Ejercicios de bioinformática aplicaciones en proteínas

Función del agente desnaturalizante y el agente reductor

200Proteínas.

Condición Normal Condición patológica

ANÁLISIS DE IMÁGENES

MAPAS DE PROTEINAS EN 2D

-MAGVDKAMVTLSNGVKMPQFGLGVWQSPAGEVTENAVNWALCAGYRHIDTA

-ALNTNSRYGPDPDEAQF

-AIYKNEESVGAGLRASGVPREDVFITTKLWNTEQGYESTLAAFEESRQKLGVDYIDLYLIHWPRGKDILSKEGKKYLDSWRAFEQLYKEKKVRAIGVSNFHIHHLEDV

-VSNFHIHHLEDVLAMCTVTPMVN

-LAMCTVTPMVNQVELHPLNNQADLRAFCDAKQIKVEAWSPLGQGKLLSNPILSAIGAKYNKTAAQVILRWNIQKNLITIPKSVHRERIEENADIFDFELGAEDVMSID

-ENAVNWALCAGYRHIDTAAIYKNEESVGAGLRA

-IFDFELGAEDVMSIDALNTNSRY

Ensamblaje de secuencias

Búsqueda de proteínas en Pubmed

Búsqueda de proteínas en (Protein data bank)

Crystal structure of LipL32

>SEQUENCEGAFGGLPSLKSSFVLSEDTIPGTNETVKTLLPYGSVINYYGYVKPGQAPDGLVDGNKKAYYLYVWIPAVIAEMGVRMISPTGEIGEPGDGDLVSDAFKAATPEEKSMPHWFDTWIRVERMSAIMPDQIAKAAKAKPVQKLDDDDDGDDTYKEERHNKYNSLTRIKIPNPPKSFDDLKNIDTKKLLVRGLYRISFTTYKPGEVKGSFVASVGLLFPPGIPGVSPLIHSNPEELQKQAIAAEE

Búsqueda de la estructura 3D de proteínas

- Identifique la proteína en la base de datos- Descargue la estructura 3D- Cuantas hélices posee la proteína- Cuantas laminas posee la proteína- Cuantas uniones posee la proteína- Cual es la función biológica de la proteína

Identificación de un espectro de masas

Búsqueda de dominios estructurales

MANDFVHLNVHTEYSLLNNYNPIEKLIEKAKELNFKAMAITDYNNMYGVIDFYKRCKKNSIKPIIGCELT LSYSNNEFYNIILLAKNNLGYKNLCKLVSNLYVVENRNREFITFDELEKYSKNLILIVGSKRSFIRKCLY SEDILSAKNEILNFKSLFNREDLFLELNFHFEENDELMMNRYLEFANEVNIETVVTNDVHYLENTDFNLF KIARCISKGVLLSELKEDNFTQAEYFLKSEEEMLKIFSTLEDSMYNTKMIAQRCNVEFDFSTYHLPEYKV PDGVSTKEDYLHSLIIEGMKKRYENLTDEIKKRVNYEFSVINKMGFTDYFLIVWDFVNFAKKNKIPVGPG RGSGANSIVAYCLEITDIDPIEYDLIFERFLNPERVSMPDFDIDFCNERREEVIDYVIKKYGKNHVSQII TFGTMKPRAAVRDIGRVLGYKLSTVDKVAKLIPNNLDVTFKNALRDSLELKKLYDEDINIKKLINISEKF EKFHRHISIHAAGIVITKEELTEYIPLAKSGENIVTQFNMVELEELGLLKMDFLGLRTLTVIDDTIKLVK KNYNRDIDIEKISLNDKNVLNLFKTADTIGIFQFESTGMRLFLKDLKADNFDELVAANSLFRPGPMNQIP NYIKNKRNPSGIRYLDKRLEKYLKSTYGIIVYQEQVMQIARELAGYTWGQADNLRKAIGKKHMDIMEYNR KIFIYGLDNLDGSIKIKGCIRNGVDEKLAQNIFDLIVEFGNYAFNKSHSACYSLNAYRTAYLKYYYPLEY MVCLLNSVINYERQFFLYFQEIKRMGIKILLPSVNFSFYKISTENKCMRVGFSQIKGFNRLLAKDIIEAR KAGKFKNFKEFLERLKDSKNMNLISIENLIKSGAFDEIEKNRIEILNSCETLFTQIVSKSKNELSGQLSL ISSDFMQEKFVEYKNFSKDDTLEFEKDVLGFYISAHPLDSYKEYIKSKNSMKLIDLKVLDKGIYKVIVYV NSVKTRKSKKNKTLKIINVEDFSSSIELLNVKDLDINKGKIYEISVKVTVNSFGNTNFTIIDADEIYDIY IKKLYIKLDSLDYYTKKKLGEFSEKYNGENQVILYISSNHKTLKLENKFDLRNENLLVELEDNFGKDCFY

Que dominios se encuentran en la siguiente secuencia

- Cuantos y cuales dominios encuentra en la secuencia- En que tipo de proteínas se encuentran estos dominios- Cual es proceso biológico y función molecular de cada uno de esos dominios- Busque la estructura por homología en la base de datos Protein Databank- Modele su estructura en tres dimensiones- Cuantas estructuras secundarias encuentra- Según la estructura global que proteína podría ser- Cual es la posible función de esta proteína

Localización en las vías metabólicas

Visualice mediante la base de datos KEGG:

- El modelo de infección de Leismania- El modelo de infección del virus Epstein-Barr- El proceso de biosíntesis de aminoácidos- El camino de señalización del TNF

METABOLOMA