praktikum bioinformatika s2 biomedik 4 juni 2015

7/25/2019 Praktikum Bioinformatika s2 Biomedik 4 Juni 2015

1/28

Lihat sekuens gen dan protein

Kalo mau cari yang human masukkan p53, human


2/28

Kalo tidak dapat. Berarti nama gen yang kita masukkan salah. Ganti jadi tp53

human

Klik gen, homo sapiens ada 999


3/28


4/28

Gamar diatas garis hijau hori!ontal intron, "ertical ekson

#

$da da%tar &'()

Bisa man%aatkan data &'() untuk ikin primer


5/28


6/28

Ganti jadi *5++ karena )- maksimal +++/5++

get primer


7/28

Loading..

0issal &'() di garis merah tengah, pilih primer yang jaraknya agak jauh dari &'()


8/28

Berarti pilih primer 5

Kalau hasil empty results,


9/28

&etelah dapat primer, )-, lalu dapat data,

0asuk ke 1esite pak 1idodo

2orkshop ioin%ormatika

onlot contoh, materi lain tentang ioin%ormatika isa didonlot disitu

&a"e, ekstrak

ek hasil sekuensing

Buka salah satu 4le pakai aplikasi se6uence scanner7


10/28

Klik


11/28

Bagus tidaknya sekuens

oule peak8 hetero!igot

Kalo ' erarti tidak teraca asanya


12/28

Kuningmerah erarti hetero!igot

Buka aplikasi ioedit gratis7 donlot di 111.mio.ncsu.eduioeditioedit.html


13/28

)ilih 4le lagi, import se6uences, pilh 4le yang diinginkan misal 4le */:7

)illih edit di mode, ;erus lok +/3+ asa nukleotida, dan delete. idealnya hapus

+an sekuens a1al dan +an sekuens akhir, karena hasil pemacaan diragukan7


14/28

Lalu pilih $) contig untuk meng/align eerapa sekuens7


15/28

-un

Kalau sudah ada tulisan sho1 klik enter


16/28

liat di catatan7

Kalo ada peredaan, erarti ada "ariasi


17/28

;rs 4le. Graphic "ie1


18/28

)ilih 3 letter translation, nanti langsung keluar asam aminonya lihat "ariasi tadi

seakan peruahan asam aminotidak

Kalau mau di sa"e, pilih 4le e


19/28

&a"e. =ile dalam entuk 1ord untuk lampiran

>ntuk cek gen di last, klik kali di cap *+:


20/28

0uncul seperti ini,

;erus kopi

Kemudian uka last


21/28

)ilih nucleotide last

masukkan sekuens yang tadi di kopi. ;erus klik last


22/28

)rotein model

Googling s1iss model

&1issmodel.e


23/28

)roject ?ope@ untuk memandingkan mutasi"ariasi yang terjadi pada satu asam

amino mutasi kecil7 pada entuk 3 protein.


24/28


25/28


26/28

Protein interaction

Bisa juga dipelajari di dataase KAGGreactome ro1se dari nci isa namadisease, nama protrein,dll7

KAGG path1ay , misal cari cell cycle path1ay

KAGG@


27/28

ata ase protein@

>niprot data ase protein paling mudah7. ;inggal masukkan nama protein

'ama protein, "ariasi, %ungsi domain %ungsi protein

3 structure8 ada kode )Bnya


28/28

ara design "aksin

ari antigen, terus mapping.

)ake data ase tools.ied.org

Bisa pilih target "aksin cell atau t cell

0asukkan antiody epitope prediction@

&yarat epitop@ tidak oleh sama kyak protein diri.

praktikum bioinformatika s2 biomedik 4 juni 2015

Documents