&""A E"5"E, K-LF 7-YF =A/ T-Z /"#"A/, ?A 9*" A4C0"1 ?D 91%=A@E",B?A,%/"1"/6 )*" 3==0/3=: ?D 9*" ,41D=B" =A/ 5?E4C" B?C#49=9%?AF =, &"EE =, 9*" B=5%9> /"9"B9%?A =1"=E,? /"#"A/"A9 ?A 9*%, 5=E4"6

    @UI ! ;67#05%?4 B?C#=1" 9*"%1 1"E=9%5" =0%E%9> 9? =991=B9 ?1 1"#4E," ?9*"1 C?E"B4E", uNE=##"1 ,) %#%A@ 9*" /%,91%049%?A?D 9*" "E"B91%B B*=1@" =9 9*" C?E"B4E=1 ,41D=B" =EE?&, ,94/>%A@ #1?9"%A-#1?9"%A ?1 #1?9"%A-,40,91=9"%A9"1=B9%?A,6

    ,/6="-0/"

    !""#/P'"?3;), 9#,6)&"/)%)56 +"),()5%# : 9*" 9#,6)&"/)%)56 +"),()5%#  /%=E?@ %, /%,#E=>"/F &*"1" >?4 B=A,"9 ,"5"1=E B?C#49%A@ ?#9%?A,:

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    60/145

    !""#$%"&`=A4=ETY

    WE"B91?,9=9%B #?9"A9%=E C=#, B=A =E,? 0" E?=/"/ %A 9&? /%DD"1"A9 D%E" D?1C=9,:• 

    C=#, B?C#49"/ =A/ ,=5"/ D1?C = #1"5%?4, !""#$%"& ,",,%?A el6,#*fF•  C=#, B?C#49"/ 0> " C=#, #1"D"1"AB", %, A?9 5"1>B?*"1"A96 c49 0?9* "E"B91?,9=9%B #?9"A9%=E, =A/ "E"B91?A /"A,%9> C=#, =1" @1%/-0=,"/F =A/ %9 &=, D=,9"1 9?%C#E"C"A9 %9 9*%, &=>6 R ,#"B%D%B /%=E?@ D?1 ,"99%A@ "E"B91?,9=9%B #?9"A9%=E, &%EE 0" #1?5%/"/ %A 9*"D4941"6

    \?1 ,"99%A@ 9*" +%&%?,),&/ =A/'"?3;)%)5"( G,)4"=  ,"" #?%A9

    KT86

    - Q*"BJ \,,3 G%3 9? /%,#E=> 9*""E"B91%B D%"E/ ,#1"=/%A@ ?49 %A9?9*" ,?E5"A9F ,"" 0"E?& D?1 D419*"1 C=A%#4E=9%?A,6

    - Q*"BJ G%3 +"),()5%# )" C;&1%6,9? /%,#E=> 9*" "E"B91%B B*=1@" ?D 9*" C?E"B4E=1 ,41D=B"6 b?9%B" 9*=9>?4 C4,9 *=5" B?C#49"/ =C?E"B4E=1 ,41D=B" D%1,96

    - WA9"1 *"1" 9*" B49?DD 5=E4", ?D 9*""E"B91%B B*=1@" e%A J);"f 9? ,"9 9*"B?E?1 @1=/%"A9F %A 9*%, "0?=1/ &%EE %AB1"=," ?1 /"B1"=," 0?9* B?A9?41%A@ 5=E4", =A/ 1"D1",* 9*"/%,#E=> ?D 9*" B?A9?41, %A 1"=E 9%C"6

    )*" B?A9?41%A@ 5=E4" ?D 9*" D%1,9 B?A9?41 %A 9*" 9LG  0(1"/ &%A/?& %, /%,#E=>"/ ?A 9*" !""#$%&  e"6@6 M6_M

    J);"f6

    $%*032%_%

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    61/145

    R!$RbQW! !WW.$HWG QV``Rb!+ TT

    @UA ! B/%3 C=#, e,"" #?%A9 KKKf =1" /1=&A =, #E=%A E%A", ?1 /?99"/ E%A",F %9 %, A?9 #?,,%0E" 9? /1=& 9*"C =, ,?E%/ ?1 91=A,#=1"A9,41D=B" B?A9?41,F 4AE",, 9*"> =1" D%1,9 91%=A@4E=9"/F %6"6 B?A5"19"/ %A9? ,41D=B",6

