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1180 Klenow P.falciparum P.berghei P.vivax P.cynomolgi P.chabaudi P.yoelii T.gondii B.bovis Klenow P.falciparum P.berghei P.vivax P.cynomolgi P.chabaudi P.yoelii T.gondii B.bovis Klenow P.falciparum P.berghei P.vivax P.cynomolgi P.chabaudi P.yoelii T.gondii B.bovis Klenow P.falciparum P.berghei P.vivax P.cynomolgi P.chabaudi P.yoelii T.gondii B.bovis Klenow P.falciparum P.berghei P.vivax P.cynomolgi P.chabaudi P.yoelii T.gondii B.bovis Klenow P.falciparum P.berghei P.vivax P.cynomolgi P.chabaudi P.yoelii T.gondii B.bovis 1398 1233 1255 1168 1185 1897 979 -----------------------------------------------------------V --------DEITKKYIKDNI INVDDNI IKKKDIFKLKNE-NNEITECAFEYFESKKKFDD --------DKI IKKYIDDNI INVDGNIVKRCGLFKLINDKDKVKIEENLYYYEPEKNFND EEVTKRYIQDNI INVDDNIVKRSGTFKLEGD-DKMVGSEKLEYYEPVKKFDD EEVTKRYIQDNI INVDDNIVKRSGIFKLEGD-NKIMSSEKLEYYEPVKKFDD --------DEITKKYMDDNI INVDGNIVKKCARFKLINDKDNTEIEENLYYYEPEKNFND --------DKI IKKYMDDNI INVDGNIVKKCGRFKLINDKDKVKIEENLYYYEPEKNFND ------PDFPALLFDLFALPVSSPALRPVRLLLASPRIRKVFHNGQFDLCFLAAAGLADR -----LKDTEVQIYDNLGEYRQRVLRRTGQKALMN--VTGSLPLGTITLPVYNLEGGPDE ISYDNYVTILDEETLKAWIAKLEKAPVFAFDTETDSLDNISANLVGLSFAIEPGVAAYIP DIESRFFI INDNNYNENINLIYKDIKYCGLDIETTGLEVFDENIRLIQIAVENYPVI IYD NIETRFFI INDKNYNEKINYIYNGIKYCGLDMETTGLEVFGEKIRLIQISVENYPVI IYD DIESRFFLIHDSNYNERINHIYKNVTHCGLDIETTGLEVFDEKIRLIQIAVEDYPVI IYD DIESRFFLINDNNYNEKINLIYKNVTYCGLDIETTGLEVFDEKIRLIQIAVEDYPVI IYD NIETRFFI INDKNYNEKINYIYNGIKYCGLDMETTGLEVFGEKIRLIQIAVENYPVI IYD NIETRFFI INDKNYNEKINYIYNGIKYCGLDMETTGLEVFGEKIRLIQIAVENYPVI IYD DAKRQEVFTEAQDAPESQSRPHFPTAVSADSRLKNAEKQGPADAAPARGDGVDAPGVSPP LLSRGLIFVNNPESLESLAPLFEHTKLCTLDIETTGLNHREDRIRLLQISTPDQPSVVID VAHDYLDAPDQISRERALELLKPLLED---EKALKVGQNLKYDRGILANYGIELRGIAFD MFNINKKDILDGLRKVLENK-----------NI IKI IQNGKFDAKFLLHNNFKIEN-IFD MFNITNNNILDGLRKILNDE-----------NIVKI IQNGKFDTKFLLYNNFNITN-IFD MFNITKESILTGLREVLKNE-----------KVVKI IQNGKFDAKFLMHNKFEVAN-IFD MFNITRESILSGLREILRNE-----------KVVKI IQNGKFDAKFLMHNNFEVNN-IFD MFNITNNNILDGLRKILNDE-----------NIVKI IQNGKFDTKFLLYNNFNITN-IFD MFNITNNNILDGLRKILNDE-----------NIVKI IQNGKFDTKFLLYNNFNITN-IFD ERAGEARREQETVPGSEAGSDQPTAHAGPLLDAAVLGARPAEVGDLQSDGGVFVSGPLFD VFKVPVPTLKECTWLVKLLG----------SQAVKVLHNGKFDINFLSHNGFNVKGPIFD TMLESYILNSVAGRHDMDSLAERWLKHKTITFEEIAGKGKNQLTFNQIALEEAGRYAAED TYIASKLLDKNKNMYGFKLNNIVEKYLNVILDKQQQNSVWN----NSLLNNNQLFYAARD TYIASKLLDKNKNMYGFKLNNIVEKYLSVYLDKQQQNSVWN----NSLLNNNQLFYAARD TYIASKLLDKNKNMYGFKLNNIVEKYLNVTLDKQQQNSVWN----NSLLNNNQLFYAARD TYIASKLLDKNKNMYGFKLNNIVEKYLNVTLDKQQQNSVWN----NSLLNNNQLFYAARD TYIASKLLDKNKNMYGFKLNNIVEKYLSVYLDKQQQNSVWN----NSLLNNNQLFYAARD TYIASKLLDKNKNMYGFKLNNIVEKYLSVYLDKQQQNSVWN----NSLLNNNQLFYAARD TLIAAKVVEAGVMRTGFKLLQVVERFLGVLMDKRMQASDWS----SPHLSQEQLLYAARD TMIAAKLLSATRFNWSCKLGHVAERYLNIVLDKSQQFSDWT----LDPLFEEQVIYASRD ADVTLQLHLKMWPDLQKHKGPLNVFENIEMPLVPVLSRIERNGVKIDPKVLHNHSEELTL SSCLLKLYKKLKEEIKKEN--LHIVNDIENKCILPICDMELNGIKVDLENLQKSTNEILN S S C L L K L Y K K L S E Q I K A E N - - MQ I V N D I E N K C I L P I C D M E L N G I K V D L E N L N K S T D Q I L N SSCLLKLYKKLKSEICREN--MGTVNDIENKCILPICDMELNGITVDLESLSKSTNEILS SSCLLKLYKKLKSEICREN--METVNDIENKCILPICDMELNGIKVDLESLSKSTNEILS S S C L L K L Y K K L S E Q I V A E N - - MQ I V N D I E N K C I L P I C D M E L N G I T V D L E S L N K S T D Q I L D S S C L L K L Y K K L S E Q I T A E N - - MQ I V N D I E N K C I L P I C D M E L N G I K V D L E S L N K S T D Q I L N AAVLLPLQQRLQQKLEAFD--LQEVMDVEMRCLRPVVAMELNGMQIDHARWKELEAHLRR TAVLLPLYFILQEKLKAER--LDMIADIENKCVLAVCQMEQNGIKVDLDKLKSLQAALDK RLAELEKKAHEIAGEEFN--LSSTKQLQTILFEKQG------------------------ ELNIEKDNLKKKLKDEN---INVNSQQQVLKALQKN------------------------ ELNVERDKLKKELKNED---INVNSQQQILKALQDN------------------------ ELNEETSKLKAELKDEE---INVNSQQQVLKALQNK------------------------ ELNAETSKLKTELKDEE---INVNSQQQVLKALQNN------------------------ DLNVERDKLKKELKNED---INVNSQQQILKALQDN------------------------ ELNVERDKLKKELKNDD---INVNSQQQILKALQDN------------------------ EEEKARQRLAAELHVDEN-TVNFNSQKQMLDALRAIGIPAPPPDRPESRTRGSRFSFSEL ENETAMKHLGDTLGVSSNPNFNYNSQRQILQALQQQ------------------------ 324 -------- -------- 1232 1449 1292 1314 1220 1237 1951 1032 325 1292 1509 1345 1374 1280 1297 2011 1092 385 1340 1557 1400 1422 1328 1345 2073 1142 442 1396 1613 1456 1478 1384 1401 2127 1198 502 1454 1671 1514 1536 1442 1459 2185 1256 472

