epi info v6 - eveeve.vet-alfort.fr/.../content/0/tuto_pdf/loic_d/epi_info_v6_1_dpp_.pdf · importer...

Présentation rapide du logiciel Epi Info®

Loïc Desquilbet, PhD

Département des Productions Animales et de Santé Publique

Ecole Nationale Vétérinaire d’Alfort

[email protected] Tutoriel Epi Info v6

Plan

2

13Importer un fichier Excel « Open Office » dans Epi Info

47Moyennes et médianes par modalité d’une variable à > 2 classes

64Créer des variables

60Analyses statistiques dans un sous-échantillon

52Tableau de fréquences croisées stratifié sur une variable binaire

Associations statistiques stratifiées

42Moyennes et médianes par modalité d’une variable binaire

32Tableau de fréquences croisées (pour deux variables qualitatives)

Associations statistiques brutes

29Histogramme

26Moyennes et médianes (pour une variable quantitative)

24Tableau de fréquences simple (pour une variable qualitative)

22Faire apparaître le fichier de données

Décrire un fichier de données

17Fenêtre « program editor »

5Importer un fichier Excel dans Epi Info

3Où trouver Epi Info ?

Où trouver Epi Info ?

3

Adresse web : www.cdc.gov/epiinfo/

Download pour la version 3.5.1

Où trouver Epi Info ?

4

Clic sur Full Download

Clic sur Downloadseetup.exe

Importer un fichier Excel dans Epi Info

5


6

Clic sur « Read (import) » pour importer des données

Le projet par défaut d’Epi Info (« sample.mdb ») doit être obligatoirementchangé avant l’import d’un fichier de données

1

2


7

Changer le projet = procédure obligatoire !

Clic sur « Change Project » pour créer un nouveau proj et sur le disque dur, en le nommant comme on veut (ici « no uveau projet » dans le répertoire « Tutorial vidéo Epi Info » )

1

2Puis clic sur « Ouvrir »

3


8

Choisir le format de la base de données que l’on veut importer dans Epi Info : « Excel 8.0 »


9

Aller chercher le fichier Excel à importer (par exemple, « pour_tutorial.xls »)

1

2


10

Sélectionner la feuille Excel du fichier de données qui contient les données à importer…

… puis clic sur « Ok »

1

2


11

Clic sur « Ok » après avoir vérifié que la case qui dit à Epi Info que la 1 ère ligne contient le nom des variables a été cochée

(La première ligne de la feuille de calcul qui contient les données à importer doit être le nom des variables, sans espace)


12

Le fichier de données a été importé, et contient 200 lignes

Importer un fichier Excel « Open Office » dans Epi Info

13

1ère étape : enregistrer le tableur sous le format txt (s éparateur = tabulation)

2ème étape : importer le fichier sous Epi Info (après av oir changé le projet !)

Clic sur « Read (import) » pour importer les données

Sélectionner « Text »

1

2


14

Sélectionner ensuite le fichier txt à importer

1

Puis « ouvrir »2

Le fichier texte s’ouvre ⇒⇒⇒⇒ le fermer

3


15

Cliquer sur « Ok »


16

Sélectionner « (tab) »

1

Puis « Ok » 2

Remarque

Après l’import, les variables binaires codées en 0/ 1 seront codées en « No » / « Yes », mais intrinsèquement, leur valeur reste « 0 » ou « 1 »

Fenêtre « program editor »

17

▪ Cette fenêtre s’appelle la fenêtre « program editor »

▪ C’est dans cette fenêtre que s’écrit (ou que l’on é crit) les lignes de programme qui permettent d’exécuter toutes les c ommandes

Présentation générale


18

Remarque

Quand on exécute les commandes par « clic » (a), la li gne de programme s’écrit automatiquement (b) ⇒⇒⇒⇒ très pratique pour apprendre le code d’Epi Info !

a

b

On a donc ici la ligne de programme qui correspond àl’import du fichier Excel précédent



19

Pour exécuter une ligne de commande déjà écrite (ou que vous venez d’écrire), placez-vous sur la ligne de progra mme (celle du haut si la ligne de programme tient sur plusieurs l igne, comme ici), et cliquez sur « Run This Command »