    HQ37#2"* 69 3##2%=35%6 9? ?09=%A A%B"1 #%B941", &*"A 4,%A@ .V$-O=> ?1 V#"A3[6 b?9" 9*=9 9*"%1 1"=E 9%C" /%,#E=> &%EE 0" D=,9"1 049 9*=9F %A B?4A9"1#=19F >?4 &%EE E??," 9*" #?,,%0%E%9> 9? =E9"1 9*"B?A9?41%A@ 5=E4",6

    ,/6="-0/"!""#/P!&5%(@;#%), G%3: 9*" B411"A9 B?A9?41, ?D =A "E"B91?A /"A,%9> C=# ?1 =A "E"B91?,9=9%B #?9"A9%=EC=# =1" 91=A,D?1C"/ %A9? = ,41D=B":

     78!9 :Q411"A9E>F "=B* E=>"1 B=A *=5" ?AE> ?A" ,41D=B" ?0a"B96 )*%, C"=A, 9*=9 9&? E=>"1, =1" A""/"/ 9?/%,#E=> = C?E"B4E=1 ,41D=B" =A/ = 91%=A@4E=9"/ C=# =9 9*" ,=C" 9%C"6

    @UK ! ;67#05%?4 X4%BJE> 5%,4=E%U"&*%B* 1"@%?A ?D 9*" =E%@AC"A9 C%@*9 0" &1?A@ e.. 5=E4", =0?5" U"1? %A/%B=9" 9*=9 9*%, =11=A@"C"A9 %,A?9 ?0,"15"/ %A 9*" ,"9 ?D #1?9"%A ,914B941", 9*=9 &=, 4,"/ D?1 9*" 91=%A%A@ ?D 9*" ..f6

    )"55% 9*" B?A9?41,6L- W/%9 *"1" 9*" B?A9?41%A@ 5=E4",F7- R,,%@A = B?E?1 9? "=B* B?A9?41 e= 0E4" #?,%9%5"

    B?A9?41 =A/ = 1"/ A"@=9%5" B?A9?41 =1" @%5"A 0>/"D=4E9f6

    Y- QJ"BJ 9*"," %9"C, 9? /%,#E=> /?99"/ B?A9?41,e#E=%A"/ E%A", &%EE 0" 4,"/ ?9*"1&%,"fF

    T- Q*"BJ 9*"," %9"C, D?1 = B?=1," /1=&%A@ =E?A@ 9*"F =A/ U =

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    62/145

    !""#$%"&`=A4=ETZ

    ,/6="-0/"

    !""#/P'"?3;), 9(,&@. X!4&,%=5(@Y> 9*" C"=A D?1B" #?9"A9%=E ?D "=B* 1",%/4" %, B?C#49"/6 QE%BJ J5(="KPR#5@(?,()  9? ?#"A 9*" R#5@(?,()  &%A/?&F =A/ /%,#E=> %9, =,,?B%=9"/ @1=#* 0> BE%BJ%A@ ?A 9*",C=EE =11?& A" =B9%5" E=>"1 %, B?C#49"/ 4,%A@ = #=19%=E%C#E"C"A9=9%?A ?D 9*" 3OV`V+]Z D?1B" D%"E/6 Q?C#49"/ \\ 5=E4", B=A 0" #E?99"/ =@=%A,9 9*" =C%A?=B%/ ,"X4"AB" =A/F ?A 9*" 2&%3456 &%A/?&F 9*" 1",4E9%A@ D?1B" =9 "=B* =9?C B=A 0" /%,#E=>"/6

    HQ37#2"* 69 3##2%=35%6<

    c?9* /%,#E=>%A@ 9*" 1",4E9%A@ D?1B" =9 "=B* =9?CF =A/ #E?99%A@ 9*" \\ 5,6 9*" =C%A? =B%/ ,"X4"AB"F &%EEE"9 >?4 X4%BJE> 5%,4=E%U" #=19, ?D 9*" ,914B941" &%9* %AB?11"B9 @"?C"91> ?1 9?? BE?," B?A9=B9,6

    ,/6="-0/"

    !""#/P'"?3;), 9(,&@. XI"&6, I5,#=Y> = /%=E?@ =##"=1, %A &*%B* >?4 B=A %ABE4/" ?1 " BE%BJ%A@ I5#,P83,( !,F) I5#, ?D 5"1> /%,9?19"/ 1",%/4", 0"D?1" #"1D?1C%A@ =A "A"1@> C%A%C%,=9%?A &%9* =EE #=1=C"9"1,