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Page 1: V -------- DE IT KKY IK DN II NV DDN II KKKD IF...----- DK II KKY MDDN II NV DG NI V KKC GR FK LI ND KD KV KI EEN L YYYE PE KN FN D ------ PD FP A LLF DL FA LP V SSP AL RP VR LLLA

1180

Klenow P.falciparum P.berghei P.vivax P.cynomolgiP.chabaudiP.yoeliiT.gondiiB.bovis

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KlenowP.falciparumP.bergheiP.vivaxP.cynomolgiP.chabaudiP.yoeliiT.gondiiB.bovis

1398

12331255116811851897979

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - V- - - - - - - - D E I T K K Y I K D N I I N V D D N I I K K K D I F K L K N E - N N E I T E C A F E Y F E S K K K F D D- - - - - - - - D K I I K K Y I D D N I I N V DG N I V K R C G L F K L I N D K D K V K I E E N L Y Y Y E P E K N F N D

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14871704

154715691475149222441292

596

B. bovis

15411758

160116231529154623041347

652

KlenowP. falciparumP. bergheiP. vivaxP. cynomolgiP. chabaudiP. yoeliiT. gondiiB. bovis

15961813

165616781584160123641402

711

KlenowP. falciparumP. bergheiP. vivaxP. cynomolgiP. chabaudiP. yoeliiT. gondiiB. bovis

16561873

171617381644166124241462

771

KlenowP. falciparumP. bergheiP. vivaxP. cynomolgiP. chabaudiP. yoeliiT. gondiiB. bovis

17101927

177017921699171524781516

831

KlenowP. falciparumP. bergheiP. vivaxP. cynomolgiP. chabaudiP. yoeliiT. gondiiB. bovis

17681985

182818501756177325361574

891

Page 3: V -------- DE IT KKY IK DN II NV DDN II KKKD IF...----- DK II KKY MDDN II NV DG NI V KKC GR FK LI ND KD KV KI EEN L YYYE PE KN FN D ------ PD FP A LLF DL FA LP V SSP AL RP VR LLLA

Figure S1Sequence alignment of Klenow, P. falciparum apPOL, and the putative polymerase domain of other members of Apicomplexa. P. falciparum shares a 28% sequence identity with Klenow, 82% with P. berghei, 84% with P. vivax, 85% with P. cynomolgi, 82% with P. chabaudi chabaudi, 83% with P. yoelii yoelii, 39% with Toxoplasma gondii, and 44% with Babesia bovis. Residue ranges are derived from the complete Prex sequence from each organism. apPOL accounts for the third domain in the polyprotein, following the primase and helicase domains. Conserved regions are shaded based on identity. Sequences were aligned using Clustal and a BLOSUM45 matrix via Jalview, percent identity calculated through BLAST.