rida gene bacterial stool panel (bakteriyel dışkı...

RIDA®GENE Bacterial Stool Panel (Bakteriyel Dışkı Paneli)

real-time PCR

Art. No.: PG2405

100 reaksiyon

In Vitro Diagnostik Kullanım için

-20 °C

R-Biopharm AG, An der neuen Bergstraße 17, D-64297 Darmstadt, Germany

Tel.: +49 (0) 61 51 81 02-0 / Telefax: Faks: +49 (0) 61 51 81 02-20

2 RIDAGENE Bacterial Stool Panel 12-11-28

1. Kullanım amacı

In Vitro Diagnostik Kullanım için RIDA®GENE Bacterial Stool Panel, insan dışkısında

Salmonella spp., Campylobacter spp. ve Yersinia enterocolitica doğrudan kalitatif

tespiti ve ayrımı için, multipleks real-time PCR'dır. RIDA®GENE Bacterial Stool Panel

multiplex real-time PCR, bakterilerin neden olduğu mide-bağırsak enfeksiyonu

teşhisinde yardımcı olarak kullanılmak üzere tasarlanmıştır.

2. Testin açıklaması

Diyareli hastalık önemli bir sağlık sorunudur ve dünya çapında yaklaşık 2 milyar

vak'aya neden olur. Dünya Sağlık Örgütü (WHO)'ne göre diyareli hastalıklar, özellikle

gelişmekte olan ülkelerde,global olarak 5 yaşın altındaki çocuklar arasında,çocuk

ölümlerinin ikinci en yaygın nedeni olarak yer almaktadır. Her yıl 5 yaşından daha

küçük yaklaşık 1.9 milyon çocuk AIDS, sıtma ve kızamıktan daha fazla olmak üzere

diyareden ölmektedir.

Campylobacter türleri, dünyada bakteriyel diyarenin en sık nedenlerinden biridir ve yılda 400-500

milyon vak'adan sorumludur. Campylobacter türünün neden olduğu hastalık,

Campylobacteriosis olarak adlandırılır. Campylobacter enfeksiyonlarının% 80'inden

fazlasına C.jejuni neden olur. ABD Hastalık Kontrol ve Korunma Merkezleri (CDC),

ABD'de her yıl campylobacteriosis'den kaynaklanan 2 milyondan fazla vak'a olduğunu

tahmin etmektedir. Gıda Kaynaklı Hastalıklar Etkin Gözetim Ağı (FoodNet), 2008

yılında her 100.000 kişi başına 13 vak'a insidansı olduğunu raporlamıştır. C. jejuni,

gelişmekte olan ülkelerde diyare olan çocukların %8-45'inde gelişmiş ülkelerde ishal

olan çocukların %5-16'sında tespit edilmiştir4. ABD'de her yıl, Campylobacter

enfeksiyonu olan yaklaşık 100 kişi ölmektedir3. Campylobacter enfeksiyonu, özellikle

çocuklarda fekal-oral yolla, kontamine yiyecek, özellikle kümes hayvanları, su, enfekte

hayvanlarla temas yoluyla meydana gelir. Bulaşıcı doz, 500 bakteri ile nispeten

düşüktür. Campylobacteriosis'li kişilerde, 2 ila 5 günlük kuluçka döneminden sonra

ateş, ishal, karın krampları, kusma, karın ağrısı ve mide bulantısı baş gösterir.

Potansiyel uzun vadeli komplikasyonları, örneğin Guillain-Barre Sendromu (GBS) için,

otoimmün bozukluklardır.

Salmonella türleri, ayrıca dünya çapında bakteriyel gastroenteritin önde gelen

nedenidir. Salmonella cinsi, S. enterica ve S. Bongori olmak üzere iki türe ayrılmıştır.

Şimdiye kadar 2.500'den fazla Salmonella serotipi, insanlar için patojen olarak

açıklamıştır. Salmonella türleri, tifoya ya da tifoya yol açmayan salmonelloza neden

olur. Global olarak her yıl, 93.8 milyon tifoya yol açmayan salmonelloz enfeksiyon

vak'asının 155.000 ölüme yol açtığı tahmin edilmektedir6. CDC, ABD'de her yıl, 23.000

hastaneye yatış ve 450 ölüm ile, 1.2 milyondan daha fazla tifoya yol açmayan

salmonelloz vak'asının olduğunu tahmin ediyor5. Tifoya, S. typhi , S. paratyphi A, B

RIDAGENE Bacterial Stool Panel 12-11-28 3

veya C neden olurken, tifoya yol açmayan salmonelloz enfeksiyonlarının çoğu, S.