    "A=0E"/6

    )*" *?1%U?A9=E E%A" %, D?1 ..xM: #?%A9, E>%A@ =0?5" B?11",#?A/ 9? =C%A? =B%/, ,411?4A/"/ 0> =A=11=A@"C"A9 ?D 1",%/4", A?9 D1"X4"A9E> ?0,"15"/ %A 9*" ,"9 9*=9 &=, 4,"/ 9? /"1%5" 9*" #?9"A9%=E6

    +""&/I!"5A;$* O#*%4. V+8%*)93#4WL 54/"3-%"16

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    63/145

    R!$RbQW! !WW.$HWG QV``Rb!+ T8

    )*" WA"1@> O"#?19F E%J" =A> ?9*"1 9" ?A 9*" 2&%3456 &%A/?& 9*" 1",4E9%A@ D?1B" =9 "=B* =9?CF BE%BJ L5/3#%.PC4"K I"&6,/6 )*","&%EE =##"=1 =, /?99"/ ,"@C"A9, %A 9*" /%1"B9%?A ?D 9*" D?1B"F B?E?1"/ %A = @1=/%"A9:

    M Na;C?E • LTMM Na;C?E • TMMM ?1 C?1" Na;C?E/=1J 0E4"   @1""A   1"/

    @UM ! ;67#05% %9"1=9%5" D?1B" D%"E/ B=EB4E=9%?A,D?EE?&"/ 0> ,914B941=E =/a4,9C"A9,6

    HQ37#2"* 69 3##2%=35%6<

    G*"A"5"1 = #1?9"%A %, /%,9?19"/ eD?1 "%A@ C49=9%?A, ?1 9?1,%?A,F ?1 =D9"1 1"B?A,914B9%A@ E??#,fF B?C#49%A@ =A "A"1@> C%A%C%,=9%?A B=A 1"#=%1 /%,9?19"/ @"?C"91%", 0> C?5%A@=9?C, 9? 1"E"=," %A9"1A=E B?A,91=%A9,6

    ,/6="-0/"

    \%1,9 ?D =EEF BE%BJ  +&,1,&,(6,/P9(,&@. G5(5?5/%)5"(: = /%=E?@ E"9, >?4 =/a4,9 9*" C%A%C%,=9%?A #=1=C"9"1, e,"" #?%A9 KT]f:

    RC%A? =B%/, E%,9eA=C"F B*=%A H!FA4C0"1f6

    +""&/I!"5A;$* O#*%4. VG"%7* G3*&9WL H

    \\ e%A Jh;C?Ef B?C#49"/ D?1 "=B* B?A,%/"1"/ ?0a"B96   )?9=E \\e%A Na;C?Ef6

    - E=>"1 A=C"F =A/ 9?9=EC?E"B4E=1 \\F

    - C?"")4je C"=A, 9*=9 9*""A"1@> ?D "=B* 1",%/4" &%EE 0" 9*" =5"1=@" ?D %9,"ED #E4,9*" "A"1@> ?D K DE=AJ%A@1",%/4" ?A "=B* ,%/"6 QE%BJ  /?"")4 9? "/%9 9*" A4C0"1 ?D DE=AJ%A@ =C%A? =B%/, 9? 0" B?A,%/"1"/F