20

Clic sur « Save » permet de sauvegarder le programme, pour le relancer par la suite

1

Enregistrer le programme


21

2

Le programme s’enregistre dans le projet créépréalablement (en tout cas, il faut le vérifier)

On choisit de nommer ce programme « pgme_tutor_pwt » (le nom du programme ne doit pas contenir d’espace)

3

Clic sur « Ok »4

Enregistrer le programme


22

Faire apparaître le fichier de données

Clic sur « List »

1

2

Clic sur « Ok »

4

Clic sur « Grid » ou « Web »(si bug avec « Grid)

3


23

Faire apparaître le fichier de données

Fichier de données

Ligne de programme pour faire apparaître le fichier de données


24

Clic sur « Frequencies »

Tableau de fréquences simple (pour une variable qualitative)

Choix de la variable dont on veut le tableau de fréquences (ici, « race_locale »)

1

2

Puis « Ok »

4

3


25

Tableau de fréquences et des %

Tableau de fréquences simple (pour une variable qualitative)

Rappel de la commande

Intervalle de confiance des %

Ligne de programme qui a été écrite à la suite du clic sur « Frequencies »


26

Moyennes et médianes (pour une variable quantitative)

Clic sur « Means »

Choix de la variable dont on veut la moyenne (Ici, « age »)

1

2

Puis « Ok »

4

3


27


Sortie n°1

Tableau de toutes les valeurs que prend la variable « age »


Ligne de programme qui a été écrite à la suite du clic sur « Means »


28


Sortie n°2

▪ Moyenne de 6,0 ans (SD 1 : 1,9 ans)

▪ Médiane de 5,8 ans (IQR 2 : 4,7 ; 7,4)1 SD = Standard Deviation (écart-type dans l’échantill on)

2 IQR = InterQuartile Range = 25 ème et 75ème percentiles (1 er et 3ème quartiles)


29

Histogramme

Clic sur « Graph »

Choix de « Histogram »

1

3

2

Choix de la variable quantitative (ici, « poids »)


30

Histogramme

Choix de la largeur des barres de l’histogramme (ici, choix d’une largeur de 40 kilos)

Clic sur « Ok »

54


31

Histogramme

En ordonnées, nombre d’individus par barre de l’histogramme

Largeur de barres de 40 kilos

40


32

Clic sur « Tables »

Tableau de fréquences croisées (pour deux variables qualitatives)

Choix de la variable d’exposition (Ici, « race_locale »)

1

2

Puis « Ok »

5

3

Choix de la variable « maladie »(Ici, « tuberculose »)

4


33


Sortie n°1 : tableau de fréquences

Pourcentages en colonne : 68% des bovins sans tuberculose sont de race locale contre 42% des bovins avec tuberculose


Ligne de programme qui a été écrite à la suite du clic sur « Tables »


34


Sortie n°1 : tableau de fréquences

Pourcentages en ligne : 23% des bovins de race locale sont atteints de tuberculose contre 46% des bovins d’autres races


35


Sortie n°2.a : Odds Ratios

▪ Epi Info fournit deux estimations de l’OR (elles sont quasiment identiques)

▪ MLE = maximum likelihoodestimation (estimation par le maximum de vraisemblance)

▪ L’OR comparant les exposés (exposure variable = 1) aux non exposés ( exposurevariable = 0) sur la présence de maladie est de :

0,34 [0,18 ; 0,62] 95%


36


Sortie n°2.b : tests statistiques

▪ Les tests comparent

- 68% à 42% (% en col.)

- 23% à 46% (% en ligne)

▪ Les effectifs attendus sous H0 sont tous > 5 (sinon, Epi Info vous avertit !)

⇒⇒⇒⇒ On lit le test le p du Chi-deux non corrigébilatéral (2-tailed)


37

Tableau de fréquences croisées (pour deux variables qualitatives) lorsque les

effectifs attendus sont < 5

▪ Lorsqu’au moins 1 des effectifs attendus est < 5, il faut utiliser le test de Fisher (la correction de Yates n’est plus vraiment utilisée…)

▪ Dans la diapo 32, on remarque qu’Epi Info fournit le p de Fisher, mais il s’agit d’un test unilatéral !! (1-tailed)

⇒ Il faut utiliser Statcalc d’Epi Info

▪ La démarche est la suivante :

1) Utiliser la commande TABLES pour avoir les effectifs observés dans chacune des 4

cases (cf.diapo 29), et les pourcentages à comparer

2) Regarder si Epi Info dit qu’il y a au moins un des 4 effectifs attendus < 5

3) Si oui, utiliser Statcalc pour calculer le p de Fisher bilatéral, qui permettra de conclure à

la différence significative ou non entre les deux pourcentages à comparer


38



Utilities -> StatCalc


39



▪ Dans ces fenêtres DOS, la souris ne marche pas !