Typhimurium ve S. enteritidis kaynaklıdır.CDC, ABD'de yılda 1.800'den fazla tifo

vak'asının olduğunu tahmin etmektedir.Salmonella kontamine gıda, su veya enfekte

hayvanlarla temas yoluyla bulaşır. Salmonella türlerinin bulaşıcı dozu, 1 ila 1000

bakteriye kadar değişmektedir. Tifoya yol açmayan salmonelloz enfeksiyonu, 6-72

saatlik kuluçka döneminden sonra, kusma, karın krampları, ishal, ateş ve baş ağrısı

gibi klinik semptomlarla ortaya çıkar. Tifo olan kişilerde, organizmaya maruz kaldıktan

1 ila 3 hafta içerisinde, karın ağrısı ve diyare de dahil olmak üzere, baş ağrısı, sancı,

yüksek ateş (39°C - 41°C) gastrointestinal semptomlar baş gösterir3,7.

Yersinia enteroclitica insanlar için patojen olan Yersinia cinsinin üç Yersinia türünden

(Y. pestis, Y. pseudotuberculosis) biridir ve Yersiniosis denilen gastrointestinal

hastalığa neden olur. FoodNet göre her yıl ABD'de, Y. enterocolitica enfeksiyon

insidansı 100.000 kişi başına 1 oranı ile meydana gelmektedir. Avrupa Hastalık

Önleme ve Kontrol Merkezi, 2007 yılında 5.000'i Almanya'da olmak üzere, 8.807 vak'a

bildirmiştir. Yersiniosisli enfeksiyon, kontamine gıda veya suyun

yenilmesi/içilmesinden sonra oluşur. Tahmini bulaşıcı dozu, 104 ila 106 bakteridir.

Yersiniosis kişilerde, 1 ila 11 günlük kuluçka döneminden sonra diyare, kusma, karın

ağrısı baş gösterir. Y. Enterocolitica, ayrıca reaktif artrit ile de

ilişkilidir3,8.

Kültür, bakteriyel diyare laboratuar tanısını saptamak için klasik yöntemdir, ama birkaç

gün gerektirir.

RIDA®GENE Bacterial Stool Panel multiplex real-time PCR, dışkı örneklerinin testi

için yeni ve ilgi çekici bir alternatiftir ve en önemli diyare nedeni olan üç bakterinin

(Campylobacter spp., Salmonella spp. Ve Y. Enterocolitica) eş zamanlı saptanması

için, son derece hassas ve spesifik olduğu kanıtlanmıştır.

3. Test prensibi

RIDA®GENE Bacterial Stool Panel tahlili, Salmonella spp., Campylobacter spp. ve

Yersinia enterocolitica'nın doğrudan ayırt edilmesi ve kalitatif tespiti için multipleks real-

time PCR'dır. DNA izolayonundan sonra, eğer mevcutsa Salmonella spp. (ttr),

Campylobacter spp. (16s-rDNA) veY. enterocolitica (ail) için spesifik gen

fragmanlarının amplifikasyonları meydana gelir. Amplifiye hedefler, bir ucu quencher

ile, diğer ucu floresan reporter boya (florofor) ile etiketlenmiş olan hidroliz problarıyla

tespit edilir. Hedef varlığında problar amplikonları hibridize eder. Uzatma

aşaması esnasında Taq-polimeraz reporter-quencher yakınlığını kırar.

Raportör real-time PCR cihazının optik birimi tarafından tespit edilen bir flüoresan

sinyal yayar. Bu floresan sinyal, oluşan amplikonların miktarıyla artar. RIDA®GENE CD


Bacterial Stool Panel testi, örnek hazırlama prosedürünün internal kontrolü olarak ve

olası PCR-inhibisyonunu belirlemek amacıyla bir Internal Control DNA (ICD) içerir.