    - BE%BJ I"&6, I5,#=  9? 9?@@E"D1?C 9*%, @1=#* 9? 9*" ..@1=#*6

    )*" *?1%U?A9=E E%A" %, D?1 \\xM Jh;C?E: #?%A9, E>%A@ =0?5" B?11",#?A/9? =C%A? =B%/, %A 4A-D=5?1"/ @"?C"91%",6

    +""&/I!"5A;$* O#*%4. VG"%7* G3*&9WL g6/=" g%"2-

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    64/145

    !""#$%"&`=A4=ET_

    VA 9*" '"()&"# +%(,# F ,"E"B9 9*" 1",%/4", D?1 &*%B* >?4 &=A9 9? C%A%C%U" 9*" D?1B" D%"E/ "A"1@>F =A/BE%BJ !""#/P9(,&@. G5(5?5b%)5"(6 )*" D?1B" D%"E/ ?D 9*" ,"E"B9"/ =9?C, %, C%A%C%U"/6 .1?5%/"/ 9*=9 9*"C4"K 9(,&@. N,3"&)  %9"C %, B*"BJ"/ ?A 9*" 9(,&@. G5(5?5b%)5"( +&,1,&,(6,/ /%=E?@F =A WA"1@> O"#?19%, /%,#E=>"/ =A/F ?A 9*"  R#5@(?,()  &%A/?&F 9*" D?1B" D%"E/ @1=#* %, #E?99"/ e,"" #?%A9 KMZf6 VA 9*"2&%3456 &%A/?&F 9*" ,914B941" ?D 9*" C%A%C%U"/ C?E"B4E" %, 4#/=9"/6

     78!9 :

    QE%BJ I5#,PC%D, N,?"), k"$ 9? ,=5" 9*" B??1/%A=9", =A/ 1"E=9"/ B?CC=A/ D%E", A""/"/ 9? 14A ?A" ?D 9*" 9*1"" ,914B941" 1"D%A"C"A9 #=BJ=@",: 'QRNGO RGM9N %(= 2N8G8C ,(,&@. ?5(5?5b%)5"( V"$/6g?4 C%@*9 A""/ 9? "/%9 9*" D%E", C=A4=EE>F 049 9*%, %, = @??/ D%1,9 =##1?=B*6 )*%, ?#9%?A %, B411"A9E>/"#1"B=9"/ ,%AB" 9*" 3OV`V+]Z D?1B" D%"E/ *=, 0""A %C#E"C"A9"/ %A !""#$%"&F 049 %9 *=, A?9 0""A1"C?5"/F =, %9 C=> 0" 4,"D4E 9? /? C?E"B4E=1 />A=C%B,6

    -> ;/:*532261/3#4%= =6773,9=EE?@1=#*%B 4A%9 B"EE %AD?1C=9%?Ak QOg+) 1"B?1/f6

    HQ37#2"* 69 3##2%=35%6<)1=A,E=9%A@ B?#%", ?D C?E"B4E", %A B?Aa4AB9%?A &%9* =##E>%A@ ,>CC"91> ?#"1=9%?A, B=A 0" 4,"/ 9?" 1"#?19 e,"" #?%A9 KMZf6

    +"E"B9 0"9&""A:- 

     -"6E ("(S/,#,6),= &,/5=;,/: ?AE> ,"E"B9"/1",%/4", &%EE 0" C%A%C%U"/F

    - H/, %( 4%&?"(56 6"(/)&%5() : "A9"1 = D?1B"

    eNh;C?Ef =B9%A@ ?A ,"E"B9"/ =A/ A?A-,"E"B9"/ 1",%/4", 9? =/a4,9 C%A%C%U=9%?A,6Q*"BJ -"6E['"(/)&%5() 5/ 1"& 'R "(#. 9?1",91%B9 9*" E?BJ ?1 B?A,91=%A9 9? QR6

    WA9"1 = 5=E4" 9? ,9?# C%A%C%U=9%?A &*"A9*" B*"BJ"/ ?#9%?A %, 5"1%D%"/ e%A =//%9%?A9? 9*" /"D=4E9 ,9?# =D9"1 B?C#E"9%?A ?D 9*","E"B9"/ A4C0"1 ?D B>BE",f6

    WA=0E" ?A"F 9&?F ?1 9*1"" B>BE", ?D ( ,9"#,?D +9""#",9 !",B"A9 eB411"A9E> 9*" ?AE>=5=%E=0E" "A"1@> C%A%C%U=9%?A C"9*?/f6

     O#*%4. E3#353/)$3"# (%*1*%*#7*/ -%3261>

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    65/145

    R!$RbQW! !WW.$HWG QV``Rb!+ T]

     78!9 :)*" 4A%9 B"EE C4,9 0" /%,#E=>"/ ?A 9*" 2&%3456 &%A/?&: 9*%, B=A 0" =B*%"5"/ 0> B*"BJ%A@ 9*"  L&%KH(5) ',##  ?#9%?A %A 9*" 9#,6)&"( L,(/5). G%3 +%&%?,),&/ /%=E?@ e,"" #?%A9 KT_f6

    @UG ! C##2:% C"=A, @"A"1=9%A@ E=>"1, ?D ,>CC"91%B=E C?E"B4E", 0> =##E>%A@B1>,9=EE?@1=#*%B ,>CC"91> ?#"1=9?1,6

    HQ37#2"* 69 3##2%=35%6<

    )*%, D4AB9%?A %, 4,"/ 9? @"A"1=9" 9*" ,>CC"91> 1"E=9"/ C?E"B4E", %A = B1>,9=EE?@1=#*%B 4A%9 B"EEF "6@6 9?

