les agents infectieux · coloration de gram +/adn plasmidique ... urines contaminées par la flore...
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CLASSIFICATION DU VIVANT
� Organismes cellulaires :
� Procaryotes (unicellulaires) ►Bactéries
� Organismes acellulaires :
=Nécessité d’1 cellule hôte pour se multiplier
� Présence d’acides nucléiques :
� Virus� Eucaryotes :
� Unicellulaires ►Protozoaires
� Parasites
� Pluricellulaires :� Mycètes
� Végétaux
� Animaux
� Virus
� Absence d’acides nucléiques :
� Prions
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DEFINITION
� Procaryote unicellulaire d’~ 1µm
� Ubiquitaire :� Environnement� Environnement
� Chez l’homme quantité de bactéries 10X > quantité de cellules
� Reproduction par scissiparité(division binaire)
FORMES POSSIBLES
� Sphéroïde = cocci ►gram positif :
� En amas : Staphylococcus spp� Staphylococcus aureus = Staphylocoque doré� Staphylocoques blancs
� En chaînettes : Streptocoques spp� Streptococcus pyogenes = Strepto A� Streptococcus agalactiae = Strepto B� Streptococcus pneumoniae = Pneumocoque
� En diplocoques : Enterococcus spp� Enterococcus faecalis� Enterococcus faecium
� Sphéroïde = cocci ►gram négatif :
� Neisseria meningitidis = méningocoques > méningites
� Neisseria gonorrhoeae = gonocoque > IST
� Bâtonnets = bacilles :
� Bacilles gram négatifs :� Entérobactéries
� Escherichia coli
� Salmonella spp.� Salmonella spp.
� Pseudomonas aeruginosa (=Pyo)
� Bacteroïdes fragilis
� Bacilles gram positifs : � Listeria monocytogenes
� Corynébactéries
� Clostridium difficile
� Bactéries spiralées = spirochètes :
� Treponema pallidum (=Syphilis)
� Leptospirose (endémique aux Antilles+++)
� Bactéries incurvées :Campylobacter spp.� Campylobacter spp.
� Bactéries fuselées :� Fusobacterium (angine de Vincent)
STRUCTURE
� Eléments constants :
� ADN chromosomique
� Membrane cytoplasmique interne� bicouche de phospholipides
� Paroi :
� Paroi :
� Peptidoglycane (PG) :� Constituant commun :
� Chaînes polyosidiques :
� Identiques entre espècesIdentiques entre espèces
� Chaînes latérales + ponts peptidiques
� Spécifiques d’espèces
� Spécifique des bactéries
� Forme et rigidité
� Membrane externe :
� LPS (lipopolysaccharide)
� Lipide A ► Endotoxine : � TA, hyperthermie, leucopénie…
� Antigène O ► spécificité antigénique = sérotypage� Antigène O ► spécificité antigénique = sérotypage
Ex : Salmonella typhi (Fièvre typhoïde) / Salmonella entéritidis (GE)
� Adhésines : � Adhérence aux cellules
� Formation de biofilms sur matériel étranger (KT, prothèses…)
� Porines : Passage de molécules hydrophiles (ex : ATB)
GRAM POSITIF (bleu)� Membrane interne
� Paroi épaisse
� Pas membrane externe
GRAM NEGATIF (rose)� Membrane interne
� Paroi peu épaisse
� Membrane externe
� +/- ADN plasmidique � Ex : gènes de résistance aux ATB
� Capsule :
� Résistance à la bactéricidie sérique
► facteur de pathogénicité � Ex : Klebsielle > BMR
� Antigène de capsule K
► sérotypage � Ex : Méningocoque A/B/C
� Pili :
� Pili sexuels :
� Conjugaison des bactéries ► transmission de matériel génétique
Ex : gènes de résistance ATB � Ex : gènes de résistance ATB
� Pili communs :
� production d’adhésine ► adhérence aux cellules / matériel
� Flagelles :� mobilité des bactéries
� Antigène flagellaire H ► sérotypage
� Cytoplasmique ► synthèse protéique :
� Toxines
� Ex : choléra, E.coli entérotoxinogène (turista), Staph doré (exfoliations, choc toxique, TIAC…)
� Permettant la pénétration intra-cellulaire :
� Ex :mycobactéries (tuberculose), Légionelles
� Molécules de résistance :
� Aux réactions immunitaires de l’hôte + ATB
RELATION HÔTE / AGENT INFECTIEUX
� Espèces commensales ► Flores� Normalement présentes = résidentes� Rôle protecteur � Jamais pathogènes ou pathogènes opportunistes dans certaines conditions
Espèces pathogènes� Espèces pathogènes� Systématiquement responsables d’infections� Différentes localisations, différents mode de transmission