4. Sunulan reaktifler

Tab.1: Sunulan reaktifler (Kit içindeki reaktifler 100 tespit için yeterlidir)

Kit Kodu Reaktif Miktar Kapak Rengi

1 Reaksiyon Karışımı 2x 1100 µl sarı

2 Taq-Polimeraz 1x 11 µl kırmızı

D İç Kontrol DNA 2x 1800 µl turuncu

N PCR Su 1x 500 µl beyaz

P Pozitif Kontrol 1x 200 µl mavi

5. Saklama talimatları

- Tüm reaktifleri ışıktan koruyun ve -20°C de saklayın. Tüm reaktifler

son kullanma tarihine kadar kullanılabilir. Son kullanma tarihinden sonra kalite

garantisi artık geçerli değildir.

Kullanmadan önce reaktifleri dikkatlice çözün (ör. 2 -8°C de buzdolabında).

- Reaktifler tahlil performansını etkilemeden, 5 defa donma/çözülmeye kadar

dayanabilir.

(örn:ilk çözdürme sonrası, alikotlarına ayırın ve

hemen dondurun)

- PCR hazırlığı esnasında, tüm reaktifler uygun şekilde soğukta saklanmalıdır

(2 - 8 °C) .

6. Ek ekipmanlar ve gerekli materyaller

- DNA-Extraction kit (örn: RTP® Pathogen Kiti, STRATEC Molecular)

veya

DNA-Extraction sistemi (örn:. Maxwell® 16 (Promega), NucliSENS easy®MAG™

(bioMérieux))

- Real-time PCR Cihazı:

Roche: LightCycler 480II

- Cepheid: SmartCycler

Uygulanan Biyosistemler: ABI 7500

Abbott: m2000rt

Stratagene: Mx3000P,, Mx3005P

QIAGEN: Rotor-Gene Q


- LightCycler 480II çalıştırmak için RIDA®GENE Color Compensation I (PG0001)

- Gerçek zamanlı PCR sarf malzemeleri (plaklar,tüpler,folyo)

- Reaksiyon şişeleri için rotor ile santrifüjleme

- Vortexer

- Pipetler (0.5 – 20 µl, 20 – 200 µl, 100 – 1000 µl)

- Filtre uçları

- Pudrasız tek kullanımlık eldivenler

7. Kullanıcı önlemleri

- Sadece in vitro diagnostik kullanım içindir.

- DNA izolasyon, PCR hazırlama ve PCR çalışması çapraz-kontaminasyonları

önlemek için farklı odalarda ayrılmalıdır.

- Bu test sadece moleküler biyoloji yöntemlerinde eğitimli laboratuvar personeli

tarafından yapılmalıdır.

- Çalışma talimatlarını sıkıca izleyin.

- Örnekleri kullanırken tek kullanımlık eldivenler giyin. Test bittikten sonra ellerinizi

yıkayın.

- Örneklerin veya test reaktiflerinin kullanıldığı alanlarda sigara içmeyin, birşey

yemeyin veya içmeyin.

- Örnekler ve örneklere maruz kalan reaktifler ve materyaller olası bulaşıcı gibi

işlenmelidir ve ulusal güvenlik düzenlemelerine göre kullanılmalıdır.

- Son kullanma tarihinden sonra kiti kullanmayın.

8. Test prosedürü

8.1 DNA-Ekstraksiyon

İnsan dışkı numunelerinin DNA-ekstraksiyonu için, mevcut olan ticari DNA izolasyon

kitini (örn: RTP® Pathogen Kit (STRATEC Molecular)) veya DNA ekstraksiyon

sistemini (örn: Maxwell® 16 (Promega)) kullanın. Üreticinin talimatlarına göre DNA yı

ekstrakte edin.

Dışkı numunelerinin ekstraksiyon öncesi, su ile 1:3 oranında dilüe edilmesini öneririz.

Dilüe edilmiş dışkı numunelerini, şiddetlice vorteksleyin ve 30 sn. 3,000 rpm'de

santrifüjleyin. Üreticinin talimatlarına göre, süpernatantı uygun hacimde kullanın.

