miten tulkitsen mikrobiologisia laboratoriovastauksia? · miten tulkitsen mikrobiologisia...
TRANSCRIPT
Miten tulkitsen mikrobiologisia
laboratoriovastauksia?
08.11.2017 Sisätautimeeting
Kerttu Saha, sairaalamikrobiologi
Seinäjoen keskussairaala, Kliininen mikrobiologia
Mikrobiologiset tutkimukset
- Etsitään eri menetelmillä
mikrobeja tai niiden rakenteita
tai niiden aiheuttamaa vastetta
tai mikrobien resistenssiä eri
antimikrobilääkkeille
- Viljelyt ja herkkyysmääritykset
- Värjäykset
- Antigeenitutkimukset
- Nukleiinihapon osoitus (PCR)
- Vasta-aine-tutkimukset
15.1.2018 3
Bakteeriviljelyvastauksista
• Vastaus 1-4 vrk:n kuluttua
• Mikrobien tunnistus nopeammin ja
uusia mikrobinimiä (PCR, Maldi-Tof)
• Alustava/lopullinen vastaus
• Mikrobi
antimikrobilääkeherkkyyksineen
todennäköisille patogeeneille ja
mahdollinen kommentti
• Tarkista antimikrobilääkeherkkyys!
• Konsultoi infektiolääkäriä ongelma-
tapauksissa
Massaspektrometri,
Maldi-Tof
Veriviljelyt
• Veren määrä tärkein tekijä (n. 40 ml)
• Positiivinen yleensä 1-2 vrk kuluttua
• Pulloista tehdään
– Värjäys, joka ilmoitetaan heti
puhelimitse ja atk:n välityksellä
– Tarvittaessa suoraan pullosta PCR
– 3-4 h kasvatuksen jälkeen mikrobin
pikatunnistus massaspektrometrillä
– Viljely ja antimikrobilääkeherkkyys
– Tunnistuksen varmistus ja
mahdollinen lisäherkkyys
15.1.2018 4
Veriviljelyn värjäyslöydöksiä ja mahdollisia aiheuttajia
Värjäyslöydös Mahdollinen mikrobi Jatkotoimet
GRAMPOSITIIVINEN KOKKI, RYHMISSÄ
TAI RYHMÄKOKKI
Staphylococcus aureus
Koagulaasinegatiivinen stafylokokki
Anaerobipullosta myös anaerobinen
kokki
PCR, herkkyysmääritys
GRAMPOSITIIVINEN KOKKI,
PAREITTAIN TAI KETJUISSA
Streptococcus pneumoniae
Beetahemolyyttiset streptokokit
Streptococus viridans
Enterokokki
Pikatunnistus Maldilla 3-4 tunnin
kasvatuksen jälkeen, herkkyysmääritys
valmis seuraavana päivänä
Tarvittaessa PCR
GRAMNEGATIIVINEN SAUVA Enterobakteerit esim. E.coli,
Klebsiella
Pseudomonas
Haemophilus influenzae
Anaerobiset gramnegatiiviset sauvat
Pikatunnistus Maldilla ja
herkkyysmääritys
Tarvittaessa PCR
GRAMPOSITIIVINEN SAUVA
Clostridium –lajit,
Listeria monocytogenes
Lactobacillus sp.
Bacillus sp.
Corynebacterium sp. (difteroidi)
Pikatunnistus Maldilla ja
herkkyysmääritys
HIIVA Candida albicans ja muut Candidat
Cryptococcus neoformans
Pikatunnistus Maldi-laitteella
HUOM! Mahdollinen sienisepsis!
GRAMNEGATIIVINEN KOKKI,
PAREITTAIN, DIPLOKOKKI
Neisseria meningitidis (melko
harvinainen)
Pikatunnistus Maldilla,
herkkyysmääritys
Tarvittaessa PCR
Lisää bakteeriviljelyvastauksia
Herkkyystulos S, I, R
- S = herkkä
- I = alentunut
- R = resistentti
• MIC- määritys: tulos mcg/ml
GI- kanavan infektiot
• Ensisijaiset tutkimukset
– Bakteeripuliepäily: F-BaktVi1
– Antibioottiripuli: F-CldiVT
– Virusripuliepäily:
F-NoroNhO, Rota-AdenAg
– Parasiittiepäily: F-ParaO,
F-ParaNhO
• F-BaktVIP
– jos ensisij. tutkimukset neg
– jos epäillään EHEC:iä tai
muita ripuli-E.coli-kantoja tai
muita harvinaisempia
aiheuttajia kuten
Cryptosporidium
Mistä
eristetty
Todennäköinen patogeeni Todennäköinen
kontaminantti/normaaliflooraa
Veri Mikä tahansa mikrobi esim.