▪ Il faut sélectionner les menus avec les flèches du clavier, puis taper sur « entrée »

▪ Ici, sélection de Tables (2x2, 2xn) puis « entrée »


40



▪ Il faut rentrer chaque nombre puis appuyer sur « entrée » pour passer à la case suivante

▪ Une fois les 4 nombres rentrés, il faut taper F4 pour avoir les résultats des tests statistiques


41



▪ Epi Info ne fournit le test de Fisher que si au moi ns un des effectifs attendus est < 5

▪ Il faut lire la valeur du p de Fisher bilatéral (2- tailed) : ici, pFisher = 0,27

▪ Pour quitter Statcalc, taper plusieurs fois sur F10


42

Moyennes et médianes par modalité d’une variable binaire


1

2

Puis « Ok »

5

3

Choix de la variable « tuberculose »selon laquelle on veut les moyenne et médiane de « age »

4



43


Sortie n°1

Tableau de toutes les valeurs que prend la variable « age » selon les modalités de « tuberculose »


Ligne de programme qui a été écrite à la suite du clic sur « Means »


44


Il y a 136 vaches qui ont « 0 »pour « tuberculose » et 64 qui ont « 1 » pour « tuberculose »

Sortie n°2

▪ Moyennes…

Pour « tuberculose » = 0 : 5,7 ans


▪ Médianes…




45


Sortie n°3

▪ Test de Student

Valeur du T de Student : 3,5 (a)

Valeur du p : p < 0,05 (b)

⇒⇒⇒⇒ Les 2 moyennes sont significativement différentes

Sortie n°3 (suite)

▪ Test de comparaison des variances (inutile ici car les effectifs sont ≥ 30)

p = 0,38 (variances non significativement inégales)

a

b


46


Sortie n°4

▪ Test de comparaison des médianes par les tests de W ilcoxon (pour variable binaire) ou Kruskal-Wallis (pour variable à > 2 classes)

p < 0,05 (médianes d’âge significativement différente s entre les bovins sans tuberculose et les bovins avec tuberculose)


47


1

2

Puis « Ok »

5

3

Choix de la variable « region » selon laquelle on veut les moyennes et médianes de « age »

4


Moyennes et médianes par modalité d’une variable à > 2 classes


48


Sortie n°1

Tableau de toutes les valeurs que prend la variable « age » selon les modalités de « region »



49


Sortie n°2

▪ Moyennes…

- Pour « region » = 1 : 5,8 ans




▪ Médianes…






50

Sortie n°3

▪ Test d’analyse de variance

Valeur du F de Fisher : 1,85 (a)

▪ Valeur du p : p = 0,14 (b)

⇒⇒⇒⇒ Les 4 moyennes ne sont pas significativement différentes

(Le test d’analyse de variance est le test statistique qui permet de comparer > 2 moyennes)


a

b


51

Sortie n°4

▪ Test de comparaison des médianes par le test de Kru skal-Wallis

p = 0,14 (médianes d’âge non significativement différ entes)



52

Clic sur « Tables »

Tableau de fréquences croisées stratifié sur une variable binaire

Choix de la variable d’exposition (Ici, « race_locale »)

12

Puis « Ok »

6

3

Choix de la variable « maladie »(Ici, « tuberculose »)

4

Stratification sur « Gestation »

5


53


Sortie n°1

Résumé des analyses effectuées :

1) Croisement de « race_locale » par « tuberculose » parmi « gestation = 0 »

2) Croisement de « race_locale » par « tuberculose » parmi « gestation = 1 »

3) Résumé de la stratification (présentation des OR ajustés)


54


Sortie n°2

Tableau croisé pour « gestation = 0 »