RIDA®GENE Bacterial Stool Panel testi, numune hazırlama prosedürü için PCR

inhibasyon kontrolü ya da ekstraksiyon kontrolü olarak ve PCR inhibasyon kontrolü

olarak da kullanılabilen, bir Internal Kontrol DNA (ICD) içerir.


Eğer ICD sadece PCR inhibasyon kontrolü olarak kullanılırsa Master-Mix'e 1µl ICD

eklenmelidir (Tab.3'e bakınız).

Eğer ICD, PCR inhibasyon kontrolü ve numune hazırlama prsedürü için ekstraksiyon

kontrolü olarak kullanılırsa, ektraksiyon prosedürü esnasında 20 µl ICD eklenmesi

gerekir. ICD her zaman numune/lysis tampon karışımına eklenmeli, kesinlikle

numuneye doğrudan eklenmemelidir. Ayrıca, negatif ve pozitif kontrol PCR Mix'e 1 µl

ICD ilave edilmesini öneririz.

8.2 Master-Mix hazırlığı

Gereken toplam PCR reaksiyonsayısını (numune ve kontrol reaksiyonları) hesaplayın.

Her tahlil çalışmasının içinde, mutlaka bir pozitif ve negatif kontrolün olması gereklidir.

Pipetlemenin tam olarak karşılanması için, %10 ilave hacim hesaplanmasını tavsiye

ederiz. Kullanmadan önce, Reaksiyon Mix'i, Taq-Polymerase'ı, Pozitif Kontrolü,PCR

Su ve ICD'yi çözün, nazikçe karıştırın ve kısa biz süre santrifüjleyin. Reaktifleri çalışma

aşaması esnasında uygun soğuklukta muhafaza edin (2 - 8 °C).

Tab.2: Hesaplama ve pipetleme örneğin 10 Master-Mix resksiyonu için

(Ekstraksiyon ve PCR inhibasyonu olarak ICD)

Kit Kodu Master-Mix bileşenleri Reaksiyon başına

hacim 10 reaksiyon (ekstra %10)

1 Reaksiyon Karışımı 19,9 µl 218,9 µl

2 Taq-Polymerase 0,1 µl 1,1 µl

Toplam 20,0 µl 220 µl

Master-Mix bileşenlerini yavaşça kısa süreliğine aşağıya döndürerek karıştırın.

Tab.3: Hesaplama ve pipetleme örneğin 10 Master-Mix resksiyonu için

(PCR inhibasyonu olarak ICD)

Kit Kodu Master-Mix bileşenleri Reaksiyon başına

hacim

10 reaksiyon

1 Reaksiyon Karışımı 19,9 µl 218,9 µl

2 Taq-Polymerase 0,1 µl 1,1 µl

D İç Kontrol DNA 1,0 µl 11 µl

Toplam 21,0 µl 231,0 µl

Master-Mix bileşenlerini yavaşça kısa süreliğine aşağıya döndürerek karıştırın.

8.3 PCR-Mix hazırlanması

Her bir reaksiyon şişesine (tüp veya plaka) 20 Master-Mix pipetleyin.


Negatif Kontrol : Önceden pipetlenen Master-Mix'e negatif kontrol olarak 5 µl PCR

Su ekleyin.

Not: Eğer ICD, PCR inhibasyon kontrolü ve numune hazırlama prosedüründe ekstraksiyon

kontrolü olarak kullanılırsa, negatif kontrol PCR Mix'e 1 µl ICD ilave edilmesini öneririz.

Örnek: Önceden pipetlenen Master-Mix'e 5 µl DNA-Ekxtract ekleyin.

Pozitif Kontrol: Önceden pipetlenen Master-Mix'e 5 µl Pozitif kontrol ekleyin.

Not: Eğer ICD, PCR inhibasyon kontrolü ve numune hazırlama esnasında ekstraksiyon

kontrolü olarak kullanılırsa, pozitif kontrol PCR Mix'e 1 µl ICD ilave edilmesini öneririz.

Tüpleri veya plakayı kapatın. Aşağıya döndürün ve real-time PCR cihazına yerleştirin.

PCR reaksiyonu, PCR cihaz ayarlarına göre başlatılmalıdır. (Tab.4, Tab.5’e bakın).