Staph.aureus,
beetahemol.streptokokit,
Enterobakteerit mm. E.coli, Klebsiella
sp.
Pseudomonas
Koag.neg stafylokokit, alfahem.streptokokit, Bacillus
sp., korynebakteerit (difteroidit)
(varsinkin jos eristetty vain yhdestä pullosta)
Kudos- ja muu
steriili alue
esim. pleura,
nivel
Mikä tahansa mikrobi esim.
Gramnnegatiiviset sauvat
Staph.aureus, beetahemolyyttiset
streptokokit,
Silmä/korva: Koag.neg.staf, alfahem ja nonhemol.str.
korynebakteerit
Virtsa Enterobakteerit: mm. E.coli ,
Enterococcus,
Pseudomonas sp, Str. B (GBS)/gravidit
S.aureus, Staph.saprophyticus, Hiivat
Korynebakteerit, koag.neg.staf, alfahem.str,
Lactobacillus sp, Bacillus sp.
GI-kanava Salmonella, Shigella, Campylobacter
jejuni, Aeromonas, Plesiomonas,
Vibriot, EHEC, Entamoeba histolytica jne
Enterobakteerit, stafylokokit, streptokokit,
enterokokit, Pseudomonas sp, Anaerobit, Hiivat
Hengitystiet Str.pyogenes (A), Str.pneumoniae,
Staph.aureus, H. influenzae,
Pseudomonas sp, Nocardia, Moraxella
catarrhalis
Koag.neg. stafylokokit, alfahem.streptokokit,
gramnegatiiviset sauvat, muut beetahemolyyttiset
str.kuin A, saprofyyttineisseriat, korynebakteerit,
hiivat
Haavamärät Staph.aureus, beetahemol.streptokokit,
Kroonistuneisssa haavoissa myös
gramnegatiiviset sauvat, anaerobit
Koagulaasinegat. stafylokit, difteroidit, viridans-
ryhmän streptokokit, peptostreptokokit ja
propionibakteerit
PCR- vastausten tulkinnasta
• Herkkiä ja nopeita testejä
• Kvalitatiivisia (pos/neg) tai
kvantitatiivisia (kopiomäärä/ml)
• Neg. ennustearvo yleensä hyvä
• Virusten, bakteerin ja sienten
nukleiinihappoa voi löytyä
näytteestä myös ilman infektiota
• Positiivinen PCR- tulos tulee
suhteuttaa potilaan kliiniseen
kuvaan
Kvalitatiivinen PCR: Respiratoriset mikrobit
Ensisijainen tutkimus
influenssaepidemiakaudella
- 8878 InABRSNhO
- Näytteenotto nenänielusta
Erityistilanteissa laaja respiratoristen
virusten ja bakteerien PCR-tutkimus
8940 ResNhO
PCR ja viljely likvorista (Li-MenNhO)
• HHV6 ja CMV-virusten reaktivaatio
• VZV ja vyöruusu
• Pneumokokki ja hemofiilus - hengitysteistä
• HSV1 - yskänrokko
Kvantitatiivinen PCR: P-CMVNh
Potilastapaus: 17Ü5162 21.9.17 3 782 IU/ml
17Ü5283 2.10.17 11 542 IU/ml
17Ü5333 4.10.17 19 762 IU/ml
17Ü5447 16.10.17 16 614 IU/ml
17Ü 5568 26.10.17 730 IU/ml
”Negatiivinen tulos” - PCR-menetelmän
löydösraja on 137 IU/ml
- CMV-virusta ei
osoitettavissa tällä
menetelmällä
Serologia: Puumalavirus-IgM-vasta-aineet
• Myyräkuumeen IgM-pikatesti
• IgM-vasta-aineita lähes kaikilla
6 pv:ssä oireiden alusta
• Ristireaktiot mahdollisia mm.
muiden hantavirusten kanssa
IgM-
pikatesti:n
lukema: 234
Yksi potilasnäyte 17Ö277: - selvä IgM-pikatesti pos (lukema 259-266),
mutta varmistustesteissä IgM- ja IgG neg!
http://www.epshp.fi/yksikoiden_sivut/sairaanhoidolliset
_palvelut/kliininen_mikrobiologia/ohjekirja/tutkimuskoh
taiset_ohjeet
Mikrobiologian kotisivut: Mikrob.tutkimusohjeet,
myös tulosten tulkintaa, löydösraportti ja
mikrobiresistenssitilastot