� Espèces saprophytes� Environnement +++� Habituellement inoffensives � Pathogènes opportunistes dans certaines conditions
Espèces commensales = Flores
� Flore cutanée (102 à 106/cm2) :
� Propionibactrium acnes � Staphylocoque blanc (=coagulase négative)
Corynébactéries � Corynébactéries � Autres espèces (Entérobactéries…) > flore transitoire
� Flore voies aériennes supérieures (108/ml de sécrétion pharyngée) :
� Streptocoque : αhémolytique, S. pneumoniae � Neisseria : saprophytes, meningitidis � Haemophilus : parainfluenzae, influenzae
� Flore digestive (1011-1012 bactéries/gr selle) :
� Aérobies (entérobactéries (E.coli), entérocoques,…) � ↓ en descendant
� Anaérobies (Bactéroïdes fragilis, Clostridium…)� ↑ en descendant � ↑ en descendant
� Flore vaginale (108-109 bactéries/ml sécrétions) :
� Anaérobies +++� Lactobacillus ++� Autres espèces :
� Gardnerella vaginalis / Atopobium vaginae / Mobiluncus� Ureaplasmes / Mycoplasmes� Streptocoque B/ Staphylocoque / Entérobactéries…
Espèces pathogènes
� Localisations humaines et environnementales ►Pathogénicité liée au mode de transmission
� Tellurique :
� Clostridium tetani► tétanos
� Clostridium perfringens► gangrène gazeuse
� Bacillus anthracis► anthrax
� Listeria monocytogenes► infections NN
� Hydrique :
� Vibrio cholerae► choléra
� Leptospirose (urines des rats)
� Légionellose (tours réfrigérées, bras morts…)
Agents strictement humains : � Agents strictement humains :
� Chlamydia trachomatis : 1èr agent d’IST bactérienne
� Neisseria gonorrhoeae chez l’homme (blennoragie) : 2ème
agent d’IST bactérienne
� Bordetella pertussis : agent de la coqueluche
Espèces saprophytes
� Habituellement inoffensives
� Environnement� Chez l’homme (flore, portage asymptomatique)
� Pathogènes opportunistes � Pathogènes opportunistes
� Quand ? : � baisse d’immunité � surinfection � altération des muqueuses….
� Notion de seuils établis par des référentiels différencie :� � Colonisation � � Infection
� Environnement : �Pseudomonas aeruginosa (=Pyo)
� tropisme hydrique � Surinfections de plaies / Otites… � Surinfections de plaies / Otites…
�Acinetobacter baumannii
�Stenotrophomonas maltophilia
AU LABORATOIRE
� QUALITE DU PRELEVEMENT +++
� Respect des conditions d’asepsie ► contamination flore� Ex : hémocultures positives à SCN � Ex : urines contaminées par la flore vaginale et cutanée
� Respect des modalités de prélèvements :� Ex : IST Chlamydia ► 1er jet urinaire car germe intracellulaire
� Respect des conditions d’acheminement� Ex abcès, épanchement, digestif…:
si écouvillon : avec milieu de transport ► anaérobies † avec l’air � Ex prélèvement urétral : délai d’1 heure ► gonocoque † car fragile +++
Démarche de l’examen bactériologique
� Examen direct J0 ► germes, cellules…:
� Etat frais :� Présence de bactéries, levures, trichomonas…� Présence de bactéries, levures, trichomonas…
� Numération : leucocytes, hématies…
� Coloration de Gram :� Forme : cocci, bacille…
� Coloration : gram +, gram -
� Cultures J1:
� Milieux solides : boîtes de Pétri
� Milieux liquides
� Fonction des besoins nutritionnels, sélectifs…
� Identification des germes J2 :
� Caractères biochimiques, sucres…
� Galeries d’identification : API
� Techniques automatisées
� Autres techniques :
� Sérologies : recherche d’anticorps dans le sang� Ex : Syphilis� Ex : Syphilis
� Recherche d’antigènes dans les sites infectés� Toxine Ex : Clostridium difficile
� Sérotypage Ex : Salmonelles, Méningocoques
� Amplification génique PCR
ATB : mécanisme d’action
1) ß-lactamines, glycopeptides, fosfomycine
2) Polymyxines
3) Aminosides, tétracyclines, macrolides et apparentés (MLSK), acide fusidique, phénicolés
4) Fluoroquinolones, rifampicine, nitroimidazolés
5) Sulfamides + Triméthoprime (inhibition synthèse des folates)
� Pourquoi tester les ATB ?