8.4 PCR Cihaz ayarları

Tab.4: LightCyler 480II, SmartCycler ve Rotor-Gene Q için Real-time profili

İlk Denatürasyon

Cycling

PCR denatürasyonu

Sertleştirme/Uzatma

1 dk, 95 °C

45 Cycles

10 sn, 95 °C

15 sn, 60 °C

Sıcaklık Geçiş Hızı /Ramp Oranı

Maksimum

Not: Sertleşme ve uzatma aynı aşamada meydana gelir.

Tab.5: Mx3000P, Mx3005P, ABI 7500 ve m2000rt için Real-time PCR profili

İlk Denatürasyon

Cycling

PCR denatürasyonu

1 dk, 95 °C

45 Cycles

10 sn, 95 °C

30 sn, 60 °C

Sıcaklık Geçiş Hızı /Ramp Oranı

Maksimum

Not: Sertleşme ve uzatma aynı aşamada meydana gelir.


8.5. Tespit Kanal Ayarı

Tab.6: Uygun tespit kanallarını seçin.

Real-time PCR Cihazı:

Tespit Tespit Kanalı Dark-Quencher

Not

Roche

LightCycler 480II

Salmonella spp. 465/510 + RIDAGENE Color

Compensation Kit I (PG0001)

gereklidir.

ICD 533/580 +

Yersinia enterocolitica 533/610 +

Campylobacter spp. 618/660 +

Cepheid

SmartCycler

Salmonella spp. Kanal 1 +

- ICD Kanal 2 +

Yersinia enterocolitica Kanal 3 +

Campylobacter spp. Kanal 4 +

ABI 7500

Salmonella spp. FAM yok Pasif referans ROX

seçeneğinin olmadığını kontrol

edin.

ICD VIC yok

Yersinia enterocolitica ROX yok

Campylobacter spp. Cy5 yok

Abbott: m2000rt

Salmonella spp. FAM yok

- ICD VIC yok

Yersinia enterocolitica ROX yok

Campylobacter spp. Cy5 yok

Stratagene Mx3000P/ Mx3005P

Salmonella spp. FAM + Referans boyanın olmasığını kontrol

edin.

ICD HEX +

Yersinia enterocolitica ROX

Campylobacter spp. Cy5 +

Qiagen Rotor-Gene Q

Salmonella spp. Yeşil +

- ICD Sarı +

Yersinia enterocolitica Turuncu +

Campylobacter spp. Kırmızı +


9. Sonuçların Yorumlanması

Numune analizleri, üreticinin talimatlarına göre kullanılan real-time PCR cihazının

yazılımı taraından yapılır. Pozitif ve negatif kontroller doğru sonuçları göstermek

zorundadır (şekil 1, şekil 2, şekil 3’e bakın)

Pozitif kontrol, konsantrasyonu 103 kopya / µl ‘dir. Her bir PCR çalışmasında, toplam

5 x 103 kopya miktarı kullanılır.

Şekil 1: LightCycler 480II da pozitif ve negatif kontrol (Salmonella spp.) doğru

çalışması


Şekil 2: LightCycler 480II da pozitif ve negatif kontrol (Yersinia enterocolitica) doğru

çalışması

Şekil 3: LightCycler 480II da pozitif ve negatif kontrol (Campylobacter spp.) doğru

çalışması

LightCycler 480II


Sonuç yorumlanması Tablo 7'ye göre yapılır

Tab.7: Numune yorumlama

Hedef genler

Salmonella spp.

Yersinia enterocolitica

Campylobacter spp.

ICD Sonuç

pozitif negatif negatif pozitif/negatif Salmonella spp.

negatif pozitif negatif pozitif/negatif Yersinia enterocolitica

negatif negatif pozitif pozitif/negatif Campylobacter spp.

negatif negatif negatif pozitif Negatif (Hedef

genler tespit edilebilir değildir)

negatif negatif negatif negatif Değerlendirilebilir değil

Numune, tespit sisteminde amplifikasyon sinyali göstermezse, numune negatif olarak

değerlendirilir, ancak Internal Kontrol (ICD) pozitif. Ekstraksiyon prosedüründeki PCR

inhibasyonu ya da başarısızlığı, Internal Kontrol DNA (ICD) tespitiyle ekarte edilebilir.