    " #1?9"%A-#1?9"%A B?A9=B9 ,41D=B", ?1 %/"A9%D> 9*" 0%?E?@%B=E =B9%5"=11=A@"C"A9 ?D =A ?E%@?C"1%B #1?9"%A6

    ,/6="-0/"

    !""#/PM;5#= '&./)%##"@&%3456 C.??,)&.: 9*%, &%EE /%,#E=> = E%,9 ?D ,#=B" @1?4#, &%9* 9*"%1 B?11",#?A/%A@ ,>CC"91> ?#"1=9?1,6 HD 9*" B411"A9 .!c B?A9=%A, = #1?#"1E> D?1C=99"/ QOg+)K B=1/F9*" B?11"B9 ,#=B" @1?4# ,*?4E/ 0" ,*?&A ?A 9?# ?D 9*" E%,96 g?4 B=A =##E> 9*" #1?5%/"/ ?#"1=9?1,%A/%5%/4=EE>F ?1 =EE 9?@"9*"1 0> BE%BJ%A@ ?A 9*" ,#=B" @1?4# ,>C0?E6

    )*" &%A/?& #1?5%/", 9*"D?EE?&%A@ 91=A,E=9%?A,:- =E?A@ ?A" = 91=A,E=9%?A,=E?A@ ?A" = ?D 9*" C?E"B4E"6

    +""&/I+%)#/&)$* -).*% )&"#4 C#3$ !*&& >

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    66/145

    !""#$%"&`=A4=EZM

     78!9 :QE%BJ%A@ !""#/PM;5#= '&./)%##"@&%3456 C.??,)&. &*%E" *?E/%A@ /?&A Q91E &%EE /%,#E=> = /%=E?@ 9? E"9 >?4 "A9"1 =B1>,9=EE?@1=#*%B ?#"1=9?1 ?D >?41 ?&A B*?%B"6

    @@U ! C##2:%%A@ = 91=A,D?1C=9%?A C=91%< e,"" =AA"< Y: 91=A,D?1C=9%?A C=91%B",f &%EE =E9"1 9*" B??1/%A=9", ?D =EE ?1 #=19 ?D = C?E"B4E"6 )*%, B=A 0" 4,"D4E 9? 91=A,E=9"F 9? 1?9=9"F ?1 C?1" @"A"1=EE>F 9? #?,%9%?A =C?E"B4E" %A = ,#"B%D%B ?1%"A9=9%?A6

    .!c D%E", C%@*9 %ABE4/" 91=A,D?1C=9%?A C=91%B", %A 9*"%1 `)OHd E%A",6 )*"," =1" C=91%B", 9*=9 /",B1%0",#"B%D%B 91=A,D?1C=9%?A, eD?1 ",9=EE?@1=#*%B 4A%9 B"EE C=> B?A9=%A ?AE> #=19 ?D ?E%@?C"1%B #1?9"%A,914B941",6 VD9"A 9*" %AD?1C=9%?A 9? B?A,914B9 9*" 0%?E?@%B=EE> =B9%5" D?1C D1?C 9*" %A%9%=E B??1/%A=9", %, #1?5%/"/ =, = 91=A,D?1C=9%?A C=91%< %A OW`RON 7TM E%A", ?D .!c D%E",6 +"" D?1 "

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    67/145

    R!$RbQW! !WW.$HWG QV``Rb!+ ZK

    • 

    c4%E/%A@ = /%C"1 D1?C = .!c D%E" 9*=9 B?A9=%A, ?AE> ?A" B*=%A:

    - )? =##E> = C=91%< B?A9=%A"/ %A = .!c D%E":

    V#"A 9*" .!c D%E"F ,B1?EE %9 /?&A 4A9%E 9*"`)OHd E%A", ea4,9 0"D?1" 9*" =9?CB??1/%A=9",fF =A/ BE%BJ = `)Od E%A": 9*"C=91%< 5=E4", &%EE 0" B?#%"/ %A9? 9*"!&%(/1"&?%)5"( /%=E?@6