� Antibiothérapie probabiliste :
� Infection non documentée� Infection non documentée� Spectre large ► plusieurs ATB � Pression de sélection de résistance
� Antibiothérapie curative :
� Infection documentée� Spectre restreint ► suppression d’ATB, mode d’action ciblé
RESISTANCE AUX ATB
� Résistance naturelle :� Sur le chromosome bactérien → transmission verticale
� Caractéristique d’un genre ou d’une espèce
� Phénotype « sauvage »
� Résistance acquise� Espèce naturellement sensible
� 1ou plusieurs mécanismes de résistance
� Acquisition de gènes 80-90%
� Transmission horizontale
� Éléments génétiques mobiles Ex : plasmides
� Mutation chromosomique 10-20%
� Transmission verticale
� Modes de résistances
� Imperméabilité membranaire : � Résistance naturelle (taille) ou acquise (porine)
� Efflux actif : � Protéines transmembranires > pompes � Protéines transmembranires > pompes
� Inactivation enzymatique ► hydrolyse des ATB� Ex : Betalactamase (BLSE+++) ► BMR
� Modifications de la cible � Ex : substitution de la cible SAUR � SARM ► BMR
� Résistance croisée contre plusieurs familles d’ATB ► BMR
� Les ATB, c’est pas automatique
� Utilisation des bons ATB aux bonnes posologies sinon :
Acquisition de résistance +++� Acquisition de résistance +++
� BMR = Bactérie Multi-Résistantes
� Impasse thérapeutique
Infections nosocomiales
� Définition :
� Infection contractée dans un établissement de santé
� Nosocomiale si absente à l’entrée dans l’établissement
� Délais (statut infectieux non connu à l’admission) :
� Après 48h d’hospitalisation
� Site opératoire : 30 jours
� Sur matériel in situ : 1 an
� 3500 décès/an seraient directement imputables aux IN
� Prévalence des patients infectés +/- 5,3% (2012)
� Facteurs de risque :
1. Age (personnes âgées, préma…)
2. Pathologie (immunodépression, brûlés, trauma…)
3. Traitements (déséquilibre flore, chimio…)
4. Actes invasifs (sonde, intubation, KT…)
� Services :
1. Réanimation 26%
2. Chirurgie 6%
3. Services médecine 6%
� Mode de transmission :
� Infections exogènes :
�� ManuportageManuportage +++ (personnel/patient ou patient/patient)
� Contamination de l’environnement (eau, air, matériel…)� Contamination de l’environnement (eau, air, matériel…)
� Infection endogène :
� Acte invasif
� Fragilité particulière
MOYENS DE LUTTE
� Buts : � Réduire le nombre d’IN
� Réduire la fréquence des BMR aux ATB
� Dispositifs :� Comité de Lutte contre les Infections Nosocomiales (CLIN)
� Equipe Opérationnelle d’Hygiène Hospitalière (EOHH)
� Actions :� Recommandations nationales de référence, bonnes pratiques..
� Surveillance et signalement
� Formation, prévention et sensibilisation du personnel hospitalier +++