Hem numune ve hem de Internal Kontrol DNA (ICD), tespit sisteminde bir

amplifikasyon sinyali gösterirse, numune pozitif olarak değerlendirilir.

Numune, tespit sisteminde amlifikasyon sinyali gösteriyorsa pozitif olarak

değerlendirilir, ancak Internal Kontrol DNA (IDC) negatiftir. Internal amlifikasyon

kontrolün tespiti gerekli değildir, çünkü amlifikasyonun yüksek konsantrasyonları,

internal amplifikasyon kontrolün zayıf ya da olmayan sinyaline neden olabilir.

Tespit sisteminde, hem numune hem de Internal Kontrol DNA (ICD) sinyal vermiyorsa,

numune geçersiz olarak değerlendirilir. Ekstraksiyon prosedüründe bir hata

oluşmuştur ya da numune PCR inhibütörü içeriyordur. Ekstrakte numunenin PCR su

ile daha fazla dilüe (1:10) ve yeniden amplifiye edilmesi ya da numune izolasyon ve

purifikasyonun edilmesi geliştirilmesi gerekmektedir.


10. Performans Özellikleri

10.1 Klinik Verimlilik

Magdeburg (Almanya)’da Professor Schenk / Ansorge & Colleagues Medikal

Laboratuarında yapılan bir prospektiv çalışmada,semptomatik hastaların dışkı

numuneleri RIDA®GENE Bacterial Stool Panel multiplex real-time PCR kullanılarak

test edilmiş ve sonuçlar kültür ile takip edilen MALDI-TOF analizle karşılaştırılmıştır.

Sonuçlar aşağıdaki tabloda özetlenmiştir:

Tab.8: RIDA®GENE Bacterial Stool Panel multiplex real-time PCR ve kültür ile Salmonella

spp. sonuçlarının korelasyonu

.

Kültür

pozitif negatif

RIDA®GENE

Bacterial Stool Panel

pozitif 44 0

negatif 0 250

Tab.9: RIDA®GENE Bacterial Stool Panel multiplex real-time PCR ve kültür ile Y.

enterocolitica sonuçlarının korelasyonu

Kültür

pozitif negatif

RIDA®GENE


pozitif 11 0

negatif 0 283

Tab.10: RIDA®GENE Bacterial Stool Panel multiplex real-time PCR ve kültür ile

Campylobacter spp. sonuçlarının korelasyonu

Kültür

pozitif negatif

RIDA®GENE


pozitif 51 3

negatif 0 240

Duyarlılık 100,0 %

Özgünlük %100,0

PPV %100,0

NPV %100,0

Duyarlılık %100,0

Özgünlük %100,0

PPV %100,0

NPV %100,0

Duyarlılık %100,0

Özgünlük % 98.4

PPV % 94.4

NPV %100,0


10.2 Analitik duyarlılık

RIDAGENE Bacterial Stool Panel multiplex real-time PCR’ın tespit sınırı Salmonella

spp., Yersinia enterocolitica ve Campylobacter spp. için reaksiyon başına 5 DNA

kopyadır (şekil 4, şekil 5, şekil 6’ya bakın).

Şekil 4: LightCycler 480II ‘de Salmonella spp. dilüsyon serisi( µl başına 105 – 101 DNA

kopya)

Şekil 5: LightCycler 480II ‘de Yersinia enterocolitica dilüsyon serisi( µl başına 105 –

101 DNA kopya)


Şekil 6: Campylobacter spp. dilüsyon serisi( µl başına 105 – 101 DNA kopya)

LightCycler 480II

Tüm prosedürün tespit limiti, numune matrisine, DNA ekstraksiyonuna ve DNA

konsantrasyonuna bağlıdır


10.3 Analitik özgünlük

RIDAGENE Bacterial Stool Panel multiplex real-time PCR analitik özgünlüğü,

Salmonella spp., Yersinia enterocolitica ve Campylobacter spp. için spesifiktir.

Aşağıdaki türler için (Tab.11’e bakın) çapraz reaktivite tespit edilmemiştir.