- Prévalence de tuberculose chez les vaches de race locale : 17%

- Prévalence de tuberculose chez les vaches d’autres races : 42%


55


Sortie n°3

(a)OR avec IC95% parmi « gestation = 0 »

(b)Test du Chi-2 testant les prévalences de tuberculose parmi « gestation = 0 »(cf. sortie n°2)

a

b


56


Sortie n°4

Tableau croisé pour « gestation = 1 »

- Prévalence de tuberculose chez les vaches de race locale : 30%

- Prévalence de tuberculose chez les vaches d’autres races : 50%


57


Sortie n°5

(a)OR avec IC95% parmi « gestation = 1 »

(b)Test du Chi-2 testant les prévalences de tuberculose parmi « gestation = 1 »(cf. sortie n°4)

a

b


58


Sortie n°6

(a)OR brut avec IC95%

(b)OR ajusté sur « gestation »avec IC95% a

b


59


Sortie n°7

(a)Test du Chi-2 Mantel-Haenszel testant l’OR ajusté ( ⇔⇔⇔⇔ test de Wald)

(b)Test du Chi-2 testant la présence d’une interaction significative (OR dans strate 1 ≠≠≠≠ OR dans strate 2)

a

b

Analyses statistiques dans un sous-échantillon

60

Décrire un fichier de données parmi une sélection d’individus

▪ Objectif

Fournir des statistiques descriptives (+ tests) dans un sous-échantillon de l’échantillon initial selon des critères bien précis (conditions précises)

▪ Principe

Il faut demander à Epi Info de sélectionner les observations qui répondent aux conditions de sélection du sous-échantillon

▪ Syntaxe pour sélectionner les observations : SELECT condition

▪ Syntaxe pour déselectionner les observations : SELECT

▪ Utilisation des mot-clés AND et OR si la condition porte sur plusieurs variables


61


▪ Objectif

Fournir des statistiques descriptives (+ tests) dans un sous-échantillon de l’échantillon initial selon des critères bien précis (conditions précises)

▪ Principe

Il faut demander à Epi Info de sélectionner les observations qui répondent aux conditions de sélection du sous-échantillon

▪ Syntaxe pour sélectionner les observations : select condition

▪ Syntaxe pour déselectionner les observations : select

▪ Illustration

Fournir la médiane d’âge des bovins sans tuberculose parmi les vaches de race locale hors période de gestation


62


▪ Illustration

Fournir la médiane d’âge des bovins parmi les vaches de race locale hors période de gestation

Médiane : 5,5 ans


63


▪ Illustration

Fournir la médiane d’âge des bovins parmi les vaches de race locale hors période de gestation

Retour à l’échantillon initial des 200 bovins

Créer des variables

64

Commandes Epi-Info et syntaxe

▪ Commandes : define , assign , recode

▪ Syntaxe n°1 : création d’une variable sous conditio ns

define new_var

if condition1 then

assign new_var = valeur1

end

if condition2 then

assign new_var = valeur2

end


65


▪ Syntaxe n°2 : recodage d’une variable quantitative en une variable en classes selon des seuils de la variable quantitative

define var_classes

recode var_quant to var_classes

lovalue- seuil1 = valeur1

seuil1-seuil2 = valeur2

seuil2-seuil3 = valeur3

… = …

seuilk-hivalue = valeurp

end

var_quantseuil1

valeur1

seuil2 seuil3

valeur2 valeur3 valeur4 Valeurs de var_classes


66


▪ Pour supprimer une variable d’un fichier de données, il faut taper :

undefine variable

▪ Si une variable est déjà créée, et que l’on veut modifier son codage, il faut la supprimer avant de la redéfinir


67

Présentation de différents exemples

▪ On veut créer deux variables :

- raceloc_sup3 : variable qui vaut « 1 » si le bovin est de race locale d’un âge supérieur ou égal à 3 ans, et « 0 » sinon (bovin d’autres races ou d’âge inférieur à 3 ans)

- age_cl = variable qui vaut « 1 » si l’animal est âgé ≤ 4 ans, « 2 » si 4-6 ans, « 3 » si 6-8 ans, et « 4 » si > 8 ans


68

Création de raceloc_sup3 Création de age_cl

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