tÉcnicas de diagnÓstico genÉtico
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TÉCNICAS DE DIAGNÓSTICO CITOGENÉTICO
MERCEDES NAVARRO DE MIGUEL MSc. Gené5ca y Biología del Desarrollo. Hospital Universitario de Elche,30 de Noviembre de 2016.
CARIOTIPO FISH
ARRAY-‐CGH
MLPA SECUENCIACIÓN SANGER
SECUENCIACIÓN MASIVA
CITOGENÉTICA CITOGENÉTICA MOLECULAR
GENÉTICA MOLECULAR
INDICACIONES
INDICACIONES PRENATALES
INDICACIONES POSTNATALES
TEA,DÉFICIT INTELECTUAL: MODELO COMPLEJO
INDICACIONES PRENATALES
INDICACIONES POSTNATALES
ü Evaluación clínica Mul;disciplinar. Árbol genealógico
TEA,DÉFICIT INTELECTUAL: MODELO COMPLEJO
P.Chiurazzi, Pirozzi, 2016
ETIOLOGÍA DE LA DISCAPACIDAD INTELECTUAL
DIAGNÓSTICO GENÉTICO EN DÉFICIT INTELECTUAL
Del/Dup patogénica o probablemente patogénica
Cribado X-‐frágil
Nega;vo Posi;vo
Secuenciación masiva (NGS): panel/exoma clínico/genoma
Sd. X-‐frágil
Sd. X-‐frágil (FMR1) Esclerosis tuberosa (TSC1 y TSC2) Neurofibromatosis (NF1) Sd. Rec(MECP2) Sd. Williams( Del 7q11.23) Cri-‐Du-‐Chat(Del 5p Ter) Sd. Kabuki(MLL2)
Posi5vo Nega5vo
Confirmación del Síndrome
Sospecha Clínica
Confirmación y herencia. (MLPA, FISH,Q-‐PCR, cario5po)
CNVp o CNVpp
Posi5vo Nega5vo
Diagnós5co ID
ID Inespecífica
Array-‐CGH
TÉCNICAS DE DIAGNÓSTICO CITOGENÉTICO
• CARIOTIPO • FISH • Array-‐CGH
ESTUDIO CITOGENÉTICO CLÁSICO
CITOGENÉTICA MOLECULAR
Estudios de Citogené5ca molecular para la detección de desequilibrios genómicos. Análisis global del cario;po mediante sondas fluorescentes
con técnicas de alta resolución.
ESTUDIO CITOGENÉTICO CLÁSICO
• Cario;po • FISH • Array-‐CGH
5-‐10Mb. Resolución bandeado .
CARIOTIPO
• Citogené5ca – Estudio de los cromosomas y de sus anomalías.
• Citogené5ca Cons5tucional – Se ocupa del análisis de los cromosomas en células que representan la línea germinal del individuo (habitualmente linfocitos de sangre periférica), y se llama así para dis;nguirla de los estudios citogené;cos sobre poblaciones celulares concretas que no representan la cons;tución gené;ca de todo el individuo (células somá;cas, por ejemplo las células de un tumor).Refleja la estructura cromosómica que ha sido heredada y a su vez transmi;da a la descendencia.
La citogené;ca clásica se basa en la creación y análisis del cario5po.
El cario5po es la presentación ordenada de los cromosomas cuando se hacen visibles en metafase.
CARIOTIPO
CARIOTIPO:¿ Qué nos permite ver el cario5po?
Cambios que resultan de una alteración visible de los cromosomas. Tamaño mínimo de las regiones alteradas: 5-‐10Mb -‐-‐-‐-‐ 50 a 100 genes de media
CARIOTIPO:CASO PRÁCTICO ALTERACIÓN NUMÉRICA
TIPOS DE ALTERACIONES GENÉTICAS SEGÚN CÉLULAS AFECTADAS
TIPOS DE ALTERACIONES GENÉTICAS SEGÚN CÉLULAS AFECTADAS
Mosaicismo cromosómico: cuando un individuo ;ene dos o más líneas celulares con diferente dotación cromosómica.
Mosaicismo placentario: Pseudomosaicismo, mosaicismo confinado a placenta, mosaicismo verdadero
His karyotype was 46, XY, r(20)/46, XY with mosaicism of 40%.