    - )? =##E> = C=91%< ?D >?41 ?&A B*?%B":WA9"1 *"1" 9*" C=91%< 5=E4",6

    !""# $%"& /?", A?9 B*"BJ %D 9*" C=91%< 9*=9 >?4"A9"1"/ %, 5=E%/: >?4 B=A 4A/? = 91=A,D?1C=9%?A 0> B*"BJ%A@ 9*" R33#.  N,D,&/, !&%(/1"&?%)5"(?#9%?A e*?&"5"1F 9*%, &%EE A?9 E"9 >?4 4A/? = #1?a"B9%?Af6

    Q*"BJ R6) "( R## -%.,&/ 9? =##E> 9*"91=A,D?1C=9%?A C=91%< 9? =EE E?=/"/ E=>"1,6

    +""&/I2AA&. +%)#/1"%5)$3"# "# !;%%*#$ -).*% R +%)#/1"%5)$3"# -%3261 .6Q>

    K- [?=/ 9&%B" B*=%A R?D = /%C"1F "6@6d?=4%"1,F "6@6d?=4M e,"" #?%A9Y]f6

    7- +"E"B9 =EE1",%/4", ?D YC/*c6

    Y- +"E"B9

    !""#/PR33#.!&%(/1"&?%)5"("( 6;&&,() #%.,& 

    =A/ "A9"1 9*"=##1?#1%=9"C=91%< 9?91=A,D?1C B*=%AR %A9? B*=%A c6

    T- YC/*c %, 91=A,E=9"/

    =BB?1/%A@ 9? 9*"@%5"A C=91%

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    68/145

    !""#$%"&`=A4=EZL

    @@@ ! X*%"/ 9?@"9*"1 &%9* 9*"%1 B?11",#?A/%A@"E"B91?A /"A,%9> C=#6

    HQ37#2"* 69 3##2%=35%6<$%"&%A@ =A d-1=>-/"1%5"/ ,914B941" %A %9, B?11",#?A/%A@ "E"B91?A /"A,%9> C=# =EE?&, "5=E4=9%A@ 9*"E?B=E D%9 ?D "=B* 1",%/4" &%9* 9*" " ?D "6@6F C?0%E"E??#, ?1 0?4A/ %A*%0%9?1,6

    ,/6="-0/"

    \%1,9F ?#"A =A d-1=>-/"1%5"/ ,914B941"F =A/ 9*"A E?=/ %9, "E"B91?A /"A,%9> C=# 0> BE%BJ%A@  I5#,P83,( 9#,6)&"( L,(/5). G%3 ,4##?19, 9*1"" D%E" D?1C=9,: V e!bZfF QQ.YF =A/ d-.[VO e,"" RAA"< Y: WE"B91?A /"A,%9> C=#,f6

    )*" 9#,6)&"( L,(/5). G%3 +%&%?,),&/ /%=E?@ E"9, >?4 =/a4,9 9*" /%,#E=> ?D 9*" "E"B91?A /"A,%9> C=#:

     

    +"E"B9 9*" /%,#E=> ?D >?41 C=# e,"" 0"E?&f:K - I&"? C,6)5"( )" C,6)5"(: E%C%9, = 5?E4C"

    =BB?1/%A@ 9? 9*" A4C0"1 ?D ,"B9%?A,6L - R&";(= 'R: E%C%9, = 5?E4C" =1?4A/ 9*"

    B"A9"1"/ ==F =BB?1/%A@ 9? 9*" /%,9=AB", 9*=9

    >?4 "A9"1 D?1 "=B* ="/ =1?4A/ ,"E"B9"/ =C%A? =B%/,6

    g?4 B=A "A=0E" 9*" 5%,4=E%U=9%?A ?D 9&?B?A9?41, =A/ ,"9 9*"%1 =##"=1=AB": ,%@C= 5=E4",e,"" 0"E?&fF B?E?1F =A/ /?9"/ D/

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    69/145

    R!$RbQW! !WW.$HWG QV``Rb!+ Z7

    g?4 B=A /%,#E=> 4# 9? 9&? B?A9?41, D?1 "=B* C=#6 )*"%1 =##"=1=AB" e,%@C= B?A9?41%A@ 5=E4"F B?E?1F/?99"/ E%A", 5,6 ,?E%/ E%A",f B=A 0" ,"9 ?A 9*"  9#,6)&"( L,(/5). G%3 +%&%?,),&/ /%=E?@F =, ""/ =1?4A/ =EE =9?C, &%9*%AZ z ?D 9*" QR ?D 9*" B"A9"1"/1",%/4" e.^W 7_f