Tab.11: Çapraz reaktivite testi

Arcobacter butzleri -

Clostridium sordellii -

Pseudomonas

aeruginosa -

Aeromonas hydrophila - Enteropathogenic E. coli -

Serratia liquefaciens -

Bacillus cereus - Enterotoxigenic E. coli -

Shigella flexneri -

Bacteroides fragilis -

Shiga toxin producing E. coli

- Staphylococcus aureus

-

Candida albicans -

Enterobacter cloacae -

Staphylococcus

epidermidis -

Citrobacter freundii -

Enterococcus faecalis -

Vibrio parahaemolyticus -

Clostridium difficile -

Klebsiella oxytoca -

Clostridium perfringens -

Proteus vulgaris -


10.4 Analitik reaktivite

RIDAGENE Bacterial Stool Panel multiplex real-time PCR reaktivitesi multiple

Campylobacter türlerine, Salmonella serotiplerine ve Yersinia enterocolitica karşı

değerlendirilmiştir (bakınız Tab. 12). Tüm Campylobacter türleri, Salmonella serotipleri

ve Yersinia enterocolitica paneli RIDAGENE Bacterial Stool Panel multiplex real-time

PCR ile test edilmiştir.

Tab.12: Analitik reaktivite testi

Campylobacter türleri

C. coli + C. jejuni + C. fetus +

C. lari + C. upsaliensis +

Salmonella serotipleri

S. enteritidis + S. typhimurium + S. heidelberg +

S. brandenburg + S. agona + S. infantis +

S. kiel + S. paratyphi A + S. gloucester +

S. haifa + S. wilhelmsburg + S. essen +

S. virchow + S. montevideo + S. blegdam +

S. rostock + S. moscow + S. pullorum +

S. wernigerode + S. hadar + S. duesseldorf +

S. glostrup Serovar + S. poona + S. oranienburg +

S. senftenberg + S. bongori + S. bovismorbificans +

S. derby + S. anatum + S. newport +

S. goldcoast + S. dublin + S. livingston +

S. muenchen + S. kentucky + S. amsterdam +

S. berta + S. caracas + S. ealing +

S. augustenbourg +

Yersinia türleri

Y. enterocolitica

+


11. Yöntem limitleri

1. Moleküler analiz sonuçları, tanı için yol gösterici olmamalıdır, ancak her zaman

hastanın semptomları ve tıbbi geçmişi bağlamında ele alınmalıdır.

2. Bu tahlil, sadece dışkı numuneleri için onaylanmıştır.

3. Uygunsuz örnek toplama, taşıma , depolama ve işleme veya patojen, analitik

hassasiyetin altındaki numunede, yalancı negatif sonuçlara neden olabilir.

4. PCR inhibitörlerinin varlığı geçersiz sonuçlara neden olabilir.

5. Primer veya prob bağlayıcı bölgelerdeki polimorfizm ya da mutasyonlar,

RIDAGENE Bacterial Stool Panel tahlili ile bir yalancı negatif sonuçta ortaya çıkan

yeni türevlerin tespiti etkileyebilir.

6. In vitro diagnostik testlere dayalı tüm PCR'larda olduğu gibi, tespit sınırı altında

(LoD) hedefin çok düşük seviyeleri taspit edilebilie ancak sonuçların

tekrarlanabilirliği olmayabilir.

12. Literatür

1. World Gastroenterology Organisation Global Guidelines: Acute diarrhea in adults

and children : a global perspective.

2. UNICEF/WHO, Diarrhoea: Why children are still dying and what can be done, 2009.

3. FDA 2012. Bad Bug Book 2nd Edition. Foodborne Pathogenic Microorganisms and

Natural Toxins Handbook.

4. Ruiz-Palacios GM. Clinical Infectious Diseases 2007; 44:701–703.

5. CDC. National Salmonella Surveillance Overview. Atlanta, Georgia: US

Department of Health and Human Services, CDC, 2011.

6. Majowicz SE et al. Clinical Infectious Diseases 2010; 50:882-889.

7. Pui CF et al. International Food Research Journal 2011; 18: 465-473.

8. Rosner BM et al. BMC Public Health 2010; 10:337.

rida gene bacterial stool panel (bakteriyel dışkı...

Documents