CASO PRÁCTICO:MOSAICISMO CROMOSÓMICO
CASO PRÁCTICO:MOSAICISMO CROMOSÓMICO
INVERSIÓN PARACÉNTRICA INVERSIÓN PERICÉNTRICA
CARIOTIPO:REORDENAMIENTOS EQUILIBRADOS: NO HAY PÉRDIDA DE MATERIAL CROMOSÓMICO
TRASLOCACIONES TRASLOCACIÓN ROBERTSONIANA INTERRUPCIÓN DE GENES
CARIOTIPO:REORDENAMIENTOS DESEQUILIBRADOS: HAY PÉRDIDA DE MATERIAL CROMOSÓMICO
CROMOSOMAS EN ANILLO
DUPLICACIONES
DELECCIONES
INSERCIONES
Segregación cromosómica en una traslocación: Puede dar lugar a gametos desbalanceados
SEGERACIÓN ALTERNA
SEGREGACIÓN ADYACENTE
CASO PRÁCTICO:TRASLOCACIÓN CROMOSÓMICA
Segregación cromosómica en una traslocación: Puede dar lugar a gametos desbalanceados
ESTUDIO CITOGENÉTICO CLÁSICO
• Cario;po • FISH • Array-‐CGH
2-‐3 Mb ESTUDIOS DIRECTOS: Sospecha traslocación subtelomérica. Estudios de comprobación de Array CGH Síndromes conocidos : Cri-‐Du-‐chat (5p)
Estudio de regiones subteloméricas para el estudio de
reordenamientos críp5cos.
ESTUDIO CITOGENÉTICO MOLECULAR: FISH HIBRIDACIÓN IN SITU
ESTUDIO CITOGENÉTICO MOLECULAR: FISH HIBRIDACIÓN IN SITU
TÉCNICAS DE DIAGNÓSTICO CITOGENÉTICO
• CARIOTIPO • FISH • Array-‐CGH 0,04Kb-‐35Kb
Arrays de diseño específicos dependientes de distribución de sondas Arrays de SNP
ARRAY-‐CGH
GANANCIA Y PÉRDIDA DE MATERIAL. No detecta alteraciones balanceadas.
ARRAY-‐CGH
ARRAY-‐CGH
Límite de resolución: -‐Número de sondas -‐Espaciado -‐Distribución
60K: 60000 sondas, con un límite de resolución de 200Kb 180K: 180000 sondas, con un límite de resolución de 60 Kb 400K: 400000 sondas, con un límite de resolución de 25Kb
Limitaciones: Reordenamientos cromosómicos balanceados. Microduplicaciones o delecciones inferiores al rango de resolución de la plataforma empleada Las alteraciones presentes en mosaico menores al 30%-‐25%. Poliploidías.
RESOLUCIÓN +
_
ARRAYS GENÓMICOS
BACs: 100-‐200kB Array que cubre 200 Sd. Genómicos
OLIGÓMEROS:25-‐80 nucleó5dos Array: 15-‐1000K
SNP: Acotar puntos de rotura con precisión. Disomía Uniparental
Arrays personalizados ,Arrays exónicos Arrays de Au;smo, Array de Displasias óseas
ARRAY-‐CGH
Caso prác5co :delección cromosoma 22
ARRAY CGH
INTERPRETACIÓN DE DATOS DEL ARRAY.
Web Browser In house database
Análisis del sokware
OTHER GENOMICS DATAS OTHER STRUCTURAL DATABASES
CLASIFICACIÓN DE CNV ( Variantes Numero de Copia) • CNV patogénica: a)Existe asociación cienmfica documentada con un feno;po determinado.
b)El tamaño de la alteración es grande y, si bien no hay alteraciones similares descritas en la literatura , solapa con intervalos menores claramente asociado conpatología descrita en la literatura.
• CNV de significación clínica desconocida probablemente patogénica.: a)La CNV se ha descrito al menos en una ocasión con feno;po definido y relevante para los hallazgos del paciente o b) algunos de los genes incluídos en la CNV ;ene relevancia en la clínica del paciente.
• CNV de significación clínica desconocida: a)No descrito en la literatura, b) con;ene genes con función desconocida o no relacionada con la clínica del paciente.
• CNV de significación clínica desconocida, probablemente benigna: a)No con;ene genes, se ha observado en pocos individuos aparentemente normales b)genes no realcionados con SNC
• CNV benigna: es frecuente y se observa en >1% de la pobación. Incidental finding (IF): Detección de alteraciones patogénicas o probablemente patogénicas en
genes que aparentemente no son relevantes para la indicación diagnós;ca para la que se solicitó el test, pero que pueden tener importancia en la salud o reproducción del paciente o de su familia.
ARRAY CGH
Estudios Integrados: Cario5po +Array-‐CGH+FISH
ESTUDIOS INTEGRADOS
CASO PRÁCTICO: ESTUDIOS INTEGRADOS
FISH PROGENITOR: TRASLOCACIÓN FISH PACIENTE: DELECCIÓN
CARIOTIPO FISH
ARRAY-‐CGH
MLPA SECUENCIACIÓN SANGER
SECUENCIACIÓN MASIVA
CITOGENÉTICA CITOGENÉTICA MOLECULAR
GENÉTICA MOLECULAR