    VA" B?A9?41 =9 L6M σ %, /%,#E=>"/=1?4A/ =EE =9?C, &%9*%A = 5?E4C"E%C%9"/ 0> 9*" @%5"A C=

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    70/145

    !""#$%"&`=A4=EZY

    ??> [YDT?EF YE C ,DYoH;B

    R #1?a"B9 B?A,%,9, ?D = ,"9 ?D E=>"1, ,%C4E9=A"?4,E> /%,#E=>"/ ?A 9*" 2&%3456 &%A/?&6

    c> B?A5"A9%?AF 9*" D%1,9 E?=/"/ E=>"1 %, 9*" /"9"/""1 0> D1?C ,"E"B9"/1",%/4", e%A =EE ?9*"1 E=>"1,f6

    KKT

    c I5)PG%@56 I5) 

    c I5)P0),&%)5D, G%@56 I5) c I5)P9F3#"&, R#),&(%), I5)/

    R49?C=9%B=EE> ,4#"1#?," 9&? ,914B941", KKZ

    c

    c I5)PI5) ?"#,6;#,/ 1&"?

      u /,#,6)5"(

    +4#"1#?," 9&? C?E"B4E", 0=,"/ ?A,"E"B9"/ 1",%/4",6

    KK8

    c I5)P0?3&"D, I5)    HC#1?5", = ,4#"1#?,%9%?A KK_

    c I5)P'%#6;#%), NGC 

    c I5)PC,) -%.,& C=) L,D 5()"

      u MS1%6)"&/

    Q=EB4E=9" 9*" 1??9 C"=A ,X4=1"/"5%=9%?A ?D 9&? ,4#"1#?,"/ ,914B941",6

    KK]

    +4#"1#?,%A@B?CC=A/,

    c I5)PN,/,) 8&5,()%)5"( X6;&&,() 

      u#%.,& "(#.Yc I5)PN,/,) 8&5,()%)5"( X,D,&.  u#%.,& 1"##"K/Y

    O","9 9*" ?1%"A9=9%?A #1%?1 9? =,4#"1#?,%9%?A

    KLM

    c I5)P2,(,&%), C)&;6);&%#   u R#5@(?,() 

    3"A"1=9", 9*" ,914B941=E =E%@AC"A9 ?D ,4#"1#?,"/ C?E"B4E",

    KLK

    c I5)P'"?3&,// 2%3/   Q?C#1",,", A?A-,"A," =E%@A"/ @=#, %A9*" R#5@(?,()  &%A/?& e@=#, #1","A9 %A=EE E=>"1, D?1 = ,#"B%D%B B?E4CAf6

    KLLRE%@AC"A9B?CC=A/,

    c I5)PN,/,) R#5@(?,()    O","9, =A =E%@AC"A9 0> ,91%#%A@ =EE @=#, KL7

    σ = 76M   σ = L6Y   σ = M6Z

    H2"=5/6< -"

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    71/145

    R!$RbQW! !WW.$HWG QV``Rb!+ ZT

    )0#"/#6*% /"D=4E9F 9*" 1"D"1"AB" E=>"1 eD%1,9 E?=/"/ E=>"1f %, 9*",9=9%B C?E"B4E"F 049 9*" 1?E" ?D C?E"B4E", B=A 0" B*=A@"/ ?A 9*"  NGC l R;)" I5) "3)5"(/ /%=E?@ e,"" #?%A9 KKZf6

     78!9>+4#"1#?,%A@ =A/ =E%@AC"A9 B?CC=A/, =1" C?,9E> "C#E?>"/ 9? #1"#=1" C?/"E%A@-#1?a"B9,6 )*"1"D?1"F9*" 4," ?D 9*"," B?CC=A/, &%EE 0" D419*"1 /"5"E?#"/ %A 9*" A" = C?5"C"A9 e%6"6 1?9=9%?A ?1 91=A,E=9%?Af 9? ?AE>,?C" E=>"1, ?D 9*" #1?a"B96 `?5"C"A9 ?D = E=>"1 B=A 0" "A=0E"/ ?1 /%,=0E"/ ?A 9*" '"()&"# +%(,#  ?1 ?A9*" -%.,&/ 0(1"/ &%A/?&:

    W=B* E?=/"/ E=>"1 *=, %9, ?&A =,,?B%=9"/ ="/ ?A #?%A9 eMFMFMf ?D 9*" E=>"1 0>B*"BJ%A@ 9*" %F5/ %9"C ?A 9*" -%.,&/ 0(1"/ &%A/?&6 G*"A ,"5"1=E E=>"1, =1" E?=/"/F 9*"," = ,4#"1#?,"/F ,%AB" B1>,9=E ,914B941", *=5" A? 1"=,?A 9? ,*=1" 9*" ,=C" 1"D"1"A9%=E6

     78!9 :G*"A ?AE> ?A" E=>"1 %, E?=/"/F %9 C%@*9 0" C?1" =##1?#1%=9" 9? 4," 9*" @E?0=E = B*"BJ%A@ L5/3#%.PC4"K RF5/ e,"" #?%A9 T8f6 )*" ="1,&%EE 0" B*=A@"/6 \?EE?& 9*" ,9"#, ?D 9*" A" =B9%5" E=>"1 Q*"BJ;4AB*"BJ 9*%, %9"C 9?"A=0E";/%,=0E" C?5"C"A9 ?D 9*" B411"A9E> =B9%5" E=>"16

    Q*"BJ;4AB*"BJ 9*%, %9"C 9? "A=0E";/%,=0E"C?5"C"A9 ?D 9*" B?11",#?A/%A@ E=>"16

    [?=/"/ E=>"1,6e)*" D%1,9 E=>"1 %, 9*"1"D"1"AB" E=>"1F =A/ 9*"

    1"/ E=>"1 %, 9*"B411"A9E> =B9%5" E=>"1f6

  • 8/9/2019 Swiss PdbViewer Manual

    72/145

    !""#$%"&`=A4=EZZ

    G*"A"5"1 = E=>"1 %, C?5"/ 1",#"B9 9? =A?9*"1 E=>"1F = C=91%< %, =49?C=9%B=EE> @"A"1=9"/ 9? =EE?&1","99%A@ 9*" ?1%@%A=E ?1%"A9=9%?A ?D 9*" C?5"/ E=>"16 )*%, C=91%< %, %ABE4/"/ %A 9*" .!c D%E"F =9 9*" "A/?D "=B* E=>"1:

    K- [?=/ KQOb %A 9&? E=>"1, =A/1"A=C" 9*"C KQObR =A/ KQObce,"" #?%A9 Y]f6

    L- QE%BJ I5#,PC%D,P+&"V,6)  9? ,=5" 0?9* E=>"1, =, = #1?a"B9 e,"" #?%A97KfF =A/ BE?," =EE E=>"1,6

    7- O"?#"A 9*" #1?a"B9 =A/ /%,#E=> %9, .!c D%E" e,"" #?%A9 Z8f: 9*"dF gF n =9?C B??1/%A=9", ?D 0?9* E=>"1, 1"C=%A 4AB*=A@"/e"X4=E 9? KQOb =9?C B??1/%A=9",f6

    Y- 2,%A@ 9*" -%.,&/ 0(1"/ &%A/?&F/%,=0E" C?5"C"A9 ?D E=>"1 KQObc=A/ 91=A,E=9" E=>"1 KQObR6

    T- +=5" 0?9* E=>"1,=, = A"& #1?a"B9=A/ BE?," =EEE=>"1,6

    @;DEC

    @;DEJ

    !4,/, %&, )K" D5,K/ "1 )4, /%?, +LM 15#,O /4"K5(@ )4, %)"?

    6""&=5(%),/ "1 #%.,&/ e'N7R X;3Y %(= e'N7M X="K(Y<

    Z- O"?#"A 9*" #1?a"B9 =A/ /%,#E=> %9, .!c D%E": 9*" dF gF n =9?CB??1/%A=9", ?D KQObR *=5" B*=A@"/F 9*?," ?D KQObc 1"C=%A4AB*=A@"/6

    !4,/, %&, )K" D5,K/ "1 )4, /%?, +LM 15#,O /4"K5(@ )4, %)"?

    6""&=5(%),/ "1 #%.,&/ e'N7R X;3Y %(= e'N7M X="K(Y<

    @;DEC

    3

  • 8/9/20